Banyak antibiotik mengubah keseimbangan antara jenis dan jumlah bakteri di usus, sehingga memungkinkan bakteri penyebab penyakit tertentu berkembang biak dan menggantikan bakteri lain. Jenis bakteri yang paling sering tumbuh berlebihan dan menyebabkan infeksi adalah Clostridium difficile. Infeksi Clostridium difficile melepaskan dua racun yang dapat menyebabkan peradangan pada lapisan pelindung usus besar (kolitis).