Lưỡi đen hoặc nâu thường là do sự phát triển quá mức của vi khuẩn thường có trên lưỡi. Điều này cũng có thể được gây ra bởi việc tiêu diệt một số vi khuẩn bằng thuốc kháng sinh để các vi khuẩn khác phát triển quá mức. Nhưng nguyên nhân phổ biến nhất khiến lưỡi bị đổi màu là do nấm phát triển quá mức. Loại nấm phổ biến nhất được gọi là candida. Nhưng nấm candida phát triển quá mức khiến lưỡi có màu trắng. Nhiễm nấm candida được gọi là bệnh nấm candida, và khi nó xảy ra trên lưỡi, tình trạng này được gọi là tưa miệng.