Vấn đề mà các quy trình nhiên liệu sinh học thế hệ thứ hai đang giải quyết là chiết xuất các nguyên liệu thô hữu ích từ sinh khối gỗ hoặc sợi này, nơi các loại đường hữu ích được khóa bởi lignin, hemixenlulo và xenluloza. Tất cả các loại thực vật đều chứa lignin, hemicellulose và cellulose.