항목별 및 영역별 등급 산출 방식은 지표별로 점수를 산출하되 항목별 합산점수의 급간에 따라 항목별 등급을 산출하고, 항목별 등급에 따라 영역별 등급을 산출한 후 영역별 등급의 조합 방식에 따라 최종 등급을 산출하는 방식이다. 반면, 영역별 등급에 따른 최종 등급 산출 방식은 대학의 질을 가늠할 수 있도록 영역별로 등급을 설정해야 하고 그 논리에 맞는 조합별로 최종 등급을 부여하는 등 평가 논리가 분명해야 한다. 한편, 대학 운영 성과는 좋으나 교육 여건(인프라)이 취약한 대학이 좋은 등급을 받는 것은 방지해야 한다. 왜냐하면 그와 같은 경우에는 대학이 갖추어야 할 기본 요건을 갖추었다고 보기 어려우며 따라서 운영 성과가 좋은 것은 대학의 성과가 아니라 학생 성과일 가능성이 높기 때문이다. 따라서 그와 같은 경우를 방지하기 위해서는 항목별, 영역별 등급을 산출하고 그에 따라 최종 등급을 산출하여 최종 등급이 높은 경우에 영역별 등급도 일정 수준 이상으로 되도록 설계하여, 대학 발전 계획, 교육 여건, 교육과정 운영, 대학 운영 성과, 특성화 영역에서 그 수준을 평가받고 그에 따라 대학구조개혁을 추후에 진행하는 것이 타당하다. 
운영 성과는 나쁘지만 교육 여건이 부족한 대학원의 경우 누구의 성과일 가능성이 높아
학생