Phiên mã chỉ có thể xảy ra nếu RNA polymerase đầu tiên gắn hoặc liên kết với DNA. Kiểm soát quá trình liên kết này là cách chính để kiểm soát sự biểu hiện gen, và protein là bộ điều khiển chính của quá trình liên kết.