Tháng đó người Creoles ở San Salvador ra tuyên bố độc lập khỏi Tây Ban Nha. Họ không muốn tiếp tục bị thống trị bởi Guatemala hoặc gia nhập đế chế của Iturbide. Nội chiến xảy ra. Do Manuel Jose Arce lãnh đạo, lực lượng Salvador đã đánh bại quân đội Guatemala và củng cố quyền kiểm soát đối với El Salvador. Sau đó, vào năm 1823, một đội quân Guatemala-Mexico dưới sự chỉ huy của tướng Mexico Vicente Filisola đã chiếm được San Salvador.