Il meccanismo attraverso il quale la maggior parte dei funghi causa malattie è:
Produzione di esotossine
Produzione di lecitinasi
Ipersensibilità
Produzione di coagulasi
Malattie da ipersensibilità 
Gli esseri umani sono continuamente esposti a spore fungine trasportate dall'aria e ad altri elementi fungini presenti nell'ambiente. Queste spore possono essere stimolanti antigenici e, a seconda dello stato immunologico dell'individuo, possono indurre uno stato di ipersensibilità mediante la produzione di immunoglobuline o linfociti sensibilizzati. Rinite, asma bronchiale, alveolite e varie forme di atopia sono le manifestazioni cliniche della polmonite ipersensibile. Le manifestazioni cliniche della malattia da ipersensibilità si osservano solo in persone sensibilizzate, dopo ripetuta esposizione al fungo, ai metaboliti fungini o ad altri materiali cross-reattivi. Le allergie alle spore fungine si manifestano principalmente con una reazione asmatica comprendente una rapida costrizione bronchiale mediata da IgE, eosinofilia e reazione positiva al test cutaneo di ipersensibilità. Questi sono causati da reazioni di ipersensibilità immediata dell'ospite alle spore fungine. 
Parija SC. Libro di testo di microbiologia e immunologia. Elsevier Scienze della salute; 2014. Pagina:595