Illumina MiSeq là một bộ giải trình tự để bàn sử dụng cùng một trình tự đã được chứng minh bằng hóa học tổng hợp như đối tác thông lượng cao hơn của nó, HiSeq. MiSeq được thiết kế để có thông lượng thấp hơn và thời gian quay vòng nhanh hơn.