La reazione di Jarisch Herxheimer è comunemente osservata in:
Sifilide precoce
Sifilide congenita tardiva
Sifilide latente
Sifilide del sistema cardiovascolare
Nella sifilide la reazione JH è più comune nella sifilide secondaria, seguita dalla sifilide primaria, seguita dalla sifilide latente precoce: - Secondaria > Primaria > Latente precoce.