앞에서 살펴본 세 사업 중 글로벌프론티어사업과 미래유망융합기술파이오니아사업은 연차평가 시 평가방식이 컨설팅 접근방법으로 되어 있다. 반면에 나노소재기술개발사업은 연차평가가 2차년도의 경우 온라인방식으로 되어 있다. 컨설팅 접근방법은 전문가들을 활용하여 연구의 방향 및 성과제고를 위한 수단으로서 매우 긍정적인 측면이 있다. 온라인 방식은 연구팀의 발표평가 준비 등 평가에 대한 행정 부담을 완화시켜 연구에 전념하도록 하기 위한 것이라고 한다. 물론 사업의 규모나 특성에 따라 연차평가 방식이 다를 수 있지만, 문제는 동일한 원천기술개발사업임에도 불구하고 어떤 사업은 컨설팅방법을 사용하고 어떤 사업은 온라인 평가를 사용하는데 대한 명확한 기준이 없다는 것이다. 더 나아가서 연차평가 결과의 활용과 관련하여 글로벌프론티어사업의 연차평가는 단지 단순한 진도관리 차원에서 평가가 이루어지지만 미래유망융합기술파이오니아사업과 나노소재기술개발사업의 연차평가는 평가결과에 따라서 연구중단여부나 연구비의 규모조정 등 실질적인 조치가 뒤따른다. 
연차평가를 할 때 연구팀 발표 준비와 행정 부담을 덜어 연구만 하는 방식은 뭐니
온라인 방식