明治天皇が即位し、新政府は天皇を中心とした新しい国家体制を築くことを目指して、江戸を東京と改め、天皇が東京に行幸し、明治2年(1869年)に政府が京都から東京に移された(東京奠都)。この明治天皇の治世が明治時代と呼ばれている。明治政府の樹立に大きな役割を果たした薩長土肥四藩は新政府でも強大な権力を握った。なお、幕末には薩長と共に尊王攘夷運動を主導してきた水戸藩は「天狗党」と「諸生党」の藩内抗争で人材が失われ、明治新政府ではめぼしい人材は皆無となった。