Update app.py

app.py

@@ -40,6 +40,7 @@ if not os.path.exists('./SEQDIFF_221219_equalTASKS_nostrSELFCOND_mod30.pt'):
     os.system('wget http://files.ipd.uw.edu/pub/sequence_diffusion/checkpoints/SEQDIFF_221219_equalTASKS_nostrSELFCOND_mod30.pt')
     print('Successfully Downloaded')
 
+
 from openai import OpenAI
 import gradio as gr
 import json  # json 모듈 추가
@@ -58,6 +59,9 @@ from model.util import writepdb
 from utils.inpainting_util import *
 import os
 
+rom Bio import SeqIO, Align
+from Bio.Seq import Seq
+
 # args 로드
 with open('./tmp/args.json', 'r') as f:
     args = json.load(f)
@@ -1028,10 +1032,15 @@ def process_chat_and_generate(message, history):
             None, None, None, None, None, None
         )
 
+# 필요한 모듈 추가
+import json
+from Bio import SeqIO, Align
+from Bio.Seq import Seq
+
+# 시작 부분에 추가
 def extract_keywords(analysis):
     """분석 텍스트에서 키워드 추출"""
     try:
-        # 기본 키워드 추출
         keywords = []
         # 주요 기능 키워드
         if "치료" in analysis: keywords.extend(["therapeutic", "binding"])
@@ -1048,7 +1057,7 @@ def extract_keywords(analysis):
         if "베타" in analysis or "시트" in analysis: keywords.append("sheet")
         if "루프" in analysis: keywords.append("loop")
         
-        return list(set(keywords))  # 중복 제거
+        return list(set(keywords))
     except Exception as e:
         print(f"키워드 추출 중 오류: {str(e)}")
         return []
@@ -1057,21 +1066,18 @@ def calculate_similarity(keywords, entry):
     """키워드와 데이터셋 항목 간의 유사도 계산"""
     try:
         score = 0
-        # 데이터셋 구조 확인 및 안전한 접근
-        sequence = entry.get('sequence', '').lower() if isinstance(entry, dict) else str(entry).lower()
-        
-        # 데이터셋 구조 디버깅
-        print("Entry structure:", type(entry))
-        print("Entry content:", entry)
+        if not entry or not isinstance(entry, dict):
+            return 0
+            
+        sequence = entry.get('sequence', '').lower()
+        description = entry.get('description', '')
         
         for keyword in keywords:
-            # 안전한 접근을 위한 수정
-            description = entry.get('description', '') if isinstance(entry, dict) else ''
             if keyword in description.lower():
                 score += 2
             if keyword in sequence:
                 score += 1
-            if isinstance(entry, dict) and 'secondary_structure' in entry:
+            if 'secondary_structure' in entry:
                 sec_structure = entry['secondary_structure']
                 if keyword in ['helix'] and 'H' in sec_structure:
                     score += 1
@@ -1081,10 +1087,24 @@ def calculate_similarity(keywords, entry):
                     score += 1
         return score
     except Exception as e:
-        print(f"유사도 계산 중 상세 오류: {str(e)}")
-        print("Entry:", entry)
+        print(f"유사도 계산 중 오류: {str(e)}")
         return 0
 
+# plddt_data 변수 추가
+plddt_data = []
+
+# 예제 프롬프트 처리 함수 수정
+def use_example(example):
+    try:
+        if example:
+            return example
+        return ""
+    except Exception as e:
+        print(f"예제 처리 중 오류: {str(e)}")
+        return ""
+
+# 이벤트 핸들러에서 필요한 변수들 정의
+current_protein_result = None
 
 
 def download_checkpoint_files():