Codificano i geni MHC di classe III
Componente del complemento C3
Interleuchina 2
Fattore di necrosi tumorale
Beta2microglobulina
*L'HLA di classe III contiene geni per
• Componenti complementari C2 e C4 del percorso classico (non C3)
• Properdin fattore B del percorso alternativo
• Fattore di necrosi tumorale: Alfa e Beta
• Proteina da shock termico 70 
• Enzima tirosina idrossilasi
• I geni per l'MHC (noto anche come HLA) si trovano sul braccio corto del cromosoma 6.