1) 국가인권위에 두어야 한다는 견해는, 북한인권기록보존소는 북한인권 실태를 조사, 연구하고 이를 정리하는 곳으로서 이는 국가인권위의 고유 기능 중 하나라는 점, 법무부는 행정부처로서 북한으로부터 내정간섭 논란거리를 제공할 수 있어서 부적절하다는 점, 인권기록은 비단 형법의 문제가 아니라 국제인권규범에 반하는 반인도적 범죄를 기록하는 것이라는 점 등을 논거로 들고 있다. 이에 대해서는 국가인권위원회의 결정은 권고적 기능에 그친다는 한계가 있고, 향후 소추를 고려한다면 인권침해 대한 최초의 기록방식도 소추를 염두에 두고 정리되어야 할 것인데, 국가인권위는 아무래도 소추를 유념한 기록, 수집에는 한계가 있다는 반론이 제기되고 있다. 2) 통일부 또는 북한인권재단에 두어야 한다는 견해는, 통일부는 통일 전담 행정부처로서 통일에 관련된 가장 전문화된 부처이고, 북한으로부터 내정간섭 등의 비판을 가장 적게 받을 수 있는 곳이 민간재단임을 감안하면 북한인권재단을 민간재단으로 설립하고 이를 통일부 산하에 둠으로써 업무를 가장 효율적으로 처리할 수 있다고 주장한다. 이에 대하여 통일부는 교류협력 및 대북창구 역할을 하고 있는데, 교류협력의 주체가 북한인권침해사안을 기록하는 역할까지 담당하는 것은 부적절하다는 지적이 있다. 
북한 주민의 기본권에 대한 상황을 어디에서 조사 및 연구하고 정리해
북한인권기록보존소