통일준비위원회의 책무와 통일정책의 효율성도 논쟁적인 주요 의제이다. 통일준비위원회 설치 이전에도 헌법기구로서 민주평화통일자문회의가 있고 통일정책을 주관하는 행정부서인 통일부가 있었기 때문에 또 다시 대통령 직속의 위원회를 구성하는 것이 옥상옥을 만드는 것이라는 비판이 제기되었다. 통일준비를 대통령이 직접 주도해야하는 의제로 인식하고 설정함으로써, 민주평화통일자문회의와 통일부가 이미 주도적으로 하던 업무들이 통일준비위원회의 활동에 따라 제약을 받는 정부의 비효율성이 나타날 수밖에 없었다. 통일준비위원회가 누구에게 책무가 있는가라는 것도 문제로 제기되었다. 통일준비위원회의 위원장이 대통령이기 때문에 통일준비위원회의 책무는 주권자인 국민에게 있으며 국민의 권익을 보호하는 것을 최우선적으로 고려해야한다. 특히 통일준비위원회가 국민에게 책무가 있다면 통일준비위원회의 사업 진행 및 성과, 재정의 투명성을 높일 수 있어야 했다. 2014년 사업에 대한 국회의 감사를 거쳐 이러한 부분들이 상당부분 개선되었지만, 여전히 통일준비위원회가 국민들에게 책무를 가지고 있었다기보다 대통령의 리더십에 따라 많은 영향을 받았다.
통일준비를 위해 통일준비위원회보다 먼저 설치된 헌법기구는 뭐니
민주평화통일자문회의