Datasets:

---

Praise2112

/

LivingNER

like 1

[ "Anamnesis", "This", "is", "a", "75-year-old", "woman", "at", "the", "time", "of", "first", "consultation", "(", "January", "2017", ")", ",", "with", "no", "known", "allergies", ",", "no", "toxic", "habits", "or", "cardiovascular", "risk", "factors", ",", "and", "with", "a", "relevant", "personal", "history", "of", "hypothyroidism", "on", "replacement", "therapy", ".", "His", "family", "medical", "or", "oncological", "history", "includes", "a", "mother", "who", "died", "of", "colorectal", "carcinoma", "at", "the", "age", "of", "70", ".", "Her", "oncological", "history", "began", "in", "January", "2017", "when", "she", "consulted", "the", "Digestive", "Department", "for", "a", "history", "of", "dyspepsia", "of", "several", "months", "'", "duration", ".", "An", "ultrasound", "scan", "of", "the", "abdomen", "and", "complete", "blood", "tests", "were", "performed", ",", "with", "no", "significant", "findings", "except", "for", "elevated", "GGT", "and", "AF", ",", "which", "led", "to", "colonoscopy", "and", "gastroscopy", ",", "which", "showed", "no", "pathology", ",", "and", "abdominal", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", ",", "which", "revealed", "several", "indeterminate", "hepatic", "space-occupying", "lesions", "(", "LOE", ")", "in", "segment", "II", "(", "31", "mm", ")", "and", "others", "between", "segments", "V", "and", "V", "(", "6-8", "mm", ")", "suspected", "of", "secondary", "deposits", ".", "In", "view", "of", "the", "findings", ",", "magnetic", "resonance", "cholangiography", "(", "MRI", ")", "and", "hepatic", "MRI", "were", "performed", ",", "confirming", "the", "presence", "of", "lesions", "suspicious", "of", "secondary", "deposits", ",", "the", "largest", "measuring", "47", "mm", ",", "and", "the", "rest", "of", "the", "lesions", "were", "indeterminate", ".", "During", "the", "diagnostic", "process", ",", "a", "nodule", "was", "palpated", "in", "the", "lower", "left", "quadrant", "of", "the", "left", "breast", ",", "and", "mammography", "and", "ultrasound", "were", "requested", ",", "which", "revealed", "a", "nodule", "suspicious", "of", "malignancy", "(", "BIRADS", "4c", ")", ",", "so", "a", "core", "needle", "biopsy", "(", "CNB", ")", "of", "the", "left", "breast", "was", "performed", "in", "June", "2017", "with", "the", "anatomopathological", "result", "(", "AP", ")", "of", "infiltrating", "ductal", "carcinoma", ".", "She", "underwent", "surgery", "in", "July", "2017", "by", "wide", "quadrantectomy", "with", "free", "margins", ",", "with", "selective", "biopsy", "of", "the", "sentinel", "lymph", "node", "(", "BSGC", ")", ",", "identifying", "2", "adenopathies", ",", "one", "of", "them", "positive", "by", "immunohistochemistry", "for", "cytokeratins", ".", "The", "definitive", "PA", "is", ":", "1", ".", "3", "cm", "infiltrating", "ductal", "carcinoma", ",", "moderately", "differentiated", ",", "grade", "II", ",", "oestrogen", "receptor", "(", "ER", ")", "95", "%", ",", "progesterone", "receptor", "(", "PR", ")", "90", "%", ",", "Ki", "67", "12", "%", ",", "HER-2", "negative", ".", "TNM", "pT1cpN0", "(", "i", "+", ")", "(", "sn", ")", ".", "The", "patient", "persists", "with", "symptoms", "of", "dyspepsia", "and", "abdominal", "pain", ",", "so", "she", "was", "admitted", "in", "July", "2017", "to", "the", "Digestive", "Department", "and", "subsequently", "to", "Medical", "Oncology", "to", "complete", "her", "work-up", ".", "Physical", "examination", "Physical", "examination", "on", "admission", "revealed", "an", "acceptable", "general", "condition", ",", "ECOG", "0", ".", "No", "lymphadenopathy", "in", "the", "laterocervical", "or", "supraclavicular", "regions", ".", "Breast", "asymmetry", "with", "scar", "in", "the", "lower-internal", "quadrant", "of", "the", "left", "breast", "with", "no", "signs", "of", "complication", ".", "There", "were", "no", "palpable", "nodules", "in", "both", "breasts", "or", "axillary", "adenopathies", ".", "No", "masses", "or", "visceromegaly", "were", "palpable", ".", "The", "rest", "of", "the", "examination", "showed", "no", "findings", ".", "Complementary", "tests", "During", "admission", "to", "Medical", "Oncology", ",", "the", "following", "complementary", "tests", "were", "performed", ":", "\"", "Tumour", "markers", ":", "negative", ".", "\"", "Hepatotropic", "virus", "serology", ":", "negative", ".", "\"", "Oncological", "positron", "emission", "tomography", "(", "PET", ")", ":", "known", "hepatic", "lesion", "in", "segment", "II", ",", "non-specific", "from", "the", "metabolic", "point", "of", "view", ".", "No", "other", "significant", "findings", ".", "\"", "Liver", "ultrasound", ":", "focal", "hepatic", "lesion", "in", "segment", "II", "suspicious", "for", "malignancy", ",", "with", "necrotic", "or", "fibrotic", "lesion", "behaviour", "(", "metastasis", ",", "cholangiocarcinoma", ",", "fibrotic", "lesion", ")", "that", "has", "grown", "discreetly", "with", "respect", "to", "the", "initial", "CT", "scan", ",", "the", "smaller", "lesions", "remain", "non-specific", ".", "\"", "Fine", "needle", "aspiration-fine", "needle", "aspiration", "(", "FNA", ")", "and", "BAG", ":", "connective", "tissue", "with", "extensive", "coagulative", "necrosis", ",", "inflammatory", "infiltrate", "and", "fibrosis", ".", "Summary", ":", "inconclusive", "cytology", ".", "Diagnosis", "Diagnosis", "of", "infiltrating", "ductal", "carcinoma", "of", "the", "left", "breast", "pT1c", "pN0", "(", "i", "+", ")", "and", "suspected", "metastatic", "lesion", "in", "the", "left", "hepatic", "lobe", "(", "one", "single", "suspicious", "lesion", "and", "two", "undetermined", "lesions", ")", ".", "Treatment", "It", "was", "decided", "to", "present", "the", "patient", "to", "a", "multidisciplinary", "tumour", "committee", "to", "assess", "the", "resection", "of", "the", "hepatic", "LOE", "and", "complete", "the", "anatomopathological", "study", ".", "She", "underwent", "surgery", "by", "General", "Surgery", "on", "21", "/", "8", "/", "2017", ",", "with", "resection", "of", "two", "lesions", "in", "segment", "V-VI", "of", "the", "liver", "and", "laparoscopic", "hepatic", "segmentectomy", "II-III", ",", "and", "was", "discharged", "without", "complications", ".", "Evolution", "The", "definitive", "PA", "of", "the", "hepatic", "lesions", "was", "as", "follows", ":", "subcapsular", "hepatic", "segments", "with", "necrotic", "eosinophilic", "hepatic", "nodules", "with", "the", "presence", "of", "degenerated", "parasite", "eggs", "in", "the", "necrotic", "material", ".", "No", "signs", "of", "malignancy", "were", "seen", ".", "Finally", ",", "in", "view", "of", "the", "AP", "findings", ",", "serology", "for", "parasites", "was", "requested", ",", "being", "positive", "for", "Fasciola", "hepatica", ",", "so", "she", "started", "treatment", "with", "triclabendazole", "in", "November", "2017", ",", "with", "good", "response", "to", "it", "without", "relevant", "toxicities", ".", "In", "the", "anamnesis", ",", "the", "patient", "reported", "being", "a", "regular", "consumer", "of", "wild", "watercress", ".", "After", "liver", "surgery", ",", "the", "patient", "began", "adjuvant", "radiotherapy", "treatment", "(", "RT", ")", "between", "11", "/", "09", "/", "2017", "and", "17", "/", "10", "/", "2017", ",", "with", "a", "dose", "of", "50", "Gy", "in", "25", "sessions", "at", "2", "Gy", "/", "session", "in", "the", "left", "breast", ".", "She", "has", "started", "adjuvant", "hormonal", "treatment", "with", "which", "they", "are", "currently", "maintained", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 244, "end": 250 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 293, "end": 299 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 32, "end": 37 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 181, "end": 189 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1956, "end": 1963 }, { "text": "Hepatotropic virus", "label": "SPECIES", "start": 2726, "end": 2744 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3638, "end": 3645 }, { "text": "parasite", "label": "SPECIES", "start": 4149, "end": 4157 }, { "text": "parasite eggs", "label": "SPECIES", "start": 4149, "end": 4162 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4476, "end": 4483 }, { "text": "parasites", "label": "SPECIES", "start": 4273, "end": 4282 }, { "text": "Fasciola hepatica", "label": "SPECIES", "start": 4317, "end": 4334 }, { "text": "wild watercress", "label": "SPECIES", "start": 4521, "end": 4536 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4563, "end": 4570 } ]

[ "", "A", "71-year-old", "man", "with", "a", "history", "of", "benign", "prostatic", "hyperplasia", "and", "a", "smoker", "for", "30", "years", "(", "20", "cigarettes", "a", "day", ")", "came", "to", "the", "emergency", "department", "with", "a", "dry", "cough", ",", "mild", "dyspnoea", "and", "a", "fever", "of", "38", "°", "C", "which", "did", "not", "improve", "with", "paracetamol", ",", "of", "one", "week", "'", "s", "duration", ".", "Two", "weeks", "earlier", "he", "had", "returned", "to", "Mexico", "City", "from", "Miami", ".", "On", "the", "day", "of", "admission", ",", "his", "dyspnoea", "worsened", "and", "he", "suffered", "from", "intense", "myalgia", "and", "arthralgia", ",", "especially", "in", "the", "legs", ".", "On", "initial", "evaluation", ",", "the", "patient", "reported", "general", "weakness", "and", "malaise", ".", "He", "reported", "no", "nausea", ",", "vomiting", ",", "diarrhoea", ",", "urinary", "or", "neurological", "symptoms", ".", "He", "had", "taken", "no", "medication", "except", "paracetamol", "(", "750", "mg", "every", "8", "hours", "to", "control", "fever", ")", ".", "He", "had", "no", "known", "allergies", ".", "Physical", "examination", "showed", "a", "blood", "pressure", "of", "120", "/", "68", "mmHg", ",", "pulse", "of", "90", "bpm", "and", "respiratory", "rate", "of", "22", "bpm", ".", "Temperature", "was", "36", ".", "5", "°", "C", "and", "oxygen", "saturation", "was", "84", "%", "on", "room", "air", ".", "He", "was", "conscious", "and", "oriented", ",", "but", "his", "speech", "was", "slow", "and", "slurred", ".", "A", "cardiopulmonary", "examination", "revealed", "rales", "in", "both", "lung", "bases", ",", "but", "no", "signs", "of", "respiratory", "distress", ".", "Otherwise", ",", "the", "physical", "examination", "was", "normal", ".", "Blood", "tests", "showed", "a", "normal", "white", "blood", "cell", "count", "with", "lymphocytopenia", "(", "0", ".", "85", "×", "109", "/", "L", ")", ",", "haemoglobin", "concentration", "of", "161", "g", "/", "L", "and", "mild", "thrombocytopenia", "(", "118", "000", "×", "109", "/", "L", ")", ".", "His", "creatinine", "value", "was", "high", "at", "1", ".", "68", "mg", "/", "dL", ",", "and", "C-reactive", "protein", "and", "procalcitonin", "were", "also", "elevated", "at", "2", ".", "9", "mg", "/", "dL", "and", "2", ".", "89", "ng", "/", "mL", ",", "respectively", ".", "Increased", "interleukin", "6", "(", "233", "pg", "/", "mL", ")", "was", "also", "observed", ".", "Muscle", "enzymes", "were", "clearly", "high", "(", "creatine", "phosphokinase", "at", "8720", "U", "/", "L", "and", "myoglobin", "at", "2079", "ng", "/", "mL", ")", ".", "Ferritin", "and", "lactate", "dehydrogenase", "values", "were", "also", "high", "(", "at", "2603", "ng", "/", "mL", "and", "541", "U", "/", "L", ",", "respectively", ")", ".", "A", "urinalysis", "showed", "haemoglobin", "with", "no", "erythrocytes", "in", "the", "sediment", ".", "A", "nasopharyngeal", "swab", "for", "SARS-CoV-2", "was", "positive", ".", "A", "multiplex", "PCR", "for", "respiratory", "viruses", "and", "HIV", "was", "negative", ".", "A", "CT", "scan", "of", "the", "lung", "revealed", "bilateral", "infiltrates", "with", "areas", "of", "consolidation", "and", "extensive", "ground-glass", "opacities", ".", "The", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "COVID-19", "ward", "and", "oxygen", "was", "administered", "via", "nasal", "cannula", ".", "Aggressive", "hydration", "and", "bicarbonate", "therapy", "was", "started", ",", "as", "well", "as", "enoxaparin", ",", "azithromycin", "and", "ceftriaxone", ".", "The", "patient", "agreed", "to", "compassionate", "therapy", ",", "so", "hydroxychloroquine", "and", "lopinavir", "/", "ritonavir", "were", "started", ".", "His", "condition", "worsened", "on", "the", "third", "day", "of", "hospitalisation", "and", "he", "required", "invasive", "mechanical", "ventilation", ".", "Over", "the", "next", "two", "days", ",", "his", "condition", "continued", "to", "worsen", ",", "with", "fever", ",", "hypotension", "and", "high", "ventilation", "requirements", ".", "His", "C-reactive", "protein", "and", "interleukin-6", "values", "also", "increased", "(", "to", "26", ".", "9", "mg", "/", "dL", "and", "275", "pg", "/", "mL", ",", "respectively", ")", ".", "His", "family", "agreed", "to", "a", "compassionate", "regimen", "of", "tocilizumab", ".", "Accordingly", ",", "two", "doses", "of", "400", "mg", "tocilizumab", "i", ".", "v", ".", "were", "administered", "on", "days", "5", "and", "6", "of", "admission", ".", "On", "the", "seventh", "day", "of", "admission", "his", "condition", "started", "to", "improve", "and", "he", "showed", "a", "decrease", "in", "lactate", "dehydrogenase", ",", "ferritin", ",", "C-reactive", "protein", "and", "procalcitonin", "values", ".", "He", "was", "extubated", "on", "the", "12th", "day", "of", "admission", ".", "His", "clinical", "condition", "continued", "to", "improve", "and", ",", "after", "a", "negative", "SARS-CoV-2", "test", ",", "he", "was", "discharged", "on", "day", "16", "after", "admission", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 18 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 475, "end": 482 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 1777, "end": 1787 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1846, "end": 1849 }, { "text": "respiratory viruses", "label": "SPECIES", "start": 1822, "end": 1841 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 2630, "end": 2636 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1987, "end": 1994 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2191, "end": 2198 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 3069, "end": 3079 } ]

[ "32-year-old", "male", ",", "no", "allergies", ",", "smoker", "of", "10", "cigarettes", "a", "day", "and", "cannabis", ",", "occasional", "drinker", ".", "Denies", "consumption", "of", "other", "intoxicants", ".", "History", "of", "affective", "and", "personality", "disorder", ",", "with", "manic", "episodes", "and", "previous", "admissions", "to", "the", "acute", "psychiatric", "unit", ",", "under", "treatment", "with", "clonazepam", ",", "sertraline", "and", "quetiapine", ".", "HIV", "infection", "through", "homosexual", "transmission", ",", "diagnosed", "in", "another", "centre", "in", "2007", ",", "as", "a", "result", "of", "a", "genital", "ulcer", "compatible", "with", "primary", "syphilitic", "chancre", ",", "with", "positive", "syphilis", "serology", ".", "He", "was", "treated", "with", "intramuscular", "penicillin", ",", "confirming", "serological", "cure", ".", "At", "diagnosis", ":", "basal", "CD4", "+", "lymphocytes", "920", "cells", "/", "mm", ".", "We", "do", "not", "know", "the", "baseline", "viral", "load", ",", "but", "we", "do", "know", "that", "he", "had", "baseline", "resistances", ":", "L100I", "and", "R41K", ".", "HLAB57", "negative", ".", "She", "did", "not", "start", "antiretroviral", "treatment", "as", "she", "had", "more", "than", "500", "CD4", "+", "lymphocytes", ",", "attended", "regular", "check-ups", ",", "and", "was", "subsequently", "treated", "for", "a", "second", "episode", "of", "early", "latent", "syphilis", ".", "In", "mid-2014", "he", "moved", "to", "our", "city", "and", "came", "for", "consultation", "for", "assessment", ".", "At", "that", "time", "he", "was", "asymptomatic", "with", "a", "normal", "clinical", "examination", ".", "He", "refers", "to", "a", "stable", "partner", "who", "lives", "in", "Madrid", ".", "He", "has", "not", "had", "any", "opportunistic", "infections", "during", "this", "time", ".", "His", "immunological", "status", "was", "re-evaluated", ":", "viral", "load", "58", ",", "079", "copies", "/", "ml", "and", "CD4", "+", "lymphocytes", "502", "cells", "/", "mm3", "(", "18", "%", ")", ".", "The", "following", "was", "requested", ":", "complete", "blood", "tests", "with", "urine", "analysis", ",", "with", "no", "alterations", ";", "serology", "for", "hepatotropic", "viruses", "(", "HCV", "negative", ",", "HBV", "and", "HAV", "immunised", ")", ";", "IgG", "for", "toxoplasma", "negative", "and", "IgG", "for", "cytomegalovirus", "positive", "(", "compatible", "with", "past", "infection", ")", ";", "lúes", "with", "non-reactive", "RPR", ".", "At", "that", "time", ",", "the", "patient", "was", "advised", "to", "start", "antiretroviral", "treatment", "and", "a", "new", "resistance", "study", "was", "requested", ",", "which", "showed", "no", "new", "mutations", "with", "respect", "to", "the", "previous", "one", ".", "Taking", "into", "account", "his", "immunological", "situation", ",", "baseline", "resistance", "and", "possible", "drug", "interactions", ",", "mainly", "with", "antipsychotic", "medication", ",", "it", "was", "decided", "to", "start", "abacavir", "with", "lamivudine", "and", "dolutegravir", ",", "with", "good", "tolerance", "and", "efficacy", ",", "achieving", "an", "undetectable", "viral", "load", "after", "four", "weeks", ".", "Subsequently", ",", "he", "was", "seen", "in", "the", "Digestive", "System", "Department", "for", "rectal", "discomfort", "that", "had", "started", "about", "two", "weeks", "earlier", "and", "consisted", "of", "significant", "pain", "in", "the", "rectal", "region", "and", "anus", ",", "especially", "when", "defecating", ",", "with", "stools", "of", "smaller", "than", "usual", "size", ",", "and", "rectorrhagia", "that", "had", "been", "progressing", ".", "There", "was", "no", "fever", "or", "general", "symptoms", ",", "nor", "were", "there", "any", "serious", "clinical", "data", ".", "On", "examination", ",", "she", "had", "a", "painful", "rectal", "examination", ",", "with", "no", "visible", "lesions", ";", "no", "genital", "ulcers", "or", "lymphadenopathies", ",", "and", "no", "other", "findings", "of", "note", ",", "either", "locally", "or", "in", "other", "locations", ".", "They", "decided", "to", "perform", "a", "rectoscopy", "which", "showed", "evidence", "of", "intense", "ulcerative", "proctitis", ",", "and", "a", "biopsy", "was", "taken", "with", "the", "anatomopathological", "findings", "of", ":", "\"", "fragments", "of", "large", "intestine", "mucosa", "with", "chronic", "inflammation", "and", "granulation", "tissue", "showing", "viral", "cytopathic", "changes", "in", "some", "endothelial", "cells", "with", "positive", "immunostaining", "for", "Cytomegalovirus", "(", "CMV", ")", "\"", ".", "With", "the", "results", "of", "the", "diagnostic", "tests", ",", "he", "is", "referred", "for", "treatment", ".", "Differential", "diagnosis", "The", "patient", "consults", "for", "rectal", "symptoms", ".", "Anorectal", "pathology", "is", "a", "relatively", "frequent", "entity", "in", "HIV", "patients", ",", "particularly", "in", "homosexual", "males", "who", "practice", "receptive", "anal", "sex", ",", "usually", "due", "to", "trauma", "or", "sexually", "transmitted", "infections", "(", "STIs", ")", ",", "with", "the", "most", "common", "findings", "being", "perirectal", "abscesses", ",", "anal", "fistulas", ",", "anal", "warts", ",", "non-specific", "ulcers", ",", "infectious", "proctitis", ",", "anal", "intraepithelial", "neoplasia", "(", "associated", "with", "human", "papillomavirus", ")", "and", "anal", "cancer", ".", "Much", "less", "frequently", ",", "these", "symptoms", "may", "not", "be", "associated", "with", "sexual", "practice", "and", "may", "be", "an", "expression", "of", "an", "inflammatory", "bowel", "disease", ",", "such", "as", "ulcerative", "colitis", "or", "Crohn", "'", "s", "disease", ".", "In", "this", "case", ",", "the", "rectoscopy", "showed", "an", "inflammation", "of", "the", "rectal", "mucosa", "or", "proctitis", ",", "which", ",", "given", "the", "patient", "'", "s", "history", "(", "HIV", "infection", "and", "treated", "for", "syphilis", "twice", ")", ",", "points", "to", "an", "STI", ".", "The", "germs", "that", "cause", "infectious", "proctitis", "are", "varied", ",", "and", "bacteria", ",", "viruses", "or", "protozoa", "may", "be", "involved", "in", "its", "aetiology", ".", "Of", "these", ",", "the", "most", "common", "are", ":", "Neisseria", "gonorrhoeae", ",", "Chlamydia", "trachomatis", ",", "Herpes", "simplex", "virus", "and", "Treponema", "pallidum", ".", "Although", "they", "may", "present", "asymptomatically", ",", "in", "most", "cases", "they", "cause", "a", "clinical", "picture", "similar", "to", "that", "presented", "by", "the", "patient", "(", "intense", "anal", "pain", ",", "mainly", "on", "defecation", ",", "usually", "associated", "with", "bleeding", "and", "rectal", "tenesmus", ",", "with", "the", "absence", "of", "general", "symptoms", ")", ",", "and", "this", "does", "not", "usually", "provide", "specific", "data", "to", "help", "in", "the", "aetiological", "diagnosis", ".", "However", ",", "the", "differential", "diagnosis", "includes", "CMV", "infection", ",", "which", "is", "the", "germ", "found", "in", "the", "rectal", "biopsy", "and", "which", "can", "also", "cause", "proctitis", ",", "although", "it", "is", "a", "very", "uncommon", "cause", ".", "Less", "likely", "in", "our", "case", "would", "be", "other", "germs", "such", "as", "Escherichia", "coli", ",", "Shigella", "spp", ",", "Entamoeba", "histolytica", "(", "generally", "in", "gastrointestinal", "infections", ",", "not", "compatible", "with", "the", "patient", "'", "s", "symptoms", ")", "and", "Clostridium", "difficile", "(", "usually", "in", "relation", "to", "previous", "antibiotherapy", ",", "which", "he", "had", "not", "taken", ")", ".", "The", "usual", "culture", ",", "parasite", "study", "and", "detection", "of", "Clostridium", "toxin", "are", "generally", "sufficient", "for", "the", "diagnosis", "of", "these", "entities", ".", "Therefore", ",", "the", "question", "that", "arises", "is", ":", "is", "CMV", "really", "involved", "in", "the", "current", "picture", "or", "was", "it", "a", "chance", "finding", "?", "Evolution", "On", "re-historying", "the", "patient", ",", "he", "reported", "receptive", "anal", "intercourse", "without", "a", "condom", "with", "his", "partner", "who", "lives", "in", "Madrid", ".", "At", "that", "time", "it", "was", "decided", "not", "to", "start", "treatment", "for", "CMV", "and", "the", "diagnostic", "study", "was", "extended", "in", "search", "of", "other", "germs", "more", "frequently", "implicated", "and", "which", ",", "in", "turn", ",", "produce", "compatible", "symptoms", ".", "To", "this", "end", ",", "the", "following", "was", "requested", ":", "detection", "of", "genetic", "material", "by", "rectal", "polymerase", "chain", "reaction", "(", "PCR", ")", "for", "herpes", ",", "gonococcus", "and", "chlamydia", ",", "as", "well", "as", "gonococcal", "culture", "and", "syphilis", "serology", ".", "These", "tests", "are", "routinely", "indicated", "in", "the", "evaluation", "of", "all", "patients", "with", "infectious", "proctitis", "and", "suspected", "STIs", ",", "as", "co-infection", "by", "several", "germs", "at", "the", "same", "time", "has", "been", "described", ".", "After", "sampling", ",", "empirical", "treatment", "was", "prescribed", "with", "a", "dose", "of", "ceftriaxone", "1", "gram", "intramuscularly", "and", "oral", "doxycycline", "at", "a", "dose", "of", "100", "mg", "every", "12", "hours", "for", "21", "days", ",", "with", "complete", "disappearance", "of", "symptoms", "a", "few", "days", "after", "starting", "treatment", ".", "The", "results", "of", "the", "requested", "tests", "showed", "a", "positive", "PCR", "for", "C", ".", "trachomatis", "(", "performed", "by", "real-time", "PCR", "system", ")", ",", "with", "the", "rest", "of", "the", "studies", "negative", ".", "Final", "diagnosis", "Given", "the", "clinical", "context", ",", "microbiological", "findings", "and", "favourable", "response", "to", "treatment", ",", "the", "patient", "was", "finally", "diagnosed", "with", ":", "INFECTIOUS", "PROCTITIS", "DUE", "TO", "CHLAMYDIA", "TRACHOMATIS" ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4 ]

[ { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 66, "end": 74 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 12, "end": 16 }, { "text": "cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 1525, "end": 1540 }, { "text": "HAV", "label": "SPECIES", "start": 1469, "end": 1472 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 1461, "end": 1464 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 1447, "end": 1450 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 320, "end": 323 }, { "text": "antiretroviral", "label": "SPECIES", "start": 778, "end": 792 }, { "text": "antiretroviral", "label": "SPECIES", "start": 1659, "end": 1673 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1630, "end": 1637 }, { "text": "partner", "label": "HUMAN", "start": 1116, "end": 1123 }, { "text": "toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 1493, "end": 1503 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 666, "end": 671 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 1250, "end": 1255 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 2056, "end": 2061 }, { "text": "hepatotropic viruses", "label": "SPECIES", "start": 1425, "end": 1445 }, { "text": "viruses", "label": "SPECIES", "start": 1438, "end": 1445 }, { "text": "lúes", "label": "SPECIES", "start": 1584, "end": 1588 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 493, "end": 501 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 940, "end": 948 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 3009, "end": 3012 }, { "text": "Cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 2992, "end": 3007 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 2908, "end": 2913 }, { "text": "Chlamydia trachomatis", "label": "SPECIES", "start": 4120, "end": 4141 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 4584, "end": 4587 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 5186, "end": 5189 }, { "text": "Clostridium difficile", "label": "SPECIES", "start": 4916, "end": 4937 }, { "text": "Entamoeba histolytica", "label": "SPECIES", "start": 4803, "end": 4824 }, { "text": "Escherichia coli", "label": "SPECIES", "start": 4771, "end": 4787 }, { "text": "germs", "label": "SPECIES", "start": 4757, "end": 4762 }, { "text": "Herpes", "label": "SPECIES", "start": 4143, "end": 4149 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3117, "end": 3124 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3860, "end": 3867 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4309, "end": 4316 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4892, "end": 4899 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 3214, "end": 3222 }, { "text": "parasite", "label": "SPECIES", "start": 5031, "end": 5039 }, { "text": "protozoa", "label": "SPECIES", "start": 4023, "end": 4031 }, { "text": "virus", "label": "SPECIES", "start": 4158, "end": 4163 }, { "text": "Herpes simplex virus", "label": "SPECIES", "start": 4143, "end": 4163 }, { "text": "human papillomavirus", "label": "SPECIES", "start": 3531, "end": 3551 }, { "text": "viruses", "label": "SPECIES", "start": 4012, "end": 4019 }, { "text": "Clostridium", "label": "SPECIES", "start": 4916, "end": 4927 }, { "text": "Clostridium", "label": "SPECIES", "start": 5063, "end": 5074 }, { "text": "Chlamydia", "label": "SPECIES", "start": 4120, "end": 4129 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 3909, "end": 3917 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 5447, "end": 5450 }, { "text": "germs", "label": "SPECIES", "start": 5508, "end": 5513 }, { "text": "germs", "label": "SPECIES", "start": 5938, "end": 5943 }, { "text": "herpes", "label": "SPECIES", "start": 5708, "end": 5714 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5289, "end": 5296 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 5856, "end": 5864 }, { "text": "partner", "label": "HUMAN", "start": 5363, "end": 5370 }, { "text": "gonococcus", "label": "SPECIES", "start": 5716, "end": 5726 }, { "text": "chlamydia", "label": "SPECIES", "start": 5731, "end": 5740 }, { "text": "C. trachomatis", "label": "SPECIES", "start": 6289, "end": 6303 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 5776, "end": 5784 }, { "text": "CHLAMYDIA TRACHOMATIS", "label": "SPECIES", "start": 6556, "end": 6577 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6492, "end": 6499 }, { "text": "CHLAMYDIA", "label": "SPECIES", "start": 6556, "end": 6565 } ]

[ "58-year-old", "woman", "with", "a", "personal", "history", "of", "depressive", "syndrome", "and", "lumbar", "canal", "stenosis", ".", "Diagnosed", "with", "B27-positive", "ankylosing", "spondylitis", "in", "2005", "and", "on", "treatment", "with", "adalimumab", "since", "2008", ".", "Before", "starting", "treatment", ",", "a", "positive", "tuberculin", "skin", "test", "required", "isoniazid", "prophylaxis", "for", "nine", "months", ".", "His", "regular", "medications", "included", "non-steroidal", "anti-inflammatory", "drugs", ",", "tramadol", ",", "antidepressants", "and", "proton", "pump", "inhibitors", ".", "At", "a", "routine", "rheumatology", "check-up", ",", "a", "significant", "deterioration", "of", "her", "renal", "function", "was", "noted", "and", "she", "was", "requested", "to", "undergo", "a", "nephrology", "assessment", ".", "The", "patient", "was", "asymptomatic", ".", "On", "initial", "physical", "examination", ",", "there", "was", "no", "oedema", ",", "no", "palpable", "laterocervical", "or", "retroauricular", "lymphadenopathy", "and", "cardiopulmonary", "auscultation", "was", "normal", ".", "In", "view", "of", "the", "analytical", "findings", ",", "a", "renal", "ultrasound", "was", "performed", ",", "showing", "kidneys", "measuring", "10", "and", "12", "cm", ",", "respectively", ",", "with", "good", "corticomedullary", "differentiation", ".", "There", "was", "no", "evidence", "of", "renal", "lithiasis", "or", "pyelocaliceal", "dilatation", ".", "The", "hypodense", "lesions", "in", "the", "spleen", "suggested", "possible", "lymphomatous", "involvement", ",", "at", "which", "point", "the", "patient", "was", "admitted", "for", "further", "studies", ".", "The", "thoraco-abdomino-pelvic", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", "scan", "showed", "multiple", "pulmonary", "nodules", "(", "predominantly", "in", "the", "upper", "lobes", "with", "a", "peribronchovascular", "pattern", ")", "and", "mediastinal", "adenopathies", ".", "No", "splenic", "lesions", "were", "observed", ".", "A", "cervical", "adenopathy", "was", "biopsied", ",", "showing", "granulomatous", "epithelioid", "inflammation", "with", "extensive", "caseous", "necrosis", ".", "Ziehl-Nielsen", "staining", "showed", "few", "bacilli", ".", "In", "view", "of", "these", "findings", ",", "it", "was", "decided", "to", "perform", "fibrobronchoscopy", ",", "in", "which", "no", "macroscopic", "lesions", "were", "observed", "in", "the", "airway", ".", "Bronchoalveolar", "lavage", "showed", "a", "moderate", "number", "of", "lymphocytes", ",", "bronchial", "lavage", "was", "negative", "and", "a", "transbronchial", "fine", "needle", "aspiration", "of", "a", "mediastinal", "adenopathy", "identified", "the", "existence", "of", "granulomas", ".", "Ziehl", "'", "s", "staining", "was", "initially", "reported", "as", "negative", ",", "with", "a", "second", "observation", "revealing", "a", "single", "acid-fast", "bacillus", ".", "Following", "fibrobronchoscopy", ",", "an", "interferon", "gamma", "release", "assay", "for", "tuberculosis", "(", "quantiFERON", ")", "was", "performed", ",", "which", "was", "positive", ".", "Based", "on", "these", "tests", ",", "it", "was", "decided", "to", "start", "anti-tuberculosis", "treatment", ".", "As", "part", "of", "the", "nephrological", "work-up", ",", "antinuclear", "antibody", "(", "ANA", ")", ",", "anti-neutrophil", "cytoplasmic", "antibody", "(", "ANCA", ")", ",", "anti-DNA", "and", "anti-glomerular", "basement", "membrane", "antibodies", "were", "negative", ".", "Viral", "serology", "was", "negative", "for", "human", "immunodeficiency", "virus", "and", "hepatitis", "B", "and", "C", "viruses", ".", "Complement", "was", "normal", ".", "Urine", "analysis", "initially", "showed", "a", "microalbuminuria", "/", "creatininuria", "index", "of", "261", ".", "9", "mg", "/", "g", "and", "proteinuria", "/", "creatininuria", "1", ".", "1", "without", "nephrotic", "syndrome", ".", "The", "only", "notable", "finding", "in", "the", "proteinogram", "was", "a", "monoclonal", "IgM", "peak", ",", "with", "a", "serum", "concentration", "of", "305", "mg", "/", "dl", "and", "a", "negative", "urine", "light", "chain", "concentration", ".", "During", "her", "evolution", "on", "the", "ward", ",", "the", "patient", "presented", "sustained", "arterial", "hypertension", "with", "no", "evidence", "of", "water", "overload", "or", "other", "symptoms", "of", "note", ".", "Given", "the", "clinical", "findings", "(", "severe", "renal", "failure", ")", ",", "radiological", "findings", "(", "kidneys", "of", "normal", "size", "and", "echostructure", ")", "and", "analytical", "findings", "(", "anaemia", ",", "proteinuria", "and", "microhaematuria", ")", ",", "a", "renal", "biopsy", "was", "performed", "in", "which", "interstitial", "inflammation", "was", "detected", "at", "the", "expense", "of", "lymphocytes", ",", "accompanied", "by", "histiocytes", "that", "at", "various", "points", "formed", "granulomas", ".", "Multinucleated", "Langhans-type", "giant", "cells", "were", "present", "in", "one", "of", "them", ".", "The", "glomeruli", "were", "normal", ".", "In", "the", "tubules", ",", "the", "lumen", "was", "occupied", "with", "granular", "material", "and", "flattening", "of", "the", "epithelium", ".", "No", "microorganisms", "were", "observed", "in", "PAS", "and", "Ziehl-Nielsen", "staining", ".", "After", "the", "renal", "biopsy", ",", "the", "patient", "was", "discharged", "on", "treatment", "with", "prednisone", "at", "a", "dose", "of", "40", "mg", "/", "day", ",", "erythropoietin", "and", "complete", "antituberculosis", "treatment", "(", "rifampicin", ",", "isoniazid", ",", "ethambutol", "and", "pyrazinamide", ")", ".", "The", "patient", "progressed", "towards", "slow", "but", "progressive", "improvement", "of", "renal", "function", ".", "She", "persisted", "with", "anaemia", "and", "high", "erythropoietin", "requirements", ",", "hypertension", "treated", "with", "two", "drugs", "and", "hyperuricaemia", "resolved", "with", "allopurinol", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 12, "end": 17 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 25, "end": 33 }, { "text": "tuberculin", "label": "SPECIES", "start": 234, "end": 244 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 587, "end": 594 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1111, "end": 1118 }, { "text": "bacilli", "label": "SPECIES", "start": 1530, "end": 1537 }, { "text": "acid-fast bacillus", "label": "SPECIES", "start": 1977, "end": 1995 }, { "text": "human immunodeficiency virus", "label": "SPECIES", "start": 2417, "end": 2445 }, { "text": "Viral", "label": "SPECIES", "start": 2385, "end": 2390 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2845, "end": 2852 }, { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 3515, "end": 3529 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3608, "end": 3615 }, { "text": "antituberculosis", "label": "SPECIES", "start": 3712, "end": 3728 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3797, "end": 3804 } ]

[ "We", "present", "the", "clinical", "case", "of", "a", "63-year-old", "male", "patient", "with", "a", "history", "of", "chronic", "constipation", ",", "who", "has", "had", "several", "admissions", "for", "this", "cause", "and", "since", "childhood", "has", "lived", "in", "the", "rural", "area", "of", "the", "community", "of", "Santa", "Johana", "in", "the", "municipality", "of", "Itamarandiba", ",", "in", "the", "Brazilian", "state", "of", "Minas", "Gerais", ".", "She", "reports", "that", "for", "approximately", "3", "months", "she", "has", "been", "feeling", "tired", "quite", "easily", ",", "feeling", "faint", "and", "having", "difficulty", "defecating", ",", "which", "she", "had", "not", "given", "any", "importance", "to", "until", "she", "began", "to", "experience", "other", "symptoms", ",", "such", "as", "abdominal", "distension", ",", "meteorism", "(", "accumulation", "of", "gas", ")", ",", "rash", ",", "bowel", "sounds", "and", "continued", "to", "have", "difficulty", "defecating", ",", "which", "she", "could", "only", "do", "with", "the", "help", "of", "tea", "and", "laxatives", ";", "for", "this", "reason", "she", "decided", "to", "seek", "specialised", "medical", "help", ".", "Positive", "findings", "on", "physical", "examination", "-", "Mucous", "membranes", ":", "hypo-coloured", "and", "moist", ".", "-", "Cardiovascular", "system", ":", "arrhythmic", "and", "audible", "heart", "sounds", ",", "blood", "pressure", ":", "120", "/", "80", "mmHg", ",", "heart", "rate", "(", "HR", ")", ":", "84", "beats", "/", "minute", ".", "-", "Abdomen", ":", "distended", ",", "hydro-aerial", "sounds", "present", "and", "normal", ",", "painful", "on", "superficial", "and", "deep", "palpation", ",", "presence", "of", "a", "mobile", ",", "elongated", ",", "spindle-shaped", ",", "somewhat", "firm", "tumour", "with", "diffuse", "abdominal", "tympanism", "and", "contrasting", "dullness", "in", "the", "area", "of", "the", "left", "lower", "quadrant", "over", "the", "mass", "already", "described", ".", "Complementary", "examinations", "(", "the", "most", "important", "are", "listed", ")", "-", "Complete", "blood", "count", ":", "Hb", "10", ",", "5", "g", "/", "L", "(", "decreased", ")", "-", "Uric", "acid", ":", "3", ".", "4", "mg", "/", "dL", "-", "Triglycerides", ":", "114", "mg", "/", "dL", "-", "Blood", "urea", ":", "2", ".", "7", "mg", "/", "dL", "-", "Plasma", "creatinine", ":", "1", ".", "10", "mg", "/", "dL", "-", "Serology", "(", "VDRL", ")", ":", "non-reactive", "-", "HIV", ":", "non-reactive", "-", "Electrocardiogram", ":", "sinus", "rhythm", "within", "normal", "limits", "for", "her", "age", ".", "-", "Enema", "colonic", "X-ray", ":", "dilatation", "with", "elongation", "extending", "into", "the", "sigmoid", "colon", ".", "-", "Abdominal", "ultrasound", ":", "ultrasound", "images", "consistent", "with", "faecal", "occult", ".", "-", "Chagas", "test", ":", "positive", ".", "It", "was", "repeated", "on", "2", "occasions", "and", "the", "diagnosis", "was", "corroborated", ".", "Several", "immunological", "tests", ".", "Detection", "of", "parasite-specific", "antibodies", "in", "the", "blood", ".", "-", "Complement", "fixation", "-", "Indirect", "haemagglutination", "-", "ELISA", "technique", "-", "Direct", "agglutination", "-", "Particle", "agglutination", "Positivity", "was", "corroborated", ".", "The", "patient", "was", "treated", "surgically", ",", "a", "colostomy", "was", "performed", "and", "post-surgical", "evolution", "has", "been", "favourable", ".", "He", "is", "being", "followed", "up", "by", "the", "health", "post", "and", "surgery", "consultation", ",", "as", "well", "as", "emphasising", "educational", "and", "control", "activities", "in", "the", "community", ",", "which", "are", "of", "great", "value", "in", "the", "preventive", "treatment", "of", "Primary", "Health", "Care", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "childhood", "label": "HUMAN", "start": 155, "end": 164 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 46, "end": 50 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 51, "end": 58 }, { "text": "community", "label": "HUMAN", "start": 200, "end": 209 }, { "text": "VDRL", "label": "SPECIES", "start": 1516, "end": 1520 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1538, "end": 1541 }, { "text": "Chagas", "label": "SPECIES", "start": 1783, "end": 1789 }, { "text": "parasite", "label": "SPECIES", "start": 1916, "end": 1924 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2111, "end": 2118 }, { "text": "community", "label": "HUMAN", "start": 2352, "end": 2361 } ]

[ "A", "25-year-old", "male", "patient", "from", "Ghana", ".", "He", "came", "to", "the", "emergency", "department", "for", "abdominal", "pain", "of", "months", "of", "evolution", "together", "with", "pruritic", "skin", "rash", "and", "occasional", "diarrhoeal", "stools", "with", "perianal", "pruritus", ",", "without", "pathological", "products", ".", "Physical", "examination", "was", "unremarkable", ".", "A", "stool", "culture", "was", "requested", ",", "which", "showed", "adult", "forms", "of", "Strongyloides", "stercolaris", ".", "In", "view", "of", "these", "findings", ",", "a", "further", "serology", "study", "was", "performed", ":", "HCV", "and", "HIV", "negative", ",", "HBV", ":", "anti-Hbs", "negative", ",", "HBsAg", "positive", ",", "anti-HBsAg", "positive", ".", "HBsAg", "positive", ".", "Total", "anti-HBc", "positive", "(", "IgM", "anti-HB", "core", "negative", ")", ".", "No", "alteration", "in", "the", "proteinogram", ".", "Positive", "serology", "for", "HTLV", "type", "1", ".", "Abdominal", "ultrasound", "was", "performed", "with", "the", "finding", "of", "retroperitoneal", "lymphadenopathy-ganglia", "of", "approximately", "1", "cm", ".", "Upper", "gastrointestinal", "endoscopy", "with", "no", "pathological", "findings", "and", "sampling", "of", "the", "2nd", "duodenal", "portion", "and", "stomach", "showed", ":", "gastritis", "and", "acute", "duodenitis", "secondary", "to", "the", "presence", "of", "intestinal", "parasites", "morphologically", "compatible", "with", "strongyloides", ".", "Treatment", "was", "started", "with", "albendazole", "400", "mg", "/", "12h", "for", "7", "days", "with", "resolution", "of", "the", "symptoms", ".", "Loss", "of", "follow-up", "until", "2", "years", "later", ",", "readmission", "for", "abdominal", "pain", ",", "nausea", "and", "vomiting", ",", "initially", "diagnosed", "as", "acute", "pancreatitis", ".", "CT", "scan", "showed", "marked", "distension", "of", "the", "duodenum", "and", "jejunum", "suggesting", "slowed", "intestinal", "transit", ".", "EDA", "with", "non-specific", "gastric", "and", "duodenal", "erythema", "and", "incompetent", "cardia", "and", "persistent", "intraluminal", "parasites", "in", "the", "PA", "morphologically", "compatible", "with", "strongyloides", ".", "Treatment", "was", "started", "with", "Ivermectin", "3mg", "2", "tablets", "per", "day", "for", "2", "days", "every", "6", "weeks", ".", "Subsequent", "follow-up", "in", "consultations", ",", "irregular", ",", "EDA", "in", "2016", "where", "intraluminal", "parasites", "persisted", ".", "In", "December", "2016", ",", "she", "was", "readmitted", "for", "respiratory", "symptoms", "with", "bilateral", "interstitial", "infiltrate", "requiring", "admission", "to", "the", "ICU", ",", "with", "CT", "scan", "and", "subsequent", "bronchoscopy", "showing", "alveolar", "haemorrhage", "with", "bronchoalveolar", "lavage", "and", "the", "presence", "of", "strongiloides", "stercolaris", ".", "Treatment", "with", "Ivermectin", "and", "albendazole", "was", "started", ",", "with", "a", "torpid", "evolution", "towards", "improvement", ".", "In", "addition", ",", "he", "presented", "a", "picture", "compatible", "with", "lymphocytic", "meningoencephalitis", "with", "the", "presence", "of", "HTLV", "in", "CSF", ".", "The", "patient", "had", "stopped", "ivermectin", "treatment", "approximately", "3", "months", "earlier", "due", "to", "drug", "supply", "problems", "." ]

[ 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "HBsAg", "label": "SPECIES", "start": 476, "end": 481 }, { "text": "HBsAg", "label": "SPECIES", "start": 497, "end": 502 }, { "text": "HBsAg", "label": "SPECIES", "start": 513, "end": 518 }, { "text": "HTLV type 1", "label": "SPECIES", "start": 639, "end": 650 }, { "text": "HTLV", "label": "SPECIES", "start": 639, "end": 643 }, { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 26 }, { "text": "adult forms of Strongyloides stercolaris", "label": "SPECIES", "start": 321, "end": 361 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 452, "end": 455 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 430, "end": 433 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 438, "end": 441 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 19, "end": 26 }, { "text": "intestinal parasites", "label": "SPECIES", "start": 954, "end": 974 }, { "text": "Strongyloides", "label": "SPECIES", "start": 336, "end": 349 }, { "text": "strongyloides", "label": "SPECIES", "start": 1007, "end": 1020 }, { "text": "Hbs", "label": "SPECIES", "start": 462, "end": 465 }, { "text": "HB", "label": "SPECIES", "start": 563, "end": 565 }, { "text": "intraluminal parasites", "label": "SPECIES", "start": 1440, "end": 1462 }, { "text": "strongyloides", "label": "SPECIES", "start": 1505, "end": 1518 }, { "text": "intraluminal parasites", "label": "SPECIES", "start": 1674, "end": 1696 }, { "text": "HTLV", "label": "SPECIES", "start": 2191, "end": 2195 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2208, "end": 2215 }, { "text": "strongiloides stercolaris", "label": "SPECIES", "start": 1959, "end": 1984 } ]

[ "A", "45-year-old", "man", "with", "a", "history", "of", "severe", "smoking", ",", "severe", "obesity", "(", "BMI", "37", ".", "8", ")", "and", "multiple", "herniated", "discs", ".", "He", "presented", "with", "high", "fever", "(", "for", "which", "blood", "cultures", "were", "taken", ")", "and", "two", "days", "after", "the", "fever", ",", "he", "developed", "purplish", "lesions", "on", "the", "left", "lower", "limb", ".", "Blood", "cultures", "indicated", "the", "presence", "of", "S", ".", "Aureus", "resistant", "to", "cloxacillin", "(", "the", "first", "drug", "prescribed", ")", "and", "he", "was", "treated", "with", "vancomycin", ".", "Transthoracic", "echocardiography", "revealed", "the", "presence", "of", "filiform", "vegetations", "on", "the", "aortic", "valve", ".", "The", "patient", "also", "presented", "abdominal", "pain", "which", "led", "to", "an", "ultrasound", "scan", "indicating", "the", "presence", "of", "splenic", "infarctions", "and", "a", "renal", "infarction", ".", "Valve", "replacement", "was", "scheduled", ",", "which", "took", "place", "one", "week", "after", "the", "onset", "of", "the", "symptoms", ",", "and", "gentamicin", "was", "added", "to", "the", "treatment", ".", "The", "day", "before", "surgery", "(", "day", "6", "with", "antibiotic", "treatment", ")", ",", "it", "was", "decided", "to", "readjust", "the", "treatment", "by", "withdrawing", "vancomycin", "and", "adding", "daptomycin", "at", "a", "dose", "of", "3", ".", "5mg", "/", "kg", "/", "day", "(", "i", ".", "e", ".", "the", "patient", "was", "currently", "being", "treated", "with", "daptomycin", "and", "gentamicin", ")", ".", "After", "an", "adequate", "evolution", ",", "he", "restarted", "with", "fever", "and", "an", "abdominal", "CT", "scan", "was", "performed", ",", "showing", "splenic", "abscesses", ".", "Drainage", "of", "the", "largest", "one", "was", "performed", "under", "ultrasound", "guidance", ",", "obtaining", "samples", "for", "culture", "in", "which", "Serratia", "marcescens", "was", "isolated", ".", "The", "patient", "again", "presented", "an", "adequate", "evolution", "until", "21", "days", "after", "treatment", ",", "when", "he", "began", "to", "develop", "fever", ",", "dyspnoea", "and", "chest", "pain", ",", "for", "which", "reason", "a", "chest", "CT", "scan", "was", "performed", ",", "showing", "a", "patchy", "ground-glass", "pulmonary", "infiltrate", ",", "greater", "in", "the", "right", "upper", "lobe", ",", "right", "middle", "lobe", "and", "left", "lower", "lobe", ".", "Four", "days", "later", "he", "presented", "with", "increased", "dyspnoea", "and", "respiratory", "failure", "that", "did", "not", "improve", "with", "oxygen", "therapy", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "an", "interstitial", "pattern", "consistent", "with", "the", "findings", "observed", "in", "the", "CT", "scan", "of", "previous", "days", ",", "so", "bronchoscopy", "was", "requested", "and", "bronchoalveolar", "lavage", "was", "performed", ",", "indicating", "polymorphic", "inflammatory", "cellularity", "with", "slightly", "more", "than", "10", "%", "eosinophils", ".", "On", "the", "other", "hand", ",", "an", "exponential", "increase", "in", "blood", "eosinophil", "counts", "was", "also", "observed", "at", "that", "time", ".", "Due", "to", "this", ",", "it", "was", "decided", "to", "withdraw", "daptomycin", "and", "start", "treatment", "with", "corticosteroids", ",", "which", "improved", "the", "condition", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 17 }, { "text": "Serratia marcescens", "label": "SPECIES", "start": 1257, "end": 1276 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 501, "end": 508 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 960, "end": 967 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1295, "end": 1302 }, { "text": "S. Aureus resistant to cloxacillin", "label": "SPECIES", "start": 300, "end": 334 } ]

[ "This", "is", "a", "28", "year", "old", "male", ",", "habitual", "cannabis", "user", ",", "with", "a", "history", "of", "bicuspid", "aortic", "valve", "followed", "up", "by", "Cardiology", "for", "the", "last", "7", "years", "for", "moderate", "aortic", "insufficiency", "with", "mild", "deterioration", "in", "functional", "class", ",", "pending", "valve", "replacement", ".", "The", "patient", "came", "to", "the", "emergency", "department", "of", "our", "centre", "due", "to", "progressive", "dyspnoea", "of", "ten", "days", "'", "evolution", ",", "until", "becoming", "minimal", "effort", ".", "He", "also", "reported", "intense", "abdominal", "pain", "in", "the", "left", "hypochondrium", "and", "ipsilateral", "iliac", "fossa", ".", "He", "also", "presented", "with", "a", "feeling", "of", "dystrophy", "on", "the", "last", "day", ",", "with", "shivering", ",", "without", "fever", ".", "He", "had", "not", "consumed", "drugs", "parenterally", "nor", "had", "he", "undergone", "any", "type", "of", "procedure", ".", "In", "the", "emergency", "department", ",", "the", "patient", "was", "in", "fair", "general", "condition", ",", "with", "systolic", "blood", "pressure", "of", "90", "mmHg", "and", "a", "heart", "rate", "of", "125", "bpm", ",", "with", "a", "temperature", "of", "38", ".", "3oC", ".", "Auscultation", "revealed", "a", "high-frequency", "protodiastolic", "murmur", "of", "decreasing", "intensity", "in", "the", "aortic", "focus", ",", "and", "bibasal", "crackles", ".", "The", "abdomen", "was", "painful", "on", "deep", "palpation", ",", "predominantly", "in", "the", "left", "hemiabdomen", ".", "The", "electrocardiogram", "showed", "sinus", "tachycardia", "without", "other", "alterations", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "diffuse", "bronchovascular", "enhancement", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "elevated", "CRP", "and", "leukocytosis", "with", "neutrophilia", ".", "Two", "sets", "of", "blood", "cultures", "were", "drawn", "and", "empirical", "antibiotic", "therapy", "was", "started", "with", "ampicillin", ",", "ceftriaxone", "and", "daptomycin", ".", "A", "transthoracic", "echocardiogram", "(", "TTE", ")", "was", "performed", ",", "which", "showed", "a", "bicuspid", "aortic", "valve", "with", "an", "image", "compatible", "with", "endocarditis", "vegetation", "on", "the", "lateral", "edge", "of", "the", "posterior", "commissure", ".", "A", "moderately", "dilated", "I", ".", "V", ".", "with", "severe", "aortic", "insufficiency", "is", "also", "observed", ".", "The", "pain", "resolved", "with", "conventional", "analgesia", ".", "Fever", "was", "relieved", "with", "paracetamol", "and", "antibiotic", "therapy", "and", "the", "patient", "stabilised", ".", "Abdominal", "CT", "scan", "showed", "multiple", "splenic", "infarcts", "and", "one", "in", "the", "left", "renal", "pole", ".", "Blood", "cultures", "were", "reported", "24", "hours", "later", "as", "Lactobacillus", "rhamnosus", ",", "the", "microorganism", "being", "sensitive", "to", "all", "antibiotics", "tested", "except", "vancomycin", ".", "Aortic", "valve", "replacement", "was", "performed", "5", "days", "after", "arrival", "at", "the", "emergency", "department", ",", "finding", "a", "bicuspid", "aortic", "valve", "with", "endocardial", "warts", "on", "the", "ventricular", "side", "of", "both", "leaflets", ",", "and", "a", "biological", "prosthetic", "valve", "was", "implanted", "without", "complications", ".", "On", "the", "ward", ",", "during", "the", "anamnesis", ",", "the", "patient", "acknowledged", "daily", "intake", "of", "probiotic", "dairy", "products", ".", "Finally", ",", "after", "six", "weeks", "of", "antibiotic", "therapy", "with", "ampicillin", ",", "the", "first", "5", "days", "associated", "with", "gentamicin", ",", "the", "patient", "was", "definitively", "discharged", "with", "NYHA", "functional", "class", "I", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Lactobacillus rhamnosus", "label": "SPECIES", "start": 1904, "end": 1927 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 37, "end": 45 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 249, "end": 256 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 692, "end": 699 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1754, "end": 1761 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2304, "end": 2311 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2480, "end": 2487 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 26 }, { "text": "probiotic", "label": "SPECIES", "start": 2341, "end": 2350 } ]

[ "A", "5", "year", "old", "patient", "attended", "the", "Primary", "Care", "Emergency", "Department", "(", "SUAP", ")", "accompanied", "by", "his", "parents", "and", "requesting", "treatment", "for", "his", "Atopic", "Dermatitis", "(", "AD", ")", ",", "\"", "because", "the", "child", "had", "had", "an", "outbreak", "for", "several", "days", "and", "could", "no", "longer", "cope", "with", "the", "itching", "\"", ".", "Among", "the", "antecedents", ",", "he", "had", "AD", ",", "treated", "with", "emollients", "and", "moisturisers", ",", "almost", "daily", ",", "and", "with", "pharmacological", "treatment", "with", "corticoids", "only", "in", "the", "outbreaks", ",", "so", "they", "assumed", "the", "situation", "to", "be", "normal", "in", "view", "of", "the", "known", "evolution", "of", "the", "process", ".", "On", "examination", ",", "the", "patient", "presented", "numerous", "skin", "lesions", ",", "worsened", "by", "scratching", ",", "on", "the", "face", ",", "inguinal", "region", ",", "hands", "and", "feet", ",", "in", "the", "form", "of", "excoriations", ",", "eczema", ",", "papules", "and", "erosions", ".", "A", "personal", "and", "family", "history", "of", "atopy-related", "diseases", "and", "the", "presence", "of", "intense", "pruritus", "were", "noted", "in", "the", "consultation", ".", "Both", "parents", "also", "reported", "the", "appearance", "of", "pruritus", "over", "a", "few", "days", ",", "which", "they", "attributed", "to", "having", "been", "in", "the", "countryside", "the", "previous", "weekend", ",", "where", "they", "saw", "many", "pine", "processionnaires", ".", "The", "mother", "also", "reported", "a", "history", "of", "allergy", "to", "grasses", ",", "olive", "trees", "and", "mites", ".", "Given", "the", "manifestation", "of", "pruritus", "in", "all", "members", "of", "the", "family", ",", "it", "was", "decided", "to", "examine", "the", "parents", ",", "and", "a", "few", "excoriations", "with", "impetiginisation", "were", "observed", ",", "especially", "in", "the", "father", ",", "on", "the", "abdomen", ",", "waist", ",", "inguinal", "area", ",", "arms", ",", "wrists", "and", "interdigital", "folds", ".", "Following", "suspicion", "of", "parasitosis", "and", "examination", "of", "some", "characteristic", "lesions", "that", "pointed", "to", "the", "diagnosis", "of", "scabies", ",", "treatment", "with", "topical", "permethrin", "5", "%", "cream", "and", "oral", "antihistamines", "was", "recommended", ",", "and", "a", "check-up", "was", "requested", "to", "re-evaluate", "the", "process", ".", "The", "patients", "reported", "a", "clear", "and", "rapid", "improvement", "from", "the", "day", "the", "treatment", "was", "started", ".", "Follow-up", "by", "the", "family", "doctor", "and", "paediatrician", "showed", "that", "the", "symptoms", "had", "disappeared", "and", "the", "lesions", "had", "improved", ".", "It", "was", "also", "recommended", "that", "close", "contacts", "be", "followed", "up", "in", "case", "they", "showed", "signs", "of", "infestation", ".", "COMPLEMENTARY", "TESTS", "In", "this", "case", ",", "the", "presence", "of", "pruritic", "lesions", "in", "the", "whole", "family", "was", "sufficient", "to", "raise", "suspicion", "of", "more", "than", "AD", "in", "the", "child", ".", "Given", "the", "signs", "that", "pointed", "to", "the", "diagnosis", "and", "the", "lack", "of", "tests", "or", "techniques", "to", "confirm", "scabies", "in", "the", "ED", ",", "it", "was", "decided", "to", "start", "pharmacological", "treatment", ",", "after", "observing", "some", "lesions", "compatible", "with", "the", "diagnosis", "of", "scabies", ".", "The", "successful", "and", "rapid", "therapeutic", "response", "served", "as", "a", "good", "measure", "of", "confirmation", "of", "the", "disease", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 13, "end": 20 }, { "text": "child", "label": "HUMAN", "start": 172, "end": 177 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 94, "end": 101 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 534, "end": 541 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 719, "end": 725 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 706, "end": 714 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 1026, "end": 1032 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 835, "end": 842 }, { "text": "mites", "label": "SPECIES", "start": 1096, "end": 1101 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 1162, "end": 1168 }, { "text": "father", "label": "HUMAN", "start": 1287, "end": 1293 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 1200, "end": 1207 }, { "text": "family doctor", "label": "HUMAN", "start": 1746, "end": 1759 }, { "text": "paediatrician", "label": "HUMAN", "start": 1764, "end": 1777 }, { "text": "contacts", "label": "HUMAN", "start": 1884, "end": 1892 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 1746, "end": 1752 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 2032, "end": 2038 }, { "text": "child", "label": "HUMAN", "start": 2096, "end": 2101 } ]

[ "We", "present", "the", "case", "of", "a", "68-year-old", "male", ",", "with", "no", "history", "of", "interest", "and", "asymptomatic", "from", "the", "digestive", "point", "of", "view", ".", "He", "was", "referred", "to", "the", "outpatient", "Digestive", "Department", "for", "presenting", "normocytic", "anaemia", "and", "a", "positive", "faecal", "occult", "blood", "test", "(", "FOBT", ")", ".", "The", "rest", "of", "the", "blood", "tests", "and", "the", "physical", "examination", "showed", "no", "findings", "of", "interest", ".", "Colonoscopy", "showed", "an", "ulcerated", "lesion", "at", "the", "level", "of", "the", "cecum", ",", "in", "front", "of", "the", "ileocaecal", "valve", ",", "compatible", "with", "malignant", "neoplasia", ",", "from", "which", "multiple", "biopsies", "were", "taken", ".", "These", "showed", "ulcerated", "tissue", "with", "no", "tumour", "cells", "visible", ".", "In", "view", "of", "the", "suspected", "diagnosis", ",", "the", "study", "was", "completed", "with", "a", "CT", "scan", ",", "which", "showed", "thickening", "of", "the", "wall", "of", "the", "cecum", "and", "ascending", "colon", "with", "no", "evidence", "of", "lymph", "node", "or", "distant", "involvement", ".", "Tumour", "markers", "were", "normal", ".", "Given", "the", "negativity", "found", "in", "the", "samples", ",", "it", "was", "decided", "to", "repeat", "the", "colonoscopy", ",", "and", "biopsies", "were", "taken", "again", ",", "which", "were", "also", "negative", "for", "malignancy", ".", "The", "biopsies", "taken", "at", "the", "first", "colonoscopy", "were", "reviewed", "and", "showed", "granulomas", "with", "the", "presence", "of", "multinucleated", "giant", "cells", "and", "mycobacterial", "bacilli", "with", "Ziehl", "Nielsen", "staining", ".", "The", "patient", "was", "referred", "to", "the", "outpatient", "pulmonology", "department", ",", "although", "he", "had", "no", "respiratory", "symptoms", ".", "Mantoux", "test", "was", "negative", ",", "but", "Quantiferon", "®", "was", "positive", "(", "value", ":", "5", ".", "12", ")", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "a", "reticulonodular", "infiltrate", "in", "both", "upper", "fields", ".", "Sputum", "was", "collected", ",", "which", "was", "not", "bacilliferous", ",", "and", "samples", "were", "sent", "for", "culture", ",", "which", "were", "negative", ".", "PCR", "of", "the", "colon", "samples", "was", "also", "negative", ".", "Standard", "antituberculosis", "treatment", "was", "instituted", "with", "a", "good", "clinical", "course", ".", "Six", "months", "after", "the", "end", "of", "treatment", ",", "a", "follow-up", "colonoscopy", "was", "performed", ",", "which", "was", "normal", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 37, "end": 41 }, { "text": "mycobacterial bacilli", "label": "SPECIES", "start": 1103, "end": 1124 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1159, "end": 1166 }, { "text": "antituberculosis", "label": "SPECIES", "start": 1565, "end": 1581 } ]

[ "", "A", "65-year-old", "man", "presented", "to", "the", "emergency", "department", "with", "fever", ",", "fatigue", "and", "cough", "of", "5", "days", "'", "duration", ".", "Initial", "blood", "work", "showed", "inflammatory", "syndrome", "with", "high", "C-reactive", "protein", "values", "(", "60", "mg", "/", "L", ")", ",", "bicytopenia", "(", "normocytic", "anaemia", "and", "thrombocytopenia", ")", "and", "lymphocytopenia", ".", "The", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "internal", "medicine", "ward", "for", "evaluation", ".", "A", "non-contrast", "chest", "CT", "scan", "showed", "ground-glass", "opacities", ",", "characteristic", "of", "COVID-19", "infection", ".", "The", "diagnosis", "was", "confirmed", "by", "detection", "of", "SARS-CoV-2", "by", "PCR", "from", "a", "nasopharyngeal", "swab", ".", "The", "following", "day", ",", "the", "patient", "presented", "with", "high", "fever", "and", "chills", ".", "A", "rash", "was", "also", "seen", "on", "the", "lower", "extremities", ".", "Severe", "hypoxaemia", "(", "56", "mm", "Hg", ")", "and", "low", "oxygen", "saturation", "(", "90", ".", "6", "%", ")", "prompted", "oxygen", "therapy", "with", "a", "high-concentration", "mask", "(", "15", "L", "/", "min", ")", "and", "antibiotic", "therapy", "(", "spiramycin", ",", "amoxicillin", "and", "clavulanic", "acid", ")", ".", "As", "oxygen", "saturation", "continued", "to", "decrease", "to", "88", "%", ",", "with", "worsening", "exanthema", "and", "tachypnoea", ",", "the", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "pneumology", "intensive", "care", "unit", ".", "Rapid", "pulmonary", "stabilisation", "with", "oxygen", "was", "achieved", "in", "the", "intensive", "care", "unit", ";", "however", ",", "the", "patient", "remained", "drowsy", "despite", "discontinuation", "of", "sedation", ".", "CT", "and", "MRI", "of", "the", "brain", "were", "performed", "to", "look", "for", "possible", "neurological", "complications", ",", "such", "as", "hypoxic", "ischaemic", "lesions", "or", "encephalitis", ".", "CT", "showed", "multiple", "cerebellar", ",", "white", "matter", "and", "basal", "ganglia", "hypodensities", ",", "as", "well", "as", "bilateral", "globus", "pallidus", "hyperdensities", ",", "all", "indicative", "of", "haemorrhage", ",", "confirmed", "on", "the", "MRI", "T2", "*", "-", "weighted", "sequence", ".", "Brain", "MRI", "showed", "extensive", "ischaemic", "lesions", ",", "with", "limited", "diffusion", ",", "involving", "the", "semioval", "centre", ",", "corpus", "callosum", ",", "basal", "ganglia", "and", "cerebellum", ",", "with", "patchy", "/", "punctate", "enhancement", ".", "A", "frontal", "3D", "MRA", "reconstruction", "of", "the", "supra-aortic", "arteries", "showed", "no", "detectable", "intra", "-", "or", "extracranial", "vessel", "abnormalities", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 491, "end": 501 }, { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 18 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 282, "end": 289 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 560, "end": 567 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 948, "end": 955 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1104, "end": 1111 } ]

[ "", "On", "17", "March", ",", "a", "48-year-old", "man", "attended", "the", "emergency", "department", "of", "the", "Policlinico", "Hospital", "of", "Bari", "(", "Puglia", ",", "Italy", ")", "with", "fever", ",", "cough", ",", "dyspnoea", "and", "hyporexia", "of", "6", "days", "'", "evolution", ".", "Physical", "examination", "showed", "normal", "vital", "signs", ",", "but", "due", "to", "90", "%", "saturation", "in", "room", "air", ",", "he", "was", "given", "oxygen", "therapy", "at", "6", "litres", "per", "minute", "(", "Venturi", "mask", "31", "%", ")", ".", "The", "patient", "did", "not", "report", "any", "pre-existing", "diseases", "such", "as", "diabetes", ",", "hypertension", "or", "cardiovascular", "disease", ".", "Because", "of", "suspected", "COVID-19", ",", "he", "was", "immediately", "admitted", "to", "the", "\"", "grey", "zone", "\"", "of", "internal", "medicine", "at", "the", "Polyclinic", "Hospital", "for", "COVID", "\"", "Asclepios", "\"", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "pneumonia", "(", "multiple", "bilateral", "thickenings", "with", "ill-defined", "borders", "and", "consolidation", "more", "evident", "on", "the", "right", "side", ")", ".", "Real-time", "PCR", "of", "nasopharyngeal", "swab", "collected", "on", "18", "March", "revealed", "the", "presence", "of", "SARS-CoV-2", ".", "The", "virus", "was", "detected", "by", "real-time", "PCR", "test", "targeting", "the", "E", ",", "RdRP", "and", "N", "genes", ".", "The", "patient", "presented", "with", "a", "severe", "form", "of", "the", "disease", "due", "to", "the", "presence", "of", "fever", ",", "respiratory", "symptoms", ",", "radiological", "signs", "of", "pneumonia", "and", "PaO2", "/", "FiO2", "<", "300mmHg", ".", "He", "was", "treated", "with", "oxygen", "at", "various", "volumes", "(", "up", "to", "60", "%", "FiO2", "MV", ")", ",", "lopinavir", "/", "ritonavir", "(", "200", "/", "50", "mg", ",", "2", "tablets", "×", "2", "/", "day", ")", ",", "hydroxychloroquine", "(", "400", "mg", "twice", "daily", "on", "the", "first", "day", "and", "200", "mg", "twice", "daily", "thereafter", ")", ",", "enoxaparin", "(", "600", "IU", "twice", "daily", ")", "and", "methylprednisolone", "(", "initial", "dose", "40", "mg", "twice", "daily", ",", "then", "tapered", ")", ".", "At", "the", "review", "after", "6", "days", ",", "the", "chest", "X-ray", "showed", "a", "slight", "improvement", "of", "the", "complaints", ".", "After", "14", "days", ",", "the", "patient", "was", "afebrile", "and", "his", "respiratory", "symptoms", "disappeared", ".", "The", "chest", "X-ray", "revealed", "only", "diffuse", "areas", "of", "parenchymal", "thickening", ".", "Our", "hospital", "required", "two", "consecutive", "negative", "molecular", "tests", "for", "SARS-CoV-2", ",", "plus", "normal", "temperature", ",", "resolution", "of", "respiratory", "symptoms", "and", "improvement", "of", "lung", "imaging", ".", "The", "two", "nasopharyngeal", "swabs", "collected", "on", "30", "and", "31", "March", "were", "both", "negative", "for", "SARS-CoV-2", "infection", ".", "Accordingly", ",", "the", "patient", "was", "discharged", "and", "advised", "to", "maintain", "home", "quarantine", "for", "a", "minimum", "of", "14", "days", ".", "Molecular", "tests", "were", "also", "negative", "at", "his", "follow-up", "visit", "on", "15", "April", ",", "suggesting", "that", "the", "patient", "had", "been", "cured", "of", "COVID-19", ".", "In", "addition", ",", "two", "serological", "tests", "(", "VivaDiagTM", ",", "VivaChek", "Laboratories", ",", "INC", ",", "USA", ",", "and", "Anti", "SARS-CoV-2", "ELISA", "IgG", "Test", ",", "Euroimmun", ",", "Lübeck", ",", "Germany", ")", "revealed", "the", "presence", "of", "anti-SARS-CoV-2", "IgM", "and", "IgG", ".", "However", ",", "on", "30", "April", "he", "presented", "new", "symptoms", ",", "with", "dyspnoea", "and", "chest", "pain", ".", "He", "returned", "to", "the", "emergency", "department", ",", "where", "he", "was", "admitted", "to", "the", "same", "ward", "with", "suspected", "pulmonary", "embolism", ",", "confirmed", "by", "CT", "scan", ".", "The", "image", "showed", "segmental", "and", "subsegmental", "signs", "of", "arterial", "microembolism", ",", "with", "some", "areas", "of", "ground-glass", "opacities", ".", "Because", "of", "his", "recent", "clinical", "history", ",", "a", "SARS-CoV-2", "molecular", "test", "was", "performed", ",", "with", "a", "positive", "result", ".", "In", "addition", ",", "serological", "tests", "revealed", "the", "presence", "of", "anti-SARS-CoV-2", "IgG", "only", ".", "To", "date", ",", "the", "patient", "is", "in", "good", "health", ",", "on", "anticoagulants", "and", "without", "the", "need", "for", "oxygen", "therapy", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 28, "end": 31 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 344, "end": 351 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 917, "end": 924 }, { "text": "virus", "label": "SPECIES", "start": 837, "end": 842 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 821, "end": 831 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1502, "end": 1509 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1928, "end": 1935 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2108, "end": 2115 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2880, "end": 2887 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 1703, "end": 1713 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 1889, "end": 1899 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 2234, "end": 2244 } ]

[ "A", "39-year-old", "woman", ",", "with", "no", "past", "history", "of", "interest", ",", "was", "referred", "to", "the", "endocrinology", "department", "to", "rule", "out", "pheochromocytoma", ",", "as", "she", "presented", "with", "hypertensive", "crisis", "during", "pregnancy", "(", "preterm", "birth", "by", "emergency", "caesarean", "section", "at", "33", "weeks", "due", "to", "pre-eclampsia", ")", "and", "elevated", "urinary", "fractionated", "metanephrines", ".", "The", "only", "symptomatology", "reported", "was", "a", "sudden", "headache", "of", "spontaneous", "onset", "and", "disappearance", "of", "approximately", "one", "year", "'", "s", "duration", ".", "Home", "treatment", ":", "Doxazosin", "4", "mg", "/", "24", "h", ".", "FAMILY", "HISTORY", "Mother", "with", "AHT", ".", "Maternal", "grandmother", "died", "of", "hypertensive", "crisis", "at", "the", "age", "of", "51", ".", "PHYSICAL", "EXAMINATION", "Weight", "64", ".", "6", "kg", ",", "height", "165", "cm", ",", "BMI", "23", ".", "7", "kg", "/", "m2", ".", "BP", "117", "/", "81", "mmHg", ".", "HR", "70", "bpm", ".", "No", "goitre", "or", "lymphadenopathy", "on", "cervical", "palpation", ".", "COMPLEMENTARY", "TESTS", "PROVIDED", "-", "24h", "urine", "analysis", "(", "during", "pre-eclampsia", ")", ":", "-", "Fractionated", "catecholamines", ":", "Adrenaline", "and", "dopamine", "normal", ".", "Noradrenaline", "1436", ".", "76", "nmol", "/", "24h", "(", "Normal", ":", "0-504", ")", ".", "-", "Fractionated", "metanephrines", ":", "Normetanephrine", "14121", ".", "17", "nmol", "/", "24h", "(", "Normal", ":", "400-2424", ")", ".", "Metanephrines", ":", "normal", ".", "-", "Other", "amines", ":", "Vanillylmandelic", ",", "5-hydroxyindolacetic", "and", "homovalineic", "acids", "normal", ".", "-", "Abdomino-pelvic", "MRI", ":", "no", "findings", ".", "COMPLEMENTARY", "TESTS", "REQUESTED", "SEQUENTIALLY", "-", "Blood", "tests", ":", "Glucose", ",", "creatinine", ",", "ions", ",", "magnesium", ",", "calcium", ",", "phosphate", ",", "PTH", ",", "pituitary", "hormones", ",", "renin", "and", "aldosterone", "normal", ".", "Plasma", "metanephrine", ":", "12", "pg", "/", "ml", "(", "Normal", "<", "90", "pg", "/", "ml", ")", "and", "normetanephrine", "253", "pg", "/", "ml", "(", "Normal", "<", "180", "pg", "/", "ml", ")", ".", "-", "Whole", "body", "scan", "(", "sympathoadrenal", ",", "I123-MIBG", ")", ":", "physiological", "radiotracer", "distribution", ".", "-", "24h", "urine", "analysis", ":", "-", "Fractionated", "catecholamines", ":", "Adrenaline", "and", "dopamine", "normal", ".", "Noradrenaline", "2920", ".", "5", "nmol", "/", "24h", ".", "-", "Fractionated", "metanephrines", ":", "Normetanephrine", "7068", ".", "65", "nmol", "/", "24h", ".", "Metanephrines", ":", "normal", ".", "-", "Other", "amines", ":", "normal", ".", "-", "MRI", "with", "total", "body", "IV", "contrast", ":", "lobulated", "morphology", "lesion", "of", "35", "mm", ",", "located", "in", "the", "upper", "region", "of", "the", "right", "carotid", "space", ",", "with", "intense", "enhancement", "after", "contrast", ",", "compatible", "with", "paraganglioma", "of", "the", "vagus", ".", "-", "CT", "with", "contrast", "iv", "of", "the", "neck", ":", "Heterogeneous", "tumour", ",", "dense", ",", "with", "areas", "of", "necrosis", "and", "appearance", "of", "significant", "vascularisation", ",", "located", "between", "the", "right", "carotid", "and", "jugular", "veins", ",", "about", "38", "mm", ".", "Compatible", "with", "paraganglioma", ".", "CLINICAL", "JUDGMENT", "Paraganglioma", "of", "the", "right", "vagus", "producing", "noradrenaline", "and", "normetanephrines", ".", "EVOLUTION", "Referral", "to", "the", "Otorhinolaryngology", "Department", ",", "which", "referred", "the", "patient", "to", "the", "referral", "Otorhinolaryngology", "Department", ",", "and", "the", "patient", "underwent", "surgery", "after", "embolisation", "of", "the", "paraganglioma", "the", "previous", "day", ".", "Blood", "pressure", "and", "catecholamines", "/", "methanephrines", "were", "normal", "after", "surgery", ".", "Mild", "dysphagia", "and", "dysphonia", "in", "rehabilitation", "after", "surgery", ".", "-", "Negative", "genetic", "study", ",", "sequentially", "ruling", "out", "point", "mutations", ",", "deletions", "or", "duplications", "of", "the", "following", "genes", ":", "SDHB", ",", "SDHC", ",", "SDHD", ",", "SDHAF1", "and", "SDHAF2", ".", "No", "variants", "were", "identified", "that", "could", "be", "considered", "pathogenic", "or", "of", "uncertain", "significance", "in", "the", "analysed", "regions", "of", "the", "following", "genes", ":", "EPAS1", ",", "KIF1B", ",", "MAX", ",", "MDH2", ",", "RET", ",", "TMEM127", "and", "VHL", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 19 }, { "text": "FAMILY", "label": "HUMAN", "start": 488, "end": 494 }, { "text": "Maternal grandmother", "label": "HUMAN", "start": 520, "end": 540 }, { "text": "Mother", "label": "HUMAN", "start": 503, "end": 509 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2358, "end": 2365 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2422, "end": 2429 } ]

[ "70-year-old", "male", ",", "no", "known", "drug", "allergies", ",", "hypertensive", ",", "non-insulin-dependent", "type", "2", "diabetes", "mellitus", ",", "central", "obesity", ".", "Ex-smoker", "for", "more", "than", "20", "years", ",", "SAHS", "with", "good", "adaptation", "to", "home", "CPAP", ".", "Permanent", "anticoagulated", "AF", "with", "normal", "LVEF", ".", "Independent", "for", "all", "basic", "activities", "of", "daily", "living", ",", "moderate", "effort", "dyspnoea", ",", "NYHA", "III", ".", "On", "chronic", "treatment", "with", ":", "rivaroxaban", "20", "mg", ",", "irbesartan", "300", "mg", ",", "doxazosin", "4", "mg", ",", "furosemide", "40", "mg", ",", "alogliptin", "12", ".", "5", "mg", "and", "metformin", "1000", "mg", ".", "He", "consulted", "because", "he", "had", "been", "coughing", "for", "3-4", "days", "with", "purulent", "expectoration", "and", "dyspnoea", "on", "minimal", "effort", ",", "accompanied", "by", "febrile", "fever", ".", "He", "was", "assessed", "by", "his", "primary", "care", "physician", "who", "started", "treatment", "with", "bronchodilators", ",", "mucolytics", "and", "azithromycin", "500", "mg", "(", "he", "has", "taken", "two", "doses", ")", "without", "evident", "clinical", "improvement", ".", "He", "reported", "no", "chest", "pain", "or", "palpitations", ".", "Physical", "examination", "revealed", "a", "baseline", "oxygen", "saturation", "of", "89", "%", "rising", "to", "95-97", "%", "with", "nasal", "spectacles", "at", "3", "bpm", ",", "arrhythmic", "heart", "tones", ",", "rhonchi", "and", "scattered", "wheezing", "on", "auscultation", "of", "the", "posterior", "lung", ",", "abdomen", "and", "lower", "limbs", "with", "no", "appreciable", "pathological", "findings", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "CRP", "9", ".", "63", "mg", "/", "dl", ",", "and", "the", "rest", "of", "the", "biochemistry", ",", "blood", "count", "and", "coagulation", "were", "normal", ".", "Arterial", "blood", "gases", ":", "pH", "7", ".", "49", ",", "pCO2", "38", "mmHg", ",", "pO2", "54", "mmHg", ",", "HCO3", "29", "mmEq", "/", "L", ",", "O2", "saturation", "88", "%", ",", "FiO2", "21", "%", ",", "lactate", "0", ".", "8", "mmol", "/", "L", ".", "Antigenuria", "for", "Legionella", "and", "Pneumococcus", "was", "negative", ".", "The", "ECG", "showed", "atrial", "fibrillation", "at", "80", "bpm", "without", "repolarisation", "alterations", ".", "Chest", "X-ray", ":", "increased", "right", "parahilar", "density", "with", "signs", "of", "vascular", "redistribution", "(", "see", "attached", "image", ")", ".", "Sputum", "culture", "showed", "Kluyvera", "cryocrescens", "resistant", "to", "ampicillin", "and", "cefuroxime", ",", "sensitive", "to", "amoxicillin-clavulanic", "acid", ",", "cefotaxime", ",", "ciprofloxacin", ",", "cotrimoxazole", ",", "gentamicin", "and", "piperacillin-tazobactam", ".", "Therefore", ",", "treatment", "with", "amoxicillin-clavulanic", "acid", ",", "which", "had", "been", "started", "on", "admission", ",", "was", "maintained", ".", "He", "showed", "good", "clinical", "evolution", "on", "the", "ward", "and", "was", "discharged", "with", "a", "diagnosis", "of", "community-acquired", "middle", "lobe", "pneumonia", "due", "to", "Kluyvera", "cryocrescens", "and", "partial", "acute", "respiratory", "failure", ".", "Kluyvera", "cryocrescens", "is", "a", "gram-negative", "enterobacterium", "that", "is", "a", "rare", "cause", "of", "relevant", "infection", "in", "humans", ".", "However", ",", "there", "are", "some", "cases", "described", "in", "the", "literature", ",", "mainly", "in", "patients", "who", "develop", "septic", "processes", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 12, "end": 16 }, { "text": "primary care physician", "label": "HUMAN", "start": 641, "end": 663 }, { "text": "Legionella", "label": "SPECIES", "start": 1379, "end": 1389 }, { "text": "Pneumococcus", "label": "SPECIES", "start": 1394, "end": 1406 }, { "text": "Kluyvera cryocrescens", "label": "SPECIES", "start": 1631, "end": 1652 }, { "text": "Kluyvera cryocrescens", "label": "SPECIES", "start": 2058, "end": 2079 }, { "text": "humans", "label": "HUMAN", "start": 2222, "end": 2228 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 2299, "end": 2307 }, { "text": "Kluyvera cryocrescens", "label": "SPECIES", "start": 2119, "end": 2140 } ]

[ "A", "79-year-old", "man", ",", "ex-smoker", "since", "the", "age", "of", "70", "(", "total", "of", "30", "pack-years", ")", "consulted", "for", "fever", "of", "one", "month", "'", "s", "evolution", ".", "His", "medical", "history", "includes", "allergy", "to", "penicillin", ",", "hypertension", "without", "vascular", "complications", ",", "chronic", "bronchitis", "without", "exacerbation", "and", "benign", "prostatic", "hyperplasia", ".", "Regular", "treatment", "with", "Plusvent", "accuhaler", "50", "/", "500", "mcg", "1", "inh", "every", "12h", ",", "Amlodipine", "5m", "every", "24h", ",", "Doxazosin", "4mg", "1", "comp", "every", "24h", ".", "The", "clinical", "picture", "began", "on", "09", ".", "07", ".", "13", "when", "she", "consulted", "the", "reference", "hospital", "for", "right", "lumbosacral", "pain", "with", "exploratory", "manoeuvres", "suggestive", "of", "sacroiliitis", ",", "for", "which", "infiltration", "was", "performed", ",", "and", "the", "pain", "subsided", ".", "Reconsultation", "on", "23", ".", "07", ".", "13", "at", "the", "same", "centre", "for", "fever", "of", "8", "days", "'", "evolution", "with", "chills", ",", "accompanied", "by", "dysuria", ",", "sporadic", "vomiting", "of", "food", "content", "and", "some", "episodes", "of", "diarrhoea", "without", "pathological", "products", ".", "A", "haemogram", "was", "performed", "which", "showed", "no", "leukocytosis", ",", "urine", "sediment", "was", "negative", ",", "and", "the", "patient", "was", "assessed", "as", "enteroinvasive", "gastroenteritis", "and", "treatment", "was", "prescribed", "with", "ciprofloxacin", "500", "mg", "every", "12h", "for", "10", "days", ".", "She", "consulted", "our", "centre", "on", "12", ".", "08", ".", "13", "due", "to", "persistent", "high", "fever", "of", "up", "to", "39oC", ",", "daily", "and", "predominantly", "in", "the", "evening", ",", "accompanied", "by", "profuse", "sweating", ",", "which", "was", "occasionally", "accompanied", "by", "episodes", "of", "frank", "shivering", "every", "24-48h", "accompanied", "by", "cough", "with", "scanty", "expectoration", "and", "resolution", "of", "the", "digestive", "symptoms", ".", "Epidemiological", "history", "included", "a", "trip", "to", "the", "province", "of", "Badajoz", "7", "days", "prior", "to", "consultation", ".", "Physical", "examination", "revealed", "a", "temperature", "of", "38", ".", "1oC", ",", "minimal", "healed", "wound", "in", "the", "pretibial", "region", "of", "the", "right", "leg", "with", "no", "inflammatory", "signs", ",", "no", "stigmata", "of", "infectious", "endocarditis", "and", "no", "other", "relevant", "findings", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "elevated", "acute", "phase", "reactants", "and", "normochromic", "normocytic", "anaemia", "with", "no", "evidence", "of", "haemolysis", ",", "which", "was", "suggested", "to", "be", "secondary", "to", "the", "underlying", "inflammatory", "process", ".", "Lumbar", "puncture", "showed", "clear", "CSF", "with", "lymphocytic", "pleocytosis", ",", "mild", "proteinuria", "and", "normal", "glucuroraemia", ".", "Serology", "for", "germs", "causing", "mononucleosis", "syndromes", "(", "HIV", "neg", ",", "Toxoplasma", "IgG", "+", "/", "IgM", "-", ",", "EBV", "IgG", "+", "/", "IgM", "-", ",", "CMV", "IgG", "+", "/", "IgM", "+", ")", ",", "Borrelia", "burgdorferi", "IgM", "+", "/", "IgG", "positive", ",", "Rose", "Bengal", ",", "Quantiferon", ",", "Leptospira", ",", "Coxiella", "and", "Ricketsia", "negative", ".", "A", "thoracoabdominal", "CT", "ruled", "out", "intra-abdominal", "abscesses", ",", "organomegaly", "or", "pathological", "lymphadenopathies", ".", "Transthoracic", "echocardiogram", "ruled", "out", "the", "presence", "of", "vegetations", ".", "ANAs", "at", "a", "titre", "of", "1", "/", "320", ".", "Suspicion", "of", "tick-borne", "endemic", "relapsing", "fever", "type", "borreliosis", "based", "on", "epidemiology", ",", "compatible", "clinical", "manifestations", "and", "positive", "IgM", "serology", "for", "Borrelia", "burgdorferi", ".", "Positive", "serology", "for", "CMV", "is", "oriented", "as", "possible", "reactivation", "of", "chronic", "latent", "infection", "due", "to", "relative", "immunosuppression", "in", "the", "context", "of", "subacute", "Borrelia", "infection", ".", "However", ",", "in", "the", "absence", "of", "compatible", "clinical", "manifestations", "and", "the", "existence", "of", "a", "more", "plausible", "alternative", "cause", ",", "antiviral", "treatment", "was", "not", "considered", "necessary", ".", "Finally", ",", "the", "presence", "of", "Borrelia", "hispanica", "was", "confirmed", "by", "PCR", ".", "The", "patient", "started", "treatment", "with", "doxycycline", "at", "a", "dose", "of", "100mg", "/", "12h", ",", "with", "good", "tolerance", "(", "especially", "not", "clinically", "suggestive", "of", "Jarish-Herxheimer", "reaction", ")", "and", "was", "apyretic", "in", "less", "than", "12", "hours", ".", "He", "remained", "afebrile", ",", "with", "progressive", "improvement", "in", "general", "condition", "and", "analytical", "resolution", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Borrelia", "label": "SPECIES", "start": 2133, "end": 2141 }, { "text": "Borrelia", "label": "SPECIES", "start": 2598, "end": 2606 }, { "text": "Borrelia", "label": "SPECIES", "start": 2772, "end": 2780 }, { "text": "Borrelia", "label": "SPECIES", "start": 2986, "end": 2994 }, { "text": "Borrelia hispanica", "label": "SPECIES", "start": 2986, "end": 3004 }, { "text": "Borrelia burgdorferi", "label": "SPECIES", "start": 2133, "end": 2153 }, { "text": "Borrelia burgdorferi", "label": "SPECIES", "start": 2598, "end": 2618 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 2117, "end": 2120 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 2642, "end": 2645 }, { "text": "Coxiella", "label": "SPECIES", "start": 2211, "end": 2219 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 2102, "end": 2105 }, { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 17 }, { "text": "Leptospira", "label": "SPECIES", "start": 2199, "end": 2209 }, { "text": "Ricketsia", "label": "SPECIES", "start": 2224, "end": 2233 }, { "text": "Toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 2080, "end": 2090 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2071, "end": 2074 }, { "text": "antiviral", "label": "SPECIES", "start": 2911, "end": 2920 }, { "text": "tick", "label": "SPECIES", "start": 2458, "end": 2462 }, { "text": "germs causing mononucleosis syndromes", "label": "SPECIES", "start": 2032, "end": 2069 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 946, "end": 953 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3031, "end": 3038 } ]

[ "An", "11-year-old", "girl", "who", ",", "after", "eating", "yoghurt", "with", "almonds", "and", "peanuts", ",", "presented", "with", "dyspnoea", ",", "dysphagia", ",", "rhinoconjunctivitis", ",", "urticaria", "and", "labial", "angioedema", ".", "She", "was", "treated", "with", "adrenaline", "and", "remained", "asymptomatic", ".", "After", "8", "hours", ",", "the", "clinical", "symptoms", "reappeared", ",", "so", "adrenaline", "was", "administered", "and", "she", "was", "admitted", ",", "repeating", "2-3", "episodes", "per", "day", ",", "requiring", "a", "total", "of", "5", "doses", "of", "adrenaline", "over", "4", "days", ".", "Study", "with", "negative", "results", "for", "tryptase", ",", "skin", "tests", "and", "food-specific", "IgE", ",", "and", "quantitative", "and", "functional", "C1", "inhibitor", ".", "Tolerance", "to", "milk", ",", "walnuts", ",", "pistachios", "and", "sunflower", "seeds", "was", "demonstrated", ";", "oral", "exposure", "test", "to", "other", "nuts", "is", "pending", ".", "An", "8-year-old", "boy", "who", ",", "after", "taking", "amoxicillin", "and", "ibuprofen", "for", "tooth", "extraction", ",", "presented", "with", "lip", "oedema", "and", "generalised", "urticaria", ",", "treated", "with", "dexchlorferinamine", "and", "prednisone", ".", "After", "12", "hours", "the", "symptoms", "persisted", "with", "the", "addition", "of", "abdominal", "pain", "and", "vomiting", ",", "which", "resolved", "with", "adrenaline", ".", "After", "4", "hours", "the", "symptoms", "reappeared", "and", "he", "was", "admitted", ",", "requiring", "13", "doses", "of", "adrenaline", "for", "4", "days", ".", "Between", "episodes", "the", "patient", "had", "a", "mild", "urticarial", "rash", ".", "Laboratory", "tests", "(", "serial", "tryptase", ",", "complement", ",", "quantitative", "and", "functional", "C1", "inhibitor", ",", "eosinophil", "cationic", "protein", ",", "serology", ",", "Phadiatop", ",", "and", "penicillin", "-", "and", "amoxicillin-specific", "Ig", "E", ")", "were", "negative", ".", "The", "patient", "did", "not", "attend", "subsequent", "follow-ups", "and", "no", "skin", "or", "exposure", "tests", "were", "performed", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "girl", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 19 }, { "text": "almonds", "label": "SPECIES", "start": 51, "end": 58 }, { "text": "peanuts", "label": "SPECIES", "start": 63, "end": 70 }, { "text": "pistachios", "label": "SPECIES", "start": 561, "end": 571 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1085, "end": 1092 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1326, "end": 1333 } ]

[ "Man", "43", "years", "old", ",", "from", "Spain", ",", "who", "travels", "several", "times", "a", "year", "to", "Brazil", "and", "Venezuela", "for", "periods", "of", "10-15", "days", "for", "work", "(", "first", "trip", "in", "January", "2000", ")", ".", "He", "has", "no", "known", "allergies", "or", "pathological", "history", "of", "interest", ",", "and", "is", "a", "regular", "blood", "donor", ".", "He", "has", "not", "received", "any", "vaccinations", "in", "recent", "years", ".", "Her", "stays", "will", "basically", "be", "in", "major", "cities", "(", "Caracas", ",", "Valencia", ",", "Fortaleza", ",", "Rio", "de", "Janeiro", ",", "Salvador", "de", "Bahia", ",", "Sao", "Paulo", ")", ",", "but", "she", "will", "take", "advantage", "of", "the", "weekends", "to", "do", "some", "sightseeing", "and", "would", "like", "to", "visit", "places", "such", "as", "Angel", "Falls", "or", "the", "Iguazu", "Falls", ".", "At", "the", "Travel", "Clinic", "-", "December", "1999", "-", "she", "is", "prescribed", "and", "administered", "vaccinations", "against", ":", "yellow", "fever", ",", "tetanus-diphtheria", ",", "hepatitis", "A", "+", "B", "and", "typhoid", "fever", ".", "Hygienic", "food", "and", "water", "measures", "are", "advised", ",", "as", "well", "as", "barrier", "measures", "to", "avoid", "insect", "bites", ".", "In", "this", "case", ",", "although", "the", "traveller", "is", "not", "travelling", "through", "rural", "areas", ",", "he", "/", "she", "may", "be", "exposed", "to", "bites", "from", "mosquitoes", "that", "transmit", "the", "dengue", "virus", ",", "a", "mainly", "urban", "disease", "and", "the", "most", "frequent", "arbovirosis", "in", "the", "world", ",", "with", "a", "high", "incidence", "in", "Asia", ",", "Africa", ",", "Central", "and", "South", "America", ".", "Dengue", "virus", "is", "transmitted", "by", "the", "Aedes", "aegypti", "and", "Aedes", "albopictus", "species", "of", "mosquitoes", "." ]

[ 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Man", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 3 }, { "text": "insect", "label": "SPECIES", "start": 806, "end": 812 }, { "text": "donor", "label": "HUMAN", "start": 238, "end": 243 }, { "text": "traveller", "label": "HUMAN", "start": 848, "end": 857 }, { "text": "dengue virus", "label": "SPECIES", "start": 962, "end": 974 }, { "text": "Dengue virus", "label": "SPECIES", "start": 1114, "end": 1126 }, { "text": "Aedes aegypti", "label": "SPECIES", "start": 1149, "end": 1162 }, { "text": "Aedes albopictus", "label": "SPECIES", "start": 1167, "end": 1183 } ]

[ "An", "otherwise", "healthy", "64-year-old", "woman", "was", "admitted", "to", "our", "hospital", "with", "hyperthermia", ",", "fatigue", "and", "dry", "cough", "with", "a", "course", "of", "two", "days", ".", "The", "patient", "reported", "that", "she", "had", "recently", "travelled", "to", "Wuhan", ",", "the", "focus", "of", "the", "2019", "new", "coronavirus", "(", "2019-nCoV", ")", "outbreak", ",", "to", "Shanghai", "one", "day", "before", "admission", ".", "On", "physical", "examination", ",", "fever", "and", "tachypnoea", "were", "noted", ".", "Thick", "rales", "were", "auscultated", "during", "inspiration", "and", "expiration", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "a", "white", "blood", "cell", "count", "of", "4", ".", "6", "×", "109", "/", "L", "with", "87", ".", "4", "%", "neutrophils", "and", "10", ".", "0", "%", "lymphocytes", ".", "Inflammatory", "marker", "values", "were", "high", ",", "with", "an", "erythrocyte", "sedimentation", "rate", "(", "ESR", ")", "of", "67", "mm", "/", "h", "and", "a", "C-reactive", "protein", "of", "57", ".", "7", "mg", "/", "L", ".", "A", "chest", "CT", "scan", "showed", "multiple", "ground-glass", "opacities", "in", "both", "lungs", ".", "Real-time", "RT-PCR", "of", "a", "pharyngeal", "swab", "from", "the", "patient", "was", "positive", "for", "2019-nCoV", "nucleic", "acid", ".", "Subsequently", ",", "the", "patient", "was", "transferred", "to", "the", "Shanghai", "Public", "Health", "Clinical", "Centre", "for", "further", "treatment", ".", "She", "showed", "a", "satisfactory", "response", "to", "medical", "treatment", "and", "was", "discharged", "two", "weeks", "after", "the", "onset", "of", "the", "disease", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 33, "end": 38 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 140, "end": 147 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 779, "end": 786 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 846, "end": 853 }, { "text": "2019-nCoV", "label": "SPECIES", "start": 238, "end": 247 }, { "text": "2019-nCoV", "label": "SPECIES", "start": 804, "end": 813 } ]

[ "Anamnesis", "Male", ",", "29", "years", "old", ",", "born", "in", "Senegal", "and", "resident", "in", "Almería", "for", "7", "years", ",", "without", "subsequent", "trips", "back", "to", "his", "country", "of", "origin", ".", "Agricultural", "labourer", ".", "He", "denied", "any", "personal", "history", "of", "interest", ",", "toxic", "habits", "and", "regular", "treatment", ".", "He", "was", "referred", "to", "the", "Internal", "Medicine", "Department", "for", "the", "onset", ",", "2", "months", "ago", ",", "of", "respiratory", "difficulty", "and", "retrosternal", "oppression", "on", "deep", "inspiration", ".", "He", "also", "reported", "a", "scarcely", "productive", "cough", ",", "wheezing", "and", ",", "on", "occasions", ",", "a", "non-thermometric", "feeling", "of", "dystrophy", ".", "During", "this", "time", ",", "he", "was", "prescribed", "several", "outpatient", "drugs", "for", "symptomatic", "relief", "(", "analgesics", ",", "mucolytics", ",", "antitussives", "and", "inhalers", ")", "and", "received", "treatment", "with", "oral", "levofloxacin", "for", "1", "week", ",", "but", "none", "of", "these", "measures", "showed", "any", "clinical", "improvement", ".", "In", "fact", ",", "he", "complained", "of", "increased", "wheezing", "after", "fluticasone", "/", "salmeterol", "inhalation", ".", "He", "had", "no", "associated", "symptoms", "at", "other", "levels", ",", "except", "for", "flatulence", "and", "constipation", "intermittently", ".", "Physical", "examination", "General", "condition", "preserved", ",", "remaining", "normotensive", "and", "afebrile", "at", "all", "times", ".", "Adequate", "colouring", ",", "hydration", "and", "perfusion", ".", "No", "adenopathy", "in", "accessible", "areas", "or", "evidence", "of", "muco-cutaneous", "lesions", ".", "Eupneic", "at", "rest", ",", "with", "good", "tolerance", "to", "decubitus", "and", "basal", "oxygen", "saturation", "of", "97", "%", ".", "No", "jugular", "ingurgitation", ".", "Rhythmic", "heart", "tones", "at", "80", "bpm", "with", "no", "murmurs", "or", "audible", "friction", "rubs", ".", "Pulmonary", "hypoventilation", "with", "some", "isolated", "wheezing", ".", "Abdomen", "soft", "and", "depressible", "with", "slight", "discomfort", "on", "deep", "palpation", "in", "the", "epigastrium", ",", "with", "no", "palpable", "masses", "or", "visceromegaly", ".", "No", "oedema", "or", "signs", "of", "vascular", "pathology", "in", "the", "lower", "limbs", ".", "The", "rest", "of", "the", "physical", "examination", "showed", "no", "relevant", "findings", ".", "Complementary", "tests", "Biochemistry", ":", "glucose", "83", "mg", "/", "dl", ",", "urea", "26", "mg", "/", "dl", ",", "creatinine", "0", ".", "83", "mg", "/", "dl", ",", "uric", "acid", "5", ".", "3", "mg", "/", "dl", ",", "cholesterol", "166", "mg", "/", "dl", ",", "triglycerides", "51", "mg", "/", "dl", ",", "GOT", "34", "IU", "/", "L", ",", "GPT", "32", "IU", "/", "L", ",", "alkaline", "phosphatase", "80", "IU", "/", "L", ",", "sodium", "137", "mEq", "/", "L", ",", "potassium", "4", ".", "2", "mEq", "/", "L", ",", "CRP", "0", ".", "10", "mg", "/", "dl", ",", "CPK", "389", "IU", "/", "L", ".", "Negative", "cardiac", "markers", ".", "Iron", "120", "ug", "/", "dl", ",", "ferritin", "138", "ng", "/", "ml", ",", "Immunoglobulin", "E", "1523", "IU", "/", "ml", ",", "ESR", "22", "mm", ".", "CBC", ":", "haemoglobin", "16", ".", "6", "g", "/", "dl", ",", "leucocytes", "7490", "mm3", "(", "37", "%", "neutrophils", ",", "21", ".", "90", "%", "eosinophils", ")", ",", "total", "eosinophils", "1640", "/", "mm3", "(", "this", "value", "was", "confirmed", "by", "a", "second", "analytical", "determination", ")", ".", "Basic", "coagulation", "with", "normal", "parameters", ".", "Urine", "system", "without", "pathological", "findings", ".", "Serology", ":", "HIV", "negative", ",", "Hepatitis", "C", ":", "anti-HCV", "negative", ",", "Hepatitis", "B", ":", "HBsAg", ",", "HBcAc", "and", "HBeAc", "positive", ".", "Mantoux", "negative", ".", "Baseline", "arterial", "blood", "gases", ":", "pH", "7", ".", "40", ",", "pO2", "75", "mmHg", ",", "pCO2", "38", "mmHg", ",", "satO2", "96", "%", ",", "HCO3", "25", "mEq", "/", "l", ".", "Spirometry", "showed", "mild", "lower", "airway", "obstruction", "(", "FEV1", ":", "70", "%", ",", "FEV1", "/", "FVC", ":", "65", "%", ",", "FEF", "25-75", ":", "75", "%", "of", "the", "theoretical", "value", ")", "with", "a", "sharp", "fall", "in", "the", "flow-volume", "curve", "with", "an", "upward", "concavity", "after", "the", "appearance", "of", "peak", "expiratory", "flow", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "small", "focal", "and", "variegated", "infiltrates", "in", "both", "lung", "bases", ",", "with", "a", "more", "peripheral", "location", "in", "the", "left", "hemithorax", ".", "Differential", "diagnosis", "We", "present", "the", "clinical", "case", "of", "a", "male", "patient", "with", "no", "previous", "history", "of", "bronchial", "hyperresponsiveness", "who", ",", "at", "the", "age", "of", "29", "years", ",", "presented", "with", "respiratory", "distress", ",", "wheezing", "and", "eosinophilia", ".", "Pathologies", "with", "eosinophilia", "and", "pulmonary", "infiltrates", "are", "grouped", "into", "the", "so-called", "\"", "pulmonary", "eosinophilias", "\"", ".", "The", "entities", "that", "make", "up", "this", "group", "allowed", "the", "correct", "differential", "diagnosis", "to", "be", "made", ".", "The", "patient", "'", "s", "symptoms", "had", "started", "2", "months", "earlier", "and", "there", "was", "no", "previous", "history", "of", "allergy", "or", "intake", "of", "drugs", ",", "so", "it", "was", "initially", "ruled", "out", "that", "it", "could", "be", "secondary", "to", "a", "hypersensitivity", "reaction", "(", "the", "leading", "cause", "of", "eosinophilia", "in", "the", "general", "population", ")", ".", "As", "he", "came", "from", "a", "tropical", "region", ",", "the", "possibility", "of", "helminthiasis", "seemed", "more", "reasonable", "and", "was", "consolidated", "as", "our", "first", "option", ".", "Moreover", ",", "causes", "of", "idiopathic", "origin", "usually", "constitute", "a", "diagnosis", "by", "exclusion", ";", "and", "other", "pathologies", "(", "autoimmune", "diseases", ",", "neoplasms", "and", "other", "non-helminthic", "infections", ")", "were", "unlikely", "in", "the", "epidemiological", "and", ",", "above", "all", ",", "clinical", "context", "of", "the", "patient", ".", "Final", "diagnosis", "Given", "our", "initial", "clinical", "suspicion", ",", "3", "samples", "were", "requested", "for", "stool", "parasite", "examination", ",", "and", "Strongyloides", "stercolaris", "larvae", "were", "visualised", "microscopically", "in", "the", "third", "sample", "submitted", ".", "Strongyloides", "Ac", ".", "Strongyloides", "IgG", "ELISA", "was", "also", "confirmed", "with", "a", "very", "positive", "result", "(", "index", ":", "10", ",", "positive", ">", "1", ".", "1", ")", ".", "The", "final", "diagnosis", "was", "Löffler", "'", "s", "syndrome", "secondary", "to", "Strongyloides", "stercolaris", "parasitism", ".", "Evolution", "The", "patient", "was", "treated", "with", "Ivermectin", "200", "mcg", "/", "kg", "for", "2", "days", ",", "with", "clinical", "improvement", "and", "subsequent", "disappearance", "of", "eosinophilia", ".", "He", "has", "not", "presented", "respiratory", "symptoms", "again", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Male", "label": "HUMAN", "start": 10, "end": 14 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 176, "end": 184 }, { "text": "Agricultural labourer", "label": "HUMAN", "start": 139, "end": 160 }, { "text": "HBcAc", "label": "SPECIES", "start": 2402, "end": 2407 }, { "text": "HBsAg", "label": "SPECIES", "start": 2395, "end": 2400 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2336, "end": 2339 }, { "text": "Hepatitis C", "label": "SPECIES", "start": 2350, "end": 2361 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 2368, "end": 2371 }, { "text": "Hepatitis B", "label": "SPECIES", "start": 2382, "end": 2393 }, { "text": "HBeAc", "label": "SPECIES", "start": 2412, "end": 2417 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 2961, "end": 2965 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2966, "end": 2973 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3335, "end": 3342 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3983, "end": 3990 }, { "text": "population", "label": "HUMAN", "start": 3586, "end": 3596 }, { "text": "parasite", "label": "SPECIES", "start": 4082, "end": 4090 }, { "text": "Strongyloides stercolaris larvae", "label": "SPECIES", "start": 4108, "end": 4140 }, { "text": "Strongyloides", "label": "SPECIES", "start": 4108, "end": 4121 }, { "text": "Strongyloides", "label": "SPECIES", "start": 4204, "end": 4217 }, { "text": "Strongyloides", "label": "SPECIES", "start": 4222, "end": 4235 }, { "text": "Strongyloides", "label": "SPECIES", "start": 4376, "end": 4389 }, { "text": "Strongyloides stercolaris", "label": "SPECIES", "start": 4108, "end": 4133 }, { "text": "Strongyloides stercolaris", "label": "SPECIES", "start": 4376, "end": 4401 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4429, "end": 4436 } ]

[ "A", "7-year-old", "female", "schoolchild", "from", "a", "native", "community", "in", "the", "district", "of", "Nieva", "in", "the", "north-eastern", "region", "of", "Peru", ",", "with", "14", "days", "of", "illness", ",", "who", "began", "with", "fever", ",", "general", "malaise", ",", "hyporexia", "and", "progressive", "weight", "loss", ".", "After", "10", "days", ",", "a", "productive", "cough", "with", "bloody", "expectoration", "and", "respiratory", "distress", "was", "added", ",", "and", "she", "was", "referred", "to", "our", "Hospital", ".", "She", "was", "admitted", "to", "the", "Emergency", "Department", "in", "poor", "general", "condition", ",", "thin", ",", "tachycardic", ",", "tachypneic", "and", "with", "pallor", "of", "the", "skin", "and", "mucous", "membranes", ".", "Pulmonary", "auscultation", "showed", "subcrepitant", "sounds", "at", "the", "base", "of", "the", "right", "hemithorax", ",", "and", "admission", "anaemia", "was", "moderate", ",", "microcytic", "and", "hypochromic", "with", "no", "leukocytosis", "or", "eosinophilia", ".", "Thoracic", "radiography", "and", "multislice", "spiral", "tomography", "(", "TEM", ")", "showed", "bilateral", "parahilar", "interstitial", "pulmonary", "infiltrate", "with", "areas", "of", "ground", "glass", "and", "cystic", "lesions", "in", "the", "left", "lung", "base", ".", "Lung", "X-ray", "and", "CT", "scan", "showed", "condensation", "and", "diffuse", "interstitial", "infiltrate", "with", "ground", "glass", "areas", "and", "cystic", "lesions", "in", "the", "left", "lung", "base", ",", "the", "largest", "one", "measuring", "5", "x", "3", "cm", ".", "The", "patient", "received", "antibiotic", "therapy", "with", "ceftriaxone", "and", "clindamycin", "and", "remained", "stationary", ".", "Both", "Mantoux", "test", "and", "Koch", "'", "s", "bacillus", "investigation", "in", "gastric", "aspirate", "and", "stool", "were", "negative", ".", "Parasitological", "examination", "of", "stool", "showed", "eggs", "of", "Paragonimus", "spp", ".", "as", "well", "as", "Ascaris", "lumbricoides", ",", "uncinaria", "and", "Trichuris", "trichiura", "(", "Figure", "3", ")", ".", "For", "this", "reason", ",", "triclabendazole", "was", "added", "at", "10", "mg", "/", "kg", "in", "two", "doses", ",", "followed", "by", "albendazole", "at", "400", "mg", "per", "day", "for", "5", "days", "with", "disappearance", "of", "both", "fever", "and", "cough", ",", "as", "well", "as", "improvement", "of", "appetite", "and", "weight", "recovery", ".", "In", "the", "control", "thoracic", "TEM", ",", "the", "bilateral", "interstitial", "infiltrate", "decreased", ",", "as", "well", "as", "the", "cavitations", "in", "the", "left", "lung", "base", ",", "and", "she", "was", "discharged", "after", "31", "days", "of", "hospitalisation", "." ]

[ 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "female schoolchild", "label": "HUMAN", "start": 13, "end": 31 }, { "text": "community", "label": "HUMAN", "start": 46, "end": 55 }, { "text": "Ascaris lumbricoides", "label": "SPECIES", "start": 1341, "end": 1361 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1070, "end": 1077 }, { "text": "uncinaria", "label": "SPECIES", "start": 1363, "end": 1372 }, { "text": "Koch's bacillus", "label": "SPECIES", "start": 1186, "end": 1201 }, { "text": "Trichuris trichiura", "label": "SPECIES", "start": 1377, "end": 1396 } ]

[ "A", "68-year-old", "woman", "with", "hypertensive", "heart", "disease", "and", "pulmonary", "sarcoidosis", "on", "treatment", "with", "corticosteroids", "(", "20", "mg", "of", "prednisone", "per", "day", ")", ".", "The", "patient", "reported", "asthenia", "of", "3-4", "months", "'", "duration", ",", "and", "since", "the", "previous", "week", "gait", "instability", "with", "deviation", "to", "the", "right", ";", "she", "presented", "right", "hemiparesis", "(", "right", "upper", "limb", "strength", "4", "/", "5", "and", "right", "lower", "limb", "strength", "3", "/", "5", ")", "and", "sensory", "aphasia", "with", "echolalia", ";", "the", "rest", "of", "the", "examination", "was", "normal", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "normal", "red", "blood", "count", "and", "platelets", ",", "leukocytes", "within", "normal", "range", "without", "deviation", "to", "the", "left", ",", "ESR", "5", "mm", "/", "h", ",", "normal", "coagulation", ",", "biochemistry", "with", "normal", "glucose", ",", "ions", ",", "renal", "and", "hepatic", "function", ",", "CRP", "0", ".", "1mg", "/", "dL", ";", "HIV", "serology", "negative", "and", "toxoplasma", "IgG", "positive", ",", "serum", "cryptococcal", "antigen", "negative", ".", "Cranial", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", "showed", "a", "left", "parietal", "space-occupying", "lesion", "(", "LOE", ")", "with", "a", "maximum", "axis", "of", "2", "cm", "surrounded", "by", "digitiform", "oedema", ",", "which", "with", "contrast", "showed", "annular", "enhancement", ".", "Given", "that", "the", "brain", "image", "was", "compatible", "with", "primary", "neoplasia", "or", "metastasis", ",", "a", "CT", "scan", "of", "the", "chest", "and", "abdomen", "was", "requested", "and", "no", "lesions", "compatible", "with", "a", "primary", "tumour", "were", "observed", ".", "Magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", "of", "the", "skull", "was", "performed", ",", "with", "the", "finding", "of", "two", "LOEs", ",", "one", "left", "frontal", "and", "the", "other", "right", "parietooccipital", ",", "which", "due", "to", "their", "characteristics", "suggested", "brain", "abscesses", "as", "a", "first", "possibility", ".", "In", "view", "of", "these", "findings", ",", "the", "patient", "was", "transferred", "to", "neurosurgery", "for", "sampling", "and", "drainage", "of", "the", "left", "frontal", "lesion", "by", "stereotactic", "surgery", ".", "Differential", "diagnosis", "Just", "as", "the", "aetiopathogenesis", "of", "a", "single", "brain", "abscess", "is", "usually", "extension", "by", "contiguity", "from", "a", "parameningeal", "focus", ",", "immunosuppression", "is", "a", "risk", "factor", "for", "multiple", "brain", "abscesses", "due", "to", "haematogenous", "dissemination", ".", "After", "ruling", "out", "possible", "sources", "of", "distant", "infection", "(", "endocarditis", ",", "lung", "abscess", ",", "cystic", "fibrosis", ",", "empyema", ")", "and", "verifying", "the", "non-tropical", "origin", "of", "the", "patient", "(", "in", "this", "case", ",", "assess", "schistosomiasis", ",", "cysticercosis", "or", "amoebiasis", ",", "among", "others", ")", ",", "we", "must", "focus", "on", "pathogens", "that", "are", "more", "frequently", "isolated", "in", "immunocompromised", "patients", ".", "Intracranial", "abscesses", "due", "to", "bacteria", "such", "as", "Klebsiella", "pneumoniae", ",", "Staphylococcus", "aureus", ",", "Pseudomonas", "aeruginosa", "or", "Stenotrophomonas", "maltophilia", "are", "less", "frequent", "in", "immunocompromised", "patients", ".", "S", ".", "aureus", "involvement", "is", "usually", "a", "complication", "of", "endocarditis", ".", "Brain", "abscesses", "due", "to", "Mycobacterium", "tuberculosis", "have", "also", "been", "reported", ",", "but", "are", "rare", "and", "may", "or", "may", "not", "be", "associated", "with", "disseminated", "infection", ".", "Cerebral", "toxoplasmosis", "usually", "presents", "with", "changes", "in", "the", "patient", "'", "s", "mental", "status", ",", "seizures", ",", "headache", "and", "focal", "neurological", "deficits", ".", "The", "lesions", ",", "usually", "multiple", ",", "are", "located", "in", "the", "periventricular", "area", ",", "and", "enhance", "in", "the", "ring", "with", "contrast", ".", "In", "patients", "with", "probable", "toxoplasmosis", ",", "empirical", "therapy", "is", "justified", "in", "the", "absence", "of", "microbiological", "diagnosis", "when", "antitoxoplasma", "serology", "(", "IgG", "antibodies", ")", "is", "positive", ".", "Patients", "with", "central", "nervous", "system", "(", "CNS", ")", "infection", "with", "Listeria", "usually", "present", "with", "bacteraemia", ".", "Although", "meningitis", "is", "the", "most", "common", "form", "of", "presentation", ",", "it", "has", "also", "been", "described", "in", "brain", "abscesses", ",", "encephalitis", "or", "rhomboencephalitis", ".", "Aspergillus", "brain", "abscesses", "usually", "present", "with", "concurrent", "pulmonary", "involvement", ".", "Clinically", ",", "patients", "develop", "altered", "mental", "status", "with", "or", "without", "seizures", ";", "neurological", "deficits", "and", "signs", "of", "meningeal", "irritation", "are", "less", "common", ".", "Lesions", "are", "usually", "multifocal", "with", "a", "predilection", "for", "the", "junction", "between", "grey", "and", "white", "matter", "of", "the", "cerebral", "hemispheres", "(", "more", "frontoparietal", ")", ",", "but", "may", "also", "involve", "the", "cerebellum", "or", "midbrain", ".", "It", "has", "a", "high", "mortality", "rate", ".", "Cryptococcus", "can", "be", "a", "cause", "of", "meningitis", "in", "immunocompromised", "patients", ".", "The", "presentation", "as", "cryptococcal", "brain", "abscess", "is", "almost", "exclusive", "to", "AIDS", "patients", ",", "and", "usually", "involves", "the", "basal", "ganglia", ".", "CNS", "involvement", "by", "Candida", "occurs", "in", "the", "context", "of", "candidemia", ",", "and", "may", "occur", "in", "co-infections", "with", "Aspergillus", ".", "On", "imaging", ",", "they", "are", "usually", "small", ",", "multiple", "lesions", "with", "ring", "enhancement", "after", "contrast", ",", "and", "located", "in", "the", "white", "matter", "or", "deep", "in", "the", "grey", "matter", ".", "Nocardia", "is", "also", "prone", "to", "CNS", "infection", "in", "the", "form", "of", "abscesses", ",", "being", "the", "most", "frequent", "site", "of", "secondary", "infection", "(", "pulmonary", "infection", "is", "often", "the", "gateway", ")", ".", "Cutaneous", "or", "soft", "tissue", "involvement", "may", "be", "present", ".", "Abscesses", "due", "to", "Nocardia", "may", "be", "loculated", ",", "single", "or", "multiple", "(", "up", "to", "40", "%", ")", "and", "show", "ring", "enhancement", "after", "contrast", ".", "Dematiaceous", "fungi", "(", "genera", "Dactylaria", ",", "Ochroconis", ",", "Scoledobasidium", ")", "are", "very", "rare", "pathogens", "and", "may", "cause", "single", "or", "multiple", "brain", "abscesses", "with", "ring", "enhancement", "after", "contrast", ".", "Affected", "patients", "often", "also", "present", "with", "skin", "or", "lung", "infection", ".", "It", "can", "be", "difficult", "to", "decide", "whether", "or", "not", "a", "dematiaceous", "fungus", "is", "involved", "in", "the", "pathological", "process", ",", "as", "they", "may", "present", "as", "contaminants", "of", "clinical", "specimens", ".", "Evolution", "After", "the", "brain", "biopsy", ",", "we", "started", "treatment", "with", "ceftriaxone", ",", "metronidazole", ",", "pyrimethamine", "and", "sulfadiazine", "while", "awaiting", "the", "microbiological", "and", "anatomopathological", "results", ".", "After", "14", "days", ",", "the", "patient", "showed", "no", "clinical", "improvement", ",", "with", "radiological", "worsening", "(", "enlargement", "of", "the", "frontal", "lesion", ",", "with", "no", "change", "in", "the", "occipital", "lesion", ")", ".", "During", "this", "time", "the", "patient", "began", "to", "experience", "nausea", "and", "vomiting", "that", "caused", "hydroelectrolytic", "alterations", ";", "attributing", "these", "symptoms", "to", "the", "antimicrobial", "treatment", ",", "it", "was", "decided", "to", "replace", "sulphadiazine", "with", "clindamycin", "and", "discontinue", "metronidazole", ",", "with", "little", "improvement", "in", "gastrointestinal", "intolerance", ".", "Anatomical", "pathology", "ruled", "out", "brain", "tumour", "and", "cultures", "were", "negative", ".", "After", "28", "days", "of", "antibiotic", "treatment", ",", "a", "cranial", "CT", "scan", "was", "performed", ",", "but", "no", "improvement", "was", "observed", ";", "we", "assessed", "with", "neurosurgery", "the", "best", "course", "of", "action", "to", "follow", ",", "scheduling", "a", "new", "stereotactic", "surgery", ".", "Antibiotics", "were", "suspended", "for", "a", "week", "to", "increase", "the", "yield", "of", "the", "samples", ".", "Minutes", "after", "the", "operation", ",", "microbiology", "informed", "us", "of", "the", "visualisation", "of", "abundant", "forms", "of", "Nocardia", "in", "the", "Gram", "test", "(", "confirmed", "days", "later", "by", "culture", ")", ",", "so", "we", "started", "treatment", "with", "ceftriaxone", "and", "cotrimoxazole", ".", "The", "organism", "was", "subsequently", "identified", "as", "Nocardia", "asteroides", "sensu", "stricto", ".", "Despite", "targeted", "antibiotic", "treatment", "for", "Nocardia", "(", "ceftriaxone", "and", "cotrimoxazole", ")", ",", "the", "patient", "continued", "to", "deteriorate", "radiologically", ".", "Microbiology", "informed", "us", "of", "resistance", "to", "ceftriaxone", ",", "so", "we", "suspended", "it", "and", "added", "imipenem", "and", "linezolid", "to", "the", "cotrimoxazole", ".", "This", "caused", "an", "increase", "in", "gastrointestinal", "intolerance", "in", "the", "patient", ",", "with", "clinical", "and", "analytical", "effects", ",", "forcing", "us", "to", "suspend", "treatment", "for", "24", "hours", ",", "and", "then", "restart", "it", "without", "cotrimoxazole", ",", "and", "the", "patient", "did", "not", "present", "these", "symptoms", "again", ".", "In", "analytical", "control", ",", "severe", "pancytopenia", "was", "observed", ",", "which", "required", "transfusion", "of", "3", "red", "blood", "cell", "concentrates", "and", "forced", "us", "to", "suspend", "linezolid", ",", "adding", "levofloxacin", ".", "The", "patient", "continued", "to", "progress", "favourably", ",", "with", "improvement", "in", "neurological", "symptoms", "and", "a", "decrease", "in", "the", "size", "of", "the", "brain", "lesions", "on", "imaging", "tests", ".", "After", "40", "days", "of", "effective", "treatment", "according", "to", "the", "antibiogram", ",", "it", "was", "decided", "to", "switch", "to", "oral", "levofloxacin", "monotherapy", "and", ",", "once", "tolerance", "was", "verified", ",", "the", "patient", "was", "discharged", "from", "hospital", ".", "After", "a", "month", "of", "outpatient", "follow-up", ",", "the", "patient", "is", "at", "home", "with", "good", "clinical", "and", "radiological", "evolution", ";", "she", "tolerates", "oral", "antibiotic", "treatment", "(", "levofloxacin", "500", "mg", "every", "12", "hours", ")", ",", "and", "regular", "check-ups", "are", "carried", "out", "at", "the", "outpatient", "infectious", "diseases", "clinic", ".", "Final", "diagnosis", "Main", "diagnosis", ":", "\"", "Brain", "abscesses", "due", "to", "Nocardia", "asteroides", "sensu", "stricto", "resistant", "to", "ceftriaxone", ",", "in", "a", "patient", "immunosuppressed", "by", "chronic", "treatment", "with", "corticoids", "\"", ".", "Other", "diagnoses", ":", "\"", "Intolerance", "to", "sulfadiazine", "and", "cotrimoxazole", "\"", "and", "\"", "Severe", "pancytopenia", "due", "to", "linezolid", "\"", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 19 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 684, "end": 687 }, { "text": "cryptococcal", "label": "SPECIES", "start": 741, "end": 753 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 147, "end": 154 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1420, "end": 1427 }, { "text": "toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 710, "end": 720 }, { "text": "Aspergillus", "label": "SPECIES", "start": 3199, "end": 3210 }, { "text": "Klebsiella pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 2166, "end": 2187 }, { "text": "Listeria", "label": "SPECIES", "start": 3012, "end": 3020 }, { "text": "Mycobacterium tuberculosis", "label": "SPECIES", "start": 2404, "end": 2430 }, { "text": "Pseudomonas aeruginosa", "label": "SPECIES", "start": 2212, "end": 2234 }, { "text": "Staphylococcus aureus", "label": "SPECIES", "start": 2189, "end": 2210 }, { "text": "Stenotrophomonas maltophilia", "label": "SPECIES", "start": 2238, "end": 2266 }, { "text": "bacteria", "label": "SPECIES", "start": 2149, "end": 2157 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 3042, "end": 3053 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 2306, "end": 2314 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 2782, "end": 2790 }, { "text": "Patients", "label": "HUMAN", "start": 2954, "end": 2962 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 3294, "end": 3302 }, { "text": "pathogens", "label": "SPECIES", "start": 2044, "end": 2053 }, { "text": "S. aureus", "label": "SPECIES", "start": 2316, "end": 2325 }, { "text": "antitoxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 2900, "end": 2914 }, { "text": "Aspergillus", "label": "SPECIES", "start": 3958, "end": 3969 }, { "text": "Candida", "label": "SPECIES", "start": 3877, "end": 3884 }, { "text": "Cryptococcus", "label": "SPECIES", "start": 3660, "end": 3672 }, { "text": "Nocardia", "label": "SPECIES", "start": 4122, "end": 4130 }, { "text": "Nocardia", "label": "SPECIES", "start": 4354, "end": 4362 }, { "text": "cryptococcal", "label": "SPECIES", "start": 3753, "end": 3765 }, { "text": "dematiaceous fungus", "label": "SPECIES", "start": 4746, "end": 4765 }, { "text": "Dematiaceous fungi", "label": "SPECIES", "start": 4454, "end": 4472 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 3723, "end": 3731 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 3808, "end": 3816 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 4642, "end": 4650 }, { "text": "pathogens", "label": "SPECIES", "start": 4536, "end": 4545 }, { "text": "Dactylaria", "label": "SPECIES", "start": 4481, "end": 4491 }, { "text": "Ochroconis", "label": "SPECIES", "start": 4493, "end": 4503 }, { "text": "candidemia", "label": "SPECIES", "start": 3910, "end": 3920 }, { "text": "genera", "label": "SPECIES", "start": 4474, "end": 4480 }, { "text": "Scoledobasidium", "label": "SPECIES", "start": 4505, "end": 4520 }, { "text": "Nocardia", "label": "SPECIES", "start": 5989, "end": 5997 }, { "text": "Nocardia", "label": "SPECIES", "start": 6154, "end": 6162 }, { "text": "Nocardia", "label": "SPECIES", "start": 6231, "end": 6239 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5073, "end": 5080 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5239, "end": 5246 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6277, "end": 6284 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6518, "end": 6525 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6662, "end": 6669 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6886, "end": 6893 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 7199, "end": 7206 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 7280, "end": 7287 }, { "text": "Nocardia asteroides sensu stricto", "label": "SPECIES", "start": 6154, "end": 6187 }, { "text": "Nocardia", "label": "SPECIES", "start": 7565, "end": 7573 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 7630, "end": 7637 }, { "text": "Nocardia asteroides sensu stricto", "label": "SPECIES", "start": 7565, "end": 7598 } ]

[ "Anamnesis", "A", "49-year-old", "man", "from", "Ecuador", "who", "has", "been", "living", "in", "Spain", "since", "2002", ".", "His", "only", "history", "of", "interest", "was", "extrinsic", "asthma", "and", "monorrhagic", "asthma", "since", "birth", ".", "He", "consulted", "the", "doctor", "for", "asymptomatic", "skin", "lesions", "on", "the", "right", "foot", ",", "which", "had", "been", "growing", "slowly", "for", "15", "years", ".", "They", "began", "in", "the", "heel", "region", ",", "later", "extending", "towards", "the", "lateral", "and", "medial", "area", "of", "the", "foot", ",", "initially", "flattened", "and", "becoming", "more", "warty", "with", "the", "passage", "of", "time", ".", "The", "patient", "reported", "that", "he", "had", "suffered", "a", "traumatic", "injury", "in", "the", "same", "location", "many", "years", "ago", "when", "he", "worked", "as", "a", "shop", "assistant", ".", "He", "had", "no", "recollection", "of", "insect", "bites", "in", "the", "area", ",", "had", "not", "travelled", "abroad", ",", "and", "had", "not", "been", "to", "swimming", "pools", "or", "saunas", ".", "Physical", "examination", "He", "had", "erythematous", "tuberous", "lesions", "on", "the", "right", "foot", "with", "a", "warty", ",", "crusted", ",", "infiltrated", "surface", "in", "the", "posterior", "area", "and", "erythematous", ",", "scaly", "plaques", "with", "fairly", "well-defined", "borders", "on", "the", "inner", "and", "outer", "side", "of", "the", "foot", ".", "There", "was", "no", "suppuration", "or", "pain", "on", "palpation", ".", "There", "were", "no", "lesions", "in", "other", "locations", "and", "the", "patient", "'", "s", "general", "condition", "was", "good", ",", "with", "no", "fever", "or", "systemic", "symptoms", ".", "Complementary", "examinations", "A", "skin", "biopsy", "showed", "a", "hyperplastic", "epidermis", "with", "hyperkeratosis", "and", "marked", "acanthosis", "and", "irregular", "papillomatosis", ".", "The", "dermis", "showed", "an", "inflammatory", "infiltrate", "consisting", "of", "numerous", "histiocytes", "forming", "small", "granulomatous", "structures", "without", "necrosis", ",", "as", "well", "as", "lymphocytes", ",", "plasma", "cells", "and", "eosinophils", ".", "Ziehl", "Neelsen", "staining", "was", "negative", ".", "Mycobacterium", "tuberculosis", "complex", "was", "isolated", "in", "culture", "(", "Löwenstein-Jensen", "medium", ")", ".", "The", "tuberculin", "or", "Mantoux", "test", "was", "positive", ".", "A", "chest", "X-ray", "was", "requested", ",", "which", "showed", "calcified", "micronodules", ",", "and", "a", "sputum", "smear", "test", "was", "negative", ",", "ruling", "out", "active", "pulmonary", "tuberculosis", ".", "In", "addition", ",", "a", "CBC", "was", "performed", ",", "which", "was", "normal", ",", "with", "negative", "serology", ".", "Diagnosis", "Cutaneous", "warty", "tuberculosis", ".", "Treatment", "Given", "that", "the", "isolated", "mycobacterium", "was", "sensitive", "to", "first-line", "antituberculosis", "drugs", ",", "treatment", "was", "started", "with", "isoniazid", ",", "rifampicin", ",", "pyrazinamide", "and", "ethambutol", "for", "2", "months", ",", "with", "the", "intention", "of", "continuing", "the", "following", "4", "months", "with", "isoniazid", "and", "rifampicin", ",", "until", "completing", "6", "months", "of", "antituberculosis", "treatment", ".", "Evolution", "A", "few", "weeks", "after", "treatment", ",", "a", "control", "analysis", "revealed", "an", "elevation", "of", "transaminases", "(", "ALT", "and", "AST", ")", "5", "times", "higher", "than", "the", "upper", "limit", "of", "normal", ",", "so", "tuberculostatic", "treatment", "was", "completely", "suspended", ".", "After", "normalisation", "of", "liver", "enzymes", "was", "confirmed", ",", "treatment", "was", "restarted", "with", "ethambutol", "and", "rifampicin", ",", "followed", "by", "pyrazinamide", ".", "The", "patient", "developed", "new", "hepatotoxicity", ",", "which", "made", "it", "necessary", "to", "stop", "treatment", "again", ".", "Once", "the", "liver", "enzymes", "had", "normalised", ",", "rifampicin", "and", "ethambutol", "were", "introduced", ",", "and", "a", "week", "later", "isoniazid", "was", "added", ",", "which", "is", "the", "patient", "'", "s", "current", "treatment", ".", "The", "skin", "lesions", "are", "improving", ",", "albeit", "slowly", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "insect", "label": "SPECIES", "start": 610, "end": 616 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 455, "end": 462 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1052, "end": 1059 }, { "text": "Mycobacterium tuberculosis complex", "label": "SPECIES", "start": 1500, "end": 1534 }, { "text": "tuberculin", "label": "SPECIES", "start": 1591, "end": 1601 }, { "text": "Mycobacterium", "label": "SPECIES", "start": 1500, "end": 1513 }, { "text": "antituberculosis", "label": "SPECIES", "start": 1972, "end": 1988 }, { "text": "antituberculosis", "label": "SPECIES", "start": 2204, "end": 2220 }, { "text": "mycobacterium", "label": "SPECIES", "start": 1930, "end": 1943 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2584, "end": 2591 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2804, "end": 2811 }, { "text": "tuberculostatic", "label": "SPECIES", "start": 2394, "end": 2409 } ]

[ "Anamnesis", "50-year-old", "woman", ",", "recently", "diagnosed", "with", "infiltrating", "ductal", "carcinoma", "of", "the", "left", "breast", ",", "locally", "advanced", "(", "cT2N2M0", ")", ",", "hormone", "receptor", "negative", ",", "HER2", "negative", ",", "proliferation", "index", "70", "%", "and", "nuclear", "grade", "III", ",", "awaiting", "treatment", ".", "No", "other", "history", "of", "interest", ".", "No", "drug", "allergies", "or", "usual", "treatment", ".", "The", "patient", "came", "to", "the", "emergency", "department", "with", "a", "10-day", "history", "of", "general", "malaise", ",", "muscle", "weakness", "and", "the", "appearance", "of", "skin", "lesions", ".", "She", "reported", "muscle", "weakness", "in", "the", "proximal", "region", "of", "the", "upper", "limbs", "and", ",", "subsequently", ",", "also", "in", "the", "lower", "limbs", ",", "with", "significant", "functional", "limitation", "(", "inability", "to", "raise", "her", "arms", "to", "comb", "her", "hair", "or", "climb", "stairs", ")", ",", "together", "with", "intense", "asthenia", ".", "The", "condition", "was", "associated", "with", "the", "appearance", "of", "erythematous", "papular", "lesions", "on", "the", "face", ",", "with", "subsequent", "dissemination", "to", "the", "décolleté", "region", "and", "dorsum", "of", "the", "right", "hand", ".", "She", "had", "not", "presented", "fever", "or", "other", "symptoms", "of", "probable", "infectious", "origin", ".", "Physical", "examination", "Haemodynamically", "stable", ".", "Afebrile", ".", "Physical", "examination", "revealed", "a", "hard", ",", "erythematous", "tumour", "on", "the", "left", "breast", ",", "approximately", "4", "cm", "in", "diameter", ".", "Limitation", "of", "strength", "of", "the", "proximal", "muscles", "of", "the", "upper", "limbs", "(", "III-IV", "/", "V", ")", "and", "lower", "limbs", "(", "IV", "/", "V", ")", ".", "The", "skin", "showed", "erythematous-violaceous", "desquamative", "lesions", "in", "the", "periocular", ",", "frontociliary", "and", "nasolabial", "regions", "and", "erythematous-decamative", "lesions", "on", "the", "neckline", "and", "dorsum", "of", "the", "metacarpophalanges", "of", "the", "right", "hand", ".", "There", "were", "no", "nail", "lesions", ".", "Complementary", "tests", "The", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "rheumatology", "department", "where", "the", "following", "tests", "were", "performed", ":", "\"", "Autoimmunity", "study", ":", "normal", "immunoglobulins", ".", "Rheumatoid", "factor", "negative", ".", "Anti-CCP", "negative", ".", "Normal", "C4", "and", "C3", ".", "ENAs", ",", "ANA", ",", "ANOEs", ",", "ANCAs", ",", "a-DNA", ",", "anti-B2GP", "and", "anticardiolipin", ":", "negative", ".", "\"", "Serology", ":", "HIV", ",", "HCV", ",", "HBV", "negative", ".", "EBV", "IgG", "positive", ".", "CMV", "IgG", "positive", "(", "HBV", "anti-core", "positive", ".", "AgHBbs", "negative", ".", "AcHBs", "negative", ")", ".", "\"", "Tumour", "markers", ":", "CEA", "and", "Ca", "15", ".", "3", "not", "elevated", ".", "\"", "Thoracic-abdomino-pelvic", "CT", ":", "mixed", "heterogeneous", "mass", ",", "approximately", "4", "cm", ",", "in", "the", "inner", "quadrants", "of", "the", "left", "breast", ".", "Left", "axillary", "adenopathy", "suggestive", "of", "malignancy", ".", "There", "are", "no", "pathological", "findings", "at", "pulmonary", ",", "abdominal", "or", "pelvic", "level", ".", "\"", "Transthoracic", "echocardiogram", ":", "no", "pathological", "findings", ".", "\"", "Electromyography", ":", "minimal", "denervation", "of", "the", "right", "deltoid", "muscle", ",", "compatible", "with", "inflammatory", "activity", ".", "\"", "Skin", "biopsy", "of", "the", "neck", "region", ":", "perianexial", "and", "perivascular", "superficial", "and", "deep", "perivascular", "lichenoid", "dermatitis", ",", "compatible", "with", "dermatomyositis", ".", "\"", "Deltoid", "muscle", "biopsy", ":", "skeletal", "muscle", "with", "numerous", "necrotic", "muscle", "fibres", "in", "various", "stages", "of", "development", ".", "Regenerating", "muscle", "fibres", "and", "isolated", "mononuclear", "inflammatory", "cells", "are", "also", "observed", ".", "Immunohistochemistry", "(", "IHC", ")", "with", "antibody", "against", "histocompatibility", "antigen", "type", "1", "shows", "immunostaining", "at", "the", "periphery", "of", "some", "fibres", ".", "The", "alterations", "are", "compatible", "with", "an", "inflammatory", "myopathy", ".", "Diagnosis", "Paraneoplastic", "dermatomyositis", ".", "Treatment", "Treatment", "was", "started", "with", "high", "doses", "of", "corticosteroid", ",", "prednisone", "60", "mg", "per", "day", ",", "with", "some", "improvement", "of", "the", "symptoms", ".", "Given", "the", "high", "possibility", "that", "the", "symptoms", "corresponded", "to", "paraneoplastic", "dermatomyositis", ",", "it", "was", "decided", "to", "start", "specific", "neoadjuvant", "treatment", "for", "his", "oncological", "disease", "with", "paclitaxel", "80", "mg", "/", "m2", "and", "carboplatin", "AUC6", "during", "admission", ".", "Evolution", "Given", "her", "clinical", "stability", ",", "the", "patient", "was", "discharged", "for", "continuation", "of", "outpatient", "treatment", "at", "the", "Medical", "Oncology", "department", ",", "where", "she", "was", "treated", "with", "12", "cycles", "of", "carboplatin", "AUC6", "and", "paclitaxel", "80", "mg", "/", "m2", "followed", "by", "four", "cycles", "of", "doxorubucin", "60", "mg", "/", "m2", "and", "cyclophosphamide", "600", "mg", "/", "m2", "with", "excellent", "tolerance", "and", "complete", "resolution", "of", "the", "paraneoplastic", "symptoms", ".", "CK", "values", "normalised", "two", "weeks", "after", "the", "start", "of", "corticosteroid", "and", "chemotherapy", "treatment", ".", "Breast", "MRI", ",", "performed", "after", "completion", "of", "neoadjuvant", "treatment", ",", "shows", "a", "major", "partial", "response", "with", "an", "11", "mm", "tumour", "and", "a", "small", "residual", "left", "axillary", "lymphadenopathy", ".", "The", "patient", "is", "currently", "awaiting", "surgery", "for", "the", "breast", "tumour", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 27 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 313, "end": 320 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1500, "end": 1507 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 1830, "end": 1833 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 1812, "end": 1815 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 1798, "end": 1801 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 1848, "end": 1851 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 1793, "end": 1796 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1788, "end": 1791 }, { "text": "AgHBbs", "label": "SPECIES", "start": 1872, "end": 1878 }, { "text": "AcHBs", "label": "SPECIES", "start": 1889, "end": 1894 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3375, "end": 3382 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3983, "end": 3990 } ]

[ "Male", ",", "50", "years", "old", ",", "HIV", "B3", "(", "relapsing", "visceral", "leishmaniasis", ",", "oral", "candidiasis", "and", "CD4", "<", "100", ")", ",", "HCV", ",", "with", "undetectable", "viral", "load", ".", "Currently", "without", "antiretroviral", "treatment", ".", "The", "patient", "was", "admitted", "for", "loss", "of", "8", "kg", "and", "malnutrition", ",", "together", "with", "moderate", "pancytopenia", ".", "Antiretroviral", "treatment", "was", "reintroduced", "together", "with", "neutrophil", "and", "platelet", "colony", "stimulating", "factors", "with", "good", "evolution", ".", "Days", "later", ",", "the", "patient", "began", "to", "experience", "pain", "and", "weakness", "in", "both", "lower", "limbs", "and", "severe", "asthenia", ".", "Physical", "examination", "revealed", "multiple", "petechiae", "on", "the", "lower", "limbs", "and", "aphthae", "on", "the", "lower", "lip", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "severe", "pancytopenia", ".", "She", "began", "with", "a", "fever", "of", "38oC", ",", "P", ".", "aeruginosa", "and", "Morganella", "morganii", "were", "isolated", "in", "blood", "cultures", ",", "so", "treatment", "was", "started", "with", "meropenem", ",", "the", "fever", "disappeared", ",", "but", "the", "severe", "pancytopenia", "persisted", ",", "so", "that", "recurrence", "of", "leishmania", "was", "ruled", "out", "on", "multiple", "occasions", "by", "PCR", "and", "bone", "marrow", "aspirate", ",", "as", "well", "as", "pharmacological", "toxicity", ".", "In", "view", "of", "this", "finding", ",", "treatment", "was", "started", "for", "non-tuberculosis", "Mycobacterium", "and", "for", "Mycobacterium", "tuberculosis", "while", "awaiting", "culture", ".", "A", "CT", "scan", "of", "the", "chest", ",", "abdomen", "and", "pelvis", "showed", "persistent", "mediastinal", ",", "hilar", "and", "periaortic", "adenopathies", ",", "which", "were", "similar", "in", "size", "or", "smaller", "than", "previously", ".", "Hepatomegaly", "and", "homogeneous", "splenomegaly", ",", "larger", "than", "the", "previous", "22", "cm", ".", "One", "week", "later", "a", "viral", "load", "for", "CMV", "of", "2310", "copies", "/", "nl", "was", "received", ",", "and", "treatment", "was", "started", "with", "foscarnet", "due", "to", "its", "low", "myelotoxicity", "potential", "compared", "to", "galanciclovir", ".", "Treatment", "was", "completed", "for", "21", "days", "and", "two", "consecutive", "negative", "viral", "loads", "were", "observed", ".", "Due", "to", "persistent", "pancytopenia", ",", "it", "was", "decided", "to", "complete", "the", "study", "with", "an", "iliac", "crest", "biopsy", ",", "with", "a", "positive", "PCR", "and", "culture", "for", "non-tuberculosis", "Mycobacterium", ".", "Treatment", "for", "TB", "was", "then", "suspended", ",", "and", "treatment", "for", "MAI", "was", "maintained", "with", "azithromycin", ",", "ethambutol", "and", "rifabutin", ",", "with", "a", "good", "response", "and", "favourable", "evolution", "of", "the", "clinical", "picture", ".", "Infection", "by", "Mycobacterium", "non", "tuberculosis", "genavense", ".", "Mycobacterium", "genavense", "infection", "has", "been", "associated", "with", "massive", "adenopathy", "and", "organomegaly", ",", "especially", "splenomegaly", ",", "sometimes", "with", "splenic", "abscess", ".", "All", "HIV-infected", "patients", "with", "MAC", "infection", "should", "receive", "a", "minimum", "of", "12", "months", "of", "therapy", ".", "In", "addition", ",", "CD4", "count", "should", "be", "stable", "above", "100", "for", "at", "least", "six", "months", "before", "treatment", "is", "discontinued", "." ]

[ 1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 94, "end": 97 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 20, "end": 23 }, { "text": "Male", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 4 }, { "text": "antiretroviral", "label": "SPECIES", "start": 147, "end": 161 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 117, "end": 122 }, { "text": "Antiretroviral", "label": "SPECIES", "start": 270, "end": 284 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 177, "end": 184 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 414, "end": 421 }, { "text": "Mycobacterium tuberculosis", "label": "SPECIES", "start": 1079, "end": 1105 }, { "text": "leishmania", "label": "SPECIES", "start": 872, "end": 882 }, { "text": "P. aeruginosa", "label": "SPECIES", "start": 676, "end": 689 }, { "text": "Morganella morganii", "label": "SPECIES", "start": 694, "end": 713 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 1401, "end": 1404 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 1386, "end": 1391 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 1609, "end": 1614 }, { "text": "MAI", "label": "SPECIES", "start": 1856, "end": 1859 } ]

[ "A", "43-year-old", "Caucasian", "man", "with", "no", "previous", "illness", "presented", "to", "the", "infectious", "diseases", "clinic", "on", "20", "March", "2020", "with", "fever", "up", "to", "39", ".", "5", "oC", ",", "general", "malaise", "and", "non-productive", "cough", "of", "6", "days", "'", "evolution", ".", "The", "patient", "was", "in", "good", "general", "health", ".", "Physical", "examination", ",", "except", "for", "a", "sore", "throat", ",", "revealed", "no", "abnormalities", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "the", "following", "results", ":", "mild", "leukocytopenia", "(", "white", "blood", "cell", "count", ":", "3", ".", "57", "x", "103", "/", "μL", ",", "normal", "range", ":", "4", ".", "0-10", ".", "0", ")", ",", "thrombocytopenia", "(", "thrombocyte", "count", ":", "107", "x", "103", "/", "μL", ",", "normal", "range", ":", "150-420", ")", ",", "high", "C-reactive", "protein", "(", "113", "mg", "/", "L", ",", "normal", "range", ":", "<", "6", ")", ".", "A", "rapid", "influenza", "smear", "was", "negative", ".", "A", "nasopharyngeal", "swab", "was", "obtained", "for", "genetic", "testing", "for", "severe", "acute", "respiratory", "syndrome", "coronavirus", "2", "(", "SARS-CoV-2", ")", ".", "The", "patient", "was", "discharged", "and", "advised", "to", "self-confine", "at", "home", ".", "The", "following", "day", ",", "the", "laboratory", "confirmed", "positive", "for", "COVID-19", ".", "Two", "days", "after", "discharge", ",", "the", "patient", "returned", "to", "the", "hospital", "with", "dyspnoea", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "an", "increased", "C-reactive", "protein", "up", "to", "250", "mg", "/", "L", ",", "a", "normal", "white", "blood", "cell", "count", "of", "8", ".", "26", "x", "103", "/", "μL", "and", "lymphocytopenia", "of", "0", ".", "7", "x", "103", "/", "μL", "(", "normal", "range", ":", "1", ".", "0-4", ".", "0", "x", "103", "/", "μL", ")", ".", "The", "patient", "had", "the", "following", "vital", "signs", ":", "SpO2", "94", "%", ",", "blood", "pressure", "80", "/", "60", ",", "temperature", "37", ".", "1", "oC", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "bilateral", "ground-glass", "opacities", "in", "the", "lower", "lobes", "and", "focal", "consolidation", "in", "the", "left", "lung", ".", "The", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "infectious", "diseases", "ward", ".", "Treatment", "was", "started", "with", "chloroquine", "(", "1", ".", "0", "g", "per", "day", "in", "two", "doses", "orally", ")", ",", "antibiotics", "(", "ceftriaxone", "2", ".", "0", "g", "per", "day", "i", ".", "v", ".", "and", "clarithromycin", "1", ".", "0", "g", "per", "day", "in", "two", "doses", "orally", ")", ",", "oxygen", "(", "mask", ")", "and", "saline", "i", ".", "v", ".", "Signs", "of", "respiratory", "failure", "appeared", "on", "day", "23", ".", "The", "patient", "was", "transferred", "to", "the", "intensive", "care", "unit", "(", "ICU", ")", "where", "he", "was", "placed", "on", "positive", "bipressure", "mechanical", "ventilation", "(", "BPAP", ")", "and", "given", "i", ".", "v", ".", "norepinephrine", "because", "of", "the", "circulatory", "failure", "that", "appeared", "the", "following", "day", ".", "Blood", "cultures", "and", "urine", "and", "sputum", "cultures", "were", "negative", ".", "Another", "chest", "X-ray", "showed", "development", "of", "ground-glass", "opacities", "and", "focal", "consolidations", ",", "mainly", "in", "the", "left", "lung", ".", "In", "the", "following", "days", ",", "despite", "a", "decrease", "in", "inflammatory", "markers", ",", "the", "clinical", "status", "remained", "unchanged", ".", "The", "patient", "is", "still", "hospitalised", "in", "the", "ICU", ".", "Ground-glass", "opacities", "and", "focal", "consolidations", "(", "mostly", "in", "the", "peripheral", "and", "subpleural", "regions", "of", "the", "lower", "zones", ")", "on", "chest", "radiographs", "observed", "in", "this", "patient", "are", "the", "most", "common", "radiological", "findings", "in", "patients", "with", "COVID-19", ".", "In", "our", "patient", ",", "clinical", "worsening", "was", "observed", "6", "days", "after", "symptom", "onset", ",", "he", "was", "admitted", "after", "9", "days", "and", "was", "transferred", "to", "the", "ICU", "after", "10", "days", ",", "which", "is", "in", "line", "with", "previous", "findings", "that", "disease", "progression", "usually", "occurs", "1-2", "weeks", "after", "symptom", "onset", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 28, "end": 31 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 215, "end": 222 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 751, "end": 758 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 734, "end": 744 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 910, "end": 917 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1153, "end": 1160 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1364, "end": 1371 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1677, "end": 1684 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2192, "end": 2199 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2393, "end": 2400 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2477, "end": 2484 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 2446, "end": 2454 } ]

[ "An", "82-year-old", "woman", "came", "to", "the", "emergency", "department", "for", "a", "decrease", "in", "VA", "in", "the", "right", "eye", "lasting", "a", "month", "and", "a", "half", ",", "with", "no", "pain", "or", "other", "accompanying", "ocular", "or", "systemic", "symptoms", ".", "Her", "personal", "history", "included", ":", "metabolic", "syndrome", ",", "hypothyroidism", "secondary", "to", "thyroidectomy", "for", "a", "benign", "nodule", ",", "cataract", "surgery", "in", "the", "AO", ".", "Examination", "showed", "an", "improved", "corrected", "VA", "of", "20", "/", "32", "in", "the", "right", "eye", "and", "hand", "movement", "in", "the", "left", "eye", ".", "There", "was", "no", "reactive", "afferent", "pupillary", "defect", ".", "There", "is", "mild", "hyperemia", "in", "the", "LA", "with", "a", "Tyndall", "of", "1", "+", "and", "an", "intraocular", "pressure", "of", "20", "mmHg", "in", "the", "AO", ".", "In", "the", "FO", "of", "the", "OI", ",", "a", "dense", "and", "mobile", "vitreous", "detachment", "(", "DVP", ")", "and", "extensive", "retinal", "haemorrhages", "are", "observed", "over", "a", "whitish-yellowish", "lesion", "with", "an", "infiltrative", "appearance", ".", "A", "10", "MHz", "ocular", "ultrasound", "was", "performed", ",", "showing", "the", "presence", "of", "a", "complete", "PVD", "and", "hyperechogenic", "signs", "in", "the", "vitreous", "space", ".", "OCT", "of", "the", "OI", "could", "not", "be", "performed", "due", "to", "media", "opacity", ".", "Posterior", "uveitis", "of", "undetermined", "origin", "was", "diagnosed", "and", "treated", "with", "topical", "corticosteroid", "and", "cyclopentolate", ".", "Fluorescein", "angiography", "of", "poor", "quality", "was", "performed", "due", "to", "vitreous", "turbidity", ",", "in", "which", "diffuse", "hyperfluorescence", "was", "detected", ",", "greater", "in", "arcades", "and", "papilla", ".", "A", "blood", "test", "was", "performed", "with", "biochemistry", ",", "haemogram", "and", "serology", "to", "rule", "out", "syphilis", ",", "CMV", ",", "Epstein-Barr", ",", "toxoplasma", "and", "HIV", ",", "which", "was", "negative", "for", "all", "of", "them", ",", "except", "for", "IgG", "+", "for", "toxoplasma", ".", "A", "chest", "X-ray", "was", "requested", ",", "which", "was", "normal", ".", "Vitreous", "humour", "was", "extracted", "for", "viral", "study", "and", "CMF", ",", "which", "were", "negative", ".", "Given", "the", "opacity", "of", "the", "media", "and", "the", "lack", "of", "response", "to", "topical", "treatment", ",", "it", "was", "decided", "to", "perform", "a", "diagnostic", "pars", "plana", "vitrectomy", "(", "PPV", ")", "23", "G", "to", "extract", "samples", "for", "microbiological", "analysis", ".", "At", "the", "end", "of", "the", "surgery", ",", "diffuse", "subretinal", "infiltrates", "were", "observed", ",", "not", "only", "peripapillary", ",", "with", "vascular", "sheathing", ",", "and", "a", "haemorrhagic", "and", "exudative", "lesion", "nasal", "to", "the", "papilla", ",", "which", "continued", "to", "guide", "the", "diagnosis", "towards", "retinal", "infiltration", "of", "possible", "tumour", "origin", ".", "The", "vitreous", "culture", "for", "microorganisms", "was", "negative", "and", "the", "CMF", "analysis", "showed", "a", "very", "hypocellular", "sample", "with", "no", "abnormal", "lymphocyte", "phenotype", ".", "Given", "that", "none", "of", "the", "tests", "performed", "allowed", "diagnostic", "confirmation", ",", "it", "was", "decided", "to", "perform", "a", "new", "23", "G", "PPV", "(", "and", "injection", "of", "5000", "Cs", "silicone", ")", "to", "perform", "a", "retina-choroid", "en", "bloc", "biopsy", "for", "pathology", "study", ",", "which", "was", "finally", "compatible", "with", "a", "high-grade", "diffuse", "B-cell", "lymphoma", ".", "An", "orbital", "and", "cerebral", "MRI", "with", "gadolinium", "was", "performed", ",", "which", "ruled", "out", "lesions", "compatible", "with", "cerebral", "lymphoma", ",", "but", "confirmed", "some", "contrast", "enhancement", "in", "the", "retina", ",", "with", "no", "involvement", "of", "the", "optic", "nerve", "or", "other", "orbital", "structures", ".", "The", "patient", "was", "referred", "to", "the", "Haematology", "Department", "for", "systemic", "screening", "with", "lumbar", "puncture", ",", "cranio-thoracic-abdominal", "CT", "scan", "and", "laboratory", "tests", ",", "all", "of", "which", "were", "negative", "and", "therefore", "a", "diagnosis", "of", "LIOP", "was", "made", ".", "The", "patient", "and", "her", "relatives", "refused", "systemic", "treatment", "or", "radiotherapy", ",", "but", "accepted", "treatment", "with", "0", ".", "1", "ml", "of", "rituximab", "i", ".", "v", ".", "injection", "off-label", ",", "which", "was", "carried", "out", "on", "up", "to", "four", "occasions", ".", "In", "this", "case", ",", "given", "that", "the", "patient", "had", "silicone", "in", "the", "anterior", "chamber", "and", "in", "the", "vitreous", "compartment", ",", "CMF", "cannot", "be", "performed", "to", "control", "CD20", "negativisation", ",", "so", "photographic", "follow-up", "is", "proposed", ",", "as", "well", "as", "periodic", "study", "of", "the", "interleukin", "(", "IL", ")", "-", "10", ":", "IL-6", "ratio", "in", "aqueous", "humour", "to", "assess", "the", "therapeutic", "efficacy", "and", "follow-up", "of", "LIOP", ",", "as", "well", "as", "systemic", "controls", "with", "PL", "every", "month", "and", "MRI", "every", "three", "months", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 20 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 188, "end": 196 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 1321, "end": 1324 }, { "text": "Epstein-Barr", "label": "SPECIES", "start": 1326, "end": 1338 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1355, "end": 1358 }, { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 2054, "end": 2068 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2706, "end": 2713 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 1311, "end": 1319 }, { "text": "toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 1340, "end": 1350 }, { "text": "toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 1416, "end": 1426 }, { "text": "relatives", "label": "HUMAN", "start": 2949, "end": 2958 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2933, "end": 2940 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3153, "end": 3160 } ]

[ "A", "66-year-old", "man", "from", "the", "United", "Kingdom", ",", "with", "no", "drug", "allergies", ",", "ex-smoker", "and", "regular", "daily", "consumer", "of", "beer", "and", "wine", ".", "He", "has", "no", "medical", "history", "of", "interest", ".", "Surgical", "history", ":", "vasectomy", ",", "varicose", "veins", ",", "tonsillectomy", ".", "He", "does", "not", "undergo", "any", "regular", "treatment", ".", "In", "the", "last", "year", "he", "presented", "with", "mild", "to", "moderate", "pain", "in", "the", "left", "hip", ",", "with", "a", "sudden", "increase", "in", "pain", "in", "the", "last", "2-3", "weeks", ",", "even", "at", "rest", ",", "requiring", "outpatient", "analgesia", ".", "One", "week", "later", ",", "she", "came", "to", "the", "emergency", "department", "of", "our", "hospital", "as", "there", "was", "no", "improvement", "in", "her", "condition", "and", "intense", "pain", "in", "the", "dorsal-lumbar", "spine", "with", "difficulty", "in", "ambulation", ".", "After", "finding", "severe", "osteoarthritis", "in", "the", "left", "hip", ",", "he", "was", "discharged", "home", "with", "symptomatic", "treatment", "(", "tapentadol", "and", "celecoxib", ")", ".", "Despite", "partial", "control", "of", "the", "pain", ",", "he", "returned", "to", "the", "emergency", "department", "for", "a", "sudden", "loss", "of", "strength", "in", "all", "four", "limbs", "(", "predominantly", "on", "the", "left", ")", "over", "72", "hours", ".", "She", "was", "accompanied", "by", "acute", "confusional", "syndrome", "with", "anterograde", "amnesia", "and", "auditory", "and", "visual", "hallucinations", ".", "Paroxysmal", "atrial", "fibrillation", "with", "unknown", "rapid", "ventricular", "response", "was", "also", "observed", ",", "and", "effective", "pharmacological", "cardioversion", "was", "performed", "in", "the", "observation", "area", ".", "Physical", "examination", "revealed", "fever", "up", "to", "38", ".", "5oC", ",", "with", "acceptable", "general", "condition", ",", "good", "hydration", "of", "skin", "and", "mucous", "membranes", "with", "slight", "icteric", "tinge", "of", "conjunctival", "mucosa", ".", "Telangiectasias", "without", "palmar", "erythema", "were", "seen", ".", "Rhythmic", "heart", "tones", "without", "murmurs", "and", "preserved", "vesicular", "murmur", ".", "Abdomen", "is", "nondescript", ".", "Lower", "limbs", "with", "slight", "pretibial", "oedema", ".", "In", "the", "neurological", "examination", ":", "he", "is", "conscious", "and", "oriented", ",", "without", "language", "alterations", "with", "normal", "cranial", "nerves", ";", "predominantly", "crural", "and", "left", "tetraparesis", "(", "proximal", "and", "distal", "MSD", ":", "3", "/", "5", ",", "proximal", "and", "distal", "MSI", ":", "2", "/", "5", ",", "proximal", "MID", ":", "3", "/", "5", "and", "distal", "MID", ":", "2", "/", "5", ",", "proximal", "and", "distal", "MII", "2", "/", "5", ")", ";", "ROT", "are", "globally", "weak", ";", "and", "bilateral", "flexor", "plantar", "cutaneous", "reflexes", ";", "no", "amyotrophies", "or", "alterations", "in", "sensitivity", ".", "The", "pacemaker", "cannot", "be", "explored", ".", "Complementary", "tests", "performed", "on", "admission", "include", ":", "Hb", "13", ".", "8", "g", "/", "dl", ";", "platelets", "90", ",", "000", "/", "mm3", ";", "leukocytes", "12", ",", "900", "/", "mm3", "(", "N", "12", ",", "100", ")", ".", "In", "BQ", ":", "glucose", "100", "mg", "/", "dl", ",", "Creatinine", "1", ".", "3", "mg", "/", "dl", ";", "Na", "128", "mEq", "/", "l", ",", "K", "3", ".", "66", "mEq", "/", "l", ",", "Ca", "9", ".", "3", "mg", "/", "dl", ",", "AST", "110", "U", "/", "I", ",", "ALT", "44", "U", "/", "I", ",", "GGT", "92", "U", "/", "I", ",", "total", "bilirubin", "2", ".", "61", "mg", "/", "dl", "(", "direct", "1", ".", "74", "mg", "/", "dl", ")", ",", "CRP", "267", "mg", "/", "l", ";", "other", "biochemistry", "and", "venous", "blood", "gases", "were", "normal", ".", "Chest", "and", "abdominal", "X-ray", "showed", "no", "findings", ".", "Cranial", "CT", "scan", "with", "no", "significant", "findings", "and", "abdominal", "ultrasound", "with", "cholelithiasis", ".", "MRI", "of", "the", "spine", "was", "requested", "and", "blood", "and", "urine", "cultures", "were", "taken", ".", "Differential", "diagnosis", "The", "syndromic", "diagnosis", "in", "our", "case", "was", "acute", "tetraparesis", "and", "febrile", "syndrome", "in", "a", "68-year-old", "male", ".", "The", "main", "processes", "to", "be", "taken", "into", "account", "in", "this", "case", "are", "as", "follows", ":", "1", ")", "Infectious", ":", "bacteria", "would", "be", "the", "most", "related", "germs", ",", "especially", "Staphylococcus", "aureus", "or", "Mycobacterium", "tuberculosis", "(", "although", "this", "usually", "causes", "a", "subacute", "or", "chronic", "picture", ")", ".", "They", "can", "cause", "spinal", "cord", "damage", "by", "direct", "myelitis", "or", "by", "various", "foci", "such", "as", "vertebral", "osteomyelitis", ",", "epidural", ",", "subdural", "or", "subarachnoid", "abscesses", ".", "Other", "bacteria", "to", "take", "into", "account", "are", "Treponema", "pallidum", "responsible", "for", "tertiary", "syphilis", "and", "those", "causing", "meningitis", ":", "Neisseria", "meningitidis", "and", "Streptococcus", "pneumoniae", ".", "Among", "viruses", ",", "we", "can", "highlight", "enterovirus", ",", "HSV-2", ",", "HIV", ",", "those", "transmitted", "by", "arthropods", ",", "VZV", ",", "EBV", ",", "etc", ".", "although", "they", "usually", "manifest", "with", "a", "more", "subacute", "course", ".", "A", "minority", "of", "cases", "are", "related", "to", "fungal", "or", "parasitic", "infections", ",", "which", ",", "given", "the", "characteristics", "of", "our", "case", ",", "would", "be", "highly", "improbable", ".", "2", ")", "The", "vascular", "phenomena", "involved", "may", "be", "infarcts", "or", "spinal", "haemorrhages", ",", "occurring", "more", "frequently", "in", "those", "with", "certain", "congenital", "malformations", ".", "3", ")", "Another", "process", "that", "could", "contribute", "to", "our", "patient", "'", "s", "symptoms", "would", "be", "advanced", "degenerative", "osteoarticular", "disease", "or", "herniated", "discs", ",", "although", "this", "would", "not", "justify", "the", "fever", "or", "the", "rapidity", "of", "the", "symptoms", ".", "4", ")", "Neoplasms", "such", "as", "lymphoma", ",", "leukaemia", "or", "bone", "metastases", "would", "be", "other", "entities", "to", "rule", "out", ",", "with", "an", "atypical", "form", "of", "presentation", ".", "5", ")", "Other", "causes", "related", "to", "this", "picture", "are", "autoimmune", "diseases", "that", "give", "rise", "to", "transverse", "myelitis", "(", "Behcet", "'", "s", ",", "FAS", ",", "SLE", ",", "etc", ".", ")", "or", "inflammatory", "diseases", "such", "as", "sarcoidosis", ",", "although", "our", "patient", "does", "not", "seem", "to", "meet", "the", "criteria", "for", "these", ".", "Finally", ",", "we", "should", "consider", "other", "less", "common", "causes", "(", "hereditary", "metabolic", "disorders", ",", "familial", "periodic", "hypokalaemia", ")", "if", ",", "after", "an", "extensive", "study", ",", "we", "have", "not", "reached", "a", "clear", "diagnosis", ".", "Evolution", "On", "admission", ",", "after", "obtaining", "cultures", ",", "empirical", "antibiotherapy", "was", "started", "with", "ceftriaxone", "2g", "/", "12h", "and", "levofloxacin", "500", "/", "24h", ",", "which", "was", "later", "modified", "to", "linezolid", "600", "mg", "/", "12h", "after", "identifying", "Staphylococcus", "aureus", "by", "MALDI-TOF", "technique", "in", "blood", "cultures", ".", "MRI", "of", "the", "spine", "was", "performed", ",", "where", "several", "epidural", "collections", "were", "identified", "at", "the", "cervical", "(", "C5-C7", ")", "and", "dorsal", "(", "C7-T2", ",", "T6-T7", ",", "T10-T11", ")", ",", "anterior", "and", "posterior", "levels", ",", "with", "collapse", "of", "the", "subarachnoid", "space", "and", "slight", "spinal", "cord", "compression", ",", "as", "well", "as", "alteration", "of", "the", "signal", "of", "the", "vertebrae", "in", "the", "segments", "studied", ",", "and", "at", "the", "lumbar", "segment", "level", "a", "lumbar", "epidural", "abscess", "was", "visualised", "from", "L2", "to", "L5", "with", "compression", "of", "the", "cauda", "equina", "roots", ",", "with", "bone", "oedema", "at", "L3", ",", "L4", "and", "L5", "and", "a", "focus", "of", "left", "paravertebral", "pyomyositis", "at", "L5-S1", "together", "with", "2", "small", "bilateral", "psoas", "abscesses", "(", "<", "2", "cm", ")", ".", "Cranial", "MRI", "was", "within", "normal", "limits", ".", "In", "view", "of", "these", "findings", "on", "imaging", "tests", ",", "neurosurgical", "intervention", "was", "decided", "(", "multiple", "laminectomy", "at", "C3-C4", ",", "T1", "and", "L4-L5", "and", "drainage", "of", "epidural", "collections", ")", ".", "Cultures", "of", "epidural", "abscess", "samples", "and", "blood", "cultures", "isolated", "Staphyloccocus", "aureus", "MS", ",", "modifying", "antibiotherapy", "to", "cloxacillin", "2", "g", "/", "4h", ".", "The", "study", "was", "completed", "with", "serologies", "for", "hepatitis", ",", "HIV", ",", "CMV", ",", "EBV", ",", "herpes", "virus", "and", "syphilis", ",", "which", "were", "negative", ",", "and", "a", "transthoracic", "echocardiography", "with", "findings", "of", "mild", "mitral", "and", "aortic", "insufficiency", ",", "preserved", "LVEF", "and", "a", "negative", "study", "for", "endocarditis", ".", "Eleven", "days", "after", "surgery", ",", "he", "presented", "progressive", "neurological", "worsening", ",", "and", "a", "new", "cervical-dorsal", "MRI", "was", "performed", ",", "showing", "a", "CSF", "fistula", "and", "a", "dorsal", "epidural", "collection", ",", "for", "which", "he", "was", "reoperated", "(", "dorsal", "reopening", "and", "drainage", "of", "the", "epidural", "collection", ")", ".", "Two", "weeks", "after", "admission", ",", "there", "was", "a", "clear", "clinical", ",", "analytical", "and", "radiological", "improvement", "of", "the", "collections", "at", "all", "levels", ",", "as", "well", "as", "negative", "blood", "cultures", ".", "After", "6", "weeks", "on", "high-dose", "cloxacillin", ",", "the", "patient", "was", "switched", "to", "oral", "levofloxacin", ".", "During", "her", "evolution", ",", "pain", "of", "mechanical", "characteristics", "reappeared", "in", "the", "left", "hip", ",", "and", "an", "MRI", "was", "requested", "of", "this", "area", ",", "showing", "degenerative", "changes", "in", "the", "left", "coxo-femoral", "joint", ",", "with", "moderate", "synovial", "effusion", "and", "oedema", "in", "the", "iliac", "psoas", "and", "obturator", "externus", "and", "left", "gluteus", "minimus", ".", "In", "addition", "to", "probable", "linear", "infarction", "in", "the", "proximal", "third", "of", "the", "femoral", "diaphysis", ".", "It", "was", "therefore", "decided", "to", "prolong", "antibiotic", "treatment", "for", "a", "further", "4", "weeks", "with", "ceftriaxone", "and", "levofloxacin", ".", "One", "month", "after", "finishing", "antibiotic", "therapy", ",", "it", "was", "decided", "to", "implant", "a", "left", "hip", "THA", ",", "which", "was", "performed", "without", "complications", ",", "and", "the", "patient", "was", "currently", "ambulatory", "and", "independent", "in", "his", "daily", "activities", ".", "Final", "diagnosis", "-", "Multiple", "epidural", "abscesses", "(", "cervical", ",", "dorsal", "and", "lumbar", ")", "due", "to", "Staphylococcus", "aureus", ".", "-", "Secondary", "multiple", "vertebral", "osteomyelitis", ".", "Bilateral", "psoas", "abscesses", ".", "-", "Severe", "osteoarthritis", "of", "the", "left", "coxo-femoral", "joint", ".", "-", "Acute", "tetraparesis", "secondary", "to", "epidural", "abscesses", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 2727, "end": 2731 }, { "text": "Mycobacterium tuberculosis", "label": "SPECIES", "start": 2899, "end": 2925 }, { "text": "Neisseria meningitidis", "label": "SPECIES", "start": 3262, "end": 3284 }, { "text": "Staphylococcus aureus", "label": "SPECIES", "start": 2874, "end": 2895 }, { "text": "Streptococcus pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 3289, "end": 3313 }, { "text": "Treponema pallidum", "label": "SPECIES", "start": 3179, "end": 3197 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 3410, "end": 3413 }, { "text": "HSV-2", "label": "SPECIES", "start": 3360, "end": 3365 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 3367, "end": 3370 }, { "text": "VZV", "label": "SPECIES", "start": 3405, "end": 3408 }, { "text": "arthropods", "label": "SPECIES", "start": 3393, "end": 3403 }, { "text": "bacteria", "label": "SPECIES", "start": 2821, "end": 2829 }, { "text": "bacteria", "label": "SPECIES", "start": 3145, "end": 3153 }, { "text": "enterovirus", "label": "SPECIES", "start": 3347, "end": 3358 }, { "text": "germs", "label": "SPECIES", "start": 2856, "end": 2861 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 5826, "end": 5829 }, { "text": "hepatitis", "label": "SPECIES", "start": 5815, "end": 5824 }, { "text": "herpes virus", "label": "SPECIES", "start": 5841, "end": 5853 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 5858, "end": 5866 }, { "text": "virus", "label": "SPECIES", "start": 5848, "end": 5853 }, { "text": "Staphyloccocus aureus MS", "label": "SPECIES", "start": 5697, "end": 5721 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6510, "end": 6517 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 7194, "end": 7201 }, { "text": "Staphylococcus aureus", "label": "SPECIES", "start": 7352, "end": 7373 } ]

[ "A", "70-year-old", "man", "with", "a", "feeling", "of", "\"", "painful", "tightness", "\"", "in", "the", "muscles", "of", "the", "face", "and", "neck", "and", "difficulty", "swallowing", "food", ".", "He", "is", "hypertensive", "undergoing", "treatment", ",", "has", "undergone", "surgery", "for", "bilateral", "inguinal", "hernia", "and", "is", "an", "ex-smoker", ".", "BP", "183", "/", "104", ",", "temperature", "35", ".", "8", ",", "heart", "rate", "107", ",", "oxygen", "saturation", "97", "%", ".", "He", "is", "conscious", ",", "oriented", ",", "regular", "general", "condition", "and", "profuse", "sweating", ".", "Meningeal", "negative", ".", "No", "rash", "or", "petechiae", ".", "Oropharyngeal", "cavity", "is", "normal", ",", "cranial", "nerves", "normal", ".", "Cervical", "stiffness", ",", "pain", "in", "the", "cervical", "spinous", "processes", "and", "contracture", "of", "the", "paravertebral", "musculature", ".", "Cardiac", "auscultation", "is", "rhythmic", "at", "96", "bpm", ",", "pulmonary", "auscultation", "preserves", "the", "murmur", ".", "The", "abdomen", "is", "soft", ",", "depressible", ",", "non-painful", ".", "In", "the", "lower", "extremities", "there", "was", "a", "4", "x", "3", "cm", "wound", "with", "necrotic", "edges", "in", "the", "left", "pretibial", "area", ".", "We", "asked", "the", "patient", "about", "the", "wound", ":", "he", "had", "sustained", "it", "eight", "days", "earlier", "with", "a", "motorbike", ".", "He", "went", "to", "his", "PAC", "for", "treatment", ",", "suturing", "(", "eight", "stitches", ")", "and", "administration", "of", "tetanus", "vaccine", "(", "he", "had", "been", "vaccinated", "for", "eight", "years", ")", ".", "No", "gamma-globulin", "was", "administered", ".", "Three", "days", "before", "coming", "to", "our", "department", ",", "he", "had", "been", "treated", "by", "his", "doctor", ",", "who", "prescribed", "amoxicillin-clavulanic", "acid", "875", "/", "125", "and", "ibuprofen", ".", "Additional", "tests", "were", "requested", "and", "symptomatic", "treatment", "was", "prescribed", "to", "cover", "possible", "meningitis", "or", "tetanus", ",", "in", "addition", "to", "the", "wound", "infection", ":", "Ketorolac", ".", "Pantoprazole", ".", "Cefotaxime", "2", "g", "and", "vancomycin", "1", "g", ".", "Dexamethasone", "8", "mg", ".", "Diazepam", "5", "mg", ".", "Anti-tetanus", "gamma", "globulin", ".", "Doxycycline", "100", "mg", ",", "and", "metronidazole", "500", "mg", ".", "Oxygen", "by", "glasses", "at", "2", "lpm", ".", "Wound", "dressing", "with", "H2O2", ".", "Complementary", "tests", ":", "CBC", "N", ",", "except", "for", "15", ",", "550", "leukocytes", "with", "neutrophilia", "(", "90", ".", "4", "%", ")", ".", "Biochemistry", "N", ",", "except", "CK", "555", ",", "CKmb", "7", ",", "4", ",", "myoglobin", "794", ",", "4", ".", "CRP", "5", ".", "Calcium", "7", ".", "8", ".", "Coagulation", "normal", ".", "Venous", "gases", ":", "pH", "7", ".", "41", ",", "PCO2", "37", ",", "lactate", "1", ".", "1", ",", "bicarbonate", "23", ".", "5", ".", "Chest", "X-ray", ":", "no", "findings", ".", "ECG", ":", "RS", "at", "75", "bpm", ",", "QRS", "axis", "at", "0o", ",", "without", "alterations", ".", "Surgical", "assessment", ":", "the", "wound", "was", "debrided", ",", "a", "sample", "was", "taken", "for", "culture", ",", "and", "the", "wound", "was", "treated", "with", "argentic", "sulphadiazine", ".", "The", "patient", "seemed", "to", "improve", "with", "the", "treatment", ",", "but", "after", "a", "few", "hours", "he", "had", "more", "tension", "in", "the", "muscles", "of", "the", "face", "and", "neck", ",", "with", "difficulty", "swallowing", "saliva", ".", "The", "intensivist", "was", "alerted", ",", "with", "suspicion", "of", "tetanus", "(", "necrotic", "wound", "and", "facial", "trismus", ")", ".", "He", "was", "assessed", "by", "intensive", "medicine", "and", "admitted", "with", "the", "diagnosis", ":", "\"", "subacute", "tetanus", "\"", ".", "He", "was", "admitted", "with", "acceptable", "general", "condition", ",", "but", "began", "repeated", "hypertonic", "crises", "with", "stimuli", "+", "respiratory", "failure", ",", "requiring", "intubation", "and", "mechanical", "ventilation", ".", "The", "patient", "was", "treated", "with", ":", "Baclofen", ".", "Metronidazole", "and", "cefotaxime", ".", "(", "Wound", "culture", "negative", ")", ".", "Fluconazole", "(", "C", ".", "Glabrata", "in", "urine", ")", ".", "Heparin", ",", "then", "acenocoumarol", "(", "venous", "thrombosis", "in", "the", "left", "leg", ")", ".", "Continued", "tetanus", "vaccination", "(", "2nd", "dose", ")", ".", "Survived", ",", "after", "thirteen", "days", "in", "ICU", "and", "one", "month", "on", "the", "internal", "medicine", "ward", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 837, "end": 844 }, { "text": "doctor", "label": "HUMAN", "start": 1166, "end": 1172 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2078, "end": 2085 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2598, "end": 2605 }, { "text": "tetanus vaccination", "label": "SPECIES", "start": 2801, "end": 2820 }, { "text": "vaccinated", "label": "SPECIES", "start": 1030, "end": 1040 }, { "text": "tetanus vaccine", "label": "SPECIES", "start": 1001, "end": 1016 }, { "text": "intensivist", "label": "HUMAN", "start": 2242, "end": 2253 }, { "text": "C. Glabrata", "label": "SPECIES", "start": 2703, "end": 2714 } ]

[ "We", "present", "the", "case", "of", "a", "74-year-old", "Caucasian", "woman", ",", "without", "CVRF", ",", "toxic", "habits", "or", "allergies", ",", "with", "only", "history", "of", "bladder", "neoplasia", "in", "situ", "operated", "by", "TUR", ",", "and", "under", "study", "since", "2012", "for", "thickening", "of", "the", "right", "ureter", "due", "to", "a", "possible", "tumour", "aetiology", "(", "cytology", "repeatedly", "negative", ")", ".", "She", "came", "to", "the", "emergency", "department", "for", "low", "back", "pain", "that", "had", "been", "evolving", "for", "weeks", "and", "was", "difficult", "to", "control", "despite", "opiates", ",", "with", "no", "neurological", "symptoms", ".", "On", "examination", ",", "contraction", "and", "sphincter", "control", "as", "well", "as", "rectal", "sensitivity", "were", "preserved", ";", "at", "the", "global", "motor", "level", "5", "/", "5", "without", "loss", "of", "strength", "in", "both", "extremities", ";", "global", "sensitivity", "remained", "intact", ";", "and", "the", "cutaneous-plantar", "flexor", "reflexes", ",", "and", "the", "patellar", "and", "Achilles", "osteotendinous", "reflexes", "were", "also", "intact", ".", "Initially", ",", "the", "haemogram", "showed", "Hb", "11", ".", "8", "g", "/", "dl", ",", "without", "leukocytosis", "or", "platelet", "alteration", ";", "and", "the", "biochemistry", "showed", "C-reactive", "protein", "(", "CRP", ")", "60", ".", "9", "mg", "/", "l", "and", "lactate", "dehydrogenase", "(", "LDH", ")", "523U", "/", "l", ".", "It", "was", "decided", "to", "admit", "the", "patient", "for", "study", "and", "treatment", "of", "pain", ".", "Differential", "diagnosis", "Among", "the", "differential", "diagnoses", ",", "diseases", "with", "inflammatory", "features", "of", "rickets", ",", "such", "as", "spondyloarthropathies", "and", "neoplasms", "(", "mainly", "metastases", "of", "pulmonary", ",", "bladder", "and", "colorectal", "primaries", ")", "should", "be", "taken", "into", "account", ".", "As", "for", "the", "possible", "tumoural", "origin", ",", "no", "tumour", "was", "found", "in", "the", "CT", "scans", "previously", "performed", "at", "another", "level", "that", "could", "suggest", "a", "metastatic", "origin", ",", "and", "bladder", "neoplasia", "in", "situ", "was", "never", "confirmed", ".", "Likewise", ",", "the", "fact", "that", "in", "metastases", "it", "is", "common", "to", "find", "an", "increase", "in", "alkaline", "phosphatase", "and", "hypercalcaemia", "and", "that", "our", "patient", "'", "s", "blood", "tests", "did", "not", "show", "these", "alterations", ",", "would", "rule", "out", "a", "tumour", "diagnosis", ".", "Another", "differential", "diagnosis", "would", "be", "pyogenic", "infections", ",", "the", "incidence", "of", "which", "is", "higher", "than", "that", "of", "tuberculosis", ",", "with", "Staphylococcus", "aureus", "being", "the", "most", "frequent", "causative", "agent", ",", "and", "to", "a", "lesser", "extent", ",", "gram-negative", "bacilli", ".", "On", "the", "other", "hand", ",", "brucellar", "spondylitis", "should", "be", "ruled", "out", "since", ",", "after", "sacroiliitis", ",", "it", "is", "the", "most", "frequent", "osteoarticular", "location", ".", "Likewise", ",", "although", "very", "rare", ",", "fungal", "aetiology", "(", "Candida", "albicans", ")", "should", "also", "be", "assessed", ",", "although", "this", "is", "usually", "found", "in", "immunosuppressed", "patients", "undergoing", "broad-spectrum", "antibiotherapy", "and", "in", "parenteral", "drug", "users", ",", "which", "was", "not", "the", "case", "in", "our", "patient", ".", "Finally", ",", "multiple", "myeloma", "was", "ruled", "out", "in", "this", "patient", "due", "to", "the", "absence", "of", "a", "monoclonal", "component", "in", "the", "proteinogram", "(", "<", "1", "%", "of", "non-producing", "multiple", "myelomas", ")", ".", "Evolution", "The", "patient", "was", "admitted", "for", "further", "investigation", "and", "a", "CT", "scan", "revealed", "findings", "compatible", "with", "subacute", "spondylodiscitis", "with", "involvement", "of", "the", "L2-L3", "vertebral", "bodies", ";", "less", "likely", "metastatic", "involvement", ";", "the", "possibility", "of", "tuberculosis", "was", "assessed", "according", "to", "the", "clinical", "manifestations", "and", "aetiology", ".", "A", "bone", "scan", "was", "also", "requested", ",", "showing", "hyperfixation", "at", "this", "level", ",", "with", "a", "subsequent", "magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", "of", "the", "spine", "showing", "findings", "compatible", "with", "an", "infectious", "inflammatory", "process", "of", "the", "L2-L3", "disc", "with", "the", "formation", "of", "a", "small", "prevertebral", "abscess", "and", "another", "dorsal", "abscess", "(", "approximately", "1cm", ")", "and", "evidence", "of", "osteomyelitis", "of", "the", "L2-L3", "bodies", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "a", "haemogram", "with", "Hb", "10", ".", "7g", "/", "dl", ",", "ESR", "89", "mm", "/", "h", ",", "no", "leukocytes", "or", "platelet", "abnormalities", ";", "in", "coagulation", ",", "fibrinogen", "518", "mg", "/", "dl", ";", "biochemistry", "CRP", "75", ".", "9", "mg", "/", "l", ",", "with", "normal", "ions", ",", "normal", "renal", "function", ";", "normal", "bilirubin", ",", "GOT", ",", "GPT", ",", "gamma-GT", "and", "alkaline", "phosphatase", ";", "albumin", "3", ".", "4", ";", "and", "tumour", "markers", "without", "alterations", ".", "Urinalysis", "showed", "intense", "pyuria", "(", "1", ",", "219", "leucocytes", "/", "mcl", ")", ",", "with", "negative", "urine", "cultures", ".", "Mantoux", "test", "and", "Brucella", "serology", "were", "negative", ",", "as", "was", "a", "chest", "X-ray", "with", "no", "significant", "findings", ".", "A", "CT-guided", "biopsy", "was", "necessary", ",", "with", "negative", "bacterial", "cultures", "and", "negative", "smears", ",", "at", "the", "expense", "of", "the", "culture", "result", "in", "Lowënstein", "'", "s", "medium", ".", "In", "the", "urological", "tomography", "(", "Uro-CT", ")", ",", "there", "were", "findings", "of", "progression", "of", "the", "lesions", "in", "the", "renal", "pelvis", "and", "right", "ureter", "where", "associated", "inflammatory", "changes", "and", "right", "renal", "cortical", "atrophy", "secondary", "to", "obstructive", "lesion", "at", "the", "level", "of", "the", "right", "ureteral", "meatus", "could", "be", "seen", ".", "In", "addition", "to", "the", "persistence", "of", "the", "clinical", "manifestations", ",", "acute", "phase", "reactants", "(", "APR", ")", "increased", ",", "and", "symptoms", "related", "to", "radicular", "compromise", "(", "obliteration", "of", "foramina", "at", "L3", "level", ")", ",", "so", "it", "was", "decided", "to", "start", "empirical", "antibiotherapy", "with", "Ceftriaxone", ",", "Cloxacillin", "and", "Rifampicin", ".", "The", "initial", "evolution", "was", "favourable", ",", "with", "a", "decrease", "in", "AFR", ",", "but", "after", "the", "first", "week", "of", "treatment", ",", "these", "stabilised", "and", "the", "improvement", "stopped", ".", "A", "bone", "biopsy", "result", "was", "obtained", ",", "which", "was", "reported", "as", "inflammatory", ",", "showing", "some", "Langhans", "cells", ".", "With", "the", "suspicion", "of", "tuberculous", "origin", ",", "given", "the", "lack", "of", "complete", "clinical", "response", ",", "and", "that", "of", "radicular", "involvement", ",", "decompression", "and", "surgical", "release", "of", "the", "lumbar", "roots", "was", "required", ",", "with", "new", "samples", "taken", "for", "microbiology", ".", "After", "the", "operation", ",", "tuberculostatic", "treatment", "was", "started", "with", "Isoniazid", ",", "Rifampicin", ",", "Pyrazinamide", "and", "Levofloxacin", ".", "The", "patient", "recovered", "function", ",", "ambulation", "and", "the", "disappearance", "of", "neuropathic", "pain", ",", "and", "was", "discharged", "with", "empirical", "tuberculostatic", "and", "anti-staphylococcal", "treatment", ".", "On", "examination", ",", "the", "results", "of", "the", "Lowenstein", "test", "were", "received", ",", "where", "M", ".", "tuberculosis", "had", "grown", ",", "confirming", "the", "diagnosis", "of", "suspected", "L2-L3", "spondylodiscitis", "due", "to", "M", ".", "tuberculosis", ".", "Final", "diagnosis", "Spondylodiscitis", "L2-L3", "due", "to", "M", ".", "tuberculosis", ".", "Urogenital", "tuberculosis", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 47, "end": 52 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 998, "end": 1005 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1615, "end": 1622 }, { "text": "Staphylococcus aureus", "label": "SPECIES", "start": 1831, "end": 1852 }, { "text": "gram-negative bacilli", "label": "SPECIES", "start": 1918, "end": 1939 }, { "text": "Candida albicans", "label": "SPECIES", "start": 2127, "end": 2143 }, { "text": "fungal", "label": "SPECIES", "start": 2109, "end": 2115 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2331, "end": 2338 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2388, "end": 2395 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 2221, "end": 2229 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2518, "end": 2525 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 3759, "end": 3768 }, { "text": "Brucella", "label": "SPECIES", "start": 3627, "end": 3635 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5033, "end": 5040 }, { "text": "tuberculostatic", "label": "SPECIES", "start": 4932, "end": 4947 }, { "text": "tuberculostatic", "label": "SPECIES", "start": 5149, "end": 5164 }, { "text": "M. tuberculosis", "label": "SPECIES", "start": 5272, "end": 5287 }, { "text": "M. tuberculosis", "label": "SPECIES", "start": 5367, "end": 5382 }, { "text": "M. tuberculosis", "label": "SPECIES", "start": 5431, "end": 5446 } ]

[ "Personal", "History", ":", "36-year-old", "male", ".", "Usual", "good", "health", ".", "No", "drug", "allergies", ".", "No", "usual", "treatment", ".", "Smoker", "10", "packs", "/", "year", ".", "Light", "drinker", ".", "Married", "and", "an", "electronics", "retailer", ".", "Anamnesis", ":", "In", "November", "2014", ",", "he", "began", "with", "a", "fever", "of", "38o", ",", "no", "cough", ",", "no", "expectoration", ",", "so", "he", "went", "to", "the", "Emergency", "Department", "and", "a", "chest", "X-ray", "was", "performed", ",", "which", "revealed", "a", "mass", "in", "the", "right", "upper", "lobe", "(", "LSD", ")", "of", "the", "lung", ".", "Physical", "examination", "ECOG", "0", ".", "Anodyne", ".", "Complementary", "tests", "CBC", "(", "15-12-16", ")", ":", "CEA", "23", ".", "1", ",", "CA", "19", ".", "9", "199", ",", "HIV", "negative", ".", "CT", "(", "computed", "tomography", ")", "Chest-abdomen-pelvis", "(", "15-12-14", ")", ":", "Mass", "in", "LSD", "of", "49", "mm", ".", "Mediastinal", "right", "paratracheal", ",", "ipsilateral", "hilar", "and", "subcarinal", "mediastinal", "adenopathies", "(", "10mm", ")", ".", "Simple", "hepatic", "cysts", "segments", "V", ",", "VI", ",", "VII", ".", "Bronchoscopy", "(", "16-12-14", ")", ":", "Normal", ".", "Bronchoaspirate", "and", "brushing", ":", "Negative", "CT-guided", "BAG", "of", "LSD", "mass", "(", "22-12-14", ")", ":", "Lung", "adenocarcinoma", ".", "EGFR", "native", ",", "ALK", "translocated", "by", "IHC", "and", "FISH", ".", "PET", "CT", "(", "Positron", "Emission", "Tomography", ")", "(", "29-12-14", ")", ":", "LSD", "mass", "of", "3", ".", "4x4", ".", "6x3", ".", "3", "cm", "with", "SUV", "16", ".", "32", ".", "Right", "high", "mediastinal", "adenopathy", "8", "mm", ".", "SUV", "5", ".", "15", "Prevascular", "adenopathy", "7", "mm", ".", "SUV", "3", ".", "05", ".", "High", "right", "paratracheal", "adenopathy", "8", "mm", "SUV", "4", ".", "86", ",", "low", "right", "paratracheal", "adenopathy", "10", "mm", "SUV", "8", ".", "01", ",", "right", "hilar", "adenopathy", "SUV", "5", ".", "34", ".", "In", "hepatic", "segments", "IV-V", "hyperactive", "images", "with", "SUV", "3", ".", "06", "and", "3", ".", "09", ".", "Abdominal", "ultrasound", "(", "02-01-15", ")", ":", "Simple", "hepatic", "cysts", "in", "segments", "5", "and", "6", ".", "Hepatic", "MRI", "(", "07-01-15", ")", ":", "Hepatic", "cysts", "segments", "V", ",", "VI", ",", "VII", ",", "VIII", ".", "Echobronchoscopy", "(", "12-01-15", ")", ":", "adenopathy", "less", "than", "1", "cm", "in", "levels", "2R", "with", "negative", "puncture", ",", "adenopathy", "4R", "positive", "for", "adenocarcinoma", ".", "Cranial", "CT", "scan", "(", "29-01-15", ")", ":", "Normal", ".", "Diagnosis", "On", "26-01-15", "he", "was", "referred", "to", "our", "service", ",", "with", "a", "diagnosis", "of", "LSD", "lung", "adenocarcinoma", ",", "T2a-N2", "-", "(", "ipsilateral", "hilar", "and", "mediastinal", ")", ",", "M0", "Stage", "III-A", ".", "Native", "EGFR", ",", "translocated", "ALK", ".", "Treatment", "We", "started", "treatment", "with", "CRIZOTINIB", "250", "mg", "every", "12", "hours", "continuously", ".", "Evolution", "After", "1", "month", "of", "treatment", ",", "a", "re-evaluation", "CT", "scan", "was", "performed", "(", "04-03-15", ")", "showing", "a", "reduction", "of", "the", "LSD", "mass", "in", "the", "partial", "response", "range", ",", "complete", "response", "of", "the", "right", "paratracheal", "lymphadenopathy", "and", "partial", "response", "of", "the", "right", "hilar", "and", "subcarinal", "lymphadenopathy", ".", "Side", "effects", "were", "visual", "disturbances", "in", "the", "form", "of", "aura", ",", "predominantly", "in", "the", "evening", ".", "After", "2", ".", "5", "months", "of", "treatment", "with", "CRIZOTINIB", ",", "a", "PET", "CT", "scan", "was", "performed", "(", "13-04-15", ")", ":", "a", "complete", "metabolic", "response", "of", "mediastinal", "and", "hilar", "adenopathies", "with", "partial", "response", "of", "the", "tumour", "was", "observed", ".", "In", "view", "of", "this", "response", ",", "the", "patient", "was", "referred", "to", "the", "Thoracic", "Surgery", "Department", "in", "Salamanca", "for", "surgical", "assessment", "following", "mediastinoscopy", ".", "On", "28-04-15", "mediastinoscopy", "of", "levels", "4L", ",", "4R", "and", "7", "was", "performed", ":", "Negative", ".", "On", "19-05-15", "LSD", "lobectomy", "and", "lymphadenectomy", "of", "4R", "and", "7", "by", "videothoracoscopy", ":", "ypT1a", "(", "15", "mm", ")", "-", "pN0-M0", ".", "Complementary", "radiotherapy", "is", "administered", "(", "Start", "25-08-15", "/", "/", "/", "End", "30-09-15", ")", "DT", "54", "Gy", "in", "27", "fractions", ".", "Side", "effects", ":", "haemoptysis", ",", "odynophagia", "and", "G-1", "dermitis", ".", "On", "23-02-16", "CT", "TAP", "was", "performed", ":", "no", "evidence", "of", "disease", "." ]

[ 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 8 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 30, "end": 34 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 492, "end": 495 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2483, "end": 2490 } ]

[ "An", "8-year-old", "boy", ",", "diagnosed", "with", "food", "allergy", "to", ":", "fish", ",", "nuts", ",", "legumes", ",", "profilin", "and", "PR-10", ",", "who", "suffered", "anaphylaxis", "after", "a", "dinner", "of", "boiled", "cauliflower", "and", "ketchup", ".", "He", "had", "previously", "tolerated", "the", "foods", "he", "had", "dined", "on", ",", "only", "presenting", "oral", "allergy", "syndrome", "to", "raw", "tomato", ".", "She", "initially", "presented", "with", "facial", "oedema", ",", "urticaria", ",", "dyspnoea", "with", "cough", "and", "lip", "cyanosis", ".", "The", "mother", "administered", "hydroxyzine", "and", "called", "the", "emergency", "medical", "service", "(", "EMS", ")", ".", "Despite", "having", "an", "adrenaline", "auto-injector", "at", "home", ",", "and", "in", "view", "of", "the", "proximity", "of", "the", "EMS", ",", "she", "was", "advised", "not", "to", "take", "any", "further", "action", ".", "On", "arrival", "of", "the", "EMS", ",", "after", "initial", "stabilisation", ",", "she", "presented", "sudden", "loss", "of", "consciousness", "with", "a", "generalised", "tonic-clonic", "seizure", ".", "Subsequently", ",", "and", "during", "transfer", "to", "the", "emergency", "department", ",", "he", "remained", "with", "decreased", "consciousness", "(", "Glasgow", "9-10", ")", ".", "In", "the", "ED", ",", "horizontal", "nystagmus", ",", "paresis", "of", "the", "VI", "pair", ",", "dysarthria", "and", "visual", "hallucinations", "were", "noted", ".", "Serum", "tryptase", "at", "6-8", "hours", "after", "anaphylaxis", "was", "13", ".", "1", "mcg", "/", "L", ",", "urine", "toxicity", "was", "negative", "and", "brain", "scan", "was", "normal", ".", "On", "discharge", ",", "neurological", "recovery", "was", "complete", ".", "To", "complete", "the", "study", ":", "cofactors", "were", "ruled", "out", ",", "prick", "by", "prick", "to", "ketchup", "(", "5", "mm", ")", ",", "tomato", "in", "different", "forms", "(", "between", "1", "and", "5", "mm", ")", "and", "boiled", "cauliflower", "(", "6", "mm", ")", ".", "Basal", "tryptase", "3", ".", "7", "mcg", "/", "L", ";", "total", "IgE", "590", "IU", "/", "ml", ";", "specific", "IgE", "(", "k", "U", "/", "L", ")", ":", "grapes", "0", ".", "47", ",", "cauliflower", "2", ".", "46", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "cauliflower", "label": "SPECIES", "start": 142, "end": 153 }, { "text": "fish", "label": "SPECIES", "start": 51, "end": 55 }, { "text": "tomato", "label": "SPECIES", "start": 267, "end": 273 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 373, "end": 379 }, { "text": "cauliflower", "label": "SPECIES", "start": 1266, "end": 1277 }, { "text": "cauliflower", "label": "SPECIES", "start": 1368, "end": 1379 }, { "text": "tomato", "label": "SPECIES", "start": 1208, "end": 1214 } ]

[ "Anamnesis", "74-year-old", "woman", ",", "with", "a", "personal", "history", "of", "multiple", "myeloma", "who", "had", "received", "an", "allogeneic", "bone", "marrow", "transplant", "10", "months", "previously", ",", "and", "had", "been", "treated", "with", "immunosuppressants", "(", "tacrolimus", ",", "mycophenolate", "and", "steroids", ")", "since", "approximately", "15", "days", "previously", "for", "graft-versus-host", "disease", ".", "The", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "Haematology", "Department", "for", "a", "24-48", "hour", "evolution", "of", "a", "general", "syndrome", ",", "tiredness", ",", "generalised", "muscular", "pain", ",", "nausea", "and", "vomiting", "which", "were", "related", "to", "an", "upper", "respiratory", "infection", "for", "which", "she", "had", "already", "been", "receiving", "antibiotic", "treatment", "with", "azithromycin", "for", "7", "days", ".", "Twenty-four", "hours", "after", "admission", ",", "a", "request", "was", "made", "to", "the", "Neurology", "Department", "for", "evaluation", "due", "to", "weakness", "in", "the", "right", "upper", "limb", "that", "progressed", "in", "a", "few", "hours", "to", "the", "development", "of", "brachial", "diplegia", ".", "Physical", "examination", "Eupneic", ",", "O2", "saturation", "97", "%", ".", "Blood", "pressure", "125", "/", "89", "mmHg", ".", "Heart", "rate", "111", "bpm", ".", "Pathological", "pulmonary", "auscultation", "with", "presence", "of", "rhonchi", "and", "scattered", "wheezing", "bilaterally", ",", "with", "the", "rest", "of", "the", "systemic", "examination", "being", "anodyne", ".", "The", "neurological", "examination", "revealed", "a", "conscious", "patient", ",", "with", "preserved", "higher", "functions", ".", "Speech", "is", "normal", ".", "No", "dysarthria", ".", "Ocular", "motility", "and", "confrontational", "campimetry", "are", "normal", "and", "there", "is", "no", "facial", "asymmetry", ".", "There", "is", "weakness", "at", "1", "/", "5", "at", "the", "level", "of", "cervical", "flexion", ".", "In", "the", "upper", "limbs", "there", "is", "plegia", "of", "the", "MSD", "and", "paresis", "at", "0", "/", "5", "distal", "and", "2", "/", "5", "proximal", "of", "the", "MSI", ".", "Muscle", "balance", "in", "MMII", "is", "normal", ".", "There", "were", "no", "significant", "alterations", "in", "the", "different", "sensory", "modalities", "(", "algesic", ",", "vibratory", ",", "arthrokinetic", "or", "fine", "tactile", ")", ".", "There", "is", "an", "arreflexia", "in", "MMSS", "with", "osteotendinous", "reflexes", "present", "and", "symmetrical", "in", "MMII", ".", "The", "cutaneous-plantar", "reflex", "is", "flexor", "bilaterally", ".", "Complementary", "tests", "-", "Biochemistry", ",", "haemogram", "and", "coagulation", ":", "no", "findings", "of", "interest", ".", "-", "Lumbar", "puncture", ":", "21", "leukocytes", "/", "mm3", "(", "7", "%", "lymphocytes", ",", "93", "%", "polymorphonuclear", ")", ",", "proteinorrachy", "42", ".", "6", "mg", "/", "dl", ",", "normal", "glucorrachy", ".", "-", "CSF", "culture", "and", "Gram", ":", "negative", ".", "-", "Blood", "cultures", ":", "negative", ".", "-", "Urine", "cultures", ":", "negative", ".", "-", "Serum", "infectious", "serology", ":", "EBV", ",", "CMV", ",", "HSV", ",", "Mycoplasma", "IgG", "positive", "and", "IgM", "negative", ".", "Borrelia", "leptospira", ",", "lupus", ",", "measles", ",", "cryptococcus", ",", "adenovirus", ",", "Coxiella", ",", "Chlamydophila", "pneumoniae", ",", "Influenza", ",", "Legionella", ",", "RSV", "negative", ".", "-", "CSF", "virology", ":", "detection", "of", "Enterovirus", "68", "RNA", "by", "positive", "PCR", ".", "PCR", "detection", "of", "CMV", ",", "HSV-1", ",", "HSV-2", ",", "VZV", ",", "EBV", ",", "HHV6", ",", "HHV7", "negative", ".", "-", "Serum", "Virology", ":", "PCR", "detection", "of", "Enterovirus", "positive", ".", "Detection", "of", "CMV", ",", "EBV", ",", "adenovirus", ",", "Rhinovirus", ",", "RSV", ",", "Influenza", "A", "and", "B", ",", "Parainfluenza", ",", "Metapneumovirus", ",", "Bocavirus", "negative", ".", "-", "Cranial", "CT", "scan", ":", "no", "significant", "findings", ".", "-", "MRI", "of", "the", "cervical", "spine", "(", "15", "November", ")", ":", "no", "signs", "of", "compression", "or", "invasion", "of", "the", "spinal", "canal", ".", "At", "the", "level", "of", "the", "cervical", "and", "thoracic", "spine", ",", "a", "linear", "hyperintense", "lesion", "is", "identified", "in", "T2-weighted", "sequences", "affecting", "the", "anterior", "horn", "of", "the", "spinal", "cord", "bilaterally", ".", "No", "pathological", "uptake", "is", "identified", ".", "-", "Cranial", "MRI", "(", "19", "December", ")", ":", "there", "is", "an", "ill-defined", "hypersignal", "on", "the", "left", "margin", "of", "the", "pons", ",", "with", "no", "other", "evidence", "of", "parenchymal", "involvement", "or", "pathological", "contrast", "enhancement", ".", "-", "Cervical", "MRI", "(", "19", "December", ")", ":", "an", "improvement", "of", "the", "lesions", "was", "observed", "in", "terms", "of", "extension", ",", "which", "was", "delimited", "between", "C3-C7", ".", "At", "this", "level", ",", "lesions", "are", "seen", "on", "the", "anterior", "aspect", "of", "the", "spinal", "cord", "affecting", "the", "anterior", "horn", "bilaterally", ".", "Cervical", "MRI", "in", "STIR", "sequence", ",", "axial", "and", "sagittal", "sections", ":", "hyperintensity", "affecting", "the", "anterior", "horn", "of", "the", "medulla", ".", "-", "PESS", ":", "normal", "central", "and", "medullary", "conduction", "for", "somesthetic", "afferents", "of", "both", "median", "nerves", "with", "increased", "peripheral", "latency", ".", "Diagnosis", "Infectious", "myelitis", "secondary", "to", "Enterovirus", "68", "infection", ".", "Treatment", "Immunosuppressive", "treatment", "was", "started", "with", "steroids", "at", "a", "dose", "of", "1", "g", "/", "kg", "body", "weight", "and", "immunoglobulins", ",", "as", "well", "as", "antiviral", "and", "broad-spectrum", "antibiotics", "on", "initial", "suspicion", "of", "an", "infectious", "or", "parainfectious", "condition", ".", "Although", "vascular", "aetiology", "represented", "a", "less", "likely", "aetiopathogenic", "possibility", ",", "treatment", "with", "antiplatelet", "drugs", "was", "initiated", ".", "Evolution", "The", "patient", "continued", "to", "worsen", "clinically", ",", "presenting", "with", "dysphagia", "and", "dysphonia", "and", "requiring", "transfer", "to", "the", "ICU", "hours", "later", "for", "orotracheal", "intubation", "due", "to", "respiratory", "failure", ".", "During", "her", "stay", "in", "the", "ICU", ",", "the", "neurological", "deficit", "progressed", "to", "flaccid", "areflexic", "tetraplegia", "and", "she", "died", "one", "month", "later", "in", "relation", "to", "multiple", "systemic", "complications", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 27 }, { "text": "host", "label": "SPECIES", "start": 291, "end": 295 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 36, "end": 44 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 310, "end": 317 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1125, "end": 1132 }, { "text": "Borrelia", "label": "SPECIES", "start": 2148, "end": 2156 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 2096, "end": 2099 }, { "text": "Chlamydophila pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 2221, "end": 2245 }, { "text": "Coxiella", "label": "SPECIES", "start": 2211, "end": 2219 }, { "text": "Legionella", "label": "SPECIES", "start": 2258, "end": 2268 }, { "text": "Mycoplasma", "label": "SPECIES", "start": 2106, "end": 2116 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 2091, "end": 2094 }, { "text": "HSV", "label": "SPECIES", "start": 2101, "end": 2104 }, { "text": "RSV", "label": "SPECIES", "start": 2270, "end": 2273 }, { "text": "adenovirus", "label": "SPECIES", "start": 2199, "end": 2209 }, { "text": "cryptococcus", "label": "SPECIES", "start": 2185, "end": 2197 }, { "text": "leptospira", "label": "SPECIES", "start": 2157, "end": 2167 }, { "text": "measles", "label": "SPECIES", "start": 2176, "end": 2183 }, { "text": "Influenza", "label": "SPECIES", "start": 2247, "end": 2256 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 2366, "end": 2369 }, { "text": "Enterovirus", "label": "SPECIES", "start": 2313, "end": 2324 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 2390, "end": 2393 }, { "text": "HHV6", "label": "SPECIES", "start": 2395, "end": 2399 }, { "text": "HSV", "label": "SPECIES", "start": 2371, "end": 2374 }, { "text": "HSV", "label": "SPECIES", "start": 2378, "end": 2381 }, { "text": "HSV-1", "label": "SPECIES", "start": 2371, "end": 2376 }, { "text": "HSV-2", "label": "SPECIES", "start": 2378, "end": 2383 }, { "text": "VZV", "label": "SPECIES", "start": 2385, "end": 2388 }, { "text": "virology", "label": "SPECIES", "start": 2290, "end": 2298 }, { "text": "Enterovirus 68", "label": "SPECIES", "start": 2313, "end": 2327 }, { "text": "HHV7", "label": "SPECIES", "start": 2401, "end": 2405 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 2486, "end": 2489 }, { "text": "Enterovirus", "label": "SPECIES", "start": 2451, "end": 2462 }, { "text": "Metapneumovirus", "label": "SPECIES", "start": 2559, "end": 2574 }, { "text": "Parainfluenza", "label": "SPECIES", "start": 2544, "end": 2557 }, { "text": "Rhinovirus", "label": "SPECIES", "start": 2508, "end": 2518 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 2491, "end": 2494 }, { "text": "RSV", "label": "SPECIES", "start": 2520, "end": 2523 }, { "text": "Virology", "label": "SPECIES", "start": 2424, "end": 2432 }, { "text": "adenovirus", "label": "SPECIES", "start": 2496, "end": 2506 }, { "text": "Bocavirus", "label": "SPECIES", "start": 2576, "end": 2585 }, { "text": "Influenza", "label": "SPECIES", "start": 2525, "end": 2534 }, { "text": "Influenza A", "label": "SPECIES", "start": 2525, "end": 2536 }, { "text": "Influenza A and B", "label": "SPECIES", "start": 2525, "end": 2542 }, { "text": "Enterovirus", "label": "SPECIES", "start": 3680, "end": 3691 }, { "text": "Enterovirus 68", "label": "SPECIES", "start": 3680, "end": 3694 }, { "text": "antiviral", "label": "SPECIES", "start": 3835, "end": 3844 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4090, "end": 4097 } ]

[ "A", "7-year-old", "boy", ",", "in", "foster", "care", ".", "Personal", "history", ":", "Becegeitis", ".", "At", "3", "years", "old", "treated", "for", "tuberculosis", ":", "axillary", "adenopathies", "and", "pulmonary", "granulomas", "with", "positive", "tuberculin", ".", "Recurrent", "skin", "infections", "and", "diarrhoea", ".", "Malnutrition", ".", "Dyspnoea", "on", "exertion", ".", "Current", "weight", "loss", "of", "3", "kg", ",", "asthenia", "and", "diarrhoeic", "stools", "for", "the", "last", "2", "months", ".", "Cough", "and", "fever", "for", "the", "last", "2", "weeks", ".", "Complementary", "examinations", ":", "Chest", "X-ray", "and", "thoracoabdominal", "CT", "scan", ":", "patchy", "pulmonary", "consolidations", "with", "adenopathies", "in", "several", "lymph", "node", "chains", ",", "in", "periportal", "hepatic", "hilum", "and", "interaorto-caval", "area", ".", "Pulmonary", "function", ":", "moderate", "restrictive", "pattern", ".", "Initial", "suspicion", "of", "tuberculous", "reactivation", "led", "to", "tuberculostatic", "treatment", ".", "Lymph", "node", "biopsy", ":", "granulomatous", "inflammation", "with", "Langhans-type", "multinucleated", "cells", "and", "partially", "suppurative", "necrosis", ".", "BAAR", "and", "PCR", "Mycobacterium", "Tuberculosis", ",", "IGRA", ":", "negative", ".", "Immunological", "study", ":", "normal", ",", "except", "tetrazoyl", "blue", "test", ":", "pathological", ".", "Ileo-colonoscopy", "with", "biopsy", ":", "pancolitis", ".", "Genetic", "study", "detected", "a", "mutation", "in", "exon", "2", "of", "the", "CYBB", "gene", "on", "the", "short", "arm", "of", "the", "X", "chromosome", "(", "new", "mutation", ",", "not", "previously", "documented", ")", ",", "leading", "to", "a", "diagnosis", "of", "chronic", "granulomatous", "disease", "(", "CGD", ")", ".", "Current", "treatment", ":", "trimethoprim-sulfamethoxazole", "+", "Itraconazole", "+", "Mesalazine", "+", "Corticoids", "currently", "on", "a", "tapering", "regimen", ".", "Evolution", ":", "favourable", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 34, "end": 42 }, { "text": "tuberculin", "label": "SPECIES", "start": 166, "end": 176 }, { "text": "Becegeitis", "label": "SPECIES", "start": 52, "end": 62 }, { "text": "BAAR", "label": "SPECIES", "start": 833, "end": 837 }, { "text": "Mycobacterium Tuberculosis", "label": "SPECIES", "start": 846, "end": 872 } ]

[ "A", "29-year-old", "man", ",", "with", "a", "history", "of", "several", "attempts", "at", "autolysis", ",", "came", "to", "the", "emergency", "department", "with", "dizziness", ",", "blurred", "vision", ",", "liquid", "diarrhoea", ",", "nausea", ",", "sweating", "and", "trembling", ",", "48", "hours", "after", "having", "ingested", "an", "infusion", "of", "Nerium", "oleander", ".", "Physical", "examination", "revealed", "a", "good", "general", "condition", ",", "afebrile", ",", "blood", "pressure", "130", "/", "70", "mmHg", "and", "heart", "rate", "130", "bpm", ".", "Cardiac", "auscultation", "showed", "sinus", "tachycardia", ".", "The", "electrocardiogram", "showed", "supraventricular", "tachycardia", "with", "negative", "T", "waves", "on", "the", "anterolateral", "side", ".", "Haemogram", ",", "platelets", ",", "coagulation", "and", "blood", "biochemistry", "were", "normal", ".", "Plasma", "digoxin", "levels", "were", "measured", "and", "the", "result", "was", "0", ".", "67", "ng", "/", "mL", ".", "The", "patient", "was", "admitted", "and", ",", "at", "the", "request", "of", "the", "pharmacy", "service", ",", "two", "more", "digoxin", "levels", "were", "performed", "24", "and", "48", "hours", "after", "admission", ",", "the", "results", "of", "which", "were", "0", ".", "6", "and", "0", ".", "55", "ng", "/", "mL", ",", "respectively", ".", "For", "these", "concentrations", ",", "an", "elimination", "half-life", "of", "138", ".", "2", "h", "was", "calculated", ",", "and", "a", "theoretical", "maximum", "plasma", "concentration", "of", "0", ".", "85", "ng", "/", "mL", "after", "intake", "of", "the", "oleander", "infusion", ".", "At", "discharge", ",", "four", "days", "after", "admission", ",", "the", "patient", "had", "had", "a", "daily", "soft", "stool", "for", "two", "days", "and", "a", "normal", "heart", "rhythm", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 17 }, { "text": "oleander", "label": "SPECIES", "start": 236, "end": 244 }, { "text": "Nerium oleander", "label": "SPECIES", "start": 229, "end": 244 }, { "text": "oleander", "label": "SPECIES", "start": 1015, "end": 1023 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 658, "end": 665 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1079, "end": 1086 } ]

[ "An", "89-year-old", "woman", ",", "with", "no", "known", "history", ",", "consulted", "for", "a", "15-day", "history", "of", "fever", "of", "39", "degrees", ",", "asthenia", ",", "adynamia", ",", "urinary", "symptoms", "in", "the", "last", "week", ",", "medicated", "with", "ciprofloxacin", "500mg", "every", "12", "hours", "until", "the", "day", "before", "hospitalisation", ",", "who", ",", "due", "to", "persistent", "thermal", "rises", ",", "went", "to", "the", "emergency", "room", ".", "Physical", "examination", "findings", ":", "pale", "conjunctivae", ",", "tachycardic", ",", "rhythmic", ",", "normo-phonemic", "heart", "sounds", ",", "regurgitant", "murmur", "in", "mitral", "focus", "II", "/", "VI", ",", "non-radiated", ",", "with", "abdominal", "distention", ",", "fighting", "sounds", ",", "palpable", "mass", "of", "4", "x", "4", "cm", "in", "the", "left", "iliac", "fossa", ".", "Laboratory", "on", "admission", ":", "leukocytes", ":", "13", ",", "300mm3", ",", "neutrophils", "77", "%", ",", "haemoglobin", ":", "6", ".", "8mg", "/", "dl", ",", "haematocrit", ":", "21", ".", "6mg", "/", "dl", ",", "ESR", ":", "109MM", ",", "CRP", ":", "(", "+", "+", ")", ".", "Urine", "culture", "and", "blood", "cultures", "were", "performed", ",", "and", "a", "CT", "scan", "of", "the", "abdomen", "was", "requested", ",", "which", "revealed", "the", "presence", "of", "a", "bilobulated", "formation", "of", "apparent", "gynaecological", "origin", ",", "which", "to", "the", "left", "showed", "an", "image", "suggestive", "of", "a", "fistula", "with", "a", "loop", "of", "small", "intestine", ",", "with", "oral", "contrast", "substance", "inside", "the", "lesion", ".", "With", "a", "presumptive", "diagnosis", "of", "perforated", "tumour", "with", "intestinal", "fistula", ",", "the", "patient", "was", "taken", "to", "the", "operating", "theatre", "and", "antibiotic", "treatment", "was", "started", ",", "covering", "the", "abdominal", "focus", ".", "As", "the", "patient", "continued", "to", "be", "febrile", ",", "together", "with", "positive", "blood", "culture", "results", "for", "Escherichia", "coli", ",", "an", "echocardiogram", "was", "requested", ",", "which", "revealed", "a", "rounded", "image", "measuring", "1", ".", "5x0", ".", "8", "millimetres", "that", "could", "correspond", "to", "vegetation", ",", "so", "treatment", "was", "started", "with", "ceftriaxone", "plus", "gentamicin", ",", "with", "good", "clinical", "evolution", ",", "and", "the", "patient", "was", "subsequently", "discharged", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 20 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1098, "end": 1105 }, { "text": "Escherichia coli", "label": "SPECIES", "start": 1298, "end": 1314 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1216, "end": 1223 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1544, "end": 1551 } ]

[ "A", "20-year-old", "male", "patient", "was", "referred", "from", "the", "local", "hospital", "after", "presenting", "with", "a", "psychotic", "disorder", "of", "several", "days", "'", "evolution", ".", "Family", "history", "No", "psychiatric", "family", "history", "Personal", "somatic", "history", "There", "is", "no", "relevant", "organic", "history", ".", "Personal", "history", "and", "toxic", "habits", "No", "history", "of", "psychiatric", "symptoms", "during", "childhood", "or", "puberty", ".", "He", "is", "the", "second", "son", "of", "an", "upper-middle", "class", "family", "with", "good", "family", "relations", ".", "He", "has", "always", "been", "fond", "of", "sports", ",", "nature", "and", "animal", "care", "and", "has", "a", "good", "interpersonal", "relationship", ".", "At", "the", "age", "of", "14", ",", "he", "started", "using", "joints", "with", "his", "group", "of", "friends", ".", "At", "first", "only", "at", "weekends", ",", "at", "the", "age", "of", "16", "he", "was", "using", "every", "day", ".", "At", "17", "and", "18", "years", "of", "age", ",", "he", "was", "consuming", "4", "to", "5", "joints", "a", "day", "on", "a", "daily", "basis", "and", "started", "to", "have", "problems", "with", "his", "studies", ".", "He", "had", "no", "perception", "of", "risk", ".", "He", "finished", "high", "school", "and", "started", "university", "studies", ",", "increasing", "his", "consumption", "up", "to", "10", "to", "12", "joints", "a", "day", ".", "At", "this", "point", "he", "started", "dealing", "hashish", ",", "selling", "it", "to", "his", "friends", ",", "his", "friends", "'", "friends", "and", "in", "this", "way", "he", "was", "able", "to", "maintain", "his", "consumption", "and", "the", "economic", "cost", "of", "it", ".", "During", "the", "two", "years", "he", "was", "at", "university", "he", "did", "not", "pass", "any", "subjects", "and", "little", "by", "little", "his", "appearance", "became", "more", "and", "more", "neglected", ",", "slow", ",", "with", "a", "tendency", "to", "disorder", "and", "neglect", "of", "hygiene", ",", "and", "above", "all", "he", "did", "nothing", ",", "he", "describes", "that", "he", "was", "\"", "sick", "all", "day", "long", "\"", ".", "At", "home", ",", "the", "problems", "were", "increasing", ",", "because", "his", "parents", "could", "not", "understand", "this", "change", "in", "his", "behaviour", ",", "which", "he", "denied", "with", "constant", "lies", ",", "leading", "to", "a", "growing", "estrangement", "from", "his", "family", "environment", "with", "oppositional", "behaviour", "in", "relation", "to", "family", "rules", ".", "He", "decided", "to", "go", "to", "study", "away", "from", "his", "family", "and", "his", "city", ".", "A", "few", "months", "later", "his", "consumption", "was", "15", "joints", "a", "day", "and", "he", "no", "longer", "even", "tried", "to", "go", "to", "school", ".", "Little", "by", "little", "he", "begins", "to", "feel", "strange", ",", "with", "feelings", "of", "strangeness", ",", "very", "restless", "and", "with", "incoherent", "speech", ".", "He", "shows", "behavioural", "alterations", ",", "changing", "abruptly", "from", "calmness", "to", "restlessness", "and", "sleeps", "badly", ".", "His", "friends", "were", "frightened", "by", "his", "attitude", "and", "called", "his", "parents", ",", "who", "admitted", "him", "for", "15", "days", ".", "He", "is", "diagnosed", "with", "cannabis-induced", "psychotic", "disorder", "with", "delusional", "ideas", ".", "He", "was", "treated", "with", "antipsychotics", "and", "anxiolytics", "with", "a", "good", "response", "to", "treatment", ".", "After", "this", "admission", ",", "the", "patient", "had", "no", "awareness", "of", "illness", "and", "denied", "everything", "that", "had", "happened", ".", "He", "maintained", "that", "during", "his", "admission", "to", "the", "hospital", "there", "were", "people", "in", "other", "beds", "who", "watched", "him", "and", "informed", "his", "family", ".", "Nothing", "had", "happened", "to", "\"", "him", "\"", ".", "A", "few", "months", "after", "this", "episode", ",", "he", "restarted", "using", "cannabis", ".", "His", "parents", "began", "to", "notice", "changes", "in", "his", "behaviour", ",", "consisting", "mainly", "of", "childishness", "and", "again", "neglect", "of", "personal", "hygiene", "and", "tidiness", ",", "he", "forgot", "everything", "and", "laughed", "for", "no", "reason", ",", "his", "consumption", "increased", "in", "less", "than", "two", "months", ",", "reaching", "15", "to", "20", "joints", "a", "day", ".", "Faced", "with", "family", "problems", "and", "an", "oppositional", "attitude", "towards", "his", "parents", ",", "he", "left", "home", "to", "go", "to", "another", "city", "with", "some", "friends", ".", "Two", "months", "later", ",", "he", "again", "had", "delirious", "experiences", "of", "self-reference", "and", "prejudice", ",", "and", "noticed", "that", "he", "was", "being", "talked", "about", "on", "television", ".", "He", "also", "noticed", "that", "his", "friends", "were", "talking", "about", "him", "and", "he", "had", "to", "be", "admitted", "to", "hospital", "again", "for", "a", "month", "with", "antipsychotic", "and", "anxiolytic", "medication", ",", "but", "the", "delirious", "experiences", "subsided", "after", "the", "third", "week", "of", "his", "admission", "and", "he", "was", "again", "diagnosed", "with", "a", "cannabis-induced", "psychotic", "disorder", ".", "After", "this", "second", "admission", ",", "he", "was", "referred", "to", "our", "department", ".", "Psychopathological", "examination", "He", "came", "to", "the", "clinic", "conscious", "and", "poorly", "self-oriented", "and", "allopsychically", "oriented", ".", "Approachable", "and", "cooperative", ".", "His", "attitude", "was", "adequate", ",", "although", "a", "bit", "puerile", "and", "suspicious", ".", "He", "had", "a", "relative", "awareness", "of", "illness", ".", "His", "appearance", "was", "adequate", ",", "clean", "and", "neat", ".", "He", "presented", "temporary", "cognitive", "deficits", "(", "he", "did", "not", "remember", "well", "how", "long", "he", "had", "been", "admitted", ",", "nor", "was", "he", "able", "to", "remember", "exactly", "what", "happened", "in", "the", "weeks", "prior", "to", "his", "admission", ",", "having", "a", "vague", "and", "confused", "idea", ")", ",", "he", "found", "it", "difficult", "to", "attend", "during", "the", "interview", ".", "His", "mood", "was", "slightly", "anxious", ".", "He", "did", "not", "show", "psychotic", "productivity", "or", "alterations", "in", "the", "course", "or", "content", "of", "his", "thoughts", ".", "No", "self-referential", "delusions", "or", "delusions", "of", "harm", ".", "No", "insomnia", "or", "psychomotor", "restlessness", ".", "No", "self", "-", "or", "heteroaggressiveness", ".", "No", "ideas", "of", "death", "or", "structured", "autolytic", "ideation", "and", "/", "or", "planning", ".", "Complementary", "examinations", "Biochemistry", "and", "haemogram", "-", "normal", "Urine", "toxins", "-", "negative", ".", "In", "the", "personality", "study", "carried", "out", "(", "IPDE", ",", "DSM-IV", ")", ",", "obsessive", ",", "avoidant", "and", "paranoid", "traits", "stood", "out", "fundamentally", ".", "Diagnostic", "judgement", "Cannabis-induced", "psychotic", "disorder", "(", "ICD", "10", ":", "F12", ".", "5", ")", ".", "Cannabis-induced", "psychotic", "disorder", "with", "delusional", "ideas", "of", "onset", "during", "intoxication", "DSM", "IV-TR", ":", "F12", ".", "51", "(", "292", ".", "11", ")", "Treatment", "The", "patient", "was", "followed", "up", "and", "continued", "with", "the", "pharmacological", "treatment", "prescribed", "at", "hospital", "discharge", "with", "antipsychotics", "(", "amisulpride", "200", "mg", ")", "and", "anxiolytics", "(", "clonazepam", "0", ".", "5mg", ")", ".", "Individual", "psychotherapy", "was", "prescribed", ".", "Evolution", "Little", "by", "little", ",", "the", "patient", "slowly", "improved", ".", "He", "maintained", "total", "abstinence", "from", "THC", ",", "significantly", "increasing", "interpersonal", "and", "intrafamilial", "communication", ",", "managing", "to", "carry", "out", "future", "projects", "and", "gradually", "recovering", "his", "relationship", "with", "his", "family", ",", "especially", "with", "his", "parents", ",", "but", "being", "absolutely", "unable", "to", "carry", "out", "activities", "that", "had", "to", "do", "with", "memory", "and", "attention", ".", "He", "was", "unable", "to", "study", ",", "memorise", "anything", ",", "or", "even", "concentrate", "for", "a", "short", "period", "of", "time", ",", "but", "for", "a", "few", "months", "he", "agreed", "to", "attend", "training", "courses", "and", "went", "out", "of", "the", "house", "frequently", ".", "He", "got", "back", "in", "touch", "with", "non-consuming", "friends", "he", "had", "lost", "years", "ago", "and", "started", "a", "relationship", "with", "a", "girl", ".", "In", "this", "respect", ",", "the", "acceptance", "of", "his", "group", "of", "friends", "and", "the", "partner", "gave", "him", "security", "and", "allowed", "him", "to", "work", "with", "him", "on", "a", "change", "in", "his", "previous", "lifestyle", "and", "a", "mature", "attitude", "towards", "his", "life", "and", "his", "future", ".", "Nine", "months", "after", "this", "second", "episode", ",", "the", "patient", "was", "more", "stable", "and", "enrolled", "in", "specific", "animal", "care", "courses", ",", "which", "he", "had", "always", "enjoyed", ".", "His", "cognitive", "level", "had", "improved", "significantly", "and", "he", "had", "a", "very", "positive", "attitude", "towards", "his", "family", "and", "environment", ".", "He", "had", "no", "psychotic", "symptoms", ",", "no", "delusional", "ideation", "and", "had", "not", "been", "taking", "medication", "for", "three", "months", ".", "The", "urine", "toxicity", "tests", "that", "the", "family", "has", "continued", "to", "carry", "out", "on", "him", "up", "to", "the", "present", "time", "continue", "to", "be", "negative", "." ]

[ 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 26 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 19, "end": 26 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 136, "end": 142 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 166, "end": 172 }, { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 183, "end": 191 }, { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 247, "end": 255 }, { "text": "friends", "label": "HUMAN", "start": 587, "end": 594 }, { "text": "friends", "label": "HUMAN", "start": 994, "end": 1001 }, { "text": "friends", "label": "HUMAN", "start": 1007, "end": 1014 }, { "text": "friends", "label": "HUMAN", "start": 1016, "end": 1023 }, { "text": "friends", "label": "HUMAN", "start": 2028, "end": 2035 }, { "text": "friends", "label": "HUMAN", "start": 3006, "end": 3013 }, { "text": "friends", "label": "HUMAN", "start": 3184, "end": 3191 }, { "text": "animal", "label": "SPECIES", "start": 472, "end": 478 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 2143, "end": 2151 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 2603, "end": 2611 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 3428, "end": 3436 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 391, "end": 397 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 408, "end": 414 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 1571, "end": 1577 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 1633, "end": 1639 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 1687, "end": 1693 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 2512, "end": 2518 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 2895, "end": 2901 }, { "text": "people", "label": "HUMAN", "start": 2458, "end": 2464 }, { "text": "son", "label": "HUMAN", "start": 362, "end": 365 }, { "text": "childhood", "label": "HUMAN", "start": 323, "end": 332 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2314, "end": 2321 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 1433, "end": 1440 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 2083, "end": 2090 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 2617, "end": 2624 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 2952, "end": 2959 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 2722, "end": 2730 }, { "text": "puberty", "label": "HUMAN", "start": 336, "end": 343 }, { "text": "relative", "label": "HUMAN", "start": 3753, "end": 3761 }, { "text": "Cannabis", "label": "SPECIES", "start": 4655, "end": 4663 }, { "text": "Cannabis", "label": "SPECIES", "start": 4708, "end": 4716 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4837, "end": 4844 }, { "text": "friends", "label": "HUMAN", "start": 5680, "end": 5687 }, { "text": "friends", "label": "HUMAN", "start": 5798, "end": 5805 }, { "text": "animal", "label": "SPECIES", "start": 6058, "end": 6064 }, { "text": "girl", "label": "HUMAN", "start": 5744, "end": 5748 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 5322, "end": 5328 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 6203, "end": 6209 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 6367, "end": 6373 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5095, "end": 5102 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6009, "end": 6016 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 5350, "end": 5357 }, { "text": "partner", "label": "HUMAN", "start": 5814, "end": 5821 } ]

[ "45-day-old", "female", "infant", "with", "catarrhal", "symptoms", "lasting", "one", "week", ".", "For", "the", "last", "3", "days", ",", "she", "presented", "with", "cough", "in", "fits", "and", "starts", "followed", "by", "facial", "flushing", ",", "for", "which", "she", "was", "prescribed", "dextromethorphan", ".", "Thirty", "minutes", "ago", "she", "had", "an", "episode", "of", "apnoea", "with", "skin", "pallor", "and", "cyanosis", "of", "the", "lips", ",", "for", "which", "the", "father", "performed", "mouth-to-mouth", "resuscitation", ",", "with", "subsequent", "recovery", "of", "respiration", ".", "During", "his", "stay", "in", "the", "emergency", "department", "he", "has", "presented", "2-3", "episodes", "of", "apnoea", "without", "previous", "coughing", "spells", ",", "followed", "by", "bradycardia", ".", "PERSONAL", "HISTORY", ":", "Controlled", "gestation", ",", "with", "threatened", "preterm", "labour", "in", "week", "33", "treated", "with", "atosiban", "and", "pulmonary", "maturation", "with", "corticoids", ".", "Immune", "serology", "for", "rubella", ",", "toxoplasma", ",", "HIV", "and", "HBV", "negative", ".", "Emergency", "caesarean", "section", ",", "due", "to", "previous", "caesarean", "sections", ",", "at", "33", "weeks", "'", "gestation", ".", "Apgar", "9", "/", "4", ".", "Type", "III", "resuscitation", ".", "Admitted", "to", "neonatology", "after", "an", "episode", "of", "cyanosis", "with", "desaturation", "requiring", "positive", "pressure", "ventilation", "and", "subsequent", "orotracheal", "intubation", ",", "with", "connection", "to", "conventional", "mechanical", "ventilation", "and", "subsequently", "to", "high", "frequency", "(", "for", "5", "days", ")", ",", "being", "discharged", "at", "12", "days", "of", "life", "with", "the", "diagnoses", "of", ":", "persistent", "pulmonary", "hypertension", "of", "the", "NB", ",", "preterm", "low", "birth", "weight", "(", "2400", "g", ")", "appropriate", "to", "gestational", "age", ",", "hyaline", "membrane", "disease", "grade", "III", ",", "patent", "ductus", "arteriosus", "closed", "spontaneously", "and", "left", "atelectasis", ".", "Feeding", "with", "artificial", "lactation", ".", "Immunisation", "schedule", "not", "yet", "started", ".", "Pending", "neonatology", "check-up", ",", "fundus", "examination", "and", "auditory", "evoked", "potentials", ".", "FAMILY", "HISTORY", "Not", "relevant", ".", "PHYSICAL", "EXAMINATION", "ON", "ADMISSION", "Weight", ":", "3300", "g", "(", "p50-75", ")", ",", "Length", "51", "cm", "(", "p90", ")", ",", "WC", "35", "cm", "(", "p75", ")", ",", "HR", "147", "bpm", ",", "RR", "39", "rpm", ",", "Saturation", "100", "%", "Good", "general", "condition", "-", "Good", "colouring", ",", "hydration", "and", "perfusion", "-", "No", "rash", "or", "petechiae", "-", "No", "respiratory", "distress", ".", "AP", ":", "Good", "bilateral", "ventilation", ",", "with", "some", "transmitted", "noises", "from", "the", "upper", "airways", ".", "Cardiac", "auscultation", ":", "normal", "-", "Abdomen", "soft", "and", "depressible", ",", "not", "painful", ",", "no", "masses", "or", "visceromegaly", "palpable", "ENT", ":", "normal", ".", "Neurological", ":", "2", "x", "2", "cm", "normotensive", "anterior", "fontanel", ".", "Good", "spontaneous", "activity", ".", "Reactive", "to", "stimuli", ".", "Normal", "tone", "and", "strength", ".", "Normal", "external", "genitalia", ".", "COMPLEMENTARY", "EXAMINATIONS", ":", "Haemogram", ":", "9400", "leucocytes", "/", "mm3", "(", "42", "%", "N", ",", "51", "%", "L", ",", "6", "%", "M", ")", ",", "Hb", "9", ".", "7", "gr", "/", "dl", ",", "Hcto", "28", "%", ",", "platelets", "665000", ".", "Biochemistry", ":", "glucose", ",", "ions", ",", "urea", "and", "creatinine", "normal", ".", "CRP", "<", "0", ".", "3", "mg", "/", "dl", ".", "Capillary", "blood", "gases", ":", "pH", "7", ".", "25", ",", "pCO2", "64", "mm", "HG", ",", "HCO", "-", "27", ".", "6", "mmol", "/", "l", ",", "EB", "0", ".", "1", "mmol", "/", "l", ",", "lactic", "1", ".", "3", "mmol", "/", "l", ".", "Chest", "X-ray", ":", "bilateral", "interstitial", "infiltrate", "Antigenic", "determination", "of", "RSV", ",", "influenza", "A", "and", "B", ":", "negative", ".", "Blood", "culture", ":", "no", "growth", ".", "Stool", "culture", "and", "antigenic", "determination", "of", "rotavirus", "and", "adenovirus", "in", "stool", ":", "negative", ".", "PCR", "Bordetella", "pertussis", ":", "positive", ".", "EVOLUTION", "On", "admission", "he", "presented", "two", "episodes", "of", "apnoea", "with", "facial", "pallor", ",", "cyanosis", "of", "the", "lips", "and", "bradycardia", "requiring", "stimulation", ",", "so", "he", "was", "transferred", "to", "the", "NICU", "for", "respiratory", "support", "with", "nasal", "CPAP", ",", "despite", "which", "he", "continued", "with", "apnoea", ",", "so", "he", "was", "transferred", "to", "nasal", "CMV", "after", "48", "hours", "and", "empirical", "treatment", "was", "started", "with", "azithromycin", "and", "cefotaxime", "due", "to", "suspicion", "of", "pertussis", "syndrome", "and", "the", "possibility", "of", "respiratory", "co-infection", ",", "given", "the", "existence", "of", "bilateral", "interstitial", "infiltrate", ".", "After", "withdrawal", "of", "respiratory", "support", ",", "the", "patient", "evolved", "favourably", ",", "with", "a", "progressive", "decrease", "in", "coughing", "spells", "and", "associated", "episodes", "of", "desaturation", ",", "which", "required", "stimulation", ".", "At", "discharge", ",", "good", "oral", "tolerance", ",", "with", "adequate", "weight", "gain", "(", "weight", "at", "discharge", "3420", "gr", ")", "and", "few", "coughing", "spells", ",", "which", "did", "not", "require", "stimulation", "for", "recovery", ".", "FINAL", "DIAGNOSIS", "Whooping", "cough" ]

[ 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "female infant", "label": "HUMAN", "start": 11, "end": 24 }, { "text": "father", "label": "HUMAN", "start": 313, "end": 319 }, { "text": "PERSONAL", "label": "HUMAN", "start": 545, "end": 553 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 740, "end": 743 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 732, "end": 735 }, { "text": "toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 720, "end": 730 }, { "text": "rubella", "label": "SPECIES", "start": 711, "end": 718 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 3042, "end": 3045 } ]

[ "Clinical", "history", "and", "current", "disease", "Male", ",", "51", "years", "of", "age", ".", "Cardiovascular", "risk", "factors", ":", "long-standing", "smoking", ",", "hypertension", "since", "1998", ",", "type", "2", "diabetes", "mellitus", "under", "treatment", "with", "oral", "antidiabetic", "drugs", ".", "Anaplastic", "T-cell", "lymphoma", "in", "2007", "treated", "with", "chemotherapy", ",", "radiotherapy", "and", "BEAM-conditioned", "autotransplantation", ",", "currently", "in", "complete", "remission", ".", "Refractory", "myelodysplastic", "cytopenia", "syndrome", "with", "multilineage", "dysplasia", "and", "complex", "karyotype", "treated", "with", "azacitidine", "as", "a", "bridge", "to", "bone", "marrow", "transplant", ".", "Idiopathic", "thrombopenic", "purpura", ".", "No", "known", "allergies", ".", "Cardiological", "check-up", "in", "2006", "with", "normal", "ECG", ",", "echocardiogram", "and", "stress", "test", ".", "He", "usually", "reports", "being", "asymptomatic", "cardiovascular", ".", "Patient", "presented", "to", "the", "Emergency", "Department", "with", "fever", "of", "up", "to", "38", ".", "3oC", ",", "asthenia", ",", "general", "malaise", "and", "generalised", "aches", "and", "pains", "for", "3", "days", ".", "Also", ",", "on", "the", "day", "of", "consultation", ",", "he", "had", "started", "with", "oppressive", "retrosternal", "pain", "of", "increasing", "intensity", ",", "radiating", "to", "the", "back", ",", "shoulders", "and", "jaw", ",", "which", "increased", "in", "intensity", "with", "deep", "inspiration", "and", "supine", "decubitus", ",", "with", "accompanying", "malaise", "and", "dyspnoea", "and", "BP", "levels", "of", "70", "/", "40", "mmHg", ".", "Physical", "examination", "was", "normal", "except", "for", "hypoventilation", "in", "both", "lung", "bases", ".", "Complementary", "tests", "-", "ECG", ":", "sinus", "tachycardia", "with", "mild", "diffuse", "ST-segment", "elevation", "slightly", "higher", "than", "the", "previous", "one", "and", "non-specific", "repolarisation", "alterations", ".", "-", "Laboratory", "tests", "showed", "an", "increase", "in", "infectious-inflammatory", "parameters", "(", "CRP", "32", ";", "Procalcitonin", "10", ")", ";", "macrocytic", "anaemia", ",", "plateletopenia", "and", "leucopenia", ".", "Slight", "increase", "in", "myocardial", "damage", "markers", ":", "CPK", "210", ";", "CPK", "MB", "19", "and", "troponin", "T", "0", ".", "62", ".", "Acute", "renal", "failure", "(", "Cr", "2", ".", "1", ")", "with", "preserved", "diuresis", "(", "GFR", "36", "mL", "/", "min", ")", ".", "Acid-base", "balance", "and", "the", "rest", "of", "the", "laboratory", "tests", "were", "normal", ".", "-", "Urgent", "Doppler", "echocardiogram", ":", "global", "and", "segmental", "contractility", "alterations", ",", "pericardial", "effusion", "and", "acute", "pathology", "were", "ruled", "out", ".", "-", "Chest", "CT", "scan", ":", "ruled", "out", "the", "existence", "of", "acute", "aortic", "pathology", ",", "pulmonary", "thromboembolism", "or", "significant", "infectious", "process", ".", "Clinical", "evolution", "During", "his", "admission", ",", "broad-spectrum", "antibiotics", "and", "antifungals", "were", "administered", "empirically", ",", "without", "microbiological", "isolation", "in", "blood", "cultures", ",", "urine", "cultures", "and", "sputum", "cultures", ".", "Viral", "serologies", "were", "also", "negative", ".", "Myocardial", "damage", "markers", "were", "monitored", ",", "with", "maximum", "troponin", "T", "of", "1", ".", "59", ",", "CPK", "of", "279", "and", "CPK", "of", "43", "four", "days", "after", "admission", ",", "with", "progressive", "decrease", "and", "normalisation", "at", "discharge", ".", "ProBNP", "was", "determined", "and", "reached", "a", "maximum", "of", "8319", "pg", "/", "mL", "5", "days", "after", "admission", ".", "In", "the", "absence", "of", "an", "infectious", "focus", ",", "a", "transesophageal", "echocardiogram", "was", "performed", "5", "days", "later", ",", "showing", "borderline", "left", "ventricular", "function", "(", "LVEF", ":", "0", ".", "45-0", ".", "50", ")", ",", "with", "no", "images", "suggestive", "of", "endocarditis", "or", "other", "significant", "findings", ".", "Treatment", "was", "started", "with", "corticoids", ",", "beta-blockers", ",", "ACE", "inhibitors", "and", "diuretics", "with", "clinical", "and", "analytical", "improvement", ",", "with", "borderline", "systolic", "function", "persisting", "in", "the", "echocardiogram", "at", "discharge", ".", "Seen", "in", "consultation", "ten", "days", "later", ",", "he", "reported", "being", "asymptomatic", "cardiovascular", ".", "He", "underwent", "a", "control", "electrocardiogram", "in", "which", "the", "aforementioned", "alterations", "persisted", ",", "an", "echocardiogram", "in", "which", "a", "dilated", "left", "ventricle", "with", "borderline", "systolic", "function", "was", "observed", ",", "without", "pericardial", "effusion", "or", "contractility", "alterations", ",", "and", "a", "blood", "test", "in", "which", "slight", "thrombopenia", "and", "leukopenia", "persisted", ",", "with", "normal", "infectious-inflammatory", "parameters", ".", "The", "following", "day", ",", "an", "MRI", "of", "the", "heart", "was", "performed", "with", "adenosine", "stress", ",", "showing", "signs", "compatible", "with", "acute", "myopericarditis", "and", "borderline", "systolic", "function", ",", "without", "inducing", "myocardial", "ischaemia", ".", "The", "same", "treatment", "was", "maintained", "and", "the", "patient", "was", "scheduled", "for", "a", "follow-up", "appointment", "one", "month", "later", ".", "Diagnosis", "-", "Septic", "shock", "with", "an", "unfiltered", "focus", ".", "-", "Acute", "myopericarditis", "-", "Myelodysplastic", "syndrome", ",", "refractory", "cytopenia", "type", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Male", "label": "HUMAN", "start": 37, "end": 41 }, { "text": "Patient", "label": "HUMAN", "start": 705, "end": 712 }, { "text": "microbiological isolation", "label": "SPECIES", "start": 2158, "end": 2183 }, { "text": "antifungals", "label": "SPECIES", "start": 2107, "end": 2118 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3684, "end": 3691 } ]

[ "", "Two-month-old", "boy", "with", "a", "history", "of", "tracheomalacia", "requiring", "tracheostomy", ".", "He", "presented", "with", "respiratory", "failure", ",", "pneumomediastinum", "and", "bilateral", "pneumothorax", ".", "He", "developed", "refractory", "respiratory", "failure", "and", "was", "given", "emergency", "ECMO", ",", "with", "which", "he", "remained", "for", "8", "days", ".", "Despite", "the", "clinical", "picture", "and", "high", "IL-6", "values", ",", "he", "tested", "negative", "for", "COVID-19", "antibodies", ".", "A", "continuous", "electroencephalogram", "(", "EEGc", ")", "determined", "that", "the", "child", "was", "in", "non-convulsive", "status", "epilepticus", ",", "which", "was", "controlled", "by", "four", "drugs", ".", "Following", "the", "ECMO", "protocol", ",", "daily", "follow-up", "cranial", "ultrasound", "scans", "were", "performed", ".", "On", "day", "1", "of", "ECMO", ",", "a", "cranial", "ultrasound", "showed", "multifocal", "echogenicity", "suspicious", "for", "haemorrhage", ".", "A", "follow-up", "CT", "scan", "revealed", "bilateral", "middle", "cerebral", "artery", "and", "posterior", "cerebral", "artery", "infarcts", "with", "haemorrhagic", "transformation", ".", "The", "patient", "continued", "to", "have", "poor", "seizure", "control", ",", "requiring", "several", "weeks", "of", "intermittent", "EEG", "and", "adjustment", "of", "anti-epileptic", "medication", ",", "including", "continuous", "administration", "of", "phenobarbital", "and", "midazolam", ".", "MRI", "revealed", "evolving", "haemorrhagic", "infarcts", "in", "the", "occipitoparietal", "lobes", "and", "in", "the", "left", "temporal", "and", "frontal", "lobes", "and", "stable", "bilateral", "subdural", "groups", ",", "the", "aetiology", "of", "which", "was", "suspected", "to", "be", "cardioembolic", ".", "At", "this", "time", "the", "patient", "is", "being", "progressively", "weaned", "off", "life", "support", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "child", "label": "HUMAN", "start": 426, "end": 431 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 833, "end": 840 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1268, "end": 1275 } ]

[ "Anamnesis", "65-year-old", "woman", "with", "a", "dubious", "history", "of", "photosensitivity", "and", "arthralgias", "without", "arthritis", "of", "large", "joints", "without", "regular", "medication", ".", "She", "had", "required", "H", ".", "pylori", "eradication", "treatment", "for", "gastritis", ".", "A", "few", "weeks", "after", "completing", "triple", "OCA", "therapy", "(", "Omeprazole", ",", "Clarithromycin", "and", "Amoxicillin", ")", "she", "developed", "a", "skin", "rash", "for", "which", "she", "consulted", ".", "Physical", "examination", "Physical", "examination", "revealed", "a", "symmetrical", "generalised", "exanthematous", "dermatosis", "of", "greater", "intensity", "on", "the", "back", ",", "neck", ",", "back", "of", "the", "arms", "and", "lower", "limbs", "characterised", "by", "annular", "macular", "lesions", ",", "some", "of", "them", "dianiform", ",", "reminiscent", "of", "erythema", "multiforme", "(", "EM", ")", ",", "with", "a", "tendency", "to", "confluence", ".", "It", "was", "accompanied", "by", "palmar", "involvement", ".", "There", "were", "no", "other", "accompanying", "symptoms", "or", "mucosal", "involvement", ".", "Over", "the", "course", "of", "a", "week", "the", "lesions", "converged", "to", "form", "large", "annular-polycyclic", "plaques", ".", "Complementary", "examinations", "A", "blood", "test", "with", "autoimmunity", "determination", "was", "performed", ",", "highlighting", "the", "presence", "of", "antinuclear", "antibodies", "(", "ANA", ")", ">", "1", "/", "160", "with", "a", "mottled", "pattern", ",", "positive", "anti-ENA", "with", "positive", "anti-Ro", "/", "SSA", "and", "positive", "anti-LA", "/", "SSB", ".", "Anti-histone", ",", "rheumatoid", "factor", "and", "complement", "were", "negative", ".", "A", "sample", "was", "taken", "for", "pathological", "examination", "showing", "an", "interface", "dermatitis", "with", "basal", "vacuolar", "damage", "and", "the", "presence", "of", "numerous", "eosinophils", "in", "the", "dermis", "compatible", "with", "MS", "or", "Subacute", "Cutaneous", "Lupus", "Erythematosus", "(", "SCLE", ")", ".", "Diagnosis", "Rowell", "'", "s", "Syndrome", "/", "Subacute", "Cutaneous", "Lupus", "Erythematosus", "Erythematosus", "Drug-induced", "Treatment", "Antihistamine", "treatment", "was", "started", "on", "demand", "together", "with", "oral", "prednisone", "40", "mg", "/", "24", "h", "with", "a", "subsequent", "tapering", "pattern", ".", "Evolution", "Over", "the", "following", "weeks", "the", "lesions", "gradually", "resolved", "and", "progressed", "to", "scaly", "and", "hyperpigmented", "forms", "with", "a", "residual", "appearance", ".", "During", "one", "year", "of", "follow-up", "the", "patient", "did", "not", "present", "new", "outbreaks", "although", "the", "antibodies", "remained", "positive", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 27 }, { "text": "H. pylori", "label": "SPECIES", "start": 166, "end": 175 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1816, "end": 1823 } ]

[ "A", "21-year-old", "woman", "from", "India", ",", "resident", "in", "Spain", "since", "she", "was", "two", "years", "old", ",", "with", "no", "personal", "history", "of", "interest", ",", "consulted", "the", "emergency", "department", "a", "month", "earlier", ",", "after", "returning", "from", "a", "trip", "to", "India", ",", "for", "a", "picture", "of", "liquid", "diarrhoea", "of", "6-8", "stools", "a", "day", "without", "pathological", "products", ",", "and", "in", "the", "last", "week", ",", "fever", "of", "up", "to", "39", ".", "5", "°", "C", ".", "She", "had", "no", "respiratory", "or", "urinary", "symptoms", ".", "She", "had", "no", "associated", "respiratory", "or", "urinary", "symptoms", ",", "although", "she", "reported", "mild", "abdominal", "pain", ".", "The", "trip", "was", "for", "religious", "/", "family", "reasons", ",", "arranged", "marriage", ",", "with", "a", "stay", "of", "6", "months", "mainly", "in", "the", "state", "of", "Rajasthan", "(", "North", "West", "of", "the", "Indian", "subcontinent", ")", ",", "in", "a", "rural", "area", ",", "living", "with", "friends", "and", "relatives", "with", "eating", "habits", "according", "to", "local", "cuisine", "and", "traditions", ".", "She", "reports", "unprotected", "sexual", "relations", "with", "her", "husband", "after", "marriage", ".", "She", "did", "not", "bathe", "in", "rivers", "or", "lakes", ".", "On", "physical", "examination", "she", "had", "a", "blood", "pressure", "(", "BP", ")", "of", "100", "/", "65", "mm", "Hg", "with", "a", "heart", "rate", "(", "HR", ")", "at", "100", "beats", "per", "minute", "(", "bpm", ")", "and", "a", "temperature", "of", "39", "°", "C", ".", "The", "abdomen", "was", "not", "distended", ",", "with", "normal", "hydroaerial", "sounds", ",", "and", "with", "minimal", "pain", "in", "the", "right", "iliac", "fossa", "with", "no", "signs", "of", "peritoneal", "irritation", ".", "The", "rest", "of", "the", "physical", "examination", "was", "normal", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "altered", "liver", "biochemistry", "with", "a", "pattern", "of", "dissociated", "cholestasis", ":", "GOT", "473", "IU", "/", "l", ",", "GPT", "153", "IU", "/", "l", ",", "FA", "272", "IU", "/", "l", ",", "GGT", "323", "IU", "/", "l", "and", "bilirubin", "in", "the", "normal", "range", ".", "C-reactive", "protein", "(", "CRP", ")", "was", "67", "mg", "/", "l", ".", "The", "haemogram", "showed", "12000", "leukocytes", "/", "mm3", "with", "neutrophilia", "(", "polymorphonuclear", "78", "%", ")", "and", "Hb", "6", ".", "5", "g", "/", "l", "(", "VCM", "82", "fL", ",", "HCHM", "30", "pG", ")", ".", "All", "other", "parameters", "including", "renal", "function", ",", "platelet", "count", "and", "coagulation", "study", "were", "normal", ".", "A", "supine", "abdominal", "X-ray", "was", "performed", "with", "no", "relevant", "findings", ",", "as", "well", "as", "an", "abdominal", "ultrasound", "showing", "homogeneous", "splenomegaly", "with", "no", "other", "alterations", ".", "The", "thick", "blood", "smear", "and", "peripheral", "blood", "smear", "showed", "no", "evidence", "of", "parasites", ".", "An", "urgent", "pregnancy", "test", "was", "performed", "with", "a", "positive", "result", ",", "so", "she", "was", "transferred", "to", "the", "Maternity", "Hospital", "for", "gynaecological", "assessment", ",", "confirming", "gestation", "with", "a", "foetus", "with", "no", "signs", "of", "viability", ",", "so", ",", "after", "water", "and", "electrolyte", "replacement", "and", "transfusion", "of", "blood", "products", ",", "she", "underwent", "uterine", "curettage", ".", "Subsequent", "clinical", "evolution", "was", "not", "favourable", ",", "with", "persistent", "fever", ",", "diarrhoea", "and", "decreased", "level", "of", "consciousness", ",", "so", "it", "was", "decided", "to", "start", "empirical", "antibiotic", "therapy", "with", "ceftriaxone", "and", "metronidazole", ",", "with", "suspicion", "of", "septic", "symptoms", "after", "curettage", ".", "However", ",", "in", "the", "absence", "of", "response", ",", "it", "was", "decided", "to", "consult", "with", "Infectious", "Diseases", ".", "Differential", "diagnosis", "The", "diarrhoeal", "symptoms", "of", "more", "than", "three", "weeks", "'", "duration", ",", "with", "short-lasting", "fever", ",", "the", "recent", "history", "of", "travel", "to", "a", "tropical", "area", ",", "the", "type", "of", "travel", ",", "the", "pregnancy-induced", "immunosuppression", "and", "the", "lack", "of", "initial", "response", "to", "empirical", "broad-spectrum", "antibiotherapy", "are", "key", "details", "in", "the", "diagnostic", "approach", "to", "this", "patient", ".", "Diarrhoea", "following", "a", "trip", "to", "the", "tropics", "is", "the", "most", "frequent", "reason", "for", "consultation", "at", "traveller", "'", "s", "pathology", "centres", ".", "The", "most", "frequent", "microorganisms", "of", "bacterial", "origin", "are", ":", "Enterotoxigenic", "Escherichia", "coli", ",", "enteroaggregative", "Escherichia", "coli", ",", "Campylobacter", "jejuni", ",", "Shigella", "spp", "and", "Salmonella", "spp", ".", "Other", "agents", "to", "consider", "are", ":", "Norovirus", ",", "Rotavirus", ",", "Giardia", "lamblia", ",", "Entamoeba", "histolytica", "and", "Cyclospora", ".", "Most", "of", "them", "cause", "acute", "symptoms", ",", "which", "manifest", "themselves", "within", "the", "first", "two", "weeks", "of", "acquisition", ",", "are", "self-limiting", "and", "have", "a", "good", "response", "to", "etiological", "treatment", ",", "if", "necessary", ".", "In", "this", "patient", ",", "the", "duration", "of", "the", "symptoms", "makes", "it", "unlikely", "that", "they", "are", "due", "to", "the", "most", "common", "bacterial", "microorganisms", ".", "Furthermore", ",", "all", "of", "them", "should", "have", "responded", "to", "the", "antibiotic", "treatment", "initiated", ".", "A", "viral", "aetiology", "has", "been", "ruled", "out", "due", "to", "the", "duration", "of", "the", "symptoms", ".", "The", "type", "of", "non-inflammatory", "diarrhoea", "makes", "Entamoeba", "histolytica", "unlikely", ".", "A", "parasitic", "origin", "is", "therefore", "more", "likely", ",", "which", "would", "have", "to", "be", "ruled", "out", "by", "stool", "examination", ".", "However", ",", "the", "splenomegaly", "observed", ",", "as", "well", "as", "the", "CRP", "values", ",", "are", "not", "initially", "consistent", "with", "the", "possibility", "of", "a", "parasitic", "aetiology", ".", "The", "severe", "anaemia", "on", "admission", ",", "with", "no", "evidence", "of", "external", "bleeding", ",", "together", "with", "the", "chronic", "nature", "of", "the", "symptoms", ",", "could", "indicate", "a", "long-standing", "infection", "or", "chronic", "intestinal", "blood", "loss", "that", "is", "not", "evident", ".", "Given", "the", "high", "rate", "of", "Salmonella", "typhoid", "infection", "in", "India", ",", "the", "possibility", "of", "typhoid", "fever", "with", "intestinal", "microbleeding", "due", "to", "Peyer", "'", "s", "plaque", "hypertrophy", "should", "be", "considered", ",", "a", "diagnosis", "that", "would", "justify", "the", "associated", "splenomegaly", ".", "However", ",", "typhoid", "fever", "usually", "presents", "as", "an", "acute", "systemic", "condition", ",", "which", "is", "not", "consistent", "with", "the", "chronicity", "of", "the", "clinical", "picture", "in", "this", "patient", ".", "Furthermore", ",", "splenomegaly", "is", "not", "a", "specific", "finding", "and", "there", "are", "numerous", "infectious", "and", "non-infectious", "causes", "that", "may", "explain", "it", ".", "Unprotected", "sexual", "relations", "make", "it", "necessary", "to", "rule", "out", "HIV", "infection", "with", "associated", "opportunistic", "infection", ",", "with", "germs", "such", "as", "Cryptosporidium", "or", "Cyclospora", ".", "Finally", ",", "it", "must", "be", "taken", "into", "account", "that", "pregnancy", "induces", "cellular", "immunosuppression", "that", "can", "facilitate", "infections", "by", "rare", "germs", "such", "as", "Mycobacterium", "tuberculosis", ".", "Evolution", "Based", "on", "the", "above", ",", "the", "following", "were", "requested", "as", "part", "of", "the", "microbiological", "diagnostic", "study", ":", "stool", "culture", "in", "which", "Salmonella", "non-typhi", "was", "isolated", "(", "S", ".", "enteritidis", ",", "R", "to", "nalidixic", "acid", ",", "MIC", ">", "16", "mg", "/", "ml", ")", ";", "smear", "microscopy", "which", "was", "negative", "and", "culture", "of", "mycobacteria", ";", "stool", "parasite", "study", "which", "was", "negative", ",", "and", "blood", "cultures", "which", "were", "also", "negative", ".", "Serological", "studies", "including", "HIV", ",", "HAV", ",", "HBV", ",", "HCV", ",", "Coxiella", "burnetti", ",", "Rickettsia", "connori", "and", "Brucella", "melitensis", "were", "negative", ".", "Water", "and", "electrolyte", "supplementation", "was", "intensified", ",", "and", "a", "progressive", "oral", "diet", "was", "started", ",", "with", "a", "favourable", "evolution", ":", "self-limitation", "of", "the", "diarrhoea", "and", "afebrile", "5", "days", "after", "starting", "antibiotic", "therapy", ",", "with", "a", "decrease", "in", "acute", "phase", "reactants", "(", "AFR", ")", "in", "control", "analyses", "(", "Leukocytes", "9000", "/", "microl", "and", "CRP", "12", "mg", "/", "l", ")", ".", "Based", "on", "stool", "isolation", ",", "clinical", "and", "analytical", "improvement", ",", "together", "with", "the", "absence", "of", "clinical", "signs", "suggestive", "of", "septic", "process", ",", "it", "was", "decided", "to", "discontinue", "empirical", "antibiotherapy", "7", "days", "after", "its", "initiation", ".", "After", "48", "hours", "of", "clinical", "observation", ",", "she", "was", "discharged", "for", "outpatient", "follow-up", "with", "a", "diagnosis", "of", "\"", "acute", "gastroenteritis", "due", "to", "Salmonella", "non-typhi", "\"", "on", "chronic", "diarrhoea", "following", "a", "trip", "to", "the", "tropics", ",", "without", "microbiological", "isolation", "and", "uterine", "curettage", "due", "to", "spontaneous", "abortion", ".", "Fifteen", "days", "later", ",", "she", "was", "readmitted", "for", "persistent", "diarrhoea", ",", "asthenia", ",", "poor", "oral", "intake", "and", "fever", "of", "up", "to", "40", "°", "C", ",", "with", "a", "tendency", "to", "sleep", ".", "On", "admission", "she", "had", "a", "BP", "90", "/", "40", "mm", "Hg", ",", "HR", "110", "bpm", "and", "T", "39", ".", "8", "°", "C", ".", "On", "examination", "she", "was", "conscious", "and", "oriented", ",", "although", "she", "tended", "to", "sleep", ".", "The", "rest", "of", "the", "neurological", "and", "cardiorespiratory", "examination", "was", "normal", ".", "The", "abdomen", "was", "soft", "and", "not", "distended", ",", "with", "abundant", "peristaltic", "sounds", "and", "painful", "on", "selective", "palpation", "in", "FID", ",", "with", "no", "signs", "of", "peritoneal", "irritation", "or", "hepatosplenomegaly", ".", "Rectal", "examination", "showed", "an", "empty", "rectal", "ampulla", ",", "with", "no", "traces", "of", "bleeding", ".", "There", "were", "no", "palpable", "adenopathies", "or", "skin", "alterations", ".", "Chest", "X-ray", "was", "performed", "in", "posteroanterior", "and", "lateral", "projections", "without", "alterations", ".", "Blood", "tests", "showed", "creatinine", "1", ".", "22", "mg", "/", "dl", ",", "urea", "46", "mg", "/", "dl", ",", "K", "2", ".", "5", "mEq", "/", "l", ",", "Na", "125", "mEq", "/", "l", ",", "CRP", "116", "mg", "/", "l", ",", "amylase", "200", "IU", "/", "l", ",", "GOT", "520", "IU", "/", "l", ",", "GPT", "180", "IU", "/", "l", ",", "FA", "302", "IU", "/", "l", ",", "GGT", "380", "IU", "/", "l", "and", "bilirubin", "in", "normal", "range", ".", "The", "total", "leukocyte", "count", "was", "10", ",", "000", "/", "mm3", "with", "600", "lymphocytes", "/", "mm3", ".", "The", "haemogram", "showed", "mild", "anaemia", "12", ".", "7", "g", "/", "l", "with", "platelets", "and", "coagulation", "in", "the", "normal", "range", ".", "The", "ultrasound", "study", "showed", "no", "alterations", "with", "respect", "to", "the", "previous", "one", ".", "Blood", "cultures", "were", "obtained", "and", "Salmonella", "typhi", "(", "R", "to", "Nalidixic", "Acid", ",", "MIC", ">", "16", "mg", "/", "ml", ")", "was", "isolated", ",", "so", "antibiotic", "treatment", "with", "ceftriaxone", "was", "started", "for", "14", "days", ".", "The", "isolation", "of", "two", "different", "subtypes", "of", "the", "same", "species", ",", "in", "two", "consecutive", "admissions", ",", "within", "a", "short", "period", "of", "time", "and", "without", "clinical", "improvement", ",", "led", "to", "the", "typing", "of", "the", "stool", "culture", "from", "the", "first", "admission", "with", "MALDITOF", ",", "which", "was", "finally", "identified", "as", "Salmonella", "typhy", "with", "the", "same", "antibiogram", "as", "the", "blood", "culture", ".", "Despite", "intravenous", "antibiotic", "treatment", "for", "two", "weeks", "with", "a", "negative", "blood", "culture", "after", "5", "days", ",", "the", "patient", "did", "not", "improve", "with", "daily", "evening", "fever", ",", "diarrhoea", "and", "abdominal", "pain", ".", "The", "diagnosis", "of", "acute", "gastroenteritis", "on", "first", "admission", "did", "not", "justify", "the", "clinical", "chronology", "of", "the", "clinical", "picture", ".", "The", "isolation", "of", "Salmonella", "tiphy", "in", "blood", "cultures", "made", "it", "possible", "to", "correct", "the", "initial", "diagnosis", ",", "which", ",", "however", ",", "still", "did", "not", "explain", "all", "the", "present", "symptoms", ",", "due", "to", "both", "the", "duration", "and", "the", "lack", "of", "response", "to", "treatment", "with", "ceftriaxone", ".", "Acquired", "resistance", "to", "third", "generation", "cephalosporins", ",", "although", "a", "possibility", ",", "is", "extremely", "rare", ".", "Two", "options", "were", "therefore", "considered", ":", "co-infection", "by", "an", "unidentified", "germ", "or", "extending", "the", "study", "to", "non-infectious", "causes", ",", "among", "which", "neoplastic", "processes", "(", "neuroendocrine", ",", "lymphomas", "or", "adenocarcinoma", ")", "or", "autoimmune", "processes", "such", "as", "inflammatory", "bowel", "disease", "should", "be", "ruled", "out", "as", "the", "main", "suspicions", ".", "In", "this", "sense", ",", "a", "colonoscopy", "was", "proposed", "for", "the", "diagnostic", "study", ".", "On", "re-interrogation", "and", "further", "anamnesis", ",", "the", "patient", "reported", "a", "weight", "loss", "of", "approximately", "20", "kg", "in", "the", "last", "3", "months", ",", "with", "a", "current", "BMI", "of", "23", ".", "9", "kg", "/", "m2", "(", "previous", "BMI", "of", "31", ".", "2", "kg", "/", "m2", "with", "a", "body", "weight", "loss", "of", "23", ".", "6", "%", "in", "that", "period", ")", ".", "Also", ",", "prior", "to", "the", "onset", "of", "the", "diarrhoea", ",", "he", "had", "profuse", "night", "sweats", ",", "which", "he", "interpreted", "as", "fever", ",", "but", "never", "observed", ".", "Finally", ",", "the", "microbiology", "laboratory", "reported", "the", "growth", "of", "Mycobacterium", "tuberculosis", "in", "the", "stool", "sample", "obtained", "on", "the", "first", "hospital", "admission", "(", "22", "days", "earlier", ")", ".", "Treatment", "was", "started", "with", "a", "standard", "regimen", "of", "Isoniazid", "(", "H", ")", ",", "Rifampicin", "(", "R", ")", "and", "Pyrazinamide", "(", "Z", ")", "(", "Rifater", "®", ")", ",", "adjusted", "to", "weight", ".", "One", "week", "later", ",", "the", "patient", "showed", "evident", "improvement", "in", "general", "and", "nutritional", "status", ",", "was", "afebrile", "with", "resolution", "of", "diarrhoea", "and", "abdominal", "pain", ",", "so", "colonoscopy", "was", "not", "considered", "necessary", ".", "The", "patient", "received", "a", "total", "of", "2", "months", "of", "HRZ", "and", "7", "months", "of", "HR", ",", "with", "regular", "outpatient", "visits", ",", "favourable", "evolution", ",", "negative", "stool", "culture", "at", "one", "month", "of", "treatment", ",", "and", "no", "evidence", "of", "extraintestinal", "involvement", ".", "Final", "diagnosis", "Intestinal", "tuberculosis", "and", "typhoid", "fever", "and", "associated", "protein-calorie", "malnutrition", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 19 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 87, "end": 95 }, { "text": "friends", "label": "HUMAN", "start": 669, "end": 676 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 507, "end": 513 }, { "text": "relatives", "label": "HUMAN", "start": 681, "end": 690 }, { "text": "husband", "label": "HUMAN", "start": 803, "end": 810 }, { "text": "marriage", "label": "HUMAN", "start": 532, "end": 540 }, { "text": "marriage", "label": "HUMAN", "start": 817, "end": 825 }, { "text": "parasites", "label": "SPECIES", "start": 1890, "end": 1899 }, { "text": "Campylobacter jejuni", "label": "SPECIES", "start": 3176, "end": 3196 }, { "text": "Cryptosporidium", "label": "SPECIES", "start": 5009, "end": 5024 }, { "text": "Entamoeba histolytica", "label": "SPECIES", "start": 3300, "end": 3321 }, { "text": "Entamoeba histolytica", "label": "SPECIES", "start": 3857, "end": 3878 }, { "text": "Enterotoxigenic Escherichia coli", "label": "SPECIES", "start": 3106, "end": 3138 }, { "text": "enteroaggregative Escherichia coli", "label": "SPECIES", "start": 3140, "end": 3174 }, { "text": "Mycobacterium tuberculosis", "label": "SPECIES", "start": 5182, "end": 5208 }, { "text": "Rotavirus", "label": "SPECIES", "start": 3272, "end": 3281 }, { "text": "Salmonella spp", "label": "SPECIES", "start": 3215, "end": 3229 }, { "text": "Shigella spp", "label": "SPECIES", "start": 3198, "end": 3210 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 4935, "end": 4938 }, { "text": "germs", "label": "SPECIES", "start": 4995, "end": 5000 }, { "text": "bacterial microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 3626, "end": 3650 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2918, "end": 2925 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3533, "end": 3540 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4734, "end": 4741 }, { "text": "parasitic", "label": "SPECIES", "start": 3891, "end": 3900 }, { "text": "parasitic", "label": "SPECIES", "start": 4107, "end": 4116 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 3740, "end": 3745 }, { "text": "Norovirus", "label": "SPECIES", "start": 3261, "end": 3270 }, { "text": "Giardia lamblia", "label": "SPECIES", "start": 3283, "end": 3298 }, { "text": "Cyclospora", "label": "SPECIES", "start": 3326, "end": 3336 }, { "text": "Cyclospora", "label": "SPECIES", "start": 5028, "end": 5038 }, { "text": "traveller", "label": "HUMAN", "start": 3017, "end": 3026 }, { "text": "Brucella melitensis", "label": "SPECIES", "start": 5673, "end": 5692 }, { "text": "Coxiella burnetti", "label": "SPECIES", "start": 5631, "end": 5648 }, { "text": "Rickettsia connori", "label": "SPECIES", "start": 5650, "end": 5668 }, { "text": "Salmonella non-typhi", "label": "SPECIES", "start": 5342, "end": 5362 }, { "text": "HAV", "label": "SPECIES", "start": 5616, "end": 5619 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 5621, "end": 5624 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 5626, "end": 5629 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 5611, "end": 5614 }, { "text": "smear microscopy", "label": "SPECIES", "start": 5430, "end": 5446 }, { "text": "mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 5481, "end": 5493 }, { "text": "parasite", "label": "SPECIES", "start": 5501, "end": 5509 }, { "text": "S. enteritidis", "label": "SPECIES", "start": 5377, "end": 5391 }, { "text": "Salmonella non-typhi", "label": "SPECIES", "start": 6387, "end": 6407 }, { "text": "microbiological isolation", "label": "SPECIES", "start": 6471, "end": 6496 }, { "text": "Salmonella typhy", "label": "SPECIES", "start": 8187, "end": 8203 }, { "text": "Salmonella typhi", "label": "SPECIES", "start": 7786, "end": 7802 }, { "text": "species", "label": "SPECIES", "start": 7972, "end": 7979 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 8355, "end": 8362 }, { "text": "Salmonella tiphy", "label": "SPECIES", "start": 8576, "end": 8592 }, { "text": "germ", "label": "SPECIES", "start": 8977, "end": 8981 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 9328, "end": 9335 }, { "text": "Mycobacterium tuberculosis", "label": "SPECIES", "start": 9699, "end": 9725 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 9959, "end": 9966 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 10140, "end": 10147 } ]

[ "", "A", "64-year-old", "man", ",", "ex-smoker", ",", "with", "hypertension", "and", "severe", "obstructive", "sleep", "apnoea", "syndrome", ",", "presented", "to", "our", "emergency", "department", "with", "dry", "cough", ",", "dyspnoea", "and", "hyperthermia", "of", "4", "days", "'", "evolution", ".", "Clinical", "examination", "was", "normal", "except", "for", "a", "temperature", "of", "37", ".", "3", "oC", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "increased", "fibrinogen", ",", "D-dimer", "and", "C-reactive", "protein", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "unilobular", "interstitial", "opacities", "in", "the", "right", "upper", "lobe", ".", "Treatment", "with", "hydroxychloroquine", "and", "azithromycin", "was", "initiated", "and", "the", "patient", "was", "discharged", "48", "h", "later", ".", "During", "outpatient", "follow-up", ",", "the", "patient", "presented", "chest", "X-ray", "with", "extensive", "pulmonary", "opacities", ",", "lymphocytopenia", "and", "a", "significant", "increase", "in", "C-reactive", "protein", ",", "so", "he", "was", "readmitted", "and", ",", "to", "the", "previous", "treatment", ",", "methylprednisolone", "and", "a", "single", "600", "mg", "dose", "of", "tocilizumab", "were", "added", "(", "day", "4", "from", "the", "first", "ED", "visit", ")", ".", "All", "markers", "of", "inflammation", "improved", ",", "but", "D-dimer", "increased", "significantly", "to", "4640μg", "/", "L", ",", "so", "that", "7", "days", "after", "admission", "(", "day", "11", "from", "symptom", "onset", ")", ",", "a", "CT", "scan", "was", "performed", "to", "look", "for", "acute", "pulmonary", "oedema", "(", "ALE", ")", ",", "which", "showed", "a", "floating", "thrombus", "in", "the", "mid-segment", "of", "the", "descending", "aorta", ".", "Treatment", "with", "LMWH", "at", "an", "antithrombotic", "dose", "was", "initiated", ".", "On", "a", "follow-up", "CT", "angiography", "17", "days", "later", ",", "no", "aortic", "thrombus", "was", "found", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 18 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 495, "end": 502 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 563, "end": 570 } ]

[ "Anamnesis", "34-year-old", "man", ",", "with", "no", "known", "drug", "allergies", "or", "pathological", "history", "of", "interest", ".", "He", "consulted", "in", "April", "2017", "for", "a", "skin", "lesion", "of", "2", "months", "'", "evolution", "on", "the", "left", "inner", "thigh", "and", "painful", "bilateral", "inguinal", "adenopathies", ".", "She", "denied", "fever", "or", "other", "accompanying", "systemic", "symptoms", ".", "He", "had", "been", "treated", "with", "topical", "mupirocin", "for", "10", "days", ",", "prescribed", "by", "his", "primary", "care", "physician", ",", "with", "no", "improvement", "of", "the", "skin", "lesion", ".", "The", "patient", "had", "worked", "as", "a", "teacher", "in", "Côte", "d", "'", "Ivoire", "for", "the", "previous", "2", "years", ",", "where", "he", "had", "been", "bitten", "by", "several", "mosquitoes", "and", "insects", ",", "and", "had", "arrived", "in", "Barcelona", "3", "months", "previously", ".", "He", "reported", "that", "a", "neighbour", "of", "his", "in", "Côte", "d", "'", "Ivoire", "had", "developed", "a", "chronic", "pretibial", "ulcer", "lasting", "more", "than", "4", "weeks", ",", "which", "she", "had", "finally", "healed", "on", "her", "own", ",", "with", "whom", "she", "had", "shared", "towels", ",", "kitchen", "utensils", ".", ".", ".", "but", "they", "had", "not", "had", "any", "intimate", "contact", ".", "She", "also", "explained", "that", "during", "the", "last", "3", "months", "since", "her", "arrival", "in", "Barcelona", "she", "had", "had", "12", "sexual", "contacts", ",", "one", "of", "them", "risky", "and", "unprotected", ",", "with", "a", "partner", "with", "HIV", "infection", ".", "Physical", "examination", "There", "was", "an", "erythematous", ",", "indurated", ",", "warm", "plaque", "with", "a", "central", "superficial", "ulceration", "on", "the", "inner", "surface", "of", "the", "left", "thigh", ",", "approximately", "8", "cm", "in", "diameter", ".", "Multiple", "bilateral", "inguinal", "adenopathies", "were", "palpable", ",", "mobile", ",", "soft", ",", "inflammatory", ",", "painful", "on", "palpation", ".", "Complementary", "examinations", "One", "month", "before", "coming", "to", "our", "clinic", "she", "had", "consulted", "a", "reference", "centre", "for", "tropical", "infections", ",", "where", "she", "had", "undergone", "a", "blood", "test", "with", "no", "abnormalities", ",", "liver", "and", "kidney", "biochemistry", "with", "no", "findings", ",", "negative", "serology", "for", "HIV", ",", "hepatitis", "C", "and", "B", "virus", "and", "treponemal", "tests", "(", "HAART", ")", ",", "a", "urine", "sediment", "with", "no", "findings", ",", "a", "negative", "stool", "parasite", "analysis", "and", "a", "negative", "tuberculin", "test", ".", "A", "skin", "biopsy", "showed", "pseudoepitheliomatous", "hyperplasia", "of", "the", "epidermis", ",", "with", "foci", "of", "hyperkeratosis", "and", "a", "dense", "inflammatory", "infiltrate", "throughout", "the", "dermis", ",", "polymorphous", ",", "consisting", "of", "histiocytic", "cells", "of", "epithelioid", "habitus", ",", "lymphocytes", "and", "abundant", "plasma", "cells", ",", "with", "no", "well-constituted", "granulomas", ".", "The", "vessels", "showed", "a", "prominent", "endothelium", ".", "Immunohistochemistry", "using", "anti-Treponema", "antibody", "showed", "the", "presence", "of", "abundant", "spirochetes", "in", "both", "the", "dermal", "and", "epidermal", "components", ",", "with", "an", "epitheliotropic", "and", "perivascular", "pattern", ".", "The", "skin", "biopsy", "culture", "was", "negative", "for", "bacteria", ",", "fungi", "and", "mycobacteria", ".", "The", "blood", "tests", "were", "also", "repeated", ".", "The", "serology", "on", "this", "occasion", "showed", "a", "positive", "RPR", "reaginic", "test", "at", "a", "titre", "of", "1", ":", "16", "and", "the", "TPHA", "treponemal", "tests", "were", "positive", ",", "showing", "seroconversion", ".", "Diagnosis", "The", "patient", "was", "diagnosed", "with", "a", "luetic", "primoinfection", "with", "an", "extragenital", "chancre", "on", "the", "left", "thigh", ".", "Treatment", "The", "patient", "was", "treated", "with", "a", "dose", "of", "penicillin", "G", "benzathine", "2", ",", "400", ",", "000", "IU", "intramuscularly", ".", "Evolution", "After", "2", "weeks", "the", "skin", "lesion", "had", "healed", ",", "with", "lymphadenopathy", "persisting", "for", "a", "further", "4", "weeks", ".", "RPR", "serology", "after", "3", "months", "was", "positive", "at", "1", ":", "4", "and", "negative", "after", "6", "months", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 25 }, { "text": "primary care physician", "label": "HUMAN", "start": 362, "end": 384 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1039, "end": 1042 }, { "text": "contacts", "label": "HUMAN", "start": 974, "end": 982 }, { "text": "insects", "label": "SPECIES", "start": 556, "end": 563 }, { "text": "mosquitoes", "label": "SPECIES", "start": 541, "end": 551 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 430, "end": 437 }, { "text": "partner", "label": "HUMAN", "start": 1026, "end": 1033 }, { "text": "teacher", "label": "HUMAN", "start": 454, "end": 461 }, { "text": "neighbour", "label": "HUMAN", "start": 634, "end": 643 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1600, "end": 1603 }, { "text": "HAART", "label": "SPECIES", "start": 1651, "end": 1656 }, { "text": "parasite", "label": "SPECIES", "start": 1711, "end": 1719 }, { "text": "treponemal", "label": "SPECIES", "start": 1633, "end": 1643 }, { "text": "tuberculin", "label": "SPECIES", "start": 1744, "end": 1754 }, { "text": "hepatitis C and B virus", "label": "SPECIES", "start": 1605, "end": 1628 }, { "text": "bacteria", "label": "SPECIES", "start": 2342, "end": 2350 }, { "text": "spirochetes", "label": "SPECIES", "start": 2194, "end": 2205 }, { "text": "fungi", "label": "SPECIES", "start": 2352, "end": 2357 }, { "text": "mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 2362, "end": 2374 }, { "text": "Treponema", "label": "SPECIES", "start": 2143, "end": 2152 }, { "text": "TPHA", "label": "SPECIES", "start": 2505, "end": 2509 }, { "text": "treponemal", "label": "SPECIES", "start": 2510, "end": 2520 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2581, "end": 2588 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2695, "end": 2702 } ]

[ "Clinical", "case", ".", "The", "patient", "was", "an", "86-year-old", "woman", "who", "lived", "in", "a", "flat", "in", "the", "Autonomous", "City", "of", "Buenos", "Aires", ",", "where", "she", "lived", "with", "seven", "cats", ".", "She", "consulted", "for", "asthenia", "and", "adynamia", "associated", "with", "muscle", "tremors", "and", "disorientation", ".", "For", "48", "hours", "she", "had", "been", "receiving", "treatment", "with", "non-steroidal", "anti-inflammatory", "drugs", "and", "corisopradol", "for", "painful", "cervical", "osteoarthritis", ".", "She", "had", "no", "history", "of", "drug", "allergies", ",", "diabetes", ",", "hypertension", "or", "tuberculosis", ".", "On", "physical", "examination", "she", "was", "lucid", ",", "responded", "to", "verbal", "commands", "and", "was", "able", "to", "move", "all", "four", "limbs", ".", "There", "were", "no", "signs", "of", "acute", "neurological", "or", "meningeal", "foci", ",", "no", "wounds", "or", "skin", "or", "soft", "tissue", "infections", "at", "the", "time", "of", "consultation", ".", "She", "presented", "with", "a", "soft", ",", "depressible", "and", "painless", "abdomen", ";", "axillary", "temperature", "of", "37", ".", "3", "°", "C", ";", "dry", "skin", "and", "mucous", "membranes", ";", "and", "reported", "hyporexia", ".", "Electrocardiographic", "examination", "showed", "R1-R2", "in", "4", "foci", ",", "with", "no", "signs", "of", "pump", "failure", ".", "On", "auscultation", ",", "there", "were", "no", "associated", "sounds", ".", "The", "patient", "was", "at", "that", "time", "under", "study", "due", "to", "the", "presence", "of", "mammary", "nodules", ",", "under", "surgical", "planning", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "the", "following", "results", ":", "haemoglobin", "10", ".", "8", "mg", "/", "dl", ",", "haematocrit", "32", "%", ",", "platelets", "76", ",", "000", "/", "mm3", ",", "urea", "101", "mg", "/", "dl", ",", "creatinine", "2", ".", "17mg", "/", "dl", ",", "sodium", "134", "mEq", "/", "l", ",", "potassium", "3", ".", "4", "mEq", "/", "l", ",", "chlorides", "95", ".", "7mEq", "/", "l", "and", "leucocytes", "5", ",", "200", "/", "mm3", ".", "Initially", ",", "acute", "renal", "failure", "was", "diagnosed", "and", "admission", "to", "a", "medical", "clinic", "was", "indicated", ".", "24", "hours", "after", "admission", ",", "she", "was", "reactive", "but", "disoriented", "in", "time", "and", "with", "hypoacusis", ";", "she", "could", "move", "all", "four", "limbs", ",", "but", "had", "pain", "on", "cervical", "mobilisation", "and", "halocranial", "headache", ",", "neck", "stiffness", "and", "contracture", "of", "the", "neck", "muscles", ".", "He", "had", "a", "negative", "Babinski", "'", "s", "sign", "and", "preserved", "osteotendinous", "reflexes", ",", "as", "well", "as", "ocular", "mobility", ".", "Tramadol", "and", "diazepam", "were", "prescribed", ".", "A", "computed", "axial", "tomography", "scan", "was", "performed", ",", "which", "showed", "no", "recent", "bleeding", "or", "deviation", "of", "midline", "structures", ".", "A", "lumbar", "puncture", "was", "performed", "and", "the", "cerebrospinal", "fluid", "(", "CSF", ")", "obtained", "was", "sent", "to", "the", "microbiology", "laboratory", "for", "culture", "and", "to", "the", "general", "laboratory", "for", "cytochemistry", ".", "Two", "blood", "cultures", "were", "also", "obtained", ".", "Glycaemia", "was", "undetectable", ",", "in", "contrast", "to", "a", "blood", "glucose", "of", "110", "mg", "/", "dl", ".", "Proteinorrache", "was", "95mg", "/", "dl", ",", "chlorides", "120", "mEq", "/", "l", "and", "cells", "30", "/", "mm3", "with", "a", "predominance", "of", "neutrophils", "(", "11", ",", "000", "leukocytes", "/", "mm3", "in", "blood", ",", "83", "%", "segmented", ")", ".", "Empirical", "treatment", "was", "started", "with", "ceftriaxone", "(", "1g", "/", "12", "h", ")", ",", "ampicillin", "(", "3", "g", "/", "6", "h", ")", "and", "dexamethasone", "(", "8", "mg", "/", "d", ")", ",", "all", "intravenously", "for", "14", "days", ".", "The", "patient", "evolved", "favourably", "and", "after", "8", "days", ",", "once", "haemodynamic", "stability", "was", "achieved", "and", "she", "was", "afebrile", ",", "she", "was", "discharged", "with", "follow-up", "by", "the", "Infectious", "Diseases", "Department", ".", "Microbiological", "studies", ".", "CSF", ":", "Gram", "stain", "showed", "few", "gram-negative", "coccobacilli", ".", "The", "sample", "was", "seeded", "on", "soy", "trypticase", "agar", "with", "5", "%", "sheep", "blood", ",", "on", "chocolate", "agar", "and", "in", "a", "blood", "culture", "bottle", "(", "Bact", "/", "Alert", ",", "bioMérieux", ",", "Marcy", "l", "\"", "Étoile", ",", "France", ")", ".", "After", "24", "h", "of", "incubation", ",", "greyish-white", "colonies", "1-2", "mm", "in", "diameter", ",", "non", "haemolytic", ",", "with", "spermaceous", "odour", "were", "observed", ",", "which", "corresponded", "to", "gram-negative", "coccobacilli", "by", "Gram", "staining", ".", "The", "blood", "culture", "bottle", "was", "positive", "at", "11", ".", "5", "h", ",", "also", "with", "gram-negative", "coccobacilli", ".", "Blood", ":", "two", "blood", "cultures", "were", "obtained", "in", "standard", "Bact", "/", "Alert", "bottles", ".", "These", "were", "positive", "at", "3", ".", "7", "and", "10", ".", "8", "h", "and", "Gram", "staining", "also", "showed", "gram-negative", "coccobacilli", ".", "Subculture", "was", "performed", "on", "soy", "agartrypticase", "with", "5", "%", "sheep", "blood", "and", "on", "chocolate", "agar", ",", "and", "similar", "colonies", "were", "obtained", "as", "in", "the", "CSF", "culture", ".", "Identification", ":", "blood", "culture", "and", "CSF", "isolates", "were", "identified", "as", "P", ".", "multocida", "by", "API", "20NE", ",", "API", "20E", ",", "by", "Vitek", "1", "(", "bioMérieux", ",", "Marcyl", "\"", "Étoile", ",", "France", ")", "and", "by", "additional", "tests", ".", "Antibiotic", "sensitivity", "was", "determined", "by", "the", "epsilometric", "method", "according", "to", "the", "manufacturer", "'", "s", "recommendations", "(", "E", "test", ",", "AB-Biodisk", ",", "Solna", ",", "Sweden", ")", ";", "Mueller", "Hinton", "agar", "with", "5", "%", "sheep", "blood", "was", "used", ",", "inoculum", "was", "equivalent", "to", "McFarland", "turbidity", "standard", "1", ";", "temperature", ",", "atmosphere", "and", "incubation", "time", "of", "35", "°", "C", ",", "5-10", "%", "CO2", "and", "48", "h", ",", "respectively", ".", "The", "strain", ",", "according", "to", "CLSI", "cut-off", "points", ",", "was", "sensitive", "to", "the", "following", "antibiotics", ":", "penicillin", "0", ".", "032", "μg", "/", "ml", ",", "ceftriaxone", "0", ".", "003", "μg", "/", "ml", ",", "levofloxacin", "0", ".", "025", "μg", "/", "ml", "and", "tetracycline", "0", ".", "032", "μg", "/", "ml", ".", "Detection", "of", "β-lactamase", "by", "nitrocefin", "test", "was", "also", "performed", ",", "with", "negative", "result", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "cats", "label": "SPECIES", "start": 139, "end": 143 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 46, "end": 51 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 19, "end": 26 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 987, "end": 994 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2490, "end": 2497 }, { "text": "gram-negative coccobacilli", "label": "SPECIES", "start": 2723, "end": 2749 }, { "text": "gram-negative coccobacilli", "label": "SPECIES", "start": 3061, "end": 3087 }, { "text": "gram-negative coccobacilli", "label": "SPECIES", "start": 3165, "end": 3191 }, { "text": "gram-negative coccobacilli", "label": "SPECIES", "start": 3333, "end": 3359 }, { "text": "colonies", "label": "SPECIES", "start": 2956, "end": 2964 }, { "text": "colonies", "label": "SPECIES", "start": 3463, "end": 3471 }, { "text": "P. multocida", "label": "SPECIES", "start": 3575, "end": 3587 }, { "text": "strain", "label": "SPECIES", "start": 4033, "end": 4039 } ]

[ "Anamnesis", "47-year-old", "woman", "allergic", "to", "iodine", ",", "social", "smoker", ",", "operated", "on", "for", "varicose", "veins", ",", "two", "caesarean", "sections", "and", "a", "gluteal", "abscess", ".", "No", "other", "medical", "history", "of", "interest", "or", "usual", "treatment", ".", "Lives", "with", "her", "husband", "and", "three", "children", ",", "works", "as", "a", "teacher", ".", "As", "a", "result", "of", "iron", "deficiency", "anaemia", "that", "had", "been", "evolving", "for", "a", "year", "and", "had", "not", "improved", "despite", "oral", "ferrotherapy", ",", "a", "colonoscopy", "was", "performed", "in", "January", "2017", ".", "This", "revealed", "a", "neoformation", "60", "cm", "from", "the", "anal", "margin", "with", "a", "positive", "biopsy", "for", "adenocarcinoma", ".", "A", "CT", "scan", "of", "the", "body", "and", "MRI", "of", "the", "liver", "revealed", "the", "presence", "of", "at", "least", "four", "liver", "metastases", "in", "both", "lobes", ",", "the", "largest", "of", "which", "was", "15", "mm", "in", "diameter", ".", "Given", "the", "results", ",", "it", "was", "initially", "decided", "to", "perform", "surgery", "on", "the", "primary", "and", ",", "depending", "on", "the", "intraoperative", "findings", ",", "to", "also", "perform", "surgery", "on", "the", "liver", "metastases", ".", "In", "February", "2017", ",", "a", "laparoscopic", "sigmoidectomy", "was", "performed", "with", "intraoperative", "ultrasound", ",", "where", "multiple", "liver", "metastases", "were", "observed", ";", "at", "least", "3", "in", "the", "left", "hepatic", "lobe", "and", "5", "small", "ones", "in", "the", "right", ",", "so", "no", "action", "was", "taken", "on", "them", ".", "The", "anatomopathological", "study", "of", "the", "surgical", "specimen", "confirmed", "adenocarcinoma", "of", "the", "colon", "(", "pT3", ")", ",", "with", "metastases", "in", "5", "of", "the", "30", "resected", "lymph", "nodes", "(", "pN2a", ")", ";", "without", "loss", "of", "expression", "of", "repair", "proteins", "and", "with", "mutation", "in", "exon", "2", "of", "KRAS", ".", "After", "surgery", ",", "the", "case", "was", "presented", "in", "a", "multidisciplinary", "session", ",", "deciding", "on", "perioperative", "chemotherapy", "treatment", "and", "assessing", "the", "resection", "of", "the", "liver", "metastases", "depending", "on", "the", "response", ".", "In", "March", "2017", "he", "began", "treatment", "with", "XELOX", ",", "which", "he", "received", "for", "4", "cycles", ".", "In", "the", "re-evaluation", "CT", "and", "MRI", "scan", ",", "hepatic", "progression", "was", "observed", ",", "so", "2nd", "line", "with", "FOLFIRI-aflibercept", "was", "started", ".", "After", "6", "cycles", ",", "a", "serological", "and", "radiological", "response", "was", "observed", "and", ",", "in", "November", "2017", ",", "metastasectomy", "of", "the", "liver", "lesions", "was", "performed", ".", "Initially", ",", "the", "patient", "had", "a", "good", "evolution", ",", "but", "on", "the", "2nd", "postoperative", "day", ",", "he", "began", "to", "show", "haemodynamic", "instability", ".", "Physical", "examination", "At", "the", "time", "of", "our", "assessment", "on", "the", "General", "Surgery", "ward", ",", "the", "patient", "presented", "with", "BP", "69", "/", "40", "mm", "Hg", ",", "heart", "rate", "120", "bpm", ",", "tachypnoea", "at", "rest", ",", "mucocutaneous", "pallor", ",", "poor", "distal", "perfusion", "and", "nausea", ".", "The", "abdomen", "is", "soft", ",", "there", "is", "no", "peritonism", "and", "the", "abdominal", "drainage", "debit", "remains", "unchanged", ".", "Additional", "tests", "An", "urgent", "CT", "scan", "was", "requested", "in", "which", "no", "acute", "post-surgical", "complications", "were", "seen", ",", "but", "moderate", "pericardial", "effusion", "was", "observed", "which", ",", "on", "transthoracic", "ultrasound", ",", "led", "to", "cardiac", "tamponade", ".", "Pericardiocentesis", "was", "performed", "with", "evacuation", "of", "380", "ml", "of", "serohaematic", "fluid", "with", "exudate", "characteristics", "(", "pH", "<", "7", ".", "2", ",", "LDH", ",", "high", "protein", "and", "cholesterol", ",", "low", "glucose", ")", "and", "with", "a", "large", "number", "of", "red", "blood", "cells", "and", "leukocytes", "(", "90", "%", "polymorphonuclear", ")", ".", "He", "progressed", "favourably", ",", "but", "a", "month", "later", "the", "effusion", "recurred", ",", "this", "time", "with", "associated", "pleural", "effusion", ".", "On", "this", "occasion", ",", "a", "new", "pericardiocentesis", "and", "pleuropericardial", "window", "were", "required", ".", "Troponins", "were", "normal", "at", "all", "times", ".", "Due", "to", "the", "unusual", "nature", "of", "the", "picture", ",", "with", "a", "pericardial", "fluid", "negative", "for", "malignant", "cells", ",", "the", "study", "was", "completed", "with", "numerous", "tests", ".", "The", "immunological", "study", "with", "antinuclear", "antibodies", ",", "rheumatoid", "factor", "and", "complement", "were", "normal", ".", "In", "addition", ",", "the", "presence", "of", "markers", "suggestive", "of", "lymphoma", "in", "the", "pericardial", "fluid", "was", "ruled", "out", ".", "Serologies", "for", "Coxiella", "burnetii", ",", "Bartonella", "henselae", ",", "Borrelia", "burgdorferi", ",", "Entamoeba", "histolytica", ",", "Toxoplasma", "gondii", ",", "herpes", "simplex", "virus", "1", "and", "2", ",", "cytomegalovirus", ",", "Epstein", "Barr", "virus", ",", "varicella", "zoster", "virus", "and", "parvovirus", "B19", "were", "negative", ".", "However", ",", "a", "positive", "rose", "Bengal", "test", "for", "Brucella", ",", "Coombs", "'", "test", "and", "agglutinations", "were", "also", "positive", "with", "a", "titre", "of", "1", "/", "40", ".", "Diagnosis", "In", "this", "context", ",", "a", "diagnosis", "of", "pericardial", "effusion", "secondary", "to", "brucellosis", "was", "established", "in", "a", "patient", "with", "a", "history", "of", "pT3", "pN2a", "pM1", "(", "hepatic", ")", "colon", "adenocarcinoma", "pT3", "pN2a", "pM1", ",", "with", "mutation", "in", "exon", "2", "of", "KRAS", ".", "Treatment", "Based", "on", "these", "findings", ",", "treatment", "with", "doxycycline", "and", "hydroxychloroquine", "was", "started", ",", "but", "hydroxychloroquine", "was", "discontinued", "after", "three", "months", "due", "to", "alterations", "in", "liver", "function", "tests", ".", "Evolution", "After", "6", "months", "of", "treatment", ",", "the", "serology", "was", "negative", "(", "titre", "1", "/", "20", ")", "and", "the", "pericardial", "effusion", "did", "not", "recur", ".", "Regarding", "the", "oncological", "disease", ",", "she", "continued", "to", "be", "monitored", "without", "evidence", "of", "disease", "until", "July", "2018", ",", "when", "a", "liver", "and", "lymph", "node", "relapse", "was", "documented", ".", "Treatment", "was", "resumed", "with", "FOLFIRI-aflibercept", ",", "of", "which", "she", "has", "received", "18", "cycles", "to", "date", "with", "grade", "2", "thrombopenia", "as", "the", "only", "toxicity", ".", "At", "the", "last", "PET", "scan", "in", "March", "2019", ",", "the", "disease", "is", "stable", ".", "The", "patient", "maintains", "ECOG", "0", ",", "has", "an", "active", "life", ",", "continues", "to", "teach", "English", "to", "her", "students", "and", "travels", "once", "a", "year", "to", "Australia", "where", "her", "adoptive", "family", "lives", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 4, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 27 }, { "text": "children", "label": "HUMAN", "start": 231, "end": 239 }, { "text": "husband", "label": "HUMAN", "start": 213, "end": 220 }, { "text": "teacher", "label": "HUMAN", "start": 252, "end": 259 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1896, "end": 1903 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2088, "end": 2095 }, { "text": "Brucella", "label": "SPECIES", "start": 3646, "end": 3654 }, { "text": "Toxoplasma gondii", "label": "SPECIES", "start": 3462, "end": 3479 }, { "text": "cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 3511, "end": 3526 }, { "text": "herpes simplex virus 1 and 2", "label": "SPECIES", "start": 3481, "end": 3509 }, { "text": "Epstein Barr virus", "label": "SPECIES", "start": 3528, "end": 3546 }, { "text": "varicella zoster virus", "label": "SPECIES", "start": 3548, "end": 3570 }, { "text": "Coxiella burnetii", "label": "SPECIES", "start": 3377, "end": 3394 }, { "text": "Bartonella henselae", "label": "SPECIES", "start": 3396, "end": 3415 }, { "text": "Borrelia burgdorferi", "label": "SPECIES", "start": 3417, "end": 3437 }, { "text": "Entamoeba histolytica", "label": "SPECIES", "start": 3439, "end": 3460 }, { "text": "parvovirus B19", "label": "SPECIES", "start": 3575, "end": 3589 } ]

[ "We", "present", "the", "clinical", "case", "of", "a", "68-year-old", "man", "with", "diarrhoea", "lasting", "more", "than", "14", "days", "and", "a", "weight", "loss", "of", "8", "kg", "in", "three", "months", ".", "His", "personal", "history", "included", "a", "heart", "transplant", "for", "ischaemic", "dilated", "cardiomyopathy", "(", "2005", ")", ",", "a", "bicameral", "endocavitary", "pacemaker", ",", "grade", "IV", "chronic", "renal", "failure", "and", "urothelial", "carcinoma", "diagnosed", "a", "few", "months", "earlier", ".", "He", "was", "undergoing", "immunosuppressive", "therapy", "with", "mycophenolate", ",", "everolimus", "and", "deflazacort", ".", "The", "patient", "attended", "the", "emergency", "department", "in", "June", "2014", ",", "reporting", "four", "to", "five", "daily", "bowel", "movements", "of", "liquid", "consistency", "and", "without", "pathological", "products", ",", "together", "with", "colicky", "abdominal", "pain", "accentuated", "in", "the", "right", "hypochondrium", "and", "of", "approximately", "two", "to", "three", "weeks", "'", "evolution", ".", "She", "also", "reported", "a", "weight", "loss", "of", "about", "eight", "kilos", "in", "three", "months", ",", "which", "had", "coincided", "with", "the", "recent", "diagnosis", "of", "an", "untreated", "urothelial", "carcinoma", "of", "the", "bladder", ".", "Examination", "revealed", "a", "distended", "abdomen", ",", "tympanic", "on", "percussion", "and", "painful", "on", "palpation", "with", "hypersensitivity", "in", "the", "right", "iliac", "fossa", ".", "With", "no", "relevant", "findings", "in", "the", "complementary", "tests", "performed", "in", "the", "emergency", "department", ",", "he", "was", "admitted", "for", "a", "digestive", "work-up", "which", "was", "completed", "with", "abdominal", "CT", "scan", ",", "stool", "culture", ",", "determination", "of", "Clostridium", "difficile", "toxin", ",", "serological", "studies", "for", "viral", "infections", "and", "colonoscopy", ".", "The", "abdominal", "CT", "scan", "showed", "symmetrical", "thickening", "of", "the", "walls", "of", "the", "third", "duodenal", "portion", "with", "trabeculation", "of", "the", "adjacent", "fat", ".", "Digestive", "symptoms", "improved", "with", "symptomatic", "treatment", ",", "intravenous", "fluid", "therapy", "and", "dietary", "rest", ".", "On", "the", "fifth", "day", "of", "admission", ",", "the", "patient", "began", "with", "a", "high", "fever", "and", "disseminated", "vesicular", "lesions", "affecting", "the", "extremities", ",", "trunk", ",", "face", "and", "scalp", ",", "which", "were", "very", "pruritic", ".", "A", "blood", "test", "carried", "out", "at", "that", "time", "revealed", "the", "following", "findings", ":", "11000", "leukocytes", "/", "mm3", "with", "9830", "neutrophils", "/", "mm3", ",", "creatinine", "2", ".", "4", "mg", "/", "dL", "and", "C-reactive", "protein", "244", "mg", "/", "L", ".", "A", "chest", "X-ray", "showed", "an", "interstitial", "infiltrate", "in", "the", "right", "hemithorax", "with", "greater", "involvement", "of", "the", "base", "of", "the", "lung", ".", "In", "view", "of", "these", "findings", ",", "empirical", "treatment", "with", "intravenous", "acyclovir", "and", "levofloxacin", "was", "started", "and", "blood", "and", "sputum", "cultures", ",", "serological", "studies", "and", "a", "sample", "of", "exudate", "from", "one", "of", "the", "vesicles", "was", "taken", "for", "detection", "of", "varicella", "zoster", "(", "VZV", ")", "by", "PCR", ".", "Differential", "diagnosis", "The", "list", "of", "possible", "causes", "of", "diarrhoea", "is", "quite", "extensive", ".", "The", "duration", "of", "symptoms", "allows", "us", "to", "narrow", "down", "the", "possible", "options", "by", "differentiating", "between", "acute", "diarrhoea", ",", "lasting", "less", "than", "two", "weeks", ",", "and", "chronic", "diarrhoea", ",", "lasting", "more", "than", "two", "weeks", ".", "On", "the", "other", "hand", ",", "the", "presence", "of", "fever", ",", "chills", ",", "blood", "or", "traces", "of", "pus", "in", "the", "faeces", "are", "clinical", "data", "that", "point", "to", "an", "inflammatory", "process", ",", "usually", "of", "an", "infectious", "nature", ".", "Infectious", "causes", "should", "be", "especially", "considered", "in", "immunocompromised", "or", "transplanted", "patients", ",", "as", "in", "our", "case", ".", "The", "probability", "of", "the", "different", "aetiologies", "will", "vary", "according", "to", "the", "time", "elapsed", "since", "transplantation", ".", "In", "long-term", "transplant", "recipients", ",", "the", "most", "frequent", "infections", "are", "those", "acquired", "in", "the", "community", ".", "In", "these", "patients", ",", "colonoscopy", "and", "biopsy", "are", "particularly", "necessary", ",", "which", "will", "provide", "data", "on", "the", "extent", "of", "the", "process", "and", "may", "also", "suggest", "other", "diagnoses", "such", "as", "inflammatory", "bowel", "disease", ",", "ischaemic", "colitis", "or", "neoplasia", ".", "Mycophenolate", "is", "an", "immunosuppressant", "frequently", "used", "in", "transplant", "patients", "whose", "side", "effects", "include", "gastroenteritis", ",", "which", "sometimes", "leads", "to", "changes", "in", "the", "dose", "to", "be", "prescribed", ".", "Finally", ",", "Clostridium", "difficile", "colitis", "is", "an", "option", "that", "should", "always", "be", "considered", "in", "this", "group", "of", "patients", ".", "In", "the", "patient", "presented", "here", ",", "the", "duration", "of", "symptoms", "of", "more", "than", "two", "weeks", "and", "the", "absence", "of", "pathological", "products", "in", "the", "stool", "lead", "us", "to", "consider", "the", "most", "common", "causes", "of", "acute", "symptoms", "and", "invasive", "bacterial", "infections", "as", "unlikely", ".", "Even", "so", ",", "given", "his", "condition", "as", "a", "transplanted", "and", "immunosuppressed", "patient", ",", "an", "atypical", "clinical", "evolution", "of", "common", "causes", "of", "acute", "diarrhoea", "could", "be", "expected", ".", "Rare", "infections", "in", "immunocompetent", "subjects", "such", "as", "cytomegalovirus", "(", "CMV", ")", "enteritis", "as", "well", "as", "toxicities", "from", "drugs", "such", "as", "mycophenolate", "should", "be", "considered", ".", "Given", "his", "history", "of", "urothelial", "neoplasia", "and", "the", "higher", "incidence", "of", "tumours", "reported", "in", "patients", "with", "chronic", "immunopressor", "treatments", ",", "the", "possibility", "of", "a", "digestive", "neoplasia", "or", "a", "neoplasia", "at", "another", "level", ",", "and", "the", "diarrhoea", "in", "the", "latter", "case", "could", "be", "explained", "as", "a", "paraneoplastic", "symptom", ".", "Our", "patient", "also", "presented", "on", "the", "fifth", "day", "with", "fever", "and", "disseminated", "vesicular", "lesions", ",", "which", "evolved", "into", "crusts", ",", "presenting", "in", "different", "stages", "of", "evolution", "within", "a", "few", "days", "and", "allowing", "the", "clinical", "diagnosis", "of", "disseminated", "herpes", "zoster", ".", "However", ",", "at", "an", "early", "stage", ",", "the", "clinical", "diagnosis", "was", "not", "so", "obvious", "and", "other", "diagnostic", "hypotheses", "such", "as", "bullous", "pephingoid", ",", "erythema", "multiforme", "or", "exanthema", "medicamentosum", "could", "be", "put", "forward", ".", "Evolution", "The", "result", "of", "PCR", "for", "VZV", "in", "the", "exudate", "of", "one", "of", "the", "vesicles", "was", "positive", ".", "Serology", "showed", "positive", "IgG", "for", "VZV", "and", "negative", "IgM", ".", "Other", "serological", "studies", "requested", "(", "hepatitis", "A", ",", "hepatitis", "B", ",", "hepatitis", "C", ",", "Epstein", "Barr", "virus", ",", "herpes", "simplex", "virus", "I", "and", "II", "(", "HSV", ")", ",", "Yersinia", ",", "Coxiella", "burnetti", "and", "HIV", ")", "were", "negative", "or", "indicative", "of", "past", "infections", ".", "Stool", "culture", "and", "a", "stool", "Clostridium", "difficile", "toxin", "determination", "were", "also", "negative", ".", "Fever", "disappeared", "as", "well", "as", "acute", "phase", "reactants", "decreased", "and", "the", "number", "of", "stools", "per", "day", "decreased", ".", "Upper", "and", "lower", "gastrointestinal", "endoscopy", "was", "performed", "and", "inflammatory", "signs", "were", "found", "in", "the", "colon", "with", "some", "ulceration", ".", "Samples", "of", "colonic", "mucosa", "were", "taken", ",", "showing", "cytopathic", "changes", "and", "inclusion", "bodies", "compatible", "with", "viral", "infection", ".", "PCR", "was", "performed", "with", "a", "positive", "result", "for", "CMV", "(", "112", "copies", ")", "in", "the", "histological", "sample", "and", "in", "plasma", "(", "330", "copies", ")", ".", "CMV", "serology", "showed", "positive", "IgG", "and", "negative", "IgM", ".", "Intravenous", "treatment", "with", "ganciclovir", "was", "started", "at", "a", "dose", "adjusted", "to", "renal", "function", "as", "well", "as", "total", "parenteral", "nutrition", "given", "the", "calorie-protein", "malnutrition", "and", "persistent", "diarrhoea", ".", "Mycophenolate", "levels", "were", "requested", "with", "results", "below", "the", "therapeutic", "range", ".", "Treatment", "with", "intravenous", "ganciclovir", "was", "maintained", "for", "14", "days", ",", "after", "which", "valganciclovir", "was", "started", ",", "obtaining", "a", "negative", "serum", "viral", "load", "in", "the", "first", "week", "and", "clinical", "improvement", "with", "a", "decrease", "in", "the", "number", "of", "stools", ",", "increased", "stool", "consistency", "and", "progressive", "oral", "digestive", "tolerance", ".", "Treatment", "with", "valganciclovir", "was", "maintained", "for", "30", "days", ".", "A", "few", "months", "after", "discharge", ",", "the", "patient", "suffered", "a", "new", "clinical", "deterioration", "with", "intense", "pruritus", ",", "jaundice", ",", "elevated", "cholestasis", "enzymes", ",", "hyperbilirubinaemia", "and", "data", "compatible", "with", "tumour", "of", "the", "biliary", "tract", "with", "intrahepatic", "progression", ".", "By", "the", "patient", "'", "s", "decision", ",", "no", "further", "diagnostic", "or", "therapeutic", "tests", "were", "performed", ",", "and", "he", "was", "transferred", "to", "palliative", "care", ".", "The", "patient", "finally", "died", "as", "a", "consequence", "of", "tumour", "progression", ".", "Final", "diagnosis", "Cytomegalovirus", "enteritis", ".", "Disseminated", "herpes", "zoster", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 46, "end": 49 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 138, "end": 146 }, { "text": "Clostridium difficile", "label": "SPECIES", "start": 1250, "end": 1271 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 449, "end": 456 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 1303, "end": 1308 }, { "text": "infections", "label": "SPECIES", "start": 1309, "end": 1319 }, { "text": "VZV", "label": "SPECIES", "start": 2295, "end": 2298 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1609, "end": 1616 }, { "text": "varicella zoster", "label": "SPECIES", "start": 2277, "end": 2293 }, { "text": "Clostridium difficile", "label": "SPECIES", "start": 3511, "end": 3532 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 2854, "end": 2862 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 3099, "end": 3107 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 3386, "end": 3394 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 3604, "end": 3612 }, { "text": "infections", "label": "SPECIES", "start": 3042, "end": 3052 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4481, "end": 4488 }, { "text": "subjects", "label": "HUMAN", "start": 4054, "end": 4062 }, { "text": "infections", "label": "SPECIES", "start": 3832, "end": 3842 }, { "text": "infections", "label": "SPECIES", "start": 4024, "end": 4034 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 3822, "end": 3831 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 5769, "end": 5772 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 5841, "end": 5844 }, { "text": "Clostridium difficile", "label": "SPECIES", "start": 5312, "end": 5333 }, { "text": "Coxiella burnetti", "label": "SPECIES", "start": 5211, "end": 5228 }, { "text": "HSV", "label": "SPECIES", "start": 5195, "end": 5198 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 5233, "end": 5236 }, { "text": "VZV", "label": "SPECIES", "start": 4957, "end": 4960 }, { "text": "VZV", "label": "SPECIES", "start": 5046, "end": 5049 }, { "text": "Yersinia", "label": "SPECIES", "start": 5201, "end": 5209 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6552, "end": 6559 } ]

[ "CLINICAL", "HISTORY", "This", "is", "a", "64", "year", "old", "male", "patient", "who", "came", "to", "our", "clinic", "diagnosed", "with", "retinal", "detachment", "in", "the", "left", "eye", "two", "days", "ago", "with", "a", "sudden", "decrease", "in", "visual", "acuity", "in", "this", "eye", "and", "who", "also", "reported", "blurred", "vision", "in", "the", "right", "eye", ".", "His", "personal", "history", "includes", "a", "liver", "transplant", "six", "months", "ago", "due", "to", "alpha-one", "antitrypsin", "deficiency", "and", "he", "has", "been", "receiving", "treatment", "with", "prednisone", "tablets", "since", "the", "transplant", ",", "currently", "5", "mg", "/", "day", ",", "and", "mycophenolate", "mofetil", ".", "He", "also", "reports", "insulin-dependent", "diabetes", ".", "EXPLORATION", "During", "the", "examination", ",", "visual", "acuity", "in", "the", "right", "eye", "was", "found", "to", "be", "20", "/", "80", "and", "visual", "acuity", "in", "the", "left", "eye", "of", "light", "perception", "and", "localisation", ".", "Ocular", "pressure", "in", "the", "right", "eye", "is", "25", "mmHg", "and", "in", "the", "left", "eye", "12", "mmHg", ".", "Examination", "of", "the", "anterior", "segment", "shows", "keratic", "precipitates", "of", "intermediate", "size", "occupying", "the", "entire", "endothelial", "surface", "in", "both", "eyes", "with", "the", "presence", "of", "Tyndall", "'", "s", "between", "one", "and", "two", "crosses", ".", "In", "the", "posterior", "segment", ",", "symmetrical", "bilateral", "dense", "vitreous", "opacity", "is", "observed", ",", "with", "vitreitis", "and", "abundant", "brown", "pigment", "that", "hinders", "visualisation", "of", "the", "retina", ".", "Retinal", "detachment", "was", "also", "observed", "in", "the", "left", "eye", "with", "a", "bullous", "appearance", ",", "with", "a", "possible", "tear", "at", "the", "12", "o", "'", "clock", "level", "and", "extreme", "thinning", "of", "the", "retina", ".", "Mode", "A", "and", "B", "ultrasound", "was", "performed", "and", "showed", "intense", "vitreitis", "in", "the", "right", "eye", ",", "posterior", "vitreous", "detachment", "without", "retinal", "detachment", "and", "posterior", "vitreous", "detachment", "in", "the", "left", "eye", ",", "posterior", "vitreous", "detachment", ",", "bullous", "retinal", "detachment", "affecting", "the", "macular", "area", ".", "DIFFERENTIAL", "DIAGNOSIS", "Due", "to", "the", "high", "inflammation", "observed", "in", "both", "the", "anterior", "and", "posterior", "segments", ",", "it", "is", "concluded", "that", "this", "is", "a", "patient", "with", "bilateral", "high-risk", "panuveitis", "with", "retinal", "detachment", "in", "the", "left", "eye", ",", "with", "the", "appearance", "of", "necrotising", "retinitis", ".", "Taking", "into", "account", "that", "this", "is", "a", "transplant", "patient", "with", "immunosuppression", "with", "mycophenolate", "mofetil", ",", "we", "are", "inclined", "towards", "infectious", "uveitis", "with", "necrotising", "retinitis", "that", "has", "caused", "retinal", "detachment", "in", "the", "left", "eye", ".", "Due", "to", "the", "high", "risk", "of", "vitreoretinal", "proliferation", "and", "postoperative", "inflammation", "in", "these", "patients", ",", "we", "decided", "to", "perform", "scleral", "surgery", "associated", "with", "vitrectomy", ".", "Since", "Polymerase", "Chain", "reaction", "(", "PCR", ")", "is", "the", "best", "test", "that", "can", "detect", "the", "infectious", "agent", ",", "a", "vitreous", "humour", "sample", "is", "taken", "during", "the", "same", "surgical", "procedure", ".", "TREATMENT", "Pars", "plana", "vitrectomy", "with", "25", "G", "is", "performed", "at", "the", "beginning", "of", "the", "operation", ",", "using", "air", "infusion", "to", "achieve", "a", "higher", "concentration", "of", "vitreous", "humour", "and", "to", "make", "the", "sample", "richer", "in", "infectious", "agent", ".", "Subsequently", ",", "the", "infusion", "was", "changed", "to", "liquid", "and", "a", "posterior", "detachment", "of", "very", "dense", "vitreous", "was", "observed", ",", "opacified", "by", "the", "degree", "of", "chronic", "inflammation", ",", "and", "an", "extremely", "thinned", "and", "necrotic", "retina", "in", "several", "nasal", "and", "temporal", "foci", ",", "with", "rupture", "at", "12", "hours", ".", "Liquid", "perfluorocarbon", "and", "air", "were", "introduced", "to", "reapply", "the", "retina", "and", "laser", "photocoagulation", "was", "performed", "around", "the", "areas", "of", "necrotising", "retinitis", "and", "the", "tear", "at", "12", "hours", ".", "At", "the", "end", "of", "the", "operation", ",", "taking", "into", "account", "the", "risks", "of", "vitreoretinal", "proliferation", "(", "PVR", ")", ",", "a", "replacement", "with", "5000", "ctsk", "silicone", "oil", "is", "performed", ".", "Analysis", "of", "the", "vitreous", "sample", "by", "PCR", "gave", "an", "undetectable", "titre", "for", "herpes", "simplex", "(", "HSV", ")", ",", "herpes", "zoster", "(", "HZV", ")", "and", "toxoplasma", ",", "and", "the", "titre", "for", "cytomegalovirus", "(", "CMV", ")", "was", "3", ",", "312", ",", "290", "c", "/", "ml", ".", "Treatment", "was", "started", "with", "oral", "valganciclovir", "900", "mg", "daily", "for", "four", "weeks", ".", "The", "postoperative", "period", "was", "satisfactory", ",", "with", "total", "retinal", "reapplication", ".", "In", "the", "left", "eye", ",", "the", "retina", "is", "fully", "applied", "with", "areas", "of", "laser-induced", "whitening", "around", "the", "area", "of", "necrotising", "retinitis", "and", "circumferential", "band-induced", "indentation", ".", "After", "two", "months", ",", "the", "silicone", "oil", "is", "removed", "and", "the", "retina", "is", "maintained", "in", "its", "anatomical", "position", ".", "Optical", "coherence", "tomography", "shows", "discrete", "disorganisation", "and", "atrophy", "of", "the", "inner", "and", "outer", "retina", ",", "with", "no", "macular", "oedema", ".", "The", "final", "visual", "acuity", "was", "20", "/", "40", "in", "the", "left", "eye", ".", "Surgery", "was", "therefore", "decided", "on", "for", "the", "contralateral", "eye", ".", "A", "vitreous", "biopsy", "was", "also", "performed", "under", "air", "and", "large", "areas", "of", "necrotising", "retinitis", "with", "active", "borders", "were", "observed", ",", "but", "without", "retinal", "detachment", ".", "Complete", "vitrectomy", "and", "green", "laser", "photocoagulation", "were", "performed", "around", "the", "areas", "of", "retinal", "necrosis", ",", "and", "hyalinisation", "of", "the", "retinal", "vessels", "was", "also", "observed", ".", "Due", "to", "the", "absence", "of", "retinal", "detachment", "in", "this", "eye", ",", "a", "replacement", "with", "a", "non-expandable", "C3F8", "mixture", "instead", "of", "silicone", "oil", "was", "performed", ".", "The", "result", "is", "PCR", "negative", "for", "HSV", ",", "HZV", "and", "toxoplasma", ",", "and", "positive", "for", "CMV", "at", "a", "level", "of", "14", "843", "680", "c", "/", "ml", ".", "As", "a", "result", ",", "treatment", "with", "oral", "valganciclovir", "900", "mg", "per", "day", "is", "continued", ".", "Remains", "of", "gas", "are", "still", "observed", "in", "the", "upper", "part", ",", "the", "gas", "disappears", "after", "2", "weeks", ",", "areas", "of", "necrotising", "retinitis", "surrounded", "by", "laser", ",", "cystic", "macular", "oedema", "at", "the", "macula", "and", "in", "the", "extreme", "horizontal", "section", "thinning", "of", "the", "retina", "in", "the", "area", "temporal", "to", "the", "macula", "where", "the", "necrotising", "retinitis", "begins", ".", "The", "final", "visual", "acuity", "is", "20", "/", "30", "in", "the", "right", "eye", ".", "Classic", "CMV", "retinitis", "at", "the", "posterior", "pole", "with", "areas", "of", "necrosis", "/", "ischemia", "and", "haemorrhages", "has", "been", "extensively", "described", "in", "the", "literature1", ".", "However", ",", "the", "chronic", "or", "subacute", "course", "of", "this", "patient", "has", "recently", "been", "described", "as", "chronic", "retinal", "necrosis", "in", "partially", "immunocompromised", "patients", ",", "similar", "to", "that", "seen", "with", "HSV", "/", "VZV", "in", "immunocompetent", "patients2", ".", "The", "patients", "described", "in", "the", "publication", "by", "Schneider", "et", "al", ".", "had", "similar", "clinical", "features", "and", "were", "immunosuppressed", "with", "mycophenolate", "mofetil", "or", "steroids", ".", "This", "picture", "represents", "an", "intermediate", "presentation", "between", "classical", "CMV", "retinitis", "and", "necrotising", "retinitis", "of", "the", "HSV", "/", "HZV", "group3", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 44, "end": 51 }, { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 39, "end": 51 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 249, "end": 257 }, { "text": "infectious agent", "label": "SPECIES", "start": 2302, "end": 2318 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1701, "end": 1708 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1878, "end": 1885 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 2151, "end": 2159 }, { "text": "infectious agent", "label": "SPECIES", "start": 2586, "end": 2602 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 3367, "end": 3370 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 4592, "end": 4595 }, { "text": "HSV", "label": "SPECIES", "start": 3290, "end": 3293 }, { "text": "HSV", "label": "SPECIES", "start": 4550, "end": 4553 }, { "text": "cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 3350, "end": 3365 }, { "text": "herpes simplex", "label": "SPECIES", "start": 3274, "end": 3288 }, { "text": "toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 3320, "end": 3330 }, { "text": "toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 4563, "end": 4573 }, { "text": "HZV", "label": "SPECIES", "start": 3311, "end": 3314 }, { "text": "HZV", "label": "SPECIES", "start": 4555, "end": 4558 }, { "text": "herpes zoster", "label": "SPECIES", "start": 3296, "end": 3309 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 5074, "end": 5077 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 5656, "end": 5659 }, { "text": "HSV", "label": "SPECIES", "start": 5389, "end": 5392 }, { "text": "HSV", "label": "SPECIES", "start": 5703, "end": 5706 }, { "text": "VZV", "label": "SPECIES", "start": 5393, "end": 5396 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5258, "end": 5265 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 5353, "end": 5361 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 5431, "end": 5439 }, { "text": "HZV", "label": "SPECIES", "start": 5707, "end": 5710 } ]

[ "", "A", "56-year-old", "woman", ",", "under", "follow-up", "in", "our", "severe", "asthma", "unit", "because", "of", "severe", "late", "onset", "eosinophilic", "asthma", "with", "bronchiectasis", "and", "who", "did", "not", "meet", "the", "criteria", "for", "mixed", "asthma", "and", "COPD", "syndrome", ".", "His", "asthma", "was", "controlled", "by", "high-dose", "inhaled", "corticosteroids", ",", "long-acting", "beta-2", "agonists", ",", "montelukast", ",", "ipratropium", "and", "benralizumab", ".", "On", "8", "March", ",", "he", "attended", "the", "emergency", "department", "for", "a", "24-hour", "episode", "of", "fever", ",", "arthralgia", ",", "myalgia", ",", "dyspnoea", "and", "brownish", "sputum", ".", "Physical", "examination", "revealed", "no", "wheezing", ".", "Additional", "tests", "revealed", "a", "unilobular", "opacity", "in", "the", "right", "lung", ",", "a", "slightly", "elevated", "C-reactive", "protein", "and", "lactate", "dehydrogenase", "value", "and", "a", "positive", "PCR", "result", "for", "SARS-CoV-2", ".", "She", "was", "given", "levofloxacin", "500", "mg", "for", "14", "days", "as", "well", "as", "systemic", "corticosteroids", "(", "1", "mg", "/", "kg", ")", "because", "of", "brownish", "sputum", "and", "a", "history", "of", "bronchiectasis", "(", "according", "to", "hospital", "protocols", ",", "no", "lopinavir", "/", "ritonavir", "and", "hydroxychloroquine", "was", "started", "as", "the", "patient", "was", "not", "hypoxaemic", "at", "that", "time", ")", ".", "The", "patient", "was", "discharged", "on", "the", "fourth", "day", "of", "admission", ",", "taking", "into", "account", "her", "clinically", "stable", "condition", ",", "which", "was", "maintained", "without", "the", "need", "for", "oral", "corticosteroids", ".", "One", "week", "later", ",", "the", "patient", "was", "asymptomatic", ".", "Four", "family", "members", "also", "had", "COVID-19", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 681, "end": 691 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 1212, "end": 1218 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 943, "end": 950 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 989, "end": 996 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1181, "end": 1188 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 20 } ]

[ "Reason", "for", "consultation", "A", "19", "year", "old", "patient", "came", "to", "the", "primary", "care", "clinic", "for", "a", "continuous", "cough", "of", "three", "weeks", "'", "duration", ".", "Individual", "approach", "(", "anamnesis", ",", "examination", ",", "complementary", "tests", ")", ".", "19-year-old", "Spanish", "national", ",", "student", "teacher", ".", "Personal", "history", "of", "right", "bundle", "branch", "block", ",", "allergic", "rhinoconjunctivitis", "and", "mild", "asthma", ".", "No", "family", "history", "of", "interest", ".", "On", "treatment", "with", "salbutamol", "on", "demand", ".", "No", "drug", "allergies", ".", "Drinks", "alcoholic", "beverages", "occasionally", ".", "Non-smoker", ".", "The", "patient", "comes", "to", "the", "clinic", "with", "a", "dry", "cough", "of", "three", "weeks", "'", "evolution", "of", "increasing", "intensity", "that", "interferes", "with", "night-time", "rest", ".", "It", "increases", "with", "exercise", ".", "Slight", "rhinorrhoea", ".", "No", "dyspnoea", "and", "auscultation", "is", "normal", ".", "Partial", "improvement", "using", "salbutamol", "on", "demand", ".", "Given", "the", "personal", "history", ",", "it", "was", "decided", "to", "start", "budesonide", "160", "mcg", "/", "formoterol", "fumarate", "dihydrate", "4", ".", "5", "mcg", "2", "inhalations", "every", "12", "hours", ".", "She", "returned", "two", "months", "later", "with", "a", "cough", "with", "greenish", "expectoration", "and", "fever", "of", "two", "days", "'", "duration", ".", "Auscultation", "showed", "crackles", "in", "the", "left", "base", ",", "so", "Amoxicillin", "875mg", "/", "clavulanic", "acid", "125mg", "every", "8", "hours", "was", "prescribed", "for", "7", "days", "with", "improvement", ".", "Despite", "this", ",", "he", "returned", "three", "weeks", "later", "because", "the", "cough", "persisted", ",", "with", "increased", "access", "in", "the", "last", "week", "and", "whitish", "expectoration", ".", "That", "same", "morning", ",", "haemoptotic", "expectoration", ".", "In", "addition", ",", "he", "again", "presented", "with", "an", "inconsistent", "fever", ",", "reaching", "39-40o", ",", "predominantly", "in", "the", "evening", "and", "with", "night", "sweats", ".", "Pleuritic", "pain", "in", "the", "anterior", "part", "of", "the", "right", "hemithorax", ".", "No", "dyspnoea", ".", "In", "addition", ",", "upon", "further", "anamnesis", ",", "the", "parents", "reported", "a", "weight", "loss", "of", "6-7", "kg", "in", "the", "last", "few", "months", ".", "She", "has", "not", "travelled", ".", "Examination", ":", "good", "general", "condition", ",", "normohydrated", ",", "normoperfused", ",", "eupneic", "at", "rest", ".", "Vitals", ":", "BP", ":", "114", "/", "59", ",", "HR", "104lpm", ",", "SatO2", "99", "%", ",", "T", "37", ".", "8o", ".", "Cardiopulmonary", "auscultation", ":", "rhythmic", ",", "no", "murmurs", ".", "Bladder", "murmur", "was", "preserved", "with", "no", "additional", "sounds", ".", "Urgent", "X-ray", "was", "requested", ",", "showing", ":", "Extensive", "cavitated", "lesion", "in", "the", "right", "upper", "lobe", "with", "a", "hydro-aerial", "level", ".", "Other", "smaller", "lesions", "at", "the", "base", ".", "Nodular", "alveolar-interstitial", "infiltrate", "in", "the", "left", "hemithorax", ",", "suggestive", "of", "bronchogenic", "dissemination", ".", "The", "patient", "was", "referred", "to", "the", "emergency", "department", "for", "further", "tests", "and", "assessment", "by", "respiratory", "medicine", ".", "The", "most", "relevant", "results", "of", "the", "tests", "performed", "were", "as", "follows", ":", "CBC", ":", "C-reactive", "protein", "142", ",", "procalcitonin", "0", ".", "07", ",", "leukocytes", "14590", "/", "μL", "with", "neutrophilia", "93", "%", ".", "Haemoglobin", "12", "g", "/", "dL", ",", "haematocrit", "36", "%", ",", "mean", "corpuscular", "volume", "76", ".", "7fL", ",", "platelets", "430000", "/", "μL", ".", "Sputum", "smear", "microscopy", ":", "Mycobacterium", "tuberculosis", "DNA", "was", "detected", "with", "sensitivity", "to", "all", "first-line", "drugs", "tested", ".", "During", "his", "stay", "in", "the", "emergency", "department", ",", "the", "patient", "remained", "in", "good", "general", "condition", ",", "haemodynamically", "stable", ",", "with", "little", "expectoration", "and", "a", "small", "amount", "of", "haematic", "debris", ".", "The", "patient", "had", "good", "family", "support", "and", "a", "good", "understanding", "of", "the", "diagnosis", ".", "Prevention", "of", "transmission", "of", "the", "disease", "was", "necessary", ",", "so", "discharge", "with", "home", "treatment", "and", "isolation", "was", "decided", ".", "Family", "and", "community", "approach", "Intact", "nuclear", "family", "structure", ",", "the", "patient", "lives", "with", "both", "parents", "and", "older", "brother", ".", "Although", "the", "patient", "was", "initially", "anxious", "at", "home", "given", "the", "possibility", "of", "transmission", "of", "the", "disease", ",", "there", "was", "good", "family", "support", "at", "all", "times", ",", "which", "promoted", "home", "treatment", ".", "Clinical", "judgement", "(", "problem", "list", ",", "differential", "diagnosis", ")", "Cavitary", "pulmonary", "tuberculosis", ".", "The", "case", "raised", "several", "differential", "diagnoses", ":", "bronchial", "hyperreactivity", "or", "respiratory", "tract", "infection", ".", "We", "must", "also", "consider", "other", "pathologies", "that", "present", "haemoptysis", ",", "such", "as", "bronchogenic", "carcinoma", ";", "or", "cavitated", "lesions", ",", "with", "infectious", "causes", "(", "Klebsiella", "pneumoniae", ",", "Streptococcus", "pneumoniae", ",", "Haemophilus", "influenzae", ",", "Nocardiosis", ",", "Actinomycosis", ",", "Aspergillosis", "or", "Histoplasmosis", ")", ",", "neoplastic", "(", "bronchioalveolar", "cancer", "and", "carcinoid", ")", ",", "rheumatological", "(", "granulomatosis", "with", "polyangiitis", ")", "and", "others", ".", "Action", "plan", "and", "evolution", "The", "patient", "started", "home", "treatment", "with", "rifampicin", "150", "/", "isoniazid", "75", "/", "pyrazinamide", "400", "/", "ethambutol", "hydrochloride", "275mg", "4", "tablets", "/", "24h", "for", "two", "months", "with", "good", "tolerance", ",", "then", "changed", "to", "rifampicin", "300", "/", "isociacid", "150mg", "2", "tablets", "/", "24h", ",", "which", "he", "is", "currently", "taking", "and", "will", "remain", "on", "for", "4-7", "months", ".", "He", "spent", "the", "first", "month", "at", "home", "due", "to", "respiratory", "isolation", ".", "Evolution", "The", "patient", "was", "seen", "one", "week", "later", "for", "a", "check-up", ".", "He", "continued", "with", "occasional", "fever", "and", "cough", ".", "He", "was", "anxious", "about", "his", "condition", ",", "especially", "because", "his", "mother", "and", "22-year-old", "brother", "had", "been", "tested", "with", "IGRA", "(", "interferon", "gamma", "release", "assay", ")", ",", "and", "both", "were", "positive", ",", "so", "he", "had", "feelings", "of", "guilt", ".", "He", "has", "been", "seen", "four", "times", "so", "far", "by", "Pneumology", ".", "Good", "evolution", "of", "the", "symptoms", ",", "currently", "occasional", "cough", ".", "Analytical", "tests", "were", "performed", "at", "all", "consultations", ",", "with", "improvement", "in", "acute", "phase", "reactants", ",", "negative", "serology", "for", "HIV", "and", "hepatitis", ",", "and", "a", "new", "sputum", "smear", "test", "two", "months", "later", "negative", "for", "BAAR", ".", "A", "control", "X-ray", "at", "four", "and", "a", "half", "months", "showed", "significant", "improvement", ",", "with", "disappearance", "of", "infiltrates", "in", "the", "left", "lung", ".", "The", "right", "lung", "is", "regressing", ",", "with", "a", "cicatricial", "appearance", ",", "and", "there", "is", "still", "an", "image", "of", "a", "cavity", "in", "the", "right", "upper", "lobe", ".", "Pending", "further", "examination", "by", "the", "pulmonology", "department", ".", "The", "entire", "cohabiting", "family", "underwent", "the", "IGRA", "test", ",", "which", "was", "positive", "for", "his", "mother", "and", "brother", ".", "The", "father", "was", "tested", "again", "eight", "weeks", "later", "and", "was", "still", "negative", ".", "Active", "tuberculosis", "was", "ruled", "out", "in", "the", "mother", "and", "brother", ",", "who", "underwent", "a", "chest", "X-ray", "and", "sputum", "culture", ".", "They", "started", "chemoprophylactic", "treatment", "with", "isoniazid", "300mg", "/", "24h", "for", "9", "months", ",", "with", "adequate", "tolerance", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 38, "end": 45 }, { "text": "student teacher", "label": "HUMAN", "start": 225, "end": 240 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 338, "end": 344 }, { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 242, "end": 250 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 483, "end": 490 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 762, "end": 770 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 1574, "end": 1581 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2169, "end": 2176 }, { "text": "smear microscopy", "label": "SPECIES", "start": 2533, "end": 2549 }, { "text": "Mycobacterium tuberculosis", "label": "SPECIES", "start": 2551, "end": 2577 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2693, "end": 2700 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2831, "end": 2838 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 2848, "end": 2854 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 3024, "end": 3030 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3091, "end": 3098 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3155, "end": 3162 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 3069, "end": 3075 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 3262, "end": 3268 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 3115, "end": 3122 }, { "text": "Haemophilus influenzae", "label": "SPECIES", "start": 3713, "end": 3735 }, { "text": "Klebsiella pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 3664, "end": 3685 }, { "text": "Streptococcus pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 3687, "end": 3711 }, { "text": "Nocardiosis", "label": "SPECIES", "start": 3737, "end": 3748 }, { "text": "Actinomycosis", "label": "SPECIES", "start": 3750, "end": 3763 }, { "text": "Aspergillosis", "label": "SPECIES", "start": 3765, "end": 3778 }, { "text": "Histoplasmosis", "label": "SPECIES", "start": 3782, "end": 3796 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3945, "end": 3952 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4310, "end": 4317 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 4463, "end": 4469 }, { "text": "BAAR", "label": "SPECIES", "start": 4913, "end": 4917 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 4836, "end": 4839 }, { "text": "hepatitis", "label": "SPECIES", "start": 4844, "end": 4853 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 5252, "end": 5258 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 5311, "end": 5317 }, { "text": "father", "label": "HUMAN", "start": 5335, "end": 5341 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 5442, "end": 5448 } ]

[ "Patient", "H", ".", "V", ".", "P", ".", "D", ".", ",", "16", "years", "old", ",", "presented", "with", "chief", "complaint", "of", "difficulty", "in", "phonation", ".", "During", "the", "physical", "examination", ",", "the", "patient", "presented", "with", "tall", "stature", ",", "facial", "pattern", "III", ",", "with", "severe", "maxillary", "hypoplasia", ",", "dental", "crowding", ",", "Angle", "class", "III", "relationship", ",", "anterior", "open", "bite", ",", "bifid", "uvula", "and", "a", "macroglossia", ".", "On", "collecting", "data", "during", "the", "anamnesis", ",", "it", "was", "also", "revealed", "that", ",", "at", "birth", ",", "the", "patient", "had", "an", "abdominal", "wall", "defect", "which", "was", "subsequently", "corrected", ".", "All", "these", "findings", "contributed", "to", "the", "formation", "of", "the", "diagnosis", "of", "Beckwith-Wiedmann", "syndrome", ".", "The", "patient", "was", "incorporated", "to", "orthosurgical", "treatment", ",", "being", "observed", "swallowing", "problems", ",", "phonation", "and", "breathing", "difficulties", ",", "with", "strong", "correlation", "with", "macroglossia", ".", "Therefore", ",", "a", "partial", "glossectomy", "surgical", "procedure", "was", "planned", "for", "this", "case", ",", "prior", "to", "the", "orthognathic", "surgery", "procedure", ".", "The", "technique", "used", "was", "that", "proposed", "by", "Obwegeser", "et", "al", ".", "(", "1964", ")", "10", ",", "in", "which", "the", "central", "segment", "and", "the", "apex", "of", "the", "tongue", "were", "resected", ",", "thereby", "reducing", "its", "dimensions", "in", "the", "anteroposterior", "and", "transverse", "directions", ",", "so", "that", "the", "problems", "related", "to", "speech", "would", "be", "attenuated", ".", "For", "adequate", "control", "of", "transoperative", "bleeding", "and", "ease", "of", "execution", ",", "the", "surgery", "was", "performed", "under", "general", "anaesthesia", "with", "orotracheal", "intubation", ",", "due", "to", "the", "presence", "of", "hypertrophy", "of", "the", "nasal", "turbinates", "that", "prevented", "the", "passage", "of", "the", "nasotracheal", "tube", ".", "To", "make", "the", "incisions", ",", "repair", "points", "were", "established", "with", "2", ".", "0", "cotton", "thread", "at", "the", "lateral", "and", "anterior", "extremities", "of", "the", "tongue", "and", "an", "Allis", "type", "tissue", "grasping", "forceps", "were", "used", "to", "assist", "in", "the", "dissection", ".", "After", "stabilisation", ",", "demarcation", "of", "the", "incision", "with", "methylene", "blue", "and", "infiltrations", "of", "local", "anaesthetic", "(", "lidocaine", "2", "%", "with", "epinephrine", "1", ":", "200", ",", "000", ")", "were", "performed", ".", "Removal", "of", "the", "demarcated", "segment", "was", "performed", "with", "an", "electric", "surgical", "dissector", "(", "colrado", "needle", ",", "Stryker", "Corporation", "®", ")", "in", "the", "apex-base", "direction", ",", "preserving", "the", "lateral", "edges", "and", "minimising", "the", "risk", "of", "injury", "to", "the", "branches", "of", "the", "lingual", "nerve", ".", "The", "segment", "was", "removed", "and", "careful", "haemostasis", "was", "performed", "to", "minimise", "the", "risks", "of", "lingual", "haematoma", "and", "postoperative", "bleeding", ".", "After", "bleeding", "control", ",", "the", "segments", "were", "approximated", "with", "resorbable", "thread", "(", "Vicryl", "3", ".", "0-ETHICON", ")", "from", "the", "deepest", "to", "the", "superficial", "portion", "in", "a", "thorough", "base-to-apex", "approach", ".", "In", "the", "immediate", "postoperative", "period", "it", "was", "already", "possible", "to", "verify", "the", "anterior", "and", "transverse", "reduction", "of", "the", "tongue", "without", "compromising", "the", "airway", ",", "and", "without", "any", "complications", "of", "a", "haemorrhagic", "or", "infectious", "nature", ".", "Ten", "days", "postoperatively", ",", "the", "patient", "started", "speech", "therapy", "to", "help", "the", "return", "of", "tongue", "motility", "and", "phonation", ".", "Currently", ",", "the", "patient", "is", "3", "years", "postoperative", "and", "has", "a", "considerable", "decrease", "in", "the", "size", "of", "the", "tongue", "in", "the", "transverse", "and", "longitudinal", "direction", ",", "with", "no", "reports", "of", "sensory", "or", "gustatory", "loss", "in", "the", "region", ".", "She", "is", "undergoing", "phonoaudiological", "and", "orthodontic", "treatment", "with", "the", "aim", "of", "a", "surgical", "procedure", "to", "correct", "the", "maxillomandibular", "discrepancy", "." ]

[ 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Patient", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 7 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 128, "end": 135 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 400, "end": 407 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 572, "end": 579 }, { "text": "cotton", "label": "SPECIES", "start": 1474, "end": 1480 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2611, "end": 2618 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2710, "end": 2717 } ]

[ "Anamnesis", "65-year-old", "woman", "diagnosed", "in", "1993", "with", "infiltrating", "ductal", "carcinoma", "of", "the", "left", "breast", "T2N2M0", "and", "treated", "by", "radical", "surgery", ",", "locoregional", "radiotherapy", ",", "chemotherapy", "(", "adriamycin", "four", "cycles", "and", "cyclophosphamide", ",", "methotrexate", "and", "fluorouracil", "eight", "cycles", ")", "and", "hormone", "therapy", "(", "tamoxifen", "1997-1999", ",", "toremifene", "1999-2002", ")", ".", "In", "April", "2014", ",", "there", "was", "evidence", "of", "pleuropulmonary", ",", "mediastinal", "lymph", "node", "and", "bone", "recurrence", ".", "Treatment", "was", "started", "with", "paclitaxel-bevacizumab", "plus", "zoledronic", "acid", "and", "letrozole", ".", "In", "November", "of", "that", "year", ",", "radiological", "progression", "of", "the", "disease", "was", "observed", ",", "with", "an", "increase", "in", "pleural", "effusion", ",", "and", "treatment", "with", "everolimus-exemestane", "was", "started", ".", "During", "treatment", "there", "was", "an", "improvement", "in", "radiological", "findings", "and", "tumour", "markers", ".", "After", "3", "months", ",", "she", "began", "with", "mild", "subacute", "dyspnoea", "and", "dry", "cough", "and", "a", "CT", "scan", "was", "performed", "with", "a", "partial", "response", ",", "so", "treatment", "was", "maintained", ".", "In", "February", "2015", ",", "the", "patient", "attended", "the", "emergency", "department", ",", "haemodynamically", "stable", "due", "to", "fever", ",", "dyspnoea", "on", "moderate", "exertion", "and", "cough", ".", "A", "simple", "chest", "X-ray", "revealed", "a", "slight", "left", "pleural", "effusion", "as", "the", "only", "known", "finding", ".", "After", "taking", "cultures", ",", "a", "respiratory", "infection", "was", "suspected", "and", "the", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "Oncology", "Department", "for", "treatment", "with", "levofloxacin", ".", "Three", "days", "after", "admission", "to", "the", "oncology", "department", ",", "he", "persisted", "with", "high", "fever", "and", "a", "tendency", "to", "hypotension", "and", "tachypnoea", ",", "so", "the", "treatment", "was", "extended", "to", "include", "oseltamivir", ",", "meropenem", "and", "vancomycin", ".", "Despite", "antibiotic", "therapy", ",", "the", "patient", "worsened", "markedly", "with", "intense", "dyspnoea", ",", "severe", "hypoxia", ",", "hypotension", "and", "tachycardia", ",", "and", "an", "urgent", "CT", "scan", "was", "performed", ",", "with", "findings", "suggestive", "of", "bilateral", "pneumonia", "as", "the", "first", "possibility", ".", "In", "acute", "respiratory", "failure", ",", "he", "was", "admitted", "to", "the", "Intensive", "Care", "Unit", "(", "ICU", ")", ".", "Physical", "examination", "Conscious", ",", "oriented", ".", "Febrile", ",", "tachypnoeic", ";", "blood", "pressure", "85", "/", "55", "mm", "Hg", ";", "heart", "rate", "130", "bpm", ".", "Saturation", "80", "%", "without", "oxygen", "therapy", ".", "Cardiopulmonary", "auscultation", ":", "rhythmic", "tones", "without", "murmurs", ".", "Generalised", "hypoventilation", ".", "Abdomen", "and", "extremities", "without", "findings", "of", "interest", ".", "Complementary", "tests", "\"", "Haemogram", ":", "leukocytosis", "with", "neutrophilia", ".", "\"", "Biochemistry", ":", "elevation", "of", "acute", "phase", "reactants", ".", "\"", "Arterial", "blood", "gases", ":", "acute", "respiratory", "failure", ".", "\"", "Chest", "X-ray", ":", "bilateral", "alveolointerstitial", "infiltrates", "of", "unidentified", "aetiology", ".", "\"", "Blood", "cultures", ",", "urine", "cultures", ",", "pneumococcal", "and", "Legionella", "antigen", "in", "urine", ",", "serology", "in", "bronchioloalveolar", "lavage", ",", "serum", "galactomannan", ".", "Diagnosis", "Given", "the", "patient", "'", "s", "clinical", "situation", "and", "the", "poor", "evolution", "on", "the", "ward", "despite", "treatment", ",", "the", "possibility", "that", "the", "condition", "was", "due", "to", "pharmacological", "pneumonitis", "in", "the", "context", "of", "treatment", "with", "everolimus", "is", "beginning", "to", "take", "shape", ".", "Treatment", "For", "this", "reason", ",", "in", "addition", "to", "maintaining", "broad-spectrum", "antibiotherapy", "(", "oseltamivir", ",", "meropenem", "and", "cotrimoxazole", ")", ",", "corticotherapy", "was", "started", "at", "a", "dose", "of", "2mg", "/", "kg", "/", "day", ".", "Evolution", "In", "the", "first", "hours", "of", "admission", "to", "the", "ICU", ",", "the", "patient", "remained", "conscious", ",", "haemodynamically", "stable", "with", "a", "tendency", "to", "hypotension", "and", "the", "need", "for", "non-invasive", "mechanical", "ventilation", "(", "NIV", ")", ",", "with", "good", "adaptation", "to", "it", ".", "After", "48", "hours", ",", "the", "clinical", "evolution", "was", "poor", ",", "with", "a", "worsening", "of", "haemodynamic", "parameters", "and", "the", "start", "of", "vasoactive", "treatment", "with", "noradrenaline", "and", "the", "need", "for", "orotacheal", "intubation", "(", "OTI", ")", ".", "Of", "note", "was", "the", "appearance", "of", "an", "erythematous", "skin", "rash", "on", "the", "chest", ",", "abdomen", "and", "extremities", ".", "In", "the", "days", "following", "admission", "to", "the", "ICU", ",", "haemodynamic", "and", "clinical", "improvement", "was", "observed", ",", "which", "allowed", "withdrawal", "of", "noradrenaline", "and", "progress", "in", "weaning", "until", "the", "patient", "was", "extubated", "and", "remained", "on", "NIV", ",", "progressing", "in", "the", "disconnections", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "a", "decrease", "in", "acute", "phase", "reactants", "and", "the", "results", "of", "all", "cultures", "were", "negative", ".", "Given", "the", "patient", "'", "s", "stability", ",", "he", "was", "discharged", "from", "the", "ICU", "and", "readmitted", "to", "the", "oncology", "ward", ",", "where", "grade", "IV", "everolimus", "toxicity", "was", "declared", "to", "the", "Spanish", "Medicines", "Agency", "and", "corticotherapy", "was", "progressively", "reduced", "and", "intensive", "rehabilitation", "was", "carried", "out", "due", "to", "severe", "myopathy", "of", "the", "critical", "patient", "until", "discharge", "home", "and", "follow-up", "in", "outpatient", "clinics", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 27 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 951, "end": 958 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1230, "end": 1237 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1554, "end": 1561 }, { "text": "Legionella", "label": "SPECIES", "start": 2435, "end": 2445 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2545, "end": 2552 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3014, "end": 3021 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3650, "end": 3657 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3846, "end": 3853 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4144, "end": 4151 } ]

[ "Personal", "history", "No", "personal", "history", "of", "interest", ".", "Native", "of", "Benin", ",", "he", "had", "been", "living", "in", "Burkina", "Faso", "and", "Algeria", "where", "he", "presented", "with", "fever", ",", "pain", "in", "the", "upper", "limbs", "and", "macular", "hypesthetic", "skin", "lesions", "receiving", "treatment", "that", "we", "do", "not", "know", ".", "Current", "illness", "In", "September", "2009", ",", "he", "arrived", "in", "Algeciras", "by", "boat", ",", "where", "he", "presented", "fever", ",", "pain", "in", "the", "tip", "of", "the", "finger", "on", "the", "right", "side", "and", "semiology", "of", "pleural", "effusion", ".", "Among", "other", "complementary", "examinations", ",", "thoracentesis", "was", "performed", "with", "cell", "count", "with", "pleocytosis", "of", "lymphocytic", "predominance", "and", "elevated", "adenosine", "deaminase", ",", "cataloguing", "it", "as", "a", "possible", "tuberculous", "aetiology", "and", "initiating", "specific", "treatment", ".", "The", "patient", "was", "transferred", "to", "the", "Red", "Cross", "Reception", "Centre", "in", "Puente", "Genil", "(", "Córdoba", ")", "and", "as", "general", "symptoms", "persisted", "and", "the", "patient", "reported", "diffuse", "abdominal", "discomfort", ",", "nausea", "and", "progressive", "loss", "of", "vision", ",", "we", "were", "referred", "for", "assessment", "and", "treatment", ".", "The", "patient", "also", "presented", "with", "rhinorrhoea", ",", "loss", "of", "distal", "sensitivity", "in", "both", "lower", "limbs", "and", "hypochromic", "macules", "for", "several", "months", ".", "Physical", "examination", "On", "examination", "he", "was", "in", "good", "general", "condition", ",", "well", "nourished", "and", "hydrated", ".", "He", "was", "afebrile", ",", "eupneic", ",", "with", "bilateral", "leucomas", "on", "the", "face", "and", "skull", ",", "without", "lagophthalmos", ".", "Cardiorespiratory", "auscultation", "was", "normal", ".", "He", "had", "pain", "on", "palpation", "in", "the", "right", "hemiabdomen", "and", "cryptorchidism", ",", "as", "well", "as", "retraction", "of", "the", "fifth", "finger", "of", "the", "left", "hand", ",", "and", "necrosis", "of", "the", "tips", "of", "the", "toes", "of", "both", "feet", ".", "Distributed", "all", "over", "the", "trunk", "and", "less", "on", "the", "upper", "limbs", ",", "there", "were", "several", "macular", "lesions", "of", "different", "sizes", ",", "hypoesthetic", "and", "hypochromic", ".", "No", "lymph", "nodes", "were", "palpable", "at", "any", "level", ".", "Neurological", "examination", "revealed", "bilateral", "interosseous", "and", "hypothenar", "atrophy", ";", "decreased", "strength", "in", "the", "quadriceps", "and", "hamstrings", ";", "paresis", "of", "the", "left", "sciatic-popliteal", "muscles", "with", "equine", "gait", ";", "hypoactive", "bicipital", "osteotendinous", "reflexes", ";", "preserved", "algesic", "sensitivity", "up", "to", "the", "distal", "third", "of", "the", "arms", "and", "legs", ",", "with", "positional", "and", "vibratory", "anaesthesia", ";", "stable", "standing", "and", "negative", "Romberg", ";", "normal", "coordination", "and", "tabetic", "gait", ".", "Complementary", "examinations", "General", "laboratory", "tests", "showed", "normal", "haemacytometry", "(", "absence", "of", "eosinophilia", ")", ";", "complete", "biochemistry", "normal", "except", "for", "CK", "673", "U", "/", "L", ";", "elemental", "urinalysis", "was", "normal", ".", "Sputum", "smears", "and", "serial", "sputum", "cultures", "were", "negative", ".", "Serology", "for", "HIV", ",", "hepatitis", "B", "and", "C", "virus", ",", "Epstein-Barr", "virus", ",", "Cytomegalovirus", ",", "Leishmania", "and", "Toxoplasma", "were", "negative", "for", "acute", "infection", ".", "Tuberculin", "test", "with", "12", "mm", "induration", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "obliteration", "of", "the", "right", "costophrenic", "sinus", ".", "Abdominal", "ultrasound", "showed", "no", "remarkable", "findings", ".", "Bone", "mapping", "was", "performed", ",", "showing", "calcification", "at", "the", "interosseous", "margins", "of", "both", "knees", "(", "Pedegrini-Stiese", "disease", ")", ",", "Dupuytren", "'", "s", "contracture", "in", "the", "right", "hand", "(", "fifth", "finger", ")", "and", "loss", "of", "the", "last", "phalanges", "of", "both", "feet", ".", "The", "electroneurogram", "and", "electromyogram", "of", "the", "peroneal", "and", "ulnar", "nerves", "showed", "severe", "polyneuropathic", ",", "sensory", "and", "motor", "involvement", ",", "of", "a", "demyelinating", "nature", "and", "extending", "to", "the", "upper", "and", "lower", "limbs", ".", "Clinical", "judgement", "Multibacillary", "leprosy", ".", "Probable", "pleural", "tuberculosis", ".", "Evolution", "The", "patient", "underwent", "a", "multidisciplinary", "assessment", "by", "dermatology", ",", "neurology", "and", "ophthalmology", ",", "all", "of", "which", "concluded", "that", "the", "patient", "had", "leprosy", ".", "The", "following", "recommendations", "were", "made", "to", "the", "patient", ":", "-", "Daily", "hand", "and", "foot", "mobilisation", "exercises", ".", "-", "Daily", "skin", "care", ",", "with", "daily", "shower", "washing", ",", "using", "gel", "with", "moisturising", "cream", ",", "then", "drying", "and", "applying", "moisturising", "oil", "all", "over", "the", "body", ",", "and", "finally", "applying", "restructuring", "cream", ",", "especially", "to", "the", "hands", "and", "feet", ".", "-", "Avoid", "exposure", "to", "heat", "in", "non-sensitive", "areas", ".", "-", "Use", "soft", "footwear", ",", "preferably", "adapted", "footwear", ".", "-", "Daily", "eye", "care", "with", "application", "of", "artificial", "eye", "drops", "(", "one", "drop", "every", "1-2", "hours", "during", "the", "day", ")", "and", "epithelialising", "ointment", "at", "night", "at", "bedtime", ".", "The", "patient", "was", "treated", "for", "tuberculosis", ",", "receiving", "rifampicin", ",", "isoniazid", ",", "pyrazinamide", "and", "ethambutol", "for", "two", "months", "and", "rifampicin", "and", "isoniazid", "for", "the", "following", "four", "months", ".", "To", "this", "regimen", ",", "dapsone", "100", "mg", "was", "added", ",", "one", "tablet", "daily", "for", "one", "year", "(", "the", "patient", "had", "already", "completed", "standardised", "treatment", "with", "three", "drugs", "-", "dapsone", ",", "rifampicin", "and", "clofazimine", "-", "for", "more", "than", "a", "year", ")", ".", "After", "the", "initial", "treatment", ",", "the", "patient", "went", "for", "a", "check-up", "on", "15", "April", "2010", "and", "was", "found", "to", "be", "stable", ",", "with", "no", "new", "medical", "problems", ".", "Contact", "has", "been", "made", "with", "the", "Fontilles", "Centre", "where", "the", "patient", "will", "be", "sent", "for", "assessment", "and", "follow-up", ".", "He", "is", "awaiting", "corneal", "transplant", "surgery", "by", "the", "Ophthalmology", "Service", "." ]

[ 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 8 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 20, "end": 28 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 678, "end": 685 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 804, "end": 811 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 941, "end": 948 }, { "text": "Cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 2432, "end": 2447 }, { "text": "Leishmania", "label": "SPECIES", "start": 2449, "end": 2459 }, { "text": "Toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 2464, "end": 2474 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2382, "end": 2385 }, { "text": "Epstein-Barr virus", "label": "SPECIES", "start": 2412, "end": 2430 }, { "text": "hepatitis B and C virus", "label": "SPECIES", "start": 2387, "end": 2410 }, { "text": "Tuberculin", "label": "SPECIES", "start": 2510, "end": 2520 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3183, "end": 3190 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3309, "end": 3316 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3378, "end": 3385 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3905, "end": 3912 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4157, "end": 4164 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4323, "end": 4330 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4484, "end": 4491 } ]

[ "We", "present", "the", "case", "of", "a", "28-year-old", "Spanish", "male", ",", "institutionalised", "in", "prison", "since", "December", "2009", "and", "with", "no", "history", "of", "interest", "except", "for", "bronchial", "asthma", "being", "treated", "with", "inhaled", "bronchodilators", ".", "Prior", "to", "his", "admission", "to", "prison", ",", "he", "lived", "in", "the", "north-east", "of", "Brazil", ",", "in", "the", "state", "of", "Ceará", ",", "from", "March", "2008", "to", "August", "2009", ",", "in", "suburban", "areas", "(", "\"", "favelas", "\"", ")", ".", "During", "his", "stay", "in", "Brazil", ",", "he", "reports", "drinking", "tap", "water", "and", "fresh", "salads", "and", "walking", "barefoot", "in", "mud", ".", "He", "also", "reports", "suffering", "from", "a", "self-limited", "diarrhoea", "of", "unclear", "origin", ".", "Twelve", "months", "after", "his", "admission", "to", "prison", ",", "he", "began", "to", "suffer", "from", "a", "marked", "general", "syndrome", "with", "progressive", "asthenia", "and", "a", "weight", "loss", "of", "10", "kg", ",", "accompanied", "by", "dizziness", ",", "occasional", "headaches", "and", "dyspepsia", ".", "He", "presented", "two", "episodes", "of", "liquid", "diarrhoea", ",", "accompanied", "by", "abdominal", "pain", "and", "without", "the", "presence", "of", "pathological", "products", ".", "Examination", "revealed", "only", "a", "marked", "pallor", "of", "the", "skin", "and", "mucous", "membranes", ".", "Blood", "tests", "showed", "haemoglobin", "9", ".", "4", "g", "/", "dL", ",", "haematocrit", "29", ".", "3", "%", ",", "mean", "corpuscular", "volume", "65fL", ",", "leukocytes", "10", ",", "900", "/", "mm3", "(", "eosinophils", "2", ",", "800", "/", "mm3", ")", ",", "platelets", "431", ",", "000", "/", "mm3", ".", "HIV", ",", "hepatitis", "B", "and", "C", "serologies", "were", "negative", ".", "He", "was", "referred", "for", "admission", "to", "his", "referral", "hospital", ",", "where", "complete", "biochemistry", ",", "including", "liver", "function", "tests", "and", "chest", "X-ray", ",", "showed", "no", "abnormalities", ".", "Stool", "parasite", "studies", "were", "performed", "on", "3", "consecutive", "samples", "by", "the", "etherformol", "concentration", "technique", ",", "showing", "the", "presence", "of", "uncinaria", "eggs", ".", "Strongyloides", "stercoralis", "serology", "was", "positive", "by", "ELISA", "with", "a", "titration", "of", "0", ".", "6", "optical", "density", "units", ".", "Treatment", "with", "albendazole", "400", "mg", "/", "12", "hours", "(", "d", ".", "u", ".", ")", "and", "ivermectin", "200", "micrograms", "/", "kg", "/", "day", "on", "two", "consecutive", "days", "together", "with", "oral", "ferric", "sulphate", "was", "prescribed", "for", "3", "months", ".", "After", "3", "months", "of", "treatment", ",", "recovery", "of", "all", "haematological", "parameters", "and", "negativation", "of", "both", "the", "coproparasitological", "analysis", "of", "intestinal", "parasites", "and", "serology", "for", "Strongiloydes", "stercoralis", "were", "observed", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Strongyloides stercoralis", "label": "SPECIES", "start": 1468, "end": 1493 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1114, "end": 1117 }, { "text": "parasite", "label": "SPECIES", "start": 1327, "end": 1335 }, { "text": "uncinaria eggs", "label": "SPECIES", "start": 1452, "end": 1466 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 45, "end": 49 }, { "text": "hepatitis B", "label": "SPECIES", "start": 1119, "end": 1130 }, { "text": "hepatitis B and C", "label": "SPECIES", "start": 1119, "end": 1136 }, { "text": "parasites", "label": "SPECIES", "start": 1892, "end": 1901 }, { "text": "intestinal parasites", "label": "SPECIES", "start": 1881, "end": 1901 }, { "text": "coproparasitological", "label": "SPECIES", "start": 1848, "end": 1868 }, { "text": "Strongiloydes stercoralis", "label": "SPECIES", "start": 1919, "end": 1944 } ]

[ "Anamnesis", "A", "37-year-old", "man", ",", "with", "no", "medical", "or", "surgical", "history", "of", "interest", ",", "presented", "to", "the", "Emergency", "Department", "with", "a", "clinical", "picture", "of", "sudden", "onset", "of", "unilateral", "mydriasis", "and", "blurred", "vision", "while", "working", "at", "the", "computer", ".", "When", "he", "covered", "his", "eyes", ",", "first", "one", "and", "then", "the", "other", ",", "he", "noticed", "that", "he", "could", "see", "worse", "with", "his", "left", "eye", ".", "His", "wife", "told", "him", "that", "his", "left", "pupil", "was", "dilated", ".", "No", "history", "of", "headache", ",", "no", "nausea", "or", "vomiting", ".", "No", "loss", "of", "strength", "or", "sensory", "disturbance", ".", "In", "view", "of", "this", "finding", ",", "the", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "Neurology", "Department", ".", "Once", "hospitalised", ",", "he", "was", "assessed", "and", "re-examined", "by", "the", "neurologist", ".", "The", "patient", "commented", "that", "prior", "to", "the", "onset", "of", "the", "described", "symptoms", "he", "had", "been", "handling", "plants", ".", "He", "reported", "having", "a", "garden", "at", "home", "and", "engaging", "in", "gardening", "activities", "on", "a", "regular", "basis", ".", "However", ",", "on", "the", "evening", "prior", "to", "his", "admission", "he", "came", "into", "contact", "with", "a", "new", "plant", ",", "which", "he", "had", "never", "handled", "before", ",", "with", "purple", "bell-shaped", "flowers", "and", "shiny", "black", "berries", ".", "He", "commented", "that", "he", "had", "been", "cutting", "some", "fleshy", "leaves", "and", ",", "without", "washing", "his", "hands", ",", "he", "touched", "his", "face", "and", "put", "on", "his", "glasses", ".", "After", "15", "minutes", "he", "started", "showing", "the", "signs", "and", "symptoms", "that", "prompted", "him", "to", "go", "to", "the", "emergency", "department", ".", "Physical", "examination", "The", "general", "physical", "examination", "was", "unremarkable", ".", "The", "neurological", "examination", "showed", "anisocoria", "with", "mydriasis", "arreactiva", "of", "the", "left", "pupil", ".", "The", "rest", "of", "the", "neurological", "examination", "showed", "no", "alterations", ".", "Complementary", "tests", "-", "CBC", ":", "blood", "count", ",", "biochemistry", "and", "basic", "coagulation", "within", "normal", "limits", ".", "-", "Chest", "X-ray", ":", "no", "evidence", "of", "acute", "pleuropulmonary", "pathology", ".", "-", "Cranial", "CT", "scan", ":", "normal", ".", "-", "Pilocarpine", "test", ":", "no", "miosis", "in", "response", "to", "1", "%", "pilocarpine", ".", "Diagnosis", "Pharmacological", "mydriasis", "secondary", "to", "contact", "with", "Atropa", "belladonna", ".", "Treatment", "and", "evolution", "Given", "the", "suspicion", "of", "toxic", "mydriasis", "due", "to", "contact", "with", "plants", ",", "the", "patient", "remained", "under", "observation", ".", "After", "showing", "him", "photographs", "of", "the", "different", "toxic", "plant", "species", ",", "it", "was", "confirmed", "that", "the", "plant", "responsible", "was", "Atropa", "belladonna", ".", "The", "evolution", "was", "favourable", ".", "After", "48", "hours", "he", "presented", "complete", "recovery", "of", "the", "visual", "deficit", "and", "normalisation", "of", "the", "pupillary", "diameter", "and", "reflex", "response", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "neurologist", "label": "HUMAN", "start": 619, "end": 630 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 511, "end": 518 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 636, "end": 643 }, { "text": "plants", "label": "SPECIES", "start": 725, "end": 731 }, { "text": "plant", "label": "SPECIES", "start": 905, "end": 910 }, { "text": "flowers", "label": "SPECIES", "start": 971, "end": 978 }, { "text": "berries", "label": "SPECIES", "start": 995, "end": 1002 }, { "text": "Atropa belladonna", "label": "SPECIES", "start": 1790, "end": 1807 }, { "text": "species", "label": "SPECIES", "start": 2000, "end": 2007 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1905, "end": 1912 }, { "text": "plants", "label": "SPECIES", "start": 1893, "end": 1899 }, { "text": "Atropa belladonna", "label": "SPECIES", "start": 2057, "end": 2074 }, { "text": "plant", "label": "SPECIES", "start": 1994, "end": 1999 }, { "text": "plant", "label": "SPECIES", "start": 2035, "end": 2040 } ]

[ "Patient", "referred", "to", "Cardiology", "from", "Neurology", "for", "assessment", ".", "History", ",", "current", "illness", "and", "physical", "examination", "Family", "history", ":", "Mother", "with", "tongue-tie", "without", "facial", "paralysis", ".", "Two", "brothers", "and", "two", "nephews", "with", "Steinert", "'", "s", "syndrome", ".", "Two", "healthy", "children", ".", "Current", "history", ":", "The", "patient", "presented", "with", "new", "electrocardiogram", "(", "ECG", ")", "abnormalities", "consisting", "of", "a", "PR", "of", "280", "milliseconds", "(", "msg", ")", ",", "QRS", "of", "150", "msg", ",", "with", "an", "image", "of", "complete", "left", "bundle", "branch", "block", "(", "LBBB", ")", ".", "Electrocardiogram", "two", "years", "earlier", "with", "no", "conduction", "disturbances", ".", "He", "was", "assessed", "as", "an", "outpatient", "at", "the", "Cardiology", "Department", ",", "and", "pacemaker", "implantation", "was", "requested", ".", "The", "patient", "denies", "syncope", ",", "presyncope", ",", "palpitations", "or", "other", "symptoms", ".", "Complementary", "tests", "-", "ECG", "on", "admission", ":", "Sinus", "rhythm", "at", "75", "bpm", ".", "PR", "240-280", "msg", ".", "QRS", "of", "150", "msg", ".", "BCRI", ".", "-", "ECG", "in", "Neurology", "consultations", "in", "2010", ":", "Sinus", "rhythm", "at", "70", "bpm", ".", "PR", "180-200", "msg", ".", "QRS", "of", "80", "msg", ".", "No", "alterations", "in", "intraventricular", "conduction", ".", "-", "Blood", "tests", ":", "Glucose", ",", "ions", "and", "renal", "function", "normal", ".", "No", "anaemia", "or", "leukopenia", ".", "Plateletopenia", "of", "84", ",", "000", "platelets", "mm3", ".", "-", "Transthoracic", "echocardiography", ":", "Left", "ventricle", "not", "dilated", "or", "hypertrophic", ".", "Left", "atrium", "not", "dilated", ".", "Non-thickened", "thin", "leaflet", "mitral", "valve", "with", "jet", "of", "mild", "central", "insufficiency", ".", "Mitral", "filling", "pattern", "with", "E", ">", "A", "wave", ".", "Trivalve", "aortic", "valve", "with", "adequate", "opening", "and", "closing", ".", "Aortic", "root", "and", "ascending", "aorta", "of", "normal", "size", ".", "Preserved", "left", "ventricular", "ejection", "fraction", "without", "segmental", "contractility", "defects", ".", "Right", "chambers", "normal", "in", "size", "and", "function", ".", "Mild", "tricuspid", "regurgitation", "directed", "medially", "with", "an", "atrioventricular", "gradient", "of", "17", "mmHg", ",", "which", "allows", "estimating", "a", "pulmonary", "artery", "pressure", "of", "30", "mmHg", ".", "Trivial", "pulmonary", "insufficiency", ".", "Non-collapsed", ",", "non-dilated", "vena", "cava", ".", "No", "pericardial", "effusion", ".", "-", "Chest", "X-ray", ":", "Cardiac", "silhouette", "at", "the", "limit", "of", "normality", "without", "alterations", "at", "pulmonary", "parenchyma", "level", ".", "No", "pleural", "effusion", ".", "Clinical", "evolution", "The", "patient", "was", "admitted", "on", "a", "scheduled", "basis", "for", "pacemaker", "implantation", "due", "to", "the", "appearance", "in", "the", "ECG", "of", "conduction", "disturbances", "that", "were", "not", "previously", "present", "without", "being", "associated", "with", "structural", "heart", "disease", ".", "Diagnosis", "Steinert", "'", "s", "disease", "with", "conduction", "disturbances", "requiring", "definitive", "pacing", "." ]

[ 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Patient", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 7 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 115, "end": 121 }, { "text": "brothers", "label": "HUMAN", "start": 184, "end": 192 }, { "text": "children", "label": "HUMAN", "start": 247, "end": 255 }, { "text": "Mother", "label": "HUMAN", "start": 131, "end": 137 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 279, "end": 286 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 643, "end": 650 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1945, "end": 1952 } ]

[ "female", ",", "14", "years", "old", ",", "history", "of", "resolved", "egg", "allergy", ",", "presented", "with", "anaphylaxis", "after", "ingestion", "of", "goat", "'", "s", "cheese", "at", "5", "years", "of", "age", ".", "She", "tolerates", "LV", "and", "derivatives", ",", "which", "she", "consumes", "frequently", ",", "although", "she", "presents", "several", "reactions", "due", "to", "accidental", "consumption", "(", "using", "the", "same", "pizza", "cutter", "for", "4-cheese", "pizza", "and", "pizza", "without", "goat", "cheese", ")", ".", "Specific", "Ig", "E", ":", "goat", "milk", "71", ".", "8", ";", "sheep", "milk", "69", ".", "9", ";", "cow", "milk", "0", ".", "72", ";", "casein", "1", ".", "32", ";", "ALA", "and", "BLG", "negative", ".", "SDS-Page", "/", "Inmunoblot", "was", "performed", ",", "confirming", "sensitisation", "to", "LCO", ",", "mainly", "to", "casein", "." ]

[ 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "goat", "label": "SPECIES", "start": 101, "end": 105 }, { "text": "goat", "label": "SPECIES", "start": 335, "end": 339 }, { "text": "female", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 6 }, { "text": "goat", "label": "SPECIES", "start": 364, "end": 368 }, { "text": "sheep", "label": "SPECIES", "start": 380, "end": 385 }, { "text": "cow", "label": "SPECIES", "start": 397, "end": 400 } ]

[ "A", "46", "year-old", "man", "came", "for", "consultation", "due", "to", "viral", "conjunctivitis", "in", "the", "right", "eye", "(", "OD", ")", "of", "ten", "days", "'", "evolution", "that", "had", "not", "improved", "with", "treatment", "with", "tobramycin", "and", "dexamethasone", ".", "His", "personal", "history", "includes", "condylomas", "on", "the", "penis", "without", "urethritis", "six", "months", "ago", "and", "current", "permissive", "sexual", "relations", ".", "Ophthalmological", "examination", "showed", "visual", "acuity", "in", "OD", "of", "light", "perception", "and", "projection", ".", "Biomicroscopy", "of", "the", "anterior", "pole", "of", "the", "eye", "showed", "superior", "corneal", "thinning", "with", "an", "imminent", "risk", "of", "ocular", "perforation", ",", "so", "the", "patient", "was", "treated", "with", "corneal", "coating", "with", "multilayer", "amniotic", "membrane", ".", "As", "the", "results", "of", "the", "conjunctival", "exudate", "culture", "were", "positive", "for", "Neisseria", "Gonorrhoeae", ",", "intravenous", "antibiotic", "treatment", "with", "ceftriaxone", "at", "a", "dose", "of", "1g", "/", "12", "h", "and", "topical", "treatment", "with", "ceftriaxone", "reinforced", "eye", "drops", "(", "50", "mg", "/", "ml", ")", "for", "21", "days", "was", "started", ".", "One", "month", "later", ",", "the", "patient", "had", "OD", "visual", "acuity", "of", "0", ".", "8", ";", "biomicroscopy", "of", "the", "anterior", "pole", "showed", "superior", "corneal", "fibrosis", "with", "good", "transparency", "in", "the", "central", "part", "and", "a", "well-formed", "anterior", "chamber", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 47, "end": 52 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 190, "end": 198 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 539, "end": 546 }, { "text": "Neisseria Gonorrhoeae", "label": "SPECIES", "start": 685, "end": 706 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 897, "end": 904 } ]

[ "Family", "history", ":", "Mother", "died", "at", "73", "years", "of", "age", "from", "endometrial", "cancer", ".", "Personal", "history", ":", "No", "known", "allergic", "reactions", ".", "Appendectomy", "at", "the", "age", "of", "13", ".", "No", "toxic", "habits", ".", "No", "usual", "pharmacological", "treatment", ".", "Current", "history", ":", "Began", "2", "weeks", "ago", "with", "episodes", "of", "postprandial", "fullness", "and", "self-limited", "epigastric", "pain", ".", "Twenty-four", "hours", "ago", "she", "began", "with", "permanent", "pain", "located", "in", "the", "periumbilical", "area", ",", "colic", "type", ",", "accompanied", "by", "vomiting", "with", "no", "oral", "tolerance", ".", "The", "previous", "night", "she", "had", "a", "scanty", "stool", ".", "She", "reported", "not", "passing", "gas", "for", "several", "days", ".", "No", "fever", ".", "No", "recent", "trips", ",", "no", "ingestion", "of", "toxins", ",", "herbal", "products", "or", "mushrooms", ".", "No", "sick", "relatives", ".", "Physical", "examination", ":", "92", "l", "/", "m", ".", "Blood", "pressure", ":", "127", "/", "88", ".", "Skin", "pallor", "without", "mucosal", "pallor", ".", "Abdomen", "soft", "and", "depressible", ".", "Pain", "on", "palpation", "in", "the", "periumbilical", "area", ".", "No", "masses", "or", "megaliths", ".", "No", "defence", ".", "Rebound", ".", "No", "palpable", "pulsatile", "mass", "in", "the", "abdomen", ".", "Iliac", "pulses", "present", "and", "symmetrical", ".", "CBC", ":", "9", ",", "500", "leukocytes", "(", "81", "%", "neutrophils", ",", "14", "%", "lymphocytes", ",", "2", ".", "7", "%", "monocytes", ",", "0", ".", "4", "%", "eosinophils", ")", ".", "Haemoglobin", "9", ".", "7", "%", ",", "haematocrit", "28", ".", "9", "%", "MCV", "81", ".", "252", ",", "000", "platelets", ".", "Creatinine", "0", ".", "9", ",", "sodium", "135", ",", "potassium", "4", ".", "2", ",", "bilirubin", "1", ".", "7", ",", "GOT", "175", ",", "GPT", "391", ",", "amylase", "46", ",", "lipase", "118", ",", "LDH", "243", ",", "alkaline", "phosphatase", "65", ",", "CRP", "<", "5", ".", "Abdominal", "X-ray", ":", "No", "evidence", "of", "intestinal", "obstruction", ".", "Urgent", "abdominopelvic", "CT", "with", "VSD", ":", "mild", "wall", "oedema", "in", "a", "long", "segment", "of", "the", "sigma", ".", "Rest", "without", "alterations", ".", "Abdominopelvic", "ultrasound", ":", "Enlarged", "common", "bile", "duct", "(", "7", "mm", ")", ".", "Rest", "within", "normality", ".", "Differential", "diagnosis", ":", "1", ".", "Acute", "diverticulitis", "in", "resolution", "phase", ".", "2", ".", "Infectious", "colitis", ".", "3", ".", "Metabolic", "cause", "of", "abdominal", "pain", "(", "hypertriglyceridemia", ",", "esterase", "C1", "deficiency", "associated", "with", "angioneurotic", "edema", ",", "familial", "Mediterranean", "fever", ",", "diabetes", "mellitus", ",", "hyperazoemia", ",", "diabetes", "mellitus", ",", "porphyria", ",", "saturnism", ",", "black", "widow", "spider", "bite", ")", ".", "Stool", "culture", ".", "Stool", "parasites", ".", "Colonoscopy", ":", "Ileocecal", "valve", "normal", "appearance", ".", "Normal", "ileoscopy", ".", "Macroscopically", "normal", "colon", "mucosa", ".", "Blood", "smear", ":", "Reinforced", "neutrophil", "granulation", ".", "Basophilic", "staining", "in", "red", "blood", "cells", ".", "Polychromatophilia", "in", "basophils", ".", "Platelets", "well", "granulated", ".", "Other", "laboratory", "tests", ":", "Ferritin", "355", ".", "α-1", "antitrypsin", "114", ".", "Ceruloplasmin", "27", ".", "Haptoglobin", "214", ".", "Proteinogram", "with", "monoclonal", "component", ".", "ANAs", "-", ",", "antimitochondrial", "-", ",", "antimuscle", "smooth", "-", ",", "transglutaminase", "Iga", "-", ".", "Copper", "-", ".", "Serology", "of", "hepatotropic", "viruses", "-", ",", "except", "anti", "HAV", "+", ".", "Cholangio", "resonance", ":", "No", "dilatation", "of", "the", "intra", "or", "extrahepatic", "bile", "duct", "or", "signs", "of", "choledocholithiasis", ".", "Normal", "pancreatic", "duct", ".", "Urine", "porphyrias", ":", "Total", "porphyrins", "2", ",", "439", "(", "<", "200", ")", ".", "Coproporphyrins", "1", ",", "411", "(", "<", "120", ")", ".", "Uroporphyrins", "14", "(", "<", "33", ")", ".", "Pentacarboxylporphyrins", "<", "2", ".", "Heptacarboxylporphyrins", "<", "10", ".", "Blood", "lead", "72", "μg", "/", "dl", "Reference", "values", ":", "Unexposed", "individuals", ".", "Recommended", "<", "10", ".", "Recommended", "upper", "limit", "30", "μg", "/", "dl", ".", "Exposed", "individuals", ".", "Recommended", ":", "30", ".", "Maximum", "limit", "(", "LEP", "INHST", "2004", ")", ":", "70", "μg", "/", "dl", ".", "Final", "diagnosis", ":", "Lead", "poisoning", ".", "Secondary", "elevation", "of", "porphyria", ".", "The", "patient", "was", "readmitted", "for", "treatment", "with", "chelators", ":", "calcium", "and", "D-penicillamine", ".", "He", "came", "for", "a", "check-up", "one", "month", "later", ",", "being", "totally", "asymptomatic", "." ]

[ 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Mother", "label": "HUMAN", "start": 16, "end": 22 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 6 }, { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 72, "end": 80 }, { "text": "relatives", "label": "HUMAN", "start": 638, "end": 647 }, { "text": "mushrooms", "label": "SPECIES", "start": 619, "end": 628 }, { "text": "parasites", "label": "SPECIES", "start": 1853, "end": 1862 }, { "text": "black widow spider", "label": "SPECIES", "start": 1806, "end": 1824 }, { "text": "hepatotropic viruses", "label": "SPECIES", "start": 2346, "end": 2366 }, { "text": "HAV", "label": "SPECIES", "start": 2382, "end": 2385 }, { "text": "individuals", "label": "HUMAN", "start": 2735, "end": 2746 }, { "text": "individuals", "label": "HUMAN", "start": 2808, "end": 2819 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2952, "end": 2959 } ]

[ "", "A", "21-year-old", "man", "presented", "to", "the", "emergency", "department", "with", "fever", ",", "cough", ",", "dyspnoea", ",", "diarrhoea", ",", "nausea", ",", "headache", "and", "nasal", "congestion", "of", "4", "days", "'", "duration", ".", "Apart", "from", "a", "history", "of", "hypertension", ",", "pre-diabetes", "and", "class", "I", "obesity", ",", "the", "patient", "was", "in", "good", "health", "and", "reported", "no", "smoking", ",", "alcohol", "or", "drug", "use", "and", "no", "recent", "travel", ".", "Vital", "signs", "showed", "temperature", "37", ".", "5", "°", "C", ",", "blood", "pressure", "116", "/", "57", "mmHg", ",", "pulse", "76", "bpm", "and", "oxygen", "saturation", "95", "%", "on", "room", "air", ".", "Physical", "examination", "revealed", "clear", "lungs", "and", "unobstructed", "breathing", ".", "Neurological", "examination", "was", "normal", ".", "Chest", "radiographs", "showed", "bilateral", "patchy", "alveolar", "infiltrates", "without", "lobar", "consolidation", ".", "A", "nasopharyngeal", "swab", "was", "performed", "and", "a", "set", "of", "respiratory", "pathogen", "tests", "were", "negative", "for", "all", "of", "them", ".", "In", "addition", ",", "oropharyngeal", "and", "nasopharyngeal", "swab", "samples", "were", "sent", "to", "an", "external", "private", "laboratory", "for", "real-time", "polymerase", "chain", "reaction", "(", "RT-PCR", ")", "testing", ".", "The", "patient", "was", "discharged", "with", "pulse", "oximetry", "monitoring", ",", "home", "isolation", "instructions", "and", "strict", "precautions", "in", "case", "of", "return", ".", "Over", "the", "next", "24", "hours", ",", "the", "patient", "experienced", "increased", "feelings", "of", "dizziness", "and", "a", "drop", "in", "oxygen", "saturation", "to", "around", "85", "%", ",", "according", "to", "pulse", "oximetry", ".", "He", "returned", "to", "the", "emergency", "department", "febrile", "(", "temperature", "39", ".", "1", "°", "C", ")", ",", "with", "mild", "tachycardia", "(", "102", "bpm", ")", ",", "tachypnoea", "(", "28", "bpm", ")", "and", "hypoxia", "(", "89", "%", "on", "room", "air", ")", ".", "Chest", "X-rays", "showed", "increased", "bilateral", "alveolar", "infiltrates", ",", "while", "a", "complete", "blood", "count", "revealed", "lymphocytopenia", "(", "lymphocyte", "count", "0", ".", "7", "K", "/", "mm3", ")", ".", "He", "was", "admitted", "with", "oxygen", "therapy", "and", "monitoring", ";", "oxygenation", "was", "reduced", "from", "2", "L", "via", "nasal", "cannula", "to", "room", "air", ".", "He", "was", "discharged", "on", "day", "4", "of", "hospitalisation", "and", "external", "tests", "confirmed", "COVID-19", "the", "day", "after", "discharge", ".", "Initially", ",", "he", "evolved", "well", "during", "convalescence", "at", "home", ",", "but", "on", "the", "16th", "day", "of", "illness", ",", "he", "began", "to", "suffer", "right", "facial", "weakness", "and", "numbness", ".", "Within", "24", "hours", ",", "the", "symptoms", "became", "bilateral", "and", "culminated", "in", "severe", "dysarthria", ",", "which", "necessitated", "transfer", "to", "the", "emergency", "department", ".", "The", "patient", "also", "reported", "hypogeusia", ".", "Neurological", "examination", "showed", "a", "pattern", "of", "bilateral", "lower", "facial", "motor", "weakness", ",", "with", "normal", "cranial", "nerves", ",", "normal", "strength", ",", "sensation", "in", "all", "extremities", "and", "intact", "myotatic", "reflex", ".", "He", "was", "admitted", "for", "observation", "and", "underwent", "brain", "and", "temporal", "bone", "MRI", "and", "fluoroscopic", "lumbar", "puncture", "to", "obtain", "CSF", "samples", ".", "CSF", "was", "negative", "for", "staining", "and", "bacterial", "cultures", "and", "revealed", "normal", "glucose", "values", "(", "65", "mg", "/", "dL", ")", ",", "absence", "of", "leukocytes", "and", "mild", "proteinorrachia", "(", "49", "mg", "/", "dL", ")", ".", "An", "MRI", "revealed", "bilateral", "anomalous", "enhancement", "of", "the", "facial", "and", "abducens", "nerves", "as", "well", "as", "the", "right", "ocular", "motor", "nerve", ".", "The", "patient", "was", "discharged", "with", "stable", "facial", "weakness", ",", "no", "worsening", "of", "symptoms", "and", "an", "oxygen", "saturation", "of", "99", "%", "on", "room", "air", ".", "An", "outpatient", "neurological", "follow-up", "was", "agreed", ",", "awaiting", "various", "serological", "and", "spinal", "analytical", "results", ".", "On", "the", "19th", "day", "of", "illness", ",", "he", "reported", "new", "bilateral", "subjective", "lower", "extremity", "weakness", ",", "bilateral", "upper", "extremity", "paraesthesia", "and", "persistent", "facial", "weakness", ",", "leading", "to", "readmission", "for", "further", "follow-up", "and", "treatment", ".", "A", "new", "neurological", "examination", "revealed", "no", "change", "in", "facial", "weakness", ",", "but", "new", "bilateral", "grade", "4", "/", "5", "deltoid", "and", "hip", "flexor", "weakness", "and", "diffuse", "areflexia", ".", "A", "complete", "spinal", "MRI", "revealed", "no", "suspicious", "spinal", "cord", "abnormalities", "and", "no", "abnormal", "spinal", "or", "cauda", "equina", "enhancements", ".", "Electromyographic", "and", "nerve", "conduction", "analyses", "showed", "findings", "consistent", "with", "an", "acute", "sensorimotor", "polyneuropathy", "with", "demyelinating", "and", "axonal", "features", ".", "For", "religious", "reasons", ",", "the", "patient", "refused", "i", ".", "v", ".", "immunoglobulin", "treatment", "and", "underwent", "treatment", "with", "5", "cycles", "of", "plasmapheresis", ",", "which", "was", "well", "tolerated", "with", "slight", "improvement", "of", "facial", "weakness", "and", "paraesthesia", ".", "CSF", "and", "serology", "results", "remained", "negative", "except", "for", "herpes", "simplex", "virus", ",", "immunoglobulin", "G", "and", "immunoglobulin", "M", ";", "the", "patient", "was", "discharged", "for", "rehabilitation", "in", "general", "hospitalisation", ".", "He", "refused", "a", "new", "lumbar", "puncture", "prior", "to", "discharge", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 232, "end": 239 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 916, "end": 923 }, { "text": "respiratory pathogen", "label": "SPECIES", "start": 693, "end": 713 }, { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 18 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1069, "end": 1076 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 2395, "end": 2404 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2011, "end": 2018 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2647, "end": 2654 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3561, "end": 3568 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3869, "end": 3876 }, { "text": "herpes simplex virus", "label": "SPECIES", "start": 3804, "end": 3824 } ]

[ "A", "74-year-old", "man", ",", "hypertensive", ",", "diabetic", "and", "with", "a", "history", "of", "ischaemic", "stroke", ",", "polymyalgia", "rheumatica", "and", "SAHS", ",", "presented", "with", "left", "temporal", "oppressive", "headache", ".", "Urgent", "brain", "CT", "scan", "showed", "occupation", "of", "the", "left", "sphenoid", "sinus", ".", "The", "study", "was", "completed", "with", "subsequent", "MRI", ",", "with", "findings", "compatible", "with", "mucocele", "with", "protrusion", "and", "bulging", "towards", "the", "clivus", ".", "He", "underwent", "CENS", "by", "Neurosurgery", "and", "ENT", ",", "with", "a", "sample", "taken", "for", "culture", ",", "and", "S", ".", "commune", "was", "diagnosed", ".", "He", "was", "discharged", "after", "24", "h", ",", "with", "a", "treatment", "regimen", "of", "amoxicillin", "/", "clavulanic", "acid", "875", "/", "125", "mg", "for", "7", "days", ".", "During", "check-ups", ",", "the", "patient", "continued", "to", "have", "intermittent", "headaches", "and", "a", "follow-up", "MRI", "scan", "was", "performed", ",", "showing", "a", "recurrence", "of", "the", "mucocele", "with", "occupation", "of", "the", "left", "sphenoid", "sinus", ",", "bone", "involvement", "and", "osteomyelitis", "at", "the", "base", "of", "the", "skull", ".", "The", "study", "was", "completed", "with", "a", "PET-CT", "scan", "and", "no", "uptake", "was", "observed", ".", "The", "patient", "was", "referred", "to", "the", "Infectious", "Diseases", "Department", "where", "voriconazole", "200", "mg", "every", "12", "h", "was", "prescribed", "for", "6", "weeks", "until", "the", "acute", "phase", "reactants", "normalised", "and", "the", "patient", "'", "s", "symptoms", "disappeared", ".", "DIAGNOSIS", "Chronic", "sinusitis", "with", "the", "causative", "agent", "being", "the", "basidiomycete", "fungus", "Schizophyllum", "commune", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 3, 4, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 602, "end": 609 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 908, "end": 915 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1082, "end": 1089 }, { "text": "S. commune", "label": "SPECIES", "start": 445, "end": 455 }, { "text": "basidiomycete fungus", "label": "SPECIES", "start": 1178, "end": 1198 }, { "text": "Schizophyllum commune", "label": "SPECIES", "start": 1199, "end": 1220 } ]

[ "", "On", "21", "January", "2020", ",", "a", "50-year-old", "man", "presented", "to", "an", "infectious", "disease", "clinic", "with", "symptoms", "of", "fever", ",", "chills", ",", "fatigue", "and", "dyspnoea", ".", "He", "reported", "a", "trip", "to", "Wuhan", "on", "8-12", "January", "and", "reported", "initial", "symptoms", "of", "mild", "chills", "and", "dry", "cough", "on", "14", "January", "(", "day", "1", "of", "illness", ")", ",", "but", "did", "not", "attend", "the", "clinic", "and", "continued", "to", "work", "until", "21", "January", ".", "Chest", "CT", "showed", "multiple", "patchy", "shadows", "in", "both", "lungs", "and", "a", "pharyngeal", "smear", "was", "performed", ".", "On", "22", "January", "(", "sick", "day", "9", ")", ",", "the", "Beijing", "Centers", "for", "Disease", "Control", "and", "Prevention", "(", "CDC", ")", "confirmed", "by", "real-time", "RT-PCR", "that", "the", "patient", "had", "COVID-19", ".", "He", "was", "immediately", "admitted", "to", "the", "infectious", "disease", "ward", "and", "received", "oxygen", "therapy", "by", "mask", ".", "He", "was", "given", "interferon", "alfa-2b", "(", "5", "million", "units", "twice", "daily", ",", "atomised", "by", "inhalation", ")", "and", "lopinavir", "and", "ritonavir", "(", "500", "mg", "twice", "daily", ",", "orally", ")", "as", "antiviral", "therapy", "and", "moxifloxacin", "(", "0", ".", "4", "g", "once", "daily", ",", "i", ".", "v", ".", ")", "to", "prevent", "superinfection", ".", "In", "view", "of", "severe", "dyspnoea", "and", "hypoxaemia", ",", "methylprednisolone", "(", "80", "mg", "twice", "daily", "i", ".", "v", ".", ")", "was", "administered", "to", "attenuate", "inflammation", "in", "the", "lungs", ".", "After", "receiving", "the", "medication", ",", "his", "temperature", "dropped", "from", "39", ".", "0", "°", "C", "to", "36", ".", "4", "°", "C", ";", "however", ",", "the", "symptoms", "of", "cough", ",", "dyspnoea", "and", "fatigue", "did", "not", "improve", ".", "On", "day", "12", "of", "illness", ",", "after", "the", "initial", "consultation", ",", "a", "chest", "CT", "scan", "showed", "diffuse", "infiltrates", "and", "shadows", "in", "both", "lungs", ".", "The", "patient", "repeatedly", "refused", "the", "ventilator", "in", "the", "ICU", ",", "because", "he", "was", "claustrophobic", ";", "therefore", ",", "he", "was", "given", "oxygen", "therapy", "via", "a", "high-flow", "nasal", "cannula", "(", "concentration", "60", "%", ",", "flow", "rate", "40", "L", "/", "min", ")", ".", "On", "sick", "day", "13", ",", "the", "patient", "'", "s", "symptoms", "still", "did", "not", "improve", ",", "but", "oxygen", "saturation", "remained", "above", "95", "%", ".", "On", "the", "afternoon", "of", "sick", "day", "14", ",", "his", "hypoxaemia", "and", "dyspnoea", "worsened", ".", "Despite", "receiving", "oxygen", "therapy", "(", "100", "%", "concentration", ",", "flow", "rate", "40", "L", "/", "min", ")", ",", "the", "oxygen", "saturation", "decreased", "to", "60", "%", "and", "the", "patient", "went", "into", "sudden", "cardiac", "arrest", ".", "Immediately", ",", "invasive", "ventilation", "and", "cardiac", "massage", "were", "applied", "and", "adrenaline", "was", "injected", ".", "Unfortunately", ",", "resuscitation", "was", "unsuccessful", "and", "the", "patient", "died", "at", "18", ":", "31", "(", "Beijing", "time", ")", ".", "Biopsies", "were", "taken", "from", "the", "patient", "'", "s", "lungs", ",", "liver", "and", "heart", ".", "Histological", "examination", "showed", "bilateral", "diffuse", "alveolar", "damage", "with", "cellular", "fibromyxoid", "exudates", ".", "The", "right", "lung", "showed", "clear", "pneumocyte", "desquamation", "and", "hyaline", "membrane", "formation", ",", "indicating", "acute", "respiratory", "distress", "syndrome", "(", "ARDS", ")", ".", "The", "left", "lung", "tissue", "showed", "pulmonary", "oedema", "with", "hyaline", "membrane", "formation", ",", "indicative", "of", "initial", "ARDS", ".", "Mononuclear", "interstitial", "inflammatory", "infiltrates", ",", "dominated", "by", "lymphocytes", ",", "were", "observed", "in", "both", "lungs", ".", "Multinucleated", "syncytial", "cells", "with", "hypertrophied", "atypical", "pneumocytes", "characterised", "by", "large", "nuclei", ",", "amphophilic", "granular", "cytoplasm", "and", "prominent", "nucleoli", "in", "the", "intra-alveolar", "spaces", ",", "indicative", "of", "cytopathic", "viral", "changes", ",", "were", "identified", ".", "No", "obvious", "viral", "inclusions", ",", "either", "intranuclear", "or", "intracytoplasmic", ",", "were", "identified", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 35, "end": 38 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 562, "end": 569 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1336, "end": 1343 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1551, "end": 1558 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1828, "end": 1835 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2019, "end": 2026 }, { "text": "antiviral", "label": "SPECIES", "start": 828, "end": 837 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2088, "end": 2095 } ]

[ "A", "16-year-old", "girl", "with", "a", "personal", "history", "of", "asthma", "presented", "to", "the", "dermatology", "department", "with", "asymptomatic", "skin", "lesions", "that", "had", "been", "present", "for", "2", "months", ".", "The", "patient", "had", "been", "treated", "with", "corticosteroid", "cream", "due", "to", "an", "initial", "suspicion", "of", "atopic", "eczema", ",", "despite", "which", "she", "presented", "marked", "progressive", "growth", "of", "the", "lesions", ".", "The", "patient", "had", "a", "domestic", "cat", "that", "she", "had", "never", "taken", "to", "the", "vet", ".", "Physical", "examination", "revealed", "ring-shaped", "plaques", "with", "an", "active", "peripheral", "border", "on", "the", "upper", "back", "and", "on", "the", "lateral", "aspects", "of", "the", "neck", "and", "face", ".", "Local", "culture", "obtained", "by", "carpet", "scraping", "isolated", "Trichophyton", "rubrum", ".", "Based", "on", "clinical", "data", "and", "culture", ",", "the", "diagnosis", "of", "tinea", "incognito", "was", "established", ".", "Treatment", "with", "Terbinafine", "250mg", "daily", "for", "4", "weeks", "resolved", "the", "condition", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "girl", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 18 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 164, "end": 171 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 335, "end": 342 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 26, "end": 34 }, { "text": "cat", "label": "SPECIES", "start": 358, "end": 361 }, { "text": "Trichophyton rubrum", "label": "SPECIES", "start": 602, "end": 621 } ]

[ "Anamnesis", "70-year-old", "male", ":", "\"", "No", "known", "drug", "allergies", ".", "\"", "Benign", "prostatic", "hyperplasia", ".", "\"", "Hyperuricaemia", ".", "\"", "Diagnosed", "with", "hepatitis", "C", "virus", "genotype", "1", "in", "2004", ",", "receiving", "treatment", "with", "sofosbuvir", "and", "daclatasvir", ",", "with", "undetectable", "viral", "load", "after", "treatment", ".", "\"", "Usual", "treatment", ":", "lansoprazole", ",", "tamsulosin", ",", "allopurinol", ".", "ONCOLOGICAL", "HISTORY", "Oncological", "history", "In", "March", "2014", ",", "the", "patient", "came", "to", "the", "dermatology", "department", "with", "a", "nodular", "lesion", "of", "2", ".", "5", "cm", "in", "diameter", "on", "the", "posterior", "aspect", "of", "the", "left", "arm", "that", "had", "been", "growing", "progressively", "for", "4", "months", ".", "At", "first", "he", "was", "asymptomatic", "and", "the", "lesion", "was", "initially", "skin-coloured", ",", "later", "turning", "purplish", ".", "The", "patient", "was", "treated", "with", "surgery", "with", "the", "following", "anatomopathological", "result", "after", "resection", "of", "the", "lesion", ":", "cutaneous", "Merkel", "carcinoma", ",", "of", "nodular", "morphology", "infiltrating", "1", ".", "8", "cm", "in", "depth", "reaching", "subcutaneous", "adipose", "tissue", ".", "It", "is", "less", "than", "1", "mm", "from", "the", "deep", "surgical", "edge", ".", "The", "rest", "of", "the", "edges", "are", "free", ".", "Images", "of", "vascular", "and", "/", "or", "lymphatic", "invasion", "are", "observed", ".", "A", "selective", "sentinel", "lymph", "node", "biopsy", "was", "performed", ",", "which", "was", "positive", "for", "tumour", "cells", ",", "so", "it", "was", "taken", "to", "a", "tumour", "committee", "to", "consider", "lymphadenectomy", "and", "enlargement", "of", "surgical", "margins", ".", "In", "May", "2014", ",", "a", "standard", "left", "axillary", "lymphadenectomy", "was", "performed", "with", "negative", "pathology", "for", "the", "10", "resected", "nodes", ".", "Subsequently", ",", "she", "received", "radiotherapy", "treatment", "from", "2", "June", "to", "5", "September", "with", "a", "dose", "of", "60", "Gy", ",", "presenting", "grade", "3", "epithelitis", "as", "toxicity", ",", "and", "was", "subsequently", "followed", "up", "by", "medical", "oncology", "consultations", ".", "Current", "disease", "During", "follow-up", "in", "medical", "oncology", "consultations", ",", "a", "control", "CT", "scan", "of", "the", "thorax-abdomen-pelvis", "was", "performed", "in", "September", "2015", ",", "showing", "a", "mass", "in", "the", "pancreatic", "region", "with", "positive", "AP", "for", "metastasis", "of", "Merkel", "carcinoma", ",", "based", "on", "biopsy", "by", "means", "of", "echoendoscopy", ".", "Physical", "examination", "\"", "Conscious", "and", "oriented", ".", "Eupneic", "at", "rest", ".", "Oral", "mucosa", "without", "alterations", ".", "ECOG", "0", ".", "\"", "AC", ":", "rhythmic", "without", "murmurs", ".", "AP", ":", "VCM", "without", "superimposed", "noises", ".", "Abdomen", ":", "RHA", "+", ",", "soft", ",", "depressible", ",", "without", "signs", "of", "peritoneal", "irritation", ".", "No", "skin", "lesions", "on", "upper", "or", "lower", "limbs", ".", "\"", "Weight", ":", "80", "kg", ".", "Complementary", "tests", "Complete", "blood", "count", ":", "no", "abnormalities", ".", "Diagnosis", "Merkel", "cell", "carcinoma", "with", "pancreatic", "recurrence", ".", "Treatment", "With", "the", "diagnosis", "of", "Merkel", "cell", "carcinoma", "with", "pancreatic", "recurrence", ",", "the", "patient", "started", "treatment", "with", "double", "platinum", "chemotherapy", ":", "carboplatin-taxol", "every", "21", "days", ".", "Complications", "were", "grade", "I", "neutropenia", "and", "grade", "I", "mucositis", ".", "Evolution", "He", "received", "a", "total", "of", "6", "cycles", "of", "carboplatin-taxol", ",", "initially", "obtaining", "a", "response", "to", "the", "treatment", "and", "a", "decrease", "in", "the", "pancreatic", "mass", "in", "the", "control", "imaging", "tests", ".", "Later", ",", "in", "the", "CT", "scan", "of", "May", "2016", ",", "he", "showed", "signs", "of", "progression", "of", "his", "underlying", "pathology", ",", "visualising", "a", "left", "adrenal", "nodule", "together", "with", "the", "previous", "residual", "pancreatic", "mass", ".", "At", "that", "time", ",", "due", "to", "the", "progression", "of", "the", "disease", ",", "a", "second", "line", "of", "treatment", "with", "cisplatin-etoposide", "was", "considered", ",", "receiving", "a", "single", "cycle", "due", "to", "poor", "tolerance", ",", "requiring", "hospital", "admission", "due", "to", "grade", "III", "febrile", "neutropenia", "and", "grade", "III", "thrombopenia", ".", "Therapeutic", "options", "were", "discussed", "with", "the", "patient", ".", "At", "that", "time", ",", "a", "phase", "II", "trial", "of", "pembrolizumab", "for", "Merkel", "cell", "carcinoma", "was", "described", "in", "the", "literature", ".", "Based", "on", "this", "information", ",", "it", "was", "decided", "to", "use", "pembrolizumab", "as", "monotherapy", "at", "a", "dose", "of", "2", "mg", "/", "kg", "every", "3", "weeks", "off", "label", ".", "She", "received", "the", "first", "cycle", "in", "July", "2016", ",", "with", "symptomatic", "improvement", "in", "pain", "after", "10", "days", ".", "A", "follow-up", "CT", "scan", "was", "performed", "in", "September", ",", "after", "the", "third", "course", "of", "treatment", ",", "showing", "a", "marked", "improvement", "compared", "to", "the", "previous", "one", ",", "with", "practical", "resolution", "of", "the", "left", "retroperitoneal", "mass", "and", "the", "left", "adrenal", "nodule", ".", "The", "patient", "continued", "to", "receive", "a", "course", "of", "pembrolizumab", "every", "21", "days", ",", "presenting", "complications", "in", "July", "2017", "with", "erythematous", ",", "rounded", "lesions", "with", "a", "whitish", "background", "on", "the", "front", "of", "both", "legs", "and", "right", "arm", ",", "compatible", "with", "psoriasis", ",", "and", "was", "assessed", "by", "the", "Dermatology", "Department", ".", "A", "control", "PET", "CT", "scan", "was", "performed", "in", "October", "of", "that", "year", ",", "and", "was", "reported", "as", "an", "absence", "of", "macroscopic", "malignant", "disease", "from", "the", "metabolic", "point", "of", "view", ".", "In", "the", "last", "thoracoabdominal-pelvic", "CT", "scan", "performed", "in", "February", "2018", ",", "no", "changes", "were", "observed", "with", "respect", "to", "the", "previous", "one", ".", "Currently", ",", "the", "patient", "continues", "to", "receive", "treatment", "with", "pembrolizumab", ",", "having", "recently", "received", "his", "29th", "cycle", ".", "He", "is", "asymptomatic", ",", "in", "good", "general", "condition", "and", "has", "a", "sustained", "major", "response", "to", "his", "tumour", "pathology", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 26 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 228, "end": 233 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 374, "end": 381 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 652, "end": 659 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2342, "end": 2349 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3168, "end": 3175 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3739, "end": 3746 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4329, "end": 4336 } ]

[ "A", "46-year-old", "woman", "with", "a", "tobacco", "consumption", "rate", "of", "46", "packs", "per", "year", ",", "alcoholic", "habit", "with", "consumption", "of", "160", "g", "of", "alcohol", "per", "day", ",", "periodontal", "disease", "with", "dental", "extraction", "the", "month", "before", "admission", ",", "with", "no", "other", "personal", "history", "of", "interest", ".", "Married", "with", "stable", "partner", ",", "mother", "of", "4", "children", "and", "housewife", ".", "She", "came", "to", "the", "emergency", "department", "for", "general", "malaise", ",", "non-thermometric", "dysthermic", "sensation", "with", "associated", "shivering", ",", "cough", "in", "the", "form", "of", "disneising", "attacks", "with", "foul-smelling", "rusty", "expectoration", "and", "pain", "in", "the", "right", "hemithorax", ",", "related", "to", "this", "cough", ".", "She", "denied", "having", "experienced", "vomiting", "or", "loss", "of", "consciousness", "in", "the", "context", "of", "alcohol", "overdose", ".", "In", "the", "previous", "days", ",", "she", "had", "visited", "her", "health", "centre", "on", "two", "occasions", "with", "similar", "symptoms", ",", "treated", "with", "mepifylline", "and", "then", "azithromycin", "for", "6", "days", ",", "which", "were", "partially", "effective", "in", "controlling", "her", "symptoms", ".", "On", "examination", ",", "blood", "pressure", "was", "106", "/", "70", "mmHg", ",", "heart", "rate", "100", "beats", "per", "minute", ",", "O2", "saturation", "by", "pulse", "oximetry", "89", "%", "with", "FiO2", "21", "%", "and", "a", "body", "temperature", "of", "37", ".", "1oC", ".", "On", "inspection", ",", "regular", "general", "condition", ",", "conscious", "and", "alert", ",", "oriented", "in", "the", "three", "spheres", ",", "tachypneic", "when", "speaking", ".", "Leptosomic", ",", "earthy", "skin", "colouring", "and", "very", "poor", "personal", "hygiene", "with", "a", "septic", ",", "foul-smelling", "mouth", ".", "On", "respiratory", "auscultation", ",", "hypophonesis", "in", "the", "right", "upper", "and", "middle", "fields", "with", "isolated", "inspiratory", "crackles", ".", "Cardiac", "auscultation", "was", "unremarkable", ".", "At", "abdominal", "level", ",", "there", "was", "only", "non-painful", "hepatomegaly", "at", "the", "expense", "of", "the", "left", "hepatic", "lobe", "at", "1", "centimetre", "from", "the", "costal", "ridge", ".", "The", "lower", "extremities", "showed", "no", "oedema", "or", "signs", "suggestive", "of", "deep", "vein", "thrombosis", ".", "Complementary", "tests", "performed", "in", "the", "ED", "showed", "a", "leukocytosis", "of", "16160", "cells", "/", "μl", "with", "neutrophilia", ",", "haemoglobin", "of", "11", ".", "8", "g", "/", "dl", "with", "mean", "corpuscular", "volume", "of", "102", "fl", ",", "platelet", "count", "of", "544000", "/", "mm3", "and", "at", "the", "biochemical", "level", "a", "C-reactive", "protein", "of", "135mg", "/", "L", "and", "procalcitonin", "of", "0", ".", "02", "ng", "/", "ml", ",", "with", "preserved", "renal", "function", ",", "with", "no", "other", "findings", "of", "interest", ".", "Sputum", "Gram", "stain", ",", "smear", "microscopy", "and", "determination", "of", "influenza", "A", "and", "B", "virus", "antigen", "were", "negative", ".", "Blood", "cultures", "and", "sputum", "cultures", "were", "taken", ".", "The", "chest", "X-ray", "showed", "cavitation", "in", "the", "upper", "lobe", "of", "the", "right", "lung", "with", "a", "hydro-aerial", "level", "suggestive", "of", "lung", "abscess", ",", "as", "well", "as", "an", "infiltrate", "with", "air", "bronchogram", "in", "the", "middle", "lobe", "(", "Chest", "X-ray", ":", "cavitation", "in", "the", "right", "upper", "lobe", "with", "hydro-aerial", "level", ")", ".", "Given", "the", "clinical", "condition", "of", "the", "patient", "and", "the", "results", "of", "the", "complementary", "tests", ",", "it", "was", "decided", "to", "admit", "her", "to", "the", "Infectious", "Diseases", "unit", "of", "our", "hospital", ",", "with", "the", "presumptive", "diagnosis", "of", "right", "lung", "abscess", ".", "Differential", "diagnosis", "In", "general", ",", "the", "initial", "diagnosis", "of", "lung", "abscess", "is", "made", "by", "a", "chest", "X-ray", "showing", "a", "lung", "cavity", "with", "a", "hydro-aerial", "level", "as", "shown", "in", "our", "patient", ".", "In", "any", "cavitated", "lesion", ",", "a", "differential", "diagnosis", "should", "be", "made", ",", "which", "would", "mainly", "include", "the", "following", "entities", ":", "-", "Bacterial", "infections", ":", "Usually", "due", "to", "anaerobic", "bacteria", "from", "the", "mouth", ".", "-", "Septic", "pulmonary", "embolism", ":", "Septic", "embolisms", "can", "reach", "the", "lung", "from", "several", "sources", ",", "including", ":", "-", "Infection", "of", "heart", "valves", ",", "usually", "resulting", "in", "multiple", "pulmonary", ",", "bilateral", "and", "peripheral", "abscesses", ",", "especially", "in", "cases", "of", "right-sided", "endocarditis", ".", "These", "are", "usually", "smaller", "than", "the", "one", "in", "our", "patient", ",", "which", ",", "together", "with", "the", "clinical", "presentation", ",", "makes", "this", "diagnosis", "unlikely", ".", "-", "Peripheral", "septic", "thrombophlebitis", ".", "A", "classic", "mechanism", "for", "the", "development", "of", "lung", "abscesses", ",", "although", "in", "the", "current", "era", "infrequent", ",", "is", "the", "so-called", "Lemierre", "'", "s", "syndrome", ",", "which", "occurs", "after", "an", "oropharyngeal", "infection", "and", "manifests", "as", "septic", "thrombophlebitis", "of", "the", "internal", "jugular", "vein", "and", "septic", "metastases", ",", "whose", "most", "frequent", "aetiological", "agent", "is", "Fusobacterium", "necrophorum", ".", "In", "our", "patient", ",", "given", "the", "septic", "mouth", "and", "the", "previous", "history", "of", "dental", "extraction", "one", "month", "prior", "to", "admission", ",", "it", "was", "necessary", "to", "rule", "out", "this", "entity", "by", "means", "of", "a", "neck", "Doppler", "ultrasound", ",", "which", "was", "normal", ".", "-", "Pulmonary", "abscesses", "secondary", "to", "catheter-related", "infection", ",", "which", "was", "ruled", "out", "in", "our", "case", "due", "to", "the", "absence", "of", "use", "of", "this", "material", "prior", "to", "the", "patient", "'", "s", "condition", ".", "-", "Pulmonary", "tuberculosis", ",", "which", ",", "although", "rare", ",", "may", "present", "in", "the", "form", "of", "abscess", ",", "and", "should", "always", "be", "a", "diagnosis", "to", "be", "taken", "into", "account", "due", "to", "its", "epidemiological", ",", "therapeutic", "and", "prognostic", "implications", ".", "In", "the", "case", "of", "suspicion", ",", "patients", "should", "be", "isolated", "until", "microbiological", "confirmation", ",", "as", "our", "patient", "was", "until", "we", "obtained", "2", "negative", "sputums", "without", "acid-fast", "bacilli", ".", "-", "Lung", "neoplasia", ":", "Lung", "tumour", "masses", "can", "develop", "cavitation", ",", "even", "without", "secondary", "infection", ",", "although", "most", "commonly", "infection", "occurs", "behind", "a", "tumour-obstructed", "airway", "or", "within", "a", "large", "necrotic", "tumour", "mass", ".", "In", "these", "cases", ",", "clinical", "features", ",", "predisposing", "risk", "factors", "and", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", "are", "essential", "for", "diagnosis", ".", "-", "Pulmonary", "nodules", "in", "patients", "with", "Granulomatosis", "with", "polyangiitis", "(", "Wegener", "'", "s", "granulomatosis", ")", "and", "rheumatoid", "arthritis", "may", "form", "cavities", "and", "be", "mistaken", "for", "abscesses", ",", "but", "the", "systemic", "manifestations", "of", "these", "diseases", "are", "usually", "evident", "and", "allow", "a", "differential", "diagnosis", "to", "be", "made", ".", "Characteristically", ",", "bullae", "and", "blisters", "are", "thin-walled", "and", "have", "no", "surrounding", "infiltrates", ".", "-", "Opportunistic", "pathogens", "such", "as", "fungi", "or", "parasites", ",", "Nocardia", "spp", ",", "hydatid", "cysts", "and", "other", "less", "likely", "causes", "were", "initially", "ruled", "out", "in", "our", "patient", "due", "to", "the", "characteristics", "of", "the", "case", ",", "the", "absence", "of", "immunosuppression", "and", ",", "subsequently", ",", "the", "results", "of", "the", "complementary", "tests", "and", "the", "evolution", ".", "Evolution", "A", "computed", "tomography", "of", "the", "chest", "with", "contrast", "was", "requested", ",", "which", "showed", "a", "pulmonary", "cavity", "with", "a", "hydro-aerial", "level", "in", "the", "right", "upper", "lobe", "at", "apical", "and", "posterior", "level", "of", "10x7x7", ".", "5", "cm", "compatible", "with", "abscess", ",", "with", "pericavitary", "infiltrate", "in", "the", "upper", "segment", "of", "the", "right", "lower", "lobe", "(", "LID", ")", "and", "anterior", "segment", "of", "the", "right", "upper", "lobe", "(", "LSD", ")", "in", "relation", "to", "pneumonic", "bronchogenic", "dissemination", "(", "Chest", "X-ray", ":", "lesion", "in", "the", "right", "upper", "lobe", "after", "6", "weeks", "of", "antibiotic", "treatment", ")", ".", "Empirical", "intravenous", "treatment", "with", "imipenem", "and", "linezolid", "was", "started", ",", "de-escalating", "to", "amoxicillin-clavulanic", "acid", "875", "/", "125", "mg", "intravenous", "every", "8", "hours", "after", "72", "hours", ".", "The", "evolution", "was", "satisfactory", "both", "clinically", "and", "analytically", ",", "with", "a", "decrease", "in", "sputum", "quantity", "and", "fetidness", "as", "well", "as", "cough", "and", "fever", ".", "The", "results", "of", "the", "cultures", "taken", "in", "the", "ED", "were", "negative", "and", "2", "more", "smears", "(", "3", "in", "total", ")", "were", "negative", ",", "as", "was", "the", "HIV", "serology", ".", "After", "10", "days", "of", "hospital", "treatment", ",", "it", "was", "decided", "to", "discharge", "him", "from", "hospital", "and", "continue", "with", "amoxicillin-clavulanic", "acid", "875", "/", "125", "mmHg", "every", "8", "hours", "at", "home", ",", "with", "follow-up", "in", "the", "outpatient", "department", "of", "the", "Infectious", "Diseases", "Unit", ".", "Treatment", "was", "completed", "after", "6", "weeks", "of", "antibiotherapy", ",", "and", "at", "the", "last", "examination", "she", "was", "found", "to", "be", "asymptomatic", "and", "with", "radiological", "improvement", "(", "CT", "chest", "c", "/", "c", ":", "cavitated", "lesion", "in", "LSD", ")", ".", "Final", "diagnosis", "Primary", "lung", "abscess", "in", "the", "right", "upper", "lobe", "in", "a", "patient", "with", "periodontal", "disease", "and", "alcoholism", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 19 }, { "text": "housewife", "label": "HUMAN", "start": 305, "end": 314 }, { "text": "children", "label": "HUMAN", "start": 292, "end": 300 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 280, "end": 286 }, { "text": "partner", "label": "HUMAN", "start": 271, "end": 278 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 221, "end": 229 }, { "text": "tobacco", "label": "SPECIES", "start": 27, "end": 34 }, { "text": "Married", "label": "HUMAN", "start": 251, "end": 258 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 1224, "end": 1232 }, { "text": "smear microscopy", "label": "SPECIES", "start": 2028, "end": 2044 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2460, "end": 2467 }, { "text": "influenza A and B virus", "label": "SPECIES", "start": 2066, "end": 2089 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2807, "end": 2814 }, { "text": "Bacterial", "label": "SPECIES", "start": 2935, "end": 2944 }, { "text": "anaerobic bacteria", "label": "SPECIES", "start": 2972, "end": 2990 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3784, "end": 3791 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4141, "end": 4148 }, { "text": "acid-fast bacilli", "label": "SPECIES", "start": 4527, "end": 4544 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4470, "end": 4477 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 4399, "end": 4407 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 4897, "end": 4905 }, { "text": "Nocardia spp", "label": "SPECIES", "start": 5309, "end": 5321 }, { "text": "Opportunistic pathogens", "label": "SPECIES", "start": 5257, "end": 5280 }, { "text": "fungi", "label": "SPECIES", "start": 5289, "end": 5294 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5398, "end": 5405 }, { "text": "parasites", "label": "SPECIES", "start": 5298, "end": 5307 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 6479, "end": 6482 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6995, "end": 7002 } ]

[ "", "A", "66-year-old", "Moroccan", "woman", ",", "resident", "of", "the", "Bologna", "area", ",", "was", "admitted", "to", "Imola", "hospital", "on", "15", "March", "2020", "with", "hyposthenia", "in", "all", "limbs", ",", "more", "intense", "in", "the", "lower", "limbs", ",", "with", "a", "Medical", "Research", "Council", "(", "MRC", ")", "scale", "score", "of", "1", "/", "5", "in", "the", "distal", "and", "2", "/", "5", "in", "the", "proximal", "part", "of", "the", "lower", "limbs", ",", "and", "3", "/", "5", "in", "the", "distal", "part", "and", "4", "/", "4", "in", "the", "proximal", "part", "of", "the", "upper", "limbs", ",", "with", "a", "distal", "tingling", "sensation", "and", "intense", "low", "back", "pain", "of", "eight", "days", "'", "evolution", ".", "He", "was", "unable", "to", "walk", ",", "reported", "dysphagia", "and", "absent", "osteotendinous", "reflexes", ".", "Vital", "signs", "were", "normal", ",", "medical", "history", "was", "irrelevant", "and", "he", "reported", "no", "infection", "during", "the", "previous", "month", ".", "Nerve", "conduction", "studies", "consistent", "with", "demyelinating", "polyneuropathy", "and", "cerebrospinal", "fluid", "analysis", "were", "performed", ",", "consistent", "with", "our", "hypothesis", "(", "protein", "content", "245", "mg", "/", "dL", ",", "cells", "13", "/", "mmc", ",", "polymorphonucleated", "61", ".", "5", "%", ")", ".", "CSF", "microbiological", "tests", "were", "negative", "(", "HSV1-2", ",", "EBV", ",", "VZV", ",", "CMV", ",", "HIV", ",", "Mycoplasma", "pneumoniae", ",", "Borrelia", ")", ".", "Anti-ganglioside", "antibodies", "were", "negative", "and", "ruled", "out", "electrolyte", "abnormalities", ",", "heavy", "metal", "or", "drug", "intoxication", ",", "endocrine", "disorders", "or", "folate", "or", "vitamin", "B12", "deficiency", ".", "Blood", "tests", "showed", "elevated", "creatine", "kinase", "(", "461U", "/", "L", ",", "normal", "<", "145", ")", "and", "C-reactive", "protein", "(", "5", ".", "65mg", "/", "dL", ",", "normal", "<", "0", ".", "5", ")", ",", "lymphocytopenia", "(", "0", ".", "68", "×", "109", "/", "L", ",", "normal", "1", ".", "10-4", ")", "and", "slightly", "increased", "LDH", "(", "284U", "/", "L", ",", "normal", "<", "248", ")", "and", "GOT", "and", "GPT", "(", "549", "and", "547U", "/", "L", ",", "normal", "<", "35", ")", ",", "similar", "to", "laboratory", "results", "in", "patients", "with", "COVID-19", ".", "RT-PCR", "for", "SARS-CoV-2", "was", "performed", "on", "a", "nasopharyngeal", "swab", ",", "with", "a", "positive", "result", ".", "Increased", "interleukin", "6", "(", "11pg", "/", "mL", ",", "normal", "<", "5", ".", "9", ")", "was", "found", ",", "also", "associated", "with", "COVID-19", ".", "The", "patient", "was", "transferred", "to", "a", "COVID-19", "ward", "and", "given", "a", "five-day", "regimen", "of", "i", ".", "v", ".", "immunoglobulin", ",", "ritonavir", "100mg", "and", "darunavir", "800mg", "per", "day", ",", "with", "hydroxychloroquine", "200mg", "twice", "daily", ",", "according", "to", "our", "hospital", "'", "s", "protocol", "for", "COVID-19", "treatment", ".", "She", "never", "presented", "with", "respiratory", "symptoms", "or", "fever", ";", "chest", "CT", "was", "normal", ".", "After", "Ig", "administration", ",", "the", "patient", "improved", "significantly", "with", "a", "MRC", "scale", "score", "of", "4", "/", "5", "in", "the", "distal", "part", "of", "the", "upper", "extremities", "and", "3", "/", "5", "in", "the", "proximal", "and", "distal", "parts", "of", "the", "lower", "extremities", ",", "with", "the", "appearance", "of", "diplegia", ".", "About", "3", "weeks", "after", "the", "onset", "of", "neurological", "symptoms", ",", "two", "nasopharyngeal", "swabs", ",", "taken", "24", "hours", "apart", ",", "were", "negative", ";", "the", "patient", "was", "transferred", "to", "a", "rehabilitation", "ward", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 29 }, { "text": "Borrelia", "label": "SPECIES", "start": 956, "end": 964 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 923, "end": 926 }, { "text": "Mycoplasma pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 933, "end": 954 } ]

[ "We", "present", "a", "26-year-old", "male", "who", "was", "admitted", "to", "the", "Internal", "Medicine", "Department", "for", "fever", "and", "cutaneous-mucosal", "lesions", "accompanied", "by", "whitish", "urethral", "discharge", "and", "dysuria", "since", "three", "days", "before", "admission", ".", "As", "epidemiological", "history", "of", "interest", ",", "he", "reported", "unprotected", "sex", "with", "several", "heterosexual", "contacts", "in", "the", "last", "month", ".", "On", "physical", "examination", "he", "was", "febrile", "(", "39", ".", "5o", ")", ",", "normotensive", ",", "well", "perfused", ",", "eupneic", "and", "with", "no", "evidence", "of", "sepsis", ".", "He", "had", "millimetric", "submaxillary", "and", "left", "axillary", "lymphadenopathies", ",", "rolling", "and", "non-painful", ";", "involvement", "of", "the", "oral", "mucosa", "with", "necrotic", "desquamation", "of", "the", "lips", ",", "petechiae", "on", "the", "palate", ",", "whitish", "exudate", "and", "significant", "pain", ";", "asymptomatic", "macular", "periungual", "lesions", "on", "both", "hands", ",", "feet", "and", "scrotal", "and", "urethral", "level", "with", "no", "visible", "secretions", ".", "In", "addition", ",", "he", "had", "a", "dry", "cough", "with", "crackles", "in", "the", "right", "base", ".", "Complementary", "tests", "showed", "monocytosis", "with", "left", "shift", ",", "elevated", "acute", "phase", "reactants", "(", "CRP", "17", ".", "3", ",", "ESR", "50", ",", "PCT", "0", ".", "19", ")", "and", "an", "interstitial", "infiltrate", "in", "the", "right", "lower", "lobe", ".", "Serological", "results", "ruled", "out", "HIV", ",", "CMV", ",", "EBV", ",", "syphilis", ",", "and", "hepatitis", "B", "and", "C", ".", "Blood", "cultures", "were", "negative", "while", "cultures", "of", "oral", "cavity", "and", "urethral", "exudate", "showed", "HSV-1", "and", "Chlamydia", "trachomatis", "infection", "respectively", ".", "Dermatological", "assessment", "confirmed", "erythema", "multiforme", "multiforme", "major", "with", "involvement", "of", "the", "oral", "mucosa", "and", "acral", "areas", "reactive", "to", "the", "infectious", "process", ".", "The", "patient", "showed", "rapid", "clinical", ",", "analytical", "and", "radiological", "improvement", ",", "with", "complete", "resolution", "of", "the", "lesions", "after", "symptomatic", "treatment", "and", "empirical", "antibiotherapy", "with", "Ceftriaxone", ",", "Doxycycline", "and", "Acyclovir", "for", "10", "days", "and", "a", "dose", "of", "Azithromycin", ".", "At", "one", "month", "follow-up", "the", "control", "serologies", "were", "negative", "and", "the", "complete", "examination", "was", "rigorously", "normal", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "contacts", "label": "HUMAN", "start": 306, "end": 314 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 25, "end": 29 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 1070, "end": 1073 }, { "text": "Chlamydia trachomatis", "label": "SPECIES", "start": 1210, "end": 1231 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 1075, "end": 1078 }, { "text": "HSV-1", "label": "SPECIES", "start": 1200, "end": 1205 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1065, "end": 1068 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 1080, "end": 1088 }, { "text": "hepatitis B", "label": "SPECIES", "start": 1094, "end": 1105 }, { "text": "hepatitis B and C", "label": "SPECIES", "start": 1094, "end": 1111 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1421, "end": 1428 } ]

[ "Reason", "for", "admission", "Impossibility", ",", "despite", "multiple", "attempts", "made", "in", "public", "and", "private", "care", ",", "of", "outpatient", "detoxification", "in", "cannabis", "use", "disorder", "as", "main", "diagnosis", ".", "Socio-demographic", "data", "Male", ",", "33", "years", "old", ".", "Waiter", ".", "He", "has", "been", "unemployed", "for", "6", "years", "and", "does", "not", "receive", "any", "benefits", ".", "Lives", "with", "his", "brother", "and", "parents", ",", "who", "own", "the", "house", ".", "Family", "background", "Father", "aged", "62", ",", "with", "osteoarthritis", ".", "Mother", "aged", "57", ",", "with", "anxiety", ".", "Brother", "aged", "30", ",", "with", "cannabis", "and", "alcohol", "dependence", ".", "Personal", "history", "Clinical", "history", "opened", "at", "the", "local", "Drug", "Dependency", "Centre", "(", "CAD", ")", "in", "1996", ".", "In", "1997", "he", "was", "admitted", "to", "a", "general", "hospital", "for", "heroin", "detoxification", ".", "He", "has", "been", "receiving", "methadone", "since", "1999", "at", "the", "ADC", ";", "for", "the", "last", "two", "years", "he", "has", "been", "taking", "170", "mg", "/", "day", ".", "In", "1998", "he", "spent", "only", "a", "couple", "of", "months", "in", "a", "therapeutic", "community", ";", "he", "dropped", "out", "of", "the", "programme", ".", "Both", "the", "doctor", "who", "referred", "him", "to", "the", "ADC", "and", "the", "private", "psychiatrist", "who", "also", "recommended", "his", "hospitalisation", "suggest", "the", "possible", "existence", "of", "a", "personality", "disorder", ",", "of", "a", "borderline", "or", "schizoid", "type", ".", "Medical", "and", "surgical", "history", "Benign", "prostatic", "hyperplasia", ".", "Current", "illness", "-", "Severe", "cannabis", "dependence", ",", "the", "main", "diagnosis", "of", "the", "case", ".", "Smokes", "20", "joints", "a", "day", "since", "the", "age", "of", "17", ".", "His", "daily", "life", "is", "spent", "at", "home", ",", "doing", "nothing", ";", "he", "goes", "to", "the", "street", "only", "to", "get", "the", "money", "he", "needs", ".", "-", "Severe", "nicotine", "dependence", "since", "the", "age", "of", "17", ",", "with", "20", "cigarettes", "a", "day", ".", "-", "Moderate", "benzodiazepine", "dependence", "since", "three", "years", ".", "Currently", "reduced", "alprazolam", "dosage", "to", "3", "tablets", "/", "day", "of", "2", "mg", ".", "-", "Dependence", "on", "opiates", "(", "heroin", ")", "in", "therapeutic", "maintenance", "with", "the", "agonist", "methadone", ".", "Has", "not", "been", "injecting", "heroin", "for", "nine", "years", ".", "-", "Sustained", "total", "remission", "of", "cocaine", "snorted", "and", "injected", "years", "ago", ".", "Symptomatology", "Cannabis-induced", "insomnia", ",", "anxiety", ",", "depression", "and", "apathy", "(", "\"", "amotivational", "syndrome", "\"", ")", ".", "Subjectively", "severe", "withdrawal", "episodes", ",", "with", "intense", "craving", "and", "severe", "physical", "discomfort", ",", "all", "described", "as", "unbearable", ".", "Compares", "cannabis", "withdrawal", "syndrome", "with", "methadone", "withdrawal", "syndrome", ".", "Previous", "personality", "No", "Axis", "II", "diagnosis", "Confirmed", "at", "discharge", ",", "with", "normal", "functioning", "in", "stable", "abstinence", "from", "cannabis", ".", "Socio-familial", "factors", "No", "apparent", "significance", ":", "stable", "parental", "couple", ",", "middle", "class", ",", "affluent", ".", "Overprotective", ".", "Physical", "examination", "Inappetence", "and", "low", "weight", ":", "64", "kg", "(", "height", "181", "cm", ")", ".", "Psychopathological", "examination", "Collaborative", ",", "oriented", ",", "anxious", ",", "depressed", "(", "\"", "I", "don", "'", "t", "feel", "like", "living", "\"", ")", ",", "ambivalent", "about", "the", "change", "to", "stable", "abstinence", ".", "No", "sensory-perceptual", "disturbances", "or", "suicidal", "ideation", ".", "On", "admission", "the", "parents", "complained", "that", "the", "patient", "was", "almost", "always", "in", "bed", "smoking", "joints", ".", "Physical", "evolution", "Detoxification", "by", "means", "of", "a", "descending", "schedule", "of", "clomethiazole", "from", "16", "tablets", "/", "day", ".", "The", "tapering", "had", "to", "be", "slowed", "down", "for", "this", "case", ",", "so", "that", "the", "detoxification", "lasted", "twenty", "days", ",", "when", "it", "normally", "lasts", "eleven", "days", "or", "less", ".", "Intercurrent", "tremors", ",", "sweating", ",", "tachycardia", "and", "nausea", "due", "to", "abstinence", "anxiety", "during", "the", "first", "half", "of", "the", "hospital", "stay", ".", "Blood", "and", "urine", "tests", "with", "serology", "and", "thyroid", "function", ":", "mild", "anaemia", "attributable", "to", "low", "weight", ".", "Electrocardiogram", "with", "diffuse", "polarisation", "disorder", ",", "with", "no", "indication", "for", "treatment", ".", "Behavioural", "evolution", "Anxiety", ",", "affective", "lability", "and", "ambivalence", "during", "the", "first", "two", "weeks", "of", "hospitalisation", ".", "Exposure", "to", "individual", "interviews", "(", "psychiatrist", ",", "psychologist", ",", "social", "worker", ",", "nurse", ")", "and", "psychosocial", "rehabilitation", "programme", "specific", "to", "dual", "pathology", "(", "group", "therapy", ",", "psychoeducation", "on", "relapse", "prevention", "and", "medication", ",", "relaxation", ",", "other", "activities", ")", ".", "Epicrisis", "Preliminary", "assimilation", "of", "knowledge", "and", "skills", "for", "stable", "abstinence", "from", "cannabis", "and", "non-prescribed", "benzodiazepines", ".", "Initially", "stated", "that", "he", "wanted", "to", "be", "referred", "to", "a", "Therapeutic", "Community", "(", "TC", ")", ",", "but", "withdrew", "shortly", "before", "discharge", ".", "Coordination", "In", "person", "and", "by", "telephone", ",", "the", "care", "team", "coordinated", "with", "the", "parents", "and", "with", "the", "TC", "professionals", "contacted", "during", "admission", ".", "Continuity", "of", "care", "Detoxified", "and", "with", "clinical", "improvement", ",", "at", "discharge", "he", "received", "a", "scheduled", "follow-up", "visit", "at", "the", "referring", "DKA", ".", "Treatment", "Methadone", ":", "equal", "dose", "(", "170", "mg", "/", "day", ")", ";", "paroxetine", "20", "mg", ":", "1", "tablet", "/", "day", ";", "oxcarbazepine", "600", "mg", ":", "2", "tablets", "/", "day", ";", "levoclorpromazine", "25", "mg", "if", "insomnia", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Male", "label": "HUMAN", "start": 191, "end": 195 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 127, "end": 135 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 316, "end": 323 }, { "text": "Waiter", "label": "HUMAN", "start": 211, "end": 217 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 345, "end": 351 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 452, "end": 460 }, { "text": "doctor", "label": "HUMAN", "start": 870, "end": 876 }, { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 485, "end": 493 }, { "text": "Father", "label": "HUMAN", "start": 363, "end": 369 }, { "text": "Mother", "label": "HUMAN", "start": 400, "end": 406 }, { "text": "psychiatrist", "label": "HUMAN", "start": 921, "end": 933 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 1152, "end": 1160 }, { "text": "Cannabis", "label": "SPECIES", "start": 1765, "end": 1773 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 1983, "end": 1991 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 2164, "end": 2172 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2619, "end": 2626 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 2591, "end": 2598 }, { "text": "social worker", "label": "HUMAN", "start": 3403, "end": 3416 }, { "text": "psychiatrist", "label": "HUMAN", "start": 3375, "end": 3387 }, { "text": "psychologist", "label": "HUMAN", "start": 3389, "end": 3401 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 3682, "end": 3690 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 3922, "end": 3929 }, { "text": "care team", "label": "HUMAN", "start": 3891, "end": 3900 }, { "text": "TC professionals", "label": "HUMAN", "start": 3943, "end": 3959 } ]

[ "A", "previously", "healthy", "29", "year", "old", "North", "American", "woman", ",", "living", "in", "Chile", "for", "12", "months", ",", "consulted", "for", "the", "appearance", "of", "a", "painful", "lesion", ",", "with", "signs", "of", "inflammation", "and", "enlargement", "of", "the", "pubic", "and", "right", "vulvar", "area", ".", "She", "received", "empirical", "outpatient", "therapy", "with", "cefadroxil", "and", "then", "clindamycin", ",", "without", "clinical", "remission", ",", "for", "which", "she", "was", "hospitalised", ".", "She", "had", "no", "fever", ",", "dysuria", "or", "leucorrhoea", ",", "but", "had", "mild", "vulvar", "pruritus", ".", "Her", "partner", "had", "no", "genital", "lesions", ".", "Laboratory", "tests", "including", "CBC", ",", "HSV", ",", "C-reactive", "protein", "and", "biochemical", "profile", "showed", "no", "abnormalities", "except", "for", "a", "mild", "eosinophilia", "of", "7", ".", "9", "%", "(", "680", "cells", "/", "mm3", ")", ",", "her", "pregnancy", "test", "(", "B-hCG", "blood", ")", "was", "negative", ".", "Ultrasound", "examination", "of", "soft", "tissues", "showed", "a", "non-specific", "inflammatory", "process", "of", "the", "subcutaneous", "cellular", "tissue", "in", "the", "suprapubic", "region", "with", "extension", "to", "the", "right", "labium", "majus", ",", "with", "ipsilateral", "reactive", "inguinal", "adenopathy", ".", "As", "the", "clinical", "suspicion", "of", "cellulitis", "and", "vulvar", "phlegmon", "remained", ",", "iv", "antibacterial", "treatment", "with", "ceftriaxone", "and", "clindamycin", "was", "continued", ".", "After", "48", "h", ",", "the", "lesion", "progressed", "to", "the", "suprapubic", "area", "and", "then", "to", "the", "right", "iliofemoral", "area", ",", "for", "which", "reason", "vancomycin", "was", "added", ".", "The", "lesions", "were", "red", ",", "warm", "and", "pruritic", "rather", "than", "tender", ".", "On", "the", "sixth", "day", "of", "treatment", ",", "the", "lesion", "continued", "to", "spread", "to", "the", "right", "iliac", "fossa", "and", "crest", ".", "Blood", "inflammatory", "parameters", "remained", "low", ",", "with", "slightly", "elevated", "eosinophils", "(", "655", "cells", "/", "mm3", ")", ".", "The", "patient", "'", "s", "remote", "history", "revealed", "a", "long", "business", "trip", "to", "rural", "areas", "in", "several", "Southeast", "Asian", "countries", ",", "concluded", "12", "months", "prior", "to", "consultation", ",", "with", "consumption", "of", "raw", "sea", "and", "freshwater", "fish", "on", "multiple", "occasions", ".", "In", "addition", ",", "three", "months", "before", "the", "genital", "lesion", ",", "the", "patient", "reported", "abdominal", "symptoms", "characterised", "by", "nausea", ",", "abdominal", "pain", "and", "diarrhoea", "without", "pathological", "elements", "accompanied", "by", "fever", "(", "five", "days", ")", ",", "myalgias", "and", "arthralgias", ",", "which", "lasted", "for", "more", "than", "three", "weeks", ",", "with", "a", "weight", "loss", "of", "five", "kilos", ".", "This", "episode", "was", "studied", "without", "finding", "an", "aetiological", "cause", "and", "resolved", "spontaneously", "without", "specific", "therapy", ".", "Due", "to", "the", "migration", "of", "the", "lesion", ",", "the", "presence", "of", "eosinophilia", ",", "his", "history", "of", "travel", "and", "consumption", "of", "raw", "fish", ",", "a", "diagnosis", "of", "eosinophilic", "migratory", "panniculitis", "due", "to", "gnathostomiasis", "was", "proposed", ".", "Antibacterials", "were", "discontinued", ",", "empirical", "antiparasitic", "therapy", "with", "oral", "albendazole", "(", "400", "mg", "every", "12", "h", ")", "was", "started", "and", "a", "serum", "sample", "was", "sent", "to", "the", "reference", "laboratory", "in", "Asia", "(", "Department", "of", "Helminthology", ",", "Faculty", "of", "Tropical", "Medicine", ",", "Mahidol", "University", ",", "Bangkok", ",", "Thailand", ")", ".", "A", "serial", "parasitological", "examination", "and", "Baermann", "test", "were", "negative", "for", "parasite", "eggs", "and", "larvae", "in", "stool", ".", "Serological", "examination", "in", "the", "laboratory", "in", "Bangkok", "confirmed", "the", "diagnosis", ",", "detecting", "IgG", "antibodies", "against", "Gnathostoma", "spinigerium", "antigens", "by", "immunoblot", "technique", ".", "Migration", "of", "the", "lesion", "stopped", "two", "days", "after", "initiation", "of", "antiparasitic", "treatment", ",", "with", "frank", "regression", "of", "the", "erythema", "and", "appearance", "of", "a", "small", ",", "non-painful", "nodule", "in", "the", "centre", ",", "which", "has", "been", "described", "by", "biopsy", "of", "the", "lesion", ",", "occasionally", "finding", "immobile", "or", "dead", "larvae", ".", "After", "eight", "days", "of", "outpatient", "treatment", ",", "the", "patient", "underwent", "a", "new", "pregnancy", "test", ",", "which", "was", "positive", ",", "and", "the", "antiparasitic", "was", "discontinued", ".", "Subsequent", "12-month", "follow-up", "showed", "no", "reactivation", "of", "the", "lesion", "and", "no", "skin", "and", "soft", "tissue", "symptoms", "at", "other", "sites", ".", "As", "there", "are", "cases", "of", "relapse", ",", "the", "patient", "was", "educated", "for", "early", "consultation", "in", "case", "of", "recurrence", "of", "lesions", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 48, "end": 53 }, { "text": "partner", "label": "HUMAN", "start": 431, "end": 438 }, { "text": "HSV", "label": "SPECIES", "start": 496, "end": 499 }, { "text": "antibacterial", "label": "SPECIES", "start": 976, "end": 989 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1443, "end": 1450 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1722, "end": 1729 }, { "text": "fish", "label": "SPECIES", "start": 1637, "end": 1641 }, { "text": "Antibacterials", "label": "SPECIES", "start": 2298, "end": 2312 }, { "text": "fish", "label": "SPECIES", "start": 2204, "end": 2208 }, { "text": "Gnathostoma spinigerium", "label": "SPECIES", "start": 2801, "end": 2824 }, { "text": "antiparasitic", "label": "SPECIES", "start": 2342, "end": 2355 }, { "text": "Helminthology", "label": "SPECIES", "start": 2497, "end": 2510 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3187, "end": 3194 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3442, "end": 3449 }, { "text": "antiparasitic", "label": "SPECIES", "start": 2921, "end": 2934 }, { "text": "antiparasitic", "label": "SPECIES", "start": 3255, "end": 3268 } ]

[ "Anamnesis", "84-year-old", "male", ",", "hypertensive", ",", "ex-smoker", ".", "Left", "hemispheric", "ischaemic", "strokes", "in", "2000", "and", "2005", ".", "Amputation", "of", "the", "right", "lower", "limb", "due", "to", "ischaemia", "in", "May", "2011", ".", "Chronic", "treatment", "with", ":", "bisoprolol", ",", "nifedipine", ",", "omeprazole", ",", "acetylsalicylic", "acid", "and", "candesartan-hydrochlorothiazide", ".", "Urological", "history", ":", "after", "amputation", "of", "the", "right", "lower", "limb", ",", "he", "suffered", "several", "episodes", "of", "urinary", "tract", "infections", "treated", "with", "antibiotics", "and", "a", "single", "positive", "culture", "for", "Pseudomonas", "aeruginosa", ",", "only", "sensitive", "to", "piperacillin-tazobactam", "and", "imipenem", ".", "Several", "episodes", "of", "self-limited", "haematuria", "in", "the", "last", "4", "months", ",", "with", "normal", "haemogram", "and", "serum", "biochemistry", ".", "The", "patient", "attended", "the", "emergency", "department", "(", "14", "/", "10", "/", "2011", ")", "due", "to", "deterioration", "of", "general", "condition", ",", "diffuse", "abdominal", "pain", "and", "macroscopic", "haematuria", "of", "weeks", "of", "evolution", ".", "He", "did", "not", "present", "fever", ",", "nausea", "or", "micturition", "syndrome", ".", "Physical", "examination", "Conscious", ",", "eupneic", "and", "afebrile", ",", "with", "marked", "cutaneous-mucosal", "pallor", ".", "Cardiopulmonary", "auscultation", "normal", ".", "Blood", "pressure", "104", "/", "51", "mmHg", ".", "Heart", "rate", "65", "bpm", ".", "Abdomen", "soft", ",", "non-painful", ",", "with", "negative", "bilateral", "fist", "percussion", ".", "External", "genitalia", "normal", ".", "Rectal", "examination", ":", "fibroelastic", "prostate", ",", "II", "/", "IV", ",", "mobile", ",", "non-painful", ".", "Complementary", "tests", "-", "Blood", "tests", "(", "on", "arrival", "at", "the", "ED", ")", ":", "haemoglobin", "4", ".", "6", "g", "/", "dl", ",", "haematocrit", "14", ".", "4", "%", ",", "452", ",", "000", "platelets", "/", "mm3", ",", "10", ",", "080", "leukocytes", "/", "mm3", "(", "neutrophils", "79", ".", "2", "%", ")", ".", "Prothrombin", "time", "62", "%", ",", "glucose", "100", "mg", "/", "dl", ",", "urea", "284", "mg", "/", "dl", ",", "creatinine", "8", ".", "97", "mg", "/", "dl", ",", "Na", "+", "137", "mEq", "/", "l", ",", "K", "+", "7", ".", "2", "mEq", "/", "l", ".", "-", "Urine", ":", "density", "1", ".", "015", ";", "pH", "8", ".", "Sediment", "with", "macroscopic", "haematuria", "and", "microleucocyturia", ".", "-", "Urine", "culture", ":", "Klebsiella", "pneumoniae", ",", "only", "resistant", "to", "ampicillin", ".", "-", "Abdominal", "ultrasound", ":", "atrophic", "right", "kidney", "(", "5", ".", "6", "cm", "long", "axis", ")", ".", "Left", "kidney", "with", "occupation", "of", "the", "pyelo-infundibulo-calyceal", "system", "by", "hyperechogenic", "images", "leaving", "a", "posterior", "acoustic", "shadow", ",", "compatible", "with", "lithiasis", ".", "No", "dilatation", "of", "the", "excretory", "systems", "or", "lithiasis", "in", "the", "ureteral", "tract", ".", "Bladder", "not", "assessable", ".", "Prostate", "60", "cc", ".", "The", "rest", "of", "the", "abdominal", "structures", "were", "normal", ".", "-", "Abdominal", "CT", "scan", "without", "contrast", ":", "atrophic", "right", "kidney", ".", "Left", "kidney", "of", "normal", "size", "with", "mild", "ectasia", "of", "the", "excretory", "system", ",", "showing", "a", "thickened", "wall", "with", "calcification", "of", "the", "mucosal", "surface", "in", "practically", "its", "entire", "course", ",", "of", "a", "non-specific", "nature", ".", "Fighting", "bladder", ",", "with", "calcification", "of", "the", "mucosa", "on", "the", "posterior", "wall", ".", "Right", "pleural", "effusion", ".", "Diagnosis", "Encrusted", "pyelitis", "in", "a", "single", "functioning", "kidney", "due", "to", "Klebsiella", "pneumoniae", ".", "Treatment", "and", "evolution", "On", "arrival", ",", "red", "blood", "cell", "transfusion", ",", "haemodialysis", "and", "bladder", "catheterisation", "are", "performed", ".", "The", "haematuria", "varied", "in", "intensity", "over", "the", "days", ",", "without", "ever", "disappearing", ".", "Antibiotic", "treatment", "was", "started", "with", "piperacillin-tazobactam", "(", "2", "/", "0", ".", "5", "g", "every", "8", "h", ")", ",", "based", "on", "previous", "urine", "culture", "and", "ascorbic", "acid", "(", "500", "mg", "/", "8", "h", ")", "to", "acidify", "the", "urine", "due", "to", "a", "urinary", "pH", "of", "9", ",", "but", "was", "discontinued", "after", "48", "hours", "due", "to", "metabolic", "acidosis", ".", "After", "several", "haemodialysis", "sessions", "and", "transfusions", ",", "renal", "function", "progressively", "deteriorated", ",", "despite", "a", "daily", "diuresis", "of", "1", ",", "500", "cc", ".", "On", "the", "twelfth", "day", "of", "admission", ",", "he", "presented", "with", "atrial", "fibrillation", ",", "heart", "failure", "and", "chest", "pain", "with", "myocardial", "damage", ".", "The", "patient", "and", "his", "family", "refused", "more", "aggressive", "treatment", "and", "he", "died", "15", "days", "after", "admission", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Pseudomonas aeruginosa", "label": "SPECIES", "start": 467, "end": 489 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 26 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 663, "end": 670 }, { "text": "Klebsiella pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 1617, "end": 1638 }, { "text": "Klebsiella pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 2483, "end": 2504 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 3241, "end": 3247 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3225, "end": 3232 } ]

[ "50-year-old", "woman", "diagnosed", "with", "rheumatoid", "arthritis", "since", "2011", ",", "subclinical", "hypothyroidism", ",", "hypovitaminosis", "D", "and", "active", "smoking", "(", "25", "cigarettes", "/", "day", "for", "34", "years", ")", ".", "The", "patient", "had", "been", "on", "the", "following", "treatment", "since", "December", "2013", ":", "etanercept", "50", "mcg", "(", "1", "subcutaneous", "injection", "/", "week", ")", ",", "methotrexate", "(", "10", "mg", "oral", "every", "12", "hours", "on", "Mondays", ")", ",", "folic", "acid", "(", "5", "mg", "on", "Tuesdays", ")", ",", "prednisone", "(", "5", "mg", "daily", ")", ",", "hydroferol", "(", "1", "ampoule", "daily", ")", "and", "conditional", "analgesia", "for", "pain", ".", "She", "was", "correctly", "vaccinated", "against", "pneumococcus", ",", "hepatitis", "B", "virus", "and", "influenza", "virus", "and", "had", "a", "negative", "Mantoux", "test", "prior", "to", "starting", "treatment", "with", "anti-TNF-α", ".", "She", "attended", "the", "emergency", "department", "for", "general", "malaise", ",", "myalgias", "and", "fever", "of", "up", "to", "39oC", "that", "had", "started", "four", "days", "earlier", ".", "He", "also", "had", "a", "cough", "with", "purulent", "expectoration", ",", "dyspnoea", "that", "had", "progressed", "to", "minimal", "effort", "and", "diarrhoeal", "stools", "(", "2-3", "times", "/", "day", ")", "without", "pathological", "products", "since", "the", "onset", "of", "the", "symptoms", ".", "During", "the", "first", "hours", "he", "presented", "with", "frank", "hypotension", "refractory", "to", "correct", "hydration", ",", "oligoanuria", ",", "fever", "resistant", "to", "antipyretics", "and", "hypoxaemia", "(", "SpO2", "90", "%", "with", "a", "FiO2", "of", "28", "%", ")", ",", "so", "the", "Intensive", "Care", "Unit", "(", "ICU", ")", "was", "consulted", "and", "he", "was", "transferred", ".", "On", "arrival", ",", "the", "following", "analytical", "results", "were", "observed", ":", "neutrophilia", "97", "%", "without", "leukocytosis", ",", "renal", "function", "without", "alteration", ",", "mild", "hyponatraemia", "(", "Sodium", "132", "mEq", "/", "L", ")", "without", "other", "electrolyte", "alterations", ",", "LDH", "602", "U", "/", "l", "and", "C-reactive", "protein", "405", "mg", "/", "l", ".", "There", "was", "no", "coagulopathy", "and", "venous", "blood", "gases", "showed", "pH", "7", ".", "51", ",", "pO2", "21", "mmHg", ",", "pCO2", "47", "mmHg", ",", "bicarbonate", "16", ".", "8", "mmol", "/", "L", "and", "O2", "sat", "88", "%", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "a", "condensation", "in", "the", "left", "upper", "lobe", "(", "LSI", ")", ",", "well", "demarcated", "and", "with", "air", "bronchogram", "and", "left", "basal", "atelectasis", ".", "Differential", "diagnosis", "The", "potential", "opportunistic", "infections", "that", "occur", "relatively", "frequently", "in", "patients", "treated", "with", "anti-TNF-α", "drugs", "are", "well", "documented", "in", "the", "literature", ".", "The", "pulmonary", "involvement", "of", "our", "patient", "would", "make", "tuberculosis", "one", "of", "the", "main", "entities", "to", "rule", "out", ",", "although", "fungal", "infections", "caused", "by", "Aspergillus", ",", "Histoplasma", ",", "Cryptococcus", "and", "Pneumocystis", "jirovecii", ",", "among", "others", ",", "and", "some", "bacterial", "infections", "such", "as", "Legionella", "and", "Pneumococcus", ",", "or", "other", "less", "common", "ones", ",", "such", "as", "Listeria", "or", "Nocardia", "should", "also", "form", "part", "of", "the", "differential", "diagnosis", ".", "Among", "the", "viral", "infections", "that", "frequently", "manifest", "as", "pneumonia", "in", "these", "patients", ",", "adenovirus", ",", "influenza", "(", "A", "and", "B", ")", "and", "parainfluenza", ",", "respiratory", "syncytial", "virus", "(", "RSV", ")", "and", "cytomegalovirus", "(", "CMV", ")", "should", "be", "considered", ".", "Pulmonary", "tuberculosis", "is", "probably", "the", "respiratory", "infection", "whose", "association", "has", "been", "most", "studied", "in", "patients", "treated", "with", "anti-TNF-α", ".", "Recent", "studies", "showed", "that", "Spain", "and", "Portugal", "have", "substantially", "higher", "rates", "than", "other", "European", "countries", "in", "this", "type", "of", "patients", ".", "Tuberculosis", "usually", "occurs", "soon", "after", "initiation", "of", "anti-TNF-α", ",", "usually", "as", "reactivation", "of", "a", "latent", "infection", ",", "whereas", ",", "when", "it", "appears", "late", ",", "it", "would", "represent", "(", "in", "most", "cases", ")", "a", "new", "infection", "that", "progresses", "directly", "to", "active", "disease", ".", "The", "wide", "range", "of", "symptoms", "it", "can", "cause", "means", "that", "it", "is", "always", "part", "of", "the", "differential", "diagnosis", "in", "these", "cases", ".", "Cryptococcosis", "(", "Cryptococcus", "neoformans", "and", "Cryptococcus", "gattii", ")", "is", "an", "increasingly", "prevalent", "invasive", "fungal", "infection", "in", "immunocompromised", "patients", ".", "The", "organism", "is", "normally", "found", "in", "soil", "and", "in", "high", "concentrations", "near", "bird", "nests", ",", "and", "inhalation", "may", "occur", ".", "In", "animal", "models", "of", "Cryptococcus", "infection", ",", "TNF-α", "inhibition", "is", "associated", "with", "impaired", "recruitment", "of", "activated", "CD4", "+", "T", "cells", "and", "Langerhans", "cells", "to", "the", "site", "of", "infection", ",", "leading", "to", "an", "increased", "risk", "of", "dissemination", ".", "In", "addition", "to", "affecting", "the", "CNS", ",", "it", "can", "also", "cause", "respiratory", "infections", ",", "ranging", "from", "asymptomatic", "to", "respiratory", "distress", "syndrome", "or", "pneumonia", ".", "Diagnostic", "tools", "include", ":", "fungal", "investigation", "and", "determination", "of", "cryptococcal", "antigen", "in", "serum", "and", ",", "in", "a", "large", "number", "of", "cases", ",", "analysis", "of", "a", "histological", "specimen", "is", "required", ".", "In", "pulmonary", "aspergillosis", "in", "immunocompromised", "patients", ",", "the", "main", "culprit", "is", "usually", "Aspergillus", "fumigatus", ",", "and", "can", "present", "with", "a", "wide", "variety", "of", "symptoms", ".", "The", "classic", "triad", "includes", "fever", ",", "pleuritic", "pain", "and", "haemoptysis", ".", "However", ",", "the", "absence", "of", "this", "triad", "is", "not", "uncommon", ",", "and", "the", "disease", "should", "be", "considered", "in", "patients", "with", "risk", "factors", "in", "whom", "chest", "radiography", "often", "reveals", "pulmonary", "nodules", "and", "/", "or", "infiltrates", ".", "The", "diagnosis", "of", "invasive", "aspergillosis", "is", "based", "on", "isolation", "of", "the", "organism", "(", "or", "markers", "of", "the", "organism", "such", "as", "serum", "galactomannan", ")", ",", "imaging", "tests", "and", "high", "clinical", "suspicion", ".", "Pneumocystis", "jirovecii", "pneumonia", "has", "been", "reported", "in", "patients", "treated", "with", "TNF-α", "inhibitors", ",", "especially", "in", "concomitant", "immunosuppressive", "therapy", ".", "Transmission", "occurs", "via", "airborne", "person-to-person", "contact", ".", "Diagnosis", "should", "be", "considered", "in", "patients", "with", "risk", "factors", "(", "neoplasms", ",", "especially", "haematological", ",", "HIV", ",", "transplant", "recipients", ",", "patients", "on", "immunosuppressive", "therapy", ",", "etc", ".", ")", "who", "present", "a", "compatible", "radiological", "picture", "(", "interstitial", "involvement", "predominantly", "bilateral", "perihilar", ",", "with", "reticular", "or", "nodular", "opacities", "and", "/", "or", "areas", "of", "irregular", "consolidation", ")", ",", "and", "is", "performed", "by", "microscopy", "by", "staining", "a", "sputum", "sample", "(", "or", "bronchioalveolar", "lavage", ")", ".", "Listeria", "monocytogenes", "is", "mainly", "transmitted", "by", "consumption", "of", "contaminated", "food", "and", "beverages", "or", "close", "contact", "with", "animals", ".", "The", "main", "risk", "factor", "is", "undoubtedly", "the", "immunosuppressed", "state", ".", "Although", "bacteraemia", ",", "gastrointestinal", "or", "central", "nervous", "system", "infections", "are", "more", "common", ",", "there", "have", "been", "cases", "of", "pulmonary", "listeriosis", ",", "which", "usually", "have", "a", "severe", "prognosis", ".", "Definitive", "diagnosis", "is", "obtained", "by", "isolation", "in", "different", "culture", "samples", ",", "depending", "on", "the", "clinical", "picture", ".", "Legionella", "pneumophila", "is", "generally", "found", "in", "humid", "environments", ".", "It", "is", "transmitted", "via", "the", "respiratory", "route", "and", "can", "cause", "pneumonia", "with", "atypical", "characteristics", "and", "symptoms", "that", "can", "be", "very", "florid", "(", "cough", ",", "fever", ",", "diarrhoea", ",", "hyponatraemia", ",", "renal", "failure", ",", "confusion", ",", "ataxia", ",", "etc", ".", ")", "and", "can", "be", "very", "serious", ".", "In", "almost", "100", "%", "of", "cases", "there", "is", "some", "radiological", "alteration", "on", "the", "third", "day", ".", "The", "most", "common", "pattern", "is", "an", "irregular", "unilobular", "infiltrate", "progressing", "to", "consolidation", ",", "with", "pleural", "effusions", "also", "common", ".", "Diagnosis", "of", "infection", "is", "based", "on", "clinical", "findings", ",", "culture", "(", "specificity", "approximately", "100", "%", ",", "but", "sensitivity", "variable", "depending", "on", "sputum", "(", "60", "%", ")", ",", "blood", "(", "40", "%", ")", "or", "lung", "biopsy", "(", "90", "%", ")", ")", ",", "antigenuria", "and", "direct", "immunofluorescence", "visualisation", ".", "In", "recent", "years", ",", "an", "increasing", "number", "of", "cases", "of", "Mycoplasma", "pneumoniae", "infection", "have", "been", "detected", "in", "adults", ",", "especially", "the", "elderly", ".", "Transmission", "is", "airborne", "and", "usually", "occurs", "epidemically", ".", "The", "clinical", "features", "may", "overlap", "with", "those", "of", "typical", "pneumonia", ",", "although", "occasionally", "there", "is", "a", "characteristic", "feature", ",", "bullous", "myringitis", ",", "which", "supports", "the", "diagnosis", ".", "Diagnostic", "methods", "include", "culture", ",", "polymerase", "chain", "reaction", "(", "PCR", ")", ",", "and", "serology", "with", "IgM", "and", "IgG", "(", "most", "common", ")", ".", "Several", "issues", "can", "hamper", "management", ",", "such", "as", "the", "time", "it", "takes", "to", "obtain", "serology", "results", "and", "the", "lack", "of", "complete", "correlation", "that", "has", "occurred", "in", "different", "assays", "when", "comparing", "PCR", ",", "serology", "and", "culture", "results", ".", "Among", "the", "influenza", "viruses", ",", "type", "A", "stands", "out", "for", "its", "potential", "severity", "and", "the", "possibility", "of", "causing", "pandemics", ".", "Although", "its", "distribution", "is", "usually", "seasonal", ",", "it", "is", "not", "uncommon", "to", "find", "this", "infection", "in", "immunocompromised", "patients", "outside", "the", "typical", "seasons", ".", "In", "these", "cases", "it", "is", "not", "uncommon", "to", "find", "primary", "influenza", "pneumonia", "(", "which", "generally", "has", "a", "very", "severe", "prognosis", ",", "with", "a", "mortality", "rate", "of", "around", "80", "%", ")", ",", "which", "is", "much", "rarer", "in", "the", "general", "population", ",", "where", "the", "main", "complication", "is", "bacterial", "pneumonia", "secondary", "to", "influenza", "infection", ".", "Diagnosis", "can", "be", "made", "by", "culture", ",", "serology", ",", "or", "through", "rapid", "diagnostic", "tests", "with", "enzyme", "immunoassay", "(", "EIA", ")", ",", "immunofluorescence", ",", "or", "PCR", ".", "On", "the", "other", "hand", ",", "Respiratory", "Syncytial", "Virus", "(", "RSV", ")", ",", "like", "influenza", ",", "often", "causes", "respiratory", "infections", "on", "a", "seasonal", "basis", ".", "Transmission", "is", "also", "similar", ",", "causing", "an", "initial", "involvement", "of", "the", "bronchiole", "that", "may", "progress", "to", "pneumonia", ".", "Rapid", "diagnostic", "methods", "based", "on", "viral", "PCR", "are", "available", "that", "detect", "multiple", "respiratory", "viruses", "simultaneously", "and", "rapidly", ".", "However", ",", "caution", "is", "needed", "in", "interpretation", "as", "up", "to", "15", "%", "of", "healthy", "people", "harbour", "some", "of", "these", "viruses", "in", "the", "respiratory", "tract", ".", "Cytomegalovirus", "(", "CMV", ")", "is", "a", "major", "cause", "of", "infections", "in", "immunocompromised", "patients", ",", "especially", "in", "transplant", "recipients", ",", "either", "in", "primary", "or", "reactivation", "form", ".", "Therefore", ",", "serology", "(", "presence", "of", "IgM", "or", "increased", "IgG", "x4", ")", "and", "/", "or", "viral", "load", "detection", "by", "PCR", "should", "always", "be", "requested", ".", "Evolution", "The", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "Intensive", "Care", "Unit", "where", "vasoactive", "agents", "were", "started", "as", "well", "as", "empirical", "antibiotic", "treatment", "with", "levofloxacin", "500", "mg", "and", "ceftriaxone", "2", "grams", ".", "Serial", "blood", "cultures", ",", "urine", "culture", ",", "sputum", "culture", ",", "smear", "microscopy", "(", "x3", ")", "and", "Legionella", "and", "pneumococcal", "antigens", "in", "urine", "were", "requested", ".", "In", "the", "first", "12", "hours", "a", "positive", "antigenuria", "for", "Legionella", "was", "received", "(", "with", "subsequent", "confirmation", "by", "immunofluorescence", "and", "after", "heat", "treatment", "of", "the", "urine", ")", ",", "and", "a", "sputum", "culture", "was", "also", "positive", "for", "Legionella", "in", "the", "following", "days", ".", "Treatment", "was", "adjusted", ",", "maintaining", "levofloxacin", "500", "mg", "/", "12", "hours", "and", "replacing", "cephalosporin", "with", "azithromycin", "500", "mg", "/", "24", "hours", ".", "The", "rest", "of", "the", "microbiological", "tests", "requested", "were", "negative", ".", "The", "evolution", "was", "torpid", "during", "the", "first", "few", "days", "with", "repeated", "desaturations", "that", "made", "it", "necessary", "to", "initiate", "High", "Flow", "Nasal", "Oxygen", "Therapy", "(", "HFO", ")", "without", "requiring", "mechanical", "ventilation", ".", "He", "also", "remained", "dependent", "on", "vasoactive", "agents", "to", "maintain", "a", "MAP", ">", "70", "mmHg", "and", "presented", "syncopal", "symptoms", ".", "An", "echocardiogram", "showed", "a", "mild", "pericardial", "effusion", "and", "the", "presence", "of", "empyema", "was", "ruled", "out", "by", "thoracic", "ultrasound", ".", "Clinically", "he", "remained", "alert", "and", "conscious", ",", "with", "orthopnoea", "and", "tachypnoea", ".", "Cough", "with", "purulent", "expectoration", "persisted", "and", "the", "intestinal", "symptoms", "subsided", "in", "the", "first", "24", "hours", "(", "negative", "stool", "culture", "and", "Clostridium", "difficile", "toxins", ")", ".", "On", "the", "5th", "day", ",", "he", "began", "to", "experience", "progressive", "improvement", ",", "and", "ONAF", "and", "noradrenaline", "could", "be", "withdrawn", "and", "the", "febrile", "peaks", "disappeared", ".", "Finally", ",", "he", "was", "transferred", "to", "our", "Infectious", "Diseases", "Department", "after", "a", "10-day", "stay", "in", "the", "ICU", "(", "without", "azithromycin", ",", "which", "was", "maintained", "for", "8", "days", ")", ",", "where", "he", "continued", "to", "progress", "favourably", "and", "was", "discharged", "from", "hospital", ".", "Laboratory", "tests", "included", ":", "favourable", "evolution", "of", "C-reactive", "protein", "(", "at", "discharge", "32", ".", "09", "mg", "/", "l", ")", ",", "initial", "procalcitonin", "determination", "of", "5", ".", "2", "ng", "/", "ml", "(", "at", "discharge", "0", ".", "79", "ng", "/", "ml", ")", ",", "preserved", "renal", "function", "and", "slight", "elevation", "of", "GPT", "(", "57", "U", "/", "l", ")", "and", "GGT", "(", "67", "U", "/", "l", ")", ".", "Other", "complementary", "tests", "requested", ":", "serological", "tests", "for", "Coxiella", "burnetti", ",", "Chlamydia", "pneumoniae", "and", "Mycoplasma", ",", "PCR", "for", "typing", "Legionella", "species", "(", "performed", "in", "Majadahonda", ",", "serotype", "1", ")", "and", "chest", "CT", "scan", "with", "contrast", "(", "extensive", "consolidations", "in", "LSI", "and", "homolateral", "lower", "lobe", ",", "with", "abundant", "air", "bronchogram", ",", "slight", "volume", "loss", "and", "bibasal", "laminar", "atelectasis", ".", "From", "the", "first", "moment", "of", "admission", ",", "both", "anti-TNF-α", "and", "methotrexate", "were", "withdrawn", "and", "the", "dose", "of", "prednisone", "was", "increased", "(", "30", "mg", "/", "day", ")", ",", "and", "the", "patient", "continued", "with", "no", "evidence", "of", "activity", "of", "her", "rheumatoid", "process", ".", "On", "discharge", ",", "she", "continued", "treatment", "with", "prednisone", "alone", "in", "a", "descending", "dosage", "(", "as", "indicated", "by", "Rheumatology", ")", "and", "completed", "treatment", "with", "Levofloxacin", "for", "a", "further", "6", "days", ".", "Currently", ",", "treatment", "has", "been", "restarted", "with", "methotrexate", "(", "5", "mg", "oral", "/", "12", "hours", "on", "Mondays", ")", "and", "prednisone", "5", "mg", "/", "24", "hours", ",", "without", "the", "need", "to", "restart", "anti-TNF-α", ".", "Final", "diagnosis", "Septic", "shock", "secondary", "to", "Legionella", "multilobar", "pneumonia", "in", "an", "immunocompromised", "patient", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 3, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 3, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 12, "end": 17 }, { "text": "pneumococcus", "label": "SPECIES", "start": 496, "end": 508 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 169, "end": 176 }, { "text": "vaccinated", "label": "SPECIES", "start": 477, "end": 487 }, { "text": "virus", "label": "SPECIES", "start": 522, "end": 527 }, { "text": "virus", "label": "SPECIES", "start": 542, "end": 547 }, { "text": "influenza virus", "label": "SPECIES", "start": 532, "end": 547 }, { "text": "hepatitis B virus", "label": "SPECIES", "start": 510, "end": 527 }, { "text": "influenza", "label": "SPECIES", "start": 532, "end": 541 }, { "text": "Aspergillus", "label": "SPECIES", "start": 2043, "end": 2054 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 2490, "end": 2493 }, { "text": "Cryptococcus", "label": "SPECIES", "start": 2069, "end": 2081 }, { "text": "Histoplasma", "label": "SPECIES", "start": 2056, "end": 2067 }, { "text": "Legionella", "label": "SPECIES", "start": 2162, "end": 2172 }, { "text": "Listeria", "label": "SPECIES", "start": 2226, "end": 2234 }, { "text": "Pneumococcus", "label": "SPECIES", "start": 2177, "end": 2189 }, { "text": "Nocardia", "label": "SPECIES", "start": 2238, "end": 2246 }, { "text": "Pneumocystis jirovecii", "label": "SPECIES", "start": 2086, "end": 2108 }, { "text": "RSV", "label": "SPECIES", "start": 2464, "end": 2467 }, { "text": "respiratory syncytial virus", "label": "SPECIES", "start": 2435, "end": 2462 }, { "text": "adenovirus", "label": "SPECIES", "start": 2384, "end": 2394 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 2133, "end": 2142 }, { "text": "cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 2473, "end": 2488 }, { "text": "fungal", "label": "SPECIES", "start": 2015, "end": 2021 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1936, "end": 1943 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 1825, "end": 1833 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 2374, "end": 2382 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 2621, "end": 2629 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 2779, "end": 2787 }, { "text": "parainfluenza", "label": "SPECIES", "start": 2420, "end": 2433 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 2310, "end": 2315 }, { "text": "virus", "label": "SPECIES", "start": 2457, "end": 2462 }, { "text": "infections", "label": "SPECIES", "start": 1778, "end": 1788 }, { "text": "infections", "label": "SPECIES", "start": 2022, "end": 2032 }, { "text": "infections", "label": "SPECIES", "start": 2143, "end": 2153 }, { "text": "infections", "label": "SPECIES", "start": 2316, "end": 2326 }, { "text": "influenza (A", "label": "SPECIES", "start": 2396, "end": 2408 }, { "text": "influenza", "label": "SPECIES", "start": 2396, "end": 2405 }, { "text": "Cryptococcus", "label": "SPECIES", "start": 3159, "end": 3171 }, { "text": "Cryptococcus", "label": "SPECIES", "start": 3187, "end": 3199 }, { "text": "Cryptococcus", "label": "SPECIES", "start": 3423, "end": 3435 }, { "text": "Cryptococcus neoformans", "label": "SPECIES", "start": 3159, "end": 3182 }, { "text": "animal", "label": "SPECIES", "start": 3406, "end": 3412 }, { "text": "bird", "label": "SPECIES", "start": 3365, "end": 3369 }, { "text": "fungal", "label": "SPECIES", "start": 3246, "end": 3252 }, { "text": "fungal", "label": "SPECIES", "start": 3799, "end": 3805 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 3284, "end": 3292 }, { "text": "Cryptococcus gattii", "label": "SPECIES", "start": 3187, "end": 3206 }, { "text": "infections", "label": "SPECIES", "start": 3688, "end": 3698 }, { "text": "Aspergillus", "label": "SPECIES", "start": 4040, "end": 4051 }, { "text": "Aspergillus fumigatus", "label": "SPECIES", "start": 4040, "end": 4061 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 4002, "end": 4010 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 4270, "end": 4278 }, { "text": "Listeria", "label": "SPECIES", "start": 5208, "end": 5216 }, { "text": "Listeria monocytogenes", "label": "SPECIES", "start": 5208, "end": 5230 }, { "text": "Pneumocystis jirovecii", "label": "SPECIES", "start": 4555, "end": 4577 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 4861, "end": 4864 }, { "text": "animals", "label": "SPECIES", "start": 5325, "end": 5332 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 5407, "end": 5418 }, { "text": "Legionella pneumophila", "label": "SPECIES", "start": 5690, "end": 5712 }, { "text": "Mycoplasma", "label": "SPECIES", "start": 6493, "end": 6503 }, { "text": "adults", "label": "HUMAN", "start": 6547, "end": 6553 }, { "text": "elderly", "label": "HUMAN", "start": 6570, "end": 6577 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 7368, "end": 7376 }, { "text": "population", "label": "HUMAN", "start": 7595, "end": 7605 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 8101, "end": 8106 }, { "text": "Virus", "label": "SPECIES", "start": 7870, "end": 7875 }, { "text": "respiratory viruses", "label": "SPECIES", "start": 8146, "end": 8165 }, { "text": "infections", "label": "SPECIES", "start": 7924, "end": 7934 }, { "text": "influenza", "label": "SPECIES", "start": 7152, "end": 7161 }, { "text": "influenza", "label": "SPECIES", "start": 7456, "end": 7465 }, { "text": "influenza", "label": "SPECIES", "start": 7671, "end": 7680 }, { "text": "influenza", "label": "SPECIES", "start": 7888, "end": 7897 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 8344, "end": 8347 }, { "text": "Cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 8327, "end": 8342 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 8401, "end": 8409 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 8553, "end": 8558 }, { "text": "infections", "label": "SPECIES", "start": 8369, "end": 8379 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 8624, "end": 8631 }, { "text": "Legionella", "label": "SPECIES", "start": 8882, "end": 8892 }, { "text": "Legionella", "label": "SPECIES", "start": 8993, "end": 9003 }, { "text": "Legionella", "label": "SPECIES", "start": 9152, "end": 9162 }, { "text": "Clostridium difficile", "label": "SPECIES", "start": 10004, "end": 10025 }, { "text": "Chlamydia pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 10742, "end": 10762 }, { "text": "Coxiella burnetti", "label": "SPECIES", "start": 10723, "end": 10740 }, { "text": "Legionella", "label": "SPECIES", "start": 10794, "end": 10804 }, { "text": "Mycoplasma", "label": "SPECIES", "start": 10767, "end": 10777 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 11175, "end": 11182 }, { "text": "Legionella", "label": "SPECIES", "start": 11630, "end": 11640 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 11686, "end": 11693 } ]

[ "", "An", "88-year-old", "woman", "with", "a", "history", "of", "hypertension", ",", "chronic", "kidney", "disease", "and", "hyperlipidaemia", "presented", "to", "the", "emergency", "department", "with", "a", "15-minute", "episode", "of", "transient", "numbness", "and", "weakness", "in", "the", "right", "arm", "and", "anomic", "aphasia", ".", "Vital", "signs", "at", "the", "first", "consultation", "were", "within", "normal", "values", ".", "Initial", "neurological", "examination", "was", "normal", ".", "The", "stroke", "protocol", "was", "activated", ".", "The", "cranial", "CT", "scan", "showed", "no", "acute", "manifestations", ".", "ECG", "showed", "normal", "sinus", "rhythm", ".", "Thrombolysis", "was", "postponed", "and", "the", "patient", "was", "admitted", "with", "a", "diagnosis", "of", "transient", "ischaemic", "stroke", ".", "As", "the", "patient", "reported", "mild", "dyspnoea", "with", "dry", "cough", ",", "a", "PCR", "for", "COVID-19", "was", "performed", "and", "was", "positive", ".", "D-dimer", "was", "elevated", "at", "3442", "ng", "/", "ml", "(", "normal", "<", "880", "ng", "/", "ml", ")", ";", "other", "inflammatory", "markers", "were", "also", "elevated", ".", "An", "MRI", "showed", "an", "acute", "infarct", "in", "the", "left", "medial", "temporal", "lobe", ".", "A", "craniomaxillofacial", "magnetic", "resonance", "angiography", "(", "MRA", ")", "showed", "a", "mild", "right", "M1", "segment", "stenosis", ".", "No", "arrhythmias", "were", "detected", "on", "telemetry", ".", "The", "patient", "was", "treated", "with", "aspirin", ",", "statins", "and", "discharged", "to", "a", "rehabilitation", "centre", "with", "monitoring", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 16, "end": 21 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 496, "end": 503 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 572, "end": 579 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 985, "end": 992 } ]

[ "A", "12-month-old", "girl", ",", "consanguineous", "parents", ",", "presented", "with", "exanthema", "of", "1", "month", "'", "s", "evolution", "(", "macular", ",", "multiforme", ")", ",", "progressively", "adding", "fever", ",", "asthenia", ",", "hepatosplenomegaly", "and", "pericardial", "effusion", ",", "together", "with", "elevated", "acute", "phase", "reactants", "and", "hypertransaminasemia", ".", "Vaccinated", "with", "BCG", "3", "months", "earlier", ",", "coinciding", "with", "the", "onset", "of", "fever", ",", "she", "presented", "with", "inflammatory", "signs", "at", "the", "inoculation", "site", ".", "HIV", "was", "ruled", "out", "and", "the", "PID", "study", "with", "susceptibility", "to", "intracellular", "germs", "(", "combined", "immunodeficiency", ",", "chronic", "granulomatous", "and", "IFN-gamma", "defects", ")", "was", "normal", ".", "The", "BCG", "infection", "extension", "study", "was", "negative", ",", "indicating", "BCGitis", ".", "The", "rest", "of", "the", "infectious", "screening", "tests", "were", "negative", "and", "the", "existence", "of", "a", "lymphoproliferative", "process", "was", "ruled", "out", ".", "Given", "the", "persistent", "clinical", "and", "laboratory", "findings", "of", "systemic", "inflammatory", "involvement", ",", "the", "patient", "was", "diagnosed", "with", "systemic", "juvenile", "idiopathic", "arthritis", ".", "Treatment", "with", "corticosteroids", "(", "daily", "oral", "methylprednisolone", "and", "prednisolone", "boluses", ")", "was", "started", ",", "with", "partial", "improvement", ",", "so", "azathioprine", "and", "later", "anakinra", "were", "added", ".", "He", "developed", "recurrent", "mucocutaneous", "candidiasis", "during", "the", "following", "months", ".", "Given", "the", "refractory", "systemic", "symptoms", "and", "infections", ",", "a", "clinical", "exome", "was", "performed", "with", "a", "study", "of", "genes", "associated", "with", "PID", ".", "A", "homozygous", "mutation", "was", "identified", "in", "the", "AIRE", "gene", ",", "which", "causes", "autoimmune", "polyglandular", "syndrome", "type", "I", "(", "APECED", ")", ".", "Results", ":", "The", "most", "common", "form", "of", "debut", "of", "APECED", "syndrome", "is", "in", "the", "form", "of", "mucocutaneous", "candidiasis", "and", "hypoparathyroidism", "at", "school", "age", ".", "However", ",", "as", "in", "this", "patient", ",", "cases", "have", "been", "described", "with", "early-onset", "inflammatory", "and", "/", "or", "autoimmune", "symptoms", "as", "the", "initial", "manifestation", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "BCG", "label": "SPECIES", "start": 286, "end": 289 }, { "text": "BCG", "label": "SPECIES", "start": 575, "end": 578 }, { "text": "BCGitis", "label": "SPECIES", "start": 630, "end": 637 }, { "text": "girl", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 19 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 407, "end": 410 }, { "text": "Vaccinated", "label": "SPECIES", "start": 270, "end": 280 }, { "text": "intracellular germs", "label": "SPECIES", "start": 466, "end": 485 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 858, "end": 865 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 36, "end": 43 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1586, "end": 1593 } ]

[ "A", "13-year-old", "patient", "with", "a", "personal", "history", "of", "pollinosis", ".", "After", "eating", "salmon", ",", "she", "reported", "two", "episodes", "of", "choking", "and", "chest", "tightness", "which", "subsided", "after", "vomiting", ".", "Subsequently", ",", "lip", "swelling", "after", "eating", "trout", ",", "tolerating", "the", "rest", "of", "the", "fish", ".", "Allergological", "study", ":", "prick", "with", "a", "battery", "of", "aeroallergens", "and", "trophoallergens", "positive", "for", "grasses", ",", "olive", "tree", ",", "cupressus", "and", "profilin", ".", "Prick", "with", "commercial", "extract", "and", "prick-prick", "with", "fish", ":", "positive", "for", "trout", "and", "salmon", ".", "Total", "immunoglobulin", "E", "(", "IgE", ")", "281", "U", "/", "ml", ",", "specific", "IgE", "hake", ",", "tuna", "and", "shrimp", "<", "0", ".", "35", "kU", "/", "l", ".", "In", "vitro", "study", ":", "production", "of", "complete", "extracts", "by", "freeze-drying", "of", "fresh", "products", "from", "cooked", "/", "smoked", "salmon", ",", "salmon", "trout", ",", "cooked", "/", "raw", "emperor", ",", "pangasius", "and", "sea", "bass", ".", "Protein", "quantification", "by", "Bradford", "method", ",", "SDS-PAGE", "acrylamide", "gel", "electrophoresis", ",", "Wester", "Blot", ",", "Immunoblotting", "and", "Immunodetection", ".", "Results", ":", "After", "in", "vitro", "study", ",", "the", "patient", "was", "found", "to", "possess", "specific", "IgE", "that", "recognised", "bands", "with", "an", "apparent", "molecular", "weight", "between", "35", "and", "40", "kDa", "molecular", "weight", ",", "in", "salmonid", "extracts", ".", "Salmonid", "parvalbumin", "is", "found", "in", "a", "region", "around", "10-12", "kDa", ".", "A", "review", "of", "the", "literature", "suggests", "that", "this", "may", "correspond", "to", "a", "region", "of", "salmonid", "enolases", "and", "aldolases", "(", "40-50", "kDa", ")", "responsible", "for", "recently", "described", "monosensitisations", "to", "these", "fish", "species", "associated", "with", "moderate", "to", "severe", "clinical", "signs", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 21 }, { "text": "olive tree", "label": "SPECIES", "start": 352, "end": 362 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 29, "end": 37 }, { "text": "fish", "label": "SPECIES", "start": 244, "end": 248 }, { "text": "fish", "label": "SPECIES", "start": 439, "end": 443 }, { "text": "trout", "label": "SPECIES", "start": 210, "end": 215 }, { "text": "trout", "label": "SPECIES", "start": 458, "end": 463 }, { "text": "trout", "label": "SPECIES", "start": 679, "end": 684 }, { "text": "salmon trout", "label": "SPECIES", "start": 672, "end": 684 }, { "text": "salmon", "label": "SPECIES", "start": 74, "end": 80 }, { "text": "salmon", "label": "SPECIES", "start": 468, "end": 474 }, { "text": "salmon", "label": "SPECIES", "start": 664, "end": 670 }, { "text": "salmon", "label": "SPECIES", "start": 672, "end": 678 }, { "text": "cupressus", "label": "SPECIES", "start": 364, "end": 373 }, { "text": "hake", "label": "SPECIES", "start": 528, "end": 532 }, { "text": "tuna", "label": "SPECIES", "start": 534, "end": 538 }, { "text": "shrimp", "label": "SPECIES", "start": 543, "end": 549 }, { "text": "emperor", "label": "SPECIES", "start": 697, "end": 704 }, { "text": "pangasius", "label": "SPECIES", "start": 706, "end": 715 }, { "text": "sea bass", "label": "SPECIES", "start": 720, "end": 728 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 899, "end": 906 }, { "text": "fish species", "label": "SPECIES", "start": 1302, "end": 1314 }, { "text": "fish", "label": "SPECIES", "start": 1302, "end": 1306 }, { "text": "salmonid", "label": "SPECIES", "start": 1040, "end": 1048 }, { "text": "Salmonid", "label": "SPECIES", "start": 1059, "end": 1067 }, { "text": "salmonid", "label": "SPECIES", "start": 1195, "end": 1203 } ]

[ "A", "9-year-old", "boy", "with", "pharyngitis", "for", "7", "days", ",", "and", "high", "fever", "and", "arthralgias", "in", "the", "48", "hours", "prior", "to", "admission", ".", "After", "12", "hours", "on", "the", "ward", ",", "he", "was", "admitted", "to", "the", "Intensive", "Care", "Unit", "(", "ICU", ")", "in", "a", "dazed", "state", ",", "with", "punctate", "petechial", "rash", "predominantly", "in", "the", "root", "of", "the", "limbs", ",", "poor", "peripheral", "perfusion", ",", "hypotension", ",", "tachycardia", ",", "increased", "work", "of", "breathing", ",", "desaturation", "and", "oligoanuria", ".", "Complementary", "examinations", "revealed", "leukopenia", "(", "3", ",", "600", "/", "mm3", ")", ",", "plateletopenia", "(", "22", ".", "000", "/", "mm3", ")", ",", "C-reactive", "protein", "(", "11", ".", "96", "mg", "/", "dl", ")", ",", "Na", "+", ":", "131", "mEq", "/", "l", ",", "creatinine", ":", "2", ".", "35", "mg", "/", "dl", ",", "in", "anuria", ";", "coagulopathy", "with", "activated", "partial", "thromboplastin", "time", ":", "58", "sec", "(", "control", ":", "30", "sec", ")", ",", "prothrombin", "time", ":", "31", "sec", "(", "control", ":", "11", "sec", ")", ",", "Quick", "'", "s", "index", ":", "20", "%", ",", "fibrinogen", ":", "269", "mg", "/", "dl", ";", "antithrombin-III", "activity", ":", "30", "%", ";", "liver", "dysfunction", "(", "aspartate", "aminotransferase", ":", "306", "IU", "/", "l", ",", "alanine", "aminotransferase", ":", "184", "IU", "/", "l", ",", "total", "bilirubin", ":", "9", "mg", "/", "dl", ",", "direct", "bilirubin", ":", "6", "mg", "/", "dl", ")", ",", "metabolic", "acidosis", "(", "pH", ":", "7", ".", "19", ",", "HCO3", "-", ":", "16", "mEq", "/", "l", ";", "EB", ":", "-", "10", "mEq", "/", "l", ";", "lactate", ":", "13", "ng", "/", "dl", "and", "chest", "X-ray", "with", "bilateral", "alveolo-interstitial", "involvement", ".", "Expansion", ",", "administration", "of", "sodium", "bicarbonate", ",", "antibiotics", "(", "cefotaxime", "and", "teicoplanin", ")", "and", "catecholamine", "perfusion", "(", "dopamine", "5", "μg", "/", "kg", "/", "min", "and", "noradrenaline", "up", "to", "8", "μg", "/", "kg", "/", "min", ")", "were", "started", ".", "Intubation", "and", "connection", "to", "mechanical", "ventilation", "was", "required", "due", "to", "worsening", "gas", "exchange", "with", "high", "respiratory", "support", ".", "Continuous", "venovenous", "haemofiltration", "was", "started", "due", "to", "renal", "failure", "and", "blood", "volume", "overload", ".", "The", "evolution", "was", "unfavourable", "towards", "refractory", "multiple", "organ", "failure", "(", "MOF", ")", ",", "producing", "asystole", "and", "cardiorespiratory", "arrest", ",", "with", "exsitus", "12", "hours", "after", "admission", ".", "S", ".", "pyogenes", "serotype", "M1T1", "was", "isolated", "in", "blood", "culture", "and", "bronchial", "aspirate", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[]

[ "Clinical", "history", "A", "35-year-old", "woman", ",", "with", "no", "personal", "history", "of", "interest", ",", "consulted", "for", "the", "appearance", "of", "a", "skin", "lesion", "on", "the", "abdomen", "that", "had", "been", "present", "for", "8", "months", ".", "The", "lesion", "was", "asymptomatic", "and", "had", "not", "changed", ".", "Physical", "examination", "Erythematous", "papule", "with", "a", "whitish", "halo", ",", "1", "×", "0", ".", "5", "cm", "in", "diameter", ",", "located", "on", "the", "left", "abdomen", ".", "Histopathology", "The", "biopsy", "showed", "a", "dermal", "proliferation", "of", "small", ",", "uniform", ",", "branching", ",", "branching", ",", "collapsed-looking", "vessels", "with", "scant", "lumina", "and", "prominent", "endothelial", "cells", ".", "No", "cytological", "atypia", "or", "mitosis", "figures", "were", "observed", ".", "Immunohistochemistry", "for", "herpes", "virus", "type", "8", "was", "negative", ".", "Additional", "tests", "Dermoscopy", "revealed", "a", "diffuse", "central", "erythema", "with", "desquamation", "and", "delicate", "pigmented", "reticulum", "in", "the", "periphery", ".", "Diagnosis", "Microvenular", "haemangioma", ".", "Evolution", "and", "treatment", "The", "lesion", "was", "completely", "excised", "by", "excision-biopsy", "at", "the", "first", "visit", "and", "no", "further", "treatment", "was", "required", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 31, "end": 36 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 46, "end": 54 }, { "text": "herpes virus type 8", "label": "SPECIES", "start": 594, "end": 613 } ]

[ "A", "51", "year", "old", "male", "patient", "with", "a", "history", "of", "Takayasu", "'", "s", "vasculitis", "and", "analytical", "criteria", "for", "antiphospholipid", "syndrome", "on", "treatment", "with", "prednisone", "5", "mg", "/", "day", "and", "azathioprine", "150", "mg", "/", "day", "was", "admitted", "to", "our", "hospital", "for", "left", "lumbosciatica", "refractory", "to", "medical", "treatment", "secondary", "to", "a", "herniated", "disc", "L5-S1", ",", "deciding", "on", "intervention", "by", "Traumatology", "which", "performed", "a", "left", "L5", "hemilaminectomy", "with", "foraminotomy", "S1", "and", "discectomy", "L5-S1", ".", "Seventy-two", "hours", "after", "surgery", ",", "the", "patient", "began", "to", "experience", "severe", "pain", "and", "swelling", "of", "the", "left", "lower", "limb", "distal", "to", "the", "knee", ",", "and", "pretibial", "skin", "lesions", "of", "a", "purplish", "colour", "and", "some", "isolated", "lesions", "of", "an", "ecchymotic", "appearance", "were", "observed", ".", "The", "picture", "extended", "to", "the", "contralateral", "leg", "where", "he", "also", "developed", "purpuric", "lesions", "with", "no", "traumatic", "antecedent", "that", "evolved", "into", "necrotic", "plaques", "and", "phlyctenas", ".", "At", "the", "same", "time", "the", "patient", "started", "with", "a", "sero-bloody", "exudate", "at", "the", "level", "of", "the", "surgical", "wound", "as", "well", "as", "a", "progressive", "deterioration", "of", "the", "general", "condition", "with", "hypotension", "(", "90", "/", "60", "mmHg", ")", ",", "oliguria", "and", "analytical", "deterioration", "with", "acute", "renal", "insufficiency", "(", "creatinine", "1", ".", "7", "mg", "/", "dl", ")", ",", "plateletopenia", "(", "70", ",", "000", "platelets", "/", "mm3", ")", ",", "anaemia", "(", "haemoglobin", "10", "mg", "/", "dl", ")", ",", "coagulopathy", "and", "elevated", "acute", "phase", "reactants", "(", "C-reactive", "protein", "244", "mg", "/", "L", "and", "procalcitonin", "11", ".", "81", "ng", "/", "ml", ")", ".", "An", "assessment", "by", "Vascular", "Surgery", "was", "requested", ",", "blood", "cultures", "and", "cultures", "of", "the", "surgical", "wound", "were", "performed", "and", "coverage", "with", "broad-spectrum", "antibiotherapy", "with", "cefepime", "and", "linezolid", "was", "started", "24", "hours", "after", "the", "onset", "of", "symptoms", ",", "with", "the", "decision", "to", "increase", "coverage", "to", "imipenem", "and", "linezolid", "24", "hours", "after", "the", "start", "of", "treatment", "due", "to", "the", "poor", "evolution", "of", "the", "symptoms", ".", "A", "Gram-negative", "bacillus", "(", "GNB", ")", "was", "detected", "in", "aspirates", "from", "the", "skin", "lesion", "and", "the", "surgical", "wound", ".", "Differential", "diagnosis", "The", "patient", "'", "s", "general", "condition", "deteriorated", "with", "a", "recent", "lumbar", "operation", "and", "an", "increase", "in", "size", "of", "the", "lower", "limbs", "together", "with", "ecchymotic", ",", "purpuric", "lesions", "with", "necrotic", "areas", ".", "Given", "these", "findings", ",", "we", "considered", "two", "possible", "origins", ",", "one", "infectious", "and", "the", "other", "autoimmune", ".", "The", "patient", "presented", "in", "the", "context", "of", "autoimmunity", "with", "vasculitis", "of", "large", "vessels", "(", "Takayasu", ")", ".", "In", "view", "of", "the", "deterioration", "of", "the", "general", "condition", ",", "the", "analytical", "alterations", "(", "anaemia", ",", "thrombopenia", ",", "coagulopathy", ",", "renal", "failure", ")", "and", "the", "purpuric", "lesions", ",", "the", "presence", "of", "haemolytic-uraemic", "syndrome", "(", "HUS", ")", "or", "thrombotic", "thrombocytopenic", "purpura", "(", "TTP", ")", "and", "small", "vessel", "vasculitic", "involvement", "(", "hypersensitivity", "vasculitis", "or", "microscopic", "polyangiitis", ")", "should", "be", "ruled", "out", ".", "The", "presence", "of", "deep", "vein", "thrombosis", "(", "DVT", ")", "should", "also", "be", "ruled", "out", "as", "the", "patient", "presents", "with", "analytical", "criteria", "of", "an", "antiphospholipid", "syndrome", ".", "Alternatively", ",", "an", "infectious", "origin", "of", "the", "condition", "should", "be", "considered", ",", "in", "which", "case", "it", "could", "be", "severe", "sepsis", "with", "multi-organ", "failure", "secondary", "to", "infection", "of", "the", "surgical", "wound", ",", "with", "exudate", "in", "which", "GNB", "is", "detected", ",", "and", "the", "lesions", "in", "the", "lower", "limbs", "could", "be", "caused", "by", "distant", "soft", "tissue", "involvement", ".", "Evolution", "The", "patient", "'", "s", "clinical", "evolution", "was", "torpid", ",", "requiring", "urgent", "surgical", "cleaning", "of", "the", "lumbar", "wound", "72", "hours", "after", "the", "onset", "of", "symptoms", "and", "subsequent", "admission", "to", "the", "ICU", "with", "the", "need", "for", "haemodynamic", "support", ".", "He", "was", "assessed", "by", "Vascular", "Surgery", "who", "ruled", "out", "the", "presence", "of", "DVT", ",", "the", "presence", "of", "haemolysis", "was", "ruled", "out", "analytically", "(", "normal", "haptoglobin", ",", "negative", "coombs", "test", "and", "smear", "without", "schistocytes", ")", "and", "all", "cultures", "(", "blood", "cultures", ",", "culture", "of", "the", "surgical", "wound", "and", "of", "the", "phlyctenas", "of", "the", "left", "lower", "limb", ")", "grew", "multisensitive", "Pseudomonas", "aeruginosa", ".", "With", "targeted", "antibiotic", "treatment", "and", "the", "remaining", "measures", ",", "the", "patient", "showed", "a", "clear", "improvement", "with", "resolution", "of", "the", "systemic", "symptoms", "and", "disappearance", "of", "the", "exudate", "from", "the", "surgical", "wound", "and", "the", "lesions", "on", "the", "right", "lower", "limb", ".", "However", ",", "after", "his", "return", "to", "the", "Infectious", "Diseases", "ward", ",", "the", "lesions", "on", "the", "left", "leg", "increased", "in", "size", "with", "extensive", "areas", "of", "necrosis", "and", "repeated", "positive", "cultures", "for", "Pseudomonas", "aeruginosa", "with", "the", "same", "resistance", "profile", ".", "After", "more", "than", "15", "days", "of", "targeted", "antibiotic", "treatment", "with", "no", "substantial", "change", "in", "the", "leg", "lesions", ",", "it", "was", "decided", "to", "perform", "an", "intensive", "surgical", "debridement", "of", "the", "lesions", "exposing", "extensive", "loss", "of", "substance", ",", "requiring", "two", "further", "debridements", "in", "the", "operating", "theatre", ".", "In", "view", "of", "the", "loss", "of", "substance", "and", "the", "insufficient", "response", "to", "treatment", "on", "the", "ward", ",", "it", "was", "decided", "to", "start", "closed", "vacuum", "therapy", "(", "VAC", "therapy", ")", "for", "all", "lesions", ".", "After", "two", "weeks", "of", "VAC", "therapy", "and", "continued", "targeted", "antibiotic", "therapy", ",", "wound", "cultures", "were", "negative", "and", "abundant", "granulation", "tissue", "appeared", ".", "Finally", ",", "the", "patient", "was", "assessed", "by", "the", "Plastic", "Surgery", "Department", "of", "the", "referral", "hospital", "and", ",", "after", "three", "months", "of", "hospitalisation", ",", "the", "patient", "was", "transferred", "for", "skin", "autografting", ",", "with", "a", "good", "subsequent", "outcome", ".", "Final", "diagnosis", "1", ".", "Severe", "sepsis", "with", "multiple", "organ", "failure", "secondary", "to", "early", "infection", "of", "the", "surgical", "wound", "by", "Pseudomonas", "aeruginosa", "in", "an", "immunosuppressed", "patient", ".", "2", ".", "Necrotising", "fasciitis", "in", "the", "left", "lower", "limb", "due", "to", "metastatic", "implantation", "of", "Pseudomonas", "aeruginosa", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0 ]

[ { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 26 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 19, "end": 26 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 471, "end": 478 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 872, "end": 879 }, { "text": "Gram-negative bacillus", "label": "SPECIES", "start": 1707, "end": 1729 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1835, "end": 1842 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2117, "end": 2124 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2661, "end": 2668 }, { "text": "Pseudomonas aeruginosa", "label": "SPECIES", "start": 3601, "end": 3623 }, { "text": "Pseudomonas aeruginosa", "label": "SPECIES", "start": 4039, "end": 4061 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3063, "end": 3070 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3692, "end": 3699 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4698, "end": 4705 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4826, "end": 4833 }, { "text": "Pseudomonas aeruginosa", "label": "SPECIES", "start": 5021, "end": 5043 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5067, "end": 5074 }, { "text": "Pseudomonas aeruginosa", "label": "SPECIES", "start": 5158, "end": 5180 } ]

[ "A", "75-year-old", "woman", "presented", "to", "the", "emergency", "department", "with", "a", "referral", "for", "MAP", ".", "Ten", "days", "earlier", "she", "had", "started", "with", "pain", "and", "increased", "volume", "in", "the", "right", "parotid", "region", ".", "An", "ultrasound", "was", "performed", "and", "showed", "dilatation", "of", "the", "ducts", "and", "lithiasis", "inside", "the", "ducts", ".", "48", "hours", "later", ",", "she", "presented", "a", "worsening", "and", "oral", "ATB", "was", "prescribed", "without", "improvement", "and", "she", "was", "referred", "to", "the", "emergency", "department", ".", "Physical", "examination", "showed", ":", "Right", "cervical", "bulge", "in", "area", "II-III", "of", "6cm", "under", "tension", ".", "The", "overlying", "skin", "was", "erythematous", "and", "warm", ",", "with", "subcutaneous", "nodules", "of", "whitish", "content", "(", "impression", "of", "purulent", "material", "close", "to", "fistulisation", ")", ".", "In", "the", "oral", "cavity", "and", "oropharynx", ":", "no", "significant", "alterations", "were", "observed", ",", "together", "with", "fibrolaryngoscopy", "with", "no", "significant", "alterations", ".", "In", "view", "of", "this", "examination", ",", "an", "urgent", "cervical", "CT", "scan", "was", "performed", ",", "which", "revealed", "a", "hypodense", "collection", "with", "thickened", ",", "irregular", "and", "hyperemic", "walls", "in", "the", "right", "lateral", "cervical", "space", ",", "located", "lateral", "to", "the", "angle", "of", "the", "mandible", "and", "superficial", "to", "the", "carotid", "and", "sternocleidomastoid", "spaces", ",", "measuring", "approximately", "40", "x", "28", "x", "50", "mm", ".", "It", "is", "associated", "with", "thickening", "of", "the", "skin", "and", "superficial", "fascial", "planes", ",", "as", "well", "as", "involvement", "of", "the", "fat", "of", "the", "subcutaneous", "cellular", "tissue", ",", "compatible", "with", "locoregional", "inflammatory", "changes", ".", "It", "is", "accompanied", "by", "ipsilateral", "laterocervical", "nodes", "with", "a", "reactive", "appearance", "in", "stations", "IIA", "and", "IIb", ".", "The", "findings", "described", "are", "compatible", "with", "a", "brachial", "cyst", "of", "the", "second", "arch", "complicated", "by", "an", "inflammatory-infectious", "process", ",", "without", "being", "able", "to", "rule", "out", "an", "underlying", "malignant", "process", ".", "Given", "this", "diagnosis", ",", "it", "was", "decided", "to", "admit", "the", "patient", "to", "hospital", "for", "intravenous", "ATB", "treatment", "and", "monitoring", "of", "the", "cervical", "collection", ".", "At", "the", "beginning", "of", "admission", ",", "the", "collection", "began", "to", "fistulise", "and", "drain", "spontaneously", ",", "which", "was", "helped", "by", "drainage", "under", "local", "anaesthesia", "with", "abundant", "purulent", "material", "coming", "out", ",", "which", "was", "sent", "to", "microbiology", ".", "The", "microbiology", "results", "showed", "growth", "of", "Eikenella", "corrodens", "sensitive", "to", "penicillin", ",", "cefotaxime", ",", "vancomycin", ",", "levofloxacin", "and", "clindamycin", ",", "among", "other", "ATBs", ".", "The", "patient", "had", "been", "on", "ceftriaxone", "and", "vancomycin", "since", "admission", ".", "She", "progressed", "favourably", "and", "was", "discharged", "from", "hospital", "8", "days", "after", "admission", ".", "Subsequently", ",", "she", "attended", "several", "outpatient", "treatments", "and", "one", "month", "after", "discharge", ",", "in", "consultations", ",", "a", "complete", "improvement", "was", "observed", "with", "a", "completely", "healed", "drainage", "wound", ".", "A", "follow-up", "ultrasound", "was", "requested", "and", "performed", "2", "months", "after", "admission", ",", "where", "no", "significant", "alterations", "were", "visualised", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "MAP", "label": "HUMAN", "start": 78, "end": 81 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 19 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1679, "end": 1686 }, { "text": "Eikenella corrodens", "label": "SPECIES", "start": 2034, "end": 2053 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2155, "end": 2162 } ]

[ "7", "year", "old", "boy", "-", "AP", ":", "-", "Frequent", "episodic", "asthma", ",", "without", "sensitisation", "to", "pneumoallergens", ".", "-", "Occasional", "treatment", "with", "budesonide", "(", "the", "family", "discontinues", "on", "their", "own", ")", ".", "-", "He", "came", "on", "16", "January", "with", "cough", "for", "the", "last", "two", "months", ":", "-", "Predominantly", "at", "night", "and", "with", "exertion", ".", "-", "Daily", "use", "of", "salbutamol", "(", "BAC", ")", ".", "-", "Occasional", "febrile", "fever", ".", "Physical", "examination", ":", "-", "No", "signs", "of", "respiratory", "distress", ".", "-", "Ctes", ":", "FR25", ";", "FC87", ";", "SatO299", "%", ".", "-", "AP", ":", "Bilateral", "wheezing", ".", "-", "Plan", ":", "Budesonide", "800", "mcg", "/", "day", ".", "-", "New", "control", "in", "15", "days", ":", "-", "Improvement", ",", "but", "persistent", ".", "-", "PA", ":", "Expiratory", "wheezing", "and", "bibasal", "inspiratory", "crackles", ".", "-", "Blood", "count", ",", "biochemistry", ",", "serology", "for", "atypical", "bacteria", "and", "repeat", "pneumoallergen", "rast", "was", "requested", ".", "-", "Chest", ":", "Normal", ".", "-", "Treatment", "was", "indicated", "with", ":", "-", "Long-acting", "bronchodilator", "(", "BAL", ")", "+", "fluticasone", ".", "-", "Josamycin", "8", "days", "(", "40", "mg", "/", "kg", "/", "day", ")", ".", "Clinical", "manifestations", ":", "Low", "cough", ",", "afebrile", ".", "-", "Examination", ":", "No", "wheezing", ".", "Bladder", "murmur", "preserved", ".", "-", "Normal", "haemogram", "and", "biochemistry", ".", "-", "CRP", ":", "0", ".", "1", "-", "Rast", "negative", "to", "usual", "pneumoallergens", ":", "mites", ",", "grasses", ",", "weeds", ",", "trees", ",", "fungi", ",", "animal", "epithelium", ".", "-", "Serology", ":", "-", "Mycoplasma", "pneumoniae", "IgM", "doubtful", ",", "IgG", "negative", ".", "-", "Chlamyidia", "pneumoniae", ":", "weak", "IgM", "+", ",", "IgG", "+", "Diagnosis", "C", "pneumoniae", "Second", "follow-up", "visit", "-", "Occasional", "cough", ".", "Afebrile", ".", "-", "Treatment", "with", "BAL", "+", "Fluticasone", "is", "maintained", ".", "-", "BAC", "on", "demand", ".", "-", "Assessment", "in", "one", "month", ".", "Two", "weeks", "later", ":", "-", "Cough", "+", "wheezing", "at", "the", "bases", "+", "low-grade", "fever", ".", "-", "Repeat", "chest", "X-ray", "at", "the", "emergency", "department", ":", "normal", ".", "-", "Check-up", "in", "consultation", "two", "days", "later", ":", "-", "Continued", "dry", "and", "persistent", "cough", ".", "-", "Predominantly", "at", "night", "and", "on", "slight", "exertion", ".", "-", "Examination", ":", "Scattered", "wheezing", ".", "-", "After", "nebulisation", "with", "CABG", ":", "vesicular", "murmur", "preserved", "with", "disappearance", "of", "wheezing", ".", "-", "Plan", ":", "-", "Re-evaluation", "of", "inhalation", "technique", ".", "-", "Inhaler", "administration", "is", "optimised", ".", "-", "Appointment", "for", "follow-up", "in", "two", "weeks", "-", "If", "episodes", "continue", ":", "-", "Progress", "asthma", "treatment", "?", "-", "Re-treat", "with", "AB", "?", "-", "Clarithromycin", "for", "2", "weeks", "?", "-", "Azithromycin", "5", "days", "?" ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 135, "end": 141 }, { "text": "atypical bacteria", "label": "SPECIES", "start": 641, "end": 658 }, { "text": "animal", "label": "SPECIES", "start": 1065, "end": 1071 }, { "text": "fungi", "label": "SPECIES", "start": 1058, "end": 1063 }, { "text": "weeds", "label": "SPECIES", "start": 1044, "end": 1049 }, { "text": "mites", "label": "SPECIES", "start": 1028, "end": 1033 }, { "text": "trees", "label": "SPECIES", "start": 1051, "end": 1056 }, { "text": "Mycoplasma pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 1098, "end": 1119 }, { "text": "Chlamyidia pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 1150, "end": 1171 }, { "text": "C pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 1202, "end": 1214 } ]

[ "A", "72-year-old", "man", "with", "a", "personal", "history", "of", "type", "2", "diabetes", "mellitus", "for", "twelve", "years", ",", "on", "treatment", "with", "one", "tablet", "of", "metformin", "850", "mg", "daily", ",", "mild", "plaque", "psoriasis", ",", "ex-smoker", "for", "about", "15", "years", "with", "no", "other", "toxic", "habits", "and", "with", "a", "confirmed", "allergy", "to", "streptomycin", ".", "Native", "of", "Colombia", ",", "retired", ",", "worked", "as", "a", "farmer", "in", "Colombia", "and", "England", ",", "and", "later", "worked", "in", "the", "pharmaceutical", "industry", "in", "England", ".", "Since", "2014", "retired", "and", "settled", "in", "Dúrcal", "(", "Granada", ")", ",", "spending", "most", "of", "his", "time", "travelling", "around", "different", "countries", ",", "having", "visited", "Thailand", ",", "South", "Africa", "and", "Colombia", "in", "the", "last", "year", ".", "In", "the", "last", "three", "months", ",", "he", "travelled", "through", "Central", "America", "from", "Colombia", "to", "the", "USA", ",", "staying", "for", "a", "few", "weeks", "in", "New", "York", "where", "he", "visited", "rural", "and", "forest", "areas", ",", "returning", "later", "to", "Spain", ".", "He", "denied", "any", "bites", "of", "any", "kind", ",", "although", "some", "of", "his", "fellow", "travellers", "in", "New", "York", "had", "suffered", "tick", "bites", ".", "He", "reported", "sporadic", "unprotected", "heterosexual", "intercourse", "during", "his", "travels", ".", "In", "addition", ",", "he", "reported", "going", "to", "an", "outdoor", "hot", "springs", "area", "in", "the", "area", "near", "his", "municipality", "in", "Granada", "in", "the", "days", "after", "returning", "from", "his", "last", "trip", ".", "He", "had", "not", "received", "any", "vaccinations", "or", "chemoprophylaxis", "prior", "to", "any", "of", "his", "trips", ".", "Five", "days", "after", "returning", "to", "Spain", "from", "New", "York", ",", "she", "began", "with", "a", "pseudo-flu-like", "illness", "with", "non-thermometric", "fever", ",", "intense", "asthenia", "and", "generalised", "arthromyalgia", "of", "at", "least", "a", "week", "'", "s", "duration", ",", "initially", "of", "a", "fluctuating", "nature", ",", "without", "affecting", "her", "daily", "life", ".", "In", "the", "48", "hours", "prior", "to", "consulting", "the", "ED", ",", "she", "presented", "a", "fever", "peak", "of", "39oC", "with", "profuse", "sweating", "and", "shivering", ",", "accompanied", "by", "general", "malaise", "and", "pleuritic", "pain", "in", "the", "left", "submammary", "region", ",", "with", "progressive", "prostration", ",", "which", "was", "the", "reason", "for", "which", "she", "finally", "consulted", "the", "ED", ".", "In", "recent", "weeks", ",", "she", "also", "reported", "anorexia", "and", "unquantified", "weight", "loss", ".", "In", "the", "anamnesis", "by", "organs", "and", "apparatus", ",", "she", "denied", "any", "other", "symptoms", ".", "He", "had", "seen", "his", "family", "doctor", "in", "the", "previous", "days", "for", "the", "aforementioned", "clinic", ",", "who", "performed", "basic", "laboratory", "tests", "and", "a", "Mantoux", "test", ",", "with", "no", "relevant", "findings", ",", "but", "noted", "conjunctival", "jaundice", "on", "examination", ",", "and", "finally", "referred", "the", "patient", "to", "the", "emergency", "department", "for", "assessment", ".", "On", "arrival", "at", "the", "ED", ",", "he", "had", "a", "fever", "of", "39oC", "with", "a", "clear", "feeling", "of", "prostration", "and", "general", "malaise", "despite", "preserved", "haemodynamic", "parameters", ".", "He", "presented", "conjunctival", "jaundice", ",", "with", "no", "skin", "lesions", "(", "except", "for", "occipital", "psoriasis", "plaque", ")", "or", "palpable", "lymphadenopathy", ".", "The", "pharyngo-tonsillar", "examination", "revealed", "no", "findings", ".", "Cardiorespiratory", "auscultation", "showed", "hypophonesis", "in", "both", "apexes", ".", "Abdominal", "examination", "was", "unremarkable", "with", "no", "organomegaly", ",", "and", "the", "extremities", "had", "no", "skin", "lesions", "or", "other", "data", "of", "interest", ".", "In", "the", "complementary", "tests", "performed", "in", "the", "ED", ",", "total", "bilirubin", "was", "slightly", "elevated", "at", "1", ".", "66", "mg", "/", "dL", ",", "with", "normal", "direct", "bilirubin", "and", "transaminases", ",", "as", "well", "as", "elevated", "C-reactive", "protein", "at", "222", "mg", "/", "L", "and", "procalcitonin", "at", "0", ".", "51", "ng", "/", "mL", ".", "He", "also", "had", "ferritin", "values", "of", "3313", "ng", "/", "mL", "with", "iron", "and", "transferrin", "at", "the", "lower", "limit", "of", "normality", ",", "hypertriglyceridaemia", "of", "519", "mg", "/", "dL", "with", "a", "normal", "lipid", "profile", "and", "bicytopenia", "in", "the", "haemogram", "with", "haemoglobin", "of", "11", ".", "9", "g", "/", "dL", "(", "with", "a", "high", "corrected", "reticulocyte", "count", ")", "and", "88", ",", "000", "platelets", "/", "mm3", ",", "without", "leukocytosis", "or", "eosinophilia", ".", "Serologies", "drawn", "in", "the", "ED", "for", "hepatotropic", "virus", ",", "HIV", "and", "syphilis", "were", "negative", ".", "Negative", "urine", "and", "blood", "cultures", ".", "A", "single", "negative", "stool", "parasite", "smear", ".", "A", "peripheral", "blood", "smear", "was", "requested", ",", "which", "showed", "doubtful", "forms", "compatible", "with", "trophozoites", ",", "for", "which", "reason", "thick", "blood", "smear", ",", "PCR", "(", "polymerase", "chain", "reaction", ")", "and", "malaria", "antigen", "were", "also", "performed", ",", "all", "of", "which", "were", "negative", ".", "Chest", "X-ray", "and", "electrocardiogram", "were", "negative", ".", "Based", "on", "the", "results", "of", "these", "tests", "and", "given", "the", "patient", "'", "s", "general", "condition", ",", "it", "was", "decided", "to", "admit", "him", "to", "the", "Infectious", "Diseases", "unit", "of", "our", "hospital", ",", "with", "the", "diagnosis", "of", "fever", "of", "intermediate", "duration", ",", "bicytopenia", "and", "hyperferritinaemia", "in", "a", "patient", "with", "recent", "travel", "to", "North", "America", "and", "a", "history", "of", "unprotected", "sexual", "intercourse", ".", "Differential", "diagnosis", "To", "make", "the", "differential", "diagnosis", ",", "we", "will", "focus", "on", "fever", "as", "a", "guiding", "sign", ",", "with", "the", "peculiarity", "of", "presenting", "in", "a", "patient", "with", "a", "recent", "trip", "abroad", ",", "so", "imported", "pathology", "will", "be", "of", "special", "interest", ".", "Although", "the", "study", "of", "fever", "in", "a", "patient", "after", "a", "trip", "abroad", "includes", "non-infectious", "causes", ",", "in", "our", "case", ",", "we", "assume", "this", "aetiology", "as", "the", "most", "likely", "cause", "of", "the", "clinical", "picture", "due", "to", "its", "evolution", ",", "initial", "complementary", "tests", "and", "the", "clear", "chronological", "relationship", "established", "between", "the", "appearance", "of", "the", "symptoms", "and", "the", "various", "trips", "made", "by", "the", "patient", ".", "It", "is", "mandatory", "to", "include", "in", "the", "differential", "diagnosis", "pathologies", "common", "to", "any", "traveller", ",", "and", "some", "of", "them", "especially", "if", "risky", "activities", "have", "been", "carried", "out", ",", "as", "in", "the", "case", "of", "our", "patient", ".", "Given", "the", "wide", "range", "of", "infectious", "causes", "that", "could", "be", "considered", "in", "our", "case", ",", "it", "was", "decided", "to", "narrow", "down", "the", "list", "of", "possible", "aetiologies", "according", "to", "the", "areas", "visited", "by", "the", "patient", "in", "recent", "weeks", "and", "months", ":", "North", "America", ",", "including", "rural", "areas", ",", "and", "Colombia", ".", "Colombia", ":", "hepatitis", "A", "and", "B", ",", "Dengue", ",", "enteric", "fevers", ",", "leishmaniasis", ",", "amebiasis", "and", "parasitosis", ",", "with", "malaria", "and", "babesiosis", "being", "the", "main", "ones", ".", "2", ".", "USA", ":", "Lyme", "disease", ",", "babesiosis", ",", "coccidioidomycosis", ",", "tularemia", ",", "Hantavirus", "infection", ",", "rickettsiosis", ".", ".", ".", "Also", "of", "special", "interest", "in", "our", "case", "would", "be", "those", "entities", "that", "are", "transmitted", "through", "the", "bite", "of", "a", "tick", "(", "although", "our", "patient", "had", "not", "been", "bitten", "by", "this", "arthropod", ",", "it", "was", "indicated", "by", "his", "travel", "companions", ")", "such", "as", ":", "rickettsiosis", ",", "Lyme", "disease", ",", "babebiosis", ",", "anaplasmosis", ",", "ehrlichiosis", "and", "borrieliosis", ",", "fundamentally", ".", "Focusing", "on", "the", "details", "of", "our", "case", ",", "any", "patient", "coming", "from", "tropical", "areas", "endemic", "for", "parasitosis", "with", "fever", "and", "bicytopenia", "should", "have", "a", "blood", "smear", "or", "thick", "drop", ",", "as", "was", "done", "in", "our", "case", ",", "where", "possible", "trophozoites", "were", "visualised", ",", "so", "the", "main", "presumptive", "diagnosis", "was", "initially", "malaria", ".", "The", "other", "imported", "intra-erythrocytic", "parasitosis", "to", "be", "considered", ",", "with", "a", "morphology", "similar", "to", "malaria", "in", "certain", "stages", "of", "its", "biological", "cycle", ",", "is", "babesiosis", ".", "Moreover", ",", "it", "is", "associated", "with", "similar", "risk", "factors", ",", "with", "an", "epidemiological", "distribution", "that", "is", "sometimes", "overlapping", "and", ",", "particularly", "in", "our", "case", ",", "linked", "to", "geographical", "areas", "where", "our", "patient", "was", "present", "in", "the", "previous", "weeks", "and", "months", ".", "Finally", ",", "we", "believe", "that", "in", "addition", "to", "focusing", "on", "the", "possible", "infectious", "aetiology", ",", "our", "case", "should", "include", "a", "specific", "syndromic", "entity", "in", "the", "differential", "diagnosis", ":", "haemophagocytic", "syndrome", ",", "as", "this", "is", "a", "patient", "with", "fever", ",", "bicytopenia", ",", "and", "elevated", "ferritin", "and", "triglycerides", ".", "This", "will", "force", "us", "to", "request", "a", "bone", "marrow", "aspiration", "puncture", "(", "BMP", ")", ".", "Evolution", "During", "his", "admission", ",", "the", "patient", "was", "initially", "treated", "with", "antipyretics", "without", "empirical", "antibiotherapy", ",", "given", "his", "clinical", "and", "haemodynamic", "stability", "while", "awaiting", "the", "results", "of", "the", "complementary", "tests", ",", "and", "he", "remained", "afebrile", ".", "The", "study", "was", "completed", "with", "laboratory", "tests", "for", "basic", "autoimmunity", "(", "negative", ")", "and", "serology", "for", "parvovirus", "B19", ",", "cytomegalovirus", ",", "Epstein-Barr", "virus", ",", "Rickettsia", ",", "Coxiella", "and", "Borrelia", ",", "all", "of", "which", "were", "negative", ".", "In", "addition", "to", "hyperferritinaemia", ",", "hypertriglyceridaemia", "was", "observed", "with", "a", "normal", "lipid", "profile", ".", "An", "abdominal", "ultrasound", "was", "requested", ",", "which", "showed", "hepatic", "steatosis", "and", "moderate", "splenomegaly", ",", "with", "no", "other", "lesions", ".", "The", "study", "was", "also", "extended", "with", "an", "antigenuria", "for", "Leishmania", "in", "urine", ",", "which", "was", "negative", ".", "Finally", ",", "the", "haematology", "department", "was", "consulted", "to", "assess", "the", "possibility", "of", "carrying", "out", "an", "AMP", ",", "with", "the", "following", "report", ":", "cellular", "aspirate", "with", "monocytes", "and", "slight", "dysgranulopoiesis", ",", "with", "no", "increase", "in", "the", "number", "of", "macrophages", "or", "haemophagocytosis", "phenomena", ".", "The", "study", "was", "completed", "with", "PCR", "for", "Leishmania", "in", "bone", "marrow", ",", "negative", ".", "In", "view", "of", "the", "presence", "of", "possible", "intraerythrocytic", "trophozoites", "in", "the", "smear", ",", "and", "after", "ruling", "out", "malaria", "with", "thick", "drop", ",", "PCR", "and", "antigen", ",", "it", "was", "decided", "to", "request", "a", "study", "of", "possible", "babesiosis", "from", "the", "Instituto", "de", "Salud", "Carlos", "III", "and", "empirical", "treatment", "was", "started", "with", "atovaquone", "750", "mg", "every", "12", "hours", "and", "azithromycin", "500", "mg", "in", "initial", "dose", "followed", "by", "250", "mg", "every", "24", "hours", "for", "10", "days", ",", "with", "clear", "clinical", "and", "analytical", "improvement", ",", "and", "the", "patient", "was", "discharged", "home", "on", "the", "fifth", "day", "of", "treatment", ".", "The", "patient", "remained", "asymptomatic", "and", "afebrile", ",", "with", "normalisation", "of", "haemoglobin", "and", "platelet", "levels", "in", "the", "haemogram", "and", "a", "decrease", "in", "CRP", ",", "ferritin", "and", "triglycerides", "in", "the", "last", "analysis", ".", "A", "report", "was", "received", "from", "the", "Instituto", "de", "Salud", "Carlos", "III", ",", "with", "a", "positive", "IgG", "result", "for", "Babesia", "spp", ".", "by", "indirect", "immunofluorescence", "(", "IFA", ")", ".", "Final", "diagnosis", "Babesiosis", "imported", "from", "North", "America", "in", "a", "patient", "with", "recent", "travel", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "farmer", "label": "HUMAN", "start": 310, "end": 316 }, { "text": "tick", "label": "SPECIES", "start": 877, "end": 881 }, { "text": "retired", "label": "HUMAN", "start": 289, "end": 296 }, { "text": "retired", "label": "HUMAN", "start": 413, "end": 420 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 25, "end": 33 }, { "text": "family doctor", "label": "HUMAN", "start": 1924, "end": 1937 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2147, "end": 2154 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 3339, "end": 3342 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3780, "end": 3787 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3980, "end": 3987 }, { "text": "parasite", "label": "SPECIES", "start": 3430, "end": 3438 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 3347, "end": 3355 }, { "text": "hepatotropic virus", "label": "SPECIES", "start": 3319, "end": 3337 }, { "text": "trophozoites", "label": "SPECIES", "start": 3530, "end": 3542 }, { "text": "malaria", "label": "SPECIES", "start": 3616, "end": 3623 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4215, "end": 4222 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4334, "end": 4341 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4657, "end": 4664 }, { "text": "Hantavirus", "label": "SPECIES", "start": 5340, "end": 5350 }, { "text": "arthropod", "label": "SPECIES", "start": 5539, "end": 5548 }, { "text": "travel companions", "label": "HUMAN", "start": 5574, "end": 5591 }, { "text": "tick", "label": "SPECIES", "start": 5484, "end": 5488 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4853, "end": 4860 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5043, "end": 5050 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5503, "end": 5510 }, { "text": "traveller", "label": "HUMAN", "start": 4749, "end": 4758 }, { "text": "malaria", "label": "SPECIES", "start": 5231, "end": 5238 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5744, "end": 5751 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6352, "end": 6359 }, { "text": "trophozoites", "label": "SPECIES", "start": 5911, "end": 5923 }, { "text": "malaria", "label": "SPECIES", "start": 5989, "end": 5996 }, { "text": "malaria", "label": "SPECIES", "start": 6095, "end": 6102 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6615, "end": 6622 }, { "text": "Borrelia", "label": "SPECIES", "start": 7181, "end": 7189 }, { "text": "Coxiella", "label": "SPECIES", "start": 7168, "end": 7176 }, { "text": "Leishmania", "label": "SPECIES", "start": 7490, "end": 7500 }, { "text": "Leishmania", "label": "SPECIES", "start": 7836, "end": 7846 }, { "text": "Rickettsia", "label": "SPECIES", "start": 7156, "end": 7166 }, { "text": "cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 7119, "end": 7134 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6797, "end": 6804 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 8330, "end": 8337 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 8393, "end": 8400 }, { "text": "Epstein-Barr virus", "label": "SPECIES", "start": 7136, "end": 7154 }, { "text": "parvovirus B19", "label": "SPECIES", "start": 7103, "end": 7117 } ]

[ "A", "23-year-old", "male", "was", "initially", "referred", "by", "Urology", "for", "finding", "very", "low", "testosterone", "levels", "with", "low", "gonadotrophins", ";", "he", "had", "consulted", "a", "year", "ago", "for", "difficulty", "in", "maintaining", "an", "erection", ".", "He", "reported", "ejaculation", "with", "low", "volume", "and", "fluid", ".", "He", "maintains", "erections", "although", "with", "decreased", "libido", ".", "No", "anosmia", ".", "Normal", "cognitive", "and", "physical", "development", ".", "Onset", "of", "pubertal", "development", "around", "12", "years", "of", "age", "with", "puberty", ".", "No", "eunuchoid", "habitus", ",", "bilateral", "12", "mL", "testicles", ".", "Little", "facial", "hair", "(", "his", "father", "does", "have", "a", "beard", ")", ".", "His", "mother", "says", "she", "thought", "it", "was", "due", "to", "the", "third", "degree", "burn", "he", "had", "as", "a", "newborn", ".", "He", "does", "not", "report", "drug", "or", "anabolic", "use", ".", "No", "cleft", "palate", "type", "malformations", ".", "No", "syndromic", "appearance", "or", "clinical", "impression", "of", "systemic", "inflammatory", "disease", "or", "chronic", "disease", ".", "Relevant", "family", "history", ":", "her", "mother", "suffers", "from", "primary", "hypothyroidism", ",", "a", "single", "parent", "sister", ",", "a", "cousin", "with", "coeliac", "disease", "and", "another", "cousin", "on", "her", "mother", "'", "s", "side", "with", "neonatal", "hyperammonaemia", "diagnosed", "in", "neonatal", "screening", "(", "she", "is", "currently", "13", "years", "old", "and", "is", "a", "healthy", "child", ")", ".", "A", "complete", "hormonal", "study", "was", "requested", "where", "the", "analytical", "result", "of", "secondary", "hypogonadism", "was", "again", "observed", "but", "no", "other", "hormonal", "alterations", "were", "observed", ";", "haemochromatosis", "was", "ruled", "out", "in", "the", "analytical", "study", ".", "Magnetic", "resonance", "imaging", "of", "the", "pituitary", "gland", "was", "requested", "and", "no", "alterations", "were", "observed", ".", "Given", "that", "the", "complete", "study", "had", "been", "carried", "out", ",", "a", "diagnosis", "of", "normosmic", "Kallman", "syndrome", "was", "suggested", ",", "and", "genetic", "study", "of", "the", "GNRHR", ",", "KISS1R", "or", "KISS1", "genes", "was", "requested", ",", "which", "is", "currently", "in", "progress", ".", "Testosterone", "cypionate", "was", "initially", "prescribed", "intramuscularly", "every", "21", "days", "and", "the", "patient", "reported", "significant", "improvement", "in", "vitality", ",", "libido", "and", "ejaculation", "volume", ".", "The", "use", "of", "gonadotrophin", "analogues", "will", "be", "considered", "if", "the", "patient", "has", "a", "gestational", "desire", ".", "Although", "the", "case", "may", "initially", "appear", "to", "be", "an", "acquired", "secondary", "hypogonadism", "given", "the", "late", "age", "of", "onset", ",", "there", "is", "apparently", "no", "known", "aetiological", "trigger", "for", "it", ".", "A", "review", "of", "the", "literature", "suggests", "that", "Kallman", "'", "s", "syndrome", "may", "manifest", "late", ",", "although", "it", "is", "not", "common", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 18 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 522, "end": 528 }, { "text": "father", "label": "HUMAN", "start": 491, "end": 497 }, { "text": "newborn", "label": "HUMAN", "start": 594, "end": 601 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 789, "end": 795 }, { "text": "sister", "label": "HUMAN", "start": 869, "end": 875 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 809, "end": 815 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 933, "end": 939 }, { "text": "neonatal", "label": "HUMAN", "start": 952, "end": 960 }, { "text": "neonatal", "label": "HUMAN", "start": 990, "end": 998 }, { "text": "cousin", "label": "HUMAN", "start": 879, "end": 885 }, { "text": "cousin", "label": "HUMAN", "start": 919, "end": 925 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1677, "end": 1684 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1823, "end": 1830 } ]

[ "A", "48-year-old", "man", "with", "no", "medical", "history", "presented", "with", "dyspnoea", "on", "slight", "exertion", "and", "malleolar", "oedema", "of", "15", "days", "'", "duration", ".", "Examination", "showed", "bibasal", "crackles", "and", "laboratory", "tests", "showed", "11", ",", "600", "leukocytes", "with", "78", ".", "5", "%", "segmented", ",", "13", ".", "4", "%", "lymphocytes", "and", "7", ".", "2", "%", "monocytes", ",", "as", "well", "as", "normal", "biomarkers", ".", "The", "electrocardiogram", "showed", "previously", "known", "left", "bundle", "branch", "block", ".", "Chest", "X-ray", "revealed", "cardiomegaly", "and", "bilateral", "interstitial", "infiltrates", "and", "chest", "CT", "showed", "diffuse", "interstitial", "thickening", "over", "\"", "ground", "glass", "\"", "images", "(", "\"", "crazy", "paving", "\"", "pattern", ")", ".", "Given", "the", "findings", "suggestive", "of", "interstitial", "pneumonitis", ",", "it", "was", "decided", "not", "to", "initiate", "antibiotic", "therapy", ".", "Transthoracic", "echocardiography", "revealed", "ventricular", "dilatation", "with", "severe", "systolic", "dysfunction", ",", "so", "he", "was", "transferred", "to", "cardiology", ".", "Coronary", "angiography", "showed", "severe", "lesions", "in", "the", "distal", "anterior", "descending", ",", "proximal", "circumflex", "and", "acute", "marginal", "arteries", ",", "which", "did", "not", "justify", "myocardial", "dysfunction", ".", "Cardiac", "MRI", "was", "performed", "one", "month", "after", "symptom", "onset", "and", "showed", "anterolateral", "hyperintensity", "with", "late", "subepicardial", "enhancement", ",", "left", "ventricular", "dilatation", "and", "LVEF", "of", "13", "%", ",", "compatible", "with", "subacute", "myocarditis", ".", "Anti-CMV", "IgM", "and", "IgG", "antibodies", "and", "anti-CMV", "PCR", "were", "positive", ",", "so", "treatment", "with", "oral", "valganciclovir", "was", "started", "for", "two", "weeks", ".", "He", "progressed", "satisfactorily", "and", "three", "months", "later", "remained", "clinically", "stable", ",", "with", "baseline", "NYHA", "class", "II", "dyspnoea", "and", "LVEF", "of", "45", "%", "according", "to", "control", "echocardiography", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 1188, "end": 1191 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 1224, "end": 1227 } ]

[ "Clinical", "case", "report", ":", "A", "47-year-old", "man", "with", "no", "past", "history", "of", "interest", ",", "who", "came", "to", "the", "emergency", "department", "for", "symptoms", ",", "of", "about", "two", "weeks", "'", "evolution", ",", "of", "intense", "abdominal", "and", "lumbar", "pain", "accompanied", "by", "a", "feeling", "of", "dystrophy", ",", "nausea", ",", "vomiting", "and", "severe", "deterioration", "of", "the", "general", "state", "of", "health", ".", "He", "reported", "intramuscular", "administration", "of", "diclofenac", "and", "dexamethasone", "10", "days", "earlier", ".", "On", "examination", ",", "BP", "80", "/", "50", ";", "Fc", ":", "109", "bpm", ";", "Ta", ":", "37", ".", "5o", ".", "Poor", "general", "condition", ".", "Feeling", "of", "severe", "illness", ".", "Pallor", "of", "skin", "and", "mucous", "membranes", ".", "Poorly", "melting", ".", "Dyspnoeic", ".", "Neurological", ":", "no", "AR", "focality", ":", "MVC", ".", "AC", ":", "rhythmic", "tones", "without", "murmurs", ".", "Abdomen", ":", "not", "assessable", "due", "to", "the", "impossibility", "of", "performing", "the", "examination", "in", "the", "supine", "decubitus", "position", "due", "to", "the", "intense", "pain", "in", "the", "lumbar", "and", "gluteal", "region", ",", "although", "there", "are", "indurated", "areas", "with", "impastoed", "skin", "in", "both", "gluteal", "regions", "that", "are", "very", "painful", "on", "superficial", "palpation", ".", "Lower", "extremities", ":", "bilateral", "oedema", ",", "fovea", "+", ".", "Complementary", "examination", ":", "leukocytes", "27", ",", "400", "/", "mm3", "(", "neutrophils", "22", "%", ")", ",", "Hg", "9", ".", "9", "g", "/", "dl", ",", "normal", "coagulation", ",", "creatinine", "0", ".", "80", ",", "LDH", "313", ",", "procalcitonin", "0", ".", "84", ",", "CRP", "115", ".", "EKG", ":", "sinus", "tachycardia", "109", "bpm", ".", "Chest", "X-ray", ":", "no", "data", "of", "interest", "CT", "scan", "abdomen", "and", "pelvis", "c", "/", "c", ":", "discrete", "bilateral", "pleural", "effusion", ".", "Pelvic", "lymph", "node", "images", "up", "to", "1", "cm", "adjacent", "to", "right", "main", "iliac", "vessels", "and", "left", "external", "iliac", "vessels", ".", "Colic", "frame", "dilatation", "up", "to", "the", "rectum", "where", "high", "density", "content", "is", "observed", ".", "Minimal", "amount", "of", "free", "fluid", "in", "the", "pelvis", ".", "At", "the", "level", "of", "the", "left", "and", "right", "gluteus", "maximus", "muscle", ",", "there", "are", "significant", "collections", "with", "a", "more", "hypodense", "centre", "and", "discrete", "peripheral", "uptake", "extending", "to", "the", "presacral", "space", ".", "Small", "isolated", "air", "bubbles", ",", "adjacent", "to", "the", "right", "fascia", "lata", "to", "the", "right", "iliac", "pala", "and", "in", "the", "right", "gluteal", "intermuscular", "fasciae", ".", "Soft", "tissue", "enlargement", "at", "the", "presacral", "level", ",", "extending", "to", "the", "L5-S1", "disc", "level", "with", "irregularity", "and", "erosion", "of", "these", "vertebral", "plates", "and", "areas", "of", "sclerosis", "in", "S1", "suggestive", "of", "L5-S1", "spondylodiscitis", ".", "The", "patient", "required", "the", "administration", "of", "vasoactive", "drugs", "to", "maintain", "haemodynamic", "stability", ".", "He", "had", "a", "good", "course", "with", "empirical", "antibiotherapy", "with", "ceftriaxone", "and", "cloxacycline", "iv", ".", "After", "being", "assessed", "by", "general", "surgery", ",", "surgery", "was", "performed", "to", "drain", "the", "abscesses", ",", "and", "he", "was", "subsequently", "admitted", "to", "the", "internal", "medicine", "infectious", "diseases", "unit", ",", "where", "E", ".", "coli", "was", "isolated", "in", "blood", "cultures", "and", "in", "samples", "of", "the", "gluteal", "abscesses", ".", "Diagnosis", ":", "Septic", "shock", "secondary", "to", "spondylodiscitis", "of", "L5-S1", "and", "gluteal", "abscesses", "due", "to", "E", ".", "coli", "infection", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2025, "end": 2032 }, { "text": "E. coli", "label": "SPECIES", "start": 2383, "end": 2390 } ]

[ "Anamnesis", "A", "38-year-old", "man", "from", "Peru", ",", "with", "no", "known", "drug", "allergies", ",", "toxic", "habits", "or", "vascular", "risk", "factors", ",", "attended", "the", "emergency", "department", "for", "right", "frontotemporal", "headache", ",", "pulsating", "and", "strictly", "unilateral", ",", "which", "worsened", "with", "head", "movements", "and", "associated", "photophobia", ".", "He", "denied", "cognitive", ",", "visual", "or", "sensory", "alterations", "prior", "to", "the", "episode", ".", "The", "headache", "was", "of", "moderate-severe", "intensity", "and", "had", "begun", "abruptly", "on", "the", "afternoon", "of", "the", "day", "before", "consulting", "the", "emergency", "department", "while", "at", "rest", ".", "In", "the", "anamnesis", "she", "denied", "any", "history", "of", "previous", "headache", ",", "dysthermic", "sensation", "or", "fever", ".", "She", "also", "had", "no", "family", "history", "of", "headache", "or", "other", "diseases", "of", "interest", ".", "At", "the", "time", "of", "consultation", "he", "was", "unemployed", "(", "he", "had", "worked", "as", "a", "waiter", ")", "and", "had", "been", "living", "in", "Spain", "with", "his", "partner", "for", "more", "than", "10", "years", ".", "Although", "the", "patient", "was", "not", "being", "treated", "with", "any", "drugs", ",", "he", "had", "taken", "a", "single", "tablet", "of", "paracetamol", "1", "g", "orally", "as", "symptomatic", "treatment", ",", "with", "slight", "improvement", ".", "During", "his", "stay", "in", "the", "ED", ",", "the", "pain", "improved", "slightly", "after", "administration", "of", "25", "mg", "intravenous", "dexketoprofen", ".", "Physical", "examination", "General", ":", "blood", "pressure", "125", "/", "80", "mmHg", ",", "heart", "rate", "70", "bpm", ",", "oxygen", "saturation", "99", "%", ".", "Afebrile", ".", "Good", "general", "appearance", ",", "well", "hydrated", ",", "nourished", "and", "perfused", ".", "No", "skin", "rashes", "were", "observed", ".", "Carotid", "rhythmic", "with", "no", "audible", "murmurs", ".", "Cardiac", "and", "respiratory", "auscultation", "without", "alterations", ".", "Abdomen", "soft", "and", "depressible", ",", "without", "masses", "or", "organomegaly", ".", "Lower", "extremities", "without", "oedema", "or", "signs", "of", "deep", "vein", "thrombosis", ".", "Neurological", "examination", ":", "patient", "alert", ".", "Oriented", "in", "person", ",", "time", "and", "space", ".", "No", "aphasia", ".", "No", "apraxias", ".", "Fluent", ",", "non-dysarthric", "speech", ".", "Campimetry", "by", "ocular", "confrontation", "without", "alterations", ".", "Ophthalmological", "examination", "in", "the", "emergency", "department", "with", "normal", "fundus", ",", "papilla", "with", "clear", "edges", "and", "normal", "colour", ".", "Pupils", "are", "isochoric", "and", "normally", "reactive", "to", "light", "and", "accommodation", ".", "Tracking", "eye", "movements", "without", "restrictions", "or", "other", "alterations", "(", "no", "nystagmus", "evoked", ")", ".", "Preserved", "saccadic", "eye", "movements", ".", "Cranial", "nerves", "V", ",", "VIII", ",", "IX", ",", "X", ",", "XI", "and", "XII", "without", "alterations", ".", "Muscle", "balance", "5", "/", "5", "in", "the", "four", "extremities", ".", "Normal", "muscle", "tone", "and", "trophism", ".", "No", "alterations", "in", "coordination", "in", "finger-nose", "and", "heel-knee", "manoeuvres", ".", "No", "dysdiadochokinesia", ".", "Generalised", "osteotendinous", "reflexes", "+", "+", "/", "+", "+", ".", "Tactile", ",", "algesic", ",", "vibratory", "and", "proprioceptive", "sensitivity", "without", "alterations", ".", "Tandem", "gait", "without", "alterations", ".", "Romberg", "negative", ".", "No", "meningeal", "signs", ".", "Complementary", "tests", "-", "Urgent", "laboratory", "data", ":", "haemogram", ",", "coagulation", "and", "biochemistry", "without", "alterations", ".", "Urine", ":", "no", "alterations", ".", "-", "Deferred", "laboratory", "data", ":", "haemoglobin", "16", ".", "3", "g", "/", "dl", ",", "MCV", "94", ".", "8", "fl", ",", "MCH", "30", ".", "6", "pg", ",", "leukocytes", "6", ".", "48", "x", "103", "/", "microl", ",", "platelets", "380", "x", "103", "/", "microl", ",", "CRP", "1", ".", "4", "mg", "/", "dl", ",", "LDH", "148", "IU", "/", "l", "(", "<", "247", ")", ",", "FA", "148", "IU", "/", "l", "(", "30-120", ")", ",", "total", "cholesterol", "182", "mg", "/", "dl", ".", "Coagulation", "in", "normal", "range", ".", "Iron", "metabolism", "without", "alterations", ".", "Immunology", ":", "ANA", ",", "ANCA", ",", "anti-Ro", "and", "anti-La", "antibodies", "negative", ".", "C3", "and", "C4", "in", "normal", "range", ".", "Rheumatoid", "factor", "and", "anti-citrullinated", "peptide", "antibodies", "negative", ".", "Proteinogram", "and", "serum", "immunoglobulins", "without", "alterations", ".", "Angiotensin", "converting", "enzyme", "39", ".", "4", "IU", "(", "20-60", ")", ".", "-", "Tumour", "markers", "(", "Ca", "15", ".", "3", ",", "Ca", "19", ".", "9", ",", "AFP", ",", "PSA", ")", "in", "normal", "ranges", ".", "-", "Chest", "X-ray", ":", "normal", "cardiothoracic", "index", ".", "Free", "costophrenic", "sinuses", ".", "No", "mediastinal", "thickening", "or", "parenchymal", "infiltrates", ".", "-", "Computed", "tomography", "(", "CT", ")", "scan", "of", "the", "brain", "with", "and", "without", "contrast", ":", "right", "temporal", "hypodensity", "without", "mass", "effect", "that", "respects", "the", "cerebral", "cortex", "and", "that", "does", "not", "capture", "contrast", ".", "-", "Brain", "magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", "with", "and", "without", "contrast", ":", "right", "hemispheric", "pachymeningeal", "enhancement", ",", "with", "areas", "of", "associated", "focal", "pseudonodular", "thickening", "of", "temporal", "location", ".", "Alteration", "of", "the", "underlying", "right", "temporal", "cortico-subcortical", "signal", ",", "suggestive", "of", "reactive", "oedema", ".", "-", "MRI", "angiography", ":", "hypoplasia", "of", "the", "left", "transverse", "sinus", "with", "no", "evidence", "of", "cerebral", "venous", "thrombosis", ".", "-", "Lumbar", "puncture", ":", "opening", "pressure", "12", "mm", "H2O", ".", "20", "cells", "(", "100", "%", "lymphocytes", ")", ".", "Proteins", "387", "mg", "/", "dl", ",", "glucose", "50", "mg", "/", "dl", "(", "serum", "70", "mg", "/", "dl", ")", ",", "ADA", "3", ".", "3", "(", "0", ".", "5-3", ")", ",", "Tibbling", "index", "0", ".", "62", "(", "0", ".", "3-0", ".", "7", ")", ".", "No", "tumour", "cells", "were", "observed", ".", "-", "PCR", "for", "tuberculosis", "(", "TB", ")", "was", "negative", ".", "Cultures", "were", "negative", "for", "usual", "bacteria", "and", "fungi", ".", "Fungal", "antigens", "(", "cryptococcus", ",", "Blastomyces", ",", "Coccidioides", "imitis", ",", "Histoplasma", "capsulatum", ",", "Paracoccidioides", "brasilensis", ")", "were", "negative", ".", "-", "Negative", "TB", "blood", "and", "urine", "cultures", ".", "-", "Serologies", "in", "serum", "and", "cerebrospinal", "fluid", "negative", "for", "syphilis", ",", "Brucella", ",", "Rickettsia", "conorii", ",", "Borrelia", "burgdorferi", ",", "HIV", ",", "HBV", ",", "HCV", ",", "toxoplasmosis", ",", "rubella", ",", "CMV", ".", "PCR", "for", "HSV", "1", ",", "HSV", "2", ",", "Epstein-Barr", "virus", "and", "cytoemgalovirus", ".", "-", "Thoracic-abdominal", "CT", "scan", ":", "no", "mediastinal", "adenopathy", ",", "pleural", "effusion", "or", "infiltrates", "in", "the", "lung", "parenchyma", ".", "CT", "scan", "of", "the", "brain", "with", "contrast", "showing", "right", "temporal", "hypodensity", "without", "contrast", "uptake", ".", "Brain", "MRI", "in", "T1", "sequence", "with", "gadolinium", "showing", "meningeal", "thickening", "with", "surrounding", "oedema", ".", "Diagnosis", "Headache", "secondary", "to", "idiopathic", "hypertrophic", "pachymeningitis", ".", "Treatment", "The", "patient", "remained", "in", "hospital", "with", "good", "control", "of", "the", "headache", "with", "ibuprofen", "600", "mg", "orally", "every", "8", "hours", ".", "Evolution", "After", "completing", "the", "study", "and", "in", "view", "of", "the", "improvement", "of", "the", "headache", ",", "a", "control", "MRI", "was", "requested", ",", "which", "showed", "an", "improvement", "in", "the", "lesions", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "waiter", "label": "HUMAN", "start": 736, "end": 742 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 612, "end": 618 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 827, "end": 834 }, { "text": "partner", "label": "HUMAN", "start": 782, "end": 789 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1550, "end": 1557 }, { "text": "person", "label": "HUMAN", "start": 1577, "end": 1583 }, { "text": "Coccidioides imitis", "label": "SPECIES", "start": 4273, "end": 4292 }, { "text": "Histoplasma capsulatum", "label": "SPECIES", "start": 4294, "end": 4316 }, { "text": "bacteria", "label": "SPECIES", "start": 4209, "end": 4217 }, { "text": "cryptococcus", "label": "SPECIES", "start": 4246, "end": 4258 }, { "text": "fungi", "label": "SPECIES", "start": 4222, "end": 4227 }, { "text": "Paracoccidioides brasilensis", "label": "SPECIES", "start": 4318, "end": 4346 }, { "text": "tuberculosis", "label": "SPECIES", "start": 4144, "end": 4156 }, { "text": "Borrelia burgdorferi", "label": "SPECIES", "start": 4502, "end": 4522 }, { "text": "Brucella", "label": "SPECIES", "start": 4472, "end": 4480 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 4563, "end": 4566 }, { "text": "Epstein-Barr", "label": "SPECIES", "start": 4590, "end": 4602 }, { "text": "Rickettsia conorii", "label": "SPECIES", "start": 4482, "end": 4500 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 4529, "end": 4532 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 4534, "end": 4537 }, { "text": "HSV 2", "label": "SPECIES", "start": 4583, "end": 4588 }, { "text": "HSV 1", "label": "SPECIES", "start": 4576, "end": 4581 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 4524, "end": 4527 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 4462, "end": 4470 }, { "text": "virus", "label": "SPECIES", "start": 4603, "end": 4608 }, { "text": "toxoplasmosis", "label": "SPECIES", "start": 4539, "end": 4552 }, { "text": "rubella", "label": "SPECIES", "start": 4554, "end": 4561 }, { "text": "cytoemgalovirus", "label": "SPECIES", "start": 4613, "end": 4628 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5022, "end": 5029 } ]

[ "A", "3-year-old", "boy", "referred", "to", "Allergology", "after", "admission", "to", "hospital", "for", "an", "initially", "facial", "rash", ",", "with", "centrifugal", "progression", ",", "with", "confluent", "erythematous", "plaques", ",", "some", "purpuric", "elements", ",", "isolated", "lesions", "on", "the", "target", "and", "involvement", "of", "the", "labial", "and", "perianal", "mucosa", ".", "The", "diagnostic", "impression", "after", "evaluation", "by", "dermatology", "was", "MS", ".", "The", "symptoms", "had", "begun", "on", "the", "seventh", "day", "of", "treatment", "with", "amoxicillin", ",", "indicated", "for", "acute", "otitis", "media", ".", "Antihistamine", "and", "corticosteroid", "treatment", "was", "administered", ",", "with", "a", "favourable", "evolution", ".", "On", "admission", ",", "the", "haemogram", "showed", "a", "marked", "elevation", "of", "acute", "phase", "reactants", "(", "procalcitonin", ":", "19", "ng", "/", "ml", "[", ">", "0", ".", "5", "ng", "/", "ml", "]", "and", "leukocytosis", ")", ",", "so", "he", "was", "treated", "with", "cefotaxime", ",", "and", "azithromycin", "was", "added", "after", "receiving", "the", "serological", "results", ".", "Serologies", "(", "Epstein-Barr", "virus", "[", "EBV", "]", ",", "cytomegalovirus", ",", "Mycoplasma", ",", "parvovirus", ")", "were", "positive", "(", "IgM", ")", "for", "Mycoplasma", ",", "EBV", "and", "parvovirus", ".", "He", "was", "discharged", "on", "cefuroxime", "axetil", ".", "Specific", "IgE", "determinations", "(", "cefaclor", ",", "amoxicillin", ",", "penicillin", "G", ")", "were", "negative", ".", "Patch", "tests", "(", "amoxicillin", ",", "ampicillin", ",", "bacampicillin", ",", "cloxacillin", ",", "penicillin", "V", ",", "penicillin", "G", ",", "cephalexin", "and", "cefixime", ")", "were", "positive", "(", "positive", "readings", "at", "48", "and", "96", "hours", ",", "according", "to", "the", "recommendations", "of", "the", "Contact", "Dermatitis", "Research", "Group", ")", "with", "amoxicillin", "and", "ampicillin", ".", "Parents", "declined", "continuation", "of", "the", "study", "(", "prick", "and", "intradermal", "skin", "tests", "with", "late", "reading", ")", ".", "Results", ":", "We", "present", "a", "case", "of", "MS", "with", "positive", "allergological", "study", "to", "aminopenicillins", "and", "serological", "confirmation", "of", "active", "infection", ".", "The", "double", "etiological", "confirmation", "raises", "the", "need", "to", "evaluate", "the", "involvement", "of", "drugs", "in", "similar", "cases", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Mycoplasma", "label": "SPECIES", "start": 831, "end": 841 }, { "text": "Mycoplasma", "label": "SPECIES", "start": 879, "end": 889 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 808, "end": 811 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 891, "end": 894 }, { "text": "Epstein-Barr virus", "label": "SPECIES", "start": 788, "end": 806 }, { "text": "cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 814, "end": 829 }, { "text": "parvovirus", "label": "SPECIES", "start": 843, "end": 853 }, { "text": "parvovirus", "label": "SPECIES", "start": 899, "end": 909 } ]

[ "A", "32-year-old", "man", "consulted", "for", ":", "headache", ",", "cough", "with", "haemoptotic", "episodes", ",", "pleuritic", "pain", "and", "febrile", "fever", "of", "5", "days", "'", "evolution", ".", "No", "history", "of", "interest", ",", "he", "had", "a", "frontal", "piercing", ".", "Physical", "examination", "was", "unremarkable", ".", "CRP", "353", ",", "leucocytes", "21000", ",", "17000", "neutrophils", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "cavitary", "condensation", "in", "LSD", ".", "Admitted", "for", "suspected", "TB", "with", "prophylactic", "treatment", "with", "Augmentine", ".", "During", "admission", ",", "urgent", "Auramine", "was", "negative", "and", "the", "study", "continued", ".", "Motor", "aphasia", ",", "fever", ",", "elevated", "acute", "phase", "reactants", "and", "decreased", "level", "of", "consciousness", ".", "Thoracic", "CT", "scan", ":", "multiple", "nodules", "with", "areas", "of", "cavitation", "suggesting", "septic", "embolism", ".", "Cranial", "CT", "scan", ":", "left", "frontal", "hypodense", "area", "and", "in", "corona", "radiata", ".", "Augmentine", "was", "replaced", "by", "Meropenem", "and", "Linezolid", ".", "Echocardiogram", ",", "BAS", ",", "BAL", "normal", ".", "Brain", "MRI", ":", "acute", "subdural", "empyema", ".", "The", "collection", "was", "surgically", "drained", "and", "a", "sample", "was", "sent", "for", "study", ".", "Metronidazole", "was", "added", "and", "the", "patient", "progressed", "favourably", ".", "Brain", "abscess", "culture", "positive", "for", "Prevotella", "melaninogenica", "and", "Parvimonar", "micra", ".", "Maxillofacial", "C", ".", "extracts", "the", "frontal", "piercing", "that", "caused", "the", "brain", "infection", "at", "the", "origin", "of", "the", "infection", ".", "On", "discharge", "the", "patient", "continued", "with", "Augmentine", "and", "progressed", "favourably", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 929, "end": 936 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1171, "end": 1178 }, { "text": "Parvimonar micra", "label": "SPECIES", "start": 1025, "end": 1041 } ]

[ "A", "67", "year", "old", "woman", "who", "presented", "with", "untreated", "inverse", "psoriasis", "and", "had", "undergone", "total", "knee", "replacement", "surgery", "a", "year", "and", "a", "half", "earlier", ".", "Three", "months", "prior", "to", "her", "admission", "she", "presented", "various", "dermatological", "problems", "consisting", "of", "recurrent", "outbreaks", "of", "eczema", ",", "folliculitis", "and", "intértrigo", "treated", "with", "antihistamines", ",", "azithromycin", ",", "fluticasone", "and", "fusidic", "acid", "cream", ",", "and", "irritated", "actinic", "keratoses", "treated", "with", "methylprednisolone", "aceponate", "cream", ".", "One", "month", "before", "admission", "she", "presented", "frequent", "vaginal", "discomfort", "with", "intense", "pruritus", "that", "she", "treated", "empirically", "with", "clotrimazole", "ointment", "and", "ointment", "on", "suspicion", "of", "candidiasis", ",", "with", "very", "little", "clinical", "improvement", ".", "A", "week", "before", "her", "arrival", "at", "the", "emergency", "department", "she", "had", "a", "fever", "of", "up", "to", "40oC", ",", "of", "36-48", "hours", "of", "evolution", ",", "with", "no", "clear", "initial", "focus", ",", "but", "24", "hours", "after", "the", "febrile", "episode", "she", "presented", ",", "without", "previous", "trauma", "and", "at", "rest", ",", "rapidly", "progressive", "pain", "and", "functional", "impotence", "of", "the", "left", "knee", "with", "an", "increase", "in", "its", "circumference", ".", "She", "was", "seen", "in", "the", "emergency", "department", ",", "where", "an", "examination", "showed", "clear", "signs", "of", "phlogosis", ":", "warmth", ",", "erythema", "and", "an", "increase", "in", "the", "circumference", "of", "the", "knee", ".", "X-rays", "showed", "an", "increase", "in", "the", "anterior", "joint", "space", "with", "no", "involvement", "of", "Hoffa", "'", "s", "fat", "or", "prosthetic", "mobilisation", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "lactate", "16", ".", "1", "mg", "/", "dl", ",", "C-reactive", "protein", "398", ".", "9", "mg", "/", "l", ",", "normal", "renal", "function", ",", "Hb", "13", "g", "/", "dl", ",", "leukocytes", "13180", "/", "mcl", "with", "9710", "neutrophils", "/", "mcl", ",", "platelets", "231000", "/", "mcl", ",", "INR", "1", ".", "13", ",", "AP", "82", "%", ",", "APTT", "32", ".", "9", "sec", ",", "fibrinogen", "1039", "mg", "/", "dl", ".", "Diagnostic", "and", "evacuative", "arthrocentesis", "was", "performed", ",", "resulting", "in", "50", "cc", "of", "yellowish", "cloudy", "synovial", "fluid", ",", "which", "was", "sent", "to", "the", "laboratory", "for", "cytobiochemistry", "and", "culture", ".", "Differential", "diagnosis", "The", "patient", "was", "a", "67-year-old", "woman", "with", "little", "history", "of", "interest", ",", "who", "had", "undergone", "total", "left", "knee", "replacement", "surgery", "19", "months", "previously", ",", "with", "no", "postoperative", "complications", ".", "After", "an", "acute", ",", "self-limited", "febrile", "peak", ",", "she", "presented", "with", "local", "inflammatory", "signs", "in", "the", "operated", "knee", ".", "In", "the", "differential", "diagnosis", ",", "we", "must", "consider", "the", "main", "pathologies", "that", "can", "lead", "to", "the", "development", "of", "monoarthritis", ":", "-", "Arthritis", "due", "to", "microcrystal", "deposition", ":", "the", "first", "option", "to", "consider", "in", "the", "differential", "diagnosis", "due", "to", "its", "frequency", "of", "occurrence", "and", "its", "clinical", "similarity", "to", "arthritis", "of", "infectious", "origin", "(", "calcium", "oxalate", ",", "calcium", "pyrophosphate", "or", "pseudogout", ",", "hydroxyapatite", ",", "monosodium", "urate", ")", ".", "Although", "the", "coexistence", "of", "both", "entities", "is", "an", "infrequent", "phenomenon", ",", "this", "possibility", "must", "be", "taken", "into", "account", ".", "-", "Post-traumatic", "arthritis", ":", "ruled", "out", "in", "the", "absence", "of", "previous", "trauma", ".", "-", "Haemarthrosis", ".", "Rapid", "onset", "joint", "effusion", "with", "functional", "impotence", "leads", "us", "to", "consider", "this", "possibility", ".", "However", ",", "haemarthrosis", "is", "not", "usually", "accompanied", "by", "fever", ",", "unless", "there", "is", "superinfection", ",", "and", "is", "more", "common", "in", "people", "with", "a", "history", "of", "congenital", "or", "acquired", "coagulopathy", ",", "recent", "trauma", "or", "anticoagulant", "treatment", ",", "none", "of", "these", "predisposing", "factors", "being", "present", "in", "our", "patient", ".", "-", "Inflammatory", "diseases", "(", "rheumatoid", "arthritis", ",", "lupus", ",", "etc", ".", ")", ".", "She", "has", "a", "joint", "effusion", "with", "fever", ";", "however", ",", "the", "joint", "fluid", "is", "cloudy", "in", "appearance", "and", "there", "are", "no", "other", "signs", "and", "symptoms", "to", "support", "the", "possibility", "of", "autoimmune", "disease", ".", "-", "Infection", "of", "prosthetic", "joint", ".", "The", "patient", "presents", "with", "local", "inflammatory", "signs", "and", "cloudy", "joint", "fluid", "in", "the", "prosthetic", "knee", ".", "Due", "to", "the", "chronology", "of", "the", "infection", ",", "we", "must", "make", "a", "differential", "diagnosis", "between", "a", "late-onset", "post-surgical", "infection", "or", "an", "acute", "haematogenous", "infection", ".", "The", "abrupt", "form", "of", "presentation", "and", "the", "accompanying", "symptoms", "would", "support", "the", "second", "option", ".", "Evolution", "Biochemical", "analysis", "of", "the", "synovial", "fluid", "showed", "123", ",", "621", "leukocytes", "/", "mcl", ",", "of", "which", "81", "%", "were", "polymorphonuclear", ",", "glucose", "1", "mg", "/", "dl", ",", "protein", "5", ".", "7", "g", "/", "dl", ",", "LDH", "4054", "U", "/", "L", ".", "Surgical", "lavage", "of", "the", "joint", "cavity", "with", "polyethylene", "replacement", "was", "scheduled", ".", "Given", "the", "clinical", "stability", "of", "the", "patient", "on", "admission", "and", "the", "absence", "of", "fever", ",", "it", "was", "decided", "to", "postpone", "antibiotic", "treatment", "to", "surgery", "in", "order", "to", "increase", "the", "yield", "of", "intraoperative", "cultures", ".", "However", ",", "the", "scheduling", "of", "the", "surgery", "was", "delayed", "for", "several", "days", ",", "due", "to", "problems", "of", "operating", "room", "availability", ".", "On", "previously", "knowing", "the", "results", "of", "the", "culture", "of", "the", "synovial", "fluid", "extracted", "by", "arthrocentesis", ",", "with", "isolation", "of", "S", ".", "agalactiae", ",", "it", "was", "decided", "to", "start", "targeted", "antibiotic", "treatment", "with", "ceftriaxone", "2", "grams", "every", "24", "hours", ".", "In", "the", "operating", "theatre", ",", "abundant", "purulent", "exudate", "was", "observed", "and", "exhaustive", "debridement", "and", "lavage", "with", "abundant", "saline", "was", "performed", ".", "Six", "samples", "of", "joint", "fluid", "were", "obtained", "during", "surgery", "and", "sent", "to", "the", "microbiology", "laboratory", "for", "culture", ".", "Streptococcus", "agalactiae", "was", "isolated", "from", "3", "of", "the", "6", "intraoperative", "samples", ".", "The", "Gram", "stain", "was", "positive", ",", "showing", "cocci", "in", "chains", ".", "The", "detailed", "anamnesis", "highlighted", "the", "history", "of", "intense", "vulvar", "pruritus", "secondary", "to", "dermal", "lesions", ",", "resistant", "to", "the", "prescribed", "treatments", ",", "which", "caused", "scratching", "lesions", ".", "The", "detailed", "examination", "did", "not", "find", "any", "other", "possible", "entry", "point", "for", "the", "subsequent", "haematogenous", "dissemination", "of", "the", "isolated", "germ", ",", "which", "is", "common", "in", "the", "vaginal", "flora", ".", "The", "patient", "was", "assessed", "by", "gynaecology", "on", "admission", "and", "a", "hyperkeratotic", "lesion", "was", "found", "on", "the", "inner", "face", "and", "upper", "third", "of", "both", "labia", "majora", ",", "compatible", "with", "lichen", "planus", ".", "A", "sample", "of", "vaginal", "exudate", "was", "taken", "for", "microbiological", "culture", ",", "the", "result", "of", "which", "was", "negative", ".", "After", "surgery", ",", "a", "week", "of", "intravenous", "treatment", "with", "ceftriaxone", "2", "g", "/", "24", "hours", "was", "completed", ",", "showing", "a", "good", "clinical", "evolution", "and", "a", "decrease", "in", "acute", "phase", "reactants", ".", "On", "discharge", ",", "the", "patient", "was", "transferred", "to", "oral", "treatment", "with", "amoxicillin", "1", "g", "/", "6", "h", "and", "rifampicin", "600", "mg", "/", "24", "h", "for", "a", "further", "7", "weeks", ".", "Subsequently", ",", "the", "patient", "was", "followed", "up", "on", "an", "outpatient", "basis", ",", "and", "a", "good", "clinical", "course", "was", "observed", ".", "Final", "diagnosis", "Acute", "haematogenous", "infection", "of", "knee", "prosthesis", "secondary", "to", "Streptococcus", "agalactiae", "bacteraemia", "of", "genital", "origin", "due", "to", "scratching", "lesions", "on", "vulvar", "eczema", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 19 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 1774, "end": 1779 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1748, "end": 1755 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3017, "end": 3024 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3302, "end": 3309 }, { "text": "Streptococcus agalactiae", "label": "SPECIES", "start": 4697, "end": 4721 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3939, "end": 3946 }, { "text": "S. agalactiae", "label": "SPECIES", "start": 4339, "end": 4352 }, { "text": "germ", "label": "SPECIES", "start": 5137, "end": 5141 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5185, "end": 5192 }, { "text": "vaginal flora", "label": "SPECIES", "start": 5166, "end": 5179 } ]

[ "83-year-old", "woman", "with", "left", "hip", "prosthesis", ".", "Hospitalised", "on", "the", "27th", "post-arthroplasty", "day", "due", "to", "pain", "in", "the", "left", "hip", "and", "dehiscence", "of", "the", "operative", "wound", "with", "serohematic", "secretion", ".", "She", "was", "started", "on", "antibiotics", "(", "meropenem", "/", "vancomycin", ")", "and", "three", "surgical", "cleanings", "were", "performed", ".", "In", "the", "last", "cleaning", ",", "a", "dense", "whitish", "secretion", "was", "observed", "at", "the", "neck", "and", "head", "of", "the", "prosthesis", ".", "Samples", "were", "taken", "for", "culture", ".", "Five", "days", "later", "Fusarium", "sp", ".", "was", "isolated", "and", "amphotericin", "B", "deoxycholate", "was", "started", "for", "ten", "days", ",", "followed", "by", "oral", "voriconazole", "for", "four", "months", "with", "favourable", "evolution", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 12, "end": 17 }, { "text": "Fusarium sp", "label": "SPECIES", "start": 433, "end": 444 } ]

[ "Reason", "for", "consultation", "Insomnia", "and", "anxiety", ".", "Individual", "approach", "(", "anamnesis", ",", "examination", ",", "complementary", "tests", ")", ".", "The", "patient", "came", "to", "the", "clinic", "because", "she", "reported", "feeling", "very", "restless", "and", "had", "been", "unable", "to", "fall", "asleep", "for", "several", "days", ".", "After", "a", "few", "minutes", "in", "the", "consultation", "room", ",", "she", "finally", "tells", "us", "that", "she", "works", "as", "a", "prostitute", "and", "that", "a", "fortnight", "ago", "her", "condom", "broke", "and", "that", "since", "then", "she", "\"", "can", "'", "t", "stop", "thinking", "about", "whether", "there", "is", "something", "wrong", "with", "her", "\"", ".", "On", "reviewing", "her", "history", ",", "we", "see", "that", "she", "has", "consulted", "on", "multiple", "occasions", "for", "the", "same", "reason", ".", "The", "patient", "has", "no", "personal", "history", "of", "interest", ".", "NAMC", ".", "No", "surgical", "interventions", ".", "The", "patient", "denies", "any", "other", "symptoms", ".", "No", "genital", "complaints", ".", "No", "general", "condition", ".", "No", "fever", ".", "Conscious", "and", "oriented", ".", "BEG", ".", "BH", ".", "BP", ".", "ACP", ".", "Rhythmic", "without", "murmurs", ".", "VCM", "without", "noises", ".", "Examination", "of", "the", "genitalia", "(", "no", "lymphadenopathy", ",", "ulcers", "or", "external", "signs", "of", "infection", "are", "evident", ")", ".", "Family", "and", "community", "approach", "The", "patient", "lives", "with", "her", "daughter", "and", "two", "grandchildren", "and", "reports", "being", "worried", "about", "them", "in", "case", "\"", "something", "might", "happen", "to", "them", "\"", ".", "Clinical", "judgement", "(", "list", "of", "problems", ",", "differential", "diagnosis", ")", "Contraceptive", "method", "failure", "in", "at-risk", "population", ".", "Transient", "insomnia", ".", "Action", "plan", "and", "evolution", "We", "request", "analyses", "with", "serology", "for", "syphilis", ",", "H", "H", "V", ",", "HAV", ",", "HBV", ",", "HCV", ".", "We", "request", "cytology", ".", "We", "make", "recommendations", "regarding", "STD", "prevention", ":", "1", "-", "Recommendations", ":", "Do", "not", "share", "sharp", "or", "cutting", "objects", ".", "Your", "partner", "or", "trusted", "client", "may", "be", "infected", "without", "knowing", "it", "and", "transmit", "the", "infection", ".", "2-Main", "warning", "signs", "of", "STIs", ":", "Lesions", "on", "the", "genitals", "(", "sores", ",", "scabs", ",", "oozing", ",", "inflammation", "etc", ".", ")", "Increased", "vaginal", "discharge", "with", "pain", "and", "unpleasant", "odour", ".", "Persistent", "itching", "or", "burning", ".", "However", ",", "many", "STIs", "can", "go", "unnoticed", ".", "3", ".", "How", "are", "STIs", "transmitted", "?", "By", "sexual", "transmission", ".", "Vaginal", ",", "anal", "or", "oral-genital", "sex", "without", "a", "condom", "with", "an", "infected", "person", ".", "By", "blood", ".", "Through", "sharp", "or", "cutting", "elements", "shared", "with", "other", "people", ":", "razors", ",", "needles", ",", "syringes", ",", "piercing", "and", "tattooing", "tools", ".", "Perinatal", "route", ".", "During", "pregnancy", ",", "childbirth", "or", "breastfeeding", ".", "4", "-", "How", "is", "HIV", "not", "transmitted", "?", "By", "living", "or", "working", "with", "an", "infected", "person", ".", "By", "shaking", "hands", ",", "kissing", ",", "caressing", "or", "hugging", ".", "By", "sharing", "clothes", ",", "plates", ",", "cutlery", ",", "glasses", ",", "showers", "or", "toilets", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Individual", "label": "HUMAN", "start": 47, "end": 57 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 118, "end": 125 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 579, "end": 586 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 661, "end": 668 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 594, "end": 602 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 941, "end": 947 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 975, "end": 982 }, { "text": "daughter", "label": "HUMAN", "start": 998, "end": 1006 }, { "text": "grandchildren", "label": "HUMAN", "start": 1015, "end": 1028 }, { "text": "population", "label": "HUMAN", "start": 1211, "end": 1221 }, { "text": "HAV", "label": "SPECIES", "start": 1325, "end": 1328 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 1330, "end": 1333 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 1335, "end": 1338 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 1308, "end": 1316 }, { "text": "partner", "label": "HUMAN", "start": 1476, "end": 1483 }, { "text": "client", "label": "HUMAN", "start": 1495, "end": 1501 }, { "text": "person", "label": "HUMAN", "start": 1912, "end": 1918 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2122, "end": 2125 }, { "text": "person", "label": "HUMAN", "start": 2181, "end": 2187 } ]

[ "Anamnesis", "A", "19-year-old", "male", "from", "Morocco", "came", "to", "our", "dermatology", "emergency", "department", "due", "to", "asymptomatic", "generalised", "skin", "lesions", "of", "2", "months", "'", "evolution", "that", "appeared", "coinciding", "with", "a", "recent", "trip", "to", "his", "country", ".", "The", "anamnesis", "revealed", "no", "fever", "or", "other", "symptoms", ".", "He", "had", "no", "personal", "history", "of", "interest", "and", "was", "not", "taking", "any", "regular", "treatment", ".", "He", "was", "single", ",", "lived", "with", "three", "cats", "at", "home", ",", "apparently", "healthy", ",", "and", "denied", "having", "any", "other", "affected", "family", "members", ".", "He", "said", "that", "he", "had", "applied", "an", "antifungal", "cream", "without", "improvement", ".", "Six", "months", "ago", ",", "he", "had", "been", "diagnosed", "with", "Trychophyton", "rubrum", "on", "the", "nail", "of", "the", "first", "finger", "of", "the", "right", "hand", "and", "had", "been", "treated", "with", "an", "oral", "and", "topical", "antifungal", "for", "one", "month", "with", "poor", "response", ".", "Physical", "examination", "On", "dermatological", "examination", "he", "presented", "nummular", "plaques", "of", "variable", "size", ",", "erythematous", ",", "well-defined", ",", "active", ",", "raised", ",", "scaly", ",", "erythematous", "borders", "with", "central", "clearing", "located", "on", "the", "right", "frontal", "region", ",", "right", "cervical", "region", ",", "abdomen", "and", "fingers", "of", "the", "right", "hand", ".", "On", "the", "first", "finger", "of", "the", "right", "hand", "there", "was", "onychodystrophy", "and", "yellowing", "of", "the", "nail", "plate", "and", "distal", "onycholysis", ".", "Additional", "examinations", "It", "was", "decided", "to", "collect", "a", "sample", "of", "the", "scales", "of", "the", "abdominal", "lesion", "with", "carpet", "for", "fungal", "culture", ".", "Diagnosis", "Given", "the", "clinical", "and", "microbiological", "findings", ",", "a", "diagnosis", "of", "tinea", "corporis", "secondary", "to", "onychomycosis", "of", "the", "nail", "of", "the", "first", "finger", "of", "the", "right", "hand", "was", "made", ".", "The", "culture", "at", "one", "month", "was", "positive", "for", "Trichophyton", "rubrum", ".", "Treatment", "Treatment", "was", "started", "with", "oral", "Terbinafine", "250", "mg", "every", "24", "hours", "for", "a", "minimum", "of", "3", "months", "for", "nail", "and", "body", "involvement", "and", "topical", "Miconazole", "2", "times", "a", "day", "for", "4", "weeks", "for", "body", "lesions", ".", "Evolution", "Laboratory", "tests", "with", "liver", "profile", "were", "requested", "4", "weeks", "after", "starting", "treatment", ".", "After", "6", "weeks", ",", "the", "patient", "visited", "the", "dermatology", "department", "for", "a", "check-up", "and", "the", "skin", "lesions", "had", "disappeared", "and", "the", "affected", "nail", "plate", "had", "grown", "healthy", ".", "Laboratory", "results", "showed", "no", "findings", "of", "interest", ".", "She", "showed", "no", "new", "recurrences", "during", "follow-up", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 28 }, { "text": "antifungal", "label": "SPECIES", "start": 497, "end": 507 }, { "text": "antifungal", "label": "SPECIES", "start": 694, "end": 704 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 450, "end": 456 }, { "text": "cats", "label": "SPECIES", "start": 379, "end": 383 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 276, "end": 284 }, { "text": "Trychophyton rubrum", "label": "SPECIES", "start": 578, "end": 597 }, { "text": "fungal", "label": "SPECIES", "start": 1267, "end": 1273 }, { "text": "Trichophyton rubrum", "label": "SPECIES", "start": 1502, "end": 1521 } ]

[ "This", "is", "a", "26", "year", "old", "patient", "who", "was", "referred", "from", "the", "Mental", "Health", "Unit", "(", "USM", ")", "for", "scheduled", "admission", "to", "the", "Medium", "Stay", "Unit", "(", "UME", ")", ".", "His", "personal", "psychiatric", "history", "includes", "an", "admission", "to", "the", "Short", "Stay", "Unit", "(", "SSU", ")", "in", "September", "2016", "(", "aged", "24", "years", ")", "for", "29", "days", "with", "clinical", "judgement", "at", "discharge", "of", "\"", "Unspecified", "psychotic", "disorder", "(", "F29", "of", "ICD-10", ")", "\"", "and", "\"", "Harmful", "use", "of", "cannabis", "in", "early", "partial", "remission", "(", "F12", ".", "1", "of", "ICD-10", ")", "\"", "being", "treated", "with", "Aripripazol", "30", "mg", ",", "Zuclopenthixol", "200", "mg", ",", "Risperidone", "6", "mg", ",", "Biperidene", "retard", "4", "mg", "and", "Diazepam", "10", "mg", ".", "Subsequent", "follow-up", "in", "USM", "by", "psychiatry", ",", "having", "been", "treated", "with", "Diazepam", "(", "up", "to", "15", "mg", "/", "day", ")", ",", "Biperidene", "retard", "4", "mg", "and", "Paliperidone", "Palmitate", "in", "different", "presentations", ".", "Since", "February", "2017", ",", "he", "has", "also", "been", "monitored", "by", "clinical", "psychology", "and", "assessed", "by", "a", "social", "worker", ".", "His", "biographical", "background", "is", "characterised", "by", "currently", "living", "with", "his", "mother", "and", "maternal", "grandmother", "in", "the", "family", "home", ".", "Parents", "divorced", "in", "2008", ".", "In", "addition", ",", "she", "has", "an", "older", "sister", ",", "born", "in", "1988", ",", "with", "whom", "she", "lived", "previously", ".", "She", "shows", "good", "social", "network", "support", ".", "No", "partner", "(", "former", "relationship", "of", "7", "years", ")", ".", "Studies", "up", "to", "2nd", "year", "of", "Bachillerato", "(", "unfinished", ")", "and", "has", "a", "diving", "course", ".", "Sporadic", "work", "as", "a", "waiter", "and", "paid", "gamer", ",", "as", "far", "as", "he", "reports", ".", "He", "has", "no", "income", "of", "his", "own", "at", "present", "and", "is", "not", "civilly", "incapacitated", ".", "Harmful", "use", "of", "cannabis", "since", "the", "age", "of", "18", "(", "3-5", "joints", "per", "week", ")", "accompanied", "by", "a", "moderate", "alcoholic", "habit", ",", "mainly", "at", "weekends", ".", "He", "was", "accompanied", "by", "his", "father", "at", "the", "initial", "interview", "for", "admission", "to", "the", "EMU", ".", "The", "patient", "has", "had", "a", "torpid", "evolution", ",", "with", "no", "remission", "of", "psychotic", "symptoms", "or", "cessation", "of", "his", "cannabis", "habit", ".", "He", "has", "been", "living", "at", "his", "mother", "'", "s", "house", "with", "partially", "maladapted", "functioning", "in", "terms", "of", "time", "keeping", ",", "although", "he", "collaborates", "in", "household", "chores", "and", "in", "the", "care", "of", "his", "grandmother", ".", "According", "to", "the", "relative", ",", "he", "presents", "disorganised", "sleeping", "habits", ",", "eating", ",", "activities", ",", "etc", ".", "He", "also", "comments", "that", "on", "many", "days", "he", "does", "not", "take", "his", "medication", "or", "does", "not", "take", "it", "correctly", "in", "relation", "to", "the", "schedule", ".", "The", "patient", "does", "not", "deny", "all", "of", "this", "and", "argues", "it", "with", "a", "feeling", "of", "apathy", ".", "There", "is", "no", "awareness", "of", "illness", "(", "\"", "nothing", "is", "wrong", "with", "me", "\"", ")", "and", "he", "thinks", "that", "stopping", "cannabis", "consumption", "will", "not", "bring", "him", "any", "benefit", ".", "Even", "so", ",", "he", "accepts", "admission", "to", "the", "EMU", "as", "positive", ".", "He", "spontaneously", "reports", "the", "presence", "of", "\"", "strange", "ideas", "\"", "and", "sensory-perceptual", "alterations", "(", "which", "he", "does", "not", "agree", "to", "describe", ")", "without", "any", "type", "of", "behavioural", "repercussions", ".", "In", "the", "psychopathological", "examination", "carried", "out", "during", "the", "interview", ",", "the", "patient", "appears", "conscious", "and", "oriented", "in", "time", ",", "space", "and", "person", ".", "Good", "appearance", "and", "personal", "care", "in", "general", ".", "Reacts", "appropriately", "to", "the", "interview", ".", "Calm", "and", "relaxed", ",", "if", "somewhat", "restrained", ",", "demeanour", ".", "Speaks", "little", "in", "response", "to", "questions", "asked", ".", "Language", "without", "alterations", "in", "thought", "form", "and", "structure", ".", "No", "foreground", "psychotic", "symptoms", ".", "Hypothymia", ",", "anhedonia", "and", "partial", "abulia", ";", "no", "impression", "of", "major", "affective", "symptoms", ".", "Circadian", "rhythm", "disturbance", ".", "Normorexia", ".", "Olfactory", "and", "kinesthetic", "hallucinations", ".", "Adequate", "functioning", "is", "observed", "in", "the", "parent-child", "relationship", ",", "although", "the", "patient", "refuses", "to", "receive", "visits", "from", "relatives", "except", "for", "his", "sister", ".", "The", "objectives", "of", "the", "admission", "proposed", "by", "the", "unit", "'", "s", "team", "with", "the", "patient", "are", ":", "To", "limit", "THC", "consumption", "and", "establish", "the", "relationship", "between", "this", "and", "the", "clinical", "psychopathology", ".", "To", "achieve", "clinical", "stability", ".", "To", "work", "on", "awareness", "of", "the", "illness", ".", "Start", "treatment", "with", "Clozapine", ".", "Achieve", "good", "tolerance", "and", "adherence", "to", "treatment", ".", "NURSING", "CARE", "PROCESS", "The", "nursing", "team", "carries", "out", "an", "assessment", "on", "admission", "and", "subsequent", "care", "of", "the", "patient", ".", "Assessment", "stage", "This", "is", "carried", "out", "according", "to", "M", ".", "Gordon", "'", "s", "functional", "patterns", ".", "Pattern", "1", "-", "Perception", "and", "maintenance", "of", "health", ".", "Good", "appearance", "and", "personal", "care", "in", "general", ".", "The", "patient", "has", "difficulties", "in", "following", "the", "medication", "regimen", ".", "THC", "consumption", ".", "Altered", "pattern", ".", "Pattern", "2", "-", "Nutritional", "and", "metabolic", ".", "Varied", "diet", ",", "usually", "prepared", "by", "his", "mother", "or", "grandmother", "at", "the", "home", "where", "he", "currently", "lives", ".", "Adequate", "weight", "for", "height", ".", "Disorganised", "mealtimes", "in", "recent", "weeks", ".", "Pattern", "3", "-", "Elimination", ".", "Good", "intestinal", "transit", ".", "Pattern", "4", "-", "Activity", "and", "exercise", ".", "Until", "recently", "she", "was", "going", "three", "times", "a", "week", "to", "a", "gym", "in", "her", "neighbourhood", ".", "Most", "of", "the", "day", "is", "spent", "at", "home", ",", "watching", "TV", "or", "just", "lying", "in", "bed", ".", "Altered", "pattern", ".", "Pattern", "5", "-", "Sleep", "and", "rest", ".", "Poor", "maintenance", "of", "biorhythms", ".", "Imbalance", "in", "the", "hours", "of", "rest", "with", "tiredness", "and", "daytime", "sleepiness", ".", "Altered", "pattern", ".", "Pattern", "6", "-", "Cognitive", "and", "perceptual", ".", "Conscious", "and", "oriented", "in", "time", ",", "space", "and", "person", ".", "Reacts", "appropriately", "to", "interview", ".", "Calm", "and", "relaxed", ",", "though", "somewhat", "restrained", ",", "demeanour", ".", "Pattern", "7", "-", "Self-perception", "and", "self-concept", ".", "The", "patient", "has", "doubts", "about", "the", "usefulness", "of", "admission", "to", "the", "unit", ".", "Pattern", "8", "-", "Role", "and", "relationships", ".", "Adequate", "functioning", "is", "observed", "in", "the", "parent-child", "relationship", ",", "although", "the", "patient", "refuses", "to", "receive", "visits", "from", "relatives", "except", "for", "his", "sister", ".", "Pattern", "9", "-", "Sexuality", "and", "reproduction", ".", "He", "had", "a", "7-year", "relationship", "with", "a", "girl", "that", "ended", "two", "years", "ago", ".", "On", "questioning", "he", "does", "not", "report", "that", "this", "has", "influenced", "the", "course", "of", "his", "illness", ".", "Pattern", "10", "-", "Coping", "and", "stress", "tolerance", ".", "During", "the", "interview", "he", "is", "calm", ".", "He", "does", "not", "agree", "very", "much", "with", "the", "admission", ",", "but", "it", "does", "not", "cause", "him", "significant", "discomfort", "or", "anxiety", "according", "to", "what", "he", "tells", "us", ".", "Pattern", "11", "-", "Values", "and", "beliefs", ".", "No", "data", "of", "interest", "in", "this", "pattern", ".", "Diagnostic", "stage", "Following", "the", "assessment", ",", "we", "detected", "the", "following", "problems", "using", "NANDA-II", "terminology", ":", "00079", "Non-compliance", "00097", "Deficit", "in", "recreational", "activities", "00188", "Tendency", "to", "engage", "in", "health-risk", "behaviours", "00198", "Sleep", "pattern", "disturbance", "Planning", "stage", "The", "following", "objectives", "and", "activities", "are", "planned", "according", "to", "the", "NOC", "and", "NIC", "taxonomies", "respectively", ":", "00079", "Non-compliance", "NOC", "objectives", ":", "1300", "Acceptance", "of", "health", "status", "1601", "Compliance", "behaviour", "1813", "Knowledge", ":", "Therapeutic", "regimen", "Interventions", "NIC", ":", "2380", "Medication", "management", "4480", "Facilitating", "self-responsibility", "5616", "Teaching", ":", "prescribed", "medication", "Activities", ":", "Review", "the", "patient", "'", "s", "knowledge", "of", "each", "medication", ".", "Encourage", "the", "patient", "to", "take", "as", "much", "responsibility", "for", "their", "own", "self-care", "as", "possible", ".", "Review", "with", "the", "patient", "strategies", "for", "managing", "the", "medication", "regimen", ".", "Observe", "the", "therapeutic", "effects", "of", "the", "medication", "on", "the", "patient", ".", "00097", "Deficit", "in", "recreational", "activities", "NOC", "objectives", ":", "1503", "Social", "involvement", "1604", "Participation", "in", "leisure", "activities", "Interventions", "NIC", ":", "4310", "Activity", "therapy", "5100", "Socialisation", "enhancement", "5360", "Entertainment", "therapy", "Activities", ":", "Helping", "the", "patient", "to", "identify", "activity", "preferences", ".", "Encourage", "the", "patient", "to", "develop", "relationships", ".", "Encourage", "involvement", "in", "entirely", "new", "interests", ".", "Helping", "the", "patient", "to", "increase", "awareness", "of", "strengths", "and", "limitations", "in", "communicating", "with", "others", ".", "To", "facilitate", "the", "patient", "'", "s", "enthusiasm", "and", "planning", "for", "future", "activities", ".", "00198", "Sleep", "pattern", "disorder", "NOC", "objectives", ":", "0003", "Rest", "0004", "Sleep", "Interventions", "NIC", ":", "2380", "Medication", "management", "5880", "Relaxation", "technique", "Activities", ":", "Instruct", "patient", "on", "methods", "that", "decrease", "anxiety", ",", "as", "appropriate", ".", "Determine", "the", "impact", "of", "medication", "use", "on", "the", "patient", "'", "s", "lifestyle", ".", "Develop", "strategies", "to", "manage", "side", "effects", "of", "medication", ".", "00188", "Tendency", "to", "engage", "in", "health", "risk", "behaviours", "NOC", "objectives", ":", "1603", "Health", "seeking", "behaviour", ".", "1700", "Health", "beliefs", "1902", "Risk", "control", "Interventions", "NIC", ":", "5230", "Enhancing", "coping", "5510", "Health", "education", "6610", "Risk", "identification", "Activities", ":", "Identify", "biological", ",", "environmental", "and", "behavioural", "risks", "and", "their", "interrelationships", ".", "Identify", "typical", "coping", "strategies", ".", "Plan", "long-term", "follow-up", "of", "risk", "reduction", "strategies", "and", "activities", ".", "Stages", "of", "implementation", "and", "evaluation", "From", "the", "beginning", "of", "his", "stay", "in", "the", "Medium", "Stay", "Unit", ",", "he", "comments", "on", "the", "stability", "of", "the", "clinical", "condition", "presented", "on", "admission", ".", "Good", "attitude", "towards", "healthcare", "staff", "and", "other", "patients", ",", "as", "well", "as", "good", "development", "of", "the", "activities", "proposed", "in", "the", "unit", ".", "On", "a", "psychopathological", "level", ",", "she", "refers", "to", "a", "persistent", "olfactory", "hallucination", "which", "she", "describes", "as", "an", "unpleasant", "and", "strong", "smell", ";", "despite", "this", ",", "it", "does", "not", "cause", "distress", "or", "strangeness", ",", "nor", "does", "it", "interfere", "with", "daily", "functioning", ".", "Biorhythms", "are", "also", "preserved", ".", "At", "the", "pharmacological", "level", ",", "treatment", "was", "started", "with", "Clozapine", ",", "up", "to", "a", "dose", "of", "75", "mg", "per", "day", "without", "notable", "side", "effects", "or", "pathological", "findings", "in", "complementary", "control", "tests", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 375, "end": 383 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 29 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 140, "end": 148 }, { "text": "social worker", "label": "HUMAN", "start": 816, "end": 829 }, { "text": "Parents", "label": "HUMAN", "start": 958, "end": 965 }, { "text": "maternal grandmother", "label": "HUMAN", "start": 917, "end": 937 }, { "text": "waiter", "label": "HUMAN", "start": 1248, "end": 1254 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 1381, "end": 1389 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 945, "end": 951 }, { "text": "sister", "label": "HUMAN", "start": 1014, "end": 1020 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 906, "end": 912 }, { "text": "partner", "label": "HUMAN", "start": 1110, "end": 1117 }, { "text": "gamer", "label": "HUMAN", "start": 1264, "end": 1269 }, { "text": "grandmother", "label": "HUMAN", "start": 926, "end": 937 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 1680, "end": 1688 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 2270, "end": 2278 }, { "text": "relative", "label": "HUMAN", "start": 1899, "end": 1907 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 1722, "end": 1728 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1584, "end": 1591 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2106, "end": 2113 }, { "text": "father", "label": "HUMAN", "start": 1522, "end": 1528 }, { "text": "grandmother", "label": "HUMAN", "start": 1869, "end": 1880 }, { "text": "parent", "label": "HUMAN", "start": 3184, "end": 3190 }, { "text": "relatives", "label": "HUMAN", "start": 3263, "end": 3272 }, { "text": "sister", "label": "HUMAN", "start": 3288, "end": 3294 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2631, "end": 2638 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3224, "end": 3231 }, { "text": "person", "label": "HUMAN", "start": 2689, "end": 2695 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 2717, "end": 2725 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3366, "end": 3373 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3752, "end": 3759 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3951, "end": 3958 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 3921, "end": 3929 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 4125, "end": 4131 }, { "text": "grandmother", "label": "HUMAN", "start": 4135, "end": 4146 }, { "text": "person", "label": "HUMAN", "start": 4737, "end": 4743 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4889, "end": 4896 }, { "text": "parent", "label": "HUMAN", "start": 5033, "end": 5039 }, { "text": "relatives", "label": "HUMAN", "start": 5112, "end": 5121 }, { "text": "sister", "label": "HUMAN", "start": 5137, "end": 5143 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5073, "end": 5080 }, { "text": "girl", "label": "HUMAN", "start": 5223, "end": 5227 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6306, "end": 6313 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6362, "end": 6369 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6456, "end": 6463 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6571, "end": 6578 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6837, "end": 6844 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6895, "end": 6902 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6994, "end": 7001 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 7103, "end": 7110 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 7330, "end": 7337 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 7436, "end": 7443 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 8190, "end": 8198 }, { "text": "staff", "label": "HUMAN", "start": 8174, "end": 8179 } ]

[ "A", "75-year-old", "man", ",", "with", "no", "known", "drug", "allergies", "or", "toxic", "habits", ".", "With", "a", "history", "of", "arterial", "hypertension", ",", "peptic", "ulcus", ",", "pollinosis", "and", "right", "ocular", "prosthesis", ".", "He", "receives", "annual", "flu", "vaccination", "and", "follows", "regular", "treatment", "with", "enalapril", ",", "chlorthalidone", "and", "omeprazole", ".", "He", "was", "admitted", "a", "fortnight", "ago", ",", "after", "returning", "from", "a", "trip", "to", "Benidorm", ",", "for", "presenting", "a", "barely", "productive", "cough", ",", "dyspnoea", "and", "chest", "pain", "with", "mechanical", "characteristics", ",", "as", "well", "as", "intense", "lumbosciatica", "with", "weakness", "in", "the", "lower", "limbs", ",", "progressively", "increasing", "until", "it", "became", "incapacitating", ",", "associated", "with", "arthromyalgia", "and", "generalised", "weakness", ",", "constipation", "and", "hyporexia", ".", "She", "denied", "abdominal", "pain", ",", "fever", ",", "dysthermia", ",", "vomiting", "or", "dysuria", ".", "She", "had", "been", "treated", "with", "corticosteroids", "and", "analgesics", "a", "few", "days", "earlier", "without", "improvement", ".", "On", "physical", "examination", "he", "was", "conscious", "and", "oriented", ",", "slightly", "bradypsychic", ",", "eupneic", "and", "afebrile", ",", "well", "hydrated", "and", "perfused", ".", "On", "arrival", "at", "the", "emergency", "department", ",", "a", "low-grade", "fever", "was", "observed", ".", "Oxygen", "saturation", "91", "%", "with", "FiO2", "0", ".", "21", ".", "No", "neurological", "focality", ",", "nuchal", "rigidity", "or", "meningeal", "signs", ".", "Weakness", "and", "pain", "on", "movement", "of", "the", "right", "limbs", ",", "more", "intense", "in", "the", "lower", "limbs", ".", "Cardiorespiratory", "auscultation", ":", "rhythmic", "with", "normal", "frequency", ",", "very", "weak", "tones", "without", "murmurs", ",", "friction", "or", "extratones", ";", "vesicular", "murmur", "globally", "diminished", "with", "crackles", "in", "the", "bases", ".", "Abdomen", "globular", ",", "soft", "and", "depressible", ",", "slightly", "painful", "to", "palpation", "in", "a", "generalised", "manner", ",", "with", "normal", "bowel", "sounds", ".", "Pustular", "and", "scratching", "lesions", "on", "the", "trunk", ".", "Lower", "limbs", "without", "oedema", "or", "signs", "of", "deep", "vein", "thrombosis", ".", "The", "following", "complementary", "tests", "were", "performed", ":", "CBC", ":", "haemoglobin", "13", ".", "8", "g", "/", "dL", ",", "leucocytes", "16", ",", "880", "/", "mm3", ",", "neutrophils", "92", "%", ",", "platelets", "88", ",", "000", "/", "mm3", ".", "Coagulation", ":", "prothrombin", "activity", "69", "%", ",", "fibrinogen", "12", ".", "g", "/", "L", ",", "D-dimer", "2845", "ng", "/", "mL", ".", "GOT", "93", "U", "/", "L", ",", "GPT", "137", "U", "/", "L", ",", "GGT", "267", "U", "/", "L", ",", "amylase", "126", "U", "/", "L", ",", "rest", "normal", "CRP", ":", "410", "mg", "/", "l", ".", "ESR", "133", "mm", "/", "h", ".", "Procalcitonin", "1", ".", "8", "ng", "/", "ml", ".", "Proteinogram", ":", "increased", "alpha-globulins", "and", "polyclonal", "hypergemaglobulinaemia", "Immunoglobulins", ":", "increased", "IgG", "and", "IgA", ".", "Immunofixation", "on", "three", "occasions", "normal", ".", "Tumour", "markers", "(", "AFP", ",", "CEA", ",", "Ca-19", ".", "9", "and", "PSA", ")", "normal", ".", "Immunology", ":", "ANA", "and", "anti-DNA", "negative", ".", "ANCA", "positive", "with", "atypical", "perinuclear", "pattern", "on", "two", "occasions", ",", "with", "negative", "pANCA", "and", "c-ANCA", ".", "Thyroid", "profile", ":", "pituitary", "braking", "(", "TSH", "0", ".", "22", "with", "normal", "free", "T4", ")", ".", "Two", "rounds", "of", "blood", "cultures", "were", "performed", ",", "which", "were", "negative", ",", "as", "well", "as", "pneumococcal", "and", "Legionella", "antigenuria", "in", "urine", ".", "Urine", "sediment", "showed", "bacteriuria", "without", "leukocyturia", "with", "the", "presence", "of", "nitrites", "and", "microhaematuria", ".", "An", "electrocardiogram", "was", "performed", "with", "sinus", "tachycardia", "as", "the", "only", "finding", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "bilateral", "peripheral", "infiltrates", "and", "dorsolumbar", "spine", "X-ray", "showed", "signs", "of", "degenerative", "osteoarthritis", ",", "with", "no", "other", "findings", "of", "interest", ".", "Chest", "X-ray", ":", "bilateral", "peripheral", "infiltrates", ".", "Given", "the", "presence", "of", "dyspnoea", ",", "chest", "pain", "and", "low", "oxygen", "saturation", ",", "as", "well", "as", "elevated", "D-dimer", ",", "in", "a", "patient", "with", "immobilisation", "in", "recent", "days", "secondary", "to", "functional", "disability", "caused", "by", "low", "back", "pain", ",", "without", "having", "carried", "out", "thromboprophylaxis", ",", "and", "given", "that", "the", "chest", "X-ray", "showed", "peripheral", "pulmonary", "infiltrates", "that", "could", "be", "pulmonary", "infarcts", ",", "chest", "CT", "angiography", "was", "performed", "to", "rule", "out", "pulmonary", "thromboembolism", "(", "PTE", ")", "in", "the", "first", "instance", ",", "ruling", "out", "signs", "of", "PTE", "and", "finding", "multiple", "alveolar", "infiltrates", "distributed", "bilaterally", ",", "some", "with", "transformation", "into", "cystic", "cavities", ".", "Given", "the", "intensity", "of", "the", "clinical", "manifestations", "and", "the", "findings", "of", "the", "complementary", "tests", "performed", ",", "the", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "Infectious", "Diseases", "Department", "with", "a", "clinical", "diagnosis", "of", "bilateral", "cavitary", "infiltrates", "suggestive", "of", "multilobar", "pneumonia", "and", "empirical", "antibiotic", "treatment", "with", "levofloxacin", "and", "ceftriaxone", ".", "On", "admission", ",", "the", "CURB-65", "and", "FINE", "scales", "were", "performed", "and", "a", "high", "mortality", "risk", "score", "was", "obtained", "for", "both", "scales", ".", "AngioCT", "chest", "c", "/", "c", ":", "multiple", "alveolar", "infiltrates", "distributed", "bilaterally", ",", "some", "with", "transformation", "into", "cystic", "cavities", ".", "Differential", "diagnosis", "The", "differential", "diagnosis", "of", "cavitated", "pulmonary", "nodules", "is", "a", "great", "challenge", "in", "which", "clinical", "features", ",", "iconography", "and", "laboratory", "findings", "are", "crucial", "for", "the", "definitive", "diagnosis", ".", "Our", "patient", "was", "admitted", "for", "pulmonary", "cavitated", "lesions", "with", "a", "bilateral", "distribution", "of", "oligosymptomatic", "course", "together", "with", "acute", "onset", "lumbar", "pain", ".", "Although", "the", "aetiology", "of", "the", "condition", "was", "suspected", "to", "be", "infectious", ",", "given", "the", "scarcity", "of", "symptoms", "in", "contrast", "to", "the", "extensive", "radiological", "involvement", ",", "other", "causes", "could", "not", "be", "ruled", "out", ",", "including", "the", "following", ":", "Infections", ":", "Cavitated", "lung", "lesions", "are", "usually", "lung", "abscesses", "that", "are", "usually", "caused", "by", "polymicrobial", "infections", ".", "The", "main", "aetiology", "is", "usually", "bacterial", ",", "especially", "anerobes", "that", "are", "part", "of", "the", "oral", "cavity", "flora", "(", "Prevotella", "spp", ",", "Bacteroides", "spp", "and", "Fusobacterium", "spp", ")", "and", "less", "frequently", "facultative", "anaerobes", "(", "Streptococcus", "anginosus", "and", "other", "streptococci", ")", ".", "Bacteria", "that", "can", "produce", "monomicrobial", "abscesses", "include", ":", "Staphylococcus", "aureus", ",", "Klebsiella", "pneumoniae", ",", "Streptococcus", "pyogenes", ",", "Burkholderia", "pseudomallei", ",", "Haemophilus", "influenzae", "type", "B", ",", "Legionella", "spp", ",", "Nocardia", "spp", "and", "Actinomyces", "spp", ".", "Other", "non-bacterial", "pathogens", ",", "such", "as", "some", "endemic", "fungi", "(", "Histoplasma", "capsulatum", ",", "Blastomyces", "dermatitidis", ",", "Coccidioides", "spp", ",", "Mucor", "spp", ")", "as", "well", "as", "opportunistic", "fungi", "(", "Aspergillus", "spp", ",", "Cryptococcus", "spp", ")", "and", "parasites", "(", "Entamoeba", "histolytica", ",", "Paragonimus", "westermani", ")", "can", "also", "manifest", "themselves", "in", "this", "way", ".", "In", "the", "case", "of", "aspergillosis", "the", "radiological", "manifestations", "vary", "depending", "on", "the", "form", "of", "the", "disease", "and", "immunological", "status", "of", "the", "patient", ";", "one", "of", "the", "most", "frequently", "observed", "findings", "is", "the", "development", "of", "single", "or", "multiple", "thick-walled", "cavitated", "lesions", "distributed", "in", "the", "upper", "lobes", "associated", "with", "focal", "alveolar", "opacities", "and", "diffuse", "infiltrates", "of", "the", "lung", "parenchyma", ".", "Mycobacterium", "tuberculosis", "deserves", "special", "mention", ".", "Its", "most", "frequent", "manifestation", "(", "in", "40", "%", "of", "cases", ")", "is", "the", "presence", "of", "infiltrates", "in", "the", "lung", "parenchyma", "with", "multiple", "satellite", "nodules", "and", "cavitated", "lesions", ".", "These", "findings", "are", "preferentially", "located", "in", "the", "upper", "lobes", "and", "apical", "segments", "of", "the", "lower", "lobes", ",", "with", "the", "cavities", "presenting", "internal", "walls", "that", "can", "be", "either", "smooth", "or", "(", "more", "frequently", ")", "more", "irregular", "and", "coarse", ".", "On", "the", "other", "hand", ",", "the", "relative", "frequency", "of", "tuberculous", "spondylodiscitis", "is", "15-25", "%", ",", "being", "more", "frequent", "in", "the", "lower", "dorsal", "spine", ",", "although", "it", "can", "affect", "the", "lumbar", "spine", ",", "as", "well", "as", "affecting", "several", "vertebrae", "and", "causing", "neurological", "symptoms", ".", "Other", "non-tuberculous", "mycobacteria", "(", "Mycobacterium", "avium", ",", "Mycobacterium", "kansasii", ")", "can", "also", "develop", "cavitations", ".", "When", "the", "location", "of", "the", "pulmonary", "nodules", "is", "multiple", "and", "predominantly", "peripheral", "or", "subpleural", "in", "different", "stages", "of", "cavitation", ",", "it", "is", "important", "to", "rule", "out", "a", "septic", "emboligenic", "aetiology", ".", "Radiographically", ",", "it", "manifests", "as", "nodular", "pulmonary", "opacities", "with", "a", "tendency", "to", "cavitation", ",", "abscesses", "and", "pulmonary", "infarcts", ".", "They", "are", "usually", "secondary", "to", "bacteraemia", "or", "endocarditis", "on", "right", "heart", "valves", "that", "send", "the", "pathogen", "to", "different", "locations", ".", "Complications", "of", "septic", "embolism", "include", "vertebral", "osteomyelitis", "and", "septic", "arthritis", ".", "The", "possibility", "of", "septic", "arthritis", "should", "be", "considered", "when", "multiple", "joints", "are", "affected", "and", "the", "axial", "skeleton", "is", "particularly", "susceptible", ",", "especially", "when", "the", "causative", "germ", "is", "Staphylococcus", "aureus", ".", "Spondylodiscitis", "appears", "most", "frequently", "in", "the", "lumbar", "spine", "and", "in", "the", "absence", "of", "surgical", "intervention", ",", "its", "seeding", "is", "almost", "exclusively", "by", "haematogenous", "route", ".", "In", "our", "environment", ",", "the", "main", "infectious", "aetiologies", "are", ":", "pyogenic", "bacteria", "(", "Staphylococcus", "aureus", "(", "40-65", "%", ")", ",", "coagulase-negative", "staphylococci", ",", "Enterobacteriaceae", ",", "other", "gram-negative", "bacilli", "and", "beta-hemolytic", "streptococci", ")", ",", "tuberculosis", "and", "brucellosis", ".", "The", "initial", "imaging", "study", "may", "be", "negative", "when", "the", "presentation", "is", "acute", ",", "so", "if", "the", "clinical", "presentation", "persists", ",", "repeat", "testing", "should", "be", "performed", ".", "On", "the", "other", "hand", ",", "these", "lesions", "may", "also", "be", "of", "non-infectious", "aetiology", ",", "including", "within", "the", "differential", "diagnosis", "pulmonary", "vascular", "pathology", "such", "as", "PTE", "in", "which", "cavitary", "lesions", "secondary", "to", "pulmonary", "infarcts", "may", "appear", ".", "They", "appear", "in", "10", "%", "of", "cases", "and", "are", "caused", "by", "small", "thrombi", "that", "obliterate", "segmental", "or", "subsegmental", "vessels", ".", "They", "usually", "present", "peripheral", "and", "multiple", "distribution", "and", "may", "provoke", "an", "intense", "inflammatory", "response", ".", "In", "this", "context", ",", "symptoms", "of", "deep", "vein", "thrombosis", "may", "appear", ",", "which", "may", "manifest", "as", "lower", "back", "or", "lower", "limb", "pain", "depending", "on", "the", "level", "of", "involvement", ".", "On", "the", "other", "hand", ",", "many", "rheumatological", "diseases", "present", "pulmonary", "manifestations", "at", "the", "onset", "or", "in", "the", "course", "of", "the", "pathology", ",", "however", ",", "the", "presence", "of", "cavitated", "nodules", "is", "unusual", ".", "The", "exception", "is", "Granulomatosis", "with", "polyangiitis", "(", "GPA", ")", ",", "a", "necrotising", "systemic", "vasculitis", "affecting", "the", "upper", "and", "lower", "respiratory", "tract", ".", "Radiologically", "it", "manifests", "with", "multiple", "transient", "and", "recurrent", "bilateral", "nodules", "/", "masses", ",", "which", "may", "cavitate", "either", "by", "necrosis", "per", "se", "or", "by", "arterial", "occlusion", ",", "usually", "in", "the", "absence", "of", "treatment", ".", "Cavitated", "lung", "lesions", "have", "been", "described", "in", "other", "diseases", "such", "as", "primary", "amyloidosis", ",", "ankylosing", "spondylitis", ",", "rheumatoid", "arthritis", ",", "polyarteritis", "nodosa", "and", "systemic", "lupus", "erythematosus", ",", "always", "under", "consideration", "of", "the", "possibility", "of", "infectious", "aetiology", "in", "these", "patients", ",", "generally", "subjected", "to", "long-term", "immunosuppressive", "therapies", ".", "All", "of", "them", "may", "present", "musculoskeletal", "pathology", "or", "associated", "neuropathies", ".", "In", "relation", "to", "neoplastic", "causes", ",", "single", "cavitated", "lung", "lesions", "most", "often", "correspond", "to", "bronchogenic", "carcinoma", ",", "which", "cavitates", "in", "10-15", "%", "of", "cases", ",", "which", "is", "usually", "associated", "with", "a", "worse", "prognosis", ".", "Of", "the", "different", "histological", "types", ",", "squamous", "cell", "carcinoma", "is", "the", "one", "that", "cavitates", "most", "frequently3", ".", "It", "is", "usually", "a", "lesion", "of", "variable", "size", ",", "spiculated", ",", "thick-walled", "(", ">", "4mm", ")", "and", "irregular", ",", "associated", "with", "soft", "tissue", "mass", "and", "other", "findings", "such", "as", "lymphadenopathy", ",", "invasion", "of", "mediastinal", "structures", "and", "chest", "wall", "infiltration", ".", "Some", "Kaposi", "'", "s", "lymphomas", "and", "sarcomas", "may", "also", "present", "with", "cavitated", "lesions", ",", "especially", "in", "the", "HIV-infected", "population", ",", "whose", "lesions", "are", "usually", "small", "in", "number", "and", "preferentially", "located", "in", "the", "lower", "lobes", ".", "Pulmonary", "metastases", "are", "nodules", "of", "variable", "size", ",", "but", "generally", "larger", "than", "one", "centimetre", ",", "multiple", "and", "tend", "to", "cavitate", "less", "than", "primary", "neoplasms", "(", "less", "than", "4", "%", ")", "and", "generally", "appear", "in", "the", "lung", "and", "subpleural", "bases", ",", "as", "lesions", "with", "irregular", "borders2", ".", "As", "for", "the", "possible", "neoplastic", "aetiology", "of", "our", "patient", "'", "s", "low", "back", "pain", ":", "the", "primary", "tumours", "that", "most", "frequently", "metastasise", "to", "the", "bone", "are", "breast", ",", "prostate", ",", "lung", ",", "thyroid", ",", "kidney", "and", "colon", ".", "As", "well", "as", "myeloma", "and", "lymphoma", ".", "Myeloma", "is", "the", "most", "common", "primary", "bone", "tumour", ".", "It", "usually", "presents", "lytic", "rather", "than", "sclerotic", "lesions", ",", "well", "defined", "and", "respecting", "pedicles", ",", "the", "diagnosis", "is", "made", "by", "proteinogram", "and", "bone", "marrow", "aspirate", ".", "Pulmonary", "involvement", "is", "rare", ".", "Evolution", "Among", "the", "complementary", "tests", "requested", ",", "the", "following", "serology", "results", "were", "obtained", ":", "past", "infection", "by", "CMV", ",", "Epstein-Barr", ",", "toxoplasma", ",", "Parvovirus", "B19", ",", "Mycoplasma", "and", "hepatitis", "B", ".", "Chlamydia", "pneumoniae", ",", "Brucella", ",", "Yersinia", ",", "Salmonella", ",", "Legionella", ",", "Ricketsia", ",", "Borrelia", ",", "Coxiella", ",", "lues", ",", "HAV", ",", "HCV", "and", "HIV", "negative", ".", "Despite", "analgesic", "treatment", ",", "lumbar", "pain", "persisted", ",", "so", "an", "MRI", "of", "the", "spine", "was", "performed", ",", "showing", "signs", "of", "generalised", "spondylosis", "with", "osteophytic", "formations", "of", "anterior", "predominance", ".", "Degenerative", "disc", "disease", ".", "In", "the", "L2-L3", "and", "L4-L5", "disc", "interspaces", "there", "were", "discrete", "central", "protrusions", "with", "no", "repercussions", "on", "thecal", "sac", "or", "nerve", "roots", ".", "In", "order", "to", "rule", "out", "other", "causes", "of", "low", "back", "pain", ",", "a", "thoracic", "and", "abdomen-pelvis", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", "scan", "with", "intravenous", "contrast", "showed", "partial", "resolution", "of", "the", "bilateral", "pulmonary", "parenchymal", "condensations", "with", "transformation", "of", "some", "of", "them", "into", "cystic", "cavities", ".", "There", "was", "also", "a", "hypodense", "lesion", "with", "peripheral", "enhancement", "in", "the", "left", "psoas", "measuring", "3", "x", "1", ".", "3", "cm", "suggestive", "of", "abscess", ".", "Several", "hepatic", "lesions", "of", "different", "sizes", "as", "catchers", "with", "cyst", "criteria", ".", "No", "significant", "adenopathies", ".", "CT", "scan", "of", "the", "abdomen", "w", "/", "c", ":", "hypodense", "lesion", "with", "peripheral", "enhancement", "in", "the", "left", "psoas", "measuring", "3", "x", "1", ".", "3", "cm", "suggestive", "of", "abscess", ".", "Given", "the", "lack", "of", "improvement", "in", "lumbar", "pain", ",", "a", "skeletal", "scan", "and", "SPECT-CT", "with", "technetium", "were", "performed", "with", "findings", "suggestive", "of", "L2-L3", "spondylodiscitis", "and", "arthritis", "of", "the", "right", "shoulder", ",", "which", "was", "subsequently", "confirmed", "with", "Gadolinium", "citrate", ".", "Skeletal", "GA", "with", "Tc99", "Diphosphate", "and", "Ga67", "citrate", ":", "findings", "suggestive", "of", "L2-L3", "spondylodiscitis", "and", "right", "shoulder", "arthritis", ".", "During", "his", "admission", ",", "the", "patient", "began", "to", "expectorate", "and", "sputum", "samples", "were", "collected", ".", "Serial", "smears", "were", "negative", "and", "the", "culture", "was", "positive", "for", "methicillin-sensitive", "Staphylococcus", "aureus", "(", "MSSA", ")", ",", "which", "allowed", "antibiotic", "treatment", "to", "be", "started", "with", "cloxacillin", "2", "grams", "every", "6", "hours", ".", "Subsequently", ",", "methicillin-resistant", "Enterococcus", "faecillinus", "was", "isolated", "in", "urine", ",", "so", "cloxacillin", "was", "withdrawn", "and", "vancomycin", "was", "started", ".", "An", "echocardiogram", "was", "performed", "with", "no", "alterations", "and", "no", "evidence", "of", "vegetations", ".", "A", "CT-guided", "vertebral", "biopsy", "was", "also", "requested", "to", "take", "samples", "for", "cultures", ",", "the", "results", "of", "which", "(", "bacterial", "culture", ",", "fungal", "culture", "and", "mycobacterial", "culture", ")", "were", "negative", ".", "The", "pathological", "anatomy", "of", "the", "intervertebral", "disc", "(", "puncture-biopsy", ")", "showed", "fibrocartilaginous", "tissue", "with", "focal", "and", "discrete", "acute", "non-specific", "inflammation", "and", "granulation", "tissue", ".", "Parenteral", "antibiotic", "treatment", "was", "maintained", ",", "with", "cloxacillin", "initially", "and", "vancomycin", "later", ",", "completing", "five", "weeks", "and", "then", "levofloxacin", "and", "oral", "rifampicin", "for", "six", "more", "weeks", ",", "normalising", "the", "inflammatory", "parameters", "as", "well", "as", "the", "resolution", "of", "both", "the", "pneumonic", "process", "and", "the", "psoas", "abscess", ",", "with", "residual", "lesion", "image", "persisting", "at", "the", "L2-L3", "level", ".", "He", "was", "referred", "for", "follow-up", "to", "the", "Traumatology", "Spine", "Unit", ".", "Final", "diagnosis", "Necrotising", "pneumonia", "due", "to", "SAMS", ".", "Spondylodiscitis", "L2-L3", ".", "Psoas", "abscess", ".", "Nosocomial", "urinary", "tract", "infection", "due", "to", "E", ".", "faecium", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0 ]

[ { "text": "Legionella", "label": "SPECIES", "start": 2465, "end": 2475 }, { "text": "bacteriuria", "label": "SPECIES", "start": 2521, "end": 2532 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2997, "end": 3004 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3602, "end": 3609 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4279, "end": 4286 }, { "text": "Actinomyces spp", "label": "SPECIES", "start": 5231, "end": 5246 }, { "text": "Aspergillus spp", "label": "SPECIES", "start": 5418, "end": 5433 }, { "text": "Bacteroides spp", "label": "SPECIES", "start": 4880, "end": 4895 }, { "text": "Blastomyces dermatitidis", "label": "SPECIES", "start": 5331, "end": 5355 }, { "text": "Burkholderia pseudomallei", "label": "SPECIES", "start": 5140, "end": 5165 }, { "text": "Coccidioides spp", "label": "SPECIES", "start": 5357, "end": 5373 }, { "text": "Cryptococcus spp", "label": "SPECIES", "start": 5435, "end": 5451 }, { "text": "Entamoeba histolytica", "label": "SPECIES", "start": 5468, "end": 5489 }, { "text": "Fusobacterium spp", "label": "SPECIES", "start": 4900, "end": 4917 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 5258, "end": 5267 }, { "text": "Bacteria", "label": "SPECIES", "start": 5011, "end": 5019 }, { "text": "Streptococcus", "label": "SPECIES", "start": 4962, "end": 4975 }, { "text": "Streptococcus", "label": "SPECIES", "start": 5116, "end": 5129 }, { "text": "fungi", "label": "SPECIES", "start": 5300, "end": 5305 }, { "text": "fungi", "label": "SPECIES", "start": 5411, "end": 5416 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5692, "end": 5699 }, { "text": "parasites", "label": "SPECIES", "start": 5457, "end": 5466 }, { "text": "non-bacterial pathogens", "label": "SPECIES", "start": 5254, "end": 5277 }, { "text": "gram-negative bacilli", "label": "SPECIES", "start": 7797, "end": 7818 }, { "text": "bacteria", "label": "SPECIES", "start": 7695, "end": 7703 }, { "text": "pyogenic bacteria", "label": "SPECIES", "start": 7686, "end": 7703 }, { "text": "coagulase-negative staphylococci", "label": "SPECIES", "start": 7737, "end": 7769 }, { "text": "germ", "label": "SPECIES", "start": 7434, "end": 7438 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 9431, "end": 9439 }, { "text": "pathogen", "label": "SPECIES", "start": 7141, "end": 7149 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 7077, "end": 7088 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 10214, "end": 10217 }, { "text": "population", "label": "HUMAN", "start": 10227, "end": 10237 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 10633, "end": 10640 }, { "text": "Borrelia", "label": "SPECIES", "start": 11317, "end": 11325 }, { "text": "Brucella", "label": "SPECIES", "start": 11262, "end": 11270 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 11348, "end": 11351 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 11356, "end": 11359 }, { "text": "Yersinia", "label": "SPECIES", "start": 11272, "end": 11280 }, { "text": "toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 11184, "end": 11194 }, { "text": "Parvovirus B19", "label": "SPECIES", "start": 11196, "end": 11210 }, { "text": "hepatitis B", "label": "SPECIES", "start": 11227, "end": 11238 }, { "text": "lues", "label": "SPECIES", "start": 11337, "end": 11341 }, { "text": "Staphylococcus aureus", "label": "SPECIES", "start": 12905, "end": 12926 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 12758, "end": 12765 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 13349, "end": 13358 }, { "text": "SAMS", "label": "SPECIES", "start": 14074, "end": 14078 }, { "text": "E. faecium", "label": "SPECIES", "start": 14161, "end": 14171 } ]

[ "A", "30-year-old", "female", "patient", "attended", "the", "ECLA", "Foundation", "for", "a", "blood", "pressure", "check-up", ".", "She", "refers", "hypertension", "during", "pregnancy", ",", "she", "does", "not", "remember", "the", "treatment", ".", "She", "denies", "any", "other", "medical", "history", ",", "except", "for", "an", "appendectomy", "in", "adolescence", ".", "She", "denies", "smoking", "and", "alcoholism", ".", "She", "comes", "from", "Chaco", ".", "Anamnesis", "Rule", "out", "secondary", "hypertension", "Appearance", "of", "risk", "factors", "(", "DLP", ";", "DBT", ";", "Ob", ";", "CVD", ";", "TBQ", ",", "OH", ",", "sedentary", "lifestyle", ")", ".", "Previous", "treatments", ",", "AE", "to", "drugs", "Anamnesis", "PHYSICAL", "EXAM", "Blood", "Pressure", ":", "122", "/", "81", "mmHg", "at", "first", "reading", "and", "120", "/", "79", "mmHg", "at", "second", "reading", ".", "Heart", "rate", ":", "78", "bpm", "regular", "Weight", ":", "76", ".", "500", "kg", "Height", ":", "1", ".", "68", "m", "Waist", "circumference", ":", "109", "cm", "Hip", "circumference", ":", "102", "cm", "BMI", ":", "27kg", "/", "m2", "INITIAL", "LABORATORY", "Uricemia", ":", "6", ".", "4", "mg", "/", "dl", "Triglycerides", ":", "120", "mg", "/", "dl", "Sodium", ":", "140", "meq", "/", "l", "Potassium", ":", "4", ".", "1", "meq", "/", "L", "Albumin", "/", "creatinine", "index", ":", "greater", "than", "50", "mg", "/", "g", "Cr", "(", "IIa", ")", ".", "Glycosylated", "haemoglobin", ":", "5", "%", ".", "Haematocrit", ":", "48", "%", ".", "LDL", "180", "mg", "/", "dl", "HDL", ":", "71", ".", "1", "mg", "/", "dl", "Creatinine", ":", "1", ".", "9", "mg", "/", "dl", "Cholesterol", ":", "244", "mg", "/", "dl", "12-LEAD", "ECHOCARDIOGRAPHY", "Sinus", "rhythm", ",", "HR", "95", "bpm", ",", "narrow", "QRS", ",", "Electrical", "axis", "+", "45", "°", ",", "T", "negative", "asymmetric", "branch", "DIII", ",", "rest", "sp", ".", "GUIDE", "DATA", "Endemic", "focus", "for", "Chagas", "disease", "Renal", "insufficiency", "EE", "MDRD", "Cl", "Cr", "32", ".", "99", "ml", "/", "min", "/", "1", ".", "73m2", "Malb", "u", "+", "Dyslipemia", "Overweight", "and", "central", "obesity", "Female", "30", "a", "Romaña", "sign", "Chagoma", "inoculation", "DIAGNOSIS", "DIAGNOSIS", "OF", "ACUTE", "T", ".", "CRUZI", "INFECTION", "TREATMENT", "INDICATIONS", "FOR", "TRYPANOCIDAL", "TREATMENT", "Acute", "phase", "of", "any", "nature", "(", "including", "reactivation", "in", "immunocompromised", ")" ]

[ 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "female", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 20 }, { "text": "female patient", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 28 }, { "text": "adolescence", "label": "HUMAN", "start": 236, "end": 247 }, { "text": "Female", "label": "HUMAN", "start": 1256, "end": 1262 }, { "text": "T. CRUZI", "label": "SPECIES", "start": 1332, "end": 1340 } ]

[ "A", "40-year-old", "man", ",", "with", "no", "previous", "history", "of", "interest", ",", "with", "no", "habitual", "treatment", "or", "toxic", "habits", ",", "who", "consulted", "for", "symptoms", "of", "arthromyalgia", ",", "diplopia", "and", "night", "sweats", ",", "with", "a", "weight", "loss", "of", "8", "kg", "in", "the", "last", "4", "weeks", ".", "He", "works", "as", "a", "stockbreeder", "and", "farmer", ".", "Physical", "examination", "Physical", "examination", "was", "unremarkable", ",", "with", "fever", "of", "38", ".", "5oC", "one", "night", "only", ".", "There", "was", "a", "lesion", "on", "the", "left", "thigh", "compatible", "with", "a", "tick", "bite", "and", "paralysis", "of", "the", "right", "6th", "cranial", "nerve", "for", "72", "hours", "prior", "to", "admission", ".", "Complementary", "tests", "A", "simple", "blood", "test", ",", "chest", "X-ray", "and", "non-contrast", "cranial", "CT", "scan", "were", "performed", "in", "the", "emergency", "department", "and", "showed", "no", "abnormalities", ".", "Differential", "diagnosis", "-", "Infectious", "process", ":", "CBC", "and", "serology", "(", "including", "lupus", ",", "HIV", ",", "brucella", ",", "borrelia", ",", "rickettsia", ",", "chlamydia", "and", "toxoplasma", ")", ",", "blood", "cultures", ",", "urine", "cultures", ",", "stool", "cultures", ",", "mantoux", ",", "and", "lumbar", "puncture", "(", "biochemistry", ",", "bacterial", "cultures", ",", "fungi", "and", "mycobacteria", ",", "PCR", "herpes", "virus", "and", "serology", ",", "including", "tuberculosis", ")", ".", "A", "transesophageal", "echocardiogram", "was", "also", "performed", ".", "The", "results", "were", "negative", ".", "-", "Neuropathic", "process", ":", "negative", "electrophysiological", "study", ".", "-", "Paraneoplastic", "process", ":", "tumour", "markers", ",", "proteinogram", "and", "body-CT", "scan", "with", "normal", "results", "except", "for", "small", "renal", "infarctions", ".", "-", "Autoimmune", "process", ":", "ANA", ",", "antiDNA", ",", "C3", ",", "C4", ",", "HLA", "B27", ",", "HLA", "B51", "and", "IG", "quantification", "were", "normal", ".", "CT", "angiography", "of", "the", "aorta", "was", "normal", ".", "Cranial", "MRI", "with", "and", "without", "contrast", "was", "performed", ",", "where", "a", "thickening", "of", "the", "pituitary", "stalk", "was", "the", "only", "finding", ".", "Evolution", "of", "the", "case", "The", "patient", "'", "s", "evolution", "was", "torpid", ",", "with", "pain", "that", "did", "not", "subside", "with", "analgesia", "and", "febrile", "syndrome", ".", "He", "was", "treated", "empirically", "with", "Doxycycline", "and", "steroids", ",", "and", "subsequently", "with", "Ceftriaxone", "and", "Ciprofloxacin", ",", "with", "no", "improvement", "in", "the", "clinical", "picture", ".", "A", "few", "days", "later", ",", "he", "presented", "with", "acute", "hepatitis", "and", "pancreatitis", ",", "together", "with", "severe", "thrombopenia", "(", "4300", "/", "mm3", ")", "and", "marked", "polyuria", "and", "thirst", ".", "Abdominal", "ultrasound", "was", "normal", ".", "A", "bone", "biopsy", "of", "the", "iliac", "crest", "was", "performed", ",", "confirming", "the", "diagnosis", ":", "mature", "acute", "lymphoblastic", "leukaemia", "B", ",", "L3", "(", "ALL", ")", ".", "After", "a", "multidisciplinary", "assessment", "of", "the", "patient", ",", "primary", "digestive", "pathology", "was", "ruled", "out", ",", "with", "a", "diagnosis", "of", "infiltrative", "hepatitis", "and", "pancreatitis", ",", "as", "well", "as", "diabetes", "insipidus", ",", "paralysis", "of", "the", "VI", "pair", "and", "renal", "infarcts", ",", "secondary", "to", "the", "infiltration", ".", "Intrathecal", "chemotherapy", "treatment", "was", "started", "with", "rapid", "and", "favourable", "evolution", "of", "the", "patient", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0 ]

[ { "text": "farmer", "label": "HUMAN", "start": 252, "end": 258 }, { "text": "tick", "label": "SPECIES", "start": 413, "end": 417 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 741, "end": 744 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 897, "end": 906 }, { "text": "borrelia", "label": "SPECIES", "start": 756, "end": 764 }, { "text": "brucella", "label": "SPECIES", "start": 746, "end": 754 }, { "text": "chlamydia", "label": "SPECIES", "start": 778, "end": 787 }, { "text": "fungi", "label": "SPECIES", "start": 917, "end": 922 }, { "text": "mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 927, "end": 939 }, { "text": "rickettsia", "label": "SPECIES", "start": 766, "end": 776 }, { "text": "toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 792, "end": 802 }, { "text": "herpes virus", "label": "SPECIES", "start": 945, "end": 957 }, { "text": "tuberculosis", "label": "SPECIES", "start": 982, "end": 994 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1545, "end": 1552 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2149, "end": 2156 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2459, "end": 2466 } ]

[ "JRLD", ",", "40", "years", "old", ",", "male", ",", "from", "the", "city", "of", "Coari", "(", "AM", ")", ".", "In", "April", "2007", ",", "he", "presented", "with", "fever", ",", "anorexia", "and", "myalgia", ".", "Approximately", "during", "this", "period", ",", "an", "outbreak", "of", "RCT", "was", "identified", "with", "25", "cases", "in", "the", "municipality", "of", "Coari", ",", "probably", "related", "to", "the", "ingestion", "of", "açai", "juice", ";", "the", "patient", "reported", "having", "ingested", "açai", "from", "the", "same", "locality", "where", "the", "outbreak", "occurred", ",", "and", "required", "care", "in", "Manaus", ",", "where", "he", "was", "diagnosed", "with", "RCT", "due", "to", "a", "thick", "drop", "positive", "for", "T", ".", "cruzi", ".", "The", "electrocardiogram", "showed", "right", "bundle", "branch", "block", "and", "the", "echocardiogram", "was", "normal", ".", "After", "etiological", "treatment", ",", "the", "right", "bundle", "branch", "block", "disappeared", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 20, "end": 24 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 282, "end": 289 }, { "text": "T. cruzi", "label": "SPECIES", "start": 466, "end": 474 } ]

[ "A", "34-year-old", "woman", "came", "to", "the", "emergency", "department", "with", "dyspnoea", ",", "general", "malaise", "and", "pruritic", "skin", "rash", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "iron", "deficiency", "anaemia", ".", "She", "has", "a", "child", "with", "chickenpox", ".", "Suspicion", "of", "varicella", "and", "after", "a", "chest", "X-ray", "(", "the", "findings", "on", "the", "X-ray", "were", "overlooked", "by", "the", "attending", "clinician", ")", ",", "specific", "treatment", "and", "home", "rest", "were", "decided", ".", "Two", "days", "later", "she", "came", "in", "for", "increased", "dyspnoea", "and", "a", "feeling", "of", "extreme", "fatigue", ".", "An", "emergency", "radiologist", "was", "consulted", "and", "after", "reviewing", "the", "previous", "X-ray", ",", "it", "was", "decided", "to", "perform", "a", "chest", "CT", "scan", "in", "view", "of", "the", "clinical", "worsening", ".", "The", "CT", "scan", "showed", "multiple", "nodular", "opacities", "with", "diameters", "between", "5-10", "mm", "surrounded", "by", "a", "low-attenuation", "halo", ",", "i", ".", "e", ".", "with", "a", "\"", "halo", "sign", "\"", "distributed", "in", "both", "hemithoraxes", ",", "with", "a", "greater", "number", "and", "size", "in", "the", "upper", "lobes", "and", "some", "of", "them", "with", "a", "tendency", "to", "coalesce", ",", "without", "cavitation", "or", "calcification", ".", "Given", "the", "patient", "'", "s", "familial", "epidemiology", ",", "clinical", "manifestations", "and", "imaging", "findings", ",", "the", "most", "likely", "diagnosis", "is", "viral", "bronchopneumonia", "secondary", "to", "varicella-zoster", ",", "with", "pulmonary", "opacities", "probably", "corresponding", "to", "pseudo-infiltrates", "with", "perilesional", "bleeding", "(", "halo", "sign", ")", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 19 }, { "text": "child", "label": "HUMAN", "start": 167, "end": 172 }, { "text": "chickenpox", "label": "SPECIES", "start": 178, "end": 188 }, { "text": "radiologist", "label": "HUMAN", "start": 453, "end": 464 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 913, "end": 920 }, { "text": "varicella-zoster", "label": "SPECIES", "start": 1057, "end": 1073 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 1021, "end": 1026 } ]

[ "A", "71-year-old", "patient", ",", "with", "a", "history", "of", "mycosis", "fungoides", "under", "treatment", ",", "consulted", "for", "abdominal", "pain", ",", "vomiting", "and", "diarrhoea", "of", "one", "week", "'", "s", "evolution", "with", "a", "weight", "loss", "of", "10kg", ".", "Examination", "revealed", "a", "distended", "abdomen", "with", "generalised", "pain", "on", "palpation", ",", "predominantly", "in", "the", "right", "iliac", "fossa", ",", "with", "no", "signs", "of", "peritoneal", "irritation", ".", "In", "view", "of", "the", "patient", "'", "s", "poor", "clinical", "condition", ",", "it", "was", "decided", "to", "perform", "an", "abdominal", "CT", "scan", ".", "This", "identified", "circumferential", "thickening", "of", "a", "long", "segment", "of", "the", "distal", "ileum", ",", "with", "dilatation", "of", "the", "lumen", ",", "associated", "with", "extension", "to", "the", "adjacent", "mesenteric", "fatty", "tissue", ".", "Sigma", ",", "terminal", "ileum", "and", "descending", "colon", "appear", "collapsed", "with", "dilated", "proximal", "small", "bowel", "loops", ".", "In", "addition", ",", "in", "the", "right", "iliac", "fossa", ",", "a", "6", "cm", "adenopathic", "conglomerate", "is", "identified", "in", "continuity", "with", "the", "described", "mass", ".", "These", "findings", "are", "indicative", "of", "small", "bowel", "obstruction", "at", "the", "level", "of", "the", "ileum", "secondary", "to", "mass", "growth", "in", "the", "pelvis", ".", "Given", "the", "finding", "of", "an", "intestinal", "mass", ",", "epidemiologically", ",", "adenocarcinoma", "is", "the", "first", "possibility", ".", "However", ",", "the", "form", "of", "presentation", "in", "the", "form", "of", "circumferential", "thickening", ",", "with", "homogeneous", "density", "and", "producing", "dilatation", "of", "the", "intestinal", "wall", ",", "are", "typical", "radiological", "characteristics", "of", "intestinal", "lymphoma", ".", "Also", ",", "in", "contrast", "to", "adenocarcinoma", ",", "these", "neoplasms", "frequently", "involve", "regional", "lymph", "nodes", ".", "Although", "it", "is", "true", "that", "lymphomas", "do", "not", "usually", "cause", "obstruction", "until", "advanced", "stages", ",", "the", "semiological", "characteristics", "described", ",", "together", "with", "the", "patient", "'", "s", "history", "of", "mycosis", "fungoides", ",", "supported", "the", "diagnosis", "of", "intestinal", "lymphoma", "as", "a", "first", "possibility", ".", "Subsequently", ",", "the", "anatomical", "pathology", "study", "confirmed", "our", "suspicion", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 21 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 354, "end": 361 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1529, "end": 1536 } ]

[ "Patient", "aged", "76", "years", ",", "with", "a", "history", "of", "thalassaemia", "minor", ",", "type", "2", "diabetes", "mellitus", ",", "adequately", "controlled", "with", "low", "doses", "of", "oral", "antidiabetics", "(", "Hb", "1AC", "6", ".", "8", ")", ".", "He", "had", "an", "appendectomy", "in", "his", "youth", "and", "a", "testicular", "hydrocele", "surgery", ".", "The", "patient", "was", "admitted", "due", "to", "a", "15-year", "history", "of", "incapacitating", "syncope", "and", "orthostatic", "syncope", ",", "which", "had", "even", "functionally", "limited", "him", "in", "recent", "years", ",", "to", "the", "point", "of", "preventing", "him", "from", "going", "out", "in", "the", "street", ".", "He", "was", "partially", "studied", "for", "this", "reason", "in", "1996", ".", "In", "this", "study", ",", "a", "complete", "paroxysmal", "AV", "block", "was", "found", ",", "which", "was", "initially", "interpreted", "as", "the", "cause", "of", "the", "symptoms", ",", "so", "that", "a", "VDD", "pacemaker", "was", "inserted", "without", "the", "patient", "'", "s", "symptoms", "having", "completely", "subsided", ".", "It", "was", "decided", "to", "extend", "the", "study", "at", "the", "time", ",", "and", "an", "echocardiogram", "was", "performed", ",", "which", "except", "for", "a", "slight", "hypertrophy", "of", "the", "left", "ventricle", "showed", "no", "other", "alterations", ",", "as", "well", "as", "an", "abdominal", "CT", "scan", ",", "which", "was", "normal", ".", "The", "neurological", "examination", "was", "normal", "at", "the", "time", ".", "The", "patient", "was", "discharged", "with", "the", "diagnosis", "of", "idiopathic", "orthostatic", "syncope", ",", "and", "treatment", "was", "started", "with", "etilefrin", ",", "spironolactone", "and", "fludocortisone", ".", "The", "patient", ",", "however", ",", "did", "not", "improve", "his", "symptoms", ",", "presenting", "syncope", "on", "orthostasis", "almost", "daily", ",", "with", "frequent", "trauma", ",", "together", "with", "a", "state", "of", "presyncope", "maintained", "while", "the", "patient", "remained", "seated", ".", "Given", "the", "incapacitating", "symptoms", ",", "it", "was", "decided", "to", "admit", "the", "patient", "to", "complete", "the", "study", "and", "adjust", "the", "treatment", ".", "In", "the", "anamnesis", ",", "in", "addition", "to", "the", "syncope", ",", "the", "patient", "only", "reported", "nocturia", "4-5", "times", "a", "day", ",", "and", "diarrhoea", "of", "4-5", "abundant", "watery", "stools", ",", "without", "pathological", "products", ",", "of", "about", "ten", "years", "of", "evolution", ",", "not", "accompanied", "by", "weight", "loss", "or", "toxic", "symptoms", ".", "The", "anamnesis", "by", "organs", "and", "apparatus", "was", "negative", ".", "Physical", "examination", "revealed", "a", "significant", "drop", "in", "BP", "on", "sitting", "compared", "to", "lying", "down", ",", "from", "around", "120", "/", "80", "mm", "Hg", "to", "60", "/", "40", "mm", "Hg", ",", "with", "no", "other", "manifestations", "other", "than", "an", "intense", "pre-syncopal", "sensation", ".", "During", "these", "episodes", ",", "the", "patient", "had", "no", "sweating", "or", "compensatory", "tachycardia", ".", "Physical", "examination", "only", "showed", "some", "behavioural", "disinhibition", "of", "the", "patient", ",", "not", "accompanied", "by", "signs", "of", "frontal", "release", ".", "The", "rest", "of", "the", "neurological", "and", "general", "examination", "was", "normal", ".", "The", "following", "complementary", "tests", "were", "performed", "for", "the", "study", "of", "the", "patient", ":", "biochemistry", ":", "glucose", "127", ";", "cre", "1", ".", "16", ";", "total", "proteins", "7", ";", "albumin", "3", ".", "78", ";", "calcium", "9", ".", "9", ";", "phosphorus", "2", ".", "9", ";", "uric", "acid", "8", ";", "cholesterol", "125", ";", "triglycerides", "174", ";", "sodium", "140", ";", "potassium", "4", ".", "76", ".", "CBC", ":", "leukocytes", "6", ",", "740", "(", "normal", "formula", ")", ";", "red", "blood", "cells", "4", ".", "34", ";", "Hb", "9", ".", "7", ";", "MCV", "68", ".", "7", ";", "platelets", "169", ",", "000", ".", "Liver", "profile", ":", "normal", ".", "Vitamin", "B12", "levels", "925", "and", "folic", "acid", "16", ".", "Hormonal", "study", ":", "prolactin", "10", ".", "4", ";", "FSH", "9", ".", "2", ";", "LH", "7", ".", "3", ";", "testosterone", "277", ";", "night", "cortisol", "9", ";", "basal", "cortisol", "38", ";", "rhythm", "cortisol", "76", "%", ";", "total", "porphyrins", "<", "200", ";", "aldolase", "3", ".", "Electrophoretic", "spectrum", ":", "albumin", "53", ".", "8", "%", ";", "alpha1", "3", ".", "3", "%", ";", "alpha2", "15", ".", "3", "%", ";", "beta", "13", ".", "7", "%", ";", "gamma", "13", ".", "9", "%", ".", "Blood", "in", "stool", ":", "negative", ".", "Cranial", "CT", "scan", ":", "The", "study", "showed", "signs", "of", "diffuse", "atrophy", "in", "relation", "to", "the", "patient", "'", "s", "age", ",", "with", "no", "other", "relevant", "findings", ".", "Colonoscopy", ":", "No", "lesions", "were", "seen", "in", "the", "areas", "visualised", ".", "Biopsies", "were", "taken", "from", "the", "proximal", "descending", "colon", "to", "rule", "out", "macroscopic", "colitis", ".", "Small", "diverticular", "orifices", "throughout", "the", "colon", ".", "Biopsy", "of", "colorectal", "mucosa", ":", "usual", "characteristics", ".", "Specific", "staining", "for", "amyloid", "was", "performed", "and", "was", "negative", ".", "Echocardiogram", ":", "hypertrophic", "left", "ventricle", "with", "systolic", "function", "at", "low", "limits", "of", "normality", "with", "slight", "global", "hypokinesia", ".", "Mild", "mitral", "insufficiency", ".", "No", "evidence", "of", "amyloidosis", ".", "Arrhythmological", "study", ":", "VDD", "pacemaker", "with", "single", "lead", ",", "normofunctioning", ".", "The", "pacing", "rate", "was", "reduced", "without", "obtaining", "ventricular", "rhythm", "(", "complete", "AV", "block", "with", "ventricular", "pacing", "at", "40", "bpm", ")", ".", "Cold", "pressure", "test", ":", "BP", "with", "the", "patient", "in", "decubitus", "position", "112", "/", "68", ".", "After", "30", "\"", "with", "hand", "on", "ice", ":", "BP", "108", "/", "56", ".", "HIV", "serology", ":", "Negative", ".", "Chest", "X-ray", ":", "No", "significant", "findings", ".", "Abdominopelvic", "CT", "scan", ":", "No", "significant", "lesions", ".", "Plasma", "catecholamine", "levels", "in", "decubitus", "and", "seated", "position", ":", "low", "basal", "levels", ",", "without", "the", "expected", "elevation", "in", "seated", "position", ".", "Urine", "catecholamine", "levels", ":", "low", ".", "Given", "the", "normality", "of", "the", "complementary", "tests", ",", "the", "diagnosis", "of", "pure", "autonomic", "failure", "is", "established", ",", "withdrawing", "the", "hypotensive", "drugs", "from", "the", "treatment", ",", "maintaining", "only", "etilefrine", "and", "fludocortisone", ",", "together", "with", "symptomatic", "measures", ",", "subjectively", "improving", "the", "patient", "." ]

[ 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0 ]

[ { "text": "Patient", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 7 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 236, "end": 243 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 669, "end": 676 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 998, "end": 1005 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1156, "end": 1163 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1331, "end": 1338 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1419, "end": 1426 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1525, "end": 1532 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2017, "end": 2024 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2141, "end": 2148 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2330, "end": 2337 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3036, "end": 3043 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3802, "end": 3809 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 3879, "end": 3882 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4422, "end": 4429 } ]

[ "This", "is", "a", "32-year-old", "patient", "with", "no", "history", "of", "significant", "allergy", ",", "working", "on", "the", "restoration", "of", "a", "school", "building", "in", "the", "parish", "of", "Santa", "Rosalía", "in", "Caracas", ",", "Venezuela", ",", "with", "no", "history", "of", "previous", "accidents", "with", "these", "insects", ",", "who", "consulted", "about", "4", "h", "after", "a", "black", "ant", "bite", ".", "He", "immediately", "developed", "symptoms", "of", "urticaria", ",", "localised", "in", "the", "right", "forearm", "region", ",", "with", "intense", "pruritus", "and", "general", "malaise", "and", "hypotension", "(", "80", "/", "50", "mm", "Hg", ")", ".", "The", "patient", "reported", "no", "previous", "episodes", "of", "adverse", "reactions", "to", "bites", "by", "other", "hymenopteran", "species", ".", "The", "ants", "were", "subsequently", "identified", "and", "classified", "as", "the", "species", "Odontomachus", "bauri", ".", "The", "bite", "presented", "as", "an", "immediate", "skin", "reaction", ",", "characterised", "by", "an", "erythematous", "(", "urticarial", ")", "papule", "measuring", "16", "x", "6", "cm", ",", "surrounded", "by", "a", "halo", ",", "with", "a", "central", "depression", "or", "punctum", ",", "accompanied", "by", "tingling", "or", "uncomfortable", "skin", "irritation", "causing", "a", "desire", "to", "scratch", "the", "affected", "area", ",", "followed", "by", "a", "burning", "sensation", ",", "numbness", "or", "pruritus", ".", "Physical", "examination", "revealed", "intense", "oedema", "around", "the", "bite", "site", ",", "covering", "the", "entire", "anterior", "part", "of", "the", "right", "forearm", ",", "with", "peripheral", "erythema", ".", "The", "lesion", "developed", "was", "extremely", "pruritic", ".", "Intradermal", "tests", "with", "hymenopteran", "venom", "(", "Vespula", "sp", ".", ",", "Polistes", "sp", ".", "and", "Apis", "mellifera", ")", "were", "negative", ".", "For", "treatment", "an", "intramuscular", "ampoule", "of", "hydrocortisone", "sodium", "succinate", "(", "100", "mg", "/", "stat", ")", "and", "the", "systemic", "antihistamine", "Loratadine", "(", "10", "mg", "/", "tablet", ")", "one", "tablet", "daily", "for", "5", "d", "were", "administered", ".", "The", "patient", "had", "an", "episode", "of", "moderate", "urticaria", "after", "being", "bitten", "by", "an", "ant", "(", "O", ".", "bauri", ")", "while", "doing", "masonry", "work", "near", "a", "nest", "of", "these", "insects", ".", "This", "ant", "can", "become", "a", "major", "health", "risk", "in", "tropical", "and", "subtropical", "areas", ".", "The", "current", "case", ",", "with", "no", "previous", "known", "history", "of", "ant", "accident", ",", "had", "a", "rapid", "and", "intense", "evolution", ",", "starting", "with", "a", "typical", "ant", "bite", "or", "sting", ",", "but", "with", "a", "huge", "allergic", "reaction", "affecting", "the", "skin", ".", "On", "physical", "examination", ",", "no", "other", "symptoms", "were", "detected", ",", "which", "could", "raise", "suspicion", "of", "generalised", "anaphylaxis", ",", "despite", "a", "hypotensive", "condition", ",", "which", "normalised", "(", "120", "/", "75", "mmHg", ")", ",", "after", "administration", "of", "hydrocortisone", ".", "However", ",", "the", "patient", "was", "warned", "that", "further", "contact", "with", "these", "ants", "could", "cause", "a", "more", "severe", "clinical", "picture", ",", "such", "as", "angioneurotic", "oedema", "or", "anaphylactic", "shock", ";", "he", "was", "advised", "to", "keep", "antihistamines", "with", "him", "at", "all", "times", "for", "the", "initial", "treatment", "of", "another", "accident", ".", "It", "is", "intended", "to", "demonstrate", "in", "this", "clinical", "report", "that", "S", ".", "invicta", "and", "S", ".", "richteri", "are", "not", "unique", "in", "their", "ability", "to", "cause", "serious", "allergic", "reactions", "on", "the", "continent", ".", "A", "diverse", "group", "of", "ant", "species", "belonging", "to", "6", "different", "subfamilies", "(", "Formicinae", ",", "Myrmeciinae", ",", "Ponerinae", ",", "Ectatomminae", ",", "Myrmicinae", "and", "Pseudomyrmecinae", ")", "and", "10", "genera", "(", "Solenopsis", ",", "Formica", ",", "Myrmecia", ",", "Tetramorium", ",", "Pogonomyrmex", ",", "Pachycondyla", ",", "Rhytidoponera", ",", "Pseudomyrmex", ",", "and", "Hypoponera", ")", ",", "and", "now", "Odontomachus", ",", "demonstrate", "this", "ability", ".", "The", "knowledge", "that", "these", "species", "of", "wild", "ants", ",", "native", "or", "imported", ",", "could", "cause", "serious", "reactions", "in", "patients", "should", "result", "in", "the", "most", "rapid", "evaluation", "and", "emergency", "treatment", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "species Odontomachus bauri", "label": "SPECIES", "start": 601, "end": 627 }, { "text": "hymenopteran species", "label": "SPECIES", "start": 519, "end": 539 }, { "text": "insects", "label": "SPECIES", "start": 221, "end": 228 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 29 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 442, "end": 449 }, { "text": "black ant", "label": "SPECIES", "start": 262, "end": 271 }, { "text": "ants", "label": "SPECIES", "start": 545, "end": 549 }, { "text": "ant", "label": "SPECIES", "start": 268, "end": 271 }, { "text": "Odontomachus", "label": "SPECIES", "start": 609, "end": 621 }, { "text": "Vespula sp", "label": "SPECIES", "start": 1210, "end": 1220 }, { "text": "Polistes sp", "label": "SPECIES", "start": 1223, "end": 1234 }, { "text": "Apis mellifera", "label": "SPECIES", "start": 1240, "end": 1254 }, { "text": "insects", "label": "SPECIES", "start": 1596, "end": 1603 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1465, "end": 1472 }, { "text": "ant", "label": "SPECIES", "start": 1535, "end": 1538 }, { "text": "ant", "label": "SPECIES", "start": 1610, "end": 1613 }, { "text": "O. bauri", "label": "SPECIES", "start": 1540, "end": 1548 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2111, "end": 2118 }, { "text": "ants", "label": "SPECIES", "start": 2162, "end": 2166 }, { "text": "ant", "label": "SPECIES", "start": 1733, "end": 1736 }, { "text": "ant", "label": "SPECIES", "start": 1806, "end": 1809 }, { "text": "ant species", "label": "SPECIES", "start": 2562, "end": 2573 }, { "text": "genera", "label": "SPECIES", "start": 2702, "end": 2708 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 2976, "end": 2984 }, { "text": "ants", "label": "SPECIES", "start": 2917, "end": 2921 }, { "text": "ant", "label": "SPECIES", "start": 2562, "end": 2565 }, { "text": "S. invicta", "label": "SPECIES", "start": 2430, "end": 2440 }, { "text": "S. richteri", "label": "SPECIES", "start": 2445, "end": 2456 }, { "text": "Formicinae", "label": "SPECIES", "start": 2612, "end": 2622 }, { "text": "Solenopsis", "label": "SPECIES", "start": 2710, "end": 2720 }, { "text": "Formica", "label": "SPECIES", "start": 2722, "end": 2729 }, { "text": "Pogonomyrmex", "label": "SPECIES", "start": 2754, "end": 2766 }, { "text": "subfamilies", "label": "SPECIES", "start": 2599, "end": 2610 }, { "text": "Myrmeciinae", "label": "SPECIES", "start": 2624, "end": 2635 }, { "text": "Ponerinae", "label": "SPECIES", "start": 2637, "end": 2646 }, { "text": "Ectatomminae", "label": "SPECIES", "start": 2648, "end": 2660 }, { "text": "Myrmicinae", "label": "SPECIES", "start": 2662, "end": 2672 }, { "text": "Pseudomyrmecinae", "label": "SPECIES", "start": 2677, "end": 2693 }, { "text": "Myrmecia", "label": "SPECIES", "start": 2731, "end": 2739 }, { "text": "Tetramorium", "label": "SPECIES", "start": 2741, "end": 2752 }, { "text": "Pachycondyla", "label": "SPECIES", "start": 2768, "end": 2780 }, { "text": "Rhytidoponera", "label": "SPECIES", "start": 2782, "end": 2795 }, { "text": "Pseudomyrmex", "label": "SPECIES", "start": 2797, "end": 2809 }, { "text": "Hypoponera", "label": "SPECIES", "start": 2815, "end": 2825 }, { "text": "Odontomachus", "label": "SPECIES", "start": 2836, "end": 2848 } ]

[ "", "A", "29-year-old", "woman", "with", "a", "history", "of", "gastric", "bypass", "a", "year", "earlier", "and", "a", "family", "history", "of", "diabetes", "(", "aunts", "with", "type", "2", "diabetes", ";", "a", "cousin", "with", "type", "1", "diabetes", "diagnosed", "at", "7", "years", "of", "age", ")", ".", "She", "presented", "two", "months", "earlier", "(", "20", "March", "2020", ")", "with", "severe", "asthenia", ",", "fever", ",", "stiffness", "and", "dyspnoea", ".", "She", "then", "presented", "with", "anosmia", "and", "ageusia", ",", "with", "anorexia", "(", "25", "March", ")", ".", "She", "was", "admitted", "to", "the", "emergency", "department", "and", "symptomatic", "treatment", "was", "started", "for", "suspected", "COVID-19", "infection", "and", "she", "was", "discharged", "(", "blood", "glucose", "was", "normal", ")", ".", "Two", "weeks", "later", ",", "she", "was", "symptom-free", ".", "However", ",", "one", "month", "after", "her", "first", "COVID-19", "symptoms", "(", "24", "April", ")", ",", "she", "presented", "with", "acute", "polyuria-polydipsia", ".", "Diabetes", "mellitus", "was", "diagnosed", "(", "12", "May", ")", "with", "a", "blood", "glucose", "of", "3", ".", "7", "g", "/", "l", "(", "20", ".", "5", "mmol", "/", "l", ")", ",", "non-significant", "ketosis", "(", "0", ".", "7", "mmol", "/", "l", ")", "and", "normal", "bicarbonate", "value", "(", "26", "mmol", "/", "l", ")", ".", "The", "HbA1c", "value", "was", "1", ".", "8", "%", "(", "105", "mmol", "/", "mol", ")", ".", "His", "weight", "was", "120", "kg", "before", "gastric", "bypass", "and", "65", "kg", "before", "COVID-19", "and", "57", "kg", "(", "BMI", "21", ".", "5kg", "/", "m2", ")", "at", "the", "time", "of", "diagnosis", "of", "diabetes", ".", "The", "diabetes", "required", "insulin", "immediately", ",", "and", "was", "treated", "with", "a", "basal", "bolus", "regimen", ".", "He", "had", "no", "metabolic", "comorbidities", "and", "markers", "were", "normal", "(", "no", "hypertension", ",", "negative", "C-reactive", "protein", "(", "<", "0", ".", "6mg", "/", "l", ",", "Hdlc", "0", ".", "46g", "/", "l", ",", "Ldlc", "0", ".", "43g", "/", "l", ",", "triglycerides", "0", ".", "42g", "/", "l", ",", "normal", "ALT", ",", "AST", ",", "gGT", "and", "ferritin", ",", "no", "hepatic", "steatosis", "on", "CT", ")", ".", "Lipase", "and", "TSH", "values", "were", "normal", ";", "pancreatic", "CT", "was", "normal", ".", "C-peptide", "was", "low", "at", "0", ".", "07", "pmol", "/", "ml", "(", "normal", "values", "between", "0", ".", "37", "and", "1", ".", "47", ")", ".", "Antibodies", "against", "pancreatic", "beta", "cells", "were", "tested", "and", ",", "finally", ",", "anti-glutamic", "acid", "decarboxylase-65", "autoantibodies", "(", "GAD-65A", ",", "93", "IU", "/", "ml", ",", "N", "<", "17", ")", "were", "positive", "for", "immune", "type", "1", "diabetes", ",", "while", "anti-tyrosine", "phosphatase", "IA2", "and", "anti-zinc", "transporter-8", "antibodies", "were", "negative", ".", "SARS-CoV-2", "serology", "was", "positive", ",", "confirming", "COVID-19", "infection", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 75, "end": 81 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 20 }, { "text": "cousin", "label": "HUMAN", "start": 133, "end": 139 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 1753, "end": 1763 } ]

[ "Three", "year", "old", "patient", ".", "No", "remarkable", "perinatal", "history", ".", "Normal", "weight-bearing", "and", "psychomotor", "development", ".", "Vaccinated", "according", "to", "schedule", ".", "Episode", "of", "mild", "bronchiolitis", "at", "5", "months", ".", "Good", "evolution", "with", "outpatient", "treatment", ".", "At", "18", "months", "of", "age", "he", "began", "recurrent", "wheezing", "and", "saturation", "drops", ",", "treated", "with", "inhaled", "Ventolin", "and", "oral", "corticosteroids", "in", "some", "episodes", ".", "At", "two", "years", "of", "age", "he", "was", "admitted", "for", "spastic", "bronchitis", "with", "poor", "response", "to", "outpatient", "treatment", ":", "inhaled", "beta-2", "in", "chamber", "and", "oral", "corticosteroids", ".", "Sudden", "drop", "in", "saturation", ".", "Afebrile", "Nasopharyngeal", "smear", ":", "negative", "for", "RSV", ",", "adenovirus", ",", "influenza", "A", "virus", "and", "influenza", "B", "virus", ".", "CRP", ":", "11", "mg", "/", "L", ".", "Chest", "X-ray", ":", "normal", ".", "He", "was", "treated", "with", "nebulised", "Ventolin", "for", "three", "days", ".", "He", "evolved", "well", "and", "was", "discharged", ".", "He", "started", "preventive", "inhaled", "therapy", "with", "budesonide", "400", "mcg", "/", "day", ".", "Twenty", "days", "after", "discharge", "he", "presented", "with", "an", "intense", "emetic", "cough", ",", "with", "rhonchi", "and", "bilateral", "crackles", ".", "Afebrile", ".", "Poor", "response", "to", "inhaled", "therapy", ".", "Clinical", "and", "cardiopulmonary", "auscultation", "improved", "with", "oral", "antibiotic", ":", "amoxicillin", "80mg", "/", "kg", "/", "day", "for", "10", "days", ".", "Preventive", "therapy", "with", "inhaled", "budesonide", "is", "maintained", ".", "Episodes", "of", "intermittent", "productive", "cough", "of", "variable", "duration", "(", "10-14", "days", ")", "for", "5", "months", ",", "treated", "with", "inhaled", "therapy", "with", "very", "irregular", "evolution", ",", "are", "recorded", "in", "the", "clinical", "history", ".", "SECOND", "ADMISSION", "Five", "months", "after", "the", "first", "admission", ",", "he", "presented", "a", "high", "fever", "of", "5", "days", "'", "evolution", "with", "intense", "cough", "and", "crackles", "in", "the", "lung", "bases", ",", "and", "antibiotic", "therapy", "with", "amoxicillin-clavulanic", "acid", "was", "started", ".", "Two", "days", "later", "he", "was", "seen", "again", "with", "fever", "and", "hypoxaemia", ".", "He", "was", "referred", "to", "a", "hospital", "for", "assessment", "and", "was", "admitted", "for", "hypoxaemia", ".", "Chest", "X-ray", "on", "admission", "with", "bilateral", "bronchial", "infiltrates", "and", "right", "basal", "consolidation", ".", "CRP", ":", "11", ".", "5", "mg", "/", "L", ",", "PCT", ":", "0", ".", "259", "ng", "/", "mL", ".", "Anti", "Epstein", "barr", "IgM", "positive", ",", "Mycoplasma", "pneumoniae", "IgM", "doubtful", ",", "Chlamydia", "Ig", "M", "and", "IgG", "Negative", ";", "Coxiella", "burnetti", "F2", "IgM", "positive", "(", "Verbally", "reported", "as", "most", "likely", "false", "positive", ")", ";", "Legionella", "IgG", "and", "IgM", "negative", ".", "Adenovirus", "and", "Enterovirus", "positive", ".", "Other", "viruses", "negative", ".", "PCR", ":", "11", ".", "5", "mg", "/", "L", ",", "PCT", ":", "0", ".", "259", "ng", "/", "ml", ".", "Antibiotic", "therapy", "was", "withdrawn", "during", "admission", ".", "Fever", "subsided", "within", "48", "hours", "and", "he", "responded", "well", "to", "oxygen", "therapy", "and", "inhaled", "beta-2", ".", "He", "was", "discharged", "with", "a", "diagnosis", "of", "viral", "pneumonia", ".", "Twenty", "days", "after", "discharge", ",", "productive", "cough", "persisted", ".", "He", "received", "a", "new", "course", "of", "oral", "amoxicillin", "(", "10", "days", ")", ",", "with", "disappearance", "of", "cough", "and", "no", "alterations", "in", "pulmonary", "auscultation", ".", "Outpatient", "Mantoux", "test", "and", "first", "level", "screening", "for", "recurrent", "infections", "were", "performed", ":", "Haemogram", ",", "biochemistry", ",", "Igs", "levels", ",", "complement", ",", "with", "no", "notable", "alterations", ".", "Due", "to", "his", "history", "of", "pneumonia", "and", "evolution", "after", "discharge", "with", "cough", "and", "altered", "pulmonary", "auscultation", ",", "the", "chest", "X-ray", "was", "repeated", "one", "and", "a", "half", "months", "after", "admission", ".", "Persistent", "right", "basal", "condensation", "and", "rail", "images", "suggestive", "of", "bronchiectasis", "were", "observed", ".", "He", "was", "referred", "to", "the", "pulmonology", "department", ",", "which", "completed", "the", "study", "with", "a", "CAT", "scan", "(", "high-resolution", "CT", ")", ":", "central", "bronchial", "obstructions", "were", "observed", "in", "the", "middle", "lobe", "and", "medial", "segments", "of", "the", "right", "lower", "lobe", "and", "anteromedial", "segments", "of", "the", "left", "lower", "lobe", ",", "with", "postobstructive", "bronchiectasis", "and", "air", "trapping", ".", "Given", "the", "results", "of", "the", "CAT", "scan", ",", "they", "decided", "to", "perform", "fibrobronchoscopy", ".", "Bronchoalveolar", "lavage", "culture", ":", "Haemophilus", "influenzae", "(", "sensitive", "to", "amoxicillin-clavulanic", "acid", ")", ".", "Mycobacteria", "and", "fungi", ":", "negative", ".", "Antibiotherapy", "with", "amoxicillin-clavulanic", "acid", "for", "14", "days", ".", "Lymphocyte", "subpopulations", "and", "immunoglobulin", "subclasses", ":", "normal", ".", "Aspergillus-specific", "Ig", "E", ":", "negative", ".", "Sweat", "test", ":", "24", "mmol", "/", "L", "(", "normal", ")", ".", "Vaccine", "response", ":", "pneumococcus", ",", "tetanus", ",", "Haemophilus", ":", "normal", ".", "Complement", "study", ":", "CH-50", "38", ".", "1", "IU", "/", "ml", ";", "C-3", "113", "mlgrs", "/", "100", ";", "C-4", "28", "mlgrs", "/", "100", ":", "normal", ".", "He", "received", "a", "dose", "of", "13-valent", "pneumococcal", "vaccine", "followed", "by", "a", "dose", "of", "23-valent", "pneumococcal", "vaccine", "two", "months", "later", ".", "At", "present", "he", "is", "undergoing", "respiratory", "physiotherapy", "as", "the", "only", "basic", "treatment", ".", "She", "has", "presented", "new", "episodes", "of", "productive", "cough", "without", "fever", "with", "response", "to", "beta", "2", "inhaled", "on", "demand", "and", "respiratory", "physiotherapy", "without", "hypoxaemia", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 3, 0, 3, 4, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 22 }, { "text": "Vaccinated", "label": "SPECIES", "start": 108, "end": 118 }, { "text": "adenovirus", "label": "SPECIES", "start": 602, "end": 612 }, { "text": "RSV", "label": "SPECIES", "start": 597, "end": 600 }, { "text": "virus", "label": "SPECIES", "start": 626, "end": 631 }, { "text": "virus", "label": "SPECIES", "start": 648, "end": 653 }, { "text": "influenza A virus", "label": "SPECIES", "start": 614, "end": 631 }, { "text": "influenza B virus", "label": "SPECIES", "start": 636, "end": 653 }, { "text": "Chlamydia", "label": "SPECIES", "start": 1914, "end": 1923 }, { "text": "Coxiella burnetti", "label": "SPECIES", "start": 1947, "end": 1964 }, { "text": "Epstein barr", "label": "SPECIES", "start": 1851, "end": 1863 }, { "text": "Legionella", "label": "SPECIES", "start": 2032, "end": 2042 }, { "text": "Mycoplasma pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 1878, "end": 1899 }, { "text": "Adenovirus", "label": "SPECIES", "start": 2065, "end": 2075 }, { "text": "Enterovirus", "label": "SPECIES", "start": 2080, "end": 2091 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 2340, "end": 2345 }, { "text": "Haemophilus", "label": "SPECIES", "start": 3419, "end": 3430 }, { "text": "Mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 3486, "end": 3498 }, { "text": "fungi", "label": "SPECIES", "start": 3503, "end": 3508 }, { "text": "Aspergillus", "label": "SPECIES", "start": 3647, "end": 3658 }, { "text": "Haemophilus", "label": "SPECIES", "start": 3757, "end": 3768 }, { "text": "pneumococcus", "label": "SPECIES", "start": 3734, "end": 3746 } ]