Ciprofloxacin được sử dụng để điều trị nhiều loại nhiễm trùng, bao gồm nhiễm trùng xương và khớp, viêm nội tâm mạc, viêm dạ dày ruột, viêm tai giữa ác tính, nhiễm trùng đường hô hấp, viêm mô tế bào, nhiễm trùng đường tiết niệu, viêm tuyến tiền liệt, bệnh than và ung thư tuyến giáp.