Pewarnaan PAS terutama digunakan untuk pewarnaan struktur yang mengandung proporsi tinggi makromolekul karbohidrat (glikogen, glikoprotein, proteoglikan), biasanya ditemukan di mis. jaringan ikat, mukus, glikokaliks, dan lamina basal. Aldehida ini kemudian bereaksi dengan pereaksi Schiff untuk memberikan warna ungu-magenta. Pewarna dasar yang cocok sering digunakan sebagai pewarna tandingan. Pewarnaan PAS diastase (PAS-D) adalah pewarnaan PAS yang digunakan dalam kombinasi dengan diastase, suatu enzim yang memecah glikogen.