셋째, 본 연구에서 분석하고 있는 원천기술개발사업인 글로벌프론티어사업(장기대형과제), 미래유망융합기술파이오니아사업(상향식 중기중형과제), 나노소재기술개발사업(하향식 중기중형과제)을 비교 분석한 결과, 사업들의 규모를 고려하지 않은 획일적인 평가절차(단계)를 통한 평가가 이루어 지고 있다는 점이 나타났다. 또한 글로벌프론티어사업과 같은 장기대형과제의 경우 연구단 형태로 운영되는 하나의 연구소와 같은 규모 및 특징을 갖기 때문에 자체평가에 대한 명확한 지침이나 평가기준을 명확하게 할 필요성이 제기되었다. 또한 세 가지 사업 모두 특허가 중요한 성과평가지표로 활용되고 있지만 단순히 특허출원 수만 평가해서는 안 되며 특허의 질에 대한 평가가 이루어져야 한다는 필요성이 있다. 연차평가와 관련해서는 글로벌프론티어사업과 미래유망융합기술파이오니아사업은 연차평가 시 평가방식이 컨설팅 접근방법으로 되어 있지만 나노소재기술개발사업은 연차평가가 2차년도의 경우 온라인방식으로 되어 있는 것으로 나타났다. 
중요한 실적평가지표로 세 가지 사업에서 활용되고 있는 것은 무엇이니
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