1990년 약사회와 교육부가 약학대학의 학제를 6년으로 연장할 것으로 건의한 이후 2000년까지 각 관련분야의 갈등과 조정과정이 진행되었다. 보건복지부는 1996년 11월, 약학대학 수업연장을 위한 교육법 시행령 개정을 요청했지만, 교육부와 한의계의 반대로 개정을 보류하였다. 2000년에는 의약분업이 실시되면서 2004년 보건복지부의 약학대학 6년제 추진방침 발표 및 개정요청이 진행되었고 교육부는 2004~2005년 동안 약학대학 학제개편 정책연구를 실시하여 학제 개편의 근거와 방향을 마련하였다. 2005년 8월에는 약학대학 2+4년제 학제 개편이 도입되었고 이에 따른 고등교육법 시행령을 개정하였다. 2+4년제 학제 개편의 이유는 국민보건 증진, 폭넓은 교양․전문지식 겸비 전문인력 양성, 학생선택권 강화 등이었다. 약학대학 학제 개편에 따라 2009~2010년에는 약학대학 신입생 모집을 중지하였고 2011년 2+4년제 시행 후, 3학년의 첫 편입학이 진행되었다. 이 시기에 연세대학교 등 11개 약학대학이 신설 및 입학정원을 증원하였다. 하지만 이후로 도 2+4년제에 따른 편입생들의 사교육비 증가, 사회적인 논의 부족 등의 이유로 학제 재개편에 대한 지속적인 관심과 연구가 진행되어 왔다. 
약학대학 수업연장을 위한 교육법 시행령 개정을 요청한 정부기관은 어디야
보건복지부