Năm 1998, Hệ thống Y tế Đại học Duke được thành lập với quan hệ đối tác mới được thiết lập với Bệnh viện Khu vực Durham và Bệnh viện Cộng đồng Raleigh. Cùng năm đó, Viện Y tế Quốc gia hợp tác với Duke để cung cấp bằng thạc sĩ chung đầu tiên về khoa học sức khỏe trong nghiên cứu lâm sàng.