2016년도 공중보건의사제도운영지침
보건복지부장관 또는 시·도지사는 감독권자가 복무감독을 소홀히 하거나 불성실 근무자에 대한 보고를 태만하게 하는 경우에는 해당 감독권자를 주의 등 문책할 수 있으며, 해당기관의 공중보건의사의 배치를 취소하거나 감축할 수 있다. 보건복지부장관 또는 시·도지사, 시·군·구청장은 공공병원 및 민간 의료기관 등에서 복무 및 보수지급 실태가 부적절하다고 인정될 경우에는 이에 대한 시정을 명하고 이에 따르지 아니한 경우 보건복지부장관 또는 시·도지사는 공중보건의사 배치를 취소하고 앞으로도 공중보건의사의 배치를 제한 또는 감축할 수 있다. 시·도지사 및 시장·군수·구청장은 관할 지역 내에 위치한 공중보건의사 근무 기관에 대해 해당 기관의 장의 협조하에 복무상황 점검을 실시할 수 있다. 공중보건의사가 배치된 병원·배치기관의 장은 당해 기관에 배치된 공중보건의사에 대한 1차적인 지도·감독 책임을 진다. 
의료기관에서 보건복지부장관의 명령에 따라야하는 사람이 누구야