Le caratteristiche istologiche della malattia celiaca includono tutte le seguenti eccezioni:
Iperplasia della cripta
Aumento dello spessore della mucosa
Aumento dei linfociti intraepiteliali
Aumento delle cellule infiammatorie nella lamina propria
Caratteristiche patologiche

Nella celiachia è comunemente coinvolto l'intestino prossimale mentre nella sprue tropicale è coinvolto l'intero intestino.
Lo dimostra la biopsia dell'intestino nella sprue celiaca.

- Atrofia dei villi, perdita del bordo a spazzola dei microvilli
- Le cripte sono iperplastiche e si allungano.
- Presenza delle seguenti cellule sulla lamina propria → Plasmacellule, Linfociti, Macrofagi, Eosinofili, Mastociti
- Ricordare che lo spessore complessivo della mucosa rimane lo stesso nella sprue celiaca

La celiachia è associata alla dermatite erpetiforme.
Gli individui affetti da celiachia hanno una maggiore incidenza di tumori maligni → linfoma a cellule T associato a enteropatia (il più comune), adenocarcinoma dell'intestino tenue.