A nação quase imediatamente caiu em guerra civil que envolveu várias facções lutando entre si; essas facções eram freqüentemente distinguidas pelas lealdades dos clãs. Mais de 500.000 residentes fugiram durante este tempo por causa da perseguição, aumento da pobreza e melhores oportunidades econômicas no Ocidente ou em outras antigas repúblicas soviéticas. Emomali Rahmon chegou ao poder em 1992, derrotando o ex-primeiro-ministro Abdumalik Abdullajanov em uma eleição presidencial de novembro com 58% dos votos. As eleições ocorreram pouco depois do fim da guerra e o Tajiquistão estava em estado de completa devastação. Os mortos estimados foram mais de 100.000. Cerca de 1,2 milhão de pessoas eram refugiados dentro e fora do país. Em 1997, foi alcançado um cessar-fogo entre Rahmon e os partidos da oposição, sob a orientação de Gerd D. Merrem, Representante Especial do Secretário-Geral, um resultado amplamente elogiado como uma iniciativa bem-sucedida de manutenção da paz das Nações Unidas. O cessar-fogo garantiu que 30% dos cargos ministeriais fossem para a oposição. As eleições foram realizadas em 1999, embora tenham sido criticadas pelos partidos da oposição e observadores estrangeiros como injustas e Rahmon foi reeleito com 98% dos votos. Eleições em 2006 foram novamente vencidas por Rahmon (com 79% dos votos) e ele iniciou seu terceiro mandato. Vários partidos da oposição boicotaram as eleições de 2006 e a Organização para a Segurança e Cooperação na Europa (OSCE) criticou, embora observadores da Comunidade de Estados Independentes tenham alegado que as eleições eram legais e transparentes. A administração de Rahmon recebeu mais críticas da OSCE em outubro de 2010 por sua censura e repressão à mídia. A OSCE alegou que o governo tadjique censurou o Tajiquistão e sites estrangeiros e instituiu inspeções fiscais em gráficas independentes que levaram à cessação das atividades de impressão de vários jornais independentes.
O que o cessar-fogo garantiu?
30% dos cargos ministeriais vão para a oposição