Death Domain database
ಡೆತ್ ಡೊಮೈನ್ ದತ್ತಸಂಚಯವು ಡೆತ್ ಡೊಮೈನ್ ಸೂಪರ್ ಫ್ಯಾಮಿಲಿಯ ಪ್ರೋಟೀನ್-ಪ್ರೋಟೀನ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳ (ಪಿಪಿಐ) ದ್ವಿತೀಯ ದತ್ತಸಂಚಯವಾಗಿದೆ. ಈ ಸೂಪರ್ ಫ್ಯಾಮಿಲಿಯ ಸದಸ್ಯರು ಅಪೊಪ್ಟೋಸಿಸ್, ಉರಿಯೂತ, ನೆಕ್ರೋಸಿಸ್ ಮತ್ತು ಪ್ರತಿರಕ್ಷಣಾ ಕೋಶ ಸಂಕೇತ ಮಾರ್ಗಗಳಲ್ಲಿ ಪ್ರಮುಖ ಪಾತ್ರ ವಹಿಸುತ್ತಾರೆ. ಋಣಾತ್ಮಕ ಸಾವಿನ ಡೊಮೇನ್ ಸೂಪರ್ ಫ್ಯಾಮಿಲಿ-ಮಧ್ಯಸ್ಥಿಕೆಯ ಸಿಗ್ನಲಿಂಗ್ ಘಟನೆಗಳು ಕ್ಯಾನ್ಸರ್, ನ್ಯೂರೋ ಡಿಜೆನೆರೆಟಿವ್ ಕಾಯಿಲೆಗಳು ಮತ್ತು ರೋಗನಿರೋಧಕ ಅಸ್ವಸ್ಥತೆಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಂತೆ ವಿವಿಧ ಮಾನವ ಕಾಯಿಲೆಗಳಿಗೆ ಕಾರಣವಾಗುತ್ತವೆ. ಡೆತ್ ಡೊಮೇನ್ ದತ್ತಸಂಚಯಗಳನ್ನು ರಚಿಸುವುದು ಬಯೋಮೆಡಿಕಲ್ ಕ್ಷೇತ್ರದ ಸಂಶೋಧಕರಿಗೆ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಆಸಕ್ತಿಯ ವಿಷಯವಾಗಿದೆ, ಏಕೆಂದರೆ ಇದು ಡೆತ್ ಡೊಮೇನ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳಲ್ಲಿ ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ಆಣ್ವಿಕ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನಗಳ ಬಗ್ಗೆ ಹೆಚ್ಚಿನ ತಿಳುವಳಿಕೆಯನ್ನು ಶಕ್ತಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಪ್ರೋಟೀನ್-ಪ್ರೋಟೀನ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆ ಜಾಲ ಮತ್ತು ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ವಿವರಿಸುವ ಸಂವಹನ ನಕ್ಷೆಯಂತಹ ಸಾಧನಗಳಿಗೆ ಸುಲಭ ಪ್ರವೇಶವನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ. ಪ್ರಸ್ತುತ ಡೆತ್ ಡೊಮೇನ್ಗಳನ್ನು ಪ್ರತ್ಯೇಕವಾಗಿ ನೋಡುವ ಒಂದೇ ಒಂದು ಡೇಟಾಬೇಸ್ ಇದೆ ಆದರೆ ಈ ಸೂಪರ್ ಫ್ಯಾಮಿಲಿಯ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಇತರ ಡೇಟಾಬೇಸ್ಗಳು ಮತ್ತು ಸಂಪನ್ಮೂಲಗಳಿವೆ. ಪಬ್ಮೆಡ್ನ ಪ್ರಕಾರ, ಈ ಡೇಟಾಬೇಸ್ ಅನ್ನು ಇಲ್ಲಿಯವರೆಗೆ ಏಳು ಪೀರ್-ರಿವ್ಯೂಡ್ ಲೇಖನಗಳು ಉಲ್ಲೇಖಿಸಿವೆ ಏಕೆಂದರೆ ಡೆತ್ ಡೊಮೇನ್ಗಳು ಮತ್ತು ಅವುಗಳ ಪಿಪಿಐ ಸಾರಾಂಶಗಳ ಬಗ್ಗೆ ಅದರ ವ್ಯಾಪಕ ಮತ್ತು ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಮಾಹಿತಿಯಿದೆ. ಡೆತ್ ಡೊಮೈನ್ ಸೂಪರ್ಫ್ಯಾಮಿಲಿಯು ವಿಕಾಸಾತ್ಮಕವಾಗಿ ಸಂರಕ್ಷಿಸಲ್ಪಟ್ಟ ಡೆತ್ ಡೊಮೈನ್ ಸೂಪರ್ಫ್ಯಾಮಿಲಿಯನ್ನು ಹಲವಾರು ಪ್ರೋಟೀನ್-ಸಂವಹನ ಡೊಮೇನ್ಗಳಿಂದ ರೂಪುಗೊಂಡ ಡೆತ್ ಫೋಲ್ಡ್ ಮೋಟಿಫ್ನಿಂದ ವ್ಯಾಖ್ಯಾನಿಸಲಾಗಿದೆ. ಡೊಮೇನ್ಗಳು "ಗ್ರೀಕ್-ಕೀ ಮಡಿಕೆ" ಯಲ್ಲಿ ಜೋಡಿಸಲಾದ ಆರು-ಏಳು ಬಿಗಿಯಾಗಿ ಸುರುಳಿಯಾಕಾರದ ಆಲ್ಫಾ-ಹೆಲಿಕ್ಸ್ಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುತ್ತವೆ. ಈ ಸೂಪರ್ ಫ್ಯಾಮಿಲಿಯನ್ನು ಅತಿದೊಡ್ಡ ಮತ್ತು ಹೆಚ್ಚು ಅಧ್ಯಯನ ಮಾಡಲಾದ ಪ್ರೋಟೀನ್-ಪ್ರೋಟೀನ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆ (ಪಿಪಿಐ) ಜಾಲವೆಂದು ಪರಿಗಣಿಸಲಾಗಿದೆ. ಡೆತ್ ಡೊಮೇನ್ ಉಪಕುಟುಂಬಗಳಲ್ಲಿ ನಾಲ್ಕು ವಿಧಗಳಿವೆಃ ಡೆತ್ ಎಫೆಕ್ಟರ್ ಡೊಮೇನ್ (ಡಿಇಡಿ), ಕ್ಯಾಸ್ಪೇಸ್ ರಿಕ್ರೂಟ್ಮೆಂಟ್ ಡೊಮೇನ್ (ಕಾರ್ಡ್), ಪಿರಿನ್ ಡೊಮೇನ್ (ಪಿವೈಡಿ) ಮತ್ತು ಡೆತ್ ಡೊಮೇನ್ (ಡಿಡಿ). ಈ ಉಪಕುಟುಂಬ ಪ್ರದೇಶಗಳನ್ನು ಅವುಗಳ ಅನುಕ್ರಮ ಮತ್ತು ರಚನೆಯಲ್ಲಿನ ಹೋಲಿಕೆಯಿಂದಾಗಿ ಒಟ್ಟಿಗೆ ವರ್ಗೀಕರಿಸಲಾಗಿದೆ. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಒಂದೇ ರೀತಿಯದ್ದಾಗಿದ್ದರೂ, ಪ್ರತಿ ಡೊಮೇನ್ ತನ್ನದೇ ಆದ ವ್ಯಾಖ್ಯಾನಿಸುವ ರಚನಾತ್ಮಕ ಲಕ್ಷಣವನ್ನು ಹೊಂದಿದೆಃ ಡಿಇಡಿಗಳಲ್ಲಿ ಆರ್ಎಕ್ಸ್ಡಿಎಲ್-ಮೋಟಿಫ್, ಸಿಎಆರ್ಡಿಗಳಲ್ಲಿ ಅಡ್ಡಿಪಡಿಸಿದ, ಮೊದಲ ಹೆಲಿಕ್ಸ್, ಪಿವೈಡಿಗಳಲ್ಲಿ ಸಣ್ಣ (ಅಥವಾ ಕೆಲವೊಮ್ಮೆ ಅಸ್ಪಷ್ಟ) ಮೂರನೇ ಹೆಲಿಕ್ಸ್, ಮತ್ತು ಡಿಡಿಗಳಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚು ಬಹಿರಂಗವಾದ, ಹೊಂದಿಕೊಳ್ಳುವ ಮೂರನೇ ಹೆಲಿಕ್ಸ್. ಈ ಉಪಕುಟುಂಬದ ಸದಸ್ಯರು ಒಂದೇ ರೀತಿಯ ಉಪಕುಟುಂಬದ ಡೊಮೇನ್ನೊಂದಿಗೆ ಮಾತ್ರ ಏಕರೂಪದ ಬಂಧಗಳನ್ನು ರೂಪಿಸುತ್ತಾರೆ. ಉದಾಹರಣೆಗೆ, ಡಿಇಡಿ ಡಿಇಡಿ, ಕಾರ್ಡ್-ಕಾರ್ಡ್, ಪಿವೈಡಿ-ಪಿವೈಡಿ ಮತ್ತು ಡಿಡಿ-ಡಿಡಿಯೊಂದಿಗೆ ಮಾತ್ರ ಬಂಧಿಸುತ್ತದೆ. ಈ ಏಕರೂಪದ ಸಂವಹನಗಳು ಒಂದೇ ಡೊಮೇನ್ನ ಇಬ್ಬರು ಸದಸ್ಯರೊಂದಿಗೆ ಮಾತ್ರ ಇರುತ್ತವೆ (ಅಥವಾ ಅಪರೂಪದ ಸಂದರ್ಭಗಳಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚಿನದರೊಂದಿಗೆ) ಮತ್ತು ಈ ಡೊಮೇನ್ಗಳು ಪರಸ್ಪರ ಭಿನ್ನರೂಪದ ಸಂವಹನಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿವೆ ಎಂದು ಸೂಚಿಸಲು ಯಾವುದೇ ಪುರಾವೆಗಳಿಲ್ಲ. ಡೆತ್ ಡೊಮೈನ್ ಉಪಕುಟುಂಬಗಳು ಡೆತ್ ಎಫೆಕ್ಟರ್ ಡೊಮೈನ್ (ಡಿಇಡಿ) ಡಿಇಡಿ ಡೊಮೈನ್ಗಳು ಚೋರ್ಡೇಟಾ ಫೈಲಮ್ನಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚು ಸಂರಕ್ಷಿಸಲ್ಪಟ್ಟಿವೆ ಮತ್ತು ಎಕಿನೊಡೆರ್ಮಾಟಾ ಫೈಲಮ್ ಮತ್ತು ವೈರಸ್ಗಳಲ್ಲಿ ಸಣ್ಣ ಶೇಕಡಾವಾರುಗಳಲ್ಲಿ ಕಂಡುಬರುತ್ತವೆ. ಡಿಇಡಿ-ಹೊಂದಿರುವ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳು ಕ್ಯಾಸ್ಪೇಸ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಯೊಂದಿಗೆ ಅಪೊಪ್ಟೋಸಿಸ್ ನಿಯಂತ್ರಣದೊಂದಿಗೆ ಸಂಬಂಧ ಹೊಂದಿವೆ ಮತ್ತು ಸಸ್ತನಿಗಳಲ್ಲಿ ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ದಾಖಲಿಸಲಾಗಿದೆ. ಡಿಇಡಿ ಡೊಮೇನ್ಗಳು ಇತರ ಡೊಮೇನ್ಗಳೊಂದಿಗೆ ಸಂವಹನ ನಡೆಸುತ್ತವೆ ಮತ್ತು ಇವುಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿವೆಃ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯರ್ ಸ್ಥಳೀಕರಣ ಅನುಕ್ರಮಗಳು (ಡಿಇಡಿಡಿಯಲ್ಲಿ), ಟ್ರಾನ್ಸ್ಮೆಂಬ್ರೇನ್ ಡೊಮೇನ್ಗಳು (ಬಾಪ್ 31 ಮತ್ತು ಬಾರ್ನಲ್ಲಿ), ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್-ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಡೊಮೇನ್ಗಳು (ಡ್ಯಾಪ್ 3ರಲ್ಲಿ), ಎಸ್ಎಎಂ ಡೊಮೇನ್ಗಳು (ಬಾರ್ನಲ್ಲಿ), ಕಾಯಿಲ್ಡ್-ಕಾಯಿಲ್ ಡೊಮೇನ್ಗಳು (ಹಿಪ್ ಮತ್ತು ಹಿಪ್ಪಿಯಲ್ಲಿ), ಮತ್ತು ಇ2-ಬೈಂಡಿಂಗ್ ರಿಂಗ್ ಡೊಮೇನ್ಗಳು (ಬಾರ್ನಲ್ಲಿ). ಕ್ಯಾಸ್ಪೇಸ್ ರಿಕ್ರೂಟ್ಮೆಂಟ್ ಡೊಮೇನ್ (ಕಾರ್ಡ್) ಕಾರ್ಡ್ ಡೊಮೇನ್ಗಳು ಪ್ರಾಥಮಿಕವಾಗಿ ಕಾರ್ಡೇಟ್ಗಳಲ್ಲಿ ಕಂಡುಬರುತ್ತವೆ, ಅವುಗಳಲ್ಲಿ ಹಲವು ಪ್ರಾಣಿ ಸಾಮ್ರಾಜ್ಯದಿಂದ ಬಂದವು, ಮತ್ತು ನೆಮಟೋಡಾ ಮತ್ತು ಎಕಿನೊಡೆರ್ಮಾಟಾ ಫೈಲಾದಲ್ಲಿ ಸಣ್ಣ ಶೇಕಡಾವಾರುಗಳಲ್ಲಿ ಕಂಡುಬರುತ್ತವೆ. ಕಾರ್ಡ್ ಡೊಮೇನ್ ಅನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಮಾಡ್ಯೂಲ್ಗಳು ಅಪೊಪ್ಟೋಸಿಸ್ಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿವೆ, ಅವು ಸಂವಹನ ನಡೆಸುತ್ತಿರುವ ಕ್ಯಾಸ್ಪೇಸ್ಗಳ ನಿಯಂತ್ರಣದ ಮೂಲಕ ಮತ್ತು ಎನ್ಎಫ್-ಕಪ್ಪಾಬಿ ಸಿಗ್ನಲಿಂಗ್ ಮಾರ್ಗಗಳಲ್ಲಿ ಅದರ ಭಾಗವಹಿಸುವಿಕೆಯ ಮೂಲಕ ಉರಿಯೂತದ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಗಳಲ್ಲಿ. ಪೈರಿನ ಡೊಮೇನ್ (ಪಿ. ವೈ. ಡಿ) ಡೊಮೇನ್ ಇನ್ ಅಪೊಪ್ಟೋಸಿಸ್ ಮತ್ತು ಇಂಟರ್ಫೆರಾನ್ ರೆಸ್ಪಾನ್ಸ್ (ಡಿಎಪಿಐಎನ್) ಡೊಮೇನ್ ಎಂದೂ ಕರೆಯಲ್ಪಡುವ ಪಿವೈಡಿ ಡೊಮೇನ್, ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಕಶೇರುಕಗಳು ಮತ್ತು ವೈರಲ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳಲ್ಲಿ ಕಂಡುಬರುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಅಪೊಪ್ಟೋಸಿಸ್, ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಮತ್ತು ಉರಿಯೂತದಲ್ಲಿ ತೊಡಗಿದೆ. ಡೆತ್ ಡೊಮೇನ್ ಸೂಪರ್ ಫ್ಯಾಮಿಲಿಯ 4 ಸದಸ್ಯರಲ್ಲಿ ಈ ಗುಂಪಿನ ಕಾರ್ಯಗಳು ಅತ್ಯಂತ ಕಡಿಮೆ ಅರ್ಥೈಸಲ್ಪಟ್ಟಿವೆ. ಡೆತ್ ಡೊಮೇನ್ (ಡಿಡಿ) ಈ ಡೊಮೇನ್ ಪ್ರಧಾನವಾಗಿ ಪ್ರಾಣಿ ಸಾಮ್ರಾಜ್ಯದಲ್ಲಿ ಕಂಡುಬರುತ್ತದೆ, ವಿಶೇಷವಾಗಿ ಸಸ್ತನಿಗಳಲ್ಲಿ, ಅವರು ವಿವಿಧ ರೀತಿಯ ಪಿಪಿಐಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಡೆತ್ ಡೊಮೇನ್ಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿದ್ದಾರೆ. ಎಸ್. ಎಂ. ಎ. ಆರ್. ಟಿ. ಯ ಅನಗತ್ಯ ದತ್ತಸಂಚಯದ ಪ್ರಕಾರ, ಸಸ್ತನಿಗಳು ತಿಳಿದಿರುವ ಡಿಡಿ-ಡೊಮೇನ್ಗಳಲ್ಲಿ ಸುಮಾರು 61 ಪ್ರತಿಶತವನ್ನು ಹೊಂದಿವೆ. ಡಿಡಿ-ಹೊಂದಿರುವ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳು ಅಪೊಪ್ಟೋಸಿಸ್ ಮತ್ತು ಉರಿಯೂತದೊಂದಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿವೆ, ಇದು ಕಾರ್ಡ್ ಡೊಮೇನ್ನಂತೆಯೇ ಇರುತ್ತದೆ. ಇದು ಸಹಜ ರೋಗನಿರೋಧಕ ಶಕ್ತಿಯೊಂದಿಗೂ ಸಂಬಂಧ ಹೊಂದಿದೆ. ಆಂಕಿರಿನ್ ರಿಪೀಟ್ಸ್, ಕ್ಯಾಸ್ಪೇಸ್ ತರಹದ ಮಡಿಕೆಗಳು, ಕೈನೇಸ್ ಡೊಮೇನ್ಗಳು, ಲ್ಯೂಸಿನ್ ಝಿಪ್ಪರ್ಗಳು, ಲ್ಯೂಸಿನ್-ರಿಚ್ ರಿಪೀಟ್ಸ್ (ಎಲ್ಆರ್ಆರ್), ಟಿಐಆರ್ ಡೊಮೇನ್ಗಳು ಮತ್ತು ಝಡ್ ಯು 5 ಡೊಮೇನ್ಗಳು ಸೇರಿದಂತೆ ಇತರ ರೀತಿಯ ಡೊಮೇನ್ಗಳೊಂದಿಗೆ ಡಿಡಿಗಳನ್ನು ಕಾಣಬಹುದು. ಅವಲೋಕನ Deathdomain.org ಅನ್ನು ಆರಂಭದಲ್ಲಿ ಕ್ವಾನ್ ಮತ್ತು ಇತರರು ರಚಿಸಿದರು. (2012) ಡೆತ್ ಡೊಮೇನ್ ಸೂಪರ್ ಫ್ಯಾಮಿಲಿ ಮಧ್ಯಸ್ಥಿಕೆಯ ಸಿಗ್ನಲಿಂಗ್ ಮಾರ್ಗದಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಂಶೋಧನೆಯನ್ನು ಉತ್ತೇಜಿಸಲು. ಅವರ ದತ್ತಸಂಚಯವನ್ನು ಕೈಯಿಂದ ಸಂಗ್ರಹಿಸಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಡೆತ್ ಡೊಮೇನ್ ಸೂಪರ್ ಫ್ಯಾಮಿಲಿ ಮತ್ತು ಅದರ ಪ್ರೋಟೀನ್-ಪ್ರೋಟೀನ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳ ಬಗ್ಗೆ ವಿವರವಾದ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಒದಗಿಸುವುದರ ಮೇಲೆ ಕೇಂದ್ರೀಕರಿಸುತ್ತದೆ. ಕ್ವಾನ್ ಮತ್ತು ಅವರ ತಂಡವು ಪಿಪಿಐ ಮಾಡ್ಯೂಲ್ಗಳು ಮತ್ತು ಅವುಗಳಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಸಾವಿನ ಕ್ಷೇತ್ರಗಳ ಮೇಲೆ ಕೇಂದ್ರೀಕರಿಸಿದ 295 ಪ್ರಕಟಿತ ಪೀರ್-ರಿವ್ಯೂಡ್ ಅಧ್ಯಯನಗಳನ್ನು ಸಂಶೋಧನೆ, ಸಂಕಲನ ಮತ್ತು ಕ್ಯುರೇಟ್ ಮಾಡುವ ಮೂಲಕ ಪ್ರಾರಂಭಿಸಿತು. ಡೇಟಾಬೇಸ್ ಈಗ ಬಳಕೆದಾರರಿಗೆ 311 ಪೀರ್-ರಿವ್ಯೂಡ್ ಅಧ್ಯಯನಗಳಿಂದ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ, ಇದು ಮೂಲ ಪ್ರಕಟಣೆಗಿಂತ ಸ್ವಲ್ಪ ಹೆಚ್ಚಾಗಿದೆ. ಈ ದತ್ತಸಂಚಯವು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆಃ ಡೆತ್ ಡೊಮೇನ್ ಸೂಪರ್ ಫ್ಯಾಮಿಲಿ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳ ಸಮಗ್ರ ಸಾರಾಂಶಗಳು ಮತ್ತು ಸಂಬಂಧಿತ ಪಿಪಿಐ ದತ್ತಾಂಶ ಸಾಹಿತ್ಯ, ಡೊಮೇನ್ ರಚನೆ ಮತ್ತು ಪ್ರಾಯೋಗಿಕ ಸಂಪನ್ಮೂಲಗಳಿಂದ ಸಂಬಂಧಿತ ವಿಶ್ಲೇಷಣಾತ್ಮಕ ವಿಧಾನಗಳ ಮಾಹಿತಿ ಡೆತ್ ಡೊಮೇನ್ ಸೂಪರ್ ಫ್ಯಾಮಿಲಿ (ಸರ್ಚ್ ಎಂಜಿನ್, ಸಂವಹನ ನಕ್ಷೆ ಮತ್ತು ಇತರ ದತ್ತಸಂಚಯಗಳಿಗೆ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಹೋಲಿಸಲು ಲಿಂಕ್ಗಳು) ಮಧ್ಯಸ್ಥಿಕೆಯ ಸಿಗ್ನಲಿಂಗ್ ನೆಟ್ವರ್ಕ್ನಲ್ಲಿ ಕಲಿಕೆ ಮತ್ತು ಸಂಶೋಧನೆಗೆ ಅನುಕೂಲವಾಗುವಂತೆ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳು ಮತ್ತು ಸಾಧನಗಳು ಡೇಟಾಬೇಸ್ ಅನ್ನು ನಿರ್ಮಿಸುವುದು ಪಬ್ಮೆಡ್ ಡೇಟಾಬೇಸ್ ಅನ್ನು DeathDomain.org ಡೇಟಾಬೇಸ್ನಲ್ಲಿ ದತ್ತಾಂಶ ಸಂಗ್ರಹಣೆಗಾಗಿ ಬಳಸಲಾಗುವ ಪ್ರಾಥಮಿಕ ಮೂಲವಾಗಿದೆ. ಸೈಟ್ನ ಲೇಖಕರು ಯುನಿಪ್ರೋಟ್ಕೆಬಿ ಮತ್ತು ಎಂಟ್ರೆಜ್ ಜೀನ್ನಿಂದ 99 ಡೆತ್ ಡೊಮೇನ್ ಸೂಪರ್ ಫ್ಯಾಮಿಲಿ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳಿಗೆ ಸಮಾನಾರ್ಥಕಗಳನ್ನು ಕಂಡುಹಿಡಿಯುವ ಮೂಲಕ ಪ್ರಾರಂಭಿಸಿದರು. ಪ್ರೋಟೀನ್ ಹೆಸರಿನ ಜೊತೆಗೆ, ಇತರ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳೊಂದಿಗೆ ದೈಹಿಕ ಬಂಧನದಲ್ಲಿ ತೊಡಗಿರುವ ಡೆತ್ ಡೊಮೇನ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳಿಗಾಗಿ ಪುಡ್ಮೆಡ್ ಡೇಟಾಬೇಸ್ನಲ್ಲಿ ಲೇಖನಗಳನ್ನು ಹುಡುಕಲು ಸಮಾನಾರ್ಥಕ ಪದಗಳನ್ನು ಬಳಸಲಾಯಿತು. ಅಧ್ಯಯನದಲ್ಲಿ ಎಲ್ಲಾ ಸಂಬಂಧಿತ ಲೇಖನಗಳನ್ನು ಸೇರಿಸಲಾಗಿದೆಯೆ ಎಂದು ಖಚಿತಪಡಿಸಿಕೊಳ್ಳಲು ಡಿಐಪಿ, ಇಂಟ್ಯಾಕ್ಟ್, ಮಿಂಟ್ ಮತ್ತು ಸ್ಟ್ರಿಂಗ್ ದತ್ತಸಂಚಯಗಳಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ಹುಡುಕಾಟಗಳನ್ನು ನಡೆಸಲಾಯಿತು. 99 ಡಿಡಿ ಸೂಪರ್ ಫ್ಯಾಮಿಲಿ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳ ನಡುವೆ 175 ಪಿಪಿಐ ಜೋಡಿಗಳನ್ನು ಚರ್ಚಿಸಿದ 295 ಪೀರ್-ರಿವ್ಯೂಡ್ ಲೇಖನಗಳನ್ನು ಕಂಡುಹಿಡಿಯಲು ಮತ್ತು ಹಸ್ತಚಾಲಿತವಾಗಿ ಸಂಗ್ರಹಿಸಲು ಲೇಖಕರಿಗೆ ಸಾಧ್ಯವಾಯಿತು. 99 ಡಿಡಿ ಸೂಪರ್ ಫ್ಯಾಮಿಲಿ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳ ನಡುವೆ 181 ಪಿಪಿಐ ಜೋಡಿಗಳನ್ನು ಚರ್ಚಿಸುವ 311 ಪೀರ್-ರಿವ್ಯೂಡ್ ಪೇಪರ್ಗಳಿಗೆ ಮೂಲ ಪ್ರಕಟಣೆಯ ನಂತರ ಈ ಸಂಖ್ಯೆಗಳು ಹೆಚ್ಚಾಗಿದೆ. ಸಾಹಿತ್ಯದಲ್ಲಿ ದತ್ತಾಂಶವನ್ನು ಸಂಗ್ರಹಿಸಲು, ಲೇಖಕರು ವಿಶ್ಲೇಷಣಾತ್ಮಕ ವಿಧಾನಗಳು, ಪ್ರಾಯೋಗಿಕ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು, ಸಂಪನ್ಮೂಲಗಳು ಮತ್ತು ನಾಮಕರಣದ ಮೇಲೆ ಕೇಂದ್ರೀಕರಿಸಲು ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡಿದರು. ಪತ್ರಿಕೆಗಳಲ್ಲಿ ಸಾಕಷ್ಟು ಮಾಹಿತಿ ಇಲ್ಲದಿದ್ದರೆ, ಬಳಕೆದಾರರು ಈ ವಿಭಾಗಗಳಲ್ಲಿ "ನಿರ್ದಿಷ್ಟಪಡಿಸಲಾಗಿಲ್ಲ" ಎಂಬುದನ್ನು ನೋಡುತ್ತಾರೆ. ಡಿಡಿ ಸೂಪರ್ ಫ್ಯಾಮಿಲಿ ಮತ್ತು ಪಿಪಿಐ ಸಾರಾಂಶಗಳು ಈ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯವನ್ನು ಆಸಕ್ತಿಯ ಡೆತ್ ಡೊಮೇನ್ ಅನ್ನು ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡುವ ಮೂಲಕ ಮತ್ತು ಈ ಡೊಮೇನ್ ಅನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅನ್ನು ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡಲು ಸಬ್ಟ್ಯಾಬ್ ಅನ್ನು ಬಳಸುವ ಮೂಲಕ ಪ್ರವೇಶಿಸಬಹುದು. ಇದು ಬಳಕೆದಾರರನ್ನು ಹೆಚ್ಚಿನ ವಿವರಗಳಲ್ಲಿ ("ವಿವರವಾಗಿ" ಟ್ಯಾಬ್) ಅಥವಾ ಕಡಿಮೆ ವಿವರಗಳಲ್ಲಿ ("ಒಂದು ನೋಟದಲ್ಲಿ" ಟ್ಯಾಬ್) ನೋಡಬಹುದಾದ ಮಾಹಿತಿಯ ಸಂಪತ್ತಿನತ್ತ ಕೊಂಡೊಯ್ಯುತ್ತದೆ. 1ಡಿ ಮತ್ತು 1ಸಿ, ಕ್ರಮವಾಗಿ). ದತ್ತಾಂಶವನ್ನು ಮತ್ತಷ್ಟು ಮೂರು ವರ್ಗಗಳಾಗಿ ವಿಂಗಡಿಸಲಾಗಿದೆಃ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆ, ಗುಣಲಕ್ಷಣ ಮತ್ತು ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಪಾತ್ರ. ಈ ವರ್ಗಗಳನ್ನು ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ ಏಕೆಂದರೆ ಅವುಗಳನ್ನು ಇದೇ ರೀತಿಯ ಅಧ್ಯಯನಗಳಲ್ಲಿ ಬಳಸಲಾಗಿದೆ. ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಂದರ್ಭಗಳಲ್ಲಿ, ಪ್ರತಿ ಪಿಪಿಐಗೆ, ಬಳಕೆದಾರರು ಪಬ್ಮೆಡ್ ಐಡಿಯನ್ನು ಕ್ಲಿಕ್ ಮಾಡುವ ಮೂಲಕ, ಶೀರ್ಷಿಕೆ, ಸಾರಾಂಶ, ಲೇಖಕರು, ಲೇಖನದಲ್ಲಿ ಉಲ್ಲೇಖಿಸಲಾದ ಸಂವಹನಗಳು ಮತ್ತು ಪ್ರಕಟಣೆಯ ಲಿಂಕ್ ಸೇರಿದಂತೆ ವಿವರಗಳನ್ನು ನೀಡುವ ಮೂಲಕ ಅವರ ಬಗ್ಗೆ ಇನ್ನಷ್ಟು ತಿಳಿದುಕೊಳ್ಳಬಹುದು. ಇತರ ಉಪಶೀರ್ಷಿಕೆ ಟ್ಯಾಬ್ಗಳು ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳ ಪೂರ್ಣ ಹೆಸರು, ಪರ್ಯಾಯ ಹೆಸರುಗಳು, ಕಾರ್ಯ ಮತ್ತು ಡೆತ್ ಡೊಮೇನ್ ಉಪಕುಟುಂಬ ಮತ್ತು ಗಡಿ ಪ್ರದೇಶ ಸೇರಿದಂತೆ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಮಾಹಿತಿಗೆ ಪ್ರವೇಶವನ್ನು ನೀಡುತ್ತವೆ. ಎರಡನೆಯದು ಬಳಕೆದಾರರಿಗೆ ಯುನಿಪ್ರೋಟ್ಕೆಬಿ/ಸ್ವಿಸ್-ಪ್ರಾಟ್ ಮತ್ತು ಯುನಿಪ್ರೋಟ್ಕೆಬಿ/ಟ್ರೈಎಂಬಿಎಲ್ ದತ್ತಸಂಚಯಗಳಿಂದ ಎಂಬಿಎಲ್, ಜೆನ್ಬ್ಯಾಂಕ್ ಅಥವಾ ಫಾಸ್ಟಾ ಸ್ವರೂಪದಲ್ಲಿ ಅಮೈನೊ ಆಸಿಡ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳು ಮತ್ತು ಡೊಮೇನ್ ಗಡಿಗಳನ್ನು ಪಡೆಯಲು ಅನುಕೂಲಕರವಾಗಿ ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ. ಬಾಹ್ಯ ದತ್ತಸಂಚಯ ಲಿಂಕ್ ಅನ್ನು ಕ್ಲಿಕ್ ಮಾಡುವ ಮೂಲಕ, ಬಳಕೆದಾರರು ಇತರ ಪ್ರಭೇದಗಳಲ್ಲಿ ಕಂಡುಬರುವ ಡೊಮೇನ್-ಹೊಂದಿರುವ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಾಗಿ ಈ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಪಡೆಯಬಹುದು. ಸೂಕ್ತವಾದ ಗುರುತಿನ ಸಂಖ್ಯೆಯನ್ನು ಕ್ಲಿಕ್ ಮಾಡುವ ಮೂಲಕ ಅವರು ಇದೇ ರೀತಿಯ ದತ್ತಸಂಚಯಗಳ (ಯುನಿಪ್ರೋಟ್, ಡಿಐಪಿ, ಸ್ಟ್ರಿಂಗ್, ಕೆಇಜಿಜಿ, ಇಂಟ್ಯಾಕ್ಟ್ ಮತ್ತು ಮಿಂಟ್) ಬಗ್ಗೆ ಹೆಚ್ಚಿನ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಪಡೆಯಬಹುದು. ಕೊನೆಯ ಎರಡು ಟ್ಯಾಬ್ಗಳು ಬಳಕೆದಾರರಿಗೆ "3-ಡಿ ಸ್ಟ್ರಕ್ಚರ್" ಟ್ಯಾಬ್ ಅಡಿಯಲ್ಲಿ ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮಾಡಬಹುದಾದ 3-ಡಿ ಸ್ಟ್ರಕ್ಚರ್ ಚಿತ್ರಗಳನ್ನು ಮತ್ತು "ಡಿಸೀಸ್" ಟ್ಯಾಬ್ (ಚಿತ್ರ. 1ಇ). ಅಂಕಿಅಂಶಗಳ ಪುಟವು ಡೇಟಾಬೇಸ್ನಲ್ಲಿ ಬಳಸಲಾಗುವ ಪ್ರಕಟಣೆಗಳ ಪಟ್ಟಿಯನ್ನು (ಪ್ರಕಟಣೆಯ ವರ್ಷದಿಂದ ಬೇರ್ಪಡಿಸಲಾಗಿದೆ) ಒಳಗೊಂಡಿದೆ ಮತ್ತು ಹೈಪರ್ಲಿಂಕ್ ಮೂಲಕ ಪ್ರವೇಶಿಸಬಹುದು. ಈ ಪುಟವು ಪ್ರತಿ ಡೊಮೇನ್ಗೆ ಪಿಪಿಐಗಳ ಸಂಖ್ಯೆಯ ಪಟ್ಟಿ ಮಾಡಲಾದ ಸಾರಾಂಶಗಳನ್ನು ಸಹ ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಅವುಗಳ ಪಿಪಿಐ ಸಾರಾಂಶ ಪುಟಕ್ಕೆ ಹೈಪರ್ಲಿಂಕ್ ಆಗಿದೆ. ಡೆತ್ ಡೊಮೈನ್ ದತ್ತಸಂಚಯದಲ್ಲಿ ಕಂಡುಬರುವ ಡಿಡಿ ಸೂಪರ್ ಫ್ಯಾಮಿಲಿ ಮಧ್ಯಸ್ಥಿಕೆಯ ಪಿಪಿಐ ಜೋಡಿಗಳನ್ನು ಇತರ ಪಿಪಿಐ ದತ್ತಸಂಚಯಗಳಿಗೆ ಹೋಲಿಸುವುದು ಮತ್ತೊಂದು ಪಟ್ಟಿ ಮಾಡಲಾದ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯವಾಗಿದೆ. ಈ ಪುಟವು ಬಳಕೆದಾರರಿಗೆ ಅವರ ಡೇಟಾಬೇಸ್ Deathbase.org ಗಿಂತ ಹೆಚ್ಚು ಪಿಪಿಐ ಜೋಡಿಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ ಮತ್ತು ಇಂಟ್ಯಾಕ್ಟ್ ಮತ್ತು ಮಿಂಟ್ನಂತೆಯೇ ಅದೇ ಸಂಖ್ಯೆಯನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ ಎಂದು ವಿವರಿಸುತ್ತದೆ. ಇತರ ಸಂಪನ್ಮೂಲಗಳು ಉಲ್ಲೇಖಗಳು ಬಾಹ್ಯ ಕೊಂಡಿಗಳು http://www.deathdomain.org http://arquivo.pt/wayback/20160515224643/http:// www. deathbase. org/Biology ಡೇಟಾಬೇಸ್ಗಳು ಪ್ರೋಟೀನ್ ಡೊಮೇನ್ಗಳು