Hình học phân tử là sự sắp xếp ba chiều của các nguyên tử tạo thành phân tử. Nó xác định một số đặc tính của một chất bao gồm khả năng phản ứng, độ phân cực, pha của vật chất, màu sắc, từ tính và hoạt động sinh học.