Il meccanismo più importante attraverso il quale i bacilli gram negativi acquisiscono resistenza al cloramfenicolo è:
Diminuzione della permeabilità nella cellula batterica.
Acquisizione di un plasmide codificato per la cloramfenicolo acetil transferasi.
Affinità ridotta del ribosoma batterico per il cloramfenicolo.
Passaggio dalla sintesi proteica ribosomiale a quella mitocondriale.