Theo lý thuyết này, ti thể, plastids (ví dụ như lục lạp), và có thể là các bào quan khác đại diện cho vi khuẩn sống tự do trước đây (sinh vật nhân sơ) đã được đưa vào bên trong một tế bào khác như một sinh vật nội truyền vào khoảng 1,5 tỷ năm trước.