TRANSFAC
ಟ್ರಾನ್ಸ್ಫಾಕ್ (ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಷನ್ ಫ್ಯಾಕ್ಟರ್ ಡೇಟಾಬೇಸ್) ಯುಕಾರ್ಯೋಟಿಕ್ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಷನ್ ಅಂಶಗಳು, ಅವುಗಳ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಸೈಟ್ಗಳು ಮತ್ತು ಡಿಎನ್ಎ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಪ್ರೊಫೈಲ್ಗಳ ಕೈಯಿಂದ ಸಂಗ್ರಹಿಸಲಾದ ಡೇಟಾಬೇಸ್ ಆಗಿದೆ. ಸಂಭಾವ್ಯ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಷನ್ ಫ್ಯಾಕ್ಟರ್ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಸೈಟ್ಗಳನ್ನು ಊಹಿಸಲು ಡೇಟಾಬೇಸ್ನ ವಿಷಯಗಳನ್ನು ಬಳಸಬಹುದು. ಪರಿಚಯ ಡೇಟಾಬೇಸ್ನ ಮೂಲವು 1988ರಲ್ಲಿ ಪ್ರಕಟವಾದ ಆರಂಭಿಕ ದತ್ತಾಂಶ ಸಂಗ್ರಹವಾಗಿತ್ತು. ಟ್ರಾನ್ಸ್ಫಾಕ್ ಎಂಬ ಹೆಸರಿನಲ್ಲಿ ಬಿಡುಗಡೆಯಾದ ಮೊದಲ ಆವೃತ್ತಿಯನ್ನು ಹಿಂದಿನ ಜರ್ಮನ್ ನ್ಯಾಷನಲ್ ರಿಸರ್ಚ್ ಸೆಂಟರ್ ಫಾರ್ ಬಯೋಟೆಕ್ನಾಲಜಿಯಲ್ಲಿ ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಲಾಯಿತು ಮತ್ತು ಸ್ಥಳೀಯ ಸ್ಥಾಪನೆಗಾಗಿ ವಿನ್ಯಾಸಗೊಳಿಸಲಾಗಿತ್ತು (ಈಗಃ ಹೆಲ್ಮ್ಹೋಲ್ಟ್ಜ್ ಸೆಂಟರ್ ಫಾರ್ ಇನ್ಫೆಕ್ಷನ್ ರಿಸರ್ಚ್). 1993ರಲ್ಲಿ ಪ್ರಾರಂಭವಾದ ಸಾರ್ವಜನಿಕವಾಗಿ ಧನಸಹಾಯ ಪಡೆದ ಮೊದಲ ಜೈವಿಕ ಮಾಹಿತಿ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನ ಯೋಜನೆಗಳಲ್ಲಿ ಒಂದಾದ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಫಾಕ್ ಅಂತರ್ಜಾಲದಲ್ಲಿ ಲಭ್ಯವಾದ ಸಂಪನ್ಮೂಲವಾಗಿ ಅಭಿವೃದ್ಧಿಗೊಂಡಿತು. 1997ರಲ್ಲಿ, ಡೇಟಾಬೇಸ್ನ ದೀರ್ಘಾವಧಿಯ ಹಣಕಾಸನ್ನು ಭದ್ರಪಡಿಸಿಕೊಳ್ಳುವ ಸಲುವಾಗಿ, ಟ್ರಾನ್ಸ್ಫಾಕ್ಅನ್ನು ಹೊಸದಾಗಿ ಸ್ಥಾಪಿತವಾದ ಕಂಪನಿ ಬಯೋಬೇಸ್ಗೆ ವರ್ಗಾಯಿಸಲಾಯಿತು. ಅಂದಿನಿಂದ, ಅತ್ಯಂತ ನವೀಕೃತ ಆವೃತ್ತಿಯು ಪರವಾನಗಿ ಹೊಂದಿರಬೇಕು, ಆದರೆ ಹಳೆಯ ಆವೃತ್ತಿಗಳು ವಾಣಿಜ್ಯೇತರ ಬಳಕೆದಾರರಿಗೆ ಉಚಿತವಾಗಿರುತ್ತವೆ. ಜುಲೈ 2016 ರಿಂದ, ಟ್ರಾನ್ಸ್ಫಾಕ್ ಅನ್ನು ಜರ್ಮನಿಯ ವೋಲ್ಫೆನ್ಬುಟೆಲ್ನ ಜೀನ್ಎಕ್ಸ್ಪ್ಲೇನ್ ಜಿಎಂಬಿಹೆಚ್ ನಿರ್ವಹಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ವಿತರಿಸುತ್ತದೆ. ವಿಷಯ ಮತ್ತು ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳು ಡೇಟಾಬೇಸ್ನ ವಿಷಯವನ್ನು ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಅಂಶಗಳು (ಟಿಎಫ್ಗಳು) ಮತ್ತು ಅವುಗಳ ಡಿಎನ್ಎ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಸೈಟ್ಗಳ (ಟಿಎಫ್ಬಿಎಸ್) ನಡುವಿನ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ಕೇಂದ್ರೀಕರಿಸುವ ರೀತಿಯಲ್ಲಿ ಆಯೋಜಿಸಲಾಗಿದೆ. ಮೂಲ ವೈಜ್ಞಾನಿಕ ಸಾಹಿತ್ಯದಿಂದ ಹೊರತೆಗೆಯಲಾದ ಅವುಗಳ ರಚನಾತ್ಮಕ ಮತ್ತು ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದಂತೆ ಟಿಎಫ್ಗಳನ್ನು ವಿವರಿಸಲಾಗಿದೆ. ಅವುಗಳ ಡಿಎನ್ಎ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಡೊಮೇನ್ಗಳ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳ ಪ್ರಕಾರ ಅವುಗಳನ್ನು ಕುಟುಂಬಗಳು, ವರ್ಗಗಳು ಮತ್ತು ಸೂಪರ್ಕ್ಲಾಸ್ಗಳಾಗಿ ವರ್ಗೀಕರಿಸಲಾಗಿದೆ. ಜಿನೋಮಿಕ್ ಸೈಟ್ಗೆ ಟಿಎಫ್ನ ಬಂಧವನ್ನು ಸೈಟ್ನ ಸ್ಥಳೀಕರಣ, ಅದರ ಅನುಕ್ರಮ ಮತ್ತು ಪ್ರಾಯೋಗಿಕ ವಿಧಾನವನ್ನು ನಿರ್ದಿಷ್ಟಪಡಿಸುವ ಮೂಲಕ ದಾಖಲಿಸಲಾಗಿದೆ. ಒಂದು ಟಿಎಫ್ ಅಥವಾ ನಿಕಟವಾಗಿ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಟಿಎಫ್ಗಳ ಗುಂಪನ್ನು ಉಲ್ಲೇಖಿಸುವ ಎಲ್ಲಾ ತಾಣಗಳನ್ನು ಜೋಡಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಸ್ಥಾನ-ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಸ್ಕೋರಿಂಗ್ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ (ಪಿಎಸ್ಎಸ್ಎಂ) ಅಥವಾ ಕೌಂಟ್ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ ಅನ್ನು ನಿರ್ಮಿಸಲು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಟ್ರಾನ್ಸ್ಫಾಕ್ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ ಗ್ರಂಥಾಲಯದ ಅನೇಕ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ಗಳನ್ನು ಕ್ಯುರೇಟರ್ಗಳ ತಂಡವು ನಿರ್ಮಿಸಿದೆ, ಇತರವುಗಳನ್ನು ವೈಜ್ಞಾನಿಕ ಪ್ರಕಟಣೆಗಳಿಂದ ತೆಗೆದುಕೊಳ್ಳಲಾಗಿದೆ. ಅಪ್ಲಿಕೇಶನ್ಗಳು TRANSFAC ದತ್ತಸಂಚಯವನ್ನು ಯುಕಾರ್ಯೋಟಿಕ್ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಅಂಶಗಳ ವಿಶ್ವಕೋಶವಾಗಿ ಬಳಸಬಹುದು. ಪ್ರತಿ ಟಿಎಫ್ಗೆ ಗುರಿ ಅನುಕ್ರಮಗಳು ಮತ್ತು ನಿಯಂತ್ರಿತ ವಂಶವಾಹಿಗಳನ್ನು ಪಟ್ಟಿ ಮಾಡಬಹುದು, ಇದನ್ನು ಟಿಎಫ್ಬಿಎಸ್ ಗುರುತಿಸುವ ಸಾಧನಗಳಿಗೆ ಮಾನದಂಡವಾಗಿ ಅಥವಾ ಹೊಸ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಷನ್ ಫ್ಯಾಕ್ಟರ್ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಸೈಟ್ಗಳಿಗೆ (ಟಿಎಫ್ಬಿಎಸ್) ಗುರುತಿಸುವಿಕೆಯ ಕ್ರಮಾವಳಿಗಳಿಗೆ ತರಬೇತಿ ಸೆಟ್ಗಳಾಗಿ ಬಳಸಬಹುದು. ಟಿಎಫ್ ವರ್ಗೀಕರಣವು ಡಿಎನ್ಎ-ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಡೊಮೇನ್ಗಳ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದಂತೆ ಅಂತಹ ದತ್ತಾಂಶ ಸೆಟ್ಗಳನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲು ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ. ಮತ್ತೊಂದು ಅನ್ವಯವೆಂದರೆ ನಿರ್ದಿಷ್ಟವಾದ (ಜೀನ್ಗಳ) ಗುಂಪನ್ನು ನಿಯಂತ್ರಿಸುವ ಎಲ್ಲಾ ಟಿಎಫ್ಗಳನ್ನು ಹಿಂಪಡೆಯುವುದು. ವ್ಯವಸ್ಥೆಗಳು-ಜೈವಿಕ ಅಧ್ಯಯನಗಳ ಸಂದರ್ಭದಲ್ಲಿ, ಟ್ರಾನ್ಸ್ಫ್ಯಾಕ್ನಲ್ಲಿ ದಾಖಲಿಸಲಾದ ಟಿಎಫ್-ಗುರಿ ಜೀನ್ ಸಂಬಂಧಗಳನ್ನು ಪ್ರತಿಲೇಖನ ನಿಯಂತ್ರಕ ಜಾಲಗಳನ್ನು ನಿರ್ಮಿಸಲು ಮತ್ತು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲು ಬಳಸಲಾಯಿತು. ಸಂಭಾವ್ಯ ಟಿಎಫ್ಬಿಎಸ್ನ ಕಂಪ್ಯೂಟೇಶನಲ್ ಮುನ್ಸೂಚನೆಯು ಟ್ರಾನ್ಸ್ಫಾಕ್ನ ಅತ್ಯಂತ ಸಾಮಾನ್ಯ ಬಳಕೆಯಾಗಿದೆ. ಈ ಉದ್ದೇಶಕ್ಕಾಗಿ ವೈಯಕ್ತಿಕ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಸೈಟ್ಗಳು ಅಥವಾ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ ಲೈಬ್ರರಿಯನ್ನು ಬಳಸುವ ಹಲವಾರು ಕ್ರಮಾವಳಿಗಳು ಅಸ್ತಿತ್ವದಲ್ಲಿವೆಃ ಪ್ಯಾಚ್-ಟ್ರಾನ್ಸ್ಫಾಕ್ನಲ್ಲಿ ದಾಖಲಿಸಲಾದ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಸೈಟ್ಗಳೊಂದಿಗೆ ಅನುಕ್ರಮ ಹೋಲಿಕೆಗಳನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸುತ್ತದೆ; ಇದನ್ನು ಡೇಟಾಬೇಸ್ನೊಂದಿಗೆ ಒದಗಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಸೈಟ್ಸೀರ್-ಟ್ರಾನ್ಸ್ಫಾಕ್ನಲ್ಲಿ ದಾಖಲಿಸಲಾದ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಸೈಟ್ಗಳೊಂದಿಗೆ ಅನುಕ್ರಮ ಹೋಲಿಕೆಗಳನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸುತ್ತದೆ. ಮ್ಯಾಚ್-ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ ಲೈಬ್ರರಿಯನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಸಂಭಾವ್ಯ ಟಿಎಫ್ಬಿಎಸ್ ಅನ್ನು ಗುರುತಿಸುತ್ತದೆ; ಇದನ್ನು ಡೇಟಾಬೇಸ್ನೊಂದಿಗೆ ಒದಗಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಟೆಸ್ (ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಷನ್ ಎಲಿಮೆಂಟ್ ಸರ್ಚ್ ಸಿಸ್ಟಮ್)-ಟ್ರಾನ್ಸ್ಫಾಕ್ನ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಸೈಟ್ಗಳೊಂದಿಗೆ ಅನುಕ್ರಮ ಹೋಲಿಕೆಗಳನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಟ್ರಾನ್ಸ್ಫಾಕ್ನ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ ಲೈಬ್ರರಿಗಳು ಮತ್ತು ಇತರ ಮೂರು ಮೂಲಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಸಂಭಾವ್ಯ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಸೈಟ್ಗಳನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸುತ್ತದೆ. ಟಿಇಎಸ್ಎಸ್, ಟ್ರಾನ್ಸ್ಫಾಕ್ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ಗಳನ್ನು ಬಳಸುವ ಸಿಸ್-ರೆಗ್ಯುಲೇಟರಿ ಮಾಡ್ಯೂಲ್ಗಳನ್ನು (ಸಿಆರ್ಎಂಗಳು, ಟಿಎಫ್ಬಿಎಸ್ಗಳ ವಿಶಿಷ್ಟ ಸಂಯೋಜನೆಗಳು) ಗುರುತಿಸುವ ಕಾರ್ಯಕ್ರಮವನ್ನು ಸಹ ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ. ಪ್ರೋಮೋ-ವಾಣಿಜ್ಯ ದತ್ತಸಂಚಯ ಆವೃತ್ತಿಯ ಟಿಎಫ್ಎಂ ಎಕ್ಸ್ಪ್ಲೋರರ್ನ ಸಹಾಯದಿಂದ ಟಿಎಫ್ಬಿಎಸ್ಗಳ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ ಆಧಾರಿತ ಮುನ್ಸೂಚನೆ-ಜೀನ್ಗಳ ಗುಂಪಿನಲ್ಲಿ ಸಾಮಾನ್ಯ ಸಂಭಾವ್ಯ ಟಿಎಫ್ಬಿಎಸ್ಗಳ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆ ಮೋಟಿಫ್ಮೋಗುಲ್-ಹಲವಾರು ವಿಭಿನ್ನ ಕ್ರಮಾವಳಿಗಳೊಂದಿಗೆ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ ಆಧಾರಿತ ಅನುಕ್ರಮ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ-ಸಂರಕ್ಷಿತ ಪ್ರವರ್ತಕ ಪ್ರದೇಶಗಳಲ್ಲಿ ಕಾಂಟ್ರಾ-ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ ಆಧಾರಿತ ಅನುಕ್ರಮ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ಪಿಎಂಎಸ್ (ಪಾಲಿ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ ಸರ್ಚ್)-ಸಂರಕ್ಷಿತ ಪ್ರವರ್ತಕ ಪ್ರದೇಶಗಳಲ್ಲಿ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ ಆಧಾರಿತ ಅನುಕ್ರಮ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ಟ್ರಾನ್ಸಾಕ್ ಮತ್ತು ಇತರ ಮೂಲಗಳ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ ಗ್ರಂಥಾಲಯದೊಂದಿಗೆ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ಗಳ ಹೋಲಿಕೆಃ ಟ್ರಾನ್ಸಾಕ್ ಅಥವಾ ಇತರ ಗ್ರಂಥಾಲಯಗಳೊಂದಿಗೆ ವೈಯಕ್ತಿಕ ಅಥವಾ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ಗಳ ಗುಂಪುಗಳನ್ನು ಹೋಲಿಸಲು ಟಿ-ರೆಗ್ ಕಂಪರೇಟರ್. ಮ್ಯಾಕೋ (ಪಾಲಿ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ ಸರ್ಚ್)-ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ ಗ್ರಂಥಾಲಯಗಳೊಂದಿಗೆ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ ಹೋಲಿಕೆ. ಹಲವಾರು ಸರ್ವರ್ಗಳು ಟ್ರಾನ್ಸ್ಫಾಕ್ನ ಸಹಾಯದಿಂದ ಗಣಿಸಲಾದ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಟಿಪ್ಪಣಿಗಳನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತವೆ. ಇತರರು ಗುರಿ ಜೀನ್ ಸೆಟ್ಗಳನ್ನು ಊಹಿಸಲು ಅಂತಹ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಳನ್ನು ಬಳಸಿದ್ದಾರೆ. ಎಡ್ಗರ್ ವಿಂಗೆಂಡರ್ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಷನ್ ಫ್ಯಾಕ್ಟರ್ಸ್ ಜೆನೆಟಿಕ್ಸ್ ಡೇಟಾಬೇಸ್ಗಳ ಮುಖಪುಟದಲ್ಲಿರುವ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಫಾಕ್ ಡೇಟಾಬೇಸ್ನ ಇತಿಹಾಸದ ಬಾಹ್ಯ ಕೊಂಡಿಗಳ ಉಲ್ಲೇಖಗಳನ್ನು ಸಹ ನೋಡಿ.