<p><b>BED</b>（<span lang="en">Browser Extensible Data</span>，字面意思是「（基因組）瀏覽器可延展數據」）是一種基因組學中用於表示、標記基因組區域位置信息中的文件格式，於人類基因組計劃中首次出現。BED文件是目前基因組學事實上的標準格式之一。
</p>


<h2><span id=".E6.A0.BC.E5.BC.8F"></span><span id="格式">格式</span></h2>
<p>引入BED格式的人類基因組計劃並未詳細規範BED文件格式，因此一般較通用<span data-orig-title="UCSC基因组浏览器" data-lang-code="en" data-lang-name="英語" data-foreign-title="UCSC Genome Browser"><span>加州大學聖克魯茲分校（UCSC）基因組瀏覽器</span></span>中的描述文件。2021年，<span data-orig-title="全球基因组学与健康联盟" data-lang-code="en" data-lang-name="英語" data-foreign-title="Global Alliance for Genomics and Health"><span>全球基因組學與健康聯盟</span></span>（GA4GH）發布了首份BED文件格式的規範文件。
</p><p>BED文件最少需要有3個分別表示區域染色體序號、起始位置，以及終止位置的列，根據不同需求可增加至12列記錄更多信息。一般來說，不同的列之間應以制表符分隔值（\t）隔開，且每一行的列數必須相同。
</p><p>下表介紹BED文件每一列應該存儲的信息。三個必須出現的列標記為紅色。
</p>
<center>
</center>
<h3><span id=".E5.A4.B4.E8.A1.8C.E6.96.87.E4.BB.B6"></span><span id="头行文件">頭行文件</span></h3>
<p>一部分BED文件會具有一些與BED文件本身無關的頭行文件，一般包含以下信息
</p>
<ul><li>"browser"：與UCSC基因組瀏覽器設置相關的參數</li>
<li>"track": 與基因組瀏覽器中可視化參數設置相關</li>
<li>"#"：注釋內容，內容任意</li></ul><h2><span id=".E6.96.87.E4.BB.B6.E6.89.A9.E5.B1.95.E5.90.8D"></span><span id="文件扩展名">文件擴展名</span></h2>
<p>BED文件的擴展名一般為「.bed」。有時候，也根據列數的不同標註為「.bed3」（有3列的BED文件）、「.bed6」（有6列的BED文件）等等。
</p>
<h2><span id=".E4.BE.8B.E5.AD.90"></span><span id="例子">例子</span></h2>
<p>以下為一個含有最基本3列信息的BED文件範例：
</p>
<pre>chr7    127471196    127472363
chr7    127472363    127473530
chr7    127473530    127474697
</pre>
<p>以下是另一個BED文件的範例，UCSC基因組瀏覽器提供的BED文件一般都是這種格式。頭三行是UCSC基因組瀏覽器的設置參數，與BED文件本身無關。
</p>
<pre>browser position chr7:127471196-127495720
browser hide all
track name="ItemRGBDemo" description="Item RGB demonstration" visibility=2 itemRgb="On"
chr7    127471196    127472363    Pos1    0    +    127471196    127472363    255,0,0
chr7    127472363    127473530    Pos2    0    +    127472363    127473530    255,0,0
chr7    127473530    127474697    Pos3    0    +    127473530    127474697    255,0,0
chr7    127474697    127475864    Pos4    0    +    127474697    127475864    255,0,0
chr7    127475864    127477031    Neg1    0    -    127475864    127477031    0,0,255
chr7    127477031    127478198    Neg2    0    -    127477031    127478198    0,0,255
chr7    127478198    127479365    Neg3    0    -    127478198    127479365    0,0,255
chr7    127479365    127480532    Pos5    0    +    127479365    127480532    255,0,0
chr7    127480532    127481699    Neg4    0    -    127480532    127481699    0,0,255
</pre>
<h2><span id=".genome.E6.A0.BC.E5.BC.8F"></span><span id=".genome格式">.genome格式</span></h2>
<p>genome文件是一種有時與BED文件配合使用的文件。這種文件含有兩列，第一列是染色體序號、第二列表示這條染色體的長度。genome文件主要是確保BED文件表示的區域不會位於染色體應有的長度之外。
</p>
<pre> chrom   size                                                                         
 chr1    248956422
 chr2    242193529
 chr3    198295559
 chr4    190214555
 chr5    181538259
 chr6    170805979
 chr7    159345973
 ...
</pre>
<h2><span id=".E5.8F.82.E8.A7.81"></span><span id="参见">參見</span></h2>
<ul><li><span data-orig-title="SAM (文件格式)" data-lang-code="en" data-lang-name="英語" data-foreign-title="SAM (file format)"><span>SAM (文件格式)</span></span></li>
<li>GTF文件</li></ul><h2><span id=".E5.8F.82.E8.80.83.E8.B5.84.E6.96.99"></span><span id="参考资料">參考資料</span></h2>

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 17.81%   26.962      1 Template:Category_handler
 17.60%   26.641      1 Template:Infobox
 11.49%   17.393      2 Template:Link-en
 10.21%   15.465      1 Template:Category_handler/numbered
  9.19%   13.918      1 Template:Namespace_detect
-->
**BED**（Browser Extensible Data，字面意思是「（基因組）瀏覽器可延展數據」）是一種基因組學中用於表示、標記基因組區域位置信息中的文件格式，於人類基因組計劃中首次出現。BED 文件是目前基因組學事實上的標準格式之一。

## 格式

引入 BED 格式的人類基因組計劃並未詳細規範 BED 文件格式，因此一般較通用加州大學聖克魯茲分校（UCSC）基因組瀏覽器中的描述文件。2021 年，全球基因組學與健康聯盟（GA4GH）發布了首份 BED 文件格式的規範文件。

BED 文件最少需要有 3 個分別表示區域染色體序號、起始位置，以及終止位置的列，根據不同需求可增加至 12 列記錄更多信息。一般來說，不同的列之間應以制表符分隔值（\t）隔開，且每一行的列數必須相同。

下表介紹 BED 文件每一列應該存儲的信息。三個必須出現的列標記為紅色。

### 頭行文件

一部分 BED 文件會具有一些與 BED 文件本身無關的頭行文件，一般包含以下信息

* "browser"：與 UCSC 基因組瀏覽器設置相關的參數
* "track": 與基因組瀏覽器中可視化參數設置相關
* "#"：注釋內容，內容任意

## 文件擴展名

BED 文件的擴展名一般為「.bed」。有時候，也根據列數的不同標註為「.bed3」（有 3 列的 BED 文件）、「.bed6」（有 6 列的 BED 文件）等等。

## 例子

以下為一個含有最基本 3 列信息的 BED 文件範例：

```
chr7    127471196    127472363
chr7    127472363    127473530
chr7    127473530    127474697
```

以下是另一個 BED 文件的範例，UCSC 基因組瀏覽器提供的 BED 文件一般都是這種格式。頭三行是 UCSC 基因組瀏覽器的設置參數，與 BED 文件本身無關。

```
browser position chr7:127471196-127495720
browser hide all
track name="ItemRGBDemo" description="Item RGB demonstration" visibility=2 itemRgb="On"
chr7    127471196    127472363    Pos1    0    +    127471196    127472363    255,0,0
chr7    127472363    127473530    Pos2    0    +    127472363    127473530    255,0,0
chr7    127473530    127474697    Pos3    0    +    127473530    127474697    255,0,0
chr7    127474697    127475864    Pos4    0    +    127474697    127475864    255,0,0
chr7    127475864    127477031    Neg1    0    -    127475864    127477031    0,0,255
chr7    127477031    127478198    Neg2    0    -    127477031    127478198    0,0,255
chr7    127478198    127479365    Neg3    0    -    127478198    127479365    0,0,255
chr7    127479365    127480532    Pos5    0    +    127479365    127480532    255,0,0
chr7    127480532    127481699    Neg4    0    -    127480532    127481699    0,0,255
```

## .genome 格式

genome 文件是一種有時與 BED 文件配合使用的文件。這種文件含有兩列，第一列是染色體序號、第二列表示這條染色體的長度。genome 文件主要是確保 BED 文件表示的區域不會位於染色體應有的長度之外。

```
 chrom   size                                                                         
 chr1    248956422
 chr2    242193529
 chr3    198295559
 chr4    190214555
 chr5    181538259
 chr6    170805979
 chr7    159345973
 ...
```

## 參見

* SAM (文件格式)
* GTF 文件

## 參考資料
.genome