L'enteropatia glutine-sensibile è fortemente associata a:
HLA-DQ2
HLA-DR4
HLA-DQ3
Gruppo sanguigno B
Quasi tutti gli individui affetti da celiachia condividono il complesso maggiore di istocompatibilità II HLA-DQ 2 o HLA - DQ8.
La gliadina viene deamidata dall'enzima transglutaminasi e i peptidi della gliadina deamidati si legano a DQ2 e DQ8.
Il riconoscimento di questi peptidi da parte delle cellule T CD4+ porta alla secrezione di IFN-γ, che danneggia la parete intestinale.

Fisiopatologia

La celiachia è causata dall'azione dei peptidi acidi contenenti la frazione gliadinica del grano.
Si ritiene che l'anomalia di base sia un aumento del tasso di perdita di cellule epiteliali. Le celle della cripta mostrano una maggiore attività. Ciò provoca l'ipertrofia della cripta. Ma anche questa maggiore attività non riesce a tenere il passo con la perdita di cellule, con conseguente progressiva diminuzione dell’altezza dei villi causandone l’atrofia.
 Le cellule epiteliali mostrano una diminuzione del citoplasma e del muco
La biopsia intestinale mostra una diminuzione del rapporto villi:cripta. Normalmente i villi sono 3-4 volte l'altezza delle cripte (rapporto di 3-4:1); nella celiachia il rapporto diminuisce progressivamente (atrofia dei villi parziale, subtotale e totale). L'atrofia totale dei villi è osservata nella malattia celiaca grave ed è abbastanza caratteristica della malattia celiaca (l'atrofia parziale dei villi può essere osservata in molte altre condizioni).