고비처 설치에 대한 반대 논거들은 주로 찬성 논거들의 문제점을 지적하거나 고비처 설치의 부작용을 강조하는 것들이다. 이러한 반대 논거들은 다음과 같이 정리 될 수 있다. 첫째, 검찰수사의 객관성과 공정성 내지 정치적 중립성을 확보하기 위하여 고비처를 설치하는 것은 적절한 방안이 아니며, 오히려 검찰제도의 운영을 개선하는 방안으로 문제를 해결해야 하며, 검찰심사회제도 등을 도입하여 공소제기의 객관성을 담보하는 것이 더 합리적인 대안이라고 주장한다. 이러한 주장은 일응 타당성이 있으나, 지난 20년 동안의 검찰개혁이 성과를 보이지 못하고, 검찰의 정치적 중립성 문제가 답보상태를 보임에 따라 그 설득력을 잃게되었다. 고비처 설치 주장이 시간이 경과할수록 약화되지 않고 오히려 더욱 강력해지고 있는 이유이다.
무엇을 설치하자는 주장이 점점 더 강해지고 있을까
고비처