Các tác dụng phụ thường gặp của Gardasil bao gồm phản ứng tại chỗ tiêm (đau, sưng, đỏ, bầm tím hoặc ngứa), sốt, nhức đầu, chóng mặt, mệt mỏi, buồn nôn, nôn, tiêu chảy, khó ngủ (mất ngủ), sổ mũi hoặc nghẹt mũi, đau họng, ho, đau răng, đau khớp hoặc cơ.