Sức khỏe tinh thần của trẻ em cũng bị ảnh hưởng tiêu cực bởi tình trạng sức khỏe ở Mali. Với khoảng 59.000 trẻ em được dự đoán sẽ mất cả cha lẫn mẹ do bệnh tật, số người nhiễm HIV / AIDS ở Mali cũng tương đương với những trẻ em không có cha mẹ.