L’impilamento delle basi del DNA porta a:
Dicromicità lineare
Ipocromicità
Ipercromicità
Elettroforesi
Impilamento delle basi: l'impilamento dei cromofori nucleotidici in strutture elicoidali porta al fenomeno dell'ipocromicità (diminuita capacità delle basi di assorbire la luce ultravioletta). I nucleotidi possono giacere in modo tale che le facce dell'anello siano apposte. È più probabile che l'impilamento avvenga vicino ai termini della catena dove si muovono le basi. Conferisce rigidità al filo. L'impilamento delle basi del DNA (e dell'RNA) contribuisce fortemente alla stabilizzazione complessiva della doppia elica. Viene rilevato mediante dicroismo circolare e dispersione ottica rotatoria. Ipercromicità e ipocromicità: il DNA assorbe al massimo la luce ultravioletta ad una lunghezza d'onda di 260 nm. Le basi sono le principali responsabili dell’assorbimento. L'impilamento del DNA diminuisce la capacità delle basi di assorbire la luce con conseguente ipocromicità. L'eliminazione dell'impilamento mediante denaturazione o riscaldamento provoca ipercromicità. La spiegazione di questo aumento è che il DNA duplex assorbe meno luce ultravioletta di circa il 40% rispetto alle singole catene di DNA. Rif: Biologia molecolare del gene, 5a edizione, pagina 110 Immagini: Immagine che mostra la differenza nell'assorbanza della luce ultravioletta tra il DNA a filamento singolo e quello a doppio filamento