자유학기제에 내재된 핵심적 개혁안 중 하나가 수업 방법 개선이다. 자유학기제 동안에는 암기식 수업을 최소화하고 학생들의 참여와 주도로 이루어지는 탐구 중심의 수업 방법이나 팀티칭(Team-teaching), 코티칭(Co-teaching)으로 몇 개의 교과를 통합하여 수업을 설계하여 운영하도록 권장되고 있다. 그러나 자유학기제의 핵심이 교수･학습 방법 개선임을 강조하지만 여전히 교사들은 자율과정의 새로운 과목에 대한 수업 부담 등을 포함하여 수업 개선에 대한 부담을 지니고 있다. 연구학교 교사들은 자유학기제에서 추구하는 수업변화의 필요성 및 중요성에 대해서는 공감하지만 구체적인 노하우의 부재 속에서 이전의 수업 방법에서 크게 벗어나지 못하고 있다는 점을 지적하였다. 교사들은 제도적 지원 없이 교사의 개별적 노력에 한계를 보이고 있으며, 일부 교사들은 피로감을 호소하고 있다. 
자유학기제의 핵심적인 개혁안에 포함된 것은 무엇일까
수업 방법 개선