Bulan berikutnya, Lewis ditembak di paha oleh salah satu anak buahnya sendiri saat berburu. Lewis dan Clark serta dua kelompok mereka bergabung lagi di Sungai Missouri dan melakukan sisa perjalanan ke St. Louis bersama-sama. Secara total, ekspedisi menempuh jarak sekitar 8.000 mil dengan perahu, berjalan kaki, dan menunggang kuda.