Sau khi điều trị, một số ít người vẫn còn một số triệu chứng như đau nhức cơ và mệt mỏi. Nguyên nhân của những triệu chứng liên tục này, được gọi là hội chứng bệnh Lyme sau điều trị, vẫn chưa được biết và việc điều trị bằng nhiều thuốc kháng sinh hơn cũng không giúp ích được gì. Cần phải nghiên cứu thêm. nguyên nhân của những triệu chứng liên tục này, được gọi là hội chứng bệnh Lyme sau điều trị, vẫn chưa được biết rõ và việc điều trị bằng nhiều thuốc kháng sinh hơn cũng không giúp ích được gì. Một số chuyên gia tin rằng một số người mắc bệnh Lyme có khuynh hướng phát triển phản ứng tự miễn dịch góp phần gây ra các triệu chứng của họ. Nghiên cứu thêm là cần thiết.