제주학연구센터는 내․외부적 요인에 의하여 제주학 진흥의 필요성이 지역사회에서 대두하면서 출발한다. 특히 2006년 제주도가 제주특별자치도로 재편되면서 제주문화를 이용한 미래사회 발전의 엔진 기능을 수행할 제주학 진흥 및 연구기관의 필요성이 대두되었다. 제주학 연구에 관심을 가지게 된 1960년대로 거슬러 올라간다. 1960년대 말부터 제주지역사회에 대한 지역연구자 및 연구단체가 지속적으로 발생하면서 제주학을 견인하기 시작하는데, 1967년 제주대학교 내 ‘제주도 문제연구소’의 설립을 시작으로, 2018년 현재 인문․사회․자연과학 및 융복합 분야에서 제주학과 관련된 100여개 이상의 민․관 단체가 생겨났다. 제주학연구센터는 민선 5기 제주특별자치도 지사 공약실천계획(2010.10)에 따라 제주발전연구원(現 제주연구원)에 위탁 설치되었고, 2013년 3월 20일 ｢제주특별자치도 제주학연구센터 설립 및 지원조례｣(조례 제 1020)가 제정됨으로써 지속적․안정적 발전의 기반이 구축되었다. 조례에는 ‘제주학’을 다음과 같이 정의하고 있다.
민선 5기 제주특별자치도 지사 공약이행계획으로 제주학연구센터가 세워진 곳은 어딜까
제주발전연구원