Miễn dịch huỳnh quang là một kỹ thuật được sử dụng cho kính hiển vi ánh sáng với kính hiển vi huỳnh quang và được sử dụng chủ yếu trên các mẫu vi sinh. Miễn dịch huỳnh quang thứ hai hoặc gián tiếp sử dụng hai kháng thể; kháng thể thứ nhất (chính) không được gắn nhãn sẽ liên kết đặc biệt với phân tử đích và kháng thể thứ cấp, mang fluorophore, nhận ra kháng thể chính và liên kết với nó. Nhiều kháng thể thứ cấp có thể liên kết với một kháng thể chính duy nhất.