동 법률은 출자 출연기관의 관리에 있어 일반법적인 지위를 갖는다. 다만, 다른 법률에서 특별한 규정이 있는 경우 그에 따를 수 있도록 하여, 기관별 특수성이 반영하여 관리할 수 있도록 하였다. 예를 들어, 지방의료원의 설립 및 운영에 관한 법률 에 지방의료원을 폐업할 경우 미리 보건복지부장관과 협의토록 규정하고 있으므로, 지방의료원의 폐업 또는 해산은 동 법률이 아니라 지방의료원의 설립 및 운영에 관한 법률 을 따르게 되는 것이다. 지방자치단체의 지분이 50% 미만이고 사실상 지배력이 없는 출자 기관은 상법상의 회사라고 볼 수 있으므로 자유로운 경영활동을 보장할 필요가 있다. 이에 따라 임원의 해임, 직원의 공개채용 등 경영활동에 직접적인 영향을 미칠 수 있는 일부 규정은 적용을 배제하였다. 지방자치단체장의 경영실적 평가도 지방자치단체의 지분이 25% 미만이고 사실상 지배력이 없는 출자․출연기관은 경영실적평가를 제외할 수 있도록 하였다. 또한, 다른 법률에 따라 경영실적 평가를 받는 기관은 중복 평가 방지를 위해 그 법에 따른 평가결과를 활용할 수 있게 된다. 
정부가 무엇을 할 때 외교부 장관과 협의해야 하는가
폐업