Tujuan ENCODE adalah untuk membangun daftar bagian lengkap elemen fungsional dalam genom manusia, termasuk elemen yang bertindak pada tingkat protein dan RNA, dan elemen pengatur yang mengontrol sel dan keadaan di mana gen aktif. Peneliti NCODE menggunakan berbagai pengujian dan metode untuk mengidentifikasi elemen fungsional. Penemuan dan anotasi elemen gen dicapai terutama dengan mengurutkan beragam sumber RNA, genomik komparatif, metode bioinformatika integratif, dan kurasi manusia.