Các loại thuốc như thuốc kháng sinh có thể gây tiêu chảy vào mỗi buổi sáng. Tiêu chảy liên quan đến thuốc kháng sinh có thể xảy ra bất cứ lúc nào. Tuy nhiên, tiêu chảy vào sáng sớm xảy ra do các cơ quan nội tạng bắt đầu hoạt động khi người bệnh thức dậy. Chúng trở nên hoạt động sau một thời gian ngủ đông qua đêm.