Perbedaan antara prokariota dan eukariota dianggap sebagai perbedaan paling penting di antara kelompok organisme. Sel eukariotik mengandung organel yang terikat membran, seperti nukleus, sedangkan sel prokariotik tidak. Perbedaan struktur seluler prokariota dan eukariota meliputi keberadaan mitokondria dan kloroplas, dinding sel, dan struktur DNA kromosom. Sel ukariotik mengandung membran organel terikat, seperti nukleus, sedangkan sel prokariotik tidak.