Viện Hàn lâm Khoa học Estonia () được thành lập năm 1938 là viện khoa học của Estonia. Cũng như các viện hàn lâm quốc gia khác, Viện này gồm những nhà khoa học độc lập nổi tiếng có nhiệm vụ thúc đẩy việc nghiên cứu và phát triển, khuyến khích việc hợp tác khoa học quốc tế, cùng phổ biến kiến thức cho công chúng. Tới tháng 6 năm 2006, Viện có 57 viện sĩ chính thức và 15 viện sĩ nước ngoài. Hiện nay Richard Villems, nhà sinh học của Đại học Tartu làm chủ tịch viện từ tháng 11 năm 2004.

Lịch sử
Viện Hàn lâm Khoa học Estonia được thành lập năm 1938 như một hội học giả. Khi Estonia bị Liên Xô chiếm đóng, Hội này bị giải thể ngày 17.7.1940. Tháng 6 năm 1945 viện được tái lập dưới tên Viện Hàn lâm Khoa học Estonia SSR (). Trong thời Xô Viết, viện có một thư viện trung ương và 4 ban ngành gồm 15 viện nghiên cứu cũng như các nhà bảo tàng cùng các hội khoa học khác.

Tháng 4 năm 1989, ngay sau khi Estonia được độc lập, Viện lấy lại tên nguyên thủy là Viện Hàn lâm Khoa học Estonia, và được tổ chức lại như hình thức hiện nay.

Địa điểm
Viện Hàn lâm Khoa học Estonia có trụ sở ở số 6 đường Kohtu, thành phố Tallinn. Tòa nhà của viện là dinh cũ của Ungern-Sternberg, được xây dựng từ năm 1865 bởi kiến trúc sư Martin Gropius.

Tổ chức
Viện Hàn lâm Khoa học Estonia có 4 ban ngành sau:
 Vật lý học và Thiên văn học (Astronoomia ja füüsika osakond)
 Tin học và Khoa học Kỹ thuật (Informaatika ja tehnikateaduste osakond)
 Sinh học, Địa chất học và Hóa học (Bioloogia, geoloogia ja keemia osakond)
 Khoa học Xã hội và Nhân văn (Humanitaar- ja sotsiaalteaduste osakond)

Ban Vật lý học và Thiên văn học
Jaak minister (Trưởng ban)
Jaan Einasto
Ene Ergma
Arvi Freiberg
Vladimir Hizhnyakov
Georg Liidja
Endel Lippmaa
Ülo Lumiste
Tšeslav Lushchik
Eve Oja
Enn Saar
Peeter Saari
Mart Saarma
Arved-Ervin Sapar
Gennady Vainikko
Richard Villems
Các viện sĩ nước ngoài
Richard R. Ernst
Charles Gabriel Kurland
Jaan Laane
Jaak Peetre

Ban Tin học và Khoa học Kỹ thuật
Tarmo Soomere (Trưởng ban)
Olav Aarna
Hillar Aben
Jüri Engelbrecht
Ülo Jaaksoo
Lembit Krumm
Valdek Kulbach
Rein Kuttner
Ülo Lepik
Enn Lust
Enn Mellikov
Leo Mõtus
Arvo Ots
Enn Grubby
Raimund-Johannes Ubar
Tarmo Uustalu
Các viện sĩ nước ngoài 
Antero Jahkola
Gerard A. Maugin
Godfrey Michael Rodd
Grigori Mints

Ban Sinh học, Địa chất học và Hóa học
Mario Koppel (Trưởng ban)
Jaak Lake
Ain-Elmar Kaasik
Dimitri Kaljo
Mati Karelson
Hans Küüts
Agu Laisk
Flower Ülo
Udo Margna
Jüri Martin
Andres Metspalu
Erast Parmasto
Anto
Saks Valdur
Martin Zobel
Hans-route Voldemar
Raivo Uibo
Ustav Mart
Eero Hammer
Mihkel Veiderma
Các viện sĩ nước ngoài 
Carl-Olof Jacobson
Johannes Piiper
Matt Saarnisto
Helmut Schwarz
Janis Stradins

Ban Khoa học Xã hội và Nhân văn
Urmas Sparrow (Trưởng ban)
Allik
Mikhail Bronshtein
Raimund Hagelberg
Mart Kalm
Arvo Krikmann
Arno Köörna
Walter Lang
Jan Ross
Tailor Huno
Karl Siilivask
Peter TulvisteJan Undusk
Urmas Sparrow
Manager Õim
Các viện sĩ nước ngoài 
Els Oksaar
Päiviö Tommila
Endel Tulving
Henn-Jüri Uibopuu

Các chủ tịch từ năm 1946
1946-1950 Hans Mug
1950-1968 Johan Eichfeld
1968-1973 Arnold Veimer
1973-1990 Karl Rebane
1990-1994 Arno Köörna
1994-2004 Jüri Engelbrecht
2004 - Richard Villems