Quá trình tiêu hóa protein bắt đầu trong dạ dày với hoạt động của một loại enzyme mà chúng ta đã biết trước đây gọi là pepsin. Pepsin là enzym tiêu hóa protein hoạt động của dạ dày. Khi pepsin tác động lên phân tử protein, nó sẽ phá vỡ các liên kết giữ phân tử protein với nhau, gọi là liên kết peptit.