특임장관실은 일종의 참모기관으로서 독자적으로 사업을 집행하기 보다는 조정 및 자문 역할을 하였다(최승우, 2010; 56). 특임장관은 부처의 수장은 아니지만 특임장관실 소속의 차관과 공무원들이 있는 하나의 조직으로서 역할을 수행하였고, 특임장관실은 2010년 기준 장관을 포함하여 41명으로 운영되었다(권용수, 2010: 122; 김민주 외, 2010). 특임장관실의 예산은 다른 부처와 마찬가지로 매년 예산안을 올리고 심사를 받는 과정을 통해 예산을 배정받았다. 즉, 독자적인 예산 편성이 가능하였다. 2010년 예산은 약 63억4천3백만원, 2011년은 101억5천9백만원이 편성되었다(최승우, 2010; 56). 특임장관은 ｢정부조직법｣ 상 독립적인 조직으로 인정받았기 때문에 독립적인 직제와 소관업무, 예산을 운영할 수 있었다. 협업조직 또한 마찬가지로 독립적인 조직으로 인정받을 수 있도록 ｢정부조직법｣ 개정이 요구된다. 
비밀 조직으로 간첩 수색 역할을 수행하였던 행정기관은 어디인가
특임장관실