Tháng sau, Lewis bị bắn vào đùi bởi một trong những người của chính mình trong một cuộc đi săn. Lewis và Clark và hai nhóm của họ lại tham gia cùng nhau tại sông Missouri và thực hiện phần còn lại của chuyến đi đến St. Louis cùng nhau. Tổng cộng, đoàn thám hiểm đã đi khoảng 8.000 dặm bằng thuyền, đi bộ và cưỡi ngựa.