Paychex didirikan oleh Tom Golisano pada tahun 1971. Golisano memulai perusahaan dengan $3.000. Operasi tersebut berkembang hingga mencakup 18 waralaba dan kemitraan, yang akhirnya dikonsolidasikan menjadi satu perusahaan swasta pada tahun 1979. Pada tahun 1983, Paychex go public dan mulai berdagang di Pasar Saham NASDAQ. Pada tahun fiskal 2013, pendapatan Paychex melebihi $2,3 miliar.