Nếu dùng thuốc kháng sinh khi không thực sự cần thiết, bệnh nhân có nguy cơ bị các phản ứng phụ mà không nhận được bất kỳ lợi ích nào từ thuốc đó. Việc lạm dụng thuốc kháng sinh có thể khiến bệnh nhân bị nhiễm trùng ruột kết có tên là Clostridium difficile (gọi tắt là C. diff). Nhiễm trùng này có thể xảy ra khi thuốc kháng sinh tiêu diệt tất cả vi khuẩn tốt, cùng với vi khuẩn xấu, và chỉ để lại C. diff ở lại gây nhiễm trùng. Việc lạm dụng kháng sinh cũng có thể dẫn đến tình trạng kháng kháng sinh, có lẽ là hậu quả đáng lo ngại nhất. Khi vi khuẩn tiếp xúc với thuốc kháng sinh, chúng có thể phát triển các đột biến khiến thuốc kháng sinh không còn tác dụng chống lại các vi khuẩn đó.