Bhagwat adalah sebuah marga Hindu Brahmin yang banyak ditemukan di Maharashtra.[2] Ia berasal dari keluarga aktivis RSS.[1] Ayahnya Madhukar Rao Bhagwat, adalah Karyavahak (sekretaris) untuk zona 'Chandrapur' dan kemudian Prant Pracharak (promoter divisional) untuk Gujarat.[1] Mohan Bhagwat adalah putra sulung dari orangtuanya dan memiliki dua adik laki-laki dan seorang saudari.
Baliau lahia di Kampuang Jao, Padangpanjang, dari apaknyo Nafis Sutan Marajo (Padang) jo mandenyo Sawiyah (Padangpanjang),[4] sabagai anak nan patamo dari limo baleh basudaro.[1] Apaknyo adolah pagawai Jawatan Kareta Api, bapangkek mandua kapalo (baso Balando: Hoofd Mandoer) bagian jalan.[5]