La fosforilazione a livello del substrato è osservata nella conversione di
Acetoacetato ad α-chetoglutarato
Succinil CoA a succinato
Fumarato in malato
Da succinato a fumarato
Fosforilazione a livello del substrato

È la produzione di ATP (o GTP) a livello del substrato senza partecipazione della catena di trasporto degli elettroni.
Si verifica nella glicolisi e nel ciclo dell'acido citrico, nelle seguenti fasi: -