Về nguyên tắc chung, các ion Fe 3+ được sử dụng để oxy hóa quặng. Bước này hoàn toàn không phụ thuộc vào vi sinh vật. Vai trò của vi khuẩn là quá trình oxy hóa quặng, nhưng cũng là tái tạo chất oxy hóa Fe 3+ từ Fe 2+. Ví dụ, vi khuẩn xúc tác sự phân hủy khoáng pyrit (FeS 2) bằng cách sử dụng oxy oxy hóa lưu huỳnh và kim loại (trong trường hợp này là sắt đen, (Fe 2+)).