I risultati istopatologici nella malattia di Whipple includono tutti i seguenti, tranne:
Notevole aumento del numero di macrofagi nella mucosa
Notevole aumento del numero dei linfociti intraeteliali
Dilatazione dei vasi linfatici della mucosa
Deposizione di lipidi nella mucosa
I linfociti intraepiteliali sono generalmente in numero ridotto o normali. Un aumento così marcato del numero di linfociti intraepiteliali è la migliore risposta di scelta per esclusione. Rif: Principi e pratica della medicina di Davidson, 19a edizione, pagine 795-96