Protein berbeda satu sama lain terutama dalam urutan asam aminonya, yang ditentukan oleh urutan nukleotida gennya, dan yang biasanya menghasilkan pelipatan protein menjadi struktur tiga dimensi tertentu yang menentukan aktivitasnya. Rantai linier residu asam amino disebut polipeptida. Sebuah protein mengandung setidaknya satu polipeptida panjang. Polipeptida pendek, mengandung kurang dari 20-30 residu, jarang dianggap sebagai protein dan biasanya disebut peptida, atau kadang-kadang oligopeptida.