La Crypta magna è vista in:
Tonsilla rinofaringea
Tonsilla tubarica
Tonsilla palatina
Tonsilla linguale
La superficie mediale delle tonsille palatine è ricoperta da epitelio squamoso stratificato non cheratinizzante che si immerge nella sostanza delle tonsille sotto forma di cripte. Una di queste cripte è molto grande e profonda e si chiama crypta magna o intratonsillare deft.