지방교육재정 교부금에서는 시도의 전출금 협의권이 중요한 논제가 될 수 있는데, 이는 지방교육재정교부금법 제11조 4항에 규정된 시도의 전출금 협의권이 현재는 거의 무시되고 있는 것이다. 동법 11조 4항에는 '시·도의 교육행정기관의 장은 제2항 및 제3항의 규정에 의한 일반회계로부터의 전입금으로 충당되는 세출예산을 편성하는 때에는 미리 당해 지방자치단체의 장과 협의하여야 한다'고 규정하고 있다. 또한, 지방교육재정교부금법 시행령 제8조는 교육감에게 전입금으로 충당하는 세출예산안에 대해서 협의 요청의무를 부여하고 있고, 세출예산의 협의를 위하여 시도에 교육정책협의회를 둘 수 있으며, 교육정책협의회의 구성 및 운영에 관하여 필요한 사항을 시도의 조례로 정하도록 하고 있으나 현실은 지방교육재정교부금이 시도지사와 교육감의 정치적 관계에 의해 좌우되고 있으며 실질적으로 작동되지 못하고 있다.
지방교육재정교부금에 관한 조례는 실제로 작동을 못하고 시도지사와 누구의 정치관계에 좌우되니
교육감