@transform( makeAnnotations,
            suffix('.annotations.gz'), 
            '_annotations.summary' )
def summarizeAnnotations( infile, outfile ):
    
    to_cluster = True

    # count substitutions for each category
    statement = '''gunzip 
    < %(infile)s
    | python %(scriptsdir)s/csv_cut.py code reference_base genotype variant_type 
    | awk '$4 == "variant_type" { printf("%%s-%%s-%%s\\tcounts\\n", $1,$2,$3); } 
           $4 == "E" || $4 == "O" {printf("%%s-%%s-%%s\\t1\\n", $1,$2,$3)}'
    | sort 
    | uniq -c 
    | awk 'BEGIN{ printf("code-reference_base-genotype\\tcounts\\n" ); } \
                  $2 !~ /^code/ {printf("%%s\\t%%i\\n",$2,$1);}'
    | perl -p -i -e "s/-/\\t/g unless (/^#/)"
    > %(outfile)s
    '''
    P.run()

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compute summary stats for annotation files.
dataset/ETHPy150Open CGATOxford/cgat/obsolete/pipeline_snps.py/summarizeAnnotations