Awal: Sekolah dan Universitas. Joseph John Thomson lahir pada 18 Desember 1856 di Manchester, Inggris, Inggris. Ayahnya, Joseph James Thomson, mengelola toko buku spesialis yang telah ada di keluarganya selama tiga generasi. Ibunya, Emma Swindells, berasal dari keluarga yang memiliki perusahaan kapas.