@transform(buildSpeciesMap, suffix(".tsv"), ".renamed.tsv")
def renameGenomesInSpeciesMap(infile, outfile):
    to_cluster = True
    genomes_dir = PARAMS["genomes_genomesdir"]
    statement = '''cat %(infile)s | python %(scriptsdir)s/species_map2species_map.py 
                   -g %(genomes_dir)s 
                   --log=%(outfile)s.log > %(outfile)s'''
    P.run()

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Compute the kernel between arrays X and optional array Y.
dataset/ETHPy150Open CGATOxford/cgat/obsolete/pipeline_metagenomebenchmark.py/renameGenomesInSpeciesMap--crossover with--dataset/ETHPy150Open scikit-learn/scikit-learn/sklearn/metrics/pairwise.py/pairwise_kernels