본 조세특례제도의 운영과 관련하여 두 가지 쟁점이 존재한다. 첫 번째 타 세제와의 복합적인 한도 설정의 실효성 존재여부이다. 이에 대한 검토는 자료의 한계로 제한적이다. 이에 대한 명확한 검토를 위해서는 소득별 주택청약종합저축가입과 공제 신청여부가 연결된 자료가 존재해야 할 뿐 아니라 타 주택관련 소득세에서 세제지원제도의 신청인원 및 신청금액자료(특히 ｢소득세법｣ 제52조 ④항과 ⑤항 관련 자료)가 존재해야 한다. 그러나 구득이 가능한 자료는 ｢재정패널｣자료와 국세청이 제공한 2017년 ｢주택마련저축 소득공제｣신청자를 기준으로 2015년까지 패널로 연결한 자료만이 존재한다. 이때 두 자료 모두 주택청약종합저축 가입현황과는 연계되지 않는다. 한편 ｢재정패널｣의 경우에는 관련소득공제 자료가 일정비율 포함되어 있으나 표본수가 적어 정량적 분석결과에는 편의가 발생할 수 있으며 국세청 자료의 경우 ｢주택마련저축 소득공제｣ 신청자를 기준한 자료이므로 타 공제제도와의 한도의 실효성 검토에는 한계가 존재한다. 그러나 한계 내에서 검토결과는 ｢재정패널｣자료와 국세청자료 모두에서 주택청약종합저축 외에 타 공제제도가 한도에 영향을 받아 공제액이 제한받는 정도는 미미한 것으로 나타났다.
표본수가 적은 무슨 자료가 정량적 분석결과에 편차가 발생할 수 있을까
재정패널