Lịch sử của FGM không được biết đến nhiều nhưng hoạt động này đã có từ 2000 năm trước. Người ta không biết truyền thống Cắt bỏ bộ phận sinh dục nữ bắt nguồn từ khi nào hoặc ở đâu. Người ta tin rằng nó đã được thực hành ở Ai Cập cổ đại như một dấu hiệu phân biệt giữa các tầng lớp quý tộc. Một số người tin rằng nó bắt đầu trong quá trình buôn bán nô lệ khi phụ nữ nô lệ da đen bước vào các xã hội Ả Rập cổ đại. Một số người tin rằng FGM bắt đầu với sự xuất hiện của Hồi giáo ở một số vùng của châu Phi cận Sahara.