Bơm proton là một protein màng tích hợp có khả năng di chuyển proton qua màng sinh học. Ngoài các bơm proton trong ty thể, thực vật có một proton ATPase tạo ra các gradient điện hóa trong màng sinh chất của thực vật, nấm, sinh vật nguyên sinh và nhiều sinh vật nhân sơ.