using DEBmicroTrait
using CSV, DataFrames, Statistics
using JLD
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# I/O
df_isolates     = CSV.read("/Users/glmarschmann/.julia/dev/DEBmicroTrait/final_manuscript/files/isolates2traits.csv", DataFrame, missingstring="N/A")
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Genome_size     = convert(Array{Float64,1}, df_isolates.Genome_size)
V_cell          = DEBmicroTrait.genome_size_to_cell_volume(Genome_size)
rrn_copies      = convert(Array{Float64,1}, df_isolates.rRNA_genes)
Min_gen_time    = df_isolates.Min_gen_time
Gram_stain      = convert(Array{String,1}, df_isolates.gram_stain)
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k_M    = DEBmicroTrait.cell_volume_to_specific_maintenance_rate(V_cell, Min_gen_time, Gram_stain)
k_M_med = median(k_M)
########################################

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# I/O
save("/Users/glmarschmann/.julia/dev/DEBmicroTrait/final_manuscript/files/isolates_maintenance.jld", "kM", k_M)
