Con trai của một gia đình Pashtun nổi tiếng, Najibullah (giống như nhiều người Afghanistan, chỉ có một cái tên duy nhất) bắt đầu học y khoa tại Đại học Kabul vào năm 1964 và nhận bằng vào năm 1975, nhưng ông chưa bao giờ hành nghề y.