NER dan fotoreaktivasi bukan satu-satunya metode perbaikan DNA. Misalnya, perbaikan eksisi dasar (BER) adalah mekanisme utama yang menangani kerusakan DNA spontan yang disebabkan oleh radikal bebas dan spesies reaktif lainnya yang dihasilkan oleh metabolisme. Basa dapat menjadi teroksidasi, dialkilasi, atau terhidrolisis melalui interaksi dengan agen ini.