MRSA juga dapat mempengaruhi jaringan di dalam tubuh. Ini adalah infeksi yang lebih serius. Beberapa di antaranya dapat terjadi sebagai komplikasi dari infeksi kulit MRSA. Namun, dalam kebanyakan kasus, mereka tidak demikian. Sangat jarang bahwa, dalam masyarakat, komplikasi infeksi kulit MRSA berkembang.