Struktur sekunder melibatkan ikatan hidrogen antara asam amino. Struktur tersier melibatkan ikatan antara gugus-R dan struktur kuartener biasanya melibatkan beberapa interaksi protein. Denaturasi pada suhu tinggi terjadi karena suhu tinggi memecah beberapa ikatan yang terjadi pada struktur protein kuarter/tersier/dan sekunder ini.