Banyak orang yang menggunakan obat ini tidak memiliki efek samping yang serius. Beri tahu dokter Anda segera jika salah satu dari efek samping yang tidak biasa tetapi serius ini terjadi: diare parah, pembengkakan lengan/kaki, perubahan mental/suasana hati. Lubiprostone mungkin jarang menyebabkan kesulitan bernapas dan sesak dada dalam waktu 30 sampai 60 menit setelah dosis pertama.