MRSA cũng có thể ảnh hưởng đến các mô bên trong cơ thể. Đây là những bệnh nhiễm trùng nghiêm trọng hơn. Một số trong số này có thể xảy ra như một biến chứng của nhiễm trùng da MRSA. Tuy nhiên, trong hầu hết các trường hợp, chúng không phải như vậy. Một điều khá hiếm gặp là trong cộng đồng, một biến chứng của nhiễm trùng da do MRSA phát triển.