Penganiayaan agama adalah penganiayaan sistematis terhadap individu atau kelompok individu sebagai tanggapan terhadap kepercayaan atau afiliasi agama mereka atau ketiadaan kepercayaan tersebut. Kecenderungan masyarakat atau kelompok dalam masyarakat untuk mengasingkan atau menekan subkultur yang berbeda adalah tema yang berulang dalam sejarah manusia.