모든 R&D사업에서 그러하듯이 원천기술개발사업도 자체평가를 기반으로 하여 평가가 이루어진다. 하지만 글로벌프론티어사업과 같이 장기대형과제의 경우 연구단 형태로 운영되는 하나의 연구소와 같은 규모 및 특징을 갖는다. 따라서 자체평가에 대한 명확한 지침이나 평가기준을 명확하게 할 필요가 있다. 예를 들어 하나의 상위과제가 있을 때 하위과제는 다른 연구팀에게 위탁할 수 있는데, 이에 대한 선정기준이나 평가에 대한 기준이 있어야 한다는 것이다. 특히 자체평가는 실제에 비해서 과대평가되는 경향이 있는데, 이에 대한 대처도 필요하다. 구체적인 예로 2012년 자체평가 결과를 보면, 연구 성과로 보고된 14건의 출원특허 중 연구목표와 관련 있는 특허는 9개로 평가되어 실적의 약 40% 정도가 부풀려진 적도 있다. 사실 본 연구에서는 연구자원의 제약 상 글로벌프론티어사업, 미래유망융합기술파이오니아사업, 그리고 나노소재기술발사업의 자체평가의 과정이나 평가기준, 절차, 결과 등에 대해서는 구체적으로 분석하지 못하였다. 하지만 자체평가에 대한 지침이나 절차, 그리고 평가내용에 대한 기준을 제시할 필요가 있다고 본다.
연구목표와 관련 있는 음식은 14건의 출원특허 중 몇 개야
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