Efek Samping Melatonin. Efek samping Melatonin yang paling umum adalah sakit kepala dan/atau perubahan pola tidur. Perubahan mental atau suasana hati juga dapat terjadi serta gatal-gatal, detak jantung cepat atau pusing. Melatonin dapat menyebabkan penurunan suhu tubuh.