Horford menerima beasiswa atletik untuk menghadiri Florida, di mana dia bermain untuk tim bola basket pria Florida Gators milik pelatih Billy Donovan dari tahun 2004 hingga 2007. Dia adalah anggota kelas rekrutmen Gators 2004, bersama dengan sesama mahasiswa baru Joakim Noah, Taurean Green dan Corey Brewer.