Sebelum proyek, sungai Syr Darya dan Amu Darya mengalir turun dari pegunungan, memotong barat laut melalui Gurun Kyzylkum, dan akhirnya menyatu di bagian terendah cekungan. Danau yang mereka buat, Laut Aral, pernah menjadi yang terbesar keempat di dunia. Meskipun irigasi membuat gurun berkembang, itu menghancurkan Laut Aral. Rangkaian gambar dari Moderate Resolution Imaging Spectroradiometer (MODIS) pada satelit Terra NASA ini mendokumentasikan perubahan tersebut. Pada awal seri pada tahun 2000, danau itu sudah menjadi sebagian kecil dari luasnya tahun 1960 (garis kuning). Laut Aral Utara (kadang disebut Laut Aral Kecil) telah terpisah dari Laut Aral Selatan (Besar). Laut Aral Selatan telah terbelah menjadi lobus timur dan barat yang tetap terhubung dengan lemah di kedua ujungnya.