Per la sterilizzazione del manipolo è possibile utilizzare tutti i seguenti dispositivi, tranne:
Autoclave
Sterilizzazione a vapore chimico
ETOX
Sterilizzazione a calore secco
La sterilizzazione in autoclave dei manipoli è uno dei metodi di sterilizzazione più rapidi. Tuttavia, le fibre ottiche si attenuano con la sterilizzazione termica ripetuta in diversi mesi o un anno, apparentemente a causa di residui di olio e detriti cotti sulle estremità delle fibre ottiche.
Per alcuni tipi di manipoli si consiglia la sterilizzazione con vapore chimico; a quanto pare funziona bene con i manipoli con cuscinetti in ceramica.
Il gas ETOX (ossido di etilene) è il metodo di sterilizzazione più utilizzato per i manipoli.
In genere non è consigliata la sterilizzazione a calore secco dei manipoli.