Tuy nhiên, việc mất cha khi mới 11 tuổi đã làm thay đổi tình trạng tài chính của gia đình, và Messier đã bỏ dở việc học chính thức để được anh trai của mình cho đi học ở nhà. Năm 21 tuổi, Messier nhận vị trí Nhà thiên văn học cho Hải quân Pháp, nơi ông lưu giữ những ghi chép cẩn thận về các quan sát trên bầu trời. Messier tiếp tục giữ chức vụ trưởng phòng thiên văn của Đài quan sát biển vào năm 1759 và sau đó trở thành nhà thiên văn học của Hải quân vào năm 1771.