Untuk pengobatan kandidiasis esofagus, dosis yang dianjurkan Injeksi Flukonazol, USP pada anak-anak adalah 6 mg/kg pada hari pertama, diikuti oleh 3 mg/kg sekali sehari. Dosis hingga 12 mg/kg/hari dapat digunakan, berdasarkan penilaian medis dari respons pasien terhadap terapi.