Kalimantan dikelilingi oleh Laut Cina Selatan di utara dan barat laut, Laut Sulu di timur laut, Laut Sulawesi dan Selat Makassar di timur, serta Laut Jawa dan Selat Karimata di selatan. Di sebelah barat Kalimantan adalah Semenanjung Malaya dan Sumatera. Negara berdaulat Brunei, yang terletak di pantai utara, mencakup sekitar 1% dari luas daratan Kalimantan. Berlawanan dengan kawasan hutan hujan Amazon, Borneo sendiri merupakan rumah bagi salah satu hutan hujan tertua di dunia.