Các nghiên cứu đã phát hiện ra rằng kiểu gen Pneumocystis phản ánh thành phố cư trú của bệnh nhân chứ không phải thành phố nơi sinh và những bệnh nhân HIV mới được chẩn đoán mắc PCP có Pneumocystis chứa các đột biến liên quan đến việc sử dụng dự phòng PCP trước đó, trong cả hai trường hợp cho thấy rằng bệnh đã mắc gần đây (14, 15, 105).