Il miglior disinfettante per endoscopi è:
Ipoclorito
Formaldeide
Glutaraldeide
Clorexidina
La glutaraldeide alcalina attivata al 2% viene utilizzata per la decontaminazione degli endoscopi flessibili.
Vantaggi

 Relativamente non corrosivo
 Ucciderà le spore con un'esposizione prolungata (3-10 ore). 

Svantaggi
Tossico. Irritante. 
Possibili alternative:

 Acido peracetico ortoftalaldeide (OPA).
 Prodotti a base di biossido di cloro (ClO2) (come Tristel).
 Acqua superossidata (Sterilox).

I vantaggi di questi nuovi agenti sono: rapidamente sporicida, micobattericida e viricida. MA ricorda: nessun agente è chiaramente superiore agli altri ed è necessario eseguire una valutazione approfondita prima di scegliere un agente alternativo.