Gen transporter serotonin (5-HTT) dianggap sebagai gen kandidat untuk BPD karena banyak bukti menunjukkan bahwa gen ini memainkan peran penting dalam bunuh diri, perilaku impulsif, dan tanggung jawab emosional. Dibandingkan dengan kontrol yang sehat, pasien dengan BPD menunjukkan lebih tinggi frekuensi 10 pengulangan penanda VNTR dan haplotipe S-10, dan lebih sedikit 12 pengulangan dan LA -12 haplotipe. Hasil ini menunjukkan bahwa gen transporter serotonin mungkin berperan dalam etiologi BPD.