NECA 원탁회의 운영은 운영위원회 구성, 발표자와 패널 구성, 사전회의, 본회의, 합의문 도출의 핵심 순서를 따르나 주제 및 패널의 특성에 따라 사전회의를 생략하는 등 특화하여 진행하였다. 운영위원회는 연구진과 주제 관련 전문가로 구성되었으며 원탁회의 일정 및 프로그램 결정, 의제 범위 설정, 핵심 질문 선정, 발표자와 패널 및 좌장 후보군을 선정하였다. 발표자는 원탁회의 주제에 대해 과학적인 근거자료를 바탕으로 자신의 의견을 발표하여 패널들이 주제 관련 쟁점에 대해 판단을 내리는데 도움을 주도록 하였으며, 패널은 근거의 평가, 토론 및 숙의 과정을 통해 쟁점에 대한 합의점을 모색하였다. 발표자와 패널이 구성되면 본회의 전에 사전회의를 개최하여 발표자와 패널에게 NECA 원탁회의의 목적과 진행과정에 대해 설명하였다. 본회의는 원탁회의의 가장 중요한 단계로 토론과 숙의를 통해 보건의료 분야의 쟁점에 대한 패널들의 합의된 의견을 도출하는 것을 최종 목표로 하여 진행하였다. 합의문은 연구진이 본회의에서의 토론과 숙의 내용을 정리하여 초안을 작성하고, 패널들의 검토를 통해 도출하였다.
의제 범위 등을 따르고 실험자와 일반 시민으로 구성된 것은 뭐지
운영위원회