다섯째, 전반적인 지표 개선이 필요하다. 전체적인 구조개혁위원회추진평가 지표에 개별 대학의 특수성과 잠재력을 고려할 수 있는 정성지표가 포함되지 않고 있다. 또 평가에 사용되는 주요 평가 지표의 문제점에 대한 고려와 개선도 진행되어야 할 것이다. 특히 정성평가는 평가위원의 주관성, 평가팀 간의 균질성 문제로 평가 결과의 신뢰성을 저하가 우려된다는 문제점이 있다. 평가영역별 지표가 대학구조개혁을 위한 필요조건이 아닌 충분조건을 갖출 수 있도록 구성되어야 평가 결과의 신뢰성이 확보될 것이다. 여섯째, 부실대학 낙인에 따른 학교, 학생, 지역사회의 심리적 고통, 대학 서열화 문제의 발생이다. 이와 관련하여 특히 지방대학 학생들의 사기 저하 및 부정적 이미지에 의한 낙인효과가 발생할 수 있다. 지방대학의 경우 학령인구의 감소로 이미 학생 수급에 어려움을 호소한지 오래이며 더불어 개별 대학의 건학이념과 목표 실현 이전에 획일적인 정원감축과 구조개혁 평가 결과에 따른 부실대학 낙인으로 어려움이 한층 가중되고 있는 현실이다. 그리고 현재의 5등급 평가 체제는 대학 서열화를 더욱 조장할 위험이 있다. 
무엇에서 평가팀 간의 균질성 문제로 평가 결과의 신뢰성이 떨어진다는 우려가 있지
정성평가