Hệ thống miễn dịch bẩm sinh, còn được gọi là hệ thống miễn dịch không đặc hiệu, là một hệ thống con quan trọng của hệ thống miễn dịch tổng thể bao gồm các tế bào và cơ chế bảo vệ vật chủ khỏi bị nhiễm trùng bởi các sinh vật khác. Các tế bào của hệ thống bẩm sinh nhận biết và phản ứng với các mầm bệnh trong một cách chung chung, nhưng, không giống như hệ thống miễn dịch thích ứng (chỉ có ở động vật có xương sống), nó không mang lại khả năng miễn dịch bảo vệ hoặc lâu dài cho vật chủ.