Vi khuẩn không gây bệnh phổ biến nhất được tìm thấy trong nước là vi khuẩn sắt. Vi khuẩn sắt có thể dễ dàng được xác định bằng lớp bông màu đỏ, có lông hình thành qua đêm ở đáy chai đựng mẫu chứa vi khuẩn sắt và vi khuẩn sắt. Vi khuẩn là những sinh vật nhỏ bé xuất hiện tự nhiên trong nước. Không phải tất cả các loại vi khuẩn đều có hại. Nhiều sinh vật được tìm thấy trong nước không gây lo ngại về sức khỏe vì chúng không gây bệnh.