Glacier Bay memiliki iklim laut, sangat dipengaruhi oleh arus laut. Hasilnya adalah suhu musim dingin yang sejuk dan suhu musim panas yang sejuk di dekat permukaan laut. Pengunjung musim panas dapat mengharapkan suhu tertinggi antara 50 hingga 60 derajat F (10 hingga 15 derajat C). Suhu musim dingin jarang turun hingga satu digit, dengan rata-rata suhu terendah pada malam hari 25 hingga 40 derajat F (-2 hingga 5 derajat C).