OTAR3088/Variants_IOB-V2 · Datasets at Hugging Face

words listlengths 1 201	labels listlengths 1 201
[ "Molecular", "Dissection", "of", "Xyloglucan", "Recognition", "in", "a", "Prominent", "Human", "Gut", "Symbiont" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Polysaccharide", "utilization", "loci", "(", "PUL", ")", "within", "the", "genomes", "of", "resident", "human", "gut", "Bacteroidetes", "are", "central", "to", "the", "metabolism", "of", "the", "otherwise", "indigestible", "complex", "carbohydrates", "known", "as", "“", "dietary", "fiber", ".”", "However", ",", "functional", "characterization", "of", "PUL", "lags", "significantly", "behind", "sequencing", "efforts", ",", "which", "limits", "physiological", "understanding", "of", "the", "human", "-", "bacterial", "symbiosis", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "particular", ",", "the", "molecular", "basis", "of", "complex", "polysaccharide", "recognition", ",", "an", "essential", "prerequisite", "to", "hydrolysis", "by", "cell", "surface", "glycosidases", "and", "subsequent", "metabolism", ",", "is", "generally", "poorly", "understood", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Here", ",", "we", "present", "the", "biochemical", ",", "structural", ",", "and", "reverse", "genetic", "characterization", "of", "two", "unique", "cell", "surface", "glycan", "-", "binding", "proteins", "(", "SGBPs", ")", "encoded", "by", "a", "xyloglucan", "utilization", "locus", "(", "XyGUL", ")", "from", "Bacteroides", "ovatus", ",", "which", "are", "integral", "to", "growth", "on", "this", "key", "dietary", "vegetable", "polysaccharide", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Biochemical", "analysis", "reveals", "that", "these", "outer", "membrane", "-", "anchored", "proteins", "are", "in", "fact", "exquisitely", "specific", "for", "the", "highly", "branched", "xyloglucan", "(", "XyG", ")", "polysaccharide", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "crystal", "structure", "of", "SGBP", "-", "A", ",", "a", "SusD", "homolog", ",", "with", "a", "bound", "XyG", "tetradecasaccharide", "reveals", "an", "extended", "carbohydrate", "-", "binding", "platform", "that", "primarily", "relies", "on", "recognition", "of", "the", "β", "-", "glucan", "backbone", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "unique", ",", "tetra", "-", "modular", "structure", "of", "SGBP", "-", "B", "is", "comprised", "of", "tandem", "Ig", "-", "like", "folds", ",", "with", "XyG", "binding", "mediated", "at", "the", "distal", "C", "-", "terminal", "domain", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Despite", "displaying", "similar", "affinities", "for", "XyG", ",", "reverse", "-", "genetic", "analysis", "reveals", "that", "SGBP", "-", "B", "is", "only", "required", "for", "the", "efficient", "capture", "of", "smaller", "oligosaccharides", ",", "whereas", "the", "presence", "of", "SGBP", "-", "A", "is", "more", "critical", "than", "its", "carbohydrate", "-", "binding", "ability", "for", "growth", "on", "XyG", ".", "Together", ",", "these", "data", "demonstrate", "that", "SGBP", "-", "A", "and", "SGBP", "-", "B", "play", "complementary", ",", "specialized", "roles", "in", "carbohydrate", "capture", "by", "B", ".", "ovatus", "and", "elaborate", "a", "model", "of", "how", "vegetable", "xyloglucans", "are", "accessed", "by", "the", "Bacteroidetes", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Our", "combined", "analysis", "illuminates", "new", "fundamental", "aspects", "of", "complex", "polysaccharide", "recognition", ",", "cleavage", ",", "and", "import", "at", "the", "Bacteroidetes", "cell", "surface", "that", "may", "facilitate", "the", "development", "of", "prebiotics", "to", "target", "this", "phylum", "of", "gut", "bacteria", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "This", "microbial", "community", "is", "largely", "bacterial", ",", "with", "the", "Bacteroidetes", ",", "Firmicutes", ",", "and", "Actinobacteria", "comprising", "the", "dominant", "phyla", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "However", ",", "there", "is", "a", "paucity", "of", "data", "regarding", "how", "the", "vast", "array", "of", "complex", "carbohydrate", "structures", "are", "selectively", "recognized", "and", "imported", "by", "members", "of", "the", "microbiota", ",", "a", "critical", "process", "that", "enables", "these", "organisms", "to", "thrive", "in", "the", "competitive", "gut", "environment", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "human", "gut", "bacteria", "Bacteroidetes", "share", "a", "profound", "capacity", "for", "dietary", "glycan", "degradation", ",", "with", "many", "species", "containing", ">", "250", "predicted", "carbohydrate", "-", "active", "enzymes", "(", "CAZymes", "),", "compared", "to", "50", "to", "100", "within", "many", "Firmicutes", "and", "only", "17", "in", "the", "human", "genome", "devoted", "toward", "carbohydrate", "utilization", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "A", "remarkable", "feature", "of", "the", "Bacteroidetes", "is", "the", "packaging", "of", "genes", "for", "carbohydrate", "catabolism", "into", "discrete", "polysaccharide", "utilization", "loci", "(", "PUL", "),", "which", "are", "transcriptionally", "regulated", "by", "specific", "substrate", "signatures", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "Sus", "includes", "a", "lipid", "-", "anchored", ",", "outer", "membrane", "endo", "-", "amylase", ",", "SusG", ";", "a", "TonB", "-", "dependent", "transporter", "(", "TBDT", "),", "SusC", ",", "which", "imports", "oligosaccharides", "with", "the", "help", "of", "an", "associated", "starch", "-", "binding", "protein", ",", "SusD", ";", "two", "additional", "carbohydrate", "-", "binding", "lipoproteins", ",", "SusE", "and", "SusF", ";", "and", "two", "periplasmic", "exo", "-", "glucosidases", ",", "SusA", "and", "SusB", ",", "which", "generate", "glucose", "for", "transport", "into", "the", "cytoplasm", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "importance", "of", "PUL", "as", "a", "successful", "evolutionary", "strategy", "is", "underscored", "by", "the", "observation", "that", "Bacteroidetes", "such", "as", "B", ".", "thetaiotaomicron", "and", "Bacteroides", "ovatus", "devote", "~", "18", "%", "of", "their", "genomes", "to", "these", "systems", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Moving", "beyond", "seminal", "genomic", "and", "transcriptomic", "analyses", ",", "the", "current", "state", "-", "of", "-", "the", "-", "art", "PUL", "characterization", "involves", "combined", "reverse", "-", "genetic", ",", "biochemical", ",", "and", "structural", "studies", "to", "illuminate", "the", "molecular", "details", "of", "PUL", "function", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Cleavage", "sites", "for", "BoXyGUL", "glycosidases", "(", "GHs", ")", "are", "indicated", "for", "solanaceous", "xyloglucan", ".", "(", "B", ")", "BtSus", "and", "BoXyGUL", ".", "(", "C", ")", "Localization", "of", "BoXyGUL", "-", "encoded", "proteins", "in", "cellular", "membranes", "and", "concerted", "modes", "of", "action", "in", "the", "degradation", "of", "xyloglucans", "to", "monosaccharides", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "XyG", "variants", "(", "Fig", ".", "1A", ")", "constitute", "up", "to", "25", "%", "of", "the", "dry", "weight", "of", "common", "vegetables", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Analogous", "to", "the", "Sus", "locus", ",", "the", "xyloglucan", "utilization", "locus", "(", "XyGUL", ")", "encodes", "a", "cohort", "of", "carbohydrate", "-", "binding", ",", "-", "hydrolyzing", ",", "and", "-", "importing", "proteins", "(", "Fig", ".", "1B", "and", "C", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "number", "of", "glycoside", "hydrolases", "(", "GHs", ")", "encoded", "by", "the", "XyGUL", "is", ",", "however", ",", "more", "expansive", "than", "that", "by", "the", "Sus", "locus", "(", "Fig", ".", "1B", "),", "which", "reflects", "the", "greater", "complexity", "of", "glycosidic", "linkages", "found", "in", "XyG", "vis", "-", "à", "-", "vis", "starch", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "the", "archetypal", "starch", "utilization", "system", "of", "B", ".", "thetaiotaomicron", ",", "starch", "binding", "to", "the", "cell", "surface", "is", "mediated", "at", "eight", "distinct", "starch", "-", "binding", "sites", "distributed", "among", "four", "surface", "glycan", "-", "binding", "proteins", "(", "SGBPs", "):", "two", "within", "the", "amylase", "SusG", ",", "one", "within", "SusD", ",", "two", "within", "SusE", ",", "and", "three", "within", "SusF", ".", "The", "functional", "redundancy", "of", "many", "of", "these", "sites", "is", "high", ":", "whereas", "SusD", "is", "essential", "for", "growth", "on", "starch", ",", "combined", "mutations", "of", "the", "SusE", ",", "SusF", ",", "and", "SusG", "binding", "sites", "are", "required", "to", "impair", "growth", "on", "the", "polysaccharide", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Bacteroidetes", "PUL", "ubiquitously", "encode", "homologs", "of", "SusC", "and", "SusD", ",", "as", "well", "as", "proteins", "whose", "genes", "are", "immediately", "downstream", "of", "susD", ",", "akin", "to", "susE", "/", "F", ",", "and", "these", "are", "typically", "annotated", "as", "“", "putative", "lipoproteins", "”." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "genes", "coding", "for", "these", "proteins", ",", "sometimes", "referred", "to", "as", "“", "susE", "/", "F", "positioned", ",”", "display", "products", "with", "a", "wide", "variation", "in", "amino", "acid", "sequence", "and", "which", "have", "little", "or", "no", "homology", "to", "other", "PUL", "-", "encoded", "proteins", "or", "known", "carbohydrate", "-", "binding", "proteins", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "We", "describe", "here", "the", "detailed", "functional", "and", "structural", "characterization", "of", "the", "noncatalytic", "SGBPs", "encoded", "by", "Bacova_02651", "and", "Bacova_02650", "of", "the", "XyGUL", ",", "here", "referred", "to", "as", "SGBP", "-", "A", "and", "SGBP", "-", "B", ",", "to", "elucidate", "their", "molecular", "roles", "in", "carbohydrate", "acquisition", "in", "vivo", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Combined", "biochemical", ",", "structural", ",", "and", "reverse", "-", "genetic", "approaches", "clearly", "illuminate", "the", "distinct", ",", "yet", "complementary", ",", "functions", "that", "these", "two", "proteins", "play", "in", "XyG", "recognition", "as", "it", "impacts", "the", "physiology", "of", "B", ".", "ovatus", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "SGBP", "-", "A", "and", "SGBP", "-", "B", "are", "cell", "-", "surface", "-", "localized", ",", "xyloglucan", "-", "specific", "binding", "proteins", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "SGBP", "-", "A", ",", "encoded", "by", "the", "XyGUL", "locus", "tag", "Bacova_02651", "(", "Fig", ".", "1B", "),", "shares", "26", "%", "amino", "acid", "sequence", "identity", "(", "40", "%", "similarity", ")", "with", "its", "homolog", ",", "B", ".", "thetaiotaomicron", "SusD", ",", "and", "similar", "homology", "with", "the", "SusD", "-", "like", "proteins", "encoded", "within", "syntenic", "XyGUL", "identified", "in", "our", "earlier", "work", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "contrast", ",", "SGBP", "-", "B", ",", "encoded", "by", "locus", "tag", "Bacova_02650", ",", "displays", "little", "sequence", "similarity", "to", "the", "products", "of", "similarly", "positioned", "genes", "in", "syntenic", "XyGUL", "nor", "to", "any", "other", "gene", "product", "among", "the", "diversity", "of", "Bacteroidetes", "PUL", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Whereas", "sequence", "similarity", "among", "SusC", "/", "SusD", "homolog", "pairs", "often", "serves", "as", "a", "hallmark", "for", "PUL", "identification", ",", "the", "sequence", "similarities", "of", "downstream", "genes", "encoding", "SGBPs", "are", "generally", "too", "low", "to", "allow", "reliable", "bioinformatic", "classification", "of", "their", "products", "into", "protein", "families", ",", "let", "alone", "prediction", "of", "function", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Hence", ",", "there", "is", "a", "critical", "need", "for", "the", "elucidation", "of", "detailed", "structure", "-", "function", "relationships", "among", "PUL", "SGBPs", ",", "in", "light", "of", "the", "manifold", "glycan", "structures", "in", "nature", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Immunofluorescence", "of", "formaldehyde", "-", "fixed", ",", "nonpermeabilized", "cells", "grown", "in", "minimal", "medium", "with", "XyG", "as", "the", "sole", "carbon", "source", "to", "induce", "XyGUL", "expression", ",", "reveals", "that", "both", "SGBP", "-", "A", "and", "SGBP", "-", "B", "are", "presented", "on", "the", "cell", "surface", "by", "N", "-", "terminal", "lipidation", ",", "as", "predicted", "by", "signal", "peptide", "analysis", "with", "SignalP", "(", "Fig", ".", "2", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "SGBP", "-", "A", "and", "SGBP", "-", "B", "visualized", "by", "immunofluorescence", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Formalin", "-", "fixed", ",", "nonpermeabilized", "B", ".", "ovatus", "cells", "were", "grown", "in", "minimal", "medium", "plus", "XyG", ",", "probed", "with", "custom", "rabbit", "antibodies", "to", "SGBP", "-", "A", "or", "SGBP", "-", "B", ",", "and", "then", "stained", "with", "Alexa", "Fluor", "488", "goat", "anti", "-", "rabbit", "IgG", ".", "(", "A", ")", "Overlay", "of", "bright", "-", "field", "and", "FITC", "images", "of", "B", ".", "ovatus", "cells", "labeled", "with", "anti", "-", "SGBP", "-", "A", ".", "(", "B", ")", "Overlay", "of", "bright", "-", "field", "and", "FITC", "images", "of", "B", ".", "ovatus", "cells", "labeled", "with", "anti", "-", "SGBP", "-", "B", ".", "(", "C", ")", "Bright", "-", "field", "image", "of", "ΔSGBP", "-", "B", "cells", "labeled", "with", "anti", "-", "SGBP", "-", "B", "antibodies", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "(", "D", ")", "FITC", "images", "of", "ΔSGBP", "-", "B", "cells", "labeled", "with", "anti", "-", "SGBP", "-", "B", "antibodies", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Cells", "lacking", "SGBP", "-", "A", "(", "ΔSGBP", "-", "A", ")", "do", "not", "grow", "on", "XyG", "and", "therefore", "could", "not", "be", "tested", "in", "parallel", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Additional", "affinity", "PAGE", "analysis", "(", "Fig", ".", "3", ")", "demonstrates", "that", "SGBP", "-", "A", "also", "has", "moderate", "affinity", "for", "the", "artificial", "soluble", "cellulose", "derivative", "hydroxyethyl", "cellulose", "[", "HEC", ";", "a", "β", "(", "1", "→", "4", ")-", "glucan", "]", "and", "limited", "affinity", "for", "mixed", "-", "linkage", "β", "(", "1", "→", "3", ")/", "β", "(", "1", "→", "4", ")-", "glucan", "(", "MLG", ")", "and", "glucomannan", "(", "GM", ";", "mixed", "glucosyl", "and", "mannosyl", "backbone", "),", "which", "together", "indicate", "general", "binding", "to", "polysaccharide", "backbone", "residues", "and", "major", "contributions", "from", "side", "-", "chain", "recognition", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "contrast", ",", "SGBP", "-", "B", "bound", "to", "HEC", "more", "weakly", "than", "SGBP", "-", "A", "and", "did", "not", "bind", "to", "MLG", "or", "GM", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Neither", "SGBP", "recognized", "galactomannan", "(", "GGM", "),", "starch", ",", "carboxymethylcellulose", ",", "or", "mucin", "(", "see", "Fig", ".", "S1", "in", "the", "supplemental", "material", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Notably", ",", "the", "absence", "of", "carbohydrate", "-", "binding", "modules", "in", "the", "GHs", "encoded", "by", "the", "XyGUL", "implies", "that", "noncatalytic", "recognition", "of", "xyloglucan", "is", "mediated", "entirely", "by", "SGBP", "-", "A", "and", "-", "B", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "SGBP", "-", "A", "and", "SGBP", "-", "B", "preferentially", "bind", "xyloglucan", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Affinity", "electrophoresis", "(", "10", "%", "acrylamide", ")", "of", "SGBP", "-", "A", "and", "SGBP", "-", "B", "with", "BSA", "as", "a", "control", "protein", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "All", "samples", "were", "loaded", "on", "the", "same", "gel", "next", "to", "the", "BSA", "controls", ";", "thin", "black", "lines", "indicate", "where", "intervening", "lanes", "were", "removed", "from", "the", "final", "image", "for", "both", "space", "and", "clarity", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "percentage", "of", "polysaccharide", "incorporated", "into", "each", "native", "gel", "is", "displayed", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "vanguard", "endo", "-", "xyloglucanase", "of", "the", "XyGUL", ",", "BoGH5", ",", "preferentially", "cleaves", "the", "polysaccharide", "at", "unbranched", "glucosyl", "residues", "to", "generate", "xylogluco", "-", "oligosaccharides", "(", "XyGOs", ")", "comprising", "a", "Glc4", "backbone", "with", "variable", "side", "-", "chain", "galactosylation", "(", "XyGO1", ")", "(", "Fig", ".", "1A", ";", "n", "=", "1", ")", "as", "the", "limit", "of", "digestion", "products", "in", "vitro", ";", "controlled", "digestion", "and", "fractionation", "by", "size", "exclusion", "chromatography", "allow", "the", "production", "of", "higher", "-", "order", "oligosaccharides", "(", "e", ".", "g", ".,", "XyGO2", ")", "(", "Fig", ".", "1A", ";", "n", "=", "2", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "ITC", "demonstrates", "that", "SGBP", "-", "A", "binds", "to", "XyG", "polysaccharide", "and", "XyGO2", "(", "based", "on", "a", "Glc8", "backbone", ")", "with", "essentially", "equal", "affinities", ",", "while", "no", "binding", "of", "XyGO1", "(", "Glc4", "backbone", ")", "was", "detectable", "(", "Table", "1", ";", "see", "Fig", ".", "S2", "and", "S3", "in", "the", "supplemental", "material", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Together", ",", "these", "data", "clearly", "suggest", "that", "polysaccharide", "binding", "of", "both", "SGBPs", "is", "fulfilled", "by", "a", "dimer", "of", "the", "minimal", "repeat", ",", "corresponding", "to", "XyGO2", "(", "cf", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "observation", "by", "affinity", "PAGE", "that", "these", "proteins", "specifically", "recognize", "XyG", "is", "further", "substantiated", "by", "their", "lack", "of", "binding", "for", "the", "undecorated", "oligosaccharide", "cellotetraose", "(", "Table", "1", ";", "see", "Fig", ".", "S3", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Furthermore", ",", "SGBP", "-", "A", "binds", "cellohexaose", "with", "~", "770", "-", "fold", "weaker", "affinity", "than", "XyG", ",", "while", "SGBP", "-", "B", "displays", "no", "detectable", "binding", "to", "this", "linear", "hexasaccharide", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "To", "provide", "molecular", "-", "level", "insight", "into", "how", "the", "XyGUL", "SGBPs", "equip", "B", ".", "ovatus", "to", "specifically", "harvest", "XyG", "from", "the", "gut", "environment", ",", "we", "performed", "X", "-", "ray", "crystallography", "analysis", "of", "both", "SGBP", "-", "A", "and", "SGPB", "-", "B", "in", "oligosaccharide", "-", "complex", "forms", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Summary", "of", "thermodynamic", "parameters", "for", "wild", "-", "type", "SGBP", "-", "A", "and", "SGBP", "-", "B", "obtained", "by", "isothermal", "titration", "calorimetry", "at", "25", "°", "Ca" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Carbohydrate", "Ka", "(", "M", "−", "1", ")", "ΔG", "(", "kcal", "⋅", "mol", "−", "1", ")", "ΔH", "(", "kcal", "⋅", "mol", "−", "1", ")", "TΔS", "(", "kcal", "⋅", "mol", "−", "1", ")", "SGBP", "-", "A", "SGBP", "-", "B", "SGBP", "-", "A", "SGBP", "-", "B", "SGBP", "-", "A", "SGBP", "-", "B", "SGBP", "-", "A", "SGBP", "-", "B", "XyGb", "(", "4", ".", "4", "±", "0", ".", "1", ")", "×", "105", "(", "5", ".", "7", "±", "0", ".", "2", ")", "×", "104", "−", "7", ".", "7", "−", "6", ".", "5", "−", "14", "±", "3", "−", "14", "±", "2", "−", "6", ".", "5", "−", "7", ".", "6", "XyGO2c", "3", ".", "0", "×", "105", "2", ".", "0", "×", "104", "−", "7", ".", "5", "−", "5", ".", "9", "−", "17", ".", "2", "−", "17", ".", "6", "−", "9", ".", "7", "−", "11", ".", "7", "XyGO1", "NBd", "(", "2", ".", "4", "±", "0", ".", "1", ")", "×", "103", "NB", "−", "4", ".", "6", "NB", "−", "4", ".", "4", "±", "0", ".", "2", "NB", "0", ".", "2", "Cellohexaose", "568", ".", "0", "±", "291", ".", "0", "NB", "−", "3", ".", "8", "NB", "−", "16", "±", "8", "NB", "−", "12", ".", "7", "NB", "Cellotetraose", "NB", "NB", "NB", "NB", "NB", "NB", "NB", "NB" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "SGBP", "-", "A", "is", "a", "SusD", "homolog", "with", "an", "extensive", "glycan", "-", "binding", "platform", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Specifically", ",", "SGBP", "-", "A", "overlays", "B", ".", "thetaiotaomicron", "SusD", "(", "BtSusD", ")", "with", "a", "root", "mean", "square", "deviation", "(", "RMSD", ")", "value", "of", "2", ".", "2", "Å", "for", "363", "Cα", "pairs", ",", "which", "is", "notable", "given", "the", "26", "%", "amino", "acid", "identity", "(", "40", "%", "similarity", ")", "between", "these", "homologs", "(", "Fig", ".", "4C", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "SGBP", "-", "A", ":", "XyGO2", "complex", "superimposes", "closely", "with", "the", "apo", "structure", "(", "RMSD", "of", "0", ".", "6", "Å", ")", "and", "demonstrates", "that", "no", "major", "conformational", "change", "occurs", "upon", "substrate", "binding", ";", "small", "deviations", "in", "the", "orientation", "of", "several", "surface", "loops", "are", "likely", "the", "result", "of", "differential", "crystal", "packing", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "It", "is", "particularly", "notable", "that", "although", "the", "location", "of", "the", "ligand", "-", "binding", "site", "is", "conserved", "between", "SGBP", "-", "A", "and", "SusD", ",", "that", "of", "SGBP", "-", "A", "displays", "an", "~", "29", "-", "Å", "-", "long", "aromatic", "platform", "to", "accommodate", "the", "extended", ",", "linear", "XyG", "chain", "(", "see", "reference", "for", "a", "review", "of", "XyG", "secondary", "structure", "),", "versus", "the", "shorter", ",", "~", "18", "-", "Å", "-", "long", ",", "site", "within", "SusD", "that", "complements", "the", "helical", "conformation", "of", "amylose", "(", "Fig", ".", "4C", "and", "D", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Molecular", "structure", "of", "SGBP", "-", "A", "(", "Bacova_02651", ").", "(", "A", ")", "Overlay", "of", "SGBP", "-", "A", "from", "the", "apo", "(", "rainbow", ")", "and", "XyGO2", "(", "gray", ")", "structures", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "An", "omit", "map", "(", "2σ", ")", "for", "XyGO2", "(", "orange", "and", "red", "sticks", ")", "is", "displayed", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "(", "B", ")", "Close", "-", "up", "view", "of", "the", "omit", "map", "as", "in", "panel", "A", ",", "rotated", "90", "°", "clockwise", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "(", "C", ")", "Overlay", "of", "the", "Cα", "backbones", "of", "SGBP", "-", "A", "(", "black", ")", "with", "XyGO2", "(", "orange", "and", "red", "spheres", ")", "and", "BtSusD", "(", "blue", ")", "with", "maltoheptaose", "(", "pink", "and", "red", "spheres", "),", "highlighting", "the", "conservation", "of", "the", "glycan", "-", "binding", "site", "location", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "(", "D", ")", "Close", "-", "up", "of", "the", "SGBP", "-", "A", "(", "black", "and", "orange", ")", "and", "SusD", "(", "blue", "and", "pink", ")", "glycan", "-", "binding", "sites", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "backbone", "glucose", "residues", "are", "numbered", "from", "the", "nonreducing", "end", ";", "xylose", "residues", "are", "labeled", "X1", "and", "X2", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Indeed", ",", "the", "electron", "density", "for", "the", "ligand", "suggests", "some", "disorder", ",", "which", "may", "arise", "from", "multiple", "oligosaccharide", "orientations", "along", "the", "binding", "site", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Three", "aromatic", "residues", "—", "W82", ",", "W283", ",", "W306", "—", "comprise", "the", "flat", "platform", "that", "stacks", "along", "the", "naturally", "twisted", "β", "-", "glucan", "backbone", "(", "Fig", ".", "4E", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Contrasting", "with", "the", "clear", "importance", "of", "these", "hydrophobic", "interactions", ",", "there", "are", "remarkably", "few", "hydrogen", "-", "bonding", "interactions", "with", "the", "ligand", ",", "which", "are", "provided", "by", "R65", ",", "N83", ",", "and", "S308", ",", "which", "are", "proximal", "to", "Glc5", "and", "Glc3", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Most", "surprising", "in", "light", "of", "the", "saccharide", "-", "binding", "data", ",", "however", ",", "was", "a", "lack", "of", "extensive", "recognition", "of", "the", "XyG", "side", "chains", ";", "only", "Y84", "appeared", "to", "provide", "a", "hydrophobic", "interface", "for", "a", "xylosyl", "residue", "(", "Xyl1", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Summary", "of", "thermodynamic", "parameters", "for", "site", "-", "directed", "mutants", "of", "SGBP", "-", "A", "and", "SGBP", "-", "B", "obtained", "by", "ITC", "with", "XyG", "at", "25", "°", "Ca" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Weak", "binding", "represents", "a", "Ka", "of", "<", "500", "M", "−", "1", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Ka", "fold", "change", "=", "Ka", "of", "wild", "-", "type", "protein", "/", "Ka", "of", "mutant", "protein", "for", "xyloglucan", "binding", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "SGBP", "-", "B", "has", "a", "multimodular", "structure", "with", "a", "single", ",", "C", "-", "terminal", "glycan", "-", "binding", "domain", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "crystal", "structure", "of", "full", "-", "length", "SGBP", "-", "B", "in", "complex", "with", "XyGO2", "(", "2", ".", "37", "Å", ",", "Rwork", "=", "19", ".", "9", "%,", "Rfree", "=", "23", ".", "9", "%,", "residues", "34", "to", "489", ")", "(", "Table", "2", ")", "revealed", "an", "extended", "structure", "composed", "of", "three", "tandem", "immunoglobulin", "(", "Ig", ")-", "like", "domains", "(", "domains", "A", ",", "B", ",", "and", "C", ")", "followed", "at", "the", "C", "terminus", "by", "a", "novel", "xyloglucan", "-", "binding", "domain", "(", "domain", "D", ")", "(", "Fig", ".", "5A", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "These", "domains", "also", "display", "similarity", "to", "the", "C", "-", "terminal", "β", "-", "sandwich", "domains", "of", "many", "GH13", "enzymes", ",", "including", "the", "cyclodextrin", "glucanotransferase", "of", "Geobacillus", "stearothermophilus", "(", "Fig", ".", "5B", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Such", "domains", "are", "not", "typically", "involved", "in", "carbohydrate", "binding", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Indeed", ",", "visual", "inspection", "of", "the", "SGBP", "-", "B", "structure", ",", "as", "well", "as", "individual", "production", "of", "the", "A", "and", "B", "domains", "and", "affinity", "PAGE", "analysis", "(", "see", "Fig", ".", "S5", "in", "the", "supplemental", "material", "),", "indicates", "that", "these", "domains", "do", "not", "contribute", "to", "XyG", "capture", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "On", "the", "other", "hand", ",", "production", "of", "the", "fused", "domains", "C", "and", "D", "in", "tandem", "(", "SGBP", "-", "B", "residues", "230", "to", "489", ")", "retains", "complete", "binding", "of", "xyloglucan", "in", "vitro", ",", "with", "the", "observed", "slight", "increase", "in", "affinity", "likely", "arising", "from", "a", "reduced", "potential", "for", "steric", "hindrance", "of", "the", "smaller", "protein", "construct", "during", "polysaccharide", "interactions", "(", "Table", "3", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "While", "neither", "the", "full", "-", "length", "protein", "nor", "domain", "D", "displays", "structural", "homology", "to", "known", "XyG", "-", "binding", "proteins", ",", "the", "topology", "of", "SGBP", "-", "B", "resembles", "the", "xylan", "-", "binding", "protein", "Bacova_04391", "(", "PDB", "3ORJ", ")", "encoded", "within", "a", "xylan", "-", "targeting", "PUL", "of", "B", ".", "ovatus", "(", "Fig", ".", "5C", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "structure", "-", "based", "alignment", "of", "these", "proteins", "reveals", "17", "%", "sequence", "identity", ",", "with", "a", "core", "RMSD", "of", "3", ".", "6", "Å", "for", "253", "aligned", "residues", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Multimodular", "structure", "of", "SGBP", "-", "B", "(", "Bacova_02650", ").", "(", "A", ")", "Full", "-", "length", "structure", "of", "SGBP", "-", "B", ",", "color", "coded", "by", "domain", "as", "indicated", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "An", "omit", "map", "(", "2σ", ")", "for", "XyGO2", "is", "displayed", "to", "highlight", "the", "location", "of", "the", "glycan", "-", "binding", "site", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "(", "B", ")", "Overlay", "of", "SGBP", "-", "B", "domains", "A", ",", "B", ",", "and", "C", "(", "colored", "as", "in", "panel", "A", "),", "with", "a", "C", "-", "terminal", "Ig", "-", "like", "domain", "of", "the", "G", ".", "stearothermophilus", "cyclodextrin", "glucanotransferase", "(", "PDB", "1CYG", "[", "residues", "375", "to", "493", "])", "in", "green", ".", "(", "C", ")", "Cα", "overlay", "of", "SGBP", "-", "B", "(", "gray", ")", "and", "Bacova_04391", "(", "PDB", "3ORJ", ")", "(", "pink", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "(", "D", ")", "Close", "-", "up", "omit", "map", "for", "the", "XyGO2", "ligand", ",", "contoured", "at", "2σ", ".", "(", "E", ")", "Stereo", "view", "of", "the", "xyloglucan", "-", "binding", "site", "of", "SGBP", "-", "B", ",", "displaying", "all", "residues", "within", "4", "Å", "of", "the", "ligand", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "backbone", "glucose", "residues", "are", "numbered", "from", "the", "nonreducing", "end", ",", "xylose", "residues", "are", "shown", "as", "X1", ",", "X2", ",", "and", "X3", ",", "potential", "hydrogen", "-", "bonding", "interactions", "are", "shown", "as", "dashed", "lines", ",", "and", "the", "distance", "is", "shown", "in", "angstroms", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Domains", "A", ",", "B", ",", "and", "C", "do", "not", "pack", "against", "each", "other", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Moreover", ",", "the", "five", "-", "residue", "linkers", "between", "these", "first", "three", "domains", "all", "feature", "a", "proline", "as", "the", "middle", "residue", ",", "suggesting", "significant", "conformational", "rigidity", "(", "Fig", ".", "5A", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Any", "mobility", "of", "SGBP", "-", "B", "on", "the", "surface", "of", "the", "cell", "(", "beyond", "lateral", "diffusion", "within", "the", "membrane", ")", "is", "likely", "imparted", "by", "the", "eight", "-", "residue", "linker", "that", "spans", "the", "predicted", "lipidated", "Cys", "(", "C28", ")", "and", "the", "first", "β", "-", "strand", "of", "domain", "A", ".", "Other", "outer", "membrane", "proteins", "from", "various", "Sus", "-", "like", "systems", "possess", "a", "similar", "10", "-", "to", "20", "-", "amino", "-", "acid", "flexible", "linker", "between", "the", "lipidated", "Cys", "that", "tethers", "the", "protein", "to", "the", "outside", "the", "cell", "and", "the", "first", "secondary", "structure", "element", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Analogously", ",", "the", "outer", "membrane", "-", "anchored", "endo", "-", "xyloglucanase", "BoGH5", "of", "the", "XyGUL", "contains", "a", "100", "-", "amino", "-", "acid", ",", "all", "-", "β", "-", "strand", ",", "N", "-", "terminal", "module", "and", "flexible", "linker", "that", "imparts", "conformational", "flexibility", "and", "distances", "the", "catalytic", "module", "from", "the", "cell", "surface", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "XyG", "binds", "to", "domain", "D", "of", "SGBP", "-", "B", "at", "the", "concave", "interface", "of", "the", "top", "β", "-", "sheet", ",", "with", "binding", "mediated", "by", "loops", "connecting", "the", "β", "-", "strands", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Six", "glucosyl", "residues", ",", "comprising", "the", "main", "chain", ",", "and", "three", "branching", "xylosyl", "residues", "of", "XyGO2", "can", "be", "modeled", "in", "the", "density", "(", "Fig", ".", "5D", ";", "cf", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "aromatic", "platform", "created", "by", "W330", ",", "W364", ",", "and", "Y363", "spans", "four", "glucosyl", "residues", ",", "compared", "to", "the", "longer", "platform", "of", "SGBP", "-", "A", ",", "which", "supports", "six", "glucosyl", "residues", "(", "Fig", ".", "5E", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "Y363A", "site", "-", "directed", "mutant", "of", "SGBP", "-", "B", "displays", "a", "20", "-", "fold", "decrease", "in", "the", "Ka", "for", "XyG", ",", "while", "the", "W364A", "mutant", "lacks", "XyG", "binding", "(", "Table", "3", ";", "see", "Fig", ".", "S6", "in", "the", "supplemental", "material", ")." ]	[ "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "There", "are", "no", "additional", "contacts", "between", "the", "protein", "and", "the", "β", "-", "glucan", "backbone", "and", "surprisingly", "few", "interactions", "with", "the", "side", "-", "chain", "xylosyl", "residues", ",", "despite", "that", "fact", "that", "ITC", "data", "demonstrate", "that", "SGBP", "-", "B", "does", "not", "measurably", "bind", "the", "cellohexaose", "(", "Table", "1", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "F414", "stacks", "with", "the", "xylosyl", "residue", "of", "Glc3", ",", "while", "Q407", "is", "positioned", "for", "hydrogen", "bonding", "with", "the", "O4", "of", "xylosyl", "residue", "Xyl1", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Surprisingly", ",", "an", "F414A", "mutant", "of", "SGBP", "-", "B", "displays", "only", "a", "mild", "3", "-", "fold", "decrease", "in", "the", "Ka", "value", "for", "XyG", ",", "again", "suggesting", "that", "glycan", "recognition", "is", "primarily", "mediated", "via", "contact", "with", "the", "β", "-", "glucan", "backbone", "(", "Table", "3", ";", "see", "Fig", ".", "S6", ")." ]	[ "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Additional", "residues", "surrounding", "the", "binding", "site", ",", "including", "Y369", "and", "E412", ",", "may", "contribute", "to", "the", "recognition", "of", "more", "highly", "decorated", "XyG", ",", "but", "precisely", "how", "this", "is", "mediated", "is", "presently", "unclear", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "CD", "domains", "of", "the", "truncated", "and", "full", "-", "length", "proteins", "superimpose", "with", "a", "0", ".", "4", "-", "Å", "RMSD", "of", "the", "Cα", "backbone", ",", "with", "no", "differences", "in", "the", "position", "of", "any", "of", "the", "glycan", "-", "binding", "residues", "(", "see", "Fig", ".", "S7A", "in", "the", "supplemental", "material", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "While", "density", "is", "observed", "for", "XyGO2", ",", "the", "ligand", "could", "not", "be", "unambiguously", "modeled", "into", "this", "density", "to", "achieve", "a", "reasonable", "fit", "between", "the", "X", "-", "ray", "data", "and", "the", "known", "stereochemistry", "of", "the", "sugar", "(", "see", "Fig", ".", "S7B", "and", "C", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "SGBP", "-", "A", "and", "SGBP", "-", "B", "have", "distinct", ",", "coordinated", "functions", "in", "vivo", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "To", "disentangle", "the", "functions", "of", "SGBP", "-", "A", "and", "SGBP", "-", "B", "in", "XyG", "recognition", "and", "uptake", ",", "we", "created", "individual", "in", "-", "frame", "deletion", "and", "complementation", "mutant", "strains", "of", "B", ".", "ovatus", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Growth", "on", "glucose", "displayed", "the", "shortest", "lag", "time", "for", "each", "strain", ",", "and", "so", "lag", "times", "were", "normalized", "for", "each", "carbohydrate", "by", "subtracting", "the", "lag", "time", "of", "that", "strain", "in", "glucose", "(", "Fig", ".", "6", ";", "see", "Fig", ".", "S8", "in", "the", "supplemental", "material", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "A", "strain", "in", "which", "the", "entire", "XyGUL", "is", "deleted", "displays", "a", "lag", "of", "24", ".", "5", "h", "during", "growth", "on", "glucose", "compared", "to", "the", "isogenic", "parental", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "Δtdk", "strain", ",", "for", "which", "exponential", "growth", "lags", "for", "19", ".", "8", "h", "(", "see", "Fig", ".", "S8D", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "It", "is", "unknown", "whether", "this", "is", "because", "cultures", "were", "not", "normalized", "by", "the", "starting", "optical", "density", "(", "OD", ")", "or", "viable", "cells", "or", "reflects", "a", "minor", "defect", "for", "glucose", "utilization", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Molecular", "Dissection", "of", "Xyloglucan", "Recognition", "in", "a", "Prominent", "Human", "Gut", "Symbiont" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Polysaccharide", "utilization", "loci", "(", "PUL", ")", "within", "the", "genomes", "of", "resident", "human", "gut", "Bacteroidetes", "are", "central", "to", "the", "metabolism", "of", "the", "otherwise", "indigestible", "complex", "carbohydrates", "known", "as", "“", "dietary", "fiber", ".”", "However", ",", "functional", "characterization", "of", "PUL", "lags", "significantly", "behind", "sequencing", "efforts", ",", "which", "limits", "physiological", "understanding", "of", "the", "human", "-", "bacterial", "symbiosis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "particular", ",", "the", "molecular", "basis", "of", "complex", "polysaccharide", "recognition", ",", "an", "essential", "prerequisite", "to", "hydrolysis", "by", "cell", "surface", "glycosidases", "and", "subsequent", "metabolism", ",", "is", "generally", "poorly", "understood", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Here", ",", "we", "present", "the", "biochemical", ",", "structural", ",", "and", "reverse", "genetic", "characterization", "of", "two", "unique", "cell", "surface", "glycan", "-", "binding", "proteins", "(", "SGBPs", ")", "encoded", "by", "a", "xyloglucan", "utilization", "locus", "(", "XyGUL", ")", "from", "Bacteroides", "ovatus", ",", "which", "are", "integral", "to", "growth", "on", "this", "key", "dietary", "vegetable", "polysaccharide", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Biochemical", "analysis", "reveals", "that", "these", "outer", "membrane", "-", "anchored", "proteins", "are", "in", "fact", "exquisitely", "specific", "for", "the", "highly", "branched", "xyloglucan", "(", "XyG", ")", "polysaccharide", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "crystal", "structure", "of", "SGBP", "-", "A", ",", "a", "SusD", "homolog", ",", "with", "a", "bound", "XyG", "tetradecasaccharide", "reveals", "an", "extended", "carbohydrate", "-", "binding", "platform", "that", "primarily", "relies", "on", "recognition", "of", "the", "β", "-", "glucan", "backbone", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "unique", ",", "tetra", "-", "modular", "structure", "of", "SGBP", "-", "B", "is", "comprised", "of", "tandem", "Ig", "-", "like", "folds", ",", "with", "XyG", "binding", "mediated", "at", "the", "distal", "C", "-", "terminal", "domain", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Despite", "displaying", "similar", "affinities", "for", "XyG", ",", "reverse", "-", "genetic", "analysis", "reveals", "that", "SGBP", "-", "B", "is", "only", "required", "for", "the", "efficient", "capture", "of", "smaller", "oligosaccharides", ",", "whereas", "the", "presence", "of", "SGBP", "-", "A", "is", "more", "critical", "than", "its", "carbohydrate", "-", "binding", "ability", "for", "growth", "on", "XyG", ".", "Together", ",", "these", "data", "demonstrate", "that", "SGBP", "-", "A", "and", "SGBP", "-", "B", "play", "complementary", ",", "specialized", "roles", "in", "carbohydrate", "capture", "by", "B", ".", "ovatus", "and", "elaborate", "a", "model", "of", "how", "vegetable", "xyloglucans", "are", "accessed", "by", "the", "Bacteroidetes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Our", "combined", "analysis", "illuminates", "new", "fundamental", "aspects", "of", "complex", "polysaccharide", "recognition", ",", "cleavage", ",", "and", "import", "at", "the", "Bacteroidetes", "cell", "surface", "that", "may", "facilitate", "the", "development", "of", "prebiotics", "to", "target", "this", "phylum", "of", "gut", "bacteria", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "microbial", "community", "is", "largely", "bacterial", ",", "with", "the", "Bacteroidetes", ",", "Firmicutes", ",", "and", "Actinobacteria", "comprising", "the", "dominant", "phyla", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "However", ",", "there", "is", "a", "paucity", "of", "data", "regarding", "how", "the", "vast", "array", "of", "complex", "carbohydrate", "structures", "are", "selectively", "recognized", "and", "imported", "by", "members", "of", "the", "microbiota", ",", "a", "critical", "process", "that", "enables", "these", "organisms", "to", "thrive", "in", "the", "competitive", "gut", "environment", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "human", "gut", "bacteria", "Bacteroidetes", "share", "a", "profound", "capacity", "for", "dietary", "glycan", "degradation", ",", "with", "many", "species", "containing", ">", "250", "predicted", "carbohydrate", "-", "active", "enzymes", "(", "CAZymes", "),", "compared", "to", "50", "to", "100", "within", "many", "Firmicutes", "and", "only", "17", "in", "the", "human", "genome", "devoted", "toward", "carbohydrate", "utilization", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "A", "remarkable", "feature", "of", "the", "Bacteroidetes", "is", "the", "packaging", "of", "genes", "for", "carbohydrate", "catabolism", "into", "discrete", "polysaccharide", "utilization", "loci", "(", "PUL", "),", "which", "are", "transcriptionally", "regulated", "by", "specific", "substrate", "signatures", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "Sus", "includes", "a", "lipid", "-", "anchored", ",", "outer", "membrane", "endo", "-", "amylase", ",", "SusG", ";", "a", "TonB", "-", "dependent", "transporter", "(", "TBDT", "),", "SusC", ",", "which", "imports", "oligosaccharides", "with", "the", "help", "of", "an", "associated", "starch", "-", "binding", "protein", ",", "SusD", ";", "two", "additional", "carbohydrate", "-", "binding", "lipoproteins", ",", "SusE", "and", "SusF", ";", "and", "two", "periplasmic", "exo", "-", "glucosidases", ",", "SusA", "and", "SusB", ",", "which", "generate", "glucose", "for", "transport", "into", "the", "cytoplasm", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "importance", "of", "PUL", "as", "a", "successful", "evolutionary", "strategy", "is", "underscored", "by", "the", "observation", "that", "Bacteroidetes", "such", "as", "B", ".", "thetaiotaomicron", "and", "Bacteroides", "ovatus", "devote", "~", "18", "%", "of", "their", "genomes", "to", "these", "systems", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Moving", "beyond", "seminal", "genomic", "and", "transcriptomic", "analyses", ",", "the", "current", "state", "-", "of", "-", "the", "-", "art", "PUL", "characterization", "involves", "combined", "reverse", "-", "genetic", ",", "biochemical", ",", "and", "structural", "studies", "to", "illuminate", "the", "molecular", "details", "of", "PUL", "function", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Cleavage", "sites", "for", "BoXyGUL", "glycosidases", "(", "GHs", ")", "are", "indicated", "for", "solanaceous", "xyloglucan", ".", "(", "B", ")", "BtSus", "and", "BoXyGUL", ".", "(", "C", ")", "Localization", "of", "BoXyGUL", "-", "encoded", "proteins", "in", "cellular", "membranes", "and", "concerted", "modes", "of", "action", "in", "the", "degradation", "of", "xyloglucans", "to", "monosaccharides", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "XyG", "variants", "(", "Fig", ".", "1A", ")", "constitute", "up", "to", "25", "%", "of", "the", "dry", "weight", "of", "common", "vegetables", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Analogous", "to", "the", "Sus", "locus", ",", "the", "xyloglucan", "utilization", "locus", "(", "XyGUL", ")", "encodes", "a", "cohort", "of", "carbohydrate", "-", "binding", ",", "-", "hydrolyzing", ",", "and", "-", "importing", "proteins", "(", "Fig", ".", "1B", "and", "C", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "number", "of", "glycoside", "hydrolases", "(", "GHs", ")", "encoded", "by", "the", "XyGUL", "is", ",", "however", ",", "more", "expansive", "than", "that", "by", "the", "Sus", "locus", "(", "Fig", ".", "1B", "),", "which", "reflects", "the", "greater", "complexity", "of", "glycosidic", "linkages", "found", "in", "XyG", "vis", "-", "à", "-", "vis", "starch", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "the", "archetypal", "starch", "utilization", "system", "of", "B", ".", "thetaiotaomicron", ",", "starch", "binding", "to", "the", "cell", "surface", "is", "mediated", "at", "eight", "distinct", "starch", "-", "binding", "sites", "distributed", "among", "four", "surface", "glycan", "-", "binding", "proteins", "(", "SGBPs", "):", "two", "within", "the", "amylase", "SusG", ",", "one", "within", "SusD", ",", "two", "within", "SusE", ",", "and", "three", "within", "SusF", ".", "The", "functional", "redundancy", "of", "many", "of", "these", "sites", "is", "high", ":", "whereas", "SusD", "is", "essential", "for", "growth", "on", "starch", ",", "combined", "mutations", "of", "the", "SusE", ",", "SusF", ",", "and", "SusG", "binding", "sites", "are", "required", "to", "impair", "growth", "on", "the", "polysaccharide", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Bacteroidetes", "PUL", "ubiquitously", "encode", "homologs", "of", "SusC", "and", "SusD", ",", "as", "well", "as", "proteins", "whose", "genes", "are", "immediately", "downstream", "of", "susD", ",", "akin", "to", "susE", "/", "F", ",", "and", "these", "are", "typically", "annotated", "as", "“", "putative", "lipoproteins", "”." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "genes", "coding", "for", "these", "proteins", ",", "sometimes", "referred", "to", "as", "“", "susE", "/", "F", "positioned", ",”", "display", "products", "with", "a", "wide", "variation", "in", "amino", "acid", "sequence", "and", "which", "have", "little", "or", "no", "homology", "to", "other", "PUL", "-", "encoded", "proteins", "or", "known", "carbohydrate", "-", "binding", "proteins", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "describe", "here", "the", "detailed", "functional", "and", "structural", "characterization", "of", "the", "noncatalytic", "SGBPs", "encoded", "by", "Bacova_02651", "and", "Bacova_02650", "of", "the", "XyGUL", ",", "here", "referred", "to", "as", "SGBP", "-", "A", "and", "SGBP", "-", "B", ",", "to", "elucidate", "their", "molecular", "roles", "in", "carbohydrate", "acquisition", "in", "vivo", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Combined", "biochemical", ",", "structural", ",", "and", "reverse", "-", "genetic", "approaches", "clearly", "illuminate", "the", "distinct", ",", "yet", "complementary", ",", "functions", "that", "these", "two", "proteins", "play", "in", "XyG", "recognition", "as", "it", "impacts", "the", "physiology", "of", "B", ".", "ovatus", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "SGBP", "-", "A", "and", "SGBP", "-", "B", "are", "cell", "-", "surface", "-", "localized", ",", "xyloglucan", "-", "specific", "binding", "proteins", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "SGBP", "-", "A", ",", "encoded", "by", "the", "XyGUL", "locus", "tag", "Bacova_02651", "(", "Fig", ".", "1B", "),", "shares", "26", "%", "amino", "acid", "sequence", "identity", "(", "40", "%", "similarity", ")", "with", "its", "homolog", ",", "B", ".", "thetaiotaomicron", "SusD", ",", "and", "similar", "homology", "with", "the", "SusD", "-", "like", "proteins", "encoded", "within", "syntenic", "XyGUL", "identified", "in", "our", "earlier", "work", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "contrast", ",", "SGBP", "-", "B", ",", "encoded", "by", "locus", "tag", "Bacova_02650", ",", "displays", "little", "sequence", "similarity", "to", "the", "products", "of", "similarly", "positioned", "genes", "in", "syntenic", "XyGUL", "nor", "to", "any", "other", "gene", "product", "among", "the", "diversity", "of", "Bacteroidetes", "PUL", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Whereas", "sequence", "similarity", "among", "SusC", "/", "SusD", "homolog", "pairs", "often", "serves", "as", "a", "hallmark", "for", "PUL", "identification", ",", "the", "sequence", "similarities", "of", "downstream", "genes", "encoding", "SGBPs", "are", "generally", "too", "low", "to", "allow", "reliable", "bioinformatic", "classification", "of", "their", "products", "into", "protein", "families", ",", "let", "alone", "prediction", "of", "function", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Hence", ",", "there", "is", "a", "critical", "need", "for", "the", "elucidation", "of", "detailed", "structure", "-", "function", "relationships", "among", "PUL", "SGBPs", ",", "in", "light", "of", "the", "manifold", "glycan", "structures", "in", "nature", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Immunofluorescence", "of", "formaldehyde", "-", "fixed", ",", "nonpermeabilized", "cells", "grown", "in", "minimal", "medium", "with", "XyG", "as", "the", "sole", "carbon", "source", "to", "induce", "XyGUL", "expression", ",", "reveals", "that", "both", "SGBP", "-", "A", "and", "SGBP", "-", "B", "are", "presented", "on", "the", "cell", "surface", "by", "N", "-", "terminal", "lipidation", ",", "as", "predicted", "by", "signal", "peptide", "analysis", "with", "SignalP", "(", "Fig", ".", "2", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "SGBP", "-", "A", "and", "SGBP", "-", "B", "visualized", "by", "immunofluorescence", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Formalin", "-", "fixed", ",", "nonpermeabilized", "B", ".", "ovatus", "cells", "were", "grown", "in", "minimal", "medium", "plus", "XyG", ",", "probed", "with", "custom", "rabbit", "antibodies", "to", "SGBP", "-", "A", "or", "SGBP", "-", "B", ",", "and", "then", "stained", "with", "Alexa", "Fluor", "488", "goat", "anti", "-", "rabbit", "IgG", ".", "(", "A", ")", "Overlay", "of", "bright", "-", "field", "and", "FITC", "images", "of", "B", ".", "ovatus", "cells", "labeled", "with", "anti", "-", "SGBP", "-", "A", ".", "(", "B", ")", "Overlay", "of", "bright", "-", "field", "and", "FITC", "images", "of", "B", ".", "ovatus", "cells", "labeled", "with", "anti", "-", "SGBP", "-", "B", ".", "(", "C", ")", "Bright", "-", "field", "image", "of", "ΔSGBP", "-", "B", "cells", "labeled", "with", "anti", "-", "SGBP", "-", "B", "antibodies", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "(", "D", ")", "FITC", "images", "of", "ΔSGBP", "-", "B", "cells", "labeled", "with", "anti", "-", "SGBP", "-", "B", "antibodies", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Cells", "lacking", "SGBP", "-", "A", "(", "ΔSGBP", "-", "A", ")", "do", "not", "grow", "on", "XyG", "and", "therefore", "could", "not", "be", "tested", "in", "parallel", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Additional", "affinity", "PAGE", "analysis", "(", "Fig", ".", "3", ")", "demonstrates", "that", "SGBP", "-", "A", "also", "has", "moderate", "affinity", "for", "the", "artificial", "soluble", "cellulose", "derivative", "hydroxyethyl", "cellulose", "[", "HEC", ";", "a", "β", "(", "1", "→", "4", ")-", "glucan", "]", "and", "limited", "affinity", "for", "mixed", "-", "linkage", "β", "(", "1", "→", "3", ")/", "β", "(", "1", "→", "4", ")-", "glucan", "(", "MLG", ")", "and", "glucomannan", "(", "GM", ";", "mixed", "glucosyl", "and", "mannosyl", "backbone", "),", "which", "together", "indicate", "general", "binding", "to", "polysaccharide", "backbone", "residues", "and", "major", "contributions", "from", "side", "-", "chain", "recognition", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "contrast", ",", "SGBP", "-", "B", "bound", "to", "HEC", "more", "weakly", "than", "SGBP", "-", "A", "and", "did", "not", "bind", "to", "MLG", "or", "GM", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Neither", "SGBP", "recognized", "galactomannan", "(", "GGM", "),", "starch", ",", "carboxymethylcellulose", ",", "or", "mucin", "(", "see", "Fig", ".", "S1", "in", "the", "supplemental", "material", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Notably", ",", "the", "absence", "of", "carbohydrate", "-", "binding", "modules", "in", "the", "GHs", "encoded", "by", "the", "XyGUL", "implies", "that", "noncatalytic", "recognition", "of", "xyloglucan", "is", "mediated", "entirely", "by", "SGBP", "-", "A", "and", "-", "B", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "SGBP", "-", "A", "and", "SGBP", "-", "B", "preferentially", "bind", "xyloglucan", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Affinity", "electrophoresis", "(", "10", "%", "acrylamide", ")", "of", "SGBP", "-", "A", "and", "SGBP", "-", "B", "with", "BSA", "as", "a", "control", "protein", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "All", "samples", "were", "loaded", "on", "the", "same", "gel", "next", "to", "the", "BSA", "controls", ";", "thin", "black", "lines", "indicate", "where", "intervening", "lanes", "were", "removed", "from", "the", "final", "image", "for", "both", "space", "and", "clarity", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "percentage", "of", "polysaccharide", "incorporated", "into", "each", "native", "gel", "is", "displayed", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "vanguard", "endo", "-", "xyloglucanase", "of", "the", "XyGUL", ",", "BoGH5", ",", "preferentially", "cleaves", "the", "polysaccharide", "at", "unbranched", "glucosyl", "residues", "to", "generate", "xylogluco", "-", "oligosaccharides", "(", "XyGOs", ")", "comprising", "a", "Glc4", "backbone", "with", "variable", "side", "-", "chain", "galactosylation", "(", "XyGO1", ")", "(", "Fig", ".", "1A", ";", "n", "=", "1", ")", "as", "the", "limit", "of", "digestion", "products", "in", "vitro", ";", "controlled", "digestion", "and", "fractionation", "by", "size", "exclusion", "chromatography", "allow", "the", "production", "of", "higher", "-", "order", "oligosaccharides", "(", "e", ".", "g", ".,", "XyGO2", ")", "(", "Fig", ".", "1A", ";", "n", "=", "2", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "ITC", "demonstrates", "that", "SGBP", "-", "A", "binds", "to", "XyG", "polysaccharide", "and", "XyGO2", "(", "based", "on", "a", "Glc8", "backbone", ")", "with", "essentially", "equal", "affinities", ",", "while", "no", "binding", "of", "XyGO1", "(", "Glc4", "backbone", ")", "was", "detectable", "(", "Table", "1", ";", "see", "Fig", ".", "S2", "and", "S3", "in", "the", "supplemental", "material", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Together", ",", "these", "data", "clearly", "suggest", "that", "polysaccharide", "binding", "of", "both", "SGBPs", "is", "fulfilled", "by", "a", "dimer", "of", "the", "minimal", "repeat", ",", "corresponding", "to", "XyGO2", "(", "cf", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "observation", "by", "affinity", "PAGE", "that", "these", "proteins", "specifically", "recognize", "XyG", "is", "further", "substantiated", "by", "their", "lack", "of", "binding", "for", "the", "undecorated", "oligosaccharide", "cellotetraose", "(", "Table", "1", ";", "see", "Fig", ".", "S3", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Furthermore", ",", "SGBP", "-", "A", "binds", "cellohexaose", "with", "~", "770", "-", "fold", "weaker", "affinity", "than", "XyG", ",", "while", "SGBP", "-", "B", "displays", "no", "detectable", "binding", "to", "this", "linear", "hexasaccharide", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "To", "provide", "molecular", "-", "level", "insight", "into", "how", "the", "XyGUL", "SGBPs", "equip", "B", ".", "ovatus", "to", "specifically", "harvest", "XyG", "from", "the", "gut", "environment", ",", "we", "performed", "X", "-", "ray", "crystallography", "analysis", "of", "both", "SGBP", "-", "A", "and", "SGPB", "-", "B", "in", "oligosaccharide", "-", "complex", "forms", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Summary", "of", "thermodynamic", "parameters", "for", "wild", "-", "type", "SGBP", "-", "A", "and", "SGBP", "-", "B", "obtained", "by", "isothermal", "titration", "calorimetry", "at", "25", "°", "Ca" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Carbohydrate", "Ka", "(", "M", "−", "1", ")", "ΔG", "(", "kcal", "⋅", "mol", "−", "1", ")", "ΔH", "(", "kcal", "⋅", "mol", "−", "1", ")", "TΔS", "(", "kcal", "⋅", "mol", "−", "1", ")", "SGBP", "-", "A", "SGBP", "-", "B", "SGBP", "-", "A", "SGBP", "-", "B", "SGBP", "-", "A", "SGBP", "-", "B", "SGBP", "-", "A", "SGBP", "-", "B", "XyGb", "(", "4", ".", "4", "±", "0", ".", "1", ")", "×", "105", "(", "5", ".", "7", "±", "0", ".", "2", ")", "×", "104", "−", "7", ".", "7", "−", "6", ".", "5", "−", "14", "±", "3", "−", "14", "±", "2", "−", "6", ".", "5", "−", "7", ".", "6", "XyGO2c", "3", ".", "0", "×", "105", "2", ".", "0", "×", "104", "−", "7", ".", "5", "−", "5", ".", "9", "−", "17", ".", "2", "−", "17", ".", "6", "−", "9", ".", "7", "−", "11", ".", "7", "XyGO1", "NBd", "(", "2", ".", "4", "±", "0", ".", "1", ")", "×", "103", "NB", "−", "4", ".", "6", "NB", "−", "4", ".", "4", "±", "0", ".", "2", "NB", "0", ".", "2", "Cellohexaose", "568", ".", "0", "±", "291", ".", "0", "NB", "−", "3", ".", "8", "NB", "−", "16", "±", "8", "NB", "−", "12", ".", "7", "NB", "Cellotetraose", "NB", "NB", "NB", "NB", "NB", "NB", "NB", "NB" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "SGBP", "-", "A", "is", "a", "SusD", "homolog", "with", "an", "extensive", "glycan", "-", "binding", "platform", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Specifically", ",", "SGBP", "-", "A", "overlays", "B", ".", "thetaiotaomicron", "SusD", "(", "BtSusD", ")", "with", "a", "root", "mean", "square", "deviation", "(", "RMSD", ")", "value", "of", "2", ".", "2", "Å", "for", "363", "Cα", "pairs", ",", "which", "is", "notable", "given", "the", "26", "%", "amino", "acid", "identity", "(", "40", "%", "similarity", ")", "between", "these", "homologs", "(", "Fig", ".", "4C", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "SGBP", "-", "A", ":", "XyGO2", "complex", "superimposes", "closely", "with", "the", "apo", "structure", "(", "RMSD", "of", "0", ".", "6", "Å", ")", "and", "demonstrates", "that", "no", "major", "conformational", "change", "occurs", "upon", "substrate", "binding", ";", "small", "deviations", "in", "the", "orientation", "of", "several", "surface", "loops", "are", "likely", "the", "result", "of", "differential", "crystal", "packing", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "It", "is", "particularly", "notable", "that", "although", "the", "location", "of", "the", "ligand", "-", "binding", "site", "is", "conserved", "between", "SGBP", "-", "A", "and", "SusD", ",", "that", "of", "SGBP", "-", "A", "displays", "an", "~", "29", "-", "Å", "-", "long", "aromatic", "platform", "to", "accommodate", "the", "extended", ",", "linear", "XyG", "chain", "(", "see", "reference", "for", "a", "review", "of", "XyG", "secondary", "structure", "),", "versus", "the", "shorter", ",", "~", "18", "-", "Å", "-", "long", ",", "site", "within", "SusD", "that", "complements", "the", "helical", "conformation", "of", "amylose", "(", "Fig", ".", "4C", "and", "D", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Molecular", "structure", "of", "SGBP", "-", "A", "(", "Bacova_02651", ").", "(", "A", ")", "Overlay", "of", "SGBP", "-", "A", "from", "the", "apo", "(", "rainbow", ")", "and", "XyGO2", "(", "gray", ")", "structures", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "An", "omit", "map", "(", "2σ", ")", "for", "XyGO2", "(", "orange", "and", "red", "sticks", ")", "is", "displayed", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "(", "B", ")", "Close", "-", "up", "view", "of", "the", "omit", "map", "as", "in", "panel", "A", ",", "rotated", "90", "°", "clockwise", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "(", "C", ")", "Overlay", "of", "the", "Cα", "backbones", "of", "SGBP", "-", "A", "(", "black", ")", "with", "XyGO2", "(", "orange", "and", "red", "spheres", ")", "and", "BtSusD", "(", "blue", ")", "with", "maltoheptaose", "(", "pink", "and", "red", "spheres", "),", "highlighting", "the", "conservation", "of", "the", "glycan", "-", "binding", "site", "location", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "(", "D", ")", "Close", "-", "up", "of", "the", "SGBP", "-", "A", "(", "black", "and", "orange", ")", "and", "SusD", "(", "blue", "and", "pink", ")", "glycan", "-", "binding", "sites", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "backbone", "glucose", "residues", "are", "numbered", "from", "the", "nonreducing", "end", ";", "xylose", "residues", "are", "labeled", "X1", "and", "X2", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Indeed", ",", "the", "electron", "density", "for", "the", "ligand", "suggests", "some", "disorder", ",", "which", "may", "arise", "from", "multiple", "oligosaccharide", "orientations", "along", "the", "binding", "site", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Three", "aromatic", "residues", "—", "W82", ",", "W283", ",", "W306", "—", "comprise", "the", "flat", "platform", "that", "stacks", "along", "the", "naturally", "twisted", "β", "-", "glucan", "backbone", "(", "Fig", ".", "4E", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Contrasting", "with", "the", "clear", "importance", "of", "these", "hydrophobic", "interactions", ",", "there", "are", "remarkably", "few", "hydrogen", "-", "bonding", "interactions", "with", "the", "ligand", ",", "which", "are", "provided", "by", "R65", ",", "N83", ",", "and", "S308", ",", "which", "are", "proximal", "to", "Glc5", "and", "Glc3", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Most", "surprising", "in", "light", "of", "the", "saccharide", "-", "binding", "data", ",", "however", ",", "was", "a", "lack", "of", "extensive", "recognition", "of", "the", "XyG", "side", "chains", ";", "only", "Y84", "appeared", "to", "provide", "a", "hydrophobic", "interface", "for", "a", "xylosyl", "residue", "(", "Xyl1", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Summary", "of", "thermodynamic", "parameters", "for", "site", "-", "directed", "mutants", "of", "SGBP", "-", "A", "and", "SGBP", "-", "B", "obtained", "by", "ITC", "with", "XyG", "at", "25", "°", "Ca" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Weak", "binding", "represents", "a", "Ka", "of", "<", "500", "M", "−", "1", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Ka", "fold", "change", "=", "Ka", "of", "wild", "-", "type", "protein", "/", "Ka", "of", "mutant", "protein", "for", "xyloglucan", "binding", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "SGBP", "-", "B", "has", "a", "multimodular", "structure", "with", "a", "single", ",", "C", "-", "terminal", "glycan", "-", "binding", "domain", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "crystal", "structure", "of", "full", "-", "length", "SGBP", "-", "B", "in", "complex", "with", "XyGO2", "(", "2", ".", "37", "Å", ",", "Rwork", "=", "19", ".", "9", "%,", "Rfree", "=", "23", ".", "9", "%,", "residues", "34", "to", "489", ")", "(", "Table", "2", ")", "revealed", "an", "extended", "structure", "composed", "of", "three", "tandem", "immunoglobulin", "(", "Ig", ")-", "like", "domains", "(", "domains", "A", ",", "B", ",", "and", "C", ")", "followed", "at", "the", "C", "terminus", "by", "a", "novel", "xyloglucan", "-", "binding", "domain", "(", "domain", "D", ")", "(", "Fig", ".", "5A", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "These", "domains", "also", "display", "similarity", "to", "the", "C", "-", "terminal", "β", "-", "sandwich", "domains", "of", "many", "GH13", "enzymes", ",", "including", "the", "cyclodextrin", "glucanotransferase", "of", "Geobacillus", "stearothermophilus", "(", "Fig", ".", "5B", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Such", "domains", "are", "not", "typically", "involved", "in", "carbohydrate", "binding", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Indeed", ",", "visual", "inspection", "of", "the", "SGBP", "-", "B", "structure", ",", "as", "well", "as", "individual", "production", "of", "the", "A", "and", "B", "domains", "and", "affinity", "PAGE", "analysis", "(", "see", "Fig", ".", "S5", "in", "the", "supplemental", "material", "),", "indicates", "that", "these", "domains", "do", "not", "contribute", "to", "XyG", "capture", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "On", "the", "other", "hand", ",", "production", "of", "the", "fused", "domains", "C", "and", "D", "in", "tandem", "(", "SGBP", "-", "B", "residues", "230", "to", "489", ")", "retains", "complete", "binding", "of", "xyloglucan", "in", "vitro", ",", "with", "the", "observed", "slight", "increase", "in", "affinity", "likely", "arising", "from", "a", "reduced", "potential", "for", "steric", "hindrance", "of", "the", "smaller", "protein", "construct", "during", "polysaccharide", "interactions", "(", "Table", "3", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "While", "neither", "the", "full", "-", "length", "protein", "nor", "domain", "D", "displays", "structural", "homology", "to", "known", "XyG", "-", "binding", "proteins", ",", "the", "topology", "of", "SGBP", "-", "B", "resembles", "the", "xylan", "-", "binding", "protein", "Bacova_04391", "(", "PDB", "3ORJ", ")", "encoded", "within", "a", "xylan", "-", "targeting", "PUL", "of", "B", ".", "ovatus", "(", "Fig", ".", "5C", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "structure", "-", "based", "alignment", "of", "these", "proteins", "reveals", "17", "%", "sequence", "identity", ",", "with", "a", "core", "RMSD", "of", "3", ".", "6", "Å", "for", "253", "aligned", "residues", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Multimodular", "structure", "of", "SGBP", "-", "B", "(", "Bacova_02650", ").", "(", "A", ")", "Full", "-", "length", "structure", "of", "SGBP", "-", "B", ",", "color", "coded", "by", "domain", "as", "indicated", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "An", "omit", "map", "(", "2σ", ")", "for", "XyGO2", "is", "displayed", "to", "highlight", "the", "location", "of", "the", "glycan", "-", "binding", "site", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "(", "B", ")", "Overlay", "of", "SGBP", "-", "B", "domains", "A", ",", "B", ",", "and", "C", "(", "colored", "as", "in", "panel", "A", "),", "with", "a", "C", "-", "terminal", "Ig", "-", "like", "domain", "of", "the", "G", ".", "stearothermophilus", "cyclodextrin", "glucanotransferase", "(", "PDB", "1CYG", "[", "residues", "375", "to", "493", "])", "in", "green", ".", "(", "C", ")", "Cα", "overlay", "of", "SGBP", "-", "B", "(", "gray", ")", "and", "Bacova_04391", "(", "PDB", "3ORJ", ")", "(", "pink", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "(", "D", ")", "Close", "-", "up", "omit", "map", "for", "the", "XyGO2", "ligand", ",", "contoured", "at", "2σ", ".", "(", "E", ")", "Stereo", "view", "of", "the", "xyloglucan", "-", "binding", "site", "of", "SGBP", "-", "B", ",", "displaying", "all", "residues", "within", "4", "Å", "of", "the", "ligand", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "backbone", "glucose", "residues", "are", "numbered", "from", "the", "nonreducing", "end", ",", "xylose", "residues", "are", "shown", "as", "X1", ",", "X2", ",", "and", "X3", ",", "potential", "hydrogen", "-", "bonding", "interactions", "are", "shown", "as", "dashed", "lines", ",", "and", "the", "distance", "is", "shown", "in", "angstroms", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Domains", "A", ",", "B", ",", "and", "C", "do", "not", "pack", "against", "each", "other", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Moreover", ",", "the", "five", "-", "residue", "linkers", "between", "these", "first", "three", "domains", "all", "feature", "a", "proline", "as", "the", "middle", "residue", ",", "suggesting", "significant", "conformational", "rigidity", "(", "Fig", ".", "5A", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Any", "mobility", "of", "SGBP", "-", "B", "on", "the", "surface", "of", "the", "cell", "(", "beyond", "lateral", "diffusion", "within", "the", "membrane", ")", "is", "likely", "imparted", "by", "the", "eight", "-", "residue", "linker", "that", "spans", "the", "predicted", "lipidated", "Cys", "(", "C28", ")", "and", "the", "first", "β", "-", "strand", "of", "domain", "A", ".", "Other", "outer", "membrane", "proteins", "from", "various", "Sus", "-", "like", "systems", "possess", "a", "similar", "10", "-", "to", "20", "-", "amino", "-", "acid", "flexible", "linker", "between", "the", "lipidated", "Cys", "that", "tethers", "the", "protein", "to", "the", "outside", "the", "cell", "and", "the", "first", "secondary", "structure", "element", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Analogously", ",", "the", "outer", "membrane", "-", "anchored", "endo", "-", "xyloglucanase", "BoGH5", "of", "the", "XyGUL", "contains", "a", "100", "-", "amino", "-", "acid", ",", "all", "-", "β", "-", "strand", ",", "N", "-", "terminal", "module", "and", "flexible", "linker", "that", "imparts", "conformational", "flexibility", "and", "distances", "the", "catalytic", "module", "from", "the", "cell", "surface", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "XyG", "binds", "to", "domain", "D", "of", "SGBP", "-", "B", "at", "the", "concave", "interface", "of", "the", "top", "β", "-", "sheet", ",", "with", "binding", "mediated", "by", "loops", "connecting", "the", "β", "-", "strands", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Six", "glucosyl", "residues", ",", "comprising", "the", "main", "chain", ",", "and", "three", "branching", "xylosyl", "residues", "of", "XyGO2", "can", "be", "modeled", "in", "the", "density", "(", "Fig", ".", "5D", ";", "cf", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "aromatic", "platform", "created", "by", "W330", ",", "W364", ",", "and", "Y363", "spans", "four", "glucosyl", "residues", ",", "compared", "to", "the", "longer", "platform", "of", "SGBP", "-", "A", ",", "which", "supports", "six", "glucosyl", "residues", "(", "Fig", ".", "5E", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "Y363A", "site", "-", "directed", "mutant", "of", "SGBP", "-", "B", "displays", "a", "20", "-", "fold", "decrease", "in", "the", "Ka", "for", "XyG", ",", "while", "the", "W364A", "mutant", "lacks", "XyG", "binding", "(", "Table", "3", ";", "see", "Fig", ".", "S6", "in", "the", "supplemental", "material", ")." ]

[ "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "There", "are", "no", "additional", "contacts", "between", "the", "protein", "and", "the", "β", "-", "glucan", "backbone", "and", "surprisingly", "few", "interactions", "with", "the", "side", "-", "chain", "xylosyl", "residues", ",", "despite", "that", "fact", "that", "ITC", "data", "demonstrate", "that", "SGBP", "-", "B", "does", "not", "measurably", "bind", "the", "cellohexaose", "(", "Table", "1", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "F414", "stacks", "with", "the", "xylosyl", "residue", "of", "Glc3", ",", "while", "Q407", "is", "positioned", "for", "hydrogen", "bonding", "with", "the", "O4", "of", "xylosyl", "residue", "Xyl1", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Surprisingly", ",", "an", "F414A", "mutant", "of", "SGBP", "-", "B", "displays", "only", "a", "mild", "3", "-", "fold", "decrease", "in", "the", "Ka", "value", "for", "XyG", ",", "again", "suggesting", "that", "glycan", "recognition", "is", "primarily", "mediated", "via", "contact", "with", "the", "β", "-", "glucan", "backbone", "(", "Table", "3", ";", "see", "Fig", ".", "S6", ")." ]

[ "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Additional", "residues", "surrounding", "the", "binding", "site", ",", "including", "Y369", "and", "E412", ",", "may", "contribute", "to", "the", "recognition", "of", "more", "highly", "decorated", "XyG", ",", "but", "precisely", "how", "this", "is", "mediated", "is", "presently", "unclear", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "CD", "domains", "of", "the", "truncated", "and", "full", "-", "length", "proteins", "superimpose", "with", "a", "0", ".", "4", "-", "Å", "RMSD", "of", "the", "Cα", "backbone", ",", "with", "no", "differences", "in", "the", "position", "of", "any", "of", "the", "glycan", "-", "binding", "residues", "(", "see", "Fig", ".", "S7A", "in", "the", "supplemental", "material", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "While", "density", "is", "observed", "for", "XyGO2", ",", "the", "ligand", "could", "not", "be", "unambiguously", "modeled", "into", "this", "density", "to", "achieve", "a", "reasonable", "fit", "between", "the", "X", "-", "ray", "data", "and", "the", "known", "stereochemistry", "of", "the", "sugar", "(", "see", "Fig", ".", "S7B", "and", "C", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "SGBP", "-", "A", "and", "SGBP", "-", "B", "have", "distinct", ",", "coordinated", "functions", "in", "vivo", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "To", "disentangle", "the", "functions", "of", "SGBP", "-", "A", "and", "SGBP", "-", "B", "in", "XyG", "recognition", "and", "uptake", ",", "we", "created", "individual", "in", "-", "frame", "deletion", "and", "complementation", "mutant", "strains", "of", "B", ".", "ovatus", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Growth", "on", "glucose", "displayed", "the", "shortest", "lag", "time", "for", "each", "strain", ",", "and", "so", "lag", "times", "were", "normalized", "for", "each", "carbohydrate", "by", "subtracting", "the", "lag", "time", "of", "that", "strain", "in", "glucose", "(", "Fig", ".", "6", ";", "see", "Fig", ".", "S8", "in", "the", "supplemental", "material", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "A", "strain", "in", "which", "the", "entire", "XyGUL", "is", "deleted", "displays", "a", "lag", "of", "24", ".", "5", "h", "during", "growth", "on", "glucose", "compared", "to", "the", "isogenic", "parental", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "Δtdk", "strain", ",", "for", "which", "exponential", "growth", "lags", "for", "19", ".", "8", "h", "(", "see", "Fig", ".", "S8D", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "It", "is", "unknown", "whether", "this", "is", "because", "cultures", "were", "not", "normalized", "by", "the", "starting", "optical", "density", "(", "OD", ")", "or", "viable", "cells", "or", "reflects", "a", "minor", "defect", "for", "glucose", "utilization", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]