배출권의 할당은 유상 또는 무상으로 하되, 무상으로 할당하는 배출권의 비율은 국내 산업의 국제경쟁력에 미치는 영향, 국제적 동향, 국민경제에 미치는 영향 및 직전 계획기간에 대한 평가 등을 고려하여 정한다(거래법 제12조 제3항). 1차 계획기간에는 할당대상업체별로 할당되는 배출권의 전부를, 2차 계획기간에는 100분의 97을 무상으로 할당한다. 3차 계획기간 이후의 무상할당비율은 100분의 90 이내의 범위에서 이전 계획기간의 평가 및 관련 국제 동향 등을 고려하여 할당계획에서 정한다(같은 법 시행령 제13조 제1항, 제2항, 제3항). 환경부장관은 관계 중앙행정기관의 장과의 협의와 할당결정심의위원회의 심의 조정을 거쳐 할당대상업체별 할당량을 결정한다(거래법 시행령 제16조 제7항). 
거래법 시행령에 따라 환경부 장관은 어디의 심의 조정을 거쳐 업체별 할당량을 결정해
할당결정심의위원회