Setiap pasangan nukleotida yang menghubungkan untai komplementer dari molekul DNA atau RNA dan terdiri dari purin yang dihubungkan dengan pirimidin oleh ikatan hidrogen. Pasangan basa adalah adenin-timin dan guanin-sitosin dalam DNA, dan adenin-urasil dan guanin-sitosin dalam RNA atau dalam pasangan DNA-RNA hibrid.