La microscopia del fondo scuro viene utilizzata per vedere -
Organismi rifrangenti
Flagelli
Capsula
Fimbrie
Microscopio per terreno scuro/campo oscuro 

Organismi molto sottili come le spirochete e organismi filamentosi come i flagelli non sono visibili con l'illuminazione ordinaria.



Il contrasto nella microscopia a campo scuro dà l'illusione di una maggiore risoluzione in modo che queste strutture possano essere viste al microscopio a campo scuro.


Nella microscopia a campo oscuro, viene utilizzata la luce riflessa invece della luce trasmessa utilizzata nel microscopio comune.


Per la microscopia a fondo scuro (campo scuro) viene utilizzata

- Flagelli
- Spirochete