@transform(alignContigsToReference, regex("alignment.dir/(\S+).delta"), r"alignment.dir/\1.filtered")
def filterAlignments(infile, outfile):
    to_cluster = True
    statement = '''delta-filter -q -i 99 %(infile)s > %(outfile)s'''
    P.run()

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Overwritten to allow related fields.
dataset/ETHPy150Open CGATOxford/cgat/obsolete/pipeline_metagenomebenchmark.py/filterAlignments--crossover with--dataset/ETHPy150Open upconsulting/IsisCB/isiscb/zotero/serializers.py/ACRelationSerializer.update