như đã đề cập bởi Rubal, MAF cho biết Tần số alen nhỏ, nhưng điều quan trọng là phải biết không chỉ quần thể hoặc mẫu nào đang đề cập đến mà còn cả alen nào đang đề cập đến. Phần cuối cùng này dành cho các biến thể không alen, mà MAF thường báo cáo tần số của alen thứ hai chứ không phải alen phụ. chúng ta có xu hướng nghĩ rằng tất cả SNP đều là hai alen và hầu hết chúng đều như vậy, nhưng luôn luôn là một ý tưởng hay để kiểm tra xem MAF đang báo cáo chính xác alen nào.