BK21 Plus 사업의 문제 및 과제는 다음과 같다. 첫째, 사업별로 발생하는 지원대학 편차이다. 글로벌인재양성 사업의 경우, 해외 학자 유치 및 활용 경험과 계획이 구비되어야 사업신청이 유리해서 대학들의 신청이 저조해 최종 지원 결과에서 타 유형 사업에 비해 경쟁률이 낮았다. 이에 따라 WCU와 같이 기존 유사 사업 운영 경험이 있는 대학에 유리한 결과가 나올 수 있었던 것이다. 이러한 선정과정에서 발생하는 사업별 지원대학 편차 문제에 대한 조정이 필요하다. 둘째, 사업단 선정 및 평가, 예산 지원의 대학 간 부익부 빈익빈 발생이다. 2013년 BK21 Plus 사업 지원 대학 선정 시, 수도권 대형 대학 및 특정 대학에 편중된 선정 결과가 나타나 고유의 대학 이념과 목적을 가지고 사업신청을 한 강소 대학 및 지방대학의 경우 배제되는 문제가 발생했다. BK21 Plus 사업 선정 결과, 당초의 지역 우수대학 육성 취지에 어긋난 선정 결과라는 평을 받고 있으며 이에 따른 대학 간 이해관계 조정과 사업 선정평가 결과에 대한 정보 공개를 통해 투명성 회복이 필요한 시점이다. 
무엇을 양성하는 것이 BK21 Plus 사업의 목표일까
지역 우수대학