La ricerca di scelta nella malattia di Hirschsprug è:
Manometria rettale
Esame rettale
Biopsia rettale
Ba clistere
La diagnosi definitiva viene effettuata mediante biopsia rettale. L'istopatologia della malattia di Hirschprung è caratterizzata dall'assenza di cellule gangliari nel plesso nervoso, dalla presenza di fasci nervosi ipertrofizzati e dall'aumento delle fibre nervose aceticolinesterasi-positive.