La sequenza della trascrittasi di riserva nell'HIV è meglio descritta come:
RNA-DNA-RNA
DNA-RNA
DNA-RNA-DNA
RNA-DNA
La trascrizione inversa è un processo soggetto a errori e con la replicazione continua si verificano molteplici mutazioni, il che si traduce in una notevole eterogeneità genetica virale. Il DNA virale viene trasportato nel nucleo e integrato nel genoma della cellula ospite dall'enzima integrasi. Il virus integrato è noto come DNA provirale e persiste per tutta la vita della cellula. Le cellule infettate con il DNA dell'HIV provirale producono nuovi virioni solo se subiscono l'attivazione cellulare, con conseguente trascrizione di copie di RNA messaggero virale (mRNA), che vengono poi tradotte in catene peptidiche virali. Le poliproteine ​​​​precursori vengono quindi scisse dall'enzima proteasi virale per formare nuove proteine ​​strutturali virali ed enzimi che migrano sulla superficie cellulare e vengono assemblati utilizzando l'apparato cellulare ospite per produrre pacchetti virali infettivi; questi germogliano dalla superficie cellulare, incorporando la membrana della cellula ospite nell'involucro virale. Il virione maturo infetta poi altre cellule CD4 e il processo si ripete. I linfociti CD4 che replicano l'HIV hanno un tempo di sopravvivenza molto breve di circa 1 giorno. È stato stimato che nelle persone asintomatiche infette da HIV vengono prodotti più di 1010 virioni e distrutti 109 linfociti CD4 ogni giorno. I linfociti CD4 vengono distrutti principalmente dalla risposta immunitaria dell'ospite piuttosto che dagli effetti citopatici dell'HIV. Una piccola percentuale di linfociti T-helper entra in una fase latente post-integrazione. Le cellule latentemente infette sono importanti come siti-santuario dai farmaci antiretrovirali, che agiscono solo sulla replicazione del virus. L'attuale A non è in grado di sradicare l'infezione da HIV a causa della persistenza del DNA provirale nelle cellule CD4 latenti a lunga vita. Rif. Harrison 20a edizione pag 978
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