Datasets:

---

Praise2112

/

LivingNER

like 1

[ "Anamnesis", "We", "present", "the", "case", "of", "a", "61-year-old", "male", "patient", "with", "a", "history", "of", "benign", "prostatic", "hyperplasia", "being", "treated", "with", "tamsulosin", "and", "a", "former", "smoker", "for", "8", "years", "(", "35", "pack-year", "smoking", "habit", ")", ".", "As", "family", "history", ",", "his", "mother", "suffered", "from", "tuberculosis", "in", "childhood", ".", "He", "came", "to", "the", "emergency", "department", "with", "dyspnoea", "of", "4", "days", "'", "duration", ",", "which", "progressively", "increased", "until", "it", "became", "minimal", "effort", ",", "together", "with", "an", "isolated", "febrile", "peak", "of", "38oC", ",", "with", "no", "other", "associated", "infectious", "symptoms", "or", "symptoms", "suggestive", "of", "heart", "failure", ".", "Physical", "examination", "Physical", "examination", "revealed", "an", "obese", "patient", ",", "in", "acceptable", "general", "condition", "and", "haemodynamically", "stable", ".", "On", "speaking", ",", "he", "presented", "slight", "tachypnoea", ",", "with", "oxygen", "saturation", "of", "95", "%", "without", "external", "contributions", ".", "Cardiorespiratory", "auscultation", "showed", "hypophonetic", "tones", "and", "a", "slight", "decrease", "in", "generalised", "vesicular", "murmur", ".", "Two", "lymph", "nodes", "were", "palpated", "in", "the", "neck", ",", "one", "on", "the", "right", "and", "the", "other", "on", "the", "left", ",", "approximately", "2", "cm", "in", "diameter", ".", "The", "rest", "of", "the", "examination", "was", "unremarkable", ".", "Additional", "tests", "Aerosol", "therapy", "and", "oxygen", "therapy", "in", "nasal", "goggles", "at", "3", "litres", "per", "minute", "were", "prescribed", "and", "various", "complementary", "tests", "were", "requested", "(", "laboratory", "tests", ",", "chest", "X-ray", "and", "electrocardiogram", ")", ",", "highlighting", "the", "elevation", "of", "D-dimer", "(", "3", ",", "880", ";", "normal", "values", "0-500", "ng", "/", "ml", ")", "and", "troponins", "(", "29", ";", "normal", "values", "1-14", "ng", "/", "l", ")", ",", "with", "normal", "pro-BNP", "(", "489", ";", "normal", "values", "for", "his", "age", "<", "900", "pg", "/", "ml", ")", ";", "as", "well", "as", "cardiomegaly", "in", "the", "chest", "X-ray", ".", "Given", "the", "high", "suspicion", "of", "pulmonary", "thromboembolism", ",", "computerised", "angiotomography", "of", "the", "chest", "was", "requested", ",", "which", "ruled", "out", "the", "presence", "of", "embolism", ",", "although", "it", "showed", "pericardial", "effusion", "of", "4", "cm", "maximum", "thickness", "and", "pathological-looking", "lymphadenopathies", "of", "2", "cm", "in", "the", "mediastinal", ",", "paratracheal", "and", "subcarinal", "locations", ".", "Diagnosis", "Severe", "pericardial", "effusion", "with", "haemodynamic", "stability", ".", "Treatment", "Pericardiocentesis", ".", "Evolution", "Given", "the", "severe", "pericardial", "effusion", ",", "even", "though", "the", "patient", "was", "haemodynamically", "stable", ",", "it", "was", "decided", "to", "admit", "him", "to", "the", "Coronary", "Unit", "for", "diagnostic", "and", "therapeutic", "pericardiocentesis", ",", "which", "was", "performed", "urgently", "with", "the", "extraction", "of", "2200", "cc", "of", "serohematic", "fluid", ",", "achieving", "clinical", "improvement", "in", "the", "patient", ".", "A", "sample", "was", "collected", "for", "biochemical", ",", "cytological", "and", "microbiological", "studies", ";", "the", "biochemistry", "showed", "the", "presence", "of", "1", ",", "400", ",", "000", "red", "blood", "cells", "(", "normal", "values", "<", "400", "red", "blood", "cells", ")", "and", "lactate", "dehydrogenase", "(", "LDH", ")", "1", ",", "430", "(", "normal", "values", "<", "250", "U", "/", "l", ")", ".", "The", "clinical", "improvement", "and", "haemodynamic", "stability", "of", "the", "patient", "allowed", "his", "transfer", "to", "the", "hospital", "ward", "of", "Internal", "Medicine", "awaiting", "the", "results", "of", "pericardial", "fluid", ".", "In", "the", "following", "days", ",", "the", "cytology", "of", "the", "fluid", "showed", "adenocarcinoma", ",", "and", "the", "polymerase", "chain", "reaction", "(", "PCR", ")", "for", "tuberculosis", "in", "the", "fluid", "was", "positive", ".", "In", "this", "situation", ",", "in", "which", "both", "findings", "have", "a", "relevant", "diagnostic", ",", "therapeutic", "and", "prognostic", "implication", ",", "a", "battery", "of", "complementary", "tests", "are", "requested", "that", "would", "condition", "the", "subsequent", "diagnostic-therapeutic", "process", ".", "On", "the", "one", "hand", ",", "when", "adenocarcinoma", "of", "unknown", "primary", "tumour", "is", "suspected", ",", "tests", "such", "as", "computed", "tomography", "of", "the", "neck", "and", "abdomen", ",", "endoscopy", "and", "colonoscopy", ",", "immunohistochemistry", "in", "pericardial", "fluid", "cytology", "and", "cervical", "lymph", "node", "biopsy", "are", "requested", ".", "These", "tests", "are", "not", "conclusive", "for", "the", "existence", "of", "a", "primary", "tumour", ",", "although", "the", "cytology", "of", "the", "cervical", "lymph", "node", "supports", "the", "diagnosis", "of", "adenocarcinoma", ",", "the", "immunohistochemical", "study", "being", "positive", "for", "PANCK", ",", "CK7", ",", "GATA", "3", ";", "and", "negative", "for", "CK", "20", ",", "napsin", ",", "CK", "5", "/", "6", ",", "uroplakin", ",", "PAX8", ",", "HER2", ",", "OCT", "4", ",", "CD45", ",", "HmB45", ";", "and", "immunohistochemistry", "of", "pericardial", "fluid", "negative", "for", "TTF1", "and", "CK20", ";", "and", "positive", "for", "CK7", ".", "These", "results", "are", "not", "very", "specific", ",", "and", "although", "they", "could", "point", "to", "a", "pulmonary", ",", "salivary", ",", "urothelial", "and", "mammary", "origin", ",", "they", "cannot", "rule", "out", "other", "options", ";", "therefore", ",", "we", "assume", "the", "diagnosis", "of", "CUP", "with", "pericardial", "and", "lymph", "node", "involvement", ".", "Given", "the", "suspicion", "of", "active", "tuberculosis", ",", "pending", "further", "study", ",", "active", "oncological", "treatment", "is", "not", "considered", "for", "the", "time", "being", ".", "On", "the", "other", "hand", ",", "a", "series", "of", "tests", "were", "performed", "with", "the", "intention", "of", "demonstrating", "the", "presence", "of", "Mycobacterium", "tuberculosis", "in", "other", "biological", "fluids", ",", "requesting", "PCR", "for", "tuberculosis", "and", "culture", "of", "mycobacteria", "in", "sputum", "and", "urine", ".", "The", "results", "were", "positive", "for", "tuberculosis", "PCR", "in", "urine", "and", "pericardial", "fluid", ",", "the", "rest", "of", "the", "studies", "being", "negative", ".", "We", "therefore", "assumed", "the", "diagnosis", "of", "tuberculosis", "with", "pericardial", "involvement", "and", "started", "anti-tuberculosis", "treatment", "with", "rifampicin", ",", "isoniazid", ",", "pyrazinamide", ",", "ethambutol", "and", "prednisone", ",", "with", "excellent", "tolerance", ".", "During", "his", "admission", "to", "the", "Internal", "Medicine", "ward", ",", "the", "patient", "evolved", "favourably", ",", "tolerating", "decubitus", ",", "remaining", "eupneic", "when", "speaking", ",", "with", "an", "oxygen", "saturation", "of", "97", "%", "without", "external", "contributions", ";", "therefore", ",", "once", "the", "necessary", "studies", "had", "been", "carried", "out", "and", "anti-tuberculosis", "treatment", "started", ",", "it", "was", "decided", "to", "discharge", "him", "home", "and", "follow", "him", "up", "in", "the", "outpatient", "Infectious", "Diseases", "and", "Medical", "Oncology", "departments", ".", "After", "two", "months", "of", "active", "anti-tuberculosis", "treatment", ",", "he", "was", "reviewed", "in", "the", "Infectious", "Diseases", "department", "and", "started", "maintenance", "treatment", "with", "rifampicin", "and", "isoniazid", ".", "Oncology", "proposed", "the", "patient", "for", "inclusion", "in", "the", "CUPISCO", "MX39795", "clinical", "trial", ",", "the", "aim", "of", "which", "is", "to", "evaluate", "whether", "patients", "with", "CUP", "benefit", "from", "targeted", "treatment", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 202, "end": 208 }, { "text": "childhood", "label": "HUMAN", "start": 259, "end": 268 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 222, "end": 228 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 52, "end": 59 }, { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 47, "end": 59 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 598, "end": 605 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1986, "end": 1993 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2243, "end": 2250 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2561, "end": 2568 }, { "text": "Mycobacterium tuberculosis", "label": "SPECIES", "start": 4210, "end": 4236 }, { "text": "mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 4312, "end": 4324 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4736, "end": 4743 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5308, "end": 5315 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 5409, "end": 5417 } ]

[ "A", "53-year-old", "man", ",", "retired", ",", "living", "in", "a", "rural", "area", ".", "He", "was", "diagnosed", "10", "years", "ago", "with", "inflammatory", "bowel", "disease", ",", "which", "is", "controlled", "only", "with", "high", "doses", "of", "steroids", ".", "Two", "years", "earlier", "he", "had", "been", "admitted", "to", "the", "Intensive", "Care", "Unit", "for", "sepsis", "of", "intestinal", "origin", "with", "multi-organ", "failure", ";", "since", "then", "he", "has", "been", "on", "periodic", "haemodialysis", "due", "to", "lack", "of", "functional", "recovery", ".", "Renal", "biopsy", "showed", "tubulointerstitial", "nephropathy", ".", "Since", "one", "month", "before", "admission", ",", "she", "had", "presented", "erythematous", "skin", "lesions", ",", "on", "indurated", ",", "pruritic", "and", "painful", "areas", "on", "the", "dorsum", "of", "the", "right", "foot", "and", "inner", "thighs", ",", "with", "poor", "response", "to", "antibiotic", "treatment", "(", "started", "empirically", "due", "to", "suspicion", "of", "cellulitis", ")", ",", "which", "progressively", "evolved", "towards", "desquamation", "and", "subsequent", "ulceration", ".", "A", "skin", "biopsy", "was", "performed", "and", "reported", "as", "cryptococcosis", ".", "Direct", "examination", "with", "India", "ink", "and", "Gram", "stain", "revealed", "abundant", "large", ",", "spherical", "yeasts", "with", "marked", "twinning", "and", "encapsulation", ".", "Culture", "showed", "a", "yeast-like", "fungus", ",", "urease", "positive", ",", "compatible", "with", "cryptococcus", "neoformans", ",", "variety", "neoformans", ".", "Serum", "cryptolatex", "positive", "1", "/", "2048", ".", "Pulmonary", "and", "neurological", "involvement", "was", "ruled", "out", "by", "computerised", "axial", "tomography", "and", "lumbar", "puncture", ".", "We", "started", "treatment", "with", "voriconazole", "200", "mg", "/", "12", "hours", ",", "and", "after", "10", "days", "there", "was", "a", "marked", "alteration", "in", "liver", "tests", "(", "total", "bilirubin", ":", "9", ".", "59", "mg", "/", "dl", ";", "direct", "bilirubin", ":", "9", ".", "41", "mg", "/", "dl", ";", "glutamic-oxaloacetic", "transaminase", "[", "GOT", "]", "176", "U", "/", "l", ";", "glutamic-pyruvic", "transaminase", "[", "GPT", "]", ":", "226", "U", "/", "l", ")", ",", "which", "made", "it", "necessary", "to", "replace", "it", "with", "amphotericin", "B", "at", "a", "dose", "of", "100", "mg", "/", "day", ".", "In", "addition", "to", "this", ",", "the", "prednisone", "dose", "was", "reduced", ".", "Thus", ",", "after", "2", "weeks", "he", "presented", "a", "marked", "improvement", "of", "the", "lesions", "with", "almost", "complete", "disappearance", "of", "the", "ulcerations", "and", "normalisation", "of", "the", "liver", "tests", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "retired", "label": "HUMAN", "start": 19, "end": 26 }, { "text": "yeasts", "label": "SPECIES", "start": 917, "end": 923 }, { "text": "cryptococcus neoformans, variety neoformans", "label": "SPECIES", "start": 1033, "end": 1076 }, { "text": "cryptococcosis", "label": "SPECIES", "start": 817, "end": 831 } ]

[ "A", "50-year-old", "man", "arrived", "at", "the", "emergency", "department", "in", "shock", "and", "with", "a", "4-day", "history", "of", "febrile", "illness", ".", "He", "required", "intubation", "and", "use", "of", "inotropes", ".", "It", "is", "important", "to", "see", "the", "\"", "blind", "areas", "\"", "of", "the", "chest", "X-ray", "in", "order", "not", "to", "miss", "important", "clues", ".", "These", "areas", "are", "under", "the", "diaphragm", ",", "behind", "the", "heart", ",", "hilum", ",", "and", "soft", "tissues", ".", "This", "CXR", "shows", "a", "lucidity", "over", "the", "hepatic", "density", ".", "The", "lucidity", "does", "not", "conform", "to", "the", "usual", "bowel", "configuration", ".", "In", "this", "clinical", "context", ",", "an", "important", "differential", "diagnosis", "to", "be", "considered", "is", "a", "ruptured", "liver", "abscess", ".", "This", "can", "be", "confirmed", "at", "the", "bedside", "with", "ultrasound", "or", "CT", ".", "Liver", "abscesses", "are", "usually", "due", "to", "organisms", "such", "as", "Klebsiella", "or", "Amoebae", ".", "All", "patients", "with", "Klebsiella", "bacteraemia", "of", "unknown", "origin", "should", "have", "imaging", "studies", "of", "the", "abdomen", "to", "rule", "out", "liver", "abscess", ".", "RUPTURED", "LIVER", "ABSCESS" ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 1, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 695, "end": 703 }, { "text": "Klebsiella", "label": "SPECIES", "start": 668, "end": 678 }, { "text": "Klebsiella", "label": "SPECIES", "start": 709, "end": 719 }, { "text": "Amoebae", "label": "SPECIES", "start": 682, "end": 689 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 720, "end": 731 } ]

[ "A", "59-year-old", "man", "with", "no", "known", "drug", "allergies", "and", "no", "toxic", "habits", "with", "a", "personal", "history", "of", "dyslipidaemia", ",", "COPD", "with", "functional", "grade", "II", "/", "IV", "(", "GOLD", ")", "and", "chronic", "ischaemic", "heart", "disease", "of", "the", "stable", "angina", "type", ".", "He", "was", "receiving", "regular", "home", "treatment", "with", "acetylsalicylic", "acid", "100", "mg", "/", "24", "hours", ",", "atorvastatin", "40", "mg", "/", "24", "hours", ",", "diltiazem", "120", "mg", "/", "12", "hours", "and", "losartan", "50", "mg", "/", "24", "hours", ".", "He", "was", "admitted", "to", "the", "Cardiology", "Department", "on", "a", "scheduled", "basis", "for", "cardiac", "catheterisation", ".", "After", "the", "catheterisation", ",", "and", "during", "his", "stay", "in", "the", "ICU", ",", "the", "procedure", "was", "complicated", "by", "acute", "myocardial", "infarction", "in", "the", "inferior", "territory", ",", "slow", "atrial", "fibrillation", "and", "severe", "hypotension", ",", "requiring", "a", "new", "catheterisation", "and", "haemodynamic", "support", "(", "he", "did", "not", "require", "mechanical", "ventilation", ",", "although", "he", "did", "require", "bladder", "catheterisation", "and", "central", "venous", "catheterisation", ")", ".", "After", "72", "hours", "he", "was", "transferred", "to", "the", "Cardiology", "Department", "due", "to", "his", "good", "evolution", ".", "The", "following", "day", ",", "the", "patient", "began", "to", "experience", "micturition", "symptoms", ",", "suprapubic", "pain", "and", "fever", "of", "up", "to", "39oC", "with", "intense", "shivering", ".", "On", "examination", ",", "there", "was", "no", "data", "of", "interest", ",", "except", "for", "pain", "on", "palpation", "in", "the", "hypogastrium", "(", "the", "bladder", "catheter", "had", "been", "removed", "on", "arrival", "at", "the", "department", ")", ".", "He", "was", "assessed", "by", "his", "attending", "cardiologist", "and", ",", "in", "view", "of", "a", "pathological", "urine", "sediment", "(", "countless", "leukocytes", "in", "the", "sediment", ")", ",", "antibiotic", "treatment", "was", "started", "with", "amoxicillin-clavulanic", "acid", "875", "/", "125", "mg", "every", "8", "hours", "orally", ".", "After", "48", "hours", ",", "a", "urine", "culture", "was", "positive", "for", "Morganella", "morganii", "resistant", "to", "amoxicillin-clavulanic", "acid", "and", "sensitive", "to", "3rd", "generation", "cephalosporins", ".", "At", "this", "time", "the", "patient", "persisted", "with", "the", "same", "symptoms", ",", "so", "treatment", "was", "changed", "to", "cefotaxime", "1", "g", "/", "8", "hours", "IV", ".", "Blood", "tests", "showed", "Hb", "12", ".", "2", "g", "/", "dL", ",", "platelets", "206000", "mm3", ",", "leukocytes", "12200", "mm3", "(", "86", "%", "neutrophils", ")", ",", "glucose", "120", "mg", "/", "dl", ",", "urea", "41", "mg", "/", "dl", ",", "creatinine", "1", ".", "0", "mg", "/", "dl", ",", "Na", "138", "mEq", "/", "l", ",", "K", "4", ".", "3", "mEq", "/", "l", ",", "Ca", "7", ".", "9", "mg", "/", "dl", ",", "phosphorus", "2", "mg", "/", "dl", ",", "total", "bilirubin", "0", ".", "4", "mg", "/", "dl", ",", "GOT", "30", "U", "/", "L", ",", "GPT", "55", "U", "/", "L", ",", "alkaline", "F", ".", "127", "U", "/", "L", ",", "GGT", "126", "U", "/", "L", ",", "total", "proteins", "5", ".", "1", "g", "/", "dl", ",", "albumin", "2", ".", "2", "g", "/", "dl", "and", "CRP", "72", ".", "7", "mg", "/", "L", ".", "In", "a", "new", "sediment", "a", "moderate", "leucocyturia", "persisted", ".", "Chest", "X-ray", "revealed", "a", "small", "left", "pleural", "effusion", ".", "An", "abdominal", "ultrasound", "was", "reported", "as", "small", "left", "pleural", "effusion", ",", "hepatic", "steatosis", "without", "LOES", ",", "kidneys", "without", "ultrasound", "alterations", "and", "bladder", "with", "thickened", "walls", "due", "to", "prostatic", "hypertrophy", ".", "Two", "days", "later", "the", "patient", "persisted", "with", "fever", "up", "to", "39oC", ",", "micturition", "symptoms", "and", "suprapubic", "pain", "despite", "treatment", ".", "Differential", "diagnosis", "Given", "the", "persistence", "of", "fever", "after", "48-72", "hours", "of", "targeted", "antibiotherapy", ",", "we", "considered", "the", "following", "differential", "diagnoses", ":", "1", ".", "Infection", "by", "a", "resistant", "organism", ".", "2", ".", "Local", "complications", ":", "-", "Acute", "focal", "nephritis", ":", "renal", "inflammatory", "infiltrate", "(", "renal", "phlegmon", ")", ".", "-", "Cortical", "renal", "abscess", "(", "haematogenous", ")", "or", "cortico-medullary", "(", "uropathogenic", ")", ".", "-", "Emphysematous", "pyelonephritis", ".", "-", "Papillary", "necrosis", ".", "-", "Prostatic", "abscess", "/", "prostatitis", ".", "-", "Urinary", "tract", "obstruction", ".", "3", ".", "Others", ":", "drug", "fever", ",", "phlebitis", ",", "other", "added", "infectious", "processes", ".", ".", ".", "Evolution", "Reassessed", ",", "it", "was", "decided", "to", "take", "new", "blood", "cultures", ",", "an", "abdomino-pelvic", "CT", "scan", "was", "performed", "and", "antibiotic", "treatment", "was", "changed", "to", "meropenem", "1", "g", "/", "8", "h", "IV", "and", "gentamicin", "240", "mg", "/", "24", "hours", "IV", ".", "A", "new", "blood", "culture", "isolated", "Morganella", "morganii", "phenotype", "AmpC", "(", "resistant", "to", "ampicillin", ",", "amoxicillin", "/", "clavulanic", "acid", "and", "cefotaxime", ")", ".", "An", "abdominal", "CT", "scan", "showed", "several", "prostatic", "abscesses", ".", "Given", "this", "finding", ",", "and", "given", "that", "the", "germ", "is", "a", "carrier", "of", "AmpC", "and", "has", "expressed", "resistance", "to", "3rd", "generation", "cephalosporins", "due", "to", "exposure", "to", "them", ",", "meropenem", "was", "continued", ",", "although", "the", "dose", "was", "increased", "to", "2", "gr", "/", "8", "hours", "and", "in", "extended", "perfusion", ",", "due", "to", "the", "presence", "of", "the", "prostatic", "abscesses", "(", "quinolones", "were", "not", "prescribed", "as", "there", "was", "also", "resistance", "to", "this", "group", "of", "antibiotics", ")", ".", "Urological", "assessment", "ruled", "out", "surgery", "at", "this", "time", ",", "opting", "for", "conservative", "treatment", ".", "After", "completing", "2", "weeks", "of", "treatment", "with", "meropenem", ",", "the", "patient", "was", "discharged", "and", "completed", "two", "more", "weeks", "of", "treatment", "at", "home", "with", "rrtapenem", "1", "g", "/", "24", "hours", "IM", "and", "trimethoprim", "/", "sulfamethoxazole", "800", "/", "160", "mg", "orally", ",", "progressing", "without", "complications", "in", "subsequent", "check-ups", ".", "Final", "diagnosis", "Lower", "urinary", "tract", "infection", "complicated", "by", "prostatic", "abscesses", "due", "to", "Morganella", "morganii", "phenotype", "AmpC", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 0 ]

[ { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 74, "end": 82 }, { "text": "cardiologist", "label": "HUMAN", "start": 1282, "end": 1294 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 969, "end": 976 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1655, "end": 1662 }, { "text": "Morganella morganii resistant to amoxicillin-clavulanic acid", "label": "SPECIES", "start": 1529, "end": 1589 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2438, "end": 2445 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4025, "end": 4032 }, { "text": "Morganella morganii phenotype AmpC", "label": "SPECIES", "start": 3324, "end": 3358 }, { "text": "Morganella morganii phenotype AmpC", "label": "SPECIES", "start": 4330, "end": 4364 } ]

[ "Male", "patient", "aged", "12", "years", ",", "with", "a", "history", "of", "atopic", "dermatitis", "under", "control", "and", "regular", "treatment", ".", "He", "is", "a", "sportsman", ",", "he", "does", "enduro", "motocross", ".", "The", "patient", "reported", "a", "three-week", "history", "of", "pruritic", "lesions", "located", "on", "the", "face", ",", "particularly", "in", "the", "right", "periocular", "region", ".", "He", "consulted", "an", "outpatient", "clinic", ",", "where", "an", "acute", "dermatitis", "was", "diagnosed", ",", "and", "moderate", "potency", "topical", "corticosteroids", "were", "prescribed", ".", "The", "patient", "evolved", "favourably", "during", "the", "first", "three", "days", "of", "treatment", ".", "However", ",", "a", "week", "later", "he", "consulted", "our", "medical", "centre", "due", "to", "the", "reappearance", "of", "the", "lesions", ",", "this", "time", "more", "inflammatory", "and", "erythematous", ".", "He", "noted", "the", "presence", "of", "pustules", "located", "mainly", "on", "the", "right", "upper", "eyelid", "and", "ipsilateral", "ciliary", "margin", ".", "Considering", "the", "use", "of", "helmets", "and", "goggles", "(", "rubbing", ")", ",", "it", "was", "interpreted", "as", "folliculitis", "secondary", "to", "friction", ".", "In", "addition", ",", "due", "to", "the", "contact", "with", "soil", ",", "a", "direct", "mycological", "study", "and", "current", "culture", "were", "requested", ".", "These", "tests", "were", "negative", ",", "so", "a", "fungal", "culture", "was", "requested", ",", "specifying", "that", "the", "sample", "be", "taken", "from", "the", "hair", "follicles", ".", "The", "result", "was", "positive", "for", "Trichophyton", "mentagrophytes", ".", "The", "patient", "had", "already", "started", "empirical", "treatment", "with", "itraconazole", "100", "milligrams", "per", "day", ",", "and", "was", "progressing", "favourably", "one", "week", "post-treatment", ".", "Initially", ",", "due", "to", "the", "marked", "inflammatory", "nature", "of", "the", "lesions", ",", "it", "was", "decided", "to", "maintain", "a", "lower", "potency", "topical", "corticosteroid", "than", "previously", "used", "and", "only", "for", "a", "three-day", "course", ".", "Finally", ",", "he", "completed", "one", "month", "of", "itraconazole", ",", "without", "complications", "or", "recurrence", ".", "A", "new", "fungal", "culture", "was", "performed", "two", "months", "after", "initiation", "of", "treatment", "and", "was", "negative", "." ]

[ 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5, "end": 12 }, { "text": "Male", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 4 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 151, "end": 158 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 417, "end": 424 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1137, "end": 1144 }, { "text": "Trichophyton mentagrophytes", "label": "SPECIES", "start": 1104, "end": 1131 }, { "text": "mycological", "label": "SPECIES", "start": 899, "end": 910 } ]

[ "Medical", "history", "/", "Anamnesis", ":", "79-year-old", "male", "with", "no", "known", "drug", "allergies", ",", "with", "personal", "history", "of", "arterial", "hypertension", ",", "Diabetes", "Mellitus", "(", "DM", ")", "type", "2", ",", "dyslipidaemia", ",", "ankylosing", "spondylitis", "(", "AS", ")", "of", "20", "years", "of", "evolution", "on", "treatment", "with", "anti-TNF", "for", "6", "years", ",", "Paroxysmal", "atrial", "fibrillation", ",", "several", "episodes", "of", "TIA", ",", "bladder", "neoplasia", "operated", "on", "11", "years", "ago", "in", "remission", ".", "On", "treatment", "with", "valsartan", ",", "lecardinipine", ",", "atorvastatin", ",", "lansoprazole", ",", "metfromin", ",", "dacortin", "2", ".", "5mg", "/", "day", ",", "sintrom", "and", "adalimumab", "40", "mg", "every", "15", "days", ".", "She", "had", "two", "dogs", "as", "pets", ".", "She", "had", "not", "travelled", "recently", "and", "denied", "consumption", "of", "unpasteurised", "dairy", "products", ".", "She", "came", "to", "the", "emergency", "department", "with", "a", "fever", "of", "up", "to", "38oC", "with", "shivering", "and", "shivering", "without", "a", "clear", "time", "predominance", "for", "a", "week", ",", "accompanied", "by", "deterioration", "of", "the", "general", "condition", "and", "glycaemic", "decompensation", ".", "He", "also", "presented", "with", "pleuritic", "pain", "in", "the", "left", "hemithorax", "and", "several", "episodes", "of", "arterial", "hypotension", "that", "had", "forced", "him", "to", "visit", "the", "emergency", "department", "on", "several", "occasions", "in", "the", "previous", "days", ".", "There", "were", "no", "respiratory", ",", "gastrointestinal", "or", "urinary", "symptoms", ".", "Physical", "examination", "Normotensive", "and", "tachycardic", "at", "120", "beats", "per", "minute", ".", "Oxygen", "saturation", "98", "%", "at", "baseline", ".", "T", "38", ".", "3o", ".", "Poor", "general", "condition", ",", "sweating", "with", "distal", "skin", "coldness", ".", "Eupneic", "at", "rest", ".", "No", "peripheral", "palpation", "lymphadenopathy", "or", "jugular", "ingurgitation", ".", "Arrhythmic", "tones", "with", "multifocal", "systolic", "murmur", "II", "/", "IV", ".", "Generalised", "hypoventilation", ".", "Abdomen", "and", "lower", "limbs", "without", "significant", "findings", ".", "No", "neurological", "focality", "or", "meningeal", "signs", ".", "Complementary", "tests", "in", "the", "emergency", "department", "Laboratory", "tests", "performed", "on", "admission", "showed", "the", "following", ":", "Haemoglobin", "(", "hb", ")", ":", "11", ".", "2", "g", "/", "dl", ",", "leukocytes", "2", ".", "240", "x", "109", "/", "L", ",", "absolute", "neutrophils", ":", "0", ".", "750x109", "/", "L", ",", "absolute", "lymphocytes", ":", "1", ".", "240x109", "/", "L", ",", "platelets", ":", "115x109", "/", "L", ",", "creatinine", ":", "1", ".", "1mg", "/", "dl", "with", "normal", "ions", ".", "CRP", ":", "70", "mg", "/", "L", ".", "LDH", ":", "321", "U", "/", "L", ".", "Urine", "with", "signs", "of", "haemoglobin", ".", "Coagulation", "and", "blood", "gas", "normal", ".", "Peripheral", "blood", "smear", "with", "scanty", "polymorphonuclear", "cells", "with", "a", "few", "cays", ",", "with", "a", "predominance", "of", "mature", "and", "granular", "lymphocytes", ",", "isolated", "cells", "with", "an", "activated", "appearance", ".", "Chest", "X-ray", ":", "Cardiothoracic", "index", "within", "the", "normal", "range", ".", "No", "images", "of", "condensation", ".", "Pinching", "of", "both", "bilateral", "costophrenic", "sinuses", ".", "Admission", "diagnosis", "Febrile", "syndrome", "without", "focus", "and", "pancytopenia", "under", "study", ".", "Routine", "complementary", "tests", "During", "his", "stay", "on", "the", "ward", "there", "was", "a", "rapidly", "progressive", "decrease", "in", "the", "three", "series", "(", "acute", "pancytopenia", ")", ",", "presenting", "hb", ":", "8", ".", "1", "g", "/", "dl", ",", "platelets", ":", "63x109L", ";", "leukocytes", ":", "1", ",", "760x109L", "together", "with", "a", "maximum", "LDH", "elevation", "of", "981", "U", "/", "L", "and", "minimal", "increase", "in", "bilirubin", "at", "the", "expense", "of", "indirect", "and", "decreased", "haptoglobin", ",", "as", "well", "as", "increased", "ferritin", "(", "peak", "of", "4383", "ng", "/", "ml", ")", "and", "triglycerides", "550", "mg", "/", "dl", ".", "The", "analytical", "study", "was", "completed", "with", "autoimmunity", "(", "ANA", ",", "ANCA", ",", "anti", "DNA", ",", "ENA", ",", "anti-mitochondrial", ",", "anti-smooth", "muscle", "and", "anti-phospholipid", "antibodies", ")", "which", "was", "negative", ",", "proteinogram", "with", "a", "doubtful", "monoclonal", "gamma", "component", "which", "was", "later", "confirmed", "by", "immunoelectrophoresis", "to", "be", "free", "of", "monoclonal", "band", ".", "Mantoux", "and", "quantiferon", "negative", ".", "Legionella", ",", "pneumococcus", "and", "leishmania", "urine", "antigen", "negative", ".", "Urine", "Lowestein", "culture", "negative", ".", "Liver", "serology", "and", "Brucella", ",", "Salmonella", "typhi", "and", "paratyphi", ",", "Ricketsia", "coronii", ",", "Coxiella", "burneti", ",", "CMV", ",", "HSV", ",", "EBV", "and", "Parvovirus", "B19", "negative", ".", "HIV", "negative", ".", "Negative", "blood", "and", "urine", "cultures", ".", "Imaging", "tests", "showed", "bilateral", "pleural", "effusion", "and", "hepatosplenomegaly", ".", "Chest", "CT", "scan", "showed", "pleural", "calcifications", ",", "calcified", "hepatic", "granulomas", "and", "some", "calcified", "adenopathies", "as", "well", "as", "bilateral", "pleural", "effusion", "with", "underlying", "lung", "collapse", ".", "Transthoracic", "and", "transesophageal", "echocardiography", ":", "negative", "for", "endocarditis", ".", "Finally", ",", "a", "bone", "marrow", "(", "BM", ")", "aspirate-biopsy", "was", "performed", "in", "which", "the", "flow", "cytometry", "showed", "the", "presence", "of", "0", ".", "1", "%", "of", "immature", "myeloid", "cells", "without", "phenotypic", "aberrations", ",", "no", "monoclonal", "B", "lymphoid", "proliferation", ",", "T", "lymphoid", "population", "with", "CD4", "/", "CD8", "ratio", "maintained", ".", "The", "myelogram", "was", "inconclusive", "due", "to", "the", "absence", "of", "clumps", "and", "low", "cellularity", ",", "although", "no", "blasts", "were", "observed", ".", "The", "culture", "for", "brucella", "and", "mycobacteria", "was", "negative", ".", "The", "pathological", "anatomy", "of", "the", "biopsy", "showed", "amastigote", "parasites", "compatible", "with", "leishmania", ",", "which", "was", "subsequently", "confirmed", "by", "PCR", "technique", "for", "leishmania", ".", "Differential", "diagnosis", "Pancytopenia", "is", "defined", "as", "a", "decrease", "in", "the", "normal", "blood", "count", "of", "leukocytes", "(", "<", "4", ".", "5x109", "/", "L", ")", ",", "haemoglobin", "according", "to", "age", "and", "sex", ",", "and", "platelets", "(", "<", "150", ".", "0x109", "/", "L", ")", ".", "Given", "these", "findings", ",", "it", "is", "necessary", "to", "perform", "a", "differential", "diagnostic", "algorithm", ",", "which", "should", "include", "mainly", "onco-haematological", ",", "autoimmune", "or", "infectious", "causes", ".", "Among", "the", "haematological", "causes", ",", "we", "should", "mainly", "rule", "out", "neoplasms", "such", "as", "acute", "leukaemia", "or", "bone", "marrow", "lymphomas", ",", "without", "forgetting", "distant", "metastases", "from", "other", "solid", "tumours", ".", "Other", "haematological", "causes", "to", "be", "highlighted", "are", "myelodysplastic", "syndromes", ",", "MO", "aplasia", ",", "myelofibrosis", ",", "tricholeukaemia", ",", "myeloptysis", ",", "megaloblastic", "anaemia", "and", "paroxysmal", "nocturnal", "haemoglobinuria", ".", "In", "general", ",", "MO", "aspirate-biopsy", "will", "be", "necessary", "for", "the", "diagnosis", "of", "these", "entities", ".", "One", "of", "the", "main", "autoimmune", "causes", "of", "pancytopenia", "is", "Systemic", "Lupus", "Erythematosus", "(", "diagnostic", "criteria", "include", "anaemia", ",", "leukopenia", "and", "thrombopenia", ")", "and", "less", "frequently", "rheumatoid", "arthritis", ".", "Numerous", "causes", "of", "infectious", "origin", "are", "associated", "with", "cytopenias", ".", "For", "the", "diagnosis", "of", "these", ",", "in", "addition", "to", "serological", "determinations", "and", "specific", "laboratory", "tests", "for", "some", "of", "them", ",", "a", "correct", "anamnesis", "including", "information", "on", "recent", "trips", ",", "place", "of", "origin", "and", "usual", "place", "of", "residence", ",", "workplace", ",", "contact", "with", "animals", ",", "type", "of", "food", ",", "etc", ".", ",", "will", "be", "of", "great", "importance", ".", "Among", "the", "causes", "of", "infectious", "origin", "we", "must", "highlight", "mainly", "mycobacteria", "(", "tuberculosis", ")", ",", "brucellosis", ",", "parasites", "such", "as", "leishmania", ",", "viruses", "(", "HIV", ",", "HAV", ",", "HBV", ",", "HCV", ",", "EBV", ",", "CMV", "and", "parvovirus", "B19", ")", "and", "bacterial", "sepsis", "(", "the", "most", "frequent", "non-neoplastic", "cause", "of", "pancytopenia", "in", "the", "occipital", "world", ")", ".", "In", "addition", "to", "these", "three", "well-differentiated", "groups", "of", "causes", "of", "pancytopenia", ",", "we", "could", "include", "a", "fourth", "group", "where", "we", "would", "find", "a", "miscellany", "of", "causes", "that", "cannot", "be", "included", "in", "the", "previous", "classification", ".", "These", "include", "drugs", "such", "as", "some", "immunosuppressants", ",", "anticonvulsants", ",", "antidepressants", ",", "etc", ".", ",", "chemotherapy", "and", "radiotherapy", ",", "haemophagocytic", "syndrome", "and", "sarcoidosis", ".", "Definitive", "clinical", "judgement", "Haemophagocytic", "syndrome", "secondary", "to", "Leishmania", "infection", "in", "a", "patient", "with", "ankylosing", "spondylitis", "treated", "with", "anti-TNFα", ".", "Evolution", "Given", "the", "initial", "suspicion", "of", "haemophagocytic", "syndrome", ",", "high-dose", "corticosteroid", "and", "immunosuppressive", "treatment", "with", "ciclosporin", "A", "was", "started", ",", "with", "stabilisation", "of", "the", "three", "haematological", "series", "and", "a", "slight", "decrease", "in", "ferritin", "and", "in", "the", "analytical", "data", "of", "haemophagocytosis", ".", "Subsequently", ",", "when", "the", "diagnosis", "of", "leishmaniasis", "was", "confirmed", ",", "the", "patient", "started", "treatment", "with", "liposomal", "amphotericin", "B", ",", "with", "a", "rapid", "clinical", "and", "analytical", "response", ",", "with", "pancytopenia", "disappearing", "and", "ferritin", "normalising", "in", "about", "2", "weeks", ".", "During", "follow-up", "in", "the", "clinic", ",", "the", "patient", "remained", "asymptomatic", ",", "with", "steroids", "slowly", "decreasing", ".", "After", "1", "year", "of", "follow-up", "with", "a", "dose", "of", "prednisone", "7", ".", "5", "mg", "per", "day", ",", "his", "haemogram", "and", "ferritin", "levels", "were", "normal", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 40, "end": 44 }, { "text": "dogs", "label": "SPECIES", "start": 535, "end": 539 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 80, "end": 88 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 3327, "end": 3330 }, { "text": "Coxiella burneti", "label": "SPECIES", "start": 3309, "end": 3325 }, { "text": "leishmania", "label": "SPECIES", "start": 3160, "end": 3170 }, { "text": "leishmania", "label": "SPECIES", "start": 4264, "end": 4274 }, { "text": "leishmania", "label": "SPECIES", "start": 4330, "end": 4340 }, { "text": "Ricketsia coronii", "label": "SPECIES", "start": 3290, "end": 3307 }, { "text": "Salmonella typhi and paratyphi", "label": "SPECIES", "start": 3258, "end": 3288 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 3337, "end": 3340 }, { "text": "HSV", "label": "SPECIES", "start": 3332, "end": 3335 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 3370, "end": 3373 }, { "text": "Brucella", "label": "SPECIES", "start": 3248, "end": 3256 }, { "text": "brucella", "label": "SPECIES", "start": 4141, "end": 4149 }, { "text": "Legionella", "label": "SPECIES", "start": 3131, "end": 3141 }, { "text": "mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 4154, "end": 4166 }, { "text": "pneumococcus", "label": "SPECIES", "start": 3143, "end": 3155 }, { "text": "parasites", "label": "SPECIES", "start": 4238, "end": 4247 }, { "text": "Parvovirus B19", "label": "SPECIES", "start": 3345, "end": 3359 }, { "text": "Salmonella typhi", "label": "SPECIES", "start": 3258, "end": 3274 }, { "text": "amastigote", "label": "SPECIES", "start": 4227, "end": 4237 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 5895, "end": 5898 }, { "text": "leishmania", "label": "SPECIES", "start": 5849, "end": 5859 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 5890, "end": 5893 }, { "text": "HAV", "label": "SPECIES", "start": 5875, "end": 5878 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 5880, "end": 5883 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 5885, "end": 5888 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 5870, "end": 5873 }, { "text": "animals", "label": "SPECIES", "start": 5668, "end": 5675 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 5923, "end": 5932 }, { "text": "mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 5789, "end": 5801 }, { "text": "parasites", "label": "SPECIES", "start": 5831, "end": 5840 }, { "text": "parvovirus B19", "label": "SPECIES", "start": 5903, "end": 5917 }, { "text": "Leishmania", "label": "SPECIES", "start": 6468, "end": 6478 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6494, "end": 6501 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6917, "end": 6924 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 7131, "end": 7138 } ]

[ "We", "present", "the", "case", "of", "a", "79-year-old", "man", "with", "no", "drug", "allergies", ".", "He", "suffers", "from", "arterial", "hypertension", "and", "dyslipidaemia", "as", "cardiovascular", "risk", "factors", ",", "with", "good", "home", "control", ".", "He", "has", "left", "hydronephrosis", "with", "reduction", "of", "the", "renal", "parenchyma", "leading", "to", "chronic", "renal", "failure", "with", "a", "creatinine", "clearance", "of", "approximately", "40", "ml", "/", "min", "/", "1", ".", "73m2", ".", "In", "addition", ",", "he", "has", "prostatic", "symptoms", ",", "with", "a", "suspected", "left", "testicular", "tumour", "under", "study", "by", "Urology", "and", "presented", "a", "massive", "pulmonary", "thromboembolism", "in", "2017", "with", "no", "clear", "precipitant", "with", "normal", "coagulation", "study", ".", "Since", "then", ",", "he", "has", "been", "anticoagulated", "with", "direct-acting", "anticoagulants", ".", "As", "usual", "treatment", ",", "the", "patient", "takes", "apixaban", ",", "amlodipine", ",", "tamsulosin", "and", "omeprazole", ".", "He", "has", "an", "active", "baseline", "life", "and", "is", "independent", "for", "basic", "activities", "of", "daily", "living", ".", "He", "has", "no", "cognitive", "impairment", ",", "sphincter", "incontinence", "or", "gait", "disturbance", ".", "The", "patient", "was", "brought", "to", "the", "emergency", "department", "by", "ambulance", "after", "his", "family", "found", "him", "on", "the", "floor", "with", "sphincter", "incontinence", ",", "difficulty", "in", "mobilisation", "and", "behavioural", "alteration", ",", "with", "mutism", "and", "disorientation", ".", "In", "the", "days", "prior", "to", "the", "episode", ",", "the", "relatives", "report", "the", "presence", "of", "continuous", "nausea", "without", "vomiting", ",", "abdominal", "pain", ",", "changes", "in", "bowel", "habits", "or", "fever", ",", "and", "gait", "disturbance", "with", "lateralisation", "the", "day", "before", "the", "fall", ".", "On", "examination", ",", "he", "was", "conscious", "but", "disoriented", ",", "with", "irregular", "cooperation", "and", "slowness", "to", "simple", "commands", ",", "with", "no", "clear", "neurological", "focality", ".", "Cardiopulmonary", "and", "abdominal", "examinations", "were", "unremarkable", ".", "The", "blood", "tests", "carried", "out", "in", "the", "emergency", "department", "showed", "11", ",", "700", "leukocytes", "in", "the", "haemogram", "with", "78", "%", "polymorphonuclear", "cells", ",", "normal", "red", "blood", "count", "and", "platelets", ",", "with", "normal", "coagulation", ".", "Biochemistry", "showed", "creatinine", "1", ".", "89", "mg", "/", "dl", "(", "glomerular", "filtration", "rate", "37", "ml", "/", "min", "/", "1", ".", "73m2", ")", ",", "sodium", "134", "mEq", "/", "L", ",", "potassium", "4", ".", "8", "mEq", "/", "L", "and", "C-reactive", "protein", "(", "CRP", ")", "10", ".", "8", "mg", "/", "dl", ".", "Thyroid", "hormone", "levels", "and", "urine", "system", "were", "normal", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "no", "evidence", "of", "infiltrates", "in", "the", "pulmonary", "parenchyma", "or", "pleural", "effusion", ".", "The", "ED", "study", "was", "completed", "with", "a", "non-contrast", "CT", "scan", "of", "the", "skull", "showing", "marked", "dilatation", "of", "the", "ventricular", "system", ",", "not", "proportionate", "to", "the", "degree", "of", "cortical", "atrophy", ",", "which", "could", "correspond", "to", "normotensive", "hydrocephalus", "in", "an", "appropriate", "clinical", "context", ".", "In", "addition", ",", "there", "is", "an", "ectatic", "and", "tortuous", "basilar", "artery", ".", "During", "the", "afternoon", "after", "admission", ",", "the", "patient", "became", "more", "agitated", "and", "nervous", ",", "not", "cooperating", "or", "recognising", "his", "relatives", ",", "and", "his", "level", "of", "consciousness", "progressively", "decreased", "to", "a", "Glasgow", "score", "of", "12", "/", "15", ".", "Vital", "signs", "at", "that", "time", "are", "as", "follows", ":", "BP", "130", "/", "100", "mmHg", ",", "HR", "90", "bpm", ",", "saturating", "at", "91-92", "%", "with", "oxygen", "supply", "at", "2", "bpm", "via", "nasal", "goggles", "and", "fever", "of", "38oC", ".", "The", "blood", "test", "was", "repeated", "and", "was", "similar", "to", "the", "previous", "one", ",", "although", "with", "an", "increase", "in", "CRP", "to", "44", "mg", "/", "dl", ",", "with", "normal", "ions", "and", "blood", "gases", ".", "A", "new", "CT", "scan", "of", "the", "skull", "was", "also", "repeated", ",", "showing", "no", "changes", "with", "respect", "to", "the", "previous", "one", ",", "and", "it", "was", "decided", "to", "perform", "a", "lumbar", "puncture", "to", "analyse", "the", "CSF", ".", "Differential", "diagnosis", "We", "found", "a", "patient", "with", "acute", "confusional", "symptoms", "with", "altered", "level", "of", "consciousness", ",", "slight", "leukocytosis", "with", "elevated", "CRP", ",", "fever", ",", "partial", "respiratory", "failure", "and", "dilatation", "of", "the", "ventricular", "system", "in", "the", "skull", "CT", "scan", ".", "Given", "that", "there", "are", "many", "pathologies", "that", "present", "with", "decreased", "level", "of", "consciousness", ",", "a", "differential", "diagnosis", "should", "include", "those", "causes", "that", "are", "accompanied", "by", "hydrocephalus", "in", "their", "evolution", ".", "This", "includes", "CSF", "outflow", "obstruction", "caused", "by", "an", "anatomical", "abnormality", "(", "e", ".", "g", ".", "Chiari", "malformation", ")", ",", "by", "a", "tumour", "or", "by", "an", "infectious", "or", "inflammatory", "disease", "(", "e", ".", "g", ".", "meningitis", ")", ".", "1", "Since", "no", "mass", "or", "other", "obstructive", "lesion", "was", "seen", "on", "our", "patient", "'", "s", "CT", "scan", "of", "the", "brain", ",", "we", "could", "rule", "out", "both", "an", "anatomical", "abnormality", "and", "a", "tumour", "(", "as", "well", "as", "not", "being", "accompanied", "by", "the", "rest", "of", "our", "patient", "'", "s", "clinical", "presentation", ",", "such", "as", "fever", "or", "elevated", "CRP", ")", ".", "Therefore", ",", "the", "entities", "that", "could", "be", "taken", "into", "account", "in", "the", "differential", "diagnosis", "would", "be", "the", "following", ":", "-", "Acute", "disseminated", "encephalomyelitis", ":", "this", "is", "a", "fulminant", "demyelinating", "disease", "that", "may", "be", "related", "to", "a", "history", "of", "immunisation", "or", "infection", ".", "It", "always", "presents", "with", "clinical", "manifestations", "of", "disseminated", "neurological", "disease", "(", "such", "as", "sensory", "deficit", ")", ",", "in", "addition", "to", "other", "symptoms", "such", "as", "fever", ",", "headache", ",", "meningismus", ".", ".", ".", "Pleocytosis", "is", "common", "in", "CSF", ",", "usually", "200", "cells", "/", "μl", ".", "MRI", "may", "reveal", "extensive", "gadolinium", "enhancement", "of", "the", "cerebral", "and", "medullary", "white", "matter", ".", "-", "Sarcoidosis", ":", "Neurological", "involvement", "occurs", "in", "5", "%", "of", "patients", "with", "sarcoidosis", "and", "is", "the", "first", "manifestation", "in", "about", "half", "of", "the", "cases", ".", "Neurological", "findings", "include", "cranial", "neuropathies", "and", "occasionally", "pachymeningitis", ".", "However", ",", "hydrocephalus", "would", "be", "more", "unusual", ".", "Aseptic", "meningitis", "is", "usually", "the", "only", "manifestation", "of", "neurosarcoidosis", ".", "-", "Granulomatosis", "with", "polyangiitis", "(", "Wegener", "'", "s", "granulomatosis", ")", ".", "Neurological", "complications", "of", "Wegener", "'", "s", "granulomatosis", "occur", "in", "20-50", "%", "of", "cases", ",", "although", "they", "are", "not", "usually", "the", "initial", "signs", "of", "the", "disease", ".", "Mechanisms", "of", "nervous", "system", "involvement", "include", "invasion", "of", "contiguous", ",", "independent", "structures", ",", "intracranial", "granuloma", "formation", "and", "vasculitis", ".", "Despite", "this", ",", "our", "patient", "has", "no", "other", "extracranial", "clinical", "manifestations", "that", "might", "suggest", "this", "entity", ",", "such", "as", "paranasal", "sinus", "or", "renal", "lesions", ".", "-", "Bacterial", "meningoencephalitis", ":", "Both", "bacterial", "and", "fungal", "meningoencephalitis", "can", "cause", "chronic", "inflammation", "and", "scarring", "of", "the", "lining", "of", "the", "ventricle", ",", "leading", "to", "the", "formation", "of", "adhesions", "that", "can", "cause", "obstruction", ".", "The", "most", "common", "community-acquired", "bacterium", "causing", "meningitis", "in", "adult", "patients", "is", "Streptococcus", "pneumoniae", ",", "although", "meningococcus", "and", "Listeria", "are", "also", "common", ".", "In", "this", "case", ",", "we", "would", "find", "pleocytosis", "in", "the", "CSF", "with", "predominantly", "polymorphonuclear", ",", "elevated", "protein", ",", "decreased", "glucose", "and", "positive", "Gram", "staining", ".", "Brucella", "can", "cause", "chronic", "granulomatous", "meningitis", ",", "but", "is", "typically", "associated", "with", "fever", ",", "constitutional", "symptoms", "and", "a", "history", "of", "exposure", "to", "infected", "animals", "or", "tissues2", ".", "Finally", ",", "the", "spirochetes", "Treponema", "pallidum", "and", "Borrelia", "burgdorferi", "can", "cause", "various", "neurological", "manifestations", "in", "advanced", "stages", ",", "such", "as", "meningitis", ",", "encephalitis", ",", "cranial", "nerve", "inflammation", ",", "ataxia", "or", "myelitis", ".", "-", "Fungal", "meningitis", ".", "May", "cause", "meningoencephalitis", "associated", "with", "a", "mild", ",", "resolving", "or", "asymptomatic", "lung", "infection", ".", "The", "most", "common", "type", "of", "fungal", "meningitis", "is", "cryptococcal", ",", "although", "it", "is", "rare", "in", "immunocompetent", "patients", ",", "as", "are", "Aspergillus", "spp", ",", "Mucor", "spp", "and", "Pseudallescheria", "boydii", ".", "Coccidioidomycosis", "and", "histoplasmosis", "rarely", "spread", "to", "the", "central", "nervous", "system", ".", "In", "blastomycosis", ",", "the", "brain", "and", "meninges", "are", "usually", "affected", "late", "in", "the", "course", "of", "advanced", "disease", ".", "-", "Tuberculous", "meningitis", ":", "occurs", "with", "a", "chronic", ",", "indolent", "course", ".", "The", "infection", "originates", "from", "a", "primary", "tuberculous", "lesion", "or", "reactivation", "in", "relation", "to", "ageing", ",", "immunosuppression", "or", "HIV", "infection", ".", "The", "characteristic", "features", "of", "active", "tuberculosis", "may", "not", "accompany", "meningitis", ";", "chest", "radiographs", "are", "normal", "in", "more", "than", "half", "of", "affected", "adults", ".", "The", "typical", "CSF", "pattern", "is", "mononuclear", "pleocytosis", "with", "elevated", "protein", "and", "reduced", "glucose", "levels", ".", "The", "average", "duration", "of", "symptoms", "is", "two", "to", "four", "weeks", ".", "Fever", "is", "typical", ",", "occurring", "during", "the", "course", "of", "the", "disease", "in", "more", "than", "80", "%", "of", "patients", ".", "Hydrocephalus", "is", "the", "most", "common", "neuroradiological", "alteration", ".", "In", "our", "patient", "this", "entity", "should", "be", "considered", ",", "given", "the", "clinical", "features", "and", "the", "presence", "of", "hydrocephalus", ",", "although", "a", "priori", "we", "would", "be", "dealing", "with", "an", "immunocompetent", "patient", ",", "which", "would", "be", "less", "likely", ".", "It", "could", "also", "be", "an", "infection", "by", "M", ".", "avium", ",", "although", "in", "these", "cases", "the", "patient", "usually", "had", "a", "productive", "cough", "and", "abnormal", "chest", "X-rays", ".", "Evolution", "After", "performing", "the", "lumbar", "puncture", ",", "empirical", "treatment", "with", "ceftriaxone", ",", "vancomycin", ",", "ampicillin", ",", "acyclovir", "and", "dexamethasone", "was", "started", "and", ",", "given", "the", "serious", "clinical", "condition", "of", "the", "patient", ",", "with", "a", "marked", "decrease", "in", "the", "level", "of", "consciousness", "and", "progressive", "respiratory", "failure", ",", "he", "was", "transferred", "to", "the", "ICU", "where", "he", "finally", "required", "orotracheal", "intubation", ".", "Cerebrospinal", "fluid", "biochemistry", "showed", "clear", "fluid", "with", "21", "leukocytes", "(", "89", "%", "mononuclear", ")", ",", "glucose", "consumption", "(", "20", "mg", "/", "dl", ")", "and", "proteinuria", "(", "169", "mg", "/", "dl", ")", ".", "Gram", "stain", "showed", "no", "micro-organisms", ".", "Since", "the", "patient", "did", "not", "show", "clear", "improvement", "with", "antibiotic", "treatment", ",", "it", "was", "decided", "to", "perform", "a", "new", "lumbar", "puncture", ",", "and", "a", "positive", "tuberculosis", "PCR", "was", "detected", ",", "confirming", "its", "growth", "in", "the", "subsequent", "culture", ".", "Treatment", "was", "started", "with", "rifampicin", "/", "pyrazinamide", "/", "isoniazid", "(", "Mycobacterium", "tuberculosis", "was", "sensitive", "to", "all", "first-line", "tuberculostatics", ")", ".", "Sputum", "smear", "microscopy", "of", "respiratory", "samples", "was", "also", "positive", ",", "requiring", "respiratory", "isolation", ".", "New", "imaging", "tests", ",", "both", "CT", "and", "MRI", ",", "continued", "to", "detect", "hydrocephalus", "one", "week", "after", "starting", "anti-tuberculostatic", "treatment", ",", "and", "an", "external", "ventricular", "drain", "was", "placed", ",", "with", "no", "clear", "clinical", "improvement", "in", "the", "level", "of", "consciousness", ",", "so", "it", "was", "removed", "three", "days", "later", ".", "A", "CT", "scan", "of", "the", "chest", "showed", "multiple", "small", "nodules", "in", "the", "lower", "and", "upper", "right", "lobe", ",", "which", "did", "not", "appear", "to", "be", "related", "to", "tuberculosis", ".", "HIV", "serology", "was", "negative", ".", "As", "complications", "in", "the", "ICU", "he", "presented", "tracheobronchitis", "due", "to", "Klebsiella", "pneumoniae", "and", "two", "episodes", "of", "bacteraemia", "secondary", "to", "central", "venous", "catheter", "infection", ",", "one", "of", "them", "due", "to", "Staphylococcus", "epidermidis", "and", "the", "other", "to", "Klebsiella", "pneumoniae", ",", "treated", "with", "linezolid", "and", "ciprofloxacin", "respectively", ".", "He", "was", "transferred", "to", "the", "hospital", "ward", "with", "haemodynamic", "and", "respiratory", "stability", "and", "some", "improvement", "in", "the", "level", "of", "consciousness", ",", "albeit", "fluctuating", "over", "the", "following", "days", ".", "It", "was", "decided", "to", "perform", "a", "ventriculostomy", "due", "to", "the", "persistence", "of", "hydrocephalus", "with", "significant", "ependymal", "transudate", "in", "a", "control", "CT", "scan", "of", "the", "skull", "performed", "one", "month", "later", ".", "Finally", ",", "despite", "the", "measures", "taken", ",", "the", "patient", "continued", "to", "deteriorate", "progressively", "from", "the", "neurological", "point", "of", "view", "and", "died", "almost", "two", "months", "after", "starting", "anti-tuberculosis", "treatment", ".", "Final", "diagnosis", "Acute", "confusional", "syndrome", "with", "decreased", "level", "of", "consciousness", "secondary", "to", "tuberculous", "meningitis", "in", "an", "immunocompetent", "patient", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 655, "end": 662 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 958, "end": 964 }, { "text": "relatives", "label": "HUMAN", "start": 1142, "end": 1151 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 887, "end": 894 }, { "text": "relatives", "label": "HUMAN", "start": 2492, "end": 2501 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2415, "end": 2422 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3089, "end": 3096 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3740, "end": 3747 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3887, "end": 3894 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 4591, "end": 4599 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5253, "end": 5260 }, { "text": "Borrelia burgdorferi", "label": "SPECIES", "start": 6147, "end": 6167 }, { "text": "Brucella", "label": "SPECIES", "start": 5923, "end": 5931 }, { "text": "Listeria", "label": "SPECIES", "start": 5744, "end": 5752 }, { "text": "Streptococcus pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 5691, "end": 5715 }, { "text": "Treponema pallidum", "label": "SPECIES", "start": 6124, "end": 6142 }, { "text": "adult", "label": "HUMAN", "start": 5673, "end": 5678 }, { "text": "animals", "label": "SPECIES", "start": 6078, "end": 6085 }, { "text": "Bacterial", "label": "SPECIES", "start": 5387, "end": 5396 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 5423, "end": 5432 }, { "text": "fungal", "label": "SPECIES", "start": 5437, "end": 5443 }, { "text": "meningococcus", "label": "SPECIES", "start": 5726, "end": 5739 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 5679, "end": 5687 }, { "text": "spirochetes", "label": "SPECIES", "start": 6112, "end": 6123 }, { "text": "Aspergillus spp", "label": "SPECIES", "start": 6548, "end": 6563 }, { "text": "Mucor spp", "label": "SPECIES", "start": 6565, "end": 6574 }, { "text": "cryptococcal", "label": "SPECIES", "start": 6478, "end": 6490 }, { "text": "Fungal", "label": "SPECIES", "start": 6318, "end": 6324 }, { "text": "fungal", "label": "SPECIES", "start": 6457, "end": 6463 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 6531, "end": 6539 }, { "text": "Pseudallescheria boydii", "label": "SPECIES", "start": 6579, "end": 6602 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 6974, "end": 6977 }, { "text": "adults", "label": "HUMAN", "start": 7129, "end": 7135 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 7454, "end": 7461 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 7621, "end": 7628 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 7729, "end": 7736 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 7374, "end": 7382 }, { "text": "M. avium", "label": "SPECIES", "start": 7691, "end": 7699 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 7995, "end": 8002 }, { "text": "Mycobacterium tuberculosis", "label": "SPECIES", "start": 8644, "end": 8670 }, { "text": "smear microscopy", "label": "SPECIES", "start": 8729, "end": 8745 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 8372, "end": 8379 } ]

[ "", "A", "2-week-old", "Caucasian", "boy", ",", "son", "of", "a", "32-year-old", "woman", "(", "3", "pregnancies", ",", "2", "deliveries", ",", "1", "abortion", ",", "2", "living", "children", ")", ",", "GBS", "positive", "and", "at", "39", "weeks", "'", "gestation", ",", "with", "voluntary", "caesarean", "delivery", ",", "brought", "the", "baby", "to", "the", "emergency", "department", "with", "a", "fever", "of", "38", ".", "0", "°", "C", "of", "one", "day", "'", "s", "evolution", ".", "In", "the", "three", "days", "prior", "to", "admission", ",", "the", "mother", "noticed", "a", "progressively", "worsening", "erythema", "on", "the", "thumb", "and", "fourth", "finger", ".", "In", "addition", ",", "the", "patient", "had", "become", "increasingly", "drowsy", "during", "the", "last", "day", "and", "had", "decreased", "his", "milk", "intake", ",", "which", "convinced", "his", "mother", "to", "take", "him", "to", "the", "emergency", "department", "for", "evaluation", ".", "Routine", "history", "taking", "did", "not", "reveal", "nasal", "congestion", ",", "cough", ",", "respiratory", "distress", ",", "vomiting", "or", "diarrhoea", ".", "The", "mother", "reported", "a", "feeling", "of", "congestion", "and", "cough", "for", "the", "last", "few", "days", "and", "a", "sibling", "with", "viral", "symptoms", ".", "The", "mother", "has", "a", "history", "of", "recurrent", "oral", "herpetic", "lesions", ".", "Physical", "examination", "showed", "a", "2-week-old", "child", "in", "good", "health", ",", "conscious", "and", "able", "to", "take", "the", "mother", "'", "s", "breast", "in", "the", "emergency", "department", ".", "Physical", "examination", "of", "the", "patient", "was", "unremarkable", "except", "for", "small", "erosions", "on", "the", "right", "thumb", "and", "fourth", "finger", ",", "with", "a", "thin", "erythematous", "border", "without", "fluctuation", "or", "discharge", ".", "During", "the", "ED", "visit", ",", "the", "patient", "presented", "with", "a", "temperature", "of", "38", "°", "C", ",", "measured", "rectally", ".", "Initial", "laboratory", "tests", "with", "a", "complete", "blood", "count", "and", "blood", "differential", "yielded", "the", "following", "results", ":", "leukocyte", "count", "9", ".", "2", "bil", "/", "L", ",", "haemoglobin", "17", ".", "7", "g", "/", "dL", ",", "thrombocytes", "244", "bil", "/", "L", ",", "neutrophils", "0", ".", "3", "bil", "/", "L", ",", "lymphocytes", "5", ".", "0", "bil", "/", "L", ",", "monocytes", "3", ".", "7", "bil", "/", "L", ",", "immature", "granulocytes", "0", ".", "06", "bil", "/", "L", ".", "A", "complete", "metabolic", "profile", "was", "relevant", "only", "for", "an", "aspartate", "aminotransferase", "of", "64", "U", "/", "L", "and", "an", "alanine", "aminotransferase", "of", "40", "U", "/", "L", ".", "Cerebrospinal", "fluid", "(", "CSF", ")", "tests", "showed", "a", "glucorrachia", "of", "51", "mg", "/", "dL", ",", "proteinorrachia", "of", "45", "mg", "/", "dL", ",", "leukocyte", "count", "of", "6", "/", "μL", "and", "erythrocyte", "count", "of", "360", "/", "μL", ".", "Provisional", "treatment", "with", "antibiotics", "and", "acyclovir", "was", "started", "in", "view", "of", "his", "high", "liver", "enzyme", "values", "and", "possible", "finger", "lesions", ".", "Shortly", "after", "a", "lumbar", "puncture", ",", "the", "patient", "developed", "85", "%", "hypoxia", "while", "in", "the", "mother", "'", "s", "arms", ",", "which", "improved", "with", "stimulation", "and", "oxygen", "therapy", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "bilateral", "perihilar", "lines", "without", "focal", "consolidation", ".", "The", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "paediatric", "intensive", "care", "unit", "because", "of", "hypoxic", "respiratory", "failure", ".", "Prior", "to", "transfer", ",", "a", "nasopharyngeal", "swab", "was", "performed", "for", "SARS-CoV-2", "testing", ".", "The", "patient", "required", "light", "nasal", "cannula", "oxygen", "therapy", "in", "the", "first", "24", "hours", "of", "admission", ",", "but", "was", "progressively", "weaned", "to", "room", "air", "without", "the", "need", "for", "increased", "therapy", ".", "On", "day", "1", "of", "admission", ",", "PCR", "testing", "for", "SARS-CoV-2", "was", "positive", ".", "Additional", "herpes", "simplex", "virus", "surface", "cultures", "and", "cultures", "of", "the", "right", "hand", "lesions", "tested", "positive", "for", "methicillin-resistant", "Staphylococcus", "aureus", ".", "Blood", "and", "CSF", "cultures", "showed", "no", "growth", "and", "tests", "for", "meningitis", "and", "CSF", "encephalitis", "were", "negative", ".", "Respiratory", "viral", "tests", "were", "also", "negative", ".", "Complete", "blood", "count", "revealed", "an", "improvement", "of", "neutrocytopenia", "from", "0", ".", "3", "bil", "/", "L", "to", "0", ".", "7", "bil", "/", "L", ".", "Given", "the", "improvement", "of", "the", "patient", "'", "s", "clinical", "condition", ",", "neither", "hydroxychloroquine", "nor", "azithromycin", "was", "administered", ".", "On", "hospital", "day", "4", ",", "he", "was", "discharged", "with", "oral", "antibiotics", "for", "soft", "tissue", "infection", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0 ]

[ { "text": "sibling", "label": "HUMAN", "start": 794, "end": 801 }, { "text": "son", "label": "HUMAN", "start": 29, "end": 32 }, { "text": "children", "label": "HUMAN", "start": 107, "end": 115 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 328, "end": 334 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 541, "end": 547 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 716, "end": 722 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 827, "end": 833 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 50, "end": 55 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 427, "end": 434 }, { "text": "GBS", "label": "SPECIES", "start": 118, "end": 121 }, { "text": "herpetic", "label": "SPECIES", "start": 866, "end": 874 }, { "text": "child", "label": "HUMAN", "start": 926, "end": 931 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 979, "end": 985 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1052, "end": 1059 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1232, "end": 1239 }, { "text": "methicillin-resistant Staphylococcus aureus", "label": "SPECIES", "start": 2749, "end": 2792 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 2081, "end": 2087 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2038, "end": 2045 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2226, "end": 2233 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2408, "end": 2415 }, { "text": "virus", "label": "SPECIES", "start": 2667, "end": 2672 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 2384, "end": 2394 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 2616, "end": 2626 }, { "text": "herpes simplex virus", "label": "SPECIES", "start": 2652, "end": 2672 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3062, "end": 3069 }, { "text": "infection", "label": "SPECIES", "start": 3229, "end": 3238 } ]

[ "A", "16-year-old", "woman", "with", "a", "personal", "history", "of", "mixed", "hyperandrogenism", "(", "under", "follow-up", "by", "gynaecology", "and", "endocrinology", ")", "consulted", "her", "primary", "care", "centre", "for", "fever", "and", "odynophagia", "of", "two", "weeks", "'", "duration", ".", "After", "finding", "tonsillar", "hypertrophy", "with", "pustular", "plaques", "and", "painful", "right", "laterocervical", "adenopathy", ",", "she", "was", "prescribed", "treatment", "with", "fenoxymethylpenicillin", "(", "250", "mg", "every", "12", "hours", ")", ",", "which", "was", "modified", "to", "clindamycin", "(", "300", "mg", "every", "6", "hours", ")", "after", "three", "days", "due", "to", "persistence", "of", "the", "symptoms", ".", "The", "symptoms", "did", "not", "improve", "in", "the", "following", "days", ",", "and", "the", "patient", "became", "very", "prostrate", ".", "A", "urine", "culture", "coinciding", "with", "some", "dysuria", "isolated", "Escherichia", "coli", ".", "Treatment", "was", "replaced", "with", "ciprofloxacin", "and", "the", "patient", "was", "admitted", "to", "hospital", ".", "On", "admission", ",", "the", "patient", "was", "in", "an", "acceptable", "general", "state", "of", "health", "and", "had", "a", "good", "level", "of", "consciousness", ".", "She", "was", "afebrile", "(", "36", ".", "7oC", ")", "and", "haemodynamically", "stable", "(", "blood", "pressure", "116", "/", "78mmHg", "and", "103", "beats", "per", "minute", ")", ".", "The", "complete", "physical", "examination", "revealed", "no", "significant", "abnormalities", ",", "except", "for", "the", "presence", "of", "small", "right", "laterocervical", "adenopathies", "in", "lymph", "node", "areas", "II-III", "and", "the", "existence", "of", "hypertrophic", "grade", "II", "palatine", "tonsils", "with", "non-confluent", "psudomembranous", "exudate", "that", "was", "detached", "when", "scratched", ".", "There", "was", "no", "evidence", "of", "bulging", "of", "the", "anterior", "tonsillar", "pillars", "or", "clear", "asymmetries", ".", "Initial", "complementary", "tests", "showed", "mild", "leukocytosis", "without", "left", "shift", "(", "11", ",", "150", "leukocytes", "/", "mm3", ",", "with", "35", ".", "3", "%", "neutrophils", ",", "57", "%", "lymphocytes", "and", "6", ".", "4", "%", "monocytes", ")", ".", "Haemoglobin", "was", "13", ".", "3", "g", "/", "dL", "and", "platelets", "213", ",", "000", "per", "plaq", "/", "mm3", ".", "Renal", "function", "was", "normal", "(", "creatinine", "0", ".", "81", "mg", "/", "dL", ",", "urea", "21", ".", "6", "mg", "/", "dL", ",", "sodium", "141", "mmol", "/", "L", "and", "potassium", "3", ".", "81", "mmol", "/", "L", ")", "and", "minimal", "elevation", "of", "liver", "enzymes", "was", "evident", "(", "aspartate", "transaminase", "90", "U", "/", "L", ",", "alanine", "transaminase", "110", ".", "4", "U", "/", "L", ",", "gamma", "glutamyltransferase", "77", "U", "/", "L", ",", "total", "bilirubin", "0", ".", "34", "mg", "/", "dL", ",", "alkaline", "phosphatase", "67", "U", "/", "L", ",", "triacylglycerol", "lipase", "53", ".", "4", "U", "/", "L", "and", "alpha", "amylase", "40", "U", "/", "L", ")", ".", "Chest", "X-ray", "and", "abdominal", "ultrasound", "were", "normal", ".", "After", "24", "hours", "of", "admission", "the", "patient", "started", "with", "weakness", "in", "the", "lower", "limbs", ".", "Examination", "revealed", "bilateral", "nystagmus", ",", "global", "paraparesis", "3", "/", "5", ",", "hyperreflexia", "of", "upper", "limbs", "and", "slight", "nuchal", "rigidity", ".", "There", "was", "no", "sensory", "deficit", ".", "Several", "hours", "later", ",", "the", "paraparesis", "of", "the", "lower", "limbs", "progressed", "to", "affect", "the", "upper", "limbs", ".", "The", "patient", "also", "reported", "diplopia", "and", "there", "was", "a", "significant", "decrease", "in", "the", "level", "of", "consciousness", ".", "An", "urgent", "cranial", "CT", "scan", "showed", "no", "significant", "findings", "and", "a", "lumbar", "puncture", "revealed", "cerebrospinal", "fluid", "(", "CSF", ")", "with", "normal", "organoleptic", "properties", "and", "normal", "outflow", "pressure", ".", "CSF", "biochemistry", "showed", "45", "leukocytes", "/", "mm3", "with", "5", "%", "polymorphonuclear", "and", "95", "%", "mononuclear", ",", "glucose", "62", "mg", "/", "dl", "and", "total", "protein", "48", ".", "3", "mg", "/", "dl", ".", "Differential", "diagnosis", "In", "the", "case", "of", "a", "patient", "with", "impaired", "level", "of", "consciousness", ",", "a", "differential", "diagnosis", "should", "be", "established", "between", "several", "entities", ":", "-", "Traumatic", ":", "ruled", "out", "due", "to", "the", "lack", "of", "previous", "traumatic", "history", ".", "-", "Toxic-nutritional", ":", "vitamin", "B12", "deficiency", ",", "niacin", "deficiency", ",", "radiation", "myelopathy", ",", "heavy", "metal", "toxicity", ",", "drug", "toxicity", ",", "alcoholism", ",", "diabetes", ",", "amyloidosis", ",", "etc", ".", "The", "clinical", "manifestations", "of", "these", "entities", "and", "the", "lack", "of", "exposure", "or", "consumption", "of", "toxic", "substances", "rule", "them", "out", ".", "-", "Paraneoplastic", ":", "microcytic", "carcinoma", "of", "the", "lung", "and", "carcinoma", "of", "the", "breast", "and", "ovary", ",", "as", "the", "most", "frequent", "neoplasms", ".", "The", "absence", "of", "compatible", "clinical", "manifestations", ",", "the", "lack", "of", "history", "to", "support", "the", "diagnosis", "and", "the", "normal", "chest", "X-ray", "and", "abdominal", "ultrasound", "allow", "these", "diagnoses", "to", "be", "reasonably", "ruled", "out", ".", "-", "Ischaemic", ":", "occlusion", "of", "the", "anterior", "spinal", "artery", "or", "a", "segmental", "branch", "of", "the", "aorta", ",", "bifrontal", "cerebral", "infarction", ",", "dural", "fistulas", ",", "etc", ".", "The", "patient", "'", "s", "age", "and", "the", "gradual", "progression", "of", "the", "clinical", "picture", "militate", "against", "these", "possibilities", ".", "-", "Compressive", ":", "tumours", ",", "epidural", "or", "subdural", "haematoma", ",", "epidural", "abscess", ",", "syringomyelia", ",", "lumbar", "canal", "stenosis", ",", "vertebral", "spondylosis", ",", "herniated", "discs", ",", "etc", ".", "or", "less", "intense", "at", "the", "level", "of", "the", "lesion", ",", "a", "circumstance", "not", "reported", "by", "the", "patient", ".", "-", "Inflammatory", ":", "we", "must", "first", "consider", "multiple", "sclerosis", ",", "whose", "most", "frequent", "onset", "symptom", "is", "altered", "sensation", "(", "paraesthesia", ")", ",", "which", "was", "absent", "in", "our", "patient", "after", "a", "thorough", "examination", ".", "In", "addition", ",", "for", "the", "diagnosis", "of", "multiple", "sclerosis", ",", "the", "presence", "of", "a", "febrile", "process", "(", "present", "in", "our", "patient", ")", "must", "be", "ruled", "out", ".", "Secondly", ",", "the", "presence", "of", "acute", "idiopathic", "demyelinating", "demyelinating", "polyneuropathy", "(", "Guillain-Barré", "syndrome", ")", "should", "be", "considered", ".", "This", "condition", "is", "characterised", "by", "weakness", "of", "the", "limbs", ",", "paraesthesia", "in", "the", "acral", "regions", ",", "generalised", "hyporeflexia", "and", "albumin-cytological", "dissociation", "in", "the", "cerebrospinal", "fluid", ",", "all", "of", "which", "were", "absent", "in", "our", "patient", ".", "-", "Infectious", ":", "the", "presence", "of", "fever", ",", "decreased", "level", "of", "consciousness", "and", "tetraparesis", "is", "suggestive", "of", "acute", "post-infectious", "disseminated", "disseminated", "encephalomyelitis", ".", "This", "is", "an", "abnormal", "immune", "response", "to", "infection", "or", "vaccination", "that", "appears", "5", "to", "20", "days", "after", "the", "acute", "episode", ".", "The", "aetiological", "agents", "involved", "are", "measles", ",", "varicella-zoster", "virus", "(", "VZV", ")", ",", "rubella", ",", "mumps", ",", "Epstein-Barr", "virus", "(", "EBV", ")", ",", "HIV", ",", "influenza", ",", "hepatitis", "A", "and", "C", ",", "and", "less", "frequently", "bacteria", "(", "cases", "associated", "with", "Mycoplasma", "pneumoniae", "and", "rarely", "with", "other", "bacteria", "have", "been", "described", ")", ".", "This", "would", "be", "the", "first", "option", "to", "consider", "in", "our", "patient", ".", "The", "history", "of", "odynophagia", "with", "hypertrophic", "palatine", "tonsils", "with", "inconclusive", "pseudomembranous", "exudate", "and", "laterocervical", "adenopathies", "suggest", "EBV", "as", "the", "most", "likely", "aetiological", "agent", ".", "Cervical", "MRI", "in", "T2", "sequence", ":", "inflammatory", "signs", "at", "the", "level", "of", "the", "cervical", "medulla", ".", "Evolution", "Given", "the", "clinical", "progression", ",", "a", "cervico-dorso-lumbosacral", "MRI", "was", "performed", ",", "showing", "a", "faint", "area", "of", "hypersignal", "in", "T2", "sequence", ",", "with", "a", "linear", "arrangement", "in", "a", "craniocaudal", "direction", "at", "the", "level", "of", "the", "ventral", "and", "medial", "lower", "cervical", "spinal", "cord", "(", "extending", "along", "the", "segment", "corresponding", "to", "the", "C5-C6", "vertebral", "bodies", ")", ".", "There", "was", "also", "minimal", "spinal", "cord", "swelling", "at", "this", "level", "which", "did", "not", "show", "contrast", "enhancement", ".", "The", "findings", "were", "indicative", "of", "inflammatory", "involvement", "compatible", "with", "acute", "myelitis", ".", "The", "data", "obtained", "from", "the", "radiological", "tests", "associated", "with", "the", "history", "of", "fever", "and", "the", "deterioration", "of", "the", "level", "of", "consciousness", "allowed", "the", "diagnosis", "of", "acute", "post-infectious", "disseminated", "disseminated", "encephalomyelitis", "to", "be", "established", ".", "The", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "intensive", "care", "unit", "and", "treatment", "with", "acyclovir", "10", "mg", "/", "kg", "/", "8", "hours", "and", "three", "boluses", "of", "methylprednisolone", "(", "1g", "/", "day", ",", "three", "days", ")", "was", "prescribed", ".", "Ciprofloxacin", "(", "400", "mg", "iv", "every", "12", "hours", ")", "was", "maintained", ".", "EBV", "serology", "was", "positive", "(", "IgG", ":", "53", ".", "40", "U", "/", "mL", ",", "IgM", ":", "positive", ")", ",", "as", "was", "cytomegalovirus", "(", "CMV", ")", "serology", "(", "IgG", ":", "48", ".", "69", "U", "/", "mL", ",", "IgM", ":", "weak", "positive", ")", ".", "Serology", "for", "HIV", ",", "herpes", "simplex", "virus", "(", "HSV", ")", "1", "and", "2", ",", "parvovirus", "B19", ",", "hepatitis", "A", "and", "B", "virus", ",", "varicella-zoster", "virus", "(", "VZV", ")", ",", "Coxiella", "burnetii", ",", "Rickettsia", "conorii", "and", "Toxoplasma", "gondii", "were", "negative", ".", "In", "the", "absence", "of", "heterophile", "antibody", "positivity", ",", "it", "was", "decided", "to", "switch", "from", "acyclovir", "to", "ganciclovir", "(", "275", "mg", "every", "12", "hours", ")", "in", "the", "intensive", "care", "unit", ".", "The", "patient", "improved", "rapidly", "and", "was", "transferred", "to", "the", "ward", ",", "where", "ganciclovir", "treatment", "was", "maintained", "for", "two", "weeks", ".", "No", "oral", "glucocorticoid", "regimen", "or", "other", "therapeutic", "measures", "such", "as", "immunoglobulins", "or", "plasmapheresis", "were", "used", "due", "to", "the", "good", "clinical", "course", ".", "Cerebrospinal", "fluid", "polymerase", "chain", "reaction", "for", "HSV", ",", "VZV", "and", "enterovirus", "was", "negative", ".", "A", "second", "serology", "was", "performed", "two", "weeks", "after", "the", "first", "serology", ".", "The", "presence", "of", "EBV", "IgM", "was", "confirmed", "(", "IgG", ":", "25", ".", "7", "U", "/", "mL", ",", "IgM", ":", "positive", ")", ",", "this", "time", "CMV", "IgM", "was", "negative", "(", "IgG", ":", "38", ".", "14", "U", "/", "mL", ",", "IgM", ":", "negative", ")", ".", "On", "discharge", ",", "the", "patient", "ambulated", "independently", "without", "external", "aids", ",", "without", "gait", "ataxia", "and", "without", "dysmetria", ".", "Final", "diagnosis", "Acute", "post-infectious", "disseminated", "encephalomyelitis", "due", "to", "Epstein-Barr", "virus", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 4, 3, 4, 4, 4, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0 ]

[ { "text": "Escherichia coli", "label": "SPECIES", "start": 645, "end": 661 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 19 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 560, "end": 567 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 713, "end": 720 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 765, "end": 772 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 27, "end": 35 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2038, "end": 2045 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2339, "end": 2346 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2794, "end": 2801 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3732, "end": 3739 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4072, "end": 4079 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4235, "end": 4242 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4377, "end": 4384 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4754, "end": 4761 }, { "text": "Mycoplasma pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 5254, "end": 5275 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 5161, "end": 5164 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 5533, "end": 5536 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 5167, "end": 5170 }, { "text": "VZV", "label": "SPECIES", "start": 5119, "end": 5122 }, { "text": "bacteria", "label": "SPECIES", "start": 5222, "end": 5230 }, { "text": "bacteria", "label": "SPECIES", "start": 5298, "end": 5306 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5379, "end": 5386 }, { "text": "mumps", "label": "SPECIES", "start": 5134, "end": 5139 }, { "text": "vaccination", "label": "SPECIES", "start": 4986, "end": 4997 }, { "text": "varicella-zoster", "label": "SPECIES", "start": 5095, "end": 5111 }, { "text": "Epstein-Barr virus", "label": "SPECIES", "start": 5141, "end": 5159 }, { "text": "varicella-zoster virus", "label": "SPECIES", "start": 5095, "end": 5117 }, { "text": "rubella", "label": "SPECIES", "start": 5125, "end": 5132 }, { "text": "influenza", "label": "SPECIES", "start": 5172, "end": 5181 }, { "text": "hepatitis A", "label": "SPECIES", "start": 5183, "end": 5194 }, { "text": "hepatitis A and C", "label": "SPECIES", "start": 5183, "end": 5200 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 6750, "end": 6753 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 7665, "end": 7668 }, { "text": "Coxiella burnetii", "label": "SPECIES", "start": 6928, "end": 6945 }, { "text": "Toxoplasma gondii", "label": "SPECIES", "start": 6970, "end": 6987 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 6666, "end": 6669 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 7600, "end": 7603 }, { "text": "HSV", "label": "SPECIES", "start": 6843, "end": 6846 }, { "text": "HSV", "label": "SPECIES", "start": 7477, "end": 7480 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 6816, "end": 6819 }, { "text": "VZV", "label": "SPECIES", "start": 6922, "end": 6925 }, { "text": "VZV", "label": "SPECIES", "start": 7482, "end": 7485 }, { "text": "cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 6733, "end": 6748 }, { "text": "enterovirus", "label": "SPECIES", "start": 7490, "end": 7501 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6438, "end": 6445 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 7165, "end": 7172 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 7738, "end": 7745 }, { "text": "varicella-zoster", "label": "SPECIES", "start": 6898, "end": 6914 }, { "text": "herpes simplex virus (HSV) 1", "label": "SPECIES", "start": 6821, "end": 6849 }, { "text": "varicella-zoster virus", "label": "SPECIES", "start": 6898, "end": 6920 }, { "text": "parvovirus B19", "label": "SPECIES", "start": 6857, "end": 6871 }, { "text": "Rickettsia conorii", "label": "SPECIES", "start": 6947, "end": 6965 }, { "text": "hepatitis A", "label": "SPECIES", "start": 6873, "end": 6884 }, { "text": "herpes simplex virus (HSV) 1 and 2", "label": "SPECIES", "start": 6821, "end": 6855 }, { "text": "hepatitis A and B virus", "label": "SPECIES", "start": 6873, "end": 6896 }, { "text": "Epstein-Barr virus", "label": "SPECIES", "start": 7913, "end": 7931 } ]

[ "", "A", "52-year-old", "woman", "came", "to", "our", "dermatology", "clinic", "with", "erythematous", "pruritic", "lesions", "on", "the", "extremities", "and", "abrasions", "on", "the", "lips", "and", "buccal", "mucosa", ".", "She", "had", "no", "flu-like", "symptoms", "or", "fever", ".", "She", "had", "been", "treated", "in", "a", "dental", "clinic", "3", "days", "earlier", "(", "day", "-", "3", ")", "and", "was", "prescribed", "antibiotics", "(", "cefcapene", ")", "and", "the", "NSAID", "loxoprofen", ".", "Erythematous", "lesions", "and", "lip", "abrasions", "appeared", "two", "days", "later", "(", "day", "-", "1", ")", ".", "Her", "haemogram", "was", "normal", ".", "The", "skin", "lesions", "were", "diagnosed", "as", "a", "drug", "eruption", "(", "day", "0", ")", ".", "Pathological", "analysis", "of", "a", "skin", "biopsy", "obtained", "from", "a", "hardened", "erythematous", "lesion", "of", "the", "leg", "revealed", "mild", "liquefaction", "with", "mixed", "perivascular", "and", "periadnexal", "cellular", "infiltrates", "from", "the", "papillary", "dermis", "to", "the", "deep", "hypodermis", ".", "Deep", "lymphocytic", "infiltrates", "are", "unusual", "in", "drug", "eruptions", ".", "Lymphocyte", "stimulation", "tests", "were", "performed", "for", "cefcapene", "(", "stimulation", "index", ":", "151", "%", ")", "and", "loxoprofen", "(", "stimulation", "index", ":", "300", "%", ")", ".", "A", "course", "of", "oral", "prednisolone", "(", "20", "mg", "/", "day", ")", "was", "started", "immediately", "to", "treat", "worsening", "oral", "lesions", ".", "On", "day", "2", ",", "a", "well-demarcated", "infiltrated", "erythema", "was", "observed", "on", "the", "trunk", ".", "Abrasions", "of", "the", "lower", "lips", "and", "buccal", "mucosa", "gradually", "improved", ".", "Prednisolone", "was", "reduced", "to", "10", "mg", "/", "day", ".", "Five", "days", "after", "tapering", "prednisolone", "(", "day", "7", ")", ",", "the", "patient", "returned", "to", "our", "clinic", "with", "high", "fever", ",", "cough", ",", "chills", ",", "fatigue", "and", "dyspnoea", ".", "She", "did", "not", "report", "having", "travelled", ",", "but", "worked", "in", "a", "health", "care", "centre", "for", "the", "elderly", ".", "A", "CT", "scan", "showed", "mild", "ground-glass", "opacities", "in", "the", "lower", "lung", "lobes", ".", "Blood", "tests", "revealed", "an", "elevated", "white", "blood", "cell", "count", "(", "22", ",", "300", "/", "l", ")", ",", "with", "lymphocytopenia", "(", "490", "/", "l", ")", "and", "increased", "neutrophils", "(", "20", ",", "449", "/", "l", ")", ",", "high", "C-reactive", "protein", "values", "(", "12", ".", "8", "mg", "/", "dl", ")", "and", "normal", "lactic", "acid", "and", "dehydrogenase", "values", "(", "196", "U", "/", "L", ")", ".", "She", "was", "diagnosed", "with", "pneumonia", "and", "was", "admitted", "to", "an", "infectious", "diseases", "ward", "with", "suspected", "COVID-19", ".", "Lymphocytopenia", "is", "an", "aggravating", "factor", "for", "COVID-19", ".", "On", "admission", "(", "day", "7", ")", ",", "her", "erythematous", "lesions", "rapidly", "worsened", ".", "Severe", "infection", "led", "us", "to", "withdraw", "oral", "prednisolone", "and", "start", "a", "regimen", "of", "ampicillin", "/", "sulbactam", "and", "clarithromycin", ".", "On", "day", "8", ",", "new", "macular", "papules", "and", "erythematous", "lesions", "appeared", "on", "the", "face", "and", "trunk", ",", "with", "petechiae", ".", "A", "biopsy", "of", "a", "hardened", "erythematous", "lesion", "of", "the", "abdominal", "skin", "was", "obtained", ".", "Pathological", "examination", "revealed", "interfacial", "changes", "with", "liquefaction", "and", "mixed", "perivascular", "cellular", "infiltrates", ",", "with", "histiocytes", "and", "neutrophils", "in", "the", "papillary", "dermis", ".", "Ampicillin", "/", "sulbactam", "was", "changed", "to", "levofloxacin", ".", "On", "day", "10", ",", "the", "erythematous", "lesions", "peaked", "and", "gradually", "pigmented", ".", "Polymerase", "chain", "reaction", "(", "PCR", ")", "testing", "for", "COVID-19", "on", "day", "1", "of", "admission", "was", "negative", ",", "but", "a", "CT", "scan", "showed", "progression", "of", "ground-glass", "opacities", ".", "A", "second", "PCR", "for", "COVID-19", "was", "positive", "on", "day", "3", "of", "admission", "and", "the", "patient", "was", "diagnosed", "with", "COVID-19", "and", "transferred", "to", "an", "intensive", "care", "unit", "of", "another", "hospital", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 20 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1232, "end": 1239 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2751, "end": 2758 } ]

[ "A", "42-year-old", "man", ",", "resident", "in", "Mérida", "(", "Extremadura", ")", ",", "with", "a", "personal", "history", "of", "type", "I", "diabetes", "mellitus", "and", "chronic", "prostatitis", ",", "consulted", "three", "weeks", "after", "ingestion", "of", "an", "unsanitised", "dairy", "product", "due", "to", "fever", "and", "general", "malaise", ".", "Complementary", "tests", "showed", "an", "unaltered", "haemogram", ",", "biochemistry", ",", "coagulation", "tests", "and", "conventional", "radiology", ".", "Blood", "cultures", "in", "conventional", "and", "Ruiz", "Castañeda", "media", "were", "negative", ".", "The", "serological", "study", "for", "Brucella", "was", ":", "Rose", "Bengal", ":", "positive", ",", "sero-agglutination", ":", "positive", "(", "1", "/", "20", ")", "and", "antibrucella-coombs", ":", "positive", ".", "Treatment", "was", "started", "with", "Rifampicin", "900mg", "/", "day", "plus", "doxacycline", "100mg", "/", "12h", "for", "6", "weeks", ".", "After", "five", "months", "he", "suffered", "a", "relapse", "and", "presented", "with", "lumbar", "pain", "and", "fever", ".", "On", "examination", "the", "left", "iliac", "region", "was", "impacted", "together", "with", "a", "positive", "psoas", "sign", ".", "A", "computerised", "axial", "tomography", "(", "CAT", ")", "scan", "showed", "L5-S1", "spondylodiscitis", "with", "involvement", "of", "the", "surrounding", "soft", "tissues", "and", "a", "small", "bilateral", "psoas", "abscess", ".", "It", "was", "decided", "to", "resume", "previous", "antibiotic", "treatment", "with", "the", "addition", "of", "ciprofloxacin", "400mgr", "/", "12h", ".", "After", "one", "month", ",", "given", "the", "poor", "response", "to", "treatment", ",", "transcutaneous", "drainage", "of", "the", "psoas", "collections", "was", "performed", ".", "In", "view", "of", "the", "poor", "evolution", "of", "the", "patient", ",", "a", "new", "CT", "scan", "was", "performed", ",", "showing", "the", "existence", "of", "large", "bilateral", "psoas", "abscesses", "and", "involvement", "of", "the", "surrounding", "tissue", "together", "with", "spondylodiscitis", "at", "L5-S1", ".", "The", "patient", "was", "referred", "to", "our", "department", "where", "he", "was", "operated", "on", "by", "the", "urology", "and", "neurosurgery", "departments", "together", ",", "with", "drainage", "of", "both", "muscles", "and", "L5-S1", "discectomy", ".", "The", "postoperative", "period", "was", "uneventful", "and", "the", "patient", "was", "discharged", "with", "antibiotic", "treatment", "with", "doxycycline", "100mgr", "/", "12hours", "together", "with", "septrim", "forte", "1", "/", "12hours", "for", "four", "months", ".", "The", "patient", "is", "asymptomatic", "with", "good", "general", "condition", "until", "the", "last", "check-up", "three", "years", "after", "surgery", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Brucella", "label": "SPECIES", "start": 442, "end": 450 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 60, "end": 68 }, { "text": "antibrucella", "label": "SPECIES", "start": 519, "end": 531 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1224, "end": 1231 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1406, "end": 1413 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1624, "end": 1631 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1765, "end": 1772 } ]

[ "", "A", "25-year-old", "man", ",", "otherwise", "healthy", ",", "presented", "with", "a", "one-day", "evolution", "of", "headache", ",", "left", "paresthesia", "and", "ipsilateral", "paresthesia", "which", ",", "in", "12", "hours", ",", "evolved", "into", "disorientation", "and", "restlessness", ".", "His", "axillary", "temperature", "was", "38", ".", "2", "°", "C", ".", "Brain", "CT", "and", "MRI", "scans", "were", "normal", ".", "CSF", "showed", "lymphocytic", "pleocytosis", "and", "proteinorrachia", ".", "Treatment", "was", "started", "with", "acivlovir", ",", "ampicillin", "and", "i", ".", "v", ".", "ceftriaxone", ",", "which", "was", "discontinued", "when", "PCR", "and", "CSF", "cultures", "ruled", "out", "bacterial", "or", "viral", "aetiologies", ".", "SARS-CoV-2", "PCR", "was", "negative", "in", "CSF", "but", "positive", "in", "nasopharyngeal", "swab", ".", "On", "day", "2", ",", "the", "patient", "recovered", "completely", "except", "for", "amnesia", "of", "the", "previous", "2", "days", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 490, "end": 500 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 458, "end": 467 }, { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 18 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 576, "end": 583 } ]

[ "We", "present", "the", "case", "of", "a", "29-year-old", "man", "from", "Moldova", ",", "diagnosed", "with", "HIV", "two", "months", "earlier", "in", "his", "country", ",", "on", "treatment", "with", "TDF", "/", "3TC", "/", "DTG", "with", "good", "adherence", "and", "unknown", "immunovirological", "status", ",", "who", "was", "admitted", "with", "a", "fever", "of", "39oC", ",", "weight", "loss", "and", "arthromyalgia", "of", "four", "weeks", "'", "evolution", ".", "On", "admission", ",", "hepatosplenomegaly", ",", "normocytic", "anaemia", "(", "Hb", "8", ".", "3", ")", ",", "increased", "acute", "phase", "reactants", "(", "CRP", "149", ",", "ferritin", "1296", ",", "ESR", "102", ")", ",", "predominantly", "cholestatic", "hypertransaminasemia", "(", "GOT", "62", ",", "GPT", "154", ",", "GGT", "517", ",", "FA", "931", ")", "and", "poor", "immunological", "status", "(", "CD4", "53", "/", "mcl", ",", "viremia", "53", "copies", "/", "ml", ")", ".", "Mantoux", "and", "IGRA", "were", "negative", ".", "A", "CT", "scan", "confirmed", "the", "presence", "of", "hepatosplenomegaly", "and", "multiple", "supra", "-", "and", "infradiaphragmatic", "lymphadenopathies", "measuring", "2-3cm", ",", "so", "fibrobronchoscopy", ",", "upper", "gastrointestinal", "echoendoscopy", "and", "bone", "marrow", "were", "performed", ",", "and", "acid-alcohol", "resistant", "bacilli", "(", "AARB", ")", "were", "found", "in", "the", "FNA", "of", "the", "lymph", "nodes", ",", "as", "well", "as", "acute", "necrotising", "lymphadenitis", ".", "Given", "the", "isolation", "of", "Mycobacterium", "spp", ".", "in", "culture", "in", "less", "than", "72", "hours", ",", "treatment", "was", "started", "with", "Rifampicin", ",", "Ethambutol", ",", "Clarithromycin", "and", "Isoniazid", "to", "cover", "disseminated", "infection", "by", "atypical", "mycobacteria", "such", "as", "M", ".", "tuberculosis", ".", "After", "confirming", "the", "presence", "of", "Mycobacterium", "avium", "(", "type", "I", ")", "in", "respiratory", ",", "lymph", "node", ",", "bone", "marrow", "and", "blood", "samples", ",", "Isoniazid", "was", "withdrawn", ".", "Despite", "clinical", "and", "analytical", "improvement", ",", "Moxifloxacin", "was", "added", "due", "to", "persistent", "fever", "after", "four", "weeks", "of", "treatment", ".", "After", "discharge", ",", "he", "evolved", "favourably", ",", "with", "no", "growth", "of", "mycobacteria", "in", "new", "samples", "to", "date", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "immunovirological", "label": "SPECIES", "start": 171, "end": 188 }, { "text": "viremia", "label": "SPECIES", "start": 547, "end": 554 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 70, "end": 73 }, { "text": "mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 1154, "end": 1166 }, { "text": "mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 1519, "end": 1531 }, { "text": "atypical mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 1145, "end": 1166 } ]

[ "Anamnesis", "Patient", "aged", "54", "years", ",", "smoker", "of", "10", "cannabis", "cigarettes", "a", "day", ",", "drinker", "of", "more", "than", "3L", "of", "beer", "a", "day", "and", "ex-consumer", "of", "sniffed", "drugs", "in", "his", "youth", "(", "cocaine", ",", "heroin", ")", "with", "a", "history", "of", "chronic", "hepatitis", "C", "genotype", "4c", "4d", ",", "treated", ",", "with", "no", "response", "to", "treatment", "and", "no", "further", "check-ups", "due", "to", "the", "patient", "'", "s", "wishes", ".", "The", "patient", "works", "in", "construction", "and", "hospitality", "with", "good", "functional", "status", "with", "ECOG", "of", "1", ".", "He", "started", "a", "study", "in", "December", "2014", "as", "a", "result", "of", "chest", "pain", "of", "the", "prick", "type", "together", "with", "associated", "constitutional", "syndrome", ".", "A", "chest", "X-ray", "was", "requested", "from", "his", "health", "centre", "where", "a", "1", "cm", "nodule", "was", "seen", "in", "the", "middle", "of", "the", "right", "lung", ".", "In", "view", "of", "these", "findings", ",", "a", "chest", "CT", "scan", "was", "performed", ",", "showing", "multiple", "bilateral", "pulmonary", "nodules", ",", "lytic", "metastasis", "in", "the", "left", "6th", "costal", "arch", "and", "a", "right", "renal", "mass", "measuring", "6x4", "cm", ",", "without", "infiltration", "of", "vascular", "structures", "or", "perirenal", "extension", ",", "with", "locoregional", "adenopathies", "and", "a", "left", "adrenal", "mass", "measuring", "4x", "5cm", ".", "After", "discussing", "the", "case", "in", "the", "urological", "tumour", "committee", ",", "it", "was", "decided", "to", "perform", "a", "laparoscopic", "right", "nephrectomy", ",", "which", "was", "carried", "out", "in", "March", "2015", "with", "pathological", "anatomical", "findings", "of", "Fuhrman", "grade", "3", "clear", "cell", "renal", "carcinoma", "with", "infiltration", "of", "the", "fat", "in", "the", "renal", "sinus", "and", "metastasis", "in", "3", "isolated", "lymph", "nodes", ".", "He", "was", "assessed", "in", "our", "offices", "in", "April", "2015", "and", "started", "treatment", "with", "Sunitinib", "50mg", "daily", "for", "four", "weeks", "with", "two", "weeks", "'", "rest", "and", "Zometa", ".", "Due", "to", "worsening", "renal", "function", ",", "asthenia", "and", "grade", "2", "stomatitis", ",", "treatment", "was", "interrupted", "in", "August", "2015", "and", "resumed", "in", "September", "at", "a", "dose", "of", "37", ".", "5mg", "daily", "with", "Denosumab", ".", "A", "control", "thoracoabdominal", "CT", "scan", "was", "performed", "in", "September", "2015", ",", "which", "showed", "stabilisation", "of", "the", "disease", "and", "treatment", "was", "maintained", ".", "In", "October", "2015", ",", "the", "patient", "attended", "the", "emergency", "department", "for", "an", "episode", "of", "temporary", "disorientation", "with", "visual", "and", "auditory", "hallucinations", "and", "progressive", "visual", "deficit", "for", "months", "in", "the", "left", "eye", ".", "Physical", "examination", "Physical", "examination", "revealed", "hepatomegaly", "of", "three", "finger", "widths", "at", "abdominal", "level", "with", "no", "other", "significant", "alterations", ".", "Neurological", "findings", "included", "bradypsychia", "with", "temporal", "disorientation", "and", "blurred", "vision", "with", "left", "lateralisation", "without", "other", "alterations", ",", "with", "isochoric", "and", "normoreactive", "pupils", ",", "without", "loss", "of", "strength", "or", "sensitivity", "at", "any", "level", "and", "without", "gait", "alterations", ".", "Complementary", "tests", "During", "her", "stay", "in", "the", "emergency", "department", ",", "the", "following", "complementary", "tests", "were", "performed", ":", "-", "Blood", "tests", ":", "anaemia", "with", "Hb", "of", "9", "gr", "/", "dl", "and", "mild", "hyponatraemia", "of", "134", "mEq", "/", "L", "with", "no", "other", "significant", "alterations", ".", "-", "CT", "scan", "of", "the", "brain", ":", "lesion", "in", "the", "selar", "region", ",", "with", "well-defined", "borders", ",", "20x20", "mm", "in", "size", ",", "extending", "cranially", "over", "the", "suprasellar", "cistern", ",", "the", "optimal", "chiasm", "and", "contacting", "the", "inferoanterior", "wall", "of", "the", "III", "ventricle", ",", "producing", "a", "discrete", "mass", "effect", "with", "slight", "triventriculomegaly", ",", "suggesting", "as", "a", "first", "possibility", "pituitary", "macroadenoma", "versus", "metastasis", ".", "Two", "red", "blood", "cell", "concentrates", "were", "transfused", "in", "the", "emergency", "department", "and", "the", "patient", "was", "admitted", "to", "Medical", "Oncology", "to", "complete", "the", "study", ".", "During", "admission", "the", "patient", "worsened", "clinically", ",", "becoming", "increasingly", "disorientated", "with", "episodes", "of", "psychomotor", "agitation", ".", "An", "MRI", "scan", "of", "the", "brain", "was", "requested", "to", "identify", "the", "presence", "of", "a", "selar", "lesion", "and", "to", "rule", "out", "the", "presence", "of", "meningeal", "carcinomatosis", ",", "together", "with", "a", "restaging", "thoracoabdominal", "CT", "scan", ".", "A", "complete", "hormonal", "profile", "was", "also", "requested", ".", "-", "Hormone", "profile", ":", "Free", "T4", "0", ".", "54", "ng", "/", "dl", ",", "basal", "TSH", "0", ".", "04", "uU", "/", "mL", ",", "LH", "<", "0", ".", "07", "mIU", "/", "mL", ",", "basal", "FSH", "0", ".", "09", "mIU", "/", "mL", ",", "basal", "PRL", "27", ".", "5", "ng", "/", "mL", ",", "Testosterone", "0", ".", "07", "ng", "/", "mL", ".", "-", "Brain", "MRI", ":", "Hypothalamic-pituitary", "mass", "with", "extensive", "oedema", "in", "both", "hypothalamus", ",", "internal", "capsules", ",", "midbrain", "and", "optic", "ribbons", ",", "which", ",", "together", "with", "clinical", "history", "and", "the", "presence", "of", "a", "second", "lesion", "in", "the", "left", "cerebellar", "hemisphere", ",", "suggests", "the", "possibility", "of", "metastasis", ",", "without", "completely", "ruling", "out", "the", "coexistence", "of", "two", "processes", ":", "cerebellar", "metastasis", "and", "pituitary", "macroadenoma", ",", "although", "the", "latter", "seems", "more", "improbable", ".", "Tetraventricular", "hydrocephalus", "with", "transependymal", "oedema", ".", "No", "leptomeningeal", "enhancements", "were", "identified", ",", "although", "the", "possibility", "of", "leptomeningeal", "carcinomatosis", "cannot", "be", "ruled", "out", ".", "-", "Thoracoabdominal", "CT", "scan", ":", "Significant", "progression", "of", "bilateral", "pulmonary", "metastases", "with", "respect", "to", "the", "previous", "study", ",", "bone", "and", "adrenal", "metastases", ".", "Diagnosis", "Pituitary", "mass", "of", "2", ".", "8", "cm", "maximum", "diameter", "in", "probable", "relation", "to", "pituitary", "macroadenoma", "versus", "metastasis", "in", "a", "patient", "with", "stage", "IV", "clear", "cell", "renal", "carcinoma", ".", "Central", "hypothyroidism", "in", "the", "context", ".", "Mild", "hyperprolactinaemia", "in", "probable", "relation", "to", "pituitary", "stalk", "compression", ".", "Hypogonadotropic", "hypogonadism", ".", "Treatment", "In", "view", "of", "the", "findings", "of", "the", "complementary", "tests", ",", "assessment", "by", "Radiation", "Oncology", "and", "Neurosurgery", "was", "requested", ".", "After", "a", "joint", "assessment", "of", "the", "case", ",", "it", "was", "decided", "to", "transfer", "the", "patient", "to", "Neurosurgery", "for", "surgery", ",", "given", "the", "absence", "of", "comorbidities", ",", "age", "and", "good", "functional", "situation", "prior", "to", "admission", ".", "He", "was", "assessed", "by", "the", "Endocrinology", "Department", "and", "treatment", "was", "adjusted", "by", "starting", "treatment", "with", "Levothyroxine", "100", "mcgr", "every", "24", "hours", ",", "recommending", "a", "stress", "coverage", "guideline", "for", "surgery", "with", "dexamethasone", "or", "actocortin", ".", "He", "underwent", "surgery", "on", "13", "/", "11", "/", "2015", "by", "craniotomy", "guided", "by", "neuronavigation", ".", "He", "presented", "intraoperative", "complication", "with", "haemorrhagic", "shock", "with", "hypotension", "and", "acute", "anaemia", "with", "Hb", "3", ".", "2", "requiring", "transfusion", "of", "4", "haematite", "concentrates", "and", "volume", "without", "identifying", "a", "clear", "bleeding", "point", ".", "After", "stabilisation", "of", "the", "patient", ",", "he", "was", "transferred", "to", "resuscitation", "beds", ".", "Evolution", "In", "the", "days", "following", "surgery", ",", "the", "patient", "became", "progressively", "anaemic", "with", "the", "appearance", "of", "neurological", "symptoms", "not", "present", "prior", "to", "surgery", "with", "left", "arreactive", "mydriasis", ".", "A", "post-surgery", "brain", "CT", "scan", "was", "performed", ",", "showing", "changes", "secondary", "to", "surgery", "with", "no", "signs", "of", "bleeding", "or", "other", "significant", "alterations", ".", "The", "results", "of", "the", "pathological", "anatomy", "of", "the", "surgical", "specimen", "showed", "brain", "metastasis", "of", "clear", "cell", "renal", "carcinoma", ".", "After", "several", "days", "of", "resuscitation", ",", "the", "patient", "progressively", "worsened", ",", "with", "neurological", "and", "respiratory", "deterioration", ",", "hypoxaemic", "with", "very", "poor", "respiratory", "mechanics", ",", "secondary", "to", "the", "significant", "pulmonary", "metastatic", "involvement", "together", "with", "severe", "hypocalcaemia", "with", "ionic", "calcium", "levels", "below", "2", ".", "At", "this", "time", "it", "is", "considered", "that", "given", "the", "current", "situation", "of", "the", "patient", "and", "his", "disease", ",", "he", "does", "not", "require", "aggressive", "support", "measures", ",", "limiting", "the", "therapeutic", "effort", "in", "agreement", "with", "the", "relatives", "and", "with", "the", "patient", "'", "s", "living", "will", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Patient", "label": "HUMAN", "start": 10, "end": 17 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 304, "end": 311 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 326, "end": 333 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 46, "end": 54 }, { "text": "youth", "label": "HUMAN", "start": 151, "end": 156 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1799, "end": 1806 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3083, "end": 3090 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3168, "end": 3175 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4559, "end": 4566 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4954, "end": 4961 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5629, "end": 5636 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5726, "end": 5733 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6171, "end": 6178 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6503, "end": 6510 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6654, "end": 6661 }, { "text": "relatives", "label": "HUMAN", "start": 6631, "end": 6640 } ]

[ "An", "11", "year", "old", "black", "female", "from", "Equatorial", "Guinea", "was", "admitted", "to", "our", "centre", "for", "a", "study", "due", "to", "fatigue", ",", "hepatomegaly", "and", "ascites", ".", "Echocardiography", "showed", "severe", "dilatation", "of", "the", "left", "atrium", ",", "normal", "systolic", "function", "and", "severe", "dilatation", "of", "the", "right", "chambers", ".", "Estimated", "pulmonary", "pressure", "due", "to", "tricuspid", "regurgitation", "was", "100", "mmHg", ".", "A", "haemodynamic", "study", "was", "performed", ",", "which", "confirmed", "a", "systemic", "pulmonary", "pressure", "with", "pulmonary", "resistances", "of", "23", "UW", "/", "m2", ",", "which", "were", "not", "modified", "with", "oxygen", "and", "nitric", "oxide", ".", "Complementary", "studies", "included", "a", "normal", "haemogram", "and", "positive", "stool", "cultures", "for", "Schistosoma", "intercalatum", "and", "S", ".", "haematobium", ".", "The", "diagnosis", "was", "restrictive", "cardiomyopathy", "and", "pulmonary", "hypertension", "secondary", "to", "schistosomiasis", ".", "Medical", "treatment", "with", "antiparasitic", "drugs", ",", "diuretics", "and", "systemic", "and", "pulmonary", "vasodilators", "was", "started", ",", "but", "no", "clear", "response", "was", "observed", ".", "During", "the", "course", "of", "the", "disease", ",", "she", "developed", "an", "episode", "of", "left", "hemiparesis", "secondary", "to", "cerebral", "thromboembolism", "in", "the", "context", "of", "an", "episode", "of", "atrial", "fibrillation", ".", "Four", "years", "after", "diagnosis", ",", "she", "underwent", "a", "successful", "cardiopulmonary", "transplant", ".", "Macroscopic", "section", "of", "the", "ventricle", "at", "the", "level", "of", "the", "papillary", "muscles", ",", "showing", "a", "pearly", "ventricular", "endocardium", "corresponding", "to", "endomyocardial", "fibrosis", "(", "EMF", ")", ".", "Masson", "'", "s", "trichrome", "microscopic", "stain", "showing", "an", "area", "of", "acellular", "fibrosis", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "female", "label": "HUMAN", "start": 21, "end": 27 }, { "text": "Schistosoma intercalatum", "label": "SPECIES", "start": 596, "end": 620 }, { "text": "S. haematobium", "label": "SPECIES", "start": 625, "end": 639 }, { "text": "antiparasitic", "label": "SPECIES", "start": 768, "end": 781 } ]

[ "Five-month-old", "infant", ",", "hospitalised", ",", "from", "a", "slum", "in", "Las", "Filas", "de", "Mariche", "(", "south-eastern", "branch", "of", "the", "mountain", "range", "surrounding", "the", "city", ")", ",", "with", "fever", ",", "tachycardia", "and", "convulsions", ".", "Trypomastigotes", "were", "found", "in", "peripheral", "blood", "and", "serology", "for", "T", ".", "cruzi", "was", "positive", ".", "At", "the", "time", "of", "diagnosis", ",", "the", "girl", "died", "with", "myocarditis", "and", "meningoencephalitis", ".", "Screening", "of", "6", "relatives", "was", "negative", "for", "ChE", ".", "The", "home", "is", "in", "a", "low-class", "neighbourhood", "with", "mostly", "unwainscoted", "houses", "and", "abundant", "rodents", "and", "dogs", "in", "the", "peridomicile", ".", "It", "is", "presumed", "that", "transmission", "in", "these", "two", "infants", "was", "vector-borne", ",", "as", "no", "other", "infants", "were", "found", "with", "simultaneous", "infection", "or", "symptomatology", "that", "would", "suggest", "a", "different", "transmission", "mechanism", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "infant", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 21 }, { "text": "girl", "label": "HUMAN", "start": 298, "end": 302 }, { "text": "relatives", "label": "HUMAN", "start": 365, "end": 374 }, { "text": "dogs", "label": "SPECIES", "start": 495, "end": 499 }, { "text": "rodents", "label": "SPECIES", "start": 483, "end": 490 }, { "text": "T. cruzi", "label": "SPECIES", "start": 245, "end": 253 }, { "text": "Trypomastigotes", "label": "SPECIES", "start": 181, "end": 196 }, { "text": "infants", "label": "HUMAN", "start": 567, "end": 574 }, { "text": "infants", "label": "HUMAN", "start": 605, "end": 612 } ]

[ "Anamnesis", "We", "present", "the", "case", "of", "a", "60-year-old", "patient", "with", "no", "known", "drug", "allergies", "whose", "most", "important", "personal", "history", "was", "an", "admission", "to", "the", "Pneumology", "Department", "for", "left", "pleural", "empyema", "and", "heart", "failure", ".", "As", "toxic", "habits", "the", "patient", "was", "an", "ex-smoker", "(", "IPA", "=", "80", "up", "to", "12", "years", "ago", ")", ",", "exenolism", "up", "to", "12", "years", "ago", ".", "He", "was", "a", "mining", "worker", ".", "The", "study", "began", "when", "he", "came", "to", "the", "emergency", "department", "for", "right", "rib", "pain", "with", "a", "pulmonary", "mass", "found", "on", "X-ray", ".", "The", "study", "was", "completed", "with", "a", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", "scan", "which", "showed", "a", "mass", "measuring", "60", "x", "53", "x", "80", "mm", "infiltrating", "the", "bronchus", "of", "the", "posterior", "segment", "of", "the", "right", "upper", "lobe", "(", "LSD", ")", "and", "invading", "the", "minor", "fissure", "and", "extending", "to", "segment", "six", "of", "the", "right", "lower", "lobe", "(", "LID", ")", ",", "contacting", "the", "right", "posterosuperior", "pleura", ".", "There", "was", "also", "an", "extrapleural", "lymph", "node", "measuring", "9", "mm", "and", "a", "spiculated", "satellite", "nodule", "in", "the", "apical", "segment", "of", "the", "LSD", "measuring", "10", "x", "6", "mm", "and", "two", "nodules", "in", "segment", "6", "of", "the", "LID", "measuring", "10", "mm", "and", "8", "mm", ".", "In", "addition", ",", "there", "were", "lymphadenopathies", "at", "the", "origin", "of", "the", "right", "brachiocephalic", "trunk", ",", "right", "upper", "paratracheal", "chain", ",", "subcarinal", "and", "aortopulmonary", "window", "suspicious", "of", "metastasis", ",", "pericardial", "effusion", "and", "loculated", "right", "pleural", "effusion", ".", "Physical", "examination", "Relatively", "good", "general", "condition", ",", "but", "functionally", "limited", "by", "severe", "low", "back", "pain", "(", "Visual", "Analogue", "Scale", "[", "VAS", "]", "8-9", ")", "with", "decreased", "strength", "in", "both", "lower", "limbs", "(", "4", "/", "5", ")", "and", "with", "great", "difficulty", "in", "standing", "upright", ",", "with", "no", "impairment", "of", "reflexes", "or", "sensation", ".", "Complementary", "tests", "The", "study", "was", "completed", "with", "a", "PET-CT", "scan", "showing", "a", "hypermetabolic", "mass", "measuring", "7", ".", "8", "x", "7", ".", "7", "cm", "(", "standardised", "uptake", "value", "[", "SUV", "]", "9", ".", "6", ")", "in", "the", "upper", "segment", "of", "the", "LID", ".", "Right", "bronchopulmonary", "adenopathies", "(", "SUV", "4", ".", "3", "and", "3", ".", "8", ")", ",", "and", "multiple", "pathological", "bone", "uptakes", "in", "the", "right", "posterior", "4th", "costal", "arch", ",", "left", "anterior", "5th", ",", "right", "7th", "at", "the", "level", "of", "the", "angle", ",", "L3", "vertebral", "body", ",", "left", "iliac", "blade", ",", "left", "sacroiliac", "joint", "and", "left", "ileopubic", "branch", ".", "Fibrobronchoscopy", "was", "performed", "and", "showed", "extrinsic", "compression", "of", "the", "bronchus", "of", "the", "apical", "segment", "of", "the", "LSD", ".", "Anatomical", "pathology", "(", "AP", ")", "was", "negative", "for", "malignancy", ".", "Therefore", ",", "to", "complete", "the", "study", ",", "EBUS", "was", "performed", "on", "the", "adenopathies", "of", "stations", "2R", "(", "right", ")", ",", "4L", "(", "left", ")", "and", "7", "which", "were", "positive", "for", "poorly", "differentiated", "adenocarcinoma", "(", "2R", "and", "7", ")", ".", "Diagnosis", "The", "case", "was", "presented", "to", "the", "multidisciplinary", "committee", "and", "referred", "to", "our", "clinic", "with", "the", "diagnosis", ":", "lung", "adenocarcinoma", "T4N2M1b", "(", "bone", ")", ".", "Treatment", "It", "was", "decided", "to", "admit", "the", "patient", "to", "Oncology", "for", "analgesia", "and", "to", "start", "treatment", ".", "Given", "the", "symptoms", "of", "functional", "impotence", ",", "a", "magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", "scan", "was", "requested", ",", "which", "showed", "metastatic", "vertebral", "dissemination", "with", "fractures", "of", "most", "of", "the", "vertebral", "bodies", "due", "to", "compression", ",", "as", "well", "as", "a", "craniocaudal", "fracture", "of", "the", "L3", "vertebral", "body", "with", "displacement", "of", "the", "posterior", "wall", "causing", "compression", "of", "the", "cauda", "equina", ".", "He", "started", "treatment", "with", "chemotherapy", "scheme", "carboplatin", "area", "under", "the", "curve", "(", "5-AUC", ")", ",", "total", "dose", "700", "mg", "and", "paclitaxel", "175", "mg", "/", "m2", "(", "287", "mg", ")", ",", "with", "usual", "premedication", "consisting", "of", ":", "granisetron", "1", "mg", ",", "dexamethasone", "12", "mg", ",", "dexchlorpheniramine", "5", "mg", ",", "ranitidine", "50", "mg", ",", "and", "subsequent", "antiemesis", ":", "dexamethasone", ",", "granisetron", ",", "metoclopramide", ",", "which", "passed", "without", "incident", ".", "On", "discharge", ",", "the", "patient", "presented", "a", "minimal", "sacral", "abrasion", ",", "which", "was", "attributed", "to", "bed", "rest", ".", "Evolution", "She", "attended", "the", "emergency", "department", "one", "week", "after", "chemotherapy", "administration", "due", "to", "fever", "and", "the", "appearance", "of", "blistering", "lesions", "on", "the", "buttocks", ",", "sacrum", "and", "left", "forearm", ".", "Physical", "examination", "Haemodynamically", "stable", ":", "Blood", "pressure", "111", "/", "60", "mm", "Hg", ",", "heart", "rate", "86", "bpm", ",", "36", ".", "3", "oC", ",", "88", "%", "oxygen", "saturation", ".", "Erosive", "lesions", "secondary", "to", "blisters", "on", "lateral", "left", "thigh", ",", "left", "forearm", ",", "left", "leg", "and", "buttock", "/", "sacrum", ".", "The", "lesions", "presented", "with", "spontaneous", "rupture", "and", "drainage", "of", "serous", "contents", ".", "Analysis", "on", "admission", "showed", "only", "a", "sodium", "level", "of", "126", "and", "a", "discrete", "leukocytosis", "with", "left", "shift", "(", "leukocytes", "11", ",", "700", ",", "neutrophils", "11", ",", "500", ")", ",", "grade", "1", "anaemia", "(", "haemoglobin", "11", ".", "7", ")", "and", "a", "prothrombin", "activity", "of", "74", "%", ".", "With", "suspicion", "of", "toxic", "epidermal", "necrolysis", "(", "TEN", ")", "/", "Stevens-Johnson", "syndrome", "(", "SJS", ")", "with", "suspected", "drug", "toxicity", ",", "he", "was", "admitted", "to", "Oncology", "for", "study", "and", "treatment", ".", "During", "admission", "to", "the", "ward", "he", "was", "assessed", "by", "plastic", "surgery", "and", "dermatology", ",", "cultures", "and", "skin", "biopsies", "were", "taken", "which", "were", "positive", "for", "Pseudomonas", "aeruginosa", "and", "Staphylococcus", "aureus", ".", "Anatomical", "Pathology", "\"", "Skin", "fragment", "with", "dermoepidermal", "necrosis", ",", "ulceration", "of", "the", "entire", "epidermis", ".", "\"", "Discrete", "perivascular", "and", "interstitial", "neutrophilic", "dermatitis", ",", "superficial", "(", "predominantly", ")", "and", "deep", ",", "with", "ulceration", "of", "the", "epidermis", "and", "haematic", "extravasation", ".", "On", "suspicion", "of", "toxic", "epidermal", "necrolysis", "secondary", "to", "chemotherapy", "or", "non-steroidal", "anti-inflammatory", "drugs", "(", "NSAIDs", ")", ",", "the", "latter", "were", "discontinued", "without", "improvement", "in", "the", "patient", ".", "The", "subject", "presented", "a", "progressive", "worsening", "with", "leukocytosis", "and", "plateletopenia", "and", "finally", "the", "patient", "required", "palliative", "sedation", "due", "to", "poor", "pain", "control", ",", "dying", "only", "two", "weeks", "after", "the", "start", "of", "chemotherapy", "treatment", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 47, "end": 54 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 232, "end": 239 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 105, "end": 113 }, { "text": "mining worker", "label": "HUMAN", "start": 327, "end": 340 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2529, "end": 2536 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3326, "end": 3333 }, { "text": "Pseudomonas aeruginosa", "label": "SPECIES", "start": 4424, "end": 4446 }, { "text": "Staphylococcus aureus", "label": "SPECIES", "start": 4451, "end": 4472 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4916, "end": 4923 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5024, "end": 5031 }, { "text": "subject", "label": "HUMAN", "start": 4929, "end": 4936 } ]

[ "25-year-old", "woman", "from", "Santa", "Cruz", "de", "la", "Sierra", ",", "Bolivia", ",", "where", "she", "lived", "until", "the", "age", "of", "15", ",", "when", "she", "moved", "to", "Andrés", "Ibáñez", ",", "rural", "area", "of", "Santa", "Cruz", ".", "Resident", "in", "Barcelona", "since", "December", "2003", ".", "In", "January", "2004", ",", "she", "came", "to", "our", "unit", "for", "a", "check-up", "and", "to", "rule", "out", "possible", "Chagas", "disease", "(", "she", "reported", "having", "a", "son", "with", "this", "pathology", ")", ".", "Physical", "examination", "was", "normal", ",", "with", "no", "history", "of", "personal", "pathology", "or", "surgery", ".", "The", "results", "of", "the", "complementary", "tests", "performed", "were", "as", "follows", ":", "Blood", "count", ":", "eosinophilia", "of", "12", ".", "3", "%", "(", "7", ",", "450", "leukocytes", ")", ".", "Coproparasitology", ":", "Ascaris", ",", "Trichiuris", "trichura", ",", "Giardia", "cysts", ".", "Serology", "by", "indirect", "immunofluorescence", "for", "Trypanosoma", "cruzi", ":", "1", "/", "320", ".", "In", "this", "case", "we", "are", "dealing", "with", "a", "young", "woman", "from", "an", "endemic", "area", "with", "a", "child", "with", "Chagas", "disease", ",", "which", "is", "why", "it", "is", "important", "to", "carry", "out", "an", "exhaustive", "medical", "history", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 12, "end": 17 }, { "text": "son", "label": "HUMAN", "start": 312, "end": 315 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 391, "end": 399 }, { "text": "Ascaris", "label": "SPECIES", "start": 564, "end": 571 }, { "text": "Trichiuris trichura", "label": "SPECIES", "start": 573, "end": 592 }, { "text": "Giardia cysts", "label": "SPECIES", "start": 594, "end": 607 }, { "text": "Trypanosoma cruzi", "label": "SPECIES", "start": 653, "end": 670 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 721, "end": 726 }, { "text": "child", "label": "HUMAN", "start": 755, "end": 760 } ]

[ "Anamnesis", "The", "patient", "came", "to", "the", "emergency", "department", "in", "August", "2018", "with", "persistent", "fever", ".", "As", "relevant", "symptoms", "she", "presented", "with", "pharyngeal", "pruritus", ",", "without", "odynophagia", ",", "with", "an", "increase", "in", "baseline", "dyspnoea", "until", "it", "became", "minimal-moderate", "effort", ".", "No", "cough", "or", "expectoration", ".", "He", "reported", "nausea", ",", "without", "vomiting", "or", "diarrhoea", ",", "similar", "to", "those", "he", "had", "experienced", "since", "starting", "treatment", ".", "No", "urinary", "symptoms", ".", "No", "other", "symptoms", "were", "found", "by", "apparatus", "and", "systems", ".", "Physical", "examination", "The", "patient", "'", "s", "vital", "signs", "were", "stable", "except", "for", "significant", "desaturation", ":", "73", "%", "baseline", "oxygen", "saturation", "(", "she", "was", "not", "on", "home", "oxygen", ")", ";", "afebrile", "on", "arrival", "at", "the", "emergency", "department", ",", "stable", "in", "all", "other", "signs", ".", "Examination", "of", "the", "oral", "cavity", "revealed", "raised", "whitish", "lumpy", "plaques", "on", "the", "lingual", "mucosa", ",", "non-adherent", ",", "with", "no", "evidence", "in", "the", "tonsillar", "or", "pharyngeal", "region", ".", "The", "rest", "of", "the", "physical", "examination", ",", "including", "pulmonary", "auscultation", ",", "was", "unremarkable", ".", "Complementary", "tests", "Blood", "tests", "were", "requested", "with", "baseline", "arterial", "blood", "gases", ".", "Acute", "phase", "reactants", "were", "elevated", ",", "with", "C-reactive", "protein", "of", "202", ".", "5", "mg", "/", "l", ",", "with", "no", "other", "relevant", "alterations", ".", "Blood", "gas", "analysis", "showed", "acute", "partial", "respiratory", "failure", "with", "lactate", "in", "normal", "gases", "(", "pH", ":", "7", ".", "48", ",", "pCO2", ":", "35", "mm", "Hg", ",", "pO2", ":", "35", "mm", "Hg", ",", "HCO3", ":", "25", ".", "3", "mM", "/", "l", ",", "lactate", ":", "1", ".", "2", "mM", "/", "l", ")", ".", "A", "chest", "X-ray", "was", "requested", ",", "with", "bilateral", "interstitial", "infiltrate", "pattern", ".", "In", "view", "of", "the", "findings", "and", ",", "given", "the", "higher", "thromboembolic", "risk", "of", "cancer", "patients", ",", "despite", "being", "anticoagulated", "at", "therapeutic", "doses", ",", "CT", "angiography", "of", "the", "pulmonary", "arteries", "was", "requested", ".", "The", "presence", "of", "pulmonary", "thromboembolism", "was", "ruled", "out", ",", "but", "extensive", "interstitial", "pulmonary", "opacities", "were", "observed", "with", "thickening", "of", "the", "interlobular", "septa", "and", "peribronchovascular", "interstitium", "with", "diffuse", "bilateral", "ground-glass", "involvement", "and", "consolidations", "in", "the", "lower", "lobes", ",", "predominantly", "central", "with", "subpleural", "respect", ",", "as", "well", "as", "in", "the", "lateral", "and", "posterior", "costophrenic", "sinuses", ",", "forming", "a", "cobblestone", "pattern", "suggestive", "of", "acute", "respiratory", "distress", "syndrome", ".", "In", "the", "case", "of", "our", "patient", ",", "given", "the", "clinical", "context", "and", "history", ",", "the", "images", "were", "compatible", "with", "pulmonary", "toxicity", "due", "to", "drugs", ".", "She", "was", "admitted", "to", "Medical", "Oncology", ".", "Serologies", "were", "extracted", "and", "were", "negative", ",", "highlighting", "cytomegalovirus", ",", "aspergillus", "fumigatus", ",", "Legionella", ",", "acute", "Q", "fever", ",", "Mycoplasma", "pneumoniae", ",", "Chlamydia", "pneumoniae", ",", "etc", ".", "Diagnostic", "fibrobronchoscopy", "was", "requested", "with", "bronchoalveolar", "lavage", "and", "alveolar", "bronchoaspirate", ",", "whose", "cultures", "were", "also", "negative", ".", "Flow", "cytometry", "of", "bronchoalveolar", "lavage", "was", "performed", "with", "a", "finding", "of", "lymphocytosis", "(", "28", "%", "[", "normal", "range", ":", "1", "%", "-", "10", "%", "]", ",", "and", "CD4", "/", "CD8", "ratio", "inversion", "(", "CD4", "/", "CD8", "ratio", ":", "0", ".", "74", "[", "normal", "range", ":", "1", ".", "3-3", ".", "5", "]", ")", ",", "with", "macrophages", ":", "70", "%", "and", "neutrophils", ":", "1", "%", ".", "Although", "the", "increase", "in", "lymphocytes", "is", "usually", "even", "higher", "than", "reported", ",", "these", "findings", "are", "compatible", "with", "hypersensitivity", "pneumonitis", "/", "drug-induced", "alveolitis", ".", "Diagnosis", "Hypersensitivity", "pneumonitis", "and", "/", "or", "alveolitis", "induced", "by", "gemcitabine", "and", "/", "or", "nab-paclitaxel", "together", "with", "acute", "partial", "respiratory", "failure", "secondary", "to", "the", "above", ".", "Treatment", "Discontinuation", "of", "the", "suspected", "drugs", "(", "gemcitabine-nab-paclitaxel", ")", ",", "empirical", "antibiotherapy", "(", "in", "our", "case", "imipenem", ",", "cotrimoxazole", "and", "sulfamethoxazole", "/", "trimethoprim", ",", "later", "de-escalating", "to", "levofloxacin", ")", "together", "with", "corticotherapy", "when", "we", "had", "compatible", "flow", "cytometry", ",", "starting", "prednisone", "at", "40", "mg", "per", "day", ",", "as", "well", "as", "supportive", "therapy", ".", "Evolution", "The", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "Medical", "Oncology", "ward", "with", "empirical", "antibiotic", "treatment", "with", "imipenem", ",", "cotrimoxazole", "and", "sulfamethoxazole", "/", "trimethoprim", ",", "and", "with", "continuation", "of", "the", "diagnostic", "study", ".", "During", "admission", ",", "negative", "microbiological", "results", "were", "received", ",", "as", "well", "as", "the", "results", "of", "the", "flow", "cytometry", "which", "confirmed", "the", "diagnosis", "of", "hypersensitivity", "pneumonitis", "/", "drug-induced", "alveolitis", ",", "so", "prednisone", "was", "started", "orally", "at", "40", "mg", "per", "day", ",", "de-escalating", "the", "antibiotic", "to", "levofloxacin", ".", "She", "showed", "significant", "clinical", "and", "radiological", "improvement", ",", "so", "she", "was", "discharged", "with", "corticotherapy", "with", "progressive", "reduction", ",", "as", "well", "as", "antibiotherapy", "with", "oral", "levofloxacin", "to", "complete", "the", "antibiotic", "cycle", ".", "That", "same", "month", "of", "August", ",", "in", "addition", "to", "the", "pneumonitis", ",", "clear", "hepatic", "progression", "was", "observed", ",", "and", "she", "was", "started", "on", "second", "line", "FOLFOX", ".", "In", "February", "2019", ",", "new", "hepatic", "progression", "was", "observed", ",", "so", "in", "March", "2019", "a", "third", "line", "of", "5-fluorouracil", "with", "pegylated", "liposomal", "irinotecan", "was", "started", ",", "having", "received", "2", "cycles", "to", "date", ".", "Due", "to", "frank", "clinical", "worsening", ",", "it", "has", "now", "been", "decided", "to", "discontinue", "active", "oncology", "treatment", "and", "the", "patient", "is", "being", "followed", "by", "the", "home", "care", "support", "team", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 21 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 496, "end": 503 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2083, "end": 2090 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 1473, "end": 1481 }, { "text": "Chlamydia pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 2383, "end": 2403 }, { "text": "Legionella", "label": "SPECIES", "start": 2333, "end": 2343 }, { "text": "Mycoplasma pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 2360, "end": 2381 }, { "text": "aspergillus fumigatus", "label": "SPECIES", "start": 2310, "end": 2331 }, { "text": "cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 2293, "end": 2308 }, { "text": "Q fever", "label": "SPECIES", "start": 2351, "end": 2358 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3485, "end": 3492 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4627, "end": 4634 } ]

[ "A", "9", "year", "old", "boy", ".", "In", "May", "he", "presented", "an", "episode", "of", "anaphylaxis", "(", "urticaria", ",", "facial", "angioedema", ",", "hand", "oedema", "and", "respiratory", "difficulty", ")", "while", "playing", "in", "a", "rose", "garden", "and", "3", "hours", "after", "having", "eaten", "loin", "with", "cheese", "and", "cherry", "\"", "which", "did", "not", "agree", "with", "him", "\"", ".", "At", "the", "health", "centre", "he", "was", "given", "intravenous", "methylprednisolone", "and", "dexchlorpheniramine", ",", "and", "the", "symptoms", "subsided", ".", "Since", "childhood", ",", "after", "contact", "with", "peach", "and", "Paraguayan", "peel", ",", "he", "had", "oedema", "and", "erythema", "in", "the", "area", "of", "contact", ".", "He", "had", "not", "been", "studied", "in", "paediatric", "allergy", ".", "No", "rhinoconjunctival", "symptoms", "in", "spring", "or", "bronchospasm", "crisis", ".", "Prick", "skin", "tests", "positive", "for", "grasses", "and", "olive", "tree", ",", "peach", ",", "cherry", "and", "LTP", "skin", ".", "Specific", "IgE", ":", "peach", "class", "3", ",", "pru", "p3", "7", ".", "08", "kU", "/", "L", "moderate", "level", ",", "cherry", "3", ".", "75", "kU", "/", "L", "moderate", "level", ",", "olive", "class", "1", ",", "dactylis", "glomerata", "class", "5", ",", "phleum", "pratense", "class", "4", ",", "cynodon", "dactylo", "class", "2", ".", "Given", "the", "severity", "of", "the", "symptoms", ",", "it", "was", "recommended", "to", "avoid", "eating", "rosaceous", "fruits", "and", "an", "adrenaline", "auto-injector", "was", "indicated", ".", "No", "new", "symptoms", ".", "The", "patient", "suffered", "anaphylaxis", "due", "to", "ingestion", "of", "cherry", "plus", "other", "coadjuvant", "factors", "(", "area", "of", "rose", "bushes", ",", "spring", ")", ".", "He", "presented", "primary", "sensitisation", "to", "other", "rose", "fruits", "with", "sensitisation", "to", "lipid", "transporter", "protein", "(", "LTP", ")", ",", "indicating", "the", "possibility", "of", "a", "severe", "systemic", "reaction", ".", "After", "study", ",", "hypersensitivity", "to", "grass", "pollen", "was", "demonstrated", ",", "as", "is", "usual", "in", "clinical", "cases", "with", "fruits", "of", "the", "rosaceae", "family", ".", "Episode", "of", "anaphylaxis", ",", "although", "resolved", "satisfactorily", ",", "the", "first", "line", "of", "treatment", "recommended", "in", "clinical", "guidelines", ",", "intramuscular", "adrenaline", ",", "was", "not", "prescribed", ".", "Training", "should", "continue", "at", "all", "levels", "of", "health", "care", "for", "the", "correct", "treatment", "of", "these", "cases", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "rose", "label": "SPECIES", "start": 154, "end": 158 }, { "text": "cherry", "label": "SPECIES", "start": 218, "end": 224 }, { "text": "peach", "label": "SPECIES", "start": 411, "end": 416 }, { "text": "Paraguayan", "label": "SPECIES", "start": 421, "end": 431 }, { "text": "olive tree", "label": "SPECIES", "start": 643, "end": 653 }, { "text": "cherry", "label": "SPECIES", "start": 662, "end": 668 }, { "text": "cherry", "label": "SPECIES", "start": 745, "end": 751 }, { "text": "peach", "label": "SPECIES", "start": 655, "end": 660 }, { "text": "peach", "label": "SPECIES", "start": 697, "end": 702 }, { "text": "dactylis glomerata", "label": "SPECIES", "start": 793, "end": 811 }, { "text": "phleum pratense", "label": "SPECIES", "start": 821, "end": 836 }, { "text": "cynodon dactylo", "label": "SPECIES", "start": 846, "end": 861 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1029, "end": 1036 }, { "text": "rose", "label": "SPECIES", "start": 1124, "end": 1128 }, { "text": "cherry", "label": "SPECIES", "start": 1078, "end": 1084 }, { "text": "rose", "label": "SPECIES", "start": 1191, "end": 1195 }, { "text": "grass", "label": "SPECIES", "start": 1350, "end": 1355 }, { "text": "rosaceae", "label": "SPECIES", "start": 1430, "end": 1438 } ]

[ "We", "describe", "the", "case", "of", "a", "67-year-old", "woman", ",", "with", "no", "urological", "history", "of", "interest", ",", "who", "presented", "with", "macroscopic", "monosymptomatic", "haematuria", "with", "clots", "of", "2", "days", "'", "evolution", ".", "Initially", ",", "conservative", "treatment", "was", "decided", "with", "bladder", "catheterisation", "and", "a", "saline", "solution", "washout", "circuit", ".", "After", "24", "hours", "the", "patient", "was", "anaemic", "and", "hypotensive", ",", "requiring", "vasoactive", "amines", "and", "polytransfusion", "of", "blood", "concentrates", ".", "An", "abdominal-pelvic", "CT", "scan", "was", "performed", ",", "which", "revealed", "a", "bladder", "completely", "occupied", "by", "a", "large", "bladder", "clot", "and", "secondary", "moderate", "bilateral", "ureterohydronephrosis", ".", "The", "patient", "was", "operated", "on", "endoscopically", "and", "approximately", "1", "litre", "of", "clot", "was", "evacuated", ".", "The", "bladder", "mucosa", "is", "hyperemic", ",", "with", "diffuse", "bleeding", ",", "with", "no", "evidence", "of", "endovesical", "lesions", ".", "Electrocoagulation", "of", "several", "areas", "with", "active", "bleeding", "was", "performed", ".", "The", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "Intensive", "Care", "Unit", "with", "orotracheal", "intubation", "and", "support", "treatment", "with", "vasoactive", "amines", ".", "Intravenous", "aminocaproic", "acid", "is", "added", "to", "the", "treatment", ".", "After", "24", "hours", "the", "bladder", "was", "again", "clotted", "and", "the", "patient", "continued", "to", "be", "anaemic", "and", "haemodynamically", "unstable", ",", "despite", "having", "received", "a", "transfusion", "of", "10", "blood", "concentrates", ".", "In", "view", "of", "this", "situation", ",", "we", "decided", "to", "perform", "bilateral", "percutaneous", "nephrostomy", "(", "BCN", ")", "with", "the", "dual", "intention", "of", "solving", "the", "obstructive", "problem", "caused", "by", "bladder", "obstruction", "and", "attempting", "to", "reduce", "bleeding", "at", "this", "level", ".", "Bilateral", "percutaneous", "nephrostomy", "was", "performed", "under", "general", "anaesthesia", "in", "the", "Valdivia", "position", ",", "placing", "8", "Ch", "catheters", "through", "the", "lower", "calyx", ",", "with", "no", "incidences", ".", "Twenty-four", "hours", "after", "the", "bilateral", "CPN", "was", "performed", ",", "the", "patient", "improved", "significantly", ",", "the", "haematuria", "ceased", "and", "no", "further", "blood", "transfusions", "were", "required", ".", "Two", "days", "later", ",", "vasoactive", "amines", "and", "orotracheal", "intubation", "were", "withdrawn", ",", "and", "the", "patient", "was", "discharged", "from", "the", "Intensive", "Care", "Unit", "on", "the", "fourth", "day", ".", "Once", "the", "acute", "symptoms", "were", "over", ",", "a", "new", "endoscopic", "examination", "of", "the", "bladder", "was", "scheduled", "with", "biopsies", ".", "The", "anatomo-pathological", "study", "revealed", "as", "the", "only", "notable", "alteration", "the", "presence", "of", "an", "eosinophilic", "material", "around", "the", "blood", "vessels", "of", "the", "submucosa", ".", "This", "substance", "stained", "with", "Congo", "Red", "stain", "and", "turned", "apple", "green", "under", "polarised", "light", "with", "birefringence", ",", "which", "confirmed", "that", "it", "was", "amyloid", ".", "The", "immunohistochemical", "study", "of", "the", "lesion", "with", "monoclonal", "antibodies", "(", "clone", "mc1", ")", ",", "specific", "against", "the", "AA", "protein", "of", "amyloid", "was", "positive", ",", "allowing", "the", "diagnosis", "of", "secondary", "bladder", "amyloidosis", "(", "Type", "AA", ")", ".", "The", "postoperative", "period", "was", "uneventful", ",", "the", "nephrostomies", "were", "removed", "after", "20", "days", "and", "the", "patient", "was", "discharged", "after", "one", "month", ".", "After", "6", "months", "of", "follow-up", ",", "the", "patient", "has", "not", "presented", "haematuria", "again", "and", "is", "awaiting", "studies", "to", "rule", "out", "systemic", "involvement", "due", "to", "amyloidosis", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 38, "end": 43 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 309, "end": 316 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 590, "end": 597 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 851, "end": 858 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1083, "end": 1090 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1669, "end": 1676 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1857, "end": 1864 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2639, "end": 2646 }, { "text": "apple", "label": "SPECIES", "start": 2246, "end": 2251 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2713, "end": 2720 } ]

[ "", "A", "78-year-old", "man", "with", "dyslipidaemia", "came", "to", "our", "emergency", "department", "after", "4", "days", "of", "fever", ",", "with", "no", "other", "symptoms", ".", "Clinical", "examination", "was", "normal", "except", "for", "a", "temperature", "of", "37", ".", "2", "oC", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "lymphocytopenia", "and", "increased", "fibrinogen", ",", "LDH", "and", "D-dimer", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "multilobular", "interstitial", "opacities", "in", "the", "right", "lung", ".", "On", "admission", ",", "treatment", "was", "started", "with", "piperacillin", "/", "tazobactam", ",", "azithromycin", ",", "hydroxychloroquine", ",", "methylprednisolone", "and", "enoxaparin", "at", "a", "dose", "of", "60", "mg", "per", "day", ".", "48", "hours", "later", ",", "the", "patient", "continued", "with", "persistent", "fever", "and", "increased", "oxygen", "requirements", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "a", "rapid", "progression", "of", "opacities", "and", "a", "significant", "increase", "in", "acute", "reactants", "such", "as", "ferritin", "and", "IL-6", "was", "detected", ",", "so", "a", "single", "dose", "of", "600", "mg", "tocilizumab", "was", "administered", "according", "to", "hospital", "protocols", "(", "severity", "criteria", ")", ".", "On", "day", "5", "of", "admission", "(", "9", "days", "since", "the", "onset", "of", "symptoms", ")", ",", "the", "patient", "showed", "a", "clear", "improvement", "in", "the", "last", "72", "h", ",", "with", "a", "decrease", "in", "C-reactive", "protein", "and", "ferritin", "values", ".", "Despite", "an", "initial", "decrease", ",", "the", "D-dimer", "increased", "significantly", "to", "3570μg", "/", "L", ".", "CT", "angiography", "showed", "multiple", "segmental", "pulmonary", "emboli", ",", "multilobar", "pneumonia", "and", "three", "floating", "thrombi", "in", "the", "aortic", "arch", "and", "descending", "aorta", ".", "Low", "molecular", "weight", "heparin", "(", "LMWH", ")", "was", "started", "at", "an", "anticoagulant", "dose", ".", "No", "coagulopathy", "or", "bleeding", "episodes", "were", "diagnosed", ".", "The", "patient", "worsened", "due", "to", "severe", "respiratory", "failure", "and", "died", "on", "hospital", "day", "18", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 18 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 526, "end": 533 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 912, "end": 919 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1381, "end": 1388 } ]

[ "A", "two-year-old", "girl", "was", "transferred", "to", "the", "Hospital", "Virgen", "de", "la", "Salud", "in", "Toledo", "for", "right", "upper", "lobe", "pneumonia", "(", "RUP", ")", "with", "associated", "pleural", "effusion", "for", "drainage", ".", "She", "was", "transferred", "in", "a", "non-medicalised", "ambulance", "with", "oxygen", "in", "nasal", "goggles", "at", "3", "bpm", ".", "Intravenous", "antibiotic", "treatment", "with", "ampicillin", "at", "200", "mg", "/", "kg", "/", "day", "for", "48", "hours", "with", "the", "addition", "of", "cefotaxime", "for", "the", "last", "24", "hours", ".", "The", "patient", "'", "s", "vital", "signs", "are", "heart", "rate", "(", "HR", ")", ":", "160", "bpm", ",", "blood", "pressure", "(", "BP", ")", ":", "100", "/", "50", "mmHg", ",", "SatO2", "99", "%", "with", "nasal", "goggles", "at", "3", "bpm", ",", "temperature", "(", "Ta", ")", "38", ".", "6", "°", "C", ",", "respiratory", "rate", "(", "RF", ")", "40", "rpm", ".", "On", "arrival", "he", "was", "in", "fair", "general", "condition", ",", "intense", "pallor", "of", "the", "skin", "and", "mucous", "membranes", ",", "thermal", "gradient", "of", "3", "°", "C", "in", "knees", "and", "elbows", ",", "capillary", "refill", "of", "5", "s", ".", "Respiratory", "distress", "with", "moderate", "sub", "and", "intercostal", "tugging", ".", "Rhythmic", "cardiac", "auscultation", "without", "murmurs", "and", "pulmonary", "auscultation", "with", "marked", "hypoventilation", "in", "the", "right", "lung", "field", ".", "The", "abdomen", "is", "soft", "and", "depressible", ",", "hepatomegaly", "of", "2", "cm", "of", "costal", "margin", ",", "neurological", "examination", "conscious", "and", "oriented", ",", "negative", "meningeal", ".", "The", "patient", "initially", "expanded", "to", "20", "ml", "/", "kg", ",", "perfusion", "improved", "and", "the", "thermal", "gradient", "disappeared", ",", "but", "the", "tachycardia", "persisted", ".", "Given", "these", "findings", ",", "we", "should", "suspect", ":", "a", ".", "Systemic", "inflammatory", "response", "syndrome", "(", "SIRS", ")", ".", "b", ".", "Sepsis", ".", "c", ".", "Severe", "sepsis", ".", "d", ".", "Septic", "shock", ".", "e", ".", "Isolated", "LSD", "pneumonia", ".", "In", "our", "case", "there", "are", "criteria", "for", "sepsis", "with", "dysfunction", "of", "two", "or", "more", "organs", "but", "without", "meeting", "the", "criteria", "for", "septic", "shock", ".", "The", "results", "of", "the", "analytical", "control", "are", "in", ":", "-", "Blood", "count", ":", "haemoglobin", "6", ".", "9", "g", "/", "dl", ",", "haematocrit", "19", ".", "2", "%", ",", "platelets", "18", ",", "000x106", "/", "L", ",", "leukocytes", "15", ",", "500x106", "/", "L", ".", "-", "Biochemistry", ":", "glucose", "91", "mg", "/", "dl", ",", "urea", "105", "mg", "/", "dl", ",", "creatinine", "(", "Cr", ")", "1", ".", "29", "mg", "/", "dl", ",", "GOT", "227", "U", "/", "L", ",", "GPT", "55", "U", "/", "L", ".", "-", "Venous", "blood", "gases", ":", "pH", "7", ".", "31", ",", "pCO2", "45", "mmHg", ",", "pO2", "134", "mmHg", ",", "HCO3", "-", "22", ".", "7", "mmol", "/", "L", ",", "base", "excess", "-", "3", ".", "3", ".", "Coagulation", ":", "T", ".", "prothrombin", "83", "%", ",", "INR", "1", ".", "1", ",", "T", ".", "cephalin", "54", ".", "4", "s", ",", "fibrinogen", "954", "mg", "/", "dl", ".", "A", "platelet", "concentrate", "was", "transfused", "at", "20", "ml", "/", "kg", "and", "a", "right", "femoral", "vein", "was", "cannulated", ".", "He", "started", "with", "increased", "respiratory", "distress", "and", "severe", "epistaxis", ",", "which", "was", "difficult", "to", "control", ".", "It", "was", "decided", "to", "notify", "ENT", ",", "who", "placed", "an", "anterior", "tamponade", ".", "Despite", "the", "tamponade", ",", "bleeding", "persisted", "and", "he", "began", "to", "become", "drowsy", "and", "his", "level", "of", "consciousness", "decreased", ".", "Given", "the", "low", "level", "of", "consciousness", "and", "significant", "bleeding", ",", "the", "patient", "was", "sedoanalgesiated", "and", "the", "airway", "was", "secured", "with", "intubation", ".", "Subsequently", ",", "once", "stabilised", ",", "the", "presence", "of", "pleural", "effusion", "was", "checked", "by", "ultrasound", ",", "showing", "evidence", "of", "encapsulated", "pleural", "effusion", "measuring", "3", "cm", "from", "the", "scapula", "to", "the", "diaphragm", ".", "A", "pleural", "drainage", "tube", "was", "placed", "in", "the", "area", "of", "greatest", "accumulation", ";", "5th", "intercostal", "space", "and", "posterior", "axillary", "line", ".", "After", "intubation", ",", "the", "patient", "was", "hypotensive", ",", "showing", "signs", "of", "thermal", "gradient", ",", "distal", "coldness", "and", "poor", "perfusion", ",", "so", "dopamine", "was", "started", "at", "5", "μg", "/", "kg", "/", "min", ".", "The", "blood", "test", "was", "extended", "and", "showed", "elevated", "LDH", ",", "elevated", "bilirubin", ",", "increased", "reticulocytes", "and", "decreased", "haptoglobin", ".", "The", "possible", "aetiology", "of", "the", "condition", "was", "as", "follows", ":", "a", ".", "Haemolytic", "uraemic", "syndrome", "(", "HUS", ")", "secondary", "to", "pneumococcus", ".", "b", ".", "Septic", "shock", "secondary", "to", "complicated", "pneumonia", ".", "c", ".", "Autoimmune", "haemolytic", "anaemia", "(", "AHAI", ")", ".", "d", ".", "Thrombocytopenic-thrombotic", "purpura", "(", "TTP", ")", ".", "e", ".", "Acute", "post-infectious", "glomerulonephritis", "(", "APGN", ")", ".", "We", "would", "think", "first", "of", "all", "of", "HUS", "since", "septic", "shock", "is", "associated", "with", "coagulopathy", ",", "which", "is", "not", "present", "in", "our", "case", ".", "HUS", "secondary", "to", "pneumococcus", "causes", "40", "%", "of", "non-E", ".", "coli", "HUS", ".", "In", "its", "pathogenesis", ",", "pneumococcal", "neuraminidase", "degrades", "the", "sialic", "acid", "that", "covers", "Ag", "T", "in", "the", "membranes", "of", "red", "blood", "cells", ",", "platelets", "and", "glomerular", "endothelium", ",", "which", "is", "exposed", ".", "Recognition", "of", "Ag", "T", "by", "AutoAc", "(", "IgM", ")", ":", "causes", "haemolysis", ",", "platelet", "aggregation", "and", "endothelial", "damage", ":", "direct", "Cooms", "+", ".", "In", "our", "suspicion", "it", "will", "probably", "be", "positive", ":", "a", ".", "Direct", "Cooms", "and", "pneumococcal", "Ag", "in", "pleural", "fluid", ".", "b", ".", "Stool", "culture", "for", "E", ".", "coli", ".", "c", ".", "ADAMTS", "13", "activity", "<", "5", "%", ".", "d", ".", "Genetic", "study", "with", "factor", "H", "mutation", ".", "e", ".", "Positive", "rapid", "test", "for", "H1N1", ".", "The", "aetiological", "diagnosis", "of", "HUS", "should", "include", "the", "study", "of", ":", "-", "E", ".", "coli", ":", "rapid", "test", "(", "ELISA", ")", "for", "detection", "of", "STx", "in", "stool", ",", "stool", "culture", ",", "culture", "on", "sorbitol", "Mac", "Conkey", "agar", ",", "PCR", ",", "serology", ",", "blood", "culture", ".", "-", "Pneumococcus", ":", "rapid", "test", "for", "detection", "of", "pneumococcal", "Ag", "in", "pleural", "fluid", ",", "positive", "direct", "Coombs", "'", "test", ",", "cultures", "(", "blood", ",", "sputum", ",", "CSF", ".", ".", ".", ")", ",", "Coombs", "'", "test", ".", "-", "HIV", ",", "H1N1", ":", "serology", ".", "-", "VERY", "IMPORTANT", "IN", "THE", "EVENT", "OF", "SUSPECTED", "HUS", ",", "take", "a", "plasma", "sample", "prior", "to", "transfusions", "to", "REQUEST", ":", "ADAMTS", "13", "activity", "and", "study", "of", "complement", "C3", ",", "C4", ",", "CH50", ",", "FH", ",", "FI", ",", "FB", ",", "in", "case", "of", "atypical", "HUS", ".", "Our", "patient", "'", "s", "urea", "levels", "rose", "to", "114", "and", "creatinine", "to", "1", ".", "33", "despite", "diuretic", "treatment", ",", "with", "hyperphosphataemia", "and", "refractory", "hyperkalaemia", ",", "with", "a", "balance", "of", "+", "1", ",", "000", "ml", "and", "diuresis", "of", "0", ".", "7", "cc", "/", "kg", "/", "h", ".", "The", "patient", "was", "connected", "to", "HDFVVC", "for", "72", "hours", ",", "withdrawing", "after", "Cr", "decreased", "to", "0", ".", "97", "and", "Urea", "to", "91", ",", "and", "recovering", "a", "diuresis", "of", "3", "cc", "/", "kg", "/", "h", "with", "furosemide", ".", "Pneumonia", "was", "initially", "treated", "with", "cefotaxime", "and", "vancomycin", ".", "On", "the", "5th", "day", "of", "admission", ",", "after", "worsening", "with", "elevated", "AFR", ",", "he", "was", "switched", "to", "meropenem", "and", "linezolid", ".", "Amikacin", "was", "added", "4", "days", "later", "(", "8th", "day", "of", "MV", ")", ".", "Amikacin", "was", "maintained", "for", "4", "days", "(", "up", "to", "48", "hours", "after", "extubation", ")", ",", "linezolid", "for", "10", "days", "and", "meropenem", "for", "13", "days", ".", "On", "suspicion", "of", "septic", "pneumonia", ",", "three", "doses", "of", "urokinase", "were", "administered", ".", "As", "a", "secondary", "complication", "on", "the", "4th", "day", "of", "MV", ",", "massive", "atelectasis", "of", "the", "left", "lung", "and", "right", "pneumothorax", "required", "VAFO", "for", "5", "days", ",", "and", "then", "continued", "with", "CMV", "for", "a", "further", "48", "hours", ".", "BP", "remained", "at", "high", "normal", "values", "for", "48", "hours", ",", "without", "requiring", "antihypertensive", "treatment", ".", "Diuretic", "treatment", "was", "withdrawn", "on", "the", "18th", "day", "of", "admission", ",", "with", "normalisation", "of", "renal", "function", ".", "Given", "the", "persistence", "of", "the", "pneumothorax", ",", "the", "drainage", "tube", "was", "maintained", "until", "the", "28th", "day", "of", "admission", ".", "She", "was", "reviewed", "in", "the", "pneumology", "department", "with", "persistence", "of", "2", "pneumothorax", "bubbles", "in", "the", "right", "anterior", "fields", ",", "with", "persistence", "of", "pachypleuritis", ".", "Renal", "function", "normalised", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "girl", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 19 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 393, "end": 400 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1076, "end": 1083 }, { "text": "pneumococcus", "label": "SPECIES", "start": 3498, "end": 3510 }, { "text": "E. coli", "label": "SPECIES", "start": 3529, "end": 3536 }, { "text": "E. coli", "label": "SPECIES", "start": 3965, "end": 3972 }, { "text": "H1N1", "label": "SPECIES", "start": 4070, "end": 4074 }, { "text": "E. coli", "label": "SPECIES", "start": 4142, "end": 4149 }, { "text": "Pneumococcus", "label": "SPECIES", "start": 4285, "end": 4297 }, { "text": "H1N1", "label": "SPECIES", "start": 4446, "end": 4450 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 4441, "end": 4444 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4664, "end": 4671 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4865, "end": 4872 } ]

[ "Reason", "for", "consultation", "Pain", "and", "swelling", "in", "the", "left", "elbow", ".", "Individual", "approach", "(", "anamnesis", ",", "examination", ",", "complementary", "tests", ")", ".", "Male", ",", "79", "years", "of", "age", ".", "Personal", "history", ":", "no", "drug", "allergies", ".", "Cardiovascular", "risk", "factors", ":", "type", "2", "diabetes", "mellitus", ",", "hypertension", ",", "dyslipidaemia", ".", "Hyperuricaemia", "and", "gout", ".", "Ischaemic", "heart", "disease", "revascularised", "on", "2", "occasions", "in", "the", "anterior", "descending", "artery", "in", "2012", "and", "2017", ".", "Non-valvular", "atrial", "fibrillation", "with", "atrial", "appendage", "closure", "in", "February", "2019", ".", "Not", "anticoagulated", "due", "to", "a", "history", "of", "upper", "gastrointestinal", "haemorrhage", "with", "clinical", "melena", "due", "to", "Dabigatran", ",", "suspending", "anticoagulation", "and", "keeping", "the", "patient", "on", "double", "anti-aggregation", ".", "Heart", "failure", "with", "preserved", "ejection", "fraction", ".", "Obstructive", "sleep", "apnoea", "syndrome", "with", "nocturnal", "CPAP", ".", "Surgical", "interventions", ":", "Inguinal", "and", "umbilical", "hernia", ".", "Left", "atrial", "appendage", "closure", ".", "Baseline", "life", ":", "independent", "for", "basic", "activities", "of", "daily", "living", ".", "Preserved", "higher", "functions", ".", "NYHA", "functional", "class", "III", ".", "Lives", "with", "his", "wife", ".", "Has", "3", "children", ".", "Good", "family", "support", ".", "Usual", "treatment", ":", "ASA", "100", "mg", "/", "24h", ",", "Clopidogrel", "75", "mg", "/", "24h", ",", "Bisoprolol", "5", "mg", "/", "24h", ",", "Ramipril", "5", "mg", "/", "24h", ",", "Allopurinol", "100", "mg", "/", "24h", ",", "Furosemide", "20", "mg", "/", "24h", ",", "Metformin", "/", "Empaglifozin", "every", "24h", ".", "Present", "illness", ":", "Patient", "attended", "the", "primary", "care", "emergency", "department", "for", "pain", "and", "swelling", "in", "the", "left", "elbow", "with", "no", "history", "of", "trauma", "accompanied", "by", "a", "fever", "of", "38oC", "for", "the", "last", "48", "hours", ".", "Two", "days", "ago", "he", "attended", "the", "health", "centre", "due", "to", "the", "onset", "of", "pain", "and", "was", "diagnosed", "as", "a", "probable", "gout", "attack", ",", "treated", "with", "Naproxen", "as", "on", "other", "occasions", ".", "Progressively", "increasing", "oedema", "and", "reddening", "of", "the", "left", "elbow", "appeared", ",", "accompanied", "by", "general", "malaise", ",", "fever", "and", "weakness", ",", "for", "which", "reason", "he", "consulted", "again", ".", "Physical", "examination", "Acceptable", "general", "condition", ".", "Conscious", ",", "oriented", "and", "cooperative", ".", "Temperature", ":", "37-5oC", ".", "BP", ":", "135", "/", "75", "HR", "80", "bpm", ".", "Sat", "O2", "98", "%", "a", "/", "a", ".", "Hyperemia", "and", "oedema", "at", "left", "elbow", "with", "fluctuation", "at", "bursa", "level", "and", "increased", "temperature", ".", "Mobility", "preserved", ",", "although", "limited", "flexion", "and", "extension", "of", "the", "elbow", "due", "to", "pain", ".", "No", "ecchymosis", ".", "No", "crepitus", ".", "Good", "nail", "filling", ".", "Radial", "pulse", "preserved", ".", "Good", "colouring", "of", "the", "skin", "of", "the", "forearm", "with", "oedema", "and", "pitting", ".", "Clinical", "Judgement", "Infectious", "bursitis", "of", "the", "elbow", ".", "Differential", "diagnosis", ":", "venous", "thrombosis", "of", "the", "upper", "limb", "in", "a", "patient", "with", "non-anticoagulated", "AF", ".", "Gout", "attack", ".", "Action", "plan", "and", "evolution", "Ceftriaxone", "2", "g", "iv", "was", "administered", "and", "the", "patient", "was", "referred", "to", "the", "hospital", "emergency", "department", "for", "assessment", "on", "suspicion", "of", "infectious", "bursitis", ",", "without", "being", "able", "to", "rule", "out", "venous", "thrombosis", "in", "a", "patient", "with", "a", "history", "of", "atrial", "fibrillation", ".", "In", "the", "hospital", "emergency", "department", ",", "a", "blood", "test", "was", "performed", ":", "normal", "haemogram", "with", "known", "platelets", ",", "CRP", "100", ",", "D-dimer", "900", ".", "Referred", "for", "rapid", "infectious", "diseases", "consultation", "within", "48", "hours", "and", "started", "oral", "antibiotic", "treatment", "at", "home", "with", "Cefadroxil", "500", "mg", "/", "12", "h", ".", "While", "waiting", "for", "the", "appointment", ",", "the", "patient", "persisted", "with", "discomfort", "and", "pain", "without", "further", "medical", "consultation", ".", "On", "consulting", "the", "Infectious", "Diseases", "Department", ",", "a", "FNA", "was", "performed", "and", "purulent", "content", "was", "extracted", ".", "The", "patient", "was", "admitted", "for", "abscess", "drainage", "and", "iv", "antibiotherapy", ".", "Liquid", "culture", ":", "Methicillin-sensitive", "Staphylococcus", "aureus", ".", "Biochemistry", "of", "joint", "fluid", ":", "170", "600", "cells", ",", "Polymorphonuclear", "95", "%", ".", "During", "admission", ",", "iv", "cefazolin", "was", "administered", "with", "good", "clinical", "response", ".", "Currently", "the", "patient", "is", "asymptomatic", "and", "discharged", "home", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Male", "label": "HUMAN", "start": 129, "end": 133 }, { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 152, "end": 160 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 642, "end": 649 }, { "text": "wife", "label": "HUMAN", "start": 1002, "end": 1006 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 1029, "end": 1035 }, { "text": "children", "label": "HUMAN", "start": 1014, "end": 1022 }, { "text": "Patient", "label": "HUMAN", "start": 1238, "end": 1245 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2319, "end": 2326 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2439, "end": 2446 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2603, "end": 2610 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2960, "end": 2967 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3151, "end": 3158 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3436, "end": 3443 } ]

[ "A", "15-year-old", "male", "patient", "with", "no", "past", "medical", "history", "consulted", "for", "a", "purpuric", "rash", "on", "the", "lower", "limbs", "accompanied", "by", "arthralgias", "of", "2", "months", "'", "duration", "that", "did", "not", "subside", "with", "rest", ",", "for", "which", "Schönlein-Henoch", "purpura", "was", "diagnosed", ".", "Physical", "examination", "revealed", "erythematous-pardusceous", "macules", "accompanied", "by", "purpuric", "punctation", "in", "\"", "cayenne", "pepper", "\"", ",", "distributed", "on", "the", "lower", "limbs", ",", "predominantly", "on", "the", "pretibial", "region", "and", "thighs", ",", "with", "no", "plantar", "involvement", ".", "Routine", "laboratory", "work-up", "was", "normal", ",", "but", "IgM", "serology", "for", "parvovirus", "B19", "was", "positive", ".", "The", "lesions", "persisted", "with", "exercise-related", "exacerbations", "and", "remissions", "for", "more", "than", "one", "year", "." ]

[ 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 19, "end": 26 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 18 }, { "text": "cayenne pepper", "label": "SPECIES", "start": 338, "end": 352 }, { "text": "parvovirus B19", "label": "SPECIES", "start": 526, "end": 540 } ]

[ "Anamnesis", "80-year-old", "male", ",", "ex-smoker", ",", "dyslipidaemic", ",", "operated", "on", "for", "transurethral", "resection", "(", "TUR", ")", "of", "the", "prostate", "in", "2008", "and", "two", "bladder", "TURs", "for", "carcinoma", "in", "situ", "with", "intravesical", "BCG", "instillations", ",", "the", "last", "one", "in", "October", "2012", ".", "Physical", "examination", "On", "physical", "examination", "he", "was", "afebrile", ",", "haemodynamically", "stable", ",", "with", "normal", "cardiorespiratory", "auscultation", ".", "Abdominal", "examination", "was", "painful", "on", "deep", "palpation", "in", "the", "mesogastrium", ".", "Complementary", "tests", "-", "The", "blood", "test", "showed", "a", "haemoglobin", "of", "13", ".", "9", "g", "/", "dl", ",", "without", "leukocytosis", "(", "leukocytes", "4", ",", "500", "/", "mm3", ",", "59", "%", "neutrophils", ")", ".", "Normal", "renal", "function", "with", "creatinine", "0", ".", "9", "mg", "/", "dl", "and", "urea", "40", "mg", "/", "dl", ".", "Urine", "sediment", "normal", ".", "Negative", "urine", "culture", ".", "-", "With", "the", "diagnosis", "of", "abdominal", "pain", "of", "unknown", "origin", ",", "an", "outpatient", "ultrasound", "was", "requested", ",", "which", "showed", "aneurysmal", "dilatation", "of", "the", "abdominal", "aorta", "measuring", "3", ".", "2", "x", "3", ".", "5", "cm", "with", "mural", "thrombus", "and", "diffuse", "calcified", "atheromatosis", ".", "-", "The", "patient", "was", "admitted", "with", "a", "diagnosis", "of", "aortic", "aneurysm", "for", "study", ",", "performing", "an", "abdominal", "CT", "angiography", ",", "which", "described", "the", "presence", "of", "increased", "infrarenal", "periaortic", "density", "with", "trabeculation", "of", "adjacent", "fat", "and", "normal", "aortic", "calibre", "compatible", "with", "inflammatory", "aortitis", ".", "-", "Based", "on", "these", "findings", ",", "it", "was", "decided", "to", "perform", "a", "FNA", "of", "the", "periaortic", "region", "with", "a", "positive", "smear", "test", "for", "Mycobacterium", "tuberculosis", "sensitive", "to", "rifampicin", ".", "Diagnosis", "Tuberculous", "aortitis", "secondary", "to", "intravesical", "instillations", "of", "BCG", ".", "Treatment", "Anti-tuberculosis", "treatment", "with", "rifampicin", "600", "mg", ",", "ethambutol", "1", ",", "200", "mg", "and", "isoniacin", "300", "mg", "daily", ".", "Evolution", "Ultrasound", "checks", "were", "carried", "out", ",", "observing", "good", "evolution", "and", "symptomatic", "response", ",", "for", "which", "he", "was", "discharged", "after", "15", "days", ".", "Thirty", "days", "after", "starting", "treatment", ",", "a", "new", "CT", "scan", "was", "performed", ",", "confirming", "the", "improvement", "described", "in", "the", "previous", "ultrasound", "scans", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "BCG", "label": "SPECIES", "start": 185, "end": 188 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 26 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 930, "end": 937 }, { "text": "Mycobacterium tuberculosis sensitive to rifampicin", "label": "SPECIES", "start": 1325, "end": 1375 }, { "text": "BCG", "label": "SPECIES", "start": 1452, "end": 1455 } ]

[ "A", "68-year-old", "patient", "with", "a", "history", "of", "severe", "mental", "retardation", "and", "deaf-mutism", "secondary", "to", "meningitis", "in", "childhood", ".", "She", "consulted", "our", "emergency", "department", "due", "to", "pain", "and", "inflammation", "in", "the", "left", "hemiscrotal", "for", "more", "than", "3", "weeks", ",", "which", "did", "not", "subside", "despite", "antibiotic", "and", "anti-inflammatory", "treatment", ".", "Examination", "revealed", "a", "generalised", "increase", "in", "scrotal", "contents", ",", "more", "marked", "on", "the", "left", "side", ",", "with", "a", "painful", "testicle", "on", "palpation", ",", "firm", "consistency", ",", "smooth", "surface", "and", "thickened", "epididymis", ".", "The", "right", "testicle", "was", "normal", ".", "Urine", "sediment", "revealed", "the", "presence", "of", "pyuria", ".", "Ultrasonography", "revealed", "an", "enlarged", ",", "heterogeneous", "left", "testicle", ",", "with", "a", "medial", "area", "with", "multiple", "cystic", "cavities", ",", "some", "of", "which", "were", "hypoechogenic", ".", "Diagnosed", "as", "advanced", "orchitis", ",", "the", "patient", "was", "discharged", "with", "analgesic-anti-inflammatory", "treatment", ".", "Eight", "days", "later", ",", "the", "patient", "attended", "the", "urology", "department", "for", "a", "check-up", ",", "where", "palpation", "clearly", "delimited", "a", "nodule", ",", "which", "suggested", "a", "differential", "diagnosis", "of", "testicular", "neoplasia", ".", "A", "radical", "left", "orchiectomy", "was", "performed", ",", "after", "determination", "of", "tumour", "markers", "(", "b-HCG", ",", "alpha-fetoprotein", "and", "LDH", ")", ",", "which", "were", "normal", ".", "Macroscopically", ",", "the", "section", "surface", "of", "the", "orchiectomy", "specimen", "showed", "thickening", "of", "the", "tunica", "albuginea", ",", "with", "haemorrhagic", "areas", ".", "The", "testicular", "parenchyma", "was", "increased", "in", "consistency", ",", "with", "the", "presence", "of", "whitish", "fibrous", "tracts", "and", "yellowish", "plaques", "on", "section", ".", "Microscopic", "examination", "revealed", "marked", "hypospermatogenesis", "with", "hyalinisation", "of", "the", "seminiferous", "tubules", ",", "as", "well", "as", "a", "chronic", "inflammatory", "process", ",", "consisting", "of", "histiocytes", ",", "abundant", "plasma", "cells", "and", "giant", "cells", ".", "Within", "some", "of", "these", "cells", ",", "characteristic", "Michaelis-Gutmann", "bodies", "with", "an", "owl", "'", "s", "eye", "appearance", "were", "recognised", ",", "which", "were", "positive", "for", "Von", "Kossa", "staining", ",", "demonstrating", "their", "calcium", "composition", "and", "thus", "suggesting", "the", "diagnosis", "of", "MLP", ".", "These", "inflammatory", "changes", "also", "partially", "affected", "the", "epididymis", ".", "With", "the", "diagnosis", "of", "testicular", "and", "epididymal", "PML", ",", "treatment", "was", "completed", "with", "a", "course", "of", "fluoroquinolones", "for", "3", "months", ",", "after", "which", "the", "evolution", "is", "satisfactory", "and", "the", "patient", "is", "asymptomatic", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 21 }, { "text": "childhood", "label": "HUMAN", "start": 109, "end": 118 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 767, "end": 774 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 856, "end": 863 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2123, "end": 2130 } ]

[ "A", "69-year-old", "woman", "with", "a", "history", "of", "arterial", "hypertension", "and", "rheumatoid", "arthritis", "on", "baseline", "treatment", "for", "a", "year", "with", "subcutaneous", "methotrexate", "at", "a", "dose", "of", "15", "mg", "weekly", ".", "In", "the", "context", "of", "a", "recent", "flare-up", "of", "this", "pathology", ",", "90", "mg", "of", "oral", "prednisone", "daily", "had", "been", "added", "to", "her", "usual", "treatment", "two", "weeks", "earlier", ",", "with", "an", "initial", "dose", "of", "80", "mg", "of", "intramuscular", "methylprednisolone", ".", "Having", "previously", "been", "well", ",", "the", "patient", "presented", "cognitive", "deterioration", "over", "48", "hours", "of", "evolution", "characterised", "by", "disorientation", "and", "bradypsychia", ",", "as", "well", "as", "non-thermometric", "febrile", "sensation", ",", "for", "which", "reason", "she", "was", "transferred", "by", "her", "relatives", "to", "the", "Emergency", "Department", "of", "a", "High", "Resolution", "Hospital", ".", "In", "the", "following", "hours", ",", "her", "level", "of", "consciousness", "deteriorated", ",", "which", "is", "why", "it", "was", "decided", "to", "transfer", "her", "to", "her", "third", "level", "referral", "hospital", ".", "The", "first", "clinical", "examination", "of", "the", "patient", "revealed", "the", "following", "data", ":", "axillary", "temperature", "38", ".", "1oC", ",", "blood", "pressure", "130", "/", "80", "mmHg", ",", "good", "distal", "perfusion", "with", "capillary", "filling", "of", "less", "than", "two", "seconds", ",", "and", "heart", "rate", "80", "beats", "per", "minute", ".", "The", "cardiorespiratory", ",", "abdominal", "and", "skin", "examination", "showed", "no", "notable", "alterations", ".", "In", "relation", "to", "the", "neurological", "examination", ",", "the", "patient", "showed", "marked", "ideomotor", "slowness", "and", "temporo-spatial", "disorientation", ",", "with", "a", "Glasgow", "scale", "score", "of", "15", ".", "At", "that", "time", "she", "was", "able", "to", "obey", "simple", "commands", "but", "not", "more", "complex", "ones", ".", "Brudzinski", "'", "s", "sign", "was", "present", "and", "the", "rest", "of", "the", "examination", "was", "normal", ".", "On", "the", "basis", "of", "these", "clinical", "data", ",", "serial", "blood", "cultures", "were", "taken", "and", "an", "urgent", "computerised", "axial", "tomography", "(", "CAT", ")", "scan", "of", "the", "skull", "was", "performed", ",", "which", "revealed", "no", "pathological", "findings", ".", "Following", "this", "imaging", "technique", ",", "a", "lumbar", "puncture", "was", "performed", "to", "extract", "cerebrospinal", "fluid", "(", "CSF", ")", ",", "which", "showed", "hyperproteinorrache", "(", "584", "mg", "/", "dL", ")", ",", "countless", "leukocytes", "at", "the", "expense", "of", "polymorphonuclear", "cells", ",", "and", "glycorrhachia", "(", "36", "mg", "/", "dL", ")", ",", "corresponding", "to", "a", "CSF", "/", "serum", "ratio", "of", "0", ".", "23", ".", "Gram", "staining", "showed", "gram-positive", "cocci", ",", "with", "a", "negative", "determination", "of", "pneumococcal", "antigen", "by", "CSF", "immunoassay", "(", "BinaxNOW", "®", ")", ".", "The", "haemogram", "performed", "in", "the", "ED", "showed", "intense", "leukocytosis", "(", "32", ",", "440céls", "/", "mm3", "with", "93", "%", "segmented", "cells", ")", ",", "while", "the", "only", "pathological", "finding", "in", "the", "biochemistry", "was", "a", "C-reactive", "protein", "(", "CRP", ")", "value", "of", "479", "mg", "/", "L", ".", "Evolution", "Based", "on", "the", "patient", "'", "s", "clinical", "history", "and", "epidemiological", "background", ",", "we", "initially", "thought", "that", "the", "result", "of", "the", "CSF", "pneumococcal", "antigen", "test", "might", "be", "a", "false", "negative", ",", "so", "empirical", "intravenous", "treatment", "was", "started", "with", "cefotaxime", "(", "300", "mg", "/", "kg", "/", "day", ")", "and", "vancomycin", "(", "1", "g", "every", "8", "hours", ")", "according", "to", "the", "specific", "updated", "guidelines", ".", "However", ",", "the", "clinical", "evolution", "was", "unfavourable", "in", "the", "following", "hours", ",", "and", "the", "patient", "developed", "global", "aphasia", "and", "arterial", "hypertension", "figures", "compatible", "with", "hypertensive", "emergency", ",", "for", "which", "reason", "it", "was", "decided", "to", "admit", "him", "to", "the", "Intensive", "Care", "Unit", "(", "ICU", ")", "of", "the", "centre", ".", "In", "this", "unit", ",", "ampicillin", "(", "2", "grams", "every", "4", "hours", ")", "was", "added", "to", "the", "treatment", "due", "to", "the", "clinical", "severity", "and", "the", "fact", "that", "the", "patient", "was", "over", "50", "years", "of", "age", ",", "which", "has", "been", "shown", "to", "be", "a", "risk", "factor", "for", "the", "development", "of", "meningitis", "due", "to", "Listeria", "monocytogenes", ".", "The", "Clinical", "Microbiology", "Service", "isolated", "Staphylococcus", "aureus", "in", "the", "CSF", ",", "whose", "susceptibility", "profile", "subsequently", "showed", "a", "minimum", "inhibitory", "concentration", "(", "MIC", ")", "to", "cloxacillin", "≤", "0", ".", "25", "μg", "/", "mL", ",", "on", "the", "basis", "of", "which", "a", "targeted", "treatment", "with", "cloxacillin", "IV", "2", "grams", "every", "4", "hours", "was", "performed", ".", "No", "bacteraemia", "was", "observed", "at", "any", "time", "during", "admission", ".", "Since", "the", "pathogen", "'", "s", "entry", "point", "into", "the", "central", "nervous", "system", "was", "unknown", ",", "an", "MRI", "of", "the", "thorax", "and", "abdomen", "was", "performed", ",", "which", "revealed", "an", "extensive", "multiloculated", "right", "paravertebral", "collection", "that", "entered", "the", "spinal", "canal", "between", "the", "vertebral", "bodies", "L3", ",", "L4", "and", "posterior", "arches", ",", "extending", "to", "the", "retroperitoneum", "and", "right", "psoas", ".", "Percutaneous", "drainage", "of", "the", "collection", "was", "performed", "using", "the", "Seldinger", "technique", "by", "the", "Interventional", "Radiology", "Department", ".", "In", "a", "sample", "of", "the", "purulent", "material", "drained", ",", "S", ".", "aureus", "was", "isolated", "again", "with", "the", "same", "resistance", "profile", "and", "MICs", ".", "Subsequently", ",", "there", "was", "a", "gradual", "improvement", "in", "the", "patient", ",", "including", "the", "neurological", "symptoms", "described", ",", "until", "she", "became", "asymptomatic", ".", "A", "subsequent", "CT", "scan", "showed", "the", "disappearance", "of", "the", "paravertebral", "collection", ",", "which", "together", "with", "the", "normalisation", "of", "acute", "phase", "reactants", "was", "used", "to", "decide", "the", "final", "duration", "of", "IV", "treatment", ".", "Final", "diagnosis", "The", "final", "diagnosis", "was", "meningitis", "due", "to", "methicillin-sensitive", "S", ".", "aureus", "secondary", "to", "a", "paraspinal", "abscess", "in", "a", "patient", "immunosuppressed", "by", "treatment", "with", "corticosteroids", "and", "methotrexate", ".", "Despite", "the", "various", "complementary", "tests", "performed", ",", "no", "gateway", "could", "be", "demonstrated", ".", "In", "our", "opinion", ",", "the", "origin", "of", "the", "collection", "could", "have", "been", "the", "ipsilateral", "intramuscular", "puncture", "that", "the", "patient", "received", "two", "weeks", "before", "the", "onset", "of", "the", "described", "symptoms", "as", "the", "initial", "dose", "of", "the", "corticosteroid", "treatment", "prescribed", "for", "her", "rheumatoid", "arthritis", "flare-up", ",", "as", "we", "found", "no", "other", "possible", "entry", "point", "in", "her", "clinical", "history", "or", "in", "conversations", "with", "the", "patient", ".", "In", "any", "case", ",", "we", "cannot", "rule", "out", "with", "absolute", "certainty", "that", "the", "abscess", "appeared", "after", "the", "meningeal", "symptoms", ".", "We", "also", "believe", "that", "the", "role", "of", "iatrogenesis", "in", "this", "case", "is", "very", "important", ",", "as", "cellular", "and", "humoral", "immunosuppression", "secondary", "to", "methotrexate", "and", "corticosteroids", "played", "an", "important", "role", "in", "the", "initial", "pathophysiology", "of", "the", "condition", "and", "in", "its", "subacute", "clinical", "course", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 19 }, { "text": "gram-positive cocci", "label": "SPECIES", "start": 1983, "end": 2002 }, { "text": "relatives", "label": "HUMAN", "start": 629, "end": 638 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 419, "end": 426 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 883, "end": 890 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1218, "end": 1225 }, { "text": "Listeria monocytogenes", "label": "SPECIES", "start": 3169, "end": 3191 }, { "text": "Staphylococcus aureus", "label": "SPECIES", "start": 3236, "end": 3257 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 3492, "end": 3503 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2325, "end": 2332 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2726, "end": 2733 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3053, "end": 3060 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4184, "end": 4191 }, { "text": "pathogen", "label": "SPECIES", "start": 3557, "end": 3565 }, { "text": "S. aureus", "label": "SPECIES", "start": 4059, "end": 4068 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4598, "end": 4605 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4869, "end": 4876 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5136, "end": 5143 }, { "text": "S. aureus", "label": "SPECIES", "start": 4549, "end": 4558 }, { "text": "methicillin-sensitive S. aureus", "label": "SPECIES", "start": 4527, "end": 4558 } ]

[ "Anamnesis", "23-year-old", "male", ",", "with", "a", "personal", "history", "of", "left", "radical", "orchiectomy", "7", "months", "ago", "for", "a", "testicular", "tumour", "with", "pathological", "anatomy", "of", "combined", "germinal", "tumour", "(", "60", "%", "endodermal", "sinus", "tumour", ",", "20", "%", "embryonal", "carcinoma", ",", "20", "%", "teratoma", ")", ".", "Residual", "retroperitoneal", "mass", "after", "chemotherapy", "treatment", ",", "with", "negative", "tumour", "markers", ".", "Laparoscopic", "excision", "of", "a", "left", "para-aortic", "mass", "one", "month", "ago", "with", "no", "notable", "incidents", "(", "pathological", "anatomy", "with", "no", "evidence", "of", "malignancy", ")", ".", "She", "came", "to", "the", "Emergency", "Department", "with", "progressive", "abdominal", "distension", "of", "3", "weeks", "'", "evolution", "associated", "with", "diffuse", "abdominal", "pain", "and", "vomiting", "in", "the", "last", "few", "days", ".", "Orthopnoea", "that", "has", "been", "intensifying", "and", "obliges", "him", "to", "sleep", "with", "two", "pillows", ".", "No", "fever", "or", "other", "symptoms", ".", "Physical", "examination", "Afebrile", ",", "abdomen", "distended", "and", "tympanic", ",", "diffusely", "painful", "on", "palpation", ".", "Hydro-aerial", "sounds", "present", ".", "Complementary", "tests", "Urgent", "blood", "tests", ":", "creatinine", "0", ".", "8", "mg", "/", "dl", ",", "C-reactive", "protein", "0", ".", "5", "mg", "/", "dl", ",", "leukocytes", "6", ".", "10", "x", "1", ",", "000", "/", "l", ",", "haemoglobin", "14", "g", "/", "dl", ".", "Urgent", "abdominal-pelvic", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", ":", "abundant", "ascites", "in", "all", "spaces", ".", "No", "peritoneal", "uptake", "or", "signs", "of", "peritoneal", "dissemination", ".", "Post-surgical", "changes", "in", "the", "left", "retroperitoneal", "region", ".", "Moderate", "amount", "of", "bilateral", "pleural", "effusion", "with", "compressive", "atelectasis", "of", "adjacent", "parenchyma", ".", "●", "Diagnostic", "paracentesis", ":", "sampling", "of", "a", "milky", "fluid", "for", "submission", "to", "Microbiology", "(", "sterile", ")", ",", "cytology", "(", "negative", "for", "malignancy", ")", "and", "triglyceride", "count", "(", "1", ",", "525", "mg", "/", "dl", ")", ".", "Diagnosis", "Chylous", "ascites", "as", "a", "complication", "following", "laparoscopic", "retroperitoneal", "lymphadenectomy", ".", "Treatment", "With", "the", "diagnosis", "of", "chylous", "ascites", ",", "a", "drainage", "catheter", "was", "placed", "percutaneously", "and", "guided", "by", "CT", ",", "evacuating", "4", ",", "000", "cc", "of", "ascitic", "fluid", "in", "the", "first", "24", "hours", ",", "with", "symptomatic", "improvement", "of", "the", "patient", "(", "decrease", "in", "abdominal", "perimeter", "and", "disappearance", "of", "orthopnoea", ")", ".", "Conservative", "management", "was", "carried", "out", ",", "leaving", "the", "patient", "on", "an", "absolute", "diet", "and", "progressing", "to", "a", "lipid-restricted", "diet", "for", "the", "following", "3", "weeks", ",", "with", "the", "drainage", "debit", "remaining", "at", "zero", "during", "this", "time", ".", "After", "the", "reintroduction", "of", "fats", "in", "the", "diet", ",", "in", "the", "fourth", "week", "of", "admission", ",", "the", "drainage", "debit", "began", "to", "increase", ",", "remaining", "at", "a", "rate", "of", "around", "500", "cc", "daily", ",", "and", "it", "was", "decided", "to", "start", "treatment", "with", "octreotide", "100", "μg", "/", "8", "hours", "for", "2", "weeks", "and", "to", "restrict", "fatty", "foods", ".", "Evolution", "After", "completing", "treatment", "with", "octreotide", ",", "the", "drainage", "output", "remained", "close", "to", "150", "cc", "/", "day", "despite", "dietary", "restrictions", ".", "The", "patient", "needed", "to", "be", "admitted", "for", "a", "febrile", "episode", "secondary", "to", "bacterial", "colonisation", "of", "the", "ascitic", "fluid", "(", "Pseudomonas", "aeruginosa", ")", ",", "with", "good", "resolution", "after", "completing", "a", "course", "of", "broad-spectrum", "antibiotherapy", "(", "piperacillin-tazobactam", ")", ".", "Due", "to", "the", "persistence", "of", "the", "debit", "3", "months", "after", "the", "onset", "of", "the", "clinical", "picture", ",", "total", "parenteral", "nutrition", "was", "started", "for", "2", "weeks", ",", "with", "disappearance", "of", "the", "lymphorrhoea", ".", "After", "confirming", "the", "absence", "of", "recurrence", "after", "progressive", "reintroduction", "of", "feeding", ",", "the", "drain", "was", "removed", ",", "with", "no", "new", "ascitic", "episode", "in", "subsequent", "imaging", "controls", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 26 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 35, "end": 43 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1798, "end": 1805 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1926, "end": 1933 }, { "text": "Pseudomonas aeruginosa", "label": "SPECIES", "start": 2603, "end": 2625 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 2558, "end": 2567 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2493, "end": 2500 } ]

[ "A", "62-year-old", "patient", "consulted", "because", ",", "after", "the", "appearance", "of", "a", "boil", "on", "the", "nasal", "tip", "4", "days", "earlier", ",", "initially", "treated", "with", "topical", "mupirocin", ",", "he", "began", "with", "progressive", "redness", "and", "pain", "on", "the", "nasal", "tip", ".", "Two", "days", "before", "admission", ",", "due", "to", "worsening", "clinical", "symptoms", "and", "the", "onset", "of", "fever", "(", "38o", ")", ",", "she", "was", "prescribed", "treatment", "with", "oral", "cloxacillin", ",", "at", "a", "dose", "of", "500", "mg", "/", "6", "hours", ".", "The", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "emergency", "department", "for", "no", "improvement", ".", "Her", "medical", "history", "included", "only", "the", "presence", "of", "high-frequency", "sensorineural", "hearing", "loss", ",", "secondary", "to", "the", "A1555G", "mutation", "of", "the", "MTRNR1", "gene", ".", "Clinical", "examination", "revealed", "oedema", "and", "erythema", "of", "the", "nasal", "tip", "and", "intense", "pain", "on", "palpation", ".", "The", "upper", "inner", "part", "of", "the", "nasal", "vestibule", "showed", "the", "presence", "of", "a", "boil", ".", "The", "rest", "of", "the", "ENT", "examination", "was", "normal", ".", "Body", "temperature", "was", "38", ".", "1o", ".", "A", "contrast-enhanced", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", "scan", "was", "performed", "and", "reported", "as", "a", "nasal", "tip", "abscess", "of", "1", ".", "2", "cm", "in", "greatest", "diameter", ".", "On", "admission", ",", "the", "patient", "had", "a", "CRP", "of", "6", ".", "5mg", "/", "dl", "and", "an", "ESR", "of", "52", "mm", ",", "with", "no", "leukocytosis", "or", "other", "relevant", "laboratory", "abnormalities", ".", "HIV", "screening", "was", "negative", ".", "It", "was", "decided", "to", "drain", "the", "abscess", "in", "consultation", ".", "After", "administration", "of", "a", "local", "anaesthetic", "(", "lidocaine", "2", "%", ")", ",", "a", "puncture", "was", "performed", "to", "obtain", "a", "sample", "for", "culture", ",", "with", "subsequent", "drainage", "of", "approximately", "1", "cc", "of", "pus", ",", "debridement", "and", "washing", "with", "hydrogen", "peroxide", ",", "leaving", "a", "silicone", "drain", ".", "After", "evaluation", "by", "the", "Infectious", "Diseases", "Unit", ",", "it", "was", "decided", "to", "start", "treatment", "with", "cloxacillin", "at", "a", "dose", "of", "2g", "/", "6h", "/", "endovenous", ",", "metronidazole", "500", "/", "6h", "/", "endovenous", "and", "ciprofloxacin", "750", "mg", "/", "12h", "/", "oral", ".", "In", "the", "culture", "of", "the", "abscess", "exudate", ",", "Staphylococcus", "aureus", "sensitive", "to", "methicillin", "was", "isolated", ",", "so", "treatment", "was", "adjusted", "with", "amoxicillin-clavulanic", "acid", "at", "a", "dose", "of", "1g", "/", "8h", "ev", ".", "In", "view", "of", "the", "good", "evolution", ",", "the", "drain", "was", "removed", "after", "48", "hours", "and", "the", "patient", "was", "discharged", "5", "days", "later", "with", "amoxicillin-clavulanic", "acid", "875", "mg", "/", "8h", "orally", ",", "presenting", "a", "CRP", "of", "1", ".", "2", "mg", "/", "dl", ".", "One", "month", "after", "the", "end", "of", "antibiotic", "treatment", ",", "the", "patient", "remained", "asymptomatic", ",", "with", "no", "aesthetic", "or", "functional", "sequelae", "and", "complete", "normalisation", "of", "analytical", "inflammatory", "parameters", "(", "CRP", "of", "0", ".", "2", "mg", "/", "dl", "and", "ESR", "of", "2mm", ")", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 21 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 385, "end": 392 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 997, "end": 1004 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1898, "end": 1905 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2069, "end": 2076 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1113, "end": 1116 } ]

[ "Anamnesis", "A", "55-year-old", "man", "with", "a", "history", "of", "hypertension", "treated", "with", "enalapril", ".", "He", "came", "to", "the", "Emergency", "Department", "for", "a", "clinical", "picture", "of", "4", "days", "of", "evolution", "characterised", "by", "febrile", "peaks", "of", "up", "to", "38", ".", "5", "°", "C", "associated", "with", "bilateral", "orchialgia", ",", "which", "did", "not", "respond", "to", "initial", "treatment", "with", "oral", "ciprofloxacin", ",", "prescribed", "by", "his", "general", "practitioner", "at", "the", "onset", "of", "the", "clinical", "picture", ".", "Physical", "examination", "On", "physical", "examination", "he", "was", "conscious", "and", "temporospatially", "oriented", ",", "with", "signs", "of", "mild", "dehydration", ",", "tachycardic", "(", "126", "bpm", ")", ",", "blood", "pressure", "143", "/", "91", "mmHg", "and", "febrile", "(", "38", "°", "C", ")", ".", "In", "the", "genital", "region", "there", "was", "a", "5", "x", "7", "cm", "necrotic", "area", "at", "the", "base", "of", "the", "scrotum", "with", "slough", "and", "purulent", "discharge", ",", "associated", "with", "significant", "oedema", "and", "bilateral", "redness", "with", "proximal", "extension", "to", "the", "inguinal", "region", "and", "the", "ipsilateral", "iliac", "fossa", ",", "crepitant", "to", "the", "touch", ".", "The", "rest", "of", "the", "physical", "examination", "showed", "no", "pathological", "findings", ".", "Complementary", "tests", "-", "Laboratory", "tests", "showed", "leukocytosis", "of", "22", ",", "600", "/", "mm3", "with", "neutrophilia", "of", "90", ".", "5", "%", "with", "CRP", "of", "23", ".", "4", "mg", "/", "l", ".", "Glucose", "156", "mg", "/", "dl", ",", "creatinine", "0", ".", "65", "mg", "/", "dl", ",", "urea", "31", ".", "3", "mg", "/", "dl", ".", "Urinary", "sediment", "showed", "glycosuria", "of", "three", "crosses", ".", "-", "Testicular", "ultrasound", "showed", "thickening", "of", "the", "scrotal", "wall", ",", "as", "well", "as", "a", "heterogeneous", "hypoechoic", "image", "compatible", "with", "an", "abscess", "with", "multiple", "hyperechoic", "foci", "with", "posterior", "shadowing", "suggestive", "of", "subcutaneous", "gas", ",", "extending", "to", "the", "left", "inguinal", "region", ".", "Right", "teste", "with", "slight", "increase", "in", "size", "and", "vascularisation", ".", "Findings", "suggestive", "of", "Fournier", "'", "s", "gangrene", ".", "Diagnosis", "Based", "on", "the", "clinical", "and", "complementary", "tests", ",", "the", "diagnosis", "of", "Fournier", "'", "s", "gangrene", "was", "established", ".", "Treatment", "The", "patient", "was", "taken", "to", "the", "operating", "theatre", "for", "surgical", "lavage", "and", "emergency", "debridement", ",", "abundant", "scrotal", "purulent", "material", "was", "drained", ",", "devitalised", "tissues", "were", "resected", ",", "the", "periurethral", "and", "peritesticular", "space", "was", "dissected", ",", "respecting", "the", "bilateral", "testicular", "vagina", ",", "and", "both", "cords", "were", "also", "dissected", ".", "A", "transverse", "incision", "was", "made", "in", "the", "left", "iliac", "fossa", "at", "the", "level", "of", "the", "anterior", "superior", "iliac", "spine", ",", "where", "the", "subcutaneous", "cellular", "tissue", "was", "debrided", ",", "showing", "indemnity", "of", "the", "aponeurosis", "of", "the", "external", "oblique", "muscle", ".", "The", "necrotic", "scrotum", "was", "resected", "to", "viable", "margins", ".", "No", "involvement", "of", "noble", "structures", "such", "as", "testicles", ",", "urethra", "or", "corpora", "cavernosa", "was", "observed", ".", "Combined", "antibiotic", "therapy", ",", "gentamicin", ",", "metronidazole", "and", "ceftriaxone", ",", "and", "a", "daily", "regimen", "of", "local", "dressings", "with", "hydrogen", "peroxide", "and", "potassium", "permanganate", "were", "started", ".", "At", "12", "hours", "he", "was", "re-evaluated", "by", "surgical", "debridement", ",", "where", "resection", "of", "the", "non-viable", "scrotal", "skin", "was", "extended", ".", "The", "gram", "of", "the", "material", "obtained", "in", "the", "operating", "room", "showed", "mixed", "flora", "with", "gram-positive", "cocci", "in", "chains", "and", "streptococcus-type", "pairs", ",", "gram-negative", "bacilli", "and", "gram-positive", "staphylococcus-type", "cocci", ".", "The", "culture", "showed", "a", "predominant", "multisensitive", "Streptococcus", "anginosus", ".", "There", "was", "no", "evidence", "of", "anaerobic", "growth", "in", "the", "usual", "culture", "media", ".", "Evolution", "The", "patient", "presented", "a", "satisfactory", "evolution", ",", "with", "resolution", "of", "the", "systemic", "inflammatory", "response", ",", "given", "by", "the", "absence", "of", "new", "febrile", "peaks", "and", "decrease", "in", "inflammatory", "parameters", "with", "a", "blood", "test", "on", "the", "third", "postoperative", "day", "of", "7", ",", "100", "/", "mm3", "leukocytes", "with", "72", "%", "neutrophils", "and", "negative", "CRP", ".", "At", "3", "weeks", "of", "evolution", ",", "scrotal", "skin", "reconstruction", "was", "performed", "with", "a", "partial", "skin", "mesh", "graft", "obtained", "from", "the", "anterior", "region", "of", "the", "right", "thigh", ",", "which", "evolved", "adequately", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "general practitioner", "label": "HUMAN", "start": 337, "end": 357 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1674, "end": 1681 }, { "text": "Streptococcus anginosus", "label": "SPECIES", "start": 2910, "end": 2933 }, { "text": "gram-negative bacilli", "label": "SPECIES", "start": 2795, "end": 2816 }, { "text": "gram-positive cocci", "label": "SPECIES", "start": 2735, "end": 2754 }, { "text": "streptococcus", "label": "SPECIES", "start": 2769, "end": 2782 }, { "text": "Streptococcus", "label": "SPECIES", "start": 2910, "end": 2923 }, { "text": "mixed flora", "label": "SPECIES", "start": 2718, "end": 2729 }, { "text": "staphylococcus", "label": "SPECIES", "start": 2835, "end": 2849 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3020, "end": 3027 } ]

[ "This", "is", "a", "31-year-old", "male", ",", "smoker", "of", "30", "cigarettes", "a", "day", "with", "no", "other", "history", "of", "interest", ",", "who", "was", "admitted", "to", "the", "Emergency", "Department", "reporting", "weight", "loss", "(", "approximately", "10", "kg", ")", ",", "asthenia", "and", "dry", "cough", "for", "the", "last", "6", "months", ".", "Ten", "days", "prior", "to", "admission", ",", "he", "had", "a", "fever", "of", "up", "to", "39o", "C", ",", "generalised", "myalgias", "and", "dyspnoea", "on", "moderate", "exertion", ".", "The", "admission", "blood", "test", "showed", "a", "baseline", "arterial", "oxygen", "pressure", "(", "PaO2", ")", "of", "63", "mmHg", ";", "erythrocyte", "sedimentation", "rate", ":", "92", "mm", "/", "h", ";", "white", "blood", "cell", "count", "of", "9300", "l", "/", "mm3", "(", "73", "%", "neutrophils", ")", ";", "lactic", "dehydrogenase", "(", "LDH", ")", ":", "957", "mg", "/", "dl", ",", "and", "fibrinogen", ":", "954", "mg", "/", "dl", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "bilateral", "diffuse", "interstitial-alveolar", "infiltrate", "over", "the", "lung", "parenchyma", ".", "Chest", "CT", "showed", "extensive", "involvement", "of", "the", "lung", "parenchyma", "with", "areas", "of", "alveolar", "involvement", ",", "symmetrical", "and", "bilateral", "areas", "of", "ground-glass", "opacity", "and", "lymphadenopathies", "in", "the", "pulmonary", "hilum", ",", "paratracheal", "and", "below", "the", "carina", ".", "The", "patient", "underwent", "a", "transbronchial", "biopsy", ",", "which", "was", "non-specific", ".", "A", "lung", "biopsy", "was", "performed", "in", "the", "operating", "theatre", "and", "the", "histological", "study", "showed", "alveolar", "proteinosis", ".", "The", "microbiological", "study", "of", "the", "biopsy", "isolated", "Nocardia", "sp", ".", "Fifteen", "days", "after", "admission", "the", "patient", "presented", "clinical", "worsening", "with", "a", "large", "increase", "in", "dyspnoea", ",", "hypoxia", "and", "worsening", "of", "the", "alveolar-arterial", "gradient", ".", "Given", "the", "clinical", "situation", ",", "it", "was", "decided", "to", "perform", "bilateral", "bronchoalveolar", "lavage", ".", "Prior", "to", "orotracheal", "intubation", ",", "the", "patient", "was", "sedated", "with", "propofol", ",", "analgesiated", "with", "fentanyl", "and", "relaxed", "with", "succinylcholine", ".", "Intubation", "was", "performed", "with", "a", "left", "Mallinckrodt", "39F", "double-lumen", "tube", ".", "We", "checked", "the", "location", "of", "the", "tube", "by", "means", "of", "a", "paediatric", "fibrobronchoscope", ".", "The", "patient", "was", "then", "kept", "sedated", "and", "relaxed", "with", "continuous", "perfusion", "of", "propofol", "and", "cisatracurium", ".", "We", "initially", "ventilated", "the", "patient", "for", "30", "minutes", "in", "pressure", "control", ",", "with", "inspired", "oxygen", "fraction", "(", "FiO2", ")", "of", "100", "%", ",", "positive", "end-expiratory", "pressure", "(", "PEEP", ")", "of", "6", "cm", "H2O", ",", "peak", "pressure", "of", "30", "cm", "H2O", "and", "respiratory", "rate", "of", "12", ".", "The", "patient", "had", "tidal", "volumes", "of", "800", "ml", "(", "volume", "/", "minute", "of", "10", "lpm", ")", "and", "his", "oxygenation", "was", "96", "%", ".", "We", "then", "measured", "the", "static", "compliance", "of", "each", "lung", "(", "25", "ml", "/", "cm", "H2O", "in", "the", "right", "lung", "and", "15", "ml", "/", "cm", "H2O", "in", "the", "left", "lung", ")", ",", "so", "we", "decided", "to", "start", "lavage", "in", "the", "left", "lung", "(", "the", "one", "with", "the", "worst", "static", "compliance", ")", "with", "the", "patient", "in", "the", "supine", "position", ".", "The", "lavage", "was", "performed", "with", "isotonic", "saline", "solution", "warmed", "to", "37o", "C", ".", "We", "infused", "one", "litre", "from", "a", "height", "of", "30-40", "cm", "above", "the", "patient", "and", "drained", "the", "patient", "by", "gravity", ".", "The", "same", "operation", "was", "carried", "out", "until", "the", "lavage", "fluid", "had", "cleared", ".", "Thirteen", "litres", "were", "necessary", "in", "this", "first", "phase", ".", "To", "achieve", "a", "better", "result", "and", "drainage", ",", "thoracic", "percussion", "was", "performed", "on", "the", "lavaged", "lung", ".", "At", "the", "end", "of", "the", "lavage", "in", "the", "supine", "position", ",", "we", "observed", "an", "improvement", "in", "the", "static", "compliance", "of", "the", "left", "lung", "of", "up", "to", "53", "ml", "/", "cm", "H2O", "and", "an", "improvement", "in", "saturation", "of", "up", "to", "98", "%", ".", "The", "patient", "was", "then", "placed", "in", "prone", "position", ".", "We", "performed", "the", "same", "procedure", "as", "in", "the", "supine", "position", ",", "with", "15", "litres", "of", "saline", "solution", "at", "37o", "C", "being", "necessary", "in", "this", "case", "to", "obtain", "clear", "drainage", ".", "The", "total", "time", "taken", "to", "lavage", "the", "left", "lung", "was", "2", "hours", "and", "45", "minutes", ".", "After", "completion", "of", "the", "left", "lung", "lavage", ",", "we", "ventilated", "both", "lungs", "in", "pressure", "control", "mode", "with", "FiO2", "100", "%", ",", "PEEP", "10", "cm", "H2O", "and", "peak", "pressure", "of", "35", "cm", "H2O", "for", "45", "minutes", ".", "The", "measured", "static", "compliance", "was", "39", "ml", "/", "cm", "H2O", "and", "oxygen", "saturation", "was", "96", "%", ".", "We", "decided", "to", "ventilate", "the", "left", "lung", "alone", ",", "to", "check", "that", "he", "could", "tolerate", "right", "lung", "lavage", ".", "The", "patient", "was", "well", "tolerated", "with", "an", "oxygen", "saturation", "of", "96", "%", ".", "We", "decided", "to", "start", "the", "lavage", "of", "the", "right", "lung", "starting", "in", "prone", "position", ".", "In", "this", "position", "the", "drain", "started", "to", "clear", "with", "20", "litres", "of", "saline", "in", "one", "hour", "and", "35", "minutes", ".", "We", "changed", "to", "the", "supine", "position", ",", "and", "in", "this", "position", "only", "4", "litres", "were", "needed", "in", "14", "minutes", "to", "obtain", "a", "clear", "drainage", ".", "After", "30", "minutes", "of", "mechanical", "ventilation", "the", "static", "compliance", "of", "both", "lungs", "was", "64", "ml", "/", "cm", "H2O", "and", "the", "oxygen", "saturation", "was", "98", "%", ".", "Finally", "we", "changed", "the", "double", "lumen", "tube", "to", "a", "standard", "number", "8", "tube", "and", "started", "disconnecting", "the", "patient", ".", "The", "patient", "was", "extubated", "two", "hours", "after", "completion", "of", "the", "lavage", ".", "The", "control", "chest", "X-ray", "showed", "a", "bilateral", "fine", "interstitial", "pattern", ".", "When", "the", "patient", "was", "discharged", "from", "the", "intensive", "care", "unit", "he", "had", "a", "PaO2", "/", "FiO2", "ratio", "of", "453", ".", "8", "(", "193", ".", "8", "on", "admission", ")", ".", "Sequential", "lavage", "had", "to", "be", "repeated", "twice", "during", "the", "following", "year", "due", "to", "worsening", "of", "his", "disease", "with", "good", "tolerance", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 26 }, { "text": "Nocardia sp", "label": "SPECIES", "start": 1154, "end": 1165 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 929, "end": 936 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1200, "end": 1207 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1456, "end": 1463 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1709, "end": 1716 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1836, "end": 1843 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2038, "end": 2045 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2348, "end": 2355 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2509, "end": 2516 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2533, "end": 2540 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2963, "end": 2970 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3585, "end": 3592 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4174, "end": 4181 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4187, "end": 4194 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4330, "end": 4337 } ]

[ "Anamnesis", "The", "patient", "was", "a", "33-year-old", "man", ",", "married", ",", "with", "two", "children", ",", "engineer", "by", "profession", ".", "He", "had", "a", "family", "history", "of", "a", "maternal", "uncle", "with", "pancreatic", "cancer", "and", "a", "maternal", "aunt", "with", "ovarian", "cancer", ".", "Personal", "history", ":", "overweight", "until", "one", "year", "before", "the", "first", "visit", "to", "the", "oncology", "department", ",", "sporadic", "smoker", ",", "social", "drinker", ",", "he", "was", "being", "treated", "with", "eprosartan", "600", "mg", "/", "day", "for", "high", "blood", "pressure", "and", "had", "undergone", "surgery", "for", "varus", "flatfoot", ".", "In", "January", "2006", ",", "he", "started", "a", "low-calorie", "diet", ",", "with", "a", "weight", "loss", "of", "up", "to", "18", "kg", "even", "after", "stopping", "the", "diet", ".", "Over", "the", "months", ",", "he", "became", "associated", "with", "belt", "pain", "with", "visual", "analogue", "scale", "(", "VAS", ")", "5", "/", "10", ",", "diarrhoea", "and", "food", "intolerance", "without", "steatorrhoea", ".", "In", "October", "2006", ",", "he", "consulted", "in", "relation", "to", "the", "weight", "loss", "and", "a", "blood", "test", "showed", "anaemia", ",", "altered", "liver", "tests", "and", "hypercalcaemia", ",", "for", "which", "he", "was", "referred", "to", "the", "Internal", "Medicine", "department", ".", "Physical", "examination", "On", "examination", ",", "the", "patient", "was", "in", "good", "general", "condition", ",", "ECOG-1", "with", "skin", "pallor", ",", "no", "lymph", "nodes", "were", "palpable", "and", "the", "abdomen", "was", "painful", "to", "the", "touch", ".", "A", "dubious", "mass", "was", "palpable", "in", "the", "epigastrium", ".", "Additional", "tests", "Further", "investigations", "were", "performed", ",", "including", "abdominal", "ultrasound", "and", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", ",", "which", "showed", "multiple", "liver", "lesions", "and", "a", "large", "lesion", "in", "the", "pancreas", ".", "Magnetic", "resonance", "imaging", "confirmed", "the", "liver", "lesions", "as", "metastases", "and", "detected", "the", "presence", "of", "a", "large", "pancreatic", "mass", "(", ">", "9", "cm", ")", "and", "portal", "hypertension", ".", "A", "scanner-guided", "puncture", "of", "the", "pancreatic", "mass", "was", "performed", "with", "a", "pathological", "diagnosis", "of", "malignancy", "and", "suggestive", "of", "adenocarcinoma", ",", "although", "the", "isolated", "cells", "were", "insufficient", "for", "immunohistochemical", "studies", ".", "Diagnosis", "Although", "initially", "the", "diagnosis", "was", "made", "as", "probable", "adenocarcinoma", "of", "the", "pancreas", ",", "later", ",", "as", "we", "shall", "see", "after", "rebiopsy", "of", "the", "tumour", ",", "it", "was", "confirmed", "to", "be", "a", "pancreatic", "neuroendocrine", "tumour", "(", "PNET", ")", ".", "Treatment", "With", "histological", "confirmation", "of", "pancreatic", "cancer", ",", "it", "was", "decided", ",", "after", "consulting", "with", "the", "patient", "and", "signing", "this", "written", "informed", "consent", ",", "to", "start", "1st", "line", "with", "gemcitabine", "1", ",", "000", "mg", "/", "m2", "/", "weekly", "x", "3", "every", "4", "weeks", "in", "January", "2007", ".", "After", "three", "months", ",", "the", "CT", "scan", "confirmed", "progression", "of", "the", "primary", "cancer", "and", "so", "in", "April", "2007", ",", "2nd", "line", "with", "capecitabine", "1", ",", "000", "mg", "/", "m2", "/", "12", "h", "x", "14", "days", "and", "erlotinib", "150", "mg", "/", "day", "orally", "was", "started", ".", "Again", ",", "3", "months", "later", ",", "in", "July", "2007", ",", "a", "new", "CT", "scan", "confirmed", "progression", "of", "the", "primary", "tumour", ",", "so", "a", "third", "line", "of", "chemotherapy", "was", "started", "with", "capecitabine", "1", ",", "000", "mg", "/", "m2", "/", "12", "h", "x", "14", "days", "+", "oxaliplatin", "130", "mg", "/", "m2", "every", "3", "weeks", ".", "The", "patient", "completed", "26", "cycles", "in", "October", "2009", "without", "clinical", "or", "radiological", "progression", ",", "maintaining", "a", "good", "general", "condition", "without", "toxicity", "(", "no", "neuropathy", ")", "and", "with", "clinical", "response", ",", "weight", "gain", "and", "disappearance", "of", "pain", "and", "biochemical", "response", ",", "normalisation", "of", "calcium", "and", "liver", "tests", ".", "Evolution", "In", "December", "2009", ",", "due", "to", "the", "stabilisation", "maintained", "for", "more", "than", "two", "years", ",", "unlikely", "in", "the", "third", "line", "of", "pancreatic", "cancer", ",", "the", "digestive", "service", "was", "asked", "to", "perform", "a", "pancreatic", "biopsy", "to", "rule", "out", "another", "histology", ".", "Access", "for", "the", "biopsy", "was", "difficult", "due", "to", "the", "large", "mass", "in", "the", "pancreas", ",", "portal", "hypertension", "and", "the", "risk", "of", "bleeding", ",", "so", "an", "exploratory", "laparoscopy", "was", "finally", "performed", ".", "A", "pancreatic", "tissue", "sample", "was", "obtained", "with", "histological", "confirmation", "of", "a", "well-differentiated", "PNET", "with", "Ki", "67", "of", "1", "%", ",", "Octreoscan", "®", "with", "high", "radiotracer", "avidity", "(", "Krenning", "score", "3", ")", ",", "elevated", "serum", "chromogranin", "and", "normal", "urine", "indoles", ".", "In", "May", "2010", ",", "seven", "months", "after", "stopping", "chemotherapy", ",", "CT", "scan", "confirmed", "stable", "disease", "and", "treatment", "with", "somatostatin", "analogue", ",", "lanreotide", "autogel", "120", "mg", "every", "4", "weeks", "subcutaneous", ",", "was", "prescribed", ".", "After", "two", "and", "a", "half", "years", "of", "treatment", ",", "in", "November", "2012", ",", "radiological", "progression", "was", "observed", "in", "the", "liver", "and", "pancreas", ".", "The", "patient", "was", "in", "good", "general", "condition", ",", "ECOG", "0", ",", "so", "it", "was", "decided", "to", "include", "him", "in", "the", "SAL-SUN-2011-01", "study", "of", "the", "Spanish", "Neuroendocrine", "Tumour", "Group", "(", "GETNE", ")", "with", "sunitinib", ",", "which", "he", "received", "at", "a", "standard", "dose", "of", "37", ".", "5", "mg", "/", "day", "orally", "between", "December", "2012", "and", "September", "2014", ",", "10", "months", ",", "and", "was", "discontinued", "due", "to", "progression", ".", "Toxicities", "included", "grade", "I", "neutropenia", "and", "thrombopenia", ",", "skin", "and", "hair", "discolouration", "and", "grade", "I2", ",", "3", "hypertension", ".", "In", "November", "2014", ",", "he", "received", "everolimus", "10", "mg", "/", "day", "orally", "with", "hyperglycaemia", ",", "anaemia", ",", "neutropenia", "and", "asthenia", "grade", "12", ".", "Treatment", "was", "stopped", "in", "August", "2016", ",", "after", "nine", "months", ",", "when", "a", "new", "radiological", "and", "clinical", "progression", "was", "observed", ".", "At", "that", "time", ",", "the", "patient", "presented", "with", "an", "ECOG-1", ",", "weight", "loss", "of", "about", "6", "kg", "in", "less", "than", "three", "months", ",", "altered", "liver", "tests", "and", "recurrence", "of", "the", "hypercalcaemia", "present", "at", "diagnosis", ".", "Suspecting", "an", "increase", "in", "tumour", "aggressiveness", ",", "the", "third", "line", "of", "chemotherapy", ",", "capecitabine", "and", "oxaliplatin", ",", "which", "had", "been", "suspended", "without", "progression", ",", "was", "restarted", ".", "The", "treatment", "was", "prescribed", "with", "a", "20", "%", "dose", "reduction", "starting", "in", "September", "2016", ",", "and", "the", "patient", "had", "to", "be", "admitted", "a", "few", "days", "later", "due", "to", "general", "deterioration", ",", "bed", "rest", ",", "worsening", "renal", "function", ",", "haematemesis", "and", "severe", "hypercalcaemia", ".", "After", "stabilising", "the", "patient", ",", "it", "was", "decided", "to", "follow", "him", "up", "by", "the", "Home", "Palliative", "Care", "Unit", ",", "and", "he", "died", "in", "November", "2016", ",", "10", "years", "after", "diagnosis", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 106, "end": 112 }, { "text": "children", "label": "HUMAN", "start": 63, "end": 71 }, { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 40, "end": 43 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 21 }, { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 205, "end": 213 }, { "text": "maternal aunt", "label": "HUMAN", "start": 170, "end": 183 }, { "text": "maternal uncle", "label": "HUMAN", "start": 126, "end": 140 }, { "text": "engineer", "label": "HUMAN", "start": 73, "end": 81 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 947, "end": 954 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2018, "end": 2025 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2583, "end": 2590 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3847, "end": 3854 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4554, "end": 4561 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4983, "end": 4990 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5155, "end": 5162 } ]

[ "We", "present", "the", "case", "of", "a", "51-year-old", "woman", "with", "documented", "allergy", "to", "pyrazolones", "and", "codeine", ".", "Her", "personal", "history", "included", "active", "smoking", "until", "three", "months", "previously", ",", "repeated", "bronchitis", "and", "vulvovaginal", "infections", ",", "arterial", "hypertension", "and", "low-grade", "follicular", "lymphoma", "for", "which", "she", "had", "received", "first-line", "treatment", "in", "2009", "according", "to", "the", "R-CHOP", "scheme", ",", "with", "subsequent", "relapse", "in", "2015", "treated", "with", "R-Bendamustine", "followed", "by", "maintenance", "rituximab", ",", "of", "which", "she", "had", "only", "received", "two", "doses", "due", "to", "persistent", "neutropenia", "despite", "repeated", "administration", "of", "G-CSF", "(", "granulocyte", "colony-stimulating", "factor", ")", ".", "He", "was", "receiving", "home", "treatment", "with", "enalapril", "20", "mg", "at", "breakfast", ".", "Recent", "admission", "for", "febrile", "neutropenia", "and", "acute", "bronchitis", "with", "isolation", "of", "Haemophilus", "influenzae", "in", "sputum", "culture", "for", "which", "he", "received", "treatment", "with", "imipenem", "and", "fluconazole", "associated", "with", "G-CSF", "support", "with", "recovery", "of", "haemocyte", "count", ".", "The", "bone", "marrow", "biopsy", "described", "the", "existence", "of", "a", "hypocellular", "marrow", "and", "mature", "pseudo-stop", "in", "the", "granulocytic", "series", ".", "One", "month", "after", "discharge", "from", "hospital", ",", "the", "patient", "consulted", "for", "the", "appearance", "of", "a", "one-centimetre", "vesicle", "on", "the", "inner", "aspect", "of", "the", "right", "upper", "limb", "with", "flushing", "and", "local", "heat", "and", "incipient", "ulceration", ",", "all", "accompanied", "by", "fever", ".", "Samples", "were", "taken", "for", "culture", "and", "empirical", "antibiotic", "therapy", "with", "amoxicillin", "/", "clavulanic", "acid", "was", "started", ".", "After", "several", "days", "of", "treatment", ",", "given", "the", "torpid", "evolution", "of", "the", "lesion", "and", "the", "elevation", "of", "acute", "phase", "reactants", "in", "the", "tests", ",", "it", "was", "decided", "to", "admit", "him", "to", "hospital", "for", "intravenous", "antibiotherapy", ".", "Differential", "diagnosis", "Firstly", ",", "any", "skin", "and", "soft", "tissue", "infection", "may", "present", "as", "cellulitis", ",", "abscess", "or", "both", ".", "In", "any", "of", "these", "forms", ",", "erythema", ",", "oedema", "and", "warmth", "of", "the", "skin", "appear", ",", "with", "accumulation", "of", "pus", "within", "the", "dermis", "or", "subcutaneous", "space", "in", "the", "case", "of", "abscess", ".", "Petechiae", "/", "haemorrhages", ",", "skin", "blisters", ",", "fever", "or", "other", "systemic", "manifestations", "may", "sometimes", "occur", ",", "all", "of", "which", "are", "general", "and", "independent", "of", "the", "germ", "causing", "the", "infection", ".", "The", "most", "common", "germs", "include", "skin", "germs", "such", "as", "staphylococcus", "species", ",", "especially", "S", ".", "aureus", ";", "and", "given", "that", "this", "is", "a", "neutropenic", "patient", ",", "we", "should", "also", "consider", "the", "possibility", "of", "Streptococcus", "species", "of", "the", "viridans", "group", ",", "Streptococcus", "pyogenes", "and", "Pseudomonas", "aeruginosa", ",", "the", "latter", "being", "closely", "related", "to", "the", "appearance", "of", "gangrenous", "ecthyma", "in", "neutropenic", "patients", ".", "Due", "to", "the", "history", "of", "recent", "previous", "admission", ",", "nosocomial", "pathogens", "such", "as", "Stenotrophomonas", "maltophilia", "and", "Aeromonas", "hydrophila", "should", "be", "taken", "into", "account", ".", "Nocardiosis", "and", "mycobacterial", "involvement", "would", "be", "less", "frequent", "aetiologies", "in", "this", "context", "because", "the", "patient", "'", "s", "immunosuppression", "was", "not", "severe", "and", "because", "of", "the", "rapid", "evolution", "of", "the", "lesion", ",", "unsuitable", "for", "mycobacteria", ".", "Candida", "spp", ".", "and", "Aspergillus", "spp", ".", "would", "be", "very", "unlikely", "options", "and", "are", "usually", "associated", "with", "invasive", "fungal", "infections", ".", "Mucor", "spp", ".", "also", "appears", "as", "a", "skin", "infection", "in", "immunocompromised", "patients", ",", "but", "as", "an", "indurated", "papule", "with", "secondary", "necrosis", ",", "not", "corresponding", "to", "the", "characteristics", "of", "our", "patient", "'", "s", "lesion", ".", "On", "the", "other", "hand", ",", "superficial", "Fusarium", "spp", ".", "infections", "occur", "in", "70", "%", "of", "invasive", "forms", ",", "and", "a", "priori", ",", "our", "patient", "did", "not", "appear", "to", "have", "systemic", "involvement", ".", "In", "this", "case", ",", "sampling", "and", "culture", "will", "be", "the", "test", "that", "will", "determine", "the", "diagnosis", ".", "Evolution", "In", "the", "samples", "taken", "for", "culture", ",", "abundant", "growth", "of", "Pseudomonas", "aeruginosa", "(", "sensitive", "to", "ceftazidime", ",", "cefepime", ",", "imipenem", ",", "piperacillin", "/", "tazobactam", ",", "amikacin", ",", "gentamicin", ",", "tobramycin", ",", "ciprofloxacin", "and", "colistin", ")", "was", "isolated", ".", "Initially", ",", "he", "was", "treated", "with", "double", "therapy", "(", "piperacillin", "/", "tazobactam", "associated", "with", "quinolones", ")", "due", "to", "the", "significant", "skin", "and", "soft", "tissue", "involvement", ",", "and", "the", "CT", "scan", "showed", "a", "lesion", "on", "the", "right", "arm", "with", "a", "craniocaudal", "extension", "of", "35", "mm", "and", "a", "maximum", "depth", "of", "11", "mm", ".", "After", "two", "weeks", "of", "intravenous", "antibiotic", "therapy", ",", "sequential", "therapy", "with", "oral", "ciprofloxacin", "500", "mg", "every", "12", "hours", "was", "performed", ",", "allowing", "outpatient", "management", ".", "During", "follow-up", "consultations", ",", "the", "patient", "showed", "progressive", "improvement", "of", "the", "lesion", "until", "resolution", ",", "requiring", "daily", "dressings", "at", "her", "health", "centre", ".", "In", "view", "of", "the", "repeated", "infections", ",", "a", "bone", "marrow", "study", "was", "performed", ",", "which", "was", "compatible", "with", "agranulocytosis", ",", "and", "a", "plasma", "immunoglobulin", "determination", "was", "requested", ",", "showing", "low", "levels", "of", "IgG", ",", "so", "it", "was", "decided", "to", "start", "treatment", "with", "immunoglobulins", "on", "a", "monthly", "basis", ".", "Final", "diagnosis", "Soft", "tissue", "infection", "(", "Ecthyma", "gangrenosum", ")", "due", "to", "Pseudomonas", "aeruginosa", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0 ]

[ { "text": "Haemophilus influenzae", "label": "SPECIES", "start": 759, "end": 781 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 37, "end": 42 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1094, "end": 1101 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 99, "end": 107 }, { "text": "Aspergillus spp", "label": "SPECIES", "start": 2828, "end": 2843 }, { "text": "Candida spp", "label": "SPECIES", "start": 2811, "end": 2822 }, { "text": "Mucor spp", "label": "SPECIES", "start": 2936, "end": 2945 }, { "text": "Pseudomonas aeruginosa", "label": "SPECIES", "start": 2300, "end": 2322 }, { "text": "Stenotrophomonas maltophilia", "label": "SPECIES", "start": 2500, "end": 2528 }, { "text": "Streptococcus pyogenes", "label": "SPECIES", "start": 2273, "end": 2295 }, { "text": "staphylococcus species", "label": "SPECIES", "start": 2093, "end": 2115 }, { "text": "mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 2797, "end": 2809 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2176, "end": 2183 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2689, "end": 2696 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3111, "end": 3118 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3235, "end": 3242 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 2412, "end": 2420 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 3001, "end": 3009 }, { "text": "nosocomial pathogens", "label": "SPECIES", "start": 2471, "end": 2491 }, { "text": "S. aureus", "label": "SPECIES", "start": 2128, "end": 2137 }, { "text": "Aeromonas hydrophila", "label": "SPECIES", "start": 2533, "end": 2553 }, { "text": "Fusarium spp", "label": "SPECIES", "start": 3160, "end": 3172 }, { "text": "fungal", "label": "SPECIES", "start": 2917, "end": 2923 }, { "text": "Pseudomonas aeruginosa", "label": "SPECIES", "start": 3439, "end": 3461 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4083, "end": 4090 }, { "text": "Pseudomonas aeruginosa", "label": "SPECIES", "start": 4546, "end": 4568 } ]

[ "Reason", "for", "consultation", "An", "18-year-old", "male", "patient", "was", "referred", "from", "the", "Emergency", "Department", "with", "a", "diagnosis", "of", "probable", "psychotic", "episode", ".", "Personal", "medical", "history", "He", "had", "presented", "with", "coma", "crises", "during", "childhood", "as", "a", "result", "of", "a", "TBI", "caused", "by", "a", "car", "accident", ".", "He", "is", "being", "treated", "with", "depakine", "500", "mg", "/", "d", ".", "Weekend", "alcohol", "consumer", "and", "daily", "cannabis", "user", "(", "since", "he", "was", "about", "14", "years", "old", ",", "at", "the", "time", "of", "attending", "the", "CSM", "he", "consumed", "6-7", "joints", "a", "day", ")", ".", "Psychological", "/", "psychiatric", "history", "At", "8", "years", "of", "age", "he", "had", "been", "seen", "a", "few", "times", "by", "the", "Child", "Mental", "Health", "Team", "of", "the", "CSM", ",", "due", "to", "poor", "school", "performance", ".", "Family", "history", "Both", "parents", "reported", "anxious-depressive", "episodes", ":", "the", "father", "several", "years", "ago", ",", "with", "panic", "attacks", "and", "agoraphobia", "that", "recovered", "with", "SSRIs", ";", "the", "mother", "had", "been", "reporting", "a", "mild", "mixed", "anxious-depressive", "episode", "for", "3", "months", "and", "in", "relation", "to", "her", "son", "'", "s", "situation", ".", "She", "has", "no", "family", "history", "of", "psychotic", "symptoms", ".", "Biography", "He", "is", "the", "second", "in", "a", "family", "of", "three", ".", "Neither", "of", "his", "two", "siblings", "has", "any", "medical", "history", "of", "interest", "for", "the", "case", ".", "As", "a", "child", "he", "had", "been", "a", "restless", "boy", ",", "a", "bad", "student", "and", "prone", "to", "fights", ".", "In", "the", "last", "couple", "of", "years", "his", "behaviour", "has", "improved", "and", "he", "has", "become", "much", "calmer", ".", "He", "is", "in", "a", "stable", "relationship", "and", "has", "been", "working", "as", "a", "plasterer", "on", "a", "construction", "site", "for", "the", "last", "few", "months", ".", "Current", "episode", "The", "patient", "refers", "to", "the", "onset", "of", "the", "symptoms", "about", "a", "year", "and", "a", "half", "ago", ".", "He", "recalls", "that", "he", "gradually", "began", "to", "feel", "\"", "strange", ",", "empty", ".", ".", ".", "I", "felt", "strange", ",", "I", "looked", "strange", ",", "because", "of", "the", "emptiness", "inside", "me", ".", ".", ".", "\"", ".", "Affectively", ",", "he", "reported", "feeling", "sad", ",", "labile", ",", "anxious", ",", "unable", "to", "enjoy", "the", "activities", "that", "used", "to", "amuse", "him", "\"", "because", "I", "felt", "sad", "because", "I", "was", "so", "empty", "\"", ".", "He", "also", "reported", "feelings", "of", "irritability", "as", "well", "as", "episodes", "of", "aggression", "towards", "objects", ",", "apparently", "unmotivated", ".", "These", "symptoms", "had", "worsened", "in", "the", "last", "2-3", "months", "prior", "to", "the", "visit", "to", "the", "emergency", "department", ".", "Since", "that", "time", ",", "he", "also", "refers", "more", "markedly", "to", "\"", "strange", "sensations", ".", ".", ".", "as", "if", "the", "environment", "were", "different", "\"", ".", "He", "has", "been", "feeling", "targeted", "by", "the", "gaze", "of", "others", "\"", "in", "a", "strange", "way", "\"", ".", "\"", "In", "the", "street", "I", "used", "to", "look", "at", "people", "to", "see", "if", "they", "were", "looking", "at", "me", ".", ".", ".", ".", "People", "would", "look", "at", "me", "in", "a", "bad", "way", ",", "to", "laugh", ".", ".", ".", ".", "If", "someone", "laughed", "at", "me", ",", "I", "spent", "the", "whole", "day", "thinking", "about", "it", "\"", ".", "He", "himself", "recognises", "the", "absurdity", "of", "some", "of", "his", "thoughts", ":", "\"", "I", "would", "walk", "down", "the", "street", ",", "maybe", "someone", "would", "look", "at", "me", "and", "I", "knew", "what", "they", "thought", "of", "me", ",", "by", "the", "look", ",", "by", "the", "gesture", ".", ".", ".", ".", "I", "thought", "that", "the", "crazy", "things", "they", "were", "giving", "people", "(", "on", "TV", ")", "were", "going", "to", "happen", "to", "me", "?", "It", "seems", "absurd", "to", "me", ",", "I", "know", "that", "many", "of", "these", "things", "are", "absurd", "but", "they", "still", "happen", "to", "me", "\"", ".", "In", "recent", "days", "he", "has", "felt", "observed", "by", "strangers", ",", "and", "has", "noticed", "that", "people", "often", "talk", "about", "him", ".", "In", "an", "unstructured", "way", "he", "points", "to", "a", "certain", "ideation", "of", "harm", ".", "He", "attributes", "to", "his", "girlfriend", "a", "special", "quality", "that", "brings", "him", "well-being", "\"", "it", "is", "as", "if", "my", "girlfriend", "carries", "my", "happiness", ".", ".", ".", "\"", ".", "In", "recent", "weeks", "the", "family", "had", "become", "seriously", "concerned", "about", "his", "change", "in", "behaviour", ".", "He", "hardly", "went", "out", "with", "his", "friends", "and", "seemed", "preoccupied", "and", "withdrawn", ".", "He", "nevertheless", "kept", "his", "job", "without", "incident", ".", "The", "mother", "highlights", "the", "progressive", "isolation", "and", "apathy", "of", "her", "son", ",", "as", "well", "as", "the", "feeling", "of", "sadness", "and", "dullness", ".", "She", "did", "not", "report", "any", "other", "behavioural", "alterations", ",", "nor", "did", "she", "notice", "any", "changes", "in", "the", "daily", "rhythms", "of", "sleep", "or", "eating", ".", "Psychopathological", "examination", "At", "the", "time", "of", "the", "first", "visit", ",", "the", "patient", "is", "conscious", "and", "oriented", ".", "His", "contact", "is", "barely", "resonant", ",", "dull", ".", "He", "has", "a", "slight", "psychomotor", "slowing", ",", "with", "complaints", "of", "a", "lack", "of", "ability", "to", "concentrate", ".", "His", "face", "tends", "towards", "hypomimia", ",", "with", "no", "clinical", "signs", "of", "joint", "stiffness", ".", "His", "speech", "is", "fluent", ",", "coherent", ",", "well-structured", ",", "focused", "on", "a", "feeling", "of", "emptiness", "and", "strangeness", ".", "His", "mood", "is", "congruent", "with", "his", "experiences", ",", "showing", "anguish", "as", "well", "as", "apathy", "and", "abulia", ".", "He", "presents", "a", "vaguely", "structured", "referential", "and", "detrimental", "ideation", ".", "He", "denies", "sensory-perceptual", "disturbances", ".", "The", "presence", "of", "thought-reading", "phenomena", "is", "not", "clear", ",", "and", "he", "did", "present", "experiences", "of", "derealisation", ".", "In", "recent", "weeks", "she", "had", "lost", "weight", ".", "Her", "sleep", "is", "fragmented", "and", "she", "denies", "self", "-", "or", "heteroaggressive", "ideation", ".", "Evolution", "Already", "in", "the", "Emergency", "Department", "he", "had", "been", "started", "on", "an", "atypical", "antipsychotic", "(", "risperidone", "3", "mg", "/", "d", ")", "which", "was", "adjusted", "at", "his", "first", "visit", "to", "the", "CSM", "to", "6", "mg", "/", "d", ",", "with", "the", "addition", "of", "a", "benzodiazepine", "to", "help", "improve", "his", "sleep", ".", "During", "the", "first", "months", "of", "his", "evolution", "this", "was", "not", "as", "satisfactory", "as", "intended", ".", "He", "maintained", "the", "pharmacological", "treatment", "and", "the", "delusional", "ideation", "and", "the", "probable", "thought-reading", "phenomena", "practically", "disappeared", ".", "However", ",", "the", "feeling", "of", "strangeness", "towards", "himself", "and", "his", "environment", "persisted", ",", "albeit", "to", "a", "lesser", "degree", ".", "Although", "he", "continued", "to", "function", "within", "a", "certain", "normality", "(", "he", "kept", "his", "job", ",", "continued", "to", "meet", "his", "friends", ".", ".", ".", ")", "his", "contact", "remained", ",", "however", ",", "poor", ",", "barely", "resonant", ",", "dull", ".", "He", "himself", "continued", "to", "complain", "of", "lack", "of", "concentration", ",", "lack", "of", "initiative", "and", "drive", ",", "lack", "of", "motivation", "and", "apathy", "\"", ".", ".", ".", "sometimes", "I", "feel", "like", "I", "am", "slowing", "down", ",", "without", "conversation", ",", "slowed", "down", ".", ".", ".", "\"", ".", "Tendency", "towards", "passive", "social", "isolation", ".", "During", "all", "this", "time", "he", "had", "maintained", "his", "daily", "consumption", "of", "hashish", "(", "4-5", "joints", "/", "day", ")", ".", "In", "a", "second", "phase", "he", "focused", "on", "working", "towards", "abstinence", "from", "cannabis", "use", ",", "maintaining", "lower", "doses", "of", "risperidone", "(", "3", "mg", "/", "d", ")", ".", "Already", "after", "one", "month", "of", "complete", "cessation", "of", "use", ",", "he", "begins", "to", "feel", "clearer", ".", "His", "contact", "has", "improved", "a", "lot", "(", "ratified", "by", "his", "family", ",", "who", "see", "him", "almost", "recovered", ")", ".", "He", "still", "has", "occasional", "feelings", "of", "strangeness", ",", "but", "his", "social", "world", "has", "been", "reactivated", ".", "He", "is", "motivated", "and", "has", "started", "new", "training", "and", "work", "plans", ".", "Although", "he", "does", "not", "report", "this", "spontaneously", "if", "asked", ",", "he", "still", "occasionally", "presents", "some", "sensory", "symptoms", ",", "although", "these", "are", "not", "having", "functional", "repercussions", "on", "his", "daily", "life", ".", "One", "year", "after", "abstinence", ",", "the", "patient", "is", "fully", "recovered", ",", "according", "to", "himself", "and", "his", "family", ".", "He", "is", "no", "longer", "taking", "treatment", "(", "he", "stopped", "on", "his", "own", "because", "of", "side", "effects", ")", ".", "He", "has", "a", "stable", "relationship", ",", "is", "still", "in", "contact", "with", "his", "friends", ",", "has", "changed", "jobs", "and", "has", "plans", "for", "the", "future", "(", "including", "handing", "over", "the", "keys", "to", "a", "house", ")", ".", "She", "no", "longer", "complains", "of", "homesickness", "or", "feelings", "of", "emptiness", ".", "His", "contact", "has", "become", "normalised", ",", "and", "the", "feeling", "of", "boredom", "and", "complaints", "of", "lack", "of", "concentration", "have", "disappeared", ".", "He", "enjoys", "his", "activities", "and", "the", "apathy", "has", "disappeared", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 44, "end": 51 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 39, "end": 43 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 346, "end": 354 }, { "text": "Child", "label": "HUMAN", "start": 546, "end": 551 }, { "text": "childhood", "label": "HUMAN", "start": 210, "end": 219 }, { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 144, "end": 152 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 616, "end": 622 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 908, "end": 914 }, { "text": "son", "label": "HUMAN", "start": 880, "end": 883 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 778, "end": 784 }, { "text": "father", "label": "HUMAN", "start": 686, "end": 692 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 636, "end": 643 }, { "text": "boy", "label": "HUMAN", "start": 1108, "end": 1111 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 979, "end": 985 }, { "text": "siblings", "label": "HUMAN", "start": 1015, "end": 1023 }, { "text": "child", "label": "HUMAN", "start": 1079, "end": 1084 }, { "text": "plasterer", "label": "HUMAN", "start": 1291, "end": 1300 }, { "text": "friends", "label": "HUMAN", "start": 3118, "end": 3125 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 3021, "end": 3027 }, { "text": "people", "label": "HUMAN", "start": 2163, "end": 2169 }, { "text": "People", "label": "HUMAN", "start": 2208, "end": 2214 }, { "text": "people", "label": "HUMAN", "start": 2567, "end": 2573 }, { "text": "people", "label": "HUMAN", "start": 2778, "end": 2784 }, { "text": "son", "label": "HUMAN", "start": 3277, "end": 3280 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 3215, "end": 3221 }, { "text": "girlfriend", "label": "HUMAN", "start": 2892, "end": 2902 }, { "text": "girlfriend", "label": "HUMAN", "start": 2964, "end": 2974 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1370, "end": 1377 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3525, "end": 3532 }, { "text": "friends", "label": "HUMAN", "start": 4962, "end": 4969 }, { "text": "friends", "label": "HUMAN", "start": 6241, "end": 6248 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 5435, "end": 5443 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 5627, "end": 5633 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 6092, "end": 6098 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6035, "end": 6042 } ]

[ "Anamnesis", "A", "27-year-old", "woman", "with", "a", "history", "of", "iron", "deficiency", "anaemia", "of", "4", "years", "of", "evolution", "on", "treatment", "with", "oral", "iron", "was", "admitted", "for", "febrile", "symptoms", "of", "14", "days", "of", "evolution", ",", "accompanied", "by", "intense", "asthenia", ",", "general", "malaise", "and", "dry", "cough", "without", "associated", "expectoration", ".", "The", "patient", "also", "noted", "the", "appearance", "of", "lymphadenopathies", "located", "in", "the", "axillary", "region", "and", "on", "the", "left", "costal", "grid", ".", "The", "dermatology", "department", "was", "consulted", "due", "to", "the", "sudden", "appearance", "of", "asymptomatic", "skin", "lesions", "in", "the", "last", "24", "hours", "on", "the", "upper", "limbs", ",", "trunk", ",", "face", "and", ",", "to", "a", "lesser", "extent", ",", "on", "the", "lower", "limbs", ".", "The", "patient", "denied", "recent", "exotic", "travel", ",", "risky", "sexual", "relations", ",", "insect", "bites", "or", "any", "other", "relevant", "history", ".", "The", "patient", "had", "already", "presented", "with", "similar", "symptoms", "two", "years", "earlier", ",", "in", "the", "form", "of", "general", "malaise", ",", "arthromyalgia", ",", "headache", "and", "the", "appearance", "of", "right", "laterocervical", "adenopathy", ".", "In", "the", "complementary", "tests", "for", "this", "episode", ",", "only", "iron", "deficiency", "anaemia", "and", "elevated", "acute", "phase", "reactants", "stood", "out", ".", "The", "rest", "of", "the", "values", "in", "the", "blood", "tests", "were", "normal", "and", "the", "serologies", "were", "negative", ".", "Physical", "examination", "The", "patient", "had", "multiple", "oval", "erythematous-violaceous", "erythematous-edematous", "plaques", ",", "some", "of", "which", "were", "more", "poorly", "demarcated", ",", "predominantly", "on", "the", "back", "of", "both", "arms", ",", "ventral", "aspect", "of", "the", "forearms", ",", "neckline", ",", "back", "and", "some", "isolated", "lesions", "on", "the", "back", "of", "the", "thighs", "and", "face", ".", "There", "were", "no", "oropharyngeal", "lesions", ",", "except", "for", "the", "saburral", "tongue", ".", "On", "the", "left", "costal", "grid", ",", "there", "were", "two", "subcutaneous", "masses", "of", "hard", "consistency", ",", "scarcely", "movable", ",", "somewhat", "painful", ",", "approximately", "2", "cm", "in", "diameter", ".", "There", "were", "also", "erythematous", "oedematous", "lesions", "on", "the", "surface", "of", "the", "masses", ".", "There", "was", "no", "lymphatic", "tract", "suggestive", "of", "lymphangitis", "or", "associated", "soft", "tissue", "infection", ".", "Complementary", "tests", "Additional", "tests", "initially", "performed", "in", "the", "ED", "showed", "anaemia", "with", "Hb", "9", ".", "9", "and", "mild", "lymphopenia", "(", "700lymph", "/", "μl", ")", ".", "Serology", "tests", "(", "HIV", ",", "hepatotropic", "viruses", ",", "Mycoplasma", ",", "CMV", ",", "Epstein-Barr", "virus", ",", "Parvovirus", "B19", ",", "syphilis", ",", "Coxiella", ")", "were", "negative", ".", "Subsequently", ",", "alterations", "in", "the", "autoimmune", "profile", "were", "detected", "with", "the", "presence", "of", "ANA", "positive", "at", "1", "/", "640", "titre", "(", "mottled", "pattern", ")", ",", "anti", "DNA", "negative", ",", "anti", "RO", "positive", ">", "100", "(", "range", ":", "0-25", ")", ",", "anti", "La", "negative", ",", "anti", "RNP", "positive", ">", "100", "(", "range", ":", "0-25", ")", "and", "anti", "SM", "positive", ">", "100", "(", "range", ":", "0-25", ")", ".", "CT", "scan", "showed", "multiple", "bilateral", "axillary", "and", "subpectoral", "axillary", "adenopathies", ",", "mild", "hepatosplenomegaly", ",", "mild", "pleural", "effusion", "and", "thickened", "interlobular", "septa", ".", "The", "nodule", "described", "adjacent", "to", "the", "inferoexternal", "quadrant", "of", "the", "left", "breast", "was", "more", "suggestive", "of", "necrotic", "adenopathy", "than", "of", "a", "breast", "nodule", ".", "Based", "on", "these", "findings", ",", "a", "biopsy-excision", "of", "the", "adenopathic", "mass", "located", "in", "the", "rib", "cage", "was", "performed", ".", "The", "biopsy", "revealed", "the", "presence", "of", "multifocal", "necrotising", "lymphadenitis", "without", "granulomas", "or", "associated", "infectious", "agents", ".", "Immunohistochemical", "staining", "showed", "a", "predominance", "of", "CD3", "/", "CD8", "T", "lymphocytes", "in", "the", "necrotic", "areas", "with", "the", "presence", "of", "granzyme", "B", "positive", "cells", "and", "CD68", "histiocytes", ",", "together", "with", "occasional", "plasma", "cells", ".", "The", "remaining", "B", "and", "T", "lymphoid", "markers", "ruled", "out", "the", "presence", "of", "neoplastic", "and", "Reed-Sternberg", "cells", ".", "These", "findings", "were", "compatible", "with", "a", "diagnosis", "of", "multifocal", "necrotising", "lymphadenitis", "or", "Kikuchi", "'", "s", "disease", ".", "On", "the", "other", "hand", ",", "the", "skin", "biopsy", "showed", "an", "epidermis", "with", "focal", "lichenoid", "changes", ",", "with", "vacuolar", "degeneration", "of", "the", "basal", "layer", "and", "necrotic", "keratinocytes", "at", "these", "levels", ".", "In", "the", "dermis", ",", "a", "perivascular", "and", "interstitial", "lymphohistiocytic", "inflammatory", "infiltrate", "with", "no", "neutrophils", "or", "eosinophils", "was", "prominent", "in", "the", "mid", "and", "deep", "dermis", ".", "Diagnosis", "Kikuchi-Fujimoto", "disease", "or", "necrotising", "histiocytic", "lymphadenitis", ".", "Treatment", "Prednisone", "at", "a", "dose", "of", "0", ".", "5", "/", "mg", "/", "kg", "/", "day", "was", "prescribed", ",", "as", "well", "as", "symptomatic", "treatment", "with", "paracetamol", ".", "Evolution", "During", "the", "first", "five", "days", ",", "febrile", "peaks", "of", "up", "to", "39o", "persisted", "with", "associated", "mild", "dyspnoea", "and", "malaise", ".", "The", "skin", "lesions", "progressed", "in", "the", "first", "week", "to", "a", "more", "contusiform", "appearance", ".", "Subsequently", ",", "they", "acquired", "a", "more", "residual", "macular", "appearance", "until", "complete", "resolution", ".", "The", "patient", "was", "discharged", "after", "two", "weeks", "with", "resolution", "of", "the", "systemic", "symptoms", "and", "skin", "lesions", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 29 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 284, "end": 291 }, { "text": "insect", "label": "SPECIES", "start": 661, "end": 667 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 600, "end": 607 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 709, "end": 716 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1125, "end": 1132 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 1974, "end": 1977 }, { "text": "Coxiella", "label": "SPECIES", "start": 2025, "end": 2033 }, { "text": "Mycoplasma", "label": "SPECIES", "start": 1962, "end": 1972 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1935, "end": 1938 }, { "text": "Epstein-Barr virus", "label": "SPECIES", "start": 1979, "end": 1997 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 2015, "end": 2023 }, { "text": "hepatotropic viruses", "label": "SPECIES", "start": 1940, "end": 1960 }, { "text": "Parvovirus B19", "label": "SPECIES", "start": 1999, "end": 2013 }, { "text": "infectious agents", "label": "SPECIES", "start": 2859, "end": 2876 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4124, "end": 4131 } ]

[ "Reason", "for", "consultation", "An", "11-year-old", "boy", "with", "self-limited", "diarrhoea", "and", "good", "general", "condition", ".", "One", "week", "later", ",", "he", "presented", "with", "petechial", "cutaneous", "migratory", "exanthema", ".", "After", "five", "days", "with", "this", "exanthema", ",", "it", "worsened", "and", "he", "started", "with", "catarrhal", "symptoms", "and", "an", "isolated", "febrile", "peak", "of", "38o", ",", "for", "which", "he", "went", "to", "the", "emergency", "department", ".", "Individual", "approach", "As", "personal", "history", ",", "the", "patient", "has", "atopic", "dermatitis", "and", "cypress", "allergy", ".", "He", "is", "well", "vaccinated", "and", "has", "no", "known", "drug", "allergies", ".", "Family", "history", ":", "Brother", "with", "suspected", "coeliac", "disease", "and", "IgA", "deficiency", ".", "Paternal", "branch", ":", "several", "relatives", "with", "coeliac", "disease", ".", "Maternal", "branch", ":", "aunt", "with", "IMD", "and", "autoimmune", "thyroiditis", ".", "In", "February", "the", "patient", "consulted", "the", "emergency", "department", "for", "a", "petechial", "migratory", "exanthema", "of", "one", "week", "'", "s", "duration", ".", "It", "started", "on", "the", "lower", "limbs", "and", "abdomen", ",", "later", "appearing", "on", "the", "back", "and", "upper", "limbs", ".", "On", "the", "same", "day", "he", "came", "to", "the", "emergency", "department", "he", "presented", "cough", ",", "nasal", "congestion", "and", "odynophagia", ",", "with", "an", "isolated", "febrile", "peak", "of", "38", "°", "C", ".", "Two", "weeks", "earlier", "he", "reported", "diarrhoea", "without", "pathological", "products", ",", "self-limited", ".", "Examination", "revealed", "a", "generalised", "micropetechial", "rash", "that", "did", "not", "disappear", "on", "pressure", ",", "more", "prominent", "in", "the", "lumbar", "region", ",", "abdomen", "and", "shoulders", ".", "Several", "haematomas", "on", "the", "elbows", "with", "no", "memory", "of", "associated", "trauma", ".", "No", "active", "mucosal", "bleeding", ",", "although", "he", "does", "report", "frequent", "epistaxis", ",", "with", "no", "episodes", "in", "the", "last", "week", ".", "Respiratory", "auscultation", "was", "normal", "and", "the", "oropharynx", "was", "hyperemic", "with", "no", "exudates", "and", "petechiae", "on", "the", "palate", ".", "Due", "to", "these", "symptoms", ",", "idiopathic", "thrombocytopenic", "purpura", "(", "ITP", ")", "was", "suspected", ",", "and", "a", "blood", "test", "was", "performed", "showing", "platelets", "with", "a", "level", "of", "7", ",", "000", "/", "μL", ".", "There", "were", "no", "alterations", "in", "other", "series", "or", "coagulation", "alterations", ".", "The", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "oncohaematology", "department", "and", "peripheral", "blood", "was", "drawn", "to", "study", "ITP", "prior", "to", "treatment", ".", "Treatment", "was", "started", "with", "intravenous", "non-specific", "human", "immunoglobulin", "800mg", "/", "kg", ",", "with", "an", "excellent", "clinical", "response", "and", "an", "increase", "in", "platelets", "of", ">", "100", ",", "000", "in", "48", "hours", ".", "The", "only", "side", "effects", "were", "a", "fever", "of", "37", ".", "4o", "and", "headache", "(", "VAS", "5", ")", "which", "improved", "with", "the", "usual", "analgesics", ".", "Discharge", "was", "decided", "after", "a", "favourable", "evolution", ".", "One", "week", "later", ",", "the", "patient", "visited", "the", "clinic", "to", "receive", "the", "results", "of", "an", "analytical", "study", ",", "aimed", "at", "ruling", "out", "active", "infections", "(", "HIV", ",", "CMV", ",", "EBV", ",", "CHS", ",", "HAV", ",", "HBV", ",", "HCV", ",", "toxoplasma", ",", "varicella-zoster", "virus", "and", "rubella", ")", ",", "systemic", ",", "autoimmune", "and", "hereditary", "diseases", ",", "without", "finding", "any", "alterations", ".", "Family", "and", "community", "approach", "In", "the", "case", "of", "this", "patient", ",", "we", "are", "talking", "about", "a", "nuclear", "family", ",", "with", "good", "family", "support", "and", "a", "good", "cultural", "level", ",", "so", "that", "appropriate", "education", "is", "carried", "out", "to", "identify", "signs", "that", "indicate", "severe", "active", "bleeding", ".", "Clinical", "judgement", "Idiopathic", "thrombocytopenic", "purpura", "is", "an", "autoimmune", "disorder", "caused", "by", "the", "appearance", "of", "antiplatelet", "antibodies", "that", "induce", "platelet", "destruction", "at", "the", "peripheral", "level", ".", "Our", "patient", "has", "a", "recently", "diagnosed", "ITP", "(", "up", "to", "three", "months", "old", ")", "and", "should", "be", "followed", "up", ",", "as", "it", "is", "a", "disease", "that", "can", "be", "persistent", "and", "even", "chronic", ".", "Action", "plan", "The", "aim", "of", "treatment", "is", "to", "prevent", "haemorrhagic", "symptoms", "and", "not", "to", "correct", "the", "platelet", "count", ".", "Treatment", "is", "started", "immediately", "in", "cases", "of", "active", "mucosal", "bleeding", ".", "Our", "patient", "presented", "with", "exclusively", "cutaneous", "bleeding", ",", "so", "an", "ITP", "study", "was", "performed", "before", "starting", "treatment", ".", "The", "drugs", "used", "as", "first", "line", "are", "prednisone", "/", "methylprednisolone", "iv", "in", "3", "doses", "or", "human", "non-specific", "immunoglobulin", "iv", "one", "dose", ",", "with", "no", "consensus", "or", "evidence", "of", "the", "advantage", "of", "one", "option", "over", "the", "other", ".", "At", "discharge", ",", "patient", "and", "family", "should", "monitor", "for", "signs", "of", "mucosal", "bleeding", ",", "urine", "colour", "and", "appearance", "of", "bruising", "or", "petechiae", ".", "Initially", ",", "traumatic", "risk", "activities", "and", "sporting", "activity", "should", "be", "avoided", ",", "changing", "this", "guideline", "at", "a", "later", "date", "according", "to", "evolution", ".", "Evolution", "Despite", "the", "recent", "diagnosis", "of", "the", "disease", ",", "we", "can", "say", "that", "it", "has", "a", "favourable", "evolution", ",", "with", "a", "rapid", "response", "to", "treatment", "with", "immunoglobulin", ".", "This", "patient", "should", "continue", "to", "be", "monitored", ",", "controlling", "platelet", "levels", ",", "as", "the", "disease", "may", "be", "persistent", "or", "chronic", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "cypress", "label": "SPECIES", "start": 426, "end": 433 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 392, "end": 399 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 370, "end": 378 }, { "text": "vaccinated", "label": "SPECIES", "start": 454, "end": 464 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 498, "end": 504 }, { "text": "relatives", "label": "HUMAN", "start": 598, "end": 607 }, { "text": "Maternal branch", "label": "HUMAN", "start": 630, "end": 645 }, { "text": "Paternal branch", "label": "HUMAN", "start": 573, "end": 588 }, { "text": "varicella-zoster virus", "label": "SPECIES", "start": 2429, "end": 2451 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2269, "end": 2276 }, { "text": "toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 2417, "end": 2427 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 2546, "end": 2552 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 2636, "end": 2642 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 2654, "end": 2660 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2596, "end": 2603 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2993, "end": 3000 }, { "text": "human", "label": "HUMAN", "start": 3517, "end": 3522 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3325, "end": 3332 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 3667, "end": 3673 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3655, "end": 3662 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4080, "end": 4087 } ]

[ "Male", ",", "39", "years", "old", ",", "of", "Bolivian", "origin", ",", "resident", "in", "Jerez", "for", "5", "years", ",", "construction", "worker", ".", "No", "toxic", "habits", ",", "allergies", "or", "recent", "trips", "abroad", ".", "History", "of", "seborrhoeic", "dermatitis", "on", "the", "scalp", ".", "No", "contact", "with", "animals", "in", "recent", "months", ".", "She", "visited", "her", "primary", "care", "doctor", "for", "fever", "(", "38-39", "oC", ")", ",", "chills", ",", "some", "vomiting", "and", "a", "painful", "lump", "in", "the", "right", "armpit", ".", "Despite", "this", ",", "the", "fever", "continued", ",", "increasing", "the", "pain", "and", "the", "size", "of", "the", "lump", ",", "so", "4", "days", "later", "she", "went", "to", "the", "emergency", "department", ",", "where", "outpatient", "treatment", "with", "Amoxicillin", "/", "Clavulanic", "acid", "2000", "/", "125", "mg", "every", "12", "hours", "was", "recommended", ".", "Despite", "this", ",", "he", "continued", "to", "have", "fever", "and", "the", "axillary", "tumour", "grew", "and", "became", "more", "painful", ",", "so", "he", "returned", "to", "the", "emergency", "department", "where", "it", "was", "decided", "to", "admit", "him", ".", "The", "patient", "was", "in", "fair", "general", "condition", ".", "Conscious", ",", "oriented", "and", "cooperative", ".", "Good", "hydration", "of", "skin", "and", "mucous", "membranes", ".", "Normotensive", ".", "Well", "perfused", ".", "Cardiopulmonary", "auscultation", "was", "strictly", "normal", ".", "Abdomen", "soft", ",", "depressible", ",", "not", "painful", "on", "palpation", ";", "no", "palpable", "visceral", "growths", ".", "In", "the", "right", "axilla", "there", "was", "a", "painful", "tumour", "on", "palpation", ",", "ovoid", "in", "shape", "with", "a", "maximum", "diameter", "of", "4", "cm", "and", "signs", "of", "phlogosis", "in", "the", "adjacent", "skin", ".", "The", "lower", "extremities", "were", "normal", ".", "Laboratory", "tests", "on", "admission", "showed", "a", "normal", "haemogram", "and", "coagulation", "study", ".", "Biochemical", "tests", "were", "normal", "except", "for", "a", "CRP", "of", "28", ".", "87", "mg", "/", "dl", "(", "normal", "<", "0", ".", "5", "mg", "/", "dl", ")", ".", "Serology", "for", "HBV", ",", "HCV", ",", "HAV", ",", "Coxiella", "burnetti", ",", "Toxoplasma", ",", "Rickettsia", ",", "lupus", ",", "HIV", ",", "EBV", "and", "rubella", "were", "negative", ",", "as", "were", "blood", "cultures", "at", "peak", "fever", ".", "Soft", "tissue", "ultrasound", "of", "the", "axillary", "region", "showed", "a", "4", "cm", "polylobulated", "collection", "in", "the", "right", "axilla", ",", "with", "other", "adjacent", "rounded", ",", "very", "hypoechogenic", "images", ",", "some", "of", "which", "preserved", "a", "fatty", "hilum", ".", "Impression", ":", "complicated", "hydrosadenitis", ".", "Evolution", "With", "the", "findings", "of", "the", "examination", "and", "complementary", "tests", ",", "the", "patient", "started", "antibiotic", "treatment", "with", "intravenous", "cloxacillin", "+", "ceftriaxone", "and", "underwent", "surgery", "to", "drain", "the", "axillary", "collection", "seen", "in", "the", "ultrasound", "scan", ".", "A", "superficial", "incision", "was", "made", "which", "revealed", "a", "deep", "tumour", "suggesting", "a", "large", "axillary", "adenopathy", ",", "so", "no", "procedure", "was", "performed", "at", "that", "time", ",", "and", "the", "surgeon", "suggested", "that", "it", "was", "advisable", "to", "complete", "the", "study", "of", "the", "patient", ".", "After", "the", "operation", ",", "the", "patient", "continued", "to", "have", "a", "high", "fever", "and", "intense", "pain", "in", "the", "right", "axilla", ",", "despite", "antibiotic", "treatment", ".", "In", "view", "of", "this", "evolution", ",", "it", "was", "decided", "to", "perform", "a", "thoraco-abdominal", "CT", "scan", ",", "which", "was", "normal", ",", "except", "for", "the", "presence", "of", "a", "space-occupying", "lesion", "in", "the", "right", "axilla", ",", "measuring", "5", "x", "3", ".", "5", "cm", ",", "with", "blurred", "external", "borders", ".", "It", "had", "hypodense", "areas", "inside", "and", "after", "contrast", "injection", "showed", "peripheral", "contrast", "uptake", ".", "Radiological", "diagnosis", ":", "abscessed", "lymphadenopathy", ",", "without", "ruling", "out", "other", "underlying", "pathology", ".", "There", "were", "also", "multiple", "other", "small", "adenopathies", "adjacent", "to", "the", "main", "one", ".", "In", "view", "of", "these", "data", ",", "it", "was", "decided", "to", "perform", "an", "aspiration", "puncture", "of", "the", "lesion", ",", "obtaining", "purulent", "material", ".", "Two", "days", "later", "the", "tumour", "fustulised", "and", "drained", "spontaneously", ".", "Differential", "diagnosis", "With", "the", "syndromic", "diagnosis", "of", "suppurative", "axillary", "lymphadenopathy", ",", "the", "following", "diagnostic", "possibilities", "were", "considered", ":", "-", "Pyogenic", "axillary", "abscess", ":", "generally", "secondary", "to", "hydrosadenitis", ",", "the", "germ", "most", "commonly", "associated", "with", "this", "process", "being", "S", ".", "aureus", "followed", "by", "S", ".", "pyogenes", ".", "-", "Mycobacterial", "infection", ".", "As", "is", "well", "known", ",", "M", ".", "tuberculosis", "is", "the", "causative", "agent", "of", "lymphadenopathy", ",", "up", "to", "10", "%", "of", "which", "are", "suppurative", ".", "M", ".", "avium", "and", "M", ".", "scrofulaceum", "can", "also", "cause", "lymphadenitis", ",", "with", "abscessification", "and", "spontaneous", "suppuration", "being", "frequent", "in", "the", "latter", "case", ".", "-", "Yersinia", "pestis", "should", "be", "considered", ",", "but", "it", "is", "not", "endemic", "in", "our", "environment", "and", "although", "the", "patient", "was", "Bolivian", ",", "he", "had", "not", "travelled", "outside", "Spain", ".", "-", "Francisella", "tularensis", ",", "Bartonella", "henselae", "and", "Sporothrixs", "chenckii", "are", "microorganisms", "that", "can", "cause", "this", "type", "of", "symptoms", ",", "the", "first", "two", "being", "associated", "with", "contact", "with", "animals", ".", "On", "questioning", ",", "the", "patient", "reported", "that", "his", "son", "had", "had", "a", "cat", "puppy", "three", "months", "previously", ",", "and", "that", "the", "whole", "family", "had", "been", "scratched", "by", "it", ".", "-", "Chlamydia", "trachomatis", "is", "another", "possible", "cause", "of", "suppurative", "adenopathy", ",", "particularly", "in", "the", "inguinal", "region", ".", "The", "patient", "strongly", "denied", "having", "had", "any", "risky", "sexual", "contacts", ".", "-", "Hodgkin", "'", "s", "lymphoma", "produces", "fistulised", "lymphadenopathy", "in", "up", "to", "2", "%", "of", "cases", "(", "nodular", "sclerosis", "variety", ")", ",", "so", "in", "a", "young", "patient", "with", "prolonged", "fever", "and", "this", "type", "of", "lymphadenopathy", "should", "also", "be", "considered", ".", "-", "Kikuchi-Fujimoto", "disease", "usually", "occurs", "in", "young", "people", "with", "fever", "without", "apparent", "focus", "and", "causes", "lymphadenopathy", ",", "which", "may", "be", "suppurative", ".", "Evolution", "Empirical", "treatment", "was", "started", "with", "Clarithromycin", "500", "mg", ",", "one", "tablet", "every", "12", "hours", "with", "adequate", "tolerance", ".", "In", "the", "following", "days", "the", "evolution", "was", "adequate", ",", "fissuring", "and", "draining", "spontaneously", ".", "Antibiotic", "treatment", "was", "maintained", "for", "14", "days", "with", "disappearance", "of", "all", "symptoms", ".", "At", "subsequent", "check-ups", "the", "patient", "remained", "asymptomatic", "and", "with", "no", "new", "signs", "or", "symptoms", ".", "Final", "diagnosis", "The", "results", "of", "microbiology", "and", "pathology", "of", "the", "pus", "from", "the", "adenopathy", "were", "received", ".", "Cytology", "was", "inflammatory", ",", "while", "cultures", "on", "bacterial", ",", "fungal", "and", "mycobacterial", "media", "were", "negative", ".", "Given", "the", "clinical", "suspicion", ",", "a", "PCR", "for", "Bartonella", "henselae", "was", "performed", "and", "was", "positive", ".", "Based", "on", "these", "data", ",", "a", "final", "diagnosis", "of", "cat", "scratch", "disease", "was", "made", ".", "The", "patient", "received", "oral", "treatment", "with", "azithromycin", "500", "mg", "on", "the", "first", "day", "and", "250", "mg", "on", "the", "following", "four", "days", ".", "After", "48", "hours", "he", "was", "asymptomatic", "and", "was", "discharged", "." ]

[ 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Male", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 4 }, { "text": "animals", "label": "SPECIES", "start": 207, "end": 214 }, { "text": "construction worker", "label": "HUMAN", "start": 71, "end": 90 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 769, "end": 776 }, { "text": "Coxiella burnetti", "label": "SPECIES", "start": 1431, "end": 1448 }, { "text": "Rickettsia", "label": "SPECIES", "start": 1462, "end": 1472 }, { "text": "Toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 1450, "end": 1460 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 1486, "end": 1489 }, { "text": "HAV", "label": "SPECIES", "start": 1426, "end": 1429 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 1416, "end": 1419 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 1421, "end": 1424 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1481, "end": 1484 }, { "text": "rubella", "label": "SPECIES", "start": 1494, "end": 1501 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1873, "end": 1880 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2259, "end": 2266 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2293, "end": 2300 }, { "text": "surgeon", "label": "HUMAN", "start": 2190, "end": 2197 }, { "text": "S.aureus", "label": "SPECIES", "start": 3350, "end": 3358 }, { "text": "germ", "label": "SPECIES", "start": 3296, "end": 3300 }, { "text": "S.pyogenes", "label": "SPECIES", "start": 3371, "end": 3381 }, { "text": "M. tuberculosis", "label": "SPECIES", "start": 3428, "end": 3443 }, { "text": "M. avium", "label": "SPECIES", "start": 3523, "end": 3531 }, { "text": "M. scrofulaceum", "label": "SPECIES", "start": 3536, "end": 3551 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3765, "end": 3772 }, { "text": "Yersinia pestis", "label": "SPECIES", "start": 3669, "end": 3684 }, { "text": "Bartonella henselae", "label": "SPECIES", "start": 3849, "end": 3868 }, { "text": "animals", "label": "SPECIES", "start": 4000, "end": 4007 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 4123, "end": 4129 }, { "text": "cat", "label": "SPECIES", "start": 4069, "end": 4072 }, { "text": "son", "label": "HUMAN", "start": 4055, "end": 4058 }, { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 3898, "end": 3912 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4029, "end": 4036 }, { "text": "Francisella tularensis", "label": "SPECIES", "start": 3825, "end": 3847 }, { "text": "Sporothrixs chenckii", "label": "SPECIES", "start": 3873, "end": 3893 }, { "text": "Chlamydia trachomatis", "label": "SPECIES", "start": 4158, "end": 4179 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4274, "end": 4281 }, { "text": "sexual contacts", "label": "HUMAN", "start": 4319, "end": 4334 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4458, "end": 4465 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5015, "end": 5022 }, { "text": "Bartonella henselae", "label": "SPECIES", "start": 5327, "end": 5346 }, { "text": "cat", "label": "SPECIES", "start": 5421, "end": 5424 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5455, "end": 5462 } ]

[ "We", "present", "the", "case", "of", "a", "67-year-old", "male", ",", "with", "no", "known", "drug", "allergies", "and", "a", "previous", "personal", "history", "of", "arterial", "hypertension", ",", "permanent", "non-anticoagulated", "atrial", "fibrillation", "and", "heart", "failure", "of", "hypertensive", "origin", "in", "New", "York", "Heart", "Association", "functional", "class", "I-II", ".", "In", "addition", "to", "this", "history", ",", "the", "patient", "was", "recently", "diagnosed", "with", "liver", "cirrhosis", "of", "probable", "ethyl", "alcoholic", "origin", "after", "being", "admitted", "to", "the", "Digestive", "Department", "of", "our", "centre", "for", "a", "first", "episode", "of", "hydropic", "decompensation", "that", "was", "controlled", "with", "diuretics", ".", "On", "admission", ",", "a", "2-centimetre", "liver", "lesion", "with", "a", "radiological", "pattern", "suggestive", "of", "hepatocellular", "carcinoma", "was", "observed", ",", "and", "the", "patient", "was", "currently", "awaiting", "assessment", "by", "the", "Liver", "Transplant", "Unit", ".", "Three", "months", "after", "the", "previous", "admission", ",", "the", "patient", "returned", "to", "the", "emergency", "department", "due", "to", "worsening", "general", "condition", ",", "abdominal", "distension", "and", "constipation", ",", "accompanied", "by", "fever", "and", "chills", "without", "fever", ".", "The", "ED", "noted", "the", "presence", "of", "ascites", ",", "renal", "failure", ",", "not", "previously", "present", ",", "and", "hyponatraemia", ",", "and", "therefore", "admission", "to", "the", "Digestive", "Department", "was", "made", "after", "ruling", "out", "the", "presence", "of", "spontaneous", "bacterial", "peritonitis", "by", "means", "of", "diagnostic", "paracentesis", ".", "On", "arrival", "at", "the", "Digestive", "Ward", ",", "the", "attending", "physician", "indicated", "the", "extraction", "of", "blood", "cultures", "without", "fever", ",", "on", "suspicion", "of", "a", "possible", "non-evident", "infectious", "process", ",", "as", "the", "cause", "of", "the", "current", "decompensation", ".", "48", "hours", "after", "the", "blood", "cultures", "were", "taken", ",", "Microbiology", "informed", "us", "of", "the", "growth", "of", "a", "gram-positive", "enterobacterium", "that", "was", "identified", "as", "Clostridium", "ramosum", "using", "the", "MALDITOF", "technique", ",", "which", "is", "why", "we", "proceeded", "to", "assess", "the", "case", ".", "After", "a", "thorough", "anamnesis", ",", "the", "patient", "reported", ",", "as", "the", "only", "additional", "symptom", "not", "recorded", ",", "a", "back", "pain", "radiating", "to", "the", "left", "lower", "limb", ",", "of", "about", "3", "weeks", "'", "duration", "and", "with", "an", "apparently", "mechanical", "rhythm", ".", "He", "had", "consulted", "his", "health", "centre", "for", "these", "symptoms", ",", "and", "his", "primary", "care", "physician", "had", "started", "treatment", "with", "common", "analgesics", ",", "without", "the", "patient", "noticing", "a", "clear", "improvement", "in", "his", "symptoms", ".", "On", "examination", ",", "he", "had", "an", "antalgic", "posture", "in", "hip", "flexion", "with", "pain", "on", "palpation", "in", "the", "lumbar", "region", "and", "positive", "Lasegue", "at", "60", "degrees", ".", "Both", "mobility", "and", "sensitivity", "were", "preserved", ".", "These", "symptoms", "prevented", "him", "from", "resting", "at", "night", "and", "worsened", "with", "mobilisation", ".", "Since", "admission", ",", "the", "patient", "had", "remained", "afebrile", "at", "all", "times", ".", "When", "in", "doubt", "about", "the", "clinical", "significance", "of", "the", "detection", "of", "Clostridium", "ramosum", "in", "blood", "cultures", ",", "new", "blood", "cultures", "were", "taken", "without", "fever", ",", "an", "in", "vitro", "nucleic", "acid", "amplification", "test", "for", "the", "detection", "and", "identification", "of", "bacterial", "and", "fungal", "DNA", "(", "SEPTIFAST", ")", "was", "performed", "and", "an", "abdominal", "and", "lumbar", "spine", "CT", "scan", "was", "requested", "to", "exclude", "an", "intra-abdominal", "infection", ",", "rule", "out", "the", "presence", "of", "neoplastic", "colon", "pathology", ",", "re-evaluate", "the", "previous", "liver", "lesion", "and", "assess", "the", "lumbar", "spine", ".", "While", "awaiting", "an", "antibiogram", ",", "treatment", "was", "started", "with", "intravenous", "penicillin", ",", "which", "after", "confirming", "sensitivity", "to", "metronidazole", "was", "replaced", "by", "metronidazole", ",", "to", "avoid", "the", "saline", "overload", "associated", "with", "the", "administration", "of", "penicillin", "in", "a", "cirrhotic", "patient", "with", "ascites", ".", "Second", "blood", "cultures", "taken", "without", "fever", "and", "SEPTIFAST", "were", "negative", "and", "abdominal", "CT", "showed", "no", "evidence", "of", "intra-abdominal", "infection", "or", "colonic", "pathology", ".", "On", "the", "other", "hand", ",", "the", "liver", "lesion", "was", "stable", "with", "respect", "to", "the", "previous", "imaging", "test", ",", "with", "no", "evidence", "of", "portal", "thrombosis", ".", "Regarding", "the", "lumbar", "spine", ",", "the", "CT", "scan", "was", "reported", "as", ":", "degenerative", "changes", "at", "the", "level", "of", "the", "third", "and", "fourth", "lumbar", "vertebrae", "without", "data", "of", "spondylodiscitis", ".", "In", "the", "following", "days", "of", "admission", ",", "the", "patient", "remained", "afebrile", "but", "with", "uncontrolled", "lumbar", "pain", "despite", "analgesia", ",", "which", "required", "the", "use", "of", "intravenous", "steroids", "for", "pain", "control", ".", "Given", "the", "persistence", "of", "the", "clinical", "manifestations", ",", "it", "was", "decided", "to", "request", "a", "magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", "scan", ".", "Differential", "diagnosis", "Clostridium", "ramosum", "bacteraemia", "of", "unclear", "focus", ":", "1", ".", "In", "favour", "of", "the", "abdominal", "focus", ",", "a", "history", "of", "liver", "cirrhosis", ",", "the", "sensation", "of", "abdominal", "distension", "and", "constipation", ".", "Against", "this", "diagnosis", ",", "the", "presence", "of", "a", "CT", "scan", "without", "suggestive", "data", ".", "2", ".", "In", "favour", "of", "the", "osteoarticular", "focus", ",", "the", "presence", "of", "lumbosciatica", "and", "degenerative", "changes", "of", "the", "lumbar", "spine", "on", "CT", ".", "Against", ",", "the", "characteristics", "of", "the", "pain", ",", "which", "appear", "to", "be", "of", "mechanical", "rhythm", ",", "the", "absence", "of", "data", "suggestive", "of", "spondylodiscitis", "on", "CT", "and", "the", "improbability", "of", "Clostridium", "ramosum", "as", "the", "cause", "of", "this", "entity", ".", "3", ".", "Finally", ",", "assess", "the", "presence", "of", "Clostridium", "ramosum", "in", "blood", "cultures", "as", "a", "possible", "error", ".", "Evolution", "MRI", "showed", "hyperintensity", "in", "STIR", "of", "the", "L3", ",", "L4", "and", "L5", "vertebral", "bodies", "and", "hyperintensity", "in", "T2", "TSE", "and", "STIR", "of", "the", "L3-L4", "and", "L4-L5", "lumbar", "intervertebral", "discs", ".", "MRI", "sagittal", "slice", "lumbosacral", "spine", "T1", "and", "T2", "sequence", ":", "involvement", "of", "L3", ",", "L4", "and", "L5", "vertebral", "bodies", ".", "Intravenous", "gadolinium", "administration", "reveals", "heterogeneous", "enhancement", "of", "the", "lower", "half", "of", "the", "L3", "vertebral", "body", "and", "the", "L4", "and", "L5", "vertebral", "bodies", ".", "In", "addition", ",", "there", "is", "hypointense", "tissue", "in", "T1", "and", "hyperintense", "in", "T2", "and", "STIR", "lateral", "and", "posterior", "to", "the", "L3-L5", "vertebral", "bodies", ",", "which", "is", "heterogeneously", "enhanced", "with", "hypocaptive", "foci", "within", "it", ".", "All", "these", "findings", "are", "compatible", "with", "an", "infectious", "spondylodiscitis", "at", "L3-L4", "and", "L4-L5", "level", "with", "phlegmonous", "tissue", "and", "foci", "of", "epidural", "abscess", "stenosing", "the", "vertebral", "canal", ".", "In", "addition", ",", "at", "the", "level", "of", "the", "left", "psoas", "muscle", ",", "numerous", "focal", "areas", "are", "observed", ",", "markedly", "hyperintense", "in", "T2", "with", "peripheral", "uptake", "and", "hypocaptured", "centre", "in", "relation", "to", "abscesses", "at", "this", "level", ".", "Given", "the", "radiological", "diagnosis", "of", "infectious", "spondylodiscitis", "and", "a", "single", "positive", "blood", "culture", "for", "Clostridium", "ramosum", ",", "extracted", "without", "fever", ",", "we", "wondered", "whether", "the", "spondylodiscitis", "was", "caused", "by", "Clostridium", "or", "whether", "it", "was", "a", "clinically", "insignificant", "finding", "and", "the", "spondylodiscitis", "was", "caused", "by", "a", "different", "germ", ".", "The", "dilemma", "therefore", "arose", "as", "to", "whether", "to", "assume", "a", "Clostridium", "aetiology", "or", "to", "perform", "a", "vertebral", "sampling", "in", "a", "patient", "at", "high", "surgical", "risk", "due", "to", "cirrhosis", "with", "associated", "coagulopathy", ".", "After", "discussing", "the", "case", ",", "it", "was", "decided", "that", "we", "could", "not", "assume", "with", "the", "minimum", "guarantees", "that", "Clostridium", "ramosum", "was", "the", "cause", "of", "the", "symptoms", ",", "so", "we", "decided", "to", "perform", "a", "vertebral", "biopsy", "to", "take", "microbiological", "samples", ".", "After", "informing", "the", "patient", ",", "he", "refused", "any", "invasive", "procedure", "and", "therefore", "refused", "to", "take", "samples", ".", "Given", "the", "patient", "'", "s", "refusal", "to", "undergo", "surgical", "sampling", ",", "it", "was", "decided", "to", "design", "an", "empirical", "antibiotic", "treatment", "that", "was", "active", "against", "Clostridium", "ramosum", ",", "but", "with", "coverage", "against", "other", "more", "common", "germs", "such", "as", "staphylococci", ",", "streptococci", "and", "enterobacteria", ".", "Given", "that", "the", "Clostridium", "was", "sensitive", "to", "quinolones", ",", "after", "completing", "nine", "days", "of", "intravenous", "treatment", "with", "metronidazole", "and", "the", "patient", "requested", "voluntary", "discharge", ",", "it", "was", "decided", "to", "discharge", "the", "patient", "with", "moxifloxacin", "400", "mg", "daily", "orally", "until", "further", "review", "in", "consultation", ".", "One", "month", "after", "his", "discharge", "from", "hospital", ",", "at", "the", "first", "consultation", ",", "the", "patient", "was", "clinically", "worse", ",", "with", "lumbar", "pain", "radiating", "to", "both", "lower", "limbs", "that", "prevented", "him", "from", "moving", ",", "although", "he", "had", "no", "loss", "of", "strength", "or", "paraesthesia", ".", "At", "the", "analytical", "level", ",", "there", "had", "been", "a", "slight", "increase", "in", "C-reactive", "protein", "(", "CRP", ")", ",", "which", "went", "from", "1", "mg", "/", "L", "at", "the", "time", "of", "discharge", "to", "12", "mg", "/", "L", ".", "In", "this", "situation", ",", "it", "was", "decided", "to", "propose", "again", "to", "the", "patient", "that", "samples", "be", "taken", ",", "given", "the", "possibility", "of", "therapeutic", "failure", ",", "with", "a", "view", "to", "clarifying", "the", "microbiological", "aetiology", "of", "the", "condition", ",", "and", "on", "this", "occasion", "the", "patient", "agreed", "to", "the", "procedure", ".", "At", "this", "point", ",", "it", "was", "decided", "to", "suspend", "antibiotic", "treatment", "to", "optimise", "the", "cost-effectiveness", "of", "the", "sampling", "and", "a", "new", "MRI", ",", "a", "transesophageal", "echography", "and", "a", "new", "round", "of", "blood", "cultures", "were", "requested", "without", "fever", ".", "Echocardiography", "showed", "no", "evidence", "of", "infective", "endocarditis", ".", "The", "control", "MRI", "showed", "progression", "of", "the", "L3-L4", "and", "L4-L5", "spondylodiscitis", "with", "respect", "to", "the", "previous", "study", ",", "showing", "abscessation", "of", "the", "discs", "and", "perivertebral", "phlegmonous", "tissue", ",", "with", "stenosis", "of", "the", "vertebral", "canal", "and", "extension", "of", "the", "process", "to", "both", "psoas", "muscles", ",", "with", "abscesses", "in", "the", "left", "one", ".", "MRI", "sagittal", "section", "lumbosacral", "spine", "T1", "and", "T2", "sequence", ":", "progression", "of", "spondylodiscitis", "L3-L4", "and", "L4-L5", "with", "abscessation", "of", "the", "discs", "is", "observed", ".", "Blood", "cultures", ",", "taken", "again", "without", "fever", ",", "were", "again", "reported", "as", "positive", "for", "Clostridium", "ramosum", ".", "Despite", "this", "isolation", ",", "it", "was", "decided", "to", "maintain", "the", "indication", "for", "vertebral", "biopsy", ",", "but", "in", "the", "end", "this", "was", "not", "performed", "because", "the", "Anaesthesia", "Service", "rejected", "the", "procedure", "at", "the", "last", "minute", "due", "to", "surgical", "risk", ".", "Once", "again", "we", "were", "faced", "with", "the", "dilemma", "of", "whether", "to", "assume", "that", "Clostridium", "was", "the", "cause", "and", "the", "previous", "treatment", "had", "been", "insufficient", "or", "whether", "the", "detection", "of", "Clostridium", "in", "blood", "culture", "had", "no", "clinical", "significance", "and", "the", "cause", "of", "the", "poor", "evolution", "could", "be", "insufficient", "coverage", "of", "the", "empirical", "regimen", ".", "After", "discussing", "the", "case", "in", "a", "multidisciplinary", "session", "and", "reviewing", "the", "literature", ",", "it", "was", "suggested", "that", "the", "detection", "of", "Clostridium", "ramosum", "in", "blood", "cultures", "on", "two", "occasions", "should", "be", "considered", "significant", "and", "that", "the", "spondylodiscitis", "could", "indeed", "be", "due", "to", "this", "germ", "and", "that", "the", "initial", "treatment", "had", "been", "insufficient", ".", "It", "was", "therefore", "decided", "to", "repeat", "a", "course", "of", "intravenous", "treatment", "and", "to", "boost", "treatment", "at", "discharge", "with", "two", "drugs", "active", "against", "Clostridium", ".", "Treatment", "was", "restarted", "with", "ampicillin", "2", "g", "every", "6", "hours", "for", "20", "days", "together", "with", "moxifloxacin", "400", "mg", "orally", "for", "21", "days", ",", "followed", "by", "sequential", "treatment", "with", "amoxicillin", "(", "1", "g", "every", "8", "hours", ")", "with", "moxifloxacin", "(", "400", "mg", "every", "24", "hours", ")", ".", "The", "patient", "was", "reviewed", "in", "consultations", "8", "weeks", "after", "the", "start", "of", "oral", "treatment", "(", "10", "weeks", "of", "accumulated", "treatment", ")", "to", "assess", "clinical", ",", "radiological", "and", "analytical", "evolution", ".", "A", "control", "MRI", "showed", "an", "increase", "in", "abscesses", "in", "the", "right", "anterolateral", "epidural", "space", "of", "L3-L4", "and", "L4-L5", "causing", "stenosis", "of", "the", "canal", ",", "but", "with", "a", "decrease", "in", "L3-L5", "bone", "oedema", "and", "adjacent", "soft", "tissues", ",", "as", "well", "as", "a", "disappearance", "of", "the", "abscesses", "in", "the", "psoas", "muscle", ".", "MRI", "sagittal", "section", "lumbosacral", "spine", "T2", "sequence", ":", "increased", "abscessation", "in", "the", "L3-L4", "and", "L4-L5", "space", "causing", "canal", "stenosis", ".", "Clinically", ",", "the", "patient", "was", "stationary", ",", "with", "poorly", "controlled", "pain", "but", "with", "good", "mobilisation", "of", "both", "lower", "limbs", ".", "On", "analytical", "control", ",", "an", "increase", "in", "CRP", "was", "again", "documented", ",", "which", "was", "60", "mg", "/", "L", "(", "previously", "12", "mg", "/", "L", ")", ".", "In", "view", "of", "this", "situation", ",", "it", "was", "decided", "to", "continue", "with", "the", "current", "antibiotic", "treatment", "and", "to", "add", "dexamethasone", "4", "mg", "every", "12", "hours", "for", "pain", "control", ".", "At", "a", "review", "after", "14", "weeks", "of", "oral", "treatment", ",", "the", "patient", "showed", "significant", "clinical", "improvement", "and", "a", "CRP", "of", "1", "mg", "/", "L", ",", "so", "it", "was", "decided", "to", "discontinue", "antibiotic", "treatment", ".", "At", "present", "the", "patient", "remains", "asymptomatic", "and", "is", "awaiting", "radiological", "and", "laboratory", "re-evaluation", "8", "weeks", "after", "completion", "of", "treatment", ".", "Final", "diagnosis", "Spondylodiscitis", "L3-L4", "and", "L4-L5", "secondary", "to", "Clostridium", "ramosum", "bacteraemia", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 3, 0 ]

[ { "text": "Clostridium", "label": "SPECIES", "start": 1579, "end": 1590 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 1158, "end": 1167 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 306, "end": 313 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 670, "end": 677 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 789, "end": 796 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 87, "end": 95 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 37, "end": 41 }, { "text": "Clostridium ramosum", "label": "SPECIES", "start": 1579, "end": 1598 }, { "text": "gram-positive enterobacterium", "label": "SPECIES", "start": 1526, "end": 1555 }, { "text": "primary care physician", "label": "HUMAN", "start": 1948, "end": 1970 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1707, "end": 1714 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2029, "end": 2036 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2372, "end": 2379 }, { "text": "Clostridium", "label": "SPECIES", "start": 2483, "end": 2494 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 2651, "end": 2660 }, { "text": "fungal", "label": "SPECIES", "start": 2665, "end": 2671 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3177, "end": 3184 }, { "text": "Clostridium ramosum", "label": "SPECIES", "start": 2483, "end": 2502 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3692, "end": 3699 }, { "text": "Clostridium", "label": "SPECIES", "start": 3981, "end": 3992 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 4001, "end": 4012 }, { "text": "Clostridium ramosum", "label": "SPECIES", "start": 3981, "end": 4000 }, { "text": "Clostridium", "label": "SPECIES", "start": 5775, "end": 5786 }, { "text": "Clostridium", "label": "SPECIES", "start": 5876, "end": 5887 }, { "text": "Clostridium", "label": "SPECIES", "start": 6052, "end": 6063 }, { "text": "germ", "label": "SPECIES", "start": 5992, "end": 5996 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6114, "end": 6121 }, { "text": "Clostridium ramosum", "label": "SPECIES", "start": 5775, "end": 5794 }, { "text": "Clostridium", "label": "SPECIES", "start": 6291, "end": 6302 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6439, "end": 6446 }, { "text": "Clostridium ramosum", "label": "SPECIES", "start": 6291, "end": 6310 }, { "text": "Clostridium", "label": "SPECIES", "start": 6662, "end": 6673 }, { "text": "Clostridium", "label": "SPECIES", "start": 6804, "end": 6815 }, { "text": "enterobacteria", "label": "SPECIES", "start": 6773, "end": 6787 }, { "text": "germs", "label": "SPECIES", "start": 6727, "end": 6732 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6531, "end": 6538 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6924, "end": 6931 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6995, "end": 7002 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 7155, "end": 7162 }, { "text": "Clostridium ramosum", "label": "SPECIES", "start": 6662, "end": 6681 }, { "text": "Clostridium ramosum", "label": "SPECIES", "start": 8551, "end": 8570 }, { "text": "Clostridium ramosum", "label": "SPECIES", "start": 9242, "end": 9261 }, { "text": "Clostridium", "label": "SPECIES", "start": 9582, "end": 9593 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 9836, "end": 9843 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 10427, "end": 10434 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 10836, "end": 10843 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 10975, "end": 10982 }, { "text": "Clostridium", "label": "SPECIES", "start": 11164, "end": 11175 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 11184, "end": 11195 }, { "text": "Clostridium ramosum", "label": "SPECIES", "start": 11164, "end": 11183 } ]

[ "We", "discuss", "the", "clinical", "case", "of", "a", "42-year-old", "woman", ",", "with", "a", "history", "of", "caesarean", "section", "one", "month", "ago", ",", "referred", "to", "the", "emergency", "department", "to", "rule", "out", "acute", "appendicitis", ",", "presenting", "with", "abdominal", "pain", "in", "FID", "and", "vomiting", "for", "24", "hours", "of", "evolution", ".", "Physical", "examination", "revealed", "fever", "with", "signs", "of", "peritoneal", "irritation", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "mild", "leukocytosis", "with", "neutrophilia", "and", "elevated", "CRP", "(", "286", "mg", "/", "l", ")", ".", "An", "emergency", "abdominal", "ultrasound", "was", "performed", ",", "complemented", "by", "MDCT", "with", "IV", "contrast", ",", "showing", "a", "marked", "increase", "in", "free", "fluid", "in", "the", "right", "iliac", "fossa", "and", "left", "parietocolic", "gutter", ",", "as", "well", "as", "a", "well-defined", "retroperitoneal", "tubular", "structure", "with", "central", "hypodensity", "and", "the", "presence", "of", "peripheral", "annular", "contrast", "uptake", ",", "running", "parallel", "to", "the", "vena", "cava", ",", "inferior", "to", "the", "psoas", "and", "right", "ureter", "and", "medial", "to", "the", "ipsilateral", "kidney", ".", "There", "is", "also", "discrete", "contrast", "uptake", "through", "the", "right", "fallopian", "tube", "and", "oedematous", "uterus", "(", "without", "being", "able", "to", "rule", "out", "that", "this", "oedema", "is", "secondary", "to", "a", "recent", "surgical", "history", ")", ".", "Findings", "suggestive", "in", "the", "clinical", "context", "of", "the", "patient", "of", "thrombosis", "of", "the", "right", "ovarian", "vein", "and", "possible", "inflammatory", "/", "infectious", "process", "at", "pelvic", "level", "(", "PID", ")", ".", "Given", "the", "findings", ",", "the", "patient", "was", "referred", "to", "the", "gynaecological", "emergency", "department", ",", "where", "a", "transvaginal", "ultrasound", "was", "performed", ",", "which", "was", "normal", ".", "Medical", "treatment", "was", "started", "with", "anticoagulation", "and", "empirical", "broad-spectrum", "antibiotic", "therapy", ",", "with", "a", "favourable", "clinical", "evolution", "48", "hours", "after", "starting", "treatment", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 46, "end": 51 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1088, "end": 1095 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1228, "end": 1235 } ]

[ "Anamnesis", "75-year-old", "man", "with", "a", "personal", "history", "of", "hypertension", ",", "dyslipidaemia", ",", "chronic", "obstructive", "pulmonary", "disease", ",", "hyperuricaemia", ",", "acute", "myocardial", "infarction", "in", "2000", "with", "quadruple", "aorto-coronary", "by-pass", "and", "11", "bladder", "TURs", "since", "1992", "(", "AP", ":", "T1G2", ",", "follicular", "cystitis", ",", "TaG1", ",", "TaG2", "and", "multiple", "T1G2", "with", "MMC", "instillations", ")", ",", "currently", "under", "follow-up", ",", "who", "came", "to", "the", "ED", "in", "July", "2011", "presenting", "with", "a", "picture", "of", "dystrophic", "sensation", ",", "suprapubic", "pain", "of", "weeks", "of", "evolution", "and", "left", "lumbar", "pain", "that", "has", "been", "progressively", "increasing", "over", "the", "last", "few", "weeks", ",", "with", "worsening", "at", "the", "present", "time", ".", "She", "also", "complains", "of", "urinary", "urgency", ".", "In", "the", "previous", "15", "days", "he", "had", "been", "treated", "with", "amoxicillin-clavulanic", "acid", "for", "micturition", "syndrome", "with", "pathological", "urine", "systemic", ",", "compatible", "with", "urinary", "tract", "infection", "(", "UTI", ")", ".", "On", "arrival", "at", "the", "ED", "he", "presented", "with", "worsening", "renal", "function", "parameters", "(", "creatinine", "1", ".", "65", "mg", "/", "dl", ")", "with", "hyperkalaemia", "(", "K", "+", "6", "IU", "/", "l", ")", ",", "with", "no", "evidence", "of", "leukocytosis", ".", "Given", "the", "clinical", "and", "analytical", "findings", ",", "an", "urgent", "abdominal", "ultrasound", "was", "requested", ",", "which", "revealed", "the", "presence", "of", "a", "wrestling", "bladder", "with", "hypertrophy", "of", "the", "detrusor", "muscle", "and", "scarce", "repletion", "with", "bilateral", "grade", "III", "ureterohydronephrosis", ",", "without", "evidence", "of", "a", "clear", "obstructive", "cause", ".", "He", "was", "admitted", "to", "the", "Urology", "Department", "for", "urgent", "bilateral", "urinary", "diversion", ".", "During", "the", "procedure", ",", "cystoscopy", "revealed", "a", "bladder", "with", "very", "oedematous", "walls", "that", "prevented", "adequate", "visualisation", "of", "the", "ureteral", "meatus", ",", "preventing", "bilateral", "retrograde", "catheterisation", ".", "A", "few", "hours", "later", ",", "and", "after", "placing", "the", "bladder", "catheter", "while", "awaiting", "a", "new", "catheterisation", "through", "the", "percutaneous", "nephrostomies", ",", "radiological", "control", "revealed", "correction", "of", "the", "ureterohydronephrosis", "on", "the", "right", "side", ".", "Given", "the", "persistence", "of", "the", "left", "uropathy", ",", "it", "was", "decided", "to", "perform", "a", "left", "urinary", "diversion", "by", "means", "of", "percutaneous", "nephrostomy", ".", "In", "the", "immediate", "postoperative", "period", "he", "was", "admitted", "to", "the", "ICU", "for", "a", "clinical", "picture", "compatible", "with", "severe", "sepsis", "of", "urological", "origin", ",", "accompanied", "by", "hypotension", ",", "leukopenia", "and", "coagulopathy", ",", "with", "positive", "urine", "culture", "for", "BLEA-producing", "Escherichia", "coli", ".", "Physical", "examination", "On", "arrival", "at", "the", "hospital", ",", "he", "presented", "with", "a", "painful", "abdomen", "on", "palpation", "in", "the", "left", "hypochondrium", ",", "with", "voluntary", "defence", ".", "No", "signs", "of", "peritonism", ",", "with", "negative", "Murphy", "and", "Blumberg", ".", "Positive", "RHA", ".", "Complementary", "tests", "-", "Computed", "tomography", "(", "CT", ")", "of", "the", "abdomen", "without", "contrast", ":", "grade", "III", "left", "ureterohydronephrosis", "with", "no", "distal", "obstructive", "cause", "identified", ".", "In", "the", "pelvic", "portion", "of", "the", "right", "ureter", "there", "is", "a", "change", "in", "calibre", "coinciding", "with", "an", "area", "of", "increased", "tortuosity", "of", "the", "ureter", ",", "with", "no", "proximal", "dilatation", "or", "apparent", "distal", "obstructive", "cause", ".", "-", "Urine", "cytology", ":", "cystitis", ".", "-", "Cystoscopy", ":", "decreased", "bladder", "capacity", ".", "Struggling", "bladder", ",", "trabeculated", ",", "wide-mouthed", "right", "ureteral", "meatus", "accessible", "with", "cystoscope", ",", "refluxing", ".", "No", "visualisation", "of", "the", "left", "ureteral", "meatus", ".", "-", "Ureterocystography", "+", "anterograde", "pyelography", ":", "stenosis", "at", "the", "uretero-vesical", "junction", "causing", "grade", "III", "uretero-hydronephrosis", "with", "small", "passage", "of", "contrast", "into", "the", "bladder", ".", "Right", "vesicoureteral", "reflux", ".", "Diagnosis", "Microbladder", "secondary", "to", "multiple", "bladder", "TURs", ",", "leading", "to", "right", "vesicoureteral", "reflux", ".", "Stenosis", "of", "the", "left", "uretero-vesical", "junction", "causing", "grade", "III", "ureterohydronephrosis", ".", "Treatment", "After", "evaluation", "of", "the", "case", "in", "a", "joint", "clinical", "session", "of", "the", "Department", ",", "it", "was", "decided", "to", "perform", "a", "laparoscopic", "augmentation", "enterocystoplasty", "by", "means", "of", "a", "single", "umbilical", "port", "access", "(", "LESS", ")", "in", "November", "2011", ".", "Dissection", "of", "the", "anterior", "aspect", "of", "the", "bladder", "was", "performed", ",", "separating", "it", "from", "the", "anterior", "abdominal", "wall", "and", "thus", "gaining", "access", "to", "the", "Retzius", "space", ".", "Subsequently", ",", "the", "transumbilical", "access", "was", "enlarged", "to", "extract", "a", "segment", "of", "the", "ileum", "loop", ",", "which", "would", "be", "used", "for", "the", "enterocystoplasty", ".", "The", "intestinal", "transit", "is", "then", "reconstructed", "with", "mechanical", "suture", "(", "GIA", "+", "TEA", ")", ".", "The", "segment", "of", "the", "ileum", "selected", "for", "bladder", "enlargement", "is", "destubulated", "using", "an", "electric", "scalpel", ",", "with", "subsequent", "transversal", "opening", "of", "the", "entire", "bladder", "dome", ",", "thus", "exposing", "the", "mucosa", ".", "Finally", ",", "continuous", "suturing", "of", "the", "intestinal", "loop", "to", "the", "bladder", "was", "performed", "using", "a", "continuous", "V", "-", "lock", "2-0", "suture", ".", "The", "total", "surgical", "time", "was", "3", ".", "5", "hours", ",", "with", "an", "estimated", "bleeding", "of", "about", "200", "ml", "and", "the", "need", "for", "intraoperative", "transfusion", "of", "a", "red", "blood", "cell", "concentrate", ",", "due", "to", "the", "patient", "'", "s", "baseline", "anaemia", "on", "admission", ".", "Evolution", "The", "patient", "remained", "afebrile", "and", "haemodynamically", "stable", "during", "his", "stay", "on", "the", "ward", ".", "Diuresis", "was", "correct", "through", "left", "nephrostomy", "and", "bladder", "catheter", ".", "Abdominal", "drainage", "with", "a", "progressively", "decreasing", "debit", ",", "which", "was", "withdrawn", "on", "the", "ninth", "day", ",", "and", "he", "was", "discharged", "from", "hospital", "due", "to", "good", "evolution", ".", "She", "was", "readmitted", "after", "8", "days", "at", "home", "for", "acute", "pyelonephritis", ",", "which", "progressed", "favourably", "with", "intravenous", "antibiotic", "treatment", ".", "The", "bladder", "catheter", "was", "removed", "30", "days", "after", "surgery", "and", "a", "left", "nephrostomy", "was", "performed", "3", "months", "later", ".", "Four", "months", "later", ",", "the", "patient", "has", "had", "no", "new", "episodes", "of", "UTI", ",", "reporting", "occasional", "irritative", "symptoms", "that", "have", "now", "disappeared", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 33, "end": 41 }, { "text": "BLEA-producing Escherichia coli", "label": "SPECIES", "start": 2139, "end": 2170 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4463, "end": 4470 } ]

[ "A", "59-year-old", "man", "was", "admitted", "to", "hospital", "with", "outpatient", "SARS-CoV-2", "infection", "confirmed", "by", "positive", "RT-PCR", "from", "pharyngeal", "swab", "and", "relevant", "clinical", "symptoms", ".", "The", "patient", "had", "previously", "visited", "South", "Tyrol", ".", "Six", "days", "before", "hospital", "admission", ",", "the", "patient", "showed", "initial", "symptoms", "in", "the", "form", "of", "chills", "and", "fever", ".", "He", "had", "no", "previous", "history", ".", "On", "admission", ",", "he", "presented", "hyperthermia", "of", "40", ".", "0", "°", "C", "and", "patent", "tachypnoea", "with", "a", "respiratory", "rate", "of", "28", "r", ".", "p", ".", "m", ".", "with", "sufficient", "oxygenation", "(", "ambient", "air", "saturation", "95", "%", ")", ".", "Clinically", ",", "he", "reported", "a", "strong", "feeling", "of", "general", "malaise", "with", "obvious", "fatigue", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "leukocytopenia", "with", "3", ".", "8", "×", "109", "/", "l", ",", "lymphocytopenia", "with", "0", ".", "96", "×", "109", "/", "l", "(", "25", "%", ")", ",", "a", "slightly", "increased", "C-reactive", "protein", "with", "14", ".", "7", "mg", "/", "l", "and", "a", "low", "procalcitonin", "value", "of", "0", ".", "11", "ng", "/", "ml", ".", "D-dimer", ",", "as", "a", "risk", "factor", "for", "instability", ",", "did", "not", "show", "high", "values", "at", "370", "μg", ".", "Interleukin-6", "as", "an", "inflammatory", "parameter", "was", "somewhat", "elevated", ",", "with", "a", "concentration", "of", "36", ".", "4", "pg", "/", "ml", ",", "LDH", "was", "330", "U", "/", "l", "and", "creatine", "kinase", "412", "U", "/", "l", ".", "Albumin", "was", "initially", "within", "the", "normal", "range", "at", "4", ".", "0", "g", "/", "dl", ".", "Thin-slice", "chest", "CT", "performed", "on", "the", "day", "of", "admission", "showed", "bilateral", ",", "multifocal", "ground-glass", "opacities", ",", "partly", "overlapping", "with", "reticulations", "in", "a", "cobblestone", "pattern", ".", "Consolidation", "was", "present", ",", "but", "much", "less", "prominent", "than", "the", "ground", "glass", "opacities", ",", "which", "were", "roughly", "rounded", "and", "geographically", "distributed", ".", "Notably", ",", "in", "some", "cases", ",", "they", "were", "clearly", "demarcated", "from", "healthy", "lung", "parenchyma", ".", "A", "positive", "air", "bronchogram", "was", "evident", "in", "the", "changes", ".", "All", "abnormalities", "were", "located", "in", "the", "periphery", "of", "the", "lungs", ",", "in", "the", "plane", "craniocaudal", "to", "the", "base", "of", "the", "lungs", ";", "the", "left", "lower", "lobe", "was", "the", "most", "affected", ".", "Because", "of", "the", "combination", "of", "risks", "with", "clinically", "significant", "involvement", ",", "high", "fever", ",", "respiratory", "dysfunction", "and", "morphologically", "clear", "parenchymal", "changes", "on", "CT", ",", "antiviral", "therapy", "(", "lopinavir-ritonavir", ")", "and", "broad-spectrum", "antibiotics", "were", "quickly", "decided", "upon", ".", "Due", "to", "persistent", "fever", "up", "to", "39", ".", "6", "°", "C", "and", "worsening", "respiratory", "symptoms", "with", "increased", "oxygen", "demand", ",", "a", "follow-up", "chest", "CT", "scan", "was", "performed", "on", "day", "6", "after", "admission", "(", "fig", ".", "2", ")", ".", "The", "images", "showed", "a", "clear", "decrease", "in", "densities", ",", "but", "in", "contrast", "to", "the", "initial", "CT", ",", "consolidations", "dominated", "the", "image", ".", "The", "periphery", "and", "base", "of", "the", "lungs", "remained", "the", "most", "affected", "areas", ".", "On", "day", "7", ",", "high-flow", "nasal", "oxygen", "therapy", "was", "started", "for", "severe", "respiratory", "failure", ".", "On", "day", "16", ",", "the", "patient", "had", "clinically", "improved", "and", "was", "ready", "for", "discharge", ".", "No", "further", "follow-up", "CT", "scans", "were", "performed", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 17 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 166, "end": 173 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 250, "end": 257 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 59, "end": 69 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2417, "end": 2424 }, { "text": "antiviral", "label": "SPECIES", "start": 1852, "end": 1861 } ]

[ "A", "54-year-old", "man", "was", "referred", "to", "the", "Oncology", "Unit", "of", "the", "Hospital", "Virgen", "Macarena", "with", "the", "main", "diagnosis", "of", "posterior", "uveitis", ".", "Infectious", "aetiology", "was", "ruled", "out", "due", "to", "negative", "laboratory", "data", "and", "the", "absence", "of", "data", "suggestive", "of", "systemic", "disease", ".", "A", "lesion", "was", "observed", "in", "the", "posterior", "pole", "of", "the", "right", "eye", ".", "The", "patient", "was", "treated", "four", "times", "with", "antiangiogenic", "drugs", "(", "anti-VEGF", ";", "bevacizumab", ")", "before", "being", "referred", "to", "our", "centre", ".", "As", "family", "history", ",", "he", "refers", "to", "his", "mother", "with", "tongue", "cancer", "and", "his", "father", "with", "stomach", "cancer", "and", ",", "in", "terms", "of", "personal", "history", ",", "only", "dyslipidaemia", ".", "As", "complementary", "tests", "of", "interest", ",", "we", "have", "a", "normal", "haemogram", "and", "biochemistry", "(", "NL", ")", ",", "except", "for", "the", "referred", "dyslipidaemia", ",", "erythrocyte", "sedimentation", "volume", "9", ",", "negative", "serology", "for", "human", "immunodeficiency", "virus", "(", "-", ")", ",", "Toxocara", "cani", "(", "-", ")", ",", "Borrelia", "(", "-", ")", ",", "syphilis", ":", "negative", ",", "Mantoux", "(", "-", ")", ".", "X-ray", ":", "normal", ".", "Computed", "axial", "tomography", "of", "the", "skull", "/", "orbits", ",", "with", "and", "without", "contrast", ":", "normal", ".", "Tumour", "markers", "(", "-", ")", ",", "anti-neutrophil", "cytoplasmic", "antibody", ",", "antinuclear", "antibody", ",", "human", "leukocyte", "antigen-B", "/", "angiotensin", "converting", "enzyme", ":", "normal", "or", "negative", ".", "Ophthalmological", "examination", ":", "-", "Visual", "acuity", "(", "VA", ")", ":", "right", "eye", "(", "RA", ")", ":", "0", ".", "05", "/", "left", "eye", ":", "0", ".", "9", ".", "He", "reported", "a", "decrease", "in", "VA", ",", "despite", "suffering", "from", "amblyopia", "of", "the", "right", "eye", ".", "-", "Biomicroscopy", "of", "the", "anterior", "pole", ":", "anterior", "pole", "without", "pathological", "signs", ".", "Clear", "cornea", "and", "lens", ",", "Tyndall", "(", "-", ")", ",", "normal", "intrinsic", "and", "extrinsic", "ocular", "motility", ".", "-", "Fundus", ":", "slightly", "raised", "lesion", "in", "the", "posterior", "pole", "of", "the", "OD", "with", "a", "haemorrhagic", "and", "vascular", "component", "on", "its", "surface", ".", "-", "Intraocular", "pressure", ":", "16", "/", "16", "mmHg", ".", "-", "Optical", "coherence", "tomography", "(", "OCT", ")", ":", "retinal", "lesion", "of", "dense", "consistency", "without", "cysts", "or", "presence", "of", "subretinal", "fluid", "compatible", "with", "retinal", "hamartoma", ".", "-", "Optical", "coherence", "tomography", "angiography", "(", "OCT-A", ")", ":", "lesion", "compatible", "with", "an", "arcuate", "capillary", "haemangioma", "involving", "the", "posterior", "pole", ".", "The", "afferent", "and", "efferent", "vessels", "are", "visualised", "in", "the", "superficial", "layers", "and", "there", "is", "a", "shadow", "compatible", "with", "artefacts", "in", "the", "avascular", "layers2", ".", "We", "performed", "OCT-A", "using", "Triton", "OCT", ",", "swept", "source", "OCT-A3", ".", "Diagnosis", ":", "solitary", "retinal", "capillary", "haemangioma", "in", "the", "inferior", "temporal", "arch", "with", "no", "associated", "systemic", "disease", ".", "Treatment", ":", "the", "lesion", "was", "treated", "with", "photodynamic", "therapy", "(", "PDT", ")", "on", "four", "occasions", "plus", "post-treatment", "A-VEGF", "(", "aflibercept", ")", "one", "week", "after", "each", "session", ",", "with", "two-month", "intervals", "between", "treatments", ",", "with", "improvement", "of", "VA", "(", "January", ",", "March", ",", "May", ",", "July", ")", ".", "Their", "activity", "was", "reduced", "and", ",", "as", "a", "consequence", ",", "exudation", "was", "reduced", ".", "Vision", "improved", "from", "0", ".", "05", "to", "0", ".", "2", ",", "which", ",", "given", "the", "patient", "'", "s", "previous", "amblyopia", ",", "is", "a", "significant", "improvement", ".", "He", "currently", "remains", "under", "observation", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 17 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 319, "end": 326 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 441, "end": 447 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 474, "end": 480 }, { "text": "father", "label": "HUMAN", "start": 508, "end": 514 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 552, "end": 560 }, { "text": "Borrelia", "label": "SPECIES", "start": 826, "end": 834 }, { "text": "Toxocara cani", "label": "SPECIES", "start": 807, "end": 820 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 840, "end": 848 }, { "text": "human immunodeficiency virus", "label": "SPECIES", "start": 773, "end": 801 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2615, "end": 2622 } ]

[ "This", "is", "a", "71-year-old", "man", ",", "with", "no", "drug", "allergies", ",", "with", "a", "history", "of", "type", "2", "diabetes", "mellitus", ",", "dyslipidaemia", "and", "anxious-depressive", "syndrome", ".", "He", "had", "undergone", "surgery", "for", "an", "intertrochanteric", "fracture", "of", "the", "left", "hip", ",", "by", "implanting", "a", "proximal", "femoral", "nail", ".", "He", "was", "receiving", "daily", "treatment", "with", "metformin", "850", "mg", ",", "simvastatin", "10", "mg", ",", "venlafaxine", "75", "mg", ",", "lormetazepam", "2", "mg", "and", "tranxilium", "5", "mg", ".", "He", "consulted", "the", "emergency", "department", "for", "approximately", "two", "months", "of", "low-grade", "febrile", "episodes", "accompanied", "by", "fluctuations", "in", "the", "level", "of", "consciousness", ",", "bradypsychia", ",", "headache", ",", "vomiting", ",", "weakness", "in", "both", "lower", "limbs", "and", "urinary", "incontinence", ",", "which", "self-limited", "over", "the", "course", "of", "one", "or", "two", "days", "and", "then", "recurred", ".", "He", "denied", "symptoms", "in", "other", "areas", ".", "Approximately", "one", "year", "earlier", ",", "a", "ventriculo-peritoneal", "shunt", "valve", "had", "been", "successfully", "implanted", "for", "normotensive", "hydrocephalus", ".", "He", "had", "been", "admitted", "on", "two", "occasions", "for", "febrile", "syndromes", "associated", "with", "neurological", "symptoms", ".", "On", "the", "first", "occasion", ",", "he", "presented", "with", "a", "meningeal", "syndrome", "associated", "with", "fever", "and", "diarrhoea", "of", "four", "days", "'", "evolution", ",", "where", ",", "after", "obtaining", "cerebrospinal", "fluid", "(", "CSF", ")", "with", "high", "cellularity", "(", "180", "cells", "/", "mm3", ";", "(", "75", "%", "N", ",", "25", "%", "L", ")", ",", "no", "red", "blood", "cells", ",", "glucose", "76", "mg", "/", "dl", ",", "protein", "65", "mg", "/", "dl", ",", "normal", "ADA", "and", "negative", "xanthochromia", ",", "empirical", "antibiotic", "therapy", "was", "started", "with", "ampicillin", ",", "ceftriaxone", "and", "vancomycin", ",", "which", "was", "discontinued", "after", "48", "hours", "following", "negative", "culture", "and", "PCR", "for", "meningotrophic", "germs", "(", "E", ".", "coli", ",", "H", ".", "influenzae", ",", "Listeria", "monocytogenes", ",", "Neisseria", "meningitidis", ",", "Streptococcus", "agalactiae", ",", "S", ".", "pneumoniae", ",", "cytomegalovirus", ",", "enterovirus", ",", "HSV-1", ",", "HSV-2", ",", "VZV", ",", "human", "herpes", "6", ",", "human", "parechovirus", ",", "Cryptococcus", "neoformans", ")", "in", "CSF", ".", "Given", "the", "patient", "'", "s", "stability", "and", "clinical", "improvement", ",", "he", "was", "discharged", "after", "7", "days", "with", "a", "diagnosis", "of", "meningeal", "syndrome", "of", "an", "unidentified", "aetiology", "in", "the", "context", "of", "gastroenteritis", ".", "In", "the", "following", "admission", "two", "months", "later", "and", "21", "days", "before", "the", "current", "consultation", ",", "he", "was", "assessed", "again", "for", "a", "febrile", "syndrome", "with", "the", "same", "neurological", "symptoms", ",", "where", "after", "obtaining", "a", "CSF", "with", "1", "leukocyte", "/", "mm3", ",", "1", "haemocyte", "/", "mm3", ",", "glucose", "76", "mg", "/", "dl", ",", "protein", "15", ".", "9", "mg", "/", "dl", ",", "he", "was", "admitted", "on", "suspicion", "of", "chronic", "valve", "dysfunction", ".", "No", "antibiotic", "therapy", "was", "initially", "prescribed", "pending", "CSF", "cultures", ",", "blood", "cultures", "and", "urine", "culture", ",", "and", "a", "diagnosis", "was", "finally", "made", "of", "an", "upper", "urinary", "tract", "infection", "complicated", "by", "multisensitive", "Pseudomonas", "aeruginosa", ".", "Treatment", "was", "started", "with", "ciprofloxacin", "400", "mg", "IV", "every", "12", "hours", ",", "returning", "the", "patient", "to", "his", "baseline", "situation", ",", "and", "he", "was", "discharged", "with", "ciprofloxacin", "750", "mg", "every", "12", "hours", "for", "10", "days", ".", "On", "physical", "examination", "at", "the", "current", "visit", ",", "the", "patient", "was", "afebrile", ",", "well", "hydrated", "and", "perfused", ",", "conscious", ",", "alert", "although", "slightly", "bradypsychic", ",", "with", "isochoric", "pupils", "and", "no", "cranial", "nerve", "involvement", ".", "Strength", "and", "sensitivity", "were", "preserved", "without", "asymmetry", ",", "without", "meningeal", "signs", ",", "with", "normal", "gait", ".", "Cardiopulmonary", "auscultation", ",", "as", "well", "as", "the", "abdomen", "and", "extremities", "showed", "no", "pathological", "alterations", "on", "examination", ".", "The", "initial", "complementary", "tests", "showed", ":", "-", "Blood", "count", ":", "haemoglobin", "16", ".", "3", "g", "/", "dl", ",", "leukocytes", "13", ",", "000", "/", "mm3", ",", "with", "a", "predominance", "of", "neutrophils", "80", "%", "and", "402", ",", "000", "/", "mm3", "platelets", ".", "Coagulation", "normal", ".", "Glucose", "118", "mg", "/", "dl", ",", "creatinine", "0", ".", "5", "mg", "/", "dl", ",", "sodium", "128", "mEq", "/", "l", ",", "potassium", "4", "mEq", "/", "l", ",", "C-reactive", "protein", "5", "mg", "/", "l", ".", "-", "Chest", "X-ray", "without", "pathological", "findings", ".", "-", "Cranial", "CT", "scan", ":", "DVP", "valve", "with", "right", "frontal", "entrance", "and", "distal", "end", "in", "III", "ventricle", ".", "Dilatation", "of", "the", "ventricular", "system", ",", "similar", "to", "previous", "studies", "with", "no", "data", "of", "complications", ".", "Blood", "and", "urine", "cultures", "were", "taken", ".", "After", "being", "assessed", "by", "neurosurgery", ",", "a", "lumbar", "puncture", "was", "performed", "and", "a", "clear", "CSF", "was", "obtained", "with", "1", "leucocyte", "per", "field", ",", "glucose", "71", "mg", "/", "dl", "and", "proteins", "in", "range", ",", "which", "was", "sent", "to", "the", "microbiology", "laboratory", "for", "Gram", "staining", "and", "culture", ".", "The", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "Infectious", "Diseases", "Department", "with", "a", "provisional", "diagnosis", "of", "\"", "recurrent", "febrile", "syndrome", "associated", "with", "health", "care", "in", "a", "patient", "with", "a", "ventriculoperitoneal", "shunt", "\"", ".", "Because", "of", "suspected", "valve", "dysfunction", "of", "non-infectious", "aetiology", ",", "empirical", "antibiotic", "therapy", "was", "not", "indicated", ".", "Differential", "diagnosis", "In", "a", "patient", "with", "a", "ventriculoperitoneal", "shunt", "with", "recurrent", "clinical", "symptoms", "of", "headache", ",", "altered", "level", "of", "consciousness", ",", "drowsiness", ",", "nausea", ",", "vomiting", ",", "weakness", "of", "limbs", "and", "urinary", "incontinence", ",", "we", "must", "first", "consider", "the", "different", "causes", "that", "may", "underlie", "a", "dysfunction", "of", "the", "device", ",", "defined", "as", "a", "malfunction", "of", "the", "shunt", "system", "with", "partial", "or", "complete", "reduction", "of", "CSF", "flow", "through", "it", ",", "and", "clinically", "presenting", "with", "symptoms", "of", "intracranial", "hypertension", "(", "ICHT", ")", "secondary", "to", "obstruction", "or", "disconnection", "at", "some", "point", "in", "the", "system", ".", "Ventriculoperitoneal", "obstruction", ":", "This", "is", "the", "most", "common", "cause", "of", "valve", "dysfunction", "and", "should", "be", "suspected", "especially", "in", "cases", "of", "late", "presentation", ",", "i", ".", "e", ".", "beyond", "the", "first", "fifteen", "days", "after", "implantation", ".", "2", ".", "PVD", "infection", ":", "This", "is", "the", "second", "most", "common", "cause", "and", "is", "described", "in", "approximately", "8-15", "%", "of", "patients", ".", "It", "usually", "presents", "early", ",", "in", "contrast", "to", "our", "case", ",", "and", "should", "be", "considered", "in", "the", "presence", "of", "symptoms", "suggestive", "of", "meningitis", ":", "fever", ",", "meningismus", ",", "stiff", "neck", ",", "headache", ",", "nausea", "and", "vomiting", ",", "irritability", "and", "decreased", "level", "of", "consciousness", ".", "Not", "forgetting", "that", "if", "the", "infection", "is", "located", "at", "the", "distal", "catheter", ",", "it", "may", "present", "with", "abdominal", "and", "/", "or", "cardiocirculatory", "symptoms", ".", "Ventriculitis", ":", "This", "may", "be", "primary", "or", "secondary", "to", "meningitis", ",", "brain", "abscess", ",", "intraventricular", "haemorrhage", "or", "iatrogenic", ".", "When", "associated", "with", "intracranial", "devices", "such", "as", "DVP", ",", "it", "usually", "occurs", "within", "the", "first", "month", "of", "the", "procedure", "and", "may", "have", "subtle", "and", "progressive", "clinical", "signs", "of", "headache", ",", "altered", "mental", "status", ",", "nausea", ",", "vomiting", ",", "fever", "and", "neurological", "focality", ".", "The", "clinical", "picture", "may", "also", "be", "masked", "after", "courses", "of", "antibiotic", "therapy", ".", "4", ".", "Mechanical", "failure", "of", "the", "PVD", ":", "-", "Degradation", "and", "rupture", "of", "the", "system", ":", "usually", "occurs", "in", "the", "distal", "catheter", "and", "occurs", "years", "after", "implantation", ".", "-", "Disconnection", "of", "the", "ventriculoperitoneal", "shunt", ",", "usually", "occurs", "early", "after", "implantation", ".", "-", "Migration", "of", "the", "proximal", "or", "distal", "ends", "of", "the", "system", "or", "malposition", ".", "CSF", "hyperdrainage", "syndromes", ".", "-", "Obstruction", "of", "the", "ventricular", "end", "of", "the", "shunt", ".", "-", "Symptomatic", "ventricular", "collapse", "(", "slit", "ventricle", "syndrome", ")", ".", "-", "Subdural", "haematoma", ".", "-", "Isolated", "fourth", "ventricle", "These", "are", "uncommon", "as", "devices", "are", "already", "commercially", "available", "that", "minimise", "this", "risk", "and", "are", "generally", "not", "associated", "with", "fever", ".", "6", ".", "Abdominal", "pseudocyst", "formation", ".", "Predominantly", "abdominal", "symptoms", "initially", ",", "followed", "by", "neurological", "symptoms", ",", "which", "may", "or", "may", "not", "be", "accompanied", "by", "fever", ".", "In", "addition", "to", "the", "above", ",", "in", "the", "case", "we", "present", ",", "causes", "unrelated", "to", "the", "dysfunction", "of", "the", "system", "could", "be", "considered", ",", "which", "are", "listed", "below", ":", "1", ".", "Infections", "localised", "outside", "the", "central", "nervous", "system", ",", "in", "which", "case", ",", "the", "neurological", "symptoms", "would", "be", "secondary", "to", "the", "encephalopathy", "accompanying", "a", "systemic", "picture", ".", "2", ".", "Infections", "of", "the", "central", "nervous", "system", "unrelated", "to", "the", "ventriculoperitoneal", "shunt", "system", "-", "Chronic", "meningitis", ":", "defined", "as", "lasting", "more", "than", "four", "weeks", ".", "It", "is", "a", "rare", "entity", ",", "with", "an", "insidious", "course", "and", "its", "origin", "may", "be", "due", "to", "infectious", ",", "inflammatory", "and", "neoplastic", "causes", ",", "with", "the", "aetiology", "remaining", "unidentified", "in", "up", "to", "one", "third", "of", "cases", ".", "-", "Acute", "meningitis", "of", "haematogenous", "origin", ".", "Evolution", "During", "his", "stay", "on", "the", "ward", "the", "patient", "persisted", "with", "an", "oscillating", "level", "of", "consciousness", ",", "bradypsychia", ",", "disorientation", "and", "sustained", "febrile", "peaks", "with", "persistent", "leukocytosis", ",", "elevated", "C-reactive", "protein", "in", "control", "tests", ",", "repeatedly", "negative", "blood", "cultures", ",", "negative", "urine", "culture", "and", "negative", "serology", "for", "Brucella", "spp", ",", "Coxiella", "spp", "and", "Rickettsia", "spp", ".", "A", "thoraco-abdominal-pelvic", "CT", "scan", "was", "requested", ",", "showing", "a", "left", "segmental", "basal", "atelectasis", ",", "adjacent", "to", "the", "descending", "thoracic", "aorta", "with", "no", "other", "findings", ".", "A", "transthoracic", "echocardiogram", "ruled", "out", "data", "suggestive", "of", "infective", "endocarditis", ".", "Finally", ",", "a", "PET-CT", "scan", "was", "requested", "to", "rule", "out", "an", "occult", "septic", "focus", ",", "showing", "a", "pathological", "uptake", "in", "the", "last", "10", "cm", "of", "the", "ventriculo-peritoneal", "shunt", ",", "in", "its", "intraperitoneal", "trajectory", ",", "suggestive", "of", "infection", ".", "In", "view", "of", "these", "findings", ",", "and", "after", "consultation", "with", "Neurosurgery", ",", "it", "was", "decided", "to", "completely", "remove", "the", "system", "with", "CSF", "and", "distal", "catheter", "tip", "cultures", ",", "and", "Microbiology", "was", "requested", "to", "investigate", "the", "presence", "of", "slow-growing", "microorganisms", ".", "After", "this", ",", "empirical", "antibiotic", "therapy", "was", "started", "with", "vancomycin", "1g", "IV", "/", "12h", "and", "meropenem", "2g", "iv", "/", "8h", "pending", "definitive", "results", ".", "The", "culture", "of", "the", "explanted", "material", "isolated", "Propionibacterium", "acnes", "(", "currently", "Cutibacterium", "acnes", ")", "sensitive", "to", "beta-lactams", ",", "and", "antibiotic", "treatment", "was", "simplified", "to", "amoxicillin", "1", "g", "every", "8", "hours", ",", "which", "was", "maintained", "for", "four", "weeks", "after", "removal", "of", "the", "system", ",", "with", "complete", "resolution", "of", "the", "clinical", "picture", ".", "Definitive", "diagnosis", "Infection", "of", "the", "ventriculoperitoneal", "shunt", "device", "by", "Propionibacterium", "acnes", "(", "now", "Cutibacterium", "acnes", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 4, 0, 0 ]

[ { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 25 }, { "text": "Cryptococcus neoformans", "label": "SPECIES", "start": 1678, "end": 1701 }, { "text": "Listeria monocytogenes", "label": "SPECIES", "start": 1504, "end": 1526 }, { "text": "Neisseria meningitidis", "label": "SPECIES", "start": 1528, "end": 1550 }, { "text": "Pseudomonas aeruginosa", "label": "SPECIES", "start": 2438, "end": 2460 }, { "text": "Streptococcus agalactiae", "label": "SPECIES", "start": 1552, "end": 1576 }, { "text": "HSV-1", "label": "SPECIES", "start": 1623, "end": 1628 }, { "text": "HSV-2", "label": "SPECIES", "start": 1630, "end": 1635 }, { "text": "VZV", "label": "SPECIES", "start": 1637, "end": 1640 }, { "text": "cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 1593, "end": 1608 }, { "text": "enterovirus", "label": "SPECIES", "start": 1610, "end": 1621 }, { "text": "human herpes 6", "label": "SPECIES", "start": 1642, "end": 1656 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1721, "end": 1728 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2543, "end": 2550 }, { "text": "E. coli", "label": "SPECIES", "start": 1480, "end": 1487 }, { "text": "H. influenzae", "label": "SPECIES", "start": 1489, "end": 1502 }, { "text": "S. pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 1578, "end": 1591 }, { "text": "human parechovirus", "label": "SPECIES", "start": 1658, "end": 1676 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2705, "end": 2712 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3893, "end": 3900 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4045, "end": 4052 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4234, "end": 4241 }, { "text": "Brucella spp", "label": "SPECIES", "start": 7759, "end": 7771 }, { "text": "Coxiella spp", "label": "SPECIES", "start": 7773, "end": 7785 }, { "text": "Propionibacterium acnes", "label": "SPECIES", "start": 8694, "end": 8717 }, { "text": "Rickettsia spp", "label": "SPECIES", "start": 7790, "end": 7804 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 7479, "end": 7486 }, { "text": "Cutibacterium acnes", "label": "SPECIES", "start": 8729, "end": 8748 }, { "text": "Propionibacterium acnes", "label": "SPECIES", "start": 9042, "end": 9065 }, { "text": "Cutibacterium acnes", "label": "SPECIES", "start": 9071, "end": 9090 } ]

[ "This", "is", "a", "74-year-old", "male", "who", "had", "undergone", "surgery", "for", "a", "left", "frontal", "parasagittal", "transitional", "meningioma", "(", "WHO", "grade", "I", ")", ".", "One", "month", "after", "this", "surgery", ",", "he", "consulted", "for", "infection", "of", "the", "surgical", "wound", ",", "which", "had", "a", "central", "dehiscent", "area", "from", "which", "purulent", "material", "was", "coming", "out", ".", "The", "patient", "had", "had", "no", "fever", ",", "his", "general", "condition", "was", "good", "and", "he", "had", "a", "normal", "neurological", "examination", ".", "A", "magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", "performed", "at", "that", "time", "showed", ",", "adjacent", "to", "the", "craniectomy", "site", ",", "a", "hypodense", "subdural", "collection", ",", "with", "bubbles", "inside", ",", "which", "was", "peripherally", "enhanced", "after", "gadolinium", "administration", ".", "The", "craniotomy", "was", "reopened", "and", "a", "purulent", "epidural", "collection", "emerged", ",", "which", "was", "evacuated", "and", "sent", "for", "microbiological", "study", ".", "Empirical", "antibiotic", "therapy", "was", "started", "with", "intravenous", "ceftazidime", "and", "vancomycin", ".", "Bacterial", "cultures", "were", "negative", ".", "The", "patient", "was", "discharged", "with", "oral", "treatment", "with", "ciprofloxacin", "and", "cotrimoxazole", "for", "two", "weeks", ".", "One", "and", "a", "half", "months", "after", "discharge", ",", "the", "patient", "was", "brought", "to", "the", "emergency", "department", "for", "a", "generalised", "tonic-clonic", "seizure", ".", "He", "had", "been", "febrile", "for", "the", "previous", "days", "with", "no", "other", "clinical", "data", "of", "interest", ".", "On", "physical", "examination", "he", "was", "in", "good", "general", "condition", ",", "afebrile", ",", "had", "a", "Glasgow", "Glasgow", "of", "15", "/", "15", ",", "showed", "no", "neurological", "focality", "and", "the", "surgical", "wound", "showed", "no", "evidence", "of", "infection", ".", "Anticonvulsant", "treatment", "was", "started", "and", "a", "CT", "scan", "was", "performed", ",", "which", "revealed", "a", "predominantly", "hypodense", "subdural", "collection", ",", "with", "peripheral", "enhancement", "after", "contrast", "administration", "and", "a", "convex", "internal", "margin", "towards", "the", "brain", "parenchyma", ".", "Air", "persisted", "within", "the", "collection", ".", "Empirical", "antibiotic", "treatment", "was", "started", "with", "ceftazidime", "and", "vancomycin", ".", "With", "the", "diagnostic", "suspicion", "of", "recurrence", "of", "subdural", "empyema", ",", "a", "third", "craniectomy", "was", "performed", "which", "revealed", "a", "subdural", "collection", "with", "a", "purulent", "appearance", "that", "was", "evacuated", ".", "Samples", "were", "sent", "for", "microbiology", "from", "the", "drained", "material", "and", "from", "a", "craniectomy", "specimen", "adjacent", "to", "the", "collection", "which", "was", "removed", "for", "therapeutic", "purposes", "due", "to", "possible", "infection", "and", "embedded", "in", "thioglycollate", "broth", "for", "processing", ".", "After", "5", "days", "of", "incubation", ",", "growth", "of", "Proprionibacterium", "acnes", "(", "P", ".", "acnes", ")", "was", "observed", "after", "subculture", "in", "solid", "medium", "and", "in", "anaerobic", "atmosphere", "of", "the", "enrichment", "broth", ".", "An", "antibiogram", "by", "E-test", "was", "performed", ",", "showing", "resistance", "to", "metronidazole", "and", "sensitivity", "to", "penicillin", ",", "amoxicillin-clavulanate", ",", "ceftazidime", ",", "clindamycin", "and", "vancomycin", ".", "Treatment", "with", "vancomycin", "and", "ceftazidime", "was", "discontinued", "and", "amoxicillin-clavulanic", "acid", "was", "started", ".", "The", "patient", "'", "s", "evolution", "was", "good", "and", "he", "was", "discharged", "with", "oral", "amoxicillin", "for", "one", "month", "and", "a", "diagnosis", "of", "\"", "recurrence", "of", "post-surgical", "subdural", "empyema", "due", "to", "Propionibacterium", "acnes", "\"", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 288, "end": 295 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 862, "end": 869 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 26 }, { "text": "Bacterial", "label": "SPECIES", "start": 824, "end": 833 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1001, "end": 1008 } ]

[ "", "The", "patient", "is", "a", "twin", "born", "at", "32", "+", "6", "weeks", "due", "to", "pre-eclampsia", ",", "with", "a", "slight", "atrial", "septal", "defect", "(", "<", "4", "mm", ")", "and", "cleft", "palate", ".", "At", "birth", "he", "was", "intubated", "before", "being", "progressively", "weaned", "from", "assisted", "ventilation", "within", "a", "week", ".", "At", "37", "+", "3", "weeks", "corrected", "gestational", "age", ",", "he", "presented", "with", "dyspnoea", "at", "home", "and", "was", "taken", "to", "hospital", ".", "Of", "note", ",", "he", "had", "had", "recent", "contact", "with", "asymptomatic", "family", "members", "and", "healthcare", "professionals", ",", "who", "subsequently", "developed", "symptoms", "and", "were", "confirmed", "with", "SARS-CoV-2", "infection", ".", "In", "the", "emergency", "department", ",", "progressive", "hypoxia", "led", "to", "several", "failed", "intubation", "attempts", ".", "Nasopharyngeal", "aspirates", "were", "positive", "for", "SARS-CoV-2", "by", "PCR", ".", "Oxygenation", "and", "ventilation", "were", "maintained", "by", "laryngeal", "mask", "during", "transfer", "to", "a", "specialised", "care", "centre", "for", "otorhinolaryngological", "intervention", ".", "He", "was", "successfully", "intubated", "in", "the", "operating", "theatre", "by", "microlaryngo-bronchoscopy", ";", "all", "staff", "wore", "appropriate", "personal", "protective", "equipment", ".", "Significant", "glottic", "swelling", "and", "abundant", "airway", "secretion", "were", "noted", ".", "Initial", "moderate", "breathing", "pressures", "and", "FiO2", "of", "0", ".", "6", "were", "progressively", "reduced", "over", "3", "days", ".", "Initial", "chest", "X-ray", "showed", "mild", "bilateral", "ground-glass", "opacities", ".", "C-reactive", "protein", "was", "42", "mg", "/", "L", "and", "lymphocytopenia", "(", "1", ".", "45", "x", "10", "*", "9", "/", "L", ")", "was", "detected", ",", "with", "all", "other", "values", "normal", ".", "A", "series", "of", "tracheal", "aspirates", "and", "urine", "and", "stool", "cultures", "excluded", "bacterial", "or", "fungal", "co-infections", ".", "A", "thrombus", "in", "the", "femoral", "artery", "associated", "with", "the", "tract", "was", "treated", "with", "anticoagulants", ".", "After", "several", "days", "of", "assisted", "laryngeal", "breathing", ",", "the", "parameters", "improved", "and", "extubation", "could", "be", "attempted", ".", "The", "multidisciplinary", "team", "decided", "to", "use", "standard", "preventive", "steroids", "to", "optimise", "laryngeal", "conditions", "at", "extubation", ",", "especially", "considering", "the", "previous", "intubation", "difficulties", ".", "Two", "pre-emptive", "doses", "of", "dexamethasone", "were", "administered", ".", "Prior", "to", "extubation", ",", "the", "patient", "worsened", ",", "with", "fulminant", "ARDS", "and", "an", "associated", "worsening", "chest", "X-ray", ".", "He", "could", "not", "be", "treated", "with", "conventional", "ventilation", "and", "required", "high", "frequency", "oscillatory", "ventilation", ",", "nitric", "oxide", ",", "prone", "ventilation", "and", "inotropic", "support", "to", "maintain", "oxygenation", "and", "ventilation", ".", "ECMO", "was", "considered", "but", "was", "not", "necessary", ".", "A", "possible", "bacterial", "superinfection", "was", "treated", "with", "broad-spectrum", "antibiotics", "and", "ruled", "out", "by", "bronchoalveolar", "lavage", ",", "performed", "under", "strict", "safety", "measures", "with", "personal", "protective", "equipment", ".", "In", "view", "of", "the", "life-threatening", "deterioration", ",", "a", "multidisciplinary", "team", "was", "assembled", "on", "an", "urgent", "basis", ",", "which", ",", "via", "videoconference", ",", "conducted", "a", "review", "of", "innovative", "therapies", "together", "with", "the", "bioethics", "team", "and", "the", "patient", "'", "s", "parents", ".", "As", "there", "was", "little", "evidence", "of", "hyperinflammation", "(", "IL6", "<", "50pg", "/", "ml", ",", "ferritin", "411", "ug", "/", "L", ")", ",", "antiviral", "therapy", "was", "preferred", "to", "immunomodulation", ".", "It", "was", "agreed", "to", "request", "compassionate", "use", "of", "remdesivir", ".", "An", "initial", "dose", "of", "5", "mg", "/", "kg", "was", "administered", "followed", "by", "a", "maintenance", "dose", "of", "1", ".", "25", "mg", "/", "kg", "for", "10", "days", ".", "IL10", "showed", "an", "increase", "(", "110", "pg", "/", "ml", ")", "but", "normalised", "by", "day", "5", "of", "treatment", ".", "C-reactive", "protein", "peaked", "at", "63", "mg", "/", "L", "on", "day", "6", ",", "ferritin", "at", "789", "on", "day", "9", "and", "D-dimer", "at", "1143", "ug", "/", "L", "on", "day", "10", ".", "Daily", "tracheal", "aspirates", "for", "SARS-CoV-2", "PCR", "were", "negative", "5", "days", "after", "remdesivir", "administration", ",", "excluding", "an", "isolated", "positive", "on", "day", "10", ".", "Peak", "troponin", "value", "was", "138", "ng", "/", "L", ".", "There", "were", "no", "echocardiographic", "or", "clinical", "signs", "of", "myocarditis", ".", "Echocardiogram", "on", "day", "7", "of", "illness", "showed", "only", "a", "small", "foramen", "ovale", "with", "left-right", "communication", ",", "mild", "dilatation", "of", "the", "left-sided", "structures", "and", "mild", "mitral", "insufficiency", ".", "Respiratory", "and", "inotropic", "support", "were", "progressively", "reduced", "and", "the", "patient", "was", "successfully", "extubated", "on", "day", "18", "of", "illness", ".", "He", "was", "discharged", "home", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 488, "end": 498 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 383, "end": 389 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5, "end": 12 }, { "text": "twin", "label": "HUMAN", "start": 18, "end": 22 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 645, "end": 655 }, { "text": "staff", "label": "HUMAN", "start": 901, "end": 906 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 1365, "end": 1374 }, { "text": "fungal", "label": "SPECIES", "start": 1378, "end": 1384 }, { "text": "antiviral", "label": "SPECIES", "start": 2709, "end": 2718 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 2201, "end": 2210 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1866, "end": 1873 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2604, "end": 2611 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 2614, "end": 2621 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 2355, "end": 2363 }, { "text": "bioethics team", "label": "HUMAN", "start": 2581, "end": 2595 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 3133, "end": 3143 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3589, "end": 3596 } ]

[ "This", "is", "a", "69-year-old", "man", "with", "a", "history", "of", "polymyalgia", "rheumatica", ",", "tubulo-interstitial", "nephritis", "secondary", "to", "taking", "metamizole", "and", "diabetes", "secondary", "to", "prolonged", "corticosteroid", "treatment", ".", "She", "was", "being", "treated", "with", "prednisone", "10", "mg", "per", "day", ",", "omeprazole", "and", "insulin", "glargine", ".", "She", "came", "to", "the", "emergency", "department", "with", "dizziness", ",", "weakness", "and", "gait", "instability", "that", "caused", "her", "to", "fall", "accidentally", "with", "no", "sequelae", ",", "over", "24", "hours", "of", "evolution", ".", "He", "had", "not", "experienced", "headache", ",", "vomiting", "or", "any", "other", "symptoms", "due", "to", "equipment", ".", "On", "examination", ",", "the", "patient", "was", "in", "good", "general", "condition", ",", "conscious", "and", "oriented", ",", "well", "hydrated", "and", "perfused", ",", "haemodynamically", "stable", ",", "with", "a", "fever", "of", "38oC", ".", "On", "neurological", "examination", "he", "presented", "with", "a", "Glasgow", "scale", "score", "of", "15", "out", "of", "15", "points", ",", "isochoric", "and", "reactive", "pupils", "with", "paralysis", "of", "the", "supraversion", "of", "the", "gaze", ",", "hemiparesis", "3", "/", "5", "in", "the", "left", "upper", "and", "lower", "left", "limbs", "and", "left", "extensor", "plantar", "cutaneous", "reflex", ",", "together", "with", "gait", "ataxia", ".", "Complementary", "tests", "performed", "in", "the", "ED", "showed", "discrete", "normocytic-normochromic", "anaemia", "(", "Hb", "10", ".", "2", ")", "with", "normal", "leukocytes", ",", "leukocyte", "formula", ",", "platelets", "and", "coagulation", ";", "glucose", "162", "mg", "/", "dL", ",", "Cr", "1", ".", "62", "mg", "/", "dL", ",", "Na", "133", "mmol", "/", "L", "and", "CRP", "7", ".", "4", "mg", "/", "L", ".", "ECG", "and", "chest", "X-ray", "showed", "no", "abnormalities", ".", "Haemocultures", "were", "requested", ".", "A", "cranial", "CT", "scan", "was", "performed", ",", "which", "showed", "malvdelimited", "hypodensity", "in", "the", "posterior", "arm", "of", "the", "internal", "capsule", "and", "posterior", "area", "of", "the", "right", "thalamus", ",", "compatible", "with", "a", "focus", "of", "early", "cerebritis", ".", "CT", "scan", "of", "the", "skull", "without", "contrast", ":", "hypodensity", "compatible", "with", "a", "focus", "of", "early", "cerebritis", "in", "the", "posterior", "arm", "of", "the", "internal", "capsule", "-", "right", "thalamus", ".", "Differential", "diagnosis", "In", "an", "immunosuppressed", "patient", "with", "neurological", "focality", "we", "must", "rule", "out", ":", "-", "Ischaemic", "or", "haemorrhagic", "cerebrovascular", "disease", ".", "Given", "the", "age", "of", "our", "patient", ",", "a", "cerebrovascular", "accident", "must", "be", "ruled", "out", ".", "The", "patient", "'", "s", "only", "cardiovascular", "risk", "factor", "is", "diabetes", "secondary", "to", "steroid", "treatment", "with", "good", "glycaemic", "control", "and", "no", "sudden", "onset", "of", "symptoms", ".", "Together", "with", "the", "subacute", "clinical", "manifestations", "of", "the", "process", ",", "this", "allows", "us", "to", "rule", "out", "the", "diagnosis", "of", "stroke", ".", "-", "Neoplastic", "involvement", "of", "the", "CNS", ":", "primary", "or", "metastatic", "tumour", ".", "We", "must", "not", "forget", "the", "possibility", "of", "tumour", "disease", ",", "whether", "primary", "(", "glioblastoma", "multiforme", ",", "lymphoma", "due", "to", "being", "an", "immunosuppressed", "patient", ")", "or", "metastatic", "(", "more", "frequent", "in", "the", "case", "of", "pulmonary", "primary", "or", "melanoma", ")", ".", "The", "patient", "was", "a", "non-smoker", "and", "had", "no", "skin", "lesions", "of", "interest", ",", "which", "initially", ",", "together", "with", "the", "CT", "findings", ",", "led", "us", "to", "dismiss", "tumour", "disease", ".", "-", "Infectious", "disease", ":", "brain", "abscess", ".", "In", "immunocompromised", "patients", "it", "is", "important", "to", "cover", "pathogens", "that", "are", "infrequent", "in", "immunocompetent", "patients", ",", "and", "empirical", "antibiotherapy", "directed", "at", "these", "microorganisms", "should", "be", "initiated", ".", "The", "most", "frequent", "microorganisms", "to", "consider", "in", "immunocompromised", "patients", "are", "Toxoplasma", "gondii", ",", "Pseudomonas", "aeruginosa", ",", "Candida", ",", "Coccidioides", ",", "Cryptococcus", "neoformans", ",", "Haemophilus", "influenzae", ",", "Nocardia", "spp", ",", "Streptococcus", "pneumoniae", "or", "Listeria", "monocytogenes", ".", "Evolution", "In", "the", "emergency", "department", ",", "following", "the", "findings", "of", "the", "cranial", "CT", "scan", ",", "empirical", "antiobiotic", "treatment", "was", "started", "based", "on", "ampicillin", ",", "trimethoprim-sulfamethoxazole", "and", "meropenem", ",", "with", "subsequent", "admission", "to", "the", "internal", "medicine", "department", ".", "On", "the", "ward", ",", "complementary", "tests", "were", "extended", "with", "antigenemia", "for", "Cryptococcus", "neoformans", "and", "serology", "for", "Toxoplasma", "gondii", ",", "both", "of", "which", "were", "negative", ",", "in", "addition", "to", "echocardiography", ",", "which", "ruled", "out", "the", "presence", "of", "vegetations", "at", "the", "valvular", "level", ".", "Cranial", "MRI", "was", "performed", "with", "diffusion", "sequences", ",", "which", "showed", "ill-defined", "areas", "with", "an", "epicentre", "in", "the", "nuclei", "of", "the", "right", "base", "and", "capsular", ",", "thalamic", "and", ",", "to", "a", "lesser", "extent", ",", "homolateral", "cerebral", "peduncle", "involvement", ",", "with", "a", "digitiform", "appearance", ",", "with", "a", "compressive", "effect", "on", "the", "ventricular", "system", "although", "without", "displacement", "of", "the", "midline", ",", "with", "central", "ring", "enhancement", ",", "with", "a", "maximum", "diameter", "of", "22", "mm", ".", "Cranial", "T1-weighted", "MRI", "with", "contrast", "iv", ":", "ill-defined", "area", "of", "digitiform", "appearance", "with", "mass", "effect", "on", "the", "ventricular", "system", "with", "central", "ring", "enhancement", ",", "compatible", "with", "brain", "abscess", "in", "the", "nuclei", "of", "the", "right", "base", "with", "capsular", "and", "thalamic", "involvement", ".", "This", "area", "showed", "diffusion", "restriction", ".", "MRI", "with", "diffusion", "sequences", "showing", "central", "restriction", "of", "the", "lesion", ".", "All", "these", "findings", ",", "taken", "together", ",", "were", "diagnostic", "of", "an", "abscess", "of", "infectious", "origin", "and", "perilesional", "oedema", ".", "Finally", ",", "the", "results", "of", "the", "blood", "cultures", "were", "positive", "for", "Listeria", "monocytogenes", ",", "and", "the", "antibiotic", "treatment", "was", "changed", "to", "ampicillin", "and", "gentamicin", ".", "Clinically", ",", "the", "patient", "evolved", "favourably", "from", "the", "neurological", "point", "of", "view", ",", "with", "improvement", "of", "the", "left", "hemiparesis", "and", "normalisation", "of", "the", "supraversion", "of", "the", "gaze", ".", "Control", "blood", "cultures", "were", "performed", "one", "week", "later", "and", "were", "negative", ",", "with", "a", "decrease", "in", "acute", "phase", "reactants", "during", "the", "analytical", "evolution", ".", "After", "14", "days", "of", "treatment", ",", "gentamicin", "was", "discontinued", "and", "ampicillin", "was", "maintained", "until", "6", "weeks", "had", "elapsed", ".", "A", "control", "cranial", "MRI", "was", "performed", "one", "month", "after", "starting", "antibiotic", "therapy", ",", "showing", "a", "slight", "decrease", "in", "the", "size", "of", "the", "abscess", ",", "with", "persistence", "of", "the", "cerebritis", "area", "and", "slight", "mass", "effect", "due", "to", "perilesional", "oedema", ".", "After", "completing", "6", "weeks", "of", "intravenous", "treatment", "with", "ampicillin", ",", "given", "the", "clinical", "improvement", "of", "the", "neurological", "deficit", ",", "it", "was", "decided", "to", "discharge", "the", "patient", "home", "with", "antibiotherapy", "based", "on", "linezolid", "600", "mg", "/", "12hours", "orally", "for", "a", "further", "3", "weeks", ",", "with", "an", "appointment", "at", "the", "Internal", "Medicine", "outpatient", "clinic", "for", "review", ".", "Final", "diagnosis", "Brain", "abscess", "due", "to", "Listeria", "monocytogenes", "located", "at", "the", "level", "of", "the", "internal", "capsule", "and", "right", "thalamus", "in", "a", "patient", "immunosuppressed", "by", "prolonged", "treatment", "with", "corticosteroids", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 546, "end": 553 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1699, "end": 1706 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1826, "end": 1833 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1885, "end": 1892 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2355, "end": 2362 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2444, "end": 2451 }, { "text": "Candida", "label": "SPECIES", "start": 2944, "end": 2951 }, { "text": "Coccidioides", "label": "SPECIES", "start": 2953, "end": 2965 }, { "text": "Cryptococcus neoformans", "label": "SPECIES", "start": 2967, "end": 2990 }, { "text": "Haemophilus influenzae", "label": "SPECIES", "start": 2992, "end": 3014 }, { "text": "Listeria monocytogenes", "label": "SPECIES", "start": 3058, "end": 3080 }, { "text": "Nocardia spp", "label": "SPECIES", "start": 3016, "end": 3028 }, { "text": "Pseudomonas aeruginosa", "label": "SPECIES", "start": 2920, "end": 2942 }, { "text": "Streptococcus pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 3030, "end": 3054 }, { "text": "Toxoplasma gondii", "label": "SPECIES", "start": 2901, "end": 2918 } ]

[ "A", "14-year-old", "male", "patient", "with", "no", "history", "of", "morbidity", ".", "He", "consulted", "the", "emergency", "department", "for", "symptoms", "of", "intermittent", "right-sided", "omalgia", "of", "seven", "days", "'", "evolution", "associated", "with", "cervical", "stiffness", "and", "pain", ".", "In", "the", "last", "three", "days", ",", "inspiratory", "stop", "and", "intermittent", "febrile", "sensation", "were", "added", ".", "A", "PA-L", "chest", "X-ray", "was", "requested", ".", "Given", "the", "clinical", "picture", "and", "the", "findings", "on", "the", "X-ray", ",", "it", "was", "decided", "to", "perform", "a", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", "scan", "of", "the", "chest", ".", "Oblique", "coronal", "reconstruction", "in", "the", "axis", "of", "the", "prevertebral", "musculature", ".", "CT", "scan", "of", "the", "neck", "in", "a", "bony", "window", "and", "sagittal", "reconstruction", ".", "The", "patient", "is", "hospitalised", "and", "a", "magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", "of", "the", "neck", "is", "requested", "for", "better", "characterisation", ".", "STIR", "sequence", ".", "Axial", ",", "sagittal", "and", "coronal", "slices", ",", "HASTE", "sequence", ",", "axial", "slice", ".", "T1-echo", "gradient-echo", "sequence", "with", "fat", "saturation", "and", "contrast", "(", "T1", "GRE", "ft-sat", "c", "+", ")", ",", "axial", "slices", ".", "STIR", "sequence", ",", "coronal", "section", "and", "T1", "GRE", "fat", "sat", "c", "+", ",", "coronal", "section", ".", "During", "hospitalisation", "a", "blood", "culture", "a", "positive", "for", "Staphylococcus", "is", "obtained", ".", "Diagnosis", ":", "Acute", "osteomyelitis", "of", "the", "right", "first", "rib", "and", "pyomyositis", "of", "the", "right", "long", "neck", "muscle", ".", "Secondary", "ipsilateral", "pleural", "thickening", "and", "effusion", ".", "AP-L", "chest", "X-ray", ".", "Mild", "right", "pleural", "effusion", "and", "right", "apical", "image", "suggestive", "of", "pleural", "thickening", ".", "Axial", "CT", "scan", "of", "the", "thorax", "with", "soft", "tissue", "window", ".", "They", "confirm", "the", "mild", "right", "pleural", "effusion", "and", "ipsilateral", "apical", "pleural", "thickening", ".", "CT", "scan", "of", "the", "neck", "with", "soft", "tissue", "window", ".", "Rounded", "hypodense", "image", "that", "enhances", "peripherally", "with", "the", "contrast", "medium", "in", "the", "thickness", "of", "the", "prevertebral", "musculature", ",", "in", "a", "right", "parasagittal", "situation", ".", "Oblique", "coronal", "reconstruction", "in", "the", "axis", "of", "the", "prevertebral", "musculature", ".", "Hypodense", "lesion", ",", "extending", "through", "the", "right", "prevertebral", "musculature", ".", "Axial", "section", "and", "sagittal", "reconstruction", "of", "neck", "CT", "scan", "in", "bony", "window", ".", "Normal", "bone", "structure", ",", "without", "pathological", "findings", ".", "STIR", "sequence", ",", "axial", "section", ".", "Sagittal", "and", "coronal", ".", "Increased", "signal", "of", "the", "bone", "marrow", "of", "the", "first", "rib", "and", "adjacent", "soft", "tissues", "suggestive", "of", "inflammatory", "changes", ".", "HASTE", "sequence", ",", "axial", "view", ".", "A", "high", "signal", "lesion", "is", "confirmed", "in", "the", "thickness", "of", "the", "right", "long", "neck", "muscle", ",", "suggestive", "of", "a", "collection", ".", "T1", "GRE", "fat-sat", "c", "+", "sequence", ",", "axial", "sections", ".", "Contrast", "enhancement", "of", "the", "soft", "tissues", "adjacent", "to", "the", "first", "rib", "and", "peripherally", "in", "the", "ring", "of", "an", "inflammatory", "collection", "in", "the", "thickness", "of", "the", "right", "long", "neck", "muscle", ".", "The", "pyomyositis", "in", "this", "case", "is", "centred", "in", "the", "inferior", "oblique", "fascicle", ",", "giving", "the", "intramuscular", "abscess", "arrangement", ".", "It", "is", "also", "interesting", "that", "this", "explains", "the", "ipsilateral", "pleural", "thickening", "and", "effusion", ",", "as", "this", "muscle", ",", "in", "addition", "to", "the", "direct", "effect", "of", "the", "costal", "osteomyelitis", ",", "probably", "served", "as", "a", "\"", "bridge", "\"", "between", "the", "neck", "and", "the", "thorax", ",", "causing", "the", "pleural", "thickening", "and", "effusion", "reactive", "to", "the", "inflammation", ".", "CT", "reconstruction", ",", "coronal", "oblique", "in", "the", "axis", "of", "the", "prevertebral", "musculature", ",", "STIR", "sequence", ",", "coronal", "slice", ",", "T1", "GRE", "fat-sat", "c", "+", "sequence", ",", "coronal", "slice", "and", "anatomical", "illustration", "of", "the", "prevertebral", "musculature", ",", "the", "blue", "circle", "indicates", "the", "left", "inferior", "oblique", "fascicle", ".", "The", "pyomyositis", "arrangement", "of", "the", "right", "long", "neck", "muscle", "can", "be", "seen", ",", "probably", "in", "its", "inferior", "oblique", "fascicle", "." ]

[ 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 19, "end": 26 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 18 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 616, "end": 623 }, { "text": "Staphylococcus", "label": "SPECIES", "start": 1038, "end": 1052 } ]

[ "A", "37", "year", "old", "woman", "came", "to", "the", "emergency", "department", "with", "fever", "of", "39oC", "and", "pain", "in", "the", "right", "hypochondrium", ".", "Examination", "revealed", "significant", "hepatomegaly", ".", "Blood", "tests", "showed", "leukocytosis", "with", "neutrophilia", "and", "increased", "acute", "phase", "reactants", ".", "An", "abdominal", "ultrasound", "scan", "showed", "three", "space-occupying", "lesions", "in", "the", "liver", ",", "hypoechogenic", "and", "with", "poorly", "demarcated", "contours", ",", "which", "displaced", "the", "vessels", "in", "the", "vicinity", ".", "In", "view", "of", "these", "findings", ",", "an", "abdominopelvic", "CT", "scan", "was", "performed", "with", "three-phase", "intravenous", "contrast", ",", "showing", "the", "aforementioned", "hepatic", "lesions", ",", "which", "were", "characterised", "as", "abscesses", ".", "In", "addition", ",", "distension", "of", "the", "endometrial", "cavity", "due", "to", "liquid", "content", "with", "enhancement", "of", "the", "endometrium", "and", "a", "hypodense", "tubular", "structure", "in", "the", "right", "adnexal", "region", "with", "enhancement", "of", "its", "wall", "were", "identified", ".", "Subsequently", ",", "transvaginal", "ultrasound", "confirmed", "the", "presence", "of", "right", "pyosalpinx", ".", "The", "patient", "was", "diagnosed", "with", "liver", "abscesses", "secondary", "to", "pelvic", "inflammatory", "disease", ".", "Ultrasound-guided", "drainage", "of", "the", "more", "peripheral", "liver", "abscesses", "was", "performed", "and", "the", "culture", "of", "the", "material", "obtained", "was", "positive", "for", "Actinomyces", "israelii", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 19 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 911, "end": 918 }, { "text": "Actinomyces israelii", "label": "SPECIES", "start": 1134, "end": 1154 } ]

[ "Male", "patient", ",", "44", "years", "of", "age", ",", "white", "skin", ",", "with", "an", "apparent", "history", "of", "health", ",", "who", "came", "for", "consultation", "due", "to", "intense", "epigastric", "pain", ",", "with", "irradiation", "to", "both", "flanks", "and", "back", ",", "colicky", ",", "accompanied", "by", "fever", "and", "vomiting", ",", "initially", "with", "food", "debris", ",", "later", "with", "little", "mucous", "content", ".", "He", "was", "admitted", "on", "6", "July", "2009", ",", "with", "the", "diagnostic", "impression", "of", "acute", "pancreatitis", ".", "Family", "pathological", "history", ":", "father", "with", "heart", "disease", ",", "arterial", "hypertension", ".", "Background", ":", "urban", ".", "Physical", "examination", ":", "slightly", "jaundiced", "and", "slightly", "dry", "mucous", "membranes", ".", "Tachycardia", "(", "90", "beats", "per", "minute", ")", ".", "Temperature", ":", "38o", "C", ".", "Abdomen", "slightly", "distended", ",", "painful", "on", "palpation", "in", "the", "upper", "abdomen", ",", "normal", "air", "sounds", ",", "no", "evidence", "of", "hyperomegaly", ".", "Additional", "tests", ":", "serum", "amylase", "222", ".", "9", "U", "/", "ml", ".", "Glycaemia", "5", ",", "2", "mmol", "/", "L", ".", "Haemoglobin", ":", "10", ".", "5", "g", "/", "L", ".", "Leukogram", "11", ".", "2x109", "/", "leukocytes", ",", "polymorphonuclear", "0", ".", "88", "%", "and", "lymphocytes", "0", ".", "12", "%", ".", "Plain", "abdominal", "X-ray", ":", "with", "signs", "of", "sentinel", "loop", ".", "Abdominal", "ultrasound", ":", "gallbladder", "without", "lithiasis", "with", "6mm", "wall", "and", "slight", "perivesicular", "oedema", ".", "The", "patient", "in", "the", "therapy", "room", "evolves", "with", "progressive", "pain", ",", "increased", "abdominal", "distension", "and", "muscular", "contracture", "in", "the", "right", "hypochondrium", ".", "An", "emergency", "ultrasound", "was", "performed", ",", "during", "which", "an", "image", "of", "ascaridia", "was", "observed", "inside", "the", "gallbladder", ".", "With", "the", "diagnosis", "of", "acute", "cholecystitis", "associated", "with", "A", ".", "lumbricoides", ",", "the", "patient", "underwent", "emergency", "surgery", ".", "The", "presence", "of", "the", "worm", "inside", "the", "gallbladder", "was", "confirmed", "during", "the", "operation", ".", "Cholecystectomy", "was", "performed", ".", "Piperazine", "was", "indicated", "for", "postoperative", "treatment", ".", "The", "patient", "'", "s", "postoperative", "evolution", "was", "satisfactory", ",", "expelling", "two", "worms", "from", "the", "anus", "after", "48", "hours", ".", "The", "patient", "was", "discharged", "with", "outpatient", "follow-up", "." ]

[ 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Male patient", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 12 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 371, "end": 377 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5, "end": 12 }, { "text": "father", "label": "HUMAN", "start": 400, "end": 406 }, { "text": "worms", "label": "SPECIES", "start": 1653, "end": 1658 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1044, "end": 1051 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1377, "end": 1384 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1587, "end": 1594 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1693, "end": 1700 }, { "text": "A. lumbricoides", "label": "SPECIES", "start": 1356, "end": 1371 }, { "text": "worm", "label": "SPECIES", "start": 1434, "end": 1438 } ]

[ "58-year-old", "patient", "with", "no", "toxic", "habits", "or", "drug", "allergies", ".", "Medical", "history", "of", "BPH", ",", "alopecia", "areata", "universalis", ",", "chronic", "gastritis", "and", "Helicobacter", "pilory", "infection", ",", "received", "eradication", "treatment", ".", "On", "regular", "treatment", "with", "Omeprazole", ".", "The", "week", "prior", "to", "admission", ",", "the", "patient", "was", "diagnosed", "with", "acute", "otitis", "media", ",", "receiving", "treatment", "with", "Amoxicillin", ",", "Dipyrone", "and", "ibuprofen", ".", "Dysthermia", "persisted", "and", "was", "associated", "with", "diaphoresis", "and", "intense", "asthenia", ",", "and", "the", "patient", "went", "to", "the", "emergency", "department", ".", "Physical", "examination", "in", "the", "emergency", "department", "revealed", "fever", "of", "39oC", ",", "hyperemic", "pharynx", "without", "exudates", ",", "no", "peripheral", "lymphadenopathies", "were", "palpable", ".", "Pain", "on", "epigastric", "palpation", "without", "peritonism", ",", "the", "rest", "normal", ".", "Emergency", "laboratory", "tests", "showed", "leucopenia", "with", "neutropenia", "of", "200", "/", "L", ".", "No", "anaemia", "or", "thrombocytopenia", ".", "The", "patient", "was", "initially", "diagnosed", "with", "probable", "pharmacological", "neutropenia", "associated", "with", "metamizole", ".", "He", "started", "treatment", "with", "Filgrastim", "and", "antibiotherapy", "with", "piperacillin", "-", "tazobactam", ",", "he", "presented", "with", "oropharyngeal", "candidiasis", "and", "started", "treatment", "with", "fluconazole", ".", "Persistence", "of", "fever", "without", "recovery", "of", "agranulocytosis", ",", "presenting", "with", "painful", "mouth", "ulcers", "which", "subsequently", "tested", "positive", "for", "herpes", "virus", "in", "the", "PCR", "and", "was", "treated", "with", "acyclovir", ".", "After", "11", "days", "of", "treatment", "with", "Filgrastim", ",", "pancytopenia", "was", "observed", "as", "well", "as", "progressive", "elevation", "of", "transaminases", ",", "so", "treatment", "with", "piperacillin", "tazobactam", "was", "withdrawn", "and", "Cefepime", "was", "switched", ".", "A", "bone", "marrow", "puncture", "was", "performed", ",", "showing", "signs", "of", "bone", "marrow", "necrosis", ".", "Among", "the", "causes", "of", "the", "bone", "marrow", "necrosis", ",", "an", "infectious", "cause", "was", "investigated", "as", "fungus-like", "structures", "were", "observed", "in", "the", "aspirate", ",", "so", "treatment", "was", "started", "with", "caspofungin", ",", "which", "was", "subsequently", "withdrawn", "due", "to", "negative", "panfungal", "PCR", ",", "and", "a", "serological", "study", "of", "the", "virus", "was", "performed", ",", "which", "was", "negative", ".", "No", "neoplastic", "infiltrate", "was", "observed", "in", "the", "biopsy", ",", "ruling", "out", "malignant", "haematological", "pathology", ";", "a", "thoracoabdominal", "CT", "scan", "was", "performed", "to", "study", "the", "extension", "of", "a", "solid", "tumour", ",", "which", "was", "negative", ".", "Due", "to", "persistent", "pancytopenia", ",", "previous", "analyses", "were", "reviewed", ",", "showing", "that", "the", "LDH", "value", "was", "normal", ",", "which", "indicated", "that", "the", "bone", "marrow", "necrosis", "could", "be", "an", "acute", "drug-related", "process", ",", "so", "it", "was", "decided", "to", "continue", "treatment", "with", "fluconazole", "and", "antipyretics", "only", ",", "with", "clinical", "improvement", "and", "normalisation", "of", "the", "values", "of", "all", "blood", "series", ".", "Finally", ",", "the", "patient", "was", "diagnosed", "with", "acute", "medullary", "necrosis", "paradoxical", "to", "the", "administration", "of", "granulocyte", "colony", "stimulating", "factor", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 12, "end": 19 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 269, "end": 276 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 465, "end": 472 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 837, "end": 844 }, { "text": "virus", "label": "SPECIES", "start": 1251, "end": 1256 }, { "text": "herpes virus", "label": "SPECIES", "start": 1244, "end": 1256 }, { "text": "Helicobacter pilory", "label": "SPECIES", "start": 135, "end": 154 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2465, "end": 2472 }, { "text": "fungus", "label": "SPECIES", "start": 1667, "end": 1673 }, { "text": "virus", "label": "SPECIES", "start": 1859, "end": 1864 }, { "text": "panfungal", "label": "SPECIES", "start": 1813, "end": 1822 } ]

[ "A", "24-year-old", "woman", ",", "with", "reactive", "serology", "for", "HIV", "since", "5", "years", "ago", ",", "without", "antiretroviral", "treatment", "or", "clinical", "controls", ",", "who", "reported", "starting", "approximately", "one", "month", "ago", "with", "pain", "in", "the", "lower", "right", "maxillary", "region", ".", "He", "consulted", "a", "dentistry", "department", "where", "tumefaction", "was", "found", "in", "the", "right", "lower", "maxillary", "region", ",", "at", "the", "level", "of", "the", "third", "lower", "molar", ".", "Treatment", "with", "antibiotics", "and", "non-steroidal", "anti-inflammatory", "drugs", "was", "indicated", ".", "Two", "weeks", "later", ",", "she", "consulted", "again", "with", "no", "improvement", "in", "her", "symptoms", ",", "reporting", "increased", "pain", "and", "swelling", ".", "The", "symptoms", "were", "interpreted", "as", "dental", "phlegmon", "and", "amoxicillin", "/", "clavulanic", "acid", "and", "corticosteroids", "were", "prescribed", ".", "One", "week", "before", "hospitalisation", ",", "and", "due", "to", "the", "increase", "in", "size", "of", "the", "described", "tumour", ",", "surgical", "drainage", "was", "performed", ",", "obtaining", "haematic", "material", ".", "Analgesics", "were", "prescribed", "and", "the", "same", "antibiotic", "regimen", "was", "maintained", ".", "Five", "days", "after", "this", "procedure", "she", "was", "admitted", "to", "our", "hospital", ".", "As", "epidemiological", "antecedents", ",", "she", "reported", "addiction", "to", "inhalation", "cocaine", ",", "marijuana", "and", "smoking", ".", "On", "admission", "she", "was", "lucid", ",", "afebrile", ",", "oriented", "in", "time", "and", "space", ";", "the", "physical", "examination", "revealed", "the", "existence", "of", "a", "tumour", "formation", "in", "the", "right", "lower", "maxillary", "region", "extending", "to", "the", "submental", "area", ",", "measuring", "approximately", "10", "×", "10", "cm", ",", "red-violet", "in", "colour", ",", "indurated", ",", "painful", "on", "pressure", ",", "which", "prevented", "the", "closure", "of", "the", "mouth", ",", "chewing", ",", "swallowing", "and", "speech", ".", "It", "involved", "the", "gum", ",", "including", "dental", "pieces", ",", "the", "peribuccal", "soft", "tissues", "and", "the", "right", "lower", "jaw", ".", "Homolateral", "submandibular", "adenomegaly", "was", "palpable", ",", "indurated", ",", "painless", ",", "adherent", "to", "skin", "and", "deep", "planes", ".", "The", "rest", "of", "the", "physical", "examination", "showed", "no", "alterations", "of", "clinical", "relevance", ".", "Chest", "X-ray", "was", "normal", ".", "The", "admission", "laboratory", "showed", ":", "Ht", ":", "35", "%", ",", "WBC", ":", "7", ".", "200", "/", "mm3", "(", "N", ":", "70", "%", ",", "E", ":", "0", ".", "3", "%", ",", "B", ":", "1", ".", "6", "%", ",", "M", ":", "5", ".", "6", "%", ",", "L", ":", "21", "%", ")", ";", "ESR", ":", "21", "mm", "1", "hour", ";", "TGO", ":", "41U", "/", "l", ",", "TGP", ":", "31", "U", "/", "l", ",", "FAL", ":", "153", "U", "/", "l", ",", "glycaemia", ":", "138", "mg", "/", "dl", ",", "urea", ":", "27", "mg", "/", "dl", ",", "creatinine", ":", "0", ".", "56", "mg", "/", "dl", ",", "Na", "+", ":", "136", "mEq", "/", "l", ",", "K", "+", ":", "4", ".", "1", "mEq", "/", "l", ",", "prothrombin", "concentration", "98", "%", ",", "KPTT", ":", "30", ".", "6", "\"", ",", "pregnancy", "test", ":", "negative", ",", "VRDL", ":", "non-reactive", ".", "Serologies", "for", "Chagas", "and", "hepatitis", "B", "and", "C", "virus", "were", "negative", "and", "for", "toxoplasmosis", ":", "IgM", ":", "negative", "and", "IgG", ":", "positive", "1", "/", "64", ".", "CD4", "+", "T-cell", "count", "was", "235", "cells", "/", "ml", "(", "16", ".", "3", "%", ")", ",", "CD8", ":", "872", "/", "mm3", "(", "60", ".", "5", "%", ")", "and", "HIV", "viral", "load", "was", "154", ",", "263", "copies", "/", "ml", "(", "log10", "4", ".", "74", ")", ".", "An", "abdominal", "ultrasound", "revealed", "mild", "heterogeneous", "splenomegaly", ";", "the", "rest", "of", "the", "patient", "had", "no", "abnormalities", ".", "An", "excisional", "biopsy", "was", "performed", "for", "diagnostic", "purposes", ";", "histopathological", "examination", "of", "the", "material", "obtained", "showed", "a", "proliferation", "of", "atypical", ",", "medium", "to", "large", "lymphoid", "cells", "with", "regular", "nuclei", ",", "lax", "chromatin", ",", "presence", "of", "nucleoli", "attached", "to", "the", "cell", "membrane", "and", "amphophilic", "cytoplasm", ".", "Numerous", "mitoses", "and", "apoptosis", "phenomena", "were", "also", "observed", ".", "Immunohistochemistry", "revealed", "positivity", "for", "CD45", ",", "CD3", ",", "CD20", ",", "CD10", "and", "Bcl-6", "in", "the", "neoplastic", "cells", ",", "and", "negativity", "for", "CD138", ",", "MUM-1", "and", "Bcl-2", ".", "The", "Ki67", "cell", "proliferation", "index", "was", "99", "%", ".", "Microbiological", "studies", "of", "the", "biopsy", "material", "were", "negative", "for", "BAAR", ",", "fungi", "and", "common", "germs", ".", "The", "definitive", "histopathological", "diagnosis", "was", "primary", "LB", "of", "the", "oral", "cavity", ".", "Bone", "marrow", "biopsy", "showed", "no", "infiltration", "by", "atypical", "lymphoid", "cells", ".", "Gram", ",", "Grocott", "and", "Ziehl", "Neelsen", "stains", "were", "negative", ".", "The", "patient", "received", "6", "cycles", "of", "chemotherapy", "based", "on", "the", "EPOCH-R", "schedule", "(", "etoposide", ",", "prednisone", ",", "vincristine", ",", "cyclophosphamide", ",", "doxorubicin", ",", "with", "rituximab", "and", "intrathecal", "methotrexate", ")", ".", "Episodes", "of", "neutropenia", "were", "treated", "with", "granulocyte", "colony-stimulating", "factor", ".", "After", "treatment", ",", "complete", "disappearance", "of", "the", "gum", "lesion", "was", "observed", ".", "Four", "years", "later", ",", "the", "patient", "is", "asymptomatic", ",", "with", "no", "evidence", "of", "neoplastic", "disease", ",", "undetectable", "viral", "load", "and", "CD4", "362", "cells", "/", "ml", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 19 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 48, "end": 51 }, { "text": "antiretroviral", "label": "SPECIES", "start": 79, "end": 93 }, { "text": "marijuana", "label": "SPECIES", "start": 1048, "end": 1057 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2290, "end": 2293 }, { "text": "toxoplasmosis", "label": "SPECIES", "start": 2168, "end": 2181 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 2294, "end": 2299 }, { "text": "Chagas", "label": "SPECIES", "start": 2111, "end": 2117 }, { "text": "hepatitis B and C virus", "label": "SPECIES", "start": 2122, "end": 2145 }, { "text": "VRDL", "label": "SPECIES", "start": 2076, "end": 2080 }, { "text": "germs", "label": "SPECIES", "start": 3087, "end": 3092 }, { "text": "fungi", "label": "SPECIES", "start": 3070, "end": 3075 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2424, "end": 2431 }, { "text": "BAAR", "label": "SPECIES", "start": 3064, "end": 3068 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3301, "end": 3308 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3662, "end": 3669 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 3740, "end": 3745 } ]

[ "Anamnesis", "A", "41-year-old", "woman", "with", "changes", "in", "her", "usual", "tension", "headaches", "for", "the", "last", "3", "months", ".", "What", "she", "initially", "described", "as", "holocranial", "and", "mild", "became", "left", "hemicranial", ",", "oppressive", "and", "of", "moderate-severe", "intensity", ".", "They", "were", "also", "associated", "with", "pruritus", ",", "pain", "at", "the", "slightest", "tactile", "stimulus", "and", "a", "tingling", "sensation", "in", "the", "left", "hemiface", ",", "more", "accentuated", "in", "the", "fronto-orbital", "area", ",", "with", "photophobia", "and", "sonophobia", ",", "as", "well", "as", "less", "relief", "with", "the", "usual", "analgesia", "(", "ibuprofen", "and", "paracetamol", ")", "and", "blurred", "vision", "in", "the", "temporal", "hemifield", "of", "the", "left", "eye", ".", "A", "cranial", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", "scan", "was", "performed", "in", "the", "emergency", "department", ",", "showing", "no", "alterations", ",", "and", "an", "outpatient", "magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", "scan", "of", "the", "brain", "was", "performed", "in", "another", "centre", "shortly", "after", "the", "onset", "of", "the", "described", "symptoms", ",", "which", "was", "reported", "as", "normal", ".", "Given", "the", "frequency", "of", "the", "headaches", ",", "treatment", "was", "started", "with", "amitriptyline", "with", "clinical", "improvement", "in", "the", "following", "month", ",", "although", "the", "allodynia", "and", "facial", "pruritus", "persisted", ".", "She", "came", "to", "the", "emergency", "department", "again", "due", "to", "an", "increase", "in", "the", "intensity", "of", "the", "left", "hemicranial", "pain", "in", "the", "last", "2", "weeks", "with", "a", "score", "of", "8", "on", "the", "visual", "analogue", "scale", "(", "VAS", ")", ".", "She", "describes", "it", "as", "throbbing", ",", "associated", "with", "photophobia", "and", "sonophobia", ",", "although", "what", "most", "incapacitates", "her", "is", "the", "pruritus", "and", "hypersensitivity", "of", "the", "periorbital", "and", "left", "frontoparietal", "area", ".", "She", "feels", "an", "intense", "stinging", "sensation", "to", "small", "tactile", "stimuli", ",", "making", "it", "impossible", "for", "her", "to", "rest", "her", "head", "on", "this", "area", ".", "The", "decrease", "in", "visual", "acuity", "in", "the", "left", "temporal", "hemifield", "progressed", "to", "absolute", "loss", "of", "vision", "in", "this", "eye", "(", "she", "could", "not", "even", "distinguish", "light", "or", "shadows", ")", ".", "In", "addition", ",", "he", "reported", "difficulty", "seeing", "normally", "in", "the", "right", "temporal", "hemifield", "and", "pain", "with", "eye", "movements", ".", "He", "denied", "nausea", ",", "vomiting", ",", "worsening", "of", "the", "headache", "with", "Valsalva", "manoeuvres", "or", "interference", "with", "sleep", ".", "He", "denied", "fever", "or", "other", "infectious", "symptoms", ",", "as", "well", "as", "recent", "travel", ".", "She", "denied", "sphincter", "alteration", ".", "The", "patient", "recalled", "that", ",", "coinciding", "with", "the", "onset", "of", "the", "headache", "and", "visual", "symptoms", ",", "she", "had", "felt", "numbness", "in", "the", "breast", "and", "left", "brachial", "region", "for", "several", "weeks", ",", "which", "resolved", "spontaneously", "and", "completely", ".", "Physical", "examination", "Amaurosis", "of", "the", "left", "eye", ".", "Visual", "acuity", "of", "0", ".", "8", "/", "1", "in", "the", "right", "eye", "with", "temporal", "hemianopsia", "and", "dyschromatopsia", ".", "Relative", "afferent", "pupillary", "defect", "in", "the", "left", "eye", ".", "Pupil", "of", "the", "right", "eye", "reactive", ".", "Normal", "fundus", ".", "Extrinsic", "ocular", "movements", "preserved", ",", "without", "restrictions", ",", "although", "she", "reported", "pain", "when", "moving", "the", "left", "eye", ".", "Allodynia", "in", "the", "theoretical", "territory", "of", "the", "left", "first", "trigeminal", "branch", "(", "V1", ")", ".", "Hypoaesthesia", "in", "the", "left", "C2-C4", "territory", ".", "Rest", "normal", ".", "Complementary", "tests", "-", "Blood", "count", ",", "haemostasis", ",", "liver", "profile", ",", "lipid", "profile", ",", "renal", "profile", ",", "ions", ",", "acute", "phase", "reactants", ",", "hormones", "(", "TSH", ",", "T4", ")", "and", "vitamins", "(", "B12", ",", "A", ",", "E", ",", "D", ",", "folic", "acid", ")", "normal", ".", "-", "Immunochemistry", ":", "slight", "increase", "in", "IgM", "(", "339", "mg", "/", "dl", ",", "normal", "range", "49-302", ")", ",", "rest", "normal", ".", "No", "oligoclonal", "bands", "in", "serum", ".", "-", "Normal", "autoimmunity", "study", ".", "-", "Serum", "serology", "(", "HBV", ",", "HCV", ",", "syphilis", ",", "Borrelia", ",", "Brucella", ",", "HIV", ",", "cryptococcal", "antigen", ")", "negative", ".", "-", "Cerebrospinal", "fluid", "(", "CSF", ")", ":", "biochemistry", "with", "slightly", "increased", "protein", "(", "37", "mg", "/", "dl", ",", "normal", "range", "10-30", ")", "without", "cells", ".", "ADA", "negative", ".", "Albumin", "quotient", "and", "IgG", "index", "normal", ".", "No", "oligoclonal", "bands", "detected", "in", "CSF", ".", "Serology", "(", "syphilis", ",", "Borrelia", ",", "Brucella", ",", "cryptococcus", ")", "negative", ".", "-", "Cervical", "spine", "MRI", ":", "signal", "alteration", "in", "the", "T2", "sequence", "in", "the", "cervical", "spinal", "cord", "at", "levels", "C1-C2", "located", "mainly", "in", "the", "right", "posterior", "cord", "region", "and", "left", "lateral", "region", "compatible", "with", "demyelinating", "lesion", ".", "Cervical", "MRI", ",", "T2", "sequence", ",", "longitudinal", "section", "showing", "hyperintensity", "at", "the", "C1-2", "level", ",", "compatible", "with", "demyelinating", "lesion", ".", "-", "Brain", "MRI", ":", "anomalous", "hyperintensity", "in", "FLAIR", "sequences", "affecting", "the", "intracanalicular", "portion", "of", "the", "optic", "nerve", "on", "the", "left", "side", "in", "its", "posterior", "portion", "and", "extending", "to", "the", "chiasm", ",", "with", "extension", "towards", "the", "left", "side", ".", "Brain", "magnetic", "resonance", "imaging", "FLAIR", "sequence", ",", "coronal", "section", ".", "Hyperintensity", "in", "the", "optic", "chiasm", "is", "visualised", ".", "-", "Visual", "evoked", "potentials", "(", "VEP", ")", ":", "no", "response", "with", "stimulus", "from", "the", "left", "eye", ".", "Normal", "in", "the", "right", "eye", ".", "-", "Positive", "anti-quaporin", "4", "(", "anti-NMO", ")", "antibodies", ".", "Diagnosis", "Autoimmune", "neuromyelitis", "optica", "(", "Devic", "'", "s", "disease", ")", ".", "Treatment", "After", "administration", "of", "1", "g", "methylprednisolone", "daily", "for", "7", "days", "and", "six", "sessions", "of", "plasmapheresis", "the", "patient", "experienced", "a", "complete", "improvement", "of", "visual", "acuity", "in", "the", "right", "eye", ".", "However", ",", "with", "the", "left", "eye", "she", "was", "only", "able", "to", "distinguish", "light", "and", "shadow", ".", "She", "was", "discharged", "with", "azathioprine", "50", "mg", "every", "12", "hours", "and", "topiramate", "50", "mg", "every", "24", "hours", ".", "Evolution", "In", "the", "following", "6", "months", "she", "required", "admission", "on", "two", "occasions", "for", "blurred", "vision", "in", "the", "right", "eye", ",", "again", "requiring", "several", "cycles", "of", "methylprednisolone", "with", "complete", "resolution", "of", "the", "symptoms", "in", "that", "eye", ".", "Vision", "in", "the", "left", "eye", "remained", "similar", "to", "the", "first", "admission", ",", "with", "only", "light", "and", "shadow", "distinction", ".", "The", "allodynia", "and", "headaches", "improved", "with", "an", "increase", "in", "the", "dose", "of", "topiramate", "and", "the", "reintroduction", "of", "amitriptyline", ",", "without", "completely", "disappearing", ",", "pending", "assessment", "by", "the", "Pain", "Unit", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 29 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2033, "end": 2040 }, { "text": "Borrelia", "label": "SPECIES", "start": 3107, "end": 3115 }, { "text": "Brucella", "label": "SPECIES", "start": 3117, "end": 3125 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 3087, "end": 3090 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 3092, "end": 3095 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 3127, "end": 3130 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 3097, "end": 3105 }, { "text": "Borrelia", "label": "SPECIES", "start": 3395, "end": 3403 }, { "text": "Brucella", "label": "SPECIES", "start": 3405, "end": 3413 }, { "text": "cryptococcus", "label": "SPECIES", "start": 3415, "end": 3427 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 3385, "end": 3393 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4452, "end": 4459 } ]

[ "A", "14-year-old", "Pakistani", "male", "presented", "with", "fever", "of", "39oC", ",", "odynophagia", "and", "dry", "cough", "for", "three", "weeks", ",", "unresponsive", "to", "empirical", "antibiotic", "treatment", "(", "amoxicillin-clavulanic", "acid", ")", "and", "antipyretics", ".", "AP", ":", "He", "lived", "in", "Pakistan", "until", "4", "months", "prior", "to", "his", "admission", ".", "Ta", ":", "38", ".", "7oC", ".", "BP", ":", "90", "/", "34", ".", "130", "bpm", ".", "Sat", "O2", "99", "%", ".", "Normal", "colour", ",", "no", "skin", "lesions", ".", "No", "meningeal", "signs", ".", "AC", ":", "rhythmic", "tones", ",", "no", "murmurs", "or", "friction", "rubs", ".", "AP", ":", "good", "ventilation", ".", "Abdomen", "without", "tender", "points", ",", "palpation", "of", "non-painful", "hepatosplenomegaly", ".", "ENT", ":", "no", "findings", ".", "Mobile", "laterocervical", "adenopathies", "of", "diameter", "<", "1", "cm", ".", "Complementary", "tests", ":", "Haemogram", "7", ",", "100", "leu", "(", "70", "%", "N", ")", ",", "Hb", "10", ".", "8", "HTC", "30", "%", ",", "Platelets", "98", ",", "000", ",", "CRP", "40", ".", "Biochemistry", ":", "sodium", "131", ",", "AST", "and", "ALT", "normal", ";", "Monosticon", "negative", ",", "sdo", "urine", ":", "normal", "and", "chest", "X-ray", "showed", "no", "pathological", "findings", ".", "Abdominal", "ultrasound", ":", "liver", "moderately", "enlarged", "overall", ",", "with", "normal", "and", "homogeneous", "echogenic", "parenchyma", "without", "focal", "lesions", ".", "Portal", "vein", "of", "normal", "calibre", ".", "Marked", "splenomegaly", "of", "approximately", "15", ".", "5", "cm", "maximum", "diameter", ".", "Differential", "diagnosis", ":", "1", ")", "Traveler", "'", "s", "fever", "without", "focus", ".", "2", ")", "Fever", "without", "focus", "with", "respiratory", "symptoms", ".", "Admission", "diagnosis", ":", "febrile", "syndrome", "without", "focus", ".", "Complementary", "studies", ":", "urine", "culture", ",", "blood", "culture", ",", "stool", "culture", "and", "stool", "parasites", ",", "chest", "and", "abdominal", "X-ray", ",", "ECG", "and", "Mantoux", "were", "negative", ".", "Neck", "ultrasound", ":", "lymph", "node", "and", "/", "or", "small", "lymphadenopathies", "on", "both", "sides", "of", "the", "neck", "in", "the", "upper", "portion", "of", "both", "carotid", "and", "submaxillary", "areas", ",", "non-specific", ",", "probably", "chronic", "inflammatory", ".", "TTE", ":", "No", "signs", "of", "endocarditis", ".", "Serology", "of", "different", "microorganisms", "negative", ".", "Gross", "gout", ":", "Direct", "vision", ":", "Parasitized", "red", "blood", "cells", "per", "100", ":", "0", ".", "33", "%", ".", "Plasmodium", "PCR", ":", "Plasmodium", "vivax", "positive", ".", "Evolution", ":", "In", "the", "first", "72", "hours", "of", "admission", ",", "a", "control", "haemogram", "was", "carried", "out", "which", "detected", "an", "increase", "in", "the", "pancytopenia", "already", "present", ":", "Hb", "8", "dl", "/", "ml", ",", "3", ",", "600", "leu", ",", "85", ",", "000", "PLQ", ".", "He", "was", "diagnosed", "by", "the", "microbiology", "service", "as", "infected", "by", "Plamodium", "vivax", ",", "which", "was", "confirmed", "by", "the", "reference", "hospital", ".", "Treatment", "was", "started", "with", "IV", "quinine", "and", "proguanil-atovacuone", "OV", "in", "the", "ICU", ".", "After", "receiving", "treatment", ",", "clinical", "and", "analytical", "improvement", "was", "observed", ",", "with", "a", "negative", "parasitaemia", "index", ",", "and", "the", "patient", "was", "discharged", "from", "hospital", "and", "followed", "up", "by", "the", "Internal", "Medicine", "Department", "and", "the", "Tropical", "Medicine", "Unit", "of", "the", "referral", "hospital", ".", "Final", "diagnosis", ":", "Uncomplicated", "malaria", ".", "Plasmodium", "vivax", "infection", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 28 }, { "text": "Plasmodium", "label": "SPECIES", "start": 1676, "end": 1686 }, { "text": "Plasmodium", "label": "SPECIES", "start": 1692, "end": 1702 }, { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 1580, "end": 1594 }, { "text": "parasites", "label": "SPECIES", "start": 1267, "end": 1276 }, { "text": "Plasmodium vivax", "label": "SPECIES", "start": 1692, "end": 1708 }, { "text": "Parasitized", "label": "SPECIES", "start": 1632, "end": 1643 }, { "text": "parasitaemia", "label": "SPECIES", "start": 2196, "end": 2208 }, { "text": "Plamodium vivax", "label": "SPECIES", "start": 1961, "end": 1976 }, { "text": "Plasmodium", "label": "SPECIES", "start": 2410, "end": 2420 }, { "text": "Plasmodium vivax", "label": "SPECIES", "start": 2410, "end": 2426 } ]

[ "Anamnesis", "68-year-old", "woman", ",", "allergic", "to", "tetracyclines", ".", "Married", "with", "3", "daughters", ".", "No", "family", "history", "of", "interest", ".", "Personal", "history", "of", "hypertension", ",", "dyslipidaemia", ",", "obesity", "and", "sleep", "apnoea", "syndrome", ".", "She", "has", "had", "a", "permanent", "pacemaker", "for", "atrioventricular", "block", "type", "Mobitz", "II", "since", "June", "2014", ".", "On", "treatment", "with", "enalapril", "/", "hydrochlorothiazide", "20", "mg", "/", "12", ".", "5", "mg", "(", "1-0-0", ")", ",", "simvastatin", "20", "mg", "(", "0-0-1", ")", ",", "omeprazole", "20", "mg", "(", "1-0-0", ")", ".", "Her", "oncological", "history", "began", "in", "September", "2014", ",", "when", "she", "was", "diagnosed", "with", "stage", "IV", "adenocarcinoma", "of", "the", "colon", "(", "hepatic", ")", ",", "KRAS", "mutated", "(", "G12A", ")", ".", "The", "patient", "was", "included", "in", "a", "randomised", "double-blind", "clinical", "trial", "FOLFOX", "+", "bevacizumab", "vs", ".", "FOLFOX", "+", "RO5520985", ".", "She", "received", "11", "cycles", "(", "C", ")", "until", "April", "2015", ",", "with", "partial", "response", "(", "PR", ")", "as", "best", "response", ",", "and", "underwent", "right", "hepatectomy", "in", "June", "2015", ".", "Her", "first", "CT", "scan", "after", "surgery", "showed", "a", "filling", "defect", "suggestive", "of", "thrombus", "in", "the", "right", "subclavian", "vein", "adjacent", "to", "the", "catheter", ",", "as", "well", "as", "an", "increase", "in", "the", "number", "and", "size", "of", "bilateral", "pulmonary", "micronodular", "lesions", "suggestive", "of", "metastasis", ".", "It", "was", "decided", "to", "start", "second", "line", "with", "FOLFIRI", "without", "antiangiogenic", "agents", "or", "bolus", "5-FU", "due", "to", "thrombosis", "associated", "with", "the", "catheter", ",", "as", "well", "as", "anticoagulation", "with", "low", "molecular", "weight", "heparins", ".", "After", "C3", ",", "and", "once", "control", "of", "the", "thrombosis", "was", "achieved", "and", "with", "good", "blood", "pressure", "control", ",", "aflibercept", "was", "added", ".", "The", "most", "notable", "toxicity", "was", "G3", "diarrhoea", ",", "which", "required", "hospitalisation", ",", "and", "the", "best", "response", "was", "stable", "disease", "(", "SS", ")", ".", "After", "C25", ",", "liver", "recurrence", ",", "so", "treatment", "was", "proposed", "as", "part", "of", "the", "RE-ARRANGE", "CD", ".", "The", "patient", "accepted", "and", ",", "after", "randomisation", ",", "was", "included", "in", "treatment", "arm", "C", "(", "regorafenib", "160", "mg", "/", "day", "1", "week", "on", "/", "1", "week", "off", ",", "first", "cycle", ",", "second", "cycle", "160", "mg", "/", "day", "3", "weeks", "on", "/", "1", "week", "off", ")", ".", "Hepatic", "progression", "in", "first", "control", "CT", "scan", "in", "November", "2016", ".", "Retreatment", "with", "FOLFOX", "was", "decided", ",", "of", "which", "she", "received", "3", "cycles", ",", "admitted", "on", "two", "occasions", "for", "pneumonia", "and", "lumbar", "pain", "related", "to", "metastatic", "lumbar", "bone", "involvement", ".", "In", "March", "2017", ",", "the", "patient", "received", "the", "first", "administration", "of", "zoledronic", "acid", "and", "lumbar", "palliative", "radiotherapy", "(", "22Gy", "on", "L2-L3", "and", "a", "single", "dose", "of", "8Gy", "on", "L4", ")", ".", "Also", ",", "a", "brace", "was", "prescribed", "by", "traumatology", ".", "In", "April", "2017", ",", "the", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "emergency", "department", "for", "headache", "of", "48", "hours", "'", "duration", "with", "no", "response", "to", "third-stage", "analgesia", ".", "A", "cranial", "CT", "scan", "was", "performed", "with", "no", "alterations", "and", "IV", "perfusion", "with", "opioids", "was", "started", "at", "doses", "equianalgesic", "to", "those", "the", "patient", "had", "via", "transdermal", "route", "for", "pain", "control", ".", "The", "patient", "experienced", "a", "progressive", "deterioration", "in", "the", "level", "of", "consciousness", "with", "the", "appearance", "of", "fever", ",", "as", "well", "as", "agitation", "that", "required", "antipsychotics", "to", "control", ".", "Bladder", "catheterisation", "was", "performed", "without", "pathological", "urine", ",", "blood", "and", "urine", "cultures", "were", "taken", ",", "isolation", "and", "empirical", "antibiotic", "therapy", "was", "started", ".", "Physical", "examination", "On", "our", "first", "assessment", "on", "the", "ward", ",", "the", "patient", "was", "bedridden", "and", "in", "poor", "general", "condition", ".", "Eupneic", "respiratory", "pattern", "at", "rest", "with", "oxygen", "in", "nasal", "goggles", ".", "Skin", "pallor", ".", "Poor", "perfusion", ".", "Glasgow", "score", "8", "(", "eye", "opening", "to", "call", ",", "withdrawal", "to", "pain", ",", "no", "verbal", "response", ")", ".", "Uncoordinated", "movements", "of", "upper", "limbs", ".", "Does", "not", "obey", "orders", ".", "Absence", "of", "bilateral", "skin-plantar", "reflex", ".", "Pupils", "in", "intermediate", "reactive", "position", ".", "Brudzinski", "'", "s", "sign", "present", ".", "Cervical", "rigidity", ".", "Secretion", "noises", ".", "Complementary", "tests", "\"", "CT", "scan", "of", "the", "lumbar", "spine", "(", "February", "2017", ")", ":", "loss", "of", "height", "of", "the", "vertebral", "bodies", "of", "L2-L5", ",", "suggesting", "small", "fracture-platelets", "due", "to", "vertebral", "insufficiency", ",", "with", "a", "less", "likely", "metastatic", "origin", ".", "In", "contrast", ",", "the", "vertebral", "body", "of", "L4", "showed", "a", "greater", "loss", "of", "height", "and", "a", "global", "sclerosis", "in", "its", "density", "with", "ill-defined", "internal", "areas", "of", "lytic", "appearance", "forming", "a", "mottled", "pattern", ",", "suggestive", "of", "possible", "metastatic", "involvement", ".", "\"", "Urgent", "cranial", "CT", "scan", "(", "April", "2017", ")", ":", "absence", "of", "intra", "-", "or", "extraxial", "space-occupying", "lesions", ",", "with", "no", "signs", "of", "bleeding", "or", "midline", "deviation", ".", "\"", "Laboratory", "tests", "on", "the", "1st", "day", "of", "admission", "(", "April", "2017", ")", ":", "leukocytosis", "with", "left", "deviation", ".", "CRP", "245", "mg", "/", "l", "(", "in", "the", "ER", "100", "mg", "/", "l", ")", ".", "Haemoglobin", "9", ".", "8g", "/", "dl", ".", "The", "rest", ",", "without", "alterations", "of", "interest", ".", "Diagnosis", "\"", "Acute", "meningoencephalitis", "due", "to", "listeria", "monocytogenes", ".", "\"", "Sepsis", "and", "bacteraemia", "due", "to", "Listeria", "monocytogenes", ".", "\"", "Stage", "IV", "adenocarcinoma", "of", "the", "colon", "(", "liver", ",", "bone", ",", "lung", ")", ".", "Treatment", "The", "Microbiology", "Department", "informed", "us", "of", "the", "growth", "of", "Listeria", "monocytogenes", "in", "blood", "cultures", ",", "so", ",", "after", "discussing", "the", "case", "with", "Infections", "and", "Neurology", ",", "we", "decided", "to", "postpone", "for", "the", "moment", "the", "lumbar", "puncture", ",", "due", "to", "the", "recently", "irradiated", "lumbar", "lesions", "and", "the", "clinical", "deterioration", "of", "the", "patient", ",", "assuming", "that", "this", "germ", "was", "the", "cause", "of", "the", "patient", "'", "s", "neurological", "symptoms", ".", "It", "was", "decided", "to", "start", "targeted", "antibiotic", "therapy", "with", "ampicillin", "and", "gentamicin", ",", "as", "well", "as", "adjuvant", "therapy", "with", "dexamethasone", ".", "That", "same", "night", ",", "the", "patient", "began", "to", "have", "focal", "seizures", "in", "the", "right", "hemibody", ",", "for", "which", "midazolam", "was", "prescribed", "to", "control", "them", ",", "and", "levetiracetam", "500", "mg", "every", "12", "hours", "was", "added", "to", "the", "treatment", ".", "Despite", "this", ",", "the", "patient", "continued", "to", "present", "subintrusive", "crises", ",", "so", "it", "was", "decided", ",", "given", "the", "hepatic", "dysfunction", ",", "to", "add", "lacosamide", "50", "mg", "/", "12", "h", ",", "which", "was", "finally", "increased", "to", "100", "mg", "/", "12", "h", "due", "to", "the", "persistence", "of", "the", "crises", ".", "Evolution", "A", "new", "urgent", "cranial", "CT", "scan", "was", "requested", ",", "with", "no", "changes", "with", "respect", "to", "the", "previous", "one", ".", "The", "patient", "continued", "with", "progressive", "neurological", "deterioration", "and", ",", "after", "8", "days", "of", "hospitalisation", "without", "any", "improvement", "despite", "all", "the", "measures", "taken", ",", "we", "decided", ",", "in", "agreement", "with", "the", "family", ",", "to", "limit", "the", "therapeutic", "effort", ".", "The", "patient", "was", "discharged", "without", "signs", "of", "suffering", "after", "15", "days", "of", "hospitalisation", ".", "That", "same", "night", ",", "the", "patient", "began", "to", "have", "focal", "seizures", "in", "the", "right", "hemibody", ",", "for", "which", "midazolam", "was", "prescribed", "to", "control", "them", ",", "and", "levetiracetam", "500", "mg", "every", "12", "hours", "was", "added", "to", "the", "treatment", ".", "Despite", "this", ",", "the", "patient", "continued", "to", "present", "subintrusive", "crises", ",", "so", "it", "was", "decided", ",", "given", "the", "hepatic", "dysfunction", ",", "to", "add", "lacosamide", "50", "mg", "/", "12", "h", ",", "which", ",", "due", "to", "the", "persistence", "of", "the", "same", ",", "was", "finally", "increased", "to", "100", "mg", "/", "12", "h", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 27 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 85, "end": 91 }, { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 113, "end": 121 }, { "text": "daughters", "label": "HUMAN", "start": 71, "end": 80 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 564, "end": 571 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1595, "end": 1602 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2032, "end": 2039 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2241, "end": 2248 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2498, "end": 2505 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2554, "end": 2561 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2946, "end": 2953 }, { "text": "listeria monocytogenes", "label": "SPECIES", "start": 4219, "end": 4241 }, { "text": "Listeria monocytogenes", "label": "SPECIES", "start": 4274, "end": 4296 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 4255, "end": 4266 }, { "text": "Listeria monocytogenes", "label": "SPECIES", "start": 4425, "end": 4447 }, { "text": "germ", "label": "SPECIES", "start": 4699, "end": 4703 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4671, "end": 4678 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4725, "end": 4732 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4911, "end": 4918 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5109, "end": 5116 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 5618, "end": 5624 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5429, "end": 5436 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5663, "end": 5670 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5768, "end": 5775 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5966, "end": 5973 } ]

[ "Nine-month-old", "infant", "from", "Vargas", "State", ",", "north", "of", "the", "Capital", "District", ",", "who", "developed", "acute", "myocarditis", "and", "the", "diagnosis", "was", "made", "post", "mortem", "when", "T", ".", "cruzi", "trypomastigotes", "were", "found", "in", "the", "myocardial", "biopsy", ".", "The", "mother", "reported", "finding", "a", "\"", "chipo", "\"", "(", "common", "name", "in", "Venezuela", ")", "in", "the", "child", "'", "s", "cot", "a", "few", "weeks", "before", "the", "onset", "of", "symptoms", ",", "but", "did", "not", "associate", "it", "with", "the", "disease", ".", "In", "her", "middle-class", "house", ",", "in", "the", "foothills", "of", "the", "Cordillera", "de", "la", "Costa", "mountain", "range", "of", "the", "Venezuelan", "Central", "Coast", ",", "there", "was", "a", "storage", "room", "with", "a", "palm", "roof", ",", "where", "the", "reduvideos", "probably", "came", "from", ".", "When", "82", "people", ",", "predominantly", "children", ",", "living", "in", "this", "and", "neighbouring", "houses", "were", "examined", ",", "all", "were", "found", "to", "be", "negative", "for", "T", ".", "cruzi", "infection", ";", "however", ",", "21", "P", ".", "geniculatus", "were", "found", ",", "of", "which", "13", "were", "infected", "with", "T", ".", "cruzi", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0 ]

[ { "text": "infant", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 21 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 214, "end": 220 }, { "text": "child", "label": "HUMAN", "start": 282, "end": 287 }, { "text": "children", "label": "HUMAN", "start": 615, "end": 623 }, { "text": "T. cruzi", "label": "SPECIES", "start": 148, "end": 156 }, { "text": "T. cruzi", "label": "SPECIES", "start": 713, "end": 721 }, { "text": "T. cruzi", "label": "SPECIES", "start": 802, "end": 810 }, { "text": "P.geniculatus", "label": "SPECIES", "start": 745, "end": 758 }, { "text": "T. cruzi trypomastigotes", "label": "SPECIES", "start": 148, "end": 172 }, { "text": "chipo", "label": "SPECIES", "start": 241, "end": 246 }, { "text": "palm", "label": "SPECIES", "start": 533, "end": 537 }, { "text": "reduvideos", "label": "SPECIES", "start": 554, "end": 564 } ]

[ "A", "male", "child", "was", "born", "to", "a", "28", "year", "old", "Bolivian", "mother", "in", "3rd", "gestation", ".", "The", "pregnancy", "was", "well", "controlled", "with", "normal", "evolution", "and", "ended", "with", "caesarean", "section", "after", "failed", "induction", ".", "For", "the", "first", "time", ",", "during", "the", "dilation", "period", ",", "the", "pregnant", "woman", "mentioned", "that", "she", "was", "a", "carrier", "of", "Chagas", "disease", ",", "stating", "that", "she", "had", "been", "bitten", "by", "a", "\"", "vinchuca", "\"", "at", "the", "age", "of", "6", "when", "she", "lived", "in", "the", "Altiplano", "and", "diagnosed", "at", "the", "age", "of", "20", ",", "during", "her", "first", "pregnancy", ".", "From", "her", "first", "marriage", "she", "has", "2", "children", "aged", "6", "and", "8", "years", ",", "resident", "in", "Bolivia", ",", "about", "whom", "she", "did", "not", "wish", "to", "provide", "any", "information", ".", "She", "currently", "lives", "in", "Spain", "and", "has", "not", "returned", "to", "her", "country", ".", "Physical", "examination", "of", "the", "newborn", "showed", "a", "healthy", "child", "of", "appropriate", "weight", "for", "his", "gestational", "age", "(", "2905kg", ")", ",", "who", "started", "breastfeeding", "immediately", "after", "birth", ".", "Subsequent", "examinations", "confirmed", "neurological", "normality", ",", "semiological", "concordance", "with", "gestational", "age", "and", "absence", "of", "visceromegaly", "both", "clinically", "and", "ultrasonographically", ";", "the", "transfrontal", "ultrasound", "was", "also", "normal", ".", "In", "the", "first", "week", "of", "life", "the", "patient", "remained", "asymptomatic", "and", "with", "a", "good", "weight", "curve", ".", "After", "delivery", ",", "parasitological", "studies", "were", "carried", "out", "on", "blood", "samples", "from", "the", "child", "and", "the", "mother", ",", "and", "histopathological", "studies", "from", "the", "placenta", "and", "umbilical", "cord", ".", "Direct", "examinations", "of", "the", "mother", "'", "s", "blood", "(", "microhaematocrit", "and", "culture", ")", "were", "negative", ",", "and", "only", "PCR", "detected", "the", "parasite", "in", "blood", ".", "Serology", "was", "positive", ",", "with", "high", "titres", "by", "the", "two", "techniques", "used", ".", "Following", "the", "course", "of", "events", ",", "on", "the", "4th-5th", "day", "diagnostic", "confirmation", "of", "symptomatic", "infection", "was", "obtained", "in", "our", "patient", "when", "trypomastigote", "forms", "were", "observed", "in", "blood", "by", "direct", "examination", ",", "smear", "and", "thick", "blood", "smear", "and", "the", "microhaematocrit", "technique", ".", "Subsequently", ",", "the", "parasite", "was", "isolated", "in", "culture", "on", "NNN", "and", "T", ".", "cruzi", "DNA", "was", "detected", "by", "nested", "PCR", ".", "Histopathological", "studies", "from", "placenta", "and", "umbilical", "cord", "showed", "the", "presence", "of", "amastigotes", "forms", ".", "Treatment", "with", "benznidazole", "(", "Radanil", "®", "100", "mg", "comp", ".", ")", "at", "a", "dose", "of", "8", "mg", "/", "kg", "/", "day", "was", "initiated", ".", "Treatment", "was", "administered", "2", "days", "in", "hospital", "and", "then", "continued", "at", "home", "for", "60", "days", ".", "After", "discharge", ",", "clinical", "and", "/", "or", "analytical", "controls", "were", "performed", "at", "one", "month", ",", "and", "then", "at", "4", "months", "and", "7", "months", "of", "age", ".", "Parasitological", "controls", "by", "direct", "examination", ",", "culture", "and", "PCR", "were", "negative", "from", "20", "days", "after", "initiation", "of", "treatment", "and", "serological", "studies", "were", "negative", "from", "4", "months", ".", "At", "one", "year", "of", "age", "there", "was", "a", "last", "clinical", "control", ",", "without", "serological", "control", ",", "and", "thereafter", "contact", "with", "the", "patient", "was", "lost", ".", "Microscopic", "study", "of", "chorionic", "membranes", "showing", "macrophages", "and", "giant", "cells", "with", "intracytoplasmic", "amastigotes", ".", "Mononuclear", "cells", "invaded", "by", "multiple", "amastigote", "forms", "of", "T", ".", "cruzi", ".", "Laboratory", "results", "in", "mother", "and", "child", ",", "at", "birth", "and", "during", "treatment", "controla", "ELISA", "R", "(", "with", "recombinant", "antigen", ")", "positive", "r", "ratio", "r", ">", "1bELISA", "C", "(", "with", "total", "antigen", "units", "U", ",", "positive", "U", ">", "20", "." ]

[ 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "amastigotes", "label": "SPECIES", "start": 1967, "end": 1978 }, { "text": "pregnant", "label": "HUMAN", "start": 238, "end": 246 }, { "text": "child", "label": "HUMAN", "start": 7, "end": 12 }, { "text": "child", "label": "HUMAN", "start": 721, "end": 726 }, { "text": "child", "label": "HUMAN", "start": 1227, "end": 1232 }, { "text": "children", "label": "HUMAN", "start": 496, "end": 504 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 48, "end": 54 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 1241, "end": 1247 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 1344, "end": 1350 }, { "text": "marriage", "label": "HUMAN", "start": 477, "end": 485 }, { "text": "male child", "label": "HUMAN", "start": 2, "end": 12 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1084, "end": 1091 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1638, "end": 1645 }, { "text": "parasitological", "label": "SPECIES", "start": 1160, "end": 1175 }, { "text": "Parasitological", "label": "SPECIES", "start": 2288, "end": 2303 }, { "text": "parasite", "label": "SPECIES", "start": 1431, "end": 1439 }, { "text": "parasite", "label": "SPECIES", "start": 1800, "end": 1808 }, { "text": "amastigote forms of T. cruzi", "label": "SPECIES", "start": 2745, "end": 2773 } ]

[ "A", "12-year-old", "boy", "was", "stung", "by", "a", "hymenoptera", "and", "immediately", "presented", "with", "generalised", "urticaria", ",", "vomiting", ",", "abdominal", "pain", ",", "chest", "tightness", "and", "dyspnoea", ".", "In", "the", "emergency", "department", ",", "intramuscular", "adrenaline", ",", "enodovenous", "dexchlorpheniramine", ",", "intravenous", "urbason", "and", "nebulised", "salbutamol", "were", "administered", ",", "with", "good", "response", ".", "Results", ":", "In", "paediatric", "immunoallergology", "consultation", ",", "a", "study", "of", "Apis", ",", "Vespula", "and", "Polistes", "venom", "was", "performed", ",", "highlighting", "positive", "prick", "test", "to", "Vespula", ";", "positive", "intradermal", "reaction", "to", "Vespula", "at", "a", "concentration", "of", "1", "/", "1000", ";", "determination", "of", "Vespula-specific", "IgE", "4", ".", "43", "kU", "/", "l", ";", "molecular", "study", "IgE", "rVes", "v1", "0", ".", "84", "kU", "/", "l", ",", "IgE", "rVes", "v5", "0", ".", "25", "kU", "/", "l", ",", "IgE", "r", "Api", "m1", "and", "IgE", "r", "Pol", "d5", "<", "0", ".", "10", "kU", "/", "l", ".", "The", "patient", "was", "diagnosed", "with", "a", "grade", "III", "(", "severe", ")", "systemic", "reaction", "to", "common", "wasp", "venom", "and", "specific", "immunotherapy", "was", "prescribed", "for", "5", "years", ",", "on", "a", "cluster", "pattern", ",", "reaching", "100", "mcg", "in", "6", "weeks", ".", "At", "2", "years", "the", "levels", "of", "IgG4", "to", "Ves", "v1", "and", "Ves", "v5", "were", "undetectable", ".", "Immunoblotting", "was", "performed", ",", "confirming", "the", "patient", "'", "s", "sensitisation", "to", "Vespula", "venom", "to", "both", "Ves", "v5", "and", "Ves", "v1", ".", "At", "3", "and", "a", "half", "years", ",", "undetectable", "levels", "of", "IgG4", "to", "Ves", "v1", "and", "Ves", "v5", "persisted", ",", "with", "little", "decrease", "in", "specific", "IgE", ".", "CAP", "inhibition", "is", "requested", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "hymenoptera", "label": "SPECIES", "start": 33, "end": 44 }, { "text": "common wasp", "label": "SPECIES", "start": 784, "end": 795 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 715, "end": 722 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1023, "end": 1030 }, { "text": "Apis", "label": "SPECIES", "start": 394, "end": 398 }, { "text": "Polistes", "label": "SPECIES", "start": 412, "end": 420 }, { "text": "Vespula", "label": "SPECIES", "start": 400, "end": 407 }, { "text": "Vespula", "label": "SPECIES", "start": 478, "end": 485 }, { "text": "Vespula", "label": "SPECIES", "start": 520, "end": 527 }, { "text": "Vespula", "label": "SPECIES", "start": 575, "end": 582 }, { "text": "Vespula", "label": "SPECIES", "start": 1050, "end": 1057 } ]

[ "Reason", "for", "consultation", "An", "83-year-old", "male", "patient", "presented", "with", "fever", "of", "one", "day", "'", "s", "evolution", "with", "no", "apparent", "source", ".", "Individual", "approach", "(", "anamnesis", ",", "examination", ",", "complementary", "tests", ")", ".", "Personal", "history", "of", ":", "arterial", "hypertension", ".", "Type", "II", "diabetes", "mellitus", ".", "Obstructive", "sleep", "apnoea", "syndrome", "(", "OSAS", ")", ".", "Benign", "prostatic", "hypertrophy", ".", "Polycystic", "kidney", "disease", ".", "Gouty", "arthritis", ".", "Alzheimer", "'", "s", "disease", ".", "The", "patient", "lives", "at", "home", "with", "his", "wife", "and", "daughter", ".", "He", "is", "dependent", "for", "some", "activities", "of", "daily", "living", "although", "he", "leads", "an", "active", "life", ",", "and", "always", "comes", "to", "the", "health", "centre", "accompanied", "by", "one", "of", "his", "daughters", ".", "The", "patient", "comes", "to", "the", "clinic", "with", "his", "daughter", "because", "of", "a", "one-day", "fever", "of", "38-39", "°", "C", ".", "They", "report", "cough", "with", "occasional", "whitish", "expectoration", ".", "There", "is", "no", "other", "apparent", "focal", "point", "in", "the", "anamnesis", ".", "The", "only", "thing", "that", "the", "daughter", ",", "the", "main", "caregiver", ",", "says", "is", "that", "she", "finds", "that", "he", "is", "more", "forgetful", "and", "occasionally", "disorientated", "(", "for", "example", ",", "he", "forgets", "that", "he", "has", "had", "dinner", ")", ",", "especially", "at", "night", "and", "coinciding", "with", "the", "fever", ".", "On", "examination", ",", "there", "was", "nothing", "remarkable", "and", "the", "patient", "was", "in", "good", "general", "condition", ",", "although", "he", "was", "found", "to", "be", "in", "poor", "health", ".", "Considering", "him", "to", "be", "a", "fragile", "patient", ",", "we", "started", "him", "on", "amoxicillin", "750mg", "prophylactically", ".", "The", "following", "day", "we", "called", "home", ",", "at", "the", "request", "of", "the", "family", "because", "the", "patient", "remained", "feverish", ".", "Once", "again", ",", "no", "focal", "point", "was", "found", ".", "The", "patient", "continued", "to", "be", "in", "good", "general", "condition", ",", "haemodynamically", "stable", "and", "with", "an", "unremarkable", "examination", ".", "We", "reassured", "the", "family", "and", "explained", "that", "the", "process", "would", "last", "several", "days", "with", "sustained", "fever", ",", "but", "that", "they", "should", "be", "alert", "to", "any", "new", "symptoms", "that", "might", "appear", "and", "guide", "the", "diagnosis", ".", "The", "patient", "accompanies", "us", "out", "of", "the", "house", "to", "say", "goodbye", ".", "We", "received", "a", "new", "home", "visit", "a", "day", "later", ",", "as", "the", "patient", "had", "worsened", "considerably", ".", "The", "family", "told", "us", "that", "the", "patient", "had", "woken", "up", "well", ",", "but", "that", "he", "had", "become", "unwell", "and", "went", "to", "rest", "in", "his", "room", ",", "where", "he", "was", "later", "found", "to", "be", "disorientated", "and", "with", "generalised", "rigidity", ".", "On", "examination", ",", "the", "patient", "is", "disoriented", "in", "time", "and", "space", ",", "with", "a", "tendency", "to", "sleep", "and", "responds", "inconsistently", "to", "our", "questions", ".", "Examination", "(", "difficult", "due", "to", "lack", "of", "cooperation", ")", ":", "Vitals", ":", "BP", "129", "/", "73", ",", "HR", "117lpm", ",", "SatO2", "90", "%", ",", "T", "38", ".", "6o", ",", "blood", "glucose", "137", ".", "Cardiopulmonary", "auscultation", ":", "No", "murmurs", ",", "rhythmic", ".", "VCM", "without", "added", "sounds", ".", "Abdomen", "globular", ",", "no", "masses", ",", "not", "painful", ",", "no", "peritonism", ".", "Lower", "limbs", ":", "no", "oedema", "or", "signs", "of", "thrombosis", ".", "Neurological", ":", "bilateral", "reactive", "myosis", ".", "Oculomotor", "movements", "apparently", "preserved", ".", "Erasure", "of", "the", "left", "nasolabial", "fold", ".", "Rest", "of", "cranial", "nerves", "not", "assessable", ".", "Great", "gait", "instability", ".", "No", "noticeable", "loss", "of", "sensibility", ".", "Generalised", "loss", "of", "strength", ".", "Kernig", "and", "Burdzinsky", "not", "assessable", "due", "to", "voluntary", "defence", ",", "although", "there", "is", "apparent", "rigidity", ".", "It", "was", "decided", "to", "send", "the", "patient", "to", "the", "hospital", "emergency", "department", "for", "additional", "tests", ".", "On", "arrival", ",", "the", "tests", "performed", "included", "the", "following", ":", "CBC", ":", "CRP", "0", ".", "9mg", "/", "dL", ",", "leukocytes", "10330", "/", "μL", "with", "67", "%", "neutrophils", "and", "17", ".", "9", "%", "lymphocytes", ".", "Platelets", "186000", "/", "μL", ".", "Urine", "system", "with", "proteinuria", ".", "Chest", "X-ray", ":", "poor", "technique", ".", "Cardiothoracic", "index", "within", "normal", "limits", ".", "Free", "parenchyma", "without", "congestion", "or", "condensation", ".", "Cranial", "CT", ":", "prominence", "of", "grooves", ",", "fissures", "and", "cisterns", "with", "moderate", "dilatation", "of", "the", "ventricular", "system", "in", "relation", "to", "corticosubcortical", "atrophy", "and", "/", "or", "senile", "involution", ".", "Adequate", "differentiation", "of", "grey-white", "matter", ".", "Posterior", "fossa", "without", "findings", ".", "No", "signs", "of", "intracranial", "haemorrhage", ".", "No", "mass", "effect", ".", "Rest", "of", "the", "study", "with", "no", "findings", ".", "During", "his", "stay", "in", "the", "emergency", "department", ",", "the", "patient", "showed", "neurological", "deterioration", ",", "becoming", "progressively", "drowsy", ",", "waking", "up", "only", "with", "painful", "stimuli", ".", "It", "was", "therefore", "decided", "to", "perform", "a", "lumbar", "puncture", ",", "obtaining", "a", "slightly", "cloudy", "fluid", "with", "the", "following", "biochemistry", ":", "leukocytes", "12", "/", "μL", "(", "100", "%", "mononuclear", ")", ",", "glucose", "77mg", "/", "dL", ",", "protein", "70", ".", "9mg", "/", "dL", ".", "Gram", "stain", "is", "negative", ".", "The", "PCRs", "study", "detects", "positive", "PCR", "for", "herpes", "simplex", "virus", "type-1", "(", "HSV-1", ")", ".", "Family", "and", "community", "approach", "Nuclear", "family", "structure", ".", "The", "patient", "lives", "with", "his", "wife", "and", "one", "of", "his", "two", "daughters", ".", "His", "family", "life", "cycle", ",", "according", "to", "the", "WHO", "model", "modified", "by", "De", "la", "Revilla", ",", "is", "stage", "IV", "or", "-", "contraction", "‖", "(", "from", "the", "time", "the", "first", "child", "leaves", "home", "until", "the", "last", "one", "does", ")", ".", "The", "youngest", "daughter", "lives", "with", "her", "parents", ",", "being", "the", "main", "carer", "of", "both", ",", "especially", "the", "father", ",", "who", "needs", "more", "attention", "as", "he", "is", "more", "fragile", "than", "his", "wife", ".", "Clinical", "Judgement", "Meningoencephalitis", "due", "to", "HSV-1", ".", "The", "differential", "diagnosis", "at", "the", "beginning", "of", "the", "process", "was", "acute", "confusional", "syndrome", ".", "Subsequently", ",", "other", "infections", "of", "the", "central", "nervous", "system", "had", "to", "be", "taken", "into", "account", "and", ",", "with", "the", "biochemical", "values", "of", "the", "CSF", ",", "other", "viral", "infections", ",", "very", "early", "bacterial", "infections", ",", "aborted", "infections", "or", "tuberculous", "meningoencephalitis", "had", "to", "be", "considered", ".", "Other", "diagnoses", "include", "autoimmune", ",", "metabolic", ",", "toxic", "or", "ischaemic", "encephalitis", ".", "Action", "plan", "and", "evolution", "The", "patient", "is", "admitted", "to", "the", "Infectious", "Diseases", "Department", "and", "treatment", "with", "Acyclovir", "iv", "(", "10mg", "/", "kg", "every", "8", "hours", ")", "is", "started", ".", "Evolution", "The", "patient", "remained", "disoriented", "throughout", "the", "admission", ",", "with", "incoherent", "responses", "to", "questions", ",", "but", "at", "the", "beginning", "he", "began", "to", "eat", "crushed", "food", "and", "was", "haemodynamically", "stable", ",", "without", "fever", ".", "On", "the", "sixth", "day", "the", "patient", "showed", "significant", "deterioration", ",", "not", "opening", "his", "eyes", "and", "only", "localising", "painful", "stimuli", ".", "Oliguria", "with", "diuresis", "of", "100cc", "in", "12", "hours", "despite", "intensive", "fluid", "therapy", ".", "Urgent", "blood", "tests", "showed", "creatinine", "levels", "of", "5", ".", "6mg", "/", "dL", ".", "This", "was", "possibly", "due", "to", "acute", "tubular", "necrosis", "caused", "by", "acyclovir", ",", "so", "treatment", "was", "readjusted", ",", "reducing", "it", "to", "a", "daily", "dose", ".", "Amoxicillin", "875mg", "/", "clavulanic", "acid", "125mg", "was", "added", "as", "aspiration", "could", "not", "be", "ruled", "out", ",", "as", "he", "started", "again", "with", "fever", ",", "cough", "and", "increased", "secretions", ".", "Progressive", "deterioration", "that", "finally", "required", "sedation", "of", "the", "patient", ",", "who", "died", "on", "the", "eleventh", "day", "of", "admission", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 3, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 39, "end": 51 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 44, "end": 51 }, { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 189, "end": 197 }, { "text": "daughter", "label": "HUMAN", "start": 441, "end": 449 }, { "text": "daughters", "label": "HUMAN", "start": 601, "end": 610 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 401, "end": 408 }, { "text": "caregiver", "label": "HUMAN", "start": 859, "end": 868 }, { "text": "daughter", "label": "HUMAN", "start": 654, "end": 662 }, { "text": "daughter", "label": "HUMAN", "start": 840, "end": 848 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 617, "end": 624 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1104, "end": 1111 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1219, "end": 1226 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 1338, "end": 1344 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 1556, "end": 1562 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1357, "end": 1364 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1426, "end": 1433 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1737, "end": 1744 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 1882, "end": 1888 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1843, "end": 1850 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1906, "end": 1913 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2090, "end": 2097 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2884, "end": 2891 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3664, "end": 3671 }, { "text": "HSV-1", "label": "SPECIES", "start": 4063, "end": 4068 }, { "text": "herpes simplex virus type-1", "label": "SPECIES", "start": 4034, "end": 4061 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 4072, "end": 4078 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 4110, "end": 4116 }, { "text": "daughters", "label": "HUMAN", "start": 4179, "end": 4188 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4132, "end": 4139 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 4194, "end": 4200 }, { "text": "child", "label": "HUMAN", "start": 4321, "end": 4326 }, { "text": "daughter", "label": "HUMAN", "start": 4378, "end": 4386 }, { "text": "father", "label": "HUMAN", "start": 4456, "end": 4462 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 4402, "end": 4409 }, { "text": "HSV-1", "label": "SPECIES", "start": 4573, "end": 4578 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 4812, "end": 4817 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 4841, "end": 4850 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5050, "end": 5057 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5191, "end": 5198 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5405, "end": 5412 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5982, "end": 5989 } ]

[ "Twelve", "year", "old", "boy", "followed", "in", "consultation", "since", "the", "age", "of", "four", "for", "poorly", "controlled", "asthma", "with", "associated", "GER", ".", "Prick", "test", "and", "specific", "IgE", "negative", "for", "pneumoallergens", "until", "the", "age", "of", "twelve", ",", "when", "they", "were", "positive", "for", "olive", "and", "grasses", ".", "From", "the", "age", "of", "ten", ",", "worsening", "of", "asthma", "and", "GER", ",", "associated", "with", "dysphagia", "for", "solids", ".", "Also", ",", "some", "episode", "of", "facial", "reaction", "after", "ingestion", "of", "food", "with", "traces", "of", "milk", ".", "Prick", "test", "and", "specific", "IgE", "for", "casein", "6x6mm", "and", "4", ".", "80", "KU", "/", "L", "respectively", ".", "The", "patient", "was", "referred", "to", "paediatric", "gastroenterology", "with", "suspicion", "of", "eosinophilic", "oesophagitis", ",", "which", "was", "confirmed", "(", "35", "eosinophils", "/", "field", "in", "oesophageal", "biopsies", ")", ".", "Dairy", "products", "were", "completely", "withdrawn", "and", "Omeprazole", "and", "swallowed", "Budesonide", "were", "prescribed", ",", "with", "normalisation", "of", "the", "endoscopy", ",", "and", "treatment", "could", "be", "withdrawn", "at", "14", "months", ".", "After", "a", "strict", "dairy-free", "diet", ",", "he", "was", "asymptomatic", "from", "the", "digestive", "point", "of", "view", "and", "his", "asthma", "improved", ".", "At", "twelve", "years", "of", "age", "urticaria", "after", "accidental", "ingestion", "of", "cooked", "ham", "(", "with", "traces", "of", "milk", ")", "and", "at", "thirteen", "years", "of", "age", "an", "anaphylactic", "reaction", "after", "accidental", "ingestion", "of", "cow", "'", "s", "milk", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "cow", "label": "SPECIES", "start": 1134, "end": 1137 } ]

[ "History", "A", "60-year-old", "woman", "with", "ethanolic", "liver", "cirrhosis", "(", "Child", "B", ")", "and", "pancytopenia", ".", "She", "lives", "in", "a", "rural", "area", ".", "History", "and", "examination", "She", "consulted", "the", "ED", "for", "fever", ",", "vomiting", "and", "dysarthria", ";", "she", "was", "admitted", "to", "the", "Digestive", "Department", "as", "hepatic", "encephalopathy", ".", "During", "admission", ",", "despite", "optimising", "treatment", ",", "neurological", "symptoms", "and", "fever", "persisted", ",", "so", "Infectious", "Diseases", "was", "consulted", ".", "On", "rehistorising", "the", "patient", ",", "she", "commented", "that", "three", "days", "before", "admission", ",", "she", "had", "started", "with", "holocranial", "headache", ",", "vomiting", "and", "dizziness", "with", "gait", "instability", ".", "On", "examination", ":", "afebrile", ",", "BP", "94", "/", "54", "mmHg", ",", "69", "bpm", ",", "100", "%", "saturation", ".", "Conscious", ",", "oriented", ",", "pan-focal", "systolic", "murmur", ",", "normal", "pulmonary", "auscultation", ",", "soft", ",", "painless", "abdomen", ",", "chronic", "venous", "insufficiency", ",", "gait", "instability", ",", "Romberg", "not", "assessable", ",", "negative", "meningeal", "signs", "and", "normal", "rest", ".", "Complementary", "tests", "Laboratory", "tests", "showed", "leucopenia", "(", "2360", "/", "l", ")", "with", "lymphopenia", "(", "100", "/", "l", ")", ",", "anaemia", "(", "9", ".", "8", "mg", "/", "dl", ")", "and", "thrombopenia", "(", "32000", "/", "L", ")", ".", "A", "systematic", "urine", "analysis", ",", "chest", "X-ray", ",", "abdomen", ",", "cranial", "CT", "scan", "and", "abdominal", "ultrasound", "were", "normal", ".", "Urine", "culture", "was", "negative", ".", "Nasopharyngeal", "exudate", "was", "negative", ".", "HIV", "serology", "was", "negative", ".", "Lumbar", "puncture", "was", "performed", "with", "CSF", "with", "high", "opening", "pressure", "(", "260", "mmH2O", ")", ",", "55", "cells", "/", "Ul", "with", "lymphocyte", "predominance", ",", "49", ".", "9", "mg", "/", "dl", "protein", "and", "11", "mg", "/", "dl", "glucose", ".", "Both", "blood", "and", "CSF", "cultures", "isolated", "cryptococcus", "neoformans", ",", "with", "a", "positive", "antigen", "titre", "of", "1", "/", "8192", "and", "1", "/", "16784", "respectively", ".", "Additionally", ",", "MRI", "showed", "hyperintensity", "of", "the", "lobes", "and", "cerebellum", ",", "and", "echocardiography", "ruled", "out", "endocarditis", ".", "Diagnosis", ".", "Evolution", "Diagnosed", "with", "Cryptoccocus", "neoformans", "meningoencephalitis", "with", "cryptocococcaemia", ",", "treatment", "was", "started", "with", "liposomal", "amphotericin", "B", "(", "300", "mg", ")", "and", "fluconazole", "(", "800", "mg", ")", ".", "The", "patient", "responded", "adequately", "to", "treatment", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 27 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 418, "end": 425 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1156, "end": 1159 }, { "text": "cryptococcus neoformans", "label": "SPECIES", "start": 1382, "end": 1405 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1783, "end": 1790 }, { "text": "Cryptoccocus neoformans", "label": "SPECIES", "start": 1624, "end": 1647 } ]

[ "A", "42", "year", "old", "man", "with", "no", "personal", "history", "of", "interest", ",", "who", "started", "a", "study", "due", "to", "the", "appearance", "of", "blood", "tests", "compatible", "with", "dissociated", "cholestasis", ";", "during", "the", "clinical", "interview", "the", "patient", "did", "not", "report", "any", "symptoms", "by", "organs", "or", "apparatus", "of", "interest", ".", "An", "ultrasound", "scan", "of", "the", "abdomen", "showed", "space-occupying", "lesions", "in", "the", "liver", "and", "spleen", ",", "and", "the", "study", "was", "completed", "with", "a", "CT", "scan", "of", "the", "thorax", "and", "abdomen", "showing", "multiple", "small", "hypodense", "lesions", "in", "both", "the", "liver", "and", "spleen", ",", "with", "no", "adenopathy", "in", "any", "of", "the", "compartments", "studied", ".", "The", "thoracoabdominal", "CT", "scan", "showed", "bilateral", "laterocervical", "lymphadenopathies", "of", "less", "than", "1", "cm", ",", "with", "no", "evidence", "of", "other", "mediastinal", "or", "abdominal", "lymphadenopathies", ".", "The", "pulmonary", "pattern", "showed", "no", "lesions", ",", "and", "there", "were", "multiple", "small", "hypodense", "lesions", "in", "the", "spleen", "and", "liver", "suggestive", "of", "metastasis", ".", "The", "study", "was", "completed", "with", "abdominal", "MRI", "to", "better", "define", "the", "lesions", ",", "with", "the", "same", "results", ".", "A", "complete", "blood", "test", "was", "performed", "with", "negative", "autoimmunity", "(", "ANA", "and", "AMA", ")", "and", "negative", "serology", "for", "HBV-HCV-HIV-Brucella-Ricekttsia-Coxiella", "burnnetii-Treponema", "Pallidum", ".", "A", "liver", "biopsy", "of", "the", "lesion", "described", "with", "the", "findings", "of", "granulomas", "that", "did", "not", "show", "caseous", "necrosis", ",", "a", "Ziehl", "Neelsen", "histochemical", "technique", "to", "detect", "acid", "fast", "bacilli", "was", "negative", "as", "well", "as", "the", "PCR", "technique", "and", "culture", "for", "TB", ";", "The", "final", "result", "was", "granulomas", "compatible", "with", "sarcoidosis", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 188, "end": 195 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 26, "end": 34 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1059, "end": 1062 }, { "text": "Brucella", "label": "SPECIES", "start": 1063, "end": 1071 }, { "text": "Coxiella burnnetii", "label": "SPECIES", "start": 1083, "end": 1101 }, { "text": "Treponema Pallidum", "label": "SPECIES", "start": 1102, "end": 1120 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 1051, "end": 1054 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 1055, "end": 1058 }, { "text": "Ricekttsia", "label": "SPECIES", "start": 1072, "end": 1082 } ]

[ "Anamnesis", "A", "2", "year", "old", "girl", "was", "brought", "by", "her", "mother", "from", "the", "emergency", "department", "to", "be", "assessed", "by", "dermatology", ".", "She", "referred", "a", "history", "of", "2", "nodular", "lesions", ",", "one", "in", "the", "antecubital", "fold", "and", "the", "other", "on", "the", "left", "shoulder", "blade", ".", "The", "mother", "reported", "that", "they", "had", "appeared", "while", "they", "were", "travelling", "in", "Ecuador", "during", "an", "excursion", "in", "the", "forest", "and", "that", "they", "had", "persisted", "since", "then", ".", "The", "patient", "presented", "with", "pain", "on", "palpation", "and", "no", "associated", "pruritus", ",", "and", "the", "mother", "insisted", "that", "she", "saw", "\"", "something", "\"", "moving", "inside", "the", "lesions", ".", "Physical", "examination", "Two", "slightly", "erythematous", "nodular", "lesions", "were", "observed", "in", "the", "antecubital", "fold", "and", "on", "the", "left", "shoulder", "blade", ",", "all", "with", "a", "central", "orifice", ".", "Complementary", "examinations", "Dermoscopy", "of", "the", "lesions", ":", "Erythematous", "lesion", "with", "punctate", "vessels", "and", "black", "dot", "that", "moves", "with", "palpation", "and", "emerges", "through", "the", "orifice", "with", "extrusion", ".", "The", "lesions", "are", "covered", "with", "petroleum", "jelly", "and", "a", "larva", "emerges", ".", "Dermoscopy", "of", "the", "larva", "shows", "a", "creamy", "white", "ovoid", "body", "with", "spirals", "resembling", "bird", "'", "s", "feet", ",", "surrounded", "by", "black", "dots", "in", "the", "shape", "of", "a", "crown", "of", "thorns", ".", "Diagnosis", "Furunculoid", "myiasis", "due", "to", "Dermatobia", "hominis", ".", "Treatment", "Spontaneous", "extrusion", "of", "the", "larvae", ".", "Evolution", "Satisfactory", ",", "with", "complete", "disappearance", "of", "the", "clinical", "manifestations", "in", "both", "cases", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "girl", "label": "HUMAN", "start": 23, "end": 27 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 47, "end": 53 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 234, "end": 240 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 466, "end": 472 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 389, "end": 396 }, { "text": "larva", "label": "SPECIES", "start": 932, "end": 937 }, { "text": "larva", "label": "SPECIES", "start": 965, "end": 970 }, { "text": "bird", "label": "SPECIES", "start": 1027, "end": 1031 }, { "text": "Dermatobia hominis", "label": "SPECIES", "start": 1138, "end": 1156 }, { "text": "larvae", "label": "SPECIES", "start": 1198, "end": 1204 } ]

[ "Patient", "from", "Morocco", ",", "living", "in", "Spain", "for", "three", "years", ".", "Independent", "for", "basic", "activities", "of", "daily", "living", ".", "No", "known", "drug", "allergies", ",", "toxic", "habits", "or", "cardiovascular", "risk", "factors", ".", "Diagnosed", "in", "November", "2017", "with", "common", "B", "acute", "lymphoid", "leukaemia", ",", "starting", "treatment", "with", "PETHEMA-LAL", "/", "AR", "protocol", ",", "achieving", "complete", "remission", "and", "negative", "minimal", "residual", "disease", "after", "induction", ",", "without", "relevant", "complications", ".", "She", "subsequently", "received", "consolidation", "treatment", "without", "incident", ",", "and", "a", "bone", "marrow", "aspirate", "was", "performed", "in", "September", "2018", ",", "showing", "7", ".", "8", "%", "of", "cells", "similar", "to", "the", "blasts", "at", "diagnosis", ",", "and", "she", "was", "admitted", "to", "receive", "a", "new", "induction", "programme", ".", "On", "admission", "he", "was", "haemodynamically", "stable", ",", "afebrile", ",", "with", "acceptable", "general", "condition", ",", "conscious", "and", "oriented", ",", "eupneic", "at", "rest", ",", "well", "hydrated", "and", "perfused", ".", "Rhythmic", "tones", "without", "audible", "murmurs", "and", "preserved", "vesicular", "murmur", ".", "Abdomen", "soft", "and", "depressible", ",", "without", "organomegaly", "or", "signs", "of", "peritoneal", "irritation", ".", "Lower", "limbs", "without", "alterations", ".", "On", "day", "+", "3", "of", "the", "cycle", ",", "she", "began", "with", "febrile", "symptoms", "without", "apparent", "focus", ",", "for", "which", "empirical", "antibiotic", "therapy", "was", "started", "with", "cefepime", "and", "vancomycin", "after", "drawing", "blood", "cultures", ".", "During", "this", "period", "he", "began", "to", "experience", "pancytopenia", "secondary", "to", "chemotherapy", "treatment", ",", "for", "which", "he", "received", "multiple", "transfusions", "of", "red", "blood", "cells", "and", "platelets", "together", "with", "colony-stimulating", "factor", ".", "Given", "the", "scant", "improvement", "in", "fever", "and", "the", "increase", "in", "acute", "phase", "reactants", ",", "on", "day", "+", "13", "treatment", "was", "changed", "to", "meropenem", "1g", "every", "8", "hours", ",", "vancomycin", "1g", "every", "12", "hours", ",", "together", "with", "posaconazole", "and", "acyclovir", "as", "prophylaxis", ".", "On", "day", "+", "6", "of", "the", "induction", "cycle", ",", "grouped", "crusty", "vesicles", "began", "to", "appear", "on", "the", "right", "breast", "with", "a", "purplish", "base", ",", "together", "with", "the", "subsequent", "appearance", "of", "an", "erythematous", "nodule", "with", "a", "blister", "on", "the", "right", "thigh", "and", ",", "subsequently", ",", "the", "spread", "of", "similar", "lesions", "on", "both", "hands", "and", "the", "left", "shoulder", ",", "with", "areas", "of", "necrosis", "in", "the", "centre", ".", "Differential", "diagnosis", "We", "consider", "the", "differential", "diagnosis", "of", "febrile", "syndrome", "with", "skin", "lesions", "in", "a", "patient", "with", "oncohematological", "pathology", ",", "either", "due", "to", "an", "infectious", "or", "non-infectious", "process", "(", "such", "as", "the", "underlying", "pathology", ",", "graft-versus-host", "disease", ",", "pharmacological", ",", "or", "other", "aetiologies", "such", "as", "pyoderma", "gangrenosum", ",", "etc", ".", ")", ".", "The", "type", "of", "skin", "lesions", "can", "guide", "us", "towards", "the", "aetiology", "of", "the", "lesions", ".", "Thus", ",", "in", "the", "case", "of", "ulcerative", "lesions", "we", "would", "think", "of", "fungi", ",", "bacteria", ",", "mycobacteria", "and", "viruses", ",", "while", "in", "the", "case", "of", "vesicular", "lesions", "we", "would", "think", "of", "viral", "aetiology", ".", "In", "the", "case", "of", "cutaneous", "nodules", ",", "fungi", ",", "bacteria", "and", "non-tuberculous", "mycobacteria", "should", "be", "considered", "as", "the", "cause", ".", "Another", "entity", "to", "take", "into", "account", "would", "be", "gangrenous", "ecthyma", ",", "caused", "fundamentally", "by", "Pseudomonas", "spp", ".", "It", "should", "not", "be", "forgotten", "that", "in", "the", "case", "of", "lesions", "with", "a", "necrotic", "centre", "in", "this", "patient", "profile", ",", "invasive", "fungal", "infections", "by", "microorganisms", "such", "as", "Aspergillus", "spp", ",", "Mucorales", "and", "other", "emerging", "species", "such", "as", "Fusarium", "spp", ".", "or", "Scedosporium", "spp", ".", "should", "be", "considered", ".", "The", "type", "of", "immunosuppression", "of", "the", "patient", "can", "also", "guide", "us", "to", "the", "aetiology", ",", "distinguishing", "between", "cellular", "or", "humoral", "immunosuppression", ",", "neutropenia", "(", "immunosuppression", "in", "our", "patient", ")", "or", "the", "use", "of", "purine", "analogues", "or", "monoclonal", "antibodies", ".", "Within", "each", "aetiological", "group", ",", "we", "should", "consider", ":", "-", "Bacteria", ":", "in", "addition", "to", "the", "microorganisms", "that", "usually", "colonise", "the", "skin", ",", "such", "as", "staphylococci", "and", "streptococci", ",", "we", "should", "also", "consider", "the", "possibility", "of", "Pseudomonas", "spp", ",", "Stenotrophomona", "maltophila", ",", "Brucella", "spp", ",", "Actinomyces", "spp", "or", "Nocardia", "spp", ".", "-", "Viruses", ":", "rule", "out", "Cytomegalovirus", ",", "Epstein-Barr", "virus", ",", "herpes", "simplex", "virus", "1", "and", "2", ",", "herpes", "varicella-zoster", "virus", ".", "-", "Fungi", ":", "Candida", "spp", ".", "and", "Aspergillus", "spp", ".", "represent", "the", "majority", "of", "fungi", "that", "produce", "this", "type", "of", "lesions", ",", "although", "there", "are", "microorganisms", "such", "as", "Mucorales", ",", "Fusarium", "spp", ".", "and", "Scedosporium", "spp", ".", "that", "are", "emerging", "fungal", "groups", "that", "should", "be", "included", "in", "our", "differential", "diagnosis", ".", "-", "Mycobacteria", ":", "some", "of", "the", "most", "common", "species", "are", "M", ".", "avium", ",", "M", ".", "kansasii", ",", "M", ".", "xenopi", "and", "M", ".", "haemophilum", ".", "Evolution", "Despite", "broad-spectrum", "empirical", "treatment", ",", "the", "patient", "continued", "with", "fever", "and", "increased", "acute", "phase", "reactants", ",", "in", "a", "situation", "of", "severe", "pancytopenia", "with", "absolute", "neutropenia", "from", "day", "+", "6", "of", "treatment", ".", "It", "was", "decided", "to", "perform", "a", "skin", "biopsy", "for", "pathology", "and", "microbiology", ",", "together", "with", "a", "new", "blood", "culture", ".", "On", "consecutive", "days", ",", "while", "awaiting", "microbiological", "results", ",", "the", "patient", "began", "to", "deteriorate", "clinically", ",", "and", "treatment", "was", "extended", "on", "day", "+", "22", "of", "induction", "to", "meropenem", "2g", "every", "8", "hours", ",", "linezolid", "600mg", "every", "12", "hours", ",", "acyclovir", "1000mg", "every", "8", "hours", "and", "liposomal", "amphotericin", "B", "at", "a", "dose", "of", "3mg", "/", "kg", ".", "Little", "improvement", "in", "general", "condition", ",", "with", "the", "appearance", "of", "visual", "disturbances", "and", "subconjunctival", "haemorrhage", ".", "Various", "complementary", "tests", "were", "ordered", ":", "-", "Blood", "tests", "with", "progressive", "worsening", ":", "haemoglobin", "7", ".", "5", "g", "/", "dL", ",", "13", ",", "000", "platelets", ",", "10", "neutrophils", ",", "creatinine", "1", ".", "3", "mg", "/", "dL", ",", "albumin", "1", ".", "8", "g", "/", "dL", ",", "LDH", "280", "U", "/", "L", ",", "CRP", "300", "mg", "/", "dL", ",", "blood", "PCR", "300", "mg", "/", "dL", ".", "-", "Blood", "PCR", "CMV", ",", "HSV1", ",", "HSV2", "and", "EBV", "negative", ".", "-", "Auramine", "stain", ",", "culture", "of", "Actinomyces", "spp", ".", ",", "Brucella", "spp", ".", "and", "Nocardia", "spp", ".", "negative", ".", "-", "Chest", "X-ray", "with", "no", "significant", "findings", ".", "On", "suspicion", "of", "cutaneous", "septic", "emboli", ",", "an", "echocardiogram", "and", "abdominal", "ultrasound", "were", "performed", ",", "with", "no", "significant", "alterations", ".", "Finally", ",", "Fusarium", "solani", "was", "isolated", "in", "both", "blood", "culture", "and", "skin", "biopsy", "culture", ",", "pending", "fungigram", ",", "suspending", "antifungals", "and", "adding", "isavuconazole", "on", "day", "+", "26", "of", "the", "cycle", "with", "a", "loading", "dose", "of", "200mg", "every", "8", "hours", "for", "48", "hours", "and", "then", "200", "mg", "every", "24", "hours", "for", "maintenance", ",", "prescribed", "for", "compassionate", "use", "given", "the", "poor", "evolution", "of", "the", "patient", "with", "the", "antifungals", "prescribed", "up", "to", "that", "time", ".", "Finally", ",", "on", "the", "third", "day", "of", "starting", "isavuconazole", "and", "despite", "improvement", "of", "the", "skin", "lesions", ",", "he", "suffered", "septic", "shock", "with", "respiratory", "failure", "and", "bilateral", "pulmonary", "infiltrates", ",", "causing", "the", "patient", "'", "s", "death", "on", "day", "+", "29", "of", "the", "cycle", ".", "Final", "diagnosis", "Disseminated", "fusariosis", "with", "cutaneous", ",", "pulmonary", "and", "probably", "ocular", "septic", "metastases", ".", "Relapsed", "acute", "lymphoblastic", "leukaemia", "B", "in", "the", "course", "of", "induction", "treatment", "." ]

[ 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 3, 0, 3, 4, 3, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Patient", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 7 }, { "text": "Aspergillus spp", "label": "SPECIES", "start": 2942, "end": 2957 }, { "text": "bacteria", "label": "SPECIES", "start": 2452, "end": 2460 }, { "text": "bacteria", "label": "SPECIES", "start": 2603, "end": 2611 }, { "text": "fungi", "label": "SPECIES", "start": 2445, "end": 2450 }, { "text": "fungi", "label": "SPECIES", "start": 2596, "end": 2601 }, { "text": "mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 2462, "end": 2474 }, { "text": "mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 2632, "end": 2644 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2078, "end": 2085 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2872, "end": 2879 }, { "text": "Pseudomonas spp", "label": "SPECIES", "start": 2769, "end": 2784 }, { "text": "species", "label": "SPECIES", "start": 2988, "end": 2995 }, { "text": "host", "label": "SPECIES", "start": 2222, "end": 2226 }, { "text": "non-tuberculous mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 2616, "end": 2644 }, { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 2919, "end": 2933 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 2545, "end": 2550 }, { "text": "Mucorales", "label": "SPECIES", "start": 2959, "end": 2968 }, { "text": "Fusarium spp", "label": "SPECIES", "start": 3004, "end": 3016 }, { "text": "Scedosporium spp", "label": "SPECIES", "start": 3021, "end": 3037 }, { "text": "fungal", "label": "SPECIES", "start": 2898, "end": 2904 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3098, "end": 3105 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3242, "end": 3249 }, { "text": "Actinomyces spp", "label": "SPECIES", "start": 3580, "end": 3595 }, { "text": "Bacteria", "label": "SPECIES", "start": 3362, "end": 3370 }, { "text": "Brucella spp", "label": "SPECIES", "start": 3566, "end": 3578 }, { "text": "Nocardia spp", "label": "SPECIES", "start": 3599, "end": 3611 }, { "text": "Pseudomonas spp", "label": "SPECIES", "start": 3521, "end": 3536 }, { "text": "staphylococci", "label": "SPECIES", "start": 3446, "end": 3459 }, { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 3391, "end": 3405 }, { "text": "Stenotrophomona maltophila", "label": "SPECIES", "start": 3538, "end": 3564 }, { "text": "Cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 3633, "end": 3648 }, { "text": "virus", "label": "SPECIES", "start": 3663, "end": 3668 }, { "text": "virus", "label": "SPECIES", "start": 3685, "end": 3690 }, { "text": "virus", "label": "SPECIES", "start": 3724, "end": 3729 }, { "text": "Epstein-Barr virus", "label": "SPECIES", "start": 3650, "end": 3668 }, { "text": "herpes simplex virus 1 and 2", "label": "SPECIES", "start": 3670, "end": 3698 }, { "text": "herpes simplex virus 1", "label": "SPECIES", "start": 3670, "end": 3692 }, { "text": "Aspergillus spp", "label": "SPECIES", "start": 3757, "end": 3772 }, { "text": "Candida spp", "label": "SPECIES", "start": 3740, "end": 3751 }, { "text": "Fungi", "label": "SPECIES", "start": 3733, "end": 3738 }, { "text": "fungi", "label": "SPECIES", "start": 3800, "end": 3805 }, { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 3860, "end": 3874 }, { "text": "Mucorales", "label": "SPECIES", "start": 3883, "end": 3892 }, { "text": "Fusarium spp", "label": "SPECIES", "start": 3894, "end": 3906 }, { "text": "Scedosporium spp", "label": "SPECIES", "start": 3912, "end": 3928 }, { "text": "fungal", "label": "SPECIES", "start": 3948, "end": 3954 }, { "text": "Mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 4019, "end": 4031 }, { "text": "species", "label": "SPECIES", "start": 4057, "end": 4064 }, { "text": "M. avium", "label": "SPECIES", "start": 4069, "end": 4077 }, { "text": "M. kansasii", "label": "SPECIES", "start": 4079, "end": 4090 }, { "text": "M. xenopi", "label": "SPECIES", "start": 4092, "end": 4101 }, { "text": "M. haemophilum", "label": "SPECIES", "start": 4106, "end": 4120 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4181, "end": 4188 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4509, "end": 4516 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 5103, "end": 5106 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 5123, "end": 5126 }, { "text": "HSV1", "label": "SPECIES", "start": 5108, "end": 5112 }, { "text": "HSV2", "label": "SPECIES", "start": 5114, "end": 5118 }, { "text": "Actinomyces spp", "label": "SPECIES", "start": 5166, "end": 5181 }, { "text": "Brucella spp", "label": "SPECIES", "start": 5184, "end": 5196 }, { "text": "Nocardia spp", "label": "SPECIES", "start": 5202, "end": 5214 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5748, "end": 5755 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6001, "end": 6008 }, { "text": "antifungals", "label": "SPECIES", "start": 5518, "end": 5529 }, { "text": "antifungals", "label": "SPECIES", "start": 5765, "end": 5776 }, { "text": "Fusarium solani", "label": "SPECIES", "start": 5412, "end": 5427 }, { "text": "fungigram", "label": "SPECIES", "start": 5496, "end": 5505 } ]

[ "33-year-old", "woman", ",", "with", "a", "history", "of", "HIV", "infection", "on", "antiretroviral", "treatment", ",", "who", "stayed", "in", "Brazil", "for", "10", "days", ".", "One", "week", "after", "her", "return", "to", "Chile", ",", "she", "presented", "with", "brownish-black", "papular", "skin", "lesions", ",", "pruritic", "and", "painful", "on", "palpation", ",", "5-6", "mm", "in", "diameter", ",", "on", "the", "sole", "of", "the", "left", "foot", ".", "Dermoscopy", "revealed", "a", "dark", "brown", "central", "ring", "surrounded", "by", "a", "whitish", "hyperkeratotic", "halo", ".", "Dermoscopic", "image", "of", "a", "lesion", "on", "the", "sole", "of", "the", "left", "foot", ".", "A", "dark", "brown", "central", "ring", "surrounded", "by", "a", "whitish", "halo", "with", "a", "hyperkeratotic", "surface", ".", "Treatment", "consisted", "of", "excision", "and", "curettage", "of", "the", "lesion", "bed", "followed", "by", "cryotherapy", "with", "liquid", "nitrogen", ".", "The", "image", "of", "the", "flea", ",", "once", "removed", ",", "showed", "a", "yellowish-brown", "structure", "and", "some", "whitish", "eggs", "in", "its", "periphery", ",", "compatible", "with", "the", "presence", "of", "the", "parasite", ".", "Image", "of", "the", "flea", "after", "removal", ".", "A", "yellowish-brown", "structure", "and", "some", "whitish", "eggs", "on", "its", "periphery", ",", "compatible", "with", "the", "presence", "of", "the", "parasite", ",", "can", "be", "seen", ".", "The", "patient", "evolved", "satisfactorily", ",", "with", "no", "new", "lesions", ".", "Diagnosis", "Considering", "the", "morphology", "and", "location", "of", "the", "lesions", "associated", "with", "a", "history", "of", "travel", "to", "tungiasis", "endemic", "areas", ",", "the", "diagnosis", "was", "made", "clinically", "without", "the", "need", "for", "histopathological", "analysis", ".", "Tungiasis", "caused", "by", "the", "haematophagous", "flea", "Tunga", "penetrans", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 3, 4, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 12, "end": 17 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 37, "end": 40 }, { "text": "antiretroviral", "label": "SPECIES", "start": 54, "end": 68 }, { "text": "parasite", "label": "SPECIES", "start": 787, "end": 795 }, { "text": "parasite", "label": "SPECIES", "start": 934, "end": 942 }, { "text": "flea", "label": "SPECIES", "start": 656, "end": 660 }, { "text": "flea", "label": "SPECIES", "start": 810, "end": 814 }, { "text": "eggs", "label": "SPECIES", "start": 728, "end": 732 }, { "text": "eggs", "label": "SPECIES", "start": 875, "end": 879 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 963, "end": 970 }, { "text": "flea", "label": "SPECIES", "start": 1268, "end": 1272 }, { "text": "haematophagous flea", "label": "SPECIES", "start": 1253, "end": 1272 }, { "text": "Tunga penetrans", "label": "SPECIES", "start": 1273, "end": 1288 } ]

[ "", "A", "46-year-old", "man", "from", "Wuhan", "(", "China", ")", ",", "otherwise", "healthy", ",", "presented", "to", "our", "emergency", "department", "with", "persistent", "fever", "of", "9", "days", "'", "evolution", ".", "He", "had", "been", "well", "until", "9", "days", "prior", "to", "admission", ",", "when", "he", "developed", "a", "fever", "of", "38", ".", "3", "°", "C", "without", "respiratory", "symptoms", "such", "as", "rhinorrhoea", ",", "nasal", "congestion", ",", "sore", "throat", ",", "cough", ",", "expectoration", "or", "dyspnoea", ".", "He", "had", "travelled", "to", "Japan", "3", "days", "prior", "to", "admission", "and", "came", "to", "our", "hospital", ".", "On", "admission", ",", "his", "vital", "signs", "were", "as", "follows", ":", "temperature", "37", ".", "1", "°", "C", ";", "blood", "pressure", "120", "/", "82", "mmHg", ";", "pulse", "80", "bpm", ";", "respiratory", "rate", "18", "bpm", ";", "oxygen", "saturation", "95", "%", "on", "room", "air", ".", "Physical", "examination", "revealed", "no", "crackles", ".", "A", "rapid", "influenza", "antigen", "test", "was", "negative", ".", "A", "chest", "CT", "scan", "revealed", "bilateral", "ground-glass", "opacities", ".", "A", "PCR", "test", "for", "severe", "acute", "respiratory", "syndrome", "coronavirus", "(", "SARS-CoV-2", ")", "was", "positive", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 18 }, { "text": "severe acute respiratory syndrome coronavirus", "label": "SPECIES", "start": 750, "end": 795 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 797, "end": 807 }, { "text": "influenza", "label": "SPECIES", "start": 639, "end": 648 } ]

[ "Reason", "for", "consultation", "Skin", "rash", "on", "legs", "and", "arms", "of", "three", "days", "'", "evolution", "in", "a", "patient", "who", "four", "days", "ago", "had", "taken", "ciprofloxacin", "500", "mg", "orally", ",", "single", "dose", ",", "as", "prophylaxis", "for", "contact", "with", "meningococcus", ".", "Individual", "approach", "Male", ",", "27", "years", "old", ".", "Allergic", "to", "penicillin", ".", "Personal", "and", "family", "history", "not", "relevant", ".", "Anamnesis", ":", "he", "came", "to", "the", "primary", "care", "clinic", "stating", "that", "four", "days", "ago", ",", "while", "on", "duty", "at", "the", "hospital", "where", "he", "worked", ",", "he", "had", "helped", "to", "perform", "a", "lumbar", "puncture", "on", "a", "patient", "suspected", "of", "having", "bacterial", "meningitis", ".", "Subsequently", ",", "when", "the", "diagnosis", "was", "confirmed", ",", "all", "healthcare", "staff", "in", "contact", "with", "the", "patient", "had", "to", "take", "ciprofloxacin", "500", "mg", "single", "dose", "orally", "as", "a", "prophylactic", "measure", ".", "Less", "than", "24", "hours", "later", ",", "small", ",", "discreetly", "pruritic", "pink", "skin", "lesions", "began", "to", "appear", "on", "the", "trunk", ",", "arms", "and", "legs", ",", "evolving", "to", "purplish", "and", "increasing", "in", "size", ",", "even", "coalescing", "to", "form", "small", "plaques", ",", "especially", "on", "the", "front", "of", "the", "legs", ".", "Currently", "there", "is", "no", "pruritus", "or", "fever", ".", "She", "denies", "any", "previous", "illness", "or", "risky", "sexual", "behaviour", ".", "Physical", "examination", "revealed", "a", "good", "general", "state", "of", "health", ".", "There", "were", "circular", "\"", "bull", "'", "s-eye", "\"", "erythematous", "violaceous", "lesions", ",", "some", "with", "central", "blistering", ",", "symmetrical", ",", "predominantly", "acral", ".", "No", "alteration", "of", "mucous", "membranes", "or", "lips", ".", "Complementary", "tests", ":", "CBC", "with", "leukocytosis", "(", "15390", "leukocytes", ")", "and", "neutrophilia", "(", "13560", "neutrophils", ",", "88", "%", ")", ",", "erythrocyte", "sedimentation", "rate", "(", "ESR", ")", "33", "mm", ".", "Biochemistry", ":", "glucose", "120", "mg", "/", "dl", ",", "C-reactive", "protein", "(", "CRP", ")", "24", ".", "4", "mg", "/", "l", ",", "rest", "normal", ".", "Coagulation", "normal", ",", "except", "for", "fibrinogen", "6", ".", "0", "g", "/", "l", ".", "Urine", "normal", ".", "Family", "and", "community", "approach", "Male", ",", "27", "years", "old", ",", "Spanish", "nationality", ".", "Single", "but", "with", "a", "stable", "partner", "(", "stage", "1", "according", "to", "McGoldrick", "'", "s", "family", "cycle", ")", ",", "no", "children", ";", "he", "lives", "outside", "the", "family", "nucleus", "for", "work", "reasons", ".", "Medium-high", "cultural", "level", ",", "profession", ":", "nurse", ".", "Clinical", "judgement", "Erythema", "multiforme", "or", "polymorphous", "minor", ".", "Differential", "diagnosis", "with", "other", "blistering", "diseases", ":", "pemphigus", "vulgaris", ",", "bullous", "pemphigoid", ",", "dermatitis", "herpetiformis", ",", "herpetic", "primoinfection", ",", "lupus", ",", "vasculitis", ",", "etc", ".", "Action", "plan", "and", "evolution", "Referral", "to", "Dermatology", ".", "Primary", "care", "prescribes", "prednisone", "30", "mg", "on", "a", "descending", "scale", "for", "18", "days", ".", "The", "patient", "came", "to", "Dermatology", "quite", "improved", ",", "with", "only", "a", "few", "residual", "brownish", "lesions", "on", "the", "legs", ".", "Epithelialising", "lotion", "was", "prescribed", ".", "When", "he", "returned", "to", "Primary", "Care", "for", "a", "check-up", ",", "the", "lesions", "had", "completely", "disappeared", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "single", "label": "HUMAN", "start": 146, "end": 152 }, { "text": "meningococcus", "label": "SPECIES", "start": 191, "end": 204 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 81, "end": 88 }, { "text": "Male", "label": "HUMAN", "start": 227, "end": 231 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 284, "end": 290 }, { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 271, "end": 279 }, { "text": "single", "label": "HUMAN", "start": 662, "end": 668 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 482, "end": 489 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 621, "end": 628 }, { "text": "staff", "label": "HUMAN", "start": 595, "end": 600 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 510, "end": 519 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 1578, "end": 1584 }, { "text": "Single", "label": "HUMAN", "start": 1649, "end": 1655 }, { "text": "Male", "label": "HUMAN", "start": 1608, "end": 1612 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 1717, "end": 1723 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 1766, "end": 1772 }, { "text": "children", "label": "HUMAN", "start": 1735, "end": 1743 }, { "text": "partner", "label": "HUMAN", "start": 1674, "end": 1681 }, { "text": "herpetic", "label": "SPECIES", "start": 2030, "end": 2038 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2211, "end": 2218 } ]

[ "This", "is", "a", "66-year-old", "man", "with", "a", "history", "of", "pulmonary", "neoplasia", "(", "stage", "iiiB", "non-small", "cell", "carcinoma", ")", "treated", "with", "chemotherapy", "and", "radiotherapy", ",", "who", "remained", "free", "of", "disease", ",", "with", "the", "subsequent", "appearance", "of", "a", "brain", "metastasis", "on", "which", "complete", "resection", "was", "carried", "out", "pending", "the", "start", "of", "holocranial", "radiotherapy", ".", "He", "came", "to", "the", "emergency", "department", "with", "dyspnoea", "on", "minimal", "exertion", "for", "10", "days", "and", "fever", "of", "up", "to", "39", "°", "C", ".", "She", "denied", "cough", "and", "expectoration", ".", "There", "was", "no", "epidemiological", "history", "of", "interest", ".", "He", "started", "antibiotic", "treatment", "on", "an", "outpatient", "basis", "without", "improvement", ".", "On", "arrival", "he", "presented", "severe", "respiratory", "failure", "requiring", "high", "FiO2", "and", "was", "admitted", "to", "the", "critical", "care", "unit", "of", "our", "centre", ".", "He", "presented", "rapid", "progression", "of", "respiratory", "failure", "and", "at", "24h", "required", "orotracheal", "intubation", "and", "mechanical", "ventilation", ".", "The", "initial", "chest", "X-ray", "showed", "an", "alveolar", "infiltrate", "in", "the", "left", "base", "with", "the", "appearance", "of", "bilateral", "pulmonary", "infiltrates", "in", "subsequent", "controls", ".", "Pulmonary", "artery", "catheterisation", "ruled", "out", "heart", "failure", ",", "with", "pulmonary", "capillary", "pressure", "below", "18mmHg", ",", "showing", "signs", "of", "moderate", "pulmonary", "hypertension", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "the", "appearance", "of", "disseminated", "intravascular", "coagulation", "(", "D-dimer", "greater", "than", "20", ",", "000ng", "/", "ml", ",", "maximum", "thrombocytopenia", "of", "47", ",", "000", "/", "l", "and", "maximum", "prothrombin", "time", "of", "1", ".", "58", "ratio", ")", ",", "acute", "renal", "failure", "with", "creatinine", "levels", "of", "up", "to", "2", ".", "33mg", "/", "dl", "and", "elevated", "lactate", "dehydrogenase", "(", "LDH", ")", "with", "maximum", "values", "of", "2", ",", "305U", "/", "l", ".", "Antibiotic", "treatment", "was", "started", "empirically", "with", "piperacillin-tazobactam", "and", "azithromycin", ",", "and", "corticosteroids", "were", "subsequently", "added", ".", "Given", "the", "poor", "evolution", ",", "with", "persistent", "severe", "respiratory", "insufficiency", "and", "worsening", "of", "the", "pulmonary", "infiltrates", "of", "an", "unrelated", "cause", ",", "a", "thoracic", "CT", "scan", "was", "performed", "showing", "very", "extensive", "bilateral", "parenchymal", "involvement", "in", "ground", "glass", ",", "with", "a", "radiological", "appearance", "indicating", "diffuse", "alveolar", "damage", "or", "an", "infectious", "process", "of", "atypical", "characteristics", ".", "Bronchoalveolar", "lavage", "was", "performed", "with", "negative", "bacteriological", "culture", ",", "negative", "Ziehl-Nielsen", "and", "negative", "Pneumocystis", "jirovecii", ".", "Serology", "for", "atypical", "pneumonia", "(", "Legionella", ",", "Chlamydia", ",", "etc", ".", ")", "was", "requested", "and", "was", "negative", ".", "Finally", ",", "given", "the", "clinical", "characteristics", "and", "in", "a", "pandemic", "situation", "for", "the", "influenza", "A", "(", "H1N1", ")", "virus", ",", "probable", "infection", "by", "the", "virus", "was", "suspected", ",", "a", "nasal", "and", "pharyngeal", "swab", "was", "performed", ",", "and", "the", "real-time", "polymerase", "chain", "reaction", "(", "RT-PCR", ")", "was", "positive", ",", "for", "which", "treatment", "with", "oseltamivir", "was", "added", ".", "The", "patient", "had", "a", "good", "clinical", "evolution", "with", "rapid", "improvement", "of", "the", "radiological", "infiltrates", ",", "and", "weaning", "from", "ventilation", "was", "carried", "out", "without", "incident", ".", "The", "patient", "was", "discharged", "after", "one", "month", "of", "hospitalisation", ".", "None", "of", "the", "healthcare", "professionals", "who", "attended", "the", "patient", "presented", "symptoms", "indicative", "of", "influenza", "in", "the", "following", "days", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Pneumocystis jirovecii", "label": "SPECIES", "start": 2100, "end": 2122 }, { "text": "Legionella", "label": "SPECIES", "start": 2157, "end": 2167 }, { "text": "Chlamydia", "label": "SPECIES", "start": 2169, "end": 2178 }, { "text": "virus", "label": "SPECIES", "start": 2317, "end": 2322 }, { "text": "virus", "label": "SPECIES", "start": 2350, "end": 2355 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2533, "end": 2540 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2694, "end": 2701 }, { "text": "bacteriological", "label": "SPECIES", "start": 2039, "end": 2054 }, { "text": "influenza A (H1N1) virus", "label": "SPECIES", "start": 2298, "end": 2322 }, { "text": "critical", "label": "SPECIES", "start": 684, "end": 692 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2808, "end": 2815 } ]

[ "A", "35-year-old", "man", "was", "admitted", "for", "diplopia", ",", "headache", ",", "fever", ",", "vomiting", "and", "weakness", "in", "the", "lower", "limbs", "since", "2", "days", "previously", ".", "He", "referred", "catarrhal", "symptoms", "the", "previous", "week", ".", "He", "had", "a", "history", "of", "smoking", "and", "occasional", "cocaine", "use", ".", "Examination", "revealed", "reddish", "para-sternal", "skin", "lesions", "without", "petechiae", ",", "bradypsychia", ",", "binocular", "diplopia", "and", "paresis", "in", "the", "lower", "limbs", ",", "without", "meningeal", "signs", "or", "sensory", "alterations", ".", "Complementary", "tests", "including", "CBC", ",", "urine", "toxicology", ",", "chest", "X-ray", "and", "cranial", "CT", "scan", "were", "normal", ".", "Cerebrospinal", "fluid", "analysis", "showed", "clear", "fluid", ",", "glucose", "59", "mg", "/", "dl", ",", "protein", "88", "mg", "/", "dl", "and", "leukocytes", "169", "/", "mm3", "(", ">", "95", "%", "lymphocytes", "+", "monocytes", ")", ",", "ADA", "11", ".", "2", ",", "red", "blood", "cells", "0", ".", "He", "was", "admitted", "with", "a", "diagnosis", "of", "lymphocytic", "meningitis", "and", "treatment", "was", "started", "with", "ceftriaxone", ",", "acyclovir", ",", "ampicillin", "and", "dexamethasone", ".", "On", "the", "ward", ",", "the", "study", "was", "extended", "with", "blood", "cultures", ",", "plasma", "and", "CSF", "serology", "for", "different", "parasites", ",", "viruses", "and", "mycobacteria", ",", "all", "negative", ",", "except", "for", "a", "first", "Elisa", "for", "HIV", ",", "weakly", "positive", ",", "which", "was", "confirmed", "with", "a", "strong", "positive", "in", "a", "second", "test", "a", "few", "days", "later", ",", "with", "a", "positive", "Western-Blot", "and", "HIV-RNA", "in", "CSF", "of", "396", ",", "786", "copies", "/", "ml", ".", "On", "questioning", ",", "the", "patient", "reported", "risky", "sexual", "relations", "and", "two", "episodes", "of", "herpes", "zoster", ".", "In", "the", "following", "days", "he", "presented", "neurological", "worsening", "with", "paraparesis", ",", "sensory", "alterations", "(", "hypoaesthesia", "in", "the", "lower", "extremities", ",", "abdominal", "dysaesthesia", ",", "facial", "hypoaesthesia", ")", "and", "patellar", "arreflexia", ",", "with", "an", "electromyogram", "showing", "acute", "polyradiculoneuritis", "of", "proximal", "predominance", ",", "suggestive", "of", "a", "variant", "of", "Guillain-Barré", "Syndrome", ".", "Progressively", ",", "the", "patient", "presented", "with", "a", "fluctuating", "level", "of", "consciousness", "with", "disorientation", "and", "agitation", ",", "so", "a", "cranial", "CT", "and", "MRI", "scan", "and", "lumbar", "puncture", "were", "performed", ",", "with", "normal", "results", ",", "and", "an", "electroencephalogram", ",", "with", "a", "pattern", "compatible", "with", "diffuse", "encephalopathy", ".", "Shock", "treatment", "was", "started", "with", "zidovudine", ",", "lamivudine", ",", "raltegravir", "and", "darunavir", "/", "ritonavir", ",", "the", "latter", "drug", "being", "discontinued", "after", "a", "few", "weeks", ".", "The", "patient", "showed", "progressive", "improvement", ",", "with", "no", "neurological", "sequelae", "except", "for", "a", "slightly", "paretic", "gait", ".", "The", "final", "diagnosis", "was", "meningoencephalitis", "and", "polyradiculopathy", "associated", "with", "primary", "HIV", "infection", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0 ]

[ { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1004, "end": 1007 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1137, "end": 1140 }, { "text": "mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 947, "end": 959 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1194, "end": 1201 }, { "text": "parasites", "label": "SPECIES", "start": 924, "end": 933 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2245, "end": 2248 } ]

[ "We", "present", "the", "clinical", "case", "of", "a", "five-year-old", "boy", "with", "atopic", "dermatitis", "since", "the", "first", "months", "of", "life", ",", "with", "no", "other", "personal", "or", "family", "history", "of", "interest", ".", "As", "an", "infectious", "history", ",", "he", "had", "suffered", "chickenpox", "a", "year", "earlier", "without", "complications", "and", "a", "lesion", "compatible", "with", "herpes", "labialis", "on", "his", "father", "a", "few", "days", "earlier", ".", "The", "patient", "consulted", "the", "emergency", "department", "for", "vesicular", ",", "erythematous", "skin", "lesions", "that", "had", "been", "present", "for", "two", "days", ".", "Some", "of", "the", "lesions", "showed", "signs", "of", "impetiginisation", "without", "signs", "of", "cellulitis", ".", "The", "skin", "lesions", "were", "distributed", "on", "both", "lower", "and", "upper", "limbs", "and", "trunk", ".", "The", "rest", "of", "the", "examination", "was", "unremarkable", ".", "Fever", "of", "38", "°", "C", "maximum", "since", "twelve", "hours", "before", ".", "No", "other", "symptoms", ".", "There", "was", "no", "family", "history", "of", "infection", "at", "the", "time", "of", "consultation", ".", "On", "suspicion", "of", "Kaposi", "'", "s", "varicelliform", "rash", ",", "it", "was", "decided", "to", "admit", "her", "for", "the", "start", "of", "intravenous", "treatment", "with", "acyclovir", "at", "20", "mg", "/", "kg", "/", "day", ".", "Oral", "amoxicillin-clavulanic", "acid", "50", "mg", "/", "kg", "/", "day", "and", "daily", "treatment", "with", "chlorhexidine", "were", "added", "to", "the", "treatment", ".", "On", "admission", ",", "an", "analytical", "study", "was", "performed", "with", "a", "haemogram", "and", "biochemistry", ",", "without", "elevation", "of", "acute", "phase", "reactants", ",", "and", "serology", "was", "extracted", "for", "herpes", "simplex", "virus", "1", "and", "2", ",", "Coxsackie", ",", "cytomegalovirus", ",", "toxoplasma", ",", "Epstein", "Barr", "virus", ",", "parvovirus", "and", "human", "herpes", "virus", "type", "6", ".", "The", "clinical", "course", "was", "favourable", ",", "with", "fever", "disappearing", "within", "24", "hours", "of", "admission", "and", "no", "systemic", "or", "cutaneous", "complications", ".", "From", "the", "third", "day", "onwards", ",", "the", "lesions", "were", "all", "in", "the", "crusting", "phase", "with", "progressive", "detachment", "of", "the", "crusted", "lesions", "without", "incident", ".", "Discharge", "was", "decided", "on", "the", "fourth", "day", "of", "admission", ",", "completing", "oral", "treatment", "with", "acyclovir", "for", "a", "further", "seven", "days", ".", "One", "week", "after", "admission", ",", "the", "patient", "showed", "no", "signs", "of", "skin", "lesions", "except", "for", "his", "known", "atopic", "dermatitis", ".", "The", "serology", "result", "was", "negative", "for", "all", "the", "tests", "except", "IgM", "positive", "for", "herpes", "simplex", "virus", "type", "1", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "father", "label": "HUMAN", "start": 303, "end": 309 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 121, "end": 129 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 133, "end": 139 }, { "text": "chickenpox", "label": "SPECIES", "start": 203, "end": 213 }, { "text": "herpes", "label": "SPECIES", "start": 280, "end": 286 } ]

[ "", "An", "83-year-old", "non-smoking", "woman", "presented", "to", "our", "hospital", "on", "12", "March", "2020", "with", "fever", ",", "malaise", ",", "headache", ",", "dry", "cough", "and", "dyspnoea", ".", "She", "had", "a", "history", "of", "mild", "intermittent", "asthma", ",", "treated", "with", "albuterol", "inhaler", "on", "demand", ",", "mitral", "valve", "prolapse", "with", "moderate", "to", "severe", "mitral", "regurgitation", "and", "ulcerative", "colitis", ",", "adequately", "controlled", "with", "oral", "budesonide", "(", "3", "mg", "/", "day", "with", "progressive", "tapering", ")", "and", "maintenance", "sulfasalazine", "(", "1500", "mg", "twice", "daily", ")", ".", "His", "symptoms", "had", "started", "about", "two", "weeks", "before", "the", "first", "visit", ",", "shortly", "after", "a", "trip", "from", "Florida", "to", "Massachusetts", ",", "and", "had", "not", "improved", "with", "azithromycin", "and", "amoxicillin", "/", "clavulanate", ".", "In", "the", "ED", ",", "he", "had", "a", "fever", "of", "39", ".", "3", "°", "C", "and", "room", "air", "saturation", "of", "86", "%", ",", "which", "improved", "to", "95", "%", "with", "nasal", "cannula", "oxygen", "therapy", "at", "5", "litres", "per", "minute", ".", "Initial", "laboratory", "tests", "showed", "leukocytosis", "and", "relative", "lymphocytopenia", "(", "absolute", "lymphocyte", "count", "1090", "cells", "/", "microlitre", ")", ".", "A", "chest", "CT", "scan", "was", "remarkable", "for", "diffuse", "bilateral", "ground-glass", "opacities", ",", "with", "patchy", "bands", "of", "atelectasis", "and", "small", "nodular", "nuclei", "of", "consolidation", ",", "with", "a", "distribution", "suggestive", "of", "viral", "pneumonia", ".", "Slight", "cystic", "changes", "were", "also", "seen", "in", "the", "affected", "regions", ".", "She", "was", "admitted", "to", "the", "intensive", "care", "unit", "(", "ICU", ")", "and", "placed", "under", "strict", "isolation", ",", "taking", "into", "account", "a", "possible", "out-of-hospital", "SARS-CoV-2", "infection", ".", "She", "presented", "with", "worsening", "tachypnoea", "with", "respiratory", "rate", "of", "40", "r", ".", "p", ".", "m", ".", "and", "hypoxia", "with", "an", "oxygen", "saturation", "of", "80", "%", ",", "requiring", "oxygen", "therapy", "by", "means", "of", "a", "reservoir", "mask", "at", "a", "rate", "of", "15", "L", "/", "min", ".", "Arterial", "blood", "gases", "gave", "an", "arterial", "partial", "pressure", "of", "oxygen", "(", "PaO2", ")", "of", "63", "mm", "Hg", "with", "oxygen", "therapy", "at", "15", "L", "/", "min", ".", "The", "patient", "was", "intubated", "due", "to", "hypoxaemic", "respiratory", "failure", "and", "maintained", "on", "assisted", "ventilation", "with", "the", "ARDSNet", "low", "tidal", "volume", "protocol", ".", "Her", "PaO2", "/", "FiO2", "(", "ratio", "of", "PaO2", "to", "fraction", "of", "inspired", "oxygen", "[", "FiO2", "]", ")", "was", "consistent", "with", "moderate", "ARDS", ".", "Extensive", "additional", "testing", "for", "viral", ",", "bacterial", "and", "fungal", "organisms", "confirmed", "the", "diagnosis", "of", "SARS-CoV-2", "infection", ",", "based", "on", "the", "detection", "of", "SARS-CoV-2", "RNA", "in", "a", "nasopharyngeal", "swab", ".", "In", "addition", ",", "the", "serum", "(", "1", ",", "3", ")", "-", "β-D-glucan", "value", "was", "clearly", "high", "at", "305", "pg", "/", "mL", "(", "reference", "value", "<", "80", "pg", "/", "mL", ")", ",", "which", "implied", "further", "testing", "for", "P", ".", "jirovecii", "by", "qualitative", "real-time", "PCR", "from", "a", "tracheal", "aspirate", ",", "which", "was", "positive", "(", "fluorescence", "value", "0", ".", "160", "at", "melting", "temperature", "[", "Tm", "]", "62", ".", "4", "°", "C", ";", "minimum", "fluorescence", "signal", "intensity", "for", "positive", "result", "≥", "0", ".", "020", ")", ".", "In", "addition", ",", "it", "showed", "no", "apparent", "clinical", "features", "associated", "with", "a", "false-positive", "(", "1", ",", "3", ")", "-", "β-D-glucan", "determination", ",", "such", "as", "exposure", "to", "haemodialysis", "membranes", ",", "intravenous", "immunoglobulin", ",", "albumin", "dressings", "or", "intravenous", "beta-lactam", "antibiotics", ".", "The", "human", "immunodeficiency", "virus", "(", "HIV", ")", "-", "1", "/", "2", "antibody", "/", "antigen", "test", "was", "negative", ".", "However", ",", "the", "CD4", "+", "T-lymphocyte", "count", "was", "low", "at", "291", "cells", "/", "microlitre", "(", "reference", "value", "441-2156", "cells", "/", "microlitre", ")", ",", "as", "was", "the", "CD4", "+", "/", "CD8", "+", "ratio", "(", "1", ".", "18", ";", "reference", "value", "1", ".", "20-5", ".", "30", ")", ".", "The", "patient", "was", "treated", "with", "trimethoprim", "/", "sulfamethoxazole", "(", "TMP", "/", "SMX", ")", "and", "extubated", "on", "hospital", "day", "7", ".", "The", "serum", "(", "1", ",", "3", ")", "-", "β-D-glucan", "value", "obtained", "one", "week", "after", "starting", "treatment", "was", "significantly", "reduced", "(", "90", "pg", "/", "mL", ")", ".", "In", "addition", ",", "the", "CD4", "+", "T-lymphocyte", "count", "ten", "days", "after", "the", "initial", "consultation", "showed", "an", "improvement", "(", "730", "cells", "/", "microlitre", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 1928, "end": 1937 }, { "text": "fungal", "label": "SPECIES", "start": 1942, "end": 1948 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 28, "end": 33 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1642, "end": 1649 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2941, "end": 2948 }, { "text": "human immunodeficiency virus", "label": "SPECIES", "start": 2686, "end": 2714 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 1090, "end": 1095 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 1921, "end": 1926 }, { "text": "virus", "label": "SPECIES", "start": 2709, "end": 2714 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 1301, "end": 1311 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 1986, "end": 1996 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 2034, "end": 2044 }, { "text": "P. jirovecii", "label": "SPECIES", "start": 2215, "end": 2227 }, { "text": "organisms", "label": "SPECIES", "start": 1949, "end": 1958 } ]

[ "Anamnesis", "A", "47-year-old", "man", "with", "no", "past", "history", "of", "interest", "was", "brought", "to", "the", "emergency", "department", "for", "blunt", "abdominal", "trauma", "following", "a", "traffic", "accident", ".", "On", "arrival", ",", "an", "acute", "abdomen", "was", "observed", "and", "he", "underwent", "exploratory", "laparotomy", "which", "revealed", "a", "large", "amount", "of", "free", "blood", "in", "the", "peritoneal", "cavity", "secondary", "to", "a", "rupture", "of", "the", "inferior", "polar", "splenic", "artery", ".", "During", "surgery", ",", "a", "retroperitoneal", "adenopathic", "conglomerate", "was", "observed", "and", "biopsies", "were", "taken", ".", "The", "pathological", "anatomy", "revealed", "grade", "1", "follicular", "lymphoma", ".", "A", "PET-CT", "scan", "was", "performed", "which", "showed", "hypermetabolic", "foci", "in", "bilateral", "axillary", ",", "mediastinal", "and", "iliac", "lymph", "nodes", "and", "a", "large", "retroperitoneal", "conglomerate", "compatible", "with", "lymphoma", ".", "Bone", "marrow", "biopsy", "showed", "infiltration", "by", "follicular", "lymphoma", ".", "Re-historying", "the", "patient", ",", "no", "presence", "of", "B", "symptoms", "or", "constitutional", "syndrome", ",", "referring", "only", "to", "minor", "low", "back", "pain", "which", "he", "considered", "normal", "in", "his", "job", "as", "a", "lorry", "driver", ".", "He", "started", "chemotherapy", "with", "CHOP-Rituximab", "of", "which", "he", "received", "6", "cycles", "with", "good", "tolerance", ".", "In", "a", "re-evaluation", "PET", "scan", ",", "partial", "response", "with", "persistence", "of", "disease", "at", "retroperitoneal", "level", ".", "Second", "line", "with", "FMD-R", "(", "Fludarabine", "-", "Mitoxantrone", "-", "Dexamethasone", "-", "Rituximab", ")", "with", "complete", "response", "by", "PET-CT", "after", "4", "cycles", "although", "with", "great", "haematological", "toxicity", "with", "several", "delays", "due", "to", "neutropenia", "and", "plateletopenia", ".", "A", "bone", "marrow", "biopsy", "was", "performed", "which", "showed", "no", "lymphoma", "infiltration", "and", "so", "maintenance", "Rituximab", "was", "started", ".", "Clinical", "improvement", "since", "the", "end", "of", "chemotherapy", ",", "although", "with", "persistent", "neutropenia", "and", "grade", "1", "plateletopenia", ".", "After", "19", "months", "of", "treatment", ",", "the", "patient", "consulted", "for", "painless", "haematuria", ".", "Physical", "examination", "Patient", "in", "good", "general", "condition", "although", "somewhat", "pale", ".", "No", "B", "symptoms", ".", "No", "peripheral", "lymph", "nodes", "palpable", ".", "Cardiorespiratory", "auscultation", ":", "normal", ".", "Abdominal", "examination", ":", "normal", ".", "Lower", "lumbar", "discomfort", "No", "malleolar", "oedema", "Complementary", "tests", "Laboratory", "tests", ":", "Normal", "liver", "and", "renal", "profile", ".", "No", "electrolyte", "alterations", ".", "Haemoglobin", "11", ".", "2", "g", "/", "dL", ",", "Leukocytes", "2650", "/", "μL", "(", "Neutrophils", "1410", "/", "μL", ")", ",", "Platelets", "123000", ".", "Chest", "CT", ":", "Calcifications", "in", "coronary", "arteries", ".", "Right", "paratracheal", "and", "left", "para-aortic", "lymph", "nodes", "of", "non-significant", "size", ".", "No", "mediastinal", "adenopathies", "of", "significant", "size", "were", "observed", ".", "No", "pleuropulmonary", "alterations", "of", "interest", "were", "observed", ".", "Abdomen", "and", "pelvis", "CT", "scan", ":", "Hepatomegaly", "with", "moderate", "steatosis", ",", "without", "evidence", "of", "focal", "lesions", ".", "Homogeneous", "splenomegaly", ".", "No", "free", "fluid", "or", "intra-abdominal", "adenopathies", "of", "significant", "size", "were", "seen", ".", "Pancreas", "and", "right", "kidney", "without", "alterations", "of", "interest", ".", "Occupation", "of", "the", "left", "renal", "pelvis", "by", "a", "mass", "of", "soft", "tissue", "density", ",", "approx", ".", "40x44x51", "mm", "(", "apxtxl", ")", "with", "contrast", "uptake", ",", "not", "present", "in", "previous", "CT", "scans", ".", "It", "caused", "dilatation", "of", "the", "calyces", ",", "especially", "in", "the", "upper", "group", ",", "without", "ureteral", "dilatation", "compatible", "with", "urothelial", "tumour", ".", "The", "findings", "were", "presented", "to", "the", "Urology", "Committee", "and", "a", "nephrectomy", "was", "performed", ",", "showing", "infiltration", "of", "the", "renal", "pelvis", "by", "a", "small", "cell", "neoplasm", "with", "regular", "morphology", ".", "Immunohistochemistry", "showed", "positivity", "for", "CD", "45", ",", "CD", "20", ",", "CD", "10", ",", "Bcl", "2", ",", "Bcl", "6", "and", "negativity", "for", "CD", "138", ",", "CD5", "and", "Cyclin", "D1", ".", "The", "proliferative", "index", "by", "Ki", "67", "is", "approximately", "10", "%", ".", "Diagnosis", "Infiltration", "of", "the", "renal", "pelvis", "by", "follicular", "lymphoma", "as", "the", "sole", "focus", "of", "relapse", ".", "Treatment", "In", "view", "of", "the", "results", ",", "A", "repeat", "PET-CT", "scan", "was", "performed", ",", "confirming", "the", "absence", "of", "other", "foci", ".", "CT", "scan", "confirmed", "the", "absence", "of", "other", "foci", "and", "a", "new", "bone", "marrow", "biopsy", "was", "performed", "which", "showed", "no", "infiltration", "by", "lymphoma", "but", "showed", "a", "hypocellular", "marrow", "with", "marked", "hyperplasia", "of", "the", "erythroid", "series", "with", "marked", "dysplastic", "features", "(", "tendency", "to", "group", "in", "nests", "and", "presence", "of", "The", "remaining", "series", "were", "poorly", "represented", "with", "a", "predominance", "of", "immature", "myeloid", "forms", "with", "3", "%", "of", "blast", "forms", "and", "the", "presence", "of", "polytypic", "plasma", "cells", "suggestive", "of", "myelodysplastic", "syndrome", "of", "the", "refractory", "cytopenia", "type", "with", "multilineage", "dysplasia", ".", "In", "view", "of", "these", "findings", ",", "the", "case", "was", "presented", "to", "the", "haematology", "committee", "and", "a", "decision", "was", "taken", "to", "perform", "a", "mini-transplant", "from", "an", "unrelated", "donor", "as", "there", "were", "no", "compatible", "siblings", ".", "Evolution", "During", "conditioning", ",", "the", "patient", "suffered", "a", "diabetic", "debut", "with", "glycaemia", "over", "1000", "mg", "/", "dL", ".", "After", "conditioning", ",", "he", "was", "admitted", "to", "the", "ICU", "for", "severe", "diarrhoea", "with", "pre-renal", "renal", "failure", "and", "suspected", "thrombotic", "microangiopathy", "probably", "related", "to", "Tacrolimus", "used", "as", "prophylaxis", "for", "graft-versus-host", "disease", ".", "Poor", "evolution", "of", "the", "condition", "with", "decreased", "level", "of", "consciousness", ",", "appearance", "of", "de", "novo", "atrial", "flutter", "with", "rapid", "ventricular", "response", "to", "150", "beats", "per", "minute", "and", "febrile", "condition", "with", "isolation", "in", "blood", "culture", "of", "multiresistant", "Escherichia", "coli", "together", "with", "poor", "recovery", "of", "haematological", "parameters", ",", "resulting", "in", "multiorgan", "failure", "at", "day", "+", "16", "of", "transplantation", "leading", "to", "the", "patient", "'", "s", "exitus", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 796, "end": 803 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1646, "end": 1653 }, { "text": "Patient", "label": "HUMAN", "start": 1711, "end": 1718 }, { "text": "donor", "label": "HUMAN", "start": 4165, "end": 4170 }, { "text": "siblings", "label": "HUMAN", "start": 4199, "end": 4207 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4245, "end": 4252 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4920, "end": 4927 } ]

[ "", "An", "otherwise", "healthy", "20-year-old", "man", "presented", "to", "an", "emergency", "department", "with", "fever", "and", "rash", ".", "He", "was", "diagnosed", "with", "a", "viral", "upper", "respiratory", "tract", "infection", "and", "sent", "home", "with", "symptomatic", "treatment", ".", "Six", "days", "later", ",", "the", "patient", "presented", "to", "the", "emergency", "department", "with", "persistent", "fever", "and", "rash", ".", "Vital", "signs", "were", ":", "temperature", "39", ".", "4", "°", "C", ",", "pulse", "115", "bpm", ",", "blood", "pressure", "93", "/", "54", "mmHg", ",", "respiratory", "rate", "24", "bpm", "and", "oxygen", "saturation", "91", "%", ".", "Physical", "examination", "revealed", "a", "generalised", "morbilliform", "rash", "on", "the", "trunk", "and", "extremities", ",", "without", "facial", "involvement", ".", "There", "was", "no", "mucosal", "or", "ocular", "involvement", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "bilateral", "infiltrates", "consistent", "with", "multifocal", "pneumonia", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "a", "normal", "white", "blood", "cell", "count", "(", "8300", "units", "per", "litre", "[", "uL", "]", ",", "reference", "range", "4200-9100", "/", "uL", ")", "with", "an", "absolute", "lymphocyte", "count", "of", "800", "/", "uL", "(", "reference", "range", "1300-3600", "/", "uL", ")", ".", "The", "C-reactive", "protein", "value", "was", "high", "at", "118", ".", "5", "mg", "/", "L", "(", "reference", "range", "0-5", "mg", "/", "L", ")", ".", "A", "rapid", "streptococcal", "and", "human", "immunodeficiency", "virus", "test", "were", "both", "negative", ",", "as", "was", "a", "respiratory", "viral", "profile", ".", "The", "patient", "required", "increasingly", "higher", "oxygen", "therapy", "during", "his", "ED", "evolution", "and", "was", "admitted", "to", "the", "intensive", "care", "unit", "(", "ICU", ")", ".", "A", "PCR", "test", "for", "severe", "acute", "respiratory", "syndrome", "coronavirus", "2", "(", "SARS-CoV-2", ")", "was", "positive", "on", "day", "2", "of", "hospitalisation", ".", "The", "patient", "remains", "in", "the", "ICU", "on", "day", "6", "of", "hospitalisation", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 34, "end": 37 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 222, "end": 229 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1064, "end": 1071 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1313, "end": 1320 }, { "text": "human immunodeficiency virus", "label": "SPECIES", "start": 970, "end": 998 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 120, "end": 125 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 1045, "end": 1050 }, { "text": "virus", "label": "SPECIES", "start": 993, "end": 998 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 1255, "end": 1265 } ]

[ "Anamnesis", "A", "61-year-old", "man", ",", "ex-smoker", "until", "6", "months", "before", "diagnosis", ",", "for", "more", "than", "45", "years", "(", "IPA", "50", ")", ",", "and", "with", "no", "other", "history", "of", "interest", ",", "who", "went", "to", "his", "primary", "care", "doctor", "for", "bultoma", "in", "the", "left", "cervical", "region", ",", "with", "no", "associated", "dysphagia", "or", "odynophagia", ".", "Initially", ",", "a", "diagnosis", "of", "cervical", "infection", "was", "made", "in", "the", "context", "of", "otalgia", "and", "recent", "dental", "implants", ",", "but", "given", "the", "lack", "of", "improvement", "with", "antibiotic", "treatment", ",", "she", "was", "referred", "to", "Endocrinology", "for", "further", "investigation", ".", "Cervical", "ultrasound", "showed", "multiple", "left", "cervical", "adenopathies", "of", "up", "to", "2", ".", "7", "cm", ".", "Normal", "thyroid", "with", "2", "well-defined", "solid", "nodules", ".", "An", "ultrasound-guided", "fine", "needle", "aspiration", "puncture-fine", "needle", "aspiration", "(", "FNA", ")", "was", "performed", "to", "obtain", "samples", ",", "and", "the", "pathology", "report", "concluded", ":", "metastasis", "of", "squamous", "cell", "carcinoma", ".", "The", "patient", "was", "then", "assessed", "by", "the", "Otorhinolaryngology", "Department", "and", "a", "fibroscopy", "was", "performed", ",", "showing", "a", "lesion", "in", "the", "left", "tonsillar", "region", "extending", "to", "the", "soft", "palate", ",", "submucosa", "of", "the", "left", "hemipalate", "and", "caudally", "reaching", "the", "base", "of", "the", "tongue", ",", "vallecula", "and", "epiglottis", ".", "A", "biopsy", "of", "the", "tonsil", "was", "performed", "with", "an", "anatomical", "pathology", "report", "of", "submucosal", "infiltration", "by", "poorly", "differentiated", "squamous", "cell", "carcinoma", ",", "human", "papillomavirus", "(", "HPV", ")", "and", "p16", "positive", ".", "The", "extension", "study", "was", "completed", "with", "a", "cervicofacial", "CT", "scan", "showing", "a", "tumour-like", "mass", "in", "the", "left", "lingual", "tonsil", ",", "measuring", "approximately", "26", "mm", ",", "suggestive", "of", "squamous", "cell", "carcinoma", ".", "Metastatic", "adenopathies", "in", "both", "internal", "jugular", "chains", ",", "more", "numerous", "and", "larger", "on", "the", "left", "in", "levels", "IIA", ",", "IIB", ",", "III", ",", "IV", ",", "VA", "and", "VB", ",", "with", "necrosis", "in", "several", "of", "them", ".", "A", "thoracoabdominopelvic", "CT", "scan", "was", "performed", "as", "an", "extension", "study", "with", "no", "evidence", "of", "distant", "dissemination", ",", "confirming", "the", "patient", "'", "s", "diagnosis", ":", "epidermoid", "carcinoma", "of", "the", "oropharynx", "HPV", "+", "p16", "+", "stage", "IVA", "(", "cT4N2M0", ")", "as", "of", "June", "2013", ".", "Presented", "to", "the", "head", "and", "neck", "tumour", "committee", "of", "our", "hospital", ",", "it", "was", "decided", "to", "propose", "conservative", "treatment", "with", "chemotherapy", "and", "radiotherapy", ".", "The", "patient", "underwent", "radiotherapy", "treatment", "with", "50", "Gy", "on", "the", "tumour", "bed", "and", "draining", "lymph", "node", "chains", "with", "margin", ",", "with", "overimpression", "of", "the", "primary", "tumour", "and", "affected", "lymph", "nodes", "up", "to", "a", "dose", "of", "70", "Gy", ".", "Concurrently", ",", "the", "patient", "received", "chemotherapy", "treatment", "with", "weekly", "cisplatin", "40", "mg", "/", "m2", "for", "a", "total", "of", "6", "cycles", ".", "Subsequent", "re-evaluation", "with", "fibroscopy", "showed", "a", "complete", "response", ".", "In", "the", "response", "evaluation", "CT", "scan", ",", "the", "primary", "lesion", "has", "decreased", "in", "size", "and", "density", ".", "In", "addition", ",", "there", "was", "a", "marked", "decrease", ",", "with", "almost", "complete", "disappearance", "of", "pre-existing", "laterocervical", "adenopathies", ",", "with", "only", "millimetric", "lymph", "nodes", "being", "seen", ",", "with", "post-treatment", "changes", "in", "chains", "IIa", "and", "IIb", "and", "III", ".", "The", "patient", "was", "followed", "up", "and", ",", "in", "a", "re-evaluation", "CT", "scan", "in", "September", "2016", ",", "he", "presented", "a", "mediastinal", "relapse", "with", "prevascular", "adenopathies", ",", "anterior", "to", "the", "right", "brachiocephalic", "trunk", ",", "high", "right", "paratracheal", ",", "in", "the", "aortopulmonary", "window", ",", "in", "the", "right", "hilum", "and", "subcarinal", ".", "Mediastinoscopy", "was", "performed", "with", "biopsies", ",", "which", "confirmed", "the", "presence", "of", "p16", "+", "squamous", "cell", "carcinoma", "metastasis", ".", "He", "was", "referred", "to", "Medical", "Oncology", "where", "first-line", "treatment", "was", "started", "with", "carboplatin", "(", "AUC-5", ")", "and", "cetuximab", "(", "400", "mg", "/", "m2", "first", "week", ",", "followed", "by", "250", "mg", "/", "m2", "weekly", ")", "every", "3", "weeks", ",", "until", "completing", "5", "cycles", "that", "ended", "in", "March", "2017", ",", "with", "delays", "due", "to", "haematological", "toxicity", ".", "In", "the", "re-evaluation", "CT", "scan", "in", "March", "2017", ",", "there", "was", "evidence", "of", "progression", "of", "mediastinal", "disease", ",", "so", "she", "started", "the", "second", "line", "of", "treatment", "with", "nivolumab", ",", "achieving", "a", "complete", "radiological", "response", ".", "Physical", "examination", "The", "patient", "came", "for", "a", "check-up", "to", "start", "cycle", "33", "of", "nivolumab", ",", "and", "was", "seen", "to", "have", "extensive", "erythematous", "scaly", "plaques", "on", "the", "trunk", ",", "upper", "limbs", "and", "lower", "limbs", ",", "with", "more", "florid", "plaques", "with", "exfoliation", "on", "the", "palms", ".", "There", "were", "no", "other", "skin", "lesions", "of", "interest", ".", "Otherwise", ",", "he", "reported", "good", "general", "condition", "and", "an", "ECOG", "0", ".", "Complementary", "tests", "Blood", "test", "with", "no", "findings", "of", "interest", ".", "Diagnosis", "Psoriasiform", "rash", "due", "to", "anti-PD-1", ".", "Treatment", "The", "patient", "was", "referred", "to", "the", "dermatology", "department", ",", "where", "corticosteroid", "treatment", "was", "started", ":", "\"", "Prednisone", "50", "mg", "in", "a", "descending", "pattern", ".", "\"", "Clobetasol", "cream", ".", "Evolution", "In", "view", "of", "the", "appearance", "of", "grade", "3", "skin", "toxicity", "and", "the", "complete", "radiological", "response", "of", "the", "disease", ",", "it", "was", "decided", "to", "discontinue", "nivolumab", ".", "The", "patient", "continues", "with", "periodic", "check-ups", "and", ",", "to", "date", ",", "6", "months", "after", "withdrawal", "of", "the", "drug", ",", "he", "is", "still", "in", "complete", "response", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 820, "end": 827 }, { "text": "human papillomavirus", "label": "SPECIES", "start": 1247, "end": 1267 }, { "text": "HPV", "label": "SPECIES", "start": 1269, "end": 1272 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1774, "end": 1781 }, { "text": "HPV", "label": "SPECIES", "start": 1834, "end": 1837 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2035, "end": 2042 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2257, "end": 2264 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2743, "end": 2750 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3647, "end": 3654 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4095, "end": 4102 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4415, "end": 4422 } ]

[ "27-year-old", "male", "from", "Peru", ",", "brought", "from", "the", "airport", "due", "to", "low", "level", "of", "consciousness", ".", "No", "relevant", "PA", ".", "He", "reported", "having", "landed", "four", "days", "ago", ",", "since", "then", ",", "confused", ",", "waiting", "for", "relatives", ".", "He", "reported", "general", "malaise", "and", "weight", "loss", "for", "two", "months", "and", "new", "reddish", "pruritic", "skin", "lesions", "on", "the", "arm", ".", "Temperature", "in", "the", "ED", "37", ".", "9", "°", ".", "INITIAL", "IMAGING", "FINDINGS", "Morphological", "alteration", "in", "the", "frontal", "horn", ",", "collapsed", ",", "and", "increased", "density", "in", "the", "head", "and", "body", "of", "the", "caudate", ".", "Discrete", "mass", "effect", "in", "the", "base", "ganglia", ".", "The", "study", "was", "completed", "with", "IV", "contrast", "after", "5", "minutes", ".", "A", "marked", "subependymal", "enhancement", "is", "confirmed", ",", "around", "the", "ventricular", "system", ",", "more", "extensive", "in", "the", "frontal", "horn", ",", "lateral", "ventricular", "bodies", "and", "to", "a", "lesser", "extent", "occipital", ".", "Enhancement", "in", "the", "basal", "ganglia", ",", "particularly", "the", "right", "caudate", ".", "The", "following", "are", "proposed", "as", "diagnostic", "options", ":", "cerebral", "lymphoma", ",", "CMV", "/", "toxoplasma", "type", "inflammatory", "pathology", "or", "primary", "HIV", "involvement", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0 ]

[ { "text": "relatives", "label": "HUMAN", "start": 179, "end": 188 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 12, "end": 16 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 881, "end": 884 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 935, "end": 938 }, { "text": "toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 885, "end": 895 } ]

[ "White", "male", ",", "peasant", "farmer", ",", "57", "years", "old", ",", "from", "Vertientes", ",", "Camagüey", ".", "He", "was", "admitted", "on", "17", "December", "2009", "to", "the", "\"", "Manuel", "Ascunce", "Domenech", "\"", "Provincial", "Hospital", "in", "Camagüey", ",", "with", "a", "presumptive", "diagnosis", "of", "infectious", "endocarditis", "due", "to", "Brucella", "and", "moderate", "aortic", "insufficiency", ".", "He", "presented", "with", "fever", "of", "38", ".", "0-38", ".", "5oC", "for", "4", "months", ",", "generally", "at", "night", ",", "accompanied", "by", "sweating", ";", "chills", ";", "joint", "pain", ",", "especially", "in", "the", "back", "and", "both", "knees", ";", "impotence", ";", "nervousness", ";", "myalgia", ";", "marked", "asthenia", ",", "which", "prevented", "him", "from", "carrying", "out", "his", "usual", "activities", ";", "dyspnoea", "and", "precordial", "pain", ".", "Three", "previous", "admissions", "for", "a", "chronic", "febrile", "syndrome", "of", "more", "than", "9", "months", "of", "evolution", "were", "noted", ",", "with", "an", "initial", "diagnosis", "of", "endocarditis", "due", "to", "rheumatic", "fever", ",", "for", "which", "he", "underwent", "complementary", "examinations", "and", "medical", "treatment", "with", "various", "antimicrobials", ",", "without", "improvement", "of", "the", "patient", ".", "The", "possibility", "of", "other", "causes", "of", "endocarditis", "was", "ruled", "out", ".", "A", "slow", "serology", "for", "brucellosis", "was", "indicated", "among", "the", "complementary", "tests", ",", "but", "due", "to", "the", "unavailability", "of", "reagents", "these", "tests", "were", "not", "performed", "until", "January", "2010", ",", "when", "the", "disease", "was", "diagnosed", "with", "high", "serological", "titres", "and", "infective", "endocarditis", "as", "a", "superadded", "complication", ".", "Epidemiological", "background", ":", "the", "patient", "has", "lived", "in", "a", "rural", "area", "for", "years", "in", "direct", "contact", "with", "cattle", "and", "pigs", ",", "handles", "animal", "births", ",", "frequently", "ingests", "milk", "and", "dairy", "products", ";", "he", "has", "a", "history", "of", "wounds", "and", "microtrauma", "to", "his", "hands", "and", "feet", ",", "typical", "of", "his", "work", ".", "His", "farm", "adjoins", "another", "farm", "with", "cattle", "affected", "by", "brucellosis", "(", "statistical", "reports", "obtained", "from", "the", "Institute", "of", "Veterinary", "Medicine", "of", "Camagüey", ",", "2010", ")", ".", "Positive", "findings", "on", "physical", "examination", ":", "-", "Cardiovascular", "system", ":", "heart", "sounds", "of", "good", "tone", ",", "no", "third", "or", "fourth", "sounds", ",", "systolic", "murmur", "II", "/", "IV", "in", "second", "right", "intercostal", "space", ",", "with", "irradiation", "to", "the", "vessels", "of", "the", "neck", ".", "-", "Blood", "pressure", ":", "120", "/", "80", ".", "-", "Heart", "rate", ":", "68", "per", "minute", ".", "-", "Echocardiogram", ":", "vegetations", "in", "aortic", "valve", ".", "-", "Anteroposterior", "and", "lateral", "chest", "X-rays", ":", "no", "lesions", "were", "observed", ".", "Complementary", "examinations", "performed", ":", "-", "Erythrocyte", "sedimentation", "rate", ":", "6", "mm", "/", "h", ";", "reference", "values", "(", "RV", ")", "3-10", "mm", "/", "h", ".", "-", "Lipidogram", ":", "-", "Cholesterol", "4", ".", "19", "mmol", "/", "L", ";", "RV", ".", "3", ".", "9-6", ".", "5", "mmol", "/", "L", "-", "Triacylglycerides", "(", "triglycerides", ")", ":", "1", ".", "32", "mmol", "/", "L", ";", "RV", ".", "0", ".", "35-1", ".", "70", "mmol", "/", "L", ".", "-", "Very", "low", "density", "lipoprotein", "(", "VLDL", ")", ":", "1", ".", "53", "mmol", "/", "L", ";", "VR", ".", "<", "0", ".", "8", "mmol", "/", "L", ".", "-", "Creatinine", ":", "59", "μmol", "/", "L", ";", "RV", ".", "44", ".", "2-132", ".", "6", "mmol", "/", "L", ".", "-", "Uric", "acid", ":", "235", "μmol", "/", "L", ";", "RV", ".", "237-392", "mmol", "/", "L", ".", "-", "Glycaemia", "4", ".", "7", "mmol", "/", "L", ";", "RV", ".", "4", ",", "2-6", ",", "11", "mmol", "/", "L", ".", "-", "Leukogram", ":", "8", ".", "6", "x", "10", "9", "/", "L", ";", "RV", ".", "5-10", "x", "109", "/", "L", ".", "-", "Neutrophils", ":", "0", ",", "45", ";", "RV", ".", "0", ",", "55-0", ",", "65", ".", "-", "Lymphocytes", ":", "0", ",", "53", ";", "RV", ".", "0", ",", "25-0", ",", "40", ".", "-", "Eosinophils", ":", "0", ",", "02", ";", "RV", ".", "0", ",", "01-0", ",", "03", ".", "-", "Haematocrit", ":", "0", ",", "35", ";", "RV", ".", "0", ",", "41-0", ",", "54", ".", "-", "Blood", "culture", "for", "brucellae", ":", "no", "bacterial", "isolation", ".", "-", "Serology", ":", "Rose", "Bengal", "test", ":", "+", "+", "+", "+", ";", "2", "mercaptoethanol", ":", "positive", ".", "-", "Slow", "serology", "for", "Brucella", "(", "seroagglutination", "in", "tubes", ")", ":", "1", ":", "320", "dilution", ".", "The", "patient", "received", "treatment", "based", "on", ":", "aminoglycosides", ":", "gentamicin", "(", "ampoules", "80", "mg", "/", "2", "mL", ")", "2", "ampoules", "every", "12", "h", "+", "amikacin", "(", "bulbs", "500", "mg", "/", "2", "mL", ")", "1", "bulb", "every", "12", "h", "for", "7", "d", ",", "doxycycline", "(", "tablets", "100", "mg", ")", "100", "mg", "every", "12", "h", "+", "rifampicin", "(", "capsules", "300", "mg", ")", "300", "mg", "every", "12", "h", "for", "6", "weeks", ",", "and", "improved", "markedly", ".", "He", "was", "discharged", "with", "a", "diagnosis", "of", "Brucella", "infective", "endocarditis", "and", "moderate", "aortic", "insufficiency", ",", "with", "improved", "evolution", ",", "after", "30", "days", "of", "hospital", "stay", "and", "follow-up", "of", "the", "valvulopathy", "by", "consultation", "with", "internal", "medicine", ",", "cardiology", "and", "epidemiology", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Brucella", "label": "SPECIES", "start": 234, "end": 242 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 6, "end": 10 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 873, "end": 880 }, { "text": "farmer", "label": "HUMAN", "start": 20, "end": 26 }, { "text": "animal", "label": "SPECIES", "start": 1358, "end": 1364 }, { "text": "cattle", "label": "SPECIES", "start": 1333, "end": 1339 }, { "text": "cattle", "label": "SPECIES", "start": 1539, "end": 1545 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1266, "end": 1273 }, { "text": "cattle and pigs", "label": "SPECIES", "start": 1333, "end": 1348 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 2753, "end": 2762 }, { "text": "Brucella", "label": "SPECIES", "start": 2862, "end": 2870 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2922, "end": 2929 }, { "text": "Brucella", "label": "SPECIES", "start": 3260, "end": 3268 } ]

[ "A", "9-year-old", "boy", ",", "with", "no", "past", "history", "of", "interest", ",", "reported", "myodesopsias", "of", "two", "days", "'", "evolution", "in", "the", "eye", ".", "Ophthalmological", "examination", "in", "the", "emergency", "department", "revealed", ":", "visual", "acuity", "(", "VA", ")", "in", "the", "left", "eye", "(", "LA", ")", "1", ".", "Biomicroscopy", "showed", "mild", "anterior", "uveitis", "and", "a", "funduscopic", "image", "of", "a", "focus", "of", "active", "chorioretinitis", "at", "a", "diameter", "of", "the", "papilla", ".", "Given", "the", "characteristics", "of", "the", "focus", "and", "its", "location", ",", "a", "diagnosis", "of", "toxoplasmic", "chorioretinitis", "was", "made", "and", "treatment", "was", "prescribed", "with", "oral", "sulphadiazine", ",", "pyrimethamine", "and", "folinic", "acid", "at", "doses", "adjusted", "per", "kg", "of", "body", "weight", ".", "After", "9", "days", "of", "treatment", ",", "the", "patient", "returned", "to", "the", "emergency", "department", "with", "fever", "of", "39o", "C", ",", "papulo-erythematous", "rash", "on", "the", "chest", ",", "back", "and", "face", ",", "vesicles", "on", "the", "oral", "mucosa", ",", "pneumonitis", "and", "balanitis", ".", "Ophthalmology", "showed", "bilateral", "upper", "hyposphagma", ",", "membranous", "conjunctivitis", "with", "an", "exudative", "component", "and", "superficial", "keratopathy", "in", "both", "eyes", ".", "Blood", "culture", ",", "hepato-renal", "profile", ",", "oral", "mucosal", "smear", "for", "viruses", ",", "herpes", "and", "mycoplasma", "serology", "were", "requested", ".", "All", "results", "were", "negative", "and", "serology", "for", "toxoplasma", "was", "IgG", ">", "500", ",", "IgM", "negative", ".", "On", "suspicion", "of", "JSS", "secondary", "to", "sulphadiazine", ",", "all", "medication", "for", "ocular", "toxoplasmosis", "was", "immediately", "withdrawn", "and", "regular", "check-ups", "of", "the", "ocular", "fundus", "were", "performed", ",", "which", "evolved", "towards", "spontaneous", "healing", "without", "complications", ".", "From", "the", "day", "of", "admission", "he", "required", "exhaustive", "skin", "and", "oral", "mucosal", "care", ",", "parenteral", "nutrition", "and", "analgesia", "with", "intravenous", "(", "i", ".", "v", ".", ")", "morphine", "chloride", ".", "Subsequently", ",", "methylprednisolone", "1", "mg", "/", "kg", "/", "day", "i", ".", "v", ".", "was", "added", ",", "decreasing", "the", "regimen", "until", "discharge", ".", "Ophthalmologically", ",", "the", "patient", "was", "prescribed", "preservative-free", "artificial", "tears", "such", "as", "sodium", "hyaluronate", "every", "_", "hour", ",", "lubricant", "ointment", "at", "night", ",", "rifamycin", "eye", "drops", "and", "dexamethasone", "every", "4", "hours", "to", "reduce", "mucosinequiant", "changes", ".", "Symblepharon-lysis", "is", "performed", "every", "12", "hours", "of", "initially", "very", "exudative", ",", "abundant", "and", "easily", "extractable", "membranes", "and", "subsequently", "more", "adherent", ",", "fibrous", "and", "requiring", "scarification", "to", "remove", "them", ".", "After", "3", "weeks", "of", "treatment", ",", "residual", "hyposphagma", ",", "thickening", "of", "the", "semilunar", "fold", "of", "the", "inner", "canthus", ",", "keratinisation", "with", "thickening", "of", "the", "free", "edge", "and", "slight", "shortening", "of", "the", "lower", "fornix", "were", "observed", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "mycoplasma", "label": "SPECIES", "start": 1021, "end": 1031 }, { "text": "herpes", "label": "SPECIES", "start": 1010, "end": 1016 }, { "text": "toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 1100, "end": 1110 } ]

[ "Reason", "for", "consultation", "A", "29", "year", "old", "patient", "who", "came", "to", "the", "centre", "referred", "from", "the", "CSM", "of", "the", "area", "for", "hashish", "and", "cocaine", "consumption", "and", "for", "refusing", "to", "receive", "the", "prescribed", "psychopharmacological", "treatment", ".", "Family", "history", "No", "pathologies", "of", "interest", ".", "Personal", "history", "-", "Somatic", "Of", "no", "interest", ".", "-", "Psychiatric", ":", "1", ".", "Pattern", "of", "maladaptive", "behaviours", ",", "with", "problems", "of", "integration", ",", "of", "acceptance", "of", "social", "norms", ",", "as", "well", "as", "oppositional", ",", "defiant", "and", "even", "self", "-", "and", "especially", "heteroaggressive", "behaviours", "since", "the", "age", "of", "17", ";", "school", "failure", ",", "changes", "of", "school", ",", "thefts", ",", "hashish", "dealing", ",", "functioning", "with", "marginal", "groups", ",", "aggressiveness", "against", "mother", ",", "neighbours", "and", "police", ".", "Attempted", "psychological", "treatment", "which", "he", "did", "not", "attend", ".", "2", ".", "Several", "admissions", "to", "an", "acute", "unit", "with", "the", "following", "diagnoses", ":", "antisocial", "personality", "disorder", ",", "drug", "dependence", "and", "toxic", "crisis", "(", "2000", ")", ";", "the", "same", "diagnoses", "in", "2001", ";", "antisocial", "personality", "disorder", "and", "possible", "manic-depressive", "psychosis", "(", "2003", ")", ";", "antisocial", "personality", "disorder", ",", "manic-depressive", "psychosis", "and", "drug", "abuse", "(", "2005", ")", ",", "from", "where", "he", "was", "referred", "to", "a", "Therapeutic", "Community", "(", "TC", ")", "for", "6", "months", "and", "in", "2008", "new", "admission", "for", "manic", "phase", "in", "a", "patient", "with", "bipolar", "disorder", ",", "cannabis", "dependence", "and", "occasional", "cocaine", "use", ".", "He", "has", "been", "treated", "with", "various", "neuroleptics", ",", "anticonvulsants", "and", "lithium", ",", "which", "are", "only", "maintained", "during", "periods", "of", "hospital", "admission", ".", "3", ".", "Multiple", "outpatient", "psychiatric", "and", "psychological", "visits", "without", "subsequent", "follow-up", ".", "4", ".", "Toxic", "substances", ":", "start", "of", "cannabis", "use", "at", "16", "years", "of", "age", "with", "doses", "of", "more", "than", "10", "joints", "/", "day", ".", "At", "the", "age", "of", "17", "he", "started", "abusing", "amphetamines", ",", "ecstasy", "and", "snorted", "cocaine", ".", "At", "the", "age", "of", "25", ",", "he", "stopped", "using", "other", "drugs", "except", "cannabis", ",", "which", "he", "continued", "to", "use", "at", "the", "same", "doses", ",", "except", "for", "short", "periods", "of", "2-3", "months", "of", "abstinence", "after", "admission", ".", "When", "he", "came", "to", "the", "centre", "he", "had", "a", "cannabis", "consumption", "of", "1", "g", "/", "day", "and", "4-6", "\"", "Red", "Bulls", "\"", "/", "day", ".", "History", "of", "the", "disease", "He", "is", "the", "eldest", "of", "two", "siblings", ",", "from", "a", "structured", "middle-class", "family", ",", "both", "parents", "are", "workers", ",", "involved", "in", "their", "son", "'", "s", "life", ".", "Until", "adolescence", ",", "he", "reports", "having", "had", "no", "problems", "in", "kindergarten", "and", "school", ",", "being", "a", "restless", ",", "intelligent", "and", "somewhat", "undisciplined", "child", ".", "At", "the", "age", "of", "16", "he", "started", "using", "cannabis", "and", "in", "COU", "he", "was", "sent", "to", "different", "schools", "due", "to", "academic", "failure", ",", "behavioural", "problems", "and", "hashish", "trafficking", ".", "At", "the", "age", "of", "18", "he", "dropped", "out", "of", "school", "and", "made", "a", "self-harming", "gesture", "which", "was", "linked", "to", "his", "failure", "at", "school", ".", "He", "began", "to", "integrate", "into", "a", "marginal", "world", "and", "his", "consumption", "of", "intoxicants", "increased", ",", "adding", "ecstasy", ",", "amphetamines", "and", "cocaine", "to", "cannabis", ",", "causing", "significant", "behavioural", "alterations", ",", "theft", "and", "aggression", ",", "being", "expelled", "from", "his", "home", "and", "ending", "up", "in", "prison", "for", "a", "few", "months", ".", "On", "leaving", "prison", ",", "he", "returned", "to", "the", "same", "life", ",", "identifying", "himself", "with", "the", "criminal", "world", "and", "boasting", "of", "being", "at", "war", "with", "society", ".", "He", "started", "using", "cannabis", "and", "cocaine", "again", ",", "with", "psychomotor", "restlessness", ",", "high", "aggressiveness", "and", "megalomaniacal", "mystical", "delusions", ",", "being", "admitted", "to", "the", "emergency", "room", "after", "being", "taken", "by", "the", "police", "(", "first", "admission", "in", "2000", ")", "and", "needing", "a", "new", "admission", "later", "to", "control", "his", "hyperthymia", "and", "verbiage", ",", "as", "soon", "as", "he", "was", "released", "he", "resumed", "cannabis", "use", "and", "stopped", "taking", "his", "medication", ".", "With", "the", "prescribed", "neuroleptics", ",", "the", "symptoms", "subsided", ",", "presenting", "normal", "behaviour", "after", "discharge", "from", "the", "second", "admission", ".", "On", "leaving", "the", "hospital", ",", "he", "restarted", "using", "cannabis", "again", ".", "He", "began", "to", "work", "in", "the", "building", "industry", "and", "immediately", "gave", "it", "up", "because", "he", "considered", "it", "too", "hard", ".", "He", "stopped", "the", "medication", "and", "remained", "on", "it", "for", "about", "3", "months", "until", "his", "behaviour", "suddenly", "changed", "again", ",", "according", "to", "his", "parents", ",", "when", "he", "started", "going", "out", "and", "increased", "his", "cannabis", "consumption", "and", "resumed", "cocaine", "use", ",", "requiring", "a", "new", "admission", "in", "a", "situation", "of", "agitation", ",", "a", "state", "of", "agitation", ",", "a", "state", "of", "being", "out", "of", "control", ",", "verbose", ",", "aggressive", "and", "with", "an", "expansive", "mood", "(", "third", "admission", "in", "2003", ")", ".", "He", "was", "discharged", "with", "the", "same", "diagnoses", "and", "under", "treatment", "with", "haloperidol", ",", "suspending", "the", "medication", "again", "as", "soon", "as", "he", "left", ".", "Subsequently", ",", "he", "went", "to", "Santander", "where", "he", "remained", "stable", "for", "a", "year", ",", "keeping", "a", "job", "in", "the", "hotel", "and", "catering", "business", "and", "subsequently", "entering", "a", "state", "of", "depressive", "isolation", ",", "without", "going", "out", "in", "the", "street", ",", "with", "the", "blinds", "down", "and", "only", "receiving", "visits", "from", "his", "parents", "who", "provided", "him", "with", "food", "and", "other", "necessities", "as", ",", "according", "to", "him", ",", "he", "has", "a", "\"", "phobia", "of", "the", "street", "\"", ".", "In", "2005", ",", "he", "returned", "to", "Madrid", "as", "they", "could", "not", "maintain", "the", "situation", "and", "he", "started", "to", "go", "out", "again", ",", "resuming", "cannabis", "consumption", ",", "inappropriate", "behaviour", ":", "slashing", "the", "tyres", "of", "the", "police", ",", "assaulting", "the", "police", "and", "neighbours", ",", "with", "escapes", "of", "ideas", "and", "manifesting", "behaviour", ",", "for", "which", "a", "new", "forced", "admission", "was", "made", "(", "fourth", "in", "2005", ")", ".", "He", "was", "diagnosed", "with", "cannabis", "dependence", ",", "antisocial", "personality", "disorder", "and", "probable", "manic-depressive", "psychosis", "(", "in", "this", "episode", "he", "did", "not", "report", "cocaine", "use", ",", "and", "toxicological", "tests", "were", "negative", "for", "this", "substance", ")", ".", "After", "discharge", ",", "he", "was", "treated", "with", "lithium", "and", "olanzapine", "and", "was", "referred", "to", "a", "therapeutic", "community", ",", "where", "for", "6", "months", "he", "remained", "abstinent", "and", "his", "mood", "was", "stable", ",", "although", "he", "took", "his", "medication", "irregularly", "as", "he", "threw", "it", "away", "in", "secret", ".", "When", "he", "was", "discharged", "(", "2006", ")", "he", "went", "back", "to", "Santander", ",", "where", "for", "18", "months", "he", "suffered", "the", "same", "isolation", "and", "on", "his", "return", "to", "Madrid", "he", "repeated", "the", "same", "pattern", "of", "increasingly", "inappropriate", "and", "violent", "behaviour", ",", "requiring", "a", "restraining", "order", "against", "his", "mother", "after", "assaulting", "her", ".", "He", "started", "various", "courses", ":", "renewable", "energies", ",", "driving", "licence", ",", "courses", "that", "do", "not", "exist", ".", ".", ".", "He", "says", "he", "wants", "to", "set", "up", "a", "company", ",", "loses", "all", "his", "belongings", ":", "clothes", ",", "keys", ",", "transport", "pass", ".", ".", ".", "and", "wanders", "all", "night", "without", "sleeping", "\"", "because", "he", "is", "the", "head", "of", "the", "mafia", "and", "he", "has", "to", "control", "\"", ",", "which", "is", "why", "he", "requires", "a", "new", "admission", "(", "fifth", ",", "year", "2008", ")", ".", "On", "discharge", ",", "he", "refused", "to", "go", "to", "the", "Mental", "Health", "Centre", "because", "he", "had", "had", "an", "episode", "of", "acute", "dystonia", "after", "the", "administration", "of", "depot", "neuroleptics", "and", "did", "not", "consider", "that", "he", "had", "any", "psychiatric", "illness", ",", "although", "he", "did", "recognise", "his", "problem", "of", "drug", "use", ",", "to", "which", "he", "blamed", "all", "his", "symptoms", ",", "which", "is", "why", "he", "agreed", "to", "go", "to", "the", "Drug", "Dependency", "Care", "Centre", ".", "Examination", "on", "arrival", "at", "the", "centre", "The", "patient", "showed", "himself", "to", "be", "cooperative", ",", "with", "a", "neat", "appearance", ",", "oriented", ",", "verbose", ",", "with", "an", "expansive", "mood", "but", "capable", "of", "long", "life", "in", "relation", "to", "\"", "doing", "what", "others", "want", "me", "to", "do", "and", "not", "what", "I", "want", "\"", "and", "\"", "aggressive", "episodes", "\"", "in", "relation", "to", "drug", "use", ".", "He", "presented", "a", "basic", "bizarre", "ideation", "related", "to", "the", "marginal", "world", "in", "which", "he", "had", "developed", ",", "he", "recognised", "\"", "going", "against", "society", "because", "I", "don", "'", "t", "like", "it", "and", "this", "satisfies", "me", "\"", ".", "No", "awareness", "of", "psychiatric", "illness", "and", "partial", "awareness", "of", "the", "consumption", "of", "intoxicants", ",", "which", "is", "currently", "6-8", "\"", "joints", "\"", "/", "day", "and", "6", "\"", "Red", "Bull", "\"", ".", "He", "planned", "to", "stop", "taking", "drugs", "on", "his", "birthday", "in", "order", "to", "be", "able", "to", "drive", "again", ",", "as", "his", "licence", "had", "been", "withdrawn", ".", "Evolution", "Taking", "into", "account", "the", "patient", "'", "s", "history", "and", "poor", "adherence", "to", "treatment", ",", "as", "well", "as", "his", "lack", "of", "awareness", "of", "the", "problem", ",", "we", "decided", "to", "prioritise", "the", "creation", "of", "a", "good", "therapeutic", "bond", "and", "achieve", "abstinence", "from", "intoxicants", ",", "in", "order", "to", "subsequently", "try", "to", "introduce", "drugs", ".", "He", "has", "been", "abstinent", "for", "a", "month", "now", ",", "refuses", "to", "take", "medication", "but", "his", "mood", "is", "stable", "and", "he", "has", "been", "able", "to", "start", "a", "course", "on", "renewable", "energies", "with", "good", "results", ".", "All", "our", "work", "is", "aimed", "at", "raising", "awareness", "of", "his", "psychiatric", "problems", "and", "the", "ease", "of", "decompensation", "in", "the", "face", "of", "drug", "use", ",", "as", "well", "as", "the", "need", "for", "pharmacological", "treatment", ",", "which", "he", "is", "beginning", "to", "admit", "due", "to", "his", "desire", "to", "get", "his", "driving", "licence", "back", "and", ",", "for", "this", ",", "he", "needs", "a", "report", "of", "abstinence", "from", "drugs", "and", "psychopathological", "stability", ".", "Diagnostic", "judgement", "Axis", "I", ":", "Cannabis", "dependence", ".", "Cocaine", "abuse", ".", "Induced", "manifestations", "of", "seizures", "versus", "bipolar", "disorder", ".", "Axis", "II", ":", "Antisocial", "personality", "disorder", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 38, "end": 45 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 216, "end": 222 }, { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 260, "end": 268 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 646, "end": 652 }, { "text": "neighbours", "label": "HUMAN", "start": 654, "end": 664 }, { "text": "police", "label": "HUMAN", "start": 669, "end": 675 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1189, "end": 1196 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 1220, "end": 1228 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 1528, "end": 1536 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 1732, "end": 1740 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 1893, "end": 1901 }, { "text": "Bulls", "label": "SPECIES", "start": 1938, "end": 1943 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 2282, "end": 2290 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 2657, "end": 2665 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 2958, "end": 2966 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 3284, "end": 3292 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 2039, "end": 2045 }, { "text": "siblings", "label": "HUMAN", "start": 1998, "end": 2006 }, { "text": "child", "label": "HUMAN", "start": 2241, "end": 2246 }, { "text": "son", "label": "HUMAN", "start": 2091, "end": 2094 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 2052, "end": 2059 }, { "text": "police", "label": "HUMAN", "start": 3138, "end": 3144 }, { "text": "adolescence", "label": "HUMAN", "start": 2109, "end": 2120 }, { "text": "workers", "label": "HUMAN", "start": 2064, "end": 2071 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 3504, "end": 3512 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 3802, "end": 3810 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 3749, "end": 3756 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 4433, "end": 4440 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 4658, "end": 4666 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 4908, "end": 4916 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 5614, "end": 5620 }, { "text": "neighbours", "label": "HUMAN", "start": 4765, "end": 4775 }, { "text": "police", "label": "HUMAN", "start": 4731, "end": 4737 }, { "text": "police", "label": "HUMAN", "start": 4754, "end": 4760 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6402, "end": 6409 }, { "text": "Bull", "label": "SPECIES", "start": 6975, "end": 6979 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 7136, "end": 7143 }, { "text": "Cannabis", "label": "SPECIES", "start": 7941, "end": 7949 } ]

[ "A", "7-year-old", "patient", "with", "rejection", "of", "egg", "since", "its", "introduction", ",", "and", "habonosis", "lesions", ",", "dysphonia", "and", "bronchospasm", "after", "its", "ingestion", ",", "who", "was", "diagnosed", "with", "egg", "allergy", "after", "presenting", "an", "anaphylactic", "reaction", "after", "eating", "potato", "omelette", ".", "He", "had", "positive", "serum", "IgE", "and", "skin", "prick", "for", "egg", "fractions", ",", "more", "marked", "for", "egg", "white", "than", "for", "egg", "yolk", "(", "IgE", "white", "32", "kU", "/", "L", ",", "yolk", "10", ".", "90", "kU", "/", "L", ",", "OVB", "1", ".", "18", "kU", "/", "L", ",", "OVM", "1", ".", "76", "kU", "/", "L", ")", ".", "Gradually", ",", "the", "specific", "IgE", "levels", "increased", "markedly", "to", ">", "100", "kU", "/", "L", "for", "all", "egg", "fractions", "with", "a", "skin", "prick", "with", "a", "greater", "reaction", "for", "yolk", "than", "for", "white", "(", "white", "10x7mm", ";", "yolk", "20x10mm", ")", ".", "In", "the", "last", "few", "months", "she", "has", "experienced", "diffuse", "abdominal", "discomfort", "10-30", "minutes", "after", "ingestion", "of", "chicken", "meat", ",", "which", "she", "previously", "tolerated", ",", "with", "specific", "IgE", ">", "100", "kU", "/", "L", "for", "chicken", "whey", "protein", "and", "34", ".", "7", "kU", "/", "L", "for", "chicken", "meat", ".", "He", "had", "no", "contact", "with", "poultry", "and", "reported", "no", "symptoms", "with", "feathers", "despite", "being", "sensitised", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 13, "end": 20 }, { "text": "potato", "label": "SPECIES", "start": 228, "end": 234 }, { "text": "chicken", "label": "SPECIES", "start": 707, "end": 714 }, { "text": "chicken", "label": "SPECIES", "start": 785, "end": 792 }, { "text": "chicken", "label": "SPECIES", "start": 824, "end": 831 } ]

[ "A", "24-year-old", "male", "from", "Cameroon", ",", "resident", "in", "Spain", "for", "6", "years", ",", "who", "has", "been", "travelling", "to", "his", "country", "once", "a", "year", ",", "came", "to", "the", "emergency", "department", "with", "a", "sensation", "of", "a", "mobile", "foreign", "body", "in", "his", "right", "eye", ".", "The", "patient", "reported", "the", "presence", "of", "a", "worm", "intermittently", "in", "both", "eyes", "for", "the", "last", "5", "years", ",", "sometimes", "recognising", "it", "under", "the", "eyelid", "skin", ",", "for", "which", "reason", "he", "had", "consulted", "the", "general", "emergency", "department", "on", "several", "occasions", ".", "Examination", "of", "the", "anterior", "pole", "revealed", "the", "existence", "of", "a", "corded", ",", "mobile", "structure", "that", "crawled", "under", "the", "upper", "bulbar", "conjunctiva", "of", "the", "right", "eye", ".", "In", "view", "of", "the", "findings", ",", "a", "5", "cm", "long", "intact", "worm", "was", "surgically", "removed", "under", "local", "anaesthesia", ".", "The", "microbiological", "study", "confirms", "the", "diagnosis", "of", "Loa", "Loa", "in", "its", "adult", "form", "(", "female", ")", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 18 }, { "text": "worm", "label": "SPECIES", "start": 250, "end": 254 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 215, "end": 222 }, { "text": "worm", "label": "SPECIES", "start": 639, "end": 643 } ]

[ "Reason", "for", "consultation", "The", "patient", "'", "s", "son-in-law", "called", "the", "Health", "Centre", "to", "ask", "her", "family", "doctor", "to", "come", "to", "her", "home", ",", "as", "he", "found", "her", "strange", ".", "Two", "days", "earlier", ",", "she", "had", "gone", "to", "see", "her", "primary", "care", "doctor", "for", "dyspnoea", "and", "fever", ",", "where", "a", "diagnosis", "of", "acute", "bronchitis", "was", "made", "by", "chest", "X-ray", "and", "antibiotic", "treatment", "was", "started", ".", "Individual", "approach", "(", "anamnesis", ",", "examination", ",", "complementary", "tests", ")", "Anamnesis", ":", "the", "patient", "is", "an", "84-year-old", "woman", ",", "denies", "allergic", "reactions", "to", "medication", ",", "hypertensive", "(", "who", "has", "stopped", "taking", "antihypertensive", "medication", "of", "her", "own", "accord", ")", ",", "dyslipidaemic", ",", "AF", "anticoagulated", "with", "acenocoumarol", ".", "Denies", "toxic", "habits", ".", "Independent", "ABVD", ".", "On", "arriving", "at", "home", ",", "the", "patient", "was", "found", "to", "be", "obnubilated", ",", "with", "a", "low", "level", "of", "consciousness", ",", "in", "addition", "to", "deviation", "of", "the", "corner", "of", "the", "mouth", "and", "loss", "of", "strength", "in", "the", "left", "hemisphere", ".", "She", "was", "afebrile", ".", "It", "was", "decided", "to", "transfer", "the", "patient", "to", "the", "Emergency", "Department", "of", "the", "Hospital", "by", "ambulance", "with", "medical", "assistance", "and", "she", "was", "monitored", "at", "all", "times", ".", "The", "Stroke", "Code", "was", "activated", ".", "On", "arrival", "at", "the", "hospital", ",", "her", "condition", "had", "not", "changed", ".", "However", ",", "during", "the", "physical", "examination", ",", "the", "patient", "began", "with", "a", "fever", "of", "38", ".", "8oC", ".", "Physical", "examination", ":", "-", "Regular", "general", "condition", ",", "skin", "pallor", ",", "eupneic", "at", "rest", ".", "Fever", "of", "38", ".", "8oC", "de", "novo", ".", "BP", "156", "/", "94", ".", "-", "ACR", ":", "Arrhythmic", "at", "a", "good", "frequency", ",", "no", "murmurs", ".", "MVC", ",", "no", "pathological", "sounds", ".", "-", "ECG", ":", "AF", "at", "70", "bpm", ".", "Normal", "axis", ".", "Narrow", "QRS", ".", "No", "signs", "of", "repolarisation", ".", "-", "Neurological", ":", "tendency", "to", "sleep", ",", "dysarthric", "language", "although", "difficult", "to", "explore", ".", "PINLA", ".", "ECMO", ".", "Left", "homonymous", "hemianopsia", "to", "the", "threat", ".", "Unforced", "tendency", "of", "gaze", "to", "the", "right", ".", "Left", "facial", "paralysis", ".", "Weakness", "in", "left", "limbs", "with", "tone", "present", "although", "difficult", "to", "explore", "due", "to", "lack", "of", "collaboration", ".", "Brudzinski", "and", "Kerning", "doubtful", ".", "Complementary", "tests", ":", "-", "CBC", ":", "Leukocytes", "19", ".", "19x10e9", "/", "L", ",", "Neutrophils", "17", ".", "5x", "10e9", "/", "L", ",", "Lymphocytes", "0", ".", "8x", "10e9", "/", "L", ",", "Glucose", "130", ",", "Sodium", "134", ",", "Creatinine", "0", ".", "91", ",", "CRP", "70", ",", "INR", "2", ".", "08", ".", "Urine", "not", "pathological", ".", "-", "Cranial", "CT", "and", "CT", "angiography", ":", "no", "pathological", "alterations", ".", "-", "Lumbar", "puncture", ":", "1150", "cells", "with", "84", "%", "PMN", ",", "310", "proteins", ",", "35", ".", "6", "glucose", ",", "Gram", "positive", "for", "listeria", ".", "Family", "and", "community", "approach", "Elderly", "patient", "living", "alone", ",", "up", "to", "this", "point", "was", "ABVD", ".", "Good", "family", "support", ".", "Medium", "socioeconomic", "level", ".", "Clinical", "judgement", "(", "problem", "list", ",", "differential", "diagnosis", ")", ".", "Differential", "diagnosis", ":", "-", "STROKE", ".", "Initially", ",", "due", "to", "the", "history", "of", "untreated", "hypertension", "and", "the", "neurological", "examination", ",", "the", "diagnosis", "was", "oriented", "towards", "a", "stroke", ".", "The", "appearance", "of", "fever", "and", "normal", "CT", "and", "CT", "angiography", "led", "to", "a", "change", "of", "opinion", "towards", "an", "infectious", "disease", ".", "-", "Bacterial", "meningoencephalitis", ".", "The", "neurological", "focality", "and", "the", "fever", "pointed", "towards", "an", "infectious", "pathology", ",", "which", "was", "later", "confirmed", "by", "lumbar", "puncture", "and", "Gram", "'", "s", "test", ".", "Clinical", "judgement", ":", "bacterial", "meningoencephalitis", ".", "Action", "plan", "and", "evolution", "The", "patient", "was", "transferred", "to", "the", "Internal", "Medicine", "ward", ".", "There", ",", "she", "was", "monitored", "and", "empirical", "treatment", "was", "started", "with", "ceftriaxone", "+", "ampicillin", "+", "vancomycin", "+", "dexamethasone", "iv", "and", "antipyretic", "treatment", ".", "After", "starting", "treatment", ",", "the", "patient", "'", "s", "general", "condition", "gradually", "improved", "and", "she", "is", "currently", "healthy", "and", "without", "sequelae", "of", "the", "episode", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "family doctor", "label": "HUMAN", "start": 85, "end": 98 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 28, "end": 35 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 85, "end": 91 }, { "text": "son-in-law", "label": "HUMAN", "start": 38, "end": 48 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 413, "end": 420 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 439, "end": 444 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 690, "end": 697 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 908, "end": 915 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1169, "end": 1176 }, { "text": "listeria", "label": "SPECIES", "start": 2159, "end": 2167 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 2170, "end": 2176 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2208, "end": 2215 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 2262, "end": 2268 }, { "text": "Bacterial", "label": "SPECIES", "start": 2653, "end": 2662 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 2848, "end": 2857 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2910, "end": 2917 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3139, "end": 3146 } ]

[ "10-month-old", "male", "infant", "from", "Comayagüela", ",", "Francisco", "Morazán", ",", "with", "a", "history", "reported", "by", "his", "mother", "of", "difficulty", "breathing", "and", "periorbital", "cyanosis", ",", "who", "took", "him", "to", "a", "peripheral", "clinic", ",", "from", "where", "he", "was", "referred", "to", "the", "Hospital", "Escuela", "Universitario", ".", "According", "to", "clinical", "data", "obtained", "from", "the", "case", "file", ",", "he", "was", "admitted", "to", "the", "paediatric", "emergency", "department", "with", "a", "history", "of", "one", "day", "of", "weakness", ",", "sudden", "abdominal", "pain", ",", "diarrhoea", "for", "one", "day", ",", "on", "multiple", "occasions", ",", "and", "vomiting", "of", "the", "same", "course", ".", "On", "physical", "examination", ",", "he", "weighed", "7", ".", "8", "kg", ",", "heart", "rate", "was", "30x", "min", ",", "respiratory", "rate", "65", "x", "min", ",", "pulse", "30", "x", "min", ",", "temperature", "36", "oC", ",", "Glasgow", "7", "/", "15", ",", "hypoactive", ",", "hyporereactive", ",", "with", "poor", "suction", ",", "poor", "pulse", "quality", ",", "cyanotic", ",", "with", "distal", "coldness", "and", "capillary", "refill", "of", "five", "seconds", ";", "dehydrated", ",", "crying", "without", "tears", ",", "shallow", ",", "acidotic", "breathing", ",", "with", "abdominal", "distension", "and", "marbled", "skin", ".", "The", "patient", "was", "received", "in", "poor", "general", "condition", ",", "bradycardic", ",", "and", "cardiopulmonary", "resuscitation", "was", "performed", "for", "30", "minutes", ",", "without", "improvement", ",", "and", "he", "was", "declared", "dead", "55", "minutes", "after", "admission", ".", "Clinical", "diagnoses", "were", ":", "acute", "diarrhoea", "with", "10", "%", "dehydration", ",", "hypovolemic", "shock", "and", "suspected", "intestinal", "perforation", ".", "A", "medico-legal", "autopsy", "was", "performed", "with", "no", "significant", "external", "findings", "on", "the", "corpse", ",", "nor", "in", "the", "macroscopic", "examination", "of", "the", "organs", ".", "On", "microscopic", "examination", ",", "histological", "sections", "of", "the", "heart", "showed", "myocardium", "with", "severe", "diffuse", "inflammatory", "infiltrate", "with", "the", "presence", "of", "lymphocytes", ",", "plasma", "cells", ",", "macrophages", "and", "myocardial", "fibres", "with", "degeneration", ",", "some", "of", "them", "containing", "Trypanosoma", "cruzi", "amastigotes", ".", "The", "lung", "showed", "mild", "oedema", ",", "the", "liver", ",", "spleen", ",", "intestine", ",", "brain", "and", "cerebellum", "showed", "vascular", "congestion", ".", "According", "to", "the", "histological", "findings", "described", ",", "the", "diagnosis", "and", "cause", "of", "death", "was", "acute", "chagasic", "myocarditis", ".", "Acute", "Chagas", "myocarditis", ".", "Severe", "inflammatory", "infiltrate", "composed", "of", "lymphocytes", ",", "plasma", "cells", "and", "macrophages", "infiltrating", "and", "destroying", "myocardial", "fibres", ".", "Degenerated", "myocardial", "fibres", "containing", "the", "parasites", ".", "T", ".", "cruz", "amastigotes", "are", "seen", "in", "greater", "detail", "in", "a", "cardiac", "muscle", "cell", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 93, "end": 99 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 13, "end": 17 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 897, "end": 904 }, { "text": "Trypanosoma cruzi amastigotes", "label": "SPECIES", "start": 1606, "end": 1635 }, { "text": "Chagas", "label": "SPECIES", "start": 1867, "end": 1873 }, { "text": "parasites", "label": "SPECIES", "start": 2064, "end": 2073 } ]

[ "Anamnesis", "A", "61-year-old", "male", "smoker", "presented", "to", "the", "emergency", "department", "with", "a", "generalised", "tonic-clonic", "movement", "crisis", "lasting", "several", "minutes", "with", "a", "subsequent", "post-critical", "state", ".", "He", "was", "a", "single", "man", "living", "alone", "in", "a", "rural", "environment", ".", "He", "had", "no", "other", "medical", "history", "of", "interest", "or", "relevant", "contacts", ".", "The", "patient", "and", "family", "reported", "that", "he", "had", "previously", "presented", "with", "general", "symptoms", "of", "fever", ",", "weight", "loss", "and", "asthenia", "with", "anorexia", ".", "Physical", "examination", "\"", "BP", "120", "/", "70", "mm", "Hg", ".", "Ta", "37", ".", "7", "oC", ".", "HR", "80", "bpm", ".", "Oxygen", "saturation", "95", "%", "basal", ".", "\"", "Eupneic", ".", "No", "palpable", "lymph", "nodes", ".", "\"", "Pulmonary", "auscultation", "with", "scattered", "rhonchi", "in", "all", "fields", ".", "\"", "Rhythmic", "cardiac", "auscultation", "without", "murmurs", "or", "extratonos", ".", "\"", "Abdomen", "soft", "and", "depressible", ",", "with", "normal", "hydro-aerial", "sounds", ".", "\"", "No", "oedema", "or", "signs", "of", "venous", "thrombosis", ".", "\"", "Skin", "examination", "revealed", "no", "relevant", "alterations", ".", "Complementary", "tests", "A", "haemogram", ",", "coagulation", "and", "blood", "biochemistry", "were", "normal", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "a", "pulmonary", "mass", "of", "approximately", "3", "cm", "in", "the", "middle", "lobe", "in", "contact", "with", "the", "parietal", "pleura", "compatible", "with", "primary", "pulmonary", "neoplasia", ",", "and", "brain", "CT", "scan", "showed", "right", "frontal", "LOES", "with", "associated", "vasogenic", "oedema", "suggesting", "brain", "metastasis", ".", "The", "patient", "was", "admitted", "to", "Internal", "Medicine", "where", "a", "thoracoabdomino-pelvic", "CT", "scan", "showed", "a", "pulmonary", "mass", "in", "the", "lingula", "and", "a", "nodule", "in", "the", "LSD", "segment", "with", "evidence", "of", "paraseptal", "emphysema", "and", "probable", "pulmonary", "fibrosis", ".", "There", "was", "no", "evidence", "of", "involvement", "at", "other", "levels", ".", "A", "CT-guided", "core", "needle", "biopsy", "was", "performed", "on", "the", "lingula", "mass", ",", "which", "was", "found", "to", "be", "compatible", "with", "material", "consisting", "of", "atypical", "three-dimensional", "glandular", "clusters", "compatible", "with", "adenocarcinoma", ".", "No", "EGFR", "mutation", "or", "ALK", "translocation", "was", "detected", ".", "HIV", "and", "hepatitis", "serologies", "were", "negative", ".", "Diagnosis", "With", "the", "diagnosis", "of", "stage", "IV", "lung", "adenocarcinoma", "due", "to", "brain", "involvement", "in", "a", "patient", "with", "ECOG-0", ",", "a", "referral", "was", "made", "to", "Oncology", ".", "Treatment", "Treatment", "was", "started", "with", "dexamethasone", "at", "a", "dose", "of", "4", "mg", "orally", "every", "8", "hours", ",", "levetiracetam", "500", "mg", "orally", "every", "12", "hours", "and", "omeprazole", "20", "mg", "orally", "daily", ".", "He", "received", "holocranial", "radiotherapy", "and", ",", "subsequently", ",", "a", "first", "cycle", "of", "chemotherapy", "with", "Carboplatin", "AUC-5-paclitaxel", "175", "mg", "/", "m2-bevacizumab", "15", "mg", "iv", ".", "Evolution", "Fifteen", "days", "after", "completing", "the", "holocranial", "radiotherapy", ",", "the", "patient", "attended", "the", "emergency", "department", "for", "respiratory", "symptoms", "consisting", "of", "dyspnoea", "and", "productive", "cough", ",", "high", "fever", "and", "disorientation", ".", "The", "patient", "presented", "with", "significant", "impairment", "of", "the", "general", "condition", "with", "tachypnoea", "and", "tugging", ".", "He", "was", "febrile", "(", "39oC", ")", "and", "tachycardic", "(", "HR", "120", "bpm", ")", "with", "BP", "130", "/", "70", "mm", "Hg", ".", "Pulmonary", "auscultation", "showed", "bilateral", "rhonchi", ".", "The", "rest", "of", "the", "physical", "examination", "was", "unremarkable", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "leukocytosis", "with", "elevated", "acute", "phase", "reactants", "and", "arterial", "blood", "gases", "showed", "hypoxaemic", "respiratory", "failure", "with", "a", "PaO2", "of", "45", "mm", "Hg", ".", "Blood", "cultures", "and", "sputum", "culture", "were", "taken", ".", "A", "new", "chest", "X-ray", "showed", "bilateral", "interstitial", "infiltrate", "in", "addition", "to", "the", "known", "pulmonary", "lesion", ".", "He", "was", "admitted", "to", "the", "oncology", "ward", "with", "oxygen", "therapy", "at", "15", "bpm", ",", "intravenous", "corticosteroid", "treatment", ",", "bronchodilators", "and", "broad-spectrum", "antibiotics", "based", "on", "meropenem", "1", "g", "every", "8", "hours", "as", "the", "patient", "was", "considered", "immunocompromised", ".", "The", "clinical", "evolution", "was", "not", "satisfactory", "in", "the", "first", "two", "days", ",", "he", "remained", "febrile", "and", "hypoxaemic", ",", "so", "it", "was", "decided", "to", "add", "sulphamethoxazole-trimethoprim", "(", "160", "mg", "/", "32", "mg", "every", "6", "hours", ")", "to", "the", "treatment", "to", "cover", "a", "possible", "opportunistic", "infection", "by", "Pneumocystis", "jirovecii", ",", "given", "that", "he", "was", "an", "oncological", "patient", "being", "treated", "with", "high", "doses", "of", "corticosteroids", ".", "After", "24", "hours", ",", "the", "patient", "became", "afebrile", "and", ",", "subsequently", ",", "his", "oxygenation", "improved", ",", "making", "it", "possible", "to", "reduce", "oxygen", "intake", "and", "corticosteroid", "doses", ".", "Five", "days", "after", "admission", ",", "the", "result", "of", "the", "sputum", "culture", "was", "received", ",", "which", "was", "positive", "for", "Nocardia", "spp", ".", "With", "these", "data", "and", "reviewing", "the", "natural", "history", "of", "the", "Nocardia", "infection", ",", "we", "decided", "to", "consult", "the", "Infectious", "Diseases", "Department", "and", "requested", "a", "new", "brain", "CT", "scan", ",", "which", "was", "performed", "21", "days", "after", "initiation", "of", "treatment", "with", "sulfamethoxazole", ".", "The", "brain", "CT", "scan", "showed", "complete", "regression", "of", "the", "brain", "lesions", ".", "Intravenous", "antibiotic", "treatment", "was", "completed", "for", "4", "weeks", "and", ",", "finally", ",", "the", "patient", "was", "discharged", "with", "oral", "antibiotic", "treatment", "and", "follow-up", "in", "the", "oncology", "outpatient", "clinic", ",", "receiving", "a", "total", "of", "7", "cycles", "of", "the", "aforementioned", "treatment", "regimen", ".", "Subsequently", ",", "the", "disease", "progressed", "and", "he", "finally", "died", "of", "his", "tumour", "9", "months", "after", "diagnosis", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 28 }, { "text": "contacts", "label": "HUMAN", "start": 298, "end": 306 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 324, "end": 330 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 312, "end": 319 }, { "text": "contact", "label": "HUMAN", "start": 1017, "end": 1024 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1205, "end": 1212 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1739, "end": 1742 }, { "text": "hepatitis", "label": "SPECIES", "start": 1747, "end": 1756 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1875, "end": 1882 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2327, "end": 2334 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2474, "end": 2481 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3257, "end": 3264 }, { "text": "Pneumocystis jirovecii", "label": "SPECIES", "start": 3551, "end": 3573 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3608, "end": 3615 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3686, "end": 3693 }, { "text": "Nocardia spp", "label": "SPECIES", "start": 3921, "end": 3933 }, { "text": "Nocardia", "label": "SPECIES", "start": 3921, "end": 3929 }, { "text": "Nocardia", "label": "SPECIES", "start": 3992, "end": 4000 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4329, "end": 4336 } ]

[ "A", "20-year-old", "male", "patient", "from", "the", "city", "of", "Buenos", "Aires", "attended", "the", "outpatient", "clinic", "of", "the", "Dermatology", "Division", "of", "the", "Hospital", "de", "Clínicas", "due", "to", "the", "presence", "of", "polymorphous", "lesions", "on", "the", "abdomen", ",", "inguinal", "folds", ",", "periumbilical", "region", ",", "wrists", "and", "gluteal", "folds", ".", "This", "dermatosis", ",", "which", "had", "been", "present", "for", "4", "months", ",", "caused", "intense", "itching", ",", "especially", "at", "night", ".", "Skin", "scrapings", "from", "the", "trunk", ",", "hands", "and", "perianal", "area", "were", "sent", "to", "the", "clinical", "parasitology", "laboratory", ",", "where", "few", "adult", "specimens", "and", "eggs", "of", "S", ".", "scabiei", "were", "observed", ".", "A", "plan", "of", "hygienic", "measures", "was", "implemented", "with", "the", "use", "of", "cream", "soap", "and", "oral", "treatment", "with", "ivermectin", "(", "1", "tablet", "of", "6mg", ")", ",", "which", "was", "repeated", "after", "one", "week", ".", "In", "addition", ",", "topical", "application", "of", "clobetasol", "twice", "daily", "and", "use", "of", "moisturising", "cream", "was", "indicated", ".", "Hydroxyzine", "50mg", "per", "day", "for", "10", "days", "was", "also", "prescribed", ".", "The", "patient", "was", "recalled", "after", "10", "days", "for", "follow-up", ".", "Treatment", "with", "ivermectin", "was", "given", "to", "all", "cohabitants", "as", "a", "preventive", "measure", "to", "avoid", "infection", ".", "All", "patients", "with", "predominantly", "nocturnal", "itching", "and", "suspected", "scabies", "should", "undergo", "skin", "scraping", "and", "investigation", "for", "mites", ".", "Early", "diagnosis", "and", "treatment", "of", "this", "ectoparasitosis", "is", "important", "to", "prevent", "its", "spread", ".", "Human", "scabies", "is", "a", "skin", "infection", "caused", "by", "the", "mite", "Sarcoptes", "scabiei", "variety", "hominis", "." ]

[ 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 4, 4, 4, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 18 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 19, "end": 26 }, { "text": "parasitology", "label": "SPECIES", "start": 448, "end": 460 }, { "text": "cohabitants", "label": "HUMAN", "start": 956, "end": 967 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 863, "end": 870 }, { "text": "Human", "label": "HUMAN", "start": 1232, "end": 1237 }, { "text": "mites", "label": "SPECIES", "start": 1135, "end": 1140 }, { "text": "Sarcoptes scabiei variety hominis", "label": "SPECIES", "start": 1285, "end": 1318 }, { "text": "mite", "label": "SPECIES", "start": 1280, "end": 1284 } ]

[ "A", "22-year-old", "previously", "healthy", "female", "patient", "consulted", "the", "emergency", "department", "for", "an", "8-day", "history", "of", "hemicranial", "headache", ",", "pulsating", "type", ",", "with", "nausea", "and", "photophobia", ",", "which", "worsened", "with", "activity", "and", "improved", "with", "rest", ".", "He", "also", "reported", "pain", "in", "the", "right", "upper", "limb", "that", "started", "first", "in", "the", "hand", "and", "then", "ascended", ",", "involving", "the", "whole", "limb", "symmetrically", ".", "She", "described", "that", "the", "pain", "worsened", "with", "movement", "and", "in", "the", "previous", "hours", "she", "associated", "it", "with", "the", "presence", "of", "paresthesia", "and", "dysesthesia", ".", "She", "was", "initially", "assessed", "by", "the", "neurology", "department", ",", "who", "decided", "to", "hospitalise", "her", "with", "a", "diagnosis", "of", "probable", "brachial", "plexitis", ".", "A", "lumbar", "puncture", "and", "cervical", "spine", "imaging", "were", "performed", "with", "normal", "results", ",", "so", "she", "was", "started", "on", "gabapentin", "for", "pain", ".", "During", "the", "days", "of", "her", "stay", ",", "she", "was", "under", "strict", "neurological", "surveillance", ".", "It", "was", "noteworthy", "that", ",", "2", "days", "prior", "to", "discharge", ",", "she", "presented", "an", "episode", "of", "parasomnia", ",", "with", "vivid", "dream", "sensations", ",", "but", "this", "was", "considered", "an", "adverse", "effect", "of", "the", "medication", ".", "After", "7", "days", "of", "hospitalisation", "and", "complete", "resolution", "of", "his", "clinical", "symptoms", ",", "discharge", "was", "considered", ".", "One", "week", "later", "she", "presented", "with", "fever", ",", "dysphagia", ",", "dysarthria", ",", "difficulty", "swallowing", ",", "hyporexia", ",", "sialorrhoea", ",", "right", "hemiparesis", "and", "generalised", "muscle", "spasms", ".", "The", "condition", "rapidly", "progressed", "within", "hours", "to", "a", "decoma", "state", ",", "with", "decortication", "posture", ",", "significant", "sialorrhoea", "and", "severe", "cervical", "and", "oropharyngeal", "muscle", "spasms", ".", "He", "presented", "nuchal", "rigidity", "with", "bilateral", "extensor", "plantar", "extensor", "responses", ",", "and", "an", "infectious", "encephalic", "process", "was", "suspected", ".", "Intubation", "and", "mechanical", "ventilation", "were", "performed", "in", "the", "emergency", "resuscitation", "room", ".", "Computed", "tomography", "of", "the", "brain", "was", "normal", ",", "cytochemical", "study", "of", "cerebrospinal", "fluid", "showed", "no", "abnormalities", ".", "Given", "the", "clinical", "suspicion", ",", "they", "decided", "to", "conduct", "a", "directed", "interview", "with", "the", "relatives", "to", "investigate", "a", "history", "of", "potential", "rabies", "exposure", ",", "and", "her", "family", "confirmed", "that", "the", "patient", "had", "been", "bitten", "by", "a", "cat", "on", "the", "right", "hand", "3", "months", "earlier", ",", "but", "had", "not", "consulted", "a", "medical", "centre", "for", "this", "reason", ".", "In", "addition", ",", "the", "grandmother", "had", "also", "been", "bitten", "by", "the", "same", "cat", ",", "who", "died", "30", "days", "earlier", "apparently", "from", "polyneuropathic", "symptoms", "and", "stem", "symptoms", ",", "with", "a", "final", "diagnosis", "of", "Guillain-Barré", "syndrome", ".", "The", "cat", "belonged", "to", "the", "family", "and", "was", "vaccinated", "against", "rabies", ",", "but", "was", "hunting", "bats", ".", "The", "Milwaukee", "protocol", "was", "initiated", "the", "same", "day", "due", "to", "the", "high", "clinical", "probability", "(", "7", "days", "after", "the", "onset", "of", "symptoms", ")", ",", "which", "consists", "of", "inducing", "a", "therapeutic", "coma", "with", "infusions", "of", "ketamine", "and", "midazolam", "plus", "antiviral", "therapy", "with", "amantadine", "and", "acyclovir", ".", "Serum", "anti-rabies", "antibodies", "and", "rabies", "corneal", "imprints", "were", "negative", ".", "Sedation", "was", "stopped", "on", "the", "third", "day", "after", "initiation", "of", "the", "Milwaukee", "protocol", "because", "the", "patient", "presented", "with", "episodes", "of", "hypothermia", "with", "bradycardia", "and", "hypotension", ".", "A", "plain", "brain", "CT", "scan", "was", "ordered", ",", "which", "showed", "marked", "diffuse", "cerebral", "oedema", "and", "associated", "subarachnoid", "haemorrhage", ".", "Brain", "CT", "scan", "showing", "fourth", "ventricle", "with", "cerebral", "oedema", "and", "haemorrhage", ".", "Ascending", "transtentorial", "herniation", "and", "bilateral", "cerebellar", "tonsillar", "herniation", ".", "Subsequently", ",", "the", "patient", "presented", "ventricular", "fibrillation", "and", "asystole", ",", "which", "led", "to", "her", "death", ".", "During", "the", "necropsy", ",", "pressure", "grooves", "were", "identified", "in", "the", "hippocampal", "uncus", "and", "cerebellar", "tonsils", ",", "in", "which", "encephalomalacia", "and", "haemorrhage", "were", "evident", ".", "Punctate", "haemorrhagic", "lesions", "compatible", "with", "Duret", "'", "s", "haemorrhages", "were", "evident", "in", "the", "midbrain", ".", "Macroscopic", "observation", "of", "the", "brain", "tissue", "showing", "punctate", "haemorrhagic", "lesions", "compatible", "with", "Duret", "'", "s", "haemorrhages", ".", "On", "microscopic", "examination", ",", "brain", "sections", "showed", "significant", "vascular", "congestion", "with", "focal", "presence", "of", "perivascular", "cuffs", "and", "presence", "of", "glial", "nodules", "and", "gliosis", "with", "oedema", "of", "the", "brain", "parenchyma", ".", "There", "were", "focal", "changes", "of", "neuronophagy", ".", "Eosinophilic", "inclusions", "compatible", "with", "Negri", "bodies", "were", "identified", "in", "the", "cytoplasm", "of", "cerebral", "cortical", "neurons", ",", "hippocampus", "and", "Purkinje", "neurons", ".", "Postmortem", "brain", "biopsy", "staining", "showing", "cytoplasm", "of", "cerebral", "cortical", "neurons", "(", "eosinophilic", "inclusions", "compatible", "with", "Negri", "bodies", ")", ".", "Purkinje", "neurons", "(", "eosinophilic", "inclusions", "compatible", "with", "Negri", "bodies", ")", ".", "The", "anatomo-pathological", "findings", "confirmed", "the", "diagnosis", "of", "rabies", "encephalitis", "and", "the", "primary", "cause", "of", "death", "was", "considered", "to", "be", "cerebral", "herniation", "secondary", "to", "endocranial", "hypertension", ".", "Direct", "immunofluorescence", "was", "positive", "for", "rabies", "virus", "and", "the", "biological", "test", "in", "mice", "was", "also", "positive", ".", "Antigenic", "variant", "4", ",", "which", "is", "associated", "with", "insectivorous", "bats", ",", "was", "identified", ".", "In", "this", "case", "the", "bat-cat-human", "transmission", "chain", "was", "triggered", "by", "the", "cat", ",", "which", "had", "bat-hunting", "habits", ".", "The", "public", "health", "investigation", "found", "that", "eight", "healthcare", "workers", "at", "the", "hospital", "had", "been", "exposed", "either", "through", "mucous", "membranes", "or", "non-intact", "skin", "to", "infectious", "fluids", ",", "such", "as", "saliva", ",", "cerebrospinal", "fluid", "or", "tears", ".", "All", "eight", "received", "post-exposure", "prophylaxis", "therapy", "with", "a", "single", "intramuscular", "dose", "(", "40", "IU", "/", "kg", ")", "of", "human", "rabies", "immune", "globulin", ".", "In", "addition", ",", "they", "identified", "32", "social", "contacts", "(", "study", "partners", "and", "friends", ")", "classified", "as", "severe", "exposure", ",", "receiving", "full", "post-exposure", "treatment", "(", "human", "rabies", "immune", "globulin", "and", "all", "5", "doses", "of", "vaccine", ")", ",", "with", "no", "reported", "adverse", "effects", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 40, "end": 47 }, { "text": "grandmother", "label": "HUMAN", "start": 2123, "end": 2134 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 1955, "end": 1961 }, { "text": "relatives", "label": "HUMAN", "start": 1882, "end": 1891 }, { "text": "cat", "label": "SPECIES", "start": 2010, "end": 2013 }, { "text": "cat", "label": "SPECIES", "start": 2168, "end": 2171 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1981, "end": 1988 }, { "text": "antiviral", "label": "SPECIES", "start": 2614, "end": 2623 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 2333, "end": 2339 }, { "text": "cat", "label": "SPECIES", "start": 2313, "end": 2316 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2828, "end": 2835 }, { "text": "vaccinated", "label": "SPECIES", "start": 2348, "end": 2358 }, { "text": "bats", "label": "SPECIES", "start": 2391, "end": 2395 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3208, "end": 3215 }, { "text": "rabies virus", "label": "SPECIES", "start": 4504, "end": 4516 }, { "text": "bat", "label": "SPECIES", "start": 4667, "end": 4670 }, { "text": "bat", "label": "SPECIES", "start": 4736, "end": 4739 }, { "text": "bats", "label": "SPECIES", "start": 4628, "end": 4632 }, { "text": "mice", "label": "SPECIES", "start": 4544, "end": 4548 }, { "text": "insectivorous bats", "label": "SPECIES", "start": 4614, "end": 4632 }, { "text": "vaccine", "label": "SPECIES", "start": 5302, "end": 5309 } ]

[ "", "A", "67-year-old", "woman", "with", "a", "history", "of", "schizoaffective", "disorder", ",", "diabetes", "mellitus", ",", "hypertension", "and", "hyperlipidaemia", "was", "brought", "by", "her", "daughter", "to", "a", "psychiatric", "clinic", "because", "of", "behavioural", "changes", ".", "Her", "medication", "was", "lithium", "600", "mg", "per", "day", ",", "quetiapine", "400", "mg", "twice", "daily", ",", "insulin", ",", "empagliflozin", ",", "metformin", ",", "sitagliptin", ",", "atorvastatin", ",", "irbesartan", "and", "aspirin", ".", "On", "examination", ",", "she", "was", "poorly", "groomed", ",", "with", "no", "acute", "complaints", ".", "Her", "speech", "was", "slurred", ".", "She", "was", "disoriented", "with", "respect", "to", "time", ",", "space", "and", "people", ".", "Her", "vital", "signs", "were", ":", "respiratory", "rate", "18", "r", ".", "p", ".", "m", ".", ",", "temperature", "37", ".", "1", "oC", ",", "pulse", "100", "l", ".", "p", ".", "m", ".", ",", "blood", "pressure", "145", "/", "82", "mmHg", "and", "oxygen", "saturation", "(", "SpO2", ")", "93", "%", "on", "room", "air", ".", "Lung", "examination", "revealed", "faint", "crackles", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "leukocyte", "count", "7", ".", "78", "x", "103", "cells", "per", "cubic", "millimetre", "(", "/", "mm3", ")", "with", "9", ".", "4", "%", "lymphocytes", ",", "creatinine", "(", "Cr", ")", "high", "at", "1", ".", "35", "milligrams", "per", "decilitre", "(", "mg", "/", "dl", ")", "(", "reference", "0", ".", "65", "mg", "/", "dl", ")", "and", "lithium", "concentration", "2", ".", "28", "mmol", "/", "L", ".", "The", "electrocardiogram", "was", "normal", ".", "A", "cranial", "CT", "scan", "showed", "no", "relevant", "findings", ".", "A", "chest", "X-ray", "showed", "bilateral", "patchy", "infiltrates", ".", "A", "nasopharyngeal", "swab", "for", "SARS-CoV-2", "tested", "by", "RT-PCR", "was", "positive", ".", "She", "was", "admitted", "to", "the", "general", "ward", "for", "COVID-19", "pneumonia", ",", "acute", "kidney", "injury", "and", "lithium", "intoxication", ".", "On", "the", "first", "day", "of", "admission", ",", "she", "received", "four", "litres", "of", "i", ".", "v", ".", "normal", "saline", "to", "treat", "the", "lithium", "intoxication", "and", "acute", "kidney", "injury", ".", "He", "had", "no", "acute", "worsening", "of", "COVID-19", "symptoms", "from", "the", "i", ".", "v", ".", "fluids", "and", "had", "good", "diuresis", ".", "His", "mental", "status", "improved", "and", "lithium", "values", "normalised", ".", "He", "received", "hydroxychloroquine", "to", "treat", "COVID-19", "according", "to", "hospital", "protocol", ";", "however", ",", "his", "course", "was", "complicated", "by", "acute", "hypoxaemic", "respiratory", "failure", "and", "he", "eventually", "died", "on", "day", "4", "of", "admission", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "daughter", "label": "HUMAN", "start": 136, "end": 144 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 20 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 1105, "end": 1115 } ]

[ "67-year-old", "woman", "from", "Bulgaria", ",", "hypertensive", ",", "diabetic", ",", "obese", ",", "dyslipidaemic", "and", "with", "chronic", "kidney", "disease", "(", "CKD", ")", "possibly", "secondary", "to", "diabetes", "and", "/", "or", "nephroangiosclerosis", ",", "on", "HD", "since", "January", "2008", ".", "Low", "socioeconomic", "status", ",", "living", "with", "animals", "and", "poor", "personal", "hygiene", ".", "Left", "humerocephalic", "arteriovenous", "fistula", "(", "AVF", ")", "was", "performed", ",", "with", "a", "torpid", "evolution", ",", "performing", "HD", "by", "transient", "CVC", "(", "multiple", "withdrawals", "and", "new", "cannulations", "due", "to", "catheter", "entry", "site", "infections", "[", "PEC", "]", ")", ".", "She", "was", "admitted", "with", "fever", "and", "chills", "after", "dialysis", ",", "compatible", "with", "bacteraemia", ",", "with", "positive", "blood", "cultures", "for", "Staphylococcus", "(", "St", ".", ")", "aureus", ".", "He", "associated", "infection", "in", "PEC", ",", "so", "the", "catheter", "was", "removed", ",", "which", "was", "cultured", ",", "growing", "AX", ",", "together", "with", "St", ".", "aureus", "and", "Enterococcus", "faecalis", ".", "With", "combined", "treatment", "for", "the", "three", "germs", ",", "the", "clinical", "and", "bacteriological", "infectious", "picture", "disappears", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "animals", "label": "SPECIES", "start": 240, "end": 247 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 12, "end": 17 }, { "text": "Enterococcus faecalis", "label": "SPECIES", "start": 751, "end": 772 }, { "text": "Staphylococcus (St.) aureus", "label": "SPECIES", "start": 600, "end": 627 }, { "text": "AX", "label": "SPECIES", "start": 718, "end": 720 }, { "text": "St. aureus", "label": "SPECIES", "start": 736, "end": 746 }, { "text": "germs", "label": "SPECIES", "start": 812, "end": 817 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 554, "end": 565 } ]

[ "Anamnesis", "A", "69-year-old", "man", "with", "a", "personal", "history", "of", "arterial", "hypertension", "and", "chronic", "renal", "insufficiency", "secondary", "to", "IgA", "glomerulopathy", ".", "He", "received", "his", "first", "kidney", "transplant", "in", "July", "1996", ",", "with", "acute", "corticosensitive", "rejection", "in", "the", "first", "month", "post-transplant", ".", "The", "graft", "is", "currently", "functioning", "normally", ".", "In", "July", "2012", ",", "she", "presented", "to", "the", "emergency", "department", "with", "fever", ",", "pain", "in", "the", "left", "iliac", "fossa", "(", "LIF", ")", "and", "decreased", "strength", "in", "the", "left", "lower", "limb", ".", "Physical", "examination", "Blood", "pressure", "128", "/", "77", "mmHg", ",", "temperature", "39", ".", "7oC", ".", "Abdomen", "slightly", "painful", "on", "palpation", "in", "the", "LIF", ".", "Lower", "limbs", ":", "left", "thigh", "increased", "in", "size", "with", "respect", "to", "the", "contralateral", "one", ",", "with", "slight", "impingement", ".", "Complementary", "tests", "Tests", "performed", "on", "first", "admission", ":", "-", "Blood", "tests", ":", "creatinine", "1", "mg", "/", "dl", ",", "haemoglobin", "11", "g", "/", "dl", ".", "Leukocytes", ":", "6", ",", "500", "(", "normal", "formula", ")", ".", "-", "Abdominal", "ultrasound", ":", "perirenal", "collection", ",", "subcapsular", ",", "anechoic", ",", "surrounding", "the", "kidney", "with", "a", "maximum", "thickness", "of", "4", "cm", ".", "Average", "calyceal", "dilatation", ":", "2", ".", "5", "cm", ".", "-", "Ultrasound", "scan", "of", "the", "lower", "limbs", ":", "no", "signs", "of", "deep", "vein", "thrombosis", ".", "-", "Computed", "tomography", "(", "CT", ")", "and", "URO-CT", ":", "image", "of", "probable", "renal", "infarction", "in", "the", "mesorenum", "with", "subcapsular", "haematoma", "with", "calcific", "dilatation", "in", "the", "area", "of", "renal", "infarction", "/", "rupture", ".", "-", "Renal", "scintigraphy", ":", "hypocaptation", "in", "the", "mesorenum", "with", "cortical", "defect", ".", "Tests", "carried", "out", "on", "second", "admission", ":", "-", "Analysis", "of", "the", "drained", "fluid", ":", "serous", "appearance", ",", "light", "yellowish", ".", "Glucose", "107", "mg", "/", "dl", ",", "creatinine", "1", "mg", "/", "dl", ",", "sodium", "144", "UmEq", "/", "l", ",", "potassium", "4", "mEq", "/", "l", ",", "protein", "0", ".", "59", "mg", "/", "dl", ",", "albumin", "0", ".", "6", "g", "/", "dl", ",", "cholesterol", "6", "mg", "/", "dl", ",", "triglycerides", "4", "mg", "/", "dl", "and", "amylase", "6", "UI7l", ".", "Sterile", "culture", "and", "cytological", "study", ":", "negative", "for", "malignancy", ".", "-", "Lymphoscintigraphy", "of", "the", "lower", "limbs", "and", "abdomen", ":", "normal", ".", "-", "Immunoelectrophoresis", "(", "IEF", ")", "in", "serum", ":", "42", ".", "2", "%", "Alb", ";", "9", ".", "9", "%", "alpha-1", ";", "19", ".", "2", "%", "alpha", "-", "2", ";", "12", ".", "2", "%", "beta", ";", "15", ".", "7", "%", "gamma", ";", "1", ",", "110", "IgG", ";", "694", "IgA", ";", "271", "IgM", ".", "-", "Serum", "immunofixation", ":", "monoclonal", "IgM", "lambda", "band", "(", "not", "quantifiable", ")", ".", "-", "IEF", "urine", ":", "normal", "(", "Bence-Jones", ":", "negative", ")", ".", "-", "IEF", "drainage", "fluid", ":", "no", "monoclonal", "bands", ".", "EPO", "levels", ":", "8", ".", "43", "(", "4-20", ")", ".", "-", "Beta-2", "microglobulin", ":", "2", ".", "7", "(", "0", ".", "8-2", ".", "2", ")", ".", "-", "Bone", "marrow", "biopsy", ":", "normal", ".", "-", "Bone", "marrow", "cytological", "study", ":", "3", "%", "plasma", "cells", "without", "atypia", ".", "Diagnosis", "Analysis", "of", "the", "draining", "fluid", "helped", "us", "to", "rule", "out", "various", "aetiological", "factors", "such", "as", "haematoma", ",", "abscess", ",", "urinoma", "or", "lymphocele", ".", "In", "the", "absence", "of", "a", "clear", "aetiological", "factor", "causing", "the", "perirenal", "collection", "and", "its", "persistence", "despite", "attempted", "sclerotherapy", "with", "povidone", "iodine", ",", "we", "reviewed", "the", "scientific", "literature", "and", "found", "a", "description", "of", "a", "new", "syndrome", "under", "the", "acronym", "TEMPI", "which", "included", "the", "following", "clinical", "findings", ":", "telangiectasias", ",", "erythrocytosis", ",", "monoclonal", "gammopathy", ",", "perirenal", "collection", "and", "pulmonary", "shunt", "with", "hypoxaemia", ".", "Although", "in", "our", "case", "the", "patient", "did", "not", "meet", "any", "of", "the", "items", ",", "such", "as", "the", "presence", "of", "erythrocytosis", "or", "hypoxaemia", ",", "the", "presence", "of", "a", "perirenal", "collection", "with", "bleeding", "from", "its", "surface", "and", "monoclonal", "paraprotein", "forced", "us", "to", "perform", "a", "bone", "marrow", "biopsy", ",", "which", "ruled", "out", "multiple", "myeloma", ";", "we", "were", "therefore", "faced", "with", "a", "monoclonal", "gammopathy", "of", "uncertain", "significance", "(", "MGUS", ")", ".", "Despite", "not", "fulfilling", "all", "the", "criteria", "for", "TEMPI", "syndrome", ",", "we", "thought", "that", "the", "findings", "described", "above", "and", "the", "patient", "'", "s", "response", "to", "treatment", "with", "rituximab", "led", "us", "to", "believe", "that", "monoclonal", "gammopathy", "was", "the", "aetiological", "cause", "of", "the", "clinical", "picture", ".", "Treatment", "On", "first", "admission", ",", "it", "was", "decided", "to", "start", "ATB", "treatment", "with", "meropenem", "and", "daptomycin", "and", "CT-mediated", "drainage", "of", "the", "collection", ".", "Subsequently", ",", "there", "was", "a", "recurrence", "of", "the", "collection", ",", "so", "it", "was", "decided", "to", "perform", "surgical", "marsupialisation", "and", "sclerosis", "with", "povidone", "iodine", ",", "with", "placement", "of", "a", "drainage", "tube", ",", "with", "persistent", "high", "debit", ".", "After", "finding", "monoclonal", "bands", "in", "the", "serum", "FTI", ",", "it", "was", "decided", "to", "start", "treatment", "with", "rituximab", "(", "350", "mg", "/", "dl", ")", ",", "with", "disappearance", "of", "the", "collection", "and", "clear", "clinical", "improvement", "of", "the", "patient", ".", "Evolution", "In", "August", "2012", ",", "there", "was", "a", "significant", "clinical", "improvement", "after", "15", "days", "of", "ATB", "treatment", ".", "With", "the", "hypercoagulability", "test", "negative", "and", "the", "Epstein-Barr", "virus", "negative", ",", "it", "was", "decided", "to", "perform", "a", "new", "CT", "scan", "and", "outpatient", "follow-up", ".", "In", "September", "2012", ",", "the", "patient", "again", "presented", "with", "functional", "impotence", "of", "the", "left", "lower", "limb", ",", "which", "prevented", "him", "from", "walking", ",", "with", "local", "erythema", "and", "poor", "blood", "pressure", "control", ".", "Physical", "examination", "revealed", "a", "blood", "pressure", "of", "189", "/", "104", "mmHg", ".", "Afebrile", ".", "Abdomen", "with", "an", "enlarged", "renal", "graft", "in", "the", "IFJ", ",", "with", "palpation", "of", "a", "perirenal", "mass", ".", "Blood", "tests", "showed", "a", "slight", "deterioration", "of", "renal", "function", ",", "with", "creatinine", "of", "1", ".", "2", "mg", "/", "dl", ".", "An", "urgent", "ultrasound", "scan", "was", "performed", ",", "which", "showed", "recurrence", "of", "the", "subcapsular", "collection", ".", "It", "was", "then", "decided", "to", "perform", "surgery", "with", "curative", "intent", ":", "marsupialisation", "of", "the", "large", "collection", ",", "probably", "subcapsular", "to", "the", "peritoneum", ",", "with", "placement", "of", "a", "T-tube", ".", "The", "kidney", "had", "a", "friable", "appearance", ",", "bleeding", "on", "friction", ",", "and", "required", "intense", "haemostasis", ".", "The", "appearance", "of", "the", "drained", "fluid", "was", "clear", "serous", ".", "After", "surgery", ",", "the", "debit", "was", "greater", "than", "1", ",", "500", "ml", "for", "one", "week", ",", "with", "subsequent", "reduction", "after", "one", "week", "to", "<", "1", ",", "000", "ml", "/", "day", ",", "with", "disappearance", "of", "functional", "impotence", ".", "After", "finding", "monoclonal", "gammopathy", "in", "the", "patient", "'", "s", "serum", ",", "treatment", "was", "started", "with", "the", "first", "dose", "of", "rituximab", ",", "with", "a", "decrease", "in", "debit", "rate", "to", "<", "200", "ml", "/", "day", ".", "With", "the", "second", "dose", "of", "rituximab", ",", "a", "decrease", "to", "<", "50", "ml", "/", "day", "was", "observed", ",", "and", "the", "drain", "was", "removed", "and", "the", "patient", "was", "discharged", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 35, "end": 43 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2786, "end": 2793 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3253, "end": 3260 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3936, "end": 3943 }, { "text": "Epstein-Barr virus", "label": "SPECIES", "start": 4099, "end": 4117 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4217, "end": 4224 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5253, "end": 5260 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5480, "end": 5487 } ]

[ "A", "40", "year", "old", "man", "who", "comes", "to", "the", "Drug", "Dependency", "Centre", "because", "he", "is", "using", "\"", "15", "to", "30", "joints", "/", "day", "\"", ",", "which", "he", "wants", "to", "stop", "due", "to", "the", "negative", "influence", "it", "can", "have", "on", "his", "daughters", ".", "Personal", "background", "Medical", ":", "5", "tympanoplasty", "operations", ",", "follow-up", "by", "GP", "for", "insomnia", "and", "headaches", "\"", "since", "always", "\"", ".", "Enuresis", "until", "the", "age", "of", "13-14", ".", "Toxicological", ":", "refers", "to", "the", "start", "of", "cannabis", "use", "at", "16", "years", "of", "age", "in", "relation", "to", "pressure", "from", "his", "group", "of", "friends", "and", "his", "difficulty", "in", "social", "relations", ".", "Since", "then", "he", "has", "been", "using", "without", "periods", "of", "abstinence", ".", "The", "dose", "has", "always", "been", "higher", "than", "15", "joints", "/", "day", ".", "He", "does", "not", "use", "and", "has", "not", "used", "other", "intoxicants", ".", "Family", "history", "Father", "operated", "for", "gastric", "ulcer", ";", "mother", "with", "multiple", "allergies", "with", "asthmatic", "crises", "and", "lifelong", "dermatological", "symptoms", ";", "healthy", ",", "independent", "sister", ".", "Wife", "since", "the", "age", "of", "21", ",", "healthy", ",", "non-consumer", ",", "two", "daughters", "aged", "7", "and", "2", ".", "Biographical", "data", "of", "interest", "Separation", "from", "parents", "11", "years", "ago", ",", "since", "then", "no", "relationship", "with", "father", ";", "describes", "mother", "as", "very", "demanding", ",", "disqualifying", ",", "very", "destructive", "and", "controlling", ";", "however", "his", "wife", "has", "always", "supported", "him", "\"", "if", "it", "wasn", "'", "t", "for", "her", "I", "wouldn", "'", "t", "be", "alive", "\"", ".", "He", "describes", "himself", "as", "a", "very", "obsessive", "person", ":", "he", "dresses", "in", "the", "same", "order", ",", "needs", "to", "repeat", "phrases", "before", "leaving", "the", "house", ",", "has", "everything", "tidy", "and", "controlled", ",", "very", "demanding", "of", "himself", "and", "others", ".", "He", "began", "a", "career", "as", "an", "industrial", "engineer", ",", "which", "he", "abandoned", ",", "and", "then", "moved", "on", "to", "telecommunications", ",", "which", "he", "also", "abandoned", ",", "setting", "up", "his", "own", "very", "successful", "computer", "company", ".", "History", "of", "the", "illness", "He", "reports", "having", "tried", "to", "quit", "several", "times", "without", "success", ",", "as", "he", "becomes", "very", "anxious", ",", "irritable", ",", "moody", "and", "unable", "to", "sleep", ".", "He", "believes", "that", "the", "joints", "now", "help", "him", "with", "the", "discomfort", "he", "feels", ",", "as", "for", "the", "last", "7", "years", ",", "he", "has", "started", "to", "feel", "low", "in", "mood", ",", "increasingly", "apathetic", ",", "not", "wanting", "to", "do", "anything", "or", "work", ".", "He", "has", "abandoned", "all", "his", "social", "relations", "and", "now", "only", "leaves", "the", "house", "when", "he", "goes", "out", "with", "his", "wife", "or", "daughters", ",", "he", "has", "also", "given", "up", "his", "hobbies", "as", "he", "is", "no", "longer", "attracted", "to", "them", "or", "entertained", "by", "them", ".", "Little", "by", "little", "he", "has", "lost", "the", "company", "that", "was", "his", "by", "abandoning", "it", "and", "has", "gone", "bankrupt", ",", "even", "losing", "his", "own", "house", ".", "His", "wife", "is", "starting", "to", "work", "outside", "the", "home", "and", "he", "is", "taking", "over", "the", "housework", ",", "but", "everything", "is", "very", "hard", "work", "for", "him", "\"", "it", "is", "a", "big", "sacrifice", "\"", ";", "he", "cannot", "concentrate", "and", "all", "day", "long", "he", "is", "thinking", "about", "problems", ",", "lately", "he", "thinks", "a", "lot", "about", "death", "and", "has", "\"", "felt", "like", "getting", "out", "of", "the", "way", ",", "but", "I", "am", "a", "coward", "\"", ",", "he", "feels", "very", "guilty", "about", "the", "whole", "situation", "but", "he", "does", "not", "know", "what", "to", "do", "about", "it", ".", "His", "mood", "is", "getting", "worse", "and", "he", "is", "very", "scared", ".", "Evolution", "Due", "to", "the", "importance", "of", "the", "symptoms", "and", "their", "long", "evolution", ",", "he", "is", "treated", "with", "an", "antidepressant", "and", "a", "hypnotic", ".", "The", "patient", "continues", "to", "use", "and", "is", "in", "the", "same", "state", "of", "mind", ".", "After", "the", "second", "month", ",", "he", "achieved", "abstinence", "and", "15", "days", "after", "achieving", "it", ",", "his", "mood", "began", "to", "improve", ",", "he", "began", "to", "be", "active", "and", "to", "consider", "his", "future", ",", "starting", "to", "work", "and", "withdrawing", "the", "medication", "himself", "after", "a", "month", ";", "the", "improvement", "has", "continued", "until", "the", "present", "day", ",", "maintaining", "abstinence", "and", "with", "no", "reappearance", "of", "the", "depressive", "symptoms", ".", "Diagnostic", "judgement", "The", "possibility", "of", "the", "patient", "presenting", "a", "depressive", "disorder", "comorbid", "with", "substance", "use", ",", "in", "the", "strictest", "sense", "of", "the", "term", "(", "i", ".", "e", ".", "the", "appearance", "of", "two", "disorders", "of", "different", "aetiology", "in", "the", "same", "patient", ")", "and", "a", "substance-induced", "mood", "disorder", "should", "be", "assessed", ";", "but", "the", "ineffectiveness", "of", "the", "antidepressant", "while", "continuing", "to", "use", "cannabis", ",", "the", "improvement", "in", "mood", "when", "abstinence", "is", "achieved", "and", "the", "maintenance", "of", "his", "affective", "state", "despite", "having", "stopped", "the", "medication", "early", ",", "leads", "to", "a", "cannabis-induced", "mood", "disorder", "despite", "this", "not", "being", "a", "very", "orthodox", "diagnosis", "on", "axis", "I", ",", "in", "a", "subject", "with", "obsessive", "personality", "traits", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "daughters", "label": "HUMAN", "start": 173, "end": 182 }, { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 185, "end": 193 }, { "text": "friends", "label": "HUMAN", "start": 446, "end": 453 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 372, "end": 380 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 659, "end": 665 }, { "text": "Wife", "label": "HUMAN", "start": 829, "end": 833 }, { "text": "Father", "label": "HUMAN", "start": 674, "end": 680 }, { "text": "sister", "label": "HUMAN", "start": 821, "end": 827 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 709, "end": 715 }, { "text": "daughters", "label": "HUMAN", "start": 882, "end": 891 }, { "text": "wife", "label": "HUMAN", "start": 1112, "end": 1116 }, { "text": "wife", "label": "HUMAN", "start": 2016, "end": 2020 }, { "text": "wife", "label": "HUMAN", "start": 2254, "end": 2258 }, { "text": "father", "label": "HUMAN", "start": 1007, "end": 1013 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 1025, "end": 1031 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 953, "end": 960 }, { "text": "person", "label": "HUMAN", "start": 1227, "end": 1233 }, { "text": "daughters", "label": "HUMAN", "start": 2024, "end": 2033 }, { "text": "industrial engineer", "label": "HUMAN", "start": 1413, "end": 1432 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2837, "end": 2844 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 3612, "end": 3620 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 3773, "end": 3781 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3297, "end": 3304 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3475, "end": 3482 }, { "text": "subject", "label": "HUMAN", "start": 3869, "end": 3876 } ]

[ "Anamnesis", "A", "72-year-old", "patient", "with", "a", "personal", "history", "of", "right", "aorto-iliac", "by-pass", ",", "type", "2", "diabetes", ",", "arterial", "hypertension", ",", "bilateral", "expulsive", "nephritic", "colic", ",", "acute", "pulmonary", "oedema", ",", "mild", "renal", "failure", ",", "moderate-severe", "BPH", "in", "treatment", "with", "combined", "therapy", ",", "with", "no", "known", "drug", "allergies", ",", "She", "came", "to", "the", "Emergency", "Department", "7", "days", "ago", "for", "dysuria", ",", "shortness", "of", "urination", ",", "stranguria", ",", "pollakiuria", ",", "urgency", ",", "nocturia", "5-6", "times", ",", "accompanied", "by", "fever", ",", "predominantly", "in", "the", "evening", ",", "and", "intense", "pain", "in", "the", "perineal", "region", ",", "which", "has", "not", "improved", "despite", "outpatient", "treatment", "with", "ciprofloxacin", "500", "mg", "/", "12h", ".", "Physical", "examination", "Abdomen", ":", "soft", ",", "depressible", ",", "no", "masses", "or", "megaliths", ",", "no", "peritonism", ",", "Blumberg", ",", "Murphy", "and", "Rovsing", "negative", ",", "not", "painful", "on", "palpation", ".", "External", "genitalia", ":", "testicles", "and", "epididymis", "of", "normal", "size", ",", "shape", "and", "consistency", ",", "mobile", ",", "not", "ascended", ",", "not", "painful", ";", "penis", "normal", ";", "urethral", "meatus", "not", "stenotic", "or", "with", "signs", "of", "inflammation", ".", "Rectal", "examination", ":", "grade", "II", "prostate", ",", "with", "a", "left", "lobe", "with", "well-defined", "borders", "and", "adenomatous", "consistency", ",", "non-painful", ".", "In", "the", "right", "lobe", ",", "a", "stony", "mass", "is", "palpated", ",", "difficult", "to", "delimit", ",", "very", "painful", "on", "palpation", ".", "Complementary", "tests", "Laboratory", "tests", ":", "-", "CBC", ":", "white", "blood", "cells", "18", "x", "103", "/", "μl", ",", "platelets", "148", "x", "103", "/", "μl", ",", "neutrophils", "80", "%", ",", "CRP", "20", "mg", "/", "dl", ".", "All", "other", "parameters", "normal", ".", "-", "Biochemistry", ":", "glucose", "195", "mg", "/", "dl", ",", "creatinine", "1", ".", "9", "mg", "/", "dl", ",", "urea", "85", "mg", "/", "dl", ".", "Rest", "of", "parameters", "normal", ".", "-", "Coagulation", ":", "normal", ".", "-", "Sediment", ":", "leucocyturia", ",", "microhaematuria", "and", "bacteriuria", "with", "negative", "nitrites", ".", "Imaging", "tests", "-", "Transrectal", "ultrasound", ":", "left", "lobe", "with", "normal", "echostructure", ".", "In", "the", "middle", "third", "of", "the", "right", "lobe", "there", "is", "an", "anechoic", "area", "measuring", "2", ".", "71", "x", "1", ".", "99", "cm", "with", "floating", "echoes", "within", "it", ",", "extending", "into", "the", "ipsilateral", "ischiorectal", "space", ".", "-", "Pelvic", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", "scan", ":", "prostatic", "hypertrophy", "with", "enlargement", "of", "the", "middle", "lobe", "that", "imprints", "on", "the", "bladder", "floor", ".", "Hypodense", "area", "in", "the", "right", "lower", "region", "of", "the", "prostate", "associated", "with", "a", "fluid", "collection", "in", "the", "right", "ischiorectal", "fossa", ",", "approximately", "4", ".", "3", "cm", "in", "transverse", "diameter", ",", "3", ".", "8", "cm", "in", "anteroposterior", "diameter", "and", "4", "cm", "in", "craniocaudal", "diameter", ".", "Diagnosis", "Prostatic", "abscess", "extending", "into", "the", "ipsilateral", "ischiorectal", "fossa", ".", "Treatment", "A", "bladder", "catheter", "was", "placed", "and", "a", "urine", "culture", "and", "blood", "cultures", "were", "taken", "(", "both", "negative", ")", ",", "starting", "treatment", "with", "imipenem", "500", "mg", "/", "6", "h", "and", "gentamicin", "160", "mg", "/", "24", "h", "parenterally", ".", "Percutaneous", "transperineal", "drainage", "guided", "by", "transrectal", "ultrasound", "was", "performed", ",", "obtaining", "25", "ml", "of", "purulent", "secretion", "which", "was", "sent", "for", "culture", "(", "positive", "for", "Escherichia", "coli", ")", ".", "A", "Ch", "10", "nephrostomy", "catheter", "was", "placed", ".", "Evolution", "96", "hours", "after", "drainage", ",", "the", "patient", "was", "discharged", "with", "bladder", "catheter", ",", "without", "fever", "and", "with", "progressive", "normalisation", "of", "analytical", "parameters", ",", "continuing", "home", "antibiotic", "treatment", "for", "2", "weeks", "with", "amoxicillin-clavulanic", "acid", "875", "/", "125", "mg", "/", "8h", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 31 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 39, "end": 47 }, { "text": "bacteriuria", "label": "SPECIES", "start": 1502, "end": 1513 }, { "text": "Escherichia coli", "label": "SPECIES", "start": 2597, "end": 2613 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2697, "end": 2704 } ]

[ "PATIENT", "HISTORY", "28", "YEAR", "OLD", "MALE", "PATIENT", ",", "systemically", "healthy", ",", "smoker", "of", "5", "cigarettes", "a", "day", ",", "who", "came", "to", "the", "clinic", "referred", "by", "his", "orthodontist", ".", "He", "has", "fixed", "orthodontic", "appliances", ".", "Oral", "respirator", ",", "in", "the", "oral", "anamnesis", "a", "large", "accumulation", "of", "bacterial", "plaque", ",", "gingival", "inflammation", ",", "bleeding", "and", "food", "impaction", "is", "detected", ".", "She", "does", "not", "perform", "correct", "oral", "hygiene", "and", "does", "not", "refer", "to", "the", "use", "of", "interproximal", "hygiene", "techniques", ".", "In", "terms", "of", "dental", "history", ",", "there", "are", "no", "absences", ",", "caries", "or", "previous", "restorations", ".", "There", "are", "numerous", "malpositions", ",", "mainly", "located", "in", "the", "lower", "arch", ".", "STEP", "1", "On", "the", "first", "visit", ",", "marginal", "bone", "loss", "is", "detected", "in", "the", "bitewing", "X-rays", "and", ",", "therefore", ",", "a", "possible", "patient", "with", "periodontitis", "is", "suspected", ".", "A", "complete", "periodontal", "study", "and", "step", "2", "is", "carried", "out", ".", "STEP", "2", "If", "no", "local", "factors", "are", "detected", "and", "there", "is", "attachment", "loss", ">", "1", "mm", "in", "more", "than", "one", "non-adjacent", "tooth", "(", "probing", "depths", "are", ">", "4", "mm", "in", "interproximal", ")", ",", "periodontitis", "is", "confirmed", "and", "proceed", "to", "step", "3", "to", "determine", "the", "stage", "and", "grade", ".", "STEP", "3A", "At", "this", "point", ",", "we", "establish", "the", "extent", ".", "In", "this", "case", ",", "the", "attachment", "loss", "affects", "more", "than", "30", "%", "of", "the", "teeth", "(", "pocket", "depths", ">", "4", "mm", "in", "more", "than", "30", "%", ")", ",", "therefore", ",", "it", "would", "be", "a", "generalised", "periodontitis", ".", "STEP", "3B", "Next", ",", "we", "would", "distinguish", "whether", "it", "would", "be", "stage", "I-II", "or", "III-IV", ".", "Starting", "with", "severity", ",", "the", "patient", "has", "attachment", "loss", "<", "5", "mm", "and", "radiographically", "detectable", "bone", "loss", "in", "the", "first", "third", "of", "the", "root", ",", "type", "I", "furcations", "and", "no", "missing", "teeth", ",", "therefore", ",", "he", "/", "she", "is", "a", "stage", "I", "or", "II", "patient", ".", "STEP", "3C", "To", "distinguish", "whether", "it", "is", "stage", "I", "or", "II", ",", "we", "look", "at", "the", "percentage", "of", "bone", "loss", ",", "which", "in", "this", "case", "is", "<", "15", "%", ",", "and", "at", "the", "attachment", "loss", "which", "is", "1-2", "mm", ".", "Therefore", ",", "the", "patient", "could", "be", "diagnosed", "with", "stage", "I", "generalised", "periodontitis", ".", "STEP", "4", "In", "the", "absence", "of", "the", "patient", "'", "s", "previous", "records", ",", "the", "bone", "loss", "is", "estimated", "according", "to", "age", "to", "determine", "the", "grade", ".", "The", "bone", "loss", "could", "be", "estimated", "at", "8", "%", "(", "with", "periapical", "radiography", "of", "the", "most", "affected", "tooth", ")", ",", "which", "in", "a", "28", "year", "old", "patient", "would", "give", "a", "result", "of", "0", ".", "28", ",", "which", "would", "result", "in", "a", "grade", "A", ".", "But", "in", "this", "case", ",", "the", "grade", "would", "be", "modified", "by", "smoking", "as", "he", "is", "a", "smoker", "of", "5", "cigarettes", "and", ",", "therefore", ",", "would", "become", "grade", "B", ".", "TREATMENT", "AFTER", "A", "SYSTEMIC", "ADVICE", "PHASE", "for", "smoking", "cessation", "(", "Fargeström", "test", ")", ",", "the", "basic", "anti-inflammatory", "phase", "was", "carried", "out", ",", "consisting", "of", "oral", "hygiene", "instructions", "and", "scaling", "and", "root", "planing", "by", "quadrants", "in", "two", "sessions", ",", "together", "with", "the", "coadjuvant", "use", "of", "chlorhexidine", "0", ".", "12", "%", ",", "twice", "a", "day", "for", "15", "days", ".", "In", "addition", ",", "during", "this", "phase", ",", "extractions", "of", "the", "wisdom", "teeth", "were", "carried", "out", "for", "orthodontic", "indications", "." ]

[ 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "PATIENT", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 7 }, { "text": "PATIENT", "label": "HUMAN", "start": 33, "end": 40 }, { "text": "MALE PATIENT", "label": "HUMAN", "start": 28, "end": 40 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 247, "end": 256 }, { "text": "orthodontist", "label": "HUMAN", "start": 133, "end": 145 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 698, "end": 705 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1356, "end": 1363 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1542, "end": 1549 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1733, "end": 1740 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1830, "end": 1837 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2046, "end": 2053 } ]

[ "A", "27-year-old", "male", "presented", "with", "fever", "and", "haemoptysis", ".", "His", "personal", "history", "included", "two", "episodes", "of", "bilateral", "pneumonia", "in", "the", "last", "year", ",", "with", "clinical", "resolution", "and", "radiological", "improvement", "after", "conventional", "treatment", ",", "although", "with", "persistent", "left", "alveolar", "infiltrate", "on", "control", "chest", "X-rays", ".", "He", "has", "no", "HIV", "risk", "factors", "or", "immunosuppression", ".", "He", "works", "as", "a", "mechanic", "in", "contact", "with", "environments", "where", "welding", ",", "grease", ",", "acids", "and", "other", "irritants", "are", "used", ".", "Physical", "examination", ",", "laboratory", "tests", "and", "respiratory", "function", "tests", "were", "normal", ".", "A", "chest", "X-ray", "was", "performed", "which", "revealed", "a", "bilateral", "alveolar", "infiltrate", "similar", "to", "the", "previous", "X-rays", ".", "It", "was", "then", "decided", "to", "perform", "a", "high-resolution", "computed", "tomography", "scan", "of", "the", "thorax", "with", "high-resolution", "slices", ",", "consisting", "of", "1", "mm", "thin", "slices", "at", "10", "mm", "intervals", "of", "the", "lung", "parenchyma", ",", "in", "inspiration", "and", "with", "the", "patient", "in", "the", "supine", "decubitus", "position", ".", "The", "study", "shows", "areas", "of", "scattered", "ground-glass", "alveolar", "opacification", "with", "superimposed", "linear", "smooth", "inter", "-", "and", "intralobular", "septal", "thickening", ",", "known", "as", "'", "crazy-paving", "'", "or", "cobblestone", "pattern", ",", "with", "extensive", "scattered", "and", "patchy", "involvement", "of", "the", "left", "lung", "as", "well", "as", "perihilar", "and", "middle", "lobe", "on", "the", "right", "side", ".", "Taking", "into", "account", "the", "radiological", "pattern", "on", "HRCT", "and", "exposure", "to", "inhaled", "toxic", "agents", ",", "the", "differential", "diagnosis", "is", "reduced", "to", "PAP", "and", "lipoid", "pneumonia", ".", "Fibrobronchoscopy", "was", "performed", "with", "BAL", ",", "which", "was", "inconclusive", ",", "and", "was", "completed", "with", "a", "transbronchial", "biopsy", ";", "the", "ultrastructural", "study", "identified", "PAS-positive", "eosinophilic", "amorphous", "granular", "material", "in", "the", "interior", "of", "the", "alveoli", "and", "some", "lipophage", "with", "microvacuoles", "in", "the", "alveolar", "wall", ",", "leading", "to", "the", "diagnosis", "of", "PAP", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 18 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 61, "end": 69 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 311, "end": 314 }, { "text": "mechanic", "label": "HUMAN", "start": 364, "end": 372 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 872, "end": 879 } ]

[ "Personal", "history", ":", "Male", ",", "29", "years", "old", ",", "native", "of", "Mali", ",", "residing", "in", "Spain", "for", "4", ".", "5", "years", ".", "He", "has", "not", "returned", "to", "his", "country", "of", "origin", ".", "His", "migratory", "route", "was", ":", "Ivory", "Coast", ",", "Libya", ",", "Mali", ",", "Algeria", ",", "Morocco", "and", "Fuerteventura", ".", "He", "works", "in", "greenhouses", ".", "Lives", "with", "8", "people", "in", "a", "house", "with", "good", "hygienic", "conditions", ".", "Repeated", "history", "of", "malaria", ".", "No", "toxic", "habits", "or", "other", "history", "of", "interest", ".", "No", "regular", "treatment", ".", "No", "known", "drug", "allergies", ".", "Current", "illness", ":", "he", "was", "referred", "from", "Primary", "Care", "to", "the", "Tropical", "Medicine", "(", "UMT", ")", "clinic", "for", "a", "study", "of", "hypertransaminasemia", ".", "The", "patient", "went", "to", "his", "GP", "for", "abdominal", "pain", "related", "to", "food", "intake", ",", "with", "normal", "stools", ",", "which", "subsided", "with", "treatment", "that", "he", "did", "not", "provide", ".", "During", "this", "visit", ",", "the", "initial", "care", "protocol", "for", "immigrants", "was", "applied", ",", "which", "included", "a", "complete", "blood", "count", ",", "biochemistry", "with", "hepatorenal", "profile", ",", "serology", "for", "HBV", ",", "HCV", ",", "HIV", "and", "syphilis", ",", "as", "well", "as", "a", "study", "of", "parasites", "in", "faeces", "and", "urine", "(", "in", "subjects", "from", "regions", "endemic", "for", "schistosomiasis", ")", ".", "He", "also", "reported", "non-specific", "pruritus", ",", "unrelated", "to", "the", "shower", ".", "He", "has", "a", "history", "of", "haematuria", "in", "childhood", "for", "which", "he", "received", "treatment", "that", "he", "does", "not", "remember", ",", "and", "since", "then", "he", "has", "been", "asymptomatic", ".", "Physical", "examination", ":", "BP", ":", "145", "/", "90", ",", "Weight", ":", "60", "kg", ".", "Good", "general", "condition", ",", "well", "nourished", ".", "Head", "and", "neck", ":", "no", "adenopathy", ",", "no", "thrush", ".", "ACR", ":", "rhythmic", "tones", "without", "murmurs", ";", "preserved", "vesicular", "murmur", "without", "pathological", "sounds", ".", "Abdomen", "soft", ",", "depressible", ",", "non-painful", ",", "no", "megaliths", "or", "masses", "palpable", ".", "MMII", ":", "no", "evidence", "of", "filariasis", ";", "minimal", "interdigital", "mycosis", "between", "the", "4th-5th", "toes", "of", "both", "feet", ".", "Initial", "complementary", "tests", ":", "-", "CBC", ":", "leukocytes", "9120", "/", "microL", "(", "57", ".", "9", "%", "neutrophils", ",", "33", ".", "6", "%", "lymphocytes", ",", "8", ".", "5", "%", "eosinophils", ";", "775", "eosinophils", "/", "mm3", ")", ".", "Hb", "15", ".", "7", "mg", "/", "dl", ",", "Ht", "46", ".", "5", "%", ",", "MCV", "89", ".", "1", ";", "MCH", "30", ".", "1", ";", "Platelets", "279", ",", "000", "/", "microL", ".", "-", "Biochemistry", ":", "AST", "93", "IU", "/", "L", ",", "ALT", "184", "IU", "/", "L", ",", "GGT", "125", "IU", "/", "L", ",", "FA", "91", "IU", "/", "L", ",", "rest", "normal", ".", "-", "Serology", ":", "HIV", ",", "HCV", "and", "lues", "negative", ".", "HBV", ":", "AgHBs", "-", ",", "AcHBs", "-", ",", "AcHBc", "+", ".", "-", "Parasites", "in", "stool", "with", "concentration", "technique", "(", "Ritchie", ")", "3", "samples", "(", "x3", ")", ":", "Blastocystis", "hominis", ".", "Differential", "diagnosis", "The", "differential", "diagnosis", "is", "based", "on", "eosinophilia", "on", "the", "one", "hand", "and", "hypertransaminasemia", "on", "the", "other", ".", "Eosinophilia", "is", "one", "of", "the", "most", "frequent", "syndromes", "encountered", "by", "the", "clinician", "in", "patients", "with", "imported", "tropical", "pathology", ".", "Although", "allergic", "and", "hypersensitivity", "processes", ",", "systemic", "inflammatory", "diseases", "and", "neoplasms", "(", "haematological", "and", "solid", "organ", ")", "should", "be", "considered", "as", "possible", "causes", ",", "the", "most", "frequent", "aetiology", "in", "patients", "from", "tropical", "regions", "(", "our", "patient", "comes", "from", "Mali", ")", "are", "parasitosis", ",", "mainly", "those", "caused", "by", "helminths", ".", "The", "absence", "of", "specific", "symptoms", "of", "the", "first", "causes", "makes", "the", "parasitic", "origin", "more", "likely", ".", "Already", "in", "the", "anamnesis", ",", "the", "patient", "refers", "to", "episodes", "of", "haematuria", "in", "childhood", ",", "possibly", "due", "to", "urinary", "schistosomiasis", ",", "a", "disease", "endemic", "to", "West", "African", "countries", ".", "Among", "the", "possibilities", "to", "be", "considered", "are", ":", "Nematodes", ",", "including", ":", "1", ".", "geohelminths", "(", "uncinaria", ",", "Trichuris", "trichuria", ",", "Ascaris", "lumbricoides", ",", "Strongyloides", "stercoralis", ")", ".", "2", ".", "Filariasis", "(", "onchocerciasis", ",", "lymphatic", "filariasis", ",", "Mansonella", "genus", ",", "Loa", "loa", ")", ".", "3", ".", "And", "others", "less", "frequent", "such", "as", "Toxocara", "or", "Anisakis", ".", "Cestodes", ":", "Taenia", "solium", ",", "Taenia", "saginata", ",", "Hymenolepis", "nana", ",", "Echinococcus", "granulosus", ".", "Trematodes", ":", "Schistosoma", "haematobium", ",", "Schistosoma", "intercalatum", "and", "Schistosoma", "mansoni", ",", "Fasciola", "hepatica", ".", "In", "relation", "to", "liver", "involvement", ",", "the", "possible", "causes", "to", "consider", "in", "this", "patient", "are", ":", "-", "Viral", "hepatitis", ".", "Chronic", "hepatitis", "due", "to", "HBV", "affects", "more", "than", "350", "million", "people", "in", "the", "world", ",", "and", "the", "prevalence", "in", "most", "Sub-Saharan", "African", "countries", "is", "more", "than", "8", "%", ".", "In", "our", "case", ",", "HBsAg", "is", "negative", ",", "but", "the", "possibility", "of", "occult", "hepatitis", "B", "(", "HBcAb", "+", ",", "HBsAg", ",", "positive", "viral", "load", ")", "should", "be", "considered", ".", "Chronic", "hepatitis", "due", "to", "HCV", "should", "also", "be", "considered", ",", "although", "the", "prevalence", "of", "the", "disease", "is", "lower", "in", "patients", "from", "this", "area", ".", "The", "other", "aetiologies", "(", "HAV", ",", "HEV", ")", "are", "manifested", "by", "acute", "hepatitis", ",", "which", "seems", "reasonable", "to", "rule", "out", ".", "-", "Parasitosis", ".", "Parasitoses", "that", "can", "cause", "liver", "involvement", "include", "Fasciola", "hepatica", ",", "Ascaris", "lumbricoides", "(", "more", "associated", "with", "cholangitis", ",", "cholecystitis", ",", "cholestasis", ")", ",", "and", "schistosomiasis", ".", "Schistosomiasis", ",", "especially", "caused", "by", "S", ".", "mansoni", ",", "can", "lead", "to", "presinusoidal", "portal", "hypertension", ",", "characterised", "by", "intense", "periportal", "fibrosis", ",", "hypersplenism", "and", "oesophageal", "varices", ",", "while", "hepatocellular", "function", "is", "preserved", "until", "the", "final", "stages", "of", "the", "disease", ".", "-", "Tumour", "lesions", ":", "hepatocellular", "carcinoma", "is", "a", "very", "prevalent", "entity", "among", "patients", "from", "HBV-endemic", "areas", ",", "where", "the", "acquisition", "of", "the", "disease", "in", "childhood", "allows", "the", "appearance", "of", "this", "type", "of", "tumour", "in", "young", "patients", ".", "-", "Other", "possibilities", "to", "consider", "are", "hepatitis", "of", "autoimmune", ",", "drug", ",", "alcohol", ",", "metabolic", ",", "granulomatous", "or", "idiopathic", "origin", ".", "Evolution", "Topical", "treatment", "with", "ciclopiroxolamine", "was", "prescribed", "and", "a", "study", "was", "requested", "in", "accordance", "with", "the", "UMT", "protocol", "for", "the", "study", "and", "treatment", "of", "eosinophilia", ",", "as", "well", "as", "abdominal", "and", "bladder", "ultrasound", "and", "HBV", "viral", "load", "to", "rule", "out", "occult", "hepatitis", "B", ".", "The", "results", "are", "shown", "below", ".", "The", "results", "are", "shown", "below", ":", "-", "CBC", ":", "leukocytes", "5", ",", "430", "/", "microL", "(", "4", ".", "2", "%", "eosinophils", ";", "230", "eosinophils", "/", "mm3", ")", ".", "Hb", "14", ".", "4", "mg", "/", "dl", ".", "Platelets", "189", ",", "000", "/", "microL", ".", "-", "Sickle", "cell", "trait", "(", "heterozygous", "for", "HbS", ";", "HbS", "37", "%", ")", ".", "-", "Biochemistry", ":", "AST", "48", "IU", "/", "L", ",", "ALT", "74", "IU", "/", "L", ",", "GGT", "81", "IU", "/", "L", ",", "FA", "119", "IU", "/", "L", ",", "rest", "normal", ",", "including", "iron", "metabolism", ",", "renal", "and", "lipid", "profile", ".", "IgE", ":", "243", "IU", "/", "mL", ".", "-", "Urine", ":", "sediment", "normal", ".", "-", "Coagulation", ":", "PT", "74", "%", ",", "INR", ":", "1", ".", "2", ",", "TTPa", "27", ".", "8", "sg", ".", "-", "Serology", ":", "Strongyloides", "(", "ELISA", ")", ":", "NEGATIVE", ";", "Schistosoma", "(", "ELISA", ")", ":", "VERY", "POSITIVE", ".", "HBV", ":", "AgHBs", "-", ",", "-", "HBV", "PCR", ":", "POSITIVE", ";", "HBV", "DNA", "quantification", ":", "1", ",", "000", "IU", "/", "mL", ".", "-", "Parasitological", "studies", ":", "1", ".", "Parasites", "in", "faeces", "with", "concentration", "technique", "(", "x3", ")", ":", "NEGATIVE", ".", "2", ".", "Study", "of", "microfilariae", "in", "blood", "(", "Knott", "test", ")", ":", "NEGATIVE", ".", "3", ".", "-", "Alpha-fetoprotein", ":", "1", ".", "4", "ng", "/", "mL", ".", "-", "Chest", "and", "abdominal", "X-ray", ":", "no", "alterations", ".", "-", "Mantoux", ":", "10", "mm", ".", "-", "Abdominal", "and", "bladder", "ultrasound", ":", "liver", "of", "normal", "size", "with", "altered", "echostructure", ".", "Hyperechogenicity", "of", "periportal", "tissue", "with", "intense", "fibrosis", ".", "Enlarged", "portal", "vein", "(", "15", "mm", ")", "and", "12", "cm", "spleen", ".", "Normal", "bladder", "walls", ".", "Given", "the", "diagnosis", "of", "occult", "hepatitis", "B", "and", "signs", "of", "chronic", "liver", "disease", ",", "with", "data", "highly", "suggestive", "of", "parasitism", "by", "Schistosoma", ",", "a", "rectal", "biopsy", "was", "requested", ",", "which", "showed", "mucosa", "with", "the", "presence", "of", "schistosome", "eggs", ".", "Subsequently", ",", "a", "liver", "biopsy", "was", "performed", "to", "assess", "the", "degree", "of", "activity", "of", "the", "disease", ",", "with", "the", "following", "result", ":", "\"", "Liver", "parenchyma", "replaced", "by", "small", "nodules", "with", "thick", "fibrous", "connective", "tracts", ",", "with", "lymphohistiocytic", "inflammatory", "infiltrate", ",", "erosive", "parcellular", "necrosis", "and", "accumulations", "of", "eosinophils", ".", "Regenerative", "changes", "in", "hepatocytes", ".", "Final", "diagnosis", "compatible", "with", "chronic", "liver", "disease", "of", "viral", "origin", "(", "grade", "2", "activity", ",", "grade", "3", "fibrosis", ")", ",", "and", "possibly", "secondary", "to", "schistosomiasis", "although", "no", "parasites", "were", "visualised", ".", "Serology", "for", "VHDelta", "(", "AcVHD", "POSITIVE", ",", "VHD", "PCR", ":", "NEGATIVE", ")", "and", "gastroscopy", "were", "requested", ",", "which", "the", "patient", "refused", ".", "In", "view", "of", "the", "findings", "described", "above", ",", "treatment", "was", "started", "with", "praziquantel", "(", "40", "mg", "/", "kg", "body", "weight", ",", "1", "day", ")", "and", "tenofovir", "300mg", "/", "day", ",", "with", "good", "adherence", "to", "treatment", ",", "the", "last", "HBV", "viral", "load", "being", "negative", ".", "Final", "diagnosis", "Chronic", "liver", "disease", "secondary", "to", "schistosomiasis", "and", "occult", "hepatitis", "B", "." ]

[ 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 8 }, { "text": "Male", "label": "HUMAN", "start": 18, "end": 22 }, { "text": "parasites", "label": "SPECIES", "start": 915, "end": 924 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 865, "end": 868 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 870, "end": 873 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 875, "end": 878 }, { "text": "childhood", "label": "HUMAN", "start": 1100, "end": 1109 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 560, "end": 567 }, { "text": "subjects", "label": "HUMAN", "start": 949, "end": 957 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 883, "end": 891 }, { "text": "AcHBc", "label": "SPECIES", "start": 1965, "end": 1970 }, { "text": "AcHBs", "label": "SPECIES", "start": 1956, "end": 1961 }, { "text": "AgHBs", "label": "SPECIES", "start": 1947, "end": 1952 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 1942, "end": 1945 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 1919, "end": 1922 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1914, "end": 1917 }, { "text": "lues", "label": "SPECIES", "start": 1927, "end": 1931 }, { "text": "Parasites", "label": "SPECIES", "start": 1976, "end": 1985 }, { "text": "Blastocystis hominis", "label": "SPECIES", "start": 2050, "end": 2070 }, { "text": "Trichuris trichuria", "label": "SPECIES", "start": 3003, "end": 3022 }, { "text": "Strongyloides", "label": "SPECIES", "start": 3046, "end": 3059 }, { "text": "geohelminths", "label": "SPECIES", "start": 2978, "end": 2990 }, { "text": "uncinaria", "label": "SPECIES", "start": 2992, "end": 3001 }, { "text": "Loa loa", "label": "SPECIES", "start": 3145, "end": 3152 }, { "text": "Anisakis", "label": "SPECIES", "start": 3203, "end": 3211 }, { "text": "Echinococcus granulosus", "label": "SPECIES", "start": 3273, "end": 3296 }, { "text": "Fasciola hepatica", "label": "SPECIES", "start": 3385, "end": 3402 }, { "text": "Schistosoma", "label": "SPECIES", "start": 3310, "end": 3321 }, { "text": "Schistosoma", "label": "SPECIES", "start": 3335, "end": 3346 }, { "text": "Schistosoma", "label": "SPECIES", "start": 3364, "end": 3375 }, { "text": "Toxocara", "label": "SPECIES", "start": 3191, "end": 3199 }, { "text": "Trematodes", "label": "SPECIES", "start": 3298, "end": 3308 }, { "text": "Hymenolepis nana", "label": "SPECIES", "start": 3255, "end": 3271 }, { "text": "Schistosoma haematobium", "label": "SPECIES", "start": 3310, "end": 3333 }, { "text": "Schistosoma intercalatum", "label": "SPECIES", "start": 3335, "end": 3359 }, { "text": "Schistosoma mansoni", "label": "SPECIES", "start": 3364, "end": 3383 }, { "text": "Cestodes", "label": "SPECIES", "start": 3213, "end": 3221 }, { "text": "Taenia saginata", "label": "SPECIES", "start": 3238, "end": 3253 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3479, "end": 3486 }, { "text": "HAV", "label": "SPECIES", "start": 3953, "end": 3956 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 3536, "end": 3539 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 3823, "end": 3826 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 3905, "end": 3913 }, { "text": "Viral", "label": "SPECIES", "start": 3494, "end": 3499 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 3764, "end": 3769 }, { "text": "Ascaris lumbricoides", "label": "SPECIES", "start": 4121, "end": 4141 }, { "text": "Fasciola hepatica", "label": "SPECIES", "start": 4102, "end": 4119 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 5635, "end": 5638 }, { "text": "Strongyloides", "label": "SPECIES", "start": 5566, "end": 5579 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 5651, "end": 5654 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 5670, "end": 5673 }, { "text": "Parasites", "label": "SPECIES", "start": 5737, "end": 5746 }, { "text": "Parasitological", "label": "SPECIES", "start": 5709, "end": 5724 }, { "text": "microfilariae", "label": "SPECIES", "start": 5814, "end": 5827 }, { "text": "parasites", "label": "SPECIES", "start": 6913, "end": 6922 }, { "text": "Schistosoma", "label": "SPECIES", "start": 6299, "end": 6310 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 6808, "end": 6813 }, { "text": "schistosome", "label": "SPECIES", "start": 6384, "end": 6395 }, { "text": "schistosome eggs", "label": "SPECIES", "start": 6384, "end": 6400 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 7236, "end": 7239 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 7040, "end": 7047 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 7240, "end": 7245 }, { "text": "VHDelta", "label": "SPECIES", "start": 6954, "end": 6961 }, { "text": "AcVHD", "label": "SPECIES", "start": 6963, "end": 6968 }, { "text": "VHD", "label": "SPECIES", "start": 6979, "end": 6982 } ]

[ "Anamnesis", "An", "8-month-old", "male", "presented", "to", "the", "dermatology", "department", "for", "investigation", "of", "congenital", "lymphoedema", "of", "the", "hands", ".", "His", "mother", "'", "s", "obstetric", "history", "was", "notable", "for", "polyhydramnios", "without", "gestational", "diabetes", ".", "Parents", "without", "consanguinity", ".", "In", "his", "personal", "history", ",", "he", "was", "born", "preterm", "at", "36", "weeks", "of", "gestation", "by", "induction", "of", "labour", "with", "a", "birth", "weight", "of", "4470", "g", "and", "a", "height", "of", "50", "cm", ".", "His", "family", "history", "included", "an", "older", "brother", "born", "with", "transposition", "of", "the", "great", "vessels", ".", "Since", "birth", "he", "presented", "with", "mild", "and", "recurrent", "episodes", "of", "upper", "respiratory", "tract", "infections", "and", "otitis", "externa", ".", "In", "addition", ",", "at", "7", "months", "of", "age", "he", "began", "to", "have", "frequent", "episodes", "of", "stools", "with", "mucus", "and", "undigested", "substances", ".", "Physical", "examination", "Physical", "examination", "revealed", "segmental", "and", "asymmetric", "lymphoedema", "predominantly", "in", "both", "hands", ",", "cervical", "region", ",", "right", "lower", "limb", ",", "pubis", "and", "hydrocele", ".", "The", "feet", "were", "respected", ".", "Palpation", "revealed", "an", "adenopathic", "conglomerate", "in", "the", "right", "axilla", ".", "Complementary", "examinations", "Laboratory", "tests", "showed", "lymphocyte", "levels", "at", "the", "lower", "limit", "of", "normality", ",", "hypoproteinaemia", "with", "hypoalbuminaemia", "and", "hypogammaglobulinaemia", "(", "IgG", "254", "mg", "/", "dL", ",", "IgA", "13", "mg", "/", "dL", ")", ".", "All", "other", "laboratory", "tests", "including", "cholesterol", ",", "triglycerides", ",", "coagulation", ",", "immunoglobulin", "E", ",", "thyroid", "function", ",", "ceruloplasmin", ",", "serology", "for", "hepatitis", "C", ",", "hepatitis", "B", ",", "human", "immunodeficiency", "virus", ",", "syphilis", ",", "toxoplasma", ",", "Epstein-Barr", "virus", ",", "cytomegalovirus", ",", "varicella", "zoster", "virus", "and", "rubella", "were", "normal", "or", "negative", ".", "Lymphocyte", "subpopulation", "study", "showed", "an", "abnormal", "increase", "in", "virgin", "T", "and", "B", "lymphocytes", ".", "Stool", "digestion", "study", "was", "altered", "with", "increased", "cellulose", ",", "starch", "and", "muscle", "fibres", ",", "although", "faecal", "alpha-1-antitrypsin", "levels", "were", "normal", ".", "Chest", "X-ray", "was", "normal", ".", "X-ray", "of", "the", "spine", "and", "lower", "limbs", "revealed", "no", "dysmetria", ".", "Abdominal", "ultrasound", "and", "echocardiogram", "showed", "mild", "peritoneal", "and", "pericardial", "free", "fluid", "respectively", ".", "A", "lymph", "node", "ultrasound", "revealed", "bilateral", "axillary", "and", "inguinal", "adenopathies", ",", "predominantly", "on", "the", "right", ".", "A", "non-contrast", "MRI", "of", "the", "skull", "was", "performed", "and", "was", "normal", ".", "MRI", "of", "the", "trunk", "and", "extremities", "showed", "arthrosarcomatous", "dilatations", "of", "superficial", "lymphatic", "vessels", "in", "the", "upper", "limbs", ",", "right", "lower", "limb", "and", "cervical", "region", ".", "The", "thoracic", "duct", "was", "dilated", "and", "there", "was", "a", "discrete", "amount", "of", "ascites", ".", "In", "addition", ",", "there", "was", "mucosal", "oedema", "mainly", "at", "the", "level", "of", "the", "jejunum", "and", "the", "presence", "of", "ectatic", "vessels", "in", "the", "wall", "of", "the", "jejunum", ".", "A", "karyotype", "was", "performed", "and", "was", "normal", ".", "The", "FLT4", "(", "VEGFR-3", ")", "gene", "mutation", "test", "for", "Milroy", "'", "s", "disease", "was", "negative", ".", "A", "skin", "biopsy", "of", "the", "leg", "revealed", "lymphangiectasias", "of", "superficial", "vessels", ".", "Histological", "examination", "of", "a", "right", "axillary", "lymph", "node", "showed", "a", "lymph", "node", "entirely", "replaced", "by", "vascular", "channels", "of", "lymphatic", "nature", ",", "in", "some", "of", "which", "there", "were", "intraluminal", "lymphoid", "aggregates", "that", "did", "not", "form", "secondary", "follicles", ".", "These", "channels", "had", "endothelium", "with", "positive", "immunostaining", "for", "D2-40", ".", "This", "tissue", "alternated", "with", "areas", "of", "mature", "fatty", "tissue", ".", "The", "ganglion", "capsule", "was", "preserved", ".", "The", "dense", "stroma", "consisted", "mostly", "of", "spindle", "cells", "corresponding", "to", "smooth", "muscle", "tissue", ".", "In", "view", "of", "the", "triad", "of", "diarrhoea", ",", "hypoproteinaemia", "and", "hypogammaglobulinaemia", ",", "an", "oral", "endoscopy", "was", "performed", "where", "dilated", "and", "pearly", "villi", "with", "a", "patchy", "pattern", "were", "observed", "in", "the", "duodenum", ",", "with", "the", "rest", "of", "the", "examination", "being", "normal", ".", "A", "biopsy", "of", "the", "intestinal", "mucosa", "was", "taken", "with", "histology", "compatible", "with", "intestinal", "lymphangiectasia", ".", "Diagnosis", "According", "to", "the", "ISSVA", "classification", "of", "2014", ",", "the", "patient", "had", "a", "primary", "generalised", "lymphatic", "anomaly", "with", "lymphoedema", "and", "intestinal", "lymphangiectasia", ",", "and", "so", "we", "are", "dealing", "with", "a", "lymphangiectasia-lymphoedema", "syndrome", "or", "Hennekam", "syndrome", ".", "Treatment", "We", "started", "treatment", "with", "oral", "sirolimus", "at", "a", "dose", "of", "0", ".", "8", "mg", "/", "m2", "every", "24", "hours", ",", "maintaining", "drug", "levels", "in", "the", "blood", "between", "5-7", "ng", "/", "mL", ".", "Evolution", "The", "patient", "has", "been", "on", "treatment", "with", "oral", "sirolimus", "for", "2", "months", "with", "remission", "of", "diarrhoea", "and", "slight", "improvement", "in", "cutaneous", "lymphoedema", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Parents", "label": "HUMAN", "start": 220, "end": 227 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 401, "end": 407 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 132, "end": 138 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 258, "end": 266 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 25, "end": 29 }, { "text": "cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 1426, "end": 1441 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 1384, "end": 1392 }, { "text": "toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 1394, "end": 1404 }, { "text": "Epstein-Barr virus", "label": "SPECIES", "start": 1406, "end": 1424 }, { "text": "human immunodeficiency virus", "label": "SPECIES", "start": 1354, "end": 1382 }, { "text": "varicella zoster virus", "label": "SPECIES", "start": 1443, "end": 1465 }, { "text": "hepatitis C", "label": "SPECIES", "start": 1328, "end": 1339 }, { "text": "hepatitis B", "label": "SPECIES", "start": 1341, "end": 1352 }, { "text": "rubella", "label": "SPECIES", "start": 1470, "end": 1477 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3553, "end": 3560 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3906, "end": 3913 } ]

[ "Reason", "for", "consultation", "Ulcerative", "wounds", "on", "the", "penis", ".", "Individual", "approach", "(", "anamnesis", ",", "examination", ",", "complementary", "tests", ")", ".", "Male", ",", "21", "years", "old", ".", "He", "denies", "drug", "allergies", ".", "No", "medical", "or", "surgical", "history", ".", "He", "does", "not", "require", "regular", "treatment", ".", "Current", "illness", ":", "he", "presented", "with", "ulcerous", "lesions", "on", "the", "glans", "penis", "that", "were", "pruritic", "and", "painless", ",", "afebrile", ".", "He", "reports", "that", "2", "months", "ago", "he", "had", "sexual", "intercourse", "without", "a", "protective", "barrier", ".", "The", "patient", "is", "in", "good", "general", "condition", ",", "conscious", ",", "oriented", ",", "cooperative", ",", "well", "hydrated", "and", "perfused", ",", "normal", "colour", ",", "eupneic", "at", "rest", ".", "Genital", "examination", ":", "single", "lymphadenopathy", "of", "1", ".", "5", "cm", "in", "diameter", "in", "the", "right", "inguinal", "region", ".", "Several", "millimetric", "lesions", "at", "the", "base", "of", "the", "glans", "penis", ",", "granulomatous", "type", ",", "ulcerated", "in", "the", "centre", ",", "3-4", "mm", "in", "diameter", ",", "not", "painful", "on", "manipulation", ".", "Additional", "tests", ":", "Laboratory", "tests", ":", "normality", "of", "the", "3", "cell", "lines", "and", "biochemistry", "including", "renal", "function", "and", "C-reactive", "protein", ".", "Serology", ":", "positive", "for", "syphilis", "and", "gonorrhoea", ",", "and", "possible", "hepatitis", "B", "infection", "(", "positive", "antibodies", ",", "antigens", "pending", ")", ",", "and", "first", "HIV", "serology", "negative", "(", "pending", "second", "serology", ")", ",", "hepatitis", "C", "negative", ".", "Family", "and", "community", "approach", "Single", "male", ",", "homosexual", ",", "no", "stable", "sexual", "partner", ",", "university", "student", ".", "Clinical", "judgement", "(", "list", "of", "problems", ",", "differential", "diagnosis", ")", "Syphilis", "and", "gonorrhoea", ".", "Possible", "hepatitis", "B", "(", "HBV", "Ac", "negative", ",", "awaiting", "HBV", "Ag", "results", ")", ".", "First", "serology", "for", "HIV", "infection", "negative", ",", "awaiting", "a", "second", "serology", "within", "6", "months", "to", "check", "whether", "or", "not", "seroconversion", "is", "present", ".", "Differential", "diagnosis", ":", "STDs", ":", "chancroid", ",", "granuloma", "inguinale", ",", "lymphogranuloma", "venereum", ",", "genital", "herpes", ",", "human", "papilloma", ",", "molluscum", "contagiosum", ".", "Inflammatory", "lesions", ":", "Behcet", "'", "s", "syndrome", "(", "BS", ")", ",", "Reiter", "'", "s", "syndrome", "(", "RS", ")", ",", "psoriasis", ".", "Neoplasms", ":", "erythroplasia", "of", "Queyrat", ",", "basothelioma", ",", "squamous", "cell", "carcinoma", ",", "malignant", "melanoma", ".", "Action", "plan", "and", "evolution", "2", ".", "4", "million", "IU", "single", "intramuscular", "dose", "is", "administered", ".", "Referral", "to", "the", "Internal", "Medicine", "Outpatient", "Department", "for", "further", "study", "and", "treatment", "if", "necessary", ".", "The", "preventive", "unit", "is", "notified", ",", "given", "that", "this", "is", "a", "notifiable", "disease", ",", "for", "the", "study", "and", ",", "if", "necessary", ",", "treatment", "of", "the", "patient", "'", "s", "sexual", "partners", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Male", "label": "HUMAN", "start": 124, "end": 128 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 444, "end": 451 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1093, "end": 1096 }, { "text": "hepatitis B", "label": "SPECIES", "start": 1020, "end": 1031 }, { "text": "hepatitis C", "label": "SPECIES", "start": 1142, "end": 1153 }, { "text": "gonorrhoea", "label": "SPECIES", "start": 995, "end": 1005 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 982, "end": 990 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 1165, "end": 1171 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 1202, "end": 1206 }, { "text": "partner", "label": "HUMAN", "start": 1237, "end": 1244 }, { "text": "university", "label": "HUMAN", "start": 1246, "end": 1256 }, { "text": "gonorrhoea", "label": "SPECIES", "start": 1342, "end": 1352 }, { "text": "Syphilis", "label": "SPECIES", "start": 1329, "end": 1337 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 1376, "end": 1379 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 1402, "end": 1405 }, { "text": "hepatitis B", "label": "SPECIES", "start": 1363, "end": 1374 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1438, "end": 1441 }, { "text": "human", "label": "HUMAN", "start": 1661, "end": 1666 } ]

[ "A", "female", "patient", ",", "1", "year", "and", "3", "months", "old", ",", "from", "the", "area", "of", "Xiripí", "Grano", "de", "Oro", ",", "came", "to", "the", "Emergency", "Department", "of", "the", "William", "Allen", "Hospital", "in", "Turrialba", "on", "18", "September", "2010", ",", "presenting", "with", "diarrhoea", "for", "the", "last", "month", ".", "At", "the", "time", "of", "consultation", "she", "also", "presented", "vomiting", ",", "rhinorrhoea", ",", "fever", "and", "respiratory", "distress", ".", "Oral", "mucosa", "barely", "moist", ",", "with", "clear", "signs", "of", "dehydration", "and", "dry", "mucous", "membranes", "and", "a", "soft", ",", "depressible", "abdomen", ".", "Weight", "10", "kg", "and", "300", "g", ",", "temperature", "38", ".", "5oC", ".", "COPROLOGICAL", "ANALYSIS", "A", "general", "stool", "examination", "was", "performed", "and", "a", "direct", "smear", "in", "saline", "and", "Lugol", "'", "s", "solution", "showed", "abundant", "cysts", "and", "trophozoites", "of", "Balantidium", "coli", ".", "He", "was", "admitted", "to", "the", "paediatric", "ward", "and", "treated", "with", "albendazole", ",", "200", "mg", "per", "day", "orally", ",", "and", "metronidazole", "125", "mg", "orally", "for", "ten", "days", ".", "On", "20", "September", "2010", "she", "was", "stable", ",", "conscious", ",", "hydrated", "and", "afebrile", ".", "She", "ventilated", "well", "with", "no", "respiratory", "difficulties", ".", "She", "accepts", "and", "tolerates", "the", "diet", "well", ".", "She", "is", "calm", "and", "without", "discomfort", ".", "Laboratory", "results", "show", ":", "BLOOD", "CHEMISTRY", ":", "SODIUM", "126", ".", "7", "mmol", "/", "L", "GLUCOSE", "79", "mg", "/", "dL", "POTASSIUM", "2", ".", "1", "mmol", "/", "L", "CREATININE", "0", ".", "32", "mg", "/", "dL", "CHLORIDE", "99", ",", "9", "mmol", "/", "L", "UREIC", "NITROG", ".", "UREIC", "5", ",", "1", "mg", "/", "dL", "DIAGNOSIS", "Due", "to", "its", "large", "size", ",", "a", "microscopic", "coprological", "analysis", "is", "sufficient", "for", "its", "finding", ".", "its", "finding", ".", "Balantidiasis", "due", "to", "the", "trophozoite", "Balantidium", "coli", "(", "B", ".", "coli", ")", ".", "TREATMENT", "Currently", "recommended", "treatments", "are", "tetracycline", "(", "500", "mg", "qid", "/", "10", "days", ")", ",", "metronidazole", "(", "750", "mg", "tid", "/", "5", "days", ")", "or", "iodoquinol", "(", "600", "mg", "tid", "/", "2O", "days", ")", "." ]

[ 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "female patient", "label": "HUMAN", "start": 2, "end": 16 }, { "text": "cysts and trophozoites of Balantidium coli", "label": "SPECIES", "start": 619, "end": 661 }, { "text": "trophozoite Balantidium coli", "label": "SPECIES", "start": 1327, "end": 1355 }, { "text": "B. coli", "label": "SPECIES", "start": 1357, "end": 1364 } ]

[ "Anamnesis", "A", "45-year-old", "woman", ",", "with", "no", "medical", "history", "of", "interest", ",", "was", "referred", "to", "the", "emergency", "dermatology", "department", "for", "facial", "lesions", "of", "three", "weeks", "'", "duration", ".", "The", "picture", "had", "begun", "with", "a", "slightly", "pruritic", "lesion", "on", "the", "left", "upper", "eyelid", "with", "subsequent", "spread", "to", "other", "facial", "areas", ".", "The", "patient", "had", "no", "lesions", "at", "other", "sites", "or", "other", "clinical", "signs", "of", "interest", ".", "At", "her", "health", "centre", "she", "had", "been", "prescribed", "topical", "corticosteroids", "on", "suspicion", "of", "arthropod", "bites", "and", ",", "a", "week", "later", ",", "oral", "antivirals", "with", "a", "diagnosis", "of", "possible", "herpes", "infection", ".", "None", "of", "these", "treatments", "had", "been", "effective", ".", "There", "was", "no", "temporal", "relationship", "with", "trauma", ",", "new", "cosmetics", ",", "new", "drugs", "or", "sun", "exposure", ".", "Nor", "were", "there", "similar", "symptoms", "in", "cohabitants", ".", "The", "lesions", "significantly", "interfered", "with", "her", "personal", "and", "professional", "life", "as", "she", "worked", "facing", "the", "pubic", "area", ".", "Physical", "examination", "Physical", "examination", "revealed", "multiple", "erythematous", "plaques", "1-2", "cm", "in", "diameter", "with", "a", "melanic", "crust", "on", "the", "surface", ".", "The", "lesions", "were", "limited", "to", "the", "facial", "region", "and", "some", "of", "them", "were", "associated", "with", "serous", "exudate", ".", "They", "were", "not", "indurated", "or", "tender", "to", "palpation", ".", "Complementary", "examinations", "Samples", "were", "taken", "for", "microbiological", "culture", ".", "Diagnosis", "Based", "on", "the", "clinical", "appearance", "of", "the", "lesions", ",", "the", "diagnosis", "of", "non-blistering", "or", "contagious", "impetigo", "was", "established", ".", "One", "week", "later", "the", "diagnosis", "was", "confirmed", "by", "a", "positive", "culture", "for", "Staphylococcus", "aureus", ".", "Treatment", "Oral", "treatment", "with", "cloxacillin", "500", "mg", "every", "6", "hours", "for", "7", "days", "was", "prescribed", ".", "In", "addition", ",", "betamethasone", "and", "fusidic", "acid", "cream", "was", "applied", "to", "the", "affected", "areas", "twice", "a", "day", "for", "7", "days", ",", "and", "an", "antiseptic", "shower", "gel", "was", "prescribed", "for", "daily", "hygiene", ".", "Evolution", "Ten", "days", "after", "the", "first", "visit", ",", "the", "patient", "came", "to", "the", "clinic", "without", "active", "lesions", ",", "presenting", "only", "residual", "erythematous-brownish", "macules", ".", "She", "was", "then", "advised", "to", "use", "photoprotector", "at", "least", "twice", "a", "day", "to", "minimise", "the", "risk", "of", "post-inflammatory", "hyperpigmentation", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 29 }, { "text": "antivirals", "label": "SPECIES", "start": 495, "end": 505 }, { "text": "arthropod", "label": "SPECIES", "start": 455, "end": 464 }, { "text": "cohabitants", "label": "HUMAN", "start": 723, "end": 734 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 295, "end": 302 }, { "text": "pubic", "label": "HUMAN", "start": 838, "end": 843 }, { "text": "Staphylococcus aureus", "label": "SPECIES", "start": 1413, "end": 1434 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1745, "end": 1752 } ]

[ "Anamnesis", "We", "present", "the", "case", "of", "a", "patient", ",", "a", "59", "year", "old", "male", ",", "who", "came", "to", "the", "Emergency", "Department", "with", "a", "speech", "disorder", ".", "The", "anamnesis", "reveals", "the", "absence", "of", "allergies", "to", "medicinal", "substances", ",", "medical", "problems", "and", "previous", "surgery", ".", "He", "did", "not", "report", "taking", "any", "pharmacological", "treatments", "on", "a", "regular", "basis", ".", "He", "does", "confirm", "the", "existence", "of", "toxic", "habits", ",", "being", "an", "active", "smoker", "of", "about", "40", "cigarettes", "a", "day", ",", "and", "a", "drinker", "of", "about", "two", "glasses", "of", "whisky", "every", "day", "(", "according", "to", "his", "own", "words", ")", ".", "In", "the", "section", "on", "current", "illness", ",", "he", "describes", "a", "4-day", "history", "of", "vomiting", "accompanied", "by", "diarrhoea", ",", "with", "a", "fever", "of", "38", ".", "5oC", ",", "together", "with", "generalised", "pain", "in", "the", "joints", ",", "mainly", "in", "the", "lumbar", "region", ".", "On", "her", "own", ",", "she", "began", "treatment", "with", "analgesia", "and", "antipyretics", ",", "but", "the", "fever", ",", "general", "malaise", ",", "weakness", "and", "pain", "persisted", ",", "with", "the", "pain", "intensifying", "the", "day", "before", "her", "visit", "to", "the", "emergency", "department", "in", "the", "cervical", "area", ".", "She", "reported", "episodes", "of", "speech", "difficulties", ",", "followed", "by", "slow", "speech", ",", "bradypsychia", "and", "weakness", ".", "Physical", "examination", "The", "general", "examination", "revealed", "a", "persistent", "febrile", "state", ";", "skull", ",", "neck", ",", "thorax", "and", "abdomen", "were", "strictly", "normal", ".", "Normotensive", ".", "Normal", "carotid", "auscultation", ".", "Cardiorespiratory", "auscultation", ":", "showed", "the", "presence", "of", "rhythmic", "and", "pure", "tones", ",", "without", "murmurs", ",", "and", "a", "normal", "pulmonary", "vesicular", "murmur", ".", "Peripheral", "pulses", "were", "palpated", "in", "the", "extremities", ".", "Neurological", "examination", ":", "the", "patient", "was", "alert", ",", "bradypsychic", ",", "partially", "oriented", "in", "space", "and", "time", ".", "Pupils", "are", "isochoric", "and", "normoreactive", "with", "a", "normal", "fundus", ".", "Mixed", "dysphasia", "with", "motor", "predominance", ".", "Cranial", "nerves", "not", "affected", ".", "Pronation", "of", "the", "right", "upper", "limb", ".", "There", "are", "no", "sensory", "alterations", ".", "Osteotendinous", "reflexes", "respected", ".", "Bilateral", "flexor", "cutaneous-plantar", "reflex", ".", "The", "patient", "has", "no", "dysmetria", "and", "gait", "is", "normal", ".", "Complementary", "tests", "-", "Laboratory", "tests", ":", "only", "a", "slight", "macrocytosis", "with", "a", "MCV", "of", "102", ".", "3", "fl", ".", "The", "rest", "of", "the", "blood", "count", ",", "biochemistry", ",", "haemostasis", "and", "venous", "blood", "gases", "were", "within", "normal", "parameters", ".", "-", "Lumbar", "puncture", ":", "presence", "in", "the", "cerebrospinal", "fluid", "of", "leukocytes", "5", "/", "mm3", ",", "red", "blood", "cells", "2", "/", "mm3", ",", "glucose", "59", "mg", "/", "dl", ",", "protein", "0", ".", "57", "g", "/", "dl", ".", "Viral", "load", "of", "CMV", ",", "EBV", ",", "HSV1", "and", "HSV2", "not", "detectable", ".", "Culture", "negative", ".", "-", "Wakefulness", "electroencephalography", ":", "slightly", "slowed", "baseline", "activity", ",", "on", "which", "hypervolved", "spike", "and", "slow", "wave", "(", "delta", ")", "paroxysms", "appear", "in", "the", "anterior", "temporal", "region", "of", "the", "left", "hemisphere", ",", "compatible", "with", "lesion-irritative", "focality", ".", "-", "Chest", "X-ray", ":", "normal", ".", "-", "CT", "scan", "of", "the", "skull", "without", "contrast", ":", "extra-axial", "left", "temporo-occipital", "linear", "hyperdense", "image", "without", "associated", "oedema", ",", "mass", "effect", "or", "displacement", "of", "the", "midline", ".", "-", "Cranial", "MRI", "angiography", ":", "thrombosis", "of", "the", "left", "superficial", "cortical", "vein", ",", "the", "so-called", "Trolard", "'", "s", "vein", ",", "without", "any", "additional", "alteration", ".", "Thrombosis", "of", "Trolard", "'", "s", "vein", ".", "Diagnosis", "Thrombosis", "of", "the", "superior", "anastomotic", "vein", "or", "Trolard", "'", "s", "vein", ".", "Association", "of", "smoking", "and", "ethylism", "as", "secondary", "diagnoses", ".", "Treatment", "Treatment", "was", "started", "after", "admission", "with", "enoxaparin", ",", "and", "a", "few", "days", "later", "the", "patient", "went", "to", "the", "haematology", "department", "to", "start", "treatment", "with", "acenocoumarol", ",", "omeprazole", "and", "valproic", "acid", ".", "All", "this", "with", "complete", "abstinence", "from", "tobacco", "and", "alcohol", ".", "Evolution", "The", "patient", "showed", "improvement", ",", "with", "no", "incidents", "until", "discharge", "on", "the", "sixth", "day", ".", "At", "the", "next", "review", "at", "3", "months", ",", "the", "patient", "presented", "iatrogenic", "symptoms", "due", "to", "treatment", "with", "valproic", "acid", "in", "the", "form", "of", "weakness", "and", "a", "slightly", "unsteady", "gait", ",", "for", "which", "reason", "the", "dose", "was", "reduced", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 35, "end": 42 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 58, "end": 62 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1424, "end": 1431 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1777, "end": 1784 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 2173, "end": 2176 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 2178, "end": 2181 }, { "text": "HSV1", "label": "SPECIES", "start": 2183, "end": 2187 }, { "text": "HSV2", "label": "SPECIES", "start": 2192, "end": 2196 }, { "text": "Viral", "label": "SPECIES", "start": 2159, "end": 2164 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3061, "end": 3068 }, { "text": "tobacco", "label": "SPECIES", "start": 3212, "end": 3219 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3248, "end": 3255 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3364, "end": 3371 } ]

[ "An", "83-year-old", "woman", "with", "epigastric", "pain", "radiating", "to", "the", "back", "and", "vomiting", "of", "several", "hours", "'", "duration", ".", "Important", "antecedents", "were", "appendectomy", "and", "herniorrhaphy", ".", "On", "examination", ",", "afebrile", "and", "normotensive", ",", "highlighting", "diffuse", "pain", "in", "the", "epigastrium", "without", "peritonism", ",", "with", "doubtful", "Murphy", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "leukocytosis", "with", "neutrophilia", ",", "pattern", "of", "cholestasis", "and", "cytolysis", ",", "and", "CRP", "of", "0", ".", "5", ",", "rising", ".", "An", "urgent", "abdominal", "ultrasound", "was", "requested", "to", "rule", "out", "cholecystitis", ".", "The", "findings", "showed", "a", "moderately", "distended", ",", "thin-walled", "gallbladder", ",", "without", "cholelithiasis", ".", "Ultrasound", "Murphy", "'", "s", "murphy", "was", "doubtful", ".", "Minimal", "amount", "of", "free", "intraperitoneal", "fluid", ".", "Due", "to", "persistent", "suspicion", ",", "it", "was", "decided", "to", "perform", "an", "abdominopelvic", "CT", "scan", "with", "IV", "contrast", "after", "a", "few", "hours", ".", "The", "gallbladder", "showed", "poorly", "defined", "walls", "with", "irregular", "uptake", ",", "with", "marked", "perivesicular", "fat", "striation", ".", "Contiguous", "inflammatory", "changes", "in", "the", "antropylorus", "and", "hepatic", "angle", "of", "the", "colon", ".", "No", "signs", "of", "pancreatitis", "were", "demonstrated", ".", "Acute", "cholecystitis", ",", "possibly", "gangrenous", ",", "was", "suggested", ".", "Surgery", "was", "refused", "and", "broad-spectrum", "antibiotic", "therapy", "was", "started", ".", "The", "evolution", "was", "favourable", ",", "with", "a", "decrease", "in", "AFR", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 20 } ]

[ "A", "60-year-old", "man", "with", "a", "history", "of", "active", "smoking", "of", "20", "cigarettes", "/", "day", ",", "arterial", "hypertension", "on", "treatment", "with", "ramipril", "and", "nasal", "basal", "cell", "carcinoma", "operated", "by", "complete", "resection", ".", "The", "patient", "had", "no", "other", "associated", "pathologies", ".", "The", "current", "picture", "began", "abruptly", "when", ",", "previously", "asymptomatic", ",", "he", "suffered", "a", "self-limited", "seizure", "with", "tonic-clonic", "movements", "of", "the", "right", "limbs", "and", "subsequent", "post-critical", "state", ".", "He", "was", "transferred", "to", "the", "emergency", "department", "of", "his", "referral", "hospital", "(", "Río", "Tinto", "Hospital", ")", "where", "a", "cranial", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", "scan", "was", "performed", ",", "revealing", "lesions", "suggestive", "of", "brain", "metastasis", ",", "for", "which", "it", "was", "decided", "to", "admit", "him", "to", "Internal", "Medicine", ".", "On", "the", "ward", ",", "the", "patient", "showed", "normal", "higher", "functions", ",", "oriented", "in", "time", "and", "space", "and", "with", "coherent", "language", ".", "There", "were", "no", "campimetric", "deficits", "or", "cranial", "nerve", "alterations", ".", "Motor", "balance", "and", "superficial", "and", "deep", "sensitivity", "were", "normal", ".", "Bilateral", "flexor", "plantar", "cutaneous", "reflex", ".", "Afebrile", ",", "blood", "pressure", "120", "/", "60", ".", "Eupneic", "at", "rest", ".", "Auscultation", "is", "rhythmic", "without", "murmurs", ",", "vesicular", "murmur", "preserved", ".", "The", "abdomen", "is", "soft", ",", "with", "preserved", "sounds", "without", "masses", "or", "megaliths", ",", "residual", "scars", "or", "adenopathies", ".", "In", "the", "lower", "extremities", ",", "bilateral", "symmetrical", "and", "preserved", "pulses", "without", "oedema", ",", "without", "signs", "of", "DVT", ",", "with", "the", "presence", "of", "scattered", "macular", "ocher", "lesions", "that", "were", "not", "raised", ".", "In", "the", "biochemistry", "the", "most", "relevant", "data", "were", ":", "glycaemia", "125", "mg", "/", "dl", ",", "creatinine", "1", ".", "15", "mg", "/", "dl", ",", "urea", "66", "mg", "/", "dl", ",", "protein", "5", "g", "/", "dl", ",", "and", "in", "the", "haemogram", ":", "6", ",", "670", "leukocytes", "/", "μl", "with", "normal", "formula", ",", "Hb", "76", "g", "/", "l", ",", "normocytic", "normochromic", ",", "haematocrit", "0", ".", "22", "l", "/", "l", ",", "234", ",", "000", "platelets", "/", "μl", "and", "normal", "coagulation", ".", "Cranial", "CT", "scan", "showed", "well-demarcated", "left", "parietal", "lesions", ",", "the", "largest", "measuring", "14", "mm", ",", "and", "a", "cystic", "lesion", "in", "the", "left", "frontal", "lobe", "suggestive", "of", "neoplastic", "origin", ".", "An", "MRI", "scan", "of", "the", "brain", "showed", "a", "cystic", "lesion", "in", "the", "upper", "left", "frontal", "lobe", "with", "extensive", "perilesional", "oedema", ",", "suggestive", "of", "a", "metastatic", "lesion", "without", "being", "able", "to", "rule", "out", "other", "diagnostic", "possibilities", ".", "Given", "the", "suspicion", "of", "metastatic", "origin", ",", "an", "extension", "study", "was", "requested", "by", "thoraco-abdominal", "CT", "scan", "showing", "the", "presence", "of", "an", "irregular", ",", "nodular", ",", "nodular", "thickening", "at", "the", "level", "of", "the", "left", "lateral-basal", "visceral", "pleura", ",", "with", "a", "small", "adjacent", "loculated", "pleural", "effusion", ".", "The", "coexistence", "of", "cerebral", "LOE", ",", "pulmonary", "mass", "and", "a", "history", "of", "smoking", "suggested", "a", "diagnosis", "of", "lung", "carcinoma", "with", "brain", "metastasis", ",", "so", "it", "was", "decided", "to", "approach", "the", "lung", "lesion", ".", "A", "CT-guided", "biopsy", "of", "the", "lung", "lesion", "was", "performed", ",", "followed", "by", "pathological", "anatomy", "without", "demonstrating", "the", "presence", "of", "a", "primary", "tumour", ".", "The", "patient", "was", "referred", "to", "the", "neurosurgery", "department", "of", "our", "hospital", "(", "H", ".", "U", ".", "Virgen", "del", "Rocío", ")", "to", "obtain", "a", "biopsy", "and", "anatomopathological", "study", ",", "as", "the", "lung", "biopsy", "had", "been", "negative", ".", "Finally", ",", "the", "patient", "underwent", "surgery", "with", "the", "aim", "of", "complete", "resection", "of", "the", "lesion", "due", "to", "the", "high", "suspicion", "of", "neoplasia", ".", "A", "left", "frontal", "craniotomy", "was", "performed", "and", "a", "yellowish", "mucoid", "tumour", "with", "numerous", "cystic", "formations", "was", "observed", ",", "which", "was", "completely", "resected", ".", "Samples", "were", "sent", "to", "both", "anatomical", "pathology", "and", "microbiology", ".", "Differential", "diagnosis", "Cranial", "MRI", "and", "CT", "are", "the", "first", "diagnostic", "step", "for", "the", "detection", "and", "characterisation", "of", "intracranial", "expansive", "lesions", ".", "Brain", "metastases", "are", "the", "most", "common", "intracranial", "tumours", ".", "Their", "diagnosis", "is", "usually", "facilitated", "by", "the", "presence", "of", "a", "primary", "tumour", ",", "although", "in", "up", "to", "one", "third", "of", "brain", "metastases", "this", "is", "unknown", ".", "In", "our", "case", ",", "the", "diagnosis", "of", "lung", "cancer", "with", "brain", "metastasis", "was", "the", "first", "option", "both", "because", "of", "the", "history", "of", "smoking", "and", "because", "of", "the", "lesion", "discovered", "in", "the", "chest", "CT", "scan", "at", "the", "same", "time", "as", "the", "diagnosis", "of", "brain", "LOE", ",", "this", "type", "of", "tumour", "being", "also", "the", "one", "that", "most", "frequently", "metastasises", "to", "the", "brain", ".", "However", ",", "CT-guided", "biopsy", "of", "the", "lung", "lesion", "did", "not", "allow", "histological", "confirmation", "of", "the", "diagnosis", ".", "Other", "metastatic", "tumours", "to", "be", "considered", "were", "melanoma", "(", "in", "our", "case", "the", "patient", "had", "basal", "cell", "carcinoma", ")", ",", "digestive", "and", "genitourinary", "tract", "tumours", ",", "although", "the", "patient", "did", "not", "present", "any", "data", "to", "support", "these", "diagnoses", "and", "the", "extension", "study", "made", "the", "latter", "two", "unlikely", ".", "After", "the", "negative", "extension", "study", ",", "other", "diagnostic", "possibilities", "had", "to", "be", "considered", ",", "such", "as", "primary", "CNS", "tumours", "(", "the", "glioma", "group", "is", "the", "most", "frequent", "at", "intraparenchymal", "level", ")", ",", "infectious", "pathology", "and", "systemic", "inflammatory", "processes", ".", "Among", "the", "infectious", "causes", ",", "bacterial", "abscesses", ",", "parasitic", "infections", "such", "as", "cerebral", "hydatidosis", "and", "neurocysticercosis", ",", "as", "well", "as", "fungal", "infections", "stand", "out", "due", "to", "their", "frequency", ",", "although", "in", "this", "patient", "there", "was", "no", "evidence", "of", "immunosuppression", "that", "would", "lead", "to", "this", "aetiology", "being", "considered", ".", "In", "all", "of", "them", ",", "the", "final", "diagnosis", "requires", "histological", "study", "of", "the", "lesion", ",", "which", "can", "be", "obtained", "by", "stereotaxic", "puncture", "(", "with", "less", "morbidity", ")", "or", "by", "complete", "resection", "of", "the", "lesion", ",", "as", "occurred", "in", "our", "case", "due", "to", "the", "suspicion", "of", "malignancy", ".", "Final", "diagnosis", "The", "anatomopathological", "study", "showed", "an", "absence", "of", "metastases", "and", "signs", "of", "malignancy", ",", "ruling", "out", "the", "neoplastic", "origin", "of", "the", "lesion", ".", "In", "the", "pathological", "anatomy", "samples", ",", "numerous", "structures", "of", "rounded", "morphology", "between", "4", "and", "15", "microns", "in", "diameter", "were", "observed", ",", "the", "wall", "of", "which", "showed", "positive", "staining", "with", "PAS", ",", "Grocott", "and", "alcian", "blue", ",", "compatible", "with", "Cryptococcus", "neoformans", ".", "Culture", "in", "aerobic", "medium", "and", "fungal", "culture", "medium", "was", "reported", "as", "Cryptococcus", "neoformans", ".", "The", "final", "diagnosis", "was", "cryptococcal", "brain", "abscess", "(", "cryptococcoma", ")", "in", "an", "immunocompetent", "patient", "with", "a", "pulmonary", "nodule", "presumably", "of", "the", "same", "aetiology", ".", "Evolution", "After", "surgery", "the", "patient", "had", "a", "good", "initial", "clinical", "evolution", "but", "subsequently", "suffered", "progressive", "neurological", "deterioration", "with", "decreased", "level", "of", "consciousness", "and", "sensory", "aphasia", ".", "A", "lumbar", "puncture", "was", "performed", "and", "normal", "fluid", "was", "obtained", ",", "with", "negative", "cultures", ",", "India", "ink", "and", "latex", "for", "cryptococcus", ".", "CT", "scan", "showed", "a", "focal", "lesion", "compatible", "with", "a", "brain", "abscess", ",", "and", "the", "patient", "underwent", "reoperation", "with", "removal", "of", "the", "abscess", ".", "The", "microbiological", "study", "showed", "the", "presence", "of", "Klebsiella", "pneumoniae", ".", "After", "the", "intervention", "and", "antibiotic", "therapy", ",", "the", "patient", "presented", "excellent", "clinical", "evolution", "and", "complete", "resolution", "without", "subsequent", "complications", ".", "He", "was", "finally", "discharged", "after", "completing", "6", "weeks", "of", "treatment", "with", "liposomal", "amphotericin", "B", "and", "flucytosine", ",", "and", "subsequently", "continued", "outpatient", "treatment", "with", "fluconazole", "800", "mg", "per", "day", "for", "6", "months", ".", "After", "completion", "of", "treatment", "the", "patient", "remains", "asymptomatic", "with", "an", "excellent", "quality", "of", "life", "and", "no", "associated", "neurological", "deficit", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 189, "end": 196 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 700, "end": 707 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2650, "end": 2657 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2843, "end": 2850 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 4486, "end": 4495 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4010, "end": 4017 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4101, "end": 4108 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4661, "end": 4668 }, { "text": "Cryptococcus neoformans", "label": "SPECIES", "start": 5388, "end": 5411 }, { "text": "Cryptococcus neoformans", "label": "SPECIES", "start": 5481, "end": 5504 }, { "text": "Cryptococcus", "label": "SPECIES", "start": 5388, "end": 5400 }, { "text": "Cryptococcus", "label": "SPECIES", "start": 5481, "end": 5493 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5595, "end": 5602 }, { "text": "Klebsiella pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 6164, "end": 6185 }, { "text": "cryptococcus", "label": "SPECIES", "start": 5971, "end": 5983 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5690, "end": 5697 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6056, "end": 6063 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6238, "end": 6245 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6582, "end": 6589 } ]