Datasets:

---

CM

/

codexglue_code2text_python

like 8

[ "def", "convert_node", "(", "self", ",", "node", ")", ":", "convert", "=", "getattr", "(", "self", ",", "'convert_'", "+", "striptag", "(", "node", ".", "tag", ")", ")", "return", "convert", "(", "node", ")" ]

[ "Convert", "the", "given", "rupture", "node", "into", "a", "hazardlib", "rupture", "depending", "on", "the", "node", "tag", "." ]

[ "def", "convert_simpleFaultRupture", "(", "self", ",", "node", ")", ":", "mag", ",", "rake", ",", "hypocenter", "=", "self", ".", "get_mag_rake_hypo", "(", "node", ")", "with", "context", "(", "self", ".", "fname", ",", "node", ")", ":", "surfaces", "=", "[", "node", ".", "simpleFaultGeometry", "]", "rupt", "=", "source", ".", "rupture", ".", "BaseRupture", "(", "mag", "=", "mag", ",", "rake", "=", "rake", ",", "tectonic_region_type", "=", "None", ",", "hypocenter", "=", "hypocenter", ",", "surface", "=", "self", ".", "convert_surfaces", "(", "surfaces", ")", ")", "return", "rupt" ]

[ "Convert", "a", "simpleFaultRupture", "node", "." ]

[ "def", "convert_multiPlanesRupture", "(", "self", ",", "node", ")", ":", "mag", ",", "rake", ",", "hypocenter", "=", "self", ".", "get_mag_rake_hypo", "(", "node", ")", "with", "context", "(", "self", ".", "fname", ",", "node", ")", ":", "surfaces", "=", "list", "(", "node", ".", "getnodes", "(", "'planarSurface'", ")", ")", "rupt", "=", "source", ".", "rupture", ".", "BaseRupture", "(", "mag", "=", "mag", ",", "rake", "=", "rake", ",", "tectonic_region_type", "=", "None", ",", "hypocenter", "=", "hypocenter", ",", "surface", "=", "self", ".", "convert_surfaces", "(", "surfaces", ")", ")", "return", "rupt" ]

[ "Convert", "a", "multiPlanesRupture", "node", "." ]

[ "def", "get_tom", "(", "self", ",", "node", ")", ":", "if", "'tom'", "in", "node", ".", "attrib", ":", "tom_cls", "=", "tom", ".", "registry", "[", "node", "[", "'tom'", "]", "]", "else", ":", "tom_cls", "=", "tom", ".", "registry", "[", "'PoissonTOM'", "]", "return", "tom_cls", "(", "time_span", "=", "self", ".", "investigation_time", ",", "occurrence_rate", "=", "node", ".", "get", "(", "'occurrence_rate'", ")", ")" ]

[ "Convert", "the", "given", "node", "into", "a", "Temporal", "Occurrence", "Model", "object", "." ]

[ "def", "convert_mfdist", "(", "self", ",", "node", ")", ":", "with", "context", "(", "self", ".", "fname", ",", "node", ")", ":", "[", "mfd_node", "]", "=", "[", "subnode", "for", "subnode", "in", "node", "if", "subnode", ".", "tag", ".", "endswith", "(", "(", "'incrementalMFD'", ",", "'truncGutenbergRichterMFD'", ",", "'arbitraryMFD'", ",", "'YoungsCoppersmithMFD'", ",", "'multiMFD'", ")", ")", "]", "if", "mfd_node", ".", "tag", ".", "endswith", "(", "'incrementalMFD'", ")", ":", "return", "mfd", ".", "EvenlyDiscretizedMFD", "(", "min_mag", "=", "mfd_node", "[", "'minMag'", "]", ",", "bin_width", "=", "mfd_node", "[", "'binWidth'", "]", ",", "occurrence_rates", "=", "~", "mfd_node", ".", "occurRates", ")", "elif", "mfd_node", ".", "tag", ".", "endswith", "(", "'truncGutenbergRichterMFD'", ")", ":", "return", "mfd", ".", "TruncatedGRMFD", "(", "a_val", "=", "mfd_node", "[", "'aValue'", "]", ",", "b_val", "=", "mfd_node", "[", "'bValue'", "]", ",", "min_mag", "=", "mfd_node", "[", "'minMag'", "]", ",", "max_mag", "=", "mfd_node", "[", "'maxMag'", "]", ",", "bin_width", "=", "self", ".", "width_of_mfd_bin", ")", "elif", "mfd_node", ".", "tag", ".", "endswith", "(", "'arbitraryMFD'", ")", ":", "return", "mfd", ".", "ArbitraryMFD", "(", "magnitudes", "=", "~", "mfd_node", ".", "magnitudes", ",", "occurrence_rates", "=", "~", "mfd_node", ".", "occurRates", ")", "elif", "mfd_node", ".", "tag", ".", "endswith", "(", "'YoungsCoppersmithMFD'", ")", ":", "if", "\"totalMomentRate\"", "in", "mfd_node", ".", "attrib", ".", "keys", "(", ")", ":", "# Return Youngs & Coppersmith from the total moment rate", "return", "mfd", ".", "YoungsCoppersmith1985MFD", ".", "from_total_moment_rate", "(", "min_mag", "=", "mfd_node", "[", "\"minMag\"", "]", ",", "b_val", "=", "mfd_node", "[", "\"bValue\"", "]", ",", "char_mag", "=", "mfd_node", "[", "\"characteristicMag\"", "]", ",", "total_moment_rate", "=", "mfd_node", "[", "\"totalMomentRate\"", "]", ",", "bin_width", "=", "mfd_node", "[", "\"binWidth\"", "]", ")", "elif", "\"characteristicRate\"", "in", "mfd_node", ".", "attrib", ".", "keys", "(", ")", ":", "# Return Youngs & Coppersmith from the total moment rate", "return", "mfd", ".", "YoungsCoppersmith1985MFD", ".", "from_characteristic_rate", "(", "min_mag", "=", "mfd_node", "[", "\"minMag\"", "]", ",", "b_val", "=", "mfd_node", "[", "\"bValue\"", "]", ",", "char_mag", "=", "mfd_node", "[", "\"characteristicMag\"", "]", ",", "char_rate", "=", "mfd_node", "[", "\"characteristicRate\"", "]", ",", "bin_width", "=", "mfd_node", "[", "\"binWidth\"", "]", ")", "elif", "mfd_node", ".", "tag", ".", "endswith", "(", "'multiMFD'", ")", ":", "return", "mfd", ".", "multi_mfd", ".", "MultiMFD", ".", "from_node", "(", "mfd_node", ",", "self", ".", "width_of_mfd_bin", ")" ]

[ "Convert", "the", "given", "node", "into", "a", "Magnitude", "-", "Frequency", "Distribution", "object", "." ]

[ "def", "convert_npdist", "(", "self", ",", "node", ")", ":", "with", "context", "(", "self", ".", "fname", ",", "node", ")", ":", "npdist", "=", "[", "]", "for", "np", "in", "node", ".", "nodalPlaneDist", ":", "prob", ",", "strike", ",", "dip", ",", "rake", "=", "(", "np", "[", "'probability'", "]", ",", "np", "[", "'strike'", "]", ",", "np", "[", "'dip'", "]", ",", "np", "[", "'rake'", "]", ")", "npdist", ".", "append", "(", "(", "prob", ",", "geo", ".", "NodalPlane", "(", "strike", ",", "dip", ",", "rake", ")", ")", ")", "if", "not", "self", ".", "spinning_floating", ":", "npdist", "=", "[", "(", "1", ",", "npdist", "[", "0", "]", "[", "1", "]", ")", "]", "# consider the first nodal plane", "return", "pmf", ".", "PMF", "(", "npdist", ")" ]

[ "Convert", "the", "given", "node", "into", "a", "Nodal", "Plane", "Distribution", "." ]

[ "def", "convert_hpdist", "(", "self", ",", "node", ")", ":", "with", "context", "(", "self", ".", "fname", ",", "node", ")", ":", "hcdist", "=", "[", "(", "hd", "[", "'probability'", "]", ",", "hd", "[", "'depth'", "]", ")", "for", "hd", "in", "node", ".", "hypoDepthDist", "]", "if", "not", "self", ".", "spinning_floating", ":", "# consider the first hypocenter", "hcdist", "=", "[", "(", "1", ",", "hcdist", "[", "0", "]", "[", "1", "]", ")", "]", "return", "pmf", ".", "PMF", "(", "hcdist", ")" ]

[ "Convert", "the", "given", "node", "into", "a", "probability", "mass", "function", "for", "the", "hypo", "depth", "distribution", "." ]

[ "def", "convert_areaSource", "(", "self", ",", "node", ")", ":", "geom", "=", "node", ".", "areaGeometry", "coords", "=", "split_coords_2d", "(", "~", "geom", ".", "Polygon", ".", "exterior", ".", "LinearRing", ".", "posList", ")", "polygon", "=", "geo", ".", "Polygon", "(", "[", "geo", ".", "Point", "(", "*", "xy", ")", "for", "xy", "in", "coords", "]", ")", "msr", "=", "valid", ".", "SCALEREL", "[", "~", "node", ".", "magScaleRel", "]", "(", ")", "area_discretization", "=", "geom", ".", "attrib", ".", "get", "(", "'discretization'", ",", "self", ".", "area_source_discretization", ")", "if", "area_discretization", "is", "None", ":", "raise", "ValueError", "(", "'The source %r has no `discretization` parameter and the job.'", "'ini file has no `area_source_discretization` parameter either'", "%", "node", "[", "'id'", "]", ")", "return", "source", ".", "AreaSource", "(", "source_id", "=", "node", "[", "'id'", "]", ",", "name", "=", "node", "[", "'name'", "]", ",", "tectonic_region_type", "=", "node", ".", "attrib", ".", "get", "(", "'tectonicRegion'", ")", ",", "mfd", "=", "self", ".", "convert_mfdist", "(", "node", ")", ",", "rupture_mesh_spacing", "=", "self", ".", "rupture_mesh_spacing", ",", "magnitude_scaling_relationship", "=", "msr", ",", "rupture_aspect_ratio", "=", "~", "node", ".", "ruptAspectRatio", ",", "upper_seismogenic_depth", "=", "~", "geom", ".", "upperSeismoDepth", ",", "lower_seismogenic_depth", "=", "~", "geom", ".", "lowerSeismoDepth", ",", "nodal_plane_distribution", "=", "self", ".", "convert_npdist", "(", "node", ")", ",", "hypocenter_distribution", "=", "self", ".", "convert_hpdist", "(", "node", ")", ",", "polygon", "=", "polygon", ",", "area_discretization", "=", "area_discretization", ",", "temporal_occurrence_model", "=", "self", ".", "get_tom", "(", "node", ")", ")" ]

[ "Convert", "the", "given", "node", "into", "an", "area", "source", "object", "." ]

[ "def", "convert_pointSource", "(", "self", ",", "node", ")", ":", "geom", "=", "node", ".", "pointGeometry", "lon_lat", "=", "~", "geom", ".", "Point", ".", "pos", "msr", "=", "valid", ".", "SCALEREL", "[", "~", "node", ".", "magScaleRel", "]", "(", ")", "return", "source", ".", "PointSource", "(", "source_id", "=", "node", "[", "'id'", "]", ",", "name", "=", "node", "[", "'name'", "]", ",", "tectonic_region_type", "=", "node", ".", "attrib", ".", "get", "(", "'tectonicRegion'", ")", ",", "mfd", "=", "self", ".", "convert_mfdist", "(", "node", ")", ",", "rupture_mesh_spacing", "=", "self", ".", "rupture_mesh_spacing", ",", "magnitude_scaling_relationship", "=", "msr", ",", "rupture_aspect_ratio", "=", "~", "node", ".", "ruptAspectRatio", ",", "upper_seismogenic_depth", "=", "~", "geom", ".", "upperSeismoDepth", ",", "lower_seismogenic_depth", "=", "~", "geom", ".", "lowerSeismoDepth", ",", "location", "=", "geo", ".", "Point", "(", "*", "lon_lat", ")", ",", "nodal_plane_distribution", "=", "self", ".", "convert_npdist", "(", "node", ")", ",", "hypocenter_distribution", "=", "self", ".", "convert_hpdist", "(", "node", ")", ",", "temporal_occurrence_model", "=", "self", ".", "get_tom", "(", "node", ")", ")" ]

[ "Convert", "the", "given", "node", "into", "a", "point", "source", "object", "." ]

[ "def", "convert_multiPointSource", "(", "self", ",", "node", ")", ":", "geom", "=", "node", ".", "multiPointGeometry", "lons", ",", "lats", "=", "zip", "(", "*", "split_coords_2d", "(", "~", "geom", ".", "posList", ")", ")", "msr", "=", "valid", ".", "SCALEREL", "[", "~", "node", ".", "magScaleRel", "]", "(", ")", "return", "source", ".", "MultiPointSource", "(", "source_id", "=", "node", "[", "'id'", "]", ",", "name", "=", "node", "[", "'name'", "]", ",", "tectonic_region_type", "=", "node", ".", "attrib", ".", "get", "(", "'tectonicRegion'", ")", ",", "mfd", "=", "self", ".", "convert_mfdist", "(", "node", ")", ",", "magnitude_scaling_relationship", "=", "msr", ",", "rupture_aspect_ratio", "=", "~", "node", ".", "ruptAspectRatio", ",", "upper_seismogenic_depth", "=", "~", "geom", ".", "upperSeismoDepth", ",", "lower_seismogenic_depth", "=", "~", "geom", ".", "lowerSeismoDepth", ",", "nodal_plane_distribution", "=", "self", ".", "convert_npdist", "(", "node", ")", ",", "hypocenter_distribution", "=", "self", ".", "convert_hpdist", "(", "node", ")", ",", "mesh", "=", "geo", ".", "Mesh", "(", "F32", "(", "lons", ")", ",", "F32", "(", "lats", ")", ")", ",", "temporal_occurrence_model", "=", "self", ".", "get_tom", "(", "node", ")", ")" ]

[ "Convert", "the", "given", "node", "into", "a", "MultiPointSource", "object", "." ]

[ "def", "convert_simpleFaultSource", "(", "self", ",", "node", ")", ":", "geom", "=", "node", ".", "simpleFaultGeometry", "msr", "=", "valid", ".", "SCALEREL", "[", "~", "node", ".", "magScaleRel", "]", "(", ")", "fault_trace", "=", "self", ".", "geo_line", "(", "geom", ")", "mfd", "=", "self", ".", "convert_mfdist", "(", "node", ")", "with", "context", "(", "self", ".", "fname", ",", "node", ")", ":", "try", ":", "hypo_list", "=", "valid", ".", "hypo_list", "(", "node", ".", "hypoList", ")", "except", "AttributeError", ":", "hypo_list", "=", "(", ")", "try", ":", "slip_list", "=", "valid", ".", "slip_list", "(", "node", ".", "slipList", ")", "except", "AttributeError", ":", "slip_list", "=", "(", ")", "simple", "=", "source", ".", "SimpleFaultSource", "(", "source_id", "=", "node", "[", "'id'", "]", ",", "name", "=", "node", "[", "'name'", "]", ",", "tectonic_region_type", "=", "node", ".", "attrib", ".", "get", "(", "'tectonicRegion'", ")", ",", "mfd", "=", "mfd", ",", "rupture_mesh_spacing", "=", "self", ".", "rupture_mesh_spacing", ",", "magnitude_scaling_relationship", "=", "msr", ",", "rupture_aspect_ratio", "=", "~", "node", ".", "ruptAspectRatio", ",", "upper_seismogenic_depth", "=", "~", "geom", ".", "upperSeismoDepth", ",", "lower_seismogenic_depth", "=", "~", "geom", ".", "lowerSeismoDepth", ",", "fault_trace", "=", "fault_trace", ",", "dip", "=", "~", "geom", ".", "dip", ",", "rake", "=", "~", "node", ".", "rake", ",", "temporal_occurrence_model", "=", "self", ".", "get_tom", "(", "node", ")", ",", "hypo_list", "=", "hypo_list", ",", "slip_list", "=", "slip_list", ")", "return", "simple" ]

[ "Convert", "the", "given", "node", "into", "a", "simple", "fault", "object", "." ]

[ "def", "convert_complexFaultSource", "(", "self", ",", "node", ")", ":", "geom", "=", "node", ".", "complexFaultGeometry", "edges", "=", "self", ".", "geo_lines", "(", "geom", ")", "mfd", "=", "self", ".", "convert_mfdist", "(", "node", ")", "msr", "=", "valid", ".", "SCALEREL", "[", "~", "node", ".", "magScaleRel", "]", "(", ")", "with", "context", "(", "self", ".", "fname", ",", "node", ")", ":", "cmplx", "=", "source", ".", "ComplexFaultSource", "(", "source_id", "=", "node", "[", "'id'", "]", ",", "name", "=", "node", "[", "'name'", "]", ",", "tectonic_region_type", "=", "node", ".", "attrib", ".", "get", "(", "'tectonicRegion'", ")", ",", "mfd", "=", "mfd", ",", "rupture_mesh_spacing", "=", "self", ".", "complex_fault_mesh_spacing", ",", "magnitude_scaling_relationship", "=", "msr", ",", "rupture_aspect_ratio", "=", "~", "node", ".", "ruptAspectRatio", ",", "edges", "=", "edges", ",", "rake", "=", "~", "node", ".", "rake", ",", "temporal_occurrence_model", "=", "self", ".", "get_tom", "(", "node", ")", ")", "return", "cmplx" ]

[ "Convert", "the", "given", "node", "into", "a", "complex", "fault", "object", "." ]

[ "def", "convert_characteristicFaultSource", "(", "self", ",", "node", ")", ":", "char", "=", "source", ".", "CharacteristicFaultSource", "(", "source_id", "=", "node", "[", "'id'", "]", ",", "name", "=", "node", "[", "'name'", "]", ",", "tectonic_region_type", "=", "node", ".", "attrib", ".", "get", "(", "'tectonicRegion'", ")", ",", "mfd", "=", "self", ".", "convert_mfdist", "(", "node", ")", ",", "surface", "=", "self", ".", "convert_surfaces", "(", "node", ".", "surface", ")", ",", "rake", "=", "~", "node", ".", "rake", ",", "temporal_occurrence_model", "=", "self", ".", "get_tom", "(", "node", ")", ")", "return", "char" ]

[ "Convert", "the", "given", "node", "into", "a", "characteristic", "fault", "object", "." ]

[ "def", "convert_nonParametricSeismicSource", "(", "self", ",", "node", ")", ":", "trt", "=", "node", ".", "attrib", ".", "get", "(", "'tectonicRegion'", ")", "rup_pmf_data", "=", "[", "]", "rups_weights", "=", "None", "if", "'rup_weights'", "in", "node", ".", "attrib", ":", "tmp", "=", "node", ".", "attrib", ".", "get", "(", "'rup_weights'", ")", "rups_weights", "=", "numpy", ".", "array", "(", "[", "float", "(", "s", ")", "for", "s", "in", "tmp", ".", "split", "(", ")", "]", ")", "for", "i", ",", "rupnode", "in", "enumerate", "(", "node", ")", ":", "probs", "=", "pmf", ".", "PMF", "(", "valid", ".", "pmf", "(", "rupnode", "[", "'probs_occur'", "]", ")", ")", "rup", "=", "RuptureConverter", ".", "convert_node", "(", "self", ",", "rupnode", ")", "rup", ".", "tectonic_region_type", "=", "trt", "rup", ".", "weight", "=", "None", "if", "rups_weights", "is", "None", "else", "rups_weights", "[", "i", "]", "rup_pmf_data", ".", "append", "(", "(", "rup", ",", "probs", ")", ")", "nps", "=", "source", ".", "NonParametricSeismicSource", "(", "node", "[", "'id'", "]", ",", "node", "[", "'name'", "]", ",", "trt", ",", "rup_pmf_data", ")", "nps", ".", "splittable", "=", "'rup_weights'", "not", "in", "node", ".", "attrib", "return", "nps" ]

[ "Convert", "the", "given", "node", "into", "a", "non", "parametric", "source", "object", "." ]

[ "def", "convert_sourceGroup", "(", "self", ",", "node", ")", ":", "trt", "=", "node", "[", "'tectonicRegion'", "]", "srcs_weights", "=", "node", ".", "attrib", ".", "get", "(", "'srcs_weights'", ")", "grp_attrs", "=", "{", "k", ":", "v", "for", "k", ",", "v", "in", "node", ".", "attrib", ".", "items", "(", ")", "if", "k", "not", "in", "(", "'name'", ",", "'src_interdep'", ",", "'rup_interdep'", ",", "'srcs_weights'", ")", "}", "sg", "=", "SourceGroup", "(", "trt", ",", "min_mag", "=", "self", ".", "minimum_magnitude", ")", "sg", ".", "temporal_occurrence_model", "=", "self", ".", "get_tom", "(", "node", ")", "sg", ".", "name", "=", "node", ".", "attrib", ".", "get", "(", "'name'", ")", "# Set attributes related to occurrence", "sg", ".", "src_interdep", "=", "node", ".", "attrib", ".", "get", "(", "'src_interdep'", ",", "'indep'", ")", "sg", ".", "rup_interdep", "=", "node", ".", "attrib", ".", "get", "(", "'rup_interdep'", ",", "'indep'", ")", "sg", ".", "grp_probability", "=", "node", ".", "attrib", ".", "get", "(", "'grp_probability'", ")", "# Set the cluster attribute", "sg", ".", "cluster", "=", "node", ".", "attrib", ".", "get", "(", "'cluster'", ")", "==", "'true'", "# Filter admitted cases", "# 1. The source group is a cluster. In this case the cluster must have", "# the attributes required to define its occurrence in time.", "if", "sg", ".", "cluster", ":", "msg", "=", "'A cluster group requires the definition of a temporal'", "msg", "+=", "' occurrence model'", "assert", "'tom'", "in", "node", ".", "attrib", ",", "msg", "if", "isinstance", "(", "tom", ",", "PoissonTOM", ")", ":", "assert", "hasattr", "(", "sg", ",", "'occurrence_rate'", ")", "#", "for", "src_node", "in", "node", ":", "if", "self", ".", "source_id", "and", "self", ".", "source_id", "!=", "src_node", "[", "'id'", "]", ":", "continue", "# filter by source_id", "src", "=", "self", ".", "convert_node", "(", "src_node", ")", "# transmit the group attributes to the underlying source", "for", "attr", ",", "value", "in", "grp_attrs", ".", "items", "(", ")", ":", "if", "attr", "==", "'tectonicRegion'", ":", "src_trt", "=", "src_node", ".", "get", "(", "'tectonicRegion'", ")", "if", "src_trt", "and", "src_trt", "!=", "trt", ":", "with", "context", "(", "self", ".", "fname", ",", "src_node", ")", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Found %s, expected %s'", "%", "(", "src_node", "[", "'tectonicRegion'", "]", ",", "trt", ")", ")", "src", ".", "tectonic_region_type", "=", "trt", "elif", "attr", "==", "'grp_probability'", ":", "pass", "# do not transmit", "else", ":", "# transmit as it is", "setattr", "(", "src", ",", "attr", ",", "node", "[", "attr", "]", ")", "sg", ".", "update", "(", "src", ")", "if", "srcs_weights", "is", "not", "None", ":", "if", "len", "(", "node", ")", "and", "len", "(", "srcs_weights", ")", "!=", "len", "(", "node", ")", ":", "raise", "ValueError", "(", "'There are %d srcs_weights but %d source(s) in %s'", "%", "(", "len", "(", "srcs_weights", ")", ",", "len", "(", "node", ")", ",", "self", ".", "fname", ")", ")", "for", "src", ",", "sw", "in", "zip", "(", "sg", ",", "srcs_weights", ")", ":", "src", ".", "mutex_weight", "=", "sw", "# check that, when the cluster option is set, the group has a temporal", "# occurrence model properly defined", "if", "sg", ".", "cluster", "and", "not", "hasattr", "(", "sg", ",", "'temporal_occurrence_model'", ")", ":", "msg", "=", "'The Source Group is a cluster but does not have a '", "msg", "+=", "'temporal occurrence model'", "raise", "ValueError", "(", "msg", ")", "return", "sg" ]

[ "Convert", "the", "given", "node", "into", "a", "SourceGroup", "object", "." ]

[ "def", "_check_list_weights", "(", "parameter", ",", "name", ")", ":", "if", "not", "isinstance", "(", "parameter", ",", "list", ")", ":", "raise", "ValueError", "(", "'%s must be formatted with a list of tuples'", "%", "name", ")", "weight", "=", "np", ".", "sum", "(", "[", "val", "[", "1", "]", "for", "val", "in", "parameter", "]", ")", "if", "fabs", "(", "weight", "-", "1.", ")", ">", "1E-8", ":", "raise", "ValueError", "(", "'%s weights do not sum to 1.0!'", "%", "name", ")", "return", "parameter" ]

[ "Checks", "that", "the", "weights", "in", "a", "list", "of", "tuples", "sums", "to", "1", ".", "0" ]

[ "def", "build_fault_model", "(", "self", ",", "collapse", "=", "False", ",", "rendered_msr", "=", "WC1994", "(", ")", ",", "mfd_config", "=", "None", ")", ":", "self", ".", "source_model", "=", "mtkSourceModel", "(", "self", ".", "id", ",", "self", ".", "name", ")", "for", "fault", "in", "self", ".", "faults", ":", "fault", ".", "generate_recurrence_models", "(", "collapse", ",", "config", "=", "mfd_config", ",", "rendered_msr", "=", "rendered_msr", ")", "src_model", ",", "src_weight", "=", "fault", ".", "generate_fault_source_model", "(", ")", "for", "iloc", ",", "model", "in", "enumerate", "(", "src_model", ")", ":", "new_model", "=", "deepcopy", "(", "model", ")", "new_model", ".", "id", "=", "str", "(", "model", ".", "id", ")", "+", "'_%g'", "%", "(", "iloc", "+", "1", ")", "new_model", ".", "mfd", ".", "occurrence_rates", "=", "(", "np", ".", "array", "(", "new_model", ".", "mfd", ".", "occurrence_rates", ")", "*", "src_weight", "[", "iloc", "]", ")", ".", "tolist", "(", ")", "self", ".", "source_model", ".", "sources", ".", "append", "(", "new_model", ")" ]

[ "Constructs", "a", "full", "fault", "model", "with", "epistemic", "uncertainty", "by", "enumerating", "all", "the", "possible", "recurrence", "models", "of", "each", "fault", "as", "separate", "faults", "with", "the", "recurrence", "rates", "multiplied", "by", "the", "corresponding", "weights", "." ]

[ "def", "read_file", "(", "self", ",", "start_year", "=", "None", ",", "end_year", "=", "None", ",", "use_centroid", "=", "None", ")", ":", "raw_data", "=", "getlines", "(", "self", ".", "filename", ")", "num_lines", "=", "len", "(", "raw_data", ")", "if", "(", "(", "float", "(", "num_lines", ")", "/", "5.", ")", "-", "float", "(", "num_lines", "/", "5", ")", ")", ">", "1E-9", ":", "raise", "IOError", "(", "'GCMT represented by 5 lines - number in file not'", "' a multiple of 5!'", ")", "self", ".", "catalogue", ".", "number_gcmts", "=", "num_lines", "//", "5", "self", ".", "catalogue", ".", "gcmts", "=", "[", "None", "]", "*", "self", ".", "catalogue", ".", "number_gcmts", "# Pre-allocates list", "id0", "=", "0", "print", "(", "'Parsing catalogue ...'", ")", "for", "iloc", "in", "range", "(", "0", ",", "self", ".", "catalogue", ".", "number_gcmts", ")", ":", "self", ".", "catalogue", ".", "gcmts", "[", "iloc", "]", "=", "self", ".", "read_ndk_event", "(", "raw_data", ",", "id0", ")", "id0", "+=", "5", "print", "(", "'complete. Contains %s moment tensors'", "%", "self", ".", "catalogue", ".", "get_number_tensors", "(", ")", ")", "if", "not", "start_year", ":", "min_years", "=", "[", "]", "min_years", "=", "[", "cent", ".", "centroid", ".", "date", ".", "year", "for", "cent", "in", "self", ".", "catalogue", ".", "gcmts", "]", "self", ".", "catalogue", ".", "start_year", "=", "np", ".", "min", "(", "min_years", ")", "if", "not", "end_year", ":", "max_years", "=", "[", "]", "max_years", "=", "[", "cent", ".", "centroid", ".", "date", ".", "year", "for", "cent", "in", "self", ".", "catalogue", ".", "gcmts", "]", "self", ".", "catalogue", ".", "end_year", "=", "np", ".", "max", "(", "max_years", ")", "self", ".", "to_hmtk", "(", "use_centroid", ")", "return", "self", ".", "catalogue" ]

[ "Reads", "the", "file" ]

[ "def", "read_ndk_event", "(", "self", ",", "raw_data", ",", "id0", ")", ":", "gcmt", "=", "GCMTEvent", "(", ")", "# Get hypocentre", "ndkstring", "=", "raw_data", "[", "id0", "]", ".", "rstrip", "(", "'\\n'", ")", "gcmt", ".", "hypocentre", "=", "self", ".", "_read_hypocentre_from_ndk_string", "(", "ndkstring", ")", "# GCMT metadata", "ndkstring", "=", "raw_data", "[", "id0", "+", "1", "]", ".", "rstrip", "(", "'\\n'", ")", "gcmt", "=", "self", ".", "_get_metadata_from_ndk_string", "(", "gcmt", ",", "ndkstring", ")", "# Get Centroid", "ndkstring", "=", "raw_data", "[", "id0", "+", "2", "]", ".", "rstrip", "(", "'\\n'", ")", "gcmt", ".", "centroid", "=", "self", ".", "_read_centroid_from_ndk_string", "(", "ndkstring", ",", "gcmt", ".", "hypocentre", ")", "# Get Moment Tensor", "ndkstring", "=", "raw_data", "[", "id0", "+", "3", "]", ".", "rstrip", "(", "'\\n'", ")", "gcmt", ".", "moment_tensor", "=", "self", ".", "_get_moment_tensor_from_ndk_string", "(", "ndkstring", ")", "# Get principal axes", "ndkstring", "=", "raw_data", "[", "id0", "+", "4", "]", ".", "rstrip", "(", "'\\n'", ")", "gcmt", ".", "principal_axes", "=", "self", ".", "_get_principal_axes_from_ndk_string", "(", "ndkstring", "[", "3", ":", "48", "]", ",", "exponent", "=", "gcmt", ".", "moment_tensor", ".", "exponent", ")", "# Get Nodal Planes", "gcmt", ".", "nodal_planes", "=", "self", ".", "_get_nodal_planes_from_ndk_string", "(", "ndkstring", "[", "57", ":", "]", ")", "# Get Moment and Magnitude", "gcmt", ".", "moment", ",", "gcmt", ".", "version", ",", "gcmt", ".", "magnitude", "=", "self", ".", "_get_moment_from_ndk_string", "(", "ndkstring", ",", "gcmt", ".", "moment_tensor", ".", "exponent", ")", "return", "gcmt" ]

[ "Reads", "a", "5", "-", "line", "batch", "of", "data", "into", "a", "set", "of", "GCMTs" ]

[ "def", "_read_hypocentre_from_ndk_string", "(", "self", ",", "linestring", ")", ":", "hypo", "=", "GCMTHypocentre", "(", ")", "hypo", ".", "source", "=", "linestring", "[", "0", ":", "4", "]", "hypo", ".", "date", "=", "_read_date_from_string", "(", "linestring", "[", "5", ":", "15", "]", ")", "hypo", ".", "time", "=", "_read_time_from_string", "(", "linestring", "[", "16", ":", "26", "]", ")", "hypo", ".", "latitude", "=", "float", "(", "linestring", "[", "27", ":", "33", "]", ")", "hypo", ".", "longitude", "=", "float", "(", "linestring", "[", "34", ":", "41", "]", ")", "hypo", ".", "depth", "=", "float", "(", "linestring", "[", "42", ":", "47", "]", ")", "magnitudes", "=", "[", "float", "(", "x", ")", "for", "x", "in", "linestring", "[", "48", ":", "55", "]", ".", "split", "(", "' '", ")", "]", "if", "magnitudes", "[", "0", "]", ">", "0.", ":", "hypo", ".", "m_b", "=", "magnitudes", "[", "0", "]", "if", "magnitudes", "[", "1", "]", ">", "0.", ":", "hypo", ".", "m_s", "=", "magnitudes", "[", "1", "]", "hypo", ".", "location", "=", "linestring", "[", "56", ":", "]", "return", "hypo" ]

[ "Reads", "the", "hypocentre", "data", "from", "the", "ndk", "string", "to", "return", "an", "instance", "of", "the", "GCMTHypocentre", "class" ]

[ "def", "_get_metadata_from_ndk_string", "(", "self", ",", "gcmt", ",", "ndk_string", ")", ":", "gcmt", ".", "identifier", "=", "ndk_string", "[", ":", "16", "]", "inversion_data", "=", "re", ".", "split", "(", "'[A-Z:]+'", ",", "ndk_string", "[", "17", ":", "61", "]", ")", "gcmt", ".", "metadata", "[", "'BODY'", "]", "=", "[", "float", "(", "x", ")", "for", "x", "in", "inversion_data", "[", "1", "]", ".", "split", "(", ")", "]", "gcmt", ".", "metadata", "[", "'SURFACE'", "]", "=", "[", "float", "(", "x", ")", "for", "x", "in", "inversion_data", "[", "2", "]", ".", "split", "(", ")", "]", "gcmt", ".", "metadata", "[", "'MANTLE'", "]", "=", "[", "float", "(", "x", ")", "for", "x", "in", "inversion_data", "[", "3", "]", ".", "split", "(", ")", "]", "further_meta", "=", "re", ".", "split", "(", "'[: ]+'", ",", "ndk_string", "[", "62", ":", "]", ")", "gcmt", ".", "metadata", "[", "'CMT'", "]", "=", "int", "(", "further_meta", "[", "1", "]", ")", "gcmt", ".", "metadata", "[", "'FUNCTION'", "]", "=", "{", "'TYPE'", ":", "further_meta", "[", "2", "]", ",", "'DURATION'", ":", "float", "(", "further_meta", "[", "3", "]", ")", "}", "return", "gcmt" ]

[ "Reads", "the", "GCMT", "metadata", "from", "line", "2", "of", "the", "ndk", "batch" ]

[ "def", "_get_principal_axes_from_ndk_string", "(", "self", ",", "ndk_string", ",", "exponent", ")", ":", "axes", "=", "GCMTPrincipalAxes", "(", ")", "# The principal axes is defined in characters 3:48 of the 5th line", "exponent", "=", "10.", "**", "exponent", "axes", ".", "t_axis", "=", "{", "'eigenvalue'", ":", "exponent", "*", "float", "(", "ndk_string", "[", "0", ":", "8", "]", ")", ",", "'plunge'", ":", "float", "(", "ndk_string", "[", "8", ":", "11", "]", ")", ",", "'azimuth'", ":", "float", "(", "ndk_string", "[", "11", ":", "15", "]", ")", "}", "axes", ".", "b_axis", "=", "{", "'eigenvalue'", ":", "exponent", "*", "float", "(", "ndk_string", "[", "15", ":", "23", "]", ")", ",", "'plunge'", ":", "float", "(", "ndk_string", "[", "23", ":", "26", "]", ")", ",", "'azimuth'", ":", "float", "(", "ndk_string", "[", "26", ":", "30", "]", ")", "}", "axes", ".", "p_axis", "=", "{", "'eigenvalue'", ":", "exponent", "*", "float", "(", "ndk_string", "[", "30", ":", "38", "]", ")", ",", "'plunge'", ":", "float", "(", "ndk_string", "[", "38", ":", "41", "]", ")", ",", "'azimuth'", ":", "float", "(", "ndk_string", "[", "41", ":", "]", ")", "}", "return", "axes" ]

[ "Gets", "the", "principal", "axes", "from", "the", "ndk", "string", "and", "returns", "an", "instance", "of", "the", "GCMTPrincipalAxes", "class" ]

[ "def", "_get_moment_from_ndk_string", "(", "self", ",", "ndk_string", ",", "exponent", ")", ":", "moment", "=", "float", "(", "ndk_string", "[", "49", ":", "56", "]", ")", "*", "(", "10.", "**", "exponent", ")", "version", "=", "ndk_string", "[", ":", "3", "]", "magnitude", "=", "utils", ".", "moment_magnitude_scalar", "(", "moment", ")", "return", "moment", ",", "version", ",", "magnitude" ]

[ "Returns", "the", "moment", "and", "the", "moment", "magnitude" ]

[ "def", "serialise_to_nrml", "(", "self", ",", "filename", ",", "use_defaults", "=", "False", ")", ":", "source_model", "=", "self", ".", "convert_to_oqhazardlib", "(", "PoissonTOM", "(", "1.0", ")", ",", "2.0", ",", "2.0", ",", "10.0", ",", "use_defaults", "=", "use_defaults", ")", "write_source_model", "(", "filename", ",", "source_model", ",", "name", "=", "self", ".", "name", ")" ]

[ "Writes", "the", "source", "model", "to", "a", "nrml", "source", "model", "file", "given", "by", "the", "filename" ]

[ "def", "input_checks", "(", "catalogue", ",", "config", ",", "completeness", ")", ":", "if", "isinstance", "(", "completeness", ",", "np", ".", "ndarray", ")", ":", "# completeness table is a numpy array (i.e. [year, magnitude])", "if", "np", ".", "shape", "(", "completeness", ")", "[", "1", "]", "!=", "2", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Completeness Table incorrectly configured'", ")", "else", ":", "cmag", "=", "completeness", "[", ":", ",", "1", "]", "ctime", "=", "completeness", "[", ":", ",", "0", "]", "elif", "isinstance", "(", "completeness", ",", "float", ")", ":", "# Completeness corresponds to a single magnitude (i.e. applies to", "# the entire catalogue)", "cmag", "=", "np", ".", "array", "(", "completeness", ")", "ctime", "=", "np", ".", "array", "(", "np", ".", "min", "(", "catalogue", ".", "data", "[", "'year'", "]", ")", ")", "else", ":", "# Everything is valid - i.e. no completeness magnitude", "cmag", "=", "np", ".", "array", "(", "np", ".", "min", "(", "catalogue", ".", "data", "[", "'magnitude'", "]", ")", ")", "ctime", "=", "np", ".", "array", "(", "np", ".", "min", "(", "catalogue", ".", "data", "[", "'year'", "]", ")", ")", "# Set reference magnitude - if not in config then default to M = 0.", "if", "not", "config", ":", "# use default reference magnitude of 0.0 and magnitude interval of 0.1", "ref_mag", "=", "0.0", "dmag", "=", "0.1", "config", "=", "{", "'reference_magnitude'", ":", "None", ",", "'magnitude_interval'", ":", "0.1", "}", "else", ":", "if", "(", "not", "'reference_magnitude'", "in", "config", ".", "keys", "(", ")", ")", "or", "(", "config", "[", "'reference_magnitude'", "]", "is", "None", ")", ":", "ref_mag", "=", "0.", "config", "[", "'reference_magnitude'", "]", "=", "None", "else", ":", "ref_mag", "=", "config", "[", "'reference_magnitude'", "]", "if", "(", "not", "'magnitude_interval'", "in", "config", ".", "keys", "(", ")", ")", "or", "not", "config", "[", "'magnitude_interval'", "]", ":", "dmag", "=", "0.1", "else", ":", "dmag", "=", "config", "[", "'magnitude_interval'", "]", "return", "cmag", ",", "ctime", ",", "ref_mag", ",", "dmag", ",", "config" ]

[ "Performs", "a", "basic", "set", "of", "input", "checks", "on", "the", "data" ]

[ "def", "generate_trunc_gr_magnitudes", "(", "bval", ",", "mmin", ",", "mmax", ",", "nsamples", ")", ":", "sampler", "=", "np", ".", "random", ".", "uniform", "(", "0.", ",", "1.", ",", "nsamples", ")", "beta", "=", "bval", "*", "np", ".", "log", "(", "10.", ")", "return", "(", "-", "1.", "/", "beta", ")", "*", "(", "np", ".", "log", "(", "1.", "-", "sampler", "*", "(", "1", "-", "np", ".", "exp", "(", "-", "beta", "*", "(", "mmax", "-", "mmin", ")", ")", ")", ")", ")", "+", "mmin" ]

[ "Generate", "a", "random", "list", "of", "magnitudes", "distributed", "according", "to", "a", "truncated", "Gutenberg", "-", "Richter", "model" ]

[ "def", "generate_synthetic_magnitudes", "(", "aval", ",", "bval", ",", "mmin", ",", "mmax", ",", "nyears", ")", ":", "nsamples", "=", "int", "(", "np", ".", "round", "(", "nyears", "*", "(", "10.", "**", "(", "aval", "-", "bval", "*", "mmin", ")", ")", ",", "0", ")", ")", "year", "=", "np", ".", "random", ".", "randint", "(", "0", ",", "nyears", ",", "nsamples", ")", "# Get magnitudes", "mags", "=", "generate_trunc_gr_magnitudes", "(", "bval", ",", "mmin", ",", "mmax", ",", "nsamples", ")", "return", "{", "'magnitude'", ":", "mags", ",", "'year'", ":", "np", ".", "sort", "(", "year", ")", "}" ]

[ "Generates", "a", "synthetic", "catalogue", "for", "a", "specified", "number", "of", "years", "with", "magnitudes", "distributed", "according", "to", "a", "truncated", "Gutenberg", "-", "Richter", "distribution" ]

[ "def", "downsample_completeness_table", "(", "comp_table", ",", "sample_width", "=", "0.1", ",", "mmax", "=", "None", ")", ":", "new_comp_table", "=", "[", "]", "for", "i", "in", "range", "(", "comp_table", ".", "shape", "[", "0", "]", "-", "1", ")", ":", "mvals", "=", "np", ".", "arange", "(", "comp_table", "[", "i", ",", "1", "]", ",", "comp_table", "[", "i", "+", "1", ",", "1", "]", ",", "d_m", ")", "# FIXME: d_m is undefined!", "new_comp_table", ".", "extend", "(", "[", "[", "comp_table", "[", "i", ",", "0", "]", ",", "mval", "]", "for", "mval", "in", "mvals", "]", ")", "# If mmax > last magnitude in completeness table", "if", "mmax", "and", "(", "mmax", ">", "comp_table", "[", "-", "1", ",", "1", "]", ")", ":", "new_comp_table", ".", "extend", "(", "[", "[", "comp_table", "[", "-", "1", ",", "0", "]", ",", "mval", "]", "for", "mval", "in", "np", ".", "arange", "(", "comp_table", "[", "-", "1", ",", "1", "]", ",", "mmax", "+", "d_m", ",", "d_m", ")", "]", ")", "return", "np", ".", "array", "(", "new_comp_table", ")" ]

[ "Re", "-", "sample", "the", "completeness", "table", "to", "a", "specified", "sample_width" ]

[ "def", "reset", "(", "yes", ")", ":", "ok", "=", "yes", "or", "confirm", "(", "'Do you really want to destroy all your data? (y/n) '", ")", "if", "not", "ok", ":", "return", "dbpath", "=", "os", ".", "path", ".", "realpath", "(", "os", ".", "path", ".", "expanduser", "(", "config", ".", "dbserver", ".", "file", ")", ")", "# user must be able to access and write the databse file to remove it", "if", "os", ".", "path", ".", "isfile", "(", "dbpath", ")", "and", "os", ".", "access", "(", "dbpath", ",", "os", ".", "W_OK", ")", ":", "if", "dbserver", ".", "get_status", "(", ")", "==", "'running'", ":", "if", "config", ".", "dbserver", ".", "multi_user", ":", "sys", ".", "exit", "(", "'The oq dbserver must be stopped '", "'before proceeding'", ")", "else", ":", "pid", "=", "logs", ".", "dbcmd", "(", "'getpid'", ")", "os", ".", "kill", "(", "pid", ",", "signal", ".", "SIGTERM", ")", "time", ".", "sleep", "(", ".5", ")", "# give time to stop", "assert", "dbserver", ".", "get_status", "(", ")", "==", "'not-running'", "print", "(", "'dbserver stopped'", ")", "try", ":", "os", ".", "remove", "(", "dbpath", ")", "print", "(", "'Removed %s'", "%", "dbpath", ")", "except", "OSError", "as", "exc", ":", "print", "(", "exc", ",", "file", "=", "sys", ".", "stderr", ")", "# fast way of removing everything", "purge_all", "(", "fast", "=", "True", ")" ]

[ "Remove", "all", "the", "datastores", "and", "the", "database", "of", "the", "current", "user" ]

[ "def", "set_status", "(", "db", ",", "job_id", ",", "status", ")", ":", "assert", "status", "in", "(", "'created'", ",", "'submitted'", ",", "'executing'", ",", "'complete'", ",", "'aborted'", ",", "'failed'", ")", ",", "status", "if", "status", "in", "(", "'created'", ",", "'complete'", ",", "'failed'", ",", "'aborted'", ")", ":", "is_running", "=", "0", "else", ":", "# 'executing'", "is_running", "=", "1", "if", "job_id", "<", "0", ":", "rows", "=", "db", "(", "'SELECT id FROM job ORDER BY id DESC LIMIT ?x'", ",", "-", "job_id", ")", "if", "not", "rows", ":", "return", "0", "job_id", "=", "rows", "[", "-", "1", "]", ".", "id", "cursor", "=", "db", "(", "'UPDATE job SET status=?x, is_running=?x WHERE id=?x'", ",", "status", ",", "is_running", ",", "job_id", ")", "return", "cursor", ".", "rowcount" ]

[ "Set", "the", "status", "created", "executing", "complete", "failed", "aborted", "consistently", "with", "is_running", "." ]

[ "def", "create_job", "(", "db", ",", "datadir", ")", ":", "calc_id", "=", "get_calc_id", "(", "db", ",", "datadir", ")", "+", "1", "job", "=", "dict", "(", "id", "=", "calc_id", ",", "is_running", "=", "1", ",", "description", "=", "'just created'", ",", "user_name", "=", "'openquake'", ",", "calculation_mode", "=", "'to be set'", ",", "ds_calc_dir", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "'%s/calc_%s'", "%", "(", "datadir", ",", "calc_id", ")", ")", ")", "return", "db", "(", "'INSERT INTO job (?S) VALUES (?X)'", ",", "job", ".", "keys", "(", ")", ",", "job", ".", "values", "(", ")", ")", ".", "lastrowid" ]

[ "Create", "job", "for", "the", "given", "user", "return", "it", "." ]

[ "def", "import_job", "(", "db", ",", "calc_id", ",", "calc_mode", ",", "description", ",", "user_name", ",", "status", ",", "hc_id", ",", "datadir", ")", ":", "job", "=", "dict", "(", "id", "=", "calc_id", ",", "calculation_mode", "=", "calc_mode", ",", "description", "=", "description", ",", "user_name", "=", "user_name", ",", "hazard_calculation_id", "=", "hc_id", ",", "is_running", "=", "0", ",", "status", "=", "status", ",", "ds_calc_dir", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "'%s/calc_%s'", "%", "(", "datadir", ",", "calc_id", ")", ")", ")", "db", "(", "'INSERT INTO job (?S) VALUES (?X)'", ",", "job", ".", "keys", "(", ")", ",", "job", ".", "values", "(", ")", ")" ]

[ "Insert", "a", "calculation", "inside", "the", "database", "if", "calc_id", "is", "not", "taken" ]

[ "def", "get_job", "(", "db", ",", "job_id", ",", "username", "=", "None", ")", ":", "job_id", "=", "int", "(", "job_id", ")", "if", "job_id", ">", "0", ":", "dic", "=", "dict", "(", "id", "=", "job_id", ")", "if", "username", ":", "dic", "[", "'user_name'", "]", "=", "username", "try", ":", "return", "db", "(", "'SELECT * FROM job WHERE ?A'", ",", "dic", ",", "one", "=", "True", ")", "except", "NotFound", ":", "return", "# else negative job_id", "if", "username", ":", "joblist", "=", "db", "(", "'SELECT * FROM job WHERE user_name=?x '", "'ORDER BY id DESC LIMIT ?x'", ",", "username", ",", "-", "job_id", ")", "else", ":", "joblist", "=", "db", "(", "'SELECT * FROM job ORDER BY id DESC LIMIT ?x'", ",", "-", "job_id", ")", "if", "not", "joblist", ":", "# no jobs", "return", "else", ":", "return", "joblist", "[", "-", "1", "]" ]

[ "If", "job_id", "is", "negative", "return", "the", "last", "calculation", "of", "the", "current", "user", "otherwise", "returns", "the", "job_id", "unchanged", "." ]

[ "def", "get_calc_id", "(", "db", ",", "datadir", ",", "job_id", "=", "None", ")", ":", "calcs", "=", "datastore", ".", "get_calc_ids", "(", "datadir", ")", "calc_id", "=", "0", "if", "not", "calcs", "else", "calcs", "[", "-", "1", "]", "if", "job_id", "is", "None", ":", "try", ":", "job_id", "=", "db", "(", "'SELECT seq FROM sqlite_sequence WHERE name=\"job\"'", ",", "scalar", "=", "True", ")", "except", "NotFound", ":", "job_id", "=", "0", "return", "max", "(", "calc_id", ",", "job_id", ")" ]

[ "Return", "the", "latest", "calc_id", "by", "looking", "both", "at", "the", "datastore", "and", "the", "database", "." ]

[ "def", "list_calculations", "(", "db", ",", "job_type", ",", "user_name", ")", ":", "jobs", "=", "db", "(", "'SELECT *, %s FROM job WHERE user_name=?x '", "'AND job_type=?x ORDER BY start_time'", "%", "JOB_TYPE", ",", "user_name", ",", "job_type", ")", "out", "=", "[", "]", "if", "len", "(", "jobs", ")", "==", "0", ":", "out", ".", "append", "(", "'None'", ")", "else", ":", "out", ".", "append", "(", "'job_id | status | start_time | '", "' description'", ")", "for", "job", "in", "jobs", ":", "descr", "=", "job", ".", "description", "start_time", "=", "job", ".", "start_time", "out", ".", "append", "(", "'%6d | %10s | %s | %s'", "%", "(", "job", ".", "id", ",", "job", ".", "status", ",", "start_time", ",", "descr", ")", ")", "return", "out" ]

[ "Yield", "a", "summary", "of", "past", "calculations", "." ]

[ "def", "create_outputs", "(", "db", ",", "job_id", ",", "keysize", ",", "ds_size", ")", ":", "rows", "=", "[", "(", "job_id", ",", "DISPLAY_NAME", ".", "get", "(", "key", ",", "key", ")", ",", "key", ",", "size", ")", "for", "key", ",", "size", "in", "keysize", "]", "db", "(", "'UPDATE job SET size_mb=?x WHERE id=?x'", ",", "ds_size", ",", "job_id", ")", "db", ".", "insert", "(", "'output'", ",", "'oq_job_id display_name ds_key size_mb'", ".", "split", "(", ")", ",", "rows", ")" ]

[ "Build", "a", "correspondence", "between", "the", "outputs", "in", "the", "datastore", "and", "the", "ones", "in", "the", "database", ".", "Also", "update", "the", "datastore", "size", "in", "the", "job", "table", "." ]

[ "def", "finish", "(", "db", ",", "job_id", ",", "status", ")", ":", "db", "(", "'UPDATE job SET ?D WHERE id=?x'", ",", "dict", "(", "is_running", "=", "False", ",", "status", "=", "status", ",", "stop_time", "=", "datetime", ".", "utcnow", "(", ")", ")", ",", "job_id", ")" ]

[ "Set", "the", "job", "columns", "is_running", "status", "and", "stop_time", "." ]

[ "def", "del_calc", "(", "db", ",", "job_id", ",", "user", ")", ":", "job_id", "=", "int", "(", "job_id", ")", "dependent", "=", "db", "(", "'SELECT id FROM job WHERE hazard_calculation_id=?x'", ",", "job_id", ")", "if", "dependent", ":", "return", "{", "\"error\"", ":", "'Cannot delete calculation %d: there '", "'are calculations '", "'dependent from it: %s'", "%", "(", "job_id", ",", "[", "j", ".", "id", "for", "j", "in", "dependent", "]", ")", "}", "try", ":", "owner", ",", "path", "=", "db", "(", "'SELECT user_name, ds_calc_dir FROM job WHERE id=?x'", ",", "job_id", ",", "one", "=", "True", ")", "except", "NotFound", ":", "return", "{", "\"error\"", ":", "'Cannot delete calculation %d:'", "' ID does not exist'", "%", "job_id", "}", "deleted", "=", "db", "(", "'DELETE FROM job WHERE id=?x AND user_name=?x'", ",", "job_id", ",", "user", ")", ".", "rowcount", "if", "not", "deleted", ":", "return", "{", "\"error\"", ":", "'Cannot delete calculation %d: it belongs to '", "'%s and you are %s'", "%", "(", "job_id", ",", "owner", ",", "user", ")", "}", "# try to delete datastore and associated file", "# path has typically the form /home/user/oqdata/calc_XXX", "fname", "=", "path", "+", "\".hdf5\"", "try", ":", "os", ".", "remove", "(", "fname", ")", "except", "OSError", "as", "exc", ":", "# permission error", "return", "{", "\"error\"", ":", "'Could not remove %s: %s'", "%", "(", "fname", ",", "exc", ")", "}", "return", "{", "\"success\"", ":", "fname", "}" ]

[ "Delete", "a", "calculation", "and", "all", "associated", "outputs", "if", "possible", "." ]

[ "def", "log", "(", "db", ",", "job_id", ",", "timestamp", ",", "level", ",", "process", ",", "message", ")", ":", "db", "(", "'INSERT INTO log (job_id, timestamp, level, process, message) '", "'VALUES (?X)'", ",", "(", "job_id", ",", "timestamp", ",", "level", ",", "process", ",", "message", ")", ")" ]

[ "Write", "a", "log", "record", "in", "the", "database", "." ]

[ "def", "get_log", "(", "db", ",", "job_id", ")", ":", "logs", "=", "db", "(", "'SELECT * FROM log WHERE job_id=?x ORDER BY id'", ",", "job_id", ")", "out", "=", "[", "]", "for", "log", "in", "logs", ":", "time", "=", "str", "(", "log", ".", "timestamp", ")", "[", ":", "-", "4", "]", "# strip decimals", "out", ".", "append", "(", "'[%s #%d %s] %s'", "%", "(", "time", ",", "job_id", ",", "log", ".", "level", ",", "log", ".", "message", ")", ")", "return", "out" ]

[ "Extract", "the", "logs", "as", "a", "big", "string" ]

[ "def", "save_performance", "(", "db", ",", "job_id", ",", "records", ")", ":", "# NB: rec['counts'] is a numpy.uint64 which is not automatically converted", "# into an int in Ubuntu 12.04, so we convert it manually below", "rows", "=", "[", "(", "job_id", ",", "rec", "[", "'operation'", "]", ",", "rec", "[", "'time_sec'", "]", ",", "rec", "[", "'memory_mb'", "]", ",", "int", "(", "rec", "[", "'counts'", "]", ")", ")", "for", "rec", "in", "records", "]", "db", ".", "insert", "(", "'performance'", ",", "'job_id operation time_sec memory_mb counts'", ".", "split", "(", ")", ",", "rows", ")" ]

[ "Save", "in", "the", "database", "the", "performance", "information", "about", "the", "given", "job", "." ]

[ "def", "get_traceback", "(", "db", ",", "job_id", ")", ":", "# strange: understand why the filter returns two lines or zero lines", "log", "=", "db", "(", "\"SELECT * FROM log WHERE job_id=?x AND level='CRITICAL'\"", ",", "job_id", ")", "if", "not", "log", ":", "return", "[", "]", "response_data", "=", "log", "[", "-", "1", "]", ".", "message", ".", "splitlines", "(", ")", "return", "response_data" ]

[ "Return", "the", "traceback", "of", "the", "given", "calculation", "as", "a", "list", "of", "lines", ".", "The", "list", "is", "empty", "if", "the", "calculation", "was", "successful", "." ]

[ "def", "webui", "(", "cmd", ",", "hostport", "=", "'127.0.0.1:8800'", ",", "skip_browser", "=", "False", ")", ":", "dbpath", "=", "os", ".", "path", ".", "realpath", "(", "os", ".", "path", ".", "expanduser", "(", "config", ".", "dbserver", ".", "file", ")", ")", "if", "os", ".", "path", ".", "isfile", "(", "dbpath", ")", "and", "not", "os", ".", "access", "(", "dbpath", ",", "os", ".", "W_OK", ")", ":", "sys", ".", "exit", "(", "'This command must be run by the proper user: '", "'see the documentation for details'", ")", "if", "cmd", "==", "'start'", ":", "dbserver", ".", "ensure_on", "(", ")", "# start the dbserver in a subprocess", "rundjango", "(", "'runserver'", ",", "hostport", ",", "skip_browser", ")", "elif", "cmd", "in", "commands", ":", "rundjango", "(", "cmd", ")" ]

[ "start", "the", "webui", "server", "in", "foreground", "or", "perform", "other", "operation", "on", "the", "django", "application" ]

[ "def", "_get_basic_term", "(", "self", ",", "C", ",", "rup", ",", "dists", ")", ":", "# Fictitious depth calculation", "if", "rup", ".", "mag", ">", "5.", ":", "c4m", "=", "C", "[", "'c4'", "]", "elif", "rup", ".", "mag", ">", "4.", ":", "c4m", "=", "C", "[", "'c4'", "]", "-", "(", "C", "[", "'c4'", "]", "-", "1.", ")", "*", "(", "5.", "-", "rup", ".", "mag", ")", "else", ":", "c4m", "=", "1.", "R", "=", "np", ".", "sqrt", "(", "dists", ".", "rrup", "**", "2.", "+", "c4m", "**", "2.", ")", "# basic form", "base_term", "=", "C", "[", "'a1'", "]", "*", "np", ".", "ones_like", "(", "dists", ".", "rrup", ")", "+", "C", "[", "'a17'", "]", "*", "dists", ".", "rrup", "# equation 2 at page 1030", "if", "rup", ".", "mag", ">=", "C", "[", "'m1'", "]", ":", "base_term", "+=", "(", "C", "[", "'a5'", "]", "*", "(", "rup", ".", "mag", "-", "C", "[", "'m1'", "]", ")", "+", "C", "[", "'a8'", "]", "*", "(", "8.5", "-", "rup", ".", "mag", ")", "**", "2.", "+", "(", "C", "[", "'a2'", "]", "+", "C", "[", "'a3'", "]", "*", "(", "rup", ".", "mag", "-", "C", "[", "'m1'", "]", ")", ")", "*", "np", ".", "log", "(", "R", ")", ")", "elif", "rup", ".", "mag", ">=", "self", ".", "CONSTS", "[", "'m2'", "]", ":", "base_term", "+=", "(", "C", "[", "'a4'", "]", "*", "(", "rup", ".", "mag", "-", "C", "[", "'m1'", "]", ")", "+", "C", "[", "'a8'", "]", "*", "(", "8.5", "-", "rup", ".", "mag", ")", "**", "2.", "+", "(", "C", "[", "'a2'", "]", "+", "C", "[", "'a3'", "]", "*", "(", "rup", ".", "mag", "-", "C", "[", "'m1'", "]", ")", ")", "*", "np", ".", "log", "(", "R", ")", ")", "else", ":", "base_term", "+=", "(", "C", "[", "'a4'", "]", "*", "(", "self", ".", "CONSTS", "[", "'m2'", "]", "-", "C", "[", "'m1'", "]", ")", "+", "C", "[", "'a8'", "]", "*", "(", "8.5", "-", "self", ".", "CONSTS", "[", "'m2'", "]", ")", "**", "2.", "+", "C", "[", "'a6'", "]", "*", "(", "rup", ".", "mag", "-", "self", ".", "CONSTS", "[", "'m2'", "]", ")", "+", "C", "[", "'a7'", "]", "*", "(", "rup", ".", "mag", "-", "self", ".", "CONSTS", "[", "'m2'", "]", ")", "**", "2.", "+", "(", "C", "[", "'a2'", "]", "+", "C", "[", "'a3'", "]", "*", "(", "self", ".", "CONSTS", "[", "'m2'", "]", "-", "C", "[", "'m1'", "]", ")", ")", "*", "np", ".", "log", "(", "R", ")", ")", "return", "base_term" ]

[ "Compute", "and", "return", "basic", "form", "see", "page", "1030", "." ]

[ "def", "_get_vs30star", "(", "self", ",", "vs30", ",", "imt", ")", ":", "# compute the v1 value (see eq. 9, page 1034)", "if", "imt", ".", "name", "==", "\"SA\"", ":", "t", "=", "imt", ".", "period", "if", "t", "<=", "0.50", ":", "v1", "=", "1500.0", "elif", "t", "<", "3.0", ":", "v1", "=", "np", ".", "exp", "(", "-", "0.35", "*", "np", ".", "log", "(", "t", "/", "0.5", ")", "+", "np", ".", "log", "(", "1500.", ")", ")", "else", ":", "v1", "=", "800.0", "elif", "imt", ".", "name", "==", "\"PGA\"", ":", "v1", "=", "1500.0", "else", ":", "# This covers the PGV case", "v1", "=", "1500.0", "# set the vs30 star value (see eq. 8, page 1034)", "vs30_star", "=", "np", ".", "ones_like", "(", "vs30", ")", "*", "vs30", "vs30_star", "[", "vs30", ">=", "v1", "]", "=", "v1", "return", "vs30_star" ]

[ "This", "computes", "equations", "8", "and", "9", "at", "page", "1034" ]

[ "def", "_get_site_response_term", "(", "self", ",", "C", ",", "imt", ",", "vs30", ",", "sa1180", ")", ":", "# vs30 star", "vs30_star", "=", "self", ".", "_get_vs30star", "(", "vs30", ",", "imt", ")", "# compute the site term", "site_resp_term", "=", "np", ".", "zeros_like", "(", "vs30", ")", "gt_vlin", "=", "vs30", ">=", "C", "[", "'vlin'", "]", "lw_vlin", "=", "vs30", "<", "C", "[", "'vlin'", "]", "# compute site response term for sites with vs30 greater than vlin", "vs30_rat", "=", "vs30_star", "/", "C", "[", "'vlin'", "]", "site_resp_term", "[", "gt_vlin", "]", "=", "(", "(", "C", "[", "'a10'", "]", "+", "C", "[", "'b'", "]", "*", "self", ".", "CONSTS", "[", "'n'", "]", ")", "*", "np", ".", "log", "(", "vs30_rat", "[", "gt_vlin", "]", ")", ")", "# compute site response term for sites with vs30 lower than vlin", "site_resp_term", "[", "lw_vlin", "]", "=", "(", "C", "[", "'a10'", "]", "*", "np", ".", "log", "(", "vs30_rat", "[", "lw_vlin", "]", ")", "-", "C", "[", "'b'", "]", "*", "np", ".", "log", "(", "sa1180", "[", "lw_vlin", "]", "+", "C", "[", "'c'", "]", ")", "+", "C", "[", "'b'", "]", "*", "np", ".", "log", "(", "sa1180", "[", "lw_vlin", "]", "+", "C", "[", "'c'", "]", "*", "vs30_rat", "[", "lw_vlin", "]", "**", "self", ".", "CONSTS", "[", "'n'", "]", ")", ")", "return", "site_resp_term" ]

[ "Compute", "and", "return", "site", "response", "model", "term", "see", "page", "1033" ]

[ "def", "_get_hanging_wall_term", "(", "self", ",", "C", ",", "dists", ",", "rup", ")", ":", "if", "rup", ".", "dip", "==", "90.0", ":", "return", "np", ".", "zeros_like", "(", "dists", ".", "rx", ")", "else", ":", "Fhw", "=", "np", ".", "zeros_like", "(", "dists", ".", "rx", ")", "Fhw", "[", "dists", ".", "rx", ">", "0", "]", "=", "1.", "# Compute taper t1", "T1", "=", "np", ".", "ones_like", "(", "dists", ".", "rx", ")", "T1", "*=", "60.", "/", "45.", "if", "rup", ".", "dip", "<=", "30.", "else", "(", "90.", "-", "rup", ".", "dip", ")", "/", "45.0", "# Compute taper t2 (eq 12 at page 1039) - a2hw set to 0.2 as", "# indicated at page 1041", "T2", "=", "np", ".", "zeros_like", "(", "dists", ".", "rx", ")", "a2hw", "=", "0.2", "if", "rup", ".", "mag", ">", "6.5", ":", "T2", "+=", "(", "1.", "+", "a2hw", "*", "(", "rup", ".", "mag", "-", "6.5", ")", ")", "elif", "rup", ".", "mag", ">", "5.5", ":", "T2", "+=", "(", "1.", "+", "a2hw", "*", "(", "rup", ".", "mag", "-", "6.5", ")", "-", "(", "1.", "-", "a2hw", ")", "*", "(", "rup", ".", "mag", "-", "6.5", ")", "**", "2", ")", "else", ":", "T2", "*=", "0.", "# Compute taper t3 (eq. 13 at page 1039) - r1 and r2 specified at", "# page 1040", "T3", "=", "np", ".", "zeros_like", "(", "dists", ".", "rx", ")", "r1", "=", "rup", ".", "width", "*", "np", ".", "cos", "(", "np", ".", "radians", "(", "rup", ".", "dip", ")", ")", "r2", "=", "3.", "*", "r1", "#", "idx", "=", "dists", ".", "rx", "<", "r1", "T3", "[", "idx", "]", "=", "(", "np", ".", "ones_like", "(", "dists", ".", "rx", ")", "[", "idx", "]", "*", "self", ".", "CONSTS", "[", "'h1'", "]", "+", "self", ".", "CONSTS", "[", "'h2'", "]", "*", "(", "dists", ".", "rx", "[", "idx", "]", "/", "r1", ")", "+", "self", ".", "CONSTS", "[", "'h3'", "]", "*", "(", "dists", ".", "rx", "[", "idx", "]", "/", "r1", ")", "**", "2", ")", "#", "idx", "=", "(", "(", "dists", ".", "rx", ">=", "r1", ")", "&", "(", "dists", ".", "rx", "<=", "r2", ")", ")", "T3", "[", "idx", "]", "=", "1.", "-", "(", "dists", ".", "rx", "[", "idx", "]", "-", "r1", ")", "/", "(", "r2", "-", "r1", ")", "# Compute taper t4 (eq. 14 at page 1040)", "T4", "=", "np", ".", "zeros_like", "(", "dists", ".", "rx", ")", "#", "if", "rup", ".", "ztor", "<=", "10.", ":", "T4", "+=", "(", "1.", "-", "rup", ".", "ztor", "**", "2.", "/", "100.", ")", "# Compute T5 (eq 15a at page 1040) - ry1 computed according to", "# suggestions provided at page 1040", "T5", "=", "np", ".", "zeros_like", "(", "dists", ".", "rx", ")", "ry1", "=", "dists", ".", "rx", "*", "np", ".", "tan", "(", "np", ".", "radians", "(", "20.", ")", ")", "#", "idx", "=", "(", "dists", ".", "ry0", "-", "ry1", ")", "<=", "0.0", "T5", "[", "idx", "]", "=", "1.", "#", "idx", "=", "(", "(", "(", "dists", ".", "ry0", "-", "ry1", ")", ">", "0.0", ")", "&", "(", "(", "dists", ".", "ry0", "-", "ry1", ")", "<", "5.0", ")", ")", "T5", "[", "idx", "]", "=", "1.", "-", "(", "dists", ".", "ry0", "[", "idx", "]", "-", "ry1", "[", "idx", "]", ")", "/", "5.0", "# Finally, compute the hanging wall term", "return", "Fhw", "*", "C", "[", "'a13'", "]", "*", "T1", "*", "T2", "*", "T3", "*", "T4", "*", "T5" ]

[ "Compute", "and", "return", "hanging", "wall", "model", "term", "see", "page", "1038", "." ]

[ "def", "_get_top_of_rupture_depth_term", "(", "self", ",", "C", ",", "imt", ",", "rup", ")", ":", "if", "rup", ".", "ztor", ">=", "20.0", ":", "return", "C", "[", "'a15'", "]", "else", ":", "return", "C", "[", "'a15'", "]", "*", "rup", ".", "ztor", "/", "20.0" ]

[ "Compute", "and", "return", "top", "of", "rupture", "depth", "term", ".", "See", "paragraph", "Depth", "-", "to", "-", "Top", "of", "Rupture", "Model", "page", "1042", "." ]

[ "def", "_get_soil_depth_term", "(", "self", ",", "C", ",", "z1pt0", ",", "vs30", ")", ":", "# Get reference z1pt0", "z1ref", "=", "self", ".", "_get_z1pt0ref", "(", "vs30", ")", "# Get z1pt0", "z10", "=", "copy", ".", "deepcopy", "(", "z1pt0", ")", "# This is used for the calculation of the motion on reference rock", "idx", "=", "z1pt0", "<", "0", "z10", "[", "idx", "]", "=", "z1ref", "[", "idx", "]", "factor", "=", "np", ".", "log", "(", "(", "z10", "+", "0.01", ")", "/", "(", "z1ref", "+", "0.01", ")", ")", "# Here we use a linear interpolation as suggested in the 'Application", "# guidelines' at page 1044", "# Above 700 m/s the trend is flat, but we extend the Vs30 range to", "# 6,000 m/s (basically the upper limit for mantle shear wave velocity", "# on earth) to allow extrapolation without throwing an error.", "f2", "=", "interpolate", ".", "interp1d", "(", "[", "0.0", ",", "150", ",", "250", ",", "400", ",", "700", ",", "1000", ",", "6000", "]", ",", "[", "C", "[", "'a43'", "]", ",", "C", "[", "'a43'", "]", ",", "C", "[", "'a44'", "]", ",", "C", "[", "'a45'", "]", ",", "C", "[", "'a46'", "]", ",", "C", "[", "'a46'", "]", ",", "C", "[", "'a46'", "]", "]", ",", "kind", "=", "'linear'", ")", "return", "f2", "(", "vs30", ")", "*", "factor" ]

[ "Compute", "and", "return", "soil", "depth", "term", ".", "See", "page", "1042", "." ]

[ "def", "_get_stddevs", "(", "self", ",", "C", ",", "imt", ",", "rup", ",", "sites", ",", "stddev_types", ",", "sa1180", ",", "dists", ")", ":", "std_intra", "=", "self", ".", "_get_intra_event_std", "(", "C", ",", "rup", ".", "mag", ",", "sa1180", ",", "sites", ".", "vs30", ",", "sites", ".", "vs30measured", ",", "dists", ".", "rrup", ")", "std_inter", "=", "self", ".", "_get_inter_event_std", "(", "C", ",", "rup", ".", "mag", ",", "sa1180", ",", "sites", ".", "vs30", ")", "stddevs", "=", "[", "]", "for", "stddev_type", "in", "stddev_types", ":", "assert", "stddev_type", "in", "self", ".", "DEFINED_FOR_STANDARD_DEVIATION_TYPES", "if", "stddev_type", "==", "const", ".", "StdDev", ".", "TOTAL", ":", "stddevs", ".", "append", "(", "np", ".", "sqrt", "(", "std_intra", "**", "2", "+", "std_inter", "**", "2", ")", ")", "elif", "stddev_type", "==", "const", ".", "StdDev", ".", "INTRA_EVENT", ":", "stddevs", ".", "append", "(", "std_intra", ")", "elif", "stddev_type", "==", "const", ".", "StdDev", ".", "INTER_EVENT", ":", "stddevs", ".", "append", "(", "std_inter", ")", "return", "stddevs" ]

[ "Return", "standard", "deviations", "as", "described", "in", "paragraph", "Equations", "for", "standard", "deviation", "page", "1046", "." ]

[ "def", "_get_intra_event_std", "(", "self", ",", "C", ",", "mag", ",", "sa1180", ",", "vs30", ",", "vs30measured", ",", "rrup", ")", ":", "phi_al", "=", "self", ".", "_get_phi_al_regional", "(", "C", ",", "mag", ",", "vs30measured", ",", "rrup", ")", "derAmp", "=", "self", ".", "_get_derivative", "(", "C", ",", "sa1180", ",", "vs30", ")", "phi_amp", "=", "0.4", "idx", "=", "phi_al", "<", "phi_amp", "if", "np", ".", "any", "(", "idx", ")", ":", "# In the case of small magnitudes and long periods it is possible", "# for phi_al to take a value less than phi_amp, which would return", "# a complex value. According to the GMPE authors in this case", "# phi_amp should be reduced such that it is fractionally smaller", "# than phi_al", "phi_amp", "=", "0.4", "*", "np", ".", "ones_like", "(", "phi_al", ")", "phi_amp", "[", "idx", "]", "=", "0.99", "*", "phi_al", "[", "idx", "]", "phi_b", "=", "np", ".", "sqrt", "(", "phi_al", "**", "2", "-", "phi_amp", "**", "2", ")", "phi", "=", "np", ".", "sqrt", "(", "phi_b", "**", "2", "*", "(", "1", "+", "derAmp", ")", "**", "2", "+", "phi_amp", "**", "2", ")", "return", "phi" ]

[ "Returns", "Phi", "as", "described", "at", "pages", "1046", "and", "1047" ]

[ "def", "_get_derivative", "(", "self", ",", "C", ",", "sa1180", ",", "vs30", ")", ":", "derAmp", "=", "np", ".", "zeros_like", "(", "vs30", ")", "n", "=", "self", ".", "CONSTS", "[", "'n'", "]", "c", "=", "C", "[", "'c'", "]", "b", "=", "C", "[", "'b'", "]", "idx", "=", "vs30", "<", "C", "[", "'vlin'", "]", "derAmp", "[", "idx", "]", "=", "(", "b", "*", "sa1180", "[", "idx", "]", "*", "(", "-", "1.", "/", "(", "sa1180", "[", "idx", "]", "+", "c", ")", "+", "1.", "/", "(", "sa1180", "[", "idx", "]", "+", "c", "*", "(", "vs30", "[", "idx", "]", "/", "C", "[", "'vlin'", "]", ")", "**", "n", ")", ")", ")", "return", "derAmp" ]

[ "Returns", "equation", "30", "page", "1047" ]

[ "def", "_get_regional_term", "(", "self", ",", "C", ",", "imt", ",", "vs30", ",", "rrup", ")", ":", "f3", "=", "interpolate", ".", "interp1d", "(", "[", "150", ",", "250", ",", "350", ",", "450", ",", "600", ",", "850", ",", "1150", ",", "2000", "]", ",", "[", "C", "[", "'a36'", "]", ",", "C", "[", "'a37'", "]", ",", "C", "[", "'a38'", "]", ",", "C", "[", "'a39'", "]", ",", "C", "[", "'a40'", "]", ",", "C", "[", "'a41'", "]", ",", "C", "[", "'a42'", "]", ",", "C", "[", "'a42'", "]", "]", ",", "kind", "=", "'linear'", ")", "return", "f3", "(", "vs30", ")", "+", "C", "[", "'a29'", "]", "*", "rrup" ]

[ "Compute", "regional", "term", "for", "Japan", ".", "See", "page", "1043" ]

[ "def", "gc", "(", "coeff", ",", "mag", ")", ":", "if", "mag", ">", "6.5", ":", "a1ca", "=", "coeff", "[", "'ua'", "]", "a1cb", "=", "coeff", "[", "'ub'", "]", "a1cc", "=", "coeff", "[", "'uc'", "]", "a1cd", "=", "coeff", "[", "'ud'", "]", "a1ce", "=", "coeff", "[", "'ue'", "]", "a2ca", "=", "coeff", "[", "'ia'", "]", "a2cb", "=", "coeff", "[", "'ib'", "]", "a2cc", "=", "coeff", "[", "'ic'", "]", "a2cd", "=", "coeff", "[", "'id'", "]", "a2ce", "=", "coeff", "[", "'ie'", "]", "else", ":", "a1ca", "=", "coeff", "[", "'a'", "]", "a1cb", "=", "coeff", "[", "'b'", "]", "a1cc", "=", "coeff", "[", "'c'", "]", "a1cd", "=", "coeff", "[", "'d'", "]", "a1ce", "=", "coeff", "[", "'e'", "]", "a2ca", "=", "coeff", "[", "'ma'", "]", "a2cb", "=", "coeff", "[", "'mb'", "]", "a2cc", "=", "coeff", "[", "'mc'", "]", "a2cd", "=", "coeff", "[", "'md'", "]", "a2ce", "=", "coeff", "[", "'me'", "]", "return", "a1ca", ",", "a1cb", ",", "a1cc", ",", "a1cd", ",", "a1ce", ",", "a2ca", ",", "a2cb", ",", "a2cc", ",", "a2cd", ",", "a2ce" ]

[ "Returns", "the", "set", "of", "coefficients", "to", "be", "used", "for", "the", "calculation", "of", "GM", "as", "a", "function", "of", "earthquake", "magnitude" ]

[ "def", "rbf", "(", "ra", ",", "coeff", ",", "mag", ")", ":", "a1ca", ",", "a1cb", ",", "a1cc", ",", "a1cd", ",", "a1ce", ",", "a2ca", ",", "a2cb", ",", "a2cc", ",", "a2cd", ",", "a2ce", "=", "gc", "(", "coeff", ",", "mag", ")", "term1", "=", "a1ca", "+", "a1cb", "*", "mag", "+", "a1cc", "*", "np", ".", "log", "(", "ra", "+", "a1cd", "*", "np", ".", "exp", "(", "a1ce", "*", "mag", ")", ")", "term2", "=", "a2ca", "+", "a2cb", "*", "mag", "term3", "=", "a2cd", "*", "np", ".", "exp", "(", "a2ce", "*", "mag", ")", "return", "np", ".", "exp", "(", "(", "term1", "-", "term2", ")", "/", "a2cc", ")", "-", "term3" ]

[ "Calculate", "the", "median", "ground", "motion", "for", "a", "given", "magnitude", "and", "distance" ]

[ "def", "fnc", "(", "ra", ",", "*", "args", ")", ":", "#", "# epicentral distance", "repi", "=", "args", "[", "0", "]", "#", "# azimuth", "theta", "=", "args", "[", "1", "]", "#", "# magnitude", "mag", "=", "args", "[", "2", "]", "#", "# coefficients", "coeff", "=", "args", "[", "3", "]", "#", "# compute the difference between epicentral distances", "rb", "=", "rbf", "(", "ra", ",", "coeff", ",", "mag", ")", "t1", "=", "ra", "**", "2", "*", "(", "np", ".", "sin", "(", "np", ".", "radians", "(", "theta", ")", ")", ")", "**", "2", "t2", "=", "rb", "**", "2", "*", "(", "np", ".", "cos", "(", "np", ".", "radians", "(", "theta", ")", ")", ")", "**", "2", "xx", "=", "ra", "*", "rb", "/", "(", "t1", "+", "t2", ")", "**", "0.5", "return", "xx", "-", "repi" ]

[ "Function", "used", "in", "the", "minimisation", "problem", "." ]

[ "def", "get_ras", "(", "repi", ",", "theta", ",", "mag", ",", "coeff", ")", ":", "rx", "=", "100.", "ras", "=", "200.", "#", "# calculate the difference between epicentral distances", "dff", "=", "fnc", "(", "ras", ",", "repi", ",", "theta", ",", "mag", ",", "coeff", ")", "while", "abs", "(", "dff", ")", ">", "1e-3", ":", "# update the value of distance computed", "if", "dff", ">", "0.", ":", "ras", "=", "ras", "-", "rx", "else", ":", "ras", "=", "ras", "+", "rx", "dff", "=", "fnc", "(", "ras", ",", "repi", ",", "theta", ",", "mag", ",", "coeff", ")", "rx", "=", "rx", "/", "2.", "if", "rx", "<", "1e-3", ":", "break", "return", "ras" ]

[ "Computes", "equivalent", "distance" ]

[ "def", "_get_stddevs", "(", "self", ",", "C", ",", "stddev_types", ",", "rup", ",", "imt", ",", "num_sites", ")", ":", "stddevs", "=", "[", "]", "for", "stddev_type", "in", "stddev_types", ":", "sigma_mean", "=", "self", ".", "_compute_standard_dev", "(", "rup", ",", "imt", ",", "C", ")", "sigma_tot", "=", "np", ".", "sqrt", "(", "(", "sigma_mean", "**", "2", ")", "+", "(", "C", "[", "'SigmaReg'", "]", "**", "2", ")", ")", "sigma_tot", "=", "np", ".", "log10", "(", "np", ".", "exp", "(", "sigma_tot", ")", ")", "stddevs", ".", "append", "(", "sigma_tot", "+", "np", ".", "zeros", "(", "num_sites", ")", ")", "return", "stddevs" ]

[ "Return", "standard", "deviations", "as", "defined", "in", "eq", ".", "4", "and", "5", "page", "744", "based", "on", "table", "8", "page", "744", ".", "Eq", ".", "5", "yields", "std", "dev", "in", "natural", "log", "so", "convert", "to", "log10" ]

[ "def", "_compute_standard_dev", "(", "self", ",", "rup", ",", "imt", ",", "C", ")", ":", "sigma_mean", "=", "0.", "if", "imt", ".", "name", "in", "\"SA PGA\"", ":", "psi", "=", "-", "6.898E-3", "else", ":", "psi", "=", "-", "3.054E-5", "if", "rup", ".", "mag", "<=", "6.5", ":", "sigma_mean", "=", "(", "C", "[", "'c12'", "]", "*", "rup", ".", "mag", ")", "+", "C", "[", "'c13'", "]", "elif", "rup", ".", "mag", ">", "6.5", ":", "sigma_mean", "=", "(", "psi", "*", "rup", ".", "mag", ")", "+", "C", "[", "'c14'", "]", "return", "sigma_mean" ]

[ "Compute", "the", "the", "standard", "deviation", "in", "terms", "of", "magnitude", "described", "on", "page", "744", "eq", ".", "4" ]

[ "def", "insert", "(", "self", ",", "table", ",", "columns", ",", "rows", ")", ":", "cursor", "=", "self", ".", "conn", ".", "cursor", "(", ")", "if", "len", "(", "rows", ")", ":", "templ", ",", "_args", "=", "match", "(", "'INSERT INTO ?s (?S) VALUES (?X)'", ",", "table", ",", "columns", ",", "rows", "[", "0", "]", ")", "cursor", ".", "executemany", "(", "templ", ",", "rows", ")", "return", "cursor" ]

[ "Insert", "several", "rows", "with", "executemany", ".", "Return", "a", "cursor", "." ]

[ "def", "_cluster", "(", "param", ",", "tom", ",", "imtls", ",", "gsims", ",", "grp_ids", ",", "pmap", ")", ":", "pmapclu", "=", "AccumDict", "(", "{", "grp_id", ":", "ProbabilityMap", "(", "len", "(", "imtls", ".", "array", ")", ",", "len", "(", "gsims", ")", ")", "for", "grp_id", "in", "grp_ids", "}", ")", "# Get temporal occurrence model", "# Number of occurrences for the cluster", "first", "=", "True", "for", "nocc", "in", "range", "(", "0", ",", "50", ")", ":", "# TODO fix this once the occurrence rate will be used just as", "# an object attribute", "ocr", "=", "tom", ".", "occurrence_rate", "prob_n_occ", "=", "tom", ".", "get_probability_n_occurrences", "(", "ocr", ",", "nocc", ")", "if", "first", ":", "pmapclu", "=", "prob_n_occ", "*", "(", "~", "pmap", ")", "**", "nocc", "first", "=", "False", "else", ":", "pmapclu", "+=", "prob_n_occ", "*", "(", "~", "pmap", ")", "**", "nocc", "pmap", "=", "~", "pmapclu", "return", "pmap" ]

[ "Computes", "the", "probability", "map", "in", "case", "of", "a", "cluster", "group" ]

[ "def", "_get_stddevs", "(", "self", ",", "C", ",", "rup", ",", "shape", ",", "stddev_types", ")", ":", "weight", "=", "self", ".", "_compute_weight_std", "(", "C", ",", "rup", ".", "mag", ")", "std_intra", "=", "weight", "*", "C", "[", "\"sd1\"", "]", "*", "np", ".", "ones", "(", "shape", ")", "std_inter", "=", "weight", "*", "C", "[", "\"sd2\"", "]", "*", "np", ".", "ones", "(", "shape", ")", "stddevs", "=", "[", "]", "for", "stddev_type", "in", "stddev_types", ":", "assert", "stddev_type", "in", "self", ".", "DEFINED_FOR_STANDARD_DEVIATION_TYPES", "if", "stddev_type", "==", "const", ".", "StdDev", ".", "TOTAL", ":", "stddevs", ".", "append", "(", "np", ".", "sqrt", "(", "std_intra", "**", "2.", "+", "std_inter", "**", "2.", ")", ")", "elif", "stddev_type", "==", "const", ".", "StdDev", ".", "INTRA_EVENT", ":", "stddevs", ".", "append", "(", "std_intra", ")", "elif", "stddev_type", "==", "const", ".", "StdDev", ".", "INTER_EVENT", ":", "stddevs", ".", "append", "(", "std_inter", ")", "return", "stddevs" ]

[ "Return", "standard", "deviations", "as", "defined", "in", "p", ".", "971", "." ]

[ "def", "_compute_weight_std", "(", "self", ",", "C", ",", "mag", ")", ":", "if", "mag", "<", "6.0", ":", "return", "C", "[", "'a1'", "]", "elif", "mag", ">=", "6.0", "and", "mag", "<", "6.5", ":", "return", "C", "[", "'a1'", "]", "+", "(", "C", "[", "'a2'", "]", "-", "C", "[", "'a1'", "]", ")", "*", "(", "(", "mag", "-", "6.0", ")", "/", "0.5", ")", "else", ":", "return", "C", "[", "'a2'", "]" ]

[ "Common", "part", "of", "equations", "8", "and", "9", "page", "971", "." ]

[ "def", "_compute_magnitude_scaling_term", "(", "self", ",", "C", ",", "mag", ")", ":", "c1", "=", "self", ".", "CONSTS", "[", "'c1'", "]", "if", "mag", "<=", "c1", ":", "return", "C", "[", "'b1'", "]", "+", "C", "[", "'b2'", "]", "*", "(", "mag", "-", "c1", ")", "+", "C", "[", "'b3'", "]", "*", "(", "8.5", "-", "mag", ")", "**", "2", "else", ":", "return", "C", "[", "'b1'", "]", "+", "C", "[", "'b7'", "]", "*", "(", "mag", "-", "c1", ")", "+", "C", "[", "'b3'", "]", "*", "(", "8.5", "-", "mag", ")", "**", "2" ]

[ "Compute", "and", "return", "magnitude", "scaling", "term", "in", "equation", "2", "page", "970", "." ]

[ "def", "_compute_geometric_decay_term", "(", "self", ",", "C", ",", "mag", ",", "dists", ")", ":", "c1", "=", "self", ".", "CONSTS", "[", "'c1'", "]", "return", "(", "(", "C", "[", "'b4'", "]", "+", "C", "[", "'b5'", "]", "*", "(", "mag", "-", "c1", ")", ")", "*", "np", ".", "log", "(", "np", ".", "sqrt", "(", "dists", ".", "rjb", "**", "2.0", "+", "C", "[", "'b6'", "]", "**", "2.0", ")", ")", ")" ]

[ "Compute", "and", "return", "geometric", "decay", "term", "in", "equation", "3", "page", "970", "." ]

[ "def", "_compute_anelestic_attenuation_term", "(", "self", ",", "C", ",", "dists", ")", ":", "f_aat", "=", "np", ".", "zeros_like", "(", "dists", ".", "rjb", ")", "idx", "=", "dists", ".", "rjb", ">", "80.0", "f_aat", "[", "idx", "]", "=", "C", "[", "\"b10\"", "]", "*", "(", "dists", ".", "rjb", "[", "idx", "]", "-", "80.0", ")", "return", "f_aat" ]

[ "Compute", "and", "return", "anelastic", "attenuation", "term", "in", "equation", "5", "page", "970", "." ]

[ "def", "_compute_non_linear_term", "(", "self", ",", "C", ",", "pga_only", ",", "sites", ")", ":", "Vref", "=", "self", ".", "CONSTS", "[", "'Vref'", "]", "Vcon", "=", "self", ".", "CONSTS", "[", "'Vcon'", "]", "c", "=", "self", ".", "CONSTS", "[", "'c'", "]", "n", "=", "self", ".", "CONSTS", "[", "'n'", "]", "lnS", "=", "np", ".", "zeros_like", "(", "sites", ".", "vs30", ")", "# equation (6a)\r", "idx", "=", "sites", ".", "vs30", "<", "Vref", "lnS", "[", "idx", "]", "=", "(", "C", "[", "'sb1'", "]", "*", "np", ".", "log", "(", "sites", ".", "vs30", "[", "idx", "]", "/", "Vref", ")", "+", "C", "[", "'sb2'", "]", "*", "np", ".", "log", "(", "(", "pga_only", "[", "idx", "]", "+", "c", "*", "(", "sites", ".", "vs30", "[", "idx", "]", "/", "Vref", ")", "**", "n", ")", "/", "(", "(", "pga_only", "[", "idx", "]", "+", "c", ")", "*", "(", "sites", ".", "vs30", "[", "idx", "]", "/", "Vref", ")", "**", "n", ")", ")", ")", "# equation (6b)\r", "idx", "=", "sites", ".", "vs30", ">=", "Vref", "new_sites", "=", "sites", ".", "vs30", "[", "idx", "]", "new_sites", "[", "new_sites", ">", "Vcon", "]", "=", "Vcon", "lnS", "[", "idx", "]", "=", "C", "[", "'sb1'", "]", "*", "np", ".", "log", "(", "new_sites", "/", "Vref", ")", "return", "lnS" ]

[ "Compute", "non", "-", "linear", "term", "equation", "6", "page", "970", "." ]

[ "def", "_compute_mean", "(", "self", ",", "C", ",", "mag", ",", "dists", ",", "rake", ")", ":", "mean", "=", "(", "self", ".", "_compute_magnitude_scaling_term", "(", "C", ",", "mag", ")", "+", "self", ".", "_compute_geometric_decay_term", "(", "C", ",", "mag", ",", "dists", ")", "+", "self", ".", "_compute_faulting_style_term", "(", "C", ",", "rake", ")", "+", "self", ".", "_compute_anelestic_attenuation_term", "(", "C", ",", "dists", ")", ")", "return", "mean" ]

[ "Compute", "and", "return", "mean", "value", "without", "site", "conditions", "that", "is", "equations", "2", "-", "5", "page", "970", "." ]

[ "def", "get_bounding_box", "(", "self", ",", "maxdist", ")", ":", "return", "utils", ".", "get_bounding_box", "(", "[", "ps", ".", "location", "for", "ps", "in", "self", "]", ",", "maxdist", ")" ]

[ "Bounding", "box", "containing", "all", "the", "point", "sources", "enlarged", "by", "the", "maximum", "distance", "." ]

[ "def", "_compute_standard_dev", "(", "self", ",", "rup", ",", "imt", ",", "C", ")", ":", "sigma_mean", "=", "0.", "if", "rup", ".", "mag", "<=", "7.0", ":", "sigma_mean", "=", "(", "C", "[", "'c12'", "]", "*", "rup", ".", "mag", ")", "+", "C", "[", "'c13'", "]", "elif", "rup", ".", "mag", ">", "7.0", ":", "sigma_mean", "=", "(", "-", "0.00695", "*", "rup", ".", "mag", ")", "+", "C", "[", "'c14'", "]", "return", "sigma_mean" ]

[ "Compute", "the", "the", "standard", "deviation", "in", "terms", "of", "magnitude", "described", "on", "p", ".", "1866", "eq", ".", "6" ]

[ "def", "get_rate_osr_normal_transform", "(", "self", ",", "threshold_moment", ",", "id0", ")", ":", "# Get normal component", "e1h_ridge", "=", "np", ".", "zeros", "(", "np", ".", "sum", "(", "id0", ")", ",", "dtype", "=", "float", ")", "e2h_ridge", "=", "self", ".", "strain", ".", "data", "[", "'e1h'", "]", "[", "id0", "]", "+", "self", ".", "strain", ".", "data", "[", "'e2h'", "]", "[", "id0", "]", "err_ridge", "=", "-", "(", "e1h_ridge", "+", "e2h_ridge", ")", "calculated_rate_ridge", "=", "self", ".", "continuum_seismicity", "(", "threshold_moment", ",", "e1h_ridge", ",", "e2h_ridge", ",", "err_ridge", ",", "self", ".", "regionalisation", "[", "'OSRnor'", "]", ")", "# Get transform", "e1h_trans", "=", "self", ".", "strain", ".", "data", "[", "'e1h'", "]", "[", "id0", "]", "e2h_trans", "=", "-", "e1h_trans", "err_trans", "=", "np", ".", "zeros", "(", "np", ".", "sum", "(", "id0", ")", ",", "dtype", "=", "float", ")", "calculated_rate_transform", "=", "self", ".", "continuum_seismicity", "(", "threshold_moment", ",", "e1h_trans", ",", "e2h_trans", ",", "err_trans", ",", "self", ".", "regionalisation", "[", "'OTFmed'", "]", ")", "return", "(", "self", ".", "regionalisation", "[", "'OSRnor'", "]", "[", "'adjustment_factor'", "]", "*", "(", "calculated_rate_ridge", "+", "calculated_rate_transform", ")", ")" ]

[ "Gets", "seismicity", "rate", "for", "special", "case", "of", "the", "ridge", "condition", "with", "spreading", "and", "transform", "component" ]

[ "def", "get_rate_osr_convergent_transform", "(", "self", ",", "threshold_moment", ",", "id0", ")", ":", "# Get convergent component", "e1h_ocb", "=", "self", ".", "strain", ".", "data", "[", "'e1h'", "]", "[", "id0", "]", "+", "self", ".", "strain", ".", "data", "[", "'e2h'", "]", "[", "id0", "]", "e2h_ocb", "=", "np", ".", "zeros", "(", "np", ".", "sum", "(", "id0", ")", ",", "dtype", "=", "float", ")", "err_ocb", "=", "-", "(", "e1h_ocb", "+", "e2h_ocb", ")", "calculated_rate_ocb", "=", "self", ".", "continuum_seismicity", "(", "threshold_moment", ",", "e1h_ocb", ",", "e2h_ocb", ",", "err_ocb", ",", "self", ".", "regionalisation", "[", "'OCB'", "]", ")", "# Get transform", "e2h_trans", "=", "self", ".", "strain", ".", "data", "[", "'e2h'", "]", "[", "id0", "]", "e1h_trans", "=", "-", "e2h_trans", "err_trans", "=", "np", ".", "zeros", "(", "np", ".", "sum", "(", "id0", ")", ",", "dtype", "=", "float", ")", "calculated_rate_transform", "=", "self", ".", "continuum_seismicity", "(", "threshold_moment", ",", "e1h_trans", ",", "e2h_trans", ",", "err_trans", ",", "self", ".", "regionalisation", "[", "'OTFmed'", "]", ")", "return", "(", "self", ".", "regionalisation", "[", "'OSRnor'", "]", "[", "'adjustment_factor'", "]", "*", "(", "calculated_rate_ocb", "+", "calculated_rate_transform", ")", ")" ]

[ "Calculates", "seismicity", "rate", "for", "special", "case", "of", "the", "ridge", "condition", "with", "convergence", "and", "transform" ]

[ "def", "get_median_area", "(", "self", ",", "mag", ",", "rake", ")", ":", "if", "rake", "is", "None", ":", "# Return average of strike-slip and dip-slip curves", "return", "power", "(", "10.0", ",", "(", "mag", "-", "4.185", ")", ")", "elif", "(", "-", "45", "<=", "rake", "<=", "45", ")", "or", "(", "rake", ">=", "135", ")", "or", "(", "rake", "<=", "-", "135", ")", ":", "# strike-slip", "return", "power", "(", "10.0", ",", "(", "mag", "-", "4.18", ")", ")", "else", ":", "# Dip-slip (thrust or normal), and undefined rake", "return", "power", "(", "10.0", ",", "(", "mag", "-", "4.19", ")", ")" ]

[ "Calculates", "median", "fault", "area", "from", "magnitude", "." ]

[ "def", "_get_base_url", "(", "request", ")", ":", "if", "request", ".", "is_secure", "(", ")", ":", "base_url", "=", "'https://%s'", "else", ":", "base_url", "=", "'http://%s'", "base_url", "%=", "request", ".", "META", "[", "'HTTP_HOST'", "]", "return", "base_url" ]

[ "Construct", "a", "base", "URL", "given", "a", "request", "object", "." ]

[ "def", "_prepare_job", "(", "request", ",", "candidates", ")", ":", "temp_dir", "=", "tempfile", ".", "mkdtemp", "(", ")", "inifiles", "=", "[", "]", "arch", "=", "request", ".", "FILES", ".", "get", "(", "'archive'", ")", "if", "arch", "is", "None", ":", "# move each file to a new temp dir, using the upload file names,", "# not the temporary ones", "for", "each_file", "in", "request", ".", "FILES", ".", "values", "(", ")", ":", "new_path", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "temp_dir", ",", "each_file", ".", "name", ")", "shutil", ".", "move", "(", "each_file", ".", "temporary_file_path", "(", ")", ",", "new_path", ")", "if", "each_file", ".", "name", "in", "candidates", ":", "inifiles", ".", "append", "(", "new_path", ")", "return", "inifiles", "# else extract the files from the archive into temp_dir", "return", "readinput", ".", "extract_from_zip", "(", "arch", ",", "candidates", ")" ]

[ "Creates", "a", "temporary", "directory", "move", "uploaded", "files", "there", "and", "select", "the", "job", "file", "by", "looking", "at", "the", "candidate", "names", "." ]

[ "def", "ajax_login", "(", "request", ")", ":", "username", "=", "request", ".", "POST", "[", "'username'", "]", "password", "=", "request", ".", "POST", "[", "'password'", "]", "user", "=", "authenticate", "(", "username", "=", "username", ",", "password", "=", "password", ")", "if", "user", "is", "not", "None", ":", "if", "user", ".", "is_active", ":", "login", "(", "request", ",", "user", ")", "return", "HttpResponse", "(", "content", "=", "'Successful login'", ",", "content_type", "=", "'text/plain'", ",", "status", "=", "200", ")", "else", ":", "return", "HttpResponse", "(", "content", "=", "'Disabled account'", ",", "content_type", "=", "'text/plain'", ",", "status", "=", "403", ")", "else", ":", "return", "HttpResponse", "(", "content", "=", "'Invalid login'", ",", "content_type", "=", "'text/plain'", ",", "status", "=", "403", ")" ]

[ "Accept", "a", "POST", "request", "to", "login", "." ]

[ "def", "get_available_gsims", "(", "request", ")", ":", "gsims", "=", "list", "(", "gsim", ".", "get_available_gsims", "(", ")", ")", "return", "HttpResponse", "(", "content", "=", "json", ".", "dumps", "(", "gsims", ")", ",", "content_type", "=", "JSON", ")" ]

[ "Return", "a", "list", "of", "strings", "with", "the", "available", "GSIMs" ]

[ "def", "validate_nrml", "(", "request", ")", ":", "xml_text", "=", "request", ".", "POST", ".", "get", "(", "'xml_text'", ")", "if", "not", "xml_text", ":", "return", "HttpResponseBadRequest", "(", "'Please provide the \"xml_text\" parameter'", ")", "xml_file", "=", "gettemp", "(", "xml_text", ",", "suffix", "=", "'.xml'", ")", "try", ":", "nrml", ".", "to_python", "(", "xml_file", ")", "except", "ExpatError", "as", "exc", ":", "return", "_make_response", "(", "error_msg", "=", "str", "(", "exc", ")", ",", "error_line", "=", "exc", ".", "lineno", ",", "valid", "=", "False", ")", "except", "Exception", "as", "exc", ":", "# get the exception message", "exc_msg", "=", "exc", ".", "args", "[", "0", "]", "if", "isinstance", "(", "exc_msg", ",", "bytes", ")", ":", "exc_msg", "=", "exc_msg", ".", "decode", "(", "'utf-8'", ")", "# make it a unicode object", "elif", "isinstance", "(", "exc_msg", ",", "str", ")", ":", "pass", "else", ":", "# if it is another kind of object, it is not obvious a priori how", "# to extract the error line from it", "return", "_make_response", "(", "error_msg", "=", "str", "(", "exc_msg", ")", ",", "error_line", "=", "None", ",", "valid", "=", "False", ")", "# if the line is not mentioned, the whole message is taken", "error_msg", "=", "exc_msg", ".", "split", "(", "', line'", ")", "[", "0", "]", "# check if the exc_msg contains a line number indication", "search_match", "=", "re", ".", "search", "(", "r'line \\d+'", ",", "exc_msg", ")", "if", "search_match", ":", "error_line", "=", "int", "(", "search_match", ".", "group", "(", "0", ")", ".", "split", "(", ")", "[", "1", "]", ")", "else", ":", "error_line", "=", "None", "return", "_make_response", "(", "error_msg", "=", "error_msg", ",", "error_line", "=", "error_line", ",", "valid", "=", "False", ")", "else", ":", "return", "_make_response", "(", "error_msg", "=", "None", ",", "error_line", "=", "None", ",", "valid", "=", "True", ")" ]

[ "Leverage", "oq", "-", "risklib", "to", "check", "if", "a", "given", "XML", "text", "is", "a", "valid", "NRML" ]

[ "def", "calc_list", "(", "request", ",", "id", "=", "None", ")", ":", "# view associated to the endpoints /v1/calc/list and /v1/calc/:id/status", "base_url", "=", "_get_base_url", "(", "request", ")", "calc_data", "=", "logs", ".", "dbcmd", "(", "'get_calcs'", ",", "request", ".", "GET", ",", "utils", ".", "get_valid_users", "(", "request", ")", ",", "utils", ".", "get_acl_on", "(", "request", ")", ",", "id", ")", "response_data", "=", "[", "]", "username", "=", "psutil", ".", "Process", "(", "os", ".", "getpid", "(", ")", ")", ".", "username", "(", ")", "for", "(", "hc_id", ",", "owner", ",", "status", ",", "calculation_mode", ",", "is_running", ",", "desc", ",", "pid", ",", "parent_id", ",", "size_mb", ")", "in", "calc_data", ":", "url", "=", "urlparse", ".", "urljoin", "(", "base_url", ",", "'v1/calc/%d'", "%", "hc_id", ")", "abortable", "=", "False", "if", "is_running", ":", "try", ":", "if", "psutil", ".", "Process", "(", "pid", ")", ".", "username", "(", ")", "==", "username", ":", "abortable", "=", "True", "except", "psutil", ".", "NoSuchProcess", ":", "pass", "response_data", ".", "append", "(", "dict", "(", "id", "=", "hc_id", ",", "owner", "=", "owner", ",", "calculation_mode", "=", "calculation_mode", ",", "status", "=", "status", ",", "is_running", "=", "bool", "(", "is_running", ")", ",", "description", "=", "desc", ",", "url", "=", "url", ",", "parent_id", "=", "parent_id", ",", "abortable", "=", "abortable", ",", "size_mb", "=", "size_mb", ")", ")", "# if id is specified the related dictionary is returned instead the list", "if", "id", "is", "not", "None", ":", "[", "response_data", "]", "=", "response_data", "return", "HttpResponse", "(", "content", "=", "json", ".", "dumps", "(", "response_data", ")", ",", "content_type", "=", "JSON", ")" ]

[ "Get", "a", "list", "of", "calculations", "and", "report", "their", "id", "status", "calculation_mode", "is_running", "description", "and", "a", "url", "where", "more", "detailed", "information", "can", "be", "accessed", ".", "This", "is", "called", "several", "times", "by", "the", "Javascript", "." ]

[ "def", "calc_abort", "(", "request", ",", "calc_id", ")", ":", "job", "=", "logs", ".", "dbcmd", "(", "'get_job'", ",", "calc_id", ")", "if", "job", "is", "None", ":", "message", "=", "{", "'error'", ":", "'Unknown job %s'", "%", "calc_id", "}", "return", "HttpResponse", "(", "content", "=", "json", ".", "dumps", "(", "message", ")", ",", "content_type", "=", "JSON", ")", "if", "job", ".", "status", "not", "in", "(", "'submitted'", ",", "'executing'", ")", ":", "message", "=", "{", "'error'", ":", "'Job %s is not running'", "%", "job", ".", "id", "}", "return", "HttpResponse", "(", "content", "=", "json", ".", "dumps", "(", "message", ")", ",", "content_type", "=", "JSON", ")", "if", "not", "utils", ".", "user_has_permission", "(", "request", ",", "job", ".", "user_name", ")", ":", "message", "=", "{", "'error'", ":", "(", "'User %s has no permission to abort job %s'", "%", "(", "job", ".", "user_name", ",", "job", ".", "id", ")", ")", "}", "return", "HttpResponse", "(", "content", "=", "json", ".", "dumps", "(", "message", ")", ",", "content_type", "=", "JSON", ",", "status", "=", "403", ")", "if", "job", ".", "pid", ":", "# is a spawned job", "try", ":", "os", ".", "kill", "(", "job", ".", "pid", ",", "signal", ".", "SIGTERM", ")", "except", "Exception", "as", "exc", ":", "logging", ".", "error", "(", "exc", ")", "else", ":", "logging", ".", "warning", "(", "'Aborting job %d, pid=%d'", ",", "job", ".", "id", ",", "job", ".", "pid", ")", "logs", ".", "dbcmd", "(", "'set_status'", ",", "job", ".", "id", ",", "'aborted'", ")", "message", "=", "{", "'success'", ":", "'Killing job %d'", "%", "job", ".", "id", "}", "return", "HttpResponse", "(", "content", "=", "json", ".", "dumps", "(", "message", ")", ",", "content_type", "=", "JSON", ")", "message", "=", "{", "'error'", ":", "'PID for job %s not found'", "%", "job", ".", "id", "}", "return", "HttpResponse", "(", "content", "=", "json", ".", "dumps", "(", "message", ")", ",", "content_type", "=", "JSON", ")" ]

[ "Abort", "the", "given", "calculation", "it", "is", "it", "running" ]

[ "def", "calc_remove", "(", "request", ",", "calc_id", ")", ":", "# Only the owner can remove a job", "user", "=", "utils", ".", "get_user", "(", "request", ")", "try", ":", "message", "=", "logs", ".", "dbcmd", "(", "'del_calc'", ",", "calc_id", ",", "user", ")", "except", "dbapi", ".", "NotFound", ":", "return", "HttpResponseNotFound", "(", ")", "if", "'success'", "in", "message", ":", "return", "HttpResponse", "(", "content", "=", "json", ".", "dumps", "(", "message", ")", ",", "content_type", "=", "JSON", ",", "status", "=", "200", ")", "elif", "'error'", "in", "message", ":", "logging", ".", "error", "(", "message", "[", "'error'", "]", ")", "return", "HttpResponse", "(", "content", "=", "json", ".", "dumps", "(", "message", ")", ",", "content_type", "=", "JSON", ",", "status", "=", "403", ")", "else", ":", "# This is an untrapped server error", "logging", ".", "error", "(", "message", ")", "return", "HttpResponse", "(", "content", "=", "message", ",", "content_type", "=", "'text/plain'", ",", "status", "=", "500", ")" ]

[ "Remove", "the", "calculation", "id" ]

[ "def", "log_to_json", "(", "log", ")", ":", "return", "[", "log", ".", "timestamp", ".", "isoformat", "(", ")", "[", ":", "22", "]", ",", "log", ".", "level", ",", "log", ".", "process", ",", "log", ".", "message", "]" ]

[ "Convert", "a", "log", "record", "into", "a", "list", "of", "strings" ]

[ "def", "calc_log_size", "(", "request", ",", "calc_id", ")", ":", "try", ":", "response_data", "=", "logs", ".", "dbcmd", "(", "'get_log_size'", ",", "calc_id", ")", "except", "dbapi", ".", "NotFound", ":", "return", "HttpResponseNotFound", "(", ")", "return", "HttpResponse", "(", "content", "=", "json", ".", "dumps", "(", "response_data", ")", ",", "content_type", "=", "JSON", ")" ]

[ "Get", "the", "current", "number", "of", "lines", "in", "the", "log" ]

[ "def", "submit_job", "(", "job_ini", ",", "username", ",", "hazard_job_id", "=", "None", ")", ":", "job_id", "=", "logs", ".", "init", "(", "'job'", ")", "oq", "=", "engine", ".", "job_from_file", "(", "job_ini", ",", "job_id", ",", "username", ",", "hazard_calculation_id", "=", "hazard_job_id", ")", "pik", "=", "pickle", ".", "dumps", "(", "oq", ",", "protocol", "=", "0", ")", "# human readable protocol", "code", "=", "RUNCALC", "%", "dict", "(", "job_id", "=", "job_id", ",", "hazard_job_id", "=", "hazard_job_id", ",", "pik", "=", "pik", ",", "username", "=", "username", ")", "tmp_py", "=", "gettemp", "(", "code", ",", "suffix", "=", "'.py'", ")", "# print(code, tmp_py) # useful when debugging", "devnull", "=", "subprocess", ".", "DEVNULL", "popen", "=", "subprocess", ".", "Popen", "(", "[", "sys", ".", "executable", ",", "tmp_py", "]", ",", "stdin", "=", "devnull", ",", "stdout", "=", "devnull", ",", "stderr", "=", "devnull", ")", "threading", ".", "Thread", "(", "target", "=", "popen", ".", "wait", ")", ".", "start", "(", ")", "logs", ".", "dbcmd", "(", "'update_job'", ",", "job_id", ",", "{", "'pid'", ":", "popen", ".", "pid", "}", ")", "return", "job_id", ",", "popen", ".", "pid" ]

[ "Create", "a", "job", "object", "from", "the", "given", "job", ".", "ini", "file", "in", "the", "job", "directory", "and", "run", "it", "in", "a", "new", "process", ".", "Returns", "the", "job", "ID", "and", "PID", "." ]

[ "def", "calc_result", "(", "request", ",", "result_id", ")", ":", "# If the result for the requested ID doesn't exist, OR", "# the job which it is related too is not complete,", "# throw back a 404.", "try", ":", "job_id", ",", "job_status", ",", "job_user", ",", "datadir", ",", "ds_key", "=", "logs", ".", "dbcmd", "(", "'get_result'", ",", "result_id", ")", "if", "not", "utils", ".", "user_has_permission", "(", "request", ",", "job_user", ")", ":", "return", "HttpResponseForbidden", "(", ")", "except", "dbapi", ".", "NotFound", ":", "return", "HttpResponseNotFound", "(", ")", "etype", "=", "request", ".", "GET", ".", "get", "(", "'export_type'", ")", "export_type", "=", "etype", "or", "DEFAULT_EXPORT_TYPE", "tmpdir", "=", "tempfile", ".", "mkdtemp", "(", ")", "try", ":", "exported", "=", "core", ".", "export_from_db", "(", "(", "ds_key", ",", "export_type", ")", ",", "job_id", ",", "datadir", ",", "tmpdir", ")", "except", "DataStoreExportError", "as", "exc", ":", "# TODO: there should be a better error page", "return", "HttpResponse", "(", "content", "=", "'%s: %s'", "%", "(", "exc", ".", "__class__", ".", "__name__", ",", "exc", ")", ",", "content_type", "=", "'text/plain'", ",", "status", "=", "500", ")", "if", "not", "exported", ":", "# Throw back a 404 if the exact export parameters are not supported", "return", "HttpResponseNotFound", "(", "'Nothing to export for export_type=%s, %s'", "%", "(", "export_type", ",", "ds_key", ")", ")", "elif", "len", "(", "exported", ")", ">", "1", ":", "# Building an archive so that there can be a single file download", "archname", "=", "ds_key", "+", "'-'", "+", "export_type", "+", "'.zip'", "zipfiles", "(", "exported", ",", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "tmpdir", ",", "archname", ")", ")", "exported", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "tmpdir", ",", "archname", ")", "else", ":", "# single file", "exported", "=", "exported", "[", "0", "]", "content_type", "=", "EXPORT_CONTENT_TYPE_MAP", ".", "get", "(", "export_type", ",", "DEFAULT_CONTENT_TYPE", ")", "fname", "=", "'output-%s-%s'", "%", "(", "result_id", ",", "os", ".", "path", ".", "basename", "(", "exported", ")", ")", "stream", "=", "FileWrapper", "(", "open", "(", "exported", ",", "'rb'", ")", ")", "# 'b' is needed on Windows", "stream", ".", "close", "=", "lambda", ":", "(", "FileWrapper", ".", "close", "(", "stream", ")", ",", "shutil", ".", "rmtree", "(", "tmpdir", ")", ")", "response", "=", "FileResponse", "(", "stream", ",", "content_type", "=", "content_type", ")", "response", "[", "'Content-Disposition'", "]", "=", "(", "'attachment; filename=%s'", "%", "os", ".", "path", ".", "basename", "(", "fname", ")", ")", "response", "[", "'Content-Length'", "]", "=", "str", "(", "os", ".", "path", ".", "getsize", "(", "exported", ")", ")", "return", "response" ]

[ "Download", "a", "specific", "result", "by", "result_id", "." ]

[ "def", "extract", "(", "request", ",", "calc_id", ",", "what", ")", ":", "job", "=", "logs", ".", "dbcmd", "(", "'get_job'", ",", "int", "(", "calc_id", ")", ")", "if", "job", "is", "None", ":", "return", "HttpResponseNotFound", "(", ")", "if", "not", "utils", ".", "user_has_permission", "(", "request", ",", "job", ".", "user_name", ")", ":", "return", "HttpResponseForbidden", "(", ")", "try", ":", "# read the data and save them on a temporary .npz file", "with", "datastore", ".", "read", "(", "job", ".", "ds_calc_dir", "+", "'.hdf5'", ")", "as", "ds", ":", "fd", ",", "fname", "=", "tempfile", ".", "mkstemp", "(", "prefix", "=", "what", ".", "replace", "(", "'/'", ",", "'-'", ")", ",", "suffix", "=", "'.npz'", ")", "os", ".", "close", "(", "fd", ")", "n", "=", "len", "(", "request", ".", "path_info", ")", "query_string", "=", "unquote_plus", "(", "request", ".", "get_full_path", "(", ")", "[", "n", ":", "]", ")", "aw", "=", "_extract", "(", "ds", ",", "what", "+", "query_string", ")", "a", "=", "{", "}", "for", "key", ",", "val", "in", "vars", "(", "aw", ")", ".", "items", "(", ")", ":", "key", "=", "str", "(", "key", ")", "# can be a numpy.bytes_", "if", "isinstance", "(", "val", ",", "str", ")", ":", "# without this oq extract would fail", "a", "[", "key", "]", "=", "numpy", ".", "array", "(", "val", ".", "encode", "(", "'utf-8'", ")", ")", "elif", "isinstance", "(", "val", ",", "dict", ")", ":", "# this is hack: we are losing the values", "a", "[", "key", "]", "=", "list", "(", "val", ")", "else", ":", "a", "[", "key", "]", "=", "val", "numpy", ".", "savez_compressed", "(", "fname", ",", "*", "*", "a", ")", "except", "Exception", "as", "exc", ":", "tb", "=", "''", ".", "join", "(", "traceback", ".", "format_tb", "(", "exc", ".", "__traceback__", ")", ")", "return", "HttpResponse", "(", "content", "=", "'%s: %s\\n%s'", "%", "(", "exc", ".", "__class__", ".", "__name__", ",", "exc", ",", "tb", ")", ",", "content_type", "=", "'text/plain'", ",", "status", "=", "500", ")", "# stream the data back", "stream", "=", "FileWrapper", "(", "open", "(", "fname", ",", "'rb'", ")", ")", "stream", ".", "close", "=", "lambda", ":", "(", "FileWrapper", ".", "close", "(", "stream", ")", ",", "os", ".", "remove", "(", "fname", ")", ")", "response", "=", "FileResponse", "(", "stream", ",", "content_type", "=", "'application/octet-stream'", ")", "response", "[", "'Content-Disposition'", "]", "=", "(", "'attachment; filename=%s'", "%", "os", ".", "path", ".", "basename", "(", "fname", ")", ")", "response", "[", "'Content-Length'", "]", "=", "str", "(", "os", ".", "path", ".", "getsize", "(", "fname", ")", ")", "return", "response" ]

[ "Wrapper", "over", "the", "oq", "extract", "command", ".", "If", "setting", ".", "LOCKDOWN", "is", "true", "only", "calculations", "owned", "by", "the", "current", "user", "can", "be", "retrieved", "." ]

[ "def", "calc_datastore", "(", "request", ",", "job_id", ")", ":", "job", "=", "logs", ".", "dbcmd", "(", "'get_job'", ",", "int", "(", "job_id", ")", ")", "if", "job", "is", "None", ":", "return", "HttpResponseNotFound", "(", ")", "if", "not", "utils", ".", "user_has_permission", "(", "request", ",", "job", ".", "user_name", ")", ":", "return", "HttpResponseForbidden", "(", ")", "fname", "=", "job", ".", "ds_calc_dir", "+", "'.hdf5'", "response", "=", "FileResponse", "(", "FileWrapper", "(", "open", "(", "fname", ",", "'rb'", ")", ")", ",", "content_type", "=", "HDF5", ")", "response", "[", "'Content-Disposition'", "]", "=", "(", "'attachment; filename=%s'", "%", "os", ".", "path", ".", "basename", "(", "fname", ")", ")", "response", "[", "'Content-Length'", "]", "=", "str", "(", "os", ".", "path", ".", "getsize", "(", "fname", ")", ")", "return", "response" ]

[ "Download", "a", "full", "datastore", "file", "." ]

[ "def", "calc_oqparam", "(", "request", ",", "job_id", ")", ":", "job", "=", "logs", ".", "dbcmd", "(", "'get_job'", ",", "int", "(", "job_id", ")", ")", "if", "job", "is", "None", ":", "return", "HttpResponseNotFound", "(", ")", "if", "not", "utils", ".", "user_has_permission", "(", "request", ",", "job", ".", "user_name", ")", ":", "return", "HttpResponseForbidden", "(", ")", "with", "datastore", ".", "read", "(", "job", ".", "ds_calc_dir", "+", "'.hdf5'", ")", "as", "ds", ":", "oq", "=", "ds", "[", "'oqparam'", "]", "return", "HttpResponse", "(", "content", "=", "json", ".", "dumps", "(", "vars", "(", "oq", ")", ")", ",", "content_type", "=", "JSON", ")" ]

[ "Return", "the", "calculation", "parameters", "as", "a", "JSON" ]

[ "def", "on_same_fs", "(", "request", ")", ":", "filename", "=", "request", ".", "POST", "[", "'filename'", "]", "checksum_in", "=", "request", ".", "POST", "[", "'checksum'", "]", "checksum", "=", "0", "try", ":", "data", "=", "open", "(", "filename", ",", "'rb'", ")", ".", "read", "(", "32", ")", "checksum", "=", "zlib", ".", "adler32", "(", "data", ",", "checksum", ")", "&", "0xffffffff", "if", "checksum", "==", "int", "(", "checksum_in", ")", ":", "return", "HttpResponse", "(", "content", "=", "json", ".", "dumps", "(", "{", "'success'", ":", "True", "}", ")", ",", "content_type", "=", "JSON", ",", "status", "=", "200", ")", "except", "(", "IOError", ",", "ValueError", ")", ":", "pass", "return", "HttpResponse", "(", "content", "=", "json", ".", "dumps", "(", "{", "'success'", ":", "False", "}", ")", ",", "content_type", "=", "JSON", ",", "status", "=", "200", ")" ]

[ "Accept", "a", "POST", "request", "to", "check", "access", "to", "a", "FS", "available", "by", "a", "client", "." ]

[ "def", "classical_damage", "(", "riskinputs", ",", "riskmodel", ",", "param", ",", "monitor", ")", ":", "result", "=", "AccumDict", "(", "accum", "=", "AccumDict", "(", ")", ")", "for", "ri", "in", "riskinputs", ":", "for", "out", "in", "riskmodel", ".", "gen_outputs", "(", "ri", ",", "monitor", ")", ":", "for", "l", ",", "loss_type", "in", "enumerate", "(", "riskmodel", ".", "loss_types", ")", ":", "ordinals", "=", "ri", ".", "assets", "[", "'ordinal'", "]", "result", "[", "l", ",", "out", ".", "rlzi", "]", "+=", "dict", "(", "zip", "(", "ordinals", ",", "out", "[", "loss_type", "]", ")", ")", "return", "result" ]

[ "Core", "function", "for", "a", "classical", "damage", "computation", "." ]

[ "def", "cmp_mat", "(", "a", ",", "b", ")", ":", "c", "=", "0", "for", "x", ",", "y", "in", "zip", "(", "a", ".", "flat", ",", "b", ".", "flat", ")", ":", "c", "=", "cmp", "(", "abs", "(", "x", ")", ",", "abs", "(", "y", ")", ")", "if", "c", "!=", "0", ":", "return", "c", "return", "c" ]

[ "Sorts", "two", "matrices", "returning", "a", "positive", "or", "zero", "value" ]

[ "def", "_get_centroid_time", "(", "self", ",", "time_diff", ")", ":", "source_time", "=", "datetime", ".", "datetime", ".", "combine", "(", "self", ".", "date", ",", "self", ".", "time", ")", "second_diff", "=", "floor", "(", "fabs", "(", "time_diff", ")", ")", "microsecond_diff", "=", "int", "(", "1000.", "*", "(", "time_diff", "-", "second_diff", ")", ")", "if", "time_diff", "<", "0.", ":", "source_time", "=", "source_time", "-", "datetime", ".", "timedelta", "(", "seconds", "=", "int", "(", "second_diff", ")", ",", "microseconds", "=", "microsecond_diff", ")", "else", ":", "source_time", "=", "source_time", "+", "datetime", ".", "timedelta", "(", "seconds", "=", "int", "(", "second_diff", ")", ",", "microseconds", "=", "microsecond_diff", ")", "self", ".", "time", "=", "source_time", ".", "time", "(", ")", "self", ".", "date", "=", "source_time", ".", "date", "(", ")" ]

[ "Calculates", "the", "time", "difference", "between", "the", "date", "-", "time", "classes" ]

[ "def", "_to_ned", "(", "self", ")", ":", "if", "self", ".", "ref_frame", "is", "'USE'", ":", "# Rotate", "return", "utils", ".", "use_to_ned", "(", "self", ".", "tensor", ")", ",", "utils", ".", "use_to_ned", "(", "self", ".", "tensor_sigma", ")", "elif", "self", ".", "ref_frame", "is", "'NED'", ":", "# Alreadt NED", "return", "self", ".", "tensor", ",", "self", ".", "tensor_sigma", "else", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Reference frame %s not recognised - cannot '", "'transform to NED!'", "%", "self", ".", "ref_frame", ")" ]

[ "Switches", "the", "reference", "frame", "to", "NED" ]

[ "def", "_to_use", "(", "self", ")", ":", "if", "self", ".", "ref_frame", "is", "'NED'", ":", "# Rotate", "return", "utils", ".", "ned_to_use", "(", "self", ".", "tensor", ")", ",", "utils", ".", "ned_to_use", "(", "self", ".", "tensor_sigma", ")", "elif", "self", ".", "ref_frame", "is", "'USE'", ":", "# Already USE", "return", "self", ".", "tensor", ",", "self", ".", "tensor_sigma", "else", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Reference frame %s not recognised - cannot '", "'transform to USE!'", "%", "self", ".", "ref_frame", ")" ]

[ "Returns", "a", "tensor", "in", "the", "USE", "reference", "frame" ]

[ "def", "get_nodal_planes", "(", "self", ")", ":", "# Convert reference frame to NED", "self", ".", "tensor", ",", "self", ".", "tensor_sigma", "=", "self", ".", "_to_ned", "(", ")", "self", ".", "ref_frame", "=", "'NED'", "# Eigenvalue decomposition", "# Tensor", "_", ",", "evect", "=", "utils", ".", "eigendecompose", "(", "self", ".", "tensor", ")", "# Rotation matrix", "_", ",", "rot_vec", "=", "utils", ".", "eigendecompose", "(", "np", ".", "matrix", "(", "[", "[", "0.", ",", "0.", ",", "-", "1", "]", ",", "[", "0.", ",", "0.", ",", "0.", "]", ",", "[", "-", "1.", ",", "0.", ",", "0.", "]", "]", ")", ")", "rotation_matrix", "=", "(", "np", ".", "matrix", "(", "evect", "*", "rot_vec", ".", "T", ")", ")", ".", "T", "if", "np", ".", "linalg", ".", "det", "(", "rotation_matrix", ")", "<", "0.", ":", "rotation_matrix", "*=", "-", "1.", "flip_dc", "=", "np", ".", "matrix", "(", "[", "[", "0.", ",", "0.", ",", "-", "1.", "]", ",", "[", "0.", ",", "-", "1.", ",", "0.", "]", ",", "[", "-", "1.", ",", "0.", ",", "0.", "]", "]", ")", "rotation_matrices", "=", "sorted", "(", "[", "rotation_matrix", ",", "flip_dc", "*", "rotation_matrix", "]", ",", "cmp", "=", "cmp_mat", ")", "nodal_planes", "=", "GCMTNodalPlanes", "(", ")", "dip", ",", "strike", ",", "rake", "=", "[", "(", "180.", "/", "pi", ")", "*", "angle", "for", "angle", "in", "utils", ".", "matrix_to_euler", "(", "rotation_matrices", "[", "0", "]", ")", "]", "# 1st Nodal Plane", "nodal_planes", ".", "nodal_plane_1", "=", "{", "'strike'", ":", "strike", "%", "360", ",", "'dip'", ":", "dip", ",", "'rake'", ":", "-", "rake", "}", "# 2nd Nodal Plane", "dip", ",", "strike", ",", "rake", "=", "[", "(", "180.", "/", "pi", ")", "*", "angle", "for", "angle", "in", "utils", ".", "matrix_to_euler", "(", "rotation_matrices", "[", "1", "]", ")", "]", "nodal_planes", ".", "nodal_plane_2", "=", "{", "'strike'", ":", "strike", "%", "360.", ",", "'dip'", ":", "dip", ",", "'rake'", ":", "-", "rake", "}", "return", "nodal_planes" ]

[ "Returns", "the", "nodal", "planes", "by", "eigendecomposition", "of", "the", "moment", "tensor" ]

[ "def", "get_principal_axes", "(", "self", ")", ":", "# Perform eigendecomposition - returns in order P, B, T", "_", "=", "self", ".", "eigendecompose", "(", "normalise", "=", "True", ")", "principal_axes", "=", "GCMTPrincipalAxes", "(", ")", "# Eigenvalues", "principal_axes", ".", "p_axis", "=", "{", "'eigenvalue'", ":", "self", ".", "eigenvalues", "[", "0", "]", "}", "principal_axes", ".", "b_axis", "=", "{", "'eigenvalue'", ":", "self", ".", "eigenvalues", "[", "1", "]", "}", "principal_axes", ".", "t_axis", "=", "{", "'eigenvalue'", ":", "self", ".", "eigenvalues", "[", "2", "]", "}", "# Eigen vectors", "# 1) P axis", "azim", ",", "plun", "=", "utils", ".", "get_azimuth_plunge", "(", "self", ".", "eigenvectors", "[", ":", ",", "0", "]", ",", "True", ")", "principal_axes", ".", "p_axis", "[", "'azimuth'", "]", "=", "azim", "principal_axes", ".", "p_axis", "[", "'plunge'", "]", "=", "plun", "# 2) B axis", "azim", ",", "plun", "=", "utils", ".", "get_azimuth_plunge", "(", "self", ".", "eigenvectors", "[", ":", ",", "1", "]", ",", "True", ")", "principal_axes", ".", "b_axis", "[", "'azimuth'", "]", "=", "azim", "principal_axes", ".", "b_axis", "[", "'plunge'", "]", "=", "plun", "# 3) T axis", "azim", ",", "plun", "=", "utils", ".", "get_azimuth_plunge", "(", "self", ".", "eigenvectors", "[", ":", ",", "2", "]", ",", "True", ")", "principal_axes", ".", "t_axis", "[", "'azimuth'", "]", "=", "azim", "principal_axes", ".", "t_axis", "[", "'plunge'", "]", "=", "plun", "return", "principal_axes" ]

[ "Uses", "the", "eigendecomposition", "to", "extract", "the", "principal", "axes", "from", "the", "moment", "tensor", "-", "returning", "an", "instance", "of", "the", "GCMTPrincipalAxes", "class" ]

[ "def", "select_catalogue_events", "(", "self", ",", "id0", ")", ":", "for", "key", "in", "self", ".", "data", ".", "keys", "(", ")", ":", "if", "isinstance", "(", "self", ".", "data", "[", "key", "]", ",", "np", ".", "ndarray", ")", "and", "len", "(", "self", ".", "data", "[", "key", "]", ")", ">", "0", ":", "# Dictionary element is numpy array - use logical indexing", "self", ".", "data", "[", "key", "]", "=", "self", ".", "data", "[", "key", "]", "[", "id0", "]", "elif", "isinstance", "(", "self", ".", "data", "[", "key", "]", ",", "list", ")", "and", "len", "(", "self", ".", "data", "[", "key", "]", ")", ">", "0", ":", "# Dictionary element is list", "self", ".", "data", "[", "key", "]", "=", "[", "self", ".", "data", "[", "key", "]", "[", "iloc", "]", "for", "iloc", "in", "id0", "]", "else", ":", "continue", "if", "len", "(", "self", ".", "gcmts", ")", ">", "0", ":", "self", ".", "gcmts", "=", "[", "self", ".", "gcmts", "[", "iloc", "]", "for", "iloc", "in", "id0", "]", "self", ".", "number_gcmts", "=", "self", ".", "get_number_tensors", "(", ")" ]

[ "Orders", "the", "events", "in", "the", "catalogue", "according", "to", "an", "indexing", "vector" ]

[ "def", "_get_edge_set", "(", "self", ",", "tol", "=", "0.1", ")", ":", "edges", "=", "[", "]", "for", "surface", "in", "self", ".", "surfaces", ":", "if", "isinstance", "(", "surface", ",", "GriddedSurface", ")", ":", "return", "edges", ".", "append", "(", "surface", ".", "mesh", ")", "elif", "isinstance", "(", "surface", ",", "PlanarSurface", ")", ":", "# Top edge determined from two end points", "edge", "=", "[", "]", "for", "pnt", "in", "[", "surface", ".", "top_left", ",", "surface", ".", "top_right", "]", ":", "edge", ".", "append", "(", "[", "pnt", ".", "longitude", ",", "pnt", ".", "latitude", ",", "pnt", ".", "depth", "]", ")", "edges", ".", "append", "(", "numpy", ".", "array", "(", "edge", ")", ")", "elif", "isinstance", "(", "surface", ",", "(", "ComplexFaultSurface", ",", "SimpleFaultSurface", ")", ")", ":", "# Rectangular meshes are downsampled to reduce their", "# overall size", "edges", ".", "append", "(", "downsample_trace", "(", "surface", ".", "mesh", ",", "tol", ")", ")", "else", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"Surface %s not recognised\"", "%", "str", "(", "surface", ")", ")", "return", "edges" ]

[ "Retrieve", "set", "of", "top", "edges", "from", "all", "of", "the", "individual", "surfaces", "downsampling", "the", "upper", "edge", "based", "on", "the", "specified", "tolerance" ]

[ "def", "get_min_distance", "(", "self", ",", "mesh", ")", ":", "dists", "=", "[", "surf", ".", "get_min_distance", "(", "mesh", ")", "for", "surf", "in", "self", ".", "surfaces", "]", "return", "numpy", ".", "min", "(", "dists", ",", "axis", "=", "0", ")" ]

[ "For", "each", "point", "in", "mesh", "compute", "the", "minimum", "distance", "to", "each", "surface", "element", "and", "return", "the", "smallest", "value", "." ]

[ "def", "get_closest_points", "(", "self", ",", "mesh", ")", ":", "# first, for each point in mesh compute minimum distance to each", "# surface. The distance matrix is flattend, because mesh can be of", "# an arbitrary shape. By flattening we obtain a ``distances`` matrix", "# for which the first dimension represents the different surfaces", "# and the second dimension the mesh points.", "dists", "=", "numpy", ".", "array", "(", "[", "surf", ".", "get_min_distance", "(", "mesh", ")", ".", "flatten", "(", ")", "for", "surf", "in", "self", ".", "surfaces", "]", ")", "# find for each point in mesh the index of closest surface", "idx", "=", "dists", "==", "numpy", ".", "min", "(", "dists", ",", "axis", "=", "0", ")", "# loop again over surfaces. For each surface compute the closest", "# points, and associate them to the mesh points for which the surface", "# is the closest. Note that if a surface is not the closest to any of", "# the mesh points then the calculation is skipped", "lons", "=", "numpy", ".", "empty_like", "(", "mesh", ".", "lons", ".", "flatten", "(", ")", ")", "lats", "=", "numpy", ".", "empty_like", "(", "mesh", ".", "lats", ".", "flatten", "(", ")", ")", "depths", "=", "None", "if", "mesh", ".", "depths", "is", "None", "else", "numpy", ".", "empty_like", "(", "mesh", ".", "depths", ".", "flatten", "(", ")", ")", "for", "i", ",", "surf", "in", "enumerate", "(", "self", ".", "surfaces", ")", ":", "if", "not", "idx", "[", "i", ",", ":", "]", ".", "any", "(", ")", ":", "continue", "cps", "=", "surf", ".", "get_closest_points", "(", "mesh", ")", "lons", "[", "idx", "[", "i", ",", ":", "]", "]", "=", "cps", ".", "lons", ".", "flatten", "(", ")", "[", "idx", "[", "i", ",", ":", "]", "]", "lats", "[", "idx", "[", "i", ",", ":", "]", "]", "=", "cps", ".", "lats", ".", "flatten", "(", ")", "[", "idx", "[", "i", ",", ":", "]", "]", "if", "depths", "is", "not", "None", ":", "depths", "[", "idx", "[", "i", ",", ":", "]", "]", "=", "cps", ".", "depths", ".", "flatten", "(", ")", "[", "idx", "[", "i", ",", ":", "]", "]", "lons", "=", "lons", ".", "reshape", "(", "mesh", ".", "lons", ".", "shape", ")", "lats", "=", "lats", ".", "reshape", "(", "mesh", ".", "lats", ".", "shape", ")", "if", "depths", "is", "not", "None", ":", "depths", "=", "depths", ".", "reshape", "(", "mesh", ".", "depths", ".", "shape", ")", "return", "Mesh", "(", "lons", ",", "lats", ",", "depths", ")" ]

[ "For", "each", "point", "in", "mesh", "find", "the", "closest", "surface", "element", "and", "return", "the", "corresponding", "closest", "point", "." ]