def thresholdBins(indices, counts, s_min):
    output_indices_keep = copy.copy(indices)
    for key in indices.keys():
        if counts[key] < s_min:
            output_indices_keep.pop(key)

    E.info("%s/%s bins retained" % (len(output_indices_keep.keys()),
                                    len(indices.keys())))
    return output_indices_keep

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# remove the functions below (now methods for class Counts or          ###
# class ExpDesign (expression.py)                                      ###
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use counts (np array) to remove bins from indices based on
dataset/ETHPy150Open CGATOxford/cgat/CGAT/Counts.py/thresholdBins