La diagnosi differenziale della lesione, che istologicamente somiglia a un tumore a cellule giganti nelle piccole ossa delle mani o dei piedi, comprende tutte le seguenti condizioni tranne
Cisti ossea aneurismatica
Fibrosarcoma
Osteosarcoma
Iperparatiroidismo
La diagnosi differenziale istologica per la GCT include tutte le lesioni contenenti cellule giganti.