산업단지형과 항만형 자유무역지역의 경우 임대료를 낮게 부과할 수 있는 배경에는 정부 재정비율이 있다. 산업단지형 자유무역지역은 기존에 100% 중앙정부 재정으로 건설되었으며, 2005년에 산업자원부 고시를 통해, 2006년 1월 1일 이후 지정되는 자유무역지역에 대해서는 조성사업비의 3/4 범위 내에서 국비를 지원하는 것으로 변경되었다. 나머지 1/4은 지방정부에서 부담하고 있어, 사실상 공영개발 방식이 적용되고 있다. 항만형 자유무역지역은 중앙정부, 항만공사 및 지방정부에서 개발비용을 부담하고 있는데, 중앙정부의 재정투입 비율이 50% 이상을 차지한다. 먼저, 부산항 신항 자유무역지역 중 북ʻ컨ʼ 배후단지의 경우는 해양수산부와 부산항만공사가 50%씩 분담하였으며, 웅동 배후단지의 경우 각각 구획을 구분하여 해양수산부와 부산항만공사가 개발하고 있는데 여기서도 50% 수준에서 분담되고 있다. 광양항 자유무역지역은 해양수산부와 광양시가 개발 비용을 분담하였는데, 동측배후단지는 해양수산부의 분담비율이 약 87% 정도이며 광양시의 비율은 약 13% 정도이다. 평택 당진항 자유무역지역의 경우, 조성 당시에 해양수산부와 경기도가 각각 50%씩 개발비를 분담하였다. 
무엇 때문에 산업단지형과 항만형 자유무역지역의 경우 임대료를 낮게 책정할 수 있는 거니
정부 재정비율