@follows( buildSelenoList )
@transform(  '*.pileup.gz', 
             suffix(".pileup.gz"), 
             ".effects.gz" )
def makeEffects( infile, outfile ):

    to_cluster = True
    
    seleno = "seleno.list"

    statement = """
    gunzip 
    < %(infile)s 
    | grep -v "^NT" 
    | python %(scriptsdir)s/snp2counts.py 
        --genome-file=genome 
        --module=transcript-effects 
        --filename-seleno=%(seleno)s 
        --filename-exons=%(transcripts)s 
        --output-filename-pattern=%(outfile)s.%%s.gz
        --log=%(outfile)s.log 
    | gzip 
    > %(outfile)s
    """ 
    P.run()

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annotate snps with gene set.
dataset/ETHPy150Open CGATOxford/cgat/obsolete/pipeline_snps.py/makeEffects