Protein cũng được sử dụng như một nguồn năng lượng. Protein đầu tiên được chia thành các axit amin. Sau đó, thành phần nitơ của các axit amin bị loại bỏ (trong một phản ứng được gọi là XỬ LÝ), và các axit amin bị khử này sau đó được chuyển thành Acetyl CoA đi qua Chu trình Kreb để tạo ra nhiều ATP hơn.