Saluran pernapasan dapat dikategorikan menjadi kompartemen atas dan bawah. Saluran napas atas memanjang dari regio sinonasal ke laring. Sel-sel saluran napas atas kadang-kadang terlihat pada spesimen saluran pernapasan bawah. Saluran pernapasan bagian bawah, yang merupakan fokus utama dari sitopatologi pernapasan diagnostik, memanjang dari trakea ke paru-paru.