공수처는 수십 년간 수사역량이 축적된 검찰에 비해 고위공직자 등 부패사범에 대한 수사능력이 현저히 떨어져 비정상적인 수사방법을 동원하지 않는 경우 무능한 수사기관이 되기 쉬울 수 있다. 디지털 포렌직 등의 과학적 수사능력 역시 장비, 인력의 숙련도 측면에서 쉽게 단시일 내에 구비되기 힘들 수밖에 없다. 인력의 규모 측면에서도 보더라도 대형 부패사건 수사 경험이 풍부한 검찰도 중수부 폐지 이후 수사능력이 저하되었다는 비판이 있는 바, 50여 명 남짓의 소규모 조직으로 복잡하고 다양한 부패범죄에 대응하는 것은 지극히 곤란하다. 한편, 인도네시아의 KPK의 예에서 보듯이 사실 공수처가 새로 설립되어도 그 곳으로 옮겨갈 사람들은 기존 검찰이나 경찰에 있었던 사람들일 것이지 전혀 수사 업무를 경험해보지 않은 사람들은 아닐 것이기 때문에 과연 기존 수사기관과 단절된 업무를 할 수 있을 것인가 여부도 의문이고, 위와 같은 문제를 기존 수사기관의 직원 파견이나, 설비의 이용 협조문제로 해결하려는 것은 독립행정기관 설립 취지와 반할 수 있고, 수사의 밀행성과도 어울리지 않는다.
한국은 온라인 상에서 벌어지는 무엇에 대한 수사능력이 현저히 떨어지니
부패사범