Banyak hal. Untuk satu, hiu paus adalah ikan dan menggunakan insang untuk bernafas. Paus biru adalah mamalia. Paus biru juga lebih besar dari hiu paus. Struktur ekornya juga berbeda jika Anda melihat hiu paus berenang, ia menggunakan ekornya dengan gerakan menyamping sedangkan paus biru menggunakan gerakan naik turun.