L'impronta digitale del DNA si basa sul possesso nel DNA di:
Ripetizione tandem costante
Numero variabile di ripetizioni tandem (VNTR)
Sequenza non ripetitiva
Esone
Il numero variabile di ripetizioni in tandem (una dopo l'altra) (VNTR), è unico per ogni individuo e quindi funge da impronta digitale del DNA molecolare. VNTR può essere ripetizioni in tandem breve (microsatellite) o in tandem grande (minisatellite).