협동연구의 경우, 과제참여기관이 작성한 세부보고서에서 연구윤리 위반 의심사례가 발견되었고, 관련 내용이 총괄보고서에 수록되었다면 연구윤리 위반에 대한 책임은 주관기관이 지게 됨. 협동연구의 경우 연구회 소관 연구기관들 간에만 이루어지는 것이 아니고 타 연구기관이나 대학교수 등 참여연구자가 다양함. 연구윤리 평가에서 연구회 소관 연구기관이 아닌 연구기관의 연구자가 집필한 부분에서 위반 의심사례가 발견될 경우 연구회에서 이들에 대해 연구윤리 책임을 묻기가 사실상 어렵다는 점에서, 그리고 주관연구기관은 참여연구기관에 대해 관리·감독의 의무와 책임을 져야 한다는 점에서 주관연구기관이 책임을 지는 것이 합당함. 협동보고서에 대한 연구윤리 준수 문제는 국책연구기관에서 매우 큰 관심을 가지고 관리해야 할 사안임. 현대 사회의 복잡·다양성과 이로 인한 정책문제의 복합성 등으로 인해 협동연구가 더욱 중요해지고 있으므로 협동연구에 대한 연구윤리 확보는 기본과제 및 일반과제에 못지 않게 중요하기 때문임. 
참여연구기관에 대해 관리나 감독의 의무와 책임을 져야 하는 곳은 어디지
주관연구기관