Trong y học thú y, phương pháp xử lý vi khuẩn trong phân được gọi là 'thay máu' và được sử dụng để điều trị động vật nhai lại, như bò và cừu, bằng cách cho một cá thể khác cùng loài ăn thức ăn trong dạ cỏ của một con vật khỏe mạnh để xâm nhập đường tiêu hóa của nó với vi khuẩn bình thường. MT đã được sử dụng trong thực nghiệm để điều trị các bệnh đường tiêu hóa khác, bao gồm viêm đại tràng, táo bón, hội chứng ruột kích thích và các tình trạng thần kinh như bệnh đa xơ cứng và Parkinson.