Elang botak biasanya memilih untuk bersarang di daerah berhutan yang dekat dengan air. Sementara elang biasanya menghindari aktivitas manusia, di negara bagian dengan populasi elang besar, elang botak akan bersarang di daerah maju. Elang emas lebih menyukai habitat terbuka atau semi terbuka yang belum berkembang. Rata-rata sarang elang botak berdiameter 4 hingga 5 kaki dan kedalaman 2 hingga 4 kaki. Setiap tahun pasangan dewasa akan menambahkan 1-2 kaki bahan baru ke sarang. Sarang elang botak terbesar yang pernah tercatat, terletak di St. Petersburg, Florida, dengan diameter 9,5 kaki, kedalaman 20 kaki, dan berat hampir 3 ton.