Jika antibiotik diminum saat tidak terlalu dibutuhkan, pasien berisiko mengalami efek samping tanpa mendapatkan manfaat dari obat tersebut. Penggunaan antibiotik yang berlebihan dapat menyebabkan pasien mengalami infeksi usus besar yang disebut Clostridium difficile (atau disingkat C. diff). Infeksi ini dapat terjadi ketika antibiotik membunuh semua bakteri baik, bersama dengan bakteri jahat, dan hanya menyisakan C. diff untuk menyebabkan infeksi. Penggunaan antibiotik yang berlebihan juga dapat menyebabkan resistensi antibiotik, mungkin konsekuensi yang paling mengkhawatirkan. Ketika bakteri terpapar antibiotik, mereka dapat mengembangkan mutasi yang menyebabkan antibiotik tidak lagi bekerja melawan bakteri tersebut.