Efek samping yang paling umum dari suplemen minyak ikan adalah kembung, bersendawa, gas dan diare. Mengkonsumsi suplemen minyak ikan juga dapat menyebabkan mencret, mimisan dan ruam, menurut Medline Plus. Suplemen juga dapat meninggalkan bau amis pada napas Anda. UMMC juga mencatat bahwa mengonsumsi suplemen minyak ikan pelepas waktu dapat mengurangi gejala usus.