Un laboratorio clinico esegue la PCR in tempo reale per il rilevamento dell'MRSA nell'area in cui vengono piastrati i campioni. Il supervisore scopre che gli ultimi 50 campioni testati erano positivi. Tuttavia, le colture complementari sono risultate positive solo per 15 campioni. Qual è la ragione più probabile di questa discrepanza?
La PCR in tempo reale è più sensibile della coltura
La PCR in tempo reale è più specifica della cultura
Lo strumento PCR deve essere calibrato
La workstation PCR è stata contaminata con DNA di MRSA
In generale, la PCR in tempo reale è più sensibile della coltura (a), grazie alla capacità del test di rilevare pochissime copie di DNA batterico presenti nel campione. Recentemente, molti laboratori clinici hanno iniziato a utilizzare la PCR in tempo reale per il gene mecA o la cassetta mec SCC che trasporta mecA per rilevare la presenza di MRSA nei campioni nasali raccolti dai pazienti al momento del ricovero in ospedale. Numerosi studi hanno dimostrato che la sensibilità della PCR in tempo reale è leggermente superiore a quella della coltura cromogenica eseguita in modo ottimale per l'MRSA. Tuttavia, anche con una sensibilità dell'85%, se i 50 campioni positivi fossero veri positivi, ci si aspetterebbe di recuperare da 42 a 43 isolati nelle colture complementari anziché 15. Si pensava che la PCR in tempo reale fosse più specifica della coltura (b) , ma la comparsa di un numero crescente di variazioni del gene mecA ha portato a risultati falsi negativi a causa della mancata corrispondenza dei primer e dell'incapacità di amplificare il gene anche quando presente. Si pensava che il rilevamento di SCC mec fosse la soluzione a questo problema, per poi finire sotto accusa perché la stessa cassetta SCC mec trovata nell'MRSA acquisito in comunità è presente nello S. epidermidis resistente alla meticillina, portando a un'errata classificazione dei pazienti con MRSE. Questa scoperta ha portato allo sviluppo di test PCR multiplex che rilevano geni specifici per S. aureus oltre al gene mecA. Sfortunatamente, molti laboratori hanno implementato i test sugli acidi nucleici senza avere accesso allo spazio dedicato per la preparazione dei campioni e allo strumento PCR, come descritto nella vignetta. Ciò porta spesso alla contaminazione della workstation PCR con DNA di MRSA (d), che viene poi amplificato nella reazione producendo un risultato falso positivo. Il guasto del termociclatore, lo strumento PCR, perché necessita di essere calibrato (c), è una possibilità, ma avrebbe dovuto essere risolto attraverso la manutenzione necessaria dello strumento e l'esecuzione di controlli appropriati.
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