Nukleus septum menerima koneksi timbal balik dari bulbus olfaktorius, hipokampus, amigdala, hipotalamus, otak tengah, habenula, cingulate gyrus, dan thalamus. Area septal (area penciuman medial) tidak ada hubungannya dengan indera penciuman, tetapi dianggap sebagai zona kesenangan pada hewan. Nukleus septum berperan dalam penghargaan dan penguatan bersama dengan nukleus accumbens. Pada 1950-an, Olds & Milner menunjukkan bahwa tikus dengan elektroda ditanamkan di daerah ini akan merangsang diri berulang kali (yaitu tekan bar untuk menerima arus listrik yang akan merangsang neuron). Sel-sel yang terletak di septum intermediolateral juga diproyeksikan melalui bagian lateral fimbria ke semua bidang CA hipokampus ventral dan korteks subicular dan entorhinal yang berdekatan. Sel-sel ini juga mengirimkan serat melalui stria medullaris ke nukleus habenularis lateral dan nukleus thalamus mediodorsal.