이와 같이 중국 정부는 과학기술자원의 효율적 이용을 위해 연구기관과 연구인력 간 경쟁체제를 도입하였지만 정부의 연구기관에 대한 경쟁체제 도입은 결국 행정의 연구기관 간섭이라는 부작용을 초래하고 있다. 경쟁성 연구자금의 증가는 장기적으로 중국의 R&D에 부정적으로 작용할 가능성이 있다. 아래서 다시 언급하겠지만, 경비 절감 압력으로 인해 우수한 연구 인력의 유출과 농업 R&D의 침체를 초래하였다. 미국의 농식품 R&D 제도도 최근 일괄지원방식의 정액 연구비 규모가 감소한 반면 공모에 의한 경쟁성 연구비 지원방식이 확대되고 있다. 다만 미국은 오래 전부터 농업기계화와 우량품종개발, 비료 농약 등 농자재 개발 등 생산성 향상을 위한 집중적인 투자가 이루어졌기 때문에 중국의 사례와는 많은 차이가 있다고 볼 수 있다.
장기적으로 경쟁성 연구자금의 증가는 중국의 무엇에 부정적으로 영향을 미칠 가능성이 있어
R&D