협업이 원활하기 이루어지기 위해서는 조직구조 차원에서의 뒷받침은 필수적이다. 그래서 많은 선행연구들은 협업을 위한 조직 구조의 변화를 중시하고 있는데, 업무시스템 재설계나 새로운 협업조직의 설치 등이다. 업무시스템 재설계 없이 협업수행하는 경우 중복업무 및 가외적 업무가 발생하여 협업기관 간 갈등 발생할 소지가 농후하다. 이에 우리 정부는 ｢행정효율과 협업촉진에 관한 규정｣은 기관별로 협업책임관을 지정해 해당 기관의 협업행정업무 발굴, 협업 촉진을 위한 행정업무 절차 및 관련제도 정비, 타 기관과의 행정정보시스템 연계, 타 행정기관과의 협의 및 조정 역할을 부여하고 있다. 그러나 전문가 집담회에서 나타난 전문가들의 견해는 대체로 협업을 위한 조직 구조 차원의 변화가 소극적이라는 것을 보여주고 있다. 협업을 위한 업무시스템 재설계나 협업조직의 설치가 실제적으로 잘 이루어지지 않고 있다고 보는 견해가 대다수였다. 이에 대한 전문가의 응답 평균은 각각 2.18점과 2.17점으로서 다른 질문 항목들에 대하여 상대적으로 매우 낮은 응답 평균을 보였다. 
실질적으로 잘 수행되지 않는 것은 무엇을 위해 업무시스템을 재설계할 때야
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