Trong những năm 1950, Du Bois bị lôi kéo vào các hoạt động cánh tả, bao gồm cả việc chủ trì Trung tâm Thông tin Hòa bình. Việc trung tâm từ chối tuân thủ Đạo luật đăng ký đại lý nước ngoài đã dẫn đến cáo trạng của ông với bốn người khác bởi một bồi thẩm đoàn liên bang vào năm 1951.