La lesione nell'encefalopatia di Wernicke si verifica in:
Corpo mammillare
Cervelletto
Corteccia motoria
Sostantia nigra
Nella carenza di tiamina, le emorragie nei corpi mammillari causano la sindrome di Wernicke-korsakof.
Altre regioni del SNC coinvolte nella carenza di tiamina sono le regioni periventricolari del talamo, il pavimento del quarto ventricolo e la regione anteriore del cervelletto.