Selain itu, hormon sintetis tidak dibuat secara struktural sama dengan hormon endogen manusia, yang sering menyebabkan efek samping yang tidak nyaman. Sementara hormon sintetis dapat meniru efek hormon endogen pada jalur biologis tertentu, mereka jarang menawarkan efektivitas yang sama pada tingkat molekuler yang lebih dalam. Hormon bioidentik meniru afinitas hormon endogen manusia; oleh karena itu mereka efektif pada lebih banyak jalur biologis, di semua tingkatan.