La mutazione genetica più comune associata alla malattia di Hirschsprung è:
gene RET
Gene END3
ATP7A
gene EDNRB
Gli studi genetici hanno identificato mutazioni in diversi geni che contribuiscono allo sviluppo della malattia di Hirschsprung. Le mutazioni più comuni sono il gene RET (7-35% dei casi sporadici), il gene EDNRB (7%) il gene END3 (5%) Rif: Seminars in Pediatric Surgery (2008) 17, 266-275.