Secara administratif, kawasan Taman Nasional Kepulauan Seribu berada dalam wilayah Kabupaten Administrasi Kepulauan Seribu, terletak di Kecamatan Kepulauan Seribu Utara, dan mencakup tiga kelurahan yang berbeda, yaitu Kelurahan Pulau Panggang, Kelurahan Pulau Kelapa, dan Kelurahan Pulau Harapan.[2]
Mawit administratip, wawengkon Taman Nasional Kapuloan Seribu magenah ring wawidangan Kabupatén Kepulauan Seribu, magenah ring Kapulauan Seribu Utara, miwah ngajangkepin tigang kalurahan sané maliyanan, punika Kalurahan Nusa Panggang, Kalurahan Nusa Kelapa, dan Kelurahan Pulau Harapan.[2]