DIMPL
ಡಿಐಎಂಪಿಎಲ್ (ಡಿಸ್ಕವರಿ ಆಫ್ ಇಂಟರ್ಜೆನಿಕ್ ಮೋಟಿಫ್ಸ್ ಪೈಪ್ಲೈನ್) ಒಂದು ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ ಪೈಪ್ಲೈನ್ ಆಗಿದ್ದು, ಇದು ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಜಿಸಿ-ಸಮೃದ್ಧ ಇಂಟರ್ಜೆನಿಕ್ ಪ್ರದೇಶಗಳನ್ನು (ಐಜಿಆರ್) ಹೊರತೆಗೆಯಲು ಮತ್ತು ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡಲು ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ, ಇವು ರಚನಾತ್ಮಕ ನಾನ್-ಕೋಡಿಂಗ್ ಆರ್ಎನ್ಎಗಳಿಗೆ (ಎನ್ಸಿಆರ್ಎನ್ಎ) ಸಮೃದ್ಧವಾಗಿವೆ. ಎನ್. ಸಿ. ಆರ್. ಎನ್. ಎ. ಮೋಟಿಫ್ನ ಆವಿಷ್ಕಾರಕ್ಕಾಗಿ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಐ. ಜಿ. ಆರ್. ಗಳನ್ನು ಸಮೃದ್ಧಗೊಳಿಸುವ ವಿಧಾನವನ್ನು ಮೊದಲು "ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದಲ್ಲಿನ ರಚನಾತ್ಮಕ ನಾನ್ಕೋಡಿಂಗ್ ಆರ್. ಎನ್. ಎ. ಗಳ ಜೀನೋಮ್-ವೈಡ್ ಡಿಸ್ಕವರಿ" ಅಧ್ಯಯನದಲ್ಲಿ ವರದಿ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ. ಡಿಐಎಂಪಿಎಲ್ ಪೈಪ್ಲೈನ್ ಐಜಿಆರ್ಗಳನ್ನು ಹೊರತೆಗೆಯುವ ಮೂಲಕ ಒಟ್ಟು ಜೀನೋಮ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ಸ್ವಯಂಚಾಲಿತಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ, ಅವುಗಳನ್ನು ಉದ್ದ ಮತ್ತು ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಿಕ್ ಆಮ್ಲ ಸಂಯೋಜನೆಯಿಂದ ಫಿಲ್ಟರ್ ಮಾಡುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಅಭ್ಯರ್ಥಿಯ ವಿಶಿಷ್ಟ ಲಕ್ಷಣಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಮತ್ತು ಅವುಗಳ ಸಂಭವನೀಯ ಕಾರ್ಯಗಳನ್ನು ನಿಯೋಜಿಸಲು ಅಗತ್ಯವಾದ ದತ್ತಾಂಶವನ್ನು ಸಂಗ್ರಹಿಸುತ್ತದೆ. ಡಿಐಎಂಪಿಎಲ್ ಪೈಪ್ಲೈನ್ ಬೆಂಬಲ ವೆಕ್ಟರ್ ಯಂತ್ರ (ಎಸ್ವಿಎಂ) ವರ್ಗೀಕರಣಗಳ ಮೂಲಕ ಎನ್ಸಿಆರ್ಎನ್ಎಗಾಗಿ ಪುಷ್ಟೀಕರಿಸಿದ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಪ್ರದೇಶಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಪುನರುತ್ಪಾದಕ ತಂತ್ರಗಳನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ. ರೈಬೋಸ್ವಿಚ್ ತರಹದ ಅಂಶಗಳು, ಅಪ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್ ಓಪನ್ ರೀಡಿಂಗ್ ಫ್ರೇಮ್ಗಳು (ಯುಒಆರ್ಎಫ್ಗಳು), ಶಾರ್ಟ್ ಓಪನ್ ರೀಡಿಂಗ್ ಫ್ರೇಮ್ಗಳು (ಎಸ್ಒಆರ್ಎಫ್ಗಳು), ರೈಬೋಸೋಮಲ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಲೀಡರ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ಗಳು, ಸ್ವಾರ್ಥಿ ಆನುವಂಶಿಕ ಅಂಶಗಳು ಮತ್ತು ಅಜ್ಞಾತ ಕಾರ್ಯದ ಇತರ ರಚನಾತ್ಮಕ ಆರ್ಎನ್ಎ ಮೋಟಿಫ್ಗಳು ಸೇರಿದಂತೆ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಿಕ್ ಆಮ್ಲ ಮತ್ತು ಪ್ರೋಟೀನ್ ಮೋಟಿಫ್ಗಳನ್ನು ಹುಡುಕಲು ಇದನ್ನು ಬಳಸಬಹುದು. ಡಿಐಎಂಪಿಎಲ್ ವಿವಿಧ ಅನುಕ್ರಮ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ಸಂಪನ್ಮೂಲಗಳನ್ನು ಬಳಸುತ್ತದೆ, ಅವುಗಳೆಂದರೆಃ ಆರ್ಎನ್ಎ ಕುಟುಂಬಗಳ ಉಲ್ಲೇಖವಾಗಿ ಆರ್ಫಾಮ್ ಡೇಟಾಬೇಸ್, ಬ್ಲಾಸ್ಟ್ ಸರ್ಚ್ ಟೂಲ್, ಅಜ್ಞಾತ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಕೋಡಿಂಗ್ ಪ್ರದೇಶಗಳ ಇನ್ಫರ್ನಲ್ ಪ್ಯಾಕೇಜ್ ಅನ್ನು ತೊಡೆದುಹಾಕಲು, ಐಜಿಎಸ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಸಿಎಮ್ಫೈಂಡರ್ ಅನ್ನು ಹುಡುಕಲು, ಸಂಭಾವ್ಯ ಆರ್ಎನ್ಎ ಸೆಕೆಂಡರಿ ಸ್ಟ್ರಕ್ಚರ್ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳಾದ ಆರ್-ಸ್ಕೇಪ್ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಮತ್ತು ಆರ್ 2 ಆರ್ ಡ್ರಾಯಿಂಗ್ ಅಲ್ಗಾರಿದಮ್ ಅನ್ನು ಹುಡುಕಲು, ಒಮ್ಮತದ ಮಾದರಿ ಆರ್ಎನ್ಎ ಕೋಡ್ ಅನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸಲು, ಕೋಡಿಂಗ್ ಪ್ರದೇಶಗಳ ಉಪಸ್ಥಿತಿಯನ್ನು ನೋಡಲು ಜೀನೋಮ್ ವ್ಯೂ, ಡಿಐಎಂಪಿಎಲ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಕಂಡುಹಿಡಿಯಲಾದ ಆರ್ಎನ್ಎ ಮೋಟಿಫ್ನ ಆನುವಂಶಿಕ ಸಂದರ್ಭವನ್ನು ದೃಶ್ಯೀಕರಿಸಲು ಆರ್ಎನ್ಎ ಮೋಟಿಫ್ನಲ್ಲಿ ಎಚ್ಎಂಪಿ-ಪಿಪಿ ರೈಬೋಸ್ವಿಚ್, ಐಸಿಡಿ-II ಎನ್ಸಿಆರ್ಎನ್ಎ ಮೋಟಿಫ, ಕಾರ ಎ ಎನ್ಸಿಆರ್ಎನ್ಎ ಮೋಟಿಫ, ಎಲ್ಡಿಎಚ್ 2 ಎನ್ಸಿಆರ್ಎನ್ಎ ಮೋಟಿಫನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿವೆ. ಉಲ್ಲೇಖಗಳು ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್ ಕಂಪ್ಯೂಟೇಶನಲ್ ಬಯಾಲಜಿ