Gangguan skizoafektif paling baik diobati dengan psikoterapi dan pengobatan yang tepat. Gangguan ini sebagian besar terdiri dari gangguan pikiran dan gangguan mood. Kombinasi ini dapat membuat pengobatan menjadi sangat sulit, karena individu dapat menjadi sangat depresi dan ingin bunuh diri, tetapi menolak untuk minum obat karena ketakutan atau paranoia yang tidak rasional (gejala dari gangguan pikiran).