앞에서 이미 언급한 바와 같이 원천연구사업의 성과평가는 원천기술의 성공적인 개발 및 성과의 광범위한 활용을 유도하는 수단으로서의 기능을 가진다. 즉 원천연구사업의 선정평가, 연차평가, 단계평가, 최종평가, 그리고 추적평가는 연구가 진행됨에 따라서 연구의 성과 및 성과의 활용을 제고시키는 목적으로 추진된다. 이를 위해서 평가자들은 컨설팅 관점에서 연구진행을 도와주기도 하고, 특허관련 기관(예: 특허청)들에서는 특허분석을 해주거나 특허에 대한 정보를 제공한다. 그런데 본 연구에서 분석한 3개의 원천기술개발사업을 보면, 몇 가지 문제점을 발견할 수 있다. 첫째, 평가의 절차를 보면 결과 활용에 대한 평가는 최종평가 후에 이루어지는 것으로 되어 있어, 연구 성과제고와 성과활용이 분명하게 분리되어 있다. 물론 연구기간이 2-3년 정도로 짧은 경우에는 연구성과와 성과활용의 평가가 분리되어 실시되는 것은 자연스러우나, 원천기술개발사업처럼 5-10년에 걸쳐서 진행되는 중장기사업의 경우에는 중간평가 과정에서 성과활용에 대한 평가가 이루질 필요가 있다. 
중장기사업임에도 연구 성과제고와 성과활용의 평가가 분리되어 있는 것은 뭐야
원천기술개발사업