反乱鎮圧後、裁判にかけられたフリーズは反逆罪で絞首刑の判決を受けた。ジョン・アダムズ大統領は、さらなる反乱を阻止するために刑を執行すべきだという閣僚の忠告に反して、1800年5月20日、フリーズに恩赦を与えた。アダムズは、フリーズの反乱を危険な暴動と見なしたものの、反逆罪にはあたらないと考えた。そして、「アメリカ人の人道的で心優しい性質に訴えかける」ために恩赦を与える決定を下した。この決断は、アダムズは気まぐれであるという閣僚の確信を強めた。それは、鎮圧の際の不在に加えて、アダムズが連邦派の支持を失う一因となった。