기금의 경우에도 운영계획 확정과 결산 시에는 국회의 승인을 얻어야 하는 점에서는 특별회계와 큰 차이가 없다. 특별회계의 경우에도 특정 수입과 지출의 연계가 되고 있는 점에서는 기금과 유사하다. 그러나 운영계획을 수립할 경우에 특별회계는 부처의 예산요구로 이루어지지만 기금의 경우에는 기금관리주체가 자율적으로 운영계획을 수립하며 집행절차에서도 상대적인 자율성과 탄력성이 보장되고 있다. 새로운 기금을 설치하려면 어려운 과정이 필요한데, 중앙관서의 장(예: 국토교통부 장관)이 기획재정부 장관에게 기금 신설 계획서를 제출하여 신설 타당성 심사를 받아야 한다. 또한 기금설치를 위해서는 해당 법률이 필요하며 해당 법률을 신설하지 않는다면 기존 법률(예: 물류정책기본법, 지속가능교통물류 발전법 등)에 해당 기금에 대한 조항을 신설하여야 한다. ｢국가재정법｣(2014) 제15조에서 규정하는 바와 같이 기존 기금과의 차별성을 입증하지 못하면 신설되었다고 하더라도 이후 폐지 혹은 다른 기금과 통합될 수도 있다. 동법 제15조의 규정은 특별회계에도 적용된다.
어디의 예산 소요로 특별회계의 운영 계획이 수립돼
부처