Junction City terletak di (44.591291 -89.764435 Menurut Biro Sensus Amerika Serikat, desa ini memiliki luas total 1,57 mil persegi (4,07 km 2), di mana 1,56 mil persegi (4,04 km 2) di antaranya adalah tanah dan 0,01 mil persegi (0,03 km 2) adalah air.