Ketika melihat strukturnya, mudah terlihat bahwa DNA inti berada dalam molekul linier, sedangkan mtDNA berada dalam molekul melingkar tertutup. Juga, DNA nuklir mengandung genom nuklir sementara mtDNA mengandung genom mitokondria. Genom adalah set lengkap materi genetik suatu organisme. Satu perbedaan terakhir dalam strukturnya adalah DNA inti mengandung tiga miliar nukleotida, dan mtDNA hanya berisi 16.569 nukleotida. Nukleotida adalah blok pembangun DNA, mereka terbuat dari nukleosida yang terhubung dengan gugus fosfat. Jika dilihat dari strukturnya, dengan mudah terlihat bahwa DNA inti berada dalam molekul linier, sedangkan mtDNA berada dalam molekul melingkar tertutup. Juga, DNA nuklir mengandung genom nuklir sementara mtDNA mengandung genom mitokondria. Genom adalah set lengkap materi genetik suatu organisme.