Ứng dụng dễ thấy nhất của giao thức là để truy cập vào các tài khoản shell trên hệ điều hành giống Unix, nhưng nó cũng thấy một số hạn chế sử dụng trên Windows. Vào năm 2015, Microsoft đã thông báo rằng họ sẽ bao gồm hỗ trợ gốc cho SSH trong một bản phát hành trong tương lai.