I macrofagi contenenti grandi quantità di batteri non digeriti e parzialmente digeriti nell'intestino sono presenti in:
La malattia di Whipple
Amiloidosi
Malattia immunoproliferativa del piccolo intestino
Infezione da Vibrio cholerae
Il segno distintivo della malattia di Whipple è una mucosa dell’intestino tenue carica di macrofagi dilatati nella lamia propria.
I macrofagi contengono granuli positivi all'acido periodico di Schiff (PAS) e piccoli bacilli a forma di bastoncino)