IJCADの起動オプション/LDを複数指定したときの動作について
IJCAD 2018を使って開発しています。

IJCADの起動オプションはAutoCADと同じものが用意されてそこそこ動いているのですが、/LDオプション（モジュールのロード）を複数指定した場合、AutoCADでは複数ロードしてくれるのですが、IJCADでは最後に指定したモジュールしかロードされないようです。

これは不具合でしょうか？
これは不具合のようですね。

どうしても複数のモジュールをロードしたい場合は、/LDオプションに自動ロードする処理が入ったモジュールを指定し、その中でacrxDynamicLinker->loadModule(モジュール名)を呼び出せば、実現可能です。