Có một số giả thuyết về nguyên nhân của chứng đau cơ xơ hóa, từ rối loạn nội tiết tố, căng thẳng đến di truyền. Mặc dù không có sự đồng thuận rõ ràng về nguyên nhân gây ra đau cơ xơ hóa, nhưng hầu hết các nhà nghiên cứu tin rằng đau cơ xơ hóa không phải do một sự kiện duy nhất mà do sự kết hợp của nhiều yếu tố gây căng thẳng về thể chất và cảm xúc.