Gli agenti patogeni batterici più comunemente riscontrati nei polmoni dei pazienti con fibrosi cistica sono:
E. coli e streptococco alfa
Escherichia coli e Pseudomonas
Stafilococco e Proteus
Stafilococco e Pseudomonas
Per ragioni ancora non chiare, gli organismi batterici più comuni che infettano i polmoni dei bambini affetti da fibrosi cistica sono lo Staphylococcus aureus e lo Pseudomonas aeruginosa. La situazione non è cambiata molto negli ultimi due decenni, nonostante i grandi cambiamenti nel nostro utilizzo degli antibiotici. Pseudomonas è particolarmente difficile da eradicare nonostante la sensibilità in vitro a una varietà di antibiotici.