Il corpo umano ha fluttuazioni ritmiche nella sua funzione su un ciclo circadiano. Il ritmo circadiano è controllato da:
Nuclei soprachiasmatici
Eminenza mediana
Nuclei paramediani
Nuclei sopraottici
All'interno dell'ipotalamo, uno specifico gruppo di cellule, il nucleo soprachiasmatico, funziona come un orologio intrinseco. Le cellule all'interno di questo nucleo mostrano ritmi circadiani nell'attività metabolica ed elettrica e nella sintesi dei neurotrasmettitori, e sembrano mantenere il resto del cervello su un ciclo giorno-notte. Rif: Waxman SG (2010). Capitolo 9. Diencefalo. In S.G. Waxman (a cura di), Neuroanatomia clinica, 26e.