하지만 중국이 2006년 9월 변강사지연구중심의 인터넷 홈페이지에 19개에 달하는 연구주제의 요약문들을 공개하면서 한중 사이에 동북공정 이슈가 다시금 부상하였다. 중국은 2006년 10월 베이징에서 개최된 한중 정상회담에서 ‘동북공정’ 문제를 학술적으로 해결키로 합의한 2004년의 결정을 준수하기로 다시 확인하였다. 그럼에도 불구하고 2007년 1월 또다시 동북공정의 107개 연구 과제 중 56개가 한국과 관련된 부분임이 알려졌다. 이로 인해 한중 간 ‘동북공정’에 대한 논쟁은 지속되었다. 결국 2007년 4월 노무현 대통령과 원자바오(溫家寶) 총리가 ‘동북공정’을 포함한 고대사 문제가 한중관계 발전에 걸림돌이 되지 않도록 노력하기고 합의하며 일단은 이 문제를 수면 아래로 가라앉힌 상태이다. 이러한 상황에서 최근 대북제재와 한국 내 THAAD 배치 결정으로 한중관계가 급격히 냉각되었다. 이어 미중관계도 트럼프 행정부의 등장을 앞두고 불안정성이 높아지고 있다. 반면 중국은 최근 대외정책 실행 과정에서 어려운 시기를 지내오고 있다. 
2006년 한중 정상회담이 개최된 곳은 어디야
베이징