Sebagian besar tes Pap abnormal disebabkan oleh infeksi HPV. Jenis infeksi lain—seperti yang disebabkan oleh bakteri, ragi, atau protozoa (Trichomonas)—terkadang menyebabkan perubahan kecil pada tes Pap yang disebut sel skuamosa atipikal. Kebanyakan tes Pap abnormal disebabkan oleh infeksi HPV. Jenis infeksi lain-seperti yang disebabkan oleh bakteri, ragi, atau protozoa (Trichomonas)-terkadang menyebabkan perubahan kecil pada tes Pap yang disebut sel skuamosa atipikal.