Hầu hết các bệnh trên cây đều do nấm, vi khuẩn và vi rút gây ra. Mặc dù bệnh mối thường chỉ được sử dụng để phá hủy các cây sống, nhưng hành động thối khô và thối rữa của cây trồng đã thu hoạch trong quá trình bảo quản hoặc vận chuyển cũng tương tự như sự thối rữa của các cây đang phát triển; cả hai đều do vi khuẩn và nấm gây ra. bệnh thực vật thường được phân loại theo triệu chứng hơn là tác nhân gây bệnh, bởi vì việc phát hiện ra các tác nhân cực nhỏ như vi khuẩn chỉ có từ thế kỷ 19.