국가장학금 제도의 문제점은 일차적으로 학생들의 교육권보장을 위해 해당 학교의 설립 주체인 지방자치단체, 사립학교법인이 부담해야 할 전입금을 국가가 대납해준다는 측면이 있다. 대납을 해주는 것이 법적으로 문제될 것은 없으나 공공적 가치를 전혀 반영할 수 없는 정책적 한계가 있다. 즉 고등교육기관에 대한 지원을 통해서 고등교육기관의 공공성을 높일 수 있는 다양한 정책을 구사할 수 있는 기회를 상실시켜 버리고 만다. 따라서 국가장학금을 고등교육보조금 예산으로 사용하여 사립대학을 정부책임형으로 전환시키면 반값등록금의 효과뿐만 아니라 사립대학의 고질적인 병폐를 해결할 수 있는 일석이조의 효과를 낼 수 있다. 현재 확보된 3조5천억원의 예산이라면 정부책임형 사립대학정책을 펴나가는데 충분하지는 않지만 일정한 효과를 발휘할 수 있는 규모라고 할 수 있다. 
사립학교법인 등이 부담해야 할 전입금을 국가가 대납한다는 문제가 있는 제도가 무엇이야
국가장학금