Ada dua jenis resistensi vankomisin pada enterococci. Jenis pertama adalah resistensi intrinsik. Isolat Enterococcus gallinarum dan E. casseliflavus/E. flavescens menunjukkan resistensi tingkat rendah yang melekat pada vankomisin. Jenis kedua resistensi vankomisin pada enterococci adalah resistensi yang didapat. nterococci dapat menjadi resisten terhadap vankomisin dengan memperoleh informasi genetik dari organisme lain. Paling umum, resistensi ini terlihat pada E. faecium dan E. faecalis, tetapi juga telah dikenali pada E. raffinosus, E. avium, E. durans, dan beberapa spesies enterococcal lainnya.