最後はエドと和解し、ホムンクルスの野望を打ち砕くために死闘を繰り広げたホーエンハイム。しかし、その戦いは厳しく体内にある賢者の石を1人分だけ残して使い切りました。その後、最愛の妻トリシャが眠るリゼンブールに戻ったホーエンハイムは、自分の役目が終わったと感じたのか、それとも最後の力を振り絞ってそこまでたどりついたのか、トリシャの眠る墓の前で眠る様に亡くなっていました。ホーエンハイムの亡骸を見つけたピナコが「バカたれが。なんて幸せそうな顔して死んでんだい」と言っていることから、全てから解放され安らかな眠りについたのだと推測されます。