1세대 혁신이론인 시장실패이론과 선형이론이 한계를 노출하면서 2세대 혁신이론인 시스템 실패 이론이 등장했다. 시스템 실패 이론은 공공과 민간이 하나의 시스템 내에서 혁신주체가 되고 정부의 지원제도와 다양한 중간 조직, 금융 및 학습 요소들과 네트워킹을 통해 상호 작용함으로서 혁신이 일어나므로 사회적으로 바람직한 시스템을 구축하는 것을 정책 목표로 하는 이론이다. 분석대상과 목적, 시스템 수준에 따라 국가혁신시스템(NIS), 지역혁신시스템(RIS), 산업혁신시스템(SIS), 기술혁신시스템(TIS) 등으로 다양하게 발전하고 있다. R. K. Woolthuis(2005)는 시스템 실패 이론과 관련된 다양한 문헌 조사와 네덜란드 클러스터 사례분석을 통해 혁신시스템-정책 간에 행위자와 시스템 실패 유형을 연계한 프레임 워크를 제시했다. Woolthuis의 혁신시스템은 다음과 같은 3개의 가정을 바탕으로 한다. 첫째, 혁신은 혁신주체(기업, 대학, 연구소 등)간 상호작용으로 창출된다. 상호작용이란 협력과 상호학습을 의미한다. 둘째, 제도는 경제행위와 성과에 핵심적인 역할을 한다. 제도란 게임의 규칙이나 행동규범을 형성하는 법이나 규제 및 문화나 가치 등의 관습적 제도를 말한다. 
혁신 주체인 공공과 민간의 상호작용으로 바람직한 시스템 구축을 정책 목표로 한 이론은 뭘까
시스템 실패 이론