Il fattore V Leiden è causato da una mutazione che determina una sostituzione della glutammina in posizione 506 con quale dei seguenti:
Alanina
Arginina
Glicina
Glutammina
La mutazione del fattore V (chiamata mutazione di Leiden, dal nome della città dei Paesi Bassi in cui è stata scoperta) provoca TVP ricorrenti. La mutazione determina una sostituzione della glutammina con l'arginina nella posizione 506 che rende il fattore V resistente alla scissione da parte della proteina C. Di conseguenza, un'importante via controregolatoria antitrombotica viene persa Rif: Robbins 8a edizione Capitolo 4.