Khởi đầu: Trường học và Đại học. Joseph John Thomson sinh ngày 18 tháng 12 năm 1856 tại Manchester, Anh, Vương quốc Anh. Cha của ông, Joseph James Thomson, điều hành một cửa hàng sách chuyên dụng đã có từ ba thế hệ trong gia đình ông. Mẹ của anh, Emma Swindells, xuất thân từ một gia đình sở hữu một công ty bông.