La β-ossidazione presente nei perossisomi porta alla formazione di:
Due molecole di acetil CoA
Propionil CoA + H2O2
Acetil-CoA + Propionil-CoA
Acetil-CoA + H2O2
Una forma modificata di β-ossidazione si trova nei perossisomi e porta alla formazione di acetil-CoA e H2O2 (dalla fase deidrogenasi legata alle flavoproteine), che viene scomposta dalla catalasi. Pertanto, la deidrogenazione nei perossisomi non è direttamente collegata alla fosforilazione e alla generazione di ATP. Il sistema facilita l'ossidazione degli acidi grassi a catena molto lunga (ad es. C20, C22). Gli enzimi responsabili sono indotti da diete ricche di grassi e in alcune specie da farmaci ipolipemizzanti come il clofibrato.
 
HARPERS ILLUSTRATED BIOCHIMICA30a edizione: pagina n.744.743