Alprostadil non è utilizzato per il trattamento di:
Disfunzione erettile
Ipertensione polmonare
Pervietà del dotto arterioso
Ischemia critica degli arti
Per mantenere la pervietà del dotto arterioso nei neonati con difetti cardiaci congeniti, fino all'intervento chirurgico correttivo, viene utilizzata la PGE1 (Alprostadil).
Impotenza: l'Alprostadil (PGE1) iniettato nel pene provoca un'erezione della durata di 1-2 ore. Tuttavia, il sildenafil/tadalafil orale è ora preferito per la disfunzione erettile. 
Malattie vascolari periferiche: PGI2 (o PGE1) infusa e.v. può alleviare il dolore a riposo e favorire la guarigione delle ulcere ischemiche nei casi gravi di claudicatio intermittente e nella malattia di Raynaud.
Ipertensione polmonare: PGI2 riduce la resistenza dell'arteria polmonare. Di conseguenza, pochi casi di ipertensione polmonare primaria sono stati mantenuti con successo con epoprostenolo infuso continuamente in una grande vena.
L'indometacina è stato il farmaco più comune utilizzato per la chiusura medica del dotto arterioso pervio.

Riferimento: Elementi essenziali di farmacologia medica, ottava edizione, KD TRIPATHI pagina n. 207,219