Trong khi phần lớn vi khuẩn trong cơ thể con người bị chống lại bởi hệ thống miễn dịch, có một số ít vi khuẩn có bản chất gây bệnh. Vi khuẩn gây bệnh gây ra các bệnh truyền nhiễm như bệnh phong, bệnh tả, bệnh than và bệnh dịch hạch. Chúng cũng là nguyên nhân lây lan các bệnh nhiễm trùng đường hô hấp như bệnh lao. Vi khuẩn legionella gây ra bệnh Legionnaires, một bệnh nhiễm trùng phổi là một dạng viêm phổi nặng. Bệnh lây lan do hít phải vi khuẩn hoặc do tiếp xúc với người mắc bệnh. Legionella cũng gây ra một căn bệnh giống cúm gọi là sốt Pontiac.