雑務の傍ら、戦争・軍需品局はしばしば大陸軍に指令を下したが、それはほとんど現場を混乱させただけであり、大局的な戦略など望むべくもなかった。アダムズは軍隊を指揮した経験が全くなく、さらに軍に長い間、大きな権限を与えることを恐れていたので指揮系統の混乱がもたらす弊害を省みなかったのであろう。さらに、イギリス軍がボストンの次にニュー・ヨークを攻撃するというワシントンの警告を戦争・軍需品局は受け入れなかった。