Đầu tiên, cô được đưa cùng những người khác từ Ngôi nhà phụ bí mật đến trại trung chuyển Westerbork ở Hà Lan, và từ đó đến trại tập trung Auschwitz ở Ba Lan bị chiếm đóng. Vào mùa đông năm 1944, cùng với Margot, cô bị đưa đến Bergen-Belsen, một trại tập trung ở miền bắc nước Đức. Typhus Anne và Margot Frank chết vì sốt phát ban ở Bergen-Belsen vào tháng 2 năm 1945. Bệnh sốt phát ban là một bệnh truyền nhiễm chết người. Đức Quốc xã đang giam giữ hàng ngàn người Do Thái ở Bergen-Belsen. Họ cho chúng bên cạnh không có gì để ăn, và điều kiện vệ sinh rất tồi tệ. Hàng ngàn tù nhân chết vì đói và bệnh tật.