Setidaknya ada tiga subspesies yang berbeda: B. m. musculus Atlantik Utara dan Pasifik Utara, B. m. perantara Samudra Selatan dan B. m. brevicauda (juga dikenal sebagai paus biru kerdil) ditemukan di Samudra Hindia dan Samudra Pasifik Selatan. B. m. indica, ditemukan di Samudera Hindia, mungkin merupakan subspesies lain.