사업현황 분석에서 두드러지는 주요 문제점은 다음과 같이 정리된다. 첫째, 이공계인력양성사업이라는 특징에 따라 대부분이 4년제 대학 내지 대학원으로 집중되어 지원되나, 그 중 절반은 대학지원사업, 절반은 연구개발사업의 성격을 가지는 유형으로 분산되어 있다. 이러한 사업유형이 또 각 부처별로 세부화되어 기획되고 추진될 경우 서로 강조하는 초점이 달라지므로 사업구조를 더욱 복잡하게 만들게 된다. 이는 사업을 수행하는 대학(원)의 입장에서 볼 때, 개별 사업 대응과 관리의 어려움을 가중시키고 앞에서 살펴본 바와 같이 개별 연구개발사업 인건비 등에 대한 의존도를 높이는 주요한 원인 가운데 하나일 것이다. 이공계인력사업을 세부사업 단위로 볼 때에는 사업수가 33개에 불과하지만, 2장의 대학 연구개발현황 분석에서도 잠시 언급한 바와 같이 이를 구체적인 과제 수준에서 나누면 거의 2만개에 육박하는 과제가 대학(원)에 의해 수행되고 있는 것이다. 이로 인해 정책 방향이 제시된다고 해도 사업간의 유기적인 연계가 이루어지기 힘들고, 유사목적 혹은 상호시너지가 필요한 사업들이 연계되지 않고 개별사업으로서만 지원되고 있다. 
4년제 대학 내지 대학원으로 집중되어 지원되는 사업이 뭐야
이공계인력양성사업