Đường hô hấp có thể được phân loại thành ngăn trên và ngăn dưới. Đường thở trên kéo dài từ vùng mũi họng đến thanh quản. Các tế bào của đường hô hấp trên đôi khi được nhìn thấy trong các bệnh phẩm đường hô hấp dưới. Đường hô hấp dưới, là trọng tâm chính của chẩn đoán tế bào học hô hấp, kéo dài từ khí quản đến phổi.