Urutan primer ditentukan dari urutan yang diketahui karena harus ada kecocokan dengan wilayah DNA yang akan diamplifikasi. Amplifikasi PCR membutuhkan 2 primer yang menentukan daerah sekuen yang diamplifikasi dalam arah maju dan mundur. Demikian pula, primer terbalik dirancang dari untai komplementer. PCR adalah amplifikasi eksponensial di mana fragmen PCR yang baru dihasilkan dari satu siklus juga bertindak sebagai template untuk siklus berikutnya (Gambar 1A). Amplifikasi DNA untuk sekuensing Sanger berbeda dari PCR dalam hal primer tunggal digunakan.