ACLU kemudian mulai menggunakan pengadilan untuk mengubah kebijakan sekolah. Pada tahun 1948 Mahkamah Agung menggunakan argumen Pemisahan Gereja dan Negara untuk melarang waktu salat di sekolah. Pada tahun 1962 Mahkamah Agung kembali menyatakan bahwa doa di sekolah tidak konstitusional. Pada tahun 1963, Pengadilan Warren melarang sekolah mengizinkan pembacaan Alkitab di kelas.