Oleh karena itu GIST dinilai bukan sebagai jinak atau ganas melainkan pada skala risiko risiko rendah hingga risiko tinggi. Bahkan GIST kecil yang terlihat tidak berbahaya diketahui kemudian bertindak agresif. GIST menyebar dengan melepaskan sel GIST dari tumor ke dalam aliran darah, dan sel-sel ini berakhir di lokasi seperti hati.