그 자세한 내용은 알 수 없지만 사토(1999)의 지적을 참고로 하여 직능자격제도의 문제점을 꼽는다면 다음과 같다. 첫째, 직능자격제도라는 호칭도 실제로는 일본경영자단체연맹(1969)의 정의에서 말하는 능력적 자격 제도였다는 것이다. 일본경영자단체연맹(1969)에 따르면 능력적 자격 제도란 직무 분류 기반의 직능적 자격 제도와는 달리 사원 3급, 2급, 주사, 참사 식으로 하나의 단위로 환산하여 서열화하는 것이라 한다. 한편 직무 분류 기반의 직능적인 자격 제도는 ① 직능 계열에 따라 상하 수직적 관계로 실시한 자격 제도 혹은 ② 직무 수행 능력의 질적인 면에 착안하여 관리 전문직, 감독 숙련직, 일반직 이라는 상하 수직적 관계로 실시한 자격 제도를 말한다. 이런 점에서 위와 같은 직무 조사를 거치지 않은 제도는 일본경영자단체연맹의 능력적 자격 제도를 말하는 것으로 추정된다. 
어디의 정의에서 말하는 능력적 자격 제도가 직능자격제도라는 명칭이었을까
일본경영자단체연맹