Thuốc kháng sinh đôi khi có thể gây tiêu chảy mà không phải do nhiễm C. difficile. Lý do của tiêu chảy không rõ ràng. Ý nghĩa thực tế là không phải tất cả tiêu chảy liên quan đến kháng sinh đều được coi là do C. difficile và được điều trị như vậy.