다섯째로, 생체정보의 파기가 있다. 파기는 생체정보의 유출과 오남용을 방지하기 위한 방안이다. 따라서 제9조에 따르면 생체정보의 수집 ․ 이용 목적 또는 제공받은 목적을 달성하거나 달성할 수 없게 된 경우, 생체정보의 보유기간이 만료한 경우, 제공자 또는 법정대리인이 제10조의 규정에 의하여 생체정보의 수집 ․ 수집목적 외의 이용 또는 제3자 제공에 대한 동의를 철회한 경우, 기타 생체정보의 보유가 더 이상 필요하지 않게 된 경우에는 운영자 또는 생체정보를 제공받은 제3자는 지체 없이 보유하는 제공자의 생체정보를 복원할 수 없도록 파기하도록 하고 있다(제1항). 이때 파기 방법은 초기화나 겹쳐쓰기(overwrite), 물리적 파괴를 의미하고, 특정 개인이나 일부 생체정보를 파기하는 경우는 겹쳐쓰기를 하도록 하고 있다. 또한 운영자는 생체정보를 파기한 경우에는 제공자 또는 그 법정대리인에게 그 사실을 알려야 한다. 이처럼 철회에 따라 생체정보를 파기하는 경우 제공자 또는 그 법정대리인에게 서면이나 구두, 전화, 이메일 등과 같은 수단을 통해 파기사실을 통지하여야 한다.
어떤 방법으로 특정 개인이나 일부 생체정보를 삭제하지
겹쳐쓰기