Tuy nhiên, trong phân loại học hiện đại, Protista được hiểu là thuộc nhóm paraphyletic (không phải là nhánh), vì vậy thuật ngữ này vẫn được sử dụng chỉ vì sự tiện lợi, tương tự như động vật không xương sống. Một thuật ngữ tương đương Protoctista được sử dụng cho các sinh vật này bởi các tổ chức và cơ quan khác nhau. Các sinh vật nguyên sinh khác bao gồm các loài gây bệnh như kinetoplastid Trypanosoma brucei, gây bệnh ngủ và các loài apicomplexan Plasmodium gây bệnh sốt rét.