Mặc dù nó được coi là một loại thảo mộc an toàn, hàm lượng saponin của cỏ linh lăng cũng khiến cỏ linh lăng tươi có nguy cơ gây đau bụng ở ngựa và có thể gây buồn nôn hoặc viêm dạ dày ở một số con chó, đặc biệt nếu nó không ở dạng khô. Hạt cỏ linh lăng cũng chứa một axit amin độc hại là L-canavanine, vì vậy không nên sử dụng loại hạt này. Cũng cần lưu ý rằng cỏ linh lăng chỉ nên được sử dụng ở trạng thái trước khi nở vì nếu không nó có thể gây ra phản ứng dị ứng ở động vật bị dị ứng phấn hoa.