협업이 원활하기 이루어지기 위해서는 조직구조 차원에서의 뒷받침은 필수적이다. 그래서 많은 선행연구들은 협업을 위한 조직 구조의 변화를 중시하고 있는데, 업무시스템 재설계나 새로운 협업조직의 설치 등이다. 업무시스템 재설계 없이 협업수행하는 경우 중복업무 및 가외적 업무가 발생하여 협업기관 간 갈등 발생할 소지가 농후하다. 이에 우리 정부는 ｢행정효율과 협업촉진에 관한 규정｣은 기관별로 협업책임관을 지정해 해당 기관의 협업행정업무 발굴, 협업 촉진을 위한 행정업무 절차 및 관련제도 정비, 타 기관과의 행정정보시스템 연계, 타 행정기관과의 협의 및 조정 역할을 부여하고 있다. 그러나 전문가 집담회에서 나타난 전문가들의 견해는 대체로 협업을 위한 조직 구조 차원의 변화가 소극적이라는 것을 보여주고 있다. 협업을 위한 업무시스템 재설계나 협업조직의 설치가 실제적으로 잘 이루어지지 않고 있다고 보는 견해가 대다수였다. 이에 대한 전문가의 응답 평균은 각각 2.18점과 2.17점으로서 다른 질문 항목들에 대하여 상대적으로 매우 낮은 응답 평균을 보였다. 
무엇을 위해서 업무시스템 재설계 하는 것이 어려워
협업