Quá trình tiêu hóa protein xảy ra ở dạ dày và tá tràng, trong đó 3 enzym chính, pepsin do dạ dày tiết ra và trypsin và chymotrypsin do tuyến tụy tiết ra, phân hủy protein thức ăn thành polypeptit, sau đó được phân hủy bởi các exopeptidaza và dipeptidaza khác nhau thành axit amin. Khó tiêu là sự phân hủy các phân tử thức ăn lớn không hòa tan thành các phân tử thức ăn nhỏ hòa tan trong nước để chúng có thể được hấp thụ vào huyết tương dạng nước. Ở một số sinh vật, những chất nhỏ hơn này được hấp thụ qua ruột non vào dòng máu.