대학 특성화 사업의 문제 및 과제를 살펴보면 다음과 같다. 첫째, 대학 특성화 사업 시 평가와 선정에서 발생하는 지역편중 문제이다. 하나의 지역 특성화 사업 선정 시 문제가 제기된 사례를 살펴볼 수 있다. 이는 산업기반이 열악한 강원도를 산업단지가 활성화되어 상대적으로 유리한 대구·경북과 같은 권역으로 분류하면서 대경권에만 지역전략분야를 선정한 경우로 당초 특성화사업 취지와 크게 어긋난다는 의견이 많았다. 지방대학 특성화 사업의 취지와 걸맞게 지역산업 육성을 통한 지역 균형발전과 인력 양성 추진의 목적을 고려한 선정평가로 개선할 필요가 있다. 둘째, 보다 자유로운 특성화 정책에 대한 대학의 요구이다. 즉 대학의 설립취지와 강점 분야에 맞춘 특성화 지원 사업이 탈락한 대학의 사례들을 단순히 대학만의 전략실패로 치부하기보다 정부의 특성화 사업 틀의 획일성 여부를 진단하고 보다 유연하고 자유로운 정책 개선에 대학의 요구를 반영해야 한다. 이는 재정지원을 받기 위한 전략적 특성화로 치우치는 문제점을 개선하여 진정한 대학 특성화 사업으로 발전할 수 있는 기본 방향이라 할 수 있다. 
대학 특성화 사업 진행시 시행 과정에서 무슨 이점이 발생하는가
지역편중