Organ dalam. Selama masa inkubasi awal, sistem peredaran darah membawa virus ke seluruh tubuh tempat virus berkembang biak terutama di dalam limpa dan sumsum tulang serta di organ lain, termasuk paru-paru dan hati. Bentuk lain dari penyakit ini, yang dikenal sebagai mailgnant cacar, menghasilkan lesi datar, bukan benjolan menonjol khas Variola mayor dan minor. Cacar hemoragik menghasilkan perdarahan yang signifikan di dalam kulit. Kedua bentuk penyakit ini hampir selalu berakibat fatal.