Jefferson mengobarkan perang asing, dari tahun 1801 hingga 1805, ketika dia mengirim kapal perang AS untuk memaksa Negara-Negara Barbary berhenti mengganggu pelayaran AS. Perang antara Prancis dan Inggris Raya dan negara-negara yang melanggar kenetralan AS menginspirasi Jefferson untuk mendorong Undang-Undang Embargo 1807, yang melarang pengiriman AS.