Ngoài vai trò của nó đối với cảm xúc và trí nhớ cảm xúc vô thức, hạch hạnh nhân cũng tham gia vào việc điều chỉnh hoặc điều chỉnh một loạt các chức năng nhận thức, chẳng hạn như sự chú ý, nhận thức và trí nhớ rõ ràng. Những thay đổi về cấu trúc và / hoặc chức năng trong hạch hạnh nhân có liên quan với một loạt các tình trạng tâm thần ở con người. Bao gồm các rối loạn lo âu khác nhau (PTSD, ám ảnh và hoảng sợ), trầm cảm, tâm thần phân liệt và tự kỷ, và một số ít. Điều này không có nghĩa là hạch hạnh nhân gây ra những rối loạn này.