I livelli di alfa feto proteina sono aumentati in tutti, TRANNE:
Difetti aperti del tubo neurale
Gravidanza gemellare
Sindrome di Down
Morte intrauterina
Una MSAFP superiore alla norma si riscontra in gravidanze multiple, in caso di distacco della placenta, nonché in una serie di anomalie fetali, come difetti del tubo neurale, tra cui la spina bifida e l'anencefalia, e difetti della parete addominale. Un'altra possibilità è l'errore nella data di gestazione. Anche le madri con la variante genetica della metilene tetraidrofolato reduttasi hanno un MSAFP elevato più frequentemente. Livelli anormalmente elevati sono stati riscontrati raramente in caso di sofferenza fetale e di morte fetale intrauterina. Un MSAFP inferiore alla norma è associato a un numero minore di condizioni, tra cui la sindrome di Down e la trisomia 18.