산학협력선도대학육성(LINC) 사업의 문제 및 과제를 살펴보면 다음과 같다. 첫째, 정부에 대한 재정지원 의존과 획일적인 프로그램 운영이다. 우선 산학협력이 정부지원에 의존하는 경향이 강한 측면이 있는데 대학별 특성화된 산학협력 선도 프로그램 개발을 위한 차별화된 사업 운영을 위해서는 대학, 지역사회, 기업의 적극적이고 독자적인 참여 유도가 필요한 것이다. 둘째, 지역 여건 및 특수성 등을 감안한 평가·선정 확립의 필요성이다. 즉 지역산업과 경제 발전, 지역과 대학과의 관계 등을 종합적으로 판단하여 지역별 특성을 감안한 평가와 선정이 선제되어야 할 것이다. 산학협력 선도대학 육성 사업의 철학과 취지를 살리기 위해서는 정부의 지역산업과 대학의 관계에 대한 보다 상세한 이해와 특수성에 대한 고려가 필요한 실정임을 살펴보아야 한다. 
어떤 사업이 정부의 지역산업과 지자체의 관계에 대해 상세한 이해가 요구돼
산학협력 선도대학 육성 사업