Thuật ngữ gel trong trường hợp này đề cập đến chất nền được sử dụng để chứa, sau đó tách các phân tử đích. Trong hầu hết các trường hợp, gel là một polyme liên kết ngang có thành phần và độ xốp được chọn dựa trên trọng lượng và thành phần cụ thể của mục tiêu cần phân tích. Mặt khác, gelgarose có khả năng phân giải DNA thấp hơn nhưng có phạm vi phân tách lớn hơn, và do đó được sử dụng cho các đoạn DNA thường có kích thước từ 50-20.000 bp, nhưng có thể phân giải trên 6 Mb với điện di gel trường xung (PFGE).