Beberapa gangguan autoimun mempengaruhi jenis jaringan tertentu di seluruh tubuh misalnya pembuluh darah, tulang rawan, atau kulit. Gangguan autoimun lainnya mempengaruhi organ tertentu. Hampir semua organ, termasuk ginjal, paru-paru, jantung, dan otak, dapat terpengaruh. Beberapa gangguan autoimun mempengaruhi jenis jaringan tertentu di seluruh tubuh, misalnya , pembuluh darah, tulang rawan, atau kulit. Gangguan autoimun lainnya mempengaruhi organ tertentu.