Vankomisin juga direkomendasikan melalui mulut sebagai pengobatan untuk kolitis Clostridium difficile yang parah. Ketika diminum, penyerapannya sangat buruk. Efek samping yang umum termasuk rasa sakit di area injeksi dan reaksi alergi. Kadang-kadang, gangguan pendengaran, tekanan darah rendah, atau penekanan sumsum tulang terjadi.