Sertifikat deposito Flagstar Bank termasuk tarif CD reguler, Tarif CD Pilihan Cerdas, dan tarif CD Internet Rising Rate 24 bulan. Sertifikat deposito reguler tersedia dalam jangka waktu antara 6 bulan hingga 5 tahun. Flagstar Direct saat ini menawarkan tarif CD 6 bulan pada 1,24 persen dengan APY 1,25%. Tingkat CD dan hasil CD itu adalah salah satu tingkat CD 6 bulan tertinggi yang tersedia saat ini. Sertifikat deposito 12 bulan Flagstar Direct saat ini memiliki tingkat bunga CD 1,54 persen dengan APY 1,55 persen. Flagstar Bank juga merupakan anggota jaringan Certificate of Deposit Account Registry Service (CDARS).