이러한 긍정적 측면 이외에 2005년 참여정부가 기초지방의원의 선거에 정당공천을 허용함으로써 오히려 지방자치의 발전에 부정적인 영향을 미쳤다는 비판이 현재에도 제기되고 있다(김순은, 2014). 당시에는 기초지방의원 선거에 중선거구제를 도입하고 정당공당을 허용하여 특정지역에서도 여･야간에 의석배분이 가능케 하려는 의도로 진행되었다. 중선거구제도의 도입으로 의석배분의 다양화는 이루어졌으나(김순은, 2010b) 정당공천으로 지방자치의 자율성이 훼손되어 정당공천제의 폐지가 강력하게 제기되고 있는 것이다. 참여정부에서는 정부혁신지방분권위원회가 지방분권에 관한 종합적 계획을 수립하고 실행하는 컨트롤타워로서의 역할을 수행하면서 중앙행정권한의 지방이양은 국민의 정부가 설치된 지방이양추진위원회가 계속적으로 담당하였다. 지방이양추진위원회는 2003년부터 2007년까지 지방으로 이양할 사무로 902건을 확정하였으며 987건의 사무를 지방으로 이양을 완료하였다. 
정당공천을 어디에 허용해서 지방자치의 발전에 악영향을 줬어
기초지방의원의 선거