Oleh karena itu ketika digunakan dalam elektroforesis gel, penanda secara efektif memberikan skala logaritmik yang digunakan untuk memperkirakan ukuran fragmen lain (dengan syarat ukuran fragmen penanda diketahui). Penanda protein, DNA, dan RNA dengan ukuran dan konsentrasi fragmen yang telah ditentukan sebelumnya tersedia secara komersial.