Rispetto all'eparina non frazionata, le eparine a basso peso molecolare:
Vengono assorbiti in modo più uniforme se somministrati per via sottocutanea
Richiedono un monitoraggio di laboratorio più frequente
Può essere somministrato a pazienti con trombocitopenia indotta da eparina
Predisporre ad un rischio più elevato di osteopenia
A differenza dell'eparina non frazionata, le eparine LMW hanno una biodisponibilità più costante poiché vengono assorbite in modo uniforme quando somministrate s.c. e quindi non necessitano di monitoraggio.
Gli effetti avversi di entrambi i tipi di eparine sono simili.
Entrambi sono controindicati nella trombocitopenia indotta da eparina in cui l'agente di scelta sono gli inibitori diretti della trombina come la lepirudina.