Ở sinh vật nhân chuẩn, việc chấm dứt phiên mã xảy ra bởi các quá trình khác nhau, tùy thuộc vào polymerase chính xác được sử dụng. Đối với các gen pol I, quá trình phiên mã bị dừng bằng cách sử dụng một yếu tố kết thúc, thông qua một cơ chế tương tự như sự kết thúc phụ thuộc vào rho ở vi khuẩn.