I frammenti di DNA formati dall'azione delle endonucleasi di restrizione, sono separati da -
Elettroforesi su gel
Elettroforesi su gel di agarosio
Cromatografia su carta
Cromatografia liquida ad alta pressione
Il DNA viene tagliato in grandi frammenti, utilizzando enzimi di restrizione. Questi frammenti vengono quindi separati mediante elettroforesi su gel (elettroforesi su gel di agarosio o poliacrilammide).