Tính tới thời điểm hiện nay, Japan Airlines thuộc Nhật Bản đã bay đến 103 điểm bay trên cả quốc tế và nội địa. Dưới đây là các điểm bay của hãng.

Châu Á

Đông Á
 Cộng hòa nhân dân Trung Hoa
Bắc Kinh-Sân bay quốc tế Thủ Đô Bắc Kinh
Đại Liên-Sân bay quốc tế Chu Thủy Tử Đại Liên
Quảng Châu-Sân bay quốc tế Bạch Vân Quảng Châu
Thượng Hải
Sân bay quốc tế Phố Đông-Thượng Hải
Sân bay quốc tế Hồng Kiều Thượng Hải
Thiên Tân-Sân bay quốc tế Tân Hải Thiên Tân
Hồng Kông-Sân bay quốc tế Hồng Kông

 Nhật Bản
Tỉnh Chūbu
Komatsu-Sân bay Komatsu
Nagoya-Sân bay quốc tế Chubu
Niigata-Sân bay Niigata
Tỉnh Chūgoku
Hiroshima-Sân bay Hiroshima
Izumo-Sân bay Izumo
Okayama-Sân bay Okayama
Yamaguchi-Ube-Sân bay Yamaguchi-Ube
Tỉnh Hokkaidō
Asahikawa-Sân bay Asahikawa
Hakodate-Sân bay Hakodate
Kushiro-Sân bay Kushiro
Obihiro-Sân bay Obihiro
Ōzara-Sân bay Memambetsu
Sapporo-Sân bay Chitose mới
Tỉnh Kansai
Osaka
Sân bay quốc tế Kansai
Sân bay quốc tế Osaka
Shirahama-Sân bay Nanki-Shirahama
Tỉnh Kāntō
Tokyo
Sân bay quốc tế Narita
Sân bay quốc tế Tokyo 
Tỉnh Kyūshū
Fukuoka-Sân bay Fukuoka
Kitayūshū-Sân bay Kitayushu
Amami Ōshima-Sân bay Amami
Kagoshima-Sân bay Kogoshima
Tokunoshima-Sân bay Tokunoshima
Kumamoto-Sân bay Kumamoto
Miyazaki-Sân bay Miyazaki
Nagasaki-Sân bay Nagasaki
Ōita-Sân bay Oita
Tỉnh Okinawa
Naha-Sân bay Naha
Tỉnh Tōhoku
Akita-Sân bay Akita
Aomori-Sân bay Aomori
Hanamaki-Sân bay Hanamaki
Misawa-Sân bay Misawa
Yamagata-Sân bay Yamagata
Tỉnh Shikoku
Kōchi-Sân bay Kochi
Matsuyama-Sân bay Matsuyama
Takamatsu-Sân bay Takamatsu
Tokushima-Sân bay Tokushima

 Hàn Quốc
Busan-Sân bay quốc tế Gimhae
Seoul
Sân bay quốc tế Incheon
Sân bay quốc tế Gimpo

 Đài Loan
Cao Hùng-Sân bay quốc tế Cao Hùng
Đài Bắc
Sân bay quốc tế Đào Viên Đài Loan
Sân bay Tùng Sơn Đài Bắc

Nam Á
 Ấn Độ
Delhi-Sân bay quốc tế Indira Gandhi

Đông Nam Á
 Indonesia
Jakarta-Sân bay quốc tế Soekarno-Hatta

 Malaysia
Kuala Lumpur-Sân bay quốc tế Kuala Lumpur

Manila-Sân bay quốc tế Ninoy Aquino

 Singapore
Singapore-Sân bay quốc tế Singapore Changi

 Thái Lan
Bangkok-Sân bay quốc tế Suvarnabhumi

 Việt Nam
Hà Nội-Sân bay quốc tế Nội Bài
Thành phố Hồ Chí Minh-Sân bay quốc tế Tân Sơn Nhất

Châu Âu
 Pháp
Paris-Sân bay quốc tế Charles de Gaulle

 Đức
Frankfurt-Sân bay quốc tế Frankfurt

 Liên bang Nga
Moskva-Sân bay quốc tế Domodedovo

 Vương quốc Anh
Luân Đôn-Sân bay London Heathrow

Helsinki-Sân bay Helsinki-Vantaa

Châu Mỹ
 Canada
Vancouver-Sân bay quốc tế Vancouver

Boston-Sân bay quốc tế Logan
Chicago-Sân bay quốc tế O'Hare
Honolulu-Sân bay quốc tế Honolulu
Los Angeles-Sân bay quốc tế Los Angeles
New York-Sân bay quốc tế John F. Kennedy
San Francisco-Sân bay quốc tế San Francisco
San Diego-Sân bay quốc tế San Diego

Châu Đại Dương
 Úc
Sydney-Sân bay quốc tế Kingsford Smith

Guam-Sân bay quốc tế Antonio B. Won Pat

Các điểm đến trước đây
Ngoài các điểm bay hiện tại, Japan Airlines còn có những điểm bay đã ngừng từ lâu
Châu Phi
Ai Cập: Cairo

Châu Mỹ
Canada: Toronto; Montreal
Brazil: Campinas; Rio de Janeiro; São Paulo
Mexico: Mexico City
Mỹ: Anchorage; Atlanta; Dallas/ Fort Worth; Kailua-Kona; Las Vegas; Seattle; Washington

Châu Á
Bahrain: Bahrain
Cộng hòa nhân dân Trung Hoa: Thanh Đảo; Hạ Môn; Hàng Châu
Indonesia: Denspensar/Bali
Ấn Độ: Kolkata; Mumbai
Iran: Tehrain
Nhật Bản: Fukushima; Toyama; Kobe
Kuwait: Kuwait
Liban: Beirut
Pakistan: Karachi
Ả Rập Saudi: Jeddah
Các Tiểu Vương quốc Ả Rập Thống Nhất: Abu Dhabi

Châu Âu
Đan Mạch: Copengagen
Đức: Berlin; Munich; Hamburg; Dusseldorf
Hy Lạp: Athens
Ý: Milan; Roma
Hà Lan: Amsterdam
Liên bang Nga: Khabarovsk
Tây Ban Nha: Madrid
Thụy Sĩ: Zurich

Châu Đại Dương
Fiji: Nadi
Úc: Brisbane; Cairns; Melbourne; Perth
New Zealand: Auckland; Christchurch
Quần đảo Bắc Mariana: Saipan