미션의 재정의를 통해 명확해진 특색을 더욱 신장시키기 위해 구조개혁을 추진하는 대학에 대해 문부과학성이 중점적으로 예산을 지원하기로 하였다. 동시에 이러한 개혁을 총장이 학내에서 확실하게 추진할 수 있도록 국립대학에 한정하지 않고 국공사립 모든 대학의 공통 테마로 검토하여, 중앙교육심의회 대학분과회가 2014년 2월 12일 ‘대학 거버넌스 개혁의 추진에 대해(심의 정리)’로 발표하였다(中央教育審議会大学分科会, 2014a). 대학 거버넌스 개혁은 어디까지나 대학이 자율적으로 추진하는 것으로 총장의 리더십 아래 대학 스스로 거버넌스 개혁을 추진할 필요가 있다고 강조하였다. 국립대학은 법인화 이후 10년을 맞이하지만 종래의 내부 규칙 등이 그대로 계승되고 있지는 않은지, 본부와 부국도 총점검과 개선을 해야 하며, 사립대학도 자주적이고 자율적인 개혁을 추진해야 한다는 것을 강조하였다. 특히 누가, 혹은 어떤 조직, 어떤 회의체가 결정에 책임을 지는지를 확인하고 권한의 중복을 배제하고 심의 프로세스를 간소화하고 총장까지의 의사결정 과정을 확립할 뿐 아니라 교육, 연구, 사회공헌 기능을 최대화하기 위해 총장이 학내 자원배분을 최적화해야 한다는 점을 요구하였다. 
교육 역할을 극대화하기 위해 총장이 무엇을 개선 할 것을 대학거버넌스 개혁이 지시하니
학내 자원배분