Setelah perawatan, sejumlah kecil orang masih memiliki beberapa gejala, seperti nyeri otot dan kelelahan. Penyebab gejala yang terus berlanjut ini, yang dikenal sebagai sindrom penyakit Lyme pasca perawatan, tidak diketahui, dan pengobatan dengan lebih banyak antibiotik tidak membantu. Beberapa ahli percaya bahwa orang-orang tertentu yang terkena penyakit Lyme cenderung mengembangkan respons autoimun yang berkontribusi pada penyakit mereka. gejala. Diperlukan lebih banyak penelitian. Penyebab gejala yang berlanjut ini, yang dikenal sebagai sindrom penyakit Lyme pasca perawatan, tidak diketahui, dan pengobatan dengan lebih banyak antibiotik tidak membantu. Beberapa ahli percaya bahwa orang-orang tertentu yang terkena penyakit Lyme cenderung mengembangkan respons autoimun yang berkontribusi pada gejala mereka. Diperlukan lebih banyak penelitian.