예산의 배정 단위와 구분에 관한 규정은 제21조이다. ｢국가재정법｣ 제21조에 따르면, 예산은 국회나 대법원, 헌법재판소, 중앙선거관리위원회 등의 독립 기관과 ｢정부조직법｣에 따라 설치된 중앙관서의 소관별로 구분하여 편성하며 일반회계와 특별회계로 구분한다. 예산 배정의 단위와 구분에 관한 조항 제21조에 의거 정부조직법에 따라 설치된 중앙관서의 소관별로 구분하여 편성하고 배분하므로 부처간 공동명의로 협업을 할 때 어느 한 부서를 통해 몰아서 예산을 줄 수 밖에 없는 구조이다. 다시 말해, 예산은 관서별로 배정하기 때문에 협업과 같이 조직의 경계를 넘어서는 영역에 대해서는 따로 예산 배정이 이루어질 수 없다. 협업조직에 대한 예산 배정이 어려운 현재의 법령에 대해서는 기존 연구들에서도 문제로 지적되고 있다(김윤권, 2014; 조세현, 2015). 
형사소송법 몇 조와 예산의 배정 단위와 구분에 관한 규정이 관련 있어
제21조