국조실 차원의 협업과제의 평가에서 문제가 되는 것 중에 하나는 협업 과제의 평가 이후 성과가 공정하게 배분되지 않는 경향이 있다는 점이다. 이것은 일부 기관의 이해관계에 의하여 의도적으로 그렇게 될 수도 있지만, 많은 경우, 협업의 특성상 주도기관이 주도하여 성과를 내고 결과를 보고하기 때문에 의도하지 않는다 하더라도 성과 결과에 대해 스포트라이트를 받게 된다. 따라서 국무총리실 정부업무평가에 협업 과제를 반영할 때 협력부처에 대해서도 충분한 인센티브가 제공될 수 있도록 하여야 한다. 협업에 대한 우수사례를 발표할 때에서 협조기관을 더 의도적으로 부각시켜 줄 필요가 있을 것이다. 다음으로는 부처 수준에서 자체평가제도 및 부처 성과관리시스템에 협업과제를 명백히 고려하여야 한다. 현재 부처 성과관리시스템이나 자체평가 시스템은 완전히 통일된 형태를 가지고 있지 않다. 그래서 일률적으로 성과평가 연계 방안을 제시하기는 어렵다. 다만, 부처 성과관리시스템에 협업과제 수행에 대한 평가를 반영하는 방안을 다음과 같이 생각해 볼 수 있다. 
완전하게 자체 평가 시스템이 통일된 형태를 가지고 있지 않아 제안하기 어려운 것은 뭐니
성과평가 연계 방안