Seringkali, untuk transkripsi gen terjadi, sejumlah faktor transkripsi harus mengikat urutan pengaturan DNA. Kumpulan faktor transkripsi ini, pada gilirannya, merekrut protein perantara seperti kofaktor yang memungkinkan perekrutan kompleks preinisiasi dan RNA polimerase yang efisien. Faktor transkripsi menggunakan berbagai mekanisme untuk regulasi ekspresi gen. Mekanisme ini meliputi: 1 menstabilkan atau memblokir pengikatan RNA polimerase ke DNA. 2 mengkatalisis asetilasi atau deasetilasi protein histon.