Liquid–liquid phase separation sequence-based predictors
ಎಲ್ಎಲ್ಪಿಎಸ್ ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ವಿಶಿಷ್ಟ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಅನುಕ್ರಮ ಪ್ರದೇಶಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುತ್ತದೆ, ಜೊತೆಗೆ ಪ್ರಿಯಾನ್ ತರಹದ ಮತ್ತು ಆರ್ಎನ್ಎ-ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಡೊಮೇನ್ಗಳ ಉಪಸ್ಥಿತಿಯನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುತ್ತದೆ. ಇತ್ತೀಚಿನ ದಿನಗಳಲ್ಲಿ ಎಲ್ಎಲ್ಪಿಎಸ್ ಅನ್ನು ಚಾಲನೆ ಮಾಡಲು ಪ್ರೋಟೀನ್ನ ಪ್ರವೃತ್ತಿಯನ್ನು ಊಹಿಸಲು ಕೆಲವು ವಿಧಾನಗಳಿವೆ. ಎಲ್ಎಲ್ಪಿಎಸ್ನಲ್ಲಿ ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ಜೈವಿಕ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನಗಳ ವ್ಯಾಪ್ತಿ, ಈ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನಗಳ ಬಗ್ಗೆ ಸೀಮಿತ ಜ್ಞಾನ ಮತ್ತು ಎಲ್ಎಲ್ಪಿಎಸ್ನ ಪ್ರಮುಖ ಸಂದರ್ಭ-ಅವಲಂಬಿತ ಅಂಶವು ಈ ಸಮಸ್ಯೆಯನ್ನು ಸವಾಲಿನದ್ದನ್ನಾಗಿ ಮಾಡುತ್ತದೆ. ಕಳೆದ ವರ್ಷಗಳಲ್ಲಿ, ಈ ಕ್ಷೇತ್ರದಲ್ಲಿನ ಪ್ರಗತಿಯ ಹೊರತಾಗಿಯೂ, ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅನುಕ್ರಮ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳು ಮತ್ತು ಎಲ್ಎಲ್ಪಿಎಸ್ ಅನ್ನು ಚಾಲನೆ ಮಾಡುವ ಸಾಮರ್ಥ್ಯದ ನಡುವಿನ ಸಂಬಂಧವನ್ನು ಅರ್ಥಮಾಡಿಕೊಳ್ಳಲು ಪ್ರಯತ್ನಿಸುತ್ತಿರುವ ಎಲ್ಎಲ್ಪಿಎಸ್ಗೆ ನಿರ್ದಿಷ್ಟವಾದ ಕೆಲವು ಮುನ್ಸೂಚಕಗಳನ್ನು ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಲಾಗಿದೆ. ಇಲ್ಲಿ ನಾವು ಅತ್ಯಾಧುನಿಕ ಎಲ್ಎಲ್ಪಿಎಸ್ ಅನುಕ್ರಮ-ಆಧಾರಿತ ಮುನ್ಸೂಚಕಗಳನ್ನು ಪರಿಷ್ಕರಿಸುತ್ತೇವೆ, ಅವುಗಳನ್ನು ಸಂಕ್ಷಿಪ್ತವಾಗಿ ಪರಿಚಯಿಸುತ್ತೇವೆ ಮತ್ತು ಎಲ್ಎಲ್ಪಿಎಸ್ನ ಸಂದರ್ಭದಲ್ಲಿ ಅವರು ಗುರುತಿಸುವ ವೈಯಕ್ತಿಕ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳು ಯಾವುವು ಎಂಬುದನ್ನು ವಿವರಿಸುತ್ತೇವೆ. ಎಲ್ಎಲ್ಪಿಎಸ್ ಸಿಮ್ಯುಲೇಶನ್ಗಳು ಎಲ್ಎಲ್ಪಿಎಸ್ ಕ್ಷೇತ್ರದಲ್ಲಿ ಮತ್ತೊಂದು ಪ್ರಮುಖ ಗಣನೆಯ ಸಂಪನ್ಮೂಲವೆಂದರೆ ಎಲ್ಎಲ್ಪಿಎಸ್ ಅನ್ನು ಚಾಲನೆ ಮಾಡುವ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳ ಸೈದ್ಧಾಂತಿಕ ಸಿಮ್ಯುಲೇಶನ್ಗಳು, ವಿಶೇಷವಾಗಿ ಆಂತರಿಕವಾಗಿ ಅವ್ಯವಸ್ಥಿತ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳು (ಐಡಿಪಿಗಳು). ಈ ಸಿಮ್ಯುಲೇಶನ್ಗಳು ಪ್ರಯೋಗಗಳಿಗೆ ಪೂರಕವಾಗಿವೆ ಮತ್ತು ಎಲ್ಎಲ್ಪಿಎಸ್ ಅನ್ನು ಚಾಲನೆ ಮಾಡುವ ಪ್ರತ್ಯೇಕ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳ ಆಣ್ವಿಕ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನಗಳ ಬಗ್ಗೆ ಪ್ರಮುಖ ಒಳನೋಟಗಳನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತವೆ. ಡಿಗ್ನಾನ್ ಮತ್ತು ಇತರರಿಂದ ಒಂದು ವಿಮರ್ಶೆ. ಪ್ರಾಯೋಗಿಕ ಫಲಿತಾಂಶಗಳನ್ನು ಅರ್ಥೈಸಲು, ಹಂತದ ನಡವಳಿಕೆಯನ್ನು ವಿವರಿಸಲು ಮತ್ತು ಟ್ಯೂನ್ ಮಾಡಬಹುದಾದ ಹಂತದ ಪರಿವರ್ತನೆಯ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳೊಂದಿಗೆ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳನ್ನು ವಿನ್ಯಾಸಗೊಳಿಸಲು ಮುನ್ಸೂಚಕ ಚೌಕಟ್ಟುಗಳನ್ನು ಒದಗಿಸಲು ಈ ಸಿಮ್ಯುಲೇಶನ್ಗಳನ್ನು ಹೇಗೆ ಅನ್ವಯಿಸಬಹುದು ಎಂಬುದನ್ನು ಚರ್ಚಿಸಲಾಯಿತು. ಮಾದರಿಯ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ ಮತ್ತು ಕಂಪ್ಯೂಟೇಶನಲ್ ದಕ್ಷತೆಯ ನಡುವಿನ ರಾಜಿ ಸವಾಲಾಗಿದೆ, ಏಕೆಂದರೆ ಐಡಿಪಿಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡ ದೊಡ್ಡ ವ್ಯವಸ್ಥೆಗಳ ಎಲ್ಲಾ-ಪರಮಾಣು ಸಿಮ್ಯುಲೇಶನ್ಗಳನ್ನು ನಿರ್ವಹಿಸುವುದು ಇನ್ನೂ ಕಷ್ಟಕರವಾಗಿದೆ. ಇದಲ್ಲದೆ, ಹನಿ-ಸ್ಥಿತಿಯಲ್ಲಿನ ಐಡಿಪಿಗಳ ನಡುವಿನ ಆಣ್ವಿಕ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಇನ್ನೂ ಸರಿಯಾಗಿ ಅರ್ಥಮಾಡಿಕೊಳ್ಳಲಾಗಿಲ್ಲ, ಮತ್ತು ಅವುಗಳನ್ನು ಸ್ಪಷ್ಟಪಡಿಸಲು ಪ್ರಾಯೋಗಿಕ ದತ್ತಾಂಶ ಮತ್ತು ಸಿಮ್ಯುಲೇಶನ್ಗಳ ಸಂಯೋಜನೆಯು ಅನಿವಾರ್ಯವಾಗಿದೆ. ಈ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನಗಳನ್ನು ಬೆಳಗಿಸುವ ಸಲುವಾಗಿ ಮುಂದಿನ ಕೆಲವು ವರ್ಷಗಳಲ್ಲಿ ಮಾದರಿ ಮತ್ತು ಸಿಮ್ಯುಲೇಶನ್ ವಿಧಾನಗಳಲ್ಲಿ ಸುಧಾರಣೆಗಳು ಸಂಭವಿಸಬಹುದು. ಅಂತರ್ನಿರ್ಮಿತವಾಗಿ ಅವ್ಯವಸ್ಥಿತ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳು ಡಿಸ್ಪ್ರೋಟ್ ದತ್ತಸಂಚಯ ಮೊಬಿಡಿಬಿ ದತ್ತಸಂಚಯ ಉಲ್ಲೇಖಗಳು ಪ್ರೋಟೀನ್ ರಚನೆ ರಚನಾತ್ಮಕ ಜೈವಿಕ ಮಾಹಿತಿಯ ಪ್ರೋಟಿಯೋಮಿಕ್ಸ್ ನ್ಯೂರೋ ಡಿಜೆನರೇಟಿವ್ ಡಿಸಾರ್ಡರ್ಸ್ ಅನ್ನು ಸಹ ನೋಡಿ.