Viện Hàn lâm Khoa học Cộng hòa Séc (, viết tắt AV ČR) được thành lập năm 1992 bởi Hội đồng quốc gia Séc để kế thừa Viện hàn lâm Khoa học Tiệp Khắc cũ. Viện hàn lâm Khoa học Cộng hòa Séc là viện nghiên cứu công cộng phi đại học hàng đầu ở Cộng hòa Séc, thực hiện cả việc nghiên cứu cơ bản lẫn nghiên cứu ứng dụng chiến lược.

Hiện nay Viện quản lý một mạng lưới gồm 60 viện nghiên cứu và 5 đơn vị hỗ trợ, sử dụng tổng cộng 6.400 nhân viên, trong đó hơn một nửa là những nhà nghiên cứu tốt nghiệp đại học và những nhà khoa học có bằng tiến sĩ.

Trụ sở chính của Viện và 40 viện nghiên cứu trực thuộc nằm ở thành phố Praha, các viện còn lại nằm rải rác trên khắp đất nước.

Viện là thành viên quốc gia của Hội đồng Khoa học Quốc tế (ISC) , và của Hội đồng Quốc tế về Khoa học (ICSU) trước đây từ năm 1922.

Tổ chức
Viện có 3 ban khoa học: 
Ban toán học, vật lý và khoa học Trái Đất 
Ban hóa học và khoa học đời sống 
Ban khoa học nhân văn và khoa học xã hội.

Ban Toán học, Vật lý và Khoa học Trái Đất
1. Phân ban Toán học, Vật lý học và Khoa học Máy tính
Viện Thiên văn học 
Viện Khoa học máy tính 
Viện lý thuyết Thông tin và Tự động hóa 
Viện Toán học 
Viện Vật lý 
Viện Vật lý hạt nhân

2. Phân ban Vật lý ứng dụng 
Viện Thủy động lực học
Viện Quang tử học và Điện tử học 
Viện Vật lý vật liệu 
Viện Vật lý plasma 
 Viện dụng cụ khoa học 
Viện Cơ học lý thuyết và ứng dụng 
Viện Cơ nhiệt (Thermomechanics)

3. Phân ban Khoa học Trái Đất 
Viện Vật lý khí quyển 
Viện địa chất 
Viện Geonics  
Viện Địa vật lý 
Viện Cấu trúc đá và Cơ học

Ban Hóa học và Khoa học đời sống
4. Phân ban Hóa học
Viện Hóa học phân tích 
Viện Nguyên tắc cơ bản xử lý Hóa học 
Viện Hóa học vô cơ 
Viện Hóa học Đại phân tử
Viện Hóa học hữu cơ và Hóa Sinh học
Viện Hóa Lý J. Heyrovsky

5. Phân ban Sinh học và Y học 
Viện Sinh lý học động vật và Di truyền học 
Viện Lý Sinh học 
Viện Công nghệ sinh học
Viện Thực vật thực nghệm 
Viện Y học thực nghiệm 
Viện Vi sinh vật học 
Viện Di truyền học phân tử 
Viện Sinh lý học

6. Phân ban Sinh học – Sinh thái học
Trung tâm Sinh học
Viện Côn trùng học
Viện Thủy sinh học
Viện Ký sinh học 
Viện Sinh học phân tử thực vật 
Viện Sinh học đất 
Trung tâm nghiên cứu biến đổi khí hậu toàn cầu 
Viện Thực vật học 
Viện Sinh học động vật có xương sống

Ban Khoa học nhân văn và Khoa học xã hội
7. Phân ban Khoa học xã hội và Kinh tế học
Viện Kinh tế học 
Viện Tâm lý học 
Viện Xã hội học 
Viện Luật pháp và Nhà nước 
Thư viện của Viện hàn lâm Khoa học Cộng hòa Séc

8. Phân ban Khoa học Lịch sử 
Viện Khảo cổ Brno
Viện khảo cổ Praha
Viện Lịch sử Nghệ thuật 
Viện Lịch sử đương đại 
Viện Lịch sử
Viện Masaryk và Lưu trữ

9. Phân ban Nhân văn và Ngữ văn học
 Viện Văn học Séc 
 Viện Dân tộc học 
 Viện Triết học 
 Viện nghiên cứu ngôn ngữ Slav
 Viện ngôn ngữ Séc 
 Viện phương Đông

Các chủ tịch Viện
1.1.1993 – 25.2.1993 - George Velemínský 
25.2.1993 – 27.3.1997 - Rudolf Zahradnik
27.3.1997 – 27.3.2001 - Rudolf Zahradnik
27.3.2001 – 24.3.2005 - Helen Illnerová
24.3.2005 – 24.3.2009 - Vaclav Paces
24.3.2009 – 24.3.2013 - Jiri Drahos