Nó là một dạng không hoạt động, bị tước bỏ mà vi khuẩn có thể tự tiêu giảm. Sự hình thành nội bào tử thường được kích hoạt do thiếu chất dinh dưỡng, và thường xảy ra ở vi khuẩn Gram dương. Trong quá trình hình thành nội bào tử, vi khuẩn phân chia trong thành tế bào của nó. Một bên sau đó nhấn chìm bên kia.