La terminazione della sintesi della molecola di RNA è segnalata da una sequenza nel filamento stampo della molecola di DNA, un segnale che viene riconosciuto da una proteina di terminazione, la
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Fattore Rho (r).
Esistono due principali strategie di terminazione riscontrate nei batteri: Rho-dipendente e Rho-indipendente. Nella terminazione Rho-dipendente, l'RNA contiene un sito di legame per una proteina chiamata fattore Rho. Il fattore Rho si lega a questa sequenza e inizia a "arrampicarsi" lungo il trascritto verso la RNA polimerasi. Quando raggiunge la polimerasi nella bolla di trascrizione, Rho tira la trascrizione dell'RNA e il filamento di DNA modello apa, rilasciando la molecola di RNA e terminando la trascrizione. Un'altra sequenza trovata più avanti nel DNA, chiamata punto di arresto della trascrizione, provoca la pausa dell'RNA polimerasi e quindi aiuta Rho a recuperare il ritardo.^4 La terminazione Rho-indipendente dipende da sequenze specifiche nel filamento modello del DNA. Quando la RNA polimerasi si avvicina alla fine del gene da trascrivere, colpisce una regione ricca di nucleotidi C e G. L'RNA trascritto da questa regione si ripiega su se stesso e i nucleotidi complementari C e G si legano insieme. Il risultato è una forcina stabile che provoca lo stallo della polimerasi. In un terminatore, la forcina è seguita da un tratto di nucleotidi U nell'RNA, che corrispondono ai nucleotidi A nel DNA modello. La regione complementare UA del trascritto dell'RNA forma solo una debole interazione con il DNA modello. Questo, unito allo stallo della polimerasi, produce un’instabilità sufficiente affinché l’enzima cada e liberi la nuova trascrizione dell’RNA. Riferimento: Harpers ha illustrato la biochimica 30a edizione
Metabolism of nucleic acids