둘째, 원천연구개발사업의 목표는 원천기술의 실용화에 있으므로 연구주체들의 특성을 감안하여 추진하고, 이를 평가에도 반영해야 한다는 것이다. 왜냐하면 대학이 연구단을 꾸리거나 대학교수가 연구 과제를 수행하는 경우 성과의 초점이 주로 논문에 맞추어질 가능성이 크고 특허나 기술사업화에 대한 마인드가 부족할 수 있기 때문이다. 예를 들어 글로벌프론티어사업의 경우 총 10개 연구단 중 6개가 대학 이 운영하는 연구단이다. 따라서 대학이 운영하는 연구단이나 대학교수가 연구 과제를 수행하는 경우에는 특허나 기술사업화를 촉진시키는 평가가 필요하고, 성과활용을 위한 후속 연구 등 추가적인 대책이 요청된다. 셋째, 평가사업과 성과활용 확산사업이 분리되어 추진되고 있다. 현재 기초원천연구기획심사평가사업에 연간 175억 원, 그리고 기초연구성과활용지원사업에 연간 179억 원이 각각 책정되어 있다. 사업내용을 보면 양 사업 간 연계성이 전혀 없이 추진되는 것은 아니지만, 이를 보다 강화시킬 필요가 있다. 예를 들어 한국연구재단 내에 연구성과실용화진흥원이 별도로 설치되어 있으므로 이러한 기관들을 평가과정에 참여시키면 성과활용 제고에 도움이 될 것이다. 
연구주체의 특성을 참고해서 추진하여 근원이 되는기술의 실용화가 목표인 사업은 뭐니
원천연구개발사업