L’inattivazione enzimatica è la principale modalità di resistenza a:
Aminoglicosidi
Chinoloni
Rifamicine
Glicopeptidi
La resistenza ai chinoloni è dovuta all'alterazione della DNA girasi, alla rifamicina è dovuta alla mutazione del gene rpoB che ne riduce l'abilità verso il bersaglio e ai glicopeptidi come la vancomicina è dovuta alla ridotta affinità per il sito bersaglio.