Phần mềm độc hại có thể hoạt động lén lút, nhằm mục đích đánh cắp thông tin hoặc do thám người dùng máy tính trong một thời gian dài mà họ không biết, chẳng hạn như Regin, hoặc nó có thể được thiết kế để gây hại, thường là phá hoại (ví dụ: Stuxnet) hoặc để tống tiền thanh toán ( CryptoLocker).