AMRFinderPlus
ನ್ಯಾಷನಲ್ ಸೆಂಟರ್ ಫಾರ್ ಬಯೋಟೆಕ್ನಾಲಜಿ ಇನ್ಫರ್ಮೇಷನ್ (ಎನ್. ಸಿ. ಬಿ. ಐ) ಯ ಎ. ಎಂ. ಆರ್. ಫೈಂಡರ್ ಪ್ಲಸ್ ಉಪಕರಣವು ಒಂದು ಜೈವಿಕ ಮಾಹಿತಿ ಸಾಧನವಾಗಿದ್ದು, ಇದು ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಜೀನೋಮ್ಗಳಲ್ಲಿನ ಆಂಟಿಮೈಕ್ರೊಬಿಯಲ್ ರೆಸಿಸ್ಟೆನ್ಸ್ ಡಿಟರ್ಮಿನೆಂಟ್ಗಳು, ಒತ್ತಡ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆ ಮತ್ತು ವೈರಲೆನ್ಸ್ ಜೀನ್ಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಬಳಕೆದಾರರಿಗೆ ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ. ಈ ಉಪಕರಣದ ಅಭಿವೃದ್ಧಿಯು 2018 ರಲ್ಲಿ ಪ್ರಾರಂಭವಾಯಿತು (ಎಎಂಆರ್ಫೈಂಡರ್ ಆಗಿ) ಮತ್ತು ಇನ್ನೂ ನಡೆಯುತ್ತಿದೆ. ನ್ಯಾಷನಲ್ ಇನ್ಸ್ಟಿಟ್ಯೂಟ್ ಆಫ್ ಹೆಲ್ತ್ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಮತ್ತು ಅದು ಬಳಸುವ ದತ್ತಸಂಚಯಗಳ ಅಭಿವೃದ್ಧಿಗೆ ಹಣ ನೀಡುತ್ತದೆ. ಎ. ಎಂ. ಆರ್. ಫೈಂಡರ್ ಪ್ಲಸ್ ಅನ್ನು ಎನ್. ಸಿ. ಬಿ. ಐ. ಯ ರೋಗಕಾರಕ ಪತ್ತೆ ಯೋಜನೆಯು ಬಳಸುತ್ತದೆ, ಇದು ಆಹಾರ, ಪರಿಸರ ಮೂಲಗಳು ಮತ್ತು ರೋಗಿಗಳಿಂದ ಇದೇ ರೀತಿಯ ರೋಗಕಾರಕ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಒಟ್ಟುಗೂಡಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಕಂಡುಕೊಳ್ಳುತ್ತದೆ. ರೋಗಕಾರಕ ಪತ್ತೆ ಯೋಜನೆಯಲ್ಲಿ ಪ್ರತಿ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಪ್ರತ್ಯೇಕತೆಗಾಗಿ ಎ. ಎಂ. ಆರ್. ಫೈಂಡರ್ ಪ್ಲಸ್ ಅನ್ನು ನಡೆಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಸಂಶೋಧನೆಗಳನ್ನು ಸಾರ್ವಜನಿಕ ಬಳಕೆಗಾಗಿ ಒದಗಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. 2021ರಲ್ಲಿ ಅದರ ವೈಜ್ಞಾನಿಕ ಪ್ರಕಟಣೆಯಾದಾಗಿನಿಂದ, ಇದು ಇತರ ಬಳಕೆದಾರರಿಂದಲೂ ಉಲ್ಲೇಖಗಳನ್ನು ಸಂಗ್ರಹಿಸಿದೆ. ಡೇಟಾಬೇಸ್ ವಿನ್ಯಾಸ ಮತ್ತು ಕ್ಯೂರೇಶನ್ ಎ. ಎಂ. ಆರ್. ಫೈಂಡರ್ ಪ್ಲಸ್ ಸ್ವಾಧೀನಪಡಿಸಿಕೊಂಡಿರುವ ಪ್ರತಿಜೀವಕ ಪ್ರತಿರೋಧ, ಒತ್ತಡದ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆ ಮತ್ತು ವೈರಲೆನ್ಸ್ ಜೀನ್ಗಳು ಮತ್ತು ಪ್ರತಿಜೀವಕ ಪ್ರತಿರೋಧವನ್ನು ನೀಡುವ ಆನುವಂಶಿಕ ರೂಪಾಂತರಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚುತ್ತದೆ. ಎ. ಎಂ. ಆರ್. ಫೈಂಡರ್ ಪ್ಲಸ್ ಅನ್ನು ಆರಂಭದಲ್ಲಿ ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಿದಾಗ ಮತ್ತು ವಿತರಿಸಿದಾಗ, ಪ್ರತಿಜೀವಕ ಪ್ರತಿರೋಧ ನಿರ್ಣಾಯಕಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಅನೇಕ ದತ್ತಸಂಚಯಗಳು ಈಗಾಗಲೇ ಇದ್ದವು. ಈ ಮೂಲಗಳನ್ನು ಕ್ರೋಢೀಕರಿಸಲು ಮತ್ತು ಆ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಸಮುದಾಯವು ಹೈಲೈಟ್ ಮಾಡಿದ ಈ ವಿಭಿನ್ನ ದತ್ತಾಂಶ ಮೂಲಗಳಲ್ಲಿನ ಮಿತಿಗಳನ್ನು ಪರಿಹರಿಸುವ ಉತ್ತಮ-ಗುಣಮಟ್ಟದ ಸಂಪನ್ಮೂಲವನ್ನು ರಚಿಸಲು ತಂಡವು ಡೇಟಾಬೇಸ್ ಡೆವಲಪರ್ಗಳು, ತಜ್ಞರ ಸಮಿತಿಗಳು ಮತ್ತು ಇತರರೊಂದಿಗೆ ಸಹಕರಿಸಿತು. ಎನ್. ಸಿ. ಬಿ. ಐ ತಂಡವು ನಿಯಮಿತವಾಗಿ ದತ್ತಸಂಚಯ ಮತ್ತು ಅದರ ಟಿಪ್ಪಣಿಗಳನ್ನು ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಲು ತಜ್ಞರ ಗುಂಪುಗಳೊಂದಿಗೆ ಸಹಕರಿಸುತ್ತದೆ. ವಿಮರ್ಶಾತ್ಮಕ ಪ್ರಬಂಧಗಳ ನಿರಂತರ ಮೌಲ್ಯಮಾಪನ ಮತ್ತು ಪ್ರತಿರೋಧ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳ ಹೊಸ ವರದಿಗಳು ಈ ಮೂಲಗಳನ್ನು ಹೆಚ್ಚಿಸುತ್ತವೆ. ಕೆಲವು ಎಎಂಆರ್ ಜೀನ್ ಗುರುತಿನ ಉಪಕರಣಗಳು ಬ್ಲಾಸ್ಟ್-ಆಧಾರಿತ ವಿಧಾನಗಳನ್ನು ಅವಲಂಬಿಸಿವೆ, ಇತರರು ಹಿಡನ್ ಮಾರ್ಕೋವ್ ಮಾಡೆಲ್ (ಎಚ್ಎಂಎಂ) ವಿಧಾನಗಳನ್ನು ಬಳಸುತ್ತಾರೆ. ಬ್ಲಾಸ್ಟ್-ಆಧಾರಿತ ವಿಧಾನಗಳು ನಿಕಟ ಸಂಬಂಧ ಹೊಂದಿರುವ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಆಲೀಲ್ಗಳು ಮತ್ತು ವಂಶವಾಹಿಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಬಹುದು, ಆದರೆ ಅವು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಎಎಂಆರ್ ವಂಶವಾಹಿಗಳನ್ನು ತಪ್ಪಾಗಿ ಗುರುತಿಸುವ ಅಥವಾ ಎಎಂಆರ್ ಅಲ್ಲದ ವಂಶವಾಹಿಗಳಿಗೆ ಪ್ರತಿರೋಧವನ್ನು ನಿಯೋಜಿಸುವ ಅನಿಯಂತ್ರಿತ ಕಡಿತಗಳನ್ನು ಅನ್ವಯಿಸುತ್ತವೆ. ಎಎಂಆರ್ಫೈಂಡರ್ ಪ್ಲಸ್ನಲ್ಲಿ, ಸೂಕ್ಷ್ಮತೆ ಮತ್ತು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚುವಿಕೆಯ ನಿರ್ದಿಷ್ಟತೆಯನ್ನು ಅತ್ಯುತ್ತಮವಾಗಿಸಲು ಪ್ರತಿ ಜೀನ್ಗೆ ಕಸ್ಟಮ್ ಬ್ಲಾಸ್ಟ್ ಕಟ್ಆಫ್ಗಳನ್ನು ರಚಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಯಾವುದೇ ಅನುಕ್ರಮದಲ್ಲಿ ಅನುಕ್ರಮ ಹೊಂದಾಣಿಕೆಗಳಿಗೆ ಅದೇ ದಂಡವನ್ನು ಅನ್ವಯಿಸುವ BLAST-ಆಧಾರಿತ ವಿಧಾನಗಳಿಗಿಂತ ಭಿನ್ನವಾಗಿ, HMMಗಳು ಅನುಕ್ರಮ ಹೊಂದಾಣಿಕೆಗಳ ತೂಕವನ್ನು ಅವು ಪ್ರಕೃತಿಯಲ್ಲಿ ಎಷ್ಟು ಪ್ರಚಲಿತವಾಗಿವೆ ಎಂಬುದರ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ಅನುಮತಿಸುತ್ತವೆ, ಇದರ ಪರಿಣಾಮವಾಗಿ BLAST-ಆಧಾರಿತ ವಿಧಾನಗಳಿಗಿಂತ ನಿಜವಾದ ಹೋಮೋಲಾಗ್ಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚುವಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ನಿಖರತೆ ಕಂಡುಬರುತ್ತದೆ, ಆದರೆ ಈ ಮಾದರಿಗಳಿಗೆ ನಿಖರತೆಯನ್ನು ಖಚಿತಪಡಿಸಿಕೊಳ್ಳಲು ಕ್ಯೂರೇಶನ್ ಮತ್ತು ಊರ್ಜಿತಗೊಳಿಸುವಿಕೆಯ ಅಗತ್ಯವಿರುತ್ತದೆ. ಸಾಧನದ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಲ್ ಆಂಟಿಮೈಕ್ರೊಬಿಯಲ್ ರೆಸಿಸ್ಟೆನ್ಸ್ ರೆಫರೆನ್ಸ್ ಜೀನ್ ಡೇಟಾಬೇಸ್ ನವೀಕೃತ ಜೀನ್ ನಾಮಕರಣ, ಗುಪ್ತ ಮಾರ್ಕೋವ್ ಮಾದರಿಗಳ (ಎಚ್ಎಂಎಂ) ಒಂದು ಸೆಟ್ ಮತ್ತು ಕ್ಯುರೇಟೆಡ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಕುಟುಂಬದ ಶ್ರೇಣಿಯನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ. ದತ್ತಸಂಚಯವು 627 ಎಎಂಆರ್ ಎಚ್ಎಂಎಂಗಳು, 6,428 ವಂಶವಾಹಿಗಳು ಮತ್ತು 682 ರೂಪಾಂತರಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿದ್ದು, ಈ ದತ್ತಾಂಶವನ್ನು ಅನೇಕ ಗುಂಪುಗಳ ಸಹಯೋಗದೊಂದಿಗೆ ವಂಶವಾಹಿ ಕುಟುಂಬಗಳು, ಚಿಹ್ನೆಗಳು ಮತ್ತು ಹೆಸರುಗಳ ಶ್ರೇಣೀಕೃತ ಚೌಕಟ್ಟಿನಲ್ಲಿ ಇರಿಸುತ್ತದೆ. ದತ್ತಸಂಚಯದಲ್ಲಿರುವ ವಂಶವಾಹಿಗಳು 5588 ಎಎಂಆರ್ ವಂಶವಾಹಿಗಳು, 210 ಒತ್ತಡ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆ ವಂಶವಾಹಿಗಳು ಮತ್ತು 630 ವೈರಲೆನ್ಸ್ ವಂಶವಾಹಿಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿವೆ. ಎಎಂಆರ್ ವಂಶವಾಹಿಗಳು 31 ವಿವಿಧ ವರ್ಗದ ಪ್ರತಿಜೀವಕಗಳು ಮತ್ತು 58 ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಔಷಧಿಗಳಿಗೆ ಪ್ರತಿರೋಧವನ್ನು ಹೊಂದಿವೆ. ಅನುಕ್ರಮ ದಾಖಲೆಗಳು, ಸಾಧ್ಯವಾದಲ್ಲಿ, ಪ್ರೈಮರ್ಗಳ ವಿನ್ಯಾಸದಲ್ಲಿ ಸಹಾಯ ಮಾಡಲು ಕೋಡಿಂಗ್ ಪ್ರದೇಶದ ಎರಡೂ ಬದಿಗಳಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚುವರಿ 100 ಬಿಪಿ ಅನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿವೆ. ಪೋಷಕ ಸಾಹಿತ್ಯದ ದೃಢೀಕರಣ, ಸಂಬಂಧಿತ ಕುಟುಂಬಗಳಿಂದ ಇತರ ಎ. ಎಂ. ಆರ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳ ವಿರುದ್ಧ ಮಾನದಂಡ ಮತ್ತು ಎನ್ಸಿ. ಬಿ. ಐ. ಯ ಅನಗತ್ಯ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅನುಕ್ರಮ ದತ್ತಸಂಚಯದಲ್ಲಿ ಸೇರಿಸಲಾದ ಲಕ್ಷಾಂತರ ಹೆಚ್ಚುವರಿ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳ ಹಿನ್ನೆಲೆಯನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ಹಸ್ತಚಾಲಿತ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಯ ಮೂಲಕ ಪ್ರತಿ ಎಚ್. ಎಂ. ಎಂ. ಗೆ ಪ್ರತ್ಯೇಕವಾಗಿ ಕಡಿತಗಳನ್ನು ನಿಗದಿಪಡಿಸಲಾಗಿದೆ. ಯುನೈಟೆಡ್ ಸ್ಟೇಟ್ಸ್ ಕೃತಿಸ್ವಾಮ್ಯ ಕಾಯ್ದೆಯ ನಿಯಮಗಳ ಅಡಿಯಲ್ಲಿ, ಎನ್. ಸಿ. ಬಿ. ಐ. ಎ. ಎಂ. ಆರ್. ಫೈಂಡರ್ ಪ್ಲಸ್ ಅನ್ನು "ಯುನೈಟೆಡ್ ಸ್ಟೇಟ್ಸ್ ಗವರ್ನಮೆಂಟ್ ವರ್ಕ್" ಎಂದು ವರ್ಗೀಕರಿಸಲಾಗಿದೆ. ಇದನ್ನು ಅಭಿವರ್ಧಕರ "ಯು. ಎಸ್. ಸರ್ಕಾರದ ಅಧಿಕೃತ ಕಟ್ಟುಪಾಡುಗಳ" ಭಾಗವಾಗಿ ನಿರ್ವಹಿಸಲಾದ ಕೆಲಸವೆಂದು ಪರಿಗಣಿಸಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಆದ್ದರಿಂದ ಇದನ್ನು ಹಕ್ಕುಸ್ವಾಮ್ಯದಿಂದ ರಕ್ಷಿಸಲಾಗಿಲ್ಲ. ಆದ್ದರಿಂದ ಈ ತಂತ್ರಾಂಶವು ಸಾರ್ವಜನಿಕರಿಗೆ ಬಳಕೆಗೆ ಮುಕ್ತವಾಗಿ ಲಭ್ಯವಿರುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಅದರ ಪ್ರಸ್ತುತ ಅಥವಾ ಭವಿಷ್ಯದ ಬಳಕೆಗೆ ಯಾವುದೇ ಮಿತಿಗಳಿಲ್ಲ. ಆಂಟಿಮೈಕ್ರೊಬಿಯಲ್ ರೆಸಿಸ್ಟೆನ್ಸ್ ಜೀನೋಮಿಕ್ಸ್ ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್ ಉಲ್ಲೇಖಗಳು ಬಾಹ್ಯ ಕೊಂಡಿಗಳು ಗಿಟ್ಹಬ್ ಪುಟ ಡಾಕ್ಯುಮೆಂಟೇಶನ್ ಫ್ರೀ ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಕಂಪ್ಯೂಟೇಶನಲ್ ಸೈನ್ಸ್ ಅನ್ನು ಸಹ ನೋಡಿ.