Tanda dan gejala sindrom cri-du-chat mungkin terkait dengan hilangnya beberapa gen pada lengan pendek kromosom 5. Para peneliti percaya bahwa hilangnya gen tertentu, CTNND2, dikaitkan dengan cacat intelektual yang parah pada beberapa orang dengan kondisi ini. Sebagian besar kasus sindrom cri-du-chat tidak diturunkan. Penghapusan paling sering terjadi sebagai peristiwa acak selama pembentukan sel-sel reproduksi (telur atau sperma) atau pada awal perkembangan janin. Orang yang terkena biasanya tidak memiliki riwayat gangguan dalam keluarga mereka.