할당대상업체는 매 이행연도 종료일부터 3개월 이내에 해당 이행연도에 그 업체가 실제 배출한 온실가스 배출량을 측정 보고 검증이 가능한 방식으로 작성한 명세서 및 검증기관의 검증보고서를 전자적 방식으로 환경부장관에 제출하여야 한다(같은 법 제24조, 같은 법 시행령 제31조 제2항). 환경부장관은 할당업체로부터 보고를 받으면 배출량 인증위원회의 심의를 거쳐 할당대상업체의 실제 온실가스 배출량을 인증한다(같은 법 제25조 제1항, 제2항, 같은 법 시행령 제33조 제1항, 제3항). 할당대상업체는 이행연도 종료일부터 6개월 이내에 인증받은 온실가스 배출량에 상응하는 배출권 제출 신고서를 환경부장관에 제출하여야 한다(같은 법 제27조 제1항, 같은 법 시행령 제35조 제1항). 배출권 제출은 배출권 제출의무를 지는 온실가스 배출이 이루어진 이행연도분으로 할당된 배출권, 이전 이행연도에서 이월된 배출권 또는 다음 이행연도에서 차입한 배출권과 상쇄배출권으로만 제출할 수 있다(같은 법 시행령 제35조 제4항). 
실제 배출량을 계측한 온실가스 명세서를 할당 대상 업체는 누구에게 제출해야 하지
환경부장관