Phylogenies dựa trên cấu trúc tương đồng và mô tả các loài có nguồn gốc từ một tổ tiên chung. Bởi vì các đặc điểm tương đồng có thể rất giống nhau, có thể khó phân biệt chúng với các tính trạng tương đồng.