Phân bón và thuốc trừ sâu bón cho cây trồng cuối cùng có thể đến các tầng chứa nước bên dưới, đặc biệt nếu tầng chứa nước nông và không được bảo vệ bởi một lớp vật liệu có độ bền thấp bên trên, chẳng hạn như đất sét. Các giếng nước uống gần đất trồng trọt đôi khi bị ô nhiễm bởi các hóa chất nông nghiệp này.