Dạng cổ điển của bệnh Pompe khởi phát ở trẻ sơ sinh bắt đầu trong vòng vài tháng sau khi sinh. Trẻ sơ sinh mắc chứng rối loạn này thường bị yếu cơ (bệnh cơ), trương lực cơ kém (giảm trương lực cơ), gan to (gan to) và dị tật tim.