Tes AFP juga digunakan untuk menyaring sindrom Down. Tingkat AFP cenderung lebih rendah dari yang diharapkan untuk wanita hamil dengan bayi sindrom Down. Tes AFP ini biasanya digunakan bersama dengan dua tes darah lainnya. Ini bukan tes yang sempurna, tetapi memperingatkan dokter untuk kehamilan yang berpotensi berisiko tinggi.