La separazione dei frammenti di DNA viene effettuata mediante:
Cromatografia su carta
Gel di agarosio
Cromatografia su strato sottile
Elettroforesi
Gli acidi nucleici possono essere separati in un campo elettroforetico in un gel di agarosio (agar altamente purificato). La velocità di migrazione dipende dalle dimensioni, con le molecole più piccole che si muovono più velocemente e appaiono sul fondo (estremità) del gel. Questo metodo è in grado di separare frammenti di DNA compresi tra 0,1 e 50 kilobasi, che è molto inferiore alla dimensione dei genomi batterici ma include alcuni elementi genetici presenti in natura come i plasmidi batterici. Rif: Ray C.G., Ryan K.J. (2010). Capitolo 4. Principi di diagnosi di laboratorio delle malattie infettive. In C.G. Ray, K.J. Ryan (a cura di), Sherris Medical Microbiology, 5e.