Cisgenesis와 intragenesis의 기본 원리는 유전자변형 생물체를 생산하는 transgenesis와 동일하다. 다만 transgenesis에 이용하는 유전자는 동식물, 미생물 등 그 유래에 제한을 두지 않는 것에 반하여 cis(intra) genesis에서는 대상 생물종 혹은 교배가 가능한 근연종 유래의 유전자를 이용한다. Cisgenesis와 intragenesis는 도입유전자의 구조에 차이가 있다. Cisgenesis에 서는 내재 유전자 세트를 가공하지 않고 본래 가지고 있던 promoter, 조절부위, intron과 exon을 그대로 형질전환에 이용한다. 반면에 intragenesis에서는 서로 이질적인 유전자와 promoter 등을 결합시키거나 intron이 제거된 mature cDNA 유전자로 만들어 이용한다. 내재서열을 이용한 RNAi 기술도 intragenesis로 분류된다. Cisgenesis에서는 도입유전자가 본래의 조절 기작에 따라 발현되므로 발현 강도 정도에만 변화를 일으키지만, intragenesis에서는 유전자 발현 정도, 발현 패턴의 조절도 가능하다. 
RNAi 기술은 내재 서열을 이용하고 무엇으로 구분될까
intragenesis