軍事上の改革では民部省大輔兼軍務官副知事の大村益次郎(長州藩士)が「農民を募り親兵」とする国民皆兵による政府軍を作る計画を進め、1873年(明治6年)1月10日、陸軍卿山県有朋を中心に徴兵令を公布し身分に関わり無く満20歳以上の男子に兵役の義務を課した(戸主は徴兵を免除され、主として戸主以外の次三男層や貧農層の子弟が兵役を担ったため、血税一揆が起きた)。軍隊に直接入らない者も、17歳から40歳までの男はことごとく兵籍を与えられ戦争があるときは呼び出されることとなった。この原則が1873年から1945年の敗戦まで72年間、日本の男の生活を支配した。治安面では1874年(明治7年)東京に警視庁を置いた。華族・士族は廃藩置県後も政府から家禄を支給されていたが、1876年(明治9年)金禄公債を支給してそれを年賦で支払うこととし、一切の家禄支給を停止した(秩禄処分)。