이러한 공적인 질 보증 시스템은 각 대학의 자주성과 자율성을 바탕으로 기능해야 한다는 관점에서 ①대학으로서 필요 수준을 규정한 ‘설치기준’의 내용(인재양성 목적·목표 및 이에 따른 체계적인 교육과정, 인적·조직적 체제, 물적 환경 등) 충족 확인, ②대학 내부의 질 보증 체제(적절한 입학단계·수료단계의 관리, 교원의 조직적인 연수 및 연구 실시 등) 정비와 더불어 이가 적절하게 운영되고 기대한 효과를 발휘하고 있는지에 대한 확인, ③대학 내부의 질 보증 체제 실시 상황에 관한 적절한 자기점검·평가가 이루어지고 이에 따라 자율적인 개선 활동을 꾀하고 있는지에 대한 확인의 3가지를 기본으로 하고 있다(中央教育審議会, 2012b). 특히 2011년부터 인증평가 2주기가 시작되는 시점에서 인증평가기관과 인증평가를 받는 대학 쌍방이 대학평가기준을 이해하고 인증평가에 임할 수 있도록 설치기준과의 관계를 바탕으로 대학인증평가기준의 취지와 판단 항목 등을 구체화하였다(中央教育審議会, 2013b). 
공적인 질 보증 시스템은 무엇을 바탕으로 3가지를 확인하니
자주성과 자율성