List of systems biology modeling software
ಜೈವಿಕ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಅರ್ಥಮಾಡಿಕೊಳ್ಳಲು ಮತ್ತು ಭವಿಷ್ಯ ನುಡಿಯಲು ಸಿಸ್ಟಮ್ಸ್ ಬಯಾಲಜಿ ಗಣಿತದ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ನಿರ್ಮಿಸುವುದರ ಮೇಲೆ ಹೆಚ್ಚು ಅವಲಂಬಿತವಾಗಿದೆ. ಮೊದಲ ಡಿಜಿಟಲ್ ಕಂಪ್ಯೂಟರ್ಗಳ ಆಗಮನದ ನಂತರ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ನಿರ್ಮಿಸಲು ಸಹಾಯ ಮಾಡಲು ವಿಶೇಷ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಅನ್ನು ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಲಾಗಿದೆ. ಈ ಕೆಳಗಿನ ಪಟ್ಟಿಯು ಸಂಶೋಧಕರಿಗೆ ಲಭ್ಯವಿರುವ ಪ್ರಸ್ತುತ ಬೆಂಬಲಿತ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಅಪ್ಲಿಕೇಶನ್ಗಳನ್ನು ನೀಡುತ್ತದೆ. ಬಹುಪಾಲು ಆಧುನಿಕ ವ್ಯವಸ್ಥೆಗಳ ಜೀವಶಾಸ್ತ್ರ ಮಾದರಿ ತಂತ್ರಾಂಶವು ಎಸ್. ಬಿ. ಎಂ. ಎಲ್. ಅನ್ನು ಬೆಂಬಲಿಸುತ್ತದೆ, ಇದು ಜೈವಿಕ ಜೀವಕೋಶದ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಗಳ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ವಿನಿಮಯ ಮಾಡಿಕೊಳ್ಳುವ ವಾಸ್ತವಿಕ ಮಾನದಂಡವಾಗಿದೆ. ಕೆಲವು ಉಪಕರಣಗಳು ದೈಹಿಕ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸಲು ಬಳಸುವ ಮಾನದಂಡವಾದ ಸೆಲ್ಎಂಎಲ್ ಅನ್ನು ಸಹ ಬೆಂಬಲಿಸುತ್ತವೆ. ಸ್ಟ್ಯಾಂಡರ್ಡ್ ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ಗಳನ್ನು ಬಳಸುವ ಪ್ರಯೋಜನವೆಂದರೆ, ಒಂದು ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಅಪ್ಲಿಕೇಶನ್ ಅಂತಿಮವಾಗಿ ಬೆಂಬಲವಿಲ್ಲದ ಮತ್ತು ನಿಷ್ಪ್ರಯೋಜಕವಾಗಿದ್ದರೂ ಸಹ, ಆ ಅಪ್ಲಿಕೇಶನ್ ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಿದ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಸುಲಭವಾಗಿ ಹೆಚ್ಚು ಆಧುನಿಕ ಸಮಾನತೆಗಳಿಗೆ ವರ್ಗಾಯಿಸಬಹುದು. ಇದು ಕೃತಿಯ ಮೂಲ ಪ್ರಕಟಣೆಯ ಬಹಳ ಸಮಯದ ನಂತರ ವೈಜ್ಞಾನಿಕ ಸಂಶೋಧನೆಯನ್ನು ಪುನರುತ್ಪಾದಿಸಲು ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ. ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಸಾಧನದ ಬಗ್ಗೆ ಹೆಚ್ಚಿನ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಪಡೆಯಲು, ಉಪಕರಣದ ಹೆಸರಿನ ಮೇಲೆ ಕ್ಲಿಕ್ ಮಾಡಿ. ಇದು ನಿಮ್ಮನ್ನು ಪೀರ್-ರಿವ್ಯೂಡ್ ಪ್ರಕಟಣೆಗೆ ಅಥವಾ ಕೆಲವು ಅಪರೂಪದ ಸಂದರ್ಭಗಳಲ್ಲಿ, ಮೀಸಲಾದ ವಿಕಿಪೀಡಿಯ ಪುಟಕ್ಕೆ ನಿರ್ದೇಶಿಸುತ್ತದೆ. ಸಕ್ರಿಯವಾಗಿ ಬೆಂಬಲಿತವಾದ ಓಪನ್-ಸೋರ್ಸ್ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಅಪ್ಲಿಕೇಶನ್ಗಳು ಸಾಮಾನ್ಯ ಮಾಹಿತಿಯು ಎಸ್. ಬಿ. ಎಂ. ಎಲ್ ಅಂಕಣದಲ್ಲಿ "ಹೌದು, ಆದರೆ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಗಳಿಗೆ ಮಾತ್ರ" ಎಂದು ನಮೂದಿಸಿದಾಗ. ", ಇದರರ್ಥ ಸಾಧನವು ಎಸ್. ಬಿ. ಎಂ. ಎಲ್. ನ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆ ಘಟಕವನ್ನು ಮಾತ್ರ ಬೆಂಬಲಿಸುತ್ತದೆ. ಉದಾಹರಣೆಗೆ, ನಿಯಮಗಳು, ಘಟನೆಗಳು ಇತ್ಯಾದಿ. ಬೆಂಬಲ ನೀಡುತ್ತಿಲ್ಲ. ಸ್ಪೆಷಲಿಸ್ಟ್ ಟೂಲ್ಸ್ ಈ ಕೆಳಗಿನ ಕೋಷ್ಟಕವು ಮಾಡೆಲಿಂಗ್ ಟೂಲ್ಗಳೊಂದಿಗೆ ವರ್ಗೀಕರಿಸಲಾಗದ ಸ್ಪೆಷಲಿಸ್ಟ್ ಟೂಲ್ಗಳನ್ನು ಪಟ್ಟಿ ಮಾಡುತ್ತದೆ. ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯ ಕೋಷ್ಟಕಗಳು ಬೆಂಬಲಿತ ಮಾದರಿ ಮಾದರಿಗಳು ಭೇದಾತ್ಮಕ ಸಮೀಕರಣದ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳು ಕಡತ ಸ್ವರೂಪದ ಬೆಂಬಲ ಮತ್ತು ಇಂಟರ್ಫೇಸ್ ಪ್ರಕಾರ ಸುಧಾರಿತ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳು (ಅನ್ವಯವಾಗುವಲ್ಲಿ) ಇತರ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳು ಕಣ-ಆಧಾರಿತ ಸಿಮ್ಯುಲೇಟರ್ಗಳು ಕಣ ಆಧಾರಿತ ಸಿಮ್ಯುಲೇಟರ್ಗಳು ಆಸಕ್ತಿಯ ಪ್ರತಿಯೊಂದು ಅಣುವನ್ನು ನಿರಂತರ ಜಾಗದಲ್ಲಿ ಪ್ರತ್ಯೇಕ ಕಣವಾಗಿ ಪರಿಗಣಿಸುತ್ತವೆ, ಆಣ್ವಿಕ ಪ್ರಸರಣ, ಅಣು-ಪೊರೆಯ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳು ಮತ್ತು ರಾಸಾಯನಿಕ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಅನುಕರಿಸುತ್ತವೆ. ಕಣ-ಆಧಾರಿತ ಸಿಮ್ಯುಲೇಟರ್ಗಳ ಹೋಲಿಕೆ ಈ ಕೆಳಗಿನ ಪಟ್ಟಿಯು ಹಲವಾರು ಕಣ-ಆಧಾರಿತ ಸಿಮ್ಯುಲೇಟರ್ಗಳ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳನ್ನು ಹೋಲಿಸುತ್ತದೆ. ಈ ಕೋಷ್ಟಕವನ್ನು ಮೂಲತಃ ಎನ್ಸೈಕ್ಲೋಪೀಡಿಯಾ ಆಫ್ ಕಂಪ್ಯೂಟೇಶನಲ್ ನ್ಯೂರೋಸೈನ್ಸ್ನಲ್ಲಿ ಪ್ರಕಟವಾದ ಆವೃತ್ತಿಯಿಂದ ಸಂಪಾದಿಸಲಾಗಿದೆ. ವ್ಯವಸ್ಥೆಯ ಗಡಿ ಸಂಕೇತಗಳುಃ ಆರ್ = ಪ್ರತಿಫಲಿಸುತ್ತದೆ, ಎ = ಹೀರಿಕೊಳ್ಳುತ್ತದೆ, ಟಿ = ರವಾನೆ, ಪಿ = ಆವರ್ತಕ, ಮತ್ತು ಐ = ಸಂವಹನ. ಅಲ್ಗಾರಿದಮ್ ನಿಖರವಾಗಿದೆ ಆದರೆ ಮೂಲ ಕೋಷ್ಟಕ ಸಂಕಲನದ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ತಪ್ಪಾದ ಫಲಿತಾಂಶಗಳನ್ನು ನೀಡುತ್ತದೆ. ವಿವಿಧ ಹಂತದ ವಿವರಗಳ ಕಾರಣದಿಂದಾಗಿ ಈ ಬೆಂಚ್ಮಾರ್ಕ್ ರನ್ ಟೈಮ್ಗಳನ್ನು ಇತರರೊಂದಿಗೆ ಹೋಲಿಸಲಾಗುವುದಿಲ್ಲ. ವ್ಯವಸ್ಥೆಯ ಜೀವಶಾಸ್ತ್ರದ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸುವಾಗ ಮಾದರಿ ಮಾಪನಾಂಕ ನಿರ್ಣಯವು ಒಂದು ಪ್ರಮುಖ ಚಟುವಟಿಕೆಯಾಗಿದೆ. ಈ ಕೋಷ್ಟಕವು ಸಿಸ್ಟಮ್ಸ್ ಬಯಾಲಜಿ ಮಾಡೆಲರ್ಗಳಿಗೆ ಲಭ್ಯವಿರುವ ಕೆಲವು ಪ್ರಸ್ತುತ ಮಾದರಿ ಮಾಪನಾಂಕ ನಿರ್ಣಯ ಸಾಧನಗಳನ್ನು ಎತ್ತಿ ತೋರಿಸುತ್ತದೆ. ಮೊದಲ ಕೋಷ್ಟಕವು ಎಸ್. ಬಿ. ಎಂ. ಎಲ್. ಗೆ ಹೊಂದಿಕೆಯಾಗುವ ಸಾಧನಗಳನ್ನು ಪಟ್ಟಿ ಮಾಡುತ್ತದೆ. ಮಾದರಿ ಮಾಪನಾಂಕ ನಿರ್ಣಯದ ರನ್ಗಳನ್ನು ನಿರ್ದಿಷ್ಟಪಡಿಸಲು ಪೀಟಾಬ್ ಒಂದು ಸಮುದಾಯ ಮಾನದಂಡವಾಗಿದೆ. ಲೆಗಸಿ ಓಪನ್-ಸೋರ್ಸ್ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಅಪ್ಲಿಕೇಶನ್ಗಳು 1980 ರ ದಶಕದ ಮೊದಲು ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಲಾದ ಜೀವರಾಸಾಯನಿಕ ವ್ಯವಸ್ಥೆಗಳನ್ನು ರೂಪಿಸಲು ಕೆಲವು ಆರಂಭಿಕ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ಗಳನ್ನು ಈ ಕೆಳಗಿನ ಪಟ್ಟಿಯಲ್ಲಿ ಪಟ್ಟಿ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ. ಈ ಕೆಳಗಿನ ಪಟ್ಟಿಯು 1980 ಮತ್ತು 1990ರ ದಶಕಗಳಲ್ಲಿ ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಲಾದ ಕೆಲವು ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಮಾಡೆಲಿಂಗ್ ಅಪ್ಲಿಕೇಶನ್ಗಳನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ. ಐತಿಹಾಸಿಕ ಆಸಕ್ತಿಗಾಗಿ ಅವುಗಳನ್ನು ಪಟ್ಟಿ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ. ಉಲ್ಲೇಖಗಳು ಸಿಸ್ಟಮ್ಸ್ ಬಯಾಲಜಿ ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್ ಸೈನ್ಸ್ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಸಿಸ್ಟಮ್ಸ್