Các vấn đề về chức năng tiêu hóa thường không được chẩn đoán tốt bằng nội soi vì chuyển động hoặc bài tiết của đường tiêu hóa không dễ dàng kiểm tra bằng EGD. Tuy nhiên, những phát hiện như chất lỏng dư thừa hoặc ruột chuyển động kém trong quá trình nội soi có thể gợi ý rối loạn chức năng.