한편, 자유무역지역법에 따르면 동법은 ʻʻ자유로운 제조, 물류, 유통 및 무역활동 등이 보장되는 자유무역지역을 지정 운영함으로써 외국인투자의 유치, 무역의 진흥, 국제물류의 원활화 및 지역개발 등을 촉진하여 국민경제의 발전에 이바지함을 목적으로 한다ʼʼ 라고 하여 기본적으로 자유로운 제조, 물류, 유통 및 무역활동 등을 자유무역지역에서 보장되도록 함에는 일견 특허보세구역의 취지와 공통점이 있으나, 종국적으로는 외국인투자의 유치와 무역의 진흥을 통하여 국제물류의 원활화, 지역개발 등의 목적으로 함에는 양 제도가 뚜렷한 차이점을 보이고 있다. 따라서 양 제도를 외견상의 형태가 유사하다는 점을 이유로 하여 서로 다른 제도를 같이 취급한다면 이는 결국 문제를 유발할 수 있을 것이다. 다시 말하면, 자유무역지역제도는 외국물품이 일정기간 장치하여 있다가 종국적으로 외국으로 다시 반출되든지, 국내로 반입되든지 하는 과정을 거쳐서 결국 국제물류의 원활화와 외국인투자 유치에 방점이 있는 제도이기 때문에 특허보세구역보다는 제도의 취지가 더 포괄적이며 물류원활화에 중심을 둔 제도이다. 
어떤 제도가 특허보세구역보다 의도가 더 포괄적이고 물류원활화에 중점을 두지
자유무역지역제도