Il mezzo più efficace per ridurre i microbi nel canale radicolare:
Medicazione frequente del canale radicolare
Debridement completo tramite strumentazione
Antibiotici sistemici
Tutti i precedenti
Per eliminare completamente queste sostanze irritanti è necessario adottare le seguenti misure:

Pulizia e modellatura approfondite del sistema dei canali radicolari: un'accurata pulizia e modellatura seguita dall'otturazione tridimensionale dei canali radicolari ha dimostrato di produrre una guarigione completa del tessuto periradicolare. Lo sbrigliamento completo del canale dovrebbe essere effettuato con l'uso aggiuntivo di irriganti come l'ipoclorito di sodio, che rimuove efficacemente i batteri e il loro substrato dalle irregolarità del sistema canalare, dove gli strumenti non possono raggiungere, come alette, rientranze, vicoli ciechi, ecc.
Ossigenare un canale semplicemente aprendolo è dannoso per gli anaerobi. L'uso di agenti ossigenanti come il gliossido può essere di grande aiuto, ma è necessario prestare attenzione per evitare l'inoculazione di questi agenti ossigenanti nei tessuti periapicali. 
Un dente con essudato sieroso, purulento o emorragico dovrebbe essere lasciato drenare con la diga di gomma in posizione per un certo periodo sotto supervisione. Un ascesso che è un potente irritante, ha una pressione osmotica elevata. Ciò attira più fluido tissutale e quindi più edema e dolore. Il drenaggio canalare o dei tessuti molli diminuisce il disagio causato dai mediatori dell'infiammazione. 
Gli antibiotici dovrebbero anche essere considerati come coadiuvanti nelle infezioni gravi. La scelta dell’antibiotico dovrebbe essere effettuata sulla base della conoscenza dei microrganismi associati alle infezioni endodontiche. 
I farmaci intracanalari svolgono un ruolo importante nella lotta contro i microrganismi.