Một số rối loạn tự miễn dịch ảnh hưởng đến một số loại mô trên khắp cơ thể chẳng hạn như mạch máu, sụn hoặc da. Các rối loạn tự miễn dịch khác ảnh hưởng đến một cơ quan cụ thể. Bất kỳ cơ quan nào, bao gồm thận, phổi, tim và não, đều có thể bị ảnh hưởng. Một số rối loạn tự miễn dịch ảnh hưởng đến một số loại mô trên khắp cơ thể chẳng hạn. , mạch máu, sụn hoặc da. Các rối loạn tự miễn dịch khác ảnh hưởng đến một cơ quan cụ thể.