Sau đó, đoạn 29 nucleotide của DNA bị hư hỏng không được liên kết, khoảng trống được lấp đầy (DNA polymerase) và nick được niêm phong (ligase). Sửa chữa trực tiếp DNA bị hư hỏng. Đôi khi tổn thương cơ sở có thể được sửa chữa trực tiếp bằng các enzym chuyên biệt mà không cần phải đào thải nucleotide. Sửa chữa tái tổ hợp. Cơ chế này cho phép một tế bào tái tạo lại những tổn thương trước đây và sửa chữa nó sau đó.