qm9 / README.md
raphavlas's picture
Upload dataset
104f1f2 verified
metadata
dataset_info:
  features:
    - name: index
      dtype: int64
    - name: A
      dtype: float64
    - name: B
      dtype: float64
    - name: C
      dtype: float64
    - name: mu
      dtype: float64
    - name: alpha
      dtype: float64
    - name: homo
      dtype: float64
    - name: lumo
      dtype: float64
    - name: gap
      dtype: float64
    - name: r2
      dtype: float64
    - name: zpve
      dtype: float64
    - name: U0
      dtype: float64
    - name: U
      dtype: float64
    - name: H
      dtype: float64
    - name: G
      dtype: float64
    - name: Cv
      dtype: float64
    - name: smiles
      dtype: string
    - name: canonsmiles
      dtype: string
    - name: isSmilesEqual
      dtype: bool
    - name: generic_scaffold
      dtype: string
    - name: scaffold
      dtype: string
    - name: rdkit_WT
      dtype: float64
    - name: rdkit_MR
      dtype: float64
    - name: rdkit_LogP
      dtype: float64
    - name: rdkit_HA
      dtype: float64
    - name: rdkit_HD
      dtype: float64
  splits:
    - name: train
      num_bytes: 30658617
      num_examples: 128885
    - name: test
      num_bytes: 1189537
      num_examples: 5000
  download_size: 24625357
  dataset_size: 31848154
configs:
  - config_name: default
    data_files:
      - split: train
        path: data/train-*
      - split: test
        path: data/test-*
task_categories:
  - text2text-generation
  - feature-extraction
tags:
  - chemistry
size_categories:
  - 100K<n<1M

QM9

Info

dataset com 130k moleculas de até 9 atomos com 15 propríedades calculadas por DFT e 5 por heuristica com rdkit usado para testes de geração condicional baseada nas propriedades ou predição destas.

Foi retirado as informações de posição atomica (grafos) e mantido apenas smiles como informação estrutural

Colunas

  • index: indice numerico unico para cada entrada
  • A: constante rotacional
  • B: constante rotacional
  • C: constante rotacional
  • mu: momento de dipolo (μ)
  • alpha: polarizabilidade isotropica
  • homo: energia do HOMO
  • lumo: energia do LUMO
  • gap: homo - lumo
  • r2: Electronic spatial extent
  • zpve: energia vibracional de ponto zero
  • U0: energia interna a 0K
  • U: energia interna a 298.15K
  • H: entalpia a 298.15K
  • G: energia Livre a 298.15K
  • Cv: capacidade calorífica a 298.15K
  • smiles: smiles presente no dataset original
  • canonsmiles: smiles canonizado no rdkit
  • isSmilesEqual: se smiles riginal é canonico
  • scaffold: scaffold baseado nas regras de Murck
  • generic_scaffold: scaffold mantendo apenas lig simples e padronizando todos atomos para carbono
  • rdkit_WT: massa molar (obtida com rdkit)
  • rdkit_MR: refratividade molar (obtida com rdkit)
  • rdkit_LogP: logP (obtida com rdkit)
  • rdkit_HA: numero de aceptores de Hidrogenio (obtida com rdkit)
  • rdkit_HD: numero de doadores de Hidrogenio (obtida com rdkit)