L’enteropatia glutine-sensibile è fortemente associata a:
HLA-DQ2
BLA–DR4
HLA-DQ3
Gruppo sanguigno B
Quasi tutti gli individui affetti da celiachia condividono il complesso maggiore di istocompatibilità II HLA-DQ2 o HLA-DQ8.
La gliadina viene deamidata dall'enzima transglutaminasi e i peptidi della gliadina deamidata si legano a DQ2 e DQ8.
Il riconoscimento di questi peptidi da parte delle cellule T CD4+ porta alla secrezione di IFN-γ, che danneggia la parete intestinale.