신육종기술의 발전으로 그 중 일부 기술이 활용가능하게 되었는데, 관련 기술과 생산물에 대한 GMO로서의 규제가능성이 문제가 되고 있다. 특히 GMO의 과도한 규제에 대해 우려를 갖고 있는 자들은 유전자편집을 포함하는 NBTs와 그 제품이 GMO와 같은 규제를 받는다면 GMO와 마찬가지로 발전의 속도가 더뎌질 것이라고 우려하기도 한다. 반면, 유기농업 관련자들은 신육종기술 역시 GMO와 마찬가지의 취지에서 부정적인 의견을 제시해 오고 있다. 이러한 논란 가운데 신육종기술 중 규제 여부에 대한 관심이 가장 큰 것은 유전자 편집기술이다. 2018년 4월 미국 농무부(United States Department of Agriculture, USDA)는 유전자 편집 기술로 인한 산물을 GMO 규제대상으로 하지 않을 것이라고 입장을 표명하였다. 그러나 2018년 7월 유럽사법재판소 는 전통적 방법이 아닌 새로운 변이창출 기술로 개발한 생물은 GMO 규제 대상에 포함된다고 판결하였고 유럽연합 집행부가 이에 따른 적절한 규제체계를 마련할 것을 주문하였다.
어디에서 새로운 변이창출 기술로 개발한 생물은 GMO 규제 대상에 내포된다고 판결했어
유럽사법재판소