@transform( buildPolyphenInput, suffix(".input"), "_map.load" )
def loadPolyphenMap( infile, outfile ):

    table = P.toTable( outfile )
    statement = '''
   python %(scriptsdir)s/csv2db.py %(csv2db_options)s
              --index=snp_id 
              --index=track,transcript_id
              --index=contig,pos
              --index=protein_id
              --index=transcript_id
              --table=%(table)s 
    < %(infile)s.map
    > %(outfile)s
    '''
    P.run()

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load polyphen input data.
dataset/ETHPy150Open CGATOxford/cgat/obsolete/pipeline_snps.py/loadPolyphenMap