前述の通り、通勤交通費の支払い義務は企業にはありません。まったく支給しない企業、過不足なく個々人の通勤代を支給する企業、全員一律な金額を配分する企業、距離に応じて傾斜をかける企業など、通勤交通費の取り扱いには企業毎に差異があります。また、支給方法についての規則も、月1回支給、半年分毎をまとめて支給、代替として定期券を配布など、多様となっています。なお、費用の算出においては「合理的な運賃等の額」を用いる必要があります。これは費用、時間、距離等が最も経済的で合理的とされる普通の通勤方法を指します。従って、例えば新幹線での通勤の場合には特別急行料金は含まれますが、グリーン車料金は含まれません。