과세자료 보유기관과 시스템 연계는 크게 3개 과정으로 나누어 순차적으로 진행되었다. 첫째는 “연계협의”과정으로 보유기관의 업무 담당부서와 전산연계 동의 여부에 대한 협의를 추진하였고, 둘째는 “기술협의”과정으로 업무 담당부서가 연계에 동의하면 전산시스템을 관리하는 부서나 전산시스템의 유지 보수를 담당하는 사업자와 전산 연계에 따른 전반적인 논의를 진행하였으며, 셋째는 “프로그램 개발” 과정으로 기술협의 과정에서 협의된 사항에 따라 전산연계를 위한 행정적인 절차를 수행하고, 연계에 필요한 프로그램을 개발하고 연계하기로 한 과세자료의 송 수신을 테스트하고 문제가 발생할 경우 이를 보완하여 연계를 마무리하는 과정으로 진행되었다. 과세자료 보유기관과 전산연계를 추진하는 과정에서 보유기관이 민간기관이기 때문에 행정망을 이용할 수 없거나 과세자료를 전산시스템으로 관리하고 있지 않아 전산연계가 불가능한 경우에는 엑셀 등의 파일로 자료를 제출받아 지방세정보시스템에 구축하는 방식으로 전산연계를 추진하였다. 
시스템 연계가 3개 과정으로 나누어져 차례대로 어떤 기관과 이루어졌지
과세자료 보유기관