I fluorochinoloni agiscono mediante uno dei seguenti meccanismi:
Inibendo la DNA girasi.
Inibendo la RNA polimerasi.
Inibizione della sintesi dell'acido folico.
Inibizione della sintesi proteica.
Questi farmaci agiscono inibendo la DNA girasi (topoisomerasi II) e la topoisomerasi IV, con conseguente inibizione della replicazione del DNA.