국방과학기술의 혁신과 작전 혁신을 주도해야 할 일차적 주체가 미 국방부라는 점에 대해서는 논란의 여지가 없을 것이다. 다시 말해 미 국방부가 국방과학기술의 우월성 확보를 위한 기술혁신과 이러한 기술을 군사전략 차원에서 활용하는 작전의 혁신을 주도해야 한다는 것이다. 이는 3차 상쇄전략을 추진하기 위해 미 국방부 자체의 인식 변화와 조직 혁신이 필요하다는 점을 보여준다. 따라서 오바마 행정부가 3차 상쇄전략의 추진 주체인 미 국방부의 조직 혁신(organizational innovation)을 강조한 점은 당연하다고 할 것이다. 이러한 정책 기조를 배경으로 미 국방부는 세 가지 차원에서 조직 전반에 대한 개혁을 추진하였다. 그 첫째로 미 국방부는 기존에 각 군 중심으로 진행되어 온 국방과학기술 연구 개발을 통합적으로 관리함으로써 국방과학기술의 혁신을 하향식 방식으로 주도하려는 모습을 보여주었다. 2012년 설립된 전략능력실(SCO: Strategic Capabilities Office)은 이러한 혁신을 선도하는 기구라 할 수 있다. 
무엇이 국방과학기술의 혁신과 작전 혁신을 주간해야 할 주체라는 점은 논란의 여지가 없지
미 국방부