Mikrobiota usus (sebelumnya disebut flora usus) adalah nama yang diberikan hari ini untuk populasi mikroba yang hidup di usus kita. Mikrobiota usus kita mengandung puluhan triliun mikroorganisme, termasuk setidaknya 1000 spesies berbeda dari bakteri yang dikenal dengan lebih dari 3 juta gen (150 kali lebih banyak dari gen manusia).