Cùng với vợ là Jane, Stanford thành lập Đại học Leland Stanford Junior như một đài tưởng niệm cho đứa con duy nhất của họ, Leland Stanford, Jr., người đã chết khi còn là một thiếu niên vì bệnh thương hàn ở Florence, Ý, vào năm 1884 trong một chuyến đi đến châu Âu.