Il ripiegamento della catena proteica è dovuto a:
Legame ammidico
Legame idrogeno
Legame fosfodiesterasico
Legame disolfuro
I residui idrofobici sono in gran parte sepolti all'interno della proteina, lontano dall'acqua e il numero di legami idrogeno e di interazioni ioniche all'interno della proteina è massimizzato, riducendo così il numero di legami idrogeno e di gruppi ionici che non sono accoppiati con un partner adatto.
A causa del cambiamento favorevole dell'energia libera e dei legami cooperativi (vale a dire un legame favorisce la formazione del legame successivo), i legami idrogeno hanno spesso un ruolo importante nel processo di ripiegamento delle proteine.