Trong lịch sử, động vật nguyên sinh được định nghĩa là các sinh vật đơn bào có các hành vi giống động vật, chẳng hạn như khả năng vận động và săn mồi. Nhóm này được coi là đối tác động vật học đối với nguyên sinh vật, được coi là giống thực vật, vì chúng có khả năng quang hợp. Là động vật ăn thịt, chúng săn mồi bằng tảo đơn bào hoặc dạng sợi, vi khuẩn và vi nấm. Các loài động vật nguyên sinh bao gồm cả động vật ăn cỏ và sinh vật tiêu thụ trong mắt xích phân hủy của chuỗi thức ăn. Chúng cũng kiểm soát quần thể vi khuẩn và sinh khối ở một mức độ nào đó.