Phân sẫm màu không liên quan đến thực phẩm hoặc thuốc cụ thể có thể đáng lo ngại hơn và có thể là dấu hiệu cho thấy xuất huyết ở đâu đó trong hệ tiêu hóa. Màu sắc và chất lượng của phân phụ thuộc vào vị trí chảy máu và tốc độ di chuyển của phân trong hệ tiêu hóa. Nguyên nhân thường liên quan đến thực phẩm, quả việt quất, củ cải đường hoặc cam thảo đen. Phân thải ra sau khi ăn những thực phẩm này có thể có màu nâu sẫm, hơi xanh, hơi đỏ hoặc đen. Thuốc bổ sung sắt và thuốc có chứa bismuth subsalicylate, một thành phần phổ biến trong thuốc chống tiêu chảy, cũng có thể khiến phân có màu sẫm hoặc đen.