Oltre ad essere presenti negli acidi nucleici, le pirimidine si trovano anche in
Teofillina
Teobromina
Flavina mononucleotide
Tiamina
Di solito, purina e pirimidina si trovano negli acidi nucleici (DNA e RNA) come parte dei nucleotidi.
Le pirimidine sono presenti anche nella tiamina (vitamina B1) e nell'allossano.
La purina è anche un componente strutturale di numerosi coenzimi essenziali, ad es. coenzima A, NAD+, NADP+ e FAD+.