Đối với một tập hợp con lớn các protein, quá trình phosphoryl hóa có liên quan chặt chẽ với hoạt động của protein và là điểm quan trọng của việc điều hòa chức năng của protein. Quá trình phosphoryl hóa điều chỉnh chức năng của protein và tín hiệu tế bào bằng cách gây ra những thay đổi cấu trúc trong protein đã được phosphoryl hóa. Những thay đổi này có thể ảnh hưởng đến protein theo hai cách. Đầu tiên, những thay đổi về cấu trúc quy định hoạt động xúc tác của protein.