Tuy nhiên, một mình thuốc sẽ không đóng VSD và trong những trường hợp này, phẫu thuật có thể là cần thiết. Trong hầu hết các trường hợp, phẫu thuật được thực hiện trong vòng vài tuần đến vài tháng đầu đời của trẻ. Bác sĩ phẫu thuật rạch một đường trên thành ngực và máy tim phổi sẽ duy trì tuần hoàn trong khi bác sĩ phẫu thuật đóng lỗ thông.