Alat pacu jantung sirkadian utama pada mamalia terletak di nukleus suprachiasmatic di hipotalamus rostroventral (Gambar 2). Studi lesi mengidentifikasinya pada tahun 1972, dan studi fungsional in vitro dan in vivo, serta studi transplantasi, telah berulang kali menguatkan temuan sejak saat itu.