Datasets:

---

Praise2112

/

LivingNER

like 1

[ "Personal", "history", "No", "known", "drug", "allergies", ".", "Toxic", "habits", ":", "smoker", "of", "1", "pack", "/", "day", ".", "Intervened", "for", "pneumothorax", "more", "than", "15", "years", "ago", ".", "Admitted", "11", "days", "earlier", "to", "the", "Respiratory", "Department", "with", "the", "diagnosis", "of", "probable", "moderate", "COPD", "and", "respiratory", "infection", "treated", "with", "levofloxacin", "for", "7", "days", "with", "good", "evolution", ".", "Blood", "cultures", "during", "this", "admission", ",", "positive", "for", "Lactobacillus", "rhamnosus", ",", "interpreted", "by", "the", "laboratory", "as", "possible", "contamination", ".", "Current", "treatment", ":", "citalopram", "20", "mg", ",", "inhaled", "glycopyrronium", "and", "paracetamol", ".", "Baseline", "functional", "status", ":", "higher", "functions", "preserved", ",", "works", "as", "a", "shop", "assistant", "in", "a", "clothing", "shop", ".", "Lives", "with", "her", "husband", "and", "children", ".", "Present", "illness", "Progressive", "dyspnoea", "of", "3", "days", "evolution", ".", "Today", "dyspnoea", "at", "rest", ".", "4", "days", "ago", ",", "fever", "peak", "of", "up", "to", "37", ".", "8", "°", "C", "and", "pain", "in", "the", "right", "hip", "which", "subsided", "on", "its", "own", ",", "for", "which", "she", "did", "not", "consult", "the", "doctor", ".", "Physical", "examination", "BP", "110", "/", "62", ",", "HR", "115", "bpm", ",", "Ta", "37", ".", "7", "°", "C", ",", "O2", "Sat", "(", "Ventimask", "40", "%", ")", "95", "%", ".", "Tachypnoea", "of", "18", "rpm", ".", "On", "inspection", ",", "the", "patient", "was", "normal", "colour", ",", "with", "good", "hydration", "of", "skin", "and", "mucous", "membranes", ".", "On", "cardiac", "auscultation", ",", "the", "heart", "is", "rhythmic", ",", "with", "systolic", "murmur", "mitral", "focus", ".", "Pulmonary", "auscultation", "shows", "crackles", "in", "the", "middle", "and", "lower", "fields", "and", "scattered", "wheezing", ".", "The", "abdomen", "is", "soft", "and", "depressible", ",", "painless", "on", "palpation", "with", "sounds", "present", ".", "The", "lower", "extremities", "are", "free", "of", "oedema", "and", "the", "paedial", "pulses", "are", "present", "and", "symmetrical", ".", "COMPLEMENTARY", "TESTS", "ECG", ":", "sinus", "tachycardia", "at", "115", "bpm", ".", "Chest", "X-ray", ":", "cardiac", "silhouette", "at", "the", "upper", "limit", "of", "normality", ".", "Laboratory", "tests", ":", "PO2", "80", "mmHg", ";", "PCO2", "34", "mmHg", ";", "pH", "7", ".", "49", ";", "HCO3", "25", ".", "9", "mmol", "/", "l", ";", "lactate", "10", "mg", "/", "dl", ".", "Glucose", "112", "mg", "/", "dl", ";", "creatinine", "0", ".", "63", "mg", "/", "dl", ";", "GPT", "15", "U", "/", "l", ";", "Na", "137", "mmol", "/", "l", ";", "K", "3", ".", "99", "mmol", "/", "l", ";", "CK", "16", "U", "/", "l", ";", "LDH", "194", "U", "/", "l", ";", "CRP", "11", ".", "29", "mg", "/", "dl", ";", "PCT", "0", ".", "18", "ng", "/", "ml", ".", "Hb", "10", ".", "3", "g", "/", "dl", ";", "platelets", "207", ",", "000", "/", "μL", ";", "leukocytes", "9", ",", "200", "/", "μL", "(", "N", "78", ".", "5", "%", ")", ".", "IP", "100", "%", ";", "INR", "1", ".", "Transthoracic", "and", "transesophageal", "echocardiogram", ":", "the", "left", "ventricle", "is", "not", "dilated", "or", "hypertrophic", ",", "with", "good", "global", "systolic", "function", "and", "hyperdynamic", ".", "The", "mitral", "valve", "shows", "several", "images", ",", "the", "largest", "measuring", "19", "x", "6", "mm", ",", "compatible", "with", "endocardial", "vegetations", ".", "The", "posterior", "leaflet", "shows", "a", "large", "perforation", "with", "massive", "regurgitation", ".", "The", "aortic", "valve", "shows", "an", "image", "in", "the", "LVOT", "dependent", "on", "the", "non-coronary", "leaflet", "(", "13", "x", "6", "mm", ")", ",", "which", "appears", "perforated", "and", "there", "is", "a", "significant", "coaptation", "defect", "leading", "to", "severe", "regurgitation", "in", "relation", "to", "the", "involvement", "of", "the", "right", "coronary", "artery", ".", "The", "right", "ventricle", "is", "not", "dilated", ",", "with", "good", "systolic", "function", ".", "No", "pericardial", "effusion", "was", "observed", ".", "Coronary", "angiography", ":", "coronary", "network", "without", "lesions", ".", "EVOLUTION", "In", "view", "of", "the", "findings", "described", "above", ",", "the", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "Coronary", "Unit", ",", "where", "the", "TEE", "was", "performed", ".", "Treatment", "was", "started", "with", "intravenous", "ampicillin", "and", "gentamicin", ".", "Given", "that", "she", "was", "admitted", "with", "heart", "failure", ",", "she", "underwent", "double", "valve", "replacement", "within", "24", "hours", ",", "aortic", "(", "Carbomedics", "Top", "Hat", "no", ".", "21", ")", "and", "mitral", "(", "Bicarbon", "Fitline", "no", ".", "27", ")", ".", "The", "cardiac", "surgery", "was", "uneventful", ",", "with", "an", "ischaemia", "time", "of", "102", "min", "and", "CPB", "time", "of", "123", "min", ".", "The", "surgeon", "described", "the", "following", "intraoperative", "findings", ":", "warts", "on", "the", "posterior", "leaflet", "of", "the", "mitral", "valve", ",", "warts", "on", "the", "non-coronary", "leaflet", "of", "the", "aortic", "valve", "with", "the", "rings", "of", "both", "valves", "well", "preserved", ".", "The", "specimen", "was", "sent", "to", "anatomical", "pathology", "and", "microbiology", "for", "culture", ",", "subsequently", "confirming", "infection", "by", "Lactobacillus", "rhamnosus", ".", "He", "arrived", "at", "the", "Coronary", "Care", "Unit", ",", "from", "the", "operating", "theatre", ",", "haemodynamically", "unstable", "with", "noradrenaline", "at", "0", ".", "2", "μg", "/", "kg", "/", "min", ",", "in", "sinus", "tachycardia", "135", "bpm", "with", "BP", "80", "/", "50", "mmHg", ".", "Echocardioscopy", "(", "V-Scan", ")", "was", "performed", ",", "showing", "severe", "biventricular", "dysfunction", "(", "estimated", "LVEF", "10", "%", ")", ",", "without", "pericardial", "effusion", ".", "The", "findings", "are", "confirmed", ",", "as", "well", "as", "the", "normofunction", "of", "both", "prostheses", "by", "TEE", "(", "Video", "5", "and", "6", ")", ".", "Therefore", ",", "intensive", "serum", "therapy", "is", "started", "and", "noradrenaline", "(", "up", "to", "2", "μg", "/", "kg", "/", "min", ")", ",", "dopamine", "(", "up", "to", "20", "μg", "/", "kg", "/", "min", ")", "and", "adrenaline", "(", "up", "to", "0", ".", "4", "μg", "/", "kg", "/", "min", ")", "are", "progressively", "administered", "in", "increasing", "doses", ".", "With", "this", ",", "we", "achieved", "a", "MAP", "65-70", "mmHg", ",", "CVP", "18", "mmHg", ",", "HR", "110", "bpm", ",", "CO", "3", ".", "2", "L", "/", "min", "and", "IC", "2", ".", "3", "L", "/", "min", "/", "m2", ".", "However", ",", "he", "persisted", "with", "oliguria", "and", "increasing", "lividity", "in", "the", "atria", "and", "lower", "extremities", "in", "an", "ascending", "manner", ".", "Intra-aortic", "balloon", "counterpulsation", "implantation", "was", "chosen", ".", "Despite", "counterpulsation", "(", "1", ":", "1", ")", "and", "the", "\"", "stability", "\"", "of", "haemodynamic", "parameters", ",", "the", "data", "of", "cardiogenic", "shock", "with", "peripheral", "hypoperfusion", "were", "increasing", "(", "lactate", "10", "-", "-", ">", "145", "mg", "/", "dl", ";", "creatinine", "0", ".", "63", "-", "-", ">", "2", ".", "19", "mg", "/", "dl", ";", "GPT", "15", "-", "-", ">", "3", ",", "068", "U", "/", "l", ")", ".", "Therefore", ",", "veno-arterial", "ECMO", "implantation", "with", "peripheral", "access", "is", "indicated", ",", "guided", "by", "TEE", ",", "which", "is", "carried", "out", "successfully", ".", "Subsequently", ",", "the", "patient", "evolved", "favourably", ",", "with", "a", "progressive", "decrease", "in", "the", "analytical", "parameters", "of", "peripheral", "hypoperfusion", ",", "and", "the", "doses", "of", "inovasoactive", "drugs", "were", "gradually", "reduced", ".", "Finally", ",", "after", "14", "days", ",", "IABP", "was", "withdrawn", "and", "24", "hours", "later", ",", "ECMO", "was", "withdrawn", ",", "with", "good", "haemodynamic", "tolerance", ".", "After", "30", "days", "in", "the", "Intensive", "Care", "Unit", ",", "she", "was", "discharged", "to", "the", "hospital", "ward", ".", "DIAGNOSIS", "Infective", "endocarditis", "on", "native", "mitral", "and", "aortic", "valves", "due", "to", "Lactobacillus", "rhamnosus", ",", "complicated", "by", "heart", "failure", ".", "Mitral", "and", "aortic", "valve", "replacement", "surgery", ".", "Cardiogenic", "shock", "after", "cardiac", "surgery", "requiring", "assistance", "with", "intra-aortic", "balloon", "counterpulsation", "and", "ECMO", ",", "with", "good", "evolution", "." ]

[ 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 8 }, { "text": "children", "label": "HUMAN", "start": 653, "end": 661 }, { "text": "husband", "label": "HUMAN", "start": 641, "end": 648 }, { "text": "Lactobacillus rhamnosus", "label": "SPECIES", "start": 365, "end": 388 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1006, "end": 1013 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2686, "end": 2693 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4730, "end": 4737 }, { "text": "Lactobacillus rhamnosus", "label": "SPECIES", "start": 3423, "end": 3446 }, { "text": "surgeon", "label": "HUMAN", "start": 3101, "end": 3108 }, { "text": "Lactobacillus rhamnosus", "label": "SPECIES", "start": 5181, "end": 5204 } ]

[ "Anamnesis", "A", "65-year-old", "man", "was", "admitted", "to", "the", "Neurology", "Department", "for", "the", "study", "of", "dysaesthesia", "in", "the", "arms", "and", "legs", ".", "Personal", "history", ":", "arterial", "hypertension", ",", "ex-smoker", "for", "a", "year", ",", "with", "an", "accumulated", "rate", "of", "100", "pack-years", ",", "ischaemic", "heart", "disease", "of", "the", "acute", "myocardial", "infarction", "type", "with", "lateral", "location", "grade", "I", "of", "the", "Killip", "classification", "a", "year", "ago", ",", "with", "revascularisation", "by", "implanting", "a", "drug-eluting", "stent", "in", "the", "D1", "segment", "of", "the", "diagonal", "artery", "and", "mild", "anaemia", "with", "an", "iron", "deficiency", "profile", ".", "He", "is", "retired", ",", "worked", "in", "construction", ",", "has", "a", "good", "baseline", "situation", "and", "is", "independent", "for", "basic", "activities", "of", "daily", "living", ".", "His", "usual", "medication", "is", "acetylsalicylic", "acid", "100", "mg", "/", "24", "h", ",", "clopidogrel", "75", "mg", "/", "24", "h", ",", "enalapril", "2", ".", "5", "mg", "/", "12", "h", ",", "atorvastatin", "20", "mg", "/", "24", "h", ",", "atenolol", "50", "mg", "/", "12", "h", ",", "omeprazole", "20", "mg", "/", "24", "h", ",", "nitroglycerin", "in", "transdermal", "patches", "for", "12", "hours", "a", "day", "and", "zolpidem", "10", "mg", "before", "a", "night", "'", "s", "rest", ".", "For", "the", "last", "7", "months", ",", "the", "patient", "reports", "a", "burning", "sensation", "of", "dysaesthesia", "in", "the", "feet", "(", "predominantly", "in", "the", "inner", "edge", "of", "the", "plantar", "areas", ",", "first", "toe", "and", "first", "interdigital", "space", ")", ",", "as", "well", "as", "in", "the", "wrists", "and", "forearms", ",", "which", "is", "constant", ",", "with", "fluctuations", "in", "intensity", "throughout", "the", "day", ",", "and", "which", "worsens", "during", "the", "night", ".", "In", "association", "with", "this", ",", "she", "reports", "burning", "pain", "in", "the", "left", "hemithorax", ",", "radiating", "to", "the", "left", "shoulder", ",", "fluctuating", "throughout", "the", "day", ",", "with", "no", "associated", "vegetative", "cortex", ",", "and", "not", "reminiscent", "of", "previous", "pain", "associated", "with", "ischaemic", "heart", "disease", ".", "The", "clinical", "onset", "was", "acute", "(", "not", "abrupt", ")", ",", "with", "no", "significant", "clinical", "progression", ".", "He", "denies", "any", "temporal", "relationship", "with", "changes", "in", "medication", ",", "intake", "of", "toxic", "substances", ",", "infectious", "processes", "or", "any", "other", "event", ".", "Twenty", "days", "prior", "to", "admission", "to", "hospital", ",", "treatment", "with", "pregabalin", ",", "tramadol", "and", "amitriptyline", "was", "introduced", "on", "an", "ascending", "schedule", ",", "with", "no", "apparent", "initial", "response", ".", "The", "patient", "has", "been", "in", "a", "state", "of", "mood", "disturbance", "for", "the", "last", "6", "months", ",", "with", "marked", "irritability", ".", "Physical", "examination", "Temperature", "36", "oC", ".", "Blood", "pressure", "147", "/", "92", "mmHg", ".", "Heart", "rate", "94", "bpm", ".", "Oxygen", "saturation", "96", "%", "basal", ".", "Slight", "cutaneous-mucosal", "pallor", ".", "No", "other", "significant", "findings", ".", "Neurological", "examination", ":", "there", "was", "a", "touch-algesic", "hypoaesthesia", "in", "both", "feet", "up", "to", "the", "inframalleolar", "level", ",", "predominantly", "at", "the", "level", "of", "the", "internal", "plantar", "border", ",", "with", "decreased", "proprioceptive", "and", "vibratory", "sensitivity", "in", "the", "left", "foot", ".", "Muscle", "stretch", "reflexes", "are", "preserved", "in", "the", "lower", "limbs", "(", "+", "+", "/", "+", "+", "+", "+", ")", "and", "slightly", "hypoactive", "in", "the", "upper", "limbs", "(", "+", "/", "+", "+", "+", "+", ")", ",", "symmetrical", ".", "The", "rest", "of", "the", "neurological", "examination", "(", "cortical", "functions", ",", "cranial", "nerves", ",", "motor", "system", ",", "rest", "of", "the", "sensory", "examination", ",", "cerebellar", "examination", ",", "gait", ",", "meningeal", "signs", ")", "is", "unaltered", ".", "Complementary", "tests", "-", "General", "biochemistry", ":", "no", "alterations", ",", "including", "creatinine", "0", ".", "69", "mg", "/", "dl", ",", "calcium", "9", ".", "1", "mg", "/", "dl", ",", "C-reactive", "protein", "(", "CRP", ")", "<", "0", ".", "3", "mg", "/", "dl", ".", "Blood", "count", ":", "haemoglobin", "10", ".", "9", "g", "/", "dl", ",", "mean", "corpuscular", "volume", "90", ".", "7", "fl", ",", "mean", "corpuscular", "haemoglobin", "28", ".", "7", "pg", ",", "erythrocyte", "sedimentation", "rate", "80", "mm", "/", "h", ",", "rest", "unchanged", ".", "Iron", "profile", ":", "ferritin", "12", "ng", "/", "ml", ",", "iron", "82", "μg", "/", "dl", ",", "transferrin", "340", "mg", "/", "dl", ",", "total", "iron", "binding", "capacity", "479", "μg", "/", "dl", ",", "transferrin", "saturation", "17", ".", "1", "%", ".", "Vitamin", "B", "12", "and", "folic", "acid", "levels", ",", "as", "well", "as", "coagulation", ",", "urine", "systematics", "and", "autoimmunity", "study", "without", "alterations", ".", "-", "Electrophoretic", "study", ":", "presence", "of", "a", "monoclonal", "band", "in", "the", "beta", "fraction", "(", "11", "%", ")", "and", "another", "monoclonal", "band", "in", "the", "gamma", "fraction", "(", "2", "%", ")", ".", "-", "Immunoglobulin", "(", "Ig", ")", "levels", ":", "elevated", "IgA", "levels", "(", "1", ",", "400", "mg", "/", "dl", ";", "normal", "parameters", "between", "70", "and", "400", "mg", "/", "dl", ")", ".", "IgG", "and", "IgM", "levels", "within", "normal", "limits", ".", "-", "Serum", "immunofixation", ".", "IgA", ":", "2", "monoclonal", "bands", "of", "different", "intensity", ";", "kappa", ":", "2", "monoclonal", "bands", "of", "different", "intensity", ".", "IgM", ",", "IgG", "and", "lambda", ":", "normal", ".", "-", "Urine", "immunofixation", ":", "no", "alterations", ".", "-", "Bone", "marrow", "cytology", ":", "bone", "marrow", "aspirate", "infiltrated", "by", "13", "%", "atypical", "plasma", "cells", ".", "-", "Bone", "marrow", "biopsy", ":", "the", "structure", "is", "recognisable", ",", "but", "is", "distorted", "by", "an", "infiltrate", "of", "plasma", "cells", "with", "mild", "atypia", ",", "arranged", "in", "nests", ",", "also", "perivascular", "and", "extending", "into", "the", "adjacent", "interstitium", ".", "Immunohistochemistry", "shows", "kappa", "/", "lambda", "ratio", ">", "20", ":", "1", ".", "Conclusion", ":", "bone", "marrow", "with", "an", "image", "suggestive", "of", "multiple", "myeloma", "infiltration", ".", "-", "Cellular", "immunophenotype", ":", "plasma", "cell", "population", "3", "%", "with", "immunophenotype", "and", "abnormal", "ratio", "between", "normal", "and", "pathological", "plasma", "cells", ".", "-", "Electromyography", "(", "EMG", ")", ":", "mild", "axonal", "polyneuropathy", "in", "the", "lower", "limbs", ".", "-", "Electrocardiogram", "(", "ECG", ")", ":", "sinus", "rhythm", "at", "90", "bpm", ";", "image", "compatible", "with", "old", "anteroseptal", "infarction", ".", "-", "Serology", ":", "Borrelia", "IgG", "negative", ".", "HBV", ",", "Ag-HBs", "negative", ";", "IgG", "anti-HBc", "positive", "4", ".", "09", ";", "anti-HBe", "negative", ";", "anti-HBs", "positive", "77", ".", "1", ".", "HCV", ":", "negative", "antibodies", ".", "HIV", "(", "1", ",", "2", ")", ":", "antibody", "and", "antigen", "negative", ".", "Rose", "Bengal", "negative", ".", "Treponema", ",", "IgG", "negative", ".", "-", "Tumour", "markers", ":", "slight", "elevation", "of", "beta-2-microglobulin", "(", "2", ".", "8", "mg", "/", "l", ";", "normal", "parameters", "between", "0", ".", "8", "and", "2", ".", "2", "mg", "/", "l", ")", ".", "The", "rest", "(", "alpha-fetoprotein", ",", "prostate-specific", "antigen", ",", "gastrin", ",", "CEA", ",", "CA", "15", ".", "3", ",", "CA", "125", ",", "CA", "19", ".", "9", ",", "CA", "72", ".", "4", ",", "Cyfra", "21", ".", "1", ",", "neurospecific", "enolase", ",", "calcitonin", ")", "were", "unaltered", ".", "-", "Chest", "X-ray", "(", "posteroanterior", "and", "lateral", ")", ":", "no", "significant", "alterations", ".", "-", "Thoracic-abdominal", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", ":", "some", "small", "left", "axillary", ",", "mediastinal", ",", "supra-aortic", ",", "pre-tracheal", ",", "pre-carinal", "and", "para-aortic", "lymph", "nodes", "of", "normal", "morphology", "were", "observed", ".", "No", "relevant", "alterations", ".", "-", "Radiological", "bone", "series", ":", "no", "lytic", "lesions", "or", "any", "other", "relevant", "alteration", ".", "Diagnosis", "-", "Quiescent", "multiple", "myeloma", ".", "-", "Axonal", "polyneuropathy", "in", "the", "lower", "limbs", "related", "to", "multiple", "myeloma", ".", "Treatment", "and", "course", "For", "symptomatic", "treatment", "of", "the", "paraesthesias", ",", "treatment", "was", "adjusted", "with", "pregabalin", "150", "mg", "/", "12", "h", ",", "amitriptyline", "25", "mg", "/", "24", "h", "and", "ibuprofen", "600", "mg", "on", "demand", "up", "to", "a", "maximum", "of", "every", "8", "hours", ",", "with", "significant", "improvement", ".", "Regarding", "the", "multiple", "myeloma", ",", "it", "was", "decided", ",", "in", "consensus", "with", "the", "hospital", "'", "s", "haematology", "department", ",", "not", "to", "initiate", "etiological", "treatment", "and", "to", "observe", "the", "evolution", ",", "in", "addition", "to", "requesting", "a", "biopsy", "of", "abdominal", "fat", "to", "rule", "out", "myeloma-associated", "amyloidosis", ",", "the", "results", "of", "which", "are", "pending", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "retired", "label": "HUMAN", "start": 518, "end": 525 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 937, "end": 944 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1893, "end": 1900 }, { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 121, "end": 129 }, { "text": "Borrelia", "label": "SPECIES", "start": 4544, "end": 4552 }, { "text": "HBs", "label": "SPECIES", "start": 4574, "end": 4577 }, { "text": "HBs", "label": "SPECIES", "start": 4640, "end": 4643 }, { "text": "Treponema", "label": "SPECIES", "start": 4749, "end": 4758 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 4567, "end": 4570 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 4659, "end": 4662 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 4685, "end": 4688 }, { "text": "HBc", "label": "SPECIES", "start": 4597, "end": 4600 }, { "text": "HBe", "label": "SPECIES", "start": 4621, "end": 4624 } ]

[ "This", "clinical", "case", "corresponds", "to", "a", "19", "year", "old", "patient", "from", "the", "canton", "of", "La", "Libertad", ",", "in", "what", "is", "now", "the", "province", "of", "Santa", "Elena", ",", "who", "grew", "up", "in", "the", "south", "of", "the", "province", "of", "Manabí", ".", "He", "reports", "that", "12", "months", "ago", "nodular", "lesions", "began", "to", "appear", "on", "the", "nasal", "mucosa", "and", "the", "soft", "palate", ",", "which", "later", ",", "as", "they", "grew", ",", "ulcerated", "and", "slowly", "spread", "until", "they", "now", "cover", "almost", "all", "the", "mucosa", "of", "the", "nose", ",", "oropharynx", ",", "including", "the", "cheeks", "and", "soft", "palate", ",", "and", "dysphonia", ",", "which", "suggests", "invasion", "of", "the", "laryngeal", "mucosa", ".", "Externally", ",", "there", "is", "protrusion", "of", "the", "profile", "at", "the", "level", "of", "the", "nasolaryngeal", "area", ",", "and", "marked", "difficulty", "in", "opening", "the", "mouth", "(", "wide", "deformation", "of", "the", "profile", ")", ".", "The", "ENT", "examination", "is", "difficult", "but", "reveals", "ulcerations", "with", "a", "granulomatous", "appearance", ",", "which", "bleed", "easily", "and", "are", "not", "very", "painful", ".", "The", "general", "condition", "is", "preserved", ",", "with", "weight", "loss", "in", "recent", "months", "due", "to", "difficulty", "in", "ingesting", "food", ",", "and", "the", "stained", "examination", "shows", "the", "presence", "of", "few", "amastigotes", "of", "Leishmania", "sp", "and", "the", "RDI", "with", "leishmanin", "is", "18mm", ".", "Careful", "examination", "of", "the", "entire", "skin", "revealed", "no", "scars", "suggestive", "of", "cutaneous", "leishmaniasis", ".", "Based", "on", "these", "findings", ",", "treatment", "was", "given", "with", "trivalent", "antimonial", "(", "Repodral", ")", ",", "the", "only", "medication", "available", "at", "the", "time", ",", "1", "ampoule", "intramuscularly", "per", "day", ",", "as", "an", "inpatient", "at", "the", "Infectious", "Diseases", "Hospital", ".", "In", "45", "days", "the", "improvement", "was", "marked", ",", "treatment", "was", "suspended", ",", "and", "after", "6", "months", "fibrous", "scarring", "was", "observed", "in", "the", "whole", "region", ",", "with", "total", "loss", "of", "tonsils", ",", "uvula", ",", "soft", "palate", "and", "synechia", "with", "the", "posterior", "pharyngeal", "wall", ",", "leaving", "a", "small", "communication", "between", "the", "rhino", "and", "oropharynx", "allowing", "air", "to", "pass", "through", ".", "The", "voice", "recovered", "satisfactorily", ".", "Scar", "in", "the", "region", "of", "the", "fauces", "after", "treatment", ".", "The", "clinical", "presentations", "of", "ATL", "in", "humans", "are", "very", "varied", "and", "depend", "on", "both", "the", "species", "of", "parasite", "and", "the", "immune", "response", "of", "the", "host", ",", "so", "that", "the", "same", "clinical", "picture", "can", "be", "produced", "by", "several", "species", "of", "Leishmania", ",", "and", "the", "same", "Leishmania", "can", "cause", "different", "clinical", "pictures", ".", "In", "Ecuador", ",", "in", "the", "coastal", "region", ",", "five", "species", "have", "been", "identified", ":", "L", "(", "V", ")", "braziliensis", ",", "L", "(", "V", ")", "panamensis", ",", "L", "(", "V", ")", "guyanensis", ",", "L", "(", "L", ")", "mexicana", ",", "L", "(", "L", ")", "amazonensis", ",", "L", "(", "V", ")", "equatoriensis", "(", "currently", "classified", "in", "the", "genus", "Endotrypanum", ")", "and", "L", "(", "L", ")", "major-like", ".", "These", "isolates", "have", "been", "made", "from", "human", "lesions", ",", "as", "well", "as", "from", "wild", "mammals", "and", "Lutzomyas", "insects", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 0 ]

[ { "text": "Leishmania", "label": "SPECIES", "start": 988, "end": 998 }, { "text": "amastigotes of Leishmania sp", "label": "SPECIES", "start": 973, "end": 1001 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 48, "end": 55 }, { "text": "leishmanin", "label": "SPECIES", "start": 1019, "end": 1029 }, { "text": "genus Endotrypanum", "label": "SPECIES", "start": 2250, "end": 2268 }, { "text": "Leishmania", "label": "SPECIES", "start": 1971, "end": 1981 }, { "text": "Leishmania", "label": "SPECIES", "start": 1996, "end": 2006 }, { "text": "species", "label": "SPECIES", "start": 1842, "end": 1849 }, { "text": "species", "label": "SPECIES", "start": 1960, "end": 1967 }, { "text": "species", "label": "SPECIES", "start": 2086, "end": 2093 }, { "text": "host", "label": "SPECIES", "start": 1893, "end": 1897 }, { "text": "Lutzomyas insects", "label": "SPECIES", "start": 2374, "end": 2391 }, { "text": "mammals", "label": "SPECIES", "start": 2362, "end": 2369 }, { "text": "parasite", "label": "SPECIES", "start": 1853, "end": 1861 }, { "text": "human", "label": "HUMAN", "start": 2326, "end": 2331 }, { "text": "L(V) braziliensis", "label": "SPECIES", "start": 2116, "end": 2133 }, { "text": "L(V) panamensis", "label": "SPECIES", "start": 2135, "end": 2150 }, { "text": "L(V) guyanensis", "label": "SPECIES", "start": 2152, "end": 2167 }, { "text": "L(L) amazonensis", "label": "SPECIES", "start": 2184, "end": 2200 }, { "text": "L(V) equatoriensis", "label": "SPECIES", "start": 2202, "end": 2220 }, { "text": "L(L) major-like", "label": "SPECIES", "start": 2274, "end": 2289 } ]

[ "Male", "patient", "aged", "43", "years", ",", "with", "no", "drug", "allergies", "or", "personal", "or", "family", "history", "of", "interest", ".", "He", "denies", "taking", "any", "drugs", ".", "He", "consulted", "the", "emergency", "department", "for", "intense", "pruritus", "of", "one", "hour", "'", "s", "duration", "together", "with", "the", "appearance", "of", "erythematous", ",", "papular", ",", "pruritic", "lesions", "on", "the", "forearms", "and", "abdomen", "after", "pruning", "a", "pita", "(", "Agave", "americana", ")", "with", "a", "chainsaw", ".", "He", "told", "us", "that", "he", "was", "wearing", "gloves", "and", "that", "he", "was", "completely", "covered", "with", "clothing", ".", "He", "had", "no", "other", "symptoms", ".", "Treatment", "was", "prescribed", "as", "a", "single", "dose", "of", "intramuscular", "corticoid", "and", "intramuscular", "antihistamine", "(", "dexchlorpheniramine", "maleate", ")", ".", "He", "was", "discharged", "with", "oral", "antihistamine", ":", "loratadine", "10", "mg", "1", "tablet", "per", "day", "." ]

[ 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Male patient", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 12 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 66, "end": 72 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 54, "end": 62 }, { "text": "pita", "label": "SPECIES", "start": 320, "end": 324 }, { "text": "Agave americana", "label": "SPECIES", "start": 326, "end": 341 } ]

[ "An", "82", "year", "old", "man", "came", "to", "the", "Emergency", "Department", "for", ":", "dyspnoea", ",", "increased", "expectoration", "and", "somnolence", ".", "Relevant", "personal", "history", ":", "hypertension", ",", "diabetes", "mellitus", ",", "paroxysmal", "atrial", "fibrillation", ",", "Guillen-Barré", "syndrome", "and", "oropharyngeal", "epidermoid", "carcinoma", "T3N0M0", "with", "associated", "paraneoplastic", "syndrome", "of", "inadequate", "secretion", "of", "antidiuretic", "hormone", "(", "SIADH", ")", ",", "pending", "the", "start", "of", "radical", "radiotherapy", ".", "His", "usual", "treatment", "consists", "of", "acetylsalicylic", "acid", "100", "mg", ",", "lorazepam", "1", "mg", ",", "silidosin", "8", "mg", "and", "omeprazole", "20", "mg", ",", "all", "taken", "once", "a", "day", ";", "(", "tolvaptan", "discontinued", "after", "the", "last", "admission", ")", ".", "The", "patient", "was", "diagnosed", "with", "bilo-bar", "pneumonia", "due", "to", "bronchoaspiration", "associated", "with", "hypoosmolar", "hyponatraemia", "(", "sodium", ":", "101", "meq", "/", "L", "(", "normal", "range", "(", "R", ".", "N", ".", ")", "135-145", "meq", "/", "L", ")", ",", "Osmolality", "210", "mOsm", "/", "kg", "(", "R", ".", "N", ".", "280-300", "mOsm", "/", "kg", ")", ".", "He", "presented", "with", "severe", "dysphagia", "and", "bleeding", "associated", "with", "pharyngeal", "tumour", ",", "planning", "gastrostomy", "and", "initiating", "parenteral", "nutrition", "via", "peripheral", "route", ",", "empirical", "antibiotic", "treatment", "with", "meropenem", "1000", "mg", "/", "8", "h", "and", "natraemia", "replacement", "by", "serum", "therapy", "(", "252", "meq", "of", "sodium", "in", "500", "mL", "of", "0", ".", "9", "%", "physiological", "saline", "solution", "every", "12", "hours", ")", ";", "he", "had", "normal", "renal", "function", "(", "MDRD-4", "IDMS", ":", ">", "60", "ml", "/", "min", "/", "1", ".", "73m2", ")", ".", "On", "admission", "to", "Internal", "Medicine", ",", "clinical", "and", "analytical", "improvement", "was", "observed", "(", "sodium", ":", "130", "meq", "/", "L", ")", ",", "and", "the", "Nephrology", "Department", "assessed", "paraneoplastic", "SIADH", "with", "good", "response", "to", "natraemic", "replacement", "by", "means", "of", "serum", "therapy", ",", "which", "was", "suspended", ".", "Treatment", "was", "restarted", "at", "low", "doses", "of", "tolvaptan", "to", "avoid", "overcorrection", "(", "7", ".", "5", "mg", "/", "24", "h", ")", "and", "subsequently", "increased", "to", "the", "usual", "dose", "of", "15", "mg", "/", "24", "h", ".", "The", "patient", "presented", "with", "febrile", "syndrome", "without", "a", "clear", "focus", ",", "and", "empirical", "treatment", "was", "started", "with", "cefepime", "2000", "mg", "/", "12", "h", ",", "vancomycin", "1000", "mg", "/", "12", "h", "and", "oseltamivir", "75", "mg", "/", "12", "h", ".", "Blood", "cultures", "were", "requested", ",", "and", "the", "results", "were", "positive", ".", "Blood", "cultures", "were", "requested", "and", "were", "positive", "for", "methicillin-resistant", "Streptococcus", "epidermidis", ",", "sensitive", "to", "vancomycin", "(", "MIC", "=", "2", "mg", "/", "L", ")", ",", "so", "antibiotic", "treatment", "was", "maintained", ",", "considering", "bacteraemia", "due", "to", "catheter", ",", "which", "was", "withdrawn", ".", "A", "transthoracic", "echocardiogram", "was", "performed", ",", "ruling", "out", "endocarditis", ".", "Subsequent", "blood", "cultures", "were", "negative", ".", "Three", "days", "after", "starting", "treatment", ",", "the", "dose", "of", "vancomycin", "was", "increased", "to", "1250", "mg", "/", "12", "h", "due", "to", "persistent", "febrile", "peaks", ",", "CRP", ":", "9", ".", "6", "mg", "/", "dL", "(", "R", ".", "N", ":", "0", ".", "0-0", ".", "5", "mg", "/", "dL", ")", "and", "procalcitonin", ":", "4", ".", "01", "mcg", "/", "L", "(", "R", ".", "N", ":", "0", ".", "0-0", ".", "5", "mcg", "/", "L", ")", ".", "After", "two", "days", ",", "new", "plasma", "concentrations", "were", "extracted", "and", "were", "still", "lower", "(", "8", ".", "4", "μg", "/", "mL", ")", "(", "the", "possibility", "of", "error", "in", "the", "extraction", "of", "the", "sample", "or", "in", "the", "accuracy", "and", "precision", "of", "the", "measurement", "was", "assessed", ")", ",", "so", "a", "pharmacokinetic", "study", "was", "performed", "to", "predict", "the", "dose", "by", "Bayesian", "estimation", ",", "using", "the", "PKS", "®", "programme", "(", "Abbott", "Base", "Pharmacokinetic", "System", ",", "Abbott", "Diagnostics", ")", ",", "calculating", "a", "t1", "/", "2", "of", "6", ".", "4", "h", "and", "increasing", "the", "dose", "to", "1000", "mg", "/", "8", "h", ".", "Oral", "metronidazole", "500", "mg", "/", "8", "h", "was", "added", "to", "the", "treatment", "due", "to", "persistent", "Clostridium", "difficile", "diarrhoea", ",", "and", "two", "days", "later", ",", "worsening", "renal", "function", "was", "observed", "due", "to", "digestive", "losses", ",", "causing", "pre-renal", "failure", "with", "hyponatraemia", "(", "sodium", ":", "115", "meq", "/", "L", ")", ",", "which", "preceded", "the", "elevation", "of", "creatinine", "levels", "to", "2", ".", "46", "mg", "/", "dL", "and", "elevation", "of", "pre-dose", "plasma", "concentrations", "of", "vancomycin", "to", "43", ".", "1", "μg", "/", "mL", ",", "for", "which", "treatment", "was", "discontinued", ".", "Acute", "renal", "failure", "develops", "and", "creatinine", "values", "of", "5", ".", "07", "mg", "/", "dL", "are", "reached", "in", "the", "days", "following", "discontinuation", "of", "intravenous", "vancomycin", "treatment", ".", "Nine", "days", "after", "discontinuation", ",", "elimination", "remains", "very", "slow", ",", "with", "a", "t1", "/", "2", "of", "132", "h", "and", "reaching", "a", "plasma", "concentration", "of", "25", ".", "5", "μg", "/", "mL", ".", "Concentrations", "below", "the", "therapeutic", "range", "are", "not", "reached", "until", "15", "days", "after", "discontinuation", "of", "antibiotic", "treatment", ".", "The", "Nephrology", "Department", "suspended", "enteral", "nutrition", "to", "avoid", "promoting", "diarrhoea", ",", "and", "performed", "a", "new", "natraemic", "correction", "by", "suspending", "treatment", "with", "tolvaptan", ",", "increasing", "serum", "therapy", "and", "forcing", "diuresis", "(", "approximately", "3000", "mL", "/", "day", ")", "to", "eliminate", "plasma", "vancomycin", ".", "Vancomycin", "was", "administered", "via", "gastrostomy", "due", "to", "persistent", "Clostridium", "difficile", "diarrhoea", "despite", "treatment", "with", "oral", "metronidazole", ".", "Subsequently", ",", "the", "patient", "presented", "hypertension", ",", "with", "very", "abundant", "diuresis", "and", "very", "positive", "free", "water", "producing", "hypernatraemia", "(", "sodium", ":", "157", "meq", "/", "L", ")", "despite", "suspension", "of", "tolvaptan", ",", "so", "saline", "solutions", "were", "reduced", "to", "increase", "free", "water", ".", "He", "also", "presented", "metabolic", "acidosis", ",", "which", "was", "corrected", "with", "bicarbonate", ",", "and", "respiratory", "alkalosis", ",", "and", "a", "chest", "X-ray", "was", "performed", "due", "to", "suspected", "left", "pleural", "effusion", ".", "Due", "to", "persistent", "high", "plasma", "concentrations", "of", "vancomycin", "and", "hypernatremia", ",", "serum", "therapy", "was", "readjusted", "and", "desmopressin", "was", "added", ".", "Finally", ",", "resolution", "of", "the", "bacteraemia", "associated", "with", "methicillin-resistant", "Streptococcus", "epidermidis", ",", "normal", "haematological", "formula", "and", "afebrile", "after", "resolution", "of", "the", "vancomycin", "intoxication", ",", "gradual", "resolution", "of", "the", "episode", "of", "diarrhoea", ",", "recovery", "of", "renal", "function", "and", "natraemia", ",", "reintroduction", "of", "enteral", "diet", "by", "gastrostomy", "and", "radiotherapy", "(", "36", "sessions", ")", ",", "discontinuation", "of", "metronidazole", "and", "oral", "vancomycin", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 116, "end": 124 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 599, "end": 606 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1635, "end": 1642 }, { "text": "methicillin-resistant Streptococcus epidermidis", "label": "SPECIES", "start": 1928, "end": 1975 }, { "text": "Clostridium difficile", "label": "SPECIES", "start": 2968, "end": 2989 }, { "text": "Clostridium difficile", "label": "SPECIES", "start": 4070, "end": 4091 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4163, "end": 4170 }, { "text": "methicillin-resistant Streptococcus epidermidis", "label": "SPECIES", "start": 4752, "end": 4799 } ]

[ "Anamnesis", "A", "48-year-old", "male", "patient", "with", "a", "history", "of", "repeated", "renal", "colic", "(", "with", "expulsion", "of", "calcium", "oxalate", "lithiasis", ")", "treated", "on", "an", "outpatient", "basis", ",", "who", "came", "to", "the", "emergency", "department", "with", "colicky", "pain", "in", "the", "right", "renal", "fossa", "of", "24", "hours", "evolution", ",", "radiating", "to", "the", "genitals", ",", "nausea", "and", "vomiting", ",", "being", "treated", "with", "ibuprofen", ",", "although", "without", "clear", "improvement", ".", "He", "did", "not", "report", "thermometric", "fever", ",", "micturition", "syndrome", "or", "haematuria", ".", "Of", "note", "was", "a", "significant", "asthenic", "habitus", ",", "generalised", "weakness", ",", "difficulty", "in", "moving", "from", "sitting", "to", "standing", ",", "myalgia", "and", "generalised", "arthralgia", ".", "In", "February", "2013", ",", "she", "visited", "her", "primary", "care", "doctor", "for", "clinical", "symptoms", "of", "low", "back", "pain", ",", "and", "was", "referred", "to", "the", "traumatology", "department", ",", "with", "no", "findings", ";", "on", "examination", "she", "had", "a", "nodule", "measuring", "approximately", "2", "cm", "on", "the", "right", "lateral", "aspect", "of", "the", "neck", ",", "for", "which", "a", "cervical", "and", "thyroid", "ultrasound", "scan", "was", "requested", ",", "which", "was", "not", "performed", "due", "to", "the", "current", "intercurrent", "episode", ".", "Physical", "examination", "Patient", "in", "good", "general", "condition", ",", "visibly", "weak", ",", "with", "correct", "hydration", "of", "skin", "and", "mucous", "membranes", ",", "large", "abdomen", "with", "significant", "adipose", "tissue", ",", "no", "palpable", "masses", "or", "organomegaly", ",", "depressible", "and", "soft", ",", "with", "pain", "in", "the", "right", "flank", ",", "with", "no", "signs", "of", "irritative", "peritoneal", "reaction", ".", "The", "right", "renal", "fist", "percussion", "and", "the", "right", "Guyon", "'", "s", "sign", "were", "positive", ".", "Lower", "extremities", "without", "oedema", ".", "The", "rest", "of", "the", "examination", "showed", "no", "findings", "of", "interest", ".", "Complementary", "tests", "-", "Blood", "tests", ":", "calcaemia", "16", ".", "5", "mg", "/", "dl", ",", "phosphorus", "3", ".", "8", "mg", "/", "dl", ",", "intact", "PTH", "2", ",", "574", "pg", "/", "ml", ",", "alkaline", "phosphatase", "222", "IU", "/", "l", ",", "creatinine", "3", ".", "31", "mg", "/", "dl", "with", "an", "estimated", "filtration", "rate", "of", "20", "ml", "/", "min", ".", "Rest", "without", "findings", ".", "-", "Blood", "count", ":", "haemoglobin", "9", ".", "5", "g", "/", "dl", ".", "Haematocrit", "28", "%", ".", "-", "Coagulation", "without", "alterations", ".", "-", "Urine", "sediment", "1-5", "leukocytes", "per", "field", ".", "-", "Abdominal", "X-ray", ":", "nephrocalcinosis", ",", "at", "the", "level", "of", "the", "pelvic", "skeleton", ",", "irregularity", "of", "the", "iliac", "surface", "of", "the", "sacroiliac", "joints", "due", "to", "resorption", "and", "subchondral", "sclerosis", "and", "enlargement", "of", "the", "joint", "space", ".", "Subchondral", "resorption", "on", "the", "right", "margin", "of", "the", "symphysis", "pubis", ".", "-", "Bone", "series", ":", "given", "the", "above", "findings", ",", "the", "Radiodiagnosis", "service", "considered", "the", "possibility", "of", "completing", "the", "study", "with", "cranial", "and", "phalangeal", "X-rays", ",", "the", "former", "showing", "a", "\"", "salt", "and", "pepper", "\"", "skull", "(", "diffuse", "granular", "pattern", "of", "cranial", "demineralisation", ")", ",", "while", "the", "latter", "showed", "subperiosteal", "resorption", "of", "the", "radial", "edge", "of", "the", "middle", "phalanges", "of", "the", "fingers", "and", "incipient", "resorption", "of", "the", "distal", "tufts", "of", "the", "first", ",", "second", "and", "third", "fingers", "of", "the", "hands", ".", "-", "Urological", "ultrasound", ":", "bilateral", "renal", "nephrocalcinosis", "without", "ectasia", "of", "the", "excretory", "tract", ";", "there", "is", "a", "small", "cyst", "of", "12", "mm", "upper", "left", "renal", "polar", ".", "No", "other", "findings", "of", "interest", ".", "-", "Ultrasound", "of", "the", "neck", ":", "adjacent", "to", "the", "right", "thyroid", "lobe", "a", "hypoechoic", "nodular", "lesion", "with", "cystic", "/", "degenerated", "areas", "is", "identified", ",", "compatible", "with", "parathyroid", "adenoma", ".", "It", "measures", "approximately", "39", "x", "25", ".", "2", "x", "47", "mm", "(", "T", "x", "AP", "x", "L", ")", ".", "On", "the", "left", "side", "there", "is", "another", "nodule", "inferomedial", "to", "the", "left", "thyroid", "lobe", ",", "hypoechoic", ",", "suggestive", "of", "left", "parathyroid", "adenoma", ",", "measuring", "approximately", "37", "x", "12", ".", "6", "x", "16", ".", "2", "mm", "(", "L", "x", "AP", "x", "T", ")", ".", "Thyroid", "gland", "of", "normal", "size", "and", "morphology", ",", "with", "preserved", "echogenicity", ".", "At", "least", "two", "nodules", "were", "identified", "in", "the", "LTD", "measuring", "7", ".", "8", "and", "12", "x", "7", ".", "4", "mm", ",", "respectively", ".", "All", "this", "is", "compatible", ",", "given", "the", "location", "and", "context", ",", "with", "right", "and", "left", "parathyroid", "adenomas", ".", "-", "Cervicomediastinal", "SPECT", "/", "CT", ":", "the", "early", "planar", "image", "shows", "two", "foci", "of", "increased", "uptake", "of", "99mTc-MIBI", ":", "one", "focus", "at", "the", "level", "of", "the", "upper", "pole", "of", "the", "right", "thyroid", "lobe", "and", "another", "focus", "in", "the", "lower", "pole", "of", "the", "left", "thyroid", "lobe", ",", "which", "persist", "in", "the", "late", "image", "once", "the", "thyroid", "tissue", "has", "been", "washed", "out", ".", "In", "the", "low-dose", "SPECT-CT", "fusion", "image", ",", "the", "larger", "focus", "is", "located", "outside", "the", "hyoid", "bone", "(", "right", "side", ")", "and", "the", "smaller", "focus", "is", "located", "left", "paratracheal", "below", "and", "posterior", "to", "the", "left", "thyroid", "lobe", ";", "these", "images", "are", "compatible", "with", "double", "parathyroid", "adenoma", ".", "-", "Bone", "mineral", "densitometry", ":", "femoral", "neck", "Z-score", "-", "2", ".", "1", "SD", ".", "Lumbar", "Z-score", "-", "2", ".", "9", "SD", ".", "Diagnosis", "Primary", "hyperparathyroidism", "due", "to", "double", "parathyroid", "adenoma", ".", "Chronic", "renal", "failure", "secondary", "to", "nephrocalcinosis", ".", "Treatment", "The", "patient", "evolved", "favourably", "from", "renal", "colic", "with", "intravenous", "analgesia", ",", "not", "requiring", "urinary", "diversion", ".", "Abundant", "hydration", "by", "means", "of", "intravenous", "serum", "therapy", "was", "started", ",", "as", "well", "as", "administration", "of", "zolendronic", "acid", ",", "cinacalcet", ",", "oral", "calcium", "and", "darbepoetin", "alfa", ".", "After", "the", "patient", "'", "s", "clinical", "stabilisation", ",", "reaching", "a", "calcaemia", "of", "8", ".", "3", "mg", "/", "dl", "and", "intact", "PTH", "of", "53", ".", "3", "pg", "/", "ml", ",", "he", "was", "scheduled", "for", "parathyroidectomy", ",", "which", "was", "carried", "out", "without", "incident", ",", "with", "a", "rapid", "decrease", "in", "intraoperative", "PTH", "concentrations", "in", "the", "blood", ".", "He", "is", "currently", "awaiting", "discharge", "from", "the", "General", "Surgery", "Department", ",", "as", "well", "as", "follow-up", "in", "Endocrinology", "consultations", ",", "after", "normalisation", "of", "PTH", "and", "serum", "calcium", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 29, "end": 36 }, { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 36 }, { "text": "Patient", "label": "HUMAN", "start": 1008, "end": 1015 }, { "text": "pepper", "label": "SPECIES", "start": 2288, "end": 2294 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4227, "end": 4234 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4506, "end": 4513 } ]

[ "REASON", "FOR", "CONSULTATION", "53-year-old", "male", "with", "fever", "for", "the", "last", "4", "days", "up", "to", "39oC", "associated", "with", "MEG", ".", "PERSONAL", "HISTORY", "-", "No", "AMR", "-", "Active", "smoker", "(", "5", "cig", "/", "day", ";", ">", "20", "years", ">", "1", "paq", "/", "day", ")", "-", "Ex-severe", "alcoholism", "(", "treatment", "with", "DKA", ",", "no", "consumption", "for", "4", "years", ")", ".", "-", "Native", "of", "Bilbao", ",", "in", "Palma", "for", "11", "years", ".", "No", "recent", "trips", "-", "Butcher", ".", "No", "recollection", "of", "last", "tetanus", "vaccination", "(", "believed", "to", "be", "up", "to", "date", ")", ".", "-", "Two", "cats", "and", "two", "dogs", ",", "correctly", "vaccinated", ".", "PATHOLOGICAL", "ANTECEDENTS", "-", "Meningitis", "in", "childhood", ",", "no", "sequelae", ".", "-", "Probable", "hepatitis", "B", "in", "childhood", ".", "Serologies", "2016", ":", "HIV", "-", ",", "AntiHbs", "+", ",", "AgHbs", "-", ",", "AntiHbc", "+", ",", "HCV", "-", "Lues", "-", "-", "Chronic", "headache", "(", "usual", "treatment", "paracetamol", ")", ".", "CURRENT", "ILLNESS", "Bite", "of", "his", "dog", "on", "left", "nasal", "wing", ".", "48", "h", ".", "asymptomatic", "mild", "erythema", "and", "perilesional", "oedema", ".", "Sudden", "onset", "of", "high", "fever", "up", "to", "39oC", "Usual", "headache", "Usual", "productive", "morning", "cough", "No", "dyspnoea", "on", "exertion", "No", "stool", "alterations", "Pain", "in", "the", "right", "renal", "fossa", ".", "Warm", "urine", "in", "the", "last", "few", "days", "VITAL", "SIGNS", "HR", ":", "73", "beats", "/", "min", "SBP", ":", "125", "mmHg", "DBP", ":", "69", "mmHg", "Ta", ":", "37", "oC", "O2", "Sat", ":", "96", "%", ".", "PHYSICAL", "EXAMINATION", "Fair", "general", "condition", "NH", "and", "NC", "Auscultation", "rhythmic", ",", "no", "murmurs", "VCM", "without", "added", "sounds", "Abdomen", "soft", "and", "depressible", ",", "without", "masses", "or", "megaliths", "Bilateral", "lumbar", "pain", "with", "mechanical", "characteristics", "COMPLEMENTARY", "TESTS", "DIAGNOSTIC", "ORIENTATION", "Fever", "without", "focus", ",", "thrombopenia", ",", "dog", "bite", "COMPLEMENTARY", "TESTS", "Chest", "X-ray", "without", "infiltrates", "or", "alterations", "in", "the", "cardiac", "silhouette", ".", "Urine", "culture", "Blood", "cultures", "TREATMENT", "Dexketoprofen", "50", "mg", "in", "2", "ml", "Amoxicillin-clavulanic", "acid", "875", "/", "125mg", "every", "8", "hours", "EVOLUTION", "ON", "THE", "WARD", "Slight", "decrease", "in", "fever", "HR", ":", "72", "beats", "/", "min", "SBP", ":", "181", "mmHg", "DBP", ":", "71", "mmHg", "Ta", ":", "36", ".", "8", "oC", "O2", "Sat", ":", "95", "%", ".", "Osteoarticular", "pain", "persists", "with", "lumbar", "predominance", ".", "Occurrence", "of", "pain", "in", "ICH", "/", "subcostal", "area", "without", "inflammatory", "signs", "-", "↑", "movements", "and", "cough", "-", "Rib", "palpation", "(", "fingertip", ")", "Bilateral", "parotid", "hypertrophy", ".", "No", "other", "adenopathy", "Crusty", "lesion", "on", "left", "nasal", "ala", "of", "0", ".", "5", "cm", ",", "mild", "erythema", ",", "not", "painful", ",", "not", "oedematous", ".", "No", "neck", "stiffness", ".", "No", "skin", "or", "mucosal", "lesions", "suggestive", "of", "embolism", ".", "No", "VAT", "or", "toxoid", "administered", "13000", "leukocytes", ",", "Hb", "13", ".", "6", ",", "platelets", "132000", ",", "Creatinine", "0", ".", "81", "RESULTS", "Bone", "scan", "ruled", "out", "the", "possibility", "of", "costal", "embolism", "or", "chondritis", ".", "Treatment", "was", "maintained", "with", "amoxicillin", "clavulanic", "acid", "for", "15", "days", ".", "Control", "laboratory", "tests", ":", "leucocytes", "11", ",", "400", ",", "Hb", "12", ".", "4", ",", "platelets", "370", ",", "000", ",", "QUICK", "94", "%", ",", "glucose", "91", ",", "creat", "0", ".", "81", ",", "Got", "27", ",", "GPt", "51", ",", "GGt", "116", ",", "Fa", "90", ",", "PCr", "6", ".", "9creat", "0", ".", "75", ",", "Na", "139", ",", "K", "4", ".", "9", ",", "Na", "139", ",", "K", "1", ".", "9", ",", "PCr", "0", ".", "75", ".", "Diagnosis", "Capnocytophaga", "canimorsus", "infections" ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 36, "end": 40 }, { "text": "PERSONAL", "label": "HUMAN", "start": 105, "end": 113 }, { "text": "vaccination", "label": "SPECIES", "start": 356, "end": 367 }, { "text": "Butcher", "label": "HUMAN", "start": 315, "end": 322 }, { "text": "cats", "label": "SPECIES", "start": 403, "end": 407 }, { "text": "dogs", "label": "SPECIES", "start": 416, "end": 420 }, { "text": "vaccinated", "label": "SPECIES", "start": 432, "end": 442 }, { "text": "childhood", "label": "HUMAN", "start": 486, "end": 495 }, { "text": "AntiHbc", "label": "SPECIES", "start": 588, "end": 595 }, { "text": "AntiHbs", "label": "SPECIES", "start": 570, "end": 577 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 564, "end": 567 }, { "text": "Lues", "label": "SPECIES", "start": 603, "end": 607 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 598, "end": 601 }, { "text": "childhood", "label": "HUMAN", "start": 536, "end": 545 }, { "text": "AgHbs", "label": "SPECIES", "start": 580, "end": 585 }, { "text": "dog", "label": "SPECIES", "start": 688, "end": 691 }, { "text": "dog", "label": "SPECIES", "start": 1353, "end": 1356 }, { "text": "Capnocytophaga canimorsus", "label": "SPECIES", "start": 2529, "end": 2554 } ]

[ "23-year-old", "woman", "from", "Capinota", ",", "Cochabamba", ",", "Bolivia", ".", "She", "has", "been", "in", "our", "country", "for", "four", "years", ".", "She", "attended", "the", "obstetrics", "emergency", "department", "where", "she", "was", "found", "to", "be", "37", "weeks", "pregnant", ",", "with", "a", "5", "cm", "dilated", "cervix", "and", "ruptured", "membranes", ".", "She", "had", "only", "attended", "one", "follow-up", "visit", "during", "gestation", ",", "at", "another", "centre", ".", "Background", ":", "She", "has", "lived", "in", "a", "rural", "area", ",", "has", "lived", "in", "an", "adobe", "house", ",", "has", "not", "received", "transfusions", ",", "no", "other", "history", "of", "interest", ".", "Vitals", ":", "axillary", "temperature", ":", "36", ".", "2oC", ";", "BP", "120", "/", "70", ";", "respiratory", "rate", "40", "/", "min", ";", "HR", "92", "/", "min", ".", "The", "emergency", "obstetrician", "performed", "a", "strepto", "test", "which", "was", "negative", "and", "requested", "a", "haemogram", ",", "glucose", ",", "basic", "biochemistry", ",", "HBV", ",", "HCV", ",", "HIV", "and", "syphilis", "serology", ".", "Sediment", "negative", "The", "mother", "'", "s", "T", "cruzi", "serology", "was", "positive", "by", "two", "different", "techniques", ".", "The", "delivery", "was", "euthecological", ",", "with", "cephalic", "presentation", ",", "Apgar", "9", "/", "10", ";", "BW", "3", ",", "250g", ";", "height", "50cm", ";", "CP", "36", "cm", ".", "BEG", "No", "jaundice", ",", "no", "hepatosplenomegaly", ".", "Cardiac", "fr", "115", "per", "min", ".", "Fr", "55", "per", "min", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 12, "end": 17 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 669, "end": 672 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 674, "end": 677 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 679, "end": 682 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 687, "end": 695 }, { "text": "obstetrician", "label": "HUMAN", "start": 556, "end": 568 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 730, "end": 736 }, { "text": "T cruzi", "label": "SPECIES", "start": 739, "end": 746 } ]

[ "", "A", "30-year-old", "woman", ",", "with", "no", "remarkable", "past", "history", ",", "presented", "with", "nocturnal", "parosmia", "(", "with", "intense", "odour", "of", "sweaty", "feet", ")", "for", "several", "hours", ".", "The", "next", "day", "she", "felt", "a", "little", "unwell", ".", "She", "had", "no", "specific", "symptoms", "(", "cough", ",", "fever", ")", ".", "Two", "days", "later", "she", "reported", "total", "loss", "of", "smell", "and", "taste", ".", "An", "otorhinolaryngologist", "diagnosed", "complete", "anosmia", ".", "Topical", "steroid", "treatment", "was", "started", "twice", "daily", ".", "Post-viral", "hyposmia", "was", "diagnosed", "but", ",", "in", "the", "absence", "of", "known", "symptoms", ",", "SARS-CoV-2", "infection", "was", "not", "considered", ".", "Anosmia", "started", "to", "improve", "6", "days", "later", "until", "it", "disappeared", "completely", ".", "A", "cranial", "MRI", "showed", "no", "abnormalities", ".", "Fourteen", "days", "after", "the", "parosmia", ",", "it", "was", "published", "that", "hyposmia", "may", "be", "a", "symptom", "of", "SARS-CoV-2", "infection", ".", "One", "day", "later", ",", "a", "PCR", "test", "for", "SARS-CoV-2", "was", "positive", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 464, "end": 474 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 702, "end": 712 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 754, "end": 764 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 20 } ]

[ "49", "year", "old", "woman", "presenting", "to", "the", "emergency", "department", "for", "abdominal", "pain", ".", "PERSONAL", "HISTORY", ":", "No", "AMR", ".", "No", "CVRF", ".", "Unstudied", "non-seasonal", "asthma", ".", "She", "works", "as", "a", "teacher", ".", "She", "lives", "with", "a", "bird", ".", "No", "toxic", "habits", ".", "No", "trips", "abroad", ".", "Usual", "treatment", "fluticasone", "/", "salmeterol", "50", "/", "500", "and", "intermittent", "PRD", ".", "CURRENT", "ILLNESS", ":", "patient", "attended", "the", "emergency", "department", "with", "symptoms", "compatible", "with", "GEA", "of", "7", "days", "'", "evolution", ",", "and", "also", "refers", "several", "cases", "of", "annual", "respiratory", "infections", "together", "with", "dyspnoea", "treated", "by", "her", "MAP", "with", "CTS", "and", "broad-spectrum", "ATB", ".", "She", "denied", "night", "sweats", ",", "constitutional", "syndrome", ",", "expectoration", "or", "febrile", "syndrome", ".", "In", "the", "ED", "examination", ",", "pathological", "pulmonary", "sounds", "are", "auscultated", ",", "a", "complementary", "study", "is", "requested", "and", "the", "patient", "is", "admitted", "to", "the", "ED", "for", "study", ".", "PHYSICAL", "EXAMINATION", ":", "BP", "95", "/", "60", ",", "Afebrile", ".", "BMI", "19", "kg", "/", "m", ".", "AP", ":", "emphysematous", "chest", ",", "peeling", "crackles", "in", "middle", "and", "lower", "left", "fields", ".", "AC", ":", "tachycardic", ",", "no", "murmurs", "or", "pericardial", "friction", "rubs", ".", "ABD", ":", "byd", ",", "not", "painful", "on", "palpation", ",", "no", "masses", "or", "megaliths", ",", "no", "evidence", "of", "peritoneal", "irritation", ".", "MMII", ":", "no", "oedema", "or", "fovea", ".", "COMPLEMENTARY", "EXPLORATIONS", "IN", "THE", "EMERGENCY", "DEPARTMENT", ":", "AS", "on", "admission", ":", "HEMOGRAM", ":", "HB", "14g", "/", "dL", ",", "VCM", "85", ".", "2", "fL", ",", "HCM", "28", ".", "8", "pg", ",", "L", "41000", "(", "N", "26", ".", "7", "%", ",", "L", "8", ".", "3", "%", ",", "MONO", "4", ".", "3", "%", ",", "EOSIN", "60", ".", "2", "%", ",", "BASO", "0", ".", "5", "%", ")", ",", "PLAQ", "256000", ",", "VSG", "73", "mm", ".", "BQ", ":", "CRP", "22", ",", "6", "mg", "/", "dL", ",", "U", "20", "mg", "/", "dL", ",", "CREAT", "0", ",", "40", "mg", "/", "dL", ",", "NA", "132", "mEq", "/", "L", ",", "K", "3", ",", "55", "mEq", "/", "L", ",", "GOT", "20", "U", "/", "L", ",", "GPT", "17", "U", "/", "L", ".", "FOLIC", "A", ".", "and", "VIT", "B12", "normal", ".", "COAGULATION", ":", "normal", ".", "URINE", "SYSTEMATICS", ":", "1-5", "L", "/", "field", ",", "5-10", "h", "/", "field", ".", "Proteins", ":", "neg", ".", "Legionella", "/", "pneumococcus", "Ag", ":", "neg", ".", "CHEST", "X-ray", ":", "emphysematous", "chest", ",", "bilateral", "symmetrical", "interstitial", "infiltrates", ".", "Thoracic", "CT", ":", "signs", "of", "fibro-thorax", "with", "honeycombed", "patchy", "pattern", ",", "increased", "density", "due", "to", "possible", "left", "interstitial", "pneumonia", ".", "Small", "pleural", "implants", "and", "25", "mm", "nodule", "in", "mid-right", "lung", "field", ".", "Small", "cylindrical", "bronchiectasis", "and", "bullous", "pattern", "with", "some", "subpleural", "bullae", ".", "COMPLEMENTARY", "EXPLORATIONS", "MI", ":", "MANTOUX", ":", "negative", "SPUTO", "CULTURE", ":", "aspergillus", "fumigatus", "BAAR", "SPUTO", "X", "3", ":", "negative", "GALACTOMANANAN", ":", "negative", "ANA", ":", "negative", ";", "ANTI-DNA", ":", "negative", ";", "ECA", ":", "normal", ";", "ANTI", "RO", "/", "LA", ":", "negative", ";", "IGs", ":", "normal", "ALPHA1", "ANTI-TRIPSIN", ":", "normal", "PERIPHERAL", "BLOOD", "FROTIS", ":", "Eosinophilia", ".", "Reinforcement", "of", "neutrophilic", "granulation", ".", "EPIROMETRY", ":", "Mixed", "pattern", "of", "moderate-severe", "character", ".", "IG", "E", ":", "2340", "ASPERGILLUS", "FUMIGATUS", "CUTANEOUS", "TEST", ":", "mildly", "positive", ".", "Aspergillus", "specific", "IG", "E", ":", "0", ",", "40", "kU", "/", "L", "(", "VN", "<", "0", ",", "20", ")", "HIV", ":", "negative", "EVOLUTION", ":", "on", "admission", ",", "treatment", "was", "started", "with", "methylprednisolone", "1mg", "/", "kg", "and", "amoxicillin-clavulanic", "acid", ",", "after", "which", "the", "patient", "improved", "both", "clinically", "and", "radiologically", ",", "and", "her", "laboratory", "values", "normalised", ".", "During", "admission", ",", "she", "reported", "epigastric", "pain", "that", "improved", "with", "IPPF", ".", "She", "was", "discharged", "from", "hospital", "for", "outpatient", "review", ".", "But", ".", ".", ".", ".", "24", "hours", "later", "she", "visited", "the", "emergency", "department", "for", "acute", "epigastric", "pain", "and", "nausea", ".", "RE-ADMISSION", ":", "BLOOD", "TEST", ":", "HB", "11", ".", "9", "g", "/", "dL", ",", "L", "29", ",", "100", "(", "N", "91", ".", "5", "%", ",", "LINF", "5", ".", "5", "%", ",", "EOSIN", "0", "%", ")", ",", "CRP", "18", ",", "rest", "normal", "BQ", ".", "INR", "1", ".", "26", ".", "ABDOMINAL", "X-ray", ":", "image", "compatible", "with", "pneumoperitoneum", ".", "ABDOMINAL", "CT", "scan", ":", "small", "amount", "of", "free", "intraperitoneal", "air", "in", "the", "right", "subdiaphragm", "and", "in", "the", "hepatorenal", "space", ".", "Liquid", "collection", "in", "FID", "measuring", "8x5", ".", "9x3", ".", "5", "cms", "with", "anfractuous", "extension", "and", "wall", "enhancement", "after", "contrast", "and", "air", "images", "in", "the", "interior", "suggestive", "of", "an", "inflammatory", "collection", ".", "Urgent", "surgery", "was", "performed", ",", "revealing", "purulent", "peritonitis", "with", "interassociated", "abscesses", "and", "multiple", "perforations", "in", "the", "proximal", "ileum", ".", "Resection", "and", "anastomosis", "were", "performed", ".", "The", "pathological", "anatomy", "of", "the", "surgical", "specimen", "indicates", "the", "diagnosis", "of", ".", ".", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 12, "end": 17 }, { "text": "PERSONAL", "label": "HUMAN", "start": 78, "end": 86 }, { "text": "teacher", "label": "HUMAN", "start": 159, "end": 166 }, { "text": "bird", "label": "SPECIES", "start": 185, "end": 189 }, { "text": "MAP", "label": "HUMAN", "start": 510, "end": 513 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 311, "end": 318 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 745, "end": 752 }, { "text": "Legionella", "label": "SPECIES", "start": 1524, "end": 1534 }, { "text": "pneumococcus", "label": "SPECIES", "start": 1535, "end": 1547 }, { "text": "aspergillus fumigatus", "label": "SPECIES", "start": 1983, "end": 2004 }, { "text": "aspergillus", "label": "SPECIES", "start": 1983, "end": 1994 }, { "text": "BAAR", "label": "SPECIES", "start": 2005, "end": 2009 }, { "text": "ASPERGILLUS FUMIGATUS", "label": "SPECIES", "start": 2314, "end": 2335 }, { "text": "ASPERGILLUS", "label": "SPECIES", "start": 2314, "end": 2325 }, { "text": "Aspergillus", "label": "SPECIES", "start": 2369, "end": 2380 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2417, "end": 2420 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2559, "end": 2566 } ]

[ "A", "63-year-old", "man", "with", "arterial", "hypertension", ",", "dyslipidaemia", ",", "diabetes", "mellitus", "and", "paroxysmal", "atrial", "fibrillation", ".", "In", "2013", "he", "was", "diagnosed", "with", "gastric", "adenocarcinoma", ",", "treated", "with", "surgery", ",", "chemotherapy", "and", "radiotherapy", ".", "In", "2016", "he", "presented", "recurrence", "with", "hepatic", "and", "pancreatic", "metastases", ",", "and", "chemotherapy", "treatment", "was", "started", "again", "with", "a", "partial", "response", ",", "which", "is", "currently", "being", "maintained", ".", "She", "was", "admitted", "in", "May", "2017", "with", "abdominal", "pain", ",", "anaemia", ",", "mild", "leukocytosis", "and", "increased", "acute", "phase", "reactants", ".", "Renal", "function", "and", "ions", "normal", ".", "No", "metabolic", "acidosis", ".", "An", "abdominal", "CT", "scan", "on", "admission", "revealed", "a", "portomesenteric", "tumour", "thrombus", ",", "for", "which", "reason", "anticoagulation", "was", "maintained", ",", "but", "she", "had", "an", "episode", "of", "haematemesis", "with", "analytical", "repercussions", "and", "it", "was", "therefore", "decided", "to", "discontinue", "the", "treatment", ".", "Gastroscopy", "was", "performed", "with", "biopsies", "and", "the", "pathological", "diagnosis", "was", "negative", "for", "malignant", "cells", ".", "Due", "to", "the", "torpid", "evolution", ",", "an", "abdominal", "CT", "scan", "was", "repeated", "with", "the", "finding", "of", "aerial", "images", "of", "peripheral", "distribution", "in", "the", "gastric", "remnant", "and", "persistent", "thrombus", ".", "Antibiotic", "treatment", "was", "started", "with", "piperacillin-tazobactam", "and", "metronidazole", ",", "and", "the", "patient", "remained", "afebrile", "with", "no", "new", "episodes", "of", "haematemesis", ".", "Finally", ",", "given", "the", "underlying", "disease", ",", "the", "persistence", "of", "intermittent", "abdominal", "pain", "and", "the", "lack", "of", "response", "to", "a", "new", "line", "of", "chemotherapy", ",", "palliative", "sedation", "was", "performed", "and", "the", "patient", "died", ".", "Emphysematous", "gastritis", "is", "an", "infection", "of", "the", "gastric", "wall", "by", "gas-producing", "germs", ".", "The", "current", "incidence", "is", "increasing", "due", "to", "the", "association", "with", "immunodeficiency", ".", "The", "most", "frequent", "microorganisms", "are", "S", ".", "aureus", ",", "E", ".", "coli", ",", "Enterobacter", "spp", ",", "S", ".", "pyogenes", ",", "P", ".", "aureginosa", "and", "Clostridium", "perfringes", ".", "Fungi", "may", "also", "be", "involved", "(", "e", ".", "g", ".", "mucormycosis", ")", ",", "although", "this", "is", "very", "rare", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Clostridium perfringes", "label": "SPECIES", "start": 1725, "end": 1747 }, { "text": "Enterobacter spp", "label": "SPECIES", "start": 1676, "end": 1692 }, { "text": "gas-producing germs", "label": "SPECIES", "start": 1516, "end": 1535 }, { "text": "Fungi", "label": "SPECIES", "start": 1749, "end": 1754 }, { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 1637, "end": 1651 }, { "text": "S. pyogenes", "label": "SPECIES", "start": 1694, "end": 1705 } ]

[ "17-year-old", "woman", "diagnosed", "with", "Lennox-Gastaut", "syndrome", "(", "epileptic", "encephalopathy", ")", ".", "Since", "childhood", "she", "had", "been", "treated", "with", "valproic", "acid", "and", "levetiracetam", ",", "later", "phenytoin", "was", "added", "due", "to", "status", "epilepticus", "and", "five", "weeks", "after", "its", "onset", "she", "was", "admitted", "with", "hyperthermia", "of", "39oC", ",", "pruritic", "skin", "rash", "and", "facial", "oedema", ".", "Suspecting", "AHS", ",", "we", "discontinued", "phenytoin", "and", "started", "treatment", "with", "antihistamines", "and", "parenteral", "steroids", ".", "Evolution", ":", "generalisation", "of", "the", "symmetrical", "maculopapular", "rash", "that", "initially", "affected", "the", "trunk", "and", "root", "of", "the", "limbs", ",", "intense", "desquamation", ",", "especially", "facial", ",", "without", "mucosal", "lesions", ".", "Cervical", "lymphadenopathy", ",", "no", "hepatomegaly", ".", "One", "month", "later", ",", "residual", "skin", "lesions", "persisted", ".", "Complementary", "examinations", ":", "leukocytosis", ",", "eosinophilia", ",", "lymphocytosis", "with", "atypia", ".", "Elevation", "of", ":", "CRP", ",", "sedimentation", "rate", ",", "gamma", "glutamyl", "transferase", ",", "lactate", "dehydrogenase", ".", "Serology", "hepatitis", ",", "influenza", ",", "mononucleosis", ",", "herpes", ":", "Influenza", "B", "IgM", "positive", ".", "Urine", "sediment", "with", "bacteriuria", ".", "Chest", "X-ray", ",", "thyroid", "function", ",", "renal", "function", ",", "proteinogram", ",", "immunoglobulins", ",", "complement", "study", "and", "haemostasis", ":", "no", "alterations", ".", "Phenytoin", "levels", "below", "the", "therapeutic", "range", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 12, "end": 17 }, { "text": "bacteriuria", "label": "SPECIES", "start": 987, "end": 998 }, { "text": "childhood", "label": "HUMAN", "start": 91, "end": 100 } ]

[ "Anamnesis", "Male", ",", "52", "years", "old", ",", "no", "known", "drug", "allergies", ",", "computer", "scientist", ".", "Ex-smoker", "(", "IPA", ":", "30", ")", ".", "Personal", "history", ":", "bilateral", "tinnitus", ".", "No", "regular", "medication", ".", "Family", "history", ":", "mother", "diagnosed", "with", "colon", "neoplasia", "and", "glioblastoma", "multiforme", ".", "Oncological", "history", "In", "February", "2019", ",", "due", "to", "coughing", "and", "a", "feeling", "of", "cervical", "oppression", ",", "a", "thoracic", "CT", "scan", "was", "performed", "showing", "a", "large", "anterior", "polylobulated", "mediastinal", "mass", "measuring", "12", "x", "14", "x", "15", "cm", "with", "extensive", "contact", "with", "the", "ascending", "aorta", "and", "superior", "vena", "cava", ".", "A", "PET-CT", "scan", "was", "performed", "which", "confirmed", "these", "findings", "and", "showed", "metabolic", "activity", "of", "the", "lesion", "(", "SUV", "8", ".", "3", ")", ",", "with", "no", "evidence", "of", "adenopathy", "or", "visceral", "involvement", "at", "any", "other", "level", ".", "A", "biopsy", "was", "performed", ",", "with", "a", "pathology", "report", "of", "CKAE1", "/", "3", ",", "keratin", ",", "p63", "and", "PAX8", "positive", "epithelial", "cells", "with", "a", "CD45", "and", "TdT", "positive", "lymphoid", "component", "and", "negative", "synaptophysin", ",", "compatible", "with", "thymic", "carcinoma", ".", "Given", "the", "diagnosis", "of", "thymic", "carcinoma", "with", "extensive", "contact", "with", "large", "vessels", ",", "the", "case", "was", "presented", "to", "the", "multidisciplinary", "tumour", "committee", "and", "treatment", "with", "induction", "chemotherapy", "was", "decided", ".", "On", "11", "/", "03", "/", "2019", "she", "started", "treatment", "with", "carboplatin-etoposide", ",", "administering", "2", "cycles", "(", "last", "received", "on", "03", "/", "04", "/", "2019", ")", ",", "with", "regular", "tolerance", ",", "presenting", "grade", "2", "nausea", "and", "grade", "4", "thrombopenia", "and", "neutropenia", "as", "side", "effects", ".", "Current", "illness", "She", "attended", "the", "emergency", "department", "on", "18", "/", "04", "/", "2019", "due", "to", "pain", "in", "the", "left", "calf", "for", "5", "days", "and", "fever", "with", "shivering", "for", "1", "hour", ",", "with", "no", "other", "accompanying", "symptoms", ".", "Physical", "examination", "Haemodynamically", "stable", ".", "To", "37", ".", "7oC", ",", "O2", "saturation", "breathing", "ambient", "air", "98", "%", ".", "Conscious", "and", "oriented", "in", "the", "three", "spheres", ",", "Glasgow", "15", ".", "Upper", "functions", "preserved", ",", "isochoric", "and", "normoreactive", "pupils", ",", "without", "alteration", "of", "cranial", "nerves", "and", "with", "osteotendinous", "reflexes", ",", "symmetrical", "and", "preserved", "strength", "and", "sensitivity", ".", "Normal", "cardiopulmonary", "auscultation", "and", "abdomen", "without", "masses", "or", "visceromegaly", "or", "signs", "of", "peritonism", ".", "Lower", "extremities", "without", "oedema", ",", "highlighting", "in", "IBD", "twin", "level", "erythema", "with", "palpation", "of", "the", "venous", "cord", ",", "without", "temperature", "increase", "and", "with", "negative", "Homans", "sign", ".", "Complementary", "tests", "\"", "Blood", "tests", ":", "leukocytes", "1", ",", "600", ",", "neutrophils", "310", ",", "haemoglobin", "8", ".", "8", ",", "platelets", "14", ",", "000", ",", "D-dimers", "576", ",", "CRP", "224", ".", "4", ",", "procalcitonin", "0", ".", "17", ".", "Other", "biochemistry", "and", "coagulation", "normal", ".", "\"", "Venous", "Doppler", "ultrasound", "of", "the", "lower", "extremities", ":", "no", "signs", "of", "superficial", "or", "deep", "vein", "thrombosis", "in", "DID", "or", "IBD", ".", "\"", "Urine", "culture", ":", "Escherichia", "coli", "pansensible", ".", "\"", "Blood", "cultures", ":", "negative", ".", "Diagnosis", "\"", "Masaoka", "stage", "III", "thymic", "carcinoma", ".", "\"", "Febrile", "neutropenia", ".", "\"", "Unrelated", "left", "twin", "pain", ".", "Treatment", "In", "view", "of", "the", "febrile", "pancytopenia", ",", "cultures", "were", "requested", ",", "empirical", "antibiotherapy", "was", "started", "with", "piperacillin-tazobactam", ",", "G-CSF", "was", "administered", "and", "it", "was", "decided", "to", "admit", "the", "patient", "to", "the", "Medical", "Oncology", "ward", ".", "As", "for", "the", "pain", "in", "IBD", ",", "deep", "vein", "thrombosis", "was", "ruled", "out", "and", "intravenous", "analgesia", "was", "started", "with", "paracetamol", "and", "dexketoprofen", ".", "Evolution", "The", "pain", "in", "the", "left", "calf", "disappeared", "completely", "after", "48", "hours", "with", "the", "prescribed", "analgesia", ".", "During", "admission", ",", "the", "patient", "recovered", "from", "the", "pancytopenia", ",", "but", "persisted", "with", "febrile", "peaks", ",", "so", "the", "antibiotic", "spectrum", "was", "extended", ".", "On", "the", "7th", "day", "of", "admission", ",", "the", "patient", "suffered", "respiratory", "arrest", "due", "to", "hypercapnic", "respiratory", "failure", ",", "so", "intubation", "was", "performed", "and", "the", "patient", "was", "subsequently", "admitted", "to", "the", "Intensive", "Care", "Unit", ".", "Extubation", "was", "attempted", "on", "two", "occasions", ",", "requiring", "reintubation", ",", "due", "to", "respiratory", "acidosis", "and", "decreased", "level", "of", "consciousness", "(", "Glasgow", "3", ")", ".", "Dysautonomia", "with", "hypersweating", "and", "haemodynamic", "instability", "with", "rapid", "atrial", "fibrillation", "was", "also", "observed", ".", "Subsequently", ",", "motor", "limitation", "of", "predominantly", "proximal", "and", "upper", "limbs", "was", "observed", ".", "In", "view", "of", "the", "suspicion", "of", "neuromuscular", "disease", ",", "the", "following", "complementary", "tests", "were", "performed", ":", "\"", "Lumbar", "puncture", ":", "no", "pleocytosis", "or", "albumin-cytological", "dissociation", ".", "\"", "EMG", ":", "signs", "of", "denervation", "of", "bulbofacial", ",", "proximal", "cervical", "and", "lumbar", "musculature", "with", "peripheral", "involvement", "of", "cranial", "nerves", "(", "absence", "of", "R1", "in", "the", "blink", "reflex", ")", ",", "absence", "of", "bilateral", "phrenic", "nerve", "responses", ",", "motor", "conduction", "with", "reduced", "amplitudes", ",", "and", "normal", "sensory", "neurography", ".", "\"", "Autoimmunity", ":", "positive", "anti-acetylcholine", "receptor", "antibodies", "(", "titres", "of", "2", ".", "64", "nmol", "/", "l", ")", "and", "antititin", ".", "All", "other", "anti-neuronal", ",", "anti-MAG", ",", "anti-MUSH", ",", "anti-MAG", ",", "anti-nuclear", ",", "anti-Ro", ",", "anti-ganglioside", "and", "anti-sodium", "and", "potassium", "channel", "antibodies", "were", "negative", ".", "\"", "A", "thoracoabdominal-pelvic", "CT", "scan", "was", "performed", "to", "rule", "out", "progression", "and", "/", "or", "complications", ",", "visualising", "the", "anterior", "mediastinal", "mass", "of", "about", "8", "cm", "in", "diameter", ",", "with", "ample", "contact", "with", "the", "superior", "vena", "cava", "and", "ascending", "aorta", ",", "with", "no", "evident", "signs", "of", "mediastinal", "infiltration", ".", "With", "these", "findings", ",", "the", "case", "is", "classified", "as", "paraneoplastic", "myasthenia", "gravis", "in", "a", "patient", "with", "thymic", "carcinoma", ".", "The", "Tensilon", "test", "(", "edrophonium", "test", ")", "could", "not", "be", "performed", "due", "to", "the", "patient", "'", "s", "dysautonomia", ".", "On", "30", "/", "04", "/", "2019", "treatment", "was", "started", "with", "immunoglobulins", "and", ",", "given", "the", "lack", "of", "response", "after", "five", "days", ",", "treatment", "was", "started", "with", "bolus", "methylprednisolone", ".", "Subsequently", ",", "pyridostigmine", "was", "added", ",", "but", "despite", "all", "this", ",", "the", "patient", "evolved", "unfavourably", ",", "with", "no", "evidence", "of", "improvement", ",", "so", "the", "withdrawal", "of", "mechanical", "ventilation", "and", "the", "start", "of", "palliative", "sedoanalgesia", "were", "agreed", "with", "the", "family", ",", "and", "the", "patient", "finally", "died", "on", "21", "May", "2019", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Male", "label": "HUMAN", "start": 10, "end": 14 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 157, "end": 163 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 173, "end": 179 }, { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 96, "end": 104 }, { "text": "computer", "label": "HUMAN", "start": 55, "end": 63 }, { "text": "Escherichia coli", "label": "SPECIES", "start": 2479, "end": 2495 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2828, "end": 2835 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3127, "end": 3134 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3276, "end": 3283 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3388, "end": 3395 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4881, "end": 4888 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4983, "end": 4990 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 5402, "end": 5408 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5232, "end": 5239 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5418, "end": 5425 } ]

[ "A", "70-year-old", "man", "presented", "with", "fever", "of", "unknown", "origin", "and", "leg", "pain", ".", "He", "had", "metastatic", "rectal", "cancer", "and", "had", "started", "palliative", "QT", "3", "days", "earlier", ".", "A", "pelvic", "X-ray", "was", "performed", "and", "admission", "CK", "of", "1600", "mg", "/", "dl", "and", "CRP", "20", "mg", "/", "L", "were", "obtained", ",", "which", "was", "attributed", "to", "\"", "post-QT", "rhabdomyolysis", "\"", ".", "After", "12h", ",", "an", "extensive", "erythematous", "lesion", "appeared", "on", "the", "inner", "thigh", ",", "dysaesthesia", "and", "CK", "of", "6000", "mg", "/", "dl", "with", "CRP", "40", "mg", "/", "L", ",", "leukopenia", ",", "hypotension", "and", "fluctuations", "in", "consciousness", ".", "A", "cranial", "and", "pelvic", "CT", "scan", "+", "MMII", "was", "requested", ".", "The", "admission", "X-ray", "showed", "the", "presence", "of", "abundant", "gas", "apparently", "located", "between", "the", "muscle", "fibres", "of", "the", "iliac", "muscle", "and", "proximal", "musculature", "of", "the", "right", "leg", ".", "The", "CT", "scan", "without", "contrast", "(", "given", "his", "renal", "insufficiency", ")", "confirms", "the", "X-ray", "findings", ",", "showing", "the", "presence", "of", "gas", "between", "the", "muscle", "fibres", "and", "fasciae", "of", "the", "pelvic", "muscles", "and", "right", "thigh", ",", "inflammatory", "signs", "and", "oedema", "in", "the", "fat", "adjacent", "to", "the", "affected", "muscles", ".", "Findings", "in", "relation", "to", "fasciitis", "/", "necrotising", "myositis", ".", "The", "cranial", "study", "was", "normal", ".", "Staphylococcus", "hominis", "and", "Clostridium", "septicum", "appeared", "in", "the", "blood", ".", "3", "hours", "after", "the", "CT", "scan", ",", "debridement", "was", "performed", "and", "after", "12", "hours", "the", "patient", "died", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1192, "end": 1199 }, { "text": "Clostridium septicum", "label": "SPECIES", "start": 1072, "end": 1092 }, { "text": "Staphylococcus hominis", "label": "SPECIES", "start": 1045, "end": 1067 } ]

[ "A", "case", "of", "mucosal", "lesion", "is", "presented", "in", "a", "48-year-old", "male", "patient", ",", "married", ",", "a", "Venezuelan", "forestry", "engineer", ",", "living", "in", "the", "city", "of", "Mérida", "in", "western", "Venezuela", ".", "Due", "to", "his", "occupation", ",", "he", "reports", "frequent", "visits", "to", "forests", "in", "the", "Andean", "foothills", "of", "the", "states", "of", "Mérida", ",", "Trujillo", ",", "Táchira", "and", "Barinas", ",", "as", "well", "as", "the", "plains", "localities", "of", "the", "state", "of", "Apure", "and", "others", "in", "the", "state", "of", "Bolívar", ",", "in", "southern", "Venezuela", ",", "including", "the", "Gran", "Sabana", ",", "Imataca", "and", "El", "Dorado", ".", "The", "patient", "claims", "to", "have", "spent", "long", "periods", "of", "time", "in", "localities", "where", "leishmaniasis", "is", "considered", "endemic", "and", "states", "that", "he", "recognises", "the", "insects", "incriminated", "as", "transmitters", "of", "Leishmania", ".", "He", "also", "states", "that", "he", "has", "not", "presented", "any", "primary", "skin", "lesions", "attributed", "to", "this", "parasitosis", ".", "The", "patient", "'", "s", "clinical", "history", "dates", "back", "to", "1996", ",", "when", "he", "reported", "having", "suffered", "discomfort", "with", "bleeding", "from", "the", "nostrils", "and", "crusting", "of", "the", "nasal", "septum", ".", "The", "following", "year", ",", "an", "examination", "by", "an", "ENT", "doctor", "revealed", "a", "lesion", "on", "the", "nasal", "septum", ".", "Referred", "to", "a", "dermatologist", ",", "he", "underwent", "an", "intradermal", "reaction", "test", "(", "IDR", ")", "with", "application", "of", "leishmanin", "to", "screen", "for", "leishmaniasis", ",", "with", "negative", "results", ".", "Subsequently", ",", "a", "surgical", "curettage", "was", "performed", "to", "remove", "a", "scab", "from", "the", "nasal", "septum", ",", "revealing", "a", "perforation", "of", "approximately", "1cm", ".", "Analysis", "of", "the", "biopsy", "taken", "from", "the", "lesion", "showed", "necrotic", "tissue", "and", "chronic", "inflammation", ".", "Culture", "of", "the", "sample", "showed", "an", "abundance", "of", "Staphylococcus", "aureus", ".", "During", "the", "period", "1998-2008", ",", "the", "patient", "reported", "constant", "relapses", "of", "the", "clinical", "picture", "with", "frequent", "reactivation", "of", "the", "edges", "of", "the", "perforation", ",", "crusting", "and", "nasal", "bleeding", ".", "In", "2011", ",", "necrosis", "was", "detected", "and", "he", "underwent", "surgery", "to", "remove", "the", "scab", ",", "which", "revealed", "an", "increase", "in", "the", "perforation", ".", "The", "biopsy", "again", "showed", "chronic", "inflammation", "and", "the", "culture", "showed", "S", ".", "aureus", ".", "Screening", "for", "tuberculosis", "and", "cytomegalovirus", "indicated", "by", "the", "medical", "report", "showed", "negative", "results", ".", "Subsequently", ",", "a", "new", "biopsy", "was", "ordered", "to", "screen", "for", "leishmaniasis", ",", "suggesting", "inconclusive", "or", "negative", "results", ".", "Subsequently", ",", "in", "a", "hospital", "environment", ",", "leishmanin", "application", "was", "indicated", ",", "revealing", "inconclusive", "or", "negative", "results", ".", "A", "repeat", "IDR", "test", "was", "negative", ".", "In", "January", "2012", ",", "the", "patient", "arrived", "at", "our", "laboratory", "with", "slides", "taken", "from", "the", "ENT", "section", "of", "the", "Hospital", "Universitario", "de", "los", "Andes", "after", "a", "demonstration", "of", "the", "active", "lesion", "in", "the", "region", "of", "the", "nasal", "septum", ".", "The", "slides", "containing", "material", "from", "the", "affected", "area", "were", "processed", "by", "different", "methodologies", ".", "In", "addition", ",", "a", "blood", "sample", "was", "collected", "from", "the", "patient", "by", "peripheral", "venous", "puncture", "for", "PCR", "assays", "and", "serological", "studies", "by", "different", "methods", ".", "Ethical", "considerations", "Prior", "to", "sampling", ",", "the", "patient", "was", "informed", "of", "all", "sample", "processing", ",", "signing", "the", "prior", "informed", "consent", "(", "PIC", ")", "and", "authorising", "its", "execution", ".", "RESULTS", "Parasitological", "examination", "Amastigote", "forms", "of", "Leishmania", "sp", ".", "were", "detected", "on", "slide", "smears", ",", "stained", "with", "10", "%", "Giemsa", "in", "phosphate", "buffer", "pH", "7", ".", "2", ",", "containing", "material", "taken", "from", "the", "nasal", "septum", "lesion", ".", "In", "general", ",", "the", "number", "of", "parasites", "observed", "was", "low", ",", "sometimes", "detecting", "up", "to", "2", "amastigotes", "per", "1000X", "microscopic", "field", ".", "Observation", "was", "performed", "under", "an", "Axioskop-Zeiss-Germany", "microscope", "coupled", "to", "a", "Noticam", "480", "digital", "camera", "interfaced", "with", "an", "HP", "laptop", ",", "and", "each", "positive", "microscopic", "field", "was", "recorded", ".", "Morphology", "of", "detected", "amastigotes", ".", "Identification", "of", "Leishmania", "species", "by", "PCR", "assays", "In", "order", "to", "identify", "the", "species", "to", "which", "the", "Leishmania", "amastigotes", "detected", "in", "the", "parasitological", "examination", "described", "above", "belong", ",", "DNA", "isolation", "was", "performed", "from", "the", "material", "obtained", "from", "the", "nasal", "septum", "lesion", ".", "The", "examined", "sample", "arrived", "at", "the", "laboratory", "spread", "on", "slides", ".", "DNA", "extraction", "was", "performed", "using", "the", "classical", "phenol", ":", "chloroform", ":", "isoamyl", "alcohol", "(", "25", ":", "24", ":", "1", ")", "method", ".", "The", "DNA", "obtained", "was", "processed", "by", "polymerase", "chain", "reaction", "(", "PCR", ")", "assays", "using", "the", "multiplex", "methodology", "previously", "developed", "for", "neotropical", "Leishmania", "species", ".", "The", "multiplex", "PCR", "assay", "yielded", "positive", "results", "for", "Leishmania", "braziliensis", "demonstrated", "by", "amplification", "of", "a", "strong", "148", "bp", "band", "from", "the", "nasal", "septum", "lesion", "sample", "as", "described", "above", ".", "Similar", ",", "but", "fainter", "band", "signals", "were", "also", "detected", "in", "peripheral", "blood", "samples", "from", "the", "patient", ",", "processed", "with", "the", "same", "multiplex", "PCR", "assay", ".", "PCR", "assay", "results", "on", "nasal", "septum", "and", "peripheral", "blood", "material", "from", "the", "patient", ".", "Serological", "examination", "An", "aliquot", "of", "the", "patient", "'", "s", "serum", "was", "collected", "for", "conventional", "serological", "tests", "to", "detect", "anti-Leishmania", "antibodies", "(", "Ac", ")", "using", "L", ".", "braziliensis", "antigen", ".", "These", "included", "a", "direct", "agglutination", "test", "(", "DAT", ")", "and", "an", "indirect", "immunofluorescence", "assay", "(", "IFA", ")", "following", "previously", "standardised", "procedures", "adapted", "in", "our", "laboratory", "for", "this", "purpose", ".", "All", "tests", "were", "negative", ".", "Application", "of", "alternative", "diagnostic", "test", "to", "corroborate", "Leishmania", "braziliensis", "infection", "In", "order", "to", "confirm", "L", ".", "braziliensis", "as", "the", "causative", "agent", "of", "the", "lesion", "in", "the", "case", "reported", ",", "an", "alternative", "serological", "test", "was", "applied", "in", "Western", "Blot", "format", ",", "using", "GPI", "(", "Glycosyl-Phosphatidyl-Inositol", ")", "-", "anchored", "proteins", "as", "antigen", "to", "the", "membrane", "of", "L", ".", "braziliensis", "promastigotes", ".", "These", "proteins", "have", "been", "successfully", "tested", "in", "our", "laboratory", "as", "specific", "biochemical", "markers", "to", "identify", "and", "differentiate", "leishmaniasis", "caused", "by", "L", ".", "(", "V", ".", ")", "braziliensis", ",", "following", "previously", "described", "methodology", ".", "Application", "of", "the", "test", "revealed", "a", "band", "of", "approximately", "50kDa", "specific", "for", "L", ".", "braziliensis", ",", "which", "is", "not", "detected", "in", "sera", "from", "individuals", "infected", "by", "L", ".", "(", "L", ".", ")", "mexicana", "or", "L", ".", "(", "L", ".", ")", "amazonensis", ".", "(", "L", ".", ")", "amazonensis", ",", "confirming", "the", "identity", "revealed", "by", "the", "PCR", "assay", ".", "Likewise", ",", "this", "reaction", "allows", "asserting", "that", "the", "lesion", "presented", "by", "the", "case", "studied", "is", "parasitologically", "and", "immunologically", "active", ",", "since", "in", "treated", "or", "cured", "cases", "the", "reaction", "is", "negative", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Leishmania", "label": "SPECIES", "start": 650, "end": 660 }, { "text": "Staphylococcus aureus", "label": "SPECIES", "start": 1446, "end": 1467 }, { "text": "dermatologist", "label": "HUMAN", "start": 1026, "end": 1039 }, { "text": "insects", "label": "SPECIES", "start": 610, "end": 617 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 60, "end": 67 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 470, "end": 477 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 764, "end": 771 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1502, "end": 1509 }, { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 55, "end": 67 }, { "text": "leishmanin", "label": "SPECIES", "start": 1109, "end": 1119 }, { "text": "cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 1884, "end": 1899 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2246, "end": 2253 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2588, "end": 2595 }, { "text": "S. aureus", "label": "SPECIES", "start": 1842, "end": 1851 }, { "text": "leishmanin", "label": "SPECIES", "start": 2111, "end": 2121 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2734, "end": 2741 }, { "text": "Parasitological", "label": "SPECIES", "start": 2863, "end": 2878 }, { "text": "Leishmania", "label": "SPECIES", "start": 2912, "end": 2922 }, { "text": "amastigotes", "label": "SPECIES", "start": 3148, "end": 3159 }, { "text": "amastigotes", "label": "SPECIES", "start": 3401, "end": 3412 }, { "text": "parasites", "label": "SPECIES", "start": 3092, "end": 3101 }, { "text": "Leishmania", "label": "SPECIES", "start": 3433, "end": 3443 }, { "text": "Leishmania species", "label": "SPECIES", "start": 3433, "end": 3451 }, { "text": "species", "label": "SPECIES", "start": 3444, "end": 3451 }, { "text": "Leishmania", "label": "SPECIES", "start": 3513, "end": 3523 }, { "text": "Leishmania", "label": "SPECIES", "start": 3998, "end": 4008 }, { "text": "Leishmania", "label": "SPECIES", "start": 4071, "end": 4081 }, { "text": "amastigotes", "label": "SPECIES", "start": 3524, "end": 3535 }, { "text": "Leishmania amastigotes", "label": "SPECIES", "start": 3513, "end": 3535 }, { "text": "Leishmania species", "label": "SPECIES", "start": 3998, "end": 4016 }, { "text": "species", "label": "SPECIES", "start": 3492, "end": 3499 }, { "text": "species", "label": "SPECIES", "start": 4009, "end": 4016 }, { "text": "neotropical Leishmania species", "label": "SPECIES", "start": 3986, "end": 4016 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4295, "end": 4302 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4422, "end": 4429 }, { "text": "Leishmania braziliensis", "label": "SPECIES", "start": 4071, "end": 4094 }, { "text": "parasitological", "label": "SPECIES", "start": 3552, "end": 3567 }, { "text": "Leishmania", "label": "SPECIES", "start": 4557, "end": 4567 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4477, "end": 4484 }, { "text": "L. braziliensis", "label": "SPECIES", "start": 4590, "end": 4605 }, { "text": "Leishmania", "label": "SPECIES", "start": 4884, "end": 4894 }, { "text": "Leishmania braziliensis", "label": "SPECIES", "start": 4884, "end": 4907 }, { "text": "individuals", "label": "HUMAN", "start": 5547, "end": 5558 } ]

[ "HISTORY", ",", "CURRENT", "DISEASE", "AND", "PHYSICAL", "EXAMINATION", "19-year-old", "female", "patient", "with", "a", "personal", "history", "of", "anorexia-bulimia", "for", "2", "years", "undergoing", "psychological", "treatment", ",", "with", "no", "toxic", "habits", ".", "Diagnosed", "in", "January", "2016", "with", "severe", "bone", "marrow", "aplasia", ",", "with", "no", "response", "to", "immunosuppressive", "treatment", ",", "on", "the", "waiting", "list", "for", "a", "bone", "marrow", "transplant", ".", "Carrier", "of", "subcutaneous", "venous", "reservoir", ".", "Current", "history", ":", "fever", "up", "to", "39", "°", "C", ",", "vomiting", "and", "dizziness", "of", "less", "than", "24", "hours", "of", "evolution", ".", "She", "also", "reports", "a", "dry", ",", "irritative", "cough", "of", "about", "15", "days", "'", "duration", ".", "No", "rhinorrhoea", ",", "no", "otalgia", ".", "No", "micturition", "symptoms", ".", "No", "alterations", "in", "stool", "habits", ".", "Last", "transfusion", "last", "Thursday", ".", "She", "reported", "pain", "and", "discomfort", "in", "the", "reservoir", "area", "of", "a", "week", "'", "s", "evolution", ",", "with", "erythematous", "area", "and", "increased", "local", "heat", ".", "Physical", "examination", "Blood", "pressure", "108", "/", "68", ".", "Heart", "rate", "123", "pm", ".", "Temperature", "38", ".", "50", "oC", ".", "Oxygen", "saturation", "99", "%", "basal", ".", "Conscious", ",", "oriented", ",", "reactive", ".", "Glasgow", "15", ".", "Cardiac", "auscultation", ":", "rhythmic", "heart", "sounds", ",", "tachycardic", ".", "No", "murmurs", "were", "heard", ".", "Pulmonary", "auscultation", ":", "normal", "ventilation", "in", "all", "fields", ".", "Bilateral", "PPR", "negative", ".", "Lower", "extremities", ":", "no", "oedema", ",", "no", "signs", "of", "DVT", ".", "Abdomen", ":", "soft", ",", "depressible", ",", "painful", "on", "palpation", "of", "the", "epigastrium", ".", "No", "masses", "or", "visceromegaly", "palpable", ".", "Peristalsis", "preserved", ",", "no", "signs", "of", "peritonism", ".", "Blumberg", "and", "Murphy", "negative", ".", "COMPLEMENTARY", "TESTS", "CBC", ":", "900", "leukocytes", "with", "400", "neutrophils", "per", "dl", ",", "Hb", "9", ".", "8", "g", "/", "dl", ",", "Hto", "28", ".", "5", "%", ",", "platelets", "8", ",", "000", ".", "Glucose", "103", "mg", "/", "dl", ",", "urea", "42", "mg", "/", "dl", ",", "creatinine", "0", ".", "67", "mg", "/", "dl", ",", "total", "bilirubin", "2", ".", "11", "mg", "/", "dl", ",", "Na", "136", "mEq", "/", "l", ",", "K", "3", ".", "8", "mEq", "/", "l", ".", "FA", "71", "mg", "/", "dl", ",", "GGT", "15", "mg", "/", "dl", ",", "GOT", "89", "mg", "/", "dl", ",", "GPT", "106", "mg", "/", "dl", ",", "LDH", "144", "mg", "/", "dl", ".", "Blood", "cultures", ":", "positive", "for", "Staphylococcus", "epidermidis", ",", "resistant", "to", "cloxacillin", ".", "Chest", "X-ray", ":", "possible", "consolidating", "focus", "in", "LID", ".", "Echocardiogram", ":", "normal", "LVEF", "and", "no", "contractile", "asymmetries", ".", "Normal", "diastole", ".", "LA", "not", "dilated", ".", "MV", "of", "fine", "veils", ",", "preserved", "kinetics", ",", "no", "MI", ".", "VAo", "trivalva", ",", "fine", "veils", ",", "normal", "flow", ".", "Dilated", "right", "chambers", "(", "RV", "inflow", "tract", "50", "mm", "and", "AD", "area", "23", "cm2", ")", ",", "with", "preserved", "function", ".", "TV", ":", "thickening", "(", "11", "mm", ")", "of", "the", "posterior", "and", "proximal", "subvalvular", "annulus", "as", "well", "as", "the", "entire", "posterior", "leaflet", ".", "At", "least", "two", "thick", ",", "echodense", ",", "anarchically", "moving", "masses", ",", "almost", "2", "cm", "long", ",", "originating", "in", "the", "atrial", "side", "of", "the", "posterior", "annulus", "and", "posterior", "leaflet", ",", "suggestive", "of", "endocardial", "involvement", ".", "Smaller", "mobile", "images", "can", "be", "seen", "on", "the", "other", "two", "leaflets", ".", "In", "addition", ",", "a", "rounded", ",", "echodense", "image", "on", "distal", "subvalvular", ",", "very", "mobile", ",", "which", "usually", "corresponds", "to", "fibrosis", "of", "the", "subvalvular", ",", "but", "endocardial", "involvement", "at", "that", "level", "cannot", "be", "ruled", "out", "given", "the", "clinical", "context", ".", "Severe", "TR", "without", "appreciating", "clear", "perforation", "of", "the", "leaflets", ".", "No", "apparent", "mobile", "images", "on", "the", "tip", "of", "the", "central", "catheter", "of", "the", "RA", ".", "PAPs", "30-35", "mmHg", ".", "Transesophageal", "echocardiogram", ":", "VT", "compatible", "with", "what", "was", "seen", "in", "TTE", ":", "thickening", "of", "the", "posterior", "and", "lateral", "region", "of", "the", "annulus", "as", "well", "as", "the", "leaflets", ",", "without", "observing", "abcessed", "formations", ".", "At", "least", "two", "thick", ",", "echodense", ",", "anarchically", "moving", "masses", ",", "about", "16", "mm", "long", "and", "7", "mm", "wide", ",", "originating", "in", "the", "atrial", "slope", ",", "at", "the", "junction", "of", "the", "leaflets", "and", "the", "posterior", "and", "lateral", "annulus", ",", "compatible", "with", "endocarditic", "process", ".", "Severe", "tricuspid", "insufficiency", "with", "more", "echodense", "formation", "in", "distal", "subvalvular", ",", "possibly", "corresponding", "to", "fibrosis", ",", "without", "being", "able", "to", "rule", "out", "endocarditic", "formation", "at", "that", "level", ".", "EVOLUTION", "The", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "Haematology", "Department", "for", "broad-spectrum", "antibiotic", "treatment", "and", "transfusion", "of", "irradiated", "products", "(", "2", "HC", "and", "1", "platelet", "pool", "in", "the", "Emergency", "Department", ")", ".", "Given", "the", "suspicion", "of", "reservoir", "infection", "and", "possible", "endocarditis", ",", "a", "transthoracic", "echocardiogram", "was", "requested", ",", "where", "endocarditis", "was", "found", "at", "the", "level", "of", "the", "tricuspid", "valve", ",", "which", "was", "confirmed", "after", "TEE", ".", "Broad-spectrum", "antibiotic", "treatment", "was", "started", ",", "awaiting", "clinical", "response", "and", "to", "assess", "options", "after", "6", "weeks", "of", "antibiotic", "therapy", ".", "DIAGNOSIS", "Severe", "bone", "marrow", "aplasia", "with", "no", "response", "to", "immunosuppressive", "treatment", ".", "Endocarditis", "on", "tricuspid", "valve", "due", "to", "Staphylococcus", "epidermidis", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0 ]

[ { "text": "female patient", "label": "HUMAN", "start": 62, "end": 76 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 69, "end": 76 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 84, "end": 92 }, { "text": "Staphylococcus epidermidis", "label": "SPECIES", "start": 1673, "end": 1699 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3431, "end": 3438 }, { "text": "Staphylococcus epidermidis", "label": "SPECIES", "start": 4091, "end": 4117 } ]

[ "To", "study", "hypersensitivity", "to", "potato", "in", "a", "6-year-old", "boy", "who", "consulted", "for", "refusal", "to", "eat", "and", "subsequent", "episodes", "of", "food", "vomiting", "after", "eating", "potato", ",", "as", "well", "as", "urticaria", "after", "eating", "eggs", ",", "nuts", "and", "carrots", ".", "Material", "and", "methods", ":", "Skin", "tests", "to", "pneumoallergens", "and", "food", ",", "prick-prick", "to", "food", ",", "total", "IgE", ",", "specific", "IgE", "and", "determination", "of", "SDS-Page", "and", "Immunoblotting", "were", "performed", ".", "Results", ":", "Skin", "tests", "to", "pneumoallergens", "were", "negative", ";", "with", "food", ",", "positivity", "was", "detected", "for", "egg", ",", "nuts", "(", "hazelnut", ",", "walnut", "and", "pine", "nut", ")", "and", "vegetables", "(", "potato", "and", "carrot", ")", ".", "The", "prick-prick", "was", "positive", "for", "carrot", "(", "raw", ")", ",", "potato", "(", "raw", "and", "cooked", ")", ",", "raw", "egg", "white", "and", "walnut", ".", "Total", "IgE", "=", "437", "U", "/", "ml", ",", "and", "IgE", "to", "egg", "white", "=", "1", ".", "41", "kU", "/", "L", ",", "hazelnut", "=", "2", ".", "53", "kU", "/", "L", ",", "potato", ">", "100", "kU", "/", "L", ",", "ovomucoid", "=", "2", ".", "02", "kU", "/", "L", ",", "walnut", "=", "8", ".", "89", "kU", "/", "L", ",", "Cor", "a", "1", "=", "2", ".", "38", "kU", "/", "L", ",", "Jug", "r", "1", "=", "3", ".", "08", "kU", "/", "L", ",", "pine", "nut", "=", "1", ".", "35", "kU", "/", "L", "and", "carrot", "=", "1", ".", "99", "kU", "/", "L", ".", "SDS-PAGE", "was", "performed", "with", "a", "potato", "extract", "in", "which", "bands", "of", "approximately", "43", ",", "25", "and", "16", "kDa", "were", "observed", ".", "Immunoblotting", "recognises", "2", "bands", "at", "43", "and", "16", "kDa", ",", "which", "coincide", "in", "molecular", "weight", "with", "the", "allergens", "Sol", "t", "1", "(", "patatin", ")", "and", "Sol", "t", "4", "(", "serine", "protease", "inhibitor", "7", ")", "respectively", ".", "Conclusions", ":", "-", "The", "diagnosis", "of", "potato", "hypersensitivity", "due", "to", "sensitisation", "to", "Sol", "t", "1", "and", "Sol", "t", "4", "with", "concomitant", "hypersensitivity", "to", "carrot", ",", "egg", ",", "pine", "nut", ",", "walnut", "and", "hazelnut", "is", "confirmed", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "potato", "label": "SPECIES", "start": 29, "end": 35 }, { "text": "potato", "label": "SPECIES", "start": 143, "end": 149 }, { "text": "potato", "label": "SPECIES", "start": 534, "end": 540 }, { "text": "potato", "label": "SPECIES", "start": 601, "end": 607 }, { "text": "potato", "label": "SPECIES", "start": 731, "end": 737 }, { "text": "potato", "label": "SPECIES", "start": 909, "end": 915 }, { "text": "carrot", "label": "SPECIES", "start": 545, "end": 551 }, { "text": "carrot", "label": "SPECIES", "start": 587, "end": 593 }, { "text": "carrot", "label": "SPECIES", "start": 859, "end": 865 }, { "text": "hazelnut", "label": "SPECIES", "start": 487, "end": 495 }, { "text": "hazelnut", "label": "SPECIES", "start": 709, "end": 717 }, { "text": "walnut", "label": "SPECIES", "start": 497, "end": 503 }, { "text": "walnut", "label": "SPECIES", "start": 644, "end": 650 }, { "text": "walnut", "label": "SPECIES", "start": 772, "end": 778 }, { "text": "nut", "label": "SPECIES", "start": 513, "end": 516 }, { "text": "nut", "label": "SPECIES", "start": 839, "end": 842 }, { "text": "pine nut", "label": "SPECIES", "start": 508, "end": 516 }, { "text": "pine nut", "label": "SPECIES", "start": 834, "end": 842 }, { "text": "potato", "label": "SPECIES", "start": 1202, "end": 1208 }, { "text": "carrot", "label": "SPECIES", "start": 1307, "end": 1313 }, { "text": "hazelnut", "label": "SPECIES", "start": 1341, "end": 1349 }, { "text": "walnut", "label": "SPECIES", "start": 1330, "end": 1336 }, { "text": "nut", "label": "SPECIES", "start": 1325, "end": 1328 }, { "text": "pine nut", "label": "SPECIES", "start": 1320, "end": 1328 } ]

[ "A", "14-year-old", "male", "with", "a", "history", "of", "intrinsic", "asthma", "and", "atopic", "dermatitis", ",", "with", "no", "epidemiological", "history", "of", "interest", ".", "He", "came", "to", "the", "emergency", "department", "for", "progressive", "asthenia", "of", "8", "months", "and", "fever", "of", "up", "to", "38oC", "for", "7", "days", "with", "intense", "night", "sweats", ".", "The", "anamnesis", "included", "retrosternal", "pain", "radiating", "to", "the", "right", "hypochondrium", ",", "also", "progressive", ",", "of", "5", "months", "'", "evolution", ".", "No", "weight", "loss", "or", "infectious", "focality", ".", "Examination", "revealed", "fever", "of", "38oC", ",", "tachypnoea", "at", "28", "breaths", "per", "minute", "and", "hepatomegaly", "of", "3cm", ".", "No", "other", "findings", ".", "Initial", "complementary", "tests", "(", "PPCC", ")", "included", "progressive", "anaemia", "in", "the", "last", "month", "(", "haemoglobin", "8", ".", "7mg", "/", "dL", ")", ",", "leukocytosis", "(", "17", ",", "100", "/", "microL", ")", "with", "normal", "formula", "and", "thrombocytosis", "(", "961", ",", "000microL", ")", ",", "elevated", "C-reactive", "protein", "(", "131", ".", "86mg", "/", "L", ")", "and", "altered", "coagulation", "(", "INR", "1", ".", "5", ")", ".", "The", "rest", "of", "the", "basic", "laboratory", "tests", "showed", "no", "findings", ",", "including", "renal", "function", ",", "ionogram", ",", "liver", ",", "iron", "and", "anaemia", "profiles", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "a", "4x5cm", "mass", "in", "the", "middle", "lobe", ",", "blurring", "the", "cardiac", "silhouette", "already", "present", "in", "projections", "5", "months", "earlier", ".", "He", "was", "admitted", "to", "Internal", "Medicine", "and", "a", "differential", "diagnosis", "was", "established", "between", "lymphoma", ",", "solid", "neoplasm", "and", "infectious", "cause", ".", "The", "PPCC", "battery", "was", "extended", "with", "immunoglobulins", "with", "fraction", "G", "(", "IgG", ")", "1754mg", "/", "dL", ",", "with", "polyclonal", "gammaglobulinaemia", "in", "the", "proteinogram", "and", "a", "weakly", "positive", "Coombs", "test", ".", "Serology", "(", "including", "borrelia", ",", "chlamydia", ",", "coxiella", ",", "mycoplasma", ",", "ricketssia", ",", "cytomegalovirus", ",", "parvovirus", "B19", ",", "HIV", ",", "Ebstein-Barr", "and", "hepatitis", ")", "and", "IGRA", "for", "Mycobacterium", "tuberculosis", "were", "negative", ".", "Computed", "tomography", "(", "CT", ")", "and", "magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", "confirmed", "the", "presence", "of", "moderate", "pericardial", "effusion", "and", "a", "2", ".", "5x7x7cm", "diaphragm-dependent", "mass", "suggestive", "of", "infectious", "or", "inflammatory", "aetiology", ".", "Positron", "emission", "tomography", "(", "PET-CT", ")", "suggestive", "of", "mediastinal", "lymphoma", "with", "pericardial", "infiltration", ".", "At", "this", "point", ",", "the", "possibility", "of", "IgG4", "disease", "is", "suspected", ",", "with", "IgG", "G4", "fraction", "above", "range", "(", ">", "154mg", "/", "dL", ")", "and", "biopsy", "of", "the", "mass", "showing", "a", "CD20-positive", "lymphoid", "infiltrate", "with", "50", "%", "IgG4-positive", "plasma", "cells", ".", "The", "patient", "was", "treated", "with", "prednisone", "0", ".", "5mg", "/", "kg", "/", "day", "with", "excellent", "clinical", "evolution", ",", "complete", "resolution", "of", "haemocyte", "alterations", "at", "two", "weeks", "and", "complete", "disappearance", "of", "the", "hypercapturing", "paradiaphragmatic", "mass", "at", "four", "months", "on", "control", "PET-CT", "scan", ".", "The", "definitive", "diagnosis", "was", "IgG4", "disease", "with", "pericardial", "and", "pulmonary", "involvement", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 18 }, { "text": "Mycobacterium tuberculosis", "label": "SPECIES", "start": 1527, "end": 1553 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1481, "end": 1484 }, { "text": "borrelia", "label": "SPECIES", "start": 1393, "end": 1401 }, { "text": "chlamydia", "label": "SPECIES", "start": 1403, "end": 1412 }, { "text": "cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 1448, "end": 1463 }, { "text": "coxiella", "label": "SPECIES", "start": 1414, "end": 1422 }, { "text": "hepatitis", "label": "SPECIES", "start": 1503, "end": 1512 }, { "text": "mycoplasma", "label": "SPECIES", "start": 1424, "end": 1434 }, { "text": "parvovirus B19", "label": "SPECIES", "start": 1465, "end": 1479 }, { "text": "ricketssia", "label": "SPECIES", "start": 1436, "end": 1446 }, { "text": "Ebstein-Barr", "label": "SPECIES", "start": 1486, "end": 1498 } ]

[ "A", "59-year-old", "man", "with", "a", "history", "of", "psoriasis", ",", "on", "treatment", "with", "topical", "Betamethasone", "with", "no", "known", "drug", "allergies", ",", "smoker", ",", "who", "works", "as", "a", "farmer", ".", "The", "patient", "reports", "that", "he", "has", "been", "bitten", "by", "ticks", "on", "his", "legs", "on", "a", "few", "occasions", ".", "Ten", "years", "ago", ",", "in", "the", "context", "of", "a", "tick", "bite", ",", "he", "had", "an", "episode", "of", "fever", "and", "general", "malaise", ",", "but", "does", "not", "recall", "atypical", "skin", "lesions", "other", "than", "those", "typical", "of", "psoriasis", ".", "Since", "then", ",", "she", "reported", "clinical", "manifestations", "of", "left", "facial", "paralysis", ".", "Follow-up", "ophthalmology", "consultations", "due", "to", "sudden", "loss", "of", "visual", "acuity", "in", "the", "right", "eye", "since", "the", "end", "of", "April", "led", "to", "a", "diagnosis", "of", "posterior", "uveitis", ",", "treated", "with", "prednisone", "30", "mg", "and", "topical", "dexamethasone", ".", "Ophthalmology", "referred", "the", "patient", "to", "Internal", "Medicine", "for", "further", "investigation", ".", "The", "differential", "diagnosis", "of", "unilateral", "posterior", "uveitis", "is", "broad", ",", "initially", "ruling", "out", "the", "possibility", "of", "an", "infectious", "aetiology", ",", "fundamentally", "syphilis", ",", "TB", ",", "Herpes", ",", "Toxoplasmosis", "or", "secondary", "systemic", "autoimmune", "diseases", "(", "SLE", ",", "sarcoidosis", ",", "etc", ".", ")", ",", "for", "which", "reason", "the", "following", "complementary", "tests", "were", "requested", ":", "-", "Haemogram", ":", "Hb12", ".", "3", ",", "leucocytes", "10", ".", "77", "with", "74", "%", "neutrophils", ",", "platelets", "400", ",", "000", "-", "Biochemistry", ":", "creatinine", "0", ".", "8", ",", "PCR", "9", ".", "2", ".", "-", "Mantoux", "negative", "-", "Chest", "X-ray", ":", "bilateral", "interstitial", "infiltrate", ".", "-", "ECG", ":", "in", "sinus", "rhythm", ",", "with", "systolic", "overload", ".", "-", "RCT", ",", "C3", "and", "C4", "normal", ",", "RF", "7", ".", "6", "IU", "/", "ml", ",", "HLAB27", ",", "ANCA", "and", "ANA", "negative", ".", "-", "Serology", ":", "IgG", "+", "for", "toxoplasma", "and", "a", "very", "positive", "IgG", "+", "result", "for", "Borrelia", "Burgdorferi", "which", "was", "later", "confirmed", "by", "Western", "Blot", "test", "at", "the", "reference", "microbiological", "centre", ".", "During", "her", "admission", ",", "a", "cranial", "MRI", "was", "performed", ",", "which", "showed", "no", "CNS", "lesions", "and", "lumbar", "puncture", ",", "extracting", "3", "cc", "of", "clear", "CSF", "whose", "biochemical", "analysis", "showed", "pleocytosis", "of", "92", ".", "5", "mg", "/", "dl", "and", "positive", "IgG", "serology", "for", "Borrelia", "Burgdorferi", ",", "confirming", "the", "diagnosis", "of", "Lyme", "neuroborreliosis", "with", "involvement", "of", "the", "VII", "pair", "and", "associated", "uveitis", ".", "He", "was", "treated", "for", "28", "days", ",", "2", "weeks", "with", "intravenous", "Ceftriaxone", "2g", "and", "2", "weeks", "with", "oral", "Doxycycline", "(", "100", "mg", "/", "12h", ")", ".", "It", "should", "be", "remembered", "that", "the", "most", "frequent", "manifestation", "of", "Lyme", "disease", "in", "our", "environment", "is", "facial", "paralysis", ",", "erythema", "chronicum", "migrans", "and", "painful", "meningoradiculitis", ",", "with", "posterior", "uveitis", "being", "uncommon", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "farmer", "label": "HUMAN", "start": 140, "end": 146 }, { "text": "ticks", "label": "SPECIES", "start": 195, "end": 200 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 152, "end": 159 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 722, "end": 729 }, { "text": "Borrelia Burgdorferi", "label": "SPECIES", "start": 1471, "end": 1491 }, { "text": "toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 1424, "end": 1434 }, { "text": "Borrelia Burgdorferi", "label": "SPECIES", "start": 1799, "end": 1819 } ]

[ "We", "describe", "the", "clinical", "case", "of", "a", "9-year-old", "male", "schoolboy", "who", "attended", "the", "health", "centre", "of", "Santa", "Lucia", ",", "Municipality", "of", "Itamarandiba", ",", "in", "the", "Brazilian", "state", "of", "Minas", "Gerais", ",", "presenting", "with", "a", "clinical", "picture", "of", "3", "days", "'", "evolution", "characterised", "by", "the", "appearance", "of", "initially", "painful", "and", "pruritic", "lesions", "on", "the", "abdomen", ",", "which", "radiated", "unilaterally", "to", "the", "back", ".", "During", "the", "interrogation", ",", "the", "mother", "denied", "any", "family", "history", "of", "herpes", "infection", "and", "could", "not", "remember", "if", "the", "patient", "had", "previously", "suffered", "from", "chickenpox", ";", "in", "addition", ",", "he", "did", "not", "have", "an", "up-to-date", "vaccination", "schedule", ".", "On", "physical", "examination", ",", "the", "patient", "was", "in", "good", "general", "condition", ",", "afebrile", ",", "although", "underweight", "and", "short", "for", "his", "age", ";", "he", "presented", "with", "pain", "described", "as", "throbbing", "and", "burning", ".", "The", "dermatological", "examination", "revealed", "multiple", "vesicles", "grouped", "in", "the", "shape", "of", "a", "cluster", "of", "grapes", "on", "an", "erythematous", "background", "that", "followed", "a", "dermatome", "pattern", ",", "located", "on", "the", "left", "side", "of", "the", "abdomen", "and", "radiating", "to", "the", "lumbar", "region", ".", "Based", "on", "these", "clinical", "findings", ",", "a", "diagnosis", "of", "herpes", "zoster", "was", "made", "and", "treatment", "was", "started", "with", "oral", "acyclovir", "at", "a", "dose", "of", "20", "mg", "/", "kg", "every", "8", "hours", "for", "7", "days", ",", "after", "which", "the", "lesions", "and", "associated", "symptoms", "disappeared", ".", "Later", ",", "at", "the", "follow-up", "visit", ",", "only", "brownish", "macules", "indicative", "of", "hyperpigmentation", "following", "the", "inflammatory", "process", "were", "observed", ".", "The", "pain", "disappeared", "on", "the", "fifth", "day", ",", "the", "lesions", "dried", "completely", "and", "after", "15", "days", "the", "scabs", "fell", "off", "without", "leaving", "sequelae", ".", "Weekly", "check-ups", "were", "carried", "out", "for", "one", "month", "and", "the", "patient", "had", "no", "post-infection", "pain", ".", "The", "patient", "was", "followed", "up", "for", "3", "months", ",", "with", "no", "new", "lesions", "suggestive", "of", "herpes", ".", "Diagnosis", "Infantile", "HZ", "Dermatological", "examination", "revealed", "multiple", "vesicles", "grouped", "in", "the", "shape", "of", "a", "cluster", "of", "grapes", "on", "an", "erythematous", "background", ",", "located", "on", "the", "left", "side", "of", "the", "abdomen", "and", "spreading", "to", "the", "lumbar", "region", ",", "for", "which", "herpes", "zoster", "was", "diagnosed", ".", "He", "was", "given", "appropriate", "treatment", "and", "the", "lesions", "and", "associated", "symptoms", "disappeared", ".", "The", "main", "risk", "factor", "for", "childhood", "HZ", "is", "immunosuppression", ",", "and", "maternal", "varicella", "during", "the", "second", "trimester", "of", "pregnancy", "or", "this", "disease", "during", "the", "child", "'", "s", "first", "year", "of", "life", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 413, "end": 419 }, { "text": "herpes", "label": "SPECIES", "start": 431, "end": 437 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 395, "end": 401 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 46, "end": 50 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 478, "end": 485 }, { "text": "vaccination", "label": "SPECIES", "start": 570, "end": 581 }, { "text": "herpes", "label": "SPECIES", "start": 1066, "end": 1072 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 622, "end": 629 }, { "text": "grapes", "label": "SPECIES", "start": 869, "end": 875 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1568, "end": 1575 }, { "text": "herpes", "label": "SPECIES", "start": 1681, "end": 1687 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1609, "end": 1616 }, { "text": "herpes", "label": "SPECIES", "start": 1930, "end": 1936 }, { "text": "grapes", "label": "SPECIES", "start": 1806, "end": 1812 }, { "text": "child", "label": "HUMAN", "start": 2199, "end": 2204 } ]

[ "A", "60-year-old", "male", "patient", "with", "a", "Björk-Shilley", "type", "mitral", "metal", "prosthesis", "and", "tricuspid", "annuloplasty", "20", "years", "earlier", "due", "to", "rheumatic", "valve", "disease", ",", "chronic", "atrial", "fibrillation", "(", "CAF", ")", ",", "AHT", ",", "congestive", "heart", "failure", "(", "CHF", ")", "with", "a", "NYHA", "Functional", "Grade", "I", "/", "IV", ".", "He", "was", "receiving", "treatment", "with", "acenocoumarol", ".", "He", "was", "admitted", "to", "our", "department", "due", "to", "fever", ",", "chills", ",", "and", "worsening", "of", "his", "usual", "dyspnoea", ",", "with", "the", "appearance", "of", "orthopnoea", "and", "oedema", "in", "the", "lower", "limbs", ".", "The", "clinical", "examination", "was", "compatible", "with", "CHF", "(", "jugular", "veins", "ingurgitated", ",", "arrhythmic", "pulse", "at", "100", "bpm", ",", "gallop", "rhythm", ",", "bilateral", "basal", "pulmonary", "crackles", ",", "hepatomegaly", "of", "2", "crossings", "with", "positive", "hepatojugular", "reflex", "and", "pretibial", "oedema", "with", "fovea", "in", "MMII", ")", ".", "Blood", "tests", "showed", "haemoglobin", "12", ".", "4", "g", "/", "L", ",", "leukocytes", "17", ",", "810", "/", "ml", ",", "with", "87", "%", "neutrophils", ",", "the", "rest", "of", "the", "usual", "parameters", "being", "within", "the", "normal", "range", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "signs", "of", "CHF", ".", "Serial", "blood", "cultures", "were", "performed", "in", "which", "Neisseria", "Sicca", "was", "persistently", "isolated", ",", "so", "treatment", "was", "started", "with", "intravenous", "Penicillin", "G", "sodium", "24", "million", "units", "in", "continuous", "perfusion", "and", "Gentamicin", "80", "mg", "I", ".", "V", ".", "every", "8", "hours", "(", "first", "2", "weeks", ")", ",", "and", "the", "patient", "was", "afebrile", "on", "the", "third", "day", "of", "starting", "treatment", ".", "During", "admission", ",", "reddish", ",", "painful", "lesions", "appeared", "on", "the", "fingertips", "of", "both", "hands", "compatible", "with", "vasculitic", "phenomena", ",", "and", "a", "diagnosis", "of", "Infective", "Endocarditis", "(", "IE", ")", "was", "made", "according", "to", "Durack", "'", "s", "clinical", "criteria", "(", "4", ")", ".", "Transthoracic", "Echocardiography", "(", "TTE", ")", "and", "Transesophageal", "Echocardiography", "(", "TEE", ")", "showed", "a", "normofunctioning", "mitral", "prosthesis", "and", "absence", "of", "vegetations", ".", "On", "the", "9th", "day", "of", "treatment", ",", "the", "patient", "presented", "an", "abrupt", "episode", "of", "loss", "of", "strength", "in", "the", "left", "hemibody", ",", "and", "a", "cranial", "CT", "scan", "showed", "3", "hyperdense", "images", "at", "the", "temporal-parietal", "and", "occipital", "levels", "of", "both", "hemispheres", "compatible", "with", "haemorrhagic", "foci", ".", "At", "that", "time", ",", "the", "NRI", "was", "2", ".", "45", ",", "in", "spite", "of", "which", "anticoagulation", "was", "suspended", ".", "Four", "days", "later", ",", "and", "after", "stabilisation", "of", "the", "patient", ",", "it", "was", "decided", "to", "restart", "anticoagulation", "with", "iv", "sodium", "heparin", ",", "completing", "6", "weeks", "of", "antibiotic", "treatment", "and", "heparin", ".", "In", "the", "follow-up", "CT", "scan", "of", "the", "brain", "after", "treatment", ",", "the", "occipitoparietal", "haematoma", "persisted", ",", "the", "other", "haemorrhagic", "foci", "having", "disappeared", ".", "Given", "these", "findings", "and", "the", "possibility", "of", "rebleeding", ",", "the", "patient", "was", "discharged", "with", "bemiparin", "10", ",", "000", "I", ".", "U", ".", "subcutaneously", "once", "a", "day", "for", "3", "months", ",", "after", "which", "a", "new", "echocardiographic", "study", "and", "cranial", "CT", "scan", "were", "performed", ",", "which", "showed", "the", "normality", "of", "the", "mitral", "valve", "and", "the", "practical", "resolution", "of", "the", "cerebral", "haematoma", ",", "so", "oral", "anticoagulation", "with", "acenocoumarol", "was", "started", "again", ",", "and", "three", "months", "later", "he", "was", "found", "to", "be", "asymptomatic", "." ]

[ 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 26 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 19, "end": 26 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1166, "end": 1173 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1635, "end": 1642 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1992, "end": 1999 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2328, "end": 2335 }, { "text": "Neisseria Sicca", "label": "SPECIES", "start": 955, "end": 970 } ]

[ "23-year-old", "woman", ",", "with", "no", "known", "drug", "allergies", "and", "no", "toxic", "habits", ".", "The", "patient", "had", "no", "personal", "or", "family", "medical", "history", "of", "interest", "and", "was", "not", "taking", "any", "medication", "on", "a", "regular", "basis", ".", "She", "consulted", "for", "three", "lesions", "on", "the", "dorsum", "of", "the", "left", "hand", "and", "one", "lesion", "on", "the", "border", "of", "the", "right", "hand", ".", "The", "lesions", "were", "circular", "and", "ulcerated", ",", "approximately", "three", "centimetres", "in", "diameter", ".", "In", "addition", ",", "he", "had", "multiple", "subcutaneous", "nodules", "all", "over", "the", "left", "arm", ".", "He", "reported", "no", "fever", "or", "other", "symptoms", ".", "In", "the", "anamnesis", ",", "the", "patient", "referred", "to", "a", "recent", "trip", "to", "Colombia", "during", "which", "he", "had", "travelled", "both", "in", "the", "north", "and", "south", "of", "the", "country", ",", "returning", "to", "Spain", "three", "weeks", "before", "the", "examination", ",", "and", "during", "the", "trip", "he", "had", "suffered", "mosquito", "bites", "in", "the", "areas", "of", "the", "lesions", ".", "After", "an", "initial", "assessment", "in", "the", "emergency", "department", ",", "the", "patient", "had", "been", "treated", "with", "amoxicillin-clavulanic", "acid", ",", "as", "it", "was", "diagnosed", "as", "a", "bacterial", "superinfection", "of", "insect", "bites", ",", "with", "some", "improvement", "of", "the", "lesions", ",", "which", "she", "had", "scratched", ".", "On", "examination", ",", "cardiorespiratory", "auscultation", "was", "normal", ",", "as", "was", "abdominal", "palpation", "and", "the", "rest", "of", "the", "systemic", "examination", ".", "Blood", "tests", "showed", "normal", "haemogram", ",", "ESR", "14", "mm", "/", "h", ",", "glucose", "81", "mg", "/", "dl", ",", "normal", "renal", "and", "hepatic", "function", ",", "CRP", "5", ".", "63", "mg", "/", "dl", "and", "negative", "serology", "for", "HBV", ",", "HCV", "and", "HIV", ".", "Urinalysis", "was", "normal", ".", "In", "view", "of", "the", "dermatological", "lesions", "and", "the", "absence", "of", "systemic", "symptoms", ",", "a", "differential", "diagnosis", "of", "multiple", "nodular", "ulcerative", "lesions", "related", "to", "insect", "bites", ",", "which", "could", "be", "from", "the", "country", "of", "origin", ",", "was", "considered", ".", "Differential", "diagnosis", "The", "diagnostic", "clues", "pointing", "to", "cutaneous", "leishmaniasis", "(", "CL", ")", "are", ":", "chronicity", ",", "location", "of", "lesions", "in", "exposed", "areas", ",", "clustering", "of", "lesions", ",", "orientation", "of", "lesions", "along", "dermal", "ridges", ",", "inflammatory", "satellite", "papules", ",", "subcutaneous", "induration", ",", "well-defined", "ulcerations", "with", "indurated", "borders", ",", "subcutaneous", "nodules", ".", "With", "the", "eminently", "clinical", "and", "epidemiological", "diagnosis", "of", "probable", "cutaneous", "leishmaniasis", ",", "versus", "less", "probable", "atypical", "mycobacteriosis", ",", "a", "skin", "biopsy", "was", "performed", "and", "treatment", "with", "amoxicillin-clavulanic", "acid", "until", "the", "results", "of", "the", "biopsy", ".", "One", "week", "later", ",", "the", "lesions", "persisted", "after", "amoxicillin-clavulanic", "acid", ",", "and", "ecthyma", "gangrenosum", "was", "included", "in", "the", "differential", "diagnosis", ".", "Doxycycline", "was", "prescribed", ".", "The", "biopsy", "report", "revealed", "LC", ".", "Treatment", "was", "started", "with", "paramomycin", "and", "a", "PCR", "was", "performed", "to", "identify", "Leishmania", "sp", ".", "Final", "diagnosis", "Localised", "cutaneous", "leishmaniasis", "with", "evidence", "of", "risk", "of", "progression", "to", "mucosal", "and", "systemic", "leishmaniasis", ".", "Evolution", "Given", "the", "lack", "of", "response", "to", "topical", "treatment", "and", "the", "criteria", "of", "high", "risk", "of", "mucosal-systemic", "involvement", "(", "country", "of", "origin", ",", "number", "of", "lesions", ",", "size", ",", "location", ".", ".", ".", ")", ",", "parenteral", "treatment", "was", "decided", "instead", "of", "intralesional", "treatment", ",", "specifically", "glucantime", "(", "meglumine", "antimoniate", ")", ",", "with", "a", "dosage", "of", "20", "mg", "/", "kg", "/", "d", "im", "for", "20", "days", ",", "after", "a", "gestation", "test", "which", "was", "negative", "(", "to", "be", "confirmed", "given", "the", "teratogenicity", "of", "antimonials", ")", ".", "At", "the", "same", "time", ",", "given", "the", "possibility", "of", "superinfection", ",", "cloxacillin", "was", "prescribed", "for", "10", "days", ",", "followed", "by", "treatment", "with", "betadine", "and", "topical", "mupirocin", ".", "An", "evaluation", "by", "Otolaryngology", "showed", "no", "pharyngeal", ",", "laryngeal", "or", "nasal", "involvement", ".", "The", "administration", "of", "glucantime", "was", "monitored", "by", "means", "of", "an", "electrocardiogram", ",", "haemogram", ",", "renal", "function", ",", "liver", "function", ",", "amylase", "and", "lipase", ",", "in", "view", "of", "the", "possibility", "of", "possible", "secondary", "effects", ".", "After", "several", "weeks", "of", "treatment", ",", "the", "species", "was", "identified", "as", "Leishmania", "donovani", "complex", ",", "detected", "by", "PCR", "and", "sequencing", ".", "After", "21", "days", "of", "treatment", ",", "the", "patient", "showed", "a", "good", "evolution", "of", "the", "skin", "lesions", ".", "Eight", "weeks", "after", "the", "end", "of", "glucantime", "treatment", ",", "the", "lesions", "worsened", ",", "with", "a", "new", "elevation", "of", "the", "lesion", "border", ",", "even", "increasing", "in", "size", "compared", "to", "the", "initial", "lesions", ",", "with", "inflammatory", "signs", ",", "but", "without", "lymphangitis", ".", "Given", "the", "failure", "of", "glucantime", ",", "treatment", "with", "liposomal", "amphotericin", "B", "at", "a", "dose", "of", "3", "mg", "/", "kg", "/", "d", "was", "started", ".", "With", "the", "first", "infusion", "of", "liposomal", "amphotericin", "B", ",", "he", "developed", "a", "severe", "anaphylactic", "reaction", "and", "treatment", "was", "discontinued", ".", "At", "that", "time", ",", "treatment", "with", "oral", "miltefosine", "150", "mg", "/", "24", "hours", "for", "4", "weeks", "was", "decided", ".", "The", "patient", "progressed", "well", "with", "this", "line", ",", "to", "which", "cryotherapy", "was", "added", ".", "The", "patient", "has", "not", "presented", "new", "activity", "data", "after", "a", "follow-up", "of", "more", "than", "3", "months", "and", "the", "control", "biopsy", "performed", "at", "the", "end", "of", "the", "treatment", "is", "negative", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 12, "end": 17 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 100, "end": 106 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 73, "end": 80 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 88, "end": 96 }, { "text": "insect", "label": "SPECIES", "start": 949, "end": 955 }, { "text": "mosquito", "label": "SPECIES", "start": 732, "end": 740 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 521, "end": 528 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 837, "end": 844 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 921, "end": 930 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 1298, "end": 1301 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 1303, "end": 1306 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1311, "end": 1314 }, { "text": "insect", "label": "SPECIES", "start": 1490, "end": 1496 }, { "text": "Leishmania sp", "label": "SPECIES", "start": 2425, "end": 2438 }, { "text": "species", "label": "SPECIES", "start": 3494, "end": 3501 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3613, "end": 3620 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4219, "end": 4226 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4295, "end": 4302 }, { "text": "Leishmania donovani complex", "label": "SPECIES", "start": 3520, "end": 3547 } ]

[ "Anamnesis", "A", "15-year-old", "male", "patient", "with", "a", "personal", "history", "of", "Prune", "Belly", "syndrome", "with", "permeable", "urachus", "and", "renal", "transplant", "of", "12", "years", "of", "evolution", ",", "with", "no", "known", "drug", "allergies", ".", "In", "the", "current", "episode", ",", "the", "patient", "came", "to", "the", "emergency", "department", "for", "recurrent", "pain", "of", "colic", "characteristics", "in", "the", "left", "hemiabdomen", "that", "had", "been", "present", "for", "years", ".", "After", "birth", ",", "the", "patient", "was", "diagnosed", "with", "bilateral", "renal", "dysplasia", ",", "large", "bladder", "and", "paraurethral", "diverticulum", ".", "In", "his", "first", "week", "of", "life", "he", "developed", "grade", "IV", "renal", "insufficiency", "and", "progressively", "developed", "obstructive", "uropathy", "due", "to", "type", "II", "posterior", "urethral", "valves", "and", "urethral", "stricture", ".", "At", "two", "years", "of", "age", ",", "he", "was", "put", "on", "peritoneal", "dialysis", "and", "six", "months", "later", "on", "haemodialysis", ".", "A", "year", "later", ",", "a", "right", "kidney", "was", "implanted", "from", "an", "adult", "cadaver", "donor", ",", "by", "means", "of", "a", "Woodruff", "type", "neoureterocystostomy", ".", "Since", "then", "he", "has", "been", "on", "intermittent", "catheterisation", "for", "the", "permeable", "urachus", "and", "immunosuppressive", "treatment", "with", "prednisone", ",", "mycophenolate", "mofetil", "and", "tacrolimus", ".", "At", "five", "years", "of", "age", ",", "he", "underwent", "a", "right", "nephroureterectomy", "of", "the", "native", "kidney", "due", "to", "several", "episodes", "of", "pyelonephritis", "and", "severe", "hydronephrosis", "of", "the", "ectopic", "ureter", ",", "which", "led", "to", "acute", "graft", "dysfunction", "on", "one", "occasion", ".", "Four", "years", "later", "he", "was", "diagnosed", "with", "bladder", "lithiasis", ",", "resolved", "by", "endoscopic", "lithotripsy", ".", "Several", "years", "later", ",", "he", "started", "with", "repeated", "urinary", "tract", "infections", "and", "recurrent", "pain", "in", "the", "left", "iliac", "fossa", ",", "in", "addition", "to", "a", "slow", "and", "progressive", "deterioration", "of", "renal", "function", "to", "creatinine", "levels", "of", "4", ".", "78", "mg", "/", "dl", "and", "a", "glomerular", "filtration", "rate", "of", "25", "ml", "/", "min", "/", "1", ".", "73", "m2", ",", "prior", "to", "his", "last", "admission", ".", "Physical", "examination", "On", "admission", ",", "the", "patient", "weighed", "47", "kg", ",", "had", "a", "height", "of", "155", "cm", ",", "blood", "pressure", "140", "/", "90", "mmHg", "and", "was", "afebrile", ".", "His", "abdomen", "was", "soft", "and", "depressible", ",", "with", "known", "hypotonia", "and", "pain", "on", "palpation", "in", "the", "left", "hemiabdomen", ",", "with", "no", "signs", "of", "peritoneal", "irritation", ".", "Complementary", "tests", "-", "On", "admission", ",", "a", "blood", "test", "was", "performed", ",", "with", "values", "such", "as", "5", ".", "5", "mg", "/", "dl", "creatinine", ",", "9", ".", "88", "mg", "/", "dl", "calcium", ",", "49", ".", "3", "CRP", "and", "16", ".", "12", "x", "109", "/", "l", "leucocytes", ".", "A", "urine", "culture", "was", "positive", "for", "Escherichia", "coli", "(", "100", ",", "000", "CFU", "/", "ml", ")", ".", "-", "An", "abdominal", "ultrasound", "was", "performed", ",", "in", "which", "the", "renal", "graft", "was", "observed", "with", "mild", "pyelic", "ectasia", ",", "good", "vascularisation", "and", "normal", "resistance", "index", ",", "as", "well", "as", "distal", "right", "ureter", "distended", "with", "three", "stones", "inside", ".", "-", "Following", "these", "findings", ",", "an", "abdominal", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", "scan", "was", "performed", "without", "contrast", ",", "with", "similar", "results", ".", "Finally", ",", "an", "opaque", "enema", "was", "performed", ",", "showing", "a", "stop", "in", "the", "proximal", "region", "of", "the", "sigma", "in", "relation", "to", "a", "lower", "intestinal", "obstruction", ".", "Diagnosis", "After", "the", "complementary", "tests", "carried", "out", ",", "the", "patient", "was", "diagnosed", "with", ":", "-", "Intestinal", "obstruction", ".", "-", "Ureteral", "lithiasis", "of", "the", "renal", "graft", ".", "-", "Grade", "IV", "chronic", "renal", "insufficiency", ".", "Treatment", "On", "admission", ",", "the", "patient", "was", "treated", "with", "intravenous", "antibiotherapy", "(", "imipenem", ")", "and", "immunosuppressant", "treatment", "was", "withdrawn", ".", "On", "the", "sixth", "day", "of", "admission", "he", "underwent", "surgery", ".", "A", "median", "laparotomy", "was", "performed", ",", "observing", "great", "distension", "of", "the", "intestinal", "loops", ",", "which", "were", "decompressed", "until", "a", "flange", "was", "observed", "at", "the", "level", "of", "the", "descending", "colon", ",", "which", "was", "released", ".", "Intestinal", "de-rotation", "is", "also", "performed", "at", "this", "level", ".", "After", "resolving", "the", "digestive", "problem", ",", "a", "large", "bladder", "is", "observed", ".", "After", "opening", "the", "anterior", "aspect", "of", "the", "bladder", ",", "the", "right", "ureteral", "meatus", "was", "observed", ",", "which", "excreted", "abundant", "urine", ",", "but", "on", "attempting", "to", "catheterise", "it", ",", "a", "proximal", "stop", "appeared", "that", "could", "only", "be", "overcome", "with", "a", "Teflon", "guidewire", ".", "It", "was", "decided", "to", "perform", "a", "meatotomy", ",", "after", "which", "the", "stenosis", "that", "produced", "the", "stop", "was", "released", "and", "the", "ureter", "catheterised", ".", "After", "this", ",", "the", "distal", "ureter", "is", "freed", ",", "observing", "the", "imprint", "of", "the", "lithiasis", "just", "before", "the", "intramural", "course", "of", "the", "ureter", ".", "The", "larger", "stone", "(", "1", ".", "5", "cm", ")", "is", "removed", "by", "performing", "a", "ureterotomy", ",", "and", "other", "smaller", ",", "more", "proximal", "stones", "are", "removed", "using", "a", "4", "F", "Fogarty", "®", "catheter", ".", "Finally", ",", "a", "double", "J", "ureteral", "catheter", "and", "a", "ureteral", "tutor", "are", "placed", "and", "removed", "by", "counter-incision", ",", "as", "well", "as", "a", "bladder", "catheter", "through", "the", "permeable", "urachus", ".", "Evolution", "The", "patient", "'", "s", "postoperative", "evolution", "was", "good", ",", "with", "creatinine", "levels", "2", "days", "after", "the", "operation", "of", "5", ".", "37", "mg", "/", "dl", ".", "Antibiotic", "therapy", "with", "imipenem", "was", "maintained", "for", "8", "days", ",", "and", "the", "subsequent", "urine", "culture", "was", "negative", ".", "The", "result", "of", "the", "examination", "of", "the", "extracted", "stone", "was", "calcium", "carbonate", ".", "The", "ureteral", "tutor", "was", "removed", "8", "days", "after", "the", "operation", ",", "as", "was", "the", "bladder", "catheter", ".", "He", "was", "discharged", "12", "days", "after", "surgery", ",", "maintaining", "antibiotic", "prophylaxis", ".", "One", "week", "later", ",", "he", "came", "for", "a", "check-up", ",", "with", "creatinine", "levels", "of", "4", ".", "28", "mg", "/", "dl", "and", "normal", "bowel", "transit", ".", "Currently", ",", "she", "continues", "to", "be", "reviewed", "by", "the", "nephrology", "department", ",", "having", "started", "the", "study", "for", "a", "new", "living", "donor", "transplant", "(", "mother", ")", ",", "which", "will", "be", "performed", "in", "the", "pre-dialysis", "phase", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 36 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 29, "end": 36 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 44, "end": 52 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 213, "end": 220 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 372, "end": 379 }, { "text": "donor", "label": "HUMAN", "start": 812, "end": 817 }, { "text": "adult", "label": "HUMAN", "start": 798, "end": 803 }, { "text": "cadaver", "label": "HUMAN", "start": 804, "end": 811 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1703, "end": 1710 }, { "text": "Escherichia coli", "label": "SPECIES", "start": 2140, "end": 2156 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2718, "end": 2725 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2882, "end": 2889 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4186, "end": 4193 }, { "text": "donor", "label": "HUMAN", "start": 4858, "end": 4863 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 4876, "end": 4882 } ]

[ "A", "65-year-old", "male", "patient", ",", "ex-smoker", "with", "a", "history", "of", "hypercholesterolemia", ",", "upper", "gastrointestinal", "bleeding", "due", "to", "pyloric", "ulcer", ",", "hyperuricaemia", ",", "anticoagulated", "atrial", "fibrillation", "and", "underwent", "valve", "replacement", "with", "metal", "aortic", "and", "mitral", "prostheses", "3", "months", "ago", ".", "He", "came", "to", "the", "emergency", "department", "of", "our", "hospital", "with", "a", "history", "of", "fever", "up", "to", "39oC", "accompanied", "by", "chills", "(", "especially", "at", "night", ")", ",", "general", "malaise", ",", "confusion", "and", "vomiting", "without", "pathological", "products", ".", "In", "the", "previous", "days", "he", "had", "no", "associated", "respiratory", ",", "micturition", "or", "gastrointestinal", "symptoms", ".", "On", "physical", "examination", ",", "the", "patient", "was", "in", "fair", "general", "condition", ",", "conscious", ",", "disoriented", "in", "time", "and", "person", ",", "but", "not", "in", "space", ".", "Blood", "pressure", "was", "135", "/", "70", "mmHg", "and", "heart", "rate", "87", "bpm", ".", "Afebrile", ".", "On", "cardiac", "auscultation", "he", "had", "slightly", "tachycardic", "arrhythmic", "tones", "with", "metallic", "clicks", ".", "Pulmonary", "auscultation", "showed", "preserved", "vesicular", "murmur", "with", "no", "additional", "sounds", ".", "The", "neurological", "examination", "revealed", "a", "stiff", "neck", "and", "positive", "meningeal", "signs", "(", "Kerning", "and", "Bruzinsky", ")", ";", "strength", "and", "sensibility", "were", "preserved", "in", "the", "upper", "and", "lower", "limbs", ".", "With", "clinical", "suspicion", "of", "meningitis", ",", "a", "complete", "blood", "test", "was", "performed", "with", "haemoglobin", "10", ".", "3", "mg", "/", "dl", ",", "6340", "x103", "leukocytes", "(", "4920", "x", "103", "neutrophils", ")", ",", "102", ",", "000", "x103", "platelets", ",", "urea", "45mg", "/", "dl", ",", "creatinine", "1", ".", "6", "mg", "/", "dl", ",", "C-reactive", "protein", "(", "CRP", ")", "221", ".", "7", "mg", "/", "l", "and", "procalcitonin", "1", ".", "17", "ng", "/", "ml", ";", "cranial", "CT", "scan", "revealed", "no", "abnormalities", ",", "and", "lumbar", "puncture", ",", "whose", "cerebrospinal", "fluid", "(", "CSF", ")", "analysis", "showed", "a", "white", "blood", "cell", "count", "of", "1810", "/", "mm3", "(", "95", "%", "neutrophils", "and", "15", "%", "lymphocytes", ")", ",", "protein", "612", ".", "5", "mg", "/", "dl", "and", "glucose", "17", ".", "2", "mg", "/", "dl", ".", "Differential", "diagnosis", "This", "was", "a", "case", "of", "acute", "community-acquired", "meningitis", ",", "the", "main", "\"", "guiding", "data", "\"", "available", "being", "neutrophilic", "pleocytosis", ",", "hypoglycaemia", "and", "hyperproteinaemia", ".", "The", "diagnosis", "of", "acute", "community-acquired", "meningitis", "(", "1", ")", "is", "challenging", "in", "older", "adults", "because", "of", "the", "variable", "clinical", "presentation", "and", "associated", "comorbidity", ".", "The", "main", "causes", "of", "acute", "community-acquired", "meningitis", "are", ":", "1", ".", "infectious", "-", "Bacterial", "(", "characterised", "by", "hypoglycaemia", ",", "hyperproteinaemia", "and", "neutrophilic", "pleocytosis", ")", "mainly", "Streptococcus", "pneumoniae", ",", "Neisseria", "meningitidis", "or", "Listeria", "monocytogenes", ".", "Early", "stages", "of", "meningitis", "due", "to", "Brucella", "spp", ",", "Lupus", "or", "Leptospiras", "spp", ".", "-", "Viral", ",", "mainly", "related", "to", "enteroviruses", ",", "arboviruses", ",", "mumps", ",", "herpes", "simplex", "virus", ",", "varicella-zoster", "virus", ",", "Epstein-Barr", "virus", ",", "cytomegalovirus", ",", "adenovirus", "and", "HIV", ".", "-", "Mycobacteria", ".", "-", "Fungi", ",", "amoebae", ".", "2", ".", "Lymphoma", "of", "the", "central", "nervous", "system", "or", "meningeal", "carcinomatosis", ".", "3", ".", "Others", ":", "parameningeal", "infectious", "foci", "(", "cerebral", "empyema", ")", ",", "cerebral", "aneurysm", ",", "chemical", "meningitis", ",", "early", "stages", "of", "Mollaret", "'", "s", "meningitis", ",", "acute", "haemorrhagic", "encephalitis", ",", "multiple", "sclerosis", ",", "endocarditis", ".", "4", ".", "Unknown", "cause", ".", "The", "imaging", "technique", "performed", "(", "cranial", "CT", "scan", ")", "showed", "no", "evidence", "of", "bleeding", ",", "nor", "focal", "lesions", "at", "parenchymal", "or", "meningeal", "level", ",", "making", "meningeal", "carcinomatosis", ",", "central", "nervous", "system", "lymphoma", ",", "multiple", "sclerosis", ",", "cerebral", "aneurysm", "or", "epidural", "empyema", "unlikely", ".", "On", "the", "other", "hand", ",", "the", "CSF", "biochemical", "analysis", "was", "compatible", "with", "bacterial", "meningitis", ":", "cloudy", "fluid", "with", "predominantly", "neutrophilic", "pleocytosis", "(", "1810", "leukocytes", "/", "mm3", "with", "95", "%", "neutrophils", ")", ",", "hyperproteinorrakia", "(", "proteins", "above", "500", "mg", "/", "dl", ")", "and", "hypoglycorrhachia", "(", "glucose", "below", "45", "mg", "/", "dl", ")", ".", "Therefore", ",", "the", "main", "aetiology", "to", "be", "ruled", "out", "was", "infectious", "with", "bacterial", "characteristics", ".", "Evolution", "On", "admission", ",", "given", "the", "high", "clinical", "suspicion", ",", "empirical", "treatment", "was", "started", "for", "bacterial", "meningitis", "in", "patients", "over", "50", "years", "of", "age", ",", "with", "dexamethasone", "10mg", "every", "24h", ",", "ceftriaxone", "2g", "every", "12h", ",", "vancomycin", "1g", "every", "12h", "and", "ampicillin", "2g", "every", "4h", "intravenously", ".", "Prior", "to", "the", "start", "of", "antibiotic", "treatment", ",", "samples", "were", "taken", "for", "culture", "and", "Streptococcus", "pneumoniae", "antigen", "detection", "in", "CSF", ",", "which", "were", "negative", "(", "both", "culture", "and", "antigen", ")", ",", "direct", "Gram", "staining", "was", "performed", ",", "which", "revealed", "gram-positive", "cells", "in", "the", "form", "of", "cocci", ",", "in", "short", "chains", "and", "even", "small", "groups", ";", "and", "blood", "cultures", "were", "taken", ",", "which", "were", "positive", "for", "Streptococcus", "equi", "subspecies", "ruminatorum", ".", "Species", "identification", "was", "carried", "out", "directly", "from", "the", "blood", "culture", "using", "mass", "spectrometry", "(", "MALDI-TOF", ")", ".", "After", "obtaining", "a", "positive", "blood", "culture", "(", "2", "out", "of", "4", "bottles", ")", ",", "antibiotherapy", "was", "changed", "to", "intravenous", "benzylpenicillin", "(", "42", "million", "units", "/", "day", ")", "for", "14", "days", "and", "subsequently", "changed", "to", "intravenous", "ceftriaxone", "2g", "/", "24h", "for", "7", "more", "days", ",", "completing", "21", "days", "of", "antibiotherapy", ".", "Blood", "cultures", "were", "negative", "after", "7", "days", "of", "antibiotic", "treatment", ".", "Given", "the", "bacteraemia", "and", "the", "recent", "heart", "valve", "replacement", ",", "endocarditis", "was", "ruled", "out", "with", "transthoracic", "and", "transesophageal", "echocardiography", ".", "There", "was", "no", "hypogammaglobulinaemia", "and", "no", "evidence", "of", "immunosuppression", ".", "Streptococcus", "equi", "is", "clearly", "related", "to", "contact", "with", "animals", ".", "In", "this", "regard", ",", "the", "patient", "was", "re-interrogated", "and", "reported", "having", "attended", ",", "two", "days", "before", "the", "onset", "of", "symptoms", ",", "a", "pilgrimage", "for", "a", "local", "festival", ",", "where", "he", "had", "direct", "contact", "with", "a", "large", "number", "of", "horses", ".", "The", "evolution", "was", "favourable", "with", "disappearance", "of", "fever", "and", "other", "symptoms", ",", "as", "well", "as", "normalisation", "of", "acute", "phase", "reactants", ".", "Final", "diagnosis", "Community", "bacteremic", "bacterial", "meningitis", "due", "to", "Streptococcus", "equi", "subsp", ".", "ruminatorum", "." ]

[ 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 0 ]

[ { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 26 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 19, "end": 26 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 599, "end": 606 }, { "text": "person", "label": "HUMAN", "start": 673, "end": 679 }, { "text": "adults", "label": "HUMAN", "start": 1888, "end": 1894 }, { "text": "Bacterial", "label": "SPECIES", "start": 2049, "end": 2058 }, { "text": "Brucella spp", "label": "SPECIES", "start": 2257, "end": 2269 }, { "text": "Listeria monocytogenes", "label": "SPECIES", "start": 2199, "end": 2221 }, { "text": "Neisseria meningitidis", "label": "SPECIES", "start": 2173, "end": 2195 }, { "text": "Streptococcus pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 2147, "end": 2171 }, { "text": "Leptospiras spp", "label": "SPECIES", "start": 2280, "end": 2295 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2458, "end": 2461 }, { "text": "Viral", "label": "SPECIES", "start": 2300, "end": 2305 }, { "text": "adenovirus", "label": "SPECIES", "start": 2443, "end": 2453 }, { "text": "cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 2426, "end": 2441 }, { "text": "mumps", "label": "SPECIES", "start": 2353, "end": 2358 }, { "text": "Epstein-Barr virus", "label": "SPECIES", "start": 2406, "end": 2424 }, { "text": "herpes simplex virus", "label": "SPECIES", "start": 2360, "end": 2380 }, { "text": "varicella-zoster virus", "label": "SPECIES", "start": 2382, "end": 2404 }, { "text": "Mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 2466, "end": 2478 }, { "text": "Fungi", "label": "SPECIES", "start": 2483, "end": 2488 }, { "text": "amoebae", "label": "SPECIES", "start": 2490, "end": 2497 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 3136, "end": 3145 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 3420, "end": 3429 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 3543, "end": 3552 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4884, "end": 4891 }, { "text": "Streptococcus equi", "label": "SPECIES", "start": 4801, "end": 4819 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 5241, "end": 5250 }, { "text": "bacteremic", "label": "SPECIES", "start": 5230, "end": 5240 }, { "text": "Streptococcus equi", "label": "SPECIES", "start": 5269, "end": 5287 }, { "text": "Streptococcus equi subsp. ruminatorum", "label": "SPECIES", "start": 5269, "end": 5306 } ]

[ "", "A", "57-year-old", "man", "diagnosed", "with", "relapsing", "multiple", "sclerosis", "since", "1996", ".", "He", "started", "multiple", "sclerosis", "modifier", "therapy", "with", "interferon", "beta", "1-2", ",", "which", "was", "replaced", "by", "FNG", "in", "2013", "because", "of", "disease", "activity", "(", "persistent", "clinical", "and", "MRI", "inflammatory", "activity", "despite", "previous", "treatment", "with", "interferon", "beta", "1-a", ")", ".", "The", "last", "score", "on", "the", "expanded", "disability", "status", "scale", "was", "6", ".", "0", ",", "mainly", "due", "to", "left", "hemiparesis", ".", "His", "lymphocyte", "count", "in", "the", "previous", "year", "was", "between", "700", "and", "900", "per", "microlitre", ",", "and", "the", "last", "MRI", "in", "2019", "showed", "a", "moderate", "morbidity", "and", "mortality", "burden", ",", "with", "no", "clinical", "or", "MRI", "signs", "of", "disease", "activity", ".", "The", "last", "test", "before", "admission", "gave", "500", "lymphocytes", "/", "μL", ".", "He", "suffered", "a", "fall", "at", "home", "in", "the", "first", "week", "of", "March", "2020", ".", "Since", "then", ",", "he", "started", "complaining", "of", "dorsalgia", "in", "the", "dorsal-lumbar", "area", ",", "which", "became", "more", "severe", "when", "moving", "the", "trunk", ".", "On", "25", "March", ",", "he", "developed", "fever", "and", "malaise", ".", "He", "was", "admitted", "to", "hospital", "with", "a", "temperature", "of", "38oC", ".", "Neurological", "examination", "showed", "no", "change", "from", "the", "last", "evaluation", "at", "the", "multiple", "sclerosis", "clinic", ".", "Blood", "tests", "showed", "high", "C-reactive", "protein", "(", "12", ".", "83", "mg", "/", "dL", "[", "normal", "range", ":", "<", "0", ".", "50", "]", ")", "and", "lymphocytopenia", "(", "500", "/", "μL", ")", ".", "Chest", "X-ray", "was", "unremarkable", ",", "but", "confirmed", "a", "fracture", "of", "the", "sixth", "thoracic", "vertebra", ".", "Real-time", "PCR", "for", "SARS-CoV-2", "from", "a", "nasopharyngeal", "swab", "was", "positive", ",", "and", "treatment", "with", "hydroxychloroquine", "was", "initiated", "for", "7", "days", ".", "FNG", "was", "maintained", "and", "for", "the", "next", "three", "weeks", "he", "continued", "with", "intermittent", "fever", ",", "but", "without", "respiratory", "complications", "(", "pO2", "82", "mmHg", ",", "pCO2", "35", "mmHg", ")", "and", "normal", "chest", "X-rays", ".", "Because", "of", "the", "risk", "of", "vertebral", "instability", ",", "dorsal", "surgery", "was", "performed", "on", "18", "April", "without", "complications", ".", "Two", "days", "later", ",", "FNG", "was", "discontinued", "due", "to", "a", "low", "lymphocyte", "count", "(", "100", "/", "μL", ")", ".", "After", "one", "week", "(", "day", "30", "from", "symptom", "onset", ")", ",", "lymphocytes", "increased", "(", "800", "/", "μL", ")", ",", "but", "the", "patient", "developed", "fever", "(", "38", ".", "5", "°", "C", ")", "and", "dyspnoea", ",", "which", "required", "oxygen", "via", "nasal", "cannula", ".", "A", "new", "chest", "X-ray", "was", "performed", ",", "which", "showed", "bilateral", "infiltrates", ".", "C-reactive", "protein", "remained", "elevated", "(", "6", ".", "93", "mg", "/", "dL", ")", ".", "At", "that", "time", ",", "pO2", "was", "70", "mmHg", "and", "pCO2", "was", "36", "mmHg", ".", "Other", "infectious", "causes", "were", "ruled", "out", "and", "PCR", "for", "SARS-CoV-2", "remained", "positive", ".", "A", "delayed", "clinical", "exacerbation", "of", "COVID-19", "was", "raised", "as", "the", "main", "possibility", ";", "therefore", ",", "methylprednisolone", "(", "80", "md", "/", "day", ")", "was", "prescribed", "for", "one", "week", ".", "The", "patient", "improved", "progressively", "over", "the", "following", "week", ",", "he", "did", "not", "require", "further", "oxygen", "therapy", "but", "continued", "to", "have", "abnormal", "chest", "X-rays", "and", "positive", "nasopharyngeal", "smear", "CRP", ".", "FNG", "recovered", "after", "tapering", "methylprednisolone", ",", "with", "no", "further", "complications", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 18 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 1277, "end": 1287 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 2152, "end": 2162 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1841, "end": 1848 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2337, "end": 2344 } ]

[ "This", "is", "a", "76", "year", "old", "woman", "who", "was", "admitted", "to", "the", "Vascular", "Surgery", "Department", "for", "postphlebitic", "syndrome", ".", "During", "her", "stay", "on", "the", "ward", "she", "showed", "clinical", "deterioration", "and", "was", "transferred", "to", "the", "ICU", "on", "10", "/", "5", "/", "03", "with", "severe", "sepsis", ".", "His", "past", "history", "of", "interest", "included", "high", "blood", "pressure", ",", "obesity", ",", "arthrosis", "and", "resection", "of", "a", "tubular", "adenoma", "of", "the", "colon", ".", "In", "August", "2000", "he", "underwent", "cholecystectomy", "for", "lithiasic", "cholecystitis", "with", "significant", "subhepatic", "inflammatory", "plastron", "that", "required", "subtotal", "resection", "of", "the", "gallbladder", ".", "On", "admission", ",", "he", "developed", "DVT", "of", "IBD", "with", "subsequent", "PTE", "and", "atrial", "fibrillation", ",", "and", "treatment", "was", "started", "with", "amiodarone", "and", "dicoumarin", ".", "During", "the", "last", "month", "she", "was", "in", "outpatient", "care", "due", "to", "non-specific", "digestive", "symptoms", ",", "with", "elevated", "GGT", "and", "AF", "observed", "in", "analytical", "control", ".", "On", "examination", "in", "the", "ICU", "she", "was", "stuporous", ",", "icteric", "and", "with", "arterial", "hypotension", ".", "O2", "saturation", "was", "preserved", "with", "a", "mask", ".", "Cardiac", "auscultation", "rhythmic", "at", "80", "bpm", ",", "without", "murmurs", ".", "Pulmonary", "auscultation", "was", "normal", ".", "The", "abdomen", "was", "globular", ",", "painful", "on", "palpation", "in", "the", "right", "hemiabdomen", ",", "although", "without", "signs", "of", "peritoneal", "irritation", "and", "the", "IBD", "showed", "good", "evolution", "of", "its", "thrombosis", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "leukocytosis", "(", "37", ",", "000", "/", "mm3", ")", "with", "neutrophilia", ",", "urea", "1", ".", "83", "g", "/", "l", ",", "creatinine", "4", ".", "2", "mg", "/", "dl", "total", "bilirubin", "8", ".", "6", "mg", "/", "dl", ",", "with", "a", "direct", "fraction", "of", "5", ".", "7", "mg", "/", "dl", ",", "AST", "312", "U", "/", "l", ",", "ALT", "106", "U", "/", "l", ",", "GGT", "416", "U", "/", "l", ".", "With", "the", "diagnosis", "of", "sepsis", "of", "biliary", "origin", ",", "treatment", "was", "started", "with", "fluid", "therapy", ",", "dopamine", "and", "empirical", "antibiotics", "with", "piperacillin", "/", "tazobactam", ",", "obtaining", "a", "good", "initial", "response", ".", "Complementary", "tests", "performed", ":", "CT", "scan", "of", "the", "abdomen", "(", "11", "/", "5", "/", "03", ")", "showing", "multiple", "hypodense", "images", "in", "the", "hepatic", "parenchyma", "suggesting", "abscesses", ".", "Transthoracic", "and", "transesophageal", "echocardiogram", ",", "which", "confirmed", "the", "existence", "of", "endocarditis", "at", "the", "mitral", "subvalvular", "level", "leading", "to", "grade", "II", "insufficiency", ".", "Following", "this", "finding", ",", "vancomycin", "and", "gentamicin", "were", "added", "to", "the", "antibiotic", "treatment", ".", "FNA", "of", "a", "liver", "lesion", ".", "ERCP", "did", "not", "show", "dilatation", "of", "the", "biliary", "tract", ",", "although", "papillotomy", "was", "performed", "to", "ensure", "biliary", "drainage", ".", "Subsequent", "evolution", "was", "unfavourable", "with", "the", "establishment", "of", "refractory", "BMDS", "and", "exitus", "96", "hours", "after", "admission", "to", "the", "ICU", ".", "We", "requested", "a", "necropsy", ",", "which", "revealed", "multicentric", "cholangiocarcinoma", ",", "with", "multiple", "nodules", "throughout", "the", "organ", ",", "local", "extension", "to", "the", "gallbladder", "bed", "and", "extrahepatic", "bile", "ducts", ",", "regional", "metastases", "to", "lymph", "nodes", "in", "the", "hepatic", "hilum", "and", "distant", "metastases", ",", "manifested", "by", "microscopic", "foci", "in", "the", "lung", ".", "Extensive", "intratumoral", "necrosis", "was", "also", "observed", "with", "superinfection", "by", "Enterobacter", "cloacae", ",", "also", "isolated", "in", "blood", "and", "FNA", "sample", ",", "which", "leads", "us", "to", "suppose", "that", "it", "was", "the", "germ", "responsible", "for", "the", "septic", "picture", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Enterobacter cloacae", "label": "SPECIES", "start": 2658, "end": 2678 }, { "text": "germ", "label": "SPECIES", "start": 2761, "end": 2765 } ]

[ "A", "59-year-old", "man", "with", "a", "personal", "history", "of", "chronic", "alcoholism", "and", "smoking", "for", "years", ",", "who", "as", "complications", "had", "presented", "an", "episode", "of", "upper", "gastrointestinal", "haemorrhage", "secondary", "to", "anti-inflammatory", "analgesics", ".", "His", "urological", "history", "included", "a", "prostate", "syndrome", "of", "two", "years", "'", "evolution", "with", "no", "secondary", "complications", ".", "She", "came", "to", "the", "emergency", "department", "for", "intermittent", "febrile", "syndrome", "of", "four", "days", "'", "evolution", ",", "associated", "with", "urinary", "incontinence", "in", "the", "last", "48", "hours", ",", "together", "with", "dysuria", "and", "sacral", "pain", "radiating", "to", "both", "lower", "limbs", "and", "worsening", "with", "movement", ".", "Rectal", "tenesmus", "of", "recent", "onset", "was", "also", "associated", ".", "On", "arrival", "at", "the", "emergency", "department", ",", "fever", "of", "up", "to", "39oC", "was", "observed", ",", "the", "patient", "was", "haemodynamically", "stable", ",", "confused", ",", "drowsy", "and", "sweaty", ".", "On", "physical", "examination", ",", "the", "abdomen", "was", "globular", ",", "soft", "and", "depressible", ",", "not", "peritonitised", ".", "Painful", "on", "palpation", "in", "the", "bilateral", "lumbar", "area", "at", "L5-S1", ",", "as", "well", "as", "in", "the", "hypogastric", "area", "and", "perineal", "region", ".", "There", "is", "no", "impression", "of", "a", "bladder", "balloon", ".", "The", "genital", "examination", "was", "normal", ",", "and", "the", "rectal", "examination", "showed", "a", "slightly", "painful", "rectal", "volume", "I", "adenomatosis", ".", "The", "neurological", "examination", "shows", "decreased", "strength", "in", "both", "lower", "limbs", "in", "the", "upper", "third", "and", "sensitivity", "is", "preserved", ".", "Patellar", "and", "Achilles", "reflexes", "are", "present", ".", "Urgent", "blood", "and", "biochemistry", "tests", "showed", ":", "haemoglobin", "14", ".", "2", "g", "/", "dl", ",", "haematocrit", "41", ".", "5", "%", ",", "leukocytes", "20", ",", "300", "(", "neutrophils", "72", ".", "9", "%", ")", ",", "glucose", "212", "mg", "/", "dl", ",", "creatinine", "1", ".", "11", "mg", "/", "dl", ",", "sodium", "135", "mEq", "/", "l", ",", "potassium", "3", ".", "8", "mEq", "/", "l", ",", "sedimentation", "rate", "100", "mm", "/", "h", ".", "A", "urinalysis", "with", "negative", "leucocytes", ",", "negative", "nitrites", "and", "normal", "sediment", ".", "The", "analysis", "was", "completed", "with", "a", "coagulation", "study", "which", "showed", "a", "prothrombin", "activity", "of", "83", "%", ",", "a", "cephalin", "time", "of", "27", ".", "2", "sg", ",", "and", "fibrinogen", "of", "574", "mg", "/", "dl", ".", "An", "urgent", "abdomino-pelvic", "CT", "scan", "was", "requested", "at", "the", "outset", ",", "showing", "multiple", "simple", "cysts", "in", "the", "kidneys", "and", "left", "renal", "lithiasis", ".", "No", "dilatation", "of", "the", "urinary", "tract", ".", "The", "prostate", "was", "enlarged", ",", "with", "two", "hypodense", "lesions", "in", "both", "lateral", "lobes", "measuring", "3", ".", "3", "cm", "and", "3", "cm", ",", "compatible", "with", "prostatic", "abscess", ".", "Empirical", "antibiotic", "treatment", "with", "Ceftriaxone", "1", "g", "/", "12", "h", ",", "Ampicillin", "1", "g", "/", "6", "h", "and", "Gentamicin", "240", "mg", "/", "24", "h", "was", "then", "started", ".", "With", "the", "diagnosis", "of", "prostatic", "abscess", ",", "we", "decided", "to", "drain", "the", "collection", "under", "control", "with", "ECTR", "and", "urinary", "diversion", ".", "In", "the", "operating", "theatre", ",", "a", "lumbar", "puncture", "was", "performed", "prior", "to", "intradural", "anaesthesia", ".", "A", "cloudy-yellowish", "cerebrospinal", "fluid", "was", "observed", "and", "a", "sample", "was", "sent", "to", "microbiology", "and", "biochemistry", ",", "1070", "leukocytes", "were", "isolated", "(", "85", "%", "polymorphonuclear", ")", ".", "On", "the", "other", "hand", ",", "the", "diagnosis", "of", "prostatic", "abscess", "was", "confirmed", "in", "the", "TCPR", ",", "which", "showed", "two", "collections", "of", "30", "and", "28", "mm", "affecting", "the", "left", "and", "right", "lobe", "respectively", ",", "the", "rest", "of", "the", "prostate", "being", "heterogeneous", "with", "no", "clear", "abscessed", "areas", ".", "By", "means", "of", "perineal", "puncture-drainage", "we", "evacuated", "10", "cc", "of", "pus", "from", "the", "collections", "described", ",", "leaving", "a", "cystostomy", "tube", "in", "place", "for", "drainage", ".", "We", "diverted", "the", "urine", "via", "suprapubic", "cystostomy", ".", "The", "culture", "of", "the", "samples", "(", "prostatic", "and", "lumbar", "puncture", ")", "isolated", "sensitive", "S", ".", "aureus", "oxicilin", ",", "so", "we", "started", "treatment", "with", "Cloxacillin", "2", "g", "/", "24", "and", "Rifampicin", "300", "mg", "/", "12h", ",", "and", "requested", "an", "urgent", "lumbar", "MRI", "which", "was", "reported", "as", "a", "subdural", "empyema", ",", "with", "no", "signs", "of", "spondylodiscitis", ".", "Subsequent", "control", "based", "on", "new", "ECTR", "showed", "a", "clear", "improvement", ",", "although", "it", "was", "necessary", "to", "drain", "again", "a", "hyperechogenic", "area", "in", "the", "right", "prostatic", "lobe", ",", "evacuating", "4", "cc", "of", "purulent", "material", ".", "Subsequent", "check-ups", "did", "not", "reveal", "any", "new", "suspicious", "areas", ".", "A", "transesophageal", "echography", "was", "also", "performed", ",", "which", "ruled", "out", "secondary", "endocarditis", ",", "and", "a", "new", "lumbar", "MRI", "scan", "was", "performed", "after", "six", "weeks", "of", "antibiotic", "treatment", ",", "which", "showed", "complete", "resolution", "of", "the", "subdural", "empyema", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 25, "end": 33 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 706, "end": 713 } ]

[ "Anamnesis", "A", "20-year-old", "female", "patient", "with", "no", "known", "drug", "allergies", ",", "smoker", "of", "10", "cigarettes", "a", "day", ",", "with", "a", "history", "of", "extrinsic", "allergic", "asthma", ",", "migraine", "with", "aura", ",", "recurrent", "urinary", "tract", "infections", "and", "chronic", "constipation", ".", "She", "was", "transferred", "from", "another", "centre", "for", "the", "study", "and", "treatment", "of", "tetraparesis", "in", "the", "context", "of", "abdominal", "pain", "with", "hyponatraemia", "(", "up", "to", "105", "mEq", "/", "l", ")", ",", "bilirubinuria", "and", "choluria", ",", "as", "well", "as", "dysautonomic", "symptoms", "and", "hyporeflexia", ".", "Physical", "examination", "The", "patient", "was", "tachycardic", "(", "heart", "rate", "120", "bpm", ")", ",", "febrile", "(", "temperature", "37", "oC", ")", ",", "peak", "flow", "of", "150", "cc", "and", "cardiovascular", ",", "respiratory", "and", "abdominal", "examination", "was", "unremarkable", ".", "Neurological", "examination", "revealed", "peripheral", "facial", "paresis", "with", "Bell", "'", "s", "sign", ",", "dysphagia", ",", "generalised", "areflexia", "except", "for", "the", "presence", "of", "Achilles", "reflexes", ",", "bilateral", "skin-plantar", "flexor", "reflex", ",", "significant", "piloerection", "and", "sweating", ".", "He", "also", "has", "tetraparesis", "with", "muscle", "balance", "(", "right", "/", "left", ")", ":", "deltoid", "0", "/", "0", ",", "triceps", "0", "/", "1", ",", "biceps", "1", "/", "1", ",", "carpal", "flexor", "0", "/", "2", "+", ",", "interosseous", "1", "⁄", "2", ",", "carpal", "extensor", "0", "/", "0", ",", "flexor", "digitorum", "2", "/", "2", ",", "extensor", "digitorum", "2", "/", "2", ",", "psoas", "3", "-", "/", "4", "+", ",", "quadriceps", "1", "/", "0", ",", "hamstrings", "3", "/", "4", "-", ",", "triceps", "suralis", "3", "/", "3", "and", "tibialis", "anterior", "3", "+", "/", "4", ".", "Complementary", "tests", "-", "Admission", "blood", "tests", ".", "CBC", ":", "haemoglobin", "8", ".", "9", "g", "/", "dl", ",", "haematocrit", "27", "%", ",", "MCV", "77", ".", "1", "fl", ",", "MCH", "25", "pg", ",", "platelets", "260", "K", "/", "mcl", ",", "leukocytes", "9", ".", "1", "K", "/", "mcl", ".", "Biochemistry", ":", "glucose", "88", "g", "/", "dl", ",", "urea", "53", "mg", "/", "dl", ",", "creatinine", "0", ".", "50", "mg", "/", "dl", ",", "sodium", "134", "mEq", "/", "l", ",", "potassium", "4", ".", "6", "mEq", "/", "l", ".", "Urinalysis", ":", "positive", "for", "leucocytes", "and", "nitrites", ".", "Urine", "culture", "positive", "for", "Escherichia", "coli", ".", "-", "Control", "laboratory", "tests", ":", "ESR", "114", "mm", ";", "folates", "7", ".", "88", ",", "cobalamins", "1002", ".", "-", "Haemogram", ":", "no", "changes", ".", "-", "Biochemistry", ":", "total", "protein", "6", ".", "9", "mg", "/", "dl", ",", "GOT", "70", "IU", "/", "l", ",", "GPT", "73", "IU", "/", "l", ",", "GGT", "45", "IU", "/", "l", ",", "FA", "128", "IU", "/", "l", ".", "Ionogram", ":", "no", "alterations", ".", "-", "Proteinogram", ":", "albumin", "39", ".", "9", "%", ",", "alpha-1", "globulin", "6", "%", ",", "alpha-2", "globulin", "14", "%", ",", "beta", "globulin", "15", "%", ",", "gamma", "globulin", "25", ".", "1", "%", ".", "-", "Autoimmunity", "study", ":", "negative", ".", "-", "Urine", "toxicity", ":", "negative", ".", "-", "Tumour", "markers", ":", "alpha-fetoprotein", "and", "Ag", "CA-125", ":", "negative", ".", "-", "Serology", ":", "Treponema", ",", "HCV", "and", "HIV", "negative", ".", "-", "24-hour", "urine", "study", ":", "urine", "coproporphyrins", "1", ",", "771", "mg", "/", "24", "h", ",", "urine", "total", "porphyrins", "11", ",", "552", "mg", "/", "24", "h", ",", "urine", "porphobilinogen", "13", ".", "9", "mg", "/", "24", "h", ",", "urine", "uroporphyrins", "9", ",", "781", "mg", "/", "24", "h", ".", "-", "Genetic", "study", ":", "heterozygosis", "for", "the", "c", ".", "835_837delACTinsG", "mutation", "in", "exon", "14", "of", "the", "HMBS", "gene", ".", "-", "Blood", "tests", "at", "discharge", ":", "-", "CBC", ":", "erythrocytes", "3", ".", "63", "M", "/", "mcl", ",", "haemoglobin", "10", ".", "4", "g", "/", "dl", ",", "haematocrit", "31", "%", ",", "mean", "corpuscular", "volume", "84", ".", "7", "fl", ",", "mean", "corpuscular", "haemoglobin", "29", "pg", ",", "platelets", "340", "K", "/", "mcl", ",", "leukocytes", "7", ".", "7", "K", "/", "mcl", ".", "-", "Biochemistry", ":", "creatinine", "0", ".", "36", "mg", "/", "dl", ",", "cholesterol", "224", "mg", "/", "dl", ",", "triglycerides", "212", "mg", "/", "dl", ",", "glomerular", "filtration", "rate", "(", "MDRD", ")", ">", "60", "ml", "/", "min", ".", "-", "Ionogram", ":", "normal", ".", "-", "CSF", "analysis", ":", "glucose", "74", "mg", "/", "dl", ";", "leukocytes", "40", "/", "mm3", "(", "60", "%", "mononuclear", ")", ",", "proteins", "17", "mg", "/", "dl", ".", "-", "Electromyogram", "(", "EMG", ")", "(", "initial", ")", ":", "findings", "suggestive", "of", "generalised", ",", "severe", ",", "axonal-predominant", "polyradiculoneuropathy", ".", "-", "EMG", "(", "control", ")", ":", "findings", "compatible", "with", "axonal", "neuropathy", ",", "acute", ",", "very", "severe", ",", "involving", "all", "four", "limbs", "but", "with", "greater", "involvement", "of", "the", "upper", "limbs", ".", "Current", "examination", "suggests", "acute", "motor", "axonal", "neuropathy", ".", "-", "Somatosensory", "evoked", "potentials", "with", "no", "signs", "of", "posterior", "chordal", "pathway", "involvement", ".", "Diagnosis", "The", "patient", "was", "admitted", "from", "another", "centre", "with", "suspected", "Guillain-Barré", "syndrome", ",", "having", "started", "treatment", "with", "immunoglobulins", ",", "with", "little", "clinical", "response", ".", "Given", "the", "picture", "of", "abdominal", "pain", "with", "the", "aforementioned", "analytical", "alterations", ",", "hypercellularity", "in", "the", "CSF", "and", "the", "results", "of", "the", "EMG", ",", "the", "study", "of", "the", "picture", "was", "extended", "by", "considering", "the", "possible", "differential", "diagnoses", "of", "Guillain-Barré", "syndrome", ".", "The", "autoimmunity", "and", "serology", "studies", "were", "negative", ",", "but", "in", "the", "presence", "of", "uroporphyrins", "in", "urine", "and", "with", "a", "compatible", "clinical", "picture", ",", "the", "patient", "was", "diagnosed", "with", "acute", "intermittent", "porphyria", "(", "AIP", ")", ".", "Subsequently", ",", "the", "porphyria", "study", "is", "completed", "according", "to", "the", "recommendations", "of", "the", "Porphyria", "Unit", "of", "the", "reference", "centre", ",", "and", "a", "mutation", "compatible", "with", "PAI", "is", "finally", "determined", ",", "thus", "confirming", "the", "diagnosis", ".", "Treatment", "Treatment", "is", "started", "with", "haemin", "and", "vitamin", "supplements", "(", "folic", "acid", "and", "vitamin", "B12", ")", ",", "glucose", ",", "sodium", "and", "potassium", "levels", "are", "strictly", "controlled", "and", "drugs", "that", "worsen", "the", "disease", "are", "studied", "in", "order", "to", "avoid", "them", ".", "Evolution", "With", "the", "administration", "of", "haemin", ",", "the", "patient", "shows", "a", "progressive", "symptomatic", "improvement", ".", "Muscle", "balance", "53", "days", "after", "admission", "was", "(", "right", "/", "left", ")", ":", "neck", "flexor", "3", "/", "3", ",", "neck", "extensor", "3", "/", "3", ",", "deltoid", "3", "/", "3", ",", "biceps", "2", "+", "/", "2", "+", ",", "triceps", "2", "-", "/", "2", "-", ",", "carpal", "extensor", "3", "/", "3", ",", "carpal", "flexor", "3", "/", "3", ",", "interosseus", "2", "/", "2", ",", "psoas", "4", "/", "4", ",", "quadriceps", "3", "+", "/", "4", ",", "triceps", "suralis", "3", "/", "3", ",", "tibialis", "anterior", "4", "+", "/", "4", "and", "plantar", "flexion", "4", "/", "3", "+", ".", "Given", "the", "good", "evolution", "of", "the", "patient", "to", "the", "specific", "treatment", "of", "the", "diagnosed", "disease", ",", "it", "was", "decided", "to", "transfer", "her", "to", "a", "rehabilitation", "centre", "to", "continue", "the", "intensive", "treatment", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 31, "end": 38 }, { "text": "female patient", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 38 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 486, "end": 493 }, { "text": "Escherichia coli", "label": "SPECIES", "start": 1529, "end": 1545 }, { "text": "Treponema", "label": "SPECIES", "start": 2010, "end": 2019 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 2021, "end": 2024 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2029, "end": 2032 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3207, "end": 3214 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3766, "end": 3773 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4324, "end": 4331 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4699, "end": 4706 } ]

[ "A", "42-year-old", "woman", "consulted", "the", "emergency", "department", "for", "the", "third", "time", "with", "a", "fever", "of", "up", "to", "38-5oC", ",", "fluctuating", ",", "with", "no", "clear", "morning", "or", "evening", "predominance", ",", "for", "17", "days", ",", "preceded", "by", "abdominal", "pain", "for", "a", "month", "in", "the", "mesogastrium", "and", "epigastrium", "with", "increased", "bowel", "habit", "for", "several", "months", ",", "presenting", "diarrhoeal", "stools", "with", "mucus", ",", "as", "well", "as", "arthralgia", ".", "Ten", "days", "earlier", "she", "had", "started", "treatment", "with", "Levofloxacin", "without", "improvement", ".", "Her", "medical", "history", "included", "ex-smoking", "19", "packs", "/", "year", "for", "8", "years", ",", "a", "history", "of", "sinusitis", ",", "extrinsic", "rhinitis-asthma", "due", "to", "sensitisation", "to", "pollens", ".", "In", "January", "2013", ",", "she", "was", "admitted", "to", "Internal", "Medicine", "for", "community-acquired", "left", "lower", "lobe", "pneumonia", "with", "minimal", "associated", "pleural", "effusion", ",", "with", "peripheral", "eosinophilia", "that", "had", "persisted", "up", "to", "the", "time", "of", "this", "consultation", ".", "Physical", "examination", "revealed", "pain", "on", "deep", "palpation", "of", "the", "mesogastrium", "with", "no", "signs", "of", "peritoneal", "irritation", ",", "and", "the", "rest", "of", "the", "examination", "was", "unremarkable", ".", "During", "her", "stay", "in", "the", "emergency", "department", ",", "urgent", "laboratory", "tests", "were", "requested", ",", "showing", "a", "CRP", "111", ".", "2", "mg", "/", "l", ";", "eosinophilia", "of", "1", ",", "200", "(", "18", ".", "5", "%", ")", ",", "and", "she", "was", "admitted", "to", "the", "internal", "medicine", "ward", "with", "fever", "under", "study", "and", "eosinophilia", ".", "On", "arrival", "at", "the", "ward", ",", "the", "patient", "continued", "with", "febrile", "peaks", ",", "abdominal", "pain", "and", "diarrhoea", ",", "beginning", "with", "asthmatic", "decompensation", ".", "Full", "laboratory", "tests", "were", "requested", "from", "the", "ward", ",", "showing", "frank", "eosinophilia", "of", "6200", "(", "50", ".", "4", "%", ")", ",", "elevated", "CRP", "of", "108", ".", "7", "mg", "/", "l", ",", "rheumatoid", "factor", "of", "591", ".", "8", "IU", "/", "mL", ",", "tumour", "markers", "(", "alpha-fetoprotein", ",", "CA", "125", ",", "CA", "15", ".", "3", ";", "CA19", ".", "9", ";", "CEA", ")", "with", "CA", "125", "elevated", "193", ".", "7", "U", "/", "ml", ";", "Autoimmunity", "with", "ANAs", ",", "ENAs", ",", "ANCAs", "and", "Antiphospholipid", "Ac", ".", "which", "were", "normal", ",", "as", "well", "as", "serology", "for", "Salmonella", ",", "Brucella", ",", "Coxiella", "burnetii", ";", "Mycoplasma", "pneumoniae", ";", "Rickettsia", "conorii", "all", "negative", ".", "Given", "the", "patient", "'", "s", "personal", "history", ",", "clinical", "and", "laboratory", "findings", ",", "the", "following", "differential", "diagnoses", "were", "made", ":", "infection", "by", "parasites", ";", "haematological", "disease", "such", "as", "eosinophilic", "syndrome", ",", "lymphoma", "(", "Hodking", ",", "non-Hodking", ")", ",", "leukaemia", "or", "mastocytosis", ";", "gastrointestinal", "disease", "such", "as", "eosinophilic", "gastroenteritis", "and", "Churg-Strauss", "disease", ".", "To", "continue", "the", "study", ",", "an", "IgE", "determination", "was", "requested", ",", "which", "was", "325", ",", "a", "peripheral", "blood", "smear", "showed", "absolute", "eosinophilia", ",", "with", "no", "atypical", "cells", ";", "a", "stool", "study", "was", "carried", "out", ",", "which", "ruled", "out", "the", "presence", "of", "parasites", ".", "Simultaneously", ",", "a", "CT", "scan", "of", "the", "sinuses-thorax-abdomen", "was", "requested", ",", "which", "showed", "sinupathy", ",", "small", "pericardial", "effusion", ",", "left", "pleural", "effusion", "with", "lower", "lobe", "atelectasis", "and", "colitis", "with", "a", "moderate", "amount", "of", "free", "abdominal", "fluid", ".", "To", "complete", "the", "study", ",", "invasive", "tests", "such", "as", "paracentesis", ",", "gastro-colonsoccopy", "and", "nasofibroscopy", "were", "performed", ",", "from", "which", "samples", "were", "obtained", "for", "both", "microbiology", "and", "pathological", "anatomy", ".", "While", "the", "study", "was", "being", "carried", "out", ",", "the", "patient", "began", "treatment", "with", "corticotherapy", "and", "antibiotic", "coverage", "with", "Ceftriaxone", ",", "with", "improvement", "of", "the", "digestive", "symptoms", "and", "pleural", "effusion", ".", "The", "microbiology", "results", "were", "obtained", "and", "ruled", "out", "the", "presence", "of", "pathogens", "in", "the", "samples", "received", ";", "however", ",", "the", "pathological", "anatomy", "confirmed", "the", "presence", "of", "eosinophils", "in", "all", "the", "samples", "received", ".", "The", "results", "of", "the", "differential", "diagnoses", "ruled", "out", "the", "presence", "of", "parasitosis", "and", "haematological", "disease", ".", "The", "presence", "of", "eosinophilic", "gastroenteritis", "was", "confirmed", ",", "which", ",", "together", "with", "the", "patient", "'", "s", "personal", "history", ",", "strengthened", "the", "diagnosis", "of", "Churg", "Strauss", "disease", ",", "which", "according", "to", "the", "ACR", "criteria", ":", "-", "Asthma", ".", "-", "Eosinophilia", "greater", "than", "10", "%", "in", "the", "differential", "white", "blood", "cell", "count", ".", "-", "Development", "of", "mono-polyneuropathy", "or", "multiple", "mononeuropathy", "(", "glove", "/", "sock", "distribution", ")", "attributable", "to", "systemic", "vasculitis", ".", "-", "Migratory", "or", "transient", "pulmonary", "infiltrates", "on", "Rx", "(", "not", "including", "fixed", "infiltrates", ")", "attributable", "to", "systemic", "vasculitis", ".", "-", "Sinus", "abnormality", ":", "History", "of", "acute", "or", "chronic", "paranasal", "pain", "or", "hypersensitivity", "to", "touch", "or", "radiological", "sinus", "opacification", ".", "-", "Extravascular", "eosinophilia", ".", "Biopsy", "including", "arteries", ",", "arterioles", "or", "venules", "showing", "accumulation", "of", "eosinophils", "in", "extravascular", "areas", ".", "-", "Of", "which", "the", "patient", "fulfilled", "5", "of", "the", "6", "criteria", ",", "so", "after", "clinical", "improvement", "the", "patient", "was", "discharged", "with", "the", "following", "diagnosis", ":", "-", "Churg-Strauss", "disease", "in", "eosinophilic", "phase", ".", "-", "She", "continued", "treatment", "with", "Dacortin", "30mg", "daily", "with", "a", "gradual", "decrease", "to", "20", "mg", ",", "which", "was", "maintained", ".", "-", "The", "patient", "continues", "with", "check-ups", "and", "recently", "started", "treatment", "with", "immurel", "for", "asthmatic", "exacerbations", "and", "abdominal", "pain", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Brucella", "label": "SPECIES", "start": 1733, "end": 1741 }, { "text": "Coxiella burnetii", "label": "SPECIES", "start": 1743, "end": 1760 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 19 }, { "text": "Mycoplasma pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 1762, "end": 1783 }, { "text": "parasites", "label": "SPECIES", "start": 1951, "end": 1960 }, { "text": "parasites", "label": "SPECIES", "start": 2381, "end": 2390 }, { "text": "Rickettsia conorii", "label": "SPECIES", "start": 1785, "end": 1803 }, { "text": "Salmonella", "label": "SPECIES", "start": 1721, "end": 1731 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1251, "end": 1258 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1828, "end": 1835 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2864, "end": 2871 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3413, "end": 3420 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 1838, "end": 1846 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 3423, "end": 3431 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4152, "end": 4159 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4225, "end": 4232 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4438, "end": 4445 } ]

[ "Anamnesis", "In", "this", "case", ",", "we", "are", "dealing", "with", "a", "63-year-old", "female", "patient", "from", "Badajoz", ".", "Her", "personal", "history", "includes", "a", "sister", "who", "underwent", "breast", "cancer", "surgery", "at", "the", "age", "of", "40", "(", "currently", "undergoing", "check-ups", ")", "and", "a", "sister", "who", "died", "of", "a", "brain", "tumour", "at", "the", "age", "of", "34", ".", "As", "for", "her", "personal", "history", ",", "she", "suffers", "from", "chronic", "bronchitis", ".", "She", "does", "not", "have", "high", "blood", "pressure", ",", "dyslipidaemia", "or", "diabetes", "mellitus", ".", "Finally", ",", "she", "is", "a", "smoker", "with", "an", "accumulated", "rate", "of", "40", "packs", "per", "year", ",", "and", "does", "not", "have", "an", "alcohol", "habit", ".", "Her", "oncological", "symptomatology", "began", "with", "a", "cough", "of", "one", "month", "'", "s", "evolution", ",", "associated", "with", "intense", "asthenia", "and", "dyspnoea", "on", "minimal", "exertion", "in", "the", "last", "week", ",", "together", "with", "progressive", "oedema", "in", "the", "lower", "extremities", ".", "In", "the", "emergency", "department", ",", "she", "presented", "progressive", "arterial", "hypotension", ",", "and", "severe", "pericardial", "effusion", "was", "observed", ",", "for", "which", "she", "was", "transferred", "to", "the", "ICU", ".", "During", "her", "stay", "in", "the", "ICU", ",", "emergency", "pericardiocentesis", "was", "performed", "(", ">", "1l", ",", "haemorrhagic", ",", "with", "seropurulent", "appearance", ")", ".", "Empirical", "antibiotic", "treatment", "was", "started", ",", "and", "she", "remained", "respiratory", "and", "haemodynamically", "stable", "(", "during", "admission", "she", "presented", "acute", "renal", "failure", "and", "community", "pneumonia", "which", "resolved", ")", ".", "Physical", "examination", "During", "the", "physical", "examination", ",", "there", "were", "no", "notable", "findings", ".", "Complementary", "tests", "Chest", "X-ray", "in", "the", "Emergency", "Department", "showed", "an", "increase", "in", "the", "cardiopericardial", "silhouette", "compatible", "with", "the", "pericardial", "effusion", "described", ",", "as", "well", "as", "findings", "compatible", "with", "bronchopneumonia", "in", "LM", "and", "LID", ".", "During", "his", "admission", "to", "the", "ICU", ",", "in", "order", "to", "identify", "the", "cause", "of", "the", "pericardial", "effusion", ",", "tests", "were", "carried", "out", "to", "screen", "for", "rheumatic", "diseases", ",", "connective", "tissue", "diseases", "and", "serologies", ",", "all", "of", "which", "were", "normal", ".", "A", "body", "CT", "scan", "was", "also", "performed", ",", "which", "revealed", "stage", "IV", "lung", "neoplasia", ",", "the", "presence", "of", "PTE", ",", "renal", "infarcts", "and", "bilateral", "adrenal", "nodules", "(", "CT", "of", "the", "adrenal", "glands", "without", "diagnostic", "criteria", "for", "adenoma", ")", ".", "Pericardial", "fluid", "was", "analysed", ",", "with", "cytology", "suggestive", "of", "adenocarcinoma", ",", "which", ",", "being", "positive", "for", "TTF-1", ",", "suggested", "a", "pulmonary", "primary", ".", "Diagnosis", "We", "therefore", "found", "stage", "IV", "lung", "adenocarcinoma", "(", "positive", "pericardial", "effusion", "and", "bilateral", "adrenal", "nodules", ")", ",", "EGFR-native", ".", "It", "was", "decided", "to", "start", "treatment", "according", "to", "the", "carboplatin", "+", "pemetrexed", "scheme", "with", "the", "intention", "of", "completing", "3", "cycles", "and", "assessing", "the", "response", "by", "CT", "scan", ".", "Treatment", "Treatment", "started", "on", "1", "/", "12", "/", "16", "with", "carboplatin", "+", "pemetrexed", ",", "completing", "3", "cycles", ",", "until", "16", "/", "1", "/", "17", ",", "with", "adrenal", "progression", ".", "The", "study", "was", "completed", "with", "PDL-1", "and", "ALK", "samples", ",", "and", "at", "the", "end", "of", "the", "study", "the", "lung", "adenocarcinoma", "was", "EIV", "EGF-R", "and", "ALK", "negative", "and", "PDL-1", "positive", ".", "Treatment", "with", "nivolumab", "was", "started", "on", "27", "/", "2", "/", "17", ",", "of", "which", "she", "received", "4", "cycles", "(", "pending", "CT", "scan", "to", "assess", "response", "after", "6", "cycles", ")", ".", "In", "consultations", ",", "urgent", "brain", "CT", "scan", "was", "requested", "due", "to", "persistent", "feeling", "of", "asthenia", "and", "dizziness", ",", "where", "multiple", "brain", "metastases", "with", "perilesional", "oedema", "were", "diagnosed", "on", "8", "/", "3", "/", "17", ".", "She", "received", "holocranial", "RT", "(", "20", "Gy", "in", "5", "fractions", ")", ",", "which", "was", "completed", "on", "29", "/", "3", "/", "17", ",", "with", "good", "tolerance", "and", "clinical", "improvement", ".", "Evolution", "On", "23", "April", "2017", ",", "she", "was", "admitted", "to", "the", "Medical", "Oncology", "Department", "for", "dysthermic", "sensation", "and", "shivering", ",", "with", "fever", "of", "up", "to", "39oC", "on", "21", "/", "4", "/", "17", ".", "He", "started", "empirical", "antibiotic", "therapy", "with", "levofloxacin", ",", "with", "persistent", "febrile", "peaks", "and", "progressive", "dyspnoea", "until", "minimal", "effort", ".", "She", "reported", "no", "other", "associated", "symptoms", ",", "with", "a", "physical", "examination", "with", "no", "relevant", "findings", "and", "normal", "blood", "tests", ",", "with", "no", "altered", "acute", "phase", "reactants", ".", "The", "chest", "X-ray", "showed", "a", "diffuse", "interstitial", "pattern", ",", "with", "a", "differential", "diagnosis", "of", "infectious", "pathology", "due", "to", "atypical", "germs", "vs", ".", "pharmacological", "toxicity", "(", "less", "likely", "pulmonary", "oedema", "or", "carcinomatous", "lymphangitis", ")", ".", "On", "admission", ",", "empirical", "broad-spectrum", "treatment", "was", "started", "with", "ceftriaxone", "and", "levofloxacin", ".", "A", "chest", "CT", "scan", "was", "performed", ",", "which", "showed", "an", "image", "compatible", "with", "Pneumocystis", "jirovecii", "infection", "as", "the", "first", "option", ",", "bilateral", "pneumothorax", "and", "acute", "thromboembolism", "with", "a", "low", "thromboembolic", "load", ".", "Given", "these", "findings", ",", "cotrimoxazole", "was", "associated", "with", "levofloxacin", "treatment", "and", "systemic", "corticotherapy", "was", "prescribed", "due", "to", "suspicion", "of", "Pneumocystis", "infection", "(", "the", "patient", "was", "kept", "on", "anticoagulation", "due", "to", "previous", "PTE", ")", ".", "Assessment", "by", "the", "Respiratory", "Department", "was", "requested", ",", "which", "requested", "bronchoscopy", "for", "culture", ",", "but", "this", "was", "cancelled", "due", "to", "clinical", "worsening", "of", "the", "patient", ",", "with", "respiratory", "failure", "(", "chest", "tube", "placement", "was", "ruled", "out", "due", "to", "the", "small", "amount", "of", "bilateral", "pneumothorax", "and", "conservative", "management", "was", "decided", ")", ".", "Sputum", "culture", "on", "5", "/", "5", "/", "17", "showed", "coagulase-negative", "Staphylococcus", ",", "Candida", "albicans", "(", "few", "colonies", ")", ",", "with", "Legionella", "and", "negative", "Pneumocystis", "jirovecii", ".", "During", "admission", ",", "he", "presented", "intolerance", "to", "cotrimoxazole", ",", "with", "incoercible", "vomiting", "despite", "antiemetics", "and", "metabolic", "acidosis", "(", "later", "corrected", "with", "bicarbonate", ")", ".", "It", "was", "decided", "to", "discontinue", "treatment", "with", "cotrimoxazole", "and", "start", "oral", "atovaquone", ",", "with", "improved", "tolerance", ".", "Despite", "this", ",", "the", "patient", "presented", "progressive", "worsening", "from", "the", "respiratory", "point", "of", "view", ",", "with", "the", "need", "for", "a", "progressive", "increase", "in", "O2", "supply", ".", "A", "control", "chest", "X-ray", "showed", "pneumomediastinum", "with", "subcutaneous", "emphysema", "and", "pneumothorax", ",", "so", "antibiotic", "treatment", "was", "started", "with", "Tazocel", "®", "and", "atovaquone", ",", "with", "no", "clinical", "improvement", ".", "It", "was", "decided", "to", "start", "morphine", "chloride", "to", "control", "the", "sensation", "of", "dyspnoea", "and", ",", "given", "the", "subsequent", "poor", "clinical", "evolution", ",", "it", "was", "decided", "to", "discontinue", "support", "treatment", "and", "start", "sedation", "for", "symptom", "control", ",", "with", "death", "on", "12", "/", "5", "/", "2017", ".", "We", "are", "awaiting", "the", "autopsy", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "sister", "label": "HUMAN", "start": 119, "end": 125 }, { "text": "sister", "label": "HUMAN", "start": 218, "end": 224 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 65, "end": 72 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 91, "end": 99 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 281, "end": 289 }, { "text": "atypical germs", "label": "SPECIES", "start": 3720, "end": 3734 }, { "text": "Pneumocystis", "label": "SPECIES", "start": 3991, "end": 4003 }, { "text": "Pneumocystis", "label": "SPECIES", "start": 4268, "end": 4280 }, { "text": "Pneumocystis jirovecii", "label": "SPECIES", "start": 3991, "end": 4013 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4296, "end": 4303 }, { "text": "Candida albicans", "label": "SPECIES", "start": 4737, "end": 4753 }, { "text": "Legionella", "label": "SPECIES", "start": 4775, "end": 4785 }, { "text": "Pneumocystis", "label": "SPECIES", "start": 4799, "end": 4811 }, { "text": "Pneumocystis jirovecii", "label": "SPECIES", "start": 4799, "end": 4821 }, { "text": "colonies", "label": "SPECIES", "start": 4759, "end": 4767 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4508, "end": 4515 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5118, "end": 5125 } ]

[ "65-year-old", "female", "ex-smoker", ",", "without", "an", "alcohol", "habit", ",", "with", "a", "history", "of", "multilobar", "pneumonia", "in", "August", "2013", "due", "to", "S", ".", "maltophilia", ",", "under", "treatment", "with", "calcium", "and", "vitamin", "D", "due", "to", "osteopenia", ",", "who", "started", "follow-up", "in", "November", "2014", "due", "to", "thrombopenia", "and", "splenomegaly", "of", "chronic", "course", ".", "Physical", "examination", "revealed", "a", "palpable", "splenic", "pole", "4", "cm", "below", "the", "costal", "margin", ",", "with", "no", "other", "findings", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "Hb", "17", ".", "3", "g", "/", "dl", ",", "platelets", "63000", "/", "ul", "(", "88000", "by", "manual", "count", ")", ",", "leukocytes", "3500", "/", "ul", ",", "peripheral", "blood", "smear", "with", "no", "findings", ",", "biochemistry", "with", "iron", "profile", ",", "thyroid", "hormones", ",", "alpha-1-antitrypsin", "and", "cupremia", "normal", ",", "hypogammaglobulinaemia", "(", "gamma", "band", "7", ".", "8", "%", ")", ",", "beta-2-microglobulin", "2", "mg", "/", "l", ";", "HIV", ",", "HBV", ",", "HCV", ",", "HSV", ",", "VZV", ",", "CMV", ",", "EBV", ",", "toxoplasma", ",", "syphilis", ",", "Leishmania", "antigenuria", "and", "autoimmunity", "negative", ".", "An", "abdominal", "CT", "scan", "showed", "splenomegaly", "measuring", "15", "cm", "and", "hepatomegaly", "with", "a", "right", "hepatic", "lobe", "measuring", "18", "cm", "in", "longitudinal", "diameter", ",", "with", "a", "normal", "Doppler", "study", ".", "In", "May", "2015", ",", "the", "patient", "was", "admitted", "for", "left", "basal", "pneumonia", "without", "microbiological", "isolation", ",", "and", "subsequently", "continued", "outpatient", "studies", ".", "Electrophoretic", "profile", "showed", "persistent", "hypogammaglobulinaemia", "(", "gamma", "band", "6", ".", "8", "%", ")", "at", "the", "expense", "of", "Ig", "G", "and", "Ig", "A", ",", "associated", "with", "CD4", "lymphopenia", "and", "mild", "B", "lymphocytosis", ",", "with", "adequate", "immunovaccinal", "response", ",", "negative", "Gaucher", "test", ",", "normal", "faecal", "alpha-1-antitrypsin", ".", "The", "patient", "remained", "asymptomatic", ",", "with", "no", "semiological", "or", "analytical", "changes", "until", "March", "2016", ",", "when", "she", "consulted", "for", "pain", "in", "the", "left", "hypochondrium", "that", "had", "begun", "in", "the", "previous", "4", "days", ",", "radiating", "to", "the", "ipsilateral", "scapula", ",", "without", "constitutional", "symptoms", "or", "B", "symptoms", ",", "with", "evidence", "of", "massive", "splenomegaly", "that", "crossed", "the", "midline", "and", "reached", "up", "to", "4", "cm", "above", "the", "left", "iliac", "crest", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "Hb", "10", ".", "3", "g", "/", "dl", ",", "platelets", "56000", "/", "ul", ",", "leukocytes", "2500", "/", "ul", ",", "LDH", "350", "U", "/", "l", ",", "beta-2-microglobulin", "6", ".", "8", "mg", "/", "l", ",", "gamma", "band", "5", ".", "7", "%", ",", "negative", "direct", "polyspecific", "Coombs", ",", "smear", "and", "immunophenotype", "of", "peripheral", "blood", "with", "no", "findings", ".", "Bone", "marrow", "biopsy", "and", "thoracic-abdominal-pelvic", "CT", "scan", "showed", "splenomegaly", "measuring", "23x19x10", "cm", "with", "incipient", "subcapsular", "perfusion", "defect", ".", "The", "PET-CT", "scan", "showed", "increased", "metabolic", "activity", "in", "a", "diffuse", "manner", "in", "the", "spleen", "and", "supra", "-", "and", "infradiaphragmatic", "lymphadenopathies", ".", "A", "diagnostic-therapeutic", "splenectomy", "was", "performed", ",", "obtaining", "a", "splenectomy", "specimen", "of", "2870", "g", ",", "24x20x8", "cm", ",", "with", "red", "and", "white", "pulp", "infiltrated", "by", "lymphocytes", "with", "immunochemistry", "compatible", "with", "low-grade", "B", "lymphoma", ",", "congruent", "with", "bone", "marrow", "histology", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 729, "end": 732 }, { "text": "female", "label": "HUMAN", "start": 12, "end": 18 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 734, "end": 737 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 709, "end": 712 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 714, "end": 717 }, { "text": "HSV", "label": "SPECIES", "start": 719, "end": 722 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 704, "end": 707 }, { "text": "VZV", "label": "SPECIES", "start": 724, "end": 727 }, { "text": "Leishmania", "label": "SPECIES", "start": 761, "end": 771 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 999, "end": 1006 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1402, "end": 1409 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 751, "end": 759 }, { "text": "toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 739, "end": 749 }, { "text": "S. maltophilia", "label": "SPECIES", "start": 117, "end": 131 } ]

[ "Anamnesis", "42-year-old", "woman", ".", "Cellist", "by", "profession", ",", "with", "a", "personal", "history", "of", "hysterectomy", "plus", "double", "adnexectomy", ",", "due", "to", "endometriosis", ",", "in", "2008", "and", "diagnosed", "with", "relapsing", "remitting", "multiple", "sclerosis", "(", "RRMS", ")", "in", "1997", ",", "on", "treatment", "with", "interferon", "beta", "1a", "44", "mg", ",", "paroxetine", ",", "bromazepam", ",", "doxylamine", "succinate", "and", "oral", "contraceptives", ".", "She", "does", "not", "use", "herbal", "products", ".", "The", "patient", "came", "to", "the", "Emergency", "Department", "with", "severe", "abdominal", "pain", "and", "vomiting", ",", "which", "had", "been", "present", "for", "2", "days", ".", "For", "the", "previous", "15", "days", "the", "patient", "reported", "a", "feeling", "of", "gastric", "heaviness", ",", "nausea", "and", "asthenia", ".", "She", "did", "not", "report", "any", "drug", "use", ".", "One", "month", "earlier", ",", "her", "dose", "of", "interferon", "beta", "1b", "had", "been", "increased", "from", "22", "mg", "to", "44", "mg", ",", "after", "presenting", "with", "a", "clinical", "picture", "compatible", "with", "a", "multiple", "sclerosis", "brain", "stem", "flare", ",", "which", "was", "treated", "with", "5", "boluses", "of", "1", "g", "of", "intravenous", "methylprednisolone", ".", "Physical", "examination", "Normal", "blood", "pressure", ",", "afebrile", "(", "36", ".", "8", "oC", ")", ",", "mild", "mucocutaneous", "dehydration", "and", "icteric", "sclerae", ".", "Cardiopulmonary", "auscultation", "normal", ".", "Abdomen", "globular", ",", "painful", "on", "palpation", "in", "the", "right", "upper", "quadrant", ".", "Palpation", "of", "the", "hepatic", "border", ",", "painful", ",", "2", "cm", "below", "the", "costal", "margin", ".", "Peripheral", "pulses", "preserved", ".", "No", "oedema", "or", "signs", "of", "chronic", "venous", "insufficiency", ".", "Neurological", "examination", ":", "mild", "tactile", "hypoaesthesia", "in", "the", "left", "extremities", "and", "exalted", "osteotendinous", "reflexes", ",", "left", "extensor", "cutaneous-plantar", "reflex", ".", "No", "other", "focality", "(", "EDSS", "1", ".", "5", ")", ".", "Complementary", "tests", "-", "Blood", "tests", ":", "elevated", "serum", "transaminases", "(", "GOT", "/", "GPT", "625", "IU", "/", "l", "/", "1", ",", "055", "IU", "/", "l", ",", "GGT", "471", "IU", "/", "l", ",", "LDH", "628", "IU", "/", "l", ")", "and", "total", "bilirubin", "2", ".", "7", "mg", "/", "100", "ml", "(", "direct", "1", ".", "3", "mg", "/", "100", "ml", ",", "indirect", "0", ".", "8", "mg", "/", "100", "ml", ")", ".", "The", "haemogram", "showed", "11", ",", "300", "leukocytes", "with", "70", "%", "neutrophils", ",", "platelets", "450", ",", "000", ".", "ESR", "53", "mm", ".", "Iron", "profile", "without", "alterations", "or", "other", "relevant", "findings", ".", "-", "Serology", ":", "HAV", ",", "HBV", "and", "HCV", "negative", ".", "CMV", "and", "EBV", "negative", ".", "-", "Immunological", "study", ":", "ANA", ",", "SMA", ",", "anti-LKM1", ",", "pANCA", ",", "anti-LC1", "and", "AMA", "negative", ".", "-", "Genetic", "study", ":", "negative", "for", "mutations", "in", "the", "HFE", "gene", "of", "hereditary", "haemochromatosis", ".", "-", "Abdominal", "ultrasound", ":", "enlarged", "liver", ",", "patchy", "hyperechogenicity", ".", "No", "free", "fluid", "in", "the", "abdominal", "cavity", ".", "-", "Liver", "biopsy", ":", "necrosis", "and", "portal", "and", "periportal", "inflammation", ",", "with", "interphase", "hepatitis", ",", "with", "minimal", "fibrosis", ".", "Inconclusive", ".", "Diagnosis", "Grade", "4", "acute", "hepatitis", "secondary", "to", "hepatotoxicity", "due", "to", "interferon", "beta", ".", "Treatment", "Withdrawal", "of", "previous", "treatment", ".", "Prednisone", "60", "mg", "per", "day", "intravenously", "for", "5", "days", "and", "then", "orally", ",", "gradually", "reducing", "the", "dose", "over", "6", "weeks", "until", "withdrawal", ".", "Evolution", "The", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "Digestive", "Department", ".", "All", "the", "treatment", "she", "had", "been", "taking", "up", "to", "that", "time", "was", "withdrawn", "and", "high-dose", "corticotherapy", "(", "1", "mg", "/", "kg", "/", "day", ")", "was", "started", "intravenously", ".", "There", "was", "a", "progressive", "clinical", "improvement", "in", "the", "patient", "'", "s", "condition", ".", "A", "control", "blood", "test", "one", "week", "later", "showed", "a", "marked", "decrease", "in", "transaminase", "levels", "(", "GOT", "/", "GPT", "225", "IU", "/", "l", "/", "398", "IU", "/", "l", ",", "GGT", "240", "IU", "/", "l", ")", "and", "normalisation", "of", "these", "levels", "15", "days", "later", ".", "One", "month", "later", ",", "the", "patient", "remained", "asymptomatic", ",", "with", "no", "new", "complications", ",", "so", "it", "was", "decided", "to", "resume", "disease-modulating", "treatment", "for", "multiple", "sclerosis", "with", "glatiramer", "acetate", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 27 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 373, "end": 380 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 519, "end": 526 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 59, "end": 67 }, { "text": "Cellist", "label": "HUMAN", "start": 29, "end": 36 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 1838, "end": 1841 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 1846, "end": 1849 }, { "text": "HAV", "label": "SPECIES", "start": 1811, "end": 1814 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 1816, "end": 1819 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 1824, "end": 1827 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2533, "end": 2540 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2773, "end": 2780 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2990, "end": 2997 } ]

[ "A", "29-year-old", "man", "consulted", "for", "fever", "and", "intense", "odynophagia", ".", "On", "physical", "examination", "he", "was", "tachycardic", "at", "136", "bpm", ",", "temperature", "39", "oC", ";", "at", "the", "cervical", "level", "there", "was", "an", "increase", "in", "the", "left", "thyroid", "volume", "with", "a", "palpable", ",", "fluctuating", "mass", ".", "Blood", "tests", "showed", "leukocytosis", "of", "11", ",", "600", "/", "μL", "(", "Neu", "80", ".", "4", "%", ")", ",", "fibrinogen", ">", "1", ",", "000", "mg", "/", "dL", ",", "CRP", "18", ".", "7", "mg", "/", "dL", ".", "Thyroid", "profile", "compatible", "with", "thyrotoxicosis", "with", "TSH", "0", ".", "07", "mIU", "/", "L", "(", "0", ".", "55-4", ".", "78", ")", "and", "T4L", "4", ".", "2", "ng", "/", "dL", "(", "0", ".", "8-1", ".", "8", ")", ".", "Blood", "cultures", "were", "negative", ".", "Electrocardiogram", ",", "chest", "X-ray", "and", "laryngoscopy", "were", "normal", ".", "Empirical", "intravenous", "antibiotic", "therapy", "was", "started", "on", "suspicion", "of", "acute", "infectious", "thyroiditis", ".", "Cervical", "ultrasound", "showed", "a", "left", "thyroid", "abscess", "with", "reactive", "locoregional", "lymph", "nodes", ".", "A", "neck", "CT", "scan", "showed", "another", "retropharyngeal", "collection", ".", "The", "thyroid", "scan", "showed", "no", "visualisation", "of", "the", "left", "hemithyroid", ".", "In", "view", "of", "these", "findings", ",", "the", "ENT", "department", "was", "consulted", "and", "it", "was", "decided", "to", "drain", "both", "abscesses", "by", "cervicotomy", ".", "Purulent", "material", "with", "abundant", "leukocytes", "was", "obtained", ",", "isolating", "Streptococcus", "viridans", ",", "Eikenella", "corrodens", ",", "Prevotella", "sp", ",", "Bacteroides", "vulgatus", ",", "Fusobacterium", "nucleatum", ",", "Prevotella", "nigrescens", ",", "Slackia", "exigua", "and", "Peptostreptococcus", "micros", ".", "HIV", "negative", ".", "Negative", "anti-TPO", ",", "anti-TG", "and", "anti-TSH", "antibodies", ".", "Normalisation", "of", "the", "thyroid", "profile", "after", "resolution", "of", "the", "acute", "episode", ",", "TSH", "3", ".", "71", "mIU", "/", "L", ",", "free", "T4", "0", ".", "9", "ng", "/", "dl", "and", "free", "T3", "2", ".", "64", "pg", "/", "ml", "(", "2", ".", "3-4", ".", "2", ")", ".", "Barium", "oesophagogram", "showed", "a", "left", "pyriform", "sinus", "fistula", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Eikenella corrodens", "label": "SPECIES", "start": 1065, "end": 1084 }, { "text": "Fusobacterium nucleatum", "label": "SPECIES", "start": 1123, "end": 1146 }, { "text": "Prevotella sp", "label": "SPECIES", "start": 1086, "end": 1099 }, { "text": "Streptococcus viridans", "label": "SPECIES", "start": 1041, "end": 1063 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1217, "end": 1220 }, { "text": "Bacteroides vulgatus", "label": "SPECIES", "start": 1101, "end": 1121 }, { "text": "Prevotella nigrescens", "label": "SPECIES", "start": 1148, "end": 1169 }, { "text": "Slackia exigua", "label": "SPECIES", "start": 1171, "end": 1185 }, { "text": "Peptostreptococcus micros", "label": "SPECIES", "start": 1190, "end": 1215 } ]

[ "The", "patient", "was", "a", "35-year-old", "woman", "with", "no", "personal", "history", ".", "On", "21", "January", "2020", ",", "she", "travelled", "to", "Japan", "from", "Wuhan", "(", "China", ")", ".", "She", "was", "healthy", "until", "30", "January", ",", "when", "she", "developed", "fever", "and", "mild", "diarrhoea", ".", "On", "31", "January", ",", "at", "the", "primary", "care", "clinic", ",", "she", "underwent", "a", "rapid", "influenza", "antigen", "test", "and", "was", "found", "to", "be", "negative", ".", "A", "chest", "CT", "scan", "revealed", "signs", "of", "pneumonia", "in", "the", "lower", "left", "lung", "and", "she", "was", "transferred", "to", "the", "Japanese", "Red", "Cross", "Hospital", "in", "Narita", ".", "She", "reported", "no", "sore", "throat", ",", "rhinorrhoea", ",", "chills", "or", "cough", ".", "She", "had", "not", "been", "to", "the", "Huanan", "market", "and", "had", "not", "been", "exposed", "to", "wild", "or", "dead", "animals", ".", "On", "admission", ",", "her", "vital", "signs", "were", ":", "blood", "pressure", "106", "/", "66", "mmHG", ",", "pulse", "93", "bpm", ",", "temperature", "37", ".", "9", "°", "C", ",", "respiratory", "rate", "16", "bpm", "and", "room", "air", "oxygen", "saturation", "97", "%", ".", "Physical", "examination", "was", "normal", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "no", "leukocytosis", ",", "leukocytopenia", "or", "high", "liver", "enzyme", "values", ".", "A", "chest", "CT", "scan", "showed", "slight", "ground-glass", "opacities", "in", "the", "lower", "lobe", "of", "the", "left", "lung", ".", "He", "was", "transferred", "to", "a", "negative", "pressure", "isolation", "room", ".", "He", "was", "given", "ceftriaxone", "and", "azithromycin", "after", "obtaining", "a", "pharyngeal", "swab", ".", "PCR", "testing", "of", "the", "pharyngeal", "swab", "for", "the", "new", "coronavirus", "(", "SARS-CoV-2", ")", "was", "negative", ".", "He", "continued", "to", "have", "fever", "but", "no", "respiratory", "symptoms", "such", "as", "cough", ".", "On", "hospital", "day", "5", ",", "provoked", "sputum", "and", "a", "second", "pharyngeal", "swab", "were", "obtained", ".", "The", "sputum", "PCR", "test", "was", "positive", ",", "but", "the", "pharyngeal", "smear", "remained", "negative", ".", "His", "condition", "was", "stable", "and", "fever", "and", "diarrhoea", "improved", "on", "hospital", "day", "6", ".", "On", "hospital", "day", "12", ",", "the", "patient", "had", "fully", "recovered", "and", "sputum", "PCR", "and", "pharyngeal", "smear", "tests", "were", "negative", ".", "During", "the", "entire", "clinical", "course", ",", "no", "positive", "PCR", "tests", "were", "ever", "obtained", "from", "pharyngeal", "smears", ".", "All", "PCR", "tests", "were", "performed", "in", "the", "reference", "laboratory", "by", "real-time", "RT-PCR", "assays", "following", "a", "protocol", "already", "described", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "animals", "label": "SPECIES", "start": 597, "end": 604 }, { "text": "coronavirus", "label": "SPECIES", "start": 1153, "end": 1164 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 30, "end": 35 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4, "end": 11 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1520, "end": 1527 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 44, "end": 52 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 1166, "end": 1176 }, { "text": "influenza", "label": "SPECIES", "start": 269, "end": 278 } ]

[ "The", "patient", "is", "a", "69-year-old", "woman", ",", "with", "no", "pharmacological", "allergies", "or", "toxic", "habits", ".", "Personal", "history", ":", "hypertension", ",", "type", "2", "diabetes", "mellitus", "and", "dyslipidaemia", ".", "She", "has", "had", "a", "double", "mechanical", "prosthesis", "since", "2003", "due", "to", "mitroaortic", "valve", "disease", "of", "rheumatic", "origin", "and", "chronic", "liver", "disease", "of", "probable", "multifactorial", "origin", "(", "heart", "failure", ",", "stasis", "liver", ")", ".", "Diagnosed", "with", "stage", "3", "chronic", "kidney", "disease", "(", "ClCr", "according", "to", "MDRD-4", ":", "43", ".", "1", "ml", "/", "min", "/", "1", ".", "73", "m2", ")", ".", "She", "was", "admitted", "for", "a", "week", "of", "non-productive", "cough", "and", "progressive", "increase", "in", "dyspnoea", "on", "exertion", ".", "She", "was", "initially", "assessed", "by", "her", "primary", "care", "physician", ",", "who", "started", "a", "course", "of", "antibiotic", "treatment", "with", "amoxicillin", ".", "Given", "the", "clinical", "worsening", "of", "the", "respiratory", "symptoms", "and", "the", "appearance", "of", "a", "fever", "of", "39oC", "with", "shivering", ",", "she", "consulted", "the", "emergency", "department", "of", "our", "hospital", ".", "The", "patient", "did", "not", "report", "increased", "abdominal", "perimeter", "or", "increased", "oedema", "in", "the", "lower", "limbs", ".", "No", "micturition", "syndrome", ".", "No", "abdominal", "pain", ",", "nausea", "or", "vomiting", ",", "she", "only", "reported", "softer", "than", "usual", "stools", ",", "not", "diarrhoea", ",", "which", "she", "related", "to", "antibiotic", "treatment", ".", "No", "other", "signs", "or", "symptoms", "in", "the", "anamnesis", "by", "apparatus", ".", "Vital", "signs", "were", ":", "BP", ":", "110", "/", "60", "mmHg", ".", "85", "bpm", ".", "20", "rpm", ".", "O2", "saturation", "96", "%", "room", "air", ".", "Febrile", "(", "axillary", "temperature", "38", ".", "2oC", ")", ".", "On", "inspection", "she", "was", "in", "good", "general", "condition", ",", "conscious", "and", "oriented", ".", "Well", "hydrated", "and", "perfused", ".", "Eupneic", "at", "rest", ".", "No", "jugular", "ingurgitation", ".", "Absence", "of", "palpable", "adenopathies", ".", "On", "cardiorespiratory", "auscultation", "the", "cardiac", "tones", "were", "rhythmic", "with", "metallic", "click", "and", "pansystolic", "murmur", "III", "/", "VI", ".", "Vesicular", "murmur", "was", "preserved", "with", "scattered", "rhonchi", "and", "minimal", "bibasal", "crackles", ".", "The", "abdomen", "was", "soft", ",", "depressible", "and", "there", "was", "a", "4-cm", ",", "non-painful", "hepatomegaly", "with", "normal", "peristalsis", ".", "At", "the", "level", "of", "the", "lower", "extremities", "there", "was", "slight", "malleolar", "oedema", ".", "The", "blood", "test", "carried", "out", "in", "the", "ED", "showed", "ions", "within", "normal", "limits", "and", "a", "discrete", "normocytic", "normochromic", "anaemia", "with", "haemoglobin", "(", "Hb", ")", "of", "10", ".", "8", "g", "/", "dl", ",", "no", "leukocytosis", "and", "normal", "platelets", ".", "The", "coagulation", "study", "was", "normal", ".", "Basic", "biochemistry", "showed", "impaired", "renal", "function", "(", "Cr", "1", ".", "85", "mg", "/", "dl", ",", "urea", "128", "mg", "/", "dl", ")", "with", "normal", "ions", ".", "Lipid", ",", "liver", "and", "thyroid", "profiles", "were", "normal", ".", "Acute", "phase", "reactants", "were", "slightly", "elevated", "with", "ESR", "of", "24", "mm", "/", "h", "and", "CRP", "of", "29", ".", "6", "mg", "/", "l", ".", "The", "proteinogram", "showed", "hypoproteinaemia", ",", "hypoalbuminaemia", "and", "a", "profile", "compatible", "with", "moderate", "inflammatory", "syndrome", ".", "Infectious", "serology", "(", "HBV", ",", "HCV", "and", "HIV", ")", "was", "negative", ".", "The", "electrocardiogram", "showed", "no", "relevant", "alterations", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "marked", "global", "cardiomegaly", "with", "pulmonary", "parenchyma", "and", "no", "significant", "radiological", "findings", ".", "In", "a", "batch", "of", "two", "blood", "cultures", "taken", "in", "the", "emergency", "department", ",", "Salmonella", "serogroup", "B", "was", "isolated", "(", "in", "all", "bottles", ")", ".", "Urine", "and", "stool", "cultures", "were", "negative", ".", "In", "view", "of", "these", "findings", ",", "and", "given", "that", "the", "patient", "had", "no", "previous", "abdominal", "symptoms", ",", "an", "investigation", "was", "initiated", "to", "look", "for", "a", "source", "responsible", "for", "the", "bacteraemia", ".", "Among", "the", "initial", "studies", ",", "an", "ultrasound", "scan", "of", "the", "abdomen", "was", "performed", ",", "which", "ruled", "out", "cholecystitis", "and", "showed", "no", "other", "significant", "alterations", ".", "Given", "the", "persistence", "of", "fever", ",", "as", "this", "was", "a", "patient", "with", "a", "history", "of", "mitroaortic", "valve", "disease", ",", "a", "transthoracic", "echocardiography", "was", "requested", "and", "subsequently", "a", "transesophageal", "echocardiography", "was", "performed", ",", "which", "showed", "no", "alterations", "compatible", "with", "prosthetic", "endocarditis", ".", "Likewise", ",", "a", "chest", "and", "abdominal", "CT", "angiography", "showed", "slight", "calcified", "atheromatosis", "of", "the", "thoracic", "and", "abdominal", "aorta", "with", "no", "evidence", "of", "aneurysms", "or", "data", "suggestive", "of", "endovascular", "infection", ".", "On", "the", "basis", "of", "the", "antibiogram", ",", "empirical", "antibiotic", "treatment", "given", "in", "the", "emergency", "department", "(", "ceftriaxone", "2", "g", "iv", "/", "24", "hours", ")", "was", "downgraded", "to", "ciprofloxacin", "500", "mg", "every", "12", "h", "orally", "and", "he", "completed", "10", "days", "of", "antibiotic", "treatment", ",", "with", "good", "clinical", "evolution", ",", "remaining", "afebrile", ",", "and", "control", "blood", "cultures", "were", "negative", ".", "In", "the", "absence", "of", "findings", "in", "the", "imaging", "tests", "performed", ",", "it", "was", "decided", "to", "discharge", "her", "home", ".", "Two", "weeks", "later", ",", "the", "patient", "began", "to", "experience", "dorsal", "pain", "radiating", "to", "the", "central", "thoracic", "region", "of", "an", "oppressive", "nature", ",", "which", "progressively", "increased", ",", "accompanied", "by", "increasing", "dyspnoea", ",", "and", "for", "which", "she", "consulted", "the", "emergency", "department", ".", "He", "had", "not", "presented", "fever", "or", "other", "accompanying", "symptoms", ".", "The", "electrocardiogram", "showed", "no", "evidence", "of", "acute", "ischaemia", ".", "Laboratory", "tests", "performed", "in", "the", "ED", "showed", "mobilisation", "of", "markers", "of", "myocardial", "damage", "with", "peak", "ultrasensitive", "Troponin", "T", "638", "pg", "/", "dl", ",", "normal", "creatine", "phosphate", "kinase", "(", "CPK", ")", "and", "negative", "D-dimer", ",", "and", "it", "was", "decided", "to", "admit", "the", "patient", "to", "the", "ward", "for", "further", "investigation", ".", "Differential", "diagnosis", "The", "patient", "had", "recently", "been", "admitted", "for", "bacteraemia", "due", "to", "Salmonella", "sp", "with", "no", "clear", "focus", "in", "the", "study", "performed", ",", "and", "was", "readmitted", "for", "chest", "pain", "and", "dyspnoea", ".", "It", "is", "known", "that", "Salmonella", "bacteraemia", "can", "appear", "in", "the", "context", "of", "gastroenteritis", "or", "manifest", "as", "fever", "with", "no", "apparent", "focus", ".", "It", "can", "persist", "and", "cause", "focal", "complications", "such", "as", "osteoarticular", "infections", ",", "CNS", "involvement", ",", "endocarditis", "and", "endovascular", "infection", ".", "In", "our", "case", ",", "no", "persistent", "bacteraemia", "was", "found", ",", "as", "the", "control", "blood", "cultures", "were", "negative", "before", "discharge", "and", "on", "readmission", ".", "In", "this", "patient", ",", "the", "first", "thing", "to", "rule", "out", ",", "despite", "the", "fact", "that", "the", "electrocardiogram", "was", "normal", ",", "is", "an", "acute", "coronary", "syndrome", ".", "In", "favour", "of", "this", ",", "it", "should", "be", "noted", "that", "she", "presents", "cardiovascular", "risk", "factors", ",", "compatible", "clinical", "symptoms", "and", "mobilisation", "of", "markers", "of", "myocardial", "damage", ",", "so", "this", "entity", "cannot", "be", "ruled", "out", "until", "a", "coronary", "angiography", "is", "performed", ".", "Other", "causes", "of", "ischaemic", "pain", "not", "associated", "with", "coronary", "arteriosclerosis", "should", "also", "be", "considered", ":", "coronary", "embolism", ",", "coronary", "spasm", ",", "coronary", "arteritis", "(", "luetic", "or", "associated", "with", "other", "systemic", "diseases", ")", "and", "congenital", "anomalies", "of", "the", "coronary", "arteries", ",", "among", "others", ".", "There", "are", "other", "cardiovascular", "diseases", "that", "can", "cause", "chest", "pain", ".", "In", "pulmonary", "thromboembolism", "(", "PTE", ")", ",", "the", "pain", "is", "usually", "pleuritic", "in", "nature", "and", "may", "be", "associated", "with", "haemoptysis", ",", "tachypnoea", ",", "tachycardia", ",", "hypoxaemia", "and", "hypocapnia", ",", "which", "our", "patient", "did", "not", "present", ".", "In", "addition", ",", "the", "D-dimer", "performed", "in", "the", "ED", "was", "negative", "and", "the", "patient", "had", "no", "other", "risk", "factors", "for", "the", "development", "of", "PTE", ".", "Aortic", "dissection", "is", "another", "entity", "to", "be", "considered", "in", "the", "differential", "diagnosis", ".", "In", "this", "case", ",", "chest", "pain", "is", "usually", "very", "intense", "from", "the", "onset", ",", "radiating", "to", "the", "back", "and", "appearing", "abruptly", ".", "It", "may", "be", "associated", "with", "pulse", "deficit", ",", "aortic", "insufficiency", "and", "acute", "myocardial", "infarction", ",", "among", "others", ".", "Our", "patient", "'", "s", "age", "and", "arterial", "hypertension", "(", "which", "is", "present", "in", "up", "to", "80", "%", "of", "cases", ")", "are", "in", "favour", ",", "while", "the", "clinical", "presentation", "is", "against", ".", "Finally", ",", "consider", "the", "possibility", "of", "complications", "or", "focal", "infections", "secondary", "to", "Salmonella", "sp", ".", "bacteraemia", ".", "In", "this", "regard", ",", "we", "can", "point", "to", "osteoarticular", "infections", "such", "as", "infectious", "spondylodiscitis", ".", "It", "usually", "presents", "as", "dorsal", "or", "lumbar", "pain", "with", "an", "inflammatory", "profile", "and", "in", "some", "cases", ",", "chest", "pain", "may", "be", "the", "form", "of", "presentation", ".", "The", "clinical", "presentation", "is", "usually", "very", "non-specific", ",", "which", "leads", "to", "a", "delay", "in", "diagnosis", ".", "In", "our", "case", ",", "we", "could", "not", "rule", "out", "this", "possibility", "until", "an", "imaging", "test", "was", "performed", ".", "On", "the", "other", "hand", ",", "endovascular", "infections", "should", "be", "pointed", "out", ",", "as", "Salmonella", "bacteraemia", "has", "been", "classically", "related", "to", "endovascular", "colonisation", "and", "may", "be", "present", "in", "up", "to", "10", "%", "of", "patients", "with", "bacteraemia", ".", "In", "our", "case", ",", "given", "that", "this", "is", "a", "patient", "with", "a", "mechanical", "prosthesis", "due", "to", "mitroaortic", "valve", "disease", "and", "who", "has", "presented", "recent", "bacteraemia", "due", "to", "Salmonella", ",", "endovascular", "infection", "would", "be", "our", "main", "clinical", "suspicion", "if", "the", "coronary", "angiography", "was", "normal", ",", "despite", "the", "fact", "that", "it", "had", "been", "ruled", "out", "in", "the", "previous", "admission", ".", "Evolution", "In", "the", "ED", ",", "blood", "cultures", "were", "taken", "without", "fever", ",", "which", "were", "negative", ",", "and", "antibiotic", "treatment", "with", "ceftriaxone", "2", "g", "iv", "was", "started", "and", "maintained", "on", "the", "ward", "as", "it", "was", "considered", "that", "the", "duration", "of", "antibiotic", "treatment", "for", "Salmonella", "bacteraemia", "was", "short", ".", "Initially", ",", "the", "possibility", "of", "osteoarticular", "infection", "was", "raised", "in", "relation", "to", "recent", "bacteraemia", ".", "A", "CT", "scan", "of", "the", "dorsal-lumbar", "spine", "was", "requested", ",", "which", "showed", "no", "evidence", "of", "spondylodiscitis", "or", "the", "presence", "of", "collections", ".", "New", "blood", "cultures", "were", "requested", "on", "the", "ward", "without", "fever", ",", "which", "were", "also", "negative", ".", "Given", "the", "clinical", "manifestations", "of", "chest", "pain", "and", "the", "mobilisation", "of", "markers", "of", "myocardial", "damage", ",", "a", "coronary", "angiography", "was", "performed", ",", "which", "revealed", "a", "severe", "lesion", "along", "the", "entire", "proximal", "segment", "of", "the", "right", "coronary", "artery", ",", "which", "appeared", "to", "be", "secondary", "to", "extrinsic", "compression", ".", "Aortography", "showed", "a", "giant", "pseudoaneurysm", "at", "the", "level", "of", "the", "right", "coronary", "sinus", ",", "which", "was", "responsible", "for", "the", "compression", "of", "the", "right", "coronary", "artery", ",", "as", "well", "as", "severe", "aortic", "insufficiency", "due", "to", "periprosthetic", "dysfunction", ".", "Echocardiography", "showed", "findings", "compatible", "with", "aortic", "prosthetic", "endocarditis", ",", "with", "severe", "aortic", "insufficiency", "and", "a", "large", "pseudoaneurysm", "in", "the", "anterior", "region", "of", "the", "proximal", "ascending", "aorta", ".", "In", "our", "patient", ",", "the", "initial", "process", "was", "probably", "prosthetic", "dehiscence", ",", "as", "the", "metallic", "prosthesis", "was", "well", "positioned", "and", "with", "an", "adequate", "opening", ",", "with", "formation", "of", "a", "periprosthetic", "abscess", ",", "subsequent", "extension", "or", "fistulisation", "to", "the", "thoracic", "aorta", "and", "formation", "of", "a", "pseudoaneurysm", ".", "To", "complete", "the", "study", "and", "assess", "the", "extension", ",", "a", "chest", "CT", "angiography", "was", "requested", ",", "which", "confirmed", "the", "presence", "of", "a", "large", "pseudoaneurysm", "dependent", "on", "the", "aortic", "root", "(", "5", ".", "4", "x", "5", ".", "8", "x", "5", ".", "9", "cm", ")", "between", "the", "ascending", "aorta", "and", "the", "trunk", "of", "the", "pulmonary", "artery", "compressing", "the", "RCA", "and", "showing", "cranial", "wall", "enhancement", "that", "could", "indicate", "an", "infectious", "aetiology", ".", "In", "view", "of", "these", "findings", ",", "the", "cardiovascular", "surgery", "department", "of", "our", "referral", "hospital", "was", "contacted", "and", ",", "after", "assessing", "the", "case", ",", "rejected", "the", "intervention", "due", "to", "the", "high", "surgical", "risk", "of", "the", "patient", ".", "Subsequently", ",", "the", "patient", "evolved", "unfavourably", ",", "maintaining", "heart", "failure", "refractory", "to", "treatment", "and", "finally", "died", ".", "Final", "diagnosis", "Bacteraemia", "due", "to", "Salmonella", "serogroup", "B", "complicated", "by", "giant", "pseudoaneurysm", "of", "the", "aortic", "root", "causing", "compression", "of", "the", "right", "coronary", "artery", ",", "probably", "related", "to", "Salmonella", "endarteritis", ".", "Aortic", "prosthetic", "endocarditis", "with", "periaortic", "abscess", "and", "severe", "aortic", "insufficiency", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 29, "end": 34 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4, "end": 11 }, { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 87, "end": 95 }, { "text": "primary care physician", "label": "HUMAN", "start": 592, "end": 614 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 850, "end": 857 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 2444, "end": 2447 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 2449, "end": 2452 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2457, "end": 2460 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 2968, "end": 2979 }, { "text": "Salmonella serogroup B", "label": "SPECIES", "start": 2712, "end": 2734 }, { "text": "Salmonella", "label": "SPECIES", "start": 2712, "end": 2722 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2852, "end": 2859 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3178, "end": 3185 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4056, "end": 4063 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4632, "end": 4639 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 4746, "end": 4757 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 4899, "end": 4910 }, { "text": "Salmonella", "label": "SPECIES", "start": 4765, "end": 4775 }, { "text": "Salmonella", "label": "SPECIES", "start": 4888, "end": 4898 }, { "text": "Salmonella sp", "label": "SPECIES", "start": 4765, "end": 4778 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4707, "end": 4714 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 5166, "end": 5177 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5278, "end": 5285 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6165, "end": 6172 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6256, "end": 6263 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 6865, "end": 6876 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 7372, "end": 7383 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 7491, "end": 7502 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 7637, "end": 7648 }, { "text": "Salmonella", "label": "SPECIES", "start": 6850, "end": 6860 }, { "text": "Salmonella", "label": "SPECIES", "start": 7361, "end": 7371 }, { "text": "Salmonella", "label": "SPECIES", "start": 7656, "end": 7666 }, { "text": "Salmonella sp", "label": "SPECIES", "start": 6850, "end": 6863 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6626, "end": 6633 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 7538, "end": 7545 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 7477, "end": 7485 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 8089, "end": 8100 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 8200, "end": 8211 }, { "text": "Salmonella", "label": "SPECIES", "start": 8078, "end": 8088 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 9155, "end": 9162 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 9993, "end": 10000 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 10020, "end": 10027 }, { "text": "Bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 10135, "end": 10146 }, { "text": "Salmonella serogroup B", "label": "SPECIES", "start": 10154, "end": 10176 }, { "text": "Salmonella", "label": "SPECIES", "start": 10154, "end": 10164 }, { "text": "Salmonella", "label": "SPECIES", "start": 10302, "end": 10312 } ]

[ "MEDICAL", "HISTORY-PERSONAL", "HISTORY", "A", "65-year-old", "woman", ",", "with", "no", "toxic", "habits", "or", "known", "drug", "allergies", ",", "consulted", "for", "fever", ",", "dyspnoea", "and", "haemoptysis", "48", "hours", "after", "discharge", "from", "hospital", ".", "Her", "medical", "history", "included", "arterial", "hypertension", "controlled", "by", "diet", "and", "a", "normofunctioning", "multinodular", "goitre", "with", "endocervical", "extension", ",", "diagnosed", "two", "years", "earlier", ",", "for", "which", "total", "thyroidectomy", "had", "been", "indicated", ".", "She", "came", "to", "the", "Emergency", "Department", "(", "ED", ")", "with", "fever", ",", "dyspnoea", "and", "haemoptysis", "of", "24", "hours", "'", "duration", ",", "2", "days", "after", "being", "discharged", "from", "our", "centre", "following", "the", "scheduled", "total", "thyroidectomy", ".", "During", "hospital", "admission", ",", "she", "presented", "superficial", "phlebitis", "on", "the", "left", "forearm", ",", "related", "to", "a", "peripheral", "venous", "catheter", ",", "which", "was", "treated", "by", "application", "of", "Burow", "'", "s", "water", ".", "As", "he", "did", "not", "present", "fever", ",", "the", "catheter", "tip", "was", "not", "cultured", ".", "PHYSICAL", "EXAMINATION", "On", "arrival", "at", "the", "ED", ",", "the", "patient", "was", "hypotensive", "(", "BP", "75", "/", "40", "mmHg", ")", ",", "HR", "72", "beats", "per", "minute", ",", "tachypnoeic", "(", "30", "breaths", "per", "minute", ")", "and", "febrile", "(", "axillary", "temperature", "38", ".", "3oC", ")", "with", "an", "oxygen", "saturation", "(", "FIO2", "0", ".", "21", ")", "of", "88", "%", ".", "Auscultation", "revealed", "the", "presence", "of", "bilateral", "rhonchi", "but", "no", "heart", "murmurs", "or", "signs", "of", "heart", "failure", ".", "There", "was", "cellulitis", "on", "the", "left", "forearm", ".", "The", "thyroidectomy", "incision", "looked", "good", ".", "COMPLEMENTARY", "TESTS", "Chest", "X-ray", ":", "pulmonary", "infiltrates", "in", "the", "right", "lower", "lobe", "and", "left", "upper", "lobe", ".", "Blood", "tests", ":", "haemoglobin", "10", ".", "7", "g", "/", "dl", ",", "15", ",", "280", "leukocytes", "/", "mm3", "(", "68", "%", "segmented", ",", "24", "%", "banded", "and", "5", "%", "lymphocytes", ")", ",", "prothrombin", "time", "60", "%", ",", "D-dimer", "5", ",", "837", "ng", "/", "ml", ",", "urea", "70", "mg", "/", "dl", ",", "creatinine", "2", ".", "3", "mg", "/", "dl", ",", "GOT", "155", "IU", "/", "l", ",", "calcium", "8", ".", "8", "mg", "/", "dl", ".", "Arterial", "blood", "gas", "analysis", "was", "not", "performed", ".", "Blood", "cultures", "were", "performed", ".", "DIFFERENTIAL", "DIAGNOSIS", "IN", "THE", "ED", "The", "ED", "physicians", "considered", "it", "to", "be", "nosocomial", "pneumonia", "and", "decided", "to", "initiate", "antibiotic", "coverage", "with", "levofloxacin", "500", "mg", "EV", "and", "ceftriaxone", "1g", "EV", ",", "3", "hours", "after", "arrival", "at", "the", "ED", ".", "Neither", "the", "cellulitis", "nor", "the", "history", "of", "phlebitis", "led", "to", "the", "addition", "of", "an", "antibiotic", "with", "activity", "against", "S", ".", "aureus", ".", "EVOLUTION", "3", ".", "5", "hours", "after", "arrival", ",", "the", "patient", "'", "s", "respiratory", "work-up", "worsened", "and", "she", "was", "intubated", "orotracheally", "and", "mechanically", "ventilated", ".", "As", "our", "centre", "did", "not", "have", "an", "Intensive", "Care", "Unit", "(", "ICU", ")", ",", "the", "patient", "was", "transferred", "to", "another", "centre", "where", "the", "study", "was", "completed", "with", "the", "following", "complementary", "examinations", ":", "Chest", "CT", "scan", ":", "cavitated", "condensation", "in", "the", "left", "upper", "lobe", "and", "bibasal", "condensation", "with", "bronchogram", "and", "some", "cavitation", ".", "Fibrobronchoscopy", ":", "traces", "of", "blood", "in", "the", "trachea", "and", "in", "declivities", "of", "the", "right", "bronchial", "tree", ".", "Erythematous", "mucosa", "of", "the", "left", "bronchial", "tree", ".", "Bronchoalveolar", "lavage", "was", "performed", ".", "Transthoracic", "echocardiogram", ":", "absence", "of", "valvular", "vegetations", ".", "Doppler", "ultrasound", "of", "the", "left", "upper", "extremity", ":", "thrombosis", "of", "the", "superficial", "basilic", "and", "cephalic", "veins", ".", "After", "3", "days", ",", "both", "blood", "cultures", "and", "bronchoalveolar", "lavage", "culture", "showed", "the", "presence", "of", "methicillin-resistant", "S", ".", "aureus", "(", "MRSA", ")", "and", "sensitivity", "to", "the", "other", "antibiotics", "tested", "(", "erythromycin", ",", "clindamycin", ",", "gentamicin", ",", "ciprofloxacin", ",", "rifampicin", "and", "cotrimoxazole", ")", ",", "a", "pattern", "compatible", "with", "community-acquired", "MRSA", "(", "CA-MRSA", ")", ".", "The", "strain", "had", "an", "MIC", "to", "vancomycin", "of", "1", ".", "5", "μg", "/", "ml", "(", "E", "test", ")", ".", "After", "learning", "the", "results", ",", "it", "was", "decided", "to", "replace", "the", "combination", "of", "levofloxacin", "and", "imipenem", ",", "which", "had", "been", "started", "in", "the", "ICU", ",", "with", "linezolid", ",", "which", "he", "received", "for", "15", "days", ".", "During", "her", "stay", "in", "the", "ICU", ",", "the", "hand", "abscess", "was", "debrided", ",", "where", "MRSA", "was", "also", "isolated", ",", "in", "this", "case", "resistant", "to", "quinolones", ",", "with", "ligation", "of", "the", "cephalic", "and", "basilic", "veins", "due", "to", "thrombosis", ".", "After", "13", "days", "the", "patient", "was", "extubated", "and", "transferred", "to", "the", "conventional", "hospital", "ward", ".", "During", "her", "stay", "on", "the", "ward", "she", "presented", "episodes", "of", "haemoptysis", "and", "a", "bronchial", "arteriography", "was", "performed", "which", "showed", "a", "pseudoaneurysm", "in", "a", "branch", "of", "the", "inferior", "lobar", "artery", "which", "was", "embolised", ".", "The", "MRSA", "strain", "isolated", "from", "the", "blood", "culture", "was", "sent", "to", "the", "National", "Microbiology", "Centre", "(", "Majadahonda", ")", "for", "typing", ".", "The", "strain", "was", "reported", "to", "belong", "to", "phage", "group", "III", "(", "phage", "type", "84", ")", "and", "to", "possess", "the", "Panton-Valentine", "leukocidin", "(", "LPV", ")", "gene", ".", "By", "pulsed", "field", "electrophoresis", "it", "had", "a", "community", "profile", ".", "We", "screened", "for", "MRSA", "among", "the", "healthcare", "staff", "of", "our", "centre", "who", "had", "cared", "for", "the", "patient", "without", "detecting", "in", "any", "case", "the", "presence", "of", "S", ".", "aureus", "with", "an", "antibiogram", "pattern", "similar", "to", "that", "of", "the", "causal", "MRSA", "strain", ".", "FINAL", "DIAGNOSIS", "Septic", "thrombophlebitis", "due", "to", "CA-MRSA", "with", "septic", "pulmonary", "embolisms", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "PERSONAL", "label": "HUMAN", "start": 16, "end": 24 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 47, "end": 52 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 888, "end": 895 }, { "text": "S. aureus", "label": "SPECIES", "start": 1993, "end": 2002 }, { "text": "staff", "label": "HUMAN", "start": 4208, "end": 4213 }, { "text": "MRSA", "label": "SPECIES", "start": 2930, "end": 2934 }, { "text": "MRSA", "label": "SPECIES", "start": 3115, "end": 3119 }, { "text": "MRSA", "label": "SPECIES", "start": 3124, "end": 3128 }, { "text": "MRSA", "label": "SPECIES", "start": 3437, "end": 3441 }, { "text": "MRSA", "label": "SPECIES", "start": 3863, "end": 3867 }, { "text": "MRSA", "label": "SPECIES", "start": 4182, "end": 4186 }, { "text": "MRSA", "label": "SPECIES", "start": 4372, "end": 4376 }, { "text": "community-acquired MRSA", "label": "SPECIES", "start": 3096, "end": 3119 }, { "text": "CA-MRSA", "label": "SPECIES", "start": 3121, "end": 3128 }, { "text": "strain", "label": "SPECIES", "start": 3135, "end": 3141 }, { "text": "strain", "label": "SPECIES", "start": 3868, "end": 3874 }, { "text": "strain", "label": "SPECIES", "start": 3982, "end": 3988 }, { "text": "strain", "label": "SPECIES", "start": 4377, "end": 4383 }, { "text": "MRSA strain", "label": "SPECIES", "start": 3863, "end": 3874 }, { "text": "MRSA strain", "label": "SPECIES", "start": 4372, "end": 4383 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2044, "end": 2051 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2209, "end": 2216 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3584, "end": 3591 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4250, "end": 4257 }, { "text": "S. aureus", "label": "SPECIES", "start": 2919, "end": 2928 } ]

[ "The", "case", "we", "present", "is", "a", "73-year-old", "man", ",", "with", "no", "known", "drug", "allergies", "and", "a", "former", "smoker", "for", "more", "than", "40", "years", "with", "an", "accumulated", "consumption", "of", "30", "packets", "/", "year", ".", "His", "medical", "history", "includes", "mild", "COPD", "stage", "GOLD", "1", "with", "1", "/", "4", "baseline", "dyspnoea", ",", "lumbosciatica", "with", "irradiation", "to", "the", "right", "lower", "limb", "for", "approximately", "10", "years", "secondary", "to", "a", "herniated", "disc", "that", "was", "being", "monitored", "by", "Traumatology", "and", "an", "aortic", "elongation", "under", "study", "by", "Cardiovascular", "Surgery", ",", "which", "was", "pending", "angioCT", ".", "With", "regard", "to", "the", "epidemiological", "setting", ",", "she", "lives", "in", "a", "rural", "environment", ",", "has", "two", "mules", "and", "a", "horse", ",", "several", "dogs", "and", "chickens", ",", "all", "apparently", "healthy", "although", "without", "strict", "veterinary", "control", ".", "She", "refers", "to", "the", "extraction", "of", "a", "right", "lower", "third", "maxillary", "molar", "two", "months", "ago", "without", "prophylaxis", "and", "no", "other", "previous", "surgical", "interventions", ".", "He", "is", "being", "treated", "with", "tramadol", "37", ".", "5", "mg", "/", "Paracetamol", "325", "mg", "every", "8", "hours", ".", "She", "came", "to", "the", "emergency", "department", "for", "fever", "of", "up", "to", "39oC", "with", "shivering", "and", "chills", "of", "48", "hours", "of", "evolution", "that", "responded", "to", "paracetamol", ",", "with", "no", "clear", "predominance", "during", "the", "day", ".", "She", "did", "not", "present", "pulmonary", ",", "digestive", "or", "abdominal", "symptoms", "as", "a", "possible", "cause", ",", "mentioning", "only", "that", "for", "about", "2", "months", "she", "had", "been", "experiencing", "pain", "in", "the", "right", "flank", "towards", "the", "paravertebral", "musculature", ",", "with", "right", "sciatica", "and", "paraesthesia", "in", "the", "external", "face", "of", "the", "right", "thigh", ",", "more", "intense", "than", "her", "usual", "symptoms", ".", "Examination", "revealed", "a", "temperature", "of", "37", ".", "8oC", "and", "the", "rest", "of", "the", "vital", "signs", "were", "under", "control", ".", "The", "general", "condition", "was", "acceptable", ",", "with", "no", "evidence", "of", "infection", "in", "the", "recently", "extracted", "molar", ",", "no", "palpable", "peripheral", "lymphadenopathy", ",", "no", "stiff", "neck", ",", "and", "no", "relevant", "skin", "lesions", ".", "Cardiopulmonary", "auscultation", "and", "abdominal", "examination", "were", "unremarkable", ",", "within", "normal", "limits", ",", "and", "there", "was", "pain", "on", "pressure", "in", "the", "right", "paravertebral", "muscles", "with", "the", "presence", "of", "muscle", "contracture", ",", "with", "negative", "Lassegue", "and", "Bragard", "manoeuvres", ".", "On", "arrival", "at", "the", "ED", ",", "blood", "tests", "and", "chest", "X-ray", "showed", "the", "following", "findings", ":", "haemoglobin", "(", "Hb", ")", "15", ".", "2g", "/", "gl", ",", "leukocytes", "8200", "cells", "/", "mcL", "with", "73", "%", "neutrophilia", ",", "platelets", "159", ",", "000", "PLT", "/", "mcL", ".", "Coagulation", "with", "PT", "%", "98", "%", "and", "biochemistry", "with", "glucose", ",", "creatinine", ",", "ions", "and", "hepatic", "profile", "within", "normality", ",", "with", "only", "C-reactive", "protein", "(", "CRP", ")", "at", "106", "mg", "/", "l", ".", "AP", "and", "lateral", "chest", "X-ray", "showed", "aortic", "elongation", "with", "no", "other", "alterations", "in", "the", "pulmonary", "parenchyma", ".", "In", "the", "emergency", "department", ",", "the", "patient", "was", "classified", "as", "febrile", "syndrome", "of", "short", "duration", "without", "focus", ",", "urine", "and", "blood", "cultures", "were", "taken", "and", "he", "was", "referred", "to", "the", "Infectious", "Diseases", "Department", ",", "where", "empirical", "antibiotic", "treatment", "was", "started", "with", "Amoxicillin", "875", "mg", "/", "clavulanic", "acid", "125", "mg", "every", "8", "hours", "orally", ".", "Twenty", "hours", "after", "extraction", ",", "2", "/", "2", "flasks", "of", "S", ".", "equi", "subspecies", "zooepidemicus", "sensitive", "to", "penicillin", "(", "MIC", "0", ".", "023", "mcg", "/", "ml", ")", "and", "to", "ceftriaxone", "(", "MIC", "0", ".", "06", "mcg", "/", "ml", ")", "grew", "in", "the", "blood", "cultures", ".", "The", "Microbiology", "service", "informed", "the", "PROA", "group", "of", "our", "hospital", "of", "this", "finding", ",", "who", "contacted", "the", "patient", "by", "telephone", ",", "recommending", "admission", "for", "study", "and", "optimisation", "of", "the", "antimicrobial", "treatment", ".", "Once", "on", "the", "ward", ",", "both", "the", "clinical", "history", "and", "the", "complementary", "tests", "performed", "were", "similar", "to", "those", "obtained", "in", "the", "emergency", "department", ",", "a", "new", "\"", "cold", "\"", "blood", "culture", "was", "taken", ",", "as", "the", "patient", "had", "responded", "favourably", "to", "amoxicillin", "/", "clavulanic", "acid", "at", "home", ",", "treatment", "was", "started", "with", "ceftriaxone", "2", "g", "/", "IV", "/", "12", "hours", "and", "the", "following", "examinations", "were", "requested", ":", "-", "Transthoracic", "echocardiogram", ":", "the", "heart", "valves", "showed", "no", "stenosis", "or", "insufficiency", "with", "preserved", "contractility", "and", "no", "evidence", "of", "infective", "endocarditis", ".", "-", "Thoracic-abdominal", "CT", "scan", "with", "iodinated", "contrast", ":", "marked", "aortic", "elongation", "with", "mural", "thrombosis", "and", "aneurysmal", "dilatation", "of", "5", "cm", "in", "the", "descending", "thoracic", "aorta", ";", "abdomen", "with", "no", "relevant", "findings", ";", "no", "evidence", "of", "infectious", "focus", "in", "the", "examination", ".", "-", "Dorsolumbar", "MRI", ":", "extensive", "vertebral", "and", "disc", "degenerative", "changes", "with", "stenosis", "of", "the", "foramina", "at", "L1-L2", ",", "L2-L3", ",", "L3-L4", ",", "L4-L5", "and", "L5-S1", ",", "the", "most", "striking", "and", "causing", "almost", "total", "occlusion", "of", "the", "right", "foramina", "at", "L3-L4", "and", "L4-L5", ".", "There", "are", "no", "signs", "of", "oedema", "of", "infectious", "aspect", "in", "the", "bodies", ",", "nor", "irregularities", "of", "the", "epiphyseal", "platforms", ",", "nor", "in", "the", "intervertebral", "discs", ".", "The", "urine", "culture", "taken", "in", "the", "emergency", "department", "was", "negative", ",", "as", "was", "the", "blood", "culture", "taken", "on", "the", "ward", "(", "due", "to", "previous", "antibiotic", "therapy", ")", ".", "In", "view", "of", "the", "results", "of", "the", "complementary", "tests", "and", "given", "the", "characteristics", "of", "the", "micro-organism", "causing", "the", "bacteraemia", ",", "a", "test", "was", "performed", "which", "proved", "to", "be", "diagnostic", ".", "Differential", "diagnosis", "The", "case", "we", "present", "is", "a", "79-year-old", "man", "who", "consulted", "the", "emergency", "department", "due", "to", "a", "fever", "of", "4-5", "days", "'", "evolution", "and", "a", "flare-up", "over", "the", "last", "2", "months", "of", "chronic", "pain", "in", "the", "paravertebral", "muscles", ",", "with", "growth", "in", "blood", "cultures", "of", "S", ".", "equi", "subspecies", "zooepididemicus", ".", "In", "the", "case", "of", "a", "patient", "with", "bacteraemia", ",", "an", "adequate", "anamnesis", "and", "physical", "examination", "is", "essential", "to", "determine", "the", "severity", "of", "the", "infection", "and", "its", "possible", "origin", "or", "focus", ".", "We", "must", "therefore", "determine", "the", "place", "of", "acquisition", "of", "the", "bacteraemia", "(", "in", "the", "community", ",", "nosocomial", "or", "healthcare-associated", ")", ",", "ask", "whether", "the", "patient", "has", "any", "underlying", "disease", "and", "collect", "clinical", ",", "exploratory", "and", "epidemiological", "data", "to", "guide", "us", "in", "the", "search", "for", "a", "focal", "point", ".", "In", "our", "case", ",", "the", "patient", "was", "a", "male", "with", "no", "history", "of", "interest", "except", "for", "recurrent", "right", "sciatica", ",", "rural", "environment", "and", "a", "molar", "extraction", "2", "months", "ago", ",", "who", "was", "haemodynamically", "stable", "and", "with", "no", "signs", "of", "alarm", "on", "examination", ",", "and", "the", "following", "differential", "diagnosis", "was", "established", "for", "the", "search", "for", "a", "possible", "focal", "point", ":", "Although", "it", "is", "not", "a", "microorganism", "found", "in", "the", "oral", "cavity", ",", "so", "the", "history", "of", "manipulation", "in", "this", "case", "was", "not", "relevant", ",", "endocarditis", "had", "to", "be", "ruled", "out", ",", "as", "in", "some", "series", "S", ".", "equi", "bacteraemia", "is", "associated", "with", "endocarditis", "in", "up", "to", "25-50", "%", "of", "cases", ".", "No", "other", "clinical", ",", "exploratory", "or", "echocardiographic", "data", "were", "found", ",", "nor", "did", "it", "meet", "major", "and", "minor", "criteria", "for", "infective", "endocarditis", ",", "so", "that", "even", "in", "the", "absence", "of", "transesophageal", "echocardiography", "this", "possibility", "seemed", "unlikely", ",", "not", "being", "totally", "ruled", "out", ",", "but", "relegated", "to", "second", "place", "in", "view", "of", "the", "possibility", "of", "other", "alternative", "foci", ".", "In", "the", "search", "for", "other", "possible", "foci", "and", "given", "the", "symptoms", "of", "pain", "at", "the", "paravertebral", "level", ",", "the", "study", "was", "extended", "with", "imaging", "tests", "in", "view", "of", "the", "possibility", "of", "a", "bacteraemia", "that", "had", "settled", "on", "previously", "pathological", "vertebrae", "causing", "spondylodiscitis", ",", "since", ",", "although", "infrequent", ",", "there", "is", "a", "case", "in", "the", "literature", "caused", "by", "this", "germ2", ".", "An", "MRI", "of", "the", "dorsal-lumbar", "spine", "showed", "vertebral", "degenerative", "changes", ",", "especially", "at", "L3-L4", "and", "L4-L5", ",", "but", "without", "the", "presence", "of", "an", "infectious", "focus", "at", "this", "level", ".", "The", "thoraco-abdominal", "CT", "scan", "showed", "the", "presence", "of", "a", "known", "aneurysmal", "dilatation", "at", "the", "level", "of", "the", "descending", "thoracic", "aorta", "together", "with", "mural", "thrombosis", "unchanged", "with", "respect", "to", "previous", "studies", ".", "One", "possibility", "could", "be", "infection", "of", "the", "aneurysm", "or", "thrombus", "behaving", "as", "an", "endovascular", "infection", ",", "since", "this", "microorganism", "has", "also", "been", "described", "in", "association", "with", "aortic", "aneurysms3", ",", "4", ".", "Unfortunately", ",", "the", "second", "blood", "culture", "was", "negative", ",", "and", "we", "could", "not", "rule", "out", "the", "possibility", "that", "this", "was", "due", "to", "transient", "bacteraemia", "(", "if", "persistent", ",", "it", "would", "be", "in", "favour", "of", "endovascular", "infection", ")", ",", "or", "to", "having", "received", "previous", "antibiotherapy", ".", "Given", "the", "patient", "'", "s", "stability", ",", "a", "\"", "washout", "period", "\"", "of", "antibiotherapy", "could", "have", "been", "carried", "out", ",", "suspending", "them", "temporarily", "and", "extracting", "the", "blood", "culture", "later", ",", "which", "would", "have", "helped", "us", "in", "the", "diagnosis", ",", "but", "this", "possibility", "was", "not", "considered", "at", "the", "time", "by", "the", "doctor", "in", "charge", ".", "Other", "possible", "foci", "of", "bacteraemia", "due", "to", "S", ".", "equi", "subspecies", "zooepidemicus", "described", "as", "meningitis", ",", "arthritis", "or", "pneumonia", "were", "ruled", "out", "as", "there", "were", "no", "clinical", "or", "exploratory", "data", "of", "neurological", "or", "joint", "involvement", "or", "a", "chest", "CT", "scan", "without", "condensation", ",", "so", "the", "possible", "diagnosis", "after", "differential", "diagnosis", "would", "be", "primary", "bacteraemia", ",", "endovascular", "infection", "of", "aneurysm", "/", "wall", "thrombus", "or", "less", "likely", "infective", "endocarditis", ".", "Evolution", "The", "patient", "evolved", "favourably", "with", "the", "prescribed", "treatment", "and", "remained", "afebrile", ".", "Given", "that", "bacteraemia", "due", "to", "S", ".", "equi", "subspecies", "zooepidemicus", "has", "been", "associated", "with", "aneurysm", "infection", "and", "our", "patient", "had", "a", "descending", "aortic", "aneurysm", "with", "mural", "thrombus", ",", "a", "PET-CT", "scan", "was", "requested", "with", "the", "following", "result", ":", "-", "PET-CT", "with", "18F-FDG", ":", "dilatation", "is", "visualised", "at", "the", "level", "of", "the", "aortic", "arch", "and", "descending", "aorta", "together", "with", "the", "presence", "of", "hypermetabolic", "foci", "in", "the", "descending", "thoracic", "aorta", "at", "the", "level", "of", "its", "left", "contour", "(", "SUVmax", "=", "7", ".", "51", ")", ",", "affecting", "the", "wall", "and", "extending", "to", "the", "adjacent", "soft", "tissues", "without", "observing", "evident", "uptake", "at", "the", "level", "of", "the", "thrombus", ".", "These", "findings", "are", "compatible", "with", "an", "inflammatory", "process", ",", "aortitis", ",", "in", "the", "clinical", "context", "of", "the", "patient", "of", "possible", "infectious", "origin", ".", "No", "cardiac", "pathological", "foci", "were", "observed", "in", "the", "endocardium", "or", "cardiac", "valves", "suggesting", "the", "existence", "of", "endocarditis", ".", "In", "the", "axial", "skeleton", "there", "were", "no", "lesions", "or", "evident", "metabolic", "increase", ".", "Thoracic", "CT", ":", "We", "observed", "marked", "aortic", "elongation", "with", "mural", "thrombosis", "and", "aneurysmal", "dilatation", "of", "5", "cm", "at", "the", "level", "of", "the", "descending", "thoracic", "aorta", ".", "There", "was", "no", "evidence", "of", "an", "infectious", "focus", "in", "the", "examination", ".", "PET-CT", "(", "Axial", ")", ":", "The", "image", "shows", "the", "presence", "of", "hypermetabolic", "foci", "in", "the", "descending", "thoracic", "aorta", "at", "the", "level", "of", "its", "left", "contour", "(", "SUVmax", "=", "7", ".", "51", ")", ",", "affecting", "the", "wall", "and", "extending", "to", "adjacent", "soft", "parts", ".", "No", "uptake", "was", "observed", "at", "the", "level", "of", "the", "thrombus", ".", "These", "findings", "are", "compatible", "with", "aortitis", ".", "PET-CT", "(", "Coronal", "and", "Sagittal", ")", ":", "In", "this", "last", "image", "we", "observed", "hypermetabolic", "foci", "in", "the", "descending", "thoracic", "aorta", "at", "the", "level", "of", "its", "left", "contour", ",", "in", "the", "clinical", "context", "of", "the", "patient", "of", "possible", "infectious", "origin", ".", "In", "view", "of", "the", "PET-CT", "findings", ",", "2", "weeks", "were", "completed", "with", "ceftriaxone", "2", "g", "/", "IV", "/", "12", "hours", "and", "then", "6", "weeks", "with", "levofloxacin", "750", "mg", "orally", "(", "MIC", "1", "mcg", "/", "ml", ")", ".", "The", "Cardiovascular", "Surgery", "Service", "was", "consulted", "and", ",", "given", "the", "findings", "of", "an", "aneurysm", "of", "5", "cm", "in", "diameter", ",", "he", "was", "referred", "to", "the", "outpatient", "department", "for", "deferred", "intervention", "after", "healing", "of", "the", "current", "infectious", "process", ".", "Control", "blood", "cultures", "2", "weeks", "and", "2", "months", "after", "antibiotic", "therapy", "was", "completed", "were", "negative", "and", "in", "the", "control", "angioTC", "the", "mural", "thrombus", "persisted", "and", "the", "dilatation", "had", "not", "increased", ",", "pending", "scheduling", "of", "intervention", "by", "Cardiovascular", "Surgery", ".", "Diagnosis", "Aortitis", "over", "descending", "aortic", "aneurysm", "due", "to", "S", ".", "equi", "subspecies", "zoonoticus", "with", "secondary", "bacteraemia", "in", "a", "patient", "with", "contact", "with", "equine", "cattle", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 0, 0, 3, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 3, 0, 0 ]

[ { "text": "horse", "label": "SPECIES", "start": 588, "end": 593 }, { "text": "dogs", "label": "SPECIES", "start": 603, "end": 607 }, { "text": "mules", "label": "SPECIES", "start": 576, "end": 581 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2450, "end": 2457 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3026, "end": 3033 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3317, "end": 3324 }, { "text": "S. equi subspecies zooepidemicus", "label": "SPECIES", "start": 2785, "end": 2817 }, { "text": "S. equi", "label": "SPECIES", "start": 2785, "end": 2792 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 4548, "end": 4559 }, { "text": "micro-organism", "label": "SPECIES", "start": 4521, "end": 4535 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 4938, "end": 4949 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 5148, "end": 5159 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4925, "end": 4932 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5233, "end": 5240 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5389, "end": 5396 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 5403, "end": 5407 }, { "text": "S. equi", "label": "SPECIES", "start": 4872, "end": 4879 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 5887, "end": 5898 }, { "text": "S. equi", "label": "SPECIES", "start": 5879, "end": 5886 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 6478, "end": 6489 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 7344, "end": 7355 }, { "text": "S. equi subspecies zooepidemicus", "label": "SPECIES", "start": 7799, "end": 7831 }, { "text": "S. equi", "label": "SPECIES", "start": 7799, "end": 7806 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 8298, "end": 8309 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 8207, "end": 8214 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 8402, "end": 8409 }, { "text": "S. equi subspecies zooepidemicus", "label": "SPECIES", "start": 8317, "end": 8349 }, { "text": "S. equi", "label": "SPECIES", "start": 8317, "end": 8324 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 8977, "end": 8984 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 9916, "end": 9923 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 10695, "end": 10706 }, { "text": "equine", "label": "SPECIES", "start": 10738, "end": 10744 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 10712, "end": 10719 }, { "text": "S. equi", "label": "SPECIES", "start": 10650, "end": 10657 }, { "text": "S. equi subspecies zoonoticus", "label": "SPECIES", "start": 10650, "end": 10679 } ]

[ "A", "33-year-old", "woman", "diagnosed", "in", "February", "2015", "with", "acute", "lymphoblastic", "leukaemia", "BII", "Ph", "negative", "due", "to", "febrile", "syndrome", "and", "purpuric", "lesions", "on", "the", "lower", "limbs", ".", "The", "blood", "test", "showed", "21", ",", "000", "leukocytes", "(", "35", "%", "blasts", "of", "lymphoid", "appearance", ")", ",", "haemoglobin", "of", "11", ".", "9", "g", "/", "dL", "and", "22", ",", "000", "platelets", ".", "The", "patient", "received", "chemotherapy", "treatment", "with", "pre-phase", ",", "induction", ",", "early", "and", "late", "consolidation", ".", "Despite", "this", ",", "she", "had", "an", "early", "molecular", "relapse", "and", "further", "morphological", "relapse", ",", "so", "salvage", "treatment", "was", "performed", "to", "induce", "a", "complete", "remission", "in", "view", "of", "an", "allo-HPTT", ".", "During", "the", "period", "of", "neutropenia", "the", "patient", "received", "antibiotic", ",", "antifungal", "and", "antiviral", "prophylaxis", "with", "levoxacin", "500mg", "/", "day", "by", "mouth", ",", "ceftriaxone", "1g", "/", "24h", "ev", ",", "fluconazole", "400mg", "/", "day", "by", "mouth", ",", "inhaled", "pentamidine", "300mcg", "every", "28", "days", "and", "acyclovir", "400mg", "every", "8h", "by", "mouth", ".", "Twenty", "days", "after", "the", "rescue", "treatment", ",", "the", "patient", "developed", "fever", "with", "no", "apparent", "focus", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "pancytopenia", "with", "200", "leukocytes", "(", "100", "neutrophils", ")", ",", "haemoglobin", "10", ".", "7", "g", "/", "dL", "and", "25", ",", "000", "platelets", ".", "CRP", "2", ".", "97", "mg", "/", "dL", ",", "creatinine", "0", ".", "52", "mg", "/", "dL", ",", "ASAT", "/", "ALAT", "15", "/", "26", "U", "/", "L", ",", "GGT", "/", "FA", "121", "/", "145", "U", "/", "L", ",", "total", "bilirubin", "0", ".", "6", "mg", "/", "dL", ",", "LDH", "145", "U", "/", "L", ",", "sodium", "141", "mEq", "/", "L", "and", "potassium", "3", ".", "8", "mEq", "/", "L", ".", "With", "a", "diagnosis", "of", "febrile", "neutropenia", ",", "cultures", "were", "taken", "and", "meropenem", "and", "vancomycin", "were", "started", ".", "On", "the", "fifth", "day", "of", "fever", ",", "the", "patient", "developed", "respiratory", "symptoms", "and", "a", "CAT", "scan", "was", "performed", ",", "which", "revealed", "alveolar", "condensation", "in", "the", "left", "upper", "lobe", "(", "LSI", ")", "with", "bronchial", "obstruction", "and", "a", "peripheral", "halo", "in", "ground", "glass", ".", "Fibrobronchoscopy", "showed", "inflammation", "of", "the", "LSI", "bronchus", "with", "partial", "occlusion", "of", "the", "bronchus", ".", "Bronchial", "aspirate", "isolated", "Aspergillus", "fumigatus", "colonies", "and", "voriconazole", "was", "started", ".", "Serum", "galactomannan", "detection", "was", "negative", ".", "Despite", "treatment", ",", "the", "patient", "remained", "febrile", ",", "with", "respiratory", "symptoms", "and", "added", "chest", "pain", ".", "A", "second", "fibrobronchoscopy", "was", "performed", ",", "showing", "a", "complete", "narrowing", "of", "the", "lumen", "of", "the", "LSI", ",", "from", "which", "biopsies", "were", "taken", "and", "hyphae", "compatible", "with", "mucor", "were", "observed", ".", "Gene", "detection", "was", "performed", "and", "was", "positive", "for", "Rhizopus", "arrizus", ".", "Liposomal", "amphotericin", "and", "posaconazole", "were", "started", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 19 }, { "text": "antifungal", "label": "SPECIES", "start": 629, "end": 639 }, { "text": "antiviral", "label": "SPECIES", "start": 644, "end": 653 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 291, "end": 298 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 600, "end": 607 }, { "text": "Rhizopus arrizus", "label": "SPECIES", "start": 2099, "end": 2115 }, { "text": "Aspergillus fumigatus colonies", "label": "SPECIES", "start": 1672, "end": 1702 }, { "text": "hyphae", "label": "SPECIES", "start": 2005, "end": 2011 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 880, "end": 887 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1345, "end": 1352 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1800, "end": 1807 }, { "text": "mucor", "label": "SPECIES", "start": 2028, "end": 2033 } ]

[ "A", "67-year-old", "man", "with", "a", "history", "of", "chronic", "lymphocytic", "leukaemia", "diagnosed", "a", "year", "ago", ",", "undergoing", "chemotherapy", ",", "idiopathic", "thrombocytopenic", "purpura", "(", "splenectomised", ")", ",", "and", "steroidal", "diabetes", ".", "He", "consulted", "the", "emergency", "department", "for", "3", "months", "of", "mild", "to", "moderate", "dyspnoea", ",", "which", "in", "the", "last", "3", "days", "became", "minimal", "effort", ",", "associated", "with", "a", "dry", "cough", "and", "fever", "of", "up", "to", "38", ".", "5", "°", "C", ".", "Physical", "examination", "revealed", "tachycardia", ",", "polypnoea", ",", "pallor", "of", "the", "mucous", "membranes", "and", "left-sided", "basal", "cramps", "(", "afebrile", "and", "normotensive", ")", ".", "Initial", "laboratory", "tests", "showed", "hypochromic", "microcytic", "anaemia", "(", "haematocrit", "26", "%", ")", ",", "leukocytosis", "of", "20", ",", "600", "with", "78", "%", "neutrophils", ",", "and", "HSV", "51", "mm", "/", "hr", ".", "Renal", "function", "and", "coagulation", "tests", "were", "normal", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "multiple", "bilateral", "foci", "of", "condensation", ".", "He", "was", "admitted", "with", "a", "diagnosis", "of", "multifocal", "pneumonia", "and", "intravenous", "antibiotic", "treatment", "was", "started", ".", "Chest", "CT", "scan", "showed", "bilateral", "pulmonary", "parenchymal", "phenomena", ",", "interpreted", "as", "infectious", "in", "origin", ",", "and", "signs", "of", "bilateral", "pulmonary", "fibrosis", ",", "with", "a", "non-specific", "pattern", "(", "probably", "secondary", "to", "cytotoxic", "drugs", ")", ".", "Diagnosis", ":", "Gastric", "mucormycosis", "CT", "scan", "of", "the", "abdomen", "and", "pelvis", "shows", "parietal", "thickening", "of", "the", "gastric", "fundus", ",", "associated", "with", "enlarged", "lymph", "nodes", "in", "the", "gastrohepatic", "ligament", ".", "Upper", "gastrointestinal", "endoscopy", "revealed", "an", "ulcerated", "body", "lesion", "with", "a", "neoplastic", "appearance", "(", "Bormann", "II", ")", ",", "which", "was", "biopsied", ".", "The", "patient", "evolved", "favourably", "and", "was", "discharged", "with", "oral", "antibiotic", "treatment", ",", "and", "then", "a", "decision", "was", "made", "on", "the", "management", "of", "the", "gastric", "lesion", ".", "The", "histopathological", "report", "showed", "exacerbated", "chronic", "gastritis", "with", "fungal", "colonies", ",", "which", "were", "later", "confirmed", "by", "culture", "as", "filamentous", "fungus", "Rhyzopus", "Cryzae", ",", "compatible", "with", "gastric", "mucormycosis", ".", "He", "was", "readmitted", "for", "systemic", "amphotericin", "B", ".", "Initial", "tík", "Jnte", "evolves", "with", "extension", "of", "gastric", "involvement", "and", "then", "develops", "a", "pulmonary", "embolism", "(", "confirmed", "with", "angioCT", ")", ",", "which", "makes", "it", "necessary", "to", "start", "anticoagulant", "therapy", ",", "despite", "the", "high", "risk", ".", "Two", "days", "later", ",", "he", "developed", "upper", "gastrointestinal", "bleeding", "with", "haemodynamic", "compromise", "that", "responded", "to", "medical", "management", ".", "Finally", ",", "he", "developed", "progressive", "respiratory", "failure", "and", "acute", "renal", "failure", ",", "and", "antifungal", "therapy", "was", "discontinued", ".", "The", "patient", "died", "one", "month", "after", "diagnosis", ".", "Axial", "section", "and", "CT", "reconstructions", "of", "the", "thorax", ",", "abdomen", "and", "pelvis", ":", "sagittal", "and", "coronal", ",", "with", "oral", "and", "intravenous", "contrast", ".", "Parietal", "thickening", "of", "the", "gastric", "fundus", ",", "in", "a", "partially", "distended", "stomach", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 17 }, { "text": "fungal colonies", "label": "SPECIES", "start": 1630, "end": 1645 }, { "text": "filamentous fungus", "label": "SPECIES", "start": 1688, "end": 1706 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1411, "end": 1418 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2269, "end": 2276 }, { "text": "Rhyzopus Cryzae", "label": "SPECIES", "start": 1707, "end": 1722 }, { "text": "antifungal", "label": "SPECIES", "start": 2228, "end": 2238 } ]

[ "A", "63-year-old", "man", "came", "to", "the", "emergency", "department", "with", "a", "6-day", "history", "of", "high", "fever", "of", "up", "to", "40oC", ",", "accompanied", "by", "intense", "dysuria", "and", "pollakiuria", ",", "for", "which", "he", "had", "been", "prescribed", "Ciprofloxacin", "500mg", "every", "12h", "5", "days", "earlier", "in", "primary", "care", "without", "improvement", ".", "His", "medical", "history", "included", ":", "doubtful", "allergy", "to", "propifenazone", ",", "non-insulin-dependent", "type", "2", "diabetes", "mellitus", ",", "mixed", "hyperlipaemia", ",", "and", "he", "had", "undergone", "appendectomy", "in", "childhood", "and", "laparoscopic", "cholecystectomy", "one", "month", "before", "admission", ".", "On", "examination", "he", "was", "febrile", "(", "39oC", ")", ",", "conscious", "and", "oriented", ",", "eupneic", "at", "rest", ",", "well", "nourished", ",", "hydrated", ",", "perfused", "and", "haemodynamically", "stable", ".", "Cardiopulmonary", "auscultation", "was", "rhythmic", ",", "without", "murmurs", ",", "with", "preserved", "vesicular", "murmur", ",", "without", "added", "noises", ".", "The", "abdomen", "was", "soft", ",", "depressible", ",", "no", "masses", "or", "megaliths", "were", "palpable", ".", "Slight", "discomfort", "on", "palpation", "of", "the", "epigastrium", ",", "without", "defence", "or", "peritonism", ".", "Preserved", "hydro-aerial", "sounds", "and", "bilateral", "non-painful", "renal", "fist", "percussion", ".", "No", "findings", "of", "interest", "were", "detected", "in", "the", "neurological", "examination", ".", "No", "skin", "lesions", "or", "other", "noteworthy", "findings", "were", "found", ".", "Complementary", "examinations", ":", "The", "haemogram", "showed", "a", "leukocytosis", "of", "18", ",", "600", "/", "mm3", ",", "with", "15", ",", "070", "granulocytes", "and", "6", "%", "of", "keys", ",", "lymphocytes", ":", "1", ",", "300", "/", "mm3", ",", "platelets", ":", "70", ",", "000", "/", "mm3", ",", "with", "the", "rest", "of", "the", "parameters", "in", "the", "normal", "range", ".", "Coagulation", ":", "PT", "13", ".", "3", "sec", ",", "PTTA", "normal", ",", "fibrinogen", "1", ",", "161", "mg", "/", "dL", "and", "biochemistry", ":", "glycaemia", "223", "mg", "/", "dL", ",", "creatinine", "1", ".", "2", "mg", "/", "dL", ",", "Na", "130", "mEq", "/", "L", ",", "Ca", "8", ".", "2", "mg", "/", "ml", ",", "BT", "3", ".", "7mg", "/", "dL", ",", "BD", "2", ".", "6mg", "/", "dL", ",", "GOT", "125", "U", "/", "L", ",", "GPT", "160", "U", "/", "L", ",", "amylase", ",", "GGT", ",", "FA", "and", "LDH", "normal", ".", "CRP", "17", ".", "9", "mg", "/", "L", ".", "Urinalysis", "showed", "positive", "nitrites", "and", "sediment", "showed", "pyuria", "and", "intense", "bacteriuria", ".", "Chest", "and", "abdominal", "X-ray", "and", "electrocardiogram", "showed", "no", "findings", "of", "interest", ".", "Although", "the", "presumptive", "diagnosis", "in", "the", "ED", "in", "view", "of", "the", "data", "described", "above", "was", "\"", "sepsis", "of", "probable", "urinary", "origin", "\"", ",", "given", "the", "laboratory", "findings", "of", "elevated", "bilirubin", "with", "discrete", "cytolysis", "and", "the", "history", "of", "laparoscopic", "cholecystectomy", "a", "month", "earlier", ",", "an", "abdominal", "ultrasound", "was", "requested", "prior", "to", "admission", ",", "which", "the", "radiologist", "completed", "with", "an", "abdominal", "CT", "scan", "with", "contrast", ",", "showing", "numerous", "confluent", ",", "poorly", "demarcated", "hypodense", "lesions", "measuring", "85x80x75", "mm", "overall", ",", "affecting", "a", "large", "part", "of", "the", "left", "hepatic", "lobe", "(", "LHI", ")", "and", "a", "small", "adjacent", "portion", "of", "the", "right", "hepatic", "lobe", "(", "LHD", ")", ".", "Similarly", ",", "very", "probable", "millimetric", "lithiasis", "was", "observed", "in", "the", "distal", "common", "bile", "duct", "with", "a", "normal", "bile", "duct", "calibre", ".", "The", "radiological", "conclusion", "was", "that", "in", "the", "clinical", "context", "of", "the", "patient", ",", "the", "best", "diagnostic", "possibility", "was", "an", "acute", "pyogenic", "cholangitis", "initiating", "a", "liver", "abscess", "(", "not", "yet", "organised", ")", "in", "the", "LHD", ".", "In", "view", "of", "these", "findings", ",", "the", "patient", "was", "admitted", ",", "blood", "cultures", "were", "requested", ",", "empirical", "antibiotic", "therapy", "was", "started", "with", "Piperacillin", "/", "tazobactam", "4", "/", "0", ".", "5", "every", "6h", "and", "a", "contrast", "ultrasound", "and", "a", "cholangio-MRI", "were", "ordered", "to", "complete", "the", "imaging", "study", ".", "Twenty-four", "hours", "after", "admission", ",", "the", "ultrasound", "with", "contrast", "showed", "a", "heterogeneous", "area", "of", "about", "90x80", "mm", "in", "diameter", "in", "the", "LHI", ",", "highly", "suggestive", "of", "multiple", "liver", "abscesses", ",", "as", "well", "as", "septated", "cysts", "in", "the", "LHD", ".", "Cholangio-MRI", "was", "performed", "48", "hours", "after", "admission", "and", "was", "reported", "as", "probable", "biliary", "mud", "in", "common", "hepatic", "and", "probable", "intrahepatic", "abscess", "in", "LHI", ",", "without", "being", "able", "to", "rule", "out", "cholangiocarcinoma", ".", "Given", "the", "discrepancies", "between", "the", "different", "imaging", "techniques", ",", "it", "was", "decided", "to", "request", "an", "endoscopic", "retrograde", "cholangiopancreatography", "(", "ERCP", ")", ".", "On", "the", "4th", "day", "of", "admission", ",", "as", "daily", "fever", "peaks", "of", "39-40", "degrees", "persisted", ",", "antibiotic", "therapy", "was", "changed", "to", "Imipenem", "/", "cilastacin", "500mg", "/", "6h", "iv", ",", "still", "empirically", ",", "as", "no", "growth", "was", "obtained", "in", "serial", "blood", "cultures", ".", "ERCP", "ruled", "out", "bile", "duct", "obstruction", "(", "sphincterotomy", "and", "cleaning", "of", "the", "duct", "without", "removal", "of", "material", ")", ",", "leading", "to", "a", "diagnosis", "of", "\"", "multiple", "pyogenic", "liver", "abscesses", "\"", ".", "Differential", "diagnosis", "Regarding", "the", "pathogenesis", "of", "abscesses", ",", "they", "usually", "develop", "after", "peritonitis", "(", "via", "portal", "circulation", ")", ",", "after", "biliary", "infection", "(", "direct", "route", ")", ",", "via", "haematogenous", "dissemination", "due", "to", "systemic", "infection", "or", "through", "surgical", "or", "penetrating", "wounds", ".", "Knowing", "the", "pathogenesis", "is", "essential", "and", "points", "to", "the", "pathogen", "responsible", "in", "most", "cases", ".", "Regarding", "the", "microbiology", ",", "they", "are", "usually", "polymicrobial", "(", "anaerobic", "and", "enteric", "facultative", ")", ",", "although", "a", "high", "variability", "of", "pathogens", "have", "been", "described", "as", "responsible", "for", "this", "pathology", ",", "which", "justifies", "the", "search", "for", "a", "microbiological", "diagnosis", "in", "almost", "all", "cases", ".", "Potential", "pathogens", "included", "in", "the", "differential", "diagnosis", "of", "liver", "abscesses", "in", "our", "case", "were", ":", "1", ".", "The", "Streptococcus", "milleri", "or", "S", ".", "anginosus", "group", "(", "including", "S", ".", "constellatus", "and", "S", ".", "intermedius", ")", "is", "an", "important", "cause", "of", "liver", "abscess", ".", "When", "they", "are", "involved", ",", "it", "should", "prompt", "a", "search", "for", "concurrent", "metastatic", "infections", "elsewhere", ".", "2", ".", "S", ".", "aureus", ",", "S", ".", "pyogenes", "and", "other", "Gram-positive", "cocci", "are", "pathogens", "to", "consider", "in", "specific", "circumstances", ",", "such", "as", "in", "patients", "undergoing", "transarterial", "embolisation", "for", "hepatocellular", "carcinoma", ".", "3", ".", "Candida", "spp", "have", "also", "been", "implicated", "in", "pyogenic", "liver", "abscess", "and", "account", "for", "up", "to", "22", "percent", "of", "liver", "abscesses", "in", "published", "series", ".", "Hepatosplenic", "candidiasis", "may", "occur", "in", "patients", "who", "have", "received", "chemotherapy", "and", "show", "recovery", "in", "neutrophil", "count", "after", "an", "episode", "of", "neutropenia", ".", "Klebsiella", "pneumoniae", "is", "an", "important", "emerging", "pathogen", ".", "Mostly", "implicated", "in", "Asia", "and", "South", "Africa", ".", "5", ".", "Tuberculous", "liver", "abscesses", "are", "rare", ",", "but", "should", "be", "considered", "when", "blood", "cultures", "are", "negative", ".", "6", ".", "Listeria", "monocytogenes", "liver", "infections", "are", "rare", ".", "Patients", "affected", "by", "this", "condition", "are", "usually", "immunocompromised", "and", "most", "cases", "present", "as", "meningitis", "or", "primary", "bacteraemia", ".", "7", ".", "Burkholderia", "pseudomallei", "(", "the", "agent", "of", "Melioidosis", ")", "should", "be", "considered", "in", "patients", "from", "endemic", "areas", "(", "South", "East", "Asia", "and", "Northern", "Australia", ")", ".", "8", ".", "And", "amoebiasis", "should", "be", "considered", "as", "a", "cause", "of", "primary", "liver", "abscess", ",", "especially", "in", "patients", "from", "endemic", "areas", "or", "who", "have", "travelled", "to", "an", "endemic", "area", "within", "the", "last", "six", "months", ".", "Evolution", "On", "the", "7th", "day", "of", "admission", ",", "as", "fever", "peaked", "at", "39-40o", ",", "despite", "a", "change", "in", "empirical", "antibiotic", "therapy", "(", "negative", "serial", "blood", "cultures", ")", ",", "a", "left", "hepatectomy", "was", "performed", "due", "to", "the", "existence", "of", "multiple", "abscesses", ",", "with", "abscesses", "persisting", "in", "the", "right", "hepatic", "lobe", ".", "Twenty-four", "hours", "after", "surgery", ",", "the", "patient", "was", "afebrile", "for", "the", "first", "time", "since", "his", "arrival", "at", "the", "hospital", "and", "acute", "phase", "reactants", "started", "to", "progressively", "decrease", ".", "In", "the", "intraoperative", "tissue", "sample", ",", "a", "hypervirulent", "Klebsiella", "pneumoniae", "serotype", "K1", "(", "magA", "+", ",", "rmpA", "+", ")", "was", "isolated", ",", "with", "an", "antibiogram", "sensitive", "to", "both", "previously", "prescribed", "treatments", "(", "both", "Piperacillin", "/", "tazobactam", "and", "Imipenem", "/", "cilastacin", ")", ",", "responsible", "for", "a", "pathology", "known", "as", "\"", "Klebsiella", "pneumoniae", "invasive", "liver", "abscess", "syndrome", "\"", "(", "for", "which", "treatment", "with", "Imipenem", "/", "cilastacin", "was", "maintained", "for", "4", "weeks", ")", ".", "Final", "diagnosis", "\"", "Invasive", "liver", "abscess", "syndrome", "due", "to", "hypervirulent", "Klebsiella", "pneumoniae", "K1", "magA", "+", ",", "rmpA", "+", "\"", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "childhood", "label": "HUMAN", "start": 435, "end": 444 }, { "text": "bacteriuria", "label": "SPECIES", "start": 1676, "end": 1687 }, { "text": "radiologist", "label": "HUMAN", "start": 2101, "end": 2112 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2567, "end": 2574 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2732, "end": 2739 }, { "text": "pathogen", "label": "SPECIES", "start": 4250, "end": 4258 }, { "text": "pathogens", "label": "SPECIES", "start": 4413, "end": 4422 }, { "text": "pathogens", "label": "SPECIES", "start": 4568, "end": 4577 }, { "text": "Patients", "label": "HUMAN", "start": 5631, "end": 5639 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 5838, "end": 5846 }, { "text": "Burkholderia pseudomallei", "label": "SPECIES", "start": 5761, "end": 5786 } ]

[ "We", "present", "the", "case", "of", "a", "69-year-old", "woman", ",", "with", "no", "known", "drug", "allergies", ",", "independent", "for", "basic", "activities", "of", "daily", "living", ",", "with", "a", "history", "of", "arterial", "hypertension", ",", "asthma", ",", "L5-S1", "discopathy", ",", "bilateral", "gonarthrosis", "and", "impaired", "fasting", "blood", "glucose", ".", "On", "6", "October", "2015", ",", "she", "underwent", "surgery", "to", "implant", "a", "total", "knee", "prosthesis", ",", "with", "good", "evolution", "in", "the", "immediate", "postoperative", "period", ",", "with", "no", "local", "or", "distant", "infectious", "complications", ".", "After", "discharge", ",", "the", "patient", "achieved", "full", "functional", "recovery", ",", "ambulated", "without", "assistance", "and", "reported", "no", "pain", "in", "the", "joint", ".", "On", "12", "November", "2015", ",", "she", "abruptly", "presented", "with", "inflammatory", "pain", ",", "synovial", "effusion", "and", "almost", "total", "functional", "impotence", "of", "the", "joint", ",", "associated", "in", "the", "following", "hours", "with", "a", "febrile", "syndrome", "with", "chills", "and", "shivering", ".", "He", "therefore", "went", "to", "the", "emergency", "department", "where", "frank", "signs", "of", "arthritis", "were", "observed", "in", "the", "right", "knee", ",", "with", "no", "dehiscence", "or", "fistulas", "in", "relation", "to", "the", "surgical", "wound", "and", "with", "the", "rest", "of", "the", "physical", "examination", "being", "anodyne", ".", "Urgent", "laboratory", "tests", "revealed", "normocytic", "anaemia", ",", "mild", "leukocytosis", "and", "elevated", "C-reactive", "protein", "(", "348", "mg", "/", "L", ")", "with", "no", "other", "findings", "of", "interest", ".", "Synovial", "fluid", "extracted", "by", "arthrocentesis", "was", "cloudy", ",", "with", "undetectable", "glucose", ",", "33", ",", "600", "leukocytes", "(", "95", "%", "PMN", "5", "%", "MN", ")", "and", "protein", "5", ".", "32", "g", "/", "dL", ".", "Blood", "and", "synovial", "fluid", "cultures", "were", "requested", "and", "penicillin-sensitive", "Streptococcous", "pyogenes", "was", "isolated", ".", "Plain", "radiography", "showed", "no", "evidence", "of", "implant", "mobilisation", "or", "periprosthetic", "fracture", ".", "A", "transthoracic", "echocardiogram", "ruled", "out", "the", "presence", "of", "endocarditis", ".", "With", "the", "diagnosis", "of", "presumed", "infection", "of", "the", "total", "knee", "prosthesis", ",", "surgical", "debridement", "was", "performed", "on", "13", "November", ",", "and", "abundant", "intraoperative", "purulent", "exudate", "was", "observed", ",", "as", "well", "as", "loosening", "of", "the", "tibial", "component", ",", "which", "led", "to", "complete", "resection", "of", "the", "prosthesis", "with", "implantation", "of", "a", "spacer", "impregnated", "with", "vancomycin", "and", "gentamicin", ".", "The", "four", "intraoperative", "samples", "of", "periprosthetic", "tissue", "were", "positive", "for", "the", "same", "germ", ",", "so", "after", "completing", "a", "brief", "72-hour", "period", "of", "empirical", "antibiotic", "treatment", ",", "the", "patient", "was", "de-escalated", "to", "intravenous", "ceftriaxone", "(", "2g", "every", "12", "hours", ")", "for", "two", "weeks", ",", "and", "then", "to", "oral", "amoxicillin", ",", "1g", "every", "6", "hours", ",", "for", "the", "remaining", "six", "weeks", ".", "After", "successful", "completion", "of", "the", "treatment", "and", "normalisation", "of", "the", "acute", "phase", "reactants", ",", "the", "second", "stage", "of", "surgery", "with", "reimplantation", "of", "the", "secondary", "arthroplasty", "was", "performed", "on", "25", "February", ".", "The", "surgical", "site", "was", "described", "as", "apparently", "clean", "and", "all", "four", "culture", "samples", "obtained", "prior", "to", "reimplantation", "were", "negative", ".", "The", "postoperative", "course", "was", "torpid", "due", "to", "medial", "dehiscence", "of", "the", "surgical", "wound", "that", "gave", "way", "to", "a", "new", "infection", "on", "the", "implant", ",", "this", "time", "by", "Staphylococcus", "epidermidis", "resistant", "to", "cloxacillin", ",", "levofloxacin", ",", "erythromycin", ",", "clindamycin", "and", "trimethoprim-sulfamethoxazole", ",", "rescued", "in", "the", "four", "intraoperative", "samples", "after", "further", "debridement", "with", "retention", "of", "the", "implant", "and", "replacement", "of", "the", "polyethylene", "on", "10", "March", "2016", ".", "The", "patient", "completed", "targeted", "antibiotic", "treatment", "with", "intravenous", "daptomycin", "(", "10", "mg", "/", "kg", "/", "24h", ")", "and", "oral", "rifampicin", "600mg", "every", "24h", "for", "two", "weeks", ",", "followed", "by", "linezolid", "600", "mg", "every", "12h", ".", "After", "correctly", "complying", "with", "the", "established", "treatment", "and", "receiving", "daily", "dressings", "by", "a", "specialised", "nurse", ",", "the", "evolution", "of", "the", "wound", "was", "not", "satisfactory", ",", "persisting", "dehiscent", "and", "exudative", "until", "the", "prosthetic", "material", "was", "exposed", ".", "For", "this", "reason", ",", "in", "week", "8", "of", "treatment", "(", "17", "May", "2016", ")", ",", "the", "Plastic", "Surgery", "and", "Traumatology", "teams", "performed", "a", "joint", "operation", "in", "which", "a", "new", "debridement", "of", "the", "periprosthetic", "tissues", ",", "replacement", "of", "the", "polyethylene", ",", "reinforcement", "of", "the", "patellar", "tendon", "and", "skin", "coverage", "with", "a", "bipedicled", "graft", "from", "the", "posterior-internal", "thigh", "and", "coverage", "of", "the", "bed", "with", "a", "meshed", "graft", "that", "was", "extracted", "from", "the", "right", "lower", "limb", ".", "Both", "in", "the", "seven", "intraoperative", "samples", "and", "in", "the", "polyethylene", "sonication", ",", "S", ".", "epidermidis", "was", "recovered", "with", "a", "phenotype", "different", "from", "the", "previous", "one", "and", "resistant", "to", "cloxacillin", ",", "levofloxacin", ",", "erythromycin", ",", "clindamycin", ",", "TMP-SMX", ",", "rifampicin", "and", "linezolid", ".", "Differential", "diagnosis", "In", "the", "assessment", "of", "any", "patient", "affected", "by", "acute", "joint", "inflammation", "on", "a", "recently", "implanted", "prosthesis", ",", "aseptic", "loosening", "of", "the", "prosthesis", ",", "haemarthrosis", ",", "prosthetic", "dislocation", "or", "periprosthetic", "fracture", ",", "and", "prosthetic", "infection", "should", "be", "considered", "as", "possible", "diagnoses", ".", "Other", "processes", "to", "take", "into", "account", ",", "although", "less", "prevalent", "during", "the", "first", "month", "after", "the", "operation", ",", "would", "be", "microcrystalline", "arthritis", ",", "systemic", "diseases", ",", "complicated", "Baker", "'", "s", "cyst", "or", "periarticular", "processes", "(", "tendinitis", ",", "bursitis", "or", "sprains", ")", ".", "Evolution", "After", "the", "last", "operation", ",", "it", "was", "decided", "to", "start", "targeted", "antibiotic", "treatment", "with", "intravenous", "dalbavancin", "at", "a", "dose", "of", "1000mg", "weekly", ",", "together", "with", "oral", "doxycycline", "100mg", "every", "12", "hours", "for", "8", "weeks", "under", "home", "hospitalisation", ".", "He", "had", "monthly", "check-ups", "at", "the", "doctor", "'", "s", "office", ".", "In", "the", "last", "of", "these", ",", "nine", "months", "after", "the", "end", "of", "treatment", ",", "the", "graft", "is", "attached", "and", "healthy", ",", "there", "are", "no", "areas", "of", "dehiscence", ",", "fistula", "or", "cellulitis", "around", "the", "surgical", "wound", ",", "the", "prosthesis", "is", "stable", ",", "reaching", "90o", "of", "flexion", "with", "no", "evidence", "of", "mobilisation", "in", "the", "conventional", "radiological", "study", ",", "and", "the", "analysis", "is", "normal", ".", "The", "patient", "reports", "being", "pain-free", "and", "ambulates", "without", "assistance", ".", "Final", "diagnosis", "Acute", "haematogenous", "infection", "of", "the", "right", "PTR", "by", "S", ".", "pyogenes", ".", "Early", "prosthetic", "infection", "on", "secondary", "arthroplasty", "by", "multidrug-resistant", "S", ".", "epidermidis", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 37, "end": 42 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 458, "end": 465 }, { "text": "germ", "label": "SPECIES", "start": 2020, "end": 2024 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2108, "end": 2115 }, { "text": "penicillin-sensitive Streptococcous pyogenes", "label": "SPECIES", "start": 1366, "end": 1410 }, { "text": "Staphylococcus epidermidis", "label": "SPECIES", "start": 2747, "end": 2773 } ]

[ "Male", "patient", ",", "42", "years", "old", ",", "with", "no", "significant", "history", "of", "morbidity", ",", "who", "suffers", "an", "accident", "at", "work", "while", "driving", "a", "forklift", ",", "when", "he", "drives", "over", "a", "rock", "with", "his", "vehicle", ",", "receiving", "a", "blow", "and", "axial", "compression", "in", "the", "lumbar", "region", ",", "after", "which", "he", "suffers", "pain", "in", "the", "aforementioned", "area", ".", "He", "was", "hospitalised", "and", "the", "pain", "was", "controlled", "medically", ",", "which", "partially", "subsided", ".", "On", "the", "fourth", "day", ",", "she", "presented", "with", "a", "fever", "associated", "with", "a", "compromised", "general", "condition", ",", "for", "which", "a", "magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", "scan", "of", "the", "lumbar", "spine", "was", "performed", ",", "which", "was", "not", "available", ";", "it", "showed", "central", "extruded", "herniated", "nucleus", "pulposus", "(", "HNP", ")", "L5-S1", "associated", "with", "an", "organised", "collection", "in", "the", "same", "space", "and", "significant", "compression", "of", "the", "dural", "sac", ".", "The", "evolution", "of", "the", "laboratory", "tests", "is", "shown", "in", "the", "table", "in", "the", "appendix", ".", "Initially", ",", "HSV", ":", "77", "mm", ",", "CRP", "of", "243", ".", "05", "and", "leucocytes", "4", ",", "600", "with", "a", "left", "shift", "were", "observed", ",", "and", "empirical", "antibiotic", "treatment", "was", "started", "with", "ceftriaxone", ",", "metronidazole", "and", "gentamicin", ";", "fever", "dropped", "48", "hours", "after", "starting", "antibiotic", "treatment", ".", "Blood", "cultures", "isolated", "Staphylococcus", "aureus", "(", "SAMS", ")", "sensitive", "to", "cloxacillin", ",", "so", "antibiotic", "treatment", "was", "modified", "to", "cloxacillin", "2", "g", "c", "/", "6", "ev", "plus", "cefazolin", "1g", "c", "/", "8", "ev", ",", "completing", "20", "days", "with", "this", "scheme", ".", "Three", "weeks", "after", "the", "onset", "of", "symptoms", ",", "the", "patient", "was", "referred", "to", "our", "centre", "for", "management", "by", "the", "spine", "team", ".", "A", "new", "MRI", "of", "the", "lumbar", "spine", "was", "performed", ",", "showing", "an", "image", "compatible", "with", "a", "posterior", "peridural", "abscess", "which", ",", "when", "analysed", "in", "relation", "to", "the", "previous", "images", ",", "suggested", "that", "it", "was", "initially", "a", "haematoma", "related", "to", "a", "traumatic", "L5-S1", "PNH", ",", "which", "subsequently", "became", "infected", ".", "Intravenous", "antibiotic", "treatment", "was", "maintained", ",", "ruling", "out", "the", "surgical", "option", "because", "the", "patient", "evolved", "afebrile", "and", "asymptomatic", "from", "the", "neurological", "point", "of", "view", ",", "being", "discharged", "without", "neurological", "deficit", ",", "with", "inflammatory", "parameters", "in", "clear", "decrease", "after", "completing", "6", "weeks", "of", "intravenous", "antibiotic", "treatment", ",", "with", "oral", "scheme", "of", "cefadroxil", "1", "g", "c", "/", "12", ",", "for", "4", "weeks", "." ]

[ 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5, "end": 12 }, { "text": "Male patient", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 12 }, { "text": "Staphylococcus aureus", "label": "SPECIES", "start": 1099, "end": 1120 }, { "text": "SAMS", "label": "SPECIES", "start": 1122, "end": 1126 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1326, "end": 1333 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1767, "end": 1774 } ]

[ "A", "14-year-old", "male", "patient", ",", "resident", "of", "the", "city", "of", "Medellín", ",", "previously", "asymptomatic", ",", "was", "referred", "to", "the", "urology", "department", "of", "the", "Hospital", "Pablo", "Tobón", "Uribe", "with", "a", "diagnosis", "of", "a", "left", "testicular", "mass", ".", "The", "patient", "incidentally", "palpated", "a", "painless", "testicular", "mass", "in", "the", "left", "scrotal", "area", ",", "without", "noting", "its", "growth", "over", "time", ",", "unrelated", "to", "local", "trauma", "or", "associated", "with", "other", "symptoms", ".", "He", "initially", "consulted", "his", "local", "doctor", "and", "an", "ultrasound", "study", "was", "ordered", ",", "which", "showed", "two", "rounded", ",", "well-defined", "images", "of", "similar", "size", ",", "shape", "and", "echogenicity", "in", "the", "left", "scrotal", "sac", ",", "measuring", "an", "average", "of", "9", "x", "11", "mm", ",", "which", "also", "showed", "a", "similar", "Doppler", "pattern", ".", "This", "study", "ruled", "out", "lesions", "in", "the", "epididymis", ".", "With", "this", "result", ",", "they", "suggested", "ruling", "out", "a", "testicular", "mass", "or", "supernumerary", "testicle", "and", "referred", "him", "to", "the", "internist", ",", "who", "ordered", "a", "magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", ",", "which", "reported", "the", "presence", "of", "three", "well-defined", "oval-shaped", "structures", "in", "the", "scrotal", "sac", ",", "compatible", "with", "two", "testicles", "and", "one", "additional", "one", "(", "see", "Fig", ".", "2", ")", ",", "without", "masses", "or", "adenopathies", ".", "Because", "of", "these", "findings", "he", "was", "referred", "to", "urology", ".", "The", "patient", "had", "a", "negative", "personal", "history", ".", "On", "physical", "examination", ",", "the", "patient", "was", "found", "to", "be", "in", "good", "general", "condition", ",", "with", "vital", "signs", "within", "normal", "parameters", "for", "his", "age", "and", "with", "adequate", "pondo-stural", "development", ";", "there", "were", "no", "palpable", "masses", "or", "hernias", "in", "the", "abdomen", ",", "and", "no", "inguinal", "lymphadenopathies", ".", "In", "the", "external", "genitalia", ",", "the", "penis", "was", "normal", ",", "and", "two", "healthy", "testicles", "were", "palpated", ",", "as", "well", "as", "a", "spherical", "adenomatous", "mass", ",", "located", "in", "the", "upper", "(", "proximal", ")", "area", "of", "the", "left", "hemiscrotal", ",", "mobile", ",", "non-painful", ",", "easily", "detachable", "with", "the", "fingers", ",", "with", "no", "nodulations", "or", "signs", "of", "local", "inflammation", ".", "Based", "on", "the", "clinical", "history", ",", "complementary", "studies", "and", "physical", "examination", "findings", ",", "a", "diagnostic", "impression", "of", "paratesticular", "mass", "or", "PQ", "is", "made", ".", "With", "this", "clinical", "approach", "and", "prior", "review", "of", "the", "subject", ",", "it", "is", "decided", "to", "perform", "surgery", "for", "exploration", "and", "resection", "of", "the", "lesion", ",", "with", "the", "prior", "informed", "consent", "of", "the", "patient", "and", "his", "family", ".", "Under", "general", "anaesthesia", ",", "a", "transverse", "scrotal", "incision", "was", "made", ",", "with", "subsequent", "dissection", "by", "planes", "up", "to", "the", "albuginea", "on", "the", "left", "side", ",", "observing", "the", "presence", "of", "two", "structures", "of", "equal", "size", ",", "appearance", "and", "consistency", "compatible", "with", "testicles", ",", "being", "joined", "by", "a", "common", "epididymis", "and", "each", "with", "a", "vascular", "bundle", ",", "where", "only", "one", ",", "This", "led", "us", "to", "think", "that", "it", "corresponded", "in", "its", "embryological", "origin", "to", "the", "superior", "testicular", "pole", ",", "while", "the", "other", ",", "located", "proximally", "or", "superiorly", ",", "had", "a", "very", "dilated", "and", "unique", "venous", "bundle", ".", "The", "latter", "was", "sectioned", ",", "ligated", "with", "exhaustive", "haemostasis", "and", "cut", ";", "a", "rounded", "carmelite-coloured", "structure", "of", "firm", "consistency", ",", "approximately", "1", ".", "2", "cm", "in", "its", "largest", "diameter", ",", "was", "obtained", ",", "which", "was", "sent", "for", "anatomopathological", "study", ".", "A", "pocket", "is", "then", "made", "in", "the", "subdural", "space", "where", "the", "healthy", "testicle", "is", "placed", "and", "fixed", "with", "Vicryl", "®", "4-0", "(", "Ethicon", ",", "Johnson", "&", "Johnson", ")", "absorbable", "organic", "suture", "material", "(", "polyglactin", ")", ".", "A", "plane", "closure", "is", "performed", "and", "a", "left", "ilioinguinal", "nerve", "block", "is", "made", "on", "the", "left", "side", ".", "The", "patient", "was", "discharged", "immediately", "postoperatively", "and", "progressed", "satisfactorily", ",", "without", "complications", ".", "Two", "fragments", "were", "processed", "for", "the", "pathology", "report", "and", "histological", "sections", "showed", "a", "normal", "testicle", ".", "No", "seminal", "intratubular", "neoplasia", "." ]

[ 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 26 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 19, "end": 26 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 208, "end": 215 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1126, "end": 1133 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1196, "end": 1203 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 1149, "end": 1157 }, { "text": "doctor", "label": "HUMAN", "start": 422, "end": 428 }, { "text": "internist", "label": "HUMAN", "start": 817, "end": 826 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2068, "end": 2075 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3147, "end": 3154 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 2084, "end": 2090 } ]

[ "Anamnesis", "A", "72-year-old", "woman", "came", "to", "the", "dermatology", "clinic", "for", "a", "lesion", "of", "six", "days", "'", "evolution", "on", "the", "left", "elbow", ",", "associated", "with", "fever", "in", "the", "days", "prior", "to", "the", "consultation", ",", "otherwise", "without", "other", "symptoms", ".", "She", "had", "suffered", "a", "trauma", "to", "the", "area", "with", "a", "plant", "two", "weeks", "earlier", ",", "although", "this", "history", "was", "not", "reported", "until", "several", "days", "after", "the", "first", "contact", "with", "our", "department", ".", "The", "patient", "had", "no", "family", "history", "of", "interest", "and", "suffered", "from", "type", "II", "diabetes", "mellitus", "in", "treatment", "with", "oral", "antidiabetics", ",", "hypothyroidism", "in", "replacement", "treatment", "with", "levothyroxine", "and", "breast", "cancer", "in", "remission", "since", "2009", ".", "She", "had", "no", "toxic", "habits", ",", "recent", "changes", "in", "her", "usual", "medication", "or", "contact", "with", "the", "countryside", "and", "/", "or", "animals", ".", "Physical", "examination", "On", "the", "left", "elbow", "there", "was", "an", "erythematous", "and", "violaceous", "plaque", "of", "approximately", "2x2", ".", "5", "cm", ",", "circular", ",", "with", "a", "pseudovesicular", "and", "pustular", "surface", "that", "later", "ulcerated", "and", "showed", "a", "haemorrhagic-purulent", "exudate", "and", "a", "perilesional", "erythematous", "halo", ".", "In", "addition", ",", "there", "were", "mobile", "lymph", "nodes", "approximately", "1", "cm", "in", "size", "and", "painful", "at", "the", "axillary", "level", "and", "medially", "to", "the", "antecubital", "fossa", ".", "Complementary", "examinations", "The", "following", "complementary", "tests", "were", "performed", ":", "1", ".", "Iconography", ".", "Photograph", "of", "the", "primary", "skin", "lesion", "and", "of", "the", "adenopathies", "in", "transit", "after", "the", "patient", "had", "signed", "an", "informed", "consent", "form", ".", "Biopsy", ".", "After", "signing", "the", "informed", "consent", "form", "and", "under", "local", "anaesthesia", "with", "2", "%", "mepivacaine", ",", "samples", "were", "taken", "with", "a", "4", "mm", "punch", "from", "the", "periphery", "of", "the", "lesion", "and", "from", "the", "centre", ".", "These", "samples", "were", "sent", "to", "anatomical", "pathology", "and", "microbiology", "respectively", ".", "Pathological", "anatomy", ":", "the", "biopsy", "revealed", "an", "unaltered", "epidermis", "and", "a", "histiocytic", "infiltrate", "in", "the", "hypodermis", "(", "detected", "by", "CD68", "staining", ")", ",", "microabcesses", "and", "necrosis", ".", "There", "was", "no", "evidence", "of", "fungal", "infection", "on", "silver", "staining", ".", "Microbiology", ":", "cultures", "were", "grown", "on", "Sabouraud", "dextrose", "Agar", "medium", ",", "among", "others", ",", "and", "orange", "colonies", "giving", "off", "a", "damp", "earthy", "odour", "were", "obtained", ",", "which", "were", "identified", "as", "Nocardia", "brasiliensis", ".", "An", "antibiogram", "showed", "sensitivity", "to", ":", "trimethoprim", "sulfamethoxazole", ",", "linezolid", ",", "cefotaxime", ",", "amoxicillin", "/", "clavulanate", "and", "tigecycline", ";", "and", "resistance", "to", ":", "amikacin", ",", "ciprofloxacin", ",", "levofloxacin", ",", "imipenem", ".", "Culture", "and", "Gram", ".", "Samples", "were", "obtained", "with", "a", "swab", "for", "culture", "and", "Gram", "staining", ".", "Culture", "and", "gram", "stain", "of", "the", "exudate", "showed", "external", "contamination", "flora", ".", "3", ".", "Analytical", "analysis", "-", "Haemoglobin", ":", "haemoglobin", ":", "10", ".", "6", "g", "/", "dl", ",", "leucocytes", ":", "5550", "with", "normal", "formula", ",", "platelets", "291000", ",", "V", ".", "S", ".", "G", ".", ":", "26", "mm", "/", "hour", ".", "-", "Biochemistry", ":", "normal", "hepatic", "and", "renal", "profiles", "with", "C-reactive", "protein", "levels", "of", "28", ".", "5", "mg", "/", "L", ".", "-", "Proteinogram", ":", "tracing", "compatible", "with", "moderate", "inflammatory", "syndrome", "and", "moderate", "hypogammaglobulinemia", ".", "-", "Normal", "coagulation", ".", "4", ".", "Serology", "for", "rickettsiae", "and", "borrelia", "were", "negative", ".", "Diagnosis", "Nodular", "lymphangitis", "due", "to", "nocardia", "brasiliensis", ".", "Treatment", "Initially", ",", "a", "clinical", "diagnosis", "of", "possible", "arthropod", "bite", "was", "established", "and", "empirical", "treatment", "with", "cefotaxime", "1g", "/", "8", "h", "IV", ",", "metronidazole", "500", "mg", "/", "8", "h", "IV", "and", "ciprofloxacin", "250mg", "/", "12", "h", "PO", ",", "in", "addition", "to", "local", "treatment", "with", "fusidic", "acid", "and", "betamethasone", ".", "After", "microbiological", "diagnosis", ",", "the", "treatment", "of", "choice", "was", "established", "with", "trimethoprim", "sulfamethoxazole", "169mg", "/", "800mg", "every", "12", "hours", "for", "three", "months", ".", "Evolution", "The", "patient", "'", "s", "evolution", "was", "favourable", ",", "with", "complete", "healing", "of", "the", "primary", "lesion", "three", "weeks", "after", "the", "treatment", "of", "choice", "and", "disappearance", "of", "the", "lymphadenopathy", "in", "transit", "after", "one", "month", ".", "There", "was", "no", "evidence", "of", "cytopenias", "throughout", "the", "treatment", "and", "the", "patient", "is", "currently", "asymptomatic", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "animals", "label": "SPECIES", "start": 717, "end": 724 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 403, "end": 409 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 29 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 388, "end": 395 }, { "text": "plant", "label": "SPECIES", "start": 256, "end": 261 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1317, "end": 1324 }, { "text": "Nocardia brasiliensis", "label": "SPECIES", "start": 2034, "end": 2055 }, { "text": "orange colonies", "label": "SPECIES", "start": 1947, "end": 1962 }, { "text": "fungal", "label": "SPECIES", "start": 1823, "end": 1829 }, { "text": "flora", "label": "SPECIES", "start": 2409, "end": 2414 }, { "text": "borrelia", "label": "SPECIES", "start": 2810, "end": 2818 }, { "text": "rickettsiae", "label": "SPECIES", "start": 2794, "end": 2805 }, { "text": "nocardia brasiliensis", "label": "SPECIES", "start": 2873, "end": 2894 }, { "text": "arthropod", "label": "SPECIES", "start": 2951, "end": 2960 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3330, "end": 3337 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3590, "end": 3597 } ]

[ "", "A", "45-year-old", "African-American", "woman", ",", "forty-five", "years", "old", ",", "40", "weeks", "and", "2", "days", "gestation", ",", "presented", "to", "the", "service", "on", "25", "March", "2020", "with", "contractions", "and", "vomiting", ".", "The", "patient", "had", "a", "history", "of", "two", "term", "vaginal", "deliveries", "and", "diet-controlled", "gestational", "diabetes", "(", "GDMA1", ")", ".", "Her", "body", "mass", "index", "(", "BMI", ")", "was", "44", ".", "6", "kg", "/", "m2", ".", "Her", "medical", "history", "was", "only", "relevant", "in", "terms", "of", "obesity", "and", "advanced", "age", "of", "pregnancy", ".", "Her", "only", "medication", "was", "daily", "prenatal", "vitamins", ".", "The", "patient", "had", "no", "known", "contact", "with", "COVID-19", "cases", "and", "had", "not", "travelled", "outside", "the", "United", "States", "during", "the", "past", "month", ".", "She", "was", "noted", "to", "be", "tachycardic", "with", "a", "pulse", "of", "120", "bpm", ",", "fetal", "tachycardia", "with", "a", "baseline", "fetal", "pulse", "of", "170", "bpm", "and", "a", "baseline", "temperature", "of", "37", ".", "5", "°", "C", ".", "She", "was", "admitted", "with", "hydration", "and", "hydration", ".", "She", "was", "admitted", "with", "i", ".", "v", ".", "hydration", "and", "prolonged", "monitoring", ".", "Two", "hours", "after", "admission", ",", "the", "patient", "'", "s", "temperature", "rose", "to", "38", ".", "2", "°", "C", "and", "radiological", "tests", "revealed", "pulmonary", "oedema", "and", "ground-glass", "appearance", ".", "Six", "hours", "after", "the", "initial", "consultation", ",", "the", "patient", "presented", "with", "severe", "hypertension", "at", "both", "limits", ",", "with", "a", "pressure", "of", "183", "/", "114", "mm", "Hg", ",", "pulse", "130", "bpm", ",", "respiratory", "rate", "of", "26", "bpm", ",", "temperature", "of", "38", ".", "1", "°", "C", "and", "oxygen", "saturation", "(", "SpO2", ")", "of", "96", "%", ".", "Taking", "into", "account", "the", "extreme", "blood", "pressure", ",", "a", "pre-eclampsia", "profile", "was", "done", "which", "revealed", "proteinuria", "of", "1", "+", ",", "thrombocytes", "of", "274", ",", "000", "per", "mcL", ",", "aspartate", "aminotransferase", "(", "AST", ")", "of", "32", "IU", "/", "L", "and", "alanine", "aminotransferase", "(", "ALT", ")", "of", "24", "IU", "/", "L", ".", "A", "diagnosis", "of", "pre-eclampsia", "was", "made", "and", "treatment", "with", "magnesium", "sulphate", "was", "started", "to", "prevent", "possible", "crises", ".", "The", "patient", "'", "s", "respiratory", "rate", "increased", "to", "40", "r", ".", "p", ".", "m", ".", "and", "SpO2", "decreased", "to", "80", "%", "with", "nasal", "cannula", "oxygen", "therapy", ".", "After", "discussion", "with", "the", "departments", "of", "maternal-fetal", "medicine", ",", "anaesthesia", ",", "general", "obstetrics", "and", "gynaecology", "and", "cardiology", ",", "it", "was", "decided", "to", "remove", "the", "foetus", "to", "allow", "maternal", "resuscitation", ".", "A", "caesarean", "section", "was", "performed", "7", ".", "5", "hours", "after", "the", "initial", "consultation", ",", "on", "26", "March", "2020", ".", "On", "day", "0", "post-operatively", ",", "maternal", "arterial", "blood", "gases", "showed", "a", "pH", "of", "7", ".", "27", ",", "pCO2", "of", "31", "mm", "Hg", ",", "pO2", "of", "117", "mm", "Hg", ",", "HCO3", "of", "16", "mEq", "/", "L", "and", "a", "base", "excess", "(", "BE", ")", "of-11", "mmol", "/", "L", ".", "A", "follow-up", "chest", "X-ray", "revealed", "small", "bilateral", "peripheral", "opacities", ",", "with", "a", "differential", "diagnosis", "including", "atypical", "pneumonia", "and", "congestive", "heart", "failure", ".", "Because", "of", "suspected", "congestive", "heart", "failure", ",", "magnesium", "sulphate", "was", "withdrawn", "and", "i", ".", "v", ".", "furosemide", "was", "administered", ".", "Cardiology", "was", "consulted", "for", "an", "echocardiogram", ",", "which", "showed", "a", "reduced", "LV", "ejection", "fraction", "of", "40", "%", "with", "global", "hypokinesia", ";", "the", "patient", "was", "diagnosed", "with", "acute", "heart", "failure", "with", "reduced", "ejection", "fraction", ".", "Taking", "into", "account", "the", "clinical", "picture", "of", "fever", ",", "tachypnoea", "and", "chest", "X-ray", "findings", ",", "against", "the", "background", "of", "a", "pandemic", ",", "a", "GeneXpert", "PCR", "test", "for", "COVID-19", "RNA", "was", "performed", "and", "was", "positive", ".", "Additional", "analytical", "tests", "found", "normal", "troponin", "(", "0", ".", "046", "ng", "/", "mL", ")", ",", "brain", "natriuretic", "peptide", "(", "114", "pg", "/", "mL", ",", "normal", "<", "100", "pg", "/", "mL", ")", "and", "procalcitonin", "(", "0", ".", "13", "ng", "/", "mL", ",", "normal", "<", "0", ".", "10", "ng", "/", "mL", ")", ".", "On", "postoperative", "day", "4", ",", "chest", "X-ray", "showed", "worsening", "bilateral", "pulmonary", "infiltrates", "and", ",", "despite", "oxygen", "therapy", ",", "SpO2", "could", "not", "be", "maintained", "above", "90", "%", ".", "An", "electrocardiogram", "was", "performed", ",", "which", "revealed", "non-specific", "T-wave", "alterations", "in", "an", "otherwise", "normal", "ECG", ",", "with", "a", "QT", "/", "QTc", "of", "354", "/", "465", "ms", "(", "both", "normal", ")", ".", "Serum", "potassium", "was", "3", ".", "7", "mEq", "/", "L", "(", "normal", ")", ".", "The", "patient", "'", "s", "condition", "did", "not", "improve", "and", "treatment", "was", "started", "with", "60", "mg", "i", ".", "v", ".", "methylprednisolone", "every", "3", "hours", "and", "400", "mg", "hydroxychloroquine", "orally", "every", "12", "hours", "for", "24", "hours", ",", "followed", "by", "400", "mg", "orally", "per", "day", ".", "That", "same", "afternoon", ",", "after", "administration", "of", "the", "initial", "doses", ",", "she", "started", "desaturating", "at", "86", "%", "with", "6", "L", "via", "nasal", "cannula", ".", "Maternal", "arterial", "blood", "gases", "showed", "a", "pH", "of", "7", ".", "07", ",", "pCO2", "of", "75", "mm", "Hg", ",", "pO2", "of", "85", "mm", "Hg", ",", "HCO3", "of", "21", ".", "7", "mEq", "/", "L", "and", "a", "base", "excess", "of-2", "mmol", "/", "L", ".", "She", "was", "placed", "on", "a", "15", "L", "reservoir", "mask", ",", "which", "initially", "improved", "SpO2", "to", "90", "%", "and", "on", "postoperative", "day", "4", "she", "was", "started", "on", "100", "mg", "i", ".", "v", ".", "methylprednisolone", "per", "day", ".", "On", "postoperative", "day", "5", "the", "patient", "desaturated", "again", "to", "80", "%", ".", "Since", "our", "institutional", "protocol", "on", "COVID-19", "advises", "to", "avoid", "non-invasive", "mechanical", "ventilation", "that", "could", "aerosolise", "viral", "particles", ",", "the", "patient", "was", "intubated", "under", "anaesthesia", ",", "but", "no", "improvement", "was", "observed", ".", "Pulse", "rate", "dropped", "to", "about", "30", "l", ".", "p", ".", "m", ".", "and", "the", "patient", "presented", "with", "pulseless", "electrical", "activity", "(", "PEA", ")", ".", "Cardiopulmonary", "resuscitation", "(", "CPR", ")", "was", "started", "and", "return", "of", "spontaneous", "circulation", "was", "achieved", "after", "five", "minutes", "of", "CPR", ".", "After", "arrest", ",", "his", "troponin", "value", "reached", "0", ".", "930", "ng", "/", "mL", "(", "normal", "<", "0", ".", "4", "ng", "/", "mL", ")", ",", "with", "a", "brain", "natriuretic", "peptide", "of", "323", "pg", "/", "mL", ".", "After", "CPR", ",", "i", ".", "v", ".", "norepinephrine", "treatment", "was", "started", ",", "initially", "at", "8", "mcg", "/", "min", ",", "with", "dose", "titration", "up", "to", "20", "mcg", "/", "min", ".", "A", "dose", "of", "800", "mg", "i", ".", "v", ".", "tocilizumab", ",", "an", "interleukin-6", "(", "IL-6", ")", "receptor", "antagonist", ",", "was", "administered", ".", "At", "the", "time", "of", "writing", "(", "2", "April", "2020", ")", ",", "the", "patient", "is", "on", "postoperative", "day", "7", "and", "remains", "intubated", "and", "ventilated", "in", "the", "intensive", "care", "unit", ",", "awake", "and", "showing", "movement", "in", "all", "4", "limbs", ";", "SpO2", "is", "96", "%", "and", "i", ".", "v", ".", "infusion", "of", "norepinephrine", "at", "20", "mcg", "/", "min", ",", "i", ".", "v", ".", "methylprednisolone", "at", "100", "mg", "per", "day", "and", "oral", "hydroxychloroquine", "at", "400", "mg", "per", "day", "is", "being", "maintained", ".", "The", "most", "relevant", "values", "of", "the", "analytical", "tests", "are", "troponin", "at", "0", ".", "046", "ng", "/", "mL", "and", "a", "marked", "increase", "in", "procalcitonin", "at", "48", ".", "21", "ng", "/", "mL", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 32, "end": 37 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 170, "end": 177 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 457, "end": 464 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 870, "end": 877 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1031, "end": 1038 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1585, "end": 1592 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2563, "end": 2570 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3366, "end": 3373 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4029, "end": 4036 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4204, "end": 4211 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4324, "end": 4331 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4889, "end": 4896 }, { "text": "fetal", "label": "HUMAN", "start": 634, "end": 639 }, { "text": "fetal", "label": "HUMAN", "start": 668, "end": 673 }, { "text": "fetal", "label": "HUMAN", "start": 1746, "end": 1751 } ]

[ "We", "present", "a", "30-year-old", "man", ",", "with", "no", "medical", "or", "surgical", "history", "of", "interest", ",", "who", "consulted", "for", "a", "left", "latero-cervical", "tumour", "of", "several", "months", "'", "evolution", ";", "the", "patient", "reported", "night", "sweats", "in", "recent", "months", "as", "the", "only", "noteworthy", "finding", "in", "the", "anamnesis", ".", "Examination", "revealed", "a", "tumour", "measuring", "approximately", "5x5cm", "in", "diameter", "medial", "to", "the", "lower", "third", "of", "the", "sternocleidomastoid", "muscle", "(", "SCM", ")", "with", "an", "elastic", "consistency", ",", "poorly", "defined", ",", "not", "adhered", "to", "deep", "planes", "or", "skin", ",", "whose", "size", "did", "not", "vary", "with", "postural", "changes", ",", "non-pulsatile", ",", "and", "with", "negative", "auscultation", ".", "A", "computerised", "tomography", "(", "CT", ")", "-", "guided", "puncture", "was", "requested", ",", "which", "was", "reported", "as", "lymph", "node", "cellularity", "with", "indeterminate", "changes", "that", "could", "not", "be", "cytologically", "typed", ",", "recommending", "a", "viral", "serology", "study", ".", "The", "CT", "scan", "with", "intravenous", "contrast", "showed", "a", "homogeneous", ",", "solid", ",", "well-defined", "mass", "measuring", "5x7", "cm", ",", "located", "in", "the", "left", "cervical", "vascular", "space", ",", "compressing", "the", "left", "internal", "jugular", "vein", ",", "behind", "the", "MCE", ",", "with", "moderate", "contrast", "uptake", "and", "some", "adjacent", "lymphadenopathy", ".", "There", "was", "no", "hyperenhancement", "suggestive", "of", "carotid", "glomus", ".", "The", "radiological", "differential", "diagnosis", "included", "lymphoproliferative", "process", ",", "neurogenic", "tumour", "or", "mesenchymal", "tumour", ".", "Under", "general", "anaesthesia", "a", "left", "supraclavicular", "horizontal", "incision", "and", "section", "of", "the", "ECM", "muscle", "at", "this", "level", "was", "performed", "to", "obtain", "adequate", "exposure", ".", "A", "5x7", "cm", "tumour", "of", "congestive", "appearance", "was", "found", ",", "hard", "with", "intense", "peripheral", "vascularisation", "that", "made", "its", "dissection", "difficult", ";", "the", "tumour", "presented", "a", "plane", "of", "separation", "with", "the", "vascular", "space", ".", "The", "clinical", "appearance", "at", "the", "time", "of", "surgery", "impressed", "the", "authors", "as", "a", "vascular", "tumour", ".", "Pathological", "examination", "of", "the", "specimen", "revealed", "a", "lymph", "node", "with", "preserved", "architecture", "and", "a", "marked", "increase", "in", "the", "number", "of", "lymphoid", "follicles", "and", "positivity", "for", "immunohistochemical", "markers", "(", "CD20", "+", "CD10", "+", ",", "bcl2", "-", ")", ".", "Characteristically", ",", "the", "germinal", "centres", "showed", "hyaline", "material", ",", "some", "vessels", "and", "onion-layered", "arrangement", "of", "the", "lymphocyte", "crown", ".", "The", "number", "of", "plasma", "cells", "(", "CD138", ")", "were", "in", "the", "normal", "range", "and", "showed", "no", "restriction", "for", "immunoglobulin", "light", "chains", "(", "kappa", "and", "lambda", ")", ".", "The", "molecular", "study", "did", "not", "detect", "the", "presence", "of", "human", "herpes", "virus", "type", "8", "(", "HHV", "8", ")", "by", "PCR", ".", "A", "thoraco-abdomino-pelvic", "CT", "scan", "was", "performed", ",", "which", "was", "normal", ".", "Complete", "blood", "tests", ",", "immunology", "and", "serology", "were", "normal", ".", "These", "findings", "represent", "the", "localised", "form", "of", "lymphoid", "angiofollicular", "hyperplasia", "or", "Castleman", "'", "s", "disease", ",", "hyaline-vascular", "variant", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 161, "end": 168 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 758, "end": 763 }, { "text": "authors", "label": "HUMAN", "start": 1651, "end": 1658 }, { "text": "onion", "label": "SPECIES", "start": 1982, "end": 1987 }, { "text": "human herpes virus type 8", "label": "SPECIES", "start": 2223, "end": 2248 }, { "text": "HHV 8", "label": "SPECIES", "start": 2250, "end": 2255 } ]

[ "This", "is", "a", "38-year-old", "patient", ",", "with", "no", "personal", "history", "of", "interest", ",", "who", "came", "to", "the", "hospital", "emergency", "department", "referred", "by", "his", "family", "doctor", "for", "presenting", "a", "fever", "of", "39", "degrees", "Celsius", "of", "four", "days", "'", "evolution", ",", "associated", "with", "headache", ",", "profuse", "sweating", "and", "intense", "general", "malaise", "and", "myalgias", ".", "The", "anamnesis", "noted", "that", "the", "patient", "had", "returned", "from", "a", "rural", "area", "of", "South", "Africa", "seven", "days", "earlier", ".", "He", "had", "not", "taken", "antimalarial", "prophylaxis", ".", "He", "also", "had", "a", "lesion", "on", "the", "left", "buttocks", "and", "right", "pubic", "region", "(", "the", "patient", "had", "a", "bite", "mark", ")", ".", "His", "girlfriend", "had", "several", "similar", "skin", "lesions", ",", "although", "she", "remained", "asymptomatic", ".", "There", "were", "no", "other", "symptoms", "to", "explain", "an", "infectious", "focus", ".", "Physical", "examination", "showed", "a", "patient", "in", "an", "acceptable", "general", "condition", ":", "febrile", "(", "temperature", "39", "°", "C", ")", ",", "blood", "pressure", "120", "/", "70", ",", "pulse", "90", ",", "saturation", "98", "%", ".", "Upper", "functions", "were", "preserved", ".", "The", "rest", "of", "the", "physical", "examination", "was", "normal", ",", "except", "for", "two", "lesions", "as", "seen", "in", "figure", "1", ",", "measuring", "0", ".", "5", "cm", ",", "on", "the", "left", "buttock", "and", "right", "pubic", "region", ",", "consisting", "of", "an", "ulcerative", "lesion", ",", "covered", "by", "a", "black", "eschar", "and", "surrounded", "by", "an", "erythematous", "halo", "with", "regional", "painful", "satellite", "adenopathies", ".", "There", "were", "no", "organomegaly", "or", "lymphadenopathy", "at", "other", "levels", ",", "nor", "were", "there", "any", "exanthema", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "an", "erythrocyte", "sedimentation", "rate", "of", "20", ";", "C-reactive", "protein", "of", "3", ".", "59", ";", "4", ",", "500", "leukocytes", "with", "70", ".", "8", "%", "segmented", ";", "14", ".", "4", "%", "lymphocytes", ";", "haemoglobin", "of", "13", ".", "2", ";", "137", ",", "000", "platelets", ";", "glucose", "of", "103", ";", "creatinine", "of", "0", ".", "9", ";", "glutamic", "oxaloacetic", "transaminase", "of", "90", "and", "glutamic", "pyruvic", "transaminase", "of", "211", ".", "All", "other", "laboratory", "parameters", "were", "normal", ".", "Elemental", "urinalysis", "and", "chest", "X-ray", "were", "normal", ".", "The", "thick", "drop", "test", "was", "negative", ".", "When", "a", "patient", "presents", "with", "fever", "and", "lesions", "suggestive", "of", "bites", "after", "a", "trip", ",", "we", "should", "always", "think", "of", "imported", "rickettsiae", ".", "With", "the", "diagnosis", "of", "suspected", "fever", "secondary", "to", "rickettsial", "infection", "following", "a", "bite", ",", "treatment", "was", "started", "with", "doxycycline", "100", "mg", "/", "12", "hours", "for", "10", "days", ".", "After", "48", "hours", "the", "patient", "was", "afebrile", "and", "in", "the", "following", "days", "the", "symptoms", "progressively", "disappeared", ".", "Immunofluorescence", "showed", "immunoglobulin", "M", "titres", "of", "1", "/", "160", ".", "Treatment", "is", "the", "same", "as", "for", "Mediterranean", "button", "fever", "(", "MBF", ")", ":", "doxycycline", "200", "mg", "/", "12", "hours", "for", "7", "to", "10", "days", ".", "An", "alternative", "is", "ciprofloxacin", "at", "a", "dose", "of", "500", "mg", "/", "12", "hours", "for", "10", "days", ".", "Complications", "are", "rare", ".", "African", "tick", "bite", "fever", "is", "caused", "by", "Rickettsia", "africae", ",", "which", "has", "been", "known", "since", "the", "early", "20th", "century", "and", "was", "first", "documented", "in", "Zimbabwe", "in", "1992", ".", "It", "is", "caused", "by", "the", "bite", "of", "the", "Amblyomma", "hebraeum", "and", "Amblyomma", "variegatum", "ticks", "that", "parasitise", "cattle", "and", "wildlife", "and", "then", "bite", "humans", ".", "This", "tick", "is", "not", "host", "specific", ",", "so", "infections", "are", "not", "sporadic", ",", "but", "endemic", "to", "sub-Saharan", "regions", ".", "It", "should", "be", "suspected", "in", "people", "who", "have", "travelled", "to", "sub-Saharan", "Africa", "and", "may", "have", "been", "in", "contact", "with", "livestock", "or", "wild", "animals", ".", "The", "incubation", "period", "is", "6-7", "days", ".", "Clinical", "signs", "include", "fever", ",", "headache", ",", "myalgia", ",", "lesions", "suggestive", "of", "bites", "in", "exposed", "areas", "with", "associated", "painful", "lymphadenopathy", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "family doctor", "label": "HUMAN", "start": 131, "end": 144 }, { "text": "girlfriend", "label": "HUMAN", "start": 547, "end": 557 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 29 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 329, "end": 336 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 517, "end": 524 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 39, "end": 47 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 720, "end": 727 }, { "text": "Rickettsia", "label": "SPECIES", "start": 2408, "end": 2418 }, { "text": "Rickettsia africae", "label": "SPECIES", "start": 2408, "end": 2426 }, { "text": "Amblyomma hebraeum", "label": "SPECIES", "start": 2556, "end": 2574 }, { "text": "Amblyomma variegatum", "label": "SPECIES", "start": 2579, "end": 2599 }, { "text": "animals", "label": "SPECIES", "start": 2891, "end": 2898 } ]

[ "Anamnesis", "A", "47-year-old", "woman", "consulted", "for", "progressive", "pulsating", "holocranial", "headache", "of", "four", "months", "'", "duration", "and", "blurred", "vision", ".", "Personal", "history", ":", "hypertension", ",", "cholesteatoma", "in", "the", "right", "ear", "and", "anxious", "syndrome", "treated", "with", "benzodiazepines", ".", "The", "patient", "reported", "pain", "\"", "all", "over", "the", "head", "\"", "that", "had", "been", "progressively", "increasing", "in", "recent", "weeks", ".", "It", "was", "characterised", "by", "a", "clear", "worsening", "when", "moving", "from", "decubitus", "to", "seated", "position", ",", "subsequently", "subsiding", "spontaneously", ".", "Occasionally", "he", "was", "awakened", "at", "night", ".", "For", "the", "past", "15", "days", ",", "he", "had", "also", "been", "experiencing", "pulsatile", "tinnitus", "without", "specifying", "the", "side", ",", "episodes", "of", "transient", "visual", "obscuration", "lasting", "minutes", "and", "photopsias", "on", "getting", "out", "of", "bed", ".", "There", "were", "no", "symptoms", "of", "systemic", "disease", ",", "known", "neoplasms", ",", "anorexia", "or", "weight", "loss", ".", "No", "cognitive", "impairment", ",", "behavioural", "change", ",", "head", "injury", "or", "fever", ".", "He", "maintained", "good", "sphincter", "control", ".", "Physical", "examination", "The", "general", "and", "neurological", "physical", "examination", "revealed", "no", "focality", ".", "There", "were", "no", "signs", "of", "radiculopathy", "or", "spasticity", ".", "Ophthalmological", "examination", "showed", "bilateral", "papilledema", ",", "so", "she", "was", "admitted", "to", "Neurology", "for", "further", "investigation", "with", "suspicion", "of", "venous", "sinus", "thrombosis", ".", "Complementary", "tests", "-", "Complete", "blood", "count", "with", "erythrocyte", "sedimentation", "rate", "and", "thyroid", "hormones", ":", "normal", ".", "-", "Chest", "X-ray", "and", "electrocardiogram", "performed", "on", "admission", ":", "normal", ".", "-", "Serology", "for", "herpes", "group", "viruses", ",", "hepatotropic", "viruses", ",", "human", "immunodeficiency", "virus", ",", "syphilis", ",", "Borrelia", "and", "Brucella", "was", "also", "normal", ".", "-", "Brain", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", "showed", "as", "the", "only", "abnormality", "an", "increase", "in", "the", "size", "of", "the", "entire", "ventricular", "system", ",", "with", "a", "decrease", "in", "the", "cortical", "sulci", ".", "-", "Cerebral", "magnetic", "resonance", "imaging", "with", "venous", "phase", "confirmed", "the", "previous", "findings", "without", "showing", "any", "other", "alteration", ",", "so", "the", "first", "diagnostic", "suspicion", "was", "ruled", "out", ".", "-", "It", "was", "then", "decided", "to", "perform", "a", "lumbar", "puncture", "to", "continue", "the", "study", ",", "which", "presented", ",", "to", "our", "surprise", ",", "great", "difficulties", ",", "because", "although", "the", "cerebrospinal", "fluid", "(", "CSF", ")", "began", "to", "flow", "at", "an", "adequate", "pressure", "(", "15", "cm", "H2O", ")", ",", "after", "a", "few", "minutes", "it", "stopped", "flowing", ".", "The", "material", "that", "was", "extracted", "was", "of", "a", "high", "density", "and", "coagulated", "at", "room", "temperature", ".", "The", "appearance", "was", "xanthochromic-gelatinous", ",", "and", "the", "urgent", "cytobiochemistry", "showed", "a", "hyperproteinaemia", "of", "539", "mg", "/", "dl", ",", "with", "other", "normal", "values", ":", "glycaemia", "92", "mg", "/", "dl", "(", "glycaemia", "154", "mg", "/", "dl", ")", ",", "0", "cells", "/", "μl", ",", "ADA", "1", ".", "4", ")", ".", "-", "In", "view", "of", "these", "results", ",", "a", "lesion", "was", "suspected", "at", "the", "CSF", "extraction", "site", ",", "and", "a", "complete", "spine", "MRI", "scan", "was", "performed", ",", "which", "showed", "an", "intradural", "extramedullary", "tumour", "mass", "in", "the", "cauda", "equina", ",", "measuring", "approximately", "4", "x", "1", ".", "2", "x", "2", ".", "2", "cm", ".", "The", "lesion", "occupied", "the", "entire", "spinal", "canal", "at", "L3", "level", "with", "T1", "intermediate", "signal", ",", "T2", "intermediate", "to", "hyperintense", "signal", ",", "and", "intense", "intravenous", "gadolinium", "enhancement", ".", "T2-weighted", "MRI", "showing", "a", "space-occupying", "lesion", "at", "L3", ",", "with", "caudal", "hyperintensity", "at", "the", "level", "of", "L3", "in", "cauda", "equina", ".", "It", "contained", "no", "images", "suggestive", "of", "haemorrhage", "or", "mucin", ",", "and", "no", "haemosiderin", "ring", ".", "Diagnosis", "Froin", "'", "s", "syndrome", "and", "papilledema", "as", "the", "first", "manifestation", "of", "a", "spinal", "tumour", ".", "Treatment", "The", "patient", "was", "treated", "with", "dexamethasone", "8", "mg", "every", "6", "h", "and", "mannitol", "20", "%", "125", "cc", "/", "12", "h", "i", ".", "v", ".", "for", "48", "hours", ",", "with", "subsequent", "scheduled", "surgery", "and", "intraoperative", "neurophysiological", "control", ",", "in", "which", "a", "high-density", "mass", "encompassing", "several", "roots", "of", "the", "cauda", "equina", "was", "observed", ".", "Excision", "was", "subtotal", "due", "to", "the", "impossibility", "of", "dissecting", "the", "tumour", "without", "damaging", "the", "nerve", "roots", ".", "Histological", "examination", "revealed", "a", "diagnosis", "of", "myxopapillary", "ependymoma", ".", "Evolution", "Currently", ",", "the", "patient", "has", "been", "asymptomatic", "of", "her", "headache", "with", "complete", "resolution", "of", "the", "papilledema", ",", "highlighting", "only", "on", "examination", "a", "4", "+", "/", "5", "weakness", "of", "the", "right", "lower", "limb", "with", "vivid", "myotatic", "reflexes", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 29 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 250, "end": 257 }, { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 132, "end": 140 }, { "text": "Borrelia", "label": "SPECIES", "start": 1484, "end": 1492 }, { "text": "Brucella", "label": "SPECIES", "start": 1497, "end": 1505 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 1474, "end": 1482 }, { "text": "herpes group viruses", "label": "SPECIES", "start": 1400, "end": 1420 }, { "text": "human immunodeficiency virus", "label": "SPECIES", "start": 1444, "end": 1472 }, { "text": "hepatotropic viruses", "label": "SPECIES", "start": 1422, "end": 1442 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3148, "end": 3155 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3628, "end": 3635 } ]

[ "A", "32-year-old", "man", "consulted", "in", "February", "2009", "for", "an", "oedematous", ",", "pruritic", ",", "erythematous", "and", "hot", "plaque", "on", "the", "right", "thigh", "of", "7", "days", "'", "evolution", ".", "The", "clinical", "picture", "began", "at", "the", "end", "of", "January", "with", "the", "appearance", "of", "an", "initial", "erythematous", ",", "hot", "plaque", "accompanied", "by", "oedema", "on", "the", "abdominal", "wall", ",", "which", "disappeared", "after", "3-4", "days", ";", "a", "week", "later", "he", "presented", "another", "lesion", "of", "the", "same", "characteristics", "in", "the", "inguinal", "region", "with", "a", "similar", "course", ".", "Subsequently", ",", "migrated", "plaques", "appeared", "on", "the", "right", "thigh", "and", "ankle", ".", "He", "was", "admitted", "to", "a", "private", "clinic", "where", "he", "received", "treatment", "with", "ceftriaxone", "plus", "clindamycin", "for", "clinical", "symptoms", "compatible", "with", "cellulitis", ",", "and", "was", "discharged", "because", "of", "a", "favourable", "evolution", ".", "During", "hospitalisation", "he", "underwent", "abdominal", "ultrasound", "and", "venous", "echo-Doppler", "of", "the", "lower", "limbs", ",", "which", "were", "normal", ".", "When", "his", "symptoms", "reappeared", ",", "he", "consulted", "our", "department", ".", "She", "had", "no", "significant", "personal", "history", "except", "that", "she", "had", "travelled", "to", "several", "cities", "on", "the", "Caribbean", "coast", "of", "Colombia", "between", "1", "and", "20", "January", "of", "that", "year", "and", "had", "repeatedly", "consumed", "raw", "fish", "(", "\"", "cebiche", "\"", ")", ".", "A", "biopsy", "of", "the", "lesion", "on", "the", "right", "thigh", "and", "the", "following", "complementary", "studies", "were", "performed", ":", "HIV", "serology", ",", "which", "was", "non-reactive", ",", "white", "blood", "cell", "count", ":", "6400", "/", "mm3", "(", "eosinophils", "11", "%", ")", ",", "erythrocyte", "sedimentation", "rate", "8", "mm", ",", "normal", "ocular", "fundus", ".", "Soft", "tissue", "ultrasound", ":", "in", "the", "depth", "of", "the", "subcutaneous", "cellular", "tissue", "of", "the", "posteroexternal", "aspect", "of", "the", "right", "thigh", "root", ",", "polycyclic", "pre-aponeurotic", "nodular", "formation", "measuring", "56", "×", "40", "×", "16", "mm", "with", "no", "fluid", "collections", "at", "that", "level", ".", "With", "a", "clinical", "diagnosis", "compatible", "with", "gnathostomiasis", ",", "he", "was", "treated", "with", "ivermectin", "(", "200", "μg", "/", "kg", "/", "d", "for", "2", "days", ")", "with", "good", "evolution", ".", "The", "pathological", "report", "of", "the", "biopsy", "obtained", "from", "the", "skin", "lesion", "was", "\"", "eosinophilic", "panniculitis", "\"", ".", "One", "month", "later", ",", "the", "patient", "relapsed", "and", "received", "a", "second", "course", "of", "treatment", "with", "the", "same", "drug", ".", "Periodic", "check-ups", "up", "to", "April", "2012", "showed", "no", "relapses", ".", "The", "genus", "Gnasthostoma", "belongs", "to", "the", "order", "Spirurida", "and", "is", "characterised", "by", "the", "need", "for", "one", "or", "more", "intermediate", "hosts", "in", "its", "life", "cycle", ".", "The", "genus", "has", "13", "species", ",", "but", "only", "four", "of", "them", "have", "been", "associated", "with", "human", "cases", ":", "G", ".", "spinigerum", ",", "which", "is", "generally", "found", "in", "wild", "and", "domestic", "cats", "and", "dogs", "in", "India", ",", "China", ",", "Japan", "and", "other", "Asian", "countries", ";", "G", ".", "hispidum", ",", "which", "is", "found", "in", "domestic", "and", "wild", "pigs", "in", "Europe", ",", "Asia", "and", "Australia", ";", "G", ".", "doloresi", "in", "wild", "boar", ";", "and", "G", ".", "nipponicum", "in", "weasels", "in", "Japan", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1205, "end": 1208 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 919, "end": 927 }, { "text": "fish", "label": "SPECIES", "start": 1089, "end": 1093 }, { "text": "pigs", "label": "SPECIES", "start": 2390, "end": 2394 }, { "text": "species", "label": "SPECIES", "start": 2146, "end": 2153 }, { "text": "cats", "label": "SPECIES", "start": 2277, "end": 2281 }, { "text": "genus Gnasthostoma", "label": "SPECIES", "start": 1992, "end": 2010 }, { "text": "genus", "label": "SPECIES", "start": 1992, "end": 1997 }, { "text": "genus", "label": "SPECIES", "start": 2133, "end": 2138 }, { "text": "human", "label": "HUMAN", "start": 2203, "end": 2208 }, { "text": "dogs", "label": "SPECIES", "start": 2286, "end": 2290 }, { "text": "order Spirurida", "label": "SPECIES", "start": 2026, "end": 2041 }, { "text": "G. spinigerum", "label": "SPECIES", "start": 2216, "end": 2229 }, { "text": "G. hispidum", "label": "SPECIES", "start": 2341, "end": 2352 }, { "text": "G. doloresi", "label": "SPECIES", "start": 2426, "end": 2437 }, { "text": "G. nipponicum", "label": "SPECIES", "start": 2456, "end": 2469 } ]

[ "A", "66", "year", "old", "woman", "with", "no", "other", "history", "of", "interest", "who", "had", "retinal", "detachment", "of", "the", "right", "eye", ",", "operated", "on", "with", "vitrectomy", "and", "bilateral", "phakectomy", ".", "She", "consulted", "for", "symptoms", "starting", "4", "days", "ago", "of", "dry", "mouth", ",", "difficulty", "swallowing", ",", "abdominal", "discomfort", "and", "watery", "vomiting", ".", "Two", "days", "later", ",", "sensation", "of", "dryness", "and", "foreign", "body", "in", "the", "eye", ",", "assessed", "by", "ophthalmology", "without", "finding", "any", "ophthalmological", "pathology", ".", "On", "the", "day", "of", "the", "consultation", ",", "she", "had", "difficulty", "opening", "her", "eyes", ",", "blurred", "vision", ",", "difficulty", "urinating", "and", "weakness", "in", "both", "lower", "limbs", ",", "for", "which", "reason", "she", "consulted", "with", "her", "husband", ".", "It", "was", "noteworthy", "that", "the", "symptoms", "had", "started", "after", "eating", "salad", "salad", "with", "peppers", "and", "home-canned", "asparagus", ".", "Another", "striking", "fact", "was", "that", "her", "husband", "had", "bilateral", "eyelid", "ptosis", "and", "had", "started", "with", "similar", "symptoms", "of", "dry", "mouth", ",", "difficulty", "swallowing", "and", "abdominal", "discomfort", ".", "The", "physical", "examination", "of", "our", "patient", "revealed", "dry", "mucous", "membranes", ",", "a", "bladder", "balloon", "that", "required", "catheterisation", "and", "neurological", "bradypsychia", "with", "dysarthric", "but", "fluent", "speech", ",", "anisocoria", "(", "dilated", "right", "pupil", ",", "not", "very", "noticeable", "due", "to", "her", "history", ")", ",", "mydriatic", "and", "arreactive", "left", "pupil", ",", "bilateral", "palpebral", "ptosis", "and", "paraparesis", "of", "the", "lower", "limbs", "with", "altered", "ambulation", ".", "At", "this", "point", ",", "based", "on", "the", "clinical", "history", ",", "physical", "examination", "and", "epidemiological", "background", ",", "the", "first", "clinical", "suspicion", "is", "of", "botulism", ".", "Botulism", "is", "a", "neuroparalytic", "disease", "caused", "by", "a", "bacterial", "neurotoxin", "secreted", "by", "Clostridium", "botulinum", ",", "which", ",", "by", "irreversible", "blockade", "of", "the", "calcium", "channels", "of", "the", "cholinergic", "synapses", ",", "results", "in", "flaccid", "paralysis", "and", "impaired", "function", "of", "the", "vegetative", "nervous", "system", ".", "One", "of", "the", "ways", "of", "acquiring", "the", "toxin", "is", "through", "spoiled", "home-canned", "food", ".", "Treatment", "is", "based", "on", "haemodynamic", "stabilisation", "and", "trivalent", "antitoxin", "equivalent", "A", "+", "B", "+", "E", "serum", ".", "It", "is", "a", "notifiable", "and", "urgent", "disease", ".", "Our", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "ICU", "where", "she", "was", "administered", "the", "antidote", "and", "remained", "under", "observation", "for", "24", "hours", ".", "She", "was", "subsequently", "transferred", "to", "the", "Internal", "Medicine", "ward", "with", "good", "functional", "recovery", ",", "and", "during", "her", "admission", ",", "and", "later", "on", "discharge", ",", "she", "maintained", "symptomatic", "hypotension", "due", "to", "autonomic", "involvement", ",", "one", "of", "the", "possible", "complications", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 19 }, { "text": "husband", "label": "HUMAN", "start": 599, "end": 606 }, { "text": "husband", "label": "HUMAN", "start": 756, "end": 763 }, { "text": "peppers", "label": "SPECIES", "start": 686, "end": 693 }, { "text": "asparagus", "label": "SPECIES", "start": 710, "end": 719 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 924, "end": 931 }, { "text": "Clostridium botulinum", "label": "SPECIES", "start": 1500, "end": 1521 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 1467, "end": 1476 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1909, "end": 1916 } ]

[ "History", ",", "current", "illness", "and", "physical", "examination", "A", "64-year-old", "man", "consulted", "for", "right-sided", "sudden", "amaurosis", ".", "Personal", "history", ":", "allergy", "to", "penicillin", ",", "hypertension", ",", "dyslipidaemia", ",", "obesity", "and", "smoking", ".", "Without", "providing", "reports", ",", "he", "refers", "that", "he", "was", "admitted", "to", "another", "hospital", "in", "2007", "for", "a", "left", "hemispheric", "stroke", "from", "which", "he", "recovered", "without", "sequelae", "and", "was", "being", "followed", "up", "for", "valvular", "heart", "disease", ".", "Regular", "treatment", "with", "enalapril", ",", "simvastatin", "and", "clopidogrel", ".", "Present", "illness", ":", "sudden", "total", "visual", "loss", "of", "the", "right", "eye", "over", "24", "hours", ".", "No", "dyspnoea", ",", "chest", "pain", ",", "fever", "or", "any", "other", "symptoms", ".", "Physical", "examination", ":", "BP", "145", "/", "88", "mmHg", ",", "88", "bpm", ",", "36", ".", "7", "oC", ",", "conscious", ",", "oriented", ",", "eupneic", ",", "hydrated", "and", "normal", "colour", ".", "Cardiopulmonary", "auscultation", ":", "preserved", "vesicular", "murmur", "without", "added", "noise", ".", "Cardiac", "auscultation", "revealed", "a", "grade", "III", "/", "VI", "systolic", "ejection", "murmur", "in", "the", "aorta", ",", "radiating", "to", "the", "carotid", "arteries", ",", "and", "a", "grade", "III", "/", "VI", "systolic", "murmur", "in", "the", "left", "sternal", "border", ",", "radiating", "to", "the", "axilla", ".", "Abdomen", "and", "limbs", "without", "remarkable", "findings", ".", "Complementary", "tests", "PA", "chest", "X-ray", ":", "absence", "of", "cardiomegaly", ",", "no", "pleural", "effusion", ",", "no", "infiltrates", "or", "consolidations", ".", "Electrocardiography", ":", "sinus", "rhythm", "at", "91", "bpm", ",", "left", "cardiac", "axis", "at", "-", "45o", ".", "Left", "atrial", "enlargement", ".", "Cornell", "criteria", "for", "left", "ventricular", "hypertrophy", ".", "Left", "anterior", "hemiblock", ".", "ST", "descending", "1", "mm", "drop", "in", "I", "and", "AvL", "with", "negative", "T", "wave", "in", "these", "leads", ".", "No", "dynamic", "changes", "in", "repolarisation", ".", "QTc", "443", "msec", ".", "CBC", ":", "12", ",", "000", "leukocytes", ",", "Hb", "11", ".", "5", "g", "/", "dl", ",", "335", ",", "000", "platelets", ".", "Coagulation", "normal", ".", "ESR", "39", "mm", "/", "h", ",", "CRP", "4", ".", "27", "mg", "/", "L", ".", "Biochemistry", "and", "thyroid", "function", "normal", ".", "ANA", ",", "anti-DNA", "and", "ANCA", "negative", ".", "Hypercoagulability", "study", "without", "pathological", "findings", ".", "Serology", "(", "Mycoplasma", ",", "Chlamydia", ",", "Coxiella", ",", "Lúes", ",", "Brucella", "and", "HBV", ")", "negative", ".", "Right", "eye", "fundus", ":", "red-cherry", "macula", ",", "whitish", "oedema", "due", "to", "ischaemia", ",", "narrowing", "of", "retinal", "arteries", "and", "whitish", "exudates", ".", "Transesophageal", "echocardiogram", ":", "very", "unstructured", "aortic", "valve", "with", "severe", "thickening", "and", "calcification", "with", "severe", "aortic", "stenosis", "(", "mean", "gradient", "50", "mmHg", ")", ",", "mild", "aortic", "insufficiency", ".", "Mitral", "valve", "with", "several", "images", "suggestive", "of", "warts", ".", "On", "the", "atrial", "side", "of", "the", "posterior", "leaflet", "there", "are", "two", "images", "of", "mobile", "vegetations", ",", "the", "largest", "of", "6", "mm", ".", "There", "is", "a", "jet", "of", "mild", "mitral", "insufficiency", "suggesting", "perforation", "of", "the", "posterior", "leaflet", ".", "Severe", "left", "ventricular", "hypertrophy", "and", "preserved", "LVEF", ".", "Absence", "of", "patent", "foramen", "ovale", "by", "injection", "of", "agitated", "saline", ".", "CT", "angiography", "of", "supra-aortic", "trunks", ":", "carotid", "atherosclerosis", "and", "in", "the", "CT", "angiography", "of", "TSA", ",", "60-70", "%", "stenosis", "of", "the", "right", "internal", "carotid", "artery", ".", "Independent", "blood", "cultures", "x3", ":", "positive", "for", "Streptococcus", "viridans", ".", "Clinical", "course", "After", "evaluation", "by", "ophthalmology", "at", "our", "centre", ",", "a", "diagnosis", "of", "right", "central", "retinal", "artery", "occlusion", "(", "RTAO", ")", "was", "made", ".", "The", "patient", "was", "admitted", "to", "internal", "medicine", "for", "further", "investigation", ".", "Carotid", "atherosclerosis", "was", "observed", "in", "the", "supra-aortic", "trunk", "duplex", "(", "TSA", ")", "and", "60-70", "%", "stenosis", "of", "the", "right", "internal", "carotid", "artery", "in", "the", "TSA", "angio-CT", "scan", ".", "Despite", "the", "carotid", "findings", "that", "could", "justify", "the", "picture", ",", "a", "transthoracic", "echocardiogram", "(", "TTE", ")", "was", "performed", "to", "search", "for", "an", "embolic", "source", ",", "showing", "severe", "aortic", "stenosis", ",", "degenerative", "signs", "in", "the", "mitral", "valve", "(", "MV", ")", "with", "mild", "mitral", "insufficiency", "(", "MI", ")", "and", "calcium", "in", "its", "annulus", ".", "Due", "to", "the", "poor", "echocardiographic", "window", ",", "a", "transesophageal", "echocardiogram", "(", "TEE", ")", "was", "performed", ",", "which", "confirmed", "the", "existence", "of", "severe", "aortic", "stenosis", "with", "preserved", "left", "ventricular", "ejection", "fraction", "(", "LVEF", ")", ",", "visualising", "vegetations", "on", "the", "MV", "and", "perforation", "of", "the", "posterior", "leaflet", ".", "The", "patient", "was", "afebrile", "and", "three", "blood", "cultures", "were", "taken", ",", "with", "Streptococcus", "viridans", "growing", "in", "all", "samples", ".", "With", "the", "diagnosis", "of", "subacute", "mitral", "infective", "endocarditis", "(", "IE", ")", "on", "native", "valve", "(", "and", "possibly", "aortic", ")", "and", "the", "history", "described", ",", "he", "was", "treated", "with", "vancomycin", "and", "gentamicin", "according", "to", "the", "usual", "regimen", ".", "The", "patient", "remained", "afebrile", "throughout", "admission", ",", "with", "negative", "control", "blood", "cultures", ".", "Control", "TTE", "and", "TEE", "were", "performed", ",", "with", "disappearance", "of", "vegetations", "and", "mild-moderate", "MI", "as", "sequelae", ".", "After", "resolution", "of", "the", "infective", "endocarditis", ",", "he", "was", "referred", "to", "the", "outpatient", "vascular", "surgery", "department", "for", "assessment", "of", "carotid", "endarterectomy", "and", "to", "cardiology", "for", "follow-up", "of", "his", "valvular", "heart", "disease", ".", "Two", "months", "after", "admission", ",", "carotid", "surgery", "was", "performed", "and", "subsequently", ",", "due", "to", "the", "onset", "of", "symptoms", ",", "aortic", "valve", "replacement", "with", "metallic", "prosthesis", "was", "performed", "without", "complications", "and", "with", "good", "cardiovascular", "evolution", ".", "However", ",", "the", "patient", "has", "not", "recovered", "vision", "in", "the", "right", "eye", ".", "Diagnosis", "Occlusion", "of", "the", "central", "artery", "of", "the", "right", "retina", ".", "Subacute", "endocarditis", "on", "native", "mitral", "valve", "due", "to", "Streptococcus", "viridans", ".", "Asymptomatic", "severe", "aortic", "stenosis", "with", "preserved", "LVEF", ".", "Significant", "right", "carotid", "stenosis", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 112, "end": 120 }, { "text": "Brucella", "label": "SPECIES", "start": 1752, "end": 1760 }, { "text": "Chlamydia", "label": "SPECIES", "start": 1725, "end": 1734 }, { "text": "Coxiella", "label": "SPECIES", "start": 1736, "end": 1744 }, { "text": "Lúes", "label": "SPECIES", "start": 1746, "end": 1750 }, { "text": "Mycoplasma", "label": "SPECIES", "start": 1713, "end": 1723 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 1765, "end": 1768 }, { "text": "Streptococcus viridans", "label": "SPECIES", "start": 2658, "end": 2680 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2823, "end": 2830 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3626, "end": 3633 }, { "text": "Streptococcus viridans", "label": "SPECIES", "start": 3689, "end": 3711 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3949, "end": 3956 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4598, "end": 4605 }, { "text": "Streptococcus viridans", "label": "SPECIES", "start": 4766, "end": 4788 } ]

[ "A", "25-year-old", "woman", "from", "Honduras", "consulted", "the", "emergency", "department", "for", "febrile", "fever", ",", "odynophagia", "and", "arthralgias", "of", "48", "hours", "'", "evolution", ".", "In", "the", "last", "10", "hours", "she", "developed", "intense", "holocranial", "headache", ",", "generalised", "maculopapular", "rash", "and", "oedema", "of", "the", "hands", "and", "feet", ".", "-", "Personal", "history", ":", "-", "No", "hypertension", ".", "No", "DM", ".", "No", "LD", ".", "-", "No", "Iqx", ".", "-", "No", "usual", "treatment", ".", "No", "RAMc", "-", "Epidemiological", "background", ":", "-", "Stay", "in", "Honduras", "for", "2", "months", "(", "stay", "in", "Tegucigalpa", "and", "Choluteca", ")", "as", "VFR", ".", "-", "No", "prior", "counselling", ".", "No", "yellow", "fever", "immunisation", ".", "-", "Consumption", "of", "drinking", "water", ".", "No", "consumption", "of", "undercooked", "/", "raw", "food", ".", "No", "contact", "with", "animals", ".", "No", "recollection", "of", "mosquito", "bites", ".", "No", "contact", "with", "sick", "people", ".", "No", "risky", "sexual", "relations", ".", "-", "On", "further", "questioning", ",", "the", "patient", "reported", "an", "episode", "of", "similar", "characteristics", "at", "the", "beginning", "of", "January", "with", "fever", ",", "malaise", ",", "arthromyalgia", "and", "generalised", "rash", ".", "-", "She", "consulted", "her", "country", "and", "was", "prescribed", "symptomatic", "treatment", "with", "a", "diagnosis", "of", "probable", "viriasis", ".", "Complete", "resolution", "after", "72h", ".", "-", "Brother", ",", "at", "that", "time", ",", "with", "similar", "symptoms", ".", "17", "/", "11", "/", "15", "Arrival", "in", "Honduras", ":", "Asymptomatic", ".", "02", "/", "01", "/", "16", "Onset", "of", "fever", ":", "Asymptomatic", ".", "16", "/", "01", "/", "16", "Return", "to", "Spain", "20", "/", "01", "/", "16", "New", "febrile", "illness", "22", "/", "01", "/", "17", "Emergency", "Room", "On", "discharge", ":", "BP", "130", "/", "78", "HR", "110lpm", "SatO2", "100", "%", "basal", "T", "37", ".", "2o", "-", "Bilateral", "non-suppurative", "conjunctivitis", ".", "-", "Generalised", "non-pruritic", "rash", ".", "Bilateral", "conjunctival", "injection", ".", "-", "ENT", ":", "no", "enanthema", ".", "No", "other", "oral", "mucosal", "lesions", ".", "Hyperemic", "pharynx", "without", "whitish", "exudates", ".", "-", "Minimal", "adenopathy", "in", "cervical", "chains", ".", "-", "AP", ":", "mvc", "without", "superimposed", "noises", ".", "AC", ":", "rhythmic", "and", "without", "murmurs", ".", "-", "ABD", ":", "normal", ".", "RHA", "+", ".", "No", "visceromegaly", ".", "-", "Edema", "on", "dorsum", "of", "hands", "and", "bimalleolar", ".", "Differential", "diagnosis", "fever", "and", "rash", ".", "Complementary", "tests", "LYMPHOCYTES", "0", ".", "76", "Urgent", "request", "to", "the", "micro", ":", "Blood", "cultures", "and", "malaria", "rapid", "test", ".", "2", ".", "2", ".", "Rapid", "test", "for", "malaria", "and", "Dengue", "fever", ".", "3", ".", "Blood", "cultures", "are", "not", "necessary", "because", "the", "patient", "has", "\"", "something", "viral", "\"", ".", "4", ".", "Urgent", "HIV", "serology", "and", "rapid", "test", "for", "Dengue", ".", "5", ".", "Blood", "cultures", "and", "rapid", "test", "for", "malaria", "and", "dengue", ".", "-", "HCx2", "is", "extracted", "and", "rapid", "test", "for", "Dengue", "and", "Plasmodium", "are", "negative", ".", "Complementary", "tests", "to", "be", "performed", ":", "1", ".", "Discharge", "with", "symptomatic", "treatment", "and", "follow-up", "in", "consultations", ".", "2", ".", "Certain", "that", "it", "is", "dengue", "even", "if", "the", "rapid", "test", "is", "negative", ",", "we", "leave", "the", "patient", "for", "24h", "observation", ".", "3", ".", "Discharge", "with", "ciprofloxacin", "and", "follow-up", "in", "consultations", ".", "4", ".", "Admission", "with", "ceftriaxone", "for", "suspected", "leptospirosis", ".", "5", ".", "Admission", "with", "symptomatic", "treatment", "for", "study", ".", "Suspected", "diagnoses", "1", ".", "Typhoid", "fever", ".", "2", ".", "Measles", "or", "rubella", ".", "3", ".", "Imported", "viral", "infection", ".", "4", ".", "P", ".", "vivax", "malaria", ".", "5", ".", "It", "is", "a", "rickettsial", "infection", "and", "I", "would", "not", "have", "discharged", "him", "without", "doxycycline", ".", "SUMMARY", "-", "VFR", "patient", "with", "rash", ",", "fever", ",", "arthralgias", ",", "oedema", "and", "conjunctivitis", ".", "-", "Stay", "in", "Honduras", ".", "Urban", "and", "rural", "area", ".", "-", "Symptoms", "started", "4", "days", "after", "returning", "from", "the", "trip", ".", "-", "History", "of", "similar", "febrile", "illness", "3", "weeks", "earlier", ".", "Day", "+", "5", "of", "onset", "of", "symptoms", "REVIEW", "IN", "CONSULTATIONS", ":", "-", "Patient", "already", "AFebrile", ".", "-", "Persistence", "of", "generalised", "exanthema", "with", "petechiae", "in", "distal", "areas", "and", "increased", "arthralgias", "and", "oedema", "of", "hands", "and", "feet", "with", "functional", "impotence", "preventing", "correct", "ambulation", ".", "-", "Neurological", "examination", "with", "no", "evidence", "of", "alteration", "of", "sensitivity", "or", "strength", ".", "ROT", "preserved", ".", "-", "Control", "laboratory", "tests", ":", "-", "CRP", "17", ".", "7", ";", "neutropenia", "1480", "/", "lymphocytes", "3", ",", "090", ";", "plaq", "314", ",", "000", ";", "coag", "normal", ".", "-", "HCx2", "results", "negative", ".", "-", "Serology", "tests", "carried", "out", "in", "the", "ER", ":", "-", "HIV", ":", "negative", ".", "HAV", "IgG", "positive", ".", "HBV", ":", "Ac", "HBs", "positive", ",", "the", "rest", "negative", ".", "HCV", ":", "negative", ".", "Syphilis", ":", "negative", ".", "Microbiological", "study", "was", "extended", "with", ":", "-", "PCR", "of", "Dengue", ",", "Chikungunya", "and", "Zika", "v", ".", "in", "serum", ".", "-", "PCR", "in", "urine", "for", "v", ".", "Zika", ".", "-", "Serologies", "for", "v", ".", "Dengue", ",", "Chikungunya", "and", "Zika", ".", "-", "Serologies", "for", "Leptospira", ",", "Rickettisia", ",", "Borrelia", ",", "rubella", ",", "measles", ",", "mumps", ",", "parvovirus", "B19", ",", "CMV", ",", "HAV", ",", "HBV", "and", "HCV", ".", "Day", "+", "6", "of", "symptom", "onset", "PCR", "SERUM", "ZIKA", "Positive", "PCR", "URINE", "ZIKA", "Positive", "IgM", "ZIKA", "Positive", "IgG", "ZIKA", "PRNT", "Undetermined", "DENGUE", "SERUM", "PCR", "Negative", "DENGUE", "URINE", "PCR", "-", "DENGUE", "IgM", "Negative", "DENGUE", "IgG", "Positive", "PRNT", "DENGUE", "-", "CHIK", "SERUM", "PCR", "Negative", "PCR", "URINE", "CHIK", "Negative", "IgM", "CHIK", "Positive", "IgG", "CHIK", "Positive", "PRNT", "CHIK", "Positive", "1", "/", "256", "Day", "+", "17", "of", "symptom", "onset", "PCR", "URINE", "ZIKA", "Positive", "Urine", "PCR", "CHIK", "Negative", "Day", "+", "34", "of", "symptom", "onset", "IgM", "ZIKA", "Positive", "IgG", "ZIKA", "Positive", "PRNT", "ZIKA", "Positive", "1", "/", "512", "IgM", "CHIK", "Positive", "IgG", "CHIK", "Positive", "PRNT", "CHIK", "Positive", "1", "/", "512", "FINAL", "DIAGNOSIS", "1", ".", "Acute", "Zika", "virus", "infection", ".", "2", ".", "Recent", "past", "Chikungunya", "virus", "infection", ".", "3", ".", "Probable", "past", "infection", "with", "Dengue", "virus", "EVOLUTION", "OF", "THE", "PATIENT", "-", "Favourable", "with", "resolution", "of", "arthralgias", "in", "3", "weeks", ".", "-", "She", "remained", "mildly", "asthenic", ".", "No", "symptoms", "after", "two", "months", "of", "follow-up", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 274, "end": 282 }, { "text": "animals", "label": "SPECIES", "start": 615, "end": 622 }, { "text": "sick", "label": "HUMAN", "start": 675, "end": 679 }, { "text": "mosquito", "label": "SPECIES", "start": 643, "end": 651 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 746, "end": 753 }, { "text": "malaria", "label": "SPECIES", "start": 1827, "end": 1834 }, { "text": "Dengue", "label": "SPECIES", "start": 1880, "end": 1886 }, { "text": "malaria", "label": "SPECIES", "start": 1868, "end": 1875 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1942, "end": 1949 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 1965, "end": 1970 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1983, "end": 1986 }, { "text": "dengue", "label": "SPECIES", "start": 2288, "end": 2294 }, { "text": "rubella", "label": "SPECIES", "start": 2600, "end": 2607 }, { "text": "Measles", "label": "SPECIES", "start": 2589, "end": 2596 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 2621, "end": 2626 }, { "text": "P. vivax", "label": "SPECIES", "start": 2641, "end": 2649 }, { "text": "malaria", "label": "SPECIES", "start": 2650, "end": 2657 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2764, "end": 2771 }, { "text": "Patient", "label": "HUMAN", "start": 3039, "end": 3046 }, { "text": "HBs", "label": "SPECIES", "start": 3560, "end": 3563 }, { "text": "Syphilis", "label": "SPECIES", "start": 3608, "end": 3616 }, { "text": "HAV", "label": "SPECIES", "start": 3534, "end": 3537 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 3552, "end": 3555 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 3593, "end": 3596 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 3519, "end": 3522 }, { "text": "Chikungunya", "label": "SPECIES", "start": 3687, "end": 3698 }, { "text": "Zika", "label": "SPECIES", "start": 3703, "end": 3707 }, { "text": "Dengue", "label": "SPECIES", "start": 3679, "end": 3685 }, { "text": "v. Zika", "label": "SPECIES", "start": 3740, "end": 3747 }, { "text": "Zika", "label": "SPECIES", "start": 3743, "end": 3747 }, { "text": "Chikungunya", "label": "SPECIES", "start": 3777, "end": 3788 }, { "text": "v. Dengue", "label": "SPECIES", "start": 3766, "end": 3775 }, { "text": "Zika", "label": "SPECIES", "start": 3793, "end": 3797 }, { "text": "Dengue", "label": "SPECIES", "start": 3769, "end": 3775 }, { "text": "CHIK", "label": "SPECIES", "start": 4225, "end": 4229 }, { "text": "ZIKA", "label": "SPECIES", "start": 4282, "end": 4286 }, { "text": "CHIK", "label": "SPECIES", "start": 4306, "end": 4310 }, { "text": "ZIKA", "label": "SPECIES", "start": 4351, "end": 4355 }, { "text": "ZIKA", "label": "SPECIES", "start": 4369, "end": 4373 } ]

[ "57-year-old", "male", "with", "a", "history", "of", "rheumatoid", "arthritis", "treated", "with", "immunosuppressive", "drugs", "(", "Prednisone", "and", "Methotrexate", ")", ",", "who", "presented", "with", "progressive", "increasing", "dyspnoea", "and", "dry", "cough", "in", "the", "last", "6", "months", ".", "No", "weight", "loss", ",", "night", "sweats", "or", "haemoptysis", ".", "Chest", "X-ray", "was", "requested", ".", "Nodular", "opacities", "of", "ill-defined", "contours", "in", "both", "lung", "fields", ".", "Shoulder", "arthroplasty", ".", "Consolidation", "foci", "with", "air", "bronchogram", "and", "ground", "glass", "in", "the", "periphery", ".", "No", "lymphadenopathy", "or", "pleural", "effusion", ".", "Consolidation", "foci", "showing", "increased", "size", "and", "confluence", "within", "1", "month", ".", "Differential", "diagnoses", "-", "Drug", "toxicity", "(", "Methotrexate", ")", ".", "-", "Fungal", "infection", "(", "Aspergillus", ",", "Histoplasma", ",", "Blastomycosis", ")", ".", "-", "Atypical", "pneumonia", "(", "Mycoplasma", ")", ".", "-", "Sarcoidosis", ".", "-", "Tuberculosis", ".", "-", "Septic", "embolism", ".", "Other", "findings", "Culture", "negative", "for", "bacteria", "and", "fungi", ".", "BAL", "negative", "for", "acid", "fast", "bacilli", ",", "CMV", ",", "HSV", ",", "Legionella", ",", "Pneumocystis", ",", "Adenovirus", ".", "Urine", "positive", "for", "Histoplasma", "antigen", ".", "Biopsy", "results", "Lung", "biopsy", "was", "performed", "showing", "necrotizing", "granulomas", "with", "small", "yeasts", "which", "confirmed", "pulmonary", "Histoplasmosis", ".", "PATHOLOGY", "Transbronchial", "biopsy", "of", "the", "right", "lower", "lobe", ".", "-", "Patchy", "organised", "pneumonia", "with", "mild", "acute", "and", "chronic", "interstitial", "inflammation", ".", "-", "Poorly", "formed", "granulomatous", "isolates", ".", "-", "Numerous", "yeast", "formations", ",", "consistent", "with", "Histoplasma", ",", "apparently", "with", "alveolar", "macrophages", ".", "Transbronchial", "biopsy", "of", "the", "right", "lower", "lobe", ".", "-", "Patchy", "organised", "pneumonia", "with", "mild", "acute", "and", "chronic", "interstitial", "inflammation", ".", "-", "Isolated", "poorly", "formed", "granulomas", ".", "-", "Numerous", "yeast", "formations", ",", "consistent", "with", "Histoplasma", ",", "apparently", "with", "alveolar", "macrophages", ".", "Final", "Diagnosis", "Histoplasmosis" ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 12, "end": 16 }, { "text": "Aspergillus", "label": "SPECIES", "start": 636, "end": 647 }, { "text": "Histoplasma", "label": "SPECIES", "start": 649, "end": 660 }, { "text": "Mycoplasma", "label": "SPECIES", "start": 700, "end": 710 }, { "text": "bacteria", "label": "SPECIES", "start": 800, "end": 808 }, { "text": "fungi", "label": "SPECIES", "start": 813, "end": 818 }, { "text": "Adenovirus", "label": "SPECIES", "start": 892, "end": 902 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 856, "end": 859 }, { "text": "Legionella", "label": "SPECIES", "start": 866, "end": 876 }, { "text": "Pneumocystis", "label": "SPECIES", "start": 878, "end": 890 }, { "text": "HSV", "label": "SPECIES", "start": 861, "end": 864 }, { "text": "Histoplasma", "label": "SPECIES", "start": 923, "end": 934 }, { "text": "yeasts", "label": "SPECIES", "start": 1028, "end": 1034 }, { "text": "yeast", "label": "SPECIES", "start": 1267, "end": 1272 }, { "text": "Histoplasma", "label": "SPECIES", "start": 1301, "end": 1312 }, { "text": "yeast", "label": "SPECIES", "start": 1529, "end": 1534 }, { "text": "Histoplasma", "label": "SPECIES", "start": 1563, "end": 1574 } ]

[ "A", "10", "year", "old", "girl", "with", "abdominal", "pain", "of", "24", "hours", "evolution", ",", "epigastric", "location", ",", "of", "moderate", "intensity", ",", "accompanied", "by", "2-3", "vomiting", "and", "a", "stool", "of", "soft", "consistency", ",", "for", "which", "acute", "gastroenteritis", "was", "diagnosed", "and", "treatment", "with", "metoclopramide", "and", "scopolamine", "methylbromide", "was", "indicated", "with", "little", "improvement", ",", "so", "she", "went", "to", "the", "emergency", "department", ".", "She", "denies", "fever", ".", "BACKGROUND", "Family", ":", "Mother", ":", "31", "years", "old", ".", "She", "reports", "3", "episodes", "of", "pancreatitis", ",", "at", "the", "ages", "of", "12", ",", "17", "and", "18", "years", ",", "the", "last", "one", "appearing", "after", "an", "endoscopic", "retrograde", "cholangiopancreatography", "(", "ERCP", ")", ".", "Personal", "history", ":", "not", "relevant", ".", "PHYSICAL", "EXAMINATION", "ON", "ADMISSION", "Good", "general", "conditionGood", "colouring", ",", "hydration", "and", "perfusion", ".", "Abdomen", "soft", "and", "depressible", ",", "diffusely", "painful", "on", "palpation", ",", "with", "no", "signs", "of", "peritoneal", "irritation", ",", "palpation", "of", "the", "splenic", "pole", "1", "cm", "below", "the", "left", "costal", "ridge", ".", "The", "rest", "is", "unaltered", ".", "COMPLEMENTARY", "EXAMINATIONS", "Haemogram", "on", "admission", ":", "Hb", "14", ".", "4", "g", "/", "dl", ",", "Ht", "40", ".", "4", "%", ",", "leucocytes", "13860", "(", "82", ".", "6", "%", "N", ",", "9", ".", "3", "%", "L", ")", "platelets", "320000", ".", "Coagulation", "normal", ".", "Haemogram", "at", "24", "hours", ":", "normal", ",", "ESR", "35", ".", "Abdominal", "ultrasound", ":", "slightly", "enlarged", "pancreas", "with", "preserved", "echogenicity", ".", "Free", "abdominal", "fluid", "in", "the", "right", "flank", "and", "lower", "pelvis", ".", "Inconclusive", "signs", "of", "pancreatitis", ".", "Microbiology", ":", "RSV", ",", "Influenza", "A", "and", "B", "negative", ".", "EBNA", "IgG", "+", ".", "Anti", "VCA", "IgM", "-", "and", "IgG", "+", ".", "Parasites", "in", "stool", "negative", ".", "Sweat", "test", ":", "76mEq", "/", "L", ".", "Genetic", "study", ":", "samples", "were", "sent", "from", "the", "patient", "and", "his", "parents", "to", "study", "the", "PRSS1", "gene", "mutation", "due", "to", "suspicion", "of", "hereditary", "pancreatitis", ".", "EVOLUTION", ":", "She", "was", "admitted", "with", "parenteral", "hydration", "and", "analgesia", "with", "metamizole", ",", "improving", "pain", "in", "the", "first", "few", "days", ".", "She", "was", "asymptomatic", "and", "was", "started", "on", "liquid", "enteral", "nutrition", "with", "lipid-free", "polymeric", "formula", "at", "half", "her", "basal", "needs", "and", "later", ",", "after", "adequate", "tolerance", "without", "recurrence", "of", "symptoms", ",", "she", "was", "placed", "on", "a", "low-fat", "and", "low-protein", "diet", ".", "She", "discharged", "in", "good", "condition", ",", "tolerating", "the", "oral", "route", ",", "without", "abdominal", "pain", ".", "FINAL", "DIAGNOSIS", "Acute", "pancreatitis" ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "girl", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 18 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 387, "end": 393 }, { "text": "Mother", "label": "HUMAN", "start": 395, "end": 401 }, { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 581, "end": 589 }, { "text": "EBNA", "label": "SPECIES", "start": 1307, "end": 1311 }, { "text": "Parasites", "label": "SPECIES", "start": 1345, "end": 1354 }, { "text": "VCA", "label": "SPECIES", "start": 1324, "end": 1327 }, { "text": "RSV", "label": "SPECIES", "start": 1274, "end": 1277 }, { "text": "Influenza A", "label": "SPECIES", "start": 1279, "end": 1290 }, { "text": "Influenza A and B", "label": "SPECIES", "start": 1279, "end": 1296 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1438, "end": 1445 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 1454, "end": 1461 } ]

[ "This", "is", "a", "75-year-old", "female", "patient", "with", "a", "history", "of", "AHT", ",", "DM2", ",", "DLP", ",", "mild", "cognitive", "impairment", "with", "a", "vascular", "profile", ",", "appendectomy", ",", "hysterectomy", "and", "double", "adnexectomy", ".", "She", "is", "being", "treated", "with", "Lorazepam", ",", "HTZ", ",", "valsartan", ",", "amlodipine", ",", "linagliptin", ",", "metformin", "and", "sertraline", ".", "She", "was", "referred", "to", "the", "emergency", "department", "for", "presenting", "agitation", "and", "intermittent", "and", "fluctuating", "behavioural", "alterations", "(", "hiding", "objects", ",", "anal", "incontinence", ".", ".", ".", ")", "of", "seven", "days", "'", "evolution", ".", "She", "reported", "pain", "in", "the", "right", "hypochondrium", "with", "the", "same", "chronology", ",", "accompanied", "by", "nausea", "and", "vomiting", ".", "No", "fever", "measured", "at", "home", ",", "but", "she", "did", "have", "a", "feeling", "of", "dystrophy", ".", "No", "other", "associated", "symptoms", "were", "reported", ".", "A", "fever", "of", "39oC", "was", "noted", "in", "the", "emergency", "department", ".", "Physical", "examination", "revealed", "Hypotension", "80", "/", "42", ",", "HR", "110lpm", ",", "Sat", "96", "%", "with", "contribution", "at", "2lpm", ".", "Poor", "general", "condition", ",", "ACP", "tachycardia", "with", "mvc", ",", "crackles", "in", "the", "lung", "bases", ",", "painful", "abdomen", "on", "palpation", "in", "the", "HCD", "region", ".", "Analysis", ":", "leukocytosis", "26500", ",", "with", "neutrophilia", ",", "platelets", "110000", ",", "prothrombin", "activity", "44", "%", ",", "fibrinogen", "9", ".", "15", ",", "creatinine", "1", ".", "54", ",", "urea", "97", ",", "CRP", "275", ",", "PCT", "5", ".", "7", ".", "Given", "the", "data", "of", "coagulopathy", "and", "thrombopenia", ",", "increased", "acute", "phase", "reactants", ",", "as", "well", "as", "the", "clinical", "manifestations", ",", "an", "abdominal", "CT", "scan", "was", "requested", ".", "The", "CT", "scan", "showed", "an", "image", "suggestive", "of", "liver", "abscess", "in", "segment", "4", "lower", "segment", "caused", "by", "a", "foreign", "body", ",", "probably", "a", "fishbone", ",", "in", "relation", "to", "the", "antro-bulbar", "region", "outside", "the", "gastric", "wall", ".", "There", "was", "no", "pneumoperitoneum", "or", "peritoneal", "free", "fluid", ".", "The", "case", "was", "discussed", "with", "the", "general", "surgeon", "who", "rejected", "surgical", "intervention", ".", "The", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "ICU", "and", "percutaneous", "drainage", "of", "the", "liver", "abscess", "was", "performed", "by", "interventional", "radiology", ".", "Good", "clinical", "evolution", "with", "antibiotic", "treatment", "with", "coverage", "for", "Gram", "+", ",", "Gram", "-", "and", "fungi", ".", "Blood", "cultures", "and", "abscess", "culture", "isolated", "Streptococus", "anginosus", ".", "Antibiotic", "treatment", "was", "de-escalated", "according", "to", "antibiogram", "with", "good", "clinical", "and", "analytical", "evolution", "of", "the", "patient", ".", "Given", "the", "patient", "'", "s", "stability", ",", "it", "was", "decided", "to", "discharge", "her", "to", "the", "Internal", "Medicine", "ward", "and", "continue", "treatment", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 29, "end": 36 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1614, "end": 1621 }, { "text": "fungi", "label": "SPECIES", "start": 1823, "end": 1828 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2012, "end": 2019 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2031, "end": 2038 }, { "text": "Streptococus anginosus", "label": "SPECIES", "start": 1874, "end": 1896 } ]

[ "History", ",", "current", "disease", "and", "physical", "examination", "Patient", "aged", "43", "years", ",", "with", "no", "past", "history", "of", "interest", ",", "who", "has", "been", "doing", "intense", "aerobic", "sport", "(", "athletics", "and", "paddle", "tennis", ")", "for", "about", "7", "hours", "a", "week", "since", "childhood", ",", "referred", "to", "the", "Cardiology", "department", "for", "the", "finding", "of", "isolated", "monomorphic", "ventricular", "extrasystoles", "(", "VE", ")", "on", "ECG", "performed", "during", "an", "examination", "at", "work", ".", "Physical", "examination", "was", "normal", ".", "Complementary", "tests", "Echocardiogram", ",", "chest", "X-ray", "and", "laboratory", "tests", "showed", "no", "abnormalities", ".", "There", "were", "no", "signs", "or", "symptoms", "of", "ischaemia", "in", "the", "exercise", "stress", "test", ",", "but", "the", "density", "of", "ventricular", "extrasystoles", "increased", "slightly", "at", "maximum", "effort", ".", "Clinical", "course", "Treatment", "was", "started", "with", "bisoprolol", "5", "mg", "per", "day", "and", "the", "Holter", "monitoring", "recorded", "disappearance", "of", "VE", "but", "nocturnal", "atrioventricular", "block", "(", "AVB", ")", "with", "several", "pauses", ",", "the", "longest", "of", "12", "seconds", ".", "The", "patient", "remained", "asymptomatic", "at", "all", "times", "and", "denied", "any", "family", "history", "of", "conduction", "disorder", ",", "dilated", "cardiomyopathy", "or", "sudden", "death", ".", "The", "Holter", "monitoring", "was", "interpreted", "as", "advanced", "AVB", ",", "bisoprolol", "was", "discontinued", "and", "the", "patient", "was", "admitted", "for", "study", "and", "monitoring", ".", "Nocturnal", "pauses", "were", "recorded", "in", "relation", "to", "AVB", "and", "/", "or", "sinus", "bradycardia", "of", "up", "to", "7", "seconds", "and", "very", "occasional", "VS", ".", "Baseline", "conduction", "was", "found", "to", "be", "normal", "by", "electrophysiological", "study", "and", "sleep", "apnoea", "was", "ruled", "out", "by", "polysomnography", ".", "In", "view", "of", "the", "poor", "clinical", "situation", "and", "the", "lack", "of", "curative", "treatment", "possibilities", ",", "analgesia", "was", "intensified", "and", "the", "patient", "died", ".", "Diagnosis", "In", "view", "of", "the", "absence", "of", "structural", "heart", "disease", "and", "relevant", "family", "history", ",", "he", "was", "diagnosed", "with", "VAB", "mediated", "by", "vagal", "hypertonia", "and", "was", "advised", "to", "reduce", "his", "sporting", "activity", ",", "but", "he", "refused", ".", "The", "risk-benefit", "balance", "of", "implanting", "a", "single-chamber", "pacemaker", "was", "explained", "to", "him", "and", "he", "refused", ".", "During", "follow-up", ",", "he", "continues", "to", "be", "asymptomatic", ",", "although", "Holter", "ECG", "monitoring", "shows", "that", "nocturnal", "pauses", "of", "up", "to", "9", "seconds", "in", "duration", "persist", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Patient", "label": "HUMAN", "start": 50, "end": 57 }, { "text": "childhood", "label": "HUMAN", "start": 209, "end": 218 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 880, "end": 887 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1108, "end": 1115 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1520, "end": 1527 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 938, "end": 944 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 1609, "end": 1615 } ]

[ "Anamnesis", "91-year-old", "woman", "with", "senile", "dementia", ",", "arterial", "hypertension", ",", "cholecystectomy", ",", "right", "hip", "prosthesis", ",", "appendectomy", ",", "hysterectomy", "and", "double", "adnexectomy", "for", "ovarian", "cancer", "and", "intestinal", "diverticular", "disease", "with", "numerous", "admissions", "to", "the", "Digestive", "System", "Department", "of", "our", "hospital", "for", "intestinal", "pseudo-occlusive", "symptoms", ".", "Urological-digestive", "history", ":", "stress", "urinary", "incontinence", ",", "repeated", "urinary", "tract", "infections", "(", "with", "positive", "urine", "cultures", "for", "Escherichia", "coli", "and", "Enterococcus", "faecalis", ")", ".", "He", "consulted", "the", "urology", "department", "for", "episodes", "of", "hypogastric", "discomfort", "accompanied", "by", "dysuria", ",", "occasional", "haematuria", "and", "frequent", "emission", "of", "foul-smelling", ",", "choluric", "urine", ".", "He", "was", "admitted", "to", "the", "General", "Surgery", "Department", "at", "the", "end", "of", "the", "year", "for", "intestinal", "occlusive", "symptoms", "and", "fever", ".", "A", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", "scan", "showed", "diverticulosis", "+", "perisigmoid", "fatty", "infiltration", "+", "fistulisation", "of", "the", "sigma", "and", "bladder", "on", "the", "left", "postero-lateral", "side", "+", "pneumocystis", "+", "image", "of", "\"", "bladder", "lithiasis", "\"", "of", "1", ".", "5", "cm", ".", "An", "unloading", "colostomy", "and", "surgical", "closure", "of", "the", "fistula", "were", "performed", ".", "Two", "months", "after", "surgery", ",", "the", "patient", "returned", "to", "the", "urology", "department", "due", "to", "persistent", "dysuria", ",", "haematuria", "and", "discomfort", "in", "the", "hypogastrium", ",", "although", "the", "choluric", "and", "foul-smelling", "urine", "had", "disappeared", "after", "the", "previous", "operation", ".", "The", "ultrasound", "and", "the", "control", "CT", "scan", "showed", "an", "image", "suggestive", "of", "a", "1", ".", "5", "cm", "\"", "lithiasis", "\"", "in", "the", "bladder", ",", "already", "described", "in", "the", "CT", "scan", "prior", "to", "surgery", ".", "Treatment", "Endoscopic", "extraction-fragmentation", "of", "this", "lithiasis", "was", "decided", "as", "treatment", ".", "Endoscopic", "examination", "of", "the", "bladder", "lithiasis", "only", "succeeded", "in", "fragmenting", "the", "peripheral", "calcific", "shell", ",", "identifying", "a", "hard", "core", "that", "could", "not", "be", "fragmented", "by", "means", "of", "endoscopic", "pneumatic", "lithotripsy", ".", "Due", "to", "the", "extreme", "hardness", ",", "it", "was", "decided", "not", "to", "continue", "with", "endovesical", "lithotripsy", "and", "the", "lithiasis", "was", "extracted", "with", "the", "support", "of", "a", "26", "Ch", "nephroscope", "and", "Dormia", "basket", ".", "On", "analysing", "the", "\"", "lithiasis", "\"", "on", "the", "operating", "table", ",", "our", "surprise", "was", "that", "the", "lithiasis", "mould", "corresponded", "to", "a", "stone", "from", "a", "fruit", ",", "probably", "a", "plum", ".", "The", "elderly", "patient", ",", "who", "had", "difficulty", "chewing", ",", "had", "swallowed", "a", "plum", "more", "than", "6", "months", "previously", ",", "involuntarily", "swallowed", "the", "stone", "of", "this", "fruit", ",", "which", "on", "reaching", "the", "intestinal", "tract", "and", "through", "the", "colovesical", "fistula", "she", "had", "due", "to", "her", "intestinal", "diverticular", "disease", ",", "became", "lodged", "in", "her", "bladder", ".", "After", "removal", "of", "the", "endovesical", "bone", ",", "the", "clinical", "symptoms", "of", "dysuria", "and", "haematuria", "disappeared", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Enterococcus faecalis", "label": "SPECIES", "start": 483, "end": 504 }, { "text": "Escherichia coli", "label": "SPECIES", "start": 462, "end": 478 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 27 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1125, "end": 1132 }, { "text": "plum", "label": "SPECIES", "start": 2114, "end": 2118 }, { "text": "plum", "label": "SPECIES", "start": 2185, "end": 2189 }, { "text": "elderly", "label": "HUMAN", "start": 2124, "end": 2131 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2132, "end": 2139 } ]

[ "A", "48-year-old", "man", "with", "no", "known", "drug", "allergies", "or", "toxic", "habits", ",", "with", "a", "history", "of", "community-acquired", "pneumonia", ",", "came", "to", "the", "emergency", "department", "with", "a", "two-week", "history", "of", "fever", "of", "up", "to", "38", ".", "5o", "C", "accompanied", "by", "general", "malaise", ",", "asthenia", "and", "episodes", "of", "sweating", ",", "predominantly", "in", "the", "evening", ".", "During", "the", "last", "two", "weeks", "he", "has", "consulted", "the", "emergency", "department", "on", "several", "occasions", "due", "to", "these", "symptoms", ",", "and", "has", "been", "discharged", "with", "a", "diagnosis", "of", "short-term", "febrile", "syndrome", ",", "and", "blood", "cultures", "have", "been", "taken", "which", "so", "far", "have", "not", "detected", "any", "growth", "of", "microorganisms", ".", "There", "were", "no", "ENT", ",", "respiratory", ",", "digestive", ",", "cutaneous", "or", "urological", "symptoms", ".", "As", "epidemiological", "background", "we", "can", "highlight", "that", "the", "patient", "lives", "in", "a", "rural", "area", "and", "has", "regular", "contact", "with", "properly", "vaccinated", "dogs", ".", "On", "examination", ",", "he", "was", "in", "an", "acceptable", "general", "state", ",", "conscious", ",", "oriented", "and", "cooperative", ".", "There", "were", "no", "palpable", "peripheral", "lymphadenopathies", "or", "neck", "stiffness", ".", "Eupneic", "at", "rest", ",", "tolerating", "the", "decubitus", ",", "afebrile", "(", "35", ".", "8o", ")", "and", "haemodynamically", "stable", "with", "blood", "pressure", "of", "125", "/", "68", "mmHg", ".", "Cardiopulmonary", "auscultation", "showed", "rhythmic", "tones", "at", "77", "bpm", ",", "without", "murmurs", ",", "friction", "or", "extratonos", "and", "preserved", "vesicular", "murmur", ",", "without", "pathological", "sounds", ".", "The", "abdomen", "is", "soft", ",", "depressible", ",", "without", "masses", "or", "organomegaly", ".", "The", "lower", "extremities", "showed", "petechial", "lesions", ",", "without", "oedema", "or", "signs", "of", "thrombosis", ".", "Blood", "tests", ":", "glycaemia", ",", "renal", "function", "and", "ions", "in", "the", "normal", "range", "and", "C-reactive", "protein", "of", "104", "mg", "/", "L", ".", "Haemoglobin", "14", ".", "4", "g", "/", "dl", ",", "leukocytes", "10", ",", "700", "/", "mm3", "and", "platelets", "166", ",", "000", "/", "mm3", ".", "The", "chest", "X-ray", "showed", "no", "notable", "pleuroparenchymal", "alterations", ".", "In", "the", "emergency", "department", "he", "was", "classified", "as", "febrile", "syndrome", "of", "intermediate", "duration", "and", "empirical", "antibiotic", "treatment", "was", "continued", "with", "amoxicillin", "875", "mg", "/", "clavulanic", "acid", "125", "mg", "every", "8", "hours", ".", "Differential", "diagnosis", "In", "summary", ",", "this", "is", "a", "patient", "with", "fever", "of", "intermediate", "duration", "without", "clear", "focality", "except", "for", "cutaneous", "manifestations", "in", "the", "lower", "limbs", ",", "so", "we", "will", "focus", "the", "differential", "diagnosis", "on", "fever", "of", "unknown", "origin", ",", "even", "though", "we", "know", "that", "in", "up", "to", "20", "%", "of", "cases", ",", "the", "aetiology", "is", "not", "known", ".", "Taking", "into", "account", "the", "epidemiological", "context", "of", "the", "patient", ",", "one", "of", "the", "causes", "to", "be", "taken", "into", "account", "would", "be", "Mediterranean", "spotted", "fever", ",", "transmitted", "by", "ticks", "and", "caused", "by", "Rickettsia", "conorii", ",", "which", "presents", "with", "fever", ",", "headache", ",", "myalgia", ",", "papular", "lesions", "on", "palms", "and", "soles", "and", "a", "necrotic", "eschar", ",", "due", "to", "inoculation", "at", "the", "site", "of", "the", "tick", "bite", ".", "Other", "pathologies", "to", "be", "considered", "in", "the", "epidemiological", "context", "of", "the", "patient", "are", "Coxiella", "burnetii", "as", "the", "causative", "agent", "of", "Q", "fever", ",", "Brucella", "melitensis", "as", "the", "causative", "agent", "of", "human", "brucellosis", "and", "Leishmania", "spp", ".", "Another", "possible", "diagnosis", "in", "a", "patient", "with", "fever", "of", "probable", "infectious", "origin", "with", "cutaneous", "manifestations", "is", "meningitis", "caused", "by", "Neisseria", "meningitidis", "characterised", "by", "fever", ",", "headache", ",", "nausea", ",", "vomiting", ",", "petechial", "lesions", "on", "ankles", ",", "wrists", "and", "mucosal", "surfaces", ".", "However", ",", "this", "diagnosis", "was", "ruled", "out", "as", "our", "patient", "showed", "no", "change", "in", "mental", "status", "and", "no", "signs", "of", "meningismus", ".", "Primary", "human", "immunodeficiency", "virus", "(", "HIV", ")", "infection", ",", "when", "symptomatic", ",", "usually", "manifests", "as", "a", "typically", "maculopapular", "rash", ",", "spreading", "to", "the", "palms", "and", "soles", "of", "the", "feet", ",", "associated", "with", "fever", ",", "lymphadenomegaly", ",", "severe", "headache", ",", "diarrhoea", "and", "arthralgias", ".", "Within", "the", "differential", "diagnosis", "of", "febrile", "syndrome", "with", "petechial", "lesions", "on", "the", "lower", "limbs", ",", "we", "would", "have", "to", "evaluate", "a", "possible", "infectious", "endocarditis", "with", "negative", "blood", "cultures", ",", "as", "occurs", "with", "Coxiella", "burnetii", ",", "Bartonella", "spp", ",", "Legionella", "spp", ",", "Mycoplasma", "spp", ",", "Mycobacterium", "spp", ",", "T", ".", "whipplei", "or", "slow-growing", "microorganisms", "with", "special", "requirements", "or", "difficult", "to", "identify", "such", "as", "the", "members", "of", "the", "HACEK", "group", "(", "Haemophilus", "Aggregatibacter", ",", "Cardiobacterium", ",", "Eikenella", "and", "Kingella", "spp", ")", ",", "or", "others", "such", "as", "Abiothrophia", "spp", ",", "Granulicatella", "spp", "or", "Gemella", "spp3", ".", "If", "we", "focus", "on", "petechial", "lesions", "on", "both", "lower", "limbs", ",", "we", "should", "rule", "out", "numerous", "pathologies", ",", "some", "more", "frequent", "such", "as", "primary", "skin", "disorders", ",", "vasculitis", ",", "systemic", "lupus", "erythematosus", ",", "coagulation", "disorders", ",", "and", "others", "less", "frequent", "such", "as", "vascular", "fragility", "or", "malformations", ",", "intravascular", "thrombosis", ",", "embolisms", "or", "diseases", "mediated", "by", "immunocomplexes", ".", "Within", "the", "clinical", "picture", "we", "are", "dealing", "with", ",", "other", "possibilities", ",", "although", "more", "remote", "but", "which", "should", "be", "considered", "once", "the", "above", "have", "been", "ruled", "out", ",", "would", "be", "the", "existence", "of", "intra-abdominal", "abscesses", ",", "mononucleosis", "syndromes", "that", "can", "sometimes", "debut", "without", "adenopathy", ",", "cytomegalovirus", ",", "Epstein-Barr", "virus", ",", "herpes", "simplex", "virus", "6", ",", "parvovirus", "B19", ",", "viral", "hepatitis", "and", "extrapulmonary", "and", "disseminated", "tuberculosis", ".", "On", "the", "other", "hand", ",", "it", "must", "be", "considered", "that", "the", "origin", "may", "be", "tumoural", ",", "which", "is", "frequent", "in", "leukaemias", ",", "carcinomas", "(", "especially", "colon", ",", "renal", ",", "hepatocarcinoma", "or", "metastatic", "lesions", ")", ",", "sarcomas", "and", ",", "typically", ",", "in", "atrial", "myxoma", ".", "Evolution", "Ten", "days", "after", "blood", "cultures", "were", "taken", ",", "Capnocytophaga", "canimorsus", "(", "1", "/", "6", ")", "was", "isolated", "and", "was", "sensitive", "to", "ampicillin", ",", "so", "the", "patient", "was", "contacted", "and", "returned", "to", "the", "emergency", "department", ".", "The", "patient", "presented", "with", "a", "febrile", "syndrome", "of", "four", "weeks", "'", "duration", "with", "general", "malaise", ",", "weight", "loss", "and", "asthenia", ",", "accompanied", "for", "the", "last", "three", "days", "by", "dyspnoea", "and", "productive", "cough", ".", "On", "examination", ",", "the", "patient", "was", "haemodynamically", "stable", "with", "blood", "pressure", "of", "113", "/", "70", "mmHg", ",", "tachypnoea", "saturating", "at", "97", "%", "with", "no", "use", "of", "accessory", "muscles", ".", "Cardiopulmonary", "auscultation", "showed", "rhythmic", "tones", "at", "102", "bpm", "with", "a", "panfocal", "systolic", "murmur", "III-IV", "/", "VI", ",", "and", "a", "globally", "decreased", "vesicular", "murmur", ",", "with", "no", "additional", "pathological", "sounds", ".", "The", "abdomen", "was", "soft", ",", "depressible", ",", "without", "masses", "or", "organomegaly", ".", "Petechial", "lesions", "persisted", "on", "the", "lower", "extremities", ",", "without", "oedema", "or", "signs", "of", "thrombosis", ".", "In", "view", "of", "these", "findings", ",", "transthoracic", "echocardiography", "(", "TTE", ")", "was", "performed", ",", "showing", "vegetations", "on", "the", "native", "aortic", "and", "mitral", "valves", "suggestive", "of", "infective", "endocarditis", ",", "with", "intense", "valve", "destruction", "(", "aortic", "insufficiency", "and", "mitral", "regurgitation", ",", "both", "severe", ")", "together", "with", "dilatation", "of", "both", "left", "chambers", ".", "The", "result", "of", "the", "echocardiography", "together", "with", "the", "blood", "cultures", "established", "the", "diagnosis", "of", "endocarditis", ",", "as", "he", "fulfilled", "one", "major", "and", "three", "minor", "Duke", "criteria", ".", "He", "underwent", "emergency", "surgery", ",", "and", "after", "cleaning", "and", "removal", "of", "devitalised", "and", "infected", "tissues", ",", "a", "double", "mitral", "and", "aortic", "valve", "replacement", "was", "performed", "with", "implantation", "of", "two", "biological", "valve", "prostheses", ".", "In", "the", "immediate", "postoperative", "period", ",", "the", "patient", "presented", "third-degree", "atrioventricular", "block", "with", "transient", "pacemaker", "dependence", ",", "so", "DDD", "permanent", "pacemaker", "was", "finally", "implanted", "without", "incident", ".", "The", "microbiological", "culture", "of", "the", "valves", "was", "negative", ",", "but", "in", "the", "samples", "analysed", "by", "genomic", "analysis", "by", "polymerase", "chain", "reaction", "(", "PCR", ")", "and", "sequencing", "of", "the", "16s", "ribonucleic", "acid", "(", "RNA", ")", "gene", ",", "the", "presence", "of", "Capnocytophaga", "canimorsus", "was", "detected", ",", "so", "the", "patient", "received", "postoperative", "antimicrobial", "treatment", "with", "ampicillin", "2", "g", "/", "iv", "/", "4hours", "for", "three", "weeks", ",", "with", "good", "tolerance", "and", "no", "recurrence", "of", "fever", ".", "At", "the", "end", "of", "this", "treatment", ",", "an", "ultrasound", "check-up", "was", "performed", ",", "showing", "both", "prostheses", "to", "be", "normal", "and", "functioning", ",", "together", "with", "slight", "pleural", "and", "pericardial", "effusion", ".", "Given", "the", "good", "clinical", "evolution", ",", "the", "patient", "was", "discharged", "home", ".", "A", "week", "later", ",", "he", "consulted", "the", "emergency", "department", "again", "for", "two", "days", "of", "general", "malaise", "accompanied", "by", "fever", "of", "up", "to", "39", "°", "C", "and", "cold", "sweats", ".", "He", "did", "not", "report", "any", "focal", "symptoms", "in", "the", "interrogation", ".", "There", "were", "no", "respiratory", ",", "digestive", "or", "urological", "symptoms", ".", "On", "examination", ",", "the", "patient", "is", "haemodynamically", "stable", "with", "blood", "pressure", "of", "115", "/", "72", "mmHg", ",", "eupneic", "at", "rest", ",", "saturating", "at", "98", "%", ".", "Cardiopulmonary", "auscultation", "showed", "rhythmic", "tones", "at", "92", "bpm", "and", "decreased", "vesicular", "murmur", "in", "the", "left", "lung", "base", "with", "no", "additional", "pathological", "sounds", ".", "Healed", "surgical", "wound", ",", "stable", "sternum", "without", "suppuration", ".", "Lower", "extremities", "without", "oedema", "or", "signs", "of", "thrombosis", ".", "Blood", "glucose", ",", "renal", "function", "and", "ions", "in", "range", ",", "C-reactive", "protein", "of", "71", "mg", "/", "L", ".", "Haemoglobin", "10", ".", "2", "g", "/", "dl", ",", "leukocytes", "7", ",", "830", "/", "mm3", "and", "platelets", "206", ",", "000", "/", "mm3", ".", "In", "summary", ",", "we", "are", "dealing", "with", "a", "patient", "who", "underwent", "valve", "replacement", "four", "weeks", "ago", "due", "to", "mitroaortic", "infective", "endocarditis", "caused", "by", "C", ".", "canimorsus", "and", "pacemaker", "implantation", ",", "with", "a", "febrile", "syndrome", "without", "focality", ".", "Given", "the", "patient", "'", "s", "history", ",", "blood", "cultures", "were", "taken", "and", "transthoracic", "echocardiography", "was", "performed", ",", "with", "similar", "results", "to", "those", "obtained", "prior", "to", "discharge", ".", "At", "this", "point", ",", "a", "new", "differential", "diagnosis", "was", "established", ",", "assessing", "the", "most", "likely", "aetiologies", "as", "recurrence", "of", "endocarditis", ",", "pacemaker", "infection", ",", "surgical", "site", "infection", "and", "the", "development", "of", "pleuropericardial", "syndrome", ".", "The", "absence", "of", "analytical", "data", "supporting", "an", "infectious", "aetiology", ",", "the", "negative", "serial", "blood", "cultures", "and", "the", "fact", "that", "the", "patient", "had", "undergone", "targeted", "antibiotic", "treatment", "for", "four", "weeks", "led", "to", "rule", "out", "an", "infectious", "entity", "as", "the", "first", "diagnostic", "option", ".", "The", "presence", "of", "a", "small", "left", "pleural", "effusion", "together", "with", "pericardial", "effusion", "and", "the", "absence", "of", "vegetations", "on", "ultrasound", "led", "to", "the", "conclusion", "that", "pleuropericardial", "syndrome", "was", "the", "most", "likely", "diagnosis", ".", "This", "disorder", "affecting", "both", "pleura", "and", "pericardium", "frequently", "appears", "after", "cardiac", "surgery", "and", "is", "characterised", "by", "left", "pleural", "effusion", ".", "Given", "the", "clinical", "diagnosis", "of", "febrile", "syndrome", "probably", "caused", "by", "pleuropericardial", "syndrome", ",", "he", "was", "treated", "with", "prednisone", "60", "mg", "/", "24h", "for", "three", "days", "with", "good", "tolerance", "and", "apparent", "resolution", "of", "fever", ",", "and", "was", "discharged", "with", "corticosteroid", "treatment", ".", "He", "was", "readmitted", "ten", "days", "later", "with", "poor", "general", "condition", ",", "tending", "to", "hypotension", ",", "dyspnoeic", "at", "rest", "and", "with", "QSOFA", "score", "2", ".", "On", "examination", "there", "was", "a", "violaceous", "lesion", "on", "the", "thumb", "of", "the", "first", "finger", "of", "the", "right", "lower", "limb", ".", "Laboratory", "tests", "revealed", "acute", "renal", "failure", "with", "creatinine", "of", "2", "mg", "/", "dl", "and", "lactic", "acid", "of", "6", ".", "1", "mmol", "/", "L", ".", "The", "haemogram", "showed", "leukocytosis", "of", "47", ",", "360", "/", "mm3", "with", "neutrophilia", "and", "thrombopenia", "of", "20", ",", "000", "/", "mm3", ".", "Transthoracic", "and", "transesophageal", "echocardiography", "showed", "an", "image", "compatible", "with", "vegetation", "in", "the", "mitroaortic", "region", "with", "involvement", "of", "the", "tricuspid", "septal", "leaflet", "and", "fistulisation", "of", "the", "membranous", "septum", "causing", "a", "perimembranous", "ventricular", "septal", "defect", "at", "the", "level", "of", "the", "aortic", "root", ".", "In", "view", "of", "these", "findings", ",", "he", "was", "diagnosed", "with", "septic", "and", "cardiogenic", "shock", "secondary", "to", "infective", "endocarditis", "with", "extensive", "involvement", "of", "the", "mitral", "and", "aortic", "valves", ".", "In", "the", "following", "hours", "he", "progressed", "to", "multiorgan", "failure", "refractory", "to", "fluids", ",", "amines", ",", "antibiotics", "and", "mechanical", "ventilation", ",", "finally", "dying", "of", "asystole", ".", "Final", "diagnosis", "Infective", "mitroaortic", "endocarditis", "on", "native", "valves", "due", "to", "Capnocytophaga", "canimorsus", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0 ]

[ { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 557, "end": 571 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 706, "end": 713 }, { "text": "dogs", "label": "SPECIES", "start": 785, "end": 789 }, { "text": "vaccinated", "label": "SPECIES", "start": 774, "end": 784 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1885, "end": 1892 }, { "text": "Brucella melitensis", "label": "SPECIES", "start": 2648, "end": 2667 }, { "text": "Coxiella burnetii", "label": "SPECIES", "start": 2595, "end": 2612 }, { "text": "Leishmania spp", "label": "SPECIES", "start": 2716, "end": 2730 }, { "text": "Rickettsia conorii", "label": "SPECIES", "start": 2337, "end": 2355 }, { "text": "tick", "label": "SPECIES", "start": 2499, "end": 2503 }, { "text": "ticks", "label": "SPECIES", "start": 2317, "end": 2322 }, { "text": "human", "label": "HUMAN", "start": 2694, "end": 2699 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2212, "end": 2219 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2583, "end": 2590 }, { "text": "Neisseria meningitidis", "label": "SPECIES", "start": 2868, "end": 2890 }, { "text": "Mycoplasma spp", "label": "SPECIES", "start": 3628, "end": 3642 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 3156, "end": 3159 }, { "text": "cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 4582, "end": 4597 }, { "text": "human", "label": "HUMAN", "start": 3126, "end": 3131 }, { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 3691, "end": 3705 }, { "text": "Epstein-Barr virus", "label": "SPECIES", "start": 4599, "end": 4617 }, { "text": "human immunodeficiency virus", "label": "SPECIES", "start": 3126, "end": 3154 }, { "text": "herpes simplex virus", "label": "SPECIES", "start": 4619, "end": 4639 }, { "text": "infection", "label": "SPECIES", "start": 3161, "end": 3170 }, { "text": "T. whipplei", "label": "SPECIES", "start": 3663, "end": 3674 }, { "text": "Aggregatibacter", "label": "SPECIES", "start": 3809, "end": 3824 }, { "text": "Cardiobacterium", "label": "SPECIES", "start": 3826, "end": 3841 }, { "text": "Eikenella", "label": "SPECIES", "start": 3843, "end": 3852 }, { "text": "Kingella spp", "label": "SPECIES", "start": 3857, "end": 3869 }, { "text": "Granulicatella spp", "label": "SPECIES", "start": 3908, "end": 3926 }, { "text": "parvovirus B19", "label": "SPECIES", "start": 4643, "end": 4657 }, { "text": "Abiothrophia spp", "label": "SPECIES", "start": 3890, "end": 3906 }, { "text": "Capnocytophaga canimorsus", "label": "SPECIES", "start": 5005, "end": 5030 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5090, "end": 5097 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5158, "end": 5165 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5362, "end": 5369 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6585, "end": 6592 }, { "text": "Capnocytophaga canimorsus", "label": "SPECIES", "start": 6954, "end": 6979 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 7001, "end": 7008 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 7367, "end": 7374 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 7678, "end": 7685 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 8241, "end": 8248 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 8442, "end": 8449 }, { "text": "C. canimorsus", "label": "SPECIES", "start": 8348, "end": 8361 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 8947, "end": 8954 }, { "text": "infection", "label": "SPECIES", "start": 8737, "end": 8746 }, { "text": "infection", "label": "SPECIES", "start": 8762, "end": 8771 }, { "text": "Capnocytophaga canimorsus", "label": "SPECIES", "start": 10826, "end": 10851 } ]

[ "Personal", "history", "Male", "patient", ",", "63", "years", "old", ",", "with", "type", "2", "diabetes", "mellitus", "and", "sensory", "partial", "epilepsy", "in", "2006", "under", "treatment", "with", "lamotrigine", ".", "Missionary", "in", "Peru", "for", "several", "years", "until", "one", "year", "prior", "to", "his", "admission", ".", "In", "January", "2008", ",", "he", "was", "admitted", "to", "Neurology", "for", "instability", ",", "and", "a", "cranial", "MRI", "was", "performed", ",", "showing", "triventricular", "hydrocephalus", "due", "to", "obstruction", "of", "the", "aqueduct", "of", "Sylvius", ",", "and", "a", "peritoneal", "shunt", "valve", "was", "placed", ".", "Cerebrospinal", "fluid", "examination", "revealed", "an", "inflammatory", "lymphocytic", "exudate", "(", "90", "leukocytes", "with", "80", "%", "mononuclear", "and", "54", "g", "/", "dL", "glucose", ")", ".", "Present", "illness", "The", "patient", "presented", "again", "in", "September", "2008", "due", "to", "persistent", "clinical", "manifestations", ".", "He", "presented", "with", "gait", "instability", "and", "ataxia", ",", "together", "with", "nausea", ",", "vomiting", "and", "decreased", "strength", "in", "the", "lower", "limbs", "for", "a", "month", ",", "as", "well", "as", "fever", "of", "up", "to", "38oC", "since", "the", "previous", "week", ".", "There", "were", "no", "other", "symptoms", "of", "note", ".", "Physical", "examination", "General", "examination", "revealed", "no", "pathological", "findings", ".", "The", "neurological", "examination", "revealed", "bilateral", "diplopia", "and", "a", "generalised", "decrease", "in", "strength", "in", "the", "lower", "limbs", ".", "There", "were", "no", "meningeal", "signs", "or", "dysmetria", ".", "Complementary", "examinations", "The", "haemogram", ",", "coagulation", "and", "biochemical", "parameters", "determined", "in", "the", "blood", "were", "within", "normal", "limits", ".", "Cerebrospinal", "fluid", "biochemistry", ",", "extracted", "by", "lumbar", "puncture", ",", "showed", "20", "leukocytes", "/", "μL", "(", "40", "%", "polymorphonuclear", ",", "60", "%", "mononuclear", ")", ",", "48", "g", "/", "dL", "glucose", "and", "106", "mg", "/", "dL", "protein", ".", "A", "new", "MRI", "scan", "showed", "enlargement", "of", "the", "entire", "ventricular", "system", "and", "transependymal", "exudation", "of", "fluid", ".", "After", "contrast", "administration", ",", "the", "diagnostic", "possibility", "of", "ependymitis", "was", "suggested", ".", "On", "previous", "admission", ",", "cerebrospinal", "fluid", "culture", "for", "bacteria", "and", "mycobacteria", "was", "performed", ",", "with", "PCR", "for", "mycobacteria", ",", "culture", "for", "fungi", "and", "fresh", "parasite", "detection", "and", "serology", "for", "Trypanosoma", "cruzi", ".", "All", "these", "tests", "were", "negative", ".", "Blood", "serology", "was", "completed", "for", "Blastomyces", "dermatitidis", ",", "Coccidioides", "immitis", "and", "Histoplasma", "capsulatum", ",", "which", "were", "negative", ",", "and", "for", "Paracoccidioides", "brasilensis", ",", "which", "was", "positive", ".", "PCR", "for", "Paracoccidioides", "brasilensis", "in", "cerebrospinal", "fluid", "was", "negative", ".", "HIV", "serology", "was", "performed", "and", "was", "negative", ".", "Diagnostic", "test", "PCR", "for", "Histoplasma", "capsulatum", "in", "cerebrospinal", "fluid", ":", "positive", ".", "Clinical", "judgement", "Chronic", "Histoplasma", "capsulatum", "meningitis", ".", "Evolution", "Before", "obtaining", "the", "microbiological", "results", ",", "and", "given", "the", "possibility", "of", "infection", "associated", "with", "the", "ventriculo-peritoneal", "shunt", "valve", ",", "empirical", "treatment", "was", "started", "with", "vancomycin", "and", "meropenem", ",", "without", "remission", "of", "fever", "or", "clinical", "improvement", ",", "so", "tuberculostatics", "and", "corticosteroids", "were", "added", "empirically", ",", "as", "tuberculosis", "is", "one", "of", "the", "most", "common", "causes", "of", "chronic", "lymphocytic", "meningitis", "in", "our", "environment", ".", "Following", "positive", "microbiological", "tests", "for", "Histoplasma", "capsulatum", ",", "treatment", "with", "liposomal", "amphotericin", "B", "(", "300", "mg", "per", "day", ")", "was", "started", "for", "four", "weeks", ",", "with", "a", "marked", "improvement", "in", "the", "condition", ",", "with", "disappearance", "of", "fever", "and", "neurological", "alterations", ".", "Mild", "neurotoxicity", "occurred", "during", "treatment", ",", "which", "resolved", "at", "the", "end", "of", "treatment", ".", "After", "discontinuation", "of", "amphotericin", ",", "itraconazole", "was", "started", "orally", "for", "eleven", "months", ".", "During", "this", "period", "several", "lumbar", "punctures", "were", "performed", ",", "with", "progressive", "improvement", "of", "all", "parameters", ".", "After", "six", "months", "on", "itraconazole", "he", "had", "five", "leukocytes", "(", "95", "%", "mononuclear", ")", ",", "88", "g", "/", "dL", "of", "protein", "and", "a", "glucose", "of", "54", ".", "6", "g", "/", "dL", ".", "A", "Histoplasma", "PCR", "was", "also", "determined", "and", "was", "negative", ".", "A", "follow-up", "CT", "scan", "was", "performed", "in", "July", "2009", ",", "which", "showed", "active", "hydrocephalus", ",", "necessitating", "valve", "replacement", ".", "After", "completion", "of", "treatment", "with", "itraconazole", "in", "January", "2010", ",", "the", "patient", "remains", "asymptomatic", "with", "no", "evidence", "of", "recurrence", "." ]

[ 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 8 }, { "text": "Male patient", "label": "HUMAN", "start": 17, "end": 29 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 29 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 599, "end": 606 }, { "text": "Blastomyces dermatitidis", "label": "SPECIES", "start": 1914, "end": 1938 }, { "text": "Histoplasma", "label": "SPECIES", "start": 1965, "end": 1976 }, { "text": "Histoplasma capsulatum", "label": "SPECIES", "start": 1965, "end": 1987 }, { "text": "Paracoccidioides brasilensis", "label": "SPECIES", "start": 2018, "end": 2046 }, { "text": "Paracoccidioides brasilensis", "label": "SPECIES", "start": 2076, "end": 2104 }, { "text": "Trypanosoma cruzi", "label": "SPECIES", "start": 1831, "end": 1848 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2142, "end": 2145 }, { "text": "bacteria", "label": "SPECIES", "start": 1699, "end": 1707 }, { "text": "fungi", "label": "SPECIES", "start": 1779, "end": 1784 }, { "text": "mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 1712, "end": 1724 }, { "text": "mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 1753, "end": 1765 }, { "text": "parasite", "label": "SPECIES", "start": 1795, "end": 1803 }, { "text": "Coccidioides immitis", "label": "SPECIES", "start": 1940, "end": 1960 }, { "text": "Histoplasma", "label": "SPECIES", "start": 2212, "end": 2223 }, { "text": "Histoplasma capsulatum", "label": "SPECIES", "start": 2212, "end": 2234 }, { "text": "Histoplasma", "label": "SPECIES", "start": 2297, "end": 2308 }, { "text": "Histoplasma capsulatum", "label": "SPECIES", "start": 2297, "end": 2319 }, { "text": "Histoplasma", "label": "SPECIES", "start": 2810, "end": 2821 }, { "text": "Histoplasma capsulatum", "label": "SPECIES", "start": 2810, "end": 2832 }, { "text": "Histoplasma", "label": "SPECIES", "start": 3429, "end": 3440 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3668, "end": 3675 } ]

[ "A", "48-year-old", "woman", "with", "a", "personal", "history", "of", "moderate", "aortic", "stenosis", "due", "to", "calcified", "bicuspid", "valve", ",", "hypertension", "treated", "with", "beta-blockers", ",", "ex-smoking", ",", "dyslipidaemia", ",", "migraine", ",", "hiatus", "hernia", "and", "allergy", "to", "beta-lactams", ".", "The", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "Cardiac", "Surgery", "Department", "on", "a", "scheduled", "basis", "for", "aortic", "valve", "replacement", "and", "implantation", "of", "a", "St", ".", "Jude", "No", "21", "aortic", "prosthesis", ".", "The", "surgical", "procedure", "was", "rapid", ",", "with", "extracorporeal", "circulation", "and", "aortic", "clamping", "times", "of", "70", "and", "60", "minutes", ",", "respectively", ",", "and", "no", "intraoperative", "complications", ".", "In", "the", "first", "24", "hours", "post-surgery", "the", "patient", "presented", "hypotension", "due", "to", "mild-moderate", "biventricular", "dysfunction", "and", "acute", "renal", "failure", "which", "was", "controlled", "with", "vasoactive", "drugs", "in", "the", "Critical", "Care", "Unit", "(", "ICU", ")", ".", "On", "postoperative", "day", "+", "7", "he", "started", "with", "fever", "up", "to", "38o", "C", "and", "shivering", "with", "no", "other", "symptoms", ";", "empirical", "Daptomycin", "10", "mg", "/", "kg", "/", "d", "was", "prescribed", ".", "Blood", "culture", "isolated", "coagulase", "negative", "Staphylococcus", "coagulase", "negative", "(", "SCN", ")", "in", "a", "bottle", "of", "two", ";", "negative", "urine", "culture", ";", "and", "normal", "transthoracic", "ultrasound", "(", "TTE", ")", "72", "hours", "after", "onset", "of", "fever", ";", "the", "surgeons", "made", "a", "referral", "to", "the", "Infectious", "Diseases", "Service", ".", "At", "the", "time", "of", "evaluation", ",", "the", "patient", "was", "afebrile", "and", "asymptomatic", ".", "The", "anamnesis", "included", "Raynaud", "'", "s", "phenomenon", "of", "years", "of", "evolution", ",", "stroke", "in", "her", "youth", ",", "first", "trimester", "miscarriage", "and", "a", "first-degree", "relative", "who", "had", "died", "of", "ischaemic", "stroke", ".", "Physical", "examination", "showed", "intense", "livedo", "reticularis", "of", "the", "lower", "limbs", ";", "and", "in", "the", "analysis", "only", "CRP", "of", "12", ".", "3", "mg", "/", "dL", ".", "At", "that", "time", "(", "postoperative", "day", "+", "12", ")", "Fosfomycin", "24", "grams", "per", "day", "in", "3", "doses", "and", "Ibuprofen", "600", "mg", "every", "12", "hours", "orally", "were", "added", ".", "Differential", "diagnosis", "The", "differential", "diagnosis", "in", "the", "case", "of", "our", "patient", "would", "be", "that", "of", "a", "postoperative", "fever", "in", "the", "first", "postoperative", "week", ".", "Infectious", "causes", "-", "Urinary", "tract", "infection", "associated", "with", "a", "urinary", "catheter", ".", "-", "Surgical", "wound", "infection", "-", "Associated", "with", "vascular", "access", "(", "peripheral", "or", "central", ")", "-", "Associated", "with", "prosthetic", "material", "Non-infectious", "causes", "-", "Thrombotic", "problems", ":", "pulmonary", "thromboembolism", ",", "thrombophlebitis", ".", "-", "Transfusion", "reaction", "-", "Post-pericardiectomy", "syndrome", ".", "-", "Suspected", "drugs", "(", "serotonin", "receptor", "inhibitors", ",", "low", "molecular", "weight", "heparin", ",", "NSAIDs", ",", "diuretics", ",", "beta-lactams", ",", "fluoroquinolones", ",", "vancomycin", ")", ".", "-", "Endocrine", "disorders", "such", "as", "hyperthyroidism", "or", "addisonian", "crisis", ".", "Clinical", "evolution", "TEE", "was", "performed", "on", "day", "+", "13", "of", "antibiotic", "administration", ",", "which", "showed", "good", "functioning", "of", "the", "prosthetic", "valve", "with", "no", "signs", "of", "vegetation", ".", "The", "HC", "on", "day", "+", "16", "were", "negative", ".", "On", "day", "+", "20", "he", "presented", "a", "new", "fever", "peak", "of", "37", "\"", "8", "oC", "and", "phlebitis", "of", "a", "peripheral", "tract", ",", "again", "isolating", "SCN", "in", "blood", "cultures", ".", "For", "this", "reason", "the", "TEE", "was", "repeated", "on", "postoperative", "day", "+", "23", "where", "a", "vibratile", "mass", "of", "filamentous", "appearance", "was", "observed", "depending", "on", "the", "aortic", "wall", "of", "about", "7", "mm", "in", "diameter", "over", "an", "aneurysmal", "area", "of", "2", "\"", "4", "cm", "to", "3", "\"", "6", "cm", "in", "the", "ascending", "aorta", ",", "compatible", "with", "endarteritis", ".", "Thoracic", "CT", "angiography", "on", "postoperative", "day", "+", "24", "(", "+", "12", "days", "of", "antimicrobial", "therapy", ")", "ruled", "out", "complications", "in", "the", "ascending", "aorta", "and", "detected", "post-sternotomy", "postoperative", "changes", "and", "bibasal", "laminar", "atelectasis", "with", "minimal", "bilateral", "condensation", ".", "The", "control", "blood", "culture", "on", "day", "+", "25", "was", "negative", ".", "It", "was", "decided", "to", "maintain", "antibiotic", "treatment", "until", "6", "weeks", "had", "elapsed", ",", "given", "the", "diagnosis", "of", "possible", "infectious", "endarteritis", ".", "A", "special", "coagulation", "study", "was", "carried", "out", ",", "finding", "Heterozygosis", "for", "Factor", "XII", "(", "position", "46", ")", ",", "positive", "Lupus", "Anticoagulant", ",", "negative", "IgM", "-", "IgG", "Beta2", "Glycoprotein", ".", "Following", "this", ",", "dicoumarin", "anticoagulant", "therapy", "was", "started", "with", "a", "target", "INR", "of", "2", ".", "5", "-", "3", ".", "5", ".", "The", "patient", "remained", "afebrile", "and", "without", "further", "incidents", ";", "TEE", "at", "discharge", "found", "no", "new", "findings", ".", "Final", "diagnosis", "Post", "cardiac", "surgery", "febrile", "syndrome", ",", "intra-aortic", "mass", "in", "which", "SCN", "endarteritis", "or", "intra-arterial", "thrombus", "cannot", "be", "ruled", "out", "in", "the", "context", "of", "primary", "antiphospholipid", "syndrome", "awaiting", "confirmation", "2", "or", "immunological", "markers", "at", "6", "months", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 19 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 27, "end": 35 }, { "text": "coagulase negative Staphylococcus", "label": "SPECIES", "start": 940, "end": 973 }, { "text": "youth", "label": "HUMAN", "start": 1332, "end": 1337 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 231, "end": 238 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 596, "end": 603 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1212, "end": 1219 }, { "text": "SCN", "label": "SPECIES", "start": 994, "end": 997 }, { "text": "surgeons", "label": "HUMAN", "start": 1120, "end": 1128 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1750, "end": 1757 }, { "text": "SCN", "label": "SPECIES", "start": 2696, "end": 2699 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3698, "end": 3705 }, { "text": "SCN", "label": "SPECIES", "start": 3878, "end": 3881 } ]

[ "ID", ":", "ALA", ".", "Date", "of", "admission", "to", "the", "service", ":", "20", "/", "08", "/", "10", ".", "Age", ":", "61", "years", ".", "Male", "sex", ".", "Epidemiological", "means", "for", "Chagas", "disease", ".", "Serology", "3", "/", "3", "+", ",", "PCR", "for", "Chagas", "+", ".", "Chagasic", "dilated", "cardiomyopathy", ".", "Congestive", "heart", "failure", "diagnosed", "in", "2007", ".", "Hospitalisation", "for", "symptomatic", "VTMS", "with", "haemodynamic", "decompensation", "in", "2008", ".", "ICD", "implanted", "in", "2008", ".", "Cardiac", "Doppler", "echocardiography", "04-06-09", "DDVI", ":", "81mm", "PAPS", ":", "40mmhg", "DSVI", ":", "62mm", "SIV", ":", "11mm", "PPVI", ":", "9mm", "DSAUI", ":", "46mm", "RAO", ":", "35mm", "Fac", ":", "23", "%", "Fey", ":", "40", "%", "by", "Simpson", ".", "Global", "hypokinesia", "with", "severe", "depressed", "LVEF", ",", "normal", "right", "cavities", ",", "preserved", "RVSF", ",", "pseudonormal", "pattern", ",", "moderate", "MI", ",", "mild", "TR", ".", "Myocardial", "perfusion", "in", "R", "and", "E", ".", "Exertion", "23", "%", ".", "Rest", "21", "%", ".", "Functional", "capacity", "2", "to", "450", "kgm", ".", "Test", "stopped", "due", "to", "dyspnoea", ".", "Physical", "examination", "NYHA", "functional", "class", "2", ".", "BP", ":", "90-50", "mmhg", ",", "asymptomatic", ".", "Fc", ":", "59", "x", "́", ".", "2R", "in", "4f", ",", "R3", "+", "(", "D", ")", "IT", "2", "/", "3", ",", "RHY", "+", ".", "Non", "painful", "hepatomegaly", ".", "Mild", "bimalleolar", "oedema", ".", "No", "ascites", ".", "CVM", ".", "Treatment", "Enalapril", "5", "mg", "c", "/", "12", "hrs", ".", "Spironolactone", "25", "mg", "/", "d", ".", "Furosemide", "40", "mg", "c", "/", "12", "hrs", ".", "Carvedilol", "12", ",", "5", "mg", "c", "/", "12", "hrs", ".", "Amiodarone", "200", "mg", "/", "d", ".", "Omeprazole", "20", "mg", "/", "d", ".", "Treatment", "with", "benznidazole", "300", "mg", "/", "day", "is", "started", ".", "Divided", "into", "2", "doses", ".", "Completed", "full", "treatment", "without", "complications", ".", "New", "admission", "On", "19", "/", "02", "/", "13", "he", "was", "admitted", "to", "Htal", ".", "Xenón", "Mansilla", "de", "Santiago", "del", "Ester0", "due", "to", "deterioration", "of", "sensorium", ".", "360", "joules", "cardioverted", "with", "3", "shocks", ",", "the", "3rd", "successful", ".", "Patient", "continues", "febrile", "with", "cultures", "+", "for", "klebsiella", "pneumoniae", "and", "ATB", "treatment", "is", "started", ".", "Presents", "electrical", "storm", "with", "more", "than", "20", "appropriate", "shocks", "and", "3", "unsuccessful", ".", "Cardiac", "Doppler", "echocardiography", "without", "vegetations", ",", "Fey", "30", "%", ".", "Electrophysiology", "requested", "radiofrequency", "substrate", "ablation", "with", "3D", "mapping", ".", "On", "08", "/", "01", "/", "15", "he", "was", "admitted", "for", "ICD", "replacement", "due", "to", "generator", "exhaustion", ".", "Medical", "treatment", "is", "modified", ":", "Carvedilol", "by", "bisoprolol", "2", ".", "5", "mg", "for", "arterial", "hypotension", "rest", "is", "not", "modified", ".", "He", "continued", "with", "dizziness", "and", "isolated", "pre-syncopal", "states", ".", "He", "attended", "our", "department", "on", "11", "/", "04", "/", "16", "for", "ICD", "shock", ".", "More", "than", "10", "episodes", "of", "VT", "with", "appropriate", "shocks", ".", "Decompensating", "metabolic", "causes", "are", "ruled", "out", ".", "Optimized", "medical", "treatment", "is", "rotated", "to", "sotalol", "80", "mg", "/", "d", "rest", "the", "same", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Male", "label": "HUMAN", "start": 67, "end": 71 }, { "text": "Chagas disease", "label": "SPECIES", "start": 103, "end": 117 }, { "text": "Chagas", "label": "SPECIES", "start": 103, "end": 109 }, { "text": "Chagas", "label": "SPECIES", "start": 143, "end": 149 }, { "text": "Patient", "label": "HUMAN", "start": 1378, "end": 1385 }, { "text": "klebsiella pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 1424, "end": 1445 } ]

[ "", "A", "67-year-old", "man", "was", "admitted", "to", "the", "acute", "hospital", "from", "an", "ENT", "clinic", "on", "1", "March", "2020", "with", "stridor", ".", "He", "had", "hypopharyngeal", "squamous", "cell", "carcinoma", ",", "treated", "in", "2015", "with", "radiotherapy", ".", "An", "emergency", "tracheostomy", "was", "performed", "because", "of", "progressive", "airway", "obstruction", ".", "CT", "scan", "and", "biopsy", "at", "tracheostomy", "with", "panendoscopy", "confirmed", "cancer", "recurrence", ".", "His", "Australian", "Modified", "Karnofsky", "index", "score", "was", "70", "%", "on", "admission", ",", "but", "dropped", "to", "40", "%", "during", "the", "procedure", ".", "Discharge", "was", "delayed", "to", "refer", "him", "to", "a", "more", "specialised", "palliative", "care", "hospice", ".", "On", "8", "April", "2020", "he", "was", "febrile", "(", "tympanic", "temperature", "38", ".", "5", "°", "C", ")", ".", "The", "following", "day", "he", "tested", "positive", "for", "COVID-19", "by", "RT-PCR", ".", "Humidified", "oxygen", "was", "applied", "due", "to", "hypoxia", "(", "peripheral", "capillary", "oxygen", "saturation", "(", "SpO2", ")", "89", "%", ")", ".", "A", "stepwise", "treatment", "plan", "for", "ward", "care", "was", "agreed", "with", "the", "patient", "and", "family", ".", "On", "16", "April", "2020", ",", "he", "presented", "with", "tachypnoea", ".", "A", "chest", "X-ray", "showed", "typical", "features", "of", "COVID-19", ",", "with", "widespread", "bilateral", "ground-glass", "opacities", ".", "A", "fentanyl", "patch", "(", "25", "mcg", "/", "h", ")", "was", "administered", "with", "anticipatory", "medication", "for", "dyspnoea", ".", "Despite", "humidified", "oxygen", "at", "15", "L", "/", "min", "via", "tracheostomy", "mask", ",", "the", "patient", "desaturated", "to", "79", "%", "SpO2", "with", "a", "respiratory", "rate", "of", "32", "rpm", ".", "He", "had", "a", "Glasgow", "Coma", "Scale", "score", "of", "3", ".", "Using", "the", "COVID-GRAM", "application", ",", "his", "probability", "of", "critical", "illness", "(", "ICU", "admission", "/", "intubation", "/", "death", ")", "was", "calculated", "at", "99", ".", "3", "%", "at", "that", "time", ".", "On", "19", "April", "2020", "he", "was", "referred", "to", "the", "palliative", "care", "team", ".", "He", "received", "a", "continuous", "subcutaneous", "infusion", "of", "midazolam", "(", "10", "mg", ")", ",", "morphine", "(", "15", "mg", ")", "and", "hyoscine", "(", "60", "mg", ")", "over", "24", "hours", ".", "The", "clinical", "impression", "was", "that", "he", "was", "terminally", "ill", ".", "His", "family", "was", "contacted", "to", "visit", "him", "in", "hospital", ".", "His", "treatment", "followed", "the", "individualised", "care", "plan", "\"", "Priorities", "of", "Care", "\"", ".", "The", "goal", "of", "care", "was", "the", "patient", "'", "s", "well-being", ".", "On", "16", "April", "2020", "he", "was", "more", "conscious", ".", "However", ",", "his", "breathing", "remained", "laboured", ",", "so", "morphine", "was", "increased", "to", "35", "mg", "/", "24", "hours", ".", "On", "29", "April", "2020", ",", "the", "RT-PCR", "test", "was", "still", "positive", "for", "COVID-19", ".", "With", "gradual", "clinical", "improvement", ",", "morphine", "was", "reduced", "to", "20", "mg", "/", "24", "hours", ".", "On", "4", "May", "2020", ",", "the", "continuous", "subcutaneous", "infusion", "was", "withdrawn", ".", "Clinically", "directed", "hydration", "and", "nutrition", "was", "not", "administered", "when", "the", "patient", "was", "considered", "to", "be", "terminally", "ill", ".", "A", "new", "blood", "test", "was", "done", "on", "4", "May", "2020", ",", "which", "revealed", "hypernatraemia", "(", "154", "mmol", "/", "L", ")", "and", "acute", "kidney", "injury", "(", "estimated", "glomerular", "filtration", "rate", "dropped", "from", ">", "90", "mL", "/", "min", "to", "42", "mL", "/", "min", ")", ".", "Clinically", "directed", "nutrition", "and", "hydration", "was", "restarted", ".", "On", "6", "May", "2020", ",", "a", "final", "COVID-19", "test", "was", "negative", ".", "His", "respiratory", "activity", "returned", "to", "baseline", "and", "he", "was", "subsequently", "discharged", "to", "a", "nursing", "home", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 18 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 834, "end": 840 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 822, "end": 829 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1144, "end": 1151 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 1636, "end": 1642 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1782, "end": 1789 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2214, "end": 2221 } ]

[ "", "A", "68-year-old", "man", "with", "a", "history", "of", "arterial", "hypertension", ",", "type", "2", "diabetes", "mellitus", ",", "congestive", "heart", "failure", ",", "sleep", "apnoea-hypopnoea", "syndrome", ",", "ischaemic", "heart", "disease", "and", "chronic", "kidney", "disease", "G3a", "A3", "according", "to", "KDIGO", "2012", "of", "probable", "diabetic", "aetiology", "with", "baseline", "serum", "creatinine", "levels", "of", "1", ".", "3-1", ".", "5", "mg", "/", "dl", ".", "He", "reported", "a", "recent", "trip", "to", "a", "SARS-CoV-2", "risk", "area", "and", "came", "to", "the", "Hospital", "Emergency", "Department", "with", "a", "24-hour", "history", "of", "fever", "and", "associated", "dry", "cough", ".", "A", "nasopharyngeal", "swab", "was", "performed", "and", "tested", "positive", "for", "SARS-CoV-2", ".", "On", "the", "day", "of", "admission", "to", "the", "hospital", "'", "s", "Emergency", "Department", "(", "day", "1", ")", ",", "dyspnoea", "on", "moderate", "exertion", "was", "added", "to", "the", "symptoms", ",", "so", "it", "was", "decided", "to", "admit", "him", "to", "hospital", "and", "transfer", "him", "almost", "immediately", "to", "the", "Intensive", "Care", "Unit", "(", "ICU", ")", "due", "to", "a", "torpid", "evolution", ".", "His", "respiratory", "symptoms", "were", "compatible", "with", "bilateral", "pneumonia", "complicated", "by", "acute", "respiratory", "distress", "syndrome", "and", "multi-organ", "failure", ":", "hypotension", "(", "mean", "arterial", "pressure", "60", "mmHg", ")", ",", "tachypnoea", ",", "use", "of", "accessory", "muscles", "and", "O2", "saturation", "of", "89", "%", "despite", "the", "use", "of", "a", "reservoir", "mask", "(", "Fi", "O299", "%", ")", ".", "He", "required", "mechanical", "ventilation", "and", "inotropic", "drugs", "(", "noradrenaline", "and", "dopamine", ")", ",", "oliguria", "(", "10", "ml", "/", "hour", ")", "which", "initially", "responded", "to", "intravenous", "diuretics", ",", "and", "at", "the", "same", "time", ",", "deterioration", "of", "renal", "function", "up", "to", "serum", "creatinine", "of", "3", ".", "4", "mg", "/", "dl", ",", "so", "that", "on", "day", "4", "it", "was", "decided", "to", "start", "continuous", "venovenous", "haemodiafiltration", ",", "which", "was", "maintained", "until", "day", "26", ".", "He", "received", "treatment", "with", "hydroxychloroquine", ",", "azithromycin", ",", "lopinavir", "/", "ritonavir", ",", "interferon", "beta", ",", "ceftriaxone", ",", "levofloxacin", ",", "methylpredinisolone", "and", "anticoagulation", "with", "heparin", ",", "intermittently", ",", "due", "to", "a", "tendency", "to", "haemorrhage", ".", "From", "day", "21", "to", "day", "36", "he", "was", "treated", "with", "cloxacillin", "and", "cefepime", ",", "successively", ",", "due", "to", "the", "presence", "of", "methicillin-sensitive", "Staphylococcus", "aureus", "in", "the", "bronchoaspirate", "and", "worsening", "of", "inflammation", "parameters", ".", "Given", "that", "he", "presented", "anasarca", "and", "persistent", "serum", "creatinine", "levels", "of", "2", "mg", "/", "dl", "and", "urea", "162", "mg", "/", "dl", ",", "intermittent", "haemo-dialysis", "was", "started", "with", "a", "Theranova", "400", "®", "1", ".", "7m2", "filter", "(", "Baxter", "International", "Inc", ".", ",", "Deerfield", ",", "IL", ",", "USA", ")", "with", "a", "QB", "of", "270-300", "ml", "/", "min", "and", "a", "QD", "500", "ml", "/", "min", ",", "requiring", "only", "two", "sessions", "(", "day", "36", "and", "38", ")", ".", "Given", "the", "clinical", "improvement", ",", "he", "was", "discharged", "from", "the", "ICU", "on", "day", "47", "with", "serum", "creatinine", "levels", "of", "1", ".", "3", "mg", "/", "dl", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 345, "end": 355 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 530, "end": 540 }, { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 18 } ]

[ "A", "56-year-old", "man", ",", "with", "a", "personal", "history", "of", "alcoholic", "hepatitis", ",", "who", "in", "1995", "was", "admitted", "to", "the", "hospital", "to", "be", "studied", "for", "nephrotic", "syndrome", ",", "microhaematuria", "and", "renal", "insufficiency", "(", "creatinine", "1", ".", "5", "mg", "/", "dl", ")", ".", "Physical", "examination", "revealed", "oedema", ",", "hepatomegaly", "and", "purpuric", "lesions", "on", "the", "lower", "limbs", ".", "The", "study", "showed", "positive", "serology", "for", "HCV", ",", "the", "rest", "of", "the", "serologies", "negative", "and", "positive", "cryoglobulins", ".", "A", "renal", "biopsy", "showed", "renal", "parenchyma", "with", "seven", "glomeruli", "with", "diffuse", "involvement", ",", "increased", "cellularity", "and", "lobular", "mesangial", "matrix", ",", "basement", "membranes", "with", "double-contour", "images", ",", "irregular", "thickening", "of", "the", "capillary", "walls", "and", "interstitial", "fibrosis", ".", "Direct", "immunofluorescence", "showed", "glomerular", "parietal", "granular", "C3", "deposits", "and", "electron", "microscopy", "showed", "subendothelial", "deposits", ",", "swollen", "endothelia", "and", "mesangial", "enlargement", ".", "The", "patient", "was", "diagnosed", "with", "HCV-associated", "MPGN", "with", "positive", "cryoglobulins", ".", "The", "patient", "was", "referred", "to", "the", "gastrointestinal", "clinic", "for", "joint", "evaluation", "of", "HCV", "treatment", ".", "A", "liver", "biopsy", "was", "performed", "which", "revealed", "liver", "cirrhosis", "(", "P-3", ",", "L-2", ",", "F-3", ")", ".", "With", "these", "results", ",", "treatment", "with", "interferon", "alpha", "was", "started", ",", "initially", "without", "achieving", "a", "sustained", "viral", "response", ",", "and", "subsequently", "in", "its", "pegylated", "form", "for", "48", "weeks", ",", "achieving", "a", "negative", "viral", "load", ".", "Four", "months", "after", "the", "end", "of", "treatment", ",", "he", "presented", "an", "episode", "of", "acute", "pericarditis", "with", "HCV", "in", "the", "pericardial", "fluid", "coinciding", "with", "a", "new", "increase", "in", "viral", "load", ".", "The", "patient", "had", "had", "poor", "clinical", "tolerance", "to", "both", "previous", "treatments", "and", "it", "was", "decided", "not", "to", "start", "new", "therapies", ".", "Other", "complications", "included", "inflammatory", "arthritis", "of", "large", "joints", ".", "From", "the", "renal", "point", "of", "view", ",", "antiproteinuric", "treatment", "with", "renin-angiotensin-aldosterone", "system", "blockade", "was", "started", ",", "despite", "which", "the", "patient", "developed", "progressive", "renal", "failure", "and", "finally", "started", "haemodialysis", "in", "2007", ".", "In", "November", "2009", ",", "he", "received", "his", "first", "deceased", "donor", "kidney", "transplant", "due", "to", "spontaneous", "cerebral", "haemorrhage", ".", "The", "donor", "had", "HLA", "typing", ":", "DR1", ",", "DRX", ",", "B14", ",", "B35", ",", "A11", ",", "A30", "and", "a", "history", "of", "enolism", ",", "with", "creatinine", "at", "the", "time", "of", "extraction", "of", "1", "mg", "/", "dl", "and", "negative", "proteinuria", ".", "Immunosuppression", "with", "corticosteroids", ",", "mycophenolic", "acid", "and", "tacrolimus", "was", "performed", ".", "Renal", "evolution", "was", "excellent", "and", "renal", "function", "was", "immediate", ".", "Thirteen", "months", "after", "transplantation", ",", "the", "patient", "developed", "non-nephrotic", "proteinuria", "and", "microhaematuria", "with", "haematic", "casts", ",", "but", "maintained", "normal", "renal", "function", ".", "An", "autoimmunity", "study", ",", "donor-specific", "antibodies", ",", "as", "well", "as", "antigenemia", "for", "cytomegalovirus", "and", "serum", "PCR", "(", "polymerase", "enzyme", "chain", "reaction", ")", "for", "BK", "virus", "were", "negative", ",", "and", "renal", "Doppler", "ultrasound", "was", "normal", ".", "Given", "the", "suspicion", "of", "recurrence", "of", "the", "underlying", "disease", ",", "it", "was", "decided", "to", "perform", "a", "renal", "biopsy", ".", "Light", "microscopy", "showed", "renal", "parenchyma", "with", "ten", "glomeruli", "with", "marked", "mesangial", "enlargement", ",", "mild", "fibrosis", "and", "tubular", "atrophy", ".", "Immunofluorescence", "showed", "granular", "mesangial", "deposits", "of", "IgA", "and", "C3", ",", "and", "electron", "microscopy", "showed", "mesangial", "enlargement", "of", "cells", "and", "matrix", "with", "abundant", "homogeneous", "electrodense", "deposits", ".", "Immunohistochemistry", "for", "C4d", "was", "negative", ".", "A", "diagnosis", "of", "de", "novo", "IgA", "mesangial", "GN", "in", "the", "graft", "was", "made", ",", "and", "the", "dose", "of", "corticosteroids", "and", "mycophenolic", "acid", "was", "increased", "without", "clinical-biochemical", "improvement", ".", "After", "starting", "antiproteinuric", "treatment", ",", "with", "blockade", "of", "the", "renin-angiotensin-aldosterone", "system", "by", "means", "of", "an", "angiotensin", "II", "receptor", "antagonist", "(", "ARA", "II", ")", "and", "the", "subsequent", "association", "of", "spironolactone", ",", "proteinuria", "became", "negative", ",", "although", "with", "a", "slight", "deterioration", "of", "renal", "function", ",", "currently", "stabilised", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 341, "end": 344 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 873, "end": 876 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 846, "end": 853 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 26, "end": 34 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 1003, "end": 1006 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 1393, "end": 1396 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 1200, "end": 1205 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 1290, "end": 1295 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 1456, "end": 1461 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 927, "end": 934 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1472, "end": 1479 }, { "text": "cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 2550, "end": 2565 }, { "text": "BK virus", "label": "SPECIES", "start": 2619, "end": 2627 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1794, "end": 1801 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2350, "end": 2357 }, { "text": "donor", "label": "HUMAN", "start": 1930, "end": 1935 }, { "text": "donor", "label": "HUMAN", "start": 1999, "end": 2004 }, { "text": "donor", "label": "HUMAN", "start": 2496, "end": 2501 } ]

[ "Anamnesis", "This", "is", "a", "74-year-old", "male", "patient", "with", "a", "personal", "history", "of", "diabetes", "mellitus", ",", "ischaemic", "stroke", "in", "the", "middle", "cerebral", "artery", ",", "bilateral", "carotid", "occlusion", ",", "chronic", "cerebrovascular", "disease", ",", "Binswanger", "'", "s", "encephalopathy", ".", "Dependent", "for", "all", "activities", "of", "daily", "living", ",", "double", "incontinent", ",", "permanent", "bladder", "catheter", ".", "He", "presented", "to", "the", "Emergency", "Department", "for", "fever", "up", "to", "38", ".", "5oC", "and", "urethrorrhagia", "after", "routine", "bladder", "catheter", "replacement", ".", "Physical", "examination", "Blood", "pressure", "80", "/", "40", "mmHg", ".", "Temperature", "38", ".", "3oC", ".", "Superficial", "tachypnoea", ".", "Scrotal", "region", "oedematous", "and", "painful", "with", "crepitus", "on", "palpation", ".", "Ecchymosis", "of", "the", "penis", "with", "cyanotic", "glans", "penis", "and", "signs", "of", "ischaemia", ".", "The", "rest", "of", "the", "examination", "was", "of", "no", "interest", ".", "Complementary", "tests", "-", "Laboratory", "tests", ":", "creatinine", "0", ".", "47", "mg", "/", "dl", ",", "urea", "52", "mg", "/", "dl", ",", "sodium", "143", "mEq", "/", "l", ",", "potassium", "2", ".", "8", "mEq", "/", "l", ",", "haemoglobin", "9", ".", "3", "g", "/", "dl", ",", "haematocrit", "27", ".", "9", "%", ",", "platelets", "46", ",", "000", "μl", ",", "leukocytes", "3", ",", "610", "μl", "(", "neutrophils", "89", ".", "3", "%", ")", ",", "INR", "1", ".", "Cephalin", "time", "32", ".", "2", "s", ",", "prothrombin", "time", "11", ".", "60", "s", ",", "derived", "fibrinogen", ">", "740", "mg", "/", "dl", ".", "-", "Abdominal-pelvic", "CT", "scan", ":", "enlarged", "prostate", "with", "small", "collections", "inside", ".", "Perineal", "collection", "with", "abundant", "gas", "in", "its", "interior", "measuring", "25", "x", "56", "mm", "and", "continuing", "along", "the", "urethral", "tract", ".", "The", "gaseous", "component", "dissects", "the", "subcutaneous", "cellular", "tissue", "planes", "of", "the", "penis", ".", "Bubbles", "in", "the", "course", "of", "the", "femoral", "and", "external", "iliac", "veins", ",", "findings", "compatible", "with", "Fournier", "'", "s", "gangrene", ".", "-", "Cultures", "(", "blood", "cultures", ",", "urine", "cultures", ",", "exudate", "culture", ")", ":", "Klebsiella", "pneumoniae", ".", "Diagnosis", "Definitive", "histopathology", "indicates", "necrotising", "fasciitis", "with", "extensive", "ischaemic-haemorrhagic", "phenomena", "involving", "the", "bulbar", "urethra", ",", "prepuce", ",", "corpus", "spongiosum", ",", "penile", "urethra", ",", "glans", "penis", "and", "distal", "ends", "of", "the", "corpora", "cavernosa", ".", "Fournier", "'", "s", "gangrene", "secondary", "to", "urological", "manipulation", "with", "bladder", "catheterisation", ".", "Treatment", "After", "degloving", "of", "the", "penis", ",", "massive", "necrosis", "of", "the", "urethra", "and", "corpus", "spongiosum", "is", "observed", ",", "with", "periurethral", "purulent", "collection", "at", "bulbar", "level", ".", "Surgical", "debridement", "and", "subtotal", "urethrectomy", "is", "performed", "up", "to", "the", "level", "of", "the", "urethral", "bulb", ",", "with", "partial", "associated", "section", "of", "the", "corpora", "cavernosa", ",", "leaving", "a", "penile", "stump", "of", "about", "3", "cm", ".", "Finally", ",", "a", "catheterised", "perineal", "urethrostomy", "was", "performed", "with", "a", "Foley", "20", "Ch", "bladder", "catheter", ".", "In", "agreement", "with", "the", "Infectious", "Diseases", "Service", ",", "initial", "intravenous", "treatment", "was", "performed", "with", "imipenem", "and", "metronidazole", ",", "which", "was", "adjusted", "after", "the", "antibiogram", "results", ",", "being", "changed", "to", "imipenem", "and", "amikacin", ".", "Evolution", "After", "surgery", ",", "the", "patient", "remained", "haemodynamically", "stable", "in", "the", "ICU", "for", "the", "first", "48", "hours", ",", "after", "which", "he", "was", "extubated", "and", "transferred", "to", "conventional", "hospitalisation", ",", "where", "he", "evolved", "favourably", "with", "local", "wound", "dressings", "that", "did", "not", "require", "a", "new", "surgical", "revision", ".", "He", "was", "discharged", "15", "days", "later", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 37, "end": 44 }, { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 32, "end": 44 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 52, "end": 60 }, { "text": "Klebsiella pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 1489, "end": 1510 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2546, "end": 2553 } ]

[ "This", "is", "a", "62-year-old", "man", "with", "a", "history", "of", "smoking", "(", "20", "cigarettes", "/", "day", ")", "with", "criteria", "of", "chronic", "bronchitis", ",", "ethylism", "that", "had", "required", "treatment", "for", "addiction", ",", "hypertension", "and", "anxious-depressive", "syndrome", ".", "In", "1979", "he", "suffered", "brucellar", "endocarditis", "associated", "with", "mesangiocapillary", "glomerulonephritis", ",", "which", "required", "placement", "of", "a", "mechanical", "aortic", "prosthesis", ",", "with", "secondary", "chronic", "kidney", "disease", "(", "stage", "3B", "at", "present", ")", ".", "He", "was", "being", "treated", "with", "flurazepam", ",", "alprazolam", ",", "trazodone", ",", "warfarin", ",", "enalapril", "(", "5mg", "every", "24", "hours", ")", "and", "atenolol", "(", "50mg", "every", "24", "hours", ")", ".", "Consultation", "in", "January", "2017", "due", "to", "an", "episode", "of", "loss", "of", "consciousness", "without", "prodrome", ",", "while", "seated", ",", "and", "fall", "to", "the", "floor", ",", "with", "rapid", "recovery", "ad", "integrum", "in", "a", "few", "minutes", ".", "He", "had", "been", "treated", "with", "amoxicillin", "for", "the", "last", "5", "days", "for", "febrile", "symptoms", ",", "with", "polyarthralgias", "and", "a", "poorly", "productive", "cough", ".", "The", "patient", "was", "afebrile", "and", "in", "good", "general", "condition", ".", "BP", "112", "/", "60", "mm", "Hg", ",", "heart", "rhythmic", "at", "70", "bpm", ",", "with", "metallic", "click", "and", "aortic", "systolic", "murmur", "III", "/", "VI", "respecting", "the", "second", "sound", ".", "Normal", "respiratory", "auscultation", ".", "No", "peripheral", "oedema", "or", "signs", "of", "venous", "thrombosis", ".", "Abdomen", "without", "findings", ".", "No", "skin", "lesions", ".", "Initial", "complementary", "tests", "showed", "ECG", "in", "sinus", "rhythm", "at", "75", "bpm", ",", "normal", "PR", ",", "narrow", "QRS", ",", "without", "repolarisation", "alterations", ".", "Chest", "X-ray", "with", "cardiac", "silhouette", "in", "the", "upper", "limits", "of", "normality", "and", "lung", "parenchyma", "with", "no", "significant", "findings", ".", "Cranial", "CT", "scan", "showing", "the", "existence", "of", "a", "small", "focus", "of", "left", "parietal", "subarachnoid", "haemorrhage", ",", "chronic", "ischaemic", "lacunar", "lesion", "in", "the", "right", "caudate", "head", "and", "probable", "right", "parietal", "subcortical", "cortico-subcortical", "subacute", "ischaemic", "lesion", ".", "Initial", "laboratory", "tests", "showed", ":", "normal", "Hb", ",", "leukocytes", "and", "platelets", ",", "with", "elevated", "MCV", "(", "100", ".", "4", "fL", ")", "and", "slight", "neutrophilia", "(", "78", "%", ")", ";", "INR", "4", ".", "10", ".", "Urea", "78", "mg", "/", "dL", ",", "and", "creatinine", "2", "mg", "/", "dL", ".", "During", "his", "stay", "in", "the", "ED", ",", "the", "syncopal", "symptoms", "recurred", ",", "with", "ECG", "findings", "of", "1st", "degree", "AVB", "(", "PR", "360", "ms", ")", "and", "intermittent", "paroxysmal", "paroxysmal", "LBBB", ".", "Subsequently", ",", "serial", "ECGs", "showed", "progression", "to", "complete", "AVB", "with", "ventricular", "escape", "at", "20", "bpm", ".", "The", "patient", "developed", "clinical", "symptoms", "of", "left", "ventricular", "failure", "(", "LVF", ")", "and", "was", "admitted", "to", "the", "ICU", "where", "a", "transient", "and", "later", "permanent", "pacemaker", "was", "placed", ".", "The", "transthoracic", "echocardiogram", "(", "TTE", ")", "showed", ":", "a", "left", "ventricle", "of", "normal", "dimensions", "with", "mild", "LVH", "and", "good", "global", "systolic", "function", ",", "without", "evidence", "of", "significant", "regional", "alterations", "in", "contractility", ";", "slightly", "dilated", "left", "atrium", ";", "mitral", "valve", "with", "signs", "of", "degeneration", "with", "normal", "leaflets", "and", "opening", "and", "mild", "paraseptal", "mitral", "regurgitation", ";", "stable", "monodisc", "metallic", "prosthesis", "in", "aortic", "position", "with", "normal", "disc", "opening", "movements", "and", "washout", "jets", ".", "After", "clinical", "stabilisation", ",", "after", "48", "hours", "he", "was", "admitted", "to", "the", "cardiology", "ward", ",", "where", "fever", "(", "37", ".", "5-38", "°", "C", ")", ",", "polyarthralgia", "and", "marked", "weakness", "persisted", "after", "three", "days", "of", "empirical", "treatment", "with", "amoxicillin-clavulanic", "acid", ".", "The", "white", "blood", "cell", "count", "rose", "to", "17", ",", "000", "/", "mm3", "with", "81", "%", "PMN", ".", "Other", "laboratory", "findings", "were", ":", "GOT", "82", "U", "/", "L", ",", "GPT", "64", "U", "/", "L", ",", "GGT", "696", "U", "/", "L", ",", "alkaline", "phosphatase", "262", "U", "/", "L", ",", "bilirubin", "1", ".", "3", "mg", "/", "dL", ",", "LDH", "575", "U", "/", "L", ",", "CRP", "229", "mg", "/", "L", ",", "ferritin", "1378", "ng", "/", "mL", ",", "ESR", "140", "mm", "/", "h", "and", "urine", "with", "positive", "haematuria", "and", "proteinuria", ".", "Antibiotic", "therapy", "was", "suspended", ",", "the", "dose", "of", "sedative", "drugs", "was", "reduced", "and", "prednisone", "30", "mg", "per", "day", "was", "prescribed", ",", "due", "to", "the", "suspicion", "of", "autoimmune", "symptoms", ".", "That", "same", "day", "Microbiology", "reported", "that", "staphylococci", "were", "growing", "in", "a", "batch", "of", "two", "blood", "cultures", ".", "In", "view", "of", "this", "finding", ",", "prednisone", "was", "maintained", ",", "a", "new", "batch", "of", "two", "blood", "cultures", "was", "obtained", "and", "treatment", "was", "started", "with", "daptomycin", "850", "mg", "every", "24", "hours", ",", "and", "transesophageal", "echocardiography", "(", "TEE", ")", "was", "requested", ".", "Coinciding", "with", "the", "first", "dose", "of", "prednisone", ",", "the", "patient", "became", "afebrile", ",", "with", "improvement", "in", "arthralgias", "and", "general", "condition", ".", "On", "subsequent", "days", ",", "and", "occasionally", ",", "he", "began", "to", "present", "episodes", "of", "intermittent", "chest", "discomfort", "of", "short", "duration", "with", "normal", "ECG", ".", "After", "two", "days", "of", "treatment", "with", "daptomycin", ",", "this", "was", "discontinued", "as", "the", "second", "round", "of", "blood", "cultures", "was", "negative", ",", "and", "the", "first", "round", "of", "blood", "cultures", "had", "grown", "methicillin-sensitive", "Staphylococcus", "epidermidis", "(", "MIC", "to", "vancomycin", "<", "1mg", "/", "L", ")", ",", "which", "was", "interpreted", "as", "contamination", ".", "The", "planned", "TEE", "was", "suspended", "and", "treatment", "with", "prednisone", "was", "maintained", "without", "recurrence", "of", "fever", ".", "Given", "the", "improvement", "in", "the", "febrile", "curve", ",", "polyarthralgias", ",", "general", "condition", "and", "laboratory", "tests", "(", "decrease", "in", "CRP", "to", "94", "mg", "/", "L", ",", "decrease", "in", "leukocytes", "to", "12", ",", "000", "/", "mm3", ")", ",", "the", "patient", "was", "discharged", "4", "days", "after", "the", "disappearance", "of", "fever", ",", "with", "prednisone", "30", "mg", "every", "24", "hours", ",", "with", "an", "appointment", "at", "the", "outpatient", "Infectious", "Diseases", "department", "for", "repeat", "blood", "cultures", "10", "days", "after", "discontinuation", "of", "antibiotherapy", ".", "Eight", "days", "after", "discharge", ",", "the", "patient", "was", "admitted", "again", "for", "chest", "pain", "and", "was", "diagnosed", "with", "high-risk", "non-ST-elevation", "acute", "coronary", "syndrome", "(", "NSTEACS", ")", "associated", "with", "LVEF", "and", "hypotension", ",", "and", "was", "admitted", "to", "the", "ICU", ".", "Coronary", "angiography", "was", "performed", "in", "the", "first", "24", "hours", ",", "revealing", "severe", "stenosis", "of", "the", "left", "ostial", "coronary", "artery", "(", "LMCA", ")", ",", "which", "was", "revascularised", "with", "direct", "drug-eluting", "stent", "implantation", ",", "finding", "no", "other", "lesions", "at", "other", "coronary", "levels", ",", "with", "clinical", "improvement", "of", "the", "patient", ".", "Catheterisation", ":", "Sharpening", "of", "the", "ostium", "of", "the", "left", "coronary", "trunk", "was", "observed", ",", "with", "severe", "lesions", "at", "this", "level", ".", "The", "rest", "of", "the", "coronary", "arteries", "were", "healthy", ",", "with", "smooth", "walls", "and", "no", "lesions", ".", "During", "this", "admission", "the", "febrile", "peaks", "recurred", ",", "and", "S", ".", "epidermidis", "was", "again", "isolated", "in", "blood", "with", "the", "same", "antibiogram", "as", "in", "the", "previous", "admission", ".", "Differential", "diagnosis", "AV", "conduction", "block", "is", "a", "disorder", "in", "which", "atrial", "impulses", "are", "conducted", "with", "delay", "or", "are", "not", "conducted", "to", "the", "ventricles", "at", "a", "time", "when", "the", "AV", "conduction", "pathway", "is", "not", "in", "a", "physiological", "refractory", "period", ".", "It", "may", "be", "congenital", "or", "acquired", ",", "and", "in", "the", "latter", "case", "there", "may", "be", "intrinsic", "or", "extrinsic", "causes", "for", "its", "development", ".", "Intrinsic", "factors", "include", "the", "use", "of", "negative", "chronotropic", "drugs", ",", "hydroelectrolyte", "disturbances", ",", "hypothyroidism", ",", "sleep", "apnoea", "(", "hypoxaemia", ")", "and", "increased", "vagal", "tone", ".", "Intrinsic", "causes", "include", "idiopathic", "degenerative", "fibrosis", ",", "followed", "by", "myocardial", "ischaemia", ",", "inflammatory-infectious", "or", "infiltrative", "diseases", "affecting", "conduction", "tissue", ",", "as", "well", "as", "some", "neuromuscular", "diseases", "(", "muscular", "dystrophy", ",", "Kearns-Sayre", "syndrome", ")", ",", "systemic", "diseases", "(", "e", ".", "g", ",", "cardiac", "sarcoidosis", ",", "amyloidosis", ")", ",", "neoplastic", "disorders", "(", "primary", "cardiac", "lymphoma", "or", "after", "radiotherapy", ")", "or", "after", "surgery", "or", "percutaneous", "ablation", "of", "accessory", "septal", "pathways", "or", "an", "AV", "pathway", "for", "AV", "nodal", "reentrant", "tachycardia", ".", "In", "our", "case", "we", "could", "consider", "the", "following", "as", "the", "most", "plausible", "diagnostic", "options", ",", "in", "the", "light", "of", "the", "test", "results", ":", "1", ".", "primary", "(", "degenerative", ")", "conduction", "disorders", "complicated", "with", "late", "prosthetic", "endocarditis", "secondary", "to", "S", ".", "epidermidis", "bacteraemia", "during", "pacemaker", "implantation", ".", "Secondary", "conduction", "disorder", ":", "possible", "initial", "occult", "prosthetic", "endocarditis", "with", "involvement", "of", "conduction", "tissue", "at", "the", "level", "of", "the", "interaortic", "fibrous", "trigone-AV", "valves", "and", "further", "progression", ".", "Much", "less", "likely", "would", "be", "high-grade", "block", "secondary", "to", "the", "beta-blocker", "the", "patient", "was", "taking", ",", "given", "that", "the", "doses", "were", "low", "and", "the", "block", "occurred", "progressively", ",", "with", "no", "symptoms", "prior", "to", "the", "first", "admission", "to", "suggest", "conduction", "disturbances", ".", "With", "regard", "to", "the", "aetiology", "of", "NSTEACS", ",", "we", "would", "consider", ":", "1-Atherosclerotic", "ACS", "(", "less", "likely", ",", "given", "the", "characteristics", "of", "the", "rest", "of", "the", "coronary", "arteries", ",", "being", "completely", "healthy", "and", "without", "angiographic", "lesions", ")", ".", "2-AACS", "due", "to", "extrinsic", "compression", ".", "3-AACS", "secondary", "to", "inflammation", "of", "the", "coronary", "wall", ".", "Evolution", "TTE", "and", "TEE", "were", "performed", ",", "which", "revealed", "aortic", "periprosthetic", "abscess", "at", "the", "level", "of", "the", "sinuses", "of", "Valsalva", "(", "non-coronary", "sinus", "and", "right", "sinus", ")", "partially", "occupied", "by", "mobile", "echogenic", "material", ",", "with", "partial", "dehiscence", "of", "the", "prosthetic", "ring", ",", "generating", "eccentric", "aortic", "perivalvular", "insufficiency", "difficult", "to", "quantify", "but", "which", "appears", "moderate-high", "(", "III", "/", "IV", ")", ".", "Transthoracic", "echocardiography", ",", "apical", "5-chamber", "view", ".", "Pseudoaneurysm", "at", "the", "level", "of", "the", "membranous", "septum", "showing", "acquired", "Gerbode-type", "defect", "with", "fistula", "from", "the", "left", "ventricle", "(", "LV", ")", "to", "the", "right", "atrium", "(", "RA", ")", ".", "Transesophageal", "echocardiogram", "at", "140o", "(", "images", "on", "the", "left", ")", "and", "over", "the", "aortic", "annulus", "plane", ".", "In", "the", "short", "axis", "of", "the", "aortic", "root", ",", "an", "aortic", "prosthesis", "with", "abscess", "is", "seen", "at", "the", "level", "of", "the", "posterior", "hemicircumference", ",", "dilatation", "of", "the", "posterior", "sinus", "of", "Valsalva", "that", "fistulises", "on", "the", "right", "side", "to", "the", "right", "atrium", "and", "dehiscence", "of", "the", "prosthesis", "at", "the", "level", "of", "the", "posterior", "annulus", ".", "The", "left", "coronary", "trunk", "is", "seen", "in", "continuity", "with", "the", "periprosthetic", "abscess", ".", "There", "was", "also", "fistulisation", "from", "the", "abscess", "to", "both", "right", "chambers", ",", "as", "well", "as", "a", "hypermobile", "image", "adhering", "to", "the", "prosthesis", "disc", "of", "2", "mm", "compatible", "with", "vegetation", ".", "No", "vegetations", "were", "observed", "on", "the", "remaining", "heart", "valves", "or", "pacemaker", "leads", ".", "The", "function", "of", "both", "ventricles", "was", "preserved", ".", "Combined", "treatment", "with", "cloxacillin", "2", "g", "/", "4h", "and", "daptomycin", "650", "mg", "/", "24h", "iv", "was", "started", ",", "leaving", "afebrile", "and", "negative", "blood", "cultures", "on", "the", "third", "day", "of", "treatment", ".", "Transfer", "to", "the", "reference", "hospital", "was", "requested", "for", "surgery", ",", "but", "the", "patient", "was", "refused", ",", "so", "transfer", "to", "another", "centre", "was", "requested", ",", "which", "took", "place", "9", "days", "after", "diagnosis", "of", "TEE", "endocarditis", ".", "At", "the", "time", "of", "transfer", ",", "valve", "insufficiency", "had", "worsened", "due", "to", "TTE", "and", "dehiscence", "of", "50", "%", "of", "the", "prosthesis", "circumference", "was", "observed", ".", "The", "patient", "was", "in", "NYHA", "grade", "III", "heart", "failure", ",", "requiring", "120", "mg", "of", "furosemide", "per", "day", ".", "At", "the", "hospital", ",", "antibiotic", "therapy", "was", "replaced", "by", "cefazolin", "and", "surgery", "was", "performed", "23", "days", "after", "diagnosis", ",", "with", "aortic", "valve", "replacement", "with", "a", "new", "mechanical", "valve", "and", "placement", "of", "a", "pericardial", "patch", "to", "close", "the", "area", "of", "abscess", "fistulised", "in", "the", "right", "atrium", ".", "The", "postoperative", "period", "was", "complicated", "by", "renal", "failure", "requiring", "haemodialysis", ",", "left", "ventricular", "failure", "and", "septic", "symptoms", "of", "unclear", "origin", "(", "with", "no", "response", "to", "a", "change", "in", "antibiotic", "therapy", "to", "piperacillin-tazobactam", "plus", "daptomycin", ")", ",", "and", "the", "patient", "died", "of", "multi-organ", "failure", "12", "days", "after", "surgery", ".", "Final", "diagnosis", "Late", "prosthetic", "infective", "endocarditis", "on", "mechanical", "aortic", "prosthesis", "due", "to", "methicillin-sensitive", "S", ".", "epidermidis", ",", "complicated", "with", "periannular", "abscess", "at", "aortic", "root", "level", "and", "aortoatrial", "fistula", ",", "severe", "perivalvular", "aortic", "insufficiency", "and", "secondary", "heart", "failure", ".", "High", "degree", "AV", "block", "and", "NSTEACS", "in", "probable", "relation", "to", "extrinsic", "compression", "by", "periprosthetic", "abscess", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "brucellar", "label": "SPECIES", "start": 227, "end": 236 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 875, "end": 882 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2100, "end": 2107 }, { "text": "methicillin-sensitive Staphylococcus epidermidis", "label": "SPECIES", "start": 4158, "end": 4206 }, { "text": "staphylococci", "label": "SPECIES", "start": 3443, "end": 3456 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3776, "end": 3783 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4551, "end": 4558 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4829, "end": 4836 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5303, "end": 5310 }, { "text": "S. epidermidis", "label": "SPECIES", "start": 5567, "end": 5581 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 6935, "end": 6946 }, { "text": "S. epidermidis", "label": "SPECIES", "start": 6920, "end": 6934 } ]

[ "Anamnesis", "36-year-old", "woman", ",", "active", "smoker", "of", "5", "pack-years", ",", "immigrant", ":", "exposed", "to", "the", "Chernobyl", "accident", ".", "Consulted", "in", "April", "2017", "for", "sudden", "dyspnoea", "and", "right", "pleuritic", "chest", "pain", ".", "Physical", "examination", "On", "physical", "examination", ",", "an", "ECOG", "1", "stands", "out", ",", "and", "the", "rest", "with", "no", "other", "findings", ".", "Complementary", "tests", "Laboratory", "tests", "showed", "no", "relevant", "findings", ".", "Chest", "X-ray", ":", "cavitated", "nodular", "lesion", "in", "LID", ".", "Chest", "CT", "angiography", ":", "bilateral", "PET", ".", "Cavitated", "mass", "in", "the", "apical", "segment", "of", "the", "LID", "measuring", "3", ".", "2", "cm", ".", "Bilateral", "paratracheal", "adenopathies", ",", "in", "aortopulmonary", "window", "and", "bilateral", "hilar", "adenopathies", ".", "Bronchoscopy", ":", "normal", "with", "brushing", "and", "BAS", "negative", "for", "malignancy", ".", "PET", "/", "CT", ":", "hypermetabolic", "lesion", "in", "LID", ".", "Hypermetabolic", "right", "and", "left", "lower", "paratracheal", "hypermetabolic", "adenopathies", ",", "bilateral", "aortopulmonary", ",", "subcarinal", "and", "hilar", "window", ".", "Multiple", "retroperitoneal", "hypermetabolic", "retroperitoneal", "lymphadenopathies", ".", "Tru-cut", "biopsy", "of", "the", "lung", "mass", "showed", "infiltration", "by", "adenocarcinoma", "of", "micropapillary", "pattern", "TTF1", "+", "+", "+", ",", "PD-L1", "(", "Ac", "22C3", ")", "negative", ",", "with", "strong", "immunohistochemical", "expression", "of", "ALK", "consistent", "with", "translocation", "protein", "expression", ".", "Native", "EGFR", ".", "Diagnosis", "It", "is", "therefore", "diagnosed", "as", "a", "lung", "adenocarcinoma", "cT2aN3M1c", "(", "8th", "TNM", "edition", ")", "carrying", "the", "ALK", "translocation", ".", "Treatment", "First-line", "treatment", "with", "crizotinib", "was", "initiated", "in", "July", "2017", "at", "a", "daily", "dose", "of", "250", "mg", "every", "12", "hours", ".", "Partial", "response", "was", "confirmed", "on", "abdominal", "thoracic", "CT", "scan", "according", "to", "RECIST", "1", ".", "1", "criteria", "and", "complete", "metabolic", "response", "on", "PET", "/", "CT", "scan", "at", "8", "weeks", ".", "Evolution", "From", "the", "start", "of", "treatment", ",", "the", "patient", "presented", "with", "grade", "1-2", "nausea", "associated", ",", "at", "week", "15", ",", "with", "grade", "1", "emesis", ".", "In", "November", "2017", ",", "after", "19", "weeks", ",", "she", "consulted", "for", "progressive", "dysphagia", "of", "15", "days", "'", "duration", "accompanied", "by", "central", "thoracic", "pain", ".", "An", "urgent", "gastroscopy", "was", "performed", ",", "which", "revealed", "a", "diffuse", "greyish", "oesophageal", "mucosa", "with", "raised", "areas", "at", "various", "levels", ".", "Oesophageal", "biopsy", "showed", "oesophageal", "epithelium", "with", "destruction", "of", "the", "basal", "layer", ",", "with", "no", "fungi", "or", "viral", "inclusions", ".", "With", "the", "diagnosis", "of", "G3", "oesophagitis", "secondary", "to", "treatment", "with", "crizotinib", ",", "treatment", "was", "suspended", "and", "the", "patient", "was", "admitted", "to", "hospital", "for", "supportive", "care", ".", "The", "evolution", "was", "favourable", ",", "with", "symptomatic", "improvement", "on", "the", "fourth", "day", ";", "however", ",", "on", "the", "tenth", "day", "there", "was", "a", "worsening", "of", "symptoms", "consisting", "of", "abdominal", "pain", "at", "the", "epigastric", "level", ",", "which", "did", "not", "respond", "to", "analgesic", "treatment", "despite", "the", "progressive", "increase", "in", "the", "dose", "of", "opioids", "prescribed", ".", "Physical", "examination", "was", "unremarkable", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 27 }, { "text": "fungi", "label": "SPECIES", "start": 2033, "end": 2038 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1595, "end": 1602 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2170, "end": 2177 } ]

[ "Anamnesis", "A", "33-year-old", "man", "from", "Colombia", ",", "a", "professional", "commercial", "pilot", "with", "regular", "flight", "routes", "in", "Central", "and", "South", "America", ".", "He", "had", "no", "known", "drug", "allergies", "or", "vascular", "risk", "factors", ".", "He", "had", "no", "medical", "history", "of", "interest", "or", "usual", "treatment", "and", "had", "undergone", "rhinoplasty", "several", "years", "earlier", ".", "He", "came", "to", "the", "Emergency", "Department", "for", "a", "clinical", "picture", "of", "4-5", "days", "of", "insidious", "onset", "consisting", "of", "dizziness", "with", "spinning", "of", "objects", "that", "worsened", "with", "standing", "upright", ",", "gait", "instability", ",", "nausea", "and", "vomiting", ",", "accompanied", "by", "occipital", "headache", "described", "as", "pulsating", ",", "of", "greater", "intensity", "in", "the", "morning", "and", "with", "Valsalva", "manoeuvres", ".", "Bilateral", "sensation", "of", "ear", "plugging", ",", "more", "intense", "in", "the", "left", "ear", ".", "No", "previous", "fever", "or", "symptoms", "suggestive", "of", "epileptic", "seizures", "were", "reported", ".", "Physical", "examination", "Blood", "pressure", "127", "/", "78", "mmHg", ".", "Afebrile", ".", "Head", "and", "neck", ":", "no", "carotid", "murmurs", ",", "no", "adenopathies", ".", "Cardiopulmonary", "auscultation", ":", "rhythmic", ",", "at", "75", "bpm", ",", "preserved", "vesicular", "murmur", ".", "Abdomen", ":", "soft", ",", "depressible", ",", "not", "painful", "on", "palpation", ",", "no", "masses", "or", "visceromegaly", ".", "Extremities", ":", "no", "oedema", ",", "peripheral", "pulses", "present", "and", "symmetrical", ".", "Alert", ",", "conscious", "and", "oriented", "in", "time", ",", "space", "and", "person", ".", "Language", "normal", "in", "emission", "and", "comprehension", ",", "no", "dysarthria", ".", "Pupils", "isochoric", ",", "normoreactive", ".", "Confrontational", "campimetry", "without", "alterations", ".", "Horizontal-rotatory", "nystagmus", ",", "inexhaustible", ",", "in", "left", "lateral", "gaze", ",", "with", "rapid", "phase", "to", "the", "left", ".", "Horizontal", "diplopia", ",", "predominantly", "in", "left", "gaze", ".", "No", "ophthalmoparesis", ".", "Normal", "cranial", "nerves", ".", "Normal", "muscle", "tone", ",", "overall", "strength", "and", "sensitivity", "preserved", ".", "Normal", "reflexes", ".", "Appendicular", "dysmetria", "in", "the", "left", "finger-nose", "manoeuvre", "and", "dysdiadochokinesia", "with", "the", "left", "upper", "limb", ".", "Truncal", "ataxia", "with", "increased", "base", "of", "support", ",", "which", "worsened", "with", "the", "eyes", "closed", ",", "negative", "Romberg", ".", "Unsteady", "gait", "without", "clear", "lateralisation", ",", "difficulty", "in", "turning", ".", "No", "tremor", ".", "No", "meningeal", "signs", "or", "nuchal", "rigidity", ".", "Fundus", "examination", "in", "the", "emergency", "department", ":", "sharp-edged", "papillae", ",", "no", "haemorrhages", "or", "exudates", ".", "Complementary", "tests", "-", "CBC", ":", "blood", "count", "with", "mild", "leukocytosis", "without", "neutrophilia", "(", "10", ",", "640", "leukocytes", "/", "mm3", ")", ",", "coagulation", "and", "basic", "biochemistry", "without", "alterations", ".", "Elevated", "transaminases", "(", "glutamate-oxaloacetate", "transaminase", "45", "IU", "/", "l", ",", "glutamate-pyruvate", "transaminase", "124", "IU", "/", "l", ",", "gamma-glutamyl", "transferase", "124", "IU", "/", "l", ")", "with", "normal", "bilirubin", "(", "suggesting", "cytolysis", "pattern", ")", ",", "hypercholesterolemia", ",", "subclinical", "hypothyroidism", ".", "Negative", "serology", "for", "human", "immunodeficiency", "virus", ",", "hepatitis", "B", "and", "C", ",", "syphilis", ",", "hydatidosis", "and", "toxoplasma", ".", "Cytomegalovirus", "IgG", "positive", "/", "IgM", "negative", ".", "Cysticercosis", "serology", "negative", ".", "C-reactive", "protein", "0", ".", "1", "mg", "/", "dl", "and", "erythrocyte", "sedimentation", "rate", "9", "mm", "/", "1", "hour", ".", "Peripheral", "blood", "immunophenotype", "normal", ".", "Erythropoietin", "within", "normal", "limits", "(", "7", ".", "2", "mIU", "/", "ml", ")", ".", "-", "Chest", "X-ray", ":", "no", "significant", "findings", ".", "-", "Urgent", "brain", "computed", "tomography", ":", "in", "the", "left", "cerebellar", "hemisphere", "(", "intraaxial", ")", "a", "well-defined", "hypodense", "lesion", "measuring", "37", "x", "44", "mm", "with", "vasogenic", "oedema", "and", "mass", "effect", "on", "the", "IV", "ventricle", "with", "discrete", "triventriculomegaly", "was", "identified", ".", "After", "contrast", "administration", ",", "a", "small", "solid", "pole", "measuring", "7", "x", "6", "mm", "was", "seen", "with", "a", "high", "uptake", ".", "-", "Abdominal", "ultrasound", ":", "steatotic", "liver", ".", "Gallbladder", ",", "portal", ",", "biliary", "tract", "and", "spleen", "without", "pathological", "findings", ".", "Pancreas", "with", "fatty", "replacement", ".", "Kidneys", "in", "the", "lower", "limit", "of", "normal", "size", ",", "with", "no", "other", "alterations", ".", "-", "Brain", "MRI", ":", "tumour", "measuring", "approximately", "48", "x", "31", "x", "50", "mm", ",", "intraaxial", ",", "located", "in", "the", "left", "cerebellar", "hemisphere", ".", "Cranial", "MRI", ".", "Axial", "section", "with", "contrast", "showing", "the", "cystic", "lesion", "and", "the", "solid", "mural", "pole", "with", "vasogenic", "oedema", "and", "mass", "effect", "on", "the", "fourth", "ventricle", ".", "There", "was", "a", "cyst", "occupying", "most", "of", "the", "tumour", "and", "a", "small", "solid", "mural", "pole", "measuring", "7", "x", "9", "mm", ".", "The", "cystic", "area", "presented", "hyperintense", "signal", "characteristics", "in", "long", "TR", "sequences", ",", "hypointense", "in", "T1", "sequences", ",", "without", "brightness", "in", "the", "diffusion", "sequence", ".", "After", "administration", "of", "paramagnetic", "contrast", ",", "only", "a", "fine", "linear", "enhancement", "was", "observed", "in", "its", "interior", ",", "compatible", "with", "the", "existence", "of", "a", "septum", ".", "The", "solid", "pole", "was", "slightly", "hypointense", "on", "T2", "sequences", ",", "with", "intermediate", "signal", "on", "T1", "sequences", "and", "intense", "contrast", "uptake", ".", "In", "contact", "or", "adjacent", "to", "it", ",", "some", "millimetric", "vascular", "structure", "was", "identified", ".", "-", "Cerebral", "arteriography", ":", "hyperenhancing", "nodule", "in", "the", "periphery", "of", "the", "left", "cerebellar", "hemisphere", ",", "with", "main", "supply", "from", "the", "posteroinferior", "cerebellar", "artery", ".", "-", "Urgent", "brain", "CT", "scan", ":", "enlargement", "of", "the", "lesion", "at", "the", "expense", "of", "the", "cystic", "component", "which", "continued", "to", "cause", "collapse", "of", "the", "fourth", "ventricle", ".", "Hydrocephalus", "and", "ascending", "transtentorial", "herniation", "had", "progressed", "significantly", "with", "respect", "to", "previous", "studies", ".", "-", "Pathology", ":", "cerebellar", "haemangioblastoma", ".", "Diagnosis", "Cerebellar", "haemangioblastoma", ".", "Treatment", "and", "evolution", "In", "the", "emergency", "department", "he", "was", "assessed", "by", "ENT", "and", "neurology", ",", "confirming", "a", "central", "vertiginous", "syndrome", ".", "In", "view", "of", "the", "findings", "in", "the", "urgent", "CT", "scan", ",", "and", "considering", "the", "radiology", "image", "as", "the", "first", "possibility", "of", "neurocysticercosis", ",", "it", "was", "decided", "to", "start", "empirical", "treatment", "with", "albendazole", "400", "mg", "/", "8", "h", ",", "dexamethasone", "4", "mg", "/", "h", "and", "symptomatic", "treatment", ".", "He", "was", "admitted", "to", "complete", "the", "study", ".", "Initially", ",", "the", "patient", "was", "neurologically", "stable", ",", "reporting", "only", "occipital", "headache", "and", "vertiginous", "symptoms", ".", "One", "week", "after", "admission", ",", "his", "level", "of", "consciousness", "began", "to", "deteriorate", ",", "his", "headache", "intensified", "and", "he", "presented", "with", "shotgun", "vomiting", ".", "An", "urgent", "CT", "scan", "was", "performed", ",", "showing", "enlargement", "of", "the", "lesion", "and", "signs", "of", "ascending", "trans-stentorial", "herniation", ".", "The", "patient", "was", "transferred", "to", "the", "Intensive", "Care", "Unit", "for", "monitoring", "and", "surveillance", ",", "and", "neurosurgical", "assessment", "was", "requested", ".", "Urgent", "intervention", "was", "decided", ",", "and", "a", "right", "frontal", "ventricular", "drainage", "was", "performed", "to", "relieve", "intracranial", "hypertension", "and", "a", "suboccipital", "craniotomy", ",", "and", "the", "cyst", "was", "punctured", "and", "the", "nodule", "resected", ".", "A", "specimen", "was", "sent", "to", "the", "pathology", "department", ",", "which", "made", "the", "diagnosis", "of", "cerebellar", "haemangioblastoma", ".", "The", "patient", "progressed", "satisfactorily", "and", "was", "discharged", "without", "postoperative", "complications", ",", "completing", "the", "Von", "Hippel-Lindau", "screening", "study", "on", "an", "outpatient", "basis", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "commercial pilot", "label": "HUMAN", "start": 58, "end": 74 }, { "text": "person", "label": "HUMAN", "start": 1173, "end": 1179 }, { "text": "Cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 2546, "end": 2561 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 2508, "end": 2516 }, { "text": "toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 2534, "end": 2544 }, { "text": "human immunodeficiency virus", "label": "SPECIES", "start": 2459, "end": 2487 }, { "text": "hepatitis B", "label": "SPECIES", "start": 2489, "end": 2500 }, { "text": "hepatitis B and C", "label": "SPECIES", "start": 2489, "end": 2506 }, { "text": "hydatidosis", "label": "SPECIES", "start": 2518, "end": 2529 }, { "text": "Cysticercosis", "label": "SPECIES", "start": 2589, "end": 2602 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5228, "end": 5235 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5586, "end": 5593 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6033, "end": 6040 } ]

[ "Anamnesis", "A", "45-year-old", "male", "patient", "came", "to", "the", "urology", "department", "referred", "from", "the", "emergency", "department", ",", "where", "he", "had", "been", "48", "hours", "earlier", "with", "a", "picture", "labelled", "as", "acute", "epididymitis", ".", "The", "patient", "reported", "a", "left", "testicular", "mass", "of", "72", "hours", "of", "evolution", ",", "non-painful", "and", "accompanied", "by", "fever", "up", "to", "38", "oC", ".", "Physical", "examination", "Examination", "revealed", "an", "extraordinarily", "hard", ",", "non-painful", "lump", "located", "in", "the", "upper", "pole", "and", "epididymis", "of", "the", "left", "testicle", ",", "about", "2", "cm", "in", "greatest", "diameter", ".", "Additional", "tests", "-", "Blood", "count", ",", "biochemistry", "and", "coagulation", "were", "normal", ".", "-", "The", "emergency", "ultrasound", "was", "compatible", "with", "the", "first", "clinical", "suspicion", "of", "epididymitis", ",", "but", "the", "non-resolution", "of", "the", "inflammatory", "picture", "in", "7", "days", "made", "it", "necessary", "to", "repeat", "the", "directed", "imaging", "test", ",", "under", "the", "clinical", "suspicion", "of", "testicular", "neoplasia", ",", "performing", "a", "Doppler", "ultrasound", ",", "which", "showed", "a", "heterogeneous", "ultrasound", "lesion", "with", "hypervascularisation", "that", "could", "be", "compatible", "with", "a", "tumour", "process", ".", "-", "Tumour", "markers", "(", "beta-HCG", ",", "AFP", "and", "LDH", ")", "were", "negative", ".", "-", "The", "study", "was", "completed", "with", "an", "abdominal", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", "scan", "that", "demonstrated", "the", "existence", "of", "retroperitoneal", "lymphadenopathies", "in", "pathological", "number", "and", "size", ".", "Diagnosis", "In", "view", "of", "the", "results", ",", "a", "malignant", "testicular", "tumour", "was", "considered", "as", "the", "first", "diagnostic", "possibility", ",", "with", "the", "consequent", "indication", "for", "radical", "orchiectomy", ".", "Treatment", "A", "left", "radical", "orchiectomy", "via", "the", "inguinal", "route", "with", "high", "cord", "clamping", "was", "performed", "for", "diagnostic", "and", "therapeutic", "purposes", ".", "The", "operation", "was", "uneventful", "and", "the", "patient", "was", "discharged", "after", "24", "hours", ".", "Evolution", "The", "result", "of", "the", "testicular", "biopsy", "showed", "the", "presence", "of", "pseudotumoural", "inflammation", ",", "consisting", "mainly", "of", "plasma", "cells", ",", "with", "some", "lymphocytes", "and", "marked", "areas", "of", "fibrosis", ",", "with", "foci", "of", "endarteritis", "obliterans", "and", "epididymal", "extension", ".", "Immunohistochemical", "techniques", "revealed", "a", "very", "dense", "presence", "of", "spirochetal", "bacteria", "(", "Treponema", "pallidum", ")", ".", "The", "findings", "were", "conclusive", "of", "syphilis", "(", "syphilitic", "orchitis", ")", ".", "There", "was", "also", "destruction", "of", "germ", "cells", "in", "the", "areas", "close", "to", "the", "lesion", ",", "with", "a", "focal", "granulomatous", "reaction", ",", "in", "which", "isolated", "spirochetes", "were", "also", "evident", ".", "The", "patient", "subsequently", "confirmed", "his", "homosexuality", "as", "a", "risk", "factor", "for", "transmission", ".", "A", "serological", "test", "was", "performed", "to", "rule", "out", "the", "presence", "of", "other", "sexually", "transmitted", "diseases", ",", "all", "of", "which", "were", "negative", ",", "except", "obviously", "the", "serology", "linked", "to", "syphilitic", "disease", ".", "The", "recommendations", "on", "the", "transmission", "of", "syphilis", "were", "subsequently", "carried", "out", ",", "the", "obligatory", "declaration", "of", "the", "disease", "was", "made", "to", "the", "health", "authorities", "and", "treatment", "was", "administered", "with", "a", "weekly", "intramuscular", "injection", "of", "intramuscular", "penicillin", "G", "benzathine", "2", ".", "4", "million", "for", "3", "weeks", ",", "subsequently", "verifying", "serological", "negativisation", "at", "6", "and", "12", "months", "after", "the", "antibiotic", "treatment", ",", "the", "manner", "in", "which", "monitoring", "of", "the", "patient", "affected", "by", "this", "stage", "of", "the", "disease", "is", "recommended", ".", "Diagnosis", "Syphilitic", "orchitis", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 36 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 29, "end": 36 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 194, "end": 201 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1565, "end": 1572 }, { "text": "Treponema pallidum", "label": "SPECIES", "start": 1940, "end": 1958 }, { "text": "spirochetal bacteria", "label": "SPECIES", "start": 1918, "end": 1938 }, { "text": "spirochetes", "label": "SPECIES", "start": 2155, "end": 2166 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2190, "end": 2197 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2894, "end": 2901 } ]

[ "Anamnesis", "A", "43-year-old", "man", ",", "with", "no", "medical", "or", "surgical", "history", "of", "interest", ",", "came", "to", "the", "emergency", "department", "referred", "from", "his", "health", "centre", "for", "painful", "ulcers", "on", "the", "shaft", "of", "the", "penis", "suggestive", "of", "genital", "herpes", ",", "which", "did", "not", "heal", "despite", "the", "treatment", "administered", "(", "acyclovir", "200", "mg", "every", "4", "hours", "for", "5", "days", ")", ".", "He", "reported", "no", "other", "associated", "skin", "lesions", ".", "The", "patient", "confessed", "to", "multiple", "unprotected", "sexual", "relations", "with", "other", "men", "(", "MSM", ")", "in", "recent", "months", ".", "Physical", "examination", "Erythematous", ",", "ulcerated", "lesions", "with", "an", "active", "border", ",", "slightly", "exudative", ",", "located", "on", "the", "shaft", "of", "the", "penis", ",", "painful", "and", "slightly", "infiltrated", "on", "palpation", ".", "Bilateral", "inguinal", "lymph", "nodes", "were", "palpable", "in", "the", "inguinal", "region", ",", "which", "were", "not", "painful", ".", "Complementary", "examinations", "Suspecting", "an", "infectious", "condition", ",", "possibly", "a", "sexually", "transmitted", "infection", "(", "STI", ")", ",", "various", "complementary", "tests", "were", "requested", ".", "Microbiological", "culture", "of", "the", "urethral", "exudate", "showed", "no", "bacterial", "growth", "and", "no", "unusual", "microbiota", ".", "PCR", "of", "the", "exudate", "from", "the", "bottom", "of", "the", "ulcer", "was", "negative", "for", "herpes", "virus", "type", "1", "(", "HSV-1", ")", "and", "2", "(", "HSV2", ")", ".", "The", "STI", "serologies", "requested", "were", "negative", "for", "reaginic", "anti", "treponema", "pallidum", "antibodies", "(", "RPR", ")", ",", "treponemal", "antibody", "absorption", "test", "(", "FTA-ABS", ")", ",", "anti", "treponema", "pallidum", "IgM", ",", "as", "well", "as", "for", "total", "anti", "treponema", "pallidum", "antibodies", ".", "Hepatitis", "C", "virus", "(", "HCV", ")", "and", "human", "immunodeficiency", "virus", "(", "HIV", ")", "serologies", "were", "also", "negative", ",", "with", "only", "anti-HBc", ",", "anti-HBe", "and", "anti-HBs", "antibody", "positivity", "with", "negative", "HBsAg", "antigen", ",", "which", "informed", "us", "of", "a", "past", "hepatitis", "B", "infection", ".", "Due", "to", "the", "findings", "obtained", "in", "the", "complementary", "tests", "and", "with", "a", "high", "clinical", "suspicion", "of", "STI", ",", "a", "PCR", "of", "Treponema", "pallidum", "DNA", "from", "the", "exudate", "of", "the", "ulcer", "was", "requested", ",", "which", "turned", "out", "to", "be", "positive", ".", "Two", "weeks", "after", "the", "first", "visit", ",", "new", "serological", "tests", "were", "requested", ",", "and", "the", "total", "anti-Treponema", "pallidum", "and", "IgM", "anti-Treponema", "pallidum", "antibodies", "were", "positive", ",", "with", "RPR", "and", "FTA", "remaining", "negative", ",", "as", "well", "as", "the", "rest", "of", "the", "serological", "tests", ".", "Diagnosis", "Primary", "syphilis", ".", "Treatment", "In", "view", "of", "the", "positive", "PCR", "of", "the", "sample", "taken", ",", "and", "prior", "to", "the", "positive", "serology", "for", "IgM", "anti-Treponema", "pallidum", "antibodies", ",", "treatment", "was", "started", "with", "intramuscular", "benzathine", "penicillin", "in", "a", "single", "dose", "(", "2", ".", "4", "million", "units", ")", ".", "Evolution", "A", "few", "days", "after", "administration", "of", "intramuscular", "penicillin", ",", "the", "ulcerated", "lesions", "on", "the", "penis", "began", "to", "improve", ",", "leaving", "a", "small", "scar", "in", "the", "balanopreputial", "sulcus", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "men", "label": "HUMAN", "start": 437, "end": 440 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 367, "end": 374 }, { "text": "FTA", "label": "SPECIES", "start": 1239, "end": 1242 }, { "text": "FTA", "label": "SPECIES", "start": 1960, "end": 1963 }, { "text": "FTA-ABS", "label": "SPECIES", "start": 1239, "end": 1246 }, { "text": "HBsAg", "label": "SPECIES", "start": 1505, "end": 1510 }, { "text": "microbiota", "label": "SPECIES", "start": 985, "end": 995 }, { "text": "HBc", "label": "SPECIES", "start": 1444, "end": 1447 }, { "text": "HBe", "label": "SPECIES", "start": 1454, "end": 1457 }, { "text": "HBs", "label": "SPECIES", "start": 1467, "end": 1470 }, { "text": "Treponema pallidum", "label": "SPECIES", "start": 2167, "end": 2185 } ]

[ "A", "40-day-old", "male", "infant", ",", "who", "after", "receiving", "a", "bottle", "of", "formula", "milk", ",", "having", "been", "exclusively", "breastfed", "until", "then", ",", "presented", "with", "generalised", "urticaria", ".", "History", "Personal", "history", ":", "complications", ".", "Apgar", "9", "/", "10", ".", "Birth", "weight", ":", "3790gr", ".", "Normal", "metabolic", "tests", ".", "Exclusive", "breastfeeding", "until", "40", "days", "of", "life", ".", "Habitual", "regurgitator", ",", "with", "normal", "stools", "and", "adequate", "weight", "gain", ".", "Family", ":", "Mother", "with", "atopic", "dermatitis", ".", "Physical", "examination", ":", "Good", "general", "condition", "BEG", ",", "good", "nutritional", "and", "hydration", "status", ".", "Small", "generalised", "wheals", ".", "Normal", "cardiac", "and", "pulmonary", "auscultation", ".", "Abdomen", "soft", "and", "depressible", ",", "not", "painful", ",", "no", "masses", "or", "visceromegaly", ".", "Age-appropriate", "neurological", "status", ".", "Differential", "diagnosis", "a", ")", "Urticaria", "induced", "by", "infections", "b", ")", "IgE-mediated", "cow", "'", "s", "milk", "protein", "allergy", "c", ")", "Insect", "sting", "urticaria", "Although", "viral", "infections", "are", "the", "most", "frequent", "cause", "of", "acute", "urticaria", "in", "children", ",", "cutaneous", "manifestations", "are", "associated", "with", "other", "clinical", "symptoms", ".", "Viruses", "involved", "include", "Ebstein-Barr", "virus", ",", "enterovirus", ",", "adenovirus", ",", "parvovirus", "and", "others", ".", "Insect", "stings", "often", "give", "rise", "to", "IgE-mediated", "urticaria", ",", "but", "the", "antecedent", "is", "usually", "very", "definite", ".", "One", "of", "the", "manifestations", "of", "cow", "'", "s", "milk", "protein", "allergy", "is", "urticaria", ",", "in", "IgE-mediated", "presentations", ".", "EVOLUTION", "An", "oral", "antihistamine", "and", "hydrolysed", "milk", "were", "prescribed", "due", "to", "the", "APLV", "symptoms", ".", "The", "evolution", "was", "favourable", ",", "with", "good", "appetite", "and", "adequate", "weight", "gain", ".", "After", "drinking", "cow", "'", "s", "milk", "formula", "at", "8", "months", "of", "age", ",", "he", "presented", "generalised", "urticarial", "rash", "with", "swelling", "of", "the", "lips", "and", "went", "to", "the", "emergency", "department", ".", "He", "eats", "calves", "without", "problems", ".", "Complementary", "tests", "at", "one", "year", ":", "cow", "'", "s", "milk", "specific", "IgE", "33", ".", "1", "kU", "/", "L", "(", "Class", "4", ")", ",", "Alphalactoalbumin", "17", ".", "8", "kU", "/", "L", "Betalactoglobulin", "12", ".", "5", "kU", "/", "L", ",", "Casein", "22", "kU", "/", "L", ".", "It", "was", "decided", "to", "continue", "with", "a", "cow", "'", "s", "milk", "protein-free", "diet", ".", "At", "the", "last", "re-evaluation", "at", "15", "months", ",", "the", "skin", "tests", "were", "positive", "for", "milk", ",", "alpha-lactoalbumin", ",", "beta-lactoglobulin", "and", "casein", ",", "so", "it", "was", "decided", "to", "continue", "with", "the", "exempt", "diet", "and", "to", "delay", "the", "provocation", "due", "to", "the", "high", "probability", "that", "it", "would", "be", "positive", ".", "FINAL", "DIAGNOSIS", "Allergy", "to", "cow", "'", "s", "milk", "protein", "IgE-mediated", "cow", "'", "s", "milk", "protein", "allergy" ]

[ 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male infant", "label": "HUMAN", "start": 13, "end": 24 }, { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 165, "end": 173 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 372, "end": 378 }, { "text": "Mother", "label": "HUMAN", "start": 380, "end": 386 }, { "text": "infections", "label": "SPECIES", "start": 726, "end": 736 }, { "text": "cow", "label": "SPECIES", "start": 753, "end": 756 }, { "text": "Insect", "label": "SPECIES", "start": 783, "end": 789 }, { "text": "Ebstein-Barr", "label": "SPECIES", "start": 988, "end": 1000 }, { "text": "adenovirus", "label": "SPECIES", "start": 1021, "end": 1031 }, { "text": "enterovirus", "label": "SPECIES", "start": 1008, "end": 1019 }, { "text": "Insect", "label": "SPECIES", "start": 1056, "end": 1062 }, { "text": "children", "label": "HUMAN", "start": 883, "end": 891 }, { "text": "parvovirus", "label": "SPECIES", "start": 1033, "end": 1043 }, { "text": "cow", "label": "SPECIES", "start": 1187, "end": 1190 }, { "text": "virus", "label": "SPECIES", "start": 1001, "end": 1006 }, { "text": "infections", "label": "SPECIES", "start": 822, "end": 832 }, { "text": "cow", "label": "SPECIES", "start": 1444, "end": 1447 }, { "text": "cow", "label": "SPECIES", "start": 1654, "end": 1657 }, { "text": "cow", "label": "SPECIES", "start": 1806, "end": 1809 }, { "text": "cow", "label": "SPECIES", "start": 2129, "end": 2132 }, { "text": "cow", "label": "SPECIES", "start": 2161, "end": 2164 } ]

[ "A", "46-year-old", "woman", "was", "admitted", "to", "hospital", "in", "March", "2005", "for", "a", "painful", "mass", "in", "the", "outer", "third", "of", "the", "left", "upper", "eyelid", "of", "6", "months", "'", "duration", ",", "accompanied", "by", "a", "decrease", "in", "ipsilateral", "visual", "acuity", "(", "VA", ")", ".", "The", "patient", "reported", "the", "development", "of", "a", "similar", "mass", "15", "years", "prior", "to", "her", "admission", ",", "which", "was", "successfully", "managed", "with", "unspecified", "medical", "treatment", ".", "The", "rest", "of", "the", "history", "was", "not", "relevant", "to", "the", "current", "condition", ".", "Ophthalmological", "examination", "revealed", "a", "VA", "of", "0", ".", "7", "in", "the", "right", "eye", "(", "OD", ")", "and", "0", ".", "2", "in", "the", "left", "eye", "(", "OI", ")", ".", "In", "the", "outer", "third", "of", "the", "left", "upper", "eyelid", "there", "was", "a", "4", "¥", "3", ".", "5", "cm", "painful", "mass", "accompanied", "by", "ptosis", ",", "inferior", "displacement", "of", "the", "eyeball", "on", "the", "same", "side", ".", "There", "was", "a", "limitation", "to", "levosupraversion", "of", "the", "left", "eye", ".", "Exophthalmometry", "with", "base", "100", "was", "17", "mm", "for", "both", "eyes", ".", "The", "palpebral", "aperture", "was", "10", "mm", "in", "the", "OD", "and", "4", "mm", "in", "the", "OI", ".", "Left", "levator", "muscle", "function", "was", "limited", ".", "A", "CT", "scan", "of", "both", "orbits", "with", "axial", "and", "coronal", "slices", "was", "requested", "and", "showed", "a", "cystic", "looking", "temporal", "mass", "with", "bony", "destruction", ",", "invading", "the", "orbit", "and", "displacing", "the", "left", "eyeball", "downwards", ",", "apparently", "dependent", "on", "the", "frontal", "sinus", ".", "An", "aspiration", "of", "the", "mass", "was", "performed", ",", "from", "which", "a", "dense", "yellowish", "liquid", "was", "obtained", ".", "A", "smear", "of", "the", "contents", "showed", "few", "Gram-positive", "cocci", "in", "pairs", "and", "chains", ",", "accompanied", "by", "numerous", "polymorphonuclear", "leukocytes", "and", "abundant", "mucus", ".", "Treatment", "with", "oral", "ampicillin", ",", "dicloxacillin", "and", "naproxen", "and", "topical", "sulfacetamide", "was", "started", ".", "The", "patient", "underwent", "drainage", "of", "the", "paranasal", "sinus", "contents", "with", "removal", "of", "the", "sinus", "wall", ".", "Microscopically", ",", "haematoxylin", "and", "eosin", "stained", "slides", "demonstrated", "fragments", "lined", "by", "respiratory-type", "epithelium", ".", "Below", "the", "epithelium", ",", "the", "wall", "consisted", "of", "a", "dense", "connective", "tissue", "stroma", "with", "areas", "of", "haemorrhage", "mixed", "with", "variable", "clusters", "of", "inflammatory", "infiltrate", "consisting", "of", "mature", "lymphocytes", ",", "plasma", "cells", ",", "polymorphonuclear", "leukocytes", "and", "numerous", "eosinophils", ".", "The", "diagnosis", "of", "frontal", "sinus", "mucocele", "was", "established", ".", "The", "presence", "of", "large", "numbers", "of", "eosinophils", "as", "part", "of", "the", "inflammatory", "infiltrate", "suggested", "a", "probable", "allergic", "or", "hypersensitivity", "etiology", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 19 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 210, "end": 217 }, { "text": "Gram-positive cocci in pairs and chains", "label": "SPECIES", "start": 1274, "end": 1313 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1490, "end": 1497 } ]

[ "We", "describe", "the", "case", "of", "a", "66-year-old", "woman", "with", "arterial", "hypertension", ",", "dyslipidaemia", "and", "trigeminal", "neuralgia", "who", "came", "to", "the", "emergency", "department", "with", "sudden", ",", "non-painful", "loss", "of", "vision", "in", "the", "left", "eye", "that", "had", "developed", "over", "several", "days", ".", "Ophthalmological", "examination", "revealed", "a", "hyperemic", "papilla", "in", "the", "left", "eye", "fundus", ",", "more", "evident", "in", "the", "nasal", "area", ",", "with", "amputation", "of", "the", "upper", "vessels", "and", "peripapillary", "oedema", ";", "isochoric", "pupils", ";", "relative", "afferent", "pupillary", "defect", "(", "ARPD", ")", ";", "and", "a", "central", "and", "superior", "altitudinal", "campimetric", "defect", "in", "the", "visual", "field", "examination", "by", "confrontation", ".", "Visual", "acuity", "(", "VA", ")", "in", "the", "right", "eye", "was", "1", "and", "in", "the", "left", "eye", "less", "than", "20", "/", "400", ".", "The", "right", "eye", "did", "not", "show", "any", "alterations", ".", "C-reactive", "protein", "(", "CRP", ")", "and", "activated", "thromboplastin", "time", "(", "aPTT", ")", "were", "slightly", "elevated", "and", "the", "cranial", "CT", "scan", "was", "normal", ".", "She", "was", "admitted", "for", "systemic", "study", "with", "the", "diagnosis", "of", "suspected", "optic", "neuritis", "of", "the", "left", "eye", ",", "probably", "non-arteritic", "anterior", "ischaemic", ".", "The", "patient", "had", "residual", "erythematous", "lesions", "on", "the", "abdomen", "of", "infectious", "or", "toxic", "origin", ".", "She", "also", "suffered", "from", "asthenia", ",", "mandibular", "claudication", "and", "generalised", "muscle", "pain", "and", "had", "no", "fever", ".", "On", "examination", ",", "a", "venereal", "disease", "was", "discovered", "in", "the", "spouse", "2", "years", "ago", "(", "genital", "ulcerated", "lesion", "that", "resolved", "with", "treatment", ")", ".", "Neurological", "involvement", "manifested", "as", "isochoric", "pupils", "and", "left", "DPAR", ".", "Colour", "vision", "was", "preserved", ".", "There", "was", "no", "ocular", "pain", "with", "globe", "movements", "or", "on", "palpation", ".", "Visual", "evoked", "potentials", "showed", "asymmetry", "of", "amplitude", "and", "latency", "at", "the", "expense", "of", "the", "left", "eye", "compatible", "with", "left", "optic", "neuropathy", ".", "MRI", "was", "normal", ".", "Echo-Doppler", "ultrasound", "of", "the", "supra-aortic", "trunks", "showed", "minimal", "bilateral", "atherosclerotic", "changes", "with", "small", "plaques", "in", "the", "carotid", "bulb", "with", "no", "signs", "of", "significant", "stenosis", ".", "Differential", "diagnosis", "The", "patient", "'", "s", "clinical", "manifestations", "and", "examination", "showed", "a", "left", "anterior", "optic", "neuropathy", "of", "possible", "non-arteritic", "ischaemic", "origin", "that", "had", "to", "be", "confirmed", "with", "further", "complementary", "tests", ".", "The", "involvement", "of", "the", "optic", "nerve", "with", "the", "appearance", "of", "the", "generalised", "exanthema", "led", "us", "to", "consider", "a", "toxic-infectious", "disorder", ",", "specifically", "secondary", "syphilis", "given", "her", "partner", "'", "s", "history", "of", "possible", "chancroid", "two", "years", "ago", ".", "Another", "entity", "within", "the", "differential", "diagnosis", "was", "giant", "cell", "arteritis", "as", "she", "presented", "with", "frequent", "headaches", "and", "mandibular", "claudication", ".", "Antiphospholipid", "syndrome", "should", "also", "be", "in", "mind", "because", "of", "the", "possibility", "of", "optic", "nerve", "involvement", "due", "to", "a", "thromboembolic", "phenomenon", ".", "Evolution", "Regarding", "laboratory", "tests", ",", "there", "were", "positive", "results", "in", "serology", "for", "lues", "(", "positive", "Treponema", "pallidum", "IgG", "+", "IgM", "(", "QL", ")", "antibodies", ",", "positive", "FTA-Abs-Ig", ",", "RPR", "1", "/", "16", ")", ",", "and", "in", "autoimmunity", "anticardiolipin", "antibodies", ".", "The", "rest", ",", "including", "haemogram", ",", "biochemistry", ",", "ESR", ",", "autoimmunity", "study", ",", "vitamin", "B12", "levels", ",", "thyroid", "function", ",", "angiotensin", "converting", "enzyme", "levels", ",", "serology", "(", "Brucella", ",", "HBV", ",", "HCV", ",", "HIV", ")", "within", "normality", "with", "negative", "Mantoux", ".", "Neurological", "disorders", "were", "ruled", "out", "by", "lumbar", "puncture", "and", "CSF", "analysis", "with", "negative", "FTA-Abs", "total", "Ig", "serology", ".", "Based", "on", "the", "above", ",", "it", "was", "concluded", "that", "the", "patient", "had", "papillitis", ",", "compatible", "with", "secondary", "syphilis", ".", "Therefore", ",", "she", "received", "4", ",", "000", ",", "000", "IU", "of", "intravenous", "penicillin", "G", "sodium", "every", "4", "hours", "for", "14", "days", "with", "partial", "resolution", "of", "the", "visual", "symptoms", "and", "complete", "disappearance", "of", "the", "dermatological", "symptoms", ",", "with", "subsequent", "development", "of", "secondary", "papillary", "and", "macular", "atrophy", "and", "micropsia", ".", "Residual", "VA", "in", "the", "left", "eye", "was", "20", "/", "60", ".", "RPR", "has", "decreased", ",", "total", "FTA-Abs", "Ig", "and", "anticardiolipin", "antibodies", "were", "negative", ".", "Final", "diagnosis", "Non-arteritic", "anterior", "ischaemic", "optic", "neuritis", "caused", "by", "secondary", "syphilis", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 38, "end": 43 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 984, "end": 991 }, { "text": "spouse", "label": "HUMAN", "start": 1232, "end": 1238 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1831, "end": 1838 }, { "text": "partner", "label": "HUMAN", "start": 2197, "end": 2204 }, { "text": "lues", "label": "SPECIES", "start": 2618, "end": 2622 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3141, "end": 3148 } ]

[ "Anamnesis", "The", "patient", "is", "a", "58-year-old", "woman", ",", "with", "no", "toxic", "habits", ",", "with", "a", "personal", "history", "of", "allergic", "asthma", "and", "anxious", "syndrome", "being", "followed", "up", "by", "Psychiatry", "and", "being", "treated", "with", "bromazepam", ",", "paroxetine", "and", "escitalopram", ".", "Surgical", "history", ":", "appendectomy", ",", "saphenectomy", ".", "Brought", "by", "her", "relatives", "to", "the", "Emergency", "Department", "due", "to", "confusional", "symptoms", "and", "cognitive", "deterioration", "of", "several", "days", "'", "evolution", ".", "The", "family", "reported", "that", "the", "patient", "presented", "progressive", "cognitive", "deterioration", "of", "three", "weeks", "'", "duration", ",", "accompanied", "in", "the", "last", "few", "days", "by", "memory", "impairment", ",", "visual", "hallucinations", "and", "self-injurious", "thoughts", ".", "In", "addition", ",", "she", "presented", "the", "appearance", "of", "a", "right", "submandibular", "tumour", "of", "several", "months", "'", "evolution", "that", "has", "progressively", "increased", "in", "size", "with", "no", "other", "accompanying", "symptoms", ".", "Physical", "examination", "ECOG", "1", ".", "Conscious", "and", "oriented", ".", "Palpation", "of", "a", "mass", "in", "the", "right", "mandibular", "angle", "with", "a", "hard", ",", "non-painful", "consistency", ",", "without", "peripheral", "adenopathies", ".", "Neurological", "examination", "showed", "bradypsychia", ",", "tremor", "in", "the", "upper", "limbs", "without", "loss", "of", "strength", ",", "amnesia", "and", "body", "dysaesthesia", ",", "no", "other", "neurological", "focality", "was", "observed", "and", "the", "rest", "of", "the", "physical", "examination", "was", "normal", ".", "Complementary", "tests", "-", "BLOOD", "ANALYTICS", ":", "no", "alterations", ".", "Urine", "toxins", "were", "negative", ".", "-", "THYROID", "AND", "NECK", "ULTRASOUND", ",", "In", "the", "right", "cervical", "region", "coinciding", "with", "a", "palpable", "lesion", ",", "solid", "infiltrative", "lymph", "node", "lesions", "were", "seen", ",", "the", "largest", "of", "3", ".", "8", "cm", "in", "diameter", ",", "the", "largest", "heterogeneous", ".", "-", "NECK", "CT", "SCAN", ":", "Laterocervical", "mass", "medial", "to", "the", "right", "sternocleidomastoid", "muscle", "and", "lateral", "to", "the", "main", "cervical", "vessels", "which", "it", "displaces", "medially", ",", "approximately", "3", ".", "1", "cm", "in", "anteroposterior", "diameter", "and", "2", ".", "3", "cm", "in", "transverse", "diameter", "with", "heterogeneous", "contrast", "uptake", "suggestive", "of", "metastatic", "adenomegaly", ",", "in", "addition", "the", "posterior", "contour", "of", "the", "base", "of", "the", "tongue", "on", "its", "left", "side", "appears", "protruding", ",", "asymmetrical", "with", "respect", "to", "the", "contralateral", "one", ".", "-", "FIBROBRONCOSCOPY", ":", "At", "the", "level", "of", "the", "right", "glossopharyngeal", "fold", "a", "rough", "image", "is", "observed", ",", "a", "biopsy", "is", "taken", "without", "evidence", "of", "malignant", "cells", ".", "-", "Cranial", "CT", ":", "No", "findings", "suggestive", "of", "acute", "intracranial", "pathology", ".", "-", "FINE", "NEEDLE", "ASPIRATION", "PUNCTURE", "(", "FNA", ")", "of", "right", "laterocervical", "mass", ":", "Infiltration", "of", "poorly", "differentiated", "carcinoma", ".", "Immunohistochemical", "study", ":", "Positive", "for", "CK", "AE1", "/", "AE2", "and", "CD", "56", ",", "focal", "positive", "for", "CK", "7", "and", "CK", "5", "/", "6", ",", "negative", "for", "CK", "20", ",", "Vimentin", "and", "CD", "45", ".", "-", "PET-CT", ":", "Confirms", "the", "presence", "of", "36", "mm", "single", "major", "axis", "adenopathy", "with", "pathological", "SUVmax", ".", "Diagnosis", "Metastatic", "adenopathic", "undifferentiated", "metastatic", "carcinoma", "of", "unknown", "origin", "(", "probable", "ENT", "area", ")", ".", "Treatment", "A", "right", "radical", "emptying", "was", "performed", ",", "removing", "a", "right", "subdigastric", "lymph", "node", "bundle", ",", "which", "infiltrated", "the", "internal", "jugular", "vein", ",", "with", "removal", "of", "3", "positive", "nodes", "for", "poorly", "differentiated", "carcinoma", ".", "Pathology", "results", ":", "Poorly", "differentiated", "carcinoma", ".", "Immunohistochemistry", ":", "Positive", "for", "PAN-CK", ",", "EMA", ",", "P63", "and", "focally", "and", "faintly", "for", "CD10", ".", "and", "negative", "for", "CK7", ",", "CK20", ",", "TTF1", ",", "RE", ",", "VIMENTIN", ",", "CD45", ",", "ALK", ",", "CDK5", "/", "6", ",", "CK34BE12", "and", "S100", ".", "In", "view", "of", "the", "diagnosis", "of", "metastatic", "undifferentiated", "adenopathic", "metastatic", "carcinoma", "of", "probable", "otorhinolaryngological", "origin", ",", "chemotherapy", "treatment", "with", "Carboplatin", "at", "a", "weekly", "dose", "of", "area", "under", "the", "curve", "of", "2", "(", "AUC", "2", ")", "and", "concomitant", "radiotherapy", "was", "proposed", ".", "Evolution", "In", "the", "days", "following", "the", "surgery", ",", "prior", "to", "the", "start", "of", "treatment", ",", "she", "presented", "a", "clinical", "worsening", "with", "progressive", "memory", "impairment", ",", "insomnia", "with", "parasomnias", "and", "significant", "bradypsychia", "and", "bradykinesia", "with", "the", "appearance", "of", "paralysis", "of", "the", "left", "facial", "nerve", ".", "Magnetic", "Resonance", "Imaging", "(", "MRI", ")", "was", "requested", ",", "with", "findings", "suggestive", "of", "limbic", "encephalitis", "with", "bilateral", "and", "symmetrical", "involvement", "of", "the", "amygdala", "and", "hippocampus", ".", "An", "aetiological", "study", "was", "started", "with", "an", "autoimmunity", "panel", "(", "antiphysin", "antibodies", ",", "CV2", ",", "PNMA2", "Anti", "Ri", ",", "Anti", "Yo", ",", "Anti", "Hu", ")", "and", "serology", "(", "HIV", "1", "and", "2", ",", "Syphilis", "and", "Hepatitis", ")", "and", "determination", "of", "Vitamin", "B12", "and", "folic", "acid", "as", "well", "as", "lumbar", "puncture", "with", "bacteriological", "determination", ",", "enterovirus", "and", "herpes", "virus", ",", "all", "with", "normal", "results", ",", "thus", "ruling", "out", "autoimmune", "and", "infectious", "causes", ".", "The", "patient", "started", "adjuvant", "treatment", "with", "Carboplatin", "AUC", "2", "weekly", "concomitant", "with", "IMRT", "radiotherapy", "receiving", "a", "total", "of", "60", "Gy", "on", "gagglionic", "levels", "Ib", ",", "II", ",", "III", "and", "V", "and", "a", "total", "of", "54", "Gy", "on", "high", "II", "and", "IV", "right", "ganglionic", "levels", ".", "She", "presented", "as", "relevant", "toxicity", "G2", "dermitis", ".", "After", "the", "start", "of", "treatment", ",", "the", "patient", "showed", "progressive", "improvement", "in", "her", "symptoms", ",", "but", "persisted", "with", "slight", "left", "facial", "paralysis", ",", "tremor", "in", "the", "right", "upper", "limb", ",", "amnesia", "and", "dysaesthesia", ",", "and", "improvement", "in", "memory", "disorders", ",", "visual", "hallucinations", "and", "bradykinesia", ".", "Brain", "MRI", "was", "performed", "two", "months", "after", "diagnosis", ",", "showing", "improvement", "of", "the", "encephalitis", "without", "evidence", "of", "foci", "with", "anomalous", "uptake", ".", "The", "patient", "showed", "progressive", "improvement", "in", "symptoms", "and", "currently", "only", "has", "persistent", "tremor", "in", "the", "right", "upper", "limb", ".", "She", "continues", "regular", "check-ups", "at", "the", "Medical", "Oncology", "Department", ",", "with", "no", "evidence", "of", "relapse", "after", "12", "months", "of", "follow-up", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 39, "end": 44 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 21 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 75, "end": 83 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 415, "end": 421 }, { "text": "relatives", "label": "HUMAN", "start": 289, "end": 298 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 440, "end": 447 }, { "text": "Syphilis", "label": "SPECIES", "start": 3951, "end": 3959 }, { "text": "HIV 1", "label": "SPECIES", "start": 3938, "end": 3943 }, { "text": "enterovirus", "label": "SPECIES", "start": 4086, "end": 4097 }, { "text": "HIV 1 and 2", "label": "SPECIES", "start": 3938, "end": 3949 }, { "text": "Hepatitis", "label": "SPECIES", "start": 3964, "end": 3973 }, { "text": "bacteriological", "label": "SPECIES", "start": 4055, "end": 4070 }, { "text": "herpes virus", "label": "SPECIES", "start": 4102, "end": 4114 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4195, "end": 4202 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4507, "end": 4514 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4891, "end": 4898 } ]

[ "Anamnesis", "Male", ",", "69", "years", "old", ".", "Personal", "history", ":", "arterial", "hypertension", ",", "atrial", "fibrillation", ",", "hypertensive", "heart", "disease", "and", "prostate", "adenoma", ".", "No", "diabetes", "mellitus", "or", "hypercholesterolemia", ".", "Non-smoker", ".", "Family", "history", ":", "mother", "with", "senile", "dementia", ".", "He", "was", "being", "treated", "with", "feladipine", ",", "digoxin", "and", "amiloride-hydrochlorothiazide", ".", "He", "consulted", "Neurology", "for", "a", "progressive", "clinical", "picture", "of", "2", "years", "'", "evolution", "consisting", "of", "insecurity", "when", "walking", ",", "with", "imbalance", ",", "especially", "when", "turning", ".", "She", "also", "had", "a", "tingling", "sensation", "in", "her", "legs", "starting", "at", "the", "knee", ".", "She", "reports", "pain", "in", "the", "lower", "back", ",", "but", "not", "in", "the", "legs", ".", "She", "does", "not", "describe", "clumsiness", "in", "fine", "motor", "movements", ".", "No", "dysphagia", "or", "dysphonia", ".", "She", "has", "not", "had", "any", "falls", ".", "Although", "he", "lives", "in", "a", "village", ",", "he", "has", "not", "been", "in", "contact", "with", "domestic", "animals", "and", "does", "not", "remember", "bites", ".", "Years", "ago", "he", "worked", "as", "a", "truck", "driver", "transporting", "animals", ".", "Physical", "examination", "Blood", "pressure", "140", "/", "90", "mmHg", ",", "with", "a", "heart", "rate", "of", "60", "bpm", ".", "Normal", "cardiac", "and", "pulmonary", "auscultation", ".", "Good", "general", "condition", ".", "Good", "colour", "of", "skin", "and", "mucous", "membranes", ".", "No", "skin", "lesions", ".", "Higher", "functions", "preserved", ".", "Extrinsic", "eye", "movements", "without", "limitation", ".", "Pupils", "isochoric", "and", "normoreactive", ".", "Normal", "ocular", "fundus", ".", "No", "facial", "asymmetry", ".", "Rest", "of", "cranial", "nerves", "normal", ".", "Distal", "hypopalaesthesia", "in", "the", "right", "lower", "extremity", ".", "Mild", "dysaesthesia", "in", "the", "upper", "and", "lower", "extremities", ".", "Symmetrical", "bimalleolar", "oedema", "+", "+", "/", "+", "+", "+", "+", "with", "fovea", ".", "Mild", "claudication", "of", "the", "right", "upper", "extremity", "in", "the", "form", "of", "Barré", "pronation", ".", "No", "dysmetry", "in", "the", "finger-nose", "test", ".", "Osteotendinous", "reflexes", "2", "/", "4", "symmetrical", ",", "except", "for", "abolished", "Achilles", "and", "patellar", "1", "/", "4", ".", "Bilateral", "Babinski", "'", "s", "sign", ".", "Gait", "with", "increased", "base", "of", "support", ".", "Mild", "instability", "in", "tandem", "gait", ".", "Claudication", "of", "the", "left", "lower", "limb", "when", "walking", "on", "tiptoe", ".", "Complementary", "tests", "-", "A", "brain", "MRI", "scan", "was", "performed", ",", "which", "showed", "a", "significant", "bihemispheric", "leukoaraiosis", ",", "mainly", "affecting", "the", "semioval", "centres", "and", "the", "coronae", "radiata", ",", "as", "well", "as", "the", "periventricular", "region", "in", "the", "frontal", "and", "occipital", "horns", ",", "suggestive", "of", "arteriolosclerotic", "encephalopathy", ".", "Brain", "MRI", ":", "significant", "bihemispheric", "leukoaraiosis", "compatible", "with", "small", "vessel", "disease", "(", "arteriosclerotic", "encephalopathy", ")", ".", "-", "The", "neurophysiological", "study", "with", "EMG", "and", "conduction", "velocities", "revealed", "a", "discrete", "sensory-motor", "polyneuropathy", "of", "an", "axonal", "demyelinating", "nature", "and", "symmetrical", "distribution", "in", "the", "distal", "segments", "of", "both", "lower", "limbs", ".", "-", "Laboratory", "tests", "aimed", "at", "an", "aetiological", "study", "of", "the", "polyneuropathy", "were", "performed", ",", "including", "general", "biochemistry", ";", "glycosylated", "haemoglobin", ";", "haemogram", ";", "liver", ",", "kidney", "and", "thyroid", "function", "tests", ";", "lipid", "profile", ";", "vitamin", "B12", "and", "folic", "acid", ";", "and", "autoimmunity", "study", "(", "rheumatoid", "factor", ",", "immunofixation", "in", "serum", "and", "urine", ",", "anti-DNA", ",", "anticardiolipin", ",", "anti-Hu", ",", "ANA", ",", "ENA", ",", "ANCA", ",", "ECA", "antibodies", ")", ",", "which", "was", "normal", ".", "Serum", "serology", "was", "also", "requested", "for", "Lyme", "disease", ",", "syphilis", ",", "hepatitis", "C", "and", "HIV", ",", "all", "of", "which", "were", "negative", "except", "for", "Lyme", "serology", "which", "was", "positive", "(", "positive", "IgG", "+", "IgM", "enzyme", "immunoassay", ":", "1", ".", "05", ")", ".", "-", "A", "lumbar", "puncture", "was", "performed", "and", "a", "cerebrospinal", "fluid", "biochemistry", "study", "was", "requested", "(", "glucose", "50", "mg", "/", "dl", ",", "protein", "47", ".", "9", "mg", "/", "dl", ",", "0", "cells", ")", ",", "as", "well", "as", "virological", "and", "bacteriological", "culture", "and", "syphilis", "serology", ",", "which", "were", "negative", ".", "-", "The", "study", "was", "completed", "with", "a", "thoracic-abdominal", "CT", "scan", "in", "which", "only", "the", "presence", "of", "a", "nodule", "of", "about", "5", "mm", "in", "the", "left", "upper", "lobe", "stood", "out", ",", "and", "a", "follow-up", "examination", "was", "recommended", ".", "-", "The", "neurophysiological", "study", "was", "completed", "with", "somatosensory", "evoked", "potentials", "which", "showed", "an", "increase", "in", "latencies", "at", "the", "expense", "of", "the", "peripheral", "components", ".", "Diagnosis", "Axonal", "demyelising", "sensory-motor", "polyneuropathy", "in", "association", "with", "Lyme", "disease", "(", "neuroborreliosis", ")", ".", "Small", "vessel", "ischaemic", "cerebrovascular", "disease", ".", "Arterial", "hypertension", ".", "Hypertensive", "heart", "disease", ".", "Atrial", "fibrillation", ".", "5", "mm", "pulmonary", "nodule", "with", "no", "change", "in", "evolutionary", "control", ".", "Treatment", "Ceftriaxone", "2", "g", "intravenous", "for", "14", "days", "and", "then", "doxycycline", "100", "g", "orally", "every", "12", "hours", "for", "another", "14", "days", ".", "Due", "to", "the", "patient", "'", "s", "cerebral", "vascular", "pathology", ",", "antiplatelet", "treatment", "was", "also", "associated", "with", "triflusal", "300", "mg", ".", "Evolution", "After", "treatment", ",", "the", "patient", "reported", "an", "improvement", "in", "the", "sensation", "of", "leg", "corkiness", "and", "felt", "more", "stable", "when", "walking", ".", "A", "study", "of", "EMG", "and", "conduction", "velocities", "3", "months", "after", "starting", "the", "medication", "also", "showed", "neurophysiological", "improvement", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Male", "label": "HUMAN", "start": 10, "end": 14 }, { "text": "animals", "label": "SPECIES", "start": 795, "end": 802 }, { "text": "animals", "label": "SPECIES", "start": 883, "end": 890 }, { "text": "truck driver", "label": "HUMAN", "start": 857, "end": 869 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 199, "end": 205 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 215, "end": 221 }, { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 30, "end": 38 }, { "text": "domestic animals", "label": "SPECIES", "start": 786, "end": 802 }, { "text": "Lyme", "label": "SPECIES", "start": 2887, "end": 2891 }, { "text": "Lyme", "label": "SPECIES", "start": 2970, "end": 2974 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2927, "end": 2930 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 2901, "end": 2909 }, { "text": "hepatitis C", "label": "SPECIES", "start": 2911, "end": 2922 }, { "text": "bacteriological", "label": "SPECIES", "start": 3219, "end": 3234 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 3247, "end": 3255 }, { "text": "virological", "label": "SPECIES", "start": 3203, "end": 3214 }, { "text": "Lyme", "label": "SPECIES", "start": 3723, "end": 3727 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4070, "end": 4077 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4207, "end": 4214 } ]

[ "A", "girl", "aged", "two", "years", "and", "ten", "months", "with", "a", "history", "of", "atopic", "dermatitis", "attended", "the", "emergency", "department", "for", "skin", "lesions", "on", "the", "trunk", "and", "generalised", "pruritus", "of", "12", "hours", "'", "duration", ".", "She", "was", "afebrile", ",", "with", "no", "other", "symptoms", ".", "Physical", "examination", "revealed", "erythematous", ",", "non-confluent", "lesions", "on", "the", "trunk", ",", "assessed", "as", "haematous", "and", "evanescent", ",", "as", "well", "as", "the", "presence", "of", "tonsillar", "exudate", ".", "The", "rapid", "streptococcus", "test", "in", "the", "pharynx", "was", "negative", ".", "The", "patient", "was", "diagnosed", "with", "acute", "parainfectious", "urticaria", "and", "pharyngotonsillitis", "of", "probable", "viral", "aetiology", ".", "After", "36", "hours", "of", "evolution", ",", "the", "patient", "returned", "due", "to", "progressive", "skin", "involvement", ",", "with", "pruritic", "erythematodecamative", "lesions", "in", "the", "periocular", "and", "periorbital", "regions", "and", "in", "patchy", "plaques", "on", "the", "trunk", "and", "large", "folds", ",", "together", "with", "areas", "of", "superinfection", "and", "scratching", "lesions", "on", "the", "trunk", ".", "The", "pharyngeal", "exudate", "persists", ",", "she", "remains", "afebrile", "and", "complains", "of", "pain", "on", "picking", "her", "up", ".", "An", "outbreak", "of", "atopic", "dermatitis", "with", "superinfection", "was", "diagnosed", "and", "treatment", "with", "oral", "deflazacort", "was", "started", ".", "Seventy-two", "hours", "later", ",", "the", "patient", "presented", "again", "with", "worsening", "of", "the", "lesions", ",", "associated", "with", "febrile", "fever", ",", "weakness", "and", "pain", "on", "palpation", "of", "the", "skin", ".", "The", "haemogram", "showed", "leukocytosis", "of", "17500", "/", "mm3", "without", "neutrophilia", "(", "neutrophils", ":", "51", "%", ",", "lymphocytes", ":", "34", ".", "8", "%", ")", "and", "C-reactive", "protein", "of", "4", ".", "3", "mg", "/", "l", ".", "Finally", ",", "the", "patient", "was", "diagnosed", "with", "scalded", "skin", "syndrome", "and", "was", "admitted", "for", "intravenous", "antibiotic", "treatment", "with", "clindamycin", "and", "cloxacillin", ".", "Foments", "with", "2", "%", "sodium", "borate", "and", "antibiotic", "ointment", "were", "applied", "to", "the", "palpebral", "and", "perioral", "lesions", ".", "Methicillin-sensitive", "Staphylococcus", "aureus", "was", "isolated", "in", "the", "conjunctival", "and", "pharyngeal", "exudate", "and", "in", "a", "skin", "lesion", ";", "the", "blood", "culture", "was", "sterile", ".", "The", "patient", "progressed", "favourably", "and", "was", "discharged", "six", "days", "after", "admission", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "streptococcus", "label": "SPECIES", "start": 401, "end": 414 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 453, "end": 460 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 547, "end": 552 }, { "text": "girl", "label": "HUMAN", "start": 2, "end": 6 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 597, "end": 604 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1104, "end": 1111 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1390, "end": 1397 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1790, "end": 1797 }, { "text": "Methicillin-sensitive Staphylococcus aureus", "label": "SPECIES", "start": 1633, "end": 1676 } ]

[ "A", "9-year-old", "female", "schoolchild", "was", "admitted", "to", "the", "Paediatric", "Medical", "Infectious", "Diseases", "Department", "of", "the", "University", "Hospital", "of", "Caracas", "(", "PMI-HUC", ")", "with", "fever", "39-40o", "C", "of", "3", "weeks", "'", "evolution", ",", "presenting", "4-6", "febrile", "clusters", "daily", ",", "predominantly", "at", "night", ",", "preceded", "by", "chills", "and", "accompanied", "by", "cutaneous", "vasomotor", "changes", ",", "vomiting", ",", "mild", "facial", "oedema", ",", "dizziness", ",", "myalgia", ",", "malaise", "and", "hyporexia", ".", "Physical", "examination", "revealed", "cervical", "adenomegaly", "and", "hepatomegaly", "4", ".", "5", "cm", "below", "the", "right", "costal", "ridge", ".", "Routine", "laboratory", "tests", "showed", "moderate", "leukocytosis", "with", "lymphomonocytosis", ",", "slightly", "elevated", "erythrocyte", "sedimentation", "rate", "(", "ESR", ")", ",", "C-reactive", "protein", ",", "muscle", "enzymes", ",", "creatinine", "kinase", "(", "CK", ")", "and", "myocardium-specific", "creatinine", "kinase-isoenzyme", "(", "CKMB", ")", "were", "normal", ".", "Serology", "for", "Epstein-Barr", "virus", "disease", "(", "EVB", ")", ",", "cytomegalovirus", "(", "CMV", ")", ",", "toxoplasmosis", "and", "histoplasmosis", "were", "negative", "as", "well", "as", "Mantoux", "test", ",", "bacteriological", "and", "mycological", "cultures", ".", "The", "sputum", "study", "was", "negative", "for", "acid", "fast", "bacilli", "(", "AAR", ")", ".", "Chest", "and", "abdominal", "X-ray", "and", "CT", "scan", "were", "within", "normal", "limits", ".", "A", "private", "laboratory", "reported", "Plasmodium", "spp", ",", "(", "data", "not", "subsequently", "corroborated", ")", "and", "based", "on", "the", "high", "fever", "preceded", "by", "chills", ",", "a", "thick", "blood", "drop", "and", "blood", "smear", "were", "requested", "to", "verify", "the", "presence", "of", "malarial", "parasites", ".", "In", "the", "first", "few", "days", "several", "thick", "blood", "smears", "were", "performed", ",", "without", "confirming", "the", "diagnosis", ".", "On", "04", "/", "12", "/", "2007", "a", "peripheral", "blood", "smear", "showed", "an", "extracellular", "parasitic", "form", "compatible", "with", "Trypanosoma", "cruzi", "trypomastigote", ".", "The", "Institute", "of", "Tropical", "Medicine", "was", "consulted", "and", "confirmed", "the", "finding", "of", "few", "T", ".", "cruzi", "trypomastigotes", "in", "the", "fresh", "and", "thick", "blood", "smear", ".", "The", "presence", "of", "specific", "anti-T", ".", "cruzi", "IgM", "and", "IgG", "antibodies", "was", "demonstrated", "by", "enzyme-linked", "immunosorbent", "assay", "(", "ELISA", ")", "and", "indirect", "haemagglutination", ".", "Molecular", "diagnosis", "was", "processed", "by", "polymerase", "chain", "reaction", "(", "PCR", ")", ".", "A", "small", "portion", "of", "the", "sample", "was", "cultured", "in", "biphasic", "medium", "and", "inoculated", "intraperitoneally", "into", "two", "mice", "to", "ensure", "growth", "of", "the", "parasite", "strain", ".", "Without", "waiting", "for", "the", "results", "of", "molecular", "and", "other", "indirect", "parasite", "tests", ",", "treatment", "with", "nifurtimox", "(", "6", "mg", "/", "kg", "/", "day", ")", "was", "started", "immediately", ".", "No", "clinical", ",", "electrocardiographic", "or", "echocardiographic", "evidence", "suggestive", "of", "acute", "myocarditis", "or", "pericardial", "effusion", "was", "found", ".", "After", "treatment", ",", "the", "patient", "presented", "on", "the", "eighth", "day", "with", "visual", "hallucinations", "that", "disappeared", "after", "24", "hours", ".", "On", "the", "ninth", "day", ",", "palpitations", "were", "present", "and", "the", "Holter", "(", "cardiac", "rhythm", "recording", "monitor", ")", "showed", "supraventricular", "arrhythmia", "with", "Supra", "Ventricular", "CsPs", "without", "evidence", "of", "injury", ".", "Troponin", "I", "values", "were", "normal", ".", "On", "the", "11th", "day", ",", "mild", "bipalpebral", "oedema", "was", "observed", ",", "which", "disappeared", "in", "36", "hours", "(", "parasitaemia", "/", "treatment", "ratio", ":", "unknown", ")", ".", "On", "19", "December", "2007", "she", "was", "discharged", "with", "a", "diagnosis", "of", "acute", "Chagas", "disease", ",", "prolonged", "febrile", "syndrome", "resolved", ",", "precocious", "puberty", "under", "study", "and", "tall", "stature", "under", "study", ".", "His", "general", "condition", "was", "good", "and", "he", "was", "kept", "on", "anti-parasitic", "medication", "for", "3", "months", ".", "Serological", "tests", "showed", "a", "decrease", "in", "IgM", "optical", "densities", "but", "maintenance", "of", "IgG", "values", ".", "The", "parasite", "was", "isolated", "from", "the", "culture", "and", "inoculated", "into", "animals", "and", "the", "isolate", "was", "identified", "as", "Trypanosoma", "cruzi", "of", "molecular", "lineage", ".", "During", "the", "follow-up", ",", "cardiological", "controls", "(", "ECG", ",", "Holter", "and", "echocardiogram", ")", "in", "January", "and", "June", "2008", "were", "within", "normal", "limits", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 830, "end": 833 }, { "text": "Plasmodium spp", "label": "SPECIES", "start": 1104, "end": 1118 }, { "text": "Trypanosoma cruzi trypomastigote", "label": "SPECIES", "start": 1494, "end": 1526 }, { "text": "Trypanosoma cruzi", "label": "SPECIES", "start": 1494, "end": 1511 }, { "text": "Trypanosoma cruzi", "label": "SPECIES", "start": 3248, "end": 3265 }, { "text": "animals", "label": "SPECIES", "start": 3206, "end": 3213 }, { "text": "bacteriological", "label": "SPECIES", "start": 908, "end": 923 }, { "text": "cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 813, "end": 828 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2344, "end": 2351 }, { "text": "parasitic", "label": "SPECIES", "start": 1463, "end": 1472 }, { "text": "parasitic", "label": "SPECIES", "start": 3016, "end": 3025 }, { "text": "parasitaemia", "label": "SPECIES", "start": 2742, "end": 2754 }, { "text": "parasite", "label": "SPECIES", "start": 2030, "end": 2038 }, { "text": "parasite", "label": "SPECIES", "start": 2111, "end": 2119 }, { "text": "parasite", "label": "SPECIES", "start": 3147, "end": 3155 }, { "text": "malarial parasites", "label": "SPECIES", "start": 1281, "end": 1299 }, { "text": "mice", "label": "SPECIES", "start": 2001, "end": 2005 }, { "text": "Epstein-Barr virus", "label": "SPECIES", "start": 779, "end": 797 }, { "text": "T. cruzi trypomastigotes", "label": "SPECIES", "start": 1610, "end": 1634 }, { "text": "T. cruzi", "label": "SPECIES", "start": 1610, "end": 1618 }, { "text": "T. cruzi", "label": "SPECIES", "start": 1701, "end": 1709 }, { "text": "EVB", "label": "SPECIES", "start": 807, "end": 810 }, { "text": "toxoplasmosis", "label": "SPECIES", "start": 836, "end": 849 }, { "text": "histoplasmosis", "label": "SPECIES", "start": 854, "end": 868 }, { "text": "mycological", "label": "SPECIES", "start": 928, "end": 939 }, { "text": "AAR", "label": "SPECIES", "start": 1003, "end": 1006 }, { "text": "puberty", "label": "HUMAN", "start": 2911, "end": 2918 } ]

[ "Male", ",", "40", "years", "old", ",", "single", ",", "lives", "with", "his", "parents", ",", "with", "studies", "in", "computer", "engineering", ",", "having", "worked", "in", "different", "companies", "as", "an", "engineer", ",", "with", "good", "work", "performance", ",", "with", "promotions", "and", "positive", "evaluation", "of", "his", "performance", ".", "Following", "the", "closure", "of", "the", "last", "company", "where", "he", "worked", ",", "he", "became", "unemployed", "and", "has", "been", "unemployed", "for", "the", "last", "two", "years", ".", "She", "has", "gone", "to", "several", "job", "interviews", ",", "but", "the", "work", "and", "financial", "demands", "she", "made", "led", "to", "her", "rejection", "of", "the", "job", ".", "The", "family", "reports", "that", "he", "asked", "for", "high", "salaries", ",", "had", "an", "arrogant", "and", "contemptuous", "attitude", "towards", "the", "interviewers", ".", "She", "has", "no", "personal", "medical", "history", "of", "interest", ".", "The", "family", "psychiatric", "antecedents", "are", "multiple", "but", "not", "very", "specific", ",", "highlighting", "problems", "with", "drug", "use", "in", "a", "cousin", ",", "possible", "jealousy", "in", "the", "father", "and", "a", "grandfather", ",", "with", "no", "alcohol", "consumption", "to", "justify", "it", ",", "aggressive", "and", "strange", "behaviour", "in", "paternal", "cousins", "and", "uncles", ",", "a", "paternal", "aunt", "with", "a", "psychiatric", "admission", "with", "an", "undefined", "diagnosis", "and", "a", "maternal", "grandmother", "in", "psychiatric", "treatment", "also", "for", "unknown", "reasons", ".", "He", "has", "a", "healthy", "sister", ".", "The", "family", "defines", "him", "as", "an", "egocentric", ",", "cold", ",", "distant", ",", "reserved", "person", "who", "placed", "great", "importance", "on", "his", "social", "status", "and", "physical", "appearance", ".", "He", "showed", "excellent", "academic", "and", "work", "performance", "later", "on", ".", "He", "had", "a", "relationship", "with", "a", "partner", ",", "which", "broke", "up", "when", "he", "was", "22", "years", "old", ",", "and", "it", "is", "said", "that", "afterwards", "he", "isolated", "himself", "and", "devoted", "himself", "to", "studying", "intensively", ".", "With", "regard", "to", "his", "toxicological", "history", ",", "he", "reports", "occasional", "alcohol", "consumption", ",", "presenting", "significant", "behavioural", "alterations", "when", "he", "consumes", "it", "in", "small", "quantities", ",", "which", "is", "why", "he", "does", "not", "usually", "drink", ".", "He", "has", "also", "had", "occasional", "cocaine", "consumption", ".", "He", "has", "consumed", "cannabis", "in", "an", "unspecified", "quantity", "in", "the", "years", "prior", "to", "the", "onset", "of", "his", "illness", ",", "up", "to", "the", "age", "of", "36", ".", "The", "patient", "tends", "to", "minimise", "this", "consumption", ",", "which", "was", "usually", "solitary", "and", "hidden", ",", "so", "the", "family", "cannot", "give", "any", "information", "about", "it", "either", ".", "It", "is", "not", "possible", "to", "specify", "when", "the", "consumption", "began", ",", "but", "it", "seems", "to", "have", "continued", "for", "several", "years", ".", "It", "seems", "clear", "that", "after", "the", "onset", "of", "his", "psychotic", "condition", ",", "his", "consumption", "has", "completely", "subsided", ",", "given", "that", "he", "spends", "most", "of", "his", "time", "at", "home", "and", "is", "supervised", "by", "his", "family", ",", "and", "they", "have", "not", "observed", "any", "signs", "of", "renewed", "consumption", ".", "Moreover", ",", "subsequent", "toxicological", "tests", "have", "always", "been", "negative", ".", "His", "psychotic", "disorder", "began", "gradually", "at", "the", "age", "of", "36", ",", "when", "his", "family", "detected", "inappropriate", "behaviour", "such", "as", "smiling", "alone", ",", "mistrust", "and", "verbal", "aggression", ".", "He", "was", "at", "work", "and", "reported", "that", "his", "superiors", "wanted", "to", "harm", "him", ",", "he", "laughed", "uncontrollably", ",", "talked", "to", "himself", "and", "insulted", "people", "who", "were", "not", "present", ".", "He", "sometimes", "acted", "as", "if", "he", "was", "talking", "to", "someone", ".", "He", "told", "his", "family", "that", "they", "did", "not", "understand", "him", "because", "he", "was", "gifted", ",", "that", "he", "had", "a", "high", "sensory", "capacity", ",", "was", "able", "to", "listen", "to", "several", "conversations", "at", "the", "same", "time", "and", "could", "work", "with", "several", "computer", "screens", "simultaneously", ".", "He", "put", "several", "passwords", "on", "his", "computer", "and", "was", "careful", "not", "to", "be", "seen", "working", "on", "it", ",", "commenting", "that", "he", "was", "working", "on", "important", "projects", "that", "they", "wanted", "to", "steal", "from", "him", ".", "For", "this", "reason", ",", "he", "was", "referred", "to", "psychiatric", "consultations", ",", "which", "the", "patient", "left", "after", "only", "a", "few", "visits", ".", "At", "the", "age", "of", "38", ",", "he", "presented", "his", "first", "psychiatric", "admission", "due", "to", "significant", "hostility", ",", "with", "aggressive", "verbal", "and", "physical", "behaviour", ",", "and", "was", "excessively", "distrustful", ".", "He", "again", "had", "unmotivated", "laughter", ",", "talked", "to", "himself", ",", "said", "that", "people", "in", "the", "street", "were", "looking", "at", "him", "and", "talking", "about", "him", ",", "that", "his", "neighbour", "was", "spying", "on", "him", "and", "that", "was", "why", "he", "had", "the", "blinds", "down", "and", "the", "whole", "house", "under", "strict", "security", "measures", ".", "He", "said", "that", "there", "was", "a", "conspiracy", "against", "him", "and", "that", "was", "why", "he", "was", "not", "hired", ".", "He", "was", "more", "dysphoric", ",", "getting", "angry", "with", "the", "family", "over", "irrelevant", "things", ",", "turning", "the", "TV", "up", "loud", ".", "He", "talked", "about", "an", "important", "project", "that", "was", "secret", ",", "even", "\"", "it", "was", "secret", "to", "him", "\"", "and", "that", "people", "were", "trying", "to", "get", "it", ".", "During", "admission", ",", "the", "patient", "was", "very", "defensive", ",", "minimising", "his", "problems", ",", "rationalising", "all", "his", "symptoms", ",", "with", "no", "awareness", "of", "his", "illness", ",", "making", "it", "very", "difficult", "to", "obtain", "information", "about", "his", "condition", "and", "blaming", "the", "family", "for", "his", "admission", ".", "He", "was", "prescribed", "oral", "antipsychotics", "with", "a", "very", "good", "response", "to", "treatment", ".", "Two", "years", "later", "he", "was", "admitted", "again", ",", "after", "abandoning", "pharmacological", "treatment", ",", "with", "no", "evidence", "of", "renewed", "drug", "use", ",", "with", "similar", "clinical", "symptoms", ".", "He", "showed", "mistrust", "of", "his", "family", ",", "with", "threats", "towards", "them", ",", "extravagant", "behaviour", "such", "as", "drinking", "only", "bottled", "water", "and", "eating", "only", "what", "he", "prepared", "himself", ",", "with", "the", "blinds", "down", "all", "day", "long", ",", "having", "dismantled", "several", "telephones", "as", "he", "thought", "they", "were", "tapped", "and", "claiming", "that", "he", "worked", "with", "his", "computer", "for", "several", "companies", "simultaneously", "without", "it", "being", "real", ".", "No", "sensory-perceptual", "alterations", "were", "observed", ",", "with", "a", "predominance", "of", "delusions", "of", "harm", "and", "grandeur", "and", "a", "suspicious", "attitude", ",", "distant", "contact", ",", "with", "a", "scattered", "and", "vague", "discourse", ",", "justifying", "all", "his", "behaviour", "and", "with", "no", "awareness", "of", "illness", ".", "The", "negative", "symptoms", "were", "dominated", "by", "cold", "and", "blunted", "affectivity", ",", "impoverished", "thinking", "and", "significant", "social", "withdrawal", ".", "On", "discharge", "he", "was", "diagnosed", "with", "paranoid", "schizophrenia", ".", "Treatment", "with", "long-acting", "injectable", "risperidone", "50", "mg", "every", "two", "weeks", "and", "oral", "paliperidone", "12", "mg", "daily", "was", "prescribed", ",", "with", "good", "tolerance", "and", "remission", "of", "productive", "symptoms", ".", "Subsequent", "follow-up", "showed", "good", "compliance", "with", "treatment", ",", "with", "no", "side", "effects", ",", "no", "drug", "use", "and", "very", "good", "control", "of", "positive", "symptoms", ".", "Negative", "symptoms", "predominate", ",", "with", "impoverished", "speech", ",", "significant", "social", "withdrawal", "and", "affective", "flattening", "." ]

[ 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Male", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 4 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 480, "end": 486 }, { "text": "engineer", "label": "HUMAN", "start": 133, "end": 141 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 43, "end": 50 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 607, "end": 615 }, { "text": "maternal grandmother", "label": "HUMAN", "start": 1004, "end": 1024 }, { "text": "grandfather", "label": "HUMAN", "start": 804, "end": 815 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 650, "end": 656 }, { "text": "sister", "label": "HUMAN", "start": 1093, "end": 1099 }, { "text": "father", "label": "HUMAN", "start": 791, "end": 797 }, { "text": "cousins", "label": "HUMAN", "start": 905, "end": 912 }, { "text": "paternal aunt", "label": "HUMAN", "start": 927, "end": 940 }, { "text": "cousin", "label": "HUMAN", "start": 758, "end": 764 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 1106, "end": 1112 }, { "text": "partner", "label": "HUMAN", "start": 1337, "end": 1344 }, { "text": "person", "label": "HUMAN", "start": 1167, "end": 1173 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 1761, "end": 1769 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 1960, "end": 1966 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 2296, "end": 2302 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 2499, "end": 2505 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 2812, "end": 2818 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 3880, "end": 3886 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 4280, "end": 4286 }, { "text": "people", "label": "HUMAN", "start": 2719, "end": 2725 }, { "text": "people", "label": "HUMAN", "start": 3558, "end": 3564 }, { "text": "people", "label": "HUMAN", "start": 4026, "end": 4032 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1870, "end": 1877 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3283, "end": 3290 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4078, "end": 4085 }, { "text": "neighbour", "label": "HUMAN", "start": 3631, "end": 3640 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 4564, "end": 4570 } ]

[ "Female", "patient", "aged", "9", "years", ",", "11", "months", ",", "third", "of", "4", "siblings", ",", "born", "at", "term", ",", "with", "a", "birth", "weight", "of", "3", ",", "800", "g", ",", "without", "perinatal", "pathology", "and", "with", "growth", "and", "development", "within", "normal", "limits", ",", "with", "no", "known", "history", "of", "morbidity", "at", "the", "time", "of", "the", "first", "consultation", ".", "She", "consults", "for", "a", "year", "of", "progressive", "difficulty", "in", "swallowing", "(", "logical", "dysphagia", ")", ",", "which", "has", "progressively", "limited", "her", "feeding", ",", "with", "an", "objective", "weight", "loss", "of", "more", "than", "10", "%", ".", "She", "does", "not", "present", "frequent", "vomiting", ",", "pain", "or", "changes", "in", "intestinal", "transit", ";", "nor", "has", "she", "presented", "with", "systemic", "symptoms", "such", "as", "fever", "or", "compromised", "general", "condition", ".", "The", "clinical", "picture", "raises", "suspicion", "of", "oesophageal", "achalasia", ".", "An", "X-ray", "of", "the", "oesophagus-stomach-duodenum", "was", "indicated", ",", "which", "showed", "dilatation", "of", "the", "distal", "two", "thirds", "of", "the", "oesophagus", ",", "with", "retention", "of", "the", "contrast", "medium", "and", "formation", "of", "a", "liquid-liquid", "level", "and", "a", "sharp", "decrease", "in", "the", "distal", "calibre", "with", "a", "\"", "bird", "'", "s", "beak", "\"", "morphology", ".", "There", "is", "marked", "delay", "of", "oesophageal", "emptying", "with", "filiform", "passage", "of", "contrast", "medium", "into", "the", "stomach", "after", "4", "minutes", "of", "observation", ".", "Oesophageal", "motility", "is", "decreased", ",", "with", "no", "obvious", "peristaltic", "waves", ".", "There", "was", "barium", "retention", "in", "the", "distal", "oesophagus", ".", "No", "other", "anatomical", "alterations", "distally", "or", "episodes", "of", "spontaneous", "gastro-oesophageal", "reflux", "were", "identified", "during", "the", "study", ".", "The", "examination", "is", "compatible", "with", "achalasia", ".", "The", "patient", "was", "referred", "to", "paediatric", "surgery", "to", "complete", "the", "study", "and", "treatment", ".", "X-ray", "of", "the", "oesophagus-stomach-duodenum", "in", "a", "paediatric", "patient", "with", "dysphagia", ",", "anteroposterior", "projection", "Image", "taken", "at", "the", "beginning", "of", "the", "study", ",", "with", "distal", "dilatation", "of", "the", "oesophagus", "and", "retention", "of", "the", "contrast", "medium", "with", "formation", "of", "a", "level", ".", "There", "is", "a", "sharp", "decrease", "in", "the", "distal", "calibre", "with", "a", "\"", "bird", "'", "s", "beak", "\"", "morphology", ".", "At", "2", "minutes", ",", "no", "passage", "of", "contrast", "medium", "into", "the", "stomach", "is", "observed", ".", "At", "4", "minutes", ",", "there", "is", "a", "filiform", "passage", "of", "contents", "into", "the", "gastric", "chamber", ".", "She", "was", "evaluated", "by", "the", "paediatric", "surgery", "team", ",", "who", "began", "a", "study", "for", "possible", "surgical", "resolution", ".", "A", "Chagas", "serology", "was", "performed", ",", "which", "was", "negative", ",", "and", "a", "general", "laboratory", "study", "was", "performed", "to", "evaluate", "the", "nutritional", "repercussions", "of", "her", "present", "condition", ",", "presenting", "a", "plasma", "albumin", "value", "of", "4", ".", "5", "g", "/", "dl", "and", "plasma", "electrolytes", "within", "the", "range", ",", "and", "it", "was", "decided", "to", "perform", "a", "Heller", "Myotomy", "laparoscopically", "." ]

[ 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 7, "end": 14 }, { "text": "Female", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 6 }, { "text": "siblings", "label": "HUMAN", "start": 51, "end": 59 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1396, "end": 1403 }, { "text": "bird", "label": "SPECIES", "start": 934, "end": 938 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1534, "end": 1541 }, { "text": "bird", "label": "SPECIES", "start": 1789, "end": 1793 }, { "text": "Chagas", "label": "SPECIES", "start": 2073, "end": 2079 } ]

[ "We", "present", "a", "clinical", "case", "of", "a", "41-year-old", "male", ",", "with", "Hurley", "III", "HS", "flare", ".", "Family", "history", ":", "Mother", "diagnosed", "with", "HS", "Hurley", "I", ".", "Personal", "history", ":", "Diagnosed", "with", "HS", "since", "the", "age", "of", "16", ".", "Smoker", "of", "1", "pack", "of", "cigarettes", "a", "day", "for", "more", "than", "20", "years", ".", "Non", "diabetic", ".", "Chronic", "auto", "inflammatory", "syndrome", "SAPHO", "/", "PAHS", "(", "Pyoderma", "gangrenosum", "/", "Acne", "Hidradenitis", "/", "Arthritis", ")", "in", "2013", ".", "Haemophagocytic", "syndrome", "reactive", "to", "visceral", "Leishmaniasis", "in", "June", "2018", ",", "due", "to", "immunosuppression", "by", "biological", "treatment", ".", "Fournier", "'", "s", "gangrene", "in", "November", "2018", ",", "which", "required", "debridement", "of", "the", "entire", "anterior", "abdominal", "wall", "and", "skin", "grafts", ".", "Hepatic", "cholestasis", "secondary", "to", "leishmaniasis", ".", "Cushing", "'", "s", "syndrome", "and", "osteopenia", "secondary", "to", "low-dose", "corticotherapy", "for", "10", "years", ".", "Dilated", "cardiomyopathy", "secondary", "to", "cardiotoxicity", "in", "March", "2019", ".", "Treatments", ":", "He", "has", "followed", "different", "systemic", "treatments", ":", "oral", "retinoids", ",", "antibiotics", ",", "corticosteroids", ",", "cyclosporine", ",", "infliximab", ",", "adalimumab", ";", "always", "with", "poor", "therapeutic", "response", ".", "Topical", "treatment", "with", "topical", "ATB", ",", "antiseptics", ",", "topical", "tracolimus", ".", "Evolution", ":", "In", "the", "last", "two", "years", "he", "has", "had", "several", "hospital", "admissions", "for", "new", "outbreaks", ",", "reactivation", "of", "Pyoderma", "gangrenosum", "lesions", "and", "superinfections", "by", "Pseudomona", "aeruginosa", "and", "methicillin-resistant", "Staphylococcus", "aureus", "(", "MRSA", ")", ".", "She", "was", "readmitted", "in", "March", "due", "to", "worsening", "of", "the", "lesions", "in", "MMII", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 44, "end": 48 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 77, "end": 83 }, { "text": "Mother", "label": "HUMAN", "start": 93, "end": 99 }, { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 129, "end": 137 }, { "text": "Pseudomona aeruginosa", "label": "SPECIES", "start": 1222, "end": 1243 }, { "text": "MRSA", "label": "SPECIES", "start": 1293, "end": 1297 }, { "text": "methicillin-resistant Staphylococcus aureus", "label": "SPECIES", "start": 1248, "end": 1291 } ]

[ "MARH", ".", "Male", "patient", "aged", "13", "years", ",", "originally", "from", "the", "state", "of", "San", "Luis", "Potosí", ",", "resident", "in", "the", "Rancho", "Nuevo", "neighbourhood", ",", "municipality", "of", "San", "Antonio", ",", "in", "the", "same", "state", ".", "He", "presented", "at", "the", "health", "centre", "accompanied", "by", "his", "mother", ",", "where", "the", "medical", "staff", "requested", "a", "consultation", "to", "make", "a", "diagnosis", ".", "The", "interrogation", "was", "carried", "out", "directly", "and", "indirectly", "through", "an", "interview", "with", "the", "mother", ".", "The", "current", "illness", "had", "begun", "six", "days", "earlier", "due", "to", "the", "bite", "of", "the", "insect", "transmitting", "the", "disease", ",", "and", "the", "following", "day", "he", "presented", "with", "an", "unquantified", "fever", ",", "headache", ",", "right", "bipalpebral", "oedema", "and", "right", "preauricular", "adenitis", ".", "On", "the", "same", "day", ",", "a", "clinical", "epidemiological", "study", "was", "carried", "out", "with", "a", "clinical", "history", ",", "evaluation", "of", "the", "home", "and", "taking", "of", "samples", "for", "parasite", "and", "serological", "diagnosis", ".", "The", "non-pathological", "and", "pathological", "personal", "history", "was", "not", "relevant", "to", "the", "current", "condition", ".", "There", "is", "a", "history", "of", "epidemiological", "importance", "related", "to", "the", "knowledge", "of", "the", "insect", "that", "transmits", "the", "disease", "and", "its", "bites", ";", "the", "insect", "is", "known", "as", "the", "bedbug", ".", "Other", "important", "antecedents", "are", "the", "capture", "of", "30", "insects", "inside", "the", "house", ",", "three", "of", "which", "were", "positive", "for", "Trypanosoma", "cruzi", "infection", ",", "and", "the", "characteristics", "of", "the", "house", "with", "construction", "materials", "considered", "risky", "for", "the", "presence", "of", "the", "transmitter", "(", "reed", "walls", ",", "earthen", "floor", "and", "tin", "roof", ")", ",", "as", "well", "as", "poor", "sanitary", "conditions", ",", "ventilation", "and", "lighting", ".", "The", "patient", "had", "a", "negative", "history", "of", "transfusions", ".", "On", "physical", "examination", ",", "the", "most", "relevant", "findings", "were", "the", "Romaña", "sign", "in", "the", "right", "eye", "with", "purplish", "pigmentation", "and", "right", "preauricular", "adenomegaly", ".", "No", "hepatosplenomegaly", ";", "lower", "limbs", "without", "oedema", ".", "Parasitological", "diagnosis", "was", "confirmed", "by", "the", "Parasite", "Biology", "Laboratory", "by", "observation", "of", "the", "parasite", "in", "smear", "and", "thick", "drop", ",", "serology", "was", "negative", "with", "indirect", "ELISA", "(", "0", ".", "021", "D", ".", "O", ".", ")", "and", "IFA", ".", "The", "diagnosis", "was", "confirmed", "and", ",", "prior", "to", "treatment", ",", "blood", "biometry", ",", "blood", "chemistry", ",", "general", "urine", "examination", "and", "liver", "function", "tests", "were", "requested", ",", "which", "were", "normal", ",", "so", "treatment", "was", "started", "with", "benznidazole", "at", "a", "dose", "of", "10", "mg", "/", "kg", "body", "weight", "per", "day", "for", "30", "days", ",", "under", "the", "supervision", "of", "the", "epidemiologist", "of", "the", "health", "jurisdiction", ",", "with", "no", "adverse", "reactions", ".", "The", "patient", "progressed", "asymptomatically", "and", "is", "now", "in", "apparent", "good", "health", "." ]

[ 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Male patient", "label": "HUMAN", "start": 6, "end": 18 }, { "text": "parasite", "label": "SPECIES", "start": 773, "end": 781 }, { "text": "Trypanosoma cruzi", "label": "SPECIES", "start": 1181, "end": 1198 }, { "text": "insect", "label": "SPECIES", "start": 469, "end": 475 }, { "text": "insect", "label": "SPECIES", "start": 988, "end": 994 }, { "text": "insect", "label": "SPECIES", "start": 1041, "end": 1047 }, { "text": "insects", "label": "SPECIES", "start": 1122, "end": 1129 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 225, "end": 231 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 391, "end": 397 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 11, "end": 18 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1437, "end": 1444 }, { "text": "staff", "label": "HUMAN", "start": 251, "end": 256 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 847, "end": 855 }, { "text": "bedbug", "label": "SPECIES", "start": 1064, "end": 1070 }, { "text": "Parasite", "label": "SPECIES", "start": 1737, "end": 1745 }, { "text": "parasite", "label": "SPECIES", "start": 1787, "end": 1795 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2258, "end": 2265 }, { "text": "epidemiologist", "label": "HUMAN", "start": 2184, "end": 2198 } ]

[ "A", "52-year-old", "man", ",", "farmer", "by", "profession", ",", "was", "admitted", "for", "cellulitis", "and", "general", "malaise", ".", "History", ":", "hypertension", ",", "chronic", "renal", "insufficiency", ",", "dyslipidaemia", ".", "The", "patient", "consulted", "because", "approximately", "4", "days", "earlier", ",", "while", "cleaning", "a", "dry", "ditch", ",", "he", "had", "noticed", "a", "sting", "on", "the", "back", "of", "the", "right", "thigh", "without", "being", "able", "to", "identify", "the", "insect", ".", "After", "24", "hours", "he", "presented", "a", "pale", "area", "of", "approximately", "2-3", "cm", "with", "well-defined", "borders", ",", "for", "which", "he", "was", "prescribed", "intramuscular", "methylprednisolone", ".", "After", "48", "hours", "an", "erythematous", "and", "painful", "area", "appeared", "around", "the", "lesion", ".", "On", "the", "third", "day", "he", "presented", "more", "erythema", "and", "pain", "with", "a", "dysthermic", "sensation", "and", "was", "prescribed", "amoxicillin", "and", "clavulanic", "acid", "without", "improvement", ",", "for", "which", "he", "consulted", "the", "emergency", "department", ".", "Ultrasound", "examination", "of", "the", "muscle", "showed", "marked", "thickening", "with", "increased", "echogenicity", "of", "the", "subcutaneous", "fat", "and", "a", "cobblestone", "image", "in", "superficial", "planes", ".", "The", "haemogram", "showed", "8700", "leucocytes", "(", "81", ".", "5", "%", "neutrophils", ")", ",", "Hb15", ".", "7", "mg", "/", "dl", "and", "120", ",", "000", "platelets", ".", "Biochemistry", "showed", "CRP", "24", "mg", "/", "L", ",", "creatinine", "37", "/", "1", ".", "4", "mg", "/", "dl", ".", "Given", "the", "torpid", "evolution", "of", "the", "lesion", ",", "the", "patient", "was", "admitted", "to", "surgery", "and", "treatment", "was", "started", "with", "piperacillin", "tazobactam", ".", "After", "48", "hours", "the", "patient", "consulted", "the", "Internal", "Medicine", "Department", "due", "to", "poor", "evolution", "of", "the", "lesion", ".", "On", "examination", ",", "an", "erythematous", ",", "warm", "and", "painful", "lesion", "on", "the", "posterior", "and", "inner", "aspect", "of", "the", "right", "thigh", "extending", "from", "the", "popliteal", "fossa", "to", "the", "gluteal", "fold", "and", "the", "root", "of", "the", "right", "lower", "limb", ",", "with", "a", "central", "whitish", ",", "depressed", "lesion", "measuring", "approximately", "2", "x", "3", "cm", ".", "After", "making", "a", "differential", "diagnosis", "with", "compatible", "lesions", ",", "it", "was", "concluded", "that", "it", "could", "be", "a", "cutaneous", "loxocellism", ",", "which", "was", "confirmed", "with", "the", "evolution", "of", "the", "lesion", ".", "Loxocelism", "is", "poisoning", "caused", "by", "brown", "recluse", "spiders", "(", "Loxosceles", "spp", ".", ")", ",", "which", "are", "arachnid", "species", "that", "can", "cause", "necrotic", "arachnoidism", ".", "They", "cause", "conditions", "associated", "with", "localised", "pain", ",", "erythema", "and", "oedema", ",", "followed", "by", "the", "development", "of", "necrosis", ".", "However", ",", "the", "specific", "mechanisms", "by", "which", "Loxosceles", "venom", "exerts", "these", "harmful", "symptoms", "are", "poorly", "understood", ".", "In", "the", "Mediterranean", "area", ",", "the", "Rufescens", "species", "is", "the", "most", "common", "and", "is", "generally", "found", "in", "dark", "places", "and", "causes", "only", "cutaneous", "symptoms", ".", "The", "evolution", "of", "our", "patient", "'", "s", "lesions", "supported", "this", "diagnosis", ",", "since", "a", "few", "days", "later", ",", "despite", "the", "fact", "that", "the", "perilesional", "cellulitis", "had", "improved", "with", "antibiotic", "therapy", ",", "a", "vesicle", "appeared", ",", "which", "later", "turned", "into", "a", "black", "eschar", "that", "ulcerated", ",", "an", "evolution", "that", "corresponds", "to", "the", "typical", "evolution", "of", "loxocele", "lesions", ".", "In", "addition", ",", "the", "complementary", "examinations", "(", "serology", ",", "autoimmunity", ",", "blood", "culture", "and", "culture", "of", "the", "bulla", "fluid", ")", "were", "negative", "for", "other", "entities", ".", "We", "reviewed", "the", "treatment", "and", "management", "of", "this", "condition", ",", "which", "focused", "on", "local", "measures", "such", "as", "wound", "cleaning", ",", "local", "cold", ",", "elevated", "position", "of", "the", "affected", "limb", ",", "analgesia", ",", "tetanus", "prophylaxis", "and", "antibiotics", "if", "superinfection", "was", "suspected", ".", "In", "addition", "to", "treatment", "for", "prevention", "of", "necrosis", "where", "there", "is", "no", "clear", "evidence", "as", "to", "which", "approach", "would", "be", "advisable", "(", "dapsone", ",", "tetracyclines", ",", "antihistamines", "or", "hyperbaric", "oxygen", ")", ".", "In", "our", "case", ",", "local", "measures", "and", "antibiotic", "therapy", "were", "used", "for", "suspected", "superinfection", "as", "well", "as", "dapsone", "(", "50", "mg", "/", "12", "hours", "as", "an", "initial", "dose", "followed", "by", "100", "mg", "/", "12", "hours", "for", "10", "days", ")", ".", "The", "patient", "required", "outpatient", "nursing", "care", "every", "48", "hours", "for", "approximately", "1", ".", "5", "months", "with", "progressive", "improvement", "of", "the", "lesion", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "farmer", "label": "HUMAN", "start": 19, "end": 25 }, { "text": "insect", "label": "SPECIES", "start": 334, "end": 340 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 161, "end": 168 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1132, "end": 1139 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1239, "end": 1246 }, { "text": "arachnid species", "label": "SPECIES", "start": 1866, "end": 1882 }, { "text": "Loxosceles spp", "label": "SPECIES", "start": 1838, "end": 1852 }, { "text": "Loxosceles", "label": "SPECIES", "start": 1838, "end": 1848 }, { "text": "Loxosceles", "label": "SPECIES", "start": 2079, "end": 2089 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2312, "end": 2319 }, { "text": "loxocele", "label": "SPECIES", "start": 2601, "end": 2609 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3396, "end": 3403 } ]

[ "A", "41-year-old", "man", "with", "fever", "peaking", "up", "to", "40", "°", "C", "with", "shivering", "for", "the", "last", "5", "days", ",", "which", "subsided", "with", "antipyretics", ".", "For", "the", "last", "two", "weeks", ",", "he", "reported", "testicular", "pain", ",", "micturition", "syndrome", "and", "rectal", "pain", "unrelated", "to", "bowel", "movements", ".", "Physical", "examination", "revealed", "a", "fever", "of", "39", "°", "C", ",", "with", "a", "large", "and", "painful", "prostate", "on", "rectal", "palpation", ".", "There", "was", "tachycardia", ",", "hypotension", "and", "oliguria", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "leukopenia", ",", "thrombopenia", "and", "mild", "coagulopathy", ".", "The", "Sepsis", "Code", "protocol", "was", "activated", "and", "a", "portable", "abdominal", "ultrasound", "was", "requested", ",", "with", "normal", "kidneys", ".", "The", "seminal", "vesicles", "were", "enlarged", "with", "decreased", "echogenicity", ".", "The", "prostate", "was", "enlarged", "(", "48", "mm", "longitudinal", "axis", ")", ",", "with", "hypoechoic", "areas", "in", "the", "anterior", "lobes", ",", "which", "could", "be", "related", "to", "acute", "prostatitis", ".", "Testicular", "ultrasound", "was", "performed", ",", "with", "a", "small", "right", "hydrocele", ".", "He", "was", "admitted", "to", "the", "ICU", "in", "septic", "shock", "with", "renal", "and", "haemodynamic", "failure", ",", "thrombopenia", "and", "coagulopathy", ".", "Blood", "and", "urine", "cultures", "were", "taken", "and", "empirical", "treatment", "was", "started", "with", "ceftriaxone", "and", "ciprofloxacin", ".", "In", "view", "of", "the", "patient", "'", "s", "poor", "evolution", ",", "an", "abdominal", "CT", "scan", "with", "intravenous", "contrast", "was", "performed", ".", "In", "the", "prostatic", "cell", ",", "a", "polylobulated", "collection", "measuring", "5x4x3", ".", "2", "cm", "was", "identified", ",", "open", "to", "the", "left", "ischiorectal", "musculature", ",", "where", "another", "collection", "measuring", "3x1", "cm", "was", "identified", "in", "relation", "to", "abscesses", ".", "Urology", "decided", "to", "perform", "surgery", ".", "In", "the", "previous", "transrectal", "ultrasound", ",", "multiple", "abscesses", "were", "identified", "and", "percutaneous", "transperineal", "ultrasound-guided", "needle", "drainage", "was", "performed", ",", "with", "extraction", "of", "50-70", "cc", "of", "purulent", "content", ".", "The", "most", "superficial", "abscess", "was", "incised", ",", "accessing", "the", "cavity", "that", "communicates", "with", "all", "the", "abscesses", ".", "The", "urethra", "was", "debrided", ",", "palpating", "the", "urethra", ",", "which", "appeared", "to", "be", "undamaged", "with", "a", "bladder", "catheter", ".", "All", "initial", "blood", "and", "urine", "cultures", "were", "sterile", ".", "In", "the", "purulent", "samples", "from", "the", "operating", "room", ",", "Staphylococcus", "capitis", "grew", ".", "The", "patient", "'", "s", "improvement", "was", "progressive", "in", "the", "days", "following", "the", "operation", ",", "with", "good", "spontaneous", "diuretic", "rhythm", "with", "normal", "renal", "function", ",", "fully", "recovered", "platelets", ",", "normal", "coagulation", "and", "disappearance", "of", "the", "ischaemic", "lesions", "of", "the", "toes", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1080, "end": 1087 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1964, "end": 1971 }, { "text": "Staphylococcus capitis", "label": "SPECIES", "start": 1931, "end": 1953 } ]

[ "A", "59-year-old", "male", "with", "a", "high", "fever", "(", "39o", ")", "of", "2", "days", "'", "evolution", "and", "an", "episode", "of", "convulsive", "crisis", ".", "He", "appears", "stuporous", ".", "BP", "97", "/", "80", "mmHg", ".", "Fc", "132", "bpm", ".", "SatO2", "95", "%", ".", "Fr", "22", "rpm", ".", "Ta", "34", ",", "2oC", ".", "Meets", "criteria", "of", "SEPSIS", "SERIOUS", ":", "Ta34", ",", "2o", ".", "Acute", "renal", "failure", "(", "Creatinine", "2", ",", "2", ")", ";", "elevated", "PCT", "and", "CRP", "(", "bacterial", "infection", ")", ";", "Hypotension", "(", "97", "/", "80", ")", "with", "signs", "of", "poor", "perfusion", "(", "cold", "and", "sweaty", ")", ",", "Metabolic", "acidosis", "(", "low", "bicarbonate", ")", ",", "elevated", "lactate", "(", "hypoperfusion", ")", ";", "Oligoanuria", ";", "very", "striking", "Plateletopenia", "(", "16", ".", "000", ")", ";", "Tachycardia", "(", "AF", "at", "132", "x", "́", ")", ",", "Tachypnoea", "at", "26", "x", "́", "(", "low", "pCO2", ")", ".", "The", "FOCO", "is", "unknown", ".", "Let", "'", "s", "go", "in", "parts", ":", "1", ")", "Sepsis-induced", "hypotension", ":", "2", ",", "000", "cc", "of", "Physiological", "Serum", "is", "administered", "and", "later", "in", "ICU", "1", ",", "500", "cc", "SF", ".", "-", ">", "Maintain", "BP", "105", "/", "75", "2", ")", "Atrial", "fibrillation", "at", "130", "x", "́", "-", ">", "IV", "AMIODARONE", ".", ".", ".", ".", "-", ">", "Sinus", "rhythm", ".", "3", ")", "Antibiotic", "?", "After", "2", "blood", "cultures", "-", ">", "MEROPENEM", "IV", ",", "-", ">", "CLOXACILLIN", "+", "CEFOTAXIME", "+", "CYPROFLOXACIN", "was", "chosen", "in", "ICU", ".", "-", ">", "and", "subsequently", ":", "CLOXACILLIN", "+", "DAPTOMYCIN", "-", ">", "currently", "CLOXACILLIN", "+", "GENTAMYCIN", ".", "4", ")", "Convulsive", "crisis", "that", "recurred", "after", "a", "few", "hours", ".", "CT", "scan", ":", "SUBARACHNOID", "HEMORRHAGE", ",", "probably", "related", "to", "plateletopenia", "or", "mycotic", "(", "=", "infectious", ")", "aneurysm", "-", ">", "treatment", "with", "IV", "LEVETIRACETAM", "is", "started", ".", "5", ")", "Plateletopenia", ".", "-", ">", "Hematology", "consultation", ":", "\"", "does", "not", "meet", "criteria", "for", "TTP", ",", "HIT", ",", "or", "Haemophagocytic", "Syndrome", ";", "ITP", "versus", "vasculitis", "is", "not", "ruled", "out", "in", "addition", "to", "the", "septic", "picture", "\"", ".", "Treatment", "was", "started", "with", "corticosteroids", "+", "platelet", "perfusion", ":", "a", "daily", "pool", ".", "6", ")", "Search", "for", "FOCO", ":", "transthoracic", "echocardiogram", "was", "performed", ":", "NO", "warts", "were", "visualised", ".", "7", ")", "Blood", "cultures", "positive", "for", "STAPHILOCOCCUS", "AUREUS", "(", "sensitive", "to", "methicillin", ")", ".", "8", ")", "Transesophageal", "echocardiogram", "was", "performed", ":", "an", "image", "of", "VERRUGE", "in", "the", "anterior", "leaflet", "of", "the", "mitral", "valve", "was", "visualised", ".", "9", ")", "Consultation", "with", "Cardiovascular", "Surgery", ":", "surgical", "treatment", "was", "ruled", "out", "at", "the", "present", "time", "due", "to", "SAH", ".", "Reassessment", "after", "6", "weeks", ".", "10", ")", "Appearance", "of", "purpuric", "lesions", "(", "ecchymotic", ")", "of", "probable", "embolic", "origin", "on", "the", "tips", "of", "the", "fingers", "and", "soles", "of", "the", "feet", ".", "After", "a", "week", "in", "ICU", ",", "she", "remained", "stable", ".", "Transferred", "to", "the", "ward", ".", "DIAGNOSTIC", "JUDGEMENT", ":", "-", "MITRAL", "ENDOCARDITIS", "on", "valve", "with", "myxomatous", "degeneration", "due", "to", "S", ".", "AUREUS", ".", "-", "SEVERE", "SEPSIS", "with", "RENAL", "FAILURE", "(", "corrected", "on", "discharge", ")", ".", "SEVERE", "PLATELETOPENIA", ".", "-", "SUBARACHNOID", "HAEMORRHAGE", ".", "generalised", "EPILEPTIC", "CRISIS", ".", "-", "ACxFA", "(", "reverted", "to", "sinus", "rhythm", ")", ".", "Commentary", ":", "Staphylococcus", "aureus", ":", "S", ".", "Aureus", "lives", "on", "human", "skin", "-", ">", "causes", "skin", "infections", ":", "folliculitis", ",", "impetigo", ",", "skin", "abscesses", ",", "furunculosis", ",", "mastitis", ",", "cellulitis", ",", "wound", "infection", ".", ".", ".", "(", "also", "surgical", "wounds", ")", ".", ".", ".", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 18 }, { "text": "S. AUREUS", "label": "SPECIES", "start": 2217, "end": 2226 }, { "text": "Staphylococcus", "label": "SPECIES", "start": 2422, "end": 2436 }, { "text": "S.Aureus", "label": "SPECIES", "start": 2445, "end": 2453 } ]

[ "Eight", "year", "old", "boy", "referred", "from", "the", "ophthalmology", "department", "for", "right", "palpebral", "and", "periorbital", "pruritic", "vesicular-crusted", "arracial", "lesions", ",", "diagnosed", "with", "palpebral", "herpes", "zoster", "that", "did", "not", "improve", "with", "topical", "acyclovir", "and", "tobramycin", "eye", "drops", ".", "For", "this", "reason", ",", "the", "antiviral", "was", "replaced", "by", "its", "oral", "presentation", ",", "without", "improvement", "in", "six", "days", ",", "and", "he", "then", "decided", "to", "withdraw", "the", "acyclovir", "and", "consult", "Dermatology", ",", "where", "topical", "zinc", "sulphate", "and", "sertaconazole", "were", "prescribed", "after", "taking", "a", "skin", "culture", ",", "labelling", "the", "periorbital", "lesion", "as", "tinea", "faciei", "and", "adding", "a", "topical", "corticoid", "to", "mitigate", "the", "hyperkeratotic", "and", "desquamative", "component", ".", "Three", "weeks", "later", ",", "the", "patient", "came", "for", "a", "check-up", ",", "where", "a", "slight", "decrease", "in", "pruritus", "was", "observed", ",", "with", "stagnation", "of", "the", "previous", "lesions", ",", "while", "still", "maintaining", "a", "large", "scaling", "and", "keratosis", "with", "a", "poorly", "defined", "erythematous-vesicular", "base", ".", "The", "culture", "was", "positive", "for", "Candida", "krusei", ",", "so", "previous", "therapies", "were", "withdrawn", ",", "recommending", "oral", "griseofulvin", "in", "two", "daily", "doses", "with", "fatty", "foods", "and", "suspending", "topical", "corticosteroids", ",", "leading", "to", "an", "improvement", "in", "the", "condition", "with", "disappearance", "of", "cutaneous", "signs", "in", "the", "following", "14", "days", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "herpes zoster", "label": "SPECIES", "start": 168, "end": 181 }, { "text": "antiviral", "label": "SPECIES", "start": 273, "end": 282 }, { "text": "Candida krusei", "label": "SPECIES", "start": 934, "end": 948 } ]

[ "A", "74-year-old", "man", "attended", "the", "Emergency", "Department", "with", "hypogastric", "pain", ",", "fever", "and", "dysuria", "of", "48", "hours", "'", "duration", ".", "His", "personal", "history", "included", "hypertension", "treated", "with", "captopril", ",", "hyperlipidaemia", "treated", "with", "atorvastatin", "and", "hyperuricaemia", "treated", "with", "allopurinol", ".", "Physical", "examination", "revealed", "a", "palpable", ",", "painful", ",", "large", "mass", "occupying", "the", "hypogastrium", "and", "both", "iliac", "fossae", ".", "Blood", "tests", "showed", "25", ",", "930", "leukocytes", "with", "a", "marked", "left", "shift", "and", "urinary", "sediment", "analysis", "showed", "3-5", "leukocytes", "/", "field", ",", "microhaematuria", "with", "positive", "nitrites", "in", "the", "dipstick", ".", "An", "abdominal", "ultrasound", "was", "requested", ",", "which", "revealed", "a", "possible", "abscess", "in", "the", "hypogastrium", "measuring", "15", "x", "9", ".", "2", "x", "7", ".", "3", "cm", ".", "The", "study", "was", "completed", "with", "an", "abdominal-pelvic", "CT", "scan", "showing", "an", "image", "with", "a", "liquid", "level", "measuring", "15", "x", "9", "x", "9", "x", "8", "cm", "in", "the", "hypogastrium", ",", "above", "the", "bladder", "dome", ",", "in", "close", "relation", "to", "the", "ileocecal", "area", ",", "compatible", "with", "an", "abscess", "added", "to", "a", "benign", "or", "malignant", "neoformative", "process", "in", "the", "area", ".", "With", "the", "diagnostic", "hypothesis", "of", "an", "infected", "urachal", "cyst", ",", "percutaneous", "drainage", "was", "performed", "and", "samples", "were", "taken", "for", "microbiology", "and", "broad-spectrum", "intravenous", "antibiotic", "therapy", "was", "started", ".", "Serial", "cultures", "isolated", "Leuconostoc", "spp", ",", "Streptococcus", "intermedius", ",", "Clostridium", "perfringens", ",", "Escherichia", "coli", ",", "Bacteroides", "ovatus", ",", "Corynebacterium", "spp", ".", "and", "Pseudomonas", "aeruginosa", ".", "During", "admission", ",", "the", "study", "was", "completed", "with", "a", "new", "CT", "scan", ",", "which", "provided", "no", "new", "information", "with", "respect", "to", "the", "previous", "one", ";", "opaque", "enema", ",", "which", "provided", "no", "information", "on", "the", "origin", "of", "the", "symptoms", ";", "colonoscopy", ",", "which", "showed", "no", "alteration", "at", "the", "colonic", "level", ";", "and", "cystoscopy", ",", "in", "which", "the", "bladder", "mucosa", "was", "observed", "to", "be", "intact", ".", "Once", "the", "study", "was", "completed", ",", "an", "exploratory", "laparotomy", "of", "the", "lesion", "was", "decided", ".", "After", "performing", "a", "mid", "laparotomy", ",", "an", "independent", "bladder", "mass", "was", "observed", ",", "intensely", "adhered", "to", "the", "intestinal", "loops", "and", "cecum", ".", "It", "was", "excised", "and", "accidentally", "opened", ",", "with", "mucoid", "material", "coming", "out", ",", "which", "was", "sent", "for", "intraoperative", "anatomical-pathological", "study", ",", "ruling", "out", "malignancy", ".", "An", "ilio-ceco-appendicular", "lymphadenectomy", "was", "then", "performed", "(", "with", "an", "intraoperative", "freezing", "diagnosis", "of", "absence", "of", "malignancy", ")", "and", "segmental", "appendico-cecal", "resection", ".", "The", "final", "pathological", "diagnosis", "was", "appendicular", "mucinous", "cystadenoma", "(", "mucocele", ")", ".", "The", "postoperative", "period", "was", "favourable", ",", "except", "for", "infection", "of", "the", "surgical", "wound", ",", "and", "the", "patient", "was", "discharged", "one", "month", "after", "the", "operation", ".", "The", "patient", "lived", "an", "independent", "life", "and", "was", "asymptomatic", "until", "one", "year", "after", "surgery", ",", "when", "he", "died", "of", "sudden", "cardiac", "death", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 120, "end": 128 }, { "text": "Streptococcus intermedius", "label": "SPECIES", "start": 1223, "end": 1248 }, { "text": "Clostridium perfringens", "label": "SPECIES", "start": 1250, "end": 1273 }, { "text": "Bacteroides ovatus", "label": "SPECIES", "start": 1293, "end": 1311 }, { "text": "Pseudomonas aeruginosa", "label": "SPECIES", "start": 1338, "end": 1360 }, { "text": "Leuconostoc spp", "label": "SPECIES", "start": 1206, "end": 1221 }, { "text": "Escherichia coli", "label": "SPECIES", "start": 1275, "end": 1291 }, { "text": "Corynebacterium spp", "label": "SPECIES", "start": 1313, "end": 1332 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2422, "end": 2429 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2480, "end": 2487 } ]

[ "Anamnesis", "Patient", "aged", "66", "years", "with", "the", "following", "personal", "history", ":", "no", "known", "allergies", ".", "Toxic", "habits", ":", "former", "smoker", "until", "14", "years", "ago", ",", "IPA", "30", ",", "former", "heavy", "drinker", "for", "more", "than", "20", "years", ",", "currently", "drinking", "a", "glass", "of", "wine", "a", "day", ";", "no", "travel", ",", "currently", "no", "contact", "with", "animals", ",", "hunter", ",", "eating", "what", "he", "hunted", "but", "under", "control", ",", "arterial", "hypertension", ",", "hypercholesterolemia", ",", "polyclonal", "hypergammaglobulinemia", ",", "osteoarthrosis", ",", "gouty", "arthritis", ",", "episodes", "of", "lumbosciatica", ",", "osteosynthesis", "surgery", "of", "the", "left", "lower", "limb", "(", "work", "accident", ")", ".", "Usual", "treatment", ":", "fluvastatin", ",", "diacerein", ",", "omeprazole", ",", "enalapril", "+", "hydrochlorothiazide", ".", "Baseline", ":", "ARVD", ".", "No", "cognitive", "impairment", ".", "Autonomous", "ambulation", ".", "Retired", ",", "employed", "on", "a", "chicken", "farm", ".", "Family", "history", ":", "of", "no", "interest", ".", "The", "patient", "was", "brought", "to", "the", "Emergency", "Department", "due", "to", "a", "clinical", "manifestation", "observed", "by", "the", "family", "on", "the", "same", "day", "in", "the", "morning", ",", "consisting", "of", "impaired", "speech", ",", "with", "incoherent", "language", "and", "impaired", "comprehension", ".", "In", "addition", ",", "he", "presented", "time", "and", "space", "disorientation", ",", "deviation", "of", "the", "corner", "of", "the", "mouth", "to", "the", "left", "and", "gait", "disturbance", "with", "non-systematic", "lateral", "deviation", ".", "On", "the", "previous", "night", "he", "had", "presented", "several", "alimentary", "vomiting", "and", "soft", "stools", "without", "pathological", "products", ".", "No", "fever", ".", "No", "other", "neurological", "focality", "in", "the", "anamnesis", ".", "On", "the", "same", "day", "he", "had", "been", "assessed", "by", "his", "primary", "care", "physician", ",", "who", "described", "in", "the", "report", "that", "the", "patient", "had", "an", "ataxic", "gait", "and", "a", "deviation", "of", "the", "oral", "commissure", "to", "the", "left", ",", "without", "meningeal", "signs", ",", "and", "referred", "him", "to", "the", "emergency", "department", "for", "further", "examination", ".", "Physical", "examination", "Neurological", "examination", "in", "the", "emergency", "department", ":", "conscious", ",", "disoriented", "in", "time", ".", "Pupils", "are", "isochoric", "and", "normally", "reactive", ".", "Horizontal", "nystagmus", ".", "No", "nuchal", "rigidity", ",", "no", "meningeal", "signs", ",", "gait", "ataxia", "with", "lateropulsion", "especially", "to", "the", "right", ".", "Positive", "Romberg", "'", "s", "test", ".", "Rest", "of", "the", "examination", "with", "no", "findings", ".", "On", "admission", "to", "the", "Neurology", "ward", "the", "following", "day", ":", "alert", ".", "Conscious", ".", "Obeys", "axial", "commands", ".", "Language", "with", "little", "fluency", "and", "isolated", "words", ".", "Easily", "intoxicated", "with", "the", "previous", "order", "and", "with", "two-step", "orders", ".", "Nominates", "1", "/", "3", ".", "Does", "not", "repeat", ".", "Obeys", "commands", "by", "imitation", "after", "repeated", "several", "times", ".", "Disoriented", "in", "time", "and", "space", ".", "Persevering", ".", "No", "campimetric", "defects", "due", "to", "threat", "reflex", ".", "FO", ":", "uncooperative", ",", "continuous", "movement", "compatible", "with", "nystagmus", ".", "Pupils", "are", "isochoric", "and", "normoreactive", ".", "EOM", ":", "inadequate", "cooperation", ",", "no", "ophthalmoparesis", ".", "Mild", "left", "central", "facial", "paresis", ".", "No", "claudication", "in", "Barré", "or", "Mingazzini", ".", "Tactoalgesic", "sensitivity", ":", "withdraws", "in", "response", "to", "nociceptive", "stimulus", ".", "REM", "+", "/", "+", "+", "+", "+", "and", "symmetrical", ".", "RCP", ":", "bilateral", "flexor", ".", "Impossibility", "to", "maintain", "sitting", "and", "standing", ".", "Coordination", ":", "no", "finger-nose", "dysmetry", ".", "No", "meningeal", "signs", ".", "Blood", "pressure", "160", "/", "90", "mmHg", ",", "heart", "rate", "82", "bpm", ",", "baseline", "O2", "saturation", "90", "%", ",", "eupneic", ",", "afebrile", ".", "Somatic", "examination", ":", "no", "skin", "lesions", ".", "Head", "and", "neck", ":", "no", "findings", ".", "Cardiac", "auscultation", ":", "rhythmic", ",", "no", "murmurs", ".", "Pulmonary", "auscultation", ":", "preserved", "vesicular", "murmur", ",", "bibasal", "crackles", "more", "intense", "in", "the", "right", "base", ",", "disseminated", "rhonchi", ".", "Abdomen", ":", "no", "findings", ".", "Extremities", ":", "bony", "deviation", "at", "the", "left", "external", "supramalleolar", "level", "post-surgery", ".", "Rest", "normal", ".", "Complementary", "tests", "-", "CBC", ":", "normal", ".", "Coagulation", ":", "ATIII", "deficiency", "(", "68", "%", ")", ".", "Proteinogram", "normal", ".", "IgG", "2211", "and", "IgA", "533", ".", "Beta-2-microglobulin", ":", "1559", ".", "Negative", "tumour", "markers", ".", "Normal", "autoimmunity", "study", ".", "Blood", "culture", "and", "urine", "culture", ":", "negative", ".", "Blood", "serology", ":", "Brucella", ",", "HIV", "hepatitis", "B", "and", "C", "and", "lues", "negative", ".", "CSF", ":", "cells", ":", "5", "red", "blood", "cells", ":", "1", "glucose", ":", "84", "proteins", ":", "183", "lactic", "acid", ":", "2", ".", "8", "alb", ":", "102", ".", "8", "adal", ":", "4", "gram", ".", "-", "CSF", ":", "no", "microorganisms", "observed", ".", "Culture", ":", "sterile", "fungi", "and", "mycobacteria", ".", "PCR", "herpes", "virus", ":", "no", "HSV", "or", "VZV", "detected", ".", "-", "Electrocardiogram", "(", "ECG", ")", ":", "sinus", "rhythm", "at", "67", "bpm", ",", "normal", "electrical", "axis", ",", "without", "repolarisation", "alterations", ".", "-", "Posteroanterior", "chest", "X-ray", ":", "rotated", ",", "increased", "CTI", ",", "no", "visualisation", "of", "the", "left", "costophrenic", "sinus", ",", "with", "left", "basal", "infiltrate", ".", "-", "Echocardiography", ":", "cardiac", "cavities", "of", "normal", "size", ".", "Biventricular", "function", "preserved", ".", "No", "significant", "valvulopathies", ".", "No", "abnormal", "images", ".", "-", "Complete", "abdominal", "ultrasound", ":", "normal", ".", "-", "Gastroscopy", ":", "lymphangiectasia", ".", "Gastric", "cavity", "partially", "assessable", "for", "food", "content", ".", "-", "Electroencephalogram", "(", "EEG", ")", ":", "slowed", "brain", "activity", "for", "the", "patient", "'", "s", "age", ".", "-", "Urgent", "brain", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", ":", "no", "acute", "intra", "-", "or", "extra-axial", "bleeding", "observed", "at", "the", "present", "time", ".", "Preserved", "midline", ".", "Symmetrical", "sulci", ",", "cisterns", "and", "ventricles", ".", "No", "assessable", "parenchymal", "alterations", ".", "-", "Cerebral", "MRI", ":", "in", "FLAIR", "and", "T2", ",", "extensive", "areas", "of", "signal", "alteration", "are", "observed", "at", "the", "level", "of", "the", "brainstem", ",", "subcallosal", "gyri", "and", "hippocampal", "regions", "bilaterally", ",", "peripherally", "to", "both", "lenticular", "nuclei", "and", "very", "discreetly", "in", "the", "left", "thalamus", ".", "Brain", "MRI", "in", "FLAIR", "axial", "section", ",", "showing", "hyperintensity", "peripherally", "to", "both", "lenticular", "nuclei", ".", "Diagnosis", "-", "Wernicke-Korsakoff", "encephalopathy", ".", "-", "Lower", "respiratory", "tract", "infection", ".", "-", "Antithrombin", "III", "deficiency", ".", "-", "Polyclonal", "hypergammaglobulinaemia", ".", "Treatment", "Thiamine", "300", "mg", "/", "8", "h", "intravenous", ".", "Evolution", "In", "addition", "to", "treatment", "with", "intravenous", "thiamine", ",", "treatment", "was", "initially", "started", "with", "acyclovir", "and", "ampicillin", "to", "protect", "against", "a", "probable", "neuroinfection", "by", "herpes", "virus", "and", "Listeria", ".", "After", "performing", "a", "brain", "MRI", ",", "which", "was", "compatible", "with", "the", "diagnosis", "of", "Wernicke", "'", "s", "encephalopathy", ",", "and", "given", "the", "negative", "results", "of", "the", "cultures", "and", "PCR", "for", "neurotropic", "virus", ",", "treatment", "was", "continued", "only", "with", "intravenous", "thiamine", "and", "later", "orally", ".", "As", "a", "complication", "during", "admission", ",", "he", "presented", "a", "lower", "respiratory", "tract", "infection", "that", "subsided", "after", "treatment", "with", "antibiotics", ",", "bronchodilators", "and", "mucolytics", ".", "The", "control", "brain", "MRI", "8", "days", "later", "showed", "a", "clear", "radiological", "improvement", ",", "with", "persistence", "of", "only", "a", "slight", "increase", "in", "FLAIR", "signal", "in", "the", "hippocampus", ".", "The", "neurological", "examination", "at", "discharge", "showed", "only", "an", "unstable", "tandem", ",", "the", "rest", "of", "the", "examination", "being", "normal", ".", "Reviewed", "at", "3", "months", ",", "the", "patient", "remained", "asymptomatic", ",", "with", "a", "normal", "neurological", "examination", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 3, 4, 4, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Retired", "label": "HUMAN", "start": 680, "end": 687 }, { "text": "Patient", "label": "HUMAN", "start": 10, "end": 17 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 753, "end": 760 }, { "text": "animals", "label": "SPECIES", "start": 269, "end": 276 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 717, "end": 723 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 849, "end": 855 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 51, "end": 59 }, { "text": "hunter", "label": "HUMAN", "start": 278, "end": 284 }, { "text": "chicken", "label": "SPECIES", "start": 703, "end": 710 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1416, "end": 1423 }, { "text": "primary care physician", "label": "HUMAN", "start": 1355, "end": 1377 }, { "text": "Brucella", "label": "SPECIES", "start": 3480, "end": 3488 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 3490, "end": 3493 }, { "text": "lues", "label": "SPECIES", "start": 3516, "end": 3520 }, { "text": "hepatitis B", "label": "SPECIES", "start": 3494, "end": 3505 }, { "text": "hepatitis B and C", "label": "SPECIES", "start": 3494, "end": 3511 }, { "text": "HSV", "label": "SPECIES", "start": 3729, "end": 3732 }, { "text": "VZV", "label": "SPECIES", "start": 3736, "end": 3739 }, { "text": "herpes virus", "label": "SPECIES", "start": 3712, "end": 3724 }, { "text": "fungi", "label": "SPECIES", "start": 3684, "end": 3689 }, { "text": "mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 3694, "end": 3706 }, { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 3642, "end": 3656 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4319, "end": 4326 }, { "text": "Listeria", "label": "SPECIES", "start": 5281, "end": 5289 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6004, "end": 6011 }, { "text": "herpes virus", "label": "SPECIES", "start": 5264, "end": 5276 } ]

[ "We", "present", "a", "21", "year", "old", "homosexual", "male", "with", "no", "pathological", "history", "of", "interest", ",", "who", "was", "referred", "to", "the", "gastroenterology", "department", "for", "\"", "anal", "pruritus", "of", "9", "months", "'", "evolution", "resistant", "to", "usual", "treatment", "\"", ".", "During", "this", "time", ",", "his", "doctor", "had", "prescribed", "local", "treatment", "with", "various", "corticoid", "creams", "and", "hygienic-dietary", "measures", "without", "improvement", ".", "Anal", "examination", "revealed", "the", "presence", "of", "a", "pigmented", "lesion", "with", "slightly", "verrucous", "borders", "in", "the", "posterior", "perianal", "region", ".", "Rectal", "examination", "and", "anuscopy", "were", "normal", ".", "A", "skin", "biopsy", "was", "performed", "and", "histology", "revealed", "the", "presence", "of", "hyperkeratosis", "and", "parakeratosis", "with", "altered", "cell", "maturation", ",", "affecting", "the", "entire", "thickness", "of", "the", "dermis", ".", "This", "was", "compatible", "with", "bowenoid", "papillomatosis", "(", "anal", "intraepithelial", "neoplasia", "grade", "1", ")", ".", "Antibodies", "to", "human", "immunodeficiency", "virus", "(", "HIV", ")", "were", "negative", "and", "other", "immunodeficiencies", "were", "ruled", "out", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "doctor", "label": "HUMAN", "start": 230, "end": 236 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 36, "end": 40 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 833, "end": 836 }, { "text": "human immunodeficiency virus", "label": "SPECIES", "start": 803, "end": 831 } ]

[ "A", "3-year-old", "boy", "with", "a", "2-day", "fever", "associated", "with", "an", "emetic", "cough", ".", "Mother", "reported", "poor", "oral", "tolerance", "to", "food", ".", "Personal", "and", "family", "history", "Not", "relevant", ".", "PHYSICAL", "EXAMINATION", "Weight", "17", ".", "4", "kg", ",", "T", "38", ".", "4", "̊", "C", "axillary", ".", "Good", "general", "condition", ",", "hydrated", ",", "no", "respiratory", "distress", ".", "Pulmonary", "cardiac", "auscultation", ".", "Pulmonary", "auscultation", ":", "crackles", "in", "the", "right", "upper", "lobe", "area", "with", "hypoventilation", "in", "that", "area", ".", "Abdomen", "soft", ",", "depressible", ",", "non-painful", ",", "no", "masses", "or", "visceromegaly", "palpable", ".", "The", "rest", "of", "the", "examination", "was", "normal", ".", "COMPLEMENTARY", "EXAMINATIONS", "Haemogram", ":", "Hties", "4", ".", "2", "Hb", "10", ".", "7", "g", "/", "dL", ".", "Ht", "30", ".", "4", "%", ".", "Leukocytes", "13", "100", "/", "mm3", "Neutrophils", "88", ".", "8", "%", ",", "lymphocytes", "4", ".", "8", "%", ",", "CRP", "42", ".", "7", "mg", "/", "dL", ".", "Platelets", "233", "000", "/", "mm3", "Virus", "in", "nasal", "exudate", ":", "negative", ".", "Blood", "biochemistry", ":", "within", "normal", "limits", ".", "Chest", "X-ray", ":", "condensation", "in", "the", "right", "upper", "lobe", ".", "Ex-auxiliary", "(", "hospitalisation", ")", ":", "Mantoux", "negative", ".", "Haemogram", "(", "4th", "day", ")", ":", "Hb", "10", ".", "7", ",", "Ht", "32", ".", "5", "%", ".", "Leukocytes", "7500", "/", "mm3", ".", "Neutrophils", "57", ".", "1", "%", ".", "Lymphocytes", "24", ".", "9", "%", ".", "CRP", "3", ".", "1", "mg", "/", "dL", ".", "Platelets", "404", "000", ".", "Blood", "culture", ":", "negative", "EVOLUTION", "Treatment", "was", "started", "with", "cefotaxime", "1", "g", "IV", "c", "/", "8h", "for", "72", "hours", "with", "a", "switch", "to", "oral", "amoxicillin-clavulanic", "acid", "at", "80mg", "/", "kg", "/", "day", ",", "which", "was", "maintained", "until", "6", "days", "later", ".", "The", "evolution", "was", "favourable", ",", "with", "remission", "of", "fever", "and", "emetic", "cough", ".", "At", "discharge", "(", "6th", "day", ")", "serology", "was", "obtained", "for", "C", "burnetti", ",", "phase", "II", "antigen", ":", "Ig", "M", "50", ",", "IgG", ":", "negative", ".", "FINAL", "DIAGNOSIS", "Coxiella", "burnetti", "pneumonia", "(", "Q", "Fever", ")" ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Mother", "label": "HUMAN", "start": 69, "end": 75 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 128, "end": 134 }, { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 115, "end": 123 }, { "text": "Virus", "label": "SPECIES", "start": 691, "end": 696 }, { "text": "C burnetti", "label": "SPECIES", "start": 1328, "end": 1338 }, { "text": "Coxiella burnetti", "label": "SPECIES", "start": 1399, "end": 1416 } ]

[ "67-year-old", "male", "with", "a", "history", "of", "hypertension", ",", "dyslipidaemia", ",", "stenosis", "of", "the", "left", "post-vertebral", "subclavian", "artery", ",", "hypothyroidism", ",", "squamous", "cell", "carcinoma", "operated", "on", "in", "2013", "and", "panuveitis", "of", "the", "left", "eye", "in", "2016", "of", "possible", "tuberculous", "origin", ".", "Currently", "on", "treatment", "with", "simvastatin", ",", "omeprazole", ",", "levothyroxine", "and", "atenolol", ".", "She", "came", "to", "the", "emergency", "department", "for", "pain", ",", "swelling", "and", "increased", "temperature", "in", "her", "right", "knee", "three", "days", "after", "a", "holiday", "trip", ".", "No", "thermometric", "fever", "or", "associated", "dysthermic", "sensation", ".", "She", "reported", "a", "progressive", "increase", "in", "dorsal-lumbar", "pain", ",", "previously", "treated", "with", "local", "heat", "that", "caused", "a", "burn", ".", "In", "addition", ",", "his", "relatives", "had", "noticed", "drooping", "of", "the", "right", "eyelid", ",", "for", "which", "reason", "they", "had", "gone", "to", "the", "emergency", "department", "three", "days", "earlier", "and", "Neurology", "diagnosed", "incomplete", "Horner", "'", "s", "Syndrome", ",", "requesting", "MRI", "for", "study", ".", "No", "neurological", "focality", "or", "visual", "symptoms", ".", "Arthrocentesis", "was", "performed", "in", "the", "Emergency", "Department", ",", "with", "isolation", "of", "S", ".", "agalactiae", ".", "Drainage", "was", "performed", "(", "atrotomy", "+", "synovectomy", ")", "and", "treatment", "was", "started", "with", "Ampicillin", ".", "During", "admission", "the", "patient", "presented", "fever", "of", "up", "to", "38", ".", "5oC", "with", "torpid", "evolution", "of", "the", "knee", "and", "persistent", "positive", "cultures", "for", "S", ".", "agalactiae", ",", "so", "a", "new", "open", "surgical", "lavage", "was", "performed", ",", "with", "good", "subsequent", "evolution", ",", "with", "negative", "cultures", "and", "no", "other", "added", "symptoms", ".", "During", "admission", ",", "MRI", "was", "performed", "with", "diagnoses", "compatible", "with", "meningitis", ",", "ventriculitis", "and", "spondylodiscitis", "T8-T10", ",", "with", "associated", "epidural", "mass", ",", "with", "positive", "multiple", "PCR", "for", "S", ".", "agalactiae", ",", "with", "negative", "cultures", ".", "In", "view", "of", "these", "findings", ",", "intravenous", "antibiotherapy", "with", "penicillin", "G", "and", "linezolid", "was", "reintroduced", "due", "to", "the", "good", "penetration", "of", "the", "latter", "in", "CSF", ".", "Finally", ",", "the", "patient", "had", "a", "good", "clinical", "and", "analytical", "evolution", "and", "was", "discharged", "with", "oral", "Linezolid", "treatment", ",", "with", "a", "diagnosis", "of", "invasive", "disease", "due", "to", "Streptococcus", "agalactiae", "with", "joint", "and", "meningeal", "involvement", "and", "associated", "spondylodiscitis", ".", "On", "subsequent", "outpatient", "review", ",", "the", "patient", "presented", "asthenia", ",", "paraesthesia", ",", "with", "loss", "of", "ROTS", ",", "so", "EMG", "was", "performed", "with", "a", "diagnosis", "of", "axonal", "sensory-motor", "polyneuropathy", ",", "probably", "secondary", "to", "linezolid", ",", "together", "with", "anaemia", "and", "thrombopenia", ",", "so", "the", "drug", "was", "discontinued", ".", "Subsequent", "check-ups", "showed", "no", "clinical", "or", "analytical", "data", "of", "recurrence", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 12, "end": 16 }, { "text": "relatives", "label": "HUMAN", "start": 653, "end": 662 }, { "text": "S. agalactiae", "label": "SPECIES", "start": 984, "end": 997 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1109, "end": 1116 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1752, "end": 1759 }, { "text": "S. agalactiae", "label": "SPECIES", "start": 1547, "end": 1560 }, { "text": "S.agalactiae", "label": "SPECIES", "start": 1220, "end": 1232 }, { "text": "Streptococcus agalactiae", "label": "SPECIES", "start": 1899, "end": 1923 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2031, "end": 2038 } ]

[ "Anamnesis", "\"", "Male", "patient", "aged", "68", "years", ",", "with", "a", "history", "of", "arterial", "hypertension", ",", "benign", "prostatic", "hyperplasia", ",", "and", "active", "smoking", "of", "63", "pack-years", ".", "\"", "Good", "compliance", "with", "treatment", "(", "olmesartan", "20", "mg", "1c", "/", "d", ",", "hydrochlorothiazide", "12", ".", "5", "mg", "1c", "/", "d", ",", "\"", "tamsulosin", "0", ".", "4mg", "1c", "/", "d", ")", ".", "\"", "No", "family", "history", "of", "interest", ".", "\"", "Diagnosed", "with", "stage", "IV", "lung", "adenocarcinoma", ",", "T2", "(", "atelectasis", ")", ",", "N0", ",", "M1c", "(", "brain", "metastases", ",", "bilateral", "lung", "metastases", ",", "pleural", "effusion", ")", ",", "EGFR", "negative", ",", "no", "ALK", "translocation", ",", "ROS-1", "negative", "and", "PD-L1", "positive", "in", "90", "%", "of", "tumour", "cells", ".", "\"", "Good", "social", "support", "and", "independent", "for", "basic", "activities", "of", "daily", "living", ".", "Holocranial", "radiotherapy", "of", "brain", "metastases", "was", "performed", ",", "which", "ended", "on", "03", "/", "11", "/", "2018", ",", "being", "treated", "with", "corticosteroids", "in", "a", "descending", "pattern", "due", "to", "neurological", "symptoms", "during", "the", "following", "weeks", ".", "He", "started", "first", "line", "treatment", "with", "pembrolizumab", "on", "23", "/", "11", "/", "2018", ".", "\"", "He", "attended", "the", "emergency", "department", "on", "2", "/", "12", "/", "2018", ",", "presenting", "with", "dyspnoea", "of", "4", "days", "'", "evolution", ",", "of", "abrupt", "onset", ",", "with", "rapid", "evolution", "to", "minimal", "effort", ",", "with", "increased", "coughing", "without", "expectoration", ":", "afebrile", ";", "he", "had", "no", "clinical", "signs", "of", "heart", "failure", ",", "or", "other", "symptoms", "due", "to", "devices", "or", "systems", ".", "Flu", "vaccination", ".", "Physical", "examination", "On", "arrival", "at", "triage", ",", "he", "presented", "with", "a", "blood", "pressure", "of", "113", "/", "77", "mm", "Hg", ",", "a", "heart", "rate", "of", "97", "bpm", "and", "an", "oxygen", "saturation", "of", "93", "%", "with", "FiO2", "of", "35", "%", ".", "Temperature", "was", "36", ".", "5", "oC", "and", "a", "Glasgow", "score", "of", "15", ".", "On", "examination", "he", "was", "in", "fair", "general", "condition", ",", "conscious", "and", "oriented", ",", "although", "with", "moderate", "dehydration", "and", "tachypnoea", "of", "37", "breaths", "per", "minute", ".", "Cardiac", "auscultation", "showed", "rhythmic", "tones", ",", "without", "murmurs", ",", "while", "pulmonary", "auscultation", "showed", "abundant", "rhonchi", "and", "bilateral", "wheezing", ".", "The", "abdominal", "examination", "showed", "no", "pathological", "findings", ",", "as", "well", "as", "no", "signs", "of", "oedema", "or", "signs", "of", "venous", "thrombosis", "in", "the", "lower", "limbs", ".", "Complementary", "tests", "Laboratory", "tests", "showed", "no", "alterations", "in", "the", "red", "or", "white", "series", ".", "Arterial", "blood", "gases", "maintained", "a", "pH", "of", "7", ".", "48", ",", "with", "partial", "respiratory", "failure", "(", "PO2", "of", "53", "mm", "Hg", "and", "pCO2", "of", "30", "mm", "Hg", ")", ".", "He", "had", "no", "ionic", "alterations", ",", "with", "normal", "renal", "and", "hepatic", "function", ".", "A", "C-reactive", "protein", "of", "13", ".", "2", "mg", "/", "dl", "and", "a", "D-dimer", "of", "975", "ng", "/", "ml", "(", "normal", "value", "<", "100", ")", "were", "noted", ".", "A", "chest", "X-ray", "showed", "bilateral", "alveolar", "infiltrates", "with", "a", "predominance", "of", "bilateral", "interstitial", "involvement", ",", "as", "well", "as", "possible", "effusion", "and", "/", "or", "atelectasis", "in", "the", "right", "lung", ".", "The", "angio-CT", "scan", "showed", "no", "repletion", "defects", "in", "the", "pulmonary", "arteries", ",", "highlighting", "minimal", "bilateral", "pleural", "effusion", "and", "the", "appearance", "of", "ground-glass", "opacities", "in", "both", "lung", "bases", ",", "not", "present", "in", "the", "previous", "CT", "scan", "of", "October", "2018", ".", "Pneumococcal", "antigens", ",", "Legionella", "and", "influenza", "PCR", "were", "negative", ".", "Diagnosis", "Given", "the", "findings", "at", "that", "time", ",", "the", "differential", "diagnosis", "was", "raised", "between", "a", "grade", "3", "pembrolizumab", "pneumonitis", "(", "severe", ",", "life-threatening", "symptoms", ",", "with", "hypoxia", "and", "respiratory", "distress", ")", ",", "and", "an", "infectious", "pneumonitis", "(", "primarily", "bacterial", ",", "with", "Pneumocystis", "jirovecii", "coverage", ")", ".", "Treatment", "Pembrolizumab", "treatment", "was", "discontinued", "and", "methylprednisolone", "was", "administered", "at", "2-3", "mg", "/", "kg", "/", "day", ".", "Antibiotic", "therapy", "with", "levofloxacin", "and", "trimethoprim-sulfamethoxazole", "was", "added", ",", "as", "well", "as", "supportive", "therapy", ".", "Evolution", "The", "patient", "showed", "partial", "improvement", "of", "his", "symptoms", ".", "However", ",", "during", "the", "following", "days", "the", "symptoms", "reappeared", "with", "increased", "cough", "with", "expectoration", ",", "increasing", "oxygen", "requirements", "and", "worsening", "general", "condition", ".", "Follow-up", "HR-CT", ",", "fibrobronchoscopy", "and", "bronchoalveolar", "lavage", "were", "performed", ".", "Gram", "stain", "showed", "yeasts", ",", "with", "positive", "culture", "for", "Aspergillus", "fumigatus", ",", "as", "well", "as", "positive", "serology", "for", "cytomegalovirus", "and", "Aspergillus", ",", "and", "positive", "RT-PCR", "for", "Pneumocystis", "jirovecii", ".", "Voriconazole", "(", "loading", "dose", "of", "400", "mg", "every", "12", "hours", "and", "subsequently", "200", "mg", "every", "12", "hours", ")", "and", "ganciclovir", "(", "10", "mg", "/", "kg", "/", "day", ")", "were", "added", ".", "Despite", "this", ",", "unfavourable", "evolution", "persisted", "and", "the", "patient", "died", "six", "days", "later", "." ]

[ 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Male patient", "label": "HUMAN", "start": 11, "end": 23 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 16, "end": 23 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 266, "end": 272 }, { "text": "Flu", "label": "SPECIES", "start": 1171, "end": 1174 }, { "text": "Legionella", "label": "SPECIES", "start": 2645, "end": 2655 }, { "text": "influenza", "label": "SPECIES", "start": 2660, "end": 2669 }, { "text": "Pneumocystis jirovecii", "label": "SPECIES", "start": 2948, "end": 2970 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 2932, "end": 2941 }, { "text": "Aspergillus", "label": "SPECIES", "start": 3566, "end": 3577 }, { "text": "Aspergillus", "label": "SPECIES", "start": 3642, "end": 3653 }, { "text": "Aspergillus fumigatus", "label": "SPECIES", "start": 3566, "end": 3587 }, { "text": "Pneumocystis jirovecii", "label": "SPECIES", "start": 3679, "end": 3701 }, { "text": "cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 3622, "end": 3637 }, { "text": "yeasts", "label": "SPECIES", "start": 3532, "end": 3538 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3220, "end": 3227 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3893, "end": 3900 } ]

[ "Anamnesis", "A", "28-year-old", "male", ",", "with", "a", "history", "of", "cryptorchidism", "surgery", "in", "childhood", ",", "with", "no", "toxic", "habits", "or", "other", "medical", "or", "surgical", "history", "of", "interest", ".", "He", "attended", "the", "Emergency", "Department", "of", "his", "referral", "hospital", "with", "a", "clinical", "picture", "of", "a", "week", "'", "s", "evolution", "of", "fever", ",", "asthenia", ",", "mild", "bitemporal", "headache", "and", "general", "malaise", ".", "Symptomatic", "treatment", "and", "single", "doses", "of", "moxifloxacin", "were", "started", ",", "however", ",", "the", "patient", "worsened", "clinically", ",", "increasing", "the", "intensity", "of", "the", "headache", ",", "with", "the", "addition", "of", "unsteadiness-type", "dizziness", ",", "difficulty", "swallowing", ",", "left", "facial", "hypoaesthesia", ",", "nausea", "and", "horizontal", "binocular", "double", "vision", ".", "In", "the", "following", "days", ",", "she", "presented", "persistent", "hiccups", "after", "meals", ",", "for", "which", ",", "finally", ",", "she", "consulted", "the", "Emergency", "Department", "again", ".", "Physical", "examination", "Examination", "revealed", "a", "slight", "paresis", "of", "the", "right", "external", "rectus", "and", "upper", "rectus", ",", "a", "horizontal", "horizontal-rotatory", "nystagmus", "in", "horizontal", "gaze", "on", "both", "sides", "with", "a", "subtle", "vertical", "component", ",", "left", "facial", "hypoaesthesia", ",", "and", "a", "difficult", "tandem", "gait", ",", "with", "the", "rest", "of", "the", "neurological", "and", "general", "examination", "being", "normal", ".", "A", "routine", "blood", "count", ",", "biochemistry", ",", "coagulation", ",", "thyroid", "hormones", ",", "vitamin", "B12", ",", "folate", ",", "proteinogram", "and", "autoimmunity", "study", "(", "including", "IgG-NMO", ")", "were", "requested", ",", "with", "no", "abnormalities", ",", "and", "analysis", "of", "cerebrospinal", "fluid", "showed", "slight", "pleocytosis", "(", "62", "leukocytes", "per", "field", ")", ",", "with", "normal", "glucose", ",", "protein", "and", "adenosine", "deaminase", ".", "Conventional", "and", "mycobacterial", "culture", ",", "polymerase", "chain", "reaction", "(", "PCR", ")", "for", "herpesvirus", "and", "enterovirus", ",", "arbovirus", ",", "Toscana", "and", "Nile", "were", "negative", ",", "as", "well", "as", "cytology", "for", "neoplastic", "cells", ".", "Transthoracic", "echocardiography", "showed", "no", "abnormalities", ",", "and", "ED", "cranial", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", "was", "normal", ".", "A", "cranial", "magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", "was", "performed", ",", "which", "showed", "diffuse", "involvement", "of", "the", "white", "matter", "in", "the", "left", "bulbar", "region", ",", "with", "mild", "mass", "effect", ",", "as", "well", "as", "of", "the", "left", "cerebellar", "peduncle", ",", "left", "cerebellar", "hemisphere", "and", "periventricular", "at", "the", "level", "of", "the", "IV", "ventricle", ".", "Given", "the", "findings", "of", "the", "complementary", "tests", ",", "the", "clinical", "picture", "was", "interpreted", "as", "viral", "or", "post-infectious", "rhombencephalitis", ",", "and", "the", "patient", "was", "treated", "with", "acyclovir", "and", "dexamethasone", "for", "ten", "days", ".", "At", "the", "end", "of", "treatment", ",", "he", "improved", "clinically", "and", "radiologically", ":", "the", "diplopia", "disappeared", ",", "the", "instability", "improved", "and", "he", "remained", "afebrile", ".", "A", "control", "brain", "MRI", "showed", "a", "new", "image", "of", "white", "matter", "involvement", "in", "the", "right", "cerebellar", "hemisphere", ",", "so", "the", "lumbar", "puncture", "was", "repeated", "(", "unchanged", "from", "the", "initial", "one", ")", "and", "treatment", "with", "megadoses", "of", "steroids", "was", "started", ".", "Two", "days", "after", "starting", "steroid", "treatment", ",", "the", "patient", "began", "to", "experience", "headache", "located", "in", "the", "occipital", "region", ",", "vertiginous", "sensation", "with", "head", "movements", ",", "nausea", ",", "vomiting", "and", "intolerance", "to", "eating", ".", "Antibiotic", "treatment", "was", "started", "with", "cefepime", ",", "metronidazole", "and", "ampicillin", "at", "high", "doses", ",", "and", "anti-oedema", "measures", "were", "intensified", ",", "despite", "which", "the", "patient", "remained", "severely", "prostrated", ".", "An", "urgent", "cranial", "CT", "scan", "was", "performed", ",", "which", "showed", "incipient", "hydrocephalus", "due", "to", "involvement", "of", "the", "IV", "ventricle", "due", "to", "increased", "oedema", "in", "the", "posterior", "fossa", ".", "Finally", ",", "the", "neurosurgery", "department", "of", "our", "hospital", "was", "contacted", "for", "monitoring", "and", "possible", "surgery", "if", "necessary", ".", "Once", "the", "patient", "was", "admitted", "to", "this", "department", ",", "they", "requested", "our", "assessment", ".", "Complementary", "tests", "-", "Blood", "tests", "were", "performed", ",", "including", "haemogram", ",", "biochemistry", "and", "coagulation", ",", "which", "were", "normal", ".", "Serology", "for", "hepatitis", "B", "and", "C", ",", "human", "immunodeficiency", "virus", ",", "Toxoplasma", ",", "cytomegalovirus", ",", "lupus", ",", "Brucella", ",", "Borrellia", ",", "mumps", ",", "atypical", "pneumonia", "and", "Rickettsia", "were", "negative", ".", "Herpes", "simplex", "serology", "was", "positive", ",", "as", "was", "Epstein-Barr", "serology", "(", "indicating", "past", "infection", ")", ".", "-", "Blood", "cultures", "were", "negative", ".", "-", "Transesophageal", "echocardiography", "was", "normal", ".", "-", "Cranial", "MRI", "showed", "multiple", "T2", "hyperintense", "nodular", "lesions", "located", "in", "the", "vermis", ",", "both", "cerebellar", "hemispheres", "and", "posterolateral", "cords", "of", "the", "right", "hemibulb", ",", "which", "presented", "a", "hypointense", "ring", "in", "T2", "sequences", ",", "intense", "ring", "enhancement", "after", "contrast", "administration", "and", "intense", "restriction", "in", "diffusion", "sequences", ",", "findings", "compatible", "with", "multiple", "abscesses", "in", "these", "locations", ".", "In", "addition", ",", "there", "was", "an", "area", "of", "ill-defined", "limits", "in", "the", "posterior", "region", "of", "both", "cerebellar", "hemispheres", ",", "hyperintense", "in", "T2", "with", "enhancement", "after", "contrast", "administration", ",", "compatible", "with", "an", "area", "of", "cerebritis", ".", "Diagnosis", "Bilateral", "rhombencephalitis", "and", "multiple", "abscesses", "in", "the", "posterior", "fossa", ".", "Treatment", "and", "evolution", "As", "the", "clinical", "and", "radiological", "data", "indicated", "active", "rhombencephalitis", ",", "probably", "due", "to", "Listeria", ",", "treatment", "was", "started", "with", "ampicillin", ",", "cefotaxime", ",", "gentamicin", "and", "dexamethasone", ".", "When", "questioned", "again", ",", "the", "patient", "reported", "having", "eaten", "a", "kebab", "the", "night", "before", "the", "onset", "of", "the", "clinical", "picture", ".", "Subsequently", ",", "the", "Microbiology", "Department", "of", "his", "referral", "hospital", "informed", "us", "that", "Listeria", "monocytogenes", "had", "been", "isolated", "in", "two", "blood", "cultures", ".", "The", "patient", "evolved", "favourably", "after", "starting", "treatment", ".", "After", "12", "days", "of", "treatment", ",", "on", "examination", "he", "only", "showed", "residual", "involvement", "of", "the", "right", "VI", "cranial", "nerve", ",", "paraesthesia", "in", "the", "third", "branch", "of", "the", "right", "V", "cranial", "nerve", ",", "slight", "involvement", "of", "the", "right", "hypoglossus", ",", "and", "residual", "signs", "of", "slight", "right", "cerebellar", "involvement", "with", "remission", "of", "the", "haemipyramidalism", "and", "with", "minimal", "tendency", "of", "the", "gait", "towards", "the", "right", ";", "the", "control", "analysis", "was", "normal", ".", "For", "all", "these", "reasons", ",", "it", "was", "decided", "to", "discharge", "him", "from", "hospital", "to", "complete", "oral", "treatment", "with", "linezolid", "and", "rifampicin", ".", "Finally", ",", "the", "diagnosis", "in", "this", "patient", "was", "cerebral", "listeriosis", "after", "ingestion", "of", "kebab", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 28 }, { "text": "childhood", "label": "HUMAN", "start": 74, "end": 83 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 413, "end": 420 }, { "text": "Toscana", "label": "SPECIES", "start": 1555, "end": 1562 }, { "text": "arbovirus", "label": "SPECIES", "start": 1544, "end": 1553 }, { "text": "enterovirus", "label": "SPECIES", "start": 1531, "end": 1542 }, { "text": "herpesvirus", "label": "SPECIES", "start": 1515, "end": 1526 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2162, "end": 2169 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 2110, "end": 2115 }, { "text": "Nile", "label": "SPECIES", "start": 1567, "end": 1571 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2648, "end": 2655 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2958, "end": 2965 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3287, "end": 3294 }, { "text": "Borrellia", "label": "SPECIES", "start": 3588, "end": 3597 }, { "text": "Brucella", "label": "SPECIES", "start": 3578, "end": 3586 }, { "text": "Epstein-Barr", "label": "SPECIES", "start": 3700, "end": 3712 }, { "text": "Rickettsia", "label": "SPECIES", "start": 3629, "end": 3639 }, { "text": "Toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 3542, "end": 3552 }, { "text": "cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 3554, "end": 3569 }, { "text": "Herpes simplex", "label": "SPECIES", "start": 3655, "end": 3669 }, { "text": "mumps", "label": "SPECIES", "start": 3599, "end": 3604 }, { "text": "human immunodeficiency virus", "label": "SPECIES", "start": 3512, "end": 3540 }, { "text": "hepatitis B", "label": "SPECIES", "start": 3493, "end": 3504 }, { "text": "hepatitis B and C", "label": "SPECIES", "start": 3493, "end": 3510 }, { "text": "Listeria", "label": "SPECIES", "start": 4626, "end": 4634 }, { "text": "Listeria", "label": "SPECIES", "start": 4918, "end": 4926 }, { "text": "Listeria monocytogenes", "label": "SPECIES", "start": 4918, "end": 4940 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4744, "end": 4751 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4986, "end": 4993 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5603, "end": 5610 } ]

[ "An", "18-year-old", "male", ",", "who", "consulted", "for", "intermittent", "fever", "of", "up", "to", "39oC", "for", "the", "last", "month", ",", "accompanied", "by", "abdominal", "discomfort", ",", "joint", "pain", "and", "asthenia", ";", "his", "only", "history", "was", "fever", "of", "unknown", "origin", "at", "the", "age", "of", "8", "years", ",", "for", "which", "he", "needed", "to", "be", "admitted", "for", "2", "months", "without", "response", "to", "antibiotics", ".", "Examination", "revealed", "right", "and", "left", "axillary", "lymphadenopathy", "of", "1-1", ".", "5", "cm", ",", "not", "stony", ",", "painful", "or", "adherent", ",", "with", "no", "other", "findings", ".", "The", "following", "differential", "diagnosis", "was", "made", ":", "-", "Infectious", ":", "viral", "infection", "(", "EBV", ",", "MVC", ",", "HSV", ",", "HIV", ",", "HCV", ",", "HBV", ",", "HAV", ")", ",", "atypical", "infections", ":", "coxiella", "serology", ",", "borrelia", ",", "brucella", ",", "Lues", ",", "(", "Q", "fever", ",", "Lyme", "disease", ")", ".", "-", "Hypothyroidism", ".", "-", "Autoimmune", ":", "SLE", ",", "amyloidosis", ",", "sarcoidosis", ".", "-", "Autoinflammatory", "syndrome", "(", "Familial", "Mediterranean", "fever", ",", "TRAPS", ".", ".", ".", ")", ",", "-", "Neoplastic", ":", "lymphoma", ".", "-", "Intestinal", "malabsorption", "syndrome", ":", "celiac", "disease", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 19 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 511, "end": 514 }, { "text": "HAV", "label": "SPECIES", "start": 541, "end": 544 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 536, "end": 539 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 531, "end": 534 }, { "text": "HSV", "label": "SPECIES", "start": 521, "end": 524 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 526, "end": 529 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 494, "end": 499 }, { "text": "borrelia", "label": "SPECIES", "start": 587, "end": 595 }, { "text": "brucella", "label": "SPECIES", "start": 597, "end": 605 }, { "text": "coxiella", "label": "SPECIES", "start": 568, "end": 576 }, { "text": "Lues", "label": "SPECIES", "start": 607, "end": 611 } ]

[ "", "A", "44-year-old", "African-American", "woman", "presented", "to", "the", "emergency", "department", "with", "fever", ",", "vomiting", ",", "cough", ",", "and", "lumbar", "fossa", "pain", ".", "She", "had", "acute", "kidney", "injury", ",", "with", "serum", "creatinine", "of", "4", ".", "0", "mg", "/", "dl", ",", "in", "addition", "to", "an", "already", "diagnosed", "chronic", "kidney", "disease", ".", "The", "initial", "urinalysis", "was", "positive", "for", "blood", ",", "with", "a", "spot", "protein", "/", "creatinine", "ratio", "of", "3", ".", "9", "g", "/", "g", ".", "His", "baseline", "serum", "creatinine", ",", "measured", "6", "months", "before", "the", "first", "consultation", ",", "was", "1", ".", "4", "mg", "/", "dl", ".", "Baseline", "urinalysis", "before", "the", "first", "consultation", "showed", "protein", "2þ", ",", "with", "no", "available", "result", "of", "the", "spot", "protein", "/", "creatinine", "ratio", ".", "His", "past", "history", "included", "poorly", "controlled", "type", "2", "diabetes", "mellitus", ",", "essential", "hypertension", ",", "dyslipidaemia", "and", "chronic", "kidney", "disease", "attributed", "to", "diabetes", ".", "Her", "surgical", "history", "consisted", "of", "a", "caesarean", "delivery", "and", "a", "cholecystectomy", ".", "She", "had", "never", "smoked", ".", "She", "also", "denied", "any", "alcohol", "or", "drug", "use", ".", "On", "physical", "examination", ",", "the", "patient", "'", "s", "temperature", "was", "38", ".", "9", "°", "C", ",", "blood", "pressure", "140", "/", "90", "mmHg", ",", "pulse", "107", "bpm", "and", "respiratory", "rate", "18", "bpm", ";", "breathing", "was", "on", "room", "air", ".", "He", "appeared", "sickly", "but", "was", "conscious", "and", "alert", ".", "No", "pain", "was", "detected", "on", "sinus", "palpation", ",", "but", "clear", "pharyngeal", "erythema", "was", "noted", ",", "without", "cervical", "lymphadenopathy", ".", "On", "auscultation", ",", "the", "lungs", "were", "normal", ".", "Heart", "sounds", "were", "normal", ",", "with", "no", "murmurs", ".", "The", "abdomen", "was", "soft", "and", "depressible", ",", "with", "mildly", "painful", "renal", "fist", "percussion", "and", "bowel", "sounds", ".", "There", "was", "no", "erythema", ",", "no", "pain", "on", "palpation", ",", "no", "joint", "effusion", "and", "no", "exanthema", ".", "Capillary", "refill", "time", "was", "two", "seconds", "in", "all", "fingers", ".", "No", "oedema", "with", "pitting", "was", "observed", "in", "the", "extremities", ".", "Mood", "and", "affect", "were", "stable", "and", "consistent", ".", "The", "patient", "had", "anaemia", "and", "electrolyte", "disturbances", ".", "In", "addition", ",", "serological", "tests", "for", "hepatitis", "B", ",", "hepatitis", "C", "and", "HIV", "were", "negative", ".", "Additional", "serological", "tests", "for", "C3", "and", "C4", "were", "normal", ".", "A", "chest", "X-ray", "showed", "subsegmental", "atelectasis", "and", "a", "mild", "right", "pleural", "effusion", ".", "A", "renal", "ultrasound", "showed", "normal", "sized", "kidneys", "with", "no", "evidence", "of", "obstructive", "uropathy", ".", "The", "differential", "diagnosis", "on", "admission", "was", "septic", "syndrome", ",", "pyelonephritis", "and", "COVID-19", ".", "He", "was", "started", "on", "IV", "fluids", ",", "as", "well", "as", "ceftriaxone", "and", "vancomycin", ".", "A", "complete", "study", "of", "the", "renal", "lesion", "was", "ordered", ".", "The", "patient", "was", "transferred", "to", "the", "inpatient", "ward", "for", "treatment", "and", "management", ".", "Over", "the", "course", "of", "5", "days", ",", "the", "patient", "developed", "disorientation", "and", "respiratory", "distress", ",", "which", "necessitated", "oxygen", "therapy", ".", "She", "was", "able", "to", "maintain", "saturation", "with", "2", "to", "3", "l", "/", "min", "with", "nasal", "cannula", ".", "A", "follow-up", "chest", "X-ray", "showed", "first", "appearance", "of", "diffuse", "bilateral", "patchy", "opacities", ".", "Antibiotic", "treatment", "was", "changed", "from", "ceftriaxone", "to", "cefepime", ".", "The", "patient", "'", "s", "renal", "function", "deteriorated", "during", "the", "same", "period", "and", "she", "was", "put", "on", "dialysis", "on", "hospital", "day", "8", ",", "with", "a", "serum", "creatinine", "of", "11", ".", "4", "mg", "/", "dl", ",", "despite", "good", "diuresis", "(", ">", "1", "l", "/", "d", ")", ".", "The", "point", "protein", "/", "creatinine", "ratio", "at", "the", "time", "of", "dialysis", "was", "25", "g", "/", "g", ".", "A", "complete", "autoimmune", "work-up", "was", "positive", "for", "Sjögren", "'", "s", "syndrome-associated", "antigen", "A", "and", "antinuclear", "antibodies", ".", "Rheumatological", "evaluation", "showed", "no", "clinical", "signs", "of", "Sjögren", "'", "s", "syndrome", ".", "Serum", "antineutrophilic", "cytoplasmic", "antibodies", "were", "negative", "and", "tests", "for", "C3", "and", "C4", "were", "normal", ".", "All", "blood", "and", "urine", "cultures", "were", "negative", ",", "pending", "PCR", "assay", "for", "COVID-19", ".", "A", "renal", "biopsy", "was", "performed", "to", "assess", "the", "aetiology", "of", "the", "patient", "'", "s", "nephropathy", ".", "A", "diagnosis", "of", "collapsing", "glomerulopathy", "was", "made", ".", "Shortly", "after", "the", "biopsy", ",", "PCR", "testing", "for", "COVID-19", "was", "positive", ".", "The", "patient", "'", "s", "clinical", "condition", "clearly", "improved", "with", "dialysis", ".", "Her", "disorientation", "disappeared", "and", "she", "no", "longer", "required", "oxygen", "therapy", ".", "She", "continued", "to", "have", "good", "diuresis", ",", "although", "without", "good", "clearance", ",", "which", "required", "further", "outpatient", "haemodialysis", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 32, "end": 37 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 906, "end": 913 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1737, "end": 1740 }, { "text": "hepatitis B", "label": "SPECIES", "start": 1708, "end": 1719 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1623, "end": 1630 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2194, "end": 2201 }, { "text": "hepatitis C", "label": "SPECIES", "start": 1721, "end": 1732 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2301, "end": 2308 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2624, "end": 2631 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3298, "end": 3305 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3441, "end": 3448 } ]

[ "Personal", "History", "DMNIR", ",", "psoriasis", "treated", "with", "corticosteroids", "and", "methotrexate", ",", "episode", "of", "lithiasic", "right", "obstructive", "uropathy", "complicated", "with", "renal", "abscess", "due", "to", "Candida", "albicans", "and", "Pseudomona", "MR", "with", "fungemia", ",", "after", "TUR", "8", "months", "earlier", "(", "funduscopy", ",", "transthoracic", "echocardiography", "and", "subsequent", "negative", "urine", "culture", ")", ".", "Present", "Illness", "A", "71-year-old", "man", "was", "admitted", "with", "fever", "of", "4", "days", "'", "duration", ",", "cough", "and", "severe", "dorsolumbar", "pain", ".", "After", "48", "hours", "he", "presented", "with", "pain", "and", "coldness", "in", "MID", ".", "Examination", "Febrile", ",", "fair", "general", "condition", ".", "BP", ":", "90", "/", "60mmHg", ".", "Cardiopulmonary", "auscultation", ":", "rhythmic", ",", "no", "murmurs", ",", "rhonchi", ".", "Pain", "on", "dorsal", "palpation", ".", "MID", ":", "distal", "coldness", ",", "fixed", "cyanosis", "in", "lateral", "compartment", ",", "pallor", "and", "tibio-peroneaastragaline", "rigidity", ".", "Only", "palpable", "right", "femoral", "and", "left", "pedial", "pulses", ".", "Complementary", "tests", "Of", "note", ":", "elevated", "acute", "phase", "reactants", "and", "pre-renal", "renal", "failure", "(", "chest", "X-ray", "and", "ECG", "normal", ")", ".", "-", "1st", ":", "What", "was", "behind", "this", "acute", "ischaemia", "?", "Aetiologically", ",", "it", "could", "be", "due", "to", ":", "arterial", "embolism", "(", "AF", ",", "myocardial", "infarction", "or", "left", "ventricular", "dysfunction", ",", "endocarditis", ",", "valvular", "disease", "or", "prosthesis", ",", "myxoma", ",", "aneurysm", ",", "atherosclerotic", "plaque", "or", "paradoxical", "embolism", ")", ",", "arterial", "thrombosis", "(", "graft", ",", "atherosclerosis", ",", "aneurysmal", "thrombosis", ",", "entrapment", "syndrome", ",", "hypercoagulability", "or", "low", "flow", ")", "or", "by", "dissection", "or", "direct", "trauma", ".", "Transthoracic", "ultrasound", "showed", "an", "image", "compatible", "with", "aortic", "endocarditis", ".", "In", "parallel", ",", "microbiology", "isolated", "fluconazole-resistant", "Candida", "albicans", "in", "blood", "cultures", ".", "No", "retinal", "embolisation", ".", "Thoracic-abdominal", "CT", ":", "spondylodiscitis", "D7-D8", ".", "-", "2nd", ":", "Endocarditis", "on", "native", "aortic", "valve", "due", "to", "azole-resistant", "Candida", "albicans", ",", "criteria", "?", "treatment", "?", "According", "to", "the", "modified", "Duke", "criteria", ",", "it", "was", "a", "definite", "infective", "endocarditis", "(", "1", "major", "and", "4", "minor", "clinical", "criteria", ")", ".", "Echinocandin", "or", "amphotericin", "B", "+", "/", "-", "Flucytosine", "at", "high", "doses", "is", "recommended", ".", "After", "initial", "iv", "treatment", ",", "reduce", "to", "an", "oral", "azole", "for", "at", "least", "6", "more", "weeks", "after", "surgery", ",", "except", "in", "fluconazole", "resistance", ",", "where", "voriconazole", "or", "posaconazole", "is", "recommended", "if", "sensitive", ".", "If", "resection", "is", "not", "possible", ",", "prolong", "treatment", ".", "Our", "case", "was", "treated", "with", "caspofungin", ",", "valve", "resection", "and", "supracondylar", "amputation", ".", "-", "3rd", ":", "Did", "he", "have", "endocarditis", "on", "1st", "admission", "?", "Certainly", "there", "were", "no", "criteria", "and", "it", "was", "reasonably", "ruled", "out", ".", "But", "the", "recurrence", "of", "fungemia", "without", "new", "urological", "complications", "leads", "us", "to", "suspect", "that", "some", "focus", "persisted", "over", "time", "and", "endocarditis", "would", "be", "the", "first", "candidate", ".", "Final", "Diagnosis", "-", "Endocarditis", "on", "native", "aortic", "valve", "due", "to", "azole-resistant", "Candida", "albicans", ".", "-", "Acute", "grade", "iii", "ischaemia", "at", "mid", "and", "spondylodiscitis", "d7-d8", ",", "probably", "secondary", "to", "septic", "emboli", "." ]

[ 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 8 }, { "text": "Candida albicans", "label": "SPECIES", "start": 167, "end": 183 }, { "text": "Pseudomona MR", "label": "SPECIES", "start": 188, "end": 201 }, { "text": "fungemia", "label": "SPECIES", "start": 207, "end": 215 }, { "text": "Candida albicans", "label": "SPECIES", "start": 1491, "end": 1507 }, { "text": "fluconazole-resistant Candida albicans", "label": "SPECIES", "start": 1469, "end": 1507 }, { "text": "Candida albicans", "label": "SPECIES", "start": 1665, "end": 1681 }, { "text": "azole-resistant Candida albicans", "label": "SPECIES", "start": 1649, "end": 1681 }, { "text": "fungemia", "label": "SPECIES", "start": 2367, "end": 2375 }, { "text": "Candida albicans", "label": "SPECIES", "start": 2594, "end": 2610 }, { "text": "azole-resistant Candida albicans", "label": "SPECIES", "start": 2578, "end": 2610 } ]

[ "A", "39-year-old", "male", "patient", "was", "admitted", "for", "a", "15-day", "course", "of", "symptoms", "characterised", "by", "progressive", "loss", "of", "strength", "in", "the", "right", "arm", ",", "accompanied", "by", "dysarthria", ",", "holocranial", "headache", "refractory", "to", "common", "analgesics", "and", "fever", "(", "38", ".", "5", "°", "C", ")", ",", "without", "chills", ".", "No", "abnormal", "signs", "were", "found", "on", "semiological", "examination", "of", "the", "skin", "and", "respiratory", "tract", ".", "He", "denied", "intravenous", "drug", "abuse", ".", "He", "had", "been", "diagnosed", "with", "AIDS", "for", "one", "year", "prior", "to", "the", "current", "illness", ".", "He", "was", "receiving", "antiretroviral", "therapy", "and", "prophylaxis", "for", "Pneumocystis", "jirovecii", "with", "trimethoprim", "/", "sulfamethoxazole", "(", "TMP", "/", "SMX", ")", "at", "usual", "doses", ".", "He", "had", "suffered", "from", "mucocutaneous", "Kaposi", "'", "s", "sarcoma", ",", "autoimmune", "thrombocytopenic", "purpura", "and", "recurrent", "oropharyngeal", "candidiasis", ".", "CD4", "+", "T-cell", "count", "was", "114", "cells", "/", "μL", "and", "plasma", "viral", "load", "<", "50", "copies", "/", "mL", ".", "Two", "blood", "culture", "samples", "were", "negative", ",", "and", "chest", "X-ray", "and", "computed", "tomography", "did", "not", "demonstrate", "pleuroparenchymal", "lesions", ".", "A", "brain", "CT", "scan", ",", "without", "and", "with", "contrast", ",", "showed", "two", "lobulated", "frontoparietal", "lesions", "located", "in", "the", "left", "and", "right", "hemispheres", ",", "respectively", ",", "with", "contrast", "enhancement", "in", "the", "periphery", ",", "in", "a", "ring", "and", "discrete", "mass", "effect", "on", "the", "midline", "structures", ".", "CT", "scan", "of", "the", "brain", ",", "sagittal", "and", "coronal", "sections", ",", "showing", "frontoparietal", "lesion", ",", "bilobulated", ",", "located", "in", "the", "right", "hemisphere", ",", "with", "contrast", "enhancement", "in", "the", "periphery", ",", "in", "a", "ring", "and", "discrete", "mass", "effect", "on", "the", "midline", "structures", ".", "CT", "scan", "of", "the", "brain", "showing", "frontoparietal", "lesions", ",", "lobulated", ",", "located", "in", "the", "left", "and", "right", "hemispheres", ",", "respectively", ",", "with", "contrast", "enhancement", "in", "the", "periphery", ",", "in", "a", "ring", ".", "With", "a", "presumptive", "diagnosis", "of", "cerebral", "toxoplasmosis", ",", "empirical", "treatment", "was", "started", "with", "pyrimethamine", ",", "sulfadiazine", "and", "leucovorin", "at", "the", "usual", "doses", ".", "The", "clinical", "course", "was", "unfavourable", ",", "with", "accentuation", "of", "the", "neurological", "motor", "deficit", "and", "the", "addition", "of", "simple", "partial", "seizures", "in", "the", "right", "hemisphere", ".", "In", "addition", ",", "worsening", "of", "the", "brain", "lesions", "was", "noted", "on", "neuroimaging", "examinations", ".", "For", "these", "reasons", ",", "it", "was", "decided", "to", "perform", "a", "surgical", "exploration", "of", "the", "lesions", "for", "diagnostic", "and", "therapeutic", "purposes", ".", "During", "neurosurgery", ",", "two", "abscesses", "measuring", "3", "x", "1", "cm", "and", "8", "x", "0", ".", "6", "cm", "were", "found", "in", "the", "left", "and", "right", "frontoparietal", "regions", ",", "respectively", ".", "Drainage", "and", "removal", "of", "the", "capsule", "of", "both", "lesions", "was", "performed", ".", "Direct", "examination", "of", "the", "surgical", "biopsy", "material", "showed", "numerous", "leukocytes", "and", ",", "with", "Kinyoun", "staining", ",", "acid-fast", "branching", "filaments", "were", "observed", ".", "Direct", "examination", "of", "surgical", "biopsy", "material", "showing", "numerous", "leukocytes", "and", ",", "with", "Kinyoun", "staining", ",", "acid-fast", "branched", "filaments", "are", "observed", ".", "Cultures", "on", "Columbia", "base", "agar", "with", "5", "%", "sheep", "blood", "and", "on", "chocolate", "agar", "developed", "dry", ",", "musty-smelling", ",", "white", ",", "adherent", "colonies", ",", "which", "turned", "yellowish", "with", "prolonged", "incubation", "at", "room", "temperature", "at", "72", "h", ".", "The", "other", "cultures", "were", "carried", "out", "according", "to", "the", "same", "staining", "method", ".", "The", "other", "cultures", "were", "carried", "out", "following", "conventional", "methodology", "and", "showed", "no", "growth", "of", "other", "aerobic", "bacteria", ",", "strict", "anaerobic", "bacteria", ",", "fungi", "or", "mycobacteria", ".", "Following", "the", "identification", "scheme", "for", "aerobic", "actinomycetes", "of", "clinical", "importance", "proposed", "by", "Brown", "and", "McNeil", ",", "the", "isolated", "microorganism", "was", "identified", "as", "Nocardia", "farcinica", ".", "Phenotypic", "characterisation", "was", "confirmed", "by", "PCR", "amplification", "of", "the", "16S", "rRNA", "coding", "DNA", ".", "The", "PCR", "product", "of", "the", "16S", "rRNA", "gene", "was", "obtained", "with", "Ta", "q", "DNA", "polymerase", "(", "Promega", ")", "using", "the", "primers", "described", "by", "Weisburg", ".", "Sequencing", "of", "the", "amplified", "product", "was", "performed", "on", "both", "DNA", "strands", "using", "an", "ABIPrism", "3100", "BioAnalyzer", "at", "the", "University", "of", "Utah", ".", "Nucleotide", "sequences", "were", "analysed", "with", "Blast", "V2", ".", "0", "software", ".", "Sequence", "analysis", "of", "the", "isolate", "revealed", "99", "%", "identity", "with", "Nocardia", "farcinica", "(", "Accession", "Number", "GO853065-1", ")", ".", "Antibiotic", "sensitivity", "was", "performed", "by", "the", "epsilometric", "method", ".", "The", "cut-off", "points", ",", "expressed", "in", "ug", "/", "mL", ",", "were", "those", "recommended", "by", "NCCLS", "(", "2003", ")", ":", "amikacin", "sensitive", "≤", "8", ";", "resistant", "≥", "16", ";", "amoxicillin-clavulanic", "acid", "sensitive", "≤", "8", "/", "4", ",", "intermediate", "16", "/", "8", ",", "resistant", "≥", "32", "/", "16", ";", "ceftriaxone", "sensitive", "≤", "8", ",", "intermediate", "16", "-", "32", ",", "resistant", "≥", "64", ";", "trimethoprim-sulfatoxazole", ":", "sensitive", "≤", "2", "/", "32", ";", "resistant", "≥", "4", "/", "76", ";", "ciprofloxacin", ":", "sensitive", "≤", "1", ",", "intermediate", "2", ",", "resistant", "≥", "4", ";", "clarithromycin", ":", "sensitive", "≤", "2", ",", "intermediate", "4", ",", "resistant", "≥", "8", ".", "Active", "antibiotics", "(", "MIC", "in", "μg", "/", "mL", ")", "were", ":", "TMP-SMX", "(", "0", ".", "064", ")", ",", "ciprofloxacin", "(", "0", ".", "032", ")", ",", "amoxicillin-clavulanic", "acid", "(", "0", ".", "50", ")", "and", "amikacin", "(", "0", ".", "125", ")", ".", "The", "organism", "was", "resistant", "to", "ceftriaxone", "(", ">", "32", ")", "and", "clarithromycin", "(", ">", "32", ")", ".", "The", "patient", "was", "treated", "with", "TMP", "/", "SMX", ",", "at", "a", "dose", "of", "15", "mg", "/", "kg", "intravenously", "of", "the", "TMP", "component", ",", "divided", "into", "four", "daily", "doses", ",", "for", "three", "weeks", ".", "With", "this", "therapy", ",", "the", "clinical", "manifestations", "disappeared", "and", "significant", "improvement", "of", "neurological", "signs", "and", "abscessed", "brain", "imaging", "was", "achieved", ".", "The", "patient", "was", "discharged", "and", "continued", "on", "antiretroviral", "therapy", "plus", "2", "tablets", "of", "TMS", "/", "SMX", "160", "/", "800", "mg", "twice", "daily", "until", "one", "year", "of", "treatment", "was", "completed", "." ]

[ 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 26 }, { "text": "Pneumocystis jirovecii", "label": "SPECIES", "start": 513, "end": 535 }, { "text": "antiretroviral", "label": "SPECIES", "start": 470, "end": 484 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 19, "end": 26 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 773, "end": 778 }, { "text": "acid-fast branched filaments", "label": "SPECIES", "start": 2577, "end": 2605 }, { "text": "aerobic bacteria", "label": "SPECIES", "start": 3004, "end": 3020 }, { "text": "strict anaerobic bacteria", "label": "SPECIES", "start": 3022, "end": 3047 }, { "text": "colonies", "label": "SPECIES", "start": 2740, "end": 2748 }, { "text": "fungi", "label": "SPECIES", "start": 3049, "end": 3054 }, { "text": "mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 3058, "end": 3070 }, { "text": "Nocardia farcinica", "label": "SPECIES", "start": 3233, "end": 3251 }, { "text": "Nocardia farcinica", "label": "SPECIES", "start": 3724, "end": 3742 }, { "text": "antiretroviral", "label": "SPECIES", "start": 4847, "end": 4861 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4512, "end": 4519 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4807, "end": 4814 }, { "text": "aerobic actinomycetes", "label": "SPECIES", "start": 3113, "end": 3134 } ]

[ "Personal", "history", "Male", ",", "24", "years", "old", ",", "from", "Morocco", ",", "resident", "in", "Spain", "for", "two", "years", ",", "with", "no", "subsequent", "trips", "to", "his", "country", ".", "Active", "smoker", "of", "twenty", "cigarettes", "/", "day", ",", "with", "no", "other", "history", "of", "interest", ".", "Current", "illness", "The", "patient", "had", "been", "admitted", "to", "hospital", "in", "September", "2003", "for", "a", "cough", "of", "two", "months", "'", "duration", ",", "with", "no", "other", "accompanying", "symptoms", ".", "On", "the", "day", "prior", "to", "the", "current", "admission", ",", "he", "presented", "with", "frank", "haemoptysis", "and", "chest", "pain", ".", "Physical", "examination", "No", "relevant", "findings", ".", "Complementary", "examinations", "The", "haemogram", "and", "coagulation", "study", "were", "normal", ".", "General", "biochemistry", "(", "including", "renal", "and", "hepatic", "profiles", ",", "total", "proteins", ",", "and", "serum", "immunoglobulins", ")", "was", "normal", ",", "sedimentation", "rate", "was", "62", "mm", "/", "h", "and", "CRP", "5", ".", "4", "mg", "/", "L", ".", "Antinuclear", "antibodies", "were", "negative", ".", "Baseline", "arterial", "blood", "gases", "were", "also", "normal", ".", "Mantoux", "intradermal", "reaction", "was", "negative", ".", "HIV", "serology", "was", "negative", ".", "Sputum", "culture", "showed", "usual", "oropharyngeal", "flora", "and", "smears", "were", "negative", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "a", "left", "parahilar", "mass", "and", "chest", "CT", "scan", "showed", "a", "mass", "in", "the", "anterior", "segment", "of", "the", "left", "upper", "lobe", ",", "5x4", "centimetres", "in", "diameter", ",", "with", "poorly", "defined", "contours", ",", "heterogeneous", "content", "with", "cavitation", "inside", "and", "no", "locoregional", "adenopathies", ".", "Bronchoscopy", "revealed", "a", "hard", "whitish", "formation", "that", "emerged", "in", "the", "anterior", "segment", "of", "the", "left", "upper", "lobe", ",", "oscillated", "with", "respiratory", "movements", "and", "partially", "occluded", "the", "bronchus", ".", "The", "surrounding", "bronchial", "mucosa", "was", "normal", ".", "Samples", "were", "taken", "for", "microbiology", "(", "aerobic", "and", "fungal", "culture", "and", "investigation", "of", "acid-fast", "bacilli", ",", "the", "result", "of", "which", "was", "negative", ",", "although", "pending", "mycobacterial", "culture", ")", ",", "and", "biopsy", "(", "absence", "of", "neoplastic", "cells", ",", "chronic", "active", "inflammation", ",", "without", "granulomas", "and", "with", "fibrino-leukocyte", "fragments", ")", ".", "Evolution", "The", "patient", "persisted", "with", "moderate", "haemoptysis", ",", "without", "fever", "or", "constitutional", "symptoms", "and", "with", "a", "preserved", "general", "condition", ".", "After", "biopsy", "of", "the", "mass", ",", "he", "developed", "an", "alveolar", "infiltrate", "in", "the", "left", "upper", "lobe", "with", "respiratory", "insufficiency", "(", "compatible", "with", "obstructive", "pneumonitis", ")", ",", "which", "improved", "clinically", "and", "radiologically", "with", "empirical", "broad-spectrum", "antibiotherapy", "(", "imipenem", "and", "tobramycin", ")", ".", "He", "was", "discharged", "from", "hospital", "with", "diagnoses", "of", "left", "upper", "lobe", "mass", "under", "study", ",", "moderate", "haemoptysis", ",", "obstructive", "pneumonitis", ",", "nosocomial", "respiratory", "infection", "and", "acute", "respiratory", "failure", "resolved", ".", "No", "specific", "treatment", "was", "prescribed", "after", "discharge", ".", "In", "November", "2003", ",", "the", "results", "of", "the", "mycobacterial", "culture", "of", "the", "initial", "sputum", "were", "received", ",", "in", "which", "Mycobacterium", "tuberculosis", "was", "isolated", ",", "and", "anti-tuberculosis", "treatment", "was", "started", "with", "four", "drugs", "(", "isoniazid", ",", "rifampicin", ",", "pyrazinamide", "and", "ethambutol", "-", "HRZE", "-", ")", ".", "A", "sensitivity", "study", "subsequently", "confirmed", "that", "the", "strain", "was", "sensitive", "to", "all", "first-line", "drugs", ".", "The", "clinical", "course", "after", "initiation", "of", "treatment", "was", "favourable", ",", "with", "normalisation", "of", "acute", "phase", "reactants", ".", "However", ",", "after", "completing", "six", "months", "of", "correct", "treatment", "(", "2HRZE", "+", "4HR", ")", ",", "with", "good", "adherence", ",", "the", "patient", "continued", "with", "intermittent", "moderate", "haemoptysis", "and", "persistence", "of", "the", "mass", "in", "the", "anterior", "segment", "of", "the", "left", "upper", "lobe", "of", "similar", "size", "and", "radiological", "characteristics", "(", "plain", "radiography", "and", "chest", "CT", ")", ",", "except", "for", "the", "appearance", "of", "bilateral", "hilar", "adenopathies", "(", "predominantly", "right", "and", "up", "to", "2", "cm", "in", "diameter", ",", "not", "present", "at", "the", "beginning", "of", "the", "picture", ")", ".", "A", "new", "blood", "test", "revealed", "elevated", "ACE", "levels", "(", "83", "IU", "/", "L", ")", ",", "while", "the", "haemogram", "values", "remained", "normal", "(", "no", "anaemia", "despite", "intermittent", "haemoptysis", "and", "no", "leukocytosis", ")", ".", "In", "this", "context", ",", "a", "new", "fibrobronchoscopy", "was", "performed", ",", "with", "similar", "findings", "to", "the", "previous", "one", ",", "showing", "in", "the", "biopsy", "of", "the", "mass", "an", "organised", "and", "compact", "mucoid", "material", ",", "in", "which", "few", "eosinophils", "were", "supernatant", ",", "without", "recognising", "bronchial", "tissue", ",", "microorganisms", "or", "neoplastic", "structures", ".", "Diagnostic", "test", "An", "open", "thoracotomy", "was", "performed", "and", "the", "mass", "was", "found", "to", "be", "a", "hydatid", "cyst", ".", "Clinical", "judgement", "Active", "pulmonary", "tuberculosis", ".", "Simultaneous", "pulmonary", "hydatid", "disease", "." ]

[ 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 8 }, { "text": "Male", "label": "HUMAN", "start": 17, "end": 21 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 221, "end": 228 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 860, "end": 863 }, { "text": "acid-fast bacilli", "label": "SPECIES", "start": 1533, "end": 1550 }, { "text": "oropharyngeal flora", "label": "SPECIES", "start": 915, "end": 934 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1770, "end": 1777 }, { "text": "Mycobacterium tuberculosis", "label": "SPECIES", "start": 2535, "end": 2561 }, { "text": "strain", "label": "SPECIES", "start": 2749, "end": 2755 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3004, "end": 3011 }, { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 3795, "end": 3809 } ]

[ "A", "13-year-old", "female", "patient", "was", "referred", "for", "consultation", "by", "her", "GP", "for", "presenting", "with", "fever", "of", "37", ".", "5", "°", "C", "to", "38", "°", "C", ",", "cough", "with", "scanty", "expectoration", ",", "weakness", ",", "asthenia", "and", "arthralgias", "of", "large", "joints", ",", "without", "effusion", ",", "which", "started", "20", "days", "after", "her", "arrival", "in", "Tucumán", ".", "During", "his", "evolution", "he", "developed", "erythema", "nodosum", "on", "the", "lower", "two", "thirds", "and", "anterior", "face", "of", "both", "legs", ",", "consisting", "of", "10", "to", "12", "elements", "on", "each", "of", "them", ",", "painful", ",", "spontaneously", "and", "on", "palpation", ",", "with", "erythema", "of", "the", "overlying", "skin", ".", "In", "addition", ",", "flictenular", "conjunctivitis", "was", "observed", "in", "both", "eyes", ",", "consisting", "of", "a", "group", "of", "congestive", "vessels", "of", "the", "bulbar", "conjunctiva", ",", "which", "from", "the", "external", "corner", "of", "the", "eye", ",", "reached", "the", "corneal", "edge", ",", "where", "they", "ended", "in", "a", "small", "flictena", ".", "Flictenular", "conjunctivitis", ":", "congestive", "vessels", "of", "the", "bulbar", "conjunctiva", "reaching", "the", "cornea", "and", "ending", "in", "a", "small", "flictena", ".", "The", "patient", "consulted", "4", "days", "after", "the", "onset", "of", "the", "clinical", "picture", ".", "She", "continued", "with", "the", "same", "symptoms", "for", "15", "days", ",", "after", "which", "convalescence", "began", ".", "She", "had", "a", "prolonged", "course", ",", "with", "general", "symptoms", "that", "slowly", "subsided", "and", "lasted", "for", "approximately", "3", "months", ".", "On", "the", "sixth", "day", "after", "the", "onset", "of", "the", "disease", ",", "laboratory", "tests", "showed", ":", "RBC", ".", "4", ",", "400", ",", "000", "per", "mm3", ";", "Hb", ".", "12", "g", "%", ";", "Ht", ".", "37", "%", ";", "WBC", ".", "8", ",", "900", "per", "mm3", ";", "N", "73", "%", ",", "E", "2", "%", ",", "B", "0", "%", ",", "L", "20", "%", "and", "M", "5", "%", ";", "ESR", "100", "mm", "at", "1", "hour", ";", "C-reactive", "protein", "+", "+", "+", "+", ";", "ASTO", "2", ",", "500", "T", ".", "U", ".", ";", "glycaemia", "78", "mg", "/", "100", "mL", ";", "normal", "hepatogram", ";", "facial", "swab", "negative", "for", "Streptococcus", "beta-hemolyticus", "group", "A", "(", "SßhGA", ")", ",", "blood", "cultures", ",", "3", "samples", "negative", "for", "aerobic", "and", "anaerobic", "microorganisms", "and", "stool", "cultures", "with", "usual", "flora", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "no", "abnormalities", ".", "As", "a", "valuable", "environmental", "and", "epidemiological", "background", ",", "she", "lived", "in", "the", "town", "of", "San", "Isidro", ",", "province", "of", "Buenos", "Aires", ",", "together", "with", "her", "parents", "and", "four", "sisters", ",", "aged", "1", ",", "9", ",", "12", "and", "15", "years", ",", "respectively", ".", "Both", "parents", "and", "the", "five", "sisters", "travelled", "by", "car", "to", "the", "province", "of", "Tucumán", "to", "visit", "relatives", ".", "As", "a", "salient", "fact", ",", "they", "report", "that", "they", "passed", "through", "very", "dry", "roads", "in", "Santiago", "del", "Estero", ",", "where", "the", "vehicle", "was", "filled", "with", "dust", ",", "which", "they", "inevitably", "breathed", "in", ".", "Once", "in", "Tucumán", ",", "during", "the", "10", "days", "of", "their", "stay", ",", "the", "five", "sisters", "played", "almost", "every", "day", "in", "the", "sheds", "of", "the", "farm", "'", "s", "chicken", "farm", ".", "The", "15-year-old", "sister", "presented", "with", "a", "flu-like", "illness", ",", "with", "a", "fever", "of", "37", ".", "5", "°", "C", "to", "38", "°", "C", ",", "which", "started", "20", "days", "after", "her", "arrival", "in", "Tucumán", "and", "developed", "over", "a", "period", "of", "10", "days", ".", "She", "was", "treated", "symptomatically", "and", "the", "initial", "symptoms", "subsided", ".", "During", "the", "following", "20", "to", "30", "days", "she", "had", "asthenia", ",", "cough", "and", "headache", ".", "The", "12-year-old", "sister", ",", "who", "started", "8", "days", "after", "her", "arrival", "in", "Tucumán", ",", "presented", "a", "flu-like", "picture", "with", "fever", "of", "37", ".", "5", "°", "C", "to", "38", "°", "C", ",", "which", "self-limited", "in", "20", "days", ".", "The", "9-year-old", "girl", ",", "20", "days", "after", "her", "arrival", "in", "Tucumán", ",", "started", "with", "fever", ",", "which", "lasted", "for", "a", "week", ".", "Finally", ",", "the", "youngest", ",", "aged", "1", "year", ",", "had", "a", "fever", "of", "38", "°", "C", "to", "39", "°", "C", ",", "which", "started", "8", "days", "after", "her", "arrival", "in", "Tucumán", "and", "progressed", "for", "10", "days", "with", "general", "symptoms", "and", "night", "sweats", "that", "subsided", "in", "a", "few", "days", ".", "Chest", "X-rays", "of", "the", "four", "sisters", "showed", "no", "abnormalities", ".", "These", "four", "sisters", "were", "seen", "by", "different", "clinicians", "and", "ENT", "specialists", "with", "diagnoses", "of", "pharyngitis", "or", "respiratory", "virosis", "and", "did", "not", "attend", "the", "consultation", "with", "the", "first", "of", "the", "patients", "described", ",", "as", "the", "parents", "and", "physicians", "considered", "them", "to", "have", "independent", "and", "unrelated", "aetiological", "conditions", ".", "Only", "the", "first", "of", "the", "patients", "presented", "developed", "a", "clinical", "picture", "with", "important", "repercussions", "on", "the", "general", "condition", ",", "unlike", "the", "other", "sisters", ",", "which", "led", "to", "a", "specialised", "consultation", ".", "due", "to", "the", "possibility", "of", "fungal", "aetiology", ",", "in", "particular", "H", ".", "capsulatum", "or", "Coccidiodes", "posadasii", ",", "Prof", ".", "Dr", ".", "Ricardo", "Negroni", ",", "from", "the", "Mycology", "Unit", "of", "the", "Hospital", "de", "Infecciosas", "\"", "F", ".", "J", ".", "Muñiz", "\"", "Infectious", "Diseases", "Hospital", ",", "CABA", ".", "Blood", "samples", "were", "taken", "from", "the", "five", "sisters", "for", "serological", "tests", "with", "Histoplasma", "capsulatum", "var", ".", "capsulatum", "and", "Coccidiodes", "posadasii", "antigens", ".", "The", "antigens", "used", "were", "unpurified", "metabolic", "reagents", "of", "the", "mycelial", "form", ",", "obtained", "by", "filtration", "of", "the", "growth", "of", "both", "fungi", "in", "liquid", "media", ",", "according", "to", "a", "published", "technique", ".", "Agar", "gel", "immunodiffusion", "and", "complement", "fixation", "reactions", "were", "performed", "following", "procedures", "recommended", "in", "previous", "studies", ".", "Skin", "tests", "were", "performed", "according", "to", "the", "Mantoux", "technique", ",", "with", "metabolic", "histoplasmin", "and", "coccidiodin", "obtained", "from", "the", "mycelial", "forms", "of", "both", "fungi", ",", "grown", "on", "the", "asparagine-salt", "medium", "described", "by", "Smith", ".", "The", "antigens", "were", "provided", "by", "the", "Mycology", "Centre", "of", "the", "Faculty", "of", "Medicine", "of", "the", "University", "of", "Buenos", "Aires", ";", "the", "histoplasmin", "used", "was", "identified", "as", "L63", "and", "the", "coccidiodin", "was", "L73", ".", "These", "reagents", "were", "used", "in", "1", "/", "100", "dilution", ",", "except", "in", "the", "patient", "with", "erythema", "nodosum", "who", "was", "injected", "with", "1", "/", "1000", "dilutions", "of", "both", "antigens", ".", "Histoplasmin", "skin", "tests", "were", "positive", "in", "all", "five", "patients", ",", "with", "infiltrates", "ranging", "from", "10", "mm", "to", "22", "mm", ".", "The", "13-year-old", "patient", "with", "erythema", "nodosum", ",", "in", "whom", "the", "1", "/", "1000", "dilution", "of", "histoplasmin", "was", "used", ",", "had", "20", "mm", "of", "induration", ".", "Coccidiodin", "skin", "tests", "were", "negative", "in", "all", "five", "sisters", ".", "Serological", "tests", "by", "agar", "gel", "immunodiffusion", "and", "histoplasmin", "complement", "fixation", "showed", "positive", "reactions", "in", "the", "15", "-", ",", "13", "-", "and", "12-year-old", "girls", ",", "with", "titres", "ranging", "from", "pure", "serum", "to", "1", "/", "4", "dilution", "for", "immunodiffusion", "and", "1", "/", "8", "and", "1", "/", "32", "dilutions", "for", "complement", "fixation", ".", "Girls", "aged", "9", "and", "1", "years", "had", "negative", "serological", "reactions", ".", "Coccidiodin", "serological", "tests", "were", "negative", "in", "all", "cases", ".", "None", "of", "the", "girls", "received", "antifungal", "treatment", ",", "were", "treated", "symptomatically", "and", "all", "were", "clinically", "cured", ".", "All", "five", "sisters", "were", "monitored", "for", "2", "years", "with", "no", "abnormalities", "observed", ".", "Both", "parents", "had", "no", "signs", "or", "symptoms", "to", "warrant", "further", "investigations", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Streptococcus beta-hemolyticus group A", "label": "SPECIES", "start": 1443, "end": 1481 }, { "text": "aerobic and anaerobic microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 1530, "end": 1566 }, { "text": "relatives", "label": "HUMAN", "start": 1937, "end": 1946 }, { "text": "flora", "label": "SPECIES", "start": 1597, "end": 1602 }, { "text": "sisters", "label": "HUMAN", "start": 1799, "end": 1806 }, { "text": "sisters", "label": "HUMAN", "start": 1876, "end": 1883 }, { "text": "sisters", "label": "HUMAN", "start": 2178, "end": 2185 }, { "text": "girl", "label": "HUMAN", "start": 2751, "end": 2755 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4746, "end": 4753 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4955, "end": 4962 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 3292, "end": 3300 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 3439, "end": 3447 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 4883, "end": 4891 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 3319, "end": 3326 }, { "text": "H. capsulatum", "label": "SPECIES", "start": 3666, "end": 3679 }, { "text": "clinicians", "label": "HUMAN", "start": 3150, "end": 3160 }, { "text": "Coccidiodes posadasii", "label": "SPECIES", "start": 3683, "end": 3704 }, { "text": "Coccidiodes posadasii", "label": "SPECIES", "start": 3954, "end": 3975 }, { "text": "Prof", "label": "HUMAN", "start": 3706, "end": 3710 }, { "text": "Mycology", "label": "SPECIES", "start": 3742, "end": 3750 }, { "text": "Mycology", "label": "SPECIES", "start": 4537, "end": 4545 }, { "text": "histoplasmin", "label": "SPECIES", "start": 4370, "end": 4382 }, { "text": "histoplasmin", "label": "SPECIES", "start": 4619, "end": 4631 }, { "text": "Histoplasmin", "label": "SPECIES", "start": 4833, "end": 4845 }, { "text": "histoplasmin", "label": "SPECIES", "start": 5017, "end": 5029 }, { "text": "histoplasmin", "label": "SPECIES", "start": 5173, "end": 5185 }, { "text": "coccidiodin", "label": "SPECIES", "start": 4387, "end": 4398 }, { "text": "coccidiodin", "label": "SPECIES", "start": 4667, "end": 4678 }, { "text": "Coccidiodin", "label": "SPECIES", "start": 5065, "end": 5076 }, { "text": "Coccidiodin", "label": "SPECIES", "start": 5456, "end": 5467 }, { "text": "girls", "label": "HUMAN", "start": 5264, "end": 5269 }, { "text": "Girls", "label": "HUMAN", "start": 5395, "end": 5400 }, { "text": "antifungal", "label": "SPECIES", "start": 5541, "end": 5551 }, { "text": "sisters", "label": "HUMAN", "start": 5632, "end": 5639 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 5704, "end": 5711 }, { "text": "girls", "label": "HUMAN", "start": 5526, "end": 5531 } ]

[ "A", "33", "year", "old", "woman", "under", "gynaecological", "examination", "for", "secondary", "amenorrhoea", "with", "a", "normal", "pituitary", "profile", "and", "previous", "episodes", "of", "pelvic", "inflammatory", "disease", ".", "Given", "that", "the", "hormonal", "profile", "was", "completely", "normal", "and", "she", "was", "not", "deprived", "by", "high-dose", "hormonal", "treatment", ",", "an", "endometrial", "origin", "of", "the", "amenorrhoea", "was", "suspected", ".", "She", "had", "no", "drug", "allergies", "or", "other", "medical", "history", "of", "interest", ".", "On", "genital", "examination", "she", "had", "a", "vaginal", "ulcer", ",", "cervix", "with", "periorificial", "ectopia", "bleeding", "on", "contact", "and", "leucorrhoea", "of", "non-pathological", "appearance", ".", "Gynaecology", "requested", "an", "endometrial", "biopsy", "for", "study", "and", "cultures", "of", "the", "vaginal", "ulcer", ".", "She", "was", "referred", "to", "the", "Internal", "Medicine", "outpatient", "clinic", "from", "Gynaecology", "after", "finding", "the", "anatomopathological", "result", "of", "the", "endometrial", "biopsy", "(", "see", "attached", "image", ")", ":", "fragments", "of", "endometrial", "mucosa", "in", "which", "an", "epithelium", "with", "an", "initial", "secretory", "pattern", "is", "observed", ",", "highlighting", "the", "presence", "of", "a", "lymphoid", "infiltrate", "in", "the", "endometrial", "stroma", "together", "with", "frequent", "granulomas", ",", "without", "necrosis", ",", "in", "which", "the", "presence", "of", "numerous", "Langerhans-type", "giant", "cells", "can", "be", "observed", ".", "The", "study", "with", "special", "techniques", "(", "Zhiel-Neelsen", ")", "did", "not", "show", "the", "existence", "of", "acid-alcohol", "resistant", "bacterial", "organisms", ";", "with", "a", "conclusive", "anatomopathological", "diagnosis", "of", "granulomatous", "endometritis", ".", "Treatment", "was", "started", "with", "isoniazid", ",", "rifampicin", ",", "pyrazinamide", "and", "ethambutol", ",", "pending", "the", "results", "of", "the", "Mantoux", "test", "and", "the", "culture", "of", "mycobacteria", "in", "a", "vaginal", "sample", ".", "The", "patient", "remained", "asymptomatic", ",", "although", "she", "continued", "to", "have", "amenorrhoea", ".", "Subsequently", ",", "the", "results", "of", "the", "Mantoux", "test", "(", "15", "mm", ")", "and", "mycobacterial", "culture", "in", "the", "vaginal", "specimen", "were", "positive", "for", "Mycobacterium", "bovis", "sensitive", "to", "streptomycin", ",", "ethambutol", ",", "isoniazid", "and", "rifampicin", ",", "and", "resistant", "to", "pyrazinamide", ".", "Therefore", ",", "pyrazinamide", "was", "discontinued", "leaving", "the", "patient", "on", "3", "drugs", "for", "a", "total", "duration", "of", "9", "months", ".", "Mycobacterium", "bovis", "also", "grew", "in", "the", "Löwenstein-Jensen", "culture", "medium", ".", "After", "antibiotic", "treatment", "the", "resolution", "of", "the", "endometritis", "and", "granulomatous", "vaginitis", "due", "to", "Mycobacterium", "bovis", "was", "resolved", "and", "the", "patient", "has", "evolved", "satisfactorily", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 19 }, { "text": "mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 1458, "end": 1470 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1496, "end": 1503 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1862, "end": 1869 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2124, "end": 2131 }, { "text": "Mycobacterium bovis", "label": "SPECIES", "start": 1693, "end": 1712 }, { "text": "Mycobacterium bovis", "label": "SPECIES", "start": 1915, "end": 1934 }, { "text": "Mycobacterium bovis", "label": "SPECIES", "start": 2083, "end": 2102 } ]

[ "We", "present", "the", "case", "of", "a", "14-year-old", "adolescent", "who", "since", "2015", "has", "presented", "with", "episodes", "of", "RLE", "following", "stings", "by", "unidentified", "hymenoptera", ".", "On", "one", "occasion", "the", "reaction", "affected", "2", "contiguous", "joints", ".", "No", "associated", "systemic", "symptoms", ".", "She", "required", "emergency", "department", "attendance", "where", "she", "received", "treatment", "with", "corticosteroids", "and", "oral", "antihistamines", "with", "improvement", "in", "5", "days", ".", "Results", ":", "PC", "in", "prick", "test", "with", "negative", "result", ",", "PC", "in", "Intradermal", "reaction", "against", "Polistes", "dominulus", "(", "0", ".", "01", "μg", "/", "ml", ")", "4", "mm", ",", "against", "Apis", "mellifera", "and", "Vespula", "spp", "(", "1", "μg", "/", "ml", ")", "3", "mm", ",", "histamine", "3", "mm", ".", "In", "vitro", "study", ":", "basal", "tryptase", "3", ".", "7", "μg", "/", "L", ".", "Total", "IgE", "284", ".", "1", "KU", "/", "L", ",", "specific", "IgE", ":", "bee", "6", ".", "15", ",", "Polistes", "spp", "3", ".", "16", ",", "Vespula", "spp", "3", ".", "30", "and", "Polistes", "dominulus", "4", ".", "09", "KU", "/", "L", ".", "sIgE", "by", "components", ":", "Apim1", "0", ".", "03", ",", "Apim2", "0", ".", "85", ",", "Apim4", "0", ",", "Vesv1", "0", ".", "16", ",", "Vesv5", "0", ".", "02", ",", "Pold1", "0", ".", "48", ",", "Pold5", "0", ".", "14", ",", "Peroxidase", "CCD", "3", ".", "76", "KUA", "/", "L", ".", "Conclusions", ":", "After", "performing", "the", "allergological", "study", ",", "it", "shows", "a", "triple", "sensitisation", "in", "sIgE", "by", "Immunocap", "to", "bees", "and", "vespids", ".", "After", "the", "extension", "of", "the", "study", "by", "ADVIA", "technique", "by", "components", ",", "the", "diagnosis", "was", "made", ",", "suggesting", "an", "allergy", "to", "Apis", "and", "Polistes", ".", "The", "double", "positivity", "to", "Apis", "and", "Vespula", "is", "probably", "due", "to", "hyaluronidase", "and", "/", "or", "CCD", "sensitisation", ".", "Sensitisation", "to", "CCD", "could", "justify", "the", "triple", "sIgE", "sensitisation", "to", "Apis", ",", "Vespula", "and", "Polistes", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0 ]

[ { "text": "adolescent", "label": "HUMAN", "start": 37, "end": 47 }, { "text": "hymenoptera", "label": "SPECIES", "start": 131, "end": 142 }, { "text": "bee", "label": "SPECIES", "start": 653, "end": 656 }, { "text": "Polistes dominulus", "label": "SPECIES", "start": 467, "end": 485 }, { "text": "Polistes dominulus", "label": "SPECIES", "start": 703, "end": 721 }, { "text": "Apis mellifera", "label": "SPECIES", "start": 513, "end": 527 }, { "text": "Vespula spp", "label": "SPECIES", "start": 532, "end": 543 }, { "text": "Vespula spp", "label": "SPECIES", "start": 682, "end": 693 }, { "text": "Polistes spp", "label": "SPECIES", "start": 663, "end": 675 }, { "text": "Apis", "label": "SPECIES", "start": 513, "end": 517 }, { "text": "Polistes", "label": "SPECIES", "start": 467, "end": 475 }, { "text": "Polistes", "label": "SPECIES", "start": 663, "end": 671 }, { "text": "Polistes", "label": "SPECIES", "start": 703, "end": 711 }, { "text": "Vespula", "label": "SPECIES", "start": 532, "end": 539 }, { "text": "Vespula", "label": "SPECIES", "start": 682, "end": 689 }, { "text": "bees", "label": "SPECIES", "start": 974, "end": 978 }, { "text": "Apis", "label": "SPECIES", "start": 1108, "end": 1112 }, { "text": "Polistes", "label": "SPECIES", "start": 1117, "end": 1125 }, { "text": "Apis", "label": "SPECIES", "start": 1152, "end": 1156 }, { "text": "Vespula", "label": "SPECIES", "start": 1161, "end": 1168 }, { "text": "Apis", "label": "SPECIES", "start": 1296, "end": 1300 }, { "text": "Polistes", "label": "SPECIES", "start": 1314, "end": 1322 }, { "text": "Vespula", "label": "SPECIES", "start": 1302, "end": 1309 } ]