@files( ( ( buildPeptideFasta, "panther.scores"), ))
def preparePanther( infile, outfile ):

    to_cluster = True

    if type(infile) in (types.ListType, types.TupleType):
        infile = infile[0]

    tmpdir = P.getTempDir( "." )

    statement = '''
    (PERL5LIB=%(panther_home)s/lib:$PERL5LIB;
     perl %(panther_home)s/pantherScore.pl
                      -l %(panther_library)s
                      -D B -V -n
                      -i %(infile)s
                      -o %(outfile)s
                      -T %(tmpdir)s )
    '''

    P.run()

    shutil.rmtree( tmpdir )

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dataset/ETHPy150Open CGATOxford/cgat/obsolete/pipeline_snps.py/preparePanther--crossover with--dataset/ETHPy150Open saltstack/salt/salt/modules/win_certutil.py/__virtual__