또한 지방의료원 등 정보화 지원 사업을 통해 지방의료원 34개소에 대해 2009년부터 지방의료원 병원정보 시스템(EMR)의 구축을 지원하고 있다. 2014년 말까지 서울(자체예산), 부산, 인천, 군산, 대구, 포항, 안동의료원 등 7개 지방의료원에 EMR 시스템 구축을 완료하였고, 2015년에는 7개소(안성, 청주, 공주, 홍성, 남원, 마산, 서귀포의료원)에 EMR 시스템 구축을 진행 중이다. 지역 보건의료 정보 시스템 구축 사업은 보건소, 보건지소, 보건진료소 등 전국 보건기관별로 개별적으로 비표준 형태로 운영 중이던 시스템을 전국 단위의 통합·표준화된 정보 시스템으로 구축하여 보건행정 업무를 효율적으로 처리하고 주민에게 양질의 공공보건의료 서비스를 제공할 목적으로 추진하였다.
무엇이 효과적 보건행정사무 처리와 고품질의 공공보건 의료서비스 공급을 위해 진행되니
보건의료 정보 시스템 구축