Efek samping yang umum dari Gardasil termasuk reaksi di tempat suntikan (nyeri, bengkak, kemerahan, memar, atau gatal), demam, sakit kepala, pusing, kelelahan, mual, muntah, diare, masalah tidur (insomnia), pilek atau hidung tersumbat, sakit tenggorokan, batuk, sakit gigi, atau nyeri sendi atau otot.