Selain perannya dalam emosi dan memori emosional bawah sadar, amigdala juga terlibat dalam pengaturan atau modulasi berbagai fungsi kognitif, seperti perhatian, persepsi, dan memori eksplisit. Perubahan struktural dan/atau fungsional di amigdala terkait dengan berbagai macam kondisi kejiwaan pada manusia. Termasuk berbagai gangguan kecemasan (PTSD, fobia, dan panik), depresi, skizofrenia, dan autisme, untuk beberapa nama. Ini tidak berarti bahwa amigdala menyebabkan gangguan ini.