Protein pengikat DNA adalah protein yang terdiri dari domain pengikat DNA dan dengan demikian memiliki afinitas spesifik atau umum untuk DNA untai tunggal atau ganda. Protein pengikat DNA urutan spesifik umumnya berinteraksi dengan alur utama B-DNA, karena memperlihatkan lebih banyak gugus fungsional yang mengidentifikasi pasangan basa. Namun ada beberapa ligan pengikat DNA alur kecil yang diketahui seperti nettropsin, distamycin, Hoechst 33258, pentamidin, DAPI, dan lainnya. Kekhususan interaksi faktor transkripsi ini dengan DNA berasal dari protein yang membuat banyak kontak ke tepi basa DNA, memungkinkan mereka membaca urutan DNA. Sebagian besar interaksi dasar ini dibuat di alur utama, di mana pangkalan paling mudah diakses.