@transform( getOrthologousGroups, regex(PARAMS["orthology_groups"]), "sevenway_ortholog_groups.load" )
def loadOrthologousGroups( infile, outfile ):

    header="set_id,species,gene_id"
    statement = '''cat %(infile)s
                   | python %(scriptsdir)s/csv2db.py
                       --index=set_id
                       --index=species
                       --index=gene_id
                       --table=ortholog_groups 
                   > %(outfile)s '''
    P.run()

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Load list of orthologous genes into sqlite3 database
dataset/ETHPy150Open CGATOxford/cgat/obsolete/pipeline_species_conservation.py/loadOrthologousGroups