민주주의로의 전환 이후 인도네시아 정국은 한동안 혼란을 겪기도 하였다. 수하르토 체제 붕괴 이후 1998년 5월에 집권한 하비비 대통령은 기존의 다른 대통령들과 달리, 1945년 헌법에서 주권을 전적으로 행사하는 최고권력기구로 설정된 인도네시아 국민협의회(MPR-RI: Majelis Permusyawaratan Rakyat Republik Indonesia)를 거치지 않고 지명되었다. 이에 따라 다수의 정치인과 대중에게 정통성이 낮은 지도자로 인식되었다. 무엇보다 그는 수하르토와 같은 정권의 인물이었기에 국민들에게는 부패세력이 연속적으로 집권하는 것으로 여겨져 대중의 지지를 확보하기 어려웠다. 이후 1999년 총선을 통하여 와히드 정부가 구성되었으나, 와히드 대통령은 자금횡령 혐의, 국정 운영 미숙 등의 이유로 MPR에서 탄핵되었다. MPR은 와히드 대통령에 대한 탄핵을 결의한 동시에 메가와티에 지지를 보내어 메가와티가 2001년에 대통령직을 승계하면서 인도네시아의 민주화 체제는 혼란기를 겪었다. 
수하르토 체제 이전 누가 정권을 잡았어
하비비 대통령