Analisis genetik menunjukkan bahwa eukariota miniatur serupa bercabang dari semua kelompok dalam pohon filogenetik. Mikroba termasuk anggota dari tiga domain kehidupan. Tiga domain kehidupan adalah bakteri, archaea dan eukarya. Dari dua sel prokariotik jauh lebih sederhana daripada sel eukariotik. Bakteri dan archaea dianggap prokariota. Prokariotik berasal dari awalan bahasa Yunani pro yang berarti sebelum dan akar kata Yunani karyon yang berarti inti. Mereka cenderung lebih kecil ukurannya dan tidak serumit sel eukariotik.