Community fingerprinting
ಸಮುದಾಯ ಬೆರಳಚ್ಚು ಎಂಬುದು ಅಣು ಜೀವಶಾಸ್ತ್ರದ ತಂತ್ರಗಳ ಒಂದು ಗುಂಪಾಗಿದ್ದು, ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಸಮುದಾಯದ ವೈವಿಧ್ಯತೆಯನ್ನು ತ್ವರಿತವಾಗಿ ವಿವರಿಸಲು ಇದನ್ನು ಬಳಸಬಹುದು. ಪರಿಸರದ ಮಾದರಿಯಲ್ಲಿ ಪ್ರತ್ಯೇಕ ಜೀವಕೋಶಗಳನ್ನು ನೇರವಾಗಿ ಗುರುತಿಸುವ ಅಥವಾ ಎಣಿಸುವ ಬದಲು, ಈ ತಂತ್ರಗಳು ಜೀನ್ನ ಎಷ್ಟು ರೂಪಾಂತರಗಳಿವೆ ಎಂಬುದನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತವೆ. ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ, ಪ್ರತಿಯೊಂದು ವಿಭಿನ್ನ ಜೀನ್ ರೂಪಾಂತರವು ವಿಭಿನ್ನ ರೀತಿಯ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತದೆ ಎಂದು ಭಾವಿಸಲಾಗಿದೆ. ವಿವಿಧ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ವ್ಯವಸ್ಥೆಗಳನ್ನು ಅಧ್ಯಯನ ಮಾಡುವ ಸೂಕ್ಷ್ಮ ಜೀವವಿಜ್ಞಾನಿಗಳು ಸಮುದಾಯ ಬೆರಳಚ್ಚು ವಿಧಾನವನ್ನು ಬಳಸುತ್ತಾರೆ (ಉದಾ. ಸಮುದ್ರ, ಸಿಹಿನೀರಿನ, ಮಣ್ಣಿನ ಮತ್ತು ಮಾನವ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಸಮುದಾಯಗಳು) ಜೀವವೈವಿಧ್ಯತೆಯನ್ನು ಅಳೆಯಲು ಅಥವಾ ಕಾಲಾನಂತರದಲ್ಲಿ ಸಮುದಾಯ ರಚನೆಯಲ್ಲಿನ ಬದಲಾವಣೆಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲು. ಈ ವಿಧಾನವು ಜೀನೋಮಿಕ್ ಡಿಎನ್ಎಯನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸುವ ಮೂಲಕ ಪರಿಸರದ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸುತ್ತದೆ. ಈ ವಿಧಾನವು ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಸಂವರ್ಧನೆಗೆ ಪರ್ಯಾಯವನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ, ಇದು ಮುಖ್ಯವಾಗಿದೆ ಏಕೆಂದರೆ ಹೆಚ್ಚಿನ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಗಳನ್ನು ಪ್ರಯೋಗಾಲಯದಲ್ಲಿ ಸಂಸ್ಕರಿಸಲಾಗುವುದಿಲ್ಲ. ಸಮುದಾಯ ಬೆರಳಚ್ಚು ಪ್ರತ್ಯೇಕ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿ ಪ್ರಭೇದಗಳ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆಗೆ ಕಾರಣವಾಗುವುದಿಲ್ಲ; ಬದಲಿಗೆ, ಇದು ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಸಮುದಾಯದ ಒಟ್ಟಾರೆ ಚಿತ್ರಣವನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ. ಈ ವಿಧಾನಗಳನ್ನು ಈಗ ಹೆಚ್ಚಾಗಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ಥ್ರೋಪುಟ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ನಿಂದ ಬದಲಾಯಿಸಲಾಗುತ್ತಿದೆ, ಉದಾಹರಣೆಗೆ ಉದ್ದೇಶಿತ ಮೈಕ್ರೋಬಯೋಮ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ (ಉದಾಹರಣೆಗೆ, 16s rRNA ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್) ಮತ್ತು ಮೆಟಾಜೆನೊಮಿಕ್ಸ್. ಬೆರಳಚ್ಚು ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು ಪರಿಸರದ ಮಾದರಿಯೊಂದಿಗೆ ಪ್ರಾರಂಭವಾಗುತ್ತದೆ (ಉದಾ. ಸಮುದ್ರದ ನೀರು ಅಥವಾ ಮಣ್ಣು), ಇದರಿಂದ ಒಟ್ಟು ಡಿಎನ್ಎಯನ್ನು ಹೊರತೆಗೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ. (ಒಟ್ಟು ಡಿಎನ್ಎ ಮಾದರಿಯಲ್ಲಿರುವ ಎಲ್ಲಾ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಗಳಿಂದ ಆನುವಂಶಿಕ ವಸ್ತುಗಳ ಮಿಶ್ರಣವನ್ನು ಹೊಂದಿರುತ್ತದೆ.) ಪ್ರತಿ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿ ಪ್ರಭೇದವು ವಿಭಿನ್ನ ವಂಶವಾಹಿ ರೂಪಾಂತರವನ್ನು ಹೊಂದಿರುತ್ತದೆ (ಇದನ್ನು "ಫೈಲೋಟೈಪ್" ಎಂದೂ ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ) ಎಂಬ ಊಹೆಯ ಅಡಿಯಲ್ಲಿ, ಒಂದು ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ವಂಶವಾಹಿ ಅಥವಾ ಡಿಎನ್ಎ ಪ್ರದೇಶವನ್ನು ನಂತರ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯ ಗುರಿಯಾಗಿ ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ. ಮಾದರಿಯಲ್ಲಿರುವ ಫೈಲೋಟೈಪ್ಗಳನ್ನು ದೃಶ್ಯೀಕರಿಸಲು ವಿವಿಧ ವಿಧಾನಗಳನ್ನು (ಕೆಳಗೆ ನೋಡಿ) ಬಳಸಬಹುದು. ಸಮುದಾಯದ ಬೆರಳಚ್ಚು ಮಾಡುವಿಕೆಯ ಉದ್ದೇಶವು ಸಮುದಾಯದ ರಚನೆಯ ಬಗ್ಗೆ ಒಟ್ಟಾರೆ ತಿಳುವಳಿಕೆಯನ್ನು ಪಡೆಯುವುದಾಗಿರುವುದರಿಂದ, ಕ್ಷೇತ್ರದಿಂದ ಸಂಗ್ರಹಿಸಲಾದ ಸಮಯ-ಸರಣಿಯ ದತ್ತಾಂಶವನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲು ಇದು ವಿಶೇಷವಾಗಿ ಉಪಯುಕ್ತ ತಂತ್ರವಾಗಿದೆ. ಉದಾಹರಣೆಗೆ, ಒಂದು ಆವಾಸಸ್ಥಾನದಲ್ಲಿ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಅನುಕ್ರಮದ ಮಾದರಿಯನ್ನು ಅಧ್ಯಯನ ಮಾಡಬಹುದು, ಅಥವಾ ಮಾಲಿನ್ಯಕಾರಕದ ಬಿಡುಗಡೆಯಂತಹ ಪರಿಸರದ ಪ್ರಕ್ಷುಬ್ಧತೆಗೆ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಸಮುದಾಯದ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ಪರಿಶೀಲಿಸಬಹುದು. ಯಾವ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಬಯಸುತ್ತಾರೆ ಎಂಬುದರ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ, ವಿವಿಧ ವಂಶವಾಹಿಗಳನ್ನು ಗುರಿಯಾಗಿಸಬಹುದು. 16S rRNAಯಂತಹ ಸಣ್ಣ ಸಬ್ಯೂನಿಟ್ ರೈಬೋಸೋಮಲ್ RNA (rRNA) ವಂಶವಾಹಿಗಳು ಅತ್ಯಂತ ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿವೆ. ಈ ವಂಶವಾಹಿಗಳನ್ನು ಆಗಾಗ್ಗೆ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಫೈಲೋಜೆನೆಟಿಕ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಳಲ್ಲಿ ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಆದ್ದರಿಂದ ಅವುಗಳ ಅಧ್ಯಯನಕ್ಕಾಗಿ ಸುಸ್ಥಾಪಿತ ತಂತ್ರಗಳು ಅಸ್ತಿತ್ವದಲ್ಲಿವೆ. ಆಸಕ್ತಿಯ ಇತರ ವಂಶವಾಹಿಗಳು ವಿವಿಧ ಚಯಾಪಚಯ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಗಳಲ್ಲಿ ಪ್ರಮುಖವಾದವುಗಳಾಗಿರಬಹುದು. ಅನುಕೂಲಗಳು ಮತ್ತು ಅನಾನುಕೂಲಗಳು ಸಮುದಾಯ ಬೆರಳಚ್ಚು ಮುದ್ರಣದ ಪ್ರಯೋಜನಗಳೆಂದರೆ, ಇದನ್ನು ತ್ವರಿತವಾಗಿ ಮತ್ತು ತುಲನಾತ್ಮಕವಾಗಿ ಅಗ್ಗವಾಗಿ ನಿರ್ವಹಿಸಬಹುದು, ಮತ್ತು ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಳು ಏಕಕಾಲದಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಂಖ್ಯೆಯ ಮಾದರಿಗಳಿಗೆ ಅವಕಾಶ ಕಲ್ಪಿಸಬಹುದು. ಈ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳು ಕಾಲಾನಂತರದಲ್ಲಿ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಸಮುದಾಯಗಳಲ್ಲಿನ ಬದಲಾವಣೆಗಳನ್ನು ಮೇಲ್ವಿಚಾರಣೆ ಮಾಡಲು ಸಮುದಾಯ ಬೆರಳಚ್ಚುಗಳನ್ನು ವಿಶೇಷವಾಗಿ ಉಪಯುಕ್ತವಾಗಿಸುತ್ತವೆ. ಅಲ್ಲದೆ, ಬೆರಳಚ್ಚು ತಂತ್ರಗಳಿಗೆ ಮಾದರಿಯಲ್ಲಿ ಜೀವಿಗಳಿಗೆ ಆದ್ಯತೆಯ ಅನುಕ್ರಮ ದತ್ತಾಂಶವನ್ನು ಹೊಂದಿರಬೇಕಾಗಿಲ್ಲ. ಸಮುದಾಯದ ಬೆರಳಚ್ಚು ಮುದ್ರಣದ ಒಂದು ಅನನುಕೂಲವೆಂದರೆ ಅದು ಹೆಚ್ಚಾಗಿ ಗುಣಾತ್ಮಕ ದತ್ತಾಂಶಕ್ಕೆ ಕಾರಣವಾಗುತ್ತದೆ, ಪರಿಮಾಣಾತ್ಮಕ ದತ್ತಾಂಶಕ್ಕೆ ಅಲ್ಲ. ಗುಣಾತ್ಮಕ ದತ್ತಾಂಶವನ್ನು ಬಳಸುವಾಗ, ವಿವಿಧ ಅಧ್ಯಯನಗಳಲ್ಲಿ ಅಥವಾ ವಿವಿಧ ತನಿಖಾಧಿಕಾರಿಗಳ ನಡುವೆ ಕಂಡುಬರುವ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಹೋಲಿಸುವುದು ಕಷ್ಟವಾಗಬಹುದು. ಅಲ್ಲದೆ, ಸಮುದಾಯ ಬೆರಳಚ್ಚುಗಳು ಪರಿಸರದ ಮಾದರಿಯಲ್ಲಿ ಟ್ಯಾಕ್ಸಾವನ್ನು ನೇರವಾಗಿ ಗುರುತಿಸುವುದಿಲ್ಲ, ಆದರೂ ಕೆಲವು ತಂತ್ರಗಳಿಂದ ಡೇಟಾ ಔಟ್ಪುಟ್ (ಉದಾಹರಣೆಗೆ. ಒಬ್ಬರು ಗುರುತಿಸಲು ಬಯಸಿದರೆ ಡಿಜಿಜಿಇ) ಅನ್ನು ಮತ್ತಷ್ಟು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಬಹುದು. ಕೆಲವು ಲೇಖಕರು ಕೆಲವು ಬೆರಳಚ್ಚು ವಿಧಾನಗಳ ಫಲಿತಾಂಶಗಳ ಕಳಪೆ ಪುನರುತ್ಪಾದನೆಯನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತಾರೆ, ಆದರೆ ಇತರ ಲೇಖಕರು ಹೇರಳವಾದ ಅಂದಾಜುಗಳ ನಿಖರತೆ ಮತ್ತು ಅಪರೂಪದ ವರ್ಗಗಳ ಉಪಸ್ಥಿತಿಯನ್ನು ಸೆರೆಹಿಡಿಯಲು ಕೆಲವು ತಂತ್ರಗಳ ಅಸಮರ್ಥತೆಯನ್ನು ಟೀಕಿಸಿದ್ದಾರೆ. ಉದಾಹರಣೆಗೆ, ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಸಮುದಾಯದ 0.5%-1% ಕ್ಕಿಂತ ಕಡಿಮೆ ಇರುವ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚುವುದು ಡಿಜಿಜಿಇ ವಿಧಾನಕ್ಕೆ ಕಷ್ಟಕರವಾಗಿದೆ. ತಂತ್ರಗಳು ಈ ವಿಭಾಗವು ಸಮುದಾಯ ಬೆರಳಚ್ಚು ಮಾಡುವ ಮೂರು ವಿಧಾನಗಳನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ. ಟರ್ಮಿನಲ್ ರಿಸ್ಟ್ರಿಕ್ಷನ್ ಫ್ರಾಗ್ಮೆಂಟ್ ಲೆಂಗ್ತ್ ಪಾಲಿಮಾರ್ಫಿಸಮ್ (ಟಿ-ಆರ್ಎಫ್ಎಲ್ಪಿ) ಟರ್ಮಿನಲ್ ರಿಸ್ಟ್ರಿಕ್ಷನ್ ಫ್ರಾಗ್ಮೆಂಟ್ ಲೆಂಗ್ತ್ ಪಾಲಿಮಾರ್ಫಿಸಮ್ (ಟಿ-ಆರ್ಎಫ್ಎಲ್ಪಿ) ಎಂಬುದು ಸಮುದಾಯ ಬೆರಳಚ್ಚುಗಳನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸಲು ಪ್ರತಿದೀಪಕವಾಗಿ ಲೇಬಲ್ ಮಾಡಲಾದ ಡಿಎನ್ಎ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಬಳಸುವ ಒಂದು ವಿಧಾನವಾಗಿದೆ. ಈ ವಿಭಾಗವು ಸಮುದಾಯ ಬೆರಳಚ್ಚುಗಾರಿಕೆಯ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಸನ್ನಿವೇಶದಲ್ಲಿ ಟಿ-ಆರ್ಎಫ್ಎಲ್ಪಿಯ ಸಂಕ್ಷಿಪ್ತ ವಿವರಣೆಯನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ. ಹೆಚ್ಚು ವಿವರವಾದ ವಿವರಣೆಗಾಗಿ, ಟಿ-ಆರ್ಎಫ್ಎಲ್ಪಿ ಲೇಖನವನ್ನು ನೋಡಿ. ಟಿ-ಆರ್ಎಫ್ಎಲ್ಪಿ (ಚಿತ್ರ 1) ಅನ್ನು ನಿರ್ವಹಿಸಲು, ಒಬ್ಬರು ಗುರಿ ಜೀನ್ ಅನ್ನು ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡಬೇಕು (ಉದಾಹರಣೆಗೆ. 16S rRNA ಜೀನ್) ಪಿಸಿಆರ್ ಮೂಲಕ ವರ್ಧಿಸುತ್ತದೆ. ಪಿಸಿಆರ್ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಯಲ್ಲಿ ಬಳಸಲಾಗುವ ಕನಿಷ್ಠ ಒಂದು ಪ್ರೈಮರ್ ಅನ್ನು 5 'ತುದಿಯಲ್ಲಿ ಪ್ರತಿದೀಪಕವಾಗಿ ಲೇಬಲ್ ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ. ಪಿಸಿಆರ್ ವರ್ಧನೆಯ ನಂತರ, ಪ್ರತಿ ನಕಲು ಮಾಡಲಾದ ಡಿಎನ್ಎ ವಿಭಾಗವು ಫ್ಲೋರೊಸೆಂಟ್ ಲೇಬಲ್ ಅನ್ನು ಹೊಂದಿರುತ್ತದೆ. ಮುಂದೆ, ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆ ಸ್ಥಳಗಳಲ್ಲಿ ವರ್ಧಿತ ಡಿಎನ್ಎಯನ್ನು ಕತ್ತರಿಸಲು ನಿರ್ಬಂಧದ ಕಿಣ್ವಗಳನ್ನು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಮಾದರಿಯಲ್ಲಿರುವ ಪ್ರತಿ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯು ಗುರಿ ಜೀನ್ನ ಮೇಲೆ ವಿಭಿನ್ನ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಹೊಂದಿರುತ್ತದೆ ಎಂಬುದು ಆಧಾರವಾಗಿರುವ ಊಹೆಯಾಗಿದೆ, ಆದ್ದರಿಂದ ನಿರ್ಬಂಧ ಕಿಣ್ವವು ಪ್ರತಿ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಡಿಎನ್ಎಯನ್ನು ಬೇರೆ ಸ್ಥಳದಲ್ಲಿ ಕತ್ತರಿಸುತ್ತದೆ. (ಪ್ರತಿಯೊಂದು ವಿಭಿನ್ನ ನಿರ್ಬಂಧದ ತಾಣವು ಒಂದೇ ಕಾರ್ಯಾಚರಣೆಯ ಟ್ಯಾಕ್ಸಾನಮಿಕ್ ಘಟಕವನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತದೆ ಎಂದು ಪರಿಗಣಿಸಲಾಗಿದೆ. ಹೀಗಾಗಿ, ಕಿಣ್ವವು ಮಾದರಿಯಲ್ಲಿರುವ ಪ್ರತಿ ರೀತಿಯ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಗೆ ಒಂದು ತುಣುಕು ಉದ್ದವನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸುತ್ತದೆ. ಜೀರ್ಣಕ್ರಿಯೆಯ ಫಲಿತಾಂಶವು ವಿವಿಧ ಉದ್ದಗಳ ನಿರ್ಬಂಧದ ತುಣುಕುಗಳ ಗುಂಪಾಗಿದೆ, ಪ್ರತಿಯೊಂದೂ ಒಂದು ತುದಿಯಲ್ಲಿ ಪ್ರತಿದೀಪಕವಾಗಿ ಲೇಬಲ್ ಮಾಡಲ್ಪಟ್ಟಿದೆ. ಇವುಗಳನ್ನು "ಅಂತಿಮ ತುಣುಕುಗಳು" ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ ಏಕೆಂದರೆ ಅವುಗಳನ್ನು ಪಿಸಿಆರ್ ಪ್ರೈಮರ್ ಲಗತ್ತಿಸಲಾದ ಕೊನೆಯಲ್ಲಿ ಲೇಬಲ್ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ. (ಲೇಬಲ್ ಮಾಡದ ತುದಿಗಳನ್ನು ಅಂತಿಮ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯಲ್ಲಿ ದಾಖಲಿಸಲಾಗಿಲ್ಲ.) ಮುಂದೆ, ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಜೆಲ್ ಅಥವಾ ಕ್ಯಾಪಿಲ್ಲರಿ ಎಲೆಕ್ಟ್ರೋಫೋರೆಸಿಸ್ ಮೂಲಕ ಗಾತ್ರದಿಂದ ಬೇರ್ಪಡಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಲೇಸರ್ ಪತ್ತೆಹಚ್ಚುವಿಕೆಯು ಅಂತಿಮ ತುಣುಕುಗಳ ಗಾತ್ರ ಮತ್ತು ಪ್ರತಿದೀಪಕ-ತೀವ್ರತೆಯ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಸೆರೆಹಿಡಿಯುತ್ತದೆ. ತಿಳಿದಿರುವ ಗಾತ್ರ ಮತ್ತು ಪ್ರತಿದೀಪಕದ ಡಿಎನ್ಎ ಮಾನದಂಡಗಳನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯಲ್ಲಿ ಉಲ್ಲೇಖಗಳಾಗಿ ಸೇರಿಸಲಾಗಿದೆ. ಪ್ರತಿದೀಪಕಕ್ಕೆ ಕನಿಷ್ಠ ಮಿತಿಯನ್ನು ನಿಗದಿಪಡಿಸುವ ಮೂಲಕ, ಹಿನ್ನೆಲೆ ಶಬ್ದವನ್ನು ಹೊರಗಿಡಲಾಗುತ್ತದೆ. ಡೇಟಾ ಔಟ್ಪುಟ್ ಮತ್ತು ವ್ಯಾಖ್ಯಾನ ಲೇಸರ್ ಪತ್ತೆ ಹಂತದ ಔಟ್ಪುಟ್ ಒಂದು ಎಲೆಕ್ಟ್ರೋಫೆರೋಗ್ರಾಮ್ ಆಗಿದ್ದು, ಇದು ಸಮತಲ ಅಕ್ಷದ ಮೇಲೆ ತುಣುಕು ಉದ್ದ ಮತ್ತು ಲಂಬ ಅಕ್ಷದ ಮೇಲೆ ಪ್ರತಿದೀಪಕ ತೀವ್ರತೆಯೊಂದಿಗೆ ಶಿಖರಗಳ ಸರಣಿಯನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ (ಚಿತ್ರ 1). ಎರಡನೇ ಔಟ್ಪುಟ್ ಎಂದರೆ ತುಣುಕುಗಳ ಸ್ಥಳಾಂತರದ ಸಮಯ, ಪ್ರತಿ ಶಿಖರದ ಬೇಸ್ ಜೋಡಿಗಳಲ್ಲಿನ ಗಾತ್ರ ಮತ್ತು ಪ್ರತಿ ಶಿಖರದ ಎತ್ತರ ಮತ್ತು ಪ್ರದೇಶವನ್ನು ಪಟ್ಟಿ ಮಾಡುವ ದತ್ತಾಂಶ ಕೋಷ್ಟಕವಾಗಿದೆ. ಟಿ-ಆರ್ಎಫ್ಎಲ್ಪಿಯ ಸೈದ್ಧಾಂತಿಕ ಆಧಾರವು ಸಮತಲ ಅಕ್ಷದ ಉದ್ದಕ್ಕೂ ವಿವಿಧ ಸ್ಥಾನಗಳಲ್ಲಿನ ಶಿಖರಗಳು ವಿವಿಧ ರೀತಿಯ ಜೀವಿಗಳನ್ನು (ಅಥವಾ ಒಟಿಯು) ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತವೆ ಎಂದು ಊಹಿಸುತ್ತದೆ. ಪ್ರತಿ ಪ್ರತಿದೀಪಕ ತೀವ್ರತೆಯ ಶಿಖರದ ಅಡಿಯಲ್ಲಿರುವ ಪ್ರದೇಶವು ಸಮುದಾಯದಲ್ಲಿ ಪ್ರತಿ ಫೈಲೋಟೈಪ್ನ ಸಾಪೇಕ್ಷ ಸಮೃದ್ಧಿಯ ಪ್ರತಿನಿಧಿಯಾಗಿದೆ. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಹಲವಾರು ಮುನ್ನೆಚ್ಚರಿಕೆಗಳನ್ನು ಗಣನೆಗೆ ತೆಗೆದುಕೊಳ್ಳಬೇಕು. ವಿವಿಧ ರೀತಿಯ ಜೀವಿಗಳು ಆಸಕ್ತಿಯ ವಂಶವಾಹಿಯಲ್ಲಿ ನಿರ್ಬಂಧದ ಸ್ಥಳವನ್ನು ಹಂಚಿಕೊಳ್ಳಬಹುದು; ಹಾಗಿದ್ದಲ್ಲಿ, ಈ ಜೀವಿಗಳನ್ನು ಎಲೆಕ್ಟ್ರೋಫೆರೋಗ್ರಾಮ್ನಲ್ಲಿ ವಿಭಿನ್ನ ಶಿಖರಗಳಾಗಿ ಪ್ರತ್ಯೇಕಿಸಲಾಗುವುದಿಲ್ಲ. ಇದಲ್ಲದೆ, ಶಿಖರದ ಕೆಳಗಿರುವ ಪ್ರದೇಶವು ಸಂಪೂರ್ಣ ಸಮೃದ್ಧಿಯ ಬದಲು ಸಾಪೇಕ್ಷ ಸಮೃದ್ಧಿಯನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತದೆ, ಮತ್ತು ಸಮೃದ್ಧಿಯ ಅಳತೆ ಮತ್ತು ಪಿಸಿಆರ್ ವರ್ಧನೆಯಲ್ಲಿ ಪಕ್ಷಪಾತಗಳಿವೆ. ಉದಾಹರಣೆಗೆ, ಮೂಲ ಒಟ್ಟು ಡಿಎನ್ಎ ಮಾದರಿಯಲ್ಲಿ ವಿರಳವಾಗಿರುವ ಜೀವಿಗಳನ್ನು ಅಂತಿಮ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯಲ್ಲಿ ಪತ್ತೆಹಚ್ಚುವಷ್ಟು ವರ್ಧಿಸಲಾಗುವುದಿಲ್ಲ. ಇದು ಸಮುದಾಯದ ವೈವಿಧ್ಯತೆಯನ್ನು ಕಡಿಮೆ ಅಂದಾಜು ಮಾಡಲು ಕಾರಣವಾಗುತ್ತದೆ. ಲಿಯು ಮತ್ತು ಇತರರು. ಫಲಿತಾಂಶಗಳನ್ನು ವಿರೂಪಗೊಳಿಸಬಹುದಾದ ಇತರ ಸಂಭಾವ್ಯ ಅಂಶಗಳನ್ನು ಉಲ್ಲೇಖಿಸಿ, "ಜೀವಕೋಶದ ಲೈಸಿಸ್, ಡಿಎನ್ಎ ಹೊರತೆಗೆಯುವಿಕೆ ಮತ್ತು ಪಿಸಿಆರ್ ವರ್ಧನೆಯ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಪರಿಚಯಿಸಲಾದ ಪ್ರಭೇದಗಳು ಮತ್ತು ಪಕ್ಷಪಾತಗಳ ನಡುವಿನ ಜೀನ್ ನಕಲು ಸಂಖ್ಯೆಯಲ್ಲಿನ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳು" (ಪುಟ 4521). ವಿವರವಾದ ತಾಂತ್ರಿಕ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಬಯಸುವವರಿಗೆ, ಟಿ-ಆರ್ಎಫ್ಎಲ್ಪಿ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಯ ಪ್ರತಿಯೊಂದು ಹಂತದಲ್ಲೂ ಪರಿಚಯಿಸಬಹುದಾದ ಸಂಭಾವ್ಯ ಪಕ್ಷಪಾತಗಳ ಪಟ್ಟಿಯನ್ನು ಮಾರ್ಷ್ ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ. ಪ್ರಯೋಜನಗಳು ಮತ್ತು ಅನಾನುಕೂಲಗಳು ಟಿ-ಆರ್. ಎಫ್. ಎಲ್. ಪಿ. ಯ ಪ್ರಮುಖ ಪ್ರಯೋಜನಗಳೆಂದರೆ ಅದು ವೇಗವಾಗಿರುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಅನೇಕ ಮಾದರಿಗಳಿಗೆ ಸುಲಭವಾಗಿ ಅವಕಾಶ ಕಲ್ಪಿಸುತ್ತದೆ. ಅಲ್ಲದೆ, ದೃಶ್ಯ ಉತ್ಪಾದನೆಯು ವಿವಿಧ ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ ಸಮುದಾಯ ರಚನೆಯ ಮಾದರಿಗಳ ಹೋಲಿಕೆಯನ್ನು ಸರಳಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ. ದತ್ತಾಂಶ ಉತ್ಪಾದನೆಯ ವಿಶಾಲವಾದ, ಗುಣಾತ್ಮಕ ಸ್ವರೂಪವು ಒಂದು ಅನನುಕೂಲವಾಗಿದೆ, ಇದನ್ನು ಮೇಲಿನ ಎಚ್ಚರಿಕೆಗಳನ್ನು ಗಮನದಲ್ಲಿಟ್ಟುಕೊಂಡು ಅರ್ಥೈಸಿಕೊಳ್ಳಬೇಕು. ಅಲ್ಲದೆ, ಟಿ-ಆರ್ಎಫ್ಎಲ್ಪಿ ಮೂಲಕ ಮಾದರಿಯಲ್ಲಿ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಗಳನ್ನು ನೇರವಾಗಿ ಗುರುತಿಸಲು ಸಾಧ್ಯವಿಲ್ಲ. ಅಪ್ಲಿಕೇಶನ್ಗಳು ಡಿಸಾಯಾತಾನೋವಾಟ್ ಮತ್ತು ಇತರರು. ಥೈಲ್ಯಾಂಡ್ನಲ್ಲಿ ಎರಡು ಜಾತಿಯ ಜೇನುನೊಣಗಳಲ್ಲಿ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಕರುಳಿನ ಸಮುದಾಯ ಅಥವಾ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯನ್ನು ನಿರ್ಣಯಿಸಲು ಟಿ-ಆರ್ಎಫ್ಎಲ್ಪಿಯನ್ನು ಬಳಸಲಾಯಿತು. ಈ ಎರಡು ಪ್ರಭೇದಗಳು ವಿಭಿನ್ನ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಸಮುದಾಯಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿವೆ ಮತ್ತು ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯು ಜೇನುನೊಣಗಳ ಜೀವಿತಾವಧಿಯಲ್ಲಿ ಬದಲಾಗುತ್ತದೆ ಎಂದು ಅವರು ಕಂಡುಕೊಂಡರು. ಜೂ ಮತ್ತು ಇತರರು. ಫೈಟೋಪ್ಲಾಂಕ್ಟನ್ ಮೇಲ್ವಿಚಾರಣೆಯ ವಿಧಾನವಾಗಿ ಟಿ-ಆರ್ಎಫ್ಎಲ್ಪಿಯನ್ನು ಪರೀಕ್ಷಿಸಲಾಯಿತು. ಲೇಖಕರು ಸಮಯದ ಸರಣಿಯಲ್ಲಿ ಜಲಾಶಯಗಳಿಂದ ಪರಿಸರದ ನೀರಿನ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಸಂಗ್ರಹಿಸಿದರು. ತಿಳಿದಿರುವ ಅಂತಿಮ ನಿರ್ಬಂಧದ ತುಣುಕುಗಳೊಂದಿಗೆ (ಸಂಸ್ಕೃತಿಗಳಿಂದ ನಿರ್ಮಿಸಲಾದ ದತ್ತಸಂಚಯದಿಂದ) ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಹೋಲಿಸಿದ ನಂತರ, ಫೈಟೋಪ್ಲಾಂಕ್ಟನ್ ಸಮುದಾಯದಲ್ಲಿನ ಬದಲಾವಣೆಗಳನ್ನು ಮೇಲ್ವಿಚಾರಣೆ ಮಾಡುವ ತಂತ್ರವಾಗಿ ಟಿ-ಆರ್ಎಫ್ಎಲ್ಪಿಯನ್ನು ಪರಿಣಾಮಕಾರಿಯಾಗಿ ಬಳಸಬಹುದು ಎಂದು ಅವರು ತೀರ್ಮಾನಿಸಿದರು. ಆದಾಗ್ಯೂ, ವೈವಿಧ್ಯತೆ ಮತ್ತು ಸಮೃದ್ಧಿಯ ಅಂದಾಜುಗಳು ಇತರ ವಿಧಾನಗಳ ಮೂಲಕ ಕಂಡುಬರುವ ಅಂದಾಜುಗಳಿಗಿಂತ ಕಡಿಮೆ ನಿಖರವಾಗಿವೆ ಎಂದು ಕಂಡುಬಂದಿದೆ. ಡಿನಾಟರಿಂಗ್ ಗ್ರೇಡಿಯಂಟ್ ಜೆಲ್ ಎಲೆಕ್ಟ್ರೋಫೋರೆಸಿಸ್ (ಡಿಜಿಜಿಇ) ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಯು ಡಿನಾಟರಿಂಗ್ ಗ್ರೇಡಿಯಂಟ್ ಜೆಲ್ ಎಲೆಕ್ಟ್ರೋಫೋರೆಸಿಸ್ (ಡಿಜಿಜಿಇ) ಒಂದು ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಬೆರಳಚ್ಚು ತಂತ್ರವಾಗಿದ್ದು, ಇದು ಅನುಕ್ರಮ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ಸರಿಸುಮಾರು ಒಂದೇ ಗಾತ್ರದ ಆಂಪ್ಲಿಕಾನ್ಗಳನ್ನು ಪ್ರತ್ಯೇಕಿಸುತ್ತದೆ (ಚಿತ್ರ 2). ಈ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳು ಡಿ. ಎನ್. ಎ. ವಿರೂಪಗೊಳ್ಳುವ ಮಿತಿಯನ್ನು ನಿರ್ದೇಶಿಸುತ್ತವೆ. ಡಿ. ಜಿ. ಜಿ. ಇ. ಜೆಲ್ ಒಂದು ಗ್ರೇಡಿಯಂಟ್ ಡಿ. ಎನ್. ಎ. ಡಿನೇಚುರೆಂಟ್ (ಯುರಿಯಾ ಮತ್ತು ಫಾರ್ಮೈಡ್ನ ಮಿಶ್ರಣ) ಅಥವಾ ರೇಖೀಯ ತಾಪಮಾನದ ಗ್ರೇಡಿಯಂಟ್ ಅನ್ನು ಬಳಸುತ್ತದೆ. ತುಣುಕು ಅದರ ಕರಗುವ ಬಿಂದುವನ್ನು ತಲುಪಿದಾಗ (ಸಾಕಷ್ಟು ಡಿನಾಚುರೆಂಟ್ನ ಮಿತಿ), ಅದು ಚಲಿಸುವುದನ್ನು ನಿಲ್ಲಿಸುತ್ತದೆ. ಭಾಗಶಃ ಕರಗಿದ ಡಬಲ್-ಸ್ಟ್ರಾಂಡೆಡ್ ಡಿಎನ್ಎ ಇನ್ನು ಮುಂದೆ ಜೆಲ್ ಮೂಲಕ ಸ್ಥಳಾಂತರಗೊಳ್ಳುವುದಿಲ್ಲ ಎಂಬ ಅಂಶವೇ ಇದಕ್ಕೆ ಕಾರಣ. ಜಿಸಿ ಕ್ಲ್ಯಾಂಪ್ ಅನ್ನು (ಹೆಚ್ಚಿನ ಜಿಸಿ ಅಂಶವನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಸುಮಾರು 40 ಬೇಸ್ಗಳು) ಪಿಸಿಆರ್ ತುಣುಕುಗಳು ವಿಕೃತಿಕೃತವಾದ ನಂತರ ಅವುಗಳನ್ನು ಒಟ್ಟಿಗೆ ಲಂಗರು ಹಾಕಲು ವಿಶೇಷ ಪ್ರೈಮರ್ ಆಗಿ ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಡೇಟಾ ಔಟ್ಪುಟ್ ಮತ್ತು ವ್ಯಾಖ್ಯಾನ ಜೆಲ್ ಮೇಲಿನ ಪ್ರತಿಯೊಂದು ಲೇನ್ ಒಂದು ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಸಮುದಾಯವನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತದೆ. ಮಾದರಿಗಳ ನಡುವೆ ಹಂಚಿಕೊಂಡ ಬ್ಯಾಂಡ್ಗಳು ಒಂದೇ ಗಾತ್ರದಲ್ಲಿರುತ್ತವೆ ಮತ್ತು ಜೆಲ್ ಮೇಲೆ ಸರಿಸುಮಾರು ಒಂದೇ ಸ್ಥಾನದಲ್ಲಿರುತ್ತವೆ. ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಸಮುದಾಯದ ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ ಹಂಚಿಕೊಳ್ಳದ ಜೀನ್ ರೂಪಾಂತರಗಳು ಇತರರೊಂದಿಗೆ ಅಡ್ಡಲಾಗಿ ಹೊಂದಿಕೆಯಾಗುವುದಿಲ್ಲ. ಉದಾಹರಣೆಗೆ, ಆಸಕ್ತಿಯ ಜೀನ್ 16S rRNA ಆಗಿದ್ದರೆ, ತಂತ್ರವನ್ನು ಮೊದಲು ವಿವರಿಸಿದಾಗ ಇದ್ದಂತೆ, ಪಿಸಿಆರ್-ವರ್ಧಿತ ತುಣುಕುಗಳು ಒಂದೇ ಲಂಬವಾದ ಸ್ಥಳದಲ್ಲಿರುತ್ತವೆ ಏಕೆಂದರೆ ಅವೆಲ್ಲವೂ ಸರಿಸುಮಾರು ಒಂದೇ ಗಾತ್ರದಲ್ಲಿರುತ್ತವೆ. ಮತ್ತೊಂದು ಗುರಿ ಜೀನ್ ಉದ್ದದಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ವ್ಯತ್ಯಾಸವನ್ನು ಹೊಂದಿರಬಹುದು, ಆದರೆ ಡಿನೇಚುರೆಂಟ್ ಗ್ರೇಡಿಯಂಟ್ ಮಾದರಿಗಳ ನಡುವೆ ಮತ್ತಷ್ಟು ವ್ಯತ್ಯಾಸವನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಎರಡನೇ ಅಂಶವನ್ನು (ಕರಗುವ ಬಿಂದುವಿನ) ಬಳಸುತ್ತದೆ. ಡಿಜಿಜಿಇ ಜೆಲ್ ಮೂಲ ಅನುಕ್ರಮದ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ಒಂದೇ ಗಾತ್ರದ ಜೀನ್ಗಳನ್ನು ಪ್ರತ್ಯೇಕಿಸುತ್ತದೆ. ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಸಮುದಾಯಗಳು ವರ್ಗೀಕರಣದ ಸಂಯೋಜನೆಯಲ್ಲಿ ಎಷ್ಟರ ಮಟ್ಟಿಗೆ ಒಂದೇ ಅಥವಾ ವಿಭಿನ್ನವಾಗಿವೆ ಎಂಬುದನ್ನು ಈ ತಂತ್ರವು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ. ಜೆಲ್ನ ಮೇಲೆ ಬೇರೆ ಬೇರೆ ಸ್ಥಳದಲ್ಲಿರುವ ಪ್ರತಿಯೊಂದು ಬ್ಯಾಂಡ್ ಬೇರೆ ಬೇರೆ ಫೈಲೋಟೈಪ್ ಅನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತದೆ (ಫೈಲೋಜೆನೆಟಿಕ್ ಮಾರ್ಕರ್ ಜೀನ್ನ ಒಂದು ವಿಶಿಷ್ಟ ಅನುಕ್ರಮ). ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಸಮುದಾಯಗಳಿಗೆ ಈ ವಿಧಾನವು ಅನೇಕ ಪ್ರತ್ಯೇಕ 16S rRNA ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ವಿವರಿಸುತ್ತದೆ. ವಿಭಿನ್ನ ಸಮತಲ ಸ್ಥಾನಗಳಲ್ಲಿನ ಬ್ಯಾಂಡ್ಗಳ ಸಂಖ್ಯೆಯನ್ನು ಆ ಮಾದರಿಯಲ್ಲಿನ ಜೀವವೈವಿಧ್ಯತೆಯ ಮಟ್ಟವನ್ನು ಅಂದಾಜು ಮಾಡಲು ಮತ್ತು ಫೈಲೋಜೆನೆಟಿಕ್ ಸಂಬಂಧವನ್ನು ಊಹಿಸಲು ಬಳಸಬಹುದು. ಫೈಲೋಜೆನೆಟಿಕ್ ಸಂಬಂಧದ ಬಗ್ಗೆ ಇನ್ನಷ್ಟು ತಿಳಿದುಕೊಳ್ಳಲು, ಆ ಬ್ಯಾಂಡ್ಗಳನ್ನು ಜೆಲ್ನಿಂದ ಹೊರತೆಗೆಯಬಹುದು ಮತ್ತು ನಂತರ ಅವುಗಳನ್ನು ಅನುಕ್ರಮಗೊಳಿಸಬಹುದು. ಪ್ರಯೋಜನಗಳು ಮತ್ತು ಅನಾನುಕೂಲಗಳು ಡಿನೇಚರಿಂಗ್ ಪ್ರೊಫೈಲ್ನ ಬಳಕೆಯು ಒಂದೇ ಗಾತ್ರದ ಡಿಎನ್ಎ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಪ್ರತ್ಯೇಕಿಸುವ ಮಾರ್ಗವಾಗಿ ಕಾರ್ಯನಿರ್ವಹಿಸುತ್ತದೆ. ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ವೈವಿಧ್ಯತೆಯನ್ನು ನಿರ್ಣಯಿಸುವಲ್ಲಿ ಇದು ಪ್ರಯೋಜನಕಾರಿಯಾಗಿದೆ ಏಕೆಂದರೆ 16S rRNA ವಂಶವಾಹಿಯು ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಫೈಲಾದ ಉದ್ದಕ್ಕೂ ಗಾತ್ರದಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚು ಬದಲಾಗುವುದಿಲ್ಲ. ಡಿಜಿಜಿಇ ಜೆಲ್ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಮಾದರಿಯಲ್ಲಿ ಜೀವವೈವಿಧ್ಯತೆಯನ್ನು ನೋಡುವ ತ್ವರಿತ ಮಾರ್ಗವನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಆಸಕ್ತಿಯ ಪಟ್ಟಿಗಳನ್ನು ಅನುಕ್ರಮಗೊಳಿಸುವ ಆಯ್ಕೆಯನ್ನು ತಡೆಯುವುದಿಲ್ಲ. ಈ ವಿಧಾನವು ಪ್ರಯೋಗಾಲಯದಲ್ಲಿ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಗಳನ್ನು ಬೆಳೆಸುವ ಅಗತ್ಯವಿರುವುದಿಲ್ಲ ಮತ್ತು ಸಂಕರೀಕರಣ ವಿಧಾನಗಳಿಗಾಗಿ ಶೋಧಕಗಳನ್ನು ವಿನ್ಯಾಸಗೊಳಿಸಲು ಅಗತ್ಯವಿರುವ ಯಾವುದೇ ಅನುಕ್ರಮ ದತ್ತಾಂಶದ ಅಗತ್ಯವಿರುವುದಿಲ್ಲ. ಮುಖ್ಯ ಅನನುಕೂಲವೆಂದರೆ ಇದು ಜೀವವೈವಿಧ್ಯತೆಯ ಗುಣಾತ್ಮಕ ಮೌಲ್ಯಮಾಪನವಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಫೈಲೋಜೆನೆಟಿಕ್ ಸಂಬಂಧದ ಬಗ್ಗೆ ತೀರ್ಮಾನಗಳನ್ನು ಮಾಡಲು ಜೀನ್ಗಳನ್ನು ಅನುಕ್ರಮಗೊಳಿಸಬೇಕು. ಮತ್ತೊಂದು ಅನನುಕೂಲವೆಂದರೆ, ಜಿಸಿ ಕ್ಲ್ಯಾಂಪ್ ಅನ್ನು ಸಂಶ್ಲೇಷಿಸಿದಾಗಲೆಲ್ಲಾ ಅದು ಬದಲಾಗಬಹುದು. ಇದು ಒಂದೇ 16ಎಸ್ ಆರ್ಆರ್ಎನ್ಎ ಅನುಕ್ರಮಕ್ಕೆ ವಿಭಿನ್ನ ಡಿಜಿಜಿಇ ಪ್ರೊಫೈಲ್ಗಳ ಸಾಮರ್ಥ್ಯಕ್ಕೆ ಕಾರಣವಾಗುತ್ತದೆ. ಅಪ್ಲಿಕೇಶನ್ಗಳು ಸ್ಟೀಫನ್ ಮತ್ತು ಇತರರು. ಮಣ್ಣಿನಲ್ಲಿ ಪ್ರೋಟಿಯೋಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ತ್ವರಿತ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಾಗಿ ಡಿಜಿಜಿಇ ಅನ್ನು ಬಳಸಲಾಯಿತು. ಅವರು ವಿವಿಧ ಪಿ. ಎಚ್ ಮೌಲ್ಯಗಳಲ್ಲಿ 36 ವರ್ಷಗಳ ಕಾಲ ನಿರ್ವಹಿಸಿದ ಮಣ್ಣಿನಿಂದ ತಮ್ಮ ಪರಿಸರದ ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ವೈವಿಧ್ಯತೆಯ ಆರಂಭಿಕ ಮೌಲ್ಯಮಾಪನವನ್ನು ಪಡೆದರು. ಅವರು ನೈಸರ್ಗಿಕ ಜನಸಂಖ್ಯೆಯ ಬಗ್ಗೆ ಹೆಚ್ಚಿನ ವಿವರಗಳನ್ನು ಪಡೆಯಲು ಡಿಎನ್ಎ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಶೋಧಿಸುವ ಮೂಲಕ ಡಿಜಿಜಿಇ ಮತ್ತು ಹೈಬ್ರಿಡೈಸೇಶನ್ ತಂತ್ರಗಳನ್ನು ಸಂಯೋಜಿಸಿದರು. ಈ ಅಧ್ಯಯನದಲ್ಲಿ, ಅವರು ನಿಕಟವಾಗಿ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಪ್ರಕಾರಗಳ ಗುಂಪನ್ನು ನೋಡುತ್ತಿದ್ದರು, ಎಲ್ಲಾ ಆಟೋಟ್ರೋಫಿಕ್ β-ಪ್ರೋಟಿಯೋಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಲ್ ಅಮೋನಿಯಾ ಆಕ್ಸಿಡೈಸರ್ಗಳು. 16S ಆರ್ಡಿಎನ್ಎ ಮಾದರಿಗಳು ಜೆಲ್ ಖಾಲಿಯಾದಾಗ ಅಸ್ಪಷ್ಟವಾದ ಅತಿಕ್ರಮಿಸುವ ಬ್ಯಾಂಡ್ಗಳನ್ನು ನೀಡಿತು. ಅಸ್ಪಷ್ಟವಾದ ಅತಿಕ್ರಮಿಸುವ ಬ್ಯಾಂಡ್ಗಳನ್ನು ಕ್ಲಸ್ಟರ್-ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ರೇಡಿಯೋಲಾಬೆಲ್ ಶೋಧಕಗಳೊಂದಿಗೆ ಬೇರ್ಪಡಿಸಲಾಯಿತು, ಇದು ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿನ ವಿಭಿನ್ನ ಜೀನೋಟೈಪ್ಗಳ ತುಲನಾತ್ಮಕ ಸಮೃದ್ಧಿಯ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ನೀಡಿತು. ವಾರ್ಡ್ ಮತ್ತು ಇತರರು. ಏರೋಬಿಕ್ ಕೆಮೋರ್ಗನೋಟ್ರೋಫಿಕ್ ಜನಸಂಖ್ಯೆಯ 16S rRNA ಜೀನ್ ವಿಭಾಗಗಳ DGGE ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಯೆಲ್ಲೊಸ್ಟೋನ್ ಬಿಸಿ ಬುಗ್ಗೆಯಲ್ಲಿನ ಸಯನೋಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಲ್ ಚಾಪೆ ಸಮುದಾಯಗಳನ್ನು ಪರೀಕ್ಷಿಸಲಾಯಿತು. ವೈವಿಧ್ಯತೆಯ ಬಗ್ಗೆ ಹೊಸ ಒಳನೋಟವನ್ನು ಪಡೆಯುವ ಸಮುದಾಯವನ್ನು ವಿವರಿಸಲು ಡಿಜಿಜಿಇ ಅವರಿಗೆ ಅವಕಾಶ ಮಾಡಿಕೊಟ್ಟಿತು. ಅವರು ಶುದ್ಧೀಕರಿಸುವ ಮತ್ತು ಅನುಕ್ರಮಗೊಳಿಸುವ ಮೂಲಕ ಆಸಕ್ತಿಯ ಗುಂಪುಗಳನ್ನು ನಿರೂಪಿಸಿದರು ಮತ್ತು ಹಿಂದೆ ತಿಳಿದಿಲ್ಲದ ಅನೇಕ ವಂಶಾವಳಿಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆ ಮಾಡಿದರು. (ಸ್ವಯಂಚಾಲಿತ) ರೈಬೋಸೋಮಲ್ ಇಂಟರ್ಜೆನಿಕ್ ಸ್ಪೇಸರ್ ಅನಾಲಿಸಿಸ್ (ಎಆರ್ಐಎಸ್ಎ) ಪ್ರೊಸೀಜರ್ (ಸ್ವಯಂಚಾಲಿತ) ರೈಬೋಸೋಮಲ್ ಇಂಟರ್ಜೆನಿಕ್ ಸ್ಪೇಸರ್ ಅನಾಲಿಸಿಸ್, ಅಥವಾ (ಎ) ಆರ್ಐಎಸ್ಎ (ಚಿತ್ರ 3), ಪ್ರೊಕಾರ್ಯೋಟಿಕ್ ಡಿಎನ್ಎ 16ಎಸ್ಆರ್ಆರ್ಎನ್ಎ ಜೀನ್ ಮತ್ತು 23ಎಸ್ಆರ್ಆರ್ಎನ್ಎ ಜೀನ್ ಎಂಬ ಎರಡು ಹೆಚ್ಚು ಸಂರಕ್ಷಿತ ಜೀನ್ಗಳಿಗೆ ಎನ್ಕೋಡ್ ಮಾಡುತ್ತದೆ ಎಂಬ ಅಂಶದ ಲಾಭವನ್ನು ಪಡೆಯುತ್ತದೆ. ಇವು ಆರ್. ಆರ್. ಎನ್. ಎ. ಒಪೆರಾನ್ನಲ್ಲಿರುವ ಸಣ್ಣ ಮತ್ತು ದೊಡ್ಡ ಉಪಘಟಕ ವಂಶವಾಹಿಗಳನ್ನು ಸಂಕೇತಿಸುತ್ತವೆ. ಈ ಎರಡು ವಂಶವಾಹಿಗಳ ನಡುವೆ, ಇಂಟರ್ನಲ್ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರೈಬ್ಡ್ ಸ್ಪೇಸರ್ (ಐಟಿಎಸ್) ಪ್ರದೇಶವಿದೆ. ಇದು ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳಿಗೆ ಸಂಕೇತವಲ್ಲದ ಕಾರಣ, ಇದು ಹೆಚ್ಚು ವ್ಯತ್ಯಾಸಗೊಳ್ಳುವ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಅನುಕ್ರಮ ಮತ್ತು ಉದ್ದವಾಗಿದೆ. ಒಂದು ಸಮುದಾಯದಿಂದ ಡಿಎನ್ಎಯನ್ನು ಪ್ರತ್ಯೇಕಿಸಿದ ನಂತರ, ಪಿಸಿಆರ್ ಈ ಸ್ಪೇಸರ್ ಪ್ರದೇಶವನ್ನು ವರ್ಧಿಸುತ್ತದೆ. ಜೆಲ್ (ಆರ್ಐಎಸ್ಎ) ನಲ್ಲಿ ತುಣುಕುಗಳು ಖಾಲಿಯಾಗಬಹುದು, ಅಥವಾ ಪ್ರತಿದೀಪಕ ಪ್ರೈಮರ್ಗಳನ್ನು ಎಲೆಕ್ಟ್ರೋಫೆರೋಗ್ರಾಮ್ (ಎಆರ್ಐಎಸ್ಎ) ನಲ್ಲಿ ವಿವಿಧ ತುಣುಕುಗಳ ಉದ್ದದ ಸಮೃದ್ಧವಾಗಿ ಶಿಖರಗಳಾಗಿ ಪರಿವರ್ತಿಸಬಹುದು. ಡೇಟಾ ಔಟ್ಪುಟ್ ಮತ್ತು ವ್ಯಾಖ್ಯಾನ ಬದಲಾಗದ ಕೋಡಿಂಗ್ ಅಲ್ಲದ ಪ್ರದೇಶಗಳಿಂದಾಗಿ, ಆರ್ಐಎಸ್ಎಗೆ ಔಟ್ಪುಟ್ ವಿಭಿನ್ನ ಬ್ಯಾಂಡಿಂಗ್ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಜೆಲ್ ಆಗಿದೆ, ಮತ್ತು ಎಆರ್ಐಎಸ್ಎಗೆ ಔಟ್ಪುಟ್ ವಿಭಿನ್ನ ಶಿಖರಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಎಲೆಕ್ಟ್ರೋಫೆರೋಗ್ರಾಮ್ ಆಗಿದೆ (ಟಿ-ಆರ್ಎಫ್ಎಲ್ಪಿಗೆ ಹೋಲುತ್ತದೆ). ಪ್ರತಿದೀಪಕವಾಗಿ ಲೇಬಲ್ ಮಾಡಲಾದ ಪ್ರೈಮರ್ಗಳ ಹೊಳಪು ಆ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಪ್ರಕಾರವು ಸಮುದಾಯದಲ್ಲಿ ಎಷ್ಟು ಪ್ರಚಲಿತವಾಗಿದೆ ಎಂಬುದಕ್ಕೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದೆ. ಜೆಲ್ನ ಮೇಲಿನ ಬ್ಯಾಂಡಿಂಗ್ ಮಾದರಿಯನ್ನು ಸಮುದಾಯ-ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಪ್ರೊಫೈಲ್ ಎಂದು ವ್ಯಾಖ್ಯಾನಿಸಬಹುದು. ಪ್ರತಿ ಡಿಎನ್ಎ ಬ್ಯಾಂಡ್ ಅಥವಾ ಶಿಖರವು ಆ ಜೀವಿಯ ಕನಿಷ್ಠ ಒಬ್ಬ ಪ್ರತಿನಿಧಿಯನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ. ಆರ್ಐಎಸ್ಎಯಲ್ಲಿ, ಉದ್ದದಲ್ಲಿ ಹೊಂದಿಕೆಯಾಗದ ಜೆಲ್ನ ಮೇಲಿನ ಬ್ಯಾಂಡ್ಗಳು ಸಮುದಾಯದಲ್ಲಿ ವಿಭಿನ್ನ ಜೀವಿಗಳನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತವೆ ಏಕೆಂದರೆ ಅವು ಎರಡು ಹೆಚ್ಚು ಸಂರಕ್ಷಿತ ವಂಶವಾಹಿಗಳ ನಡುವೆ ವಿಭಿನ್ನ ಅಂತರ ಪ್ರದೇಶಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿವೆ. ಎಲೆಕ್ಟ್ರೋಫೆರೋಗ್ರಾಮ್ ಮಾದರಿಯಲ್ಲಿ ಆ ಸ್ಪೇಸರ್ ಪ್ರದೇಶದ ಸಾಪೇಕ್ಷ ಸಮೃದ್ಧಿಯೊಂದಿಗೆ ಪರಸ್ಪರ ಸಂಬಂಧ ಹೊಂದಿರುವ ಶಿಖರಗಳನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ. ಪ್ರಯೋಜನಗಳು ಮತ್ತು ಅನಾನುಕೂಲಗಳು ಟಿ-ಆರ್ಎಫ್ಎಲ್ಪಿಗೆ ಹೋಲಿಸಿದರೆ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ವೈವಿಧ್ಯತೆಯನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚುವಲ್ಲಿ ಎಆರ್ಐಎಸ್ಎ ಹೆಚ್ಚಿನ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ ಅನ್ನು ಹೊಂದಿರುತ್ತದೆ. ಈ ಬೆರಳಚ್ಚು ವಿಧಾನವು ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ವೈವಿಧ್ಯತೆಯನ್ನು ಅಂದಾಜು ಮಾಡಲು ತ್ವರಿತ ಮತ್ತು ಸೂಕ್ಷ್ಮ ವಿಧಾನವಾಗಿದೆ. ಗಮನಿಸಿದ ಉದ್ದದ ವೈವಿಧ್ಯತೆಗಳನ್ನು ಸಂಸ್ಕರಿಸಬಹುದಾದ ಜೀವಿಗಳೊಂದಿಗೆ ಅತಿಕ್ರಮಿಸಲು ದತ್ತಸಂಚಯಗಳಿಗೆ ಹೋಲಿಸಬಹುದು. ಫೈಲೋಜೆನೆಟಿಕ್ ಗುಂಪುಗಳಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಪ್ರಶ್ನೆಗಳನ್ನು ಪಡೆಯಲು ಫೈಲಮ್-ಮಟ್ಟದ ಒಲಿಗೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಪ್ರೈಮರ್ಗಳನ್ನು ವಿನ್ಯಾಸಗೊಳಿಸಬಹುದು. ಎ. ಆರ್. ಐ. ಎಸ್. ಎ. ಗೆ ಒಂದು ಅನನುಕೂಲವೆಂದರೆ, ಒಂದು ಜೀವಿಯು ಸಮುದಾಯದ ವ್ಯಕ್ತಿತ್ವಕ್ಕೆ ಒಂದಕ್ಕಿಂತ ಹೆಚ್ಚು ಶಿಖರಗಳನ್ನು ನೀಡಬಹುದು. ಸಂಬಂಧವಿಲ್ಲದ ಜೀವಿಗಳು ಸಹ ಇದೇ ರೀತಿಯ ಅಂತರದ ಉದ್ದವನ್ನು ಹೊಂದಿರಬಹುದು, ಇದು ಸಮುದಾಯದ ವೈವಿಧ್ಯತೆಯನ್ನು ಕಡಿಮೆ ಅಂದಾಜು ಮಾಡಲು ಕಾರಣವಾಗುತ್ತದೆ. ಈ ಪಕ್ಷಪಾತಗಳಿಂದಾಗಿ, ಸಂಶೋಧಕರು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಸರಾಸರಿ ಮೌಲ್ಯಮಾಪನವನ್ನು ಪಡೆಯಲು ಪ್ರತಿ ಸಮುದಾಯದ ಅನೇಕ ಮಾದರಿಗಳ ಮೇಲೆ ಈ ವಿಧಾನವನ್ನು ಬಳಸುತ್ತಾರೆ. ಅಪ್ಲಿಕೇಶನ್ಗಳು ರಾಂಜಾರ್ಡ್ ಮತ್ತು ಇತರರು. ಆರ್ಐಎಸ್ಎಯನ್ನು ಬಳಸಬಹುದಾದ ಅಧ್ಯಯನಗಳ ಬಗೆಗಳ ಹಲವಾರು ಉದಾಹರಣೆಗಳನ್ನು ಚರ್ಚಿಸಿ. ಪ್ರತಿಜೀವಕ ಚಿಕಿತ್ಸೆ, ಪಾದರಸದ ಒತ್ತಡ ಮತ್ತು ಅರಣ್ಯನಾಶದಂತಹ ಅಡಚಣೆಗಳ ನಂತರ ಬೆರಳಚ್ಚು ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಸಮುದಾಯಗಳಿಗೆ ಈ ತಂತ್ರವನ್ನು ಬಳಸಿದ ಹಲವಾರು ಅಧ್ಯಯನಗಳನ್ನು ಅವರು ಉಲ್ಲೇಖಿಸಿದ್ದಾರೆ. ಅವರು ಶಿಲೀಂಧ್ರ ಸಮುದಾಯಗಳನ್ನು ನಿರೂಪಿಸಲು ಎ. ಆರ್. ಐ. ಎಸ್. ಎ. ಯ ಯಶಸ್ವಿ ಬಳಕೆಯನ್ನು ಪ್ರದರ್ಶಿಸಿದರು, ಇದು ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಪರಿಸರ ವಿಜ್ಞಾನದ ಒಂದು ಅಂಶವಾಗಿದ್ದು, ಅದನ್ನು ಸಂಪೂರ್ಣವಾಗಿ ಅನ್ವೇಷಿಸಬೇಕಾಗಿದೆ. ಸ್ಕ್ಲೋಸ್ ಮತ್ತು ಇತರರು. ಪರಿಸರದ ಅಸ್ಥಿರತೆಗಳನ್ನು ಪರಿಶೀಲಿಸುವ ಮತ್ತು ಕಾಂಪೋಸ್ಟ್ ರಾಶಿಯ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಪರಿಸರದಲ್ಲಿನ ಬದಲಾವಣೆಗಳೊಂದಿಗೆ ಅವುಗಳನ್ನು ಜೋಡಿಸುವ ಅಧ್ಯಯನವನ್ನು ನಡೆಸಿದರು. ಅವರು ಸಮುದಾಯ ರಚನೆಯನ್ನು ವಿವರಿಸಲು ಮತ್ತು ಕಾಂಪೋಸ್ಟಿಂಗ್ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಯ ಹಂತಗಳಲ್ಲಿ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ನೋಡಲು ಎ. ಆರ್. ಐ. ಎಸ್. ಎ. ಯನ್ನು ಬಳಸಿದರು. ಅವರು ಡಿಎನ್ಎ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ತೆಗೆದುಕೊಂಡರು ಮತ್ತು ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಯ ವಿವಿಧ ಹಂತಗಳಲ್ಲಿ ಸಮುದಾಯದ ಸದಸ್ಯರನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು 16ಎಸ್ ಆರ್ಆರ್ಎನ್ಎ ವಂಶವಾಹಿಯನ್ನು ಅನುಕ್ರಮಗೊಳಿಸಿದರು. ನಂತರ ಅವರು ಸಮುದಾಯದಾದ್ಯಂತದ ಬದಲಾವಣೆಗಳನ್ನು ನೋಡಲು ಎಆರ್ಐಎಸ್ಎಯನ್ನು ಬಳಸಿದರು ಮತ್ತು ನಂತರ ಈ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಸಮುದಾಯದ ಸದಸ್ಯರನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಅತ್ಯಂತ ಸಾಮಾನ್ಯವಾದ ಎಆರ್ಐಎಸ್ಎ ತುಣುಕುಗಳೊಂದಿಗೆ 16ಎಸ್ ಆರ್ಆರ್ಎನ್ಎ ಜೀನ್ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಹೊಂದಿಸಿದರು. ಉಲ್ಲೇಖಗಳು ಪರಿಸರ ಸೂಕ್ಷ್ಮ ಜೀವಶಾಸ್ತ್ರ ಜೆನೆಟಿಕ್ಸ್ ತಂತ್ರಗಳು ಆಣ್ವಿಕ ಜೀವಶಾಸ್ತ್ರ ತಂತ್ರಗಳು