Sự phân hủy diễn ra nhanh nhất trong giai đoạn ủ phân hữu cơ ưa nhiệt (40-60 ° C), kéo dài trong vài tuần hoặc vài tháng tùy thuộc vào kích thước của hệ thống và thành phần của các thành phần. Giai đoạn này cũng rất quan trọng để tiêu diệt mầm bệnh nhạy cảm với nhiệt, ấu trùng ruồi và hạt cỏ dại.