Pertama kali ditemukan oleh para ilmuwan yang mempelajari sistem kekebalan bakteri (khususnya E. coli), CRISPR didasarkan pada cara bakteri bertahan melawan infeksi virus. Ia melakukan ini dengan menciptakan RNA yang, ketika dikombinasikan dengan nuklease penyunting gen yang disebut Cas9, dapat menargetkan DNA dari virus yang menyerang dan menonaktifkannya dengan memotong urutan gennya.