교육부총리제는 김대중 대통령의 ‘작은 정부론’에 위배되며, 정책 혼선과 공직자들의 동요가 우려된다는 야당의 반대로 순탄치 않은 도입 과정을 겪었다. 교육인적자원부 출범을 염두에 두고 인선한 교육부장관이 부정 의혹으로 퇴임하는 일이 벌어지기도 하였다. 우여곡절 끝에 2001년 1월 29일 정부조직법 개정 입법이 국회에서 최종 공포되면서 우리나라 역사상 최초로 교육부총리제가 도입되었고, 진보성향의 인사로 문민정부 시절 통일부총리를 지낸 한완상 당시 상지대 총장이 초대 교육부총리로 임명되었다. 교육부총리제는 국민의정부 5년에 대한 정부업무평가에서 교육･문화 분야의 대표적인 성과로 인정받았다. 해외 학술영역에서 우리나라의 교육부총리제는 정부주도형 국가인적자원개발 모델이나 분권화된 자유시장 국가인적자원개발 모델과는 다른 독창적인 전환모델의 성공사례로 제시되었다(Cho & McLean, 2004). 국민의정부에서 교육인적자원부 인적자원정책국장을 역임한 정기오(2003a: 39)는 “인적자원정책은 신설되는 부총리를 중심으로 공급부문관리정책을 주로 사용하며, 각 관련 수요부처들이 수요부문관리정책과 함께 공급부문정책에도 참여토록 하는 모습을 그 발전 청사진으로 하게 되었다.”고 기술하였다. 
지역균형개발 및 지방중소기업 육성에 관한 법률이 언제 공포됐지
2001년 1월 29일