우선, ‘실질적 동일’ 여부 판단에 의해 ‘장래효’와 ‘소급효’가 결정되므로 그 판단이 용이하지 않을 경우 실무상 쟁점으로 되어 제도 운용에 어려움이 있을 수 있다. 물론 이러한 문제에 대해서는 재등록 특허의 청구항이 원 특허의 청구항과 문언 동일(identical)한 경우에만 소급효를 부여하는 방안(수정 1안)을 검토해 볼 수도 있을 것이다. 다만, 수정 1안에 의할 경우 ‘실질적 동일’ 여부 판단의 곤란으로 인한 문제점을 해소할 수 있을지 모르지만, 법문에 ‘동일’ 또는 ‘문언 동일’(이러한 표현이 가능한지는 별론으로 함)로 규정하더라도 이를 해석하는 법원이 실질적 동일로 취급할 가능성도 충분히 있다는 점에서 또 다른 문제점을 내포하고 있다고 할 것이며 정정의 효과가 장래효와 소급효로 구분됨으로 인해 발생하는 문제에 대한 근본적인 해결책이라고 볼 수는 없을 것이다.
장래효와 소급효는 무엇의 여부 판단에 의해서 결정될까
실질적 동일