Phân tích di truyền cho thấy rằng các sinh vật nhân chuẩn thu nhỏ tương tự phân nhánh từ tất cả các nhóm trong cây phát sinh loài. Vi sinh vật bao gồm các thành viên của ba lĩnh vực của sự sống. Ba lĩnh vực của sự sống là vi khuẩn, vi khuẩn cổ và nhân chuẩn. Trong số hai tế bào nhân sơ đơn giản hơn nhiều so với tế bào nhân thực. Vi khuẩn và vi khuẩn cổ được coi là sinh vật nhân sơ. Prokaryotic xuất phát từ tiền tố tiếng Hy Lạp pro có nghĩa là trước và từ gốc tiếng Hy Lạp karyon có nghĩa là hạt nhân. Chúng có xu hướng nhỏ hơn về kích thước và không phức tạp như tế bào nhân thực.