Ninhidrin paling sering digunakan untuk mendeteksi sidik jari, karena terminal amina residu lisin dalam peptida dan protein yang terkelupas dalam sidik jari bereaksi dengan ninhidrin. Ini adalah padatan putih yang larut dalam etanol dan aseton pada suhu kamar. Ninhidrin dapat dianggap sebagai hidrat dari residu indane-1,2,3-trione.mino-acid dilekatkan dengan N-terminus dilindungi, jadi jika residu berikutnya telah berhasil digabungkan ke rantai, tes memberikan hasil yang tidak berwarna atau kuning. Ninhidrin juga digunakan dalam analisis asam amino protein.