Các protein khác nhau chủ yếu ở trình tự các axit amin, được quy định bởi trình tự nucleotide của gen của chúng và thường dẫn đến việc gấp protein thành một cấu trúc ba chiều cụ thể quyết định hoạt động của nó. Một chuỗi thẳng của các gốc axit amin được gọi là polypeptit. Một protein chứa ít nhất một polypeptit dài. Các polypeptit ngắn, chứa ít hơn 20-30 gốc, hiếm khi được coi là protein và thường được gọi là peptit, hoặc đôi khi là oligopeptit.