Tất cả các chất diệp lục và carotenoit khác tham gia vào quá trình hấp thụ ánh sáng được gọi là sắc tố phụ. Một loại sắc tố phụ khác được tìm thấy trong một số nhóm tảo và vi khuẩn quang hợp là protein phycobili, có thể truyền màu đỏ hoặc xanh lam cho các tế bào mà chúng xuất hiện.