Genetika warna mata rumit, dan warna ditentukan oleh banyak gen. Sejauh ini, sebanyak 15 gen telah dikaitkan dengan pewarisan warna mata. Beberapa gen warna mata termasuk OCA2 dan HERC2. Keyakinan sebelumnya bahwa warna mata biru adalah sifat resesif sederhana telah terbukti salah. Genetika warna mata sangat kompleks sehingga hampir semua kombinasi warna mata orangtua-anak dapat terjadi. Namun, polimorfisme gen OCA2, dekat dengan daerah regulasi 5ÃƒÂ¢Ã‚âÂ² proksimal, menjelaskan sebagian besar variasi warna mata manusia.