지역의 자주적 변화는 개별 교육기관 운영의 변화에서 출발한다. 교육행정기관의 행정계통을 매개로 하는 지시와 전달에 따른 교육기관 운영을 민주주의를 기반으로 한 자율과 책임 원칙에 터한 운영으로 혁신해야 한다. 학교와 대학이 학생과 교사(수) 등 당사자는 물론 지역 주민들이 참여하고 성장하는 공간이 되어야 한다. 이 점에서 학교 자치 구조를 형성하는 일이 중요하다. 초중등교육의 경우 이미 학교운영위원회가 제도화되어 있으나, 실질적으로 기능하지 못하는 것이 현실이다. 학교운영위원회 구성을 변화시키고 심의 의결 사항을 확대하여 대표성을 갖춘 위원들이 학교 운영에 실질적으로 참여할 수 있어야 한다. 이미 학교운영위원회에 참여하고 있는 교원, 학부모, 지역주민은 위원 선임 과정에서 대표성을 강화할 수 있도록 제도를 개선할 필요가 있고, 몇몇 지역에서 시도하고 있지만 학생 대표가 학교운영위원회에 참여하여 발언하고, 의제에 따라서는 의결 과정에 참여할 수 있어야 한다. 학교운영위원회 강화와 관련하여 이미 일부 지역에서는 학교 자치 조례를 제정하여, 교사와 학생, 나아가 학부모의 학교 참여 조직을 제도화하기 시작하였다. 이런 방식도 가능하며, 다른 방식도 가능하다. 현행 법은 학교 내부의 자주 조직의 결성을 막고 있지 않다. 
무엇을 갖춘 위원들이 학교 운영에 실질적으로 참여할 수 있어야 하니
대표성