Clarkson tọa lạc tại Quận Colfax ở Đông Bắc Nebraska, cách ngã ba đường 15 và 91 của Nebraska ba dặm về phía tây. Clarkson nằm cách Norfolk, Neb 35 dặm về phía đông nam; 35 dặm về phía đông bắc của Columbus, Neb .; 85 dặm về phía tây bắc của Omaha, Neb .; và 90 dặm về phía tây bắc của Lincoln, Neb.