Ít phổ biến hơn, viêm họng là do nhiễm trùng do vi khuẩn. Nhiễm trùng do vi khuẩn cần dùng kháng sinh. Nhiễm trùng cổ họng do vi khuẩn phổ biến nhất là viêm họng do liên cầu A. Các nguyên nhân hiếm gặp của viêm họng do vi khuẩn bao gồm bệnh lậu, chlamydia và nhiễm trùng corynebacterium.iral. Viêm họng phổ biến nhất là do nhiễm vi rút như cảm lạnh thông thường, cúm hoặc tăng bạch cầu đơn nhân. Nhiễm vi-rút không đáp ứng với thuốc kháng sinh và chỉ cần điều trị để giúp giảm các triệu chứng.