Istilah gel dalam hal ini mengacu pada matriks yang digunakan untuk menampung, kemudian memisahkan molekul target. Dalam kebanyakan kasus, gel adalah polimer ikatan silang yang komposisi dan porositasnya dipilih berdasarkan berat spesifik dan komposisi target yang akan dianalisis. Gel garosa di sisi lain memiliki daya pisah yang lebih rendah untuk DNA tetapi memiliki rentang pemisahan yang lebih besar, dan oleh karena itu digunakan untuk fragmen DNA yang biasanya berukuran 50-20.000 bp, tetapi resolusi lebih dari 6 Mb dimungkinkan dengan elektroforesis gel bidang berdenyut (PFGE).