Seperti pada kasus batu ginjal kronis, kista ginjal kompleks juga memerlukan pembedahan untuk menghilangkan rasa sakit dan berbagai komplikasi. Seperti dalam kasus batu, operasi tidak penting untuk kista ginjal sederhana jika tidak menimbulkan rasa sakit. Hanya jika kista tersebut kronis, menyebabkan rasa sakit, atau menimbulkan masalah seperti pembesaran ginjal atau pendarahan internal, pengobatan yang disarankan termasuk pembedahan.