Tanda lahir berpigmen biasanya berupa bercak coklat pada kulit yang disebabkan oleh kumpulan sel pigmen. Contoh tanda lahir berpigmen termasuk bintik cafÃƒÆ'Ã‚Â©-au-lait, bintik Mongolia dan nevi melanositik bawaan. Tanda lahir berpigmen berbeda dengan tanda lahir vaskular, yang biasanya berwarna merah, merah muda atau ungu dan disebabkan oleh pembuluh darah yang tidak normal. Penyebab tanda lahir berpigmen tidak diketahui. Namun, jumlah dan lokasi melanin (zat yang menentukan warna kulit) menentukan warna tanda lahir berpigmen.