Depois de ganhar a Master Sword, Link é limpo da magia que o manteve em forma de lobo, obtendo o Shadow Crystal. Agora capaz de usá-lo para alternar entre as duas formas à vontade, Link é conduzido por Midna ao Espelho do Crepúsculo, localizado no interior do Deserto de Gerudo, o único portal conhecido entre o Reino Crepuscular e Hyrule. No entanto, eles descobrem que o espelho está quebrado. Os Sábios ali explicam que Zant tentou destruí-lo, mas ele só foi capaz de quebrá-lo em fragmentos; apenas o verdadeiro governante do Twili pode destruir completamente o Espelho do Crepúsculo. Eles também revelam que eles usaram um século atrás para banir Ganondorf, o líder Gerudo que tentou roubar a Triforce, para o Reino Crepuscular quando a execução dele falhou. Ajudados por um grupo de resistência subterrânea que eles encontram em Castle Town, Link e Midna partiram para recuperar os cacos do Espelho, derrotando aqueles que eles infectaram. Uma vez que o portal foi restaurado, Midna é revelado como o verdadeiro governante do Reino Crepuscular, usurpado por Zant quando ele a amaldiçoou em sua forma atual. Confrontando Zant, Link e Midna descobrem que o golpe de Zant foi possível quando ele forjou um pacto com Ganondorf, que pediu a ajuda de Zant para conquistar Hyrule. Depois de Link derrotar Zant, Midna recupera as Sombras Fundidas, mas destrói Zant depois de saber que apenas a morte de Ganondorf pode libertá-la de sua maldição. Voltando a Hyrule, Link e Midna encontram Ganondorf no Castelo de Hyrule, com um Zelda sem vida suspenso sobre sua cabeça. Ganondorf luta Link por possuir o corpo de Zelda e, eventualmente, transformando-se em uma fera, mas Link derrota ele e Midna é capaz de ressuscitar Zelda.
Com quem Zant fez um pacto?
Ganondorf