Borneo được bao quanh bởi Biển Đông ở phía bắc và tây bắc, biển Sulu về phía đông bắc, biển Celebes và eo biển Makassar về phía đông, biển Java và eo biển Karimata ở phía nam. Ở phía tây của Borneo là bán đảo Mã Lai và Sumatra. Quốc gia có chủ quyền của Brunei, nằm trên bờ biển phía bắc, chiếm khoảng 1% diện tích đất của Borneo. Đối diện với một khu vực của rừng nhiệt đới Amazon, Borneo chính là nơi có một trong những khu rừng nhiệt đới lâu đời nhất trên thế giới.