Global coordination level
ಗ್ಲೋಬಲ್ ಕೋಆರ್ಡಿನೇಷನ್ ಲೆವೆಲ್ (ಜಿ. ಸಿ. ಎಲ್.) ಎಂಬುದು ಗಣನೆಯ ವಿಧಾನವಾಗಿದ್ದು, ಅಸ್ಥಿರಗಳ ಯಾದೃಚ್ಛಿಕ ಉಪಗುಂಪುಗಳ ನಡುವಿನ ಅಂತರದ ಪರಸ್ಪರ ಸಂಬಂಧವನ್ನು ಲೆಕ್ಕ ಹಾಕುವ ಮೂಲಕ ಬಹುವಿಧದ ದತ್ತಾಂಶದಲ್ಲಿನ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯಾದ್ಯಂತದ ಅವಲಂಬನೆಯನ್ನು ಮೌಲ್ಯಮಾಪನ ಮಾಡುತ್ತದೆ. ಮೂಲತಃ ಜೀನ್ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ದತ್ತಾಂಶಕ್ಕೆ ಅನ್ವಯಿಸಲಾಗುವ ಜಿ. ಸಿ. ಎಲ್, ಕಾರ್ಯಗಳನ್ನು ನಿರ್ವಹಿಸುವಲ್ಲಿ ಮತ್ತು ಜೈವಿಕ ಕಾರ್ಯಗಳನ್ನು ನಿರ್ವಹಿಸುವಲ್ಲಿ ಮೂಲಭೂತವಾಗಿ ಸಂಬಂಧಿಸಿರುವ ಜೀನ್ಗಳ ನಡುವಿನ ಸಮನ್ವಯದ ಮಟ್ಟವನ್ನು ನಿರ್ಣಯಿಸುತ್ತದೆ. ವಂಶವಾಹಿಗಳ ನಡುವಿನ ಜೋಡಿವಾರು ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳ ನಿಖರವಾದ ಜ್ಞಾನದ ಅಗತ್ಯವಿರುವ ಸಾಂಪ್ರದಾಯಿಕ ವಿಧಾನಗಳಿಗಿಂತ ಭಿನ್ನವಾಗಿ, ಜಿ. ಸಿ. ಎಲ್ ಅಂತಹ ಮಾಹಿತಿಯಿಲ್ಲದೆ ಸಮನ್ವಯವನ್ನು ಮೌಲ್ಯಮಾಪನ ಮಾಡಬಹುದು. ಶೂನ್ಯದ ಜಿ. ಸಿ. ಎಲ್ ಮೌಲ್ಯವು ಸ್ವತಂತ್ರ ಜೀನ್ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ, ಆದರೆ ಶೂನ್ಯಕ್ಕಿಂತ ಹೆಚ್ಚಿನ ಮೌಲ್ಯಗಳು ಜೀನ್-ಟು-ಜೀನ್ ನಿಯಂತ್ರಕ ಸಂವಹನಗಳನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತವೆ. ಉದಾಹರಣೆಗೆ, ಕ್ಯೋಟೋ ಎನ್ಸೈಕ್ಲೋಪೀಡಿಯಾ ಆಫ್ ಜೀನ್ಸ್ ಅಂಡ್ ಜೀನೋಮ್ಸ್ (ಕೆಇಜಿಜಿ) ದತ್ತಸಂಚಯದಲ್ಲಿ ತಿಳಿದಿರುವ ಆನುವಂಶಿಕ ಮಾರ್ಗಗಳಿಗೆ ಜಿಸಿಎಲ್ ಅನ್ನು ಅನ್ವಯಿಸಿದಾಗ, ಇದು ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ಧನಾತ್ಮಕ ಮೌಲ್ಯಗಳನ್ನು ನೀಡುತ್ತದೆ, ಆದರೆ ಜೀನ್ಗಳ ಯಾದೃಚ್ಛಿಕ ಉಪಗುಂಪುಗಳು ಅಥವಾ ಇದೇ ರೀತಿಯ ಜೀನ್ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ಮಟ್ಟಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಅಣಕು ಮಾರ್ಗಗಳು ಬಹಳ ಕಡಿಮೆ ಜಿಸಿಎಲ್ ಮೌಲ್ಯಗಳನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತವೆ. ಹೆಚ್ಚುವರಿಯಾಗಿ, ಉನ್ನತ-ಆಯಾಮದ ಪರಿಸರ ಮತ್ತು ಜೀವರಾಸಾಯನಿಕ ಚಲನಶಾಸ್ತ್ರವನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲು ಜಿ. ಸಿ. ಎಲ್. ಉಪಯುಕ್ತವಾಗಿದೆ. ಜೀನ್ಗಳು ಜೀನ್ ನಿಯಂತ್ರಕ ಜಾಲ ಎಂದು ಕರೆಯಲ್ಪಡುವ ಸಂಕೀರ್ಣ ರಚನೆಯಲ್ಲಿ ಪರಸ್ಪರ ಸಂವಹನ ನಡೆಸುತ್ತವೆ, ಇದು ವಿವಿಧ ಜೈವಿಕ ಕಾರ್ಯಗಳನ್ನು ಕಾರ್ಯಗತಗೊಳಿಸುವಲ್ಲಿ ಮತ್ತು ಜೀವಕೋಶಗಳೊಳಗೆ ವಿವಿಧ ಕಾರ್ಯಗಳನ್ನು ನಿರ್ವಹಿಸುವಲ್ಲಿ ನಿರ್ಣಾಯಕ ಪಾತ್ರವನ್ನು ವಹಿಸುತ್ತದೆ. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಂಖ್ಯೆಯ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ವಂಶವಾಹಿಗಳು ಮತ್ತು ಈ ವ್ಯವಸ್ಥೆಗಳ ಅಂತರ್ಗತ ಸಂಭವನೀಯತೆಯಿಂದಾಗಿ ವಂಶವಾಹಿ ನಿಯಂತ್ರಕ ಜಾಲದ ನಿಖರವಾದ ಜೋಡಿವಾರು ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಊಹಿಸುವುದು ಸವಾಲಾಗಿ ಉಳಿದಿದೆ. ಈ ಸವಾಲುಗಳ ಹೊರತಾಗಿಯೂ, ಜೀನ್ ನಿಯಂತ್ರಕ ಜಾಲದ ಕೆಲವು ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳನ್ನು ಎಲ್ಲಾ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಸಂಪೂರ್ಣವಾಗಿ ಊಹಿಸಿಕೊಳ್ಳದೆ ಇನ್ನೂ ಹೊರತೆಗೆಯಬಹುದು. ಉದಾಹರಣೆಗೆ, ಎಲ್ಲಾ ಸಂಭಾವ್ಯ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳಿಗೆ ಹೋಲಿಸಿದರೆ ನಿಜವಾದ ಜೀನ್-ಜೀನ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳ ಸಾಂದ್ರತೆಯನ್ನು ಸೂಚಿಸುವ ಜಾಲಬಂಧ ಸಂಪರ್ಕವು ಸಾಮಾನ್ಯ ಜೀವಕೋಶದ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಗಳಿಗೆ ಪ್ರಮುಖ ಪರಿಣಾಮಗಳನ್ನು ಬೀರಬಹುದು. ಷರತ್ತುಬದ್ಧ ಸಂಭವನೀಯತೆಯ (ಸಿಎಲ್) ಲೆಕ್ಕಾಚಾರವು ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಜೀವಕೋಶಗಳ ಸಮೂಹದಲ್ಲಿನ ವಂಶವಾಹಿಗಳ ನಡುವಿನ ಬಹುವಿಧದ ಅವಲಂಬನೆಗಳನ್ನು ಆಧರಿಸಿದೆ. ಇದು ಯಾದೃಚ್ಛಿಕವಾಗಿ ವಂಶವಾಹಿಗಳ ಉಪಗುಂಪುಗಳನ್ನು ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡುವ ಮತ್ತು ಕೃತಿಯಲ್ಲಿ ವಿವರಿಸಿದಂತೆ ಅವುಗಳ ನಡುವಿನ ಅಂತರದ ಪರಸ್ಪರ ಸಂಬಂಧವನ್ನು ಲೆಕ್ಕಾಚಾರ ಮಾಡುವ ಪುನರಾವರ್ತಿತ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನವನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುತ್ತದೆ. ಅಂತಹ ಅನೇಕ ವಂಶವಾಹಿ ಉಪಗುಂಪುಗಳ ಸರಾಸರಿಯ ಮೂಲಕ, ವಂಶವಾಹಿಗಳ ನಡುವಿನ ಒಟ್ಟಾರೆ ಅವಲಂಬನೆಗಳನ್ನು ನಿರ್ಣಯಿಸಲು ವಂಶವಾಹಿ ಸಂಪರ್ಕ ಭೂದೃಶ್ಯ (ಜಿ. ಸಿ. ಎಲ್) ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುವ ಒಂದೇ ಸಂಖ್ಯಾತ್ಮಕ ಮೌಲ್ಯವನ್ನು ಪಡೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಜಿ. ಸಿ. ಎಲ್. ನ ನಿಖರತೆ ಮತ್ತು ವಿಶ್ವಾಸಾರ್ಹತೆಯನ್ನು ಖಚಿತಪಡಿಸಿಕೊಳ್ಳಲು ಹಲವಾರು ಪ್ರಮುಖ ಪೂರ್ವ ಮತ್ತು ನಂತರದ ಸಂಸ್ಕರಣಾ ಹಂತಗಳನ್ನು ಗಣನೆಗೆ ತೆಗೆದುಕೊಳ್ಳಬೇಕಾಗಿದೆ. ಮೊದಲನೆಯದಾಗಿ, ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಿದ ಕೋಶಗಳ ಸಮೂಹವನ್ನು ಉಪಗುಂಪುಗಳಾಗಿ ವಿಂಗಡಿಸಲು ಕ್ಲಸ್ಟರಿಂಗ್ ವಿಧಾನಗಳನ್ನು ಅನ್ವಯಿಸಬೇಕು ಮತ್ತು ಏಕರೂಪತೆಯನ್ನು ಖಚಿತಪಡಿಸಿಕೊಳ್ಳಲು ಜಿ. ಸಿ. ಎಲ್ ಅನ್ನು ಪ್ರತಿ ಉಪಗುಂಪಿಗೆ ಅಥವಾ ಅತಿದೊಡ್ಡದಕ್ಕೆ ಪ್ರತ್ಯೇಕವಾಗಿ ಲೆಕ್ಕ ಹಾಕಬೇಕು. ಎರಡನೆಯದಾಗಿ, ಜಿ. ಸಿ. ಎಲ್ ಲೆಕ್ಕಾಚಾರದ ಮೇಲೆ ಅವುಗಳ ಅನಗತ್ಯ ಪ್ರಭಾವವನ್ನು ತಪ್ಪಿಸಲು ಉಳಿದ ಜೀವಕೋಶಗಳಿಂದ ('ಹೊರಗಿನವರು' ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ) ಅಥವಾ ಪರಸ್ಪರ ಹೋಲುವ ಜೀವಕೋಶಗಳಿಂದ ('ಒಳಗಿನವರು' ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ) ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ವಿಚಲನಗೊಳ್ಳುವ ಜೀವಕೋಶಗಳನ್ನು ಹೊರತೆಗೆಯಬೇಕು. ಹೆಚ್ಚುವರಿಯಾಗಿ, ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯಿಂದ ಜೀವಕೋಶಗಳ ಉಪಗುಂಪುಗಳನ್ನು ವ್ಯವಸ್ಥಿತವಾಗಿ ಬಿಟ್ಟುಬಿಡುವುದು ಮತ್ತು ಜಿ. ಸಿ. ಎಲ್ ಅನ್ನು ಮರು ಲೆಕ್ಕಾಚಾರ ಮಾಡುವುದನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ಜಾಕ್ನೈಫ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಫಲಿತಾಂಶಗಳ ಸ್ಥಿರತೆಯನ್ನು ಪರೀಕ್ಷಿಸಲು ನಡೆಸಬೇಕು. ಈ ಹಂತಗಳು ಅಗತ್ಯವಾಗಿವೆ ಏಕೆಂದರೆ ಜಿ. ಸಿ. ಎಲ್, ಇತರ ಪರಸ್ಪರ ಸಂಬಂಧದ ಕ್ರಮಗಳಂತೆ, ಅಸಾಮಾನ್ಯ ಜೀವಕೋಶಗಳು ಮತ್ತು ವೈವಿಧ್ಯಮಯ ಸಮೂಹಗಳಿಗೆ ಸೂಕ್ಷ್ಮವಾಗಿರಬಹುದು, ವಿಶೇಷವಾಗಿ ವಿರಳ, ಗದ್ದಲದ ಮತ್ತು ಹೊರಗಿನ-ಪೀಡಿತ ಎಸ್. ಸಿ. ಆರ್. ಎನ್. ಎ-ಸೆಕ್ ದತ್ತಾಂಶದ ಸಂದರ್ಭದಲ್ಲಿ. ಅಪ್ಲಿಕೇಶನ್ಗಳು ಏಜಿಂಗ್ಃ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಷನಲ್ ನಿಯಂತ್ರಣದ ಸಂಭವನೀಯ ವಿಪಥನವು ವಯಸ್ಸಾದ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಯಲ್ಲಿ ಪ್ರಮುಖ ಅಂಶವಾಗಿದೆ. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಬಹು ಏಕ-ಕೋಶ ಆರ್ಎನ್ಎ-ಅನುಕ್ರಮ ದತ್ತಾಂಶಗಳಲ್ಲಿ ಜಿಸಿಎಲ್ಗಳನ್ನು ಮೌಲ್ಯಮಾಪನ ಮಾಡುವಾಗ, ವಯಸ್ಸಿನೊಂದಿಗೆ ಜಿಸಿಎಲ್ನ ಕುಸಿತವನ್ನು ವಿವಿಧ ಜೀವಿಗಳು ಮತ್ತು ಜೀವಕೋಶದ ಪ್ರಕಾರಗಳಲ್ಲಿ ಸ್ಥಿರವಾಗಿ ಗಮನಿಸಲಾಗಿದೆ. ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ, ಏಕ-ಜೀವಕೋಶದ ಆರ್ಎನ್ಎ-ಸೆಕ್ ದತ್ತಾಂಶದ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ಮೌಸ್ ಹೆಮಾಟೊಪೊಯಟಿಕ್ ಕಾಂಡಕೋಶಗಳಲ್ಲಿ ಜಿಸಿಎಲ್ನಲ್ಲಿ ಗಮನಾರ್ಹ ಇಳಿಕೆ ಕಂಡುಬಂದಿದೆ, ಇದು ವಯಸ್ಸಾದ ಊಹೆಯನ್ನು ಡಿಸ್-ವ್ಯತ್ಯಾಸವೆಂದು ಬೆಂಬಲಿಸುತ್ತದೆ. 1970ರ ದಶಕದಲ್ಲಿ ಮೂಲತಃ ರಿಚರ್ಡ್ ಕಟ್ಲರ್ ಪ್ರತಿಪಾದಿಸಿದ ಈ ಕಲ್ಪನೆಯು, ವಯಸ್ಸಾದ ಅಂಗಾಂಶಗಳಲ್ಲಿ ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಮೌನವಾಗಿರಬೇಕಾದ ಜೀನ್ಗಳ ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸುವಿಕೆಯಿಂದ ಸಾಕ್ಷಿಯಾಗಿರುವಂತೆ, ಜೀವಕೋಶಗಳು ವಯಸ್ಸಾದಂತೆ ಅವುಗಳ ಸರಿಯಾದ ವ್ಯತ್ಯಾಸದ ಸ್ಥಿತಿಯಿಂದ ವಿಮುಖವಾಗುತ್ತವೆ ಎಂದು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ. ಜೈವಿಕ ವ್ಯತ್ಯಾಸವನ್ನು ಅಳೆಯುವುದುಃ ಜೀನ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳಿಂದ ಉಂಟಾದಾಗ ಮಾತ್ರ ಹೆಚ್ಚಿದ 'ಜೈವಿಕ ವ್ಯತ್ಯಾಸ' ದೊಂದಿಗೆ ಜೀವಕೋಶಗಳ ಸಮೂಹಗಳಲ್ಲಿ ಜಿ. ಸಿ. ಎಲ್ ಕಡಿಮೆಯಾಗುತ್ತದೆ. ಒಂದೇ ರೀತಿಯ ಜೀವಕೋಶದಿಂದ ಜೀವಕೋಶದ ವ್ಯತ್ಯಾಸದೊಂದಿಗೆ ಸಮೂಹಗಳಲ್ಲಿ ಪರಿಚಯಿಸಲಾದ ಜೈವಿಕ ಮತ್ತು ತಾಂತ್ರಿಕ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳ ನಡುವಿನ ಅನುಪಾತವನ್ನು ನಿರ್ಣಯಿಸಲು ಮತ್ತು ಹೋಲಿಸಲು ಜಿ. ಸಿ. ಎಲ್. ಅನ್ನು ಬಳಸಬಹುದು. ಉಲ್ಲೇಖಗಳು ಕಂಪ್ಯೂಟೇಶನಲ್ ಬಯಾಲಜಿ ಕಂಪ್ಯೂಟೇಶನಲ್ ಸೈನ್ಸ್ ಸ್ಟಬ್ಸ್