Campuran kompleks, yang didefinisikan di sini sebagai sampel biologis yang mengandung DNA dengan tiga atau lebih kontributor, menunjukkan beberapa tantangan yang signifikan. Pertama, berbagi alel akan terjadi di banyak lokus yang diuji, sehingga sulit untuk membedakan secara jelas genotipe penuh dari kontributor campuran.