Il coenzima, in una reazione enzimatica solitamente funziona per:
Attiva il substrato
Aumenta i siti attivi dell'apoenzima
Migliora la specificità dell'aponzima
Accetta uno dei prodotti di scissione
I coenzimi agiscono come donatori o come accettori del gruppo. Fungono da navette riciclabili – o agenti di trasferimento di gruppo – che trasportano molti substrati dal punto di generazione al punto di utilizzo.