Le lesioni causate da Entamoeba histolytica coinvolgono prevalentemente
Cieco e intestino crasso
Duodeno
Stomaco
Digiuno e Ileo
I trofozoiti generalmente infettano la mucosa dell'intestino crasso ma in determinate condizioni possono perforare l'intestino e invadere altri organi (soprattutto fegato, polmoni e cervello). 
In molti casi, i trofozoiti rimangono confinati nel lume intestinale (infezione non invasiva) di individui portatori asintomatici, espellendo le cisti nelle feci. 
In alcuni pazienti i trofozoiti invadono la mucosa intestinale (malattia intestinale) o, attraverso il flusso sanguigno, siti extraintestinali come fegato, cervello e polmoni (malattia extraintestinale), con conseguenti manifestazioni patologiche.

Rif:
https://www.cdc.gov/parasites/amebiasis/pathogen.html
http://parasite.org.au/para-site/text/entamoeba-text.html#:~:text=Host%20range%3A%20Entamoeba%20histolytica%20is,nei paesi%20tropicali%20e%20subtropicali%.