NER và photoreactivation không phải là phương pháp duy nhất để sửa chữa DNA. Ví dụ, sửa chữa cắt bỏ cơ sở (BER) là cơ chế chủ yếu xử lý các tổn thương DNA tự phát gây ra bởi các gốc tự do và các loài phản ứng khác được tạo ra bởi quá trình trao đổi chất. Bazơ có thể bị oxy hóa, alkyl hóa hoặc thủy phân thông qua tương tác với các tác nhân này.