@transform( TRACKS, suffix(".gtf.gz"), "_gtf.import" )
def importGTF( infile, outfile ):
    
    table = outfile[:-len(".import")]

    statement = '''gunzip
        < %(infile)s
        | python %(scriptsdir)s/gtf2tsv.py 
        |python %(scriptsdir)s/csv2db.py %(csv2db_options)s 
              --index=gene_id 
              --map=gene_id:str 
              --index=transcript_id 
              --map=transcript_id:str 
              --table=%(table)s 
        > %(outfile)s
    '''
    P.run()

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import gtf files.
dataset/ETHPy150Open CGATOxford/cgat/obsolete/pipeline_kamilah.py/importGTF