Penyakit tidur Afrika disebabkan oleh protozoa dalam genus Trypanosoma. Organisme ini dibawa oleh lalat tsetse dan ditularkan ke manusia melalui gigitan lalat tsetse. Menurut Organisasi Kesehatan Dunia, Trypanosoma brucei gambiense menyebabkan lebih dari 90 persen kasus penyakit tidur di Afrika.