그러나 민주화 이후 본격적으로 부패문제가 정치적, 사회적 이슈로 부상하면서 메가와티 정부는(2001~04) 2003년에 부패방지위원회(KPK: Komisi Pemberantasan Korupsi)를 신설하였다. KPK는 예금과 세금 기록 조사 권한, 체포 권한, 기소 권한 등을 보유하고서, 부패가 의심되는 국가의 주요 재정적 손실에 대한 조사와 검사를 진행하였다. 이 과정에서 주요 고위 정치인, 국가의 유명 기업인 등 민주화 이전에는 접근이 불가능했던 인사들에 대한 조사가 이루어졌다. 예를 들어 중앙은행의 전임총재이자 2004년 취임한 유도요노 대통령의 장인인 아울리아 포한(Aulia Tantowi Pohan)이 인도네시아은행 개발재단의 자금을 유용한 혐의로 조사받아 2009년 4년 반의 징역형을 선고받았으며, 민주당(Democratic Party)의 의장이었던 아나스 우르바닝룸(Anas Urbaningrum)은 스포츠센터 조성과 관련된 뇌물 수수 혐의로 조사받기도 하였다(McGloin 2013).
민주화 이후 2003년에 어디에서 부패방지위원회를 새로 세웠어
메가와티 정부