우리나라와 일본의 국가운영체제의 가장 특징적인 차이점은 우리나라는 대통령제이고 일본은 의원내각제라는 점일 것이다. 우리나라는 대통령이 국가원수이면서 행정부 수반이나, 일본은 국가원수는 일왕이고 행정부수반은 총리이다. 다만, 일왕은 거의 실권이 없기 때문에 상징적 의미로서 국가원수라고 하겠다. 다음으로 우리나라는 입법부와 행정부 관계가 비교적 권력분립 성격이 강하다고 하겠는데, 일본의 입법부와 행정부 관계는 상대적으로 권력융합적 성격이 강하다고 볼 수 있다. 한편, 이러한 일본의 입법부와 행정부 관계의 권력융합성은 제도적 요인뿐만 아니라 자유민주당의 장기집권도 영향을 주고 있다고 하겠다. 행정부 내에서만 본다면 우리나라는 대통령이 강한 영향력을 갖고 행정각부에 대한 통제력을 갖고 있는데, 일본의 행정각부는 총리로부터 다소 분권적인 권한을 갖고 있었다. 다만, 2000년대 이후로 총리와 내각기능을 강화해 오고 있다는 점은 눈여겨 볼 만 하다. 내각과 총리의 보좌기관은 내각관방과 내각부로 이원화되어 있다. 이들 기관은 기능이 중복되고 비대화되고 있다는 지적을 받았다. 이에 따라 내각관방은 내각의 종합전략기능에 중점을 두는 반면, 내각부는 범정부적 정책을 기획하고 입안하며 부처간 종합조정을 주로 담당하는 방향으로 정리되고 있다. 
일본과 한국이 제일 유사한 구조를 가지고 있는 것이 무엇일까
국가운영체제