De novo transcriptome assembly
ಡಿ ನೊವೊ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮ್ ಜೋಡಣೆಯು ಉಲ್ಲೇಖ ಜೀನೋಮ್ನ ಸಹಾಯವಿಲ್ಲದೆ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮ್ ಅನ್ನು ರಚಿಸುವ ಡಿ ನೊವೊ ಅನುಕ್ರಮ ಜೋಡಣೆಯ ವಿಧಾನವಾಗಿದೆ. ಪರಿಚಯ ಹೊಸ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನಗಳ ಅಭಿವೃದ್ಧಿಯ ಪರಿಣಾಮವಾಗಿ, 2008 ಮತ್ತು 2012ರ ನಡುವಿನ ವರ್ಷಗಳಲ್ಲಿ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ವೆಚ್ಚದಲ್ಲಿ ದೊಡ್ಡ ಕುಸಿತ ಕಂಡುಬಂದಿದೆ. ಪ್ರತಿ ಮೆಗಾಬೇಸ್ ಮತ್ತು ಜೀನೋಮ್ಗೆ, ವೆಚ್ಚವು ಕ್ರಮವಾಗಿ 1/100,000 th ಮತ್ತು 1/10,000 th ಬೆಲೆಗೆ ಇಳಿಯಿತು. ಇದಕ್ಕೂ ಮೊದಲು, ವೈಜ್ಞಾನಿಕ ಸಂಶೋಧನೆಗೆ ವ್ಯಾಪಕ ಆಸಕ್ತಿ ಮತ್ತು ಉಪಯುಕ್ತತೆ ಹೊಂದಿದ್ದ ಜೀವಿಗಳ ಪ್ರತಿಲೇಖನಗಳನ್ನು ಮಾತ್ರ ಅನುಕ್ರಮಗೊಳಿಸಲಾಗುತ್ತಿತ್ತು; ಆದಾಗ್ಯೂ, 2010ರ ದಶಕದಲ್ಲಿ ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಲಾದ ಉನ್ನತ-ಥ್ರೋಪುಟ್ ಅನುಕ್ರಮ (ಮುಂದಿನ-ಪೀಳಿಗೆಯ ಅನುಕ್ರಮ ಎಂದೂ ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ) ತಂತ್ರಜ್ಞಾನಗಳು ವೆಚ್ಚ ಮತ್ತು ಕಾರ್ಮಿಕ-ಪರಿಣಾಮಕಾರಿ ಎರಡೂ ಆಗಿವೆ, ಮತ್ತು ಈ ವಿಧಾನಗಳ ಮೂಲಕ ಅಧ್ಯಯನ ಮಾಡಲಾದ ಜೀವಿಗಳ ವ್ಯಾಪ್ತಿಯು ವಿಸ್ತರಿಸುತ್ತಿದೆ. ತರುವಾಯ ಕಡಲೆ, ಪ್ಲ್ಯಾನೇರಿಯನ್ಗಳು, ಪಾರ್ಹೇಲ್ ಹವಾಯೆನ್ಸಿಸ್, ಜೊತೆಗೆ ನೈಲ್ ಮೊಸಳೆ, ಕಾರ್ನ್ ಹಾವು, ಗಡ್ಡವಿರುವ ಡ್ರ್ಯಾಗನ್ ಮತ್ತು ಕೆಂಪು-ಕಿವಿ ಸ್ಲೈಡರ್ಗಳ ಮಿದುಳುಗಳಿಗಾಗಿ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮ್ಗಳನ್ನು ರಚಿಸಲಾಗಿದೆ. ಮಾದರಿ-ಅಲ್ಲದ ಜೀವಿಗಳನ್ನು ಪರೀಕ್ಷಿಸುವುದರಿಂದ ಭೂಮಿಯ ಮೇಲಿನ ಜೀವನದ ಸಮೃದ್ಧಿಯನ್ನು ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸಿದ "ಆಕರ್ಷಕ ರೂಪವಿಜ್ಞಾನದ ನಾವೀನ್ಯತೆಗಳ ವೈವಿಧ್ಯತೆ" ಯ ಆಧಾರವಾಗಿರುವ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನಗಳ ಬಗ್ಗೆ ಹೊಸ ಒಳನೋಟಗಳನ್ನು ಒದಗಿಸಬಹುದು. ಪ್ರಾಣಿಗಳು ಮತ್ತು ಸಸ್ಯಗಳಲ್ಲಿ, ಸಾಮಾನ್ಯ ಮಾದರಿ ಜೀವಿಗಳಲ್ಲಿ ಪರೀಕ್ಷಿಸಲಾಗದ "ನಾವೀನ್ಯತೆಗಳು" ಅನುಕರಣೆ, ಪರಸ್ಪರತೆ, ಪರಾವಲಂಬಿ ಮತ್ತು ಅಲೈಂಗಿಕ ಸಂತಾನೋತ್ಪತ್ತಿಯನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿವೆ. ಡಿ ನೊವೊ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮ್ ಜೋಡಣೆಯು ಮಾದರಿಯಲ್ಲದ ಜೀವಿಗಳನ್ನು ಅಧ್ಯಯನ ಮಾಡಲು ಆದ್ಯತೆಯ ವಿಧಾನವಾಗಿದೆ, ಏಕೆಂದರೆ ಇದು ಜೀನೋಮ್ ಅನ್ನು ನಿರ್ಮಿಸುವುದಕ್ಕಿಂತ ಅಗ್ಗವಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಸುಲಭವಾಗಿದೆ, ಮತ್ತು ಅಸ್ತಿತ್ವದಲ್ಲಿರುವ ಜೀನೋಮ್ ಇಲ್ಲದೆ ಉಲ್ಲೇಖ ಆಧಾರಿತ ವಿಧಾನಗಳು ಸಾಧ್ಯವಿಲ್ಲ. ಈ ಜೀವಿಗಳ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮ್ಗಳು ಅಂತಹ ವಿಶಿಷ್ಟ ಜೈವಿಕ ವಿದ್ಯಮಾನಗಳಲ್ಲಿ ತೊಡಗಿರುವ ಹೊಸ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳು ಮತ್ತು ಅವುಗಳ ಐಸೋಫಾರ್ಮ್ಗಳನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸಬಹುದು. ಡಿ ನೊವೊ ವರ್ಸಸ್ ರೆಫರೆನ್ಸ್-ಆಧಾರಿತ ಜೋಡಣೆಯು ಜೋಡಿಸಲಾದ ನಕಲುಗಳ ಒಂದು ಸಮೂಹವು ಆರಂಭಿಕ ಜೀನ್ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ಅಧ್ಯಯನಗಳಿಗೆ ಅವಕಾಶ ನೀಡುತ್ತದೆ. ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ ಕಂಪ್ಯೂಟರ್ ಪ್ರೋಗ್ರಾಂಗಳ ಅಭಿವೃದ್ಧಿಯ ಮೊದಲು, ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮ್ ಡೇಟಾವನ್ನು ಪ್ರಾಥಮಿಕವಾಗಿ ಉಲ್ಲೇಖ ಜೀನೋಮ್ಗೆ ಮ್ಯಾಪ್ ಮಾಡುವ ಮೂಲಕ ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲಾಗುತ್ತಿತ್ತು. ಜೀನೋಮ್ ಜೋಡಣೆಯು ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ನಿರೂಪಿಸುವ ಒಂದು ದೃಢವಾದ ಮಾರ್ಗವಾಗಿದ್ದರೂ, ಪರ್ಯಾಯ ಸ್ಪ್ಲೈಸಿಂಗ್ನಂತಹ ಎಂಆರ್ಎನ್ಎ ಪ್ರತಿಲೇಖನಗಳ ರಚನಾತ್ಮಕ ಬದಲಾವಣೆಗಳ ಘಟನೆಗಳನ್ನು ಲೆಕ್ಕಹಾಕಲು ಅಸಮರ್ಥತೆಯಿಂದಾಗಿ ಈ ವಿಧಾನವು ಅನನುಕೂಲವಾಗಿದೆ. ಜೀನೋಮ್ ಪ್ರತಿಲೇಖನದಲ್ಲಿ ಇರಬಹುದಾದ ಎಲ್ಲಾ ಇಂಟ್ರಾನ್ಗಳು ಮತ್ತು ಎಕ್ಸಾನ್ಗಳ ಮೊತ್ತವನ್ನು ಹೊಂದಿರುವುದರಿಂದ, ಜೀನೋಮ್ನೊಂದಿಗೆ ನಿರಂತರವಾಗಿ ಜೋಡಿಸದ ಸ್ಪ್ಲೈಸ್ಡ್ ರೂಪಾಂತರಗಳನ್ನು ನಿಜವಾದ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಐಸೋಫಾರ್ಮ್ಗಳಾಗಿ ರಿಯಾಯಿತಿ ಮಾಡಬಹುದು. ಉಲ್ಲೇಖ ಜೀನೋಮ್ ಲಭ್ಯವಿದ್ದರೂ ಸಹ, ಡಿ ನೊವೊ ಜೋಡಣೆಯನ್ನು ನಡೆಸಬೇಕು, ಏಕೆಂದರೆ ಇದು ಉಲ್ಲೇಖ ಜೀನೋಮ್ ಜೋಡಣೆಯಿಂದ ಕಾಣೆಯಾದ ಜೀನೋಮ್ನ ಭಾಗಗಳಿಂದ ನಕಲು ಮಾಡಲಾದ ನಕಲುಗಳನ್ನು ಮರುಪಡೆಯಬಹುದು. ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮ್ ವರ್ಸಸ್ ಜೀನೋಮ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ ಜೀನೋಮ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಕವರೇಜ್ ಮಟ್ಟಗಳಿಗಿಂತ ಭಿನ್ನವಾಗಿ-ಡಿಎನ್ಎಯ ಕೋಡಿಂಗ್ ಅಲ್ಲದ ಇಂಟ್ರಾನ್ ಪ್ರದೇಶಗಳಲ್ಲಿ ಪುನರಾವರ್ತಿತ ವಿಷಯದ ಪರಿಣಾಮವಾಗಿ ಯಾದೃಚ್ಛಿಕವಾಗಿ ಬದಲಾಗಬಹುದು-ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಕವರೇಜ್ ಮಟ್ಟಗಳು ಜೀನ್ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ಮಟ್ಟವನ್ನು ನೇರವಾಗಿ ಸೂಚಿಸಬಹುದು. ಈ ಪುನರಾವರ್ತಿತ ಅನುಕ್ರಮಗಳು ಜೀನೋಮ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿಯಲ್ಲಿ ಕಾಂಟಿಗ್ಗಳ ರಚನೆಯಲ್ಲಿ ಅಸ್ಪಷ್ಟತೆಗಳನ್ನು ಸೃಷ್ಟಿಸುತ್ತವೆ, ಆದರೆ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ ಕಾಂಟಿಗ್ಗಳಲ್ಲಿನ ಅಸ್ಪಷ್ಟತೆಗಳು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಸ್ಪ್ಲೈಸ್ಡ್ ಐಸೋಫಾರ್ಮ್ಗಳಿಗೆ ಅಥವಾ ಜೀನ್ ಕುಟುಂಬದ ಸದಸ್ಯರಲ್ಲಿ ಸಣ್ಣ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳಿಗೆ ಅನುಗುಣವಾಗಿರುತ್ತವೆ. ಹಲವಾರು ಕಾರಣಗಳಿಂದಾಗಿ ಜೀನೋಮ್ ಜೋಡಣೆಯನ್ನು ನೇರವಾಗಿ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮ್ ಜೋಡಣೆಯಲ್ಲಿ ಬಳಸಲಾಗುವುದಿಲ್ಲ. ಮೊದಲನೆಯದಾಗಿ, ಜೀನೋಮ್ ಅನುಕ್ರಮ ಆಳವು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಜೀನೋಮ್ನ ಉದ್ದಕ್ಕೂ ಒಂದೇ ಆಗಿರುತ್ತದೆ, ಆದರೆ ನಕಲುಗಳ ಆಳವು ಬದಲಾಗಬಹುದು. ಎರಡನೆಯದಾಗಿ, ಎರಡೂ ಎಳೆಗಳನ್ನು ಯಾವಾಗಲೂ ಜೀನೋಮ್ ಅನುಕ್ರಮದಲ್ಲಿ ಅನುಕ್ರಮಗೊಳಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಆದರೆ ಆರ್ಎನ್ಎ-ಸೆಕ್ ಸ್ಟ್ರಾಂಡ್-ನಿರ್ದಿಷ್ಟವಾಗಿರಬಹುದು. ಮೂರನೆಯದಾಗಿ, ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮ್ ಜೋಡಣೆಯು ಹೆಚ್ಚು ಸವಾಲಿನದ್ದಾಗಿದೆ ಏಕೆಂದರೆ ಒಂದೇ ಜೀನ್ನಿಂದ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟ್ ರೂಪಾಂತರಗಳು ಎಕ್ಸಾನ್ಗಳನ್ನು ಹಂಚಿಕೊಳ್ಳಬಹುದು ಮತ್ತು ನಿಸ್ಸಂದಿಗ್ಧವಾಗಿ ಪರಿಹರಿಸಲು ಕಷ್ಟವಾಗುತ್ತದೆ. ವಿಧಾನ ಆರ್ಎನ್ಎ-ಸೆಕ್ ಜೀವಕೋಶಗಳಿಂದ ಆರ್ಎನ್ಎಯನ್ನು ಹೊರತೆಗೆದು ಶುದ್ಧೀಕರಿಸಿದ ನಂತರ, ಅದನ್ನು ಹೈ-ಥ್ರೂಪುಟ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ಸೌಲಭ್ಯಕ್ಕೆ ಕಳುಹಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಅಲ್ಲಿ ಅದನ್ನು ಮೊದಲು ರಿವರ್ಸ್ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರೈಬ್ ಮಾಡಿ ಸಿಡಿಎನ್ಎ ಲೈಬ್ರರಿಯನ್ನು ರಚಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಈ ಸಿಡಿಎನ್ಎಯನ್ನು ನಂತರ ಅನುಕ್ರಮಕ್ಕೆ ಬಳಸುವ ವೇದಿಕೆಯನ್ನು ಅವಲಂಬಿಸಿ ವಿವಿಧ ಉದ್ದಗಳಾಗಿ ವಿಂಗಡಿಸಬಹುದು. ಈ ಕೆಳಗಿನ ಪ್ರತಿಯೊಂದು ಪ್ಲಾಟ್ಫಾರ್ಮ್ಗಳು ಲಕ್ಷಾಂತರ ಕಿರು ರೀಡ್ಗಳನ್ನು ಅನುಕ್ರಮಗೊಳಿಸಲು ವಿಭಿನ್ನ ರೀತಿಯ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನವನ್ನು ಬಳಸುತ್ತವೆಃ 454 ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್, ಇಲ್ಯೂಮಿನಾ ಮತ್ತು ಸೋಲ್ಡ್. ಅಸೆಂಬ್ಲಿ ಕ್ರಮಾವಳಿಗಳು ಸಿಡಿಎನ್ಎ ಅನುಕ್ರಮ ಓದುವಿಕೆಯನ್ನು ಕಿರು ಓದುವ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಜೋಡಣೆ ಕಾರ್ಯಕ್ರಮದ ಮೂಲಕ ಪ್ರತಿಲೇಖನಗಳಾಗಿ ಜೋಡಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಬಹುಪಾಲು, ಪ್ರತಿಲೇಖನಗಳ ನಡುವಿನ ಕೆಲವು ಅಮೈನೋ ಆಮ್ಲದ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳು ವಿಭಿನ್ನ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಐಸೋಫಾರ್ಮ್ಗಳನ್ನು ಪ್ರತಿಬಿಂಬಿಸುತ್ತವೆ. ಅವು ಒಂದೇ ವಂಶವಾಹಿ ಕುಟುಂಬದೊಳಗೆ ವಿಭಿನ್ನ ವಂಶವಾಹಿಗಳನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುವ ಸಾಧ್ಯತೆಯೂ ಇದೆ, ಅಥವಾ ವ್ಯತ್ಯಾಸದ ಮಟ್ಟವನ್ನು ಅವಲಂಬಿಸಿ ಸಂರಕ್ಷಿತ ಡೊಮೇನ್ ಅನ್ನು ಮಾತ್ರ ಹಂಚಿಕೊಳ್ಳುವ ವಂಶವಾಹಿಗಳೂ ಸಹ ಇರಬಹುದು. ಹಲವಾರು ಜೋಡಣೆ ಕಾರ್ಯಕ್ರಮಗಳು ಲಭ್ಯವಿವೆ (ಜೋಡಣೆಗಳನ್ನು ನೋಡಿ). ಜೀನೋಮ್ಗಳನ್ನು ಜೋಡಿಸುವಲ್ಲಿ ಈ ಕಾರ್ಯಕ್ರಮಗಳು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಯಶಸ್ವಿಯಾದರೂ, ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮ್ ಜೋಡಣೆಯು ಕೆಲವು ವಿಶಿಷ್ಟ ಸವಾಲುಗಳನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ. ಜೀನೋಮ್ಗೆ ಹೆಚ್ಚಿನ ಅನುಕ್ರಮ ವ್ಯಾಪ್ತಿಯು ಪುನರಾವರ್ತಿತ ಅನುಕ್ರಮಗಳ ಉಪಸ್ಥಿತಿಯನ್ನು ಸೂಚಿಸಬಹುದು (ಮತ್ತು ಹೀಗೆ ಮರೆಮಾಚಬಹುದು), ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮ್ಗೆ, ಅವು ಸಮೃದ್ಧಿಯನ್ನು ಸೂಚಿಸಬಹುದು. ಇದರ ಜೊತೆಗೆ, ಜೀನೋಮ್ ಅನುಕ್ರಮಕ್ಕಿಂತ ಭಿನ್ನವಾಗಿ, ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮ್ ಅನುಕ್ರಮವು ಸ್ಟ್ರಾಂಡ್-ನಿರ್ದಿಷ್ಟವಾಗಿರಬಹುದು, ಏಕೆಂದರೆ ಇಂದ್ರಿಯ ಮತ್ತು ಆಂಟಿಸೆನ್ಸ್ ಪ್ರತಿಲೇಖನಗಳೆರಡರ ಸಾಧ್ಯತೆಯೂ ಇರುತ್ತದೆ. ಅಂತಿಮವಾಗಿ, ಎಲ್ಲಾ ಸ್ಪ್ಲೈಸಿಂಗ್ ಐಸೋಫಾರ್ಮ್ಗಳನ್ನು ಪುನರ್ನಿರ್ಮಿಸುವುದು ಮತ್ತು ಬೇರ್ಪಡಿಸುವುದು ಕಷ್ಟವಾಗಬಹುದು. ಶಾರ್ಟ್ ರೀಡ್ ಅಸೆಂಬ್ಲರ್ಗಳು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಎರಡು ಮೂಲಭೂತ ಕ್ರಮಾವಳಿಗಳಲ್ಲಿ ಒಂದನ್ನು ಬಳಸುತ್ತವೆಃ ಒವರ್ಲ್ಯಾಪ್ ಗ್ರಾಫ್ಗಳು ಮತ್ತು ಡಿ ಬ್ರುಯಿನ್ ಗ್ರಾಫ್ಗಳು. ಸ್ಯಾಂಗರ್ ಅನುಕ್ರಮ ಓದುವಿಕೆಗಳಿಗಾಗಿ ವಿನ್ಯಾಸಗೊಳಿಸಲಾದ ಹೆಚ್ಚಿನ ಜೋಡಣೆಗಳಿಗೆ ಓವರ್ಲ್ಯಾಪ್ ಗ್ರಾಫ್ಗಳನ್ನು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಪ್ರತಿ ಜೋಡಿ ರೀಡ್ಗಳ ನಡುವಿನ ಅತಿಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಲೆಕ್ಕ ಹಾಕಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಗ್ರಾಫ್ ಆಗಿ ಸಂಕಲಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಇದರಲ್ಲಿ ಪ್ರತಿ ನೋಡ್ ಒಂದೇ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತದೆ. ಈ ಕ್ರಮಾವಳಿಯು ಡಿ ಬ್ರುಯಿನ್ ಗ್ರಾಫ್ಗಳಿಗಿಂತ ಗಣನೆಗೆ ಹೆಚ್ಚು ತೀವ್ರವಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಹೆಚ್ಚಿನ ಮಟ್ಟದ ಅತಿಕ್ರಮಣದೊಂದಿಗೆ ಕಡಿಮೆ ರೀಡ್ಗಳನ್ನು ಜೋಡಿಸುವಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚು ಪರಿಣಾಮಕಾರಿಯಾಗಿದೆ. ಡಿ ಬ್ರುಯಿನ್ ಗ್ರಾಫ್ಗಳು ಕೆ-1 ಅನುಕ್ರಮ ಸಂರಕ್ಷಣೆಯ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ಕೆ-ಮೆರ್ಸ್ ಅನ್ನು (ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ 25-50 ಬಿಪಿ) ಜೋಡಿಸಿ ಕಾಂಟಿಗ್ಗಳನ್ನು ರಚಿಸುತ್ತವೆ. ಕೆ-ಮೆರ್ಗಳು ಓದುವ ಉದ್ದಕ್ಕಿಂತ ಚಿಕ್ಕದಾಗಿರುವುದರಿಂದ ವೇಗವಾಗಿ ಹ್ಯಾಶಿಂಗ್ ಮಾಡಲು ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ, ಆದ್ದರಿಂದ ಡಿ ಬ್ರುಯಿನ್ ಗ್ರಾಫ್ಗಳಲ್ಲಿನ ಕಾರ್ಯಾಚರಣೆಗಳು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಕಡಿಮೆ ಗಣನೆಯ ತೀವ್ರತೆಯನ್ನು ಹೊಂದಿರುತ್ತವೆ. ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಟಿಪ್ಪಣಿ ಜೋಡಿಸಲಾದ ನಕಲುಗಳ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಟಿಪ್ಪಣಿ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಆಣ್ವಿಕ ಕಾರ್ಯಗಳು, ಜೀವಕೋಶದ ಘಟಕಗಳು ಮತ್ತು ಸಂಭಾವ್ಯ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳು ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ಜೈವಿಕ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಗಳ ಒಳನೋಟಕ್ಕೆ ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ. ಬ್ಲಾಸ್ಟ್2ಜಿಒ (ಬಿ2ಜಿ) ಜೀನ್ ಆಂಟಾಲಜಿ ಆಧಾರಿತ ದತ್ತಾಂಶ ಗಣಿಗಾರಿಕೆಗೆ ಅನುಕ್ರಮ ದತ್ತಾಂಶವನ್ನು ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮಾಡಲು ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ, ಇದಕ್ಕಾಗಿ ಯಾವುದೇ ಜಿಒ ಟಿಪ್ಪಣಿ ಇನ್ನೂ ಲಭ್ಯವಿಲ್ಲ. ಇದು ಮಾದರಿಯಲ್ಲದ ಪ್ರಭೇದಗಳ ಮೇಲೆ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಜೀನೋಮಿಕ್ಸ್ ಸಂಶೋಧನೆಯಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚಾಗಿ ಬಳಸಲಾಗುವ ಸಂಶೋಧನಾ ಸಾಧನವಾಗಿದೆ. ಇದು (ಎನ್. ಸಿ. ಬಿ. ಐ. ಯಲ್ಲಿ) ಅನಗತ್ಯ ಪ್ರೋಟೀನ್ ದತ್ತಸಂಚಯದ ವಿರುದ್ಧ ಜೋಡಿಸಲಾದ ಕಾಂಟಿಗ್ಗಳನ್ನು ಸ್ಫೋಟಿಸುವ ಮೂಲಕ ಕಾರ್ಯನಿರ್ವಹಿಸುತ್ತದೆ, ನಂತರ ಅನುಕ್ರಮ ಹೋಲಿಕೆಯ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ಅವುಗಳನ್ನು ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮಾಡುತ್ತದೆ. ಇದೇ ರೀತಿಯ ಶೈಲಿಯಲ್ಲಿ ಕಾರ್ಯನಿರ್ವಹಿಸುವ ಪ್ರಾಣಿ ಮತ್ತು ಕೃಷಿ ಸಸ್ಯಗಳ ಜೀನ್ ಉತ್ಪನ್ನಗಳಿಗೆ ನಿರ್ದಿಷ್ಟವಾದ ಮತ್ತೊಂದು ಗೋ ಟಿಪ್ಪಣಿ ಕಾರ್ಯಕ್ರಮವೆಂದರೆ ಗೋವಾನ್ನಾ. ಇದು ಗೋ ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮತ್ತು ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಾಗಿ ಕ್ಯುರೇಟೆಡ್, ಸಾರ್ವಜನಿಕವಾಗಿ ಪ್ರವೇಶಿಸಬಹುದಾದ ಕಂಪ್ಯೂಟೇಶನಲ್ ಸಾಧನಗಳ ಅಗ್ಬೇಸ್ ಡೇಟಾಬೇಸ್ನ ಭಾಗವಾಗಿದೆ. ವ್ಯಾಖ್ಯಾನದ ನಂತರ, ಕೆಇಜಿಜಿ (ಜೀನ್ಸ್ ಮತ್ತು ಜೀನೋಮ್ಗಳ ಕ್ಯೋಟೋ ಎನ್ಸೈಕ್ಲೋಪೀಡಿಯಾ) ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮ್ನಲ್ಲಿ ಸೆರೆಹಿಡಿಯಲಾದ ಚಯಾಪಚಯ ಮಾರ್ಗಗಳು ಮತ್ತು ಆಣ್ವಿಕ ಸಂವಹನ ಜಾಲಗಳ ದೃಶ್ಯೀಕರಣವನ್ನು ಶಕ್ತಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ. ಜಿಒ ಪದಗಳಿಗೆ ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮಾಡುವುದರ ಜೊತೆಗೆ, ಈ ನಕಲುಗಳಿಂದ ಪಡೆದ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳ ಅಮೈನೊ ಆಸಿಡ್ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಊಹಿಸಲು ತೆರೆದ ಓದುವ ಚೌಕಟ್ಟುಗಳಿಗಾಗಿ (ಒಆರ್ಎಫ್) ಸಹ ಕಾಂಟಿಗ್ಗಳನ್ನು ಪರೀಕ್ಷಿಸಬಹುದು. ಮತ್ತೊಂದು ವಿಧಾನವೆಂದರೆ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಡೊಮೇನ್ಗಳನ್ನು ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮಾಡುವುದು ಮತ್ತು ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಜೀನ್ಗಳಿಗಿಂತ ಜೀನ್ ಕುಟುಂಬಗಳ ಉಪಸ್ಥಿತಿಯನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸುವುದು. ಪರಿಶೀಲನೆ ಮತ್ತು ಗುಣಮಟ್ಟದ ನಿಯಂತ್ರಣವು ಉತ್ತಮವಾಗಿ ಪರಿಹರಿಸಲಾದ ಉಲ್ಲೇಖ ಜೀನೋಮ್ ವಿರಳವಾಗಿ ಲಭ್ಯವಿರುವುದರಿಂದ, ಕಂಪ್ಯೂಟರ್-ಜೋಡಿಸಲಾದ ಕಾಂಟಿಗ್ಗಳ ಗುಣಮಟ್ಟವನ್ನು ಜೋಡಿಸಲಾದ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಅವುಗಳನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸಲು ಬಳಸುವ ರೀಡ್ಗಳಿಗೆ (ಉಲ್ಲೇಖ-ಮುಕ್ತ) ಹೋಲಿಸುವ ಮೂಲಕ ಅಥವಾ ಎಮ್ಆರ್ಎನ್ಎ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟ್ಗಳಲ್ಲಿ ಕಂಡುಬರುವ ಸಂರಕ್ಷಿತ ಜೀನ್ ಡೊಮೇನ್ಗಳ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ನಿಕಟವಾಗಿ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಪ್ರಭೇದಗಳ (ಉಲ್ಲೇಖ-ಆಧಾರಿತ) ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮ್ಗಳು ಅಥವಾ ಜೀನೋಮ್ಗಳಿಗೆ ಜೋಡಿಸುವ ಮೂಲಕ ಪರಿಶೀಲಿಸಬಹುದು. ಟ್ರಾನ್ಸರೇಟ್ ಮತ್ತು ಡಿಟೋನೇಟ್ನಂತಹ ಸಾಧನಗಳು ಈ ವಿಧಾನಗಳ ಮೂಲಕ ಜೋಡಣೆಯ ಗುಣಮಟ್ಟದ ಸಂಖ್ಯಾಶಾಸ್ತ್ರೀಯ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಅನುಮತಿಸುತ್ತವೆ. ಊಹಿಸಲಾದ ನಕಲುಗಳಿಗಾಗಿ ಪಿಸಿಆರ್ ಪ್ರೈಮರ್ಗಳನ್ನು ವಿನ್ಯಾಸಗೊಳಿಸುವುದು ಮತ್ತೊಂದು ವಿಧಾನವಾಗಿದೆ, ನಂತರ ಅವುಗಳನ್ನು ಸಿಡಿಎನ್ಎ ಗ್ರಂಥಾಲಯದಿಂದ ವರ್ಧಿಸಲು ಪ್ರಯತ್ನಿಸಿ. ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ, ಅಸಾಧಾರಣವಾದ ಸಣ್ಣ ರೀಡ್ಗಳನ್ನು ಫಿಲ್ಟರ್ ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ. ಸಣ್ಣ ಅನುಕ್ರಮಗಳು (<40 ಅಮೈನೊ ಆಮ್ಲಗಳು) ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುವ ಸಾಧ್ಯತೆಯಿಲ್ಲ, ಏಕೆಂದರೆ ಅವು ಸ್ವತಂತ್ರವಾಗಿ ಮಡಚಲು ಮತ್ತು ಹೈಡ್ರೋಫೋಬಿಕ್ ಕೋರ್ಗಳನ್ನು ರೂಪಿಸಲು ಸಾಧ್ಯವಾಗುವುದಿಲ್ಲ. ಈ ಮಾಪನಗಳಿಗೆ ಪೂರಕವಾಗಿ, ಜೀನ್ ವಿಷಯದ ಪರಿಮಾಣಾತ್ಮಕ ಮೌಲ್ಯಮಾಪನವು ಜೋಡಣೆಯ ಗುಣಮಟ್ಟದ ಬಗ್ಗೆ ಹೆಚ್ಚುವರಿ ಒಳನೋಟಗಳನ್ನು ಒದಗಿಸಬಹುದು. ಈ ಹಂತವನ್ನು ನಿರ್ವಹಿಸಲು, ಸಂರಕ್ಷಿತ ವಂಶವಾಹಿಗಳ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ನಿರೀಕ್ಷಿತ ವಂಶವಾಹಿ ಜಾಗವನ್ನು ರೂಪಿಸುವ ಬುಸ್ಕೋದಂತಹ ಸಾಧನಗಳನ್ನು ಬಳಸಬಹುದು. ಯುಕ್ಯಾರಿಯೋಟ್ಗಳಿಗೆ, ಸಿಇಜಿಎಂಎಯನ್ನು ಸಹ ಬಳಸಬಹುದು, ಆದಾಗ್ಯೂ ಇದನ್ನು 2015 ರಿಂದ ಅಧಿಕೃತವಾಗಿ ಬೆಂಬಲಿಸಲಾಗಿಲ್ಲ. ಜೋಡಣೆಗಾರರು ಈ ಕೆಳಗಿನವು ಜೋಡಣೆ ತಂತ್ರಾಂಶದ ಭಾಗಶಃ ಸಂಕಲನವಾಗಿದ್ದು, ಇದನ್ನು ಪ್ರತಿಲೇಖನಗಳನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸಲು ಬಳಸಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಇದನ್ನು ವೈಜ್ಞಾನಿಕ ಸಾಹಿತ್ಯದಲ್ಲೂ ಉಲ್ಲೇಖಿಸಲಾಗಿದೆ. ಸೆಕ್ಮನ್ ಎನ್. ಜಿ. ಎನ್. ಎಸ್. ಓ. ಎ. ಪಿಡೆನೊವೊ-ಟ್ರಾನ್ಸ್ ಎಸ್. ಓ. ಎ. ಪಿಡೆನೊವೊ-ಟ್ರಾನ್ಸ್ ಎಸ್. ಓ. ಎ. ಪಿಡೆನೊವೊ2 ಚೌಕಟ್ಟಿನಿಂದ ಆನುವಂಶಿಕವಾಗಿ ಪಡೆದ ಡಿ ನೊವೊ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮ್ ಜೋಡಣೆಯಾಗಿದ್ದು, ಪರ್ಯಾಯ ಸ್ಪ್ಲೈಸಿಂಗ್ ಮತ್ತು ವಿಭಿನ್ನ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ಮಟ್ಟದೊಂದಿಗೆ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮ್ ಅನ್ನು ಜೋಡಿಸಲು ವಿನ್ಯಾಸಗೊಳಿಸಲಾಗಿದೆ. ಎಸ್. ಓ. ಎ. ಪಿ. ಡೆನೊವೊ2 ಗೆ ಹೋಲಿಸಿದರೆ ಪೂರ್ಣ-ಉದ್ದದ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಸೆಟ್ಗಳನ್ನು ನಿರ್ಮಿಸಲು ಜೋಡಣೆಯು ಹೆಚ್ಚು ಸಮಗ್ರವಾದ ಮಾರ್ಗವನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ. ವೆಲ್ವೆಟ್/ಓಯಸಿಸ್ ವೆಲ್ವೆಟ್ ಅಲ್ಗಾರಿದಮ್ ಪ್ರತಿಲೇಖನಗಳನ್ನು ಜೋಡಿಸಲು ಡಿ ಬ್ರುಯಿನ್ ಗ್ರಾಫ್ಗಳನ್ನು ಬಳಸುತ್ತದೆ. ಸಿಮ್ಯುಲೇಶನ್ಗಳಲ್ಲಿ, ವೆಲ್ವೆಟ್ ಪ್ರೊಕಾರ್ಯೋಟಿಕ್ ದತ್ತಾಂಶವನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು 50-ಕೆಬಿ ಎನ್ 50 ಉದ್ದದ ಕಾಂಟಿಗ್ಗಳನ್ನು ಮತ್ತು ಸಸ್ತನಿಗಳ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಕೃತಕ ವರ್ಣತಂತುಗಳಲ್ಲಿ (ಬಿಎಸಿ) 3-ಕೆಬಿ ಎನ್ 50 ಅನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸಬಹುದು. ಈ ಪ್ರಾಥಮಿಕ ಪ್ರತಿಲೇಖನಗಳನ್ನು ಓಯಸಿಸ್ಗೆ ವರ್ಗಾಯಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಇದು ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಐಸೋಫಾರ್ಮ್ಗಳನ್ನು ನಿರ್ಮಿಸಲು ಜೋಡಿಯಾದ ಅಂತಿಮ ಓದುವಿಕೆ ಮತ್ತು ದೀರ್ಘ ಓದುವಿಕೆ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಬಳಸುತ್ತದೆ. ಟ್ರಾನ್ಸ್-ಎ. ಬಿ. ವೈ. ಎಸ್. ಎಸ್. ಎ. ಬಿ. ವೈ. ಎಸ್. ಎಸ್. ಒಂದು ಸಮಾನಾಂತರ, ಜೋಡಿಯ-ಅಂತ್ಯದ ಅನುಕ್ರಮ ಜೋಡಣೆಯಾಗಿದೆ. ಟ್ರಾನ್ಸ್-ಎ. ಬಿ. ವೈ. ಎಸ್. ಎಸ್. (ಅಸೆಂಬ್ಲಿ ಬೈ ಶಾರ್ಟ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಸ್) ಎಂಬುದು ಎ. ಬಿ. ವೈ. ಎಸ್. ಎಸ್.-ಜೋಡಿಸಲಾದ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮ್ ಕಾಂಟಿಗ್ಗಳನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲು ಪೈಥಾನ್ ಮತ್ತು ಪರ್ಲ್ನಲ್ಲಿ ಬರೆಯಲಾದ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಪೈಪ್ಲೈನ್ ಆಗಿದೆ. ಈ ಪೈಪ್ಲೈನ್ ಅನ್ನು ವ್ಯಾಪಕ ಶ್ರೇಣಿಯ ಕೆ ಮೌಲ್ಯಗಳಲ್ಲಿ ಉತ್ಪತ್ತಿಯಾಗುವ ಜೋಡಣೆಗಳಿಗೆ ಅನ್ವಯಿಸಬಹುದು. ಇದು ಮೊದಲು ಡೇಟಾಸೆಟ್ ಅನ್ನು ಅನಗತ್ಯವಾದ ಕಾಂಟಿಗ್ಗಳ ಸಣ್ಣ ಸೆಟ್ಗಳಾಗಿ ಕಡಿಮೆ ಮಾಡುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಎಕ್ಸಾನ್-ಸ್ಕಿಪ್ಪಿಂಗ್, ಹೊಸ ಎಕ್ಸಾನ್ಗಳು, ಉಳಿಸಿಕೊಂಡ ಇಂಟ್ರಾನ್ಗಳು, ಹೊಸ ಇಂಟ್ರಾನ್ಗಳು ಮತ್ತು ಪರ್ಯಾಯ ಸ್ಪ್ಲೈಸಿಂಗ್ ಸೇರಿದಂತೆ ಸ್ಪ್ಲೈಸಿಂಗ್ ಘಟನೆಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸುತ್ತದೆ. ಟ್ರಾನ್ಸ್-ಎಬಿವೈಎಸ್ಎಸ್ ಕ್ರಮಾವಳಿಗಳು ಜೀನ್ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ಮಟ್ಟವನ್ನು ಅಂದಾಜು ಮಾಡಲು, ಸಂಭಾವ್ಯ ಪಾಲಿಅಡೆನೈಲೇಷನ್ ತಾಣಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಮತ್ತು ಜೀನ್-ಫ್ಯೂಷನ್ ಘಟನೆಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಸಹ ಸಮರ್ಥವಾಗಿವೆ. ಟ್ರಿನಿಟಿ ಟ್ರಿನಿಟಿಯು ಅನುಕ್ರಮ ದತ್ತಾಂಶವನ್ನು ಮೊದಲು ಹಲವಾರು ಡಿ ಬ್ರುಯಿನ್ ಗ್ರಾಫ್ಗಳಾಗಿ ವಿಂಗಡಿಸುತ್ತದೆ, ಪ್ರತಿಯೊಂದೂ ಒಂದೇ ಜೀನ್ ಅಥವಾ ಲೋಕಸ್ನಲ್ಲಿ ಪ್ರತಿಲೇಖನದ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತದೆ. ಇದು ನಂತರ ಪೂರ್ಣ-ಉದ್ದದ ಸ್ಪ್ಲೈಸಿಂಗ್ ಐಸೋಫಾರ್ಮ್ಗಳನ್ನು ಹೊರತೆಗೆಯುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಪ್ರತಿ ಗ್ರಾಫ್ನಿಂದ ಪ್ಯಾರಾಲೋಗಸ್ ಜೀನ್ಗಳಿಂದ ಪಡೆದ ನಕಲುಗಳನ್ನು ಪ್ರತ್ಯೇಕವಾಗಿ ಪ್ರತ್ಯೇಕಿಸುತ್ತದೆ. ಟ್ರಿನಿಟಿಯು ಮೂರು ಸ್ವತಂತ್ರ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಮಾಡ್ಯೂಲ್ಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ, ಇವುಗಳನ್ನು ಅನುಕ್ರಮವಾಗಿ ಪ್ರತಿಲೇಖನಗಳನ್ನು ತಯಾರಿಸಲು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆಃ ಇಂಚ್ವರ್ಮ್ ಆರ್ಎನ್ಎ-ಸೆಕ್ ಡೇಟಾವನ್ನು ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಅನುಕ್ರಮಗಳಾಗಿ ಜೋಡಿಸುತ್ತದೆ, ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಪ್ರಬಲ ಐಸೋಫಾರ್ಮ್ಗಾಗಿ ಪೂರ್ಣ-ಉದ್ದದ ಪ್ರತಿಲೇಖನಗಳನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸುತ್ತದೆ, ಆದರೆ ನಂತರ ಪರ್ಯಾಯವಾಗಿ ಸ್ಪ್ಲೈಸ್ಡ್ ಪ್ರತಿಲೇಖನಗಳ ವಿಶಿಷ್ಟ ಭಾಗಗಳನ್ನು ಮಾತ್ರ ವರದಿ ಮಾಡುತ್ತದೆ. ಕ್ರಿಸಾಲಿಸ್ ಇಂಚ್ವರ್ಮ್ ಕಾಂಟಿಗ್ಗಳನ್ನು ಒಟ್ಟುಗೂಡಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಪ್ರತಿ ಕ್ಲಸ್ಟರ್ಗೆ ಸಂಪೂರ್ಣ ಡಿ ಬ್ರುಯಿನ್ ಗ್ರಾಫ್ಗಳನ್ನು ನಿರ್ಮಿಸುತ್ತದೆ. ಪ್ರತಿಯೊಂದು ಸಮೂಹವು ಒಂದು ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ವಂಶವಾಹಿಯ (ಅಥವಾ ಒಂದು ಸಂರಕ್ಷಿತ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಹಂಚಿಕೊಳ್ಳುವ ವಂಶವಾಹಿಗಳ ಒಂದು ಕುಟುಂಬ ಅಥವಾ ಸಮೂಹ) ಸಂಪೂರ್ಣ ಪ್ರತಿಲೇಖನದ ಸಂಕೀರ್ಣತೆಯನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತದೆ. ಕ್ರಿಸಾಲಿಸ್ ನಂತರ ಈ ಪ್ರತ್ಯೇಕ ಗ್ರಾಫ್ಗಳ ನಡುವೆ ಪೂರ್ಣ ರೀಡ್ ಸೆಟ್ ಅನ್ನು ವಿಭಜಿಸುತ್ತದೆ. ಚಿಟ್ಟೆ ನಂತರ ಪ್ರತ್ಯೇಕ ಗ್ರಾಫ್ಗಳನ್ನು ಸಮಾನಾಂತರವಾಗಿ ಸಂಸ್ಕರಿಸುತ್ತದೆ, ಗ್ರಾಫ್ ಒಳಗೆ ಓದುವ ಮಾರ್ಗಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚುತ್ತದೆ, ಅಂತಿಮವಾಗಿ ಪರ್ಯಾಯವಾಗಿ ಸ್ಪ್ಲೈಸ್ಡ್ ಐಸೋಫಾರ್ಮ್ಗಳಿಗೆ ಪೂರ್ಣ-ಉದ್ದದ ನಕಲುಗಳನ್ನು ವರದಿ ಮಾಡುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಪ್ಯಾರಾಲೋಗಸ್ ಜೀನ್ಗಳಿಗೆ ಅನುಗುಣವಾದ ನಕಲುಗಳನ್ನು ಬೇರ್ಪಡಿಸುತ್ತದೆ. ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮ್ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮಿಕ್ಸ್ ಹ್ಯೂಮನ್-ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮ್ ಡೇಟಾಬೇಸ್ ಫಾರ್ ಆಲ್ಟರ್ನೇಟಿವ್ ಸ್ಪ್ಲೈಸಿಂಗ್ (ಎಚ್-ಡಿಬಿಎಎಸ್) ಯುನಿಜೀನ್ ಫುಲ್-ಪ್ಯಾರಾಸೈಟ್ಸ್ ಎಕ್ಸೋಮ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ಉಲ್ಲೇಖಗಳು ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್ ಸಿಸ್ಟಮ್ಸ್ ಬಯಾಲಜಿ ಕಂಪ್ಯೂಟೇಶನಲ್ ಬಯಾಲಜಿ ಓಮಿಕ್ಸ್ ಅನ್ನು ಸಹ ನೋಡಿ.