Entamoeba histolytica appartiene a:
Phylum Protozoi
Supergruppo Amebozoi
Subphylum Sarcomastigofora
Subphylum Sporozoi
Secondo il nuovo schema di classificazione, gli eucarioti sono stati classificati in sei gruppi o "Supergruppi", vale a dire: Amoebozoa, Opisthokonta, Rhizaria, Archaeplastida, Chromalveolata ed Excavata. Le amebe che parassitano il tratto intestinale dell'uomo appartengono a quattro generi: Entamoeba, Endolimax, Iodamoeba e Blastocystis. Appartengono tutti al phylum Amoebozoa, subphylum Conosa, che contiene organismi che si muovono mediante una protuberanza citoplasmatica chiamata PSEUDOPODIUM. Rif: Manuale di microbiologia clinica; Stampa dell'ASM