que gano nacional en el 2016
Días antes del inicio del torneo apertura se confirmó la salida del goleador Jefferson Duque, dejando a Nacional sin jugador 9 para enfrentar la Copa Libertadores. Nacional logró clasificar a la Copa luego de haber conseguido el título del torneo finalización 2015. El 23 de febrero el club inició su participación en el torneo continental, quedó ubicado en el junto con Peñarol de Uruguay, Sporting Cristal de Perú y Huracán de Argentina. Esta fue la mejor fase de grupos de Atlético Nacional en su historia, terminó invicto con 12 goles a favor, 0 en contra 5 victorias y un empate, el club terminó como mejor primero de la competición y en octavos de final se enfrentó de nuevo con Huracán derrotándolo 4-2 en Medellín luego de haber empatado 0-0 en Argentina. En los cuartos de final se enfrentó a Rosario Central, el partido de ida terminó en contra 1-0, este partido es recordado por la triple atajada de Franco Armani que evitó que Nacional terminara el partido con más goles en contra, el partido de vuelta terminó a favor 3-1 con un gol agónico al minuto 90+4 de Orlando Berrío. El 6 de julio se reanudó el torneo, luego del parón de la Copa América Centenario, Atlético Nacional se enfrentó a Sao Paulo, el partido de ida, en Brasil, terminó a favor 0-2 con goles del debutante Miguel Borja, el partido de vuelta terminó a favor 2-1, nuevamente con doblete de Miguel Borja, que se convirtió en el goleador de Nacional en el torneo. El club logró clasificar a una final de Copa Libertadores luego de 21 años. El 20 de julio se jugó contra Independiente del Valle el partido de ida en el Estadio Olímpico Atahualpa de Ecuador, el partido terminó 1-1, el gol para Nacional fue de Orlando Berrío. El 27 de julio se jugó en el Estadio Atanasio Girardot de Medellín el partido de vuelta, el juego terminó a favor 1-0 con descuento del goleador Miguel Borja, de esta forma Atlético Nacional consiguió su segunda Copa Libertadores luego de 27 de años.