L'acido grasso a catena molto lunga viene ossidato in:
Mitocondri
Citoplasma
Perossisoma
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Una forma modificata di ossidazione si trova nei perossisomi e porta alla formazione di acetil-CoA e H2O2 (dalla fase deidrogenasi legata alle flavoproteine), che viene scomposta dalla catalasi. Pertanto, questa deidrogenazione nei perossisomi non è direttamente collegata alla fosforilazione e alla generazione di ATP. Il sistema facilita l'ossidazione degli acidi grassi a catena molto lunga (ad es. C20, C22). Questi enzimi sono indotti da diete ricche di grassi e in alcune specie da farmaci ipolipidemizzanti come il clofibrato. Rif: Harper 28a edizione, capitolo 22.