@files( PARAMS["ensembl_filename_gtf"], "annotations_exons.gtf" )
def buildExonAnnotations( infile, outfile ):

    to_cluster = True
    job_queue = "server_jobs.q"
    
    statement = """
        gunzip < %(infile)s |\
        awk '$3 == "CDS"' |\
        python %(scriptsdir)s/gff2gff.py --sanitize=genome --skip-missing --genome-file=%(genome)s --log=%(outfile)s.log |\
        python %(scriptsdir)s/gtf2gff.py \
                --method=exons \
                --restrict-source=protein_coding \
                --log=%(outfile)s.log \
        > %(outfile)s
    """

    P.run()

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Load a copy of all our fixtures using the management command
dataset/ETHPy150Open CGATOxford/cgat/obsolete/pipeline_snps.py/buildExonAnnotations--crossover with--dataset/ETHPy150Open adlibre/Adlibre-DMS/adlibre_dms/libraries/adlibre/dms/base_test.py/DMSTestCase.loadTestData