Pupuk dan pestisida yang diterapkan pada tanaman pada akhirnya dapat mencapai akuifer di bawahnya, terutama jika akuifernya dangkal dan tidak dilindungi oleh lapisan di atasnya dari bahan yang berpermeabilitas rendah, seperti tanah liat. Sumur air minum yang terletak dekat dengan lahan pertanian terkadang terkontaminasi oleh bahan kimia pertanian ini.