Mikroorganisme. Mikroorganisme hadir dalam tong pengolahan air limbah dengan baik di seluruh proses. [2] Mikroorganisme yang meliputi: bakteri, protozoa, dan virus, dalam tong pengolahan, ada dan tumbuh di air limbah dan dipindahkan ke seluruh tong dengan pergerakan air limbah.[3] Beberapa mikroorganisme digunakan selama perawatan sekunder untuk menghilangkan polutan. Selain itu, bakteri pembentuk biofilm hadir dalam fase filter tetesan dari proses perawatan sekunder, yang dianggap bermanfaat dalam menghilangkan bahan organik. Di antaranya termasuk: Pseudomonas, Zooglea, Chromobacter, dan Flavobacterium, yaitu beberapa di antaranya adalah organisme heterotrofik aerobik.