Sindrom pertumbuhan berlebih bakteri adalah gangguan malabsorpsi. Dalam kondisi normal, usus halus proksimal mengandung <105 bakteri/mL, terutama bakteri aerob gram positif. Jumlah bakteri yang rendah ini dipertahankan oleh peristaltik normal, sekresi asam lambung normal, mukus, IgA sekretorik, dan katup ileocecal yang utuh.