현행헌법상의 권력분립체계 내에서 고비처가 피하기 어려운 법체계적 정당성 문제와 더불어 또 하나의 중요한 문제는 제도의 실효성 확보가 쉽지 않다는 문제이다. 고비처에 대한 국민들의 기대가 크면 클수록 고비처가 이러한 기대를 제대로 충족시키는 것은 오히려 더 어려워질 수 있는 것이다. 가장 기본적인 문제는 고비처가 기존 검찰의 조직과 인력, 전문성을 뛰어넘을 수 없다는 점이다. 이는 과거 특검의 경우에도 확인되었던 것이며, 고비처의 조직과 인력을 대규모로 확장하기 이전에는 해결하기 어려운 문제이기도 하다. 다만, 기존 검찰수사에서 문제되었던 것은 그 수사능력보다는 정치적 중립성 및 공정성이었다는 점에서 고비처의 수사능력 부족이 본질적인 문제는 아니라고 볼 수 있을 것이다. 두 번째 문제는 고비처의 존재 이유라고 할 수 있는 정치적 중립성의 확보가 쉽지 않을 수 있다는 점, 그리고 고비처의 수사가 정치적으로 이용될 수 있다는 점이다. 앞서 지적한 바와 같이 고비처의 구성방식이 정치적 중립성을 담보하기에 충분치 못한 점이 있으며, 더욱이 국회의 수사요청에 의해 수사를 개시하도록 명문화 함에 따라 자칫 고비처의 수사가 정치적으로 민감한 쟁점사항들을 –특히 중요한 선거를 앞둔 시점에서- 형사사건화 하는 것으로 이용될 것이라는 우려가 적지 않은 것이다.
어떤 기관의 가장 근본적인 문제가 검찰의 조직과 인력의 전문성을 넘어설 수 없다는 거니
고비처