将R添加到系统路径

![](images/2021-07-10%2011_01_00-This%20PC.jpg)

## 将R添加到系统路径

![](images/2021-07-10%2011_01_30-System.jpg)

## 将R添加到系统路径

![](images/2021-07-10%2013_48_50-Environment%20Variables.jpg)

## 将R添加到系统路径

![](images/2021-07-10%2010_58_39-Rterm%20(64-bit).jpg)

## 安装开发工具Rtools （编译程序包）

![](images/2021-07-10%2010_56_48-The%20Comprehensive%20R%20Archive%20Network.jpg)

## 安装Rtools

![](images/2021-07-10%2013_59_56-Setup%20-%20Rtools%20version%204.0.jpg)

## 将Rtools添加到系统路径

![](images/2021-07-10%2010_57_13-The%20Comprehensive%20R%20Archive%20Network.jpg)

## 将Rtools添加到系统路径 （安装成功了吗？）

![](images/2021-07-10%2010_57_54-Command%20Prompt.jpg)

## 安装开发工具tinytex （编译文档）

![](images/2021-07-10%2013_37_20-TinyTeX%20-%20A%20lightweight,%20cross-platform,%20portable,%20and%20easy-to-maintain%20LaTeX%20di.jpg)

## 安装tinytex

![](images/2021-07-10%2013_52_51-RStudio.jpg)

## 怎样知道成功安装了tinytex？

![](images/2021-07-10%2013_53_37-Command%20Prompt%20-%20pdflatex.jpg)

## 版本控制软件git

![](images/2021-07-10%2013_38_23-Git.jpg)

## git安装成功了么？

![](images/2021-07-10%2014_17_58-.jpg)

## git安装成功了！

![](images/2021-07-10%2014_18_53-MINGW64__c_Users_jlzhang_Desktop.jpg)

# R基础

## 认识R的界面 （主要用在Rstudio出现以前）

![](images/2021-07-10%2011_25_15-RGui%20(64-bit).jpg)

## Rstudio的界面

![](images/2021-07-10%2014_25_56-CN=Microsoft%20Windows,%20O=Microsoft%20Corporation,%20L=Redmond,%20S=Washington,%20C=US.jpg)

## Rstudio常用的选项 （页面布局）

![](images/2021-07-10%2011_16_57-plantlist%20-%20master%20-%20RStudio.jpg)

## Rstudio常用的选项 Tools

![](images/2021-07-10%2011_12_07-plantlist%20-%20master%20-%20RStudio.jpg)

## Rstudio常用的选项 保存和读取UTF8编码的文本文件

![](images/2021-07-10%2011_17_29-plantlist%20-%20master%20-%20RStudio.jpg)

## Rstudio常用的选项 （改变主题和字体）

![](images/2021-07-10%2011_16_44-plantlist%20-%20master%20-%20RStudio.jpg)

## 文本编辑器VScode

![](images/2021-07-10%2011_56_48-Visual%20Studio%20Code%20-%20Code%20Editing.%20Redefined.jpg)

# R程序包

## 什么是R程序包？

-   R程序包是包含R函数、文档、数据以及相应说明的一个文件夹或者编译好的压缩文件。

-   一个程序包在R环境内执行一个或者多个特定的功能。

## R的功能靠程序包实现

-   **base系列程序包**：R的基础程序包，可以实现基本的统计、绘图、文字处理、文件操作等
-   **tidyverse系列程序包**：主要用于数据科学
-   **某一领域专用的系列程序包**：如系统发育分析、生物多样性分析、空间分析绘图等

## 一些常用的程序包

1.  ape：系统发育与进化分析
2.  tidyverse：包括ggplot2、purrr、 tibble、 dplyr、 tidyr 、
    stringr、readr、 forcats等，主要用于数据科学
3.  sf+ggplot2+tmap：空间数据的读取、分析以及绘图
4.  ggtree：绘制进化树

## 一些常用的程序包

8.  knitr +
    rmarkdown：编译markdown文档，生成word、html、pdf、powerpoint等
9.  testthat、devtools、remotes： R程序包的安装和测试
10. dismo、ENMeval、wallace：物种潜在分布区分析
11. meta analysis：荟萃分析
12. shiny：制作动态网页
13. Rsqlite + dbplyr：操作数据库
14. plantlist： 查询科属和生成植物名录
15. herblabel：生成植物标本标签

## 在哪里找程序包？

1.  CRAN：各种类别，参考CRAN task views，用install.pacakges()安装
2.  Bioconductor：主要是基因组学和生物信息学工具
3.  github：多为开发阶段的程序包，用devtools安装
4.  Rforge：多为开发阶段的程序包，现在已不太活跃

## CRAN R镜像网络

![](images/2021-07-10%2010_50_38-CRAN%20-%20Mirrors.jpg)

## 清华大学R镜像

![](images/2021-07-10%2010_51_00-CRAN%20-%20Mirrors.jpg)

## Bioconductor

![](images/2021-07-10%2011_24_45-Bioconductor%20-%20About.jpg)

## github

![](images/2021-07-10%2011_55_16-helixcn%20(Jinlong%20Zhang).jpg)

## 安装CRAN上的程序包

``` {.r}
install.packages("ape") 
# 安装一个

install.packages("tidyverse", 
    dependencies = TRUE) 
# 安装一系列，并安装所有依赖的程序包
```

## 安装Github上的程序包

从源代码安装github上的phylotools包

``` {.r}
library(devtools)
install_github("helixcn/phylotools",
    build_vignettes