2006-os Intertotó-kupa
A 2006-os Intertotó-kupa volt az első alkalom, hogy a korábbi 11 csoportos, illetve 5 körös lebonyolítás helyett csak 3 fordulót rendeztek. A sorozat végén összesen tizenegy csapat indulhatott az UEFA-kupa 2006–07-es selejtezőiben. Közülük a legtovább eljutó csapat; a Newcastle United lett az Intertotó-kupa győztese.

Első forduló

|-
!colspan="5"|Déli-Mediterrán régió
|-

|-
!colspan="5"|Középkeleti régió
|-

|-
!colspan="5"|Északi régió
|-

|}

Második forduló

|-
!colspan="5"|Déli-Mediterrán régió
|-

{{TwoLegResult|Farul Constanța|ROM|3–2|Lokomotiv Plovdiv|BUL|2–1|1–1}}

|-
!colspan="5"|Középkeleti régió
|-

|-
!colspan="5"|Északi régió
|-

|}

1A Zeta a Szerbia és Montenegró-i labdarúgó-szövetség tagjaként jutott be a sorozatba a 2005/06-os szezon után, de már a Montenegrói labdarúgó-szövetség tagjaként vett részt.
2Az FK Partizan stadionjában, Belgrádban rendezték a mérkőzést, mert a Zeta otthona nem felelt meg az UEFA előírásainak
3Herzlijában rendezték a mérkőzést, mert a Makkabi Petah Tikvá stadionja felújítás alatt volt.

Harmadik forduló
A tizenegy győztes indulhatott a 2006–07-es UEFA-kupa selejtezőinek a második fordulójában.

|-
!colspan="5"|Déli-Mediterrán régió
|-

|-
!colspan="5"|Középkeleti régió
|-

|-
!colspan="5"|Északi régió
|-

|}
^A mérkőzést 2006. július 16-án rendezték.

1Az UEFA-val történt egyeztetések után 2006. június 6-án, a Palermo csapatát az Olasz labdarúgó-szövetség (FIGC) visszaléptette a sorozattól. A 2006-os olasz labdarúgóbotrány miatt még nem volt hivatalos a 2005–06 szezon végeredménye a Serie A-ban. A Palermo helyett a francia Auxerre indult a sorozatban.

h.u. – hosszabbítás után
b.u. – büntetők után
i.r.g. – idegenben rúgott góllal

Továbbjutók
Indulhattak az UEFA-kupa 2006–07-es selejtezőiben.

  Newcastle United (győztes)' (Nyolcaddöntő, az AZ ellen esett ki)  Auxerre (Csoportkör, 4. lett az A csoportban)  Grasshoppers (Csoportkör, 5. lett a C csoportban)  Odense (Csoportkör, 4. lett a D csoportban)  Olympique Marseille (Első forduló, a Mladá Boleslav ellen esett ki)  Hertha Berlin (Első forduló, az Odense ellen esett ki)  Kayserispor (Első forduló, az AZ ellen esett ki)  Ethnikósz Áhnasz (Első forduló, a Lens ellen esett ki)  Twente (Második selejtezőkör, a Levadia Tallinn ellen esett ki)  SV Ried (Második selejtezőkör, a Sion ellen esett ki)  Maribor (Második selejtezőkör, a Partizan ellen esett ki)''

Lásd még 
 2006–2007-es UEFA-bajnokok ligája
 2006–2007-es UEFA-kupa

Jegyzetek

Források 

Intertotó-kupa
intertotó