Sementara sebagian besar bakteri dalam tubuh manusia dilawan oleh sistem kekebalan, ada beberapa yang bersifat patogen. Bakteri patogen menyebabkan penyakit menular seperti kusta, kolera, antraks, dan pes. Mereka juga bertanggung jawab atas penyebaran infeksi pernapasan seperti tuberkulosis. Bakteri legionella menyebabkan penyakit Legionnaires, infeksi paru-paru yang merupakan bentuk parah dari pneumonia. Penyakit ini menyebar dengan menghirup bakteri atau melalui kontak dengan orang yang menderita penyakit tersebut. Legionella juga menyebabkan penyakit mirip flu yang disebut demam Pontiac.