북‧중‧러 접경지역에서 전개되어 온 관련 당사국 간의 초국경협력의 문제점으로서, 첫째로, 정치제도, 경제체제, 발전정도, 사회문화 측면에서 국가별 차이가 적지 않다는 점이다. 이 지역은 세계 최고의 선진국과 가장 역동적인 신흥경제국, 비교적 낙후한 개발도상국은 물론이고, 성숙한 자본주의시장을 가진 국가와 체제전환 국가, 그리고 사회주의를 고수하고 있는 국가들이 각자의 이해관계에 따라 경쟁과 갈등이 매우 복잡하게 얽힌 양상을 보이고 있다. 두 번째로는, 여전히 식민과 냉전시대의 유산을 완전히 해소하지 못하고 각국의 전략과 입장이 서로 충돌하고 있다는 점을 들 수 있다. 더욱이 이 지역의 관련 당사국간에는 여전히 해결되지 못한 많은 역사적 문제와 영토분쟁이 존재하며, 북핵문제와 같은 냉전시대의 잔재와 이념적 갈등이 유지됨으로써 다자간협력의 플렛홈 형성이 여의치 않은 상황이다. 앞에서 살펴본 바와 같이 각자가 이미 논의를 끝내고 협력사업이 시작된 경우에도 세부적인 진행과정에서 적지 않은 문제점을 노정하였으며, 실제로 많은 협력사업이 도중에 방치되거나 중단되는 상황이 초래되었다.
식민과 냉전시대의 유산을 해소하지 못하고 각국이 서로 화해하는 것은 무엇의 문제점이니
초국경협력