Protein juga digunakan sebagai sumber energi. Protein pertama-tama dipecah menjadi asam amino. Komponen nitrogen dari asam amino kemudian dihilangkan (dalam reaksi yang disebut DEAMINASI), dan asam amino yang terdeaminasi ini kemudian diubah menjadi Asetil KoA yang melewati Siklus Kreb untuk membuat lebih banyak ATP.