Il meccanismo più importante attraverso il quale i bacilli gram negativi acquisiscono resistenza al cloramfenicolo è:
Diminuzione della permeabilità nella cellula batterica
Acquisizione di un plasmide codificato per la cloramfenicolo acetil transferasi
Affinità ridotta del ribosoma batterico per il cloramfenicolo
Passaggio dalla sintesi proteica ribosomiale a quella mitocondriale