ダウン症候群とALLを合併した小児の転帰は、一般的にダウン症候群でない小児にみられる転帰よりもいくぶん劣ると報告されている。一部の研究でダウン症候群の小児のEFSおよびOSが短いことは、ダウン症候群患者における導入療法失敗および再燃のリスクが高いことに加え、治療関連死亡率が高いことも関係していると考えられている。ダウン症候群のALL患者における白血病に対する治療転帰が劣る理由の1つは、ETV6-RUNX1または4番および10番染色体のトリソミーを伴う高二倍体(染色体数が51~65)などの予後良好な生物学的特徴の有無による可能性がある。