Phần lớn các thuốc gây mê được sử dụng cho nội soi đại tràng là thuốc an thần có ý thức. Điều này thường được thực hiện bởi bác sĩ thực hiện nội soi. Thông thường, nó có dạng hai loại thuốc khác nhau, được đưa vào một đường truyền tĩnh mạch đã được đưa vào tĩnh mạch của bệnh nhân trước khi làm thủ thuật.