Sebagian besar penyakit tanaman disebabkan oleh jamur, bakteri, dan virus. Meskipun istilah penyakit biasanya digunakan hanya untuk penghancuran tanaman hidup, aksi busuk kering dan pembusukan tanaman yang dipanen dalam penyimpanan atau transportasi mirip dengan pembusukan tanaman yang sedang tumbuh; keduanya disebabkan oleh bakteri dan jamur. Penyakit tanaman lebih sering diklasifikasikan berdasarkan gejalanya daripada oleh agen penyakit, karena penemuan agen mikroskopis seperti bakteri baru ada sejak abad ke-19.