Sau khi rụng trứng, estrogen được tham gia bởi progesterone từ hoàng thể làm cho nội mạc tử cung dày đặc hơn và trưởng thành. Estrogen không chỉ được chuyển hóa ở gan mà còn được tái lưu thông giữa ruột và gan (tuần hoàn gan - ruột). Thuốc kháng sinh có thể ảnh hưởng đến chuyển hóa estrogen theo hai cách. Hầu hết các kháng sinh được chuyển hóa ở gan và sự hiện diện của chúng có thể ảnh hưởng đến tốc độ chuyển hóa của estrogen (và progesterone). Điều này có thể làm thay đổi nguồn cung cấp estrogen có sẵn trong máu và có thể gây ra sự không đều của chu kỳ. Một số thuốc kháng sinh gây ra các triệu chứng như tiêu chảy khi chúng thay đổi hệ vi khuẩn đường ruột.