Datasets:

---

Praise2112

/

LivingNER

like 1

[ "A", "28-year-old", "man", "from", "Peru", "who", "had", "been", "living", "in", "Spain", "for", "two", "weeks", ".", "He", "had", "no", "history", "of", "interest", ",", "no", "contact", "with", "animals", ",", "no", "toxic", "habits", ",", "and", "no", "usual", "treatment", ".", "He", "came", "to", "the", "emergency", "department", "for", "scapular", "pain", ",", "intense", "dyspnoea", "and", "fever", "of", "up", "to", "39oC", "of", "five", "days", "'", "evolution", ".", "He", "had", "no", "oral", "problems", "or", "pharyngeal", "pain", ",", "cough", ",", "expectoration", ",", "symptoms", "of", "inflammatory", "bowel", "disease", "or", "known", "risk", "factors", "for", "liver", "cirrhosis", ".", "On", "examination", "he", "was", "haemodynamically", "stable", ",", "with", "blood", "pressure", "of", "124", "/", "85", "mmHg", "and", "95", "bpm", ",", "febrile", "(", "38", ".", "3oC", ")", ",", "sweating", ",", "with", "adequate", "respiratory", "rate", ",", "saturating", "at", "97", "%", "without", "oxygen", "therapy", ".", "Cardiac", "and", "pulmonary", "auscultation", "and", "abdominal", "examination", "showed", "no", "alterations", ".", "There", "were", "no", "meningeal", "signs", ",", "oropharyngeal", "alterations", "or", "stigmata", "of", "endocarditis", ".", "There", "were", "no", "findings", "in", "the", "lower", "limbs", "suggestive", "of", "venous", "thrombosis", ".", "Laboratory", "results", "showed", "marked", "leukocytosis", "(", "20", ",", "840", "cells", "/", "microL", ")", "with", "neutrophilia", "(", "18", ",", "110", "cells", "/", "microL", ")", "and", "serum", "C-reactive", "protein", "(", "CRP", ")", "concentrations", "of", "255", "mg", "/", "L", "and", "procalcitonin", "of", "0", ".", "6", "ng", "/", "mL", ".", "There", "was", "also", "an", "increase", "in", "total", "bilirubin", "(", "1", ".", "7", "mg", "/", "dl", ")", ",", "at", "the", "expense", "of", "an", "increase", "in", "direct", "bilirubin", ",", "and", "an", "increase", "in", "transaminases", "(", "GPT", "155", "IU", "/", "l", ",", "GOT", "40", "IU", "/", "l", ")", ".", "Blood", "cultures", ",", "pneumococcal", "antigen", "in", "urine", "and", "chest", "X-ray", "showed", "multiple", "pulmonary", "nodules", "with", "dubious", "cavitation", "in", "some", "of", "them", ".", "Empirical", "treatment", "with", "ceftriaxone", "1", "g", "/", "24", "hours", "and", "metronidazole", "500", "mg", "/", "8", "hours", "was", "started", "and", "admission", "to", "the", "Infectious", "Diseases", "ward", "was", "requested", ".", "Differential", "diagnosis", "We", "will", "establish", "the", "differential", "diagnosis", "of", "a", "patient", "with", "fever", "and", "multiple", "pulmonary", "nodules", ".", "The", "most", "frequent", "causes", "of", "multiple", "pulmonary", "nodules", "and", "fever", "are", "neoplasms", ",", "systemic", "inflammatory", "diseases", ",", "infections", "and", "vascular", "processes", ".", "-", "Malignant", "neoplasms", ".", "These", "may", "be", "primary", "lung", "(", "mainly", "adenocarcinoma", "and", "squamous", "cell", "carcinoma", ")", "or", "metastatic", "(", "bronchial", "carcinoma", ",", "colon", ",", "breast", ",", "kidney", ",", "melanoma", "and", "sarcoma", "as", "the", "most", "frequent", "causes", ")", ".", "Another", "infrequent", "cause", "in", "this", "section", "are", "neuroendocrine", "carcinoid", "tumours", ",", "typically", "endobronchial", ".", "The", "patient", "had", "no", "risk", "factors", "for", "lung", "carcinoma", ".", "The", "clinical", "manifestations", "of", "these", "neoplasms", "tend", "to", "be", "more", "severe", "than", "those", "presented", "by", "the", "patient", ";", "in", "addition", ",", "symptoms", "indicative", "of", "primary", "involvement", "of", "one", "of", "the", "presumed", "affected", "organs", "are", "frequent", "in", "the", "case", "of", "suspected", "metastasis", ",", "accompanied", "by", "constitutional", "symptoms", ".", "-", "Benign", "tumours", ".", "The", "most", "frequent", "cause", "of", "benign", "lung", "tumours", "is", "hamartoma", ",", "with", "a", "mixed", "histological", "component", ",", "slow", "progressive", "growth", "and", "a", "popcorn-like", "appearance", "on", "radiography", "and", "computed", "axial", "tomography", "(", "CT", ")", ".", "-", "Multiple", "pulmonary", "thromboembolism", ",", "as", "a", "cause", "of", "pulmonary", "infarcts", ",", "could", "be", "considered", "in", "the", "differential", "diagnosis", ",", "but", "was", "ruled", "out", "by", "clinical", "and", "contrast-enhanced", "chest", "CT", "(", "see", "later", "findings", ")", ".", "-", "Systemic", "inflammatory", "diseases", ".", "This", "group", "includes", ",", "among", "others", ",", "Wegener", "'", "s", "disease", "(", "multiple", "pulmonary", "nodules", "associated", "with", "otorhinolaryngological", "and", "renal", "involvement", ")", "and", "Churg", "Strauss", "vasculitis3", "(", "atopy", ",", "previous", "asthma", ",", "eosinophilia", ",", "migratory", "pulmonary", "infiltrates", ",", "neurological", "involvement", ")", ".", "Other", "diseases", "included", "in", "the", "differential", "diagnosis", "are", "rheumatoid", "arthritis", "(", "pulmonary", "rheumatoid", "nodules", ",", "accompanied", "by", "distal", "erosive", "symmetric", "polyarthritis", ")", ",", "sarcoidosis", "(", "typically", "with", "bilateral", "hilar", "adenopathy", ")", "and", "amyloidosis", "(", "associated", "with", "amyloid", "deposition", "in", "other", "locations", ")", ".", "-", "Infectious", ".", "These", "are", "the", "most", "frequent", "cause", "within", "the", "benign", "aetiology", "group", ".", "These", "include", "the", "following", ":", "-", "Mycobacteria", ".", "Their", "symptoms", "are", "usually", "more", "severe", ",", "with", "progressive", "deterioration", "of", "the", "general", "condition", ",", "fever", ",", "sweating", "and", "haemoptotic", "cough", ".", "-", "Fungi", ".", "They", "are", "endemic", "in", "certain", "areas", "of", "America", ".", "They", "sometimes", "cause", "pneumonia", "associated", "with", "the", "presence", "of", "nodules", ".", "Histoplasmosis", ",", "coccidiomycosis", "and", "paracoccidiomycosis", ".", "-", "Septic", "emboli", "secondary", "to", "right-sided", "endocarditis", ",", "typical", "of", "injecting", "drug", "users", ",", "mostly", "secondary", "to", "Staphylococcus", "aureus", "infection", ".", "-", "Lemierre", "'", "s", "syndrome", ",", "septic", "thrombophlebitis", "from", "parapharyngeal", "abscess", ",", "caused", "by", "Fusobacterium", "necrophorum", ".", "-", "Necrotising", "pneumonia", "caused", "by", "some", "strains", "of", "Streptococcus", "pneumoniae", ",", "S", ".", "aureus", "and", "anaerobes", ".", "Evolution", "After", "his", "transfer", "to", "the", "Infectious", "Diseases", "ward", ",", "a", "CT", "scan", "of", "the", "chest", "with", "contrast", "was", "requested", ",", "in", "which", "no", "repletion", "defects", "were", "seen", "in", "the", "pulmonary", "arteries", ",", "ruling", "out", "pulmonary", "thromboembolism", ".", "Multiple", "pulmonary", "nodules", "were", "visualised", ",", "with", "no", "necrosis", "inside", ",", "peripherally", "distributed", "(", "mostly", "subpleural", ")", "affecting", "all", "the", "pulmonary", "lobes", ",", "compatible", "with", "septic", "emboli", ".", "No", "mediastinal", "adenopathies", "were", "visualised", ".", "Abdominal", "sections", "showed", "a", "nodule", "in", "the", "periphery", "of", "segment", "V", "of", "the", "liver", ",", "with", "peripheral", "uptake", "and", "central", "hypodensity", ",", "compatible", "with", "abscess", ",", "so", "the", "study", "was", "completed", "with", "CT", "of", "the", "abdomen", ".", "This", "showed", "a", "hypodense", "vascular", "structure", "in", "the", "central", "area", "of", "the", "liver", "leading", "to", "the", "inferior", "vena", "cava", ",", "compatible", "with", "thrombosis", "of", "the", "minor", "suprahepatic", "branch", ".", "Circumferential", "thickening", "of", "the", "wall", "of", "the", "jejunal", "loops", "(", "left", ")", "with", "an", "inflammatory-infectious", "appearance", "was", "also", "detected", ".", "No", "portal", "thrombosis", "was", "observed", ".", "On", "the", "same", "day", ",", "the", "Microbiology", "Department", "reported", "the", "growth", "of", "Bacteroides", "fragilis", "in", "blood", "culture", ".", "The", "patient", "progressed", "favourably", "with", "the", "prescribed", "antibiotic", "therapy", "(", "metronidazole", "500", "mg", "every", "8", "hours", "intravenously", ")", ",", "with", "fever", "disappearing", "after", "24", "hours", "and", "presenting", "clear", "clinical", "improvement", ",", "with", "no", "dyspnoea", "and", "no", "general", "affectation", ".", "During", "admission", ",", "the", "following", "complementary", "tests", "were", "requested", "in", "order", "to", "identify", "the", "origin", "of", "the", "symptoms", ":", "-", "Transthoracic", "echocardiography", "and", "later", "transesophageal", "echocardiography", ",", "which", "ruled", "out", "the", "presence", "of", "endocarditis", ".", "-", "Doppler", "ultrasound", "of", "supra-aortic", "trunks", ",", "which", "ruled", "out", "jugular", "thrombosis", ".", "-", "Intestinal", "entero-resonance", ".", "Hyperenhancement", "of", "the", "proximal", "jejunum", "was", "still", "observed", ".", "The", "liver", "abscess", "had", "decreased", "considerably", "in", "size", ".", "Thrombosis", "of", "one", "of", "the", "suprahepatic", "veins", "was", "still", "present", ".", "No", "portal", "thrombosis", "or", "other", "alterations", "were", "observed", ".", "-", "Control", "laboratory", "tests", ".", "They", "showed", "a", "progressive", "decrease", "in", "acute", "phase", "reactants", "and", "liver", "cytolysis", "enzymes", ".", "-", "Control", "X-ray", ":", "slight", "improvement", "of", "the", "nodular", "lesions", ".", "After", "7", "days", "of", "hospitalisation", "and", "for", "personal", "reasons", ",", "the", "patient", "requested", "voluntary", "discharge", ",", "having", "shown", "clear", "symptomatic", "improvement", ",", "and", "oral", "treatment", "with", "metronidazole", "250", "mg", "2", "tablets", "every", "8", "hours", "was", "established", "for", "a", "total", "of", "28", "days", ".", "Final", "diagnosis", "Pulmonary", "septic", "embolism", "caused", "by", "Bacteroides", "fragilis", "secondary", "to", "proximal", "jejunitis", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "animals", "label": "SPECIES", "start": 119, "end": 126 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1622, "end": 1629 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2139, "end": 2146 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2285, "end": 2292 }, { "text": "Mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 3621, "end": 3633 }, { "text": "Fungi", "label": "SPECIES", "start": 3773, "end": 3778 }, { "text": "Staphylococcus aureus", "label": "SPECIES", "start": 4063, "end": 4084 } ]

[ "", "49-year-old", "Afro-Caribbean", "man", ",", "security", "guard", ",", "non-smoker", ",", "with", "a", "history", "of", "type", "2", "diabetes", "mellitus", "and", "hypertension", ".", "On", "29", "March", "he", "was", "admitted", "with", "cough", ",", "fever", "and", "dyspnoea", "of", "5", "days", "'", "evolution", ".", "His", "chest", "X-ray", "showed", "left", "patchy", "consolidations", ",", "so", "treatment", "was", "started", "with", "IV", "antibiotics", "and", "unfractionated", "heparin", "due", "to", "elevated", "D-dimer", ";", "PPC", "therapy", "was", "also", "started", "because", "of", "hypoxaemia", ".", "However", ",", "the", "patient", "continued", "to", "deteriorate", "and", "was", "intubated", ".", "He", "was", "transferred", "to", "our", "ICU", "due", "to", "lack", "of", "beds", "on", "31", "March", ",", "where", "he", "was", "given", "HVVC", "for", "worsening", "acute", "kidney", "injury", ".", "Respiratory", "problems", "improved", "and", "he", "was", "extubated", "on", "6", "April", "and", "oxygen", "therapy", "was", "withdrawn", ",", "although", "he", "still", "needed", "intermittent", "renal", "support", ".", "A", "renal", "ultrasound", "revealed", "no", "abnormalities", ",", "and", "a", "CTA", "showed", "a", "segmental", "pulmonary", "embolus", ",", "bilateral", "alveolar", "infiltrates", ",", "ground-glass", "opacities", "and", "small", "areas", "of", "consolidation", ".", "An", "echocardiogram", "on", "21", "April", "revealed", "good", "biventricular", "activity", "with", "no", "structural", "abnormalities", "or", "valvular", "heart", "disease", ".", "Despite", "routine", "physiotherapy", ",", "the", "patient", "showed", "persistent", "bilateral", "lower", "extremity", "weakness", ".", "An", "evaluation", "of", "the", "lower", "extremities", "showed", "bilateral", "strength", "reduction", "(", "left", ">", "right", ")", "with", "difficulty", "in", "locomotion", "and", "coordination", ",", "although", "reflexes", "and", "sensation", "as", "well", "as", "peripheral", "pulse", "were", "intact", ".", "On", "neurological", "examination", ",", "no", "upper", "extremity", "abnormalities", "were", "identified", ".", "An", "MRI", "showed", "a", "bilateral", "anomalous", "signal", "in", "the", "deep", "white", "matter", ",", "which", "could", "indicate", "subcortical", "marginal", "zone", "infarcts", ".", "On", "27", "April", "the", "patient", "was", "transferred", "to", "a", "neurorehabilitation", "unit", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 416, "end": 423 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1084, "end": 1091 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1578, "end": 1585 }, { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 28, "end": 31 }, { "text": "security guard", "label": "HUMAN", "start": 33, "end": 47 } ]

[ "We", "present", "the", "case", "of", "a", "45-year-old", "woman", ",", "a", "butcher", "by", "profession", "with", "no", "personal", "history", "of", "interest", ",", "who", "came", "to", "the", "emergency", "department", "for", "general", "malaise", "of", "a", "week", "'", "s", "duration", ",", "associated", "with", "arthromyalgia", ",", "fever", ",", "headache", ",", "dry", "cough", "and", "odynophagia", ".", "After", "an", "initial", "assessment", "with", "no", "alarming", "data", ",", "the", "patient", "was", "discharged", "from", "hospital", "with", "a", "suspected", "diagnosis", "of", "influenza", "syndrome", "without", "specific", "treatment", ".", "Twenty-four", "hours", "later", "she", "consulted", "again", "due", "to", "worsening", "of", "the", "clinical", "condition", ",", "this", "time", "reporting", "thermometric", "fever", ",", "cervicalgia", ",", "arthralgia", "and", "abdominal", "pain", ",", "as", "well", "as", "describing", "choluria", "as", "a", "new", "clinical", "sign", ".", "Physical", "examination", "revealed", "abdominal", "pain", "located", "in", "the", "right", "hypochondrium", "with", "positive", "Murphy", "and", "polyarthritis", ".", "Initial", "complementary", "tests", "included", "leukocytosis", "with", "left", "deviation", ",", "total", "bilirubin", "of", "3", ".", "3", "mg", "/", "dl", "at", "the", "expense", "of", "the", "direct", "fraction", ",", "mild", "hypertransaminasemia", ",", "and", "CRP", "of", "269", ".", "Given", "these", "findings", ",", "and", "the", "suspicion", "of", "acute", "biliary", "pathology", ",", "an", "abdominal", "ultrasound", "was", "performed", "in", "the", "emergency", "department", "and", "was", "anodyne", ".", "Based", "on", "the", "presence", "of", "fever", ",", "polyarthritis", "and", "analytical", "alterations", ",", "it", "was", "decided", "to", "admit", "the", "patient", "on", "suspicion", "of", "febrile", "symptoms", "with", "a", "probable", "abdominal", "focus", ".", "Once", "on", "the", "ward", ",", "mild", "jaundice", "was", "observed", "on", "the", "mucous", "membranes", ".", "The", "first", "suspicion", "was", "acute", "cholangitis", ",", "so", "blood", "cultures", "were", "taken", "and", "Ceftriaxone", "was", "started", "empirically", ",", "with", "no", "improvement", "in", "the", "following", "24-48", "hours", ".", "Laboratory", "tests", "were", "extended", "with", "serology", "for", "hepatotropic", "virus", "and", "hepatic", "autoimmunity", "and", "it", "was", "decided", "to", "perform", "an", "urgent", "abdominal", "CT", "scan", "with", "no", "evidence", "of", "cholecystitis", "or", "cholangitis", ".", "Given", "the", "persistence", "of", "the", "clinical", "manifestations", "and", "having", "ruled", "out", "the", "presence", "of", "biliary", "pathology", "to", "justify", "the", "fever", "and", "the", "analytical", "alterations", ",", "the", "patient", "was", "re-interviewed", "about", "the", "onset", "of", "the", "symptoms", ",", "stating", "that", "she", "had", "suffered", "a", "cut", "three", "weeks", "prior", "to", "the", "onset", "of", "the", "clinical", "picture", "(", "butcher", "patient", "with", "probable", "contact", "with", "contaminated", "animals", ")", ".", "Given", "the", "patient", "'", "s", "epidemiological", "history", "and", "the", "time", "elapsed", ",", "as", "well", "as", "the", "symptoms", "reported", ",", "febrile", "syndrome", "in", "the", "context", "of", "infection", "by", "Coxiella", "Burnetti", "was", "suspected", "as", "a", "diagnostic", "possibility", ".", "Empirical", "doxycycline", "was", "prescribed", "at", "a", "dose", "of", "100", "mg", "every", "12", "hours", ".", "After", "six", "days", "of", "treatment", ",", "there", "was", "clinical", "and", "laboratory", "improvement", ".", "The", "serology", "against", "C", ".", "Burnetii", "(", "IgM", "Ac", ")", "was", "positive", ",", "confirming", "the", "diagnosis", "of", "Q", "fever", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 315, "end": 322 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 37, "end": 42 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 76, "end": 84 }, { "text": "butcher", "label": "HUMAN", "start": 46, "end": 53 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1211, "end": 1218 }, { "text": "hepatotropic virus", "label": "SPECIES", "start": 1567, "end": 1585 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1884, "end": 1891 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2044, "end": 2051 }, { "text": "animals", "label": "SPECIES", "start": 2092, "end": 2099 }, { "text": "butcher", "label": "HUMAN", "start": 2036, "end": 2043 }, { "text": "Coxiella Burnetti", "label": "SPECIES", "start": 2250, "end": 2267 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2112, "end": 2119 }, { "text": "C. Burnetii", "label": "SPECIES", "start": 2481, "end": 2492 } ]

[ "A", "55-year-old", "man", "with", "a", "history", "of", "ischaemic", "heart", "disease", "attended", "the", "emergency", "department", "for", "fever", "of", "6", "months", "of", "intermittent", "evolution", ",", "accompanied", "by", "chills", ",", "sweating", ",", "asthenia", "and", "anorexia", ".", "On", "examination", "he", "presented", "a", "temperature", "of", "39oC", ",", "septic", "mouth", "and", "rhythmic", "cardiac", "auscultation", "at", "90", "bpm", "with", "a", "multifocal", "systolic", "murmur", "III", "/", "VI", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "haemoglobin", "12", ".", "5", "g", "/", "dL", ",", "haematocrit", "37", "%", ",", "MCV", "91", "fL", ",", "white", "and", "platelet", "series", "normal", ",", "and", "CRP", "9", ".", "0", "mg", "/", "dL", ".", "Chest", "X-ray", "was", "normal", ".", "Serial", "blood", "cultures", "were", "taken", "and", "the", "patient", "was", "admitted", ".", "A", "transesophageal", "echocardiogram", "showed", "two", "warts", "in", "the", "anteroseptal", "mitral", "leaflet", "with", "mild", "mitral", "insufficiency", ".", "Empirical", "antibiotic", "treatment", "for", "infective", "endocarditis", "was", "started", "with", "amoxicillin-clavulanic", "acid", "(", "2", "g", "/", "4", "h", ",", "iv", ")", "and", "gentamicin", "(", "80", "mg", "/", "8", "h", ",", "iv", ")", ".", "Seven", "days", "after", "admission", ",", "bacterial", "growth", "was", "detected", "in", "3", "of", "the", "4", "blood", "culture", "bottles", ".", "No", "microorganisms", "were", "observed", "in", "the", "direct", "Gram", "stain", ".", "At", "48", "hours", ",", "in", "the", "subculture", "performed", "on", "chocolate", "agar", "in", "a", "CO2", "atmosphere", ",", "greyish-coloured", "punctate", "colonies", "grew", ",", "which", "corresponded", "to", "gram-negative", "coccobacilli", "in", "the", "Gram", "stain", ".", "Biochemical", "tests", "were", "as", "follows", ":", "catalase", "positive", ",", "oxidase", "negative", ",", "urea", "negative", ",", "indolnegative", "and", "non-fermenting", "of", "glucose", ",", "galactose", "and", "lactose", ".", "The", "micro-organism", "did", "not", "grow", "in", "aerobic", "atmosphere", "at", "37oC", "or", "on", "EMB", "agar", ",", "but", "did", "grow", "on", "Brucella", "enanaerobiosis", "agar", ".", "A", "subculture", "was", "performed", "in", "thioglycollate", "broth", "and", "after", "7", "days", "of", "incubation", ",", "growth", "was", "observed", "in", "the", "form", "of", "clumps", "adhering", "to", "the", "wall", "of", "the", "tube", "and", "then", "becoming", "diffuse", "throughout", "the", "broth", ".", "Serological", "tests", "for", "Brucella", "were", "negative", ".", "Due", "to", "the", "microbiological", "results", "obtained", "and", "the", "appearance", "of", "new", "febrile", "episodes", ",", "it", "was", "decided", "to", "change", "the", "antibiotic", "treatment", "to", "ceftriaxone", "(", "2g", "/", "24", "h", ",", "iv", ")", ".", "The", "original", "culture", "was", "incubated", "for", "a", "prolonged", "period", "of", "time", "in", "a", "CO2", "atmosphere", "and", "after", "25", "days", "rough", "colonies", "with", "a", "stellate", "appearance", "in", "the", "centre", "were", "observed", "by", "low", "magnification", "light", "microscopy", ".", "The", "sensitivity", "study", "was", "performed", "by", "the", "disc-plate", "method", "after", "prolonged", "incubation", ",", "and", "was", "sensitive", "to", "penicillin", ",", "cephalosporins", ",", "aminoglycosides", ",", "quinolones", ",", "cotrimoxazole", ",", "rifampicin", "and", "tetracycline", ",", "and", "resistant", "to", "glycopeptides", "and", "clindamycin", ",", "with", "negative", "beta-lactamase", "determination", ".", "The", "patient", "'", "s", "clinical", "evolution", "was", "satisfactory", ",", "with", "no", "complications", ".", "He", "was", "discharged", "and", "continued", "with", "outpatient", "antibiotic", "treatment", ",", "completing", "5", "weeks", "of", "treatment", "with", "ceftriaxone", ".", "The", "existence", "of", "endocarditis", "with", "a", "subacute", "course", "and", "the", "late", "growth", "of", "gram-negative", "microorganisms", "in", "the", "blood", "culture", "should", "lead", "us", "to", "suspect", "the", "participation", "of", "microorganisms", "belonging", "to", "the", "HACEK", "group", ",", "which", "includes", "bacteria", "that", "are", "difficult", "to", "grow", "and", "have", "special", "nutritional", "and", "incubation", "requirements", ".", "This", "group", "includes", "the", "following", "microorganisms", ":", "Haemophilus", "(", "H", ".", "aphrophilus", ",", "H", ".", "paraphrophilus", ",", "etc", ".", ")", ",", "Actinobacillus", "actinomycetemcomitans", ",", "Cardiobacterium", "hominis", ",", "Eikenella", "corrodens", "and", "Kingella", "kingae", ".", "The", "common", "characteristics", "of", "all", "of", "them", "are", "the", "following", ":", "they", "are", "part", "of", "the", "normal", "flora", "of", "the", "oropharyngeal", "cavity", "and", "upper", "respiratory", "tract", ",", "they", "are", "small", "gram-negative", "coccobacilli", ",", "they", "are", "demanding", "microorganisms", ",", "very", "slow", "growing", ",", "they", "require", "prolonged", "incubation", "in", "CO2", "atmosphere", "and", "produce", "similar", "clinical", "pictures", "of", "insidious", "course", ",", "endocarditis", "being", "the", "most", "frequent", "pathology", ".", "According", "to", "the", "microbiological", "results", ",", "A", ".", "actinomycetemcomitans", "was", "identified", "as", "the", "causative", "organism", "of", "this", "infection", ".", "It", "is", "a", "gram-negative", ",", "capnophilic", ",", "facultative", "anaerobic", ",", "very", "slow-growing", "coccobacillus", ",", "which", "is", "part", "of", "the", "normal", "bacterial", "flora", "of", "the", "oral", "cavity", ".", "It", "requires", "blood-enriched", "culture", "media", "and", "does", "not", "grow", "on", "selective", "media", "such", "as", "MacConkey", "agar", "or", "EMB", ".", "Endocarditis", "due", "to", "A", ".", "actinomycetemcomitans", "is", "very", "rare", "on", "both", "native", "and", "prosthetic", "valves", ",", "with", "102", "cases", "reported", "in", "the", "literature", "so", "far", ".", "It", "is", "the", "microorganism", "of", "the", "HACEK", "group", "that", "most", "frequently", "causes", "endocarditis", ",", "especially", "in", "patients", "with", "underlying", "cardiac", "pathologies", ".", "The", "entry", "point", "is", "usually", "an", "oropharyngeal", "infection", ",", "but", "it", "can", "also", "be", "secondary", "to", "instrumentation", "in", "the", "oral", "cavity", ".", "On", "other", "occasions", ",", "as", "in", "our", "case", ",", "the", "origin", "is", "related", "to", "a", "septic", "mouth", "with", "teeth", "in", "poor", "condition", ".", "A", ".", "actinomycetemcomitans", "is", "sensitive", "to", "cephalosporins", ",", "aztreonam", ",", "rifampicin", ",", "aminoglycosides", ",", "aminoglycosides", ",", "cotrimoxazole", ",", "tetracycline", ",", "chloramphenicol", "and", "quinolones", ",", "with", "variable", "sensitivity", "to", "penicillin", ".", "In", "endocarditis", "caused", "by", "this", "microorganism", ",", "the", "most", "commonly", "used", "treatment", "regimen", "has", "been", "the", "combination", "of", "penicillin", "or", "ampicillin", "with", "an", "intravenous", "aminoglycoside", ",", "although", "penicillinase-producing", "strains", "have", "been", "described", ".", "For", "this", "reason", ",", "third-generation", "cephalosporins", ",", "associated", "with", "either", "rifampicin", "or", "an", "aminoglycoside", ",", "are", "an", "option", "to", "consider", "due", "to", "their", "excellent", "in", "vitro", "activity", ".", "The", "recommended", "duration", "of", "treatment", "is", "4", "weeks", "in", "endocarditis", "on", "native", "valves", "and", "6", "weeks", "when", "prosthetic", "valves", "are", "affected", ".", "The", "use", "of", "fluoroquinolones", ",", "as", "well", "as", "cotrimoxazole", "or", "aztreonam", ",", "should", "be", "considered", "as", "an", "alternative", "in", "patients", "who", "are", "intolerant", "or", "allergic", "to", "beta-lactams", ",", "given", "their", "high", "sensitivity", "rates", "and", "the", "in", "vitro", "demonstration", "of", "synergy", "with", "rifampicin", ".", "Isolated", "cases", "of", "complete", "cure", "have", "been", "reported", "after", "treatment", "with", "oral", "ciprofloxacin", ",", "alone", "or", "in", "association", "with", "rifampicin", "or", "doxycycline", ",", "for", "a", "longer", "period", "of", "time", "than", "with", "parenteral", "treatments", "(", "8", "weeks", ")", ".", "These", "data", "suggest", "that", "oral", "fluoroquinolones", "may", "be", "a", "valid", "option", ",", "as", "monotherapy", "or", "in", "combination", "with", "other", "antimicrobials", ",", "in", "episodes", "of", "A", ".", "actinomycetemcomitans", "endocarditis", "without", "serious", "complications", ".", "Valve", "replacement", "is", "necessary", "in", "24", "%", "of", "cases", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Brucella", "label": "SPECIES", "start": 1421, "end": 1429 }, { "text": "Brucella", "label": "SPECIES", "start": 1679, "end": 1687 }, { "text": "colonies", "label": "SPECIES", "start": 1089, "end": 1097 }, { "text": "colonies", "label": "SPECIES", "start": 1981, "end": 1989 }, { "text": "micro-organism", "label": "SPECIES", "start": 1331, "end": 1345 }, { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 928, "end": 942 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 542, "end": 549 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2391, "end": 2398 }, { "text": "gram-negative coccobacilli", "label": "SPECIES", "start": 1126, "end": 1152 }, { "text": "HACEK", "label": "SPECIES", "start": 2787, "end": 2792 }, { "text": "Haemophilus", "label": "SPECIES", "start": 2959, "end": 2970 }, { "text": "bacteria", "label": "SPECIES", "start": 2815, "end": 2823 }, { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 2672, "end": 2686 }, { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 2755, "end": 2769 }, { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 2943, "end": 2957 }, { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 3331, "end": 3345 }, { "text": "H. aphrophilus", "label": "SPECIES", "start": 2972, "end": 2986 }, { "text": "H.paraphrophilus", "label": "SPECIES", "start": 2988, "end": 3004 }, { "text": "Actinobacillus actinomycetemcomitans", "label": "SPECIES", "start": 3013, "end": 3049 }, { "text": "Cardiobacterium hominis", "label": "SPECIES", "start": 3051, "end": 3074 }, { "text": "Eikenella corrodens", "label": "SPECIES", "start": 3076, "end": 3095 }, { "text": "Kingella kingae", "label": "SPECIES", "start": 3100, "end": 3115 }, { "text": "gram-negative coccobacilli", "label": "SPECIES", "start": 3284, "end": 3310 }, { "text": "normal flora of the oropharyngeal cavity and upper respiratory tract", "label": "SPECIES", "start": 3199, "end": 3267 }, { "text": "normal bacterial flora of the oral cavity", "label": "SPECIES", "start": 3766, "end": 3807 }, { "text": "A. actinomycetemcomitans", "label": "SPECIES", "start": 3568, "end": 3592 }, { "text": "HACEK", "label": "SPECIES", "start": 4097, "end": 4102 }, { "text": "microorganism", "label": "SPECIES", "start": 4076, "end": 4089 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 4165, "end": 4173 }, { "text": "A. actinomycetemcomitans", "label": "SPECIES", "start": 3940, "end": 3964 }, { "text": "penicillinase-producing strains", "label": "SPECIES", "start": 4842, "end": 4873 }, { "text": "microorganism", "label": "SPECIES", "start": 4688, "end": 4701 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 5310, "end": 5318 }, { "text": "A. actinomycetemcomitans", "label": "SPECIES", "start": 4441, "end": 4465 }, { "text": "A. actinomycetemcomitans", "label": "SPECIES", "start": 5824, "end": 5848 } ]

[ "A", "61-year-old", "man", ",", "with", "no", "medical", "or", "surgical", "history", "of", "interest", "and", "who", "had", "been", "complaining", "of", "fever", "for", "a", "week", ".", "He", "was", "admitted", "to", "his", "referral", "hospital", ",", "where", "he", "observed", "bacteraemia", "due", "to", "S", ".", "viridans", "group", "and", "a", "possible", "wart", "on", "the", "mitral", "valve", ",", "and", "was", "transferred", "to", "our", "centre", "to", "assess", "surgery", "for", "suspected", "infective", "endocarditis", ".", "Targeted", "antibiotic", "treatment", "was", "started", "there", ".", "At", "our", "hospital", "he", "was", "in", "good", "general", "condition", "and", "was", "febrile", ".", "Physical", "examination", "was", "normal", ".", "After", "continuing", "antibiotic", "treatment", ",", "the", "patient", "remained", "with", "daily", "fever", "and", "did", "not", "report", "any", "symptoms", "suggesting", "an", "origin", ".", "Serial", "blood", "cultures", "were", "negative", ",", "chest", "X-ray", "and", "abdominal", "ultrasound", "were", "unremarkable", "and", "echocardiography", "was", "normal", ".", "On", "the", "5th", "day", "of", "admission", ",", "a", "CT", "scan", "showed", "a", "5", ".", "5", "cm", "liver", "abscess", "in", "segment", "III", "of", "the", "left", "hepatic", "lobe", "and", "a", "\"", "foreign", "body", "\"", "passing", "through", "the", "distal", "wall", "of", "the", "gastric", "antrum", "and", "impacting", "the", "adjacent", "hepatic", "parenchyma", ".", "Gastroscopy", "revealed", "only", "an", "antral", "hyperemic", "mucosa", ".", "General", "surgery", "was", "contacted", "and", "the", "collection", "was", "drained", ".", "The", "patient", "'", "s", "subsequent", "evolution", "was", "satisfactory", "with", "disappearance", "of", "fever", "and", "progressive", "improvement", "in", "general", "condition", ".", "Surgical", "cultures", "showed", "Streptococcus", "anginosus", "group", ",", "Prevotella", "intermedia", "and", "Veillonella", "parvula", "and", "a", "fishbone", "was", "identified", "in", "the", "purulent", "material", ".", "Streptococcus", "group", "anginosus", "is", "considered", "part", "of", "the", "Streptococcus", "group", "viridans", ".", "In", "general", ",", "within", "this", "group", ",", "the", "species", "S", ".", "anginosus", "has", "been", "associated", "with", "bacteraemia", "and", "the", "other", "two", "species", ",", "S", ".", "constellatus", "and", "S", ".", "intermedius", "are", "associated", "with", "abscess", "production", ".", "In", "liver", "abscesses", "secondary", "to", "gastrointestinal", "foreign", "body", "perforation", ",", "the", "non-specific", "and", "variable", "symptomatology", "of", "this", "entity", ",", "as", "well", "as", "the", "fact", "that", "patients", "often", "do", "not", "remember", "the", "time", "of", "ingestion", ",", "make", "the", "diagnosis", "of", "foreign", "body", "liver", "perforation", "even", "more", "complicated", ".", "In", "our", "patient", ",", "the", "abscess", "originated", "from", "migration", "through", "the", "gastric", "wall", "of", "a", "fish", "bone", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 177, "end": 188 }, { "text": "S. viridans group", "label": "SPECIES", "start": 196, "end": 213 }, { "text": "Streptococcus anginosus group", "label": "SPECIES", "start": 1251, "end": 1280 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 536, "end": 543 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1100, "end": 1107 }, { "text": "Prevotella intermedia", "label": "SPECIES", "start": 1282, "end": 1303 }, { "text": "Veillonella parvula", "label": "SPECIES", "start": 1308, "end": 1327 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 1551, "end": 1562 }, { "text": "species", "label": "SPECIES", "start": 1505, "end": 1512 }, { "text": "species", "label": "SPECIES", "start": 1581, "end": 1588 } ]

[ "Anamnesis", "A", "50-year-old", "woman", "with", "a", "personal", "history", "of", "herniated", "discs", ",", "one", "at", "cervical", "level", ",", "doubly", "operated", "on", "with", "good", "evolution", ",", "and", "others", "at", "lumbar", "level", "L4-L5", "and", "L5-S1", "involving", "the", "left", "foraminal", "recess", ",", "under", "symptomatic", "treatment", ".", "The", "patient", "came", "to", "the", "emergency", "department", "three", "days", "after", "having", "been", "treated", "by", "the", "Pain", "Unit", "with", "lumbar", "epidural", "infiltration", "of", "bupivacaine", "and", "triamcinolone", "because", "she", "presented", "postural", "headache", "with", "clear", "worsening", "with", "standing", "and", "improvement", "with", "decubitus", "since", "the", "treatment", "was", "carried", "out", ".", "She", "was", "seen", "by", "Internal", "Medicine", "and", "discharged", "with", "a", "diagnosis", "of", "post-epidural", "infiltration", "headache", "and", "analgesic", "treatment", "and", "oral", "caffeine", ".", "Five", "days", "after", "visiting", "the", "emergency", "department", ",", "the", "patient", "was", "referred", "back", "to", "the", "hospital", "by", "SUMMA", "for", "having", "presented", "two", "generalised", "tonic-clonic", "seizures", ",", "without", "recovery", "of", "the", "level", "of", "consciousness", ".", "Given", "the", "suspicion", "of", "status", "epilepticus", ",", "it", "was", "decided", "to", "admit", "her", "to", "the", "Intensive", "Care", "Unit", ".", "Her", "family", "reported", "that", "between", "the", "two", "visits", "to", "the", "ED", "the", "headache", "had", "persisted", "despite", "the", "prescribed", "treatment", ",", "with", "no", "change", "in", "its", "intensity", "or", "characteristics", ".", "The", "patient", "had", "a", "family", "history", "of", "stroke", "on", "the", "part", "of", "her", "father", "and", "two", "paternal", "aunts", "under", "the", "age", "of", "60", ".", "Physical", "examination", "Blood", "pressure", "120", "/", "60", "mmHg", ",", "heart", "rate", "120", "bpm", ",", "saturation", "97", "%", "with", "nose", "glasses", "at", "5", "bpm", ".", "Cardiac", "auscultation", "rhythmic", "and", "without", "murmurs", ",", "pulmonary", "auscultation", "with", "preserved", "vesicular", "murmur", "without", "other", "added", "noises", ",", "abdominal", "and", "lower", "limb", "examination", "without", "pathological", "alterations", ".", "Glasgow", "Coma", "Scale", "score", "9", "/", "15", "(", "eye", "opening", "on", "command", "3", ";", "no", "speech", "1", ",", "and", "localisation", "of", "painful", "stimuli", "5", ")", ".", "Pupils", "were", "bilaterally", "and", "symmetrically", "mydriatic", "and", "reactive", "to", "light", ".", "Trunk", "reflexes", "were", "preserved", ".", "He", "had", "paresis", "of", "the", "left", "upper", "limb", ",", "with", "preserved", "spontaneous", "mobility", "of", "the", "rest", "of", "the", "limb", ",", "localising", "painful", "stimuli", "appropriately", ".", "No", "abnormal", "movements", "were", "observed", ".", "The", "respiratory", "pattern", "was", "normal", ".", "Complementary", "tests", "-", "Emergency", "laboratory", "tests", ":", "15", ",", "670", "leukocytes", "with", "68", ".", "3", "%", "neutrophils", ".", "D-dimer", "3", ".", "10", "μg", "/", "l", "(", "0", ".", "1-0", ".", "5", ")", ".", "Rest", "of", "haemogram", ",", "biochemistry", "and", "coagulation", "normal", ".", "-", "Microbiological", "study", ":", "core", "syphilis", ",", "Brucella", ",", "agglutinations", ",", "Mycoplasma", "pneumoniae", "IgM", "and", "Borrelia", "burgdorferi", "(", "G", "+", "M", ")", ":", "negative", ".", "-", "Immunological", "study", ":", "normal", ".", "-", "Thrombophilia", "study", "(", "factor", "VIII", ",", "protein", "C", ",", "functional", "protein", "S", ",", "antigenic", "protein", "S", "(", "total", "and", "free", ")", ",", "functional", "plasminogen", "119", "%", "(", "75-120", ")", ",", "active", "protein", "C", "resist", ".", "negative", ".", "Lupus", "anticoagulant", ":", "normal", ".", "-", "Cerebrospinal", "fluid", "(", "CSF", ")", "analysis", "(", "haemorrhagic", "fluid", ")", ":", "leucocyte", "count", "20", "cells", "/", "mm3", ";", "glucose", "73", "mg", "/", "dl", ",", "protein", "89", "mg", "/", "dl", ",", "A", "adenosine", "deaminase", "7", ".", "16", "IU", "/", "l", ",", "lactate", "3", ".", "7", "mmol", "/", "l", ".", "-", "CSF", "microbiology", ":", "negative", "Ziehl-Nielsen", "stain", ".", "No", "microorganisms", "were", "observed", "in", "the", "gram", "stain", ".", "Culture", "of", "mycobacteria", ",", "aerobes", "and", "anaerobes", "negative", ".", "-", "Urine", "toxins", ":", "negative", ".", "-", "Chest", "X-ray", ":", "no", "images", "of", "infiltrates", ".", "-", "Electrocardiogram", ":", "sinus", "rhythm", "at", "100", "bpm", ".", "-", "Emergency", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", "of", "the", "skull", ":", "hyperdensity", "was", "observed", "in", "the", "interhemispheric", "frontal", "sulci", ",", "up", "to", "the", "level", "of", "the", "third", "ventricle", ",", "in", "relation", "to", "subarachnoid", "haemorrhage", ".", "-", "Magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", "of", "the", "brain", ":", "thrombosis", "of", "the", "superior", "longitudinal", "sinus", ".", "Complete", "occlusion", "of", "the", "anterior", "half", "of", "the", "superior", "longitudinal", "sinus", "and", "partial", "occlusion", "of", "the", "first", "half", "of", "the", "posterior", "half", ",", "so", "that", "only", "the", "posterior", "quarter", "was", "clearly", "patent", ".", "Parenchymal", "lesions", "in", "the", "right", "frontal", "lobe", ".", "These", "appeared", "to", "correspond", "to", "vasogenic", "oedema", "with", "some", "areas", "of", "cytotoxic", "oedema", "mainly", "at", "the", "cortical", "level", "in", "the", "convexity", ".", "Rare", "haemorrhagic", "components", ".", "High", "interhemispheric", "subarachnoid", "haemorrhage", ".", "Small", "intraventricular", "haemorrhage", ".", "No", "hydrocephalus", ".", "Brain", "MRI", ":", "parenchymal", "lesions", "in", "the", "right", "frontal", "lobe", ".", "They", "appear", "to", "correspond", "to", "vasogenic", "oedema", "with", "some", "areas", "of", "cytotoxic", "oedema", ",", "especially", "at", "the", "cortical", "level", "in", "the", "convexity", ".", "Few", "haemorrhagic", "components", ".", "High", "interhemispheric", "subarachnoid", "haemorrhage", ".", "Small", "intraventricular", "haemorrhage", ".", "No", "hydrocephalus", ".", "-", "Control", "CT", "scan", "(", "ten", "days", "after", "admission", ")", ":", "good", "radiological", "evolution", "with", "resolution", "of", "the", "right", "frontal", "haematoma", "and", "practically", "no", "subarachnoid", "haemorrhage", ".", "Decrease", "in", "the", "mass", "effect", "of", "the", "parenchymal", "lesion", ".", "-", "Video-electroencephalogram", "of", "wakefulness", "control", "in", "which", ",", "on", "an", "adequate", "background", "activity", ",", "very", "slight", "signs", "of", "cerebral", "involvement", "were", "recorded", "in", "the", "left", "temporal", "region", ".", "No", "epileptiform", "abnormalities", "or", "epileptic", "seizures", "were", "recorded", ".", "Diagnosis", "-", "CSF", "hypotension", "syndrome", "after", "epidural", "infiltration", ".", "-", "Venous", "thrombosis", "at", "the", "level", "of", "the", "sagittal", "sinus", ".", "-", "Right", "frontal", "ischaemic", "infarction", "and", "subarachnoid", "haemorrhage", ".", "-", "Convulsive", "status", ".", "Treatment", "and", "evolution", "The", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "Intensive", "Care", "Unit", "(", "ICU", ")", "with", "a", "diagnosis", "of", "status", "convulsus", ",", "starting", "antiepileptic", "treatment", "with", "levetiracetam", ";", "an", "urgent", "cranial", "CT", "scan", "was", "performed", ",", "which", "revealed", "a", "subarachnoid", "haemorrhage", ",", "followed", "by", "a", "lumbar", "puncture", "that", "ruled", "out", "infection", "of", "the", "central", "nervous", "system", ".", "Subsequently", ",", "MRI", "and", "cerebral", "MRI", "angiography", "led", "to", "a", "diagnosis", "of", "cerebral", "venous", "thrombosis", "and", "it", "was", "decided", "to", "start", "anticoagulant", "treatment", "with", "low", "molecular", "weight", "heparin", ",", "with", "a", "subsequent", "change", "to", "acenocoumarol", ".", "Cerebral", "MRI", "angiography", ":", "thrombosis", "of", "the", "superior", "longitudinal", "sinus", ":", "complete", "occlusion", "of", "the", "anterior", "half", "of", "the", "superior", "longitudinal", "sinus", "and", "partial", "occlusion", "of", "the", "first", "half", "of", "the", "posterior", "half", ",", "so", "that", "only", "the", "posterior", "quarter", "is", "clearly", "permeable", ".", "The", "patient", "remained", "in", "the", "ICU", "for", "five", "days", "and", ",", "given", "the", "good", "evolution", ",", "was", "transferred", "to", "the", "Neurology", "ward", ",", "where", "the", "study", "was", "completed", ".", "At", "discharge", "she", "was", "neurologically", "asymptomatic", ".", "She", "remained", "anticoagulated", "for", "three", "months", "with", "acenocoumarol", "and", "then", "changed", "to", "antiplatelet", "therapy", ".", "After", "the", "acute", "episode", ",", "she", "did", "not", "present", "new", "epileptic", "seizures", ",", "so", "after", "one", "year", ",", "and", "after", "a", "control", "EEG", ",", "which", "was", "normal", ",", "the", "antiepileptic", "drug", "was", "withdrawn", ".", "The", "immunological", "and", "thrombophilia", "tests", "were", "negative", ".", "To", "date", ",", "the", "patient", "has", "remained", "asymptomatic", ",", "with", "no", "new", "neurological", "episodes", "or", "thrombosis", "at", "any", "other", "level", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 29 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 37, "end": 45 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 1021, "end": 1027 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 1206, "end": 1212 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 251, "end": 258 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 759, "end": 766 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1192, "end": 1199 }, { "text": "father", "label": "HUMAN", "start": 1250, "end": 1256 }, { "text": "paternal aunts", "label": "HUMAN", "start": 1265, "end": 1279 }, { "text": "Borrelia burgdorferi", "label": "SPECIES", "start": 2324, "end": 2344 }, { "text": "Brucella", "label": "SPECIES", "start": 2268, "end": 2276 }, { "text": "Mycoplasma pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 2294, "end": 2315 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 2258, "end": 2266 }, { "text": "aerobes", "label": "SPECIES", "start": 2908, "end": 2915 }, { "text": "anaerobes", "label": "SPECIES", "start": 2920, "end": 2929 }, { "text": "mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 2894, "end": 2906 }, { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 2835, "end": 2849 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4884, "end": 4891 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5697, "end": 5704 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6235, "end": 6242 } ]

[ "We", "present", "the", "case", "of", "a", "44-year-old", "patient", "with", "a", "history", "of", "psoriatic", "arthritis", ",", "on", "treatment", "with", "prednisone", "5mg", "per", "day", ",", "oral", "methotrexate", "25mg", "per", "week", "and", "colchicine", ",", "who", "came", "to", "the", "emergency", "department", "for", "clinical", "symptoms", "of", "2", "weeks", "'", "evolution", ",", "consisting", "of", "postprandial", "epigastralgia", ",", "non-thermometric", "dysthermic", "sensation", ",", "asthenia", "and", "progressively", "jaundice", "and", "choluria", ".", "In", "the", "ED", ",", "fever", "up", "to", "38", ".", "5oC", "was", "observed", ",", "preceded", "by", "shivering", ".", "Examination", "revealed", "general", "malaise", ",", "mucocutaneous-conjunctival", "jaundice", ",", "soft", "abdomen", ",", "pain", "in", "the", "right", "hypochondrium", ",", "murphy", "dubiously", "positive", ",", "with", "some", "erythematous-squamous", "lesions", "of", "psoriatic", "appearance", "on", "the", "abdomen", ".", "Laboratory", "tests", "on", "admission", "showed", "Hb", "11", ".", "3g", "/", "dl", ",", "97000", "platelets", "/", "mm3", ",", "without", "alteration", "of", "the", "white", "series", ";", "slightly", "altered", "coagulation", "(", "INR", "1", ".", "2", ",", "PT", "14", ".", "7s", ")", ",", "mild", "deterioration", "of", "renal", "function", "(", "creatinine", "1", ".", "29mg", "/", "dl", ",", "starting", "from", "0", ".", "8mg", "/", "dl", ")", ",", "bilirubin", "1", ".", "77mg", "/", "dl", ",", "elevated", "GOT", "/", "GPT", "/", "alkaline", "phosphatase", "(", "200", "/", "114", "/", "104U", "/", "l", ")", "and", "CRP", "273mg", "/", "l", ".", "Abdominal", "ultrasound", "showed", "only", "16cm", "of", "splenomegaly", ".", "Abdominal", "CT", "scan", "showed", "inflammation", "of", "the", "fat", "adjacent", "to", "the", "pancreaticoduodenal", "sulcus", ",", "with", "no", "other", "findings", "or", "adenopathies", ".", "Initially", ",", "high-spectrum", "treatment", "was", "administered", ",", "suspecting", "intra-abdominal", "infection", ",", "with", "piperaziline", "/", "tazobactam", ",", "doxycycline", "and", "withdrawal", "of", "immunosuppressants", ".", "Progressive", "worsening", "was", "found", ",", "with", "elevated", "transaminases", "and", "bilirubin", "(", "up", "to", "5mg", "/", "dl", ")", ",", "as", "well", "as", "a", "fall", "in", "haemoglobin", "(", "up", "to", "8", ".", "5g", "/", "dl", ")", ".", "(", "up", "to", "8", ".", "5g", "/", "dl", ")", ",", "accompanied", "by", "leukopenia", "(", "2940", "leukocytes", ")", "and", "plateletopenia", "(", "87000", "/", "mm3", ")", ".", "Blood", "and", "urine", "cultures", "were", "negative", ",", "as", "were", "multiple", "viral", "serologies", ".", "Finally", ",", "after", "obtaining", "a", "very", "positive", "serology", "for", "Leishmania", ",", "a", "bone", "marrow", "study", "was", "requested", "for", "definitive", "diagnosis", ".", "The", "biopsy", "found", "no", "Leishmania", "amastigotes", ",", "but", "the", "polymerase", "chain", "reaction", "was", "positive", "for", "the", "parasite", ".", "Treatment", "with", "amphotericin", "B", "(", "200mg", "iv", ")", "was", "started", ",", "but", "after", "two", "doses", ",", "this", "treatment", "had", "to", "be", "discontinued", "due", "to", "episodes", "of", "pelvic", "and", "lumbar", "pain", ",", "psychomotor", "agitation", "and", "nervousness", ",", "accompanied", "by", "involuntary", "movements", "of", "the", "lower", "limbs", ".", "She", "subsequently", "started", "treatment", "with", "meglumine", "antimoniate", "(", "Glucantime", ")", "3", ".", "75mg", "intramuscularly", "for", "21", "days", ",", "with", "rapid", "improvement", "in", "symptoms", ".", "One", "month", "after", "treatment", ",", "a", "negative", "PCR", "for", "leishmaniasis", "was", "observed", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 37, "end": 44 }, { "text": "infection", "label": "SPECIES", "start": 1290, "end": 1299 }, { "text": "Leishmania", "label": "SPECIES", "start": 1746, "end": 1756 }, { "text": "Leishmania", "label": "SPECIES", "start": 1838, "end": 1848 }, { "text": "Leishmania amastigotes", "label": "SPECIES", "start": 1838, "end": 1860 }, { "text": "parasite", "label": "SPECIES", "start": 1917, "end": 1925 } ]

[ "BACKGROUND", ":", "Family", "history", ":", "father", "and", "one", "brother", "disease", "with", "early", "coronary", "artery", "disease", "(", "<", "55", "years", ")", "and", "hypercholesterolemia", ".", "Non-smoker", ".", "No", "arterial", "hypertension", "(", "AHT", ")", "or", "diabetes", "mellitus", "(", "DM", ")", ".", "Drinker", "of", "two", "glasses", "of", "wine", "/", "day", "and", "a", "few", "drinks", "at", "weekends", ".", "Probable", "familial", "hypercholesterolaemia", ".", "In", "2004", ".", "Total", "cholesterol", "326", "mg", "/", "dl", ",", "triglycerides", "102", "mg", "/", "dl", ",", "high-density", "lipoprotein", "cholesterol", "(", "HDL-C", ")", "65", "mg", "/", "dl", ",", "low-density", "lipoprotein", "cholesterol", "(", "LDL-C", ")", "245", "mg", "/", "dl", ".", "Intolerance", "to", "atorvastatin", "10", "mg", ":", "alteration", "of", "liver", "tests", "in", "2009", ":", "GOT", "366", "U", "/", "L", ";", "GPT", "981", "U", "/", "L", ";", "GGT", "699", "U", "/", "L", ",", "normalised", "after", "discontinuation", "of", "statin", ".", "Liver", "ultrasound", "with", "no", "alterations", ".", "Fatty", "liver", "(", "slight", "elevation", "of", "GGT", "and", "ultrasound", "2016", ")", ".", "CURRENT", "ILLNESS", ":", "February", "2018", ":", "consultation", "for", "having", "presented", "with", "diffuse", "chest", "pain", "the", "previous", "day", ",", "oppressive", ",", "after", "climbing", "a", "steep", "slope", ",", "lasting", "approximately", "5", "minutes", ",", "which", "subsided", "after", "stopping", "the", "effort", ".", "In", "the", "last", "6", "months", ",", "more", "sedentary", "life", ";", "previously", "well-tolerated", "physical", "exercise", ".", "PHYSICAL", "EXAMINATION", ":", "Good", "general", "condition", ",", "blood", "pressure", "(", "BP", ")", "137", "/", "80", "mmHg", ",", "height", "171", ",", "weight", "76", ",", "body", "mass", "index", "(", "BMI", ")", "26", ",", "head", "and", "neck", "without", "alterations", ".", "Cardiopulmonary", "auscultation", "normal", ".", "Abdomen", "and", "extremities", "normal", ".", "No", "corneal", "arcus", ",", "xanthomas", "or", "xanthelasmas", ".", "COMPLEMENTARY", "TESTS", "ECG", ":", "sinus", "rhythm", "80", "per", "min", ",", "incomplete", "right", "bundle", "branch", "block", ",", "without", "repolarisation", "alterations", ".", "Laboratory", "tests", "(", "ED", ")", ":", "haemoglobin", "15", ".", "6", "g", "/", "dl", ",", "leucocytes", "7410", ",", "platelets", "200", ",", "000", ",", "glucose", "108", "mg", "/", "dl", "(", "not", "basal", ")", ",", "creatinine", "0", ".", "91", "mg", "/", "d", ",", "sodium", "144", "mEq", "/", "l", ",", "potassium", "4", ".", "5", "mEq", "/", "l", ",", "normal", "transaminases", "(", "GOT", "and", "GPT", ")", ",", "gamma", "glutamyltransferase", "(", "GGT", ")", "85", "U", "/", "L", ",", "troponin", "I", "negative", ".", "ANALYTICS", "(", "fasting", ")", ":", "glucose", "95", "mg", "/", "dl", ",", "glycohaemoglobin", "(", "HbA1c", ")", "5", ".", "4", "%", ",", "FGE", ">", "90", "ml", "/", "min", ",", "total", "cholesterol", "267", "mg", "/", "dl", ",", "high-density", "lipoprotein", "cholesterol", "(", "HDL-C", ")", "54", "mg", "/", "dl", ",", "triglycerides", "115", "mg", "/", "dl", ",", "low-density", "lipoprotein", "cholesterol", "(", "LDL-C", ")", "190", "mg", "/", "dl", ".", "ECOCARDIOGRAM", ":", "cardiac", "cavities", "of", "normal", "dimensions", ".", "Global", "and", "segmental", "systolic", "function", "of", "the", "left", "ventricle", "without", "alterations", ".", "No", "valvulopathies", ",", "short", "circuits", "or", "pericardial", "effusion", ".", "ERGOMETRY", ":", "Bruce", "protocol", ",", "basal", "heart", "rate", "(", "HR", ")", "70", "bpm", ",", "BP", "135", "/", "70", "mmHg", ".", "Suspended", "at", "10", ".", "30", "minutes", ".", "HR", "178", "bpm", "and", "BP", "175", "/", "80", "mmHg", ".", "Clinical", "and", "ECG", "negative", ".", "12", "metabolic", "equivalents", "(", "METs", ")", "(", "image", "2", ")", ".", "CORONARY", "ANGIO-CT", ":", "(", "after", "administration", "of", "atenolol", "iv", ",", "sinus", "rhythm", "62", "per", "min", ")", ",", "acceptable", "quality", "of", "the", "study", ",", "with", "very", "slight", "step", "artifacts", ".", "Origin", "and", "course", "of", "the", "coronary", "arteries", "normal", ".", "Left", "coronary", "trunk", "(", "15", "mm", ")", "without", "stenosis", "or", "calcifications", ",", "anterior", "descending", "artery", ",", "after", "the", "origin", "of", "a", "large", "first", "diagonal", "presents", "a", "moderate", "stenosis", "(", "50-75", "%", ")", "concentric", ",", "without", "calcified", "plaque", ",", "in", "the", "middle", "segment", "of", "about", "10", "mm", ".", "Circumflex", "artery", "hypoplastic", ",", "with", "a", "slight", "non-calcified", "lesion", "at", "its", "origin", "(", "<", "50", "%", ")", ".", "Intermediate", "branch", "of", "small", "development", ".", "Dominant", "right", "coronary", "artery", ",", "without", "significant", "stenosis", "or", "calcifications", ",", "which", "originates", "a", "large", "posterolateral", "branch", "with", "a", "slight", "stenosis", ",", "non-calcified", "(", "<", "50", "%", ")", "at", "its", "origin", ".", "CLINICAL", "EVOLUTION", "Patient", "with", "a", "family", "history", "of", "early", "coronary", "heart", "disease", "and", "suspected", "familial", "hypercholesterolemia", ",", "asymptomatic", "from", "the", "cardiological", "point", "of", "view", "until", "the", "current", "episode", ",", "highly", "suggestive", "of", "exertional", "angina", ".", "Years", "earlier", "he", "had", "received", "treatment", "with", "statins", ",", "initially", "simvastatin", "20", ",", "but", "this", "was", "replaced", "due", "to", "ineffectiveness", "(", "LDL-C", ">", "180", "mg", "/", "d", ")", "by", "atorvastatin", "10", ",", "which", "had", "to", "be", "discontinued", "due", "to", "liver", "damage", ",", "reversible", "when", "treatment", "was", "discontinued", ".", "This", "occurred", "in", "2009", "(", "at", "that", "time", "he", "had", "dropped", "to", "LDL", "129", "mg", "/", "dl", ")", ".", "Since", "then", ",", "without", "lipid-lowering", "treatment", ",", "he", "has", "maintained", "LDL-C", "levels", "between", "180", "and", "250", "mg", "/", "dl", ".", "Currently", ",", "she", "consulted", "for", "a", "single", "chest", "pain", "related", "to", "greater", "than", "usual", "exertion", ";", "an", "acute", "event", "was", "ruled", "out", "and", "exercise", "testing", "was", "performed", ",", "which", "was", "negative", "for", "12", "METs", ",", "but", "due", "to", "the", "likelihood", "of", "coronary", "disease", "(", "typical", "symptoms", ",", "family", "history", "and", "hypercholesterolemia", "maintained", "for", "many", "years", ")", ",", "coronary", "angio-CT", "was", "requested", ",", "which", "showed", "several", "non-significant", "stenoses", "in", "the", "coronary", "tree", ".", "In", "view", "of", "these", "results", ",", "antiplatelet", "treatment", "was", "started", "(", "acetylsalicylic", "acid", "100", "mg", ")", ",", "beta-blockers", "(", "bisoprolol", "2", ".", "5", "mg", ")", "and", "ramipril", "(", "2", ".", "5", "mg", ")", ",", "in", "addition", "to", "lipid-lowering", "treatment", "in", "this", "case", "with", "a", "proprotein", "convertase", "subtilisin", "/", "kexin", "type", "9", "(", "iPCSK9", ")", "inhibitor", "(", "evolocumab", "140", "mg", "/", "2", "weeks", ")", "due", "to", "a", "history", "of", "probable", "familial", "hypercholesterolaemia", ",", "intolerance", "to", "the", "initial", "dose", "of", "atorvastatin", "and", "ineffectiveness", "with", "another", "less", "potent", "statin", "and", "the", "presence", "of", "coronary", "heart", "disease", ".", "The", "patient", "is", "currently", "awaiting", "the", "results", "of", "a", "genetic", "study", ".", "DIAGNOSIS", "Probable", "familial", "hypercholesterolemia", "(", "FH", ")", ".", "Intolerance", "to", "statins", ".", "Exertional", "angina", ".", "Coronary", "artery", "disease", "with", "non-significant", "stenosis", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 12, "end": 18 }, { "text": "father", "label": "HUMAN", "start": 28, "end": 34 }, { "text": "Patient", "label": "HUMAN", "start": 3158, "end": 3165 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4745, "end": 4752 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 3173, "end": 3179 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 4065, "end": 4071 }, { "text": "tree", "label": "SPECIES", "start": 4228, "end": 4232 } ]

[ "Anamnesis", "46-year-old", "woman", ",", "with", "no", "toxic", "habits", ",", "with", "a", "history", "of", "type", "2", "diabetes", "mellitus", "treated", "with", "metformin", "and", "nasal", "infiltrating", "basal", "cell", "carcinoma", "treated", "surgically", "on", "multiple", "occasions", ".", "He", "consulted", "the", "emergency", "department", "due", "to", "the", "appearance", "of", "generalised", ",", "very", "pruritic", "skin", "lesions", "of", "one", "week", "'", "s", "evolution", ".", "Oral", "corticosteroids", "and", "oral", "antibiotics", "were", "prescribed", "without", "improvement", ",", "and", "the", "patient", "was", "referred", "to", "the", "dermatology", "department", ".", "Physical", "examination", "There", "was", "a", "rash", "of", "erythematous", "papules", ",", "some", "with", "central", "vesicles", ",", "and", "tense", "blisters", "on", "an", "erythematous", "base", "on", "the", "trunk", "and", "extremities", ".", "There", "were", "several", "erythematous", ",", "crusted", "lesions", "in", "a", "linear", "configuration", "and", "others", "in", "clusters", "on", "the", "right", "scapular", "area", ",", "right", "arm", "and", "forearm", ",", "and", "on", "the", "5th", "finger", "of", "the", "same", "hand", "there", "were", "tense", "blisters", "with", "serous", "content", ".", "Linear", "papules", "with", "central", "crusting", "on", "the", "abdomen", ",", "erythematous", "plaques", "on", "the", "knees", "and", "tense", "blisters", "on", "the", "dorsum", "of", "both", "feet", ".", "There", "was", "no", "evidence", "of", "mucosal", "involvement", ".", "The", "rest", "of", "the", "physical", "examination", "was", "normal", "with", "good", "general", "condition", ".", "Complementary", "examinations", "Due", "to", "the", "presence", "of", "tense", "blisters", "and", "the", "intensity", "of", "the", "pruritus", ",", "bullous", "pemphigoid", "was", "suspected", ",", "and", "given", "the", "linear", "distribution", "of", "the", "lesions", "on", "the", "right", "arm", ",", "herpetic", "infection", "was", "ruled", "out", ".", "A", "general", "blood", "test", ",", "a", "skin", "biopsy", "for", "histopathological", "study", ",", "direct", "immunofluorescence", "(", "DIF", ")", ",", "indirect", "immunofluorescence", "of", "the", "blister", "fluid", "(", "IFA", ")", "and", "a", "Tzank", "test", "were", "performed", ".", "-", "Blood", "test", ":", "The", "blood", "test", "showed", "no", "leukocytosis", ",", "a", "slight", "increase", "in", "acute", "phase", "reactants", "(", "CRP", ":", "2", ".", "56", "mg", "/", "dL", ",", "ESR", ":", "38", "mm", "/", "h", ")", ",", "normal", "liver", "profile", ".", "Mild", "eosinophilia", "1", ".", "0x109", "/", "L", "[", "N", "<", "0", ".", "5", "]", "and", "increased", "serum", "total", "IgE", "519", ".", "00IU", "/", "L", "[", "N", "<", "100", ".", "00", "]", "were", "noted", ".", "IgG", "anti-BP180", "antibodies", "were", "normal", "2", ".", "00", "U", "/", "mL", "[", "N", "<", "20", ".", "00", "]", ".", "-", "Skin", "biopsy", ":", "A", "punch", "skin", "biopsy", "was", "performed", "on", "one", "of", "the", "knee", "lesions", ".", "It", "showed", "a", "preserved", "epidermis", "and", "a", "perivascular", "inflammatory", "infiltrate", "composed", "of", "lymphocytes", "and", "eosinophils", "in", "the", "superficial", "and", "mid", "dermis", ".", "-", "IFD", ":", "Presence", "of", "C3", "and", "fibrinogen", "deposits", "in", "the", "wall", "of", "the", "small", "vessels", "of", "the", "superficial", "dermis", ".", "-", "IFA", ":", "No", "IgA", "or", "IgG", "antibodies", "against", "the", "basement", "membrane", "were", "detected", ".", "-", "Tzank", "test", ":", "The", "Tzank", "test", "showed", "a", "haemorrhagic", "smear", "with", "an", "inflammatory", "component", ",", "few", "squamous", "cells", "and", "no", "cytopathic", "alterations", "of", "viral", "infection", ".", "Diagnosis", "The", "results", "of", "blood", "tests", ",", "skin", "biopsy", "and", "cytology", "ruled", "out", "bullous", "pemphigoid", "and", "herpetic", "infection", ".", "The", "linear", "distribution", "of", "some", "of", "the", "lesions", "raised", "suspicion", "of", "a", "possible", "reaction", "to", "stings", ".", "Two", "months", "later", ",", "the", "patient", "found", "hundreds", "of", "bedbugs", "in", "her", "mattress", "and", "a", "diagnosis", "of", "bedbug", "dermatosis", "was", "made", ".", "Treatment", "Until", "her", "diagnosis", ",", "she", "was", "treated", "with", "oral", "corticosteroids", "in", "descending", "doses", ",", "topical", "corticosteroids", "and", "antihistamines", ".", "Evolution", "After", "the", "causative", "agent", "was", "found", "and", "eliminated", ",", "the", "lesions", "resolved", "completely", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 27 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 418, "end": 425 }, { "text": "herpetic", "label": "SPECIES", "start": 1329, "end": 1337 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 2414, "end": 2419 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2668, "end": 2675 }, { "text": "herpetic", "label": "SPECIES", "start": 2528, "end": 2536 }, { "text": "bedbugs", "label": "SPECIES", "start": 2694, "end": 2701 } ]

[ "", "Mr", "G", ",", "a", "43-year-old", "man", "with", "no", "relevant", "history", "of", "drug", "addiction", "or", "personal", "or", "family", "psychiatric", "history", ",", "presented", "to", "the", "emergency", "department", "with", "headache", "and", "fever", ".", "On", "examination", ",", "his", "temperature", "was", "37", ".", "8", "°", "C", ",", "oxygen", "saturation", "was", "99", "%", "on", "room", "air", "and", "all", "other", "vital", "signs", "were", "within", "normal", "limits", ".", "It", "was", "noted", "that", "she", "might", "have", "COVID-19", ",", "but", "she", "did", "not", "meet", "the", "criteria", "for", "testing", "at", "that", "time", ",", "so", "she", "was", "discharged", "and", "advised", "to", "be", "confined", "to", "her", "home", ",", "Nine", "days", "later", ",", "he", "returned", "to", "the", "ED", "with", "fever", "and", "dyspnoea", ".", "On", "examination", ",", "his", "temperature", "was", "39", "°", "C", ",", "with", "tachycardia", "at", "110", "bpm", ",", "oxygen", "saturation", "was", "99", "%", "on", "room", "air", "and", "all", "other", "vitals", "were", "within", "normal", "limits", ".", "A", "chest", "X-ray", "was", "performed", ",", "which", "showed", "no", "acute", "cardiopulmonary", "abnormalities", ".", "A", "nasopharyngeal", "swab", "for", "COVID-19", "PCR", "was", "sent", "to", "an", "external", "laboratory", ".", "The", "patient", "was", "discharged", "with", "a", "5-day", "prescription", "of", "oral", "azithromycin", "(", "500", "mg", "on", "day", "1", "and", "then", "250", "mg", "on", "days", "2-5", ")", ",", "benzonatate", "ad", "libitum", "for", "cough", "and", "albuterol", "inhalations", "ad", "libitum", ".", "Three", "days", "later", "(", "12", "days", "after", "his", "first", "admission", ")", ",", "he", "returned", "to", "the", "ED", "for", "the", "third", "time", ",", "with", "high", "back", "pain", "and", "spasms", ".", "He", "also", "reported", "distress", "and", "insomnia", "because", "of", "his", "concern", "about", "COVID-19", ".", "The", "patient", "was", "afebrile", ",", "oxygen", "saturation", "was", "96", "%", "on", "room", "air", "and", "all", "other", "vitals", "were", "within", "normal", "limits", ".", "He", "was", "notified", "that", "his", "COVID-19", "test", "by", "PCR", "was", "negative", ".", "He", "also", "reported", "that", "he", "had", "complied", "with", "the", "azithromycin", "regimen", "and", "was", "advised", "to", "complete", "his", "treatment", "at", "home", ".", "His", "dorsalgia", "was", "considered", "to", "be", "musculoskeletal", ",", "secondary", "to", "persistent", "cough", ",", "and", "he", "was", "discharged", "with", "a", "prescription", "of", "methocarbamol", "750", "mg", "4", "times", "a", "day", "for", "7", "days", ".", "Four", "days", "later", "(", "15", "days", "after", "the", "first", "ED", "admission", ")", ",", "the", "patient", "'", "s", "wife", "called", "his", "GP", "'", "s", "office", ".", "She", "reported", "that", "she", "was", "concerned", "that", "her", "husband", "had", "been", "acting", "strangely", "since", "he", "had", "been", "tested", "for", "COVID-19", "a", "week", "earlier", ".", "She", "had", "noticed", "that", "he", "was", "talking", "to", "himself", ",", "not", "eating", "and", "drinking", "properly", "and", "not", "showering", ".", "She", "was", "also", "concerned", "that", "he", "often", "stared", "at", "the", "wall", "and", "was", "shivering", "and", "sweating", "without", "fever", ".", "Later", "that", "day", "a", "telephone", "visit", "was", "made", "with", "a", "primary", "care", "doctor", ",", "but", "the", "patient", "did", "not", "get", "on", "the", "phone", "because", "he", "feared", "the", "doctor", "was", "\"", "of", "the", "devil", "\"", ".", "The", "doctor", "and", "wife", "decided", "to", "take", "him", "back", "to", "the", "emergency", "room", ".", "In", "the", "emergency", "room", ",", "the", "patient", "needed", "the", "help", "of", "two", "people", "to", "transfer", "him", "from", "a", "wheelchair", "to", "the", "stretcher", "because", "of", "his", "weakness", ".", "His", "temperature", "was", "37", ".", "9", "°", "C", ",", "pulse", "was", "107", "bpm", ",", "oxygen", "saturation", "was", "96", "%", "on", "room", "air", "and", "all", "other", "vitals", "were", "within", "normal", "limits", ".", "His", "blood", "glucose", "was", "normal", ",", "as", "were", "serum", "electrolytes", ",", "procalcitonin", ",", "C-reactive", "protein", ",", "creatine", "kinase", "and", "lactic", "acid", ".", "Serum", "drug", "test", "was", "negative", ".", "Haematological", "tests", "showed", "a", "normal", "total", "leukocyte", "count", ",", "with", "3", "%", "immature", "granulocytes", "and", "a", "high", "thrombocyte", "count", "(", "551", "TH", "/", "μL", ")", ".", "Liver", "function", "tests", "showed", "an", "alanine", "transaminase", "of", "281", "U", "/", "L", "and", "aspartate", "transaminase", "of", "79", "U", "/", "L", ".", "His", "international", "normalised", "ratio", "was", "elongated", "to", "1", ".", "5", ".", "A", "new", "PCR", "test", "for", "COVID-19", "was", "positive", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "no", "acute", "cardiopulmonary", "involvement", ".", "A", "non-contrast", "cranial", "CT", "scan", "was", "performed", "which", "also", "showed", "no", "acute", "intracranial", "abnormalities", ".", "A", "lumbar", "puncture", "was", "then", "performed", "after", "administration", "of", "1", "mg", "i", ".", "v", ".", "midazolam", ";", "cerebrospinal", "fluid", "analysis", "was", "irrelevant", ",", "with", "no", "polymorphic", "leukocytes", "or", "Gram-stained", "organisms", ",", "2", "erythrocytes", "/", "μL", "and", "1", "leukocyte", "/", "μL", "in", "the", "leukocyte", "formula", ",", "and", "protein", "and", "glucose", "values", "of", "32", "mg", "/", "dL", "and", "69", "mg", "/", "dL", ",", "respectively", ".", "The", "patient", "was", "admitted", "the", "same", "night", "to", "the", "general", "hospital", "ward", "for", "follow-up", "and", "treatment", "of", "his", "mental", "alteration", ".", "The", "following", "day", "(", "day", "2", "of", "hospitalisation", ")", ",", "the", "psychiatric", "team", "was", "consulted", ".", "On", "that", "day", ",", "the", "patient", "was", "alert", "and", "oriented", "with", "respect", "to", "people", ",", "place", "and", "time", ",", "but", "was", "slow", "to", "respond", "verbally", ",", "showed", "hypertonia", "and", "had", "difficulty", "holding", "up", "his", "limbs", ";", "he", "also", "had", "intense", "sweating", ".", "His", "vital", "signs", "were", "also", "relevant", "with", "a", "temperature", "of", "up", "to", "37", ".", "4", "°", "C", ",", "labile", "blood", "pressure", "(", "from", "107", "/", "70", "to", "156", "/", "103", "in", "12", "hours", ")", ",", "an", "episode", "of", "tachypnoea", "with", "a", "respiratory", "rate", "of", "36", "bpm", "and", "an", "oxygen", "saturation", "of", "between", "93", "and", "95", "%", "on", "room", "air", ".", "In", "accordance", "with", "hospital", "policy", "at", "the", "time", ",", "to", "minimise", "exposure", "and", "transmission", ",", "the", "psychiatry", "team", "did", "not", "assess", "the", "patient", "in", "person", ",", "due", "to", "coronavirus", "2", "acute", "respiratory", "distress", "syndrome", ",", "and", "instead", "attempted", "to", "speak", "to", "him", "via", "the", "hospital", "room", "telephone", ".", "However", ",", "the", "patient", "did", "not", "respond", "and", "his", "nurse", "reported", "that", "he", "was", "too", "weak", "to", "hold", "the", "phone", "to", "his", "ear", ".", "Based", "on", "the", "information", "available", "at", "the", "time", ",", "the", "psychiatric", "team", "recommended", "50", "mg", "quetiapine", "orally", "before", "bedtime", "to", "treat", "insomnia", "and", "possible", "psychotic", "symptoms", ".", "Ultimately", ",", "the", "patient", "did", "not", "receive", "the", "medication", "because", "he", "was", "unable", "to", "take", "oral", "medication", ".", "A", "urinary", "catheter", "was", "placed", "because", "he", "had", "not", "urinated", "during", "hospitalisation", ".", "The", "urine", "drug", "profile", ",", "obtained", "after", "catheter", "placement", ",", "was", "positive", "only", "for", "benzodiazepines", ".", "The", "following", "morning", "(", "day", "3", "of", "hospitalisation", ")", ",", "the", "patient", "'", "s", "nurse", "noted", "that", "he", "was", "in", "bed", "in", "an", "abnormal", "position", ",", "with", "his", "feet", "above", "the", "bed", "and", "his", "arms", "in", "a", "decortication", "posture", ".", "He", "was", "given", "1", "mg", "of", "lorazepam", "i", ".", "v", ".", "in", "preparation", "for", "brain", "and", "spinal", "MRI", "and", "was", "observed", "30", "minutes", "after", "administration", ".", "He", "was", "sitting", "up", "in", "bed", ",", "conversing", "with", "his", "roommate", ".", "He", "was", "no", "longer", "sweating", "and", "asked", "for", "something", "to", "drink", ".", "At", "this", "point", "he", "told", "the", "nurse", "that", "he", "had", "been", "hearing", "voices", "\"", "trying", "to", "take", "him", "to", "hell", "\"", ".", "He", "underwent", "MRI", ",", "which", "showed", "no", "T2", "or", "FLAIR", "findings", ",", "leptomeningeal", "contrast", "enhancement", ",", "white", "matter", "changes", "or", "atrophy", ".", "The", "patient", "was", "initially", "treated", "with", "1", "mg", "lorazepam", "i", ".", "v", ".", "3", "times", "a", "day", "and", ",", "on", "day", "5", "of", "hospitalisation", "was", "stabilised", "at", "1", "mg", "lorazepam", "orally", "4", "times", "a", "day", ".", "During", "this", "time", "he", "showed", "no", "further", "signs", "of", "catatonia", ";", "he", "continued", "to", "be", "non-hypertonic", "and", "conversational", "and", "ate", "and", "drank", "adequately", ".", "Lorazepam", "was", "reduced", "to", "1", "mg", "twice", "daily", "on", "the", "day", "of", "discharge", ",", "on", "the", "tenth", "day", "of", "hospitalisation", ".", "At", "this", "time", ",", "the", "patient", "was", "fluent", "in", "speech", ",", "could", "move", "all", "limbs", "without", "difficulty", "and", "no", "psychosis", "was", "evident", ".", "4", "days", "after", "discharge", "he", "was", "assessed", "by", "telephone", "by", "the", "psychiatric", "team", ";", "he", "had", "no", "motor", "or", "speech", "difficulties", "and", "no", "psychosis", "was", "evident", ",", "but", "he", "had", "trouble", "sleeping", ".", "Oral", "lorazepam", "was", "reduced", "to", "1", "mg", "before", "bedtime", ".", "Six", "days", "after", "discharge", ",", "the", "patient", "was", "evaluated", "by", "his", "general", "practitioner", ";", "he", "continued", "to", "report", "sleep", "disturbances", ",", "as", "well", "as", "feelings", "of", "sadness", "and", "anhedonia", ".", "His", "wife", "stated", "that", "he", "had", "improved", "but", "was", "not", "yet", "fully", "recovered", ",", "as", "he", "needed", "stimulation", "to", "engage", "in", "conversation", "and", "to", "perform", "his", "work", ".", "In", "the", "subsequent", "psychiatric", "follow-up", ",", "1", "mg", "of", "lorazepam", "by", "mouth", "was", "maintained", "because", "of", "psychomotor", "slowing", ",", "as", "well", "as", "6", "mg", "of", "melatonin", "at", "night", "for", "insomnia", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 83, "end": 89 }, { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 21, "end": 24 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 71, "end": 79 }, { "text": "Mr", "label": "HUMAN", "start": 1, "end": 3 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 856, "end": 863 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2405, "end": 2412 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3620, "end": 3627 }, { "text": "organisms", "label": "SPECIES", "start": 3471, "end": 3480 }, { "text": "nurse", "label": "HUMAN", "start": 4601, "end": 4606 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3838, "end": 3845 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4408, "end": 4415 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4569, "end": 4576 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4854, "end": 4861 }, { "text": "person", "label": "HUMAN", "start": 4419, "end": 4425 }, { "text": "psychiatric team", "label": "HUMAN", "start": 3789, "end": 3805 }, { "text": "psychiatric team", "label": "HUMAN", "start": 4719, "end": 4735 }, { "text": "coronavirus 2 acute respiratory distress syndrome", "label": "SPECIES", "start": 4434, "end": 4483 }, { "text": "nurse", "label": "HUMAN", "start": 5184, "end": 5189 }, { "text": "nurse", "label": "HUMAN", "start": 5577, "end": 5582 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5174, "end": 5181 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5775, "end": 5782 }, { "text": "wife", "label": "HUMAN", "start": 6695, "end": 6699 }, { "text": "general practitioner", "label": "HUMAN", "start": 6580, "end": 6600 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6195, "end": 6202 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6551, "end": 6558 }, { "text": "psychiatric team", "label": "HUMAN", "start": 6354, "end": 6370 } ]

[ "Anamnesis", "Patient", ",", "70", "years", "old", "at", "the", "time", "of", "diagnosis", ",", "referred", "to", "Medical", "Oncology", "from", "the", "Breast", "Surgery", "Unit", "after", "a", "biopsy", "of", "an", "ulcerated", "lesion", "in", "the", "left", "breast", ".", "At", "the", "first", "Medical", "Oncology", "consultation", "(", "July", "2016", ")", ",", "the", "patient", "'", "s", "personal", "history", "included", "hypertension", "for", "20", "years", "and", "treatment", "with", "losartan", "100", "mg", "vo", "c", "/", "24", "hours", ",", "spironolactone", "100", "mg", "vo", "c", "/", "24", "hours", "and", "amlodipine", "10", "mg", "vo", "c", "/", "24", "hours", ".", "On", "the", "other", "hand", ",", "she", "reports", "having", "undergone", "multiple", "operations", "for", "basal", "cell", "carcinoma", "on", "the", "right", "wing", "of", "the", "nose", ",", "the", "last", "operation", "being", "in", "February", "2016", ".", "She", "also", "denies", "toxic", "habits", "and", "drug", "allergies", ".", "She", "is", "independent", "for", "basic", "activities", "of", "daily", "living", ".", "In", "April", "2016", "she", "noticed", "an", "ulcerated", "tumour", "in", "the", "left", "breast", ".", "As", "it", "had", "increased", "in", "size", ",", "she", "decided", "to", "go", "to", "the", "emergency", "department", "in", "June", "2016", ",", "from", "where", "she", "was", "referred", "to", "the", "breast", "surgery", "unit", ".", "Physical", "examination", "On", "examination", ",", "she", "was", "in", "good", "general", "condition", "with", "ECOG", "1", "(", "limited", "physical", "effort", ")", ",", "weight", ":", "60", "kg", ",", "height", ":", "141", "cm", "and", "skin", "pallor", ".", "Cardiac", "auscultation", "revealed", "the", "presence", "of", "a", "panfocal", "grade", "II", "/", "VI", "systolic", "murmur", ",", "predominantly", "in", "the", "aortic", "focus", ".", "Examination", "of", "the", "lymph", "node", "chains", "revealed", "no", "adenopathies", ".", "Pulmonary", "auscultation", "showed", "no", "pathological", "findings", "and", "there", "was", "no", "evidence", "of", "visceromegaly", "in", "the", "abdomen", ".", "On", "the", "other", "hand", ",", "the", "right", "breast", "shows", "no", "alterations", ",", "but", "on", "the", "left", "breast", "there", "is", "an", "erythematous", "tumour", "of", "approximately", "13", "cm", "in", "maximum", "diameter", ",", "with", "irregular", "borders", "and", "ulcerated", "and", "necrotic", "tissue", "in", "the", "lower", "quadrant", ".", "Additional", "tests", "\"", "Skin", "punch", "biopsy", "of", "the", "left", "breast", "(", "June", "2016", ")", ":", "infiltration", "by", "diffuse", "large", "cell", "non-Hodgkin", "'", "s", "B", "lymphoma", ".", "Neoplastic", "cells", "positive", "for", "CD", "20", "and", "negative", "for", "epithelial", "markers", "and", "T", "line", ".", "\"", "PET-CT", "scan", "of", "the", "chest", "and", "abdomen", "(", "July", "2016", ")", ":", "hypermetabolic", "lesion", "with", "high", "cell", "proliferation", "rate", "(", "SUVmax", "of", "28", ".", "8", ")", "in", "the", "left", "breast", "affecting", "the", "entire", "gland", "and", "infiltrating", "the", "skin", ".", "Left", "axillary", "lymph", "node", "with", "low", "proliferation", "rate", "(", "SUVmax", "of", "1", ".", "5", ")", ",", "low", "probability", "of", "malignancy", ".", "\"", "Echocardiography", "(", "July", "2016", ")", ":", "degenerative", "aortic", "and", "mitral", "pathology", "without", "haemodynamically", "significant", "valvular", "lesion", ".", "Good", "systolic", "function", ".", "Left", "ventricular", "ejection", "fraction", "of", "56", "%", "(", "lower", "limit", "of", "normality", ":", "55", "%", ")", ".", "\"", "Serology", "negative", "for", "hepatitis", "B", ",", "hepatitis", "C", ",", "syphilis", "and", "HIV", ".", "\"", "Haemoglobin", "9", "mg", "/", "dl", ",", "leucocytes", "11", ",", "460", "mg", "/", "dl", ",", "neutrophils", "6", ",", "710", "mg", "/", "dl", ",", "platelets", "162", ",", "000", "mg", "/", "dl", ".", "\"", "Biochemistry", ":", "creatinine", "1", ".", "25", "mg", "/", "dl", ",", "LDH", "623", "U", "/", "l", ".", "\"", "Tumour", "marker", ":", "beta-2", "microglobulin", "7", ".", "7", "mg", "/", "l", "(", "normal", "range", ":", "0", ".", "10-3", ".", "00", ")", ".", "Diagnosis", "Primary", "breast", "lymphoma", ".", "Treatment", "In", "July", "2016", ",", "she", "started", "first-line", "treatment", "for", "stage", "I", "diffuse", "large", "B-cell", "non-Hodgkin", "'", "s", "lymphoma", "of", "the", "left", "primary", "breast", "with", "R-CHOP", "iv", "chemotherapy", "(", "rituximab", "560", "mg", ",", "cyclophosphamide", "1", ",", "100", "mg", ",", "doxorubicin", "74", "mg", ",", "vincristine", "2", "mg", "and", "prednisone", "89", "mg", ")", "in", "21-day", "cycles", "with", "associated", "granulocyte", "colony-stimulating", "factor", "sc", "for", "7", "days", ".", "After", "the", "first", "cycle", ",", "there", "was", "significant", "improvement", "of", "the", "left", "breast", "swelling", ",", "however", ",", "she", "presented", "with", "g1", "asthenia", "according", "to", "the", "common", "terminology", "criteria", "for", "adverse", "events", "version", "4", ".", "0", "(", "CTCAE-v", "4", ".", "0", ")", ".", "After", "the", "second", "cycle", ",", "the", "patient", "persisted", "with", "g1", "asthenia", ",", "and", "g1", "hyporexia", ",", "g2", "alopecia", "and", "g1", "mucositis", "were", "added", ".", "In", "addition", ",", "the", "breast", "lesion", "continued", "to", "progressively", "improve", "and", "was", "now", "limited", "to", "the", "inner", "inner", "inner", "quadrant", ".", "When", "she", "attended", "the", "medical", "oncology", "department", "to", "assess", "the", "start", "of", "the", "fourth", "cycle", "of", "chemotherapy", ",", "the", "patient", "presented", "poor", "general", "condition", "associated", "with", "disorientation", "and", "dysarthria", ",", "so", "a", "CT", "scan", "of", "the", "skull", "was", "performed", ",", "which", "showed", "lacunar", "infarction", "in", "the", "left", "radial", "crown", ".", "The", "fourth", "cycle", "of", "chemotherapy", "was", "suspended", "and", "the", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "Stroke", "Unit", ".", "Evolution", "She", "was", "hospitalised", "in", "the", "Stroke", "Unit", "for", "5", "days", ".", "Doppler", "ultrasound", "of", "the", "supra-aortic", "trunks", "showed", "no", "significant", "findings", ",", "and", "she", "was", "discharged", "with", "a", "diagnosis", "of", "acute", "ischaemic", "stroke", "in", "the", "territory", "of", "the", "left", "middle", "cerebral", "artery", "of", "cardioembolic", "origin", "and", "paroxysmal", "atrial", "fibrillation", ".", "Trazodone", "100", "mg", "vo", "c", "/", "24", "hours", "at", "night", "and", "enoxaparin", "sc", "60", "mg", "c", "/", "12", "hours", "were", "added", "to", "her", "usual", "medication", ".", "The", "patient", "had", "a", "progressive", "but", "slow", "clinical", "improvement", ",", "which", "prevented", "her", "from", "attending", "the", "Medical", "Oncology", "consultation", "to", "assess", "whether", "to", "continue", "with", "chemotherapy", ".", "A", "follow-up", "PET-CT", "scan", "was", "performed", "in", "October", "2016", ",", "which", "showed", "a", "significant", "decrease", "in", "the", "size", "and", "degree", "of", "uptake", "of", "the", "left", "breast", "lesion", ",", "with", "a", "pathological", "increase", "in", "tracer", "uptake", "persisting", ",", "mainly", "affecting", "the", "central", "region", "and", "lower", "quadrants", ",", "with", "overall", "dimensions", "of", "approximately", "8", "x", "2", ".", "5", "x", "5cm", "and", "a", "SUVmax", "of", "6", ".", "3", "(", "previous", "SUV", "28", ".", "8", ")", ".", "It", "was", "considered", "a", "partial", "metabolic", "response", ".", "She", "was", "referred", "to", "the", "Radiation", "Oncology", "department", "and", ",", "once", "her", "general", "condition", "improved", ",", "she", "started", "adjuvant", "radiotherapy", ".", "From", "13", "December", "to", "11", "January", "2017", ",", "40", "Gy", "was", "administered", "on", "the", "left", "breast", "and", "residual", "lesion", "plus", "margin", "and", "32", "Gy", "on", "axillary", "lymph", "node", "areas", "(", "levels", "I-II-III", "and", "supraclavicular", "fossa", ")", "both", "with", "a", "fractionation", "of", "2", "Gy", "/", "day", ",", "5", "days", "a", "week", ",", "using", "3DC", "technique", "with", "photons", "of", "6", "and", "15", "Mv", "energy", ".", "Finally", ",", "in", "February", "2017", ",", "the", "patient", "returned", "to", "the", "medical", "oncology", "department", "asymptomatic", ",", "in", "good", "general", "condition", ",", "with", "no", "sequelae", "of", "the", "cerebral", "infarction", "and", "with", "the", "left", "breast", "lesion", "in", "very", "good", "condition", "and", "completely", "healed", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Patient", "label": "HUMAN", "start": 10, "end": 17 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 234, "end": 241 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 244, "end": 252 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2394, "end": 2397 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 2381, "end": 2389 }, { "text": "hepatitis C", "label": "SPECIES", "start": 2368, "end": 2379 }, { "text": "hepatitis B", "label": "SPECIES", "start": 2355, "end": 2366 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3260, "end": 3267 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3587, "end": 3594 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3829, "end": 3836 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4304, "end": 4311 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5355, "end": 5362 } ]

[ "We", "present", "the", "case", "of", "an", "18-year-old", "female", "patient", "with", "outpatient", "laboratory", "tests", ",", "where", "glycaemia", "was", "found", "to", "be", "189", "mg", "/", "dL", ",", "with", "no", "other", "biochemical", "alterations", ".", "The", "patient", "had", "no", "personal", "history", "of", "diabetes", "mellitus", "or", "any", "other", "known", "autoimmune", "or", "endocrinopathic", "disease", ".", "Intrauterine", "growth", "retardation", ",", "short", "stature", "that", "required", "follow-up", "by", "paediatrics", "with", "treatment", "with", "growth", "hormone", "until", "the", "age", "of", "16", "years", ",", "and", "detection", "of", "renal", "and", "hepatic", "cysts", "at", "the", "age", "of", "4", "years", ",", "being", "diagnosed", "with", "autosomal", "recessive", "polycystic", "kidney", "disease", ".", "On", "examination", "BMI", "of", "21", "kg", "/", "m2", ",", "with", "no", "somatic", "data", "of", "interest", ".", "After", "analytical", "findings", ",", "the", "study", "was", "completed", "with", "a", "result", "of", "HbA1c", "of", "6", ".", "20", "%", "and", "Oral", "Glucose", "Overload", "of", "75", "g", "with", "a", "pathological", "result", "after", "2", "hours", "(", "209", "mg", "/", "dL", ")", ".", "Negative", "pancreatic", "autoimmunity", "(", "antiIA2", "and", "antiGAD", "ac", "<", "1", "U", "/", "mL", ")", ",", "HOMA", "1", ".", "90", ",", "Insulin", "8", ".", "2", "uUI", "/", "mL", "and", "C-Peptide", "2", ".", "15", "ng", "/", "mL", ".", "During", "the", "interview", ",", "the", "patient", "referred", "to", "a", "maternal", "family", "history", "of", "diabetes", "(", "great-grandmother", ",", "grandmother", "and", "mother", "'", "s", "sister", ")", ",", "all", "of", "whom", "had", "been", "treated", "with", "oral", "antidiabetics", ".", "Existence", "of", "multiple", "cysts", "in", "this", "branch", "of", "the", "family", ",", "without", "having", "been", "studied", ",", "located", "in", "the", "head", "and", "neck", ",", "and", "polycystic", "ovarian", "syndrome", "in", "her", "maternal", "sister", ".", "No", "history", "of", "cardiovascular", "disease", "on", "the", "paternal", "side", ".", "In", "view", "of", "the", "renal", "anomalies", "described", ",", "we", "consider", "it", "appropriate", "to", "rule", "out", "monogenic", "diabetes", ",", "specifically", "mutation", "of", "hepatic", "nuclear", "transcription", "factor", "1β", "(", "HNF", "1beta", ")", ":", "MODY", "5", "type", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 45, "end": 52 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 173, "end": 180 }, { "text": "female patient", "label": "HUMAN", "start": 38, "end": 52 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 188, "end": 196 }, { "text": "grandmother", "label": "HUMAN", "start": 1019, "end": 1030 }, { "text": "grandmother", "label": "HUMAN", "start": 1032, "end": 1043 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 985, "end": 991 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 1170, "end": 1176 }, { "text": "sister", "label": "HUMAN", "start": 1057, "end": 1063 }, { "text": "sister", "label": "HUMAN", "start": 1285, "end": 1291 }, { "text": "maternal sister", "label": "HUMAN", "start": 1276, "end": 1291 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 1048, "end": 1054 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 954, "end": 961 }, { "text": "great-grandmother", "label": "HUMAN", "start": 1013, "end": 1030 } ]

[ "A", "51", "year", "old", "patient", "came", "to", "the", "emergency", "department", "with", "fever", "of", "10", "days", "'", "duration", ".", "No", "history", "of", "interest", "except", "smoking", "12", "cigarettes", "/", "day", ".", "In", "the", "anamnesis", "he", "reported", "a", "feeling", "of", "dystrophy", ",", "denying", "any", "infectious", "symptoms", "at", "any", "level", ".", "He", "reported", "trips", "to", "the", "countryside", "to", "pick", "mushrooms", ",", "denying", "insect", "bites", ".", "He", "reported", "no", "relevant", "epidemiological", "history", "except", "for", "contact", "with", "Mexican", "relatives", "who", "came", "to", "Spain", "after", "the", "death", "of", "his", "brother", ".", "In", "the", "ED", ",", "the", "patient", "remained", "haemodynamically", "stable", ",", "with", "a", "temperature", "of", "37", ".", "6oC", ";", "physical", "examination", "was", "normal", ",", "with", "no", "objective", "skin", "lesions", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "mild", "thrombopenia", "(", "105", ",", "000", ")", ",", "mild", "hypertransaminasemia", ",", "as", "well", "as", "elevation", "of", "other", "acute", "phase", "reactants", ".", "Chest", "X-ray", "with", "no", "pneumonic", "consolidation", ".", "Admitted", "to", "Internal", "Medicine", "(", "IM", ")", "to", "study", "febrile", "syndrome", "without", "focus", ".", "On", "admission", "the", "patient", "remained", "afebrile", ".", "On", "cross-examination", "he", "reported", "contact", "with", "a", "newborn", "lamb", "two", "weeks", "before", "the", "onset", "of", "symptoms", ".", "Physical", "examination", "revealed", "an", "evanescent", "morbilliform", "exanthema", ",", "with", "no", "other", "changes", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "only", "persistent", "hypertransaminasemia", ".", "An", "abdominal", "ultrasound", "was", "requested", ",", "showing", "mild", "hepatosplenomegaly", ".", "Viral", "and", "bacterial", "serologies", "were", "requested", ",", "and", "the", "patient", "was", "discharged", "with", "a", "review", "in", "two", "weeks", "in", "the", "IM", "department", ".", "Without", "waiting", "for", "the", "consultation", ",", "she", "came", "to", "the", "emergency", "department", "seven", "days", "later", "for", "recurrence", "of", "fever", ",", "and", "was", "readmitted", "to", "the", "ICU", "(", "normal", "examination", "and", "laboratory", "tests", "with", "persistent", "hypertransaminasemia", ")", ".", "Serologies", "were", "negative", "for", "hepatotropic", "viruses", ",", "HIV", ",", "CMV", ",", "Toxoplasma", ",", "Leishmania", ",", "treponemias", "and", "rickettsias", ",", "IgM", "indeterminate", "for", "CMV", ";", "IgM", "for", "EBV", ",", "IgM", "and", "IgG", "for", "Borrellia", "and", "IgM", "for", "Coxiella", "with", "negative", "IgG", ".", "In", "view", "of", "these", "results", ",", "doxycycline", "100", "mg", "every", "12", "hours", "for", "14", "days", "was", "started", "and", "a", "transthoracic", "echocardiogram", "was", "performed", ",", "which", "showed", "no", "valvular", "alterations", "suggestive", "of", "endocarditis", ".", "The", "patient", "was", "sent", "to", "the", "M", ".", "I", ".", "department", "with", "new", "serologies", "in", "15", "days", ",", "the", "latter", "showing", "the", "negativity", "of", "all", "the", "previous", "positive", "serologies", "(", "the", "previous", "ones", "being", "considered", "false", "positives", ")", "with", "the", "exception", "of", "the", "seroconversion", "to", "Coxiella", "IgG", "(", "phase", "II", "antigens", "positive", ")", ",", "and", "a", "diagnosis", "of", "Q", "fever", "in", "the", "acute", "phase", "was", "made", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 21 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 477, "end": 484 }, { "text": "relatives", "label": "HUMAN", "start": 402, "end": 411 }, { "text": "insect", "label": "SPECIES", "start": 308, "end": 314 }, { "text": "mushrooms", "label": "SPECIES", "start": 289, "end": 298 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 885, "end": 892 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1293, "end": 1300 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 1248, "end": 1257 }, { "text": "lamb", "label": "SPECIES", "start": 968, "end": 972 }, { "text": "Borrellia", "label": "SPECIES", "start": 1762, "end": 1771 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 1648, "end": 1651 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 1728, "end": 1731 }, { "text": "Coxiella", "label": "SPECIES", "start": 1784, "end": 1792 }, { "text": "Leishmania", "label": "SPECIES", "start": 1665, "end": 1675 }, { "text": "Toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 1653, "end": 1663 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 1741, "end": 1744 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1643, "end": 1646 }, { "text": "rickettsias", "label": "SPECIES", "start": 1693, "end": 1704 }, { "text": "hepatotropic viruses", "label": "SPECIES", "start": 1621, "end": 1641 }, { "text": "Coxiella", "label": "SPECIES", "start": 2258, "end": 2266 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2015, "end": 2022 } ]

[ "A", "58-year-old", "man", "was", "admitted", "to", "the", "Cayetano", "Heredia", "Hospital", "with", "a", "2-month", "history", "of", "vomiting", ",", "fever", "of", "38", "°", "C", "and", "severe", "disabling", "back", "pain", ".", "Clinical", "examination", "revealed", "a", "multifocal", "holosystolic", "murmur", ",", "predominantly", "in", "the", "mitral", "focus", "of", "intensity", "III", "/", "VI", ",", "radiating", "to", "the", "axilla", "and", "neck", ".", "Positive", "Lasegue", "and", "Psoas", "sign", ",", "as", "well", "as", "positive", "Dandy", "sign", "at", "L3", ",", "L4", "and", "L5", ".", "Laboratory", "data", "obtained", "on", "admission", "were", ":", "haemoglobin", ":", "12", ".", "2", "g", "/", "dl", ",", "haematocrit", ":", "38", "%", ",", "leucocyte", "count", ":", "14", ".", "01", "/", "μl", "(", "neutrophils", ":", "64", ".", "5", "%", ")", ",", "erythrocyte", "sedimentation", "rate", "(", "ESR", ")", ":", "116", "mm", "/", "h", "and", "C-reactive", "protein", "(", "CRP", ")", ":", "1", "/", "16", "mg", "/", "l", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "no", "signs", "of", "condensation", ".", "Similarly", ",", "the", "electrocardiographic", "tracing", "at", "rest", "showed", "no", "relevant", "alterations", ".", "Transesophageal", "echocardiography", "revealed", "mitral", "and", "aortic", "valve", "involvement", "characterised", "by", "vegetations", "on", "the", "anterior", "leaflet", "of", "the", "mitral", "valve", "(", "atrial", "and", "ventricular", "surface", "of", "segment", "A2", ")", "and", "a", "1", ".", "6", "x", "1", ".", "3", "cm", "perforated", "aneurysm", "(", "0", ".", "7", "cm", ")", "with", "severe", "regurgitation", ".", "Likewise", ",", "multiple", "vegetations", "were", "found", "on", "the", "aortic", "valve", "in", "all", "three", "leaflets", ",", "the", "largest", "measuring", "0", ".", "9", "cm", ",", "with", "severe", "regurgitation", "and", "flow", "compatible", "with", "perforation", "of", "the", "posterior", "semilunar", "leaflet", ".", "Streptococcus", "gordonnii", "was", "isolated", "in", "blood", "cultures", ".", "In", "addition", ",", "the", "lumbosacral", "MRI", "showed", "vertebral", "osteomyelitis", "of", "L4-L5", ".", "During", "surgery", ",", "the", "above", "findings", "were", "confirmed", "and", "a", "bivalvular", "aortic", "and", "mitral", "replacement", "with", "mechanical", "prosthesis", "implantation", "was", "performed", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Streptococcus gordonnii", "label": "SPECIES", "start": 1223, "end": 1246 } ]

[ "Anamnesis", "A", "56-year-old", "woman", "with", "a", "history", "of", "liver", "transplantation", "in", "September", "2009", "for", "Overlap", "syndrome", "and", "chronic", "hepatitis", "C", "virus", "infection", "(", "genotype", "III", ")", ",", "who", "post-transplantation", "presented", "with", "graft", "dysfunction", "due", "to", "low", "tacrolimus", "levels", ".", "In", "addition", ",", "he", "had", "diabetes", "mellitus", "secondary", "to", "corticosteroid", "treatment", "and", "multifactorial", "renal", "failure", ".", "She", "was", "chronically", "treated", "with", "tacrolimus", ",", "mycophenolate", "mofetil", ",", "ursodeoxycholic", "acid", ",", "calcifediol", ",", "omeprazole", ",", "loracepam", "and", "insulin", ".", "She", "had", "been", "diagnosed", "with", "probable", "ophthalmoplegic", "migraine", "three", "months", "earlier", ",", "following", "an", "admission", "for", "right", "hemicranial", "headache", "with", "associated", "vomiting", "and", "difficulty", "in", "abducting", "the", "right", "eye", ".", "He", "subsequently", "underwent", "a", "cranial", "magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", "scan", ",", "which", "revealed", "thickening", "of", "the", "internal", "rectus", "muscle", "of", "the", "right", "eye", ".", "Years", "earlier", ",", "he", "had", "presented", "with", "several", "episodes", "of", "right", "periocular", "headache", "and", "binocular", "diplopia", ",", "which", "were", "not", "related", ".", "She", "presented", "with", "right", "hemicranial", "headache", "and", "vomiting", ",", "of", "subacute", "onset", "a", "few", "hours", "earlier", ",", "which", "did", "not", "respond", "to", "treatment", "with", "analgesics", "and", "intravenous", "anti-inflammatory", "drugs", "in", "the", "emergency", "department", ",", "and", "it", "was", "therefore", "decided", "to", "admit", "her", "for", "study", "and", "treatment", ".", "Physical", "examination", "In", "the", "ED", ",", "the", "neurological", "examination", "was", "rigorously", "normal", ",", "including", "neuro-ophthalmological", "examination", ".", "There", "was", "no", "fever", "or", "other", "data", "of", "interest", "in", "the", "systemic", "examination", ".", "Complementary", "tests", "-", "Biochemistry", ":", "glucose", "124mg", "/", "dl", ",", "urea", "57", "mg", "/", "dl", ",", "creatinine", "1", ".", "11", "mg", "/", "dl", ",", "alkaline", "phosphatase", "136", "IU", "/", "l", ",", "gamma-glutamyltransferase", "308", "IU", "/", "l", ".", "Tacrolimus", "levels", "3", ".", "3", "ng", "/", "ml", ".", "erythrocyte", "sedimentation", "rate", "46", "mm", "/", "h", ".", "All", "others", ",", "including", "TSH", ",", "vitamin", "B12", ",", "folic", "acid", ",", "C-reactive", "protein", "and", "angiotensin", "converting", "enzyme", ",", "normal", ".", "-", "Blood", "count", "and", "coagulation", "normal", ".", "-", "Immunological", "profile", ":", "positive", "antinuclear", "antibodies", "at", "1", "/", "320", "titre", ".", "-", "Electrocardiogram", "and", "chest", "X-ray", ":", "no", "significant", "findings", ".", "-", "Serologies", "lupus", ",", "Lyme", ",", "Borrelia", ",", "human", "immunodeficiency", "virus", ",", "Ebstein-Barr", "virus", "and", "herpes", "simplex", "virus", ":", "negative", ".", "-", "Computed", "tomography", "(", "CT", ")", "of", "the", "orbits", "and", "paranasal", "sinuses", ":", "thickening", "of", "the", "right", "internal", "rectus", ",", "without", "involvement", "of", "the", "retroocular", "fat", "or", "the", "rest", "of", "the", "oculomotor", "muscles", ".", "-", "Cranioorbital", "MRI", ":", "increased", "thickness", "and", "T2", "signal", "in", "the", "internal", "rectus", "muscle", "of", "the", "right", "orbit", ",", "compatible", "with", "orbital", "myositis", ".", "Cranial", "CT", "scan", ":", "shows", "thickening", "of", "the", "right", "internal", "rectus", ",", "as", "does", "the", "MRI", ",", "which", "also", "shows", "an", "increase", "in", "T2", "signal", "at", "the", "same", "level", ".", "Evolution", "A", "few", "hours", "after", "admission", ",", "he", "developed", "a", "limitation", "of", "right", "eye", "adduction", ",", "with", "persistent", "right", "hemicranial", "pain", "that", "was", "controlled", "after", "treatment", "with", "analgesics", ",", "anti-inflammatory", "drugs", "and", "high-dose", "corticosteroids", ".", "There", "was", "partial", "recovery", "of", "ocular", "motor", "function", "prior", "to", "discharge", ",", "after", "six", "days", "of", "admission", ".", "Diagnosis", "Recurrent", "idiopathic", "orbital", "myositis", "of", "the", "internal", "rectus", "of", "the", "right", "eye", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 29 }, { "text": "Borrelia", "label": "SPECIES", "start": 2022, "end": 2030 }, { "text": "herpes simplex virus", "label": "SPECIES", "start": 2085, "end": 2105 }, { "text": "Ebstein-Barr virus", "label": "SPECIES", "start": 2062, "end": 2080 }, { "text": "human immunodeficiency virus", "label": "SPECIES", "start": 2032, "end": 2060 }, { "text": "Lyme", "label": "SPECIES", "start": 2016, "end": 2020 } ]

[ "Anamnesis", "A", "78-year-old", "man", "with", "a", "personal", "history", "of", "hypertension", "controlled", "only", "by", "diet", ".", "He", "had", "been", "diagnosed", "with", "prostate", "cancer", "14", "years", "ago", ",", "which", "after", "surgical", "and", "hormonal", "treatment", "was", "now", "considered", "to", "be", "in", "remission", ".", "The", "only", "current", "medical", "treatment", "was", "sildenafil", "every", "15", "days", ".", "As", "a", "family", "history", "of", "interest", ",", "he", "reported", "that", "a", "brother", "had", "been", "diagnosed", "with", "generalised", "epilepsy", ",", "suffering", "sudden", "death", "during", "an", "episode", ".", "The", "patient", "consulted", "for", "an", "abrupt", "episode", "consisting", "of", "an", "ascending", "epigastric", "surge", ",", "followed", "by", "a", "confusional", "episode", ",", "with", "disconnection", "from", "the", "environment", ",", "incoherent", "language", ",", "sucking", "automatisms", "and", "movements", "of", "the", "left", "upper", "limb", ",", "which", "lasted", "approximately", "5", "minutes", ",", "with", "subsequent", "confusion", "and", "disorientation", ",", "which", "slowly", "recovered", "in", "about", "30", "minutes", ",", "with", "amnesia", "of", "the", "entire", "episode", ".", "During", "the", "transfer", "to", "the", "hospital", "and", "in", "the", "emergency", "department", ",", "he", "suffered", "two", "other", "episodes", "of", "similar", "characteristics", ".", "When", "questioned", "specifically", ",", "he", "reported", "that", "for", "some", "years", "he", "had", "been", "suffering", "from", "brief", "episodes", "of", "disorientation", "associated", "with", "a", "feeling", "of", "mental", "blockage", ",", "for", "which", "he", "had", "not", "consulted", ".", "Physical", "examination", "The", "patient", "'", "s", "vital", "signs", "were", "normal", "and", "he", "was", "afebrile", "and", "without", "meningeal", "signs", ".", "Cardiac", "and", "pulmonary", "auscultation", "and", "the", "rest", "of", "the", "general", "examination", "showed", "no", "pathological", "findings", ".", "In", "the", "neurological", "examination", ",", "the", "patient", "was", "alert", ",", "conscious", "and", "perfectly", "oriented", ",", "with", "preserved", "cognitive", "functions", "and", "coherent", "and", "fluent", "speech", ".", "Examination", "of", "the", "cranial", "nerves", ",", "muscle", "balance", "and", "gait", "were", "normal", ",", "with", "symmetrical", "and", "exalted", "myotatic", "reflexes", ",", "with", "bilateral", "flexor", "flexor", "cutaneous-plantar", "reflex", ".", "The", "only", "significant", "finding", "on", "examination", "was", "a", "slight", "left", "facial-brachial", "hypoaesthesia", ".", "Additional", "tests", "-", "A", "comprehensive", "blood", "test", "including", "haemogram", ",", "general", "biochemistry", ",", "coagulation", ",", "immunological", "study", "(", "ANAS", ")", ",", "thyroid", "function", "and", "proteinogram", "showed", "normal", "values", ".", "Tumour", "markers", ",", "serology", "(", "Borrelia", ",", "lupus", ",", "Brucella", "and", "HIV", ")", "and", "antineuronal", "antibodies", "were", "negative", ".", "-", "The", "cerebrospinal", "fluid", "study", "included", "biochemistry", ",", "serology", "(", "lupus", ",", "Borrelia", "and", "Brucella", ")", ",", "viral", "PCR", "and", "culture", ",", "all", "of", "which", "were", "negative", ".", "-", "The", "electrocardiogram", "was", "normal", "and", "the", "chest", "X-ray", "showed", "some", "old", "calcified", "images", ".", "-", "A", "thoraco-abdominal-pelvic", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", "scan", "did", "indeed", "show", "bilateral", "calcified", "pleural", "plaques", ",", "with", "involvement", "of", "the", "diaphragmatic", "pleura", ",", "suggesting", "old", "pathology", "such", "as", "asbestos", "exposure", ",", "and", "simple", "liver", "cysts", ".", "-", "Brain", "CT", "scan", "showed", "only", "some", "lesions", "compatible", "with", "old", "lacunar", "infarcts", "and", "predominantly", "frontal", "cortical", "atrophy", ".", "-", "Brain", "magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", "showed", "scarce", "images", "of", "chronic", "ischaemic", "appearance", "together", "with", "moderate", "frontal", "cortical", "atrophy", ",", "with", "striking", "hyperintensity", "in", "long", "TR", "sequences", "in", "both", "parahippocampal", "limbic", "systems", ",", "without", "contrast", "uptake", ".", "Coronal", "slices", "in", "FLAIR", "sequence", "of", "magnetic", "resonance", "imaging", "showing", "bilateral", "hippocampal", "and", "parahippocampal", "hyperintensity", "of", "right", "predominance", ".", "-", "A", "Doppler", "study", "of", "supra-aortic", "trunks", "showed", "a", "probable", "proximal", "critical", "stenosis", "of", "the", "right", "vertebral", "artery", ".", "-", "The", "electroencephalogram", "recording", "was", "abnormal", ",", "with", "occasional", "epileptiform", "discharges", "(", "spike", "morphology", ")", "in", "the", "right", "temporal", "region", ".", "Diagnosis", "Complex", "partial", "seizures", "of", "temporal", "origin", ",", "secondary", "to", "bilateral", "mesial", "hippocampal", "sclerosis", ",", "with", "adult", "(", "late", ")", "presentation", ".", "Treatment", "Treatment", "with", "valproic", "acid", "was", "started", ",", "with", "adequate", "control", "of", "the", "complex", "partial", "seizures", "and", "therapeutic", "levels", "of", "valproic", "acid", "(", "92", ".", "8", "μg", "/", "ml", ")", "were", "obtained", "at", "discharge", ".", "Evolution", "During", "outpatient", "follow-up", ",", "the", "patient", "remained", "asymptomatic", ",", "with", "no", "new", "episodes", "during", "the", "9", "months", "of", "evolution", ",", "and", "the", "control", "cranial", "MRI", "was", "similar", "to", "the", "previous", "one", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 303, "end": 309 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 35, "end": 43 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 450, "end": 457 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1208, "end": 1215 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1436, "end": 1443 }, { "text": "Borrelia", "label": "SPECIES", "start": 2037, "end": 2045 }, { "text": "Brucella", "label": "SPECIES", "start": 2054, "end": 2062 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2067, "end": 2070 }, { "text": "Borrelia", "label": "SPECIES", "start": 2187, "end": 2195 }, { "text": "Brucella", "label": "SPECIES", "start": 2200, "end": 2208 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 2211, "end": 2216 }, { "text": "adult", "label": "HUMAN", "start": 3487, "end": 3492 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3746, "end": 3753 } ]

[ "Male", ",", "41", "years", "old", ".", "Hepatitis", "C", "carrier", ".", "History", "of", "polysubstance", "abuse", ",", "smoking", ",", "marijuana", "and", "intravenous", "drug", "use", ".", "Admitted", "to", "hospital", "for", "treatment", "of", "osteomyelitis", "due", "to", "group", "B", "beta-hemolytic", "Streptococcus", ",", "Prevotella", ",", "Peptostreptococcus", ".", "Days", "after", "admission", ",", "sudden", "dyspnoea", ",", "tachycardia", ".", "CT", "scan", "was", "requested", "to", "rule", "out", "pulmonary", "thromboembolism", ",", "which", "was", "ruled", "out", ".", "Portable", "chest", "X-ray", "in", "frontal", "projection", ",", "mnip", "reconstruction", ",", "showing", "diffuse", "pulmonary", "nodules", ",", "prominence", "of", "the", "trunk", "of", "the", "pulmonary", "artery", ",", "reflecting", "pulmonary", "hypertension", ".", "Incidentally", ",", "as", "an", "anatomical", "variant", ",", "cystic", "fissure", "of", "the", "azygos", "vein", ".", "Axillary", "computed", "tomography", "slices", "showing", "multiple", ",", "bilateral", ",", "diffusely", "distributed", "central", "lobular", "micronodules", ",", "with", "no", "apex-to-basal", "gradient", ",", "no", "subpleural", "or", "peribronchovascular", "predominance", ".", "Focussed", "magnification", "to", "better", "represent", "the", "multiple", ",", "bilateral", ",", "central-lobular", "micronodules", ".", "Absence", "of", "ground-glass", "areas", "and", "signs", "of", "fibrosis", ".", "The", "image", "shows", "that", "the", "diameter", "of", "the", "segmental", "arteries", "is", "larger", "than", "the", "diameter", "of", "the", "accompanying", "bronchus", ",", "a", "sign", "of", "pulmonary", "hypertension", ".", "Signs", "of", "pulmonary", "hypertension", ".", "The", "diameter", "of", "the", "pulmonary", "artery", "trunk", "is", "increased", ",", "measuring", "41mm", ".", "Increased", "right", "ventricular", "volume", ",", "with", "bulging", "of", "the", "interventricular", "septum", "to", "the", "left", ",", "with", "trabeculations", "of", "the", "right", "ventricular", "wall", ",", "which", "are", "also", "signs", "of", "overload", "of", "the", "right", "chambers", ".", "Final", "Diagnosis", "Thalcosis" ]

[ 1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Male", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 4 }, { "text": "carrier", "label": "HUMAN", "start": 32, "end": 39 }, { "text": "Hepatitis C", "label": "SPECIES", "start": 20, "end": 31 }, { "text": "marijuana", "label": "SPECIES", "start": 82, "end": 91 }, { "text": "Prevotella", "label": "SPECIES", "start": 215, "end": 225 }, { "text": "Peptostreptococcus", "label": "SPECIES", "start": 227, "end": 245 }, { "text": "group B beta-hemolytic Streptococcus", "label": "SPECIES", "start": 177, "end": 213 } ]

[ "A", "38-year-old", "patient", "attended", "the", "emergency", "department", "of", "our", "hospital", "with", "an", "erythematous", "and", "pruritic", "macular", "eruption", "that", "started", "on", "the", "forehead", ",", "eyelids", "and", "cheeks", "and", "later", "spread", "to", "the", "neck", ",", "antecubital", "and", "popliteal", "flexures", ",", "inner", "thighs", "and", "upper", "buttocks", ".", "He", "was", "treated", "with", "corticosteroids", "and", "antihistamines", ",", "with", "improvement", "of", "the", "symptoms", ",", "evolving", "with", "desquamation", ".", "Two", "days", "before", "the", "symptoms", "appeared", ",", "he", "had", "applied", "an", "oil", "called", "\"", "Ayurvedic", "Neem", "Oil", "\"", "(", "100", "%", "Azadirachta", "indica", ")", "to", "the", "affected", "areas", ".", "He", "recalls", "that", "2", "years", "earlier", "he", "had", "a", "facial", "rash", "that", "coincided", "with", "the", "application", "of", "this", "oil", ".", "She", "does", "not", "handle", "glues", ",", "adhesives", "or", "paints", ".", "She", "has", "not", "applied", "any", "topical", "NSAIDs", "or", "taken", "any", "medication", ".", "We", "began", "the", "study", "with", "epicutaneous", "tests", "with", "the", "True", "Test", "®", "battery", "extended", "with", "a", "mixture", "of", "perfumes", "II", ",", "Lyral", "and", "palladium", "and", "with", "a", "battery", "of", "essential", "oils", "from", "Martí", "Tor", "Alergia", "®", "(", "essence", "of", "bergamot", ",", "cedar", ",", "clove", ",", "laurel", ",", "eucalyptus", ",", "lavender", ",", "lemon", "grass", ",", "lime", ",", "lemon", ",", "mint", ",", "orange", ",", "neroli", "and", "sandalwood", ")", ",", "which", "were", "negative", "at", "48", "and", "96", "hours", ".", "Ayurvedic", "Neem", "oil", "\"", "was", "also", "patch", "tested", "as", "is", "with", "positive", "result", "(", "+", "+", ")", "in", "both", "readings", ".", "Subsequently", "10", "control", "patients", "were", "tested", "with", "the", "same", "oil", "and", "all", "were", "negative", ".", "In", "view", "of", "the", "results", ",", "the", "study", "was", "completed", "with", "argan", "oil", ",", "rosehip", "oil", ",", "with", "a", "specific", "series", "of", "perfumes", "(", "amylcinnamic", "alcohol", ",", "amyl", "cinnamic", "aldehyde", ",", "anysyl", "alcohol", ",", "benzaldehyde", ",", "benzyl", "alcohol", ",", "benzyl", "cinnamate", ",", "benzyl", "salycilate", ",", "bensylbenzoate", ",", "bioban", ",", "cinnamic", "alcohol", ",", "cinnamic", "aldehyde", ",", "citral", ",", "citronella", ",", "citronellol", ",", "coumarin", ",", "d-limonene", ",", "eugenol", ",", "farnesol", ",", "perfume", "blend", "II", ",", "geraniol", ",", "hexyllcinnamic", "aldehyde", ",", "hydroxycitronellal", ",", "isoeugenol", ",", "lyral", ",", "musk", "ambrette", ",", "oak", "moss", "absolute", ",", "oil", "cedar", ",", "oil", "neroli", ",", "oil", "bergamot", ",", "oil", "of", "cinnamon", ",", "oil", "of", "cloves", ",", "oil", "of", "eucalyptus", ",", "oil", "of", "laurel", ",", "oil", "of", "lemon", ",", "oil", "of", "lemon", "grass", ",", "oil", "of", "rose", ",", "oil", "of", "rosemary", ",", "phenyl", "salicilate", ",", "salicylaldehide", ",", "vanillin", ")", "and", "with", "a", "battery", "of", "plants", "(", "achillea", "millefolium", ",", "alantolactone", ",", "arnica", "montana", ",", "chamomilla", "romana", ",", "chrysanthemum", "cineariaefolium", ",", "diallyl", "disulfhide", ",", "holm", "oak", "moss", "absolute", ",", "primin", ",", "propolis", ",", "tanacetum", "vulgare", ",", "taraxacum", "officinale", ",", "ac", ".", "usnic", "acid", ",", "alpha-methylene-gamma-butyrolactone", ",", "alpha-papinene", "and", "Scandinavian", "turpentine", ")", ",", "both", "from", "Martí", "Tor", "Alergia", "®", ",", "obtaining", "only", "a", "weak", "positive", "test", "for", "alpha-papinene", "at", "48", "and", "96", "hours", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 21 }, { "text": "Neem", "label": "SPECIES", "start": 468, "end": 472 }, { "text": "Azadirachta indica", "label": "SPECIES", "start": 484, "end": 502 }, { "text": "orange", "label": "SPECIES", "start": 1031, "end": 1037 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 1219, "end": 1227 }, { "text": "Neem", "label": "SPECIES", "start": 1113, "end": 1117 }, { "text": "cedar", "label": "SPECIES", "start": 955, "end": 960 }, { "text": "laurel", "label": "SPECIES", "start": 969, "end": 975 }, { "text": "lemon grass", "label": "SPECIES", "start": 999, "end": 1010 }, { "text": "lemon", "label": "SPECIES", "start": 999, "end": 1004 }, { "text": "lemon", "label": "SPECIES", "start": 1018, "end": 1023 }, { "text": "clove", "label": "SPECIES", "start": 962, "end": 967 }, { "text": "bergamot", "label": "SPECIES", "start": 945, "end": 953 }, { "text": "eucalyptus", "label": "SPECIES", "start": 977, "end": 987 }, { "text": "lavender", "label": "SPECIES", "start": 989, "end": 997 }, { "text": "lime", "label": "SPECIES", "start": 1012, "end": 1016 }, { "text": "neroli", "label": "SPECIES", "start": 1039, "end": 1045 }, { "text": "sandalwood", "label": "SPECIES", "start": 1050, "end": 1060 }, { "text": "plants", "label": "SPECIES", "start": 2019, "end": 2025 }, { "text": "cedar", "label": "SPECIES", "start": 1788, "end": 1793 }, { "text": "laurel", "label": "SPECIES", "start": 1879, "end": 1885 }, { "text": "lemon grass", "label": "SPECIES", "start": 1908, "end": 1919 }, { "text": "lemon", "label": "SPECIES", "start": 1894, "end": 1899 }, { "text": "lemon", "label": "SPECIES", "start": 1908, "end": 1913 }, { "text": "rosehip", "label": "SPECIES", "start": 1345, "end": 1352 }, { "text": "cinnamon", "label": "SPECIES", "start": 1828, "end": 1836 }, { "text": "cloves", "label": "SPECIES", "start": 1845, "end": 1851 }, { "text": "rosemary", "label": "SPECIES", "start": 1941, "end": 1949 }, { "text": "achillea millefolium", "label": "SPECIES", "start": 2027, "end": 2047 }, { "text": "arnica montana", "label": "SPECIES", "start": 2064, "end": 2078 }, { "text": "moss", "label": "SPECIES", "start": 1769, "end": 1773 }, { "text": "moss", "label": "SPECIES", "start": 2159, "end": 2163 }, { "text": "tanacetum vulgare", "label": "SPECIES", "start": 2192, "end": 2209 }, { "text": "taraxacum officinale", "label": "SPECIES", "start": 2211, "end": 2231 }, { "text": "bergamot", "label": "SPECIES", "start": 1811, "end": 1819 }, { "text": "eucalyptus", "label": "SPECIES", "start": 1860, "end": 1870 }, { "text": "neroli", "label": "SPECIES", "start": 1799, "end": 1805 }, { "text": "argan", "label": "SPECIES", "start": 1334, "end": 1339 }, { "text": "oak moss", "label": "SPECIES", "start": 1765, "end": 1773 }, { "text": "oak moss", "label": "SPECIES", "start": 2155, "end": 2163 }, { "text": "rose", "label": "SPECIES", "start": 1928, "end": 1932 }, { "text": "chamomilla romana", "label": "SPECIES", "start": 2080, "end": 2097 }, { "text": "chrysanthemum cineariaefolium", "label": "SPECIES", "start": 2099, "end": 2128 }, { "text": "holm oak", "label": "SPECIES", "start": 2150, "end": 2158 } ]

[ "A", "49-year-old", "man", "with", "a", "history", "of", "asthma", ",", "dyslipidaemia", ",", "HIV", "positive", "on", "antiretroviral", "treatment", "(", "abacavir", ",", "lamivudine", ",", "dolutegravir", ")", ",", "treated", "primary", "syphilis", "and", "bipolar", "disorder", ".", "No", "allergies", ",", "smoker", ",", "social", "drinker", "with", "no", "other", "intoxicants", ".", "Three", "weeks", "before", "admission", "he", "presented", "with", "fever", ",", "rectal", "tenesmus", "and", "proctalgia", ".", "An", "ultrasound", "and", "abdominal", "CT", "scan", "showed", "hepatomegaly", "suggestive", "of", "steatosis", "and", "non-obstructive", "calcific", "lithiasis", ".", "He", "received", "no", "treatment", ".", "Subsequently", ",", "he", "presented", "fever", "with", "chills", "and", "significant", "deterioration", "of", "general", "condition", ".", "A", "transthoracic", "echocardiogram", "showed", "aortic", "valve", "vegetation", ".", "He", "was", "referred", "for", "admission", ".", "Physical", "examination", "was", "normal", ",", "with", "no", "murmurs", ".", "CBC", "showed", "lymphocytes", "1", ",", "300", "/", "ul", "and", "elevated", "CRP", "(", "42", "mg", "/", "l", ")", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "a", "calcific", "image", "of", "calcification", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "a", "calcified", "image", "in", "the", "left", "hilum", ".", "Normal", "ECG", ".", "With", "the", "suspected", "diagnosis", "of", "acute", "endocarditis", "on", "native", "aortic", "valve", "in", "an", "immunocompetent", "HIV", "patient", ",", "blood", "cultures", "were", "performed", "and", "treatment", "was", "started", "with", "cloxacillin", ",", "ampicillin", "and", "gentamicin", ".", "During", "admission", "the", "following", "tests", "were", "performed", ":", "blood", "tests", "with", "CRP", "96", ".", "3", "mg", "/", "l", ",", "ESR", "55", "mm", "and", "GPT", "72", "U", "/", "L", ",", "GGT", "197", "U", "/", "L", ",", "LDH", "402", "U", "/", "L", ";", "transesophageal", "echocardiogram", "confirmed", "the", "diagnosis", "and", "ruled", "out", "complications", ";", "rectoanuscopy", "showed", "lesions", "in", "the", "rectal", "mucosa", "compatible", "with", "proctitis", ";", "anal", "smear", "with", "PCR", "for", "Chlamydia", "trachomatis", "was", "positive", "(", "serotype", "L2B", "negative", ")", ";", "stool", "culture", "was", "negative", ";", "blood", "cultures", "at", "3", "weeks", "were", "negative", ".", "Suspecting", "possible", "endocarditis", "with", "negative", "blood", "cultures", ",", "infectious", "serology", "was", "performed", "with", "only", "positive", "results", "for", "Chlamydia", "trachomatis", "at", "very", "high", "titres", "of", "1", "/", "256", ".", "Azithromycin", "1", "g", "was", "added", "to", "the", "treatment", "and", "doxycycline", "was", "started", ".", "In", "summary", ",", "this", "is", "an", "immunocompetent", "HIV-positive", "patient", "who", "initially", "presented", "with", "digestive", "symptoms", "of", "proctalgia", "and", "rectal", "tenesmus", "secondary", "to", "proctitis", "caused", "by", "Chlamydia", "Trachomatis", ".", "Subsequently", ",", "he", "developed", "systemic", "involvement", ",", "high", "fever", "and", "chills", "and", "was", "diagnosed", "by", "echocardiogram", "as", "possibly", "having", "acute", "aortic", "endocarditis", ".", "Blood", "cultures", "were", "negative", "after", "3", "weeks", ",", "so", "we", "considered", "the", "differential", "diagnosis", "of", "endocarditis", "with", "negative", "blood", "cultures", ".", "The", "infectious", "serology", "study", "showed", "a", "very", "high", "titre", "for", "Chlamydia", "trachomatis", "with", "negative", "serotype", "L2B", ",", "which", "could", "support", "the", "diagnosis", "of", "Chlamydia", "trachomatis", "endocarditis", ",", "a", "very", "rare", "pathology", "with", "very", "few", "cases", "described", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 59, "end": 62 }, { "text": "antiretroviral", "label": "SPECIES", "start": 75, "end": 89 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1001, "end": 1004 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1005, "end": 1012 }, { "text": "Chlamydia trachomatis", "label": "SPECIES", "start": 1437, "end": 1458 }, { "text": "Chlamydia trachomatis", "label": "SPECIES", "start": 1694, "end": 1715 }, { "text": "Chlamydia Trachomatis", "label": "SPECIES", "start": 1994, "end": 2015 }, { "text": "Chlamydia trachomatis", "label": "SPECIES", "start": 2363, "end": 2384 }, { "text": "Chlamydia trachomatis", "label": "SPECIES", "start": 2450, "end": 2471 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1858, "end": 1861 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1871, "end": 1878 } ]

[ "Anamnesis", "Male", "farmer", ",", "75", "years", "old", ",", "allergic", "to", "NSAIDs", ",", "with", "a", "personal", "history", "of", "dyslipidaemia", "and", "COPD", ".", "He", "consulted", "the", "doctor", "for", "the", "presence", "of", "an", "ulcerated", "lesion", "on", "the", "back", "of", "the", "right", "hand", ",", "which", "had", "developed", "over", "a", "3-month", "period", "and", "was", "progressively", "growing", ",", "following", "an", "accidental", "trauma", "with", "a", "plough", "while", "he", "was", "working", "in", "the", "fields", ".", "Subsequently", ",", "other", "smaller", "subcutaneous", "lesions", "appeared", "progressively", ",", "advancing", "proximally", ",", "on", "the", "right", "forearm", "and", "arm", ".", "No", "fever", "or", "other", "associated", "systemic", "symptoms", ".", "Physical", "examination", "There", "was", "an", "ulcerous", ",", "crusted", ",", "indurated", "plaque", "with", "sero-purulent", "discharge", ",", "2", "cm", "in", "diameter", ",", "located", "on", "the", "dorsum", "of", "the", "right", "hand", ".", "There", "were", "three", "other", "nodular", "lesions", ",", "with", "an", "erythematous", "surface", "and", "a", "diameter", "of", "one", "centimetre", ",", "on", "the", "ipsilateral", "forearm", "and", "arm", ",", "following", "the", "lymphatic", "tract", ".", "Complementary", "examinations", "In", "view", "of", "these", "findings", ",", "culture", "and", "incisional", "biopsy", "of", "the", "lesion", "on", "the", "dorsum", "of", "the", "hand", "were", "performed", "for", "microbiological", "and", "histopathological", "study", "respectively", ".", "The", "histopathological", "study", "showed", "marked", "irregular", ",", "pseudoepitheliomatous", "epidermal", "hyperplasia", "with", "multiple", "dermal", "and", "intraepidermal", "microabscesses", "and", "a", "mixed", "cellular", "inflammatory", "infiltrate", "at", "the", "dermal", "level", "consisting", "of", "lymphocytes", ",", "plasma", "cells", ",", "histiocytes", "and", "some", "eosinophils", ".", "In", "the", "centre", "of", "the", "microabscesses", "there", "were", "numerous", "nuclear", "fragments", "with", "cellular", "detritus", "that", "appeared", "to", "be", "expelled", "through", "tracts", "or", "sinuses", "towards", "the", "epidermal", "surface", ".", "With", "the", "PAS", "technique", ",", "at", "the", "level", "of", "the", "microabscesses", ",", "very", "few", "and", "doubtful", "images", "were", "observed", "that", "could", "correspond", "to", "fungal", "spores", ",", "although", "they", "were", "not", "conclusive", ".", "The", "microbiological", "study", "proved", "to", "be", "inconclusive", ",", "as", "Sporothrix", "globosa", ",", "which", "is", "part", "of", "the", "Sporothrix", "schenckii", "complex", ",", "was", "isolated", "in", "the", "culture", ".", "Diagnosis", "The", "data", "obtained", "in", "the", "anamnesis", ",", "together", "with", "the", "physical", "examination", "and", "the", "complementary", "tests", "established", "the", "diagnosis", "of", "sporotrichosis", ".", "Treatment", "Given", "the", "clinical", "suspicion", "of", "sporotrichosis", ",", "prior", "to", "microbiological", "confirmation", ",", "empirical", "treatment", "with", "Itraconazole", "200", "mg", "/", "day", "for", "12", "weeks", "was", "started", ".", "Evolution", "A", "very", "good", "evolution", "was", "observed", "after", "four", "weeks", "of", "treatment", "with", "complete", "resolution", "of", "the", "lesions", "6", "weeks", "later", "." ]

[ 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Male", "label": "HUMAN", "start": 10, "end": 14 }, { "text": "farmer", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 21 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 64, "end": 72 }, { "text": "spores", "label": "SPECIES", "start": 1672, "end": 1678 }, { "text": "Sporothrix schenckii complex", "label": "SPECIES", "start": 1812, "end": 1840 }, { "text": "Sporothrix globosa", "label": "SPECIES", "start": 1771, "end": 1789 } ]

[ "The", "patient", "was", "admitted", "to", "our", "unit", "at", "45", "days", "of", "life", "(", "day", "0", ")", "for", "moderate", "to", "severe", "dehydration", "due", "to", "acute", "gastroenteritis", ".", "Interesting", "data", "include", ":", "preterm", "newborn", "of", "32", "weeks", "gestational", "age", "with", "adequate", "birth", "weight", "(", "2", ",", "060", "g", ")", "and", "Down", "'", "s", "syndrome", ",", "diagnosed", "in", "the", "first", "week", "of", "life", "of", "TF", ".", "Prior", "to", "admission", "he", "had", "not", "presented", "any", "hypoxic", "crisis", ".", "His", "weight", "curve", "was", "adequate", ".", "Ultrasound", "(", "Sonos", "100", "CF", ",", "Hewlett", "Packard", ",", "Massachusetts", ",", "USA", ")", "showed", "a", "pulmonary", "stenosis", "gradient", "of", "70", "mmHg", ",", "baseline", "O2", "saturation", "was", "92", "%", "with", "O2", "at", "0", ".", "5", "bpm", "in", "nasal", "goggles", ",", "non-invasive", "mean", "arterial", "pressure", "(", "MAP", ")", "ranged", "between", "50", "and", "55", "mmHg", "(", "50-90", "percentile", "for", "his", "age", ")", ".", "On", "the", "third", "day", "he", "presented", "acute", "hypovolaemic", "shock", "due", "to", "severe", "diarrhoea", ",", "requiring", "volume", "expansion", ",", "intubation", "and", "connection", "to", "mechanical", "ventilation", "(", "MV", ")", ".", "After", "a", "good", "clinical", "response", ",", "the", "patient", "was", "extubated", "after", "6", "hours", "with", "good", "clinical", "and", "gasometric", "tolerance", ".", "On", "the", "fifth", "day", "he", "started", "with", "progressive", "dyspnoea", ",", "cyanosis", ",", "bilateral", "crackles", "without", "wheezing", ",", "requiring", "reintubation", "and", "connection", "to", "MV", "(", "Babylog", "8000", "plus", ",", "Dräger", "Medizintechnik", "GMBH", ".", "Lübeck", ",", "Germany", ")", ".", "Respiratory", "syncytial", "virus", "(", "RSV", ")", "testing", "in", "nasal", "mucus", "was", "negative", ".", "On", "day", "8", "he", "developed", "progressive", "oligoanuria", "with", "generalised", "oedema", "(", "maximum", "weight", "gain", "of", "16", "%", "on", "day", "9", ")", "and", "increased", "oxygen", "requirements", "(", "FiO2", ":", "100", "%", ")", ",", "with", "significant", "decrease", "in", "lung", "compliance", "and", "severe", "refractory", "hypoxaemia", "(", "transcutaneous", "saturation", "<", "70", "%", ")", ".", "Invasive", "MAT", "remained", "higher", "than", "45", "mmHg", "(", "5th", "percentile", "for", "her", "age", ":", "43", "mmHg", ")", ":", "there", "was", "no", "pathological", "thermal", "gradient", "or", "coagulopathy", ".", "On", "auscultation", ",", "the", "heart", "murmur", "changed", "characteristics", ",", "becoming", "shorter", "and", "less", "intense", "(", "suggestive", "of", "suprasystemic", "PPH", ")", ".", "Prone", "ventilation", "achieved", "only", "slight", "improvement", "for", "2-3", "hours", "(", "oxygenation", "index", "[", "OI", "]", "from", "19", "to", "16", ")", "and", "the", "patient", "could", "not", "tolerate", "positive", "end-expiratory", "pressure", "(", "PEEP", ")", "increases", "greater", "than", "8", "cmH2O", "(", "desaturation", "and", "systemic", "hypotension", ")", ".", "After", "ruling", "out", "infundibular", "spasm", "by", "ultrasound", "and", "verifying", "PPH", "(", "reversal", "of", "ventricular", "septal", "defect", "[", "VSD", "]", "shunt", ")", ",", "treatment", "was", "started", "with", "ONI", "at", "40", "bpm", ".", "Subsequently", ",", "after", "a", "good", "response", ",", "it", "was", "maintained", "at", "20", "bpm", ".", "ONI", "and", "nitrous", "oxide", "(", "NOxPUMP", "plus", ",", "Bedfont", "Scientific", "Ltd", ",", "Upchurch", "Kent", ",", "England", ")", "were", "continuously", "monitored", ",", "the", "latter", "being", "maintained", "in", "ranges", "below", "3", "ppm", ".", "The", "patient", "was", "also", "treated", "with", "dopamine", "perfusion", "at", "8", "μg", "/", "kg", "/", "minute", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "bilateral", "alveolar", "infiltrates", "and", "mild", "pulmonary", "oligoperfusion", ".", "Bronchoalveolar", "lavage", "isolated", "Pseudomonas", "aeruginosa", "and", "antibiotic", "treatment", "was", "started", ".", "On", "day", "12", ",", "resolution", "of", "the", "acute", "renal", "failure", "and", "oedema", "was", "observed", ",", "without", "having", "received", "treatment", "with", "renal", "function", "replacement", "agents", ".", "From", "day", "30", ",", "a", "progressive", "improvement", "in", "respiratory", "dynamics", "was", "observed", ",", "tolerating", "the", "progressive", "weaning", "of", "ONI", "(", "previously", "it", "had", "not", "been", "possible", "to", "reduce", "it", "to", "less", "than", "15", "ppm", "because", "the", "patient", "could", "not", "tolerate", "it", ")", ".", "On", "day", "35", "the", "patient", "was", "extubated", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Respiratory syncytial virus", "label": "SPECIES", "start": 1170, "end": 1197 }, { "text": "RSV", "label": "SPECIES", "start": 1199, "end": 1202 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4, "end": 11 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 877, "end": 884 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1891, "end": 1898 }, { "text": "newborn", "label": "HUMAN", "start": 163, "end": 170 }, { "text": "Pseudomonas aeruginosa", "label": "SPECIES", "start": 2614, "end": 2636 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2429, "end": 2436 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3024, "end": 3031 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3070, "end": 3077 } ]

[ "Female", "patient", "aged", "62", "years", ",", "obese", ",", "diabetic", "and", "hypertensive", "for", "a", "year", ".", "For", "the", "last", "6", "months", "she", "has", "been", "complaining", "of", "sporadic", ",", "low-intensity", "right", "lumbar", "pain", ".", "Physical", "examination", "was", "normal", ".", "An", "abdominal", "ultrasound", "was", "performed", ",", "which", "showed", "a", "hypoechogenic", "right", "adrenal", "mass", "of", "80mm", ",", "compressing", "the", "upper", "pole", "of", "the", "right", "kidney", ".", "A", "descending", "urogram", "showed", "an", "expansive", "process", "in", "the", "right", "adrenal", "gland", ",", "the", "upper", "pole", "of", "the", "right", "kidney", "was", "displaced", "downwards", ".", "On", "helical", "CT", "scan", ",", "tumour", "mass", "with", "a", "larger", "diameter", "of", "8", ".", "7x76", "cm", "with", "irregular", "contours", ",", "heterogeneous", "density", "of", "100", "-", "37", "HU", ",", "septate", ",", "compatible", "with", "adrenal", "tumour", "of", "fatty", "density", ".", "Figure", "1", "The", "hormonal", "study", "for", "cortisol", "determination", "was", "normal", ".", "The", "patient", "underwent", "surgery", "via", "lumbar", "approach", ".", "Trans-operative", "findings", "were", "a", "tumour", "located", "in", "the", "right", "adrenal", "gland", ",", "well", "demarcated", "with", "irregular", "borders", "and", "lobulations", ".", "Right", "adrenalectomy", "was", "performed", "without", "complications", ".", "The", "patient", "'", "s", "postoperative", "evolution", "was", "favourable", "and", "she", "remained", "asymptomatic", ".", "The", "pathologist", "reported", "the", "specimen", "weighing", "171", ".", "4", "g", ",", "measuring", "9", "x", "8", "x", "6", "cm", ",", "with", "yellow-orange", "areas", "and", "other", "areas", "of", "haemorrhage", "and", "adipose", "tissue", "alternating", "with", "areas", "of", "calcifications", ".", "Histopathological", "examination", ":", "myelolipoma", "of", "the", "adrenal", "gland", "with", "extensive", "areas", "of", "calcifications", "." ]

[ 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 7, "end": 14 }, { "text": "Female patient", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 14 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 743, "end": 750 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 982, "end": 989 }, { "text": "pathologist", "label": "HUMAN", "start": 1066, "end": 1077 } ]

[ "41-year-old", "male", ",", "no", "known", "adverse", "drug", "reactions", ",", "smoker", "of", "6", "cigarettes", "a", "day", ",", "denies", "other", "toxins", ".", "His", "personal", "history", "includes", "depression", "after", "the", "death", "of", "his", "parents", ",", "and", "erectile", "dysfunction", "without", "organic", "cause", ".", "He", "has", "undergone", "surgery", "for", "perianal", "fistula", "and", "ankle", "osteosynthesis", "due", "to", "an", "accident", ".", "He", "does", "not", "undergo", "treatment", "on", "a", "regular", "basis", ".", "From", "a", "rural", "area", ",", "in", "contact", "with", "cattle", ",", "dogs", "and", "cats", ".", "She", "denies", "consumption", "of", "unpasteurised", "products", ",", "as", "well", "as", "recent", "trips", ",", "bites", "and", "risky", "sexual", "contacts", ".", "Family", "history", ":", "father", "died", "as", "a", "result", "of", "colon", "cancer", ".", "The", "patient", "came", "to", "the", "emergency", "department", "with", "fever", "of", "up", "to", "40oC", ",", "headache", "and", "intense", "asthenia", ",", "of", "five", "days", "'", "evolution", ",", "with", "no", "other", "accompanying", "symptoms", ".", "On", "examination", ",", "he", "was", "haemodynamically", "stable", ",", "tachycardic", "and", "had", "painful", "hepatomegaly", ".", "No", "skin", "or", "joint", "involvement", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "pancytopenia", ":", "haemoglobin", "(", "Hb", ")", "12", ".", "8", "mg", "/", "dl", ",", "leukocytes", "3", ",", "910", "/", "mm3", ",", "platelets", "43", ",", "000", "/", "mm3", "(", "Normal", ":", "150", ",", "000-450", ".", "000", ")", ",", "increased", "transaminases", ":", "aspartate", "aminotransferase", "-", "AST", "-", "297", "U", "/", "L", "(", "N", ":", "0-37", ")", ",", "alanine", "aminotransferase", "-", "ALT", "-", "354", "U", "/", "L", "(", "N", ":", "0-40", ")", ",", "lactate", "dehydrogenase", "(", "LDH", ")", "1536", "U", "/", "L", "(", "N", ":", "<", "460", ")", "and", "C-reactive", "protein", "(", "CRP", ")", "220", "mg", "/", "L", "(", "N", ":", "1-4", ")", ".", "Renal", "function", "and", "ions", "were", "within", "normal", "values", ".", "Serial", "blood", "cultures", ",", "urine", "cultures", "and", "serology", "were", "drawn", ".", "Chest", "X-ray", "with", "no", "images", "of", "condensation", ".", "Abdominal", "ultrasound", "showed", "the", "spleen", "at", "the", "upper", "limit", "of", "normality", "(", "12", ".", "7", "cm", ")", ".", "Suspicion", "of", "zoonosis", "was", "raised", "on", "the", "basis", "of", "the", "medical", "history", "and", "treatment", "with", "doxycycline", "was", "started", ".", "During", "admission", "the", "fever", "was", "well", "tolerated", ",", "progressively", "decreasing", ",", "until", "there", "was", "only", "one", "episode", "per", "day", ",", "without", "sweating", ".", "There", "were", "no", "episodes", "of", "bleeding", "or", "haematomas", ".", "Blood", "cultures", "were", "repeatedly", "negative", ",", "as", "was", "the", "urine", "culture", ".", "Serology", "showed", "a", "past", "infection", "with", "cytomegalovirus", "(", "CMV", ")", "and", "Epstein-Barr", "virus", "(", "EBV", ")", ",", "negative", "hepatotropic", "viruses", ".", "Coxiella", "burnetii", ",", "Bartonella", "quintana", "and", "B", ".", "henselae", ",", "Leptospira", "spp", ".", ",", "Rickettsia", "spp", ".", ",", "Brucella", "sp", ".", ",", "Toxoplasma", "gondii", "negative", "and", "pending", "parvovirus", "B19", ",", "and", "also", "2nd", "serology", ".", "Malaria", "antigen", "and", "Giemsa", "stain", "negative", ".", "Serology", "for", "Leishmania", "spp", ".", "was", "requested", ",", "but", "due", "to", "lack", "of", "availability", "in", "the", "microbiology", "laboratory", "it", "was", "not", "performed", ".", "For", "the", "diagnosis", "of", "human", "immunodeficiency", "virus", "(", "HIV", ")", ",", "both", "serology", "and", "quantitative", "determination", "of", "viral", "load", "were", "performed", ",", "and", "both", "were", "negative", ".", "Mantoux", "and", "interferon", "gamma", "(", "IFN-gamma", ")", "were", "requested", "and", "were", "negative", ".", "Microscopy", "of", "samples", "stained", "with", "Ziehl-Neelsen", "stains", "showed", "no", "evidence", "of", "acid-fast", "bacilli", "(", "AFB", ")", ",", "and", "the", "mycobacterial", "culture", "obtained", "at", "this", "time", "was", "also", "negative", "after", "the", "46-day", "study", "period", ".", "At", "the", "next", "analytical", "control", ",", "there", "was", "an", "improvement", "in", "both", "transaminases", "and", "inflammatory", "parameters", ".", "Reticulocytes", "were", "3", ".", "04", "%", "(", "N", ":", "0", ".", "5-1", ".", "5", ")", ",", "suggesting", "a", "peripheral", "origin", "of", "the", "anaemia", ".", "The", "direct", "Coombs", "'", "test", "was", "positive", ",", "suggesting", "haemolytic", "anaemia", ".", "In", "the", "peripheral", "blood", "smear", ",", "no", "morphological", "alterations", "were", "observed", "that", "would", "point", "to", "the", "origin", "of", "the", "pancytopenia", ",", "so", "the", "haematology", "department", "was", "contacted", ".", "A", "bone", "marrow", "aspirate", "and", "biopsy", "were", "performed", ",", "and", "a", "direct", "cytohistochemical", "study", "was", "requested", ",", "together", "with", "staining", "and", "culture", "to", "rule", "out", "infection", "by", "mycobacteria", ",", "leishmaniasis", "and", "Brucella", ";", "no", "abnormalities", "were", "reported", "in", "the", "staining", "or", "cytometry", ".", "During", "the", "time", "of", "admission", "the", "patient", "remained", "asymptomatic", ",", "except", "for", "the", "presence", "of", "isolated", ",", "well-tolerated", "episodes", "of", "fever", "without", "sweating", "that", "subsided", "with", "antipyretics", ",", "and", "he", "was", "haemodynamically", "stable", ".", "It", "was", "agreed", "with", "the", "patient", "to", "continue", "the", "study", "on", "an", "outpatient", "basis", ".", "However", ",", "the", "patient", "was", "readmitted", "after", "3", "days", "due", "to", "persistence", "of", "fever", "despite", "antipyretic", "treatment", ",", "and", "the", "febrile", "syndrome", "began", "to", "be", "poorly", "tolerated", ".", "The", "physical", "examination", "was", "unremarkable", ",", "and", "in", "the", "analytical", "control", "the", "pancytopenia", "persisted", ".", "A", "CT", "scan", "of", "the", "chest", "and", "abdomen", "revealed", "small", "non-specific", "mediastinal", "lymphadenopathies", ",", "mild", "splenomegaly", "(", "13", ".", "6", "cm", ")", "and", "retrocrural", "and", "periaortic", "lymphadenopathies", ".", "The", "bone", "marrow", "biopsy", "was", "repeated", ",", "showing", "a", "poor", "representation", "of", "the", "myeloid", "series", "and", "dysplastic", "megakaryocytes", ",", "with", "mild", "fibrosis", ".", "Cytology", "ruled", "out", "lymphomatous", "infiltration", ".", "An", "autoimmune", "study", "was", "requested", ",", "initially", "anti-smooth", "muscle", "antibodies", "and", "antinuclear", "antibodies", "(", "ANA", ")", "were", "positive", "(", "nucleolar", "pattern", "1", "/", "160", ")", ",", "subsequently", "normalising", ".", "The", "proteinogram", "and", "tumour", "markers", "were", "normal", ".", "Elevation", "of", "triglycerides", "(", "TG", ")", "211", "mg", "/", "dl", "(", "N", "<", "150", ")", "and", "ferritin", ",", "4190", "ng", "/", "ml", "(", "N", "12-300", "in", "males", ")", ".", "The", "patient", "developed", "jaundice", ",", "with", "worsening", "liver", "function", ":", "GOT", "and", "GPT", ">", "1000", "U", "/", "l", ",", "total", "bilirubin", "8-16", "mg", "/", "dl", "(", "N", ":", "0", ".", "0-1", ".", "0", ")", "at", "the", "expense", "of", "the", "direct", "fraction", ",", "elevated", "lactate", "dehydrogenase", "(", "LDH", ")", ",", "alkaline", "phosphatase", "(", "ALP", ")", "and", "gamma", "glutamyl", "transpeptidase", "(", "GGT", ")", ".", "A", "transjugular", "liver", "biopsy", "was", "performed", ",", "showing", "submassive", "necrosis", "of", "probably", "toxic", "origin", ",", "as", "well", "as", "abundant", "ferric", "pigment", "in", "the", "Kupffer", "cells", ".", "In", "this", "context", ",", "liver", "MRI", "was", "requested", ",", "where", "moderate", "iron", "overload", "was", "observed", ",", "with", "no", "images", "of", "masses", ".", "The", "liver", "sample", "was", "stained", "with", "Congo", "Red", "stain", ",", "which", "was", "negative", ".", "Differential", "diagnosis", "The", "differential", "diagnosis", "in", "a", "young", "male", "with", "high", "fever", "of", "community", "origin", ",", "pancytopenia", "and", "liver", "alterations", "should", "include", "mainly", "pathology", "of", "infectious", "causes", "such", "as", "those", "detailed", "below", ",", "especially", "in", "our", "environment", ":", "bacterial", ":", "zoonosis", ",", "tuberculous", "and", "non-tuberculous", "mycobacterial", "infections", ";", "parasites", "(", "malaria", "and", "leishmaniasis", ")", ",", "viral", "(", "HIV", ",", "hepatotropic", "viruses", ",", "parvovirus", "B19", ")", ".", "On", "the", "other", "hand", ",", "haematological", "diseases", "with", "malignant", "invasion", "of", "MO", "(", "myelofibrosis", ",", "leukaemia", ",", "lymphoma", ")", "or", "myelodysplastic", "syndromes", ".", "Haemophagocytic", "syndrome", "would", "also", "be", "included", "in", "the", "differential", "diagnosis", ",", "as", "well", "as", "other", "liver", "diseases", "and", "autoimmune", "diseases", ".", "Possible", "toxic", "effects", "of", "pharmacological", "or", "chemical", "agents", "(", "cytotoxins", ",", "benzene", ",", "antiepileptics", ",", "etc", ".", ")", "should", "always", "be", "included", "in", "the", "differential", "diagnosis", ".", "Infiltrative", "diseases", "such", "as", "Gaucher", "disease", ",", "haemochromatosis", "or", "amyloidosis", "are", "also", "considered", "as", "potential", "causes", "of", "splenomegaly", ".", "Evolution", "Serologies", "were", "repeated", "and", "were", "positive", "for", "IgG", "and", "IgM", "of", "parvovirus", "B19", ",", "the", "rest", "negative", ".", "Given", "the", "persistence", "of", "pancytopenia", ",", "the", "bone", "marrow", "study", "was", "repeated", ",", "where", "haemophagocytosis", "was", "observed", ":", "proliferation", "of", "histiocytes", "of", "normal", "morphology", "with", "intense", "phagocytic", "activity", "of", "haemopoietic", "cells", ".", "No", "parasites", "were", "found", ".", "The", "diagnosis", "of", "haemophagocytic", "syndrome", "was", "confirmed", "on", "the", "basis", "of", "the", "following", "criteria", ":", "fever", ",", "compatible", "cytology", ",", "splenomegaly", "and", "cytopenias", "in", "all", "three", "series", ".", "The", "bone", "marrow", "study", "did", "not", "reveal", "the", "presence", "of", "parasites", "or", "other", "microorganisms", ".", "The", "reactivation", "of", "a", "parvovirus", "B19", "infection", "evidenced", "by", "serology", "is", "now", "postulated", "as", "a", "possible", "cause", ".", "Given", "the", "poor", "clinical", "evolution", "of", "the", "patient", ",", "with", "worsening", "liver", "function", ",", "the", "Haematology", "Department", "accepted", "the", "patient", "and", "started", "chemotherapy", "treatment", "for", "SHF", "with", "Etoposide", "and", "Dexamethasone", ",", "according", "to", "the", "HLH-94", "protocol", ".", "After", "the", "first", "cycle", "of", "chemotherapy", ",", "there", "was", "an", "improvement", "in", "the", "hepatic", "parameters", ",", "to", "the", "point", "of", "complete", "normalisation", ",", "so", "it", "was", "not", "necessary", "to", "add", "cyclosporine", ".", "Two", "months", "later", ",", "the", "patient", "was", "discharged", "from", "haematology", "for", "outpatient", "follow-up", ".", "However", ",", "given", "the", "persistence", "of", "fever", "and", "pancytopenia", ",", "and", "despite", "not", "being", "included", "in", "the", "protocol", "for", "action", "in", "the", "case", "of", "haemophagocytic", "syndrome", ",", "a", "repeat", "bone", "marrow", "study", "was", "performed", ",", "and", "the", "cytology", "showed", "Leishmania", "spp", ".", "amastigotes", ",", "with", "an", "absence", "of", "haemophagocytosis", ".", "In", "view", "of", "this", "circumstance", ",", "and", "in", "order", "to", "date", "the", "chronology", "of", "the", "leishmaniasis", ",", "a", "sample", "of", "the", "patient", "from", "the", "serum", "collection", "of", "the", "Microbiology", "laboratory", "was", "used", ",", "corresponding", "to", "the", "first", "admission", ",", "and", "given", "that", "the", "technique", "was", "already", "available", ",", "serology", "for", "Leishmania", "spp", ".", "was", "requested", ".", "This", "was", "positive", ",", "indicating", "that", "the", "patient", "was", "already", "infected", "by", "Leishmania", "spp", ".", "at", "the", "beginning", "of", "the", "symptoms", ",", "despite", "not", "having", "been", "documented", "in", "the", "repeated", "bone", "marrow", "studies", ".", "Final", "diagnosis", "The", "final", "diagnosis", "is", "haemophagocytic", "syndrome", "secondary", "to", "visceral", "leishmaniasis", "(", "VL", ")", "in", "an", "immunocompetent", "patient", ",", "who", "secondarily", "develops", "acute", "hepatitis", "with", "submassive", "necrosis", "and", "acute", "liver", "failure", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 12, "end": 16 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 530, "end": 536 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 591, "end": 598 }, { "text": "father", "label": "HUMAN", "start": 546, "end": 552 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 166, "end": 173 }, { "text": "dogs", "label": "SPECIES", "start": 407, "end": 411 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 106, "end": 114 }, { "text": "cattle", "label": "SPECIES", "start": 399, "end": 405 }, { "text": "cats", "label": "SPECIES", "start": 416, "end": 420 }, { "text": "sexual contacts", "label": "HUMAN", "start": 513, "end": 528 }, { "text": "Brucella sp", "label": "SPECIES", "start": 2049, "end": 2060 }, { "text": "Brucella", "label": "SPECIES", "start": 2049, "end": 2057 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 1893, "end": 1896 }, { "text": "Coxiella burnetii", "label": "SPECIES", "start": 1959, "end": 1976 }, { "text": "Rickettsia spp", "label": "SPECIES", "start": 2032, "end": 2046 }, { "text": "Toxoplasma gondii", "label": "SPECIES", "start": 2063, "end": 2080 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 1922, "end": 1925 }, { "text": "cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 1876, "end": 1891 }, { "text": "Epstein-Barr virus", "label": "SPECIES", "start": 1902, "end": 1920 }, { "text": "hepatotropic viruses", "label": "SPECIES", "start": 1937, "end": 1957 }, { "text": "Bartonella quintana", "label": "SPECIES", "start": 1978, "end": 1997 }, { "text": "B. henselae", "label": "SPECIES", "start": 2002, "end": 2013 }, { "text": "Leptospira spp", "label": "SPECIES", "start": 2015, "end": 2029 }, { "text": "parvovirus B19", "label": "SPECIES", "start": 2102, "end": 2116 }, { "text": "Brucella", "label": "SPECIES", "start": 3376, "end": 3384 }, { "text": "Leishmania spp", "label": "SPECIES", "start": 2197, "end": 2211 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2364, "end": 2367 }, { "text": "acid-fast bacilli", "label": "SPECIES", "start": 2622, "end": 2639 }, { "text": "mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 3344, "end": 3356 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3480, "end": 3487 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3690, "end": 3697 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 2418, "end": 2423 }, { "text": "human immunodeficiency virus", "label": "SPECIES", "start": 2334, "end": 2362 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3758, "end": 3765 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4691, "end": 4698 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 5672, "end": 5675 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 5356, "end": 5360 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 5547, "end": 5556 }, { "text": "parasites", "label": "SPECIES", "start": 5626, "end": 5635 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 5665, "end": 5670 }, { "text": "hepatotropic viruses", "label": "SPECIES", "start": 5677, "end": 5697 }, { "text": "parvovirus B19", "label": "SPECIES", "start": 5699, "end": 5713 }, { "text": "parasites", "label": "SPECIES", "start": 6620, "end": 6629 }, { "text": "parvovirus B19", "label": "SPECIES", "start": 6363, "end": 6377 }, { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 6887, "end": 6901 }, { "text": "parasites", "label": "SPECIES", "start": 6868, "end": 6877 }, { "text": "parvovirus B19", "label": "SPECIES", "start": 6925, "end": 6939 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 7053, "end": 7060 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 7133, "end": 7140 }, { "text": "Leishmania spp", "label": "SPECIES", "start": 7740, "end": 7754 }, { "text": "Leishmania spp", "label": "SPECIES", "start": 8089, "end": 8103 }, { "text": "Leishmania spp", "label": "SPECIES", "start": 8191, "end": 8205 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 7451, "end": 7458 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 7911, "end": 7918 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 8159, "end": 8166 }, { "text": "amastigotes", "label": "SPECIES", "start": 7756, "end": 7767 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 8441, "end": 8448 } ]

[ "A", "58-year-old", "woman", "diagnosed", "with", "seropositive", ",", "erosive", "and", "nodular", "rheumatoid", "arthritis", "(", "RA", ")", "with", "high", "titres", "of", "rheumatoid", "factor", "for", "15", "years", ".", "She", "had", "received", "previous", "treatment", "with", "different", "disease-modifying", "drugs", "(", "DMARDs", ")", ":", "hydroxychloroquine", ",", "sulfasalazine", ",", "cyclosporine", "and", "leflunomide", ",", "which", "were", "withdrawn", "due", "to", "ineffectiveness", ".", "He", "followed", "background", "treatment", "with", "methotrexate", "25mg", "/", "weekly", "/", "sc", ",", "prednisone", "5-10mg", "/", "day", "variable", "and", "infliximab", "5mg", "/", "kg", "/", "IV", "/", "8", "weeks", "with", "acceptable", "disease", "control", "in", "the", "last", "2", "years", "with", "low", "activity", "without", "reaching", "complete", "remission", ".", "He", "developed", "septic", "arthritis", "of", "the", "right", "ankle", "with", "synovial", "fluid", "culture", "positive", "for", "Staphylococcus", "aureus", ".", "Infliximab", "was", "withdrawn", "and", "treatment", "was", "started", "with", "intravenous", "antibiotherapy", ".", "After", "3", "months", "she", "consulted", "for", "red", "eye", ",", "intense", "periorbital", "pain", "and", "photophobia", ".", "The", "patient", "presented", "with", "an", "upper", "peripheral", "corneal", "infiltrate", "in", "a", "crescent", "shape", "with", "extreme", "stromal", "thinning", "associated", "with", "scleritis", ".", "The", "culture", "of", "the", "corneal", "scraping", "was", "negative", ".", "On", "suspicion", "of", "severe", "QUP", ",", "treatment", "was", "started", "with", "prednisone", "1mg", "/", "kg", "/", "day", "orally", "with", "no", "response", ".", "Megadoses", "of", "methylprednisolone", "1g", "/", "IV", "/", "3", "days", "were", "prescribed", ".", "In", "addition", ",", "surgical", "resection", "of", "the", "conjunctival", "tissue", "adjacent", "to", "the", "QUP", "and", "cyanoacrylate", "adhesive", "was", "performed", "to", "prevent", "ocular", "perforation", ".", "The", "patient", "responded", "poorly", "to", "treatment", ",", "with", "persistent", "pain", ",", "scleritis", "and", "corneal", "infiltrate", ".", "As", "there", "was", "not", "optimal", "control", "of", "her", "underlying", "disease", ",", "we", "decided", "to", "start", "an", "infusion", "of", "rituximab", "1g", "/", "i", ".", "v", ".", "two", "infusions", "15", "days", "apart", ".", "Three", "weeks", "after", "the", "start", "of", "treatment", ",", "there", "was", "significant", "clinical", "improvement", ",", "with", "an", "inactive", "corneal", "leukoma", "without", "scleritis", ".", "She", "is", "currently", "being", "treated", "with", "i", ".", "v", ".", "rituximab", "on", "a", "schedule", "of", "RA", "every", "8", "months", "with", "good", "clinical", "control", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 19 }, { "text": "Staphylococcus aureus", "label": "SPECIES", "start": 670, "end": 691 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 865, "end": 872 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1373, "end": 1380 } ]

[ "Male", "patient", ",", "48", "years", "old", ",", "single", ",", "with", "no", "drug", "allergies", "or", "personal", "history", "of", "interest", ".", "He", "was", "a", "two-pack-a-day", "smoker", "and", "an", "occasional", "drinker", ".", "He", "did", "not", "receive", "medical", "treatment", "at", "home", ".", "He", "came", "to", "the", "emergency", "department", "for", "the", "appearance", "of", "nodular", "dermal", "lesions", "together", "with", "a", "slightly", "pruritic", "maculopapular", "rash", "affecting", "the", "chest", ",", "back", ",", "genital", "region", ",", "upper", "and", "lower", "limbs", ",", "of", "about", "ten", "days", "'", "evolution", ".", "It", "was", "associated", "with", "fever", "up", "to", "38oC", ",", "chills", ",", "nausea", ",", "vomiting", "and", "anorexia", ".", "The", "patient", "denied", "intestinal", "symptoms", ",", "urinary", "symptoms", "or", "macroscopic", "urine", "alterations", ".", "He", "reported", "no", "contact", "with", "animals", "and", "no", "consumption", "of", "water", "or", "unprocessed", "food", ".", "The", "patient", "had", "not", "travelled", "abroad", "and", "had", "no", "recollection", "of", "arthropod", "bites", ".", "He", "reported", "frequent", "risky", "heterosexual", "intercourse", ".", "Physical", "examination", "revealed", "maculopapular", "lesions", "with", "slight", "peripheral", "desquamation", ",", "symmetrical", ",", "located", "mainly", "on", "the", "chest", ",", "back", ",", "upper", "and", "lower", "limbs", ";", "and", "isolated", "skin", "nodules", "on", "the", "chest", "and", "back", ",", "without", "palmo-plantar", "involvement", ".", "He", "also", "showed", "some", "preputial", "genital", "lesions", "similar", "to", "those", "described", ",", "without", "affecting", "the", "glans", "penis", ".", "No", "chancroid", "was", "observed", ".", "The", "otorhinolaryngological", "examination", "showed", "a", "septic", "mouth", ",", "with", "an", "isolated", "whitish", "lesion", "on", "the", "left", "jugal", "mucosa", ",", "close", "to", "the", "labial", "commissure", ",", "as", "well", "as", "a", "fusiform", "tumour", "at", "the", "level", "of", "the", "hard", "palatine", "velum", ",", "of", "medial", "location", ".", "Cardiac", "and", "pulmonary", "auscultation", "and", "abdominal", "examination", "were", "unremarkable", ".", "Complementary", "tests", "performed", "in", "the", "emergency", "department", "showed", "the", "following", "results", ":", "haemoglobin", "15", ".", "7", "g", "/", "dl", ";", "14", ",", "610", "leukocytes", "/", "mm3", "with", "neutrophilia", ";", "monocytosis", "of", "1", ",", "450", "cells", "/", "mm3", ";", "356", ".", "000", "platelets", "/", "mm3", ";", "INR", "of", "0", ".", "99", ";", "normal", "renal", "function", "with", "creatinine", "of", "0", ".", "80", "mg", "/", "dL", ";", "altered", "liver", "profile", ",", "with", "total", "bilirubin", "of", "2", ".", "30", "mg", "/", "dL", ";", "direct", "bilirubin", "of", "1", ".", "40", "mg", "/", "dL", ";", "GOT", "104", "U", "/", "L", ";", "GPT", "249", "U", "/", "L", ";", "GGT", "642", "U", "/", "L", ";", "alkaline", "phosphatase", "998", "U", "/", "L", ";", "sodium", "132", "mEq", "/", "L", ";", "potassium", "4", ".", "6", "mEq", "/", "L", ";", "C-reactive", "protein", "(", "CRP", ")", "36", ".", "85", "mg", "/", "L", ";", "and", "normal", "venous", "blood", "gases", "and", "urine", "system", ".", "Abdominal", "ultrasound", "showed", "a", "slightly", "enlarged", "liver", "with", "no", "other", "alterations", ".", "Blood", "cultures", ",", "urine", "culture", "and", "serology", "for", "Treponema", "pallidum", ",", "cytomegalovirus", ",", "Epstein-Barr", "virus", ",", "varicella-zoster", "virus", ",", "HIV", ",", "HAV", ",", "HBV", ",", "HCV", "and", "herpes", "simplex", "virus", "types", "1", "and", "2", "were", "performed", ".", "Differential", "diagnosis", "Given", "the", "clinical", "features", "and", "the", "results", "of", "the", "complementary", "tests", "performed", ",", "several", "entities", "may", "be", "responsible", "for", "the", "patient", "'", "s", "clinical", "picture", ":", "Sarcoidosis", ".", "This", "is", "a", "possibility", ",", "as", "the", "patient", "presented", "some", "characteristics", "that", "may", "appear", "in", "this", "disease", ",", "such", "as", "papules", ",", "plaques", ",", "nodules", ",", "fever", ",", "anorexia", ",", "slight", "hepatomegaly", "and", "cholestasis", ".", "However", ",", "the", "absence", "of", "arthralgias", ",", "erythema", "nodosum", ",", "lupus", "pernio", ",", "ocular", "involvement", ",", "pulmonary", "pathology", ",", "peripheral", "adenopathies", ",", "nervous", "system", "or", "cardiac", "involvement", ",", "and", "hypercalcaemia", "does", "not", "support", "this", "diagnosis", ".", "Systemic", "lupus", "erythematosus", ".", "It", "is", "considered", "in", "the", "presence", "of", "fever", "and", "skin", "lesions", ".", "In", "subacute", "cutaneous", "lupus", "of", "the", "papulo-squamous", "or", "psoriasiform", "type", ",", "there", "are", "erythematous", ",", "slightly", "scaly", "papules", "with", "a", "symmetrical", "distribution", "and", "a", "tendency", "to", "confluence", ",", "mainly", "affecting", "the", "shoulders", ",", "the", "extensor", "surface", "of", "the", "arms", ",", "the", "neckline", "region", "and", "the", "dorsal", "thorax", ",", "lesions", "and", "locations", "that", "were", "evident", "in", "our", "patient", ".", "Therefore", ",", "we", "cannot", "rule", "out", "this", "disease", ",", "although", "it", "is", "true", "that", "we", "were", "dealing", "with", "a", "male", "and", "he", "did", "not", "present", "photosensitivity", ",", "malar", "rash", ",", "oral", "ulcers", ",", "polyarthralgias", ",", "arthritis", ",", "serositis", ",", "renal", ",", "neurological", "or", "haematological", "involvement", ",", "alterations", "which", ",", "if", "present", ",", "would", "make", "this", "possibility", "more", "likely", ".", "Although", "unlikely", ",", "cutaneous", "lymphoma", "would", "fall", "within", "the", "differential", "diagnosis", ".", "Our", "patient", "had", "papulonodular", "dermal", "lesions", "that", "can", "appear", "in", "different", "haematological", "neoplasms", ".", "Disseminated", "gonococcal", "infection", "would", "be", "unlikely", "as", "this", "was", "a", "male", "patient", "with", "no", "history", "of", "urethritis", ",", "or", "concurrent", "arthritis", ",", "petechiae", "or", "vesiculopustules", ".", "Furthermore", ",", "dermal", "lesions", "in", "disseminated", "gonococcal", "infection", "usually", "self-limit", "within", "a", "few", "days", ",", "whereas", "in", "our", "case", "the", "patient", "reported", "having", "had", "the", "rash", "for", "about", "two", "weeks", ".", "A", "cutaneous", "infection", "by", "atypical", "mycobacteria", ",", "especially", "Mycobacterium", "marinum", "and", "Mycobacterium", "chelonae", ",", "which", "can", "cause", "nodular", "lesions", ",", "should", "be", "ruled", "out", ".", "This", "diagnosis", "is", "unlikely", ",", "as", "they", "usually", "have", "a", "sporotrichoid", "distribution", "on", "a", "limb", "from", "a", "point", "of", "inoculation", ".", "However", ",", "they", "should", "be", "taken", "into", "account", ",", "and", "anamnesis", "directed", "towards", "risk", "factors", ",", "such", "as", "contact", "with", "possibly", "contaminated", "water", ",", "should", "be", "performed", ".", "Alterations", "in", "liver", "biochemistry", "could", "lead", "us", "to", "suspect", "acute", "hepatitis", ".", "However", ",", "the", "transaminases", "were", "not", "excessively", "elevated", ",", "and", "the", "skin", "lesions", "were", "not", "characteristic", "of", "this", "clinical", "picture", ".", "Sweet", "'", "s", "syndrome", "should", "be", "included", "among", "the", "possible", "diagnoses", ",", "as", "it", "presents", "with", "papuloerythematous", "lesions", ",", "mainly", "on", "the", "arms", ",", "trunk", "and", "head", ",", "associated", "with", "neutrophilia", ".", "Although", "our", "patient", "had", "neutrophilia", ",", "it", "is", "a", "rare", "disease", ",", "whose", "lesions", "are", "usually", "confined", "to", "a", "limited", "anatomical", "area", ",", "and", "it", "is", "much", "more", "common", "in", "women", ".", "Other", "diagnostic", "possibilities", "could", "be", "deep", "fungal", "infections", ",", "leprosy", ",", "leishmaniasis", ",", "cutaneous", "tuberculosis", ",", "Kaposi", "'", "s", "sarcoma", "or", "drug", "eruptions", ",", "although", "several", "of", "these", ",", "in", "their", "typical", "forms", ",", "could", "be", "ruled", "out", "by", "simple", "inspection", ".", "Secondary", "syphilis", ",", "known", "as", "\"", "the", "great", "simulator", "\"", ",", "can", "give", "any", "type", "of", "dermal", "symptoms", ".", "Although", "papulonodular", "syphilis", "is", "rare", ",", "it", "is", "a", "possibility", "to", "consider", "in", "this", "case", ".", "Moreover", ",", "in", "the", "phase", "of", "treponemal", "dissemination", ",", "any", "organ", "can", "be", "affected", "and", ",", "in", "particular", ",", "there", "is", "the", "possibility", "of", "syphilitic", "hepatitis", ",", "with", "elevation", "mainly", "of", "alkaline", "phosphatase", ",", "as", "was", "the", "case", "in", "our", "patient", ".", "Constitutional", "symptoms", "such", "as", "fever", ",", "anorexia", "and", "malaise", "are", "also", "present", "in", "secondary", "syphilis", ".", "This", "stage", "of", "syphilis", "usually", "develops", "between", "the", "fourth", "and", "tenth", "week", "after", "the", "onset", "of", "the", "chancre", ".", "However", ",", "up", "to", "40", "%", "of", "patients", "may", "report", "no", "previous", "inoculation", "lesions", ",", "as", "in", "our", "case", ".", "Evolution", "During", "his", "admission", "the", "patient", "remained", "afebrile", ".", "The", "dermal", "lesions", "did", "not", "vary", "in", "size", ",", "morphology", "or", "location", ".", "An", "evaluation", "was", "carried", "out", "by", "Otorhinolaryngology", ",", "which", ",", "after", "examination", "of", "the", "tumour", "on", "the", "soft", "palate", ",", "concluded", "that", "it", "was", "a", "palatine", "torus", ".", "She", "was", "treated", "with", "nystatin", "with", "improvement", "of", "the", "whitish", "lesion", "of", "the", "left", "jugal", "mucosa", "present", "on", "admission", ".", "A", "chest", "X-ray", "was", "requested", "and", "found", "to", "be", "normal", ",", "with", "no", "hilar", "adenopathy", "or", "pulmonary", "interstitial", "infiltrate", "that", "could", "suggest", "sarcoidosis", ".", "A", "magnetic", "resonance", "cholangiography", "was", "also", "performed", ",", "with", "no", "evidence", "of", "bile", "duct", "dilatation", "or", "other", "hepatobiliary", "or", "pancreatic", "pathologies", ".", "A", "second", "analysis", "showed", "improvement", "in", "most", "parameters", ":", "11", ",", "500", "leukocytes", "/", "mm3", "with", "6", ",", "290", "neutrophils", "/", "mm3", ";", "total", "bilirubin", "1", ".", "3", "mg", "/", "dL", ";", "direct", "bilirubin", "0", ".", "7", "mg", "/", "dL", ";", "GOT", "65", "U", "/", "L", ";", "GPT", "147", "U", "/", "L", ";", "GGT", "469", "U", "/", "L", ";", "alkaline", "phosphatase", "778", "U", "/", "L", ";", "CRP", "26", "mg", "/", "L", ".", "Blood", "and", "urine", "cultures", "were", "negative", ".", "Serological", "studies", "showed", "positive", "IgG", "for", "cytomegalovirus", ",", "negative", "IgM", "for", "Epstein-Barr", "virus", ",", "positive", "IgG", "for", "varicella-zoster", "virus", ",", "negative", "HIV", "serology", ",", "positive", "IgG", "for", "HAV", ",", "negative", "serology", "for", "HBV", "and", "HCV", ",", "positive", "IgM", "and", "IgG", "for", "herpes", "simplex", "virus", "types", "I", "and", "II", ",", "and", "positive", "serology", "for", "lupus", "with", "positive", "non-treponemal", "antibodies", "(", "1", "/", "32", ")", "and", "positive", "T", ".", "pallidum", "antibodies", "(", "IgM", "and", "IgG", ")", ".", "After", "obtaining", "a", "positive", "serology", "for", "syphilis", "(", "secondary", "syphilis", ")", ",", "antibiotic", "treatment", "was", "administered", "with", "a", "single", "dose", "of", "benzylpenicillin", "(", "2", ",", "400", ",", "000", "Ul", "intramuscularly", ")", "and", ",", "due", "to", "the", "patient", "'", "s", "good", "general", "condition", ",", "discharge", "and", "follow-up", "in", "outpatient", "clinics", "was", "decided", ".", "A", "few", "hours", "after", "the", "injection", ",", "the", "patient", "developed", "fever", "and", "arthralgias", "lasting", "several", "hours", "(", "Jarisch-Herxheimer", "phenomenon", ")", ".", "After", "two", "weeks", ",", "the", "skin", "lesions", "had", "completely", "resolved", "and", "the", "blood", "tests", "had", "normalised", ".", "Subsequent", "visits", "showed", "a", "more", "than", "fourfold", "decrease", "in", "non-treponemal", "antibody", "titres", ".", "Therefore", ",", "given", "the", "clinical", "picture", ",", "the", "complementary", "tests", "and", "the", "effectiveness", "of", "the", "treatment", ",", "we", "can", "conclude", "that", "the", "patient", "had", "secondary", "papulonodular", "syphilis", ".", "Final", "diagnosis", "Secondary", "papulonodular", "syphilis", "with", "hepatic", "involvement", "." ]

[ 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Male patient", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 12 }, { "text": "animals", "label": "SPECIES", "start": 625, "end": 632 }, { "text": "arthropod", "label": "SPECIES", "start": 746, "end": 755 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5, "end": 12 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 510, "end": 517 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 686, "end": 693 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 62, "end": 70 }, { "text": "single", "label": "HUMAN", "start": 28, "end": 34 }, { "text": "Male", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 4 }, { "text": "Treponema pallidum", "label": "SPECIES", "start": 2204, "end": 2222 }, { "text": "HAV", "label": "SPECIES", "start": 2290, "end": 2293 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 2295, "end": 2298 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 2300, "end": 2303 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2285, "end": 2288 }, { "text": "cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 2224, "end": 2239 }, { "text": "Epstein-Barr virus", "label": "SPECIES", "start": 2241, "end": 2259 }, { "text": "herpes simplex virus types 1", "label": "SPECIES", "start": 2308, "end": 2336 }, { "text": "varicella-zoster virus", "label": "SPECIES", "start": 2261, "end": 2283 }, { "text": "herpes simplex virus types 1 and 2", "label": "SPECIES", "start": 2308, "end": 2342 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2509, "end": 2516 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2580, "end": 2587 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3395, "end": 3402 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 3496, "end": 3500 }, { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 3979, "end": 3991 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3817, "end": 3824 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3984, "end": 3991 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4206, "end": 4213 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 3979, "end": 3983 }, { "text": "Mycobacterium marinum", "label": "SPECIES", "start": 4323, "end": 4344 }, { "text": "atypical mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 4289, "end": 4310 }, { "text": "women", "label": "HUMAN", "start": 5245, "end": 5250 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5102, "end": 5109 }, { "text": "Mycobacterium chelonae", "label": "SPECIES", "start": 4349, "end": 4371 }, { "text": "fungal", "label": "SPECIES", "start": 5297, "end": 5303 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5887, "end": 5894 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 6124, "end": 6132 }, { "text": "treponemal", "label": "SPECIES", "start": 5695, "end": 5705 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6229, "end": 6236 }, { "text": "HAV", "label": "SPECIES", "start": 7346, "end": 7349 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 7373, "end": 7376 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 7381, "end": 7384 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 7315, "end": 7318 }, { "text": "cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 7211, "end": 7226 }, { "text": "treponemal", "label": "SPECIES", "start": 7498, "end": 7508 }, { "text": "Epstein-Barr virus", "label": "SPECIES", "start": 7245, "end": 7263 }, { "text": "herpes simplex virus types I", "label": "SPECIES", "start": 7411, "end": 7439 }, { "text": "varicella-zoster virus", "label": "SPECIES", "start": 7282, "end": 7304 }, { "text": "T. pallidum", "label": "SPECIES", "start": 7540, "end": 7551 }, { "text": "herpes simplex virus types I and II", "label": "SPECIES", "start": 7411, "end": 7446 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 7773, "end": 7780 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 7903, "end": 7910 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 8310, "end": 8317 }, { "text": "single", "label": "HUMAN", "start": 7694, "end": 7700 }, { "text": "treponemal", "label": "SPECIES", "start": 8154, "end": 8164 } ]

[ "", "A", "90-year-old", "dependent", "woman", "living", "in", "a", "nursing", "home", "with", "diabetes", "mellitus", ",", "hypertension", ",", "hypothyroidism", "and", "severe", "neurodegeneration", "(", "Alzheimer", "'", "s", "disease", ")", ".", "COVID-19", "was", "suspected", "in", "early", "April", "2020", "based", "on", "a", "clinical", "picture", "of", "cardiorespiratory", "decompensation", ",", "atrial", "fibrillation", "and", "fever", ",", "and", "confirmed", "on", "5", "April", "with", "a", "positive", "test", "for", "SARS-CoV-2", "by", "RT-PCR", "from", "a", "nasopharyngeal", "sample", "(", "Ct", "of", "21", ")", ".", "She", "was", "hospitalised", "in", "a", "COVID-19", "ICU", ".", "A", "chest", "CT", "scan", "revealed", "signs", "of", "bilateral", "pleural", "effusion", ",", "without", "typical", "signs", "of", "SARS-CoV-2", "lung", "infection", ".", "The", "patient", "received", "several", "doses", "of", "preventive", "anticoagulants", "(", "the", "risk", "ratio", "did", "not", "favour", "therapeutic", "anticoagulant", "therapy", ")", ",", "diuretics", "and", "antibiotics", "(", "ofloxacin", ")", ",", "as", "well", "as", "5", "days", "of", "prednisolone", "at", "40", "mg", "/", "day", ".", "Clinical", "improvement", "was", "noted", "and", "the", "patient", "was", "transferred", "to", "a", "COVID-19", "rehabilitation", "unit", "on", "21", "April", ",", "before", "being", "able", "to", "return", "to", "her", "residence", "on", "7", "May", ".", "The", "patient", "continued", "to", "present", "with", "inflammatory", "syndrome", "with", "stable", "C-reactive", "protein", "at", "55", "in", "chronic", "pressure", "ulcer", "conditions", ".", "Her", "second", "hospitalisation", ",", "in", "an", "acute", "ICU", "at", "COVID-19", "on", "11", "May", ",", "was", "caused", "by", "the", "onset", "of", "severe", "dehydration", "with", "hypernatraemia", "measured", "at", "166", "mmol", "/", "L", ",", "oxygen", "saturation", "of", "93", "%", "on", "four", "litres", "of", "oxygen", ",", "melena", "and", "a", "clear", "deterioration", "of", "her", "general", "condition", ".", "Analysis", "revealed", "clear", "lymphocytopenia", "0", ".", "18", "Giga", "/", "L", "and", "C-reactive", "protein", "at", "181", "ng", "/", "L", ".", "The", "SARS-CoV-2", "test", "by", "RT-PCR", "was", "positive", "from", "a", "nasopharyngeal", "swab", "(", "Ct", "of", "18", ".", "8", ")", "on", "6", "May", ".", "On", "14", "May", ",", "after", "worsening", "respiratory", "status", ",", "a", "chest", "CT", "scan", "revealed", "pulmonary", "condensation", "and", "bilateral", "diffuse", "cobblestone", "pattern", "involving", "approximately", "25-50", "%", "of", "the", "lung", "parenchyma", ",", "with", "bilateral", "proximal", "lobar", "pulmonary", "embolism", ".", "No", "serological", "testing", "was", "performed", ".", "After", "discussion", "with", "the", "family", "and", "interdisciplinary", "validation", ",", "it", "was", "decided", "to", "apply", "palliative", "care", ".", "The", "patient", "died", "on", "19", "May", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 350, "end": 360 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 539, "end": 549 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 1443, "end": 1453 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 1838, "end": 1844 } ]

[ "", "A", "70-year-old", "woman", "treated", "with", "7", ".", "5", "mg", "prednisone", "as", "maintenance", "therapy", "for", "rheumatoid", "arthritis", "presented", "with", "sudden", "bilateral", "weakness", "and", "tingling", "sensation", "in", "all", "four", "extremities", ",", "leading", "to", "total", "functional", "disability", "within", "48", "hours", ".", "The", "patient", "claimed", "to", "have", "no", "sphincter", "problems", ",", "dyspnoea", "or", "dysphagia", ".", "The", "first", "diagnosis", "was", "aggravation", "of", "rheumatoid", "arthritis", ",", "but", "no", "improvement", "was", "noted", "after", "an", "increase", "in", "the", "corticosteroid", "dose", ".", "On", "admission", "to", "the", "neurology", "department", "on", "the", "10th", "day", "since", "the", "onset", "of", "symptoms", "(", "13", "April", ")", ",", "the", "neurological", "examination", "showed", "tetraplegia", ",", "hypotonia", ",", "areflexia", "and", "positive", "bilateral", "Lasègue", "'", "s", "sign", ".", "Cranial", "nerves", "were", "normal", ".", "Temperature", ",", "pulmonary", "and", "cardiac", "auscultation", "were", "also", "normal", ".", "On", "1", "April", ",", "three", "days", "before", "the", "onset", "of", "the", "current", "symptoms", ",", "the", "patient", "had", "an", "episode", "of", "dry", "cough", "without", "dyspnoea", "or", "fever", ",", "which", "subsided", "spontaneously", "within", "48", "hours", ".", "Initial", "blood", "tests", "revealed", "no", "abnormalities", "except", "for", "lymphocytopenia", "(", "520", "/", "ml", ";", "normal", "value", ":", "1500-5000", ")", ".", "A", "nerve", "conduction", "study", "on", "day", "10", "revealed", "a", "clear", "reduction", "or", "absence", "of", "electrical", "potentials", "in", "the", "sensory", "and", "motor", "nerves", "in", "all", "four", "extremities", ",", "with", "no", "or", "very", "mild", "abnormalities", "in", "conduction", "velocities", "and", "latencies", ".", "An", "electromyogram", "found", "diffuse", "and", "abundant", "resting", "fibrillation", "potentials", ".", "These", "findings", "were", "consistent", "with", "acute", "axonal", "sensorimotor", "neuropathy", "(", "NASMA", ")", "of", "Guillain-Barré", "syndrome", "(", "GBS", ")", ".", "CSF", "analysis", "showed", "an", "increase", "in", "protein", "to", "1", "g", "per", "litre", "(", "normal", "value", ":", "0", ".", "2-0", ".", "4", ")", "with", "a", "normal", "leucocyte", "count", ".", "A", "chest", "CT", "scan", "(", "day", "10", ")", "showed", "ground-glass", "opacities", "in", "the", "left", "lung", ".", "RT-PCR", "test", "for", "SARS-CoV-2", "from", "an", "oropharyngeal", "swab", "(", "day", "10", ")", "was", "positive", ",", "but", "negative", "in", "CSF", ".", "The", "patient", "was", "treated", "with", "i", ".", "v", ".", "immunoglobulin", "(", "2", "g", "/", "kg", "for", "5", "days", ")", ".", "(", "2", "g", "/", "kg", "for", "5", "days", ")", "and", "a", "combination", "of", "hydroxychloroquine", "(", "600", "mg", "per", "day", ")", "and", "azithromycin", "(", "500", "mg", "the", "first", "day", ",", "then", "250", "mg", "per", "day", ")", ".", "No", "significant", "neurological", "improvement", "was", "observed", "after", "one", "week", "of", "treatment", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 20 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 249, "end": 256 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 824, "end": 831 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1754, "end": 1761 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 1668, "end": 1678 } ]

[ "An", "11", "year", "old", "boy", "who", "after", "eating", "dates", "and", "a", "mandarin", "immediately", "undertook", "moderate", "physical", "exercise", "and", "after", "30", "minutes", "had", "an", "anaphylactic", "reaction", ".", "His", "personal", "history", "included", "a", "5-year-old", "diagnosis", "of", "food", "allergy", "(", "anaphylaxis", "due", "to", "nuts", ")", "and", "sensitisation", "to", "peaches", "(", "PruP3", ")", ".", "He", "followed", "a", "nut", "exclusion", "diet", ".", "Subsequently", ",", "he", "presented", "a", "new", "episode", "of", "anaphylaxis", "due", "to", "ingestion", "of", "a", "hidden", "allergen", "(", "nuts", ")", ".", "She", "also", "reported", "self-limited", "episodes", "of", "palpebral", "angioedema", "after", "physical", "exercise", "unrelated", "to", "food", ".", "From", "the", "age", "of", "9", "years", "onwards", ",", "he", "began", "to", "suffer", "from", "seasonal", "rhinoconjunctivitis", ".", "Complementary", "tests", ":", "Prick", ":", "PruP", "3", ":", "3x4", "mm", ",", "almond", "3x4", "mm", ".", "Tangerine", ",", "orange", ",", "apple", ",", "latex", ",", "avocado", ":", "negative", ".", "Prick-Prick", ":", "Date", ":", "4x4", "mm", ".", "CAP", "IgE", ":", "Date", "0", ".", "98", "kU", "/", "L", ";", "Celery", ":", "1", ".", "35", "kU", "/", "L", ",", "Carrot", "0", ".", "44", "kU", "/", "L", ",", "Almond", "0", ".", "24", "kU", "/", "L", ";", "Orange", "1", ".", "16", "kU", "/", "L", ",", "PruP3", ":", "70", ".", "9kU", "/", "L", ";", "Apple", "74", ".", "3", "kU", "/", "L", "Immuno", "bloting", "pending", "results", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "dates", "label": "SPECIES", "start": 36, "end": 41 }, { "text": "mandarin", "label": "SPECIES", "start": 48, "end": 56 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 162, "end": 170 }, { "text": "orange", "label": "SPECIES", "start": 693, "end": 699 }, { "text": "apple", "label": "SPECIES", "start": 701, "end": 706 }, { "text": "avocado", "label": "SPECIES", "start": 715, "end": 722 }, { "text": "almond", "label": "SPECIES", "start": 667, "end": 673 }, { "text": "Date", "label": "SPECIES", "start": 747, "end": 751 }, { "text": "Orange", "label": "SPECIES", "start": 844, "end": 850 }, { "text": "Apple", "label": "SPECIES", "start": 881, "end": 886 }, { "text": "Date", "label": "SPECIES", "start": 770, "end": 774 }, { "text": "Celery", "label": "SPECIES", "start": 786, "end": 792 }, { "text": "Carrot", "label": "SPECIES", "start": 806, "end": 812 }, { "text": "Almond", "label": "SPECIES", "start": 825, "end": 831 } ]

[ "HISTORY", ",", "CURRENT", "ILLNESS", "AND", "PHYSICAL", "EXAMINATION", "A", "31-year-old", "male", "patient", "from", "Spain", ",", "with", "a", "history", "of", "anxiety", "disorder", ",", "no", "other", "pathological", "history", "of", "interest", ",", "no", "known", "allergies", ".", "No", "current", "treatment", ".", "He", "came", "for", "consultation", "due", "to", "exertional", "dyspnoea", ",", "presyncopal", "episodes", "and", "anxiety", "symptoms", ".", "She", "was", "referred", "to", "haematology", "due", "to", "an", "increase", "in", "eosinophils", "in", "the", "haemogram", ".", "Examination", "revealed", ":", "Conscious", ",", "oriented", ",", "alert", ".", "Normal", "language", ".", "Normal", "cranial", "nerves", ".", "Rhythmic", "heart", "sounds", "without", "murmurs", ".", "Bladder", "murmur", "preserved", "without", "aggregate", "noises", ".", "With", "palpable", "splenomegaly", "6", "centimetres", "below", "the", "left", "costal", "ridge", ".", "No", "oedema", "in", "the", "lower", "limbs", ".", "Normal", "peripheral", "pulses", ".", "COMPLEMENTARY", "TESTS", "In", "the", "analysis", ",", "there", "was", "an", "increase", "in", "eosinophil", "values", ".", "With", "suspicion", "of", "hypereosinophilic", "syndrome", ",", "a", "new", "blood", "test", "and", "extension", "study", "were", "requested", ".", "Absence", "of", "parasitic", "infection", ",", "allergy", "or", "pulmonary", "disease", "justifying", "the", "eosinophilia", ".", "Laboratory", "tests", ":", "leucocytes", "3", ".", "8x10e3", "/", "uL", "(", "3", ".", "5-12", ")", ",", "haemoglobin", "11", ".", "9", "g", "/", "dl", "(", "13", ".", "5-17", ".", "2", ")", ",", "platelets", "196x10e3", "/", "uL", ".", "Creatinine", "1", ".", "32", "mg", "/", "dl", ".", "Peripheral", "eosinophilia", "of", "5000", "elements", "/", "mmc", ".", "Troponin", "0", ".", "020", "ng", "/", "ml", "(", "0-0", ".", "056", ")", ".", "Genetic", "study", ":", "4q12", "deletion", "associated", "with", "FIP1L1-PDFGFRA", "rearrangement", ".", "Echocardiogram", ":", "with", "signs", "of", "endomyocardial", "infiltration", ".", "ECG", ":", "sinus", "rhythm", "at", "56", "bpm", ",", "narrow", "QRS", "of", "normal", "configuration", ",", "60o", "axis", "and", "transition", "in", "V3", ".", "Universal", "negative", "T", "waves", ".", "Abdominal", "ultrasound", ":", "homogeneous", "splenomegaly", "of", "17", ".", "5", "cm", ".", "Thoracic", "CT", "scan", ":", "no", "pulmonary", "infiltrates", ".", "Cardiac", "magnetic", "resonance", "imaging", "1", "(", "MRI", "1", ")", ":", "restrictive", "pattern", "in", "right", "cavities", "(", "small", "ventricle", ",", "preserved", "ejection", "fraction", ",", "atrial", "dilatation", ")", "with", "apical", "myocardial", "fibrosis", ".", "Transmural", "fibrosis", "in", "the", "mid-apical", "inferolateral", "wall", "of", "the", "left", "ventricle", ".", "Cardiac", "magnetic", "resonance", "imaging", "2", "(", "MRI", "2", ")", ":", "two", "hypointense", "images", "of", "crescentic", "morphology", "are", "observed", "in", "the", "apex", "that", "could", "correspond", "to", "thrombi", ".", "Late", "enhancement", "with", "areas", "of", "signal", "hyperintensity", "of", "the", "RV", "apex", "and", "inferior", "aspect", "of", "the", "LV", "apex", "that", "have", "not", "changed", "with", "respect", "to", "the", "previous", "description", ".", "Findings", "of", "hypereosinophilia", "with", "biventricular", "restrictive", "cardiomyopathy", ".", "Cardiac", "magnetic", "resonance", "imaging", "3", "(", "MRI", "3", ")", ":", "control", ".", "Morphological", "abnormalities", "previously", "described", "FE", "59", "%", ",", "hypointense", "areas", "are", "observed", "in", "the", "apex", "of", "both", "ventricles", "of", "linear", "morphology", "that", "probably", "correspond", "to", "fibrosis", "raising", "the", "differential", "diagnosis", "with", "laminar", "thrombus", ".", "EVOLUTION", "Treatment", "was", "started", "with", "imatinib", "at", "a", "dose", "of", "400", "mg", "daily", ",", "well", "tolerated", "and", "with", "a", "rapid", "haematological", "response", "that", "allowed", "a", "dose", "reduction", "to", "100", "mg", "daily", "after", "2", "months", ".", "A", "control", "ultrasound", "scan", "of", "the", "abdomen", "showed", "the", "absence", "of", "splenomegaly", ".", "Symptom", "improvement", ".", "Subsequently", ",", "arterial", "hypertension", "was", "diagnosed", ".", "We", "started", "treatment", "with", "bisoprolol", "2", ".", "5", "mg", "daily", ",", "which", "we", "had", "to", "discontinue", "due", "to", "intense", "asthenia", ".", "We", "replaced", "bisoprolol", "with", "olmesartan", "10", "mg", "daily", "with", "good", "tolerance", "and", "good", "control", ".", "Studies", "for", "secondary", "causes", "were", "negative", ".", "Cardiac", "MRI", "was", "requested", "where", "a", "restrictive", "pattern", "was", "observed", "as", "described", "in", "the", "complementary", "tests", "(", "MRI", "1", ")", ".", "In", "the", "control", "cardiac", "MRI", "(", "MRI", "2", ")", "performed", "at", "12", "months", ",", "we", "detected", "images", "of", "crescentic", "morphology", "at", "the", "level", "of", "the", "apex", ".", "The", "images", "offer", "a", "reasonable", "doubt", "between", "laminar", "thrombi", "at", "the", "apical", "level", "versus", "artefacts", ".", "In", "favour", "of", "thrombi", "is", "the", "fact", "that", "they", "are", "located", "over", "the", "areas", "of", "fibrosis", "detected", "in", "the", "MRI", "and", "the", "high", "thrombogenicity", "of", "this", "disease", ",", "although", "the", "fact", "that", "they", "appear", "in", "both", "ventricles", "suggests", "that", "it", "could", "also", "be", "an", "artefact", ".", "Echocardiography", "showed", "no", "evidence", "of", "intracavitary", "thrombus", ".", "We", "explained", "the", "situation", "to", "the", "patient", "and", "decided", "to", "start", "anticoagulation", "with", "sintrom", ",", "which", "we", "again", "had", "to", "suspend", "due", "to", "intense", "asthenia", "and", "osteomuscular", "pain", ".", "We", "raised", "the", "possibility", "of", "starting", "treatment", "with", "rivaroxaban", "20", "mg", "daily", ",", "for", "off-label", "use", ".", "After", "explaining", "to", "the", "patient", "that", "this", "is", "not", "an", "indication", "studied", "in", "clinical", "trials", "or", "approved", "by", "the", "Ministry", ",", "we", "decided", "to", "treat", "the", "patient", "jointly", ",", "in", "the", "controls", "he", "presented", "good", "tolerance", "and", "disappearance", "of", "the", "symptoms", "attributed", "to", "the", "synthroid", ".", "In", "the", "control", "MRI", "(", "MRI", "3", ")", ",", "after", "3", "months", "of", "anticoagulation", ",", "the", "same", "images", "continue", "to", "appear", ",", "which", "are", "not", "present", "in", "the", "echocardiography", ".", "However", ",", "given", "that", "thrombotic", "phenomena", "appear", "in", "up", "to", "25", "%", "of", "cases", "and", "that", "the", "current", "indications", "for", "anticoagulation", "contemplate", "starting", "treatment", "when", "thrombosis", "has", "already", "occurred", ",", "we", "decided", "to", "maintain", "treatment", ",", "even", "with", "an", "off-label", "drug", ".", "DIAGNOSIS", "Myeloproliferative", "neoplasm", "with", "eosinophilia", "associated", "with", "FIP1L1", "-", "PDGFR", "rearrangement", ".", "Restrictive", "cardiomyopathy", "with", "apical", "and", "inferolateral", "LV", "and", "apical", "RV", "myocardial", "fibrosis", ".", "Probable", "LV", "apex", "thrombi", "in", "hypersosinophilic", "syndrome", ".", "Essential", "hypertension", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 64, "end": 76 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 69, "end": 76 }, { "text": "parasitic", "label": "SPECIES", "start": 889, "end": 898 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3753, "end": 3760 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4011, "end": 4018 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4130, "end": 4137 } ]

[ "A", "39-year-old", "woman", "with", "a", "history", "of", "coeliac", "disease", ".", "She", "was", "admitted", "for", "asthenia", ",", "jaundice", "and", "progressive", "choluria", "of", "1", "month", "'", "s", "evolution", ",", "with", "pseudo-flu-like", "symptoms", "in", "the", "previous", "month", ".", "She", "denied", "travelling", ",", "risky", "sexual", "contacts", ",", "tattoos", ",", "mushroom", "consumption", "and", "contaminated", "water", ".", "No", "herbal", "products", ",", "medicines", "or", "drugs", ".", "No", "pregnancy", ".", "Examination", "revealed", "frank", "mucocutaneous", "jaundice", "and", "hepatomegaly", ".", "No", "flapping", ".", "Chest", "and", "abdominal", "X-rays", "were", "performed", ",", "which", "were", "anodine-free", ",", "CBC", "with", "total", "bilirubin", "25", "mg", "/", "dl", ",", "direct", "bilirubin", "21mg", "/", "dl", ",", "GOT", "907UI", "/", "L", ",", "GPT", "640UI", "/", "L", ",", "FA", "143UI", "/", "L", "and", "GGT", "146UI", "/", "L", ".", "INR", "2", ".", "98", ".", "Immunoglobulins", "were", "normal", ".", "Serology", "was", "negative", "for", "all", "viruses", "(", "A", ",", "B", ",", "C", "and", "E", ")", ",", "except", "EBV", "(", "IgM", "and", "IgG", "+", ")", ".", "The", "autoimmunity", "study", "(", "ANA", ",", "antiLKM", ",", "anticentromere", ",", "antimitochondrial", "and", "antimuscle", "smooth", ")", "was", "negative", ".", "EBV", "and", "CMV", "viral", "load", "in", "blood", "was", "requested", "and", "found", "to", "be", "undetectable", ".", "Doppler", "ultrasound", "of", "the", "abdomen", "showed", "heterogeneity", "of", "the", "liver", "parenchyma", ",", "with", "normal", "portal", "and", "bile", "ducts", "and", "minimal", "ascites", ".", "Given", "the", "contradictory", "results", "from", "the", "serological", "point", "of", "view", ",", "a", "transjugular", "liver", "biopsy", "was", "finally", "performed", ",", "showing", "a", "gradient", "of", "12", "mmHg", ",", "and", "samples", "were", "taken", "to", "be", "sent", "to", "Anatomical", "Pathology", "(", "AP", ")", "and", "Microbiology", ",", "with", "negative", "PCR", "for", "HSV", ",", "VZV", ",", "CMV", "and", "EBV", ".", "While", "awaiting", "the", "results", "from", "PA", ",", "the", "patient", "presented", "an", "episode", "of", "grade", "I", "hepatic", "encephalopathy", ",", "requiring", "transfer", "to", "the", "ICU", ".", "Given", "the", "risk", "situation", ";", "being", "a", "young", "female", "patient", "with", "a", "personal", "history", "of", "autoimmune", "disease", ",", "and", "having", "ruled", "out", "the", "toxic", "/", "drug", "and", "infectious", "aetiology", "of", "the", "condition", ",", "Prednisone", "1", "mg", "/", "kg", "/", "24h", "was", "started", "empirically", ",", "with", "clinical", "and", "analytical", "improvement", "until", "the", "liver", "and", "coagulation", "profile", "normalised", ".", "The", "PA", "study", "showed", "an", "intense", "portal", "inflammatory", "infiltrate", "of", "lymphocytes", "and", "eosinophils", "and", "periportal", "necrosis", "with", "cholestasis", ".", "Rosettes", "and", "portal", "expansive", "fibrosis", "(", "F2", ")", ",", "reaching", "the", "definitive", "diagnosis", "of", "subacute", "liver", "failure", ",", "secondary", "to", "seronegative", "autoimmune", "hepatitis", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 19 }, { "text": "mushroom", "label": "SPECIES", "start": 252, "end": 260 }, { "text": "sexual contacts", "label": "HUMAN", "start": 226, "end": 241 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 716, "end": 719 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 854, "end": 857 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 846, "end": 849 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 858, "end": 863 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 1320, "end": 1323 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 1328, "end": 1331 }, { "text": "HSV", "label": "SPECIES", "start": 1310, "end": 1313 }, { "text": "VZV", "label": "SPECIES", "start": 1315, "end": 1318 }, { "text": "female", "label": "HUMAN", "start": 1508, "end": 1514 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1373, "end": 1380 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1515, "end": 1522 }, { "text": "female patient", "label": "HUMAN", "start": 1508, "end": 1522 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 1530, "end": 1538 } ]

[ "This", "is", "a", "7-year-old", "male", "patient", ",", "previously", "healthy", ",", "native", "and", "resident", "of", "Cortijo", ",", "Catemaco", ",", "Veracruz", ".", "He", "lives", "with", "cattle", ",", "pigs", "and", "poultry", ".", "He", "presented", "with", "a", "clinical", "picture", "of", "15", "days", "of", "evolution", "characterised", "by", "fever", "of", "up", "to", "39", ".", "5", "°", "C", ",", "predominantly", "in", "the", "afternoon", ",", "right", "eyelid", "oedema", ",", "pain", "in", "the", "right", "hemicara", ",", "myalgia", "in", "the", "lower", "extremities", ",", "frontal", "headache", "only", "associated", "with", "fever", ",", "general", "malaise", "and", "hyporexia", ".", "History", "of", "insect", "bite", "three", "days", "earlier", "(", "08", "September", "2007", ")", "in", "the", "right", "supraciliary", "region", ",", "which", "was", "seen", "by", "the", "mother", "and", "referred", "to", "as", "a", "\"", "bedbug", "\"", ".", "The", "patient", "was", "assessed", "by", "a", "private", "doctor", "in", "his", "community", "and", "was", "treated", "with", "nimesulide", ",", "dicloxacillin", "and", "dexamethasone", "for", "three", "days", "without", "improvement", ".", "Subsequently", ",", "he", "went", "to", "the", "Zapotitla", "Health", "Centre", "from", "where", "he", "was", "referred", "to", "the", "National", "Institute", "of", "Paediatrics", "(", "INP", ")", "as", "periorbital", "cellulitis", "(", "26", "September", "2007", ")", ".", "On", "admission", "to", "the", "INP", ",", "the", "patient", "was", "conscious", ",", "calm", ",", "with", "an", "erythematous", "and", "scaly", "lesion", "above", "the", "right", "upper", "eyelid", "measuring", "approximately", "3x2", "cm", ",", "non-painful", "upper", "eyelid", "oedema", "(", "Romaña-Maza", "sign", ")", ",", "photomotor", "response", "and", "eye", "movements", "without", "compromise", ",", "two", "right", "submandibular", "adenomegalies", "smaller", "than", "1", "cm", "in", "diameter", ",", "mobile", "and", "non-painful", ".", "Cardiopulmonary", "function", "was", "not", "compromised", ",", "no", "visceromegaly", "was", "found", "and", "the", "extremities", "were", "found", "to", "be", "unaltered", ".", "Blood", "biometry", "was", "performed", "and", "reported", "the", "following", ":", "haemoglobin", ",", "12", ".", "5", "g", "/", "dL", ";", "haematocrit", ",", "35", "%", ";", "mean", "corpuscular", "volume", "(", "MCV", ")", ",", "82", ".", "3", "fL", ";", "mean", "corpuscular", "haemoglobin", "concentration", "(", "MCHbC", ")", ",", "28", ".", "7", "q", "/", "dL", ";", "leukocytes", ",", "10", ",", "700", "cells", "/", "uL", ";", "lymphocytes", ",", "69", "%", ";", "neutrophils", ",", "25", "%", ";", "monocytes", ",", "3", "%", ";", "eosinophils", ",", "0", "%", ";", "platelets", ",", "253", ",", "000", "cells", "/", "uL", ";", "erythrocyte", "sedimentation", "rate", "(", "ESR", ")", ",", "34", "mm", "/", "h", ";", "and", "C-reactive", "protein", "(", "CRP", ")", "<", "0", ".", "302", "mg", "/", "mL", ".", "Chest", "x-ray", "(", "Image", "3", ")", "and", "electrocardiogram", "(", "Image", "4", ")", "were", "performed", "and", "found", "to", "be", "unaltered", ".", "The", "following", "serum", "tests", "were", "also", "performed", ":", "sodium", ",", "134", "mmo", "/", "L", ";", "potassium", ",", "4", "mmo", "/", "L", ";", "chlorine", ",", "102", "mmo", "/", "L", ";", "calcium", ",", "9", ".", "8", "mg", "/", "dL", ";", "phosphorus", ",", "5", "mg", "/", "dL", ";", "glucose", ",", "109", "mg", "/", "dL", ";", "urea", ",", "17", ".", "1", "mg", "/", "dL", ";", "blood", "urea", "nitrogen", "(", "BUN", ")", ",", "8", "mg", "/", "dL", ";", "creatinine", ",", "0", ".", "5", "mg", "/", "dL", ";", "total", "bilirubin", ",", "0", ".", "5", "mg", "/", "dL", ";", "direct", "bilirubin", ",", "0", ".", "1", "mg", "/", "dL", ";", "indirect", "bilirubin", ",", "0", ".", "4", "mg", "/", "dL", ";", "total", "protein", ",", "7", ".", "1", "g", "/", "dL", ";", "albumin", ",", "2", ".", "7", "g", "/", "dL", ";", "globulin", ",", "4", ".", "4", "g", "/", "dL", ";", "triglycerides", ",", "116", "mg", "/", "dL", ";", "cholesterol", ",", "171", "mg", "/", "dL", ";", "aspartate", "aminotransferase", "(", "AST", ")", ",", "65", "IU", "/", "L", ";", "alanine", "aminotransferase", "(", "ALT", ")", ",", "76", "IU", "/", "L", ";", "alkaline", "phosphatase", ",", "91", "IU", "/", "L", ";", "lactate", "dehydrogenase", "(", "LDH", ")", ",", "550", "IU", "/", "L", ";", "gamma", "glutamyltransferase", "(", "GGT", ")", ",", "24", "IU", "/", "L", ";", "prothrombin", "partial", "time", "(", "PT", ")", ",", "12", ".", "7", "seconds", "(", "99", "%", ")", ";", "partial", "thromboplastin", "time", ",", "34", "seconds", ";", "and", "international", "normalised", "ratio", "(", "INR", ")", ",", "1", ".", "11", ".", "The", "echocardiogram", "was", "normal", ".", "The", "day", "after", "the", "patient", "'", "s", "admission", ",", "an", "enzyme-linked", "immunosorbent", "assay", "(", "ELISA", ")", "test", "was", "performed", "to", "detect", "IgM", "antibodies", "and", "diagnose", "Chagas", "disease", ",", "which", "was", "reported", "reactive", ".", "In", "addition", ",", "the", "peripheral", "blood", "smear", "analysed", "in", "the", "parasitology", "research", "department", "showed", "the", "presence", "of", "trypomastigotes", ",", "which", "is", "why", "a", "study", "was", "initiated", "to", "detect", "this", "agent", "in", "the", "family", ".", "A", "diagnosis", "of", "American", "trypanosomiasis", "in", "the", "acute", "phase", "was", "made", ",", "the", "case", "was", "reported", "to", "the", "National", "Centre", "for", "Epidemiological", "Surveillance", "and", "Disease", "Control", "(", "CENAVESE", ")", "in", "Mexico", ",", "and", "treatment", "was", "started", "with", "nifurtimox", "at", "a", "dose", "of", "5", "mg", "/", "kg", "/", "day", "orally", "every", "8", "hours", ".", "The", "initial", "dose", "for", "72", "hours", "was", "well", "tolerated", "and", "subsequently", "increased", "to", "10", "mg", "/", "kg", "/", "day", "every", "8", "hours", "for", "90", "days", ",", "which", "was", "monitored", "by", "liver", "function", "tests", ",", "electrocardiogram", "and", "echocardiogram", ".", "The", "patient", "presented", "good", "evolution", ",", "adequate", "tolerance", "to", "the", "treatment", "and", "progressive", "decrease", "of", "his", "symptomatology", ".", "Cardiological", "evaluation", "was", "performed", "with", "the", "help", "of", "a", "chest", "X-ray", "and", "electrocardiogram", ",", "which", "were", "normal", ",", "and", "an", "echocardiogram", ",", "which", "showed", "a", "structurally", "healthy", "heart", ".", "Currently", ",", "the", "patient", "is", "asymptomatic", ",", "completed", "treatment", "with", "nifurtimox", "and", "his", "serological", "studies", "for", "Chagas", "disease", "have", "been", "reported", "negative", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "cattle", "label": "SPECIES", "start": 121, "end": 127 }, { "text": "insect", "label": "SPECIES", "start": 451, "end": 457 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 558, "end": 564 }, { "text": "doctor", "label": "HUMAN", "start": 634, "end": 640 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 26, "end": 33 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 600, "end": 607 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 962, "end": 969 }, { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 21, "end": 33 } ]

[ "Anamnesis", "45-year-old", "Caucasian", "woman", ",", "suffering", "from", "severe", "rheumatoid", "arthritis", ",", "seropositive", ",", "very", "erosive", "and", "limiting", ",", "on", "treatment", "with", "abatacept", ",", "ciclosporin", "and", "methylprednisolone", "and", "also", "associated", "with", "chronic", "respiratory", "insufficiency", "due", "to", "severe", "interstitial", "pneumopathy", ",", "already", "in", "the", "phase", "of", "pulmonary", "fibrosis", "and", "requiring", "maintained", "home", "oxygen", "therapy", ",", "admitted", "for", "acute", "respiratory", "insufficiency", "due", "to", "pneumonia", "with", "no", "identified", "micro-organism", ".", "She", "was", "receiving", "empirical", "antibiotic", "treatment", "with", "meropenem", "and", "trimethoprim", "/", "sulfamethoxazole", ",", "despite", "which", "she", "was", "progressing", "poorly", ".", "Physical", "examination", "On", "the", "dorsal", "aspect", "of", "the", "right", "forearm", "there", "were", "5", "erythematous", ",", "erythematous", "nodules", "of", "between", "1", "and", "3", "cm", "in", "size", ",", "with", "an", "elastic", ",", "slightly", "painful", "consistency", ",", "which", "had", "appeared", "2", "months", "previously", "and", "were", "distributed", "in", "a", "sporotrichoid", "pattern", ",", "following", "a", "lymphatic", "pathway", "and", "culminating", "in", "2", "painful", ",", "elastic", "epitrochlear", "lymphadenopathies", ".", "The", "affected", "area", "had", "been", "manipulated", "by", "repeated", "venipunctures", "for", "drug", "infusion", "in", "recent", "months", ".", "These", "nodules", "had", "not", "been", "altered", "by", "antibiotic", "treatment", ".", "Complementary", "examinations", "A", "blood", "test", "showed", "a", "chronic", "normocytic", "and", "normochromic", "anaemia", "of", "98", "g", "/", "L", ",", "creatinine", "of", "3", ".", "27", "mg", "/", "dL", ",", "with", "the", "rest", "of", "the", "ionogram", ",", "liver", "biochemistry", "and", "renal", "biochemistry", "correct", ".", "A", "chest", "X-ray", "showed", "an", "intense", "deformity", "of", "the", "rib", "cage", "and", "parenchyma", ",", "impossible", "to", "assess", "due", "to", "the", "intense", "interstitial", "pneumopathy", "already", "present", "in", "the", "patient", "and", "which", "did", "not", "allow", "any", "changes", "to", "be", "observed", "with", "respect", "to", "previous", "examinations", ".", "Pathological", "examination", "of", "one", "of", "the", "skin", "nodules", "revealed", "a", "mixed", "infiltrate", "throughout", "the", "thickness", "of", "the", "dermis", ",", "with", "the", "presence", "of", "poorly", "formed", "suppurative", "granulomas", "and", "multiple", "vacuoles", "or", "pseudocysts", "in", "which", "countless", "bacilliform", "microorganisms", ",", "5", "microns", "in", "size", "and", "arranged", "in", "rows", "on", "Kinyoun", ",", "PAS", "diastase", "and", "Gomori", "stains", ",", "stood", "out", ".", "Ziehl-Neelsen", "staining", "of", "skin", "biopsy", "material", "showed", "acid-fast", "bacilli", ".", "Both", "bacterial", "cultures", "and", "cultures", "on", "media", "suitable", "for", "mycobacterial", "growth", "were", "negative", ".", "A", "PCR", ",", "obtained", "from", "a", "part", "of", "the", "skin", "biopsy", "of", "the", "nodule", ",", "was", "positive", "for", "Mycobacterium", "chelonae", ".", "Diagnosis", "The", "diagnosis", "was", "cutaneous", ",", "locally", "disseminated", "infection", "with", "M", ".", "chelonae", "lymphangitis", ".", "Pulmonary", "involvement", "could", "not", "be", "ruled", "out", "because", "of", "the", "inability", "to", "obtain", "samples", "due", "to", "the", "inability", "to", "expectorate", "and", "the", "impossibility", "of", "obtaining", "samples", "by", "invasive", "methods", "given", "the", "patient", "'", "s", "severe", "condition", ".", "Treatment", "Clarithromycin", "500", "mg", "every", "12", "hours", "orally", "was", "added", "to", "the", "antibiotic", "treatment", "(", "at", "that", "time", "meropenem", ",", "rifabutin", "and", "ethambutol", ")", ",", "which", "led", "to", "a", "practical", "resolution", "of", "the", "nodules", "in", "only", "14", "days", ".", "Despite", "this", ",", "the", "patient", "died", "due", "to", "worsening", "respiratory", "symptoms", "23", "days", "after", "the", "addition", "of", "clarithromycin", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 32, "end": 37 }, { "text": "micro-organism", "label": "SPECIES", "start": 457, "end": 471 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1528, "end": 1535 }, { "text": "acid-fast bacilli", "label": "SPECIES", "start": 2036, "end": 2053 }, { "text": "Mycobacterium chelonae", "label": "SPECIES", "start": 2229, "end": 2251 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 2060, "end": 2069 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2552, "end": 2559 }, { "text": "M. chelonae", "label": "SPECIES", "start": 2329, "end": 2340 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2811, "end": 2818 } ]

[ "", "An", "80-year-old", "woman", "with", "a", "history", "of", "hypertension", "was", "brought", "to", "the", "emergency", "department", "with", "altered", "mental", "status", "and", "left", "hemiparesis", ".", "The", "family", "stated", "that", "there", "was", "no", "history", "of", "cough", "or", "fever", ",", "but", "reported", "that", "the", "patient", "had", "had", "frequent", "falls", "during", "the", "last", "week", ".", "The", "patient", "was", "intubated", "for", "airway", "protection", "and", "the", "stroke", "protocol", "was", "activated", ".", "Vital", "signs", "in", "the", "ED", "were", "significant", "for", "temperature", "(", "37", ".", "9", "°", "C", ")", ",", "pulse", "(", "101", "bpm", ")", "and", "blood", "pressure", "(", "130", "/", "77", "mmHg", ")", ".", "Physical", "examination", "showed", "left", "hemiplegia", "and", "aphasia", ".", "A", "value", "of", "36", "on", "the", "NIHSS", "scale", "was", "calculated", ".", "A", "cranial", "CT", "scan", "revealed", "an", "acute", "right", "MCA", "stroke", ".", "A", "craniomaxillofacial", "angiography", "showed", "occlusion", "of", "the", "right", "internal", "carotid", "artery", "at", "origin", "and", "bilateral", "patchy", "apical", "pulmonary", "opacities", ".", "A", "perfusion", "scan", "revealed", "an", "infarct", "core", "of", "305", "cc", "in", "the", "right", "MCA", "and", "a", "surrounding", "ischaemic", "penumbra", "of", "109", "cc", ".", "The", "patient", "was", "not", "considered", "a", "candidate", "for", "neurosurgical", "intervention", "because", "of", "the", "large", "size", "of", "the", "infarct", "core", ".", "Based", "on", "the", "radiological", "findings", ",", "she", "was", "tested", "for", "COVID-19", "infection", "by", "PCR", ",", "which", "was", "positive", ".", "Laboratory", "tests", "on", "admission", "showed", "leukocytosis", "with", "lymphocytopenia", ",", "elevated", "D-dimer", "(", "13966", "ng", "/", "ml", "DDU", ")", ",", "elevated", "lactate", "dehydrogenase", "(", "712", "U", "/", "L", ")", "and", "elevated", "C-reactive", "protein", "(", "16", ".", "24", "mg", "/", "dl", ")", ".", "The", "patient", "'", "s", "clinical", "picture", "was", "complicated", "by", "acute", "renal", "lesions", "and", "increasing", "oxygen", "requirements", ".", "On", "the", "third", "day", "of", "admission", ",", "her", "family", "decided", "on", "a", "palliative", "extubation", "with", "control", "measures", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 146, "end": 152 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 1466, "end": 1472 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 227, "end": 234 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 284, "end": 291 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 910, "end": 917 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1329, "end": 1336 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 16, "end": 21 } ]

[ "Anamnesis", "A", "75", "year", "old", "woman", ",", "with", "a", "history", "of", "hypertension", "and", "dyslipidaemia", "under", "treatment", ",", "was", "admitted", "from", "the", "Emergency", "Department", "to", "the", "Neurology", "Department", "for", "vertigo", "and", "diplopia", ".", "It", "began", "abruptly", "and", "at", "rest", ",", "with", "dizziness", "described", "as", "vertigo", "with", "spinning", "of", "objects", ",", "intense", "and", "disabling", ",", "accompanied", "by", "vegetative", "symptoms", "and", "hearing", "loss", "in", "the", "right", "ear", ",", "with", "no", "other", "added", "symptoms", ".", "She", "was", "assessed", "by", "her", "primary", "care", "physician", ",", "who", "indicated", "symptomatic", "treatment", ",", "without", "benefit", ".", "A", "week", "later", ",", "she", "visited", "the", "emergency", "department", "again", "due", "to", "persistent", "symptoms", "and", "the", "appearance", "of", "vesicles", "in", "the", "right", "ear", ",", "and", "was", "assessed", "with", "the", "diagnostic", "impression", "of", "right", "herpes", "zoster", "oticus", "and", "treatment", "with", "sulpiride", "and", "valacyclovir", "was", "indicated", ".", "After", "8", "days", ",", "the", "patient", "reported", "horizontal", "binocular", "diplopia", ",", "with", "no", "improvement", "in", "her", "previous", "symptoms", ".", "An", "ophthalmological", "assessment", "revealed", "paresis", "of", "the", "right", "fourth", "cranial", "nerve", ".", "A", "basic", "general", "blood", "test", "was", "performed", "(", "11", ",", "888", "leukocytes", "/", "mm3", ",", "neutrophils", "82", "%", ",", "no", "other", "alterations", ")", ",", "a", "cranial", "and", "orbital", "computerised", "tomography", "(", "CT", ")", "scan", "(", "with", "no", "notable", "findings", ")", "and", "it", "was", "decided", "to", "admit", "her", "to", "the", "Neurology", "Department", "to", "complete", "the", "study", ".", "The", "patient", "had", "no", "fever", "or", "previous", "systemic", "infectious", "symptoms", ",", "and", "did", "not", "present", "TBI", "or", "other", "symptoms", "in", "the", "rest", "of", "the", "anamnesis", ".", "Physical", "examination", "General", "examination", ":", "good", "general", "condition", ".", "Of", "note", ":", "slight", "dehydration", ".", "Right", "external", "auditory", "canal", "(", "EAC", ")", "with", "multiple", "herpetic", "vesicles", ".", "Neurological", "examination", ".", "Cortical", "functions", ":", "good", "level", "of", "consciousness", ".", "Orientation", "in", "the", "three", "spheres", ".", "Coherent", "verbal", "language", "without", "dysphasic", "elements", "or", "dysarthria", ".", "No", "visuospatial", "hemineglect", ".", "No", "sensory", "or", "visual", "extinction", ".", "Cranial", "nerves", ":", "isochoric", "pupils", ",", "photomotor", "and", "consensual", "reflexes", "preserved", ".", "Normal", "confrontational", "campimetry", ".", "Primary", "gaze", "with", "tendency", "to", "abduction", "of", "the", "left", "eye", ",", "left", "eye", "adduction", "paresis", "without", "palpebral", "ptosis", ".", "Horizontal", "nystagmus", "in", "the", "extreme", "right", "horizontal", "gaze", ".", "Sensory", "and", "motor", "V", "cranial", "nerve", "without", "alterations", ".", "No", "asymmetry", "or", "facial", "weakness", ".", "Right", "hearing", "loss", ".", "Weber", "test", "lateralised", "to", "the", "left", ".", "Rhinne", "'", "s", "test", "positive", "bilaterally", ".", "Lower", "cranial", "nerves", "without", "alterations", ".", "Motor", "system", ":", "no", "claudication", "in", "anti-gravity", "manoeuvres", ".", "Normal", "muscle", "strength", ",", "5", "/", "5", "by", "muscle", "groups", ".", "Normal", "tone", "and", "trophism", ".", "REM", "+", "+", "/", "+", "+", "+", "+", "symmetrical", "bilaterally", ",", "without", "pathological", "responses", ".", "Bilateral", "skin-plantar", "flexor", "reflex", ".", "Sensibilities", ":", "preserved", "in", "all", "modalities", ".", "Balance", ",", "coordination", "and", "gait", ":", "no", "cerebellar", "signs", ".", "Standing", "and", "walking", "not", "explorable", "due", "to", "the", "patient", "'", "s", "active", "vertiginous", "symptoms", ".", "No", "meningeal", "signs", ".", "Complementary", "tests", "-", "General", "laboratory", "tests", ":", "complete", "blood", "count", ",", "basic", "coagulation", ",", "complete", "biochemistry", ",", "enzymes", ",", "ions", ",", "lipid", "profile", ",", "thyroid", "profile", ",", "vitamin", "B12", "and", "folic", "acid", "normal", ".", "Erythrocyte", "sedimentation", "rate", "6", "mm", "/", "h", ".", "-", "Cerebrospinal", "fluid", "(", "CSF", ")", ":", "normal", "opening", "pressure", ".", "Glucose", "55", "mg", "/", "dl", "(", "40-70", "mg", "/", "dl", ")", ",", "total", "protein", "23", ".", "40", "mg", "/", "dl", "(", "less", "than", "40", "mg", "/", "dl", ")", ".", "Cellularity", ":", "40", "leukocytes", "/", "mm3", ",", "predominantly", "MN", "(", "90", "%", ")", ",", "0", "red", "blood", "cells", "/", "mm3", ".", "-", "Pathology", ":", "benign", "cytology", ".", "Smear", "with", "mononuclear", "lymphocytic", "pleocytosis", ".", "-", "Microbiology", ":", "negative", "culture", "in", "standard", "media", "for", "bacteria", ".", "Virological", "study", ":", "herpes", "zoster", ",", "herpes", "simplex", "1", "and", "2", "and", "enterovirus", "negative", ".", "-", "Chest", "X-ray", ":", "no", "alterations", ".", "-", "Magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", "of", "the", "brain", "with", "contrast", ":", "replacement", "of", "the", "normal", "CSF", "of", "the", "fundus", "of", "the", "right", "internal", "auditory", "canal", "(", "IAC", ")", "by", "hypointense", "material", "in", "T2", ",", "which", "shows", "intense", "enhancement", "after", "administering", "gadolinium", ".", "It", "also", "shows", "enhancement", "of", "the", "cochlea", "(", "mainly", "basal", "and", "medial", "loops", ")", ",", "the", "vestibule", "and", "the", "entire", "facial", "nerve", "canal", "(", "labyrinthine", ",", "anterior", "knee", ",", "tympanic", ",", "posterior", "knee", "and", "mastoid", "segments", ")", ".", "The", "findings", "are", "compatible", "with", "an", "inflammatory", "process", ",", "affecting", "the", "right", "facial", "and", "vestibulo-cochlear", "nerves", ".", "There", "was", "no", "evidence", "of", "meningeal", "enhancement", ".", "-", "Control", "brain", "MRI", "(", "15", "days", "later", ")", ":", "radiological", "stability", "with", "respect", "to", "the", "previous", "MRI", ",", "showing", "inflammatory", "changes", "affecting", "the", "right", "cranial", "nerves", "VII", "and", "VIII", ".", "-", "Tone", "audiometry", ":", "moderate", "hypoacusis", "in", "low", "and", "middle", "tones", "in", "the", "right", "ear", "with", "a", "symmetrical", "drop", "in", "high", "tones", ".", "Left", "ear", ":", "normoacusis", ".", "Diagnosis", "Right", "herpes", "zoster", "oticus", "with", "inflammatory", "polyneuritic", "involvement", "of", "the", "right", "VIII", "cranial", "nerve", "(", "vestibular", "and", "cochlear", "branches", ")", ",", "the", "left", "III", "cranial", "nerve", "and", "probably", "the", "right", "IV", "cranial", "nerve", ".", "Treatment", "General", "measures", ":", "rest", ",", "hydration", ",", "antiemetics", ".", "Treatment", "with", ":", "intravenous", "acyclovir", "10", "mg", "/", "kg", "/", "day", ",", "3", "times", "a", "day", "for", "15", "days", ";", "diazepam", ",", "5", "mg", "every", "8", "hours", ",", "and", "intravenous", "sulpiride", ",", "100", "mg", "every", "8", "hours", ".", "Evolution", "Admission", "was", "marked", "by", "significant", "vertiginous", "symptoms", ",", "right", "hearing", "loss", ",", "dizziness", ",", "nausea", "and", "vomiting", ",", "as", "well", "as", "diplopia", ",", "which", "slowly", "improved", "progressively", ".", "One", "month", "later", ",", "only", "horizontal", "diplopia", "persisted", "in", "the", "extreme", "left", "gaze", "with", "horizontal-rotatory", "nystagmus", "in", "supralevoversion", ",", "hypoacusis", "and", "unstable", "gait", "with", "a", "tendency", "to", "right", "lateropulsion", ".", "She", "was", "assessed", "in", "the", "Otorhinolaryngology", "Department", ",", "and", "caloric", "and", "VNG", "tests", "were", "performed", ",", "which", "showed", "a", "100", "%", "right", "vestibular", "deficit", ".", "Her", "hearing", "loss", "and", "AT", "remain", "stable", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 29 }, { "text": "herpes zoster", "label": "SPECIES", "start": 702, "end": 715 }, { "text": "primary care physician", "label": "HUMAN", "start": 434, "end": 456 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 802, "end": 809 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1254, "end": 1261 }, { "text": "herpes zoster", "label": "SPECIES", "start": 4382, "end": 4395 } ]

[ "Anamnesis", "A", "10-year-old", "woman", ",", "with", "no", "personal", "or", "family", "history", "of", "interest", ".", "She", "reported", "that", "7", "days", "ago", ",", "while", "bathing", "in", "the", "Mediterranean", "Sea", ",", "she", "felt", "the", "bite", "of", "a", "marine", "animal", "on", "the", "back", "of", "her", "right", "leg", ",", "presenting", "immediate", "pain", ",", "itching", "and", "linear", "erythematous", "lesions", ".", "Topical", "corticosteroids", "were", "prescribed", ",", "improving", "the", "symptoms", ".", "Five", "days", "later", ",", "the", "patient", "began", "to", "develop", "a", "rash", "with", "erythematous", ",", "slightly", "pruritic", ",", "erythematous", ",", "oedematous", "papular", "lesions", ",", "mainly", "on", "the", "trunk", ".", "Physical", "examination", "Examination", "revealed", "multiple", "linear", "crusted", "lesions", "on", "the", "back", "of", "the", "right", "leg", ".", "On", "the", "trunk", "and", "cheeks", ",", "there", "were", "symmetrically", "distributed", ",", "erythematous", "erythematous-edematous", "lesions", "in", "the", "form", "of", "macules", "and", "papules", ".", "On", "both", "buttocks", "the", "lesions", "converged", ",", "acquiring", "the", "morphology", "of", "round", "plaques", ",", "some", "with", "a", "paler", "colouring", "in", "the", "centre", ",", "giving", "the", "appearance", "of", "targets", "in", "some", "of", "them", ".", "There", "were", "no", "mucosal", "lesions", ".", "No", "other", "findings", "were", "observed", "in", "the", "physical", "examination", ".", "Complementary", "examinations", "Laboratory", "tests", "were", "requested", ",", "including", "a", "complete", "blood", "count", ",", "biochemical", "profile", ",", "acute", "phase", "reactants", ",", "urine", "test", ",", "chest", "X-ray", ",", "serology", "for", "CMV", ",", "EBV", ",", "HAV", ",", "HBV", ",", "HCV", "and", "parvovirus", ",", "all", "within", "normal", "limits", ".", "A", "punch", "skin", "biopsy", "of", "one", "of", "the", "lesions", "on", "the", "thigh", "showed", "lymphocytic", "exocytosis", ",", "foci", "of", "spongiosis", ",", "parakeratosis", ",", "presence", "of", "few", "necrotic", "keratinocytes", "and", "signs", "of", "focal", "vacuolisation", "of", "the", "basal", "layer", "in", "the", "epidermis", ".", "In", "the", "dermis", "there", "was", "a", "superficial", "perivascular", "lymphohistiocytic", "infiltrate", "with", "moderate", "presence", "of", "eosinophils", ".", "Diagnosis", "Erythema", "multiforme", "secondary", "to", "Cnidaria", "sting", ".", "Treatment", "Topical", "antibiotic", "for", "over-infected", "areas", "of", "the", "right", "leg", "and", "monitoring", ".", "Evolution", "Together", "with", "the", "clinical", "and", "histological", "findings", ",", "the", "diagnosis", "of", "erythema", "multiforme", "was", "established", ".", "Since", "contact", "with", "the", "marine", "animal", "was", "the", "only", "associated", "factor", ",", "we", "concluded", "that", "the", "erythema", "multiforme", "was", "secondary", "to", "the", "bite", "of", "this", "cnidarian", ".", "After", "treatment", "with", "corticosteroid", "and", "topical", "antibiotic", "at", "the", "site", "of", "the", "bite", ",", "the", "pain", "and", "inflammation", "improved", ".", "After", "healing", "of", "the", "linear", "lesions", ",", "slight", "hyperpigmentation", "persisted", ".", "The", "erythema", "multiforme", "lesions", "regressed", "spontaneously", "after", "7-10", "days", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 29 }, { "text": "animal", "label": "SPECIES", "start": 179, "end": 185 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 51, "end": 57 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 370, "end": 377 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 39, "end": 47 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 1196, "end": 1199 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 1201, "end": 1204 }, { "text": "HAV", "label": "SPECIES", "start": 1206, "end": 1209 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 1211, "end": 1214 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 1216, "end": 1219 }, { "text": "parvovirus", "label": "SPECIES", "start": 1224, "end": 1234 }, { "text": "animal", "label": "SPECIES", "start": 1907, "end": 1913 }, { "text": "cnidarian", "label": "SPECIES", "start": 2022, "end": 2031 } ]

[ "A", "15-year-old", "male", "with", "lobar", "pneumonia", "of", "one", "month", "'", "s", "evolution", "and", "intermittent", "fever", "despite", "ampicillin", ".", "Bronchoalveolar", "lavage", "(", "BAL", ")", "was", "performed", "with", "negative", "cultures", "and", "negative", "Quantiferon", ".", "He", "was", "switched", "to", "cefotaxime", "plus", "clindamycin", ",", "persisting", "febrile", "and", "with", "radiological", "worsening", ".", "LBA", "was", "repeated", ":", "PCR", "positive", "for", "Aspergillus", ",", "with", "negative", "culture", "and", "galactamannan", ".", "Good", "response", "to", "voriconazole", ".", "Given", "pulmonary", "aspergillosis", "in", "a", "previously", "healthy", "patient", ",", "it", "is", "imperative", "to", "study", "chronic", "granulomatous", "disease", "(", "CGD", ")", ",", "which", "was", "confirmed", "in", "the", "functional", "study", "(", "oxidation", "test", ")", "and", "genetically", "(", "NCF1", "gene", "mutation", "in", "homozygosis", ")", ".", "Three-year-old", "male", ",", "afebrile", "and", "admitted", "for", "white", "appendicitis", "(", "histology", "of", "reactive", "peri-appendicular", "lymphadenopathy", ")", ";", "thoraco-abdominal", "CT", "scan", ",", "performed", "following", "mesenteric", "adenomegaly", ",", "showed", "a", "pulmonary", "infiltrate", ".", "Quantiferon", "was", "negative", ".", "After", "2", "months", ",", "a", "new", "CT", "scan", "showed", "2", "lung", "abscesses", "and", "mesenteric", "lymphadenopathy", "(", "some", "with", "calcification", "and", "necrosis", ")", ",", "with", "no", "clinical", "or", "analytical", "alterations", ".", "With", "suspicion", "of", "fungal", "infection", ",", "LBA", "was", "performed", "(", "negative", "cultures", "and", "PCR", ")", "followed", "by", "pulmonary", "segmentectomy", "(", "excision", "of", "the", "lung", "abscesses", ")", ",", "and", "empirical", "antibacterial", "and", "antifungal", "antibiotherapy", "with", "voriconazole", "was", "started", ".", "The", "functional", "and", "genetic", "study", "confirmed", "CGD", "(", "CYBB", "mutation", ",", "X-linked", ")", ".", "After", "2", "weeks", "of", "cultures", ",", "Tyromices", "fissilis", ",", "a", "voriconazole-sensitive", "fungus", ",", "was", "isolated", ".", "Results", ":", "We", "illustrate", "the", "importance", "of", "pursuing", "microbiological", "diagnosis", "in", "pulmonary", "infection", "with", "a", "torpid", "course", ",", "although", "this", "requires", "invasive", "techniques", "infrequently", "used", "in", "paediatrics", ".", "The", "clinical-radiological", "evolution", "and", "microbiological", "findings", "pointed", "to", "an", "underlying", "PID", ",", "CGD", ",", "which", "often", "debuts", "with", "rare", "and", "difficult", "to", "isolate", "bacterial", "and", "fungal", "infections", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0 ]

[ { "text": "Aspergillus", "label": "SPECIES", "start": 335, "end": 346 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 18 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 474, "end": 481 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 676, "end": 680 }, { "text": "antibacterial", "label": "SPECIES", "start": 1249, "end": 1262 }, { "text": "antifungal", "label": "SPECIES", "start": 1267, "end": 1277 }, { "text": "voriconazole-sensitive fungus", "label": "SPECIES", "start": 1447, "end": 1476 }, { "text": "fungus", "label": "SPECIES", "start": 1470, "end": 1476 }, { "text": "fungal", "label": "SPECIES", "start": 1101, "end": 1107 }, { "text": "Tyromices fissilis", "label": "SPECIES", "start": 1425, "end": 1443 }, { "text": "fungal", "label": "SPECIES", "start": 1859, "end": 1865 } ]

[ "Anamnesis", "A", "24-year-old", "man", "with", "a", "history", "of", "intestinal", "polyposis", ",", "angioma", "of", "the", "left", "forearm", "and", "right", "buttock", ".", "He", "came", "to", "the", "Emergency", "Department", "for", "haematuria", "of", "one", "month", "'", "s", "evolution", "with", "multiple", "previous", "consultations", ",", "associated", "with", "worsening", "general", "condition", ",", "fever", "of", "38oC", "of", "12", "hours", "of", "evolution", ",", "chills", ",", "sweating", ",", "pain", "in", "the", "left", "renal", "fossa", "and", "flank", ",", "decreased", "diuresis", ".", "Physical", "examination", "Physical", "examination", "on", "admission", ":", "blood", "pressure", "154", "/", "99", "mmHg", ",", "heart", "rate", "109", "bpm", ",", "temperature", "37", ".", "7", "oC", ".", "Abdomen", "painful", "on", "palpation", "in", "the", "left", "flank", "and", "positive", "ipsilateral", "renal", "fist", "percussion", ";", "on", "auscultation", "there", "was", "a", "perceptible", "abdominal", "murmur", ".", "Macroscopic", "haematuria", "is", "evidenced", "by", "bladder", "catheterisation", ".", "Complementary", "tests", "-", "Laboratory", "tests", "showed", "leukocytosis", "of", "15", ",", "100", "thousand", "/", "mm3", ",", "platelets", "136", ",", "000", "thousand", "/", "mm3", ",", "urinary", "sediment", "with", ">", "100", "red", "blood", "cells", "and", "leukocytes", "per", "field", ".", "Other", "findings", "were", "unchanged", ".", "-", "Abdominal", "ultrasound", ":", "large", "arteriovenous", "malformation", "(", "AVM", ")", "in", "the", "left", "kidney", "with", "secondary", "aneurysmal", "dilatation", "of", "9", ".", "5", "cm", ".", "Left", "kidney", "of", "normal", "size", ",", "echogenicity", "and", "corticomedullary", "differentiation", "somewhat", "increased", ".", "-", "Computed", "tomography", "angiography", ":", "formation", "in", "the", "left", "kidney", ",", "vascular", "in", "appearance", ",", "with", "large", "vessels", "and", "an", "aneurysmal", "formation", "in", "its", "lower", "pole", "measuring", "92", "x", "95", "mm", ",", "compatible", "with", "AVM", ".", "Four", "arterial", "vessels", "from", "the", "aorta", "supplying", "the", "malformation", "and", "the", "left", "kidney", "were", "observed", ".", "The", "aneurysmal", "formation", "communicates", "through", "the", "left", "renal", "vein", "with", "the", "vena", "cava", ",", "which", "has", "an", "increased", "calibre", ".", "The", "right", "kidney", "is", "unaltered", ".", "-", "The", "study", "is", "complemented", "from", "the", "cardiological", "point", "of", "view", "to", "determine", "the", "repercussions", "of", "the", "renal", "lesion", "on", "the", "patient", "'", "s", "haemodynamic", "state", ".", "-", "Transthoracic", "ultrasound", ":", "slight", "dilatation", "of", "the", "four", "cardiac", "chambers", "with", "normal", "thicknesses", ",", "compatible", "with", "volumetric", "overload", ".", "Normal", "left", "ventricular", "ejection", "fraction", ",", "normal", "valves", ".", "Cava", "plethora", "(", "severe", "dilatation", "of", "38", "mm", "without", "respiratory", "collapse", ")", "in", "relation", "to", "hyperflow", ".", "-", "Cardiac", "MRI", ":", "cardiomegaly", "at", "the", "expense", "of", "right", "chambers", "with", "signs", "of", "ipsilateral", "overload", ".", "Dilatation", "of", "the", "pulmonary", "artery", "trunk", ",", "hypertrabeculation", "of", "both", "ventricles", "predominantly", "of", "the", "LV", "with", "decreased", "systolic", "function", ".", "Diagnosis", "A", "diagnosis", "of", "AVM", "of", "the", "left", "kidney", "was", "established", ",", "with", "arterial", "hypertension", "and", "haematuria", ",", "complicated", "by", "acute", "left", "pyelonephritis", ".", "Treatment", "Once", "the", "diagnosis", "was", "established", ",", "antibiotic", "treatment", "of", "the", "infectious", "condition", "was", "started", ".", "Subsequently", ",", "the", "case", "was", "assessed", "by", "Interventional", "Radiology", ",", "who", "ruled", "out", "intervention", "due", "to", "the", "morphological", "characteristics", "of", "the", "lesion", "and", "the", "technical", "impossibility", ",", "proceeding", "to", "embolisation", "of", "the", "subsidiary", "left", "renal", "arteries", "by", "means", "of", "percutaneous", "access", "with", "Amplatzer", "devices", "and", "lower", "pedicle", "of", "the", "malformation", "with", "coils", "by", "Vascular", "Surgery", ",", "Embolisation", "of", "the", "third", "branch", "was", "not", "possible", "because", "it", "had", "a", "very", "small", "neck", "from", "the", "aortic", "wall", ",", "and", "the", "control", "CT", "scan", "showed", "contrast", "filling", "of", "the", "lesion", "similar", "to", "previous", "studies", ".", "In", "view", "of", "the", "results", ",", "it", "was", "decided", "to", "carry", "out", "a", "joint", "intervention", "between", "Vascular", "Surgery", "and", "Urology", ".", "An", "en", "bloc", "left", "nephrectomy", "was", "performed", "with", "the", "AVM", "and", "aneurysm", ".", "Evolution", "He", "presented", "a", "favourable", "postoperative", "evolution", ",", "being", "discharged", "a", "few", "days", "later", ",", "with", "subsequent", "revisions", "that", "showed", "that", "the", "patient", "was", "in", "good", "general", "condition", "and", "had", "experienced", "an", "improvement", "in", "his", "cardiological", "parameters", ";", "he", "was", "assessed", "by", "the", "Genetics", "Service", ",", "who", "carried", "out", "a", "study", "to", "determine", "the", "aetiology", "of", "the", "vascular", "lesion", ".", "He", "is", "currently", "asymptomatic", "and", "haemodynamically", "stable", ",", "being", "followed", "up", "by", "Internal", "Medicine", "for", "multinodular", "goitre", "and", "by", "the", "Digestive", "System", "for", "colonic", "polyposis", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1747, "end": 1754 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3455, "end": 3462 } ]

[ "", "A", "59-year-old", "Caucasian", "man", "with", "no", "evidence", "of", "cardiovascular", "risk", "factors", "or", "pharmacological", "treatment", "prior", "to", "hospitalisation", ".", "He", "was", "admitted", "with", "fever", "not", "relieved", "by", "paracetamol", "and", "dyspnoea", "of", "10", "days", "'", "evolution", ".", "Physical", "examination", "revealed", "tachycardia", "(", "pulse", "112", "bpm", ")", ",", "hypotension", "(", "90", "/", "50", "mmHg", ")", "and", "severe", "hypoxaemia", ".", "A", "serial", "12-lead", "electrocardiogram", "showed", "sinus", "tachycardia", "without", "ST-segment", "elevation", "/", "depression", "or", "other", "electrical", "pathways", "suggestive", "of", "myocardial", "failure", ";", "a", "chest", "X-ray", "showed", "signs", "of", "severe", "interstitial", "pneumonia", ",", "with", "ground-glass", "changes", ",", "suggestive", "of", "SARS-CoV-2", "infection", ".", "Echocardiogram", "was", "normal", ".", "Because", "of", "severe", "ARDS", ",", "refractory", "to", "non-invasive", "mechanical", "ventilation", ",", "the", "patient", "underwent", "endotracheal", "intubation", "(", "ETI", ")", "and", "was", "transferred", "to", "an", "intensive", "care", "unit", "(", "ICU", ")", "isolation", "room", ";", "SARS-CoV-2", "infection", "was", "subsequently", "confirmed", "by", "RT-PCR", "testing", "from", "a", "nasal", "swab", ".", "After", "a", "few", "days", "of", "mechanical", "ventilation", ",", "the", "patient", "suffered", "a", "sudden", "cardiac", "arrest", "followed", ",", "after", "resuscitation", ",", "by", "an", "acute", "haemodynamic", "worsening", ".", "An", "emergency", "echocardiogram", "showed", "severe", "disruption", "of", "the", "right", "heart", "chambers", ",", "indicative", "of", "acute", "pulmonary", "embolism", ".", "Because", "of", "the", "rapidly", "worsening", "haemodynamic", "status", ",", "no", "chest", "CT", "was", "performed", "and", "the", "patient", "was", "immediately", "transferred", "to", "our", "cardiac", "operating", "theatre", ".", "By", "means", "of", "a", "median", "sternotomy", "with", "bicaval", "and", "central", "aortic", "venous", "catheterisation", ",", "a", "large", "thrombus", "was", "removed", "from", "the", "right", "atrium", "and", "the", "left", "and", "right", "main", "pulmonary", "arteries", ".", "The", "complete", "removal", "of", "the", "thrombus", "led", "to", "a", "rapid", "improvement", "of", "the", "pulmonary", "artery", "systolic", "pressure", ".", "The", "intervention", "was", "performed", "with", "59", "minutes", "of", "cardioplegic", "arrest", "with", "mild", "hypothermia", ".", "The", "patient", "was", "treated", "with", "hydroxychloroquine", "sulphate", "and", "darunavir", "and", "cobicistat", "as", "drug", "therapy", ".", "After", "32", "days", "of", "follow-up", ",", "he", "is", "haemodynamically", "stable", "without", "inotropic", "support", "and", "has", "been", "transferred", "from", "the", "ICU", "to", "the", "general", "hospital", "ward", "with", "spontaneous", "ventilation", ".", "The", "SARS-CoV-2", "infection", "resolved", "as", "confirmed", "by", "two", "RT-PCR", "tests", "from", "nasal", "swabs", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 723, "end": 730 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 972, "end": 979 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1290, "end": 1297 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1751, "end": 1758 }, { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 25, "end": 28 } ]

[ "This", "is", "a", "45", "year", "old", "woman", "with", "social", "problems", ",", "indigent", ".", "No", "known", "drug", "allergies", ".", "Heavy", "smoker", "(", "accumulated", "smoking", "40", "packs", "/", "year", ")", ",", "with", "a", "considerable", "alcohol", "habit", "and", "ex-addicted", "to", "inhalation", "drugs", ".", "Personal", "history", ":", "human", "immunodeficiency", "virus", "(", "HIV", ")", "infection", "diagnosed", "in", "1981", "at", "the", "age", "of", "18", ",", "chronic", "hepatitis", "C", "virus", "(", "HCV", ")", "liver", "disease", ",", "past", "hepatitis", "B", "virus", "(", "HBV", ")", "infection", ",", "severe", "bronchial", "asthma", ",", "cholelithiasis", "and", "choledocholithiasis", "with", "secondary", "pancreatitis", ",", "pulmonary", "tuberculosis", "in", "childhood", ",", "and", "surgery", "for", "a", "uterine", "fibroid", ".", "Previous", "history", "From", "the", "time", "of", "diagnosis", "of", "HIV", "infection", "until", "2005", ",", "the", "patient", "did", "not", "receive", "regular", "follow-up", "care", "at", "the", "clinic", "and", "was", "not", "receiving", "antiretroviral", "treatment", "(", "HAART", ")", ".", "In", "2005", "(", "three", "years", "before", "the", "referred", "episode", ")", "she", "was", "in", "stage", "B3", "with", "AIDS-defining", "criteria", "(", "herpes", "zoster", ",", "oropharyngeal", "candidiasis", ")", "and", "CD4", "count", "of", "79", "cells", "/", "μl", "with", "HIV", "viral", "load", "77", ",", "448", "copies", "/", "ml", ",", "and", "it", "was", "decided", "to", "start", "HAART", "with", "Emtricitabine", "(", "FTC", ")", "+", "Tenofovir", "(", "TDF", ")", "+", "Lopinavir", "/", "Ritonavir", "(", "LPV", "/", "r", ")", ".", "After", "six", "months", "it", "was", "changed", "to", "FTC", "+", "TDF", "+", "Saquinavir", "/", "Ritonavir", "(", "SQV", "/", "r", ")", "due", "to", "treatment", "failure", "secondary", "to", "poor", "adherence", "and", "discontinuation", "of", "follow-up", ".", "Only", "once", "between", "2005", "and", "2008", "did", "she", "have", "a", "viral", "load", "below", "50", "copies", "/", "ml", ",", "with", "CD4", "count", "always", "below", "200", "cells", "/", "mm3", ".", "During", "this", "interval", ",", "the", "patient", "required", "multiple", "hospital", "admissions", "to", "the", "Infectious", "Diseases", "Department", "for", "asthmatic", "exacerbation", "with", "bronchial", "hyperresponsiveness", "in", "the", "context", "of", "non-condensing", "respiratory", "infection", ",", "receiving", "treatment", "with", "antibiotherapy", ",", "intravenous", "corticotherapy", "and", "later", "oral", "corticotherapy", "in", "a", "permanent", "descending", "regimen", ".", "Despite", "this", ",", "the", "patient", "continued", "to", "smoke", "actively", "and", "persisted", "in", "the", "consumption", "of", "alcohol", "and", "occasionally", "other", "toxic", "substances", "via", "inhalation", ".", "At", "the", "time", "of", "the", "current", "episode", "the", "patient", "'", "s", "usual", "medication", "included", "TDF", "+", "FTC", "+", "SQV", "/", "r", ",", "budesonide", "+", "formoterol", "and", "salbutamol", "inhalers", ",", "prednisone", ",", "methadone", ",", "and", "cotrimoxazole", "as", "prophylaxis", "every", "other", "day", ".", "Present", "illness", "The", "patient", "came", "to", "the", "emergency", "department", "in", "May", "2008", "with", "behavioural", "and", "language", "disorders", "associated", "with", "loss", "of", "strength", "in", "the", "right", "side", "of", "the", "body", "since", "the", "previous", "day", ".", "She", "reported", "a", "non-thermometric", "dysthermic", "sensation", "in", "the", "last", "few", "days", ".", "She", "denied", "headache", ",", "nausea", "or", "vomiting", ",", "and", "did", "not", "present", "any", "other", "associated", "symptoms", "in", "the", "anamnesis", "by", "organs", "and", "apparatus", ".", "Physical", "examination", "revealed", "a", "tendency", "to", "hypertension", "(", "155", "/", "88", "mmHg", ")", ",", "tachycardic", "at", "123", "beats", "per", "minute", ",", "febrile", "at", "37", ".", "8oC", ",", "and", "eupneic", "with", "an", "arterial", "oxygen", "saturation", "of", "96", "%", "with", "nasal", "goggles", "at", "2", "litres", "per", "minute", ".", "She", "is", "conscious", ",", "disoriented", "in", "time", ",", "space", "and", "person", ",", "hardly", "cooperative", ".", "General", "condition", "is", "fair", ".", "Well", "hydrated", "and", "perfused", ",", "normal", "colour", ".", "Cushingoid", "habitus", ".", "No", "alterations", "in", "the", "head", "and", "neck", ".", "Cardiac", "tones", "are", "rhythmic", "and", "regular", "without", "murmurs", ",", "presenting", "generalised", "hypoventilation", "and", "scattered", "bilateral", "expiratory", "wheezing", "on", "pulmonary", "auscultation", ".", "The", "abdomen", "is", "soft", "and", "depressible", ",", "without", "pain", "on", "palpation", ",", "masses", "or", "organomegaly", ".", "Pedial", "pulses", "are", "present", "in", "the", "lower", "extremities", "and", "there", "is", "no", "oedema", ".", "Neurological", "examination", "revealed", "disorientation", "in", "all", "three", "spheres", ",", "with", "bilateral", "mydriatic", "pupils", "reactive", "to", "light", ",", "motor", "aphasia", ",", "preserved", "external", "eye", "movements", ",", "central", "right", "facial", "paralysis", "with", "no", "other", "cranial", "nerve", "focality", ",", "right", "hemiparesis", "4", "/", "5", ",", "non-cooperation", "in", "the", "finger-nose", "test", ",", "non-exalted", "osteotendinous", "reflexes", ",", "bilateral", "flexor", "plantar", "skin", "reflex", ",", "negative", "Romberg", "and", "unexplored", "gait", ".", "Complementary", "tests", "The", "blood", "tests", "taken", "in", "the", "emergency", "department", "showed", "no", "significant", "alterations", "in", "the", "haemogram", "or", "biochemistry", ",", "except", "for", "mild", "hyponatraemia", "(", "sodium", "131", "mmol", "/", "l", ")", "and", "ethanol", "levels", "of", "10", "mg", "/", "dl", ".", "Venous", "blood", "gases", "and", "coagulation", "are", "normal", ".", "Rapid", "urine", "analysis", "was", "positive", "for", "cocaine", "and", "opiates", ",", "with", "positive", "visual", "strip", "tests", "for", "haemoglobin", "(", "5", "+", ")", ",", "urobilinogen", "(", "3", "+", ")", "and", "leucocytes", "(", "2", "+", ")", ".", "Blood", "cultures", "were", "taken", "and", "were", "negative", ".", "The", "electrocardiogram", "showed", "sinus", "rhythm", "with", "axis", "at", "100o", "without", "block", "or", "repolarisation", "alterations", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "only", "a", "small", "residual", "infiltrate", "in", "the", "left", "upper", "lobe", ".", "A", "computerised", "tomography", "(", "CT", ")", "scan", "of", "the", "skull", "was", "requested", ",", "which", "showed", "\"", "a", "left", "frontal", "lesion", "of", "nodular", "morphology", ",", "poorly", "defined", ",", "about", "2", ".", "5", "cm", "in", "diameter", "and", "4", "cm", "in", "the", "following", "section", ",", "without", "being", "able", "to", "distinguish", "whether", "it", "was", "a", "single", "lesion", "or", "two", "adjacent", "ones", ",", "with", "a", "hyperdense", "peripheral", "and", "central", "area", "more", "hypodense", ",", "and", "causing", "a", "mass", "effect", "with", "displacement", "of", "the", "midline", ",", "as", "well", "as", "perilesional", "oedema", "that", "produced", "effacement", "of", "homolateral", "sulci", "\"", ".", "With", "the", "data", "obtained", "from", "the", "examination", "and", "the", "complementary", "tests", ",", "the", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "Infectious", "Diseases", "hospital", "ward", "with", "the", "syndromic", "diagnosis", "of", "\"", "Multiple", "space-occupying", "lesion", "(", "LOE", ")", "with", "mass", "effect", "in", "a", "severely", "immunosuppressed", "HIV", "patient", "\"", ",", "and", "empirical", "treatment", "was", "started", ".", "Differential", "diagnosis", "In", "our", "case", "we", "were", "dealing", "with", "a", "patient", "with", "several", "cerebral", "LOEs", ",", "in", "a", "state", "of", "severe", "immunosuppression", "due", "to", "stage", "B3", "HIV", "infection", "with", "virological", "failure", ",", "together", "with", "prolonged", "corticoid", "therapy", "and", "drug", "abuse", ".", "After", "imaging", "tests", "that", "show", "lesions", "that", "produce", "a", "mass", "effect", ",", "diffuse", "central", "nervous", "system", "(", "CNS", ")", "disorders", "such", "as", "HIV", "encephalopathy", "(", "dementia-AIDS", "complex", ",", "CDS", ")", "or", "progressive", "multifocal", "leukoencephalopathy", "(", "PML", ")", "are", "relegated", "to", "second", "place", ",", "and", "we", "must", "first", "think", "of", "toxoplasmosis", "or", "primary", "CNS", "lymphoma", "in", "its", "focal", "presentation", ",", "also", "considering", "the", "possibility", "of", "tuberculoma", "or", "other", "infectious", "brain", "abscesses", ".", "In", "an", "immunosuppressed", "HIV", "patient", ",", "the", "diagnosis", "of", "toxoplasmosis", "is", "difficult", ",", "as", "there", "is", "often", "no", "increase", "in", "immunoglobulin", "M", "(", "IgM", ")", "or", "large", "variations", "in", "immunoglobulin", "G", "(", "IgG", ")", "titres", ",", "so", "it", "is", "not", "useful", "for", "diagnosis", ",", "so", "it", "is", "more", "of", "a", "suspicion", "than", "a", "diagnosis", "of", "certainty", ".", "On", "the", "other", "hand", ",", "the", "imaging", "features", "are", "an", "excellent", "tool", "to", "guide", "the", "diagnosis", ".", "Toxoplasmosis", "on", "CT", "usually", "manifests", "as", "multiple", ",", "hypodense", "lesions", "located", "in", "the", "basal", "ganglia", ",", "thalamus", "and", "corticosubcortical", "region", ",", "with", "the", "typical", "ring-shaped", "enhancement", "after", "intravenous", "contrast", "administration", ",", "with", "the", "presence", "of", "eccentric", "nodular", "enhancement", "in", "the", "enhancing", "wall", "being", "very", "specific", "(", "but", "not", "very", "sensitive", ")", ".", "In", "MRI", ",", "T2", "and", "FLAIR", "sequences", "show", "the", "target", "sign", "in", "the", "lesions", ",", "with", "a", "hyperintense", "centre", "correlating", "with", "necrosis", ",", "a", "hypointense", "ring", "correlating", "with", "the", "inflammatory", "zone", ",", "and", "a", "hyperintense", "periphery", "in", "relation", "to", "surrounding", "oedema", ".", "Gadolinium", "T1-weighted", "sequences", "show", "an", "enhancing", "ring", "of", "the", "inflammatory", "zone", ".", "The", "lesions", "usually", "show", "increased", "diffusion", "on", "diffusion", "sequences", ",", "on", "spectroscopy", "there", "is", "usually", "an", "elevated", "lipid", "and", "lactate", "peak", ".", "Blood", "volume", "relative", "to", "the", "lesion", "is", "decreased", ".", "Oedema", "and", "haemorrhage", "are", "commonly", "associated", "with", "these", "lesions", ".", "The", "main", "differential", "diagnosis", "with", "multiple", "lesions", "with", "ring", "enhancement", "is", "with", "primary", "CNS", "lymphoma", ".", "In", "favour", "of", "lymphoma", "are", "subependymal", "extension", ",", "diffusion", "restriction", "(", "hypercellularity", ")", ",", "involvement", "of", "the", "corpus", "callosum", "and", "marked", "choline", "spike", ".", "The", "relative", "blood", "volume", "in", "the", "lymphomatous", "lesion", "is", "increased", ".", "In", "addition", "to", "these", "more", "frequent", "entities", ",", "in", "the", "HIV", "patient", ",", "the", "possibility", "that", "lesions", "with", "enhancement", "may", "correspond", "to", "brain", "abscesses", "of", "bacterial", "aetiology", "cannot", "be", "left", "out", "of", "the", "differential", "diagnosis", ".", "Evolution", "After", "admission", "to", "the", "ward", ",", "and", "given", "the", "characteristics", "of", "the", "lesions", ",", "empirical", "treatment", "for", "cerebral", "toxoplasmosis", "was", "started", "with", "pyrimethamine", "+", "sulfadiazine", "(", "later", "the", "serology", "for", "toxoplasmosis", "was", "negative", "for", "IgM", "and", "positive", "for", "IgG", ")", ",", "in", "addition", "to", "empirical", "coverage", "with", "broad-spectrum", "antibiotherapy", "with", "meropenem", "+", "metronidazole", ".", "A", "magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", "scan", "of", "the", "brain", "with", "contrast", "was", "requested", ".", "According", "to", "the", "radiology", "report", ",", "\"", "several", "polylobulated", "space-occupying", "lesions", "with", "a", "cystic", "component", "in", "the", "left", "frontal", "lobe", "with", "significant", "mass", "effect", "and", "perilesional", "oedema", ",", "causing", "discrete", "falciform", "herniation", "in", "the", "anterior", "half", "of", "the", "cerebral", "sickle", "with", "displacement", "of", "the", "left", "anterior", "cerebral", "artery", "and", "ventricular", "deformation", "with", "obliteration", "of", "the", "frontal", "horn", "of", "the", "left", "ventricle", ".", "The", "lesions", "are", "low", "signal", "on", "T1", "and", "FLAIR", "sequence", "and", "high", "on", "T2", ",", "with", "diffusion", "restriction", "and", "marked", "contrast", "uptake", "of", "annular", "morphology", ".", "The", "larger", "ones", "measure", "3", "and", "1", ".", "8", "cm", "respectively", "and", "there", "are", "other", "smaller", "ones", "of", "similar", "nature", "in", "contact", "with", "the", "lateral", "and", "posterior", "aspect", ".", "The", "rest", "of", "the", "parenchyma", "has", "a", "normal", "signal", ".", "The", "lesions", "described", "suggest", "a", "possible", "diagnosis", "of", "abscesses", "(", "tuberculous", "?", ")", "and", "less", "probably", ",", "due", "to", "the", "characteristics", "of", "the", "signal", "and", "the", "location", ",", "lymphoma", "or", "toxoplasma", ".", "After", "two", "weeks", "of", "treatment", ",", "there", "was", "no", "clinical", "or", "radiological", "response", ",", "the", "patient", "remained", "febrile", "with", "headache", ",", "aphasia", "and", "hemiparesis", ",", "as", "well", "as", "suffering", "a", "comical", "episode", ",", "so", "it", "was", "decided", "to", "perform", "surgery", ".", "A", "left", "frontal", "craniotomy", "was", "performed", ",", "finding", "a", "tension", "dura", "mater", ".", "The", "abscess", "capsule", "was", "removed", ",", "which", "reached", "the", "ventricle", "but", "was", "not", "open", "to", "it", ".", "Puncture", "and", "evacuation", "of", "the", "pus", "(", "30", "ml", ")", "was", "performed", ",", "and", "excision", "of", "a", "laminar", "fragment", "measuring", "30x30x2", "mm", "together", "with", "an", "irregular", "surface", "fragment", "of", "cerebroid", "appearance", "measuring", "35x20x15", "mm", ",", "with", "a", "cystic", "appearance", "and", "purulent", "content", ".", "Samples", "were", "sent", "for", "microbiological", "and", "histopathological", "analysis", ".", "Gram", "staining", "of", "the", "microbiological", "sample", "showed", "gram-positive", "branched", "filamentous", "bacilli", "compatible", "with", "Nocardia", ",", "growing", "two", "weeks", "later", "in", "standard", "culture", "colonies", "of", "aerobic", "actinomycete", "(", "the", "strain", "was", "sent", "to", "the", "Bacteriology", "Service", "of", "the", "National", "Microbiology", "Centre", "with", "a", "result", "of", "Nocardia", "farcinica", ")", ".", "The", "fungal", "culture", "and", "polymerase", "chain", "reaction", "(", "PCR", ")", "for", "Mycobacterium", "tuberculosis", "genome", "were", "negative", ".", "The", "pathology", "report", "describes", "a", "brain", "abscess", "with", "peripheral", "fibrovascular", "proliferation", ".", "Despite", "the", "addition", "of", "appropriate", "specific", "antibiotic", "treatment", "(", "amikacin", "500", "mg", "every", "12", "hours", "for", "synergism", "with", "carbapenem", "already", "prescribed", ")", ",", "the", "patient", "had", "a", "torpid", "evolution", ",", "developing", "post-surgical", "hydrocephalus", ",", "multifactorial", "jaundice", "and", "global", "respiratory", "failure", ",", "as", "well", "as", "important", "motor", "sequelae", ",", "evolving", "to", "multi-organ", "failure", "and", "dying", "one", "month", "after", "the", "operation", ".", "Final", "diagnosis", "Brain", "abscess", "due", "to", "Nocardia", "farcinica", "in", "a", "severely", "immunocompromised", "patient", "with", "HIV", "infection", ",", "prolonged", "corticosteroid", "treatment", "and", "drug", "abuse", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 376, "end": 379 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 332, "end": 335 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 254, "end": 257 }, { "text": "childhood", "label": "HUMAN", "start": 511, "end": 520 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 27 }, { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 206, "end": 214 }, { "text": "human immunodeficiency virus", "label": "SPECIES", "start": 224, "end": 252 }, { "text": "hepatitis C virus", "label": "SPECIES", "start": 313, "end": 330 }, { "text": "hepatitis B virus", "label": "SPECIES", "start": 357, "end": 374 }, { "text": "HAART", "label": "SPECIES", "start": 744, "end": 749 }, { "text": "HAART", "label": "SPECIES", "start": 988, "end": 993 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 605, "end": 608 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 927, "end": 930 }, { "text": "antiretroviral", "label": "SPECIES", "start": 718, "end": 732 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 635, "end": 642 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1378, "end": 1385 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1731, "end": 1738 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1906, "end": 1913 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 931, "end": 936 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 1278, "end": 1283 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2104, "end": 2111 }, { "text": "person", "label": "HUMAN", "start": 2766, "end": 2772 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 5060, "end": 5063 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4879, "end": 4886 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5064, "end": 5071 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 5261, "end": 5264 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 5480, "end": 5483 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5170, "end": 5177 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 7464, "end": 7467 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 7560, "end": 7569 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 7468, "end": 7475 }, { "text": "Bacteriology", "label": "SPECIES", "start": 9938, "end": 9950 }, { "text": "Mycobacterium tuberculosis", "label": "SPECIES", "start": 10092, "end": 10118 }, { "text": "Nocardia", "label": "SPECIES", "start": 9823, "end": 9831 }, { "text": "Nocardia", "label": "SPECIES", "start": 10012, "end": 10020 }, { "text": "gram-positive branched filamentous bacilli", "label": "SPECIES", "start": 9764, "end": 9806 }, { "text": "strain", "label": "SPECIES", "start": 9915, "end": 9921 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 9092, "end": 9099 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 10386, "end": 10393 }, { "text": "toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 8998, "end": 9008 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 10713, "end": 10720 }, { "text": "Nocardia farcinica", "label": "SPECIES", "start": 10662, "end": 10680 } ]

[ "89-year-old", "male", ",", "AHT", ".", "AF", ",", "round", "atelectasis", "in", "the", "right", "lower", "lobe", "and", "subpleural", "micronodules", ",", "loculated", "right", "hydropneumothorax", "under", "follow-up", "by", "Pneumology", ".", "Left", "renal", "cyst", "Bosniak", "II", ".", "Mesenteric", "panniculitis", ",", "diverticulosis", ".", "Admitted", "to", "Internal", "Medicine", "for", "hepatic", "abscess", "in", "segment", "4", ",", "in", "CT", "scan", "monitored", "by", "Pneumology", ".", "Physical", "examination", "was", "normal", "except", "for", "known", "arrhythmia", ".", "Drainage", "was", "performed", "with", "culture", "of", "samples", "and", "antibiotic", "treatment", "was", "started", "with", "Amoxicillin-Clavulanic", "acid", ",", "in", "the", "absence", "of", "biliary", "tract", "dilatation", "and", "without", "colostasis", ",", "the", "study", "was", "completed", "with", "colonoscopy", "and", "cytology", ",", "which", "were", "normal", ".", "A", "control", "CT", "scan", "was", "performed", ",", "in", "which", "no", "changes", "were", "seen", "in", "the", "liver", "lesion", ",", "so", "the", "study", "was", "extended", "with", "cholangio", "MRI", "showing", "distal", "cholelithiasis", ".", "An", "endoscopic", "ultrasound", "was", "performed", ",", "which", "showed", "cholelithiasis", "in", "the", "common", "bile", "duct", "with", "no", "evidence", "of", "dilatation", "or", "obstruction", "of", "the", "biliary", "tract", "and", "without", "any", "image", "compatible", "with", "neoplasia", ".", "Alpha", "fetoprotein", "negative", ",", "cultures", "with", "isolation", "of", "Clostridiodes", "Cadaveris", "and", "Metronidazole", "was", "added", "to", "the", "treatment", ".", "With", "an", "ultrasound", "examination", "showing", "an", "improvement", "in", "the", "abscess", ",", "drainage", "was", "removed", "and", "the", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "Home", "Hospitalisation", "Unit", "to", "complete", "antibiotic", "treatment", ".", "After", "two", "weeks", "of", "treatment", ",", "she", "presented", "a", "new", "clinical", "worsening", "with", "anorexia", ",", "deterioration", "of", "general", "condition", "and", "asthenia", ",", "and", "ultrasound", "findings", "led", "to", "readmission", ".", "A", "new", "drainage", "and", "biopsy", "of", "the", "abscess", "was", "performed", ",", "given", "the", "characteristics", "of", "the", "patient", "and", "the", "literature", "review", "of", "the", "association", "described", "between", "Clostridiodes", "Cadaveris", "and", "neoplasia", ".", "The", "result", "was", "compatible", "with", "liver", "metastasis", "of", "squamous", "cell", "carcinoma", ",", "of", "unknown", "primary", "(", "although", "taking", "into", "account", "the", "lesion", "and", "pulmonary", "effusion", "that", "the", "patient", "presented", ",", "this", "could", "be", "the", "primary", ")", ".", "This", "was", "discussed", "with", "the", "family", "and", "in", "agreement", "with", "them", ",", "and", "taking", "into", "account", "the", "patient", "'", "s", "age", "and", "the", "scarce", "therapeutic", "possibilities", ",", "it", "was", "decided", "not", "to", "submit", "the", "patient", "to", "further", "complementary", "studies", ",", "which", "is", "why", "palliative", "care", "was", "contacted", "for", "outpatient", "follow-up", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 12, "end": 16 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1244, "end": 1251 }, { "text": "Clostridiodes Cadaveris", "label": "SPECIES", "start": 1075, "end": 1098 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 1951, "end": 1957 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1598, "end": 1605 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1876, "end": 1883 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2014, "end": 2021 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2103, "end": 2110 }, { "text": "Clostridiodes Cadaveris", "label": "SPECIES", "start": 1669, "end": 1692 } ]

[ "Anamnesis", "A", "39-year-old", "woman", ",", "with", "a", "stable", "heterosexual", "partner", ",", "came", "to", "the", "clinic", "referred", "by", "her", "primary", "care", "doctor", "for", "lesions", "on", "her", "genitals", "that", "had", "been", "present", "for", "several", "months", ".", "Her", "only", "personal", "history", "was", "an", "allergy", "to", "ampicillin", ".", "She", "did", "not", "take", "drugs", "on", "a", "regular", "basis", "and", "did", "not", "report", "a", "history", "of", "previous", "genital", "lesions", ".", "Physical", "examination", "She", "presented", "multiple", "papuloplaques", "of", "between", "0", ".", "5", "and", "1", ".", "5", "cm", "with", "a", "flat", "surface", ",", "pinkish", "hue", "and", "moist", "appearance", ",", "with", "a", "tendency", "to", "ulceration", ".", "The", "lesions", "were", "located", "mainly", "on", "the", "labia", "majora", ",", "perineum", "and", "perianal", "region", ".", "There", "were", "no", "lesions", "on", "other", "parts", "of", "the", "skin", "or", "mucous", "membranes", ".", "Complementary", "examinations", "A", "complete", "blood", "test", "was", "performed", "which", "showed", "positive", "for", "luetic", "serology", ",", "with", "a", "positive", "RPR", ",", "with", "a", "titre", "of", "1", "/", "128", "and", "a", "TPHA", "(", "Anti", "Treponema", "pallidum", "Ac", ".", ")", ">", "1", "/", "1280", ".", "All", "other", "serologies", ",", "including", "hepatitis", "B", "virus", "(", "HBs", "Ag", "and", "Anti", "HBc", "Ac", ")", ",", "hepatitis", "C", "virus", "(", "Anti", "HCV", "Ac", ")", "and", "HIV", "(", "Anti", "HIV", "Ac", ")", "were", "negative", ".", "Skin", "biopsy", "of", "one", "of", "the", "lesions", "showed", "a", "very", "dense", "inflammatory", "infiltrate", "formed", "by", "lymphocytes", "and", "very", "abundant", "plasma", "cells", "at", "the", "dermal", "level", ".", "The", "epidermis", "showed", "acanthosis", "and", "patches", "of", "parakeratosis", ",", "with", "abundant", "neutrophils", ".", "Eosinophils", ",", "neutrophils", "and", "isolated", "lymphocytes", "were", "present", "in", "the", "more", "superficial", "layers", "of", "the", "epidermis", ".", "The", "plasma", "cells", "in", "the", "infiltrate", "did", "not", "show", "light", "chain", "restriction", "and", "numerous", "spirochetes", "were", "observed", "in", "the", "more", "basal", "layers", "of", "the", "epidermis", "by", "anti-Treponema", "antibodies", ".", "Diagnosis", "Condyloma", "plana", ",", "secondary", "syphilis", ".", "Treatment", "and", "course", "A", "single", "dose", "of", "2", ".", "4", "million", "IU", "of", "intramuscular", "benzathine", "penicillin", "G", "benzathine", "was", "administered", ".", "The", "case", "was", "reported", "to", "the", "preventive", "medicine", "service", "of", "our", "hospital", "as", "it", "was", "a", "notifiable", "disease", ".", "However", ",", "the", "patient", "did", "not", "return", "for", "follow-up", "despite", "repeated", "attempts", "to", "locate", "her", "and", "her", "regular", "partner", ",", "so", "the", "follow-up", "was", "lost", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 29 }, { "text": "partner", "label": "HUMAN", "start": 58, "end": 65 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 201, "end": 209 }, { "text": "HBc", "label": "SPECIES", "start": 940, "end": 943 }, { "text": "HBs", "label": "SPECIES", "start": 924, "end": 927 }, { "text": "TPHA", "label": "SPECIES", "start": 828, "end": 832 }, { "text": "Treponema pallidum", "label": "SPECIES", "start": 839, "end": 857 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 973, "end": 976 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 985, "end": 988 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 995, "end": 998 }, { "text": "hepatitis B virus", "label": "SPECIES", "start": 905, "end": 922 }, { "text": "hepatitis C virus", "label": "SPECIES", "start": 949, "end": 966 }, { "text": "luetic", "label": "SPECIES", "start": 762, "end": 768 }, { "text": "spirochetes", "label": "SPECIES", "start": 1456, "end": 1467 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1844, "end": 1851 }, { "text": "partner", "label": "HUMAN", "start": 1937, "end": 1944 } ]

[ "The", "patient", "is", "a", "53-year-old", "male", ".", "His", "main", "history", "included", "chronic", "seronegative", "polyarthritis", "diagnosed", "in", "2010", ",", "for", "which", "he", "had", "undergone", "several", "lines", "of", "treatment", "(", "Metrotexate", "in", "ascending", "doses", ",", "NSAIDs", "and", "corticosteroids", ")", "with", "poor", "clinical", "evolution", ".", "Since", "that", "diagnosis", ",", "she", "had", "presented", "several", "episodes", "of", "subacromial", "bursitis", "in", "the", "right", "shoulder", "and", "arthritis", "in", "the", "left", "ankle", "that", "required", "infiltrations", "as", "analgesic", "treatment", ",", "developing", "a", "fistulous", "tract", "in", "both", "locations", ".", "In", "2011", "he", "required", "admission", "for", "septic", "arthritis", "of", "the", "right", "shoulder", ",", "with", "isolation", "of", "Corynebacterium", "spp", ",", "and", "was", "treated", "by", "arthrocentesis", "and", "prolonged", "antibiotherapy", ".", "Etanercept", "(", "Mantoux", "previously", "negative", ")", "was", "added", "to", "the", "treatment", "several", "months", "later", ",", "which", "was", "finally", "withdrawn", "due", "to", "ineffectiveness", "and", "inadequate", "response", ".", "It", "is", "worth", "highlighting", "the", "situation", "prior", "to", "admission", ",", "as", "in", "recent", "months", "he", "had", "presented", "severe", "joint", "flare-ups", "of", "marked", "inflammation", "in", "both", "hands", "and", "lower", "limbs", "(", "right", "knee", "and", "both", "ankles", ")", "and", "the", "appearance", "of", "subcutaneous", "nodules", "that", "progressed", "in", "size", ".", "The", "patient", "was", "admitted", "in", "February", "2013", "following", "the", "findings", "of", "a", "gallium", "scan", "performed", "privately", ",", "which", "described", "a", "very", "active", "pathological", "process", "in", "the", "left", "ankle", "and", "pathological", "foci", "in", "the", "right", "shoulder", "and", "foot", ".", "When", "questioned", "specifically", "about", "the", "joint", "symptoms", ",", "he", "states", "that", ",", "for", "several", "months", ",", "the", "inflammation", "has", "been", "very", "marked", "in", "the", "left", "ankle", "and", "both", "hands", ",", "as", "well", "as", "pain", "and", "intermittent", "discharge", "from", "the", "fistulous", "tract", "of", "the", "right", "shoulder", "and", "left", "ankle", ".", "Of", "note", "is", "the", "appearance", "of", "painless", "subcutaneous", "nodules", "on", "the", "forearm", "that", "have", "been", "increasing", "in", "size", ".", "He", "reported", "no", "other", "symptoms", "other", "than", "asthenia", ".", "On", "initial", "physical", "examination", ",", "the", "patient", "was", "in", "good", "general", "condition", ".", "Cardiorespiratory", "auscultation", "and", "abdominal", "examination", "were", "normal", ".", "The", "joint", "examination", "revealed", "a", "clean", "fistulous", "orifice", "in", "the", "right", "shoulder", ",", "with", "no", "exudation", "at", "the", "time", "of", "the", "examination", ".", "The", "elbows", "and", "wrists", "are", "respected", ",", "as", "well", "as", "both", "coxo-femoral", "joints", ".", "On", "the", "right", "hand", "at", "the", "level", "of", "the", "2nd", "finger", "there", "is", "inflammation", "at", "the", "proximal", "interphalangeal", "level", ",", "with", "an", "exudative", "orifice", ".", "There", "are", "several", "subcutaneous", "nodules", ",", "the", "largest", "of", "which", "is", "located", "on", "the", "left", "forearm", ",", "without", "heat", "or", "redness", ",", "of", "semi-soft", "consistency", ",", "not", "adhering", "to", "deep", "planes", ".", "On", "the", "left", "ankle", ",", "there", "is", "swelling", "and", "a", "soft", "lump", "at", "the", "level", "of", "the", "metacarpo-phalangeal", "joint", "of", "the", "second", "toe", ".", "Finally", ",", "on", "the", "left", "ankle", "there", "is", "pain", "and", "swelling", "and", "exudative", "suppuration", "from", "a", "fistulous", "tract", ".", "In", "the", "initial", "analyses", ",", "both", "the", "haemogram", "and", "the", "coagulation", "study", "showed", "no", "alterations", ",", "with", "a", "leukocyte", "count", "within", "normal", "values", ".", "In", "the", "admission", "biochemistry", ",", "the", "acute", "phase", "reactants", ",", "CRP", ",", "pro-calcitonin", "and", "ESR", "were", "slightly", "elevated", ":", "5", ".", "83", "mg", "/", "dL", ",", "2", ".", "1", "ng", "/", "dL", "and", "85", "mm", "/", "h", "respectively", ".", "Superficial", "samples", "were", "taken", "from", "both", "fistulas", ",", "from", "the", "subcutaneous", "nodules", "described", ",", "and", "arthrocentesis", "of", "the", "left", "ankle", "was", "performed", ".", "The", "chest", "X-ray", "performed", "was", "reported", "as", "normal", ".", "X-rays", "of", "the", "right", "foot", "and", "right", "hand", "showed", "arthritis", "with", "bone", "destruction", "of", "the", "metatarsophalangeal", "joint", "of", "the", "2nd", "toe", "and", "of", "the", "proximal", "interphalange", "of", "the", "2nd", "toe", "respectively", ",", "We", "obtained", "an", "MRI", "of", "the", "left", "ankle", ",", "describing", "osteomyelitis", "and", "septic", "arthritis", "of", "the", "ankle", "and", "hindfoot", ",", "with", "abscesses", "and", "fistulous", "tracts", ",", "infectious", "tenosynovitis", "of", "the", "posterior", "tibialis", "and", "soft", "tissue", "abscesses", ".", "In", "addition", ",", "MRI", "of", "the", "right", "shoulder", ",", "infectious", "subdeltoid", "bursitis", "with", "deltoid", "muscle", "component", "and", "fistulisation", "to", "the", "skin", ".", "Ultrasound", "of", "the", "forearm", "tumour", "showed", "a", "5", "x", "3", ".", "5", "cm", "heterogeneous", "collection", "superficial", "to", "the", "flexors", "and", "signs", "of", "tenosynovitis", "at", "the", "wrist", ".", "In", "view", "of", "these", "findings", ",", "we", "agreed", "with", "the", "patient", "to", "take", "biopsies", "of", "the", "left", "ankle", "and", "the", "forearm", "tumour", "in", "the", "operating", "theatre", ".", "Differential", "diagnosis", "In", "view", "of", "the", "above", ",", "the", "patient", "'", "s", "initial", "syndromic", "judgement", "related", "the", "presence", "of", "subcutaneous", "nodules", ",", "tenosynovitis", "and", "destructive", "polyarthritis", "with", "signs", "of", "infection", "in", "an", "immunosuppressed", "patient", "with", "severe", "seronegative", "arthropathy", ".", "Initial", "suspicion", "makes", "it", "necessary", "to", "rule", "out", "septic", "arthritis", "in", "one", "or", "more", "joints", ",", "requiring", "a", "broad", "approach", "to", "the", "aetiology", "of", "infective", "microorganisms", "at", "this", "level", ".", "The", "most", "frequent", "microorganisms", "in", "the", "etiological", "differential", "diagnosis", "should", "include", "S", ".", "aureus", ",", "Streptococcus", "spp", ",", "gram-negative", "aerobic", "bacteria", ",", "Neisseria", "gonorrhoeae", "and", "other", "less", "prevalent", "microorganisms", "such", "as", "fungi", "and", "Mycoplasma", "spp", ".", "In", "addition", "to", "the", "classic", "pathogens", ",", "we", "should", "think", "about", "slow-growing", "or", "less", "classic", "bacteria", "that", "can", "destroy", "the", "joint", "and", "affect", "the", "bone", "in", "an", "insidious", "way", ",", "such", "as", "mycobacteria", ".", "Another", "non-infectious", "diagnosis", "to", "consider", "is", "sarcoidosis", ",", "which", "is", "the", "cause", "of", "bone", "lesions", "in", "approximately", "5", "%", "of", "patients", ",", "with", "joint", "disease", "present", "in", "25-50", "%", "of", "sarcoidosis", "cases", ",", "usually", "polyarticular", ".", "Typical", "bone", "lesions", "are", "mainly", "on", "the", "hands", "and", "feet", ",", "initially", "painful", ",", "with", "extensive", "bone", "destruction", "in", "advanced", "stages", "and", "the", "presence", "of", "skin", "changes", "is", "consistent", "with", "the", "diagnosis", ".", "In", "our", "patient", "this", "was", "subsequently", "ruled", "out", ".", "Another", "diagnostic", "possibility", "is", "crystal-induced", "arthritis", "(", "gout", "and", "pseudogout", ")", ",", "although", "in", "this", "case", "there", "is", "a", "good", "response", "to", "anti-inflammatory", "treatment", "and", "the", "course", "is", "more", "acute", ".", "It", "may", "also", "be", "reactive", "arthritis", ",", "an", "exacerbation", "of", "the", "underlying", "disease", "(", "with", "greater", "involvement", "of", "certain", "joints", ")", ",", "or", "metastasis", "of", "a", "neoplastic", "process", ".", "All", "these", "pathologies", "were", "ruled", "out", "with", "the", "results", "of", "the", "complementary", "tests", "performed", ".", "The", "special", "and", "distinctive", "feature", "of", "the", "case", "lies", "in", "the", "presence", "of", "subcutaneous", "nodules", "concomitant", "with", "the", "joint", "symptoms", ",", "in", "addition", "to", "synovial", "involvement", "of", "the", "wrist", "and", "ankle", ".", "Initially", ",", "the", "presence", "of", "these", "nodules", "was", "considered", "to", "be", "part", "of", "his", "underlying", "disease", ",", "and", "could", "be", "related", "to", "an", "exacerbation", "of", "his", "joint", "pathology", "or", "be", "the", "clinical", "manifestation", "of", "an", "underlying", "infectious", "process", ",", "so", "we", "requested", "a", "scheduled", "biopsy", "in", "the", "operating", "theatre", ".", "Subcutaneous", "nodules", "in", "immunosuppressed", "patients", "may", "be", "a", "possible", "early", "sign", "of", "disseminated", "infection", "with", "a", "poor", "prognosis", ".", "There", "are", "different", "entities", "that", "could", "be", "the", "cause", "of", "these", "nodules", ",", "so", "we", "must", "establish", "a", "differential", "diagnosis", ".", "Among", "the", "options", "should", "be", "those", "diseases", "that", "cause", "nodular", "lymphagitis", ",", "this", "syndrome", "is", "rare", "and", "can", "be", "caused", "by", "fungi", ",", "bacteria", ",", "mycobacteria", ",", "parasites", "and", "viruses", ".", "The", "clinical", "form", "may", "present", "with", "or", "without", "the", "presence", "of", "ascending", "nodules", "with", "lymphagitis", "or", "proximal", "lymphadenitis", ".", "Biopsy", "of", "the", "lesion", "is", "required", "for", "definitive", "diagnosis", ".", "Specifically", ",", "P", ".", "aeruginosa", "has", "also", "been", "implicated", "as", "an", "aetiological", "agent", "of", "nodules", ",", "although", "they", "are", "more", "characteristic", "in", "the", "lower", "limbs", ".", "There", "are", "other", "processes", "characterised", "by", "nodules", "such", "as", "nodular", "scabies", ",", "secondary", "syphilis", "or", "bacillary", "angiomatosis", ".", "A", "rare", "entity", "described", "in", "the", "literature", "that", "causes", "synovial", "involvement", "is", "mycobacterial", "infection", "of", "the", "tendon", "sheath", ".", "The", "clinical", "presentation", "is", "usually", "the", "presence", "of", "an", "indolent", "mass", "along", "the", "tendon", "associated", "with", "pain", "and", "limitation", "of", "movement", ".", "It", "is", "a", "rare", "form", "of", "extrapulmonary", "involvement", "by", "M", ".", "tuberculosis", ".", "This", "infection", "of", "the", "tendon", "sheath", "frequently", "occurs", "in", "the", "hand", ",", "foot", ",", "ankle", "and", "wrist", ",", "especially", "affecting", "the", "flexor", "compartments", ".", "Infection", "of", "the", "tendon", "sheath", "may", "result", "from", "haematogenous", "spread", "of", "the", "bacillus", ".", "Evolution", "As", "part", "of", "the", "differential", "diagnosis", "in", "the", "samples", "sent", "to", "microbiology", "(", "ankle", "specimen", "and", "tumour", ")", ",", "a", "complete", "study", "of", "mycobacteria", "and", "other", "defective", "growth", "bacteria", "is", "requested", ".", "In", "addition", ",", "Mantoux", "and", "an", "extended", "analytical", "study", "are", "requested", ".", "The", "tests", "requested", "were", "received", "and", "we", "were", "informed", "by", "the", "microbiology", "laboratory", "that", "the", "direct", "smear", "microscopy", "of", "the", "samples", "received", "from", "the", "ankle", "was", "positive", "and", "the", "cultures", "extracted", "in", "the", "operating", "theatre", "from", "the", "nodules", "and", "the", "aspiration", "puncture", "of", "the", "lesion", "isolated", "M", ".", "tuberculosis", ".", "The", "tuberculin", "test", "performed", "was", "positive", "(", "20", "mm", "x", "15", "mm", ")", ",", "supporting", "the", "diagnosis", ".", "The", "histology", "of", "the", "biopsy", "obtained", "in", "the", "operating", "theatre", "showed", "ulceration", "with", "necrotising", "granulomatous", "inflammation", ",", "the", "presence", "of", "epithelioid", "macrophages", ",", "Langhans-type", "giant", "cells", "and", "caseous", "necrosis", ",", "with", "perivascular", "lymphocytes", ",", "characteristic", "of", "tuberculous", "granulomas", ".", "The", "patient", "was", "discharged", "to", "the", "ward", "with", "tuberculostatic", "treatment", "combining", "Rifampicin", "+", "Isoniazid", "+", "Pyrazinamide", "+", "Ethambutol", "at", "standard", "doses", "for", "the", "initial", "two", "months", ".", "The", "skin", "lesions", "have", "clearly", "improved", "and", "the", "nodules", "have", "almost", "completely", "disappeared", ".", "The", "polyarthritis", "has", "diminished", "and", "the", "fistulous", "tracts", "in", "the", "shoulder", "and", "knee", "are", "in", "the", "resolution", "phase", ",", "with", "a", "good", "appearance", "and", "no", "exudative", "component", ".", "Two", "months", "later", ",", "Etambutol", "and", "pyrazinamide", "were", "discontinued", "and", "a", "year", "of", "treatment", "with", "rifampicin", "and", "isoniazid", "was", "completed", ",", "with", "excellent", "tolerance", "and", "almost", "complete", "resolution", "of", "the", "lesions", ".", "Final", "diagnosis", "Osteoarticular", "and", "soft", "tissue", "tuberculosis", "in", "a", "patient", "with", "severe", "seronegative", "arthritis", "in", "an", "immunosuppressed", "patient", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0 ]

[ { "text": "Corynebacterium spp", "label": "SPECIES", "start": 587, "end": 606 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4, "end": 11 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1111, "end": 1118 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 29, "end": 33 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1801, "end": 1808 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3880, "end": 3887 }, { "text": "Mycoplasma spp", "label": "SPECIES", "start": 4652, "end": 4666 }, { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 4619, "end": 4633 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4022, "end": 4029 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4197, "end": 4204 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5266, "end": 5273 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 4975, "end": 4983 }, { "text": "pathogens", "label": "SPECIES", "start": 4695, "end": 4704 }, { "text": "Streptococcus spp", "label": "SPECIES", "start": 4521, "end": 4538 }, { "text": "M.tuberculosis", "label": "SPECIES", "start": 7413, "end": 7427 }, { "text": "bacteria", "label": "SPECIES", "start": 6602, "end": 6610 }, { "text": "fungi", "label": "SPECIES", "start": 6595, "end": 6600 }, { "text": "mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 6612, "end": 6624 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 6272, "end": 6280 }, { "text": "parasites", "label": "SPECIES", "start": 6626, "end": 6635 }, { "text": "P. aeruginosa", "label": "SPECIES", "start": 6846, "end": 6859 }, { "text": "bacillus", "label": "SPECIES", "start": 7640, "end": 7648 }, { "text": "bacillary", "label": "SPECIES", "start": 7078, "end": 7087 }, { "text": "smear microscopy", "label": "SPECIES", "start": 8018, "end": 8034 }, { "text": "bacteria", "label": "SPECIES", "start": 7824, "end": 7832 }, { "text": "defective growth bacteria", "label": "SPECIES", "start": 7807, "end": 7832 }, { "text": "mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 7784, "end": 7796 }, { "text": "tuberculin", "label": "SPECIES", "start": 8228, "end": 8238 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 8601, "end": 8608 }, { "text": "tuberculostatic", "label": "SPECIES", "start": 8641, "end": 8656 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 9298, "end": 9305 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 9364, "end": 9371 } ]

[ "We", "present", "the", "case", "of", "a", "57-year-old", "male", ",", "active", "smoker", ",", "with", "a", "history", "of", "mild", "chronic", "obstructive", "pulmonary", "disease", "(", "COPD", ")", "treated", "with", "glycopyrronium", "bromide", ".", "He", "attended", "the", "emergency", "department", "for", "paraesthesia", "and", "inability", "to", "walk", "for", "48", "hours", ".", "In", "the", "previous", "days", "she", "had", "presented", "with", "vomiting", ",", "greenish", "diarrhoea", "of", "up", "to", "18", "stools", "per", "day", ",", "fever", "of", "38oC", "and", "general", "malaise", "after", "eating", "eggs", ".", "On", "arrival", "at", "the", "ED", ",", "blood", "pressure", "was", "181", "/", "118", "mmHg", ",", "heart", "rate", "118", "bpm", "and", "temperature", "35", ".", "4oC", ".", "Physical", "examination", "revealed", "peripheral", "hypoperfusion", "in", "both", "lower", "limbs", ",", "with", "livedo", "reticularis", "up", "to", "the", "pelvis", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "haemoglobin", "15", "mg", "/", "dl", ",", "leucocytes", "5", ".", "9", "10", ".", "70", "×", "103", "/", "l", ",", "creatinine", "2", ".", "45", "mg", "/", "dl", ",", "creatine", "kinase", "20", ",", "000", "U", "/", "L", ",", "sodium", "140", "mEq", "/", "l", ",", "potassium", "5", ".", "5", "mEq", "/", "L", ",", "pH", "7", ".", "15", ",", "pCO2", "44", "mm", "Hg", ",", "pO2", "98", "mm", "Hg", ",", "lactic", "acid", "10", ".", "1", "mg", "/", "dL", ".", "Suspecting", "acute", "arterial", "ischaemia", ",", "an", "abdominal", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", "scan", "with", "contrast", "showed", "aneurysmal", "dilatation", "and", "complete", "thrombosis", "of", "the", "infrarenal", "abdominal", "aorta", ".", "He", "underwent", "emergency", "right", "axillo-bifemoral", "by-pass", "surgery", ".", "Low", "molecular", "weight", "heparin", "was", "started", "in", "addition", "to", "empirical", "antibiotic", "therapy", "with", "meropenem", "and", "vancomycin", "due", "to", "persistent", "fever", ".", "After", "5", "days", "of", "admission", ",", "multisensitive", "group", "D", "Salmonella", "was", "isolated", "in", "blood", "cultures", ",", "only", "resistant", "to", "quinolones", ",", "so", "he", "was", "de-escalated", "to", "ceftriaxone", "2g", "daily", "for", "a", "total", "of", "8", "weeks", ".", "Despite", "antibiotherapy", ",", "daily", "febrile", "peaks", "persisted", ".", "After", "ruling", "out", "alternative", "sources", "of", "infection", ",", "there", "was", "a", "high", "suspicion", "of", "infection", "of", "the", "endovascular", "prosthesis", ".", "For", "this", "reason", ",", "a", "fluorodeoxyglucose", "positron", "emission", "tomography", "or", "PET", "(", "18F-FDG", ")", "-", "CT", "scan", "was", "performed", ",", "which", "showed", "non-specific", "inflammatory", "activity", "throughout", "the", "bypass", ",", "especially", "in", "the", "thoracic", "tract", ".", "Finally", ",", "a", "gammagraphic", "study", "was", "performed", "with", "autologous", "leukocytes", "labelled", "with", "HMPAO-Tc99m", ",", "which", "finally", "ruled", "out", "infection", "at", "the", "bypass", "level", ".", "After", "a", "prolonged", "admission", "lasting", "two", "months", "with", "numerous", "complications", ",", "the", "patient", "remained", "afebrile", ",", "with", "negative", "blood", "cultures", "for", "subsequent", "controls", ",", "and", "was", "able", "to", "return", "to", "his", "daily", "activities", "without", "incident", ",", "although", "with", "the", "help", "of", "rehabilitation", "treatment", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 37, "end": 41 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2051, "end": 2058 } ]

[ "A", "42-year-old", "man", ",", "recently", "diagnosed", "with", "metastatic", "clear", "cell", "sarcomatoid", "renal", "sarcomatoid", "carcinoma", ",", "was", "hospitalised", "with", "fever", ",", "pain", "management", "for", "symptomatic", "bone", "metastases", "and", "for", "first-line", "systemic", "treatment", "decisions", ".", "The", "patient", "had", "no", "other", "history", ".", "He", "initially", "presented", "with", "a", "fever", "of", "39", ".", "0", "°", "C", "on", "12", "March", "2020", ",", "for", "which", "he", "received", "ceftriaxone", "outside", "our", "centre", ".", "On", "day", "6", ",", "he", "presented", "with", "mild", "cough", "and", "fever", "(", "38", ".", "3", "°", "C", ")", ",", "which", "prompted", "a", "real-time", "PCR", "test", "for", "SARS-CoV-2", ";", "the", "result", "was", "positive", ".", "The", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "COVID-19", "ward", "of", "our", "hospital", "and", "closely", "monitored", ".", "Chest", "CT", "showed", "bilateral", "patchy", "ground-glass", "opacities", "associated", "with", "COVID-19", "(", "figure", "1", ")", ".", "On", "D7", "he", "was", "started", "on", "antiviral", "therapy", "with", "lopinavir", "and", "ritonavir", "(", "400mg", "/", "100mg", "orally", ")", ",", "which", "was", "maintained", "for", "5", "days", ",", "according", "to", "local", "guidelines", ".", "On", "day", "8", ",", "sudden", "dyspnoea", "and", "a", "drop", "in", "saturation", "necessitated", "increasing", "oxygen", "to", "6", "l", "/", "min", ",", "without", "the", "need", "for", "mechanical", "ventilation", ".", "He", "was", "given", "two", "doses", "of", "tocilizumab", ",", "with", "8", "mg", "/", "kg", "i", ".", "v", ".", "in", "each", "dose", ",", "8", "hours", "apart", ",", "with", "good", "tolerance", ".", "He", "then", "showed", "clinical", "improvement", ",", "becoming", "afebrile", "rapidly", "and", "with", "decreasing", "oxygen", "consumption", ",", "which", "was", "completely", "withdrawn", "on", "day", "12", ".", "A", "chest", "CT", "scan", "on", "day", "12", "confirmed", "the", "improvement", "showing", "partial", "regression", "of", "pulmonary", "infiltrates", "and", "ground-glass", "opacities", ".", "C-reactive", "protein", ",", "an", "indirect", "marker", "of", "cytokine", "release", ",", "decreased", "from", "225", "mg", "/", "L", "to", "33", "mg", "/", "L", "in", "4", "days", "(", "figure", "1", ")", ".", "After", "tocilizumab", "administration", ",", "no", "relevant", "changes", "in", "circulating", "lymphocyte", "subpopulations", "were", "observed", "and", "the", "percentage", "of", "CD4", "+", "CD25", "+", "lymphocytes", "was", "high", ",", "before", "and", "after", "tocilizumab", ".", "Finally", ",", "the", "patient", "fully", "recovered", "from", "the", "symptoms", "of", "COVID-19", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 17 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 236, "end": 243 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 524, "end": 531 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1704, "end": 1711 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 483, "end": 493 }, { "text": "antiviral", "label": "SPECIES", "start": 722, "end": 731 } ]

[ "Anamnesis", "A", "58-year-old", "male", "patient", "with", "a", "history", "of", "dyslipidaemia", ",", "non-insulin-dependent", "diabetes", ",", "ischaemic", "stroke", "in", "March", "2011", ",", "with", "ataxia", "and", "bilateral", "internuclear", "ophthalmoplegia", "as", "sequelae", ",", "diagnosed", "with", "neurosyphilis", "with", "meningovascular", "involvement", ",", "with", "positive", "serology", "in", "blood", "and", "CSF", ",", "starting", "treatment", "with", "intramuscular", "penicillin", "G", "benzathine", ".", "He", "abandoned", "the", "controls", "and", "it", "is", "not", "known", "whether", "he", "continued", "with", "the", "prescribed", "antibiotic", "treatment", ".", "The", "day", "before", "admission", ",", "he", "had", "a", "headache", "and", "speech", "impairment", ",", "which", "subsided", "within", "hours", ";", "the", "patient", "went", "to", "bed", "and", ",", "as", "he", "slept", "a", "lot", ",", "his", "wife", "tried", "to", "wake", "him", "up", "without", "success", ".", "Physical", "examination", "Blood", "pressure", ":", "140", "/", "100", "mmHg", ".", "Heart", "rate", ":", "90", "bpm", ".", "Afebrile", ".", "The", "patient", "was", "stuporous", ",", "no", "eye", "opening", ",", "no", "localised", "pain", ".", "No", "speech", ",", "no", "moaning", ".", "Pupils", "miotic", ",", "reactive", "to", "light", ".", "Skewed", "deviation", "of", "gaze", "in", "skew", ",", "divergent", "strabismus", ".", "Oculocephalic", "reflexes", "abolished", ",", "corneal", "reflex", "preserved", ".", "Facial", "grimace", "in", "pain", ".", "Motor", "system", ":", "flaccid", "tetraparesis", ",", "lower", "limbs", "withdrawn", "in", "pain", ".", "Osteotendinous", "reflexes", "abolished", ".", "No", "nuchal", "rigidity", "or", "meningeal", "signs", ".", "Complementary", "tests", "-", "Blood", "tests", ".", "Haemoglobin", "14", ".", "6", "g", "/", "dl", ",", "haematocrit", "44", ".", "8", "%", ",", "MCV", "83", ".", "6", "fl", ",", "leukocytes", "8", ",", "080", "/", "mm3", "(", "71", ".", "3", "%", "N", "and", "10", ".", "3", "%", "L", ")", ",", "platelets", "123", ",", "000", "/", "mm3", ".", "ESR", "normal", ".", "Biochemistry", ":", "no", "findings", "of", "interest", ".", "Liver", "and", "lipid", "profile", "without", "pathological", "findings", ".", "ACE", "normal", ".", "Total", "protein", ",", "albumin", ",", "calcium", ",", "phosphorus", "normal", ".", "Proteinogram", ":", "normal", ".", "Immunoglobulins", "and", "complement", "normal", ".", "CRP", "29", ".", "2", "mg", "/", "dl", ".", "Lytes", "serology", ":", "VDRL", "and", "FTA", "positive", ".", "HIV", ":", "negative", ".", "-", "Lumbar", "puncture", "on", "admission", ":", "pressure", "of", "20", "cm", "H2O", ".", "Biochemistry", ":", "leukocytes", "1", "/", "mm3", ",", "glucose", "67", "mg", "/", "dl", ",", "protein", "0", ".", "49", "g", "/", "l", ".", "VDRL", ":", "negative", ".", "FTA", ":", "positive", ".", "Toxoplasma", "IgG", "positive", ".", "Cultures", "negative", ".", "Positive", "oligoclonal", "bands", ".", "-", "Chest", "X-ray", ":", "no", "significant", "findings", ".", "-", "CT", "scan", "of", "the", "skull", "without", "contrast", "on", "admission", ":", "bital", "hypodensity", "in", "relation", "to", "infarction", "in", "the", "territory", "of", "Percheron", "'", "s", "artery", ".", "-", "Cranial", "CT", "angiography", ":", "no", "significant", "alterations", ".", "-", "Echo-Doppler", "ultrasound", "of", "TSA", ":", "carotid", "atheromatosis", ",", "without", "significant", "stenosis", ".", "Diagnosis", "Ischaemic", "stroke", "in", "the", "territory", "of", "the", "Percheron", "artery", ".", "Neurosyphilis", "with", "meningovascular", "involvement", ".", "Dyslipidaemia", ",", "non-insulin-dependent", "diabetes", ".", "Treatment", "The", "patient", "received", "symptomatic", "and", "aetiological", "treatment", "with", "triflusal", "solution", "600", "mg", ",", "as", "well", "as", "high-dose", "penicillin", "parenterally", ".", "Evolution", "During", "admission", ",", "the", "patient", "remained", "haemodynamically", "stable", ",", "continued", "with", "a", "low", "level", "of", "consciousness", ",", "which", "improved", "progressively", ",", "alternating", "with", "periods", "of", "psychomotor", "agitation", ",", "which", "is", "why", "we", "do", "not", "have", "an", "MRI", ".", "Clinically", "at", "the", "time", "of", "diagnosis", ",", "the", "patient", "had", "moderate", "cognitive", "impairment", ",", "with", "ataxia", "and", "internuclear", "ophthalmoplegia", "persisting", ".", "Comparing", "the", "cerebrospinal", "fluid", "on", "admission", "with", "the", "diagnostic", "cerebrospinal", "fluid", ",", "cellularity", "and", "VDRL", "titres", "had", "disappeared", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 36 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 29, "end": 36 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 578, "end": 585 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 755, "end": 762 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1595, "end": 1598 }, { "text": "VDRL", "label": "SPECIES", "start": 1572, "end": 1576 }, { "text": "FTA", "label": "SPECIES", "start": 1581, "end": 1584 } ]

[ "Patient", "from", "Morocco", ",", "who", "had", "started", "2", "months", "previously", "with", "left", "costal", "pain", "radiating", "towards", "the", "back", ",", "pleuritic", ",", "fever", "of", "38oC", "in", "the", "evening", "and", "cough", "with", "scarce", "mucous", "expectoration", ".", "He", "had", "been", "to", "the", "emergency", "department", "on", "2", "occasions", ",", "where", "only", "anaemia", "was", "found", "and", "a", "chest", "X-ray", "showed", "mediastinal", "enlargement", ",", "and", "he", "was", "referred", "to", "the", "DRU", ".", "As", "the", "back", "pain", "increased", "in", "intensity", "and", "did", "not", "subside", "with", "common", "analgesics", ",", "she", "returned", "to", "the", "emergency", "department", ".", "Initial", "imaging", "findings", "and", "presumptive", "diagnosis", ":", "ED", "X-ray", ":", "Posterior", "mediastinal", "widening", "and", "pulmonary", "involvement", "with", "bilateral", "micronodular", "pattern", ".", "There", "are", "two", "dorsal", "disc", "spaces", "that", "are", "not", "adequately", "visualised", ".", "All", "this", "may", "correspond", "to", "spondylodiscitis", "with", "paravertebral", "collections", "and", "pulmonary", "dissemination", ".", "Abdominal", "chest", "CT", "scan", ":", "lytic", "lesion", "in", "D6", "vertebral", "body", "also", "affecting", "D5-D6", "and", "D7", ",", "suggestive", "of", "spondylodiscitis", "accompanied", "by", "pulmonary", "involvement", "with", "diffuse", "micronodulillar", "pattern", ".", "MRI", "of", "the", "spine", ":", "spondylodiscitis", "from", "D5", "to", "D8", "with", "involvement", "of", "the", "anterior", "and", "posterior", "canal", "with", "fracture", "and", "crushing", "of", "D5", "and", "posterior", "protrusion", "of", "the", "vertebral", "body", "without", "associated", "myelopathy", ".", "In", "addition", ",", "associated", "soft", "tissue", "involvement", "compatible", "with", "associated", "paravertebral", "abscess", ".", "Re-reading", "of", "the", "case", ":", "When", "faced", "with", "a", "patient", "with", "dorsalgia", "and", "fever", ",", "we", "should", "consider", "differential", "diagnoses", "(", "TB", ",", "Brucellosis", ",", "a", "neoformative", "process", "or", "metastasis", ")", ".", "Diagnostic", "suspicion", "is", "confirmed", "with", "a", "positive", "biopsy", "of", "M", ".", "Tuberculosis", ".", "The", "micronodular", "lung", "pattern", "resolves", "after", "treatment", "." ]

[ 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Patient", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 7 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1362, "end": 1369 }, { "text": "M. Tuberculosis", "label": "SPECIES", "start": 1555, "end": 1570 } ]

[ "A", "33-year-old", "male", "patient", "with", "a", "history", "of", "Schönlein-Henoch", "purpura", "at", "16", "years", "of", "age", "and", "plegia", "of", "the", "left", "arm", "secondary", "to", "traumatic", "injury", "to", "the", "brachial", "plexus", "at", "19", "years", "of", "age", ",", "who", "underwent", "excision", "of", "a", "chordoma", "at", "the", "craniocervical", "junction", ",", "previously", "manifested", "by", "intense", "cervicalgia", "and", "paraesthesia", "in", "the", "left", "upper", "limb", "(", "MSI", ")", ".", "He", "had", "a", "good", "immediate", "evolution", "after", "surgery", ",", "and", "was", "discharged", "with", "a", "descending", "regimen", "of", "dexamethasone", ".", "One", "month", "later", ",", "he", "was", "readmitted", "to", "the", "Neurosurgery", "Department", "with", "fever", "of", "up", "to", "38", ".", "5o", ",", "pain", "in", "the", "surgical", "area", "and", "fluctuating", "collection", "in", "the", "scar", "area", ",", "with", "no", "meningeal", "signs", "or", "signs", "of", "infection", "at", "the", "surgical", "wound", ".", "In", "the", "physical", "examination", ",", "the", "only", "notable", "feature", "was", "the", "limitation", "of", "MSI", "abduction", ".", "On", "admission", ",", "previous", "treatment", "with", "corticosteroids", "was", "suspended", ",", "and", "a", "complete", "blood", "test", "was", "performed", ",", "which", "was", "normal", ",", "with", "7", ",", "500", "leukocytes", "(", "60", "%", "neutrophils", ")", ",", "C-reactive", "protein", "5", ".", "6", "mg", "/", "l", "and", "procalcitonin", "0", ".", "2", "ng", "/", "ml", ",", "as", "well", "as", "a", "lumbar", "puncture", ",", "whose", "analysis", "of", "cerebrospinal", "fluid", "(", "CSF", ")", "showed", ":", "220", "cells", "(", "80", "%", "lymphocytes", ")", ",", "protein", "105", "mg", "/", "dl", ",", "glucose", "21", ".", "8", "mg", "/", "dl", ".", "Treatment", "was", "started", "with", "meropenem", "(", "2", "g", ".", "iv", "/", "8", "h", ")", "and", "linezolid", "(", "600", "mg", ".", "iv", "/", "12", "h", ")", ".", "Cranial", "magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", "was", "performed", ",", "which", "showed", "an", "isointense", "collection", "around", "the", "craniotomy", "area", "and", "in", "the", "craniocervical", "hinge", ",", "with", "associated", "leptomeningeal", "enhancement", "and", "extending", "to", "the", "level", "corresponding", "to", "the", "lower", "vertebral", "plateau", "of", "C3", ",", "without", "describing", "whether", "the", "most", "likely", "origin", "was", "tumoural", "or", "infectious", "remains", ".", "The", "collection", "was", "punctured", "and", "found", "to", "be", "CSF", ".", "The", "CSF", "culture", "was", "negative", ".", "Antibiotic", "treatment", "was", "given", "for", "14", "days", ",", "during", "which", "the", "patient", "remained", "afebrile", "and", "asymptomatic", ".", "A", "lumbar", "puncture", "was", "performed", "at", "the", "end", "of", "treatment", "with", "the", "following", "results", ":", "40", "leukocytes", ",", "protein", "93", "mg", "/", "dl", "and", "glucose", "1", ".", "3", "mg", "/", "dl", ".", "It", "was", "at", "this", "point", "that", "the", "case", "was", "referred", "to", "us", ".", "Differential", "diagnosis", "This", "was", "a", "case", "of", "healthcare-related", "meningitis", ",", "the", "main", "\"", "guiding", "factor", "\"", "available", "to", "us", "being", "the", "patient", "'", "s", "hypoglycaemia", ".", "The", "main", "causes", "of", "hypoglycorrhoea", "are", ":", "1", ".", "Infectious", ":", "bacteria", "(", "in", "principle", ",", "CSF", "glucose", "less", "than", "18mg", "/", "dl", "is", "highly", "suggestive", "of", "bacterial", "meningitis", ")", "mainly", "Streptococcus", "pneumoniae", ",", "Neisseria", "meningitidis", "or", "Listeria", "monocytogenes", ";", "mycobacteria", ",", "fungi", "or", "viruses", "(", "mumps", ",", "enterovirus", ",", "lymphocytic", "choriomeningitis", ",", "Herpes", "Simplex", "Virus", ",", "Varicella", "Zoster", "Virus", ")", ".", "2", ".", "Meningeal", "carcinomatosis", ".", "3", ".", "Subarachnoid", "haemorrhage", ".", "4", ".", "Sarcoidosis", "with", "central", "nervous", "system", "involvement", ":", "occurs", "in", "5-25", "%", "of", "patients", "with", "systemic", "involvement", ",", "and", "the", "most", "frequent", "MRI", "findings", "are", "leptomeningeal", "enhancement", "due", "to", "granulomatous", "leptomeningitis", "with", "fundamental", "involvement", "of", "the", "basal", "cisterns", ",", "with", "dilatation", "of", "these", "due", "to", "obstruction", "of", "the", "aqueduct", "of", "Sylvius", ".", "Less", "frequent", "is", "the", "presence", "of", "single", "or", "multiple", "intra-axial", "masses", "secondary", "to", "dissemination", "of", "the", "granulomatous", "disease", ".", "5", ".", "False", "result", "due", "to", "analytical", "interference", "CSF", "cytology", "was", "negative", "for", "neoplastic", "cells", ".", "There", "was", "no", "evidence", "of", "CSF", "or", "MRI", "bleeding", ",", "no", "focal", "parenchymal", "or", "meningeal", "lesions", ",", "so", "meningeal", "carcinomatosis", ",", "subarachnoid", "haemorrhage", "and", "sarcoidosis", "seem", "unlikely", "or", "ruled", "out", "as", "causes", "of", "hypoglycorrhoea", ".", "On", "the", "other", "hand", ",", "no", "cases", "of", "hypoglycaemia", "secondary", "to", "treatment", "with", "linezolid", "or", "meropenem", "have", "been", "reported", "so", "far", ".", "CSF", "was", "analysed", "in", "different", "kits", ",", "and", "the", "dilution", "technique", "was", "performed", ",", "confirming", "the", "hypoglycaemia", "data", "and", "ruling", "out", "analytical", "interference", ".", "Therefore", ",", "the", "main", "aetiology", "to", "be", "ruled", "out", "was", "infectious", ".", "Post-surgical", "meningitis", "is", "a", "rare", "complication", "(", "0", ".", "3-1", ".", "5", "%", ")", ",", "although", "of", "undoubted", "clinical", "significance", ".", "The", "differential", "diagnosis", "led", "us", "to", "rule", "out", "post-surgical", "aseptic", "meningitis", ",", "given", "the", "hypoglycaemia", "and", "hyperproteinaemia", ".", "Epidemiologically", ",", "the", "main", "aetiological", "agents", "of", "post-surgical", "bacterial", "meningitis", "or", "after", "penetrating", "brain", "trauma", "are", "staphylococci", "and", "facultative", "aerobic", "gram-negative", "bacilli", "(", "including", "Pseudomonas", "aeruginosa", ")", ".", "In", "patients", "with", "permanent", "device", "placement", "(", "e", ".", "g", ".", "ventriculo-peritoneal", "shunt", ")", ",", "infections", "are", "mainly", "caused", "by", "germs", "present", "on", "the", "skin", ",", "such", "as", "Propionibacterium", "acnes", ".", "Our", "patient", "would", "be", "included", "in", "the", "first", "risk", "group", ".", "However", ",", "these", "germs", "usually", "cause", "infection", "in", "the", "immediate", "postoperative", "period", "and", "are", "accompanied", "by", "clinical", "severity", "of", "the", "patient", "and", "marked", "elevation", "of", "acute", "phase", "reactants", ",", "unlike", "our", "patient", ",", "so", "we", "thought", "it", "had", "to", "be", "another", ",", "less", "common", "germ", ".", "Evolution", "Since", "admission", ",", "the", "patient", "has", "remained", "afebrile", ",", "presenting", "only", "mild", "cervicalgia", ",", "and", "without", "elevation", "of", "acute", "phase", "reactants", "at", "any", "time", ".", "Surprisingly", ",", "the", "patient", "'", "s", "general", "condition", "was", "good", "throughout", "admission", ":", "he", "was", "smoking", "a", "cigarette", "in", "the", "street", "when", "we", "went", "to", "visit", "him", ".", "After", "re-evaluating", "the", "patient", "clinically", ",", "and", "given", "the", "discordance", "between", "the", "clinical", "and", "analytical", "results", ",", "we", "decided", "to", "perform", "a", "new", "lumbar", "puncture", ",", "which", "confirmed", "the", "hypoglycaemia", ",", "elevated", "protein", "and", "lactate", "levels", ".", "The", "Gram", "stain", "showed", "no", "microorganisms", ",", "but", "the", "smear", "microscopy", "detected", "acid-fast", "bacilli", ",", "and", "the", "detection", "of", "Mycobacterium", "tuberculosis", "by", "polymerase", "chain", "reaction", "(", "PCR", ")", "(", "GeneXpert", "MTB", "/", "RIF", "®", ")", "was", "negative", ".", "We", "decided", "to", "start", "treatment", "with", "suspected", "non-tuberculosis", "mycobacterial", "infection", ",", "with", "amikacin", "1g", "/", "day", "i", ".", "m", ".", ",", "levofloxacin", "500", "mg", "/", "day", "v", ".", "o", ".", "and", "clarithromycin", "500", "mg", "/", "12", "h", ".", "v", ".", "o", ".", "The", "patient", "remains", "afebrile", "and", "afebrile", ".", "The", "patient", "remains", "afebrile", "with", "improvement", "of", "initial", "symptoms", ".", "Treatment", "with", "amikacin", "i", ".", "m", ".", "was", "discontinued", "after", "one", "month", "due", "to", "intolerance", ",", "levofloxacin", "was", "discontinued", "after", "46", "days", "of", "treatment", "due", "to", "bilateral", "patellar", "tendinitis", "(", "not", "confirmed", "by", "ultrasound", ",", "but", "resolved", "after", "discontinuation", "of", "the", "drug", ")", "and", "clarithromycin", "was", "maintained", "for", "56", "days", ",", "discontinued", "after", "normalisation", "of", "the", "CSF", ",", "which", "remained", "without", "biochemical", "alterations", "and", "with", "negative", "microbiological", "studies", "in", "a", "control", "performed", "a", "month", "and", "a", "half", "after", "the", "end", "of", "antibiotic", "treatment", ".", "Final", "diagnosis", "Post-surgical", "meningitis", "due", "to", "atypical", "mycobacteria", ",", "probably", "fast-growing", "." ]

[ 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 3, 0, 3, 4, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 26 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 19, "end": 26 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1751, "end": 1758 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2115, "end": 2122 }, { "text": "Listeria monocytogenes", "label": "SPECIES", "start": 2355, "end": 2377 }, { "text": "Neisseria meningitidis", "label": "SPECIES", "start": 2329, "end": 2351 }, { "text": "Streptococcus pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 2303, "end": 2327 }, { "text": "Herpes Simplex Virus", "label": "SPECIES", "start": 2461, "end": 2481 }, { "text": "Varicella Zoster Virus", "label": "SPECIES", "start": 2483, "end": 2505 }, { "text": "bacteria", "label": "SPECIES", "start": 2196, "end": 2204 }, { "text": "enterovirus", "label": "SPECIES", "start": 2418, "end": 2429 }, { "text": "fungi", "label": "SPECIES", "start": 2393, "end": 2398 }, { "text": "mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 2379, "end": 2391 }, { "text": "mumps", "label": "SPECIES", "start": 2411, "end": 2416 }, { "text": "Virus", "label": "SPECIES", "start": 2476, "end": 2481 }, { "text": "Virus", "label": "SPECIES", "start": 2500, "end": 2505 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 2274, "end": 2283 }, { "text": "lymphocytic choriomeningitis", "label": "SPECIES", "start": 2431, "end": 2459 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 2641, "end": 2649 }, { "text": "Propionibacterium acnes", "label": "SPECIES", "start": 4280, "end": 4303 }, { "text": "smear microscopy", "label": "SPECIES", "start": 5203, "end": 5219 }, { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 5179, "end": 5193 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4652, "end": 4659 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4795, "end": 4802 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4946, "end": 4953 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5550, "end": 5557 }, { "text": "RIF", "label": "SPECIES", "start": 5346, "end": 5349 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5594, "end": 5601 }, { "text": "mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 6231, "end": 6243 }, { "text": "atypical mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 6222, "end": 6243 } ]

[ "Male", ",", "42", "years", "old", ".", "-", "MC", "/", "AEA", ":", "Cough", ",", "expectoration", "and", "fever", "(", "4", "days", "of", "evolution", ")", ".", "-", "APP", ":", "Chronic", "kidney", "disease", ".", "Renal", "transplant", "recipient", "(", "15", "years", ")", ".", "-", "Laboratory", ":", "Cytology", ",", "normal", ".", "Urea", ":", "82", "mg", "/", "dl", "(", "VN", ":", "10-50", "mg", "/", "dl", ")", ".", "Creatinine", ":", "2", "mg", "/", "100ml", "(", "VN", ":", "0", ".", "5", "-", "1", ".", "5", "mg", "/", "100ml", ")", ".", "Swab", ":", "positive", "for", "Influenza", "A", "virus", ".", "17-05-16", "Chest", "X-ray", ":", "multiple", "confluent", ",", "bilateral", "and", "symmetrical", "nodular", "opacities", ",", "not", "involving", "costophrenic", "sinuses", ".", "17-05-16", "Profile", "chest", "X-ray", ":", "no", "pleural", "effusion", "in", "declivities", ",", "costophrenic", "sinuses", "free", ".", "17-05-16", "Chest", "CT", "scan", ",", "axial", "section", ",", "pulmonary", "window", ",", "bilateral", "and", "symmetrical", "confluent", "nodular", "opacities", "with", "ground-glass", "areas", ",", "centrilobular", "opacities", ".", "17-05-16", "Chest", "CT", "scan", ",", "axial", "section", ",", "pulmonary", "window", ",", "showing", "bilateral", "and", "symmetrical", "confluent", "nodular", "opacities", ",", "with", "areas", "of", "ground", "glass", ",", "centrilobular", "opacities", ".", "17", "/", "5", "/", "16", ":", "THORAX", "CT", "SCAN", "Chest", "CT", "scan", ",", "coronal", "section", ",", "pulmonary", "window", ",", "showing", "a", "characteristic", "distribution", "of", "opacities", ",", "predominantly", "in", "the", "upper", "lobes", "and", "respecting", "the", "lung", "bases", ".", "Chest", "CT", "scan", ",", "axial", "section", ",", "mediastinal", "window", ",", "no", "adenopathies", "are", "observed", ",", "some", "tracheal", "calcifications", "are", "visualised", ".", "Hospitalisation", "/", "interconsultation", "with", "Infectious", "Diseases", ":", "Treatment", "ATB", ":", "Ampicillin", "/", "sulbactam", "Clarithromycin", "Antiviral", ":", "oseltamivir", ".", "Evolution", ":", "Sputum", "sample", ":", "not", "suitable", "for", "culture", ".", "No", "acid-alcohol", "resistant", "microorganisms", "were", "observed", ".", "Blood", "cultures", "negative", ".", "X-rays", "without", "significant", "changes", "in", "relation", "to", "previous", "ones", ".", "23", "/", "5", "/", "16", ":", "Discharge", "with", "improvement", "of", "clinical", "symptoms", ".", "Continued", "outpatient", "treatment", ":", "oseltamivivir", "and", "levofloxacin", "(", "5", "days", ")", ".", "6", "/", "6", "/", "16", ":", "RX", "control", "(", "20", "days", ")", "16", "/", "6", "/", "16", ":", "control", "CT", "scan", "(", "30", "days", ")", "Clinically", ":", "Patient", "asymptomatic", ".", "CORONAL", "MIP", "17", "/", "5", "/", "16", "PATIENT", "WITH", "SYMPTOMS", "CORONAL", "MIP", "16", "/", "6", "/", "16", "ASYMPTOMATIC", "PATIENT", "POST-TREATMENT", "17", "/", "6", "/", "16", ":", "Whole", "body", "bone", "scintigraphy", "(", "SPECT", ")", "(", "MEDRONATE", "TC-99", ")", "Tracer", "uptake", "in", "both", "lungs", "(", "lung", "calcifications", ")", "17", "/", "6", "/", "16", ":", "Thyroid", "and", "parathyroid", "ultrasound", "scan", "Enlarged", "left", "parathyroid", "FINAL", "DIAGNOSIS", ":", "Diffuse", "Metastatic", "Pulmonary", "Calcifications" ]

[ 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Male", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 4 }, { "text": "Influenza A virus", "label": "SPECIES", "start": 287, "end": 304 }, { "text": "Antiviral", "label": "SPECIES", "start": 1292, "end": 1301 }, { "text": "acid-alcohol resistant microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 1372, "end": 1409 }, { "text": "Patient", "label": "HUMAN", "start": 1725, "end": 1732 }, { "text": "PATIENT", "label": "HUMAN", "start": 1768, "end": 1775 }, { "text": "PATIENT", "label": "HUMAN", "start": 1824, "end": 1831 } ]

[ "", "A", "72-year-old", "man", "with", "a", "history", "of", "hypertension", "and", "hyperlipidaemia", "presented", "to", "the", "emergency", "department", "with", "dyspnoea", ",", "fever", "and", "chills", ",", "of", "approximately", "one", "week", "'", "s", "duration", ".", "He", "had", "received", "outpatient", "symptomatic", "treatment", "with", "azithromycin", "for", "a", "possible", "upper", "respiratory", "tract", "infection", ";", "he", "then", "tested", "positive", "for", "COVID-19", ".", "On", "admission", ",", "his", "vital", "signs", "were", "temperature", "(", "T", ")", "36", ".", "7", "°", "C", ",", "pulse", "91", "bpm", ",", "respiratory", "rate", "28", "bpm", ",", "blood", "pressure", "120", "/", "78", "mmHg", ".", "A", "course", "of", "hydroxychloroquine", "was", "started", ".", "A", "chest", "X-ray", "showed", "minimal", "and", "ill-defined", "bibasal", "opacities", ".", "Initial", "arterial", "blood", "gases", "were", "relevant", "for", "an", "arterial", "partial", "pressure", "of", "oxygen", "(", "PaO2", ")", "of", "53", "mmHg", "and", "peripheral", "capillary", "oxygen", "saturation", "(", "SpO2", ")", "of", "88", "%", "on", "room", "air", ".", "Minimal", "improvement", "was", "observed", "with", "nasal", "cannula", "oxygen", "therapy", ";", "a", "50", "%", "Venturi", "mask", "was", "applied", ".", "On", "day", "2", "of", "hospitalisation", ",", "the", "patient", "showed", "increasing", "shortness", "of", "breath", ",", "with", "saturation", "in", "the", "lower", "80", "range", ",", "so", "he", "was", "switched", "to", "high-flow", "nasal", "cannula", "at", "60", "%", "and", "40", "L", "/", "min", ".", "Over", "the", "next", "few", "days", "he", "did", "not", "improve", "and", "required", "100", "%", "oxygen", "and", "60", "L", "/", "min", "to", "maintain", "SpO2", "above", "90", ".", "With", "increasing", "dyspnoea", "and", "fatigue", "and", "SpO2", "around", "85", ",", "despite", "maximal", "support", "by", "high-flow", "nasal", "cannula", ",", "it", "was", "decided", "to", "intubate", "the", "patient", "on", "day", "8", "of", "hospitalisation", ".", "Two", "days", "later", ",", "oxygenation", "had", "not", "improved", ",", "despite", "maximal", "ventilation", "with", "pressure-relieving", "ventilation", ",", "prone", "position", "and", "paralysis", ".", "The", "PaO2", "/", "FiO2", "(", "P", "/", "F", ")", "ratio", "was", "between", "51", "and", "72", ".", "Because", "of", "his", "age", ",", "he", "could", "not", "be", "placed", "on", "extracorporeal", "membrane", "oxygenation", "(", "ECMO", ")", "and", "it", "was", "decided", "to", "initiate", "treatment", "with", "tPA", ".", "His", "pre-treatment", "D-dimer", "and", "fibrinogen", "values", "were", "2", ".", "16", "ug", "/", "mL", "and", "654", "mg", "/", "dL", ",", "respectively", ".", "About", "24", "hours", "after", "APt", "infusion", ",", "his", "P", "/", "F", "ratio", "increased", "to", "76", "(", "69", "pre-treatment", ")", "and", "his", "oxygenation", "requirements", "dropped", "to", "a", "FiO2", "of", "80", "%", ".", "D-dimer", "initially", "increased", "to", "9", ".", "57", "ug", "/", "mL", ".", "His", "P", "/", "F", "ratio", "continued", "to", "increase", "daily", ",", "with", "decreasing", "oxygen", "requirements", ";", "on", "post-treatment", "day", "5", "it", "reached", "121", ",", "a", "175", "%", "increase", "over", "pre-treatment", "values", ".", "D-dimer", "decreased", "to", "1", ".", "9", "ug", "/", "mL", ".", "Ventilation", "was", "downgraded", "from", "pressure-relieved", "ventilation", "to", "volume-guaranteed", "pressure-controlled", "ventilation", "and", "weaning", "was", "eliminated", ".", "On", "post-treatment", "day", "8", ",", "pressure", "requirements", "decreased", "to", "18", "and", "his", "P", "/", "F", "ratio", "increased", "to", "127", ".", "On", "post-treatment", "day", "12", ",", "the", "patient", "successfully", "passed", "a", "PPC", "test", "and", "the", "following", "day", "he", "could", "be", "extubated", "and", "switched", "to", "high-flow", "nasal", "cannula", ".", "He", "was", "subsequently", "transferred", "to", "the", "ward", "with", "nasal", "cannula", "oxygen", "therapy", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 875, "end": 882 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1275, "end": 1282 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2388, "end": 2395 }, { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 18 } ]

[ "Anamnesis", "After", "the", "third", "cycle", ",", "he", "was", "admitted", "for", "grade", "3", "diarrhoea", "and", "non-neutropenic", "fever", "on", "day", "+", "6", "secondary", "to", "left", "basal", "pneumonia", ",", "isolating", "Streptococcus", "mitis", "group", "in", "blood", "cultures", "in", "all", "the", "flasks", "extracted", ".", "During", "his", "stay", "on", "the", "ward", ",", "he", "was", "re-evaluated", "by", "CT", "scan", "showing", "a", "partial", "response", "at", "the", "hepatic", "level", ",", "so", "it", "was", "decided", ",", "together", "with", "General", "Surgery", ",", "to", "request", "hepatic", "magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", "in", "order", "to", "plan", "surgery", "to", "remove", "the", "lesions", ".", "After", "being", "discharged", "at", "the", "end", "of", "August", ",", "he", "required", "early", "readmission", ",", "with", "clinical", "manifestations", "consisting", "of", "dyspnoea", "at", "rest", "and", "evidence", "of", "biventricular", "heart", "failure", ".", "Physical", "examination", "Physical", "examination", "revealed", "a", "diastolic", "murmur", "in", "the", "aortic", "focus", "and", "a", "third", "heart", "tone", ",", "as", "well", "as", "bilateral", "crackles", "that", "made", "cardiac", "auscultation", "quite", "difficult", "and", "significant", "bilateral", "oedema", "with", "fovea", ".", "Complementary", "tests", "A", "transthoracic", "echocardiogram", "was", "requested", "which", "documented", "aortic", "valve", "endocarditis", "leading", "to", "severe", "aortic", "insufficiency", "with", "secondary", "acute", "pulmonary", "oedema", ".", "Diagnosis", "Infective", "endocarditis", "on", "native", "aortic", "valve", "secondary", "to", "Streptococcus", "sanguinis", ".", "Treatment", "He", "was", "assessed", "by", "Cardiovascular", "Surgery", "and", "underwent", "urgent", "aortic", "valve", "replacement", "in", "September", "2016", ".", "In", "the", "culture", "of", "the", "valve", "lesion", ",", "Streptococcus", "sanguinis", "was", "isolated", ",", "and", "appropriate", "antibiotic", "treatment", "was", "administered", ".", "Evolution", "As", "complications", "during", "the", "postoperative", "period", ",", "he", "presented", "with", "radicular", "cystitis", "assessed", "by", "the", "Urology", "Department", ",", "requiring", "transfusions", "of", "blood", "products", "and", "continuous", "bladder", "lavage", ".", "Urine", "cytology", "and", "cystoscopy", "were", "performed", "with", "no", "evidence", "of", "malignancy", "or", "lesions", ".", "He", "was", "discharged", "and", ",", "following", "a", "decision", "by", "the", "multidisciplinary", "committee", ",", "a", "resection", "of", "segment", "II", "and", "VIII", "liver", "metastases", "was", "performed", "in", "December", "2016", "without", "incident", ".", "After", "postoperative", "recovery", "and", "documentation", "of", "the", "absence", "of", "systemic", "disease", "in", "body", "CT", ",", "adjuvant", "treatment", "with", "oxaliplatin-capecitabine", "(", "XELOX", ")", "was", "completed", "for", "6", "cycles", ",", "presenting", "only", "grade", "1", "neurotoxicity", ".", "Treatment", "was", "completed", "in", "June", "2017", "and", "body", "CT", "was", "requested", ",", "and", "the", "absence", "of", "disease", "persisted", ",", "which", "is", "why", "he", "is", "currently", "under", "review", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Streptococcus mitis group", "label": "SPECIES", "start": 152, "end": 177 }, { "text": "Streptococcus sanguinis", "label": "SPECIES", "start": 1159, "end": 1182 }, { "text": "Streptococcus sanguinis", "label": "SPECIES", "start": 1338, "end": 1361 } ]

[ "A", "41-year-old", "man", "with", "no", "toxic", "habits", "and", "a", "history", "of", "lactose", "intolerance", ",", "diagnosed", "in", "2003", "with", "Crohn", "'", "s", "disease", "with", "an", "inflammatory", "pattern", "and", "ileal", "involvement", ",", "which", "had", "started", "two", "years", "earlier", "with", "an", "episode", "of", "uveitis", ".", "He", "is", "currently", "in", "clinical", "remission", "without", "any", "maintenance", "treatment", ".", "For", "the", "last", "two", "months", "he", "has", "had", "an", "upper", "respiratory", "tract", "cold", ",", "accompanied", "in", "the", "last", "few", "days", "by", "cough", ",", "whitish", "expectoration", "and", "fever", "of", "38oC", ".", "Initially", "diagnosed", "with", "right", "basal", "pneumonia", ",", "he", "was", "treated", "with", "antibiotics", "and", "mucolytics", "with", "little", "improvement", ".", "He", "subsequently", "presented", "with", "dyspnoea", ",", "purulent", "expectoration", ",", "asthenia", "and", "loss", "of", "8-10", "kg", ".", "After", "failing", "to", "improve", ",", "he", "was", "referred", "to", "hospital", "and", "admitted", "to", "the", "pneumology", "department", ".", "Physical", "examination", "revealed", "pale", "skin", ",", "Ta", ":", "37", ".", "2", "oC", "and", "pulmonary", "auscultation", "with", "crackles", "in", "the", "right", "base", ".", "-", "Complementary", "examinations", ":", "-", "Systematic", ":", "ESR", ":", "66", "mm", "1", "hour", ",", "leukocytes", ":", "6", ",", "900", "/", "ul", "with", "normal", "formula", ",", "red", "blood", "cells", ":", "4", ",", "570", ",", "000", "/", "ul", ";", "Hb", ":", "11", ".", "9", "g", "/", "dl", ";", "Hto", ":", "35", ".", "6", "%", ";", "platelets", ":", "366", ",", "000", "/", "ul", ".", "Biochemistry", ":", "no", "significant", "findings", ".", "Coagulation", ":", "normal", ".", "O2", "sat", ":", "95", "%", ".", "-", "Blood", "cultures", "negative", "for", "anaerobes", "and", "aerobes", ".", "HIV", "serology", ":", "negative", ".", "Sputum", "bacteriology", "negative", ".", "Urine", "bacterial", "Ag", ":", "negative", "for", "pneumococcus", "and", "legionella", ".", "-", "Chest", "X-ray", "on", "admission", ":", "alveolar", "infiltrates", "in", "the", "right", "base", "and", "minimal", "infiltrates", "in", "the", "left", "base", ",", "which", "in", "subsequent", "radiological", "controls", "became", "migratory", "to", "segment", "6", ",", "also", "affecting", "the", "right", "middle", "lobe", ".", "Days", "later", ",", "condensation", "was", "observed", "in", "the", "right", "upper", "lobe", ",", "reducing", "the", "basal", "infiltrates", ".", "-", "Spirometry", ":", "FVC", ":", "2", ".", "52", "l", "(", "56", "%", ")", ";", "FEV1", ":", "2", ".", "23", "l", "(", "60", "%", ")", ";", "FEV1", "/", "VC", ":", "78", "%", ";", "MMEF25-75", ":", "1", ".", "96", "l", "(", "46", "%", ")", ":", "non-obstructive", "ventilatory", "failure", ".", "-", "Chest", "CT", ":", "extensive", "parenchymal", "consolidation", "in", "the", "right", "upper", "lobe", ";", "consolidation", "in", "resolution", "and", "volume", "loss", "in", "the", "right", "middle", "lobe", ";", "consolidation", "in", "partial", "resolution", "in", "the", "right", "lower", "lobe", "with", "image", "of", "alveolar", "infiltrate", "and", "image", "in", "partial", "resolution", "in", "the", "posterior", "segment", "of", "the", "left", "upper", "lobe", ".", "-", "Following", "the", "results", ",", "fibrobronchoscopy", "was", "performed", "with", "bronchoalveolar", "lavage", "(", "BAL", ")", "and", "transbronchial", "biopsy", "(", "BTB", ")", ":", "no", "endoluminal", "lesions", "or", "mucosal", "alteration", "were", "observed", ".", "BAL", "microbiology", ":", "normal", "upper", "airway", "flora", "with", "negative", "culture", "of", "Legionella", ",", "Gram", ",", "BAAR", "and", "fungi", ".", "BAL", ":", "80", "cells", "/", "mm3", ",", "65", "%", "macrophages", ",", "25", "%", "lymphocytes", "(", "increased", ")", ",", "5", "%", "eosinophils", "and", "5", "%", "PMN", ".", "Lymphocyte", "populations", ":", "CD4", "/", "CD8", "ratio", ":", "0", ".", "87", ".", "Transbronchial", "biopsy", ":", "widened", "interalveolar", "septa", "due", "to", "chronic", "inflammation", "and", "fibrosis", ".", "Alveolar", "cell", "hyperplasia", "with", "pneumocyte", "desquamation", "at", "the", "lumen", "and", "PAS-negative", "granular", "exudate", ".", "Myxoid", "granulation", "tissue", "emerging", "from", "terminal", "bronchi", "into", "the", "lumen", ".", "No", "granulomatous", "lesions", "or", "hyaline", "membranes", ".", "All", "of", "the", "above", "is", "compatible", "with", "organised", "pneumonia", "with", "bronchiolitis", "obliterans", ".", "Treatment", "with", "prednisone", "at", "a", "dose", "of", "1", "mg", "/", "kg", "/", "day", "was", "started", ",", "and", "the", "fever", "subsided", "and", "the", "rest", "of", "the", "symptoms", "improved", ".", "At", "one", "month", "and", "three", "months", "the", "patient", "is", "asymptomatic", "and", "radiological", "controls", "are", "normal", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1193, "end": 1196 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 1253, "end": 1262 }, { "text": "legionella", "label": "SPECIES", "start": 1297, "end": 1307 }, { "text": "pneumococcus", "label": "SPECIES", "start": 1280, "end": 1292 }, { "text": "bacteriology", "label": "SPECIES", "start": 1224, "end": 1236 } ]

[ "Personal", "history", "The", "patient", "lives", "with", "his", "parents", "and", "is", "in", "the", "second", "year", "of", "high", "school", ".", "He", "has", "been", "diagnosed", "with", "attention", "deficit", "hyperactivity", "disorder", "(", "ADHD", ")", "since", "childhood", "(", "6-7", "years", ")", ",", "having", "been", "on", "treatment", "with", "methylphenidate", "10", "mg", "/", "day", "until", "about", "two", "months", "ago", ",", "when", "his", "paediatrician", "withdrew", "it", "due", "to", "the", "clinical", "remission", "of", "his", "ADHD", "symptoms", "and", "he", "was", "discharged", "from", "the", "hospital", ".", "Paediatric", "history", ":", "pregnancy", "and", "birth", "were", "normal", ",", "physical", "development", "was", "adequate", ".", "At", "the", "age", "of", "3", "he", "attended", "a", "public", "school", "where", "the", "child", "\"", "was", "not", "at", "ease", ",", "as", "he", "was", "punished", "a", "lot", "\"", "and", "his", "performance", "was", "average", ".", "He", "performed", "well", "in", "primary", "school", ".", "In", "the", "third", "year", "of", "primary", "school", "he", "was", "taken", "to", "a", "psychologist", "because", "his", "parents", "noticed", "that", "he", "was", "very", "nervous", "and", "restless", ".", "At", "the", "age", "of", "9", "he", "started", "treatment", "with", "methylphenidate", ".", "During", "the", "years", "of", "compulsory", "secondary", "education", ",", "his", "performance", "was", "quite", "acceptable", ",", "getting", "A", "'", "s", "and", "B", "'", "s", "in", "most", "subjects", ",", "notably", "improving", "school", "coexistence", ",", "reducing", "his", "hyperactivity", "and", "improving", "his", "attention", ".", "Toxicological", "history", "He", "reports", "having", "used", "cannabis", "for", "the", "first", "time", "at", "the", "age", "of", "14", ",", "very", "occasionally", "(", "\"", "one", "puff", "\"", ")", "until", "now", ".", "He", "also", "acknowledges", "alcohol", "consumption", "on", "some", "weekends", "(", "2-3", "cubalibres", "when", "he", "goes", "out", ")", ".", "He", "does", "not", "use", "tobacco", "and", "has", "never", "tried", "cocaine", ",", "hallucinogens", "or", "other", "intoxicants", ".", "The", "mother", "confirms", "this", "information", ".", "Family", "history", "No", "pathologies", "of", "interest", ".", "He", "has", "a", "sister", "two", "years", "older", "than", "him", ".", "Current", "history", "Two", "months", "ago", ",", "when", "he", "was", "with", "some", "friends", ",", "he", "drank", "a", "\"", "Red", "Bull", "\"", "with", "whisky", "and", "then", "smoked", "about", "6", "puffs", "of", "a", "joint", ",", "an", "amount", "higher", "than", "what", "he", "usually", "consumes", ".", "He", "describes", "that", "he", "then", "started", "to", "laugh", "and", "felt", "subjectively", "well", ",", "but", "quickly", "started", "to", "feel", "unpleasant", "sensations", "and", "went", "to", "vomit", ".", "He", "then", "began", "to", "feel", "an", "intense", "sense", "of", "anguish", ",", "with", "palpitations", ",", "a", "sense", "of", "impending", "death", ",", "hearing", "people", "talking", "as", "if", "slowing", "down", ",", "a", "sense", "of", "strangeness", "and", "unreality", ",", "feeling", "that", "people", "were", "addressing", "him", ",", "others", "thought", "he", "was", "the", "devil", ",", "he", "felt", "very", "frightened", "by", "the", "idea", "that", "he", "might", "be", "dead", "and", "that", "friends", "thought", "he", "was", "dead", ".", "He", "also", "felt", "that", "people", "were", "\"", "coming", "at", "him", "\"", "with", "ideas", "of", "harm", ".", "He", "did", "not", "report", "any", "auditory", "or", "other", "sensory", "hallucinations", "and", "estimates", "that", "the", "symptoms", "lasted", "for", "one", "hour", ".", "For", "this", "reason", ",", "he", "went", "to", "the", "emergency", "room", "of", "our", "hospital", ".", "In", "the", "emergency", "report", "of", "that", "day", ",", "it", "is", "noted", "that", "he", "was", "no", "longer", "taking", "methylphenidate", "and", "that", "he", "attended", "for", "a", "picture", "of", "psychomotor", "agitation", "that", "subsided", "with", "the", "administration", "of", "haloperidol", ".", "He", "refers", "to", "the", "fact", "that", "during", "the", "period", "of", "cannabis", "intoxication", "he", "presented", "delirious", "ideation", "of", "a", "mystical", "nature", ",", "which", "he", "later", "partially", "criticised", ".", "The", "examination", "on", "that", "day", "highlighted", "anxiety", ",", "with", "no", "evidence", "of", "affective", "symptoms", ",", "sensory-perceptual", "disorders", "or", "cognitive", "alterations", ".", "The", "physical", "and", "neurological", "examination", ",", "electrocardiogram", "and", "laboratory", "tests", "were", "normal", ".", "The", "detection", "of", "toxins", "in", "urine", "was", "positive", "for", "cannabis", "only", ".", "On", "discharge", "he", "presented", "adequate", "criticism", "of", "delirious", "ideation", ",", "was", "diagnosed", "with", "cannabis", "intoxication", "and", "was", "referred", "to", "the", "Drug", "Dependency", "Care", "Centre", ".", "After", "this", "episode", "he", "was", "well", ",", "he", "did", "not", "use", "cannabis", "again", ",", "which", "is", "confirmed", "by", "the", "mother", ".", "Two", "months", "after", "this", "episode", ",", "without", "using", "cannabis", ",", "he", "again", "suddenly", "presented", "the", "same", "symptoms", "as", "in", "the", "previous", "episode", ".", "While", "travelling", ",", "he", "began", "to", "feel", "\"", "accelerated", "\"", ",", "to", "think", "that", "the", "people", "around", "him", "\"", "could", "be", "diabolical", "\"", ",", "that", "he", "\"", "was", "the", "centre", "of", "everything", "\"", ",", "that", "others", "were", "watching", "him", "even", "though", "there", "was", "no", "one", "around", "him", ",", "with", "the", "idea", "that", "he", "could", "be", "dead", "and", "suffering", "from", "the", "consequences", "of", "this", ",", "such", "as", "the", "suffering", "of", "his", "parents", ".", "This", "caused", "him", "intense", "anguish", ".", "He", "again", "had", "the", "feeling", "that", "others", "were", "speaking", "more", "slowly", ".", "He", "experienced", "as", "his", "own", "thoughts", "that", "people", "were", "laughing", "at", "him", ",", "that", "they", "were", "playing", "with", "his", "life", ",", "that", "others", "were", "hinting", "that", "he", "would", "regret", "what", "happened", ".", "At", "the", "time", "of", "the", "examination", ",", "anguish", "predominated", ",", "at", "that", "time", "no", "sensory-perceptual", "or", "thought", "content", "alterations", "were", "observed", ",", "he", "was", "partially", "critical", "of", "the", "sensations", "he", "had", "suffered", "and", "showed", "an", "intense", "fear", "that", "the", "symptoms", "might", "be", "repeated", ".", "Complementary", "examinations", "were", "normal", "and", "no", "toxins", "were", "detected", "in", "urine", ".", "He", "was", "diagnosed", "with", "a", "flashback", "episode", "related", "to", "cannabis", "consumption", "and", "anxiolytics", "were", "prescribed", "." ]

[ 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 8 }, { "text": "childhood", "label": "HUMAN", "start": 175, "end": 184 }, { "text": "child", "label": "HUMAN", "start": 551, "end": 556 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 21, "end": 28 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 44, "end": 51 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 750, "end": 757 }, { "text": "paediatrician", "label": "HUMAN", "start": 291, "end": 304 }, { "text": "psychologist", "label": "HUMAN", "start": 725, "end": 737 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 1132, "end": 1140 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 1440, "end": 1446 }, { "text": "sister", "label": "HUMAN", "start": 1492, "end": 1498 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 1406, "end": 1412 }, { "text": "tobacco", "label": "SPECIES", "start": 1329, "end": 1336 }, { "text": "Bull", "label": "SPECIES", "start": 1605, "end": 1609 }, { "text": "friends", "label": "HUMAN", "start": 1580, "end": 1587 }, { "text": "friends", "label": "HUMAN", "start": 2173, "end": 2180 }, { "text": "people", "label": "HUMAN", "start": 1959, "end": 1965 }, { "text": "people", "label": "HUMAN", "start": 2045, "end": 2051 }, { "text": "people", "label": "HUMAN", "start": 2220, "end": 2226 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 2705, "end": 2713 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 3107, "end": 3115 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 3209, "end": 3217 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 3332, "end": 3340 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 3427, "end": 3435 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 4504, "end": 4512 }, { "text": "people", "label": "HUMAN", "start": 3579, "end": 3585 }, { "text": "people", "label": "HUMAN", "start": 3987, "end": 3993 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 3374, "end": 3380 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 3841, "end": 3848 } ]

[ "A", "ten-year-old", "boy", ",", "with", "no", "personal", "history", "of", "interest", ",", "came", "to", "the", "emergency", "department", "of", "the", "primary", "care", "centre", "with", "abdominal", "pain", "of", "four", "hours", "'", "duration", ",", "fever", "of", "40", "°", "C", ",", "vomiting", "of", "food", "and", "diarrhoea", "with", "traces", "of", "mucus", ".", "Abdominal", "examination", "revealed", "diffuse", "abdominal", "pain", ",", "slightly", "more", "in", "the", "right", "iliac", "fossa", ",", "with", "signs", "of", "peritoneal", "irritation", ".", "Blood", "tests", "showed", "12", ",", "200", "leukocytes", "/", "μl", "(", "91", "%", "neutrophils", ")", "and", "slightly", "elevated", "C-reactive", "protein", "(", "CRP", ")", ".", "The", "patient", "was", "referred", "to", "the", "nearest", "hospital", "with", "the", "suspicion", "of", "an", "acute", "abdomen", "for", "further", "investigation", ".", "An", "abdominal", "ultrasound", "was", "performed", ",", "showing", "a", "tubular", "image", ",", "aperistaltic", "and", "incompressible", "with", "the", "transducer", ",", "compatible", "with", "acute", "appendicitis", ".", "It", "was", "decided", "to", "perform", "surgery", ",", "after", "receiving", "informed", "consent", "from", "the", "parents", ",", "and", "an", "appendectomy", "was", "performed", ",", "during", "which", "a", "cecal", "appendix", "with", "mild", "inflammatory", "signs", "was", "observed", ".", "The", "postoperative", "course", "was", "torpid", ",", "with", "persistent", "fever", "(", "38", ".", "8", "°", "C", ")", ",", "generalised", "abdominal", "pain", "without", "peritonism", ",", "vomiting", "and", "diarrhoea", ".", "An", "abdominal", "ultrasound", "scan", "showed", "dilatation", "of", "the", "small", "bowel", "loops", ",", "suggesting", "incomplete", "obstruction", ".", "The", "CBC", "continues", "to", "show", "leukocytosis", "with", "left", "shift", "and", "elevated", "C-reactive", "protein", ".", "Given", "the", "incongruence", "of", "the", "patient", "'", "s", "symptoms", "and", "the", "operative", "findings", ",", "it", "was", "decided", "to", "opt", "for", "conservative", "treatment", ",", "a", "stool", "culture", "was", "performed", "and", "empirical", "antibiotherapy", "was", "started", "while", "awaiting", "the", "results", "of", "the", "stool", "culture", ",", "which", "showed", "Campylobacter", "jejuni", "sensitive", "to", "gentamicin", ".", "Antibiotic", "treatment", "with", "gentamicin", "was", "started", ",", "with", "which", "the", "patient", "'", "s", "evolution", "was", "satisfactory", ",", "as", "the", "clinical", "picture", "resolved", "and", "the", "patient", "was", "discharged", "ten", "days", "after", "surgery", ".", "The", "anatomopathological", "study", "of", "the", "cecal", "appendix", "was", "reported", "as", "cecal", "appendix", "with", "inflammatory", "signs", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 473, "end": 480 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 814, "end": 821 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 28, "end": 36 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1297, "end": 1304 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1638, "end": 1645 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1717, "end": 1724 }, { "text": "Campylobacter jejuni", "label": "SPECIES", "start": 1527, "end": 1547 } ]

[ "The", "patient", "was", "72", "years", "old", ",", "smoker", "of", "2", "packs", "a", "day", "for", "30", "years", ",", "with", "a", "doubtful", "allergy", "to", "diclofenac", ",", "with", "a", "history", "of", "gastric", "ulcer", ",", "ischaemic", "heart", "disease", "with", "an", "episode", "of", "paroxysmal", "atrial", "fibrillation", ",", "hypertension", "and", "CPAP", "treatment", "for", "sleep", "apnoea-hypopnoea", "syndrome", ".", "He", "also", "had", "Spiriva", ",", "Formodual", ",", "allopurinol", "and", "amlodipine", "as", "his", "usual", "medication", ".", "She", "came", "to", "the", "emergency", "department", "for", "two", "episodes", "of", "haemoptotic", "expectoration", ",", "without", "fever", ",", "chest", "pain", "or", "other", "accompanying", "symptoms", ".", "Physical", "examination", "showed", "no", "abnormalities", ",", "except", "for", "slight", "crackles", "in", "both", "bases", "on", "pulmonary", "auscultation", ".", "The", "emergency", "laboratory", "tests", "showed", "no", "abnormalities", ",", "and", "the", "chest", "X-ray", "showed", "an", "image", "with", "increased", "left", "periaortic", "density", "with", "deflected", "edges", ",", "and", "blood", "cultures", "isolated", "a", "methicillin-sensitive", "Staphylococcus", "aureus", ",", "so", "the", "patient", "was", "admitted", "to", "internal", "medicine", "to", "complete", "the", "study", ".", "Once", "admitted", ",", "thoracic-abdominal", "angioTAC", "is", "requested", "in", "which", "it", "is", "observed", "in", "the", "distal", "segment", "of", "the", "aortic", "arch", "the", "existence", "of", "a", "contained", "aortic", "rupture", ",", "with", "peripheral", "enhancement", "and", "area", "of", "parenchymal", "infiltration", "in", "the", "lung", ",", "suggesting", "the", "existence", "of", "a", "mycotic", "aneurysm", "with", "contained", "aortic", "rupture", ",", "With", "the", "diagnosis", "of", "infectious", "aneurysm", "in", "left", "aortic", "arch", ",", "treatment", "is", "started", "with", "gentamicin", "and", "cloxacillin", ",", "echocardiogram", "is", "performed", ",", "where", "no", "images", "suggestive", "of", "vegetations", "are", "shown", ",", "with", "mild", "tricuspid", "insufficiency", ",", "mild", "mitral", ",", "PSAP", "within", "normal", ",", "preserved", "systolic", "function", ",", "normal", "LVEF", ".", "Surgical", "intervention", "was", "decided", "in", "which", "the", "left", "subclavian", "artery", "was", "ligated", ",", "which", "was", "subsequently", "anastomosed", "with", "the", "left", "carotid", "artery", ",", "and", "subsequently", "a", "distal", "endoprosthesis", "was", "placed", "via", "the", "femoral", "artery", ",", "with", "optimal", "results", ".", "During", "the", "rest", "of", "the", "hospital", "stay", ",", "the", "patient", "was", "afebrile", ",", "without", "haemoptotic", "expectoration", ",", "the", "urine", "culture", "showed", "the", "usual", "flora", ",", "and", "the", "BAAR", "was", "negative", ".", "Subsequently", ",", "a", "control", "thoracic", "CT", "scan", "was", "performed", ",", "in", "which", "patency", "of", "the", "remnant", "of", "the", "primitive", "subclavian", "artery", "was", "observed", ",", "no", "defects", "of", "the", "endoprosthesis", "were", "evident", ",", "and", "the", "patient", "was", "stable", "and", "asymptomatic", "at", "the", "present", "time", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "BAAR", "label": "SPECIES", "start": 1950, "end": 1954 }, { "text": "methicillin-sensitive Staphylococcus aureus", "label": "SPECIES", "start": 807, "end": 850 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4, "end": 11 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 859, "end": 866 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1843, "end": 1850 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2161, "end": 2168 }, { "text": "flora", "label": "SPECIES", "start": 1935, "end": 1940 }, { "text": "usual flora", "label": "SPECIES", "start": 1929, "end": 1940 } ]

[ "A", "girl", "aged", "1", "year", "and", "9", "months", "started", "to", "suffer", "from", "diarrhoea", "and", "vomiting", "3-4", "times", "a", "day", ",", "irritability", ",", "classified", "as", "gastroenteritis", ".", "The", "symptoms", "subside", "with", "the", "exception", "of", "irritability", ",", "so", "she", "goes", "to", "the", "emergency", "department", "(", "ED", ")", "of", "the", "hospital", "72", "hours", "after", "onset", ".", "FIRST", "VISIT", "TO", "THE", "ED", "(", "72", "hours", ")", "Reason", "for", "consultation", ":", "colicky", "abdominal", "pain", ".", "Physical", "examination", "Weight", ":", "9", ".", "5", "kg", ",", "Temperature", ":", "36", ".", "5", "oC", ",", "BEG", ",", "NH", ",", "NC", ",", "decreased", "but", "with", "adequate", "peripheral", "perfusion", ".", "No", "rash", "or", "petechiae", ".", "No", "alterations", "in", "the", "rest", "of", "the", "examination", ".", "Complementary", "tests", ":", "Urine", "sediment", ":", "negative", ".", "CBC", ":", "leukocytes", "13400", "/", "ml", "(", "N45", "%", ",", "L", "45", "%", ",", "M8", "%", ")", ",", "Hb", "13", ".", "6", "gr", "/", "dl", ",", "Hcto", "40", "%", ",", "platelets", "478000", "/", "ml", ".", "Biochemistry", ":", "glucose", ",", "ions", ",", "urea", "and", "creatinine", "normal", ".", "CRP", "<", "0", ".", "3", "mg", "/", "dl", ".", "Abdominal", "X-ray", ":", "no", "abnormalities", ".", "Abdominal", "ultrasound", ":", "multiple", "lymph", "nodes", "of", "3-5", "mm", "in", "FID", "of", "reactive-inflammatory", "aspect", ".", "No", "images", "suggestive", "of", "intestinal", "invagination", ".", "Evolution", ":", "She", "remained", "under", "observation", "for", "20", "hours", "and", "was", "discharged", "after", "ruling", "out", "abdominal", "pathology", ".", "During", "her", "stay", ",", "episodes", "of", "colicky", "abdominal", "pain", "were", "observed", "with", "hyperextension", "of", "the", "trunk", "and", "neck", "with", "lateral", "deviation", ",", "but", "without", "abnormal", "movement", "of", "the", "extremities", ",", "disconnection", "from", "the", "environment", ",", "or", "a", "blank", "stare", ".", "Diagnosis", ":", "Post-enteritis", "non-specific", "abdominal", "pain", "vs", "Sandifer", "'", "s", "syndrome", ".", "Treatment", ":", "Soft", "diet", ",", "paracetamol", "conditional", "to", "fever", "or", "pain", "and", "lansoprazole", "15mg", "c", "/", "24h", ",", "and", "control", "by", "his", "paediatrician", ".", "SECOND", "SU", "VISIT", "(", "4th", "day", ")", "Due", "to", "persistent", "irritability", ",", "he", "went", "to", "the", "emergency", "department", "again", ",", "24", "hours", "after", "the", "previous", "visit", ",", "finding", "hyperemia", "in", "the", "right", "tympanum", ",", "with", "no", "other", "findings", ",", "so", "acute", "otitis", "media", "was", "diagnosed", ",", "and", "amoxicillin", "-", "clavulanic", "acid", "at", "80mg", "/", "kg", "/", "day", "was", "indicated", ".", "The", "patient", "improved", "clinically", "for", "a", "few", "days", ",", "but", "then", "resumed", "the", "irritation", "and", "episodes", "of", "cervical", "hyperextension", ".", "On", "the", "20th", "day", "after", "the", "onset", "of", "the", "process", ",", "vomiting", "was", "added", ",", "which", "became", "more", "intense", ",", "so", "she", "went", "to", "the", "emergency", "department", ".", "THIRD", "VISIT", "SU", "(", "20th", "day", ")", "Patient", "presenting", "with", "emetic", "syndrome", ".", "Clinical", "examination", "with", "signs", "of", "moderate", "dehydration", ",", "with", "no", "other", "significant", "findings", ",", "peripheral", "cannulation", ",", "expansion", "with", "saline", "solution", ",", "fluid", "therapy", "and", "administration", "of", "ranitidine", "and", "ondansetron", "iv", ".", "Complementary", "tests", ":", "normal", "haemogram", "and", "biochemistry", ".", "She", "began", "oral", "tolerance", ",", "first", "to", "liquids", "and", "finally", "to", "solids", ",", "so", "she", "was", "discharged", "with", "a", "soft", "diet", ",", "oral", "rehydration", ",", "lansoprazole", "15mg", "/", "day", "and", "evaluation", "by", "her", "paediatrician", "at", "24", "hours", ".", "After", "24", "hours", ",", "she", "was", "evaluated", "by", "the", "primary", "care", "paediatrician", "who", "observed", "an", "episode", "of", "opisthotonos", "without", "loss", "of", "consciousness", ",", "and", "referred", "her", "to", "the", "emergency", "department", "for", "hospitalisation", ".", "HOSPITALISATION", "(", "DAY", "21", ")", "Personal", "history", "Pregnancy", ":", "controlled", ",", "without", "complications", "-", "Delivery", ":", "full", "term", "(", "39", "+", "5", "weeks", "gestational", "age", ")", ",", "euthecal", "-", "Apgar", ":", "9", "/", "10", "-", "Type", "I", "resuscitation", "-", "Weight", "NB", ":", "3160", "g", "-", "Length", "NB", ":", "47", "cm", "-", "Perimeter", ":", "40", "cm", "-", "Weight", "NB", ":", "47", "cm", "-", "Length", "RN", ":", "47", "cm", "-", "Length", "RN", ":", "47", "cm", "-", "Length", "RN", ":", "47", "cm", "-", "Length", "RN", ":", "47", "cm", "-", "Length", "RN", ":", "47", "cm", "Length", "NB", ":", "47", "cm", "-", "Head", "circumference", "NB", ":", "32", "cm", "-", "Head", "circumference", "NB", ":", "32", "cm", "-", "Feeding", ":", "Breastfeeding", "until", "9", "months", "-", "Complementary", "feeding", "regulated", "by", "his", "paediatrician", ",", "no", "intolerances", "or", "allergies", ".", "Psychomotor", "development", ":", "normal", ".", "Vaccinations", ":", "complete", "current", "calendar", "for", "his", "age", "-", "Previous", "illnesses", ":", "no", "known", "allergies", "-", "No", "other", "illnesses", "of", "interest", "-", "No", "other", "illnesses", "of", "interest", "-", "Family", "history", "Family", "history", "No", "contributory", "family", "history", "PHYSICAL", "EXAMINATION", "Weight", ":", "9", ".", "1", "Kg", "Ta", ":", "36", ".", "8", "oC", "-", "HR", ":", "120", "bpm", "-", "BP", ":", "95", "/", "55", "mmHg", "-", "SatO2", ":", "98", "%", "-", "Good", "general", "condition", "-", "Good", "colouring", ",", "hydration", "and", "perfusion", ".", "Adequate", "nutrition", "-", "Skin", ":", "No", "rashes", "or", "petechiae", "-", "Cardiac", "auscultation", ":", "normal", "-", "Pulmonary", "auscultation", ":", "normal", "-", "Abdomen", "soft", ",", "depressible", ",", "not", "painful", ",", "no", "masses", "or", "visceromegaly", "palpable", "-", "Neurological", ":", "Conscious", "and", "oriented", "with", "irritability", "on", "examination", ".", "Pupils", "isochoric", "and", "normoreactive", ".", "Pairs", "centred", "and", "symmetrical", ".", "Slightly", "decreased", "strength", ",", "normal", "tone", ".", "ROT", "present", "and", "symmetrical", ",", "not", "exalted", ".", "Position", "with", "hyperextension", "of", "the", "neck", "and", "trunk", "but", "easily", "flexed", ",", "not", "meningeal", ".", "No", "ataxia", ".", "No", "signs", "of", "neurological", "focality", ".", "-", "ORL", ":", "normal", "-", ".", "COMPLEMENTARY", "EXAMINATIONS", "Haemogram", ":", "9", ",", "560", "leukocytes", "/", "mmc", "(", "47", ".", "0", "%", "N", ",", "39", ".", "1", "%", "L", ",", "13", ".", "3", "%", "M", ",", "0", ".", "3", "%", "E", ",", "0", ".", "3", "%", "B", ")", ";", "4", ",", "900", ",", "000", "red", "cells", "/", "mmc", ",", "Hb", ":", "12", ".", "6", "g", "/", "dl", ",", "Hto", ":", "38", ".", "9", "%", ".", "MCV", ":", "80", ".", "0", "fl", ";", "RDW", ":", "13", ".", "7", ";", "340", ",", "000", "platelets", "/", "mmc", ".", "Blood", "biochemistry", ":", "Glucose", ":", "64", "mg", "/", "dl", ".", "Sodium", ":", "138", "mmol", "/", "l", ".", "Potassium", ":", "4", ".", "4", "mmol", "/", "l", ".", "Chloride", ":", "101", "mmol", "/", "l", ".", "Calcium", ":", "5", ".", "0", "mg", "/", "dl", ".", "Creatinine", ":", "0", ".", "11", "mg", "/", "dl", ".", "Urea", ":", "19", "mg", "/", "dl", ".", "GPT", ":", "23", "IU", "/", "l", ".", "Lactate", ":", "1", ".", "6", "mmol", "/", "l", ".", "C-reactive", "protein", ":", "<", "0", ".", "3", "mg", "/", "dl", ".", "Venous", "blood", "gases", ":", "pH", ":", "7", ".", "39", ",", "PCO2", ":", "39", ".", "4", "mmHg", ",", "CO3H", ":", "23", ".", "2", "mmol", "/", "l", ",", "EB", ":", "-", "1", ".", "0", "mmol", "/", "l", ".", "Cerebrospinal", "fluid", "(", "CSF", ")", "study", ":", "CSF", "clear", "and", "transparent", ".", "After", "extraction", "of", "15", "ml", "of", "CSF", ",", "a", "pressure", "of", "12", "cm", "H2O", "was", "obtained", ".", "leucocytes", ":", "1", "/", "mm3", ".", "Glucose", ":", "50", "mg", "/", "dl", ".", "Protein", ":", "28", ".", "1", "mg", "/", "dl", ".", "Lactate", ":", "1", ".", "2", "mmol", "/", "l", ".", "-", "Urine", "systemic", ":", "pH", ":", "1", ".", "2", "mmol", "/", "l", ".", "Urine", "systemic", ":", "pH", ":", "5", ".", "5", ",", "Density", ":", "1", ".", "015", ",", "ketone", "bodies", ":", "15", "mg", "/", "dl", ",", "rest", "negative", ".", "Microbiology", ":", "-", "Blood", "culture", ":", "Absence", "of", "growth", "at", "discharge", ".", "-", "CSF", "Gram", "stain", ":", "No", "forms", "compatible", "with", "microorganisms", "were", "observed", ".", "-", "CSF", "culture", ":", "negative", ".", "-", "CSF", "serology", "for", "Mycoplasma", "pneumoniae", ",", "Epstein-Barr", "virus", ",", "Cytomagalovirus", ",", "Herpes", "Simplex", "I", "and", "II", ":", "negative", ".", "Cranial", "CT", ":", "No", "midline", "shift", ".", "Ventricular", "system", "of", "normal", "size", "and", "morphology", ".", "No", "parenchymal", "densitometric", "alterations", "were", "observed", ".", "Brain", "and", "spinal", "MRI", ":", "No", "alterations", ".", "Ophthalmology", "consultation", ":", "fundus", "examination", ",", "under", "mydriasis", ",", "normal", ".", "No", "signs", "of", "papillary", "oedema", "or", "other", "alterations", "were", "observed", "at", "the", "present", "time", ".", "EVOLUTION", "Admission", "for", "observation", "and", "study", "of", "neurological", "symptoms", ",", "The", "fundus", "examination", "was", "normal", ",", "with", "no", "evidence", "of", "papilledema", ".", "After", "performing", "a", "complete", "MRI", "of", "the", "skull", "and", "spine", ",", "a", "lumbar", "puncture", "was", "performed", ",", "finding", "an", "elevated", "pressure", "(", "12", "cm", "H2O", ")", "and", "normal", "cytobiochemical", "and", "microbiological", "tests", ".", "24-48", "hours", "after", "the", "procedure", ",", "there", "was", "a", "notable", "clinical", "improvement", "with", "disappearance", "of", "all", "the", "symptoms", "and", "signs", "reported", "in", "this", "episode", ".", "On", "the", "fourth", "day", "of", "hospitalisation", ",", "he", "began", "with", "abundant", "nasal", "mucus", ".", "Weight", "at", "discharge", ":", "9", ",", "360", "grams", "FINAL", "DIAGNOSIS", "Idiopathic", "intracranial", "hypertension", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "girl", "label": "HUMAN", "start": 2, "end": 6 }, { "text": "paediatrician", "label": "HUMAN", "start": 1481, "end": 1494 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1802, "end": 1809 }, { "text": "Patient", "label": "HUMAN", "start": 2082, "end": 2089 }, { "text": "paediatrician", "label": "HUMAN", "start": 2563, "end": 2576 }, { "text": "paediatrician", "label": "HUMAN", "start": 2644, "end": 2657 }, { "text": "primary care paediatrician", "label": "HUMAN", "start": 2631, "end": 2657 }, { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 2821, "end": 2829 }, { "text": "NB", "label": "HUMAN", "start": 2986, "end": 2988 }, { "text": "NB", "label": "HUMAN", "start": 3005, "end": 3007 }, { "text": "NB", "label": "HUMAN", "start": 3041, "end": 3043 }, { "text": "NB", "label": "HUMAN", "start": 3148, "end": 3150 }, { "text": "NB", "label": "HUMAN", "start": 3178, "end": 3180 }, { "text": "NB", "label": "HUMAN", "start": 3208, "end": 3210 }, { "text": "paediatrician", "label": "HUMAN", "start": 3297, "end": 3310 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 3532, "end": 3538 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 3548, "end": 3554 } ]

[ "Personal", "history", "and", "current", "medical", "history", "This", "is", "a", "58-year-old", "man", "with", "a", "personal", "history", "of", "hypertension", "and", "hyperuricaemia", "with", "gout", "crisis", ".", "Known", "chronic", "renal", "failure", "since", "July", "2012", ".", "L5-S1", "disc", "herniation", ".", "Admitted", "from", "CCEE", "Infectious", "with", "a", "diagnosis", "of", "fever", "of", "unknown", "origin", "of", "prolonged", "duration", ".", "For", "five", "months", "he", "had", "had", "a", "low-grade", "fever", "of", "up", "to", "38oC", ",", "of", "intermittent", "onset", ",", "with", "no", "symptoms", "due", "to", "equipment", ".", "No", "relevant", "epidemiological", "history", "except", "contact", "with", "a", "correctly", "vaccinated", "dog", ".", "On", "the", "day", "of", "admission", ",", "she", "consulted", "again", ",", "reporting", "continued", "fever", "of", "up", "to", "2-3", "days", "per", "week", ",", "with", "mild", "epigastralgia", "and", "some", "isolated", "vomiting", "in", "recent", "days", ",", "so", "it", "was", "decided", "to", "admit", "her", "for", "further", "investigation", ".", "Physical", "examination", "On", "arrival", "he", "was", "in", "good", "general", "condition", ",", "conscious", "and", "oriented", ".", "Good", "hydration", "of", "skin", "and", "mucous", "membranes", ".", "Eupneic", "at", "rest", ",", "blood", "pressure", "125", "/", "68", "mmHg", ".", "No", "palpable", "adenopathy", "or", "goitre", ".", "Cardiac", "auscultation", "was", "rhythmic", ",", "without", "murmurs", "or", "extratonos", ".", "Pulmonary", "murmur", "was", "good", "with", "no", "additional", "pathological", "sounds", ".", "The", "abdomen", "was", "soft", ",", "depressible", ",", "without", "megaliths", ",", "with", "slight", "discomfort", "on", "palpation", "at", "the", "epigastric", "level", ".", "No", "oedema", "in", "the", "lower", "limbs", "or", "signs", "of", "deep", "vein", "thrombosis", ".", "No", "neck", "stiffness", "or", "skin", "lesions", ".", "ENT", "examination", "with", "no", "findings", ".", "Initial", "complementary", "tests", "The", "tests", "performed", "on", "our", "patient", "in", "the", "Infectious", "Diseases", "ward", "were", "as", "follows", ":", "Blood", "count", ":", "haemoglobin", "11", "mg", "/", "dL", ",", "haematocrit", "35", "%", ",", "mean", "corpuscular", "volume", "93", ".", "6", "fL", ",", "leukocytes", "6890", "cells", "/", "mm3", "with", "normal", "differential", "formula", "and", "normal", "platelets", ",", "erythrocyte", "sedimentation", "rate", "59", "mm", "/", "h", ".", "Biochemistry", ":", "creatinine", "1", ".", "23", "mg", "/", "dl", ",", "urea", "53", ".", "3", "mg", "/", "dl", ",", "liver", "function", ",", "pancreatic", "function", ",", "lipid", "profile", "and", "thyroid", "hormones", "within", "normal", "range", ".", "Immunoglobulins", "and", "proteinogram", "normal", ".", "Rheumatoid", "factor", "IgM", ",", "antinuclear", "antibodies", ",", "tumour", "markers", "and", "smear", "negative", ".", "Serial", "blood", "cultures", "and", "faecal", "occult", "blood", "negative", ".", "Rose", "Bengal", ",", "toxoplasma", "serology", ",", "cytomegalovirus", ",", "Epstein-Barr", "virus", ",", "luetic", "serology", ",", "HIV", ",", "atypical", "mycobacteria", ",", "Bartonella", ",", "leishmania", ",", "Legionella", "and", "pneumococcus", "antigenuria", "negative", ".", "As", "for", "imaging", "tests", ",", "an", "ultrasound", "scan", "of", "the", "abdomen", "was", "initially", "performed", ",", "showing", "probable", "hepatic", "steatosis", ",", "simple", "cyst", "(", "18", "*", "15", "mm", ")", "in", "segment", "II", ",", "III", "and", "IV", ".", "Enlarged", "prostate", "with", "calcification", "in", "its", "thickness", "secondary", "to", "previous", "prostatitis", ".", "In", "the", "chest", "/", "abdomen", "CT", "scan", ",", "the", "most", "noteworthy", "finding", "was", "the", "presence", "of", "supracardial", "mediastinal", "adenopathies", "(", "the", "largest", "at", "the", "pretracheal", "and", "retrocaval", "level", "with", "an", "axis", "of", "8", ".", "5", "mm", ",", "other", "smaller", "ones", "at", "the", "prevascular", "level", "and", "at", "the", "level", "of", "the", "aortopulmonary", "window", ".", "Bilateral", "hilar", "adenopathies", "(", "the", "largest", "on", "the", "left", ")", "with", "an", "axis", "of", "1", "cm", "without", "parenchymal", "alteration", ".", "At", "the", "abdominal", "level", "there", "was", "slight", "hepatomegaly", "with", "small", "cystic", "formations", "compatible", "with", "biliary", "cysts", ",", "slight", "splenomegaly", ".", "Small", "retrocrural", ",", "mesenteric", "and", "retroperitoneal", "adenopathies", "of", "insignificant", "size", ".", "Echocardiography", "showed", "no", "evidence", "of", "vegetations", ".", "A", "referral", "was", "made", "to", "haematology", "for", "evaluation", "of", "the", "bone", "marrow", "study", ",", "due", "to", "the", "presence", "of", "generalised", "lymphadenopathies", ",", "but", "this", "was", "not", "carried", "out", "as", "there", "was", "no", "impression", "of", "an", "infiltrative", "process", "due", "to", "the", "peripheral", "blood", "findings", ".", "A", "blood", "test", "was", "requested", "to", "study", "anaemia", ".", "Initial", "evolution", "During", "his", "admission", "to", "the", "ward", "he", "had", "a", "favourable", "evolution", ",", "with", "a", "fever", "peak", "of", "38oC", "on", "only", "one", "occasion", ".", "On", "discharge", ",", "asymptomatic", "and", "afebrile", ",", "referred", "to", "the", "Infectious", "Diseases", "Department", "for", "evolutionary", "control", ",", "pending", "the", "results", "of", "the", "pathological", "anatomy", "of", "the", "biopsy", ",", "scheduling", "the", "study", "according", "to", "the", "findings", ".", "Initial", "clinical", "judgement", "Prolonged", "intermittent", "fever", "with", "no", "focal", "point", "and", "generalised", "lymphadenopathy", "under", "study", ".", "Duodenal", "mucosal", "lesions", "pending", "pathological", "diagnosis", ".", "Differential", "diagnosis", "When", "faced", "with", "a", "patient", "with", "prolonged", "fever", "of", "unknown", "(", "defined", ",", "as", "occasional", "fever", "greater", "than", "38", ".", "3", "°", "C", "for", "three", "weeks", "or", "greater", "than", "37", ".", "5", "°", "C", "consistently", "for", "2", "weeks", "without", "diagnosis", "after", "tests", "have", "been", "performed", "during", "one", "week", "of", "hospitalisation", ")", "we", "have", "to", "take", "into", "account", "four", "groups", "in", "terms", "of", "aetiologies", ":", "-", "Infectious", ":", "abdominal", "and", "pelvic", "abscesses", ",", "biliary", "tract", "infection", ",", "tuberculosis", ",", "endocarditis", ",", "prostatitis", ",", "spondylitis", ",", "osteomyelitis", ",", "dental", "/", "brain", "abscesses", ",", "cytomegalovirus", "infections", ",", "Epstein-Barr", "virus", ",", "Whipple", "'", "s", "disease", ",", "brucellosis", ",", "Q", "fever", ",", "murine", "typhus", ",", "yersinia", "infection", ",", "chlamydia", ",", "mycoplasma", ",", "legionella", ",", "leptospirosis", ",", "borreliosis", ",", "malaria", ",", "visceral", "leishmaniasis", ".", ".", ".", "-", "Neoplasms", ":", "atrial", "myxoma", ",", "colon", "carcinoma", ",", "Kaposi", "'", "s", "sarcoma", ",", "lung", "carcinoma", ",", "multiple", "myeloma", ",", "sarcoma", ",", "lymphomas", ",", "liver", "tumours", ",", "pancreatic", "carcinoma", ",", "hypernephroma", ",", "disseminated", "carcinomatosis", ",", "metastasis", ",", "lymphomatoid", "granulomatosis", ".", ".", ".", ".", "Systemic", "disease", ":", "large", "cell", "arteritis", ",", "Still", "'", "s", "disease", ",", "drug", "hypersensitivity", "vasculitis", ",", "panarteritis", "nodosa", ",", "systemic", "lupus", ",", "mixed", "connective", "tissue", "disease", ",", "ankylosing", "spondylitis", ",", "Takayasu", "'", "s", "arteritis", ",", "Behçet", "'", "s", "disease", ",", "Wegener", "'", "s", "granulomatosis", ".", ".", ".", "-", "Miscellaneous", ":", "Sarcoidosis", ",", "idiopathic", "granulomatous", "hepatitis", ",", "inflammatory", "bowel", "disease", ",", "familial", "Mediterranean", "fever", ",", "drugs", ",", "acute", "alcoholic", "hepatitis", ",", "thyroiditis", "/", "hyperthyroidism", ",", "occult", "haematomas", ",", "hypersensitivity", "pneumonitis", ",", "Kikuchi", "disease", ",", "Castleman", "'", "s", "disease", ",", "hypertriglyceridaemia", ",", "Fabry", "and", "Gaucher", "disease", ",", "central", "hyperthermia", ",", "factitious", "and", "self-induced", "fever", ",", "circadian", "rhythm", "disorders", ".", ".", ".", "In", "our", "case", ",", "different", "aetiologies", "were", "ruled", "out", ",", "based", "on", "the", "patient", "'", "s", "history", ",", "clinical", "manifestations", "by", "organs", "and", "apparatus", ",", "and", "according", "to", "the", "results", "obtained", "from", "both", "laboratory", "and", "imaging", "techniques", ".", "Final", "diagnostic", "test", "Upper", "endoscopy", ":", "stomach", ",", "pylorus", "and", "bulb", "within", "normal", "limits", ".", "Moderate", "oedema", "with", "multiple", "whitish", "rice-grain", "deposits", "in", "the", "second", "duodenal", "portion", ".", "A", "biopsy", "was", "taken", ".", "Final", "diagnosis", "Given", "the", "results", "of", "the", "duodenal", "biopsy", ",", "we", "can", "conclude", "that", "we", "are", "dealing", "with", "a", "case", "of", "Whipple", "'", "s", "disease", ".", "Final", "evolution", "Once", "the", "anatomical", "pathology", "results", "were", "conclusive", ",", "the", "patient", "was", "informed", "and", "admission", "was", "decided", "to", "start", "intravenous", "treatment", "with", "Ceftriaxone", "(", "2", "g", "iv", "/", "day", ")", "for", "2", "weeks", ",", "followed", "by", "oral", "treatment", "with", "Trimetropin-Sulfamethoxazole", "(", "160", "/", "800", "mg", "2", "tablets", "/", "12", "hours", ")", ".", "The", "patient", "has", "been", "reviewed", "in", "consultation", ",", "being", "the", "last", "one", "in", "April", "2013", "(", "after", "14", "months", "of", "treatment", ")", "finding", "the", "patient", "asymptomatic", "and", "remission", "of", "fever", ",", "it", "is", "decided", "to", "end", "antibiotic", "treatment", ",", "it", "is", "planned", "to", "carry", "out", "a", "control", "Upper", "Digestive", "Endoscopy", "in", "July", "2013", "." ]

[ 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 8 }, { "text": "dog", "label": "SPECIES", "start": 510, "end": 513 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 78, "end": 86 }, { "text": "vaccinated", "label": "SPECIES", "start": 499, "end": 509 }, { "text": "Bartonella", "label": "SPECIES", "start": 2095, "end": 2105 }, { "text": "Legionella", "label": "SPECIES", "start": 2119, "end": 2129 }, { "text": "pneumococcus", "label": "SPECIES", "start": 2134, "end": 2146 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2067, "end": 2070 }, { "text": "cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 2013, "end": 2028 }, { "text": "leishmania", "label": "SPECIES", "start": 2107, "end": 2117 }, { "text": "luetic", "label": "SPECIES", "start": 2050, "end": 2056 }, { "text": "atypical mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 2072, "end": 2093 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1390, "end": 1397 }, { "text": "toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 1992, "end": 2002 }, { "text": "Epstein-Barr virus", "label": "SPECIES", "start": 2030, "end": 2048 }, { "text": "mycoplasma", "label": "SPECIES", "start": 4567, "end": 4577 }, { "text": "Epstein-Barr virus", "label": "SPECIES", "start": 4460, "end": 4478 }, { "text": "yersinia", "label": "SPECIES", "start": 4536, "end": 4544 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5626, "end": 5633 }, { "text": "rice", "label": "SPECIES", "start": 5903, "end": 5907 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6180, "end": 6187 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6399, "end": 6406 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6518, "end": 6525 } ]

[ "A", "30-year-old", "man", ",", "who", "one", "month", "before", "his", "admission", "presented", "with", "cough", ",", "headache", "and", "progressive", "dyspnoea", "on", "exertion", ".", "Two", "weeks", "later", ",", "the", "patient", "presented", "with", "mucopurulent", "expectoration", "and", "fever", "of", "38oC", ".", "He", "consulted", "his", "doctor", "who", "prescribed", "treatment", "with", "amoxicillin", "and", "later", "moxifloxacin", "and", "tiotropium", "bromide", ".", "He", "consulted", "the", "emergency", "department", "for", "dyspnoea", "at", "rest", ",", "severe", "retrosternal", "pain", "and", "palpitations", ".", "He", "was", "a", "non-smoker", "and", "had", "a", "history", "of", "bronchial", "asthma", ",", "which", "he", "treated", "with", "inhaled", "salbutamol", ".", "On", "physical", "examination", "he", "presented", "with", "A", ".", "T", ".", ":", "110", "/", "70", "mmHg", ",", "37", ".", "5o", "C", ",", "he", "was", "conscious", ",", "tachypnoeic", ",", "sweating", ",", "with", "no", "jugular", "engorgement", ".", "Pulmonary", "auscultation", "showed", "diffuse", "bilateral", "crackles", "and", "cardiac", "auscultation", "showed", "rhythmic", ",", "rapid", "tones", "without", "murmurs", "or", "extratonos", ".", "The", "abdomen", "was", "soft", "and", "depressible", "with", "no", "organomegaly", ".", "There", "was", "no", "oedema", "in", "the", "extremities", "and", "peripheral", "pulses", "were", "preserved", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "18", ",", "500", "leukocytes", "with", "left", "shift", ",", "haemoglobin", "16", ".", "3", "grams", "/", "dl", ",", "474", ",", "000", "platelets", ",", "prothrombin", "activity", "73", "%", ".", "D-dimer", "920", "mg", "/", "dl", ".", "Baseline", "arterial", "blood", "gases", ":", "pH", "7", ".", "53", ",", "pO2", "47", "mmHg", ",", "pCO2", "23", "mmHg", ",", "CO3H", "19", ".", "2", "mmol", "/", "l", ".", "Normal", "biochemistry", "including", "troponin", "and", "CPK", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "severe", "cardiomegaly", "and", "a", "bilateral", "interstitial", "pattern", ".", "In", "view", "of", "these", "findings", ",", "a", "transthoracic", "echocardiogram", "was", "performed", "showing", "severe", "pericardial", "effusion", ",", "with", "no", "evidence", "of", "tamponade", "and", "a", "left", "ventricle", "of", "normal", "dimensions", ".", "Admission", "to", "the", "intensive", "care", "unit", ",", "with", "treatment", "with", "furosemide", ",", "levofloxacin", ",", "acetylsalicylic", "acid", "and", "non-invasive", "mechanical", "ventilation", ".", "A", "new", "echocardiogram", "showed", "signs", "of", "tamponade", ",", "so", "a", "pericardiocentesis", "was", "performed", ",", "obtaining", "one", "litre", "of", "serohaematic", "fluid", ",", "with", "the", "following", "biochemical", "characteristics", ":", "LDH", "2353", "U", "/", "l", ",", "protein", "5", ".", "3", "gr", ",", "9855", "cells", "with", "98", "%", "polymorphonuclear", ".", "Seven", "days", "later", ",", "he", "was", "transferred", "to", "the", "Internal", "Medicine", "Department", "where", "the", "study", "to", "determine", "the", "aetiology", "of", "the", "pericardial", "effusion", "and", "the", "interstitial", "pattern", "was", "initiated", ",", "and", "the", "following", "tests", "were", "performed", ":", "antinuclear", "antibodies", ",", "rheumatoid", "factor", ",", "Mantoux", ",", "negative", ".", "The", "thyroid", "profile", "was", "normal", ".", "Pericardial", "fluid", "culture", "was", "negative", ",", "as", "were", "three", "blood", "cultures", ".", "Pathological", "anatomy", "of", "the", "pericardial", "fluid", "was", "reported", "as", "intense", "acute", "inflammation", "and", "clusters", "of", "mesothelial", "cells", "with", "reactive-looking", "atypia", ",", "being", "negative", "for", "malignant", "cells", ".", "Carcinoembryonic", "antigen", "(", "CEA", ")", "was", "found", "to", "be", "elevated", "21", ".", "53", "ng", "/", "ml", ".", "In", "addition", ",", "serologies", "for", "human", "immunodeficiency", "virus", ",", "Mycoplasma", "pneumoniae", ",", "cytomegalovirus", ",", "Epstein", "Barr", "and", "Chlamydia", "pneumoniae", "were", "negative", "except", "for", "IgM", "to", "cytomegalovirus", "which", "was", "positive", ".", "A", "chest", "CT", "scan", "showed", "two", "pathologically", "sized", "mediastinal", "adenopathies", "of", "pretracheal", "location", "measuring", "approximately", "19", "x", "15", "mm", "and", "18", "x", "17", "mm", "respectively", ",", "and", "a", "slightly", "larger", "bilateral", "pleural", "effusion", "on", "the", "right", "side", ".", "A", "pulmonary", "window", "showed", "bilateral", "and", "diffuse", "alterations", "of", "the", "lung", "parenchyma", "with", "an", "interstitial", "pattern", "of", "nodular", "septal", "reticulum", "and", "lobular", "centre", "with", "areas", "of", "patchy", "alveolar", "condensation", "predominantly", "distributed", "in", "the", "apical", "segment", "of", "the", "lower", "lobes", "and", "both", "upper", "lobes", ".", "Bronchoscopy", "was", "performed", ",", "observing", "upper", "airways", ",", "vocal", "cords", "and", "trachea", "without", "alterations", ",", "there", "was", "a", "widening", "in", "the", "subcarinal", "area", ".", "The", "bronchial", "tree", "showed", "no", "alterations", ".", "Bronchoalveolar", "lavage", "was", "performed", "in", "the", "apical", "segment", "of", "the", "culmen", ",", "but", "the", "examination", "had", "to", "be", "suspended", "due", "to", "poor", "tolerance", ",", "and", "neither", "puncture", "of", "the", "adenopathies", "nor", "transbronchial", "biopsy", "could", "be", "performed", ".", "The", "pathological", "anatomy", "of", "the", "lavage", "revealed", "abundant", "macrophages", "and", "epithelial", "groups", "with", "reactive", "atypia", ",", "compatible", "with", "type", "II", "pneumocyte", "hyperplasia", ",", "secondary", "to", "acute", "lung", "damage", ".", "It", "was", "thought", "that", "he", "might", "have", "diffuse", "interstitial", "lung", "disease", "(", "DIDD", ")", "due", "to", "the", "anatomopathological", ",", "clinical", "and", "radiological", "features", ".", "The", "first", "possibility", "was", "eosinophilic", "pneumonia", "due", "to", "the", "presence", "of", "eosinophilia", "in", "peripheral", "blood", ",", "and", "treatment", "was", "started", "with", "prednisone", "1", "mg", "/", "kg", "body", "weight", ",", "with", "favourable", "evolution", ",", "and", "the", "patient", "was", "discharged", "25", "days", "after", "admission", ",", "without", "fever", "or", "dyspnoea", ".", "Seven", "days", "later", ",", "he", "presented", "again", "with", "a", "cough", "with", "mucous", "expectoration", "and", "later", "haemoptysis", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "no", "changes", ",", "so", "a", "chest", "CT", "scan", "was", "performed", ",", "which", "revealed", "a", "ground", "glass", "pattern", "and", "a", "moderate", "bilateral", "pleural", "effusion", ".", "It", "was", "decided", "to", "perform", "a", "lung", "biopsy", "to", "obtain", "the", "diagnosis", ".", "The", "report", "was", "diffuse", "lymphatic", "permeation", "(", "following", "a", "nodular", "interstitial", "pattern", ")", "by", "a", "well-differentiated", "acinar-papillary", "adenocarcinoma", "with", "abundant", "psammoma", "bodies", ".", "Cells", "with", "malignant", "cytological", "features", "compatible", "with", "adenocarcinoma", "were", "observed", "in", "the", "pleural", "fluid", ".", "Histochemical", "tests", "confirmed", "the", "pulmonary", "origin", "of", "the", "adenocarcinoma", ".", "She", "is", "currently", "undergoing", "chemotherapy", "with", "the", "combination", "of", "cisplatin", "and", "gemcitabine", ".", "Two", "cycles", "have", "been", "administered", "so", "far", ",", "so", "we", "do", "not", "yet", "have", "data", "on", "the", "possible", "response", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 144, "end": 151 }, { "text": "doctor", "label": "HUMAN", "start": 230, "end": 236 }, { "text": "human immunodeficiency virus", "label": "SPECIES", "start": 2561, "end": 2589 }, { "text": "Mycoplasma pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 2591, "end": 2612 }, { "text": "cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 2614, "end": 2629 }, { "text": "cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 2701, "end": 2716 }, { "text": "Epstein Barr", "label": "SPECIES", "start": 2631, "end": 2643 }, { "text": "Chlamydia pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 2648, "end": 2668 }, { "text": "tree", "label": "SPECIES", "start": 3415, "end": 3419 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4207, "end": 4214 } ]

[ "We", "present", "the", "case", "of", "a", "73-year-old", "male", "patient", "with", "AP", "of", "high-grade", "stage", "1", "bladder", "carcinoma", "treated", "with", "intravesical", "instillations", "of", "bacillus", "Calmette-Guérin", "(", "BCG", ")", ".", "The", "patient", "had", "received", "the", "last", "dose", "2", "weeks", "prior", "to", "admission", ".", "He", "had", "presented", "fever", "and", "chills", "for", "4", "days", "and", "was", "treated", "empirically", "with", "ciprofloxacin", "without", "improvement", ".", "The", "patient", "had", "a", "temperature", "of", "38", ".", "2oC", ",", "BP", "132", "/", "78", "mmHg", ",", "HR68", ",", "baseline", "spO2", "97", "%", ".", "Physical", "examination", "showed", "slight", "positive", "right", "renal", "percussion", "fist", "percussion", "with", "no", "other", "relevant", "findings", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "a", "slight", "leukocytosis", "(", "13800", "leukocytes", ")", "with", "neutrophilia", "of", "81", "%", ".", "He", "had", "mild", "normochromic", "normochromic", "anaemia", ",", "creatinine", "1", ".", "3", "mg", "/", "dl", ",", "LDH", "450U", "/", "l", ",", "CRP", "10", "and", "other", "biochemical", "parameters", "were", "normal", ".", "Urinalysis", "revealed", "slight", "leukocyturia", "with", "negative", "nitrites", "and", "slight", "microscopic", "haematuria", ".", "Urine", "and", "blood", "cultures", "were", "negative", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "no", "parenchymal", "abnormalities", ".", "Empirical", "treatment", "with", "amoxicillin", "/", "clavulanic", "acid", "was", "started", "and", "the", "patient", "maintained", "fever", "peaks", ".", "After", "5", "days", ",", "blood", "and", "urine", "tests", "were", "repeated", "and", "the", "CRP", "remained", "elevated", ",", "but", "leukocytes", "were", "normal", ".", "Microscopic", "haematuria", "persisted", "in", "the", "urine", "with", "disappearance", "of", "leucocyturia", ".", "Blood", "and", "urine", "cultures", "were", "again", "negative", ".", "Renal", "ultrasound", "showed", "kidneys", "with", "globose", "parenchyma", "with", "no", "evidence", "of", "lithiasis", ",", "hydronephrosis", "or", "space-occupying", "lesions", ".", "In", "view", "of", "these", "findings", ",", "an", "abdominopelvic", "CT", "scan", "was", "performed", ",", "which", "revealed", "multiple", "hypodense", "areas", "in", "the", "right", "kidney", "of", "dubious", "origin", "(", "infectious", ",", "ischaemic", ",", "neoplastic", ")", ",", "and", "the", "radiologist", "recommended", "an", "MRI", "scan", "to", "complete", "the", "study", ".", "The", "MRI", "of", "the", "abdomen", "(", "Figure", "1", ")", "shows", "a", "globose", "right", "kidney", "with", "oedema", "involving", "the", "perirenal", "fat", "and", "Gerota", "'", "s", "fascia", ",", "with", "multiple", "areas", "of", "heterogeneous", "enhancement", "of", "the", "renal", "parenchyma", ",", "with", "diffusion", "restriction", ",", "aspects", "that", "correspond", "to", "multiple", "areas", "of", "pyelonephritis", ".", "Given", "these", "findings", ",", "treatment", "was", "started", "with", "piperacillin", "/", "tazobactam", "at", "a", "dose", "of", "4", ".", "5", "g", "every", "8", "hours", "and", "a", "new", "urine", "analysis", "was", "requested", "with", "Ziehlg-Neelsen", "staining", ",", "Löwensteing-Jensen", "culture", "and", "conventional", "culture", ",", "which", "were", "again", "negative", ".", "On", "the", "5th", "day", "of", "treatment", "and", "due", "to", "the", "lack", "of", "clinical", "and", "analytical", "response", ",", "blood", "and", "urine", "samples", "were", "sent", "to", "the", "laboratory", "of", "the", "Ricardo", "Jorge", "Institute", "in", "Lisbon", "to", "perform", "the", "in-house", "PCR", "technique", ".", "The", "DNA", "of", "M", ".", "tuberculosis", "bovis", "by", "PCR", "was", "positive", "in", "blood", "and", "urine", ".", "Treatment", "was", "started", "with", "isoniazid", "(", "300mg", "per", "day", ")", ",", "rifampicin", "(", "600mg", "per", "day", ")", ",", "pyrazinamide", "(", "1200mg", "per", "day", ")", "and", "streptomycin", "(", "1", "day", ")", ".", "On", "the", "5th", "day", "the", "fever", "disappeared", "and", "after", "3", "weeks", "the", "CRP", "normalised", ".", "One", "month", "later", "the", "patient", "is", "asymptomatic", "and", "the", "pathological", "images", "have", "disappeared", "in", "the", "MRI", "examination", ".", "Differential", "Diagnosis", "In", "our", "case", ",", "the", "differential", "diagnosis", "was", "posed", "with", "a", "metastatic", "neoplastic", "process", "secondary", "to", "his", "underlying", "disease", ",", "a", "renal", "infarction", "and", "an", "infectious", "process", "secondary", "to", "treatment", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "BCG", "label": "SPECIES", "start": 167, "end": 170 }, { "text": "M.tuberculosis bovis", "label": "SPECIES", "start": 2455, "end": 2475 }, { "text": "bacillus Calmette-Guérin", "label": "SPECIES", "start": 141, "end": 165 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 37, "end": 41 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 42, "end": 49 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 177, "end": 184 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 357, "end": 364 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1036, "end": 1043 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2749, "end": 2756 }, { "text": "radiologist", "label": "HUMAN", "start": 1626, "end": 1637 } ]

[ "Anamnesis", "Male", "child", "aged", "8", "years", ",", "with", "no", "drug", "allergies", ",", "no", "personal", "history", "or", "surgical", "interventions", "of", "interest", ",", "except", "for", "recurrent", "wheezing", "in", "early", "childhood", ".", "He", "has", "no", "family", "history", "of", "oncological", "disease", ".", "He", "is", "an", "only", "child", ",", "both", "parents", "are", "healthy", "and", "live", "with", "a", "dog", ".", "He", "does", "not", "take", "medication", "regularly", ".", "In", "August", "2016", ",", "the", "child", "suffered", "a", "minor", "trauma", "to", "the", "dorsolumbar", "area", ".", "Since", "then", ",", "he", "has", "had", "localised", "pain", "in", "the", "lumbosacral", "region", "which", ",", "two", "months", "later", ",", "radiates", "to", "the", "left", "leg", ",", "increases", "with", "sitting", "and", "limits", "flexion", "of", "the", "axial", "skeleton", ".", "She", "also", "associated", "pain", "in", "the", "scapula", "and", "right", "subcostal", "area", ",", "as", "well", "as", "unquantified", "weight", "loss", ",", "hyporexia", "and", "asthenia", ".", "In", "October", "2016", ",", "the", "patient", "had", "harder", "stools", "with", "mucous", "content", "and", "strands", "of", "red", "blood", ".", "She", "had", "no", "fever", "or", "consumption", "of", "unpasteurised", "products", "throughout", "the", "process", ",", "as", "well", "as", "other", "symptoms", "due", "to", "equipment", ".", "The", "outpatient", "paediatrics", "department", "requested", "an", "MRI", "of", "the", "lumbosacral", "spine", "on", "06", "/", "10", "/", "16", ",", "which", "showed", "generalised", "infiltration", "of", "the", "bone", "marrow", "in", "the", "axial", "and", "appendicular", "skeleton", ",", "and", "an", "anterior", "epidural", "soft", "tissue", "mass", "in", "relation", "to", "L3-L5", "and", "T12", ",", "as", "well", "as", "an", "anterolateral", "thecal", "sac", "imprint", "in", "T3", ",", "without", "significant", "involvement", "of", "the", "spinal", "canal", ";", "bone", "scan", "(", "GGO", ")", "on", "14", "/", "10", "/", "16", "showing", "involvement", "of", "the", "axial", "skeleton", ",", "pelvis", ",", "scapulae", "and", "rib", "cage", ";", "and", "bone", "marrow", "biopsy", "and", "aspirate", "(", "AMO", "/", "BMO", ")", "on", "10", "/", "10", "/", "16", "confirming", "invasion", "by", "cells", "of", "non-hematopoietic", "origin", ",", "with", "predominant", "signet", "ring", "cellularity", "and", "positivity", "for", "CDX2", "(", "gastrointestinal", "tract", ")", "EMA", "+", ",", "pancytokeratin", "+", ",", "S100", "+", ",", "enolase", "and", "vimentin", "negative", ".", "Given", "the", "surprising", "finding", "of", "suspicion", "of", "digestive", "neoplasia", "with", "the", "tests", "performed", ",", "the", "patient", "was", "referred", "to", "the", "Paediatric", "Oncology", "service", "to", "complete", "the", "study", ".", "Physical", "examination", "Weight", ":", "26", "kg", ",", "height", ":", "126", "cm", ".", "Pale", "skin", "and", "mucous", "membranes", ".", "No", "adenopathies", ".", "Sweaty", ".", "Cardiopulmonary", "auscultation", "normal", ".", "Abdomen", "soft", ",", "not", "painful", "on", "palpation", ",", "no", "masses", "or", "megaliths", ".", "Pain", "in", "the", "right", "sacroiliac", "joint", "and", "on", "rotation", "of", "the", "left", "hip", ".", "Limitation", "of", "flexion", "at", "lumbar", "level", ".", "Intense", "pain", "on", "getting", "off", "the", "stretcher", ".", "Wrapped", "posture", "with", "impossibility", "of", "standing", "upright", ",", "weakness", "of", "the", "lower", "limbs", "and", "severe", "pain", "when", "standing", "upright", ".", "Complementary", "tests", "After", "the", "visit", "to", "the", "Paediatric", "Oncology", "Department", ",", "the", "following", "tests", "were", "obtained", ":", "\"", "Blood", "tests", "(", "16", "/", "10", "/", "16", ")", ":", "biochemistry", ",", "haemogram", "and", "coagulation", "without", "relevant", "alterations", ".", "\"", "Proteinogram", ":", "normal", ".", "Iron", "metabolism", ":", "ferritin", "1", ",", "416", "μg", "/", "l", "(", "30-400", ")", ",", "the", "rest", "normal", ".", "\"", "Upper", "endoscopy", "(", "19", "/", "10", "/", "16", ")", ":", "oesophagus", ",", "stomach", "and", "duodenum", "normal", ".", "\"", "Colonoscopy", "(", "19", "/", "10", "/", "16", ")", ":", "ulcerated", "mass", "about", "3", "cm", "long", "from", "2", "cm", "anal", "margin", "to", "5", "cm", "in", "right", "rectal", "margin", "biopsied", "with", "well-defined", "limits", ".", "Rest", "of", "colon", "in", "ileum", "without", "lesions", ".", "\"", "Pathology", "of", "rectal", "biopsy", "(", "19", "/", "10", "/", "16", ")", ":", "adenocarcinoma", "of", "the", "colon-rectum", "with", "signet", "ring", "cells", "with", "apparent", "loss", "of", "PMS2", "expression", "and", "microsatellite", "stability", ".", "Mutation", "in", "exon", "4", "of", "the", "KRAS", "gene", "(", "25", "/", "11", "/", "16", ")", ".", "\"", "Chest", "CT", "scan", "(", "21", "/", "10", "/", "16", ")", ":", "left", "pleural", "effusion", "without", "evacuation", "criteria", "with", "pleural", "implant", "at", "the", "level", "of", "the", "4th", "rib", "of", "10", "mm", ",", "metastases", "in", "ribs", "already", "evidenced", "in", "scintigraphy", ".", "No", "parenchymal", "lung", "metastases", ".", "\"", "Abdominopelvic", "MRI", "(", "24", "/", "10", "/", "16", ")", ":", "tumour", "in", "the", "lower", "and", "middle", "rectum", "15", "mm", "from", "the", "anal", "margin", "in", "contact", "with", "the", "internal", "anal", "sphincter", ",", "of", "annular", ",", "eccentric", "and", "ulcerated", "morphology", ",", "affecting", "the", "right", "wall", "with", "extramural", "extension", "and", "infiltrating", "the", "mesorectal", "and", "vascular", "fascia", ",", "reaching", "a", "length", "of", "50", "mm", ".", "It", "is", "accompanied", "by", "multiple", "adenopathies", "mesorectal", "chains", "(", "5", "mm", ")", "and", "bilateral", "internal", "iliac", "(", "9", "mm", ")", ".", "Heterogeneity", "of", "the", "bone", "marrow", "suggestive", "of", "bone", "metastatic", "dissemination", "and", "small", "amount", "of", "free", "peritoneal", "fluid", "(", "T3dN2M1", ")", ".", "Diagnosis", "KRAS", "signet", "ring", "cell", "adenocarcinoma", "of", "the", "rectum", "(", "exon", "4", ")", ",", "stage", "IV", "with", "lymph", "node", ",", "bone", ",", "pleural", "and", "bone", "marrow", "involvement", ".", "Spinal", "cord", "compression", "syndrome", "in", "this", "context", ",", "with", "associated", "neuropathic", "pain", ".", "Treatment", "After", "confirming", "the", "existence", "of", "metastatic", "rectal", "adenocarcinoma", ",", "treatment", "with", "chemotherapy", "(", "QT", ")", "was", "initiated", "on", "21", "/", "10", "/", "2017", "according", "to", "FOLFOXIRI", "scheme", "(", "folinic", "acid", ",", "5-FU", ",", "oxaliplatin", "and", "irinotecan", ")", "+", "biweekly", "bevacizumab", ",", "receiving", "a", "total", "of", "12", "cycles", "until", "30", "/", "03", "/", "17", ",", "with", "good", "tolerance", ",", "obtaining", "in", "abdominopelvic", "CT", "(", "03", "/", "04", "/", "17", ")", "partial", "response", "of", "the", "disease", "at", "local", "and", "lymph", "node", "level", "according", "to", "RECIST", "1", ".", "1", ",", "with", "absence", "of", "disease", "in", "bone", "marrow", "confirmed", "by", "AMO", "/", "BMO", "(", "09", "/", "01", "/", "17", ")", ",", "normalisation", "of", "tumour", "markers", "(", "CEA", "64", ".", "3", "ng", "/", "ml", "on", "09", "/", "01", "/", "17", "to", "5", ".", "9", "ng", "/", "ml", "on", "10", "/", "04", "/", "17", ")", ",", "ambulation", "without", "support", "or", "corticoids", "after", "the", "third", "cycle", "and", "cessation", "of", "rectorrhagia", ",", "but", "with", "progression", "of", "bone", "metastases", ".", "In", "terms", "of", "toxicity", ",", "only", "G1", "diarrhoea", "and", "neurotoxicity", "in", "fingertips", "G1", "should", "be", "highlighted", ".", "Evolution", "Given", "the", "persistence", "of", "bone", "metastatic", "disease", "and", "the", "probable", "toxicity", "in", "the", "case", "of", "treatment", "with", "RT", ",", "continuation", "with", "QT", "based", "on", "FOLF", "(", "folinic", "acid", ",", "5-FU", ")", "+", "biweekly", "bevacizumab", "was", "determined", ",", "starting", "on", "10", "/", "04", "/", "17", ",", "receiving", "6", "cycles", "to", "date", "with", "excellent", "tolerance", ";", "and", "extension", "of", "the", "PMS2", "study", "to", "assess", "subsequent", "treatment", "with", "pembrolizumab", "on", "an", "experimental", "basis", "." ]

[ 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 178, "end": 184 }, { "text": "child", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 20 }, { "text": "child", "label": "HUMAN", "start": 231, "end": 236 }, { "text": "childhood", "label": "HUMAN", "start": 157, "end": 166 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 243, "end": 250 }, { "text": "dog", "label": "SPECIES", "start": 279, "end": 282 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 62, "end": 70 }, { "text": "Male child", "label": "HUMAN", "start": 10, "end": 20 }, { "text": "child", "label": "HUMAN", "start": 343, "end": 348 } ]

[ "A", "patient", "in", "his", "fifties", "with", "no", "personal", "history", "went", "to", "his", "GP", "in", "the", "Marseille", "area", "on", "6", "March", "2020", ",", "reporting", "fever", ",", "headache", "and", "cough", "with", "an", "evolution", "since", "29", "February", ".", "His", "company", "(", "company", "X", ")", "had", "sent", "him", "to", "the", "Central", "African", "Republic", "from", "13", "to", "25", "February", ",", "where", "he", "gave", "several", "management", "lectures", "over", "6", "days", "to", "an", "audience", "of", "about", "30", "resource", "managers", "from", "various", "ministries", "in", "the", "Central", "African", "Republic", ".", "Because", "of", "persistent", "fever", "and", "cough", "after", "9", "days", "of", "onset", "of", "symptoms", ",", "he", "was", "referred", "to", "the", "emergency", "department", "of", "a", "local", "hospital", "on", "9", "March", ".", "On", "examination", ",", "he", "presented", "with", "fever", "(", "40", "°", "C", ")", "and", "dyspnoea", "with", "an", "oxygen", "saturation", "of", "91", "%", "on", "room", "air", ".", "Pulmonary", "auscultation", "revealed", "bilateral", "basal", "crackles", ".", "Malaria", "was", "ruled", "out", "by", "microscopic", "observation", "of", "blood", "smears", ",", "as", "well", "as", "influenza", "by", "PCR", "of", "nasopharyngeal", "smear", ".", "The", "C-reactive", "protein", "value", "was", "103", "mg", "/", "L", "and", "the", "leucocyte", "count", "8", ".", "8", "Giga", "/", "L", ".", "A", "pharyngeal", "swab", "was", "tested", "for", "SARS-CoV-2", "by", "RT-PCR", "as", "described", "above", "and", "the", "result", "was", "positive", ".", "The", "patient", "was", "immediately", "transferred", "to", "our", "centre", "(", "IHU", "Méditerranée", "Infection", ")", "for", "hospitalisation", "in", "a", "highly", "contagious", "ward", ".", "A", "thoracic", "CT", "scan", "showed", "bilateral", "interstitial", "pulmonary", "infiltrates", ".", "Progressive", "worsening", "forced", "his", "temporary", "transfer", "to", "an", "intensive", "care", "unit", "for", "five", "days", ";", "he", "subsequently", "returned", "to", "our", "ward", ",", "where", "he", "remains", "hospitalised", "at", "the", "time", "of", "writing", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2, "end": 9 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1042, "end": 1049 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 33, "end": 41 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 969, "end": 979 }, { "text": "resource managers", "label": "HUMAN", "start": 351, "end": 368 } ]

[ "Anamnesis", "Family", "history", ":", "maternal", "uncle", "died", "of", "prostate", "cancer", "at", "over", "70", "years", "of", "age", "and", "another", "of", "pharyngeal", "neoplasia", ".", "Paternal", "uncle", "died", "of", "lung", "cancer", ".", "Personal", "history", ":", "no", "known", "drug", "allergies", ".", "Ex-smoker", "for", "20", "years", "(", "20", "packs", "/", "year", ")", ".", "Diabetes", "mellitus", "type", "II", "since", "2004", ",", "insulin-dependent", "for", "3", "years", ".", "Hypercholesterolemia", ".", "Worker", "in", "a", "winery", ".", "Denies", "drug", "use", ".", "Usual", "treatment", ":", "simvastatin", "20", "mg", ",", "omeprazole", "20", "mg", ",", "naproxen", "if", "in", "pain", ",", "cinitapride", "10", "mg", "before", "meals", ".", "His", "oncological", "history", "began", "on", "03", "/", "12", "/", "16", ",", "when", "the", "patient", "attended", "the", "emergency", "department", "with", "fever", "of", "up", "to", "38", ".", "5oC", ",", "weight", "loss", "of", "7", "kg", "in", "the", "last", "month", ",", "dysphagia", "for", "solids", "and", "liquids", ",", "with", "a", "feeling", "of", "early", "gastric", "fullness", ",", "intense", "asthenia", "and", "hypogastric", "abdominal", "pain", ".", "Ultrasound", "and", "urgent", "abdominal", "CT", "scan", "with", "contrast", "showed", "a", "central", "abdominal", "tumour", "measuring", "17", ".", "2", "x", "7", ".", "7", "x", "7", ".", "5", "cm", ",", "with", "a", "large", "hydro-aerial", "component", ",", "marked", "and", "irregular", "mural", "thickening", ",", "in", "contact", "with", "small", "bowel", "loops", ",", "probably", "related", "to", "complicated", "GIST", ".", "It", "was", "decided", "to", "perform", "an", "urgent", "exploratory", "laparotomy", "due", "to", "suspicion", "of", "intestinal", "perforation", ",", "which", "revealed", "a", "central", "abdominal", "cloaca", ",", "and", "resection", "of", "the", "tumour", "with", "several", "intestinal", "loops", "and", "mechanical", "laterolateral", "anastomosis", "was", "performed", ".", "Suboptimal", "surgery", "due", "to", "affected", "edges", ".", "The", "anatomopathological", "report", "showed", "findings", "compatible", "with", "mesenteric", "fibromatosis", "of", "the", "desmoid", "type", ",", "with", "positive", "immunohistochemical", "study", "for", "smooth", "muscle", "actin", "and", "beta-catenin", ";", "and", "negative", "for", "desmin", ",", "CD34", ",", "S100", ",", "CD117", "(", "C-KIT", ")", "and", "DOG1", ".", "First", "assessed", "in", "medical", "oncology", "consultations", "on", "16", "/", "01", "/", "2017", ",", "close", "follow-up", "with", "radiological", "control", "in", "4", "months", "was", "decided", ",", "as", "well", "as", "colonoscopy", "due", "to", "the", "known", "association", "of", "desmoid", "tumours", "and", "familial", "adenomatous", "polyposis", "(", "FAP", ")", ".", "One", "month", "after", "the", "operation", ",", "the", "patient", "attended", "the", "emergency", "department", "for", "pain", "in", "the", "right", "renal", "fossa", "with", "irradiation", ",", "and", "an", "abdominal", "CT", "scan", "showed", "moderate", "right", "ureterohydronephrosis", "and", "multiple", "peritoneal", "implants", ",", "compatible", "with", "tumour", "recurrence", ".", "Urology", "and", "surgery", "ruled", "out", "further", "surgery", ",", "so", "he", "was", "admitted", "to", "oncology", "to", "complete", "the", "study", "and", "a", "right", "percutaneous", "nephrostomy", "was", "performed", "without", "complications", ".", "Prior", "to", "discharge", ",", "colonoscopy", "was", "performed", "and", "FAP", "was", "ruled", "out", ".", "Given", "the", "clinical-pathological", "discordance", "(", "tumour", "necrosis", ",", "peritoneal", "implants", ",", "clinical", "evolution", ",", "etc", ".", ")", ",", "a", "new", "histological", "review", "was", "requested", "at", "a", "reference", "centre", "for", "soft", "tissue", "tumours", ",", "resulting", "in", "a", "diagnosis", "of", "diffuse", "large", "cell", "B", "lymphoma", ",", "germinal", "immunophenotype", "with", "positive", "immunoexpression", "for", "BCL-6", "and", "negative", "for", "MUM-1", ",", "CD5", ",", "CD10", ",", "cMYC", "and", "EBER", "with", "a", "proliferative", "index", "(", "Ki67", ")", "of", "80", "%", ".", "Consequently", ",", "the", "patient", "continued", "his", "evolution", "under", "the", "care", "of", "the", "haematology", "department", ".", "After", "the", "onset", "of", "fever", "together", "with", "ataxia", ",", "sensory", "disturbances", "and", "emetic", "syndrome", ",", "a", "brain", "MRI", "was", "performed", "which", "ruled", "out", "brain", "involvement", ".", "A", "lumbar", "puncture", "was", "performed", "and", "Cryptococcus", "antigen", "(", "+", ")", "was", "detected", ";", "liposomal", "amphotericin", "and", "fludrocortisone", "were", "started", "(", "treatment", "start", "date", ":", "17", "/", "03", "/", "17", ")", ".", "After", "48", "hours", ",", "HIV", "serology", "(", "+", ")", "was", "reported", "with", "a", "viraemia", "of", "684", ",", "000c", "/", "ml", "and", "LCD4", "count", "of", "38", "/", "ul", ".", "The", "patient", "progressed", "favourably", ",", "with", "a", "control", "culture", "(", "-", ")", "and", "after", "completing", "the", "cycle", ",", "de-escalation", "to", "oral", "fluconazole", "was", "performed", ".", "After", "four", "weeks", "of", "antifungal", "treatment", ",", "antiretroviral", "treatment", "was", "started", "with", "raltegravir", "+", "FTC", "+", "TDF", "with", "good", "tolerance", ".", "A", "PET", "scan", "was", "completed", "which", "showed", "extensive", "abdominal", "and", "pulmonary", "involvement", ",", "bone", "biopsy", "(", "without", "infiltration", ")", "and", "echocardiogram", "with", "preserved", "ejection", "fraction", ".", "In", "stable", "condition", ",", "R-CHOP", "cycle", "was", "started", "with", "good", "tolerance", "and", "response", ".", "Physical", "examination", "ECOG", "2", ".", "Dry", "mouth", "without", "aphthae", ".", "Marked", "cachexia", ".", "At", "the", "abdominal", "level", ",", "there", "was", "marked", "impaction", "in", "the", "right", "hemiabdomen", ",", "as", "well", "as", "dubious", "pain", "in", "the", "left", "flank", "with", "pain", "on", "palpation", "of", "the", "epigastrium", "and", "right", "hypochondrium", ".", "The", "rest", "was", "unremarkable", ".", "Complementary", "tests", "\"", "I", ".", "V", ".", "contrast-enhanced", "CT", "scan", "of", "the", "abdomen", "(", "13", "/", "02", "/", "2017", ")", ":", "progression", "of", "the", "disease", "with", "multiple", "intraperitoneal", "masses", "compatible", "with", "metastatic", "implants", ".", "One", "of", "them", "obstructs", "the", "right", "ureter", "and", "another", "one", "infiltrates", "a", "delegate", "'", "s", "loop", "in", "the", "left", "iliac", "fossa", ".", "\"", "CSF", "(", "17", "/", "03", "/", "17", ")", ":", "30", "leukocytes", "(", "10", "%", "PMN", ",", "30", "%", "MN", ")", ",", "0", "red", "blood", "cells", ",", "97", "glucose", ",", "125", "proteins", ",", "22", ".", "3", "ADA", ".", "Abundant", "lymphocytes", ".", "IF", ":", "only", "4", "%", "monoclonal", "B-lymphocytes", ",", "rest", "T-lymphocytes", ".", "Cryptococcus", "antigen", "detected", ".", "\"", "Serology", "(", "20", "/", "03", "/", "17", ")", ":", "HIV", "(", "+", ")", ",", "HBV", "and", "HCV", "(", "-", ")", ",", "CMV", "IgG", "(", "+", ")", ",", "EBV", "(", "-", ")", ",", "HSV", "IgG", "(", "+", ")", ",", "Syphilis", "(", "-", ")", ",", "toxoplasma", "IgG", "(", "+", ")", ".", "B2-microglobulin", "(", "21", "/", "04", "/", "17", ")", ":", "4", ".", "52", ",", "LDH", ":", "473", ".", "\"", "PET", "scan", "(", "24", "/", "04", "/", "17", ")", ":", "reports", "extensive", "supra", "-", "and", "infradiaphragmatic", "involvement", "with", "predominance", "of", "large", "masses", "at", "abdominal", "level", ",", "as", "well", "as", "pulmonary", "and", "no", "findings", "in", "the", "rest", ".", "Diagnosis", "\"", "Diffuse", "large", "B-cell", "lymphoma", "(", "DLBCL", ")", "centrogerminal", "type", ".", "\"", "HIV", "infection", "category", "C3", "(", "AIDS", ")", ".", "\"", "Cryptococcal", "meningitis", ".", "Treatment", "After", "presenting", "the", "case", "in", "a", "multidisciplinary", "session", ",", "it", "was", "decided", "to", "start", "treatment", "with", "liposomal", "amphotericin", "and", "fludrocortisone", ",", "switching", "to", "oral", "fluconazole", ".", "After", "4", "weeks", ",", "antiretroviral", "treatment", "was", "started", "with", "raltegravir", "+", "FTC", "+", "TDF", "and", ",", "finally", ",", "systemic", "chemotherapy", "was", "started", "according", "to", "the", "R-CHOP", "scheme", ".", "Evolution", "Patient", "with", "the", "previously", "described", "history", ",", "stable", "at", "the", "present", "time", ",", "being", "monitored", "by", "the", "Haematology", "Unit", "in", "Outpatients", "'", "Departments", ".", "Good", "response", "and", "tolerance", "after", "third", "cycle", "of", "R-CHOP", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Paternal uncle", "label": "HUMAN", "start": 126, "end": 140 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 10, "end": 16 }, { "text": "maternal uncle", "label": "HUMAN", "start": 26, "end": 40 }, { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 162, "end": 170 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 532, "end": 539 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1865, "end": 1872 }, { "text": "EBER", "label": "SPECIES", "start": 2706, "end": 2710 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2771, "end": 2778 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 3180, "end": 3183 }, { "text": "viraemia", "label": "SPECIES", "start": 3217, "end": 3225 }, { "text": "Cryptococcus", "label": "SPECIES", "start": 3035, "end": 3047 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3270, "end": 3277 }, { "text": "antiretroviral", "label": "SPECIES", "start": 3451, "end": 3465 }, { "text": "antifungal", "label": "SPECIES", "start": 3429, "end": 3439 }, { "text": "Cryptococcus", "label": "SPECIES", "start": 4559, "end": 4571 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 4638, "end": 4641 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 4650, "end": 4653 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 4621, "end": 4624 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 4629, "end": 4632 }, { "text": "HSV", "label": "SPECIES", "start": 4658, "end": 4661 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 4612, "end": 4615 }, { "text": "toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 4684, "end": 4694 }, { "text": "Syphilis", "label": "SPECIES", "start": 4670, "end": 4678 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 5006, "end": 5009 }, { "text": "Cryptococcal", "label": "SPECIES", "start": 5041, "end": 5053 }, { "text": "antiretroviral", "label": "SPECIES", "start": 5264, "end": 5278 }, { "text": "Patient", "label": "HUMAN", "start": 5421, "end": 5428 } ]

[ "A", "16-year-old", "male", ",", "with", "a", "history", "of", "anaphylaxis", "due", "to", "peanut", ",", "presented", "with", "anaphylaxis", "after", "ingestion", "of", "fenugreek", ".", "Prick", ":", "Peanut", "10x20", "mm", ",", "Natural", "fenugreek", "6x8", "mm", ",", "Lentil", "2", "mm", ",", "Soya", "bean", "2", "mm", ",", "Bean", "negative", ",", "Histamine", "5", "mm", ".", "Serum", "specific", "IgE", "values", ":", "Peanut", "84", "kU", "/", "L", "(", "Ara", "h1", "34", ".", "5", "kU", "/", "L", ",", "Ara", "h2", "60", ".", "9", "kU", "/", "L", ",", "Ara", "h3", "2", ".", "41", "kU", "/", "L", ",", "Ara", "h", "8", "0", ".", "03", "KU", "/", "L", "and", "Ara", "h9", "0", ".", "05", "kU", "/", "L", ")", ",", "Fenugreek", ">", "17", ".", "5", "kU", "/", "L", ",", "Curry", "16", ".", "9", "kU", "/", "L", ",", "Lentil", "1", ".", "67", "kU", "/", "L", ",", "Soya", "bean", "2", ".", "65", "kU", "/", "L", ",", "Bean", "0", ".", "04", "kU", "/", "L", ".", "Molecular", "mass", "study", "of", "specific", "IgE", "binding", "proteins", "(", "SDS-PAGE-Immunoblotting", ")", ":", "Peanut", "extract", "(", "raw", "and", "roasted", ")", ":", "75", "kDa", ",", "63", "kDa", ",", "21", "kDa", "and", "19", "kDa", ".", "Fenugreek", "extract", ":", "banding", "between", "approximately", ">", "97kDa-30", "kDa", ",", "21", "kDa", "and", "19", "kDa", ".", "Cross-reactivity", "study", "by", "SDA-PAGE-Immunoblotting-inhibition", "technique", "with", "solid", "phase", "fenugreek", "extract", ":", "Raw", "and", "roasted", "peanut", "extracts", "completely", "inhibit", "IgE", "binding", "in", "fenugreek", "extract", ".", "Fenugreek", "extract", "does", "not", "inhibit", "IgE", "binding", "of", "itself", ".", "Interpretation", "of", "the", "study", ":", "63", "kDa", "band", "detected", "in", "peanut", "extract", "could", "correspond", "to", "7S", "Ara", "h", "1", "globulin", ".", "21", "and", "19", "kDa", "bands", "detected", "in", "peanut", "extract", "could", "correspond", "to", "2S", "Ara", "h", "2", ".", "01", "and", "Ara", "2", ".", "02", "albumins", ",", "bands", "of", "the", "same", "molecular", "mass", "are", "observed", "in", "fenugreek", "extract", ".", "It", "is", "shown", "that", "in", "patient", "serum", "there", "are", "IgEs", "cross-reacting", "with", "fenugreek", "and", "peanut", "proteins", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 3, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 18 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1248, "end": 1255 }, { "text": "peanut", "label": "SPECIES", "start": 57, "end": 63 }, { "text": "Peanut", "label": "SPECIES", "start": 129, "end": 135 }, { "text": "Peanut", "label": "SPECIES", "start": 259, "end": 265 }, { "text": "Peanut", "label": "SPECIES", "start": 545, "end": 551 }, { "text": "peanut", "label": "SPECIES", "start": 820, "end": 826 }, { "text": "peanut", "label": "SPECIES", "start": 1000, "end": 1006 }, { "text": "peanut", "label": "SPECIES", "start": 1088, "end": 1094 }, { "text": "peanut", "label": "SPECIES", "start": 1311, "end": 1317 }, { "text": "fenugreek", "label": "HUMAN", "start": 111, "end": 120 }, { "text": "fenugreek", "label": "HUMAN", "start": 154, "end": 163 }, { "text": "Fenugreek", "label": "HUMAN", "start": 370, "end": 379 }, { "text": "Fenugreek", "label": "HUMAN", "start": 613, "end": 622 }, { "text": "fenugreek", "label": "HUMAN", "start": 785, "end": 794 }, { "text": "fenugreek", "label": "HUMAN", "start": 870, "end": 879 }, { "text": "Fenugreek", "label": "HUMAN", "start": 889, "end": 898 }, { "text": "fenugreek", "label": "HUMAN", "start": 1209, "end": 1218 }, { "text": "fenugreek", "label": "HUMAN", "start": 1297, "end": 1306 }, { "text": "Lentil", "label": "SPECIES", "start": 172, "end": 178 }, { "text": "Lentil", "label": "SPECIES", "start": 409, "end": 415 }, { "text": "Soya bean", "label": "SPECIES", "start": 185, "end": 194 }, { "text": "Soya bean", "label": "SPECIES", "start": 427, "end": 436 }, { "text": "Soya", "label": "SPECIES", "start": 185, "end": 189 }, { "text": "Soya", "label": "SPECIES", "start": 427, "end": 431 }, { "text": "bean", "label": "SPECIES", "start": 190, "end": 194 }, { "text": "Bean", "label": "SPECIES", "start": 201, "end": 205 }, { "text": "bean", "label": "SPECIES", "start": 432, "end": 436 }, { "text": "Bean", "label": "SPECIES", "start": 448, "end": 452 }, { "text": "Curry", "label": "SPECIES", "start": 392, "end": 397 } ]

[ "Reason", "for", "consultation", "Hyperemesis", ".", "Individual", "approach", "(", "anamnesis", ",", "examination", ",", "complementary", "tests", ")", ".", "A", "27-year-old", "male", "patient", ",", "with", "no", "relevant", "history", "except", "for", "habitual", "cannabis", "consumption", "of", "about", "10cig", "/", "day", ",", "no", "other", "intoxicants", ",", "who", "came", "to", "the", "Accident", "and", "Emergency", "Department", "because", "he", "had", "been", "presenting", "for", "24", "hours", "with", "epigastric", "pain", ",", "not", "radiating", ",", "accompanied", "by", "incoercible", "vomiting", "(", "approximately", "one", "every", "half", "hour", ")", ",", "which", "did", "not", "subside", "despite", "taking", "antiemetics", "at", "home", ".", "She", "reported", "no", "alterations", "in", "stool", "habits", ",", "fever", "or", "other", "clinical", "manifestations", "in", "the", "anamnesis", "by", "apparatus", ".", "For", "the", "last", "5", "months", ",", "she", "reported", "episodes", "of", "similar", "characteristics", ",", "of", "lesser", "intensity", ",", "self-limited", "over", "time", "and", "unable", "to", "attribute", "them", "to", "a", "specific", "cause", ".", "Good", "general", "condition", ".", "Conscious", "and", "oriented", "in", "the", "three", "spheres", ".", "Eupneic", "at", "rest", ".", "Afebrile", ".", "ACR", ":", "rhythmic", "tones", "without", "murmurs", ".", "MVC", "preserved", ",", "without", "added", "pathological", "sounds", ".", "Abdomen", ":", "soft", ",", "depressible", ",", "painful", "on", "epigastric", "palpation", "with", "discrete", "reactive", "defence", "to", "pain", ",", "preserved", "hydroaerial", "sounds", ".", "No", "masses", "or", "megaliths", ".", "No", "ascites", "or", "peritonism", ".", "Analysis", "with", "biliary", "profile", "and", "abdominal", "ultrasound", ":", "no", "alterations", ".", "Family", "and", "community", "approach", "Poor", "family", "support", ".", "She", "goes", "alone", "to", "the", "emergency", "department", ".", "Clinical", "judgement", "(", "list", "of", "problems", ",", "differential", "diagnosis", ")", "Cannabinoid", "hyperemesis", "syndrome", ".", "Action", "plan", "and", "evolution", "The", "patient", "was", "advised", "to", "take", "a", "hot", "shower", ",", "after", "which", "he", "reported", "that", "the", "symptoms", "subsided", "and", "began", "to", "show", "considerable", "improvement", ".", "He", "was", "discharged", "home", "with", "frequent", "hot", "showers", "and", "complete", "abstinence", "from", "cannabis", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0 ]

[ { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 119, "end": 131 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 178, "end": 186 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 124, "end": 131 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 1222, "end": 1228 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 1257, "end": 1263 }, { "text": "Cannabinoid", "label": "SPECIES", "start": 1380, "end": 1391 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1445, "end": 1452 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 1660, "end": 1668 } ]

[ "Anamnesis", "A", "45-year-old", "woman", "presented", "since", "the", "age", "of", "7", "years", "with", "episodes", "of", "intense", "headache", "that", "was", "usually", "haemicranial", ",", "without", "aura", ",", "with", "nausea", "and", "vomiting", ",", "with", "photo", "-", "and", "sonophobia", ",", "which", "could", "last", "for", "24", "to", "48", "hours", ".", "Surgical", "history", ":", "thymectomy", "for", "multinodular", "goitre", ".", "Usual", "treatment", "with", "levothyroxine", "75", "mg", ",", "topiramate", "50", "mg", "and", "zolmitriptan", "5", "mg", "if", "migraine", "crisis", ".", "The", "patient", "came", "to", "the", "hospital", "because", "in", "the", "last", "week", "she", "presented", "with", "a", "headache", "different", "from", "the", "usual", "ones", ",", "with", "right", "retroocular", "pain", "and", "holocranial", "\"", "helmet", "\"", "headache", "and", "associated", "with", "right", "pulsatile", "tinnitus", "days", "after", "cervical", "manipulation", "due", "to", "muscle", "contractures", ".", "Physical", "examination", "Afebrile", ",", "blood", "pressure", "110", "/", "80", "mmHg", ".", "Good", "general", "condition", ",", "normal", "speech", ".", "No", "meningeal", "signs", ".", "PICNR", ",", "normal", "cranial", "nerves", ",", "normoreactive", "isochoric", "pupils", ",", "normal", "ocular", "motility", ",", "normal", "confrontation", "visual", "fields", ".", "Normal", "fundus", ".", "Normal", "strength", ",", "sensibility", "and", "coordination", ".", "Osteotendinous", "reflexes", "present", ".", "Bilateral", "indifferent", "cutaneous-plantar", "reflex", ".", "Rhythmic", "cardiac", "auscultation", ",", "absence", "of", "carotid", "murmurs", ".", "The", "rest", "of", "the", "examination", "was", "unremarkable", ".", "Complementary", "tests", "-", "CBC", "with", "normal", "haemogram", ",", "biochemistry", "and", "coagulation", ",", "normal", "thyroid", "hormones", ",", "vitamin", "B12", "and", "folic", "acid", ".", "Negative", "blood", "serologies", "for", "HIV", ",", "syphilis", "and", "Lyme", "disease", ".", "Normal", "hypercoagulability", "and", "autoimmunity", "studies", ".", "-", "ECG", ":", "sinus", "rhythm", "without", "significant", "alterations", ".", "-", "Chest", "X-ray", ":", "normal", ".", "-", "Echo-Doppler", "of", "supra-aortic", "trunks", ":", "intima-media", "thickness", "of", "0", ".", "7", "mm", "within", "the", "normal", "range", "without", "atheroma", "plaques", ".", "Flattening", "of", "the", "wave", "in", "the", "right", "internal", "carotid", "artery", "(", "ICA", ")", "of", "very", "low", "velocity", "to", "assess", "distal", "stenosis", "or", "occlusion", ".", "Normal", "flow", "in", "the", "left", "internal", "carotid", "artery", ".", "Bilateral", "vertebral", "arteries", "visible", "with", "antegrade", "flows", ".", "-", "MRI", "and", "cranial", "angio-MRI", ":", "no", "structural", "alterations", "or", "pathological", "signs", "at", "the", "level", "of", "the", "supra", "-", "or", "infratentorial", "brain", "parenchyma", ".", "Absence", "of", "flow", "in", "the", "right", "supracondylar", "internal", "carotid", "artery", ",", "as", "well", "as", "in", "the", "ipsilateral", "A1", "and", "M1", "segments", "with", "distal", "flows", "present", ",", "both", "posterior", "communicating", "segments", "functioning", ".", "-", "Angio-CT", "of", "supra-aortic", "and", "intracranial", "trunks", ":", "total", "obstruction", "of", "the", "right", "ICA", "in", "its", "intracranial", "cavernous", "segment", ",", "with", "distal", "repermeabilisation", "from", "the", "collateral", "circulation", "of", "the", "polygon", "of", "Willis", ".", "The", "rest", "of", "the", "cervical", "proximal", "tract", "of", "the", "right", "ICA", "is", "of", "normal", "morphology", "and", "calibre", ".", "The", "rest", "of", "the", "supra-aortic", "trunks", "are", "of", "normal", "morphology", "and", "calibre", ".", "No", "alterations", "in", "the", "rest", "of", "the", "intracranial", "arteries", ".", "-", "Cerebral", "arteriography", ":", "origin", "of", "the", "left", "common", "carotid", "artery", "in", "the", "right", "trunk", "as", "an", "anatomical", "variant", "without", "pathological", "significance", ".", "Critical", "stenosis", "in", "a", "segment", "of", "about", "2", "cm", "of", "the", "right", "intracavernous", "internal", "carotid", "artery", ";", "the", "lesion", "has", "an", "irregular", "appearance", "with", "discrete", "irregularity", "and", "ectasia", "of", "the", "pre-stenotic", "portion", ",", "it", "could", "be", "a", "dissection", ",", "and", "although", "the", "flow", "is", "slowed", ",", "it", "fills", "the", "middle", "cerebral", "circulation", "correctly", "from", "the", "same", "side", ".", "Left", "internal", "carotid", "artery", "without", "lesions", ".", "Permeable", "anterior", "communicating", "artery", ".", "Vertebrobasilar", "sector", "without", "lesions", ".", "Cerebral", "angiography", ":", "critical", "stenosis", "of", "the", "right", "internal", "carotid", "intracavernous", ";", "the", "lesion", "has", "an", "irregular", "appearance", "and", "ectasia", "of", "the", "pre-stenotic", "portion", "suggestive", "of", "dissection", ".", "Diagnosis", "Headache", "secondary", "to", "intracranial", "carotid", "dissection", ".", "Treatment", "The", "patient", "was", "treated", "with", "acetylsalicylic", "acid", "100", "mg", "/", "day", ",", "which", "she", "continues", "to", "receive", "on", "a", "daily", "basis", ",", "together", "with", "atorvastatin", "40", "mg", "/", "day", ".", "During", "her", "admission", "she", "required", "treatment", "with", "NSAIDs", "until", "the", "headache", "subsided", ".", "On", "discharge", ",", "treatment", "was", "indicated", "with", "amitriptyline", "25", "mg", "per", "day", "and", "zolmitriptan", "5", "mg", "if", "migraine", "attacks", "occurred", ",", "together", "with", "ibuprofen", "and", "occasional", "tetrazepam", "for", "pain", "in", "the", "cervical", "muscles", ".", "Progress", "During", "the", "first", "few", "days", "of", "admission", ",", "the", "patient", "presented", "with", "a", "tension-type", "headache", "that", "subsided", "with", "NSAIDs", ";", "after", "3", "days", "the", "pulsating", "tinnitus", "disappeared", "and", "the", "hemicranial", "headache", "began", "again", ",", "similar", "to", "her", "usual", "migraine", ".", "She", "was", "re-evaluated", "one", "month", "and", "3", "months", "after", "admission", ".", "The", "patient", "continued", "with", "migraine", "attacks", "without", "retroocular", "pain", "or", "tinnitus", ",", "at", "least", "once", "a", "week", "lasting", "up", "to", "2-3", "days", ",", "as", "well", "as", "episodes", "of", "arterial", "hypertension", "in", "the", "context", "of", "stress", ",", "so", "amitriptyline", "was", "discontinued", "and", "topiramate", "and", "nadolol", "were", "introduced", ".", "The", "follow-up", "MRI", "angiography", "at", "3", "months", "showed", "a", "slight", "irregularity", "of", "the", "wall", "and", "discrete", "stenosis", "in", "the", "cavernous", "tract", "of", "the", "right", "ICA", ",", "without", "observing", "the", "absence", "of", "flow", "or", "obstruction", "that", "existed", "in", "the", "previous", "study", ".", "No", "dissection", "was", "observed", ".", "The", "rest", "of", "the", "intracranial", "arteries", "and", "supra-aortic", "trunks", "of", "normal", "morphology", "and", "calibre", ",", "without", "significant", "stenosis", ".", "Evolution", "by", "angio-MRI", "on", "admission", "and", "at", "3", "months", ":", "disappearance", "of", "the", "critical", "stenosis", "without", "aneurysms", "or", "other", "associated", "lesions", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 29 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 394, "end": 401 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1329, "end": 1332 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 1334, "end": 1342 }, { "text": "Lyme", "label": "SPECIES", "start": 1347, "end": 1351 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3501, "end": 3508 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3992, "end": 3999 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4252, "end": 4259 } ]

[ "Anamnesis", "65-year-old", "male", "with", "the", "following", "history", ":", "chronic", "enolism", ",", "sigmoidectomy", "with", "discharge", "colostomy", "for", "left", "incarcerated", "inguinal", "hernia", "and", "chronic", "renal", "insufficiency", ".", "Low", "socioeconomic", "level", ",", "with", "poor", "hygienic", "and", "sanitary", "conditions", ".", "Nephrourological", "history", ":", "6", "months", "prior", "to", "current", "admission", ",", "admitted", "for", "fungal", "urinary", "infection", "and", "acute", "renal", "failure", "with", "bilateral", "grade", "III", "ureterohydronephrosis", ",", "BPH", "and", "large", "bladder", "lithiasis", ",", "without", "being", "able", "to", "establish", "the", "presence", "of", "a", "bladder", "balloon", "on", "admission", ".", "After", "urethral", "catheterisation", ",", "there", "was", "no", "significant", "improvement", "in", "renal", "function", ",", "and", "upper", "urinary", "tract", "ect", "ectasia", "persisted", ",", "so", "it", "was", "decided", "to", "perform", "a", "bilateral", "nephrostomy", ",", "after", "which", "renal", "function", "improved", "to", "baseline", "levels", "of", "around", "2", ".", "5", "mg", "/", "dl", "of", "creatinine", ".", "During", "the", "same", "admission", ",", "a", "transvesical", "prostatic", "adenomectomy", "and", "cystolithotomy", "were", "performed", ".", "The", "postoperative", "period", "was", "characterised", "by", "infection", "of", "the", "surgical", "wound", "by", "Enteroccocus", "faecalis", ",", "which", "required", "antibiotic", "treatment", "and", "a", "vacuum", "device", "(", "VAC", ")", "for", "closure", ".", "After", "2", "months", "of", "hospitalisation", ",", "the", "patient", "was", "discharged", "after", "closure", "and", "removal", "of", "both", "nephrostomies", "and", "removal", "of", "the", "bladder", "catheter", ",", "with", "stable", "renal", "function", "at", "around", "2", ".", "5", "mg", "/", "dl", "of", "creatinine", ".", "The", "patient", "consulted", "the", "hospital", "'", "s", "Emergency", "Department", "for", "a", "history", "of", "fever", ",", "asthenia", ",", "anorexia", ",", "haematuria", ",", "oliguria", "and", "lower", "urinary", "tract", "symptoms", "of", "several", "days", "'", "duration", ".", "Physical", "examination", "On", "arrival", "at", "the", "Emergency", "Department", "he", "was", "in", "poor", "general", "condition", ",", "conscious", "and", "oriented", ",", "with", "cold", "skin", ",", "lividity", "in", "the", "lower", "limbs", "and", "no", "neurological", "focality", ".", "Cardiopulmonary", "auscultation", "showed", "tachycardia", ",", "without", "murmurs", "or", "friction", "rubs", "and", "with", "preserved", "vesicular", "murmur", ".", "Blood", "pressure", "108", "/", "80", "mmHg", ",", "heart", "rate", "100", "bpm", ",", "temperature", "36", ".", "5", "oC", ".", "Abdomen", "soft", ",", "non-painful", ",", "no", "signs", "of", "peritoneal", "irritation", ",", "no", "evidence", "of", "visceromegaly", "or", "masses", ".", "Fist", "percussion", "and", "bilateral", "renal", "bimanual", "palpation", "were", "negative", ".", "Complementary", "tests", "An", "abdominal", "X-ray", ",", "blood", "and", "urine", "tests", ",", "urine", "cultures", "and", "abdominal", "ultrasound", "were", "requested", "in", "the", "emergency", "department", ":", "-", "Blood", "analysis", ":", "urea", "354", "mg", "/", "dl", ",", "creatinine", "8", ".", "3", "mg", "/", "dl", ",", "sodium", "130", "mEq", "/", "l", ",", "potassium", "7", ".", "1", "mEq", "/", "l", ",", "13", ",", "500", "leukocytes", "/", "mm3", ",", "472", ",", "000", "platelets", "/", "mm3", ",", "haemoglobin", "15", ".", "2", "g", "/", "dl", ".", "Venous", "blood", "gases", ":", "pH", "6", ".", "9", ",", "bicarbonate", "7", ".", "7", "mmol", "/", "l", ",", "ABE", "-", "25", "mmol", "/", "l", ".", "-", "Urine", "sediment", ":", "pH", "9", ",", "leucocyturia", "and", "haematuria", ".", "Urine", "Gram-positive", "bacilli", "and", "Gram-positive", "cocci", "were", "observed", ".", "-", "Abdominal", "X-ray", ":", "nondescript", ".", "-", "Abdominal", "ultrasound", ":", "bilateral", "hydronephrosis", "was", "identified", ",", "with", "linear", "calcification", "along", "the", "entire", "urothelium", "of", "both", "renal", "pelvises", ",", "as", "well", "as", "in", "scattered", "calcific", "clusters", "in", "both", "kidneys", ".", "The", "right", "ureter", "shows", "urothelial", "thickening", "and", "wall", "calcification", "similar", "to", "the", "rest", "of", "the", "urothelium", ".", "Bladder", "with", "thickened", "walls", ",", "scarcely", "repleted", "and", "with", "a", "catheter", "inside", ".", "Previous", "ultrasound", "studies", "without", "such", "calcifications", ".", "During", "admission", ":", "-", "Urine", "culture", ":", "Staphylococcus", "capitis", "subspecies", "urealitycum", "and", "Gram-positive", "bacilli", "of", "the", "Corynebacterium", "type", ".", "-", "CT", "scan", "without", "contrast", ":", "linear", "calcification", ",", "polygonal", "in", "shape", ",", "in", "both", "renal", "sinuses", ".", "Characteristic", "findings", "of", "encrusting", "pyelitis", ".", "Bilateral", "hydronephrosis", ".", "Diagnosis", "Encrusting", "pyelitis", ".", "Treatment", "and", "evolution", "An", "urgent", "haemodialysis", "session", "was", "performed", "due", "to", "the", "deterioration", "of", "the", "patient", "'", "s", "water-electrolyte", "and", "renal", "function", ",", "subsequently", "requiring", "infusion", "of", "vasoactive", "drugs", "due", "to", "sustained", "hypotension", ",", "which", "were", "withdrawn", "in", "the", "following", "days", ",", "after", "normalisation", "of", "the", "haemodynamic", "constants", ".", "Given", "the", "initial", "ultrasound", "findings", "and", "their", "comparative", "discordance", "with", "the", "imaging", "tests", "from", "the", "previous", "admission", "(", "no", "alterations", ")", ",", "it", "was", "decided", "to", "perform", "an", "abdominal", "CT", "scan", "without", "contrast", ",", "which", "gave", "the", "presumptive", "diagnosis", "of", "encrusting", "pyeloureteritis", ",", "which", "was", "subsequently", "confirmed", "with", "the", "analytical", "(", "urinary", "pH", "9", ")", "and", "microbiological", "(", "positive", "urine", "culture", "for", "Corynebacterium", "urealyticum", ")", "findings", ".", "Empirical", "antibiotic", "therapy", "was", "initially", "established", "and", "subsequently", "modified", "according", "to", "the", "antibiogram", "(", "treatment", "with", "vancomycin", "was", "started", ")", ".", "Initially", ",", "the", "patient", "evolved", "satisfactorily", ",", "with", "improvement", "in", "renal", "function", "levels", ",", "hydroelectrolyte", "correction", "and", "withdrawal", "of", "vasoactive", "drugs", "due", "to", "stable", "haemodynamic", "constants", ".", "Subsequently", ",", "he", "developed", "an", "abrupt", "onset", "of", "febrile", "fever", ",", "respiratory", "distress", "and", "haemodynamic", "instability", ",", "and", "died", "a", "few", "hours", "later", ",", "2", "weeks", "after", "admission", "to", "hospital", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 3, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 26 }, { "text": "fungal", "label": "SPECIES", "start": 327, "end": 333 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1134, "end": 1141 }, { "text": "Enteroccocus faecalis", "label": "SPECIES", "start": 997, "end": 1018 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1308, "end": 1315 }, { "text": "bacilli", "label": "SPECIES", "start": 2493, "end": 2500 }, { "text": "Gram-positive cocci", "label": "SPECIES", "start": 2505, "end": 2524 }, { "text": "Gram-positive bacilli", "label": "SPECIES", "start": 2479, "end": 2500 }, { "text": "Staphylococcus capitis subspecies urealitycum", "label": "SPECIES", "start": 3049, "end": 3094 }, { "text": "bacilli", "label": "SPECIES", "start": 3113, "end": 3120 }, { "text": "Corynebacterium", "label": "SPECIES", "start": 3128, "end": 3143 }, { "text": "Gram-positive bacilli", "label": "SPECIES", "start": 3099, "end": 3120 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3452, "end": 3459 }, { "text": "Corynebacterium", "label": "SPECIES", "start": 4067, "end": 4082 }, { "text": "Corynebacterium urealyticum", "label": "SPECIES", "start": 4067, "end": 4094 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4272, "end": 4279 } ]

[ "A", "28-month-old", "boy", "came", "to", "our", "clinic", "in", "2012", "for", "episodes", "of", "erythema", "and", "facial", "oedema", "with", "occasional", "vomiting", "related", "to", "the", "ingestion", "of", "pulses", ",", "fish", ",", "carrots", "and", "rice", "with", "prawns", ".", "The", "initial", "allergological", "study", "showed", "positive", "skin", "tests", "for", "all", "fish", ",", "all", "pulses", ",", "carrots", ",", "mussels", "and", "shrimp", "with", "positive", "specific", "IgE", "to", "these", "foods", ",", "which", "led", "to", "an", "initial", "diagnosis", "of", "allergy", "to", "pulses", ",", "fish", ",", "shellfish", "and", "carrots", ".", "At", "the", "medical", "check-up", "3", "months", "after", "diagnosis", ",", "the", "patient", "had", "reactions", "to", "tomato", ",", "soya", ",", "pumpkin", ",", "green", "and", "red", "pepper", "and", "herbs", "for", "the", "broth", ",", "showing", "positive", "reactions", "to", "all", "these", "foods", "in", "the", "skin", "tests", "and", "also", "to", "all", "vegetables", "except", "cabbage", "and", "potato", "in", "vivo", "and", "in", "vitro", ".", "Positive", "panallergen", "skin", "tests", "to", "LTP", ",", "profilin", "and", "polcalcin", ".", "The", "ImmunoCAP", "ISAC112", "study", "shows", "a", "patient", "with", "polysensitisation", "to", "species-specific", "allergens", "and", "cross-reactive", "allergens", ".", "Treatment", "with", "omalizumab", "was", "started", "in", "August", "2013", ".", "In", "May", "2014", ",", "it", "was", "found", "that", "the", "skin", "tests", "for", "vegetables", "and", "squid", "were", "negative", ".", "Good", "oral", "tolerance", "was", "observed", "with", "raw", "tomato", "with", "skin", "and", "carrot", "in", "September", "2014", ",", "with", "squid", "in", "April", "2015", ",", "with", "almonds", "in", "May", "2015", "and", "with", "peas", "in", "July", "2015", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "rice", "label": "SPECIES", "start": 168, "end": 172 }, { "text": "species", "label": "SPECIES", "start": 849, "end": 856 }, { "text": "herbs", "label": "SPECIES", "start": 555, "end": 560 }, { "text": "pulses", "label": "SPECIES", "start": 142, "end": 148 }, { "text": "pulses", "label": "SPECIES", "start": 264, "end": 270 }, { "text": "pulses", "label": "SPECIES", "start": 391, "end": 397 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 482, "end": 489 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 815, "end": 822 }, { "text": "potato", "label": "SPECIES", "start": 686, "end": 692 }, { "text": "fish", "label": "SPECIES", "start": 150, "end": 154 }, { "text": "fish", "label": "SPECIES", "start": 254, "end": 258 }, { "text": "fish", "label": "SPECIES", "start": 399, "end": 403 }, { "text": "soya", "label": "SPECIES", "start": 515, "end": 519 }, { "text": "tomato", "label": "SPECIES", "start": 507, "end": 513 }, { "text": "tomato", "label": "SPECIES", "start": 1088, "end": 1094 }, { "text": "pumpkin", "label": "SPECIES", "start": 521, "end": 528 }, { "text": "carrot", "label": "SPECIES", "start": 1109, "end": 1115 }, { "text": "shrimp", "label": "SPECIES", "start": 293, "end": 299 }, { "text": "pepper", "label": "SPECIES", "start": 544, "end": 550 }, { "text": "cabbage", "label": "SPECIES", "start": 674, "end": 681 }, { "text": "squid", "label": "SPECIES", "start": 1025, "end": 1030 }, { "text": "squid", "label": "SPECIES", "start": 1140, "end": 1145 }, { "text": "peas", "label": "SPECIES", "start": 1195, "end": 1199 } ]

[ "We", "present", "the", "case", "of", "a", "25-year-old", "woman", "who", "came", "to", "the", "emergency", "department", "with", "a", "72-hour", "history", "of", "non-productive", "cough", "and", "respiratory", "sounds", ",", "without", "fever", "or", "other", "accompanying", "symptoms", ".", "She", "lived", "in", "an", "urban", "area", "and", "had", "contact", "with", "domestic", "animals", "(", "canary", "and", "dogs", ")", ".", "She", "had", "no", "drug", "allergies", "or", "family", "or", "personal", "history", "of", "interest", ",", "except", "for", "active", "smoking", "(", "7", "packs", "/", "year", ")", ".", "A", "chest", "X-ray", "taken", "in", "the", "Emergency", "Department", "of", "the", "hospital", "where", "he", "consulted", "showed", "a", "rounded", "lesion", "in", "the", "right", "upper", "lobe", "and", ",", "given", "the", "respiratory", "symptoms", ",", "with", "suspicion", "of", "community-acquired", "pneumonia", ",", "he", "was", "started", "on", "treatment", "with", "levofloxacin", "500", "mg", "every", "24", "hours", ".", "After", "7", "days", "of", "treatment", "the", "symptoms", "disappeared", ".", "The", "patient", "was", "seen", "in", "the", "outpatient", "pulmonology", "department", "of", "another", "centre", ".", "A", "control", "chest", "X-ray", "performed", "one", "month", "after", "the", "onset", "of", "the", "symptoms", "showed", "the", "persistence", "of", "a", "rounded", ",", "well-defined", "image", ",", "about", "3", "cm", "in", "diameter", ",", "located", "in", "the", "right", "upper", "lobe", ",", "and", "a", "study", "of", "a", "solitary", "pulmonary", "nodule", "(", "SPN", ")", "was", "initiated", ".", "Differential", "diagnosis", "SPN", "is", "defined", "radiologically", "as", "a", "single", "intraparenchymal", "pulmonary", "lesion", ",", "round", "or", "oval", ",", "with", "well-defined", "borders", "and", "a", "diameter", "of", "no", "more", "than", "3", "cm", ".", "It", "can", "be", "the", "presenting", "form", "of", "both", "benign", "and", "malignant", "processes", ",", "constituting", "a", "diagnostic", "challenge", ".", "The", "differential", "diagnosis", "of", "SPN", "is", "discussed", "below", ":", "Malignant", "causes", "(", "40-50", "%", ")", ".", "1", ".", "Primary", "lung", "neoplasia", ".", "Adenocarcinoma", "is", "the", "most", "common", "histological", "subtype", "presenting", "as", "SPN", ",", "accounting", "for", "30-50", "%", "of", "malignant", "lesions", ",", "followed", "by", "squamous", "cell", "carcinoma", "with", "10-37", "%", ".", "Carcinoid", "tumours", "are", "typically", "endobronchial", ".", "However", ",", "20", "%", "present", "as", "peripheral", "SPN", "with", "well-defined", "borders", ".", "2", ".", "Pulmonary", "metastases", ".", "Although", "they", "commonly", "present", "as", "multiple", "pulmonary", "nodules", ",", "they", "can", "also", "present", "as", "SPNs", "as", "in", "the", "case", "of", "melanoma", ",", "sarcoma", "and", "carcinomas", "of", "the", "colon", ",", "breast", ",", "kidney", "and", "testis", ".", "They", "account", "for", "less", "than", "10", "%", "of", "all", "SPNs", ".", "3", ".", "Others", ":", "primary", "extranodal", "lymphoma", ",", "plasmacytoma", ",", "schwannoma", ".", "Benign", "causes", "(", "50-60", "%", ")", "Infectious", ".", "Infectious", "granulomas", "cause", "approximately", "80", "%", "of", "benign", "SPNs", ".", "Tuberculosis", "and", "fungal", "infections", "(", "histoplasmosis", ",", "coccidioidomycosis", ",", "cryptococcosis", "and", "blastomycosis", ")", "may", "be", "the", "origin", "of", "these", ".", "Other", "less", "common", "infectious", "causes", "are", "bacterial", "abscesses", ",", "aspergilloma", "and", "Pneumocystis", "jirovecii", "infection", ".", "2", ".", "Benign", "tumours", ".", "Hamartomas", "cause", "10", "%", "of", "benign", "pulmonary", "nodules", ".", "Other", "less", "common", "causes", "are", "fibromas", ",", "lipomas", ",", "leiomyomas", ",", "haemangiomas", ",", "amyloidoma", "and", "pneumocytoma", ".", "Vascular", ".", "These", "include", "arteriovenous", "malformations", ",", "contusions", "and", "pulmonary", "infarctions", ".", "4", ".", "Inflammatory", ".", "The", "following", "systemic", "diseases", "should", "be", "highlighted", "as", "causes", "of", "SPN", ":", "-", "Wegener", "'", "s", "granulomatosis", "-", "Rheumatoid", "arthritis", "-", "Sarcoidosis", "5", ".", "Congenital", "malformations", "such", "as", "bronchogenic", "cyst", ".", "Focusing", "on", "our", "case", ",", "we", "are", "dealing", "with", "a", "young", "patient", ",", "immunocompetent", "in", "principle", ",", "with", "no", "family", "or", "personal", "history", "of", "neoplastic", "disease", ".", "In", "the", "case", "of", "a", "NPS", "of", "tumour", "aetiology", ",", "it", "could", "correspond", "to", "a", "primary", "lung", "neoplasm", "of", "early", "presentation", "in", "a", "female", "smoker", ",", "or", "a", "hamartoma", ",", "as", "it", "is", "the", "most", "common", "benign", "tumour", ".", "Among", "the", "infectious", "causes", ",", "most", "are", "rare", "infections", "in", "non-immunosuppressed", "patients", ",", "with", "the", "exception", "of", "tuberculosis", ".", "Therefore", ",", "in", "principle", ",", "unless", "the", "patient", "did", "not", "have", "an", "immunodeficiency", "that", "is", "not", "known", "at", "this", "time", ",", "it", "would", "be", "an", "unlikely", "aetiology", ".", "Although", "it", "could", "be", "the", "presentation", "of", "a", "systemic", "disease", ",", "the", "absence", "of", "other", "clinical", "data", "makes", "this", "diagnosis", "less", "likely", "in", "principle", ".", "Finally", ",", "among", "the", "less", "frequent", "causes", ",", "a", "vascular", "or", "congenital", "malformation", "could", "be", "the", "cause", "of", "the", "radiological", "lesion", ".", "Evolution", "Given", "the", "persistence", "of", "the", "lesion", "on", "chest", "X-ray", ",", "computed", "axial", "tomography", "(", "CT", ")", "of", "the", "chest", "was", "requested", ",", "which", "showed", "a", "5", "cm", "lung", "consolidation", ",", "rounded", ",", "with", "polylobulated", "edges", "and", "air", "bronchogram", "with", "no", "signs", "of", "cavitation", "in", "the", "posterior", "segment", "of", "the", "right", "upper", "lobe", ".", "In", "view", "of", "these", "findings", ",", "fibrobroncopy", "was", "performed", ",", "showing", "an", "inflammatory", "stenosis", "in", "the", "apical", "segment", "of", "the", "right", "main", "bronchus", "with", "no", "other", "findings", ",", "which", "was", "biopsied", ".", "The", "biopsy", "samples", "obtained", "showed", "no", "findings", "of", "neoplastic", "cells", ".", "Sputum", "smear", "microscopy", "and", "bronchoalveolar", "lavage", "culture", "in", "conventional", "and", "Lowestein", "medium", "were", "negative", ".", "No", "samples", "were", "processed", "for", "fungal", "culture", ".", "At", "that", "time", ",", "general", "laboratory", "tests", "showed", "no", "significant", "findings", "and", "serology", "was", "negative", "for", "hepatitis", "B", ",", "C", "and", "human", "immunodeficiency", "virus", "(", "HIV", ")", "on", "two", "occasions", ".", "Given", "the", "uncertainty", "of", "a", "neoplastic", "origin", "of", "the", "lesion", "and", "the", "lack", "of", "conclusive", "results", ",", "it", "was", "decided", "to", "perform", "an", "exploratory", "videothoracoscopy", ".", "Right", "bisegmentectomy", "and", "lymphadenectomy", "were", "performed", ".", "The", "pathological", "anatomy", "of", "the", "surgical", "specimen", "showed", "no", "findings", "of", "neoplastic", "disease", ".", "Histology", "was", "compatible", "with", "pure", "histiocytic", "granuloma", ",", "with", "Grocott", "and", "PAS", "techniques", "revealing", "the", "presence", "of", "Cryptococcus", "neoformans", ".", "At", "this", "point", "the", "patient", "was", "referred", "to", "us", ".", "On", "the", "first", "visit", "to", "our", "clinic", "she", "was", "asymptomatic", "and", "the", "general", "examination", "was", "strictly", "normal", ".", "The", "first", "step", "was", "to", "rule", "out", "any", "type", "of", "immunodeficiency", "due", "to", "the", "unexpected", "finding", "of", "pulmonary", "cryptococcosis", ".", "We", "performed", "a", "new", "HIV", "serology", ",", "as", "well", "as", "an", "autoimmunity", "study", "with", "negative", "results", ",", "and", "the", "quantification", "of", "complement", "and", "immunoglobulins", "was", "normal", ".", "In", "order", "to", "rule", "out", "idiopathic", "CD4", "T-lymphocyte", "lymphopenia", ",", "CD4", "levels", "were", "requested", ",", "with", "normal", "results", "(", "1408", ")", ".", "A", "second", "issue", "was", "the", "need", "to", "rule", "out", "a", "disseminated", "form", "of", "cryptococcosis", ",", "as", "well", "as", "the", "need", "for", "antifungal", "treatment", ".", "The", "cryptococcal", "antigen", "was", "negative", ",", "the", "chest", "and", "abdominal", "CT", "scan", "showed", "no", "noteworthy", "findings", "and", "the", "cranial", "MRI", "was", "normal", ".", "Given", "the", "absence", "of", "neurological", "symptoms", "and", "the", "normality", "of", "the", "complementary", "tests", ",", "lumbar", "puncture", "was", "not", "performed", "to", "rule", "out", "meningeal", "cryptococcosis", ".", "On", "the", "other", "hand", ",", "in", "the", "absence", "of", "data", "of", "systemic", "infection", "(", "analytical", "study", ",", "CT", "scan", "of", "the", "chest", "and", "abdomen", "and", "MRI", "of", "the", "skull", "with", "no", "findings", ")", "in", "an", "immunocompetent", "patient", ",", "the", "infection", "was", "considered", "resolved", "after", "surgical", "treatment", "and", "it", "was", "decided", "not", "to", "perform", "antifungal", "treatment", ".", "Final", "diagnosis", "Cryptococcus", "neoformans", "abscess", "pneumonia", "manifested", "as", "a", "solitary", "pulmonary", "nodule", "in", "an", "immunocompetent", "patient", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0 ]

[ { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 310, "end": 316 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 37, "end": 42 }, { "text": "dogs", "label": "SPECIES", "start": 274, "end": 278 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 320, "end": 328 }, { "text": "animals", "label": "SPECIES", "start": 254, "end": 261 }, { "text": "canary", "label": "SPECIES", "start": 263, "end": 269 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 735, "end": 742 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 2330, "end": 2339 }, { "text": "fungal", "label": "SPECIES", "start": 2173, "end": 2179 }, { "text": "Pneumocystis jirovecii", "label": "SPECIES", "start": 2368, "end": 2390 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 2970, "end": 2976 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2923, "end": 2930 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 2980, "end": 2988 }, { "text": "female", "label": "HUMAN", "start": 3136, "end": 3142 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3367, "end": 3374 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 3285, "end": 3293 }, { "text": "smear microscopy", "label": "SPECIES", "start": 4295, "end": 4311 }, { "text": "fungal", "label": "SPECIES", "start": 4429, "end": 4435 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 4594, "end": 4597 }, { "text": "human immunodeficiency virus", "label": "SPECIES", "start": 4564, "end": 4592 }, { "text": "Cryptococcus neoformans", "label": "SPECIES", "start": 5038, "end": 5061 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 5350, "end": 5353 }, { "text": "antifungal", "label": "SPECIES", "start": 5709, "end": 5719 }, { "text": "Cryptococcus", "label": "SPECIES", "start": 5038, "end": 5050 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5081, "end": 5088 }, { "text": "antifungal", "label": "SPECIES", "start": 6308, "end": 6318 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6202, "end": 6209 }, { "text": "Cryptococcus neoformans", "label": "SPECIES", "start": 6347, "end": 6370 }, { "text": "Cryptococcus", "label": "SPECIES", "start": 6347, "end": 6359 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6453, "end": 6460 } ]

[ "Anamnesis", "A", "73-year-old", "man", "with", "a", "history", "of", "stroke", ",", "chronic", "obstructive", "pulmonary", "disease", "and", "a", "history", "of", "transurethral", "resection", "of", "the", "prostate", "12", "years", "ago", ".", "He", "was", "referred", "from", "another", "centre", "with", "a", "diagnosis", "of", "left", "orchitis", "of", "24", "hours", "'", "evolution", "after", "presenting", "with", "acute", "scrotal", "pain", "without", "a", "justified", "cause", ",", "due", "to", "poor", "response", "to", "treatment", "and", "worsening", "general", "condition", "with", "signs", "of", "necrosis", "of", "the", "scrotal", "skin", ".", "Physical", "examination", "Conscious", ",", "oriented", ",", "Glasgow", "15", ".", "Heart", "rate", "80", "bpm", ",", "blood", "pressure", "120", "/", "70", "mmHg", ",", "SO2", "94", "%", ".", "Pulmonary", "and", "cardiac", "auscultation", "without", "significant", "findings", ".", "Abdomen", ":", "globular", ",", "soft", ",", "depressible", ",", "non-painful", ",", "with", "no", "signs", "of", "peritoneal", "irritation", ".", "External", "genitalia", ":", "urethral", "catheter", ",", "enlarged", "and", "erythematous", "scrotum", "extending", "to", "the", "bilateral", "inguinal", "and", "suprapubic", "region", ",", "not", "painful", "on", "palpation", "and", "with", "a", "large", "necrotic", "plaque", "at", "the", "level", "of", "the", "median", "raphe", "with", "subcutaneous", "crepitus", ".", "Complementary", "tests", "-", "CBC", "(", "on", "admission", ")", ":", "haemoglobin", "11", ".", "7", "g", "/", "dl", ",", "haematocrit", "34", ",", "leukocytes", "13", ".", "9", "mil", "/", "mm3", ",", "neutrophils", "95", "%", ".", "Platelets", "78", "mil", "/", "mm3", ",", "creatinine", "4", ".", "2", "mg", "/", "dl", ",", "basal", "glucose", "185", "mg", "/", "dl", ".", "-", "Arterial", "blood", "gases", ":", "pH", "7", ".", "24", ",", "pO2", "78", "mmHg", ",", "pCO2", "42", "mmHg", ",", "HCO3", "17", "mmol", "/", "l", ".", "Diagnosis", "With", "the", "diagnosis", "of", "sepsis", "secondary", "to", "possible", "necrotising", "fasciitis", ",", "emergency", "surgery", "was", "proposed", ".", "Treatment", "Antibiotic", "treatment", "with", "linezolid", ",", "meropenem", "and", "intravenous", "metronidazole", "was", "started", ".", "During", "the", "operation", ",", "the", "bladder", "catheter", "was", "replaced", "by", "suprapubic", "cystotomy", "and", "extensive", "debridement", "was", "performed", "with", "exeresis", "of", "all", "the", "necrotic", "tissue", "that", "affected", "from", "Buck", "'", "s", "fascia", "surrounding", "the", "corpora", "cavernosa", "and", "spongiosum", "to", "the", "subcutaneous", "cellular", "tissue", ",", "tunica", "vaginalis", "of", "both", "testicles", "(", "not", "affected", ")", ",", "reaching", "the", "superficial", "inguinal", "orifices", "and", "the", "suprapubic", "region", ",", "especially", "on", "the", "left", "side", ",", "as", "well", "as", "the", "perineal", "region", ".", "Rectal", "examination", "was", "performed", ",", "revealing", "in", "time", "12", "and", "distal", "to", "the", "sphincter", "a", "foreign", "body", "with", "a", "sharp", ",", "hard", "consistency", ",", "approximately", "3-4", "cm", "in", "length", ",", "which", "was", "sent", "to", "the", "Pathology", "Department", ".", "Two", "Penrose", "type", "drains", "are", "left", "in", "the", "counter", "incision", ",", "one", "in", "the", "region", "of", "the", "perineal", "declivity", "and", "the", "other", "in", "the", "left", "inguinal", "region", ".", "Tissue", "samples", "were", "sent", "for", "aerobic", "and", "anaerobic", "microorganisms", ".", "After", "completion", "of", "the", "operation", ",", "the", "discovery", "of", "the", "foreign", "body", "was", "discussed", "with", "the", "family", ",", "who", "warned", "us", "of", "the", "patient", "'", "s", "habit", "of", "defecating", "in", "the", "field", ",", "cleaning", "himself", "with", "stones", "and", "bushes", ".", "Evolution", "During", "the", "operation", ",", "the", "patient", "remained", "unstable", ",", "with", "a", "tendency", "to", "hypotension", "and", "tachyarrhythmia", ",", "and", "was", "transferred", "to", "the", "Intensive", "Care", "Unit", "(", "ICU", ")", ".", "After", "5", "days", "in", "the", "ICU", ",", "he", "was", "transferred", "to", "the", "urology", "ward", "in", "good", "general", "condition", ",", "afebrile", ",", "haemodynamically", "stable", "and", "with", "a", "good", "appearance", "of", "the", "surgical", "wound", ".", "Bacteriology", ":", "positive", "for", "Escherichia", "coli", "and", "Streptococcus", "viridans", ".", "Antibiotic", "therapy", "was", "adjusted", "according", "to", "the", "antibiogram", ".", "On", "the", "tenth", "postoperative", "day", ",", "under", "general", "anaesthesia", ",", "the", "wound", "was", "checked", "and", "the", "edges", "were", "approximated", ".", "After", "receiving", "rehabilitative", "treatment", "and", "after", "checking", "spontaneous", "urination", "following", "the", "removal", "of", "the", "bladder", "size", ",", "the", "patient", "was", "discharged", "from", "hospital", "23", "days", "after", "admission", ".", "Pathological", "anatomy", ":", "3", ".", "2", "cm", "long", "piece", "in", "the", "shape", "of", "a", "thorn", "corresponding", "to", "the", "histological", "structure", "of", "bone", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 2411, "end": 2417 }, { "text": "aerobic and anaerobic microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 2281, "end": 2317 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2440, "end": 2447 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2562, "end": 2569 }, { "text": "Bacteriology", "label": "SPECIES", "start": 2870, "end": 2882 }, { "text": "Escherichia coli", "label": "SPECIES", "start": 2897, "end": 2913 }, { "text": "Streptococcus viridans", "label": "SPECIES", "start": 2918, "end": 2940 } ]

[ "Anamnesis", "A", "53-year-old", "man", "with", "a", "history", "of", "arterial", "hypertension", ",", "he", "is", "a", "goatherd", "by", "profession", ";", "his", "work", "consists", "not", "only", "of", "looking", "after", "and", "milking", "the", "goats", "but", "also", "of", "making", "goat", "'", "s", "cheese", ".", "He", "takes", "enalapril", "as", "a", "regular", "treatment", ".", "He", "reports", "the", "appearance", "7", "days", "ago", "of", "an", "asymptomatic", "lesion", "on", "the", "dorsum", "of", "the", "palm", "of", "the", "right", "hand", ",", "with", "progressive", "growth", ".", "Subsequently", ",", "for", "the", "last", "2", "days", ",", "he", "has", "had", "a", "similar", "lesion", "on", "the", "dorsum", "of", "the", "second", "finger", "of", "the", "contralateral", "hand", ",", "but", "of", "a", "smaller", "size", ".", "She", "had", "no", "fever", "or", "other", "symptoms", ".", "Physical", "examination", "Examination", "revealed", "a", "violaceous", "nodule", "measuring", "2", ".", "5", "centimetres", "in", "diameter", ",", "with", "a", "slight", "perilesional", "erythema", "and", "some", "ulcerated", "area", "on", "the", "palm", "of", "the", "right", "hand", ",", "which", "did", "not", "fluctuate", "or", "ooze", ".", "Slight", "discomfort", "on", "palpation", ".", "On", "the", "lateral", "aspect", "of", "the", "second", "finger", "of", "the", "left", "hand", "there", "was", "a", "lesion", "of", "the", "same", "characteristics", ",", "but", "smaller", "in", "size", ".", "Complementary", "examinations", "A", "skin", "biopsy", "was", "performed", "showing", "epidermal", "necrosis", "with", "proliferation", "in", "the", "dermis", "of", "numerous", "vessels", "and", "a", "mixed", "inflammatory", "infiltrate", ".", "A", "sample", "was", "sent", "to", "microbiology", ",", "where", "particles", "of", "the", "parapoxvirus", "genus", "were", "identified", "by", "electron", "microscopy", ".", "Diagnosis", "Orf", "'", "s", "nodule", ".", "Treatment", "Given", "the", "scarce", "symptomatology", ",", "it", "was", "decided", "not", "to", "treat", ",", "but", "simply", "to", "observe", "the", "evolution", ".", "Evolution", "After", "a", "few", "weeks", "both", "lesions", "had", "resolved", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "goat", "label": "SPECIES", "start": 186, "end": 190 }, { "text": "goats", "label": "SPECIES", "start": 161, "end": 166 }, { "text": "parapoxvirus genus", "label": "SPECIES", "start": 1179, "end": 1197 } ]

[ "We", "present", "the", "case", "of", "a", "51", "year", "old", "male", ",", "who", "in", "2001", "was", "diagnosed", "with", "Common", "Variable", "Immunodeficiency", ";", "after", "various", "infectious", "complications", ",", "he", "started", "immunoglobulin", "replacement", "therapy", "in", "2005", ".", "In", "the", "context", "of", "immunosuppression", ",", "he", "developed", "chronic", "disseminated", "granulomatous", "disease", "with", "gastrointestinal", ",", "hepatic", ",", "renal", ",", "cutaneous", "and", "splenic", "involvement", "(", "giant", "splenomegaly", "requiring", "splenectomy", ")", ".", "Throughout", "the", "course", "of", "the", "disease", ",", "he", "developed", "uveitis", "of", "the", "right", "eye", "without", "a", "clear", "response", "to", "cyclosporine", "A", ",", "but", "with", "a", "partial", "response", "to", "high-dose", "prednisone", ",", "which", "has", "been", "chronically", "maintained", "(", "30", "mg", "/", "day", "for", "the", "last", "6", "years", ")", ".", "At", "one", "of", "the", "check-ups", ",", "the", "patient", "presented", "with", "symptoms", "of", "general", "malaise", ",", "headache", "that", "increased", "with", "Valsalva", "manoeuvres", ",", "fever", "of", "up", "to", "39oC", "and", "photophobia", "for", "two", "weeks", ".", "She", "was", "admitted", "for", "tests", ",", "with", "no", "significant", "findings", ";", "a", "cranial", "CT", "scan", "was", "performed", ",", "which", "showed", "no", "alterations", "except", "for", "the", "known", "chronic", "sinupathy", ".", "After", "lumbar", "puncture", ",", "CSF", "showed", "increased", "cellularity", "(", "76", "cells", ")", "with", "74", "%", "mononuclear", "cells", ",", "hyperproteinorrachia", ",", "normal", "glucose", "and", "normal", "ADA", ".", "Microbiological", "examinations", "were", "normal", "(", "gram", ",", "aerobic", "culture", ",", "microscopy", "and", "multiplex", "PCR", ")", "except", "for", "positive", "India", "ink", "staining", ",", "positive", "Cryptococcus", "neoformans", "antigen", "detection", "and", "fungal", "culture", "growth", "of", "the", "same", "microorganism", ".", "The", "clinical", "diagnosis", "was", "subacute", "meningitis", "due", "to", "Cryptococcus", "neoformans", ",", "so", "the", "patient", "started", "antifungal", "treatment", "with", "liposomal", "amphotericin", "B", "and", "flucytosine", ",", "until", "completing", "5", "weeks", "of", "treatment", ".", "After", "verifying", "clinical", "disappearance", "and", "normalisation", "of", "CSF", "biochemistry", ",", "together", "with", "microbiological", "negativisation", "of", "the", "CSF", ",", "oral", "fluconazole", "was", "started", "and", "the", "patient", "was", "discharged", "with", "outpatient", "follow-up", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 1, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 37, "end": 41 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 687, "end": 694 }, { "text": "Cryptococcus neoformans", "label": "SPECIES", "start": 1291, "end": 1314 }, { "text": "Cryptococcus neoformans", "label": "SPECIES", "start": 1440, "end": 1463 }, { "text": "antifungal", "label": "SPECIES", "start": 1488, "end": 1498 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1472, "end": 1479 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1767, "end": 1774 } ]

[ "Male", "patient", ",", "33", "years", "old", ",", "with", "a", "history", "of", "end-stage", "chronic", "renal", "failure", "secondary", "to", "polycystic", "disease", ".", "He", "was", "transplanted", "from", "a", "deceased", "donor", "at", "another", "institution", "in", "2007", ".", "He", "received", "immunosuppressive", "treatment", "with", "prednisone", ",", "tacrolimus", "and", "mycophenolate", "mofetil", ".", "In", "March", "2012", "he", "underwent", "a", "renal", "biopsy", "that", "reported", "acute", "cellular", "rejection", "Banff", "IA", ".", "He", "received", "treatment", "with", "methylprednisolone", "1500", "mg", ",", "prednisone", "50", "mg", "per", "day", ",", "mycophenolate", "3000", "mg", "per", "day", "and", "tacrolimus", "XL", "7", "mg", "per", "day", ".", "One", "month", "later", ",", "the", "patient", "presented", "with", "fever", ",", "frontal", "and", "retro-ocular", "headache", ",", "with", "decreased", "sensitivity", "in", "the", "right", "hemiface", ".", "He", "was", "evaluated", "and", "diagnosed", "with", "acute", "sinusitis", "and", "was", "started", "on", "treatment", "with", "amoxicillin", ".", "The", "patient", "did", "not", "improve", "and", "began", "to", "present", "ocular", "proptosis", ",", "oedema", "of", "the", "right", "upper", "jaw", ",", "greenish", "rhinorrhoea", ",", "diplopia", ",", "epiphora", ",", "ulcer", "in", "the", "palate", ",", "convulsions", "and", "azotemia", ".", "For", "this", "reason", "he", "was", "referred", "to", "our", "institution", ".", "On", "admission", "he", "was", "feverish", ",", "with", "oedema", "in", "the", "right", "hemicara", ",", "extensive", "ulcer", "on", "the", "hard", "palate", ",", "ocular", "proptosis", ",", "ophthalmoplegia", ",", "loss", "of", "vision", "in", "the", "right", "eye", "and", "altered", "renal", "function", ".", "Magnetic", "resonance", "imaging", "of", "the", "brain", "showed", "involvement", "of", "the", "paranasal", "sinuses", ",", "right", "orbit", ",", "frontal", "lobe", ",", "cavernous", "sinuses", ",", "right", "basal", "ganglia", "and", "ipsilateral", "area", "of", "the", "thalamus", ".", "With", "these", "findings", ",", "a", "diagnosis", "of", "MROC", "was", "made", ",", "so", "liposomal", "amphotericin", "B", "was", "started", ",", "immunosuppression", "was", "suspended", "and", "the", "patient", "underwent", "radical", "multidisciplinary", "surgery", ",", "where", "sinusitis", "drainage", ",", "drainage", "of", "the", "right", "frontal", "brain", "abscess", ",", "extensive", "resection", "of", "the", "soft", "and", "bony", "tissues", "of", "the", "right", "hemiface", ",", "enucleation", ",", "tracheostomy", "and", "gastrostomy", "were", "performed", ".", "Cultures", "and", "pathology", "confirmed", "Mucor", "infection", ".", "Additionally", "E", ".", "cloacae", ",", "C", ".", "sedlakii", ",", "K", "pneumoniae", "BLEE", "(", "β-lactamase", "extended", "spectrum", "enzyme-lactamase", ")", "positive", "were", "isolated", ".", "A", "magnetic", "resonance", "imaging", "check", "still", "shows", "involvement", "of", "the", "disease", "in", "the", "brain", ".", "However", ",", "given", "the", "extent", "and", "serious", "sequelae", "of", "more", "radical", "surgery", ",", "it", "was", "decided", "to", "continue", "medical", "management", ".", "For", "this", "reason", ",", "treatment", "was", "completed", "for", "6", "weeks", "after", "radical", "surgery", "with", "liposomal", "amphotericin", "B", ",", "meropenem", ",", "linezolid", "and", "posaconazole", "plus", "twice-weekly", "dressings", ".", "Subsequently", "he", "was", "discharged", "with", "posaconazole", "400", "mg", "every", "12", "hours", ",", "cyclosporine", "50", "mg", "every", "12", "hours", ",", "prednisone", "5", "mg", "daily", "and", "nutrition", "by", "gastrostomy", ".", "Six", "months", "later", "the", "patient", "was", "in", "good", "general", "condition", ",", "with", "no", "signs", "of", "active", "infection", "and", "with", "acceptable", "renal", "graft", "function", "(", "creatinine", "1", ".", "5", "mg", "/", "dl", ")", ".", "He", "underwent", "successful", "surgical", "reconstruction", ".", "Six", "months", "after", "reconstruction", "the", "patient", "is", "in", "good", "general", "condition", "and", "is", "currently", "planning", "to", "complete", "his", "facial", "reconstruction", "process", "." ]

[ 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "E. cloacae", "label": "SPECIES", "start": 1822, "end": 1832 }, { "text": "C. sedlakii", "label": "SPECIES", "start": 1834, "end": 1845 }, { "text": "Mucor", "label": "SPECIES", "start": 1792, "end": 1797 }, { "text": "Male patient", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 12 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5, "end": 12 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 535, "end": 542 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 753, "end": 760 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1505, "end": 1512 }, { "text": "K pneumoniae BLEE", "label": "SPECIES", "start": 1847, "end": 1864 }, { "text": "donor", "label": "HUMAN", "start": 147, "end": 152 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2499, "end": 2506 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2722, "end": 2729 } ]

[ "We", "present", "the", "case", "of", "a", "52-year-old", "male", ",", "with", "no", "known", "drug", "allergies", ",", "smoker", "of", "60", "packs", "/", "year", ",", "drinker", "of", "more", "than", "70", "g", "of", "alcohol", "per", "day", "and", "injecting", "drug", "user", "(", "IDU", ")", "undergoing", "methadone", "withdrawal", "treatment", ".", "He", "was", "diagnosed", "with", "human", "immunodeficiency", "virus", "(", "HIV", ")", "infection", "in", "1993", ",", "with", "last", "stage", "A2", ",", "starting", "antiretroviral", "treatment", "with", "stavudine", "(", "d4T", ")", ",", "didanosine", "(", "ddI", ")", "and", "nevirapine", "(", "NVP", ")", "with", "no", "adherence", "to", "it", ",", "subsequent", "abandonment", ",", "and", "poor", "attendance", "at", "regular", "check-ups", ",", "without", "presenting", "opportunistic", "infections", "or", "other", "diseases", "defining", "acquired", "immunodeficiency", "syndrome", "(", "AIDS", ")", ".", "At", "his", "last", "check-up", "(", "October", "2014", ")", ",", "he", "had", "a", "CD4", "lymphocyte", "count", "of", "500-749", "cells", "/", "mm3", "and", "a", "viral", "load", "of", "less", "than", "10", ",", "000", "copies", "/", "ml", ".", "He", "was", "also", "diagnosed", "with", "cirrhosis", "of", "the", "liver", "(", "Child", "A", ")", "due", "to", "chronic", "hepatitis", "C", "virus", "(", "HCV", ")", "genotype", "1-A", "infection", ",", "for", "which", "he", "initially", "underwent", "treatment", "with", "pegylated", "interferon", "and", "ribavirin", "with", "a", "good", "response", ",", "which", "was", "finally", "suspended", "in", "May", "2014", "due", "to", "poor", "compliance", ".", "Elastometry", ",", "stage", "F4", "(", "49", "Kpa", ")", ",", "and", "ultrasound", "were", "requested", "(", "the", "latter", "not", "performed", "by", "the", "patient", ")", ",", "with", "the", "last", "virological", "load", "control", "in", "October", "2014", "quantified", "at", "4", ",", "000", ",", "000", "IU", "/", "ml", ".", "He", "also", "had", "a", "history", "of", "self-limited", "episodes", "of", "palpable", "purpuric", "vasculitic", "lesions", "in", "acral", "areas", "with", "the", "presence", "of", "positive", "cryoglobulins", ",", "compatible", "with", "mixed", "cryoglobulinaemia", ",", "under", "study", "and", "follow-up", "by", "Dermatology", ".", "The", "patient", "came", "to", "the", "emergency", "department", "of", "our", "centre", "in", "January", "2015", ",", "brought", "by", "his", "relative", ",", "who", "reported", "a", "significant", "deterioration", "in", "his", "general", "condition", ",", "bradypsychia", ",", "bradypilepsy", "and", "disorientation", "for", "about", "three", "days", ",", "with", "the", "appearance", "of", "purpuric", "dermatological", "lesions", "with", "accompanying", "oedema", "and", "erythema", "on", "the", "hands", ",", "elbows", "and", "lower", "limbs", "in", "the", "last", "24", "hours", ".", "On", "arrival", "at", "the", "emergency", "department", ",", "he", "presented", "with", "poor", "general", "condition", ",", "with", "temporospatial", "disorientation", ",", "incoherent", "speech", "and", "somnolence", ",", "with", "12", "points", "on", "the", "Glasgow", "scale", ",", "ocular", "response", "to", "verbal", "stimuli", "and", "no", "response", "to", "orders", "or", "ability", "to", "collaborate", ".", "He", "showed", "signs", "of", "dehydration", "on", "skin", "and", "mucous", "membranes", ",", "with", "haemodynamic", "stability", "(", "blood", "pressure", "111", "/", "80", "mmHg", "and", "heart", "rate", "62", "bpm", ")", ",", "and", "remained", "afebrile", "with", "a", "tendency", "to", "hypothermia", "(", "35", ".", "4oC", ")", ".", "Neurologically", ",", "there", "was", "no", "evidence", "of", "nuchal", "rigidity", "or", "other", "meningeal", "signs", ",", "with", "isochoric", "and", "normoreactive", "pupils", "and", "preserved", "extrinsic", "ocular", "movements", ",", "with", "no", "other", "appreciable", "neurological", "deficits", "and", "flexor", "plantar", "cutaneous", "reflexes", ".", "Cardiopulmonary", "examination", "revealed", "rhythmic", "and", "pure", "cardiac", "tones", ",", "without", "audible", "murmurs", ",", "and", "preserved", "vesicular", "murmur", "without", "added", "pathological", "noises", ",", "eupneic", "with", "pulse", "oximetry", "of", "98", "%", "on", "room", "air", ".", "The", "abdomen", "is", "soft", "and", "depressible", ",", "with", "no", "apparent", "tender", "points", "or", "signs", "of", "peritonism", ",", "with", "palpation", "of", "hepatomegaly", "of", "about", "3", "cm", "below", "the", "costal", "margin", "and", "preserved", "hydro-aerial", "sounds", ".", "There", "were", "maculopapular", "and", "blistering", "violaceous", "dermatological", "lesions", "on", "the", "hands", "and", "feet", "with", "accompanying", "oedema", "and", "erythema", ".", "Additional", "tests", "included", "a", "complete", "blood", "count", ",", "coagulation", ",", "biochemistry", ",", "venous", "blood", "gases", ",", "electrocardiogram", ",", "chest", "X-ray", "and", "serial", "blood", "cultures", ".", "Analytically", ",", "leukocytosis", "of", "25050", "cells", "/", "mm3", "with", "17443", "neutrophils", "/", "mm3", ",", "lengthening", "of", "coagulation", "times", "with", "INR", "at", "3", ".", "6", ",", "discrete", "acidosis", "(", "pH", "7", ".", "33", ",", "pCO2", "36", ".", "9", "mmHg", "and", "HCO3", "19", ".", "5", "mmol", "/", "l", ")", ",", "hypoglycaemia", "(", "39", "mg", "/", "dl", ")", "and", "elevated", "plasma", "levels", "of", "creatinine", "(", "2", ".", "94", "mg", "/", "dl", ")", ",", "urea", "(", "198", "mg", "/", "dl", ")", ",", "potassium", "(", "7", ".", "2", "mEq", "/", "l", ")", ",", "CPK", "(", "1108", "U", "/", "L", ")", ",", "LDH", "(", "1150", "U", "/", "L", ")", ",", "GOT", "(", "244", "U", "/", "L", ")", ",", "lactate", "(", "4", ".", "1", "mmol", "/", "l", ")", ",", "procalcitonin", "(", "2", ".", "2", "ng", "/", "ml", ")", "and", "CRP", "(", "132", ".", "22", "mg", "/", "l", ")", ".", "Chest", "X-ray", "and", "ECG", "showed", "no", "pathological", "findings", ".", "Differential", "diagnosis", "The", "patient", "was", "HIV", "/", "HCV", "co-infected", "with", "poor", "adherence", "to", "treatment", "and", "presented", "with", "acute", "encephalopathy", "associated", "with", "severe", "deterioration", "of", "his", "general", "condition", ",", "palpable", "and", "blistering", "purpuric", "skin", "lesions", ",", "erythematous-violaceous", "lesions", "on", "the", "extremities", ",", "a", "significant", "elevation", "of", "acute", "phase", "reactants", "(", "neutrophilia", ",", "CRP", "and", "procalcitonin", ")", "and", "multi-organ", "failure", "due", "to", "acute", "or", "exacerbated", "chronic", "renal", "and", "hepatic", "insufficiency", ".", "First", ",", "in", "the", "event", "of", "acute", "meningitis", ",", "early", "empirical", "antibiotic", "therapy", "is", "administered", "with", "intravenous", "(", "iv", ")", "cefotaxime", "2g", "and", "dexamethasone", ".", "In", "the", "event", "of", "severe", "sepsis", "with", "probable", "focus", "in", "soft", "tissue", "or", "central", "nervous", "system", ",", "associated", "with", "multi-organ", "failure", ",", "empirical", "antibiotic", "therapy", "is", "extended", "with", "ampicillin", "and", "vancomycin", ",", "maintaining", "cefotaxime", "and", "corticotherapy", ".", "Regarding", "the", "encephalopathy", ",", "whatever", "the", "primary", "condition", "in", "this", "case", ",", "it", "seems", "sensible", "to", "consider", "a", "multifactorial", "component", ",", "and", "given", "the", "patient", "'", "s", "chronic", "HCV", "infection", ",", "even", "a", "hepatic", "predominance", "of", "the", "process", "with", "the", "development", "of", "hepatic", "encephalopathy", "can", "be", "considered", ".", "Nor", "can", "the", "presence", "of", "an", "opportunistic", "infection", ",", "an", "HIV-associated", "entity", "or", "even", "an", "AIDS-defining", "disease", "be", "ruled", "out", "at", "this", "point", ",", "and", "it", "should", "be", "remembered", "that", "the", "patient", "is", "an", "active", "consumer", "of", "intravenous", "toxins", ".", "Finally", ",", "we", "must", "not", "forget", "the", "possibility", "that", "the", "current", "symptoms", "may", "be", "secondary", "to", "the", "suspected", "mixed", "cryoglobulinaemia", "in", "this", "patient", ".", "Evolution", "In", "the", "hours", "following", "his", "admission", "for", "observation", ",", "the", "patient", "developed", "progressive", "deterioration", "of", "his", "general", "and", "analytical", "condition", ",", "with", "a", "tendency", "towards", "hypotension", ",", "tachycardia", ",", "tachypnoea", "and", "worsening", "of", "the", "encephalopathic", "symptoms", "and", "the", "dermatological", "lesions", ",", "which", "became", "widespread", "in", "the", "extremities", "and", "intensely", "painful", ",", "Most", "of", "the", "lesions", "were", "blisters", "on", "an", "erythematous-violaceous", "background", ",", "while", "others", "were", "necrotic", "in", "content", ",", "some", "showing", "a", "solution", "of", "continuity", "and", "loss", "of", "substance", "with", "slight", "bleeding", ",", "along", "with", "others", "with", "a", "scar-like", "appearance", "of", "pinkish", "colouring", "and", "palpable", "purpuric", "lesions", "on", "the", "thighs", "and", "arms", ".", "Assessment", "by", "the", "Intensive", "Care", "Department", "was", "requested", ",", "which", "indicated", "admission", "to", "the", "Intensive", "Care", "Unit", ".", "During", "the", "first", "hours", "of", "admission", "to", "the", "Intensive", "Care", "Unit", "(", "ICU", ")", ",", "thrombocytopenia", "(", "76", ",", "000", "platelets", ")", "associated", "with", "the", "lengthening", "of", "coagulation", "times", "detected", "in", "the", "Emergency", "Department", "was", "observed", ",", "which", "was", "maintained", "during", "admission", ",", "and", "therefore", "it", "was", "decided", "not", "to", "perform", "a", "lumbar", "puncture", "or", "other", "invasive", "diagnostic", "techniques", ".", "He", "was", "assessed", "jointly", "by", "the", "Infectious", "Diseases", ",", "Dermatology", "and", "Intensive", "Care", "departments", "to", "coordinate", "a", "therapeutic", "strategy", ",", "deciding", "to", "maintain", "the", "aforementioned", "empirical", "antibiotherapy", ",", "adding", "antiretroviral", "therapy", "with", "doluteglavir", ",", "tenofovir", "and", "emtricitabine", "and", "postponing", "the", "start", "of", "specific", "treatment", "for", "HCV", "depending", "on", "the", "patient", "'", "s", "recovery", ".", "It", "was", "also", "decided", "to", "start", "treatment", "with", "cyclophosphamide", "due", "to", "the", "high", "suspicion", "of", "cryoglobulinemic", "vasculitis", ".", "Similarly", ",", "antibiotic", "prophylaxis", "was", "started", "given", "the", "patient", "'", "s", "baseline", "pathology", "in", "the", "absence", "of", "stable", "treatment", ".", "72", "hours", "after", "admission", "to", "hospital", ",", "Microbiology", "reported", "yeast", "growth", "in", "the", "blood", "cultures", "taken", "on", "admission", ",", "so", "empirical", "treatment", "with", "caspofungin", "was", "started", ".", "Finally", ",", "the", "fungus", "was", "identified", "as", "Candida", "albicans", ",", "but", "the", "focus", "of", "the", "fungus", "was", "not", "elucidated", ",", "and", "antifungal", "treatment", "was", "de-escalated", "to", "fluconazole", ".", "On", "the", "sixth", "day", "of", "admission", ",", "Mycobiology", "again", "reported", "the", "growth", "of", "methicillin-sensitive", "Staphylococcus", "aureus", "in", "the", "blood", "cultures", "initially", "extracted", ".", "The", "patient", "was", "assessed", "by", "the", "Ophthalmology", "department", ",", "which", "found", "no", "alterations", "in", "the", "fundus", "examination", ";", "Cardiology", ",", "which", "performed", "transthoracic", "echocardiography", ",", "detecting", "significant", "pulmonary", "hypertension", "(", "80mmHg", ")", "with", "dilatation", "of", "the", "right", "chambers", ",", "dilated", "left", "atrium", ",", "preserved", "systolic", "function", "and", "absence", "of", "intracavitary", "lesions", ";", "and", "Rheumatology", ",", "which", "reported", "cryoglobulinemic", "vasculitis", "and", "advised", "maintaining", "corticotherapy", "and", "treatment", "with", "cyclophosphamide", ".", "A", "cranial", "CT", "scan", "was", "also", "performed", ",", "which", "was", "normal", ",", "as", "was", "the", "HIV", "viral", "load", "(", "373", ",", "000", "copies", "/", "ml", ")", "and", "cell", "count", "(", "200", "CD4", "/", "mm3", ")", ".", "The", "patient", "began", "to", "progress", "favourably", ",", "with", "improvement", "in", "renal", ",", "hepatic", "and", "neurological", "function", ",", "dermatological", "lesions", ",", "and", "a", "decrease", "in", "acute", "phase", "reactants", ".", "Once", "stabilised", ",", "he", "was", "transferred", "to", "the", "Infectious", "Diseases", "ward", ",", "where", "he", "continued", "to", "progress", "favourably", "until", "discharge", "21", "days", "after", "admission", ".", "Definitive", "diagnosis", "The", "patient", "was", "discharged", "with", "the", "diagnoses", "of", "mixed", "cryoglobulinaemia", "secondary", "to", "HIV", "/", "HCV", "coinfection", "with", "development", "of", "severe", "sepsis", "of", "probable", "soft", "tissue", "origin", "with", "Candida", "albicans", "candidemia", "and", "methicillin-sensitive", "Staphylococcus", "aureus", "bacteraemia", ",", "acute", "encephalopathy", "of", "multifactorial", "aetiology", "(", "hepatic", "encephalopathy", "and", "/", "or", "encephalopathy", "associated", "with", "sepsis", "(", "EAS", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 4, 4, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 841, "end": 844 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 268, "end": 271 }, { "text": "antiretroviral", "label": "SPECIES", "start": 321, "end": 335 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1134, "end": 1141 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 37, "end": 41 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 705, "end": 710 }, { "text": "virological", "label": "SPECIES", "start": 1158, "end": 1169 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3788, "end": 3795 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4774, "end": 4781 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5091, "end": 5098 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5280, "end": 5287 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5358, "end": 5365 }, { "text": "Candida albicans", "label": "SPECIES", "start": 7246, "end": 7262 }, { "text": "methicillin-sensitive Staphylococcus aureus", "label": "SPECIES", "start": 7442, "end": 7485 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 6759, "end": 6762 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 8085, "end": 8088 }, { "text": "antifungal", "label": "SPECIES", "start": 7316, "end": 7326 }, { "text": "antiretroviral", "label": "SPECIES", "start": 6638, "end": 6652 }, { "text": "yeast", "label": "SPECIES", "start": 7100, "end": 7105 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6780, "end": 6787 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6975, "end": 6982 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 7533, "end": 7540 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 8089, "end": 8094 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 8155, "end": 8162 }, { "text": "Candida albicans", "label": "SPECIES", "start": 8670, "end": 8686 }, { "text": "methicillin-sensitive Staphylococcus aureus", "label": "SPECIES", "start": 8702, "end": 8745 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 8584, "end": 8587 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 8580, "end": 8583 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 8746, "end": 8757 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 8498, "end": 8505 } ]

[ "", "A", "66-year-old", "man", "presented", "to", "the", "emergency", "department", "of", "the", "Mantua", "municipal", "hospital", "in", "November", "2011", "with", "severe", "spontaneous", "skin", "and", "muscle", "haemorrhage", ".", "He", "had", "no", "history", "of", "bleeding", ".", "Blood", "tests", "revealed", "normocytic", "anaemia", "(", "haemoglobin", "9", "g", "/", "dL", ")", "with", "normal", "leukocyte", "and", "thrombocyte", "counts", "and", "prolonged", "activated", "partial", "thromboplastin", "time", "(", "ratio", "2", ".", "97", ",", "normal", "range", "0", ".", "82-1", ".", "18", ")", ",", "with", "normal", "prothrombin", "time", ".", "A", "mixing", "study", "failed", "to", "correct", "the", "activated", "partial", "thromboplastin", "time", ",", "suggesting", "the", "presence", "of", "an", "inhibitor", "that", "was", "correctly", "identified", "as", "targeting", "factor", "VIII", "(", "FVIII", "<", "1", "%", ",", "inhibitor", "value", "25", "Bethesda", "units", "[", "BU", "]", ")", ".", "A", "diagnosis", "of", "idiopathic", "acquired", "haemophilia", "A", "(", "HAA", ")", "was", "established", ".", "The", "patient", "was", "successfully", "treated", "with", "i", ".", "v", ".", "recombinant", "activated", "factor", "VII", "(", "90", "μg", "/", "kg", "every", "3", "days", ")", ".", "(", "90", "μg", "/", "kg", "every", "3", "hours", "until", "arrest", "of", "bleeding", ")", "and", "oral", "prednisone", "and", "cyclophosphamide", "(", "1", "mg", "/", "kg", "per", "day", "for", "4", "weeks", ",", "then", "tapering", ")", ",", "with", "complete", "remission", "at", "day", "+", "21", ".", "After", "a", "period", "of", "9", "years", "in", "good", "health", ",", "with", "normal", "coagulation", "tests", "performed", "every", "6", "months", ",", "the", "patient", "was", "re-admitted", "to", "Mantua", "municipal", "hospital", "in", "March", "2020", "because", "of", "fever", "(", "38", ".", "7", "°", "C", ")", ",", "cough", ",", "asthenia", "and", "respiratory", "distress", "of", "3", "days", "'", "evolution", ".", "The", "diagnosis", "of", "coronavirus", "disease", "2019", "(", "COVID-19", ")", "was", "confirmed", "by", "RT-PCR", "of", "nasal", "smear", ".", "A", "chest", "CT", "scan", "showed", "bilateral", "interstitial", "pneumonia", ".", "Because", "of", "the", "concomitant", "presence", "of", "an", "extensive", "haematoma", "in", "the", "trunk", ",", "a", "TTPa", "analysis", "was", "performed", ",", "which", "revealed", "a", "prolonged", "time", "(", "ratio", "2", ".", "87", ")", ".", "Again", ",", "a", "diagnosis", "of", "HAA", "was", "established", "(", "FVIII", "<", "1", "%", ",", "inhibitor", "value", "19", "BU", ")", "and", "the", "patient", "was", "treated", "with", "the", "same", "antihaemorrhagic", "and", "immunosuppressive", "regimen", ",", "with", "complete", "remission", "on", "day", "+", "20", ".", "In", "addition", ",", "the", "patient", "received", "antivirals", "(", "lopinavir", "/", "ritonavir", "400", "mg", "twice", "daily", ")", "and", "non-invasive", "mechanical", "ventilation", "with", "oxygen", "therapy", ",", "due", "to", "severe", "acute", "respiratory", "syndrome", "coronavirus", "2", "(", "SARS-CoV-2", ")", "infection", ",", "with", "resolution", "of", "the", "disease", "on", "day", "+", "14", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 718, "end": 725 }, { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 18 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1094, "end": 1101 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1640, "end": 1647 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1775, "end": 1782 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 1961, "end": 1971 }, { "text": "antivirals", "label": "SPECIES", "start": 1792, "end": 1802 } ]

[ "A", "48-year-old", "woman", "reported", "progressive", "tiredness", "over", "months", "of", "evolution", ",", "skin", "pallor", "and", "constant", "dry", "cough", ".", "After", "consulting", "her", "primary", "care", "doctor", ",", "she", "was", "referred", "to", "the", "Internal", "Medicine", "department", "where", "she", "was", "referred", "for", "further", "investigation", ".", "There", "was", "no", "history", "of", "interest", "except", "for", "the", "implantation", "of", "a", "permanent", "pacemaker", "in", "1997", "for", "congenital", "atrioventricular", "block", "(", "single-chamber", "VDD", ")", ".", "In", "relation", "to", "this", "device", ",", "in", "2008", "he", "presented", "with", "a", "first", "episode", "of", "local", "infection", "with", "extrusion", "of", "the", "generator", ",", "isolating", "Staphylococcus", "epidermidis", ",", "so", "the", "system", "was", "removed", "by", "percutaneous", "traction", "(", "TPC", ")", "and", "a", "new", "device", "was", "implanted", "via", "the", "right", "subclavian", "artery", "(", "bicameral", "VDD", ")", ".", "During", "this", "extraction", ",", "a", "fragment", "of", "the", "cable", "was", "retained", "in", "the", "right", "ventricle", "(", "tip", ")", ",", "leaving", "a", "metallic", "thread", "that", "reached", "the", "left", "subclavian", "artery", ".", "Subsequently", ",", "in", "2014", ",", "he", "developed", "a", "new", "local", "infection", "in", "the", "generator", "bag", ",", "this", "time", "isolating", "Corynebacterium", "amycolatum", "in", "puncture", "and", "aspiration", "of", "purulent", "fluid", "present", "at", "this", "level", ".", "After", "screening", "for", "associated", "endocarditis", "(", "negative", "blood", "cultures", "and", "transesophageal", "echocardiography", ")", ",", "the", "system", "underwent", "a", "new", "CPT", ".", "During", "this", "procedure", ",", "the", "atrial", "lead", "was", "removed", ",", "but", "the", "right", "ventricular", "free", "wall", "was", "torn", "when", "the", "ventricular", "lead", "was", "pulled", ",", "resulting", "in", "pericardial", "tamponade", "and", "haemodynamic", "shock", ".", "The", "condition", "was", "resolved", "by", "conservative", "measures", "(", "volume", "support", ")", ",", "without", "the", "need", "for", "open", "cardiac", "surgery", ",", "but", "with", "abandonment", "of", "the", "ventricular", "lead", ",", "which", "was", "cut", "at", "the", "level", "of", "its", "entry", "into", "the", "right", "subclavian", "artery", "with", "implantation", "of", "a", "new", "bicameral", "pacing", "device", "via", "the", "femoral", "artery", ".", "Chest", "X-ray", ":", "all", "the", "systems", "retained", "prior", "to", "surgery", "can", "be", "seen", ",", "as", "well", "as", "the", "functioning", "femoral", "insertion", "pacemaker", ".", "Antimicrobial", "treatment", "with", "IV", "teicoplanin", "is", "indicated", "for", "two", "weeks", "post-extraction", "and", "follow-up", "(", "periodic", "serial", "blood", "cultures", ")", "for", "12", "months", "(", "negative", ")", ".", "Since", "then", ",", "asymptomatic", "and", "uneventful", "until", "the", "onset", "of", "the", "asthenia", "and", "cough", "reported", "in", "mid-2016", ",", "for", "which", "a", "study", "was", "initiated", ",", "revealing", "megaloblastic", "anaemia", "with", "normal", "folic", "acid", "and", "vitamin", "B", "12", ",", "deterioration", "of", "renal", "function", "(", "with", "elevated", "creatinine", ",", "proteinuria", "and", "haematuria", ")", "and", "a", "monoclonal", "gammopathy", "of", "uncertain", "significance", "with", "bone", "marrow", "study", "(", "aspirate", "and", "subsequent", "biopsy", ")", "with", "no", "data", "suggestive", "of", "myeloma", ".", "Due", "to", "the", "patient", "'", "s", "history", ",", "it", "was", "decided", "to", "perform", "transthoracic", "echocardiography", ",", "which", "showed", "no", "vegetations", "in", "the", "functioning", "or", "retained", "leads", ",", "nor", "lesions", "at", "the", "valvular", "level", ".", "Likewise", ",", "the", "blood", "cultures", "taken", "were", "initially", "negative", ".", "The", "patient", "continued", "to", "worsen", ",", "with", "persistent", "cough", "and", "developed", "frank", "hepatomegaly", "(", "8", "cm", "below", "the", "costal", "arch", ")", ",", "ascites", "and", "malleolar", "oedema", ".", "In", "view", "of", "these", "findings", ",", "the", "case", "was", "referred", "to", "Infectious", "Diseases", "and", "the", "patient", "was", "admitted", ".", "Blood", "tests", "on", "admission", "showed", "blood", "glucose", "and", "ions", "in", "range", ",", "impaired", "renal", "function", "with", "creatinine", "of", "1", ".", "53", "mg", "/", "dl", ",", "C-reactive", "protein", "of", "39", "mg", "/", "L", ",", "proteinuria", "of", "1", ".", "5", "g", "/", "24", "h", "and", "haematuria", ".", "The", "haemogram", "showed", "leucopenia", "(", "3", ",", "400", "/", "mm3", ")", ",", "anaemia", "with", "haemoglobin", "6", ".", "8", "g", "/", "dl", "(", "MCV", ":", "112", "fl", ")", "and", "60", ",", "000", "platelets", ".", "Differential", "diagnosis", "Initially", ",", "a", "study", "of", "megaloblastic", "anaemia", "was", "considered", "due", "to", "the", "asthenia", "and", "pallor", "of", "months", "of", "evolution", "with", "screening", "for", "possible", "haematological", "disease", "such", "as", "multiple", "myeloma", "or", "amyloidosis", "that", "could", "also", "justify", "the", "renal", "involvement", ";", "without", "considering", "infection", "of", "the", "electro-stimulation", "system", "as", "a", "clear", "diagnostic", "possibility", ",", "due", "to", "the", "absence", "of", "fever", "and", "cardiac", "semiology", ",", "and", "the", "negativity", "of", "the", "first", "blood", "cultures", "taken", ",", "as", "well", "as", "a", "non-diagnostic", "transthoracic", "echocardiographic", "study", ".", "Regarding", "the", "deterioration", "of", "the", "patient", "'", "s", "renal", "function", "with", "haematuria", "and", "proteinuria", ",", "we", "can", "consider", "various", "diagnostic", "options", "such", "as", "mesangio-capillary", "glomerulonephritis", "secondary", "to", "systemic", "infection", "or", "a", "possible", "parenchymal", "infiltration", "by", "amyloidosis", "in", "the", "context", "of", "chronic", "infection", "of", "the", "system", "(", "if", "we", "assume", "persistence", "of", "the", "same", "since", "the", "last", "manipulation", "of", "the", "system", "two", "years", "earlier", ")", ".", "Amyloidosis", ",", "caused", "by", "extracellular", "deposition", "of", "fibrillar", "protein", "material", ",", "can", "manifest", "locally", "or", "systemically", "and", "can", "be", "primary", "or", "secondary", "to", "a", "chronic", "process", "(", "inflammatory", "or", "infectious", ")", ".", "In", "systemic", "amyloidosis", ",", "the", "kidney", "is", "affected", "in", "up", "to", "80-90", "%", "of", "cases", "depending", "on", "the", "series", ",", "significantly", "worsening", "the", "patient", "'", "s", "prognosis1", ".", "1", "Hence", ",", "despite", "its", "infrequency", ",", "it", "should", "be", "included", "in", "the", "differential", "diagnosis", "of", "progressive", "renal", "failure", ",", "especially", "when", "there", "is", "evidence", "of", "intense", "proteinuria", ",", "as", "in", "our", "case", ".", "We", "could", "also", "explain", "other", "symptoms", "presented", "by", "the", "patient", "such", "as", "asthenia", ",", "ascites", ",", "anaemia", ",", "arthralgias", ".", ".", ".", "due", "to", "the", "deposition", "of", "amyloid", "in", "other", "tissues", ".", "Another", "diagnosis", "to", "consider", "was", "that", "of", "mesangio-capillary", "glomerulonephritis", "secondary", "to", "systemic", "infection", ",", "or", "also", "the", "possibility", "of", "a", "reno-pulmonary", "syndrome", ",", "such", "as", "anti-glomerular", "basement", "membrane", "antibody", "disease", "(", "classically", ",", "Goodpasture", "'", "s", "disease", ")", ",", "or", "other", "diseases", "secondary", "to", "tissue", "deposits", "such", "as", "systemic", "lupus", "erythematosus", "(", "more", "likely", "given", "the", "patient", "'", "s", "epidemiological", "characteristics", ")", ",", "Schölein-Henoch", "purpura", ",", "essential", "mixed", "cryoglublinaemia", "or", "other", "small", "vessel", "vasculitis", "and", "rapidly", "progressive", "immune-mediated", "glomerulonephritis", ".", "All", "these", "conditions", "could", "have", "been", "diagnosed", "by", "determination", "of", "the", "antibodies", "causing", "pulmonary", "and", "renal", "involvement", "and", "/", "or", "a", "renal", "biopsy", ",", "which", "was", "originally", "scheduled", ".", "However", ",", "taking", "into", "account", "the", "patient", "'", "s", "personal", "history", ",", "we", "preferred", "to", "focus", "on", "the", "search", "for", "a", "possible", "recurrence", "of", "the", "infection", "of", "the", "implanted", "electrostimulation", "system", "that", "caused", "a", "probable", "glomerulonephritis", "secondary", "to", "this", "infectious", "condition", "and", "pulmonary", "symptoms", "secondary", "to", "the", "presence", "of", "septic", "embolisms", "from", "the", "right", "heart", "cavities", ".", "In", "our", "case", ",", "we", "had", "a", "previous", "echocardiography", "without", "vegetations", "and", "negative", "blood", "cultures", ".", "However", ",", "the", "existence", "of", "aetiological", "agents", "causing", "infective", "endocarditis", "with", "negative", "blood", "cultures", "should", "always", "be", "considered", ",", "such", "as", "Coxiella", "burnetii", ",", "Bartonella", "spp", ",", "Legionella", "spp", ",", "Mycoplasma", "spp", ",", "T", ".", "whipplei", "or", "slow-growing", "microorganisms", "with", "special", "requirements", "or", "difficult", "to", "determine", ",", "such", "as", "the", "members", "of", "the", "HACEK", "group", "(", "Haemophilus", ",", "Aggregatibacter", ",", "Cardiobacterium", ",", "Eikenella", "and", "Kingella", "spp", ")", ",", "or", "others", "such", "as", "Abiothrophia", "spp", ",", "Granulicatella", "spp", "or", "Corynebacterium", "spp", ".", "In", "these", "cases", "it", "is", "always", "advisable", "to", "take", "repeated", "blood", "cultures", "and", "it", "should", "also", "be", "taken", "into", "account", "that", "in", "infections", "on", "synthetic", "material", ",", "the", "grouping", "of", "microorganisms", "in", "biofilms", "can", "lead", "to", "very", "silent", "pictures", ",", "with", "blood", "cultures", "only", "positive", "episodically", ",", "when", "planktonic", "microorganisms", "are", "released", "into", "the", "bloodstream", "from", "the", "matrix", ".", "On", "the", "other", "hand", ",", "the", "yield", "of", "transthoracic", "ultrasound", "in", "infection", "of", "these", "devices", "does", "not", "go", "beyond", "20-30", "%", ",", "so", "other", "diagnostic", "procedures", "must", "often", "be", "considered", ".", "Evolution", "New", "blood", "cultures", "were", "taken", "(", "several", "serial", "batches", "on", "different", "days", ")", "and", "kept", "in", "prolonged", "incubation", ",", "obtaining", "isolation", "in", "series", "belonging", "to", "two", "different", "days", "of", "Corynebacterium", "amycolatum", ",", "with", "the", "same", "antibiogram", "as", "that", "isolated", "in", "the", "previous", "episode", "of", "infection", "of", "the", "electrostimulation", "system", "(", "resistant", "to", "beta-lactams", ",", "macrolides", "and", "quinolones", ")", ".", "Transesophageal", "echocardiography", "showed", "complete", "destruction", "of", "the", "septal", "leaflet", "of", "the", "tricuspid", "valve", ",", "causing", "severe", "regurgitation", ",", "with", "visualisation", "of", "small", "vegetations", "(", "less", "than", "1", "cm", ")", "in", "the", "cable", ",", "and", "a", "PET", "/", "CT", "study", "showed", "local", "hypermetabolic", "lesions", "at", "the", "intracardiac", "level", "and", "in", "the", "right", "infraclavicular", "fossa", "in", "relation", "to", "metallic", "material", ",", "as", "well", "as", "several", "diffuse", "hypermetabolic", "lesions", "in", "the", "right", "lung", ".", "PET", "/", "CT", ":", "metabolic", "hypermetabolic", "uptake", "at", "intracardiac", "level", ".", "Combining", "the", "clinical", "aspects", "of", "the", "patient", ",", "the", "history", "of", "previous", "manipulation", "of", "the", "system", "and", "the", "blood", "cultures", "repeatedly", "positive", "for", "Corynebacterium", "amycolatum", "with", "a", "positive", "echocardiography", ",", "based", "on", "Duke", "'", "s", "diagnostic", "criteria", ",", "the", "diagnosis", "of", "tricuspid", "endocarditis", "secondary", "to", "systemic", "infection", "of", "the", "cardiac", "electrostimulation", "system", "was", "reached", ".", "Antibiotic", "treatment", "was", "then", "started", "with", "linezolid", ",", "which", "was", "poorly", "tolerated", "and", "had", "adverse", "effects", "on", "the", "skin", "and", "haematology", "(", "significant", "pancytopenia", ")", ",", "so", "teicoplanin", "(", "400", "mg", "/", "24", "h", ")", "was", "switched", "to", "and", "open", "cardiac", "surgery", "was", "scheduled", ".", "After", "recovery", "from", "the", "spinal", "cord", "aplasia", "secondary", "to", "linezolid", ",", "surgery", "was", "performed", "without", "incident", ",", "and", "the", "retained", "wires", "and", "the", "femoral", "insertion", "stimulation", "system", "were", "removed", ".", "At", "the", "valvular", "level", ",", "significant", "destruction", "of", "the", "tricuspid", "valve", "was", "observed", ",", "with", "total", "disappearance", "of", "the", "septal", "leaflet", "and", "involvement", "of", "the", "posterior", "leaflet", ",", "so", "valve", "replacement", "with", "a", "biological", "prosthesis", "was", "chosen", ".", "Finally", ",", "as", "the", "patient", "was", "completely", "pacemaker-dependent", ",", "a", "definitive", "epicardial", "pacemaker", "was", "placed", ",", "with", "good", "pacing", "thresholds", ".", "The", "patient", "'", "s", "postoperative", "course", "was", "favourable", "with", "disappearance", "of", "signs", "of", "right", "failure", "and", "cough", ",", "progressive", "normalisation", "of", "renal", "function", "and", "complete", "haematological", "recovery", ".", "Final", "diagnosis", "Finally", ",", "the", "diagnosis", "was", "reached", "by", "microbiological", "culture", "and", "universal", "genomic", "analysis", "of", "the", "extracted", "system", ".", "Despite", "negative", "culture", "results", "after", "antimicrobial", "treatment", ",", "PCR", "genomic", "analysis", "of", "RNAr16S", "showed", "the", "presence", "of", "Corynebacterium", "amycolatum", "in", "the", "lead", "of", "the", "second", "implanted", "stimulation", "system", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 19 }, { "text": "Staphylococcus epidermidis", "label": "SPECIES", "start": 545, "end": 571 }, { "text": "Corynebacterium amycolatum", "label": "SPECIES", "start": 968, "end": 994 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2442, "end": 2449 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2684, "end": 2691 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2908, "end": 2915 }, { "text": "Bartonella spp", "label": "SPECIES", "start": 6270, "end": 6284 }, { "text": "Coxiella burnetii", "label": "SPECIES", "start": 6251, "end": 6268 }, { "text": "HACEK", "label": "SPECIES", "start": 6441, "end": 6446 }, { "text": "Haemophilus", "label": "SPECIES", "start": 6454, "end": 6465 }, { "text": "Legionella spp", "label": "SPECIES", "start": 6286, "end": 6300 }, { "text": "Mycoplasma spp", "label": "SPECIES", "start": 6302, "end": 6316 }, { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 6346, "end": 6360 }, { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 6778, "end": 6792 }, { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 6903, "end": 6917 }, { "text": "planktonic microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 6892, "end": 6917 }, { "text": "Corynebacterium amycolatum", "label": "SPECIES", "start": 8159, "end": 8185 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 9070, "end": 9077 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 9193, "end": 9200 }, { "text": "Corynebacterium amycolatum", "label": "SPECIES", "start": 9631, "end": 9657 } ]

[ "This", "is", "a", "46-year-old", "male", "patient", ",", "unknown", "illness", ",", "with", "no", "history", "of", "drug", "addiction", ",", "with", "a", "3-month", "subacute", "history", "of", "constitutional", "symptoms", "associated", "with", "hyporexia", ",", "asthenia", "and", "adynamia", "with", "unintentional", "weight", "loss", "of", "8", "kg", ".", "In", "addition", ",", "with", "evidence", "of", "quantified", "fever", "predominantly", "at", "night", "and", "progressive", "dyspnoea", "at", "rest", "associated", "with", "podalic", "oedema", ".", "A", "transthoracic", "echocardiogram", "showed", "aortic", "endocarditis", "with", "a", "highly", "mobile", "aortic", "vegetation", "of", "12", "mm", ",", "severe", "aortic", "insufficiency", ",", "severe", "mitral", "insufficiency", "and", "congestive", "heart", "failure", ".", "A", "positive", "blood", "culture", "for", "penicillin-sensitive", "Streptococcus", "gallolyticus", "was", "documented", ",", "and", "antibiotic", "coverage", "was", "initiated", ".", "Among", "the", "laboratory", "studies", ",", "a", "computed", "axial", "tomography", "of", "the", "lumbar", "spine", "was", "performed", ",", "which", "showed", "hypodense", "areas", "in", "the", "spleen", "suggestive", "of", "infarction", ".", "In", "addition", ",", "a", "coronary", "catheterisation", "was", "performed", ",", "documenting", "an", "aneurysm", "in", "the", "right", "coronary", "artery", "of", "8", ".", "3mm", "permeable", ",", "without", "lesions", ".", "The", "patient", "presented", "criteria", "for", "emergency", "surgery", ";", "however", ",", "due", "to", "the", "germ", "associated", "with", "this", "case", ",", "surgery", "was", "postponed", "in", "search", "of", "gastrointestinal", "neoplasia", ".", "On", "the", "eighth", "day", "of", "antibiotic", "treatment", ",", "the", "patient", "presented", "sudden", "deterioration", "of", "consciousness", ",", "the", "CT", "scan", "of", "the", "central", "nervous", "system", "showed", "right", "intraparenchymal", "haemorrhage", ",", "for", "which", "he", "was", "taken", "to", "the", "operating", "room", "and", "a", "ruptured", "aneurysm", "of", "the", "right", "middle", "cerebral", "artery", "suggestive", "of", "mycotic", "aneurysm", "was", "documented", ",", "the", "haematoma", "was", "drained", "and", "clipping", "was", "performed", ".", "The", "patient", "died", "two", "days", "after", "surgery", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 27, "end": 34 }, { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 34 }, { "text": "germ", "label": "SPECIES", "start": 1079, "end": 1083 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1009, "end": 1016 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1221, "end": 1228 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1573, "end": 1580 } ]

[ "Reason", "for", "consultation", "\"", "I", "feel", "anxious", "\"", ".", "Individual", "approach", "(", "anamnesis", ",", "examination", ",", "complementary", "tests", ")", "Anamnesis", ":", "38", "year", "old", "female", "patient", ",", "who", "the", "day", "before", "suffers", "an", "episode", "of", "anxiety", "for", "the", "second", "time", "at", "work", "(", "first", "episode", "2", "weeks", "ago", ")", ",", "feeling", "pressure", "in", "the", "chest", ",", "unable", "to", "speak", ",", "generally", "\"", "very", "bad", "\"", ".", "She", "suffered", "syncope", "after", "anxiety", "attack", ",", "attended", "a", "private", "hospital", "where", "she", "was", "given", "diazepam", "and", "was", "discharged", "home", ",", "recommended", "to", "make", "an", "appointment", "with", "a", "psychiatrist", ".", "Two", "weeks", "ago", "he", "started", "to", "feel", "unwell", "at", "work", ",", "very", "sleepy", "and", "tired", ".", "He", "bought", "a", "Redbull", ",", "which", "he", "drank", "after", "2-3", "coffees", "beforehand", ",", "and", "started", "to", "feel", "worse", ".", "She", "manifested", "blurred", "vision", ",", "tachycardia", ",", "general", "malaise", "and", "started", "hyperventilating", ".", "She", "was", "laid", "down", "for", "30", "minutes", "and", "then", "taken", "home", ".", "A", "diagnosis", "of", "anxiety", "disorder", "was", "made", "and", "she", "was", "placed", "on", "temporary", "disability", ".", "Treatment", "with", "lorazepam", "1", "mg", "on", "demand", "was", "prescribed", "and", "an", "appointment", "was", "made", "in", "1", "week", "for", "the", "first", "psychological", "interview", "at", "the", "health", "centre", ".", "Follow-up", ":", "in", "the", "first", "psychotherapy", "session", ",", "the", "patient", "commented", "on", "the", "problems", "in", "her", "relationship", "with", "her", "partner", "and", "with", "her", "parents", ".", "She", "says", "that", "they", "live", "together", "but", "that", "there", "are", "many", "arguments", ".", "The", "father", "drinks", "alcohol", "more", "than", "is", "logical", ".", "It", "bothers", "her", "that", "he", "drinks", "too", "much", "and", "that", "he", "has", "responsibilities", "(", "such", "as", "picking", "up", "the", "children", ")", ".", "In", "their", "marital", "life", ",", "she", "thinks", "that", "she", "carries", "all", "the", "weight", "of", "the", "activities", "and", "that", "the", "husband", "sees", "it", "as", "normal", "that", "the", "wife", "does", "most", "of", "the", "household", "things", ":", "picking", "up", "the", "children", ",", "picking", "them", "up", ",", "fixing", "backpacks", ",", "taking", "them", "to", "the", "grandparents", ",", "doing", "the", "laundry", ",", "and", "other", "issues", "of", "cohabitation", ".", "She", "is", "currently", "experiencing", "doubts", "in", "her", "relationship", "with", "her", "partner", ".", "In", "addition", ",", "problems", "with", "her", "eldest", "son", ",", "who", "is", "seeing", "a", "psychologist", "after", "hearing", "from", "his", "school", "tutor", "that", "he", "is", "very", "shy", ",", "very", "introverted", "and", "seems", "sad", ".", "The", "child", "has", "been", "angry", "at", "times", "saying", "things", "like", "\"", "I", "shouldn", "'", "t", "have", "been", "born", "\"", ",", "\"", "I", "'", "m", "stupid", "\"", ",", "and", "head-butting", ".", "Family", "and", "community", "approach", "The", "patient", "is", "married", "and", "has", "two", "sons", ".", "This", "is", "an", "integrated", "nuclear", "family", ".", "The", "patient", "lives", "at", "home", "with", "her", "husband", "and", "children", ".", "She", "has", "a", "stable", "job", "and", "an", "apparently", "good", "social", "network", ".", "Clinical", "judgement", "(", "list", "of", "problems", ",", "differential", "diagnosis", ")", "Depressive", "syndrome", "(", "major", "depressive", "episode", ")", ".", "Anxiety", "disorder", ".", "Action", "plan", "and", "evolution", "Sertraline", "50mg", "/", "day", "is", "added", "to", "the", "anxiolytic", "treatment", ".", "Support", "activities", "are", "recommended", "(", "such", "as", "writing", "down", "her", "thoughts", "and", "feelings", "in", "a", "notebook", ")", ".", "She", "is", "rescheduled", "to", "continue", "with", "her", "psychological", "interviews", ".", "Evolution", ":", "in", "2nd", "psychotherapy", "she", "reports", "persistent", "tiredness", "and", "fatigue", ";", "however", ",", "improvement", "in", "crying", "and", "in", "her", "family", "issues", "(", "better", "conversation", "with", "them", ")", ".", "She", "still", "does", "not", "feel", "like", "leaving", "the", "house", ",", "despite", "going", "out", "to", "pick", "up", "her", "children", "and", "visit", "her", "parents", ".", "She", "has", "written", "a", "little", "in", "her", "notebook", ".", "She", "is", "meeting", "a", "friend", "today", ".", "With", "some", "people", "she", "did", "feel", "like", "seeing", ",", "with", "others", "she", "doesn", "'", "t", "even", "want", "to", "meet", ".", "She", "has", "stopped", "smoking", ".", "The", "patient", "is", "easily", "tearful", "and", "finds", "it", "difficult", "to", "read", "her", "notes", "in", "her", "book", ".", "Sertraline", "dose", "is", "increased", "to", "100", "mg", "/", "day", ".", "In", "the", "3rd", "psychotherapy", "she", "tells", "us", "that", "she", "attended", "the", "MUTUA", "a", "few", "days", "ago", ".", "She", "was", "told", "that", "the", "medication", "takes", "a", "long", "time", "to", "take", "effect", ".", "She", "reports", "being", "more", "active", ".", "She", "feels", "like", "going", "out", "more", ".", "She", "reports", "an", "improvement", "in", "her", "family", "relationship", ".", "She", "has", "continued", "to", "write", "in", "her", "notebook", ".", "Continues", "not", "to", "smoke", ".", "She", "meets", "frequently", "with", "several", "good", "friends", "who", "give", "her", "emotional", "support", ".", "She", "is", "advised", "to", "continue", "with", "her", "medication", ".", "In", "4th", "psychotherapy", "refers", "to", "nightmares", "for", "the", "first", "2", "weeks", "(", "noting", "this", "in", "her", "notebook", ")", ".", "She", "mentions", "that", "she", "is", "less", "active", ",", "a", "little", "more", "sleepy", "and", "tired", ".", "She", "is", "very", "afraid", "that", "she", "will", "have", "another", "crisis", "when", "she", "returns", "to", "work", ".", "Her", "medication", "was", "changed", "to", "Venlafaxine", "75", "mg", "/", "12h", ".", "In", "the", "5th", "psychotherapy", "she", "was", "discharged", "from", "her", "temporary", "incapacity", "to", "return", "to", "work", ".", "She", "reported", "significant", "improvement", ".", "She", "makes", "her", "reflections", ".", "She", "complies", "well", "with", "her", "medication", ".", "She", "is", "much", "more", "active", ",", "sometimes", "a", "little", "tired", ".", "She", "is", "watching", "TV", "series", ",", "reading", "about", "mindfulness", ",", "listening", "to", "podcasts", "and", "attending", "the", "gym", ".", "She", "has", "not", "needed", "to", "take", "rescue", "anxiolytics", ".", "She", "has", "not", "smoked", "for", "6", "weeks", ".", "BP", ":", "130", "/", "85", "mmHg", ".", "She", "is", "recommended", "to", "continue", "with", "medication", "and", "some", "books", "and", "films", "for", "mood", "improvement", ".", "In", "the", "6th", "psychotherapy", "she", "reported", "feeling", "very", ",", "very", "well", ".", "Proud", "of", "not", "smoking", "any", "more", ".", "There", "are", "always", "problems", "at", "home", ",", "such", "as", "confrontations", "with", "the", "husband", "or", "that", "the", "father", "changes", "his", "character", "when", "he", "drinks", ",", "but", "she", "is", "coping", "better", ",", "and", "writes", "about", "it", "in", "her", "book", ".", "She", "is", "reading", "a", "book", "(", "novel", ")", "recommended", "by", "her", "sister", ",", "she", "loves", "it", ".", "BP", "117", "/", "74", "mmHg", ".", "He", "continues", "with", "medication", ".", "In", "7th", "psychotherapy", "she", "is", "doing", "very", "well", ".", "She", "had", "a", "problem", "of", "emotional", "management", "at", "work", ",", "but", "she", "was", "able", "to", "solve", "it", ".", "She", "thanks", "us", "for", "the", "positive", "progress", "she", "has", "made", "so", "far", "and", "says", "\"", "without", "your", "help", ",", "doctors", ",", "I", "would", "not", "have", "made", "it", "\"", ".", "If", "a", "complete", "response", "is", "achieved", ",", "treatment", "should", "continue", "for", "at", "least", "6", "more", "months", "at", "the", "same", "dose", "as", "the", "cure", "to", "avoid", "relapse", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "female", "label": "HUMAN", "start": 132, "end": 138 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 139, "end": 146 }, { "text": "female patient", "label": "HUMAN", "start": 132, "end": 146 }, { "text": "psychiatrist", "label": "HUMAN", "start": 491, "end": 503 }, { "text": "children", "label": "HUMAN", "start": 1408, "end": 1416 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1103, "end": 1110 }, { "text": "father", "label": "HUMAN", "start": 1268, "end": 1274 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 1187, "end": 1194 }, { "text": "partner", "label": "HUMAN", "start": 1166, "end": 1173 }, { "text": "grandparents", "label": "HUMAN", "start": 1670, "end": 1682 }, { "text": "husband", "label": "HUMAN", "start": 1516, "end": 1523 }, { "text": "children", "label": "HUMAN", "start": 1606, "end": 1614 }, { "text": "marital", "label": "HUMAN", "start": 1428, "end": 1435 }, { "text": "partner", "label": "HUMAN", "start": 1803, "end": 1810 }, { "text": "child", "label": "HUMAN", "start": 1977, "end": 1982 }, { "text": "son", "label": "HUMAN", "start": 1850, "end": 1853 }, { "text": "psychologist", "label": "HUMAN", "start": 1871, "end": 1883 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 2089, "end": 2095 }, { "text": "husband", "label": "HUMAN", "start": 2233, "end": 2240 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 2190, "end": 2196 }, { "text": "sons", "label": "HUMAN", "start": 2154, "end": 2158 }, { "text": "children", "label": "HUMAN", "start": 2245, "end": 2253 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2123, "end": 2130 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2202, "end": 2209 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 2815, "end": 2821 }, { "text": "people", "label": "HUMAN", "start": 3058, "end": 3064 }, { "text": "children", "label": "HUMAN", "start": 2943, "end": 2951 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3163, "end": 3170 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 2966, "end": 2973 }, { "text": "friend", "label": "HUMAN", "start": 3034, "end": 3040 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 3533, "end": 3539 }, { "text": "friends", "label": "HUMAN", "start": 3661, "end": 3668 }, { "text": "husband", "label": "HUMAN", "start": 4747, "end": 4754 }, { "text": "sister", "label": "HUMAN", "start": 4920, "end": 4926 }, { "text": "father", "label": "HUMAN", "start": 4767, "end": 4773 }, { "text": "doctors", "label": "HUMAN", "start": 5204, "end": 5211 } ]

[ "55-year-old", "patient", "receiving", "cadaveric", "transplant", ".", "Induction", ":", "daclizumab-tacrolimus-MMF-steroids", ".", "Maintenance", ":", "tacrolimus-MMF-steroids", ".", "Creatinine", "1", "and", "1", ".", "2", "mg", "/", "dl", ";", "creatinine", "clearance", ":", "96", "ml", ",", "without", "proteinuria", ".", "Nine", "months", "post-transplant", ",", "he", "presented", "viruria", "(", "107", "copies", "/", "ml", ")", "for", "BKV", ",", "without", "renal", "dysfunction", ",", "with", "negative", "viremia", ".", "High", "viruria", "persisted", "with", "negative", "viraemia", ",", "which", "was", "positive", "at", "month", "12", "(", ">", "104", "copies", "/", "ml", ")", ",", "the", "biopsy", "showed", "interstitial", "nephritis", ",", "tubular", "nuclear", "alterations", "linked", "to", "BKV", ".", "Immunosuppressive", "medication", "was", "rotated", "to", "sirolimus", "2", "mg", "/", "day", "and", "cipro-floxacin", "500", "mg", "/", "day", "(", "10", "days", ")", "was", "added", ".", "Renal", "function", "remained", "stable", ",", "with", "a", "clearance", "of", "86", "ml", ",", "no", "proteinuria", "and", "a", "decrease", "in", "viral", "load", "in", "urine", "and", "blood", ".", "At", "present", "the", "patient", "has", "preserved", "his", "kidney", "and", "did", "not", "require", "dialysis", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "BKV", "label": "SPECIES", "start": 285, "end": 288 }, { "text": "BKV", "label": "SPECIES", "start": 517, "end": 520 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 728, "end": 733 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 12, "end": 19 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 774, "end": 781 }, { "text": "viruria", "label": "SPECIES", "start": 257, "end": 264 }, { "text": "viruria", "label": "SPECIES", "start": 345, "end": 352 }, { "text": "viraemia", "label": "SPECIES", "start": 377, "end": 385 } ]

[ "A", "58-year-old", "man", ",", "with", "no", "known", "drug", "allergies", ",", "operated", "on", "in", "1985", "for", "lumbar", "disc", "disease", ",", "appendectomised", "and", "operated", "on", "for", "left", "inguinal", "hernia", "in", "2012", ",", "with", "no", "medical", "history", "of", "interest", "or", "usual", "treatment", ".", "He", "was", "on", "holiday", "in", "Ibiza", ",", "where", "he", "was", "from", ",", "and", "had", "been", "living", "in", "the", "Dominican", "Republic", "for", "8", "years", ".", "She", "consulted", "the", "emergency", "department", "due", "to", "general", "malaise", "of", "4", "days", "'", "evolution", "that", "started", "after", "landing", "on", "arrival", "in", "Spain", ",", "the", "following", "day", "she", "began", "to", "feel", "dizziness", ",", "very", "painful", "generalised", "arthralgias", "with", "little", "response", "to", "anti-inflammatory", "drugs", ",", "asthenia", ",", "anorexia", ",", "dizziness", "and", "occasional", "blurred", "vision", ".", "On", "arrival", "he", "presented", "BP", "148", "/", "89", "mmHg", ",", "HR", "110", "bpm", ",", "T", "38", ".", "8", "oC", "and", "oxygen", "saturation", "of", "97", "%", "breathing", "room", "air", ".", "On", "examination", "he", "was", "in", "fair", "general", "condition", ",", "normohydrated", ",", "normal", "colour", "and", "eupneic", "at", "rest", "with", "good", "distal", "perfusion", ".", "Functional", "impotence", "of", "predominance", "in", "both", "shoulders", ",", "right", "wrist", "and", "external", "face", "of", "the", "left", "ankle", ",", "with", "great", "limitation", "of", "grip", "in", "both", "hands", ".", "No", "signs", "of", "arthritis", ".", "No", "rash", ".", "Cardiorespiratory", "and", "abdominal", "auscultation", "with", "no", "findings", ".", "Examination", "of", "normal", "cranial", "nerves", ",", "normoreactive", "medium", "isochoric", "pupils", ",", "without", "dysmetria", "or", "alterations", "in", "sensitivity", ",", "with", "a", "great", "sensation", "of", "instability", "when", "standing", "upright", ".", "Blood", "count", ",", "renal", "function", ",", "transaminases", ",", "lactate", "and", "venous", "blood", "gases", "were", "normal", ",", "CRP", "4", ".", "16", ",", "and", "the", "rest", "of", "the", "parameters", "were", "normal", ".", "Basic", "urine", "study", "was", "normal", ".", "Chest", "and", "abdominal", "X-ray", "normal", ".", "ECG", "in", "sinus", "rhythm", ",", "with", "no", "evidence", "of", "blockages", "or", "other", "acute", "repolarisation", "alterations", ".", "In", "view", "of", "the", "disabling", "arthralgias", "with", "fever", "on", "returning", "from", "an", "epidemic", "area", "for", "Chikungunya", "fever", ",", "this", "was", "the", "diagnosis", "of", "suspicion", "from", "the", "outset", ".", "After", "the", "first", "complementary", "tests", "on", "admission", ",", "a", "thick", "blood", "drop", "and", "P", "falciparum", "antigen", "were", "requested", "to", "rule", "out", "Malaria", ",", "as", "well", "as", "serology", "for", "Dengue", ",", "Chikungunya", ",", "HIV", ",", "HBV", ",", "Syphilis", "and", "blood", "cultures", ".", "Pending", "the", "results", ",", "the", "patient", "was", "treated", "with", "NSAIDs", "alone", "to", "control", "fever", "and", "pain", ".", "On", "the", "third", "day", "of", "admission", ",", "he", "started", "vomiting", "with", "haematic", "debris", ",", "then", "began", "to", "have", "rectal", "bleeding", "(", "up", "to", "7", "bowel", "movements", ")", "together", "with", "dizziness", "and", "a", "drop", "in", "haemoglobin", "from", "14", ".", "9", "g", "/", "dL", "to", "12", ".", "1", "g", "/", "dL", ".", "An", "urgent", "endoscopy", "was", "performed", "in", "the", "ICU", "due", "to", "the", "evolution", "of", "more", "than", "24", "hours", "with", "upper", "gastrointestinal", "haemorrhage", "where", "the", "following", "was", "observed", ":", "red", "blood", "haematic", "remains", "of", "probable", "duodenal", "origin", ",", "single", "1", "cm", "duodenal", "ulcer", "in", "the", "postbulbar", "area", ",", "antero-superior", "face", ",", "visible", "vessel", "without", "active", "bleeding", "IIa", ".", "Adrenaline", "was", "injected", "in", "the", "periulcer", "area", "and", "4", "haemostasis", "clips", "were", "placed", ".", "Given", "the", "objective", "lesion", "with", "a", "risk", "of", "rebleeding", ",", "the", "patient", "was", "admitted", "for", "monitoring", ",", "with", "good", "subsequent", "evolution", ".", "The", "control", "endoscopy", "ruled", "out", "signs", "of", "bleeding", ".", "Once", "on", "the", "ward", ",", "just", "over", "24", "hours", "after", "the", "first", "endoscopy", ",", "he", "progressed", "satisfactorily", "with", "partial", "pain", "control", "without", "gastrointestinal", "NSAIDs", "(", "Paracetamol", "1g", "ev", "every", "8", "hours", ",", "alternating", "with", "Metamizole", "2g", "every", "8", "hours", ")", "and", "maintaining", "occasional", "febrile", "fever", ".", "At", "the", "time", "of", "discharge", ",", "negative", "serology", "for", "HIV", ",", "HBV", "and", "syphilis", ",", "in", "addition", "to", "a", "Malaria", "study", "and", "negative", "haemocultures", ",", "pending", "the", "rest", "of", "the", "results", "in", "the", "follow-up", "by", "the", "Internal", "Medicine", "Infectious", "Diseases", "outpatient", "department", ".", "Treatment", "recommended", "at", "discharge", "for", "pain", "control", "with", "Paracetamol", "alternating", "with", "Metamizole", ",", "together", "with", "H", ".", "Pylori", "herradicant", "therapy", ".", "Serology", "would", "confirm", "a", "few", "weeks", "later", "the", "diagnosis", "of", "Chikungunya", "fever", ",", "with", "negativity", "for", "Dengue", "fever", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[]

[ "A", "78-year-old", "patient", "with", "a", "history", "of", "arterial", "hypertension", ",", "type", "2", "diabetes", "mellitus", ",", "osteoporosis", "and", "repeated", "nephritic", "colic", "who", "6", "days", "before", "admission", "started", "with", "pain", "in", "the", "right", "renal", "fossa", "radiating", "to", "the", "ipsilateral", "knee", ",", "which", "was", "treated", "as", "an", "outpatient", "with", "dexametaxone", ",", "lidocaine", ",", "cyanocobalamin", "and", "thiamine", "without", "resolution", ".", "Subsequently", ",", "he", "began", "to", "feel", "dystrophic", "with", "a", "thermometric", "temperature", "above", "38oC", ",", "poor", "general", "condition", ",", "urinary", "symptoms", "and", "glycaemic", "decompensation", ",", "for", "which", "he", "was", "admitted", "to", "hospital", ".", "Physical", "examination", "revealed", "marked", "general", "malaise", ",", "fever", ",", "pain", "in", "the", "sacral", "area", "with", "negative", "bilateral", "percussion", "fist", "and", "knees", "with", "signs", "of", "phlogosis", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "mild", "leukocytosis", "without", "left", "shift", "(", "12", ",", "100x103", "/", "mm3", "with", "N", "65", "%", ")", ",", "hyperbilirubinaemia", "with", "direct", "predominance", "(", "BT", ":", "3", ".", "4", "mg", "/", "dl", ",", "BD", ":", "2", ".", "7mg", "/", "dl", ")", ",", "alkaline", "phosphatase", "215", "U", "/", "L", "(", "35-104", ")", ".", "The", "rest", "of", "the", "laboratory", "tests", "showed", "no", "significant", "alterations", ".", "Complementary", "examinations", "included", "blood", "and", "urine", "cultures", ",", "joint", "fluid", "puncture", "and", "cultures", ",", "CT", "scan", "of", "the", "abdominal", "and", "lumbosacral", "spine", ",", "magnetic", "resonance", "imaging", "of", "the", "lumbar", "spine", "and", "scintigraphy", "with", "Ga-67", "/", "MDP-Tc-99", ".", "The", "CT", "scan", "of", "the", "abdominal", "and", "lumbosacral", "spine", "shows", "air", "densities", "in", "the", "lumbar", "and", "right", "psoas", "muscles", "and", "in", "the", "intraspinal", "and", "dorsal", "location", ".", "Gas", "is", "also", "seen", "in", "the", "bony", "canal", ",", "which", "could", "correspond", "to", "a", "ruptured", "L4-L5", "disc", ".", "The", "MRI", "of", "the", "lumbar", "spine", "confirmed", "images", "compatible", "with", "abscesses", "in", "the", "right", "paravertebral", "and", "psoas", "muscles", ",", "and", "two", "collections", "suggesting", "epidural", "abscesses", "located", "at", "L4-L5", "and", "D12-L4", ".", "An", "alteration", "of", "the", "signal", "of", "the", "body", "of", "D12", "was", "observed", "after", "administration", "of", "gadolinium", ",", "resulting", "in", "bone", "oedema", "compatible", "with", "spondylitis", "and", "probable", "spondylodiscitis", ".", "In", "the", "combined", "body", "scan", "with", "Ga-67", "/", "MDP-Tc-99M", "there", "was", "pathological", "hyperfixation", "of", "both", "tracers", "in", "knees", "and", "shoulders", "suggesting", "an", "inflammatory-infectious", "process", "as", "well", "as", "greatly", "increased", "gallium", "uptake", "at", "L4-L5", "and", "in", "paravertebral", "soft", "tissues", "compatible", "with", "spondylodiscitis", "with", "possible", "infection", "of", "adjacent", "soft", "tissues", ".", "On", "admission", ",", "empirical", "antibiotic", "treatment", "was", "started", "with", "ciprofloxacin", ",", "with", "subsequent", "microbiological", "confirmation", "(", "blood", ",", "urine", "and", "joint", "fluid", "cultures", ")", "of", "the", "presence", "of", "Escherichia", "coli", ",", "with", "a", "similar", "antibiogram", ".", "During", "the", "first", "few", "days", "of", "treatment", ",", "the", "patient", "'", "s", "symptoms", "improved", "slightly", ",", "coinciding", "with", "the", "introduction", "of", "antibiotics", "and", "antipyretics", ".", "On", "the", "10th", "day", "of", "admission", ",", "the", "fever", "reappeared", "and", "the", "general", "condition", "progressively", "worsened", ".", "On", "the", "12th", "day", "of", "admission", ",", "the", "patient", "presented", "atrial", "fibrillation", "with", "rapid", "ventricular", "response", "and", "cardiorespiratory", "arrest", "without", "response", "to", "resuscitation", "manoeuvres", ".", "The", "diagnosis", "was", "E", ".", "coli", "urinary", "tract", "infection", "complicated", "by", "polyarticular", "septic", "arthritis", ",", "spondylodiscitis", ",", "epidural", "abscesses", ",", "psoas", "and", "dorso-lumbar", "musculature", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 21 }, { "text": "Escherichia coli", "label": "SPECIES", "start": 2347, "end": 2363 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2437, "end": 2444 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2676, "end": 2683 }, { "text": "E. coli", "label": "SPECIES", "start": 2839, "end": 2846 } ]

[ "Previously", "healthy", "female", "patient", "aged", "1", "year", "and", "11", "months", ",", "resident", "of", "the", "conurbation", "area", "of", "the", "city", ",", "with", "a", "history", "of", "living", "in", "overcrowded", "conditions", ",", "who", "attended", "the", "hospital", "in", "May", ".", "The", "parents", "reported", "that", ",", "since", "birth", ",", "she", "had", "had", "close", "contact", "with", "animals", ",", "specifically", "dogs", "and", "cats", ",", "which", "did", "not", "receive", "preventive", "treatment", "against", "ticks", "and", "were", "frequently", "parasitised", "by", "them", ".", "The", "illness", "began", "with", "acute", "hyperthermia", ",", "which", "persisted", "for", "3", "days", ",", "of", "an", "intermittent", "type", "with", "peaks", "of", "up", "to", "38", ".", "8", "oC", ",", "accompanied", "by", "generalised", "macular", "exanthema", ".", "On", "the", "third", "day", ",", "diffuse", "colicky", "abdominal", "pain", "was", "added", ",", "which", ",", "due", "to", "its", "intensity", ",", "warranted", "admission", "to", "the", "second", "level", "of", "medical", "care", "for", "examination", ".", "During", "the", "first", "hours", "of", "his", "stay", ",", "he", "presented", "complex", "partial", "seizures", ",", "secondarily", "generalised", "for", "40", "minutes", ",", "so", "the", "airway", "was", "secured", "by", "endotracheal", "intubation", "and", "impregnation", "with", "diphenylhydantoin", ",", "diazepam", "and", "cisatracurium", "was", "started", ".", "A", "central", "venous", "catheter", "was", "installed", "and", "the", "patient", "was", "transferred", "to", "the", "Paediatric", "Intensive", "Care", "Unit", "(", "PICU", ")", ".", "The", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "PICU", "in", "poor", "general", "condition", ",", "with", "evidence", "of", "septic", "shock", "and", "low", "cardiac", "output", "manifested", "by", "arterial", "hypotension", "below", "the", "5th", "percentile", "for", "her", "age", ",", "tachycardia", ",", "anuria", ",", "distal", "hypoperfusion", ",", "delayed", "capillary", "refill", ",", "weak", "central", "pulses", "and", "non-palpable", "peripheral", "pulses", ".", "The", "patient", "also", "presented", "petechial", "and", "purpuric", "lesions", "on", "the", "abdomen", "and", "upper", "and", "lower", "extremities", "and", "distal", "ischaemia", "in", "the", "fingers", ",", "reflecting", "a", "vasculitic", "process", ".", "During", "his", "stay", ",", "he", "was", "maintained", "on", "sedation-controlled", "mechanical", "ventilation", "and", "analgesia", "with", "fentanyl", "/", "midazolam", ",", "meropenem", "/", "vancomycin", "schedule", "adjusted", "to", "renal", "impairment", ",", "crystalloid", "solution", "loading", "at", "20", "ml", "/", "kg", "/", "day", ",", "acute", "bicarbonate", "correction", "to", "base", "deficit", ",", "inotropic", "support", "with", "milrinone", "/", "dobutamine", "/", "levisomendan", ",", "norepinephrine", "as", "a", "systemic", "vasopressor", ",", "hydrocortisone", "infusion", "for", "management", "of", "refractory", "shock", ",", "and", "heparin", "infusion", "for", "management", "of", "disseminated", "intravascular", "coagulation", "(", "DIC", ")", ".", "Blood", "gases", "were", "obtained", "and", "showed", "decompensated", "metabolic", "acidosis", ",", "with", "venous", "saturation", "of", "49", "%", "and", "a", "central", "venous", "pressure", "(", "CVP", ")", "reading", "of", "14", "cmH2O", ".", "Paraclinical", "tests", "showed", "impending", "organ", "failure", ",", "with", "renal", "and", "hepatic", "compromise", ",", "as", "well", "as", "marked", "leukocytosis", "and", "thrombocytopenia", ",", "so", "10", "ml", "/", "kg", "of", "fresh", "plasma", "and", "2", "platelet", "concentrates", "were", "administered", ".", "Due", "to", "the", "patient", "'", "s", "history", "and", "clinical", "condition", ",", "a", "diagnosis", "of", "rickettsiosis", "was", "requested", "from", "our", "Institute", ".", "This", "was", "carried", "out", "by", "means", "of", "indirect", "immunofluorescence", "(", "IFA", ")", "positive", "1", ":", "128", "for", "R", ".", "rickettsii", "antigens", "circulating", "in", "our", "environment", ",", "together", "with", "amplification", "and", "sequencing", "of", "the", "OmpB", "gene", ",", "which", "resulted", "in", "98", "%", "homology", "to", "R", ".", "rickettsii", ",", "as", "well", "as", "nested", "amplification", "of", "the", "17", "kDa", "gene", ".", "Shortly", "after", "24", "hours", "of", "admission", "and", "before", "6", "hours", "in", "the", "PICU", ",", "the", "patient", "presented", "signs", "of", "septic", "shock", "secondary", "to", "multiple", "organ", "failure", ",", "DIC", "and", "cardiorespiratory", "arrest", "that", "did", "not", "respond", "to", "advanced", "resuscitation", "manoeuvres", "and", "died", ".", "The", "serological", "diagnosis", "was", "obtained", "hours", "before", "the", "patient", "'", "s", "death", ",", "while", "the", "molecular", "diagnosis", "was", "obtained", "post", "mortem", "." ]

[ 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "female patient", "label": "HUMAN", "start": 19, "end": 33 }, { "text": "animals", "label": "SPECIES", "start": 264, "end": 271 }, { "text": "ticks", "label": "SPECIES", "start": 352, "end": 357 }, { "text": "cats", "label": "SPECIES", "start": 295, "end": 299 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 26, "end": 33 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 197, "end": 204 }, { "text": "dogs", "label": "SPECIES", "start": 286, "end": 290 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1029, "end": 1036 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1104, "end": 1111 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1419, "end": 1426 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2492, "end": 2499 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2972, "end": 2979 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3206, "end": 3213 }, { "text": "R. rickettsii", "label": "SPECIES", "start": 2683, "end": 2696 }, { "text": "R. rickettsii", "label": "SPECIES", "start": 2833, "end": 2846 } ]

[ "A", "36-year-old", "woman", "with", "no", "medical", "or", "epidemiological", "history", "of", "interest", "was", "admitted", "to", "the", "Intensive", "Care", "Unit", "for", "sepsis", "and", "meningitis", "due", "to", "type", "B", "meningococcus", "isolated", "in", "blood", "and", "cerebrospinal", "fluid", "cultures", ".", "She", "received", "fluid", "therapy", "support", ",", "ceftriaxone", "and", "vancomycin", "for", "10", "days", "with", "disappearance", "of", "clinical", "and", "analytical", "parameters", "of", "sepsis", "although", "with", "persistence", "of", "daily", "fever", "of", "38o", "in", "the", "evening", ",", "well", "tolerated", ",", "with", "no", "other", "infectious", "focality", "in", "the", "complementary", "tests", "which", "included", ":", "serial", "blood", "cultures", ",", "urine", "culture", ",", "chest", "X-ray", ",", "abdominal", "ultrasound", "and", "cranial", "CT", "scan", ".", "He", "was", "admitted", "to", "the", "internal", "medicine", "ward", "to", "complete", "the", "study", "and", "evolution", ";", "he", "remained", "haemodynamically", "stable", "and", "in", "good", "general", "condition", ",", "fever", "of", "up", "to", "38", ".", "5oC", "well", "tolerated", ",", "right", "subclavian", "central", "venous", "access", "with", "no", "evidence", "of", "infection", ",", "few", "petechiae", "in", "the", "lower", "limbs", "in", "a", "phase", "of", "regression", ",", "with", "the", "rest", "of", "the", "general", "and", "neurological", "examination", "being", "normal", ".", "The", "haemogram", ",", "haemostasis", ",", "renal", ",", "hepatic", ",", "thyroid", "and", "lipid", "profile", "were", "normal", ",", "with", "a", "ferritin", "value", "of", "775", "μg", "/", "dl", ",", "ESR", "90", "mm1", "per", "hour", ",", "CRP", "at", "23", ".", "8", "mg", "/", "dl", "(", "VN", "<", "0", ".", "3", "mg", "/", "dl", ")", "and", "procalcitonin", "at", "0", ".", "22", "ng", "/", "ml", ".", "Serology", "for", "hepatitis", "B", "and", "C", "virus", ",", "HIV", ",", "EBV", ",", "CMV", ",", "HSV", "types", "1", "and", "2", ",", "Coxiella", "burnetti", "and", "Rickettsiae", "was", "negative", ";", "autoimmunity", "with", "ANA", ",", "ANCA", ",", "rheumatoid", "factor", ",", "immunoglobulins", "and", "complement", "were", "normal", "or", "negative", ".", "Mantoux", "reaction", "was", "negative", ";", "blood", "cultures", "via", "central", "catheter", ",", "peripheral", "blood", "and", "urine", "cultures", "were", "repeatedly", "negative", ";", "control", "cerebrospinal", "fluid", "was", "normal", "except", "for", "proteinuria", "of", "65", "mg", "/", "dl", "with", "negative", "smear", "microscopy", "and", "culture", ".", "Fundus", "examination", ",", "electrocardiogram", ",", "echocardiography", "and", "thoraco-abdominal", "CT", "with", "contrast", "were", "also", "normal", ".", "A", "cranial", "MRI", "with", "contrast", "was", "requested", ",", "showing", "a", "discrete", "generalised", "meningeal", "uptake", "and", "multiple", "lesions", "between", "7-10", "mm", ",", "hypointense", "in", "T1", "and", "hyperintense", "in", "T2", "and", "Flair", ",", "in", "the", "temporal", "white", "matter", ",", "in", "the", "left", "external", "capsule", ",", "right", "periventricular", ",", "frontal", "and", "bilateral", "anterior", "parietal", "with", "marked", "peripheral", "uptake", "of", "contrast", "in", "a", "ring", "and", "associated", "perilesional", "oedema", ".", "Given", "the", "findings", "compatible", "with", "multiple", "brain", "abscesses", "secondary", "to", "meningococcaemia", ",", "an", "extensive", "literature", "search", "was", "performed", "(", "clinical", "practice", "guidelines", ",", "systematic", "reviews", ",", "bibliographic", "databases", ",", "meta-search", "engines", "and", "related", "non-indexed", "journals", ")", "which", "confirmed", "the", "scarce", "data", "reported", "regarding", "this", "complication", ".", "At", "this", "point", "it", "was", "decided", "to", "perform", "a", "PET-CT", "scan", "in", "order", "to", "rule", "out", "other", "possible", "findings", "/", "foci", "that", "could", "justify", "the", "persistence", "of", "the", "fever", ",", "which", "corroborated", "the", "hypermetabolic", "uptake", "of", "the", "brain", "lesions", "described", ",", "and", "the", "absence", "of", "uptake", "at", "other", "body", "levels", ".", "Ruling", "out", "another", "infectious", "/", "inflammatory", "focus", ",", "treatment", "with", "parenteral", "ceftriaxone", "was", "maintained", "for", "8", "weeks", ",", "with", "slow", "but", "progressive", "disappearance", "of", "fever", ",", "gradual", "decrease", "until", "normalisation", "of", "CRP", "and", "ESR", ",", "as", "well", "as", "disappearance", "of", "brain", "abscesses", "in", "MRI", "control", "after", "finishing", "treatment", ",", "with", "no", "complications", "or", "recurrence", "of", "the", "condition", "in", "the", "subsequent", "outpatient", "follow-up", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 19 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 1257, "end": 1260 }, { "text": "Coxiella burnetti", "label": "SPECIES", "start": 1281, "end": 1298 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 1252, "end": 1255 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1247, "end": 1250 }, { "text": "smear microscopy", "label": "SPECIES", "start": 1651, "end": 1667 }, { "text": "hepatitis B and C virus", "label": "SPECIES", "start": 1222, "end": 1245 }, { "text": "HSV types 1 and 2", "label": "SPECIES", "start": 1262, "end": 1279 }, { "text": "Rickettsiae", "label": "SPECIES", "start": 1303, "end": 1314 } ]

[ "A", "53-year-old", "male", "patient", "of", "Spanish", "nationality", ",", "smoker", "and", "injecting", "drug", "user", ",", "with", "co-infection", "with", "HIV", "and", "HCV", "known", "for", "20", "years", ".", "He", "was", "on", "treatment", "with", "tenofovir", "disoproxil", "fumarate", "200", "mg", ",", "emtricitabine", "200", "mg", "and", "efavirenz", "600", "mg", "co-formulated", "once", "a", "day", ",", "although", "with", "poor", "adherence", "and", "erratic", "follow-up", "in", "consultations", ".", "He", "had", "been", "admitted", "three", "months", "earlier", "for", "a", "recurrence", "of", "pulmonary", "tuberculosis", "due", "to", "treatment", "abandonment", ",", "confirmed", "by", "the", "isolation", "of", "Mycobacterium", "tuberculosis", "in", "a", "bronchoalveolar", "lavage", "sample", ",", "sensitive", "to", "first-line", "antituberculosis", "drugs", ".", "At", "that", "time", "he", "had", "a", "CD4", "cell", "count", "of", "37", "cells", "/", "mm3", "and", "an", "HIV", "viral", "load", "(", "VL", ")", "of", "over", "100", ",", "000", "copies", "/", "ml", ".", "Anti-tuberculosis", "treatment", "was", "started", "with", "isoniazid", "5", "mg", "/", "kg", ",", "rifampicin", "10", "mg", "/", "kg", "and", "pyrazinamide", "25", "mg", "/", "kg", ",", "and", "prophylaxis", "for", "Pneumocystis", "jirovecii", "with", "co-trimoxazole", "160", "/", "800", "mg", "three", "days", "per", "week", ".", "The", "same", "ART", "regimen", "that", "had", "been", "abandoned", "in", "the", "previous", "month", "was", "resumed", ",", "as", "no", "previous", "resistance", "had", "been", "demonstrated", "and", "there", "were", "no", "interactions", "with", "the", "antituberculosis", "treatment", ".", "After", "this", "admission", ",", "the", "patient", "reported", "complete", "adherence", "to", "both", "therapies", ",", "corroborated", "by", "his", "family", ".", "At", "the", "last", "review", "(", "three", "weeks", "after", "discharge", ")", ",", "he", "had", "126", "CD4", "/", "mm3", "and", "an", "HIV", "CV", "of", "1", ",", "130", "copies", "/", "ml", ".", "The", "patient", "was", "readmitted", "for", "febrile", "syndrome", ",", "nausea", "and", "vomiting", ".", "He", "also", "reported", "involuntary", "urine", "leakage", "from", "the", "rectum", "for", "the", "past", "two", "months", ".", "He", "could", "identify", "it", "without", "difficulty", "because", "of", "its", "orange", "colour", "secondary", "to", "treatment", "with", "rifampicin", ".", "On", "admission", ",", "the", "patient", "'", "s", "body", "temperature", "was", "37", ".", "7oC", "and", "the", "physical", "examination", "showed", "thinness", "and", "prostration", ".", "Pulmonary", "auscultation", "showed", "bibasal", "crackles", "and", "the", "abdominal", "examination", "was", "normal", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "a", "mild", "leukocytosis", "of", "12", ",", "000", "cells", "/", "μl", "with", "82", "%", "neutrophils", ",", "haemoglobin", "12", ".", "3", "g", "/", "dl", ",", "211", ",", "000", "platelets", "/", "μl", ",", "creatinine", "1", ".", "3", "mg", "/", "dl", ",", "gamma-glutamyl", "transferase", "118", "U", "/", "l", "and", "C-reactive", "protein", "8", ".", "4", "mg", "/", "dl", ".", "A", "chest", "X-ray", "showed", "emphysema", "with", "thickening", "of", "both", "pulmonary", "hilar", "cords", "and", "right", "hilar", "fibrous", "tracts", ",", "together", "with", "a", "cavitated", "pseudonodular", "image", "in", "the", "right", "upper", "lobe", ".", "Urinary", "tract", "ultrasound", "was", "requested", "and", "revealed", "no", "abnormalities", ".", "Given", "the", "high", "suspicion", "of", "enterovesical", "fistula", "(", "EVF", ")", "and", "the", "absence", "of", "another", "source", "of", "fever", ",", "a", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", "scan", "of", "the", "abdomen", "showed", "multiple", "prostatic", "abscesses", ",", "inflammatory", "impaction", "and", "retraction", "of", "the", "seminal", "vesicles", ",", "and", "a", "small", "fistulous", "tract", "between", "the", "middle", "sigmoid", "colon", "and", "the", "left", "seminal", "vesicle", ",", "with", "thickening", "of", "the", "walls", "of", "the", "urinary", "bladder", ".", "It", "was", "decided", "to", "perform", "a", "cystoscopy", "which", "revealed", "the", "existence", "of", "a", "mamelonated", "plaque", "in", "the", "retrotrigone", ",", "suggestive", "of", "VEF", ",", "although", "the", "cystography", "did", "not", "reveal", "the", "presence", "of", "fistulous", "tracts", ".", "A", "colonoscopy", "was", "requested", ",", "in", "which", "no", "gross", "mucosal", "alteration", "or", "apparent", "drainage", "was", "found", ",", "although", "it", "was", "reported", "that", "the", "presence", "of", "a", "fistula", "could", "not", "be", "ruled", "out", "with", "absolute", "certainty", ".", "Also", ",", "puncture", "of", "the", "prostatic", "abscesses", "for", "microbiological", "study", "was", "unsuccessfully", "attempted", ".", "Urinalysis", ",", "urine", "sediment", "and", "urine", "culture", "(", "conventional", "and", "mycobacterial", "medium", ")", ",", "as", "well", "as", "blood", "and", "stool", "cultures", "were", "negative", ".", "Urinary", "catheterisation", "was", "performed", ",", "which", "relieved", "the", "urine", "output", "at", "the", "rectal", "level", ".", "Given", "the", "high", "suspicion", "that", "the", "prostatic", "abscesses", "and", "the", "FEV", "were", "of", "tuberculous", "aetiology", ",", "it", "was", "decided", "to", "maintain", "the", "bladder", "catheter", "until", "a", "review", "in", "consultation", ".", "The", "following", "month", "the", "patient", "was", "readmitted", "for", "further", "investigation", "due", "to", "gait", "instability", "and", "left", "hemiparesis", ".", "A", "CT", "scan", "of", "the", "brain", "with", "contrast", "showed", "two", "space-occupying", "lesions", ",", "a", "left", "frontoparietal", "lesion", "measuring", "29", "x", "25", "x", "18", "mm", ",", "with", "irregular", "morphology", ",", "hyperdense", "periphery", "and", "hypodense", "centre", ";", "and", "another", "lesion", "measuring", "14", "x", "12", "mm", ",", "with", "the", "same", "characteristics", ",", "both", "with", "intense", "perilesional", "vasogenic", "oedema", "and", "moderate", "mass", "effect", "on", "the", "left", "ventricular", "system", ".", "The", "study", "was", "completed", "with", "a", "brain", "MRI", "which", "demonstrated", "the", "necrotic", "aspect", "of", "the", "more", "cranial", "lesion", ".", "A", "biopsy", "of", "the", "more", "peripheral", "space-occupying", "lesion", "was", "performed", ",", "and", "systemic", "corticosteroids", "and", "empirical", "treatment", "for", "Toxoplasma", "gondii", "were", "prescribed", ",", "while", "maintaining", "anti-tuberculosis", "treatment", ".", "Differential", "diagnosis", "In", "summary", ",", "this", "is", "a", "severely", "immunocompromised", "HIV-infected", "patient", "with", "a", "recent", "diagnosis", "of", "pulmonary", "tuberculosis", ",", "for", "which", "he", "started", "ART", "and", "antituberculosis", "treatment", "together", ".", "Urine", "excretion", "from", "the", "rectum", "was", "suggestive", "of", "a", "VEF", ",", "supported", "by", "imaging", "and", "cystoscopy", "data", ".", "In", "the", "differential", "diagnosis", "of", "a", "VEF", ",", "in", "the", "colovesical", "form", ",", "the", "following", "aetiologies", "should", "be", "considered", ":", "Neoplasms", ":", "colorectal", "carcinoma", "causes", "20", "%", "of", "VEFs", ",", "but", "CT", "and", "colonoscopy", "excluded", "this", "diagnosis", ".", "Other", "pelvic", "neoplasms", "such", "as", "invasive", "prostate", "cancer", "or", "urothelial", "cancer", "were", "also", "excluded", "after", "testing", ".", "Inflammatory", "diseases", ":", "Rectal", "Crohn", "'", "s", "disease", "causes", "10", "%", "of", "VEFs", ".", "The", "absence", "of", "small", "bowel", "lesions", "on", "CT", "scan", "and", "normal", "colonoscopy", "made", "this", "aetiology", "unlikely", ".", "Infections", ":", "complicated", "diverticulitis", "is", "the", "most", "frequent", "cause", "of", "VEF", "(", "70-90", "%", ")", ".", "It", "presents", "as", "a", "septic", "picture", "with", "abdominal", "pain", "and", "defence", ",", "absent", "in", "our", "patient", ".", "CT", "usually", "demonstrates", "a", "peridiverticular", "or", "pelvic", "abscess", ",", "absent", "in", "our", "case", ".", "Abdominal", "actinomycosis", ",", "being", "an", "infection", "caused", "by", "a", "slow-growing", "oral", "and", "intestinal", "commensal", "bacterium", ",", "occurs", "in", "people", "with", "a", "history", "of", "surgery", ",", "neoplasia", "or", "visceral", "perforation", "in", "the", "previous", "months", "and", "is", "generally", "localised", ",", "with", "involvement", "of", "a", "single", "organ", ".", "Other", "rarer", "aetiologies", "of", "VEF", "include", ":", "typhoid", "fever", ",", "very", "rare", "in", "Spain", ",", "which", "usually", "presents", "with", "negative", "blood", "cultures", ";", "amebiasis", ",", "in", "patients", "with", "a", "history", "of", "stay", "in", "endemic", "areas", ";", "and", "syphilis", ",", "but", "this", "presentation", "would", "be", "extraordinarily", "rare", "in", "this", "entity", "and", "would", "be", "typical", "of", "homosexual", "patients1", ".", "Finally", ",", "the", "possibility", "of", "a", "tuberculous", "aetiology", ",", "despite", "anti-tuberculosis", "treatment", ",", "could", "not", "be", "excluded", ",", "as", "the", "patient", "may", "have", "presented", "from", "the", "outset", "with", "a", "disseminated", "form", ",", "initially", "silent", ",", "with", "intestinal", "and", "prostatic", "involvement", ",", "as", "evidenced", "by", "the", "emission", "of", "urine", "from", "the", "rectum", ".", "In", "immunocompetent", "patients", ",", "60-80", "%", "of", "prostatic", "abscesses", "are", "caused", "by", "gram-negative", "bacilli", ",", "with", "Escherichia", "coli", "as", "the", "predominant", "organism", ",", "with", "Staphylococcus", "aureus", "being", "another", "possible", "agent", "in", "the", "presence", "of", "bacteraemia", ".", "However", ",", "in", "severely", "immunocompromised", "HIV-infected", "patients", ",", "we", "should", "consider", "other", "microorganisms", ",", "mainly", "mycobacteria", "(", "Mycobacterium", "avium", "complex", "and", "M", ".", "tuberculosis", ")", "and", "fungi", "(", "mainly", "Cryptococcus", "neoformans", "and", "Candida", ")", "2", ".", "Finally", ",", "the", "appearance", "of", "space-occupying", "lesions", "in", "the", "brain", "forces", "us", "to", "include", "other", "opportunistic", "infections", "in", "the", "differential", "diagnosis", ".", "In", "our", "patient", ",", "these", "lesions", "had", "a", "fronto-parietal", "location", "in", "contact", "with", "the", "corpus", "callosum", ",", "with", "contrast", "uptake", "and", "mass", "effect", "that", "secondarily", "caused", "clinical", "symptoms", "of", "intracranial", "hypertension", ".", "The", "differential", "diagnosis", "of", "cerebral", "space-occupying", "lesions", "in", "a", "severely", "immunosuppressed", "patient", "would", "include", ":", "Cerebral", "toxoplasmosis", ".", "It", "mainly", "presents", "with", "headache", ",", "fever", "and", "alterations", "in", "the", "level", "of", "consciousness", "that", "may", "be", "associated", "with", "focal", "neurological", "symptoms", "or", "even", "seizures", ".", "Its", "lesions", "are", "characterised", "by", "multiple", "lesions", ",", "mainly", "located", "at", "the", "frontotemporal", "level", "and", "ring", "contrast-enhancing", ".", "Primary", "central", "nervous", "system", "lymphoma", ".", "This", "manifests", "with", "multiple", "or", "single", "lesions", ",", "usually", "periventricular", "or", "periependymal", ",", "which", "may", "be", "larger", "than", "4", "cm", ",", "which", "is", "less", "common", "in", "toxoplasmosis", ".", "Tuberculomas", ".", "These", "are", "granulomatous", "conglomerates", "that", "may", "be", "single", "or", "multiple", ",", "and", "in", "late", "stages", "appear", "encapsulated", "with", "peripheral", "enhancement", ".", "The", "most", "frequent", "clinical", "manifestation", "is", "intracranial", "hypertension", ".", "Other", "causes", "of", "brain", "abscesses", "in", "this", "context", "such", "as", "Aspergillus", "spp", ",", "Nocardia", "spp", ",", "Rhodococcus", "spp", ",", "Listeria", "spp", ",", "C", ".", "neoformans", "and", "Coccidioides", "immitis", "are", "much", "less", "frequent3", ".", "We", "would", "rule", "out", "other", "opportunistic", "pathologies", "that", "do", "not", "present", "with", "mass", "effect", ",", "including", "progressive", "multifocal", "leukoencephalopathy", ",", "caused", "by", "JC", "virus", ",", "which", "causes", "multifocal", "areas", "of", "bilateral", "and", "asymmetric", "periventricular", "demyelination", "that", "usually", "do", "not", "contrast", "uptake", ",", "leading", "to", "rapidly", "progressive", "focal", "neurological", "symptoms", ";", "HIV", "encephalopathy", ",", "characterised", "by", "symmetrical", "subcortical", "lesions", "resulting", "in", "the", "clinical", "triad", "of", "memory", "loss", ",", "depressive", "symptoms", "and", "motor", "disturbances", ";", "and", "cytomegalovirus", "encephalitis", ",", "consisting", "of", "diffuse", "micronodular", "encephalitis", "with", "clinical", "features", "of", "delirium", ",", "confusion", "and", "motor", "disturbances", ".", "Taking", "all", "this", "into", "account", ",", "the", "most", "likely", "disease", "that", "could", "explain", "the", "patient", "'", "s", "findings", "would", "be", "disseminated", "tuberculosis", ".", "On", "the", "other", "hand", ",", "the", "presence", "of", "prostatic", "abscesses", ",", "VEGF", "and", "space-occupying", "lesions", "in", "the", "brain", "within", "2-3", "months", "of", "restarting", "anti-TB", "treatment", "and", "ART", "in", "a", "severely", "immunocompromised", "patient", "with", "HIV", "infection", "forces", "us", "to", "consider", "the", "possibility", "of", "LRTI", "in", "a", "patient", "with", "disseminated", "tuberculosis", ".", "Evolution", "After", "establishment", "of", "systemic", "corticosteroid", "therapy", "and", "maintenance", "of", "antituberculosis", "therapy", ",", "the", "hemiparesis", "resolved", "within", "72", "hours", ",", "with", "mild", "residual", "gait", "instability", ".", "Brain", "biopsy", "specimens", "showed", "fibronecrotic", "tissue", "with", "presence", "of", "inflammatory", "infiltrate", "and", "acid-fast", "bacilli", "(", "AFB", ")", ",", "specifically", "1-10", "AFB", "per", "field", ",", "and", "polymerase", "chain", "reaction", "for", "M", ".", "tuberculosis", "was", "positive", ",", "although", "mycobacterial", "culture", "was", "negative", ".", "One", "month", "later", ",", "a", "follow-up", "abdominal", "CT", "scan", "was", "performed", "and", "the", "prostatic", "abscesses", "had", "disappeared", ",", "although", "there", "was", "still", "a", "minimal", "LVEF", ".", "The", "urinary", "catheter", "could", "be", "removed", "without", "recurrence", "of", "the", "symptoms", ".", "Corticosteroid", "treatment", "was", "maintained", "for", "4", "weeks", "and", "he", "completed", "one", "year", "of", "treatment", "for", "tuberculosis", ",", "with", "complete", "recovery", ".", "Final", "diagnosis", "Disseminated", "Mycobacterium", "tuberculosis", "infection", "(", "pulmonary", ",", "cerebral", ",", "genitourinary", "and", "colonic", ",", "with", "formation", "of", "enterovesical", "fistula", ")", ".", "Immune", "reconstitution", "inflammatory", "syndrome", "." ]

[ 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Mycobacterium tuberculosis", "label": "SPECIES", "start": 483, "end": 509 }, { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 26 }, { "text": "Pneumocystis jirovecii", "label": "SPECIES", "start": 832, "end": 854 }, { "text": "ART", "label": "SPECIES", "start": 916, "end": 919 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 114, "end": 117 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 106, "end": 109 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 654, "end": 657 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1288, "end": 1291 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 658, "end": 663 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1596, "end": 1603 }, { "text": "Toxoplasma gondii", "label": "SPECIES", "start": 4289, "end": 4306 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3583, "end": 3590 }, { "text": "ART", "label": "SPECIES", "start": 4537, "end": 4540 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 4444, "end": 4447 }, { "text": "antituberculosis", "label": "SPECIES", "start": 4545, "end": 4561 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4457, "end": 4464 }, { "text": "Candida", "label": "SPECIES", "start": 6776, "end": 6783 }, { "text": "Cryptococcus neoformans", "label": "SPECIES", "start": 6748, "end": 6771 }, { "text": "Escherichia coli", "label": "SPECIES", "start": 6423, "end": 6439 }, { "text": "Mycobacterium avium complex", "label": "SPECIES", "start": 6681, "end": 6708 }, { "text": "Staphylococcus aureus", "label": "SPECIES", "start": 6474, "end": 6495 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 6596, "end": 6599 }, { "text": "gram-negative bacilli", "label": "SPECIES", "start": 6395, "end": 6416 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 6544, "end": 6555 }, { "text": "fungi", "label": "SPECIES", "start": 6734, "end": 6739 }, { "text": "mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 6667, "end": 6679 }, { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 6644, "end": 6658 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5332, "end": 5339 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6137, "end": 6144 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6941, "end": 6948 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 7235, "end": 7242 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 5840, "end": 5848 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 6341, "end": 6349 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 6609, "end": 6617 }, { "text": "M. tuberculosis", "label": "SPECIES", "start": 6713, "end": 6728 }, { "text": "organism", "label": "SPECIES", "start": 6459, "end": 6467 }, { "text": "Aspergillus spp", "label": "SPECIES", "start": 8045, "end": 8060 }, { "text": "Listeria spp", "label": "SPECIES", "start": 8093, "end": 8105 }, { "text": "Nocardia spp", "label": "SPECIES", "start": 8062, "end": 8074 }, { "text": "Rhodococcus spp", "label": "SPECIES", "start": 8076, "end": 8091 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 8519, "end": 8522 }, { "text": "cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 8684, "end": 8699 }, { "text": "JC virus", "label": "SPECIES", "start": 8324, "end": 8332 }, { "text": "C. neoformans", "label": "SPECIES", "start": 8107, "end": 8120 }, { "text": "Coccidioides immitis", "label": "SPECIES", "start": 8125, "end": 8145 }, { "text": "ART", "label": "SPECIES", "start": 9120, "end": 9123 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 9169, "end": 9172 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 8909, "end": 8916 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 9156, "end": 9163 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 9234, "end": 9241 } ]

[ "An", "82-year-old", "man", "with", "a", "personal", "history", "of", "allergy", "to", "iodinated", "contrast", ",", "hypertension", ",", "hypercholesterolemia", "and", "gastrointestinal", "bleeding", "related", "to", "taking", "non-steroidal", "anti-inflammatory", "drugs", "(", "NSAIDs", ")", "14", "years", "ago", ".", "He", "underwent", "aortic", "valve", "replacement", "10", "years", "ago", "due", "to", "aortic", "valve", "stenosis", ",", "with", "implantation", "of", "a", "biological", "valve", "and", "reoperation", "2", "months", "ago", "due", "to", "degeneration", "of", "the", "aortic", "valve", "with", "implantation", "of", "a", "new", "Edwards", "Magna", "23", "biological", "prosthesis", ".", "During", "this", "last", "admission", ",", "he", "presented", "with", "de", "novo", "atrial", "fibrillation", "with", "a", "CHADS2", "of", "2", ",", "requiring", "oral", "anticoagulation", "at", "discharge", ".", "He", "was", "admitted", "to", "Infectious", "Diseases", "one", "month", "ago", "for", "early", "prosthetic", "endocarditis", "possibly", "due", "to", "methicillin-resistant", "Staphylococcus", "epidermidis", ".", "The", "patient", "progressed", "well", "and", "was", "discharged", "with", "daptomycin", "750", "mg", "/", "24h", "administered", "daily", "in", "the", "day", "hospital", ".", "His", "usual", "home", "treatment", "at", "this", "time", "was", "enalapril", "20", "mg", "/", "12", "hours", ",", "simvastatin", "20", "mg", "/", "24", "hours", ",", "furosemide", "20", "mg", "/", "24", "hours", ",", "acenocoumarol", "according", "to", "controls", ",", "omeprazole", "20", "mg", "/", "24", "hours", "and", "daptomycin", "750", "mg", "/", "24", "hours", ".", "On", "the", "seventh", "day", "after", "discharge", ",", "during", "his", "visit", "to", "the", "Day", "Hospital", "for", "the", "antibiotic", "infusion", ",", "he", "reported", "a", "fever", ",", "predominantly", "in", "the", "afternoon", ",", "as", "well", "as", "a", "slight", "increase", "in", "dyspnoea", "and", "poor", "general", "condition", ",", "but", "without", "digestive", ",", "urinary", "or", "abdominal", "symptoms", ".", "In", "view", "of", "his", "history", ",", "it", "was", "decided", "to", "admit", "him", "for", "further", "investigation", ".", "On", "examination", ",", "the", "patient", "was", "in", "fair", "general", "condition", "with", "a", "blood", "pressure", "of", "120", "/", "75", "mmHg", ",", "a", "heart", "rate", "of", "75", "bpm", ",", "and", "a", "temperature", "of", "38", ".", "5o", "C", ".", "Basal", "oxygen", "saturation", "92", "%", ".", "Basal", "oxygen", "saturation", "92", "%", "and", "weight", "75", "kg", ".", "On", "auscultation", "he", "was", "arrhythmic", "and", "there", "was", "a", "1", "/", "4", "ejection", "murmur", "in", "the", "aortic", "focus", ".", "He", "also", "had", "minimal", "crackles", "in", "both", "bases", ".", "Examination", "of", "the", "abdomen", "and", "lower", "extremities", "was", "unremarkable", "and", "there", "were", "no", "stigmata", "of", "endocarditis", ".", "On", "admission", ",", "blood", "tests", "showed", "9950", "leukocytes", "/", "mm3", "with", "86", ".", "3", "%", "neutrophils", "and", "an", "increase", "in", "liver", "enzymes", "(", "GOT", "39", "IU", "/", "L", ",", "GPT", "40", "IU", "/", "L", ",", "GGT", "405", "IU", "/", "L", ",", "FA", "281", "IU", "/", "L", ")", "with", "C-reactive", "protein", "(", "CRP", ")", "312", "mg", "/", "L", ".", "The", "anterior", "chest", "X-ray", "showed", "a", "condensation", "in", "the", "right", "hemithorax", ";", "The", "study", "was", "expanded", "with", "a", "chest", "CT", "scan", "two", "days", "later", ",", "which", "showed", "paratracheal", ",", "precarinal", "and", "aortopulmonary", "window", "lymphadenopathies", "of", "around", "one", "centimetre", ",", "a", "small", "right", "pleural", "effusion", ",", "paraseptal", "emphysema", "and", "multiple", "foci", "of", "consolidation", "with", "air", "bronchogram", ",", "tarnished", "glass", "and", "some", "areas", "with", "predominantly", "subpleural", "cobblestoning", "in", "the", "right", "hemithorax", "more", "than", "the", "left", "hemithorax", ".", "Serial", "blood", "cultures", "taken", "on", "three", "occasions", "3", "days", "apart", "and", "urine", "cultures", "were", "negative", "and", "transthoracic", "echocardiography", "3", "and", "14", "days", "after", "admission", "showed", "a", "normofunctioning", "aortic", "bioprosthesis", "and", "left", "ventricular", "hypertrophy", "with", "preserved", "ventricular", "systolic", "function", "with", "no", "data", "suggestive", "of", "endocarditis", ".", "Differential", "diagnosis", "In", "this", "case", "we", "would", "have", "to", "make", "a", "differential", "diagnosis", "of", "fever", "and", "pulmonary", "condensation", "in", "a", "patient", "with", "a", "recent", "admission", ".", "As", "main", "causes", "we", "can", "distinguish", ":", "infectious", ",", "neoplastic", "and", "inflammatory", "/", "rheumatological", "or", "autoimmune", ".", "Given", "the", "patient", "'", "s", "history", "of", "endocarditis", "and", "recent", "hospital", "admission", ",", "we", "might", "be", "more", "inclined", ",", "in", "the", "first", "place", ",", "towards", "an", "infectious", "cause", "of", "nosocomial", "origin", ",", "although", "without", "ruling", "out", "other", "possibilities", ":", "1", ".", "Recurrent", "infectious", "endocarditis", "with", "acute", "pulmonary", "oedema", ":", "a", "transthoracic", "ultrasound", "was", "performed", "with", "no", "evidence", "of", "heart", "failure", "or", "malfunction", "of", "prosthesis", "and", "serial", "blood", "cultures", "to", "rule", "it", "out", ".", "Pneumonia", "of", "nosocomial", "origin", "for", "which", "empirical", "broad-spectrum", "antibiotic", "treatment", "was", "started", "pending", "results", "due", "to", "the", "possibility", "of", "resistant", "germs", ".", "Urine", "antigens", "for", "Pneumococcus", "and", "Legionella", "were", "negative", ";", "sputum", "tests", "could", "not", "be", "performed", "due", "to", "the", "patient", "'", "s", "scant", "expectoration", ".", "Cryptogenetic", "organisative", "pneumonia", ":", "radiographic", "pattern", "similar", "to", "that", "of", "our", "patient", "but", "generally", "more", "subacute", "course", ",", "good", "response", "to", "steroids", "but", "frequent", "recurrences", "as", "there", "is", "no", "known", "trigger", ".", "Drug-associated", "eosinophilic", "pneumonia", ":", "similar", "to", "cryptogenetic", "organismal", "pneumonia", "but", "with", "a", "clear", "trigger", ",", "a", "drug", ",", "and", "with", "eosinophils", "in", "the", "bonchioloalveolar", "lavage", ".", "The", "drugs", "most", "frequently", "associated", "with", "this", "entity", "are", "methotrexate", ",", "nitrofurantoin", ",", "phenytoin", "and", "sulphonamides", ".", "Acute", "interstitial", "pneumonitis", "(", "Hamman-Rich", "syndrome", ")", ":", "a", "disease", "with", "diffuse", "pulmonary", "involvement", "and", "respiratory", "failure", "that", "is", "distinguished", "from", "acute", "eosinophilic", "pneumonia", "by", "the", "absence", "of", "eosinophils", "in", "the", "bronchioloalveolar", "lavage", ".", "It", "usually", "manifests", "in", "a", "more", "acute", "and", "fulminant", "manner", "than", "the", "clinical", "presentation", "of", "our", "patient", ".", "Other", "possibilities", ",", "although", "more", "remote", "due", "to", "the", "evolution", "and", "because", "they", "would", "be", "independent", "of", "the", "initial", "episode", ",", "but", "which", "should", "be", "considered", "once", "the", "previous", "ones", "have", "been", "ruled", "out", ",", "are", "tumour", "or", "inflammatory", "aetiology", ":", "bronchioloalveolar", "carcinoma", ",", "pulmonary", "involvement", "due", "to", "vasculitis", "(", "Churg-Strauss", "syndrome", ",", "Goodpasture", "'", "s", "syndrome", ",", "lupus", "pneumonitis", ",", "etc", ".", ")", "or", "allergic", "pulmonary", "aspergillosis", ".", "Evolution", "During", "admission", ",", "empirical", "broad-spectrum", "antibiotic", "therapy", "was", "started", "due", "to", "the", "possibility", "of", "nosocomial", "pneumonia", ",", "but", "the", "patient", "persisted", "with", "fever", "and", "elevated", "liver", "enzymes", "and", "CRP", ".", "These", "clinical", "data", "together", "with", "the", "findings", "of", "the", "chest", "CT", "scan", "supported", "the", "diagnosis", "of", "eosinophilic", "drug-induced", "pneumonia", ",", "suspecting", "daptomycin", "as", "the", "causative", "agent", ",", "for", "which", "reason", "it", "was", "decided", "to", "discontinue", "this", "antibiotic", ",", "to", "start", "corticosteroids", "at", "an", "initial", "dose", "of", "40", "mg", "of", "prednisolone", "every", "12", "hours", "and", "to", "change", "the", "antibiotic", "therapy", "to", "vancomycin", "for", "the", "remaining", "days", "until", "completing", "the", "six", "weeks", "scheduled", "for", "the", "endocarditis", ",", "with", "a", "very", "good", "clinical", "response", ".", "At", "discharge", "the", "patient", "was", "afebrile", "and", "without", "dyspnoea", ",", "haemodynamically", "stable", "and", "with", "good", "baseline", "saturations", ".", "Liver", "enzymes", "and", "CRP", "were", "normalised", ".", "At", "the", "consultation", "one", "month", "after", "discharge", "with", "progressive", "reduction", "of", "steroids", ",", "the", "patient", "was", "stable", "and", "without", "respiratory", "symptoms", ",", "the", "control", "chest", "CT", "scan", "showed", "multiple", "foci", "of", "consolidation", "with", "air", "bronchogram", ",", "tarnished", "glass", "and", "some", "areas", "of", "cobblestones", ",", "predominantly", "right", "subpleural", ",", "but", "with", "significant", "improvement", "with", "respect", "to", "the", "CT", "scan", "on", "admission", ".", "The", "control", "CT", "scan", "three", "months", "after", "discharge", "showed", "no", "more", "areas", "of", "ground", "glass", "or", "cobblestones", ",", "and", "the", "CT", "scan", "was", "normal", "except", "for", "the", "paraseptal", "emphysema", ".", "Final", "diagnosis", "Severe", "pulmonary", "toxicity", "due", "to", "Daptomycin", "(", "probable", "eosinophilic", "pneumonia", ")", "in", "a", "patient", "with", "early", "aortic", "endocarditis", "due", "to", "multidrug-resistant", "S", ".", "epidermidis", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 0 ]

[ { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 26, "end": 34 }, { "text": "methicillin-resistant Staphylococcus epidermidis", "label": "SPECIES", "start": 721, "end": 769 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 775, "end": 782 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1482, "end": 1489 }, { "text": "Legionella", "label": "SPECIES", "start": 3831, "end": 3841 }, { "text": "Pneumococcus", "label": "SPECIES", "start": 3814, "end": 3826 }, { "text": "resistant germs", "label": "SPECIES", "start": 3778, "end": 3793 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3065, "end": 3072 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3214, "end": 3221 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6717, "end": 6724 }, { "text": "multidrug-resistant S. epidermidis", "label": "SPECIES", "start": 6763, "end": 6797 } ]

[ "MCSS", ".", "Six-year-old", "female", "patient", ",", "originally", "from", "the", "state", "of", "San", "Luis", "Potosí", ",", "with", "residence", "in", "the", "Acantzen", "neighbourhood", "of", "the", "Tanchahuil", "locality", "in", "the", "municipality", "of", "San", "Antonio", ",", "in", "the", "same", "state", ".", "The", "patient", "was", "brought", "by", "her", "father", "to", "the", "health", "centre", ",", "where", "the", "medical", "staff", "requested", "a", "consultation", "to", "make", "the", "diagnosis", ".", "The", "interrogation", "was", "carried", "out", "directly", "and", "indirectly", "through", "an", "interview", "with", "the", "father", ".", "Her", "current", "illness", "began", "on", "5", "May", "2007", ",", "after", "being", "bitten", "by", "the", "insect", "that", "transmitted", "the", "disease", "during", "the", "night", ";", "the", "following", "day", "she", "presented", "with", "an", "unquantified", ",", "constant", "fever", "that", "lasted", "one", "day", ",", "which", "subsided", "spontaneously", ",", "only", "to", "appear", "again", "six", "days", "later", "accompanied", "by", "left", "bipalpebral", "oedema", ",", "for", "which", "reason", "her", "parents", "went", "to", "the", "Tanchahuil", "health", "centre", ",", "where", "a", "blood", "sample", "was", "taken", "by", "digital", "puncture", "for", "a", "smear", "and", "thick", "blood", "drop", ";", "They", "were", "sent", "to", "the", "Laboratory", "of", "Health", "Jurisdiction", "6", ",", "where", "Trypanosoma", "cruzi", "blood", "trypomastigotes", "were", "observed", ".", "The", "jurisdictional", "epidemiologist", "contacted", "the", "Parasite", "Biology", "Laboratory", "of", "the", "Faculty", "of", "Medicine", "of", "the", "UNAM", "on", "15", "May", "to", "request", "confirmation", "of", "the", "diagnosis", "and", "specific", "treatment", ".", "The", "following", "day", ",", "the", "patient", "was", "visited", "at", "home", "to", "carry", "out", "a", "clinical", "epidemiological", "study", "with", "a", "clinical", "history", ",", "evaluation", "of", "the", "home", "and", "taking", "samples", "for", "parasite", "and", "serological", "diagnosis", ".", "Personal", "non-pathological", "and", "pathological", "history", ",", "without", "relevance", "to", "the", "current", "condition", ".", "She", "has", "a", "history", "of", "epidemiological", "importance", "related", "to", "living", "with", "the", "transmitting", "insect", "in", "the", "home", "from", "birth", ",", "as", "well", "as", "the", "capture", "of", "a", "triatomine", "inside", "the", "home", ",", "which", "is", "corroborated", "by", "the", "identification", "of", "Triatoma", "dimidiata", "specimens", "by", "the", "patient", "and", "her", "father", ",", "who", "refers", "that", "in", "the", "region", "they", "are", "known", "as", "Jutzul", ",", "which", "in", "the", "Huasteca", "language", "means", "\"", "the", "one", "that", "sucks", "blood", "\"", ".", "Another", "important", "antecedent", "is", "the", "characteristics", "of", "the", "house", ",", "which", "has", "construction", "materials", "considered", "risky", "for", "the", "presence", "of", "the", "transmitter", "(", "reed", "walls", ",", "earthen", "floor", "and", "palm", "roof", ")", ",", "as", "well", "as", "poor", "sanitary", "and", "hygienic", "conditions", ",", "ventilation", "and", "lighting", ".", "The", "patient", "had", "a", "negative", "history", "of", "transfusions", ".", "On", "physical", "examination", ",", "the", "most", "relevant", "findings", "were", "the", "Romaña", "sign", "in", "the", "left", "eye", ",", "accompanied", "by", "erythema", ",", "pruritus", "and", "retroocular", "pain", ",", "and", "left", "preauricular", "and", "submaxillary", "adenomegaly", ".", "Cardiac", "sounds", "were", "unaltered", ",", "without", "hepatosplenomegaly", ";", "lower", "limbs", "without", "oedema", ".", "Parasitological", "diagnosis", "was", "confirmed", "by", "the", "Parasite", "Biology", "Laboratory", ",", "by", "observing", "the", "parasite", "in", "smears", "and", "its", "isolation", "in", "NNN", "and", "LIT", "culture", "medium", ".", "Blood", "biometry", ",", "blood", "chemistry", ",", "general", "urine", "examination", "and", "liver", "function", "tests", "were", "requested", ",", "which", "were", "normal", ",", "so", "treatment", "was", "started", "with", "benznidazole", "at", "a", "dose", "of", "10", "mg", "/", "kg", "body", "weight", "per", "day", "for", "30", "days", ",", "under", "the", "supervision", "of", "the", "epidemiologist", "of", "the", "health", "jurisdiction", ",", "with", "no", "adverse", "reactions", ".", "After", "treatment", ",", "she", "was", "monitored", "serologically", "with", "indirect", "ELISA", "and", "IFA", "every", "six", "months", "for", "a", "year", "and", "a", "half", ",", "whose", "titres", "were", ",", "respectively", ",", "0", ".", "231", "O", ".", "D", ".", "and", "1", ":", "256", "at", "six", "months", ",", "0", ".", "049", "O", ".", "D", ".", "and", "1", ":", "128", "at", "12", "months", ",", "and", "0", ".", "021", "O", ".", "D", ".", "and", "1", ":", "64", "at", "18", "months", ";", "an", "ECG", "was", "performed", "six", "months", "after", "treatment", ",", "which", "was", "interpreted", "as", "a", "normal", "tracing", ".", "The", "patient", "evolved", "asymptomatically", "and", "is", "currently", "in", "apparent", "good", "health", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "female patient", "label": "HUMAN", "start": 19, "end": 33 }, { "text": "Parasite", "label": "SPECIES", "start": 1073, "end": 1081 }, { "text": "parasite", "label": "SPECIES", "start": 1383, "end": 1391 }, { "text": "Parasite", "label": "SPECIES", "start": 2573, "end": 2581 }, { "text": "parasite", "label": "SPECIES", "start": 2619, "end": 2627 }, { "text": "insect", "label": "SPECIES", "start": 503, "end": 509 }, { "text": "insect", "label": "SPECIES", "start": 1603, "end": 1609 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 26, "end": 33 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 212, "end": 219 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1238, "end": 1245 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1773, "end": 1780 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2193, "end": 2200 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3358, "end": 3365 }, { "text": "father", "label": "HUMAN", "start": 239, "end": 245 }, { "text": "father", "label": "HUMAN", "start": 428, "end": 434 }, { "text": "father", "label": "HUMAN", "start": 1789, "end": 1795 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 774, "end": 781 }, { "text": "staff", "label": "HUMAN", "start": 286, "end": 291 }, { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 1419, "end": 1427 }, { "text": "Triatoma dimidiata", "label": "SPECIES", "start": 1737, "end": 1755 }, { "text": "Trypanosoma cruzi blood trypomastigotes", "label": "SPECIES", "start": 970, "end": 1009 }, { "text": "epidemiologist", "label": "HUMAN", "start": 1044, "end": 1058 }, { "text": "epidemiologist", "label": "HUMAN", "start": 2933, "end": 2947 }, { "text": "triatomine", "label": "SPECIES", "start": 1662, "end": 1672 }, { "text": "Jutzul", "label": "SPECIES", "start": 1845, "end": 1851 }, { "text": "palm", "label": "SPECIES", "start": 2101, "end": 2105 } ]

[ "PERSONAL", "HISTORY", "A", "60-year-old", "male", "patient", "with", "the", "following", "history", ":", "Family", "history", "of", "early", "ischaemic", "heart", "disease", ":", "brother", "died", "of", "acute", "myocardial", "infarction", "at", "the", "age", "of", "48", ",", "sister", "with", "chronic", "ischaemic", "heart", "disease", "since", "the", "age", "of", "50", ".", "No", "known", "drug", "allergies", ".", "Arterial", "hypertension", "with", "good", "control", "as", "usual", ".", "Diabetes", "mellitus", "(", "DM", ")", "type", "2", "in", "treatment", "with", "oral", "antidiabetics", ",", "with", "last", "HbA1c", "7", "%", "(", "November", "2017", ")", ".", "Probable", "difficult", "to", "control", "familial", "hypercholesterolaemia", ".", "Chronic", "ischaemic", "heart", "disease", "with", "completely", "revascularised", "multivessel", "disease", "and", "preserved", "biventricular", "systolic", "function", ".", "Debut", "in", "January", "2017", "with", "non-ST-segment", "elevation", "acute", "coronary", "syndrome", "(", "NSTEACS", ")", "of", "the", "non-Q", "acute", "myocardial", "infarction", "(", "AMI", ")", "type", ",", "with", "coronary", "angiography", "finding", "multivessel", "disease", ",", "with", "severe", "lesion", "in", "the", "distal", "trunk", "affecting", "the", "origin", "of", "the", "anterior", "descending", "artery", "(", "LAD", ")", "and", "severe", "lesion", "in", "the", "middle", "third", "of", "the", "right", "coronary", "artery", "(", "RCA", ")", ",", "undergoing", "triple", "coronary", "artery", "bypass", "(", "left", "internal", "mammary", "to", "LAD", ",", "saphenous", "to", "obtuse", "marginal", "and", "saphenous", "to", "RCA", ")", ".", "At", "discharge", "echocardiography", "with", "preserved", "systolic", "function", "(", "LVEF", "67", "%", ")", "without", "segmental", "alterations", "of", "contractility", "and", "analysis", "with", "hypercholesterolaemia", "(", "total", "cholesterol", "200", "mg", "/", "dl", ",", "LDL-C", "140", "mg", "/", "dl", ",", "HDL", "23", "mg", "/", "dl", ")", "despite", "treatment", "with", "atorvastatin", "80", "mg", ".", "Admission", "to", "cardiology", "in", "February", "2017", "due", "to", "a", "new", "episode", "of", "chest", "pain", "with", "pleuritic", "characteristics", "and", "no", "elevation", "of", "myocardial", "damage", "markers", ",", "with", "a", "new", "echocardiography", "that", "was", "superimposable", "to", "the", "previous", "one", "except", "for", "the", "finding", "of", "slight", "pericardial", "effusion", "with", "no", "data", "of", "haemodynamic", "compromise", ".", "Treatment", "was", "started", "with", "high-dose", "acetylsalicylic", "acid", "(", "ASA", ")", "with", "clinical", "improvement", ",", "and", "the", "patient", "was", "discharged", "with", "a", "diagnosis", "of", "Dressler", "'", "s", "syndrome", ".", "A", "new", "blood", "test", "also", "showed", "LDL-C", "201", "mg", "/", "dl", "and", "treatment", "was", "started", "with", "atorvastatin", "80", "mg", "/", "ezetimibe", "10", "mg", "on", "discharge", ".", "Subsequent", "follow-up", "in", "cardiology", "outpatient", "clinics", ",", "with", "good", "functional", "class", "and", "no", "effort", "angina", ",", "as", "well", "as", "good", "therapeutic", "compliance", "with", "controlled", "blood", "pressure", "and", "good", "glycaemic", "control", ".", "In", "analytical", "tests", ",", "hypercholesterolemia", "persisted", "with", "marked", "elevation", "of", "LDL-C", "levels", ".", "Other", "surgical", "interventions", ":", "meniscopathy", ".", "CURRENT", "DISEASE", "60-year-old", "patient", "under", "follow-up", "in", "cardiology", "outpatient", "clinic", "since", "previous", "admission", "for", "AMI", "undergoing", "surgical", "revascularisation", ".", "The", "patient", "reports", "being", "in", "good", "clinical", "condition", ",", "with", "no", "angina", "or", "dyspnoea", "on", "exertion", "after", "discharge", ".", "He", "denies", "orthopnoea", "or", "episodes", "of", "paroxysmal", "nocturnal", "dyspnoea", ".", "He", "reported", "having", "completed", "the", "cardiac", "rehabilitation", "programme", "and", "was", "living", "a", "routine", "life", "without", "limitations", ".", "He", "attended", "the", "consultation", "to", "collect", "the", "results", ".", "PHYSICAL", "EXAMINATION", "Good", "general", "condition", ".", "Conscious", ",", "oriented", ".", "Well", "hydrated", "and", "perfused", ".", "Eupneic", "at", "rest", ".", "SatO2", "98", "%", "without", "oxygen", "therapy", ".", "Blood", "pressure", "(", "BP", ")", "130", "/", "80", ",", "heart", "rate", "(", "HR", ")", "70", ".", "No", "jugular", "engorgement", ".", "Cardiac", "auscultation", ":", "rhythmic", ",", "at", "a", "good", "frequency", ".", "No", "murmurs", "or", "audible", "extratonos", ".", "Bladder", "murmur", "preserved", ",", "without", "pathological", "noises", "added", ".", "Lower", "limbs", ":", "no", "oedema", "or", "signs", "of", "deep", "vein", "thrombosis", "(", "DVT", ")", ".", "Distal", "pulses", "preserved", "and", "symmetrical", ".", "COMPLEMENTARY", "TESTS", "ECG", "(", "April", "2018", ")", ":", "sinus", "rhythm", "at", "70", "bpm", ",", "normal", "axis", ",", "normal", "PR", ",", "narrow", "QRS", ",", "Q", "wave", "in", "III", "and", "aVF", "with", "negative", "T", "in", "I", "and", "aVL", ",", "no", "other", "repolarisation", "alterations", ",", "no", "signs", "of", "acute", "ischaemia", ",", "normal", "QTc", ".", "Echocardiography", "(", "April", "2018", ")", ":", "non-dilated", "left", "ventricle", "without", "hypertrophy", "of", "its", "walls", ".", "Left", "atrium", "slightly", "dilated", ".", "Thoracic", "aorta", "within", "the", "normal", "range", ".", "No", "significant", "valvular", "heart", "disease", ".", "Preserved", "left", "ventricular", "systolic", "function", ",", "with", "LVEF", "calculated", "by", "Simpson", "BP", "at", "67", "%", ",", "without", "segmental", "contractility", "disorders", ".", "Transmitral", "filling", "pattern", "of", "impaired", "relaxation", "without", "increased", "filling", "pressures", ".", "Inferior", "vena", "cava", "not", "dilated", "with", "adequate", "inspiratory", "collapse", ".", "No", "pericardial", "effusion", ".", "CBC", "(", "April", "2018", ")", ":", "CBC", ":", "leukocytes", "8", ",", "100", "units", ",", "haemoglobin", "13", ".", "4", "g", "/", "dl", ",", "platelets", "339", ",", "000", "units", ".", "Biochemistry", ":", "Cr", "0", ".", "84", "mg", "/", "dl", ",", "normal", "ions", ",", "normal", "hepatobiliary", "profile", ".", "HbA1c", "7", ".", "0", "%", "Lipid", "profile", ":", "total", "cholesterol", "345", "mg", "/", "dl", ",", "LDLc", "278", "mg", "/", "dl", ",", "HDL", "52", "mg", "/", "dl", ",", "triglycerides", "75", "mg", "/", "dl", ".", "CBC", "(", "June", "2018", ",", "after", "starting", "alirocumab", ")", ":", "CBC", ":", "leukocytes", "9", ",", "100", "units", ",", "haemoglobin", "13", ".", "9", "g", "/", "dl", ",", "platelets", "280", ",", "000", "units", ".", "Biochemistry", ":", "Cr", "0", ".", "90", "mg", "/", "dl", ",", "normal", "ions", ",", "normal", "hepatobiliary", "profile", ".", "HbA1c", "6", ".", "9", "%", ".", "Lipid", "profile", ":", "total", "cholesterol", "147", "mg", "/", "dl", ",", "LDL-C", "78", "mg", "/", "dl", ",", "HDL", "55", "mg", "/", "dl", ",", "triglycerides", "72", "mg", "/", "dl", ".", "CLINICAL", "COURSE", "The", "patient", "attended", "the", "consultation", "to", "collect", "the", "results", ",", "reporting", "a", "good", "clinical", "condition", ".", "He", "denies", "myalgia", "with", "high-dose", "statin", "treatment", ",", "but", "reports", "concern", "about", "the", "difficulty", "of", "controlling", "his", "cholesterol", "given", "his", "personal", "and", "family", "history", ".", "He", "reported", "good", "compliance", "with", "treatment", ",", "with", "good", "control", "of", "blood", "pressure", "and", "blood", "glucose", "levels", "at", "home", ",", "as", "well", "as", "the", "recommended", "hygienic", "and", "dietary", "measures", ".", "The", "control", "blood", "test", "showed", "persistent", "hypercholesterolaemia", ",", "with", "total", "cholesterol", "levels", "of", "345", "mg", "/", "dl", "and", "LDL-C", "of", "278", "mg", "/", "dl", "despite", "treatment", "with", "atorvastatin", "80", "mg", "/", "ezetimibe", "10", "mg", ".", "Given", "that", "the", "cholesterol", "levels", "were", "far", "from", "optimal", ",", "it", "was", "decided", "to", "start", "treatment", "with", "alirocumab", "150", "mg", "every", "two", "weeks", "and", "to", "review", "in", "one", "month", "with", "a", "new", "blood", "test", ".", "The", "patient", "returned", "for", "another", "check-up", "in", "June", "2018", ",", "denying", "having", "had", "any", "adverse", "reaction", "after", "starting", "treatment", ".", "The", "control", "analysis", "showed", "a", "total", "cholesterol", "level", "of", "147", "mg", "/", "dl", "with", "LDL-C", "levels", "of", "78", "mg", "/", "dl", ".", "DIAGNOSIS", "Chronic", "ischaemic", "heart", "disease", "with", "completely", "surgically", "revascularised", "multivessel", "disease", "and", "preserved", "left", "ventricular", "systolic", "function", ".", "Probable", "familial", "hypercholesterolemia", "of", "very", "difficult", "control", ".", "Arterial", "hypertension", "and", "type", "2", "diabetes", "mellitus", "with", "good", "control", "." ]

[ 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "PERSONAL", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 8 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 36, "end": 43 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1796, "end": 1803 }, { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 31, "end": 43 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 72, "end": 78 }, { "text": "sister", "label": "HUMAN", "start": 183, "end": 189 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2351, "end": 2358 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2483, "end": 2490 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 4869, "end": 4877 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4641, "end": 4648 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5443, "end": 5450 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 4882, "end": 4888 } ]

[ "Female", "patient", ",", "43", "years", "old", ",", "from", "the", "shapono", "of", "Wareta", ",", "(", "2o", "47", "́", "34", "\"", "N", ",", "64o", "13", "́", "46", "\"", "W", ",", "Altitude", ":", "897", "m", "above", "sea", "level", ")", "belonging", "to", "the", "Yanomami", "community", "of", "Parima", "B", "(", "Alto", "Orinoco", "Municipality", ",", "Amazonas", "State", ")", ",", "with", "no", "known", "pathological", "history", ",", "who", "began", "her", "illness", "in", "2006", ",", "when", "she", "presented", "with", "abdominal", "pain", "located", "in", "the", "right", "hypochondrium", ",", "of", "moderate", "intensity", ",", "of", "a", "stabbing", "nature", "and", "hepatomegaly", ",", "for", "which", "reason", "she", "was", "evaluated", "by", "a", "local", "doctor", ".", "Serological", "studies", "showed", "positive", "IgG-Hydatidosis", "ELISA", "(", "D", ".", "O", ".", "0", ".", "360", ")", "and", "positive", "WB", "for", "Echinococcus", "sp", ".", "5", "of", "6", "specific", "bands", "were", "detected", ".", "The", "patient", "was", "referred", "to", "the", "HUC", "where", "the", "following", "paraclinical", "results", "were", "obtained", ".", "Laboratory", ":", "Hb", ":", "11", ".", "8", "g", "/", "dL", ",", "Ht", ":", "35", ".", "0", "%", ",", "WBC", ":", "6100", ",", "No", ":", "56", ".", "9", "%", ",", "Lo", ":", "29", ".", "3", "%", ",", "Eo", ":", "8", ".", "3", "%", ".", "TGO", ":", "27U", "/", "L", ",", "TGP", ":", "18U", "/", "L", ".", "Abdominal", "ultrasonography", ",", "Liver", ":", "two", "heterogeneous", "images", ",", "with", "poorly", "defined", "hypoechogenic", "contours", ",", "with", "anechogenic", "images", "inside", ",", "without", "Doppler", "effect", ":", "one", "located", "in", "segment", "VII", "of", "4", ".", "2", "x", "2", ".", "7", "x", "4", ".", "5", "cm", "with", "total", "volume", "approx", ".", "26", ".", "09", "mL", ",", "and", "the", "other", "located", "in", "segment", "VIII", "of", "5", "x", "4", ".", "8", "x", "4", ".", "9", "cm", ",", "with", "total", "volume", "approx", ".", "62", ".", "02mL", ".", "Abdominal", "CT", "scan", ":", "heterogeneous", "image", "located", "in", "hepatic", "segments", "VI", "and", "VII", ",", "of", "cystic", "aspect", ",", "bilobed", ",", "with", "calcification", "area", ",", "measuring", "11", "x", "7", "x", "5", "x", "5", "cm", ".", "On", "18", "/", "02", "/", "10", ",", "after", "3", "months", "of", "treatment", "with", "albendazole", ",", "she", "was", "taken", "to", "the", "operating", "theatre", "with", "a", "diagnosis", "of", "hepatic", "hydatidosis", "for", "PAIR", ",", "robotic", "partial", "cystectomy", "and", "omentoplasty", ".", "The", "fluid", "extracted", "from", "the", "hydatid", "cyst", "of", "the", "surgical", "intervention", "had", "the", "same", "macroscopic", "characteristics", "as", "the", "fluid", "extracted", "in", "case", "1", ".", "In", "this", "case", ",", "there", "were", "also", "numerous", "hydatids", "with", "no", "movement", "of", "the", "flaming", "cells", "and", "200", "hooks", "were", "observed", ".", "Morphobiometry", "was", "performed", "on", "these", "and", "an", "average", "total", "size", "of", "38", ".", "42", "μ", ",", "blade", "size", "of", "24", ".", "41μ", "and", "hook", "shank", "size", "of", "13", ".", "95", "μ", "were", "obtained", ",", "which", "were", "characteristic", "of", "E", ".", "vogeli", ".", "The", "patient", "had", "a", "satisfactory", "postoperative", "course", "with", "tomographic", "controls", "before", "discharge", ".", "Three", "months", "of", "post-operative", "treatment", "with", "the", "described", "doses", "of", "albendazole", "was", "indicated", "and", "she", "now", "resides", "in", "her", "community", "." ]

[ 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0 ]

[ { "text": "Echinococcus sp", "label": "SPECIES", "start": 567, "end": 582 }, { "text": "Female patient", "label": "HUMAN", "start": 2, "end": 16 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 9, "end": 16 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 625, "end": 632 }, { "text": "community", "label": "HUMAN", "start": 151, "end": 160 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1961, "end": 1968 }, { "text": "E. vogeli", "label": "SPECIES", "start": 1946, "end": 1955 }, { "text": "community", "label": "HUMAN", "start": 2175, "end": 2184 } ]

[ "Reason", "for", "consultation", "Individual", "approach", "(", "anamnesis", ",", "examination", ",", "complementary", "tests", ")", "Anamnesis", ":", "15-year-old", "male", ",", "with", "the", "following", "history", ":", "No", "family", "history", "of", "interest", ".", "No", "known", "drug", "allergies", ".", "No", "cardiovascular", "risk", "factors", ":", "No", "HBP", ",", "no", "DM", ",", "no", "DLP", ".", "No", "other", "diseases", "of", "interest", ".", "No", "surgical", "interventions", ".", "No", "active", "treatment", ".", "The", "patient", "came", "accompanied", "by", "his", "mother", "to", "the", "emergency", "department", "of", "the", "Hospital", "Juan", "Ramón", "Jiménez", "(", "Huelva", ")", ",", "referred", "from", "his", "health", "centre", ",", "reporting", "orange-coloured", "urine", "for", "3-4", "days", ".", "He", "also", "mentioned", "pain", "in", "the", "left", "hypochondrium", "in", "the", "previous", "days", ",", "not", "present", "at", "the", "time", "of", "consultation", ".", "Asthenia", "of", "two", "weeks", "'", "evolution", "associated", "with", "a", "fever", "that", "had", "not", "been", "measured", "in", "previous", "days", ".", "No", "micturition", "symptoms", ".", "No", "diarrhoea", "or", "constipation", ".", "No", "acholia", ".", "She", "reported", "isolated", "vomiting", "the", "previous", "night", ".", "No", "fever", ".", "No", "consumption", "of", "risky", "foods", ".", "No", "consumption", "of", "toxic", "substances", "or", "medication", ".", "Physical", "examination", ":", "good", "general", "condition", ",", "conscious", ",", "oriented", "and", "cooperative", ".", "Non-hydrated", "and", "normoperfused", ".", "Slight", "cutaneous-mucosal", "and", "conjunctival", "jaundice", ".", "Eupneic", "at", "rest", ".", "BP", ":", "135", "/", "73", "SO2", ":", "99", "%", ".", "Ta", ":", "38", ".", "2oC", "HR", ":", "102", "bpm", "-", "ACP", ":", "Rhythmic", "tones", "at", "a", "good", "frequency", ",", "without", "murmurs", ",", "friction", "rubs", "or", "extratones", ".", "VCM", "without", "pathological", "sounds", ".", "-", "Abdomen", "soft", ",", "depressible", ",", "slightly", "painful", "on", "palpation", "in", "the", "left", "hypochondrium", ",", "with", "no", "signs", "of", "abdominal", "defence", "or", "peritoneal", "irritation", ".", "Murphy", "'", "s", "sign", "and", "Blumberg", "'", "s", "sign", "negative", ".", "Bilateral", "percussion", "fist", "negative", ".", "No", "hernias", ",", "masses", "or", "megaliths", "were", "palpable", ".", "Hydro-aerial", "sounds", "present", ".", "-", "Neurological", ":", "PINLA", ".", "ECMO", ".", "Cranial", "nerves", "preserved", ".", "Strength", "and", "sensitivity", "preserved", ".", "No", "gait", "alterations", ".", "No", "meningeal", "signs", ".", "No", "signs", "of", "neurological", "focality", ".", "Complementary", "tests", "-", "Abdominal", "X-ray", ":", "visible", "psoas", "lines", ".", "Stool", "and", "gas", "in", "colic", "frame", ".", "Gas", "in", "rectal", "ampulla", ".", "No", "radiological", "image", "suggestive", "of", "hydro-aerial", "levels", ".", "-", "CBC", ":", "Leukocytosis", "of", "17", ",", "730", "with", "lymphocytosis", "of", "73", ".", "1", "%", "and", "monocytosis", "of", "11", ".", "9", "%", ";", "total", "bilirubin", "of", "3", ".", "26", "(", "direct", "bb", "2", ".", "52", ",", "indirect", "bb", "0", ".", "74", ")", ";", "LDH", "of", "717", ";", "AST", "309", ";", "ALT", "377", ";", "in", "urine", ",", "bilirubin", "and", "uribilinogen", "+", ".", "Family", "and", "community", "approach", "15-year-old", "male", ",", "with", "no", "personal", "or", "family", "history", "of", "interest", ".", "He", "lives", "with", "his", "parents", "in", "a", "poor", "area", "of", "the", "city", "of", "Huelva", ".", "His", "mother", "works", "in", "a", "company", "as", "a", "cleaner", "and", "his", "father", "is", "a", "day", "labourer", ".", "He", "has", "no", "siblings", ".", "Good", "family", "support", ".", "Medium-low", "socio-cultural", "level", ".", "Due", "to", "the", "absence", "of", "clinical", "situations", "of", "interest", "so", "far", ",", "she", "does", "not", "undergo", "active", "medical", "follow-up", ".", "Action", "plan", "and", "evolution", "Given", "the", "clinical", "and", "analytical", "data", "previously", "mentioned", ",", "it", "was", "decided", "to", "extend", "the", "analysis", "by", "requesting", "AF", ",", "CRP", ",", "HCV", ",", "HBV", ",", "HIV", ",", "GGT", "and", "an", "ultrasound", "scan", "of", "the", "abdomen", "was", "requested", ".", "Of", "the", "expanded", "parameters", ",", "the", "only", "one", "of", "note", "was", "a", "GGT", "of", "250", ".", "The", "serology", "for", "the", "viruses", "requested", "was", "negative", ".", "The", "only", "significant", "finding", "in", "the", "abdominal", "ultrasound", "was", "a", "mild", "and", "homogeneous", "splenomegaly", "(", "135mm", ")", ".", "In", "this", "context", ",", "and", "analysing", "the", "data", "obtained", "in", "the", "tests", "requested", ",", "it", "is", "important", "to", "make", "a", "differential", "diagnosis", "between", "several", "pathological", "entities", ".", "Firstly", ",", "fever", ",", "pain", "in", "the", "right", "hypochondrium", ",", "jaundice", ",", "leukocytosis", "and", "hyperbilirubinaemia", "at", "the", "expense", "of", "direct", "bilirubin", "could", "lead", "us", "to", "suspect", "a", "biliary", "condition", ",", "such", "as", "cholecystitis", ".", "However", ",", "in", "the", "context", "of", "such", "a", "picture", ",", "an", "image", "compatible", "with", "biliary", "lithiasis", "and", "positive", "ultrasound", "Murphy", "would", "most", "likely", "have", "been", "found", "on", "ultrasound", ".", "On", "the", "other", "hand", ",", "the", "same", "analytical", "findings", "mentioned", "above", ",", "together", "with", "the", "choluria", "and", "the", "increase", "in", "GGT", "could", "point", "to", "a", "picture", "of", "choledocholithiasis", "/", "cholangitis", ".", "However", ",", "in", "this", "context", ",", "it", "would", "be", "logical", "to", "have", "also", "found", "analytical", "data", "such", "as", "elevated", "AF", "(", "cholestasis", "enzyme", ")", "and", "ultrasound", "images", "of", "dilatation", "of", "the", "extrahepatic", "bile", "duct", "or", "image", "of", "a", "stone", "at", "the", "level", "of", "the", "common", "bile", "duct", ".", "Finally", ",", "and", "taking", "into", "account", "the", "physical", "examination", "with", "pain", "in", "the", "left", "and", "right", "hypochondrium", ",", "fever", ",", "jaundice", ",", "leukocytosis", "with", "lymphomonocytosis", "in", "requested", "analyses", ",", "together", "with", "hyperbilirubinaemia", "and", "mild", "splenomegaly", "without", "biliary", "tract", "involvement", "as", "observed", "by", "ultrasound", ",", "the", "most", "likely", "diagnosis", "is", "Infectious", "Mononucleosis", "(", "although", "signs", "and", "symptoms", "such", "as", "pharyngitis", "and", "lymphadenopathy", "typical", "of", "this", "disease", "are", "absent", ")", ".", "Thus", ",", "in", "view", "of", "the", "clinical", "and", "analytical", "findings", "and", "the", "imaging", "tests", "requested", ",", "it", "was", "finally", "decided", "to", "expand", "the", "heterophile", "antibodies", "in", "the", "analysis", ",", "which", "turned", "out", "to", "be", "positive", ".", "Clinical", "judgement", "(", "list", "of", "problems", ",", "differential", "diagnosis", ")", "Infectious", "mononucleosis", "due", "to", "Epstein", "Barr", "virus", "with", "atypical", "presentation", ".", "Action", "plan", "and", "evolution", "in", "the", "ED", "During", "his", "stay", "in", "the", "Emergency", "Department", ",", "the", "patient", "was", "asymptomatic", ",", "accompanied", "by", "his", "mother", "at", "all", "times", "and", "presented", "no", "adverse", "events", "of", "interest", ".", "He", "was", "discharged", "with", "home", "treatment", "of", "paracetamol", "650mg", "every", "8", "hours", "if", "fever", "and", "relative", "rest", "for", "at", "least", "one", "month", ",", "with", "clinical", "and", "analytical", "control", "by", "his", "primary", "care", "physician", "to", "monitor", "subsequent", "analytical", "normalisation", ",", "in", "addition", "to", "abundant", "hydration", "and", "indications", "for", "which", "the", "ED", "should", "be", "consulted", "again", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 114, "end": 118 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 151, "end": 157 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 375, "end": 381 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 343, "end": 350 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 2163, "end": 2169 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 2205, "end": 2209 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 2231, "end": 2237 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 2425, "end": 2431 }, { "text": "siblings", "label": "HUMAN", "start": 2410, "end": 2418 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 2327, "end": 2333 }, { "text": "father", "label": "HUMAN", "start": 2374, "end": 2380 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 2277, "end": 2284 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 2219, "end": 2227 }, { "text": "cleaner", "label": "HUMAN", "start": 2358, "end": 2365 }, { "text": "day labourer", "label": "HUMAN", "start": 2386, "end": 2398 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 2737, "end": 2740 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 2732, "end": 2735 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2742, "end": 2745 }, { "text": "Epstein Barr virus", "label": "SPECIES", "start": 4730, "end": 4748 }, { "text": "virus", "label": "SPECIES", "start": 4743, "end": 4748 }, { "text": "relative", "label": "HUMAN", "start": 5059, "end": 5067 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 4908, "end": 4914 }, { "text": "primary care physician", "label": "HUMAN", "start": 5141, "end": 5163 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4863, "end": 4870 } ]

[ "19", "year", "old", "male", "operated", "on", "for", "neuroblastoma", ".", "He", "presented", "with", "an", "afternoon", "fever", "of", "one", "month", "'", "s", "evolution", "and", "weight", "loss", ".", "No", "other", "accompanying", "symptoms", "and", "normal", "physical", "examination", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "leucopenia", ",", "neutropenia", "and", "progressive", "anaemia", ",", "with", "atypical", "lymphocytes", "in", "the", "peripheral", "blood", "smear", ".", "Mild", "elevation", "of", "transaminases", "and", "hypertriglyceridaemia", "with", "elevated", "acute", "phase", "reactants", "and", "proteinogram", "with", "hypergammaglobulinaemia", ".", "To", "rule", "out", "mononucleosis", ",", "serology", "for", "CMV", ",", "EBV", ",", "HSV1", "and", "2", ",", "parvovirus", "B19", ",", "hepatitis", "A", ",", "B", "and", "C", ",", "rubella", "and", "toxoplasma", "was", "negative", ".", "Rickettsia", ",", "Borrelia", ",", "Coxiella", ",", "and", "Brucella", ",", "HIV", "and", "CLIA", "were", "also", "negative", ",", "as", "well", "as", "the", "blood", "cultures", "extracted", ",", "mantoux", "and", "urine", "culture", "performed", ".", "Echocardiography", "within", "normal", "limits", ",", "without", "vegetations", ".", "Autoimmunity", "was", "negative", ".", "Suspecting", "neoplastic", "aetiology", ",", "a", "thoraco-abdomino-pelvic", "CT", "scan", "was", "performed", ",", "detecting", "splenomegaly", "of", "16", ".", "7cm", ",", "with", "no", "significant", "adenopathies", ".", "The", "clinical", "manifestations", "persisted", "and", "the", "patient", "suffered", "progressive", "deterioration", ".", "Our", "differential", "diagnosis", "was", "between", "lymphoproliferative", "syndrome", "limited", "to", "the", "spleen", ",", "haemophagocytic", "syndrome", "or", "parasitosis", ".", "We", "performed", "an", "immune", "balance", "with", "a", "tendency", "towards", "CD4", "/", "CD8", "inversion", "and", "PAMO", "with", "discrete", "erythroid", "dysplasia", "probably", "related", "to", "folicopenia", ",", "reactive", "plasmacytosis", "and", "without", "cytological", "data", "of", "haemophagocytosis", "or", "infiltration", "by", "leishmania", ".", "Before", "performing", "more", "invasive", "tests", ",", "we", "requested", "a", "PCR", "for", "Leishmania", ",", "which", "was", "positive", ",", "after", "which", "treatment", "with", "amphotericin", "B", "was", "started", ",", "and", "the", "fever", "ceased", "after", "48h", "and", "the", "clinical", "and", "analytical", "parameters", "normalised", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 12, "end": 16 }, { "text": "Borrelia", "label": "SPECIES", "start": 611, "end": 619 }, { "text": "Brucella", "label": "SPECIES", "start": 635, "end": 643 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 502, "end": 505 }, { "text": "Coxiella", "label": "SPECIES", "start": 621, "end": 629 }, { "text": "Rickettsia", "label": "SPECIES", "start": 599, "end": 609 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 507, "end": 510 }, { "text": "HSV1", "label": "SPECIES", "start": 512, "end": 516 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 645, "end": 648 }, { "text": "toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 574, "end": 584 }, { "text": "parvovirus B19", "label": "SPECIES", "start": 524, "end": 538 }, { "text": "HSV1 and 2", "label": "SPECIES", "start": 512, "end": 522 }, { "text": "hepatitis A", "label": "SPECIES", "start": 540, "end": 551 }, { "text": "hepatitis A, B", "label": "SPECIES", "start": 540, "end": 554 }, { "text": "hepatitis A, B and C", "label": "SPECIES", "start": 540, "end": 560 }, { "text": "rubella", "label": "SPECIES", "start": 562, "end": 569 }, { "text": "leishmania", "label": "SPECIES", "start": 1456, "end": 1466 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1039, "end": 1046 }, { "text": "Leishmania", "label": "SPECIES", "start": 1530, "end": 1540 } ]

[ "A", "71", "year", "old", "woman", "with", "only", "personal", "history", "of", "pyohydronephrosis", "in", "1985", "with", "the", "need", "for", "external", "drainage", ".", "She", "came", "to", "the", "emergency", "department", "for", "2", "months", "of", "asthenia", ",", "weight", "loss", "of", "10", "kg", "in", "6", "months", "and", "night", "sweats", ".", "On", "examination", ",", "general", "condition", "was", "fair", ",", "sweating", ",", "tachycardic", "at", "120", "bpm", ",", "blood", "pressure", "normal", ",", "O2", "sat", "94", "%", "and", "temperature", "37", ".", "8oC", ",", "pain", "on", "percussion", "in", "the", "right", "renal", "fossa", ",", "the", "rest", "unaltered", ".", "In", "the", "ED", "he", "presented", "leukocytosis", "with", "neutrophilia", ",", "normochromic", "normocytic", "anaemia", "(", "Hb", "10", ".", "2", "mg", "/", "dl", ")", "and", "elevated", "acute", "phase", "reactants", ".", "Urine", "compatible", "with", "infection", "(", "significant", "leukocyturia", "with", "bacteriuria", ")", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "mediastinal", "widening", "with", "tracheal", "shift", "to", "the", "left", ".", "Blood", "and", "urine", "cultures", "were", "taken", "and", "empirical", "antibiotherapy", "with", "Amoxicillin-clavulanic", "acid", "was", "started", ".", "He", "was", "admitted", "to", "Internal", "Medicine", "for", "urinary", "tract", "infection", "and", "constitutional", "syndrome", "under", "study", ",", "possibly", "lymphoma", "with", "B", "symptoms", ".", "On", "the", "ward", ",", "clinical", "and", "analytical", "improvement", "of", "the", "infectious", "data", "with", "isolation", "of", "Proteus", "mirabillis", "in", "urine", "culture", ",", "sensitive", "to", "Ciprofloxacin", ".", "Clinical", "ultrasound", "showed", "a", "mass", "that", "did", "not", "allow", "the", "right", "renal", "silhouette", "to", "be", "identified", ".", "A", "thoracoabdominal", "CT", "scan", "was", "requested", ",", "showing", "a", "calcified", "endothoracic", "goitre", "and", "in", "the", "abdomen", "there", "was", "complete", "destructuring", "and", "replacement", "of", "the", "right", "kidney", "by", "a", "conglomerate", "of", "confluent", "cystic", "lesions", ",", "with", "polylobulated", "arrachymal", "morphology", "measuring", "11x12x13", "cm", ",", "also", "affecting", "the", "right", "ureter", ";", "bilateral", "renal", "lithiasis", ",", "some", "coraliform", ";", "the", "first", "possibility", "was", "xanthogranulomatous", "pyelonephritis", ".", "Xanthogranulomatous", "pyelonephritis", "is", "a", "rare", "variant", "of", "chronic", "pyelonephritis", "that", "is", "usually", "due", "to", "obstruction", "by", "infected", "lithiasis", ",", "the", "most", "frequent", "microorganisms", "being", "E", ".", "coli", "and", "Proteus", "mirabilis", ".", "It", "usually", "occurs", "in", "middle-aged", "women", "with", "a", "history", "of", "recurrent", "urinary", "tract", "infection", ";", "symptoms", "include", "fever", ",", "asthenia", ",", "anorexia", "and", "weight", "loss", ".", "Laboratory", "findings", "include", "anaemia", "and", "elevated", "ESR", ",", "urine", "with", "evidence", "of", "infection", "and", "urine", "culture", "positive", "for", "enterobacteria", ".", "The", "imaging", "test", "of", "choice", "is", "CT", "scan", "and", "the", "definitive", "diagnosis", "is", "anatomopathological", ",", "observing", "groups", "of", "xanthomatous", "cells", "and", "cells", "with", "a", "pseudoglandular", "pattern", "that", "are", "degenerated", "renal", "tubules", ",", "it", "is", "important", "to", "differentiate", "it", "from", "clear", "cell", "renal", "carcinoma", ".", "The", "treatment", "of", "choice", "is", "nephrectomy", "together", "with", "pre", "-", "and", "post-surgical", "antibiotherapy", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 19 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 30, "end": 38 }, { "text": "bacteriuria", "label": "SPECIES", "start": 630, "end": 641 }, { "text": "Proteus mirabillis", "label": "SPECIES", "start": 1059, "end": 1077 }, { "text": "Proteus mirabilis", "label": "SPECIES", "start": 1830, "end": 1847 }, { "text": "enterobacteria", "label": "SPECIES", "start": 2119, "end": 2133 }, { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 1797, "end": 1811 }, { "text": "women", "label": "HUMAN", "start": 1882, "end": 1887 }, { "text": "E. coli", "label": "SPECIES", "start": 1818, "end": 1825 } ]

[ "A", "61-year-old", "man", ",", "resident", "in", "the", "southwest", "of", "Madrid", ",", "with", "a", "history", "of", "type", "2", "diabetes", "mellitus", "(", "DM2", ")", "with", "poor", "metabolic", "control", ",", "dyslipidaemia", "and", "asymptomatic", "ventricular", "extrasystoles", "with", "a", "normal", "cardiac", "study", ".", "During", "routine", "control", "of", "her", "DM2", ",", "pancytopenia", "was", "observed", ".", "He", "also", "had", "hyporexia", ",", "unquantified", "weight", "loss", "and", "intense", "asthenia", "in", "recent", "months", ",", "as", "well", "as", "fever", "up", "to", "38oC", ".", "He", "works", "in", "construction", ",", "lives", "in", "the", "city", ",", "but", "has", "a", "plot", "of", "land", "in", "the", "countryside", "with", "several", "dogs", ".", "On", "arrival", "he", "had", "a", "BP", "122", "/", "67", "mmHg", ",", "HR", "91", "bpm", ",", "SatO2", "97", "%", "without", "O2", ",", "37", ".", "8oC", ".", "Good", "general", "condition", ".", "Physical", "examination", "without", "relevant", "findings", ".", "Analytically", "2", "970", "leukocytes", "(", "lymphocytes", "40", "%", ",", "neutrophils", "34", "%", ")", ",", "8", ".", "2", "g", "/", "dL", "haemoglobin", ",", "and", "94", "000", "platelets", ".", "Peripheral", "blood", "smear", "confirmed", "pancytopenia", ",", "no", "blast", "cells", "were", "observed", ".", "Coagulation", "was", "normal", ".", "Glucose", "253", "mg", "/", "dL", ",", "glycosylated", "haemoglobin", "7", ".", "4", "%", ",", "ESR", "22", "mm", "in", "the", "first", "hour", ",", "LDH", "443", "IU", "/", "L", ",", "ferritin", "1157", "ng", "/", "mL", ".", "The", "proteinogram", "shows", "a", "polyclonal", "increase", "in", "gamma", "globulins", ".", "Tumour", "markers", "were", "negative", "(", "CEA", ",", "PSA", ",", "alpha-1-fetoprotein", ",", "HCG-Beta", ")", ".", "The", "autoimmunity", "study", "with", "ANA", "and", "ENA", "is", "negative", ".", "Chest", "X-ray", "and", "transthoracic", "echocardiogram", "were", "normal", ",", "and", "abdominal", "ultrasound", "showed", "an", "enlarged", "spleen", "(", "13", ".", "7", "cm", "longitudinal", "axis", "x", "4", ".", "7", "cm", "transverse", "axis", ")", ".", "The", "microbiological", "study", "showed", "positive", "antibodies", "for", "Leishmania", "in", "two", "determinations", ",", "positive", "IGRA", ",", "two", "negative", "blood", "cultures", "and", "sterile", "urine", "culture", ".", "A", "sternal", "medullary", "aspirate", "was", "performed", "during", "admission", ".", "Histological", "findings", "showed", "a", "reactive", "medulla", "with", "no", "evidence", "of", "infiltration", "by", "a", "neoplastic", "process", ".", "Direct", "examination", "showed", "no", "bacteria", ",", "mycobacteria", ",", "fungi", "or", "parasites", ";", "cultures", "were", "subsequently", "negative", ".", "With", "these", "clinical", ",", "analytical", "and", "ultrasound", "data", ",", "the", "first", "diagnostic", "possibility", "was", "visceral", "leishmaniasis", ",", "so", "treatment", "was", "started", "with", "liposomal", "amphotericin", "B", "at", "a", "dose", "of", "3", "mg", "/", "kg", "up", "to", "a", "total", "accumulated", "dose", "of", "21", "mg", "/", "kg", ",", "leaving", "the", "patient", "afebrile", ",", "and", "progressively", "improving", "the", "three", "cell", "lines", "until", "their", "complete", "resolution", ".", "Subsequently", ",", "the", "patient", "received", "a", "PCR", "result", "for", "Leishmania", "in", "bone", "marrow", ",", "which", "was", "positive", ",", "confirming", "the", "diagnosis", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "dogs", "label": "SPECIES", "start": 498, "end": 502 }, { "text": "Leishmania", "label": "SPECIES", "start": 1388, "end": 1398 }, { "text": "bacteria", "label": "SPECIES", "start": 1688, "end": 1696 }, { "text": "fungi", "label": "SPECIES", "start": 1712, "end": 1717 }, { "text": "mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 1698, "end": 1710 }, { "text": "parasites", "label": "SPECIES", "start": 1721, "end": 1730 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2015, "end": 2022 }, { "text": "Leishmania", "label": "SPECIES", "start": 2167, "end": 2177 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2133, "end": 2140 } ]

[ "Anamnesis", "A", "21-day-old", "female", "neonate", "was", "referred", "to", "our", "clinic", "by", "her", "paediatrician", "for", "disseminated", "annular", "lesions", "of", "4", "days", "'", "evolution", ".", "The", "child", "was", "brought", "in", "by", "her", "mother", ",", "an", "immigrant", "from", "Senegal", ",", "who", "told", "us", "that", "the", "lesions", "had", "started", "on", "the", "forehead", "and", "had", "spread", "to", "the", "scalp", "and", "then", "to", "the", "trunk", ".", "The", "girl", "had", "been", "born", "in", "Spain", "by", "caesarean", "section", ",", "due", "to", "a", "pelvic-cephalic", "disproportion", ".", "As", "a", "complication", ",", "the", "mother", "developed", "intrapartum", "fever", "and", "was", "treated", "with", "ampicillin", ",", "gentamicin", "and", "clindamycin", ".", "The", "mother", "denied", "similar", "lesions", "in", "cohabitants", ",", "or", "contact", "with", "animals", ".", "Physical", "examination", "On", "examination", ",", "we", "observed", "multiple", "annular", "plaques", ",", "between", "one", "and", "five", "centimetres", "in", "maximum", "diameter", ",", "all", "with", "a", "well-defined", "raised", "erythematous-squamous", "border", ",", "with", "central", "clearing", "and", "superficial", "desquamation", ",", "located", "on", "the", "face", ",", "scalp", "and", "trunk", ".", "A", "total", "of", "ten", "lesions", "were", "present", "over", "the", "entire", "body", "surface", ".", "No", "lesions", "were", "observed", "on", "physical", "examination", "of", "the", "cohabitants", ".", "Complementary", "examinations", "The", "clinical", "presentation", "of", "annular", "lesions", "in", "the", "neonatal", "period", "poses", "a", "broad", "differential", "diagnosis", "including", "neonatal", "lupus", ",", "seborrhoeic", "dermatitis", ",", "erythema", "multiforme", ",", "histiocytosis", ",", "congenital", "syphilis", "and", "dermatophytosis", ".", "However", ",", "despite", "the", "unusual", "presentation", "at", "this", "age", "of", "life", ",", "due", "to", "the", "typical", "morphology", "of", "the", "lesions", "and", "the", "accessibility", "of", "the", "potassium", "hydroxide", "test", ",", "we", "decided", "to", "rule", "out", "dermatophyte", "infection", "in", "the", "first", "instance", ".", "Direct", "observation", "revealed", "the", "presence", "of", "numerous", "septate", "hyphae", ".", "Diagnosis", "Two", "weeks", "after", "sowing", ",", "the", "presence", "of", "Microsporum", "canis", "was", "confirmed", "in", "culture", ",", "confirming", "the", "diagnosis", "of", "tinea", "capitis", "and", "corporis", "due", "to", "this", "dermatophyte", ".", "Treatment", "and", "evolution", "As", "for", "treatment", ",", "we", "initially", "opted", "for", "topical", "antifungals", ",", "which", "showed", "partial", "improvement", ",", "but", "given", "the", "persistence", "of", "the", "lesions", ",", "we", "decided", "to", "prescribe", "oral", "itraconazole", "(", "due", "to", "a", "shortage", "of", "griseofulvin", ")", "with", "complete", "resolution", "of", "the", "symptoms", "in", "4", "weeks", ".", "We", "also", "referred", "the", "patient", "to", "the", "paediatrics", "department", ",", "where", "neutropenia", "was", "detected", "(", "between", "400", "and", "700", "neutrophils", "/", "ųl", ")", ",", "sustained", "over", "time", ",", "with", "the", "presence", "of", "positive", "Ig", "M", "and", "Ig", "G", "antineutrophil", "antibodies", ",", "the", "rest", "of", "the", "study", "(", "lymphocyte", "subpopulations", ",", "autoimmunity", ",", "immunoglobulins", "and", "complement", ")", "being", "normal", ".", "This", "confirmed", "the", "diagnosis", "of", "autoimmune", "neonatal", "neutropenia", ".", "The", "patient", "is", "currently", "being", "followed", "up", "by", "the", "paediatric", "haematology", "service", "without", "having", "presented", "any", "serious", "infection", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "animals", "label": "SPECIES", "start": 595, "end": 602 }, { "text": "cohabitants", "label": "HUMAN", "start": 566, "end": 577 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 173, "end": 179 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 433, "end": 439 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 533, "end": 539 }, { "text": "girl", "label": "HUMAN", "start": 320, "end": 324 }, { "text": "paediatrician", "label": "HUMAN", "start": 72, "end": 85 }, { "text": "cohabitants", "label": "HUMAN", "start": 1007, "end": 1018 }, { "text": "dermatophyte", "label": "SPECIES", "start": 1466, "end": 1478 }, { "text": "septate hyphae", "label": "SPECIES", "start": 1565, "end": 1579 }, { "text": "neonatal", "label": "HUMAN", "start": 1100, "end": 1108 }, { "text": "neonatal", "label": "HUMAN", "start": 1163, "end": 1171 }, { "text": "dermatophyte", "label": "SPECIES", "start": 1743, "end": 1755 }, { "text": "Microsporum canis", "label": "SPECIES", "start": 1632, "end": 1649 }, { "text": "neonatal", "label": "HUMAN", "start": 2425, "end": 2433 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2072, "end": 2079 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2451, "end": 2458 } ]

[ "A", "41-year-old", "man", "from", "Venezuela", ",", "immigrant", "in", "Spain", "since", "2009", "with", "frequent", "trips", "to", "his", "native", "country", "throughout", "the", "year", ".", "He", "consulted", "for", "subacute", "diarrhoea", ".", "Personal", "history", "-", "Active", "smoker", "with", "a", "cumulative", "consumption", "of", "26", "packs", "/", "year", "with", "no", "other", "cardiovascular", "risk", "factors", ".", "Denies", "other", "toxic", "habits", ".", "-", "Homosexual", "relations", ".", "-", "Herpes", "zoster", "on", "right", "buttock", "(", "May", "2005", ")", ".", "-", "Secondary", "lues", "(", "February", "2009", ")", "correctly", "treated", "with", "Penicillin", "G", "Benzathine", ".", "-", "HIV", "(", "January", "2014", ")", ".", "Diagnosed", "after", "consultation", "for", "oral", "mucosal", "candidiasis", ".", "History", "of", "HIV", "infection", ":", "-", "Negative", "HIV", "test", "in", "2004", "in", "his", "native", "country", ".", "-", "Risky", "sexual", "intercourse", "in", "2005", ".", "-", "Married", "in", "2009", "to", "a", "man", "from", "Malaga", ".", "HIV", "negative", ".", "Always", "protected", "sexual", "relations", ".", "-", "No", "contact", "with", "cases", "of", "tuberculosis", ".", "Vaccinated", "against", "tuberculosis", "in", "childhood", ".", "-", "No", "previous", "surgeries", ",", "transfusions", ",", "tattoos", "or", "piercings", ".", "-", "STEACS", "(", "February", "2014", ")", "type", "Killip-I", "acute", "anterior", "myocardial", "infarction", "due", "to", "thrombotic", "occlusion", "of", "the", "proximal", "anterior", "descending", "artery", ".", "Treated", "by", "implantation", "of", "a", "drug-eluting", "stent", ".", "Admitted", "to", "the", "Cardiology", "Department", "from", "22", "/", "02", "/", "14", "to", "27", "/", "02", "/", "14", ".", "Under", "chronic", "home", "treatment", "with", "Atorvastatin", "80", "mg", "(", "0-0-1", ")", ",", "Acetylsalicylic", "acid", "100", "mg", "(", "1-0-0", ")", ",", "Clopidogrel", "75", "mg", "(", "0-1-0", ")", ",", "Omeprazole", "20", "mg", "(", "1-0-0", ")", ",", "Metoprolol", "100", "mg", "(", "0", ".", "5-0-0", ".", "5", ")", ",", "Enalapril", "5", "mg", "(", "0", ".", "5-0-0", ")", "and", "Ivabradine", "5", "mg", "(", "1-0-1", ")", ".", "Present", "illness", ":", "patient", "seen", "at", "the", "beginning", "of", "March", "at", "the", "Infectious", "Diseases", "Department", "for", "diarrhoea", "of", "approximately", "20", "days", "'", "duration", ".", "In", "the", "anamnesis", "he", "only", "reported", "yellowish", "semi-solid", "stools", "with", "no", "associated", "pathological", "products", "and", "a", "stool", "frequency", "of", "between", "two", "and", "three", "stools", "per", "day", "that", "respected", "sleep", ".", "Physical", "examination", ":", "height", "178", "cm", ".", "Weight", "63", "kg", ".", "BMI", "19", ".", "9", "kg", "/", "m2", ".", "Blood", "pressure", "90", "/", "60", "mmHg", ".", "Heart", "rate", "80", "bpm", ".", "FiO2", "saturation", "0", ".", "21", ":", "99", "%", ".", "FR", "16", "rpm", ".", "Axillary", "temperature", "35", ".", "4oC", ".", "Neurological", "examination", ":", "Glasgow", "15", ".", "Orientation", "in", "the", "three", "spheres", ".", "Cranial", "nerves", "preserved", ".", "Sensibility", "and", "motor", "balance", "without", "alterations", "in", "the", "four", "extremities", ".", "General", "examination", ":", "normohydrated", "and", "normal", "colour", ".", "Candidiasis", "in", "oral", "mucosa", ".", "No", "zoster", "lesions", "or", "lesions", "compatible", "with", "Kaposi", "'", "s", "sarcoma", ".", "No", "adenopathies", ".", "No", "jugular", "ingurgitation", ".", "Cardiac", "auscultation", ":", "rhythmic", "without", "murmurs", ".", "Pulmonary", "auscultation", ":", "preserved", "vesicular", "murmur", ".", "Abdomen", ":", "normal", "hydro-aerial", "sounds", "in", "tone", "and", "frequency", ",", "soft", ",", "depressible", ",", "not", "painful", "on", "superficial", "or", "deep", "palpation", ",", "no", "masses", "or", "organomegaly", ".", "EE", ".", "II", ":", "no", "oedema", "or", "signs", "of", "DVT", ",", "pulses", "preserved", ".", "Complementary", "examinations", "Blood", "tests", ":", "CBC", ":", "lymphocytes", "1200", "/", "μL", ",", "eosinophils", "200", "/", "μL", ".", "The", "rest", "was", "normal", ".", "Biochemistry", ":", "GFR", "(", "CKD-EPI", ")", "106", "ml", "/", "min", ".", "Albumin", "3", ".", "2", "mg", "/", "dl", ",", "total", "protein", "8", ".", "4", "mg", "/", "dl", ".", "ALT", "74", "IU", "/", "l", ",", "AST", "77", "IU", "/", "l", ",", "GGT", "111", "IU", "/", "l", ",", "BT", "0", ".", "73", "mg", "/", "dl", ".", "LDH", "577", "IU", "/", "l", ".", "T", ".", "cholesterol", "75", "mg", "/", "dl", ",", "TG", "62", "mg", "/", "dl", ".", "Calcium", "9", ".", "3", "mg", "/", "dl", ",", "phosphorus", "3", ".", "9", "mg", "/", "dl", ",", "25-OH-vit", "D3", "14", ".", "2", "ng", "/", "mL", ",", "PTH", "47", ".", "2", "pg", "/", "mL", ".", "TSH", "normal", ".", "HIV", "test", ":", "subtype", "B", ".", "HIV", "viral", "load", "(", "VL", ")", "4", ".", "99", "log", ".", "Total", "CD4", "+", "cell", "count", "143", "/", "mm3", "(", "12", "%", ")", ".", "Stage", "B3", ".", "HLA-B5701", "negative", ".", "Baseline", "resistance", "study", ":", "no", "mutations", ".", "PPD", ":", "induration", "0", "mm", ".", "Stool", "cultures", ":", "-", "GDH", "Clostridium", "difficile", "EIA", ":", "NEGATIVE", ".", "-", "Parasites", ",", "Giardia", "antigen", ",", "Cryptosporidium", "antigen", ",", "Kinyoun", "and", "Strongyloides", "culture", ":", "NEGATIVE", ".", "Serology", ":", "-", "HAV", ":", "IgG", "POSITIVE", "and", "IgM", "NEGATIVE", ".", "-", "HBV", ":", "AgS", "NEGATIVE", ",", "Ac", "antiC", "POSITIVE", ",", "Ac", "antiS", "POSITIVE", ".", "-", "HCV", ":", "serology", "NEGATIVE", ".", "PCR", ":", "undetectable", "viraemia", ".", "-", "CMV", ":", "IgG", "POSITIVE", ".", "IgM", "NEGATIVE", ".", "-", "EBV", ":", "IgG", "POSITIVE", "-", "SLE", ":", "RPR", "POSITIVE", "(", "titre", "1", ")", ",", "HA", "POSITIVE", ",", "IgG", "and", "IgM", "POSITIVE", ".", "-", "Toxoplasma", ":", "IgG", "and", "IgM", "NEGATIVE", ".", "-", "Brucella", ",", "Yersinia", ",", "Coxiella", ",", "Borrelia", ",", "Legionella", ":", "NEGATIVE", ".", "-", "Salmonella", ":", "agglutination", "H", "(", "80", ")", ",", "O", "(", "40", ")", ".", "Blood", "cultures", "NEGATIVE", ".", "-", "Cryptococcal", "antigen", ":", "NEGATIVE", ".", "-", "Trypanosoma", "cruzi", "IgG", "(", "ELISA", ")", "NEGATIVE", ".", "-", "Strongyloides", "IgG", "(", "ELISA", ")", "POSITIVE", "(", "4", ".", "06", ")", ".", "-", "Chest", "X-ray", ":", "no", "evidence", "of", "acute", "or", "chronic", "pleural", "or", "parenchymal", "pathology", ".", "In", "view", "of", "the", "results", "obtained", ",", "antiretroviral", "treatment", "(", "ART", ")", "was", "started", "with", "Emtricitabine", "/", "Tenofovir", "(", "200mg", "/", "245mg", ";", "1-0-0", ")", "associated", "with", "Raltegravir", "(", "400mg", ";", "1-0-1", ")", ".", "In", "addition", ",", "prophylactic", "Sulfamethoxazole", "/", "Trimethoprim", "(", "800", "/", "160mg", ")", "one", "tablet", "three", "days", "a", "week", "and", "Fluconazole", "(", "100mg", ";", "1-0-0", ")", "for", "one", "week", ".", "In", "addition", ",", "upon", "evidence", "of", "positive", "serology", "for", "syphilis", ",", "Penicillin", "G", "Benzathine", "2", ".", "4", "MU", "IM", "is", "prescribed", "once", "a", "week", "for", "a", "total", "of", "three", "doses", ".", "At", "that", "time", ",", "the", "Tropical", "Medicine", "Unit", "was", "consulted", "and", "recommended", "treatment", "with", "Ivermectin", ",", "which", "the", "patient", "refused", "due", "to", "his", "polymedication", ".", "In", "April", ",", "one", "month", "after", "starting", "ART", ",", "the", "patient", "consulted", "for", "a", "pruritic", "rash", "of", "48", "hours", "'", "duration", ",", "predominantly", "on", "the", "trunk", ".", "A", "blood", "test", "was", "performed", "in", "which", "all", "haemogram", "and", "biochemistry", "parameters", "were", "within", "normal", "ranges", ".", "CV", "of", "1", ".", "7", "Log", "and", "total", "CD4", "count", "of", "220", "/", "mm3", "(", "10", "%", ")", ".", "Sulfamethoxazole", "/", "Trimethoprim", "prophylaxis", "was", "discontinued", "and", "antihistamines", "were", "prescribed", ".", "On", "the", "same", "day", ",", "the", "patient", "attended", "a", "Cardiology", "check-up", "and", "Ivabradine", "was", "withdrawn", ".", "After", "two", "weeks", "of", "symptomatic", "treatment", ",", "the", "skin", "lesions", "disappeared", "after", "two", "weeks", ".", "In", "May", ",", "the", "patient", "consulted", "again", "due", "to", "the", "sudden", "appearance", "of", "papular", ",", "erythematous", "and", "pruritic", "lesions", ",", "with", "a", "tendency", "to", "coalesce", ",", "which", "disappeared", "with", "acupressure", "and", "affected", "the", "groin", ",", "buttocks", ",", "dorsal", "region", "and", "upper", "and", "lower", "limbs", ".", "The", "palms", "of", "the", "hands", "and", "soles", "of", "the", "feet", "are", "spared", "and", "he", "refuses", "to", "take", "any", "new", "drugs", ",", "food", "or", "risky", "substances", ".", "He", "is", "not", "in", "contact", "with", "domestic", "animals", ".", "He", "was", "treated", "with", "methylprednisolone", "40", "mg", "IM", "in", "a", "single", "dose", "and", "hydroxyzine", ",", "with", "complete", "disappearance", "of", "the", "lesions", "within", "24", "hours", ".", "Urgent", "laboratory", "tests", "showed", "eosinophils", "of", "160", "/", "μL", "and", "persistent", "elevation", "of", "transaminases", "(", "ALT", "76", "IU", "/", "l", ",", "AST", "59", "IU", "/", "l", ")", ".", "The", "urine", "test", "was", "normal", "and", "a", "repeat", "chest", "X-ray", "showed", "multiple", "pulmonary", "pseudonodules", "that", "were", "not", "visible", "in", "the", "previous", "examination", ".", "In", "view", "of", "the", "radiographic", "findings", ",", "a", "chest", "CT", "scan", "was", "performed", ",", "confirming", "the", "presence", "of", "bilateral", "pulmonary", "nodules", "suggestive", "of", "an", "inflammatory", "vs", ".", "infectious", "nature", ".", "At", "this", "time", "the", "patient", "was", "asymptomatic", "from", "the", "respiratory", "and", "gastrointestinal", "point", "of", "view", ".", "It", "was", "decided", "to", "maintain", "the", "same", "ART", ",", "start", "Ivermectin", "and", "continue", "the", "study", "by", "requesting", "the", "following", "tests", ".", "Sputum", "study", ":", "-", "Ziehl-auramine", "stain", ":", "absence", "of", "BAAR", ".", "-", "Culture", "of", "mycobacteria", "and", "regional", "fungi", ":", "Negative", ".", "Serology", "for", "Aspergillus", ",", "cryptococcal", "antigen", ",", "Histoplasma", ",", "Coccidioides", ",", "Paracoccidioides", ",", "and", "Blastomyces", ":", "Negative", ".", "Long", "incubation", "blood", "cultures", ":", "Negative", ".", "New", "PPD", "and", "PCR", "tuberculosis", ":", "Negative", ".", "Strongyloides", "IgG", "serology", "(", "ELISA", ")", ":", "Positive", ".", "Control", "chest", "X-ray", "at", "10", "days", ":", "bilateral", "pseudonodular", "opacities", "that", "have", "decreased", "both", "in", "number", "and", "size", "and", "are", "less", "distinct", "compared", "to", "the", "previous", "study", ".", "Evolution", "This", "is", "a", "patient", "with", "late", "HIV", "infection", ",", "naïve", "and", "presenting", "with", "subacute", "diarrhoea", "with", "subsequent", "onset", "of", "skin", "rash", ".", "HIV", "infection", ":", "he", "had", "a", "viral", "load", "of", "5", "log", "and", "a", "CD4", "+", "cell", "count", "of", "around", "10", "%", ".", "It", "was", "therefore", "decided", "to", "start", "the", "aforementioned", "ART", "in", "accordance", "with", "the", "indications", "of", "the", "GeSIDA", "consensus", "document", "and", "taking", "into", "account", "the", "rest", "of", "the", "patient", "'", "s", "medication", ",", "so", "that", "it", "is", "a", "regimen", "without", "drug", "interactions", ".", "The", "viral", "load", "after", "one", "month", "of", "treatment", "is", "practically", "undetectable", ".", "Subacute", "diarrhoea", ":", "during", "follow-up", "in", "the", "clinic", ",", "he", "reported", "a", "slight", "temporary", "improvement", "in", "stool", "consistency", ".", "Among", "the", "possible", "causes", "of", "diarrhoea", "in", "HIV", "patients", ",", "diarrhoea", "caused", "by", "bacteria", ",", "parasites", ",", "viruses", "and", "neoplasms", "must", "be", "ruled", "out", ".", "For", "this", "reason", ",", "a", "thorough", "serological", "and", "stool", "examination", "is", "performed", ",", "ruling", "out", "infection", "by", "the", "main", "pathogens", ".", "In", "the", "case", "presented", "here", ",", "it", "was", "not", "possible", "to", "perform", "an", "endoscopic", "study", "due", "to", "the", "patient", "'", "s", "explicit", "refusal", ".", "Skin", "rash", ":", "the", "most", "important", "thing", "in", "the", "aetiological", "diagnosis", "of", "the", "rash", "is", "to", "rule", "out", "whether", "it", "is", "an", "opportunistic", "infectious", "process", "or", "a", "pharmacological", "reaction", ".", "Opportunistic", "infection", "is", "ruled", "out", "after", "the", "results", "of", "the", "complementary", "study", ".", "Likewise", ",", "it", "does", "not", "seem", "likely", "that", "it", "is", "a", "secondary", "process", "to", "the", "taking", "of", "drugs", ",", "as", "the", "anamnesis", "does", "not", "show", "any", "temporal", "sequence", "between", "the", "introduction", "or", "withdrawal", "of", "the", "drugs", ".", "Furthermore", ",", "a", "study", "of", "possible", "drug", "interactions", "was", "carried", "out", "and", "these", "were", "also", "rejected", "as", "a", "possible", "aetiology", ".", "Finally", ",", "it", "could", "be", "a", "skin", "condition", "in", "the", "context", "of", "the", "immune", "reconstitution", "process", ",", "although", "it", "is", "true", "that", "the", "rash", "associated", "with", "this", "process", "does", "not", "usually", "present", "urticariform", "characteristics", ".", "Pulmonary", "nodules", ":", "in", "the", "presence", "of", "such", "nodules", ",", "it", "is", "essential", "to", "rule", "out", "tumour", "pathology", ".", "The", "patient", "described", "here", "does", "not", "present", "constitutional", "symptoms", "or", "B", "symptoms", ".", "There", "are", "no", "skin", "lesions", "or", "adenopathies", ".", "Furthermore", ",", "the", "pulmonary", "images", "are", "in", "remission", ",", "so", "it", "seems", "logical", "to", "consider", "an", "infectious", "or", "inflammatory", "aetiology", ".", "Infectious", "causes", "include", "fungal", ",", "parasitic", "and", "mycobacterial", "causes", ".", "All", "of", "them", "have", "negative", "results", "in", "the", "complementary", "study", ".", "Thus", ",", "the", "presence", "of", "these", "involutional", "pseudonodules", "could", "be", "justified", "by", "the", "proinflammatory", "cascade", "that", "occurs", "in", "HIV", "patients", "when", "starting", "ART", ".", "However", ",", "it", "is", "noteworthy", "that", "the", "complementary", "study", "showed", "positive", "IgG", "against", "Strongyloides", ".", "Strongyloidiasis", "is", "endemic", "in", "countries", "with", "tropical", "or", "subtropical", "climates", ",", "acute", "infection", "is", "generally", "asymptomatic", "and", "has", "a", "tendency", "to", "become", "chronic", ".", "In", "HIV", "patients", "there", "is", "a", "risk", "of", "extraintestinal", "dissemination", "leading", "to", "hyperinfestation", "syndrome", ",", "especially", "when", "the", "CD4", "+", "T-cell", "count", "is", "less", "than", "200", "cells", "/", "mm3", ".", "Disseminated", "forms", "often", "present", "without", "eosinophilia", "(", "a", "sign", "of", "severity", "and", "poor", "prognosis", ")", "and", "when", "symptoms", "are", "present", ",", "they", "are", "usually", "sporadic", "and", "of", "long", "duration", ".", "The", "most", "common", "symptoms", "include", "diarrhoea", "and", "malabsorption", ",", "cough", "and", "pruritus", ".", "The", "intensity", "of", "these", "symptoms", "is", "proportional", "to", "the", "number", "of", "parasites", ".", "The", "most", "commonly", "used", "method", "to", "confirm", "the", "diagnosis", "is", "the", "identification", "of", "larvae", "in", "faeces", ",", "sputum", "and", "tissues", ",", "although", "sometimes", "the", "helminth", "is", "not", "visualised", ".", "Therefore", ",", "multiple", "serial", "studies", "on", "agar", "cultures", "or", "separation", "of", "larvae", "by", "Baermann", "'", "s", "method", "are", "required", ",", "the", "more", "often", "and", "consecutively", "the", "tests", "are", "repeated", ",", "the", "higher", "the", "cost-effectiveness", "of", "both", "tests", ".", "Increased", "IgG", "specific", "antibodies", "are", "found", "in", "cases", "of", "strongyloidiasis", "with", "or", "without", "immunosuppression", ",", "lack", "protective", "capacity", "for", "dissemination", "and", "are", "not", "indicators", "of", "severity", ".", "However", ",", "their", "identification", "is", "useful", "for", "diagnosis", "and", "their", "sensitivity", "can", "be", "as", "high", "as", "97", "%", ".", "The", "patient", "does", "not", "currently", "present", "with", "clinical", "signs", "or", "abnormalities", "in", "the", "complementary", "tests", "compatible", "with", "a", "Strongyloides", "hyperinfestation", "syndrome", ".", "However", ",", "due", "to", "his", "epidemiological", "and", "medical", "history", ",", "and", "in", "view", "of", "the", "clinical", "and", "serological", "findings", "compatible", "with", "strongyloidiasis", ",", "it", "was", "decided", "to", "start", "treatment", "for", "the", "infection", "with", "Ivermectin", ",", "and", "improvement", "was", "observed", ".", "Clinical", "judgement", "-", "Late", "infection", "by", "HIV", "type", "1", "subtype", "B", "stage", "B3", ":", "-", "Diarrhoea", "subacute", "and", "cutaneousrash", "in", "relation", "to", "Strongyloides", "infection", ".", "-", "Pulmonary", "nodules", "in", "the", "context", "of", "immune", "reconstitution", "syndrome", ".", "-", "Oral", "candidiasis", ".", "Secondary", "syphilis", ".", "Herpes", "zoster", ".", "-", "Mild", "hepatitis", ".", "Past", "HBV", "hepatitis", ".", "-", "STEMI", "Killip-I", "type", "acute", "myocardial", "infarction", "due", "to", "thrombotic", "occlusion", "of", "the", "anterior", "descending", "artery", "treated", "by", "drug-eluting", "stent", "implantation", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 165, "end": 173 }, { "text": "lues", "label": "SPECIES", "start": 396, "end": 400 }, { "text": "Clostridium difficile", "label": "SPECIES", "start": 3166, "end": 3187 }, { "text": "Cryptosporidium", "label": "SPECIES", "start": 3233, "end": 3248 }, { "text": "Giardia", "label": "SPECIES", "start": 3216, "end": 3223 }, { "text": "Parasites", "label": "SPECIES", "start": 3205, "end": 3214 }, { "text": "Strongyloides", "label": "SPECIES", "start": 3270, "end": 3283 }, { "text": "HAV", "label": "SPECIES", "start": 3315, "end": 3318 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 3353, "end": 3356 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 3412, "end": 3415 }, { "text": "Aspergillus", "label": "SPECIES", "start": 6473, "end": 6484 }, { "text": "Blastomyces", "label": "SPECIES", "start": 6557, "end": 6568 }, { "text": "Coccidioides", "label": "SPECIES", "start": 6521, "end": 6533 }, { "text": "Histoplasma", "label": "SPECIES", "start": 6508, "end": 6519 }, { "text": "Strongyloides", "label": "SPECIES", "start": 6662, "end": 6675 }, { "text": "cryptococcal", "label": "SPECIES", "start": 6486, "end": 6498 }, { "text": "Paracoccidioides", "label": "SPECIES", "start": 6535, "end": 6551 } ]

[ "A", "60-year-old", "man", "diagnosed", "in", "another", "hospital", "in", "2000", "with", "extracapillary", "glomerulonephritis", "type", "III", "associated", "with", "C-ANCA", ".", "He", "was", "treated", "with", "5", "intravenous", "boluses", "of", "6-methylprednisolone", "followed", "by", "oral", "corticosteroids", "in", "a", "descending", "pattern", "associated", "with", "oral", "cyclophosphamide", "(", "we", "have", "not", "been", "able", "to", "obtain", "the", "exact", "dosage", ")", ".", "Cyclophosphamide", "was", "discontinued", "at", "the", "time", "due", "to", "myelotoxicity", ".", "In", "2002", "he", "was", "included", "in", "a", "periodic", "haemodialysis", "programme", ".", "In", "September", "2006", ",", "in", "another", "transplant", "centre", ",", "he", "received", "a", "cadaveric", "kidney", "graft", ".", "The", "patient", "was", "receiving", "tacrolinus", "monotherapy", ",", "although", "we", "cannot", "be", "sure", "whether", "he", "had", "previously", "received", "any", "other", "combination", "of", "immunosuppressants", ".", "His", "serum", "creatinine", "levels", "ranged", "between", "1", ".", "5", "and", "1", ".", "7", "mg", "/", "dl", ".", "In", "December", "2013", ",", "on", "the", "occasion", "of", "the", "implantation", "of", "a", "percutaneous", "aortic", "valve", "in", "our", "hospital", ",", "a", "pre", "-", "and", "post-intervention", "assessment", "was", "performed", "in", "our", "department", ".", "At", "that", "time", ",", "his", "clinical", "condition", "was", "good", ",", "with", "serum", "creatinine", "of", "1", ".", "5", "mg", "/", "dl", "and", "proteinuria", "of", "0", ".", "3", "g", "/", "day", ",", "with", "normal", "urinary", "sediment", ".", "In", "October", "2014", ",", "due", "to", "the", "appearance", "of", "respiratory", "symptoms", "with", "fever", "and", "deterioration", "of", "renal", "function", ",", "the", "patient", "decided", "to", "transfer", "to", "our", "hospital", "for", "clinical", "monitoring", ".", "The", "fever", "and", "respiratory", "symptoms", ",", "without", "microbiological", "or", "radiological", "evidence", ",", "improved", "with", "empirical", "treatment", "with", "levofloxacin", ".", "However", ",", "renal", "function", "worsened", "in", "a", "few", "days", ",", "reaching", "serum", "creatinine", "levels", "of", "4", "mg", "/", "dl", ",", "with", "proteinuria", "of", "6", ".", "8", "g", "/", "day", "and", "haematuria", ".", "C-ANCA", "determination", "was", "74", ".", "2", "IU", "/", "ml", "(", "normal", "values", ":", "0-5", "IU", "/", "ml", ")", "and", "P-ANCA", "8", ".", "4", "IU", "/", "ml", "(", "normal", "values", ":", "0-6", "IU", "/", "ml", ")", ".", "All", "other", "autoimmunity", "parameters", "(", "ANA", ",", "anti-GBM", "antibodies", ",", "complement", ",", "cryoglobulins", ",", "etc", ".", ")", "were", "negative", ".", "HIV", ",", "HCV", ",", "HBV", "serology", "and", "CMV", "and", "BK", "viraemia", "were", "also", "negative", ".", "A", "biopsy", "of", "the", "renal", "graft", "was", "performed", "in", "which", "the", "most", "relevant", "findings", "were", ":", "of", "the", "19", "assessable", "glomeruli", ",", "3", "showed", "global", "glomerular", "sclerosis", ",", "12", "glomeruli", "showed", "cellular", "crescents", ".", "Some", "of", "them", "showed", "disruption", "of", "Bowman", "'", "s", "capsule", "causing", "pseudogranulomatous", "inflammatory", "reaction", "of", "mononuclear", "cells", ".", "In", "2", "glomeruli", "there", "were", "lesions", "compatible", "with", "fibrinoid", "necrosis", ".", "We", "found", "tubular", "necrosis", "in", "15", "%", ",", "tubular", "atrophy", "in", "20", "%", "and", "some", "haematic", "casts", ",", "as", "well", "as", "interstitial", "infiltrate", "in", "25", "%", "with", "some", "eosinophils", "and", "foci", "of", "recent", "interstitial", "haemorrhage", "and", "arteriolar", "hyalinosis", ",", "with", "some", "images", "of", "mucoid", "degeneration", "of", "the", "wall", "without", "transmural", "infiltrate", ".", "The", "immunofluorescence", "study", "was", "negative", ".", "The", "immunohistochemical", "study", "for", "C4d", "was", "negative", ".", "Given", "the", "evidence", "of", "a", "recurrence", "of", "the", "underlying", "disease", ",", "the", "patient", "received", "3", "intravenous", "boluses", "of", "500", "mg", "of", "6-methylprednisolone", "(", "the", "patient", "was", "diabetic", ")", "on", "consecutive", "days", ",", "followed", "by", "oral", "prednisone", "at", "a", "dose", "of", "0", ".", "5", "mg", "/", "kg", "/", "day", "in", "a", "descending", "pattern", ".", "He", "also", "underwent", "8", "sessions", "of", "plasmapheresis", "and", "was", "started", "on", "treatment", "with", "mycophenolate", "mofetil", "(", "1", "g", "/", "12", "h", ",", "oral", ")", "associated", "with", "tacrolimus", ".", "Twelve", "days", "after", "admission", ",", "the", "patient", "was", "discharged", "with", "a", "serum", "creatinine", "of", "2", ".", "9", "mg", "/", "dl", ".", "At", "an", "outpatient", "follow-up", "one", "month", "later", ",", "creatinine", "was", "2", ".", "3", "mg", "/", "dl", "and", "proteinuria", "was", "3", ".", "6", "g", "/", "day", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 563, "end": 570 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1778, "end": 1781 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 1805, "end": 1808 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 1783, "end": 1786 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 1788, "end": 1791 }, { "text": "BK", "label": "SPECIES", "start": 1813, "end": 1815 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1210, "end": 1217 }, { "text": "viraemia", "label": "SPECIES", "start": 1816, "end": 1824 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2694, "end": 2701 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2772, "end": 2779 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3076, "end": 3083 } ]

[ "33-year-old", "woman", ".", "No", "known", "medical", "history", ".", "She", "consulted", "for", "pruritus", "of", "the", "foot", "associated", "with", "erythematous-edematous", "lesions", ".", "No", "fever", ",", "odynophagia", "or", "respiratory", "symptoms", ".", "After", "72", "hours", "the", "patient", "developed", "an", "erythematous-violaceous", "plaque", "similar", "to", "perniosis", ".", "Laboratory", "results", ":", "normal", "haemogram", "without", "lymphopenia", ",", "negative", "FAN", ",", "negative", "lupus", "anticoagulant", "and", "anticardiolipins", ".", "Serology", "for", "SARS-CoV-2", ":", "IgM", "positive", "and", "IgG", "negative", ".", "PCR", "was", "not", "performed", "as", "she", "did", "not", "meet", "the", "epidemiological", "criteria", "for", "COVID-19", ".", "She", "is", "currently", "in", "home", "isolation", ".", "This", "type", "of", "skin", "manifestations", "of", "COVID-19", ",", "known", "as", "\"", "Covid", "Toe", "\"", ",", "are", "often", "late", ".", "Clinically", ",", "they", "resemble", "chilblains", "that", "occur", "on", "the", "extremities", "as", "an", "inflammatory", "response", "to", "low", "temperatures", ".", "The", "differential", "diagnosis", "in", "this", "young", "patient", "with", "vasculitis", "phenomena", "is", "lupus", "pernio", "or", "antiphospholipid", "syndrome", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 12, "end": 17 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 199, "end": 206 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 410, "end": 420 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 816, "end": 823 } ]

[ "", "An", "82-year-old", "woman", "was", "admitted", "to", "the", "emergency", "department", "with", "fever", "and", "general", "malaise", "of", "5", "days", "'", "duration", ".", "The", "patient", "took", "oral", "azithromycin", "and", "amoxicillin", "/", "clavulanate", "with", "no", "improvement", ".", "She", "was", "an", "ex-smoker", ",", "with", "a", "history", "of", "hypertension", "and", "chronic", "obstructive", "pulmonary", "disease", ".", "On", "admission", "she", "showed", "severe", "respiratory", "failure", "(", "PaO2", "/", "FiO2", "55", "mmHg", ",", "respiratory", "rate", "26", "r", ".", "p", ".", "m", ".", ")", "and", "required", "high-flow", "oxygen", "therapy", ".", "A", "lung", "ultrasound", "showed", "diffuse", "B-lines", "with", "pleural", "thickening", "and", "small", "subpleural", "consolidations", ".", "A", "chest", "CT", "scan", "and", "nasopharyngeal", "swab", "confirmed", "the", "diagnosis", "of", "COVID-19", "pneumonia", ".", "Antibiotics", "were", "withdrawn", "and", "treatment", "was", "started", "with", "darunavir", "/", "cobicistat", ",", "hydroxychloroquine", "and", "LMWH", "at", "a", "preventive", "dose", ".", "On", "day", "12", "after", "admission", ",", "the", "patient", "reported", "pain", "in", "her", "right", "leg", "and", "a", "feeling", "of", "warmth", ".", "She", "reported", "no", "chest", "pain", "or", "dyspnoea", "(", "PaO2", "/", "FiO2", ">", "300", "mmHg", "with", "nasal", "goggles", ")", ".", "Physical", "examination", "revealed", "right", "leg", "oedema", "and", "signs", "of", "dehydration", ".", "A", "compression", "ultrasound", "of", "the", "proximal", "portion", "of", "the", "right", "femoral", "vein", "indicated", "venous", "thrombosis", ".", "A", "lung", "ultrasound", "showed", "several", "bibasal", "consolidations", ".", "Echocardiography", "revealed", "normal", "ventricular", "function", "with", "no", "indirect", "signs", "of", "pulmonary", "embolism", ".", "The", "inferior", "vena", "cava", "was", "totally", "collapsed", ",", "indicating", "hypovolaemia", ".", "An", "electrocardiogram", "(", "ECG", ")", "revealed", "sinus", "tachycardia", ".", "Blood", "tests", "showed", "high", "values", "for", "D-dimer", "(", "24", ",", "131", "mg", "/", "dl", ")", ",", "fibrinogen", "(", "674", "mg", "/", "dl", ")", ",", "serum", "ferritin", "(", "765", "ng", "/", "ml", ")", "and", "troponin", "I", "(", "57", "ng", "/", "ml", ")", ".", "As", "creatinine", "clearance", "was", "≤", "30", "ml", "/", "min", ",", "i", ".", "v", ".", "unfractionated", "heparin", "was", "started", "with", "close", "monitoring", "of", "partial", "thromboplastin", "time", "(", "PTT", ")", ".", "The", "patient", "underwent", "a", "chest", "CT", "scan", "which", "showed", "diffuse", "bilateral", "consolidations", "and", "cobblestone", "pattern", "(", "CT", "visual", "index", "70", "%", ")", ".", "Based", "on", "these", "findings", ",", "we", "introduced", "systemic", "corticosteroids", ".", "The", "patient", "progressively", "improved", "with", "complete", "resolution", "of", "acute", "renal", "failure", "after", "infusion", "of", "crystalloid", "solution", ";", "she", "only", "needed", "low-flow", "oxygen", "therapy", ".", "After", "3", "days", ",", "the", "heparin", "infusion", "was", "changed", "to", "a", "standard", "dose", "of", "LMWH", "(", "enoxaparin", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 16, "end": 21 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 119, "end": 126 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 783, "end": 790 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1671, "end": 1678 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1867, "end": 1874 } ]

[ "A", "42-year-old", "man", "presented", "with", "pain", "in", "the", "right", "hypochondrium", ".", "Smoker", ",", "drinker", ",", "history", "of", "myocarditis", "with", "normal", "coronary", "angiography", "and", "echocardiogram", ".", "Positive", "for", "markers", "of", "chronic", "hepatitis", "B", "virus", "(", "precore", "mutant", ")", ".", "He", "presented", "with", "24-hour", "symptoms", "of", "pain", "in", "the", "right", "hypochondrium", ",", "febrile", "fever", "and", "increased", "abdominal", "circumference", "together", "with", "malleolar", "oedema", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "leukocytosis", ",", "prothrombin", "time", "of", "49", "%", "and", "bilirubin", "2", ".", "59mg", "/", "dl", ".", "Abdominal", "ultrasound", "showed", "an", "ill-defined", "area", "in", "the", "right", "hepatic", "lobe", ",", "splenomegaly", "and", "abundant", "ascitic", "fluid", ".", "He", "was", "taken", "to", "the", "ward", "where", "he", "had", "an", "unfavourable", "evolution", ",", "with", "arterial", "hypotension", ",", "tachypnoea", ",", "tachycardia", ",", "jaundice", "and", "signs", "of", "an", "ascitic", "surge", ".", "Paracentesis", "was", "performed", "with", "cloudy", "peritoneal", "fluid", ",", "with", "340", "leukocytes", "with", "80", "%", "mononuclear", ",", "1100", "red", "blood", "cells", "and", "protein", "of", "3", ".", "7", ".", "Admitted", "to", "ICU", ".", "The", "deterioration", "was", "progressive", ",", "he", "was", "obnubilated", ",", "hypothermic", ",", "with", "sustained", "hypotension", "and", "tachycardic", ".", "He", "presented", "severe", "metabolic", "acidosis", "(", "pH", "6", ".", "9", ",", "EB", "-", "26", ")", ",", "leukocytosis", "up", "to", "56000", ",", "haemoglobin", "17g", "/", "l", ",", "INR", "up", "to", "7", ".", "15", ",", "bilirubin", "up", "to", "2", ".", "86mg", "/", "dl", "with", "transaminases", "of", "7110", "and", "creatinine", "4", ".", "5", ".", "Abdominal", "CT", "showed", "left", "basal", "condensation", ",", "hepatic", "steatosis", "with", "permeable", "portal", "vein", ",", "splenomegaly", "and", "ascites", ".", "Normal", "echocardiography", ",", "negative", "coombs", "test", ",", "smear", "with", "PMN", "leukocytosis", ",", "lactate", "27", ",", "blood", "cultures", ",", "rose", "bengal", "and", "negative", "serology", ".", "He", "was", "maintained", "on", "ventilatory", "and", "cardiovascular", "support", ",", "antibiotic", "therapy", "with", "cefotaxime", "and", "metronidazole", "and", "haemodiafiltration", ".", "Finally", ",", "he", "died", "of", "fulminant", "hepatic", "failure", "in", "a", "situation", "of", "multi-organ", "failure", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[]

[ "Male", "patient", ",", "17", "years", "old", ",", "referred", "to", "the", "Maxillofacial", "Surgery", "Department", "of", "the", "University", "of", "Talca", ",", "for", "presenting", "a", "lesion", "at", "the", "level", "of", "the", "right", "mandibular", "angle", ",", "revealed", "in", "a", "control", "cervical", "lateral", "teleradiography", ",", "following", "a", "car", "accident", ".", "The", "patient", "reported", "no", "personal", "or", "family", "history", ".", "History", "of", "smoking", ",", "alcohol", "and", "drugs", "were", "negative", ",", "as", "were", "any", "medication", "intake", "or", "drug", "allergies", ".", "The", "general", "physical", "examination", "was", "not", "compromised", ".", "No", "aesthetic", "or", "functional", "alterations", "were", "observed", "on", "extraoral", "clinical", "examination", ".", "Intraoral", "palpation", "revealed", "a", "slight", "increase", "in", "volume", "in", "the", "posterior", "area", "of", "the", "mandibular", "vestibule", ".", "In", "the", "conventional", "radiological", "study", "an", "extensive", "unilocular", "image", "of", "mixed", "density", "was", "observed", ",", "with", "radiopaque", "predominance", ",", "surrounded", "by", "a", "radiolucent", "band", "with", "net", "corticalised", "limits", "located", "in", "the", "area", "of", "tooth", "48", ",", "partially", "overprojected", "in", "the", "roots", "of", "tooth", "47", "with", "bulging", "of", "the", "bony", "slabs", "and", "with", "rejection", "of", "tooth", "48", "towards", "the", "distal", "and", "cephalic", "region", ".", "The", "mandibular", "canal", "was", "displaced", "towards", "the", "basilar", "edge", "in", "the", "segment", "corresponding", "to", "the", "mandibular", "body", "and", "rejected", "distally", "in", "the", "ascending", "branch", ".", "The", "study", "was", "complemented", "with", "a", "computed", "axial", "tomography", "scan", "showing", "a", "hyperdense", "lesion", ",", "with", "clear", "and", "corticalised", "limits", ",", "with", "widening", "of", "the", "bony", "tables", ".", "Its", "dimensions", "were", ":", "antero-posterior", "25", ".", "9", "mm", ",", "vestibulo-palatine", "21", "mm", "and", "28", ".", "3", "mm", "in", "greatest", "cephalo-caudal", "diameter", ".", "The", "acquisition", "of", "the", "images", "was", "processed", "with", "Dentascan", "®", "software", ",", "obtaining", "axial", ",", "panorex", "and", "transversal", "reconstructions", "of", "the", "area", "of", "interest", ",", "which", "confirmed", "the", "proximity", "to", "the", "mandibular", "canal", ",", "as", "well", "as", "the", "involvement", "of", "both", "tables", ".", "The", "differential", "diagnosis", "for", "this", "case", "was", "immature", "complex", "odontoma", ",", "ameloblastic", "fibroodontoma", ",", "calcifying", "epithelial", "odontogenic", "tumour", "and", "calcifying", "epithelial", "odontogenic", "cyst", ".", "After", "the", "radiological", "study", ",", "an", "incisional", "biopsy", "was", "performed", "under", "local", "anaesthesia", ",", "which", "included", "both", "soft", "and", "hard", "tissues", ",", "showing", "calcified", "dentine-type", "tissue", ",", "with", "areas", "of", "minor", "calcification", "and", "lax", "fibrous", "connective", "tissue", "that", "resembled", "the", "stellate", "reticulum", "of", "the", "dental", "organ", ".", "The", "periphery", "showed", "fibrous", "connective", "tissue", "and", "some", "small", "areas", "showing", "epithelium", "of", "odontogenic", "origin", "with", "the", "presence", "of", "peripheral", "cylindrical", "cells", "of", "the", "ameloblast", "type", ".", "The", "sample", "was", "irregular", "and", "showed", "no", "denticle", "structure", ".", "Accordingly", ",", "the", "histological", "diagnosis", "was", "a", "lesion", "compatible", "with", "an", "odontoma", "in", "formation", "with", "the", "presence", "of", "ameloblastic", "changes", ".", "Enucleation", "of", "the", "lesion", "was", "performed", "under", "general", "anaesthesia", ",", "by", "means", "of", "an", "extraoral", "approach", "at", "the", "level", "of", "the", "right", "mandibular", "angle", "to", "facilitate", "modelling", "and", "subsequent", "placement", "of", "a", "rigid", "osteosynthesis", ".", "In", "this", "way", "the", "affected", "area", "was", "accessed", ",", "finding", "a", "very", "diminished", "vestibular", "table", ",", "which", "was", "removed", "to", "make", "way", "for", "the", "exposure", "and", "complete", "elimination", "of", "the", "lesion", ",", "concluding", "with", "a", "curettage", "of", "the", "surgical", "bed", ".", "The", "remnant", "of", "healthy", "bone", "tissue", "was", "very", "poor", ",", "so", "the", "placement", "of", "a", "2", ".", "4", "reconstruction", "plate", "at", "the", "level", "of", "the", "mandibular", "angle", "and", "body", "was", "planned", "to", "provide", "greater", "strength", "and", "prevent", "a", "pathological", "fracture", ".", "Immediate", "grafting", "was", "not", "planned", "due", "to", "the", "possibility", "of", "recurrence", ".", "Histopathological", "examination", "of", "the", "operative", "specimen", "revealed", "a", "greater", "amount", "of", "ameloblastic", "tissue", "and", "a", "diagnosis", "of", "ameloblastic", "fibroodontoma", "was", "made", ".", "Healing", "went", "smoothly", ".", "Although", "this", "lesion", "has", "a", "low", "recurrence", "rate", ",", "the", "patient", "is", "monitored", "regularly", "and", "there", "have", "been", "no", "signs", "of", "recurrence", "to", "date", "." ]

[ 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5, "end": 12 }, { "text": "Male patient", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 12 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 291, "end": 297 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 259, "end": 266 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 279, "end": 287 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3571, "end": 3578 } ]

[ "13-year-old", "girl", "with", "ulcer", "on", "the", "upper", "lip", "of", "3", "months", "evolution", ";", "no", "response", "to", "multiple", "treatments", "(", "antibiotics", "and", "topical", "corticosteroids", ",", "acyclovir", ",", "oral", "antibiotics", ")", ".", "She", "denies", "sexual", "relations", ".", "Personal", "and", "family", "history", "Not", "relevant", "Physical", "examination", "Ulcer", "+", "0", ".", "5", "cm", ".", "with", "granulomatous", "bed", ".", "Left", "posterior", "cervical", "adenopathy", "0", ".", "5", "cm", "in", "diameter", ".", "Rest", "of", "the", "examination", "normal", "COMPLEMENTARY", "TESTS", ":", "normal", "(", "Chest", "X-ray", ",", "HIV", ",", "Viral", "Load", ",", "CD4-8", "count", ",", "Renal", "Echo", ")", ".", "PPD", "(", "-", ")", "Skin", "biopsy", "with", "tuberculoid", "granuloma", "pattern", ".", "Polymerase", "chain", "reaction", "was", "positive", "for", "M", ".", "tuberculous", ".", "EVOLUTION", ":", "Anti-tuberculous", "treatment", "was", "not", "initiated", "due", "to", "spontaneous", "remission", "of", "the", "lesion", ".", "FINAL", "DIAGNOSIS", "Cutaneous", "TB", "(", "Primoinfection", ")" ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "girl", "label": "HUMAN", "start": 12, "end": 16 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 218, "end": 224 }, { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 205, "end": 213 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 437, "end": 440 }, { "text": "Viral", "label": "SPECIES", "start": 442, "end": 447 }, { "text": "M. tuberculous", "label": "SPECIES", "start": 579, "end": 593 } ]

[ "Personal", "history", "Male", "patient", "aged", "81", "years", ".", "Moderate", "chronic", "obstructive", "pulmonary", "disease", "(", "COPD", ")", ",", "ex-smoker", "since", "1998", ",", "hypertension", ",", "dyslipidaemia", "and", "insulin-dependent", "diabetes", "mellitus", "(", "DM", ")", "type", "II", ".", "In", "2010", ",", "severe", "aortic", "stenosis", "treated", "by", "bioprosthesis", ",", "whose", "postoperative", "period", "was", "complicated", "by", "respiratory", "infection", ",", "surgical", "wound", "infection", "and", "sternal", "dehiscence", ",", "reintervened", "15", "days", "after", "surgery", ".", "Moderate", "heart", "failure", ",", "Barthel", "index", ":", "50", "(", "moderate", ")", ".", "In", "2012", ",", "the", "patient", "had", "numerous", "episodes", "of", "enterococcal", "bacteraemia", "and", "was", "admitted", "to", "hospital", "on", "four", "occasions", ".", "Given", "the", "recurrence", "of", "the", "infection", ",", "an", "exhaustive", "study", "was", "carried", "out", "in", "search", "of", "possible", "foci", "of", "infection", ",", "with", "particular", "interest", "in", "the", "prosthetic", "valve", ",", "with", "only", "a", "gallium", "67", "scan", "performed", "in", "February", "2013", "showing", "hypercaptation", "in", "the", "right", "sternoclavicular", "joint", ",", "leading", "to", "a", "diagnosis", "of", "enterococcal", "sternal", "osteomyelitis", "and", "antibiotic", "treatment", "was", "completed", "with", "ampicillin", "for", "4", "weeks", ".", "Three", "days", "after", "returning", "home", ",", "the", "patient", "developed", "fever", ",", "general", "malaise", ",", "dyspnoea", ",", "increased", "cough", "and", "secretions", "and", "returned", "to", "the", "hospital", ".", "CLINICAL", "OBSERVATION", "On", "the", "last", "admission", "before", "the", "current", "illness", ",", "he", "was", "diagnosed", "with", "sternal", "osteomyelitis", "due", "to", "enterococci", ".", "Initially", ",", "third", "generation", "cephalosporin", "was", "administered", ",", "which", "was", "changed", "to", "ampicillin", "and", "finally", "to", "amoxicillin-clavulanic", "acid", ".", "During", "this", "admission", ",", "up", "to", "4", "red", "blood", "cell", "concentrates", "were", "administered", "due", "to", "significant", "anaemisation", "and", "also", "due", "to", "extravasation", "coinciding", "with", "the", "administration", "of", "a", "blood", "transfusion", ".", "-", "Physical", "examination", ":", "conscious", "and", "oriented", ",", "nourished", "and", "hydrated", ",", "chest", "pain", ",", "general", "malaise", ",", "pallor", ",", "sweating", ",", "dyspnoea", ",", "jugular", "ingurgitation", "and", "malleolar", "oedema", ".", "-", "Vital", "signs", ":", "blood", "pressure", "120", "/", "60", "mmHg", ",", "heart", "rate", "70", "bpm", ",", "temperature", "39", "°", "C", ".", "-", "CBC", ":", "20", ",", "700", "mil", "/", "mm3", "leukocytes", ",", "8", ".", "5", "g", "/", "dl", "haemoglobin", ",", "199", ",", "000", "/", "mm3", "platelets", ".", "Glucose", "207", "mg", "/", "dl", ",", "urea", "109", "mg", "/", "dl", ",", "creatinine", "1", ".", "6", "mg", "/", "dl", ",", "sodium", "135", "mEq", "/", "l", ",", "potassium", "4", ".", "7", "mEq", "/", "l", ",", "CRP", "56", "mg", "/", "l", ".", "-", "Electrocardiogram", ":", "atrial", "fibrillation", "at", "70", "bpm", ".", "-", "Chest", "X-ray", ":", "cardiomegaly", ".", "-", "Auscultation", ":", "arrhythmic", "heart", "with", "aortic", "systolic", "murmur", ".", "Bilateral", "pulmonary", "rhonchi", ".", "-", "Blood", "gases", ":", "pO2", "167", ",", "pCO2", "133", ",", "pH", "7", ".", "40", ",", "HCO3", "20", ".", "-", "Blood", "cultures", ":", "Enterococcus", "faecalis", "was", "isolated", ".", "-", "Transthoracic", "and", "transesophageal", "echocardiogram", ":", "In", "the", "posterior", "annulus", "of", "the", "mitral", "valve", "a", "mass", "image", "of", "16", "x", "12", "mm", "is", "observed", ".", "With", "echogenic", "borders", "that", "was", "not", "seen", "in", "the", "previous", "transesophageal", "echocardiogram", "in", "December", "2012", ".", "-", "Provisional", "diagnosis", ":", "subacute", "enterococcal", "mitral", "endocarditis", "complicated", "by", "anaemia", "due", "to", "chronic", "disease", ",", "acute", "renal", "failure", "due", "to", "aminoglycosides", ",", "exacerbation", "of", "COPD", "due", "to", "nosocomial", "respiratory", "infection", "with", "Stenotrophomona", "maltophilia", "and", "organic", "brain", "syndrome", ".", "-", "Initial", "treatment", ":", "low", "molecular", "weight", "heparin", "(", "LMWH", ")", ",", "furosemide", ",", "ampicillin", ",", "inhalers", ",", "oxygen", "therapy", ",", "rest", ",", "vital", "signs", "monitoring", "and", "oxygen", "saturation", ".", "Evolution", "After", "being", "diagnosed", "with", "mitral", "endocarditis", ",", "the", "patient", "was", "treated", "for", "6", "weeks", "with", "ampicillin", "and", "2", "weeks", "with", "gentamicin", ";", "in", "the", "fourth", "week", "of", "admission", ",", "the", "patient", "suffered", "an", "exacerbation", "of", "his", "COPD", "due", "to", "a", "respiratory", "infection", "by", "Strenotrophomonas", "maltophilia", ",", "receiving", "treatment", "with", "cotrimoxazole", "for", "2", "weeks", ",", "achieving", "clinical", "and", "microbiological", "resolution", "of", "the", "episode", ".", "Due", "to", "the", "administration", "of", "this", "whole", "battery", "of", "antibiotics", ",", "he", "suffered", "acute", "renal", "failure", "due", "to", "aminoglycosides", ",", "but", "after", "discontinuation", "of", "treatment", "in", "the", "sixth", "week", "of", "treatment", ",", "this", "resolved", ".", "During", "admission", ",", "there", "was", "a", "progressive", "worsening", "of", "the", "patient", "'", "s", "chronic", "anaemia", "associated", "with", "the", "subacute", "infectious", "disease", "and", "the", "prolonged", "administration", "of", "antibiotics", ",", "which", "led", "to", "the", "administration", "of", "three", "red", "blood", "cell", "concentrates", ".", "Between", "the", "third", "and", "fourth", "week", ",", "the", "patient", "'", "s", "general", "condition", "worsened", "significantly", ",", "and", "the", "nursing", "team", "focused", "on", "addressing", "collaboration", "problems", "and", "diagnosing", "activity", "intolerance", "related", "to", "an", "imbalance", "between", "oxygen", "intake", "and", "demand", ",", "and", "on", "self-care", "diagnoses", ".", "The", "patient", "'", "s", "haematocrit", "and", "haemoglobin", "figures", "improved", "significantly", "after", "resolution", "of", "the", "infectious", "process", "and", "administration", "of", "plasma", "derivatives", ".", "From", "the", "fifth", "week", "of", "treatment", ",", "the", "patient", "gradually", "recovers", ",", "and", "the", "diagnoses", "of", "anxiety", "and", "deficient", "knowledge", "can", "be", "worked", "on", "with", "him", "and", "the", "number", "of", "activities", "aimed", "at", "self-care", "is", "progressively", "increased", ".", "During", "his", "prolonged", "illness", "and", "numerous", "hospitalisations", ",", "in", "the", "last", "months", "of", "his", "hospital", "stay", ",", "the", "patient", "suffers", "a", "serious", "functional", "deterioration", ",", "being", "unable", "to", "ambulate", "and", "carry", "out", "basic", "activities", "of", "daily", "living", ";", "current", "Barthel", "index", ":", "15", "(", "Total", ")", ".", "Medical", "discharge", "Following", "resolution", "of", "the", "infectious", "process", ",", "he", "was", "discharged", "from", "hospital", "on", "28", "May", "2013", "and", "transferred", "to", "a", "medium-stay", "hospital", "for", "the", "purpose", "of", "rehabilitation", ".", "A", "half-stay", "hospital", "is", "a", "level", "of", "care", "used", "to", "complete", "the", "rehabilitation", "of", "patients", "with", "real", "possibilities", "of", "recovery", ",", "who", "require", "longer", "stays", "than", "those", "traditionally", "accepted", "in", "the", "hospital", "environment", ".", "The", "average", "stay", "in", "this", "centre", "is", "between", "25", "and", "30", "days", ",", "and", "the", "maximum", "stay", "should", "not", "exceed", "3", "months", ".", "The", "medical", "treatment", "received", "at", "discharge", "consisted", "of", ":", "rehabilitation", ",", "heparin", ",", "diuretics", ",", "inhalers", "(", "salbutamol", "and", "Seretide", "®", "50", "/", "100", "mcg", ")", ",", "iron", "and", "vitamin", "B9", ".", "For", "several", "weeks", "prior", "to", "discharge", ",", "the", "patient", "did", "not", "require", "hypoglycaemic", "or", "antihypertensive", "treatment", "." ]

[ 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 8 }, { "text": "Male patient", "label": "HUMAN", "start": 17, "end": 29 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 29 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 483, "end": 490 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1036, "end": 1043 }, { "text": "enterococcal", "label": "SPECIES", "start": 516, "end": 528 }, { "text": "enterococcal", "label": "SPECIES", "start": 896, "end": 908 }, { "text": "enterococci", "label": "SPECIES", "start": 1272, "end": 1283 }, { "text": "Enterococcus faecalis", "label": "SPECIES", "start": 2304, "end": 2325 }, { "text": "enterococcal", "label": "SPECIES", "start": 2617, "end": 2629 }, { "text": "Stenotrophomona maltophilia", "label": "SPECIES", "start": 2807, "end": 2834 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3086, "end": 3093 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3200, "end": 3207 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3693, "end": 3700 } ]

[ "A", "twenty-seven", "year", "old", "male", ",", "smoker", "of", "a", "pack", "a", "day", "since", "he", "was", "ten", "years", "old", ",", "with", "no", "pathological", "or", "family", "history", "of", "interest", ",", "came", "to", "the", "emergency", "department", "with", "two", "well-defined", ",", "non-painful", ",", "haematic", "lesions", "on", "the", "tongue", "and", "buccal", "mucosa", "of", "two", "days", "'", "evolution", ".", "She", "also", "presented", "headache", "in", "the", "frontal", "and", "occipital", "region", "of", "three", "days", "'", "evolution", "accompanied", "by", "general", "malaise", ",", "several", "episodes", "of", "mild", "and", "self-limited", "epistaxis", ",", "gingivorrhoea", "after", "dental", "cleaning", ",", "dizziness", "and", "a", "feeling", "of", "dystrophy", ".", "No", "fever", "measured", "at", "home", ".", "No", "trips", "abroad", "or", "risky", "sexual", "relations", "in", "the", "last", "few", "months", ".", "Physical", "examination", "revealed", "no", "skin", "lesions", "or", "lymphadenopathies", ";", "no", "visual", "alterations", "or", "signs", "of", "nuchal", "rigidity", ".", "Febrile", "fever", ".", "Laboratory", "tests", "showed", ":", "white", "blood", "cells", "50", ",", "000", "/", "l", "with", "69", "%", "neutrophils", "and", "27", "%", "monocytes", ",", "platelets", "16", ",", "000", "/", "l", ".", "Smear", ":", "85", "%", "medium-small", "blasts", ".", "Following", "this", ",", "a", "cranial", "CAT", "scan", "and", "chest", "X-ray", "were", "requested", "(", "no", "alterations", ")", ";", "and", "a", "test", "for", "mononucleosis", "was", "performed", ",", "with", "negative", "results", ".", "The", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "haematology", "department", "to", "complete", "the", "study", "and", "start", "treatment", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 28 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 105, "end": 111 } ]