Perawatan generasi kedua memberi pasien risiko lebih besar untuk efek samping metabolik yang mengganggu. Obat-obatan tersebut dapat menyebabkan kenaikan berat badan yang parah yang sering disertai dengan diabetes mellitus tipe 2 dan hiperkolesterolemia. Selain itu, clozapine berpotensi menimbulkan efek samping toksik. Para peneliti telah membuat hubungan antara obat antipsikotik dan agranulositosis, pengurangan berbahaya dalam jumlah sel darah putih3. Konsekuensi ini mengarah pada penelitian lanjutan dalam pengobatan psikofarmakologis skizofrenia.