ですがネックとしては、たびたびニュースにもなっているとおり、経営母体である市町村の予算が厳しい時期は医療職職員の給与や昇給も据え置き、あるいは減額になることがあります。自治体によっては少子高齢化が急速に進み、採算が採れず、病棟閉鎖や職員数を減らすことも余儀なくされている事例が散見されます。他の市立病院と併合することで最小限のダメージで済むこともありますが、行政機関としての側面を持っているので私立病院で見られるような一般企業の買収によって経営継続することが困難で、病院ごと閉鎖せざるを得ないケースも出ています。