Sampai saat ini, Chipotle terus menghindari pengoperasian model waralaba standar. Akibatnya, tidak ada waralaba Chipotle, tidak ada waralaba Chipotle yang dijual, dan tidak ada cara untuk membeli waralaba Chipotle - setidaknya untuk saat ini. Tidak ada perusahaan yang membebankan biaya waralaba di muka yang dapat mencapai $25.000 atau lebih, ditambah royalti berkelanjutan yang mengambil bagian dari empat hingga delapan persen dari setiap dolar bersih yang masuk pintu.