Mục tiêu của ENCODE là xây dựng một danh sách các bộ phận toàn diện của các yếu tố chức năng trong bộ gen người, bao gồm các yếu tố hoạt động ở cấp độ protein và RNA, và các yếu tố điều tiết kiểm soát các tế bào và hoàn cảnh mà gen hoạt động. của các thử nghiệm và phương pháp xác định các yếu tố chức năng. Việc phát hiện và chú thích các yếu tố gen được thực hiện chủ yếu bằng cách xác định trình tự một loạt các nguồn ARN, hệ gen so sánh, phương pháp định dạng sinh học tích hợp và giám định của con người.