Datasets:

---

Praise2112

/

LivingNER

like 1

[ "Anamnesis", "84-year-old", "woman", ",", "drug", "reaction", "to", "azithromycin", ",", "with", "no", "confirmed", "allergy", ",", "with", "a", "personal", "history", "of", "hypertension", ",", "type", "2", "diabetes", "mellitus", ",", "dyslipidaemia", "and", "transient", "ischaemic", "attack", "of", "the", "motor", "aphasia", "type", "in", "2011", ".", "She", "came", "to", "the", "emergency", "department", "with", "severe", "headache", "and", "persistent", "vomiting", "in", "the", "last", "48", "hours", ",", "as", "well", "as", "behavioural", "alterations", ",", "oscillations", "in", "the", "level", "of", "consciousness", "and", "self-limited", "episodes", "of", "difficulty", "in", "moving", "her", "right", "limbs", "and", "impaired", "speech", ".", "She", "also", "reports", "a", "dystrophic", "sensation", "and", "anorexia", ",", "with", "no", "infectious", "symptoms", "of", "any", "device", ".", "Physical", "examination", "Blood", "pressure", "100", "/", "50", "mmHg", ",", "heart", "rate", "100", "bpm", ",", "oxygen", "saturation", "96", "%", ".", "Temperature", "36", ".", "5", "oC", ".", "Conscious", ",", "regular", "general", "condition", ",", "mucocutaneous", "pallor", ".", "Well", "hydrated", ".", "Cardiac", "auscultation", ":", "rhythmic", "tones", "without", "murmurs", ".", "Respiratory", "auscultation", ":", "vesicular", "murmur", "preserved", "in", "all", "lung", "fields", ".", "Abdomen", "soft", ",", "depressible", ",", "without", "masses", "or", "organomegaly", ".", "Preserved", "hydro-aerial", "sounds", ".", "Lower", "extremities", "without", "oedema", "or", "signs", "of", "deep", "vein", "thrombosis", ".", "Neurological", "examination", ":", "bradypsychia", "with", "occasional", "difficulty", "in", "understanding", "and", "carrying", "out", "simple", "commands", ",", "language", "preserved", "but", "with", "occasional", "limitations", "in", "comprehension", "and", "sometimes", "somewhat", "incongruent", "response", ".", "Limitation", "in", "abduction", "of", "both", "eyes", "suggestive", "of", "bilateral", "sixth", "nerve", "paresis", ".", "Mild", "right", "central", "facial", "paresis", ".", "Muscle", "balance", "in", "the", "right", "extremities", "4", "/", "5", ",", "left", "without", "alterations", ".", "Osteotendinous", "reflexes", "present", "and", "symmetrical", ".", "Sensibility", "without", "alterations", ".", "Complementary", "tests", "-", "Urgent", "blood", "tests", ":", "haemoglobin", "9", ".", "3", "g", "/", "dl", ",", "haematocrit", "28", ".", "6", "%", ",", "mean", "corpuscular", "volume", "105", ".", "8", "fl", ",", "leukocytes", "11", ".", "4", "mil", "/", "mm3", ",", "platelets", "4", "mil", "/", "mm3", ",", "total", "bilirubin", "1", ".", "4", "mg", "/", "dl", ",", "direct", "bilirubin", "0", ".", "3", "mg", "/", "dl", ",", "total", "protein", "6", ".", "1", "g", "/", "dl", ",", "lactate", "dehydrogenase", "1", ".", "645", "IU", "/", "l", ",", "sodium", "131", ".", "5", "mEq", "/", "l", ",", "calcium", "7", ".", "8", "mg", "/", "dl", ",", "ionic", "calcium", "1", ".", "1", "mmol", "/", "l", ",", "with", "other", "biochemistry", "and", "coagulation", "normal", ".", "Urine", ":", "bacterial", "flora", "2", "+", ",", "proteinuria", "2", "+", ".", "-", "Deferred", "blood", "tests", ":", "haemoglobin", "12", ".", "5", "g", "/", "dl", ",", "haematocrit", "33", ".", "7", "%", ",", "mean", "corpuscular", "volume", "102", ".", "3", "fl", ",", "reticulocytes", "12", ".", "09", "%", ",", "reticulocytes", "269", ".", "4", "mil", "/", "mm3", ",", "leucocytes", "14", "mil", "/", "mm3", ",", "platelets", "57", "mil", "/", "mm3", ".", "Peripheral", "blood", "morphology", ":", "schistocytes", "3-4", "and", "spherocytes", "2", "%", ".", "Haptoglobin", "7", ".", "56", "mg", "/", "dl", ".", "Cellular", "immunity", "study", ",", "immunoglobulins", ",", "complement", ",", "autoimmunity", "study", ",", "serology", "(", "brucella", ",", "toxoplasma", ",", "human", "immunodeficiency", "virus", ",", "Epstein-Barr", "virus", ",", "cytomegalovirus", ",", "herpes", "simplex", "virus", ",", "varicella", "zoster", "virus", "and", "borrelia", ")", ",", "vitamin", "B12", "and", "folic", "acid", "without", "alterations", ".", "-", "Blood", "tests", "at", "discharge", ":", "haemoglobin", "10", ".", "3", "g", "/", "dl", ",", "haematocrit", "31", ".", "6", "%", ",", "mean", "corpuscular", "volume", "105", "fl", ",", "leukocytes", "12", ".", "7", "mil", "/", "mm3", ",", "platelets", "202", "mil", "/", "mm3", ".", "-", "Urgent", "brain", "MRI", ":", "no", "significant", "alterations", ".", "Diagnosis", "Thrombotic", "thrombocytopenic", "purpura", ".", "Treatment", "Platelet", "transfusion", ".", "Red", "blood", "cell", "transfusion", ".", "Plasmapheresis", ".", "Levetiracetam", "500", "mg", "every", "12", "hours", ",", "and", "calcium", ".", "Evolution", "Given", "the", "clinical", "instability", "of", "the", "patient", ",", "it", "was", "decided", "to", "admit", "her", "to", "the", "Intensive", "Care", "Unit", "for", "study", "and", "evolutionary", "control", ".", "On", "admission", ",", "transfusion", "of", "red", "blood", "cell", "and", "platelet", "concentrates", "was", "started", "and", "treatment", "with", "intravenous", "corticoids", ",", "anti-epileptic", "drugs", "(", "levetiracetam", "500", "mg", "every", "12", "hours", ")", "and", "calcium", "was", "initiated", ",", "after", "which", "the", "patient", "improved", "clinically", ",", "with", "disappearance", "of", "the", "focal", "point", ".", "Due", "to", "the", "persistence", "of", "the", "alteration", "in", "the", "analytical", "parameters", ",", "the", "case", "was", "assessed", "jointly", "with", "Haematology", ",", "which", "recommended", "daily", "plasmapheresis", "(", "15", "in", "total", ")", ".", "After", "stabilisation", "of", "the", "clinical", "picture", ",", "the", "patient", "was", "transferred", "to", "the", "Haematology", "Department", ".", "With", "good", "general", "condition", "and", "recovery", "of", "analytical", "figures", ",", "she", "was", "discharged", "home", "after", "30", "days", "of", "hospitalisation", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 27 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 94, "end": 102 }, { "text": "bacterial flora", "label": "SPECIES", "start": 1972, "end": 1987 }, { "text": "borrelia", "label": "SPECIES", "start": 2516, "end": 2524 }, { "text": "brucella", "label": "SPECIES", "start": 2378, "end": 2386 }, { "text": "cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 2450, "end": 2465 }, { "text": "toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 2388, "end": 2398 }, { "text": "Epstein-Barr virus", "label": "SPECIES", "start": 2430, "end": 2448 }, { "text": "herpes simplex virus", "label": "SPECIES", "start": 2467, "end": 2487 }, { "text": "human immunodeficiency virus", "label": "SPECIES", "start": 2400, "end": 2428 }, { "text": "varicella zoster virus", "label": "SPECIES", "start": 2489, "end": 2511 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2997, "end": 3004 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3324, "end": 3331 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3614, "end": 3621 } ]

[ "Anamnesis", "A", "67-year-old", "male", "patient", "with", "intolerance", "to", "ciprofloxacin", "and", "allergy", "to", "iodinated", "contrasts", "and", "topical", "iodine", ".", "Diagnosed", "with", "terminal", "chronic", "renal", "failure", "secondary", "to", "saturnism", ",", "on", "peritoneal", "dialysis", "since", "May", "2005", ".", "Total", "left", "hip", "prosthesis", "in", "April", "2005", "and", "right", "hip", "in", "May", "2006", ".", "Arterial", "hypertension", "and", "nephrogenic", "anaemia", "treated", "with", "erythropoietin", ".", "Renal", "transplant", "from", "functioning", "cadaveric", "donor", ",", "urinary", "tract", "infection", "with", "Acinetobacter", "baumannii", "and", "microangiopathic", "haemolytic", "anaemia", "in", "relation", "to", "anticalcineurinics", "in", "May", "2007", ".", "Post-transplant", "urinary", "fistula", "treated", "with", "double", "J", "and", "bladder", "catheter", ",", "infection", "of", "the", "drainage", "by", "Stenotrophomonas", "maltophilia", "and", "Candida", "albicans", "in", "September", "2005", ".", "Significant", "stenosis", "of", "the", "middle", "portion", "of", "the", "renal", "artery", "treated", "with", "angioplasty", "and", "endovascular", "stent", "in", "December", "2007", ".", "On", "March", "10", ",", "2008", ",", "he", "came", "to", "the", "emergency", "department", "for", "a", "clinical", "picture", "of", "72", "hours", "of", "evolution", "characterised", "by", "progressive", "deterioration", "of", "the", "general", "condition", "and", "abdominal", "pain", ",", "with", "preserved", "diuresis", "and", "no", "fever", ".", "Physical", "examination", "Blood", "pressure", "130", "/", "70", "mmHg", ".", "Afebrile", ".", "Weight", ":", "75", "kg", ".", "Conscious", "and", "oriented", ".", "Acceptable", "general", "condition", ".", "No", "palpable", "goitre", "or", "adenopathy", ",", "no", "jugular", "ingurgitation", ".", "Cardiac", "auscultation", "rhythmic", "and", "without", "murmurs", ".", "Abdomen", "soft", ",", "painful", "on", "palpation", "in", "the", "area", "of", "the", "graft", "(", "right", "iliac", "fossa", ")", ".", "Extremities", ":", "no", "oedema", ",", "no", "evidence", "of", "deep", "vein", "thrombosis", ",", "pulses", "present", ".", "Complementary", "tests", "-", "Laboratory", "tests", ":", "urea", "276", "mg", "/", "dl", ",", "sodium", "124", "mEq", "/", "l", ",", "potassium", "6", ".", "2", "mEq", "/", "l", ",", "plasma", "creatinine", "6", ".", "24", "mg", "/", "dl", ",", "haemoglobin", "14", ".", "8", "g", "/", "dl", ",", "haematocrit", "44", ".", "8", "%", ",", "11", ",", "000", "leukocytes", "/", "mm3", ".", "-", "Abdominal-pelvic", "ultrasound", ":", "pyelocaliceal", "and", "ureteral", "dilatation", "of", "the", "renal", "graft", ",", "with", "no", "objective", "cause", ".", "-", "Chest", "and", "abdominal", "X-ray", ":", "no", "alterations", ".", "-", "Urine", "culture", ":", "negative", ".", "Diagnosis", "Obstructive", "uropathy", "of", "the", "renal", "graft", ".", "Treatment", "and", "evolution", "It", "was", "decided", "to", "admit", "him", "for", "study", "and", "treatment", ".", "On", "13", "March", "2008", ",", "prior", "to", "percutaneous", "nephrostomy", "placement", "under", "ultrasound", "guidance", ",", "in", "addition", "to", "pyeloureteral", "dilatation", ",", "a", "pulsatile", "mass", "was", "observed", "in", "the", "paragraft", "area", ",", "so", "the", "procedure", "was", "suspended", ".", "A", "new", "Doppler", "ultrasound", "scan", "showed", "an", "image", "compatible", "with", "an", "iliac", "pseudoaneurysm", ".", "An", "arteriography", "with", "gadolinium", "was", "performed", ",", "which", "showed", "a", "5-6", "cm", "pseudoaneurysm", "of", "the", "graft", "artery", ",", "with", "displacement", "of", "the", "stent", ",", "which", "was", "in", "the", "area", "of", "the", "anastomosis", ".", "Emergency", "surgery", "was", "performed", ",", "after", "antibiotic", "prophylaxis", "with", "vancomycin", "and", "imipenem", ".", "A", "transplantectomy", "and", "femoral-femoral", "bypass", "were", "performed", ".", "A", "few", "hours", "after", "arriving", "at", "the", "Resuscitation", "Unit", "she", "suffered", "haemodynamic", "instability", "with", "severe", "anaemia", ".", "Surgical", "revision", "was", "decided", ",", "finding", "a", "large", "amount", "of", "blood", "in", "the", "abdominal", "cavity", "and", "incoercible", "bleeding", ",", "which", "was", "not", "controlled", "with", "haemostatic", "manoeuvres", ",", "so", "packing", "and", "closure", "manoeuvres", "were", "performed", ".", "The", "patient", "died", "3", "hours", "after", "reintervention", "due", "to", "hypovolemic", "shock", "related", "to", "possible", "disseminated", "intravascular", "coagulation", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Acinetobacter baumannii", "label": "SPECIES", "start": 457, "end": 480 }, { "text": "Candida albicans", "label": "SPECIES", "start": 706, "end": 722 }, { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 36 }, { "text": "Stenotrophomonas maltophilia", "label": "SPECIES", "start": 673, "end": 701 }, { "text": "donor", "label": "HUMAN", "start": 421, "end": 426 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 29, "end": 36 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2974, "end": 2981 } ]

[ "Miguel", "is", "a", "patient", "who", "started", "his", "treatment", "a", "few", "months", "ago", "at", "the", "Dual", "Pathology", "Centre", ",", "a", "hospital", "resource", "in", "which", "the", "first", "part", "of", "the", "course", "of", "treatment", "is", "in", "isolation", ",", "which", "becomes", "progressively", "less", "rigid", "as", "the", "days", "go", "by", ".", "Miguel", "is", "24", "years", "old", ",", "works", "as", "a", "salesman", "for", "a", "telephone", "company", "and", "has", "completed", "primary", "school", ".", "He", "was", "referred", "from", "an", "outpatient", "care", "centre", "specialising", "in", "dependency", "in", "order", "to", "follow", "a", "treatment", "programme", "for", "his", "cocaine", "and", "cannabis", "dependency", ",", "as", "well", "as", "to", "assess", "the", "possible", "existence", "of", "dual", "pathology", ",", "as", "they", "detect", "a", "certain", "suspicion", "and", "susceptibility", ",", "always", "in", "the", "context", "of", "the", "consumption", "of", "both", "substances", ".", "This", "is", "a", "voluntary", "admission", "motivated", "by", "the", "patient", "'", "s", "assessment", "of", "the", "lack", "of", "control", "over", "consumption", ".", "He", "started", "using", "cannabis", "at", "the", "age", "of", "twelve", ",", "presenting", "abuse", "criteria", "from", "the", "beginning", ".", "At", "the", "age", "of", "15", ",", "his", "consumption", "increased", "to", "10-12", "joints", "a", "day", ",", "a", "consumption", "that", "has", "continued", "until", "the", "present", "day", ".", "Intranasal", "cocaine", "use", "since", "the", "age", "of", "18", "with", "a", "weekend", "pattern", ".", "At", "the", "age", "of", "22", "he", "changed", "the", "pattern", ",", "increasing", "the", "frequency", "and", "quantity", "of", "use", ".", "Since", "February", "2005", "he", "has", "been", "in", "treatment", "in", "an", "outpatient", "facility", ".", "At", "that", "time", "he", "started", "outpatient", "treatment", "in", "a", "therapeutic", "community", "where", "he", "requested", "voluntary", "discharge", "in", "one", "week", ".", "He", "also", "consumes", "alcohol", "occasionally", ",", "sporadically", "in", "association", "with", "other", "substances", ".", "His", "treatment", "on", "admission", "consisted", "of", "aripiprazole", "15", "mg", "/", "day", "and", "gabapentin", "600", "mg", "/", "day", ".", "Other", "antecedents", "were", "a", "polytraumatism", "due", "to", "a", "traffic", "accident", "three", "years", "ago", "(", "without", "TBI", ")", "and", "pulmonary", "tuberculosis", "resolved", "after", "treatment", "two", "years", "ago", ".", "Nasal", "septum", "injury", "due", "to", "cocaine", "inhalation", ".", "Psychopathological", "examination", "during", "admission", "shows", "no", "significant", "variations", ":", "He", "was", "conscious", ",", "oriented", "in", "time", ",", "space", "and", "person", ".", "Approachable", "and", "cooperative", ",", "although", "somewhat", "restless", ".", "Fluent", "and", "coherent", "speech", ".", "No", "sensory-perceptual", "alterations", ",", "nor", "alterations", "in", "the", "form", "or", "content", "of", "thought", "or", "in", "the", "sphere", "of", "the", "self", ".", "Euthymic", "and", "emotionally", "reactive", ",", "although", "with", "floating", "anxiety", ".", "No", "cognitive", "alterations", "that", "impair", "his", "capacity", "for", "judgement", ".", "Minimises", "the", "consequences", "of", "consumption", ",", "with", "fantasies", "of", "control", "over", "consumption", ".", "Partial", "awareness", "of", "illness", ".", "No", "self", "-", "or", "heteroaggressive", "ideation", ".", "Limited", "capacity", "for", "introspection", ".", "Empathic", "contact", ".", "Clinical", "judgement", "Mental", "and", "behavioural", "disorders", "due", "to", "cannabis", "use", "(", "F14", ".", "2", ")", ".", "Evolution", "Miguel", "adapted", "to", "the", "unit", ",", "presenting", "no", "problems", "with", "his", "peers", "or", "the", "team", ".", "He", "started", "participating", "in", "the", "therapies", "correctly", ",", "however", "he", "continued", "with", "fantasies", "about", "controlling", "his", "consumption", ",", "being", "ambivalent", "about", "his", "decision", "to", "give", "up", "cannabis", ".", "In", "the", "last", "week", "there", "was", "a", "progressive", "increase", "in", "anxiety", ",", "despite", "the", "adjustment", "of", "the", "pharmacological", "treatment", "to", "try", "to", "counteract", "it", ".", "Finally", ",", "on", "the", "tenth", "day", ",", "he", "repeatedly", "expressed", "his", "decision", "to", "leave", "the", "centre", ".", "She", "claims", "that", "she", "prefers", "her", "mother", "'", "s", "food", "to", "that", "of", "the", "hospital", ".", "He", "understands", "the", "consequences", "of", "his", "discharge", "but", "does", "not", "admit", "to", "requesting", "it", "in", "order", "to", "continue", "with", "his", "consumption", ".", "The", "absence", "of", "productive", "psychopathology", "during", "admission", "leads", "us", "to", "think", "that", "the", "suspicion", "and", "other", "psychopathological", "alterations", "suspected", "by", "the", "outpatient", "centre", "may", "be", "due", "solely", "to", "cannabis", "use", "and", "not", "to", "an", "underlying", "pathology", ".", "The", "patient", "is", "discharged", "voluntarily", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 476, "end": 484 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 802, "end": 810 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 12, "end": 19 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 723, "end": 730 }, { "text": "person", "label": "HUMAN", "start": 1870, "end": 1876 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 2481, "end": 2489 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 2764, "end": 2772 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 3394, "end": 3402 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 3034, "end": 3040 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3447, "end": 3454 } ]

[ "Anamnesis", "A", "61-year-old", "female", "patient", "with", "a", "history", "of", "long-standing", "cervical", "and", "mechanical", "back", "pain", "who", "a", "week", "before", "admission", "presented", "with", "acute", "cervico-dorsal", "pain", "of", "moderate", "intensity", "that", "did", "not", "subside", "with", "conventional", "analgesia", ",", "associated", "with", "loss", "of", "global", "strength", "of", "the", "right", "upper", "limb", "(", "MSD", ")", "of", "acute", "onset", "within", "a", "few", "hours", ".", "She", "went", "to", "the", "emergency", "department", "and", "a", "cranial", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", "scan", "was", "performed", ",", "which", "was", "normal", ".", "In", "the", "following", "days", ",", "she", "had", "difficulty", "walking", "due", "to", "distal", "weakness", "of", "both", "lower", "limbs", ",", "as", "well", "as", "distal", "corking", "of", "the", "lower", "limbs", ",", "and", "finally", ",", "she", "reported", "difficulty", "initiating", "urination", "and", "only", "urinating", "small", "amounts", ".", "In", "addition", ",", "she", "has", "had", "persistent", "constipation", ",", "requiring", "the", "administration", "of", "a", "micro-enema", ".", "The", "patient", "denies", "any", "history", "of", "trauma", ",", "infection", "or", "recent", "vaccination", ",", "nor", "insect", "or", "animal", "bites", ".", "Personal", "history", ":", "no", "adverse", "drug", "reactions", ",", "intolerance", "to", "amoxicillin", "/", "clavulanic", "acid", ".", "No", "toxic", "habits", ".", "Hypertension", "under", "treatment", "with", "enalapril", ".", "Surgical", "interventions", ":", "hysterectomy", "for", "uterine", "myoma", "17", "years", "ago", ".", "Baseline", "situation", ":", "autonomous", "for", "basic", "activities", "of", "daily", "living", ".", "Physical", "examination", "Admission", "findings", ":", "blood", "pressure", "154", "/", "89", "mmHg", ",", "heart", "rate", "80", "bpm", ",", "temperature", "35", ".", "1", ",", "O2", "saturation", "97", "%", "at", "baseline", ".", "Good", "general", "condition", ",", "well", "perfused", "and", "hydrated", ",", "good", "skin", "and", "mucous", "membrane", "colouring", ".", "Head", "and", "neck", ":", "normal", ",", "carotid", "beats", "rhythmic", "and", "symmetrical", ".", "Pulmonary", "auscultation", ":", "preserved", "vesicular", "murmur", "without", "added", "noise", ".", "Cardiac", "auscultation", ":", "rhythmic", "at", "90", "bpm", ",", "no", "murmurs", "or", "extratonos", ".", "Abdomen", ":", "soft", ",", "depressible", ",", "not", "painful", "spontaneously", "or", "on", "palpation", ",", "no", "palpable", "masses", "or", "organomegaly", "(", "bladder", "catheterisation", ")", ".", "Decreased", "bowel", "sounds", ".", "MMII", ":", "paedial", "pulses", "present", ",", "no", "oedema", ",", "no", "signs", "of", "deep", "vein", "thrombosis", ".", "Neurological", "examination", ":", "in", "the", "motor", "system", ",", "there", "was", "global", "weakness", "of", "the", "MSD", "(", "2", "-", "3", "/", "5", ")", "with", "flaccid", "hypotonia", "at", "this", "level", ".", "Paraparesis", "MMII", "4", "-", "/", "5", "proximal", "and", "4", "+", "/", "5", "distal", ",", "with", "preserved", "muscle", "tone", ".", "Osteotendinous", "reflexes", "(", "ROT", ")", "exalted", "in", "MMII", "with", "cutaneous-planatr", "reflex", "right", "extensor", "in", "withdrawal", "and", "left", "initiates", "extension", ".", "ROT", "abolished", "in", "the", "MSD", "and", "very", "diminished", "in", "the", "left", "upper", "limb", "(", "MSI", ")", ".", "Tactile-algesic", "hypoaesthesia", "especially", "in", "the", "left", "lower", "limb", "(", "LLM", ")", ",", "without", "being", "able", "to", "delimit", "a", "clear", "sensory", "level", ".", "Normal", "arthrokinetic", "proprioceptive", "sensitivity", ".", "Normal", "cranial", "nerves", ",", "cerebellum", "and", "coordination", ":", "normal", "in", "MMII", "and", "MSI", ",", "very", "artefactual", "in", "MSD", "due", "to", "motor", "deficit", ".", "Complementary", "tests", "-", "Blood", "tests", ":", "haemogram", ",", "coagulation", ",", "biochemistry", "with", "hepatic", "and", "renal", "profile", "within", "normal", "limits", ".", "C-reactive", "protein", "(", "CRP", ")", ":", "normal", ".", "-", "Chest", "X-ray", ":", "normal", ".", "-", "Electrocardiogram", "(", "ECG", ")", ":", "normal", ".", "-", "Serology", "negative", "for", "Mycoplasma", ",", "lupus", ",", "Borrelia", ",", "human", "immunodeficiency", "virus", "and", "neurotropic", "virus", ".", "-", "Cranial", "magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", ":", "normal", ".", "-", "Cervico-dorsal", "MRI", ":", "intramedullary", "lesion", "located", "in", "the", "lateral", "cord", ",", "at", "the", "level", "of", "C5-C6", ",", "27", "mm", "long", "and", "7", "mm", "in", "maximum", "transverse", "diameter", ".", "Its", "signal", "is", "hyperintense", "on", "T2", ".", "No", "paravertebral", "masses", "are", "seen", ".", "Vertebral", "bodies", "of", "normal", "morphology", "and", "signal", "intensity", ".", "Cervical", "intervertebral", "discs", "of", "normal", "morphology", ",", "height", "and", "signal", "intensity", ",", "with", "no", "evidence", "of", "disc", "herniation", "or", "protrusion", ".", "Discrete", "loss", "of", "signal", "intensity", "in", "the", "D2-D3", "disc", "in", "relation", "to", "dehydration", ".", "Conclusion", ":", "C5-C6", "intramedullary", "cavernous", "angioma", "with", "extensive", "cervicodorsal", "acute", "subacute", "myelitis", ".", "She", "was", "assessed", "by", "the", "neurosurgery", "department", "of", "another", "hospital", ",", "which", "proposed", "spinal", "angiography", ",", "which", "the", "patient", "refused", "for", "the", "time", "being", ".", "Diagnosis", "-", "Acute", "non-traumatic", "myelopathy", "of", "vascular", "cause", "secondary", "to", "right", "C5-C6", "intramedullary", "cavernous", "angioma", ".", "-", "Neuropathic", "pain", "with", "metameric-radicular", "distribution", "at", "C8-T2", "right", "and", "contralateral", "hemitronchus", "and", "IIM", ".", "Treatment", "and", "evolution", "The", "patient", "has", "progressively", "improved", "the", "motor", "deficit", ",", "presenting", "at", "discharge", ":", "mild", "right", "brachial", "paresis", "(", "4", "+", "/", "5", ")", "and", "left", "crural", "(", "4", "+", "/", "5", ")", ",", "although", "she", "can", "walk", "without", "any", "type", "of", "support", ",", "with", "a", "decrease", "in", "thermoalgesic", "sensitivity", "in", "the", "MSD", "and", "the", "MII", "with", "very", "discreet", "alteration", "of", "proprioceptive", "sensitivity", "in", "the", "MII", ".", "During", "admission", ",", "and", "subsequently", "during", "neurological", "follow-up", ",", "the", "patient", "presented", "neuropathic", "pain", "with", "metameric-radicular", "distribution", "at", "the", "level", "of", "right", "C8-T2", "and", "in", "the", "MII", "that", "required", "various", "combinations", "of", "drugs", ":", "gabapentin", "+", "clonazepam", "+", "amitriptyline", ",", "which", "was", "changed", "due", "to", "persistence", "of", "the", "symptoms", "with", "slight", "improvement", "despite", "using", "the", "optimal", "therapeutic", "doses", "of", "trileptal", "+", "pregabalin", "with", "adequate", "response", "until", "the", "present", "time", ".", "When", "trying", "to", "start", "treatment", "with", "carbamazepine", ",", "she", "had", "an", "allergic", "reaction", ",", "so", "it", "was", "discontinued", ".", "The", "patient", "completely", "improved", "her", "urinary", "complaints", ",", "requiring", "treatment", "with", "solifenacin", ",", "and", "also", "her", "intestinal", "complaints", ",", "requiring", "only", "treatment", "with", "micro-enemas", "during", "the", "first", "days", "of", "admission", ".", "Two", "and", "a", "half", "years", "later", ",", "the", "patient", "came", "to", "the", "emergency", "department", "three", "days", "prior", "to", "admission", "for", "cervical", "pain", "and", "cramping", "in", "the", "right", "arm", ",", "making", "it", "impossible", "to", "lift", "it", ",", "as", "well", "as", "pain", ",", "tingling", "and", "cramping", "in", "the", "lower", "limbs", "at", "the", "distal", "level", ",", "making", "it", "impossible", "to", "walk", "properly", ".", "She", "reported", "no", "urinary", "urgency", "or", "constipation", ".", "The", "neurological", "examination", "showed", "the", "following", "data", ".", "Strength", ":", "right", "brachial", "monoparesis", "(", "2", "/", "5", ")", ",", "strength", "preserved", "in", "the", "MMII", ",", "ROT", "alive", "in", "the", "MSD", ",", "slightly", "exalted", "in", "the", "MID", "with", "rapidly", "exhaustible", "clonoid", "right", "achilles", "response", ",", "bilateral", "flexor", "RCP", ".", "Sensitivity", ":", "crossed", "algesic", "tactile", "hypoaesthesia", "in", "the", "MID", "and", "SDM", "with", "very", "discrete", "alteration", "of", "proprioceptive", "sensitivity", "in", "the", "MID", ".", "Preserved", "gait", "without", "support", ",", "including", "heel-toe", "and", "toe-to-toe", ".", "Very", "difficult", "tandem", "gait", "without", "support", ".", "During", "the", "new", "admission", "to", "the", "Neurology", "ward", ",", "another", "cerebral", "and", "cervical-dorsal", "MRI", "study", "was", "performed", ",", "showing", "rebleeding", "of", "the", "intramedullary", "cavernous", "angioma", ".", "The", "patient", "will", "be", "assessed", "again", "in", "the", "neurosurgery", "department", ",", "although", "no", "decision", "has", "been", "made", "regarding", "future", "surgical", "treatment", ".", "On", "discharge", "she", "is", "in", "her", "baseline", "condition", "prior", "to", "the", "second", "admission", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "female patient", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 38 }, { "text": "animal", "label": "SPECIES", "start": 883, "end": 889 }, { "text": "insect", "label": "SPECIES", "start": 873, "end": 879 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 31, "end": 38 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 798, "end": 805 }, { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 897, "end": 905 }, { "text": "vaccination", "label": "SPECIES", "start": 856, "end": 867 }, { "text": "Borrelia", "label": "SPECIES", "start": 2825, "end": 2833 }, { "text": "Mycoplasma", "label": "SPECIES", "start": 2806, "end": 2816 }, { "text": "human immunodeficiency virus", "label": "SPECIES", "start": 2835, "end": 2863 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3646, "end": 3653 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3944, "end": 3951 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4343, "end": 4350 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4848, "end": 4855 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5085, "end": 5092 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6094, "end": 6101 } ]

[ "A", "78-year-old", "man", "with", "a", "mechanical", "mitral", "valve", "since", "2016", "due", "to", "severe", "mitral", "insufficiency", "following", "mitral", "endocarditis", "in", "1986", "and", "bladder", "neoplasia", "under", "study", ".", "He", "consulted", "for", "general", "malaise", ",", "fever", "and", "haematuria", "without", "dysuria", "since", "a", "cystoscopy", "had", "been", "performed", "the", "previous", "week", ".", "Physical", "examination", "revealed", "a", "panfocal", "II", "/", "VI", "systolic", "murmur", "predominantly", "in", "the", "mitral", "focus", "with", "no", "other", "noteworthy", "findings", "and", "laboratory", "tests", "revealed", "discrete", "normocytic", "normochromic", "anaemia", "with", "haemoglobin", "of", "11", ".", "7", "g", "/", "dl", ",", "discrete", "leukocytosis", "of", "9", ",", "690", "/", "mm3", "and", "elevated", "acute", "phase", "reactants", "with", "C-reactive", "protein", "of", "107", ".", "7", "mg", "/", "L", ".", "With", "the", "initial", "diagnosis", "of", "acute", "prostatitis", ",", "empirical", "ciprofloxacin", "was", "started", ".", "Initial", "blood", "cultures", "taken", "in", "the", "ED", "identified", "Streptococccus", "infantarius", "(", "former", "group", "bovis", "biotype", "II", ")", ",", "with", "negative", "urine", "culture", ".", "In", "view", "of", "the", "findings", ",", "antibiotic", "therapy", "was", "changed", "to", "ceftriaxone", ",", "an", "echocardiographic", "study", "was", "requested", "to", "rule", "out", "endocarditis", "and", "control", "blood", "cultures", "were", "taken", ".", "Control", "blood", "cultures", "showed", "Enterococcus", "faecium", "and", "antibiotic", "therapy", "was", "changed", "to", "teicoplanin", "10mg", "/", "kg", "/", "24h", "to", "cover", "both", "bacteria", ".", "Transthoracic", "and", "transesophageal", "echocardiography", "showed", "a", "mobile", "linear", "image", "of", "up", "to", "13", "mm", "in", "the", "anterior", "mitral", "annulus", "suggestive", "of", "vegetation", "originating", "at", "that", "point", "in", "a", "jet", "of", "moderate", "prosthetic", "insufficiency", ".", "The", "findings", "were", "also", "confirmed", "by", "PET-CT", "scan", "describing", "hypermetabolic", "activity", "in", "the", "mitral", "prosthetic", "valve", "with", "no", "other", "significant", "alterations", ".", "In", "view", "of", "the", "microbiological", "findings", ",", "the", "study", "was", "completed", "with", "a", "colonoscopy", "with", "the", "finding", "of", "15", "polyps", "that", "were", "resected", "with", "an", "anatomopathological", "study", "compatible", "with", "low-grade", "dysplasia", "and", "1", "polyp", "with", "high-grade", "dysplasia", ".", "A", "planned", "TUR", "of", "the", "bladder", "neoplasm", "was", "also", "performed", "with", "the", "finding", "of", "low-grade", ",", "non-infiltrating", "pTa", "G2a", "urothelial", "carcinoma", "with", "PET-CT", "without", "locoregional", "adenopathies", "or", "extravesical", "extension", ".", "Given", "the", "diagnosis", "of", "mitral", "prosthetic", "endocarditis", "without", "local", "complications", ",", "6", "weeks", "of", "antibiotic", "treatment", "with", "glycopeptides", "was", "completed", "with", "good", "clinical", "evolution", "and", "with", "negative", "outpatient", "blood", "cultures", "2", "and", "4", "weeks", "after", "completing", "antibiotic", "therapy", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Enterococcus faecium", "label": "SPECIES", "start": 1070, "end": 1090 }, { "text": "bacteria", "label": "SPECIES", "start": 1167, "end": 1175 }, { "text": "Streptococccus infantarius", "label": "SPECIES", "start": 774, "end": 800 } ]

[ "75-year-old", "male", ",", "with", "no", "known", "drug", "allergies", "or", "toxic", "habits", ".", "With", "a", "history", "of", "arterial", "hypertension", ",", "peptic", "ulcus", ",", "pollinosis", "and", "right", "ocular", "prosthesis", ".", "He", "receives", "annual", "flu", "vaccination", "and", "follows", "regular", "treatment", "with", "enalapril", ",", "chlorthalidone", "and", "omeprazole", ".", "He", "was", "admitted", "a", "fortnight", "ago", ",", "after", "returning", "from", "a", "trip", "to", "Benidorm", ",", "for", "presenting", "with", "a", "barely", "productive", "cough", ",", "dyspnoea", "and", "chest", "pain", "with", "mechanical", "characteristics", ",", "as", "well", "as", "intense", "lumbosciatica", "with", "weakness", "in", "the", "lower", "limbs", ",", "progressively", "increasing", "until", "it", "became", "incapacitating", ",", "associated", "with", "arthromyalgia", "and", "generalised", "weakness", ",", "constipation", "and", "hyporexia", ".", "She", "denied", "abdominal", "pain", ",", "fever", ",", "dysthermia", ",", "vomiting", "or", "dysuria", ".", "She", "had", "been", "treated", "with", "corticosteroids", "and", "analgesics", "a", "few", "days", "earlier", "without", "improvement", ".", "On", "physical", "examination", "he", "was", "conscious", "and", "oriented", ",", "slightly", "bradypsychic", ",", "eupneic", "and", "afebrile", ",", "well", "hydrated", "and", "perfused", ".", "On", "arrival", "at", "the", "emergency", "department", ",", "a", "low-grade", "fever", "was", "observed", ".", "Oxygen", "saturation", "91", "%", "with", "FiO2", "0", ".", "21", ".", "No", "neurological", "focality", ",", "nuchal", "rigidity", "or", "meningeal", "signs", ".", "Weakness", "and", "pain", "on", "movement", "of", "the", "right", "limbs", ",", "more", "intense", "in", "the", "lower", "limbs", ".", "Cardiorespiratory", "auscultation", ":", "rhythmic", "with", "normal", "frequency", ",", "very", "weak", "tones", "without", "murmurs", ",", "friction", "or", "extratones", ";", "vesicular", "murmur", "globally", "diminished", "with", "crackles", "in", "the", "bases", ".", "Abdomen", "globular", ",", "soft", "and", "depressible", ",", "slightly", "painful", "to", "palpation", "in", "a", "generalised", "manner", ",", "with", "normal", "bowel", "sounds", ".", "Pustular", "and", "scratching", "lesions", "on", "the", "trunk", ".", "Lower", "limbs", "without", "oedema", "or", "signs", "of", "deep", "vein", "thrombosis", ".", "The", "following", "complementary", "tests", "were", "performed", ":", "CBC", ":", "haemoglobin", "13", ".", "8", "g", "/", "dL", ",", "leucocytes", "16", ",", "880", "/", "mm3", ",", "neutrophils", "92", "%", ",", "platelets", "88", ",", "000", "/", "mm3", ".", "Coagulation", ":", "prothrombin", "activity", "69", "%", ",", "fibrinogen", "12", ".", "g", "/", "L", ",", "D-dimer", "2845", "ng", "/", "mL", ".", "GOT", "93", "U", "/", "L", ",", "GPT", "137", "U", "/", "L", ",", "GGT", "267", "U", "/", "L", ",", "amylase", "126", "U", "/", "L", ",", "rest", "normal", "CRP", ":", "410", "mg", "/", "l", ".", "ESR", "133", "mm", "/", "h", ".", "Procalcitonin", "1", ".", "8", "ng", "/", "ml", ".", "Proteinogram", ":", "increased", "alpha-globulins", "and", "polyclonal", "hypergemaglobulinaemia", "Immunoglobulins", ":", "increased", "IgG", "and", "IgA", ".", "Immunofixation", "on", "three", "occasions", "normal", ".", "Tumour", "markers", "(", "AFP", ",", "CEA", ",", "Ca-19", ".", "9", "and", "PSA", ")", "normal", ".", "Immunology", ":", "ANA", "and", "anti-DNA", "negative", ".", "ANCA", "positive", "with", "atypical", "perinuclear", "pattern", "on", "two", "occasions", ",", "with", "negative", "pANCA", "and", "c-ANCA", ".", "Thyroid", "profile", ":", "pituitary", "braking", "(", "TSH", "0", ".", "22", "with", "normal", "free", "T4", ")", ".", "Two", "rounds", "of", "blood", "cultures", "were", "performed", ",", "which", "were", "negative", ",", "as", "well", "as", "pneumococcal", "and", "Legionella", "antigenuria", "in", "urine", ".", "Urine", "sediment", "showed", "bacteriuria", "without", "leukocyturia", "with", "the", "presence", "of", "nitrites", "and", "microhaematuria", ".", "An", "electrocardiogram", "was", "performed", "with", "sinus", "tachycardia", "as", "the", "only", "finding", ".", "Chest", "X-ray", "(", "chest", "X-ray", ":", "bilateral", "peripheral", "infiltrates", ")", "showed", "bilateral", "peripheral", "infiltrates", "and", "the", "dorsolumbar", "spine", "X-ray", "showed", "signs", "of", "degenerative", "osteoarthritis", ",", "with", "no", "other", "findings", "of", "interest", ".", "Given", "the", "presence", "of", "dyspnoea", ",", "chest", "pain", "and", "low", "oxygen", "saturation", ",", "as", "well", "as", "elevated", "D-dimer", "in", "a", "patient", "with", "immobilisation", "in", "recent", "days", "secondary", "to", "the", "functional", "disability", "caused", "by", "back", "pain", ",", "without", "having", "carried", "out", "thromboprophylaxis", ",", "and", "given", "that", "the", "chest", "X-ray", "showed", "peripheral", "pulmonary", "infiltrates", "that", "could", "be", "pulmonary", "infarcts", ",", "chest", "CT", "angiography", "was", "performed", "(", "chest", "CT", "angiography", "w", "/", "o", "multiple", "alveolar", "infiltrates", ",", "chest", "CT", "angiography", "with", "multiple", "alveolar", "infiltrates", ",", "chest", "CT", "angiography", "with", "multiple", "alveolar", "infiltrates", ",", "chest", "CT", "angiography", "with", "multiple", "alveolar", "infiltrates", ",", "chest", "CT", "angiography", "with", "multiple", "alveolar", "infiltrates", ",", "chest", "CT", "angiography", "with", "multiple", "alveolar", "infiltrates", "and", "chest", "CT", "angiography", "with", "multiple", "alveolar", "infiltrates", ")", ":", "multiple", "alveolar", "infiltrates", "distributed", "bilaterally", ",", "some", "with", "transformation", "into", "cystic", "cavities", ")", "was", "performed", "to", "rule", "out", "pulmonary", "thromboembolism", "(", "PTE", ")", "in", "the", "first", "instance", ",", "ruling", "out", "signs", "of", "PTE", "and", "finding", "multiple", "alveolar", "infiltrates", "distributed", "bilaterally", ",", "some", "with", "transformation", "into", "cystic", "cavities", ".", "Given", "the", "intensity", "of", "the", "clinical", "manifestations", "and", "the", "findings", "of", "the", "complementary", "tests", "performed", ",", "the", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "Infectious", "Diseases", "Department", "with", "a", "clinical", "diagnosis", "of", "bilateral", "cavitary", "infiltrates", "suggestive", "of", "multilobar", "pneumonia", "and", "empirical", "antibiotic", "treatment", "with", "levofloxacin", "and", "ceftriaxone", ".", "On", "admission", ",", "the", "CURB-65", "and", "FINE", "scales", "were", "performed", "and", "a", "high", "mortality", "risk", "score", "was", "obtained", "for", "both", "scales", ".", "Differential", "diagnosis", "The", "differential", "diagnosis", "of", "cavitated", "pulmonary", "nodules", "is", "a", "great", "challenge", "in", "which", "the", "clinical", "features", ",", "iconography", "and", "laboratory", "results", "are", "crucial", "for", "the", "definitive", "diagnosis", ".", "Our", "patient", "was", "admitted", "for", "pulmonary", "cavitated", "lesions", "with", "a", "bilateral", "distribution", "of", "oligosymptomatic", "course", "together", "with", "acute", "onset", "lumbar", "pain", ".", "Although", "the", "aetiology", "of", "the", "condition", "was", "suspected", "to", "be", "infectious", ",", "given", "the", "scarcity", "of", "symptoms", "in", "contrast", "to", "the", "extensive", "radiological", "involvement", ",", "other", "causes", "could", "not", "be", "ruled", "out", ",", "including", "the", "following", ":", "Infections", ":", "Cavitated", "lung", "lesions", "are", "usually", "lung", "abscesses", "that", "are", "usually", "caused", "by", "polymicrobial", "infections", ".", "The", "main", "aetiology", "is", "usually", "bacterial", ",", "especially", "anerobes", "that", "are", "part", "of", "the", "oral", "cavity", "flora", "(", "Prevotella", "spp", ",", "Bacteroides", "spp", "and", "Fusobacterium", "spp", ")", "and", "less", "frequently", "facultative", "anaerobes", "(", "Streptococcus", "anginosus", "and", "other", "streptococci", ")", ".", "Bacteria", "that", "can", "produce", "monomicrobial", "abscesses", "include", ":", "Staphylococcus", "aureus", ",", "Klebsiella", "pneumoniae", ",", "Streptococcus", "pyogenes", ",", "Burkholderia", "pseudomallei", ",", "Haemophilus", "influenzae", "type", "B", ",", "Legionella", "spp", ",", "Nocardia", "spp", "and", "Actinomyces", "spp", ".", "Other", "non-bacterial", "pathogens", ",", "such", "as", "some", "endemic", "fungi", "(", "Histoplasma", "capsulatum", ",", "Blastomyces", "dermatitidis", ",", "Coccidioides", "spp", ",", "Mucor", "spp", ")", "as", "well", "as", "opportunistic", "fungi", "(", "Aspergillus", "spp", ",", "Cryptococcus", "spp", ")", "and", "parasites", "(", "Entamoeba", "histolytica", ",", "Paragonimus", "westermani", ")", "can", "also", "manifest", "themselves", "in", "this", "way", ".", "In", "the", "case", "of", "aspergillosis", "the", "radiological", "manifestations", "vary", "depending", "on", "the", "form", "of", "the", "disease", "and", "immunological", "status", "of", "the", "patient", ";", "one", "of", "the", "most", "frequently", "observed", "findings", "is", "the", "development", "of", "single", "or", "multiple", "thick-walled", "cavitated", "lesions", "distributed", "in", "the", "upper", "lobes", "associated", "with", "focal", "alveolar", "opacities", "and", "diffuse", "infiltrates", "of", "the", "lung", "parenchyma", ".", "Mycobacterium", "tuberculosis", "deserves", "special", "mention", ".", "Its", "most", "frequent", "manifestation", "(", "in", "40", "%", "of", "cases", ")", "is", "the", "presence", "of", "infiltrates", "in", "the", "lung", "parenchyma", "with", "multiple", "satellite", "nodules", "and", "cavitated", "lesions", ".", "These", "findings", "are", "preferentially", "located", "in", "the", "upper", "lobes", "and", "apical", "segments", "of", "the", "lower", "lobes", ",", "with", "the", "cavities", "presenting", "internal", "walls", "that", "can", "be", "either", "smooth", "or", "(", "more", "frequently", ")", "more", "irregular", "and", "coarse", ".", "On", "the", "other", "hand", ",", "the", "relative", "frequency", "of", "tuberculous", "spondylodiscitis", "is", "15-25", "%", ",", "being", "more", "frequent", "in", "the", "lower", "dorsal", "spine", ",", "although", "it", "can", "affect", "the", "lumbar", "spine", ",", "as", "well", "as", "affecting", "several", "vertebrae", "and", "causing", "neurological", "symptoms", ".", "Other", "non-tuberculous", "mycobacteria", "(", "Mycobacterium", "avium", ",", "Mycobacterium", "kansasii", ")", "can", "also", "develop", "cavitations", ".", "When", "the", "location", "of", "the", "pulmonary", "nodules", "is", "multiple", "and", "predominantly", "peripheral", "or", "subpleural", "in", "different", "stages", "of", "cavitation", ",", "it", "is", "important", "to", "rule", "out", "a", "septic", "emboligenic", "aetiology", ".", "Radiographically", ",", "it", "manifests", "as", "nodular", "pulmonary", "opacities", "with", "a", "tendency", "to", "cavitation", ",", "abscesses", "and", "pulmonary", "infarcts", ".", "They", "are", "usually", "secondary", "to", "bacteraemia", "or", "endocarditis", "on", "right", "heart", "valves", "that", "send", "the", "pathogen", "to", "different", "locations", ".", "Complications", "of", "septic", "embolism", "include", "vertebral", "osteomyelitis", "and", "septic", "arthritis", ".", "The", "possibility", "of", "septic", "arthritis", "should", "be", "considered", "when", "multiple", "joints", "are", "affected", "and", "the", "axial", "skeleton", "is", "particularly", "susceptible", ",", "especially", "when", "the", "causative", "germ", "is", "Staphylococcus", "aureus", ".", "Spondylodiscitis", "most", "frequently", "appears", "in", "the", "lumbar", "spine", "and", "in", "the", "absence", "of", "surgical", "intervention", ",", "its", "seeding", "is", "almost", "exclusively", "by", "haematogenous", "route", ".", "In", "our", "environment", ",", "the", "main", "infectious", "aetiologies", "are", ":", "pyogenic", "bacteria", "(", "Staphylococcus", "aureus", "(", "40-65", "%", ")", ",", "coagulase-negative", "staphylococci", ",", "Enterobacteriaceae", ",", "other", "gram-negative", "bacilli", "and", "beta-hemolytic", "streptococci", ")", ",", "tuberculosis", "and", "brucellosis", ".", "The", "initial", "imaging", "study", "may", "be", "negative", "when", "the", "presentation", "is", "acute", ",", "so", "if", "the", "clinical", "presentation", "persists", ",", "repeat", "testing", "should", "be", "performed", ".", "On", "the", "other", "hand", ",", "these", "lesions", "may", "also", "be", "of", "non-infectious", "aetiology", ",", "including", "within", "the", "differential", "diagnosis", "pulmonary", "vascular", "pathology", "such", "as", "PTE", "in", "which", "cavitary", "lesions", "secondary", "to", "pulmonary", "infarcts", "may", "appear", ".", "They", "appear", "in", "10", "%", "of", "cases", "and", "are", "caused", "by", "small", "thrombi", "that", "obliterate", "segmental", "or", "subsegmental", "vessels", ".", "They", "usually", "present", "peripheral", "and", "multiple", "distribution", "and", "may", "provoke", "an", "intense", "inflammatory", "response", ".", "In", "this", "context", ",", "symptoms", "of", "deep", "vein", "thrombosis", "may", "appear", ",", "which", "may", "manifest", "as", "lower", "back", "or", "lower", "limb", "pain", "depending", "on", "the", "level", "of", "involvement", ".", "On", "the", "other", "hand", ",", "many", "rheumatological", "diseases", "present", "pulmonary", "manifestations", "at", "the", "onset", "or", "in", "the", "course", "of", "the", "pathology", ",", "however", ",", "the", "presence", "of", "cavitated", "nodules", "is", "unusual", ".", "The", "exception", "is", "Granulomatosis", "with", "polyangiitis", "(", "GPA", ")", ",", "a", "necrotising", "systemic", "vasculitis", "affecting", "the", "upper", "and", "lower", "respiratory", "tract", ".", "Radiologically", "it", "manifests", "with", "multiple", "transient", "and", "recurrent", "bilateral", "nodules", "/", "masses", ",", "which", "may", "cavitate", "either", "by", "necrosis", "per", "se", "or", "by", "arterial", "occlusion", ",", "usually", "in", "the", "absence", "of", "treatment", ".", "Cavitated", "lung", "lesions", "have", "been", "described", "in", "other", "diseases", "such", "as", "primary", "amyloidosis", ",", "ankylosing", "spondylitis", ",", "rheumatoid", "arthritis", ",", "polyarteritis", "nodosa", "and", "systemic", "lupus", "erythematosus", ",", "always", "under", "consideration", "of", "the", "possibility", "of", "infectious", "aetiology", "in", "these", "patients", ",", "generally", "subjected", "to", "long-term", "immunosuppressive", "therapies", ".", "All", "of", "them", "may", "present", "musculoskeletal", "pathology", "or", "associated", "neuropathies", ".", "In", "relation", "to", "neoplastic", "causes", ",", "single", "cavitated", "lung", "lesions", "most", "often", "correspond", "to", "bronchogenic", "carcinoma", ",", "which", "cavitates", "in", "10-15", "%", "of", "cases", ",", "which", "is", "usually", "associated", "with", "a", "worse", "prognosis", ".", "Of", "the", "different", "histological", "types", ",", "squamous", "cell", "carcinoma", "is", "the", "most", "frequently", "cavitated", ".", "It", "is", "usually", "a", "lesion", "of", "variable", "size", ",", "spiculated", ",", "thick-walled", "(", ">", "4mm", ")", "and", "irregular", ",", "associated", "with", "soft", "tissue", "mass", "and", "other", "findings", "such", "as", "lymphadenopathy", ",", "invasion", "of", "mediastinal", "structures", "and", "chest", "wall", "infiltration", ".", "Some", "Kaposi", "'", "s", "lymphomas", "and", "sarcomas", "may", "also", "present", "with", "cavitated", "lesions", ",", "especially", "in", "the", "HIV-infected", "population", ",", "whose", "lesions", "are", "usually", "small", "in", "number", "and", "preferentially", "located", "in", "the", "lower", "lobes", ".", "Pulmonary", "metastases", "are", "nodules", "of", "variable", "size", ",", "but", "generally", "larger", "than", "one", "centimetre", ",", "multiple", "and", "tend", "to", "cavitate", "less", "than", "primary", "neoplasms", "(", "less", "than", "4", "%", ")", "and", "generally", "appear", "in", "the", "lung", "and", "subpleural", "bases", ",", "as", "lesions", "with", "irregular", "borders", ".", "As", "for", "the", "possible", "neoplastic", "aetiology", "of", "our", "patient", "'", "s", "low", "back", "pain", ":", "the", "primary", "tumours", "that", "most", "frequently", "metastasise", "to", "the", "bone", "are", "breast", ",", "prostate", ",", "lung", ",", "thyroid", ",", "kidney", "and", "colon", ".", "As", "well", "as", "myeloma", "and", "lymphoma", ".", "Myeloma", "is", "the", "most", "common", "primary", "bone", "tumour", ".", "It", "usually", "presents", "lytic", "rather", "than", "sclerotic", "lesions", ",", "well", "defined", "and", "respecting", "pedicles", ",", "the", "diagnosis", "is", "made", "by", "proteinogram", "and", "bone", "marrow", "aspirate", ".", "Pulmonary", "involvement", "is", "rare", ".", "Evolution", "Among", "the", "complementary", "tests", "requested", ",", "the", "following", "serology", "results", "were", "obtained", ":", "past", "infection", "by", "CMV", ",", "Epstein-Barr", ",", "toxoplasma", ",", "Parvovirus", "B19", ",", "Mycoplasma", "and", "hepatitis", "B", ".", "Chlamydia", "pneumoniae", ",", "Brucella", ",", "Yersinia", ",", "Salmonella", ",", "Legionella", ",", "Ricketsia", ",", "Borrelia", ",", "Coxiella", ",", "lues", ",", "HAV", ",", "HCV", "and", "HIV", "negative", "Despite", "analgesic", "treatment", ",", "the", "lumbar", "pain", "persisted", ",", "so", "an", "MRI", "of", "the", "spine", "was", "performed", ",", "showing", "signs", "of", "generalised", "spondylosis", "with", "osteophytic", "formations", "of", "anterior", "predominance", ".", "Degenerative", "disc", "disease", ".", "In", "the", "L2-L3", "and", "L4-L5", "disc", "interspaces", "there", "were", "discrete", "central", "protrusions", "with", "no", "repercussions", "on", "thecal", "sac", "or", "nerve", "roots", ".", "In", "order", "to", "rule", "out", "other", "causes", "of", "low", "back", "pain", ",", "a", "thoracic", "and", "abdomen-pelvis", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", "scan", "with", "intravenous", "contrast", "showed", "partial", "resolution", "of", "the", "bilateral", "pulmonary", "parenchymal", "condensations", "with", "transformation", "of", "some", "of", "them", "into", "cystic", "cavities", ".", "There", "was", "also", "a", "hypodense", "lesion", "with", "peripheral", "enhancement", "in", "the", "left", "psoas", "measuring", "3", "x", "1", ".", "3", "cm", "suggestive", "of", "abscess", ".", "Several", "hepatic", "lesions", "of", "different", "sizes", "as", "catchers", "with", "cyst", "criteria", ".", "No", "significant", "adenopathies", ".", "CT", "scan", "of", "the", "abdomen", "w", "/", "c", ":", "hypodense", "lesion", "with", "peripheral", "enhancement", "in", "the", "left", "psoas", "measuring", "3", "x", "1", ".", "3", "cm", "suggestive", "of", "abscess", ".", "Given", "the", "lack", "of", "improvement", "in", "lumbar", "pain", ",", "a", "skeletal", "scan", "and", "SPECT-CT", "with", "technetium", "were", "performed", "with", "findings", "suggestive", "of", "L2-L3", "spondylodiscitis", "and", "arthritis", "of", "the", "right", "shoulder", ",", "which", "was", "subsequently", "confirmed", "with", "Gadolinium", "citrate", ".", "Skeletal", "GA", "with", "Tc99", "Diphosphate", "and", "Ga67", "citrate", ":", "findings", "suggestive", "of", "L2-L3", "spondylodiscitis", "and", "right", "shoulder", "arthritis", ".", "During", "his", "admission", ",", "the", "patient", "began", "to", "expectorate", "and", "sputum", "samples", "were", "collected", ".", "Serial", "smears", "were", "negative", "and", "the", "culture", "was", "positive", "for", "methicillin-sensitive", "Staphylococcus", "aureus", "(", "MSSA", ")", ",", "which", "allowed", "antibiotic", "treatment", "to", "be", "started", "with", "cloxacillin", "2", "grams", "every", "6", "hours", ".", "Subsequently", ",", "methicillin-resistant", "Enterococcus", "faecillinus", "was", "isolated", "in", "urine", ",", "so", "cloxacillin", "was", "withdrawn", "and", "vancomycin", "was", "started", ".", "An", "echocardiogram", "was", "performed", "with", "no", "alterations", "and", "no", "evidence", "of", "vegetations", ".", "A", "CT-guided", "vertebral", "biopsy", "was", "also", "requested", "to", "take", "samples", "for", "cultures", ",", "the", "results", "of", "which", "(", "bacterial", "culture", ",", "fungal", "culture", "and", "mycobacterial", "culture", ")", "were", "negative", ".", "The", "pathological", "anatomy", "of", "the", "intervertebral", "disc", "(", "puncture-biopsy", ")", "showed", "fibrocartilaginous", "tissue", "with", "focal", "and", "discrete", "acute", "non-specific", "inflammation", "and", "granulation", "tissue", ".", "Parenteral", "antibiotic", "treatment", "was", "maintained", ",", "with", "cloxacillin", "initially", "and", "vancomycin", "later", ",", "completing", "five", "weeks", "and", "then", "levofloxacin", "and", "oral", "rifampicin", "for", "six", "more", "weeks", ",", "normalising", "the", "inflammatory", "parameters", "as", "well", "as", "the", "resolution", "of", "both", "the", "pneumonic", "process", "and", "the", "psoas", "abscess", ",", "with", "residual", "lesion", "image", "persisting", "at", "the", "L2-L3", "level", ".", "He", "was", "referred", "for", "follow-up", "to", "the", "Traumatology", "Spine", "Unit", ".", "Final", "diagnosis", "Necrotising", "pneumonia", "due", "to", "SAMS", ".", "Spondylodiscitis", "L2-L3", ".", "Psoas", "abscess", ".", "Nosocomial", "urinary", "tract", "infection", "due", "to", "E", ".", "faecium", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 12, "end": 16 }, { "text": "Legionella", "label": "SPECIES", "start": 2469, "end": 2479 }, { "text": "bacteriuria", "label": "SPECIES", "start": 2524, "end": 2535 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3003, "end": 3010 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4127, "end": 4134 }, { "text": "Aspergillus spp", "label": "SPECIES", "start": 5825, "end": 5840 }, { "text": "Cryptococcus spp", "label": "SPECIES", "start": 5842, "end": 5858 }, { "text": "Entamoeba histolytica", "label": "SPECIES", "start": 5875, "end": 5896 }, { "text": "Fusobacterium spp", "label": "SPECIES", "start": 5307, "end": 5324 }, { "text": "Haemophilus influenzae type B", "label": "SPECIES", "start": 5574, "end": 5603 }, { "text": "Histoplasma capsulatum", "label": "SPECIES", "start": 5714, "end": 5736 }, { "text": "Klebsiella pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 5500, "end": 5521 }, { "text": "Legionella", "label": "SPECIES", "start": 5605, "end": 5615 }, { "text": "Legionella spp", "label": "SPECIES", "start": 5605, "end": 5619 }, { "text": "Mucor spp", "label": "SPECIES", "start": 5782, "end": 5791 }, { "text": "Mycobacterium tuberculosis", "label": "SPECIES", "start": 6345, "end": 6371 }, { "text": "Nocardia spp", "label": "SPECIES", "start": 5621, "end": 5633 }, { "text": "Prevotella spp", "label": "SPECIES", "start": 5271, "end": 5285 }, { "text": "Staphylococcus aureus", "label": "SPECIES", "start": 5477, "end": 5498 }, { "text": "Staphylococcus aureus", "label": "SPECIES", "start": 7849, "end": 7870 }, { "text": "Staphylococcus aureus", "label": "SPECIES", "start": 8112, "end": 8133 }, { "text": "Streptococcus anginosus", "label": "SPECIES", "start": 5369, "end": 5392 }, { "text": "Streptococcus pyogenes", "label": "SPECIES", "start": 5523, "end": 5545 }, { "text": "facultative anaerobes", "label": "SPECIES", "start": 5346, "end": 5367 }, { "text": "gram-negative bacilli", "label": "SPECIES", "start": 8204, "end": 8225 }, { "text": "coagulase-negative staphylococci", "label": "SPECIES", "start": 8144, "end": 8176 }, { "text": "Streptococcus", "label": "SPECIES", "start": 5369, "end": 5382 }, { "text": "Streptococcus", "label": "SPECIES", "start": 5523, "end": 5536 }, { "text": "germ", "label": "SPECIES", "start": 7841, "end": 7845 }, { "text": "fungi", "label": "SPECIES", "start": 5707, "end": 5712 }, { "text": "fungi", "label": "SPECIES", "start": 5818, "end": 5823 }, { "text": "mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 7045, "end": 7057 }, { "text": "non-tuberculous mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 7029, "end": 7057 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 9838, "end": 9846 }, { "text": "population", "label": "HUMAN", "start": 10623, "end": 10633 }, { "text": "Borrelia", "label": "SPECIES", "start": 11712, "end": 11720 }, { "text": "Brucella", "label": "SPECIES", "start": 11657, "end": 11665 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 11560, "end": 11563 }, { "text": "Chlamydia pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 11635, "end": 11655 }, { "text": "Coxiella", "label": "SPECIES", "start": 11722, "end": 11730 }, { "text": "Epstein-Barr", "label": "SPECIES", "start": 11565, "end": 11577 }, { "text": "Legionella", "label": "SPECIES", "start": 11689, "end": 11699 }, { "text": "Mycoplasma", "label": "SPECIES", "start": 11607, "end": 11617 }, { "text": "Salmonella", "label": "SPECIES", "start": 11677, "end": 11687 }, { "text": "Staphylococcus aureus", "label": "SPECIES", "start": 13303, "end": 13324 }, { "text": "HAV", "label": "SPECIES", "start": 11738, "end": 11741 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 11743, "end": 11746 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 11751, "end": 11754 }, { "text": "Yersinia", "label": "SPECIES", "start": 11667, "end": 11675 }, { "text": "hepatitis B", "label": "SPECIES", "start": 11622, "end": 11633 }, { "text": "lues", "label": "SPECIES", "start": 11732, "end": 11736 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 13156, "end": 13163 }, { "text": "toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 11579, "end": 11589 }, { "text": "Parvovirus B19", "label": "SPECIES", "start": 11591, "end": 11605 }, { "text": "Ricketsia", "label": "SPECIES", "start": 11701, "end": 11710 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 13747, "end": 13756 }, { "text": "SAMS", "label": "SPECIES", "start": 14473, "end": 14477 }, { "text": "E. faecium", "label": "SPECIES", "start": 14560, "end": 14570 } ]

[ "The", "patient", "was", "a", "36", "year", "old", "male", "smoker", "who", "consulted", "for", "dysphonia", ".", "Physical", "examination", "revealed", "an", "extensive", "friable", "lesion", "of", "woody", "consistency", "throughout", "the", "larynx", "including", "bands", ",", "vocal", "cords", "and", "part", "of", "the", "subglottis", ".", "CT", "scan", "of", "the", "neck", "and", "chest", "showed", "pathological", "lymphadenopathies", "in", "the", "ll-lll", ",", "jugulid-gastric", "and", "bilateral", "submandibular", "spaces", ".", "Together", "with", "multiple", "ground", "glass", "nodules", "distributed", "throughout", "the", "lobes", "of", "both", "hemithoraxes", "suggesting", "metastasis", ".", "A", "FNA", "of", "an", "adenopathy", "was", "performed", "and", "revealed", "necrotising", "granulomatous", "lymphadenitis", "with", "no", "evidence", "of", "neoplasia", ".", "A", "PPD", "skin", "test", "was", "performed", "and", "the", "result", "was", "negative", ".", "The", "patient", "was", "taken", "to", "the", "operating", "theatre", "for", "biopsies", ".", "Ziehl-Neelsen", "staining", "showed", "no", "acid-fast", "bacilli", ",", "no", "DNA", "of", "M", ".", "tuberculosis", "complex", "was", "detected", "in", "the", "samples", ",", "and", "laryngeal", "biopsies", "showed", "only", "mild", "to", "moderate", "dysplasia", "and", "the", "presence", "of", "microorganisms", "compatible", "with", "fungi", ".", "Oral", "itraconazole", "was", "started", "and", "showed", "considerable", "improvement", "and", "the", "laryngeal", "lesions", "disappeared", ".", "A", "control", "thoracic", "CT", "scan", "showed", "multiple", "pulmonary", "nodules", "with", "halo", "and", "inverted", "halo", "signs", "suggesting", "ABPA", ",", "bronchoscopy", "showed", "no", "tumour", "cells", "and", "cultures", "were", "negative", ".", "Immunoglobulins", "were", "measured", "and", "an", "exaggerated", "increase", "in", "IgE", "was", "observed", ",", "and", "aspergillus", "fumigatus", "antibodies", "and", "RAST", "IgE", "and", "IgG", "antibodies", "were", "requested", ",", "the", "results", "of", "which", "are", "still", "pending", ".", "In", "view", "of", "all", "this", ",", "it", "is", "suspected", "that", "the", "patient", "may", "have", "an", "underlying", "cystic", "fibrosis", "that", "has", "not", "yet", "been", "diagnosed", ",", "so", "a", "measurement", "of", "chlorine", "in", "sweat", "is", "requested", ",", "which", "is", "still", "pending", "(", "consequence", "of", "the", "covid-19", "pandemic", ")", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "aspergillus fumigatus", "label": "SPECIES", "start": 1325, "end": 1346 }, { "text": "acid-fast bacilli", "label": "SPECIES", "start": 759, "end": 776 }, { "text": "fungi", "label": "SPECIES", "start": 954, "end": 959 }, { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 923, "end": 937 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4, "end": 11 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 669, "end": 676 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1492, "end": 1499 }, { "text": "M. tuberculosis complex", "label": "SPECIES", "start": 788, "end": 811 } ]

[ "A", "44-year-old", "man", "consulted", "for", "emesis", "four", "hours", "after", "ingesting", "oleander", "leaves", "infused", "for", "self-harming", "purposes", ".", "Personal", "history", ":", "depressive", "syndrome", ".", "Examination", ":", "good", "general", "condition", ",", "conscious", "and", "oriented", ".", "Blood", "pressure", "128", "/", "78", ",", "heart", "rate", "45", "bpm", ",", "oxygen", "saturation", "92", "%", "with", "FiO2", "21", "%", ",", "body", "temperature", "36", ".", "4oC", ".", "Cardiorespiratory", "auscultation", ":", "rhythmic", "tones", "at", "45", "bpm", ",", "preserved", "vesicular", "murmur", ".", "Abdomen", "normal", ".", "Extremities", "without", "oedema", "and", "with", "symmetrical", "pulses", ".", "Neurological", "examination", "without", "focality", ".", "Complementary", "tests", ":", "laboratory", "tests", "with", "normal", "renal", "and", "hepatic", "function", ";", "digoxinemia", "0", ".", "3", ".", "Electrocardiogram", ":", "sinus", "bradycardia", "at", "45", "bpm", ".", "Discussion", ":", "Ingestion", "of", "plants", "containing", "cardiotonic", "glycosides", "can", "cause", "symptoms", "similar", "to", "those", "of", "digitalis", "intoxication", ".", "They", "are", "glycosylated", "steroids", "with", "a", "positive", "inotropic", "effect", ".", "In", "acute", "N", ".", "oleander", "poisoning", ",", "effects", "similar", "to", "those", "of", "digoxin", "poisoning", "appear", ",", "initially", "digestive", "and", "then", "tachy-bradyarrhythmias", "which", "may", "be", "associated", "with", "atrioventricular", "block", ".", "If", "the", "condition", "progresses", ",", "tachycardia", ",", "fibrillation", "or", "asystole", "may", "appear", ".", "Treatment", "and", "management", "is", "aimed", "at", ":", "administration", "of", "antiemetics", ",", "prevention", "of", "dehydration", "and", "monitoring", ".", "Gastric", "lavage", "and", "activated", "charcoal", "are", "techniques", "used", ",", "although", "studies", "have", "been", "conducted", "with", "contradictory", "results", ".", "Electrolyte", "disturbances", ",", "hypokalaemia", "or", "hyperkalaemia", "should", "be", "corrected", ".", "Bradyarrhythmias", "are", "treated", "with", "atropine", "or", "isoprenaline", "and", "in", "severe", "cases", "with", "transient", "pacing", ".", "Tachyarrhythmias", "have", "a", "worse", "prognosis", "and", "are", "more", "difficult", "to", "treat", ".", "Neither", "dialysis", "nor", "haemoperfusion", "have", "proven", "effective", ".", "Antibodies", "can", "be", "used", "in", "severe", "patients", ".", "Oleandrin", "is", "cross-reactive", "with", "digoxin", "so", "that", "false", "positive", "digoxinaemia", "levels", "can", "be", "detected", "in", "the", "patient", "'", "s", "blood", ",", "although", "the", "relationship", "between", "digoxinaemia", "and", "true", "oleandrin", "levels", "is", "not", "linear", ".", "This", "lack", "of", "correlation", "is", "reflected", "in", "several", "cases", "found", "in", "scientific", "literature", ";", "therefore", ",", "the", "determination", "of", "olendrin", "by", "the", "methods", "used", "for", "plasma", "detection", "of", "digoxinaemia", "levels", "is", "not", "of", "relevant", "quantitative", "value", ",", "but", "confirms", "the", "suspicion", "of", "N", ".", "oleander", "intoxication", ".", "Several", "immunochemical", "methods", "have", "been", "described", "for", "the", "quantification", "of", "oleandrin", ",", "but", "not", "in", "all", "conventional", "laboratories", "is", "the", "determination", "possible", ";", "digoxinaemia", "levels", "are", "available", ",", "although", "as", "shown", "in", "the", "case", "presented", "here", ",", "the", "fact", "that", "they", "do", "not", "rise", "above", "the", "toxic", "level", "does", "not", "cancel", "out", "the", "occurrence", "of", "heart", "rhythm", "disorders", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1825, "end": 1832 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 1708, "end": 1716 }, { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 117, "end": 125 }, { "text": "oleander", "label": "SPECIES", "start": 66, "end": 74 }, { "text": "oleander", "label": "SPECIES", "start": 871, "end": 879 }, { "text": "oleander", "label": "SPECIES", "start": 2194, "end": 2202 }, { "text": "N. oleander", "label": "SPECIES", "start": 868, "end": 879 }, { "text": "N. oleander", "label": "SPECIES", "start": 2191, "end": 2202 }, { "text": "plants", "label": "SPECIES", "start": 690, "end": 696 } ]

[ "18-year-old", "woman", "with", "a", "history", "of", "congenital", "left", "renal", "agenesis", ".", "She", "was", "assessed", "for", "10", "days", "of", "high", "fever", "with", "cough", "and", "expectoration", ",", "which", "did", "not", "improve", "despite", "antibiotherapy", ".", "She", "arrived", "febrile", "and", "in", "respiratory", "failure", ".", "Blood", "tests", "showed", "leukocytosis", "and", "thrombocytosis", ",", "Quick", "49", "%", ".", "CXR", "showed", "pleural", "effusion", "up", "to", "the", "apex", ".", "Thoracentesis", "was", "performed", ",", "obtaining", "purulent", "fluid", "(", "with", "empyema", "characteristics", "and", "ADA", "of", "1U", "/", "L", ")", ",", "a", "pleural", "drainage", "tube", "was", "placed", ".", "Admitted", "to", "intensive", "care", ",", "he", "remained", "febrile", "despite", "broad-spectrum", "ATB", "and", "a", "fistulous", "tract", "developed", "from", "the", "pleural", "cavity", "to", "the", "skin", ".", "Actinomyces", "turicensis", ",", "Fusobacterium", "necrophorum", "and", "Peptostreptococcus", "anaerobius", "were", "isolated", "from", "pleural", "fluid", ".", "The", "patient", "was", "treated", "with", "penicillin", "G", "and", "clindamycin", ".", "The", "serological", "and", "immunological", "study", "did", "not", "show", "immunosuppression", ".", "After", "2", "months", "of", "hospitalisation", "and", "good", "radiological", "evolution", ",", "the", "drainage", "could", "be", "removed", ".", "As", "a", "complication", ",", "the", "patient", "developed", "a", "skin", "rash", "(", "generalised", "maculo-papular", "rash", ",", "affecting", "the", "palms", ")", ",", "with", "marked", "oedema", ",", "elevated", "CRP", ",", "lymphocytosis", "and", "splenomegaly", "(", "Sdme", "Dress", ")", ".", "Treatment", "with", "penicillin", "and", "clindamycin", "was", "discontinued", ",", "and", "steroids", "and", "doxycycline", "were", "started", ".", "The", "evolution", "was", "favourable", ",", "with", "normalisation", "of", "the", "CXR", "and", "acute", "phase", "reactants", ".", "Antibiotic", "therapy", "was", "discontinued", "after", "10", "months", ".", "Actinomycosis", "is", "a", "rare", "disease", "characterised", "by", "abscess", "formation", ",", "tissue", "fibrosis", "and", "fistulisation", ".", "It", "is", "caused", "by", "gram-positive", ",", "anaerobic", ",", "non-spore-forming", ",", "anaerobic", "bacteria", "of", "the", "genus", "Actinomyces", ".", "Colonisers", "of", "the", "mouth", ",", "rectum", "and", "genital", "tract", ".", "The", "most", "frequent", "sites", "are", "cervicofacial", ",", "thoracic", ",", "CNS", "and", "pelvic", ".", "Thoracic", "actimomycosis", "may", "affect", "lung", "parenchyma", ",", "pleura", "or", "mediastinum", ".", "Transmission", "modes", "include", "microaspirations", ",", "direct", "extension", "/", "fistulisation", "of", "cervicofacial", ",", "mediastinal", "or", "retroperitoneal", "(", "pelvic", "abscess", ")", "infection", ".", "The", "clinical", "presentation", "is", "larval", ",", "similar", "to", "tuberculosis", ";", "cough", ",", "weight", "loss", ",", "febrile", "fever", "and", "chest", "pain", ".", "It", "has", "been", "frequently", "described", "in", "immunocompromised", "patients", ".", "It", "is", "more", "frequent", "in", "immunocompromised", "patients", ",", "however", "in", "some", "cases", "no", "underlying", "disease", "or", "immunosuppression", "is", "found", ".", "The", "peculiarity", "of", "the", "case", "is", "the", "acute", "and", "severe", "form", "of", "presentation", ",", "which", "is", "atypical", "for", "this", "type", "of", "infection", ".", "Furthermore", ",", "this", "is", "a", "young", ",", "immunocompetent", "patient", "with", "no", "primary", "cervicofacial", "/", "odontogenic", "disorders", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Fusobacterium necrophorum", "label": "SPECIES", "start": 648, "end": 673 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 12, "end": 17 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 746, "end": 753 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 994, "end": 1001 }, { "text": "Actinomyces turicensis", "label": "SPECIES", "start": 624, "end": 646 }, { "text": "Peptostreptococcus anaerobius", "label": "SPECIES", "start": 678, "end": 707 }, { "text": "genus Actinomyces", "label": "SPECIES", "start": 1592, "end": 1609 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 2124, "end": 2132 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 2175, "end": 2183 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2426, "end": 2433 } ]

[ "Reason", "for", "consultation", "Bilateral", "tonalgia", "and", "leg", "stiffness", ".", "Individual", "approach", "(", "anamnesis", ",", "examination", ",", "complementary", "tests", ")", ".", "Anamnesis", ":", "NSAIDs", "contraindicated", "due", "to", "gastric", "ulcer", ".", "Non-smoker", ".", "Non-drinker", ".", "L4-L5", "disc", "herniation", ".", "IQ", ":", "appendectomy", ",", "turbinates", ",", "left", "knee", "prosthesis", "in", "November", "2012", ".", "A", "76-year-old", "male", "patient", "who", "visited", "his", "primary", "care", "doctor", "due", "to", "poor", "mood", "and", "pain", "and", "difficulty", "flexing", "his", "right", "knee", "for", "months", ".", "In", "2012", ",", "he", "underwent", "surgery", "on", "his", "left", "knee", "for", "gonarthrosis", "and", "began", "rehabilitation", "with", "weight", "bearing", "on", "his", "right", "knee", ".", "One", "day", ",", "he", "reported", "feeling", "general", "discomfort", "described", "as", "\"", "whiplash", "all", "over", "the", "body", "\"", ",", "at", "which", "point", "he", "began", "to", "experience", "contractures", "in", "both", "knees", ",", "with", "both", "knees", "bent", "and", "with", "a", "variegated", "gait", "from", "that", "time", "onwards", ".", "He", "gradually", "loses", "strength", "to", "the", "point", "where", "the", "patient", "begins", "to", "use", "a", "wheelchair", ".", "The", "pain", "is", "severe", "and", "prevents", "night-time", "rest", ".", "No", "sensory", "loss", ",", "no", "motor", "loss", ",", "no", "sphincter", "disturbance", ".", "According", "to", "the", "family", ",", "the", "patient", "'", "s", "depression", "was", "severe", ",", "with", "spontaneous", "crying", ",", "suicidal", "ideation", "and", "abulia", ".", "At", "this", "point", "it", "was", "decided", "to", "consult", "with", "mental", "health", "as", "the", "patient", "had", "not", "previously", "suffered", "from", "mood", "disorders", ".", "Physical", "examination", "BEG", ",", "afebrile", ".", "Higher", "functions", "preserved", ".", "Normal", "language", "and", "campimetry", ".", "PINLA", ".", "MOEC", "Normal", "cranial", "nerves", ".", "Motor", "balance", "in", "MMSS", "preserved", "and", "symmetrical", ".", "Patellar", "and", "Achilles", "ROTs", "present", "+", "+", "/", "+", "+", "+", "+", ".", "No", "loss", "of", "muscle", "mass", ".", "No", "clear", "spasticity", ".", "Muscle", "tone", "changes", "with", "distraction", "manoeuvres", ".", "Hyperalgesia", "of", "the", "right", "thigh", ".", "Flexion", "of", "the", "right", "knee", "of", "45o", "with", "enormous", "difficulty", "in", "extension", ".", "Flexion", "of", "20o", "in", "the", "left", "knee", ".", "Complementary", "tests", "Normal", "laboratory", "tests", ".", "Cranial", "CT", "scan", "with", "no", "significant", "alterations", ".", "Neurophysiological", "conduction", "studies", "show", "values", "within", "the", "limits", "of", "normality", ".", "No", "denervating", "activity", "was", "found", "in", "the", "muscles", "examined", "(", "isolated", "fasciculations", "in", "the", "calf", ")", ".", "Bone", "scan", ":", "pathological", "increase", "in", "osteoblastic", "activity", "in", "patellae", "compatible", "with", "possible", "chondropathy", ".", "Degenerative", "changes", ".", "L1", "crushing", ".", "Spine", "MRI", "(", "skull", "could", "not", "be", "performed", ")", ":", "cervical", "myelopathy", ".", "Degenerative", "signs", "with", "numerous", "protusions", ".", "Knee", "MRI", ":", "severe", "right", "gonarthrosis", "and", "to", "a", "lesser", "degree", "internal", "femorotibial", "compartment", "with", "internal", "meniscopathy", "without", "meniscal", "tear", ".", "Family", "and", "community", "approach", "The", "patient", "is", "the", "father", "of", "two", "healthy", "children", "and", "currently", "lives", "with", "his", "wife", ".", "He", "is", "a", "retired", "businessman", ".", "He", "lives", "with", "a", "dog", ".", "Clinical", "judgement", "(", "list", "of", "problems", ",", "differential", "diagnosis", ")", "Flexion", "of", "both", "knees", "and", "gait", "disturbance", "of", "psychogenic", "origin", ".", "Cervical", "myelopathy", ".", "Idiopathic", "Parkinson", "'", "s", "disease", ".", "Action", "plan", "and", "evolution", "Over", "the", "course", "of", "5", "years", ",", "the", "patient", "is", "assessed", "by", "traumatology", ",", "rehabilitation", ",", "pain", "unit", ",", "neurosurgery", "and", "neurology", "due", "to", "worsening", "of", "the", "condition", "without", "reaching", "an", "aetiological", "diagnosis", ".", "Injections", "with", "botulinum", "toxin", ",", "corticoids", "and", "anaesthetics", "were", "carried", "out", ",", "achieving", "momentary", "relief", "but", "maintaining", "joint", "stiffness", "despite", "the", "treatments", "prescribed", ".", "Traumatology", "decided", "on", "reduction", "under", "general", "anaesthesia", "but", "during", "the", "operation", "the", "knee", "flexion", "did", "not", "give", "way", "(", "45o", ")", "and", "the", "left", "knee", "(", "operated", "on", ")", "had", "a", "flexion", "of", "30o", ".", "The", "MRI", "of", "the", "spine", "showed", "cervical", "myelopathy", "without", "symptoms", "in", "MMSS", ",", "followed", "up", "by", "neurosurgery", ",", "which", "after", "years", "decided", "to", "intervene", ".", "The", "course", "was", "uneventful", ".", "In", "one", "of", "the", "neurology", "consultations", ",", "a", "bilateral", "resting", "tremor", "was", "observed", "in", "MMSS", "with", "mild", "associated", "rigidity", "and", "a", "SPECT-FP", "was", "requested", "to", "rule", "out", "Parkinson", "'", "s", "disease", ".", "The", "study", "was", "pathological", "with", "a", "decrease", "in", "the", "density", "of", "dopamine", "transporters", ",", "indicative", "of", "the", "existence", "of", "nigrostriatal", "degeneration", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 317, "end": 329 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 322, "end": 329 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 850, "end": 857 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 1010, "end": 1016 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1022, "end": 1029 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1176, "end": 1183 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 2360, "end": 2366 }, { "text": "children", "label": "HUMAN", "start": 2431, "end": 2439 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2394, "end": 2401 }, { "text": "father", "label": "HUMAN", "start": 2409, "end": 2415 }, { "text": "dog", "label": "SPECIES", "start": 2520, "end": 2523 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2766, "end": 2773 } ]

[ "", "On", "21", "January", "2020", ",", "a", "47-year-old", "man", "was", "admitted", "to", "Wuwei", "People", "'", "s", "Hospital", "with", "fever", "without", "focus", "and", "cough", "of", "7", "days", "'", "duration", ".", "The", "patient", "reported", "fever", "(", "up", "to", "a", "maximum", "of", "39", ".", "3", "°", "C", ")", ",", "productive", "cough", "with", "white", "sputum", ",", "nasal", "congestion", ",", "rhinorrhoea", ",", "dizziness", ",", "fatigue", ",", "chest", "tightness", "and", "nausea", ",", "but", "no", "chest", "pain", ",", "sore", "throat", "or", "respiratory", "problems", ".", "He", "reported", "that", "he", "had", "arrived", "in", "Wuwei", "City", "by", "car", "on", "18", "January", "from", "Wuhan", ".", "The", "patient", "had", "a", "history", "of", "grade", "2", "hypertension", "and", "type", "2", "diabetes", "and", "had", "been", "a", "smoker", "since", "the", "age", "of", "27", ";", "he", "reported", "no", "history", "of", "alcoholism", ".", "Nasopharyngeal", "swabs", "were", "taken", "on", "23", ",", "29", "and", "30", "January", ",", "according", "to", "CDC", "guidelines", ".", "A", "nasopharyngeal", "swab", "was", "inserted", "into", "the", "nostrils", ",", "rotated", "over", "the", "nasopharyngeal", "mucosa", "for", "10", "to", "15", "seconds", "and", "then", "removed", "and", "inserted", "into", "a", "sterile", "tube", "with", "a", "viral", "transport", "medium", ".", "Samples", "were", "analysed", "by", "RT-PCR", ".", "Three", "target", "genes", "were", "detected", ":", "RdRP", ",", "E", "and", "N", ".", "Positive", "expression", "(", "CT", "value", "≤", "43", ")", "of", "all", "three", "genes", ",", "RdRP", "and", "E", "genes", "or", "RdRP", "and", "N", "genes", "conclusively", "identifies", "SARS-CoV-2", ".", "Other", "tests", "were", "also", "performed", ".", "The", "study", "was", "authorised", "by", "the", "ethics", "committee", "of", "the", "First", "Associated", "Hospital", "of", "Wanan", "Medical", "School", ",", "observing", "the", "principles", "of", "the", "Declaration", "of", "Helsinki", ".", "Informed", "consent", "was", "obtained", "from", "the", "patient", "to", "use", "his", "or", "her", "medical", "records", "in", "this", "study", ".", "Based", "on", "the", "analytical", "tests", ",", "chest", "X-ray", ",", "clinical", "and", "epidemiological", "information", ",", "the", "patient", "was", "treated", "with", "interferon", "α", "and", "methylprednisolone", ".", "However", ",", "due", "to", "the", "sudden", "worsening", "of", "clinical", "symptoms", ",", "such", "as", "expiratory", "dyspnoea", ",", "feeding", "deficiency", "and", "lethargy", ",", "the", "patient", "was", "transferred", "to", "the", "First", "Associate", "Hospital", "of", "Wanan", "Medical", "School", "(", "Wuhu", ",", "China", ")", "on", "23", "January", ".", "The", "analytical", "tests", "are", "shown", "in", "table", "1", "(", "day", "0", ")", ".", "The", "results", "indicated", "that", "the", "patient", "had", "stable", "vital", "signs", ",", "reduced", "lymphocyte", "values", ",", "high", "C-reactive", "protein", "values", "and", "moderately", "high", "values", "of", "fibrinogen", ",", "neutrophils", "and", "lactate", "dehydrogenase", ".", "A", "CT", "scan", "of", "the", "lungs", "showed", "several", "scattered", "high-density", "shadows", "distributed", "mainly", "at", "the", "margins", "of", "the", "lungs", ",", "changes", "consistent", "with", "the", "observation", "of", "bronchogram", "or", "ground-glass", "opacity", "changes", ",", "as", "well", "as", "mild", "pleural", "thickening", ".", "Polytherapy", "with", "lopinavir", "and", "ritonavir", "tablets", "(", "800", "/", "200", "mg", "per", "day", ")", ",", "methylprednisolone", "(", "40", "mg", "per", "day", ")", ",", "recombinant", "human", "interferon", "α-2b", "(", "10", "million", "IU", "per", "day", ")", ",", "ambroxol", "hydrochloride", "(", "60", "mg", "per", "day", ")", "and", "moxifloxacin", "hydrochloride", "(", "0", ".", "4", "g", "per", "day", ")", "was", "initiated", "to", "inhibit", "viral", "shedding", ",", "relieve", "asthma", ",", "clear", "phlegm", "and", "provide", "empirical", "antibiotic", "treatment", ".", "In", "addition", ",", "high-flow", "oxygen", "inhalation", "therapy", "with", "humidification", "was", "used", "to", "prevent", "acute", "respiratory", "failure", ".", "Treatment", "for", "blood", "glucose", "and", "blood", "pressure", "control", "and", "rehydration", "therapy", "were", "also", "applied", ".", "On", "the", "second", "day", "of", "treatment", ",", "the", "patient", "presented", "with", "intermittent", "febrile", "fever", "(", "ranging", "from", "36", ".", "0", "°", "C", "to", "37", ".", "2", "°", "C", ")", ".", "With", "the", "exception", "of", "occasional", "chest", "tightness", "and", "dyspnoea", ",", "improvement", "of", "the", "other", "symptoms", ",", "such", "as", "productive", "cough", "with", "white", "sputum", ",", "nasal", "congestion", ",", "rhinorrhoea", ",", "dizziness", "and", "fatigue", ",", "was", "observed", ".", "On", "the", "third", "day", "of", "treatment", ",", "methylprednisolone", "was", "reduced", "to", "20", "mg", "per", "day", "and", "on", "the", "fifth", "day", "it", "was", "completely", "withdrawn", ".", "In", "addition", ",", "on", "the", "eighth", "day", "of", "treatment", ",", "oxygen", "therapy", "was", "withdrawn", ",", "due", "to", "the", "clear", "improvement", "in", "respiratory", "capacity", ".", "Based", "on", "persistent", "negative", "SARS-CoV-2", "results", "on", "days", "6", "and", "7", ",", "as", "well", "as", "partial", "clearance", "of", "lung", "lesions", "(", "figure", "S1b", ")", ",", "the", "patient", "was", "discharged", "on", "day", "10", ".", "During", "treatment", ",", "the", "patient", "'", "s", "temperature", ",", "pulse", "and", "respiratory", "rate", "showed", "mild", "fluctuations", "(", "figure", "S1c", ")", "and", "analytical", "tests", "showed", "improvement", ",", "especially", "in", "the", "lymphocyte", "count", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 35, "end": 38 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 139, "end": 146 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 445, "end": 452 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1321, "end": 1328 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 1073, "end": 1083 }, { "text": "human", "label": "HUMAN", "start": 2379, "end": 2384 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1470, "end": 1477 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1657, "end": 1664 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1848, "end": 1855 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2876, "end": 2883 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3555, "end": 3562 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3611, "end": 3618 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 3456, "end": 3466 } ]

[ "Male", "patient", "aged", "43", ",", "from", "Santa", "Cruz", "(", "Bolivia", ")", ",", "resident", "in", "Spain", "for", "15", "years", ",", "smoker", "of", "15", "packets", "/", "year", ",", "sporadic", "drinker", ".", "His", "personal", "history", "included", "neurocysticercosis", "diagnosed", "and", "treated", "in", "his", "country", "of", "origin", "in", "2002", "with", "two", "21-day", "cycles", "of", "albendazole", "(", "800", "mg", "every", "12", "hours", ")", ",", "without", "follow-up", ",", "and", "treated", "with", "phenytoin", "since", "then", ".", "He", "visited", "the", "neurology", "department", ",", "referred", "from", "primary", "care", ",", "for", "episodes", "of", "haemicranial", "headache", "of", "one", "year", "'", "s", "duration", ",", "with", "a", "frequency", "of", "2-3", "episodes", "per", "month", "that", "subsided", "with", "anti-inflammatory", "analgesia", ",", "as", "well", "as", "an", "episode", "of", "paraesthesia", "and", "loss", "of", "strength", "in", "the", "right", "hemibody", "lasting", "5", "minutes", "with", "total", "and", "spontaneous", "recovery", ".", "She", "denied", "risky", "sexual", "relations", ",", "as", "well", "as", "any", "other", "symptoms", ".", "No", "significant", "findings", "were", "found", "in", "the", "examination", "by", "apparatus", "and", "systems", ".", "In", "view", "of", "these", "symptoms", ",", "the", "Neurology", "Department", "requested", "the", "following", "complementary", "tests", ":", "-", "Haemogram", ":", "normality", "of", "the", "three", "series", ".", "Biochemistry", ":", "liver", "function", ",", "renal", "function", "and", "acute", "phase", "reactants", "were", "normal", ".", "-", "Microbiology", ":", "-", "HIV", "serology", ":", "negative", ";", "Taenia", "solium", "serology", ":", "positive", ";", "Trypanosoma", "cruzi", "serology", "(", "Elisa", "IgG", "and", "IFI", "IgG", ")", ":", "positive", ";", "Syphilis", "serology", ":", "RPR", "negative", ",", "T", ".", "pallidum", "IgG", "positive", ";", "Toxoplasma", "serology", ":", "IgG", "and", "IgM", "negative", ";", "Echinoccocus", "granulosus", "serology", ":", "negative", ".", "-", "Mantoux", "test", ":", "negative", ".", "-", "Brain", "Magnetic", "Resonance", "Imaging", "(", "MRI", ")", ":", "thick-walled", "cystic", "lesions", "with", "hyperdense", "and", "hypercapitate", "punctate", "image", "in", "the", "frontal", ",", "parietal", "and", "left", "occipital", "region", ",", "without", "perilesional", "oedema", "or", "diffusion", "restriction", ".", "-", "Chest", "X-ray", ":", "normal", "cardiothoracic", "index", ",", "no", "condensation", "or", "effusion", ",", "no", "bone", "pathology", ".", "In", "view", "of", "these", "findings", ",", "the", "patient", "was", "referred", "to", "the", "Infectious", "Diseases", "Department", "for", "treatment", "and", "follow-up", ".", "Differential", "diagnosis", "Given", "the", "patient", "'", "s", "clinical", "manifestations", ",", "the", "epidemiological", "factors", "and", "the", "results", "of", "the", "complementary", "tests", "obtained", ",", "a", "differential", "diagnosis", "can", "be", "made", "between", "the", "following", "nosological", "entities", ":", "-", "Tuberculosis", "of", "the", "central", "nervous", "system", "(", "CNS", ")", ".", "Tuberculoma", ":", "CNS", "involvement", "in", "tuberculosis", "can", "present", "in", "different", "ways", ".", "For", "example", ",", "as", "tuberculous", "meningitis", ",", "usually", "manifesting", "subacutely", ",", "which", "is", "not", "consistent", "with", "the", "clinical", "picture", "of", "our", "patient", ".", "However", ",", "it", "can", "also", "present", "as", "a", "tuberculoma", ",", "which", "are", "usually", "solid", "(", "non-cystic", ")", "lesions", "with", "perilesional", "oedema", ",", "and", "is", "also", "a", "rare", "entity", "in", "immunocompetent", "patients", ".", "-", "Brain", "abscess", ".", "Symptoms", "of", "bacterial", "brain", "abscess", "usually", "consist", "of", "fever", ",", "severe", "headache", ",", "nausea", ",", "vomiting", "and", "neck", "stiffness", "of", "relatively", "acute", "onset", ".", "On", "MRI", ",", "the", "abscess", "appears", "as", "a", "hypointense", ",", "ring-shaped", "contrast-enhancing", "lesion", "on", "T1", ".", "On", "T2", "it", "shows", "a", "central", "hyperintense", "area", "(", "pus", ")", "surrounded", "by", "a", "well-defined", "hypointense", "capsule", ",", "which", "in", "turn", "is", "surrounded", "by", "oedema", ".", "-", "Cerebral", "hydatidosis", ".", "CNS", "involvement", "can", "lead", "to", "coma", "or", "intracranial", "hypertension", ",", "which", "would", "be", "compatible", "with", "our", "case", ",", "but", "serology", "for", "Echinococcus", "spp", ".", "was", "negative", ".", "-", "Chagas", "disease", "with", "CNS", "involvement", ".", "The", "most", "frequent", "involvement", "of", "the", "CNS", "is", "in", "the", "form", "of", "a", "space-occupying", "mass", ",", "a", "pseudotumour", "or", "\"", "chagoma", "\"", ",", "and", "it", "may", "also", "manifest", "as", "acute", "meningoencephalitis", ",", "less", "frequently", ".", "Our", "patient", "had", "a", "positive", "Chagas", "serology", ";", "however", ",", "central", "nervous", "system", "involvement", "in", "this", "entity", "is", "mainly", "seen", "in", "patients", "with", "a", "high", "level", "of", "immunosuppression", ",", "such", "as", "HIV-infected", "patients", "with", "CD4", "T-cell", "counts", "below", "100", "cells", "/", "μL", "or", "transplant", "recipients", "undergoing", "potent", "immunosuppressive", "treatment", ".", "-", "Neurosyphilis", ".", "There", "are", "different", "forms", "of", "presentation", "of", "neurosyphilis", ",", "asymptomatic", "neurosyphilis", "(", "only", "CSF", "alterations", ")", "and", "symptomatic", "neurosyphilis", ",", "which", "includes", "meningeal", "syphilis", "(", "headache", ",", "neck", "stiffness", ",", "coma", ",", "etc", ".", ")", ",", "meningo", "vascular", "syphilis", "(", "headache", ",", "neck", "stiffness", ",", "coma", ",", "etc", ".", ")", ",", "meningeal", "vascular", "syphilis", "(", "headache", ",", "neck", "stiffness", ",", "coma", ",", "etc", ".", ")", "and", "meningo", "vascular", "syphilis", "(", "headache", ",", "neck", "stiffness", ",", "etc", ".", ")", ".", ")", ",", "the", "meningovascular", "form", "(", "which", "simulates", "a", "middle", "cerebral", "artery", "stroke", "with", "typical", "encephalitis", "prodrome", ")", "and", "the", "parenchymal", "form", ",", "which", "can", "present", "as", "a", "progressive", "general", "paralysis", "(", "subacute", "dementia", ",", "neuropsychiatric", "disorders", ".", ".", ".", ")", "or", "tabes", "dorsalis", "(", "spinal", "cord", "involvement", ",", "demyelination", "of", "posterior", "cords", ".", ".", ".", ")", ".", "The", "clinical", "features", "of", "the", "case", "we", "present", "are", "not", "consistent", "with", "neurosyphilis", ",", "however", "the", "patient", "had", "a", "negative", "RPR", "serological", "pattern", "and", "T", ".", "pallidum", "IgG", "positive", ",", "compatible", "with", "late", "syphilis", "or", "syphilis", "with", "more", "than", "one", "year", "of", "evolution", ",", "tertiary", "syphilis", "(", "neurosyphilis", ")", "or", "treated", "syphilis", ".", "Therefore", ",", "although", "clinically", "unlikely", ",", "it", "is", "a", "diagnostic", "possibility", "that", "should", "be", "ruled", "out", "by", "CSF", "analysis", "(", "CSF", "VDRL", ")", ".", "-", "Cerebral", "toxoplasmosis", ".", "CNS", "involvement", "in", "toxoplasmosis", "consists", "of", "encephalitis", "and", "abscess", "formation", ".", "The", "most", "frequent", "symptoms", "are", "headache", "and", "fever", ",", "which", "appear", "in", "half", "of", "the", "patients", ",", "and", "mental", "confusion", "and", "sensory-motor", "deficits", "occur", "as", "a", "consequence", "of", "the", "neurological", "damage", ".", "It", "is", "usually", "seen", "in", "immunosuppressed", "patients", "with", "impaired", "cell-mediated", "immunity", "(", "HIV", "with", "advanced", "immunosuppression", ",", "patients", "with", "haematological", "malignancies", "and", "chemotherapy", "or", "solid", "organ", "transplant", "recipients", ")", ".", "These", "patients", "almost", "all", "have", "a", "positive", "serology", "for", "IgG", "and", "negative", "for", "specific", "IgM", ".", "As", "we", "have", "already", "mentioned", ",", "our", "patient", "is", "immunocompetent", ",", "and", "also", "has", "a", "negative", "serology", "for", "toxoplasma", ",", "making", "this", "a", "very", "unlikely", "diagnostic", "option", ".", "-", "Cryptococcosis", "of", "the", "brain", ".", "Cryptococcosis", "is", "one", "of", "the", "most", "frequent", "and", "serious", "fungal", "infections", "associated", "with", "HIV", ",", "with", "a", "CD4", "lymphocyte", "count", "below", "100", "cells", "/", "μl", "acting", "as", "a", "predisposing", "factor", ".", "In", "more", "than", "75", "%", "of", "cases", ",", "subacute", "meningitis", "or", "meningoencephalitis", "occurs", "with", "fever", ",", "malaise", ",", "little", "or", "no", "meningeal", "signs", "and", "headache", ".", "In", "10-15", "%", ",", "space-occupying", "lesions", ",", "cryptococcomas", ",", "single", "or", "multiple", ",", "enhancing", "or", "non-enhancing", ",", "solid", "or", "ring-like", ",", "usually", "in", "the", "basal", "ganglia", "or", "thalamus", ",", "may", "occur", ".", "-", "Non-infectious", "causes", "of", "nodular", "lesions", "with", "peripheral", "uptake", "in", "the", "CNS", "(", "metastasis", ",", "lymphoma", ",", "primary", "tumour", ",", "etc", ".", ")", ".", "-", "Neurocysticercosis", ".", "Neurocysticercosis", "is", "the", "involvement", "of", "the", "CNS", "by", "the", "parasitic", "form", "of", "Taenia", "solium", "larvae", ",", "with", "humans", "acting", "as", "intermediate", "hosts", ",", "which", "clinically", "presents", "with", "epilepsy", ",", "intracranial", "hypertension", "and", "focal", "neurological", "signs", ".", "Radiological", "findings", "depend", "on", "larval", "stage", ",", "number", "and", "location", ".", "Parenchymal", "involvement", "is", "the", "most", "frequent", "form", ",", "and", "the", "cysts", "are", "mainly", "located", "in", "the", "cerebral", "cortex", ",", "with", "different", "stages", "of", "evolution", "from", "viable", "cysts", "(", "with", "scolex", ")", "to", "the", "final", "evolutionary", "stage", "with", "calcification", ".", "Positive", "serology", "and", "radiological", "imaging", "make", "this", "the", "most", "likely", "diagnosis", ".", "Evolution", "The", "patient", "was", "seen", "in", "the", "Infectious", "Diseases", "department", "where", "he", "reported", "the", "same", "symptoms", "as", "previously", "described", "and", "the", "results", "of", "the", "complementary", "tests", "requested", "by", "neurology", "were", "reviewed", ".", "MRI", "images", "were", "evaluated", "together", "with", "an", "expert", "radiologist", ",", "describing", "the", "results", "as", "findings", "compatible", "with", "active", "neurocysticercosis", ".", "A", "fundus", "examination", "was", "requested", "to", "rule", "out", "ocular", "involvement", ",", "and", "the", "diagnosis", "of", "active", "neurocysticercosis", "was", "established", ",", "as", "the", "patient", "had", "cystic", "lesions", "with", "scolex", "on", "the", "MRI", "(", "absolute", "criterion", ")", ",", "as", "well", "as", "positive", "serology", "for", "T", ".", "solium", "(", "major", "criterion", ")", ".", "Stool", "parasites", "were", "requested", "in", "order", "to", "rule", "out", "autoinoculation", ",", "and", "were", "negative", ".", "Regarding", "the", "serological", "pattern", "of", "syphilis", "(", "RPR", "negative", ",", "T", ".", "pallidum", "IgG", "positive", ")", ",", "a", "lumbar", "puncture", "was", "proposed", "to", "the", "patient", ",", "who", "refused", "the", "examination", "as", "he", "denied", "risky", "sexual", "relations", ",", "and", "referred", "to", "the", "history", "of", "having", "been", "treated", "in", "the", "past", "with", "three", "doses", "of", "intramuscular", "benzathine", "penicillin", "for", "an", "episode", "of", "syphilis", ",", "assuming", "the", "diagnosis", "of", "treated", "syphilis", ".", "With", "regard", "to", "the", "positive", "Chagas", "serology", ",", "the", "patient", "denied", "gastrointestinal", "symptoms", ",", "presented", "chest", "X-ray", "without", "cardiomegaly", ",", "echocardiogram", "and", "electrocardiogram", "were", "requested", ",", "both", "normal", ",", "and", "PCR", "for", "T", ".", "cruzi", "was", "negative", ",", "leading", "to", "a", "diagnosis", "of", "Chagas", "disease", "of", "undetermined", "duration", ".", "Admission", "to", "the", "Infectious", "Diseases", "ward", "was", "indicated", "for", "combined", "treatment", ".", "Albendazole", "400", "mg", "every", "12", "hours", "for", "4", "weeks", "and", "praziquantel", "600", "mg", "2", "tablets", "at", "breakfast", ",", "2", "tablets", "at", "lunch", "and", "3", "tablets", "at", "dinner", "for", "4", "weeks", "were", "prescribed", ".", "In", "addition", ",", "treatment", "was", "started", "with", "dexamethasone", "2", "mg", "every", "12", "hours", ",", "beginning", "24", "hours", "before", "the", "start", "of", "deworming", "therapy", ",", "and", "phenytoin", "was", "replaced", "by", "levetiracetam", "500", "mg", "every", "12", "hours", "to", "avoid", "interactions", ".", "After", "48", "hours", "of", "antiparasitic", "treatment", ",", "he", "presented", "two", "episodes", "of", "partial", "secondary", "generalised", "seizures", "with", "tongue", "biting", "and", "subsequent", "amnesia", ",", "so", "the", "dose", "of", "levetiracetam", "was", "increased", "to", "1000", "mg", "every", "12", "hours", ".", "After", "7", "days", "of", "hospitalisation", ",", "with", "no", "new", "complications", ",", "the", "patient", "was", "discharged", "from", "hospital", "for", "outpatient", "follow-up", ".", "She", "completed", "the", "treatment", "without", "incident", "and", "with", "good", "tolerance", "to", "the", "medication", ".", "She", "had", "no", "new", "seizures", ".", "Brain", "MRI", "and", "serology", "for", "T", ".", "solium", "were", "requested", "6", "months", "after", "completing", "treatment", ".", "The", "MRI", "showed", "scar", "lesions", "with", "no", "activity", "and", "T", ".", "solium", "serology", "was", "negative", ".", "Given", "these", "results", "and", "the", "absence", "of", "neurological", "symptoms", ",", "neurocysticercosis", "was", "assumed", "to", "be", "cured", ".", "Annual", "follow-up", "with", "T", ".", "solium", "serology", "was", "indicated", ".", "Once", "treatment", "for", "neurocysticercosis", "was", "completed", ",", "outpatient", "treatment", "of", "Chagas", "disease", "was", "started", "with", "benznidazole", "15", "mg", "/", "kg", "/", "day", "in", "ascending", "doses", ",", "until", "270", "tablets", "were", "completed", ",", "with", "very", "good", "tolerance", "to", "treatment", "and", "annual", "follow-up", "with", "ECG", "and", "Chagas", "PCR", ",", "and", "the", "patient", "was", "found", "to", "be", "asymptomatic", "one", "year", "later", ",", "with", "no", "new", "seizures", "and", "negative", "Chagas", "PCR", ".", "Final", "diagnosis", "-", "Active", "parenchymal", "neurocysticercosis", ".", "-", "Chagas", "disease", "of", "undetermined", "duration", ".", "-", "Syphilis", "treated", "." ]

[ 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Male patient", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 12 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5, "end": 12 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 130, "end": 138 }, { "text": "Taenia solium", "label": "SPECIES", "start": 1118, "end": 1131 }, { "text": "Trypanosoma cruzi", "label": "SPECIES", "start": 1152, "end": 1169 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1094, "end": 1097 }, { "text": "Syphilis", "label": "SPECIES", "start": 1214, "end": 1222 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2311, "end": 2318 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 2522, "end": 2531 }, { "text": "Echinococcus spp", "label": "SPECIES", "start": 3026, "end": 3042 }, { "text": "Chagas disease", "label": "SPECIES", "start": 3060, "end": 3074 }, { "text": "Chagas", "label": "SPECIES", "start": 3060, "end": 3066 }, { "text": "Chagas", "label": "SPECIES", "start": 3308, "end": 3314 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 3459, "end": 3462 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 3402, "end": 3410 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 3472, "end": 3480 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3285, "end": 3292 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4445, "end": 4452 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 3778, "end": 3786 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 3844, "end": 3852 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 3912, "end": 3920 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 3981, "end": 3989 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 4543, "end": 4551 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 4555, "end": 4563 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 4611, "end": 4619 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 4647, "end": 4655 }, { "text": "T. pallidum", "label": "SPECIES", "start": 4496, "end": 4507 }, { "text": "VDRL", "label": "SPECIES", "start": 4775, "end": 4779 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 5163, "end": 5166 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 4968, "end": 4976 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 5116, "end": 5124 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 5200, "end": 5208 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 5304, "end": 5312 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5422, "end": 5429 }, { "text": "toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 5487, "end": 5497 } ]

[ "Anamnesis", "A", "70-year-old", "man", ",", "with", "no", "past", "history", "of", "interest", ",", "who", "in", "November", "2017", "was", "referred", "to", "the", "gastroenterology", "department", "for", "investigation", "due", "to", "anaemia", "refractory", "to", "treatment", "and", "dyspepsia", "of", "6", "months", "'", "evolution", ".", "Physical", "examination", "Examination", "was", "unremarkable", ".", "Complementary", "tests", "\"", "CBC", ":", "Hb", "10", ".", "5", "g", "/", "dl", ",", "CEA", "31", ".", "8", "ng", "/", "ml", ",", "Ca", "19", ".", "9", ":", "1", ",", "319", "U", "/", "ml", ".", "\"", "Gastroscopy", ":", "at", "the", "level", "of", "the", "incisura", "and", "with", "an", "extension", "of", "about", "3", "cm", "along", "the", "lesser", "curvature", ",", "and", "also", "on", "the", "posterior", "aspect", ",", "an", "excavated", "lesion", "with", "raised", "edges", "and", "fever", "on", "rubbing", "is", "identified", ".", "The", "rest", "is", "normal", ".", "AP", ":", "intestinal", "adenocarcinoma", ".", "HER-2", "negative", ".", "\"", "CT-CT", "scan", ":", "adenopathic", "conglomerate", "at", "the", "level", "of", "the", "gastrohepatic", "ligament", "measuring", "about", "25", "x", "40", "mm", ".", "The", "rest", "is", "normal", ".", "\"", "Echoendoscopy", ":", "lesion", "in", "lesser", "curvature", "affecting", "50", "%", "of", "the", "circumference", "with", "loss", "of", "definition", "of", "all", "its", "layers", ",", "infiltrating", "the", "adjacent", "fat", "and", "extending", "from", "3", "cm", "below", "the", "gastro-oesophageal", "junction", "to", "the", "proximal", "antrum", ".", "Five", "infiltrative", "lymphadenopathies", "are", "observed", ".", "Diagnosis", "Gastric", "adenocarcinoma", ".", "Stage", "cT4cN2cM0", ".", "Treatment", "Given", "locally", "advanced", "gastric", "adenocarcinoma", ",", "neoadjuvant", "treatment", "was", "decided", "with", "a", "FLOT", "scheme", "for", "4", "cycles", "(", "FLOT4-AIO", "study", ")", ",", "radical", "surgery", "and", "subsequent", "adjuvant", "treatment", "with", "another", "4", "cycles", "of", "FLOT", ".", "Evolution", "In", "January", "2018", ",", "neoadjuvant", "treatment", "with", "FLOT", "(", "docetaxel", "50", "mg", "/", "m2", ",", "folinic", "acid", "200", "mg", "/", "m2", ",", "oxaliplatin", "85", "mg", "/", "m2", "and", "5-FU", "2", ",", "600", "mg", "/", "m2", "days", "1", "every", "14", "days", ")", "was", "started", ".", "Very", "good", "tolerance", "to", "treatment", ".", "G1", "nausea", "and", "vomiting", ".", "After", "the", "4th", "cycle", ",", "the", "partial", "response", "was", "a", "decrease", "in", "the", "adenopathic", "conglomerate", "at", "the", "level", "of", "the", "gastrohepatic", "ligament", ",", "which", "currently", "measures", "15", "x", "25", "mm", ".", "Given", "the", "partial", "radiological", "response", ",", "total", "gastrectomy", "and", "D2", "lymphadenectomy", "were", "performed", "on", "21", "/", "3", "/", "2018", ".", "Pathological", "anatomy", "showed", "poorly", "differentiated", "adenocarcinoma", "affecting", "perigastric", "tissue", "reaching", "the", "visceral", "serosa", ".", "Poor", "response", "to", "treatment", "(", "grade", "3", "CAP", ")", ".", "Lymphovascular", "and", "perineural", "invasion", ".", "Free", "edges", ".", "11", "affected", "nodes", "out", "of", "16", ".", "HER-2", "negative", ".", "Stage", "ypT4apN3acM0", ".", "After", "the", "operation", ",", "she", "received", "only", "2", "cycles", "of", "adjuvant", "FLOT", ".", "It", "was", "suspended", "due", "to", "poor", "digestive", "tolerance", "and", "haematological", "toxicity", "(", "last", "cycle", "on", "20", "/", "6", "/", "2018", ")", ".", "On", "review", "in", "February", "2019", ",", "the", "patient", "came", "for", "consultation", "with", "lumbar", "pain", "of", "15", "days", "'", "evolution", ",", "accompanied", "by", "weakness", "and", "loss", "of", "strength", "3", "/", "5", "in", "both", "lower", "limbs", ",", "as", "well", "as", "urinary", "incontinence", ".", "The", "patient", "was", "admitted", "for", "further", "investigation", ".", "A", "CT-CT", "scan", "was", "performed", "showing", "retroperitoneal", "lymph", "node", "relapse", "and", "pulmonary", "metastases", ".", "Brain", "and", "spine", "MRI", "showed", "a", "pseudonodular", "morphological", "alteration", "in", "the", "cauda", "equina", "type", "which", ",", "after", "the", "administration", "of", "intravenous", "contrast", ",", "was", "intensely", "enhanced", "in", "the", "leptomeningeal", "region", "and", "nodular", "morphology", "with", "metastatic", "dissemination", ".", "Multiple", "cerebellar", "lesions", ",", "vernix", "and", "right", "corona", "radiata", "were", "observed", "in", "the", "brain", ".", "A", "lumbar", "puncture", "was", "performed", "and", "the", "cerebrospinal", "fluid", "cytology", "was", "positive", "for", "malignancy", ".", "Treatment", "was", "started", "with", "high-dose", "corticosteroids", "and", "palliative", "RT", "treatment", "was", "considered", ",", "but", "the", "patient", "progressively", "worsened", "neurologically", "and", "died", "on", "21", "/", "2", "/", "2019", ",", "3", "weeks", "after", "the", "onset", "of", "symptoms", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2337, "end": 2344 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2514, "end": 2521 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3206, "end": 3213 } ]

[ "Reason", "for", "consultation", "Headache", "and", "dizziness", ".", "Individual", "approach", "(", "anamnesis", ",", "examination", ",", "complementary", "tests", ")", ".", "A", "52-year-old", "man", "with", "no", "other", "personal", "history", "than", "HIV", "infection", "of", "more", "than", "10", "years", "of", "evolution", ",", "with", "good", "immunovirological", "control", "(", "CD4", "950", "cells", "/", "μl", ",", "CD8", "853", "cells", "/", "μl", ",", "leukocytes", "5", ",", "010", "x103", "/", "μl", ",", "undetectable", "viral", "load", ")", "on", "treatment", "with", "nucleoside", "analogue", "reverse", "transcriptase", "inhibitors", ",", "without", "having", "suffered", "AIDS-defining", "complications", ";", "therefore", "at", "stage", "A1", ".", "He", "consulted", "for", "a", "holocranial", "headache", "and", "dizziness", "of", "15", "days", "'", "duration", ",", "with", "associated", "daytime-predominant", "somnolence", ",", "asthenia", "and", "anorexia", "increasing", "in", "recent", "weeks", "and", "weight", "loss", "of", "5", "kg", ",", "as", "well", "as", "profuse", "sweating", "without", "shivering", "and", "afebrile", ".", "The", "patient", "expressed", "feeling", "overwhelmed", "because", "he", "felt", "that", "in", "recent", "weeks", "he", "had", "forgotten", "everyday", "things", "and", "reported", "spontaneous", "unmotivated", "crying", ".", "On", "examination", "he", "was", "conscious", ",", "oriented", "and", "cooperative", ",", "eupneic", "at", "rest", "and", "haemodynamically", "stable", ",", "with", "cardiopulmonary", "auscultation", "and", "an", "unremarkable", "abdominal", "examination", ".", "On", "a", "neurological", "level", ",", "only", "the", "presence", "of", "a", "pathological", "Romberg", "and", "minimal", "facial", "gestural", "paralysis", "was", "notable", ",", "with", "no", "nuchal", "rigidity", "or", "other", "signs", "of", "meningeal", "irritation", "at", "the", "time", ",", "nor", "any", "other", "neurological", "focality", "at", "the", "level", "of", "the", "cranial", "pairs", ",", "nor", "sensory-motor", "alterations", ",", "and", "the", "patient", "had", "a", "normal", "gait", ",", "not", "ataxic", ",", "without", "lateralisations", "or", "dysmetria", ",", "but", "with", "a", "certain", "lethargy", "of", "movement", ",", "which", "was", "evident", "even", "to", "the", "patient", ".", "-", "CBC", ":", "haemoglobin", "17", ".", "9g", "/", "dl", ",", "platelets", "235x103", "/", "μl", ",", "leukocytes", "9", ".", "76", "x103", "/", "μl", ",", "lymphocytes", "3", ".", "26", "x103", "/", "μl", ",", "neutrophils", "5", ".", "72", "x103", "/", "μl", ".", "Coagulation", ":", "Fibrinogen", "511mg", "/", "dl", ",", "rest", "normal", ".", "Biochemistry", ":", "Glucose", "86", "mg", "/", "dl", ",", "Albumin", "4", ".", "6", "g", "/", "dl", ",", "Urea", "7", ".", "1", "mg", "/", "dl", ",", "Glomerular", "filtration", "rate", "69", "mL", "/", "min", ",", "Creatinine", "1", ".", "18", "mg", "/", "dL", ",", "hydroelectrolyte", "and", "liver", "profile", "normal", ".", "CRP", ":", "0", ".", "14", "mg", "/", "L", "Arterial", "blood", "gases", ":", "Ph", "7", ",", "469", ",", "PaCO2", "31", ".", "1", "mmHg", ",", "PaO2", "126", "mmHg", ",", "SaO2", "98", ".", "3", "%", ",", "HCO3", "22", ".", "6", "mmol", "/", "L", ".", "Urine", ":", "normal", ".", "-", "Cranial", "CT", "scan", ":", "hyperdense", "cerebral", "LOE", ",", "at", "the", "level", "of", "the", "corpus", "callosum", ",", "crossing", "the", "midline", "and", "contacting", "the", "ependymis", ",", "with", "perilesional", "oedema", "and", "slight", "mass", "effect", "on", "the", "posterior", "horn", "of", "the", "lateral", "ventricles", ",", "highly", "suggestive", "of", "Primary", "Cerebral", "Lymphoma", ".", "Clinical", "judgement", "(", "list", "of", "problems", ",", "differential", "diagnosis", ")", "The", "first", "diagnosis", "given", "in", "the", "ED", "for", "subsequent", "admission", "was", "a", "brain", "lesion", "compatible", "with", "Primary", "Cerebral", "Lymphoma", "in", "an", "HIV", "stage", "A1", "patient", ",", "who", "after", "this", "finding", "was", "classified", "as", "stage", "C1", ".", "Action", "plan", "and", "evolution", "He", "was", "admitted", "to", "Internal", "Medicine", "for", "further", "study", "with", "cranial", "MRI", "with", "contrast", ",", "BodyTAC", "(", "both", "imaging", "tests", "with", "no", "different", "findings", "to", "those", "of", "the", "cranial", "CT", ")", "and", "a", "blood", "test", "with", "serology", "IgG", "CMV", "positive", "with", "IgM", "negative", ",", "IgG", "Toxoplasma", "positive", "IgM", "negative", ",", "lymphocyte", "subpopulations", "with", "CD4", "954", "cells", "/", "μl", "with", "undetectable", "viral", "load", ".", "On", "admission", ",", "she", "reported", "feeling", "much", "better", "with", "regard", "to", "her", "headaches", "after", "treatment", "with", "corticosteroids", ".", "Right", "facial", "paralysis", "persisted", "with", "positive", "Romberg", "'", "s", ",", "which", "was", "negative", "after", "several", "days", "of", "corticosteroid", "treatment", ".", "Neurosurgery", "was", "contacted", "for", "evaluation", "of", "oncological", "treatment", ".", "From", "an", "ethical", "point", "of", "view", ",", "the", "following", "dilemma", "arises", ",", "since", "the", "relatives", ",", "who", "are", "unaware", "of", "the", "immunodeficiency", "associated", "with", "the", "patient", "'", "s", "HIV", "infection", ",", "request", "that", "the", "patient", "not", "be", "informed", "of", "his", "current", "illness", "or", "its", "severity", ".", "Faced", "with", "this", "double", "pact", "of", "silence", ",", "the", "family", "doctor", "who", "will", "continue", "to", "assess", "the", "patient", "in", "successive", "consultations", "has", "an", "intermediary", "and", "communicative", "role", "in", "giving", "the", "relevant", "explanations", "to", "the", "patient", "and", "relatives", "without", "speaking", "directly", "about", "his", "pathology", ",", "at", "least", "until", "the", "patient", "himself", "refers", "it", "to", "us", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 170, "end": 173 }, { "text": "immunovirological", "label": "SPECIES", "start": 230, "end": 247 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 754, "end": 761 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 148, "end": 156 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 332, "end": 337 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1395, "end": 1402 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1543, "end": 1550 }, { "text": "family doctor", "label": "HUMAN", "start": 3543, "end": 3556 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3393, "end": 3400 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3435, "end": 3442 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3589, "end": 3596 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3711, "end": 3718 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3799, "end": 3806 } ]

[ "Patient", "aged", "77", "years", ".", "Renal", "transplant", "from", "cadaveric", "donor", "in", "2014", ".", "Usual", "immunosuppression", ":", "Meprednisone", "+", "Mycophenolate", "+", "Sirolimus", ".", "Usual", "creatinine", ":", "1", ".", "8", "mg", "/", "dl", ".", "He", "was", "hospitalised", "for", "COVID-19", "pneumonia", ".", "Immunosuppression", "was", "suspended", "and", "he", "remained", "on", "hydrocortisone", ".", "He", "started", "treatment", "with", "lopinavir", "/", "ritonavir", "+", "hydroxychloroquine", "which", "was", "suspended", "due", "to", "QTc", "prolongation", ".", "On", "the", "fourth", "day", "of", "hospitalisation", ",", "he", "developed", "septic", "shock", "and", "AKIN", "3", "acute", "kidney", "injury", ".", "Urine", "sedimentation", "was", "performed", ":", "dark", ",", "granular", "casts", "3", "/", "cpo", "+", "scanty", "isomorphic", "red", "blood", "cells", ".", "Urinary", "sediment", "was", "interpreted", "as", "being", "attributable", "to", "acute", "tubular", "necrosis", "(", "ATN", ")", ".", "Renal", "replacement", "therapy", "was", "indicated", ".", "He", "progresses", "with", "anuria", "and", "positive", "PCR", "for", "COVID", "at", "day", "+", "21", "." ]

[ 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Patient", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 7 }, { "text": "donor", "label": "HUMAN", "start": 55, "end": 60 }, { "text": "cadaveric", "label": "HUMAN", "start": 45, "end": 54 } ]

[ "We", "present", "the", "case", "of", "a", "36-year-old", "male", "from", "Morocco", "who", "has", "been", "living", "in", "Spain", "for", "6", "months", ",", "with", "no", "known", "drug", "allergies", "or", "toxic", "habits", ".", "His", "only", "history", "was", "that", "he", "had", "worked", "for", "a", "month", "in", "a", "slaughterhouse", ",", "although", "he", "had", "not", "worked", "there", "for", "5", "months", ".", "She", "consulted", "the", "emergency", "department", "for", "bilateral", "low", "back", "pain", "radiating", "to", "the", "abdomen", "for", "two", "months", ",", "which", "was", "difficult", "to", "control", "despite", "second", "stage", "analgesia", ".", "He", "also", "reported", "sporadic", "febrile", "peaks", ",", "profuse", "sweating", "and", "dysuria", ",", "which", "he", "did", "not", "present", "at", "the", "time", "of", "consultation", ".", "On", "examination", ",", "the", "patient", "was", "in", "good", "general", "condition", ",", "although", "affected", "by", "pain", ",", "conscious", "and", "oriented", "in", "the", "three", "spheres", ",", "well", "hydrated", "and", "perfused", ",", "normal", "colour", "and", "eupneic", "at", "rest", "without", "requiring", "supplementary", "oxygen", ".", "The", "patient", "is", "haemodynamically", "stable", ",", "with", "blood", "pressure", "(", "BP", ")", "of", "118", "/", "80", "mmHg", ",", "heart", "rate", "(", "HR", ")", "of", "80", "beats", "per", "minute", ",", "oxygen", "saturation", "of", "98", "%", "without", "supplemental", "oxygen", "and", "temperature", "of", "35", ".", "6o", ".", "On", "cardiopulmonary", "auscultation", "the", "patient", "showed", "rhythmic", "tones", "without", "audible", "murmurs", "or", "extratonos", ",", "as", "well", "as", "a", "preserved", "vesicular", "murmur", "with", "no", "added", "pathological", "sounds", ".", "The", "abdomen", "was", "soft", "and", "depressible", ",", "slightly", "painful", "on", "palpation", "in", "general", ",", "especially", "in", "the", "left", "flank", ",", "with", "no", "signs", "of", "peritoneal", "irritation", "and", "with", "hydro-aerial", "sounds", "present", ".", "The", "extremities", "showed", "no", "signs", "of", "deep", "vein", "thrombosis", ",", "no", "oedema", "or", "signs", "of", "chronic", "venous", "insufficiency", ",", "with", "bilaterally", "symmetrical", "pulses", ".", "As", "for", "the", "musculoskeletal", "examination", ",", "the", "patient", "presented", "pain", "on", "palpation", "of", "the", "bilateral", "lumbosacral", "paravertebral", "muscles", "and", "lumbar", "spinous", "processes", ",", "without", "crepitus", "or", "other", "alterations", ".", "The", "Lassegué", "and", "Bragard", "manoeuvres", "were", "positive", "at", "20o", "bilaterally", ",", "as", "were", "the", "pain", "reproduction", "manoeuvres", "at", "the", "sacroiliac", "level", ".", "No", "other", "alterations", "were", "identified", "in", "the", "rest", "of", "the", "examination", "by", "apparatus", ".", "On", "admission", ",", "a", "lumbar", "spine", "X-ray", "showed", "a", "physiological", "lordosis", "rectification", ",", "with", "no", "other", "notable", "alterations", ",", "as", "well", "as", "a", "chest", "X-ray", "with", "a", "cardiomediastinal", "silhouette", "of", "normal", "size", "and", "morphology", "and", "no", "other", "notable", "findings", ".", "The", "admission", "haemogram", "showed", "normality", "in", "all", "three", "series", ",", "as", "well", "as", "an", "erythrocyte", "sedimentation", "rate", "(", "ESR", ")", "of", "20", "mm", "/", "h", ".", "Biochemistry", "showed", "a", "slight", "elevation", "of", "transaminases", "(", "AST", "57", "mg", "/", "dl", "and", "ALT", "71", "mg", "/", "dl", ")", ",", "as", "well", "as", "a", "C-reactive", "protein", "(", "CRP", ")", "of", "37", ".", "76", "mg", "/", "l", ".", "Creatinine", "was", "within", "normal", "values", ",", "and", "there", "were", "no", "abnormalities", "in", "the", "systematic", "urine", "analysis", ".", "A", "urine", "culture", "was", "performed", "prior", "to", "admission", "with", "negative", "results", ".", "Given", "the", "clinical", "manifestations", "of", "abdominal", "pain", ",", "an", "abdominal", "ultrasound", "was", "requested", ",", "the", "only", "notable", "finding", "being", "splenomegaly", "with", "a", "spleen", "162", "mm", "in", "longitudinal", "axis", "and", "homogeneous", "echogenicity", ".", "The", "association", "of", "dysuria", "led", "to", "contacting", "the", "Urology", "Department", ",", "which", "after", "assessing", "the", "patient", "identified", "a", "solid", "thickening", "of", "the", "head", "of", "the", "left", "epididymis", "compatible", "with", "epididymitis", ".", "Given", "the", "clinical", "manifestations", "of", "lumbosacral", "pain", "and", "the", "exploratory", "findings", ",", "a", "lumbosacral", "magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", "scan", "was", "requested", ",", "which", "showed", "a", "pinched", "L5-S1", "intervertebral", "space", "with", "hyperintensity", "in", "T2", "and", "STIR", "sequences", ",", "signs", "suggestive", "of", "spondylodiscitis", ",", "also", "showing", "in", "contiguity", "with", "the", "disc", "and", "extending", "towards", "the", "posterior", "epidural", "space", "and", "first", "right", "sacral", "foramen", ",", "a", "collection", "of", "multiloculated", "appearance", "with", "peripheral", "enhancement", ",", "suggestive", "of", "abscess", ".", "The", "approximate", "size", "of", "the", "abscess", "was", "39", "mm", "x", "12", ".", "5", "mm", "x", "21", ".", "5", "mm", ".", "Differential", "diagnosis", "For", "the", "differential", "diagnosis", ",", "given", "the", "findings", "obtained", "in", "the", "lumbosacral", "MRI", ",", "with", "the", "presence", "of", "abscessation", "and", "local", "inflammatory", "signs", ",", "we", "can", "focus", "our", "attention", "on", "pathologies", "of", "infectious", "origin", ".", "-", "Infection", "of", "pyogenic", "origin", ":", "S", ".", "aureus", "is", "the", "most", "frequent", "microorganism", "related", "to", "pyogenic", "vertebral", "osteomyelitis", ",", "followed", "by", "E", ".", "coli1", ",", "with", "the", "primary", "focus", "of", "infection", "in", "50", "%", "of", "patients", "being", "the", "urinary", "tract", ",", "skin", "or", "soft", "tissues", ".", "Virulent", "microorganisms", "such", "as", "Pseudomonas", "spp", ",", "Salmonella", "spp", "or", "S", ".", "aureus", "itself", "generate", "paravertebral", "abscesses", "that", "can", "evolve", "and", "invade", "adjacent", "viscera", ",", "while", "more", "indolent", "microorganisms", "generate", "abscesses", "that", "evolve", "parallel", "to", "the", "tissues", ",", "usually", "ending", "at", "the", "inguinal", "or", "gluteal", "level", ".", "Fever", ",", "leukocytosis", "and", "sweating", "are", "symptoms", "that", "usually", "appear", "in", "pyogenic", "osteomyelitis", ",", "with", "a", "rapid", "and", "aggressive", "clinical", "course", ".", "In", "the", "case", "of", "our", "patient", ",", "the", "association", "of", "dysuria", "and", "the", "symptoms", "of", "fever", "and", "sweating", "could", "point", "to", "this", "pathology", ",", "but", "the", "absence", "of", "leukocytosis", "and", "the", "insidious", "course", "over", "more", "than", "two", "months", "suggest", "alternative", "diagnoses", ".", "-", "Vertebral", "tuberculosis", ":", "also", "called", "Pott", "'", "s", "disease", "or", "tuberculous", "spondylitis", ",", "this", "is", "a", "diagnosis", "to", "be", "considered", "in", "cases", "of", "persistent", "and", "insidious", "low", "back", "pain", ",", "especially", "if", "accompanied", "by", "constitutional", "symptoms", "or", "fever", ".", "Tuberculous", "spondylitis", "is", "usually", "preceded", "by", "a", "previous", "primoinfection", ",", "which", "may", "be", "asymptomatic", ",", "so", "the", "patient", "'", "s", "lack", "of", "knowledge", "of", "exposure", "to", "tuberculosis", "does", "not", "rule", "out", "this", "pathology", ".", "Our", "patient", "comes", "from", "Morocco", ",", "considered", "a", "tuberculosis", "endemic", "area", ",", "with", "an", "estimated", "incidence", "rate", "of", "50-99", "cases", "per", "100", ",", "000", "inhabitants", ".", "Furthermore", ",", "the", "patient", "'", "s", "dysuria", "may", "be", "related", "to", "possible", "renal", "or", "genital", "tuberculosis", ".", "The", "presence", "in", "our", "patient", "of", "profuse", "sweating", ",", "loss", "of", "appetite", "and", "fever", "could", "favour", "vertebral", "tuberculosis", "as", "a", "possible", "diagnosis", ".", "-", "Brucellosis", ":", "this", "pathology", ",", "typically", "associated", "with", "the", "consumption", "of", "unpasteurised", "dairy", "products", "and", "contact", "with", "animal", "tissues", "contaminated", "by", "Brucella", "spp", "from", "cattle", ",", "pigs", "or", "goats", "and", "being", "endemic", "especially", "in", "North", "Africa", ",", "usually", "starts", "with", "non-specific", "symptoms", "such", "as", "fever", "(", "which", "may", "alternate", "febrile", "peaks", "with", "afebrile", "periods", ")", ",", "headache", ",", "anaemia", "and", "profuse", "sweating", ",", "as", "well", "as", "splenomegaly", "in", "1", "/", "3", "of", "all", "patients", ".", "These", "symptoms", "may", "persist", "for", "two", "to", "eight", "weeks", "and", "musculoskeletal", "involvement", "(", "the", "most", "common", "complication", "of", "brucellar", "disease", ")", "usually", "does", "not", "appear", "until", "the", "previous", "symptoms", "disappear", ".", "The", "occurrence", "of", "paravertebral", "abscesses", "is", "less", "frequent", "than", "in", "tuberculosis", ",", "although", "their", "presence", "is", "possible", ".", "The", "diagnosis", "of", "brucellosis", "is", "made", "by", "positive", "culture", "of", "the", "organism", "in", "any", "type", "of", "sample", "or", "by", "measurement", "of", "brucellar", "agglutinins", ".", "Leukocytosis", "is", "usually", "absent", "and", "elevated", "ESR", ",", "if", "present", ",", "is", "of", "little", "relevance", ".", "Involvement", "of", "other", "organs", ",", "such", "as", "the", "genitourinary", "system", ",", "although", "less", "frequent", "than", "musculoskeletal", "complications", ",", "is", "also", "possible", ".", "Analysing", "our", "patient", ",", "his", "work", "history", ",", "his", "country", "of", "origin", "and", "the", "presence", "of", "a", "discrete", "elevation", "of", "ESR", "in", "the", "absence", "of", "leukocytosis", "could", "point", "to", "brucellosis", "as", "a", "possible", "diagnosis", ".", "In", "addition", ",", "the", "presence", "of", "isolated", "febrile", "peaks", "interspersed", "with", "afebrile", "periods", ",", "as", "well", "as", "the", "splenomegaly", "detected", "on", "abdominal", "ultrasound", ",", "also", "point", "to", "brucellosis", ".", "Evolution", "In", "view", "of", "the", "results", "obtained", "in", "the", "lumbosacral", "MRI", ",", "and", "the", "patient", "'", "s", "work", "history", ",", "the", "possibility", "of", "an", "infection", "of", "zoonotic", "origin", "was", "raised", ".", "Urine", "cultures", "were", "requested", ",", "which", "were", "negative", ",", "and", "blood", "cultures", ",", "which", "were", "positive", "for", "Brucella", "mellitensis", ".", "The", "Rose", "Bengal", "test", "was", "performed", "and", "was", "positive", ",", "with", "an", "antibody", "quantification", "of", "1", "/", "320", ".", "Once", "the", "diagnosis", "was", "known", ",", "antibiotic", "treatment", "was", "started", "with", "triple", "therapy", "of", "doxycycline", "100", "mg", "every", "12", "hours", ",", "rifampicin", "600", "mg", "every", "24", "hours", "and", "gentamicin", "for", "7", "days", "intravenously", ".", "Given", "the", "size", "of", "the", "abscess", "and", "the", "clinical", "manifestations", "caused", "by", "it", ",", "it", "was", "decided", "to", "contact", "the", "Neurosurgery", "Department", "for", "drainage", "of", "the", "collection", ",", "which", "was", "successfully", "performed", ",", "taking", "samples", "that", "were", "cultured", "with", "negative", "results", ".", "After", "starting", "treatment", ",", "the", "patient", "showed", "a", "slow", "but", "progressive", "improvement", "in", "pain", ",", "and", "was", "discharged", "home", "to", "continue", "treatment", "with", "double", "therapy", "of", "doxycycline", "and", "rifampicin", "for", "12", "weeks", ".", "He", "was", "assessed", "in", "the", "Outpatient", "Infectious", "Diseases", "Department", "15", "days", "after", "discharge", ",", "and", "the", "patient", "reported", "poor", "control", "of", "back", "pain", ",", "so", "it", "was", "decided", "to", "increase", "the", "daily", "dose", "of", "rifampicin", "to", "900", "mg", "every", "24", "hours", ".", "During", "the", "following", "months", "he", "required", "two", "new", "admissions", "for", "poor", "control", "of", "low", "back", "pain", "despite", "second-level", "analgesic", "treatment", ".", "In", "both", "cases", ",", "follow-up", "lumbosacral", "MRI", "scans", "were", "requested", ",", "with", "no", "apparent", "changes", "in", "the", "evolution", "of", "the", "infectious", "process", ",", "although", "no", "radiological", "worsening", "was", "identified", ".", "He", "was", "assessed", "by", "the", "Neurosurgery", "Department", ",", "which", "did", "not", "identify", "the", "need", "for", "drainage", "of", "the", "abscess", "at", "that", "time", ".", "In", "both", "admissions", "the", "patient", "evolved", "satisfactorily", ",", "with", "good", "pain", "control", "initially", "with", "intravenous", "medication", "and", "subsequently", "with", "good", "tolerance", "to", "the", "change", "to", "oral", "medication", ".", "The", "patient", "was", "assessed", "in", "the", "Outpatient", "Infectious", "Diseases", "Department", "three", "months", "after", "the", "last", "admission", ",", "with", "no", "new", "incidents", "and", "with", "adequate", "pain", "control", ".", "A", "new", "lumbosacral", "MRI", "was", "requested", ",", "which", "showed", "a", "practical", "resolution", "of", "the", "initial", "infectious", "process", ",", "with", "disappearance", "of", "the", "epidural", "abscess", "and", "almost", "complete", "absence", "of", "signs", "of", "spondylitis", "at", "the", "level", "of", "the", "L5", "and", "S1", "vertebral", "bodies", ".", "Final", "diagnosis", "Lumbar", "spondylodiscitis", "due", "to", "Brucella", "melitensis", "with", "local", "extension", "towards", "the", "posterior", "epidural", "space", "and", "first", "sacral", "foramen", ",", "abscessation", "at", "this", "level", "and", "bacteraemia", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 580, "end": 587 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 797, "end": 804 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 37, "end": 41 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1029, "end": 1036 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1550, "end": 1557 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2910, "end": 2917 }, { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 4075, "end": 4089 }, { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 4248, "end": 4262 }, { "text": "Pseudomonas spp", "label": "SPECIES", "start": 4098, "end": 4113 }, { "text": "Salmonella spp", "label": "SPECIES", "start": 4115, "end": 4129 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4525, "end": 4532 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 4010, "end": 4018 }, { "text": "S. aureus", "label": "SPECIES", "start": 3851, "end": 3860 }, { "text": "S. aureus", "label": "SPECIES", "start": 4133, "end": 4142 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5086, "end": 5093 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5180, "end": 5187 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5338, "end": 5345 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5434, "end": 5441 }, { "text": "inhabitants", "label": "HUMAN", "start": 5308, "end": 5319 }, { "text": "Brucella spp", "label": "SPECIES", "start": 5704, "end": 5716 }, { "text": "animal", "label": "SPECIES", "start": 5673, "end": 5679 }, { "text": "cattle", "label": "SPECIES", "start": 5722, "end": 5728 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 5983, "end": 5991 }, { "text": "cattle, pigs", "label": "SPECIES", "start": 5722, "end": 5734 }, { "text": "cattle, pigs or goats", "label": "SPECIES", "start": 5722, "end": 5743 }, { "text": "brucellar", "label": "SPECIES", "start": 6108, "end": 6117 }, { "text": "brucellar", "label": "SPECIES", "start": 6424, "end": 6433 } ]

[ "A", "nine-month-old", "boy", "consulted", "for", "severe", "perianal", "erythema", ".", "A", "first", "rectal", "smear", "was", "performed", "with", "a", "negative", "result", "of", "the", "rapid", "streptococcal", "antigen", "detection", "test", "after", "24", "hours", ",", "so", "treatment", "was", "started", "with", "clotrimazole", ".", "As", "the", "patient", "did", "not", "progress", "well", ",", "it", "was", "decided", "to", "repeat", "the", "rectal", "and", "pharyngotonsillar", "smear", ",", "finding", "a", "positive", "result", "for", "rapid", "detection", "of", "streptococcal", "antigen", "in", "the", "rectal", "sample", "and", "negative", "in", "the", "pharyngotonsillar", "sample", ".", "Culture", "of", "the", "rectal", "specimen", "was", "negative", "for", "fungi", "and", "showed", "growth", "of", "GABHS", ".", "Treatment", "with", "oral", "penicillin", "was", "started", "for", "10", "days", ",", "with", "resolution", "of", "the", "picture", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "fungi", "label": "SPECIES", "start": 518, "end": 523 }, { "text": "streptococcal", "label": "SPECIES", "start": 132, "end": 145 }, { "text": "streptococcal", "label": "SPECIES", "start": 381, "end": 394 } ]

[ "MEDICAL", "HISTORY", "Reason", "for", "consultation", "Fever", ",", "chills", ",", "arthromyalgia", ",", "general", "malaise", ".", "Personal", "history", "No", "known", "allergies", ",", "intolerance", "to", "acetylsalicylic", "acid", ".", "History", "of", "rheumatic", "pathology", "controlled", "in", "Rheumatology", "Outpatients", "No", "history", "of", "known", "diabetes", "mellitus", ",", "hypertension", ",", "dyslipidaemia", "or", "heart", "disease", ".", "Surgical", "history", ":", "appendectomy", ",", "splenectomy", "in", "1975", "due", "to", "thrombocytopenia", ",", "left", "knee", "meniscus", "surgery", ".", "She", "only", "remembered", "annual", "vaccination", "against", "influenza", ".", "Current", "pharmacological", "treatment", ":", "paracetamol", ",", "colchicine", ",", "chondrosan", "and", "calcium", ".", "CURRENT", "ILLNESS", "A", "67-year-old", "woman", "with", "the", "aforementioned", "history", "came", "to", "the", "emergency", "department", "complaining", "of", "high", "fever", "(", "39oC", ")", ",", "chills", ",", "arthromyalgia", "and", "general", "malaise", ".", "He", "referred", "symptoms", "of", "upper", "respiratory", "tract", "infection", "in", "the", "last", "15", "days", ",", "which", "he", "had", "treated", "with", "paracetamol", ".", "No", "micturition", "syndrome", ",", "no", "stool", "alterations", ",", "no", "chest", "pain", ",", "no", "abdominal", "pain", "or", "other", "accompanying", "symptoms", "of", "note", ".", "PHYSICAL", "EXAMINATION", "-", "VITAL", "CONSTANTS", ":", "BP", "110", "/", "90", "mmHg", ",", "HR", "97", ",", "T", ".", "ax", ".", "37", ",", "9o", ",", "FR", "16", ",", "sat", ".", "O2", "sat", ".", "96", "%", "aa", ".", "-", "GENERAL", "APPEARANCE", ":", "relatively", "affected", ",", "normohydrated", ",", "well", "perfused", ",", "no", "skin", "lesions", ",", "no", "palpable", "adenopathies", ".", "-", "CARDIOCIRCULATORY", ":", "rhythmic", "tones", ",", "no", "audible", "murmurs", ",", "no", "orthopnoea", ",", "no", "oedema", ",", "peripheral", "pulses", "present", "and", "symmetrical", ".", "-", "RESPIRATORY", ":", "eupneic", ",", "preserved", "vesicular", "murmur", ",", "no", "over-added", "sounds", ".", "-", "ABDOMEN", ":", "soft", "and", "depressible", ",", "no", "pain", "on", "palpation", ",", "preserved", "peristalsis", ",", "negative", "decompression", ",", "no", "visceromegaly", "palpable", ".", "-", "NEUROLOGICAL", ":", "higher", "mental", "functions", "preserved", ",", "language", "and", "speech", "preserved", ",", "isochoric", "pupils", "of", "normal", "size", "and", "normoreactive", ",", "no", "alteration", "of", "the", "cranial", "nerves", ",", "no", "motor", "deficit", ",", "no", "dysmetria", ",", "normal", "gait", ",", "preserved", "sensitivity", ",", "no", "signs", "of", "meningeal", "irritation", ".", "-", "FACE", "AND", "OROPHARYNGEAL", ":", "Hyperemia", "in", "pharynx", ",", "no", "adenopathies", ".", "COMPLEMENTARY", "EXPLORATIONS", "CBC", ":", "Red", "cells", "4", ".", "49", "x10", "^", "6", "/", "μL", ",", "Haemoglobin", "13", ".", "9", "g", "/", "dL", ",", "Haematocrit", "42", ".", "9", "%", "VCM", "95", ".", "5", "fL", "HCM", "31", ".", "0", "pg", ",", "CHCM", "*", "32", ".", "4", "g", "/", "dL", ",", "RDW-CV", "13", ".", "7", "%", ",", "Leukocytes", "*", "3", ".", "30", "x10", "^", "3", "/", "μL", ",", "Neutrophils", "%", "*", "95", ".", "8", "%", ",", "Total", "neutrophils", "3", ".", "16", "x10", "^", "3", "/", "μL", ",", "Lymphocytes", "%", "*", "3", ".", "9", "%", ",", "Total", "lymphocytes", "*", "0", ".", "13", "x10", "^", "3", "/", "μL", "Monocytes", "%", "*", "0", ".", "3", "%", ",", "Eosinophils", "%", "*", "<", "0", ".", "1", "%", ",", "Basophils", "%", "*", "<", "0", ".", "1", "%", ",", "Platelets", "183", "x10", "^", "3", "/", "μL", ",", "T", ".", "prothrombin", "*", "76", "%", ",", "INR", "1", ".", "19", "Glucose", "93", "mg", "/", "dL", ",", "Creatinine", "0", ".", "64", "mg", "/", "dL", ",", "Urea", "37", "mg", "/", "Dl", ",", "Sodium", "136", "mmol", "/", "L", ",", "Potassium", "4", ".", "0", "mmol", "/", "L", ",", "C-reactive", "protein", "<", "0", ".", "51", "mg", "/", "dL", "Arterial", "blood", "gas", ":", "pH", "*", "7", ".", "469", ",", "pCO2", "33", ".", "8", "mmHg", ",", "HCO3", "24", ".", "2", "mmol", "/", "L", ",", "Total", "CO2", "25", ".", "3", "mmol", "/", "L", ",", "ABEBE", "*", "1", ".", "5", "mmol", "/", "L", ",", "SBE", "0", ".", "9", "mmol", "/", "L", ",", "SBC", "25", ".", "7", "mmol", "/", "L", ",", "pO2", "*", "76", ".", "1", "mmHg", ",", "O2", "saturation", "96", ".", "5", "%", "urinalysis", ":", "normal", ".", "Chest", "X-ray", ":", "cardiothoracic", "index", "preserved", ",", "no", "images", "of", "pulmonary", "condensation", ",", "no", "images", "of", "cardiopulmonary", "decompensation", ",", "no", "pleural", "pathology", "ECG", ":", "sinus", "rhythm", "at", "90", "bpm", ",", "axis", "within", "normality", ",", "PR", "preserved", ",", "no", "blockages", "or", "repolarisation", "alterations", ".", "EVOLUTION", "Given", "the", "history", "of", "anatomical", "asplenia", "and", "fever", ",", "a", "complete", "blood", "count", ",", "biochemistry", ",", "coagulation", ",", "arterial", "blood", "gases", ",", "urinalysis", ",", "chest", "X-ray", ",", "ECG", "and", "blood", "cultures", "were", "requested", ".", "Treatment", "was", "started", "with", "2", "g", "ev", "of", "ceftriaxone", ",", "fluids", "were", "also", "administered", "and", "50", "mg", "of", "dexketoprofen", "for", "treatment", "of", "fever", ",", "arthromyalgia", "and", "malaise", ".", "After", "a", "favourable", "evolution", "in", "the", "Emergency", "Department", "Observation", "and", "normal", "results", "of", "the", "complementary", "examinations", ",", "it", "was", "decided", "to", "admit", "her", "to", "the", "Short", "Stay", "Unit", "for", "evolutionary", "control", ".", "Anecdotally", ",", "the", "patient", "was", "reluctant", "to", "be", "admitted", ",", "it", "was", "explained", "to", "her", "that", "it", "was", "a", "12-24", "hour", "admission", ",", "barring", "complications", ",", "due", "to", "her", "history", "of", "splenectomy", ",", "she", "insisted", "that", "her", "spleen", "had", "been", "removed", "\"", "the", "year", "Franco", "died", "\"", ",", "that", "since", "then", "she", "had", "suffered", "numerous", "febrile", "processes", "and", "she", "had", "never", "been", "admitted", "nor", "had", "she", "been", "told", "of", "the", "risks", "involved", "in", "having", "this", "organ", "removed", ".", "In", "the", "end", ",", "with", "the", "help", "and", "understanding", "of", "her", "family", ",", "the", "patient", "consented", "without", "any", "problem", ".", "She", "was", "admitted", "to", "the", "Short", "Stay", "Unit", "with", "the", "following", "recommendations", ".", "RECOMMENDATIONS", "Admission", "to", "the", "SSU", ":", "Low", "sodium", "diet", ".", "Monitoring", "of", "vital", "signs", "every", "8", "hours", ".", "Physiological", "saline", "solution", "1", ",", "500", "ml", "x", "24", "hours", ".", "Control", "of", "diuresis", ".", "Ceftriaxone", "2", "g", "ev", ".", "every", "12", "hours", ".", "Paracetamol", "1", "g", "every", "8", "hours", ",", "if", "fever", ".", "Analytical", "control", "for", "8", "hours", "the", "following", "day", ".", "DEVELOPMENT", "in", "the", "SSU", ":", "A", "warning", "was", "given", "at", "23", ":", "00", "hours", "of", "the", "same", "day", "(", "approximately", "5", "hours", "after", "admission", "to", "the", "SSU", ")", "due", "to", "hypotension", ",", "and", "repeated", "loads", "of", "physiological", "saline", "solution", "were", "perfused", "without", "managing", "to", "raise", "the", "BP", ".", "The", "patient", "was", "placed", "in", "the", "Critical", "Care", "Unit", ",", "a", "new", "blood", "test", "was", "requested", "and", "blood", "cultures", "were", "taken", ".", "Highlights", ":", "Leukocytes", "*", "11", ".", "97", "x10", "^", "3", "/", "μL", "Neutrophils", "%", "*", "94", ".", "1", "%", "Total", "neutrophils", "*", "11", ".", "28", "x10", "^", "3", "Platelets", "*", "*", "10", "x10", "^", "3", "/", "μL", "Creatinine", "*", "1", ".", "40", "mg", "/", "dL", "Urea", "*", "52", "mg", "/", "dL", "Ac", ".", "Lactate", "/", "Lactate", "*", "6", ".", "5", "mmol", "/", "L", "ALT", "(", "GPT", ")", "*", "126", "U", "/", "L", "Gamma", "GT", "(", "GGT", ")", "*", "107", "U", "/", "L", "Procalcitonin", "136", ".", "27", "ng", "/", "mL", "Rest", "of", "blood", "count", "and", "biochemistry", "within", "normal", ".", "Arterial", "blood", "gases", ":", "pH", "*", "7", ".", "33", "pCO2", "32", "mmHg", "HCO3", "*", "17", "mmol", "/", "L", "ABE-BE", "*", "-", "8", "mmol", "/", "L", "SBE", "*", "-", "8", "mmol", "/", "L", "O2", "saturation", "98", "%", "Antigenuria", "positive", "for", "Pneumococcus", ".", "A", "second", "antibiotic", "is", "added", ",", "levofloxacin", "500", "mg", "ev", "every", "12", "hours", ",", "fluid", "perfusion", ",", "bladder", "catheter", "and", "hourly", "diuresis", "control", ".", "Drum", "is", "channelled", "for", "PVC", "control", ".", "Confirmation", "of", "plateletopenia", "was", "requested", "and", "confirmed", "(", "platelets", "7", ",", "000", ",", "with", "citrate", "tube", ")", ",", "2", "platelet", "pools", "were", "requested", ".", "After", "administration", "of", "successive", "loads", "of", "fluids", "without", "achieving", "haemodynamic", "stability", ",", "vasoactive", "drugs", "are", "started", "in", "ev", "perfusion", "and", "the", "patient", "is", "transferred", "to", "the", "Intensive", "Care", "Unit", ".", "Diagnosis", ":", "Septic", "shock", "due", "to", "pneumococcal", "bacteraemia", "with", "probable", "respiratory", "focus", "and", "multi-organ", "dysfunction", "(", "haemodynamic", ",", "respiratory", ",", "renal", ",", "haematological", ",", "hepatic", ",", "coagulopathy", ")", ".", "In", "the", "ICU", ",", "the", "patient", "presented", "poor", "evolution", ",", "requiring", "invasive", "mechanical", "ventilation", ",", "perfusion", "of", "vasoactive", "drugs", "at", "increasing", "doses", ",", "continuous", "venovenous", "haemofiltration", ",", "severe", "DIC", ",", "refractory", "plateletopenia", ".", "On", "day", "16", "of", "admission", ":", "Aspergillus", "niger", "pneumonia", ",", "evolution", "to", "invasive", "aspergillosis", "Progressive", "worsening", ",", "exits", "on", "day", "40", "of", "admission", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 87, "end": 95 }, { "text": "vaccination", "label": "SPECIES", "start": 448, "end": 459 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 594, "end": 599 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 3885, "end": 3891 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3442, "end": 3449 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3897, "end": 3904 }, { "text": "Pneumococcus", "label": "SPECIES", "start": 5124, "end": 5136 } ]

[ "Anamnesis", "A", "25-year-old", "woman", ",", "with", "no", "personal", "history", "of", "interest", ",", "presented", "with", "episodes", "of", "hemicranial", "headache", "of", "intensity", "9", "/", "10", "on", "the", "VAS", "scale", ",", "associated", "with", "nausea", "and", "vomiting", ",", "lasting", "for", "hours", ",", "oppressive", "and", "sometimes", "pulsating", ",", "which", "did", "not", "subside", "with", "first-stage", "analgesia", ".", "He", "reports", "some", "improvement", "with", "triptans", ".", "On", "several", "occasions", ",", "the", "headache", "was", "preceded", "by", "episodes", "of", "slurred", "speech", "and", "numbness", "of", "the", "right", "arm", "starting", "in", "the", "hand", "and", "moving", "up", "the", "arm", ",", "extending", "to", "the", "ipsilateral", "peribuccal", "region", ".", "Physical", "examination", "General", "examination", "with", "no", "pathological", "findings", ".", "Neurological", "examination", ":", "alert", ",", "oriented", "in", "the", "three", "spheres", ".", "Fluent", "language", "without", "dysphasic", "elements", ",", "no", "dysarthria", ".", "PICNR", ".", "Normal", "ocular", "motility", ".", "No", "campimetric", "defects", ".", "No", "facial", "asymmetry", ".", "Normal", "lower", "torques", ".", "Strength", "5", "/", "5", "universal", ".", "ROT", "+", "+", "+", "/", "+", "+", "+", "+", "symmetrical", ".", "Bilateral", "flexor", "RCP", ".", "Normal", "sensibility", ".", "No", "dysmetria", ".", "Normal", "gait", ".", "Complementary", "tests", "-", "Blood", "count", ":", "haemoglobin", "10", "g", "/", "dl", ",", "MCV", "89", ".", "1", "fl", ".", "-", "Biochemistry", "and", "coagulation", "normal", ".", "-", "Serology", ":", "HIV", "negative", ";", "CMV", "IgG", "-", ",", "IgM", "-", ";", "EBV", "IgG", "+", ",", "IgM", "-", ";", "Coxiella", "burnetti", "IgG", ",", "IgM", "-", ",", "Mycoplasma", "pneumoniae", "IgG", "+", ",", "Rickettsia", "typhi", "IgG", "-", ",", "IgM", "-", ",", "Rickettsia", "conorii", "IgG", "-", ",", "IgM", "-", ".", "-", "Negative", "autoimmunity", "study", ".", "-", "CSF", ":", "normal", "appearance", ",", "clear", ".", "Opening", "pressure", "18", "cm", "H2O", ".", "Cells", "250", "leukocytes", "/", "mm3", "(", "90", "%", "mononucleated", ")", ".", "Glucose", ":", "49", ".", "4", "mg", "/", "dl", ".", "Protein", ":", "47", ".", "6", "mg", "/", "dl", ".", "Lactate", ":", "1", ".", "11", "mg", "/", "dl", ".", "Bacteriological", "and", "virus", "culture", "negative", ".", "Enterovirus", "PCR", "negative", ".", "CMV", "IgG", "-", ",", "IgM", "-", ";", "EBV", "IgG", "-", ",", "IgM", "-", ";", "HSV", "type", "1", "and", "2", "IgG", "-", ".", "-", "Brain", "MRI", ":", "normal", ".", "-", "Arterial", "and", "venous", "MR", "angiography", ":", "normal", ".", "-", "Electroencephalogram", ":", "non-specific", ".", "-", "Cerebral", "SPECT", "(", "Tc99m", ")", ":", "normal", ".", "Diagnosis", "In", "the", "case", "of", "a", "25-year-old", "patient", "with", "headache", "associated", "with", "episodes", "of", "language", "and", "sensory", "disorders", ",", "with", "CSF", "pleocytosis", ",", "we", "made", "the", "following", "differential", "diagnosis", ":", "-", "Infectious", "encephalitis", "due", "to", "atypical", "bacteria", "or", "viruses", ".", "-", "Autoimmune", "encephalitis", ".", "-", "Vascular", "aetiology", ".", "-", "Epileptic", "origin", ".", "-", "Headache", "syndrome", "and", "transient", "neurological", "deficits", "with", "CSF", "pleocytosis", "(", "HaNDL", ")", "or", "pseudomigraine", "with", "pleocytosis", ".", "A", "battery", "of", "diagnostic", "tests", "was", "performed", ",", "excluding", "most", "of", "the", "diagnoses", "listed", ".", "The", "most", "likely", "diagnosis", "was", "established", "as", "headache", "syndrome", "and", "transient", "neurological", "deficits", "with", "CSF", "pleocytosis", "(", "HaNDL", ")", ".", "Treatment", "Analgesic", "treatment", "for", "headache", "was", "administered", "during", "admission", ".", "Evolution", "The", "patient", "evolved", "favourably", ",", "the", "episodes", "decreased", "and", "she", "did", "not", "present", "new", "focal", "neurological", "symptoms", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 29 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 39, "end": 47 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 1086, "end": 1089 }, { "text": "Coxiella burnetti", "label": "SPECIES", "start": 1118, "end": 1135 }, { "text": "Mycoplasma pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 1147, "end": 1168 }, { "text": "Rickettsia conorii", "label": "SPECIES", "start": 1204, "end": 1222 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 1102, "end": 1105 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1072, "end": 1075 }, { "text": "Rickettsia typhi", "label": "SPECIES", "start": 1175, "end": 1191 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 1507, "end": 1510 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 1523, "end": 1526 }, { "text": "HSV type 1", "label": "SPECIES", "start": 1539, "end": 1549 }, { "text": "Bacteriological", "label": "SPECIES", "start": 1437, "end": 1452 }, { "text": "Enterovirus", "label": "SPECIES", "start": 1481, "end": 1492 }, { "text": "virus", "label": "SPECIES", "start": 1457, "end": 1462 }, { "text": "HSV type 1 and 2", "label": "SPECIES", "start": 1539, "end": 1555 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1741, "end": 1748 }, { "text": "atypical bacteria", "label": "SPECIES", "start": 1924, "end": 1941 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2452, "end": 2459 } ]

[ "Anamnesis", "This", "is", "a", "male", "patient", "with", "a", "prenatal", "ultrasound", "diagnosis", "of", "bilateral", "hydronephrosis", ",", "born", "by", "induced", "labour", "at", "38th", "week", "of", "gestation", ".", "Treatment", "and", "evolution", "The", "presence", "of", "bilateral", "ureterohydronephrosis", "up", "to", "the", "bladder", "outlet", "is", "verified", "postnatally", "by", "means", "of", "a", "new", "ultrasound", "scan", ".", "Renal", "function", "in", "the", "first", "weeks", "is", "normal", ".", "The", "diuretic", "renogram", "shows", "a", "delay", "in", "the", "elimination", "of", "the", "radiotracer", ",", "with", "a", "right", "partial", "renal", "function", "of", "31", ".", "3", "%", ".", "A", "cystography", "was", "performed", ",", "showing", "dilatation", "of", "the", "posterior", "urethra", "secondary", "to", "urethral", "valves", ".", "After", "diagnosis", ",", "bladder", "catheterisation", "was", "performed", ".", "A", "few", "days", "later", ",", "the", "patient", "began", "to", "develop", "a", "low-grade", "fever", ",", "so", "blood", "cultures", "were", "positive", "for", "Escherichia", "coli", "and", "urine", "cultures", "were", "positive", "for", "Enterococcus", "spp", ".", "Treatment", "was", "started", "and", "the", "patient", "improved", "clinically", ".", "After", "several", "weeks", "in", "hospital", ",", "thrush", "and", "mycosis", "appeared", "in", "the", "nappy", "area", ",", "which", "also", "resolved", "with", "appropriate", "treatment", ".", "Surgical", "intervention", "was", "scheduled", ",", "but", "he", "suffered", "a", "new", "urinary", "tract", "infection", "at", "the", "age", "of", "2", "months", ",", "with", "fever", "and", "anorexia", ",", "which", "required", "hospitalisation", ".", "A", "urine", "systemic", "examination", "was", "performed", "with", "moderate", "bacteriuria", "and", "pyuria", ".", "The", "bladder", "catheter", "was", "replaced", "and", "empirical", "treatment", "was", "performed", ",", "as", "the", "urine", "culture", "was", "negative", ".", "On", "discharge", ",", "treatment", "with", "cotrimoxazole", "was", "prescribed", "as", "anti-infective", "prophylaxis", ".", "With", "clinical", "improvement", "and", "after", "a", "new", "negative", "culture", ",", "endoscopic", "resection", "of", "the", "posterior", "urethral", "valves", "was", "performed", ",", "and", "the", "bladder", "catheter", "was", "removed", "after", "10", "days", ".", "In", "the", "first", "control", "ultrasound", "scan", ",", "one", "month", "after", "the", "operation", "(", "age", "4", "months", ")", ",", "bilateral", "hydronephrosis", "was", "observed", "with", "abundant", "intraluminal", "echogenic", "content", "on", "the", "left", "with", "nodular", "morphology", "in", "calyceal", "groups", "suggesting", "fungus", "ball", ".", "Following", "this", "diagnosis", ",", "despite", "being", "asymptomatic", ",", "it", "was", "decided", "to", "admit", "him", "to", "hospital", "for", "observation", "and", "intravenous", "antifungal", "treatment", ".", "Cultures", "were", "taken", ",", "but", "were", "negative", ".", "At", "the", "next", "check-up", ",", "a", "week", "after", "admission", ",", "the", "upper", "calyx", "balls", "disappeared", ",", "with", "one", "smaller", "ball", "remaining", "in", "the", "lower", "calyx", ".", "After", "2", "weeks", "of", "intravenous", "antifungal", "treatment", "and", "a", "new", "ultrasound", "check-up", ",", "the", "patient", "was", "discharged", "from", "hospital", ".", "Subsequent", "ultrasound", "scans", "showed", "the", "disappearance", "of", "the", "fungus", "ball", "and", "in", "the", "last", "control", "the", "decrease", "in", "hydronephrosis", ".", "Cystography", "at", "6", "months", "showed", "good", "voiding", "opening", "of", "the", "posterior", "urethra", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 20, "end": 32 }, { "text": "Escherichia coli", "label": "SPECIES", "start": 733, "end": 749 }, { "text": "Enterococcus spp", "label": "SPECIES", "start": 787, "end": 803 }, { "text": "bacteriuria", "label": "SPECIES", "start": 1213, "end": 1224 }, { "text": "antifungal", "label": "SPECIES", "start": 1987, "end": 1997 }, { "text": "fungus", "label": "SPECIES", "start": 1848, "end": 1854 }, { "text": "antifungal", "label": "SPECIES", "start": 2211, "end": 2221 }, { "text": "fungus", "label": "SPECIES", "start": 2365, "end": 2371 } ]

[ "Anamnesis", "74-year-old", "male", "patient", ",", "with", "no", "known", "drug", "allergies", "or", "toxic", "habits", ".", "Personal", "history", "of", "type", "II", "diabetes", "mellitus", ",", "hypertension", ",", "dyslipidaemia", ",", "left", "submassive", "pulmonary", "thromboembolism", "and", "under", "study", "for", "renal", "failure", ".", "Surgical", "history", "of", "right", "inguinal", "herniorrhaphy", "and", "laparoscopic", "cholecystectomy", "(", "2010", ")", ".", "Usual", "treatment", ":", "omeprazole", ",", "torasemide", ",", "enalapril", ",", "bisoprolol", ",", "insulin", "and", "acenocoumarol", ".", "She", "attended", "the", "hospital", "emergency", "department", "due", "to", "deterioration", "in", "general", "condition", ",", "with", "asthenia", "and", "weight", "loss", ",", "accompanied", "by", "pain", "in", "the", "hypogastrium", "and", "perineal", "region", "and", "dysuria", "of", "one", "month", "'", "s", "duration", ".", "She", "did", "not", "report", "fever", "or", "dysthermic", "sensation", ".", "He", "was", "being", "treated", "with", "amoxicillin-clavulanic", "acid", "by", "his", "primary", "care", "physician", ".", "Physical", "examination", "Conscious", ",", "oriented", ".", "Mucocutaneous", "pallor", "and", "normohydrated", ".", "Cardiac", "auscultation", ":", "rhythmic", "at", "88", "bpm", ",", "no", "murmurs", ".", "Pulmonary", "auscultation", ":", "generalised", "hypoventilation", ".", "Abdomen", ":", "soft", ",", "depressible", ",", "painful", "on", "palpation", "in", "the", "hypogastrium", ",", "without", "signs", "of", "peritoneal", "irritation", ";", "no", "masses", "or", "visceromegaly", ";", "peristalsis", "preserved", ".", "External", "genitalia", ":", "atrophic", "right", "testicle", ",", "erythematous", "left", "testicle", ",", "impacted", ",", "suggestive", "of", "orchiepididymitis", ".", "Rectal", "examination", ":", "perineal", "region", "without", "alterations", ";", "decreased", "tone", "of", "the", "anal", "sphincter", ";", "soft", "prostate", "not", "suspicious", "(", "GI", ")", "or", "painful", ";", "he", "reported", "involuntary", "loss", "of", "faeces", ".", "A", "bladder", "catheter", "is", "placed", "and", "a", "urine", "culture", "is", "taken", ".", "Complementary", "tests", "●", "CBC", ":", "haemoglobin", "11", ".", "4", "g", "/", "dl", ",", "haematocrit", "34", ".", "5", "%", ",", "leukocytes", "14", ".", "2", "mil", "/", "mm3", ",", "neutrophils", "72", ".", "3", "%", ".", "Biochemistry", ":", "creatinine", "1", ".", "6", "mg", "/", "dl", ",", "glucose", "300", "mg", "/", "dl", ".", "Venous", "blood", "gases", ":", "pH", "7", ".", "45", ",", "PaO2", "36", "mmHg", ",", "PaCO2", "29", "mmHg", ",", "HCO3", "20", ".", "2", "mmol", "/", "l", ".", "●", "Urine", ":", "pH", "5", ".", "5", ",", "60-100", "leucocytes", "/", "field", ",", "bacterial", "flora", "+", "+", "+", ".", "●", "Coagulation", ":", "prothrombin", "time", "88", ".", "6", "s", ",", "prothrombin", "activity", "9", "%", ".", "●", "INR-TP", "7", ".", "31", ",", "aPTT", "54", ".", "9", "s", ",", "derived", "fibrinogen", "794", "mg", "/", "dl", ".", "●", "Ultrasound", ":", "dilated", "main", "bile", "duct", "(", "13", "mm", ")", ".", "Right", "kidney", "with", "normal", "morphology", ",", "size", "and", "echostructure", ".", "Left", "kidney", "with", "cystic", "images", "of", "3", ".", "8", "and", "4", "cm", "of", "simple", "appearance", ".", "No", "bilateral", "pyelocaliceal", "dilatation", ".", "Heterogeneous", "hypodense", "splenic", "image", "of", "3", ".", "8", "cm", "with", "extension", "to", "the", "inferior", "and", "anterior", "splenic", "border", ".", "No", "free", "fluid", "is", "observed", ".", "●", "Urine", "culture", ":", "positive", "for", "Klebsiella", "oxytoca", ",", "with", "no", "resistance", "to", "the", "usual", "antibiotics", ".", "●", "Given", "the", "general", "condition", "and", "the", "ultrasound", "findings", ",", "it", "was", "decided", "to", "admit", "him", "to", "the", "Internal", "Medicine", "Department", "for", "further", "investigation", ".", "Antibiotic", "treatment", "was", "started", "with", "levofloxacin", ".", "On", "the", "sixth", "day", "she", "presented", "with", "diffuse", "abdominal", "pain", "and", "a", "slab", "belly", ",", "and", "an", "abdominal-pelvic", "CT", "scan", "was", "performed", ":", "bilateral", "pleural", "effusion", "and", "free", "peritoneal", "fluid", ".", "Nodular", "hypodense", "splenic", "lesion", "of", "approximately", "5", "cm", "in", "diameter", "with", "peripheral", "area", "extending", "to", "the", "hilum", "and", "the", "gastrosplenic", "ligament", ",", "without", "being", "able", "to", "rule", "out", "tumour", ".", "Marked", "prostatic", "abscesses", "(", "6", "cm", "left", "lobe", ")", "and", "seminal", "vesicles", "with", "internal", "inferior", "descent", "of", "the", "levator", "ani", "muscle", ".", "Small", "amount", "of", "retrovesical", "fluid", ".", "Diagnosis", "Interprostatic", "abscess", ".", "Splenic", "mass", "pending", "filiation", ".", "Treatment", "Suprapubic", "cystostomy", "and", "percutaneous", "perineal", "ultrasound-guided", "percutaneous", "drainage", "of", "the", "left", "prostatic", "lobe", ",", "with", "an", "outflow", "of", "60", "cc", "of", "pus", ",", "and", "of", "the", "right", "lobe", ",", "with", "an", "outflow", "of", "15", "cc", ".", "Two", "pigtail", "drains", "were", "left", "(", "one", "in", "each", "lobe", ")", "and", "intraprostatic", "instillation", "with", "tobramycin", "was", "performed", ".", "Samples", "were", "taken", "for", "microbiology", "(", "Klebsiella", "pneumoniae", "sensitive", "to", "tobramycin", "was", "isolated", ")", ".", "Evolution", "During", "the", "postoperative", "period", ",", "a", "thoracentesis", "was", "performed", "to", "diagnose", "right", "pleural", "effusion", ",", "compatible", "with", "transudate", ".", "A", "control", "CT", "scan", "was", "requested", ",", "which", "showed", "retrocaval", ",", "subaortic", ",", "anterior", "diaphragmatic", "chain", "and", "retrocrural", "lymphadenopathies", ".", "Mass", "in", "the", "splenic", "hilum", ",", "probably", "due", "to", "adenopathic", "conglomerate", "with", "signs", "of", "tumour", "infiltration", "suggesting", "the", "possibility", "of", "a", "lymphoproliferative", "process", ":", "lymphoma", ".", "Given", "the", "improvement", "in", "general", "condition", ",", "the", "patient", "was", "discharged", "with", "bladder", "size", ",", "to", "assess", "the", "possibility", "of", "scheduled", "surgery", "for", "splenectomy", "and", "transurethral", "resection", "of", "the", "prostate", ",", "after", "placement", "of", "a", "cava", "filter", ".", "The", "patient", "was", "readmitted", "14", "days", "after", "discharge", "due", "to", "a", "great", "deterioration", "in", "his", "general", "condition", ",", "accompanied", "by", "diarrhoea", ",", "abdominal", "distension", "and", "dyspnoea", "at", "rest", "without", "fever", ",", "secondary", "to", "recurrence", "of", "his", "bilateral", "pleural", "effusion", ".", "A", "new", "thoracentesis", "was", "performed", ",", "with", "pleural", "fluid", "cytology", "compatible", "with", "high-grade", "lymphoma", ".", "He", "died", "of", "multi-organ", "failure", "." ]

[ 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 34 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 27, "end": 34 }, { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 82, "end": 90 }, { "text": "primary care physician", "label": "HUMAN", "start": 745, "end": 767 }, { "text": "bacterial flora", "label": "SPECIES", "start": 1763, "end": 1778 }, { "text": "Klebsiella oxytoca", "label": "SPECIES", "start": 2287, "end": 2305 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4050, "end": 4057 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4238, "end": 4245 } ]

[ "16", "year", "old", "female", ",", "who", "came", "\"", "tricked", "\"", "by", "her", "family", "for", "assessment", "of", "disorganised", "behaviour", "at", "home", "and", "behavioural", "disorders", "(", "verbal", "and", "/", "or", "physical", "aggression", "towards", "parents", ")", ".", "The", "parents", "had", "contacted", "me", "a", "week", "before", "to", "report", "these", "disorders", "and", "to", "see", "how", "they", "could", "manage", "the", "situation", ".", "The", "parents", "had", "been", "reporting", "behavioural", "disorders", "for", "more", "or", "less", "a", "year", ",", "coinciding", "with", "the", "daughter", "'", "s", "return", "home", "to", "resume", "her", "studies", "in", "her", "place", "of", "residence", "(", "she", "had", "previously", "attended", "a", "boarding", "school", "in", "another", "city", ",", "given", "her", "poor", "academic", "performance", ")", ".", "They", "had", "noticed", "that", ",", "on", "some", "weekends", "when", "the", "girl", "was", "at", "home", ",", "she", "displayed", "similar", "behaviours", ",", "albeit", "to", "a", "lesser", "degree", ".", "The", "initial", "defiant", "behaviours", "had", "gradually", "transformed", "into", "hostile", "behaviours", "in", "response", "to", "any", "normative", "suggestion", ",", "moving", "on", "to", "aggressive", "attitudes", ",", "first", "verbally", ",", "then", "physically", "towards", "objects", ",", "ending", "with", "aggression", "towards", "the", "mother", ",", "who", "was", "the", "one", "who", "spent", "the", "most", "time", "at", "home", ".", "The", "parents", "had", "detected", "cannabis", "use", "that", "they", "could", "not", "quantify", "2", "or", "3", "months", "earlier", ",", "after", "talking", "to", "their", "daughter", "'", "s", "friends", "and", ",", "when", "they", "checked", "with", "her", ",", "she", "vaguely", "told", "them", "that", "she", "had", "been", "using", "cannabis", "for", "\"", "1", "or", "2", "years", ",", "only", "at", "weekends", "\"", ".", "They", "suggested", "she", "see", "a", "psychiatrist", "and", "she", "agreed", ".", "She", "went", "to", "the", "first", "appointment", "and", "the", "psychiatrist", "prescribed", "treatment", "with", "fluoxetine", ",", "20", "mg", "/", "day", ",", "with", "check-ups", "every", "15", "days", ".", "The", "parents", "do", "not", "perceive", "any", "improvement", "and", "the", "girl", "decides", "to", "abandon", "the", "treatment", "at", "the", "third", "session", ".", "The", "parents", "then", "took", "her", "to", "Proyecto", "Hombre", ",", "where", "she", "went", "regularly", "every", "15", "days", "and", "where", "weekly", "urine", "tests", "detected", "her", "use", "of", "cannabis", "and", "sporadic", "use", "of", "amphetamines", "(", "once", "a", "month", ")", ".", "She", "is", "suggested", "to", "see", "a", "psychiatrist", "as", "her", "behavioural", "disorders", "are", "getting", "worse", "(", "after", "a", "month", "or", "so", "of", "improvement", ")", "and", "she", "does", "not", "stop", "using", ".", "At", "the", "first", "consultation", ",", "the", "patient", "presented", "a", "negative", "attitude", ",", "irritability", ",", "sleep", "and", "schedule", "disturbances", "and", "ideas", "of", "death", ".", "She", "did", "not", "present", "or", "had", "not", "presented", "psychotic", "symptoms", "(", "some", "delirious", "ideas", "in", "relation", "to", "high", "consumption", "in", "the", "past", ")", "and", "was", "verbose", ",", "with", "a", "slight", "flight", "of", "ideas", "and", "expansive", "mood", ".", "She", "was", "very", "aggressive", "towards", "the", "parents", "'", "\"", "protectionist", "\"", "attitude", ",", "especially", "towards", "the", "mother", ".", "She", "acknowledges", "cannabis", "use", "since", "the", "age", "of", "12", "(", "when", "she", "was", "admitted", "to", "the", "boarding", "school", ")", ",", "with", "initial", "weekend", "use", ",", "increasing", "to", "daily", "use", "at", "the", "age", "of", "13", ",", "and", "before", "she", "returned", "home", "she", "consumed", "6-8", "times", "a", "day", ".", "She", "justifies", "her", "use", "as", "a", "way", "of", "overcoming", "her", "\"", "fat", "complex", "\"", ".", "She", "admits", "to", "sporadic", "use", "of", "amphetamines", "in", "connection", "with", "village", "festivals", "and", "music", "concerts", ".", "The", "mother", "is", "a", "very", "anxious", "and", "controlling", "woman", ";", "the", "father", "is", "a", "quiet", "man", ",", "overwhelmed", "by", "the", "daughter", "'", "s", "situation", "and", "the", "mother", "'", "s", "attitude", ".", "No", "first", "or", "second", "degree", "family", "history", ".", "There", "is", "an", "older", "brother", "in", "the", "family", ",", "with", "whom", "the", "patient", "reports", "a", "good", "relationship", ",", "although", "he", "has", "now", "distanced", "himself", "from", "her", "because", "of", "her", "attitude", "at", "home", ".", "The", "patient", "agrees", "to", "follow", "pharmacological", "treatment", "and", "to", "continue", "with", "Proyecto", "Hombre", ",", "with", "whom", "she", "is", "very", "happy", ".", "She", "was", "prescribed", "haloperidol", "up", "to", "4", ".", "5", "mg", "/", "day", ",", "but", "due", "to", "the", "side", "effects", "she", "was", "switched", "to", "ziprasidone", "(", "120", "mg", "/", "day", ")", ".", "This", "treatment", "was", "maintained", "for", "two", "months", ",", "with", "total", "remission", ".", "Two", "positive", "consumptions", "were", "detected", ",", "which", "coincided", "with", "an", "increase", "in", "symptoms", ".", "Suddenly", ",", "in", "the", "course", "of", "a", "week", "(", "early", "spring", ")", ",", "she", "developed", "a", "depressive", "episode", ",", "with", "symptoms", "of", "apathy", ",", "sleep", "and", "appetite", "disorders", ",", "social", "isolation", ",", "concentration", "disorders", ",", "moderate", "anxiety", "and", "ideas", "of", "death", "and", "suicide", ".", "Ziprasidone", "was", "replaced", "by", "paroxetine", "(", "20", "mg", "/", "day", ")", ",", "with", "partial", "response", ",", "so", "venlafaxine", "75", "mg", "/", "day", "was", "added", ".", "The", "condition", "remitted", "completely", "and", "behaviour", "normalised", ",", "so", "treatment", "was", "reduced", "to", "venlafaxine", "37", ".", "5", "mg", "/", "day", ".", "No", "substance", "use", "was", "detected", "for", "three", "months", ".", "In", "November", "of", "that", "year", ",", "the", "patient", "resumed", "cannabis", "use", "\"", "to", "calm", "her", "anxiety", "\"", "about", "exams", "at", "the", "institute", ".", "A", "similar", "picture", "to", "the", "initial", "one", "appeared", ",", "with", "manifest", "symptoms", "and", "she", "started", "again", "with", "treatment", "with", "neuroleptics", ",", "with", "symptom", "control", ".", "Subsequently", "she", "changed", "therapist", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0 ]

[ { "text": "Hombre", "label": "HUMAN", "start": 1591, "end": 1597 }, { "text": "female", "label": "HUMAN", "start": 12, "end": 18 }, { "text": "friends", "label": "HUMAN", "start": 1119, "end": 1126 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 1020, "end": 1028 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 1206, "end": 1214 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 1687, "end": 1695 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 46, "end": 52 }, { "text": "daughter", "label": "HUMAN", "start": 396, "end": 404 }, { "text": "daughter", "label": "HUMAN", "start": 1108, "end": 1116 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 938, "end": 944 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 171, "end": 178 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 185, "end": 192 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 302, "end": 309 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 999, "end": 1006 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 1445, "end": 1452 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 1557, "end": 1564 }, { "text": "girl", "label": "HUMAN", "start": 618, "end": 622 }, { "text": "girl", "label": "HUMAN", "start": 1493, "end": 1497 }, { "text": "psychiatrist", "label": "HUMAN", "start": 1278, "end": 1290 }, { "text": "psychiatrist", "label": "HUMAN", "start": 1349, "end": 1361 }, { "text": "psychiatrist", "label": "HUMAN", "start": 1771, "end": 1783 }, { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 2793, "end": 2796 }, { "text": "Hombre", "label": "HUMAN", "start": 3164, "end": 3170 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 2764, "end": 2769 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 2347, "end": 2355 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 4030, "end": 4038 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 2891, "end": 2897 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 2940, "end": 2946 }, { "text": "daughter", "label": "HUMAN", "start": 2817, "end": 2825 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 2322, "end": 2328 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 2723, "end": 2729 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 2846, "end": 2852 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1929, "end": 1936 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2962, "end": 2969 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3083, "end": 3090 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4014, "end": 4021 }, { "text": "father", "label": "HUMAN", "start": 2775, "end": 2781 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 2264, "end": 2271 }, { "text": "therapist", "label": "HUMAN", "start": 4268, "end": 4277 } ]

[ "We", "present", "the", "case", "of", "a", "41-year-old", "male", "with", "a", "family", "history", "of", "carcinoma", "of", "the", "larynx", "on", "his", "father", "'", "s", "side", "and", "a", "personal", "history", "of", "type", "2", "diabetes", "mellitus", "and", "dyslipidaemia", ",", "both", "on", "dietary", "treatment", "with", "loss", "of", "50", "kg", "in", "the", "last", "10", "months", ",", "smoker", "of", "40-60", "cigarettes", "/", "day", "and", "user", "of", "inhaled", "drugs", "until", "3", "months", "ago", ".", "He", "consulted", "the", "emergency", "department", "for", "a", "right", "laterocervical", "tumour", "of", "one", "month", "'", "s", "evolution", "that", "had", "started", "as", "a", "small", "boil", ",", "accompanied", "by", "fever", "of", "up", "to", "40oC", "with", "sweating", "and", "shivering", ".", "The", "patient", "reported", "the", "previously", "mentioned", "weight", "loss", "associated", "with", "a", "change", "in", "dietary", "habits", ".", "He", "had", "previously", "consulted", "the", "emergency", "department", "and", "was", "referred", "to", "the", "Maxillofacial", "Surgery", "outpatient", "department", "for", "an", "outpatient", "examination", ".", "An", "FNA", "was", "performed", ",", "which", "was", "reported", "as", "an", "acute", "inflammatory", "process", ",", "for", "which", "amoxicillin", "/", "clavulanic", "acid", "875", "/", "125mg", "every", "8", "hours", "was", "initially", "indicated", ".", "In", "the", "absence", "of", "improvement", ",", "on", "the", "sixth", "day", "of", "treatment", ",", "it", "was", "replaced", "by", "clindamycin", "600mg", "every", "8", "hours", ",", "which", "was", "maintained", "for", "four", "days", "until", "the", "current", "emergency", "department", "visit", ".", "Prior", "to", "the", "onset", "of", "the", "current", "symptoms", ",", "the", "patient", "had", "suffered", "a", "trauma", "to", "the", "foot", "with", "an", "open", "wound", "with", "a", "metal", "tool", ",", "which", "was", "currently", "closed", ",", "with", "no", "signs", "of", "infection", ".", "On", "examination", ",", "the", "patient", "was", "in", "good", "general", "condition", "and", "was", "eupneic", ".", "Cardiorespiratory", "auscultation", "showed", "no", "findings", ".", "He", "had", "a", "5x4", "cm", "tumour", "in", "cervical", "region", "II", ",", "with", "a", "stony", "consistency", ",", "non-mobile", ",", "adhered", "to", "deep", "planes", ",", "with", "no", "local", "inflammatory", "signs", ".", "Examination", "of", "the", "oral", "cavity", "showed", "it", "to", "be", "in", "poor", "condition", "with", "extensive", "destruction", "of", "teeth", "in", "the", "fourth", "quadrant", ".", "He", "was", "assessed", "by", "Otorhinolaryngology", ",", "who", "performed", "fibroscopy", "and", "found", "hypertrophy", "of", "the", "lingual", "tonsil", "and", "aberrant", "movement", "of", "the", "right", "vocal", "cord", "on", "inspiration", ",", "with", "no", "other", "findings", ".", "The", "complementary", "tests", "requested", "from", "the", "emergency", "department", "showed", "a", "leukocytosis", "of", "18360", "cells", "/", "μL", "with", "a", "predominance", "of", "polymorphonuclear", "cells", "and", "C-reactive", "protein", "of", "16", ".", "85", "mg", "/", "l", ".", "A", "CT", "scan", "of", "the", "neck", "with", "intravenous", "contrast", "showed", "an", "image", "of", "soft", "tissue", "density", ",", "poorly", "delimited", ",", "heterogeneous", "with", "central", "hypodensity", "and", "peripheral", "enhancement", ",", "at", "the", "level", "of", "the", "right", "submaxillary", "space", ",", "measuring", "1", "and", "3", "cm", ",", "with", "displacement", "of", "the", "submaxillary", "gland", "in", "the", "anterior", "direction", "and", "of", "the", "sternocleidomastoid", "muscle", "in", "the", "posterior", "direction", ",", "with", "poor", "delimitation", "of", "both", "structures", "and", "marked", "infiltration", "of", "adjacent", "fatty", "planes", ",", "multiple", "right", "submaxillary", "and", "laterocervical", "lymphadenopathies", ",", "ovoid", ",", "with", "fatty", "hilum", ",", "reactive", "appearance", "and", "increased", "density", "of", "the", "subcutaneous", "cellular", "tissue", "and", "platysma", ".", "CT", "scan", "of", "the", "neck", "with", "contrast", ":", "poorly", "demarcated", "image", "in", "soft", "tissues", "with", "central", "hypodensity", ".", "With", "these", "findings", ",", "together", "with", "the", "results", "of", "the", "FNA", "previously", "performed", ",", "he", "was", "admitted", "to", "the", "Infectious", "Diseases", "hospital", "ward", ".", "Differential", "diagnosis", "When", "faced", "with", "a", "cervical", "tumour", ",", "a", "broad", "differential", "diagnosis", "is", "considered", ":", "INFLAMMATORY", "AND", "INFECTIOUS", "PATHOLOGY", "-", "Soft", "tissue", "Superficial", "(", "cellulitis", ")", "Deep", "(", "cervical", "abscess", ")", "Actinomycosis", "-", "Ludwig", "'", "s", "angina", "-", "Acute", "lymphadenitis", "Bacterial", "(", "S", ".", "aureus", ")", "Mononucleosis", "CMV", "Cat", "scratch", "disease", "-", "Drug-induced", "lymphadenitis", "Hydantoins", "Penicillin", "Streptomycin", "Salicylates", "Thiouracil", "-", "Cervical", "adenopathies", "associated", "with", "chronic", "inflammatory", "processes", "Tuberculosis", "Sarcoidosis", "Syphilis", "HIV", "/", "AIDS", "infection", "Toxoplasmosis", "Rubella", "-", "Inflammation", "of", "salivary", "glands", "Obstructive", "sialadenitis", "(", "calculus", ")", "Bacterial", "sialadenitis", "Mumps", "virus", "infection", "-", "Thyroid", "inflammation", "(", "acute", ",", "subacute", "or", "chronic", "thyroiditis", ")", "TRAUMATISM", "-", "Haematoma", "-", "Pseudoaneurysm", "MALFORMATIONS", "-", "Cervical", "cysts", "and", "fistulas", "Medial", "lateral", "-", "Laryngocele", "-", "Teratoma", "-", "Thymic", "mass", "-", "Torticollis", "-", "Klippel-Feil", "Syndrome", "BENIGN", "TUMOURS", "-", "Fibroma", "-", "Lipoma", "-", "Madelung", "'", "s", "disease", "-", "Cystic", "hygroma", "-", "Sjögren", "'", "s", "syndrome", "-", "Thyroid", "nodule", "-", "Vascular", "masses", "(", "haemangioma", ",", "carotid", "body", "tumour", ",", "arteriovenous", "malformation", ",", "aneurysm", ")", "-", "Neurinoma", "-", "Ameloblastoma", "MALIGNANT", "TUMOURS", "-", "Metastatic", "adenopathies", "-", "Hodgkin", "'", "s", "lymphomas", "-", "Non-Hodgkin", "'", "s", "lymphomas", "-", "Primary", "cervical", "carcinoma", "-", "Primary", "cervical", "sarcoma", "-", "Melanoma", "-", "Metastatic", "tumour", "Head", "and", "neck", "carcinoma", "Thyroid", "tumour", "Salivary", "gland", "tumour", "Lung", "tumour", "Gastro-oesophageal", "tumour", "This", "includes", "inflammatory", ",", "infectious", ",", "traumatic", "and", "neoplastic", "pathology", ".", "In", "patients", "over", "40", "years", "of", "age", ",", "up", "to", "60", "%", "of", "cases", "are", "of", "neoplastic", "aetiology", ",", "usually", "due", "to", "metastasis", "of", "adenocarcinoma", "or", "lymphomas", ".", "This", "is", "why", ",", "given", "the", "characteristics", "of", "the", "patient", "and", "the", "tumour", ",", "it", "would", "be", "the", "first", "cause", "to", "rule", "out", ".", "Traumatic", "aetiology", "includes", "haematomas", "and", "carotid", "pseudoaneurysms", ",", "which", "usually", "present", "as", "a", "soft", ",", "pulsatile", "mass", "with", "a", "murmur", "on", "auscultation", ",", "although", "their", "extracranial", "location", "is", "very", "rare", ".", "Inflammatory", "and", "infectious", "pathology", "is", "very", "broad", ".", "It", "includes", "soft", "tissue", "infections", "by", "common", "germs", "such", "as", "Streptococcus", "spp", ".", "and", "Staphylococcus", "spp", ".", "as", "well", "as", "lymphadenopathies", "reactive", "to", "viral", "or", "bacterial", "infections", "of", "the", "oropharynx", ".", "Germs", "of", "the", "Actinomycetales", "order", ",", "including", "Corynebacterium", "spp", ".", ",", "Mycobacterium", "spp", ".", ",", "Nocardia", "spp", ".", "and", "Propionibacterium", "spp", ".", "may", "also", "manifest", "as", "cervical", "nodules", ",", "with", "a", "subacute", "or", "chronic", "course", ",", "the", "most", "frequent", "aetiology", "among", "these", "microorganisms", "being", "tuberculous", ".", "Other", "options", "to", "consider", "are", "sialoadenitis", ",", "toxoplasmosis", "and", "cat", "scratch", "disease", ".", "Finally", ",", "although", "diagnosis", "of", "congenital", "malformations", "usually", "occurs", "in", "childhood", ",", "it", "is", "not", "uncommon", "that", "they", "are", "not", "detected", "until", "adulthood", ",", "especially", "gill", "cysts", "or", "thyroglossal", "duct", "cysts", ",", "in", "the", "context", "of", "superinfection", ".", "Evolution", "On", "admission", ",", "a", "serology", "sample", "was", "taken", "and", "was", "negative", "for", "HIV", ",", "syphilis", ",", "Toxoplasma", "and", "cytomegalovirus", ",", "revealing", "past", "infection", "by", "Epstein-Barr", "virus", "and", "parvovirus", ".", "Interferon", "gamma", "(", "Quantiferon", "®", ")", "was", "also", "determined", "and", "was", "positive", "with", "a", "titre", "of", "3", ".", "85", "IU", "/", "mL", "(", "normal", "value", "<", "0", ".", "35", "IU", "/", "mL", ")", ".", "A", "chest", "X-ray", "was", "performed", ",", "showing", "no", "infiltrates", ",", "condensations", "or", "lesions", "suggestive", "of", "tuberculosis", ".", "A", "core", "needle", "biopsy", "was", "performed", "under", "ultrasound", "guidance", ",", "and", "10cc", "of", "purulent", "content", "was", "aspirated", "and", "sent", "to", "microbiology", "for", "culture", "of", "the", "usual", "germs", "and", "mycobacteria", ",", "and", "also", "to", "anatomical", "pathology", ".", "In", "the", "study", "for", "mycobacteria", ",", "with", "auramine", "staining", ",", "no", "acid-fast", "bacilli", "(", "AFB", ")", "were", "visualised", ".", "PCR", "for", "Mycobacterium", "tuberculosis", "complex", "was", "performed", "and", "was", "negative", ",", "with", "the", "results", "of", "the", "mycobacterial", "culture", "still", "pending", ".", "The", "Gram", "stain", "showed", "abundant", "polymorphonuclear", "leukocytes", ",", "gram-positive", "bacilli", "and", "gram-positive", "cocci", ",", "so", "empirical", "treatment", "was", "started", "with", "trimethoprim", "/", "sulfamethoxazole", "at", "a", "dose", "of", "800", "/", "160mg", "every", "8", "hours", "intravenously", ",", "on", "suspicion", "of", "possible", "nocardiosis", ",", "and", "benzylpenicillin", "at", "a", "dose", "of", "2", "million", "IU", "every", "4", "hours", ".", "The", "combined", "treatment", "was", "maintained", "for", "7", "days", "until", "a", "culture", "was", "received", ",", "in", "which", "Actinomyces", "odontolyticus", "and", "Streptococcus", "oralis", "were", "isolated", ",", "after", "which", "cotrimoxazole", "was", "discontinued", "and", "benzylpenicillin", "was", "maintained", ".", "After", "the", "diagnosis", "of", "actinomycosis", ",", "Maxillofacial", "Surgery", "performed", "drainage", "of", "the", "tumour", "with", "the", "outflow", "of", "abundant", "pus", "and", "brownish", "granules", ",", "similar", "to", "sulphur", ",", "characteristic", "of", "Actinomyces", "spp", ".", "infection", ",", "leaving", "a", "\"", "Penrose", "\"", "drain", ",", "which", "was", "maintained", "for", "10", "days", ".", "Both", "the", "biopsy", "cytology", "and", "the", "tissue", "sample", "taken", "during", "the", "drainage", "showed", "necrotic", "material", "with", "neutrophilic", "exudate", "and", "the", "presence", "of", "abundant", "bacterial", "colonies", ",", "without", "identifying", "tumour", "cells", ".", "The", "patient", "had", "a", "good", "postoperative", "evolution", "and", "was", "discharged", "with", "home", "treatment", "with", "intravenous", "Penicillin", "G", "sodium", "2MUI", "every", "4", "hours", "in", "the", "TADE", "programme", "(", "Endovenous", "Home", "Antibiotic", "Treatment", ")", ".", "He", "completed", "six", "weeks", "of", "intravenous", "treatment", "and", "was", "subsequently", "treated", "for", "a", "further", "four", "months", "with", "amoxicillin", "500mg", "every", "8", "hours", ",", "with", "a", "good", "clinical", "evolution", ".", "Final", "diagnosis", "Cervicofacial", "actinomycosis", "with", "Streptococcus", "oralis", "superinfection", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0 ]

[ { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 49, "end": 55 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 526, "end": 533 }, { "text": "father", "label": "HUMAN", "start": 98, "end": 104 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 118, "end": 126 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 37, "end": 41 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1181, "end": 1188 }, { "text": "infection", "label": "SPECIES", "start": 1306, "end": 1315 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1338, "end": 1345 }, { "text": "Bacterial", "label": "SPECIES", "start": 3248, "end": 3257 }, { "text": "S. aureus", "label": "SPECIES", "start": 3259, "end": 3268 }, { "text": "infection", "label": "SPECIES", "start": 3509, "end": 3518 }, { "text": "Bacterial", "label": "SPECIES", "start": 3611, "end": 3620 }, { "text": "Mumps virus", "label": "SPECIES", "start": 3634, "end": 3645 }, { "text": "infection", "label": "SPECIES", "start": 3646, "end": 3655 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4671, "end": 4678 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 4488, "end": 4496 }, { "text": "Actinomycetales", "label": "SPECIES", "start": 5193, "end": 5208 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 5140, "end": 5149 }, { "text": "Corynebacterium spp", "label": "SPECIES", "start": 5226, "end": 5245 }, { "text": "Mycobacterium spp", "label": "SPECIES", "start": 5248, "end": 5265 }, { "text": "Nocardia spp", "label": "SPECIES", "start": 5268, "end": 5280 }, { "text": "Propionibacterium spp", "label": "SPECIES", "start": 5286, "end": 5307 }, { "text": "Staphylococcus spp", "label": "SPECIES", "start": 5070, "end": 5088 }, { "text": "Streptococcus spp", "label": "SPECIES", "start": 5047, "end": 5064 }, { "text": "cat", "label": "SPECIES", "start": 5520, "end": 5523 }, { "text": "germs", "label": "SPECIES", "start": 5033, "end": 5038 }, { "text": "Germs", "label": "SPECIES", "start": 5180, "end": 5185 }, { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 5423, "end": 5437 }, { "text": "infections", "label": "SPECIES", "start": 5012, "end": 5022 }, { "text": "infections", "label": "SPECIES", "start": 5150, "end": 5160 }, { "text": "childhood", "label": "HUMAN", "start": 5615, "end": 5624 }, { "text": "Mycobacterium tuberculosis complex", "label": "SPECIES", "start": 6507, "end": 6541 }, { "text": "Toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 5862, "end": 5872 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 5852, "end": 5860 }, { "text": "infection", "label": "SPECIES", "start": 5909, "end": 5918 }, { "text": "Epstein-Barr virus", "label": "SPECIES", "start": 5922, "end": 5940 }, { "text": "parvovirus", "label": "SPECIES", "start": 5945, "end": 5955 }, { "text": "Actinomyces odontolyticus", "label": "SPECIES", "start": 7053, "end": 7078 }, { "text": "Streptococcus oralis", "label": "SPECIES", "start": 7083, "end": 7103 }, { "text": "infection", "label": "SPECIES", "start": 7403, "end": 7412 }, { "text": "Actinomyces spp", "label": "SPECIES", "start": 7386, "end": 7401 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 7628, "end": 7637 }, { "text": "bacterial colonies", "label": "SPECIES", "start": 7628, "end": 7646 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 7686, "end": 7693 }, { "text": "Streptococcus oralis", "label": "SPECIES", "start": 8109, "end": 8129 } ]

[ "Anamnesis", "66-year-old", "woman", ",", "with", "a", "history", "of", "hypertension", "and", "hypercholesterolemia", ",", "operated", "on", "for", "right", "breast", "lumpectomy", "in", "1975", "for", "benign", "pathology", ",", "urinary", "incontinence", ",", "varicose", "veins", ",", "meniscopathy", "and", "myopia", ",", "on", "regular", "treatment", "with", "losartan", "and", "atorvastatin", ".", "Diagnosed", "in", "December", "2015", "with", "locally", "advanced", "infiltrating", "ductal", "carcinoma", "of", "the", "right", "breast", "E-IIB", "(", "T2N1M0", ")", "HER2", "positive", "phenotype", ".", "ER", "+", "+", "+", ".", "PR", "+", ".", "Ki", "67", "15", "%", ".", "Neoadjuvant", "chemotherapy", "(", "QT", ")", "was", "decided", "with", "a", "scheme", "of", "liposomal", "Doxorubicin", "50", "mg", "/", "m2", "(", "day", "1", ")", "+", "Paclitaxel", "80", "mg", "/", "m2", "(", "day", "1", ",", "8", ",", "15", ")", "+", "Trastuzumab", "4", "mg", "/", "kg", "(", "day", "1", ")", "and", "2", "mg", "(", "day", "8", ",", "15", ")", ",", "with", "a", "loading", "dose", "in", "cycle", "1", ".", "After", "receiving", "2", "complete", "cycles", "of", "treatment", ",", "she", "went", "to", "the", "emergency", "department", "for", "a", "3-day", "fever", "of", "up", "to", "39oC", ",", "with", "slight", "discomfort", "when", "swallowing", "and", "generalised", "arthromyalgia", ",", "without", "cough", "or", "expectoration", "or", "other", "infectious", "semiology", ",", "with", "normal", "chest", "X-ray", ",", "and", "was", "discharged", "with", "a", "diagnosis", "of", "acute", "pharyngitis", ",", "with", "antibiotic", "treatment", ".", "Four", "days", "later", ",", "she", "was", "seen", "again", "for", "worsening", "general", "condition", "and", "fever", "of", "39oC", ",", "accompanied", "by", "cough", ",", "chest", "pain", "with", "pleuritic", "characteristics", ",", "with", "recent", "onset", "dyspnoea", "on", "minimal", "exertion", ",", "with", "orthopnoea", "and", "oliguria", ".", "Given", "the", "seriousness", "of", "the", "situation", ",", "with", "signs", "of", "severe", "respiratory", "failure", ",", "he", "was", "transferred", "to", "the", "ICU", ".", "During", "his", "stay", "in", "the", "ICU", ",", "broad-spectrum", "antibiotic", "therapy", "was", "started", ",", "and", "treatment", "with", "non-invasive", "ventilation", "was", "maintained", "for", "several", "hours", ",", "later", "requiring", "intubation", "and", "vasoactive", "drugs", ".", "Given", "the", "lack", "of", "clinical", "improvement", "over", "the", "days", ",", "antiviral", "(", "oseltamivir", ")", ",", "antifungal", "(", "voriconazole", ")", "and", "cotrimoxazole", "treatment", "was", "associated", "with", "the", "immunosuppressed", "state", ",", "while", "awaiting", "the", "results", "of", "the", "complementary", "tests", ".", "Physical", "examination", "On", "arrival", "at", "the", "emergency", "department", ",", "poor", "general", "condition", ",", "mucocutaneous", "pallor", ",", "tachypnoea", "at", "36", "rpm", ",", "with", "intercostal", "pull", ".", "Slurred", "speech", ".", "BP", "115", "/", "70", ".", "HR", "110", ".", "SATO2", "84", "%", "room", "air", ".", "SATO2", "90", "%", "with", "reservoir", "at", "100", "%", ".", "ACP", ":", "rhythmic", "heart", "sounds", ",", "no", "murmurs", ".", "Vesicular", "murmur", "decreased", "globally", ",", "with", "crepitant", "rales", ",", "rhonchi", "and", "wheezing", "in", "both", "lung", "fields", ".", "Abdomen", ":", "Hydro-aerial", "sounds", "present", ".", "Soft", ",", "depressible", ",", "not", "painful", "on", "palpation", ".", "No", "peritoneal", "reaction", ".", "No", "oedema", "in", "lower", "limbs", ".", "Weak", "but", "symmetrical", "pulses", ".", "Complementary", "tests", ".", "Blood", "analysis", ":", "Hb", "8", ".", "9", ".", "Leukocytes", "12", ",", "100", ".", "Normal", "liver", "and", "kidney", "function", ".", ".", "Arterial", "blood", "gases", ":", "pO2", "57", "mmHg", "with", "ventimask", "mask", "at", "50", "%", ".", "SATO2", "82", "%", ".", ".", "ECG", ":", "Sinus", "tachycardia", "at", "110", "beats", "per", "minute", ".", ".", "Chest", "X-ray", ":", "Bilateral", "cottony", "infiltrates", "in", "both", "upper", "lobes", "and", "LID", ".", ".", "Chest", "CT", ":", "Patchy", "ground-glass", "pattern", ",", "with", "areas", "of", "peribronchial", "consolidation", ",", "bilateral", "subpleural", ".", ".", "Negative", "antigens", "for", "Legionella", "and", "pneumococcus", ".", ".", "PCR", "for", "influenza", "A", ",", "influenza", "B", ",", "RSV", "A", "and", "B", ",", "TB", ",", "galactomannan", ",", "Pneumocystis", "jirovecii", ",", "CMV", ",", "Epstein", "Barr", "Virus", ",", "Mycoplasma", ",", "Coxiella", "burnetii", ",", "chlamydia", ",", "Herpes", "virus", "1", "and", "2", "negative", ".", ".", "Blood", "cultures", ",", "urine", "cultures", "negative", ".", ".", "Echocardiography", ":", "Ejection", "fraction", "preserved", ".", "No", "alterations", ".", ".", "Fibrobronchoscopy", ":", "bronchial", "tubes", "permeable", ",", "normal", "calibre", ",", "with", "erythematous", "mucosa", "and", "scarce", "serous", "secretion", ".", "BAL", "flow", "cytometry", ":", "84", "%", "lymphocytosis", "(", "T", "lymphocytes", "98", "%", ",", "B", "0", ".", "5", "%", ",", "and", "NK", "1", ".", "5", "%", ")", ".", "AP", ":", "absence", "of", "malignant", "cells", ".", "Diagnosis", "Chemotherapy", "drug-induced", "interstitial", "pneumonitis", "complicated", "by", "acute", "respiratory", "distress", "syndrome", ".", "Treatment", "In", "view", "of", "the", "diagnostic", "results", ",", "it", "was", "decided", "to", "suspend", "all", "anti-infective", "treatment", ",", "and", "intravenous", "methylprednisolone", "was", "started", "at", "a", "dose", "of", "1", "mg", "/", "kg", "/", "day", ".", "Evolution", "After", "starting", "corticosteroid", "treatment", ",", "the", "patient", "showed", "clinical", ",", "analytical", "and", "radiological", "improvement", ",", "which", "subsequently", "allowed", "extubation", ",", "maintaining", "non-invasive", "mechanical", "ventilation", "with", "a", "gradual", "decrease", "in", "flow", "and", "clinical", "stability", ",", "so", "she", "was", "transferred", "to", "the", "hospital", "ward", ",", "where", "corticosteroid", "treatment", "was", "continued", "and", "oxygen", "flow", "was", "progressively", "reduced", ",", "reaching", "its", "withdrawal", "with", "adequate", "tolerance", ",", "and", "she", "was", "discharged", "from", "hospital", "with", "oral", "corticosteroids", "in", "a", "descending", "pattern", ".", "Given", "the", "grade", "4", "pulmonary", "toxicity", "induced", "by", "QT", "drugs", ",", "she", "was", "presented", "to", "the", "breast", "tumour", "committee", ",", "where", "it", "was", "decided", "to", "suspend", "neoadjuvant", "treatment", "and", "re-evaluation", "study", ",", "finding", "RP", ",", "which", "led", "to", "quadrantectomy", "and", "adjuvant", "radiotherapy", ".", "She", "is", "currently", "ECOG", "0", ",", "on", "treatment", "with", "letrozole", "and", "with", "no", "evidence", "of", "tumour", "disease", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 27 }, { "text": "antiviral", "label": "SPECIES", "start": 1610, "end": 1619 }, { "text": "antifungal", "label": "SPECIES", "start": 1635, "end": 1645 }, { "text": "Legionella", "label": "SPECIES", "start": 2766, "end": 2776 }, { "text": "pneumococcus", "label": "SPECIES", "start": 2781, "end": 2793 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 2887, "end": 2890 }, { "text": "Herpes virus 1", "label": "SPECIES", "start": 2954, "end": 2968 }, { "text": "Mycoplasma", "label": "SPECIES", "start": 2912, "end": 2922 }, { "text": "Pneumocystis jirovecii", "label": "SPECIES", "start": 2863, "end": 2885 }, { "text": "RSV A", "label": "SPECIES", "start": 2831, "end": 2836 }, { "text": "Coxiella burnetii", "label": "SPECIES", "start": 2924, "end": 2941 }, { "text": "influenza A", "label": "SPECIES", "start": 2805, "end": 2816 }, { "text": "influenza B", "label": "SPECIES", "start": 2818, "end": 2829 }, { "text": "RSV A and B", "label": "SPECIES", "start": 2831, "end": 2842 }, { "text": "Epstein Barr Virus", "label": "SPECIES", "start": 2892, "end": 2910 }, { "text": "chlamydia", "label": "SPECIES", "start": 2943, "end": 2952 }, { "text": "anti-infective", "label": "SPECIES", "start": 3513, "end": 3527 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3668, "end": 3675 } ]

[ "This", "is", "a", "66-year-old", "diabetic", "woman", "with", "a", "history", "of", "hepatitis", "C", "virus", "of", "post-transfusion", "aetiology", ".", "In", "January", "2006", "she", "presented", "with", "a", "persistent", "micturition", "syndrome", "which", "did", "not", "respond", "to", "treatment", "and", "she", "underwent", "cystoscopy", "with", "subsequent", "TUR", ".", "She", "was", "diagnosed", "with", "pTa", "G3", "bladder", "carcinoma", "and", "started", "treatment", "with", "intravesical", "BCG", ".", "The", "follow-up", "TUR", "at", "the", "end", "of", "BCG", "treatment", "detected", "the", "presence", "of", "multiple", "foci", "of", "carcinoma", "in", "the", "bladder", ",", "confirming", "the", "diagnosis", "of", "urothelial", "carcinoma", "invading", "the", "muscular", "layer", "(", "pT2", "G3", ")", ".", "In", "July", "2006", "she", "underwent", "a", "radical", "cystectomy", "with", "urinary", "diversion", "by", "means", "of", "a", "Mainz", "II", "type", "ureterosigmoidostomy", ".", "The", "pathological", "anatomy", "showed", "a", "high-grade", "urothelial", "carcinoma", "with", "invasion", "of", "the", "muscular", "layer", "and", "involvement", "of", "one", "of", "the", "resected", "lymph", "nodes", ",", "a", "pT2a", "N1", ".", "No", "distant", "metastases", "were", "detected", ".", "Two", "weeks", "after", "the", "operation", ",", "he", "presented", "with", "disorientation", "and", "a", "tendency", "to", "sleep", "in", "the", "context", "of", "a", "condition", "compatible", "with", "a", "urinary", "tract", "infection", ".", "After", "24", "hours", "of", "observation", ",", "intravenous", "hydration", "and", "antibiotic", "therapy", ",", "she", "recovered", "and", "was", "discharged", "with", "oral", "antibiotics", ".", "Ten", "days", "later", "she", "returned", "to", "the", "hospital", "with", "the", "appearance", "of", "dyspraxia", ",", "a", "tendency", "to", "sleep", ",", "incoherent", "speech", "and", "drowsiness", ".", "During", "the", "episode", "she", "also", "presented", "with", "a", "fever", "peak", "of", "38", ".", "5oC", ".", "Biochemistry", "and", "haemogram", "were", "normal", "(", "no", "leukocytosis", "or", "neutrophilia", ")", ".", "An", "abdominal", "ultrasound", "scan", "identified", "moderate", "bilateral", "hydronephrosis", "and", "a", "CT", "scan", "of", "the", "brain", "was", "normal", ".", "During", "her", "admission", ",", "and", "after", "initiation", "of", "broad-spectrum", "antibiotic", "treatment", "and", "fluid", "therapy", ",", "the", "confusional", "symptoms", "gradually", "resolved", "and", "she", "recovered", "completely", ".", "A", "few", "days", "later", ",", "the", "patient", "again", "presented", "cognitive", "deterioration", ".", "On", "this", "occasion", ",", "the", "onset", "of", "the", "central", "symptoms", "had", "been", "similar", ",", "with", "dyspraxia", ",", "sudden", "difficulty", "in", "performing", "daily", "tasks", ",", "somnolence", "and", "drowsiness", ",", "but", "this", "time", "she", "came", "to", "the", "hospital", "in", "a", "coma", ",", "with", "a", "Glasgow", "Glasgow", "score", "of", "8", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "only", "moderate", "hyperglycaemia", "and", "slightly", "elevated", "transaminases", ".", "An", "electroencephalogram", "showed", "slow", "waves", "over", "areas", "of", "both", "hemispheres", ",", "characteristic", "findings", "of", "metabolic", "encephalopathy", ".", "A", "CT", "scan", "of", "the", "brain", "showed", "no", "structural", "abnormalities", ".", "Similar", "to", "the", "previous", "admission", ",", "after", "several", "days", "in", "hospital", "with", "supportive", "fluid", "therapy", "and", "absolute", "diet", ",", "the", "patient", "experienced", "a", "progressive", "improvement", "with", "complete", "clinical", "recovery", ".", "Three", "weeks", "later", ",", "the", "patient", "again", "noticed", "symptoms", "of", "dyspraxia", "and", "a", "tendency", "to", "sleep", "with", "progressive", "onset", ".", "She", "went", "to", "the", "emergency", "department", "where", "she", "was", "evaluated", "without", "finding", "any", "alterations", "in", "the", "examination", "or", "in", "the", "analytical", "or", "imaging", "tests", ",", "and", "was", "therefore", "sent", "home", ",", "with", "no", "fever", "or", "any", "symptoms", "suggestive", "of", "infection", ".", "Twenty-four", "hours", "later", ",", "she", "presented", "with", "a", "severely", "altered", "level", "of", "consciousness", "with", "a", "Glasgow", "score", "of", "6", ".", "On", "this", "occasion", ",", "the", "patient", "had", "started", "a", "first", "cycle", "of", "adjuvant", "chemotherapy", "15", "days", "earlier", ",", "with", "taxol", "175", "mg", "/", "m2", "and", "carboplatin", "AUC", "5", ".", "All", "other", "electrolyte", "parameters", ",", "including", "calcaemia", ",", "were", "strictly", "normal", ".", "Venous", "blood", "gas", "analysis", "showed", "a", "pH", "of", "7", ".", "44", ".", "Brain", "CT", "and", "chest", "X-ray", "were", "normal", ".", "Given", "the", "presence", "of", "repeated", "episodes", "of", "confusional", "syndrome", "of", "probable", "metabolic", "cause", ",", "all", "within", "3", "months", "of", "the", "cystectomy", ",", "it", "was", "considered", "that", "this", "could", "be", "a", "metabolic", "complication", "of", "the", "shunt", ".", "After", "ruling", "out", "metabolic", "acidosis", ",", "it", "was", "decided", "to", "request", "blood", "ammonium", "levels", ",", "which", "showed", "an", "ammonaemia", "of", "400", "micrograms", "/", "dl", "(", "normal", "between", "17-80", ")", ".", "Given", "the", "diagnosis", "of", "hyperammonaemic", "encephalopathy", "of", "non-hepatic", "cause", ",", "fluid", "therapy", ",", "absolute", "diet", ",", "lactulose", "enemas", "were", "started", "and", ",", "given", "the", "clinical", "severity", ",", "haemodialysis", "was", "started", ".", "After", "3", "haemodialysis", "sessions", ",", "the", "patient", "experienced", "a", "neurological", "recovery", "parallel", "to", "the", "correction", "of", "ammonium", "levels", ",", "which", "decreased", "to", "normal", ".", "Subsequently", ",", "the", "ureterosigmoidostomy", "was", "surgically", "converted", "to", "an", "ileal", "conduit", ".", "Currently", "the", "patient", "continues", "with", "adjuvant", "chemotherapy", "treatment", "and", "has", "not", "had", "any", "new", "confusional", "episodes", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "hepatitis C virus", "label": "SPECIES", "start": 55, "end": 72 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 31, "end": 36 }, { "text": "BCG", "label": "SPECIES", "start": 346, "end": 349 }, { "text": "BCG", "label": "SPECIES", "start": 383, "end": 386 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1753, "end": 1760 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2440, "end": 2447 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2542, "end": 2549 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3004, "end": 3011 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3885, "end": 3892 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4102, "end": 4109 } ]

[ "Anamnesis", "Hypertensive", "69-year-old", "male", ",", "with", "no", "other", "history", "of", "interest", "or", "toxic", "habits", ".", "Oncological", "history", "of", "microinvasive", "carcinoma", "of", "the", "penis", "in", "2015", ",", "treated", "with", "multiple", "local", "resections", "with", "free", "margins", ",", "in", "a", "patient", "who", "was", "not", "a", "carrier", "of", "human", "papillomavirus", "(", "HPV", ")", ".", "In", "April", "2017", "he", "was", "seen", "with", "an", "abscessed", "mass", "in", "the", "penis", ".", "Physical", "examination", "The", "patient", "presents", "an", "acceptable", "general", "condition", "with", "ECOG", "1", ".", "Conscious", "and", "oriented", "in", "the", "three", "spheres", ":", "time", ",", "space", "and", "time", ".", "Normal", "colour", ",", "normohydrated", "and", "normoperfused", ".", "Eupneic", "at", "rest", ".", "During", "the", "examination", ",", "a", "penectomy", "scar", "was", "identified", ",", "with", "no", "signs", "of", "infection", "in", "the", "process", "of", "healing", ",", "and", "fibrosis", "was", "found", "on", "palpation", ".", "Suprapubic", "bladder", "catheter", "with", "no", "signs", "of", "infection", "and", "urine", "without", "sediment", ".", "The", "rest", "of", "the", "abdominal", "examination", ",", "lower", "limbs", "and", "pulmonary", "and", "cardiac", "auscultation", "had", "no", "other", "significant", "alterations", ".", "Complementary", "tests", "On", "initial", "suspicion", "of", "infection", ",", "penectomy", "and", "perineostomy", "were", "performed", ".", "Anatomical", "pathology", "described", "recurrence", "of", "penile", "carcinoma", ",", "with", "infiltration", "of", "the", "corpora", "cavernosa", ".", "A", "re-evaluation", "CT", "scan", "in", "June", "2017", "showed", "an", "11", "mm", "right", "inguinal", "adenopathy", "suggestive", "of", "malignancy", ",", "with", "no", "other", "findings", ".", "He", "underwent", "surgery", "in", "July", "2017", "with", "right", "lymphadenectomy", ",", "with", "no", "evidence", "of", "malignancy", "on", "review", "by", "the", "pathologist", ".", "A", "PET-CT", "scan", "was", "requested", "to", "complete", "the", "study", ",", "which", "was", "performed", "in", "August", ",", "showing", "local", "recurrence", "from", "the", "base", "of", "the", "penis", "to", "the", "surgical", "limit", "with", "locoregional", "implants", "at", "the", "base", "of", "the", "penis", ",", "and", "left", "inguinal", "lymphadenopathy", "at", "the", "limit", "of", "normality", ",", "with", "FDG", "uptake", "(", "SUVmax", "5", ".", "5", ")", "suggestive", "of", "inflammatory", "cause", ".", "There", "were", "no", "signs", "of", "distant", "dissemination", ".", "With", "confirmation", "of", "the", "lesions", "on", "pelvic", "MRI", "in", "September", ".", "The", "postoperative", "period", "was", "torpid", "with", "repeated", "infections", "in", "the", "form", "of", "abscesses", "requiring", "multiple", "drainage", "and", "antibiotic", "therapy", ".", "Diagnosis", "69-year-old", "male", "with", "recurrence", "of", "moderately", "differentiated", "squamous", "cell", "carcinoma", "that", "reached", "deep", "into", "the", "fat", ".", "Involvement", "of", "the", "scrotum", "and", "urethra", ",", "with", "staging", "PT4", "Nx", "M0", ".", "Treatment", "After", "presenting", "the", "case", "to", "the", "committee", ",", "a", "surgical", "approach", "with", "radical", "intent", "was", "decided", ".", "He", "underwent", "surgery", "in", "September", "2017", ",", "removing", "a", "supra", "and", "infrapubic", "tumour", "mass", "with", "ureterectomy", "and", "cerclage", "of", "the", "bladder", "neck", "and", "suprapubic", "cystostomy", ",", "with", "confirmation", "of", "recurrence", "of", "squamous", "cell", "carcinoma", ".", "Pelvic", "MRI", "was", "requested", "for", "assessment", "of", "adjuvant", "treatment", ",", "with", "findings", "of", "an", "abscessed", "tumour", "mass", "with", "infiltration", "of", "the", "perineal", "region", "and", "both", "scrotal", "pouches", "extending", "to", "the", "prostatic", "apex", ",", "with", "significant", "adenopathies", "in", "the", "inguinal", "and", "external", "iliac", "chains", ".", "The", "case", "was", "presented", "again", "to", "the", "multidisciplinary", "committee", ",", "being", "assessed", "by", "Radiotherapy", "Oncology", ",", "which", "rejected", "treatment", "due", "to", "the", "extension", "of", "the", "disease", ",", "and", "was", "assessed", "by", "Medical", "Oncology", ",", "which", "indicated", "chemotherapy", "with", "a", "TIP", "scheme", "(", "paclitaxel", "175", "/", "m2", "day", "1", ",", "cisplatin", "25", "mg", "/", "m2", "days", "1-3", ",", "ifosfamide", "1", ",", "200", "mg", "/", "m2", "days", "1-3", ",", "which", "started", "in", "October", ")", ".", "Evolution", "Toxicity", "during", "treatment", "included", "grade", "2", "neutropenia", "coinciding", "with", "nadir", ",", "and", "the", "appearance", "of", "a", "perineal", "abscess", "with", "spontaneous", "drainage", ".", "Surgical", "wound", "culture", "revealed", "pseudomonas", ",", "which", "was", "treated", "with", "quinolones", "according", "to", "the", "antibiogram", ",", "and", "the", "patient", "showed", "clinical", "improvement", ".", "He", "received", "support", "with", "filgrastim", "30", "IU", "for", "5", "days", ",", "which", "was", "subsequently", "prescribed", "prophylactically", "in", "subsequent", "cycles", ".", "She", "was", "readmitted", "after", "the", "2nd", "cycle", "due", "to", "new", "perineal", "abscessation", "with", "spontaneous", "drainage", "and", "necrotic", "soft", "tissue", "enlargement", ".", "In", "view", "of", "the", "unfavourable", "evolution", ",", "a", "new", "imaging", "test", "was", "requested", ",", "showing", "progression", "of", "the", "voluminous", "residual", "mass", "in", "the", "perineal", "region", ",", "with", "stability", "of", "inguinal", "lymph", "nodes", "and", "slight", "splenic", "growth", "with", "small", "indeterminate", "hypocaptic", "lesions", ".", "The", "patient", "presented", "with", "poor", "pain", "control", ",", "requiring", "intrathecal", "perfusion", "of", "opioids", "and", "bupivacaine", "for", "symptomatic", "control", ".", "In", "the", "absence", "of", "clinical", "benefit", ",", "associated", "with", "the", "deterioration", "of", "the", "patient", "'", "s", "functional", "state", ",", "active", "oncological", "treatment", "was", "rejected", "and", "the", "patient", "was", "referred", "to", "the", "Palliative", "Care", "Unit", "for", "adjustment", "of", "the", "therapeutic", "effort", ".", "The", "patient", "died", "2", "months", "later", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 35, "end": 39 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 224, "end": 231 }, { "text": "human papillomavirus", "label": "SPECIES", "start": 257, "end": 277 }, { "text": "HPV", "label": "SPECIES", "start": 279, "end": 282 }, { "text": "carrier", "label": "HUMAN", "start": 246, "end": 253 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 374, "end": 381 }, { "text": "pathologist", "label": "HUMAN", "start": 1372, "end": 1383 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 1986, "end": 1990 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3405, "end": 3412 }, { "text": "pseudomonas", "label": "SPECIES", "start": 3320, "end": 3331 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3968, "end": 3975 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4171, "end": 4178 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4249, "end": 4256 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4344, "end": 4351 } ]

[ "", "84-year-old", "woman", "with", "a", "history", "of", "arrhythmias", "treated", "with", "pacemaker", ",", "pulmonary", "embolism", "treated", "with", "rivaroxaban", ",", "arterial", "hypertension", "and", "rheumatoid", "arthritis", "treated", "with", "methotrexate", "(", "15", "mg", "per", "week", ")", "and", "corticosteroids", "(", "prednisone", ",", "13", "mg", "/", "day", ")", ".", "She", "presented", "with", "symptoms", "of", "COVID-19", ",", "with", "fever", ",", "asthenia", ",", "ageusia", "and", "respiratory", "signs", "with", "dry", "cough", ",", "polypnoea", "(", "respiratory", "rate", "32", "/", "min", ")", "and", "oxygen", "saturation", "of", "93", "%", "on", "3", "litres", "of", "oxygen", ".", "She", "was", "hospitalised", "in", "a", "COVID-19", "ICU", "on", "16", "April", "2020", ",", "with", "a", "diagnosis", "of", "COVID-19", "based", "on", "the", "results", "of", "a", "chest", "CT", "scan", "showing", "lesions", "such", "as", "cobblestone", "pattern", "and", "ground", "glass", "opacities", "greater", "than", "50", "%", "and", "bilateral", ".", "SARS-CoV-2", "testing", "by", "RT-PCR", "from", "a", "nasopharyngeal", "swab", "was", "negative", "twice", ".", "These", "were", "probably", "false", "negatives", "due", "to", "incorrect", "sampling", ".", "The", "patient", "had", "typical", "COVID-19", "symptoms", "and", "no", "other", "causes", "of", "infection", "were", "found", ".", "Sputum", "samples", "could", "not", "be", "collected", ".", "The", "C-reactive", "protein", "concentration", "was", "160", "mg", "/", "L", "and", "the", "lymphocyte", "count", "was", "0", ".", "13", "Giga", "/", "L", ".", "The", "patient", "received", "ceftriaxone", "for", "seven", "days", ",", "rovamycin", "for", "five", "days", "and", "methotrexate", "treatment", "was", "discontinued", "and", "replaced", "by", "increased", "corticosteroids", "(", "prednisone", ",", "60", "mg", "/", "day", ")", "and", "oxygen", "therapy", "up", "to", "four", "litres", ".", "Clinical", "and", "analytical", "improvement", "was", "noted", ",", "allowing", "oxygen", "therapy", "to", "be", "withdrawn", ",", "with", "normalisation", "of", "the", "inflammatory", "syndrome", "allowing", "the", "patient", "to", "be", "transferred", "to", "a", "rehabilitation", "unit", "for", "COVID-19", "on", "27", "April", ",", "with", "prednisone", "at", "30", "mg", "/", "day", ".", "On", "6", "May", ",", "there", "was", "a", "sudden", "respiratory", "deterioration", ",", "with", "saturation", "of", "80", "%", "requiring", "oxygen", "therapy", ",", "dry", "cough", "and", "fever", ".", "Nasopharyngeal", "samples", "for", "SARS-CoV-2", "testing", "by", "RT-PCR", "were", "positive", "(", "Ct", "of", "16", ".", "9", "and", "14", ".", "7", "on", "8", "and", "11", "May", ",", "respectively", ")", ".", "Viral", "cultures", "on", "vero", "cells", "were", "performed", "and", "were", "positive", ".", "Virological", "sequencing", "has", "been", "performed", "and", "the", "strain", "belongs", "to", "the", "B1", "(", "European", ")", "lineage", "according", "to", "the", "pangolin", "classification", ".", "A", "CT", "scan", "revealed", "severe", "bilateral", "pneumonia", ".", "On", "readmission", ",", "tests", "showed", "clear", "lymphocytopenia", "at", "0", ".", "23", "Giga", "/", "L", ",", "C-reactive", "protein", "at", "146", "mg", "/", "L", "and", "IL-6", "at", "201", "ng", "/", "L", ".", "A", "rise", "in", "neutralising", "antibodies", "to", "SARS-CoV-2", "was", "observed", "between", "8", "and", "15", "May", "(", "dilutions", "of", "<", "10", "to", "40", ")", ".", "The", "patient", "received", "ceftriaxone", "and", "methylprednisolone", "60", "mg", "/", "day", "from", "8", "May", "and", "high-flow", "oxygen", ".", "Cotrimoxazole", "was", "added", "on", "19", "May", "to", "rule", "out", "possible", "pneumocyst", "superinfection", ".", "After", "validation", "at", "an", "interdisciplinary", "meeting", ",", "the", "patient", "received", "a", "transfusion", "of", "COVID-19", "convalescent", "plasma", "on", "16", "May", ".", "However", ",", "the", "respiratory", "status", "worsened", "with", "massive", "desaturation", "despite", "20", "L", "of", "oxygen", ";", "the", "patient", "finally", "died", "on", "23", "May", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 679, "end": 689 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 1667, "end": 1677 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 2166, "end": 2176 } ]

[ "Reason", "for", "consultation", "Carla", "Santamaria", "Montero", "is", "a", "35", "year", "old", "woman", "who", "came", "to", "the", "clinic", "in", "February", "2006", ",", "referred", "by", "Primary", "Care", ",", "claiming", "to", "be", "a", "cannabis", "user", "since", "she", "was", "15", "years", "old", ".", "Personal", "history", "No", "interest", ".", "Family", "history", "Father", "aged", "68", ",", "alive", "and", "well", ";", "mother", "aged", "60", "with", "no", "medical", "or", "psychiatric", "history", "of", "interest", ".", "She", "has", "a", "33-year-old", "sister", "whom", "she", "defines", "as", "a", "healthy", "person", ".", "She", "has", "been", "legally", "separated", "for", "six", "years", "and", "has", "an", "11-year-old", "son", "with", "whom", "she", "lives", "together", "with", "her", "current", "partner", "who", "is", "a", "cocaine", "user", "and", "an", "insulin-dependent", "diabetic", ".", "Toxicological", "history", "He", "reports", "having", "his", "first", "contact", "with", "marijuana", "in", "Brazil", ",", "where", "he", "lived", ",", "at", "the", "age", "of", "10", "years", ",", "sporadically", ",", "at", "the", "age", "of", "15-16", "years", "he", "began", "to", "smoke", "cannabis", "regularly", "until", "the", "present", "day", ";", "having", "periods", "of", "partial", "remissions", "of", "short", "duration", "and", "never", "having", "sought", "help", "in", "specialised", "centres", ".", "In", "the", "last", "seven", "months", "he", "has", "increased", "his", "consumption", "to", "25", "joints", "a", "day", ".", "He", "has", "never", "used", "opiates", ",", "amphetamines", "or", "other", "substances", "of", "abuse", ",", "except", "cocaine", "and", "alcohol", ".", "She", "says", "that", "she", "tried", "cocaine", "five", "years", "ago", "and", "now", "uses", "it", "sporadically", "-", "1", "to", "2", "times", "every", "two", "months", "-", "in", "the", "form", "of", "\"", "nevaditos", "\"", ",", "always", "accompanied", "by", "alcohol", "intake", "in", "quantities", "that", "she", "cannot", "quantify", ".", "These", "consumptions", "are", "mediated", "by", "her", "current", "partner", "who", "is", "a", "cocaine", "user", "with", "clinical", "criteria", "of", "dependence", ",", "but", "she", "argues", "that", "she", "does", "not", "like", "using", "it", "as", "she", "is", "\"", "nervous", "\"", "under", "its", "effects", ".", "She", "decides", "to", "ask", "her", "primary", "care", "doctor", "for", "help", "following", "her", "partner", "'", "s", "admission", "to", "the", "ICU", "of", "her", "referral", "hospital", "for", "a", "\"", "sugar", "rush", "\"", "which", "she", "thinks", "is", "linked", "to", "cocaine", "use", ";", "she", "therefore", "wants", "to", "stop", "using", "cannabis", ",", "so", "that", "when", "he", "is", "discharged", ",", "she", "will", "be", "free", "of", "consumption", ".", "Physical", "examination", "No", "findings", "of", "interest", ".", "Psychopathological", "examination", "Conscious", "and", "oriented", "in", "the", "three", "spheres", ",", "she", "says", "she", "feels", "tired", ",", "with", "insomnia", ",", "but", "with", "difficulty", "waking", "up", "in", "the", "mornings", ",", "anhedonia", "and", "intense", "apathy", "which", "led", "her", "to", "leave", "her", "job", "(", "a", "family", "business", ")", "four", "months", "ago", ";", "she", "is", "currently", "with", "no", "other", "activity", "than", "picking", "up", "her", "son", "after", "school", "and", "then", "getting", "back", "into", "the", "armchair", ",", "not", "carrying", "out", "any", "other", "activity", "as", "she", "has", "hired", "a", "woman", "to", "do", "the", "housework", ".", "His", "basic", "situation", "is", "one", "of", "sadness", "without", "clearly", "specifying", "the", "reason", ".", "No", "alterations", "in", "the", "course", "or", "content", "of", "his", "thoughts", "are", "observed", ",", "neither", "at", "the", "present", "time", "nor", "during", "consumption", ",", "no", "self", "/", "heteroaggressive", "behaviour", "is", "observed", ",", "he", "is", "aware", "of", "his", "illness", "and", "during", "the", "interview", "he", "appears", "suspicious", "and", "with", "some", "explosive", "traits", "that", "he", "controls", "and", "excuses", "for", "his", "\"", "nervousness", "\"", "as", "he", "has", "been", "abstinent", "from", "cannabis", "for", "the", "last", "15", "days", ".", "Her", "relations", "with", "her", "parents", "are", "very", "tense", "as", "she", "has", "left", "the", "family", "business", "of", "which", "she", "was", "manager", ",", "with", "her", "ex-husband", "they", "are", "almost", "non-existent", "as", "he", "lives", "in", "another", "autonomous", "community", "and", "with", "her", "current", "partner", "these", "relations", "are", "bad", ";", "mostly", "due", "to", "disapproval", "of", "her", "cocaine", "consumption", ".", "Nor", "are", "relations", "with", "her", "son", "good", ",", "with", "whom", "she", "does", "not", "\"", "get", "on", "\"", "despite", "his", "young", "age", "(", "11", "years", "old", ")", ",", "and", "with", "whom", "she", "has", "told", "him", "on", "several", "occasions", "that", "she", "wants", "to", "go", "and", "live", "with", "his", "father", ".", "The", "most", "pleasurable", "activity", "she", "does", "is", "reading", ",", "she", "has", "no", "relations", "with", "friends", ",", "blaming", "the", "fact", "that", "she", "moved", "a", "year", "and", "a", "half", "ago", "and", "\"", "I", "still", "haven", "'", "t", "met", "anyone", "\"", ".", "There", "is", "no", "record", "of", "any", "legal", "incidents", ".", "Diagnostic", "judgement", "Axis", "I", "Cannabis", "addiction", "criteria", ".", "Cocaine", "abuse", "criteria", ".", "Amotivational", "syndrome", "versus", "depressive", "syndrome", ".", "AXIS", "II", "No", "evident", "alterations", ".", "AXIS", "III", "Mild", "hypercholesterolemia", ".", "AXIS", "IV", "Partially", "unstructured", "social", "network", "without", "family", "support", ".", "Treatment", "Pharmacological", "treatment", "was", "started", "with", "chloracepate", "up", "to", "15mg", "/", "day", "in", "a", "descending", "pattern", "and", "escitalopram", "up", "to", "20mg", "/", "day", "in", "an", "ascending", "pattern", ".", "After", "10", "days", "of", "treatment", ",", "she", "informed", "us", "that", "she", "could", "not", "tolerate", "the", "intense", "sedation", "she", "felt", ",", "and", "the", "escitalopram", "was", "replaced", "by", "fluoxetine", "at", "a", "dose", "of", "20mg", "/", "day", ",", "and", "she", "has", "not", "complained", "of", "any", "symptoms", "to", "date", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 156, "end": 164 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 66, "end": 71 }, { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 199, "end": 207 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 230, "end": 236 }, { "text": "Father", "label": "HUMAN", "start": 245, "end": 251 }, { "text": "sister", "label": "HUMAN", "start": 366, "end": 372 }, { "text": "son", "label": "HUMAN", "start": 479, "end": 482 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 277, "end": 283 }, { "text": "partner", "label": "HUMAN", "start": 529, "end": 536 }, { "text": "person", "label": "HUMAN", "start": 403, "end": 409 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 777, "end": 785 }, { "text": "marijuana", "label": "SPECIES", "start": 658, "end": 667 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 1737, "end": 1745 }, { "text": "partner", "label": "HUMAN", "start": 1365, "end": 1372 }, { "text": "partner", "label": "HUMAN", "start": 1585, "end": 1592 }, { "text": "father", "label": "HUMAN", "start": 3291, "end": 3297 }, { "text": "friends", "label": "HUMAN", "start": 3376, "end": 3383 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 2753, "end": 2761 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 2086, "end": 2092 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 2850, "end": 2856 }, { "text": "son", "label": "HUMAN", "start": 2180, "end": 2183 }, { "text": "son", "label": "HUMAN", "start": 3120, "end": 3123 }, { "text": "ex-husband", "label": "HUMAN", "start": 2901, "end": 2911 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 2293, "end": 2298 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 2807, "end": 2814 }, { "text": "partner", "label": "HUMAN", "start": 3006, "end": 3013 }, { "text": "manager", "label": "HUMAN", "start": 2883, "end": 2890 }, { "text": "Cannabis", "label": "SPECIES", "start": 3545, "end": 3553 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 3771, "end": 3777 } ]

[ "A", "75-year-old", "woman", "was", "admitted", "to", "our", "hospital", "with", "ataxia", "and", "cognitive", "alterations", "of", "2", "months", "'", "duration", ",", "accompanied", "by", "epileptic", "seizures", "in", "the", "last", "24", "hours", ".", "Her", "relatives", "denied", "fever", "or", "headache", ".", "His", "personal", "history", "included", "well-controlled", "hypertension", ",", "diabetes", ",", "hyperlipidaemia", "and", "hypothyroidism", ".", "His", "usual", "treatment", "included", "levothyroxine", "50", "mcg", ",", "enalapril", "20", "mg", ",", "simvastatin", "20", "mg", "and", "metformin", "2", "g", "per", "day", ".", "Physical", "examination", "revealed", "stupor", ",", "afebrile", "and", "normotensive", "with", "a", "Glasgow", "Glasgow", "score", "of", "11", "(", "6-3-2", ")", ",", "generalised", "hypertonia", ",", "myoclonic", "movements", "and", "nystagmus", ".", "Reflexes", "were", "present", "and", "she", "had", "left", "Babinsky", ".", "There", "were", "no", "meningeal", "signs", ".", "Cardiorespiratory", "auscultation", "and", "the", "rest", "of", "the", "examination", "revealed", "no", "significant", "findings", ".", "Blood", "tests", "showed", "a", "normal", "erythrocyte", "sedimentation", "rate", "(", "ESR", ")", ".", "Liver", ",", "renal", "and", "thyroid", "function", ",", "as", "well", "as", "ionogram", ",", "proteinogram", ",", "vitamin", "B", "and", "folic", "acid", "levels", ",", "RPR", "and", "venous", "blood", "gases", "were", "also", "normal", ".", "The", "levels", "of", "tumour", "markers", "(", "alpha", "fetoprotein", "carcinoembryonic", "antigen", "CAs", "19", ".", "9", ",", "125", ",", "15", ".", "3", "and", "neurospecific", "enolase", ")", "calcitonin", "and", "beta-HCG", "were", "not", "significant", ".", "Autoimmune", "studies", "(", "rheumatoid", "factor", ",", "antinuclear", "antigens", ",", "anti", "PR3", ",", "anti", "MPO", ",", "anti", "Ro", "and", "anti", "La", ",", "antimicrosomal", ",", "anticardiolipin", "and", "antiperoxidase", "were", "normal", "as", "well", "as", "ACE", ",", "cryoglobulin", "and", "cryoagglutinin", "levels", ".", "Serology", "for", "HIV", ",", "HBV", ",", "HCV", ",", "Rickettsia", ",", "Borrelia", ",", "Mycoplasma", ",", "Coxiella", ",", "Brucella", ",", "Adenovirus", ",", "Echovirus", "and", "HSV", "type", "II", "were", "negative", ".", "Ig", "G", "for", "HSV", "type", "I", "was", "positive", "(", "1", "/", "160", ")", ",", "but", "the", "Ig", "M", "titre", "was", "not", "significant", ".", "Thoracoabdominal", "and", "cranial", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", "were", "normal", ",", "as", "well", "as", "brain", "magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", "with", "vascular", "sequences", ".", "EEG", "showed", "diffuse", "slowing", "with", "alternating", "theta-delta", "waves", "without", "specific", "focality", "or", "irritative", "paroxysms", ".", "CSF", "analysis", "showed", "hyperproteinaemia", "of", "57", ".", "9", "mg", "/", "dL", "with", "2", "leukocytes", "per", "field", "and", "620", "red", "blood", "cells", "per", "mm3", ".", "Glucose", ",", "ADA", ",", "VDRL", ",", "cultures", ",", "Ziehl-Neelsen", "and", "pneumococcal", "antigens", "were", "irrelevant", ".", "Cytology", "also", "showed", "no", "abnormalities", ".", "The", "study", "was", "extended", "by", "requesting", "levels", "of", "delta", "aminolevulinic", "acid", ",", "porphobilinogen", ",", "lead", "and", "arsenic", "in", "24", "h", "urine", ",", "Legionella", "antigenuria", ",", "cortisol", ",", "ceruloplasmin", "and", "paraneoplastic", "encephalitis", "antibodies", "(", "anti-Hu", ",", "anti", "amphiphysin", "and", "anti", "Ma-2", ")", "with", "negative", "results", ".", "A", "second", "lumbar", "puncture", "showed", "identical", "biochemical", "and", "microbiological", "parameters", "and", "negative", "ANAs", ",", "Ig", "G", "against", "Borrelia", ",", "immunoglobulin", "and", "band", "quantification", "and", "PCR", "for", "JC", "virus", "and", "Tropherima", "Whipplei", ".", "Both", "PCR", "for", "HSV", "type", "I", "and", "Harrington", "'", "s", "test", "(", "determination", "of", "prion", "protein", "14-3-3", "by", "immunoblot", "and", "colorimetry", ")", "were", "positive", ".", "Antiviral", "treatment", "with", "acyclovir", "was", "started", "and", "replaced", "by", "ganciclovir", "due", "to", "transient", "acute", "tubular", "necrosis", ".", "After", "3", "weeks", "of", "treatment", "there", "was", "no", "clinical", "response", ",", "and", "stupor", "persisted", ",", "with", "generalised", "pyramidalism", ",", "nystagmus", "and", "myoclonias", ".", "A", "second", "brain", "MRI", ",", "performed", "10", "weeks", "after", "the", "onset", "of", "symptoms", ",", "was", "normal", "again", ".", "A", "CSF", "codon", "129", "polymorphism", "result", "was", "received", ",", "showing", "homozygosity", "for", "the", "methionine", "gene", "(", "129", "M", "/", "M", ")", ",", "information", "compatible", "with", "sporadic", "variant", "CJD", ".", "A", "brain", "biopsy", "confirmed", "neuronal", "loss", "and", "spongiform", "degeneration", "with", "vacuolisation", "and", "multiple", "PrP", "deposits", "on", "immunohistochemistry", ".", "No", "signs", "of", "herpetic", "encephalitis", "were", "observed", "and", "HSV-I", "PCR", "on", "brain", "biopsy", "was", "negative", ".", "The", "patient", "died", "3", "months", "after", "the", "onset", "of", "symptomatology", ".", "Autopsy", "was", "refused", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Adenovirus", "label": "SPECIES", "start": 1452, "end": 1462 }, { "text": "Borrelia", "label": "SPECIES", "start": 1410, "end": 1418 }, { "text": "Borrelia", "label": "SPECIES", "start": 2477, "end": 2485 }, { "text": "Brucella", "label": "SPECIES", "start": 1442, "end": 1450 }, { "text": "Coxiella", "label": "SPECIES", "start": 1432, "end": 1440 }, { "text": "Echovirus", "label": "SPECIES", "start": 1464, "end": 1473 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 19 }, { "text": "Mycoplasma", "label": "SPECIES", "start": 1420, "end": 1430 }, { "text": "Rickettsia", "label": "SPECIES", "start": 1398, "end": 1408 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 1388, "end": 1391 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 1393, "end": 1396 }, { "text": "HSV type II", "label": "SPECIES", "start": 1478, "end": 1489 }, { "text": "HSV type I", "label": "SPECIES", "start": 1514, "end": 1524 }, { "text": "HSV type I", "label": "SPECIES", "start": 2585, "end": 2595 }, { "text": "HSV-I", "label": "SPECIES", "start": 3388, "end": 3393 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1383, "end": 1386 }, { "text": "Antiviral", "label": "SPECIES", "start": 2703, "end": 2712 }, { "text": "relatives", "label": "HUMAN", "start": 170, "end": 179 }, { "text": "Legionella", "label": "SPECIES", "start": 2204, "end": 2214 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3432, "end": 3439 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 210, "end": 218 }, { "text": "JC virus", "label": "SPECIES", "start": 2538, "end": 2546 }, { "text": "VDRL", "label": "SPECIES", "start": 1969, "end": 1973 }, { "text": "Tropherima Whipplei", "label": "SPECIES", "start": 2551, "end": 2570 }, { "text": "prion", "label": "SPECIES", "start": 2636, "end": 2641 }, { "text": "PrP", "label": "SPECIES", "start": 3298, "end": 3301 }, { "text": "herpetic", "label": "SPECIES", "start": 3348, "end": 3356 } ]

[ "A", "12", "year", "old", "girl", "presented", "with", "dizziness", "and", "instability", "for", "24", "hours", ",", "with", "a", "sensation", "of", "spinning", "of", "objects", "for", "hours", ".", "Otalgia", "on", "the", "left", "and", "otorrhoea", "on", "the", "left", ".", "Fever", "of", "38", ".", "5oC", ".", "Nausea", "and", "vomiting", ".", "Holocranial", "headache", "without", "photophobia", "or", "phonophobia", ".", "On", "treatment", "with", "Augmentine", "for", "3", "days", ".", "On", "examination", ",", "Otoscopy", "OD", ",", "normal", "OI", ",", "hyperemic", "tympanum", "with", "microperforation", "draining", "purulent", "content", ".", "There", "was", "no", "evidence", "of", "pabellar", "detachment", "or", "mastoid", "reaction", ".", "No", "spontaneous", "or", "gaze-evoked", "nystagmus", ",", "positive", "left", "MOC", "Romberg", ",", "Fukuda", "with", "left", "lateralisation", ".", "Laboratory", "tests", ":", "leukocytosis", "with", "neutrophilia", ".", "Urgent", "CT", "scan", "of", "the", "chest", "(", "images", "will", "be", "attached", ")", "was", "carried", "out", "and", "reported", "as", ":", "acute", "left", "otomastoiditis", ",", "complicated", "with", "petrosal", "apicitis", "and", "acute", "focal", "thrombosis", "of", "the", "sigmoid", "venous", "sinus", ",", "ipsilateral", "(", "with", "signs", "suggestive", "of", "meningitis", ",", "in", "the", "left", "hemitentorium", ")", ".", "A", "sample", "was", "taken", "for", "otorrhoea", "culture", ".", "A", "lumbar", "puncture", "was", "also", "performed", ",", "ruling", "out", "meningitis", "(", "glucose", "58", ",", "proteins", "10", ",", "leucocytes", "1", ")", ".", "Under", "local", "anaesthesia", "and", "sedation", ",", "myringotomy", "was", "performed", "with", "aspiration", "of", "purulent", "contents", "and", "placement", "of", "transtympanic", "drainage", ",", "as", "well", "as", "administration", "of", "intravenous", "antibiotics", "(", "vancomycin", ",", "ceftacidime", "and", "metronidazole", ")", ".", "In", "principle", ",", "heparin", "was", "not", "administered", "as", "the", "child", "was", "being", "studied", "for", "thrombophilias", "and", "the", "paediatricians", ",", "assessing", "the", "risk", "/", "benefit", ",", "preferred", "not", "to", "administer", "it", ".", "The", "otic", "exudate", "culture", "was", "positive", "for", "Streptococcus", "pyogenes", "sensitive", "to", "penicillin", ",", "and", "the", "same", "was", "prescribed", ".", "After", "4", "days", "the", "patient", "did", "not", "evolve", "correctly", ",", "continuing", "to", "drain", "purulent", "content", ",", "with", "headache", "and", "unstable", ".", "For", "all", "these", "reasons", ",", "it", "was", "decided", "to", "request", "an", "urgent", "MRI", "(", "images", "will", "be", "attached", ")", "which", "showed", "acute", "left", "otomastoiditis", "complicated", "with", "cerebellitis", ",", "meningitis", "and", "focal", "thrombosis", "of", "the", "sigmoid", "venous", "sinus", ".", "Given", "what", "was", "observed", "in", "the", "MRI", ",", "urgent", "surgery", "was", "decided", "for", "mastoidectomy", ",", "closure", "of", "spontaneous", "CSF", "fistula", "and", "antiobiotic", "change", "to", "Cefotaxime", "2g", "every", "8", "hours", ".", "Images", "of", "the", "surgery", "will", "be", "attached", ",", "and", "the", "surgery", "will", "be", "explained", ".", "Evolution", ":", "One", "week", "after", "surgery", ",", "the", "patient", "is", "asymptomatic", ".", "No", "headache", "or", "dizziness", "and", "no", "otorrhoea", ",", "so", "it", "was", "decided", "to", "discharge", "her", "from", "hospital", ".", "Two", "months", "later", ",", "the", "patient", "attended", "an", "outpatient", "examination", "and", "was", "found", "to", "be", "asymptomatic", ",", "with", "her", "DTT", "in", "situ", "and", "permeable", ",", "with", "MRI", "with", "post-surgical", "changes", "of", "left", "otomastoiditis", "without", "signs", "of", "cerebellitis", ",", "meningitis", "with", "total", "repermeabilisation", "of", "the", "thrombosis", "of", "the", "sigmoid", "sinus", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "girl", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 18 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1612, "end": 1619 }, { "text": "paediatricians", "label": "HUMAN", "start": 1400, "end": 1414 } ]

[ "A", "56-year-old", "woman", ",", "a", "housewife", ",", "consulted", "for", "three", "days", "of", "haematemesis", ",", "melena", ",", "bilateral", "epistaxis", "and", "the", "appearance", "of", "two", "spontaneous", "haematomas", "(", "in", "the", "right", "hypochondrium", "and", "left", "lower", "extremity", ")", ".", "He", "also", "reported", "asthenia", "and", "adynamia", ".", "He", "had", "a", "history", "of", "arterial", "hypertension", "and", "hypothyroidism", "under", "pharmacological", "management", ".", "He", "had", "denied", "recent", "consumption", "of", "alcohol", ",", "tobacco", "or", "psychoactive", "substances", ".", "He", "was", "admitted", "to", "the", "local", "hospital", "in", "fair", "general", "condition", ",", "with", "a", "blood", "pressure", "62", "/", "45", "mmHg", ",", "heart", "rate", "130", "per", "min", ",", "respiratory", "rate", "23", "per", "min", ",", "with", "an", "oxygen", "saturation", "of", "90", "%", "and", "body", "temperature", "of", "37", ".", "5", "°", ".", "Cardiopulmonary", "and", "abdominal", "examination", "was", "normal", ".", "With", "an", "initial", "diagnosis", "of", "hypovolemic", "shock", "secondary", "to", "upper", "gastrointestinal", "bleeding", ",", "intravenous", "crystalloids", "were", "started", ".", "The", "haemogram", "showed", "pancytopenia", "(", "leucocytes", "3", ",", "582", "/", "mm3", ",", "predominantly", "neutrophils", "2", ",", "937", "/", "mm3", ",", "platelets", "97", ",", "000", "/", "mm3", ",", "haematocrit", "34", "%", "and", "haemoglobin", "7", "g", "/", "dl", ")", ".", "As", "she", "did", "not", "respond", "to", "crystalloid", "management", ",", "transfusion", "of", "blood", "products", "and", "inotropic", "support", "with", "vasoactive", "drugs", "was", "indicated", ".", "Subsequently", ",", "the", "patient", "was", "referred", "to", "a", "higher", "level", "institution", "with", "an", "intensive", "care", "unit", "(", "ICU", ")", ".", "At", "this", "institution", ",", "the", "patient", "arrived", "afebrile", ",", "with", "stable", "haemodynamics", ",", "blood", "pressure", "100", "/", "75", "mmHg", ",", "HR", "112", "per", "min", ",", "RR", "22", "per", "min", ",", "and", "oxygen", "saturation", "of", "93", "%", ".", "Physical", "examination", "on", "admission", "revealed", "muco-cutaneous", "pallor", ",", "with", "capillary", "refill", "of", "less", "than", "2", "seconds", ",", "moderate", "epistaxis", ",", "rhythmic", "heart", "sounds", "of", "good", "intensity", ",", "no", "murmurs", ",", "attenuated", "pulmonary", "murmur", "in", "both", "lung", "bases", ",", "no", "aggregate", "sounds", ",", "normal", "abdomen", "and", "extremities", ".", "A", "post-transfusion", "haemogram", "showed", "leukocytes", "of", "2", ",", "903", "/", "μL", ",", "predominantly", "neutrophilic", ",", "platelets", "of", "14", ",", "000", "/", "μL", ",", "haematocrit", "of", "30", "%", "and", "haemoglobin", "of", "6", "g", "/", "dl", ".", "Coagulation", "time", ",", "transaminases", ",", "bilirubin", "and", "direct", "Coombs", "were", "within", "normal", "limits", ",", "and", "LDH", "was", "slightly", "elevated", ".", "A", "CT", "scan", "of", "the", "abdomen", "showed", "mild", "splenomegaly", "(", "14", ".", "5", "cm", "spleen", ")", "and", "a", "diagnosis", "of", "acute", "idiopathic", "thrombocytopenic", "purpura", "(", "ITP", ")", "with", "anaemia", "secondary", "to", "haemorrhage", "was", "made", "and", "dexamethasone", "40", "mg", "i", ".", "v", ".", "daily", "for", "four", "days", "was", "prescribed", ".", "The", "subsequent", "immunological", "study", "(", "complement", "C3", ",", "C4", ",", "total", "complement", ",", "rheumatoid", "factor", ",", "and", "plasma", "concentration", "of", "immunoglobulins", "A", ",", "G", "and", "M", ")", "were", "normal", "and", "antinuclear", "antibodies", "(", "ANAs", ")", ",", "c-ANCAs", ",", "anticardiolipins", "and", "lupus", "anticoagulant", "were", "negative", ",", "so", "the", "diagnosis", "of", "ITP", "was", "ruled", "out", ".", "Serology", "was", "requested", "for", "HIV", ",", "hepatitis", "B", ",", "C", "and", "VDRL", ",", "which", "were", "non-reactive", ".", "Four", "days", "after", "the", "start", "of", "corticosteroids", ",", "during", "which", "the", "patient", "had", "remained", "stable", ",", "she", "presented", "signs", "of", "respiratory", "distress", ",", "with", "oxygen", "desaturation", "up", "to", "75", "%", ",", "intercostal", "retraction", "and", "thoracic-abdominal", "breathing", ",", "associated", "with", "decreased", "pulmonary", "murmur", "in", "the", "left", "hemithorax", ",", "cough", "with", "purulent", "expectoration", "and", "pleuritic", "pain", ",", "greater", "on", "the", "left", ";", "without", "fever", "or", "haemorrhage", ".", "The", "haemogram", "showed", "a", "leukocytosis", "of", "35", ",", "250", "/", "μL", "and", "neutrophilia", "(", "81", "%", ")", ",", "with", "recovery", "of", "red", "series", ",", "platelets", "and", "coagulation", "tests", ".", "CRP", "was", "11", ".", "2", "mg", "/", "dL", "(", "normal", "value", "<", "0", ".", "5", "mg", "/", "dL", ")", ".", "Chest", "X-ray", "and", "CT", "scan", "showed", "a", "septated", "left", "pleural", "effusion", ",", "without", "pulmonary", "infiltrate", "or", "consolidation", ".", "Empirical", "antimicrobial", "management", "was", "started", "as", "pleuropneumonia", "with", "piperacillin", "/", "tazobactam", "4", ".", "5", "g", "i", ".", "v", ".", "every", "six", "hours", ",", "after", "taking", "two", "blood", "cultures", "by", "puncture", ".", "A", "left", "thoracentesis", "yielded", "350", "cc", "of", "purulent", ",", "fetid", "material", "which", "was", "cultured", "in", "blood", "culture", "vials", ".", "Gram", "stain", "of", "both", "blood", "cultures", "and", "pleural", "fluid", "showed", "gram-negative", "bacilli", ".", "Small", "round", "grey", "colonies", "grew", "on", "chocolate", "agar", "in", "an", "aerobic", "environment", "after", "24", "h", "of", "incubation", ",", "catalase", "and", "oxidase", "positive", ".", "It", "was", "identified", "as", "P", ".", "canis", "using", "the", "automated", "system", "VITEK", "2", "Systems", ":", "03", ".", "01", ",", "with", "100", "%", "certainty", "for", "all", "three", "samples", ".", "The", "patient", "was", "transferred", "to", "the", "ICU", "for", "maintaining", "saturations", "between", "75", "and", "80", "%", "with", "a", "Venturi", "50", "%", "mask", ",", "where", "she", "was", "intubated", ",", "connected", "to", "mechanical", "ventilation", "and", "a", "pleural", "tube", "was", "placed", "to", "drain", "the", "empyema", ".", "Given", "the", "microbiological", "results", ",", "both", "in", "blood", "cultures", "and", "pleural", "fluid", ",", "and", "the", "haemorrhagic", "manifestations", "on", "admission", ",", "the", "diagnosis", "of", "haemorrhagic", "septicaemia", "and", "pleural", "empyema", "secondary", "to", "P", ".", "canis", "was", "considered", ".", "She", "completed", "14", "days", "with", "the", "indicated", "antimicrobial", "therapy", "with", "a", "satisfactory", "clinical", "evolution", ",", "given", "by", "stabilisation", "of", "vital", "signs", "and", "haemodynamics", ",", "as", "well", "as", "the", "possibility", "of", "extubation", ".", "The", "patient", "and", "family", "were", "reinterred", "and", "denied", "any", "recent", "contact", "with", "animals", ".", "Unfortunately", ",", "once", "discharged", ",", "it", "was", "not", "possible", "to", "follow", "up", "the", "patient", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 19 }, { "text": "tobacco", "label": "SPECIES", "start": 388, "end": 395 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1140, "end": 1147 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1251, "end": 1258 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2528, "end": 2531 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2646, "end": 2653 }, { "text": "VDRL", "label": "SPECIES", "start": 2552, "end": 2556 }, { "text": "hepatitis B", "label": "SPECIES", "start": 2533, "end": 2544 }, { "text": "hepatitis B, C", "label": "SPECIES", "start": 2533, "end": 2547 }, { "text": "gram-negative bacilli", "label": "SPECIES", "start": 3613, "end": 3634 }, { "text": "colonies", "label": "SPECIES", "start": 3653, "end": 3661 }, { "text": "P. canis", "label": "SPECIES", "start": 3789, "end": 3797 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3896, "end": 3903 }, { "text": "P. canis", "label": "SPECIES", "start": 4318, "end": 4326 }, { "text": "animals", "label": "SPECIES", "start": 4619, "end": 4626 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 4561, "end": 4567 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4549, "end": 4556 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4697, "end": 4704 } ]

[ "Anamnesis", "A", "68-year-old", "woman", ",", "resident", "in", "Spain", "for", "more", "than", "5", "years", ",", "with", "a", "history", "of", "hypertension", ",", "dyslipidaemia", "and", "hypothyroidism", "on", "treatment", "with", "olmesartan", ",", "atorvastatin", "and", "levothyroxine", ".", "She", "had", "no", "family", "history", "or", "previous", "infections", "of", "interest", ",", "nor", "toxic", "habits", ".", "She", "consulted", "the", "emergency", "department", "in", "January", "2018", "for", "painless", "jaundice", ".", "In", "the", "anamnesis", "by", "apparatus", "and", "systems", ",", "the", "patient", "reported", "pruritus", ",", "jaundice", ",", "acholia", "and", "choluria", "of", "two", "weeks", "'", "evolution", ",", "with", "progressive", "worsening", ".", "She", "did", "not", "report", "fever", ".", "She", "had", "a", "painful", "lump", "in", "the", "twin", "region", "of", "the", "left", "leg", ",", "which", "had", "been", "present", "for", "a", "month", ".", "In", "view", "of", "the", "clinical", "picture", "described", ",", "it", "was", "decided", "to", "admit", "her", "to", "hospital", "for", "diagnostic", "study", "and", "treatment", ".", "During", "the", "diagnostic", "process", ",", "the", "patient", "presented", "clinical", "worsening", "with", "intense", "epigastralgia", "radiating", "to", "the", "waist", "and", "oral", "intolerance", "due", "to", "nausea", "and", "vomiting", ".", "Physical", "examination", "The", "patient", "had", "an", "ECOG", "3", ",", "and", "on", "physical", "examination", "there", "was", "an", "8", "cm", "tumour", "in", "the", "upper", "third", "of", "the", "external", "calf", ",", "hard", ",", "not", "adherent", "to", "deep", "planes", ",", "and", "painful", "on", "palpation", ".", "Examination", "of", "the", "abdomen", "was", "painful", "at", "the", "epigastric", "level", ",", "without", "peritonism", "and", "without", "palpable", "masses", "or", "megaliths", ".", "Complementary", "tests", "Laboratory", "tests", "showed", "an", "altered", "liver", "and", "pancreatic", "profile", ":", "total", "bilirubin", "11", ".", "8", "mg", "/", "dl", ",", "GOT", "161", "U", "/", "l", ",", "GPT", "105", "U", "/", "l", ",", "GGT", "316", "U", "/", "l", ",", "alkaline", "phosphatase", "(", "ALP", ")", "964", "U", "/", "l", ",", "LDG", "649", "U", "/", "l", ",", "lipase", "1", ".", "982", "U", "/", "l", ",", "haemoglobin", "10", "g", "/", "dl", ",", "leukocytes", "6", ",", "310", "/", "ml", ",", "absolute", "neutrophils", "4", ",", "300", "/", "ml", ",", "with", "the", "rest", "of", "the", "biochemistry", ",", "haemogram", "and", "coagulation", "being", "normal", ".", "Imaging", "studies", "began", "with", "an", "abdominal", "ultrasound", "scan", "that", "revealed", "a", "5", "cm", "solid", "mass", "in", "the", "head", "and", "uncinate", "body", "of", "the", "pancreas", "that", "caused", "dilatation", "of", "the", "intra", "-", "and", "extrahepatic", "bile", "duct", ",", "as", "well", "as", "a", "6", "cm", "lesion", "in", "the", "left", "hepatic", "lobe", "suggestive", "of", "malignancy", ".", "With", "initial", "suspicion", "of", "pancreatic", "adenocarcinoma", ",", "the", "study", "was", "extended", "with", "a", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", "scan", "of", "the", "chest", ",", "abdomen", "and", "pelvis", ",", "which", "confirmed", "both", "lesions", "without", "evidence", "of", "other", "distant", "lesions", ".", "At", "the", "same", "time", ",", "a", "magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", "scan", "was", "performed", "to", "characterise", "the", "lesion", "in", "the", "left", "lower", "limb", ",", "which", "revealed", "a", "soft", "tissue", "tumour", "with", "extensive", "contact", "with", "the", "lateral", "border", "of", "the", "soleus", "muscle", ",", "probably", "sarcomatous", "in", "origin", ".", "Suspecting", "that", "the", "three", "lesions", "described", "belonged", "to", "the", "same", "histological", "lineage", ",", "an", "echoendoscopy-guided", "fine", "needle", "aspiration", "puncture", "(", "FNA", ")", "of", "the", "pancreatic", "and", "hepatic", "lesions", "was", "performed", ",", "as", "well", "as", "FNA", "of", "the", "lesion", "on", "the", "left", "lower", "limb", ".", "The", "result", "was", "compatible", "with", "a", "lymphoproliferative", "process", "of", "plasmablastic", "differentiation", "(", "CD", "138", "+", ")", ",", "without", "being", "able", "to", "establish", "a", "definitive", "diagnosis", "in", "the", "absence", "of", "material", "for", "immunohistochemical", "study", ".", "The", "case", "was", "presented", "to", "the", "multidisciplinary", "tumour", "committee", ",", "and", "the", "differential", "diagnosis", "of", "plasmablastic", "lymphoma", ",", "plasmablastic", "myeloma", "and", "diffuse", "ALK", "+", "B", "lymphoma", "was", "proposed", ".", "It", "was", "decided", "to", "perform", "an", "excision", "of", "the", "lesion", "on", "the", "left", "lower", "limb", "to", "obtain", "more", "histological", "material", ",", "with", "a", "definitive", "anatomopathological", "diagnosis", "of", "CD138", ",", "MUM-1", ",", "kappa", "and", "lambda", "positive", "plasmablastic", "lymphoma", ",", "with", "negativity", "for", "ALK", ",", "CD20", ",", "CD79", ",", "CD30", ",", "CD56", ",", "C-KIT", ",", "cyclin", "D1", "and", "EBV", ";", "CD3", "expression", "on", "the", "accompanying", "T", "lymphocytes", ".", "The", "proliferation", "index", "(", "ki67", ")", "was", "80-90", "%", ".", "Serology", "was", "negative", "for", "HIV", "and", "all", "other", "viruses", "tested", ".", "Beta-2", "microglobulin", "was", "5", ".", "3", "mg", "/", "dl", ".", "Diagnosis", "The", "patient", "was", "diagnosed", "with", "stage", "IV", "plasmablastic", "lymphoma", "due", "to", "liver", ",", "pancreatic", "and", "soft", "tissue", "involvement", ",", "with", "a", "ki67", "of", "80-90", "%", ".", "In", "addition", ",", "she", "had", "obstructive", "jaundice", "due", "to", "compression", "of", "the", "pancreatic", "mass", "and", "acute", "pancreatitis", "as", "a", "secondary", "complication", ".", "Treatment", "Given", "the", "clinical", "picture", ",", "a", "plastic", "biliary", "stent", "was", "placed", "by", "endoscopic", "retrograde", "cholangiopancreatography", ",", "which", "had", "to", "be", "replaced", "by", "a", "metallic", "biliary", "stent", "due", "to", "restenosis", "and", "progressive", "worsening", "of", "the", "pancreatitis", ".", "Despite", "this", ",", "the", "patient", "'", "s", "evolution", "remained", "torpid", ",", "he", "presented", "dyspnoea", "secondary", "to", "bilateral", "pleural", "effusion", "and", "poor", "analgesic", "control", "secondary", "to", "frank", "worsening", "of", "the", "pancreatitis", ".", "The", "clinical", "picture", "was", "also", "accompanied", "by", "vomiting", "due", "to", "compression", "of", "the", "stomach", "by", "pancreatic", "cysts", "of", "up", "to", "17", "cm", ".", "He", "required", "WHO", "step", "3", "analgesic", "treatment", "for", "symptomatic", "control", "and", "depletive", "treatment", "with", "high", "oxygen", "therapy", "requirements", ".", "Imaging", "studies", "performed", "for", "the", "control", "of", "pancreatitis", "complications", "also", "showed", "progression", "of", "the", "lymphoproliferative", "disease", ",", "both", "at", "the", "level", "of", "the", "previous", "lesions", "and", "the", "appearance", "of", "a", "new", "lesion", "in", "a", "precaval", "location", ".", "Given", "the", "lack", "of", "clinical", "improvement", "after", "optimisation", "of", "supportive", "care", ",", "and", "given", "the", "suspicion", "of", "worsening", "secondary", "to", "progression", "of", "the", "neoplastic", "disease", ",", "chemotherapy", "treatment", "was", "started", "early", "in", "February", "2018", "according", "to", "the", "EPOCH", "schedule", "at", "50", "%", "of", "the", "usual", "dose", "for", "the", "patient", "'", "s", "baseline", "situation", ":", "etoposide", "25", "mg", "/", "m2", "/", "day", "days", "1-4", ",", "vincristine", "0", ".", "2", "mg", "/", "m2", "/", "day", "days", "1-4", ",", "doxorubicin", "5", "mg", "/", "m2", "/", "day", "days", "1-4", ",", "cyclophosphamide", "375", "mg", "/", "m2", "/", "day", "5", "and", "prednisone", "60", "mg", "/", "m2", "days", "1-5", ".", "Evolution", "As", "a", "complication", "after", "the", "first", "treatment", "cycle", ",", "the", "patient", "presented", "a", "cardiac", "decompensation", "secondary", "to", "water", "overload", ",", "which", "responded", "adequately", "to", "diuretics", "until", "its", "resolution", ".", "At", "the", "same", "time", ",", "the", "pancreatitis", "resolved", "with", "less", "need", "for", "analgesia", "and", "the", "patient", "resumed", "progressive", "oral", "tolerance", "without", "complications", ".", "The", "second", "cycle", "of", "treatment", "was", "administered", "in", "March", "2018", ",", "maintaining", "the", "previous", "dose", "reduction", ",", "with", "better", "tolerance", ",", "with", "the", "most", "relevant", "toxicity", "being", "grade", "4", "neutropenia", ",", "grade", "2", "thrombocytopenia", ",", "grade", "2", "anaemia", ",", "grade", "2", "mucositis", "and", "diarrhoea", "secondary", "to", "Clostridium", "difficile", ".", "He", "also", "started", "rehabilitation", "for", "functional", "recovery", "given", "the", "complications", "derived", "from", "the", "prolonged", "admission", ".", "Currently", "and", "after", "significant", "clinical", "improvement", ",", "she", "maintains", "an", "ECOG", "2", ",", "the", "third", "cycle", "of", "chemotherapy", "has", "been", "administered", "at", "full", "dose", "with", "good", "tolerance", ",", "and", "during", "the", "iconographic", "re-evaluation", "she", "presented", "a", "partial", "response", "by", "RECIST", "criteria", "at", "hepatic", "and", "pancreatic", "level", ".", "The", "peripancreatic", "collections", "are", "regressing", ",", "with", "normalisation", "of", "the", "pancreatic", "and", "hepatic", "analytical", "profile", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 29 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 210, "end": 216 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 404, "end": 411 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 790, "end": 797 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 952, "end": 959 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 3338, "end": 3341 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 3463, "end": 3466 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3548, "end": 3555 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4082, "end": 4089 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5035, "end": 5042 }, { "text": "Clostridium difficile", "label": "SPECIES", "start": 5855, "end": 5876 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5301, "end": 5308 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5516, "end": 5523 } ]

[ "Anamnesis", "A", "67-year-old", "woman", "came", "to", "the", "emergency", "department", "with", "a", "continuous", "headache", "of", "2", "weeks", "'", "duration", ",", "localised", "at", "retroocular", "level", "and", "frontal", "irradiation", ",", "without", "accompanying", "vegetative", "symptoms", ",", "which", "made", "it", "difficult", "to", "rest", "at", "night", "and", "did", "not", "subside", "with", "conventional", "analgesia", ".", "In", "addition", ",", "the", "headache", "was", "progressively", "accompanied", "by", "diplopia", "in", "the", "previous", "days", ".", "She", "had", "a", "personal", "history", "of", "allergy", "to", "corticoids", ",", "arterial", "hypertension", ",", "pulmonary", "and", "lymph", "node", "tuberculosis", "treated", "for", "9", "months", "and", "ischaemic", "heart", "disease", ".", "Physical", "examination", "The", "general", "physical", "examination", "revealed", "no", "abnormalities", ".", "The", "neurological", "examination", "showed", "normal", "campimetry", "with", "limitation", "of", "abduction", "more", "important", "than", "adduction", ",", "with", "involvement", "of", "supra", "-", "and", "infraduction", "of", "the", "left", "eye1", ",", "and", "mild", "dyschromatopsia", ".", "Fundus", "examination", "revealed", "a", "papilla", "with", "sharp", "edges", ".", "The", "patient", "was", "assessed", "by", "Ophthalmology", ",", "who", "described", "a", "slight", "alteration", "of", "the", "macular", "retinal", "epithelium", ",", "IOP", "18", "mmHg", ",", "no", "vitritis", "or", "vasculitis", ".", "Complementary", "tests", "In", "the", "Emergency", "Department", ",", "the", "following", "tests", "were", "requested", ":", "-", "Blood", "tests", ",", "including", "ionogram", "with", "hyponatraemia", "of", "124", "mmol", "/", "l", "and", "creatinine", "of", "93", "mmol", "/", "l", ",", "with", "normal", "formula", "and", "coagulation", ".", "-", "Chest", "X-ray", "and", "electrocardiogram", "without", "alterations", ".", "-", "Cranial", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", "with", "no", "signs", "of", "parenchymal", "alterations", ",", "haemorrhages", ",", "masses", "or", "ventriculomegaly", ".", "-", "Lumbar", "puncture", "showed", "0", "cells", ",", "glycorrhachia", "and", "proteinorrachia", "within", "normal", "values", ",", "and", "no", "gram", "stain", ",", "acid-fast", "bacilli", "or", "fungi", "were", "observed", ".", "During", "hospitalisation", "in", "the", "neurology", "ward", ",", "the", "following", "tests", "were", "requested", ":", "-", "Laboratory", "tests", "with", "immunophenotypic", "markers", ",", "protein", "electrophoresis", ",", "rheumatoid", "factor", "and", "complement", "study", ",", "with", "no", "alterations", ".", "ANA", "and", "c-ANCA", "were", "positive", "at", "a", "titre", "of", "1", "/", "80", ".", "-", "Urine", "Bence-Jones", "protein", "was", "negative", ".", "-", "HIV", "and", "syphilis", "serologies", "were", "negative", ".", "-", "MRI", ":", "asymmetry", "of", "the", "cavernous", "sinuses", "with", "thickening", "of", "the", "wall", "of", "the", "left", "sinus", ",", "with", "contrast", "uptake", "in", "the", "pachymeningeum", "of", "the", "left", "middle", "cranial", "fossa", ",", "base", "of", "the", "skull", "to", "the", "pterygomaxillary", "fossa", ".", "-", "Otolaryngological", "assessment", ":", "left", "septal", "dysmorphia", ",", "with", "bilateral", "free", "middle", "meatus", ",", "free", "sphenoethmoidal", "recess", "and", "normal", "cavum", ".", "-", "High-resolution", "thoracic", "CT", "scan", ":", "multiple", "subcentimetric", "nodular", "opacities", "were", "observed", ",", "which", "were", "already", "present", "in", "previous", "studies", ",", "but", "some", "new", "ones", "were", "found", ",", "suggesting", "reactivation", "of", "latent", "tuberculosis", ".", "-", "Abdominal", "CT", "scan", "with", "no", "alterations", ".", "-", "Biopsy", "of", "the", "pterygomaxillary", "fossa", ":", "shows", "granulomatous", "material", ",", "fibrous", "tissue", "and", "inflammatory", "cells", ".", "Diagnosis", "After", "neurological", "examination", ",", "the", "case", "was", "diagnosed", "as", "cavernous", "sinus", "syndrome", ".", "Three", "hypotheses", "are", "put", "forward", ":", "-", "Tuberculous", "reactivation", ".", "The", "patient", "had", "been", "correctly", "diagnosed", "and", "treated", "for", "tuberculosis", "and", ",", "as", "no", "mycobacteria", "were", "isolated", ",", "it", "was", "decided", "to", "extend", "the", "differential", "diagnosis", "to", "other", "granulomatous", "diseases", ".", "-", "Neoformative", "process", ",", "ruled", "out", "by", "immunophenotypic", "markers", "and", "biopsy", ".", "-", "Inflammatory", "systemic", "disease", ",", "which", ",", "given", "the", "presence", "of", "c-ANCA", "antibodies", ",", "mild", "renal", "insufficiency", "and", "images", "of", "cavernous", "sinus", "involvement", "with", "extension", "to", "the", "ENT", "territory", ",", "suggest", "granulomatosis", "with", "polyangiitis", "(", "Wegener", "'", "s", "disease", ")", ".", "However", ",", "the", "patient", "does", "not", "meet", "the", "classic", "criteria", "for", "Wegener", "'", "s", "disease", ",", "although", "there", "is", "a", "strong", "suspicion", "of", "a", "limited", "form", "of", "the", "disease", ".", "Treatment", "Given", "the", "history", "of", "tuberculosis", "and", "possible", "corticosteroid", "allergy", ",", "it", "was", "decided", "not", "to", "start", "empirical", "treatment", ".", "As", "the", "diagnosis", "approached", "vasculitis", ",", "the", "possibility", "of", "desensitisation", "therapy", "with", "corticosteroids", "was", "considered", ",", "but", "the", "patient", "was", "reluctant", "and", "the", "headache", "improved", "with", "conventional", "analgesia", ",", "although", "ophthalmoparesis", "and", "dyschromatopsia", "persisted", ".", "Evolution", "The", "patient", "was", "discharged", "with", "good", "pain", "control", ",", "although", "diplopia", "persisted", "in", "binocular", "vision", ".", "After", "15", "days", ",", "the", "patient", "consulted", "again", "for", "petechial", "lesions", "on", "the", "extremities", ",", "presenting", "deterioration", "in", "renal", "function", "figures", ",", "so", "a", "renal", "biopsy", "was", "performed", ",", "in", "which", "fibrinoid", "necrosis", "without", "crescents", "was", "observed", ",", "adding", "haemoptysis", "with", "CT", "images", "suggestive", "of", "alveolar", "haemorrhage", ".", "Treatment", "was", "started", "with", "cyclophosphamide", "and", "prednisone", "in", "boluses", ",", "and", "given", "the", "pulmonary", "involvement", ",", "plasmapheresis", "and", "vein-to-venous", "haemodiafiltration", "were", "started", ".", "After", "3", "weeks", "of", "treatment", ",", "the", "clinical", "remission", "was", "achieved", ",", "ocular", "mobility", "was", "normal", "and", "painless", ",", "and", "she", "was", "discharged", "home", "with", "outpatient", "check-ups", ".", "Twelve", "months", "later", ",", "due", "to", "a", "viral", "respiratory", "infection", "complicated", "by", "immunosuppression", "and", "bacterial", "superinfection", ",", "the", "patient", "died", "in", "the", "Intensive", "Care", "Unit", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 29 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 400, "end": 408 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 898, "end": 905 }, { "text": "acid-fast bacilli", "label": "SPECIES", "start": 1550, "end": 1567 }, { "text": "fungi", "label": "SPECIES", "start": 1571, "end": 1576 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1904, "end": 1907 }, { "text": "mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 2906, "end": 2918 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2829, "end": 2836 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3353, "end": 3360 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3749, "end": 3756 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3898, "end": 3905 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4013, "end": 4020 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4755, "end": 4762 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 4660, "end": 4665 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 4725, "end": 4734 } ]

[ "Anamnesis", "Male", "patient", "aged", "45", "years", ",", "with", "arterial", "hypertension", ",", "dyslipidaemia", ",", "hepatitis", "C", ",", "mild", "mitral", "insufficiency", ",", "chronic", "renal", "insufficiency", "secondary", "to", "posterior", "urethral", "valve", ",", "who", "required", "substitutive", "treatment", "since", "1980", ".", "He", "underwent", "bilateral", "nephrectomy", ",", "parathyroid", "due", "to", "hyperfunction", "secondary", "to", "transplant", ",", "melanocytic", "nevus", "and", "carpal", "tunnel", "syndrome", ".", "He", "underwent", "renal", "transplant", "in", "2008", "and", "was", "initially", "treated", "with", "immunosuppressive", "therapy", "with", "deflazacort", ",", "mycophenolate", "mofetil", "and", "tacrolimus", ".", "He", "required", "permanent", "bladder", "catheterisation", "due", "to", "detrusor", "acontractility", ",", "refusing", "intermittent", "catheterisation", ".", "She", "had", "good", "control", "and", "stable", "renal", "function", ".", "In", "2012", ",", "she", "presented", "with", "numerous", "repeated", "urinary", "tract", "infections", "caused", "by", "different", "germs", ",", "such", "as", "Morganella", "and", "Escherichia", "coli", ",", "which", "were", "detected", "in", "cultures", ",", "without", "haematuria", "and", "with", "the", "presence", "of", "mycosuria", ".", "Physical", "examination", "Good", "general", "condition", ",", "afebrile", ".", "Absence", "of", "weight", "loss", ".", "No", "oedema", "of", "the", "lower", "limbs", ".", "Abdomen", "soft", "and", "depressible", ",", "without", "masses", "or", "megaliths", ",", "except", "for", "renal", "implant", "in", "the", "right", "iliac", "fossa", ",", "no", "signs", "of", "peritoneal", "irritation", "or", "bladder", "balloon", ".", "Scars", "from", "mid", "laparotomy", "and", "renal", "transplant", "on", "the", "abdominal", "wall", ".", "Genitalia", "without", "alterations", ".", "Complementary", "tests", "-", "An", "abdominal", "ultrasound", "was", "requested", ",", "identifying", "abundant", "intravesical", "echogenic", "material", ",", "as", "well", "as", "a", "lesion", "measuring", "3", ".", "4", "x", "2", ".", "7", "cm", "with", "vascularisation", ",", "suggestive", "of", "bladder", "neoformation", ".", "-", "For", "this", "reason", ",", "a", "cystoscopy", "was", "requested", ",", "which", "revealed", "a", "medium", "with", "abundant", "mucus", "and", "a", "papillary", "lesion", "of", "approximately", "3", "cm", "suggestive", "of", "malignancy", ".", "Diagnosis", "Transurethral", "resection", "of", "the", "bladder", "was", "therefore", "performed", ",", "with", "an", "anatomopathological", "diagnosis", "of", "intravesical", "enteric", "adenocarcinoma", ",", "without", "involvement", "of", "the", "muscular", "wall", ".", "Given", "the", "results", ",", "an", "extension", "study", "was", "carried", "out", "to", "rule", "out", "concomitant", "neoplasia", ",", "and", "a", "thoraco-abdominal-pelvic", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", "scan", "was", "performed", ",", "with", "no", "evidence", "of", "a", "primary", "tumour", ".", "Treatment", "The", "case", "was", "assessed", "by", "the", "uro-oncology", "committee", "and", "it", "was", "decided", "to", "undertake", "radical", "surgery", ",", "so", "the", "patient", "was", "offered", "radical", "cystoprostatectomy", "with", "bilateral", "pelvic", "lymphadenectomy", "and", "diversion", "of", "the", "ureter", "to", "the", "ileum", ".", "The", "pathological", "result", "of", "the", "surgical", "specimen", "was", "mucinous", "adenocarcinoma", "of", "the", "enteric", "bladder", "type", ",", "multifocal", ",", "with", "transmural", "involvement", "up", "to", "the", "vicinity", "of", "the", "perivesical", "fat", ",", "ureteral", "segment", "free", "of", "tumour", ",", "lymph", "nodes", "without", "tumour", "involvement", ",", "prostate", "and", "seminal", "vesicles", "free", "of", "tumour", ".", "Evolution", "During", "the", "postoperative", "period", ",", "the", "patient", "had", "a", "good", "evolution", ",", "with", "stable", "renal", "function", "and", "preserved", "diuresis", ".", "After", "assessment", "by", "Medical", "Oncology", ",", "the", "need", "for", "systemic", "adjuvant", "treatment", "was", "ruled", "out", ".", "Nephrology", "did", "change", "the", "immunosuppressant", "to", "everolimus", ".", "One", "month", "after", "the", "operation", ",", "the", "pigtails", "catheter", "was", "removed", "and", "the", "patient", "presented", "ureterohydronephrosis", "and", "deterioration", "of", "renal", "function", ",", "with", "creatinine", "of", "2", ".", "3", "mg", "/", "dl", ".", "A", "URO-CT", "scan", "was", "requested", ",", "showing", "stenosis", "of", "the", "uretero-ileal", "junction", "due", "to", "granuloma", ";", "given", "that", "the", "patient", "maintained", "a", "diuresis", "of", "2", ",", "500-4", ",", "000", "ml", "/", "24", "hours", ",", "and", "creatinine", "of", "2", ".", "4", ",", "it", "was", "decided", "to", "maintain", "a", "conservative", "approach", ".", "The", "patient", "presented", "a", "progressive", "decrease", "in", "renal", "function", "until", "reaching", "a", "pre-surgical", "level", "of", "1", ".", "5", ".", "At", "the", "tenth", "month", "after", "surgery", ",", "the", "patient", "showed", "a", "stable", "evolution", ",", "with", "no", "signs", "of", "recurrence", "of", "the", "disease", "." ]

[ 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Male patient", "label": "HUMAN", "start": 10, "end": 22 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 22 }, { "text": "Escherichia coli", "label": "SPECIES", "start": 813, "end": 829 }, { "text": "germs", "label": "SPECIES", "start": 783, "end": 788 }, { "text": "Morganella", "label": "SPECIES", "start": 798, "end": 808 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2191, "end": 2198 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2674, "end": 2681 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2981, "end": 2988 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3197, "end": 3204 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3334, "end": 3341 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3475, "end": 3482 } ]

[ "A", "56-year-old", "male", "patient", ",", "resident", "of", "Olmué", "(", "Valparaíso", "Region", ")", ",", "with", "a", "history", "of", "chronic", "allergic", "rhinitis", "since", "his", "youth", "and", "fungal", "rhinosinusitis", "diagnosed", "and", "treated", "with", "endoscopic", "surgical", "cleaning", "and", "oral", "fluconazole", "two", "years", "earlier", ".", "She", "consulted", "for", "abundant", ",", "thick", ",", "greenish-yellow", ",", "foul-smelling", "nasal", "discharge", ",", "with", "posterior", "discharge", ",", "headache", "and", "reduced", "sense", "of", "smell", ".", "A", "computed", "axial", "tomography", "(", "CT", ")", "scan", "of", "the", "paranasal", "sinuses", "showed", "thickening", "of", "the", "mucosa", "of", "the", "right", "frontal", "sinus", "and", "veiling", "of", "the", "ipsilateral", "maxillary", "and", "ethmoid", "sinuses", ".", "CT", "scan", "of", "paranasal", "sinuses", "with", "mucosal", "thickening", "of", "the", "right", "frontal", "sinus", ".", "CT", "scan", "of", "paranasal", "sinuses", "with", "diffuse", "veiling", "of", "the", "right", "ethmoid", "cells", ".", "CT", "scan", "of", "the", "paranasal", "sinuses", "with", "diffuse", "veiling", "of", "the", "right", "maxillary", "sinus", ".", "Endoscopic", "surgery", "was", "performed", "including", "eradication", "of", "the", "endonasal", "lesions", ",", "wide", "right", "ethmoidectomy", "and", "median", "meatotomy", "with", "Caldwell-Luc", "approach", "of", "the", "right", "maxillary", "recess", "to", "ensure", "strict", "cleaning", "and", "defocation", ",", "obtaining", "abundant", "material", "(", "mucin", ")", "which", "was", "sent", "for", "microbiological", "study", ".", "Bacterial", "cultures", "were", "all", "negative", ".", "Direct", "microscopic", "examination", "with", "20", "%", "KOH", "and", "Gomori-Grocott", "stain", "showed", "abundant", "septate", "hyphae", "at", "a", "dichotomous", "angle", "of", "45", "°", ".", "Presence", "of", "hyphae", "at", "dichotomous", "angle", ".", "Gomori-Grocott", "stain", ".", "40X", ".", "Cultures", "on", "Sabouraud", "agar", "showed", "development", "of", "Curvularia", "sp", ".", "The", "patient", "was", "treated", "with", "itraconazole", ",", "400", "mg", "capsules", "per", "day", "for", "six", "months", "and", "inhaled", "corticosteroids", ".", "He", "progressed", "with", "good", "clinical", "response", ".", "He", "is", "currently", "asymptomatic", "and", "carrying", "out", "all", "his", "usual", "activities", ".", "Species", "identification", "Mucin", "samples", "were", "sown", "on", "Sabouraud", "agar", "at", "27", "and", "37", "°", "C", ",", "all", "cultures", "yielded", "dark", "grey", "filamentous", "colonies", "with", "dried", "conidia", ".", "After", "5", "days", "of", "incubation", ".", "They", "were", "then", "seeded", "on", "maize", "flour", "agar", "and", "water", "agar", "with", "wheat", "straw", "at", "25", "°", "C", "for", "10", "days", ".", "Macroscopy", ":", "colonies", "were", "velvety", "with", "a", "cottony", "centre", ",", "dark", "grey", "on", "the", "front", "and", "black", "on", "the", "back", ",", "with", "abundant", "dried", "conidia", ".", "Microscopy", ":", "dematiaceous", "hyphae", ",", "more", "or", "less", "erect", "conidiophores", ",", "conidia", "with", "central", "cell", "longer", "than", "the", "other", "cells", ",", "with", "3-5", "distosepts", ",", "measuring", "28-45", "x", "10-16", "μm", ".", "Macroconidia", "with", "longer", "central", "cell", ",", "with", "3-5", "distosepts", ".", "Lactophenol", "stain", "with", "cotton", "blue", ".", "100X", ".", "The", "above", "description", "matches", "the", "species", "Curvularia", "inaequalis", "(", "Shear", ")", "Boedijn", "." ]

[ 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 26 }, { "text": "youth", "label": "HUMAN", "start": 121, "end": 126 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 19, "end": 26 }, { "text": "Bacterial", "label": "SPECIES", "start": 1128, "end": 1137 }, { "text": "hyphae at dichotomous angle", "label": "SPECIES", "start": 1309, "end": 1336 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1433, "end": 1440 }, { "text": "Curvularia sp", "label": "SPECIES", "start": 1414, "end": 1427 }, { "text": "Species", "label": "SPECIES", "start": 1656, "end": 1663 }, { "text": "colonies", "label": "SPECIES", "start": 1781, "end": 1789 }, { "text": "conidia", "label": "SPECIES", "start": 1801, "end": 1808 }, { "text": "maize", "label": "SPECIES", "start": 1864, "end": 1869 }, { "text": "wheat", "label": "SPECIES", "start": 1901, "end": 1906 }, { "text": "colonies", "label": "SPECIES", "start": 1947, "end": 1955 }, { "text": "conidia", "label": "SPECIES", "start": 2058, "end": 2065 }, { "text": "conidia", "label": "SPECIES", "start": 2135, "end": 2142 }, { "text": "dematiaceous hyphae", "label": "SPECIES", "start": 2080, "end": 2099 }, { "text": "conidiophores", "label": "SPECIES", "start": 2120, "end": 2133 }, { "text": "Macroconidia", "label": "SPECIES", "start": 2239, "end": 2251 }, { "text": "cotton", "label": "SPECIES", "start": 2322, "end": 2328 }, { "text": "species", "label": "SPECIES", "start": 2376, "end": 2383 }, { "text": "species Curvularia inaequalis", "label": "SPECIES", "start": 2376, "end": 2405 } ]

[ "A", "17-year-old", "male", "with", "a", "history", "of", "a", "fall", "on", "his", "back", "a", "week", "earlier", ".", "He", "attended", "the", "emergency", "department", "for", "lumbosacral", "pain", "radiating", "to", "the", "left", "leg", ".", "A", "lumbosacral", "CT", "scan", "and", "pelvic", "MRI", "showed", "several", "collections", "in", "the", "left", "iliopsoas", "and", "piriformis", "suggestive", "of", "haematomas", ",", "without", "traces", "of", "fracture", ".", "Given", "the", "poor", "clinical", "evolution", ",", "MRI", "was", "repeated", ",", "showing", "diffuse", "uptake", "of", "the", "left", "sacroiliac", "joint", "with", "fluid", "inside", "and", "bone", "oedema", "in", "relation", "to", "sacroiliitis", ",", "and", "persistence", "of", "the", "collections", "with", "greater", "extension", "and", "a", "more", "organised", "appearance", ",", "compatible", "with", "abscesses", ".", "Surgical", "drainage", "was", "performed", "with", "a", "positive", "culture", "for", "Staphylococcus", "aureus", ".", "It", "was", "a", "post-traumatic", "infectious", "sacroiliitis", "associated", "with", "abscesses", "in", "the", "adjacent", "musculature", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 18 }, { "text": "Staphylococcus aureus", "label": "SPECIES", "start": 658, "end": 679 } ]

[ "A", "71-year-old", "woman", "came", "to", "the", "emergency", "department", "with", "abdominal", "pain", ".", "Personal", "history", "of", "obesity", ",", "hypertension", "and", "non-insulin", "dependent", "diabetes", ".", "She", "presented", "with", "abdominal", "pain", "located", "in", "the", "right", "hypochondrium", "for", "72", "hours", ",", "which", "started", "after", "a", "large", "meal", ".", "It", "was", "accompanied", "by", "chills", "and", "nausea", "without", "vomiting", ".", "On", "examination", ",", "the", "patient", "'", "s", "general", "state", "of", "health", "and", "the", "intense", "pain", "on", "compression", "of", "the", "right", "hypochondrium", "were", "striking", ".", "As", "complementary", "tests", ",", "a", "blood", "test", "was", "performed", ",", "highlighting", "leukocytes", "with", "neutrophilia", ".", "An", "abdominal", "X-ray", "showed", "a", "radiolucent", "halo", "surrounding", "the", "gallbladder", "and", "an", "abdominal", "ultrasound", ".", "Following", "the", "ultrasound", "findings", "(", "distended", "gallbladder", ",", "with", "a", "thickened", "wall", "(", "7", ".", "3mm", ")", ",", "air", "in", "the", "gallbladder", "wall", "and", "multiple", "lithiasis", "inside", "the", "gallbladder", ")", "and", "the", "suspicion", "of", "emphysematous", "cholecystitis", ",", "it", "was", "decided", "to", "complete", "the", "study", "with", "a", "CT", "scan", ".", "The", "abdominal", "CT", "scan", "with", "contrast", "showed", "parietal", "thickening", "of", "the", "gallbladder", "with", "air", "bubbles", "and", "multiple", "lithiasis", "inside", ",", "together", "with", "significant", "inflammatory", "changes", "around", "the", "gallbladder", ",", "leading", "to", "a", "diagnosis", "of", "acute", "cholecystitis", ".", "The", "patient", "underwent", "emergency", "surgery", "by", "laparoscopic", "cholecystectomy", ".", "Pathological", "anatomy", "confirmed", "a", "gallbladder", "with", "combined", "stones", "measuring", "11", ".", "3", "x", "5", "cm", ",", "with", "a", "diagnosis", "of", "cholelithiasis", "and", "acute", "gangrenous", "cholecystitis", ".", "The", "microorganism", "isolated", "was", "Clostridium", "Welchii", ".", "The", "patient", "evolved", "favourably", "and", "was", "discharged", "after", "10", "days", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 19 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 347, "end": 354 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1175, "end": 1182 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1460, "end": 1467 }, { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 74, "end": 82 }, { "text": "Clostridium Welchii", "label": "SPECIES", "start": 1435, "end": 1454 } ]

[ "A", "51-year-old", "man", ",", "from", "Isla", "Mayor", ",", "smoker", "of", "20", "packets", "/", "year", ",", "employed", "in", "a", "fish", "farm", ",", "fond", "of", "breeding", "cockerels", "and", "collecting", "crabs", ".", "He", "came", "to", "the", "emergency", "department", "with", "a", "2-day", "history", "of", "asthenia", ",", "hyporexia", ",", "generalised", "arthromyalgia", ",", "predominantly", "in", "the", "lower", "limbs", ",", "severe", "retroorbital", "headache", "and", "8-10", "vomiting", "episodes", "per", "day", "that", "limited", "his", "intake", ".", "She", "did", "not", "present", "fever", ",", "diarrhoea", ",", "abdominal", "pain", "or", "visual", "alterations", ".", "Physical", "examination", "showed", "no", "notable", "alterations", "except", "for", "conjunctival", "injection", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "creatinine", "of", "2", ".", "64", "mg", "/", "dl", ",", "leukocytosis", "of", "13740", "with", "neutrophilia", "(", "83", "%", ")", ",", "platelets", "of", "50000", "and", "GGT", "of", "168", "UI", "/", "l", ".", "The", "characteristics", "of", "the", "clinical", "picture", "so", "far", "point", "more", "towards", "an", "infectious", "aetiology", ":", "malaria", ",", "dengue", "and", "yellow", "fever", "were", "ruled", "out", "due", "to", "the", "absence", "of", "foreign", "travel", ";", "infection", "by", "rickettsia", ",", "coxiella", ",", "yersinia", ",", "HIV", ",", "EBV", "or", "hepatotropic", "viruses", ",", "among", "others", ",", "could", "not", "be", "ruled", "out", "for", "the", "moment", ".", "Serology", "was", "requested", "for", "these", "entities", "and", "it", "was", "decided", "to", "admit", "the", "patient", ".", "An", "ultrasound", "scan", "of", "the", "abdomen", "and", "a", "chest", "X-ray", "were", "performed", ",", "in", "which", "no", "relevant", "findings", "were", "observed", ".", "Empirical", "antibiotic", "therapy", "was", "started", "with", "ceftriaxone", "1g", "IV", "/", "24h", "and", "the", "patient", "'", "s", "evolution", "was", "monitored", ".", "After", "5", "days", "of", "treatment", ",", "the", "patient", "evolved", "favourably", ",", "with", "symptoms", "disappearing", "and", "the", "previously", "altered", "analytical", "values", "were", "corrected", ",", "with", "creatinine", "of", "0", ".", "58", ",", "11720", "leukocytes", "and", "170000", "platelets", ".", "Given", "the", "evident", "improvement", ",", "it", "was", "decided", "to", "discharge", "the", "patient", "home", ",", "continuing", "empirical", "antibiotherapy", "with", "cefixime", "400", "mg", "every", "24", "hours", "until", "completing", "the", "7", "days", "of", "treatment", ".", "After", "a", "week", ",", "the", "patient", ",", "now", "asymptomatic", ",", "received", "serology", "results", "that", "were", "positive", "for", "leptospira", ".", "About", "10", "%", "of", "leptospirosis", "cases", "present", "clinically", "as", "Weil", "'", "s", "syndrome", ":", "jaundice", ",", "renal", "failure", "and", "haemorrhagic", "diathesis", ";", "90", "%", "usually", "present", "with", "fever", ",", "headache", ",", "myalgia", "and", ",", "characteristically", ",", "conjunctival", "congestion", ".", "The", "diagnosis", "of", "leptospirosis", "is", "based", "on", "clinical", "findings", "in", "an", "appropriate", "epidemiological", "context", ".", "There", "is", "no", "possibility", "of", "direct", "culture", "and", "serological", "diagnosis", "is", "very", "difficult", ",", "requiring", "serology", "on", "day", "+", "7", "of", "symptom", "onset", ".", "Clinical", "suspicion", "in", "a", "compatible", "epidemiological", "setting", "should", "be", "suspected", "and", "empirical", "treatment", "initiated", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "crabs", "label": "SPECIES", "start": 130, "end": 135 }, { "text": "cockerels", "label": "SPECIES", "start": 105, "end": 114 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 898, "end": 901 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 893, "end": 896 }, { "text": "coxiella", "label": "SPECIES", "start": 873, "end": 881 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1054, "end": 1061 }, { "text": "rickettsia", "label": "SPECIES", "start": 861, "end": 871 }, { "text": "hepatotropic viruses", "label": "SPECIES", "start": 905, "end": 925 }, { "text": "yersinia", "label": "SPECIES", "start": 883, "end": 891 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1252, "end": 1259 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1318, "end": 1325 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1561, "end": 1568 }, { "text": "leptospira", "label": "SPECIES", "start": 1783, "end": 1793 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1707, "end": 1714 } ]

[ "Anamnesis", "54-year-old", "woman", ",", "with", "no", "past", "history", "of", "interest", ",", "diagnosed", "with", "clear", "cell", "renal", "carcinoma", "pT3N0M0", ".", "She", "was", "treated", "with", "radical", "nephrectomy", "and", "subsequently", "presented", "with", "systemic", "recurrence", "with", "pulmonary", "metastases", ".", "Surgical", "treatment", "of", "these", "metastases", "was", "carried", "out", "and", "treatment", "with", "pazopanib", "for", "four", "months", "until", "progression", "was", "observed", ".", "At", "this", "time", ",", "she", "was", "referred", "to", "our", "centre", "and", "entered", "the", "Ca209025", "clinical", "trial", "(", "everolimus", "vs", ".", "nivolumab", ")", ",", "starting", "treatment", "with", "everolimus", "10", "mg", "/", "day", ".", "After", "one", "month", "of", "treatment", ",", "she", "consulted", "the", "emergency", "department", "for", "dyspnoea", "on", "moderate", "exertion", ",", "febrile", "fever", "and", "pleuritic", "pain", "of", "one", "week", "'", "s", "duration", ",", "with", "no", "associated", "cough", "or", "expectoration", ".", "Physical", "examination", "Physical", "examination", "revealed", "dry", "crackles", "in", "the", "right", "lung", "base", ",", "with", "no", "other", "findings", "of", "interest", ".", "The", "patient", "was", "eupneic", "and", "had", "good", "oxygen", "saturation", "at", "rest", ".", "Complementary", "tests", "Laboratory", "tests", "showed", "no", "elevation", "of", "acute", "phase", "reactants", "or", "other", "significant", "alterations", "and", "the", "chest", "X-ray", "showed", "a", "right", "basal", "infiltrate", ".", "Diagnosis", "Right", "basal", "right", "pneumonia", "vs", ".", "everolimus", "pneumonitis", ".", "Treatment", "Given", "the", "suspicion", "of", "right", "basal", "pneumonia", "and", "possible", "everolimus", "pneumonitis", ",", "everolimus", "was", "discontinued", ",", "antibiotic", "treatment", "with", "levofloxacin", "was", "prescribed", "and", "the", "patient", "was", "scheduled", "for", "a", "clinical", "and", "radiological", "check-up", "in", "one", "week", ".", "Evolution", "One", "week", "later", ",", "the", "patient", "showed", "a", "clear", "deterioration", "in", "her", "general", "condition", ",", "with", "persistent", "febrile", "fever", "and", "pleuritic", "pain", "despite", "the", "prescribed", "treatment", ".", "On", "examination", "she", "presented", "respiratory", "work-up", ",", "with", "saturation", "of", "90", "%", "at", "rest", "and", "dry", "bibasal", "crackles", "on", "auscultation", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "only", "mild", "lymphopenia", ",", "with", "no", "other", "findings", "of", "interest", ",", "and", "radiological", "worsening", "with", "progression", "of", "the", "infiltrate", "to", "LID", "and", "LM", ".", "Hospital", "admission", "was", "then", "decided", ",", "treatment", "was", "started", "with", "prednisone", "60", "mg", "per", "day", "and", "antibiotic", "treatment", "was", "maintained", "with", "levofloxacin", ".", "Once", "on", "the", "ward", ",", "a", "thoracic", "CT", "scan", "was", "performed", "which", "confirmed", "the", "existence", "of", "ground", "glass", "infiltrates", "in", "the", "LID", "and", "LM", ",", "with", "thickening", "of", "the", "interlobular", "septa", ",", "compatible", "with", "pharmacological", "pneumonitis", ".", "As", "for", "the", "oncological", "disease", ",", "a", "partial", "response", "was", "described", ",", "with", "a", "decrease", "in", "the", "size", "of", "the", "pulmonary", "nodules", ".", "A", "fibrobronchoscopy", "with", "bronchoalveolar", "lavage", "(", "BAL", ")", "was", "performed", ",", "in", "which", "Pneumocystis", "jirovencii", "was", "isolated", "in", "small", "quantities", ".", "In", "this", "situation", ",", "treatment", "was", "started", "with", "trimetropim-sulfomethoxazole", "and", "the", "study", "was", "extended", "with", "the", "determination", "of", "beta-D-glucan", ",", "which", "was", "negative", ".", "On", "the", "ward", ",", "the", "patient", "showed", "a", "favourable", "clinical", "evolution", ",", "with", "a", "progressive", "decrease", "in", "oxygen", "requirements", ",", "resolution", "of", "the", "febrile", "fever", "and", "pleuritic", "pain", ".", "A", "follow-up", "X-ray", "was", "performed", "one", "week", "later", ",", "showing", "almost", "complete", "resolution", "of", "the", "infiltrates", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 27 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 858, "end": 865 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1338, "end": 1345 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1445, "end": 1452 }, { "text": "Pneumocystis jirovencii", "label": "SPECIES", "start": 2439, "end": 2462 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2678, "end": 2685 } ]

[ "Anamnesis", "A", "64-year-old", "male", "patient", "with", "the", "following", "personal", "history", ":", "smoker", "of", "10", "cigarette-days", ",", "IgG-lambda", "monoclonal", "gammopathy", "and", "seronegative", "polyarthritis", "for", "which", "he", "had", "been", "treated", "with", "methotrexate", ".", "He", "was", "diagnosed", "in", "March", "2018", "during", "a", "study", "of", "anorexia", "and", "dyspepsia", "of", "years", "of", "evolution", "of", "extranodal", "marginal", "zone", "lymphoma", "MALT", "type", "stage", "IVB", "by", "means", "of", "a", "gastric", "endoscopic", "biopsy", ".", "He", "received", "treatment", "with", "six", "cycles", "of", "the", "R-CHOP", "scheme", "(", "including", "rituximab", ",", "cyclophosphamide", ",", "doxorubicin", ",", "vincristine", "and", "prednisone", ")", ",", "entering", "complete", "response", ".", "In", "November", "2018", ",", "in", "the", "response", "re-evaluation", "study", "after", "the", "end", "of", "treatment", ",", "he", "was", "diagnosed", "by", "means", "of", "a", "new", "endoscopic", "gastric", "biopsy", "of", "transformation", "to", "LPB", ",", "with", "no", "further", "involvement", "in", "the", "extension", "study", ".", "Treatment", "was", "then", "started", "with", "etoposide", ",", "methylprednisolone", ",", "cytarabine", "and", "cisplatin", "(", "ESHAP", ")", ",", "receiving", "a", "single", "cycle", "in", "October", "followed", "by", "radiotherapy", "on", "gastric", "tumour", "volume", "with", "30", "Gy", "in", "15", "days", "in", "December", "2018", ".", "In", "December", ",", "she", "consulted", "with", "subacute", "symptoms", "of", "disorientation", ",", "motor", "aphasia", "and", "weakness", "in", "the", "lower", "limbs", "for", "two", "weeks", ",", "not", "associated", "with", "fever", ",", "headache", ",", "vomiting", "or", "any", "other", "symptoms", ",", "and", "it", "was", "decided", "at", "that", "time", "to", "admit", "her", "to", "the", "ward", "to", "study", "the", "symptoms", ".", "Physical", "examination", "Neurological", "examination", "revealed", "temporary", "disorientation", ",", "dysnomia", "and", "loss", "of", "strength", "in", "the", "lower", "limbs", ".", "No", "lymphadenopathy", "or", "palpable", "abdominal", "masses", ",", "normal", "cardiorespiratory", "auscultation", "and", "examination", "of", "the", "limbs", ".", "Complementary", "tests", "-", "Urgent", "laboratory", "tests", ":", "no", "notable", "alterations", ".", "-", "Urgent", "cranial", "CT", "scan", ":", "no", "space-occupying", "lesions", "or", "acute", "/", "subacute", "ischaemic", "lesions", ".", "Left", "frontal", "frontal", "subcortical", "hypodense", "focus", ".", "-", "PET", "/", "CT", "body", ":", "decreased", "uptake", "of", "cerebral", "cortex", "of", "the", "left", "hemisphere", ",", "especially", "in", "frontal", ",", "parietal", "and", "temporal", "areas", ",", "as", "well", "as", "thalamic", "regions", "and", "left", "basal", "ganglia", "and", "right", "cerebellar", "hemisphere", ".", "These", "alterations", "suggest", "a", "vascular", "origin", ".", "In", "addition", ",", "a", "new", "mass", "in", "contact", "with", "the", "right", "kidney", ",", "not", "visualised", "in", "previous", "follow-up", "PET", "scans", ".", "-", "Biopsy", "of", "retroperitoneal", "mass", ":", "plasmablastic", "lymphoma", "infiltration", ".", "-", "MRI", "of", "the", "brain", ":", "left", "frontal", "irregular", "lesion", "that", "does", "not", "enhance", "with", "contrast", "and", "with", "increased", "vascularisation", ",", "suggesting", "a", "neoplastic", "origin", ",", "possibly", "diffuse", "astrocytoma", ".", "Hyperintense", "punctate", "lesions", "in", "FLAIR", "and", "T2", "in", "subcortical", "white", "matter", "compatible", "with", "small", "vessel", "arteriopathy", ".", "Right", "cerebellar", "lesion", "with", "an", "encephalomalacic", "appearance", ".", "Cerebrospinal", "fluid", "study", ":", "normal", "biochemistry", ",", "Gram", "stain", "without", "microorganisms", ",", "negative", "cultures", ",", "cytometry", "with", "absence", "of", "data", "of", "infiltration", "by", "lymphoma", ",", "negative", "PCR", "herpes", "virus", "and", "varicella", "zoster", ".", "-", "Electroencephalogram", ":", "activity", "without", "abnormalities", ".", "-", "Brain", "lesion", "biopsy", ":", "changes", "compatible", "with", "progressive", "multifocal", "leukoencephalopathy", "(", "PML", ")", "with", "positivity", "for", "SV-40", "antibody", "(", "JC", "virus", ")", ".", "Perivascular", "inflammatory", "infiltrates", ",", "macrophages", "and", "oligodendroglial", "cells", "with", "atypical", "large", "nuclei", "with", "erased", "chromatin", ".", "No", "evidence", "of", "infiltration", "by", "primary", "glial", "neoplasia", "or", "lymphoma", ".", "Moderate", "nuclear", "positivity", "for", "HSV-I", "with", "granular", "pattern", ".", "-", "HIV", "serology", ":", "negative", ".", "Diagnosis", "Given", "the", "results", "of", "the", "brain", "imaging", "tests", "with", "the", "finding", "of", "a", "left", "frontal", "lesion", "that", "did", "not", "enhance", "with", "contrast", "and", "increased", "vascularisation", ",", "the", "initial", "differential", "diagnosis", "was", "considered", "to", "be", "primary", "CNS", "neoplasia", ",", "lymphoma", "and", "lesion", "of", "inflammatory", "origin", ".", "He", "was", "assessed", "by", "neurosurgery", ",", "who", "ruled", "out", "the", "need", "for", "urgent", "surgery", "and", "added", "corticosteroids", "to", "the", "treatment", "in", "descending", "doses", ",", "with", "subsequent", "improvement", "in", "symptoms", ".", "After", "presenting", "the", "case", "to", "the", "Neuroncology", "Committee", "and", "the", "progressive", "worsening", "of", "symptoms", "despite", "medium-term", "corticotherapy", ",", "it", "was", "decided", "to", "biopsy", "the", "lesion", ".", "The", "preliminary", "anatomical", "pathology", "report", "described", "a", "primary", "brain", "tumour", ",", "which", "was", "then", "assessed", "by", "medical", "oncology", ",", "with", "the", "option", "of", "astrocytoma", "vs", ".", "high-grade", "glioma", "being", "considered", ".", "Subsequently", ",", "after", "an", "exhaustive", "analysis", "of", "the", "sample", ",", "the", "lesion", "was", "confirmed", "to", "be", "infectious", "in", "origin", ",", "specifically", "PML", ";", "in", "addition", ",", "weak", "positivity", "for", "HSV-1", "was", "detected", ".", "Treatment", "Given", "the", "limited", "therapeutic", "options", "for", "non-HIV", "patients", ",", "it", "was", "decided", "to", "start", "treatment", "with", "mirtazapine", "for", "PML", "and", "acyclovir", "for", "HSV-1", "positivity", ",", "with", "progressive", "worsening", "of", "the", "patient", "'", "s", "clinical", "and", "general", "condition", ",", "and", "later", "maraviroc", "was", "added", ".", "Evolution", "The", "evolution", "was", "unfavourable", ",", "with", "a", "progressive", "worsening", "of", "the", "neurological", "symptoms", "(", "appearance", "of", "hemiplegia", ",", "facial", "paralysis", ",", "mutism", ")", ",", "onset", "of", "fever", "probably", "related", "to", "aspiration", "pneumonia", "with", "episodes", "of", "hypoxaemic", "respiratory", "failure", "and", "incoordinated", "movements", "of", "paretic", "limbs", "for", "which", "anticonvulsant", "treatment", "had", "to", "be", "added", ".", "Finally", ",", "the", "patient", "was", "discharged", "in", "February", "2019", "after", "two", "months", "of", "hospitalisation", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 36 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 29, "end": 36 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 56, "end": 64 }, { "text": "varicella zoster", "label": "SPECIES", "start": 2748, "end": 2764 }, { "text": "herpes virus", "label": "SPECIES", "start": 2731, "end": 2743 }, { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 2623, "end": 2637 }, { "text": "JC virus", "label": "SPECIES", "start": 2954, "end": 2962 }, { "text": "SV-40", "label": "SPECIES", "start": 2938, "end": 2943 }, { "text": "HSV-I", "label": "SPECIES", "start": 3193, "end": 3198 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 3224, "end": 3227 }, { "text": "HSV-1", "label": "SPECIES", "start": 4242, "end": 4247 }, { "text": "HSV-1", "label": "SPECIES", "start": 4410, "end": 4415 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 4319, "end": 4322 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4462, "end": 4469 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 4323, "end": 4331 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4904, "end": 4911 } ]

[ "Anamnesis", "32-year-old", "male", "with", "a", "history", "of", "recurrent", "cholelithiasis", ".", "No", "toxic", "habits", ".", "Laparoscopic", "cholecystectomy", ".", "No", "other", "history", ".", "He", "consulted", "the", "emergency", "department", "in", "June", "2014", "for", "a", "clinical", "picture", "of", "2", "months", "of", "progressive", "dysphagia", ",", "mainly", "for", "solids", ",", "associated", "with", "dyspnoea", "on", "exertion", "in", "the", "last", "15", "days", ".", "Physical", "examination", "ECOG", "0", ".", "Haemodynamically", "stable", ".", "Eupneic", ".", "Suprasternal", "tumour", "of", "approximately", "10", "cm", "in", "diameter", ".", "Stridor", "on", "tracheal", "auscultation", ".", "No", "plethora", "or", "clinical", "signs", "of", "superior", "vena", "cava", "syndrome", ".", "Indirect", "laryngoscopy", "performed", "in", "the", "emergency", "department", ":", "no", "alterations", ".", "Cardiac", "auscultation", ":", "normal", ".", "Pulmonary", "auscultation", ":", "scattered", "rhonchi", ".", "Abdomen", "and", "extremities", ":", "no", "alterations", ".", "Complementary", "tests", "During", "the", "study", "in", "the", "Emergency", ",", "Resuscitation", "and", "Haematology", "Departments", ":", "\"", "Chest", "X-ray", "(", "5", "/", "6", "/", "2014", ")", ":", "upper", "mediastinal", "widening", ".", "\"", "CT", "CTAP", "(", "5", "/", "6", "/", "2014", ")", ":", "cervicothoracic", "mass", "measuring", "11", "x", "16", "x", "5", "cm", ".", "It", "occupies", "the", "anterior", "mediastinum", "and", "is", "located", "below", "the", "thyroid", ",", "with", "which", "it", "is", "unrelated", ".", "The", "mass", "displaces", "and", "compresses", "the", "tracheal", "lumen", ",", "which", "has", "a", "minimum", "diameter", "of", "4", "mm", ".", "Impression", "of", "the", "superior", "vena", "cava", "with", "abundant", "venous", "collateral", "circulation", "in", "the", "paravertebral", "musculature", ".", "No", "pulmonary", "metastases", "or", "retroperitoneal", "adenopathies", "are", "demonstrated", ".", "\"", "BAG", "of", "mediastinal", "mass", "(", "5", "/", "6", "/", "2014", ")", ":", "AP", "of", "germ", "cell", "tumour", ":", "seminoma", ".", "\"", "Immunohistochemistry", "(", "IHQ", ")", ":", "-", "Oct-4", ",", "D2-40", ",", "C-Kit", "and", "PLAP", ":", "positive", "in", "tumour", "cells", ".", "-", "CD-20", "and", "CD79a", ":", "positive", "in", "B", "lymphocytes", ".", "-", "CD3", ":", "positive", "in", "the", "B", "lymphoid", "population", ".", "-", "CD30", ",", "CD138", ",", "EMA", ",", "AE1", "/", "AE3", "and", "alpha-fetoprotein", ":", "negative", ".", "With", "these", "results", ",", "he", "was", "transferred", "to", "the", "Medical", "Oncology", "Service", "on", "10", "/", "6", "/", "2014", "for", "further", "study", ":", "\"", "Testicular", "ultrasound", "(", "11", "/", "6", "/", "2014", ")", ":", "both", "testicles", "are", "homogeneous", "and", "with", "normal", "vascularisation", ".", "Simple", "2", "cm", "cyst", "in", "the", "head", "of", "the", "right", "epididymis", ".", "\"", "Functional", "respiratory", "tests", ":", "severe", "/", "very", "severe", "obstructive", "ventilatory", "pattern", "with", "amputation", "of", "the", "inspiratory", "and", "expiratory", "flow", "/", "volume", "curve", "compatible", "with", "fixed", "tracheal", "obstruction", "already", "known", "by", "CT", "scan", ".", "Bronchodilator", "test", "(", "+", ")", ".", "\"", "CBC", "(", "11", "/", "6", "/", "2014", ")", ":", "platelets", "305", ",", "000", ",", "leukocytes", "16", ",", "200", "(", "neutrophils", "13", ",", "400", ")", ",", "LDH", "653", "IU", "/", "l", ",", "glucose", ",", "urea", ",", "creatinine", ",", "sodium", ",", "potassium", "within", "normal", ".", "Alpha-fetoprotein", "(", "11", "/", "6", "/", "2014", ")", "1", ",", "431", ",", "beta-HCG", "(", "12", "/", "6", "/", "2014", ")", "901", ".", "7", ",", "uric", "acid", ",", "ferritin", ",", "folic", "acid", ",", "vitamin", "B12", ",", "beta-2", "microglobulin", ",", "thyroid", "hormones", ",", "anti-thyroid", "antibodies", "TP", "and", "anti-thyroglobulin", "antibodies", "within", "normal", "values", ".", "HBV", ",", "HCV", "and", "HIV", "serology", "negative", ".", "Coagulation", ":", "normal", ",", "fibrinogen", "509", ".", "Diagnosis", "Mixed", "mediastinal", "extragonadal", "germ", "cell", "tumour", ".", "Poor", "prognosis", "according", "to", "IGCCCG", "classification", ".", "Treatment", "With", "the", "diagnosis", "of", "mixed", "extragonadal", "germinal", "tumour", ",", "the", "first", "cycle", "of", "chemotherapy", "with", "radical", "intent", "was", "started", "according", "to", "the", "conventional", "BEP", "scheme", "(", "bleomycin", "30", "IU", "days", "1", ",", "8", ",", "15", "+", "etoposide", "100", "mg", "/", "m2", "days", "1-5", "+", "CDDP", "20", "mg", "/", "m2", "days", "1-5", "/", "21", "days", "x", "4", "cycles", ")", ".", "Treatment", "with", "allopurinol", "was", "started", "to", "prevent", "tumour", "lysis", "syndrome", ".", "Evolution", "After", "four", "cycles", ",", "a", "re-evaluation", "TAP", "CT", "scan", "was", "performed", "on", "24", "/", "9", "/", "2014", ",", "showing", "a", "partial", "response", ",", "so", "the", "case", "was", "presented", "to", "the", "thoracic", "surgery", "committee", "on", "9", "/", "10", "/", "2014", ",", "rejecting", "surgical", "treatment", "of", "the", "residual", "mediastinal", "mass", "due", "to", "the", "high", "surgical", "risk", "in", "relation", "to", "the", "suspected", "tumour", "infiltration", "at", "the", "tracheal", "level", "and", "both", "brachiocephalic", "trunks", ".", "On", "14", "/", "10", "/", "2014", "a", "PET-CT", "scan", "was", "performed", ",", "where", "it", "was", "observed", "that", "the", "anterior", "cervicothoracic", "mass", "showed", "markedly", "irregular", "metabolic", "activity", "with", "areas", "of", "absence", "of", "metabolic", "activity", "together", "with", "areas", "of", "high", "hypermetabolism", "(", "maximum", "SUV", "9", ".", "5", ")", ".", "Thus", ",", "with", "the", "diagnosis", "of", "an", "unresectable", "tumour", "with", "intense", "PET", "uptake", ",", "chemotherapy", "is", "proposed", "according", "to", "the", "TIP", "scheme", ".", "On", "16", "/", "10", "/", "2014", ",", "in", "consultation", ",", "the", "patient", "presented", "with", "an", "increase", "in", "the", "size", "of", "the", "mass", "at", "the", "supraclavicular", "level", ",", "deciding", "to", "request", "a", "second", "opinion", "at", "another", "centre", ",", "where", "the", "tumour", "was", "considered", "resectable", ".", "On", "6", "/", "11", "/", "2014", "a", "complete", "macroscopic", "resection", "was", "performed", "(", "AP", ":", "residual", "lesion", "of", "malignant", "teratoma", ",", "with", "the", "presence", "of", "areas", "of", "severe", "epithelial", "dysplasia", "and", "at", "least", "one", "limited", "focus", "of", "possible", "carcinomatous", "transformation", ".", "IHC", ":", "intense", "positivity", "for", "cytokeratin", "AE3", "/", "AE1", ".", "Ki-67", "%", "in", "the", "most", "mature", "areas", ".", "Positive", "for", "CEA", ".", "AFT", "slightly", "positive", "in", "the", "whole", "epithelium", ")", ".", "In", "the", "revision", "TAP", "CT", "scan", "after", "surgery", ",", "there", "was", "a", "significant", "decrease", "in", "the", "involvement", "of", "the", "precardiac", "anterior", "mediastinum", ",", "as", "well", "as", "in", "the", "involvement", "of", "the", "superior", "vena", "cava", ".", "Given", "that", "there", "is", "no", "residual", "viable", "germinal", "tumour", ",", "the", "patient", "does", "not", "require", "complementary", "chemotherapy", "and", "is", "currently", "under", "strict", "follow-up", "in", "our", "centre", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 26 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 2532, "end": 2535 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 2537, "end": 2540 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2545, "end": 2548 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3880, "end": 3887 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4707, "end": 4714 } ]

[ "PERSONAL", "HISTORY", ":", "32-year-old", "patient", ",", "with", "no", "known", "drug", "allergies", "or", "toxic", "habits", ".", "Psychologist", "by", "profession", ".", "No", "childhood", "history", "of", "interest", ".", "FUR", "2", "weeks", "ago", ",", "no", "history", "of", "gynaecological", "or", "previous", "miscarriages", ".", "Holocranial", "headaches", "usually", "of", "tension", "profile", ",", "although", "she", "has", "had", "a", "previous", "episode", "of", "migraine", "without", "aura", "which", "was", "studied", "in", "the", "neurology", "department", ".", "Acrocyanosis", "after", "exposure", "to", "cold", "temperatures", "for", "years", ".", "No", "raynaud", "'", "s", ".", "She", "has", "not", "travelled", "outside", "Spain", ".", "She", "stopped", "hormone", "treatment", "(", "vaginal", "ring", ")", "approximately", "3", "months", "ago", ".", "She", "takes", "regular", "laxative", "treatment", "with", "plantain", "ovata", ".", "CURRENT", "ILLNESS", ":", "She", "presents", "with", "a", "sudden", "onset", "of", "paraesthesia", "in", "the", "upper", "limb", "of", "three", "days", "'", "evolution", ",", "associated", "with", "oedema", "of", "the", "same", "limb", "in", "the", "last", "48", "hours", ".", "She", "denies", "loss", "of", "vision", "and", "eye", "pain", "with", "extreme", "movements", ".", "She", "denies", "similar", "previous", "episodes", "of", "loss", "of", "sensation", "in", "other", "limbs", ".", "She", "denies", "having", "lifted", "weights", "or", "performing", "repetitive", "movements", "with", "the", "affected", "limb", ".", "No", "autoimmune", "or", "systemic", "symptoms", ".", "No", "febrile", "syndrome", "or", "weight", "loss", ".", "No", "history", "of", "TTEV", ".", "PHYSICAL", "EXAMINATION", ":", "BEG", ",", "well", "hydrated", "and", "perfused", ".", "No", "jugular", "engorgement", ".", "Tolerates", "decubitus", "and", "conversation", ".", "MMSS", ":", "slight", "oedema", "in", "left", "upper", "limb", "with", "+", "/", "+", "+", "+", "+", "fovea", ",", "predominantly", "distal", ",", "slight", "increase", "in", "diameter", "compared", "to", "the", "contralateral", "limb", ",", "well", "perfused", "limb", "with", "radial", "pulse", "present", ".", "Proximal", "superficial", "venous", "network", "of", "the", "left", "limb", "visible", "and", "asymmetrical", "compared", "to", "the", "contralateral", "limb", ".", "Livido", "reticularis", "in", "both", "upper", "limbs", ".", "RCA", ":", "rhythmic", "tones", ",", "without", "murmurs", ",", "friction", "sounds", "or", "extratonos", ".", "CVM", "preserved", "without", "pathological", "noises", ".", "Abdomen", ":", "nondescript", ".", "MMII", ":", "no", "oedema", "or", "signs", "of", "DVT", ".", "Neurological", "examination", ":", "Hypoaesthesia", "of", "predominance", "in", "the", "hand", "and", "up", "to", "the", "middle", "third", "of", "the", "left", "humerus", ",", "the", "rest", "being", "normal", ".", "Adson", "and", "Wright", "manoeuvre", "negative", ".", "No", "Hoffmann", "'", "s", "sign", ".", "Lhermitte", "negative", ".", "COMPLEMENTARY", "TESTS", ":", "Normal", "haemocytometry", ",", "normal", "general", "biochemistry", "including", "ferritin", "and", "PCR", ".", "Vitamin", "B12", "and", "folic", "acid", "normal", ".", "Normal", "haemostasis", "except", "for", "DD", "5500", ".", "Normal", "RF", ",", "GI", "and", "complement", ".", "LUES", ",", "HIV", ",", "HBV", "and", "HCV", "negative", ".", "ANA", ",", "ANCA", ",", "ACA", "and", "AL", "negative", ".", "Chest", "X-ray", "without", "alterations", ".", "Doppler", "ultrasound", "of", "MSI", ":", "normal", ".", "Axillary", "CT", "angiography", ":", "no", "obstructive", "data", "at", "arteriovenous", "level", ".", "Cranial", "and", "cervical", "MRI", "with", "and", "without", "contrast", "normal", ".", "EVOLUTION", ":", "During", "her", "admission", "she", "was", "asymptomatic", "at", "times", ",", "with", "periods", "of", "paresthesia", "and", "minimal", "self-limited", "MSI", "oedema", ",", "mainly", "associated", "with", "movements", ".", "A", "complementary", "test", "was", "performed", "which", "led", "us", "to", "the", "diagnosis", "we", "suspected", "." ]

[ 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "PERSONAL", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 8 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 30, "end": 37 }, { "text": "Psychologist", "label": "HUMAN", "start": 85, "end": 97 }, { "text": "plantain ovata", "label": "SPECIES", "start": 607, "end": 621 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 2179, "end": 2182 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 2187, "end": 2190 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2174, "end": 2177 }, { "text": "LUES", "label": "SPECIES", "start": 2168, "end": 2172 } ]

[ "We", "present", "the", "case", "of", "a", "33-year-old", "woman", ",", "smoker", "of", "2-3", "cigarettes", "/", "day", ",", "mother", "of", "a", "healthy", "child", ",", "with", "no", "other", "medical", "or", "epidemiological", "history", "of", "interest", ",", "who", "presented", "to", "her", "health", "centre", "with", "a", "24-hour", "clinical", "course", "consisting", "of", "amnesia", "of", "recent", "events", ",", "temporospatial", "disorientation", "and", "fever", "of", "up", "to", "38", ".", "5oC", "with", "bacteraemic", "crust", ".", "She", "was", "discharged", "home", "with", "paracetamol", ",", "but", "returned", "a", "few", "hours", "later", "with", "uncontrollable", "vomiting", ",", "and", "was", "transferred", "to", "her", "local", "referral", "hospital", "with", "suspicion", "of", "acute", "meningoencephalitis", ".", "Blood", "cultures", "were", "taken", ",", "ceftriaxone", "2", "g", "intravenous", "was", "prescribed", "and", "she", "was", "referred", "to", "our", "referral", "hospital", "for", "neurological", "assessment", ".", "On", "arrival", ",", "hypotension", "of", "85", "/", "55", "mmHg", "refractory", "to", "crystalloid", "fluid", "therapy", "was", "observed", ",", "as", "well", "as", "an", "elevated", "heart", "rate", "of", "105", "beats", "per", "minute", ",", "together", "with", "elevated", "lactate", "levels", "(", "up", "to", "2", ".", "5", "mmol", "/", "l", ")", "and", "decreased", "diuresis", "rate", ",", "worsening", "level", "of", "consciousness", "(", "10", "points", "out", "of", "15", "on", "the", "Glasgow", "scale", ")", ",", "without", "meningeal", "signs", ",", "with", "few", "petechial", "lesions", "appearing", "on", "the", "arms", "and", "legs", "at", "this", "time", ".", "Cardiorespiratory", "auscultation", "and", "abdominal", "examination", "showed", "no", "pathological", "findings", ".", "Computed", "tomography", "(", "CT", ")", "of", "the", "skull", "was", "performed", ",", "which", "was", "normal", ",", "and", "lumbar", "puncture", ",", "obtaining", "cerebrospinal", "fluid", "(", "CSF", ")", "with", "125", "red", "blood", "cells", "/", "mm3", ",", "3", "leukocytes", "/", "mm3", ",", "glucose", "of", "65", "mg", "/", "dl", "(", "peripuncture", "glycaemia", "of", "77", "mg", "/", "dl", ")", "and", "protein", "of", "30", ".", "1", "mg", "/", "dl", ",", "with", "xanthochromia", "and", "gram-negative", "staining", ".", "CSF", "polymerase", "chain", "reaction", "for", "herpes", "simplex", "virus", "types", "1", "and", "2", "was", "negative", ".", "Blood", "tests", "showed", "an", "elevated", "C-reactive", "protein", "(", "CRP", ")", "of", "285", "mg", "/", "l", "and", "procalcitonin", "of", "10", "ng", "/", "ml", ",", "with", "the", "rest", "of", "the", "biochemistry", ",", "haemogram", "and", "coagulation", "being", "normal", ".", "She", "continued", "with", "intensive", "crystalloid", "infusion", ",", "and", "the", "empirical", "antibiotherapy", "started", "prior", "to", "the", "CT", "scan", "was", "maintained", "(", "meropenem", "2", "g", "every", "8", "hours", "and", "linezolid", "600", "mg", "every", "12", "hours", "intravenously", ")", ".", "In", "the", "first", "24", "hours", ",", "the", "patient", "began", "to", "improve", "until", "she", "completely", "recovered", "her", "neurological", "condition", ",", "remained", "awake", ",", "oriented", ",", "haemodynamically", "stable", "and", "recovered", "her", "diuretic", "rhythm", ".", "Progressive", "disappearance", "of", "the", "petechial", "lesions", "was", "also", "observed", ".", "Blood", "cultures", "obtained", "at", "the", "regional", "hospital", "isolated", "Neisseria", "meningitidis", ",", "and", "the", "family", "members", "were", "questioned", "and", "reported", "three", "episodes", "of", "meningococcal", "meningitis", "in", "the", "family", "with", "sepsis", "criteria", "(", "specifically", "in", "a", "brother", ",", "the", "mother", "and", "a", "maternal", "aunt", ")", ",", "all", "of", "which", "had", "a", "satisfactory", "outcome", ";", "and", "one", "sister", "had", "a", "history", "of", "repeated", "respiratory", "and", "otorhinolaryngological", "infections", ".", "Differential", "diagnosis", "At", "the", "time", "of", "admission", ",", "a", "differential", "diagnosis", "was", "made", "based", "on", "the", "family", "history", "of", "meningococcal", "infections", ".", "In", "view", "of", "this", "circumstance", ",", "we", "decided", "to", "rule", "out", "a", "possible", "underlying", "familial", "immunodeficiency", ",", "including", "the", "following", ":", "-", "Common", "variable", "immunodeficiency", "-", "X-linked", "agammaglobulinemia", "-", "Hyper-IgM", "syndrome", "-", "Selective", "antibody", "deficiency", "-", "Asplenia", "-", "Deficiency", "of", "IgG", "subclasses", "-", "Complement", "factor", "deficiency", "Evolution", "The", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "Infectious", "Diseases", "Unit", "of", "our", "hospital", "to", "continue", "treatment", "with", "ceftriaxone", "(", "2", "g", "intravenously", "every", "12", "hours", ")", "and", "a", "study", "of", "primary", "humoral", "immunodeficiency", ".", "During", "the", "first", "days", "of", "admission", ",", "he", "developed", "respiratory", "distress", "associated", "with", "bibasal", "pleural", "effusion", ",", "which", "improved", "within", "48", "hours", "with", "bronchodilator", "treatment", ",", "corticosteroids", ",", "diuretics", ",", "oxygen", "therapy", "and", "continued", "antibiotic", "therapy", "with", "ceftriaxone", ".", "The", "possibility", "of", "a", "possible", "superimposed", "respiratory", "infection", "was", "considered", ",", "but", "no", "causal", "microorganisms", "other", "than", "N", ".", "meningitidis", "were", "isolated", ",", "this", "bacterium", "being", "a", "recognised", "cause", "of", "respiratory", "infection", ",", "so", "antibiotic", "treatment", "was", "not", "modified", ".", "During", "his", "stay", "on", "the", "ward", ",", "an", "extensive", "study", "was", "performed", ",", "including", "a", "thoracoabdominal", "CT", "scan", ",", "which", "ruled", "out", "neoplastic", "lesions", "or", "the", "absence", "of", "spleen", ",", "showing", "only", "the", "presence", "of", "moderate", "pleural", "effusion", "and", "passive", "atelectasis", "in", "both", "lower", "lobes", ".", "HIV", ",", "HBV", ",", "HCV", "and", "cytomegalovirus", "serologies", "were", "negative", ".", "The", "interferon-gamma", "release", "assay", "(", "IGRA", ")", "for", "Mycobacterium", "tuberculosis", "was", "negative", ".", "Immunoglobulin", "levels", "IgA", ",", "IgM", ",", "IgG", ",", "IgD", "and", "IgE", "were", "in", "the", "normal", "range", ",", "with", "low", "values", "for", "IgG2", "(", "146", "mg", "/", "dl", ",", "for", "a", "normal", "value", "of", "241-700", "mg", "/", "dl", ")", "and", "normal", "values", "for", "the", "other", "subclasses", ".", "The", "proteinogram", "showed", "no", "relevant", "findings", ".", "Lymphocyte", "subpopulations", "were", "normal", ".", "Serum", "properdin", "study", "gave", "a", "value", "of", "27", "mg", "/", "dL", "(", "within", "normal", "range", ")", ".", "Complement", "analysis", "revealed", "complement", "50", "%", "(", "CH50", ")", "less", "than", "10", "U", "/", "ml", "(", "normal", "values", "31", ".", "6", "to", "57", ".", "6", "U", "/", "ml", ")", ",", "with", "C5", "levels", "of", "4", ".", "08", "mg", "/", "dL", "(", "normal", "values", "7", "to", "18", "mg", "/", "dL", ")", ".", "C1q", "had", "levels", "of", "218", "mg", "/", "dl", "(", "normal", "values", "10", "to", "25", "mg", "/", "dl", ")", ".", "All", "other", "complement", "factors", "(", "C2", "to", "C9", ")", "were", "normal", ".", "The", "patient", "was", "discharged", "one", "week", "later", ",", "having", "normalised", "all", "the", "analytical", "alterations", ",", "normalised", "the", "acute", "phase", "reactants", "and", "disappeared", "both", "systemic", "and", "respiratory", "symptoms", ",", "and", "the", "antibiotic", "treatment", "could", "be", "de-escalated", "to", "oral", "amoxicillin", "(", "1", ",", "000", "mg", "every", "8", "hours", ")", "for", "7", "more", "days", ",", "to", "complete", "a", "14-day", "regimen", ".", "She", "was", "referred", "to", "the", "outpatient", "clinic", "for", "follow-up", ",", "and", "was", "scheduled", "for", "an", "immunisation", "programme", "with", "meningococcal", "A", ",", "C", "and", "W", "vaccines", ";", "meningococcal", "B", ";", "Haemophilus", "influenzae", "serotype", "B", ";", "influenza", ";", "and", "pneumococcal", "conjugate", "vaccine", "with", "13", "serotypes", "and", "pneumococcal", "polysaccharide", "vaccine", "with", "23", "serotypes", ".", "Six", "months", "later", ",", "the", "patient", "was", "stable", "and", "had", "no", "new", "infectious", "episodes", ".", "The", "rest", "of", "her", "first-degree", "relatives", "were", "called", "for", "complement", "levels", ",", "and", "the", "same", "vaccination", "schedule", "was", "applied", ".", "Final", "diagnosis", "Septic", "shock", "secondary", "to", "meningococcaemia", ".", "Possible", "central", "nervous", "system", "infection", "\"", "decapitated", "\"", "after", "24", "hours", "of", "antibiotic", "treatment", ".", "Primary", "immunodeficiency", "due", "to", "congenital", "complement", "factor", "5", "deficiency", ",", "coupled", "with", "possible", "IgG2", "deficiency", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 74, "end": 80 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 37, "end": 42 }, { "text": "child", "label": "HUMAN", "start": 94, "end": 99 }, { "text": "Neisseria meningitidis", "label": "SPECIES", "start": 2291, "end": 2313 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 2323, "end": 2329 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 2417, "end": 2423 }, { "text": "sister", "label": "HUMAN", "start": 2555, "end": 2561 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 2477, "end": 2483 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1994, "end": 2001 }, { "text": "maternal aunt", "label": "HUMAN", "start": 2490, "end": 2503 }, { "text": "herpes simplex virus types 1", "label": "SPECIES", "start": 1535, "end": 1563 }, { "text": "herpes simplex virus types 1 and 2", "label": "SPECIES", "start": 1535, "end": 1569 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 2736, "end": 2742 }, { "text": "Haemophilus influenzae serotype B", "label": "SPECIES", "start": 5358, "end": 5391 }, { "text": "meningococcal B", "label": "SPECIES", "start": 5341, "end": 5356 }, { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 3668, "end": 3682 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3113, "end": 3120 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4871, "end": 4878 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5538, "end": 5545 }, { "text": "vaccine", "label": "SPECIES", "start": 5431, "end": 5438 }, { "text": "vaccine", "label": "SPECIES", "start": 5489, "end": 5496 }, { "text": "vaccination", "label": "SPECIES", "start": 5680, "end": 5691 }, { "text": "vaccines", "label": "SPECIES", "start": 5331, "end": 5339 }, { "text": "N. meningitidis", "label": "SPECIES", "start": 3694, "end": 3709 }, { "text": "influenza", "label": "SPECIES", "start": 5393, "end": 5402 }, { "text": "pneumococcal", "label": "SPECIES", "start": 5408, "end": 5420 }, { "text": "pneumococcal", "label": "SPECIES", "start": 5461, "end": 5473 } ]

[ "A", "31-year-old", "Nigerian", "male", "was", "referred", "to", "the", "emergency", "department", "for", "abdominal", "pain", "and", "vomiting", ".", "No", "abnormal", "blood", "or", "urine", "tests", ".", "Abdominal", "CT", "scan", "with", "IV", "contrast", "showed", "dilatation", "of", "some", "ileal", "loops", "and", "colon", "with", "liquid", "content", ",", "and", "mild", "thickening", "of", "the", "wall", "of", "the", "terminal", "ileum", "with", "an", "inflammatory", "appearance", ".", "Intraluminal", "structures", "are", "identified", "in", "FID", ",", "vermiform", ",", "partially", "coiled", ".", "Suspecting", "the", "presence", "of", "roundworms", ",", "abdominal", "ultrasound", "was", "performed", ",", "confirming", "curvilinear", "structures", "with", "parallel", "echogenic", "walls", "and", "a", "hypoechoic", "tubular", "centre", "compatible", "with", "Ascaris", "Lumbricoides", ".", "A", "stool", "parasite", "study", "was", "requested", "and", "the", "patient", "was", "treated", "with", "Mebendazole", "100mg", "every", "12", "hours", "for", "3", "days", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 23, "end": 27 }, { "text": "parasite", "label": "SPECIES", "start": 620, "end": 628 }, { "text": "Ascaris Lumbricoides", "label": "SPECIES", "start": 590, "end": 610 } ]

[ "Anamnesis", "74-year-old", "male", "with", "no", "known", "drug", "allergies", ",", "ex-smoker", "of", "40", "pack-years", "and", "moderate", "alcohol", "consumption", ",", "with", "a", "history", "of", "dyslipidaemia", ",", "arterial", "hypertension", ",", "type", "2", "diabetes", "mellitus", ",", "COPD", "GOLD", "C", "and", "ischaemic", "stroke", "in", "April", "2016", "without", "sequelae", ".", "Diagnosed", "in", "2012", "with", "multiple", "myeloma", "Ig", "G", "Kappa", "ISS", "II", ",", "for", "which", "he", "received", "treatment", "with", "a", "scheme", "based", "on", "lenalidomide", ",", "dexamethasone", "and", "elotuzumab", "in", "a", "phase", "3", "clinical", "trial", ",", "achieving", "a", "complete", "response", "after", "three", "months", ",", "maintained", "in", "controls", ".", "As", "a", "consequence", "of", "the", "myeloma", "he", "developed", "stage", "3A", "chronic", "renal", "failure", ".", "She", "receives", "medical", "treatment", "with", "statins", ",", "oral", "antidiabetics", ",", "ACE", "inhibitors", "and", "bronchodilators", ".", "Non-hematological", "oncological", "history", "The", "patient", "was", "diagnosed", "in", "August", "2017", "with", "a", "TTF-1", "positive", "lung", "adenocarcinoma", "treated", "by", "left", "lower", "lobectomy", "resulting", "in", "a", "pT1a", "(", "1", "cm", ")", "N0", "(", "0", "/", "5", ")", "M0", ",", "according", "to", "the", "8th", "AJCC1", "classification", ",", "ALK", "translocated", "and", "tributary", "to", "controls", ".", "In", "the", "control", "chest", "CT", "scan", "(", "June", "2018", ")", ",", "suspicious", "lymphadenopathies", "are", "described", "at", "the", "retro-oesophageal", "and", "right", "paratracheal", "level", ",", "the", "cytology", "of", "the", "latter", "being", "positive", "for", "undifferentiated", "carcinoma", ",", "CK7", "positive", ",", "TTF-1", "negative", ",", "ALK", "not", "translocated", ".", "The", "study", "was", "completed", "with", "PET-CT", "scan", ",", "which", "also", "showed", "a", "lymphadenopathy", "at", "the", "right", "supraclavicular", "level", "suggestive", "of", "tumour", "infiltration", ".", "With", "these", "results", ",", "it", "was", "classified", "as", "a", "second", "primary", "N3", "without", "T", "(", "cTxN3M0", ")", "requiring", "chemoradiotherapy", "(", "QT-RT", ")", "with", "radical", "intent", ":", "QT", "with", "carboplatin", "+", "vinorelbine", "concomitant", "with", "RT", "(", "IMRT", ")", "from", "the", "2nd", "cycle", ",", "completing", "a", "total", "of", "3", "cycles", "of", "QT", "and", "64", ".", "8", "Gy", ".", "The", "PET-CT", "scan", "for", "response", "assessment", "showed", "a", "morphometabolic", "partial", "response", "(", "PR", ")", "at", "the", "adenopathic", "level", ",", "but", "a", "level", "IIb", "uptake", "in", "the", "right", "palatine", "tonsil", "with", "ipsilateral", "laterocervical", "adenopathy", "was", "reported", ",", "both", "suspicious", "of", "malignancy", ".", "It", "was", "then", "suggested", "that", "the", "primary", "tumour", ",", "so", "far", "unknown", ",", "could", "be", "tonsillar", "and", "after", "discussion", "in", "both", "multidisciplinary", "committees", "(", "thorax", "and", "ENT", ")", "it", "was", "considered", "a", "candidate", "for", "diagnostic", "/", "therapeutic", "right", "tonsillectomy", ",", "treatment", "which", "was", "carried", "out", "in", "December", "2018", ".", "The", "pathology", "report", "describes", "a", "2", "cm", "undifferentiated", "carcinoma", ",", "HPV", ",", "TTF-1", "and", "ALK", "negative", ",", "CK7", ",", "AE1", "/", "AE3", "and", "p16", "positive", "with", "a", "Ki67", "of", "90", "%", ";", "with", "similar", "characteristics", "to", "those", "described", "in", "the", "previous", "adenopathic", "cytology", ".", "Controls", "were", "decided", "and", "the", "PET-CT", "scan", "of", "February", "2018", "showed", "disappearance", "of", "the", "level", "IIb", "adenopathy", "with", "stability", "of", "the", "rest", "of", "the", "adenopathies", "(", "maintained", "RP", ")", "with", "no", "new", "suspicious", "uptake", ",", "except", "for", "\"", "physiological", "\"", "uptake", "in", "the", "small", "intestine", "in", "the", "context", "of", "treatment", "with", "metformin", ".", "Current", "disease", "In", "February", "2019", ",", "the", "patient", "consulted", "the", "emergency", "department", "for", "melena", ",", "with", "marked", "anaemia", "(", "Hb", "66g", "/", "dl", ")", ",", "alteration", "of", "the", "liver", "profile", ",", "severe", "hypoalbuminaemia", "and", "worsening", "renal", "function", ".", "The", "patient", "explained", "a", "toxic", "syndrome", "of", "one", "month", "'", "s", "evolution", ".", "He", "was", "admitted", "to", "the", "Medical", "Oncology", "ward", "for", "further", "investigation", ".", "Physical", "examination", "Conscious", "and", "oriented", "in", "all", "three", "spheres", ".", "No", "heart", "murmurs", "and", "rhythmic", "tones", ".", "No", "added", "noises", "in", "the", "lung", "fields", ".", "No", "oedema", "in", "the", "extremities", ".", "The", "abdomen", "is", "soft", "and", "depressible", ",", "and", "there", "are", "no", "masses", "or", "megaliths", ".", "No", "neurological", "focality", "on", "admission", "to", "the", "ward", ".", "Complementary", "tests", "\"", "Laboratory", "tests", "(", "08", "/", "02", "/", "2019", ")", ":", "Hb", "66g", "/", "l", ",", "MCV", "88", "(", "normochromic", "normocytic", "anaemia", ")", ",", "glomerular", "filtration", "rate", "of", "35", "ml", "/", "min", "/", "1", ".", "73m2", ",", "AST", "62", "IU", "/", "l", ",", "ALT", "118", "IU", "/", "l", ",", "FA", "151", "IU", "/", "l", ",", "GGT", "121", "U", "/", "l", "with", "normal", "bilirubin", ".", "Severe", "hypoalbuminaemia", "of", "15", ".", "8g", "/", "l", ".", "Leukocytosis", "with", "neutrophilia", ".", "\"", "Bone", "marrow", "aspirate", "(", "07", "/", "02", "/", "2019", ")", ":", "iron", "deficient", "erythropoiesis", "with", "no", "other", "findings", ".", "\"", "Colonoscopy", "(", "20", "/", "2", "/", "2019", ")", ":", "3-4", "cm", "adenomatous", "lesion", ",", "pale", ",", "at", "ileocecal", "level", "which", "is", "resected", ".", "No", "other", "findings", ".", "Pathological", "anatomy", ":", "mucosal", "fragments", "showing", "infiltration", "by", "poorly", "differentiated", "carcinoma", "with", "the", "same", "pathological", "features", "as", "the", "previous", "lesions", ".", "\"", "Angio-CT", "scan", "(", "21", "/", "02", "/", "2019", ")", ":", "the", "presence", "of", "multiple", "hyperdense", "images", "with", "a", "nodular", "appearance", "located", "inside", "the", "ileal", "loops", "and", "which", "could", "correspond", "to", "intraluminal", "implants", "is", "noteworthy", ".", "There", "is", "a", "2", "cm", "adenopathic", "lesion", "in", "the", "left", "para-aortic", "region", "and", "mesenteric", "adenopathic", "lesions", ".", "At", "the", "splenic", "level", ",", "there", "is", "a", "2", "cm", "nodular", "lesion", "in", "the", "anterior", "splenic", "pole", "not", "present", "in", "previous", "CT", "scans", ".", "Diagnosis", "\"", "Undifferentiated", "carcinoma", "of", "unknown", "primary", "with", "supra", "-", "and", "infradiaphragmatic", ",", "tonsillar", ",", "splenic", "and", "intraluminal", "(", "Peyer", "'", "s", "plaques", ")", "adenopathic", "dissemination", "in", "the", "small", "intestine", ".", "\"", "Gastrointestinal", "bleeding", "secondary", "to", "endoluminal", "tumour", "lesions", ".", "Treatment", "Symptomatic", "management", "with", "red", "blood", "cell", "transfusion", "according", "to", "requirements", "(", "~", "48", "h", ")", "and", "hyperproteic", "intake", "without", "improvement", "of", "the", "parameters", "or", "cessation", "of", "gastrointestinal", "bleeding", ".", "Evolution", "The", "patient", "required", "a", "progressive", "increase", "in", "transfusion", "support", "and", "developed", "severe", "hypoalbuminaemia", ",", "triggering", "secondary", "anasarca", ".", "The", "case", "was", "assessed", "as", "an", "undifferentiated", "carcinoma", "of", "unknown", "origin", "with", "exclusive", "involvement", "of", "lymphoid", "tissues", ",", "gastrointestinal", "bleeding", "secondary", "to", "intestinal", "implants", "with", "no", "possibility", "of", "local", "treatment", "(", "endoscopic", ",", "surgical", "or", "interventional", "radiology", ")", "due", "to", "its", "extension", "and", "distant", "involvement", ".", "The", "patient", "had", "a", "torpid", "evolution", "and", "consequently", "died", "in", "March", "2019", ".", "After", "the", "consent", "of", "his", "family", ",", "an", "autopsy", "was", "performed", "and", "reported", "the", "presence", "of", ">", "100", "polypoid", "lesions", "distributed", "throughout", "the", "small", "intestine", "and", "two", "polypoid", "lesions", "in", "the", "gastric", "body", ",", "confirming", "the", "splenic", "lesion", "and", "multiple", "supra", "-", "and", "infradiaphragmatic", "adenopathies", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 26 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 746, "end": 753 }, { "text": "HPV", "label": "SPECIES", "start": 2271, "end": 2274 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2778, "end": 2785 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2957, "end": 2964 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 5491, "end": 5497 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4945, "end": 4952 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5398, "end": 5405 } ]

[ "A", "57-year-old", "immunocompetent", "woman", "attended", "the", "emergency", "department", "for", "ocular", "discomfort", "and", "bilateral", "visual", "impairment", ".", "On", "examination", ",", "visual", "acuity", "(", "VA", ")", "was", "0", ".", "125", "in", "the", "right", "eye", "(", "OD", ")", "and", "0", ".", "2", "in", "the", "left", "eye", "(", "OI", ")", ".", "Biomicroscopy", "showed", "keratitis", "with", "endothelial", "folds", "and", "posterior", "synechiae", "in", "both", "eyes", "(", "AO", ")", ",", "1", "+", "cells", "in", "the", "anterior", "chamber", "(", "AC", ")", ".", "Ocular", "tension", "was", "normal", "in", "AO", ".", "Fundus", "examination", "(", "FO", ")", "showed", "intense", "bilateral", "vitritis", ",", "suspecting", "the", "presence", "of", "vasculitis", ".", "Topical", "treatment", "was", "prescribed", "with", "dexamethasone", ",", "trobramycin", "and", "atropine", "eye", "drops", ".", "After", "48", "hours", ",", "vision", "decreased", "to", "hand", "movement", "in", "AO", "with", "more", "intense", "vitritis", ".", "Hospital", "admission", "and", "treatment", "with", "topical", "dexamethasone", "(", "90", "drops", ")", ",", "intravenous", "methylprednisolone", "(", "40", "mg", "every", "12", "h", ")", "and", "Ciprofloxacin", "(", "200", "mg", "every", "12", "h", ")", "was", "decided", ".", "A", "slight", "improvement", ",", "after", "7", "days", ",", "in", "the", "inflammation", "of", "the", "anterior", "pole", "and", "the", "rupture", "of", "synechiae", "allowed", "a", "better", "view", "of", "the", "FO", "by", "observing", "vitreous", "turbidity", "and", "foci", "of", "chorioretinitis", "in", "the", "posterior", "pole", ".", "Infectious", "serology", "was", "positive", "for", "syphilis", ",", "HAART", "+", "(", "1", "/", "320", ")", "with", "no", "other", "analytical", "findings", ".", "Imaging", "tests", ",", "magnetic", "resonance", "imaging", "of", "the", "skull", "and", "orbits", "and", "chest", "X-ray", "were", "unaltered", ".", "In", "the", "more", "detailed", "anamnesis", "the", "patient", "reported", "a", "gynaecological", "infection", "that", "could", "be", "compatible", "with", "syphilitic", "chancroid", "35", "years", "ago", ".", "Because", "of", "the", "possibility", "of", "neurological", "syphilis", ",", "a", "CSF", "puncture", "was", "performed", ",", "which", "was", "found", "to", "be", "normal", ".", "After", "repeating", "the", "serology", ",", "being", "the", "TPHA", "+", "(", "1", "/", "640", ")", "with", "Total", "Ac", "+", "for", "Lues", ",", "it", "was", "decided", "to", "treat", "with", "Penicillin", "G", "Benzathine", "2", ".", "4", "million", "I", ".", "U", ".", "intramuscularly", "every", "week", "for", "3", "weeks", ",", "in", "addition", "to", "topical", "and", "general", "corticosteroids", "in", "a", "descending", "pattern", ".", "The", "clinical", "evolution", "was", "favourable", ",", "improving", "visual", "acuity", "to", "0", ".", "1", "in", "OD", "and", "0", ".", "3", "in", "OI", "after", "the", "first", "injection", ".", "VA", "continued", "to", "improve", ",", "although", "with", "significant", "visual", "field", "(", "VF", ")", "impairment", "and", "decreased", "generalised", "and", "bilateral", "sensitivity", ".", "In", "subsequent", "reviews", ",", "the", "chorioretinitis", "foci", "were", "better", "observed", ",", "with", "hyperfluorescent", "areas", "in", "early", "stages", "in", "fluorescein", "angiography", "(", "FAG", ")", ",", "which", "are", "maintained", "in", "later", "stages", "and", "correspond", "to", "hypofluorescence", "with", "indocyanine", "green", "(", "ICG", ")", "in", "intermediate", "and", "late", "phases", "in", "relation", "to", "possible", "choroidal", "granulomas", ",", "which", "will", "subsequently", "heal", ",", "leaving", "atrophy", "of", "the", "pigment", "epithelium", ".", "At", "3", "months", "the", "VA", "in", "OD", "was", "0", ".", "8", "and", "unity", "in", "OI", ",", "remaining", "the", "same", "at", "6", ",", "12", "and", "24", "months", "of", "evolution", ",", "with", "scattered", "chorioretinal", "atrophy", "foci", "without", "signs", "of", "activity", "in", "vitreous", "and", "with", "a", "normal", "CV", "in", "AO", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 30, "end": 35 }, { "text": "HAART", "label": "SPECIES", "start": 1106, "end": 1111 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 1096, "end": 1104 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1291, "end": 1298 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 1444, "end": 1452 }, { "text": "Lues", "label": "SPECIES", "start": 1590, "end": 1594 }, { "text": "TPHA", "label": "SPECIES", "start": 1555, "end": 1559 } ]

[ "We", "present", "the", "case", "of", "a", "63-year-old", "male", ",", "with", "no", "personal", "history", "of", "interest", ",", "who", "came", "to", "the", "emergency", "department", "after", "receiving", "multiple", "hymenoptera", "(", "wasp", ")", "stings", ".", "The", "patient", "was", "in", "good", "general", "condition", ",", "with", "BP", "132", "/", "88", "mmHg", ",", "heart", "rate", "99", "bpm", "and", "pulse", "oximetry", "94", "%", ".", "Multiple", "papules", ",", "vesicles", "and", "pustules", "were", "seen", "on", "the", "skin", "in", "the", "thoracic", "region", ",", "dorsal", "region", ",", "upper", "limbs", "and", "head", ",", "some", "with", "signs", "of", "superinfection", ".", "There", "was", "no", "uvula", "or", "pharyngeal", "oedema", ".", "Cardiac", "and", "pulmonary", "auscultation", "was", "normal", ",", "examination", "of", "the", "abdomen", "was", "normal", ",", "as", "were", "the", "lower", "limbs", ".", "Complementary", "tests", ":", "electrocardiogram", ":", "RS", "at", "100", "bpm", ".", "CBC", ":", "leukocytes", "23", ".", "9", "mil", "/", "mm", ",", "neutrophils", "9", ".", "6", "%", ",", "Hb", "16", ".", "6", "g", "/", "dl", ",", "Hto", "48", ".", "3", "%", ",", "platelets", "226", "mill", "/", "mm3", ".", "Coagulation", ":", "prothrombin", "activity", "100", "%", ",", "TPTA", "80", ".", "5", "sec", ".", "Biochemistry", ":", "renal", "and", "hepatic", "parameters", "normal", ",", "LDH", "529", "IU", "/", "L", ",", "CK", "462", "IU", "/", "L", ",", "GOT", "(", "AST", ")", "73", "IU", "/", "L", ",", "GPT", "(", "ALT", ")", "31", "IU", "/", "L", ",", "CRP", "0", ".", "4", "mg", "/", "L", ",", "myoglobin", "526", "ng", "/", "mL", ".", "Evolution", ":", "The", "patient", "remained", "in", "the", "observation", "room", ",", "monitored", "with", "control", "of", "vitals", "and", "diuresis", ".", "Treatment", "was", "started", "with", ":", "hydrocortisone", "90", "mg", "IV", ",", "dexchlorpheniramine", "1", "amp", "IV", ",", "tetanus", "toxoid", "0", ".", "5", "cc", "IM", ",", "amoxicillin-clavulanic", "acid", "1", "g", "every", "8", "hours", "IV", "and", "500", "cc", "SF", "0", ".", "9", "%", "IV", "every", "3", "hours", ".", "Control", "analyses", "were", "carried", "out", "every", "6", "hours", ",", "observing", "a", "progressive", "increase", "in", "CK", "and", "myoglobin", "levels", ",", "with", "renal", "function", "remaining", "stable", ",", "reaching", "maximum", "CK", "levels", "of", "4", ",", "629", "IU", "/", "L", "and", "myoglobin", "of", "1", ",", "387", "ng", "/", "ml", "24", "hours", "after", "the", "incident", ",", "and", "then", "decreasing", "and", "being", "discharged", ".", "Result", ":", "Rhabdomyolysis", "secondary", "to", "multiple", "stings", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 174, "end": 181 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 51, "end": 59 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 37, "end": 41 }, { "text": "hymenoptera", "label": "SPECIES", "start": 143, "end": 154 }, { "text": "wasp", "label": "SPECIES", "start": 156, "end": 160 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 958, "end": 965 } ]

[ "We", "present", "the", "case", "of", "a", "59-year-old", "male", "patient", "with", "a", "personal", "history", "of", "known", "HIV", "infection", "category", "C-3", "since", "January", "2001", "(", "Nadir", "CD4", "of", "2", "cells", "/", "mm3", ",", "baseline", "viraemia", "of", "85", ",", "000", "copies", "/", "mL", ",", "P", ".", "jiroveci", "pneumonia", ",", "progressive", "multifocal", "leukoencephalopathy", ")", ",", "chronic", "hepatitis", "due", "to", "HCV", "treated", "and", "cured", ",", "hypertension", "and", "dyslipidaemia", ".", "He", "is", "currently", "on", "antiretroviral", "treatment", "with", "tenofovir", ",", "emtricitabine", ",", "darunavir", "and", "cobiscitat", ".", "The", "patient", "presented", "to", "the", "internal", "medicine", "department", "for", "progressive", "abdominal", "distension", "of", "two", "months", "'", "duration", ",", "accompanied", "by", "intermittent", "febrile", "fever", "and", "an", "early", "sensation", "of", "fullness", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "a", "glomerular", "sedimentation", "rate", "of", "30", "mm", ",", "creatinine", "1", ".", "17", "mg", "/", "dL", ",", "total", "protein", "6", ".", "4", "g", "/", "dL", ",", "calcium", "corrected", "with", "albumin", "9", ".", "6", "mg", "/", "dL", ",", "aspartate", "aminotransferase", "25", "U", "/", "L", ",", "alanine", "aminotransferase", "19", "U", "/", "L", ",", "gamma", "glutamyl", "transferase", "18", "U", "/", "L", ",", "alkaline", "phosphatase", "142", "U", "/", "L", "and", "C-reactive", "protein", "109", "mg", "/", "L", ".", "The", "immunomicrobiology", "study", "showed", "CD4", "217", "cells", "/", "mm3", "and", "undetectable", "plasma", "HIV", "RNA", "viral", "load", ".", "The", "imaging", "tests", "performed", "are", "shown", "below", ":", "The", "patient", "was", "therefore", "diagnosed", "with", "hepatic", ",", "splenic", "and", "renal", "granulomatosis", "probably", "secondary", "to", "P", ".", "jiroveci", "infection", ",", "an", "entity", "described", "in", "immunocompromised", "patients", ".", "In", "patients", "with", "HIV", "infection", ",", "reviewing", "the", "literature", ",", "the", "infectious", "aetiologies", "most", "frequently", "associated", "with", "the", "presence", "of", "hepatic", "granulomas", "are", ":", "M", ".", "tuberculosis", ",", "MAC", ",", "Cryptococcus", "neoformans", ",", "cytomegalovirus", ",", "P", ".", "jiroveci", ",", "histoplasmosis", "and", "toxoplasmosis1", ".", "Empirical", "corticosteroid", "treatment", "was", "started", "at", "low", "doses", "and", "the", "patient", "evolved", "favourably", "with", "biochemical", "response", ",", "clinical", "improvement", "with", "disappearance", "of", "the", "febrile", "fever", "and", "cessation", "of", "abdominal", "distension", "together", "with", "a", "decrease", "in", "the", "size", "of", "most", "of", "the", "existing", "granulomas", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 287, "end": 290 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 83, "end": 86 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1039, "end": 1042 }, { "text": "antiretroviral", "label": "SPECIES", "start": 361, "end": 375 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 42, "end": 49 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 447, "end": 454 }, { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 37, "end": 49 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 57, "end": 65 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 1047, "end": 1052 }, { "text": "viraemia", "label": "SPECIES", "start": 165, "end": 173 }, { "text": "P.jiroveci", "label": "SPECIES", "start": 195, "end": 205 }, { "text": "Cryptococcus neoformans", "label": "SPECIES", "start": 1460, "end": 1483 }, { "text": "M.tuberculosis", "label": "SPECIES", "start": 1439, "end": 1453 }, { "text": "MAC", "label": "SPECIES", "start": 1455, "end": 1458 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1299, "end": 1302 }, { "text": "cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 1485, "end": 1500 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1108, "end": 1115 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1617, "end": 1624 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 1272, "end": 1280 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 1285, "end": 1293 }, { "text": "P.jiroveci", "label": "SPECIES", "start": 1209, "end": 1219 }, { "text": "P.jiroveci", "label": "SPECIES", "start": 1502, "end": 1512 }, { "text": "histoplasmosis", "label": "SPECIES", "start": 1514, "end": 1528 } ]

[ "", "A", "32-year-old", "otherwise", "healthy", "man", "presented", "with", "acute", "binocular", "horizontal", "diplopia", "on", "awakening", "after", "3", "days", "of", "progressive", "respiratory", "symptoms", ".", "He", "reported", "no", "pain", "with", "eye", "movement", "and", "no", "other", "neurological", "symptoms", "such", "as", "weakness", ",", "gait", "abnormalities", ",", "paraesthesia", "or", "anosmia", ".", "Over", "the", "following", "week", ",", "his", "respiratory", "symptoms", "worsened", ",", "and", "he", "was", "hospitalised", "for", "acute", "hypoxaemic", "respiratory", "failure", "after", "testing", "positive", "for", "COVID-19", ".", "He", "followed", "a", "5-day", "course", "of", "hydroxychloroquine", "and", "oxygen", "therapy", ";", "his", "respiratory", "symptoms", "subsided", "over", "the", "next", "three", "weeks", ".", "At", "the", "time", "of", "ophthalmological", "evaluation", "at", "Bascom", "Palmer", "Eye", "Institute", ",", "5", "weeks", "after", "the", "onset", "of", "diplopia", ",", "he", "reported", "no", "change", "in", "double", "vision", ".", "On", "examination", ",", "his", "best", "corrected", "visual", "acuity", "was", "20", "/", "20", "in", "each", "eye", ".", "Intraocular", "pressure", "was", "normal", "and", "there", "was", "no", "afferent", "pupillary", "defect", ".", "Ocular", "motility", "examination", "revealed", "left", "esotropia", "of", "35Δ", "in", "primary", "gaze", ",", "4Δ", "in", "right", "gaze", "and", "60Δ", "in", "left", "gaze", ".", "There", "was", "complete", "limitation", "of", "abduction", "in", "the", "left", "eye", ",", "consistent", "with", "a", "diagnosis", "of", "left", "ocular", "motor", "nerve", "palsy", ".", "Examination", "of", "the", "optic", "nerve", "was", "irrelevant", ".", "There", "was", "no", "hypoaesthesia", "in", "the", "ophthalmic", "or", "maxillary", "divisions", "of", "the", "trigeminal", "nerve", ".", "MRI", "was", "performed", "and", "revealed", "atrophy", "of", "the", "left", "external", "rectus", "muscle", ",", "hyperintense", "on", "T2", ".", "The", "patient", "was", "prescribed", "monocular", "occlusion", "for", "relief", "of", "diplopia", "and", "was", "scheduled", "for", "a", "follow-up", "visit", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 33, "end": 36 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1355, "end": 1362 } ]

[ "", "sA", "55-year-old", "woman", "with", "a", "history", "of", "asthma", ",", "hypertension", ",", "hyperlipidaemia", "and", "type", "II", "diabetes", "mellitus", "presented", "to", "the", "emergency", "department", "with", "fever", ",", "cough", ",", "dyspnoea", "and", "weakness", "of", "about", "2", ".", "5", "weeks", "'", "evolution", ".", "2", ".", "5", "weeks", "of", "evolution", ".", "His", "primary", "care", "physician", "had", "prescribed", "azithromycin", ",", "amoxicillin", "/", "clavulanate", "and", "levofloxacin", ",", "and", "he", "came", "to", "our", "ED", "from", "home", ".", "His", "vital", "signs", "on", "admission", "were", "T", "39", ".", "4", "°", "C", ",", "pulse", "111", "bpm", ",", "blood", "pressure", "115", "/", "73", "mmHg", ",", "respiratory", "rate", "27", ",", "with", "SpO2", "of", "92", "%", "and", "PaO2", "of", "51", "mmHg", "on", "room", "air", ".", "A", "chest", "X-ray", "showed", "bilateral", "patchy", "infiltrates", "in", "both", "lungs", ".", "She", "was", "given", "oxygen", "therapy", "via", "nasal", "cannula", "and", "taken", "to", "the", "ward", "for", "observation", ".", "On", "day", "4", "of", "hospitalisation", "she", "developed", "tachypnoea", "and", "her", "dyspnoea", "worsened", ".", "She", "was", "placed", "on", "a", "100", "%", "reservoir", "mask", ",", "with", "minimal", "improvement", ";", "her", "PaO2", "was", "67", "mmHg", ".", "She", "was", "transferred", "to", "the", "ICU", "for", "possible", "impending", "intubation", ".", "The", "COVID-19", "test", "was", "positive", ".", "On", "hospital", "day", "5", ",", "she", "had", "a", "high", "D-dimer", "(", "8", ".", "34", "ug", "/", "mL", ")", "and", "fibrinogen", "(", "899", "mg", "/", "dL", ")", ".", "The", "next", "day", "his", "PaO2", "had", "decreased", "to", "59", "mmHg", ",", "despite", "the", "mask", ";", "it", "was", "decided", "to", "start", "treatment", "with", "APt", ".", "On", "day", "1", "post-treatment", ",", "his", "PaO2", "improved", "to", "72", "mmHg", ",", "his", "D-dimer", "increased", "to", ">", "20", "ug", "/", "mL", "and", "his", "fibrinogen", "decreased", "to", "535", "mg", "/", "dL", ".", "He", "remained", "on", "a", "100", "%", "reservoir", "mask", ".", "On", "day", "2", "post-treatment", ",", "he", "completed", "the", "hydroxychloroquine", "regimen", "and", "was", "started", "on", "methylprednisolone", "80", "mg", "every", "24", "hours", ".", "He", "started", "to", "tolerate", "movement", "better", "and", "to", "interact", "with", "staff", ";", "his", "PaO2", "increased", "to", "77", "mmHg", ".", "D-dimer", "remained", "above", "20", "ug", "/", "mL", ".", "On", "day", "3", "post-treatment", ",", "the", "reservoir", "mask", "was", "replaced", "with", "a", "6L", "nasal", "cannula", ".", "D-dimer", "decreased", "to", "4", ".", "56", "ug", "/", "mL", ".", "On", "day", "6", "after", "treatment", "she", "was", "transferred", "to", "the", "ward", "and", "i", ".", "v", ".", "heparin", "was", "withdrawn", ";", "at", "this", "time", "the", "D-dimer", "was", "1", ".", "91", "ug", "/", "mL", ".", "The", "patient", "felt", "well", "with", "no", "new", "symptoms", ",", "and", "was", "able", "to", "breathe", "in", "room", "air", ".", "On", "day", "8", "post-treatment", ",", "the", "patient", "was", "no", "longer", "dyspnoeic", "and", "was", "discharged", "on", "a", "tapering", "steroid", "regimen", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 16, "end": 21 }, { "text": "primary care physician", "label": "HUMAN", "start": 246, "end": 268 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1823, "end": 1830 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1929, "end": 1936 }, { "text": "staff", "label": "HUMAN", "start": 1503, "end": 1508 } ]

[ "Anamnesis", "A", "66", "year", "old", "patient", ",", "with", "no", "personal", "history", "of", "interest", ",", "came", "to", "the", "Emergency", "Department", "with", "a", "picture", "of", "oppressive", "headache", ",", "frontal", "localisation", "and", "sudden", "onset", ",", "not", "accompanied", "by", "neurological", "focality", ",", "nausea", "or", "vomiting", ".", "She", "also", "reported", "no", "fever", "or", "systemic", "symptoms", ".", "Physical", "examination", "On", "arrival", "at", "the", "Emergency", "Department", ",", "the", "patient", "had", "a", "good", "level", "of", "consciousness", ",", "was", "coherent", "in", "her", "relationship", "with", "her", "surroundings", ",", "obeyed", "orders", "and", "spontaneous", "language", "was", "normal", ".", "The", "rest", "of", "the", "neurological", "examination", "showed", "no", "focality", ".", "During", "her", "stay", "in", "the", "emergency", "department", ",", "the", "patient", "suffered", "an", "abrupt", "deterioration", "in", "her", "level", "of", "consciousness", ",", "with", "fluctuations", "in", "her", "level", "of", "consciousness", ".", "At", "that", "time", ",", "the", "neurological", "examination", "showed", "a", "tendency", "to", "sleep", "with", "bradypsychia", ",", "the", "cranial", "pairs", "were", "normal", "including", "the", "fundus", ",", "she", "had", "a", "left", "hemiparesis", "of", "brachial", "predominance", "with", "exalted", "musculoskeletal", "reflexes", "in", "the", "left", "hemibody", "and", "left", "Babinsky", ".", "There", "were", "no", "spontaneous", "limb", "movements", ".", "Complementary", "tests", "-", "General", "laboratory", "test", "with", "no", "findings", ".", "Urine", "study", "with", "no", "findings", ".", "-", "Chest", "X-ray", ":", "no", "findings", ".", "-", "Cranial", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", ":", "intraparenchymal", "haematoma", "in", "the", "posterior", "region", "of", "the", "right", "parietal", "lobe", ",", "measuring", "54", "x", "27", "x", "50", "mm", ",", "in", "its", "anteroposterior", ",", "transverse", "and", "craniocaudal", "axes", ",", "respectively", ",", "with", "peripheral", "oedema", ".", "In", "the", "posterior", "region", "of", "the", "left", "parietal", "lobe", "there", "is", "another", "intraparenchymal", "haematoma", "measuring", "30", "x", "24", "x", "27", "mm", ".", "Adjacent", "to", "the", "cerebral", "sickle", "on", "its", "left", "side", "there", "is", "another", "haematoma", "measuring", "36", "x", "16", "x", "20", "mm", ".", "Widespread", "suture", "effacement", "and", "lack", "of", "differentiation", "between", "white", "/", "gray", "matter", ",", "related", "to", "diffuse", "cerebral", "oedema", ".", "Subdural", "haematoma", "in", "the", "midline", ",", "left", "tentorium", ".", "-", "Cranial", "magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", ":", "superficial", "lobular", "haematomas", "with", "extension", "to", "the", "white", "matter", "and", "/", "or", "subarachnoid", ",", "multiple", "in", "both", "parietal", "lobes", ",", "parasagittal", "region", ",", "occipital", "circumvolution", "of", "the", "left", "cerebral", "hemisphere", ".", "Intraventricular", "haemorrhage", "in", "both", "lateral", "ventricles", "and", "subarachnoid", "haemorrhage", ".", "-", "HIV", "serology", ",", "hepatotropic", "viruses", ":", "negative", ".", "Neurotropic", "serology", ":", "negative", ".", "Rheumatoid", "factor", ":", "negative", ".", "C3", "and", "C4", "normal", ".", "Autoimmunity", "study", ":", "negative", ".", "Cerebrospinal", "fluid", ":", "normal", "cytobiochemistry", ".", "No", "intrathecal", "synthesis", "of", "immunoglobulin", "G", ".", "Oligoclonal", "bands", "in", "serum", "and", "cerebrospinal", "fluid", ":", "negative", ".", "Cerebrospinal", "fluid", "culture", ":", "negative", ".", "-", "Arteriography", "of", "the", "brain", ":", "irregularity", "and", "dissection", "of", "a", "short", "segment", "of", "C1", "of", "the", "right", "internal", "carotid", "artery", ",", "and", "stenosis", "of", "the", "C1", "segment", "of", "the", "left", "internal", "carotid", "artery", ",", "with", "normal", "renal", "arteries", ".", "Generalised", "thinning", "of", "the", "intracranial", "vessels", "with", "alternating", "areas", "of", "mild", "reduction", "in", "calibre", ",", "which", "may", "be", "related", "to", "cerebral", "vasculitis", ".", "-", "Meningeal", "biopsy", ":", "no", "alterations", ".", "-", "Biopsy", "of", "the", "brain", "parenchyma", ":", "sections", "of", "several", "fragments", "of", "brain", "tissue", "with", "marked", "involvement", "of", "small", "blood", "vessels", "at", "the", "expense", "of", "the", "presence", "of", "neutrophilic", "leukocytes", ",", "at", "peri", "and", "intraparietal", "level", ",", "alternating", "with", "occasional", "phenomena", "of", "fibrinohaematic", "thromboembolism", "and", "parietovascular", "destruction", ".", "Peripherally", ",", "lymphocytic", "and", "histiocytic", "elements", "are", "seen", "both", "adventitially", "and", "at", "the", "level", "of", "the", "brain", "parenchyma", ",", "alternating", "in", "the", "latter", "with", "vacuolar", "degeneration", "and", "frequent", "small", "haemorrhagic", "foci", ",", "as", "well", "as", "reactive", "gliosis", ".", "There", "is", "no", "evidence", "of", "pathogens", "or", "granulomatous", "formations", ".", "Compatible", "with", "vasculitis", ".", "Diagnosis", "As", "a", "syndromic", "diagnosis", "the", "patient", "presented", "with", "an", "encephalopathic", "picture", "together", "with", "a", "right", "hemispheric", "syndrome", ",", "caused", "by", "multiple", "intracranial", "haemorrhages", "secondary", "to", "a", "primary", "vasculitis", "of", "the", "central", "nervous", "system", ".", "Treatment", "Treatment", "was", "started", "with", "boluses", "of", "methylprednisolone", "at", "a", "dose", "of", "1", "g", "daily", "for", "3", "days", "and", "then", "0", ".", "5", "g", "for", "2", "more", "days", ",", "with", "the", "intention", "of", "adding", "cyclophosphamide", "if", "there", "was", "no", "improvement", ".", "Evolution", "Despite", "the", "treatment", ",", "the", "patient", "showed", "a", "torpid", "evolution", ",", "with", "progressive", "intracranial", "hypertension", ",", "and", "the", "control", "CT", "scan", "showed", "new", "haemorrhagic", "foci", "in", "the", "occipital", "lobes", "and", "increased", "cerebral", "oedema", ".", "The", "intracranial", "hypertension", "became", "refractory", "to", "treatment", ",", "definitively", "leading", "to", "the", "patient", "'", "s", "death", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 31 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 41, "end": 49 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 359, "end": 366 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 619, "end": 626 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2140, "end": 2143 }, { "text": "hepatotropic viruses", "label": "SPECIES", "start": 2154, "end": 2174 }, { "text": "pathogens", "label": "SPECIES", "start": 3478, "end": 3487 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3585, "end": 3592 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4036, "end": 4043 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4312, "end": 4319 } ]

[ "Anamnesis", "A", "47-year-old", "man", "with", "no", "history", "of", "pathology", "of", "interest", "came", "to", "consult", "his", "primary", "care", "doctor", "due", "to", "the", "appearance", "of", "a", "skin", "lesion", "on", "the", "left", "flank", ".", "He", "reports", "that", "it", "appeared", "approximately", "1", "month", "ago", "and", "has", "been", "increasing", "in", "size", ",", "and", "is", "also", "pruritic", ".", "She", "does", "not", "mention", "any", "other", "accompanying", "symptoms", ".", "Physical", "examination", "Of", "note", "is", "the", "presence", "of", "a", "subcutaneous", "nodule", ",", "approximately", "3", "cm", "in", "diameter", ",", "erythematous", ",", "non-painful", ",", "adherent", "to", "deep", "layers", "and", "located", "on", "the", "left", "flank", ".", "The", "rest", "of", "the", "physical", "examination", "was", "unremarkable", ".", "Additional", "tests", "It", "was", "decided", "to", "perform", "an", "excision", "of", "the", "subcutaneous", "nodule", ",", "the", "anatomopathological", "result", "being", "compatible", "with", "clear", "cell", "carcinoma", ".", "In", "addition", ",", "we", "requested", "a", "thoracoabdominal-pelvic", "CT", "scan", "which", "revealed", "the", "presence", "of", "a", "heterogeneous", "left", "renal", "mass", ",", "with", "a", "central", "necrotic", "area", ",", "with", "maximum", "axes", "of", "98", "x", "80", "mm", ",", "arising", "from", "the", "posterior", "aspect", "and", "reaching", "almost", "the", "entire", "kidney", ",", "with", "extensive", "contact", "and", "infiltration", "of", "the", "renal", "artery", "in", "the", "hilum", "and", "contact", "with", "focal", "thinning", "of", "an", "intrarenal", "segment", "of", "the", "left", "renal", "vein", ".", "There", "is", "also", "a", "strongly", "enhancing", "soft", "tissue", "density", "of", "27", "mm", "major", "axis", ",", "located", "between", "the", "external", "oblique", "muscle", "and", "the", "subcutaneous", "cellular", "tissue", "of", "the", "left", "flank", "at", "the", "level", "of", "the", "kidney", ",", "in", "relation", "to", "a", "metastatic", "subcutaneous", "nodule", "(", "resected", "nodule", ")", ".", "In", "addition", ",", "there", "are", "bilateral", "pulmonary", "nodules", "of", "diffuse", "distribution", "compatible", "with", "metastasis", ",", "as", "well", "as", "bilateral", "hilar", "adenopathies", ",", "the", "largest", "measuring", "19", "mm", ".", "The", "rest", "of", "the", "study", "shows", "no", "other", "findings", ".", "Blood", "tests", "were", "normal", ",", "including", "renal", "function", "and", "haemogram", ".", "Similarly", ",", "no", "pathological", "findings", "were", "observed", "in", "the", "cranial", "CT", "scan", ".", "Diagnosis", "Based", "on", "these", "findings", ",", "the", "patient", "underwent", "laparoscopic", "radical", "left", "nephrectomy", "and", "excision", "of", "the", "subcutaneous", "metastasis", ".", "The", "pathology", "report", "confirmed", "the", "presence", "of", "a", "9", "cm", "clear", "cell", "renal", "carcinoma", "(", "Fuhrman", "grade", "1", ")", "(", "pT3a", "pN0", "pM1", ")", ".", "We", "are", "therefore", "dealing", "with", "a", "47-year-old", "man", ",", "with", "no", "pathological", "history", "of", "interest", ",", "with", "metastatic", "clear", "cell", "renal", "carcinoma", "with", "pulmonary", "and", "cutaneous", "involvement", ".", "Treatment", "After", "presenting", "the", "case", "to", "the", "Urological", "Tumours", "Committee", ",", "it", "was", "decided", "to", "start", "a", "first", "line", "of", "anti-TKI-VEGF", "treatment", "with", "sunitinib", "50", "mg", "/", "24", "h", "with", "a", "4", "week", "treatment", "schedule", "and", "2", "weeks", "of", "rest", ".", "Evolution", "After", "3", "months", "of", "treatment", ",", "the", "patient", "showed", "a", "partial", "response", ".", "Toxicities", "included", "hand-foot", "syndrome", ",", "diarrhoea", ",", "dysgeusia", "and", "asthenia", "in", "relation", "to", "sarcopenia", ",", "all", "grade", "1", ",", "which", "did", "not", "limit", "his", "daily", "activities", "of", "daily", "living", ".", "After", "5", "months", "of", "treatment", ",", "the", "partial", "response", "was", "maintained", "but", "toxicity", "began", "to", "be", "more", "intense", ",", "so", "it", "was", "decided", "to", "modify", "the", "treatment", "schedule", "to", "sunitinib", "50", "mg", "/", "24", "h", "for", "2", "weeks", "followed", "by", "1", "week", "of", "rest", ".", "With", "this", "new", "dosage", ",", "the", "patient", "'", "s", "quality", "of", "life", "improved", "and", "he", "was", "able", "to", "return", "to", "normal", "daily", "activities", ".", "After", "one", "year", "of", "treatment", "with", "sunitinib", ",", "the", "patient", "has", "a", "partial", "response", ".", "After", "16", "months", "of", "treatment", ",", "the", "patient", "presented", "for", "consultation", "asymptomatic", ",", "except", "for", "residual", "hand-foot", "syndrome", ",", "but", "the", "re-evaluation", "CT", "scan", "showed", "pulmonary", "progression", "in", "relation", "to", "the", "significant", "growth", "of", "several", "of", "the", "metastatic", "pulmonary", "nodules", ".", "At", "this", "point", ",", "it", "was", "decided", "to", "seek", "approval", "for", "second-line", "treatment", "with", "nivolumab", ".", "After", "obtaining", "approval", "for", "treatment", ",", "second", "line", "nivolumab", "3", "mg", "/", "kg", "every", "14", "days", "was", "started", ".", "After", "3", "months", "of", "treatment", ",", "the", "patient", "was", "completely", "asymptomatic", "and", "the", "iconographic", "study", "again", "showed", "a", "partial", "response", ",", "with", "a", "marked", "decrease", "in", "pulmonary", "nodules", ".", "After", "32", "cycles", "of", "nivolumab", ",", "the", "patient", "is", "living", "a", "normal", "life", "and", "the", "only", "notable", "toxicity", "of", "the", "treatment", "is", "pneumonitis", "at", "the", "level", "of", "the", "lingula", ",", "which", "does", "not", "cause", "dyspnoea", "or", "any", "other", "symptoms", ".", "To", "study", "the", "pneumonitis", ",", "we", "performed", "respiratory", "function", "tests", ",", "bronchoscopy", "and", "bronchoalveolar", "lavage", ",", "with", "no", "evidence", "of", "disease", ".", "After", "6", "months", "of", "treatment", "with", "nivolumab", ",", "the", "patient", "achieved", "a", "complete", "response", ",", "with", "excellent", "tolerance", "to", "it", "and", "leading", "a", "normal", "life", ".", "After", "15", "months", "of", "treatment", "with", "nivolumab", ",", "a", "CT", "scan", "showed", "a", "1", ".", "5", "cm", "nodule", "in", "the", "right", "adrenal", "gland", ",", "with", "a", "complete", "response", "in", "the", "pulmonary", "lesions", ".", "The", "case", "was", "presented", "again", "to", "the", "Urological", "Tumour", "Committee", "and", "it", "was", "decided", "to", "perform", "a", "right", "adrenalectomy", ".", "The", "anatomopathological", "study", "revealed", "a", "metastasis", "of", "clear", "cell", "carcinoma", ".", "The", "patient", "continued", "treatment", "with", "nivolumab", "and", "the", "post-surgical", "CT", "scan", "showed", "persistent", "complete", "tumour", "response", "with", "no", "other", "relevant", "findings", "except", "for", "the", "already", "known", "pneumonitis", ",", "which", "did", "not", "cause", "any", "symptoms", ".", "The", "patient", "currently", "has", "an", "overall", "survival", "of", "3", "years", ",", "has", "received", "42", "cycles", "of", "nivolumab", ",", "maintains", "a", "complete", "response", ",", "is", "asymptomatic", "and", "leads", "an", "absolutely", "normal", "life", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 27 }, { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 2073, "end": 2076 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1813, "end": 1820 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2467, "end": 2474 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2919, "end": 2926 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3056, "end": 3063 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3122, "end": 3129 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3575, "end": 3582 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3750, "end": 3757 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4111, "end": 4118 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4562, "end": 4569 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4790, "end": 4797 } ]

[ "A", "50-year-old", "man", "consulted", "the", "emergency", "department", "for", "presenting", ",", "for", "the", "last", "month", ",", "haemoptotic", "expectoration", "which", "in", "the", "last", "15", "days", "had", "been", "accompanied", "by", "pain", "in", "the", "left", "side", "with", "pleuritic", "characteristics", ",", "without", "fever", ",", "without", "dysthermic", "sensation", ",", "without", "constitutional", "syndrome", "or", "other", "accompanying", "symptoms", ".", "Among", "his", "personal", "history", ",", "he", "was", "a", "farm", "worker", ",", "a", "former", "smoker", "of", "60", "packs", "/", "year", "for", "a", "year", "and", "a", "half", ",", "with", "a", "stable", "partner", "for", "6-7", "years", ".", "A", "year", "earlier", "he", "had", "been", "diagnosed", "with", "right", "basal", "pneumonia", ",", "which", "resolved", "with", "antibiotic", "treatment", "on", "an", "outpatient", "basis", ".", "His", "physical", "examination", "revealed", "a", "good", "general", "state", "of", "health", ",", "and", "he", "was", "conscious", "and", "oriented", ",", "eupneic", "at", "rest", ".", "He", "presented", "left", "supreclavicular", "adenopathies", "of", "approximately", "1", "cm", "in", "diameter", ",", "painless", ",", "non-adherent", ".", "Pulmonary", "auscultation", "showed", "rhythmic", "tones", "without", "murmurs", ",", "with", "a", "generalised", "decrease", "in", "vesicular", "murmur", "in", "the", "lungs", ".", "Abdomen", "was", "soft", ",", "depressible", ",", "with", "no", "palpable", "masses", "or", "visceromegaly", ";", "and", "lower", "limbs", "without", "oedema", ".", "During", "his", "stay", "in", "the", "emergency", "department", ",", "urgent", "laboratory", "tests", "were", "carried", "out", ",", "in", "which", "CRP", "was", "107", ".", "4", "mg", "/", "L", "and", "D-Dimer", "3", ".", "52", ".", "A", "sample", "of", "Ag", ".", "Legionella", "/", "Neumococcus", "in", "urine", "was", "negative", ",", "as", "well", "as", "a", "sputum", "culture", ".", "A", "PA", "chest", "X-ray", "was", "requested", "with", "the", "following", "result", ":", "Condensation", "vs", ".", "mass", "in", "the", "lingula", "with", "left", "pleural", "effusion", ".", "Given", "the", "clinical", "and", "test", "findings", ",", "it", "was", "decided", "to", "admit", "the", "patient", "to", "the", "Internal", "Medicine", "ward", "to", "study", "the", "lung", "mass", ".", "During", "his", "stay", "on", "the", "ward", ",", "the", "patient", "remained", "haemodynamically", "stable", ",", "afebrile", "and", "continued", "with", "scant", "haemoptotic", "sputum", ".", "A", "lung", "mass", "study", "was", "started", "and", "the", "following", "differential", "diagnoses", "were", "put", "forward", ".", "Given", "his", "history", "as", "a", "heavy", "smoker", ",", "the", "first", "thing", "to", "rule", "out", "was", "a", "pulmonary", "neoplasm", ";", "due", "to", "the", "elevated", "D-dimer", "and", "the", "characteristics", "of", "the", "mass", ",", "the", "presence", "of", "pulmonary", "thromboembolism", "and", "pulmonary", "infarction", "was", "assessed", ";", "and", "finally", ",", "the", "infectious", "aetiology", "of", "the", "mass", ".", "To", "begin", "the", "study", ",", "a", "complete", "blood", "test", "was", "requested", "with", "tumour", "markers", "(", "CEA", "and", "specific", "neuronal", "enolase", ")", "and", "thyroid", "hormones", ",", "which", "were", "normal", ",", "and", "serology", "was", "requested", "for", "tuberculosis", ",", "HAV", ",", "HBV", ",", "HCV", ",", "Toxoplasma", ",", "Cytomeglaovirus", "and", "HIV", ".", "Pending", "the", "results", ",", "the", "study", "continued", "with", "a", "diagnostic", "thoracentesis", "with", "the", "result", "of", "exudate", ",", "and", "a", "sample", "was", "sent", "for", "microbiology", "and", "pathological", "anatomy", ";", "Bronchoscopy", "showed", "an", "erythematous", "area", "around", "the", "entrance", "of", "the", "bronchus", "of", "the", "right", "upper", "lobe", ",", "from", "which", "samples", "were", "obtained", "for", "pathological", "anatomy", "and", "microbiology", ".", "Angio-CT", "of", "the", "pulmonary", "arteries", "ruled", "out", "thromboembolism", "at", "this", "level", "and", "the", "following", "result", "was", "obtained", "in", "the", "thoraco-abdominal-pelvic", "CT", "scan", ".", "After", "this", ",", "serology", "results", "were", "obtained", ":", "Mantoux", ",", "HAV", ",", "HBV", ",", "HCV", ",", "Cytomegalovirus", "and", "toxoplasma", "were", "negative", ";", "however", ",", "the", "results", "were", "positive", "for", "HIV", ".", "In", "the", "thoracocentesis", "and", "bronchoscopy", "samples", "sent", "for", "analysis", ",", "Anatomical", "Pathology", "did", "not", "observe", "cells", "suggestive", "of", "neoplasia", ";", "however", ",", "Microbiology", "isolated", "Rhodocuccus", "equi", "in", "both", "samples", ",", "with", "abundant", "colonies", ",", "also", "present", "in", "sputum", "samples", ".", "Following", "the", "findings", ",", "tests", "were", "requested", "to", "determine", "the", "HIV", "status", "with", "the", "following", "results", ":", "HIV", "viral", "load", ":", "95573", "cop", "/", "ml", ".", "Absolute", "CD3", "+", "CD4", "+", "T-cell", "lymphocytes", ":", "225", "cells", "/", "mcrL", ".", "CD4", "/", "CD8", "ratio", ":", "0", ".", "17", "HLA-B", "*", "27", ".", "*", "35", ".", "Study", "of", "HIV", "resistance", "to", "retroviral", "drugs", ":", "No", "phenotypic", "resistance", ".", "Finally", "the", "patient", "was", "diagnosed", "with", ":", "-", "Pneumonia", "complicated", "with", "left", "pleural", "effusion", "due", "to", "Rhodococcus", "equi", ".", "-", "Stage", "B2", "HIV", "infection", ".", "Antibiotic", "coverage", "with", "intravenous", "vancomycin", ",", "rifampicin", "and", "azithromycin", "was", "started", ",", "and", "antiretroviral", "treatment", "with", "Atripla", "was", "initiated", ".", "Given", "the", "poor", "clinical", "response", "and", "the", "persistence", "of", "radiological", "infiltrate", "and", "elevated", "acute", "phase", "reactants", ",", "vancomycin", "was", "discontinued", "and", "treatment", "was", "started", "with", "imipenem", ",", "maintaining", "the", "intravenous", "antibiotic", "regimen", "for", "two", "weeks", ",", "with", "a", "favourable", "clinical", "evolution", ".", "On", "discharge", "the", "patient", "was", "treated", "with", "Rifampicin", "and", "Azithromycin", "for", "6", "months", ",", "with", "resolution", "of", "symptoms", "and", "radiological", "improvement", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Legionella", "label": "SPECIES", "start": 1203, "end": 1213 }, { "text": "partner", "label": "HUMAN", "start": 448, "end": 455 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 338, "end": 346 }, { "text": "Toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 2249, "end": 2259 }, { "text": "HAV", "label": "SPECIES", "start": 2234, "end": 2237 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 2239, "end": 2242 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 2244, "end": 2247 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2281, "end": 2284 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1468, "end": 1475 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1563, "end": 1570 }, { "text": "Cytomeglaovirus", "label": "SPECIES", "start": 2261, "end": 2276 }, { "text": "tuberculosis", "label": "SPECIES", "start": 2220, "end": 2232 }, { "text": "Cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 2853, "end": 2868 } ]

[ "Anamnesis", "The", "patient", "is", "a", "47-year-old", "male", "with", "no", "medical", "or", "surgical", "history", "of", "interest", ".", "He", "does", "not", "take", "any", "medication", ".", "He", "is", "a", "native", "of", "London", "and", "works", "as", "an", "English", "teacher", ".", "His", "father", "died", "of", "pulmonary", "amyloidosis", "at", "the", "age", "of", "74", "and", "his", "father", "of", "renal", "cancer", "at", "the", "age", "of", "70", ".", "In", "2010", ",", "she", "consulted", "for", "a", "progressive", "increase", "in", "abdominal", "circumference", "over", "12", "months", "of", "evolution", ",", "associated", "with", "epigastric", "pain", "and", "a", "feeling", "of", "fullness", "early", "after", "eating", ".", "She", "had", "lost", "15", "kilograms", "of", "weight", "in", "the", "last", "6", "months", ".", "Physical", "examination", "Physical", "examination", "revealed", "a", "Karnosky", "index", "of", "90", "%", ",", "good", "general", "condition", "and", "an", "unremarkable", "cardiorespiratory", "auscultation", ".", "The", "most", "notable", "finding", "was", "a", "semiology", "of", "moderate", "ascites", ".", "Additional", "tests", "A", "haemogram", ",", "biochemistry", "and", "haemostasis", "were", "then", "requested", "and", "the", "only", "notable", "findings", "were", "elevated", "lactate", "dehydrogenase", "(", "600", "U", "/", "L", ")", "and", "creatine", "protein", "kinase", "(", "280", "U", "/", "L", ")", ".", "Serology", "for", "hepatotropic", "viruses", "(", "B", "and", "C", ")", "and", "human", "immunodeficiency", "virus", "was", "also", "performed", ",", "both", "of", "which", "were", "negative", ",", "and", "ascitic", "fluid", "analysis", "was", "positive", "for", "malignant", "cellularity", ".", "A", "thoracic", ",", "abdominal", "and", "pelvic", "computed", "axial", "tomography", "(", "CT-PAT", ")", "was", "performed", ",", "showing", "a", "large", "cystic", "mass", "covering", "a", "large", "part", "of", "the", "abdomen", ",", "as", "well", "as", "a", "large", "amount", "of", "intraperitoneal", "fluid", "suggestive", "of", "ascites", ",", "in", "addition", "to", "multiple", "peritoneal", "implants", ".", "Positron", "emission", "tomography", "was", "completed", ",", "showing", "the", "known", "large", "abdominal", "mass", "without", "metabolic", "activity", ".", "Diagnosis", "Finally", ",", "a", "fine", "needle", "biopsy", "of", "the", "lesion", "was", "performed", "and", "a", "diagnosis", "of", "a", "spindle", "cell", "tumour", "was", "made", ".", "Immunohistochemistry", "showed", "positivity", "for", "vimentin", ",", "actin", ",", "CD-117", ",", "CD-34", "and", "in", "isolation", "for", "S-100", ".", "Negative", "for", "desmin", ".", "The", "cell", "proliferation", "index", "assessed", "by", "Ki-67", "was", "5", "%", ".", "Therefore", "the", "immunohistochemical", "profile", "suggested", "a", "diagnosis", "of", "gastrointestinal", "stromal", "tumour", "(", "GIST", ")", ".", "Treatment", "Due", "to", "the", "large", "tumour", "volume", ",", "it", "was", "decided", "to", "start", "neoadjuvant", "treatment", "with", "imatinib", "400", "milligrams", "per", "day", "and", "further", "evaluation", "at", "2", "months", "for", "possible", "surgical", "salvage", ".", "Initial", "tolerance", "to", "imatinib", "was", "adequate", ",", "he", "only", "presented", "mild", "eyelid", "oedema", ",", "but", "the", "ascites", "did", "not", "subside", "and", "required", "the", "placement", "of", "a", "permanent", "peritoneal", "drain", "due", "to", "the", "repeated", "paracentesis", "required", ".", "Evolution", "Two", "months", "after", "treatment", ",", "the", "patient", "remained", "with", "abundant", "ascitic", "fluid", "debit", "from", "the", "drainage", ".", "An", "abdominal", "CT", "scan", "was", "performed", "for", "evaluation", ",", "where", "the", "large", "peritoneal", "mass", "persisted", ",", "with", "minimal", "reduction", "of", "the", "cystic", "component", "and", "a", "decrease", "in", "peritoneal", "involvement", ",", "which", "meant", "a", "poor", "response", "both", "clinically", "and", "radiologically", ".", "With", "this", ",", "the", "multidisciplinary", "committee", "of", "Digestive", "Surgery", "decided", "to", "perform", "an", "exploratory", "laparotomy", ",", "where", "the", "large", "mass", "measuring", "50x30", "centimetres", "(", "cm", ")", "was", "observed", ",", "occupying", "the", "entire", "abdomen", ",", "with", "its", "origin", "in", "the", "greater", "gastric", "curvature", ".", "Radical", "resection", "of", "the", "mass", "was", "performed", "during", "the", "same", "surgical", "procedure", ".", "The", "surgical", "biopsy", "showed", "a", "high-risk", "GIST", "tumour", "with", "a", "maximum", "diameter", "of", "21", "cm", ".", "Necrosis", "areas", "were", "30", "%", "and", "the", "cell", "proliferation", "index", "with", "Ki67", "was", "3", "%", ".", "The", "postoperative", "follow-up", "CT-CT", "scan", "showed", "disappearance", "of", "the", "peritoneal", "mass", ",", "but", "increased", "intraperitoneal", "fat", "density", "and", "paracolic", "droplets", "in", "relation", "to", "peritoneal", "carcinomatosis", ".", "Therefore", ",", "there", "was", "a", "clear", "indication", "for", "treatment", "with", "pseudoadjuvant", "imatinib", ",", "due", "to", "the", "large", "size", ",", "despite", "the", "gastric", "location", "and", "the", "low", "mitosis", "rate", ".", "Given", "the", "poor", "initial", "response", "and", "persistent", "disease", ",", "we", "decided", "to", "start", "treatment", "with", "imatinib", "800", "mg", ".", "After", "surgery", "and", "with", "the", "initiation", "of", "high-dose", "treatment", ",", "the", "patient", "experienced", "a", "great", "improvement", "from", "a", "clinical", "point", "of", "view", ".", "The", "ascites", "and", "epigastric", "pain", "completely", "disappeared", "and", "he", "started", "to", "gain", "weight", "progressively", ".", "Tolerance", "to", "treatment", "at", "higher", "doses", "was", "also", "excellent", ".", "The", "only", "notable", "incidence", "was", "the", "appearance", "of", "eyelid", "oedema", ".", "From", "an", "analytical", "point", "of", "view", ",", "the", "thyroid", "profile", "remained", "stable", ".", "After", "16", "weeks", "of", "treatment", ",", "the", "CT-CT", "scan", "showed", "complete", "disappearance", "of", "peritoneal", "involvement", ",", "with", "no", "evidence", "of", "disease", "in", "the", "imaging", "test", ".", "We", "continued", "treatment", "with", "similar", "tolerance", "to", "the", "previous", "one", ".", "Due", "to", "the", "atypical", "nature", "of", "the", "picture", ",", "we", "requested", "mutational", "status", ".", "The", "results", "were", "c-kit", "mutation", "negative", "and", "PDGFR-A", "exon", "18", "mutation", "positive", ",", "the", "mutation", "being", "pD842V", ".", "Currently", "after", "54", "weeks", "of", "imatinib", ",", "she", "persists", "without", "evidence", "of", "disease", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 21 }, { "text": "father", "label": "HUMAN", "start": 188, "end": 194 }, { "text": "father", "label": "HUMAN", "start": 250, "end": 256 }, { "text": "English teacher", "label": "HUMAN", "start": 167, "end": 182 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 39, "end": 43 }, { "text": "human immunodeficiency virus", "label": "SPECIES", "start": 990, "end": 1018 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2370, "end": 2377 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3712, "end": 3719 } ]

[ "Anamnesis", "75-year-old", "man", ",", "no", "known", "drug", "allergies", ",", "ex-smoker", "for", "7", "years", "with", "a", "total", "accumulated", "dose", "of", "50", "pack-years", ",", "with", "no", "other", "toxic", "habits", ".", "Medical", "and", "surgical", "history", "\"", "Subclinical", "hypothyroidism", "in", "the", "context", "of", "surgery", "and", "radiotherapy", "in", "the", "cervical", "area", ",", "diagnosed", "in", "September", "2015", ".", "Undergoing", "substitutive", "treatment", "and", "follow-up", "by", "Endocrinology", ".", "\"", "Posterior", "vitreous", "effusion", "of", "the", "left", "eye", "diagnosed", "in", "2011", "as", "a", "result", "of", "routine", "ophthalmological", "control", ",", "undergoing", "laser", "treatment", "in", "2011", ".", "Socio-functional", "status", "Retired", ",", "worked", "as", "a", "builder", ".", "Lives", "with", "his", "wife", "in", "a", "flat", "without", "architectural", "barriers", ".", "Barthel", "100", "points", ".", "Usual", "medication", "Lorazepam", "0", ".", "5", "mg", "at", "night", "if", "required", ".", "Paracetamol", "1", "g", "every", "8", "hours", "if", "needed", "for", "pain", ".", "Levothyroxine", "100", "mcg", "every", "24", "hours", "Monday", "to", "Friday", "125", "mcg", "every", "24", "hours", "Saturday", "and", "Sunday", ".", "Oncological", "history", "Diagnosed", "in", "November", "2011", "with", "high-grade", "squamous", "cell", "carcinoma", "of", "the", "left", "vocal", "cord", "following", "dysphonia", "of", "two", "months", "'", "duration", ".", "A", "lesion", "was", "observed", "in", "the", "left", "vocal", "cord", "(", "CVI", ")", "with", "involvement", "of", "the", "anterior", "commissure", "and", "extension", "to", "the", "right", "vocal", "cord", "(", "CVD", ")", ",", "and", "laser", "chordectomy", "was", "performed", "in", "the", "external", "centre", ".", "At", "that", "time", ",", "cT1bN0M0", ";", "pT1N0M0", ".", "\"", "First", "recurrence", ",", "local", ":", "-", "In", "December", "2012", ",", "he", "attended", "the", "emergency", "department", "for", "dysphonia", ",", "showing", "paralysis", "of", "the", "IVC", "and", "hypomobility", "of", "the", "CVD", ",", "and", "an", "urgent", "tracheostomy", "was", "performed", ".", "Presented", "to", "the", "committee", ",", "it", "was", "decided", "to", "perform", "intraoperative", "microlaryngoscopy", "with", "perioperative", "biopsies", ",", "which", "were", "positive", "for", "malignancy", ",", "so", "a", "total", "laryngectomy", "was", "performed", "on", "11", "January", "2013", ".", "The", "pathology", "report", "highlights", "the", "presence", "of", "moderately", "differentiated", "squamous", "cell", "carcinoma", ",", "infiltrating", "3", ".", "5", "cm", "in", "the", "maximum", "axis", ",", "with", "invasion", "of", "the", "pyriform", "sinus", ",", "glottis", "and", "subglottic", "extension", ",", "as", "well", "as", "thyroid", "cartilage", "and", "extension", "to", "pre-tracheal", "soft", "tissues", ".", "There", "is", "perineural", "and", "vascular", "infiltration", "and", "the", "tracheal", "margin", "is", "free", ".", "Thus", ",", "it", "presents", "a", "local", "recurrence", "and", "is", "staged", "as", "rpT4NxM0", ".", "-", "Treatment", ":", "adjuvant", "radiotherapy", "was", "carried", "out", "from", "21", "/", "2", "/", "2013", "to", "6", "/", "5", "/", "2013", ",", "with", "a", "total", "dose", "of", "66", "gray", "(", "Gy", ")", "in", "the", "surgical", "bed", "and", "50", "Gy", "in", "the", "lymph", "node", "chains", ",", "using", "intensity", "modulated", "radiotherapy", "(", "IMRT", ")", ".", "\"", "Second", "recurrence", ",", "nodal", ":", "-", "In", "January", "2014", ",", "a", "control", "CT", "scan", "of", "the", "neck", "showed", "a", "poorly", "demarcated", "lesion", "in", "the", "right", "nodal", "level", "IV", ",", "and", "a", "FNA", "was", "performed", "on", "the", "lesion", ",", "which", "was", "positive", "for", "malignant", "cellularity", ".", "In", "March", "2014", ",", "in", "this", "context", ",", "a", "right", "radical", "cervical", "emptying", "was", "performed", ",", "with", "positive", "results", "in", "4", "of", "6", "lymph", "nodes", ",", "extracapsular", "invasion", "in", "2", "nodes", "and", "perineural", "invasion", ".", "-", "Treatment", ":", "concomitant", "chemoradiotherapy", "with", "cisplatin", "(", "CDDP", ")", "40", "mg", "/", "m2", "weekly", "and", "a", "total", "dose", "of", "66", "Gy", "by", "IMRT", ",", "from", "12", "/", "5", "/", "2014", "to", "23", "/", "6", "/", "2014", ",", "well", "tolerated", ".", "\"", "Third", "recurrence", ",", "unresectable", ".", "-", "In", "March", "2015", ",", "following", "suppuration", "in", "the", "peritracheostomy", "area", ",", "an", "ulcerated", "area", "was", "observed", "in", "this", "location", ",", "with", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", "showing", "the", "presence", "of", "a", "left", "peritracheostomy", "tumour", "recurrence", ",", "with", "infiltration", "of", "the", "sternocleidomastoid", "muscle", "and", "contraction", "with", "the", "left", "thyroid", "lobe", "and", "trachea", ".", "The", "positron", "emission", "tomography", "(", "PET-CT", ")", "extension", "study", "was", "negative", ".", "A", "biopsy", "was", "performed", "showing", "the", "presence", "of", "poorly", "differentiated", "carcinoma", ".", "-", "Treatment", ":", "from", "7", "/", "4", "/", "2015", "to", "13", "/", "7", "/", "2015", "she", "underwent", "5", "cycles", "of", "carboplatin-fluorouracil", "(", "5-FU", ")", "-", "cetuximab", ",", "with", "the", "best", "response", "being", "stable", "disease", "after", "3", "cycles", ".", "Current", "disease", "The", "patient", "attended", "the", "Medical", "Oncology", "outpatient", "clinic", "in", "July", "2015", ",", "and", "the", "control", "CT", "scan", "showed", "the", "presence", "of", "recurrence", "in", "the", "area", "of", "the", "paratracheostomy", ".", "The", "patient", "presented", "asymptomatic", "at", "the", "time", ",", "denying", "pain", "or", "peritracheostomy", "suppuration", ".", "A", "biopsy", "of", "the", "locoregional", "recurrence", "was", "performed", "for", "the", "HAWK", "study", "(", "NCT02207530", "durvalumab", "in", "PD-L1", "positive", "patients", ")", ".", "Physical", "examination", "\"", "EKG", "0", ".", "Weight", "72", "kg", ".", "\"", "Oral", "cavity", ":", "no", "pathological", "findings", ".", "\"", "Neck", ":", "lesion", "in", "peritracheostomy", "area", ",", "with", "no", "signs", "of", "local", "infection", ".", "No", "palpable", "adenopathy", "in", "the", "neck", "or", "supraclavicular", "area", ".", "\"", "Pulmonary", "physical", "examination", ":", "preserved", "vesicular", "murmur", ",", "without", "added", "noise", ".", "\"", "Cardiovascular", "examination", ":", "rhythmic", "cardiac", "tones", ",", "without", "added", "murmurs", ".", "\"", "Abdomen", ":", "soft", ",", "no", "signs", "of", "peritoneal", "irritation", ".", "\"", "Neurological", "examination", ":", "no", "signs", "of", "acute", "neurological", "focality", ".", "Complementary", "tests", "Locoregional", "recurrence", "biopsy", "(", "24", "/", "7", "/", "2015", ")", ":", "by", "immunohistochemical", "determination", "with", "the", "qualitative", "VENTANA", "PD-L1", "test", "(", "SP263", ",", "a", "mouse", "monoclonal", "antibody", "against", "PD-L1", ")", ",", "negativity", "for", "PDL-1", "was", "demonstrated", "(", "uptake", "<", "25", "%", "in", "the", "processed", "sample", ")", ".", "Negativity", "also", "for", "p16", ",", "determined", "by", "immunohistochemistry", ".", "Diagnosis", "The", "patient", "is", "diagnosed", "with", "unresectable", "locoregional", "recurrence", "of", "his", "disease", ",", "PD-L1", "negative", ".", "Treatment", "Given", "the", "negativity", "for", "PD-L1", ",", "the", "patient", "is", "proposed", "to", "enter", "the", "clinical", "trial", "D419300003", "(", "CONDOR", ")", ".", "On", "27", "August", "2015", ",", "the", "patient", "signed", "the", "informed", "consent", "to", "enter", "the", "study", ",", "being", "randomised", "to", "receive", "durvalumab", "20", "mg", "/", "kg", "+", "tremelimumab", "1", "mg", "/", "kg", "every", "4", "weeks", "for", "4", "cycles", ",", "and", "subsequently", "durvalumab", "10", "mg", "/", "kg", "every", "2", "weeks", "for", "12", "months", ".", "He", "completed", "treatment", "in", "September", "2016", ".", "Evolution", "The", "patient", "showed", "rapid", "clinical", "benefit", "in", "the", "form", "of", "local", "symptomatic", "control", ",", "reaching", "radiological", "partial", "response", "(", "according", "to", "RECIST", "criteria", ")", "in", "March", "2016", ".", "The", "patient", "remained", "in", "partial", "response", "until", "the", "end", "of", "treatment", "in", "September", "2016", ".", "After", "that", ",", "the", "partial", "response", "was", "maintained", "until", "the", "last", "control", "in", "January", "2018", ",", "where", "disease", "progression", "was", "observed", "in", "the", "form", "of", "mediastinal", "lymphadenopathies", ",", "at", "which", "time", "treatment", "was", "restarted", "within", "the", "same", "clinical", "trial", ".", "At", "no", "time", "did", "he", "present", "immuno-mediated", "toxicity", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 25 }, { "text": "Retired", "label": "HUMAN", "start": 539, "end": 546 }, { "text": "wife", "label": "HUMAN", "start": 584, "end": 588 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3561, "end": 3568 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3730, "end": 3737 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 3935, "end": 3943 }, { "text": "mouse", "label": "SPECIES", "start": 4593, "end": 4598 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4790, "end": 4797 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4932, "end": 4939 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5024, "end": 5031 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5302, "end": 5309 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5471, "end": 5478 } ]

[ "48-year-old", "woman", "with", "a", "personal", "history", "of", "hypertension", "and", "dyslipidaemia", "on", "treatment", "with", "ACE", "inhibitors", "and", "statins", ".", "Cesarean", "section", "in", "one", "pregnancy", "and", "bilateral", "inguinal", "herniorrhaphy", ".", "In", "2014", "she", "underwent", "abdominal", "surgery", "for", "mesenteric", "thrombosis", "with", "subtotal", "resection", "of", "the", "intestine", "and", "the", "need", "for", "an", "abdominal", "jejunostomy", "in", "the", "left", "flank", ".", "In", "this", "context", ",", "she", "required", "a", "long", "hospital", "stay", "of", "approximately", "4", "months", "and", "was", "discharged", "with", "home", "parenteral", "nutrition", "(", "TPN", ")", "via", "a", "Hickman", "catheter", "due", "to", "short", "bowel", "syndrome", ",", "while", "awaiting", "intestinal", "transplantation", ".", "During", "this", "hospitalisation", "she", "had", "several", "episodes", "of", "catheter-related", "bacteraemia", "(", "CRB", ")", "with", "the", "only", "microbiological", "isolation", "of", "Candida", "glabrata", ",", "requiring", "several", "catheter", "replacements", ".", "In", "the", "current", "episode", ",", "two", "weeks", "after", "being", "discharged", "from", "the", "surgery", "department", ",", "he", "consulted", "again", "for", "high", "fever", "with", "bacteraemic", "characteristics", ",", "with", "no", "other", "symptoms", "of", "note", "in", "terms", "of", "organs", "or", "equipment", ".", "On", "examination", "on", "arrival", ",", "he", "was", "haemodynamically", "stable", ",", "had", "a", "peripherally", "inserted", "central", "catheter", "(", "PICC", ")", "in", "the", "right", "antecubital", "fold", "with", "no", "signs", "of", "local", "infection", "and", "a", "Hickman", "catheter", "connected", "to", "a", "nutrition", "bag", ".", "The", "oral", "mucosa", "showed", "whitish", "plaques", "suggestive", "of", "thrush", ".", "There", "was", "no", "neurological", "focality", "or", "signs", "of", "meningeal", "irritation", ".", "On", "cardiopulmonary", "auscultation", "there", "were", "no", "audible", "murmurs", "and", "the", "vesicular", "murmur", "was", "preserved", "in", "all", "fields", ".", "The", "abdomen", "was", "not", "very", "depressible", ",", "the", "mid-laparotomy", "scar", "was", "in", "good", "condition", ",", "there", "was", "a", "functioning", "jejunostomy", "and", "there", "was", "no", "evidence", "of", "peritonism", ".", "Among", "the", "complementary", "tests", "on", "admission", ",", "the", "blood", "count", "showed", "no", "leukocytosis", ",", "with", "a", "slight", "neutrophilic", "predominance", "(", "80", "%", ")", "and", "CRP", "of", "14", ".", "84", "mg", "/", "L", ".", "Renal", "function", ",", "electrolytes", "and", "bilirubin", "were", "unaltered", ",", "although", "GPT", "of", "182", "U", "/", "L", "and", "LDH", "of", "363", "U", "/", "L", "were", "observed", ".", "There", "were", "no", "alterations", "in", "basic", "coagulation", ".", "An", "abdominal", "ultrasound", "was", "performed", ",", "which", "was", "unremarkable", ".", "Initially", ",", "blood", "and", "urine", "cultures", "were", "taken", ",", "empirical", "antibiotherapy", "was", "started", "with", "meropenem", "1", "g", "/", "8h", "and", "linezolid", "600", "mg", "/", "12h", ",", "until", "isolation", "of", "methicillin-resistant", "Staphylococcus", "epidermidis", "in", "all", "blood", "cultures", "obtained", "by", "venipuncture", "and", "through", "PICC", ".", "Given", "that", "initially", "the", "catheter", "had", "not", "been", "removed", "and", "the", "fever", "persisted", ",", "it", "was", "decided", "to", "remove", "the", "PICC", "line", ",", "and", "to", "combine", "treatment", "with", "caspofungin", "at", "a", "dose", "of", "70", "mg", "/", "24h", "given", "the", "isolation", "of", "Candida", "spp", ".", "in", "the", "previous", "hospitalisation", ";", "although", "the", "Hickman", "catheter", "was", "initially", "maintained", "against", "the", "advice", "given", ",", "given", "the", "difficulty", "of", "recanalisation", "of", "a", "venous", "access", "for", "TPN", ".", "Defervescence", "was", "achieved", "for", "4", "days", "with", "subsequent", "recurrence", "of", "fever", ".", "Differential", "diagnosis", "We", "found", "a", "patient", "with", "almost", "total", "resection", "of", "the", "intestine", ",", "with", "severe", "nutrient", "absorption", "disorder", ",", "requiring", "complete", "TPN", "through", "a", "central", "venous", "line", ",", "as", "well", "as", "PICC", "for", "the", "administration", "of", "the", "remaining", "medication", "and", "with", "a", "history", "of", "a", "long", "hospital", "stay", ",", "complicated", "by", "multiple", "repeated", "infections", "of", "central", "and", "peripheral", "catheters", ".", "Given", "that", "the", "fever", "persisted", "despite", "treatment", "directed", "at", "the", "microorganism", "isolated", "in", "different", "cultures", "and", "the", "removal", "of", "the", "PICC", ",", "we", "considered", "the", "following", "differential", "diagnosis", "as", "possible", "causes", "of", "the", "fever", ":", "Nosocomial", "origin", ":", "Although", "she", "did", "not", "present", "micturition", "symptoms", ",", "this", "was", "a", "patient", "who", "had", "had", "a", "bladder", "catheter", ",", "so", "we", "ruled", "out", "urinary", "tract", "infection", "by", "taking", "a", "urine", "culture", ",", "which", "was", "negative", ".", "She", "also", "had", "no", "respiratory", "symptoms", ",", "although", "a", "chest", "CT", "scan", "was", "requested", ",", "which", "did", "not", "show", "any", "infiltrates", ".", "On", "the", "other", "hand", ",", "the", "surgical", "wounds", "showed", "no", "signs", "of", "local", "infection", ",", "although", "the", "abdominal", "CT", "scan", "ruled", "out", "abscesses", "or", "complications", ".", "Lastly", ",", "in", "her", "situation", "and", "with", "her", "previous", "history", "of", "CRB", ",", "it", "seemed", "likely", "that", "we", "would", "be", "in", "the", "same", "situation", ",", "especially", "since", "they", "had", "not", "been", "replaced", ",", "but", "only", "antibiotic", "therapy", "had", "been", "given", ".", "2", ".", "Bacterial", "endocarditis", ":", "There", "was", "no", "known", "heart", "disease", ",", "but", "it", "was", "important", "to", "determine", "whether", "it", "was", "endocarditis", "on", "the", "native", "valve", ",", "given", "the", "persistent", "bacteraemia", ",", "with", "isolation", "of", "coagulase-negative", "staphylococcus", "(", "CNS", ")", "in", "repeated", "blood", "cultures", ",", "which", "made", "it", "unlikely", "that", "the", "cultures", "had", "been", "contaminated", ".", "Transesophageal", "echocardiography", "ruled", "it", "out", "in", "principle", ".", "3", ".", "Catheter-related", "fever", ":", "When", "a", "patient", "with", "chronic", "endovascular", "devices", "(", "Hickman", "and", "PICC", ")", "develops", "fever", "without", "focus", ",", "an", "infection", "related", "to", "the", "venous", "catheter", "should", "always", "be", "suspected", ".", "In", "addition", ",", "our", "patient", "had", "a", "previous", "history", "of", "CRB", "secondary", "to", "Candida", "glabrata", "in", "the", "previous", "admission", ".", "4", ".", "Fever", "associated", "with", "autoimmune", "/", "systemic", "diseases", ".", "The", "entire", "autoimmunity", "battery", "was", "requested", "to", "screen", "for", "autoimmune", "/", "systemic", "disease", "(", "ANA", ",", "ENA", ",", "AAF", "and", "ANCA", ")", ",", "all", "of", "which", "were", "negative", ".", "5", ".", "Fever", "associated", "with", "neoplasms", ".", "No", "favourable", "data", "were", "found", "in", "the", "imaging", "tests", "requested", ",", "although", "tumour", "markers", ",", "proteinogram", "and", "B2-microglobulin", "in", "analytical", "tests", "were", "expanded", ",", "all", "without", "notable", "alterations", ".", "6", ".", "Drug-associated", "fever", ".", "Although", "unlikely", "in", "our", "case", ",", "we", "had", "to", "consider", "this", "option", "in", "the", "event", "that", "all", "of", "the", "above", "proved", "negative", ".", "It", "continues", "to", "be", "a", "relatively", "frequent", "cause", "of", "persistent", "fever", "without", "a", "clear", "focal", "point", ".", "Evolution", "Having", "ruled", "out", "other", "causes", "of", "fever", ",", "with", "the", "general", "analytical", "tests", "and", "autoimmunity", ",", "culture", "results", "and", "imaging", "tests", ",", "despite", "treatment", "directed", "against", "the", "isolated", "microorganism", "and", "broadening", "the", "antibiotic", "spectrum", "to", "cover", "gram-positive", "coccobacilli", "(", "GPC", ")", "and", "fungi", ";", "on", "the", "other", "hand", ",", "with", "PICC", "withdrawn", ",", "the", "most", "likely", "cause", "of", "persistent", "fever", "appeared", "to", "be", "infection", "of", "the", "Hickman", "catheter", "through", "which", "NTP", "was", "administered", ".", "In", "these", "circumstances", ",", "it", "was", "decided", "to", "remove", "the", "Hickman", "catheter", ",", "and", "in", "coordination", "with", "Interventional", "Radiology", ",", "it", "was", "decided", "to", "maintain", "TPN", "via", "PICC", ".", "The", "patient", "was", "maintained", "for", "48", "hours", "with", "antibiotic", "therapy", "and", "without", "a", "central", "catheter", ".", "To", "avoid", "new", "episodes", "of", "CRB", ",", "and", "consulting", "the", "literature", ",", "it", "was", "decided", "to", "seal", "the", "catheter", "with", "taurolidine", ",", "and", "the", "patient", "'", "s", "husband", "was", "also", "trained", "to", "seal", "it", ".", "She", "was", "finally", "discharged", "home", "apyretic", ",", "without", "antibiotherapy", "and", "with", "good", "tolerance", "to", "NTP", ".", "She", "remained", "stable", ",", "without", "any", "septic", "problems", ",", "during", "the", "study", "of", "suitability", "for", "intestinal", "transplant", "and", "is", "awaiting", "transfer", "to", "Madrid", "for", "the", "same", ".", "Final", "diagnosis", "Long-term", "central", "venous", "catheter-related", "bacteraemia", "(", "Hickman", "type", ")", "in", "a", "patient", "with", "short", "bowel", "syndrome", "dependent", "on", "parenteral", "nutrition", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 12, "end": 17 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 25, "end": 33 }, { "text": "Candida glabrata", "label": "SPECIES", "start": 725, "end": 741 }, { "text": "microbiological isolation", "label": "SPECIES", "start": 696, "end": 721 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 664, "end": 675 }, { "text": "Candida spp", "label": "SPECIES", "start": 2494, "end": 2505 }, { "text": "methicillin-resistant Staphylococcus epidermidis", "label": "SPECIES", "start": 2172, "end": 2220 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2798, "end": 2805 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3445, "end": 3452 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 4204, "end": 4215 }, { "text": "Bacterial", "label": "SPECIES", "start": 4042, "end": 4051 }, { "text": "Candida glabrata", "label": "SPECIES", "start": 4692, "end": 4708 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4461, "end": 4468 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4641, "end": 4648 }, { "text": "fungi", "label": "SPECIES", "start": 5679, "end": 5684 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6020, "end": 6027 }, { "text": "husband", "label": "HUMAN", "start": 6245, "end": 6252 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6235, "end": 6242 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 6595, "end": 6606 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6627, "end": 6634 } ]

[ "", "A", "72-year-old", "man", "with", "no", "relevant", "past", "history", "presented", "with", "sudden", "left", "hemiparesis", ",", "altered", "mental", "status", "and", "refractory", "status", "epilepticus", ".", "In", "retrospect", ",", "the", "patient", "'", "s", "family", "reported", "mild", "respiratory", "symptoms", "since", "a", "few", "days", "before", ".", "Nasopharyngeal", "swab", "was", "positive", "for", "SARS-CoV-2", "by", "RT-PCR", "and", "negative", "for", "influenza", "A", "and", "B", "viruses", "and", "adenovirus", ".", "Cerebrospinal", "fluid", "(", "CSF", ")", "analysis", "showed", "an", "increased", "erythrocyte", "count", "(", "500", "/", "mm3", ")", "due", "to", "traumatic", "lumbar", "puncture", "and", "apleocytosis", "(", "30", "leukocytes", "/", "mm3", ")", ".", "RT-PCR", "results", "for", "SARS-CoV-2", ",", "herpes", "simplex", "virus", "1", "and", "2", ",", "varicella", "zoster", "virus", ",", "cytomegalovirus", "and", "Epstein-Barr", "virus", "as", "well", "as", "bacterial", "cultures", "were", "negative", "in", "CSF", ".", "A", "non-contrast", "CT", "scan", "showed", "intense", "right", "hemispheric", "hypodensity", "with", "some", "hyperdense", "areas", ",", "involving", "the", "thalamus", ",", "basal", "ganglia", ",", "internal", "capsule", "and", "splenium", "of", "the", "corpus", "callosum", ",", "as", "well", "as", "the", "deep", "white", "matter", ".", "A", "slight", "hypodensity", "was", "also", "seen", "in", "the", "left", "thalamus", ".", "These", "alterations", "caused", "a", "moderate", "mass", "effect", "in", "the", "medial", "structures", ".", "Among", "the", "scattered", "areas", "of", "parenchymal", "haemorrhage", ",", "spontaneous", "hyperdensity", "was", "detected", "in", "the", "deep", "cerebral", "veins", "and", "in", "the", "cerebral", "magna", "vein", ".", "A", "CT", "phlebogram", "showed", "no", "opacification", "of", "these", "veins", ",", "confirming", "the", "diagnosis", "of", "acute", "cerebral", "deep", "vein", "thrombosis", "complicated", "by", "a", "haemorrhagic", "venous", "infarction", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 175, "end": 181 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 165, "end": 172 }, { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 18 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 279, "end": 289 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 532, "end": 542 }, { "text": "adenovirus", "label": "SPECIES", "start": 347, "end": 357 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 648, "end": 657 }, { "text": "cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 598, "end": 613 }, { "text": "herpes simplex virus 1 and 2", "label": "SPECIES", "start": 544, "end": 572 }, { "text": "Epstein-Barr virus", "label": "SPECIES", "start": 618, "end": 636 }, { "text": "varicella zoster virus", "label": "SPECIES", "start": 574, "end": 596 }, { "text": "herpes simplex virus 1", "label": "SPECIES", "start": 544, "end": 566 }, { "text": "influenza A and B viruses", "label": "SPECIES", "start": 317, "end": 342 } ]

[ "HISTORY", ",", "CURRENT", "DISEASE", "AND", "PHYSICAL", "EXAMINATION", "Objective", ":", "the", "interpretation", "of", "the", "ECG", "and", "the", "clinical", "context", "is", "key", "to", "the", "diagnosis", "and", "subsequent", "treatment", ".", "A", "31-year-old", "primigravid", "33-week-old", "woman", "was", "transferred", "to", "the", "Cardiology", "Department", "of", "the", "Hospital", "Central", "de", "Asturias", "due", "to", "dizziness", ",", "palpitations", "and", "electrocardiographic", "alterations", ".", "AP", ":", "Allergy", "to", "diclofenac", "and", "naproxen", ".", "She", "works", "in", "a", "supermarket", ".", "Cardiovascular", "risk", "factors", "No", "toxic", "habits", ".", "No", "hypertension", ",", "mixed", "dyslipidaemia", "(", "currently", "discharged", "by", "endocrinologist", ",", "treated", "with", "simvastatin", "and", "fenofibrate", ",", "no", "follow-up", ")", ".", "Gestational", "diabetes", "treated", "with", "insulin", "Lispro", "25", "/", "75", ":", "12", "units", "in", "the", "morning", ",", "10", "units", "at", "night", ".", "No", "previous", "cardiological", "history", ".", "Hepatic", "steatosis", ".", "Herniated", "disc", ".", "Breast", "reduction", "surgery", ".", "Present", "illness", "The", "patient", "attended", "her", "referral", "hospital", "with", "dizziness", "of", "24", "hours", "'", "duration", "related", "to", "standing", "upright", ".", "The", "symptoms", "improve", "with", "decubitus", ".", "No", "chest", "pain", "or", "dyspnoea", ".", "Occasional", "episodes", "of", "palpitations", ".", "The", "patient", "reported", "catarrhal", "symptoms", "a", "few", "days", "earlier", ".", "ECG", "was", "performed", "and", "described", "as", "wide", "QRS", "tachycardia", "at", "180", "bpm", ".", "Vagal", "manoeuvres", "were", "performed", "but", "were", "ineffective", "and", "6", "and", "12", "mg", "of", "adenosine", "were", "prescribed", "with", "no", "response", ",", "so", "he", "was", "referred", "to", "our", "centre", ".", "We", "do", "not", "have", "the", "patient", "'", "s", "baseline", "ECG", ".", "On", "arrival", "at", "our", "centre", "the", "patient", "was", "asymptomatic", "and", "haemodynamically", "stable", ".", "Physical", "examination", "BP", ":", "110", "/", "75", "mmHg", ".", "HR", ":", "188", "bpm", ".", "O2", "Sat", ":", "98", "%", "without", "oxygen", "therapy", ".", "Conscious", ",", "oriented", ",", "cooperative", ".", "Not", "hydrated", "and", "normal", "colour", ".", "AP", ":", "preserved", "vesicular", "murmur", "with", "no", "other", "superimposed", "noises", ".", "AC", ":", "rhythmic", "heart", "sounds", "with", "mitral", "SS", "III", "/", "IV", "with", "normal", "S2", ".", "Abdomen", ":", "33", "weeks", "pregnant", ".", "Scar", "on", "the", "breasts", ".", "MMII", ":", "no", "oedema", ",", "no", "signs", "of", "DVT", ".", "COMPLEMENTARY", "TESTS", "Blood", "count", ":", "Hb", "12", ".", "5g", "/", "dl", ",", "MCV", "82", ".", "6", "fL", ",", "leukocytes12500", "uL", "(", "normal", "formula", ")", ",", "platelets", "239000", "uL", ".", "Biochemistry", ":", "glucose", "125mg", "/", "dl", ",", "urea", "17", "mg", "/", "dl", ",", "creatinine", "0", ".", "61", "mg", "/", "dl", ",", "sodium", "135", "mg", "/", "dl", ",", "CK", "56", "U", "/", "L", ",", "troponin", "T", "33", "ng", "/", "L", ".", "Coagulation", ":", "PT", "87", "%", ",", "INR", "1", ".", "09", ",", "fibrinogen", "686", ",", "D-dimer", "1187", "ng", "/", "ml", ".", "ECG", "Transthoracic", "echocardiography", ":", "study", "performed", "at", "160", "bpm", ".", "Non-dilated", "LV", ",", "non-hypertrophic", ",", "hypercontractile", ",", "without", "alterations", "of", "regional", "contractility", ".", "Preserved", "LVEF", ",", "no", "dilatation", "of", "the", "right", "chambers", ".", "Moderate", "mitral", "insufficiency", ".", "EVOLUTION", "Admission", "to", "the", "Advanced", "Cardiac", "Care", "Unit", "for", "monitoring", "and", "treatment", ".", "Vagal", "manoeuvres", "and", "adenosine", "6", "and", "12", "mg", "were", "repeated", ",", "both", "without", "success", ".", "IV", "atenolol", "4mg", "was", "prescribed", ",", "with", "no", "response", ",", "so", "electrical", "cardioversion", "(", "ECV", ")", "was", "decided", ".", "The", "case", "was", "discussed", "with", "the", "Gynaecology", "and", "Anaesthesiology", "departments", "and", "two", "ECV", "(", "100", "and", "200J", ")", "were", "performed", "under", "maternal", "sedation", "with", "propofol", "and", "foetal", "monitoring", ",", "both", "of", "which", "were", "unsuccessful", ".", "No", "foetal", "distress", "was", "observed", "at", "any", "time", ".", "The", "patient", "remained", "asymptomatic", "at", "all", "times", "and", "haemodynamically", "stable", ".", "Monitoring", "showed", "persistent", "wide", "QRS", "tachycardia", "(", "same", "morphology", "as", "on", "the", "arrival", "ECG", ")", "at", "similar", "frequencies", "(", "170-190", "bpm", ")", ".", "Given", "the", "persistence", "of", "the", "arrhythmia", ",", "it", "was", "decided", "to", "start", "treatment", "with", "an", "infusion", "of", "beta-blockers", "(", "labetalol", "at", "20", "ml", "/", "h", ")", "and", "an", "ampoule", "of", "0", ".", "5", "mg", "of", "intravenous", "digoxin", ".", "The", "tachycardia", "rate", "was", "initially", "reduced", "to", "around", "150", "bpm", ",", "with", "progressively", "more", "frequent", "presence", "of", "sinus", "beats", "interspersed", "with", "the", "arrhythmia", ",", "followed", "by", "trigeminy", "(", "visualisation", "on", "telemetry", "recording", ")", ".", "A", "few", "hours", "later", ",", "sinus", "rhythm", "was", "observed", ",", "but", "isolated", "ventricular", "extrasystoles", "persisted", ".", "12", "hours", "after", "the", "start", "of", "perfusion", ",", "after", "several", "hours", "in", "stable", "sinus", "rhythm", ",", "beta-blocker", "perfusion", "was", "discontinued", "and", "the", "patient", "'", "s", "ECG", "was", "as", "shown", "in", "figure", "2", ".", "The", "patient", "reported", "only", "symptoms", "of", "gastro-oesophageal", "reflux", ",", "for", "which", "oral", "ranitindin", "was", "prescribed", "if", "necessary", ".", "After", "a", "further", "8", "hours", "of", "monitoring", "with", "persistent", "sinus", "rhythm", ",", "she", "was", "transferred", "to", "the", "Cardiology", "ward", "and", "the", "TTE", "was", "repeated", ".", "The", "patient", "remained", "hospitalised", "for", "a", "further", "48", "hours", "and", "after", "finding", "that", "there", "were", "no", "gynaecological", "complications", "and", "that", "she", "remained", "asymptomatic", "with", "an", "ECG", "recording", "in", "sinus", "rhythm", "without", "alterations", ",", "discharge", "was", "decided", "with", "prophylactic", "treatment", "with", "metropolol", "pending", "outpatient", "consultation", "with", "the", "Arrhythmia", "section", "of", "our", "centre", ".", "The", "gynaecology", "department", "did", "not", "find", "any", "complications", "related", "to", "the", "pregnancy", ",", "so", "it", "was", "decided", "to", "monitor", "her", "as", "planned", "on", "an", "outpatient", "basis", ".", "DIAGNOSIS", "This", "must", "be", "resolved", "by", "the", "contestant", "by", "means", "of", "the", "interpretation", "of", "the", "ECG", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 204, "end": 209 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 826, "end": 833 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1036, "end": 1043 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1329, "end": 1336 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1382, "end": 1389 }, { "text": "pregnant", "label": "HUMAN", "start": 1738, "end": 1746 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2878, "end": 2885 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3701, "end": 3708 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3745, "end": 3752 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4002, "end": 4009 } ]

[ "History", ",", "current", "disease", "and", "physical", "examination", "A", "25-year-old", "man", "attended", "a", "cardiology", "clinic", "after", "an", "episode", "of", "atrial", "fibrillation", "with", "rapid", "ventricular", "response", "while", "exercising", "on", "the", "beach", "and", "was", "treated", "by", "pharmacological", "cardioversion", "with", "amiodarone", "in", "the", "emergency", "department", ".", "The", "patient", "had", "been", "experiencing", "episodes", "of", "palpitations", "related", "to", "intense", "exertion", "for", "a", "year", ".", "He", "had", "no", "functional", "class", "deterioration", "or", "other", "cardiovascular", "symptoms", ".", "Personal", "history", ":", "In", "preparation", "for", "competitive", "firefighter", "training", ".", "Labelled", "episodes", "of", "anxiety", "with", "chest", "pain", ",", "sensation", "of", "dyspnoea", "and", "acute", "elevation", "of", "blood", "pressure", ".", "No", "other", "cardiovascular", "risk", "factors", "or", "drug", "use", ".", "Mallory", "Weiss", "syndrome", ".", "ʟʟ", "No", "regular", "medication", ".", "Family", "history", ":", "one", "brother", "had", "died", "of", "transposition", "of", "great", "vessels", "and", "ventricular", "septal", "defect", ",", "another", "brother", "had", "died", "in", "utero", "due", "to", "interruption", "of", "the", "aortic", "arch", "and", "he", "had", "a", "cousin", "with", "pre-excitation", "syndrome", ".", "Physical", "examination", ":", "conscious", ",", "oriented", ",", "normal", "colour", ",", "eupneic", ".", "Normal", "phenotype", ".", "Blood", "pressure", "218", "/", "110", "mmHg", "in", "right", "upper", "limb", ",", "169", "/", "86", "mmHg", "in", "left", "upper", "limb", ".", "Peripheral", "pulses", "present", ".", "Pulmonary", "auscultation", "with", "preserved", "vesicular", "murmur", ",", "cardiac", "auscultation", ":", "ejective", "proto-mesosystolic", "murmur", "in", "aortic", "focus", "and", "left", "parasternal", "border", "grade", "II", "over", "LV", "also", "audible", "in", "interscapular", "focus", ".", "Abdomen", "and", "lower", "limbs", "without", "findings", ".", "Complementary", "tests", "Electrocardiogram", ":", "sinus", "rhythm", "with", "normal", "cardiac", "axis", ".", "Presence", "of", "incomplete", "right", "bundle", "branch", "block", "and", "signs", "suggestive", "of", "left", "ventricular", "hypertrophy", ".", "Chest", "X-ray", ":", "no", "cardiomegaly", ",", "absence", "of", "pleural", "effusion", "or", "pulmonary", "infiltrates", ".", "Rib", "indentations", "are", "seen", ".", "Transthoracic", "echocardiogram", ":", "mild", "septal", "hypertrophy", ",", "mild", "mitral", "anterolateral", "leaflet", "prolapse", "with", "trivial", "mitral", "insufficiency", ".", "In", "the", "suprasternal", "window", ",", "a", "flow", "acceleration", "and", "gradient", "of", "86", ".", "6", "mmHg", "in", "the", "descending", "thoracic", "aorta", "below", "the", "left", "subclavian", "outflow", "was", "noted", ".", "The", "rest", "of", "the", "study", "including", "left", "atrial", "dimensions", "and", "left", "ventricular", "diastolic", "function", "was", "normal", ".", "Thoracic-abdominal", "CT", "angiography", ":", "presence", "of", "aortic", "coarctation", "distal", "to", "the", "ostium", "of", "the", "left", "subclavian", "artery", "with", "a", "reduction", "of", "the", "aortic", "lumen", "to", "0", ".", "6", "cm", "in", "diameter", ",", "with", "hypertrophy", "of", "the", "left", "intercostal", "arteries", "distal", "to", "the", "coarctation", ",", "the", "left", "subclavian", "artery", "and", "the", "left", "mammary", "artery", ".", "Nuclear", "magnetic", "resonance", "angiography", ":", "saccular", "aneurysm", "adjacent", "to", "the", "bifurcation", "of", "the", "right", "middle", "cerebral", "artery", ".", "Normal", "karyotype", ",", "absence", "of", "22q11", ".", "2", "selection", ".", "Clinical", "course", "Given", "the", "findings", "compatible", "with", "coarctation", "of", "the", "descending", "aorta", "and", "the", "diagnosis", "of", "paroxysmal", "atrial", "fibrillation", ",", "the", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "cardiology", "ward", "to", "complete", "the", "study", "and", "decide", "on", "the", "therapeutic", "approach", ".", "Thoracic-abdominal", "CT", "angiography", "was", "performed", ",", "which", "confirmed", "coarctation", "distal", "to", "the", "ostium", "of", "the", "left", "subclavian", "artery", ".", "Given", "the", "association", "of", "this", "aortic", "pathology", "with", "cerebrovascular", "malformations", ",", "it", "was", "decided", "to", "perform", "a", "cerebral", "magnetic", "resonance", "angiography", ",", "which", "revealed", "an", "aneurysm", "in", "the", "middle", "cerebral", "artery", ".", "In", "addition", ",", "given", "the", "family", "history", ",", "karyotyping", "was", "performed", "and", "a", "FISH", "hybridisation", "study", "of", "one", "of", "the", "deletions", "associated", "with", "this", "type", "of", "pathology", "was", "carried", "out", ",", "both", "tests", "being", "normal", ".", "With", "the", "diagnoses", "described", ",", "the", "case", "was", "presented", "at", "the", "clinical", "session", ",", "and", "the", "decision", "was", "made", "to", "first", "operate", "on", "the", "cerebral", "aneurysm", "and", "then", "to", "surgically", "correct", "the", "coarctation", "of", "the", "aorta", ".", "The", "patient", "underwent", "successful", "surgery", "and", "is", "currently", "asymptomatic", ".", "Diagnosis", "Main", "Coarctation", "of", "aorta", "in", "descending", "thoracic", "AO", "Intracranial", "aneurysm", "in", "middle", "cerebral", "artery", "Secondary", "Paroxysmal", "AF", ",", "mild", "MI", "with", "MVP", "Arterial", "hypertension", "in", "clinical", "context" ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 297, "end": 304 }, { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 468, "end": 476 }, { "text": "firefighter", "label": "HUMAN", "start": 517, "end": 528 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 748, "end": 754 }, { "text": "cousin", "label": "HUMAN", "start": 936, "end": 942 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 3200, "end": 3206 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2732, "end": 2739 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3589, "end": 3596 } ]

[ "Clinical", "data", ":", "A", "2-year-old", "preschooler", "who", "was", "previously", "asymptomatic", "and", "began", "to", "present", "with", "sudden", "headache", "and", "vomiting", ".", "No", "diarrhoea", "or", "fever", ".", "He", "was", "treated", "with", "augmentin", "6", "days", "ago", "for", "otitis", "media", ".", "Cerebral", "venous", "thrombosis", "is", "suspected", ".", "Description", "of", "findings", ":", "Cerebral", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", "with", "contrast", "is", "performed", "where", "venous", "thrombosis", "is", "ruled", "out", ",", "where", "venous", "thrombosis", "is", "ruled", "out", "and", "left", "temporo-parietal", "cortico-subcortical", "hypodensity", "is", "observed", ",", "predominantly", "medial", "temporal", ".", "Findings", "suggestive", "of", "viral", "encephalitis", ".", "Lumbar", "puncture", "was", "positive", "for", "adenovirus", ".", "Diagnosis", ":", "Adenovirus", "encephalitis", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0 ]

[ { "text": "adenovirus", "label": "SPECIES", "start": 590, "end": 600 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 537, "end": 542 }, { "text": "Adenovirus", "label": "SPECIES", "start": 614, "end": 624 } ]

[ "Anamnesis", "Initially", ",", "the", "patient", "tolerated", "the", "treatment", "well", ".", "After", "three", "weeks", ",", "she", "began", "to", "experience", "general", "malaise", ",", "pain", "in", "the", "perianal", "area", ",", "nausea", "and", "decreased", "appetite", ",", "so", "symptomatic", "treatment", "and", "food", "supplements", "were", "started", ".", "Despite", "these", "measures", ",", "the", "patient", "presented", "progressive", "weight", "loss", ",", "as", "well", "as", "vomiting", ",", "oral", "intolerance", "and", "abundant", "yellowish", "liquid", "stools", ",", "so", "she", "was", "hospitalised", "with", "parenteral", "nutrition", ",", "water", "and", "electrolyte", "supplementation", "and", "discontinuation", "of", "capecitabine", "(", "although", "she", "did", "complete", "treatment", "with", "RT", "up", "to", "50", ".", "4", "Gy", ")", ".", "The", "patient", "evolved", "favourably", ",", "remaining", "for", "a", "total", "of", "15", "days", ",", "with", "improvement", "of", "the", "enteritis", ",", "and", "reintroducing", "the", "oral", "diet", "with", "good", "tolerance", ".", "Unfortunately", ",", "the", "patient", "was", "readmitted", "two", "days", "later", ",", "reporting", "intense", "anorexia", ",", "with", "hardly", "any", "food", "or", "liquid", "intake", ",", "asthenia", ",", "a", "feeling", "of", "dystrophy", ",", "cough", "with", "some", "phlegm", "without", "clear", "pain", "or", "dyspnoea", ".", "Physical", "examination", "Poor", "general", "condition", ".", "Orientation", "in", "the", "three", "spheres", ".", "Tendency", "to", "sleep", ".", "Blood", "pressure", "90", "/", "58", "mm", "Hg", ".", "Heart", "rate", "117", "bpm", ".", "Respiratory", "rate", ":", "15", "rpm", ".", "SatO2", ":", "89", "%", "on", "room", "air", ".", "Afebrile", ".", "Auscultation", ":", "tachycardic", ",", "with", "hypoventilation", "in", "the", "right", "base", ",", "with", "scattered", "rhonchi", ".", "Abdomen", "not", "painful", ",", "with", "noises", "of", "progression", ".", "Oedema", "in", "the", "lower", "extremities", "up", "to", "the", "knees", ".", "Desquamation", "of", "skin", "on", "palms", "and", "soles", ".", "Complementary", "tests", "Initially", ",", "the", "following", "tests", "are", "performed", "\"", "Blood", "count", "and", "biochemistry", ":", "haemoglobin", "(", "Hb", ")", "10", ".", "4", "g", "/", "dl", ",", "leukocytes", "6", ".", "400", "cells", "/", "mm3", ",", "lymphocytes", "200", "cells", "/", "mm3", ",", "creatinine", "0", ".", "48", ",", "sodium", "128", "mmol", "/", "l", ",", "potassium", "2", ".", "9", "mmol", "/", "l", ",", "chlorine", "91", "mmol", "/", "l", ",", "calcium", "6", "mg", "/", "dl", ",", "albumin", "1", ".", "5", "g", "/", "dl", "(", "VN", "3", ".", "5-5", ".", "2", ")", ",", "protein", "4", "g", "/", "dl", "(", "VN", "6", ".", "4-8", ".", "3", ")", ",", "protein-corrected", "calcium", "7", ".", "5", "mg", "/", "dl", ",", "procalcitonin", "(", "PCT", ")", "6", "ng", "/", "ml", ",", "C-reactive", "protein", "(", "CRP", ")", ">", "320", "mg", "/", "l", ",", "lactate", "39", ".", "3", "mg", "/", "dl", ".", "\"", "Chest", "X-ray", ":", "condensation", "was", "observed", "in", "the", "right", "base", "to", "midfield", ".", "Antibiotic", "treatment", "with", "levofloxacin", "and", "aztreonam", ",", "fluid", "therapy", ",", "and", "nasogastric", "tube", "nutrition", "was", "started", ".", "Over", "the", "next", "few", "days", ",", "the", "patient", "became", "very", "asthenic", "and", "generally", "unwell", ",", "with", "persistent", "diarrhoeal", "stools", "(", "grade", "IV", ")", "and", "oedema", "progressing", "up", "to", "the", "upper", "limbs", ".", "Linezolid", "was", "added", "to", "the", "treatment", "and", "a", "chest", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", "scan", "was", "performed", ":", "\"", "Chest", "CT", "scan", ":", "findings", "compatible", "with", "necrotising", "pneumonia", "in", "the", "right", "lower", "lobe", ",", "bilateral", "effusion", "predominantly", "right", ",", "with", "several", "bilateral", "pulmonary", "atelectasis", ".", "With", "this", ",", "clindamycin", "is", "added", "to", "the", "treatment", ",", "and", "diagnostic", "thoracentesis", "is", "performed", ",", "which", "is", "sent", "to", "microbiology", ":", "\"", "Pleural", "fluid", ":", "culture", "negative", ".", "Gram", "stain", ":", "moderate", "number", "of", "polymorphonuclear", "leukocytes", ".", "The", "patient", "continues", "to", "present", "poor", "general", "condition", ",", "with", "asthenia", ",", "episodes", "of", "dyspnoea", "and", "marked", "distress", ".", "She", "had", "abundant", "diarrhoeic", "stools", ",", "which", "worsened", "her", "fragility", ",", "erythema", "and", "palmo-plantar", "desquamation", "(", "grade", "IV", ")", ",", "cheilitis", ",", "stomatitis", "(", "grade", "IV", ")", ",", "and", "oedema", "evolved", "into", "anasarca", ".", "Other", "complementary", "tests", "are", "performed", ":", "\"", "Clostridium", "difficile", "toxin", "and", "virus", "nucleic", "acid", "detection", "in", "stool", ":", "negative", ".", "\"", "Chest", "X-ray", ":", "worsening", "of", "the", "pneumonia", ",", "with", "increased", "bilateral", "pleural", "effusion", ".", "\"", "Haemogram", "and", "biochemistry", ":", "Hb", "10", ".", "1", "g", "/", "dl", ",", "leukocytes", "8", ",", "000", "cells", "/", "mm3", ",", "albumin", "1", ".", "4", "g", "/", "dl", ",", "protein", "3", ".", "9", "g", "/", "dl", ",", "CRP", "124", "mg", "/", "l", ".", "After", "two", "weeks", ",", "the", "patient", "expressed", "a", "desire", "to", "rest", ",", "she", "did", "not", "want", "any", "more", "suffering", "or", "active", "treatment", ".", "A", "morphine", "infusion", "was", "started", "for", "symptomatic", "control", "of", "dyspnoea", "and", "costal", "pain", "secondary", "to", "pneumonia", ",", "which", "left", "the", "patient", "calm", "and", "pain-free", ".", "Levofloxacin", "and", "aztreonam", "were", "maintained", ".", "Unexpectedly", ",", "she", "showed", "clinical", "improvement", "two", "days", "later", ";", "somewhat", "more", "lively", ",", "with", "a", "good", "night", "'", "s", "rest", ",", "and", "no", "bowel", "movements", "in", "the", "last", "24", "hours", ".", "She", "persists", "with", "anasarca", ",", "and", "continues", "with", "occasional", "dyspnoea", ",", "glossitis", ",", "mucositis", "of", "the", "hard", "palate", ",", "and", "cheilitis", ".", "In", "this", "situation", ",", "the", "plan", "was", "reconsidered", ",", "and", "parenteral", "nutrition", "was", "restarted", ".", "Dihydropyrimidine", "dehydrogenase", "(", "DPD", ")", "deficiency", "was", "suspected", "and", "a", "genetic", "study", "was", "requested", ".", "Chest", "CT", "scan", "was", "repeated", ":", "\"", "Chest", "CT", "scan", ":", "increased", "pleural", "effusion", ",", "with", "greater", "atelectasis", "component", "in", "right", "middle", "and", "upper", "lobes", ",", "with", "persistence", "of", "findings", "compatible", "with", "necrotising", "pneumonia", ".", "A", "chest", "drainage", "tube", "was", "placed", ",", "with", "470", "ml", "of", "pleural", "fluid", "with", "a", "haematic", "appearance", "and", "biochemical", "characteristics", "of", "transudate", ",", "which", "was", "removed", "after", "three", "days", "due", "to", "cessation", "of", "leakage", ".", "As", "the", "days", "went", "by", ",", "the", "patient", "showed", "progressive", "clinical", "improvement", ",", "with", "a", "decrease", "in", "dyspnoea", "and", "oedema", "in", "the", "extremities", ".", "New", "analytical", "control", "tests", "and", "genetic", "results", ":", "\"", "Haemogram", "and", "biochemistry", ":", "Hb", "8", "g", "/", "dl", ",", "leukocytes", "12", ",", "300", "cells", "/", "mm3", ",", "lymphocytes", "1", ",", "100", "cells", "/", "mm3", ",", "Proteins", "5", ".", "1", "g", "/", "dl", ",", "CRP", "97", ".", "8", "mg", "/", "l", ".", "\"", "Determination", "of", "DPD", "(", "dihydropyrimidine", "dehydrogenase", ")", "polymorphisms", ":", "there", "is", "a", "mutation", "by", "substitution", "of", "a", "guanine", "nucleotide", "for", "an", "adenine", "nucleotide", "in", "the", "first", "nucleotide", "of", "intron", "14", "of", "the", "DPD", "gene", ",", "which", "is", "associated", "with", "increased", "toxicity", "to", "fluoropyrimidines", ".", "Diagnosis", "This", "is", "therefore", "a", "patient", "with", "several", "simultaneous", "and", "interrelated", "pathologies", ".", "Given", "her", "T3c", "cN1", "cM0", "stenosing", "adenocarcinoma", "of", "the", "middle", "rectum", ",", "neoadjuvant", "treatment", "with", "RT", "and", "capecitabine", "was", "started", ".", "She", "developed", "severe", "capecitabine", "toxicity", "secondary", "to", "a", "mutation", "in", "the", "dihydropyrimidine", "dehydrogenase", "gene", ".", "In", "this", "context", ",", "he", "developed", "severe", "malnutrition", ",", "which", "aggravated", "his", "infectious", "complication", ":", "nosocomial", "necrotising", "pneumonia", ".", "Treatment", "On", "the", "second", "admission", ",", "the", "malnutrition", "was", "initially", "treated", "with", "a", "nasogastric", "tube", ",", "but", "was", "later", "replaced", "by", "parenteral", "nutrition", ",", "with", "improvement", ".", "In", "turn", ",", "fluid", "therapy", "was", "administered", "to", "correct", "electrolyte", "disturbances", "and", "antibiotherapy", "for", "pneumonia", ",", "receiving", "levofloxacin", "and", "aztreonam", "(", "a", "total", "of", "28", "days", ")", ",", "linezolid", "(", "7", "days", ")", "and", "clindamycin", "(", "6", "days", ")", ".", "A", "pleural", "drainage", "tube", "was", "also", "placed", "with", "an", "output", "of", "470", "ml", "of", "pleural", "fluid", ".", "Evolution", "Despite", "the", "patient", "'", "s", "fragility", ",", "and", "further", "manoeuvres", "having", "been", "ruled", "out", ",", "the", "clinical", "course", "took", "an", "unexpected", "turn", "towards", "a", "slow", "and", "progressive", "recovery", ".", "After", "four", "weeks", "of", "admission", ",", "nutritional", "parameters", "improved", "to", "albumin", "3", ".", "2", "g", "/", "dl", "and", "protein", "6", ".", "6", "g", "/", "dl", ",", "oedema", ",", "oropharyngeal", "lesions", "and", "diarrhoea", "decreased", ",", "pulmonary", "auscultation", "improved", ",", "and", "the", "sensation", "of", "dyspnoea", "disappeared", ".", "She", "was", "started", "on", "an", "oral", "diet", ",", "which", "was", "well", "tolerated", ",", "and", "parenteral", "nutrition", "was", "withdrawn", "after", "the", "fifth", "week", "of", "admission", ".", "In", "view", "of", "this", "improvement", ",", "the", "patient", "was", "transferred", "to", "a", "long-stay", "hospital", "for", "convalescence", "and", "rehabilitation", ",", "where", "she", "remained", "for", "three", "weeks", ",", "with", "good", "functional", "recovery", ",", "and", "then", "continued", "with", "her", "surgery", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 25, "end": 32 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 269, "end": 276 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 578, "end": 585 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 747, "end": 754 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2051, "end": 2058 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2684, "end": 2691 }, { "text": "Clostridium difficile", "label": "SPECIES", "start": 3022, "end": 3043 }, { "text": "virus", "label": "SPECIES", "start": 3054, "end": 3059 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3331, "end": 3338 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3547, "end": 3554 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4516, "end": 4523 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5114, "end": 5121 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6036, "end": 6043 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6590, "end": 6597 } ]

[ "", "A", "39-year-old", "patient", "with", "no", "medical", "history", "presented", "with", "chest", "pain", "and", "dyspnoea", "of", "two", "days", "'", "duration", ".", "He", "had", "no", "fever", "or", "cough", ".", "The", "ECG", "performed", "in", "the", "emergency", "department", "showed", "diffuse", "ST-segment", "elevation", ",", "associated", "with", "decreased", "PQ", ".", "Initial", "laboratory", "findings", "were", ":", "C-reactive", "protein", "22", "mg", "/", "L", ",", "leukocytes", "13", ".", "7", "×", "109", "/", "L", ",", "troponin", "15", ".", "4", "μg", "/", "L", "(", "N", "<", "0", ".", "05", "μg", "/", "L", ")", ",", "arterial", "lactate", "6", "mmol", "/", "L", ",", "sodium", "26", "mmol", "/", "L", ",", "potassium", "5", ".", "6", "mmol", "/", "L", ".", "Chest", "CT", "showed", "pleural", "and", "epicardial", "effusion", "and", "atelectasis", ",", "but", "no", "acute", "lung", "injury", "typical", "of", "SARS-CoV-2", ".", "As", "his", "wife", "had", "been", "diagnosed", "with", "SARS-CoV-2", ",", "an", "RT-PCR", "test", "was", "performed", ",", "which", "was", "positive", ".", "An", "echocardiogram", "confirmed", "a", "moderate", "perimetral", "pericardial", "effusion", ",", "without", "signs", "of", "tamponade", ".", "On", "day", "5", ",", "a", "cardiac", "MRI", "was", "performed", ",", "which", "confirmed", "the", "diagnosis", "of", "myopericarditis", "with", "subepicardial", "late", "gadolinium", "enhancement", "and", "myocardial", "T2", "hyperintensity", "in", "the", "inferolateral", "basal", "segment", ".", "The", "patient", "was", "treated", "with", "colchicine", ",", "1", "mg", "per", "day", ".", "The", "patient", "presented", "evidence", "of", "mild", "heart", "failure", ",", "with", "dyspnoea", ",", "pleural", "effusion", "and", "high", "N-terminal", "prohormone", "of", "brain", "natriuretic", "peptide", "(", "4473", "pg", "/", "mL", ")", ",", "controlled", "with", "low", "dose", "diuretics", "for", "4", "days", ".", "Hyperkalaemia", "was", "controlled", "with", "insulin", ",", "but", "hyponatraemia", "continued", "despite", "a", "fluid-restricted", "diet", ".", "Adrenal", "insufficiency", "was", "ruled", "out", ".", "Respiratory", "status", "was", "stable", ",", "never", "exceeding", "1", "L", "/", "min", "of", "oxygen", ".", "Pleural", "fluid", "was", "an", "exudate", "with", "28", "g", "/", "L", "protein", "and", "376", "IU", "/", "L", "LDH", ".", "The", "maximum", "troponin", "value", "was", "25", "μg", "/", "L", "(", "N", "<", "0", ".", "05", "μg", "/", "L", ")", "and", "C-reactive", "protein", "was", "141", "mg", "/", "L", ".", "One", "episode", "of", "paroxysmal", "atrial", "fibrillation", "was", "successfully", "treated", "with", "amiodarone", "without", "recurrence", ".", "The", "pericardial", "effusion", "disappeared", "completely", "on", "day", "5", "of", "colchicine", "treatment", ".", "A", "second", "complication", "was", "rhabdomyolysis", ",", "associated", "with", "severe", "myalgias", "in", "the", "feet", "and", "legs", ",", "with", "a", "peak", "creatine", "kinase", "value", "of", "17", ",", "070", "IU", "/", "L", "(", "day", "5", ")", "leading", "to", "mild", "acute", "renal", "failure", "(", "creatinine", "113", "μmol", "/", "L", "on", "day", "6", ")", ".", "Immunological", "tests", "(", "specific", "myositis", "and", "associated", "antibodies", ",", "antinuclear", "antibodies", ",", "anti-cyclic", "peptide", "antibodies", ",", "citrullinated", "neutrophil", "anti-cytoplasmic", "antibodies", ",", "CH50", ",", "C3-C4", ")", "were", "all", "negative", ".", "The", "third", "complication", "was", "severe", "acute", "liver", "injury", ",", "with", "ASAT", "556", "IU", "/", "L", "(", "15", "×", "upper", "normal", "value", ")", ",", "ALAT", "557", "IU", "/", "L", "(", "8", "×", ")", ",", "cholestasis", "and", "elevated", "total", "bilirubin", "(", "36", "μmol", "/", "L", ")", ",", "but", "normal", "prothrombin", "time", "ratio", "(", "96", "%", ")", ".", "Serological", "tests", "for", "viral", "hepatitis", "were", "negative", ".", "The", "patient", "was", "discharged", "on", "day", "10", ",", "with", "decreased", "ASAT", "(", "416", "IU", "/", "L", ",", "11", "×", "normal", "value", ")", ",", "still", "rising", "ALAT", "(", "557", "IU", "/", "L", ",", "8", "×", "normal", "value", ")", ",", "normalised", "bilirubin", "(", "11", "μmol", "/", "L", ")", ",", "resolving", "rhabdomyolysis", "(", "myalgia", "overcome", ",", "CPK", "2093", "IU", "/", "L", ")", ",", "decreased", "C-reactive", "protein", "(", "20", "mg", "/", "L", ")", "and", "troponin", "(", "3", ".", "2", "μg", "/", "L", ")", ",", "resolved", "acute", "renal", "failure", "(", "creatinine", "72", "μmol", "/", "L", ")", "and", "disappearance", "of", "heart", "failure", "symptoms", "(", "no", "dyspnoea", ",", "NT-proBNP", "804", "pg", "/", "mL", "on", "day", "8", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 537, "end": 547 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 585, "end": 595 }, { "text": "wife", "label": "HUMAN", "start": 556, "end": 560 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 22 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 955, "end": 962 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1010, "end": 1017 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 2435, "end": 2440 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2470, "end": 2477 } ]

[ "The", "clinical", "case", "is", "presented", "of", "a", "medical", "specialist", "in", "microbiology", ",", "with", "many", "years", "of", "experience", ",", "who", "accidentally", "inoculated", "himself", ",", "when", "performing", "the", "antibiogram", "by", "the", "BACTEC", "MGIT", "960", "method", ",", "with", "a", "pure", "strain", "of", "Mycobacterium", "tuberculosis", ",", "isolated", "from", "a", "sputum", "sample", "from", "an", "ambulant", "patient", "of", "Spanish", "origin", ";", "he", "pricked", "himself", "on", "the", "external", "lateral", "side", "of", "the", "distal", "phalanx", "of", "the", "index", "finger", ",", "piercing", "the", "glove", "with", "the", "contaminated", "needle", ".", "At", "the", "time", "of", "inoculation", ",", "he", "immediately", "treated", "the", "wound", "(", "washing", "with", "soap", "and", "water", ")", ",", "and", "later", "reported", "it", "to", "the", "Occupational", "Risk", "Prevention", "Service", "(", "SPRL", ")", ",", "where", "the", "inoculation", "was", "recorded", "as", "an", "occupational", "accident", ".", "At", "the", "SPRL", ",", "the", "medical-work", "history", "of", "the", "injured", "worker", "was", "reviewed", "and", "it", "was", "noted", "that", "she", "had", "a", "positive", "Mantoux", "test", ";", "analyses", "and", "serologies", "were", "requested", "for", "HCV", ",", "HIV", "and", "quantified", "post-vaccination", "antibodies", "for", "hepatitis", "B", ";", "the", "worker", "was", "also", "informed", "that", "if", "any", "signs", "or", "symptoms", "compatible", "with", "tuberculosis", "or", "with", "problems", "at", "the", "site", "of", "inoculation", ",", "she", "should", "consult", "the", "SPRL", ".", "Three", "weeks", "later", ",", "an", "erythematous", "papule", "appeared", "at", "the", "site", "of", "inoculation", ",", "which", "was", "slightly", "painful", "on", "pressure", "and", "grew", "to", "a", "size", "of", "1", ".", "5-2", "cm", ",", "without", "axillary", "lymphadenopathy", "or", "general", "symptoms", ".", "(", "Image", "3", ")", "Image", "3", ".", "Biopsy", "of", "the", "lesion", "When", "the", "worker", "observed", "that", "the", "lesion", "did", "not", "improve", ",", "she", "made", "an", "informal", "consultation", "with", "the", "Plastic", "Surgery", "Department", ",", "which", "requested", "a", "biopsy", "and", "excision", "of", "the", "lesion", ".", "The", "anatomical", "and", "pathological", "findings", "were", "granulomatous", "dermatitis", "with", "occasional", "necrosis", ",", "highly", "suggestive", "of", "tuberculous", "dermatitis", ".", "(", "Image", "4", ")", "Pathological", "anatomy", ":", "granulomatous", "dermatitis", ",", "suggestive", "of", "tuberculous", "dermatitis", ".", "In", "the", "microbiological", "study", ",", "dubious", "acid", "fast", "bacilli", "were", "observed", ",", "and", "when", "cultured", "in", "BACTEC", "MGIT", "960", ",", "the", "growth", "of", "Mycobacterium", "tuberculosis", "was", "confirmed", ".", "Subsequently", ",", "both", "isolates", "(", "from", "the", "source", "and", "from", "the", "injured", "worker", ")", "were", "studied", "by", "MIRU", "(", "Mycobacterial", "interspersed", "repetitive", "units", ")", ",", "confirming", "the", "identity", "of", "both", "strains", ".", "(", "Image", "5", ")", "Image", "5", ".", "Microbiological", "study", "The", "diagnosis", "of", "cutaneous", "tuberculosis", "was", "confirmed", "and", "the", "worker", "was", "referred", "to", "the", "Internal", "Medicine", "Department", ",", "where", ",", "after", "being", "assessed", ",", "she", "began", "anti-tuberculosis", "treatment", "with", "rifampicin", "600", "mg", ",", "250", "mg", "of", "isoniazid", "and", "1500", "mg", "of", "pyrazinamide", "on", "an", "empty", "stomach", "for", "two", "months", ",", "continuing", "for", "a", "further", "four", "months", "with", "rifampicin", "600", "mg", "and", "isoniazid", "300", "mg", "per", "day", ".", "This", "service", "also", "monitored", "the", "patient", "with", "monthly", "analyses", "in", "which", "no", "alterations", "were", "detected", ",", "good", "tolerance", "to", "the", "medication", "was", "observed", ",", "and", "she", "was", "discharged", "7", "months", "after", "starting", "treatment", ".", "The", "SPRL", "reports", "the", "occupational", "disease", "in", "accordance", "with", "RD", "1299", "/", "2006", ",", "of", "10", "November", ",", "which", "approves", "the", "list", "of", "occupational", "diseases", "in", "the", "Social", "Security", "system", "and", "establishes", "criteria", "for", "their", "notification", "and", "registration", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Mycobacterium tuberculosis", "label": "SPECIES", "start": 225, "end": 251 }, { "text": "strain", "label": "SPECIES", "start": 215, "end": 221 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 300, "end": 307 }, { "text": "MGIT", "label": "SPECIES", "start": 186, "end": 190 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 868, "end": 871 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 873, "end": 876 }, { "text": "hepatitis B", "label": "SPECIES", "start": 924, "end": 935 }, { "text": "worker", "label": "HUMAN", "start": 750, "end": 756 }, { "text": "worker", "label": "HUMAN", "start": 941, "end": 947 }, { "text": "post-vaccination", "label": "SPECIES", "start": 892, "end": 908 }, { "text": "worker", "label": "HUMAN", "start": 1354, "end": 1360 }, { "text": "Mycobacterial", "label": "SPECIES", "start": 2028, "end": 2041 }, { "text": "Mycobacterium tuberculosis", "label": "SPECIES", "start": 1890, "end": 1916 }, { "text": "strains", "label": "SPECIES", "start": 2106, "end": 2113 }, { "text": "worker", "label": "HUMAN", "start": 1998, "end": 2004 }, { "text": "MGIT", "label": "SPECIES", "start": 1866, "end": 1870 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2574, "end": 2581 }, { "text": "worker", "label": "HUMAN", "start": 2220, "end": 2226 } ]

[ "", "A", "51-year-old", "Italian", "man", "with", "a", "history", "of", "hypertension", "presented", "to", "the", "emergency", "department", "with", "a", "dry", "cough", ",", "fatigue", ",", "dyspnoea", "and", "fever", ".", "He", "denied", "having", "travelled", "and", "had", "no", "chills", ",", "sweating", ",", "chest", "pain", "or", "changes", "in", "his", "frequency", "of", "urination", "and", "defecation", ".", "He", "reported", "several", "episodes", "of", "epigastric", "pain", "and", "nausea", "that", "had", "partially", "improved", "with", "omeprazole", "two", "days", "prior", "to", "hospitalisation", ".", "On", "admission", "to", "the", "ED", ",", "physical", "examination", "revealed", "a", "temperature", "of", "39", ".", "6", "°", "C", ",", "respiratory", "rate", "of", "26", "r", ".", "p", ".", "m", ".", ",", "blood", "pressure", "of", "141", "/", "89", "mmHg", ",", "pulse", "of", "97", "bpm", "and", "oxygen", "saturation", "of", "91", "%", "(", ">", "95", "%", ")", "on", "room", "air", ".", "Arterial", "blood", "gases", "indicated", "a", "pH", "of", "7", ".", "44", "(", "7", ".", "36-7", ".", "44", ")", ",", "oxygen", "partial", "pressure", "of", "79", "mmHg", "(", "75-100", "mmHg", ")", "and", "carbon", "dioxide", "partial", "pressure", "of", "39", "mmHg", "(", "35-45", "mmHg", ")", ".", "Chest", "auscultation", "revealed", "wheezing", "and", "rhonchi", ".", "Agonal", "breathing", "and", "a", "symmetrical", "decrease", "in", "thoracic", "expansion", "were", "also", "noted", ".", "Complete", "blood", "count", "was", "normal", "except", "for", "lymphocytopenia", "(", "929", "lymphocytes", "/", "microlitre", ")", ".", "As", "pneumonia", "was", "suspected", ",", "oxygen", "therapy", ",", "continuous", "electronic", "monitoring", "of", "vital", "signs", "and", "administration", "of", "i", ".", "v", ".", "infused", "acetaminophen", ",", "ceftriaxone", "and", "vancomycin", "were", "started", ".", "A", "nasopharyngeal", "swab", "was", "obtained", "for", "testing", "for", "SARS-associated", "coronavirus", "by", "RT-PCR", ";", "the", "result", "was", "positive", ".", "In", "coordination", "with", "the", "emergency", "services", ",", "the", "hospital", "management", "and", "staff", "decided", "to", "discontinue", "the", "patient", "'", "s", "antibiotic", "treatment", ".", "The", "patient", "was", "then", "transferred", "to", "an", "isolation", "unit", "for", "clinical", "observation", ".", "On", "the", "first", "night", "of", "admission", ",", "the", "patient", "'", "s", "condition", "continued", "to", "deteriorate", "and", "further", "evaluation", "was", "performed", ".", "Physical", "examination", "showed", "a", "respiratory", "rate", "of", "29", "r", ".", "p", ".", "m", ".", ",", "blood", "pressure", "134", "/", "87", "mmHg", ",", "pulse", "120", "l", ".", "p", ".", "m", ".", "and", "oxygen", "saturation", "84", "%", ".", "Continuous", "positive", "mechanical", "ventilation", "was", "applied", "and", "the", "antiviral", "drug", "remdesivir", "was", "administered", "to", "improve", "oxygen", "saturation", "and", "halt", "disease", "progression", ".", "On", "the", "second", "day", "of", "hospitalisation", ",", "the", "patient", "remained", "febrile", "(", "temperature", "39", ".", "1", "°", "C", ")", "and", "hypoxaemic", "(", "oxygen", "saturation", "81", "%", ")", "and", "required", "mechanical", "ventilation", ".", "A", "posteroanterior", "chest", "X-ray", "showed", "bilateral", "and", "peripheral", "ground-glass", "and", "consolidative", "opacities", ".", "These", "radiological", "findings", "explained", "the", "progressive", "deterioration", "of", "the", "patient", "'", "s", "respiratory", "status", "and", "led", "to", "a", "diagnosis", "of", "ARDS", ".", "Otherwise", ",", "electrocardiographic", ",", "troponin", "and", "creatine", "kinase", "tests", "were", "normal", ".", "The", "following", "day", ",", "the", "patient", "'", "s", "condition", "continued", "to", "worsen", "and", "no", "improvement", "was", "observed", ".", "On", "examination", ",", "he", "appeared", "ill", ";", "his", "vital", "signs", "were", ":", "temperature", "37", ".", "8", "°", "C", ",", "pressure", "138", "/", "93", "mmHg", ",", "pulse", "93", "bpm", "and", "oxygen", "saturation", "83", "%", "on", "ventilator", ".", "According", "to", "existing", "guidelines", ",", "additional", "therapy", "was", "started", ".", "The", "patient", "'", "s", "medication", "was", "recovered", "and", "hydroxychloroquine", "and", "azithromycin", "were", "added", ".", "On", "the", "following", "day", ",", "no", "significant", "improvement", "was", "noted", ".", "On", "the", "fifth", "day", "of", "admission", ",", "a", "thorough", "physical", "examination", "showed", "normal", "vital", "signs", ",", "except", "for", "an", "oxygen", "saturation", "of", "87", "%", "and", "a", "respiratory", "rate", "of", "26", "bpm", ".", "Of", "note", ",", "continuous", "electronic", "monitoring", "revealed", "extensive", "and", "diffuse", "ST-segment", "elevation", ",", "prompting", "the", "medical", "team", "to", "schedule", "an", "electrocardiogram", ",", "coronary", "angiography", "and", "echocardiogram", ".", "Coronary", "angiography", "confirmed", "a", "normal", "blood", "supply", "to", "the", "heart", ",", "with", "no", "signs", "of", "arterial", "blockages", ".", "However", ",", "the", "electrocardiogram", "showed", "diffuse", "ST-segment", "elevation", ",", "while", "the", "transthoracic", "echocardiogram", "indicated", "cardiomegaly", "with", "a", "clear", "decrease", "in", "ventricular", "systolic", "activity", "and", "an", "ejection", "fraction", "of", "20", "%", ".", "High", "values", "of", "troponin", "(", "0", ".", "29", "ng", "/", "mL", ")", ",", "creatine", "kinase", "(", "20", ".", "1", "ng", "/", "mL", ")", "and", "N-terminal", "prohormone", "brain", "natriuretic", "peptide", "(", "BNP", ";", "1", ",", "287", "pg", "/", "mL", ")", "were", "also", "detected", ".", "These", "results", "indicated", "acute", "myopericarditis", ",", "so", "inotropic", "support", "(", "dobutamine", ")", "was", "started", ".", "On", "days", "6", "and", "7", "of", "hospitalisation", ",", "the", "patient", "'", "s", "vital", "signs", "showed", "clear", "improvement", ".", "Physical", "examination", "showed", "oedema", "with", "bilateral", "pitting", "of", "the", "lower", "extremities", ",", "blood", "pressure", "130", "/", "83", "mmHg", ",", "pulse", "88", "l", ".", "p", ".", "m", ".", "and", "oxygen", "saturation", "89", "%", ".", "The", "patient", "continued", "with", "continuous", "mechanical", "ventilation", "and", "the", "usual", "medication", ".", "In", "addition", ",", "a", "course", "of", "non-steroidal", "anti-inflammatory", "drugs", "(", "NSAIDs", ",", "indomethacin", ",", "50", "mg", "three", "times", "a", "day", ")", "was", "started", "on", "the", "seventh", "day", "of", "hospitalisation", "to", "treat", "acute", "myopericarditis", ".", "Overall", ",", "the", "patient", "'", "s", "medical", "condition", "worsened", "over", "the", "following", "days", ",", "indicating", "a", "clear", "lack", "of", "response", "to", "ongoing", "therapy", ".", "His", "ECG", "continued", "to", "show", "diffuse", "ST-segment", "elevation", "and", "pericardial", "friction", "rub", "was", "audible", "on", "cardiac", "auscultation", ".", "Analytical", "tests", "for", "cardiac", "biomarkers", "revealed", "increased", "troponin", "(", "18", "ng", "/", "mL", ")", "and", "creatine", "kinase", "(", "14", ".", "7", "ng", "/", "mL", ")", ",", "indicating", "myocardial", "injury", "and", "recurrent", "myopericarditis", ".", "Accordingly", ",", "methylprednisolone", "and", "colchicine", "were", "added", "to", "the", "ongoing", "medication", "plan", ".", "A", "new", "echocardiogram", "revealed", "a", "clearly", "decreased", "ejection", "fraction", "(", "23", "%", ")", "but", "no", "evidence", "of", "cardiac", "tamponade", ".", "A", "chest", "X-ray", "suggested", "a", "worsening", "of", "the", "underlying", "ARDS", ",", "with", "bilateral", "pleural", "effusion", ".", "The", "patient", "continued", "to", "be", "treated", "with", "an", "aggressive", "regimen", "of", "rehydration", ",", "dobutamine", ",", "NSAIDs", ",", "antibiotics", "and", "antivirals", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0 ]

[ { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 23, "end": 26 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1405, "end": 1412 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1441, "end": 1448 }, { "text": "coronavirus", "label": "SPECIES", "start": 1251, "end": 1262 }, { "text": "antiviral", "label": "SPECIES", "start": 1833, "end": 1842 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1554, "end": 1561 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1977, "end": 1984 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2278, "end": 2285 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2443, "end": 2450 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2737, "end": 2744 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3858, "end": 3865 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4065, "end": 4072 }, { "text": "antivirals", "label": "SPECIES", "start": 5176, "end": 5186 } ]

[ "Male", ",", "62", "years", "old", ".", "No", "known", "drug", "allergies", ".", "Smoker", "with", "clinical", "criteria", "of", "chronic", "bronchitis", ".", "Cardiovascular", "risk", "factors", ":", "hypertension", ",", "type", "2", "diabetes", "mellitus", "on", "treatment", "with", "oral", "antidiabetics", "and", "dyslipidaemia", ".", "He", "underwent", "surgery", "in", "2009", "in", "another", "centre", "for", "an", "abdominal", "aortic", "aneurysm", "with", "resection", "of", "the", "aneurysmal", "sac", "and", "implantation", "of", "a", "Dacron", "aorto-bifemoral", "prosthesis", ".", "Subsequently", ",", "in", "2012", ",", "a", "control", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", "scan", "showed", "another", "right", "iliac", "aneurysm", "with", "retrograde", "filling", ",", "so", "he", "was", "operated", "again", "and", "ligation", "of", "the", "right", "external", "iliac", "artery", "was", "performed", ",", "without", "taking", "samples", "in", "the", "surgical", "process", ".", "Once", "in", "our", "city", ",", "in", "October", "2013", ",", "the", "patient", "came", "to", "the", "vascular", "surgery", "department", "for", "pain", "in", "the", "right", "pelvic", "area", ",", "where", "an", "indurated", ",", "non-rolling", "area", "of", "about", "5-6", "cms", "was", "palpated", ".", "The", "patient", "reported", "no", "fever", ",", "although", "he", "did", "have", "a", "non-thermometric", "dysthermic", "sensation", ".", "There", "were", "no", "other", "pathological", "findings", "in", "the", "rest", "of", "the", "examination", ".", "Analytically", ",", "there", "was", "no", "leukocytosis", "or", "neutrophilia", "(", "leukocytes", "10180", "/", "mm3", ",", "polymorphonuclear", "57", ".", "8", "%", ")", ",", "with", "a", "C-reactive", "protein", "(", "CRP", ")", "of", "35", ".", "2", "mg", "/", "l", "and", "liver", ",", "renal", "and", "ion", "function", "without", "alterations", ".", "Chest", "X-ray", "was", "normal", "and", "angioCT", "showed", "a", "thrombosed", "right", "internal", "iliac", "aneurysm", "6", "cm", "in", "diameter", "with", "abscessed", "collection", "in", "the", "adjacent", "psoas", "muscle", ",", "as", "well", "as", "crescent-shaped", "collections", "in", "the", "ipsilateral", "branch", "of", "the", "aorto-bifemoral", "bypass", ",", "6", "mm", "in", "diameter", ",", "with", "a", "properly", "functioning", "bypass", "with", "retrograde", "filling", "of", "both", "external", "iliac", "arteries", ".", "The", "patient", "was", "admitted", "with", "a", "clinical", "diagnosis", "of", "right", "iliac", "psoas", "abscess", "and", "suspicion", "of", "infection", "of", "the", "vascular", "prosthesis", "(", "right", "branch", ")", ".", "Additional", "tests", "were", "requested", "to", "study", "the", "condition", ".", "Differential", "diagnosis", "Infections", "of", "vascular", "prostheses", "are", "an", "important", "complication", "after", "repair", "of", "aortic", "aneurysms", ".", "They", "have", "a", "low", "incidence", ",", "ranging", "between", "0", ".", "4", "and", "3", "%", ",", "which", "has", "been", "greatly", "reduced", "with", "the", "development", "of", "percutaneous", "techniques", "for", "their", "placement", ",", "but", "persist", "with", "a", "high", "morbidity", "and", "mortality", "rate", "(", "mortality", "rate", "of", "between", "25-30", "%", ",", "as", "well", "as", "a", "high", "percentage", "of", "limb", "loss", ")", ".", "They", "present", "with", "a", "very", "varied", "and", "non-specific", "clinical", "picture", ",", "which", "may", "include", "fever", "with", "shivering", "and", "general", "malaise", ",", "digestive", "bleeding", "(", "in", "the", "case", "of", "aorto-enteric", "fistulas", ")", "and", "local", "pain", "or", "suppuration", "in", "more", "superficial", "sections", "(", "aorto-femoral", ")", ".", "Earlier", "cases", "(", "post-implantation", ")", "are", "often", "suspected", ",", "but", "in", "later", "infections", ",", "the", "clinical", "manifestations", "are", "usually", "more", "mild", ",", "with", "fever", "being", "absent", "in", "up", "to", "30", "%", "of", "cases", ".", "Depending", "on", "the", "site", "and", "time", "of", "infection", ",", "different", "micro-organisms", "should", "be", "taken", "into", "account", ".", "In", "early", "pelvic", "infections", ",", "the", "most", "frequently", "isolated", "microorganism", "is", "Staphylococcus", "aureus", ",", "whereas", "in", "abdominal", "infections", ",", "enterobacteria", "or", "Pseudomonas", "aeruginosa", "predominate", ",", "especially", "if", "there", "are", "digestive", "complications", "(", "intestinal", "haemorrhage", ",", "fistula", ",", "etc", ".", ")", ".", "In", "contrast", ",", "in", "late", "infections", ",", "coagulase-negative", "staphylococci", "such", "as", "Staphylococcus", "epidermidis", "become", "more", "important", "and", "it", "should", "be", "noted", "that", "up", "to", "30", "%", "of", "infections", "may", "be", "polymicrobial2", ".", "Blood", "cultures", "have", "a", "very", "low", "positivity", "rate", "(", "20-25", "%", ")", "and", "diagnosis", "is", "based", "on", "analytical", "determinations", "(", "elevated", "acute", "phase", "reactants", ")", ",", "cultures", "of", "infected", "material", "and", "imaging", "techniques", "such", "as", "CT", "and", "more", "modern", "PET-CT", "or", "SPECT-CT1", ".", "If", "the", "infection", "is", "certain", "and", "cultures", "are", "repeatedly", "negative", ",", "infection", "by", "micro-organisms", "that", "cannot", "be", "cultured", "on", "synthetic", "media", ",", "such", "as", "Coxiella", "burnetti", ",", "for", "which", "specific", "serological", "tests", "are", "available", ",", "should", "also", "be", "suspected", ".", "Psoas", "abscesses", "are", "a", "pathology", "with", "a", "low", "incidence", "which", "has", "increased", "in", "recent", "years", "thanks", "to", "the", "use", "of", "imaging", "tests", "such", "as", "CT", ".", "It", "is", "a", "collection", "of", "pus", "at", "the", "level", "of", "the", "psoas", "muscle", "but", "can", "extend", "to", "the", "groin", "region", ".", "Based", "on", "their", "pathogenesis", ",", "psoas", "abscesses", "are", "classified", "as", "follows", ":", "-", "Primary", "abscesses", ":", "In", "Europe", "between", "17", "and", "61", "%", "of", "abscesses", "are", "primary3", ",", "they", "appear", "after", "lymphatic", "or", "haematogenous", "spread", "from", "a", "distant", "focus", ",", "which", "may", "not", "be", "known", ".", "They", "are", "more", "frequent", "in", "subjects", "with", "associated", "comorbidity", ":", "the", "elderly", ",", "diabetics", ",", "alcoholism", "or", "previous", "trauma4", ".", "-", "Secondary", "abscesses", ":", "These", "occur", "as", "direct", "contiguous", "spread", "of", "the", "infection", "to", "other", "adjacent", "structures", ",", "and", "there", "are", "doubts", "as", "to", "whether", "the", "psoas", "abscess", "is", "the", "cause", "or", "the", "consequence", "of", "the", "infection", "in", "the", "other", "structures", ".", "Among", "the", "most", "frequent", "adjacent", "foci", "are", ":", "gastrointestinal", "tract", "(", "inflammatory", "bowel", "disease", ",", "diverticulitis", ",", "appendicitis", ")", ",", "genitourinary", "(", "pyelonephritis", ",", "prostatitis", ")", ",", "osteoarticular", "structures", "(", "spondylodiscitis", ")", "and", "/", "or", "vascular", "structures", "among", "others", ".", "In", "a", "series", "of", "40", "cases", "of", "infected", "aortic", "aneurysms", ",", "20", "%", "were", "complicated", "by", "psoas", "abscess", ".", "Infections", "of", "endovascular", "material", "have", "also", "been", "reported", ".", "The", "differential", "diagnosis", "should", "be", "established", "fundamentally", "with", "psoas", "haematoma", ",", "which", "occurs", "in", "patients", "with", "anticoagulation", "or", "coagulation", "disorders", ",", "giving", "a", "similar", "clinical", "picture", "but", "with", "radiological", "differences", ";", "with", "retrocecal", "appendicitis", "which", "can", "also", "give", "a", "positive", "psoas", "sign", ";", "or", "with", "psoas", "bursitis", "in", "relation", "to", "rheumatoid", "arthritis", ",", "trauma", "or", "overuse", "of", "the", "muscles", ",", "in", "these", "cases", "the", "pain", "is", "more", "localised", "at", "hip", "level", "as", "well", "as", "normal", "imaging", "techniques3", ".", "Diagnosis", "is", "based", "on", "imaging", "techniques", ",", "with", "the", "yield", "of", "the", "microbiological", "study", "varying", "from", "90-100", "%", "in", "the", "culture", "of", "the", "aspirate", "and", "much", "lower", ",", "25-50", "%", ",", "in", "blood", "cultures", ".", "Evolution", "Serial", "blood", "cultures", "requested", "on", "admission", "were", "repeatedly", "negative", "after", "7", "days", "of", "incubation", ".", "At", "the", "same", "time", ",", "leukocyte-labelled", "scintigraphy", "was", "performed", ",", "but", "no", "uptake", "of", "the", "radiopharmaceutical", "was", "observed", "in", "the", "prosthetic", "bypass", "or", "in", "other", "locations", "suggestive", "of", "an", "infectious", "/", "inflammatory", "process", ".", "Given", "the", "high", "suspicion", "of", "infection", ",", "the", "absence", "of", "microbiological", "isolation", "and", "the", "accessibility", "of", "the", "psoas", "abscess", ",", "it", "was", "decided", "to", "perform", "a", "CT-guided", "puncture", ".", "25cc", "of", "purulent", "fluid", "was", "extracted", "and", "sent", "for", "culture", ",", "with", "negative", "results", "for", "both", "aerobic", "and", "anaerobic", "cultures", "after", "10", "days", "of", "incubation", ".", "Given", "the", "suspicion", "of", "an", "infectious", "process", "of", "the", "vascular", "prosthetic", "material", ",", "with", "a", "more", "larval", "and", "paucisymptomatic", "course", ",", "serology", "was", "requested", "for", "Coxiella", "burnetti", ",", "which", "was", "clearly", "positive", ",", "with", "phase", "I", "titres", "of", "1", "/", "2048", "and", "phase", "II", "titres", "of", "1", "/", "8192", ",", "so", "the", "patient", "was", "finally", "diagnosed", "with", "infection", "of", "the", "vascular", "prosthesis-iliac", "arthritis", "by", "Coxiella", "burnetti", ".", "Treatment", "was", "started", "with", "doxycycline", "100mg", "/", "12", "hours", "together", "with", "hydroxychloroquine", "200mg", "/", "12", "hours", "after", "deciding", "jointly", "with", "Vascular", "Surgery", ",", "intensive", "antibiotic", "treatment", "prior", "to", "explanting", "the", "prosthesis", "and", "implanting", "a", "new", "one", ".", "Periodic", "check-ups", "were", "continued", ",", "and", "the", "patient", "remained", "asymptomatic", ",", "with", "excellent", "tolerance", "to", "oral", "medication", "and", "disappearance", "of", "the", "psoas", "abscess", "and", "the", "rest", "of", "the", "periprosthetic", "collections", ",", "so", "it", "was", "decided", "to", "maintain", "treatment", "for", "a", "prolonged", "period", "and", "defer", "prosthetic", "replacement", "due", "to", "the", "high", "surgical", "risk", "and", "the", "good", "evolution", ".", "Finally", ",", "after", "completing", "three", "years", "of", "treatment", ",", "it", "was", "decided", "to", "discontinue", "it", ".", "The", "patient", "has", "continued", "to", "be", "closely", "monitored", "at", "the", "clinic", "(", "two", "years", "after", "treatment", "was", "discontinued", ")", ",", "with", "serial", "PET", "scans", "that", "continue", "to", "show", "no", "signs", "of", "acute", "infection", "and", "determination", "of", "Coxiella", "burnetti", "antibody", "titres", ",", "which", "remain", "above", "1", "/", "1024", "as", "usual", ".", "Final", "diagnosis", "Infection", "of", "aorto-bifemoral", "vascular", "prosthesis", "vs", ".", "iliac", "arteritis", "due", "to", "Coxiella", "burnetti", "(", "chronic", "Q", "fever", ")", ".", "Psoas", "abscess", "due", "to", "contiguity", ",", "secondary", "to", "this", "infection", "." ]

[ 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Male", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 4 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 695, "end": 702 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 850, "end": 857 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1588, "end": 1595 }, { "text": "Coxiella burnetti", "label": "SPECIES", "start": 3602, "end": 3619 }, { "text": "Pseudomonas aeruginosa", "label": "SPECIES", "start": 2889, "end": 2911 }, { "text": "Staphylococcus aureus", "label": "SPECIES", "start": 2815, "end": 2836 }, { "text": "Staphylococcus epidermidis", "label": "SPECIES", "start": 3088, "end": 3114 }, { "text": "enterobacteria", "label": "SPECIES", "start": 2871, "end": 2885 }, { "text": "coagulase-negative staphylococci", "label": "SPECIES", "start": 3047, "end": 3079 } ]

[ "Female", ",", "74", "years", "old", ".", "Allergy", "to", "penicillins", ".", "Type", "2", "diabetes", "mellitus", "under", "treatment", "with", "oral", "antidiabetics", "with", "good", "control", ".", "She", "came", "to", "the", "emergency", "department", "for", "right", "costal", "discomfort", "of", "15", "days", "of", "evolution", ".", "Initially", "treated", "with", "analgesia", "and", "later", "as", "a", "condensing", "respiratory", "infection", "(", "levofloxacin", "500mg", "/", "24h", "O", ".", "V", ".", "V", ".", ")", ".", "When", "he", "did", "not", "improve", ",", "he", "went", "to", "the", "emergency", "department", "of", "another", "hospital", "because", "of", "fever", "with", "shivering", "and", "chills", ".", "A", "CT", "scan", "of", "the", "chest", "ruled", "out", "pneumonia", "and", "a", "CT", "scan", "of", "the", "abdomen", "showed", "an", "abscessed", "lesion", "dependent", "on", "segment", "VII", "of", "the", "liver", "measuring", "6-7cm", "in", "diameter", "with", "subsequent", "infiltration", "of", "paravertebral", "soft", "tissues", ",", "chest", "and", "abdominal", "wall", ".", "In", "view", "of", "these", "findings", ",", "she", "was", "referred", "to", "our", "hospital", "to", "assess", "drainage", ".", "The", "patient", "denied", "travelling", "abroad", ",", "insect", "bites", "and", "drinking", "unsafe", "water", ".", "She", "lives", "with", "a", "dog", ".", "Given", "that", "the", "patient", "maintained", "a", "fever", "and", "high", "RFA", "with", "deterioration", "of", "general", "condition", ",", "empirical", "treatment", "was", "started", "with", "Ciprofloxacin", "400mg", "/", "8h", "and", "Metronidazole", "500mg", "/", "8h", "IV", ".", "With", "the", "data", "we", "had", "and", "after", "re-evaluating", "the", "abdominal", "CT", "images", "with", "the", "radiology", "department", ",", "the", "conclusion", "was", "reached", "that", "the", "collection", "was", "subphrenic", ";", "a", "subcutaneous", "drainage", "catheter", "was", "placed", "in", "the", "area", "with", "infiltration", "of", "thoracic", "soft", "tissue", "(", "drainage", "of", "the", "subphrenic", "collection", "was", "left", "for", "a", "second", "time", ")", "and", "samples", "were", "sent", "to", "the", "microbiology", "department", "for", "study", "(", "direct", "gram", ",", "bacilloscopy", "and", "various", "cultures", "were", "requested", ",", "including", "Actinomyces", ",", "Nocardia", "and", "Mycobacteria", ")", ".", "On", "the", "same", "day", "as", "the", "drainage", "catheter", "was", "placed", ",", "Microbiology", "was", "notified", "due", "to", "suspicion", "in", "the", "gram", "image", "of", "possible", "Actinomyces", "(", "hyphae", "and", "hyphal", "bundles", ")", ",", "so", "linezolid", "600mg", "/", "12h", "IV", "was", "added", "to", "the", "treatment", ".", "The", "clinical", "course", "was", "favourable", ",", "with", "disappearance", "of", "fever", ",", "normalisation", "of", "laboratory", "tests", "and", "improvement", "in", "general", "condition", ".", "Finally", ",", "the", "presence", "of", "Actinomyces", "was", "confirmed", "by", "PCR", ",", "so", "antibiotic", "treatment", "was", "simplified", "and", "continued", "for", "6", "months", ".", "The", "importance", "of", "this", "case", "lies", "in", "the", "fact", "that", "microorganisms", "that", "are", "uncommon", "in", "the", "aetiology", "of", "intra-abdominal", "abscesses", "should", "be", "considered", "in", "order", "to", "be", "able", "to", "request", "their", "culture", "and", "thus", "be", "able", "to", "treat", "them", ".", "In", "our", "patient", "the", "only", "risk", "factor", "for", "this", "type", "of", "infection", "is", "the", "immunosuppression", "of", "Diabetes", "Mellitus", "." ]

[ 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Female", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 6 }, { "text": "insect", "label": "SPECIES", "start": 828, "end": 834 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 794, "end": 801 }, { "text": "dog", "label": "SPECIES", "start": 885, "end": 888 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 905, "end": 912 }, { "text": "Actinomyces", "label": "SPECIES", "start": 1542, "end": 1553 }, { "text": "Actinomyces", "label": "SPECIES", "start": 1709, "end": 1720 }, { "text": "Mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 1568, "end": 1580 }, { "text": "Nocardia", "label": "SPECIES", "start": 1555, "end": 1563 }, { "text": "bacilloscopy", "label": "SPECIES", "start": 1482, "end": 1494 }, { "text": "hyphae", "label": "SPECIES", "start": 1722, "end": 1728 }, { "text": "Actinomyces", "label": "SPECIES", "start": 1966, "end": 1977 }, { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 2117, "end": 2131 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2301, "end": 2308 } ]

[ "Anamnesis", "A", "52-year-old", "man", "from", "Paraguay", "(", "resident", "in", "Spain", "for", "the", "last", "7", "years", ")", ",", "smoker", "of", "approximately", "3-4", "cigarettes", "a", "day", "and", "with", "a", "personal", "history", "of", "arterial", "hypertension", "of", "several", "years", "of", "evolution", "with", "regular", "control", ".", "He", "denies", "other", "toxic", "habits", "and", "has", "no", "other", "vascular", "risk", "factors", ".", "He", "is", "independent", "for", "basic", "activities", "of", "daily", "living", "and", "works", "in", "the", "construction", "sector", ".", "He", "is", "not", "currently", "following", "any", "regular", "treatment", ".", "The", "patient", "came", "to", "the", "emergency", "department", "because", ",", "having", "been", "previously", "asymptomatic", ",", "on", "6", "/", "6", "/", "2013", "he", "woke", "up", "with", "a", "feeling", "of", "dizziness", ",", "gait", "instability", "and", "temporospatial", "disorientation", ".", "He", "had", "no", "other", "symptoms", "of", "motor", "focality", "and", "also", "reported", "no", "headache", ",", "fever", "or", "previous", "infectious", "symptoms", ".", "On", "arrival", "at", "the", "ED", ",", "the", "patient", "'", "s", "blood", "pressure", "was", "216", "/", "136", "mmHg", ".", "Physical", "examination", "Good", "general", "condition", ".", "Two", "pigmented", "skin", "plaques", "in", "the", "left", "pretibial", "region", ".", "The", "rest", "of", "the", "general", "examination", "was", "unaltered", ".", "Neurological", "examination", ":", "conscious", "and", "disoriented", "in", "time", "and", "space", ".", "Language", ":", "diminished", "fluency", ",", "occasional", "altered", "nomination", ",", "normal", "repetition", "and", "comprehension", ".", "No", "dysarthria", ".", "Cranial", "nerves", "normal", ".", "Motor", "system", ":", "tone", "and", "trophism", "preserved", ".", "Muscle", "balance", "(", "BM", ")", "4", "+", "/", "5", "in", "the", "right", "lower", "limb", "(", "in", "the", "rest", "of", "the", "limbs", "BM", "5", "/", "5", ")", ".", "Sensibility", "preserved", "and", "symmetrical", ".", "Osteotendinous", "reflexes", "present", "and", "symmetrical", ".", "Bilateral", "cutaneous-plantar", "flexor", "reflex", ".", "No", "dysmetria", "or", "dysdiadochokinesia", ".", "Score", "on", "the", "NIHSS", "scale", "0", "points", ".", "Complementary", "tests", "-", "Laboratory", "data", ":", "normal", "haemogram", ",", "coagulation", "and", "biochemistry", ".", "-", "Cerebrospinal", "fluid", "(", "CSF", ")", ":", "total", "protein", "844", "mg", "/", "dl", "(", "75-320", ")", ",", "normal", "glycorrhachia", ",", "neurospecific", "enolase", "52", ".", "2", "ng", "/", "ml", "(", "0", ".", "5-8", ".", "5", ")", ",", "myelin", "basic", "protein", "6", ".", "6", "ng", "/", "ml", "(", "0", ".", "1-1", ".", "5", ")", ".", "Syphilis", "IgG", "serology", "positive", "(", "VDRL", "negative", ",", "PCR", "negative", ")", ".", "Other", "serologies", "(", "Cysticercus", ",", "HIV", ",", "brucellosis", ",", "toxoplasma", ",", "rubella", ",", "cytomegalovirus", ")", "negative", ".", "-", "Serum", "microbiology", ":", "serology", "syphilis", "IgG", "positive", ",", "RPR", "positive", "1", "⁄", "4", "⁄", "4", ";", "TPPA", "positive", ".", "Other", "serologies", "(", "Cysticercus", ",", "Brucella", ",", "toxoplasma", ",", "rubella", ",", "cytomegalovirus", ",", "histoplasma", ")", "negative", ".", "-", "Brain", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", "scan", "on", "admission", "(", "7", "/", "3", "/", "2013", ")", ":", "cerebral", "haemorrhage", "in", "the", "thalamus", "and", "posterior", "arm", "of", "the", "internal", "capsule", ",", "measuring", "approximately", "19", "x", "36", "mm", "with", "mass", "effect", "and", "midline", "shift", "of", "3", ".", "7", "mm", ".", "Brain", "CT", "scan", "performed", "on", "patient", "'", "s", "admission", "showing", "left", "thalamo-capsular", "haemorrhage", ".", "1B", ".", "Brain", "CT", "scan", "performed", "26", "days", "after", "admission", "showing", "resolution", "of", "the", "haemorrhage", "and", "the", "appearance", "of", "hypodense", "lesions", "in", "the", "bihemispheric", "white", "matter", ".", "-", "CT", "scan", "of", "the", "brain", "(", "3", "/", "4", "/", "2013", ")", ":", "left", "thalamic", "haemorrhage", "resolving", ".", "Hypodense", "lesions", "in", "the", "periventricular", "white", "matter", "and", "semioval", "centres", ".", "-", "Magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", "brain", "(", "12", "/", "4", "/", "2013", ")", ":", "left", "posterior", "thalamic", "haemorrhagic", "lesion", ".", "Small", "hyperintense", "foci", "in", "T2", "and", "FLAIR", "in", "the", "white", "matter", ",", "without", "oedema", "or", "mass", "effect", ".", "These", "lesions", "do", "not", "show", "uptake", "after", "contrast", "administration", ".", "-", "Cerebral", "arteriography", "(", "6", "/", "5", "/", "2013", ")", ":", "discrete", "isolated", "segmental", "irregularities", "in", "the", "branches", "of", "both", "pericallosal", "arteries", "of", "the", "right", "posterior", "frontal", "convexity", ",", "and", "somewhat", "more", "evident", "also", "of", "a", "branch", "of", "the", "left", "pericallosal", "artery", "at", "the", "left", "parasagittal", "parietal", "level", ".", "Axial", "FLAIR", "sequence", "of", "the", "brain", "MRI", "showing", "multiple", "subcortical", "bihemispheric", "hyperintense", "lesions", "of", "probable", "ischaemic", "aetiology", ".", "Cerebral", "arteriography", "of", "the", "patient", "showing", "discrete", "segmental", "irregularities", "in", "the", "branches", "of", "the", "pericallosal", "artery", ".", "Diagnosis", "Left", "cerebral", "thalamo-capsular", "haemorrhage", "secondary", "to", "arterial", "hypertension", ".", "White", "matter", "lesions", "of", "probable", "ischaemic", "aetiology", ".", "Possible", "infectious", "arteriopathy", ".", "Tertiary", "syphilis", "with", "central", "nervous", "system", "involvement", "(", "probable", "meningovascular", "syphilis", ")", ".", "Subcortical", "dementia", "of", "multifactorial", "aetiology", "(", "vascular", "and", "infectious", ")", ".", "Treatment", "The", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "Stroke", "Unit", ",", "where", "anti-edema", "and", "anti-hypertensive", "therapy", "was", "started", ",", "although", "blood", "pressure", "figures", "remained", "poorly", "controlled", ",", "so", "he", "was", "transferred", "to", "the", "Intensive", "Care", "Unit", "(", "ICU", ")", ",", "where", "control", "of", "blood", "pressure", "was", "achieved", ",", "During", "his", "stay", "in", "the", "ICU", ",", "he", "presented", "complications", "such", "as", "sepsis", "secondary", "to", "tracheobronchitis", "due", "to", "Acinetobacter", "baumanii", ",", "resolved", "after", "antibiotic", "treatment", ",", "and", "pulmonary", "thromboembolism", "requiring", "the", "implantation", "of", "a", "vena", "cava", "filter", ".", "Evolution", "From", "the", "neurological", "point", "of", "view", ",", "the", "patient", "developed", "subcortical", "cognitive", "impairment", "with", "marked", "attentional", "and", "executive", "function", "deficits", ".", "(", "Mini", "Mental", "State", "Exaination", "[", "MMSE", "]", "score", "of", "16", "/", "30", ")", ",", "a", "mild", "paresis", "persists", "in", "the", "right", "lower", "limb", "(", "BM", "4", "+", "/", "5", ")", "and", "a", "nominative", "aphasia", "with", "frequent", "paraphasias", ".", "Positive", "syphilis", "serologies", "were", "detected", "in", "blood", "and", "CSF", "(", "possibly", "artefacts", "of", "a", "previous", "course", "of", "antibiotics", ")", ",", "and", "treatment", "with", "penicillin", "was", "started", "for", "14", "days", ".", "A", "brain", "CT", "scan", "performed", "on", "the", "ward", "showed", "multiple", "subcortical", "hypodense", "lesions", "that", "had", "not", "appeared", "on", "previous", "scans", ",", "so", "the", "differential", "diagnosis", "of", "these", "lesions", "was", "considered", "to", "be", "more", "likely", "due", "to", "an", "infectious", "or", "ischaemic", "cause", ".", "The", "patient", "evolved", "favourably", ",", "with", "an", "MMSE", "score", "of", "25", "/", "30", "after", "completing", "treatment", "with", "penicillin", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 140, "end": 148 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 454, "end": 461 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 784, "end": 791 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1869, "end": 1872 }, { "text": "cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 1908, "end": 1923 }, { "text": "Syphilis", "label": "SPECIES", "start": 1776, "end": 1784 }, { "text": "toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 1887, "end": 1897 }, { "text": "VDRL", "label": "SPECIES", "start": 1808, "end": 1812 }, { "text": "Cysticercus", "label": "SPECIES", "start": 1856, "end": 1867 }, { "text": "brucellosis", "label": "SPECIES", "start": 1874, "end": 1885 }, { "text": "rubella", "label": "SPECIES", "start": 1899, "end": 1906 }, { "text": "Brucella", "label": "SPECIES", "start": 2055, "end": 2063 }, { "text": "cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 2086, "end": 2101 }, { "text": "histoplasma", "label": "SPECIES", "start": 2103, "end": 2114 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 3738, "end": 3746 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 3813, "end": 3821 }, { "text": "Acinetobacter baumanii", "label": "SPECIES", "start": 4286, "end": 4308 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3915, "end": 3922 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4479, "end": 4486 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5174, "end": 5181 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 4760, "end": 4768 } ]

[ "Anamnesis", "48-year-old", "woman", ",", "with", "no", "known", "drug", "allergies", ",", "smoker", "of", "20", "cigarettes", "a", "day", ",", "consumer", "of", "about", "80", "g", "of", "alcohol", "a", "day", "and", "sporadic", "cocaine", "user", ".", "Diagnosed", "with", "extrinsic", "asthma", "being", "treated", "with", "inhaled", "corticosteroids", ".", "Independent", "and", "active", "at", "work", ".", "She", "presented", "at", "home", "with", "an", "abrupt", "decrease", "in", "the", "level", "of", "consciousness", "together", "with", "involuntary", "movements", "of", "the", "extremities", "lasting", "one", "hour", ",", "suggestive", "of", "generalised", "tonic-clonic", "status", "epilepticus", ".", "A", "few", "hours", "before", "the", "onset", ",", "he", "reported", "alcohol", "abuse", ".", "On", "arrival", "at", "the", "ED", ",", "status", "epilepticus", "persisted", ",", "requiring", "intravenous", "treatment", "with", "benzodiazepines", "(", "10", "mg", "diazepam", ")", "and", "levetiracetam", "(", "1", ",", "000", "mg", ")", ",", "with", "cessation", "of", "the", "episode", ".", "The", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "ICU", "for", "haemodynamic", "and", "respiratory", "stabilisation", ",", "with", "orotracheal", "intubation", ".", "Physical", "examination", "On", "initial", "assessment", ",", "blood", "pressure", "was", "124", "/", "80", "mmHg", ",", "heart", "rate", "120", "bpm", ",", "blood", "glucose", "90", "mg", "/", "dl", ",", "oxygen", "saturation", "98", "%", "with", "oxygen", "therapy", ";", "the", "patient", "had", "no", "fever", ".", "General", "examination", "was", "normal", ".", "Neurologically", "she", "was", "in", "a", "post-critical", "state", ",", "with", "a", "Glasgow", "scale", "score", "of", "8", "/", "15", "(", "O4V1M3", ")", ",", "without", "neurological", "focality", "or", "meningeal", "signs", ".", "Complementary", "tests", "-", "General", "laboratory", "tests", ":", "macrocytic", "anaemia", "(", "haemoglobin", "12", ".", "2", "g", "/", "dl", ",", "MCV", "104", "fl", ")", ",", "thrombopenia", "(", "99", ",", "000", "/", "mm3", ")", ",", "acute", "renal", "failure", "(", "creatinine", "1", ".", "93", "mg", "/", "dl", ")", ",", "hyponatraemia", "(", "130", "mmol", "/", "l", ")", ",", "hypertransaminasemia", "(", "GOT", "310", "IU", "/", "l", ",", "GPT", "100", "IU", "/", "l", ",", "GGT", "2", ".", "123", "IU", "/", "l", "and", "alkaline", "phosphatase", "230", "IU", "/", "l", ")", ",", "hyperkalaemia", "(", "CPK", "901", "IU", "/", "l", ",", "CKMB", "64", "IU", "/", "l", ")", "and", "slightly", "increased", "cardiac", "enzymes", "(", "ultrasensitive", "troponin", "T", "51", ".", "43", "ng", "/", "l", ")", ".", "Total", "cholesterol", "218", "mg", "/", "dl", ",", "LDL", "cholesterol", "119", "mg", "/", "dl", "and", "HDL", "cholesterol", "82", "mg", "/", "dl", ".", "-", "Urine", "system", ":", "no", "findings", "of", "interest", ".", "-", "Serology", ":", "hepatitis", "B", "and", "C", "virus", "and", "human", "immunodeficiency", "virus", "negative", ".", "-", "Electrocardiogram", ":", "sinus", "rhythm", "at", "113", "bpm", ",", "ST-segment", "elevation", "in", "V1", "to", "V3", "with", "T-wave", "inversion", "in", "these", "leads", "and", "QT", "interval", "of", "560", "ms", ".", "-", "Chest", "X-ray", ":", "no", "alterations", "of", "interest", ".", "-", "Baseline", "and", "contrast-enhanced", "brain", "CT", ":", "no", "relevant", "findings", "or", "pathological", "enhancements", ".", "-", "The", "initial", "transthoracic", "echocardiogram", "showed", "severe", "left", "ventricular", "systolic", "dysfunction", "with", "an", "ejection", "fraction", "of", "25-30", "%", ".", "Contractility", "was", "preserved", "at", "the", "level", "of", "the", "basal", "segments", "with", "generalised", "akinesia", "of", "the", "remaining", "segments", ".", "The", "right", "ventricle", "and", "valves", "were", "normal", ".", "A", "mild", "anterior", "pericardial", "effusion", "with", "fibrinous", "content", "was", "also", "visualised", ".", "-", "Coronary", "angiography", "was", "performed", ",", "with", "mild", "vasospasm", "of", "the", "anterior", "descending", "coronary", "artery", ",", "which", "subsided", "with", "intravenous", "infusion", "of", "nitroglycerine", ".", "-", "Electroencephalogram", "at", "48", "hours", ":", "tracing", "within", "normal", "limits", ".", "Electrocardiogram", "showing", "ST-segment", "elevation", "and", "T-wave", "inversion", "in", "V1", "to", "V3", ".", "Cardiac", "MRI", "with", "signs", "of", "intramyocardial", "oedema", ".", "Diagnosis", "Tako-tsubo", "stress", "cardiomyopathy", "secondary", "to", "status", "epilepticus", ".", "Treatment", "Maintenance", "antiepileptic", "treatment", "with", "levetiracetam", "was", "maintained", ",", "with", "good", "response", ",", "and", "the", "patient", "did", "not", "present", "new", "seizures", ".", "Vitamin", "B1", ",", "B6", ",", "B12", "and", "folic", "acid", "replacement", "therapy", "was", "also", "started", ",", "and", "alcohol", "deprivation", "prophylaxis", "was", "initiated", "with", "tiaprizal", "and", "dipotassium", "clorazepate", ".", "Evolution", "During", "her", "admission", ",", "the", "patient", "showed", "progressive", "improvement", "in", "the", "level", "of", "consciousness", "in", "the", "first", "24", "hours", ",", "with", "no", "neurological", "focality", "and", "haemodynamically", "stable", ",", "and", "she", "was", "extubated", ".", "Renal", "function", "and", "ionic", "alterations", "normalised", "in", "the", "first", "48", "hours", ".", "Hypertransaminasemia", ",", "macrocytic", "anaemia", "and", "thrombocytopenia", "persisted", ",", "most", "likely", "of", "enolic", "origin", ",", "suggesting", "chronic", "alcoholic", "liver", "disease", ".", "Both", "the", "elevation", "of", "cardiac", "enzymes", "and", "the", "electrocardiographic", "and", "echocardiographic", "changes", "were", "within", "the", "normal", "range", "over", "the", "next", "72", "hours", ".", "A", "cardiac", "MRI", "was", "performed", ",", "which", "showed", "globally", "preserved", "systolic", "function", "and", "signs", "of", "intramyocardial", "oedema", "in", "the", "anterior", "aspect", "and", "septum", "of", "the", "left", "ventricle", "reinforcing", "the", "diagnosis", "of", "transient", "apical", "dyskinesia", "syndrome", ".", "No", "macroscopic", "myocardial", "necrosis", "or", "fibrosis", "was", "evident", "after", "gadolinium", "administration", ".", "Given", "the", "tendency", "to", "vasospasm", "seen", "on", "coronary", "angiography", ",", "it", "was", "decided", "to", "add", "calcium", "antagonist", "treatment", "at", "discharge", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 27 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 717, "end": 724 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 994, "end": 1001 }, { "text": "human immunodeficiency virus", "label": "SPECIES", "start": 1787, "end": 1815 }, { "text": "hepatitis B and C virus", "label": "SPECIES", "start": 1759, "end": 1782 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3025, "end": 3032 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3267, "end": 3274 } ]

[ "CLINICAL", "HISTORY", "REASON", "FOR", "CONSULTATION", ":", "Male", "patient", "aged", "14", "years", "who", "attended", "the", "Emergency", "Department", "of", "the", "referral", "hospital", "for", "a", "skin", "rash", ".", "PERSONAL", "HISTORY", ":", "No", "known", "drug", "allergies", ".", "Mild", "atopic", "dermatitis", ".", "Complete", "vaccination", "schedule", ".", "CURRENT", "MEDICAL", "HISTORY", ":", "Pruritic", "rash", ",", "with", "centrifugal", "progression", "in", "the", "last", "12", "hours", ".", "Not", "accompanied", "by", "fever", "or", "other", "symptoms", ".", "No", "changes", "in", "daily", "habits", ",", "no", "contact", "with", "new", "products", ",", "ingestion", "of", "unusual", "foods", ",", "or", "contact", "with", "animals", ".", "There", "are", "no", "other", "people", "in", "their", "environment", "with", "similar", "symptoms", ".", "She", "reported", "at", "least", "two", "episodes", "of", "profuse", "sweating", "on", "previous", "nights", ".", "The", "day", "before", "he", "finished", "treatment", "with", "Amoxicillin", "for", "a", "bacterial", "\"", "pharyngitis", "\"", "without", "confirmation", "with", "TDR", "for", "EBHGA", "or", "culture", ".", "PHYSICAL", "EXAMINATION", ":", "BEG", ",", "normohydrated", ",", "eupneic", ".", "Generalised", "macular", "exanthema", ",", "more", "accentuated", "on", "the", "trunk", ",", "which", "respects", "palms", "and", "soles", ".", "No", "scratching", "lesions", ".", "No", "soft", "tissue", "or", "joint", "oedema", ".", "No", "significant", "cervical", "adenopathy", "or", "hepato", "/", "splenomegaly", ".", "ENT", ":", "no", "tonsillar", "hypertrophy", ",", "no", "exudates", ",", "no", "enanthema", ".", "The", "rest", "of", "the", "examination", "by", "apparatus", "is", "normal", ".", "CLINICAL", "JUDGEMENT", ":", "Non-specific", "pruritic", "exanthema", ".", ".", ".", ".", "TREATMENT", ":", "Desloratadine", "5", "mg", "/", "day", "EVOLUTION", "Our", "patient", "attended", "the", "health", "centre", "24", "hours", "later", ":", "The", "exanthema", "persists", "but", "is", "not", "urticarial", "in", "nature", ".", "TRD", "for", "EBHGA", ":", "negative", ".", "Diagnosis", ":", "urticaria", "Treatment", ":", "Methylprednisolone", "40", "mg", "IM", "Prednisone", "30", "mg", "oral", "for", "three", "days", ".", "Three", "days", "later", "he", "comes", "in", "for", "abdominal", "pain", ".", "He", "remains", "afebrile", ":", "Physical", "examination", "Generalised", "macular", "rash", "on", "the", "trunk", "and", "EESS", ".", "Pharyngo-tonsillar", "hyperemia", "without", "exudate", ".", "Submandiblular", "and", "left", "laterocervical", "adenopathies", ".", "TDR", "for", "EBHGA", ":", "positive", "Diagnosis", ":", "Scarlet", "fever", "Treatment", ":", "Amoxicillin-Clavulanic", "acid", "500", "/", "125", "mg", "every", "8h", "7", "days", ".", "Treatment", "with", "oral", "prednisone", "is", "discontinued", "Two", "days", "later", ":", "Progression", "of", "macular", "exanthema", ",", "not", "confluent", ",", "extending", "to", "acral", "areas", ",", "respecting", "palms", "and", "soles", "and", "with", "facial", "involvement", ",", "not", "scratchy", ",", "no", "predominance", "of", "folds", ",", "no", "pastia", "lines", ",", "does", "not", "respect", "Filatov", "'", "s", "triangle", ".", "No", "strawberry", "tongue", ".", "Hypertrophic", "tonsils", ",", "hyperemic", ",", "with", "whitish", "exudate", ".", "Bilateral", "laterocervical", "adenopathies", ".", "No", "splenomegaly", "or", "hepatomegaly", ".", "Referred", "to", "the", "emergency", "department", "for", "urgent", "laboratory", "tests", ":", "Lymphomonocytosis", "(", "leukocytes", "18", ",", "700", ":", "N", "23", ".", "9", "%", ";", "L", "65", ".", "9", "%", ";", "M", "9", ".", "2", "%", ")", ".", "Positive", "rapid", "test", "for", "EBV", "GOT", "60", "and", "GPT", "78", "Diagnosis", ":", "INFECTIOUS", "MONONUCLEOSIS", ".", "Antibiotic", "discontinued", ".", "Symptomatic", "treatment", "After", "48", "hours", "almost", "complete", "resolution", "of", "the", "exanthem", ".", "And", "progressive", "remission", "of", "the", "symptoms", "in", "two", "weeks", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Male patient", "label": "HUMAN", "start": 43, "end": 55 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 48, "end": 55 }, { "text": "PERSONAL", "label": "HUMAN", "start": 151, "end": 159 }, { "text": "vaccination", "label": "SPECIES", "start": 227, "end": 238 }, { "text": "animals", "label": "SPECIES", "start": 487, "end": 494 }, { "text": "EBHGA", "label": "SPECIES", "start": 759, "end": 764 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 701, "end": 710 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1255, "end": 1262 }, { "text": "EBHGA", "label": "SPECIES", "start": 1370, "end": 1375 }, { "text": "EBHGA", "label": "SPECIES", "start": 1732, "end": 1737 }, { "text": "strawberry", "label": "SPECIES", "start": 2135, "end": 2145 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 2437, "end": 2440 } ]

[ "We", "present", "the", "case", "of", "a", "30-month-old", "girl", "who", "came", "to", "the", "emergency", "department", "for", "presenting", "in", "the", "last", "two", "days", "with", "slight", "gait", "instability", "and", "intention", "tremor", ".", "The", "parents", "reported", "that", "three", "weeks", "earlier", "a", "mild", "generalised", "rash", "without", "fever", "had", "appeared", ",", "which", "resolved", "spontaneously", "in", "a", "few", "days", ".", "His", "personal", "history", "included", "no", "known", "allergies", "or", "previous", "trauma", "and", "his", "vaccination", "schedule", "was", "up", "to", "date", ",", "including", "varicella", "(", "chickenpox", ")", ".", "Her", "psychomotor", "development", "was", "normal", ".", "She", "was", "re-evaluated", "48", "hours", "later", ",", "highlighting", "a", "worsening", "of", "ataxia", "that", "prevented", "her", "from", "standing", "upright", ",", "associated", "with", "severe", "irritability", "and", "irregular", "sleep", ".", "Physical", "examination", "on", "admission", "showed", "the", "patient", "to", "be", "in", "good", "nutritional", "condition", "and", "there", "were", "no", "meningeal", "signs", ",", "external", "signs", "of", "trauma", "or", "other", "pathological", "findings", ".", "The", "neurological", "examination", "revealed", "slurred", "but", "intelligible", "speech", "appropriate", "to", "the", "context", ",", "cerebellar", "ataxia", ",", "and", "intense", "and", "generalised", "intention", "tremor", ".", "Cranial", "nerves", ",", "strength", ",", "muscle", "tone", "and", "osteotendinous", "reflexes", "were", "normal", "and", "symmetrical", ".", "On", "admission", ",", "electroencephalogram", "(", "EEG", ")", "and", "brain", "tomography", "(", "CT", ")", "with", "iodine", "contrast", "were", "performed", ",", "which", "revealed", "no", "electroencephalographic", "or", "structural", "abnormalities", ".", "Urine", "toxins", "were", "negative", ".", "Lumbar", "puncture", "showed", "mild", "lymphorrhoea", "with", "negative", "biochemistry", "and", "cultures", ",", "including", "Herpes", "group", ",", "neurotropic", "virus", "and", "Borrelia", ".", "Serology", "for", "Herpes", "simplex", "virus", ",", "Epstein-Barr", ",", "Varicella-zoster", ",", "enterovirus", ",", "Salmonella", "sp", ".", ",", "Streptococcus", "pyogenes", "and", "Borrelia", "burgdoferi", "showed", "no", "pathological", "findings", ".", "On", "the", "fifth", "day", "after", "symptom", "onset", ",", "the", "patient", "presented", "with", "intention", "tremor", "and", "severe", "truncal", "ataxia", "that", "made", "sitting", "difficult", ".", "The", "tremor", "was", "aggravated", "by", "probable", "intentionally", "reinforcing", "myoclonus", "and", "the", "irritability", "was", "extreme", ".", "Rapid", ",", "saccadic", ",", "multidirectional", ",", "chaotic", "but", "conjugated", "eye", "movements", "then", "appeared", ",", "which", "were", "also", "visible", "with", "the", "eyes", "closed", ",", "and", "which", "decreased", "when", "the", "patient", "was", "able", "to", "fixate", "his", "gaze", ".", "Given", "the", "clinical", "diagnosis", "of", "opsoclonus", "(", "SOMA", ")", ",", "the", "search", "for", "a", "possible", "tumour", "was", "initiated", ".", "An", "abdominal", "ultrasound", "was", "requested", ",", "with", "normal", "results", ",", "and", "a", "simple", "chest", "X-ray", "showed", "a", "left", "parasternal", "thoracic", "mass", ".", "A", "thoracic", "CT", "scan", "showed", "a", "left", "paravertebral", "intrathoracic", "mass", ",", "compatible", "with", "NCT", ",", "confirmed", "after", "surgery", "as", "localised", "ganglioneuroblastoma", ".", "Neuron-specific", "enolase", "in", "blood", "and", "24-hour", "urine", "catecholamines", "were", "also", "requested", "and", "found", "to", "be", "normal", ".", "The", "opsoclonus", "decreased", "after", "initiation", "of", "high-dose", "oral", "prednisone", "(", "2", "mg", "/", "kg", "/", "day", ")", ",", "and", "was", "no", "longer", "observed", "15", "days", "after", "surgery", ".", "Ataxia", "and", "irritability", "improved", "markedly", ",", "but", "one", "year", "later", "she", "still", "requires", "treatment", "with", "oral", "prednisone", "at", "minimal", "daily", "doses", "for", "relapses", "of", "mild", "gait", "instability", "and", "irritability", ",", "with", "no", "evidence", "of", "tumour", "recurrence", "to", "date", ".", "His", "psychomotor", "development", "continues", "to", "progress", "normally", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "girl", "label": "HUMAN", "start": 38, "end": 42 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 712, "end": 719 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 171, "end": 178 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 313, "end": 321 }, { "text": "vaccination", "label": "SPECIES", "start": 385, "end": 396 }, { "text": "Borrelia", "label": "SPECIES", "start": 1437, "end": 1445 }, { "text": "Borrelia", "label": "SPECIES", "start": 1570, "end": 1578 }, { "text": "Borrelia burgdoferi", "label": "SPECIES", "start": 1570, "end": 1589 }, { "text": "Epstein-Barr", "label": "SPECIES", "start": 1482, "end": 1494 }, { "text": "Salmonella sp", "label": "SPECIES", "start": 1527, "end": 1540 }, { "text": "Streptococcus pyogenes", "label": "SPECIES", "start": 1543, "end": 1565 }, { "text": "Varicella-zoster", "label": "SPECIES", "start": 1496, "end": 1512 }, { "text": "enterovirus", "label": "SPECIES", "start": 1514, "end": 1525 }, { "text": "Herpes simplex virus", "label": "SPECIES", "start": 1460, "end": 1480 }, { "text": "Herpes", "label": "SPECIES", "start": 1401, "end": 1407 }, { "text": "Herpes", "label": "SPECIES", "start": 1460, "end": 1466 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1665, "end": 1672 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2030, "end": 2037 } ]

[ "A", "73-year-old", "patient", "with", "a", "history", "of", "arterial", "hypertension", "and", "polyarthrosis", "presented", "to", "the", "emergency", "department", "with", "abdominal", "distension", "and", "pain", "associated", "with", "constipation", "and", "febrile", "fever", ".", "The", "symptoms", "had", "started", "three", "weeks", "earlier", "and", "worsened", "during", "the", "four", "days", "prior", "to", "admission", ".", "During", "this", "period", ",", "an", "upper", "gastrointestinal", "fibroendoscopy", "(", "oesophagus", ",", "stomach", "and", "duodenum", ")", "and", "a", "colonoscopy", "(", "up", "to", "the", "splenic", "angle", ")", "were", "performed", ",", "but", "no", "abnormalities", "were", "found", ".", "Physical", "examination", "revealed", "a", "low-grade", "fever", "(", "37", ".", "6o", "C", ")", ",", "a", "distended", "abdomen", ",", "diffusely", "painful", "on", "palpation", ",", "tympanised", "on", "percussion", ",", "with", "scant", "borborygmi", "but", "no", "evidence", "of", "peritonism", ",", "pulmonary", "auscultation", "with", "decreased", "ventilation", "in", "the", "lower", "half", "of", "the", "right", "hemithorax", "and", "the", "onset", "of", "intense", "pain", "on", "palpation", "and", "percussion", "of", "the", "last", "three", "dorsal", "spinous", "processes", ".", "Analyses", "showed", "8", ".", "2", "x", "109", "leukocytes", "/", "L", ",", "haemoglobin", "136", "g", "/", "L", ",", "platelets", "186", "x", "109", "/", "L", ".", "Except", "for", "glycaemia", "(", "123", "mg", "/", "dl", ")", ",", "the", "following", "laboratory", "parameters", "were", "normal", "or", "negative", ":", "urea", ",", "creatinine", ",", "bilirubin", ",", "transaminases", ",", "gamma-glutamyltranspeptidase", ",", "sodium", ",", "potassium", ",", "chlorine", ",", "calcium", ",", "phosphorus", ",", "creatine", "phosphokinase", ",", "amylase", ",", "lactate", "dehydrogenase", "(", "LDH", ")", ",", "proteinogram", ",", "immunoglobulin", "dosage", ",", "alpha-fetoprotein", ",", "CA", "19", "antigens", ".", "9", "and", "CA", "125", "antigens", ",", "as", "well", "as", "general", "urinalysis", ".", "ESR", "and", "C-reactive", "protein", "were", "elevated", ",", "with", "values", "of", "85", "mm", "/", "1a", "h", "and", "133", "mg", "/", "L", "(", "normal", "<", "5", "mg", "/", "L", ")", ",", "respectively", ".", "Mantoux", "intradermal", "reaction", "(", "10", "IU", "RT-23", ")", "was", "positive", ",", "with", "an", "induration", "of", "25", "mm", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "an", "image", "compatible", "with", "right", "lower", "lobe", "atelectasis", "in", "the", "context", "of", "an", "ipsilateral", "pleural", "effusion", ".", "There", "were", "no", "signs", "suggestive", "of", "adenopathy", "or", "alterations", "in", "the", "cardiopericardial", "silhouette", ".", "A", "thoracoabdominal", "CT", "scan", "confirmed", "the", "existence", "of", "a", "right", "pleural", "effusion", "and", "identified", "prominent", "degenerative", "changes", "along", "the", "dorsolumbar", "spine", "but", ",", "above", "all", ",", "erosions", "in", "the", "vertebral", "plates", "adjacent", "to", "the", "D10-D11", "disc", "space", ".", "A", "lumbar", "MRI", "showed", "hyposignal", "on", "T1-weighted", "sequences", "and", "hypersignal", "on", "T2-weighted", "sequences", "in", "these", "vertebrae", "and", "their", "corresponding", "disc", ",", "with", "morphological", "alterations", "typical", "of", "infectious", "spondylodiscitis", "D10-D11", ".", "Three", "serial", "blood", "cultures", "were", "negative", ".", "Samples", "obtained", "by", "aspiration", "of", "the", "D10-D11", "space", "showed", "gram-positive", "cocci", "chains", ",", "which", "were", "subsequently", "recovered", "and", "typed", "as", "penicillin-sensitive", "Streptococcus", "pneumoniae", ".", "Pleural", "fluid", "analysis", "showed", "pH", ":", "7", ".", "55", ";", "leucocytes", ":", "8", ".", "4", "x", "109", "/", "L", "(", "58", "%", "neutrophils", ",", "26", "%", "eosinophils", ",", "16", "%", "lymphocytes", ")", ",", "protein", ":", "48", "g", "/", "L", "(", "ratio", "to", "serum", "protein", ":", "0", ".", "65", ")", ",", "glucose", ":", "125", "mg", "/", "dl", ",", "ADA", ":", "25", ".", "92", "IU", "/", "ml", ",", "LDH", ":", "362", "U", "/", "L", "(", "pleural", "LDH", "/", "serum", "LDH", "ratio", ":", "0", ".", "8", ")", ".", "Both", "auramine-rhodamine", "staining", "and", "Löwenstein-Jensen", "medium", "culture", "of", "pleural", "fluid", "were", "negative", "and", "cytology", "showed", "no", "evidence", "of", "neoplastic", "cells", ".", "The", "patient", "was", "initially", "treated", "intravenously", "with", "amoxicillin", "+", "clavulanic", "acid", "(", "1", "g", "/", "200", "mg", ",", "every", "8", "hours", ")", ".", "After", "21", "days", ",", "she", "was", "switched", "to", "the", "oral", "route", "(", "875", "/", "125", "mg", ",", "every", "8", "hours", ")", "for", "6", "weeks", ".", "The", "evolution", "was", "favourable", "and", "she", "was", "able", "to", "start", "walking", "with", "a", "dorsolumbar", "corset", "after", "the", "fourth", "week", ".", "One", "month", "after", "the", "end", "of", "antibiotic", "therapy", ",", "a", "follow-up", "chest", "CT", "scan", "still", "showed", "a", "discrete", "pleural", "effusion", ",", "but", "the", "patient", "had", "only", "mild", "mechanical", "dorsalgia", ",", "her", "ESR", "had", "decreased", "to", "21", "mm", "/", "1h", "and", "her", "CRP", "was", "2", ".", "4", "mg", "/", "L", ".", "Outpatient", "follow-up", "continued", "for", "a", "further", "three", "years", ",", "during", "which", "time", "the", "evolution", "was", "favourable", "and", "a", "D10-D11", "vertebral", "block", "was", "formed", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 21 }, { "text": "gram-positive cocci", "label": "SPECIES", "start": 2363, "end": 2382 }, { "text": "penicillin-sensitive Streptococcus pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 2438, "end": 2483 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2896, "end": 2903 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3334, "end": 3341 } ]

[ "A", "22", "year", "old", "man", "came", "for", "consultation", "because", "he", "had", "presented", "for", "4", "months", "with", "painful", "lymphadenopathy", "in", "the", "left", "laterocervical", "region", ",", "which", "did", "not", "decrease", "in", "size", "with", "antibiotics", "or", "NSAIDs", ".", "He", "reported", "several", "days", "of", "fever", "of", "up", "to", "38oC", "and", "profuse", "night", "sweats", ",", "coinciding", "with", "cough", "and", "pharyngeal", "discomfort", ",", "symptoms", "that", "disappeared", "in", "a", "few", "days", ".", "On", "examination", ",", "the", "patient", "presented", "an", "adenopathy", "in", "the", "left", "laterocervical", "region", "measuring", "2", "cm", "in", "diameter", ",", "not", "adhering", "to", "superficial", "or", "deep", "planes", ",", "not", "painful", "on", "palpation", "and", "with", "an", "elastic", "consistency", ".", "He", "also", "had", "two", "other", "lymphadenopathies", "of", "similar", "characteristics", ",", "approximately", "1", ".", "5", "cm", "in", "diameter", ",", "in", "the", "left", "supraclavicular", "region", "and", "right", "laterocervical", "region", ".", "The", "rest", "of", "the", "examination", "showed", "no", "findings", "of", "interest", ".", "A", "complete", "blood", "count", ",", "biochemistry", "with", "tumour", "markers", "(", "CEA", ",", "α", "FP", ",", "PSA", ")", ",", "chest", "X-ray", ",", "abdominal", "ultrasound", "and", "immunological", "study", "(", "ANAs", ",", "ANTI-RNP", ",", "ANTI-SSB", ",", "ANTI-Sm", ",", "ANTI-RO", ",", "ANTI-CENTROMER", ",", "RF", "and", "immunoglobulins", ")", "were", "performed", ",", "with", "normal", "results", ".", "Mantoux", "was", "negative", ".", "Serology", "was", "performed", ",", "with", "the", "following", "results", ":", "toxoplasmosis", ",", "brucellosis", ",", "CMV", ",", "EBV", ",", "HIV", ",", "syphilis", ",", "adenovirus", ",", "mycoplasma", ",", "HBV", ",", "HCV", ",", "Salmonella", "typhi", "and", "paratyphi", ",", "C", ".", "psitacci", ",", "pneumoniae", "and", "trachomatis", "and", "Rickettsia", "negative", ";", "immunised", "for", "rubella", "and", "measles", "(", "IgG", "+", ",", "IgM", "-", ")", ";", "positive", "serology", "for", "mumps", "(", "IgG", "+", "weak", ",", "IgM", "+", ")", ".", "Biopsy", "of", "the", "left", "laterocervical", "adenopathy", "was", "performed", ",", "with", "the", "following", "result", ":", "lymph", "node", "showing", "preserved", "architecture", ",", "except", "in", "an", "area", "affecting", "the", "cortical", "and", "paracortical", "areas", "where", "a", "necrotic", "process", "associated", "with", "T", "lymphoid", "proliferation", "was", "observed", ",", "consisting", "of", "highly", "activated", "lymphocytes", ",", "with", "the", "presence", "of", "immunoblasts", "and", "abundant", "histiocytes", ",", "many", "of", "which", "phagocytose", "cellular", "detritus", ".", "No", "granulocytes", "are", "present", ".", "The", "rest", "of", "the", "lymph", "node", "shows", "follicles", "with", "activated", "germinal", "centres", "and", "stimulation", "of", "the", "paracortical", "area", ".", "This", "biopsy", "was", "diagnostic", "of", "histiocytic", "necrotising", "lymphadenitis", "or", "Kikuchi-Fujimoto", "disease", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 385, "end": 392 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 1168, "end": 1171 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1178, "end": 1181 }, { "text": "adenovirus", "label": "SPECIES", "start": 1193, "end": 1203 }, { "text": "mycoplasma", "label": "SPECIES", "start": 1205, "end": 1215 }, { "text": "Salmonella typhi", "label": "SPECIES", "start": 1227, "end": 1243 }, { "text": "Rickettsia", "label": "SPECIES", "start": 1303, "end": 1313 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 1173, "end": 1176 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 1217, "end": 1220 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 1222, "end": 1225 }, { "text": "C. psitacci", "label": "SPECIES", "start": 1259, "end": 1270 }, { "text": "toxoplasmosis", "label": "SPECIES", "start": 1140, "end": 1153 }, { "text": "brucellosis", "label": "SPECIES", "start": 1155, "end": 1166 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 1183, "end": 1191 }, { "text": "Salmonella typhi and paratyphi", "label": "SPECIES", "start": 1227, "end": 1257 }, { "text": "C. psitacci, pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 1259, "end": 1282 }, { "text": "C. psitacci, pneumoniae and trachomatis", "label": "SPECIES", "start": 1259, "end": 1298 }, { "text": "mumps", "label": "SPECIES", "start": 1396, "end": 1401 } ]

[ "We", "present", "the", "case", "of", "a", "45-year-old", "man", "who", "presented", "with", "bilateral", "ocular", "pain", ",", "intense", "photophobia", "and", "decreased", "visual", "acuity", "(", "VA", ")", ".", "A", "fortnight", "earlier", "he", "had", "been", "diagnosed", "with", "keratoconjunctivitis", ",", "probably", "adenoviral", ",", "and", "was", "being", "treated", "with", "tobramycin", "eye", "drops", "(", "Tobrex", ",", "Alcon", "Cusi", ",", "Barcelona", ")", "and", "cyclopentolate", "hydrochloride", "(", "Cicloplegic", ",", "Llorens", ",", "Barcelona", ")", ".", "She", "reported", "itching", ",", "photophobia", "and", "redness", "for", "3", "months", ",", "concomitant", "with", "asthenia", ",", "cachexia", "and", "a", "weight", "loss", "of", "16", "kilograms", "(", "kg", ")", ".", "His", "personal", "history", "included", "chronic", "alcoholic", "pancreatitis", ",", "non-insulin-dependent", "diabetes", "mellitus", ",", "smoking", "and", "a", "cholecystostomy", "with", "percutaneous", "shunt", "performed", "11", "months", "earlier", ".", "Ophthalmological", "history", "includes", "excision", "of", "a", "pterygium", "in", "the", "OD", "associated", "with", "betatherapy", "5", "years", "earlier", "and", "a", "posterior", "sclerocorneal", "lamellar", "lamellar", "graft", "due", "to", "trauma", ".", "On", "examination", ",", "the", "patient", "had", "finger-counting", "VA", "(", "cd", ")", "at", "3", "metres", "in", "the", "OD", "and", "light", "perception", "and", "projection", "in", "the", "OI", ".", "The", "OD", "showed", "intense", "vascular", "injection", ",", "microcystic", "epithelial", "oedema", ",", "superior", "peripheral", "ulcerative", "keratitis", "(", "PUC", ")", ",", "4-cross", "tyndall", "and", "posterior", "synechia", ",", "with", "intraocular", "pressure", "(", "IOP", ")", "of", "16", "mmHg", "and", "a", "non-relevant", "fundus", "oculi", "(", "FO", ")", ".", "The", "OI", "shows", "very", "severe", "injection", "of", "conjunctival", ",", "ciliary", "and", "episcleral", "vascularisation", ",", "360o", "pannus", ",", "pterygium", ",", "a", "central", "corneal", "ulcer", "with", "stromal", "necrosis", ",", "hyphema", "level", "occupying", "half", "of", "the", "anterior", "chamber", "(", "AC", ")", "and", "360o", "posterior", "synechiae", ",", "with", "IOP", "of", "26", "mmHg", "and", "unexplorable", "FO", ".", "Corneal", "sensitivity", "is", "normal", "in", "both", "eyes", "(", "AO", ")", ".", "He", "was", "admitted", "to", "the", "hospital", "to", "start", "a", "study", "and", "treatment", "with", "oral", "prednisone", "1", "mg", "/", "kg", "/", "day", "(", "Dacortin", "30", "mg", ",", "Merck", ",", "Barcelona", ")", ",", "oral", "doxycycline", "100", "mg", "/", "12", "h", "(", "Vibracina", "100", ",", "Pfizer", ",", "Madrid", ")", ",", "atropine", "eye", "drops", "1", "%", "/", "8", "h", "(", "Atropine", "1", "%", ",", "Alcon", "Cusí", ")", ",", "tobramycin", "and", "dexamethasone", "/", "4", "h", "(", "Tobradex", ",", "Alcon", "Cusí", ")", "and", "carmellose", "sodium", "0", ".", "5", "/", "h", "(", "Viscofresh", "0", ".", "5", "%", ",", "Allergan", ",", "Madrid", ")", ".", "Seven", "days", "later", "the", "hyphema", "disappeared", ",", "but", "a", "level", "of", "hypopyon", "appeared", "in", "the", "OI", ",", "so", "vancomycin", "eye", "drops", "at", "a", "concentration", "of", "50", "mg", "/", "ml", "/", "h", "(", "Diatracin", "Injectable", "500", "mg", ",", "Lilly", "and", "Dista", ",", "Madrid", ")", ",", "and", "gentamicin", "14", "mg", "/", "ml", "/", "h", "(", "Gevramycin", "40", "mg", "injectable", ",", "Schering-Plough", ",", "Madrid", ")", ",", "with", "negative", "corneal", "cultures", "for", "bacteria", ",", "fungi", ",", "viruses", "and", "parasites", ",", "were", "associated", ".", "A", "diagnostic-therapeutic", "upper", "conjunctival", "excision", "OD", "ruled", "out", "vasculitic", "lesions", "or", "the", "presence", "of", "herpes", "simplex", "virus", "(", "HSV", "1", "and", "2", ")", "by", "immunohistochemistry", ",", "showing", "intense", "acanthosis", "and", "an", "absence", "of", "goblet", "cells", ".", "Systemic", "examination", "ruled", "out", "any", "signs", "of", "rheumatic", "involvement", ",", "with", "negative", "serology", "for", "infectious", "diseases", "and", "markers", "of", "rheumatic", "diseases", "and", "vasculitis", ",", "except", "for", "elevated", "C-reactive", "protein", "and", "erythrocyte", "sedimentation", "rate", ".", "Laboratory", "tests", "revealed", "macrocytic", "and", "hypochromic", "anaemia", ",", "a", "pattern", "of", "severe", "lipoprotein", "malnutrition", ",", "hyperglycaemia", "and", "elevated", "liver", "enzymes", ".", "Malabsorption", "studies", "revealed", "mild", "malabsorption", "and", "decreased", "fat-soluble", "vitamins", "[", "vitamin", "A", ":", "0", ".", "24", "mg", "/", "ml", "(", "micrograms", "/", "millilitre", ")", "(", "N", ":", "0", ".", "4-0", ".", "8", ")", "]", ",", "and", "vitamin", "A", "carrier", "proteins", "[", "retinol", "binding", "protein", "(", "RBP", ")", "and", "prealbumin", "]", ".", "Chest", "X-ray", ",", "cranial", "and", "thoraco-abdominal", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", "were", "normal", ".", "The", "orbital", "CT", "scan", "showed", "mucosal", "thickening", "of", "the", "right", "maxillary", "sinus", "with", "normal", "ENT", "examination", ".", "Ocular", "ultrasound", "ruled", "out", "vitreo-retinal", "involvement", "of", "the", "OI", ".", "A", "diagnosis", "of", "calorie", "and", "protein", "malnutrition", "with", "vitamin", "A", "deficiency", "was", "made", "and", "treatment", "was", "started", "with", "a", "high", "protein", "and", "high", "calorie", "diet", "without", "sugar", ",", "pancreatic", "enzymes", "and", "oral", "vitamins", ".", "The", "evolution", "was", "favourable", ",", "with", "resolution", "of", "the", "AO", "picture", "after", "2", "months", "and", "a", "VA", "of", "1", "OD", "and", "of", "cd", "to", "1", "m", "OI", ".", "The", "OI", "presents", "a", "central", "leukoma", "limited", "inferiorly", "by", "a", "lipid", "keratopathy", "and", "posterior", "synechiae", ",", "which", "continue", "to", "prevent", "the", "FO", "from", "being", "seen", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "adenoviral", "label": "SPECIES", "start": 215, "end": 225 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 515, "end": 523 }, { "text": "HSV 1", "label": "SPECIES", "start": 2453, "end": 2458 }, { "text": "bacteria", "label": "SPECIES", "start": 2270, "end": 2278 }, { "text": "fungi", "label": "SPECIES", "start": 2280, "end": 2285 }, { "text": "parasites", "label": "SPECIES", "start": 2299, "end": 2308 }, { "text": "virus", "label": "SPECIES", "start": 2446, "end": 2451 }, { "text": "herpes simplex virus", "label": "SPECIES", "start": 2431, "end": 2451 } ]

[ "Anamnesis", "A", "58-year-old", "man", ",", "with", "no", "known", "drug", "allergies", "or", "consumption", "of", "toxic", "substances", ".", "Cardiovascular", "risk", "factors", "include", ":", "hypertension", ",", "dyslipidaemia", "and", "type", "I", "obesity", ".", "Medical", "and", "surgical", "history", "included", ":", "BPH", ",", "GERD", ",", "migraines", "without", "aura", ",", "bilateral", "phakectomy", ",", "septoplasty", "for", "nasal", "septum", "deviation", "and", "endoscopic", "nasosinusal", "surgery", "with", "polypectomy", "for", "polyposis", "resistant", "to", "topical", "treatment", ".", "He", "follows", "regular", "treatment", "with", "enalapril", "/", "hydrochlorothiazide", ",", "simvastatin", "and", "dutasteride", "/", "tamsulosin", ".", "She", "came", "to", "the", "emergency", "department", "with", "a", "sudden", "onset", "of", "headache", ",", "accompanied", "by", "nausea", "and", "vomiting", ",", "thermometric", "fever", "of", "up", "to", "38oC", ",", "marked", "general", "malaise", ",", "with", "concomitant", "language", "disturbance", ",", "in", "the", "form", "of", "blocks", "and", "paraphasias", ",", "with", "a", "progressive", "decrease", "in", "the", "level", "of", "consciousness", ".", "In", "the", "interview", "with", "the", "family", ",", "reviewing", "the", "medical-surgical", "history", ",", "we", "are", "told", "of", "the", "incidental", "fact", "of", "a", "sporadic", "nasal", "drip", "of", "crystalline", "liquid", "from", "the", "left", "nostril", ",", "for", "more", "than", "3", "years", ",", "after", "an", "ENT", "surgical", "procedure", ".", "Physical", "examination", "Haemodynamically", "stable", ",", "eupnoeic", ",", "febrile", ",", "well", "hydrated", ",", "normoperfused", ",", "normocoloured", ".", "Cardiopulmonary", "auscultation", "normal", ".", "Abdomen", "without", "alterations", ".", "Lower", "extremities", "normal", ".", "Neurological", "examination", ":", "conscious", ",", "with", "marked", "somnolence", ",", "requiring", "vigorous", "stimuli", "to", "maintain", "alertness", ",", "inattentive", ",", "partially", "disorientated", "in", "time", "and", "space", ",", "oriented", "in", "person", ".", "He", "obeys", "simple", "commands", ",", "answers", "questions", ",", "names", ",", "but", "in", "spontaneous", "language", "he", "emits", "some", "phonemic", "and", "semantic", "paraphasias", ".", "Cranial", "nerves", ":", "normal", "VA", ",", "normal", "FO", "and", "confrontational", "campimetry", ".", "MOI", "and", "MOE", "without", "alterations", ",", "no", "ptosis", "or", "nystagmus", ".", "Motor", "and", "sensory", "V", "preserved", ".", "No", "facial", "asymmetries", ".", "Normal", "lower", "torques", ".", "Strength", "with", "muscle", "balance", "5", "/", "5", "in", "all", "four", "extremities", ",", "with", "global", "REMs", "+", "+", "without", "asymmetries", ",", "bilateral", "RCPF", ".", "Sensitivity", "preserved", "at", "all", "levels", "and", "in", "all", "modalities", ".", "No", "dysmetria", "or", "dysdiadochokinesia", ".", "Gait", "and", "statics", "not", "assessed", "at", "the", "moment", ".", "No", "extrapyramidal", "findings", ".", "Slight", "nuchal", "rigidity", ",", "positive", "Kernig", "'", "s", "sign", ".", "Complementary", "tests", "-", "Haemogram", ":", "leukocytosis", "27", "x", "1", ",", "000", "/", "mm3", "(", "neutrophils", "25", ".", "1", "x", "1", ",", "000", "/", "l", ")", ".", "-", "Coagulation", ":", "normal", ".", "-", "Biochemistry", ":", "renal", "profile", "and", "liver", "profile", "without", "alterations", ".", "CRP", "1", ".", "8", "mg", "/", "dl", ".", "-", "Chest", "X-ray", "and", "ECG", "without", "significant", "findings", ".", "-", "Lumbar", "puncture", ":", "cerebrospinal", "fluid", "of", "cloudy", "appearance", ",", "with", "pressure", "of", "29", "cm", "H2O", ",", "with", "the", "following", "cytobiochemistry", ":", "1", ",", "620", "cells", "/", "mm3", "(", "78", "%", "PMN", ",", "21", "%", "MN", ")", ",", "478", "red", "blood", "cells", "/", "mm3", ",", "glucose", "19", "mg", "/", "dl", ",", "protein", "4", ".", "22", "g", "/", "l", ".", "-", "Gram", "(", "CSF", ")", ":", "G", "+", "cocci", ",", "in", "clusters", ",", "as", "preliminary", "result", ",", "cultured", "in", "less", "than", "24", "hours", ",", "Streptococcus", "Viridans", "group", ",", "without", "significant", "resistance", "in", "the", "antibiogram", ".", "-", "Pneumococcus", "PCR", "negative", ".", "PCR", "for", "HSV", "and", "VZV", "negative", ".", "-", "Serology", ":", "HAV", ",", "IgG", "antibodies", "positive", "(", "13", ",", "62", ")", ".", "HBV", ":", "Ag-HBs", "negative", ".", "Anti-HBc", ":", "IgG", "negative", ".", "HCV", ":", "negative", "antibodies", ".", "HIV", ":", "HIV", "(", "1", ",", "2", ")", ":", "Ac", ".", "and", "Ag", ".", "negative", ".", "-", "Cranial", "CT", "scan", ":", "study", "without", "significant", "findings", ",", "except", "for", "the", "presence", "of", "partial", "occupation", "of", "the", "left", "sphenoid", "sinus", "and", "both", "maxillary", "sinuses", "(", "on", "the", "right", "side", "with", "polypoid", "formations", ")", ".", "-", "Cranial", "MRI", ":", "CSF", "fistula", "through", "the", "lamina", "cribrosa", "and", "into", "the", "ethmoidal", "cells", ".", "Cranial", "MRI", ":", "coronal", "FLAIR", "sequence", ",", "showing", "CSF", "fistula", "through", "the", "lamina", "cribrosa", "and", "into", "the", "ethmoidal", "cells", ".", "No", "inflammatory", "meningeal", "alterations", "are", "detected", ".", "Diagnosis", "Bacterial", "meningoencephalitis", "with", "positive", "culture", "for", "Streptococcus", "viridans", ",", "possibly", "related", "to", "CSF", "fistula", "after", "ENT", "surgery", ".", "Treatment", "On", "suspicion", "of", "clinical", "symptoms", "compatible", "with", "meningoencephalitis", ",", "and", "awaiting", "microbiological", "results", ",", "antibiotic", "treatment", "was", "started", "with", "vancomycin", "and", "cefotaxime", ",", "as", "well", "as", "acyclovir", ",", "and", "the", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "Neurology", "ward", ",", "where", ",", "after", "finding", "out", "the", "microorganism", "responsible", "and", "the", "antibiogram", ",", "treatment", "with", "cefotaxime", "was", "maintained", "for", "10", "days", ".", "Evolution", "The", "patient", "evolved", "very", "satisfactorily", ",", "being", "asymptomatic", ",", "afebrile", "and", "with", "a", "rigorously", "normal", "neurological", "examination", "within", "48", "hours", "of", "the", "onset", "of", "the", "symptoms", ".", "Given", "the", "history", "of", "chronic", "nasal", "drip", "after", "septoplasty", "/", "polypectomy", "in", "2009", ",", "with", "suspicion", "of", "CSF", "fistula", ",", "ENT", "was", "consulted", ",", "and", "fibroscopy", "revealed", "clear", "fluid", "coming", "out", "of", "the", "left", "nostril", ",", "without", "being", "able", "to", "define", "the", "exit", "site", ".", "The", "patient", "was", "scheduled", "for", "ENT", "surgery", ",", "requesting", "the", "compassionate", "use", "of", "fluorescein", "for", "diagnosis", "and", "treatment", ",", "with", "endoscopic", "closure", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 846, "end": 852 }, { "text": "person", "label": "HUMAN", "start": 1437, "end": 1443 }, { "text": "Streptococcus Viridans group", "label": "SPECIES", "start": 2672, "end": 2700 }, { "text": "Streptococcus Viridans", "label": "SPECIES", "start": 2672, "end": 2694 }, { "text": "HSV", "label": "SPECIES", "start": 2790, "end": 2793 }, { "text": "VZV", "label": "SPECIES", "start": 2798, "end": 2801 }, { "text": "Pneumococcus", "label": "SPECIES", "start": 2755, "end": 2767 }, { "text": "HAV", "label": "SPECIES", "start": 2824, "end": 2827 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 2862, "end": 2865 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 2908, "end": 2911 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2934, "end": 2937 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2939, "end": 2942 }, { "text": "HIV (1", "label": "SPECIES", "start": 2939, "end": 2945 }, { "text": "HBs", "label": "SPECIES", "start": 2870, "end": 2873 }, { "text": "HBc", "label": "SPECIES", "start": 2889, "end": 2892 }, { "text": "Streptococcus viridans", "label": "SPECIES", "start": 3492, "end": 3514 }, { "text": "Bacterial", "label": "SPECIES", "start": 3436, "end": 3445 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3782, "end": 3789 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3971, "end": 3978 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4382, "end": 4389 } ]

[ "An", "84-year-old", "woman", "with", "a", "history", "of", "hypertension", ",", "hyperthyroidism", ",", "type", "II", "diabetes", "mellitus", "and", "anxiety", "syndrome", ".", "She", "was", "referred", "to", "the", "Urology", "Outpatient", "Department", "from", "the", "Emergency", "Department", "for", "a", "picture", "of", "monosymptomatic", "frank", "haematuria", "of", "several", "weeks", "'", "evolution", "with", "no", "other", "associated", "symptoms", "or", "alteration", "in", "general", "condition", ".", "Physical", "examination", "revealed", "the", "presence", "of", "a", "palpable", "mass", "in", "the", "right", "lumbar", "fossa", ".", "The", "abdomen", "was", "soft", "and", "depressible", ".", "The", "requested", "ultrasound", "study", "showed", "a", "large", "heterogeneous", "solid", "mass", "in", "the", "lower", "pole", "of", "the", "right", "kidney", ",", "the", "contralateral", "kidney", "being", "normal", ".", "The", "bladder", "showed", "internal", "echoes", "compatible", "with", "clots", ".", "The", "cystoscopic", "study", "was", "unremarkable", ".", "Abdomino-pelvic", "CT", "scan", ",", "chest", "X-ray", ",", "blood", "biochemistry", "and", "haemogram", "were", "also", "performed", ".", "The", "CT", "scan", "showed", "a", "large", "right", "tumour", "mass", "measuring", "9x10", "cm", ",", "heterogeneous", "and", "with", "hypodense", "areas", "(", "areas", "of", "necrosis", ")", "with", "distortion", "of", "the", "renal", "parenchyma", "and", "its", "contour", ",", "located", "in", "the", "lower", "pole", "and", "with", "attenuation", "values", "lower", "than", "those", "of", "the", "healthy", "parenchyma", ".", "The", "renal", "vein", "was", "thrombosed", "and", "there", "were", "retroperitoneal", "locoregional", "adenopathies", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "the", "presence", "of", "iron", "deficiency", "anaemia", ",", "increased", "ESR", "and", "normocalcaemia", ".", "Radical", "surgery", "was", "proposed", ",", "which", "the", "patient", "and", "her", "family", "rejected", ",", "and", "selective", "embolisation", "was", "accepted", "as", "an", "alternative", ".", "By", "puncture", "of", "the", "right", "common", "femoral", "artery", ",", "arteriography", "of", "the", "abdominal", "aorta", "was", "performed", "and", "subsequently", "the", "right", "renal", "artery", "was", "selectively", "catheterised", "with", "a", "5", "Fr", "Cobra", "2", "visceral", "angiographic", "catheter", "(", "Angiodinamics", "®", ")", ".", "The", "artery", "supplying", "the", "tumour", "was", "then", "embolised", "with", "355-500", "micron", "polyvinyl", "alcohol", "(", "PVA", ")", "particles", "(", "Contour", "®", ",", "Boston", "Scientific", ")", ",", "totally", "occluding", "its", "flow", "and", "without", "immediate", "complications", ".", "After", "24", "hours", "of", "hospitalisation", ",", "given", "the", "good", "evolution", "of", "the", "patient", ",", "it", "was", "decided", "to", "discharge", "her", "from", "the", "hospital", "pending", "further", "check-ups", ".", "Two", "weeks", "after", "the", "onset", "of", "anticoagulation", ",", "the", "patient", "consulted", "for", "headache", "and", "a", "CT", "scan", "of", "the", "brain", "was", "performed", ",", "which", "showed", "no", "pathological", "findings", "of", "significance", ".", "After", "28", "months", "of", "follow-up", ",", "there", "have", "been", "no", "further", "episodes", "of", "haematuria", "and", "the", "only", "notable", "symptomatology", "is", "insomnia", "and", "musculoskeletal", "pain", ",", "both", "controlled", "with", "symptomatic", "treatment", ".", "Blood", "pressure", "values", "have", "not", "been", "modified", ",", "maintaining", "acceptable", "figures", "with", "IECAS", "and", "calcium", "antagonists", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1322, "end": 1329 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 1338, "end": 1344 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1919, "end": 1926 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2055, "end": 2062 } ]

[ "We", "present", "the", "case", "of", "a", "45-year-old", "male", ",", "a", "sailor", "by", "profession", ".", "He", "smokes", "more", "than", "15", "packs", "/", "year", "and", "has", "no", "drug", "allergies", "or", "relevant", "medical", "history", ".", "He", "does", "not", "undergo", "home", "treatment", ".", "His", "only", "history", "was", "a", "trip", "to", "Dakar", "(", "Senegal", ")", "more", "than", "6", "months", "earlier", ".", "She", "came", "to", "the", "emergency", "department", "with", "an", "afternoon", "fever", "of", "up", "to", "40oC", "for", "5", "days", ".", "Anamnesis", "revealed", "pain", "in", "the", "left", "buttock", "radiating", "to", "the", "ipsilateral", "lower", "limb", "and", "the", "inguinal", "region", ".", "She", "had", "no", "recollection", "of", "previous", "pelvic", "trauma", ".", "She", "had", "no", "respiratory", ",", "digestive", "or", "genitourinary", "symptoms", ".", "She", "denies", "having", "abused", "drugs", "by", "parenteral", "route", "or", "having", "had", "unsafe", "sexual", "relations", ".", "No", "contact", "with", "animals", "or", "ingestion", "of", "unpasteurised", "food", ".", "During", "the", "emergency", "physical", "examination", ",", "the", "patient", "was", "in", "pain", ",", "although", "he", "was", "conscious", ",", "oriented", "and", "cooperative", ".", "He", "was", "well", "hydrated", "and", "perfused", ".", "Baseline", "vital", "signs", "were", "unremarkable", ":", "temperature", "35", ".", "4oC", ",", "blood", "pressure", "122", "/", "88", "mmHg", ",", "heart", "rate", "62", "bpm", "and", "O2", "saturation", "98", "%", "on", "room", "air", ".", "Cardiorespiratory", "auscultation", "and", "abdominal", "examination", "showed", "no", "pathological", "signs", ".", "Examination", "of", "the", "left", "gluteal", "region", "revealed", "severe", "pain", "on", "fingertip", "palpation", "and", "passive", "mobilisation", "of", "the", "left", "lower", "limb", ".", "Standing", "upright", "was", "partially", "limited", "by", "pain", ".", "Lassègue", "and", "Bragard", "manoeuvres", "were", "negative", ".", "There", "were", "no", "cutaneous", "inflammatory", "signs", "such", "as", "erythema", ",", "oedema", "or", "local", "hyperthermia", ".", "Left", "renal", "fist", "percussion", "was", "negative", ".", "Palpation", "showed", "no", "nodules", "or", "areas", "of", "fluctuation", ".", "Blood", "analysis", "revealed", "non-specific", "signs", "of", "systemic", "inflammation", ".", "The", "haemogram", "showed", "neutrophilia", "without", "leukocytosis", "with", "88", ".", "4", "%", "neutrophils", ",", "9", ".", "7", "%", "lymphocytes", "and", "a", "slight", "thrombocytosis", "of", "470", ",", "000", "ud", "/", "μL", ".", "Biochemistry", "showed", "an", "elevated", "C-reactive", "protein", "(", "CRP", ")", "of", "42", ".", "69", "mg", "/", "L", ".", "Both", "renal", "function", "parameters", "and", "ions", "were", "in", "the", "normal", "range", ".", "The", "plain", "X-ray", "of", "the", "lumbosacral", "region", "showed", "lumbar", "spinal", "rectification", "with", "no", "other", "relevant", "radiological", "signs", ".", "Given", "the", "patient", "'", "s", "persistence", ",", "the", "exuberance", "of", "the", "clinical", "manifestations", "(", "fever", ",", "gluteal", "pain", "and", "functional", "impotence", "on", "ambulation", ")", "and", "the", "findings", "in", "the", "complementary", "tests", "(", "neutrophilia", "with", "elevated", "CRP", ")", ",", "it", "was", "decided", "to", "admit", "the", "patient", "to", "hospital", "for", "pain", "control", "and", "to", "complete", "the", "diagnostic", "studies", ".", "During", "hospital", "admission", ",", "an", "intravenous", "contrast-enhanced", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", "scan", "of", "the", "abdomen", "and", "pelvis", "showed", "an", "abscessed", "collection", "measuring", "32", "x", "16", "x", "53", "mm", "in", "the", "thickness", "of", "the", "left", "iliac", "muscle", "(", "upper", "and", "left", "paramedial", "muscle", "areas", ")", ".", "The", "lesion", "showed", "peripheral", "enhancement", ",", "imprinted", "in", "the", "adjacent", "pelvic", "fat", "and", "was", "multiloculated", ".", "Blood", "tests", "after", "the", "day", "of", "admission", "showed", "an", "elevated", "erythrocyte", "sedimentation", "rate", "(", "ESR", ")", "of", "38", "mm", "/", "h", "and", "a", "significantly", "increased", "CRP", "of", "126", ".", "16", "mg", "/", "L", "compared", "to", "the", "previous", "measurement", ".", "Although", "the", "haemogram", "and", "coagulation", "were", "normal", ",", "the", "iron", "metabolism", "parameters", "were", "altered", ":", "ferritin", "602", ".", "7", "mg", "/", "mL", ",", "serum", "iron", "36", ".", "1", "μg", "/", "dL", "and", "transferrin", "189", "mg", "/", "dL", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "a", "pattern", "of", "dissociated", "cholestasis", ",", "with", "a", "total", "bilirubin", "of", "0", ".", "81", "mg", "/", "dL", ",", "a", "gamma-glutamyltranspeptidase", "(", "GGT", ")", "of", "302", "IU", "/", "L", "and", "an", "alkaline", "phosphatase", "of", "206", "IU", "/", "L", ".", "Renal", "function", "parameters", ",", "serum", "ions", "and", "autoimmunity", "markers", "were", "within", "the", "normal", "range", ".", "HLA", "B27", "antigen", "termination", "test", "was", "negative", ".", "Serology", "for", "HIV", ",", "HAV", ",", "HBV", ",", "HCV", ",", "Epstein", "Barr", "Virus", "(", "EBV", ")", ",", "Cytomegalovirus", "(", "CMV", ")", ",", "Brucella", "spp", ".", "and", "syphilis", "reaginic", "antibody", "were", "also", "negative", ".", "Given", "the", "clinical", "suspicion", "and", "the", "support", "of", "the", "complementary", "tests", ",", "it", "was", "decided", "to", "start", "empirical", "antibiotherapy", "in", "venoclysis", "with", "cloxacillin", "1", "g", "every", "6", "hours", "and", "ceftriaxone", "2", "g", "every", "24", "hours", ".", "Differential", "diagnosis", "The", "differential", "diagnosis", "focuses", "on", "entities", "that", "primarily", "affect", "the", "sacroiliac", "joint", ",", "divided", "into", "3", "large", "groups", ":", "inflammatory", ",", "degenerative", "and", "infectious", ".", "-", "Inflammatory", ":", "in", "general", ",", "they", "present", "a", "clinical", "form", "characterised", "by", "morning", "stiffness", "and", "improvement", "with", "movement", ".", "Ankylosing", "spondylitis", "usually", "presents", "with", "HLA", "B27", "positivity", "and", "has", "a", "subacute", "or", "chronic", "course", ".", "The", "presence", "of", "a", "negative", "HLA", "B27", "test", "and", "an", "acute", "course", "rules", "out", "this", "entity", ".", "Juvenile", "spondyloarthropathy", ",", "like", "ankylosing", "spondylitis", ",", "usually", "has", "chronic", "manifestations", "and", "is", "HLA", "B27", "positive", ".", "Imaging", "techniques", "usually", "show", "signs", "of", "enthesitis", "of", "the", "sacroiliac", "musculature", ".", "Our", "patient", "had", "an", "abscessed", "collection", "in", "the", "belly", "of", "the", "left", "iliac", "muscle", "and", "joint", "involvement", "rather", "than", "muscle", "entheses", ".", "In", "reactive", "arthritis", ",", "it", "is", "common", "to", "find", "joint", "inflammation", "together", "with", "conjunctivitis", "or", "urethritis", "at", "presentation", ",", "symptoms", "that", "our", "patient", "did", "not", "report", ".", "Psoriatic", "arthritis", "is", "very", "unlikely", "as", "the", "patient", "did", "not", "report", "a", "history", "of", "cutaneous", "psoriasis", ".", "As", "for", "enteropathic", "arthritis", ",", "during", "the", "diagnostic", "and", "therapeutic", "process", "the", "patient", "did", "not", "experience", "digestive", "symptoms", ",", "so", "this", "entity", "is", "also", "ruled", "out", ".", "-", "Degenerative", ":", "due", "to", "the", "proximity", "of", "the", "sacroiliac", "joint", "to", "the", "lumbosacral", "trunk", ",", "injury", "to", "the", "superior", "gluteal", "and", "obturator", "nerves", "can", "mimic", "the", "pathology", "of", "this", "joint", ".", "Lumbar", "herniated", "discs", "can", "also", "injure", "the", "sciatic", "nerve", "in", "its", "pathway", ",", "resulting", "in", "low", "back", "pain", "or", "lumbosciatica", ".", "Injury", "to", "the", "sciatic", "nerve", "can", "lead", "to", "functional", "impotence", "of", "the", "affected", "lower", "limb", "and", ",", "occasionally", ",", "loss", "of", "sphincter", "control", ".", "The", "patient", "presented", "with", "gluteal", "pain", "radiating", "to", "the", "left", "lower", "limb", "and", "inguinal", "region", ",", "not", "purely", "lumbar", ",", "with", "negative", "Lasègue", "and", "Bragard", "signs", ".", "The", "differential", "diagnosis", "included", "osteoarthritis", "of", "the", "hip", ".", "Although", "it", "is", "a", "disease", "of", "advanced", "age", ",", "it", "can", "occur", "in", "younger", "patients", ".", "However", ",", "the", "clinical", "manifestations", "tend", "to", "be", "more", "severe", "and", "consist", "of", "pain", ",", "joint", "stiffness", "and", "functional", "impotence", "with", "a", "chronic", "course", ".", "-", "Infectious", ":", "our", "patient", "had", "leukocytosis", "with", "neutrophilia", ",", "elevated", "CRP", "and", "fever", ",", "signs", "of", "infectious", "aetiology", ".", "Staphylococcus", "aureus", "is", "the", "causative", "agent", "most", "frequently", "implicated", "in", "this", "type", "of", "clinical", "presentation", ".", "It", "usually", "causes", "infection", "of", "the", "sacroiliac", "joint", "through", "haematogenous", "spread", ".", "Pseudomonas", "spp", ".", "are", "the", "most", "frequently", "implicated", "gram-negative", "microorganisms", ",", "although", "they", "are", "typical", "of", "immunocompromised", "patients", ".", "Other", "agents", "involved", "are", "Brucella", "spp", ".", "and", "Mycobacterium", "tuberculosis", ".", "Aetiological", "identification", "is", "based", "on", "positivity", "for", "growth", "in", "microbiological", "cultures", ".", "Salmonella", "spp", ".", "usually", "manifest", "with", "gastrointestinal", "symptoms", "as", "the", "most", "common", "form", "of", "presentation", ",", "although", "multiple", "conditions", "have", "been", "described", ".", "Evolution", "The", "initial", "clinical", "course", "was", "poor", "despite", "empirical", "antibiotic", "therapy", ".", "The", "patient", "maintained", "an", "afternoon", "low-grade", "fever", "and", "intolerance", "to", "standing", "due", "to", "pain", ",", "requiring", "continuous", "intravenous", "perfusion", "with", "morphine", "derivatives", ".", "Parenteral", "instillation", "of", "morphics", "led", "to", "acute", "urinary", "retention", "and", "persistent", "constipation", ",", "which", "were", "resolved", "by", "bladder", "catheterisation", "and", "laxatives", ",", "respectively", ".", "In", "view", "of", "this", "clinical", "situation", ",", "it", "was", "decided", "to", "change", "the", "empirical", "antibiotic", "therapy", ".", "Piperacillin-tazobactam", "was", "started", "at", "a", "dose", "of", "4", "/", "0", ".", "5", "g", "every", "8", "hours", ".", "An", "epidural", "catheter", "was", "placed", "to", "achieve", "locoregional", "anaesthesia", "by", "continuous", "infusion", "of", "ropivacaine", "and", "fentanyl", ".", "Blood", "cultures", "sown", "in", "aerobic", "and", "anaerobic", "medium", ",", "which", "were", "drawn", "on", "admission", ",", "were", "negative", "(", "performed", "under", "empirical", "parenteral", "antibiotic", "coverage", ")", ".", "The", "tuberculin", "test", "(", "PPD", "or", "Mantoux", ")", "was", "also", "negative", "after", "48", "hours", ".", "Given", "the", "clinical-radiological", "suspicion", "of", "an", "abdominal", "septic", "focus", "and", "in", "light", "of", "the", "analytical", "pattern", "of", "dissociated", "cholestasis", ",", "an", "abdominal", "ultrasound", "and", "colonoscopy", "were", "requested", ",", "which", "ruled", "out", "an", "intra-abdominal", "abscess", ".", "The", "radiological", "study", "was", "completed", "by", "lumbo-sacro-pelvic", "magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", ".", "CT-guided", "fine", "needle", "aspiration", "(", "FNA", ")", "of", "the", "abscessed", "lesion", "was", "performed", "for", "culture", "of", "pyogenic", "material", ".", "T2-weighted", "lumbo-sacro-pelvic", "MRI", "showed", "acute", "left", "sacroiliitis", "and", "an", "abscess", "in", "the", "left", "iliac", "muscle", ".", "The", "volume", "of", "the", "lesion", "was", "slightly", "smaller", "(", "5", "x", "2", "x", "2", "x", "2", "mm", ")", "compared", "to", "the", "CT", "scan", "performed", "immediately", "after", "hospital", "admission", ".", "Parenteral", "cloxacillin", "was", "reintroduced", "pending", "the", "results", "of", "cultures", "of", "pyogenic", "material", "removed", "by", "CT-guided", "FNA", ".", "Culture", "of", "the", "abscess", "material", "identified", "Salmonella", "enterica", "sensitive", "to", "quinolones", "and", "third", "generation", "cephalosporins", ".", "The", "patient", "completed", "6", "months", "of", "treatment", "with", "oral", "ciprofloxacin", "at", "a", "dose", "of", "750", "mg", "every", "12", "hours", ".", "A", "good", "clinical", "response", "was", "obtained", "and", "radiological", "improvement", "was", "observed", "with", "a", "decrease", "in", "bone", "oedema", "and", "resolution", "of", "the", "abscessed", "collection", ".", "Final", "diagnosis", "Left", "septic", "sacroiliitis", "with", "abscessed", "collection", "of", "the", "iliac", "muscle", "due", "to", "Salmonella", "enterica", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 37, "end": 41 }, { "text": "sailor", "label": "HUMAN", "start": 45, "end": 51 }, { "text": "animals", "label": "SPECIES", "start": 682, "end": 689 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 774, "end": 781 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2004, "end": 2011 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2240, "end": 2247 }, { "text": "Brucella spp", "label": "SPECIES", "start": 3451, "end": 3463 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 3445, "end": 3448 }, { "text": "Cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 3428, "end": 3443 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 3422, "end": 3425 }, { "text": "HAV", "label": "SPECIES", "start": 3387, "end": 3390 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 3392, "end": 3395 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 3397, "end": 3400 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 3382, "end": 3385 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 3469, "end": 3477 }, { "text": "Epstein Barr Virus", "label": "SPECIES", "start": 3402, "end": 3420 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4424, "end": 4431 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4690, "end": 4697 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4758, "end": 4765 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4896, "end": 4903 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5411, "end": 5418 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 5690, "end": 5698 }, { "text": "Brucella spp", "label": "SPECIES", "start": 6320, "end": 6332 }, { "text": "Mycobacterium tuberculosis", "label": "SPECIES", "start": 6338, "end": 6364 }, { "text": "Pseudomonas spp", "label": "SPECIES", "start": 6155, "end": 6170 }, { "text": "Salmonella spp", "label": "SPECIES", "start": 6457, "end": 6471 }, { "text": "Staphylococcus aureus", "label": "SPECIES", "start": 5962, "end": 5983 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5863, "end": 5870 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 6284, "end": 6292 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6702, "end": 6709 }, { "text": "tuberculin", "label": "SPECIES", "start": 7482, "end": 7492 }, { "text": "Salmonella enterica sensitive to quinolones and third generation cephalosporins", "label": "SPECIES", "start": 8399, "end": 8478 }, { "text": "Salmonella enterica", "label": "SPECIES", "start": 8399, "end": 8418 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 8485, "end": 8492 }, { "text": "Salmonella enterica", "label": "SPECIES", "start": 8835, "end": 8854 } ]

[ "Anamnesis", "57-year-old", "patient", ",", "with", "a", "history", "of", "spondyloarthrosis", ",", "smoker", "of", "2", "packs", "a", "day", "and", "drinker", "of", "2", "litres", "of", "beer", "a", "day", ",", "admitted", "for", "a", "progressive", "picture", "of", "2-3", "weeks", "of", "evolution", "consisting", "of", "progressive", "occipito-nucal", "headache", ",", "resistant", "to", "analgesia", "with", "NSAIDs", ",", "resistant", "to", "analgesia", "with", "NSAIDs", ",", "exacerbation", "at", "night", "and", "with", "Valsalva", "manoeuvres", ",", "accompanied", "by", "behavioural", "changes", "and", "cognitive", "failures", "(", "disorientation", "and", "bradypsychia", ",", "masked", "by", "severe", "alcohol", "habit", ")", "and", "instability", "with", "difficulty", "in", "walking", "on", "his", "own", ".", "Physical", "examination", "Blood", "pressure", "was", "197", "/", "121", "mmHg", ".", "Unkempt", "and", "cachectic", "appearance", ".", "Rhythmic", "cardiac", "auscultation", "without", "murmurs", ".", "Pulmonary", "auscultation", "with", "normoventilation", ".", "Neurological", "examination", ":", "Glasgow", "of", "4-5-6", ".", "Right", "homonymous", "hemianopsia", ".", "Right", "central", "facial", "paresis", ".", "Normal", "strength", ".", "Indifferent", "cutaneous-plantar", "reflex", ".", "Discrete", "right", "dysmetria", ".", "Normal", "tactile", "sensitivity", "with", "right", "sensory", "extinction", ".", "Gait", "was", "unstable", ",", "with", "severe", "ataxia", "that", "allowed", "sitting", ".", "Complementary", "tests", "-", "Electrocardiogram", "(", "ECG", ")", ":", "sinus", "rhythm", "at", "85", "bpm", ".", "-", "Blood", "tests", ":", "vitamin", "B12", "178", "pg", "/", "ml", "(", "low", "limit", ")", ",", "total", "cholesterol", "244", "mg", "/", "dl", ",", "LDL", "170", "IU", "/", "l", ",", "GGT", "260", "IU", "/", "l", ",", "with", "the", "rest", "of", "the", "biochemistry", "normal", ".", "Normal", "haemogram", ".", "ESR", "37", "mm", ".", "Tumour", "markers", ":", "GI", "monitor", "76", ".", "2", ",", "NSE", "143", ".", "8", ".", "-", "Chest", "X-ray", ":", "global", "cardiomegaly", "and", "aortic", "elongation", ",", "with", "elevation", "of", "the", "right", "hemidiaphragm", ".", "-", "Magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", "of", "the", "brain", ":", "multiple", "lesions", "of", "cystic", "morphology", "and", "variable", "size", "scattered", "throughout", "the", "encephalic", "parenchyma", ",", "which", "glow", "intensely", "in", "all", "enhancements", "due", "to", "their", "protein", "component", "with", "little", "enhancement", "after", "contrast", "injection", ",", "the", "largest", "of", "them", "at", "the", "level", "of", "the", "right", "cerebellar", "hemisphere", ".", "In", "addition", ",", "a", "voluminous", "right", "parieto-occipital", "mass", "is", "observed", ",", "with", "abundant", "vasogenic", "oedema", ",", "intratumoral", "bleeding", "foci", "and", "irregular", "enhancement", "after", "intravenous", "contrast", "administration", ",", "which", "does", "not", "appear", "to", "be", "related", "to", "those", "described", "above", ".", "Findings", "compatible", "with", "multiple", "metastases", "of", "some", "type", "of", "adenocarcinoma", "coinciding", "with", "tumour", "suggestive", "of", "a", "high-grade", "glial", "tumour", ".", "Brain", "MRI", "scan", "showing", "multiple", "lesions", "of", "cystic", "morphology", "and", "variable", "size", "scattered", "throughout", "the", "encephalic", "parenchyma", ",", "and", "a", "voluminous", "right", "parieto-occipital", "mass", ",", "with", "vasogenic", "oedema", "and", "foci", "of", "intratumoral", "bleeding", ".", "-", "Blood", "cultures", ":", "negative", ".", "-", "Transthoracic", "ultrasound", ":", "normal", ",", "with", "no", "ultrasound", "signs", "of", "endocarditis", ".", "-", "Serology", ":", "negative", "for", "HIV", ",", "lues", ",", "Brucella", ",", "Borrelia", ",", "hepatitis", "B", ",", "hepatitis", "C", ",", "cysticercosis", ",", "Toxoplasma", "and", "hydatidosis", ".", "-", "Thoracic-abdominal-pelvic", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", ":", "bronchopulmonary", "carcinoma", "with", "lobulated", "tumour", "mass", "measuring", "66", "x", "80", "x", "60", "mm", "in", "the", "lower", "lobe", "of", "the", "right", "lung", "infiltrating", "the", "bronchus", "intermedius", "and", "encompassing", "the", "bronchus", "of", "the", "middle", "lobe", "and", "the", "basal", "pyramid", ",", "invading", "the", "posterior", "mediastinum", "with", "infiltration", "of", "the", "left", "atrium", "with", "imprint", "on", "the", "right", "pulmonary", "artery", ".", "Subcarinal", "and", "prevascular", "adenopathies", ",", "upper", "and", "lower", "right", "paratracheal", ".", "Bilateral", "and", "diffuse", "emphysema", "with", "paraseptal", "bullae", "predominantly", "in", "the", "upper", "lobes", ".", "Liver", "with", "multiple", "cystic", "hypodense", "lesions", "in", "both", "hepatic", "lobes", ".", "Bilateral", "adrenal", "metastases", ".", "Bilateral", "L5", "spondylosis", "with", "L5-S1", "degenerative", "disc", "disease", ".", "Thoracic", "CT", "scan", "showed", "a", "66", "x", "80", "x", "60", "mm", "lobulated", "tumour", "mass", "in", "the", "lower", "lobe", "of", "the", "right", "lung", "infiltrating", "the", "bronchus", "intermedius", "and", "encompassing", "the", "middle", "lobe", "bronchus", "and", "the", "basal", "pyramid", ",", "invading", "the", "posterior", "mediastinum", "with", "infiltration", "of", "the", "left", "atrium", "with", "imprint", "on", "the", "right", "pulmonary", "artery", ".", "-", "Fibrobronchoscopy", ":", "macroscopic", "diagnosis", "of", "bronchogenic", "carcinoma", "with", "biopsy", ".", "-", "Biopsy", ":", "undifferentiated", "small", "cell", "carcinoma", ".", "In", "the", "immunohistochemical", "study", "the", "tumour", "cells", "express", "Ck", "AE1", "/", "AE3", ",", "TTF1", "and", "weakly", "chromogranin", "and", "synaptophysin", ".", "Diagnosis", "Initially", ",", "the", "multiple", "cystiform", "images", "scattered", "throughout", "the", "brain", "parenchyma", "raised", "doubts", "about", "a", "possible", "infectious", "pathology", "of", "the", "CNS", ",", "which", "was", "ruled", "out", "by", "the", "negative", "serology", ",", "negative", "blood", "culture", ",", "normal", "echocardiographic", "study", "and", "the", "permanent", "absence", "of", "fever", ".", "Once", "the", "elevation", "of", "the", "right", "diaphragm", "was", "studied", "with", "CT", "and", "the", "pathological", "anatomy", "was", "performed", "confirming", "pulmonary", "neoplasia", ",", "these", "lesions", "were", "assumed", "to", "be", "encephalic", "metastases", "of", "a", "grade", "IV", "pulmonary", "carcinoma", "with", "metastases", "at", "multiple", "levels", ".", "Given", "the", "advanced", "stage", "of", "the", "lung", "neoplasm", "and", "the", "palliative", "situation", "of", "the", "patient", ",", "a", "brain", "biopsy", "was", "discarded", ".", "Due", "to", "the", "absence", "of", "pathological", "anatomy", "of", "the", "right", "parieto-occipital", "lesion", ",", "we", "can", "only", "state", "in", "relation", "to", "its", "morphological", "appearance", "in", "the", "brain", "MRI", "that", "it", "was", "suggestive", "of", "a", "high-grade", "primary", "glial", "tumour", ".", "Thus", ",", "the", "final", "diagnosis", "was", "two", "synchronous", "neoplastic", "lesions", ":", "-", "Stage", "IV", "small", "cell", "undifferentiated", "lung", "carcinoma", "with", "multiple", "brain", "metastases", ".", "-", "Brain", "lesion", "suggestive", "of", "high-grade", "glioma", "with", "symptoms", "of", "intracranial", "hypertension", ".", "Treatment", "Treatment", "was", "started", "with", "dexamethasone", "to", "reduce", "perilesional", "oedema", "and", ",", "in", "accordance", "with", "the", "decision", "taken", "by", "the", "Tumour", "Committee", ",", "a", "confirmatory", "biopsy", "of", "the", "lung", "carcinoma", "was", "obtained", "in", "order", "to", "start", "palliative", "holocranial", "radiotherapy", ".", "Evolution", "During", "his", "stay", "on", "the", "ward", ",", "the", "patient", "'", "s", "neurological", "deficits", "hardly", "improved", ".", "He", "repeatedly", "presented", "with", "insomnia", "and", "agitation", ".", "After", "2", "weeks", ",", "he", "was", "discharged", "home", "under", "observation", "of", "his", "relatives", "and", "support", "from", "Palliative", "Care", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 29 }, { "text": "Borrelia", "label": "SPECIES", "start": 2551, "end": 2559 }, { "text": "Brucella", "label": "SPECIES", "start": 2541, "end": 2549 }, { "text": "Toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 2602, "end": 2612 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2530, "end": 2533 }, { "text": "lues", "label": "SPECIES", "start": 2535, "end": 2539 }, { "text": "hepatitis C", "label": "SPECIES", "start": 2574, "end": 2585 }, { "text": "hepatitis B", "label": "SPECIES", "start": 2561, "end": 2572 }, { "text": "cysticercosis", "label": "SPECIES", "start": 2587, "end": 2600 }, { "text": "hydatidosis", "label": "SPECIES", "start": 2617, "end": 2628 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4560, "end": 4567 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5370, "end": 5377 }, { "text": "relatives", "label": "HUMAN", "start": 5535, "end": 5544 } ]

[ "Reason", "for", "consultation", "Fever", ",", "lymphadenopathy", "and", "skin", "rash", ".", "Individual", "approach", "(", "anamnesis", ",", "examination", ",", "complementary", "tests", ")", ".", "The", "patient", "is", "a", "19", "year", "old", "woman", ",", "with", "no", "toxic", "habits", "or", "regular", "treatment", ".", "She", "had", "been", "treated", "for", "appendicitis", "in", "childhood", "and", "had", "a", "history", "of", "infectious", "mononucleosis", "at", "puberty", ".", "She", "came", "to", "the", "primary", "care", "clinic", "for", "a", "fever", "of", "10", "days", "'", "evolution", ",", "with", "morning", "and", "evening", "peaks", ".", "It", "was", "accompanied", "by", "rhinorrhoea", ",", "nausea", ",", "vomiting", ",", "loose", "stools", "without", "pathological", "products", ",", "aphthae", ",", "skin", "rashes", "and", "a", "weight", "loss", "of", "5", "kg", "in", "one", "month", ".", "No", "other", "semiology", "in", "the", "anamnesis", "directed", "by", "apparatus", "and", "systems", ".", "She", "does", "not", "live", "with", "animals", ".", "She", "has", "not", "been", "on", "trips", "or", "excursions", "to", "the", "countryside", ".", "She", "has", "not", "presented", "similar", "symptoms", "previously", ".", "On", "physical", "examination", "the", "patient", "was", "in", "good", "general", "condition", ",", "somewhat", "asthenic", ",", "conscious", ",", "oriented", "and", "cooperative", ",", "well", "hydrated", "and", "perfused", ",", "non-mucous", "skin", "pallor", ",", "eupneic", ",", "haemodynamically", "stable", ".", "BP", ":", "112", "/", "70", "mmHg", ".", "HR", ":", "90", "spm", ".", "Ta", "36", ",", "3oC", ".", "In", "the", "oral", "cavity", "there", "are", "two", "subcentimetric", "oral", "aphthae", "on", "the", "lower", "lip", ".", "On", "the", "left", "cheek", "there", "is", "a", "plaque", "with", "some", "peripheral", "infiltration", "and", "meliceric", "crust", ".", "Erythematous", ",", "non-ulcerated", "lesions", "on", "the", "nasal", "septum", ",", "neckline", "and", "dorsum", ",", "on", "the", "thumbs", "of", "the", "second", "and", "third", "fingers", "of", "the", "left", "hand", "and", "on", "the", "second", "toe", "of", "the", "left", "foot", ".", "Submandibular", "adenopathies", "and", "in", "laterocervical", "chains", ",", "larger", "on", "the", "right", "side", ".", "Cardiopulmonary", "auscultation", "showed", "a", "systolic", "murmur", "in", "the", "aortic", "and", "pulmonary", "focus", ".", "The", "vesicular", "murmur", "was", "preserved", ".", "In", "the", "abdomen", "there", "was", "a", "painful", "hepatomegaly", "of", "two", "finger", "widths", "and", "splenomegaly", ".", "Diffuse", "discomfort", "on", "palpation", ",", "without", "abdominal", "defence", ".", "Bilateral", "renal", "fist", "percussion", "was", "negative", ".", "The", "lower", "limbs", "show", "no", "oedema", "or", "signs", "of", "deep", "vein", "thrombosis", ".", "Good", "capillary", "refill", ",", "with", "distal", "pulses", "present", ".", "Analysis", "of", "haemoglobin", "10", ".", "2", "g", "/", "dl", ",", "2", ",", "470", "leukocytes", "per", "mm3", "with", "1", ",", "770", "neutrophils", ".", "Platelets", "255", ",", "000", ".", "ESR", "of", "98", "mm", "/", "h", ".", "General", "and", "hepatic", "biochemistry", "normal", "except", "LDH", "471", "U", "/", "L", ".", "Sideremia", "and", "transferrin", "decreased", ".", "Angiotensin", "converting", "enzyme", "53", "U", "/", "L", ".", "Serology", "for", "HIV", ",", "toxoplasma", ",", "leishmania", ",", "rickettsia", ",", "coxiella", ",", "borrelia", ",", "leptospira", "and", "lupus", "negative", ".", "Negative", "for", "antinuclear", ",", "anticentromere", ",", "anti-DNA", ",", "ANA", "and", "antitransglutaminase", "antibodies", ".", "Faecal", "calprotectin", "of", "57", ".", "6", "microg", "/", "g", ".", "We", "performed", "a", "clinical", "cervical", "ultrasound", "at", "the", "family", "medicine", "clinic", ",", "observing", "laterocervical", "and", "submandibular", "lymphadenopathies", ",", "mainly", "hypoechogenic", "with", "a", "tendency", "to", "cluster", ",", "bilaterally", "affecting", "the", "jugulocarotid", "chains", ",", "generally", "subcentimetric", "and", "with", "preserved", "fatty", "hilum", ",", "without", "necrosis", ".", "The", "largest", "is", "2", ".", "5", "cm", "long", "by", "1", ".", "1", "cm", "in", "antero-posterior", "diameter", ".", "On", "clinical", "abdominal", "ultrasound", ",", "the", "liver", "and", "spleen", "were", "found", "to", "be", "at", "the", "upper", "limit", "of", "normal", "size", ",", "but", "considering", "the", "patient", "'", "s", "height", "and", "stature", ",", "they", "could", "be", "considered", "enlarged", ".", "Clinical", "echocardioscopy", ":", "Hyperdynamic", "left", "ventricle", "(", "LV", ")", ",", "with", "no", "gross", "valvular", "abnormalities", ".", "Normal", "LV", "and", "right", "ventricular", "size", "and", "function", ".", "Absence", "of", "pericardial", "effusion", ".", "Given", "the", "progression", "of", "the", "symptoms", "and", "the", "persistence", "of", "symptoms", ",", "the", "patient", "was", "referred", "to", "Internal", "Medicine", "for", "further", "investigation", ".", "Blood", "and", "urine", "cultures", "were", "negative", ".", "CT", "scan", "of", "the", "chest", "and", "abdomen", "showed", "evidence", "of", "multiple", "small", "hypercapillary", "subcarinal", ",", "right", "paratracheal", "and", "gastrohepatic", "ligament", "hypercapillary", "lymph", "nodes", ",", "some", "of", "them", "larger", "but", "with", "a", "reactive", "periportal", "appearance", ".", "Ultrasound-guided", "core", "needle", "biopsy", "of", "submandibular", "adenopathy", "reported", "as", "foci", "of", "histiocytic-like", "infiltrate", ",", "not", "necrotising", "but", "with", "images", "of", "apoptosis", ".", "To", "rule", "out", "Gaucher", "disease", ",", "plasma", "chitotriosidase", "activity", "was", "requested", "and", "was", "negative", "(", "47", ".", "2", "nmoles", "/", "ml", "/", "hour", ";", "normal", "range", ":", "4", "to", "76", "nmoles", "/", "ml", "/", "hour", ")", ".", "Family", "and", "community", "approach", "19-year-old", "female", ".", "University", "student", ".", "Lives", "with", "her", "parents", ".", "Optimal", "family", "style", ".", "Good", "family", "support", ".", "Medium-high", "socio-cultural", "level", ".", "Clinical", "judgement", "(", "list", "of", "problems", ",", "differential", "diagnosis", ")", "Polyadenopathic", "syndrome", "compatible", "with", "Kikuchi", "Fujimoto", "disease", ".", "Differential", "diagnosis", "with", "a", "lymphoproliferative", "process", ",", "leishmaniasis", ",", "Gaucher", "'", "s", "disease", ".", "Action", "plan", "and", "evolution", "Favourable", "evolution", ",", "with", "progressive", "reduction", "in", "the", "size", "of", "the", "adenopathies", "and", "disappearance", "of", "the", "fever", "after", "oral", "treatment", "for", "2", "weeks", "with", "non-steroidal", "anti-inflammatory", "drugs", ",", "remaining", "asymptomatic", "one", "year", "later", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 159, "end": 164 }, { "text": "childhood", "label": "HUMAN", "start": 250, "end": 259 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 134, "end": 141 }, { "text": "puberty", "label": "HUMAN", "start": 309, "end": 316 }, { "text": "animals", "label": "SPECIES", "start": 674, "end": 681 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 823, "end": 830 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2182, "end": 2185 }, { "text": "borrelia", "label": "SPECIES", "start": 2233, "end": 2241 }, { "text": "coxiella", "label": "SPECIES", "start": 2223, "end": 2231 }, { "text": "leishmania", "label": "SPECIES", "start": 2199, "end": 2209 }, { "text": "leptospira", "label": "SPECIES", "start": 2243, "end": 2253 }, { "text": "rickettsia", "label": "SPECIES", "start": 2211, "end": 2221 }, { "text": "toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 2187, "end": 2197 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 2457, "end": 2463 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2909, "end": 2916 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3232, "end": 3239 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 3887, "end": 3893 } ]

[ "A", "49-year-old", "male", "smoker", "with", "no", "adverse", "drug", "reactions", ",", "with", "a", "personal", "history", "of", "hyperuricaemia", "and", "psoriasis", "(", "without", "regular", "treatment", ")", ".", "He", "works", "in", "the", "countryside", "(", "working", "with", "animals", ")", ".", "He", "came", "to", "the", "emergency", "department", "for", "an", "episode", "of", "2", "weeks", "'", "evolution", "consisting", "of", "severe", "skin", "inflammation", "on", "the", "right", "upper", "limb", ",", "accompanied", "by", "febrile", "syndrome", ".", "His", "primary", "care", "doctor", ",", "whom", "he", "had", "consulted", "two", "days", "earlier", ",", "started", "treatment", "with", "Amoxicillin-Clavulanic", "acid", ",", "without", "great", "improvement", "(", "a", "tetanus", "booster", "dose", "was", "also", "administered", ")", ",", "for", "which", "he", "was", "admitted", ".", "He", "reported", "a", "wound", "on", "the", "back", "of", "his", "right", "hand", ",", "which", "he", "could", "not", "explain", "how", "or", "with", "what", "it", "had", "been", "made", ",", "which", "in", "the", "last", "3", "days", "oozed", "pus", "and", "was", "accompanied", "by", "a", "rise", "in", "temperature", "of", "up", "to", "40oC", ",", "which", "partially", "subsided", "with", "paracetamol", ".", "Physical", "examination", "revealed", "a", "blackish", ",", "crusty", "wound", "on", "the", "dorsum", "of", "the", "right", "hand", ",", "with", "severe", "inflammatory", "signs", ",", "erythema", ",", "crusting", "and", "increased", "skin", "temperature", "up", "to", "the", "armpit", ".", "Soft", "ipsilateral", "axillary", "mass", "not", "clearly", "demarcated", ".", "Radial", "pulse", "present", ".", "The", "rest", "of", "the", "physical", "examination", "was", "unremarkable", ".", "The", "blood", "count", "showed", "a", "leukocytosis", "of", "17100", "(", "71", "%", "neutrophils", ")", ";", "venous", "blood", "gas", "analysis", "with", "pH", ":", "7", ".", "38", ",", "pCO2", ":", "50", ",", "pO2", ":", "12", "mmHg", ";", "and", "a", "biochemistry", "with", "potassium", "of", "3", ".", "4", "and", "CRP", "of", "23", "as", "notable", "data", ".", "As", "part", "of", "the", "study", "to", "focus", "on", "the", "case", ",", "blood", "cultures", "(", "x2", ")", "and", "different", "serologies", "were", "taken", "and", "it", "was", "decided", "to", "start", "empirical", "antibiotic", "treatment", "with", "Ciprofloxacin", "and", "Clindamycin", "while", "awaiting", "laboratory", "results", ".", "There", "was", "a", "clear", "clinical", "and", "analytical", "improvement", ",", "leaving", "afebrile", "and", "with", "no", "other", "signs", "of", "systemic", "inflammatory", "response", ",", "so", "it", "was", "decided", "to", "discharge", "the", "patient", "(", "pending", "cultures", "and", "serologies", "to", "be", "seen", "in", "the", "outpatient", "clinic", ",", "which", "were", "positive", "for", "Francisella", "tularensis", ")", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 18 }, { "text": "animals", "label": "SPECIES", "start": 185, "end": 192 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 65, "end": 73 }, { "text": "Francisella tularensis", "label": "SPECIES", "start": 1853, "end": 1875 } ]

[ "This", "is", "a", "43-year-old", "man", "from", "Senegal", "who", "came", "to", "the", "hospital", "emergency", "department", "with", "a", "thermometric", "fever", "of", "up", "to", "39oC", "and", "abdominal", "pain", "of", "one", "week", "'", "s", "evolution", ".", "The", "patient", "'", "s", "history", "was", "recorded", "with", "difficulty", "due", "to", "the", "language", "barrier", ".", "With", "no", "personal", "history", "of", "interest", ",", "he", "had", "been", "living", "in", "Europe", "for", "13", "years", ",", "between", "Spain", "and", "Italy", ".", "He", "had", "not", "recently", "returned", "to", "his", "country", "of", "origin", ".", "Married", ",", "no", "risky", "sexual", "habits", ".", "Works", "in", "the", "countryside", ",", "currently", "unemployed", ".", "Occasional", "drinker", "of", "a", "standard", "drinking", "unit", "(", "SBU", ")", ".", "Active", "smoker", "of", "1-2", "cannabis", "cigarettes", ".", "He", "presented", "with", "bacteremic", "fever", "of", "up", "to", "39o", "C", "in", "the", "last", "48", "hours", ",", "associated", "with", "abdominal", "pain", ",", "located", "in", "the", "epigastrium", ".", "For", "the", "last", "two", "weeks", ",", "he", "has", "had", "a", "barely", "productive", "cough", ",", "with", "dyspnoea", "on", "moderate", "to", "minimal", "exertion", ".", "He", "also", "refers", "constitutional", "symptoms", "of", "2", "months", "'", "evolution", ",", "with", "asthenia", "and", "a", "quantified", "weight", "loss", "of", "10", "kg", ".", "No", "other", "symptoms", "by", "organs", "or", "apparatus", ".", "Physical", "examination", "revealed", "a", "feeling", "of", "illness", ",", "with", "significant", "cachexia", "and", "dry", "skin", ".", "He", "was", "hypotensive", ",", "but", "with", "preserved", "diuresis", ",", "saturation", "97-98", "%", "at", "FiO2", "0", ".", "21", ".", "Tachypnoea", "at", "24", "rpm", ",", "without", "tugging", ".", "Auscultation", "showed", "generalised", "hypophonesis", ",", "with", "rhythmic", "tones", "at", "100", "bpm", ".", "The", "abdominal", "examination", "highlights", ",", "non-painful", "hepatomegaly", "of", "5", "cm", ".", "Good", "capillary", "filling", ",", "pulses", "present", "and", "symmetrical", ".", "Emergency", "biochemical", "tests", "showed", "preserved", "renal", "function", ",", "water", "and", "electrolyte", "abnormalities", ":", "hyponatraemia", "116", "mg", "/", "dL", ",", "hypokalaemia", "2", ".", "5", "mg", "/", "dL", ",", "hypocalcaemia", "(", "calcium", "corrected", "with", "total", "protein", "4", ".", "3", "mg", "/", "dL", ")", "9", ".", "4", "mg", "/", "dL", ",", "LDH", "1330", "U", "/", "L", ",", "BT", "1", ".", "43", "mg", "/", "dL", ",", "GPT", "27", "mg", "/", "dL", ".", "Elevated", "acute", "phase", "reactants", "(", "APR", ")", "CRP", "160", "mg", "/", "l", ".", "Pancytopenia", "with", "3040", "leukocytes", "/", "mm3", "with", "1830", "PMN", ",", "haemoglobin", "8", ".", "1", "mg", "/", "dL", ",", "57000", "platelets", "/", "mm3", ".", "Coagulation", "preserved", ".", "The", "requested", "X-ray", "showed", "condensation", "in", "the", "LSD", "with", "air", "bronchogram", ",", "cavitation", "in", "the", "LI", ",", "with", "a", "nodular", "image", "and", "an", "alveolar", "interstitial", "pattern", "in", "the", "lingula", ".", "The", "abdominal", "X-ray", "showed", "displacement", "of", "the", "intestinal", "loops", ",", "and", "the", "electrocardiogram", "showed", "sinus", "tachycardia", "at", "100", "bpm", "with", "axis", "at", "60o", ".", "The", "patient", "was", "admitted", "with", "septic", "shock", "of", "respiratory", "origin", ",", "pancytopenia", "and", "hepatomegaly", ".", "In", "view", "of", "the", "X-ray", "images", "and", "the", "epidemiological", "history", ",", "a", "sputum", "BAAR", "was", "requested", ",", "which", "turned", "out", "to", "be", "positive", "for", "mycobacteria", ".", "The", "serologies", "requested", "for", "HIV", ",", "hepatotropic", "viruses", ",", "EBV", ",", "parvovirus", ",", "the", "rest", "of", "the", "microbiological", "and", "autoimmune", "studies", "were", "negative", ".", "A", "more", "complete", "biochemistry", "was", "requested", ",", "with", "ferritin", "of", "15150", "ng", "/", "mL", ",", "iron", "86", "ug", "/", "dL", ",", "transferrin", "86", "mg", "/", "mL", ",", "transferrin", "saturation", "index", "79", ".", "7", "%", ",", "vitamin", "B12", ">", "2000", "pg", "/", "dL", ",", "triglycerides", "133", "mg", "/", "dL", ".", "A", "coagulation", "disorder", "was", "detected", "that", "was", "not", "present", "on", "admission", ";", "with", "prothrombin", "activity", "68", ".", "45", "%", ",", "INR", "1", ".", "33", "and", "derived", "fibrinogen", "145", ".", "4", "mg", "/", "dL", ".", "Differential", "diagnosis", "In", "summary", ",", "this", "is", "a", "patient", "with", "active", "tuberculosis", ",", "with", "pancytopenia", ",", "hepatomegaly", "and", "hyperferritinaemia", "of", "15150", "mg", "/", "dL", ".", "The", "pancytopenia", "makes", "it", "necessary", "to", "rule", "out", "a", "bone", "marrow", "disease", "or", "a", "peripheral", "process", "that", "explains", "the", "cellular", "consumption", "or", "destruction", ".", "Causes", "with", "peripheral", "involvement", "include", "hypersplenism", ",", "liver", "disease", ",", "certain", "viruses", ",", "autoimmune", "processes", "or", "consumption", "during", "sepsis", ".", "Central", "mechanisms", "include", "viral", "processes", ",", "leukaemias", "or", "myelodysplastic", "or", "myeloproliferative", "syndromes", ".", "Drug", "or", "alcohol", "consumption", ",", "history", "of", "liver", "disease", ",", "poor", "diet", ",", "haematological", "diseases", "or", "infections", "with", "EBV", ",", "CMV", ",", "parvovirus", "B19", "or", "HIV", "should", "be", "ruled", "out", ".", "Hepatomegaly", "can", "occur", "as", "a", "consequence", "of", "various", "pathologies", ",", "such", "as", "hepatitis", "secondary", "to", "an", "infectious", "process", ",", "ischaemia", ",", "toxins", "such", "as", "drugs", "or", "alcohol", ".", "It", "can", "be", "caused", "by", "accumulation", "of", "substances", ",", "as", "in", "haemochromatosis", ",", "or", "by", "infiltration", "of", "tumours", ",", "both", "benign", "and", "malignant", ".", "It", "may", "be", "the", "result", "of", "alterations", "in", "venous", "return", ",", "as", "in", "thrombosis", "of", "the", "suprahepatic", "veins", "or", "congestive", "heart", "failure", ".", "Alterations", "in", "the", "biliary", "tract", ",", "such", "as", "in", "primary", "biliary", "cirrhosis", ",", "may", "also", "cause", "enlargement", "of", "the", "liver", ".", "Hyperferritinaemia", "can", "occur", "in", "a", "variety", "of", "conditions", "such", "as", "inflammation", ",", "sepsis", ",", "liver", "pathology", ",", "haemochromatosis", "or", "frequent", "blood", "transfusions", ".", "Although", "low", "ferritin", "levels", "correlate", "closely", "with", "iron", "deficiency", ",", "the", "same", "does", "not", "seem", "to", "be", "true", "when", "values", "are", "elevated", ".", "This", "is", "related", "to", "the", "role", "of", "ferritin", "as", "a", "pro-inflammatory", "mediator", "and", "acute", "phase", "reactant", "(", "PAR", ")", ".", "Markedly", "elevated", "levels", "are", "rare", "in", "clinical", "practice", ".", "They", "are", "highly", "suggestive", "of", "haemophagocytic", "syndrome", "(", "HPS", ")", ",", "Still", "'", "s", "disease", "or", "malignant", "antiphospholipid", "syndrome", "among", "others", ".", "In", "these", "syndromes", ",", "it", "is", "not", "only", "a", "mediator", "of", "inflammation", ",", "but", "also", "participates", "in", "the", "pathophysiology", "of", "the", "disease", "as", "an", "inflammatory", "cytokine", ".", "In", "summary", ",", "and", "based", "on", "the", "complementary", "tests", ",", "autoimmune", "causes", "and", "viral", "processes", "are", "ruled", "out", "as", "possible", "aetiology", ".", "The", "study", "should", "be", "extended", "with", "Coombs", "'", "test", ",", "reticulocytes", "or", "bone", "marrow", "aspirate", "to", "rule", "out", "a", "central", "cause", "of", "pancytopenia", ",", "although", "it", "could", "be", "partly", "explained", "by", "the", "septic", "condition", ".", "Imaging", "tests", "are", "needed", "to", "assess", "the", "status", "of", "the", "hepatomegaly", "and", "to", "rule", "out", "/", "confirm", "splenomegaly", "or", "a", "liver", "tumour", "which", "also", "justifies", "the", "patient", "'", "s", "clinical", "signs", "of", "malnutrition", "and", "cachexia", ".", "Given", "the", "above", ",", "hyperferritinaemia", "could", "be", "secondary", "to", "a", "liver", "disease", "such", "as", "haemochromatosis", "or", "be", "in", "the", "context", "of", "septicaemia", "as", "an", "acute", "phase", "reactant", ",", "although", "the", "levels", "are", "excessively", "elevated", ",", "so", "hyperferritinaemic", "syndrome", "should", "not", "be", "forgotten", ".", "Evolution", "Treatment", "was", "started", "with", "rifampicin", ",", "isoniazid", ",", "ethambutol", "and", "pyrazinamide", ",", "the", "doses", "of", "which", "were", "adjusted", "to", "the", "patient", "'", "s", "weight", ".", "Despite", "this", ",", "the", "patient", "developed", "respiratory", ",", "haemodynamic", "and", "haematological", "failure", "and", "required", "admission", "to", "the", "Intensive", "Care", "Unit", "(", "ICU", ")", ".", "The", "study", "was", "extended", "with", "haematological", "tests", "such", "as", "Coombs", "'", "test", "and", "haptoglobin", ",", "which", "were", "negative", ",", "ruling", "out", "an", "underlying", "haematological", "process", ".", "Bone", "marrow", "aspirate", "was", "not", "performed", ".", "The", "analytical", "evolution", "was", "as", "follows", ":", "he", "developed", "a", "coagulopathy", "with", "a", "decrease", "in", "AP", "to", "52", "%", ",", "APTT", "25", "s", ",", "DD", "31", ",", "worsening", "of", "the", "cytopenias", ",", "requiring", "transfusions", "of", "platelets", "and", "red", "blood", "cells", ",", "although", "blood", "levels", "were", "subsequently", "brought", "under", "control", ".", "Ferritin", "levels", "were", "decreasing", ",", "reaching", "2578", "mg", "/", "dL", ".", "All", "blood", "and", "urine", "media", "cultures", "were", "negative", ".", "Serial", "smears", "remained", "persistently", "positive", ",", "with", "an", "antibiogram", "for", "rifampicin-sensitive", "M", ".", "tuberculosis", ".", "The", "bacillus", "was", "not", "isolated", "from", "any", "other", "specimen", ".", "The", "CRP", "was", "elevated", "on", "admission", "to", "the", "ICU", "and", "subsequently", "decreased", ".", "The", "patient", "had", "to", "be", "intubated", "due", "to", "muscle", "exhaustion", "and", "was", "severely", "maladapted", "to", "invasive", "ventilation", ".", "He", "developed", "a", "parcel", "pneumothorax", ",", "so", "a", "chest", "tube", "was", "placed", ",", "making", "ventilation", "even", "more", "difficult", ".", "A", "chest", "CT", "scan", "was", "requested", "to", "assess", "the", "extent", "of", "the", "lesion", ":", "\"", "Moderate", "right", "anterior", "hydropneumothorax", "with", "well-placed", "drainage", "tube", ".", "Possible", "pleurobronchial", "fistula", "in", "LSD", ".", "Consolidation", "in", "LSD", "multicavitated", "with", "bronchial", "dilatation", ".", "Large", "85", "mm", "cavity", "in", "LSI", ",", "without", "hydroaerial", "levels", "or", "masses", ".", "Parenchyma", "of", "middle", "lobe", ",", "lingula", "and", "lower", "lobes", "with", "reticular", "interstitial", "involvement", "and", "areas", "of", "honeycombing", ".", "Alveolar", "infiltrates", "in", "LSI", "and", "patchy", "in", "LII", ".", "No", "mediastinal", "adenopathies", "of", "significant", "size", ".", "Abdominal", "and", "pelvic", "CT", "only", "showed", "homogeneous", "hepatomegaly", "\"", ".", "Despite", "the", "support", "measures", "taken", "and", "the", "tuberculostatic", "treatment", ",", "there", "was", "no", "clinical", "improvement", ".", "Finally", "the", "patient", "died", ".", "Final", "diagnosis", "Respiratory", "sepsis", "due", "to", "pulmonary", "tuberculosis", "and", "secondary", "SHF", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "bacteremic", "label": "SPECIES", "start": 606, "end": 616 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 567, "end": 575 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 174, "end": 181 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 258, "end": 266 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2161, "end": 2168 }, { "text": "BAAR", "label": "SPECIES", "start": 2325, "end": 2329 }, { "text": "mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 2381, "end": 2393 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 2452, "end": 2455 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2425, "end": 2428 }, { "text": "parvovirus", "label": "SPECIES", "start": 2457, "end": 2467 }, { "text": "hepatotropic viruses", "label": "SPECIES", "start": 2430, "end": 2450 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2934, "end": 2941 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 3551, "end": 3554 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 3546, "end": 3549 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 3574, "end": 3577 }, { "text": "parvovirus", "label": "SPECIES", "start": 3556, "end": 3566 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 3357, "end": 3362 }, { "text": "parvovirus B19", "label": "SPECIES", "start": 3556, "end": 3570 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5321, "end": 5328 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 4928, "end": 4933 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5771, "end": 5778 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5807, "end": 5814 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6742, "end": 6749 }, { "text": "bacillus", "label": "SPECIES", "start": 6614, "end": 6622 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 7656, "end": 7663 }, { "text": "tuberculostatic", "label": "SPECIES", "start": 7582, "end": 7597 } ]

[ "A", "9-year-old", "boy", ",", "with", "no", "family", "or", "personal", "history", "of", "interest", ",", "consulted", "the", "Paediatric", "Emergency", "Department", "of", "our", "centre", "for", "vesicular", "lesions", "on", "the", "outer", "face", "of", "the", "right", "arm", ",", "in", "the", "area", "where", "a", "henna", "tattoo", "(", "from", "the", "Lawsonia", "inermis", "plant", ")", "had", "been", "applied", ".", "The", "patient", "reported", "that", "the", "tattoo", "had", "been", "applied", "15", "days", "earlier", ",", "with", "onset", "of", "the", "symptoms", "48", "hours", "prior", "to", "the", "consultation", ".", "He", "had", "been", "receiving", "treatment", "with", "amoxicillin-clavulanic", "acid", "since", "the", "onset", "of", "the", "symptoms", ",", "indicated", "in", "outpatients", "due", "to", "suspicion", "of", "superinfection", ".", "At", "the", "time", "of", "the", "emergency", "department", "assessment", ",", "treatment", "was", "prescribed", "with", "Silvederma", ",", "oral", "methylprednisolone", "and", "hydroxyzine", ",", "with", "progressive", "improvement", "over", "the", "following", "week", ".", "He", "was", "subsequently", "assessed", "at", "the", "paediatric", "allergy", "clinic", ",", "where", "hypopigmentation", "was", "observed", "in", "the", "area", "where", "the", "tattoo", "had", "been", "applied", ".", "A", "true-test", "was", "performed", "with", "readings", "at", "48", "and", "96", "hours", ",", "with", "a", "positive", "response", "to", "paraphenylenediamine", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 26, "end": 32 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 273, "end": 280 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 36, "end": 44 }, { "text": "Lawsonia inermis plant", "label": "SPECIES", "start": 227, "end": 249 }, { "text": "henna", "label": "SPECIES", "start": 204, "end": 209 } ]

[ "Anamnesis", "A", "56-year-old", "woman", ",", "with", "no", "personal", "history", "of", "interest", "or", "known", "drug", "allergies", ",", "came", "to", "the", "emergency", "department", "for", "evaluation", "of", "a", "pruritic", "rash", "of", "four", "days", "'", "evolution", ".", "The", "patient", "denied", "the", "recent", "introduction", "of", "medication", "and", "cosmetics", ".", "She", "had", "no", "fever", ",", "arthralgias", "or", "other", "systemic", "symptoms", ".", "The", "only", "relevant", "history", "was", "that", "two", "days", "before", "the", "onset", "of", "the", "symptoms", "she", "had", "eaten", "mushrooms", "in", "an", "Asian", "restaurant", ".", "Physical", "examination", "On", "examination", ",", "the", "patient", "had", "maculo-papular", "lesions", "on", "the", "trunk", "and", "extremities", ",", "some", "with", "a", "purpuric", "tinge", ",", "all", "characteristically", "distributed", "in", "criss-crossed", "lines", "giving", "a", "\"", "flagellated", "\"", "appearance", ".", "In", "addition", ",", "large", "erythematous", "plaques", "with", "irregular", "borders", "were", "observed", "on", "the", "cervical", "region", ",", "neckline", "and", "forehead", ".", "Complementary", "tests", "A", "complete", "blood", "test", "was", "requested", ",", "highlighting", "a", "mild", "leukocytosis", "with", "neutrophilia", ".", "Histopathology", "revealed", "the", "presence", "of", "foci", "of", "spongiosis", "and", "perivascular", "lymphocytes", "in", "the", "papillary", "dermis", ".", "Diagnosis", "Flagellar", "dermatitis", "due", "to", "shiitake", "mushrooms", ".", "Treatment", "Treatment", "with", "topical", "corticosteroids", "and", "oral", "antihistamines", "was", "prescribed", ".", "Evolution", "On", "examination", "two", "weeks", "later", ",", "the", "rash", "had", "completely", "subsided", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 29 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 189, "end": 196 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 39, "end": 47 }, { "text": "mushrooms", "label": "SPECIES", "start": 406, "end": 415 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 482, "end": 489 }, { "text": "mushrooms", "label": "SPECIES", "start": 1063, "end": 1072 }, { "text": "shiitake mushrooms", "label": "SPECIES", "start": 1054, "end": 1072 } ]

[ "A", "16-year-old", "male", "patient", "from", "the", "rural", "area", "of", "the", "city", "of", "Cali", ",", "Colombia", ",", "with", "chronic", "exposure", "to", "poultry", "droppings", "at", "home", "with", "a", "history", "of", "idiopathic", "cirrhosis", ",", "Child-Pugh", "Class", "B", "classification", ",", "documented", "3", "months", "prior", "to", "admission", "and", "awaiting", "a", "liver", "transplant", "at", "a", "level", "IV", "institution", ".", "At", "the", "time", "of", "consultation", "in", "the", "emergency", "department", "he", "presented", "with", "a", "clinical", "picture", "of", "8", "days", "evolution", "of", "fever", ",", "persistent", "emesis", ",", "headache", ",", "photophobia", "and", "tinnitus", ",", "so", "a", "lumbar", "puncture", "was", "performed", "obtaining", "cerebrospinal", "fluid", "(", "CSF", ")", "with", "pleocytosis", ",", "hypoglycorrhachia", ",", "Chinese", "ink", "positive", "for", "fungal", "structures", "and", "positive", "molecular", "tests", "for", "Cryptococcus", "neoformans", "/", "gattii", "with", "automated", "multiplex", "polymerase", "chain", "reaction", "detection", "system", "nested", "by", "FilmArray", "TM", "Meningitis", "/", "Encephalitis", "panel", "(", "Biomérieux", ",", "FilmArrayTM", "2", ".", "0", ",", "Marcy-L", "\"", "étoile", ",", "France", ")", ",", "a", "method", "for", "amplification", ",", "detection", "and", "analysis", "of", "nucleic", "acids", "in", "a", "closed", "system", ".", "The", "results", "obtained", "from", "the", "cerebrospinal", "fluid", "sample", ".", "The", "culture", "reported", "growth", "of", "Cryptococcus", "gattii", "sensitive", "to", "liposomal", "amphotericin", "B", ",", "5-fluocytocin", "and", "fluconazole", ".", "A", "cranial", "computed", "axial", "tomography", "was", "performed", ",", "where", "no", "cryptococcomas", "or", "signs", "of", "cerebral", "oedema", "were", "identified", ".", "Antifungal", "treatment", "with", "liposomal", "amphotericin", "B", "and", "5-fluocytocin", "was", "started", ",", "with", "a", "good", "initial", "clinical", "evolution", "due", "to", "resolution", "of", "the", "headache", ",", "tolerance", "of", "the", "oral", "route", "and", "resolution", "of", "the", "other", "symptoms", ".", "Ten", "days", "later", "he", "presented", "clinical", "deterioration", "with", "signs", "of", "sepsis", "and", "gastrointestinal", "bleeding", "and", "was", "transferred", "to", "the", "intensive", "care", "unit", ".", "A", "CSF", "cytochemical", "control", "was", "performed", ",", "which", "persisted", "with", "hypoglycorrhachia", ",", "pleocytosis", "and", "fungal", "structures", "in", "the", "Chinese", "ink", "study", ".", "Twenty-four", "days", "after", "hospitalisation", ",", "he", "presented", "neurological", "deterioration", ",", "renal", "failure", "requiring", "dialysis", ",", "ventilatory", "failure", "of", "central", "origin", "and", "coagulopathy", "with", "massive", "alveolar", "bleeding", ",", "leading", "to", "the", "patient", "'", "s", "death", ".", "Cryptococcus", "spp", ".", "are", "round", "or", "oval", "yeasts", "measuring", "20", "μm", "in", "diameter", ".", "C", ".", "neoformans", "has", "a", "universal", "distribution", "and", "can", "be", "easily", "found", "in", "the", "environment", "mainly", "in", "soil", "contaminated", "with", "bird", "faeces", "and", "C", ".", "gattii", "has", "been", "isolated", "from", "flowers", "and", "trees", "such", "as", "eucalyptus", ",", "ficus", "and", "almond", "trees", ".", "C", ".", "gattii", "was", "initially", "thought", "to", "be", "a", "subtype", "of", "C", ".", "neoformans", ",", "but", "is", "now", "recognised", "as", "a", "single", "species", "that", "is", "divided", "into", "four", "molecular", "types", ":", "VGI", ",", "VGII", ";", "VGIII", "and", "VGIV", ".", "Strains", "VGI", "and", "VGII", "have", "an", "endemic", "distribution", "in", "Australia", ",", "VGII", "and", "VGIII", "in", "South", "America", ",", "and", "strain", "VGIV", "in", "the", "United", "States", ",", "which", "is", "associated", "with", "meningoencephalitis", "with", "an", "aggressive", "course", "." ]

[ 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 26 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 19, "end": 26 }, { "text": "Cryptococcus neoformans", "label": "SPECIES", "start": 664, "end": 687 }, { "text": "Cryptococcus neoformans/gattii", "label": "SPECIES", "start": 664, "end": 694 }, { "text": "Cryptococcus gattii", "label": "SPECIES", "start": 1051, "end": 1070 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1992, "end": 1999 }, { "text": "eucalyptus", "label": "SPECIES", "start": 2276, "end": 2286 }, { "text": "ficus", "label": "SPECIES", "start": 2288, "end": 2293 }, { "text": "almond trees", "label": "SPECIES", "start": 2298, "end": 2310 }, { "text": "strain", "label": "SPECIES", "start": 2592, "end": 2598 }, { "text": "Strains", "label": "SPECIES", "start": 2491, "end": 2498 }, { "text": "species", "label": "SPECIES", "start": 2413, "end": 2420 }, { "text": "C. neoformans", "label": "SPECIES", "start": 2364, "end": 2377 }, { "text": "C. gattii", "label": "SPECIES", "start": 2313, "end": 2322 } ]

[ "A", "34-year-old", "male", "patient", "diagnosed", "with", "chickenpox", "three", "weeks", "earlier", ",", "which", "had", "resolved", "without", "complications", ".", "He", "came", "to", "the", "emergency", "department", "with", "a", "decrease", "in", "visual", "acuity", "in", "his", "left", "eye", ".", "Ophthalmological", "examination", "showed", "a", "corrected", "visual", "acuity", "of", "1", "in", "the", "right", "eye", "(", "OD", ")", "and", "0", ".", "6", "in", "the", "left", "eye", "(", "OI", ")", ".", "The", "slit-lamp", "examination", "showed", "a", "cellular", "tyndall", "of", "4", "+", "in", "the", "left", "eye", ",", "keratic", "precipitates", "(", "3", "+", ")", "and", "no", "fluorescein", "staining", "of", "the", "cornea", ",", "with", "normal", "corneal", "staining", "in", "the", "right", "eye", ".", "Intraocular", "pressure", "was", "16mmHg", "in", "both", "eyes", ".", "Initial", "fundoscopic", "examination", "of", "the", "OI", "revealed", "mild", "vitritis", "(", "1", "+", ")", "with", "no", "foci", "of", "retinitis", ".", "Topical", "treatment", "with", "corticosteroids", "and", "mydriatics", "was", "started", ".", "After", "2", "days", ",", "a", "slight", "decrease", "in", "cellular", "tyndall", "(", "3", "+", ")", "was", "observed", "in", "the", "anterior", "chamber", ",", "but", "fundus", "examination", "revealed", "a", "peripheral", "focus", "of", "necrotising", "retinitis", "in", "the", "temporal", "area", "associated", "with", "retinal", "vasculitis", ".", "The", "patient", "was", "admitted", "and", "treatment", "was", "started", "with", "intravenous", "acyclovir", "(", "10", "mgr", "/", "kg", "/", "8", "hours", ")", ",", "antiaggregation", "(", "acetylsalicylic", "acid", "150", "mgr", "/", "24", "hours", ")", "and", "topical", "treatment", "was", "maintained", ".", "Prophylactic", "argon", "laser", "photocoagulation", "was", "also", "performed", "around", "the", "area", "of", "retinal", "necrosis", ".", "After", "48", "hours", "and", "after", "verifying", "a", "good", "response", "with", "a", "decrease", "in", "the", "retinal", "focus", ",", "systemic", "corticosteroids", "were", "introduced", "at", "a", "dose", "of", "1", "mg", "/", "kg", "/", "d", ",", "showing", "a", "rapid", "improvement", "in", "visual", "acuity", ",", "with", "a", "decrease", "in", "vitritis", "and", "a", "smaller", "retinal", "focus", ".", "After", "2", "weeks", ",", "antiviral", "treatment", "(", "famciclovir", "500", "mgr", "/", "12", "hours", ")", "was", "switched", "to", "oral", "therapy", "and", "a", "gradual", "decrease", "in", "corticosteroids", "was", "started", "at", "a", "rate", "of", "10", "mgr", "each", "week", ".", "Antiviral", "treatment", "was", "continued", "at", "maintenance", "doses", "for", "6", "weeks", ",", "with", "regular", "blood", "and", "biochemistry", "tests", "to", "detect", "renal", "involvement", ".", "Six", "months", "after", "the", "onset", "of", "the", "disease", ",", "the", "patient", "remained", "asymptomatic", ",", "with", "a", "visual", "acuity", "of", "unity", "in", "the", "left", "eye", ",", "healing", "of", "the", "retinal", "lesions", "and", "complete", "absence", "of", "ocular", "inflammatory", "activity", "in", "both", "eyes", ".", "During", "admission", ",", "recent", "varicella", "zoster", "virus", "infection", "was", "confirmed", "by", "seroconversion", "." ]

[ 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 26 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 19, "end": 26 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 958, "end": 965 }, { "text": "antiviral", "label": "SPECIES", "start": 1518, "end": 1527 }, { "text": "Antiviral", "label": "SPECIES", "start": 1683, "end": 1692 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1870, "end": 1877 }, { "text": "varicella zoster virus", "label": "SPECIES", "start": 2072, "end": 2094 } ]

[ "A", "64", "year", "old", "woman", "with", "no", "previous", "history", "of", "interest", "presented", "with", "a", "decrease", "in", "VA", "in", "OD", "of", "one", "week", "'", "s", "duration", ".", "The", "VA", "was", "0", ".", "2", "in", "the", "OD", "and", "0", ".", "9", "in", "the", "OI", ".", "The", "anterior", "pole", "was", "normal", "in", "AO", ".", "Intraocular", "pressure", "(", "IOP", ")", "was", "20", "mmHg", "and", "the", "pupils", "were", "isochoric", "and", "normoreactive", "in", "AO", ".", "Examination", "of", "the", "right", "FO", "revealed", "papillary", "oedema", "and", "macular", "star", ".", "In", "view", "of", "the", "clinical", "suspicion", "of", "neuroretinitis", ",", "we", "performed", "a", "series", "of", "tests", "including", "a", "complete", "blood", "count", ",", "basic", "biochemistry", ",", "ESR", ",", "CRP", ",", "chest", "X-ray", "and", "cranial", "CT", "scan", ".", "We", "also", "requested", "a", "complete", "biochemistry", ",", "coagulation", ",", "rheumatic", "tests", ",", "immunoglobulins", ",", "Mantoux", "intradermal", "reaction", ",", "proteinogram", ",", "gamma", "globulins", ",", "ANA", ",", "ENA", ",", "ANCA", "and", "ECA", "and", "serology", ":", "toxoplasma", ",", "bartonella", ",", "HIV", ",", "HBV", ",", "HCV", ",", "CMV", ",", "HSV", ",", "EBV", ",", "LUES", ",", "borrelia", ",", "chlamydia", ",", "histoplasmosis", ",", "toxocara", "and", "rose", "bengal", ".", "Funduscopic", "examination", "of", "the", "OD", "revealed", "papillary", "oedema", "and", "macular", "star", ";", "the", "OI", "was", "normal", ".", "Fluorescein", "angiography", "showed", "\"", "screen", "effect", "\"", "lesions", "with", "late", "hyperfluorescence", "around", "them", ".", "The", "systemic", "study", "of", "this", "patient", "was", "normal", ".", "Western", "blot", "serology", "was", "positive", "for", "bartonella", "and", "she", "was", "put", "on", "oral", "treatment", "with", "ciprofloxacin", "500", "mg", "every", "12", "hours", "for", "3", "weeks", ".", "The", "evolution", "was", "favourable", "and", "he", "experienced", "a", "remarkable", "VA", "recovery", "(", "OD", "=", "0", ".", "9", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 19 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 774, "end": 777 }, { "text": "LUES", "label": "SPECIES", "start": 789, "end": 793 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 784, "end": 787 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 764, "end": 767 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 769, "end": 772 }, { "text": "HSV", "label": "SPECIES", "start": 779, "end": 782 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 759, "end": 762 }, { "text": "bartonella", "label": "SPECIES", "start": 747, "end": 757 }, { "text": "bartonella", "label": "SPECIES", "start": 1137, "end": 1147 }, { "text": "borrelia", "label": "SPECIES", "start": 795, "end": 803 }, { "text": "chlamydia", "label": "SPECIES", "start": 805, "end": 814 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1078, "end": 1085 }, { "text": "toxocara", "label": "SPECIES", "start": 832, "end": 840 }, { "text": "toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 735, "end": 745 }, { "text": "histoplasmosis", "label": "SPECIES", "start": 816, "end": 830 } ]

[ "Anamnesis", "A", "27-year-old", "male", "with", "a", "history", "of", "superficial", "venous", "thrombosis", "in", "the", "lower", "limbs", "in", "July", "2011", ",", "on", "treatment", "with", "low", "molecular", "weight", "heparin", "for", "three", "months", ",", "suspended", "after", "completing", "the", "aetiological", "study", "with", "normal", "results", ".", "She", "had", "no", "other", "medical", "history", "of", "interest", ".", "She", "came", "to", "the", "emergency", "department", "for", "a", "clinical", "picture", "of", "headache", "with", "mild", "onset", ",", "periocular", "involvement", "and", "oppressive", "quality", ",", "progressing", "over", "days", "to", "a", "dull", ",", "continuous", ",", "deep", "and", "generalised", "pain", ",", "which", "worsened", "with", "exertion", ";", "it", "did", "not", "interfere", "with", "night-time", "rest", ".", "Physical", "examination", "Good", "general", "condition", ",", "37", ".", "5", "oC", ",", "normotensive", ",", "eupneic", ".", "Cardiopulmonary", "auscultation", "was", "normal", ".", "Abdomen", "and", "extremities", "without", "pathological", "findings", ".", "Neurological", "examination", ":", "conscious", ",", "oriented", "and", "cooperative", ".", "Language", "and", "higher", "functions", "preserved", ".", "Symmetrical", "carotid", "arteries", "without", "murmurs", ".", "Cranial", "nerves", "normal", ".", "Strength", ",", "sensitivity", ",", "tone", "and", "myotatic", "reflexes", "without", "alterations", ",", "normal", "gait", ".", "Normal", "eye", "fundus", ".", "Negative", "meningeal", "signs", ".", "Complementary", "tests", "-", "In", "the", "Emergency", "Department", ",", "a", "blood", "test", "with", "haemogram", ",", "biochemistry", "and", "haemostasis", "and", "a", "chest", "X-ray", "were", "performed", ",", "which", "showed", "no", "pathological", "findings", ".", "-", "The", "study", "was", "completed", "with", "a", "cranial", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", "scan", ",", "which", "was", "reported", "as", "normal", ".", "-", "Cerebrospinal", "fluid", "biochemistry", "showed", "no", "abnormal", "data", ",", "although", "opening", "pressure", "was", "not", "determined", "during", "lumbar", "puncture", ".", "Treatment", "and", "evolution", "After", "starting", "treatment", "with", "conventional", "analgesia", ",", "the", "symptoms", "subsided", ",", "so", "it", "was", "decided", "to", "discharge", "him", ",", "recommending", "relative", "rest", "and", "symptomatic", "treatment", ".", "After", "two", "weeks", "during", "which", "mild", "headache", "persisted", "with", "little", "functional", "repercussion", ",", "the", "clinical", "picture", "worsened", ",", "with", "progression", "of", "the", "headache", "and", "the", "appearance", "of", "vomiting", "and", "cervical", "pain", ",", "for", "which", "reason", "he", "returned", "to", "the", "Emergency", "Department", ".", "The", "patient", "continued", "to", "be", "in", "good", "general", "condition", ",", "the", "physical", "examination", "(", "including", "fundus", "examination", ")", "and", "laboratory", "tests", "were", "again", "normal", ",", "and", "a", "second", "cranial", "CT", "scan", "was", "performed", ",", "which", "was", "reported", "as", "normal", ".", "In", "view", "of", "the", "clinical", "signs", "and", "the", "normality", "of", "the", "tests", "performed", ",", "an", "assessment", "was", "requested", "by", "the", "Neurology", "Department", ",", "which", "performed", "a", "new", "lumbar", "puncture", "and", "analysed", "the", "opening", "pressure", "of", "the", "cerebrospinal", "fluid", ".", "The", "biochemical", "analysis", "showed", "no", "increase", "in", "cells", "and", "proteins", "and", "glycorrhachia", "was", "normal", ",", "while", "the", "opening", "pressure", "rose", "to", "42", "cm", "H2O", "(", "normal", "values", "from", "7", "to", "18", "cm", "H2O", ")", ".", "The", "presence", "of", "intracranial", "hypertension", "made", "it", "necessary", "to", "rule", "out", "cerebral", "venous", "sinus", "thrombosis", "as", "the", "aetiological", "cause", "of", "the", "hypertension", ",", "so", "an", "urgent", "venous", "phase", "cranial", "CT", "angiography", "was", "performed", ",", "which", "confirmed", "the", "presumptive", "diagnosis", ".", "Angio-CT", "scan", "in", "venous", "phase", ".", "It", "shows", "a", "filling", "defect", "in", "the", "left", "internal", "jugular", "vein", ".", "A", "delta", "or", "empty", "triangle", "sign", "is", "seen", "at", "the", "confluence", "of", "the", "venous", "sinuses", ".", "It", "showed", "extensive", "thrombosis", "in", "the", "left", "transverse", "sinus", "with", "extension", "to", "the", "sigmoid", "sinus", ",", "left", "jugular", "vein", "up", "to", "the", "confluence", "with", "the", "left", "subclavian", "vein", ",", "right", "transverse", "and", "sigmoid", "sinuses", "and", "brachiocephalic", "venous", "trunk", ".", "With", "the", "diagnosis", "of", "massive", "thrombosis", "of", "the", "cerebral", "venous", "sinuses", "with", "secondary", "intracranial", "hypertension", ",", "anticoagulant", "treatment", "was", "started", "with", "sodium", "heparin", "to", "maintain", "an", "activated", "partial", "thromboplastin", "time", "of", "1", ".", "5", "to", "2", "times", "its", "value", ",", "followed", "by", "acenocoumarol", "and", "analgesia", ".", "During", "admission", ",", "an", "aetiological", "study", "of", "prothrombotic", "states", "was", "completed", ".", "A", "blood", "test", "was", "performed", "with", "a", "study", "of", "immunity", "(", "extractable", "nuclear", "antigen", ",", "ANOE", ",", "neutrophil", "anti-cytoplasm", ",", "erythrocyte", "sedimentation", "rate", ",", "rheumatoid", "factor", ")", ",", "hypercoagulability", "(", "anticardiolipin", "antibodies", ",", "lupus", "anticoagulant", ",", "lupus", "anticoagulant", ")", ",", "lupus", "anticoagulant", ",", "proteins", "C", "and", "S", ",", "antithrombin", "III", ",", "thrombin", "gene", "20210A", "mutation", "and", "Leyden", "'", "s", "factor", "V", ")", ",", "homocysteine", ",", "serology", "(", "human", "immunodeficiency", "virus", ",", "hepatitis", "B", "and", "C", "virus", ",", "lupus", ",", "Borrelia", ")", "and", "tumour", "markers", ".", "To", "rule", "out", "a", "neoplastic", "origin", ",", "a", "thoraco-abdominal-pelvic", "CT", "scan", "and", "a", "testicular", "ultrasound", "were", "performed", ".", "To", "date", ",", "no", "secondary", "cause", "of", "thrombophilia", "has", "been", "demonstrated", "in", "our", "patient", ".", "After", "clinical", "improvement", "and", "achievement", "of", "an", "adequate", "anticoagulation", "range", "the", "patient", "left", "the", "hospital", ".", "Three", "weeks", "after", "discharge", ",", "a", "cranial", "MRI", "with", "angioresonance", "was", "performed", ",", "in", "which", "signal", "alteration", "persisted", "in", "the", "left", "transverse-sigmoid", "sinus", "and", "jugular", "bulb", "and", "partial", "visualisation", "of", "the", "right", "transverse-sigmoid", "sinus", ",", "with", "filling", "of", "the", "same", "after", "contrast", "administration", ",", "indicating", "partial", "recanalisation", ".", "No", "areas", "of", "established", "venous", "infarction", "were", "observed", ".", "The", "patient", "continues", "to", "lead", "a", "normal", "life", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 28 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1921, "end": 1928 }, { "text": "Borrelia", "label": "SPECIES", "start": 4047, "end": 4055 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4263, "end": 4270 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4356, "end": 4363 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4769, "end": 4776 }, { "text": "human immunodeficiency virus", "label": "SPECIES", "start": 3985, "end": 4013 }, { "text": "hepatitis B and C virus", "label": "SPECIES", "start": 4015, "end": 4038 } ]

[ "Male", "71", "years", "old", "with", "a", "history", "of", "gonarthrosis", "with", "knee", "prosthesis", "and", "ex-drinker", ".", "He", "lives", "in", "a", "rural", "area", ",", "livestock", "farmer", ",", "and", "reports", "having", "been", "trying", "to", "exterminate", "a", "plague", "of", "mice", "on", "his", "farm", ".", "He", "consulted", "for", "4", "days", "of", "fever", ",", "choluric", "urine", "and", "muscle", "pain", "in", "the", "posterior", "region", "of", "both", "thighs", "and", "calves", "associated", "with", "muscle", "weakness", "and", "difficulty", "in", "walking", ".", "On", "arrival", "BP", ":", "141", "/", "78", "HR", ":", "105", "T", ":", "37", ".", "1", "°", "C", "Sat", ":", "98", "%", ".", "On", "examination", ",", "jaundice", ",", "eupneic", ",", "cardiac", "auscultation", ":", "tachycardic", ",", "no", "murmurs", ".", "Abdomen", "hepatomegaly", "of", "2", "finger", "widths", "neurological", ":", "strength", "4", "/", "5", "in", "the", "lower", "limbs", "with", "abolished", "osteotendinous", "reflexes", ".", "In", "view", "of", "these", "clinical", "and", "epidemiological", "data", "and", "the", "high", "suspicion", "of", "leptospirosis", ",", "serology", "was", "requested", "and", "antibiotic", "treatment", "with", "doxycycline", "by", "mouth", "was", "started", "and", "the", "patient", "was", "admitted", "to", "hospital", ".", "During", "his", "stay", ",", "his", "condition", "deteriorated", "rapidly", ",", "and", "in", "less", "than", "12", "hours", "he", "began", "to", "experience", "oliguria", ",", "hypotension", ",", "delirium", ",", "episodes", "of", "non-sustained", "VT", "and", "respiratory", "deterioration", "with", "haemoptysis", ",", "which", "required", "OTI-VM", "and", "admission", "to", "the", "ICU", ".", "During", "these", "hours", ",", "treatment", "with", "iv", "ceftriaxone", "was", "added", "to", "haemodynamic", "support", ".", "After", "20", "days", "in", "the", "ICU", "where", "the", "microbiological", "diagnosis", "of", "leptospira", "was", "confirmed", ",", "good", "clinical", "evolution", "with", "transfer", "to", "the", "internal", "medicine", "department", "and", "discharge", "from", "the", "hospital", "26", "days", "after", "admission", "to", "the", "emergency", "department", ".", "Leptospirosis", "is", "a", "worldwide", "zoonosis", "transmitted", "to", "humans", "by", "direct", "contact", "with", "the", "urine", "of", "wild", "mammals", "(", "especially", "rats", "and", "mice", ",", "but", "also", "dogs", ",", "cats", ",", "sheep", ",", "pigs", ",", "cattle", "and", "all", "types", "of", "wild", "animals", ")", ".", "Although", "it", "is", "more", "frequent", "in", "tropical", "and", "subtropical", "countries", ",", "there", "are", "several", "traditionally", "endemic", "areas", "in", "Spain", ",", "such", "as", "rice-growing", "areas", "in", "the", "Valencian", "Community", "or", "the", "Ebro", "Delta", ".", "In", "Gran", "Canaria", "it", "is", "rare", ",", "twenty-two", "patients", "were", "admitted", "to", "our", "hospital", "from", "2000", "to", "2010", ",", "the", "average", "age", "was", "61", ".", "41", "years", ",", "68", ".", "2", "%", "from", "rural", "areas", ",", "during", "admission", "81", ".", "8", "%", "presented", "acute", "renal", "failure", "and", "68", ".", "2", "%", "shock", "with", "admission", "to", "the", "ICU", ".", "Five", "patients", "died", ".", "The", "causes", "of", "death", "are", "usually", "renal", "failure", ",", "cardiopulmonary", "failure", "and", "haemorrhage", ".", "Recovery", "is", "usually", "complete", ",", "although", "sequelae", "ranging", "from", "chronic", "fatigue", "to", "other", "neuropsychiatric", "symptoms", "such", "as", "headache", ",", "paraesthesias", ",", "mood", "swings", "and", "depression", "may", "remain", ".", "Treatment", "should", "be", "initiated", "as", "soon", "as", "the", "diagnosis", "is", "suspected", ".", "Less", "severe", "cases", "can", "be", "treated", "with", "oral", "antibiotics", ",", "such", "as", "amoxicillin", ",", "ampicillin", ",", "doxycycline", "or", "erythromycin", ".", "In", "more", "severe", "cases", "third", "generation", "cephalosporins", "and", "quinolones", "are", "useful", ".", "As", "important", "as", "antibiotics", "are", "supportive", "measures", "and", "treatment", "of", "water-electrolyte", ",", "haemodynamic", ",", "renal", "and", "pulmonary", "disturbances", "." ]

[ 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Male", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 4 }, { "text": "animals", "label": "SPECIES", "start": 1651, "end": 1658 }, { "text": "cattle", "label": "SPECIES", "start": 1622, "end": 1628 }, { "text": "cats", "label": "SPECIES", "start": 1603, "end": 1607 }, { "text": "humans", "label": "HUMAN", "start": 1505, "end": 1511 }, { "text": "leptospira", "label": "SPECIES", "start": 1267, "end": 1277 }, { "text": "sheep", "label": "SPECIES", "start": 1609, "end": 1614 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 1897, "end": 1905 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 2113, "end": 2121 }, { "text": "dogs", "label": "SPECIES", "start": 1597, "end": 1601 }, { "text": "mammals", "label": "SPECIES", "start": 1553, "end": 1560 }, { "text": "farmer", "label": "HUMAN", "start": 122, "end": 128 }, { "text": "livestock", "label": "HUMAN", "start": 112, "end": 121 }, { "text": "mice", "label": "SPECIES", "start": 188, "end": 192 }, { "text": "mice", "label": "SPECIES", "start": 1582, "end": 1586 }, { "text": "rats", "label": "SPECIES", "start": 1573, "end": 1577 }, { "text": "pigs", "label": "SPECIES", "start": 1616, "end": 1620 } ]

[ "We", "present", "the", "case", "of", "a", "23-year-old", "patient", ",", "originally", "from", "León", ",", "Guanajuato", ",", "who", "one", "month", "before", "moved", "to", "Mexico", "City", ";", "after", "the", "bus", "ride", ",", "he", "noticed", "an", "erythematous", "and", "pruritic", "papule", "on", "his", "neck", ".", "One", "week", "later", ",", "he", "presented", "multiple", "pruritic", "lesions", "on", "the", "upper", "and", "lower", "extremities", ",", "as", "well", "as", "difficulty", "sleeping", "due", "to", "\"", "intense", "pruritus", "\"", ";", "in", "addition", "to", "finding", "new", "lesions", "every", "morning", "upon", "awakening", ".", "During", "the", "interrogation", ",", "the", "patient", "commented", "that", "he", "rents", "a", "room", "with", "poor", "hygiene", "conditions", ",", "with", "no", "overcrowding", "or", "promiscuity", ".", "Physical", "examination", "revealed", "a", "disseminated", "dermatosis", "on", "the", "trunk", "and", "upper", "and", "lower", "extremities", ",", "characterised", "by", "numerous", "erythematous", "and", "pruritic", "papules", ",", "some", "with", "a", "linear", "configuration", "and", "traces", "of", "scratching", ".", "Right", "shoulder", "with", "linear", "erythematous", "papules", ".", "Right", "forearm", ",", "posterior", "aspect", ",", "with", "erythematous", "papules", ".", "Dermoscopic", "examination", "shows", "secondary", "blood", "crusting", "due", "to", "scratching", "and", "hyperpigmented", "macules", ".", "Post-treatment", "hyperpigmented", "macules", ".", "Based", "on", "the", "data", "collected", ",", "the", "diagnosis", "of", "insect", "prurigo", "secondary", "to", "Cimex", "lectularius", "was", "suspected", "and", "treatment", "was", "started", "with", "oral", "antihistamines", ",", "topical", "steroid", "medication", "and", "hygienic-environmental", "measures", ".", "72", "hours", "after", "starting", "treatment", ",", "the", "patient", "was", "assessed", "again", "and", "showed", "a", "satisfactory", "evolution", ":", "residual", "hyperpigmented", "macules", "and", "absence", "of", "pruritus", ".", "The", "diagnosis", "was", "confirmed", "by", "identification", "of", "the", "insect", "brought", "by", "the", "patient", "(", "Cimex", "lectularius", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 1, 0, 3, 4, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 37, "end": 44 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 447, "end": 454 }, { "text": "insect", "label": "SPECIES", "start": 1072, "end": 1078 }, { "text": "insect", "label": "SPECIES", "start": 1461, "end": 1467 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1287, "end": 1294 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1483, "end": 1490 }, { "text": "Cimex lectularius", "label": "SPECIES", "start": 1100, "end": 1117 }, { "text": "Cimex lectularius", "label": "SPECIES", "start": 1492, "end": 1509 } ]

[ "47-year-old", "female", "patient", "presenting", "with", "eczematous", "lesions", "on", "the", "hands", "for", "several", "years", ".", "PERSONAL", "HISTORY", "No", "AMC", ".", "HT", "for", "years", "on", "treatment", "with", "No", "AMC", ".", "HT", "for", "years", "on", "treatment", "with", "bisoprolol5mg", "/", "d", ".", "Hypercholesterolemia", "without", "treatment", ".", "No", "previous", "surgical", "history", ".", "Occupation", ":", "Cook", ".", "No", "clinical", "history", "with", "latex", "gloves", ".", "Family", "history", "without", "atopy", ".", "No", "problems", "with", "hymenoptera", "or", "food", ".", "CURRENT", "ILLNESS", "A", "47-year-old", "woman", "who", "for", "the", "last", "two", "years", "has", "presented", "with", "very", "pruritic", "rounded", "scaly", "lesions", "located", "only", "on", "the", "hands", ",", "which", "improve", "during", "the", "holiday", "period", ".", "They", "worsen", "after", "handling", "food", ",", "especially", "fish", "(", "raw", "tuna", "loin", "and", "belly", ")", ".", "No", "naso-ocular", "or", "bronchial", "symptoms", ".", "He", "used", "latex", "and", "vinyl", "gloves", "without", "noticing", "clinical", "changes", "with", "one", "or", "the", "other", ".", "Tolerates", "all", "types", "of", "food", "without", "problems", ".", "PRESUMPTIVE", "DIAGNOSIS", "Hand", "eczema", "/", "dyshidrotic", "eczema", "?", "Latex", "allergy", "?", "Irritative", "eczema", "?", "Food", "contact", "allergy", "?", "ALLERGOLOGICAL", "STUDY", "Standard", "skin", "tests", "by", "prick", "test", "with", "common", "pneumoallergens", "(", "fungi", ",", "mites", ",", "animal", "epithelium", ",", "pollens", ",", "latex", ")", ":", "negative", ".", "Standard", "skin", "tests", "by", "prick", "testprick", "test", "with", "food", "(", "fish", ",", "anisakis", ",", "egg", ",", "milk", ",", "nuts", ",", "tomato", ",", "fruit", ")", ":", "negative", ".", "Allergic", "prick-prick", "tests", "with", "tuna", "(", "loin", "and", "belly", ")", "and", "meat", ":", "negative", ".", "Total", "IgE", ":", "<", "20", "kU", "/", "l", ".", "Specific", "IgE", ":", "pending", ".", "Epicutaneous", "tests", "(", "True", "Test", "®", ")", ":", "negative", "in", "reading", "at", "48h", "and", "96h", ".", "Natural", "food", "skin", "test", "with", "tuna", "(", "fresh", "and", "cooked", ")", "and", "meat", ":", "positive", "for", "fresh", "tuna", "at", "48h", "reading", "and", "negative", "for", "cooked", "tuna", "and", "meat", ".", "DEFINITIVE", "DIAGNOSIS", "Allergic", "contact", "dermatitis", "due", "to", "food", "handling", "(", "raw", "tuna", ")" ]

[ 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0 ]

[ { "text": "female", "label": "HUMAN", "start": 12, "end": 18 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 19, "end": 26 }, { "text": "Cook", "label": "HUMAN", "start": 290, "end": 294 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 335, "end": 341 }, { "text": "hymenoptera", "label": "SPECIES", "start": 382, "end": 393 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 434, "end": 439 }, { "text": "fish", "label": "SPECIES", "start": 634, "end": 638 }, { "text": "tuna", "label": "SPECIES", "start": 644, "end": 648 }, { "text": "animal", "label": "SPECIES", "start": 1056, "end": 1062 }, { "text": "fungi", "label": "SPECIES", "start": 1042, "end": 1047 }, { "text": "mites", "label": "SPECIES", "start": 1049, "end": 1054 }, { "text": "anisakis", "label": "SPECIES", "start": 1163, "end": 1171 }, { "text": "fish", "label": "SPECIES", "start": 1157, "end": 1161 }, { "text": "tomato", "label": "SPECIES", "start": 1190, "end": 1196 }, { "text": "tuna", "label": "SPECIES", "start": 1248, "end": 1252 }, { "text": "tuna", "label": "SPECIES", "start": 1431, "end": 1435 }, { "text": "tuna", "label": "SPECIES", "start": 1484, "end": 1488 }, { "text": "tuna", "label": "SPECIES", "start": 1528, "end": 1532 }, { "text": "tuna", "label": "SPECIES", "start": 1619, "end": 1623 } ]

[ "A", "9-month-old", "infant", "presented", "with", "generalised", "urticaria", "1", "week", "after", "the", "introduction", "of", "gluten-containing", "cereals", ".", "Exclusive", "breastfeeding", "until", "4", "months", ",", "introduction", "of", "gluten-free", "cereals", "well", "tolerated", ".", "No", "pathological", "perinatal", "history", ",", "three", "bronchitis", "with", "no", "admissions", ".", "Mother", "kiwi", "allergy", ",", "maternal", "uncle", "asthmatic", ".", "Outstanding", "examinations", ":", "IgE", "gluten", "6", ".", "9KU", "/", "L", ",", "wheat", "4", ".", "7KU", "/", "L", ",", "Tria19", "(", "omega-5", "gliadin", ")", "0", ".", "11KU", "/", "L", ",", "barley", "2", ".", "8KU", "/", "L", ",", "rye", "2", ".", "9KU", "/", "L", ",", "maize", "0", ".", "22KU", "/", "L", ",", "oats", "0", ".", "11KU", "/", "L", ",", "millet", "0", ".", "06KU", "/", "L", ".", "Prick", "gluten", "6", "/", "6", ",", "prick", "all", "other", "cereals", "negative", ".", "Results", ":", "In", "view", "of", "the", "positive", "results", "for", "different", "cereals", "with", "and", "without", "gluten", ",", "it", "was", "decided", "to", "complete", "the", "study", "with", "an", "oral", "gluten", "challenge", "test", "(", "OPT", ")", ",", "which", "was", "positive", ".", "Given", "that", "the", "diagnostic", "tests", "were", "inconclusive", "as", "to", "the", "gluten", "fraction", "causing", "the", "reaction", ",", "immunoblotting", "was", "indicated", ",", "showing", "positive", "bands", "for", "glutenin", "and", "negative", "for", "the", "rest", ".", "Allergy", "to", "glutenins", "was", "confirmed", ".", "A", "gluten-free", "diet", "was", "indicated", ".", "At", "4", "years", "of", "age", "anaphylaxis", "after", "accidental", "ingestion", "of", "wheat", ".", "Wheat", "IgE", "15", ".", "3KU", "/", "L", "was", "requested", ",", "prick", "gluten", "7", "/", "5", ".", "Omalizumab", "was", "started", "due", "to", "the", "risk", "of", "severe", "reactions", ".", "After", "8", "months", ",", "prick-point-final", "and", "PPO", "negative", "to", "gluten", ".", "Cooked", "foods", "with", "gluten", "are", "introduced", ".", "Currently", "third", "year", "of", "Omalizumab", ",", "2", "years", "of", "gluten", "diet", ",", "IgG4", "wheat", ">", "30mg", "/", "L", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 3, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "infant", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 20 }, { "text": "cereals", "label": "SPECIES", "start": 109, "end": 116 }, { "text": "cereals", "label": "SPECIES", "start": 186, "end": 193 }, { "text": "Mother", "label": "HUMAN", "start": 282, "end": 288 }, { "text": "kiwi", "label": "SPECIES", "start": 289, "end": 293 }, { "text": "maternal uncle", "label": "HUMAN", "start": 303, "end": 317 }, { "text": "cereals", "label": "SPECIES", "start": 536, "end": 543 }, { "text": "maize", "label": "SPECIES", "start": 454, "end": 459 }, { "text": "wheat", "label": "SPECIES", "start": 375, "end": 380 }, { "text": "barley", "label": "SPECIES", "start": 425, "end": 431 }, { "text": "rye", "label": "SPECIES", "start": 441, "end": 444 }, { "text": "oats", "label": "SPECIES", "start": 470, "end": 474 }, { "text": "millet", "label": "SPECIES", "start": 485, "end": 491 }, { "text": "cereals", "label": "SPECIES", "start": 610, "end": 617 }, { "text": "wheat", "label": "SPECIES", "start": 1063, "end": 1068 }, { "text": "Wheat", "label": "SPECIES", "start": 1070, "end": 1075 }, { "text": "wheat", "label": "SPECIES", "start": 1350, "end": 1355 } ]

[ "Five-year-old", "boy", "presenting", "with", "perianal", "erythema", "accompanied", "by", "anal", "pain", "on", "defecation", ",", "afebrile", ".", "An", "anal", "and", "pharyngeal", "swab", "was", "taken", "and", "a", "rapid", "streptococcus", "test", "was", "performed", ",", "which", "was", "positive", "in", "the", "anal", "swab", ",", "with", "GABHS", "growing", "in", "the", "rectal", "culture", ".", "Treatment", "was", "started", "with", "oral", "penicillin", ".", "Twenty", "days", "later", "she", "returned", "because", ",", "despite", "initially", "improving", ",", "the", "erythema", "reappeared", "with", "less", "intensity", ",", "accompanied", "by", "constipation", "and", "fissures", "on", "examination", ".", "Topical", "mupirocin", "was", "prescribed", "with", "partial", "improvement", "of", "the", "symptoms", "after", "four", "days", ",", "and", "topical", "clotrimazole", "was", "added", "due", "to", "suspicion", "of", "fungal", "superinfection", ",", "with", "final", "resolution", "of", "the", "symptoms", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "streptococcus", "label": "SPECIES", "start": 152, "end": 165 }, { "text": "fungal", "label": "SPECIES", "start": 626, "end": 632 } ]

[ "4-year-old", "girl", "diagnosed", "with", "cow", "'", "s", "milk", "protein", "allergy", ",", "egg", "allergy", ",", "frequent", "episodic", "asthma", "due", "to", "sensitisation", "to", "dust", "mites", "and", "mild", "atopic", "dermatitis", ".", "In", "the", "neonatal", "period", "she", "took", "a", "bottle", "of", "adapted", "formula", "with", "good", "tolerance", ",", "after", "which", "she", "continued", "breast-feeding", ".", "At", "5", "months", ",", "after", "reintroducing", "adaptive", "formula", ",", "she", "developed", "urticaria", "and", "laryngeal", "stridor", ",", "so", "she", "was", "withdrawn", "and", "continued", "with", "soy", "formula", ".", "In", "2011", "she", "came", "to", "our", "clinic", ",", "and", "a", "prick", "test", "was", "performed", "with", "a", "battery", "of", "cow", "'", "s", "milk", "proteins", "and", "fractions", "and", "specific", "CAP", ",", "with", "positive", "results", "in", "all", "cases", "(", "total", "IgE", ":", "129", ".", "80", ",", "LV", "25", ".", "40", ",", "ALA", "<", "0", ".", "10", ",", "BLG", "23", ".", "50", ",", "casein", "14", ".", "80", ",", "milk", "serum", "22", ".", "60", ")", ".", "In", "2013", "he", "presented", "with", "anaphylactic", "shock", "after", "accidental", "ingestion", "of", "a", "dessert", "with", "traces", "of", "milk", ",", "and", "in", "2014", ",", "it", "was", "decided", "to", "include", "him", "in", "a", "PLV", "desensitisation", "procedure", "(", "after", "a", "study", "with", "positive", "Prick", "skin", "tests", "and", "CAP", ",", "with", "higher", "values", "than", "before", ")", ".", "Despite", "premedication", ",", "he", "presented", "frequent", "adverse", "reactions", ",", "on", "several", "occasions", "severe", ",", "and", "it", "was", "decided", "to", "discontinue", "treatment", ".", "Compassionate", "use", "of", "Omalizumab", "was", "requested", ",", "and", "after", "its", "initiation", ",", "the", "procedure", "was", "restarted", ",", "with", "good", "tolerance", ",", "and", "was", "completed", "without", "incident", ".", "She", "currently", "continues", "with", "omalizumab", "and", "is", "on", "a", "PLV-free", "diet", ".", "Omalizumab", "has", "been", "useful", "in", "food", "allergy", "as", "an", "adjuvant", "in", "tolerance", "induction", "procedures", ".", "In", "our", "case", ",", "tolerance", "has", "been", "achieved", "after", "failure", "of", "a", "previous", "procedure", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "girl", "label": "HUMAN", "start": 11, "end": 15 }, { "text": "neonatal", "label": "HUMAN", "start": 167, "end": 175 }, { "text": "cow", "label": "SPECIES", "start": 31, "end": 34 }, { "text": "cow", "label": "SPECIES", "start": 515, "end": 518 }, { "text": "dust mites", "label": "SPECIES", "start": 121, "end": 131 } ]

[ "Clinical", "history", "A", "76-year-old", "woman", ",", "with", "no", "personal", "history", "of", "interest", ",", "consulted", "for", "very", "pruritic", "skin", "lesions", "of", "6", "years", "'", "evolution", ".", "The", "patient", "did", "not", "link", "the", "appearance", "of", "these", "lesions", "to", "any", "trigger", ".", "The", "complementary", "examinations", "requested", ",", "haemogram", ",", "general", "biochemistry", ",", "liver", "virus", "serology", "(", "HBV", "and", "C", ")", ",", "HIV", ",", "lues", ",", "thyroid", "and", "autoimmunity", "profile", ",", "chest", "X-ray", "and", "tuberculin", "test", "(", "PPD", ")", "showed", "only", "alterations", "in", "glucose", "171", "mg", "/", "dl", ",", "glycosylated", "haemoglobin", "8", ".", "33", ",", "triglycerides", "386", "mg", "/", "dl", "and", "total", "cholesterol", "221", "mg", "/", "dl", ".", "Physical", "examination", "There", "was", "a", "bilateral", ",", "symmetrical", "rash", "consisting", "of", "purplish", "papules", ",", "some", "even", "purpuric", ",", "with", "a", "hyperkeratotic", "centre", ",", "which", "converge", "in", "a", "retiform", "morphology", ",", "mainly", "on", "the", "flexor", "surface", "of", "the", "upper", "limbs", ",", "the", "axillary", "folds", ",", "the", "root", "of", "the", "lower", "limbs", "and", "the", "groin", ",", "and", "on", "the", "trunk", ".", "There", "was", "no", "involvement", "of", "the", "rest", "of", "the", "skin", ",", "nails", "or", "mucous", "membranes", ".", "Histopathology", "Histological", "examination", "of", "a", "skin", "biopsy", "showed", "the", "presence", "of", "irregular", "epidermal", "acanthosis", "with", "hyperparakeratosis", "and", "follicular", "horny", "plugs", ",", "and", "in", "the", "dermis", ",", "a", "lymphocytic", "inflammatory", "infiltrate", "with", "a", "lichenoid", "band", "arrangement", ",", "with", "foci", "of", "vacuolar", "damage", "of", "the", "epidermal", "basal", "layer", ",", "dilated", "blood", "vessels", "in", "the", "superficial", "plexus", "without", "vasculitis", ",", "and", "some", "extravasated", "red", "blood", "cells", ".", "Diagnosis", "Chronic", "lichenoid", "keratosis", ".", "Evolution", "and", "treatment", "Topical", "treatment", "with", "calcipotriol", "/", "betamethasone", "cream", "and", "oral", "prednisone", "at", "a", "dose", "of", "1", "mg", "/", "kg", "body", "weight", "was", "prescribed", ",", "resulting", "in", "a", "significant", "decrease", "in", "pruritus", "and", "resolution", "of", "the", "papular", "lesions", ",", "leaving", "post-inflammatory", "hyperpigmented", "patches", ",", "after", "4", "weeks", "of", "treatment", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 310, "end": 313 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 322, "end": 325 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 31, "end": 36 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 144, "end": 151 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 46, "end": 54 }, { "text": "tuberculin", "label": "SPECIES", "start": 383, "end": 393 }, { "text": "liver virus", "label": "SPECIES", "start": 288, "end": 299 }, { "text": "HBV and C", "label": "SPECIES", "start": 310, "end": 319 }, { "text": "lues", "label": "SPECIES", "start": 327, "end": 331 } ]

[ "A", "52-year-old", "woman", ",", "with", "no", "personal", "history", "of", "interest", ",", "was", "admitted", "from", "the", "emergency", "department", "for", "symptoms", "of", "three", "days", "'", "evolution", "consisting", "of", "asthenia", "and", "profuse", "sweating", "in", "the", "evening", ",", "with", "fever", "of", "up", "to", "39", ".", "5", "°", "C", "together", "with", "a", "feeling", "of", "chills", ".", "No", "other", "data", "of", "interest", "except", "for", "arthralgias", ",", "myalgias", "and", "a", "semi-liquid", "stool", "without", "blood", "or", "pathological", "products", "in", "the", "hours", "prior", "to", "admission", ".", "He", "reports", "no", "foreign", "travel", "in", "the", "last", "year", "and", "occasional", "contact", "with", "animals", ".", "Physical", "examination", "On", "admission", ",", "temperature", "38", ".", "8", "°", "C", ",", "BP", "95", "/", "60", "mmHg", ",", "HR", "75", "bpm", ".", "Conscious", "and", "oriented", ",", "good", "nutritional", "status", ".", "Hydrated", ".", "Pallor", "of", "mucous", "membranes", ".", "Head", "and", "neck", "within", "normal", "limits", ".", "Cardiopulmonary", "auscultation", "normal", ".", "Abdomen", "soft", ",", "depressible", ",", "not", "painful", "on", "palpation", ",", "no", "masses", "or", "megaliths", ",", "peristalsis", "present", ".", "Extremities", "without", "oedema", ",", "pulses", "preserved", ".", "There", "was", "an", "erythematous-nodular", "lesion", "on", "the", "dorsal", "side", "of", "the", "distal", "third", "of", "the", "left", "forearm", "and", "small", "nodular", "lesions", "on", "the", "right", "knee", ".", "No", "peripheral", "lymph", "nodes", "were", "palpable", ".", "Complementary", "data", "Haemoglobin", "11", ".", "5", "g", "/", "dL", ",", "haematocrit", "34", "%", "(", "normal", "volumes", ")", ".", "Leukocytes", "4300", "10ʌ3", "/", "μL", "(", "normal", "formula", ")", ",", "platelets", "127000", "10ʌ3", "/", "μL", ".", "CBC", "at", "discharge", ":", "haemoglobin", "11", ".", "1", "g", "/", "dL", "with", "normal", "volumes", ".", "Reticulocytes", "2", ".", "29", "%", ".", "Leukocytes", "4780", "10ʌ3", "/", "μL", "(", "normal", "formula", ")", ",", "platelets", "337000", "10ʌ3", "/", "μL", ".", "Coagulation", "baseline", "within", "normal", "range", ".", "Biochemistry", ":", "glucose", ",", "urea", ",", "creatinine", ",", "ions", ",", "transaminases", ",", "bilirubin", ",", "cholesterol", ",", "folate", ",", "vitamin", "B12", ",", "amylase", ",", "lipase", ",", "alkaline", "phosphatase", "within", "normal", "values", ".", "LDH", "218U", "/", "L", ",", "proteinogram", "normal", ".", "CRP", "15", ".", "2", ",", "ferritin", "212", "ng", "/", "mL", ".", "TSH", "3", ".", "98", "mU", "/", "L", ",", "β2", "microglobulin", "1", ".", "8", "mg", "/", "L", "normal", ".", "ANAs", "negative", ".", "Nephelometry", "for", "IgG", ",", "IgA", ",", "IgM", ",", "C3", "and", "C4", "within", "normal", ".", "Rheumatoid", "factor", "normal", ".", "Urine", "system", "and", "urine", "sediment", ":", "2-5", "leukocytes", "x", "field", "with", "few", "urothelial", "cells", ".", "Flow", "cytometry", ":", "normal", "cellularity", ",", "proportional", "megakaryocytes", ",", "occasional", "mast", "cells", ".", "Myeloid", "series", "deviated", "to", "the", "left", ",", "mild", "eosinophilia", "and", "monocytosis", ".", "Red", "series", "with", "normoblastic", "maturation", ".", "Mild", "hyperplasia", "of", "the", "phagocytic", "mononuclear", "system", ".", "No", "lymphocytosis", "or", "lymphoid", "accumulations", ",", "the", "marrow", "being", "reactive", ".", "Marrow", "biopsy", ":", "fragmented", "bone", "sample", ",", "with", "representation", "of", "the", "three", "haematopoietic", "series", ".", "There", "is", "no", "alteration", "in", "the", "reticulin", "network", ",", "haemosiderosis", "or", "fibrosis", ".", "ECG", ":", "normal", ".", "TTE", ":", "normal", ".", "Serial", "blood", "cultures", ":", "negative", ".", "Urine", "culture", ":", "negative", ",", "Ag", "for", "pneumococcus", "negative", ".", "Stool", "culture", ":", "negative", ".", "Quantiferon", ":", "positive", "0", ".", "64UI", "/", "ml", ".", "FNA", "dermal", "lesion", ":", "negative", "for", "malignancy", ".", "Serology", "HBV", ",", "HCV", ",", "HIV", ",", "Borrelia", ",", "Brucella", ",", "Coxiella", ",", "EBV", ",", "Rickettsia", ",", "LUES", "and", "Mycoplasma", "negative", ".", "CMV", "IgM", "negative", "IgG", "positive", ".", "Abdominal", "ultrasound", ":", "retroperitoneal", "adenopathy", "and", "splenomegaly", "with", "focal", "lesions", ".", "Thoracic-abdominal", "CT", "with", "contrast", ":", "small", "mediastinal", "adenopathies", "smaller", "than", "10mm", ",", "subpleural", "nodule", "in", "LID", "compatible", "with", "lipoma", ".", "Moderate", "hepatosplenomegaly", "with", "hypodense", "lesions", "in", "hepatic", "segments", "III-IV", "and", "VI-VII", "measuring", "5mm-18mm", "in", "diameter", ".", "In", "the", "spleen", ",", "multiple", "hypodense", "lesions", "affecting", "the", "entire", "parenchyma", "were", "identified", ".", "Retroperitoneal", "adenopathies", "of", "10mm", "in", "diameter", "in", "the", "left", "para-aortic", "region", "and", "in", "the", "gastrohepatic", "ligament", ".", "Small", "mesenteric", "and", "peripancreatic", "adenopathies", ".", "Rest", "normal", ".", "Serology", "by", "IFA", "for", "Bartonella", "henselae", "IgM", "positive", "and", "IgG", "positive", "with", "titres", "above", "1", "/", "512", ".", "Evolution", "and", "comments", ":", "Patient", "with", "the", "described", "history", "who", "was", "admitted", "for", "subacute", "febrile", "symptoms", ",", "with", "images", "that", "initially", "raised", "suspicions", "of", "non-Hodgkin", "'", "s", "lymphoma", "and", "more", "specifically", ",", "given", "the", "findings", "in", "the", "spleen", ",", "of", "splenic", "lymphoma", ";", "both", "flow", "cytometry", "and", "iliac", "crest", "biopsy", "were", "negative", ".", "While", "she", "remained", "on", "symptomatic", "treatment", "and", "the", "studies", "were", "being", "completed", ",", "it", "was", "decided", "to", "extend", "the", "serology", "given", "her", "history", "of", "contact", "with", "animals", "and", "the", "lesions", "on", "her", "forearm", "that", "could", "suggest", "scratches", ";", "it", "was", "positive", "for", "B", ".", "henselae", "and", "treatment", "was", "started", "initially", "with", "ceftriaxone", "2", "g", "iv", "every", "24", "hours", "for", "a", "week", ",", "later", "reinforced", "with", "doxycycline", "100", "mg", "vo", "c", "/", "12", "hours", "given", "the", "significant", "compromise", "of", "the", "patient", "'", "s", "general", "condition", ".", "Satisfactory", "evolution", "was", "observed", ",", "with", "progressive", "remission", "of", "symptoms", "until", "complete", "recovery", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 19 }, { "text": "animals", "label": "SPECIES", "start": 491, "end": 498 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 29, "end": 37 }, { "text": "Bartonella henselae", "label": "SPECIES", "start": 3348, "end": 3367 }, { "text": "Borrelia", "label": "SPECIES", "start": 2608, "end": 2616 }, { "text": "Brucella", "label": "SPECIES", "start": 2618, "end": 2626 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 2685, "end": 2688 }, { "text": "Coxiella", "label": "SPECIES", "start": 2628, "end": 2636 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 2638, "end": 2641 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2603, "end": 2606 }, { "text": "Mycoplasma", "label": "SPECIES", "start": 2664, "end": 2674 }, { "text": "Patient", "label": "HUMAN", "start": 3447, "end": 3454 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4174, "end": 4181 }, { "text": "Rickettsia", "label": "SPECIES", "start": 2643, "end": 2653 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 2593, "end": 2596 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 2598, "end": 2601 }, { "text": "animals", "label": "SPECIES", "start": 3891, "end": 3898 }, { "text": "pneumococcus", "label": "SPECIES", "start": 2459, "end": 2471 }, { "text": "B. henselae", "label": "SPECIES", "start": 3980, "end": 3991 }, { "text": "LUES", "label": "SPECIES", "start": 2655, "end": 2659 } ]

[ "", "A", "51-year-old", "man", "was", "referred", "to", "our", "hospital", "on", "April", "2", ",", "2020", "with", "progressive", "weakness", "in", "the", "lower", "and", "upper", "extremities", "and", "acral", "paresthesia", "of", "two", "days", "'", "evolution", ".", "He", "also", "reported", "intermittent", "fever", "and", "flu-like", "symptoms", "with", "clear", "fatigue", "and", "dry", "cough", "for", "the", "last", "two", "weeks", ".", "On", "clinical", "examination", ",", "considerable", "tetraparesis", "was", "observed", ",", "with", "muscle", "strength", "in", "the", "extremities", "between", "2", "/", "5", "and", "4", "/", "5", "(", "on", "the", "Medical", "Research", "Council", "scale", ")", ",", "as", "well", "as", "generalised", "areflexia", ".", "Vital", "signs", "were", "stable", ".", "On", "admission", ",", "a", "low-dose", "chest", "CT", "scan", "revealed", "bilateral", "interstitial", "infiltrates", "typical", "of", "COVID-19", "pneumonia", ".", "COVID-19", "infection", "was", "later", "confirmed", "by", "a", "positive", "PCR", "test", "for", "SARS-CoV-2", "from", "a", "pharyngeal", "swab", ".", "On", "admission", ",", "cerebrospinal", "fluid", "(", "CSF", ")", "revealed", "mild", "pleocytosis", "(", "9", "cells", "/", "μl", ")", ",", "normal", "protein", "value", "and", "negative", "PCR", "for", "SARS-CoV-2", ".", "Serum", "anti-ganglioside", "antibodies", "were", "negative", ".", "An", "electroneurogram", "the", "day", "after", "admission", "showed", "prolonged", "distal", "motor", "latencies", "(", "left", "median", "nerve", "8", ".", "4", "ms", ";", "left", "tibial", "nerve", "11", ".", "6", "ms", ")", "and", "F-wave", "loss", ",", "suggesting", "peripheral", "demyelination", ".", "Due", "to", "rapidly", "worsening", "pulmonary", "gas", "exchange", ",", "the", "patient", "required", "endotracheal", "intubation", "on", "the", "second", "day", "of", "admission", ".", "After", "pulmonary", "stabilisation", ",", "a", "tracheostomy", "was", "performed", "on", "day", "7", "of", "admission", "and", "attempts", "were", "made", "to", "withdraw", "assisted", "ventilation", ".", "Despite", "treatment", "with", "i", ".", "v", ".", "immunoglobulins", "(", "30", "g", "per", "day", "for", "5", "days", ")", ",", "the", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "hospital", ".", "(", "30", "g", "per", "day", "for", "5", "days", ",", "started", "on", "admission", ")", ",", "the", "neurological", "status", "worsened", "to", "an", "almost", "total", "peripheral", "locked-in", "syndrome", ",", "with", "tetraplegia", ",", "complete", "hypoaesthesia", "in", "all", "extremities", ",", "bilateral", "sublingual", "and", "facial", "paresis", "and", "respiratory", "failure", "due", "to", "muscle", "weakness", ".", "In", "view", "of", "the", "fulminant", "neurological", "evolution", ",", "plasmapheresis", "therapy", "was", "started", "on", "the", "13th", "day", "of", "admission", "(", "total", "of", "14", "treatments", ")", ".", "Just", "before", "the", "start", "of", "plasmapheresis", ",", "a", "second", "CSF", "sample", "was", "obtained", ",", "which", "showed", "a", "clear", "increase", "in", "protein", "(", "10", ",", "231", "mg", "/", "l", ";", "normal", "range", "up", "to", "450", "mg", "/", "l", ")", "without", "pleocytosis", ".", "On", "day", "14", "after", "admission", ",", "a", "spinal", "MRI", "was", "performed", "which", "showed", "large", "symmetrical", "contrast", "enhancement", "of", "the", "spinal", "nerve", "roots", "in", "all", "spinal", "segments", ",", "including", "the", "cauda", "equina", ".", "Of", "note", ",", "the", "anterior", "and", "posterior", "nerve", "roots", "showed", "the", "same", "involvement", ".", "MRI", "(", "T1-weighted", "sequences", "after", "gadolinium", "application", ")", "showed", "symmetrical", "enhancement", "of", "the", "anterior", "and", "posterior", "roots", "in", "the", "cervical", "spine", "and", "cauda", "equina", ".", "31", "days", "after", "admission", ",", "the", "patient", "was", "referred", "to", "a", "specialised", "rehabilitation", "clinic", ".", "At", "that", "time", "he", "showed", "signs", "of", "motor", "improvement", "with", "regressive", "sublingual", "and", "facial", "paresis", ",", "but", "still", "required", "mechanical", "ventilation", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 18 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 692, "end": 702 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 849, "end": 859 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1155, "end": 1162 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1442, "end": 1449 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2534, "end": 2541 } ]

[ "21-year-old", "woman", "with", "no", "known", "drug", "allergies", "or", "toxic", "habits", ".", "She", "had", "been", "diagnosed", "in", "childhood", "with", "restrictive", "membranous", "ventricular", "septal", "defect", "and", "was", "being", "followed", "up", "by", "cardiology", "without", "surgical", "treatment", ".", "The", "patient", "did", "not", "take", "treatment", "on", "a", "regular", "basis", ",", "led", "an", "active", "life", "and", "worked", "as", "a", "hairdresser", ".", "She", "consulted", "the", "emergency", "department", "of", "our", "centre", "for", "a", "week-long", "febrile", "peaks", "in", "the", "afternoon", "together", "with", "profuse", "sweating", ".", "She", "reported", "having", "lost", "three", "kilograms", "of", "weight", "in", "that", "week", "without", "reducing", "her", "intake", ".", "She", "had", "no", "other", "associated", "symptoms", ".", "On", "initial", "examination", "he", "was", "haemodynamically", "stable", ",", "with", "a", "systolic", "murmur", "on", "the", "left", "sternal", "border", ".", "There", "was", "no", "evidence", "of", "lymphadenopathy", "or", "megaliths", "on", "examination", ".", "There", "were", "no", "parenchymal", "alterations", "on", "posteroanterior", "or", "lateral", "chest", "X-rays", ".", "Analyses", "were", "taken", "in", "the", "emergency", "department", ":", "haemogram", ",", "coagulation", "and", "blood", "gases", "were", "normal", ".", "Urinary", "sediment", "showed", "no", "alterations", ".", "There", "were", "also", "no", "alterations", "in", "the", "ionic", ",", "renal", "function", "or", "liver", "profile", ".", "Only", "a", "CRP", "of", "42", ".", "4", "mg", "/", "L", "was", "noted", ".", "Blood", "cultures", "were", "taken", ",", "coinciding", "with", "the", "onset", "of", "fever", "and", "shivering", ",", "and", "the", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "ward", "for", "examination", ".", "An", "abdominal", "ultrasound", "scan", "showed", "a", "17", "cm", "splenomegaly", ",", "and", "the", "study", "was", "extended", "with", "a", "thoracoabdominal", "CT", "scan", ".", "This", "study", "showed", "small", "opacities", "of", "the", "lung", "parenchyma", "that", "were", "patchy", ",", "peripheral", "and", "bilateral", ",", "with", "an", "alveolar", "appearance", "and", "the", "aforementioned", "splenomegaly", ";", "no", "appreciable", "lymphadenopathy", ",", "masses", "or", "vascular", "alterations", "were", "observed", ".", "The", "radiologist", "concluded", "in", "her", "report", "that", "the", "findings", "were", "non-specific", "and", "could", "correspond", "to", "multiple", "causes", ",", "including", "inflammatory", "or", "infectious", "pathologies", ".", "An", "autoimmunity", "study", "was", "performed", ",", "including", "anti-neutrophil", "cytoplasmic", "antibodies", ",", "which", "was", "negative", ".", "The", "patient", "'", "s", "proteinogram", "and", "immunoglobulin", "values", "were", "normal", ".", "On", "the", "third", "day", "of", "admission", ",", "microbiology", "was", "notified", "due", "to", "the", "growth", "of", "gram-positive", "bacilli", "in", "a", "blood", "culture", "bottle", ".", "In", "view", "of", "the", "results", ",", "a", "test", "was", "performed", "which", "supported", "the", "diagnosis", ".", "Differential", "diagnosis", "The", "patient", "presented", "with", "a", "fever", "of", "one", "week", "'", "s", "duration", "with", "splenomegaly", "and", "nodular", "pulmonary", "images", ".", "Splenomegaly", "is", "a", "non-specific", "sign", "that", "can", "be", "secondary", "to", "several", "pathologies", ",", "and", "many", "of", "them", "can", "be", "associated", "with", "fever", ".", "It", "may", "be", "secondary", "to", ":", "(", "a", ")", "acute", "infections", "such", "as", "mononucleosis", ",", "viral", "hepatitis", ",", "CMV", "or", "toxoplasma", "infection", ";", "b", ")", "sub-acute", "or", "chronic", "infections", "such", "as", "tuberculosis", ",", "bacterial", "endocarditis", ",", "brucellosis", ",", "syphilis", "or", "HIV", ";", "c", ")", "tropical", "or", "parasitic", "infections", "such", "as", "malaria", ",", "leishmaniasis", "or", "schistosomiasis", ".", "Multiple", "haematological", "processes", "can", "also", "cause", "splenomegaly", "such", "as", "myeloproliferative", "processes", ",", "lymphomas", ",", "water", "leukaemias", ",", "thalassaemias", ",", "spherocytosis", ",", "autoimmune", "haemolysis", "or", "megaloblastic", "anaemia", ".", "These", "syndromes", "usually", "present", "with", "alterations", "in", "the", "haemogram", "and", "/", "or", "the", "presence", "of", "lymphadenopathies", ",", "which", "we", "did", "not", "observe", "in", "our", "patient", ".", "Other", "causes", "of", "splenomegaly", "are", "congestive", ",", "secondary", "to", "cirrhosis", ",", "portal", "hypertension", "or", "congestive", "heart", "failure", ",", "which", "was", "not", "present", "in", "our", "case", ".", "Neoplastic", "causes", "such", "as", "haemangiomas", "or", "possible", "splenic", "metastases", "could", "also", "cause", "it", ".", "As", "well", "as", "inflammatory", "diseases", "such", "as", "sarcoidosis", ",", "lupus", "or", "rheumatoid", "arthritis", ";", "or", "other", "deposition", "diseases", "such", "as", "Gaucher", "disease", ",", "amyloidosis", "or", "Niemann-Pick", "syndrome", ".", "Our", "patient", "also", "presented", "with", "nodular", "pulmonary", "images", "describing", "small", ",", "peripheral", ",", "bilateral", ",", "patchy", "lung", "parenchymal", "opacities", "of", "alveolar", "appearance", ".", "In", "the", "differential", "diagnosis", "of", "multiple", "pulmonary", "masses", ",", "the", "neoplastic", "origin", "of", "the", "masses", "should", "always", "be", "taken", "into", "account", ",", "and", "in", "the", "case", "of", "multiple", "masses", ",", "the", "possibility", "of", "balloon", "metastasis", "should", "be", "considered", ".", "However", ",", "there", "are", "also", "benign", "entities", "that", "can", "mimic", "a", "lung", "neoplasm", ";", "these", "can", "be", "classified", "into", "four", "main", "groups", ":", "1", ".", "congenital", ":", "such", "as", "bronchial", "atresia", ";", "intralobar", "sequestration", ",", "arteriovenous", "malformations", "or", "bronchogenic", "cysts", ".", "Infectious", ":", "lung", "abscess", ",", "round", "pneumonia", ",", "hydatid", "cyst", ",", "actinomycosis", ",", "mycetomas", ",", "septic", "emboli", "or", "granulomas", ".", "3", ".", "Inflammatory", ":", "sarcoidosis", ",", "bronchiolitis", "obliterans", "with", "organising", "pneumonia", "(", "BONO", ")", ",", "Wegener", "'", "s", "granulomatosis", "or", "amyloidosis", ".", "4", ".", "Others", ":", "haematomas", ",", "pulmonary", "infarcts", ",", "pneumoconiosis", ".", "The", "fact", "that", "these", "images", "are", "multiple", ",", "and", "that", "they", "were", "not", "present", "in", "the", "patient", "'", "s", "previous", "imaging", "tests", ",", "rules", "out", "many", "of", "these", "options", ".", "Grouping", "the", "presence", "of", "fever", "with", "splenomegaly", "and", "pulmonary", "nodular", "images", ",", "we", "consider", "as", "the", "most", "likely", "diagnoses", "an", "infectious", "process", "that", "could", "cause", "pulmonary", "septic", "emboli", ",", "amyloidosis", "and", "autoimmune", "diseases", "with", "pulmonary", "nodules", "that", "can", "cause", "fever", ",", "such", "as", "granulomatosis", "with", "polyangiitis", "(", "former", "Wegener", "'", "s", "disease", ")", "or", "bronchiolitis", "obliterans", "with", "organising", "pneumonia", "(", "BONO", ")", ".", "The", "fact", "that", "the", "autoimmunity", "study", "was", "negative", "allowed", "ruling", "out", "granulomatosis", ".", "The", "patient", "did", "not", "present", "dyspnoea", ",", "cough", ",", "respiratory", "failure", "or", "other", "respiratory", "symptoms", "that", "would", "lead", "us", "to", "suspect", "the", "presence", "of", "BONO", ".", "The", "normal", "values", "of", "the", "proteinogram", "and", "immunoglobulins", "make", "the", "presence", "of", "amyloidosis", "unlikely", ".", "In", "view", "of", "the", "suspicion", "of", "an", "emboligenic", "infectious", "process", ",", "a", "transthoracic", "echocardiogram", "was", "performed", ",", "showing", "an", "image", "of", "lobulated", "vegetation", "implanted", "on", "the", "right", "side", "of", "the", "membranous", "ventricular", "septal", "defect", "without", "pulmonary", "valve", "involvement", ".", "The", "cardiac", "valves", "showed", "no", "significant", "alterations", "or", "vegetations", ".", "The", "microbiology", "service", "performed", "a", "MALDI-TOF", "spectrometry", "analysis", "on", "the", "sample", "and", "classified", "it", "as", "Abiotrophia", "defectiva", ".", "The", "antibiogram", "showed", "sensitivity", "to", "beta-lactams", "and", "aminoglycosides", ".", "Our", "patient", "would", "therefore", "meet", "the", "criteria", "for", "certain", "endocarditis", ",", "according", "to", "the", "modified", "Duke", "criteria", ".", "One", "major", "criterion", "is", "endocardial", "vegetation", "and", "4", "minor", "ones", "(", "predisposing", "heart", "disease", ",", "fever", "with", "temperature", "over", "38oC", ",", "pulmonary", "embolisms", "and", "a", "positive", "blood", "culture", ")", ".", "Final", "diagnosis", "Infective", "endocarditis", "on", "ventricular", "septal", "defect", "due", "to", "Abiotrophia", "defectiva", "with", "septic", "pulmonary", "embolisms", ".", "Evolution", "Antibiotic", "treatment", "was", "started", "with", "ceftriaxone", "2", "grams", "every", "12", "hours", "and", "gentamicin", "80", "mg", "every", "8", "hours", ".", "The", "patient", "remained", "afebrile", "from", "the", "first", "day", "of", "treatment", ".", "She", "showed", "progressive", "improvement", "in", "general", "condition", ".", "At", "no", "time", "did", "she", "show", "signs", "of", "heart", "failure", ".", "Weekly", "control", "transthoracic", "echocardiograms", "were", "performed", "and", "showed", "no", "changes", "with", "respect", "to", "the", "diagnostic", "echocardiogram", ".", "A", "week", "after", "antibiotic", "treatment", ",", "blood", "cultures", "were", "negative", ".", "After", "two", "weeks", "of", "intravenous", "antibiotic", "treatment", "with", "two", "antimicrobials", ";", "given", "the", "clinical", "stability", "of", "the", "patient", ",", "she", "was", "discharged", ",", "continuing", "4", "more", "weeks", "of", "intravenous", "ceftriaxone", "in", "a", "day", "hospital", "regime", ".", "Weekly", "medical", "check-ups", "were", "performed", "with", "control", "analyses", "and", "echocardiograms", ".", "At", "6", "weeks", "the", "patient", "was", "asymptomatic", ",", "acute", "phase", "reactants", "had", "decreased", "to", "normal", ",", "and", "echocardiograms", "were", "similar", "to", "those", "at", "the", "time", "of", "diagnosis", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 12, "end": 17 }, { "text": "childhood", "label": "HUMAN", "start": 90, "end": 99 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 226, "end": 233 }, { "text": "hairdresser", "label": "HUMAN", "start": 312, "end": 323 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1185, "end": 1192 }, { "text": "radiologist", "label": "HUMAN", "start": 1601, "end": 1612 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1875, "end": 1882 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2168, "end": 2175 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 2484, "end": 2487 }, { "text": "toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 2491, "end": 2501 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 2467, "end": 2472 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2619, "end": 2622 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 2570, "end": 2579 }, { "text": "parasitic", "label": "SPECIES", "start": 2640, "end": 2649 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3060, "end": 3067 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3494, "end": 3501 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4494, "end": 4501 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5045, "end": 5052 }, { "text": "Abiotrophia defectiva", "label": "SPECIES", "start": 5721, "end": 5742 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5820, "end": 5827 }, { "text": "Abiotrophia defectiva", "label": "SPECIES", "start": 6182, "end": 6203 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6361, "end": 6368 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6832, "end": 6839 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 7036, "end": 7043 } ]

[ "A", "44-year-old", "man", "with", "no", "known", "drug", "allergies", "or", "any", "other", "history", "of", "interest", "except", "that", "for", "the", "last", "month", "he", "had", "been", "suffering", "from", "episodes", "of", "epigastralgia", "and", "his", "primary", "care", "doctor", "requested", "a", "breath", "test", ",", "which", "was", "positive", ".", "She", "has", "been", "on", "eradication", "treatment", "for", "H", ".", "pylori", "for", "two", "days", ".", "She", "consulted", "the", "emergency", "department", "for", "asthenia", "and", "bradypsychia", "of", "one", "week", "'", "s", "duration", "and", "two", "episodes", "of", "dysarthria", "lasting", "5-10", "minutes", ".", "She", "reported", "no", "fever", "or", "other", "accompanying", "symptoms", ".", "On", "physical", "examination", ",", "he", "was", "conscious", "and", "oriented", "in", "all", "three", "spheres", ",", "in", "good", "general", "condition", ",", "cardiopulmonary", "auscultation", "without", "findings", ",", "as", "well", "as", "abdominal", ",", "lower", "limb", "and", "neurological", "examination", ".", "Laboratory", "tests", "showed", ":", "creatinine", "1", ".", "38", "mg", "/", "dL", ",", "haemoglobin", "8", ".", "9", "g", "/", "dL", ",", "platelets", "9000", "/", "uL", ",", "leukocytes", "7200", "/", "uL", "and", "neutrophils", "71", ".", "2", "%", ".", "ECG", "and", "chest", "X-ray", "with", "no", "apparent", "findings", ".", "The", "patient", "was", "admitted", "and", "corticosteroid", "treatment", "was", "started", "with", "bicytopenia", "under", "study", "(", "anaemia", "and", "thrombopenia", ")", "and", "acute", "renal", "failure", ".", "Laboratory", "tests", "on", "the", "ward", "showed", "total", "bilirubin", "1", ".", "61", "mg", "/", "dl", ",", "indirect", "bilirubin", "1", ".", "43", "mg", "/", "dl", ",", "haptoglobin", "<", "6", "g", "/", "L", ",", "LDH", "1333", "u", "/", "L", ",", "reticulocytes", "110000", "/", "uL", ",", "D-dimer", "2365", "ng", "/", "ml", "and", "negative", "direct", "Coombs", "'", "test", ".", "Peripheral", "blood", "smear", "showed", "8", "to", "10", "schistocytes", "per", "field", "(", "see", "attached", "image", ")", ".", "Given", "the", "findings", "of", "elevated", "LDH", ",", "elevated", "total", "bilirubin", "at", "the", "expense", "of", "indirect", "bilirubin", ",", "very", "low", "haptoglobin", ",", "high", "reticulocytes", "and", "negative", "direct", "Coombs", "'", "test", ",", "a", "diagnosis", "of", "microangiopathic", "haemolytic", "anaemia", "was", "made", ".", "In", "addition", "to", "the", "above", ",", "the", "elevated", "creatinine", "level", ",", "which", "had", "not", "been", "present", "previously", ",", "and", "the", "neurological", "symptoms", "(", "bradypsychia", "and", "episodes", "of", "dysarthria", ")", "led", "to", "a", "case", "of", "thrombotic", "thrombocytopenic", "purpura", ".", "Our", "referral", "hospital", "was", "contacted", "for", "transfer", "and", "initiation", "of", "treatment", "with", "plasmapheresis", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "H. pylori", "label": "SPECIES", "start": 279, "end": 288 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 898, "end": 905 } ]

[ "Eleven", "year", "old", "girl", "consulted", "the", "allergy", "department", "for", "pruritic", "eczema", ",", "with", "a", "tendency", "to", "ulceration", ",", "on", "the", "forearms", ",", "in", "relation", "to", "contact", "with", "the", "school", "garden", ".", "Skin", "tests", "for", "the", "usual", "inhalants", "were", "negative", ",", "and", "laboratory", "tests", "showed", "a", "total", "IgE", "level", "of", "44", ".", "7kU", "/", "L", "(", "normal", ")", ".", "The", "school", "contacted", "the", "municipal", "health", "department", ",", "who", "went", "to", "the", "orchard", "and", "verified", "the", "presence", "of", "insects", "measuring", "1-2", "mm", "in", "length", "in", "the", "orchard", ",", "on", "the", "clothes", "and", "limbs", "of", "several", "children", ".", "The", "specimens", "were", "sent", "to", "the", "Department", "of", "Zoology", "and", "Physical", "Anthropology", "of", "the", "UMU", ",", "and", "were", "identified", "as", "Trips", ",", "belonging", "to", "the", "genus", "Aelotrips", "Haliday", "(", "Aeolothripidae", ",", "Thysanoptera", ")", ".", "The", "patient", "was", "then", "pricked", "by", "prick", "with", "the", "crushed", "live", "insects", ",", "resulting", "in", "a", "5mm", "diameter", "papule", ":", "POSITIVE", "(", "10", "healthy", "controls", ",", "negative", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "girl", "label": "HUMAN", "start": 16, "end": 20 }, { "text": "genus Aelotrips Haliday", "label": "SPECIES", "start": 630, "end": 653 }, { "text": "insects", "label": "SPECIES", "start": 395, "end": 402 }, { "text": "insects", "label": "SPECIES", "start": 746, "end": 753 }, { "text": "children", "label": "HUMAN", "start": 482, "end": 490 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 690, "end": 697 }, { "text": "Thysanoptera", "label": "SPECIES", "start": 671, "end": 683 }, { "text": "Zoology", "label": "SPECIES", "start": 537, "end": 544 }, { "text": "Anthropology", "label": "HUMAN", "start": 558, "end": 570 }, { "text": "Trips", "label": "SPECIES", "start": 606, "end": 611 }, { "text": "Aeolothripidae", "label": "SPECIES", "start": 655, "end": 669 } ]

[ "Reason", "for", "consultation", "A", "6", "year", "old", "girl", "came", "with", "her", "parents", "for", "consultation", "with", "fever", ",", "cough", "and", "mucus", "of", "four", "days", "of", "evolution", "treated", "with", "physical", "measures", "and", "antipyretics", "without", "clinical", "improvement", ".", "After", "a", "complete", "examination", "with", "pathological", "respiratory", "auscultation", "and", "a", "normal", "chest", "X-ray", ",", "she", "was", "treated", "with", "a", "dose", "of", "Azithromycin", ",", "suspecting", "atypical", "pneumonia", ",", "which", "presumably", "improved", ".", "Three", "months", "later", ",", "having", "been", "asymptomatic", "until", "then", ",", "she", "presented", "with", "skin", "lesions", "on", "the", "lateral", "regions", "of", "the", "trunk", ",", "buttocks", "and", "thighs", ",", "which", "we", "began", "to", "study", "with", "the", "help", "of", "complementary", "tests", ".", "Individual", "approach", "The", "only", "personal", "history", "of", "interest", "was", "atopic", "dermatitis", ",", "she", "was", "correctly", "vaccinated", "and", "there", "were", "no", "known", "drug", "allergies", ".", "She", "had", "not", "had", "any", "trips", "of", "interest", "nor", "had", "she", "had", "any", "relations", "with", "animals", "other", "than", "those", "she", "had", "already", "experienced", ".", "There", "was", "no", "family", "history", "of", "interest", ".", "In", "May", "the", "patient", "consulted", "for", "a", "fever", "of", "four", "days", "'", "evolution", ",", "cough", "and", "mucus", "which", ",", "after", "auscultation", "of", "the", "lungs", "with", "added", "crackles", ",", "we", "decided", "to", "request", "a", "chest", "X-ray", ",", "as", "there", "were", "no", "condensations", ",", "we", "considered", "possible", "atypical", "pneumonia", "and", "prescribed", "Azithromycin", "for", "three", "days", ",", "improving", "in", "48", "hours", ".", "Three", "months", "later", ",", "the", "patient", "presented", "with", "polymorphous", "lesions", "of", "papules", "and", "erythematous", "and", "oedematous", "plaques", "as", "well", "as", "vesicles", "and", "a", "pathognomonic", "\"", "bull", "'", "s", "eye", "\"", "lesion", "(", "with", "three", "concentric", "rings", "and", "sometimes", "a", "central", "haemorrhagic", "vesicle", ")", ".", "They", "were", "pruritic", "but", "there", "were", "no", "signs", "of", "impetiginisation", "or", "other", "complications", ",", "we", "prescribed", "Dexchlorpheniramine", "to", "improve", "the", "pruritus", "and", "indicated", "to", "monitor", "the", "evolution", ".", "A", "few", "days", "later", ",", "her", "mother", "came", "to", "the", "clinic", "concerned", "because", "the", "lesions", "were", "spreading", ",", "mainly", "on", "the", "buttocks", "and", "thighs", ",", "which", "were", "asymptomatic", "for", "the", "child", ".", "We", "decided", "to", "remain", "expectant", "and", "to", "check", "the", "patient", "in", "a", "few", "weeks", ".", "The", "girl", "went", "to", "the", "scheduled", "appointment", "with", "both", "parents", "presenting", "the", "same", "lesions", ",", "without", "pruritus", "as", "she", "was", "using", "the", "prescribed", "antihistamine", "treatment", ".", "Her", "parents", ",", "out", "of", "concern", "and", "uncertainty", ",", "asked", "us", "for", "additional", "tests", "and", "another", "assessment", "to", "clarify", "the", "cause", "of", "the", "lesions", ".", "We", "believed", "the", "clinical", "diagnosis", "to", "be", "Erythema", "multiforme", "minor", ",", "as", "she", "also", "had", "a", "pathognomonic", "lesion", ",", "but", "in", "view", "of", "this", "concern", "we", "requested", "tests", "and", "referred", "her", "to", "a", "specialist", ".", "Additional", "tests", "included", "a", "complete", "blood", "count", ",", "biochemistry", "and", "parameters", "of", "acute", "phase", "reactants", "in", "range", "and", "serology", "with", "positive", "IgM", "for", "Mycoplasma", "pneumoniae", ",", "with", "no", "other", "findings", ".", "The", "patient", "was", "referred", "to", "the", "dermatology", "department", ",", "who", "suggested", "the", "use", "of", "Azithromycin", "and", "/", "or", "Acyclovir", ",", "which", "in", "principle", "we", "did", "not", "follow", ";", "we", "did", "request", "a", "new", "blood", "test", "and", "observed", "a", "quadrupling", "of", "the", "titration", ",", "concluding", "that", "it", "was", "a", "cutaneous", "reaction", "induced", "by", "Mycoplasma", ".", "After", "a", "few", "weeks", "and", "with", "repeated", "outbreaks", "of", "skin", "lesions", ",", "the", "parents", "remained", "uneasy", "and", "demanded", "curative", "treatment", ".", "Family", "and", "community", "approach", "Regarding", "their", "family", "structure", ",", "they", "form", "a", "nuclear", "family", "with", "close", "relatives", "(", "her", "parents", ",", "her", "older", "brother", "and", "she", "live", "at", "home", ")", "without", "any", "stressful", "life", "events", "of", "note", ".", "Nurturing", "family", "style", ",", "with", "family", "togetherness", ",", "nurturing", "and", "adapting", "to", "the", "needs", "and", "stimulating", "interests", "of", "their", "pre-school", "and", "school-age", "children", ".", "We", "can", "classify", "according", "to", "Duvall", "'", "s", "model", ":", "stage", "of", "consolidation", "and", "opening", "IV", "of", "the", "family", "life", "cycle", ".", "Clinical", "judgement", "Today", "there", "is", "controversy", "as", "to", "the", "group", "of", "lesions", "in", "which", "we", "classify", "our", "case", ":", "Erythema", "Multiforme", "Minor", "(", "EMm", ")", ".", "Most", "authors", "continue", "to", "classify", "Erythema", "Multiforme", ",", "Stevens-Johnson", "Syndrome", "(", "SJS", ")", "and", "Toxic", "Epidermal", "Necrolysis", "(", "TEN", ")", "as", "different", "expressions", "of", "the", "same", "clinicopathological", "entity", ",", "differentiating", "according", "to", "extension", ",", "severity", "and", "possible", "triggering", "factor", "(", "virus", "vs", ".", "drugs", ")", ".", "EMM", "are", "acute", ",", "recurrent", "or", "non-recurrent", ",", "self-limited", "lesions", "that", "have", "no", "or", "minimal", "mucosal", "involvement", "and", "heal", "without", "sequelae", ",", "usually", "in", "2-4", "weeks", ",", "although", "they", "can", "sometimes", "become", "chronic", ",", "as", "in", "our", "case", ",", "which", "in", "particular", "would", "be", "Chronic", "Erythema", "Multiforme", "Minor", ".", "EMMajor", "also", "heals", "without", "sequelae", "but", "can", "produce", "acute", "outbreaks", "and", "mucosal", "involvement", ".", "JSS", "are", "acute", ",", "non-self-limiting", "lesions", "that", "also", "include", "visceral", "manifestations", ".", "Finally", ",", "NET", "is", "progressive", ",", "triggered", "by", "drugs", "and", "also", "affects", "internal", "organs", "with", "a", "fulminant", "course", ".", "Diagnosis", "is", "mainly", "clinical", "combined", "with", "histological", "if", "necessary", ".", "Laboratory", "findings", "in", "minor", "MS", "are", "normal", ";", "in", "major", "MS", "there", "may", "be", "an", "increased", "erythrocyte", "sedimentation", "rate", ",", "moderate", "leukocytosis", "and", "slightly", "increased", "transaminases", ";", "and", "in", "JSS", "and", "NET", "there", "is", "fever", "and", "laboratory", "findings", "will", "depend", "on", "the", "degree", "of", "internal", "organ", "involvement", ".", "Action", "plan", "After", "diagnosis", "and", "having", "treated", "the", "Mycoplasma", "pneumoniae", "infection", "months", "ago", ",", "and", "now", "proposing", "to", "improve", "the", "dermatological", "symptoms", ",", "we", "explain", "to", "the", "parents", "that", "there", "is", "no", "consensus", "in", "the", "literature", "on", "the", "management", "of", "chronic", "EMminoritis", ",", "and", "even", "less", "so", "in", "the", "paediatric", "age", "group", ".", "There", "is", "controversy", "regarding", "the", "use", "of", "systemic", "corticosteroids", ";", "it", "has", "not", "been", "proven", "that", "they", "shorten", "the", "duration", "of", "the", "disease", "and", "they", "could", "be", "associated", "with", "an", "increase", "in", "the", "frequency", "of", "outbreaks", "and", "their", "chronicity", ".", "We", "suggest", "expectancy", ".", "Two", "weeks", "later", ",", "with", "persistent", "lesions", ",", "the", "parents", "decided", "to", "try", "corticosteroid", "treatment", ".", "Prednisone", "was", "prescribed", "at", "a", "dose", "of", "1mg", "/", "kg", "/", "day", "during", "the", "outbreaks", "until", "the", "lesions", "disappeared", ",", "at", "which", "point", "the", "dose", "was", "reduced", ".", "Evolution", "The", "girl", "and", "her", "parents", "continued", "to", "visit", "the", "clinic", "with", "mild", "skin", "outbreaks", "every", "10-15", "days", ".", "In", "the", "middle", "of", "winter", ",", "it", "was", "decided", "to", "treat", "only", "the", "pruritus", "again", ".", "The", "clinical", "course", "lasted", "9", "to", "10", "months", "until", "spontaneous", "remission", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "girl", "label": "HUMAN", "start": 37, "end": 41 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 56, "end": 63 }, { "text": "animals", "label": "SPECIES", "start": 847, "end": 854 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 914, "end": 920 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 653, "end": 661 }, { "text": "vaccinated", "label": "SPECIES", "start": 723, "end": 733 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 953, "end": 960 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1286, "end": 1293 }, { "text": "child", "label": "HUMAN", "start": 1863, "end": 1868 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 1724, "end": 1730 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1918, "end": 1925 }, { "text": "girl", "label": "HUMAN", "start": 1946, "end": 1950 }, { "text": "specialist", "label": "HUMAN", "start": 2418, "end": 2428 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 1995, "end": 2002 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 2110, "end": 2117 }, { "text": "Mycoplasma", "label": "SPECIES", "start": 2577, "end": 2587 }, { "text": "relatives", "label": "HUMAN", "start": 3145, "end": 3154 }, { "text": "children", "label": "HUMAN", "start": 3399, "end": 3407 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 3160, "end": 3167 }, { "text": "authors", "label": "HUMAN", "start": 3661, "end": 3668 }, { "text": "virus", "label": "SPECIES", "start": 3925, "end": 3930 }, { "text": "Mycoplasma", "label": "SPECIES", "start": 4918, "end": 4928 }, { "text": "Mycoplasma pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 4918, "end": 4939 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 5038, "end": 5045 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 5483, "end": 5490 }, { "text": "girl", "label": "HUMAN", "start": 5686, "end": 5690 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 5699, "end": 5706 } ]

[ "A", "78-year-old", "man", "with", "a", "personal", "history", "of", "allergy", "to", "sulphonamides", "and", "thiazides", ",", "ex-smoker", "and", "ex-drinker", ",", "chronic", "bronchitis", "with", "home", "oxygen", ",", "chronic", "atrial", "fibrillation", ",", "peripheral", "arterial", "disease", "and", "chronic", "venous", "insufficiency", ".", "His", "usual", "treatment", "was", "furosemide", ",", "pentoxifylline", ",", "acenocoumarol", ",", "omeprazole", ",", "oral", "iron", "and", "paracetamol", ".", "She", "was", "admitted", "to", "our", "hospital", "for", "antibiotic", "treatment", "and", "treatment", "of", "mixed", "ulcers", "with", "a", "torpid", "evolution", ".", "Physical", "examination", "on", "admission", ":", "blood", "pressure", "100", "/", "61", "mmHg", ",", "mixed", "ulcers", "with", "exudate", "on", "both", "lower", "limbs", ";", "the", "rest", "of", "the", "examination", "was", "of", "no", "interest", ".", "Blood", "tests", "on", "admission", ":", "creatinine", "1", ".", "5", "mg", "/", "dl", "(", "previous", "1", ".", "4-1", ".", "6", "mg", "/", "dl", ")", "(", "Cockcroft-Gault", "28", "ml", "/", "min", ")", ",", "uric", "acid", "9", ".", "4", "mg", "/", "dl", ",", "albumin", "3", ".", "2", "g", "/", "dl", ",", "haematocrit", "27", ".", "8", "%", ",", "haemoglobin", "8", ".", "9", "g", "/", "dl", ",", "other", "blood", "tests", "normal", ".", "Culture", "of", "the", "exudate", "from", "the", "ulcers", "was", "positive", "for", "Pseudomona", "aeruginosa", "and", "Streptococcus", "beta", "non-A", "non-B", "sensitive", "to", "cefepime", ".", "Antibiotic", "treatment", "was", "started", "with", "cefepime", "at", "a", "dose", "of", "2", "grams", "every", "8", "hours", "i", ".", "v", ".", "for", "10", "days", ".", "On", "the", "fourth", "day", "of", "antibiotic", "treatment", "renal", "function", "remained", "stable", "with", "serum", "creatinine", "of", "1", ".", "4", "mg", "/", "day", ".", "On", "the", "tenth", "day", "of", "cefepime", "treatment", "(", "when", "the", "antibiotic", "was", "discontinued", ")", ",", "previous", "renal", "function", "deterioration", "was", "noted", ",", "with", "serum", "creatinine", "of", "2", ".", "8", "mg", "/", "dl", ".", "One", "day", "after", "discontinuation", "of", "cefepime", ",", "this", "deterioration", "of", "renal", "function", "persisted", "and", "the", "patient", "also", "presented", "confusional", "syndrome", "and", "restlessness", ",", "for", "which", "reason", "the", "Nephrology", "and", "Neurology", "Departments", "were", "consulted", ".", "The", "anamnesis", "was", "impossible", "to", "perform", "due", "to", "the", "patient", "'", "s", "excitability", "and", "restlessness", ".", "Serum", "therapy", "with", "isotonic", "saline", "was", "started", ".", "Renal", "ultrasound", "showed", "reduced", "kidney", "size", "(", "8", "cm", ")", ".", "An", "electroencephalogram", "(", "EEG", ")", "was", "performed", ",", "which", "was", "pathological", ",", "with", "the", "presence", "of", "bilateral", "electrical", "status", "(", "constant", "bilateral", "slow", ",", "sharp", "and", "triphasic", "wave", "discharges", ")", ".", "A", "cerebral", "axial", "computed", "tomography", "scan", "was", "also", "performed", ",", "with", "the", "only", "finding", "being", "cortico-subcortical", "atrophy", ".", "Given", "the", "suspicion", "of", "neurotoxicity", "caused", "by", "cefepime", ",", "phenytoin", "was", "prescribed", "with", "a", "loading", "dose", "of", "1000", "mg", "i", ".", "v", ".", "and", "then", "100", "mg", "/", "8", "hours", "i", ".", "v", ".", ",", "and", "urgent", "haemodialysis", "was", "performed", "through", "a", "catheter", "in", "the", "left", "femoral", "vein", "for", "3", "hours", ".", "Pre-dialysis", "plasma", "levels", "of", "cefepime", "(", "24", "hours", "after", "antibiotic", "discontinuation", ")", "were", "measured", "and", "were", "50", ".", "087", "μg", "/", "ml", ".", "After", "the", "first", "dialysis", "session", ",", "the", "patient", "was", "calmer", "and", "more", "alert", ".", "Given", "the", "clinical", "improvement", "after", "the", "first", "dialysis", "session", "and", "considering", "the", "high", "mortality", "rate", "related", "to", "cefepime-linked", "neurotoxicity", ",", "three", "more", "haemodialysis", "sessions", "were", "performed", ",", "with", "undetectable", "pre-dialysis", "cefepime", "levels", "from", "the", "fourth", "session", ".", "The", "new", "EEG", ",", "after", "4", "dialysis", "sessions", ",", "showed", "a", "dramatic", "improvement", "over", "the", "previous", "recording", ".", "After", "three", "days", "without", "dialysis", ",", "serum", "creatinine", "remained", "at", "2", ".", "7", "mg", "/", "dl", ".", "One", "week", "after", "discharge", "from", "hospital", ",", "the", "recovery", "of", "renal", "function", "(", "creatinine", "1", ".", "6", "mg", "/", "dl", ")", "was", "observed", "in", "the", "outpatient", "clinic", ",", "which", "persisted", "at", "these", "levels", "two", "months", "after", "discharge", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 25, "end": 33 }, { "text": "Pseudomona aeruginosa", "label": "SPECIES", "start": 880, "end": 901 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1432, "end": 1439 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1619, "end": 1626 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2463, "end": 2470 } ]