Một nguyên tử có thể là một ion, nhưng không phải tất cả các ion đều là nguyên tử. Sự khác biệt giữa nguyên tử và ion liên quan đến điện tích thuần. Ion là một hạt hoặc tập hợp các hạt có điện tích thuần dương hoặc âm. Nguyên tử là đơn vị cơ bản của một nguyên tố. Danh tính của một nguyên tố được xác định bởi số proton mang điện tích dương trong hạt nhân nguyên tử.