La pulpotomia non è indicata in-
Piccola esposizione della polpa da 1 ora
Esposizione della polpa in dente permanente con apice aperto
Esposizione della polpa in dente permanente con apice chiuso trattata immediatamente dopo la lesione
Struttura della corona rimanente insufficiente
Se il paziente viene visitato entro una o due ore dalla lesione, se l'esposizione vitale è piccola e se rimane una corona sufficiente per mantenere un restauro temporaneo per supportare il materiale di copertura e impedire l'ingresso di fluidi orali, il trattamento di scelta è diretto incappucciamento della polpa.
 Se l'esposizione della polpa in un dente permanente traumatizzato, immaturo (apice aperto) è ampia, se esiste anche una piccola esposizione della polpa e il paziente non ha cercato il trattamento fino a diverse ore o giorni dopo la lesione, o se è rimasta una corona insufficiente da trattenere un restauro temporaneo, il trattamento immediato di scelta è una pulpotomia superficiale o una pulpotomia convenzionale. 
Una pulpotomia superficiale o parziale è preferibile se l'infiammazione della polpa coronale non è diffusa e se non è necessaria un'apertura di accesso più profonda per aiutare a trattenere il restauro coronale.
 La pulpotomia è indicata anche per i denti permanenti immaturi se nel sito di esposizione è evidente tessuto pulpare necrotico con infiammazione del tessuto coronale sottostante, ma sarebbe necessaria una pulpotomia convenzionale o cervicale. 
Ancora un'altra indicazione è il trauma di un dente permanente più maturo (apice chiuso) che ha causato sia un'esposizione della polpa che una frattura della radice. Inoltre, una pulpotomia superficiale può essere il trattamento di scelta per una frattura complicata di un dente con apice chiuso quando il trattamento definitivo può essere fornito subito dopo la lesione.