간접고용 노동자의 단결권과 관련한 쟁점은 노동조합의 조직과 가입을 방해하는 사용사업주의 부당노동행위이다. 이러한 행위유형으로는 사용사업주가 노조의 결성 및 가입을 이유로 파견․용역계약을 해지하거나, 해지하겠다고 위협하는 것과 조합원의 교체요구 및 회유․협박을 통한 조합탈퇴의 종용 등을 들 수 있다. 이 때 사용사업주들은 파견․용역계약에서 노조결성시 계약을 해지한다고 미리 명시적으로 규정하거나 대부분 사용사업주가 임의로 계약해지가 가능하도록 하는 계약내용을 정하고 있다. 이 경우 파견․용역계약의 해지는 곧바로 노동자에게는 해고를 의미한다. 대부분의 파견․용역사업의 근로계약이 모집형이나 등록형의 임시적인 근로계약의 형태를 취하고 있기 때문이다. 이런 연유로 사용사업주의 계약해지위협 및 해지권의 행사는 곧바로 노동조합의 와해로 이어지게 된다. 부당노동행위를 막고 노동조합의 결성과 가입을 보장하는 가장 유효한 법적 수단이 노동조합법상의 부당노동행위 구제제도인데 여기에는 사용사업주가 노동조합법 제81조에서 말하는 부당노동행위의 주체인 사용자로 볼 수 있는지 하는 문제를 놓고 논란이 있다. 
사용사업주가 노동조합법에서 말하는 무엇의 주체인 사용자로 볼 수 있는 지가 논란이지
부당노동행위