Jagung Bt dapat menghasilkan racun dan alergen yang tidak terduga ke dalam tanaman pangan dan karenanya menjadi produk akhir. Juga jagung Bt dapat dianggap tidak stabil karena jumlah salinan gen yang disisipkan berubah melalui generasi jagung Bt selanjutnya. Pengolahan tanah yang rendah juga merupakan tempat utama untuk monokultur di ladang. Monokultur adalah di mana semua tanaman sama, jadi ini adalah situasi yang sempurna untuk gulma.