경제적 측면에서 연계는 다음과 같은 부정적 효과를 유발할 수 있다. 배출권의 가격 변화는 에너지 가격 및 배출집약적 상품의 가격에 영향을 미쳐 산업경쟁력에 영향을 줄 수 있다. 연계는 국가 간 자본 이동을 초래하고 그 규모가 커지면 감축목표를 관대하게 책정한 결과 배출권 순 수출국인 경우 외화의 유입으로 임금상승과 소비가 증가하여 통화절상을 가져오고 이로 인하여 산업의 수출경쟁력이 악화될 수 있다. 환경적 측면에서는 전 지구적으로 배출 량이 증가되는 부정적 효과가 발생할 우려가 있다. 즉 연계로 인하여 연계된 시장 밖의 지역에서 배출량이 증가하는 누출을 초래할 수 있다. 정치경제적 측면에서 연계는 배출권거래제에 대한 각 국가의 통제력을 제한하는 효과를 가져온다. 연계 후의 배출권가격은 연계 전의 각 시장의 배출권가격의 중간지점에서 형성되나 규모가 큰 시장의 가격에 접근하여 형성된다. 따라서 상대적으로 규모가 작은 시장의 국가는 자국 시장에 대한 통제력이 제한된다. 
배출권 수출국에 외화의 유입으로 임금하락과 소비가 감소하면 무슨 현상이 발생하는가
통화절상