@transform( runPolyphen, suffix(".output.gz"), ".load")
def loadPolyphen( infile, outfile ):
    
    table = P.toTable( outfile )

    statement = '''
    gunzip 
    < %(infile)s
    | perl -p -e "s/o_acc/protein_id/; s/ +//g"
    |python %(scriptsdir)s/csv2db.py %(csv2db_options)s
              --index=snp_id 
              --index=protein_id
              --table=%(table)s 
              --map=effect:str
    > %(outfile)s
    '''
    P.run()

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load polyphen results.
dataset/ETHPy150Open CGATOxford/cgat/obsolete/pipeline_snps.py/loadPolyphen