COPASI
COPASI (ಕಾಂಪ್ಲೆಕ್ಸ್ ಪಾಥ್ವೇ ಸಿಮ್ಯುಲೇಟರ್) ಮೆಟಾಬಾಲಿಕ್ ನೆಟ್ವರ್ಕ್ಗಳು, ಸೆಲ್-ಸಿಗ್ನಲಿಂಗ್ ಮಾರ್ಗಗಳು, ನಿಯಂತ್ರಕ ನೆಟ್ವರ್ಕ್ಗಳು, ಸಾಂಕ್ರಾಮಿಕ ರೋಗಗಳು ಮತ್ತು ಇತರ ಅನೇಕ ಜೈವಿಕ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಗಳ ಗಣಿತದ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ರಚಿಸಲು ಮತ್ತು ಪರಿಹರಿಸಲು ಮುಕ್ತ-ಮೂಲ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಅಪ್ಲಿಕೇಶನ್ ಆಗಿದೆ. ಇತಿಹಾಸ ಕೋಪಾಸಿ 1990ರ ದಶಕದ ಆರಂಭದಲ್ಲಿ ಪೆಡ್ರೊ ಮೆಂಡೆಸ್ ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಿದ ಗೆಪಾಸಿ ಸಿಮ್ಯುಲೇಶನ್ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಅನ್ನು ಆಧರಿಸಿದೆ. ಕೋಪಾಸಿಯ ಆರಂಭಿಕ ಅಭಿವೃದ್ಧಿಗೆ ವರ್ಜೀನಿಯಾ ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್ ಇನ್ಸ್ಟಿಟ್ಯೂಟ್ ಮತ್ತು ಕ್ಲಾಸ್ ಷಿರಾ ಫೌಂಡೇಶನ್ ಧನಸಹಾಯ ನೀಡಿತು. ಪ್ರಸ್ತುತ ಅಭಿವೃದ್ಧಿ ಪ್ರಯತ್ನಗಳನ್ನು ರಾಷ್ಟ್ರೀಯ ಆರೋಗ್ಯ ಸಂಸ್ಥೆಗಳು, ಬಿಬಿಎಸ್ಆರ್ಸಿ ಮತ್ತು ಜರ್ಮನ್ ಶಿಕ್ಷಣ ಸಚಿವಾಲಯದ ಅನುದಾನಗಳು ಬೆಂಬಲಿಸುತ್ತವೆ. ಅಭಿವೃದ್ಧಿ ತಂಡ ಕೋಪಾಸಿ ಮ್ಯಾಂಚೆಸ್ಟರ್ ವಿಶ್ವವಿದ್ಯಾಲಯ (ಯುಕೆ), ಹೈಡೆಲ್ಬರ್ಗ್ ವಿಶ್ವವಿದ್ಯಾಲಯ (ಜರ್ಮನಿ) ಮತ್ತು ವರ್ಜೀನಿಯಾ ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್ ಇನ್ಸ್ಟಿಟ್ಯೂಟ್ (ಯುಎಸ್ಎ) ನಡುವಿನ ಅಂತರರಾಷ್ಟ್ರೀಯ ಸಹಯೋಗದ ಫಲಿತಾಂಶವಾಗಿದೆ. ಯೋಜನೆಯ ಪ್ರಧಾನ ತನಿಖಾಧಿಕಾರಿಗಳು ಪೆಡ್ರೊ ಮೆಂಡೆಸ್ ಮತ್ತು ಉರ್ಸುಲಾ ಕುಮ್ಮರ್. ಮುಖ್ಯ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ವಾಸ್ತುಶಿಲ್ಪಿಗಳೆಂದರೆ ಸ್ಟೀಫನ್ ಹೂಪ್ಸ್ ಮತ್ತು ಸ್ವೆನ್ ಸಾಹ್ಲೆ. COPASI ಜೈವಿಕ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಗಳ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ವ್ಯಾಖ್ಯಾನಿಸಲು, ಈ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಅನುಕರಿಸಲು ಮತ್ತು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲು, ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ವರದಿಗಳನ್ನು ರಚಿಸಲು ಮತ್ತು SBML ಸ್ವರೂಪದಲ್ಲಿ ಆಮದು/ರಫ್ತು ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ. ಮಾದರಿ ವ್ಯಾಖ್ಯಾನಃ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಆಣ್ವಿಕ ಪ್ರಭೇದಗಳ ನಡುವಿನ ರಾಸಾಯನಿಕ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಗಳೆಂದು ವ್ಯಾಖ್ಯಾನಿಸಲಾಗಿದೆ. ಮಾದರಿಯ ಚಲನಶೀಲತೆಯನ್ನು ವೈಯಕ್ತಿಕ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಗಳಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ದರ ನಿಯಮದಿಂದ ನಿರ್ಧರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಮಾದರಿಗಳು ವ್ಯವಸ್ಥೆಯ ಚಲನಶೀಲತೆಯನ್ನು ನಿರ್ದಿಷ್ಟಪಡಿಸಲು ಸಹಾಯ ಮಾಡುವ ವಿಭಾಗಗಳು, ಘಟನೆಗಳು ಮತ್ತು ಇತರ ಜಾಗತಿಕ ಅಸ್ಥಿರಗಳನ್ನು ಸಹ ಒಳಗೊಂಡಿರಬಹುದು. ಕಾರ್ಯಗಳುಃ ಕಾರ್ಯಗಳು ಮಾದರಿಯ ಮೇಲೆ ಮಾಡಬಹುದಾದ ವಿವಿಧ ರೀತಿಯ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಳಾಗಿವೆ. ಅವು ಸ್ಥಿರ-ಸ್ಥಿತಿಯ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ, ಸ್ಟೋಯಿಕಿಯೋಮೆಟ್ರಿಕ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ, ನಿರ್ಣಾಯಕ ಮತ್ತು ಯಾದೃಚ್ಛಿಕ ಸಿಮ್ಯುಲೇಶನ್ ಕ್ರಮಾವಳಿಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಸಮಯದ ಕೋರ್ಸ್ ಸಿಮ್ಯುಲೇಶನ್, ಚಯಾಪಚಯ ನಿಯಂತ್ರಣ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ, ಲಿಯಾಪುನೋವ್ ಘಾತಾಂಕದ ಲೆಕ್ಕಾಚಾರ, ಸಮಯದ ಪ್ರಮಾಣದ ಪ್ರತ್ಯೇಕತೆ, ನಿಯತಾಂಕ ಸ್ಕ್ಯಾನ್ಗಳು, ಆಪ್ಟಿಮೈಸೇಶನ್ ಮತ್ತು ನಿಯತಾಂಕ ಅಂದಾಜುಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿವೆ. ಆಮದು ಮತ್ತು ರಫ್ತುಃ ಸಿಒಪಿಎಎಸ್ಐ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಎಸ್ಬಿಎಂಎಲ್ ಸ್ವರೂಪದಲ್ಲಿ ಮತ್ತು ಜೆಪಾಸಿ ಸ್ವರೂಪದಲ್ಲಿ ಓದಬಹುದು. ಕೋಪಾಸಿ ಎಸ್ಬಿಎಂಎಲ್, ಸಿ ಪ್ರೋಗ್ರಾಮಿಂಗ್ ಭಾಷೆಯಲ್ಲಿ ಸೋರ್ಸ್ ಕೋಡ್, ಬರ್ಕ್ಲಿ ಮಡೊನ್ನಾ ಫೈಲ್ಗಳು ಮತ್ತು ಎಕ್ಸ್ಪಾಟ್ ಫೈಲ್ಗಳು ಸೇರಿದಂತೆ ಹಲವಾರು ವಿಭಿನ್ನ ಸ್ವರೂಪಗಳಲ್ಲಿ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಬರೆಯಬಹುದು. ಸಿಸ್ಟಮ್ಸ್ ಬಯಾಲಜಿ ಮಾಡೆಲಿಂಗ್ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಉಲ್ಲೇಖಗಳ ಪಟ್ಟಿಯನ್ನು ಸಹ ನೋಡಿ ಬಾಹ್ಯ ಕೊಂಡಿಗಳು COPASI ಮುಖಪುಟ ಮೆಂಡೆಸ್ ಗುಂಪು, ಜೈವಿಕ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಗಳ ವಿಭಾಗ ಮಾಡೆಲಿಂಗ್, ಹೈಡೆಲ್ಬರ್ಗ್ ಯೂನಿವರ್ಸಿಟಿ ಸಿಸ್ಟಮ್ಸ್ ಬಯಾಲಜಿ ಆರ್ಡಿನರಿ ಡಿಫರೆನ್ಷಿಯಲ್ ಸಮೀಕರಣಗಳು ಡಿಪಾರ್ಟ್ಮೆಂಟ್ ಆಫ್ ಕಂಪ್ಯೂಟರ್ ಸೈನ್ಸ್, ಯೂನಿವರ್ಸಿಟಿ ಆಫ್ ಮ್ಯಾಂಚೆಸ್ಟರ್ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಕಲಾತ್ಮಕ ಪರವಾನಗಿಯನ್ನು ಬಳಸುತ್ತದೆ