이처럼 실생활에서 피부로 느낄 수 있는 언론 보도부터 각종 학술 연구와 정부의 정책 개발에 이르기까지 널리 활용 가능한 공공재로써 마이크로데이터는 매우 중요한 가치를 가지고 있으나, 이를 조사 내용 그대로 모두 공표하는 것은 위험할 수 있다. 조사에 응답한 개별 응답자들이 식별되어 원하지 않는 개인정보 유출의 위험이 조금이라도 있을 경우 문제가 될 수 있기 때문이다. 가상의 예를 들어, 제주도에 사는 50대 여성 군인이 지역·연령·성별·직업이라는 응답자 특성에서 전국에서 유일하면서 자산·부채·소득에 대하여 조사에 성실히 응답했는데, 그 이웃이 공표된 마이크로데이터에서 이 응답자를 찾아낼 수 있다면 개인정보 유출이 일어날 수도 있기 때문이다. 개인의 사생활이 중시되고 국가통계 작성을 위한 각종 조사의 응답률이 나날이 떨어지고 있는 환경 속에서, 마이크로데이터에 적절한 비밀보호 조치를 취하는 것은 개인 사생활의 보호일 뿐만 아니라 조사에 참여하는 응답자의 응답을 장려하는 가장 기본적인 작업이기도 하다. 
어떤 자료가 정부의 정책을 수립할 때 활용이 가능하니
마이크로데이터