고등교육(대학) 부문에서도 학령인구 감소로 인해 2018년부터는 입학정원에 비해 고등학교 졸업자 수가 적어질 전망이다. 이에 대응하여 행정부는 대학 구조개혁과 정원 감축을 추진 중이다. 2023년에 이르면 고등학교 졸업자 수가 대학 입학정원에 비해 16만명이 부족해질 것으로 전망이다. 이에 따라, 행정부는 2014~2022년 동안 대학 구조개혁을 통해 정원을 16만명 감축할 계획이며, 그에 따라 2015년 대학구조개혁평가가 시행되었다. 따라서 대학생 수가 점진적으로 감소하는 것을 고려할 때, 고등교육 부문 예산은 행정부 계획대로 크게 증가하지 않는 것이 합리적으로 보인다. 다만, 대학구조개혁과 등록금 인상 억제 등의 고등교육정책을 위해 대학재정 지원사업이 각 사업의 고유목적과 다르게 시행될 우려가 있다. 대학재정지원사업은 평가에 기초한 배분방식에 따라 사업목적에 맞는 평가지표 등 평가기준을 마련하고 있는데, 대부분의 대학재정지원사업들에서 대학 구조조정(정원감축), 국가장학금 Ⅱ유형 참여(등록금 동결 · 인하) 등을 가산점 지표로 채택함으로써, 대학재정지원을 통해 다른 고등교육정책을 유인하고 있다. 
고등학교 졸업자 수가 대학입학정원에 비해 2023년이 되면 몇 명이 모자라지
16만명