셋째, 사업의 본질과 성격에 대한 이해 부족 문제이다. BK21 Plus는 대학원 지원 프로그램으로, 연구진흥 분야와 교육기반 확충 분야로 구분할 수 있다. 특히 연구 역량 발전을 위한 연구진흥 프로그램의 경우 우수한 대학에 집중적 지원이 이뤄지는 것이 적합하지만, 미래기반창의인재양성형의 경우 교육기반 확충 프로그램에 속하는 사업이므로, 학문 후속 세대 양성을 위한 대학원 교육 지원의 목적과 규모에 맞게 균형 있는 지원이 필요하다. 이와 관련한 BK21 Plus 사업의 후속 과제는 다음과 같이 제시할 수 있다. 첫째, 대학의 특성 및 계열, 구조개혁의 특성을 반영한 평가를 실시하는 것이다. 다시 말해, 대학의 특성, 계열, 구조개혁 평가의 특수성 등을 전반적으로 고려하여 대학 간 편차를 예상한 지표와 선정 기준을 마련할 필요 있다. 둘째, 평가의 과정과 결과 공개를 통한 공정성 및 투명성 확보가 선제되어야 한다. 이를 위해서는 평가 결과가 저조한 대학들이 차후 자구적 개선 노력의 기준으로 삼을 수 있도록 평가의 과정과 결과를 공개하는 것이 필요하며, 정부 정책에 대한 신뢰와 동조, 상호협력을 구축하기 위해 관 중심적이고 일방적인 결과통보가 아니라 결과에 대한 상호 공유와 이해 및 개선을 위한 통로를 마련해야 하는 것이다. 
대학원 지원 프로그램으로 연구진흥 분야와 교육기반 확충 분야로 구분되는 것이 뭐야
BK21 Plus