Vancomycin cũng được khuyến cáo dùng đường uống để điều trị viêm đại tràng nặng do Clostridium difficile. Khi uống, nó được hấp thu rất kém. Các tác dụng phụ thường gặp bao gồm đau ở vùng tiêm và phản ứng dị ứng. Đôi khi, mất thính giác, huyết áp thấp hoặc ức chế tủy xương xảy ra.