Karena Nystatin tidak diserap dengan baik dalam aliran darah, eMedtv menyarankan bahwa itu bukan obat yang efektif untuk infeksi jamur pada kandung kemih, otak atau aliran darah. Ini disetujui untuk digunakan pada anak-anak dan sering digunakan untuk mengobati sariawan dan ruam popok pada bayi. Menurut eMedtv, salep Nystatin USP dan bentuk lain dari Nystatin dapat ditoleransi dengan baik, menyebabkan efek samping yang tidak diinginkan pada kurang dari 0,1 persen dari mereka yang menggunakannya. Efek samping salep termasuk eksim, gatal, terbakar, ruam dan nyeri yang terjadi pada aplikasi.