@follows(mkdir("contig_stats.dir"))
@transform(CONTIGS, regex("(\S+).fa"), add_inputs(*COVERAGE_FILES), r"contig_stats.dir/\1.filtered.fa")
def filterContigsByCoverage(infiles, outfile):
    P.submit("PipelineMetagenomeBenchmark", "filterByCoverage",
             infiles=infiles, outfiles=outfile)

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filter contigs by their average base coverage
dataset/ETHPy150Open CGATOxford/cgat/obsolete/pipeline_metagenomebenchmark.py/filterContigsByCoverage