Vì IPSec được tích hợp ở lớp Internet (lớp 3), nó cung cấp bảo mật cho hầu hết các giao thức trong bộ TCP / IP và vì IPSec được áp dụng một cách minh bạch cho các ứng dụng, nên không cần phải định cấu hình bảo mật riêng biệt cho từng ứng dụng sử dụng TCP / IP.