Tuy nhiên, vào năm 1977, Carl Woese, một nhà vi sinh vật học và nhà vật lý học đã phát hiện ra sự khác biệt đáng kể giữa một số sinh vật nhân sơ. Những khác biệt này có ý nghĩa quan trọng đến mức sinh vật nhân sơ được tách thành hai lĩnh vực riêng biệt: Cổ khuẩn và Vi khuẩn, và do đó có hai giới: Cổ khuẩn và Vi khuẩn.