Ribose-seq
ರೈಬೋಸ್-ಸೆಕ್ ಎಂಬುದು ಜೆನೋಮಿಕ್ ಡಿಎನ್ಎಯಲ್ಲಿ ಹುದುಗಿರುವ ರಿಬೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ಗಳ, ನಿರ್ದಿಷ್ಟವಾಗಿ ರಿಬೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಸೈಡ್ ಮೊನೊಫಾಸ್ಫೇಟ್ಗಳ (ಆರ್ಎನ್ಎಂಪಿಗಳು) ಸಂಪೂರ್ಣ ಪ್ರೊಫೈಲ್ ಅನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸಲು ಜೆನೆಟಿಕ್ಸ್ ಸಂಶೋಧನೆಯಲ್ಲಿ ಬಳಸುವ ಮ್ಯಾಪಿಂಗ್ ತಂತ್ರವಾಗಿದೆ. ಅಂತರ್ನಿರ್ಮಿತ ರಿಬೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ಗಳು ಜೀವಕೋಶಗಳಲ್ಲಿನ ಡಿಎನ್ಎಗೆ ಅತ್ಯಂತ ಸಾಮಾನ್ಯವಾದ ಬದಲಾವಣೆಯೆಂದು ಭಾವಿಸಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಜೀನೋಮಿಕ್ ಡಿಎನ್ಎಯಲ್ಲಿ ಅವುಗಳ ಉಪಸ್ಥಿತಿಯು ಜೀನೋಮ್ ಸ್ಥಿರತೆಯ ಮೇಲೆ ಪರಿಣಾಮ ಬೀರುತ್ತದೆ. ಇತ್ತೀಚಿನ ಅಧ್ಯಯನಗಳು ಇಲಿಗಳ ಡಿಎನ್ಎಯಲ್ಲಿನ ರಿಬೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ಗಳು ರೋಗದ ರೋಗಲಕ್ಷಣದ ಮೇಲೆ ಪರಿಣಾಮ ಬೀರಬಹುದು ಎಂದು ಸೂಚಿಸಿದಂತೆ, ಜೀನೋಮಿಕ್ ಡಿಎನ್ಎಯಲ್ಲಿ ರಿಬೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಸಂಯೋಜನೆಯು ವೈದ್ಯಕೀಯ ಜೆನೆಟಿಕ್ಸ್ ಸಂಶೋಧನೆಯ ಪ್ರಮುಖ ಗುರಿಯಾಗಿದೆ. ರೈಬೋಸ್-ಸೆಕ್ ವಿಜ್ಞಾನಿಗಳಿಗೆ ಯುಕಾರ್ಯೋಟಿಕ್ ಅಥವಾ ಪ್ರೊಕಾರ್ಯೋಟಿಕ್ ಡಿಎನ್ಎಯಲ್ಲಿ ಅಳವಡಿಸಲಾಗಿರುವ ರೈಬೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ಗಳ ನಿಖರವಾದ ಸ್ಥಳ ಮತ್ತು ಪ್ರಕಾರವನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸಲು ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ. ಈ ತಂತ್ರವು ರಿಬೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ಗಳ 2 'ತುದಿಯಲ್ಲಿ ಕಂಡುಬರುವ ಹೆಚ್ಚುವರಿ ಹೈಡ್ರಾಕ್ಸಿಲ್ ಗುಂಪುಗಳ (OH) ಉಪಸ್ಥಿತಿಯನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಳ್ಳುತ್ತದೆ, ಇದು ಡಿಎನ್ಎಯನ್ನು ವಿರೂಪಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಅಸ್ಥಿರಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ. ಜಾರ್ಜಿಯಾ ಇನ್ಸ್ಟಿಟ್ಯೂಟ್ ಆಫ್ ಟೆಕ್ನಾಲಜಿಯ ಸಂಶೋಧಕರ ಗುಂಪಿನ ಸಹಯೋಗದೊಂದಿಗೆ ಈ ತಂತ್ರವನ್ನು ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಲಾಗಿದೆ, ಇದರಲ್ಲಿ ಫ್ರಾನ್ಸೆಸ್ಕಾ ಸ್ಟೋರಿಸಿ ಮತ್ತು ಕ್ಯುಂಗ್ ಡುಕ್ ಕೊಹ್ (ಈಗ ಕ್ಯಾಲಿಫೋರ್ನಿಯಾ ಸ್ಯಾನ್ ಫ್ರಾನ್ಸಿಸ್ಕೊ ವಿಶ್ವವಿದ್ಯಾಲಯದಲ್ಲಿದ್ದಾರೆ) ಮತ್ತು ಕೊಲೊರಾಡೋ ಅನ್ಸ್ಚುಟ್ಜ್ ವೈದ್ಯಕೀಯ ಶಾಲೆಯ ಜೇ ಹೆಸೆಲ್ಬರ್ತ್ ಸೇರಿದ್ದಾರೆ. ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಿಕ್ ಆಮ್ಲಗಳು ಎಲ್ಲಾ ಜೀವ ರೂಪಗಳಲ್ಲಿ ಆನುವಂಶಿಕ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಸಾಗಿಸುವ ಅತ್ಯಗತ್ಯ ಮ್ಯಾಕ್ರೋಮಾಲಿಕ್ಯೂಲ್ಗಳಾಗಿವೆ. ಈ ಬಯೋಪಾಲಿಮರ್ಗಳು ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಮೊನೊಮರ್ಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುತ್ತವೆ, ಅವು ಫಾಸ್ಫೇಟ್ ಗುಂಪು, ಸಾರಜನಕ-ಹೊಂದಿರುವ ಬೇಸ್ ಮತ್ತು ಐದು-ಇಂಗಾಲದ ಸಕ್ಕರೆ (ರಿಬೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ಗಳಲ್ಲಿ ರೈಬೋಸ್ ಮತ್ತು ಡಿಯೋಕ್ಸಿರಿಬೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ಗಳಲ್ಲಿ ಡಿಯೋಕ್ಸಿರಿಬೋಸ್) ಅನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ಸಾವಯವ ಅಣುಗಳಾಗಿವೆ. ರಿಬೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ಗಳು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ರಿಬೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಕ್ ಆಮ್ಲದಲ್ಲಿ (ಆರ್ಎನ್ಎ) ಕಂಡುಬರುತ್ತವೆ, ಅವು ಡಿಯೋಕ್ಸಿರಿಬೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಕ್ ಆಮ್ಲದಲ್ಲಿ (ಡಿಎನ್ಎ) ಸಹ ಕಂಡುಬರುತ್ತವೆ. 1973 ರಲ್ಲಿ ಲಾರೆನ್ಸ್ ಗ್ರಾಸ್ಮನ್, ರಾಬರ್ಟ್ ವ್ಯಾಟ್ಸನ್ ಮತ್ತು ಜೆರೋಮ್ ವಿನೋಗ್ರಾಡ್ ಅವರು ಡಿಎನ್ಎಯಲ್ಲಿ ಹುದುಗಿರುವ ರಿಬೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಸೈಡ್ ಮೊನೊಫಾಸ್ಫೇಟ್ಗಳ (ಆರ್ಎನ್ಎಂಪಿಗಳು) ಮೊದಲ ಆವಿಷ್ಕಾರವನ್ನು ಇಲಿ ಮತ್ತು ಮಾನವ ಜೀವಕೋಶಗಳಿಂದ ಮೈಟೊಕಾಂಡ್ರಿಯದ ಡಿಎನ್ಎಯಲ್ಲಿ ಮಾಡಿದರು. 2006ರಲ್ಲಿ, ಸ್ಕಿಜೋಸ್ಯಾಕರೊಮೈಸಿಸ್ ಪಾಂಬೆ ("ವಿದಳನ ಯೀಸ್ಟ್") ನ ಪರಮಾಣು ಡಿ. ಎನ್. ಎ. ಯಲ್ಲಿ ಆರ್. ಎನ್. ಎಂ. ಪಿ. ಗಳ ಉಪಸ್ಥಿತಿಯನ್ನು ದೃಢಪಡಿಸಲಾಯಿತು, ಮತ್ತು ಅಂದಿನಿಂದ ಇತರ ಪ್ರಭೇದಗಳಲ್ಲಿನ ಪರಿಶೋಧನೆಯು ಮುಂದುವರೆದಿದೆ. ರಿಬೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ಗಳನ್ನು ಡಿಎನ್ಎಗೆ ಸೇರಿಸುವುದು ಅನೇಕ ಅಧ್ಯಯನಗಳು ರಿಬೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ಗಳನ್ನು ಡಿಎನ್ಎಗೆ ಸೇರಿಸುವ, ತೆಗೆದುಹಾಕುವ ಅಥವಾ ಉತ್ಪಾದಿಸುವ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಿವೆ. ಮುಖ್ಯವಾಗಿ, ಡಿಎನ್ಎ ಸಂಶ್ಲೇಷಣೆಯ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಯಲ್ಲಿ ರಿಬೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ಗಳನ್ನು ಡಿಎನ್ಎಗೆ ಸೇರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಡಿಎನ್ಎ ಪ್ರತಿಕೃತಿಯನ್ನು ಪ್ರಾರಂಭಿಸಲು, ಪ್ರಾಥಮಿಕ ಪ್ರತಿಕೃತಿ ಕಿಣ್ವಗಳಾದ ಡಿಎನ್ಎ ಪಾಲಿಮರೇಸ್ಗಳ ನಂತರದ ಬಂಧಿಸುವಿಕೆ ಮತ್ತು ಪ್ರತಿಕೃತಿ ಕ್ರಿಯೆಗೆ ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡಲು ಪೂರಕ ಡಿಎನ್ಎ ಮೇಲೆ ಸಣ್ಣ ಆರ್ಎನ್ಎ ಪ್ರೈಮರ್ಗಳನ್ನು ಸಂಶ್ಲೇಷಿಸಲಾಗಿದೆ. ವಿಶಿಷ್ಟವಾಗಿ, ಈ ಪ್ರೈಮರ್ಗಳನ್ನು ನಂತರ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೇಸ್ ಕಿಣ್ವಗಳು, ಆರ್ನೇಸ್ ಎಚ್ ಅಥವಾ ಫ್ಲಾಪ್ ಸ್ಟ್ರಕ್ಚರ್-ಸ್ಪೆಸಿಫಿಕ್ ಎಂಡೋನ್ಯೂಕ್ಲೀಸ್ 1 (ಎಫ್ಇಎನ್1) ನಿಂದ ತೆಗೆದುಹಾಕಲಾಗುತ್ತದೆ. ಅಂತೆಯೇ, ಆರ್. ಎನ್. ಎ. ಪ್ರೈಮರ್ಗಳ ರೂಪದಲ್ಲಿ ಡಿ. ಎನ್. ಎ. ಯಲ್ಲಿ ಸಾಕಷ್ಟು ಪ್ರಮಾಣದ ಅಸ್ಥಿರ ಆರ್. ಎನ್. ಎಂ. ಪಿ. ಗಳು ಇರುತ್ತವೆ ಮತ್ತು ನಂತರ ಅವುಗಳನ್ನು ತೆಗೆದುಹಾಕಲಾಗುತ್ತದೆ. ಡಿ. ಎನ್. ಎ. ಪುನರಾವರ್ತನೆಯನ್ನು ಪ್ರಾರಂಭಿಸಿದ ನಂತರ, ಆರ್. ಎನ್. ಎಂ. ಪಿ. ಗಳನ್ನು ಡಿ. ಎನ್. ಎ. ಪಾಲಿಮರೇಸ್ಗಳಿಂದ ಡಿ. ಎನ್. ಎ. ಯಲ್ಲಿ ಸಂಪೂರ್ಣವಾಗಿ ಸಂಯೋಜಿಸಬಹುದು ಮತ್ತು ಇದು ಡಿ. ಎನ್. ಎ. ಯಲ್ಲಿ 1,000 ಡಿಯೋಕ್ಸಿರೈಬೊನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೊಟೈಡ್ಗಳಿಗೆ 1ಕ್ಕೂ ಹೆಚ್ಚು ರಿಬೊನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೊಟೈಡ್ ಅನ್ನು ಸಂಯೋಜಿಸುವ ರಿಬೊನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೊಟೈಡ್ ಸಂಯೋಜನೆಯ ಪ್ರಮುಖ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನವನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತದೆ. ಎಂಬೆಡೆಡ್ ಆರ್. ಎನ್. ಎಂ. ಪಿ. ಗಳನ್ನು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ರಿಬೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಎಕ್ಸಿಷನ್ ರಿಪೇರಿ (ಆರ್. ಇ. ಆರ್.) ಕಾರ್ಯವಿಧಾನದಿಂದ ತೆಗೆದುಹಾಕುವ ಗುರಿಯನ್ನು ಹೊಂದಿರುತ್ತವೆ. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಆರ್ಇಆರ್ ಸರಿಯಾಗಿ ಕಾರ್ಯನಿರ್ವಹಿಸದಿದ್ದರೆ, ಇದು ಡಿಎನ್ಎಯಲ್ಲಿ ಹುದುಗಿರುವ ಆರ್ಎನ್ಎಮ್ಪಿಗಳ ಹೆಚ್ಚು ನಿರಂತರ ಮೂಲವಾಗಬಹುದು. ಡಿಎನ್ಎಯಲ್ಲಿ ಆರ್ಎನ್ಎಂಪಿಗಳು ಉದ್ಭವಿಸಬಹುದಾದ ಮತ್ತೊಂದು ಕಾರ್ಯವಿಧಾನವೆಂದರೆ ಆಕ್ಸಿಡೇಟಿವ್ ಒತ್ತಡದ ಮೂಲಕ, ಇದು ಡಿಎನ್ಎಯಲ್ಲಿನ ಡಿಯೋಕ್ಸಿರೈಬೋಸ್ ಘಟಕವನ್ನು ರೈಬೋಸ್ ಆಗಿ ಬದಲಾಯಿಸುತ್ತದೆ. ಆರ್ಇಆರ್ ಮಾರ್ಗವು ಡಿಎನ್ಎಯಿಂದ ಆರ್ಎನ್ಎಮ್ಪಿಗಳನ್ನು ತೆಗೆದುಹಾಕುವ ಅತ್ಯಂತ ಪರಿಣಾಮಕಾರಿ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಯಾಗಿದ್ದರೂ, ಡಿಎನ್ಎ ಪುನರಾವರ್ತನೆಯ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಡಿಎನ್ಎ ಪಾಲಿಮರೇಸ್ನ ಪ್ರೂಫ್ ರೀಡಿಂಗ್ ಚಟುವಟಿಕೆಗಳಿಂದ ಆಯೋಜಿಸಲ್ಪಟ್ಟ 3 '-5' ಎಕ್ಸೋನ್ಯೂಕ್ಲೀಸ್ ಚಟುವಟಿಕೆಯ ಮೂಲಕ ರಿಬೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ಗಳನ್ನು ಸಹ ತೆಗೆದುಹಾಕಬಹುದು. ಹೆಚ್ಚುವರಿ ಆರ್. ಎನ್. ಎಂ. ಪಿ. ತೆಗೆದುಹಾಕುವ ವಿಧಾನಗಳಲ್ಲಿ ಐಸೊಮೆರೇಸ್ ಕಿಣ್ವ, ಟೋಪೋಯಿಸೊಮೆರೇಸ್ I ಮಧ್ಯಸ್ಥಿಕೆಯ ಛೇದನಗಳು ಸೇರಿವೆ. ಡಿಎನ್ಎಯಲ್ಲಿನ ರಿಬೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ಗಳ ಪರಿಣಾಮಗಳು ತೆಗೆದುಹಾಕದಿದ್ದರೆ ಮತ್ತು ಬದಲಾಯಿಸದಿದ್ದರೆ, ಡಿಎನ್ಎಯಲ್ಲಿನ ರಿಬೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ಗಳು ಜೀವಕೋಶದ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಗಳ ಮೇಲೆ ರಚನಾತ್ಮಕ, ರಾಸಾಯನಿಕ ಮತ್ತು ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಪರಿಣಾಮಗಳನ್ನು ಬೀರಬಹುದು. ಇದನ್ನು ಮೊದಲು ಗುರುತಿಸಿದ್ದು ಟಿ. ಎನ್. 1993ರಲ್ಲಿ ಜಸಿಹ್ರೀ ಮತ್ತು ಇತರರು, ರಿಬೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ಗಳ ಉಪಸ್ಥಿತಿಯು ಡಿಎನ್ಎಯ ಸುರುಳಿಯಾಕಾರದ ಆಕಾರವನ್ನು ಬಿ ರೂಪದಿಂದ ಎ ರೂಪಕ್ಕೆ ಬದಲಾಯಿಸಬಹುದು. ಇದು, ಹಲವಾರು ಇತರ ರಾಸಾಯನಿಕ ಪರಿಣಾಮಗಳ ಜೊತೆಗೆ, ಡಿಎನ್ಎಗೆ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳ ಬಂಧನದ ಮೇಲೆ ಪರಿಣಾಮ ಬೀರಬಹುದು ಮತ್ತು ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಡೈನಾಮಿಕ್ಸ್, ಡಿಎನ್ಎ ರೆಪ್ಲಿಕೇಷನ್, ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಷನ್, ರಿಪೇರಿ ಮತ್ತು ಅರೆವಿದಳನದಂತಹ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಗಳಿಗೆ ಪರಿಣಾಮಗಳನ್ನು ಬೀರಬಹುದು. ಹೆಚ್ಚುವರಿಯಾಗಿ, ಕೆಲವು ಡಿಎನ್ಎ ಪಾಲಿಮರೇಸ್ಗಳು ಡಿಎನ್ಎ ಪ್ರತಿಕೃತಿಯ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಎಂಬೆಡೆಡ್ ಆರ್ಎನ್ಎಮ್ಪಿಗಳನ್ನು ಬೈಪಾಸ್ ಮಾಡಲು ಸಾಧ್ಯವಾಗುವುದಿಲ್ಲ, ಇದು ಆರ್ಎನ್ಎಮ್ಪಿಗಳ ಉದ್ದನೆಯ ಎಳೆಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಸ್ಥಳಗಳಲ್ಲಿ ಮತ್ತಷ್ಟು ಉಲ್ಬಣಗೊಳ್ಳುತ್ತದೆ. ಇದು ಪ್ರತಿಕೃತಿಯ ಒತ್ತಡವನ್ನು ಉಂಟುಮಾಡಬಹುದು, ಇದು ಪ್ರತಿಲೇಖನ, ವರ್ಣತಂತು ಬೇರ್ಪಡಿಸುವಿಕೆ ಮತ್ತು ಭವಿಷ್ಯದ ಪ್ರತಿಕೃತಿಯಲ್ಲಿ ಸಂಭಾವ್ಯವಾಗಿ ಹಸ್ತಕ್ಷೇಪ ಮಾಡಬಹುದು. ಇದಲ್ಲದೆ, ಆರ್ಇಆರ್ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಯಲ್ಲಿನ ಕೆಲವು ಉಪಉತ್ಪನ್ನಗಳು ಅಥವಾ ವೈಫಲ್ಯಗಳು ಡಿಎನ್ಎ ಒಡೆಯುವಿಕೆ, ಮರುಜೋಡಣೆ ಮತ್ತು ಜೀನೋಮ್ ಅಸ್ಥಿರತೆಗೆ ಕಾರಣವಾಗಬಹುದು. 2015ರ ಹೊತ್ತಿಗೆ, ಆರ್. ಎನ್. ಎಂ. ಪಿ. ಗಳನ್ನು ಡಿ. ಎನ್. ಎ. ಗೆ ಸೇರಿಸುವ ಕೆಲವು ಕಾರ್ಯವಿಧಾನಗಳು, ಅದರ ಪರಿಣಾಮಗಳು ಮತ್ತು ಅಂದಾಜು ದರಗಳು ಹೆಚ್ಚು ಸ್ಪಷ್ಟವಾಗುತ್ತಿದ್ದವು. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಜೀನೋಮ್ನ ಉದ್ದಕ್ಕೂ ಆರ್. ಎನ್. ಎಂ. ಪಿಗಳ ಸ್ಥಳವನ್ನು ಗುರುತಿಸುವ ತಂತ್ರವು ಇನ್ನೂ ಕೊರತೆಯಲ್ಲಿತ್ತು. ಮುಂದಿನ ಪೀಳಿಗೆಯ ಅನುಕ್ರಮ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನಗಳ ಹೆಚ್ಚುತ್ತಿರುವ ಲಭ್ಯತೆಯು ಜೀನೋಮಿಕ್ ಡಿ. ಎನ್. ಎ. ಯ ಉದ್ದಕ್ಕೂ ಆರ್. ಎನ್. ಎಂ. ಪಿ. ಗಳನ್ನು ಹೆಚ್ಚು ನಿಖರವಾಗಿ ಗುರುತಿಸುವ ಗುರಿಯತ್ತ ಪ್ರಗತಿಯನ್ನು ಸುಗಮಗೊಳಿಸಿತು. 2015ರಲ್ಲಿ, ಕ್ಯುಂಗ್ ಡುಕ್ ಕೊಹ್, ಸತ್ಯ ಬಾಲಚಂದರ್, ಜೇ ಆರ್ ಹೆಸೆಲ್ಬರ್ತ್ ಮತ್ತು ಫ್ರಾನ್ಸೆಸ್ಕಾ ಸ್ಟೋರಿಸಿ ಅವರು ಡಿಎನ್ಎಯಲ್ಲಿ ಆರ್ಎನ್ಎಮ್ಪಿಗಳ ವ್ಯವಸ್ಥಿತ ಪ್ರೊಫೈಲಿಂಗ್ಗಾಗಿ ಹೊಸದಾಗಿ ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಿದ ತಂತ್ರವಾದ ರೈಬೋಸ್-ಸೆಕ್ ಅನ್ನು ಪ್ರಸ್ತುತಪಡಿಸಿದರು. ಮೈಟೋಕಾಂಡ್ರಿಯಲ್ ಮತ್ತು ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯರ್ ಡಿಎನ್ಎಗಳಾದ್ಯಂತ ಆರ್ಎನ್ಎಮ್ಪಿಗಳ ಜೀನೋಮ್-ವೈಡ್ ಐಡೆಂಟಿಟಿ, ಫ್ರೀಕ್ವೆನ್ಸಿ ಮತ್ತು ಸ್ಥಳೀಕರಣವನ್ನು ದಾಖಲಿಸಲು ಅವರು ಸ್ಯಾಕರೊಮೈಸಿಸ್ ಸೆರೆವಿಸಿಯಾ ಜೀನೋಮ್ಗೆ ರೈಬೋಸ್-ಸೆಕ್ ಅನ್ನು ಅನ್ವಯಿಸಿದರು. ಈ ಸಂಶೋಧನೆಗಳು ಅಂತಿಮವಾಗಿ ಜೀನೋಮ್ನ ಉದ್ದಕ್ಕೂ ಆರ್. ಎನ್. ಎಂ. ಪಿ ಸಂಯೋಜನೆಯ ಮಾದರಿಗಳ ಬಗ್ಗೆ ಹೊಸ ಒಳನೋಟವನ್ನು ಒದಗಿಸಿದವು. ರೈಬೋಸ್-ಸೆಕ್ಗೆ ಸಮಾನಾಂತರವಾಗಿ, ಡಿಎನ್ಎಯಲ್ಲಿ ಹುದುಗಿರುವ ಆರ್ಎನ್ಎಮ್ಪಿಗಳ ತಾಣಗಳನ್ನು ಸೆರೆಹಿಡಿಯಲು ಇತರ ಮೂರು ತಂತ್ರಗಳನ್ನು ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಲಾಯಿತುಃ ಎಮ್ರಿಬೋ-ಸೆಕ್, ಹೈಡ್ಇನ್-ಸೆಕ್ ಮತ್ತು ಪು-ಸೆಕ್. ರೈಬೋಸ್-ಸೆಕ್ ವಿಧಾನವು ಹೆಚ್ಚಿನ-ಥ್ರೋಪುಟ್ ಅನುಕ್ರಮದ ತಯಾರಿಯಲ್ಲಿ ರಿಬೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ಗಳನ್ನು ಸೆರೆಹಿಡಿಯಲು ಮತ್ತು ಟ್ಯಾಗ್ ಮಾಡಲು ಹಲವಾರು ವಿಶಿಷ್ಟ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳನ್ನು ಬಳಸುತ್ತದೆ. ಆರ್. ಎನ್. ಎಂ. ಪಿ. ತಾಣಗಳನ್ನು ನೇರವಾಗಿ ಗುರಿಯಾಗಿಸಲು, ಲೇಖಕರು ಕ್ಷಾರ ಚಿಕಿತ್ಸಾ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ಬಳಸಿದರು, ಇದು ಆರ್. ಎನ್. ಎಂ. ಪಿ. ತಾಣಗಳಲ್ಲಿ ಡಿ. ಎನ್. ಎ. ಯನ್ನು ವಿರೂಪಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಬೇರ್ಪಡಿಸುತ್ತದೆ. ರಿಬೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ಗಳ ಮೇಲೆ ಇರುವ ಹೆಚ್ಚುವರಿ ಹೈಡ್ರೋಕ್ಸಿಲ್ ಗುಂಪಿನಿಂದಾಗಿ ಈ ಪ್ರದೇಶದಲ್ಲಿನ ಅಣುವಿನ ಸಾಪೇಕ್ಷ ಸೂಕ್ಷ್ಮತೆಯು ಈ ಸ್ಥಳಗಳಲ್ಲಿ ಸೀಳುಗಳ ನಿರ್ದಿಷ್ಟತೆಯನ್ನು ಪ್ರೇರೇಪಿಸುತ್ತದೆ. ಈ ಸಣ್ಣ ತುಣುಕುಗಳ ಸ್ಥಿರತೆ ಮತ್ತು ಪುಷ್ಟೀಕರಣಕ್ಕೆ ಅವಕಾಶ ಮಾಡಿಕೊಡಲು ಮತ್ತು ಪಿಸಿಆರ್ ವರ್ಧನೆಗೆ ಮುಂಚಿತವಾಗಿ ಟಿ5 ಎಕ್ಸೋನ್ಯೂಕ್ಲೀಸ್ ಜೀರ್ಣಕ್ರಿಯೆಯಿಂದ ರಕ್ಷಣೆಗಾಗಿ, ಆಸಕ್ತಿಯ ಆರ್ಎನ್ಎಂಪಿ ಮತ್ತು ವಿಶಿಷ್ಟ ಆಣ್ವಿಕ ಗುರುತಿನ ಸಂಖ್ಯೆಯನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಸಿಂಗಲ್ ಸ್ಟ್ರ್ಯಾಂಡೆಡ್ ಡಿಎನ್ಎ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಸಿಂಗಲ್ ಸ್ಟ್ರ್ಯಾಂಡೆಡ್ ಡಿಎನ್ಎ (ಎಸ್ಎಸ್ಡಿಎನ್ಎ) ವಲಯಗಳನ್ನು ರೂಪಿಸಲು ಸ್ವಯಂ-ನಿರ್ಬಂಧಿಸಲಾಗಿದೆ. ಆರ್. ಎನ್. ಎಂ. ಪಿ. ಮತ್ತು ಡಿ. ಎನ್. ಎ. ಅಂತ್ಯದ ಬಂಧನವನ್ನು ಸುಗಮಗೊಳಿಸುವ ಸಲುವಾಗಿ, ಕೊಹ್ ಮತ್ತು ಇತರರು. 2 '-ಫಾಸ್ಫೇಟ್ (ಆರ್ಎನ್ಎಂಪಿ ಸೈಡ್) ಅನ್ನು 5'-ಫಾಸ್ಫೇಟ್ (ಡಿಎನ್ಎ ಸೈಡ್) ಗೆ ಬಂಧಿಸಲು ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡಲು ಅರಾಬಿಡೋಪ್ಸಿಸ್ ಥಾಲಿಯಾನಾ ಟಿಆರ್ಎನ್ಎ ಲಿಗೇಸ್ (ಎಟಿಆರ್ಎನ್ಎಲ್) ನ ವಿಶಿಷ್ಟ ಬಂಧನ ಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಳ್ಳಿ. ಅಂತಿಮವಾಗಿ, ಈ ತಂತ್ರದಿಂದ ಉತ್ಪತ್ತಿಯಾಗುವ ಸಂಪೂರ್ಣ ಗ್ರಂಥಾಲಯದ ಹೆಚ್ಚಿನ-ಥ್ರೋಪುಟ್ ಅನುಕ್ರಮವು ಸೆರೆಹಿಡಿಯಲಾದ ಎಲ್ಲಾ ಎಂಬೆಡೆಡ್ ಆರ್. ಎನ್. ಎಂ. ಪಿಗಳ ಜೀನೋಮಿಕ್ ನಿರ್ದೇಶಾಂಕಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸುತ್ತದೆ. 2019 ರಲ್ಲಿ, ಸ್ಟೋರಿಸಿ ಪ್ರಯೋಗಾಲಯವು ರೈಬೋಸ್-ಸೆಕ್ಗಾಗಿ ನವೀಕರಿಸಿದ ಮತ್ತು ಹೆಚ್ಚು ಆಪ್ಟಿಮೈಸ್ಡ್ ಪ್ರೋಟೋಕಾಲ್ ಅನ್ನು ಪ್ರಸ್ತುತಪಡಿಸಿತು. ಸಣ್ಣ ಆಣ್ವಿಕ ಬಾರ್ಕೋಡ್ ಅಡಾಪ್ಟರುಗಳು, ಸಣ್ಣ ತುಣುಕುಗಳು, ಬದಲಾದ ಪಿಸಿಆರ್ ಸೆಟ್ಟಿಂಗ್ಗಳು ಮತ್ತು ಜೆಲ್ನಿಂದ ಕತ್ತರಿಸಲು ಮತ್ತು ಶುದ್ಧೀಕರಿಸಲು ಹೊಂದಾಣಿಕೆಯ ಗಾತ್ರದ ಶ್ರೇಣಿಗಳನ್ನು ಬಳಸುವುದು ಮಾರ್ಪಾಡುಗಳಲ್ಲಿ ಸೇರಿತ್ತು. ಒಟ್ಟಾರೆಯಾಗಿ, ಸುಧಾರಿತ ಶಿಷ್ಟಾಚಾರವು ದೊಡ್ಡ ಜೀನೋಮ್ಗಳಿಗೆ ಅನ್ವಯಿಸುವ ವಿಧಾನದ ದಕ್ಷತೆಯನ್ನು ಗಣನೀಯವಾಗಿ ಹೆಚ್ಚಿಸಬಹುದು ಎಂದು ಸೂಚಿಸಲಾಗಿದೆ. ವಿಧಾನಗಳು ಸಿದ್ಧತೆ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಡಿಎನ್ಎ ಹೊರತೆಗೆಯುವಿಕೆ ಆಸಕ್ತಿಯ ಜೀವಕೋಶಗಳಿಂದ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಡಿಎನ್ಎಯನ್ನು ಹೊರತೆಗೆಯಲು, ಜೀವಕೋಶಗಳನ್ನು ಮೊದಲು ಯಾಂತ್ರಿಕ ಅಥವಾ ರಾಸಾಯನಿಕ ವಿಧಾನಗಳನ್ನು ಬಳಸಿ ಜೋಡಿಸಬೇಕು. ಇದು ಪ್ರತಿ ಜೀವಕೋಶದ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಸ್ನಿಂದ ಡಿಎನ್ಎಯನ್ನು ಬಿಡುಗಡೆ ಮಾಡುತ್ತದೆ, ಇದು ಅದನ್ನು ಶುದ್ಧೀಕರಿಸಲು ಮತ್ತು ಪ್ರಮಾಣೀಕರಿಸಲು ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ. ರೈಬೋಸ್-ಸೆಕ್ ಪ್ರೋಟೋಕಾಲ್ಗೆ ಒಟ್ಟು 10 ಯುಜಿ ಡಿಎನ್ಎ ಅಗತ್ಯವಿರುತ್ತದೆ. ರೈಬೋಸ್-ಸೆಕ್ ಅಡಾಪ್ಟರ್ನ ತಯಾರಿಕೆ ರೈಬೋಸ್-ಸೆಕ್ ಅಡಾಪ್ಟರ್ ಒಂದು ಡಿಟಿ (ಡಿಯೋಕ್ಸಿರೈಬೊನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಥೈಮಿನ್) ಯಿಂದ ಮಾಡಲ್ಪಟ್ಟಿದೆ, ನಂತರ ಅನೀಲಿಂಗ್ ಅನುಕ್ರಮ, ಎರಡು ಪ್ರೈಮರ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳು ಮತ್ತು ವಿಶಿಷ್ಟ ಆಣ್ವಿಕ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆ (ಯುಎಂಐ) ಇರುತ್ತದೆ. ರೈಬೋಸ್-ಸೆಕ್ ಅಡಾಪ್ಟರ್ ಅನ್ನು ತಯಾರಿಸಲು, ಮೂರು ಒಲಿಗೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ಗಳನ್ನು (ಒಲಿಗೋಸ್) ದ್ರಾವಣಕ್ಕೆ ಸೇರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು 95-100 °C ಗೆ ಬಿಸಿಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ. ಈ ತಾಪಮಾನದಲ್ಲಿ, ಆಲಿಗೋ ಅನುಕ್ರಮಗಳು ಒಂದಕ್ಕೊಂದು ಹೋಲುತ್ತವೆ, ಇದು ರೈಬೋಸ್-ಸೆಕ್ ಅಡಾಪ್ಟರ್ಗಳ ಅಮಾನತು ಸೃಷ್ಟಿಸುತ್ತದೆ. ಡೀಸಾಲ್ಟೆಡ್ ಡಬಲ್-ಸ್ಟ್ರಾಂಡೆಡ್ ರೈಬೋಸ್-ಸೆಕ್ ಅಡಾಪ್ಟರ್ನ ಪ್ರಮಾಣವನ್ನು ನಂತರ ಪ್ರಮಾಣೀಕರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ರೈಬೋಸ್-ಸೆಕ್ಗೆ 10 ಯುಎಂ ಸಾಂದ್ರತೆಯ ಅಗತ್ಯವಿದೆ. ಜೀನೋಮಿಕ್ ಡಿ. ಎನ್. ಎ. ಯ ರೈಬೋಸ್-ಸೆಕ್ ಫ್ರಾಗ್ಮೆಂಟೇಶನ್ ಅನ್ನು ಬ್ಲಂಟ್-ಎಂಡ್ ರಿಸ್ಟ್ರಿಕ್ಷನ್ ಎಂಜೈಮ್ ಜೀರ್ಣಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ವಿಭಜಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಜೀರ್ಣಕ್ರಿಯೆಯ ನಂತರ, ವಿಭಜಿತ ಡಿಎನ್ಎಯನ್ನು ಶುದ್ಧೀಕರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಪ್ರಮಾಣೀಕರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಆರ್. ಎನ್. ಎಂ. ಪಿ ಸೆರೆಹಿಡಿಯುವ ದರವನ್ನು ಗರಿಷ್ಠಗೊಳಿಸಲು ಆರ್. ಎನ್. ಎಂ. ಪಿ ಸೆರೆಹಿಡಿಯುವ ತಂತ್ರಗಳಿಗಾಗಿ (ಆರ್. ಇ. ಎಸ್. ಸಿ. ಓ. ಟಿ) ನಿರ್ಬಂಧ ಕಿಣ್ವ ಸೆಟ್ ಮತ್ತು ಸಂಯೋಜನೆಯ ಆಪ್ಟಿಮೈಸೇಶನ್ ಸಾಧನಗಳನ್ನು ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಲಾಗಿದೆ. ಪರಿಣಾಮವಾಗಿ ಬರುವ ದ್ರಾವಣವು 500-ರಿಂದ 3,000-ಬಿಪಿ ಜೀನೋಮಿಕ್ ತುಣುಕುಗಳ ಸಂಖ್ಯೆಯನ್ನು ಹೊಂದಿದ್ದು ಸರಾಸರಿ ಗಾತ್ರವು ~ 1.5 ಕೆಬಿ ಆಗಿರುತ್ತದೆ. ನಂತರದ ಡಿ. ಎ.-ಟೈಲಿಂಗ್ ಮತ್ತು ಅಡಾಪ್ಟರ್ ಬಂಧನಕ್ಕೆ 10 ಬೋಗಿಗಳ ವಿಭಜಿತ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಡಿಎನ್ಎ ಅಗತ್ಯವಿರುತ್ತದೆ. ಡಿ. ಎ-ಟೈಲಿಂಗ್ ಮತ್ತು ಅಡಾಪ್ಟರ್ ಬಂಧನ ಡಿ. ಎ ಅಣುಗಳನ್ನು ಪ್ರತಿ ತುಣುಕಿನ ಬಾಲಗಳಿಗೆ ಬಂಧಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಇದು ರೈಬೋಸ್-ಸೆಕ್ ಅಡಾಪ್ಟರ್ನ ಡಿಟಿಗೆ ನಂತರದ ಹಂತದಲ್ಲಿ ಅದರ ಅನುಗುಣವಾದ ಡಿ. ಎ. ಬಾಲವನ್ನು ಬಂಧಿಸಲು ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ. ಈ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ಅನುಸರಿಸಿ, ಡಿಎ-ಬಾಲದ ಡಿಎನ್ಎಯನ್ನು ಶುದ್ಧೀಕರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ನೀರಿನಿಂದ ಹೊರತೆಗೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ. ರೈಬೋಸ್-ಸೆಕ್ ಅಡಾಪ್ಟರ್, ಅದರ ಯಾದೃಚ್ಛಿಕ 8-ಬೇಸ್ ವಿಶಿಷ್ಟ ಆಣ್ವಿಕ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆ (ಯುಎಂಐ) ಮತ್ತು ಏಕ ಡಿಟಿ ಓವರ್ಹ್ಯಾಂಗ್ ಅನ್ನು ಹೊಂದಿದ್ದು, ನಂತರ ರಾತ್ರಿಯಿಡೀ 15ಸಿ ಗೆ ದ್ರಾವಣವನ್ನು ತಂಪಾಗಿಸುವ ಮೂಲಕ ಗುರಿ ತುಣುಕಿನ ಡಿಎ ತುದಿಯಲ್ಲಿ ಜೋಡಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಮಾದರಿಯನ್ನು ನಂತರ ಶುದ್ಧೀಕರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಕ್ಷಾರ ಚಿಕಿತ್ಸೆಗಾಗಿ ತಯಾರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಕ್ಷಾರ ಚಿಕಿತ್ಸೆಯು ಕ್ಷಾರ ಚಿಕಿತ್ಸೆಯ ಸಮಯದಲ್ಲಿ, ಡಬಲ್ ಸ್ಟ್ರ್ಯಾಂಡೆಡ್ ಡಿಎನ್ಎ (ಡಿಎಸ್ಡಿಎನ್ಎ) ಅನ್ನು ಸೋಡಿಯಂ ಹೈಡ್ರಾಕ್ಸೈಡ್, ಬಲವಾದ ಬೇಸ್, ಡಿಎಸ್ಡಿಎನ್ಎಯನ್ನು ವಿರೂಪಗೊಳಿಸಲು ಮತ್ತು ಎಂಬೆಡೆಡ್ ರಿಬೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಸೈಟ್ಗಳಲ್ಲಿ ಡಿಎನ್ಎ ಅನ್ನು ಬೇರ್ಪಡಿಸಲು ಚಿಕಿತ್ಸೆ ನೀಡಲಾಗುತ್ತದೆ. ಇದು ಎರಡು ತುದಿಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಏಕ-ಎಳೆ ಡಿಎನ್ಎ (ಎಸ್ಎಸ್ಡಿಎನ್ಎ) ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸುತ್ತದೆಃ ಒಂದು 2′, 3′-ಆವರ್ತಕ ಫಾಸ್ಫೇಟ್ ತುದಿ ಮತ್ತು ಇನ್ನೊಂದು 5′-ಹೈಡ್ರಾಕ್ಸಿಲ್ ತುದಿ. ಕ್ಷಾರೀಯ ದ್ರಾವಣವನ್ನು ನಂತರ ತಟಸ್ಥಗೊಳಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಎಸ್ಎಸ್ಡಿಎನ್ಎ ಅನ್ನು ಶುದ್ಧೀಕರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಸ್ವಯಂ-ಬಂಧನ (ಸರ್ಕ್ಯುಲರೈಸೇಶನ್) ಮುಂದೆ, ಎಸ್ಎಸ್ಡಿಎನ್ಎ-ಹೊಂದಿರುವ ದ್ರಾವಣವನ್ನು ಅರಾಬಿಡೋಪ್ಸಿಸ್ ಥಾಲಿಯಾನಾ ಟಿಆರ್ಎನ್ಎ ಲಿಗೇಸ್ (ಎಟಿಆರ್ಎನ್ಎಲ್24) ನೊಂದಿಗೆ ಕಾವುಕೊಡಲಾಗುತ್ತದೆ. ಆರ್. ಎನ್. ಎ. ಯ 2′, 3′-ಆವರ್ತಕ ಫಾಸ್ಫೇಟ್ ತುದಿಗಳನ್ನು 2′-ಫಾಸ್ಫೇಟ್ ಆಗಿ ಪರಿವರ್ತಿಸುವ ಮೂಲಕ ಎ. ಥಾಲಿನಾನಾ ಆರ್. ಆರ್. ಎನ್. ಎ. ಪಕ್ವತೆಗೆ ಎ. ಟಿ. ಆರ್. ಎನ್. ಎಲ್. ಸಹಾಯ ಮಾಡುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಇವುಗಳನ್ನು ಆರ್. ಎನ್. ಎ. ಅಥವಾ ಡಿ. ಎನ್. ಎ. ಯ 5′-ಫಾಸ್ಫೇಟ್ ತುದಿಗಳಿಗೆ ಜೋಡಿಸುತ್ತದೆ. ಎ. ಟಿ. ಆರ್. ಎನ್. ಎಲ್. ಅನ್ನು ಎಸ್. ಎಸ್. ಡಿ. ಎನ್. ಎ. ದ್ರಾವಣಕ್ಕೆ ಪರಿಚಯಿಸುವುದರಿಂದ ಎಸ್. ಎಸ್. ಡಿ. ಎನ್. ಎ. ಯ ಸ್ವಯಂ-ಬಂಧನವನ್ನು ವೇಗವರ್ಧಿಸುತ್ತದೆ, ಏಕೆಂದರೆ 2 ', 3' ಆವರ್ತಕ ಫಾಸ್ಫೇಟ್ ಅದೇ ಎಸ್. ಎಸ್. ಡಿ. ಎನ್. ಎ ಸ್ಟ್ರಾಂಡ್ನ 5 'ಫಾಸ್ಫೇಟ್ ತುದಿಯಲ್ಲಿ ವಿಲೀನಗೊಳ್ಳುತ್ತದೆ. ಪರಿಣಾಮವಾಗಿ ಆವರ್ತಕ ಎಸ್ಎಸ್ಡಿಎನ್ಎ ರಚನೆಗಳು ಉದ್ದೇಶಿತ ಎಂಬೆಡೆಡ್ ರಿಬೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಅನುಕ್ರಮ, ಯುಎಂಐ ಮತ್ತು ಒಲಿಗೋ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುತ್ತವೆ, ಇದು ಉಳಿದ ವೃತ್ತಾಕಾರದ ಎಸ್ಎಸ್ಡಿಎನ್ಎ ರಚನೆಯನ್ನು ರೂಪಿಸುತ್ತದೆ. ರೇಖೀಯ ಎಸ್ಎಸ್ಡಿಎನ್ಎಯನ್ನು ತೆಗೆದುಹಾಕುವುದು ಸ್ವಯಂ-ಬಂಧನದಿಂದ ರಚಿಸಲಾದ ವೃತ್ತಾಕಾರದ ಎಸ್ಎಸ್ಡಿಎನ್ಎ ರಚನೆಗಳು ಟಿ5 ಎಕ್ಸೋನ್ಯೂಕ್ಲೀಸ್ ಕಿಣ್ವದ ಅವನತಿಗೆ ನಿರೋಧಕವಾಗಿರುತ್ತವೆ. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಅನಿರ್ಬಂಧಿತ, ರೇಖೀಯ ಎಸ್ಎಸ್ಡಿಎನ್ಎ ಅಲ್ಲ. ಆದ್ದರಿಂದ, ಉತ್ಪನ್ನಗಳು ಮತ್ತು ಉಳಿದ ಡಿಎನ್ಎ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಟಿ5 ಎಕ್ಸೋನ್ಯೂಕ್ಲೀಸ್ನೊಂದಿಗೆ ಸಂಸ್ಕರಿಸುವುದರಿಂದ ಆಯ್ದ ಅನಿಯಮಿತ, ರೇಖೀಯ ಎಸ್ಎಸ್ಡಿಎನ್ಎ ಎಳೆಗಳನ್ನು ಕೆಳಮಟ್ಟಕ್ಕಿಳಿಸುತ್ತದೆ, ಅದೇ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಸ್ವಯಂ-ಸೀಮಿತ ಎಸ್ಎಸ್ಡಿಎನ್ಎ ವಲಯಗಳನ್ನು ಹಾಗೇ ಬಿಡುತ್ತದೆ. ಈ ರೀತಿಯಾಗಿ, ಅನಗತ್ಯ ರೇಖೀಯ ಎಸ್ಎಸ್ಡಿಎನ್ಎ ತುಣುಕುಗಳು ಅವನತಿ ಹೊಂದುತ್ತವೆ ಮತ್ತು ಯಶಸ್ವಿಯಾಗಿ-ಬಂಧಿಸಲಾದ ಎಸ್ಎಸ್ಡಿಎನ್ಎ ವಲಯಗಳು ಮಾತ್ರ ಉಳಿದಿವೆ. 2 'ಫಾಸ್ಫೇಟ್ ಅನ್ನು ತೆಗೆದುಹಾಕುವುದು ಪಿ. ಸಿ. ಆರ್. ಸಾಧ್ಯವಾಗುವ ಮೊದಲು, ಎಸ್. ಎಸ್. ಡಿ. ಎನ್. ಎ. ವಲಯಗಳ ಬಂಧಿಸಲಾದ ಜಂಕ್ಷನ್ಗಳಲ್ಲಿನ 2' ಫಾಸ್ಫೇಟ್ ಗುಂಪುಗಳನ್ನು ತೆಗೆದುಹಾಕಬೇಕು. ಇದನ್ನು ಸಾಧಿಸುವ ಸಲುವಾಗಿ, ವೃತ್ತಾಕಾರದ ಎಸ್ಎಸ್ಡಿಎನ್ಎ ದ್ರಾವಣವನ್ನು 2 'ಫಾಸ್ಫೋಟ್ರಾನ್ಸ್ಫರೇಸ್, ಟಿಪ್ಟಿ 1 ನೊಂದಿಗೆ ಸಂಸ್ಕರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಬಂಧನ ಜಂಕ್ಷನ್ನಲ್ಲಿ ಉಳಿದಿರುವ 2' ಫಾಸ್ಫೇಟ್ ಅನ್ನು ತೆಗೆದುಹಾಕಲಾಗುತ್ತದೆ. ಪಾಲಿಮರೇಸ್ ಚೈನ್ ರಿಯಾಕ್ಷನ್ (ಪಿಸಿಆರ್) ರೈಬೋಸ್-ಸೆಕ್ಅನ್ನು ಅನುಸರಿಸಿ, ಪಿಸಿಆರ್ ವರ್ಧನೆಯನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಪ್ರತಿ ಎಸ್ಎಸ್ಡಿಎನ್ಎ ವೃತ್ತದಲ್ಲಿ ವರ್ಧನೆಯನ್ನು ನಡೆಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಪಿಸಿಆರ್ನ ಮೊದಲ ಸುತ್ತಿನಲ್ಲಿ, ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ಪ್ರೈಮರ್ಗಳನ್ನು ದ್ರಾವಣಕ್ಕೆ ಪರಿಚಯಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಎಸ್ಎಸ್ಡಿಎನ್ಎ ವಲಯಗಳನ್ನು ವರ್ಧಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡಲಾದ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ಪ್ರೈಮರ್ಗಳು ಆಯ್ಕೆಯ ಗುರಿ ಲೈಬ್ರರಿಗೆ ಹೊಂದಿಕೆಯಾಗಬೇಕು. ವಿವರಗಳಿಗಾಗಿ ಅಪ್ಲಿಕೇಶನ್ಗಳ ವಿಭಾಗವನ್ನು ನೋಡಿ. ಪಿಸಿಆರ್ನ ಎರಡನೇ ಸುತ್ತಿನಲ್ಲಿ, ಹೆಚ್ಚು ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಅನುಕ್ರಮ ಪ್ರೈಮರ್ಗಳನ್ನು ಪರಿಚಯಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಎಸ್ಎಸ್ಡಿಎನ್ಎ ವಲಯಗಳನ್ನು ಮತ್ತಷ್ಟು ವರ್ಧಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಪಾಲಿಯಾಕ್ರಿಲಾಮೈಡ್ ಜೆಲ್ ಎಲೆಕ್ಟ್ರೋಫೋರೆಸಿಸ್ (PAGE) ಅನ್ನು ರೈಬೋಸ್-ಸೆಕ್ ಲೈಬ್ರರಿಯ ಉಪಸ್ಥಿತಿಯನ್ನು ದೃಢೀಕರಿಸಲು ಮತ್ತು ಧನಾತ್ಮಕ ಮತ್ತು ಋಣಾತ್ಮಕ ನಿಯಂತ್ರಣಗಳನ್ನು ಪರಿಶೀಲಿಸಲು ನಡೆಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ಮಾಡುವ ಮೊದಲು ರೈಬೋಸ್-ಸೆಕ್ ಲೈಬ್ರರಿಯನ್ನು ಶುದ್ಧೀಕರಿಸಲು ಗಾತ್ರದ ಆಯ್ಕೆ ಮತ್ತು ಜೆಲ್ ಶುದ್ಧೀಕರಣ ಜೆಲ್ ಶುದ್ಧೀಕರಣವನ್ನು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಈ ಹಂತದಲ್ಲಿ, ಆಸಕ್ತಿಯ ಗುರಿ ಗಾತ್ರದ ವ್ಯಾಪ್ತಿಯ ಹೊರಗಿರುವ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ತೆಗೆದುಹಾಕಲು ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಉದ್ದದಿಂದ ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ. ಡೌನ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್ ಅಪ್ಲಿಕೇಶನ್ಗಳಿಗೆ ಬಳಸಿ ಆಸಕ್ತಿಯ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಸೆರೆಹಿಡಿದು ಶುದ್ಧೀಕರಿಸಿದ ನಂತರ, ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಅನುಕ್ರಮಗೊಳಿಸಬಹುದು ಮತ್ತು ಡೌನ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್ ಅಪ್ಲಿಕೇಶನ್ಗಳಿಗೆ ಬಳಸಬಹುದು. ವಿವರಗಳಿಗಾಗಿ ಅಪ್ಲಿಕೇಶನ್ಗಳ ವಿಭಾಗವನ್ನು ನೋಡಿ. ರೈಬೋಸ್-ಸೆಕ್ಅನ್ನು ಹಲವಾರು ಸಂದರ್ಭಗಳಲ್ಲಿ ಮತ್ತು ವಿವಿಧ ಯುಕಾರ್ಯೋಟಿಕ್ ಪ್ರಭೇದಗಳ ಅನೇಕ ಜೀವಕೋಶದ ಪ್ರಕಾರಗಳಿಗೆ ಅನ್ವಯಿಸಬಹುದು (ನೋಡಿಃ ಪ್ರಯೋಜನಗಳು ಮತ್ತು ಮಿತಿಗಳು). ಆರಂಭಿಕ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳನ್ನು ರೈಬೋಸ್-ಸೆಕ್ ಅನ್ನು ಮೊದಲು ಕೊಹ್ ಮತ್ತು ಇತರರು ಬಳಸಿದರು. (2015) ಮೈಟೋಕಾಂಡ್ರಿಯಲ್ನಲ್ಲಿ ಆರ್. ಎನ್. ಎಂ. ಪಿ. ಗಳ ಸ್ಥಳವನ್ನು ಮತ್ತು ಆರ್. ಎನ್. ಏ. ಎಸ್.-ಎಚ್. 2-ಕೊರತೆಯ (ಆರ್. ಎನ್. ಎಚ್. 201) ಮೊಳಕೆಯೊಡೆಯುವ ಯೀಸ್ಟಿನ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯರ್ ಡಿ. ಎನ್. ಎ. ಗಳನ್ನು ನಿರೂಪಿಸಲು. ಪರಮಾಣು ಜೀನೋಮ್ನಲ್ಲಿ ಪ್ರತಿ ಕಿಲೋಬೇಸ್ಗೆ (ಕೆಬಿ) 0.449 ಆರ್ಎನ್ಎಮ್ಪಿಗಳು ಮತ್ತು ಮೈಟೊಕಾಂಡ್ರಿಯದ ಜೀನೋಮ್ನಲ್ಲಿ ಪ್ರತಿ ಕೆಬಿಗೆ 19.5 ಆರ್ಎನ್ಎಮ್ಪಿಗಳು ಇರುತ್ತವೆ ಎಂದು ಅವರು ಕಂಡುಕೊಂಡರು. ಹೆಚ್ಚುವರಿಯಾಗಿ, ಕೊಹ್ ಮತ್ತು ಇತರರು. (2015) ಆರ್ಸಿಗಳು ಮತ್ತು ಆರ್ಜಿಗಳನ್ನು ಡಿಎನ್ಎಗೆ ಸೇರಿಸಲು ಅಸ್ತಿತ್ವದಲ್ಲಿರುವ ಸ್ಪಷ್ಟ ಪಕ್ಷಪಾತವನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಸಾಧ್ಯವಾಯಿತು. ಯೀಸ್ಟ್ ಕೋಶಗಳಲ್ಲಿ, ಎಲ್ಲಾ ಬೇಸ್ಗಳ ನಿರೀಕ್ಷಿತ ಆವರ್ತನಗಳಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದಂತೆ ಆರ್ಎಗಳು ಮತ್ತು ಆರ್ಯುಗಳಿಗಿಂತ ಹೆಚ್ಚಿನ ಆವರ್ತನಗಳಲ್ಲಿ ಆರ್ಸಿಗಳು ಮತ್ತು ಆರ್ಜಿಗಳನ್ನು ಜೀನೋಮಿಕ್ ಡಿಎನ್ಎಯಲ್ಲಿ ಉಳಿಸಿಕೊಳ್ಳಲಾಗುತ್ತದೆ ಎಂದು ಅವರು ಕಂಡುಕೊಂಡರು. ಬೇಸ್ ಪ್ರಕಾರದ ಹೊರತಾಗಿಯೂ, ಆರ್. ಎನ್. ಎಂ. ಪಿ. ಗಳು ಪರಮಾಣು ಮತ್ತು ಮೈಟೊಕಾಂಡ್ರಿಯದ ಡಿ. ಎನ್. ಎ. ಎರಡರಲ್ಲೂ ಡಿ. ಎ. ಯ ತಕ್ಷಣದ ಕೆಳಭಾಗದಲ್ಲಿರುವ ಸ್ಥಳಗಳಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚಾಗಿ ಇರುತ್ತವೆ. ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಜೀನೋಮಿಕ್ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದಂತೆ ಆರ್. ಎನ್. ಎಂ. ಪಿ. ಸಂಯೋಜನೆಗಾಗಿ ಅನೇಕ ಹೆಚ್ಚುವರಿ "ಹಾಟ್ಸ್ಪಾಟ್ಗಳನ್ನು" ಸಹ ಗುರುತಿಸಲಾಗಿದೆ (ಉದಾಹರಣೆಗೆ. ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ವಂಶವಾಹಿ ತಾಣಗಳು, ಎಳೆಗಳು, ಅಥವಾ ವರ್ಣತಂತು ಪ್ರದೇಶಗಳಲ್ಲಿ). ಬಹು-ಪ್ರಭೇದಗಳ ಹೋಲಿಕೆಗಳು ಆರಂಭಿಕ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳ ಮೇಲೆ ವಿಸ್ತರಿಸುವುದು, ಬಾಲಚಂದರ್ ಮತ್ತು ಇತರರು. (2020) ತಮ್ಮ ರೈಬೋಸ್-ಸೆಕ್ ಶಿಷ್ಟಾಚಾರವನ್ನು ಉತ್ತಮಗೊಳಿಸಿದರು ಮತ್ತು ಮೂರು ಯೀಸ್ಟ್ ಪ್ರಭೇದಗಳ ಬಹು ತಳಿಗಳ ಮೈಟೊಕಾಂಡ್ರಿಯ ಮತ್ತು ಪರಮಾಣು ಡಿಎನ್ಎಗಳಾದ್ಯಂತ ಆರ್ಎನ್ಎಮ್ಪಿಗಳನ್ನು ನಕ್ಷೆ ಮಾಡಲು ಜೈವಿಕ ಮಾಹಿತಿ ಸಾಧನದೊಂದಿಗೆ (ರೈಬೋಸ್-ಮ್ಯಾಪ್, https://github.com/agombolay/ribose-map ನಲ್ಲಿ ಲಭ್ಯವಿದೆ) ಇದನ್ನು ಬಳಸಿದರುಃ ಸ್ಯಾಕರೊಮೈಸಿಸ್ ಸೆರೆವಿಸಿಯಾ, ಸ್ಯಾಕರೊಮೈಸಿಸ್ ಪ್ಯಾರಾಡಾಕ್ಸಸ್, ಮತ್ತು ಸ್ಕಿಜೋಸ್ಯಾಕರೊಮೈಸಿಸ್ ಪಾಂಬೆ. ಈ ಪ್ರತಿಯೊಂದು ಪ್ರಭೇದ ಮತ್ತು ತಳಿಗಳ ಮೈಟೊಕಾಂಡ್ರಿಯದ ಡಿ. ಎನ್. ಎ. ಯಲ್ಲಿ (ಎಂ. ಟಿ. ಡಿ. ಎನ್. ಎ.), ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಸ್ಥಾನದಲ್ಲಿ ಅಳವಡಿಸಲಾಗಿರುವ ಆರ್. ಎನ್. ಎಂ. ಪಿ. ಯ ಪ್ರಕಾರವು ತಕ್ಷಣದ ಅಪ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್ ಸ್ಥಾನದಲ್ಲಿರುವ (-1) ಡಿ. ಎನ್. ಎಂ. ಪಿ. ಯಿಂದ ಹೆಚ್ಚು ಪರಿಣಾಮ ಬೀರುತ್ತದೆ ಎಂದು ತೋರಿಸಲಾಗಿದೆ. ಅನೇಕ ಜೀನೋಮ್ಗಳಲ್ಲಿ ರೈಬೋಸ್-ಸ್ಕ್ ಅನ್ನು ಬಳಸುವ ಮೂಲಕ, ಬಾಲಚಂದರ್ ಮತ್ತು ಇತರರು. ಯೀಸ್ಟ್ ತಳಿಗಳು ಮತ್ತು ಪ್ರಭೇದಗಳ ನಡುವಿನ ವಿವಿಧ ಹೋಲಿಕೆಗಳು ಮತ್ತು ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳನ್ನು ವಿವರಿಸಲು ಸಹ ಅವರಿಗೆ ಸಾಧ್ಯವಾಯಿತು. ಎಲ್ಲಾ ತಳಿಗಳ ಎಂ. ಟಿ. ಡಿ. ಎನ್. ಎ. ಯಲ್ಲಿನ ಆರ್. ಎನ್. ಎಂ. ಪಿ. ಮಾದರಿಗಳು ಆರ್. ಯು. ಗಳ ಕಡಿಮೆ ಆವರ್ತನಗಳನ್ನು ತೋರಿಸಿದವು; ಆದಾಗ್ಯೂ, ಎಸ್. ಪ್ಯಾರಾಡಾಕ್ಸಸ್ ಮತ್ತು ಎಸ್. ಸೆರೆವಿಸಿಯಾ ಆರ್ಸಿಗೆ ಆದ್ಯತೆಗಳನ್ನು ಸೂಚಿಸಿದರೆ, ಎಸ್. ಪಾಂಬೆ ಆರ್ಜಿಗೆ ಆದ್ಯತೆಗಳನ್ನು ಸೂಚಿಸಿದ್ದಾರೆ. ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯರ್ ಡಿಎನ್ಎಯಲ್ಲಿ, ಮೂರು ಯೀಸ್ಟ್ ಪ್ರಭೇದಗಳು ಬಹುಮಟ್ಟಿಗೆ ಹೋಲುತ್ತವೆ. ಹೆಚ್ಚುವರಿಯಾಗಿ, ಆರ್. ಎನ್. ಎಂ. ಪಿ. ಗಳು ಸಣ್ಣ-ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೊಟೈಡ್ ಪುನರಾವರ್ತಿತ ಅನುಕ್ರಮಗಳಲ್ಲಿ ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ಪುಷ್ಟೀಕರಿಸಲ್ಪಟ್ಟವು. ರೈಬೋಸ್-ಸೆಕ್ನ ಈ ಅನ್ವಯವು ಆರ್. ಎನ್. ಎಂ. ಪಿ ಸಂಯೋಜನೆಯ ಮಾದರಿಗಳ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳಿಗೆ ಮತ್ತು ಅನುಕ್ರಮ ಸನ್ನಿವೇಶದಲ್ಲಿ ಈ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಯ ಸಂಭಾವ್ಯ ಚಾಲಕಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಅವಕಾಶ ಮಾಡಿಕೊಟ್ಟಿತು. ಯೀಸ್ಟ್ ಜೀನೋಮ್ ಅನ್ನು ಮೀರಿ ಯೀಸ್ಟ್ ಅಲ್ಲದ ಪ್ರಭೇದದಲ್ಲಿ ನಡೆಸಲಾದ ಮೊದಲ ರಿಬೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಮ್ಯಾಪಿಂಗ್ ಅಧ್ಯಯನದಲ್ಲಿ, ರೈಬೋಸ್-ಸೆಕ್ ಅನ್ನು ರೈಬೋಸ್-ಮ್ಯಾಪ್ ಜೊತೆಯಲ್ಲಿ ಕ್ಲಮೈಡೋಮೋನಾಸ್ ರೀನ್ಹಾರ್ಡ್ಟಿಯ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯರ್, ಮೈಟೊಕಾಂಡ್ರಿಯ ಮತ್ತು ಕ್ಲೋರೋಪ್ಲಾಸ್ಟ್ ಜೀನೋಮ್ಗಳಾದ್ಯಂತ ಆರ್ಎನ್ಎಮ್ಪಿಗಳನ್ನು ಮ್ಯಾಪ್ ಮಾಡಲು ಬಳಸಲಾಯಿತು, ಇದು ದ್ಯುತಿಸಂಶ್ಲೇಷಕ ಏಕಕೋಶೀಯ ಹಸಿರು ಆಲ್ಗಾ. ಈ ಪ್ರಭೇದದ ಮೈಟೊಕಾಂಡ್ರಿಯದ ಮತ್ತು ಕ್ಲೋರೋಪ್ಲಾಸ್ಟ್ ಡಿಎನ್ಎಗಳಲ್ಲಿ, ಆರ್ಎಗಳು ಇತರ ನೆಲೆಗಳಿಗಿಂತ ಆದ್ಯತೆಯಾಗಿ ಸಂಯೋಜಿಸಲ್ಪಟ್ಟಿವೆ ಎಂದು ತೋರುತ್ತದೆ, ಆದರೆ ಪರಮಾಣು ಡಿಎನ್ಎ ಆರ್ಜಿ ಮತ್ತು ಆರ್ಸಿ ಸಂಯೋಜನೆಯ ಕಡೆಗೆ ಪಕ್ಷಪಾತವನ್ನು ತೋರಿಸಿದೆ. ಎಲ್ಲಾ ಸಿ. ರೀನ್ಹಾರ್ಡ್ಟಿ ಆರ್ಗನೆಲ್ಗಳಲ್ಲಿ, ಆರ್. ಯು ಸ್ಥಿರವಾಗಿ ಕನಿಷ್ಠ ಪ್ರಾತಿನಿಧಿಕ ಆರ್. ಎನ್. ಎಂ. ಪಿ ಆಗಿತ್ತು, ಇದು ಯೀಸ್ಟ್ ಮೈಟೊಕಾಂಡ್ರಿಯದ ಸಂಶೋಧನೆಗಳೊಂದಿಗೆ ಸ್ಥಿರವಾಗಿದೆ. ಯೀಸ್ಟ್ ಪ್ರೊಫೈಲ್ಗಳಂತೆಯೇ, ಸಿ. ರೀನ್ಹಾರ್ಡ್ಟಿಯಲ್ಲಿ ಆರ್. ಎನ್. ಎಂ. ಪಿಗಳ ಸಂಯೋಜನೆಯು ತಕ್ಷಣದ ಅಪ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್ನ ಡಿ. ಎನ್. ಎಂ. ಪಿ ಯಿಂದ ಹೆಚ್ಚು ಪರಿಣಾಮ ಬೀರುತ್ತದೆ (ಸ್ಥಾನ-1). ಈ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯಲ್ಲಿ, ರೈಬೋಸ್-ಸೆಕ್ನ ಅನ್ವಯವು ಮೊದಲ ಬಾರಿಗೆ ಈ ಪ್ರಭೇದದಲ್ಲಿನ ಆರ್. ಎನ್. ಎಂ. ಪಿ. ಸಂಯೋಜನೆಯ ವಿತರಣೆಗಳು ಮತ್ತು ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಅವಕಾಶ ಮಾಡಿಕೊಟ್ಟಿತು. ರೈಬೋಸ್-ಸೆಕ್ನ ಪ್ರಯೋಜನಗಳು ಮತ್ತು ಮಿತಿಗಳು ರೈಬೋಸ್-ಸೆಕ್ ನಿರ್ದಿಷ್ಟವಾಗಿ ಡಿಎನ್ಎಯಲ್ಲಿ ಹುದುಗಿರುವ ರೈಬೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ಗಳನ್ನು ಗುರಿಯಾಗಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಆರ್ಎನ್ಎ ಪ್ರೈಮರ್ಗಳು ಅಥವಾ ಒಕಾಜಾಕಿ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಸೆರೆಹಿಡಿಯುವುದಿಲ್ಲವಾದ್ದರಿಂದ, ಇದು ಹೆಚ್ಚು ವರ್ಗಾವಣೆಯಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ವಿವಿಧ ರೀತಿಯ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಡಿಎನ್ಎಯಲ್ಲಿ ಹುದುಗಿರುವ ರೈಬೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ಗಳನ್ನು ಪರಿಣಾಮಕಾರಿಯಾಗಿ ಗುರಿಯಾಗಿಸುತ್ತದೆ. ಆದ್ದರಿಂದ, ರೈಬೋಸ್-ಸೆಕ್ ಪ್ರಮಾಣಿತ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನಗಳ ಅಗತ್ಯವಿಲ್ಲದೇ ಸಣ್ಣ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಅಣುಗಳು ಅಥವಾ ದೊಡ್ಡ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯರ್ ಜೀನೋಮ್ಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಂತೆ ವಿವಿಧ ರೀತಿಯ ಜೀನೋಮ್ಗಳಲ್ಲಿ ಆರ್. ಎನ್. ಎಂ. ಪಿ ಮ್ಯಾಪಿಂಗ್ಗೆ ಅವಕಾಶ ನೀಡುತ್ತದೆ. ಹೆಚ್ಚುವರಿಯಾಗಿ, ರೈಬೋಸ್-ಸೆಕ್ನ ನಿರ್ದಿಷ್ಟತೆಯು ಡಿ. ಎನ್. ಎ. ಯು ಬಿರುಕುಗಳು ಮತ್ತು/ಅಥವಾ ಅಬಾಸಿಕ್ ತಾಣಗಳನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸುವ ಮೂಲಕ ಡಿ. ಎನ್. ಎ. ಗೆ ಹಾನಿಯುಂಟುಮಾಡುವ ಪರಿಸರದ ಒತ್ತಡಗಳಿಗೆ ಒಡ್ಡಿಕೊಳ್ಳುವ ಪರಿಸ್ಥಿತಿಗಳಲ್ಲಿಯೂ ಸಹ ಆರ್. ಎನ್. ಎಂ. ಪಿ. ಗಳ ನಕ್ಷೆಯನ್ನು ಅನುಮತಿಸುತ್ತದೆ. ರೈಬೋಸ್-ಸೆಕ್ ಹೆಚ್ಚಿನ-ಥ್ರೋಪುಟ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ಗಾಗಿ ಅಡಾಪ್ಟರ್ಗಳಲ್ಲಿ ಯುಎಂಐ ಅನ್ನು ಬಳಸುತ್ತದೆ, ಇದು ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ರೀಡ್ಗಳ ಡಿಡುಪ್ಲಿಕೇಷನ್ ಅನ್ನು ನಿರ್ವಹಿಸಲು ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಹೀಗಾಗಿ ಆರ್ಎನ್ಎಂಪಿ ಹಾಟ್ಸ್ಪಾಟ್ಗಳ ಹೆಚ್ಚು ನಿಖರವಾದ ಪತ್ತೆಹಚ್ಚುವಿಕೆಯನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ. ರೈಬೋಸ್-ಸೆಕ್ ಯೀಸ್ಟ್ ಕೋಶಗಳಿಗೆ ನಿರ್ದಿಷ್ಟವಾಗಿಲ್ಲ; ಈ ತಂತ್ರವನ್ನು ಯಾವುದೇ ಜಾತಿಯ ಯಾವುದೇ ಜೀವಕೋಶದ ಪ್ರಕಾರಕ್ಕೆ ಸಂಭಾವ್ಯವಾಗಿ ಅನ್ವಯಿಸಬಹುದು, ಇದು ಹೆಚ್ಚಿನ ಜೀವಿಗಳಲ್ಲಿ ಆರ್. ಎನ್. ಎಂ. ಪಿ. ಗಳ ಸ್ಥಳ ಮತ್ತು ಮಾದರಿಯನ್ನು ವಿವರಿಸಲು ಉಪಯುಕ್ತ ಸಾಧನವಾಗಿದೆ. ರೈಬೋಸ್-ಸೆಕ್ ಸಾಮಾನ್ಯ ಪ್ರಯೋಗಾಲಯ ಉಪಕರಣಗಳು ಮತ್ತು ಕಾರಕಗಳನ್ನು ಬಳಸುತ್ತದೆ, ಅದು ಮೂಲಕ್ಕೆ ಸಾಕಷ್ಟು ಸುಲಭವಾಗಿದೆ, ಇದು ಅನೇಕ ಆಣ್ವಿಕ ಜೀವಶಾಸ್ತ್ರ ಪ್ರಯೋಗಾಲಯಗಳಲ್ಲಿ ಬಳಸಲು ಸುಲಭವಾದ ತಂತ್ರವಾಗಿದೆ. ರೈಬೋಸ್-ಸೆಕ್ನ ಮಿತಿಗಳು ಏಕೆಂದರೆ ಇದು ಏಕ ಆರ್. ಎನ್. ಎಂ. ಪಿ. ಗಳನ್ನು ಗುರಿಯಾಗಿಸುತ್ತದೆ, ರೈಬೋಸ್-ಸೆಕ್ ಉದ್ದವಾದ ರೈಬೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಪ್ರದೇಶಗಳನ್ನು ಸೆರೆಹಿಡಿಯಲು ಸಾಧ್ಯವಿಲ್ಲ. ಆದ್ದರಿಂದ, ಆರ್ಎನ್ಎ ಪ್ರೈಮರ್ಗಳು ಅಥವಾ ಒಕಾಜಾಕಿ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಮ್ಯಾಪ್ ಮಾಡಲು ರೈಬೋಸ್-ಸೆಕ್ ಸೂಕ್ತವಾದ ತಂತ್ರವಲ್ಲ, ಇವು ಡಿಎನ್ಎ ಪ್ರತಿಕೃತಿ ಅಥವಾ ವಿರಾಮದ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ರೂಪುಗೊಳ್ಳಬಹುದು. ಜೀನೋಮಿಕ್ ಡಿಎನ್ಎಯಿಂದ ಆರ್ಎನ್ಎಂಪಿ ಗ್ರಂಥಾಲಯಗಳನ್ನು ತಯಾರಿಸಲು ರೈಬೋಸ್-ಸೆಕ್ ಸುಮಾರು 4 ದಿನಗಳನ್ನು ತೆಗೆದುಕೊಳ್ಳುತ್ತದೆ. ಶಿಷ್ಟಾಚಾರವು ತುಲನಾತ್ಮಕವಾಗಿ ಸಂಕೀರ್ಣವಾಗಿದೆ, ಇದಕ್ಕೆ ಅನೇಕ ಹಂತಗಳು ಬೇಕಾಗುತ್ತವೆ. ಪೂರಕ ವಿಧಾನಗಳಾದ ರೈಬೋಸ್-ಮ್ಯಾಪ್ ರೈಬೋಸ್-ಮ್ಯಾಪ್ ದೊಡ್ಡ, ಸಂಕೀರ್ಣವಾದ ಆರ್. ಎನ್. ಎಂ. ಪಿ. ಕಚ್ಚಾ ಅನುಕ್ರಮ ದತ್ತಾಂಶಗಳ ಸಂಸ್ಕರಣೆ ಮತ್ತು ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಾಗಿ ಒಂದು ಜೈವಿಕ ಮಾಹಿತಿ ಸಾಧನವಾಗಿದೆ. ರೈಬೋಸ್-ಮ್ಯಾಪ್ ರೈಬೋಸ್-ಸೆಕ್, ಎಮ್ರಿಬೋಸೆಕ್, ಪು-ಸೆಕ್, ಆಲ್ಕ್-ಹೈಡೆನ್-ಸೆಕ್ ಮತ್ತು ಆರ್ಎಚ್ಐಐ-ಹೈಡೆನ್-ಸೆಕ್ಗಳೊಂದಿಗೆ ಹೊಂದಿಕೊಳ್ಳುತ್ತದೆ. (ನೋಡಿಃ ಆರ್. ಎನ್. ಎಂ. ಪಿ ಸೆರೆಹಿಡಿಯಲು ಇತರ ತಂತ್ರಗಳು). ರೆಸ್ಕಾಟ್ (ರಿಸ್ಟ್ರಿಕ್ಷನ್ ಎಂಜೈಮ್ ಸೆಟ್ ಮತ್ತು ಕಾಂಬಿನೇಶನ್ ಆಪ್ಟಿಮೈಸೇಶನ್ ಟೂಲ್ಸ್) ರೆಸ್ಕಾಟ್ ಒಂದು ಕಂಪ್ಯೂಟೇಶನಲ್ ವಿಧಾನವಾಗಿದ್ದು, ಇದು ನಿರ್ಬಂಧಿತ ಕಿಣ್ವಗಳ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಆಯ್ಕೆಗಾಗಿ ಆರ್ಎನ್ಎಂಪಿ-ಸೆರೆಹಿಡಿದ ಪ್ರದೇಶಗಳ ಜೀನೋಮಿಕ್ ವ್ಯಾಪ್ತಿಯನ್ನು ಲೆಕ್ಕಾಚಾರ ಮಾಡುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ನಂತರ ಆರ್ಇ ಸೆಟ್ಗಳನ್ನು ಅತ್ಯುತ್ತಮವಾಗಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಆರ್ಎನ್ಎಂಪಿ ಸೆರೆಹಿಡಿಯುವ ದರವನ್ನು ಗರಿಷ್ಠಗೊಳಿಸಲು ಹೆಚ್ಚಿನ ವ್ಯಾಪ್ತಿಯನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಆರ್ಇ ಸೆಟ್ ಅನ್ನು ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡುತ್ತದೆ. ಆರ್. ಎನ್. ಎಂ. ಪಿ. ಯ ಇತರ ತಂತ್ರಗಳು ಎಮ್ರಿಬೋಸೆಕ್ ಅನ್ನು ಸೆರೆಹಿಡಿಯುತ್ತವೆಃ 5 'ಬದಿಯಿಂದ ಹುದುಗಿರುವ ಆರ್. ಎನ್. ಎಂ. ಪಿ. ಯ ಡಿಯೋಕ್ಸಿರೈಬೊನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಅಪ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್ ಅನ್ನು ಸೆರೆಹಿಡಿಯಲು ಮಾನವ ಆರ್ನೇಸ್ ಎಚ್2 ಮತ್ತು ಟಿ4 ಕ್ವಿಕ್ ಲಿಗೇಸ್ ಅನ್ನು ಬಳಸುತ್ತದೆ. ಆರ್. ಎಚ್. ಐ. ಐ.-ಹೈಡಿನ್-ಸೆಕ್ಃ ಎಂಬೆಡೆಡ್ ಆರ್. ಎನ್. ಎಂ. ಪಿ. ಯನ್ನು ಅದರ 5 'ಬದಿಯಿಂದ ಸೆರೆಹಿಡಿಯಲು ಎಸ್ಚೆರಿಚಿಯಾ ಕೋಲಿ ಆರ್ನೇಸ್ ಎಚ್. ಐ. ಐ. ಮತ್ತು ಟಿ4 ಆರ್. ಎನ್. ಎ. ಲಿಗೇಸ್ ಅನ್ನು ಬಳಸುತ್ತದೆ. ಆರ್ಎಚ್ಐಐ-ಹೈಡೆನ್-ಸೆಕ್ ಆರ್ಎನ್ಎಮ್ಪಿ ಮತ್ತು ಒಕಾಜಾಕಿ ತುಣುಕುಗಳೊಂದಿಗೆ ಕೊನೆಗೊಳ್ಳುವ ಡಿಎನ್ಎ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಸಹ ಸೆರೆಹಿಡಿಯಬಹುದು. ಪು-ಸೆಕ್ಃ 3 'ಬದಿಯಿಂದ ಹುದುಗಿರುವ ಆರ್ಎನ್ಎಂಪಿಯ ಕೆಳಭಾಗದಲ್ಲಿರುವ ಡಿಯೋಕ್ಸಿರಿಬೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಅನ್ನು ಸೆರೆಹಿಡಿಯಲು ಕ್ಷಾರೀಯ ಪರಿಸ್ಥಿತಿಗಳು ಮತ್ತು ಟಿ4 ಆರ್ಎನ್ಎ ಲಿಗೇಸ್ ಅನ್ನು ಬಳಸುತ್ತದೆ. ಓಕಾಜಾಕಿ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಸೆರೆಹಿಡಿಯಬಹುದು. ಆಲ್ಕ್-ಹೈಡ್ಇನ್-ಸೆಕ್ 3 'ಬದಿಯಿಂದ ಹುದುಗಿರುವ ಆರ್ಎನ್ಎಂಪಿಯ ಕೆಳಭಾಗದಲ್ಲಿರುವ ಡಿಯೋಕ್ಸಿರೈಬೊನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಅನ್ನು ಸೆರೆಹಿಡಿಯಲು ಕ್ಷಾರೀಯ ಪರಿಸ್ಥಿತಿಗಳು ಮತ್ತು ಟಿ4 ಆರ್ಎನ್ಎ ಲಿಗೇಸ್ ಅನ್ನು ಬಳಸುತ್ತದೆ. ಓಕಾಜಾಕಿ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಸಹ ಸೆರೆಹಿಡಿಯಬಹುದು. ಆರ್. ಐ. ಎಸ್. ಕ್ಯೂ.-ಸೆಕ್ (ರಿಬೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಸ್ಕ್ಯಾನಿಂಗ್ ಕ್ವಾಂಟಿಫಿಕೇಷನ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್): ಆರ್. ಎನ್. ಎಂ. ಪಿ. ಯ ಅಪ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್ ನೆರೆಯ ಡಿಯೋಕ್ಸಿರಿಬೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಅನ್ನು ಸೆರೆಹಿಡಿಯಲು ಸಂಪೂರ್ಣ ಪ್ರಮಾಣೀಕರಣವನ್ನು ಬಳಸುತ್ತದೆ. ಉಲ್ಲೇಖಗಳು ರಿಬೋನ್ಯೂಕ್ಲೀಸ್ ಜೆನೆಟಿಕ್ ಮ್ಯಾಪಿಂಗ್