Autoimunitas juga merupakan penyebab ulserasi mulut. Pemfigoid membran mukosa, suatu reaksi autoimun terhadap membran basal epitel, menyebabkan deskuamasi/ulserasi mukosa mulut. Banyak ulkus aphthous bisa menjadi indikasi penyakit autoimun inflamasi yang disebut Behcet'behÃƒÆ'Ã‚Â§et s. penyakit