Eocen tạo nên phần giữa của kỷ Paleogen (cách đây 65-23 triệu năm), trước Paleocen và kế tục là kỷ Oligocen (34-23 triệu năm trước); tất cả các thời kỳ và kỷ nguyên này đều là một phần của Kỷ nguyên Kainozoi (cách đây 65 triệu năm cho đến nay).