하지만 분기역을 유치하지 못한 관계 지자체의 갈등은 쉽게 가라앉지 않았다. 특히 서대전역 미경유로 인한 대전의 민심은 싸늘해졌다. 이에 당초 서울~익산 구간 18편을 우선 운행하고 향후 수요에 따라 운행편수를 확대하기로 하였으나, 코레일은 호남고속철도 KTX 운행 편수를 62회에서 82회로 20회 늘리는 대신, 이 중 18회를 서대전역을 경유하는 것으로 변경하였다. 서대전역의 경유로 18회를 운행하는 KTX는 호남고속철도 구간에 서대전~계룡 구간(일반 선로)이 추가되면서, 용산~광주송정까지의 운행시간이 1시간 33분에서 2시간 18분으로 45분 늘어나게 되었다. 이는 결국 대전의 호남고속철도 이용에 따른 불편함의 초래와 호남이 고립화되는 결과를 자초하고 말았다(디트뉴스24, 2015; 광주 뉴시스, 2015).
코레일은 호남고속철도 KTX 운행 편수를 서대전역을 몇 회 경유하게 변경하였지
18회