Tidak seperti prokariota, sel eukariotik membagi berbagai proses metabolisme di dalam organel yang terikat membran. Misalnya, pemecahan molekul makanan tertentu untuk menyediakan energi terjadi di mitokondria, dan fotosintesis terjadi di kloroplas. Kompartemenisasi proses metabolisme membuat sel eukariotik sangat efisien dan memungkinkan mereka untuk bertambah besar.