현재 아동학대 예방 및 피해아동 보호를 위한 운영예산은 중앙아동보호전문기관의 경우 100% 국비로 충당하고 있으며, 지역아동보호전문기관의 경우 국고보조사업으로서 국비(50%)와 지방비(50%)의 비율로 구성되어 있다. 학대피해아동쉼터의 경우 국고보조사업으로서 국비(40%)와 지방비(60%)의 비율을 통해 예산이 마련되고 있다. 물론 개별 지방자치단체는 국고보조사업 예산과는 별도로 지방자치단체의 자체사업 여부에 따라 관련 예산을 추가로 편성하는 것은 가능하다(보건복지부, 2017b: 227). 앞서 잠시 언급한 바와 같이, 기존에 아동학대 예산이나 ‘기금에서 일반회계 예산으로의 전환’ 문제는 단순하게 충분하게 확보하기 어려운 예산의 문제 정도로 간주되거나 기금의 운영부처(보건복지부)와 재원 마련(법무부)의 이원화에 따른 문제점 등에 국한되었던 것이 사실이다. 하지만 현재의 인식하에서는 관련 예산이 증가된다고 하더라도 확충된 예산만큼의 실효성을 확보할 수 있을 것인지에 관한 의문이 있다. 
아동학대 방지를 위한 예산을 중앙아동보호기관의 경우 몇 퍼센트 국비로 메우고 있지
100%