Penyebab pasti dari ensefalitis sering tidak diketahui, tetapi penyebab yang paling sering didiagnosis adalah infeksi virus. Infeksi bakteri dan kondisi inflamasi noninfeksi juga dapat menyebabkan ensefalitis. Infeksi dapat mengakibatkan salah satu dari dua kondisi yang mempengaruhi otak: 1. Ensefalitis primer terjadi ketika virus atau agen infeksi lainnya menginfeksi otak secara langsung. 2 Infeksi dapat terkonsentrasi di satu area atau meluas. Infeksi bakteri dan kondisi inflamasi noninfeksi juga dapat menyebabkan ensefalitis. Infeksi dapat mengakibatkan salah satu dari dua kondisi yang mempengaruhi otak: 1 Ensefalitis primer terjadi ketika virus atau agen infeksi lainnya secara langsung menginfeksi otak. 2 Infeksi dapat terkonsentrasi di satu area atau meluas.