Le proteine ​​che hanno un dominio legante il DNA nella sua struttura lo sono
Dito di zinco
b - Foglio
b - fascia
Meandro beta
Dito di zinco: sono stati riprodotti due tipi di dito di zinco, chiamati dito C2H2 e dito C4. Lo zinc finger C2H2 è un anello di 12 aminoacidi con due cisteine ​​e due istidine alla base dell'anello che coordina tetraedricamente uno ione zinco L'a-elica contiene un numero di amminoacidi basici conservati e interagisce direttamente con il DNA, legandosi in il solco maggiore della doppia elica. I fattori di trascrizione che contengono dita di zinco spesso contengono diversi di questi motivi; di solito sono necessarie almeno tre dita di zinco per un legame stretto della proteina con il DNA. Infatti il ​​fattore di trascrizione della RNA polimerasi III contiene nove dita di zinco! Il fattore di trascrizione SP1, che si lega alla scatola SP1, ha tre dita di zinco.
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