셋째, 자율화 및 특성화 유도의 한계 발생이다. 정부의 정책목표에 따라 구조개혁위원회추진평가의 선정지표가 매년 변경되므로 대학의 자율화와 특성화를 육성·지원하기 이전에 저해할 가능성이 크다. 이를 방지하기 위해서는 장기적인 정책과 목표 설정, 충분한 의견수렴을 거친 일관성 있는 방향 제시가 바람직할 것이다. 넷째, 상대평가 방식과 그 적용의 한계가 발생한다. 구조개혁위원회추진평가는 대학의 노력 여하에 관계없이 하위 15% 대학은 도태되는 상대평가의 문제점을 배태한다. 즉 타 대학과 상대적으로 평가되므로 평가 결과를 예측하기 어렵고 노력의 과정을 측정하는 지표나 평가방법은 없다는 문제가 있다. 이는 향후 절대평가를 통한 평가방식의 적용 및 대학의 현실을 감안한 조정이 필요함을 보여준다. 
구조개혁위원회 추진평가에서 도태되는 것은 몇 프로의 하위권 대학교인가
15%