Dalam kedokteran hewan, bakterioterapi tinja telah dikenal sebagai 'transfaunasi' dan digunakan untuk mengobati hewan pemamah biak, seperti sapi dan domba, dengan memberi makan rumen hewan yang sehat kepada individu lain dari spesies yang sama untuk mengkolonisasi saluran pencernaannya dengan bakteri normal. MT telah digunakan secara eksperimental untuk mengobati penyakit gastrointestinal lainnya, termasuk kolitis, sembelit, sindrom iritasi usus, dan kondisi neurologis seperti multiple sclerosis dan Parkinson.