앞서 정리된 고비처 설치의 법체계적 정당성 문제나 제도의 실효성 문제는 고비처를 법률상의 독립기관으로 구성하는 것을 전제한 것이다. 그러나 고비처를 헌법상의 독립기관으로 구성할 경우에는 여러 가지 변화가 있게 된다. 그것은 무엇보다 헌법상의 독립기관이 갖는 특별한 의미 및 헌법상 지위로 인한 것이다. 헌법상의 독립기관은 기본적으로 삼권을 대표하는 기관들이다. 즉, 삼권분립의 체계를 전제로 하여 입법부로서의 국회, 집행부로서의 대통령과 정부, 사법부로서의 (대)법원과 헌법재판소가 헌법상의 독립기관으로 구성되어 있는 것이다. 민주적 헌법국가에서 입법부, 집행부, 사법부가 각기 헌법상의 독립기관으로 구성되어야 한다는 것은 당연시되고 있으며, 이는 민주주의와 법치주의에 기초한 권력분립(삼권분립)의 가장 기본적인 요청이기도 하다. 그러나 헌법상의 독립기관 중에는 이처럼 삼권을 대표하지 않는 기관도 있다. 예컨대 현행헌법에서 중앙선거관리위원회를 헌법상의 독립기관으로 구성하고 있는 것이 이에 해당한다. 
입법부와 집행부 그리고 사법부가 무슨 국가에서 헌법상의 독립기관으로 있지
민주적 헌법국가