Bản đồ giới hạn là bản đồ của các vị trí giới hạn đã biết trong một chuỗi DNA. Lập bản đồ giới hạn yêu cầu sử dụng các enzym giới hạn. các trang web có thể được suy ra. Ánh xạ hạn chế là một kỹ thuật rất hữu ích khi được sử dụng để xác định hướng của phần chèn trong vectơ nhân bản, bằng cách ánh xạ vị trí của vị trí hạn chế ngoài tâm trong phần chèn (Dale, Von Schantz, 2003).