La beta-ossidazione è il perossisoma che si differenzia da quello che avviene nei mitocondri
Acetil-CoA
Si è formata H2O2
Enzimi diversi si trovano in siti diversi
È richiesto NADH
Si è formata H2O2 

Una forma modificata di [β-ossidazione si trova nei perossisomi e porta alla formazione di acetil CoA e Hp (invece di FADH, che si forma nella [β-ossidazione mitocondriale).
Il sistema facilita l'ossidazione degli acidi grassi a catena molto lunga.