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Desde la temporada 57/58 a la 61/62 el club permanece en Segunda División, rozando el descenso primero (en la 57/58 se salva del descenso a Tercera al derrotar al Club Deportivo Ourense en la promoción) y peleando por el ascenso después (se queda a 2 puestos de la promoción de ascenso en la 59/60 y a uno solo en la 60/61, para acabar ascendiendo en la 61/62 como campeón de la Segunda División). Durante esta época se celebran las bodas de oro del club y debutan jugadores como Amancio (fichado por el Real Madrid pocos años después de su debut con el Deportivo), Reija y Veloso. El papel en la Copa del Rey sería bastante discreto, pues el equipo no alcanza rondas significativas.