È probabile che la regione transmembrana della proteina abbia:
Un tratto di aminoacidi idrofili
Un tratto di aminoacidi idrofobici
Un circuito disolfuro
Amminoacidi idrofili e idrofobi alternati
Le proteine ​​transmembrana sono simili a quelle del doppio strato lipidico. Il doppio strato lipidico è idrofilo nella parte esterna e in quella interna e ha un nucleo idrofobico. 
Allo stesso modo, le proteine ​​transmembrana hanno estremità esterne ed interne che sono idrofile e un nucleo che è idrofobo. 
Quindi la regione transmembrana della proteina è idrofobica.