Pertama, dia dibawa bersama yang lain dari Secret Annex ke kamp transit Westerbork di Belanda, dan dari sana ke kamp konsentrasi Auschwitz di Polandia yang diduduki. Pada musim dingin tahun 1944, bersama dengan Margot, dia dikirim ke Bergen-Belsen, sebuah kamp konsentrasi di Jerman utara. Tifus Anne dan Margot Frank meninggal karena tifus di Bergen-Belsen pada Februari 1945. Tifus adalah penyakit menular yang mematikan. Nazi menahan ribuan orang Yahudi dipenjarakan di Bergen-Belsen. Mereka tidak memberi mereka apa-apa untuk dimakan, dan sanitasinya sangat buruk. Ribuan tahanan meninggal karena kelaparan dan penyakit.