Di musim kedua, hubungan Merlin dan Arthur semakin dalam. Ketika Merlin mengetahui Morgana, juga memiliki sihir, dia melawan godaan untuk meyakinkannya dan memberitahunya tentang kekuatannya. Dia malah membantunya dengan menyuruhnya mengunjungi Druid (karena mereka membantu orang-orang yang berjuang seperti dia), menunjukkan bahwa dia benar-benar peduli. Erlin bertemu Mordred lagi, tapi dia menjadi musuh Merlin. Merlin juga bertemu bunga cinta pertamanya, Freya, tapi dia kemudian dibunuh secara tidak sengaja oleh Arthur. Ketika mantra tidur mengganggu Camelot, Merlin kemudian dipaksa untuk melakukan hal yang tidak terpikirkan: membunuh Morgana, yang merupakan sumber sihir.