모든 R&D사업에서 그러하듯이 원천기술개발사업도 자체평가를 기반으로 하여 평가가 이루어진다. 하지만 글로벌프론티어사업과 같이 장기대형과제의 경우 연구단 형태로 운영되는 하나의 연구소와 같은 규모 및 특징을 갖는다. 따라서 자체평가에 대한 명확한 지침이나 평가기준을 명확하게 할 필요가 있다. 예를 들어 하나의 상위과제가 있을 때 하위과제는 다른 연구팀에게 위탁할 수 있는데, 이에 대한 선정기준이나 평가에 대한 기준이 있어야 한다는 것이다. 특히 자체평가는 실제에 비해서 과대평가되는 경향이 있는데, 이에 대한 대처도 필요하다. 구체적인 예로 2012년 자체평가 결과를 보면, 연구 성과로 보고된 14건의 출원특허 중 연구목표와 관련 있는 특허는 9개로 평가되어 실적의 약 40% 정도가 부풀려진 적도 있다. 사실 본 연구에서는 연구자원의 제약 상 글로벌프론티어사업, 미래유망융합기술파이오니아사업, 그리고 나노소재기술발사업의 자체평가의 과정이나 평가기준, 절차, 결과 등에 대해서는 구체적으로 분석하지 못하였다. 하지만 자체평가에 대한 지침이나 절차, 그리고 평가내용에 대한 기준을 제시할 필요가 있다고 본다.
14건의 출원특허 중 연구목표와 관련 있는 특허는 몇 개니
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