분권교부세는 도입 초기부터 사업에 대한 논란이 있었다. 즉 일부 사업은 지방이양에 부적정하고 이양 후 사업수요 증가나 중앙정부의 재정지원 없는 단가 인상 등의 문제가 발생하여, 지방자치단체에서 국고보조사업으로의 환원 또는 분권교부세율 인상을 지속적으로 요구해 왔을 뿐만 아니라, 국회나 감사원에서도 노인 장애인 정신요양시설 등 3개 사업은 국민의 생존권적 기본권에 해당하고 중앙정부 정책과 밀접하게 연계되며 특정지역 시설 편중으로 일부 지방자치단체에만 재정부담을 주기 때문에 지방이양 사업으로 부적정하다는 결론을 내렸다. 또 사업방식에 있어서도 지방 이양에도 불구하고 그 운영 방향이 국가 시책적으로 결정 추진되었기 때문에 오히려 자율성과 선택권이 제약되는 문제를 안고 있었다. 이러한 사업 성격상의 문제 이외에도 지방자치단체에서는 현실적으로 재정부담이 가중됨에 따른 불만을 계속 제기하였다. 분권교부세 대상 사업의 재정수요는 지속적으로 증가하는 반면, 분권교부세는 내국세의 0.94%로 고정되어 대응되는 지방비 부담이 증대되고 있기 때문이다. 
무엇이 초반부터 일부 사업은 지방이양에 부적절한 문제가 있었어
분권교부세