新政府は未だ財政的・軍事的・制度的基礎が固まっておらず、大久保・木戸らの策謀に強い憤りを抱いていた土佐藩主・山内容堂や自らを出し抜いた家臣に反感を抱いていた薩摩藩主の島津久光や長州藩主の毛利敬親らは早々に所領に引き篭もった。長州藩において1869年(明治2年)12月1日には大楽源太郎率いる奇兵隊や遊撃隊が乱を起こし、1870年(明治3年)7月26日に薩摩藩士・横山正太郎が集議院門前で抗議の切腹を行い、1871年(明治4年)には二卿事件が勃発した。このように新政府がその基盤を置いた薩長でさえも、洋式装備に統一され実戦的訓練を受けた軍隊を擁しており、成立間もない新政府にとって不気味な存在であった。ましてや静岡藩を初めとする親藩・譜代の諸藩の動静には過敏になっていた。その結果、小規模な蜂起反乱が勃発し、新政府は横井小楠・大村益次郎を早々に失い雲井龍雄処刑の責任者・広沢真臣が1871年(明治4年)に暗殺されるなど片翼飛行を始めた。