病原体ゲノム解析研究センターの神田忠仁氏は、琉球大学以外のデータが信用できない理由として以下の2点を挙げる。この検査はごく微量のDNAを大幅に増幅して鑑別するため、他の検体からウイルスが混じって入ってくる可能性をきわめて小さくした特殊な研究設備でない限り結果が信用できない。2これまでの通常の研究方法では、複数のウイルスに同時に感染している場合、そのうちの反応の強い方だけしか検出されないという結果になるため、ウイルスの主流である16型や18型が余計にカウントされている可能性が高い。