Proximity extension assay
ಸಾಮೀಪ್ಯ ವಿಸ್ತರಣಾ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ (ಪಿಇಎ) ಎಂಬುದು ಸೀರಮ್ ಅಥವಾ ಪ್ಲಾಸ್ಮಾದಂತಹ ಜೈವಿಕ ಮಾದರಿಯಲ್ಲಿ ಇರುವ ಅನೇಕ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳ ಪ್ರಮಾಣವನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚುವ ಮತ್ತು ಪ್ರಮಾಣೀಕರಿಸುವ ಒಂದು ವಿಧಾನವಾಗಿದೆ. ಈ ವಿಧಾನವನ್ನು ಪ್ರೋಟಿಯೋಮಿಕ್ಸ್ನ ಸಂಶೋಧನಾ ಕ್ಷೇತ್ರದಲ್ಲಿ ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ನಿರ್ದಿಷ್ಟವಾಗಿ ಅಫಿನಿಟಿ ಪ್ರೋಟಿಯೋಮಿಕ್ಸ್, ಅಲ್ಲಿ ಬಯೋಮಾರ್ಕರ್ ಆಗಿ ಬಳಸಲು ರಕ್ತದಲ್ಲಿನ ಅನೇಕ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳ ಸಮೃದ್ಧಿಯಲ್ಲಿನ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳನ್ನು ಹುಡುಕುತ್ತದೆ. ಬಯೋಮಾರ್ಕರ್ಗಳು ಮತ್ತು ಬಯೋಮಾರ್ಕರ್ ಸಿಗ್ನೇಚರ್ ಸಂಯೋಜನೆಗಳು, ರೋಗದ ಸ್ಥಿತಿ ಮತ್ತು ಔಷಧದ ಪರಿಣಾಮಕಾರಿತ್ವವನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸಲು ಉಪಯುಕ್ತವಾಗಿವೆ. ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚುವ ಹೆಚ್ಚಿನ ವಿಧಾನಗಳು ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅನಲೈಟ್ ಅನ್ನು ಮೊದಲು ಸೆರೆಹಿಡಿಯಲು ಮತ್ತು ನಿಶ್ಚಲಗೊಳಿಸಲು ಘನ ಹಂತದ ಬಳಕೆಯನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುತ್ತವೆ, ಅಲ್ಲಿ ಒಂದು ಅಥವಾ ಕೆಲವು ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳನ್ನು ಪ್ರಮಾಣೀಕರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಉದಾಹರಣೆಗೆ ELISA. ಇದಕ್ಕೆ ವ್ಯತಿರಿಕ್ತವಾಗಿ, ಏಕರೂಪದ ಒನ್ ಟ್ಯೂಬ್ ರಿಯಾಕ್ಷನ್ ದ್ರಾವಣದಲ್ಲಿ ಘನ ಹಂತದಿಲ್ಲದೆ ಪಿಇಎ ಅನ್ನು ನಡೆಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಅಲ್ಲಿ ಅನನ್ಯ ಡಿಎನ್ಎ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಟ್ಯಾಗ್ಗಳೊಂದಿಗೆ ಜೋಡಿಯಾಗಿರುವ ಪ್ರತಿಕಾಯಗಳ ಸೆಟ್ಗಳಲ್ಲಿ, ಸಾಮೀಪ್ಯ ಶೋಧಕಗಳು ಎಂದು ಕರೆಯಲ್ಪಡುತ್ತವೆ, ಪ್ರತಿ ಗುರಿ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗೆ ನಿರ್ದಿಷ್ಟವಾದ ಜೋಡಿಗಳಲ್ಲಿ ಕಾರ್ಯನಿರ್ವಹಿಸುತ್ತವೆ. ಪಿಇಎಯನ್ನು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಪ್ರತಿಕಾಯಗಳನ್ನು ಬಳಸಿ ನಡೆಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಇದು ಒಂದು ರೀತಿಯ ಪ್ರತಿರಕ್ಷಣಾ ಪರೀಕ್ಷೆಯಾಗಿದೆ. ಸಾಮೀಪ್ಯ ಶೋಧಕಗಳಿಂದ ಗುರಿ ಬಂಧಿಸುವಿಕೆಯು ಡಿಎನ್ಎ-ಟ್ಯಾಗ್ಗಳ ಸ್ಥಳೀಯ ಸಾಪೇಕ್ಷ ಪರಿಣಾಮಕಾರಿ ಸಾಂದ್ರತೆಯನ್ನು ಹೆಚ್ಚಿಸುತ್ತದೆ, ಇದು ಪರಸ್ಪರ ದುರ್ಬಲ ಪೂರಕತೆಯ ಸಂಕರೀಕರಣವನ್ನು ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ, ನಂತರ ಡಿಎನ್ಎ ಪಾಲಿಮರೇಸ್ ಮಧ್ಯಸ್ಥಿಕೆಯ ವಿಸ್ತರಣೆಯನ್ನು ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ, ಇದು ಪತ್ತೆಯಾದ ಪ್ರತಿ ಗುರಿ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗೆ ನಿರ್ದಿಷ್ಟವಾದ ಯುನೈಟೆಡ್ ಡಿಎನ್ಎ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ರೂಪಿಸುತ್ತದೆ. 3 'ಎಕ್ಸೋನ್ಯೂಕ್ಲೀಸ್ ಪ್ರವೀಣ ಪಾಲಿಮರೇಸ್ಗಳ ಬಳಕೆಯು ಹಿನ್ನೆಲೆ ಶಬ್ದವನ್ನು ಕಡಿಮೆ ಮಾಡುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಹೈಪರ್ ಥರ್ಮೋಸ್ಟಬಲ್ ಪಾಲಿಮರೇಸ್ಗಳು ನೈಸರ್ಗಿಕ ಬಿಸಿ-ಆರಂಭದ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಯೊಂದಿಗೆ ಸರಳ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಮಧ್ಯಸ್ಥಿಕೆ ವಹಿಸುತ್ತವೆ. ಡಿಎನ್ಎ ಅನುಕ್ರಮದ ವಿಸ್ತರಣಾ ಉತ್ಪನ್ನಗಳ ಈ ರಚಿಸಿದ ಸಮೂಹವು ಪಿಸಿಆರ್ನಿಂದ ವರ್ಧಿಸಲ್ಪಟ್ಟ ಆಂಪ್ಲಿಕಾನ್ಗಳನ್ನು ರೂಪಿಸುತ್ತದೆ, ಅಲ್ಲಿ ಪ್ರತಿ ಆಂಪ್ಲಿಕಾನ್ ಅನುಕ್ರಮವು ಗುರಿ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳ ಗುರುತಿಗೆ ಅನುಗುಣವಾಗಿರುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಪ್ರಮಾಣವು ಅದರ ಪ್ರಮಾಣವನ್ನು ಪ್ರತಿಬಿಂಬಿಸುತ್ತದೆ. ತರುವಾಯ, ಈ ಆಂಪ್ಲಿಕಾನ್ಗಳನ್ನು ನೈಜ-ಸಮಯದ ಪಿಸಿಆರ್ ಅಥವಾ ಡಿಎನ್ಎ-ಟ್ಯಾಗ್ ಎಣಿಕೆಯ ಮೂಲಕ ಮುಂದಿನ ಪೀಳಿಗೆಯ ಡಿಎನ್ಎ ಅನುಕ್ರಮದಿಂದ ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಪ್ರಮಾಣೀಕರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ವಿಸ್ತರಣೆಯ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಯಿಂದ ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಬಹುದಾದ ಡಿಎನ್ಎ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸಲು ಪ್ರತಿ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗೆ ಸರಿಯಾಗಿ ಬಂಧಿಸಲಾದ ಎರಡು ಪ್ರತಿಕಾಯಗಳ ಸಂಯೋಜನೆಯ ಅಗತ್ಯವಿರುವುದರಿಂದ ಪಿಇಎ ಏಕಕಾಲದಲ್ಲಿ ಅನೇಕ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲು (ಮಲ್ಟಿಪ್ಲೆಕ್ಸಿಂಗ್ ಎಂದು ಕರೆಯಲ್ಪಡುತ್ತದೆ) ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ. ಕಾಗ್ನೇಟ್ ಜೋಡಿ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಮಾತ್ರ ನಿಜವಾದ ಸಂಕೇತವಾಗಿ ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲಾಗುತ್ತದೆ, ಇದು ಒಂದು ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಸುಮಾರು 30 ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳಲ್ಲಿ ಸೀಮಿತವಾದ ಘನ ಹಂತದ ಸೆರೆಹಿಡಿಯುವ ವಿಧಾನಗಳನ್ನು ಮೀರಿ ಮಲ್ಟಿಪ್ಲೆಕ್ಸಿಂಗ್ ಅನ್ನು ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ. ಡಿಎನ್ಎ ವರ್ಧನೆಯ ಶಕ್ತಿಯು ಒಂದು ಮೈಕ್ರೋಲಿಟರ್ಗಿಂತ ಕಡಿಮೆ ನಿಮಿಷದ ಮಾದರಿ ಪರಿಮಾಣಗಳನ್ನು ಸಹ ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ. 1000ಕ್ಕೂ ಹೆಚ್ಚು ಸಂಶೋಧನಾ ಪ್ರಕಟಣೆಗಳಲ್ಲಿ ಪಿಇಎಯನ್ನು ಬಳಸಲಾಗಿದೆ. ಅಭಿವೃದ್ಧಿ ಪಿಇಎಯನ್ನು ಸಾಮೀಪ್ಯ ಬಂಧನ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯಿಂದ (ಪಿಎಲ್ಎ) ಪಡೆಯಲಾಗಿದೆ, ಇದು ಡಿಎನ್ಎ ಪಾಲಿಮರೇಸ್ ಬದಲಿಗೆ ಸಾಮೀಪ್ಯ ಶೋಧಕಗಳ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಒಗ್ಗೂಡಿಸಲು ಡಿಎನ್ಎ ಲಿಗೇಸ್ ಕಿಣ್ವವನ್ನು ಬಳಸುತ್ತದೆ. ಪಿಎಲ್ಎ ಮಲ್ಟಿಪ್ಲೆಕ್ಸಿಂಗ್ಗೆ ಸಹ ಸೂಕ್ತವಾಗಿದೆ, ಆದರೆ ಸೀರಮ್ ಮತ್ತು ಪ್ಲಾಸ್ಮಾ ಮಾದರಿಗಳ ಘಟಕಗಳಿಂದ ಲಿಗೇಸ್ ಕಿಣ್ವಗಳ ಕಿಣ್ವಗಳ ಕಿಣ್ವ ಮಾದರಿ ವೇರಿಯೇಬಲ್ ಪ್ರತಿಬಂಧದಿಂದ ಬಳಲುತ್ತದೆ. ಡಿಎನ್ಎ ಪಾಲಿಮರೇಸ್ ಕಿಣ್ವಗಳು ಅದೇ ರೀತಿಯ ಪ್ರತಿಬಂಧವನ್ನು ಅನುಭವಿಸುವುದಿಲ್ಲ ಮತ್ತು ಸುಲಭವಾಗಿ ಮಲ್ಟಿಪ್ಲೆಕ್ಸಬಲ್ ಆಗಿರುತ್ತವೆ ಮತ್ತು 384 ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳವರೆಗೆ ಮಲ್ಟಿಪ್ಲೆಕ್ಸ್ ಆಗಿವೆ. ಪಿಇಎ ಕಾರ್ಯಕ್ಷಮತೆಯು ಡಿಎನ್ಎ ಸಂಕರೀಕರಣ-ಆಧಾರಿತ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಯಾಗಿರುವುದರಿಂದ ತಾಪಮಾನದ ಸೂಕ್ಷ್ಮತೆಯನ್ನು ಹೊಂದಿರುತ್ತದೆ. ಆದ್ದರಿಂದ ಕೋಣೆಯ ಉಷ್ಣಾಂಶದಲ್ಲಿ ಯಾವುದೇ ಚಟುವಟಿಕೆಯಿಲ್ಲದ ಹೈಪರ್-ಥರ್ಮೋಸ್ಟೇಬಲ್ ಪಾಲಿಮರೇಸ್ಗಳ ಬಳಕೆಯು ಬೆಂಚ್ ಟಾಪ್ ರಿಯಾಕ್ಷನ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿಯನ್ನು ಬೆಂಬಲಿಸುತ್ತದೆ. ಉಲ್ಲೇಖಗಳು ಪ್ರೋಟಿಯೋಮಿಕ್ಸ್ ಜೀವರಸಾಯನಶಾಸ್ತ್ರ ಪತ್ತೆ ವಿಧಾನಗಳು