La sede più comune delle cisti branchiali è:
1/3 superiore dell'SCM
1/3 inferiore dell'SCM
2/3 superiori dell'SCM
2/3 inferiori dell'SCM
Le cisti branchiali si trovano tipicamente anteriormente e profondamente nel terzo superiore del muscolo sternocleidomastoideo. Le fistole branchiali (quelle derivate dalla 2a fessura branchiale) si aprono esternamente nel terzo inferiore del necic, vicino al bordo anteriore dello sternocleidomastoideo. Il suo orifizio interno si trova nella fossa tonsillare.
Cisti e fistole branchiali 

sono resti dell'apparato branchiale presenti nella vita fetale.
cisti branchiali, fistole o seni sono rivestiti da epitelio squamoso.