Viêm amidan thường do các loại virut thông thường gây ra, nhưng cũng có thể là nguyên nhân do vi khuẩn gây ra. Vi khuẩn phổ biến nhất gây viêm amidan là Streptococcus pyogenes (liên cầu nhóm A), vi khuẩn gây viêm họng. Các chủng vi khuẩn liên cầu và vi khuẩn khác cũng có thể gây ra viêm amiđan. Viêm amiđan thường do vi rút thông thường gây ra, nhưng nhiễm trùng do vi khuẩn cũng có thể là nguyên nhân.