Có ba loại vi khuẩn khảo cổ chính: methanogens, haophile và thermoacidophiles. Những vi sinh vật này được coi là dạng sống lâu đời nhất trên trái đất phát triển mạnh ở những điều kiện bất thường, chẳng hạn như môi trường không có oxy.