La microscopia elettronica è virtualmente diagnostica nello studio della biopsia renale di -
Sindrome di Goodpasture
Sindrome di Churg-Strauss
Sindrome di Alport
Granulomatosi di Wegener
Per la sindrome di Alport, Rubins menziona "La lesione morfologica più diagnostica è vista solo dalla microscopia elettronica come un GBM irregolarmente ispessito, con divisione della lamina densa in lamelle intrecciate che circondano aree elettrolucenti"