앞에서 살펴본 세 사업의 경우 모두 원천기술개발사업으로 분류되기 때문에 특허가 중요한 성과평가지표로 활용되고 있다. 특히 연차평가 및 단계평가, 그리고 최종평가에서 특허에 대한 평가가 강화되고 있고, 특허포트폴리오 구성 등 체계적인 평가 노력도 엿볼 수 있다. 문제는 특허성과를 어떻게 평가하느냐 하는 것이다. 다시 말해서 단순히 특허출원 수만 평가해서는 안 된다는 것이다. 등록된 특허는 일단 특허청의 심사를 거친 것이므로 등록된 특허에 대해서는 단순히 출원된 특허보다 높은 가중치를 두는 것이 바람직하다. 하지만 등록된 특허라 하더라도 특허의 질에 대한 평가가 이루어져야 한다. 왜냐하면 우리나라의 경우 등록된 특허의 70% 정도가 사용되지 않는 휴면특허(sleeping patents)이기 때문이다. 특허의 질적 평가를 위해서는 원천성, 기술성, 권리성, 시장성 등 다양한 측면에서 특허가 평가되어야 한다(성태경, 2013). 따라서 각 기준에 대한 평가지표를 마련하여 객관적으로 평가하여야 한다. 
사용되지 않는 특허를 뭐라고 할까
휴면특허