I frammenti di DNA formati dall'azione delle endonucleasi di restrizione, sono separati da:
Elettroforesi su gel
Elettroforesi su gel di agarosio
Cromatografia su carta
Cromatografia liquida ad alta pressione
B cioè elettroforesi su gel di agarosio - L'endonucleasi di restrizione (enzima di restrizione) esegue 2 incisioni attraverso la struttura dello zucchero fosfato (legame fosfodiestere) di ciascun filamento di ds DNAQ in corrispondenza della sequenza specifica k/a sequenze di riconoscimento o sito di restrizione. Quindi RE limita la replicazione virale (batteriofago - DNA)Q e protegge i batteri (procarioti) dall'infezione da virusQ. - RE taglia entrambi i filamenti del DNA a doppio filamento (ds) in specifici siti di restrizione con disposizione palindromica (ripetizione inversa); producendo così frammenti più piccoli e maneggevoli con sequenze sho ed estremità appiccicose/smussateQ. Questi frammenti di restrizione possono essere isolati mediante gel di agarosio/poliacrilammide - elettroforesiQ o HPLC. Dopo la digestione mediante endonucleasi di restrizione, le estremità del DNA possono essere legate (unite/ ricotte) dalla DNA-ligasiQ