Saltano le lesioni granulomatose che si osservano in -
Colite ulcerosa
Morbo di Crohn
La malattia di Whipple
La malattia di Reiter
Caratteristiche del CD 

L'ileo è quello più comunemente coinvolto; pertanto, la CD è anche nota come ileite terminale.
Nel segmento interessato, il grasso mesenterico si avvolge attorno alla superficie dell'intestino → grasso strisciante.
La parete intestinale è gommosa e spessa, a causa di edema, infiammazione, fibrosi e ipertrofia della muscolare propria → il lume è quasi sempre un segno di corda ristretta al pasto di bario.
Una caratteristica classica della CD è la netta demarcazione dei segmenti intestinali malati dall'intestino adiacente non coinvolto. Quando sono coinvolti più segmenti intestinali, l'intestino intermedio è normale → salta lesioni.
Sono presenti ulcere lineari serpentine lungo l'asse dell'intestino.
Poiché la mucosa interposta tende ad essere relativamente risparmiata, la mucosa acquisisce un aspetto a tessitura grossolana → a ciottoli.
Tra le pieghe della mucosa si sviluppano strette fessure.
Le fessure possono penetrare in profondità attraverso la parete intestinale e causare aderenze intestinali e sierosite.
Un'ulteriore estensione delle fessure porta alla formazione di fistole o di tratti sinusali.
È presente un'infiammazione transmurale che colpisce tutti gli strati della parete intestinale.
I granulomi sarcoidi non caseosi possono essere presenti in tutti gli strati tissutali.
L'infiltrazione neutrofila nelle cripte provoca la formazione di ascessi della cripta.
La fibrosi della sottomucosa, della muscolare propria e della mucosa porta infine alla stenosi.
Vi è una maggiore incidenza di cancro del tratto gastrointestinale nei pazienti con malattia di Crohn di lunga data, ma il rischio di cancro nella malattia di Crohn è considerevolmente inferiore rispetto ai pazienti con colite ulcerosa cronica.
Il test di screening valuta la presenza di anticorpi anti-Saccharomyces cerevisae (ASCA). La formazione di anticorpi è comune contro la parete cellulare del lievito, Saccharomyces cerevisae, nei pazienti con malattia di Crohn.
Per confermare la diagnosi viene eseguita l'endoscopia in modo da poter effettuare la visualizzazione diretta della lesione e, se necessario, anche una biopsia.