Bab ini berfokus pada interaksi tubuh manusia dengan mikroorganisme. Ini dimulai dengan membahas mikrobiota normal-mikroorganisme yang telah menetap di dalam atau di tubuh. Hubungan antara manusia dan mikrobiota normalnya biasanya mutualistik atau komensal. Kadang-kadang, interaksi dapat bergeser ke parasitisme (hubungan patogen). Selain itu, mikroorganisme yang bukan bagian dari mikrobiota normal dapat menjadi patogen. Manusia menolak hubungan parasit dengan menggunakan mekanisme nonspesifik dan spesifik. Mekanisme resistensi nonspesifik dieksplorasi dalam bab ini. Hubungan antara manusia dan mikrobiota normalnya biasanya bersifat mutualistik atau komensal. Kadang-kadang, interaksi dapat bergeser ke parasitisme (hubungan patogen).