組織への影響としては、電子商取引全体の形質転換、操作上の障害、セキュリティ過負荷などを含む。ソフトウェアエージェントはインターネット上で素早く検索でき、最善の申し出を識別し、その情報をまとめてエンドユーザーに提供できる。したがって、ユーザーは様々な販売業者のウェブサイトをいちいちブラウズすることなく、数秒で最も条件のよい売り手を探し当てることができる。それにより価格競争が激化し、同時に電子商取引全体が均一な価格競争市場へと変質することになる。またエージェントの実装には追加のリソースが必要であり、ネットワークの負荷を増やし、新たなセキュリティ対策の追加も必要となる。