従来の直系相続による皇位継承では、男子確保という常に皇統断絶の不安がつきまとい、また逆に皇子乱立では皇位継承紛争が絶えないことになるが、院政の下では、「治天の君」が次代・次々代の天皇を指名できるため、比較的安定した皇位継承が実現でき、皇位継承に「治天の君」の意向を反映させることを可能にした。さらに、従来の外戚関係を媒介とした摂関政治と異なり、直接的な父権に基づく専制的な統治が可能とした。そして、院政を布く上皇は、自己の政務機関として院庁を設置し、院宣・院庁下文などの命令文書を発給し、非公式に近い院宣を用いて朝廷に圧力をかけ、摂関任命人事へも関与した。また、院独自の側近を太政官内に送り込み、事実上の指揮を執った。そのため、院の近臣と上皇との間に個別の主従関係ができ、それを利用する出世や権勢拡大の土壌となった。とくに、上皇独自の軍事組織として置かれた北面武士には、「源氏」の勢力ならびに「源氏」の武力を頼みとする摂関家を抑えるために、「平氏」を主とした武士勢力の登用を図ったため、逆に平氏の権力拡大を助長する結果となった。