Thông thường, PCR thường bao gồm 20-40 thay đổi nhiệt độ lặp lại, được gọi là chu kỳ, trong đó mỗi chu kỳ thường chứa ba bước. Cần phải thực hiện nhiều chu kỳ vì theo cách đó kết quả cuối cùng sẽ bao gồm chủ yếu là DNA mong muốn.