글로벌프론티어사업의 단계평가는 연구계획과 전략의 내실화를 유도하기 위한 것으로 제1단계와 제3단계는 연구단의 연구수행을 도와주기위한 컨설팅 관점에서 평가를 수행한다. 그러나 제2단계의 평가는 연구단 구조 및 연구비 조정을 수반하는 평가를 실시란다. 미래유망융합기술파이오니아사업의 단계평가는 최종목표달성 가능성을 제고하기 위해서 평각 이루어지며 평가결과에 따른 연구비 조정 등이 이루어진다. 이는 나노소재기술개발사업의 경우에도 마찬가지이다. 즉 단계평가에서 연구목표 실현 여부를 집중적으로 점점하며, 유사연구의 경우 중단조치를 취하고, 연구목표의 수정도 지시한다. 평가절차를 보면, 글로벌프론티어사업과 미래유망융합기술파이오니아사업의 경우 각각 성과분석과 특허동행조사가 이루어지며, 연구단 자체평가와 연구재단 평가가 이어진다. 나노소재기술개발사업의 경우는 당해 연구 성과 및 차 단계 계획서를 제출하여, 이를 토대로 전문가평가 및 전문기관평가가 이루어진다. 평가방법은 서면평가와 발표평가로 진행되며 상대평가로 평가한다. 특히 글로벌프론티어사업의 경우는 상과분석보고서, 자체평가보고서, 전단평가보고서 등 보고서가 작성되어야 한다. 
전략과 연구계획을 방해 하도록 시행하는 게 뭐지
글로벌프론티어사업의 단계평가