La funzione più importante dell'acido cloridrico nello stomaco è:
Distruzione dei batteri
Neutralizzazione del chimo
Attivazione del pepsinogeno
Stimolazione della secrezione pancreatica
Le funzioni dell'HCl sono: 

attivazione del pepsinogeno in pepsina fornendo un mezzo acido,
azione batteriolitica e
acidificazione del chimo che provoca il rilascio degli ormoni secretina e colecistochinina.