또한 사례관리에 있어서 지방자치단체와 아동보호전문기관의 이원화를 추진할 필요가 있다. 현재 「아동복지법」제28조에서는 아동보호전문기관의 장은 아동학대가 종료된 후에도 아동학대여부에 대하여 확인하여야 한다고 규정함으로써(1조), 학대사건 이후의 사례관리를 아동보호전문기관에게 위임하고 있다. 하지만 현실적으로 서울 등 몇 개소를 제외하고는 실질적으로 민간에서 운영되고 있는 아동보호전문기관의 인적·물적 한계는 아동보호를 위해 충분한 수준에 이르지 못하고 있는 것이 현실이다. 이에 고위험군과 저위험군의 사례로 나누어, 고위험군의 사례관리는 아동이나 복지 전문가인 아동보호전문기관이 맡도록 하고, 저위험군의 사례관리는 지방자치단체의 아동전담공무원이 담당하도록 할 필요가 있다. 또한 이런 고위험군과 저위험군의 사례관리의 판단은 사례전문위원회에서 담당하되, 사례전문위원회에 참석하는 인적 구성은 실무자 중심으로 구성하는 방안을 고려해야 한다. 
아동학대가 끝난 후에도 아동보호기관장은 학대여부를 확인해야 함을 정해 놓은 법은 뭐지
아동복지법