Pasangan basa terjadi ketika basa nitrogen membuat ikatan hidrogen satu sama lain. Setiap basa memiliki pasangan spesifik: guanin dengan sitosin, adenin dengan timin (dalam DNA) atau adenin dengan urasil (dalam RNA). Ikatan hidrogen lemah, memungkinkan DNA untuk 'membuka ritsleting'. Ini memungkinkan enzim mereplikasi DNA.