독립세로 과세체계를 개편하는 과정에서 중요한 쟁점의 하나가 지방소득세 세율적용 방식을 초과누진세율로 할 것인지 단일비례세율로 할 것인지에 대한 결정 여부였다. 누진세율 방식이란 소득세 법인세의 표준세율과 같이 소득 수준에 따라 그 세율 정도를 달리하여 적용하는 것이다. 이는 현행 조세 전반의 과세체계의 개편을 최소화하고, 소득의 재분배 효과를 지방소득세에도 그대로 적용하는 장점이 있으므로, 이러한 국세의 표준세율 체계를 지방소득세 표준세율에도 그대로 적용하자는 것으로 이는 황영철 의원 발의안의 입장이었다. 반면, 비례세율 방식은 대부분의 지방세 세목의 적용 세율방식과 같이 표준세율을 소득 수준에 관계없이 동일한 비례세율을 적용하는 것이다. 이는 지역 간 소득 수준의 차에 따른 세입의 차를 완화하고, 세율체계를 단순화한다는 장점이 있으므로 국세의 세율체계가 달리해야 할 필요가 있다는 것으로 이는 백재현 의원 발의안의 입장이었다. 다만, 단일비례세율을 택할 경우에 기존의 세율체계와 달라지는 부분에 대해 세 부담 역진성 방지 등 납세자의 세 부담에는 영향이 없도록 하기 위해서는 반드시 소득세, 법인세의 세율과 그에 따른 세액공제 감면도 함께 조정이 이루어져야 한다. 
소득 수준에 따라 세율 정도를 달리하여 적용하는 것은 어떤 방식이니
누진세율 방식