그러나 무상원조의 시행기관이 다양하고, 각 부처 및 기관별로 원조 목적 및 지원 절차가 다르기 때문에 수원국의 혼란을 유발하는 등 원조효과성을 저해하는 결과가 초래되고 있다. 이를 조정하기 위해 '무상원조 관계기관 협의회' 등이 설치되어 운영 중임에도 불구하고, 사업 추진 주체(특히 정부부처와 지자체) 간 업무조정 및 정책협의 구조는 여전히 미흡한 것으로 파악된다. 가장 주된 이유로는 개별 부처 및 지자체가 사전에 ODA 예산을 편성하고 배정받아 운영하기 보다는, 사업 집행 이후 실적을 건별로 한국수출입은행 통계보고시스템에 입력하는 방식으로 보고하기 때문이다. 예를 들어 중앙부처 ODA 사업의 경우 다음과 같은 일련의 시스템 하에서 진행된다. 국무조정실은 ODA 사업의 조율기능을 담당하고, 외교부는 무상원조의 주관기관이며, KOICA는 집행기관으로 역할 한다. KOICA는 무상원조 관련 전략 및 정책에 따라 사업계획을 수립하고, 이에 따라 예산을 편성 받아 사업을 진행한다. 사업 수행 시에는 외교부의 재외공관을 통해 사업제안서가 접수되며, KOICA가 사업을 진행할 시에도 외교부를 통한 국가 간 소통이 함께 이루어진다. 
무상원조 효과를 극대화 하기 위해 어떤 협의회가 설립됐어
무상원조 관계기관 협의회