Quân đoàn đã có nhiều cuộc chạm trán với Cheyenne trong suốt mùa đông dài tại Pháo đài Mandan. Khi họ đi qua các ngôi làng Mandan vào năm 1806, Lewis và Clark một lần nữa gặp lại thủ lĩnh Cheyenne trong nỗ lực nắm bắt các liên minh lâu dài mà họ tìm kiếm giữa các bộ lạc Plains. Giống như hầu hết các bộ lạc mà Lewis và Clark gặp phải trong lần đầu tiên năm cuộc hành trình của họ, Cheyenne đóng một vai trò quan trọng trong giao thương dọc theo sông Missouri. Mỗi tháng 8 và tháng 9, khoảng 1.500 người Da đỏ vùng Đồng bằng sẽ tụ tập để buôn bán, mặc dù Quân đoàn vừa bỏ lỡ hội chợ thương mại này.