Gli svantaggi dello iodio radioattivo includono quanto segue tranne:
Ipotiroidismo
Elevate probabilità di ricaduta
Effetto terapeutico ritardato
Sviluppo del carcinoma della tiroide
Lo iodio radioattivo emette particelle beta che distruggono parte del tessuto tiroideo e compromettono la capacità di replicarsi dei follicoli rimanenti; quindi una volta che il paziente diventa eutiroideo, le possibilità di recidiva sono trascurabili. Sebbene la quantità di iodio radioattivo da somministrare sia stimata in base alle dimensioni della ghiandola e al suo assorbimento di iodio, circa il 40-60% dei pazienti può sviluppare ipotiroidismo. Gli effetti benefici impiegano 3-4 settimane per manifestarsi. Sono state segnalate neoplasie della tiroide nei bambini in seguito al trattamento con esso.