Các tác dụng phụ lâu dài chính của PPI là thiếu hụt vitamin B12 và hiếm hơn là thiếu sắt. Các tế bào trong dạ dày tạo ra axit cũng tạo ra một loại protein được gọi là yếu tố nội tại, cần thiết cho sự hấp thụ vitamin B12.