Rụng tóc từng mảng là một bệnh tự miễn dịch. Tự miễn dịch có nghĩa là hệ thống miễn dịch của cơ thể tấn công cơ thể. Khi chứng rụng tóc từng mảng phát triển, cơ thể tự tấn công các nang lông của chính mình. Cấu tạo di truyền của một người, kết hợp với các yếu tố khác, gây ra dạng rụng tóc này.