신 재생에너지 의무발전비율할당제도는 에너지정책이고 배출권거래제는 환경정책으로 그 목적을 달리하나 연계하여 시행하면 신 재생에너지 전력을 확대 보급하는 데 기여할 수 있다. 연계하여 시행하는 방안으로는 첫째, 공급인증서 거래시장과 배출권 거래시장을 연계하여 운영하는 방안과 둘째, 신 재생에너지 공급의무자에게 배출권을 할당하거나 신 재생전력의 수요 또는 공급이 증가함에 따라 총배출량이나 할당량을 하향조정하는 방안이 있다. 공급인증서 거래시장과 배출권 거래시장을 연계하는 방안은 이중으로 크레딧을 제공하는 문제점이 있고 인증서가 배출권으로 전환되어 배출권 가격에 대한 불확실성이 증가되며 신 재생에너지의 높은 비용단가와 낮은 배출권 가격이 예상되는 상황에서 배출권의 인증서로의 전환은 신 재생에너지 의무발전비율할당제도가 추구하는 신 재생에너지의 보급 확대를 저해할 우려가 있다. 
무슨 제도와 의무발전비율할당제를 합쳐 시행하면 신 재생에너지 전력 보급을 늘릴 수 있을까
배출권거래제