셋째, 대학 구조조정에 따른 학생과 대학 간 갈등 발생이다. 특성화 사업 신청을 위해 대학은 대학 내 비인기학과를 구조조정하고 통·폐합을 실시한 경우가 많았다. 이에 따른 대학 구성원들 간의 갈등, 학내 분규뿐만 아니라 교육의 질 저하 현상, 입시경쟁 과열, 정원감축 등의 문제가 뒤따랐다. 또한 기초학문인 인문학과는 구조조정으로 인해 큰 타격을 받았고 대학은 취업 학교화 된다는 평가와 함께 사업 선정평가 시 수도권 대학 역차별이 발생한다는 문제 역시 대두되었다. 이러한 일련의 문제들은 대학과 정부의 지속적인 의견수렴과 이를 반영하고자 하는 노력으로 해결되어야 한다. 이와 같은 문제들과 함께 살펴 볼 수 있는 대학 특성화 사업의 후속 과제는 대학특성화 사업의 근본적 취지를 살리는 평가와 정책의 개선이다. 대학 특성화 사업은 대학 정원감축에 대한 정부의 의지가 적극 반영된 사업으로, 선정평가 및 선정결과에 주요 변수로 작용하였다. 특히 대학특성화 사업 선정 결과 수도권 대학에 비해 정원감축률이 2배에 달한 지방대학들이 특성화 사업에 대거 선정되었지만, 지방대학과 수도권 대학의 평균 지원금 차이가 5억 원에 불과하였다.
무엇에 대한 정부의 의지가 적극 반영되어 대학 특성화 사업을 실행하게 되었는가
정원감축