Hi-C (genomic analysis technique)
ಹೈ-ಸಿ (ಅಥವಾ ಸ್ಟ್ಯಾಂಡರ್ಡ್ ಹೈ-ಸಿ) ಎಂಬುದು ಹೈ-ಥ್ರೂಪುಟ್ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಮತ್ತು ಎಪಿಜೆನೊಮಿಕ್ ತಂತ್ರವಾಗಿದ್ದು, ಇದನ್ನು ಮೊದಲು 2009 ರಲ್ಲಿ ಲಿಬರ್ಮನ್-ಐಡೆನ್ ಮತ್ತು ಇತರರು ವಿವರಿಸಿದ್ದಾರೆ. ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಸಂರಚನೆಯನ್ನು ಸೆರೆಹಿಡಿಯಲು. ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ, ಹೈ-ಸಿಯನ್ನು 3ಸಿ (ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ ಕಾನ್ಫರ್ಮೇಷನ್ ಕ್ಯಾಪ್ಚರ್), 4ಸಿ (ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ ಕಾನ್ಫರ್ಮೇಷನ್ ಕ್ಯಾಪ್ಚರ್-ಆನ್-ಚಿಪ್/ವೃತ್ತಾಕಾರದ ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ ಕಾನ್ಫರ್ಮೇಷನ್ ಕ್ಯಾಪ್ಚರ್), ಮತ್ತು 5ಸಿ (ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ ಕಾನ್ಫರ್ಮೇಷನ್ ಕ್ಯಾಪ್ಚರ್ ಕಾರ್ಬನ್ ಕಾಪಿ) ಸೇರಿದಂತೆ ಆದರೆ ಸೀಮಿತವಾಗಿರದ ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ ಕಾನ್ಫರ್ಮೇಷನ್ ಕ್ಯಾಪ್ಚರ್ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನಗಳ ಸರಣಿಯ ವ್ಯುತ್ಪನ್ನವೆಂದು ಪರಿಗಣಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. 3ಸಿ ಮತ್ತು ಮುಂದಿನ ಪೀಳಿಗೆಯ ಅನುಕ್ರಮ (ಎನ್ಜಿಎಸ್) ವಿಧಾನಗಳನ್ನು ಸಂಯೋಜಿಸುವ ಮೂಲಕ ಜೀವಕೋಶದ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಸ್ನಲ್ಲಿ ಜೀನೋಮ್-ವೈಡ್ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಹೈ-ಸಿ ಸಮಗ್ರವಾಗಿ ಪತ್ತೆ ಮಾಡುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಇದನ್ನು ಸಿ-ತಂತ್ರಜ್ಞಾನ (ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ ಕಾನ್ಫರ್ಮೇಷನ್ ಕ್ಯಾಪ್ಚರ್-ಆಧಾರಿತ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನಗಳು) ಅಭಿವೃದ್ಧಿ ಮತ್ತು 3ಡಿ ಜೀನೋಮಿಕ್ಸ್ನ ಪ್ರಾರಂಭದಲ್ಲಿ ಗುಣಾತ್ಮಕ ಜಿಗಿತವೆಂದು ಪರಿಗಣಿಸಲಾಗಿದೆ. ಕ್ಲಾಸಿಕ್ 3ಸಿ ತಂತ್ರದಂತೆಯೇ, ಹೈ-ಸಿ ಆವರ್ತನವನ್ನು ಅಳೆಯುತ್ತದೆ (ಜೀವಕೋಶದ ಜನಸಂಖ್ಯೆಯ ಸರಾಸರಿಯಂತೆ) ಇದರಲ್ಲಿ ಎರಡು ಡಿಎನ್ಎ ತುಣುಕುಗಳು 3ಡಿ ಜಾಗದಲ್ಲಿ ದೈಹಿಕವಾಗಿ ಸಂಯೋಜಿಸುತ್ತವೆ, ಇದು ಕ್ರೋಮೋಸೋಮಲ್ ರಚನೆಯನ್ನು ನೇರವಾಗಿ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಅನುಕ್ರಮಕ್ಕೆ ಸಂಪರ್ಕಿಸುತ್ತದೆ. ಹೈ-ಸಿಯ ಸಾಮಾನ್ಯ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನವು ಫಾರ್ಮಾಲ್ಡಿಹೈಡ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಮೊದಲ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ವಸ್ತುವನ್ನು ಅಡ್ಡಲಾಗಿ ಜೋಡಿಸುವುದನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುತ್ತದೆ. ನಂತರ, ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಕರಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ವಿಭಜನೆಯಾಗುತ್ತದೆ, ಮತ್ತು ಸಂವಹನ ಮಾಡುವ ಲೋಕಿಯನ್ನು ಒಟ್ಟಿಗೆ ಮರು-ಲಗತ್ತಿಸಿ ಚಿಮೆರಿಕ್ ಡಿಎನ್ಎ ಅಣುಗಳ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಲೈಬ್ರರಿಯನ್ನು ರಚಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಈ ಚಿಮೆರಾಗಳು ಅಥವಾ ಬಂಧನ ಉತ್ಪನ್ನಗಳ ಸಾಪೇಕ್ಷ ಸಮೃದ್ಧಿಯು, ಆಯಾ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ತುಣುಕುಗಳು ಜೀವಕೋಶದ ಜನಸಂಖ್ಯೆಯಾದ್ಯಂತ 3D ಜಾಗದಲ್ಲಿ ಸಂವಹನ ನಡೆಸುವ ಸಂಭವನೀಯತೆಗೆ ಪರಸ್ಪರ ಸಂಬಂಧಿಸಿದೆ. ಆಸಕ್ತಿಯ ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ ಪ್ರದೇಶಗಳ ಸಂರಚನೆಯ "ಒನ್-ವರ್ಸಸ್-ಸಮ್" ತನಿಖೆಗಳನ್ನು ನೀಡಲು ಪೂರ್ವನಿರ್ಧರಿತ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಲೋಕಿಯ ಗುಂಪಿನ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯ ಮೇಲೆ 3ಸಿ ಕೇಂದ್ರೀಕರಿಸಿದರೆ, ಹೈ-ಸಿ ಬಂಧನಕ್ಕೆ ಮುಂಚಿತವಾಗಿ ಎಲ್ಲಾ ವಿಭಜಿತ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಅನ್ನು ಬಯೋಟಿನೈಲೇಟೆಡ್ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ನೊಂದಿಗೆ ಲೇಬಲ್ ಮಾಡುವ ಮೂಲಕ "ಆಲ್-ವರ್ಸಸ್-ಆಲ್" ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆ ಪ್ರೊಫೈಲಿಂಗ್ ಅನ್ನು ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ. ಇದರ ಪರಿಣಾಮವಾಗಿ, ಬಯೋಟಿನ್-ಗುರುತಿಸಲಾದ ಬಂಧನ ಜಂಕ್ಷನ್ಗಳನ್ನು ಸ್ಟ್ರೆಪ್ಟಾವಿಡಿನ್-ಲೇಪಿತ ಮ್ಯಾಗ್ನೆಟಿಕ್ ಮಣಿಗಳಿಂದ ಹೆಚ್ಚು ಪರಿಣಾಮಕಾರಿಯಾಗಿ ಶುದ್ಧೀಕರಿಸಬಹುದು ಮತ್ತು ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಯ ದತ್ತಾಂಶವನ್ನು ಹೈ-ಸಿ ಲೈಬ್ರರಿಯ ನೇರ ಅನುಕ್ರಮದಿಂದ ಪಡೆಯಬಹುದು. ಹೈ-ಸಿ ದತ್ತಾಂಶದ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಳು ಸಸ್ತನಿಗಳ ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ಗಳ ಒಟ್ಟಾರೆ ಜೀನೋಮಿಕ್ ರಚನೆಯನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸುವುದಲ್ಲದೆ, ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ನ ಜೈವಿಕ ಭೌತಶಾಸ್ತ್ರದ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳ ಬಗ್ಗೆ ಒಳನೋಟಗಳನ್ನು ನೀಡುತ್ತವೆ ಮತ್ತು ದೂರದ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಅಂಶಗಳ ನಡುವಿನ ಹೆಚ್ಚು ನಿರ್ದಿಷ್ಟ, ದೀರ್ಘ-ಶ್ರೇಣಿಯ ಸಂಪರ್ಕಗಳನ್ನು (ಉದಾಹರಣೆಗೆ. ಜೀನ್ಗಳು ಮತ್ತು ನಿಯಂತ್ರಕ ಅಂಶಗಳ ನಡುವೆ). ಇತ್ತೀಚಿನ ವರ್ಷಗಳಲ್ಲಿ, ಜೀವಕೋಶದ ಬೆಳವಣಿಗೆ ಮತ್ತು ವಿಭಜನೆ, ಪ್ರತಿಲೇಖನ ನಿಯಂತ್ರಣ, ಅದೃಷ್ಟ ನಿರ್ಣಯ, ಅಭಿವೃದ್ಧಿ, ರೋಗ ಮತ್ತು ಜೀನೋಮ್ ವಿಕಸನ ಸೇರಿದಂತೆ ವಿವಿಧ ಜೈವಿಕ ಕ್ಷೇತ್ರಗಳಲ್ಲಿ ಹೈ-ಸಿ ತನ್ನ ಅನ್ವಯವನ್ನು ಕಂಡುಕೊಂಡಿದೆ. ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಮಾರ್ಪಾಡುಗಳ ಜೀನೋಮ್-ವೈಡ್ ನಕ್ಷೆಗಳು ಮತ್ತು ಜೀನ್ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ಪ್ರೊಫೈಲ್ಗಳಂತಹ ಇತರ ಡೇಟಾಸೆಟ್ಗಳೊಂದಿಗೆ ಹೈ-ಸಿ ಡೇಟಾವನ್ನು ಸಂಯೋಜಿಸುವ ಮೂಲಕ, ಜೀನೋಮ್ ನಿಯಂತ್ರಣ ಮತ್ತು ಸ್ಥಿರತೆಯಲ್ಲಿ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ರಚನೆಯ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಪಾತ್ರಗಳನ್ನು ಸಹ ವಿವರಿಸಬಹುದು. ಅದರ ಪ್ರಾರಂಭದಲ್ಲಿ, ಹೈ-ಸಿ ಕಡಿಮೆ-ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್, ಹೆಚ್ಚಿನ-ಶಬ್ದದ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನವಾಗಿದ್ದು, ಇದು 1 ಮಿಲಿಯನ್ ಬೇಸ್ ಜೋಡಿಗಳ (ಎಂಬಿ) ಬಿನ್ ಗಾತ್ರದೊಳಗೆ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಪರಸ್ಪರ ಪ್ರದೇಶಗಳನ್ನು ಮಾತ್ರ ವಿವರಿಸುವ ಸಾಮರ್ಥ್ಯವನ್ನು ಹೊಂದಿತ್ತು. ಹೈ-ಸಿ ಗ್ರಂಥಾಲಯವನ್ನು ನಿರ್ಮಿಸಲು ಹಲವಾರು ದಿನಗಳ ಅಗತ್ಯವಿತ್ತು, ಮತ್ತು ಡೇಟಾಸೆಟ್ಗಳು ಸ್ವತಃ ಔಟ್ಪುಟ್ ಮತ್ತು ಪುನರುತ್ಪಾದನೆ ಎರಡರಲ್ಲೂ ಕಡಿಮೆ ಇದ್ದವು. ಅದೇನೇ ಇದ್ದರೂ, ಹೈ-ಸಿ ದತ್ತಾಂಶವು ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಸಂಯೋಜನೆ ಮತ್ತು ಪರಮಾಣು ಮತ್ತು ಜೀನೋಮಿಕ್ ವಿನ್ಯಾಸಗಳಿಗೆ ಹೊಸ ಒಳನೋಟಗಳನ್ನು ನೀಡಿತು, ಮತ್ತು ಈ ಭವಿಷ್ಯವು ಕಳೆದ ದಶಕದಲ್ಲಿ ತಂತ್ರವನ್ನು ಮಾರ್ಪಡಿಸಲು ಪ್ರಯತ್ನಗಳನ್ನು ಮಾಡಲು ವಿಜ್ಞಾನಿಗಳನ್ನು ಪ್ರೇರೇಪಿಸಿತು. 2012 ಮತ್ತು 2015 ರ ನಡುವೆ, ಹೈ-ಸಿ ಶಿಷ್ಟಾಚಾರಕ್ಕೆ ಹಲವಾರು ಮಾರ್ಪಾಡುಗಳು ನಡೆದಿವೆ, 4-ಕಟ್ಟರ್ ಜೀರ್ಣಕ್ರಿಯೆಯೊಂದಿಗೆ ಅಥವಾ ಹೆಚ್ಚಿನ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ ಪಡೆಯಲು ಆಳವಾದ ಅನುಕ್ರಮ ಆಳವನ್ನು ಅಳವಡಿಸಿಕೊಳ್ಳಲಾಗಿದೆ. ಹೆಚ್ಚು ಆಗಾಗ್ಗೆ ಕತ್ತರಿಸುವ ನಿರ್ಬಂಧದ ಎಂಡೋನ್ಯೂಕ್ಲೀಸ್ಗಳ ಬಳಕೆ, ಅಥವಾ ಡಿಎನ್ಎಸಿಐ ಮತ್ತು ಮೈಕ್ರೋಕಾಕಲ್ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಸ್ಗಳು ಸಹ ವಿಧಾನದ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ ಅನ್ನು ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ಹೆಚ್ಚಿಸಿದವು. ತೀರಾ ಇತ್ತೀಚೆಗೆ (2017), ಬೆಲಘ್ಜಲ್ ಮತ್ತು ಇತರರು. ಕಿಲೋಬೇಸ್ (ಕೆಬಿ) ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ ಸಾಧಿಸಲು ಸಾಧ್ಯವಾದ ಹೈ-ಸಿ 2 ಪ್ರೋಟೋಕಾಲ್ ಅನ್ನು ವಿವರಿಸಲಾಗಿದೆ. ಮೂಲ ಶಿಷ್ಟಾಚಾರದ ಪ್ರಮುಖ ರೂಪಾಂತರವೆಂದರೆ ಪರಮಾಣು ರಚನೆಯನ್ನು ಕಾಪಾಡಿಕೊಳ್ಳಲು ಜೀರ್ಣಕ್ರಿಯೆಯ ನಂತರ ಎಸ್. ಡಿ. ಎಸ್ ಕರಗುವ ಹಂತವನ್ನು ತೆಗೆದುಹಾಕುವುದು ಮತ್ತು ಅಖಂಡ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಸ್ಗಳೊಳಗೆ ಬಂಧನದಿಂದ ವಿಭಜಿತ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ನಡುವೆ ಯಾದೃಚ್ಛಿಕ ಬಂಧನವನ್ನು ತಡೆಯುವುದು, ಇದು ಇನ್ ಸಿಟು ಹೈ-ಸಿ ಯ ಆಧಾರವನ್ನು ರೂಪಿಸಿತು. 2021 ರಲ್ಲಿ, ಹೈ-ಸಿ 3 ಅನ್ನು ಲಾಫೊಂಟೈನ್ ಮತ್ತು ಇತರರು ವಿವರಿಸಿದ್ದಾರೆ, ಫಾರ್ಮಾಲ್ಡಿಹೈಡ್ನೊಂದಿಗೆ ಅಡ್ಡ-ಸಂಪರ್ಕವನ್ನು ಹೆಚ್ಚಿಸುವ ಮೂಲಕ ಹೆಚ್ಚಿನ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ ಅನ್ನು ಸಾಧಿಸಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ನಂತರ ಡಿಸುಸಿನಿಮಿಡಿಲ್ ಗ್ಲುಟರೇಟ್ (ಡಿಎಸ್ಜಿ) ಅನ್ನು ಸಾಧಿಸಲಾಗಿದೆ. ಫಾರ್ಮಾಲ್ಡಿಹೈಡ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳು ಮತ್ತು ಡಿಎನ್ಎ ಎರಡರ ಅಮೈನೊ ಮತ್ತು ಇಮಿನೊ ಗುಂಪುಗಳನ್ನು ಸೆರೆಹಿಡಿಯುತ್ತದೆಯಾದರೂ, ಡಿಎಸ್ಜಿಯಲ್ಲಿನ ಎನ್ಎಚ್ಎಸ್-ಎಸ್ಟರ್ಗಳು ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳ ಮೇಲೆ ಪ್ರಾಥಮಿಕ ಅಮೈನ್ಗಳೊಂದಿಗೆ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯಿಸುತ್ತವೆ ಮತ್ತು ಅಮೈನ್-ಅಮೈನ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಸೆರೆಹಿಡಿಯಬಹುದು. ಮೂಲ ಶಿಷ್ಟಾಚಾರದ ಈ ನವೀಕರಣಗಳು ವಿಜ್ಞಾನಿಗಳಿಗೆ ಕ್ರೋಮೋಸೋಮಲ್ ಕಂಪಾರ್ಟ್ಮೆಂಟ್ ಮತ್ತು ಟೋಪೋಲಾಜಿಕಲಿ ಅಸೋಸಿಯೇಟಿಂಗ್ ಡೊಮೇನ್ (ಟಿಎಡಿ) ಗಳಂತಹ ಹೆಚ್ಚು ವಿವರವಾದ ರಚನಾತ್ಮಕ ರಚನೆಗಳನ್ನು ನೋಡಲು ಅವಕಾಶ ಮಾಡಿಕೊಟ್ಟವು, ಜೊತೆಗೆ ಡಿಎನ್ಎ ಲೂಪ್ಗಳಂತಹ ಉನ್ನತ-ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ ರಚನಾತ್ಮಕ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳನ್ನು ನೋಡಲು ಅವಕಾಶ ಮಾಡಿಕೊಟ್ಟವು. ಇಲ್ಲಿಯವರೆಗೆ, ಸ್ಟ್ಯಾಂಡರ್ಡ್ ಹೈ-ಸಿಯ ವಿವಿಧ ಅಂಶಗಳಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ವಿಶಿಷ್ಟ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳೊಂದಿಗೆ ಇನ್ ಸಿಟು ಹೈ-ಸಿ, ಲೋ ಹೈ-ಸಿ, ಸೇಫ್ ಹೈ-ಸಿ ಮತ್ತು ಮೈಕ್ರೋ-ಸಿ ಸೇರಿದಂತೆ ಹೈ-ಸಿಯ ವಿವಿಧ ಉತ್ಪನ್ನಗಳು ಈಗಾಗಲೇ ಹೊರಹೊಮ್ಮಿವೆ, ಆದರೆ ಮೂಲ ತತ್ವವು ಹಾಗೆಯೇ ಉಳಿದಿದೆ. ಟ್ರೆಡಿಷನಲ್ ಹೈ-ಸಿ ಅನ್ನು ಮೊದಲು ಲಿಬರ್ಮನ್-ಐಡೆನ್ ಮತ್ತು ಇತರರು ಪ್ರಕಟಿಸಿದರು. 2009ರಲ್ಲಿ, ಶಾಸ್ತ್ರೀಯ ಹೈ-ಸಿ ಕಾರ್ಯಪ್ರವಾಹದ ರೂಪರೇಖೆಯು ಈ ಕೆಳಗಿನಂತಿದೆಃ ಜೀವಕೋಶಗಳು ಫಾರ್ಮಾಲ್ಡಿಹೈಡ್ನೊಂದಿಗೆ ಅಡ್ಡ-ಸಂಪರ್ಕ ಹೊಂದಿವೆ; ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಅನ್ನು 5 'ಓವರ್ಹ್ಯಾಂಗ್ ಅನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸುವ ನಿರ್ಬಂಧ ಕಿಣ್ವದೊಂದಿಗೆ ಜೀರ್ಣಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ; 5' ಓವರ್ಹ್ಯಾಂಗ್ ಅನ್ನು ಬಯೋಟಿನೈಲೇಟೆಡ್ ಬೇಸ್ಗಳಿಂದ ತುಂಬಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಪರಿಣಾಮವಾಗಿ ಮೊಂಡಾದ-ಅಂತ್ಯದ ಡಿಎನ್ಎ ಅನ್ನು ಜೋಡಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಜಂಕ್ಷನ್ನಲ್ಲಿ ಬಯೋಟಿನ್ ಹೊಂದಿರುವ ಬಂಧನ ಉತ್ಪನ್ನಗಳನ್ನು ಸ್ಟ್ರೆಪ್ಟಾವಿಡಿನ್ ಬಳಸಲು ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ನಂತರದ ಅನುಕ್ರಮ ಪ್ರಯತ್ನಗಳಿಗೆ ಸಿದ್ಧವಾದ ಗ್ರಂಥಾಲಯವನ್ನು ತಯಾರಿಸಲು ಮತ್ತಷ್ಟು ಸಂಸ್ಕರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಹೈ-ಸಿ ಜೀನೋಮ್ನ ಉದ್ದಕ್ಕೂ ಸೆರೆಹಿಡಿಯಬಹುದಾದ ಜೋಡಿವಾರು ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳು ಅಪಾರವಾಗಿವೆ ಮತ್ತು ಆದ್ದರಿಂದ ಸಾಮಾನ್ಯ ಜನಸಂಖ್ಯೆಯ ಅಲ್ಪಸಂಖ್ಯಾತರಲ್ಲಿ ಮಾತ್ರ ಕಂಡುಬರುವ ವಿಶಿಷ್ಟ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಸೆರೆಹಿಡಿಯಲು ಸೂಕ್ತವಾದ ದೊಡ್ಡ ಮಾದರಿ ಗಾತ್ರವನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸುವುದು ಮುಖ್ಯವಾಗಿದೆ. ಹೆಚ್ಚಿನ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ ಮತ್ತು ದತ್ತಾಂಶದ ಆಳವನ್ನು ಖಚಿತಪಡಿಸುವ ಬಂಧನ ಉತ್ಪನ್ನಗಳ ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಂಕೀರ್ಣತೆಯ ಗ್ರಂಥಾಲಯವನ್ನು ಪಡೆಯಲು, ಹೈ-ಸಿಗೆ ಇನ್ಪುಟ್ ಆಗಿ 20-25 ಮಿಲಿಯನ್ ಕೋಶಗಳ ಮಾದರಿಯ ಅಗತ್ಯವಿದೆ. ಪ್ರಾಥಮಿಕ ಮಾನವ ಮಾದರಿಗಳು, ಕಡಿಮೆ ಕೋಶ ಸಂಖ್ಯೆಗಳಲ್ಲಿ ಮಾತ್ರ ಲಭ್ಯವಿರಬಹುದು, ಇದನ್ನು 1-5 ಮಿಲಿಯನ್ ಕೋಶಗಳೊಂದಿಗೆ ಪ್ರಮಾಣಿತ ಹೈ-ಸಿ ಗ್ರಂಥಾಲಯ ತಯಾರಿಕೆಗೆ ಬಳಸಬಹುದು. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಅಂತಹ ಕಡಿಮೆ ಕೋಶಗಳ ಇನ್ಪುಟ್ ಅನ್ನು ಬಳಸುವುದು ಕಡಿಮೆ ಗ್ರಂಥಾಲಯದ ಸಂಕೀರ್ಣತೆಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿರಬಹುದು, ಇದು ಗ್ರಂಥಾಲಯದ ತಯಾರಿಕೆಯ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ಶೇಕಡಾವಾರು ನಕಲು ಓದುವಿಕೆಗೆ ಕಾರಣವಾಗುತ್ತದೆ. ಸ್ಟ್ಯಾಂಡರ್ಡ್ ಹೈ-ಸಿ 1 ರಿಂದ 10 ಎಂಬಿ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ನಲ್ಲಿ ಜೋಡಿಯಾಗಿ ಸಂವಹನಗಳ ದತ್ತಾಂಶವನ್ನು ನೀಡುತ್ತದೆ, ಹೆಚ್ಚಿನ ಅನುಕ್ರಮ ಆಳದ ಅಗತ್ಯವಿರುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಪ್ರೋಟೋಕಾಲ್ ಪೂರ್ಣಗೊಳ್ಳಲು ಸುಮಾರು 7 ದಿನಗಳನ್ನು ತೆಗೆದುಕೊಳ್ಳುತ್ತದೆ. ಫಾರ್ಮಾಲ್ಡಿಹೈಡ್ ಅಡ್ಡ-ಸಂಪರ್ಕ ಕೋಶ ಮತ್ತು ಪರಮಾಣು ಪೊರೆಗಳು ಫಾರ್ಮಾಲ್ಡಿಹೈಡ್ಗೆ ಹೆಚ್ಚು ಪ್ರವೇಶಸಾಧ್ಯವಾಗಿವೆ. ಡಿಎನ್ಎ-ಪ್ರೋಟೀನ್ ಮತ್ತು ಪ್ರೋಟೀನ್-ಪ್ರೋಟೀನ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲು ಮತ್ತು ಪ್ರಮಾಣೀಕರಿಸಲು ಫಾರ್ಮಾಲ್ಡಿಹೈಡ್ ಅಡ್ಡ-ಸಂಪರ್ಕವನ್ನು ಆಗಾಗ್ಗೆ ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಹೈ-ಸಿ ಮತ್ತು ಎಲ್ಲಾ 3ಸಿ-ಆಧಾರಿತ ವಿಧಾನಗಳ ವಿಷಯದಲ್ಲಿ ಆಸಕ್ತಿಯ ವಿಷಯವೆಂದರೆ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ನ ದೂರದ ಭಾಗಗಳ ನಡುವಿನ ಸಿಸ್ ಕ್ರೋಮೋಸೋಮಲ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಸೆರೆಹಿಡಿಯುವ ಫಾರ್ಮಾಲ್ಡಿಹೈಡ್ನ ಸಾಮರ್ಥ್ಯ. ಇದು ಪ್ರಾದೇಶಿಕವಾಗಿ ಪಕ್ಕದ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ವಿಭಾಗಗಳ ನಡುವೆ ಕೋವೆಲೆಂಟ್ ಕೊಂಡಿಗಳನ್ನು ರೂಪಿಸುವ ಮೂಲಕ ಹಾಗೆ ಮಾಡುತ್ತದೆ. ಫಾರ್ಮಾಲ್ಡಿಹೈಡ್ ಮ್ಯಾಕ್ರೋಮಾಲಿಕ್ಯೂಲ್ಗಳೊಂದಿಗೆ ಎರಡು ಹಂತಗಳಲ್ಲಿ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯಿಸಬಹುದುಃ ಮೊದಲನೆಯದಾಗಿ ಇದು ಡಿಎನ್ಎ ತಳದಲ್ಲಿರುವ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೊಫಿಲಿಕ್ ಗುಂಪಿನೊಂದಿಗೆ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಮೀಥೈಲ್ ಅಡಕ್ಟ್ ಅನ್ನು ರೂಪಿಸುತ್ತದೆ, ನಂತರ ಅದನ್ನು ಸ್ಕಿಫ್ ಬೇಸ್ ಆಗಿ ಪರಿವರ್ತಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಎರಡನೇ ಹಂತದಲ್ಲಿ, ವೇಗವಾಗಿ ಕೊಳೆಯಬಲ್ಲ ಶಿಫ್ ಬೇಸ್, ಮತ್ತೊಂದು ಅಣುವಿನ ಮೇಲೆ ಮತ್ತೊಂದು ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಗುಂಪಿನೊಂದಿಗೆ ಮೀಥಿಲೀನ್ ಸೇತುವೆಯನ್ನು ರೂಪಿಸುತ್ತದೆ. ಇದು ಗ್ಲೈಸಿನ್ನಂತಹ ದ್ರಾವಣದಲ್ಲಿರುವ ಸಣ್ಣ ಅಣುವಿನೊಂದಿಗೆ ಈ ಮೀಥಿಲೀನ್ ಸೇತುವೆಯನ್ನು ಸಹ ಮಾಡಬಹುದು, ಇದನ್ನು ಹೈ-ಸಿ ಯಲ್ಲಿ ಫಾರ್ಮಾಲ್ಡಿಹೈಡ್ ಅನ್ನು ತಣಿಸಲು ಹೆಚ್ಚು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಕ್ವೆಂಚರ್ಗಳು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಜೀವಕೋಶದ ಹೊರಗಿನಿಂದ ಫಾರ್ಮಾಲ್ಡಿಹೈಡ್ನ ಮೇಲೆ ಪರಿಣಾಮ ಬೀರಬಹುದು. ಈ ಎರಡು-ಹಂತದ ಫಾರ್ಮಾಲ್ಡಿಹೈಡ್ ಕ್ರಾಸ್ಲಿಂಕಿಂಗ್ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಯ ಒಂದು ಪ್ರಮುಖ ಲಕ್ಷಣವೆಂದರೆ ಎಲ್ಲಾ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಗಳು ಹಿಂತಿರುಗಬಲ್ಲವು, ಇದು ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಸೆರೆಹಿಡಿಯುವಿಕೆಗೆ ಅತ್ಯಗತ್ಯವಾಗಿದೆ. ಕ್ರೊಮ್ಯಾಟಿನ್ ಕ್ಯಾಪ್ಚರ್ ವರ್ಕ್ಫ್ಲೋದಲ್ಲಿ ಕ್ರಾಸ್ಲಿಂಕಿಂಗ್ ಒಂದು ಪ್ರಮುಖ ಹಂತವಾಗಿದೆ, ಏಕೆಂದರೆ ತಂತ್ರದ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಓದುವಿಕೆಯು ಎರಡು ಜೀನೋಮಿಕ್ ಪ್ರದೇಶಗಳನ್ನು ಪರಸ್ಪರ ಅಡ್ಡಲಾಗಿ ಜೋಡಿಸುವ ಆವರ್ತನವಾಗಿದೆ. ಹೀಗಾಗಿ, ಈ ಹಂತದ ಪ್ರಮಾಣೀಕರಣವು ಮುಖ್ಯವಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಅದಕ್ಕಾಗಿ, ವ್ಯತ್ಯಾಸದ ಸಂಭಾವ್ಯ ಮೂಲಗಳನ್ನು ಪರಿಗಣಿಸಬೇಕು. ಸಂಸ್ಕರಣಾ ಮಾಧ್ಯಮದಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ಪ್ರಮಾಣದ ಪ್ರೋಟೀನಿನ ಸಾಂದ್ರತೆಯನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಸೀರಮ್ನ ಉಪಸ್ಥಿತಿಯು ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಕ್ರಾಸ್ಲಿಂಕಿಂಗ್ಗೆ ಲಭ್ಯವಿರುವ ಫಾರ್ಮಾಲ್ಡಿಹೈಡ್ನ ಪರಿಣಾಮಕಾರಿ ಸಾಂದ್ರತೆಯನ್ನು ಸಂಸ್ಕರಣಾ ಮಾಧ್ಯಮದಲ್ಲಿ ಬೇರ್ಪಡಿಸುವ ಮೂಲಕ ಕಡಿಮೆ ಮಾಡುತ್ತದೆ. ಆದ್ದರಿಂದ, ಕಲ್ಚರ್ನಲ್ಲಿ ಸೀರಮ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿದ ಸಂದರ್ಭಗಳಲ್ಲಿ, ಅಡ್ಡ-ಜೋಡಣೆ ಹಂತಕ್ಕಾಗಿ ಅದನ್ನು ತೆಗೆದುಹಾಕಬೇಕು. ಜೀವಕೋಶಗಳ ಸ್ವರೂಪ, ಅಂದರೆ, ಅವು ಅಮಾನತುಗೊಂಡಿವೆಯೇ ಅಥವಾ ಅಂಟಿಕೊಂಡಿವೆಯೇ, ಇದು ಕೂಡ ಪರಸ್ಪರ ಜೋಡಣೆಯ ಹಂತಕ್ಕೆ ಸೂಕ್ತವಾದ ಪರಿಗಣನೆಯಾಗಿದೆ. ಅನುವರ್ತಕ ಜೀವಕೋಶಗಳು ಸೈಟೋಸ್ಕೆಲಿಟನ್ಗಳ ಆಣ್ವಿಕ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನಗಳ ಸಹಾಯದಿಂದ ಮೇಲ್ಮೈಗಳಿಗೆ ಬಂಧಿಸುತ್ತವೆ. ಸೈಟೋಸ್ಕೆಲಿಟನ್-ನಿರ್ವಹಿಸಿದ ಪರಮಾಣು ಮತ್ತು ಸೆಲ್ಯುಲಾರ್ ರೂಪವಿಜ್ಞಾನದ ನಡುವೆ ಸಂಬಂಧವಿದೆ ಎಂದು ತೋರಿಸಲಾಗಿದೆ, ಇದು ಬದಲಾದರೆ, ಜಾಗತಿಕ ಪರಮಾಣು ಸಂಸ್ಥೆಯ ಮೇಲೆ ನಕಾರಾತ್ಮಕ ಪರಿಣಾಮ ಬೀರಬಹುದು. ಆದ್ದರಿಂದ, ಅನುವರ್ತಕ ಜೀವಕೋಶಗಳನ್ನು ಅವುಗಳ ಕಲ್ಚರ್ ಮೇಲ್ಮೈಗೆ ಜೋಡಿಸುವಾಗ ಅಡ್ಡಲಾಗಿ ಜೋಡಿಸಬೇಕು. ಲೈಸಿಸ್, ನಿರ್ಬಂಧ ಡೈಜೆಸ್ಟ್ ಮತ್ತು ಬಯೋಟಿನಿಲೇಷನ್ ಕೋಶಗಳನ್ನು ಸೋಡಿಯಂ ಕ್ಲೋರೈಡ್ ಹೊಂದಿರುವ ತಂಪಾದ ಹೈಪೋಟೋನಿಕ್ ಬಫರ್ನೊಂದಿಗೆ, ಪಿಹೆಚ್ 8.0 ನಲ್ಲಿ ಟ್ರಿಸ್-ಎಚ್ಸಿಎಲ್ ಮತ್ತು ಅಯಾನಿಕ್ ಅಲ್ಲದ ಡಿಟರ್ಜೆಂಟ್ ಐಜಿಇಪಿಎಎಲ್ ಸಿಎ-630 ಅನ್ನು ಪ್ರೋಟೀಸ್ ಇನ್ಹಿಬಿಟರ್ಗಳೊಂದಿಗೆ ಪೂರಕವಾಗಿ ಐಸ್ ಮೇಲೆ ಜೋಡಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಪ್ರೋಟೀಸ್ ಇನ್ಹಿಬಿಟರ್ಗಳು ಮತ್ತು ಮಂಜುಗಡ್ಡೆಯ ಮೇಲಿನ ಹೊಮ್ಮುವಿಕೆಯು ಅಂತರ್ವರ್ಧಕ ಪ್ರೋಟೀಸ್ಗಳಿಂದ ಅಡ್ಡ-ಸಂಯೋಜಿತ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಸಂಕೀರ್ಣಗಳ ಸಮಗ್ರತೆಯನ್ನು ಕಾಪಾಡಿಕೊಳ್ಳಲು ಸಹಾಯ ಮಾಡುತ್ತದೆ. ಜೀವಕೋಶಗಳಿಂದ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಿಕ್ ವಸ್ತುವನ್ನು ಬಿಡುಗಡೆ ಮಾಡಲು ಲೈಸಿಸ್ ಹಂತವು ಸಹಾಯ ಮಾಡುತ್ತದೆ. ಜೀವಕೋಶದ ಲೈಸಿಸ್ನ ನಂತರ, ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಅನ್ನು ಅಡ್ಡಲಾಗಿ ಜೋಡಿಸದ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳನ್ನು ತೆಗೆದುಹಾಕಲು ಮತ್ತು ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಅನ್ನು ತೆರೆಯಲು ಮತ್ತು ನಂತರದ ನಿರ್ಬಂಧದ ಎಂಡೋನ್ಯೂಕ್ಲೀಸ್-ಮಧ್ಯಸ್ಥಿಕೆಯ ಜೀರ್ಣಕ್ರಿಯೆಗೆ ಹೆಚ್ಚು ಸುಲಭವಾಗಿ ಪ್ರವೇಶಿಸಲು ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಅನ್ನು ದುರ್ಬಲ ಎಸ್. ಡಿ. ಎಸ್ನೊಂದಿಗೆ ಕರಗಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಎಸ್. ಡಿ. ಎಸ್ನೊಂದಿಗಿನ ಹೊಮ್ಮುವಿಕೆಯು ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡಲಾದ 10 ನಿಮಿಷಗಳನ್ನು ಮೀರಿದರೆ, ಫಾರ್ಮಾಲ್ಡಿಹೈಡ್ ಕ್ರಾಸ್ಲಿಂಕ್ಗಳನ್ನು ಹಿಮ್ಮುಖಗೊಳಿಸಬಹುದು ಮತ್ತು ಆದ್ದರಿಂದ ಎಸ್. ಡಿ. ಎಸ್ನೊಂದಿಗಿನ ಹೊಮ್ಮುವಿಕೆಯು ತಕ್ಷಣವೇ ಮಂಜುಗಡ್ಡೆಯ ಮೇಲೆ ಹೊಮ್ಮುವಿಕೆಯಿಂದ ಅನುಸರಿಸಬೇಕು. ಮುಂದಿನ ಹಂತದಲ್ಲಿ ಕಿಣ್ವದ ವಿಕೃತೀಕರಣವನ್ನು ತಡೆಗಟ್ಟುವ ಸಲುವಾಗಿ ಎಸ್. ಡಿ. ಎಸ್ ಅನ್ನು ತಣಿಸಲು ಟ್ರೈಟಾನ್ ಎಕ್ಸ್-100 ಎಂಬ ಅಯಾನಿಕ್ ಅಲ್ಲದ ಮಾರ್ಜಕವನ್ನು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಹಿಂದ್ III ನಂತಹ 5 'ಓವರ್ಹ್ಯಾಂಗ್ ಅನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸುವ ಯಾವುದೇ ನಿರ್ಬಂಧದ ಕಿಣ್ವವನ್ನು ಈಗ ಲಭ್ಯವಿರುವ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಅನ್ನು ರಾತ್ರಿಯಿಡೀ ಜೀರ್ಣಿಸಿಕೊಳ್ಳಲು ಬಳಸಬಹುದು. ಈ 5 'ಓವರ್ಹ್ಯಾಂಗ್ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಜೀರ್ಣವಾದ ತುದಿಗಳಿಗೆ ಬಯೋಟಿನೈಲೇಟೆಡ್ ಸಿಟಿಪಿ ಅಥವಾ ಎಟಿಪಿಯನ್ನು ಸೇರಿಸಲು ಡಿಎನ್ಎ ಪಾಲಿಮರೇಸ್ I ನ ಕ್ಲೆನೋ ತುಣುಕುಗೆ ಅಗತ್ಯವಾದ ಟೆಂಪ್ಲೇಟ್ ಅನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ. ಈ ಹಂತವು ಗ್ರಂಥಾಲಯದ ತಯಾರಿಕೆಗಾಗಿ ಹೈ-ಸಿ ಬಂಧನ ಉತ್ಪನ್ನಗಳ ಆಯ್ಕೆಗೆ ಅವಕಾಶ ನೀಡುತ್ತದೆ. ಸಾಮೀಪ್ಯ ಬಂಧನ ಡಿಎನ್ಎ ತುಣುಕುಗಳ ಮೇಲೆ ದುರ್ಬಲಗೊಳಿಸುವ ಬಂಧನವನ್ನು ನಡೆಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಅವು ಒಂದೇ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಸಂಕೀರ್ಣದೊಳಗಿನ ತುಣುಕುಗಳ ಇಂಟ್ರಾಮಾಲಿಕ್ಯುಲರ್ ಬಂಧನವನ್ನು ಬೆಂಬಲಿಸುವ ಸಲುವಾಗಿ ಇನ್ನೂ ಒಂದಕ್ಕೊಂದು ಅಡ್ಡಲಾಗಿ ಜೋಡಿಸಲ್ಪಟ್ಟಿವೆ, ಬದಲಿಗೆ ವಿವಿಧ ಸಂಕೀರ್ಣಗಳ ನಡುವಿನ ತುಣುಕುಗಳ ನಡುವಿನ ಬಂಧನ ಘಟನೆಗಳಿಗೆ. ಈ ಬಂಧನ ಹಂತವು ಮೊಂಡಾದ-ತುದಿಯ ಡಿಎನ್ಎ ತುಣುಕುಗಳ ನಡುವೆ ಸಂಭವಿಸುವುದರಿಂದ (ಜಿಗುಟಾದ ತುದಿಗಳು ಬಯೋಟಿನ್-ಲೇಬಲ್ ಬೇಸ್ಗಳಿಂದ ತುಂಬಿರುವುದರಿಂದ), ಅದರ ಅಂತರ್ಗತ ಅಸಮರ್ಥತೆಯನ್ನು ಸರಿದೂಗಿಸಲು ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು 4 ಗಂಟೆಗಳವರೆಗೆ ಮುಂದುವರಿಸಲು ಅನುಮತಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಸಾಮೀಪ್ಯದ ಬಂಧನದ ಪರಿಣಾಮವಾಗಿ, ಅಂತಿಮ ಹಿಂದ್ III ತಾಣಗಳು ಕಳೆದುಹೋಗುತ್ತವೆ ಮತ್ತು ಎನ್. ಎಚ್. ಇ. ಐ ತಾಣವು ಸೃಷ್ಟಿಯಾಗುತ್ತದೆ. ಬಯೋಟಿನ್ ತೆಗೆಯುವಿಕೆ, ಡಿಎನ್ಎ ಕತ್ತರಿಸುವಿಕೆ, ಗಾತ್ರ ಆಯ್ಕೆ ಮತ್ತು ಅಂತಿಮ ದುರಸ್ತಿ ಬಯೋಟಿನ್-ಲೇಬಲ್ ಮಾಡಲಾದ ಬಂಧನ ಉತ್ಪನ್ನಗಳನ್ನು ಫೀನಾಲ್-ಕ್ಲೋರೋಫಾರ್ಮ್ ಡಿಎನ್ಎ ಹೊರತೆಗೆಯುವಿಕೆಯನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಶುದ್ಧೀಕರಿಸಬಹುದು. ಬಂಧಿಸದ ಬಯೋಟಿನ್-ಲೇಬಲ್ ಮಾಡಿದ ತುದಿಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಯಾವುದೇ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ತೆಗೆದುಹಾಕಲು, ಅಂತಹ ತುಣುಕುಗಳ ತುದಿಗಳಿಂದ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ಗಳನ್ನು ತೆಗೆದುಹಾಕಲು 3 'ರಿಂದ 5' ಎಕ್ಸೋನ್ಯೂಕ್ಲೀಸ್ ಚಟುವಟಿಕೆಯೊಂದಿಗೆ ಟಿ4 ಡಿಎನ್ಎ ಪಾಲಿಮರೇಸ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಈ ಹಂತವು ಗ್ರಂಥಾಲಯದ ತಯಾರಿಕೆಗೆ ಈ ಅನಿಯಮಿತ ತುಣುಕುಗಳಲ್ಲಿ ಯಾವುದನ್ನೂ ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡಲಾಗುವುದಿಲ್ಲ ಎಂದು ಖಚಿತಪಡಿಸುತ್ತದೆ. ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ಇಡಿಟಿಎಯೊಂದಿಗೆ ನಿಲ್ಲಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಫಿನಾಲ್-ಕ್ಲೋರೋಫಾರ್ಮ್ ಡಿಎನ್ಎ ಹೊರತೆಗೆಯುವಿಕೆಯನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಡಿಎನ್ಎಯನ್ನು ಮತ್ತೊಮ್ಮೆ ಶುದ್ಧೀಕರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಅನುಕ್ರಮ ಗ್ರಂಥಾಲಯಕ್ಕೆ ಡಿಎನ್ಎ ತುಣುಕುಗಳ ಸೂಕ್ತ ಗಾತ್ರವು ಬಳಸಲಾಗುವ ಅನುಕ್ರಮ ವೇದಿಕೆಯನ್ನು ಅವಲಂಬಿಸಿರುತ್ತದೆ. ಡಿಎನ್ಎಯನ್ನು ಮೊದಲು ಸೋನಿಕೇಶನ್ ಬಳಸಿ ಸುಮಾರು 300-500 ಬಿಪಿ ಉದ್ದದ ತುಣುಕುಗಳಿಗೆ ಕತ್ತರಿಸಬಹುದು. ಈ ಗಾತ್ರದ ತುಣುಕುಗಳು ಹೆಚ್ಚಿನ-ಥ್ರೋಪುಟ್ ಅನುಕ್ರಮಕ್ಕೆ ಸೂಕ್ತವಾಗಿವೆ. ಸೋನಿಕೇಶನ್ ನಂತರ, 150 ಮತ್ತು 300 ಬಿಪಿ ನಡುವಿನ ಗಾತ್ರದ ವಿತರಣೆಯೊಂದಿಗೆ ಬಂಧನ ಉತ್ಪನ್ನಗಳನ್ನು ಪಡೆಯಲು ಬೆಕ್ಮನ್ ಕೌಲ್ಟರ್ನಿಂದ ಎಎಂಪಿಇಆರ್ ಎಕ್ಸ್ಪಿ ಮಣಿಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಗಾತ್ರವನ್ನು ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡಬಹುದು. ಇದು ಹೈಸೆಕ್ ಕ್ಲಸ್ಟರ್ ರಚನೆಗೆ ಸೂಕ್ತವಾದ ತುಣುಕು ಗಾತ್ರದ ಕಿಟಕಿಯಾಗಿದೆ. ಡಿಎನ್ಎ ಕತ್ತರಿಸುವಿಕೆಯು ಅಸಮಪಾರ್ಶ್ವದ ಡಿಎನ್ಎ ಒಡೆಯುವಿಕೆಗೆ ಕಾರಣವಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಬಯೋಟಿನ್ ಪುಲ್ಡೌನ್ ಮತ್ತು ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ಅಡಾಪ್ಟರ್ ಬಂಧನದ ಮೊದಲು ಅದನ್ನು ಸರಿಪಡಿಸಬೇಕು. 5 'ಓವರ್ಹ್ಯಾಂಗ್ಗಳನ್ನು ತುಂಬುವ ಕಿಣ್ವಗಳ ಸಂಯೋಜನೆಯನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಇದನ್ನು ಸಾಧಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಅನುಕ್ರಮ ಅಡಾಪ್ಟರ್ಗಳ ಬಂಧನಕ್ಕೆ ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡಲು ತುಣುಕುಗಳ 3' ತುದಿಗಳಿಗೆ 5 'ಫಾಸ್ಫೇಟ್ ಗುಂಪುಗಳು ಮತ್ತು ಅಡೆನೈಲೇಟ್ ಅನ್ನು ಸೇರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಡೈನಾಬೆಡ್ಸ್ನಿಂದ ಮೈ-ಒನ್ ಸಿ1 ಸ್ಟ್ರೆಪ್ಟಾವಿಡಿನ್ ಮಣಿ ದ್ರಾವಣದಂತಹ ಸ್ಟ್ರೆಪ್ಟಾವಿಡಿನ್ ಮಣಿಗಳ ಹೆಚ್ಚಿನ ಪ್ರಮಾಣವನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು, ಬಯೋಟಿನೈಲೇಟೆಡ್ ಹೈ-ಸಿ ಬಂಧನ ಉತ್ಪನ್ನಗಳನ್ನು ಕೆಳಕ್ಕೆ ಎಳೆಯಬಹುದು ಮತ್ತು ಸಮೃದ್ಧಗೊಳಿಸಬಹುದು. ಡಿಎನ್ಎ ತುಣುಕುಗಳು ಸ್ಟ್ರೆಪ್ಟಾವಿಡಿನ್ ಮಣಿಗಳಿಗೆ ಬಂಧಿಸಲ್ಪಟ್ಟಿರುವಾಗ ಇಲ್ಯೂಮಿನಾ ಜೋಡಿ-ಅಂತ್ಯ ಅಡಾಪ್ಟರ್ಗಳ ಬಂಧನವನ್ನು ನಡೆಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಮಣಿಗಳಿಗೆ ಹೀರಿಕೊಳ್ಳುವಿಕೆಯು ಈ ಮೊಂಡಾದ-ಅಂತ್ಯದ ಡಿಎನ್ಎ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಅಡಾಪ್ಟರ್ಗಳಿಗೆ ಬಂಧಿಸುವ ದಕ್ಷತೆಯನ್ನು ಹೆಚ್ಚಿಸುತ್ತದೆ, ಏಕೆಂದರೆ ಇದು ಅವುಗಳ ಚಲನಶೀಲತೆಯನ್ನು ಕಡಿಮೆ ಮಾಡುತ್ತದೆ. ಗ್ರಂಥಾಲಯದ ಸಿದ್ಧತೆ ಮತ್ತು ಅನುಕ್ರಮ ಅಡಾಪ್ಟರ್ಗಳ ಬಂಧನವು ಪೂರ್ಣಗೊಂಡ ನಂತರ, ಗ್ರಂಥಾಲಯದ ಪಿಸಿಆರ್ ವರ್ಧನೆಯನ್ನು ನಡೆಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಪಿಸಿಆರ್ ಹಂತವು ಅತಿಯಾದ ವರ್ಧನೆಯ ಪರಿಣಾಮವಾಗಿ ಕಡಿಮೆ ಸಂಕೀರ್ಣತೆಯ ಹೈ-ಸಿ ಬಂಧನ ಉತ್ಪನ್ನದ ಮಾದರಿಯಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಂಖ್ಯೆಯ ನಕಲುಗಳನ್ನು ಪರಿಚಯಿಸಬಹುದು. ಇದು ಬಹಳ ಕಡಿಮೆ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಸೆರೆಹಿಡಿಯಲು ಕಾರಣವಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಆಗಾಗ್ಗೆ, ಏಕೆಂದರೆ ಇನ್ಪುಟ್ ಮಾದರಿ ಗಾತ್ರವು ಕಡಿಮೆ ಪ್ರಮಾಣದ ಕೋಶಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುತ್ತದೆ. ಅನುಕ್ರಮಕ್ಕಾಗಿ ಕನಿಷ್ಠ 50 ಎನ್ಜಿ ಹೈ-ಸಿ ಲೈಬ್ರರಿ ಡಿಎನ್ಎ ಪಡೆಯಲು ಅಗತ್ಯವಾದ ಚಕ್ರಗಳ ಸಂಖ್ಯೆಯನ್ನು ಟೈಟ್ರೇಟ್ ಮಾಡುವುದು ಮುಖ್ಯವಾಗಿದೆ. ಸೈಕಲ್ ಸಂಖ್ಯೆ ಕಡಿಮೆಯಾದರೆ, ಯಾವುದೇ ಪಿಸಿಆರ್ ಕಲಾಕೃತಿಗಳಿಲ್ಲದಿರುವುದು ಒಳ್ಳೆಯದು (ಉದಾಹರಣೆಗೆ ಆಫ್-ಟಾರ್ಗೆಟ್ ಆಂಪ್ಲಿಕಾನ್ಗಳು, ಅನಿರ್ದಿಷ್ಟತೆ, ಇತ್ಯಾದಿ). ಪಿಸಿಆರ್ ಚಕ್ರಗಳ ಆದರ್ಶ ವ್ಯಾಪ್ತಿಯು 9-15 ಆಗಿದೆ ಮತ್ತು ಒಂದು ಪಿಸಿಆರ್ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಗೆ ಚಕ್ರಗಳ ಸಂಖ್ಯೆಯನ್ನು ಹೆಚ್ಚಿಸುವುದಕ್ಕಿಂತ, ಅನುಕ್ರಮಕ್ಕೆ ಸಾಕಷ್ಟು ಡಿಎನ್ಎ ಪಡೆಯಲು ಅನೇಕ ಪಿಸಿಆರ್ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಒಟ್ಟುಗೂಡಿಸುವುದು ಹೆಚ್ಚು ಸೂಕ್ತವಾಗಿದೆ. ಪಿಸಿಆರ್ ಉತ್ಪನ್ನಗಳನ್ನು ಪ್ರೈಮರ್ ಡೈಮರ್ಗಳನ್ನು ತೆಗೆದುಹಾಕಲು ಎಎಂಪಿಇಆರ್ ಮಣಿಗಳನ್ನು ಬಳಸಿ ಮತ್ತೆ ಶುದ್ಧೀಕರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ನಂತರ ಅನುಕ್ರಮಗೊಳಿಸುವ ಮೊದಲು ಪ್ರಮಾಣೀಕರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಪರಸ್ಪರ ಸಂವಹನ ನಡೆಸುವ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಪ್ರದೇಶಗಳನ್ನು ನಂತರ ಬಯೋಟಿನೈಲೇಟೆಡ್, ಲಿಗೇಟೆಡ್ ಉತ್ಪನ್ನಗಳ ಜೋಡಿಯ-ಅಂತ್ಯದ ಅನುಕ್ರಮದಿಂದ ಗುರುತಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಬಂಧಿಸಲಾದ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಎನ್. ಎಚ್. ಇ. ಐ ಜಂಕ್ಷನ್ನಲ್ಲಿ (ರೋಚೆ 454) ಅನುಕ್ರಮಗೊಳಿಸಲು ಅಥವಾ ಜೋಡಿಯಾದ-ಅಂತ್ಯ ಅಥವಾ ಸಂಗಾತಿ-ಜೋಡಿಯಾದ ರೀಡ್ಗಳಿಂದ (ಇಲ್ಯೂಮಿನಾ ಜಿ. ಎ ಮತ್ತು ಹೈಸೆಕ್ ಪ್ಲಾಟ್ಫಾರ್ಮ್ಗಳು) ಅನುಮತಿಸುವ ಯಾವುದೇ ಪ್ಲಾಟ್ಫಾರ್ಮ್ ಹೈ-ಸಿಗೆ ಸೂಕ್ತವಾಗಿದೆ. ಹೆಚ್ಚಿನ-ಥ್ರೋಪುಟ್ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಬಳಸುವ ಮೊದಲು, ಗ್ರಂಥಾಲಯದ ಗುಣಮಟ್ಟವನ್ನು ಸ್ಯಾಂಗರ್ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಪರಿಶೀಲಿಸಬೇಕು, ಇದರಲ್ಲಿ ದೀರ್ಘ ಅನುಕ್ರಮ ಓದುವಿಕೆಯು ಬಯೋಟಿನ್ ಜಂಕ್ಷನ್ನ ಮೂಲಕ ಓದುತ್ತದೆ. ಇಲ್ಯೂಮಿನಾ ಜೋಡಿ-ಅಂತ್ಯ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಹೆಚ್ಚಿನ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಸಂವಹನ ಜೋಡಿಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಮೂವತ್ತಾರು ಅಥವಾ 50 ಬಿಪಿ ರೀಡ್ಗಳು ಸಾಕಾಗುತ್ತವೆ. ಗ್ರಂಥಾಲಯದಲ್ಲಿನ ತುಣುಕುಗಳ ಸರಾಸರಿ ಗಾತ್ರವು 250 ಬಿಪಿ ಆಗಿರುವುದರಿಂದ, 50 ಬಿಪಿ ಜೋಡಿ-ಅಂತ್ಯದ ರೀಡ್ಗಳು ಹೈ-ಸಿ ಲೈಬ್ರರಿ ಅನುಕ್ರಮಕ್ಕೆ ಸೂಕ್ತವೆಂದು ಕಂಡುಬಂದಿದೆ. ಹೈ-ಸಿ ಗ್ರಂಥಾಲಯಗಳ ಗುಣಮಟ್ಟ ನಿಯಂತ್ರಣ ಹೈ-ಸಿ ಮಾದರಿ ತಯಾರಿಕೆಯ ಕೆಲಸದ ಹರಿವಿನ ಉದ್ದಕ್ಕೂ ಹಲವಾರು ಒತ್ತಡದ ಅಂಶಗಳಿವೆ, ಅವುಗಳನ್ನು ಉತ್ತಮವಾಗಿ ದಾಖಲಿಸಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ವರದಿ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ. ವಿವಿಧ ಹಂತಗಳಲ್ಲಿ ಡಿಎನ್ಎಯನ್ನು 0.8% ಅಗರೋಸ್ ಜೆಲ್ಗಳ ಮೇಲೆ ಚಲಾಯಿಸಿ ತುಣುಕುಗಳ ಗಾತ್ರದ ವಿತರಣೆಯನ್ನು ಪರಿಶೀಲಿಸಬಹುದು. ಗಾತ್ರ ಆಯ್ಕೆ ಹಂತಗಳನ್ನು ಕತ್ತರಿಸಿದ ನಂತರ ಇದು ವಿಶೇಷವಾಗಿ ಮುಖ್ಯವಾಗಿದೆ. ಜೆಲ್ಗಳ ಮೇಲೆ ಕಡಿಮೆ ಆಣ್ವಿಕ ತೂಕದ ಉತ್ಪನ್ನಗಳ ಅಡಿಯಲ್ಲಿ ಕಂಡುಬರುವ ಸ್ಮೀಯರ್ಗಳಾಗಿ ಡಿಎನ್ಎಯ ಅವನತಿಯನ್ನು ಮೇಲ್ವಿಚಾರಣೆ ಮಾಡಬಹುದು. ಲೈಸಿಸ್ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಸಾಕಷ್ಟು ಪ್ರೋಟಿಯೇಸ್ ಇನ್ಹಿಬಿಟರ್ಗಳನ್ನು ಸೇರಿಸದಿರುವುದು, ಅಂತರ್ವರ್ಧಕ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೇಸ್ ಚಟುವಟಿಕೆ ಅಥವಾ ತಪ್ಪಾದ ಐಸಿಂಗ್ನಿಂದಾಗಿ ಉಷ್ಣದ ಅವನತಿ ಉಂಟಾಗುವುದರಿಂದ ಅವನತಿ ಸಂಭವಿಸಬಹುದು. ಸಾಮೀಪ್ಯ ಬಂಧನ ಉತ್ಪನ್ನಗಳ ರಚನೆಯನ್ನು ಪರೀಕ್ಷಿಸಲು 3ಸಿ ಪಿಸಿಆರ್ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಮಾಡಬಹುದು. ಸ್ಟ್ಯಾಂಡರ್ಡ್ ಹೈ-ಸಿ ರೂಪಾಂತರಗಳು ಹೆಚ್ಚಿನ ಇನ್ಪುಟ್ ಸೆಲ್ ಸಂಖ್ಯೆಯ ವೆಚ್ಚವನ್ನು ಹೊಂದಿವೆ, ಆಳವಾದ ಅನುಕ್ರಮದ ಅಗತ್ಯವಿರುತ್ತದೆ, ಕಡಿಮೆ-ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ ಡೇಟಾವನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಜೀವಕೋಶದ ಸಂಖ್ಯೆಗಳು ಕಡಿಮೆಯಾದಾಗ ಕಡಿಮೆ ಸಂಕೀರ್ಣತೆಯ ಗ್ರಂಥಾಲಯಗಳಿಗೆ ಕಾರಣವಾಗುವ ಅನಗತ್ಯ ಅಣುಗಳ ರಚನೆಯಿಂದ ಬಳಲುತ್ತದೆ. ಜೀವಕೋಶದ ಸಂಖ್ಯೆಯು ಸೀಮಿತಗೊಳಿಸುವ ಅಂಶವಾಗಿರುವ ಸಂದರ್ಭಗಳಲ್ಲಿ ಈ ತಂತ್ರವನ್ನು ಅನ್ವಯಿಸಲು ಸಾಧ್ಯವಾಗುವಂತೆ ಈ ಸಮಸ್ಯೆಗಳನ್ನು ಎದುರಿಸಲು, ಉದಾಹರಣೆಗೆ, ಪ್ರಾಥಮಿಕ ಮಾನವ ಜೀವಕೋಶದ ಕೆಲಸದೊಂದಿಗೆ, ಹೈ-ಸಿ ಯ ಮೊದಲ ಪರಿಕಲ್ಪನೆಯ ನಂತರ ಹಲವಾರು ಹೈ-ಸಿ ರೂಪಾಂತರಗಳನ್ನು ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಲಾಗಿದೆ. ಹೈ-ಸಿ ರೂಪಾಂತರಗಳು ಒಳಗೊಳ್ಳುವ ನಾಲ್ಕು ಪ್ರಮುಖ ವರ್ಗಗಳೆಂದರೆಃ ದುರ್ಬಲಗೊಳಿಸುವ ಬಂಧನ, ಇನ್ ಸಿಟು ಬಂಧನ, ಏಕ ಕೋಶ ಮತ್ತು ಕಡಿಮೆ ಶಬ್ದ ಸುಧಾರಣೆ ವ್ಯವಸ್ಥೆಗಳು. ಸ್ಟ್ಯಾಂಡರ್ಡ್ ಹೈ-ಸಿ ಒಂದು ರೀತಿಯ ದುರ್ಬಲಗೊಳಿಸುವ ಬಂಧನವಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಇತರ ದುರ್ಬಲಗೊಳಿಸುವ ಬಂಧನಗಳಲ್ಲಿ ಡಿನೇಸ್ ಹೈ-ಸಿ ಮತ್ತು ಕ್ಯಾಪ್ಚರ್ ಹೈ-ಸಿ ಸೇರಿವೆ. ಸ್ಟ್ಯಾಂಡರ್ಡ್ ಮತ್ತು ಕ್ಯಾಪ್ಚರ್ ಹೈ-ಸಿಗೆ ವ್ಯತಿರಿಕ್ತವಾಗಿ, ಡಿನೇಸ್ ಹೈ-ಸಿಗೆ ಕೇವಲ 2-5 ಮಿಲಿಯನ್ ಕೋಶಗಳನ್ನು ಇನ್ಪುಟ್ ಆಗಿ ಅಗತ್ಯವಿದೆ, ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ವಿಘಟನೆಗಾಗಿ ಡಿನೇಸಿಐ ಅನ್ನು ಬಳಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಇನ್-ಜೆಲ್ ದುರ್ಬಲಗೊಳಿಸುವ ಸಾಮೀಪ್ಯ ಬಂಧನವನ್ನು ಬಳಸುತ್ತದೆ. ಡಿಎನ್ಎಎಸ್ಐ ಬಳಕೆಯು ಹೈ-ಸಿ ಯ ದಕ್ಷತೆ ಮತ್ತು ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ ಅನ್ನು ಬಹಳವಾಗಿ ಸುಧಾರಿಸುತ್ತದೆ ಎಂದು ತೋರಿಸಲಾಗಿದೆ. ಕ್ಯಾಪ್ಚರ್ ಹೈ-ಸಿ ಎಂಬುದು ಉದ್ದೇಶಿತ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಪ್ರದೇಶಗಳ ಹೈಬ್ರಿಡೈಸೇಶನ್-ಆಧಾರಿತ ಸೆರೆಹಿಡಿಯುವಿಕೆಯನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಲೋಕಿಯ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ನೋಡಲು ಜೀನೋಮ್-ವೈಡ್ ಅಸ್ಸೇಯಿಂಗ್ ತಂತ್ರವಾಗಿದೆ. ಇದನ್ನು ಮೊದಲು ಮಿಫ್ಸುದ್ ಮತ್ತು ಇತರರು ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಿದರು. 21, 841 ಪ್ರವರ್ತಕ ಪ್ರದೇಶಗಳನ್ನು ಗುರಿಯಾಗಿಸಿಕೊಂಡು ಬಯೋಟಿನೈಲೇಟೆಡ್ ಆರ್ಎನ್ಎ ಬೆಟ್ ಲೈಬ್ರರಿಯನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸುವ ಮೂಲಕ ಮಾನವ ಜೀವಕೋಶಗಳಲ್ಲಿನ ದೀರ್ಘ-ಶ್ರೇಣಿಯ ಪ್ರವರ್ತಕ ಸಂಪರ್ಕಗಳನ್ನು ನಕ್ಷೆ ಮಾಡಲು. ಈ ರೂಪಾಂತರಗಳು, ಇತರರ ಜೊತೆಗೆ (ಕೆಳಗೆ ವಿವರಿಸಲಾಗಿದೆ), ಪ್ರಮಾಣಿತ ಹೈ-ಸಿ ಮತ್ತು ವಿಳಾಸದ ಮೂಲಭೂತ ತಂತ್ರದ ಮಾರ್ಪಾಡುಗಳನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತವೆ ಮತ್ತು ಮೂಲ ವಿಧಾನದ ಒಂದು ಅಥವಾ ಹೆಚ್ಚಿನ ಮಿತಿಗಳನ್ನು ನಿವಾರಿಸುತ್ತವೆ. ರಾವ್ ಮತ್ತು ಇತರರು ಮೊದಲು ವಿವರಿಸಿದ ಸಿತು ಹೈ-ಸಿ ಯಲ್ಲಿ, ಸಿತು ಹೈ-ಸಿ ಪ್ರಮಾಣಿತ ಹೈ-ಸಿ ಅನ್ನು ಪರಮಾಣು ಬಂಧನ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯೊಂದಿಗೆ ಸಂಯೋಜಿಸುತ್ತದೆ, ಅಂದರೆ, ಅಖಂಡ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಸ್ಗಳಲ್ಲಿ ನಡೆಸಲಾಗುವ ಸಾಮೀಪ್ಯ ಬಂಧನ. ಮೂಲ ವರ್ಕ್ಫ್ಲೋ ಔಟ್ಲೈನ್ ವಿಷಯದಲ್ಲಿ ಪ್ರೋಟೋಕಾಲ್ ಸ್ಟ್ಯಾಂಡರ್ಡ್ ಹೈ-ಸಿಯನ್ನು ಹೋಲುತ್ತದೆ ಆದರೆ ಇತರ ರೀತಿಯಲ್ಲಿ ಭಿನ್ನವಾಗಿದೆ. ಸ್ಟ್ಯಾಂಡರ್ಡ್ ಹೈ-ಸಿಗೆ ಅಗತ್ಯವಿರುವ ಆದರ್ಶ 20 ರಿಂದ 25 ದಶಲಕ್ಷಕ್ಕೆ ಹೋಲಿಸಿದರೆ ಹೈ-ಸಿಗೆ 2 ರಿಂದ 5 ದಶಲಕ್ಷ ಕೋಶಗಳು ಬೇಕಾಗುತ್ತವೆ ಮತ್ತು ಸ್ಟ್ಯಾಂಡರ್ಡ್ ಹೈ-ಸಿಗೆ 7 ದಿನಗಳ ವಿರುದ್ಧ ಪ್ರೋಟೋಕಾಲ್ ಅನ್ನು ಪೂರ್ಣಗೊಳಿಸಲು ಕೇವಲ 3 ದಿನಗಳ ಅಗತ್ಯವಿದೆ. ಇದಲ್ಲದೆ, ಸ್ಟ್ಯಾಂಡರ್ಡ್ ಹೈ-ಸಿಯಂತೆ ದ್ರಾವಣದಲ್ಲಿ ಸಾಮೀಪ್ಯ ಬಂಧನವು ನಡೆಯುವುದಿಲ್ಲ, ಇದು ಯಾದೃಚ್ಛಿಕ, ಜೈವಿಕವಾಗಿ ಅಪ್ರಸ್ತುತ ಸಂಪರ್ಕಗಳು ಮತ್ತು ಬಂಧನಗಳ ಆವರ್ತನವನ್ನು ಕಡಿಮೆ ಮಾಡುತ್ತದೆ, ಇದನ್ನು ಸೆರೆಹಿಡಿದ ಬಯೋಟಿನೈಲೇಟೆಡ್ ಡಿಎನ್ಎಯಲ್ಲಿ ಮೈಟೊಕಾಂಡ್ರಿಯ ಮತ್ತು ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯರ್ ಡಿಎನ್ಎ ಸಂಪರ್ಕಗಳ ಕಡಿಮೆ ಆವರ್ತನವು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ. ಬಂಧನ ಹಂತಕ್ಕೆ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಸ್ಗಳನ್ನು ಹಾಗೇ ಬಿಡುವ ಮೂಲಕ ಇದನ್ನು ಸಾಧಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಜೀವಕೋಶಗಳನ್ನು ಇನ್ನೂ ಪಿಹೆಚ್ 8ರಲ್ಲಿ ಟ್ರಿಸ್-ಎಚ್ಸಿಎಲ್ ಹೊಂದಿರುವ ಬಫರ್, ಸೋಡಿಯಂ ಕ್ಲೋರೈಡ್ ಮತ್ತು ಬಂಧನಕ್ಕೆ ಮುಂಚಿತವಾಗಿ ಐಜಿಇಪಿಎಎಲ್ ಸಿಎ630 ಡಿಟರ್ಜೆಂಟ್ನೊಂದಿಗೆ ಜೋಡಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಆದರೆ ಜೀವಕೋಶದ ಲೈಸೇಟ್ನ ಏಕರೂಪತೆಯ ಬದಲು, ಜೀವಕೋಶದ ಕೇಂದ್ರಕಗಳನ್ನು ಜೀವಕೋಶದ ಪೊರೆಯನ್ನು ಕೆಳಮಟ್ಟಕ್ಕಿಳಿಸಲು ಆರಂಭಿಕ ಲೈಸಿಸ್ನ ನಂತರ ಜೋಡಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಸಾಮೀಪ್ಯ ಬಂಧನವು ಪೂರ್ಣಗೊಂಡ ನಂತರ, ಜೀವಕೋಶದ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಸ್ಗಳನ್ನು ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯರ್ ಮೆಂಬರೇನ್ ಅನ್ನು ಪ್ರವೇಶಿಸಲು ಮತ್ತು ಅದರ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯರ್ ವಿಷಯಗಳನ್ನು ಬಿಡುಗಡೆ ಮಾಡಲು ಕನಿಷ್ಠ 1.5 ಗಂಟೆಗಳ ಕಾಲ 68 ಡಿಗ್ರಿ ಸೆಲ್ಸಿಯಸ್ನಲ್ಲಿ ಕಾವುಕೊಡಲಾಗುತ್ತದೆ. ಸ್ಟ್ಯಾಂಡರ್ಡ್ ಹೈ-ಸಿ ಯ 1 ರಿಂದ 10 ಎಂಬಿ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ ಮತ್ತು ಡಿನೇಸ್ ಹೈ-ಸಿ ಯ 100 ಕೆಬಿ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ಗೆ ಹೋಲಿಸಿದರೆ ಇನ್ ಸಿಟು ಹೈ-ಸಿ ಯೊಂದಿಗೆ ಸಾಧಿಸಬಹುದಾದ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ 950 ರಿಂದ 1000 ಬಿಪಿ ಆಗಿರಬಹುದು. ಸ್ಟ್ಯಾಂಡರ್ಡ್ ಹೈ-ಸಿ ನಿರ್ಬಂಧಿತ ಡೈಜೆಸ್ಟ್ ಹಂತಕ್ಕಾಗಿ ಹಿಂದ್ III ನಂತಹ 6-ಬಿಪಿ ಕಟ್ಟರ್ ಅನ್ನು ಬಳಸುತ್ತದೆಯಾದರೂ, ಸಿಟುಯಲ್ಲಿ ಹೈ-ಸಿ ದಕ್ಷತೆ ಮತ್ತು ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ ಅನ್ನು ಹೆಚ್ಚಿಸಲು ಎಂಬಿಒಐ ಅಥವಾ ಅದರ ಐಸೊಸ್ಕಿಜೊಮರ್ ಡಿಪಿಎನ್ಐಐ (ಇದು ಸಿಪಿಜಿ ಮೆತಿಲೀಕರಣಕ್ಕೆ ಸೂಕ್ಷ್ಮವಲ್ಲ) ನಂತಹ 4-ಬಿಪಿ ಕಟ್ಟರ್ ಅನ್ನು ಬಳಸುತ್ತದೆ (ಏಕೆಂದರೆ ಎಂಬಿಒಐ ಮತ್ತು ಡಿಪಿಎನ್ಐಐನ ನಿರ್ಬಂಧಿತ ತಾಣಗಳು ಜೀನೋಮ್ನಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚಾಗಿ ಕಂಡುಬರುತ್ತವೆ). ಅತ್ಯಂತ ಕಡಿಮೆ ಹಿನ್ನೆಲೆ ಶಬ್ದದೊಂದಿಗೆ ಮತ್ತು ಸ್ಪಷ್ಟವಾದ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಪ್ರದರ್ಶಿಸುವ ಹೈ-ಸಿ ಯಲ್ಲಿನ ಪ್ರತಿಕೃತಿಗಳ ನಡುವಿನ ದತ್ತಾಂಶವು ಸ್ಥಿರವಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಹೆಚ್ಚು ಪುನರುತ್ಪಾದನೀಯವಾಗಿದೆ. ಆದಾಗ್ಯೂ, ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಸ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಮತ್ತು ಡಿಎನ್ಎಗಳಿಂದ ದಟ್ಟವಾಗಿ ತುಂಬಿರುವುದರಿಂದ ಸೆರೆಹಿಡಿದ ಕೆಲವು ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳು ನಿಖರವಾದ ಇಂಟರ್ಮೋಲಿಕ್ಯುಲರ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳಾಗಿರದೇ ಇರಬಹುದು, ಆದ್ದರಿಂದ ಅಖಂಡ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಸ್ಗಳಲ್ಲಿ ಸಾಮೀಪ್ಯ ಬಂಧನಗಳನ್ನು ನಿರ್ವಹಿಸುವುದು ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯರ್ ಪ್ಯಾಕೇಜಿಂಗ್ನ ಸ್ವರೂಪದಿಂದಾಗಿ ಮಾತ್ರ ರೂಪುಗೊಳ್ಳಬಹುದಾದ ಗೊಂದಲದ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ತಗ್ಗಿಸಬಹುದು ಮತ್ತು ಸೆಲ್ಯುಲಾರ್ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಪ್ರಭಾವದೊಂದಿಗೆ ಹೆಚ್ಚು ವಿಶಿಷ್ಟವಾದ ಕ್ರೋಮೋಸೋಮಲ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳಲ್ಲ. ರಾವ್ ಮತ್ತು ಇತರರು ವಿವರಿಸಿದ ದತ್ತಾಂಶದ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ ಅನ್ನು ಸಾಧಿಸಲು ಪ್ರತಿ ಮಾದರಿಗೆ ಸುಮಾರು 5 ಬಿಲಿಯನ್ ಜೋಡಿ-ಎಂಡ್ ರೀಡ್ಗಳ ಅತ್ಯಂತ ಹೆಚ್ಚಿನ ಅನುಕ್ರಮ ಆಳದ ಅಗತ್ಯವಿರುತ್ತದೆ. ಸಿಸ್ ಹೈ-ಸಿ, ಓ. ಸಿ. ಇ. ಎ. ಎನ್-ಸಿ ಮತ್ತು ಇನ್ ಸಿಟು ಕ್ಯಾಪ್ಚರ್ ಹೈ-ಸಿ ಸೇರಿದಂತೆ ಇನ್ ಸಿಟು ಹೈ-ಸಿ ಪರಿಕಲ್ಪನೆಯನ್ನು ಅಳವಡಿಸಿಕೊಂಡ ಹಲವಾರು ತಂತ್ರಗಳು ಅಸ್ತಿತ್ವದಲ್ಲಿವೆ. ಸಿಟು ಹೈ-ಸಿ ಆಧಾರಿತ ತಂತ್ರಗಳಲ್ಲಿ ಎರಡು ಅತ್ಯಂತ ಪ್ರಮುಖವಾದವುಗಳನ್ನು ಕೆಳಗೆ ವಿವರಿಸಲಾಗಿದೆ. 1. ಲೋ-ಸಿ ಲೋ-ಸಿ ಎಂಬುದು ಕಡಿಮೆ ಜೀವಕೋಶದ ಸಂಖ್ಯೆಯಲ್ಲಿ ಬಳಸಲು ಅಳವಡಿಸಲಾಗಿರುವ ಇನ್-ಸಿಟು ಹೈ-ಸಿ ಪ್ರೋಟೋಕಾಲ್ ಆಗಿದೆ, ಇದು ಜೀವಕೋಶದ ಸಂಖ್ಯೆಯು ಸೀಮಿತಗೊಳಿಸುವ ಏಜೆಂಟ್ ಆಗಿರುವ ಸಂದರ್ಭಗಳಲ್ಲಿ ವಿಶೇಷವಾಗಿ ಉಪಯುಕ್ತವಾಗಿದೆ, ಉದಾಹರಣೆಗೆ, ಪ್ರಾಥಮಿಕ ಮಾನವ ಜೀವಕೋಶ ಸಂಸ್ಕೃತಿಯಲ್ಲಿ. ಈ ವಿಧಾನವು ಸಣ್ಣ ಬದಲಾವಣೆಗಳನ್ನು ಬಳಸುತ್ತದೆ, ಇದರಲ್ಲಿ ಬಳಸಿದ ಪರಿಮಾಣಗಳು ಮತ್ತು ಸಾಂದ್ರತೆಗಳು ಮತ್ತು ಕೆಲವು ಪ್ರಾಯೋಗಿಕ ಹಂತಗಳ ಸಮಯ ಮತ್ತು ಕ್ರಮವು 1000 ಜೀವಕೋಶಗಳ ಕಡಿಮೆ ಸಂಖ್ಯೆಯ ಜೀವಕೋಶಗಳಿಂದ ಉತ್ತಮ-ಗುಣಮಟ್ಟದ ಹೈ-ಸಿ ಗ್ರಂಥಾಲಯಗಳ ಉತ್ಪಾದನೆಗೆ ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ. ಕಡಿಮೆ 1000 ಕೋಶಗಳೊಂದಿಗೆ ಬಳಸಬಹುದಾದ ಮತ್ತು ಹೆಚ್ಚಿನ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ ದತ್ತಾಂಶವನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸುವ ಸಾಮರ್ಥ್ಯದ ಹೊರತಾಗಿಯೂ, ಡಯಾಜ್ ಮತ್ತು ಇತರರು. ಸಾಧ್ಯವಾದರೆ ಕನಿಷ್ಠ 1 ರಿಂದ 2 ದಶಲಕ್ಷ ಕೋಶಗಳನ್ನು ಅಥವಾ ಕನಿಷ್ಠ 500 ಕೆ ಕೋಶಗಳನ್ನು ಬಳಸಲು ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ. ಗ್ರಂಥಾಲಯದ ಗುಣಮಟ್ಟವನ್ನು ಮೊದಲು ಇಲ್ಯೂಮಿನಾ ಮಿಸೆಕ್ (2x84 ಎನ್. ಪಿ. ಜೋಡಿಯಾದ-ಕೊನೆಯ ರೀಡ್ಸ್) ವೇದಿಕೆಯಲ್ಲಿ ಮೌಲ್ಯಮಾಪನ ಮಾಡಲಾಯಿತು ಮತ್ತು ಒಮ್ಮೆ ಗುಣಮಟ್ಟ ನಿಯಂತ್ರಣ ಮಾನದಂಡಗಳನ್ನು (ಕಡಿಮೆ ಪಿಸಿಆರ್ ನಕಲುಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಂತೆ) ಅಂಗೀಕರಿಸಿದ ನಂತರ, ಗ್ರಂಥಾಲಯವನ್ನು ಇಲ್ಯೂಮಿನಾ ನೆಕ್ಸ್ಟ್ಸೆಕ್ (2x80 ಬಿಪಿ ಜೋಡಿಯಾದ-ಕೊನೆಯ) ನಲ್ಲಿ ಅನುಕ್ರಮಗೊಳಿಸಲಾಯಿತು. ಒಟ್ಟಾರೆಯಾಗಿ, ಈ ತಂತ್ರವು ಹೈ-ಸಿಗೆ ಹೆಚ್ಚಿನ ಸೆಲ್ ಸಂಖ್ಯೆ ಇನ್ಪುಟ್ ಮತ್ತು ಹೆಚ್ಚಿನ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ ಡೇಟಾವನ್ನು ಪಡೆಯಲು ಅಗತ್ಯವಾದ ಹೆಚ್ಚಿನ ಅನುಕ್ರಮ ಆಳದ ಸಮಸ್ಯೆಯನ್ನು ತಪ್ಪಿಸುತ್ತದೆ, ಆದರೆ 5 ಕೆಬಿ ವರೆಗಿನ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ಗಳನ್ನು ಮಾತ್ರ ಸಾಧಿಸಬಹುದು ಮತ್ತು ಬದಲಾಗುವ ಸ್ವರೂಪದಿಂದಾಗಿ ಯಾವಾಗಲೂ ಪುನರುತ್ಪಾದಿಸಲಾಗುವುದಿಲ್ಲ. 2. ಸೇಫ್ ಹೈ-ಸಿ ಸೇಫ್ ಹೈ-ಸಿ, ಅಥವಾ ಸರಳೀಕೃತ, ವೇಗದ ಮತ್ತು ಆರ್ಥಿಕವಾಗಿ ಸಮರ್ಥವಾದ ಹೈ-ಸಿ, ಹೆಚ್ಚಿನ-ಥ್ರೋಪುಟ್ ಅನುಕ್ರಮಕ್ಕೆ ವರ್ಧನೆಯಿಲ್ಲದೆ ಸಾಕಷ್ಟು ಲಗತ್ತಿಸಲಾದ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸುತ್ತದೆ. ಪ್ರಕಟಿಸಲಾದ ಹೈ-ಸಿ ದತ್ತಾಂಶವು ಆಂಪ್ಲಿಫಿಕೇಶನ್ (ಲೈಬ್ರರಿ ತಯಾರಿಕೆಗಾಗಿ ಪಿಸಿಆರ್ ಹಂತದಲ್ಲಿ) ದೂರ-ಅವಲಂಬಿತ ಆಂಪ್ಲಿಫಿಕೇಶನ್ ಬಯಾಸ್ ಅನ್ನು ಪರಿಚಯಿಸುತ್ತದೆ ಎಂದು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ, ಇದು ಜೀನೋಮಿಕ್ ದೂರಕ್ಕೆ ವಿರುದ್ಧವಾಗಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ಶಬ್ದ ಮತ್ತು ಸಿಗ್ನಲ್ ಅನುಪಾತಕ್ಕೆ ಕಾರಣವಾಗುತ್ತದೆ. 250 ಸಾವಿರ ಕೆ562 ಕೋಶಗಳಿಂದ ಆಂಪ್ಲಿಫಿಕೇಷನ್-ಫ್ರೀ, ಇನ್ ಸಿಟು ಹೈ-ಸಿ ಲೈಗೇಷನ್ ಲೈಬ್ರರಿಯನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸಲು ಸೇಫ್ ಹೈ-ಸಿಯನ್ನು ಯಶಸ್ವಿಯಾಗಿ ಬಳಸಲಾಯಿತು. ಬಂಧನದ ತುಣುಕುಗಳು 200 ಮತ್ತು 500 ಬಿಪಿ ಉದ್ದವಿರುತ್ತವೆ, ಸರಾಸರಿ ಸುಮಾರು 370 ಬಿಪಿ ಇರುತ್ತದೆ. ಎಲ್ಲಾ ಬಂಧನ ಉತ್ಪನ್ನ ಗ್ರಂಥಾಲಯಗಳನ್ನು ಇಲ್ಯೂಮಿನಾ ಹೈಸೆಕ್ ಪ್ಲಾಟ್ಫಾರ್ಮ್ (2x150 ಬಿಪಿ ಜೋಡಿಯಾದ-ಅಂತ್ಯದ ರೀಡ್ಸ್) ಬಳಸಿ ಅನುಕ್ರಮಗೊಳಿಸಲಾಗಿದೆ. 250 ಸಾವಿರದಷ್ಟು ಕಡಿಮೆ ಸೆಲ್ ಇನ್ಪುಟ್ಗಾಗಿ ಸೇಫ್ ಹೈ-ಸಿಯನ್ನು ಬಳಸಬಹುದಾದರೂ, ನಿಯು ಮತ್ತು ಇತರರು. 1 ರಿಂದ 2 ದಶಲಕ್ಷ ಕೋಶಗಳನ್ನು ಬಳಸಲು ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡಿ. ಮಾದರಿಗಳು ಲೇನ್ನ ನಾಲ್ಕನೇ ಒಂದು ಭಾಗದ ಮೇಲೆ ಅನುಕ್ರಮಗೊಳಿಸಲು ಸಾಕಷ್ಟು ಲಿಗೇಟ್ಗಳನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸುತ್ತವೆ. ಪಿಸಿಆರ್ ನಕಲುಗಳನ್ನು ತೆಗೆದುಹಾಕುವುದರಿಂದ ಗ್ರಂಥಾಲಯದ ಸಂಕೀರ್ಣತೆಯನ್ನು ಹೆಚ್ಚಿಸಲು ಸೇಫ್ ಹೈ-ಸಿ ಅನ್ನು ಪ್ರದರ್ಶಿಸಲಾಗಿದೆ, ಇದು ಅನನ್ಯ ಜೋಡಿ ರೀಡ್ಗಳ ಒಟ್ಟಾರೆ ಶೇಕಡಾವಾರು ಪ್ರಮಾಣವನ್ನು ಕಡಿಮೆ ಮಾಡುತ್ತದೆ. ಒಟ್ಟಾರೆಯಾಗಿ, ಸೇಫ್ ಹೈ-ಸಿ ಕ್ರೋಮೋಸೋಮಲ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳ ಸಮಗ್ರತೆಯನ್ನು ಸಂರಕ್ಷಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಹೆಚ್ಚಿನ ಅನುಕ್ರಮ ಆಳವನ್ನು ಹೊಂದುವ ಅಗತ್ಯವನ್ನು ಕಡಿಮೆ ಮಾಡುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಒಟ್ಟಾರೆ ವೆಚ್ಚ ಮತ್ತು ಶ್ರಮವನ್ನು ಉಳಿಸುತ್ತದೆ. ಮೈಕ್ರೋ-ಸಿ ಮೈಕ್ರೋ-ಸಿ ಎಂಬುದು ಹೈ-ಸಿ ಯ ಒಂದು ಆವೃತ್ತಿಯಾಗಿದ್ದು, ಇದು ಜೋಡಿ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೊಸೋಮ್ಗಳ ನಡುವಿನ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ನೋಡಲು ಮೈಕ್ರೋಕೊಕಲ್ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೇಸ್ (ಎಂಎನ್ಎಎಸ್) ಜೀರ್ಣಕ್ರಿಯೆಯ ಹಂತವನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುತ್ತದೆ, ಹೀಗಾಗಿ 1 ರಿಂದ 100 ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೊಸೋಮ್ ಪ್ರಮಾಣದಲ್ಲಿ ಉಪ-ಜೀನೋಮಿಕ್ ಟಿಎಡಿ ರಚನೆಗಳ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ ಅನ್ನು ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ. ಇದನ್ನು ಮೊದಲು ಯೀಸ್ಟ್ನಲ್ಲಿ ಬಳಸಲು ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಲಾಯಿತು ಮತ್ತು ಪ್ರಮಾಣಿತ ಹೈ-ಸಿ ಯಿಂದ ಪಡೆದ ರಚನಾತ್ಮಕ ದತ್ತಾಂಶವನ್ನು ಸಂರಕ್ಷಿಸುತ್ತದೆ ಎಂದು ತೋರಿಸಲಾಗಿದೆ ಆದರೆ ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಿಗ್ನಲ್-ಟು-ಶಬ್ದ ಅನುಪಾತವನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ. ಮಾನವ ಭ್ರೂಣದ ಕಾಂಡಕೋಶಗಳು ಮತ್ತು ಫೈಬ್ರೊಬ್ಲಾಸ್ಟ್ಗಳೊಂದಿಗೆ ಬಳಸಿದಾಗ, ಪ್ರತಿ ಮಾದರಿಗೆ 2.6 ರಿಂದ 4.5 ಶತಕೋಟಿ ಅನನ್ಯವಾಗಿ ಮ್ಯಾಪ್ ಮಾಡಲಾದ ರೀಡ್ಗಳನ್ನು ಪಡೆಯಲಾಯಿತು. ಹ್ಸೀಹ್ ಮತ್ತು ಇತರರು. ಮೌಸ್ ಭ್ರೂಣದ ಕಾಂಡಕೋಶಗಳಿಂದ 2.64 ಶತಕೋಟಿ ರೀಡ್ಗಳನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಅಲ್ಪ-ಶ್ರೇಣಿಯ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲು ಹೆಚ್ಚಿನ ಶಕ್ತಿ ಇದೆ ಎಂದು ತೋರಿಸಿದೆ. ಏಕಕೋಶದ ಹೈ-ಸಿ ಹೈ-ಸಿ ಅನ್ನು ಸಹ ಏಕಕೋಶದ ಬಳಕೆಗಾಗಿ ಅಳವಡಿಸಿಕೊಳ್ಳಲಾಗಿದೆ ಆದರೆ ಈ ತಂತ್ರಗಳನ್ನು ನಿರ್ವಹಿಸಲು ಉನ್ನತ ಮಟ್ಟದ ಪರಿಣತಿಯ ಅಗತ್ಯವಿರುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಕಡಿಮೆ ದತ್ತಾಂಶ ಗುಣಮಟ್ಟ, ವ್ಯಾಪ್ತಿ ಮತ್ತು ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ನಂತಹ ಸಮಸ್ಯೆಗಳಿಂದ ಬಳಲುತ್ತಿದೆ. ದತ್ತಾಂಶ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ಹೈ-ಸಿ ಯಿಂದ ಉತ್ಪತ್ತಿಯಾಗುವ ಚಿಮೆರಿಕ್ ಡಿಎನ್ಎ ಬಂಧನ ಉತ್ಪನ್ನಗಳು ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಸ್ನೊಳಗೆ ಜೋಡಿಯಾಗಿ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಅಥವಾ ಭೌತಿಕ 3ಡಿ ಸಂಪರ್ಕಗಳನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತವೆ ಮತ್ತು ವಿವಿಧ ಕೆಳಮುಖ ವಿಧಾನಗಳಿಂದ ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಬಹುದು. ಸಂಕ್ಷಿಪ್ತವಾಗಿ, ಆಳವಾದ ಅನುಕ್ರಮ ದತ್ತಾಂಶವನ್ನು ಪಕ್ಷಪಾತವಿಲ್ಲದ ಜೀನೋಮ್-ವೈಡ್ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಪರಸ್ಪರ ಸಂವಹನ ನಕ್ಷೆಗಳನ್ನು ನಿರ್ಮಿಸಲು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ನಂತರ ವರ್ಣತಂತುಗಳ ರಚನಾತ್ಮಕ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಮತ್ತು ಅವುಗಳ ಜೈವಿಕ ವ್ಯಾಖ್ಯಾನಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಈ ನಕ್ಷೆಗಳನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲು ಹಲವಾರು ವಿಭಿನ್ನ ವಿಧಾನಗಳನ್ನು ಬಳಸಬಹುದು. ಈ ದತ್ತಾಂಶ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯ ಅನೇಕ ವಿಧಾನಗಳು 3ಸಿ-ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ಅಥವಾ ಇತರ ಸಮಾನ ದತ್ತಾಂಶಗಳಿಗೂ ಅನ್ವಯಿಸುತ್ತವೆ. ಆಳವಾದ ಅನುಕ್ರಮದಿಂದ ಉತ್ಪತ್ತಿಯಾಗುವ ರೀಡ್ ಮ್ಯಾಪಿಂಗ್ ಹೈ-ಸಿ ದತ್ತಾಂಶವು ಸಾಂಪ್ರದಾಯಿಕ ಫಾಸ್ಟ್ಕ್ಯೂ ಕಡತದ ರೂಪದಲ್ಲಿದೆ, ಮತ್ತು ಅನುಕ್ರಮ ಜೋಡಣೆ ತಂತ್ರಾಂಶವನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ರೀಡ್ಗಳನ್ನು ಆಸಕ್ತಿಯ ಜೀನೋಮ್ಗೆ ಜೋಡಿಸಬಹುದು (ಉದಾಹರಣೆಗೆ. ಬೌಟಿ, ಬಿ. ಡಬ್ಲ್ಯೂ. ಎ., ಇತ್ಯಾದಿ). ಏಕೆಂದರೆ ಹೈ-ಸಿ ಬಂಧನ ಉತ್ಪನ್ನಗಳು ನೂರಾರು ಮೆಗಾಬೇಸ್ಗಳನ್ನು ವ್ಯಾಪಿಸಬಹುದು ಮತ್ತು ವಿವಿಧ ವರ್ಣತಂತುಗಳ ಮೇಲೆ ಸೇತುವೆಯ ಸ್ಥಳವನ್ನು ಹೊಂದಬಹುದು, ಹೈ-ಸಿ ರೀಡ್ ಜೋಡಣೆಯು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಚಿಮೆರಿಕ್ ಆಗಿರುತ್ತದೆ, ಅಂದರೆ ರೀಡ್ನ ವಿವಿಧ ಭಾಗಗಳನ್ನು ದೂರದಲ್ಲಿರುವ ಸ್ಥಳಗಳಿಗೆ ಜೋಡಿಸಬಹುದು, ಬಹುಶಃ ವಿಭಿನ್ನ ದೃಷ್ಟಿಕೋನಗಳಲ್ಲಿ. ದೀರ್ಘ-ಓದುವ ಜೋಡಣೆಗಳು (ಉದಾ. ಮಿನಿಮ್ಯಾಪ್2) ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಚಿಮೆರಿಕ್ ಜೋಡಣೆಯನ್ನು ಬೆಂಬಲಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ದೀರ್ಘಾವಧಿಯ ಹೈ-ಸಿ ದತ್ತಾಂಶಕ್ಕೆ ನೇರವಾಗಿ ಅನ್ವಯಿಸಬಹುದು. ಕಿರು-ಓದುವ ಹೈ-ಸಿ ಜೋಡಣೆಯು ಹೆಚ್ಚು ಸವಾಲಿನದ್ದಾಗಿದೆ. ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ, ಹೈ-ಸಿ ವಿವಿಧ ಗಾತ್ರಗಳ ಬಂಧನ ಜಂಕ್ಷನ್ಗಳನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸುತ್ತದೆ, ಆದರೆ ಬಂಧನ ಸ್ಥಳದ ನಿಖರವಾದ ಸ್ಥಾನವನ್ನು ಅಳೆಯಲಾಗುವುದಿಲ್ಲ. ಈ ಸಮಸ್ಯೆಯನ್ನು ತಪ್ಪಿಸಲು, ರೀಡ್ಗಳನ್ನು ಎರಡು ಭಾಗಗಳಾಗಿ ವಿಂಗಡಿಸಲು ಮತ್ತು ಪರಸ್ಪರ ಜೋಡಿಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಅವುಗಳನ್ನು ಪ್ರತ್ಯೇಕವಾಗಿ ಮ್ಯಾಪ್ ಮಾಡಲು ಸಾಧ್ಯವಾಗುವ ಮೊದಲು ಜಂಕ್ಷನ್ ಸೈಟ್ಗಾಗಿ ಹುಡುಕಾಟವನ್ನು ತಪ್ಪಿಸಲು ಪುನರಾವರ್ತಿತ ಮ್ಯಾಪಿಂಗ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಜಂಕ್ಷನ್ ಸೈಟ್ ಅನ್ನು ತಲುಪುವ ಮೊದಲು ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಯ ಜೋಡಿಗಳ ಅನನ್ಯ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆಯನ್ನು ಖಚಿತಪಡಿಸಿಕೊಳ್ಳಲು ಸಾಧ್ಯವಾದಷ್ಟು ಚಿಕ್ಕದಾದ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ನಕ್ಷೆ ಮಾಡುವುದು ಪುನರಾವರ್ತಿತ ಮ್ಯಾಪಿಂಗ್ನ ಹಿಂದಿನ ಉದ್ದೇಶವಾಗಿದೆ. ಇದರ ಪರಿಣಾಮವಾಗಿ, 5 'ತುದಿಯಿಂದ ಪ್ರಾರಂಭವಾಗುವ 25-ಬಿಪಿ ಉದ್ದದ ರೀಡ್ಗಳನ್ನು ಮೊದಲಿಗೆ ಜೀನೋಮ್ಗೆ ಮ್ಯಾಪ್ ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ, ಮತ್ತು ಒಂದೇ ಲೋಕಿಗೆ ಅನನ್ಯವಾಗಿ ಮ್ಯಾಪ್ ಮಾಡದ ರೀಡ್ಗಳನ್ನು ಹೆಚ್ಚುವರಿ 5 ಬಿಪಿ ವಿಸ್ತರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ನಂತರ ಮರು-ಮ್ಯಾಪ್ ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ. ಈ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ಎಲ್ಲಾ ರೀಡ್ಗಳು ಅನನ್ಯವಾಗಿ ಮ್ಯಾಪ್ ಮಾಡುವವರೆಗೆ ಅಥವಾ ರೀಡ್ಗಳನ್ನು ಅವುಗಳ ಸಂಪೂರ್ಣತೆಗೆ ವಿಸ್ತರಿಸುವವರೆಗೆ ಪುನರಾವರ್ತಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಒಂದೇ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಲೋಕಿಗೆ ಅನನ್ಯವಾಗಿ ಮ್ಯಾಪ್ ಮಾಡಲಾದ ಪ್ರತಿ ಬದಿಯೊಂದಿಗೆ ಜೋಡಿಯಾದ ಎಂಡ್ ರೀಡ್ಗಳನ್ನು ಮಾತ್ರ ಇಡಲಾಗುತ್ತದೆ. ಎಲ್ಲಾ ಇತರ ಜೋಡಿಯಾದ ಎಂಡ್ ರೀಡ್ಗಳನ್ನು ತಿರಸ್ಕರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಎರಡು ಭಾಗಗಳು ವಿಭಿನ್ನ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಸ್ಥಾನಗಳಿಗೆ ಹೊಂದಿಕೆಯಾಗುವ ಸಂದರ್ಭದಲ್ಲಿ, ಜೋಡಿಯಾದ ತುದಿಯ ಎರಡು ಭಾಗಗಳನ್ನು ಪ್ರತ್ಯೇಕವಾಗಿ ಓದಲು ಐಸಿಇ, ಹೈಸಿ-ಪ್ರೊ, ಎಚ್ಐಪಿಪಿಐಇ, ಹೈಕ್ಯೂಪ್ ಮತ್ತು ಟಿಎಡಿಬಿಟ್ನಂತಹ ಅನೇಕ ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್ ಪೈಪ್ಲೈನ್ಗಳಲ್ಲಿ ರೀಡ್ ಮ್ಯಾಪಿಂಗ್ ತಂತ್ರಗಳ ಹಲವಾರು ಮಾರ್ಪಾಡುಗಳನ್ನು ಅಳವಡಿಸಲಾಗಿದೆ. ಹೆಚ್ಚಿದ ಓದುವ ಉದ್ದದೊಂದಿಗೆ, ಇತ್ತೀಚಿನ ಪೈಪ್ಲೈನ್ಗಳು (ಉದಾ. ಜ್ಯೂಸರ್ ಮತ್ತು 4ಡಿ-ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೊಸೋಮ್ ಡೇಟಾ ಪೋರ್ಟಲ್) ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಬಿ. ಡಬ್ಲ್ಯೂ. ಎ-ಮೆಮ್, ಕ್ರೊಮ್ಯಾಪ್ ಮತ್ತು ಡ್ರ್ಯಾಗ್ಮ್ಯಾಪ್ನಂತಹ ಚಿಮೆರಿಕ್ ಜೋಡಣೆಯ ಸಾಮರ್ಥ್ಯವನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಜೋಡಣೆಯ ಅಲ್ಗಾರಿದಮ್ನೊಂದಿಗೆ ಸಣ್ಣ ಹೈ-ಸಿ ರೀಡ್ಗಳನ್ನು ಜೋಡಿಸುತ್ತವೆ. ಈ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಯು ಒಮ್ಮೆ ಜೋಡಣೆಯನ್ನು ಕರೆಯುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಪುನರಾವರ್ತಿತ ನಕ್ಷೆಗಿಂತ ಸರಳವಾಗಿದೆ. ತುಣುಕು ನಿಯೋಜನೆ ಮತ್ತು ಶೋಧನೆ ಮ್ಯಾಪ್ ಮಾಡಲಾದ ರೀಡ್ಗಳನ್ನು ನಂತರ ಜೀನೋಮ್ನಲ್ಲಿ ಅದರ 5 'ಮ್ಯಾಪ್ ಮಾಡಿದ ಸ್ಥಾನಕ್ಕೆ ಅನುಗುಣವಾಗಿ ಒಂದೇ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಜೋಡಣೆ ಸ್ಥಳವನ್ನು ನಿಗದಿಪಡಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಪ್ರತಿ ಓದುವ ಜೋಡಿಗೆ, ನಿರ್ಬಂಧದ ತುಣುಕುಗಳಲ್ಲಿ ಒಂದಕ್ಕೆ ಮಾತ್ರ ಸ್ಥಳವನ್ನು ನಿಗದಿಪಡಿಸಲಾಗಿದೆ, ಆದ್ದರಿಂದ ನಿರ್ಬಂಧದ ಸ್ಥಳಕ್ಕೆ ಹತ್ತಿರದಲ್ಲಿರಬೇಕು ಮತ್ತು ಗರಿಷ್ಠ ಅಣುವಿನ ಉದ್ದಕ್ಕಿಂತ ಕಡಿಮೆ ದೂರದಲ್ಲಿರಬೇಕು. ಹತ್ತಿರದ ನಿರ್ಬಂಧಿತ ಸ್ಥಳಗಳಿಂದ ಗರಿಷ್ಠ ಅಣುವಿನ ಉದ್ದಕ್ಕಿಂತ ಹೆಚ್ಚು ದೂರದಲ್ಲಿ ಮ್ಯಾಪ್ ಮಾಡಲಾದ ರೀಡ್ಗಳು ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಅಥವಾ ಕ್ಯಾನೊನಿಕಲ್ ಅಲ್ಲದ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೇಸ್ ಚಟುವಟಿಕೆಗಳ ಭೌತಿಕ ಒಡೆಯುವಿಕೆಯ ಫಲಿತಾಂಶಗಳಾಗಿವೆ. ಈ ರೀಡ್ಗಳು ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಸಹ ಸೂಚಿಸುತ್ತವೆಯಾದ್ದರಿಂದ, ಅವುಗಳನ್ನು ತಿರಸ್ಕರಿಸಲಾಗುವುದಿಲ್ಲ, ಆದರೆ ಡೇಟಾಸೆಟ್ನಲ್ಲಿನ ತಾಂತ್ರಿಕ ಶಬ್ದವನ್ನು ತೆಗೆದುಹಾಕಲು ಜೀನೋಮಿಕ್ ಸ್ಥಳಗಳನ್ನು ನಿಯೋಜಿಸಿದ ನಂತರ ಸೂಕ್ತವಾದ ಶೋಧನೆ ನಡೆಯಬೇಕು. ಓದುವ ಜೋಡಿ ಒಂದೇ ಅಥವಾ ವಿಭಿನ್ನ ನಿರ್ಬಂಧದ ತುಣುಕುಗಳೊಳಗೆ ಬರುತ್ತದೆಯೇ ಎಂಬುದರ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ, ವಿಭಿನ್ನ ಶೋಧಕ ಮಾನದಂಡಗಳನ್ನು ಅನ್ವಯಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಜೋಡಿಯು ಅದೇ ನಿರ್ಬಂಧದ ತುಣುಕುಗೆ ನಕ್ಷೆಯನ್ನು ಓದುತ್ತಿದ್ದರೆ, ಅವು ಮಾಹಿತಿಯಿಲ್ಲದ ಅನಿರ್ದಿಷ್ಟ ತೂಗಾಡುವ ತುದಿಗಳನ್ನು ಅಥವಾ ವೃತ್ತಾಕಾರದ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತವೆ ಮತ್ತು ಆದ್ದರಿಂದ ಡೇಟಾಸೆಟ್ನಿಂದ ತೆಗೆದುಹಾಕಲಾಗುತ್ತದೆ. ಈ ರೀಡ್ಗಳು ಪಿಸಿಆರ್ ಕಲಾಕೃತಿಗಳು, ಜೀರ್ಣವಾಗದ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸಬಹುದು ಅಥವಾ ಸರಳವಾಗಿ, ಕಡಿಮೆ ಜೋಡಣೆಯ ಗುಣಮಟ್ಟವನ್ನು ಹೊಂದಿರಬಹುದು. ಅವುಗಳ ಮೂಲ ಏನೇ ಇರಲಿ, ಅದೇ ತುಣುಕಿಗೆ ಮ್ಯಾಪ್ ಮಾಡಲಾದ ರೀಡ್ಗಳನ್ನು "ನಕಲಿ ಸಂಕೇತಗಳು" ಎಂದು ಪರಿಗಣಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಕೆಳಮುಖ ಸಂಸ್ಕರಣೆಯ ಮೊದಲು ತಿರಸ್ಕರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಉಳಿದ ಜೋಡಿ ರೀಡ್ಗಳನ್ನು ವಿಭಿನ್ನ ನಿರ್ಬಂಧದ ತುಣುಕುಗಳಿಗೆ ಮ್ಯಾಪ್ ಮಾಡಲಾಗಿದ್ದು, ಒಂದೇ ರೀತಿಯ/ಅನಗತ್ಯ ಪಿಸಿಆರ್ ಉತ್ಪನ್ನಗಳನ್ನು ತ್ಯಜಿಸಲು ಫಿಲ್ಟರ್ ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ನಿಖರವಾದ ಅದೇ ಅನುಕ್ರಮ ಅಥವಾ 5 'ಜೋಡಣೆ ಸ್ಥಾನಗಳನ್ನು ಹಂಚಿಕೊಳ್ಳುವ ರೀಡ್ಗಳನ್ನು ತೆಗೆದುಹಾಕುವ ಮೂಲಕ ಇದನ್ನು ಸಾಧಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಪ್ರಾಯೋಗಿಕ ಉದ್ದೇಶಕ್ಕೆ ಸರಿಹೊಂದುವಂತೆ ಹೆಚ್ಚುವರಿ ಮಟ್ಟದ ಶೋಧನೆಯನ್ನೂ ಸಹ ಅನ್ವಯಿಸಬಹುದು. ಉದಾಹರಣೆಗೆ, ಸಂಭಾವ್ಯ ಜೀರ್ಣವಾಗದ ನಿರ್ಬಂಧಿತ ತಾಣಗಳನ್ನು ನಿಷ್ಕ್ರಿಯವಾಗಿ ಗುರುತಿಸುವ ಬದಲು, ನಡುವೆ ಸಣ್ಣ ಅಂತರದೊಂದಿಗೆ (ಬಳಕೆದಾರ-ವ್ಯಾಖ್ಯಾನಿತ, ಅನುಭವ-ಆಧಾರಿತ) ಅದೇ ವರ್ಣತಂತು ಸ್ಟ್ರಾಂಡ್ಗೆ ಮ್ಯಾಪ್ ಮಾಡಲಾದ ರೀಡ್ಗಳನ್ನು ತೆಗೆದುಹಾಕುವ ಮೂಲಕ ನಿರ್ದಿಷ್ಟವಾಗಿ ಫಿಲ್ಟರ್ ಮಾಡಬಹುದು. ಬಿನ್ನಿಂಗ್ ಮತ್ತು ಬಿನ್-ಲೆವೆಲ್ ಫಿಲ್ಟರಿಂಗ್ ಅವುಗಳ ಮಧ್ಯಬಿಂದು ನಿರ್ದೇಶಾಂಕಗಳ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ, ಹೈ-ಸಿ ನಿರ್ಬಂಧದ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು 40 ಕೆಬಿ ಯಿಂದ 1 ಎಂಬಿ ವರೆಗಿನ ಬಿನ್ ಗಾತ್ರಗಳೊಂದಿಗೆ ಸ್ಥಿರ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಮಧ್ಯಂತರಗಳಾಗಿ ಬಿನ್ ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ. ಈ ವಿಧಾನದ ಹಿಂದಿನ ತಾರ್ಕಿಕತೆಯೆಂದರೆ, ದತ್ತಾಂಶದ ಸಂಕೀರ್ಣತೆಯನ್ನು ಕಡಿಮೆ ಮಾಡುವ ಮೂಲಕ ಮತ್ತು ಪ್ರತಿ ಬಿನ್ಗೆ ಅಭ್ಯರ್ಥಿಯ ಜೀನೋಮ್-ವೈಡ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳ ಸಂಖ್ಯೆಯನ್ನು ಕಡಿಮೆ ಮಾಡುವ ಮೂಲಕ, ಜೀನೋಮಿಕ್ ಬಿನ್ಗಳು ಹೆಚ್ಚು ದೃಢವಾದ ಮತ್ತು ಕಡಿಮೆ ಗದ್ದಲದ ಸಂಕೇತಗಳನ್ನು ನಿರ್ಮಿಸಲು ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತವೆ, ಸಂಪರ್ಕ ಆವರ್ತನಗಳ ರೂಪದಲ್ಲಿ, ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ನ ವೆಚ್ಚದಲ್ಲಿ (ನಿರ್ಬಂಧದ ತುಣುಕು ಉದ್ದವು ಇನ್ನೂ ಹೈ-ಸಿ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ಗೆ ಅಂತಿಮ ಭೌತಿಕ ಮಿತಿಯಾಗಿ ಉಳಿದಿದೆ). ಬಿನ್ ನಿಂದ ಬಿನ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಸರಳವಾಗಿ ಮೊತ್ತವನ್ನು ತೆಗೆದುಕೊಳ್ಳುವ ಮೂಲಕ ಒಟ್ಟುಗೂಡಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಆದಾಗ್ಯೂ ಸಿಗ್ನಲ್ ಅನ್ನು ಮತ್ತಷ್ಟು ಹೆಚ್ಚಿಸಲು ವರ್ಷಗಳಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚು ಕೇಂದ್ರೀಕೃತ ಮತ್ತು ತಿಳಿವಳಿಕೆ ವಿಧಾನಗಳನ್ನು ಸಹ ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಲಾಗಿದೆ. ಅಂತಹ ಒಂದು ವಿಧಾನವನ್ನು ರಾವ್ ಮತ್ತು ಇತರರು ವಿವರಿಸಿದ್ದಾರೆ. ಬಿನ್ ಗಾತ್ರದ ಮಿತಿಯನ್ನು ಸಣ್ಣ ಮತ್ತು ಸಣ್ಣ ಬಿನ್ಗಳಿಗೆ ತಳ್ಳುವ ಗುರಿಯನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ, ಅಂತಿಮವಾಗಿ ಶೇಕಡಾ 80 ಕ್ಕಿಂತ ಹೆಚ್ಚು ಬಿನ್ಗಳನ್ನು 1000 ರೀಡ್ಗಳಿಂದ ಮುಚ್ಚಲಾಗುತ್ತದೆ, ಇದು ಅಂತಿಮ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯ ಫಲಿತಾಂಶಗಳ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ ಅನ್ನು ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ಹೆಚ್ಚಿಸುತ್ತದೆ. ಬಿನ್-ಮಟ್ಟದ ಶೋಧನೆ, ತುಣುಕು-ಮಟ್ಟದ ಶೋಧನೆಯಂತೆಯೇ, ಪಡೆದ ದತ್ತಾಂಶದಿಂದ ಪ್ರಾಯೋಗಿಕ ಕಲಾಕೃತಿಗಳನ್ನು ಹೊರಹಾಕಲು ಸಹ ನಡೆಯುತ್ತದೆ. ಹೆಚ್ಚಿನ ಶಬ್ದ ಮತ್ತು ಕಡಿಮೆ ಸಂಕೇತಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಡಬ್ಬಿಗಳು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಟೆಲೋಮಿಯರ್ಗಳು ಮತ್ತು ಸೆಂಟ್ರೋಮೀರ್ಗಳ ಸುತ್ತ ಹೆಚ್ಚು ಪುನರಾವರ್ತಿತ ಜೀನೋಮಿಕ್ ವಿಷಯಗಳನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುವುದರಿಂದ ಅವುಗಳನ್ನು ತೆಗೆದುಹಾಕಲಾಗುತ್ತದೆ. ಪ್ರತ್ಯೇಕ ತೊಟ್ಟಿಯ ಮೊತ್ತವನ್ನು ಎಲ್ಲಾ ತೊಟ್ಟಿಗಳ ಮೊತ್ತಕ್ಕೆ ಹೋಲಿಸುವ ಮೂಲಕ ಮತ್ತು ತೊಟ್ಟಿಗಳ ಕೆಳಭಾಗದ 1 ಪ್ರತಿಶತವನ್ನು ತೆಗೆದುಹಾಕುವ ಮೂಲಕ ಅಥವಾ ವ್ಯತ್ಯಾಸವನ್ನು ಶಬ್ದದ ಅಳತೆಯಾಗಿ ಬಳಸುವ ಮೂಲಕ ಇದನ್ನು ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ. ಎಮ್ಎಡಿ-ಮ್ಯಾಕ್ಸ್ (ಗರಿಷ್ಠ ಅನುಮತಿಸಲಾದ ಮಧ್ಯಮ ಸಂಪೂರ್ಣ ವಿಚಲನ) ಫಿಲ್ಟರ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಕಡಿಮೆ-ವ್ಯಾಪ್ತಿಯ ತೊಟ್ಟಿಗಳನ್ನು ಅಥವಾ ಲಾಗ್-ನಾರ್ಮಲ್ ವಿತರಣೆಯ ಕೇಂದ್ರದ ಕೆಳಗಿರುವ ಮೂರು ಪ್ರಮಾಣಿತ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳನ್ನು (ಇದು ಪ್ರತಿ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಬಿನ್ಗೆ ಒಟ್ಟು ಸಂಪರ್ಕಗಳ ಸಂಖ್ಯೆಗೆ ಸರಿಹೊಂದುತ್ತದೆ) ತೆಗೆದುಹಾಕಲಾಗುತ್ತದೆ. ಬಿನ್ನಿಂಗ್ ಮಾಡಿದ ನಂತರ, ಹೈ-ಸಿ ದತ್ತಾಂಶವನ್ನು ಸಮ್ಮಿತೀಯ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ ಸ್ವರೂಪದಲ್ಲಿ ಸಂಗ್ರಹಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ತೀರಾ ಇತ್ತೀಚೆಗೆ, ವಿವಿಧ ಹೈ-ಸಿ ಪ್ರಯೋಗಗಳಿಗೆ ಸೂಕ್ತವಾದ ತೊಟ್ಟಿಯ ಗಾತ್ರವನ್ನು ಮೊದಲೇ ನಿರ್ಧರಿಸಲು ಅನೇಕ ವಿಧಾನಗಳನ್ನು ಪ್ರಸ್ತಾಪಿಸಲಾಗಿದೆ. ಲೀ ಮತ್ತು ಇತರರು. 2018 ರಲ್ಲಿ ಡಿಡಾಕ್ ಅನ್ನು ವಿವರಿಸಲಾಗಿದೆ, ಇದು ಬಿನ್ ಗಾತ್ರವನ್ನು ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡುವ ವಿಧಾನವಾಗಿದ್ದು, ಇದರಲ್ಲಿ ಹೈ-ಸಿ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ನ ರಚನಾತ್ಮಕ ಎಂಟ್ರೊಪಿಯು ಸ್ಥಿರವಾದ ಕನಿಷ್ಠ ಮಟ್ಟವನ್ನು ತಲುಪುತ್ತದೆ. ಮತ್ತೊಂದೆಡೆ, ಕ್ವಾಸಾರ್ ಸ್ವಲ್ಪ ಹೆಚ್ಚು ಗುಣಮಟ್ಟದ ಮೌಲ್ಯಮಾಪನವನ್ನು ನೀಡುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಗರಿಷ್ಠ ಬಳಸಬಹುದಾದ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ ಅನ್ನು ಕಂಡುಹಿಡಿಯಲು ಮಾದರಿಗಳ ಪ್ರತಿಕೃತಿ ಸ್ಕೋರ್ಗಳನ್ನು ಹೋಲಿಸುತ್ತದೆ (ಪ್ರಾಯೋಗಿಕ ಉದ್ದೇಶಕ್ಕಾಗಿ ಪ್ರತಿಕೃತಿಗಳನ್ನು ನಿಜವಾಗಿಯೂ ಸೇರಿಸಲಾಗಿದೆ). ಕೆಲವು ಪ್ರಕಟಣೆಗಳು ಏಕ-ತುಣುಕು ಮಟ್ಟದಲ್ಲಿ ಸಂವಹನ ಆವರ್ತನಗಳನ್ನು ಸ್ಕೋರ್ ಮಾಡಲು ಪ್ರಯತ್ನಿಸಿದವು, ಅಲ್ಲಿ ಕಡಿಮೆ ಸಂಖ್ಯೆಯ ರೀಡ್ಗಳೊಂದಿಗೂ ಹೆಚ್ಚಿನ ವ್ಯಾಪ್ತಿಯನ್ನು ಸಾಧಿಸಬಹುದು. ಹೈಸಿ ಪ್ಲಸ್, ಝಾಂಗ್ ಮತ್ತು ಇತರರು ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಿದ ಸಾಧನವಾಗಿದೆ. 2018 ರಲ್ಲಿ, ಮೂಲ ರೀಡ್ಗಳ 1/16 ಅನ್ನು ಮಾತ್ರ ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಮೂಲ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ಗಳಂತೆಯೇ ಹೈ-ಸಿ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ಗಳನ್ನು ವಿಧಿಸಲು ಸಾಧ್ಯವಾಗುತ್ತದೆ. ಸಮತೋಲನ/ಸಾಮಾನ್ಯೀಕರಣ ಸಮತೋಲನವು ಪಡೆದ ಹೈ-ಸಿ ದತ್ತಾಂಶದ ಪಕ್ಷಪಾತದ ತಿದ್ದುಪಡಿಯ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಅದು ಸ್ಪಷ್ಟವಾಗಿರಬಹುದು ಅಥವಾ ಸೂಚ್ಯವಾಗಿರಬಹುದು. ಸ್ಪಷ್ಟ ಸಮತೋಲನ ವಿಧಾನಗಳಿಗೆ ರೀಡ್ ಮ್ಯಾಪ್ಪಬಿಲಿಟಿ, ಜಿಸಿ ವಿಷಯ ಮತ್ತು ಪ್ರತ್ಯೇಕ ತುಣುಕು ಉದ್ದವನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಂತೆ ಹೈ-ಸಿ ರೀಡ್ಗಳಿಗೆ (ಅಥವಾ ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಯಾವುದೇ ಹೈ-ಥ್ರೋಪುಟ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ತಂತ್ರ) ಸಂಬಂಧಿಸಿರುವ ಪಕ್ಷಪಾತಗಳ ಸ್ಪಷ್ಟ ವ್ಯಾಖ್ಯಾನಗಳು ಬೇಕಾಗುತ್ತವೆ. ಪರಿಗಣಿಸಲಾದ ಪ್ರತಿಯೊಂದು ಪಕ್ಷಪಾತಗಳಿಗೆ ಮೊದಲು ಒಂದು ತಿದ್ದುಪಡಿ ಅಂಶವನ್ನು ಲೆಕ್ಕ ಹಾಕಲಾಗುತ್ತದೆ, ನಂತರ ಅವುಗಳ ಪ್ರತಿಯೊಂದು ಸಂಯೋಜನೆಯನ್ನು ಲೆಕ್ಕ ಹಾಕಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ನಂತರ ಪ್ರತಿ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಬಿನ್ಗೆ ರೀಡ್ ಎಣಿಕೆಗಳಿಗೆ ಅನ್ವಯಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಕೆಲವು ಪಕ್ಷಪಾತಗಳು ಅಜ್ಞಾತ ಮೂಲದಿಂದ ಬರಬಹುದು, ಈ ಸಂದರ್ಭದಲ್ಲಿ ಅದರ ಬದಲಿಗೆ ಸೂಚ್ಯ ಸಮತೋಲನ ವಿಧಾನವನ್ನು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಸೂಚ್ಯ ಸಮತೋಲನವು ಪ್ರತಿ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಲೋಕಸ್ "ಸಮಾನ ಗೋಚರತೆಯನ್ನು" ಹೊಂದಿರಬೇಕು ಎಂಬ ಊಹೆಯ ಮೇಲೆ ಅವಲಂಬಿತವಾಗಿದೆ, ಇದು ಹೈ-ಸಿ ದತ್ತಾಂಶದಲ್ಲಿನ ಪ್ರತಿ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಲೋಕಸ್ನಲ್ಲಿನ ಸಂವಹನ ಸಂಕೇತವು ಅದೇ ಒಟ್ಟು ಮೊತ್ತಕ್ಕೆ ಸೇರಬೇಕು ಎಂದು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ. ಪುನರಾವರ್ತಿತ ತಿದ್ದುಪಡಿ ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುವ ಒಂದು ವಿಧಾನವು ಸಿಂಕ್ಹಾರ್ನ್-ನೋಪ್ ಬ್ಯಾಲೆನ್ಸಿಂಗ್ ಅಲ್ಗಾರಿದಮ್ ಅನ್ನು ಬಳಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಮೇಲೆ ತಿಳಿಸಲಾದ ಊಹೆಯನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಸಮ್ಮಿತೀಯ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ ಅನ್ನು ಸಮತೋಲನಗೊಳಿಸಲು ಪ್ರಯತ್ನಿಸುತ್ತದೆ (ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ನಲ್ಲಿನ ಪ್ರತಿಯೊಂದು ಸಾಲು ಮತ್ತು ಕಾಲಮ್ನ ಮೊತ್ತವನ್ನು ಸಮಗೊಳಿಸುವ ಮೂಲಕ). ಅಲ್ಗಾರಿದಮ್ ಎರಡು ಹಂತಗಳ ನಡುವೆ ಪುನರಾವರ್ತಿತವಾಗಿ ಬದಲಾಗುತ್ತದೆಃ 1) ಪ್ರತಿ ಸಾಲನ್ನು ಅದರ ಸರಾಸರಿಯಿಂದ ಭಾಗಿಸುವುದು, ಮತ್ತು 2) ಪ್ರತಿ ಕಾಲಮ್ ಅನ್ನು ಅದರ ಸರಾಸರಿಯಿಂದ ಭಾಗಿಸುವುದು, ಇವು ಕೊನೆಯಲ್ಲಿ ಒಮ್ಮುಖವಾಗುತ್ತವೆ ಮತ್ತು ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಯ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ನಲ್ಲಿ ಸ್ಪಷ್ಟವಾಗಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಾಲುಗಳು ಅಥವಾ ಕಾಲಮ್ಗಳನ್ನು ಬಿಡುವುದಿಲ್ಲ. ಅನುಕ್ರಮ ಘಟಕ ಸಾಮಾನ್ಯೀಕರಣ (ಎಸ್ಸಿಎನ್), ನೈಟ್-ರೂಯಿಜ್ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್-ಬ್ಯಾಲೆನ್ಸಿಂಗ್ ವಿಧಾನ ಮತ್ತು ಐಜೆನ್ವೆಕ್ಟರ್ ಡಿಕಂಪೊಸಿಷನ್ (ಐಸಿಇ) ಸಾಮಾನ್ಯೀಕರಣ ಸೇರಿದಂತೆ ಹೈ-ಸಿ ದತ್ತಾಂಶಕ್ಕೆ ಅಂತರ್ಗತವಾಗಿರುವ ಪಕ್ಷಪಾತಗಳನ್ನು ಸಾಮಾನ್ಯಗೊಳಿಸಲು ಇತರ ಗಣನೆಯ ವಿಧಾನಗಳು ಸಹ ಅಸ್ತಿತ್ವದಲ್ಲಿವೆ. ಕೊನೆಯಲ್ಲಿ, ಸ್ಪಷ್ಟ ಮತ್ತು ಸೂಚ್ಯ ಪಕ್ಷಪಾತ ತಿದ್ದುಪಡಿ ವಿಧಾನಗಳೆರಡೂ ಹೋಲಿಸಬಹುದಾದ ಫಲಿತಾಂಶಗಳನ್ನು ನೀಡುತ್ತವೆ. ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ಮತ್ತು ದತ್ತಾಂಶ ವ್ಯಾಖ್ಯಾನ ಬಿನ್ ಮಾಡಲಾದ, ಜೀನೋಮ್-ವೈಡ್ ಇಂಟರಾಕ್ಷನ್ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ನೊಂದಿಗೆ, ಸಸ್ತನಿ ಜೀನೋಮ್ಗಳಲ್ಲಿ ಕಂಡುಬರುವ ಸಾಮಾನ್ಯ ಸಂವಹನ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಜೈವಿಕವಾಗಿ ಗುರುತಿಸಬಹುದು ಮತ್ತು ವ್ಯಾಖ್ಯಾನಿಸಬಹುದು, ಆದರೆ ವೃತ್ತಾಕಾರದ ವರ್ಣತಂತುಗಳು ಮತ್ತು ಸೆಂಟ್ರೋಮೀರ್ ಕ್ಲಸ್ಟರಿಂಗ್ನಂತಹ ಅಪರೂಪದ, ಕಡಿಮೆ ಆಗಾಗ್ಗೆ ಗಮನಿಸಿದ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಹೆಚ್ಚುವರಿ ವಿಶೇಷವಾಗಿ-ಅನುಗುಣವಾದ ವಿಧಾನಗಳು ಬೇಕಾಗಬಹುದು. 1. ಸಿಸ್/ಟ್ರಾನ್ಸ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆ ಅನುಪಾತ ಸಿಸ್/ಟ್ರಾನ್ಸ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳು ಹೈ-ಸಿ ನಕ್ಷೆಗಳಲ್ಲಿ ಕಂಡುಬರುವ ಎರಡು ಪ್ರಬಲ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆ ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ ಒಂದಾಗಿದೆ. ಅವು ಲೋಕಸ್-ನಿರ್ದಿಷ್ಟವಲ್ಲ, ಆದ್ದರಿಂದ ಅವುಗಳನ್ನು ಜೀನೋಮ್-ಮಟ್ಟದ ಮಾದರಿ ಎಂದು ಪರಿಗಣಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ವಿಶಿಷ್ಟವಾಗಿ, ಒಂದೇ ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ನಲ್ಲಿ (ಸಿಸ್ನಲ್ಲಿ) ವಾಸಿಸುವ ಜೋಡಿ ಲೋಕೈಗಳಿಗೆ, ವಿಭಿನ್ನ ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ಗಳಲ್ಲಿ (ಟ್ರಾನ್ಸ್ನಲ್ಲಿ) ವಾಸಿಸುವ ಜೋಡಿ ಲೋಕೈಗಳಿಗಿಂತ ಹೆಚ್ಚಿನ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಯ ಆವರ್ತನವನ್ನು ಗಮನಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಹೈ-ಸಿ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ಗಳಲ್ಲಿ, ಸಿಸ್/ಟ್ರಾನ್ಸ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳು ಕರ್ಣದ ಉದ್ದಕ್ಕೂ ಕೇಂದ್ರೀಕೃತವಾದ ಚೌಕಾಕಾರದ ಬ್ಲಾಕ್ಗಳಾಗಿ ಕಾಣಿಸಿಕೊಳ್ಳುತ್ತವೆ, ಅದೇ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಪ್ರತ್ಯೇಕ ವರ್ಣತಂತುಗಳಿಗೆ ಹೊಂದಿಕೆಯಾಗುತ್ತವೆ. ಈ ಮಾದರಿಯು ವಿವಿಧ ಪ್ರಭೇದಗಳು ಮತ್ತು ಜೀವಕೋಶದ ಪ್ರಕಾರಗಳಲ್ಲಿ ತುಲನಾತ್ಮಕವಾಗಿ ಸ್ಥಿರವಾಗಿರುವುದರಿಂದ, ದತ್ತಾಂಶದ ಗುಣಮಟ್ಟವನ್ನು ನಿರ್ಣಯಿಸಲು ಇದನ್ನು ಬಳಸಬಹುದು. ಯಾದೃಚ್ಛಿಕ ಹಿನ್ನೆಲೆ ಬಂಧನ ಅಥವಾ ಯಾವುದೇ ಅಜ್ಞಾತ ಅಂಶದ ಕಾರಣದಿಂದಾಗಿ, ಶಬ್ಧದ ಪ್ರಯೋಗವು ಕಡಿಮೆ ಸಿಸ್-ಟ್ರಾನ್ಸ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಯ ಅನುಪಾತಕ್ಕೆ ಕಾರಣವಾಗುತ್ತದೆ (ಏಕೆಂದರೆ ಶಬ್ದವು ಸಿಸ್ ಮತ್ತು ಟ್ರಾನ್ಸ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳೆರಡರ ಮೇಲೂ ಅದೇ ಪ್ರಮಾಣದಲ್ಲಿ ಪರಿಣಾಮ ಬೀರುತ್ತದೆ ಎಂದು ನಿರೀಕ್ಷಿಸಲಾಗಿದೆ), ಮತ್ತು ಉತ್ತಮ-ಗುಣಮಟ್ಟದ ಪ್ರಯೋಗಗಳು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಮಾನವ ಜೀನೋಮ್ಗೆ 40 ಮತ್ತು 60 ರ ನಡುವೆ ಸಿಸ್/ಟ್ರಾನ್ಸ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಯ ಅನುಪಾತವನ್ನು ಹೊಂದಿರುತ್ತವೆ. 2. ದೂರ-ಅವಲಂಬಿತ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆ ಆವರ್ತನ ಈ ಮಾದರಿಯು ಜೀನೋಮ್ ಮಟ್ಟದಲ್ಲಿ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆ ಆವರ್ತನಗಳ ದೂರ-ಅವಲಂಬಿತ ಕೊಳೆಯುವಿಕೆಯನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಎರಡು ಪ್ರಬಲ ಹೈ-ಸಿ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆ ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ ಎರಡನೆಯದನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತದೆ. ಸಿಸ್-ಇಂಟರಾಕ್ಟಿಂಗ್ ಲೋಕಿಯ ನಡುವಿನ ಇಂಟರಾಕ್ಷನ್ ಆವರ್ತನಗಳು ಕಡಿಮೆಯಾಗುತ್ತಿದ್ದಂತೆ (ಅವುಗಳ ನಡುವಿನ ಮತ್ತಷ್ಟು ಅಂತರದ ಪರಿಣಾಮವಾಗಿ), ಇಂಟರಾಕ್ಷನ್ ಆವರ್ತನದ ಕ್ರಮೇಣ ಇಳಿಕೆಯನ್ನು ಇಂಟರಾಕ್ಷನ್ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ನಲ್ಲಿ ಕರ್ಣದಿಂದ ದೂರ ಹೋಗುವುದನ್ನು ಗಮನಿಸಬಹುದು. ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ದೂರದಿಂದ ಬೇರ್ಪಟ್ಟ ಸ್ಥಳೀಯ ಜೋಡಿಗಳ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳನ್ನು ಸಂಖ್ಯಾಶಾಸ್ತ್ರೀಯವಾಗಿ ನಿರೂಪಿಸಲು ವಿವಿಧ ಪಾಲಿಮರ್ ಮಾದರಿಗಳು ಅಸ್ತಿತ್ವದಲ್ಲಿವೆ, ಆದರೆ ಡೇಟಾಪಾಯಿಂಟ್ಗಳ ನಡುವಿನ ದೂರ-ಅವಲಂಬಿತ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆ ಆವರ್ತನಗಳನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲು ಪ್ರತ್ಯೇಕ ಬೈನಿಂಗ್ ಮತ್ತು ಫಿಟ್ಟಿಂಗ್ ನಿರಂತರ ಕಾರ್ಯಗಳು ಎರಡು ಸಾಮಾನ್ಯ ಮಾರ್ಗಗಳಾಗಿವೆ. ಮೊದಲನೆಯದಾಗಿ, ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆ ಆವರ್ತನಗಳನ್ನು ಅವುಗಳ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಅಂತರದ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ಬಿನ್ ಮಾಡಬಹುದು, ನಂತರ ಪ್ರತಿ ಬಿನ್ನ ಸರಾಸರಿ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ದತ್ತಾಂಶಕ್ಕೆ ನಿರಂತರ ಕಾರ್ಯವನ್ನು ಅಳವಡಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಪರಿಣಾಮವಾಗಿ ಉಂಟಾಗುವ ಕೊಳೆಯುವ ಕಾರ್ಯವನ್ನು ಲಾಗ್-ಲಾಗ್ ಪ್ಲಾಟ್ನಲ್ಲಿ ರೂಪಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಇದರಿಂದಾಗಿ ಪಾಲಿಮರ್ ಮಾದರಿಗಳು ಊಹಿಸಿದ ಪವರ್-ಲಾ ಕೊಳೆತಗಳನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸಲು ರೇಖೀಯ ರೇಖೆಯನ್ನು ಬಳಸಬಹುದು. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಅನೇಕವೇಳೆ ಸರಳ ಪಾಲಿಮರ್ ಮಾದರಿಯು ದೂರ-ಅವಲಂಬಿತ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆ ಆವರ್ತನಗಳನ್ನು ಸಂಪೂರ್ಣವಾಗಿ ಪ್ರತಿನಿಧಿಸಲು ಸಾಕಾಗುವುದಿಲ್ಲ, ಈ ಹಂತದಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚು ಸಂಕೀರ್ಣವಾದ ಕೊಳೆತ ಕಾರ್ಯಗಳು ಉಂಟಾಗಬಹುದು, ಇದು ಹೈ-ಸಿ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ನಲ್ಲಿ ಕಂಡುಬರುವ ಜೀನೋಮ್-ವೈಡ್ ಮಾದರಿಗಳಿಗಿಂತ (ಪಾಲಿಮರ್ ಮಾದರಿಗಳಿಂದ ಗಣನೆಗೆ ತೆಗೆದುಕೊಳ್ಳದ) ಲೋಕಸ್-ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಉಪಸ್ಥಿತಿಯಿಂದಾಗಿ ದತ್ತಾಂಶದ ಪುನರುತ್ಪಾದನೆಯ ಮೇಲೆ ಪರಿಣಾಮ ಬೀರಬಹುದು. 3. ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ವಿಭಾಗಗಳು ಹೈ-ಸಿ ನಕ್ಷೆಗಳಲ್ಲಿ ಕಂಡುಬರುವ ಪ್ರಬಲವಾದ ಲೋಕಸ್-ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಮಾದರಿಯು ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ವಿಭಾಗಗಳಾಗಿವೆ, ಇದು ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಯ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ನಲ್ಲಿ ಪ್ಲಾಯಿಡ್ ಅಥವಾ "ಚೆಕರ್-ಬೋರ್ಡ್" ನಂತಹ ಮಾದರಿಯ ಆಕಾರವನ್ನು ತೆಗೆದುಕೊಳ್ಳುತ್ತದೆ, ಪರ್ಯಾಯ ಬ್ಲಾಕ್ಗಳು 1 ಮತ್ತು 10 ಎಂಬಿ ಗಾತ್ರದಲ್ಲಿರುತ್ತವೆ (ಇದು ಮಾನವ ಜೀನೋಮ್ನಲ್ಲಿ ಅತ್ಯಂತ ಕಡಿಮೆ ಮಾದರಿಯ ಪ್ರಯೋಗಗಳಲ್ಲಿಯೂ ಸಹ ಅವುಗಳನ್ನು ಹೊರತೆಗೆಯಲು ಸುಲಭವಾಗಿಸುತ್ತದೆ). ಈ ಮಾದರಿಯನ್ನು ಹೆಚ್ಚಿನ ಮತ್ತು ಕಡಿಮೆ ಆವರ್ತನಗಳೆರಡರಲ್ಲೂ ಕಾಣಬಹುದು. ವರ್ಣತಂತುಗಳು ಪ್ರತ್ಯೇಕ ವರ್ಣತಂತುಗಳ ಉದ್ದಕ್ಕೂ ಬದಲಾಗುವ ಎರಡು ರೀತಿಯ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಪ್ರದೇಶಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುವುದರಿಂದ, ಒಂದೇ ರೀತಿಯ ಎರಡು ಪ್ರದೇಶಗಳ ನಡುವಿನ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆ ಆವರ್ತನಗಳು ಮತ್ತು ವಿಭಿನ್ನ ಪ್ರಕಾರಗಳ ಎರಡು ಪ್ರದೇಶಗಳ ನಡುವಿನ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆ ಆವರ್ತನಗಳು ಸಾಕಷ್ಟು ಭಿನ್ನವಾಗಿರಬಹುದು. ಸಕ್ರಿಯ (ಎ) ಮತ್ತು ನಿಷ್ಕ್ರಿಯ (ಬಿ) ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ವಿಭಾಗಗಳ ವ್ಯಾಖ್ಯಾನವು ಪ್ರಧಾನ ಘಟಕ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಆಧರಿಸಿದೆ, ಇದನ್ನು ಮೊದಲು ಲಿಬರ್ಮನ್-ಐಡೆನ್ ಮತ್ತು ಇತರರು ಸ್ಥಾಪಿಸಿದರು. 2009ರಲ್ಲಿ. ಅವರ ವಿಧಾನವು ನಿರೀಕ್ಷಿತ ಮತ್ತು ನಿರೀಕ್ಷಿತ ಸಂಕೇತದ (ದೂರ-ಸಾಮಾನ್ಯೀಕೃತ ಸಂಪರ್ಕ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ನಿಂದ ಪಡೆದ) ಅನುಪಾತದ ಹೈ-ಸಿ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ನ ಪರಸ್ಪರ ಸಂಬಂಧವನ್ನು ಲೆಕ್ಕ ಹಾಕಿತು ಮತ್ತು ಫಲಿತಾಂಶದ ಕಥಾವಸ್ತುವಿನ ಧನಾತ್ಮಕ ಮತ್ತು ಋಣಾತ್ಮಕ ಭಾಗಗಳನ್ನು ಅನುಕ್ರಮವಾಗಿ ಎ ಮತ್ತು ಬಿ ವಿಭಾಗಗಳಾಗಿ ಸೂಚಿಸಲು ಮೊದಲ ಐಗನ್ವೆಕ್ಟರ್ನ ಚಿಹ್ನೆಯನ್ನು ಬಳಸಿತು. ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ವಿಭಾಗಗಳು ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಸ್ಥಿತಿಗಳೊಂದಿಗೆ ಪರಸ್ಪರ ಸಂಬಂಧ ಹೊಂದಿವೆ ಎಂದು ಅನೇಕ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಅಧ್ಯಯನಗಳು ಸೂಚಿಸಿವೆ, ಉದಾಹರಣೆಗೆ ಜೀನ್ ಸಾಂದ್ರತೆ, ಡಿಎನ್ಎ ಲಭ್ಯತೆ, ಜಿಸಿ ವಿಷಯ, ಪ್ರತಿಕೃತಿ ಸಮಯ ಮತ್ತು ಹಿಸ್ಟೋನ್ ಗುರುತುಗಳು. ಆದ್ದರಿಂದ, ಟೈಪ್ ಎ ವಿಭಾಗಗಳನ್ನು ಯೂಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ನ ಜೀನ್-ದಟ್ಟವಾದ ಪ್ರದೇಶಗಳನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸಲು ಹೆಚ್ಚು ನಿರ್ದಿಷ್ಟವಾಗಿ ವ್ಯಾಖ್ಯಾನಿಸಲಾಗಿದೆ, ಆದರೆ ಟೈಪ್ ಬಿ ವಿಭಾಗಗಳು ಕಡಿಮೆ ಜೀನ್ ಚಟುವಟಿಕೆಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಭಿನ್ನವರ್ಣದ ಪ್ರದೇಶಗಳನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತವೆ. ಒಟ್ಟಾರೆಯಾಗಿ, ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ವಿಭಾಗಗಳು ಆಸಕ್ತಿಯ ಜೀನೋಮ್ನ ಸಾಮಾನ್ಯ ಸಂಘಟನಾ ತತ್ವಗಳ ಬಗ್ಗೆ ಒಳನೋಟಗಳನ್ನು ನೀಡುತ್ತವೆ. ಕಳೆದ ದಶಕದಲ್ಲಿ ಹೋಮ್, ಹೈಟಿಸಿ ಆರ್ ಮತ್ತು ಸಿಸ್ಕೋರ್ ಟೂಲ್ ಸೇರಿದಂತೆ ಕಂಪಾರ್ಟ್ಮೆಂಟ್ ಕರೆ ಮಾಡುವ ಸಾಮರ್ಥ್ಯವನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಹೆಚ್ಚು ಹೆಚ್ಚು ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್ ಸಾಧನಗಳನ್ನು ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಲಾಗಿದೆ. ಅವುಗಳಲ್ಲಿ ಪ್ರತಿಯೊಂದೂ 2009 ರ ಮೂಲ ವಿಧಾನದ ಮೇಲೆ ಮಾಡಿದ ತಮ್ಮದೇ ಆದ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳು ಮತ್ತು ಆಪ್ಟಿಮೈಸೇಶನ್ಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿದ್ದರೂ, ಅವುಗಳ ಮೂಲ ಪ್ರೋಟೋಕಾಲ್ಗಳು ಇನ್ನೂ ಪ್ರಧಾನ ಘಟಕ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಅವಲಂಬಿಸಿವೆ. 4. ಟೋಪೋಲಾಜಿಕಲಿ ಅಸೋಸಿಯೇಟಿಂಗ್ ಡೊಮೇನ್ಗಳು (ಟಿಎಡಿಗಳು) ಟಿಎಡಿಗಳು ಉಪ-ಎಂಬಿ ರಚನೆಗಳಾಗಿದ್ದು, ಸ್ಥಳೀಯ ಪ್ರವರ್ತಕ-ವರ್ಧಕ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳಂತಹ ಜೀನ್-ನಿಯಂತ್ರಕ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರಬಹುದು. ಹೆಚ್ಚು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ, ಟಿಎಡಿಗಳನ್ನು ಆಧಾರವಾಗಿರುವ ಜೈವಿಕ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನಗಳ ಹೊರಹೊಮ್ಮುವ ಗುಣವೆಂದು ಪರಿಗಣಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಇದು ಟಿಎಡಿಗಳನ್ನು ಜೀನೋಮ್ನ ಸ್ಥಿರ ರಚನಾತ್ಮಕ ಲಕ್ಷಣಕ್ಕಿಂತ ಹೆಚ್ಚಾಗಿ ಲೂಪ್ ಹೊರತೆಗೆಯುವಿಕೆಗಳು, ವಿಭಾಗೀಕರಣಗಳು ಅಥವಾ ಯಾವುದೇ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಮಾದರಿ ಎಂದು ವ್ಯಾಖ್ಯಾನಿಸುತ್ತದೆ. ಹೀಗಾಗಿ, ಟಿಎಡಿಗಳು ನಿಯಂತ್ರಕ ಸೂಕ್ಷ್ಮ ಪರಿಸರಗಳನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತವೆ ಮತ್ತು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಹೈ-ಸಿ ನಕ್ಷೆಯಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚು ಸ್ವಯಂ-ಸಂವಹನ ಪ್ರದೇಶಗಳ ಬ್ಲಾಕ್ಗಳಾಗಿ ಕಾಣಿಸಿಕೊಳ್ಳುತ್ತವೆ, ಇದರಲ್ಲಿ ಪ್ರದೇಶದೊಳಗಿನ ಸಂವಹನ ಆವರ್ತನಗಳು ಎರಡು ಪಕ್ಕದ ಪ್ರದೇಶಗಳ ನಡುವಿನ ಸಂವಹನ ಆವರ್ತನಗಳಿಗಿಂತ ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ಹೆಚ್ಚಾಗಿರುತ್ತವೆ. ಹೈ-ಸಿ ಇಂಟರಾಕ್ಷನ್ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ಗಳಲ್ಲಿ, ಟಿಎಡಿಗಳು ಕರ್ಣದ ಉದ್ದಕ್ಕೂ ಕೇಂದ್ರೀಕೃತವಾದ ಎತ್ತರದ ಇಂಟರಾಕ್ಷನ್ ಆವರ್ತನಗಳ ಚದರ ಬ್ಲಾಕ್ಗಳಾಗಿವೆ. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಇದು ಕೇವಲ ಅತಿ ಸರಳೀಕರಿಸಿದ ವಿವರಣೆಯಾಗಿದೆ, ಮತ್ತು ನಿಜವಾದ ಮಾದರಿಯನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಹೆಚ್ಚು ಸಂಖ್ಯಾಶಾಸ್ತ್ರೀಯ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆ ಮತ್ತು ಅಂದಾಜಿನ ಅಗತ್ಯವಿದೆ. ಟಿಎಡಿಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸುವ ಒಂದು ವಿಧಾನವನ್ನು ಡಿಕ್ಸನ್ ಮತ್ತು ಇತರರು ವಿವರಿಸಿದ್ದಾರೆ, ಅಲ್ಲಿ ಅವರು ಮೊದಲು ಸರಾಸರಿ ಅಪ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳು ಮತ್ತು ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ನಲ್ಲಿನ ಪ್ರತಿ ಬಿನ್ನ ಸರಾಸರಿ ಡೌನ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳ ನಡುವಿನ ವ್ಯತ್ಯಾಸವನ್ನು (ಕೆಲವು ಜೀನೋಮಿಕ್ ವ್ಯಾಪ್ತಿಯೊಳಗೆ) ಲೆಕ್ಕ ಹಾಕಿದರು. ಈ ವ್ಯತ್ಯಾಸವನ್ನು ನಂತರ ಹಿಡನ್ ಮಾರ್ಕೋವ್ ಮಾದರಿಯ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ಚಿ-ಸ್ಕ್ವೇರ್ಡ್ ಅಂಕಿಅಂಶವಾಗಿ ಪರಿವರ್ತಿಸಲಾಯಿತು, ಮತ್ತು ಈ ಚಿ-ಸ್ಕ್ವೇರ್ಡ್ ಮೌಲ್ಯದಲ್ಲಿನ ಯಾವುದೇ ತೀಕ್ಷ್ಣವಾದ ಬದಲಾವಣೆಯನ್ನು ನಿರ್ದೇಶನ ಸೂಚ್ಯಂಕ ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ, ಇದು ಟಿಎಡಿಗಳ ಗಡಿಗಳನ್ನು ವ್ಯಾಖ್ಯಾನಿಸುತ್ತದೆ. ಪರ್ಯಾಯವಾಗಿ, ನೌಮೋವಾ ಮತ್ತು ಇತರರು ಮಾಡಿದಂತೆ, ಟಿಎಡಿ ಗಡಿಗಳನ್ನು ವ್ಯಾಖ್ಯಾನಿಸಲು ಸರಾಸರಿ ಅಪ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್ ಮತ್ತು ಡೌನ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳ ನಡುವಿನ ಅನುಪಾತವನ್ನು ತೆಗೆದುಕೊಳ್ಳಬಹುದು. ಮತ್ತೊಂದು ವಿಧಾನವೆಂದರೆ ಕೆಲವು ಪೂರ್ವನಿರ್ಧರಿತ ಜೀನೋಮಿಕ್ ವ್ಯಾಪ್ತಿಯೊಳಗೆ ಪ್ರತಿ ಬಿನ್ ಅನ್ನು ದಾಟುವ ಸರಾಸರಿ ಪರಸ್ಪರ ಆವರ್ತನಗಳನ್ನು ಲೆಕ್ಕ ಹಾಕುವುದು. ಪರಿಣಾಮವಾಗಿ ಬರುವ ಮೌಲ್ಯವನ್ನು ನಿರೋಧನ ಸ್ಕೋರ್ ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಇದನ್ನು ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ನ ಕರ್ಣದ ಉದ್ದಕ್ಕೂ ಜಾರುವ ಚೌಕದ ಸರಾಸರಿ ಎಂದು ಭಾವಿಸಬಹುದು (ಕ್ರೇನ್ ಮತ್ತು ಇತರರು.). ಈ ಮೌಲ್ಯವು ಟಿಎಡಿ ಗಡಿಗಳಲ್ಲಿ ಕಡಿಮೆಯಿರುತ್ತದೆ ಎಂದು ನಿರೀಕ್ಷಿಸಲಾಗಿದೆ; ಹೀಗಾಗಿ, ಸ್ಥಳೀಯ ಮಿನಿಮಾವನ್ನು (ಗಡಿಗಳು) ಕಂಡುಹಿಡಿಯಲು ಪ್ರಮಾಣಿತ ಸಂಖ್ಯಾಶಾಸ್ತ್ರೀಯ ತಂತ್ರಗಳನ್ನು ಬಳಸಬಹುದು ಮತ್ತು ಸತತ ಗಡಿಗಳ ನಡುವಿನ ಪ್ರದೇಶಗಳನ್ನು ಟಿಎಡಿಗಳೆಂದು ವ್ಯಾಖ್ಯಾನಿಸಬಹುದು. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಇಂದು ಹೆಚ್ಚು ಗುರುತಿಸಲ್ಪಟ್ಟಿರುವಂತೆ, ಟಿಎಡಿಗಳು ಹಿಂದಿನ ವಿಧಾನಗಳಿಂದ ನೀಡಲಾದ ಒಂದು ಆಯಾಮದ ಅಂಕಗಳಿಂದ ಸಂಪೂರ್ಣವಾಗಿ ನಿರೂಪಿಸಲಾಗದ ರಚನೆಗಳ ಶ್ರೇಣೀಕೃತ ಸರಣಿಯನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತವೆ. ಹೊಸ ಡೇಟಾಸೆಟ್ಗಳಲ್ಲಿ ಲಭ್ಯವಿರುವ ಹೆಚ್ಚಿದ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ ಈಗ ಬಹು-ಪ್ರಮಾಣದ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯ ವಿಧಾನಗಳೊಂದಿಗೆ ಟಿಎಡಿಗಳನ್ನು ಸ್ಪಷ್ಟವಾಗಿ ಪರಿಹರಿಸಬಹುದು. ಆರ್ಮಟಸ್ ಮೊದಲು ಪರಿಚಯಿಸಿದಂತೆ, ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಡೊಮೇನ್ಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಬಹುದು ಮತ್ತು ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ಗಳಾದ್ಯಂತ ಸಂರಕ್ಷಿಸಲಾದ ಡೊಮೇನ್ಗಳ ಒಮ್ಮತದ ಗುಂಪನ್ನು ಲೆಕ್ಕ ಹಾಕಬಹುದು, ಇದು ಟಿಎಡಿ ಕರೆಯುವ ಸಮಸ್ಯೆಯನ್ನು ಅವುಗಳ ಸ್ಥಳೀಯ ಸಂವಹನ ಸಾಂದ್ರತೆಗಳ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ಸ್ಕೋರಿಂಗ್ ಕಾರ್ಯಗಳ ಆಪ್ಟಿಮೈಸೇಶನ್ ಆಗಿ ಪರಿವರ್ತಿಸುತ್ತದೆ. ಹೆಚ್ಚಿನ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ ಡೇಟಾಸೆಟ್ಗಳಲ್ಲಿ ಉತ್ತಮ ಕಂಪ್ಯೂಟಿಂಗ್ ಕಾರ್ಯಕ್ಷಮತೆಯನ್ನು ಸಾಧಿಸಲು ಲಾವಾಬರ್ಸ್ಟ್, ಮಿಸ್ಟರ್ ಟಿಎಡಿಎಫ್ ಫೈಂಡರ್, 3ಡಿ ನೆಟ್ ಮಾಡ್ ಮತ್ತು ಮ್ಯಾಟ್ರಿಯೋಷ್ಕಾ ಮುಂತಾದ ವಿವಿಧ ವಸ್ತುನಿಷ್ಠ ಕಾರ್ಯಗಳೊಂದಿಗೆ ಈ ವಿಧಾನದ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳನ್ನು ಸಹ ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಲಾಗಿದೆ. 5ರಷ್ಟಿದೆ. ಜೈವಿಕವಾಗಿ, ನಿಯಂತ್ರಕ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಟಿಎಡಿಗಳಿಗಿಂತ ಚಿಕ್ಕ ಪ್ರಮಾಣದಲ್ಲಿ ಸಂಭವಿಸುತ್ತವೆ, ಮತ್ತು ಎರಡು ಜೀನೋಮಿಕ್ ಅಂಶಗಳು 1 ಕೆಬಿ ಯಷ್ಟು ಸಣ್ಣ ಅಂತರದಲ್ಲಿ ಜೀನ್ನ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯನ್ನು ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸಬಹುದು/ತಡೆಯಬಹುದು. ಆದ್ದರಿಂದ, ಹೈ-ಸಿ ನಕ್ಷೆಗಳನ್ನು ಅರ್ಥೈಸಿಕೊಳ್ಳುವಲ್ಲಿ ಪಾಯಿಂಟ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳು ಮುಖ್ಯವಾಗಿವೆ, ಮತ್ತು ಸಂಪರ್ಕ ಸಂಭವನೀಯತೆಯಲ್ಲಿ ಸ್ಥಳೀಯ ಪುಷ್ಟೀಕರಣಗಳಾಗಿ ಕಾಣಿಸಿಕೊಳ್ಳುವ ನಿರೀಕ್ಷೆಯಿದೆ. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಬಿಂದು ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸುವ ಪ್ರಸ್ತುತ ವಿಧಾನಗಳೆಲ್ಲವೂ ಪ್ರಕೃತಿಯಲ್ಲಿ ಸೂಚ್ಯವಾಗಿವೆ, ಏಕೆಂದರೆ ಅವು ಬಿಂದು ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆ ಹೇಗಿರಬೇಕು ಎಂಬುದನ್ನು ಸೂಚಿಸುವುದಿಲ್ಲ. ಬದಲಿಗೆ, ಹೈ-ಸಿ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ನಲ್ಲಿ ನಿರೀಕ್ಷಿಸಿದ್ದಕ್ಕಿಂತ ಹೆಚ್ಚಿನ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆ ಆವರ್ತನಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಬಿಂದು ರೂಪಾಂತರಗಳನ್ನು ಬಾಹ್ಯರೇಖೆಗಳು ಎಂದು ಗುರುತಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಏಕೆಂದರೆ ಹಿನ್ನೆಲೆ ಮಾದರಿಯು ದೂರ-ಕೊಳೆತ ಕಾರ್ಯಗಳಂತಹ ಪ್ರಬಲ ಸಂಕೇತಗಳನ್ನು ಮಾತ್ರ ಹೊಂದಿರುತ್ತದೆ. ಸ್ಥಳೀಯ ಸಂಕೇತ ವಿತರಣೆ ಮತ್ತು ಜಾಗತಿಕ ವಿಧಾನಗಳೆರಡನ್ನೂ ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಹಿನ್ನೆಲೆ ಮಾದರಿಯನ್ನು ಅಂದಾಜು ಮಾಡಬಹುದು ಮತ್ತು ನಿರ್ಮಿಸಬಹುದು (ಅಂದರೆ. ವರ್ಣತಂತು-ಅಗಲ/ಜೀನೋಮ್-ಅಗಲ). ಮೇಲೆ ತಿಳಿಸಲಾದ ಅನೇಕ ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್ ಪ್ಯಾಕೇಜುಗಳು ಪಾಯಿಂಟ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಕ್ರಮಾವಳಿಗಳನ್ನು ಸಂಯೋಜಿಸುತ್ತವೆ. ಸಂಕ್ಷಿಪ್ತವಾಗಿ ಹೇಳುವುದಾದರೆ, ವೈಯಕ್ತಿಕ ಜೋಡಿವಾರು ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಯ ಮಹತ್ವವನ್ನು ಲೆಕ್ಕ ಹಾಕಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ಬಾಹ್ಯರೇಖೆಗಳನ್ನು ನಿಜವಾದ ಮಾಹಿತಿಯುಕ್ತ ಬಿಂದು ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳೆಂದು ಗುರುತಿಸುವ ಮೊದಲು ಅನೇಕ ಪರೀಕ್ಷೆಗಳಿಗೆ ಸರಿಪಡಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಈ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳು ನಿಜವಾಗಿಯೂ ಜೈವಿಕ ಮಹತ್ವವನ್ನು ಹೊಂದಿವೆ ಎಂಬುದನ್ನು ಸೂಚಿಸಲು, ಪುಷ್ಟೀಕರಣದ ಅಂಕಗಳು ಮತ್ತು ಜೈವಿಕ ಪ್ರತಿಕೃತಿಗಳ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯಂತಹ ಹೆಚ್ಚುವರಿ ಪುರಾವೆಗಳೊಂದಿಗೆ ಗುರುತಿಸಲಾದ ಬಿಂದು ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಪೂರಕಗೊಳಿಸುವುದು ಸಹಾಯಕವಾಗಿದೆ. ಬಳಕೆ ಅಭಿವೃದ್ಧಿ 1. ಜೀವಕೋಶ ವಿಭಜನೆಯ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ರಚನೆಯ ಬದಲಾವಣೆಗಳನ್ನು ಹೈ-ಸಿ ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸಬಹುದು. ಇಂಟರ್ಫೇಸ್ನಲ್ಲಿ, ಕ್ರೊಮ್ಯಾಟಿನ್ಗಳು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಸಡಿಲವಾಗಿರುತ್ತವೆ ಮತ್ತು ಚುರುಕಾಗಿರುತ್ತವೆ, ಇದರಿಂದಾಗಿ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ನಿಯಂತ್ರಣ ಮತ್ತು ಇತರ ನಿಯಂತ್ರಕ ಚಟುವಟಿಕೆಗಳು ನಡೆಯಬಹುದು. ಮಿಟೋಸಿಸ್ ಮತ್ತು ಜೀವಕೋಶ ವಿಭಜನೆಯನ್ನು ಪ್ರವೇಶಿಸುವಾಗ, ಕ್ರೊಮ್ಯಾಟಿನ್ಗಳು ದಟ್ಟವಾದ ಸಿಲಿಂಡರಾಕಾರದ ವರ್ಣತಂತುಗಳಾಗಿ ಸಾಂದ್ರವಾಗಿ ಮಡಚಿಕೊಳ್ಳುತ್ತವೆ. ಕಳೆದ ಐದು ವರ್ಷಗಳಲ್ಲಿ, ಏಕ-ಜೀವಕೋಶದ ಹೈ-ಸಿ ಅಭಿವೃದ್ಧಿಯು ಜೀವಕೋಶದ ಚಕ್ರದುದ್ದಕ್ಕೂ ಕ್ರೊಮ್ಯಾಟಿನ್ಗಳು/ವರ್ಣತಂತುಗಳ ಸಂಪೂರ್ಣ 3ಡಿ ರಚನಾತ್ಮಕ ಭೂದೃಶ್ಯದ ಚಿತ್ರಣವನ್ನು ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸಿದೆ, ಮತ್ತು ಅನೇಕ ಅಧ್ಯಯನಗಳು ಗುರುತಿಸಲಾದ ಈ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಡೊಮೇನ್ಗಳು ಇಂಟರ್ಫೇಸ್ನಲ್ಲಿ ಬದಲಾಗದೆ ಉಳಿದಿವೆ ಮತ್ತು ಜೀವಕೋಶವು ಮೈಟೋಸಿಸ್ಗೆ ಪ್ರವೇಶಿಸಿದಾಗ ಮೌನಗೊಳಿಸುವ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನಗಳಿಂದ ಅಳಿಸಿಹೋಗಿವೆ ಎಂದು ಕಂಡುಹಿಡಿದಿದೆ. ಮೈಟೋಟಿಕ್ ವಿಭಜನೆಯು ಪೂರ್ಣಗೊಂಡಾಗ ಮತ್ತು ಜೀವಕೋಶವು ಇಂಟರ್ಫೇಸ್ಗೆ ಮರು-ಪ್ರವೇಶಿಸಿದಾಗ, ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ 3D ರಚನೆಗಳು ಮರು-ಸ್ಥಾಪಿತವಾಗುವುದನ್ನು ಗಮನಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಪ್ರತಿಲೇಖನ ನಿಯಂತ್ರಣವನ್ನು ಪುನಃಸ್ಥಾಪಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. 2. ಪ್ರತಿಲೇಖನ ನಿಯಂತ್ರಣ ಮತ್ತು ಅದೃಷ್ಟದ ನಿರ್ಣಯ ಭ್ರೂಣದ ಕಾಂಡಕೋಶಗಳು (ಇಎಸ್ಸಿಗಳು) ಮತ್ತು ಪ್ರೇರಿತ ಪ್ಲುರಿಪೊಟೆಂಟ್ ಕಾಂಡಕೋಶಗಳು (ಐಪಿಎಸ್ಸಿಗಳು) ವಿವಿಧ ಪ್ರೌಢ ಜೀವಕೋಶದ ವಂಶಾವಳಿಗಳ ನಡುವಿನ ವ್ಯತ್ಯಾಸವು ವರ್ಣತಂತು ರಚನೆಗಳಲ್ಲಿನ ಜಾಗತಿಕ ಬದಲಾವಣೆಗಳು ಮತ್ತು ಅದರ ಪರಿಣಾಮವಾಗಿ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕತೆಯು ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸುವಿಕೆ/ಮೌನಗೊಳಿಸುವಿಕೆಯ ನಿಯಂತ್ರಣಕ್ಕೆ ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ ಎಂದು ಶಂಕಿಸಲಾಗಿದೆ. ಈ ಸಂಶೋಧನಾ ಪ್ರಶ್ನೆಯನ್ನು ತನಿಖೆ ಮಾಡಲು ಸ್ಟ್ಯಾಂಡರ್ಡ್ ಹೈ-ಸಿಯನ್ನು ಬಳಸಬಹುದು. 2015ರಲ್ಲಿ, ಡಿಕ್ಸನ್ ಮತ್ತು ಇತರರು. ಮಾನವ ಇ. ಎಸ್. ಸಿ. ಗಳಲ್ಲಿನ ಜಾಗತಿಕ 3ಡಿ ಡೈನಾಮಿಕ್ಸ್ಅನ್ನು ಅವುಗಳ ಉನ್ನತ ಐದು ಕೋಶಗಳ ನಡುವಿನ ವ್ಯತ್ಯಾಸದ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಸೆರೆಹಿಡಿಯಲು ಸ್ಟ್ಯಾಂಡರ್ಡ್ ಹೈ-ಸಿಅನ್ನು ಅನ್ವಯಿಸಲಾಗಿದೆ. ಭಿನ್ನತೆ-ಸಂಬಂಧಿತ ಟಿಎಡಿಗಳಲ್ಲಿ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಸಂವಹನಗಳನ್ನು ಚಿತ್ರಿಸುವ ಹೈ-ಸಿಯ ಸಾಮರ್ಥ್ಯದಿಂದಾಗಿ, ಸಂಶೋಧಕರು ಡಿಹೆಚ್ಎಸ್ ತಾಣಗಳ ಸಂಖ್ಯೆ, ಸಿಟಿಸಿಎಫ್ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಸಾಮರ್ಥ್ಯ, ಸಕ್ರಿಯ ಹಿಸ್ಟೋನ್ ಮಾರ್ಪಾಡುಗಳು ಮತ್ತು ಆಸಕ್ತಿಯ ಈ ಟಿಎಡಿಗಳಲ್ಲಿ ಗುರಿ ಜೀನ್ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಗಳಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚಳವನ್ನು ಕಂಡುಹಿಡಿದರು ಮತ್ತು ದೈಹಿಕ ಜೀವಕೋಶದ ಪುನರ್ರಚನೆಯ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಸಂವಹನ ಜಾಲದಲ್ಲಿ ಒಸಿಟಿ 4, ಎನ್ಎಎನ್ಓಜಿ ಮತ್ತು ಎಸ್ಒಎಕ್ಸ್ 2 ನಂತಹ ಪ್ರಮುಖ ಪ್ಲುರಿಪೊಟೆನ್ಸಿ ಅಂಶಗಳ ಗಮನಾರ್ಹ ಭಾಗವಹಿಸುವಿಕೆಯನ್ನು ಕಂಡುಕೊಂಡರು. ಅಂದಿನಿಂದ, ಪ್ರತಿಲೇಖನ ನಿಯಂತ್ರಕ ಚಟುವಟಿಕೆಗಳನ್ನು ತನಿಖೆ ಮಾಡುವ ಪ್ರಮಾಣಿತ ವಿಧಾನಗಳಲ್ಲಿ ಒಂದಾಗಿ ಹೈ-ಸಿ ಗುರುತಿಸಲ್ಪಟ್ಟಿದೆ ಮತ್ತು ವರ್ಣತಂತು ರಚನೆಯು ಜೀವಕೋಶದ ಭವಿಷ್ಯದೊಂದಿಗೆ ನಿಕಟ ಸಂಬಂಧವನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ ಎಂದು ದೃಢಪಡಿಸಿದೆ. 3. ಸಸ್ತನಿಗಳ ದೈಹಿಕ ಬೆಳವಣಿಗೆ ಮತ್ತು ಬೆಳವಣಿಗೆಯು ವೀರ್ಯ ಮತ್ತು ಅಂಡಕೋಶಗಳ ಫಲೀಕರಣದೊಂದಿಗೆ ಪ್ರಾರಂಭವಾಗುತ್ತದೆ, ನಂತರ ಝೈಗೋಟ್ ಹಂತ, 2-ಕೋಶ, 4-ಕೋಶ ಮತ್ತು 8-ಕೋಶ ಹಂತ, ಬ್ಲಾಸ್ಟೋಸಿಸ್ಟ್ ಹಂತ ಮತ್ತು ಅಂತಿಮವಾಗಿ ಭ್ರೂಣದ ಹಂತ. ಬೆಳವಣಿಗೆ ಮತ್ತು ಅಭಿವೃದ್ಧಿಯ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಸಮಗ್ರ ಜೀನೋಮಿಕ್ ವಾಸ್ತುಶಿಲ್ಪವನ್ನು ಅನ್ವೇಷಿಸಲು ಹೈ-ಸಿ ಸಾಧ್ಯವಾಗಿಸಿತು, ಏಕೆಂದರೆ ಸಿಸ್-ಹೈ-ಸಿ ಮತ್ತು ಇನ್ ಸಿಟು ಹೈ-ಸಿ ಎರಡೂ ಟಿಎಡಿಗಳು ಮತ್ತು ಜೀನೋಮಿಕ್ ಎ ಮತ್ತು ಬಿ ವಿಭಾಗಗಳು ಸ್ಪಷ್ಟವಾಗಿ ಅಸ್ತಿತ್ವದಲ್ಲಿಲ್ಲ ಮತ್ತು ಅಂಡಕೋಶ ಕೋಶಗಳಲ್ಲಿ ಕಡಿಮೆ ಉತ್ತಮವಾಗಿ ರಚನೆಯಾಗಿವೆ ಎಂದು ವರದಿ ಮಾಡಿದೆ. ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ನ ಈ ರಚನಾತ್ಮಕ ಲಕ್ಷಣಗಳು ಬೆಳವಣಿಗೆಯ ಹಂತಗಳು ಮುಂದುವರೆದಂತೆ, ಫಲೀಕರಣದ ನಂತರ ದುರ್ಬಲ ಆವರ್ತನಗಳಿಂದ ಸ್ವಚ್ಛ ಮತ್ತು ಹೆಚ್ಚು ಆಗಾಗ್ಗೆ ದತ್ತಾಂಶ ಬಿಂದುಗಳಿಗೆ ಮಾತ್ರ ಕ್ರಮೇಣ ಸ್ಥಾಪಿಸುತ್ತವೆ. ಇತ್ತೀಚಿನ ವರ್ಷಗಳಲ್ಲಿ 3ಡಿ ಜೀನೋಮ್ ರಚನೆಗಳ ದತ್ತಾಂಶವು ಹೆಚ್ಚು ಪ್ರಚಲಿತವಾಗುತ್ತಿದ್ದಂತೆ, ವಿಕಸನೀಯ ರಚನಾತ್ಮಕ ಲಕ್ಷಣಗಳು/ಬದಲಾವಣೆಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲು ಹೈ-ಸಿಯನ್ನು ಒಂದು ಸಾಧನವಾಗಿ ಬಳಸಲು ಪ್ರಾರಂಭಿಸುತ್ತದೆ. ಜೆನೋಮಿಕ್ ಸಿಂಗಲ್ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೊಟೈಡ್ ಪಾಲಿಮಾರ್ಫಿಸಮ್ಗಳು (ಎಸ್ಎನ್ಪಿಗಳು) ಮತ್ತು ಟಿಎಡಿಗಳನ್ನು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಡೊಮೇನ್ ವಿಕಾಸದಲ್ಲಿ ಸಿಟಿಸಿಎಫ್ ಅಂಶದೊಂದಿಗೆ ಜಾತಿಗಳಾದ್ಯಂತ ಸಂರಕ್ಷಿಸಲಾಗಿದೆ. ಆದಾಗ್ಯೂ, 3ಡಿ ವಾಸ್ತುಶಿಲ್ಪದಲ್ಲಿ ರಚನಾತ್ಮಕ ವಿಕಸನಗಳನ್ನು ಅನುಭವಿಸಲು ಹೈ-ಸಿ ತಂತ್ರಗಳು ಇತರ ಅಂಶಗಳನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸಿವೆ. ಇವುಗಳಲ್ಲಿ ಕೋಡಾನ್ ಬಳಕೆಯ ಆವರ್ತನ ಹೋಲಿಕೆ (CUFS), ಪ್ಯಾರಾಲಾಗ್ ಜೀನ್ ಸಹ-ನಿಯಂತ್ರಣ ಮತ್ತು ಪ್ರಾದೇಶಿಕವಾಗಿ ಸಹ-ವಿಕಸನಗೊಳ್ಳುವ ಆರ್ಥೋಲಾಗಸ್ ಮಾಡ್ಯೂಲ್ಗಳು (SCOMs) ಸೇರಿವೆ. ದೊಡ್ಡ ಪ್ರಮಾಣದ ಡೊಮೇನ್ ವಿಕಸನಕ್ಕಾಗಿ, ಕ್ರೋಮೋಸೋಮಲ್ ಸ್ಥಳಾಂತರಗಳು, ಸಿಂಟೆನಿಕ್ ಪ್ರದೇಶಗಳು ಮತ್ತು ಜೀನೋಮಿಕ್ ಮರುಜೋಡಣೆ ಪ್ರದೇಶಗಳೆಲ್ಲವೂ ತುಲನಾತ್ಮಕವಾಗಿ ಸಂರಕ್ಷಿಸಲ್ಪಟ್ಟವು. ಈ ಸಂಶೋಧನೆಗಳು ಹೈ-ಸಿ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನಗಳು ಯೂಕಾರ್ಯೋಟಿಕ್ ವೃಕ್ಷದಲ್ಲಿ ಪರ್ಯಾಯ ದೃಷ್ಟಿಕೋನವನ್ನು ಒದಗಿಸುವ ಸಾಮರ್ಥ್ಯವನ್ನು ಹೊಂದಿವೆ ಎಂದು ಸೂಚಿಸುತ್ತವೆ. ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಹಲವಾರು ಅಧ್ಯಯನಗಳು ವಿವಿಧ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ಗಳಲ್ಲಿ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ವಾಸ್ತುಶಿಲ್ಪವನ್ನು ವಿವರಿಸಲು ಮತ್ತು ಅಧ್ಯಯನ ಮಾಡಲು ಮತ್ತು ರೋಗದ ರೋಗಕಾರಕಗಳ ಮೇಲೆ ಅವುಗಳ ಪ್ರಭಾವವನ್ನು ವಿವರಿಸಲು ಹೈ-ಸಿ ಬಳಕೆಯನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡಿವೆ. ಕ್ಲೋಟ್ಜೆನ್ ಮತ್ತು ಇತರರು. ಟಿ ಕೋಶದ ತೀವ್ರ ಲಿಂಫೋಬ್ಲಾಸ್ಟಿಕ್ ಲ್ಯುಕೇಮಿಯಾವನ್ನು (ಟಿ-ಎಎಲ್ಎಲ್) ಅಧ್ಯಯನ ಮಾಡಲು ಸಿಟು ಹೈ-ಸಿ ಯಲ್ಲಿ ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಸಿಟಿಸಿಎಫ್ ನಿರೋಧನ ತಾಣವನ್ನು ತೆಗೆದುಹಾಕುವ ಟಿಎಡಿ ಸಮ್ಮಿಳನ ಘಟನೆಯನ್ನು ಕಂಡುಹಿಡಿದಿದೆ, ಇದು ಆಂಕೋಜೀನ್ ಎಂವೈಸಿಯ ಪ್ರವರ್ತಕರಿಗೆ ದೂರದ ಸೂಪರ್ ವರ್ಧಕದೊಂದಿಗೆ ನೇರವಾಗಿ ಸಂವಹನ ನಡೆಸಲು ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ. ಫಾಂಗ್ ಮತ್ತು ಇತರರು. ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ನಿರೋಧಕತೆಯ ಟಿ-ಎಎಲ್ಎಲ್ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಲಾಭ ಅಥವಾ ನಷ್ಟವು ಹೇಗೆ ಇದೆ ಎಂಬುದನ್ನು ಸಹ ತೋರಿಸಿವೆ, ಇದು ಜೀನೋಮ್ನ ಟಿಎಡಿ ವಾಸ್ತುಶಿಲ್ಪದ ಬಲವನ್ನು ಬದಲಾಯಿಸುತ್ತದೆ, ಹೈ-ಸಿ ಅನ್ನು ಬಳಸುತ್ತದೆ. ಹರಡುವ ದೊಡ್ಡ ಬಿ-ಕೋಶ ಲಿಂಫೋಮಾ ರೋಗಿಯ ಪ್ರಾಥಮಿಕ ಬಿ ಕೋಶಗಳ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ರಚನೆಯನ್ನು ನಕ್ಷೆ ಮಾಡಲು ಲೋ-ಸಿ ಅನ್ನು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ರೋಗಿಯ ಮತ್ತು ಆರೋಗ್ಯಕರ ಬಿ-ಕೋಶಗಳ ನಡುವಿನ ಹೆಚ್ಚಿನ ವರ್ಣತಂತು ರಚನಾತ್ಮಕ ವ್ಯತ್ಯಾಸವನ್ನು ಕಂಡುಹಿಡಿಯಲು ಇದನ್ನು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಒಟ್ಟಾರೆಯಾಗಿ, ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಸಂಶೋಧನೆಯಲ್ಲಿ ಹೈ-ಸಿ ಮತ್ತು ಅದರ ರೂಪಾಂತರಗಳ ಅನ್ವಯವು ಜೀವಕೋಶದ ಅಸಹಜತೆಯ ಪ್ರೇರಕ ಅಂಶಗಳ ಆಣ್ವಿಕ ಆಧಾರಗಳ ಬಗ್ಗೆ ವಿಶಿಷ್ಟ ಒಳನೋಟವನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ. ಇದು ಜೈವಿಕ ವಿದ್ಯಮಾನಗಳನ್ನು (ಟಿ-ಎಎಲ್ಎಲ್ನಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ಎಂವೈಸಿ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ) ವಿವರಿಸಲು ಸಹಾಯ ಮಾಡುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಕೋಶಗಳಿಗೆ ವಿಶಿಷ್ಟವಾದ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನಗಳನ್ನು ಗುರಿಯಾಗಿಸಲು ಔಷಧ ಅಭಿವೃದ್ಧಿಗೆ ಸಹಾಯ ಮಾಡುತ್ತದೆ. ಉಲ್ಲೇಖಗಳು ಜೀನೋಮಿಕ್ಸ್ ತಂತ್ರಗಳು