cuando empiezan a salir booth y brennan
A medida que avanza la sexta temporada, Brennan se encuentra confrontando sus sentimientos hacia Booth, a quien previamente había rechazado en el episodio 100 de la temporada anterior. Tras su retorno de siete meses de introspección, ha llegado a aceptar sus sentimientos románticos por él, llegando incluso a lamentar no haber dado una oportunidad a su relación en el pasado. Sin embargo, la situación se complica cuando Booth regresa de Afganistán con un nuevo interés amoroso, la corresponsal de guerra Hannah Burley. A pesar de ello, Brennan entabla amistad con Hannah y, cuando esta última rechaza la propuesta de matrimonio de Booth, Brennan está ahí para ayudarlo a sobrellevar las consecuencias emocionales. En el penúltimo episodio de la temporada 6, Booth y Brennan finalmente consuman su relación, teniendo relaciones sexuales. En los momentos finales del final de temporada, se revela que como resultado de este encuentro, Brennan está embarazada y Booth es el padre. A lo largo del episodio, se observa a Brennan haciendo preguntas a Angela y expresando comentarios que sugieren tanto emoción como aprensión. Al ver la felicidad de Booth ante la noticia, ella también parece estar exultante. Este desarrollo refleja su anhelo previo de convertirse en madre, algo que había mencionado aproximadamente en la temporada 4, así como su deseo de que Booth sea el padre de su hijo.