협업 수행에 있어서 기관의 이해관계가 걸려 있는 경우 갈등이 발생하기 쉽다. 즉, 헙업 수행업무가 참여 부처들의 주요 업무이거나 현재 주관부처가 없어서 주도권을 둘러싸고 경쟁을 하게 되는 경우 갈등이 많이 발생하다. 그러나 갈등을 해결할 수 있는 메커니즘은 뚜렷하지 않은 상황이다. 청와대나 국조실이 중심이 되는 경우도 있지만 국조실의 역할이 제대로 이루어지지 않는 경우도 많으며 그냥 비공식적으로 갈등이 조정되는 경우도 많다. 이는 갈등의 성격이나 특성에 따라 달라질 수 있다. 그럼에도 불구하고 갈등 조정에 많은 어려움이 겪고 있으며 특히 이해관계가 걸려있는 경우 갈등 조정을 할 수 있는 별도의 메커니즘이 필요하다. 갈등 조정은 협업의 수준과 성격에 따라 그 갈등 조정 추진체가 달라질 수 있겠으나 이해 상충과 갈등이 심각한 과제의 경우 전문가를 포함한 중립성을 확보할 수 있는 제3의 기관에 의한 갈등조정이 필요하리라고 본다. 
이해관계가 걸려 있는 협업 수행 시 무엇이 일어나기 쉽지
갈등