@files( PARAMS["ensembl_filename_gtf"], "annotations_genes.gtf", )
def buildGeneAnnotations( infile, outfile ):
    statement = """
        gunzip < %(infile)s |\
        python %(scriptsdir)s/gtf2gtf.py --merge-exons --with-utr --log=%(outfile)s.log |\
        python %(scriptsdir)s/gtf2gtf.py --set-transcript-to-gene --log=%(outfile)s.log |\
        python %(scriptsdir)s/gff2gff.py --skip-missing --sanitize=genome --genome-file=genome --log=%(outfile)s.log |\
        %(scriptsdir)s/gff_sort gene-pos \
        > %(outfile)s
    """
    queue = "server"
    P.run()

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build gene annotations.
dataset/ETHPy150Open CGATOxford/cgat/obsolete/pipeline_snps.py/buildGeneAnnotations