Quận lỵ của nó là Warrensburg. Quận được thành lập ngày 13 tháng 12 năm 1834 từ Quận Lafayette và được đặt tên cho Phó Tổng thống Richard M. Johnson. Quận Johnson bao gồm Khu vực Thống kê Đô thị Warrensburg, MO, cũng được bao gồm trong Khu vực Thống kê Kết hợp Thành phố Kansas-Overland-Thành phố Kansas, MO-KS.