Đại bàng hói thường chọn làm tổ ở khu vực rừng rậm gần nước. Trong khi đại bàng thường tránh hoạt động của con người, ở những bang có quần thể đại bàng lớn, đại bàng hói sẽ làm tổ ở những khu vực phát triển. Đại bàng vàng thích môi trường sống không phát triển mở hoặc bán mở. Tổ của đại bàng hói trung bình có đường kính từ 4 đến 5 feet và sâu từ 2 đến 4 feet. Mỗi năm cặp trưởng thành sẽ bổ sung thêm 1-2 feet vật liệu mới vào tổ. Tổ đại bàng hói lớn nhất được ghi nhận, nằm ở St.Petersburg, Florida, có đường kính 9,5 feet, sâu 20 feet và nặng gần 3 tấn.