@follows( mkdir("stats") )
@transform(MergedGeneListStats, suffix("genelists_merged.stats"), "nmi_conservation")
def nmiConservationFisherTest( infile, outfile ):
    scriptsdir = PARAMS["scriptsdir"]
    R('''source("%(scriptsdir)s/R/proj007/proj007.R")'''  % locals() )
    #print '''nmi_conservation(infile="%(infile)s", outfile="%(outfile)s") '''  % locals()
    R('''nmi_conservation(infile="%(infile)s", outfile="%(outfile)s") '''  % locals() )       

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Plot heatmap of pairwise scores in R
dataset/ETHPy150Open CGATOxford/cgat/obsolete/pipeline_species_conservation.py/nmiConservationFisherTest