Ribonucleoprotein Networks Analyzed by Mutational Profiling
ಮ್ಯೂಟೇಶನಲ್ ಪ್ರೊಫೈಲಿಂಗ್ (ಆರ್ಎನ್ಪಿ-ಎಂಎಪಿ) ಮೂಲಕ ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲಾದ ರಿಬೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಪ್ರೋಟೀನ್ ನೆಟ್ವರ್ಕ್ಗಳು ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ನಲ್ಲಿ ಆರ್ಎನ್ಎ-ಪ್ರೋಟೀನ್ ನೆಟ್ವರ್ಕ್ಗಳು ಮತ್ತು ಪ್ರೋಟೀನ್ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಸೈಟ್ಗಳನ್ನು ಪರಿಶೀಲಿಸುವ ಒಂದು ತಂತ್ರವಾಗಿದೆ. ಆರ್. ಎನ್. ಪಿ ಜೋಡಣೆ ಮತ್ತು ಕಾರ್ಯದ ಬಗೆಗಿನ ಮಾಹಿತಿಯು ಜೈವಿಕ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನಗಳ ಬಗ್ಗೆ ಉತ್ತಮ ತಿಳುವಳಿಕೆಯನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ. ಆರ್. ಎನ್. ಪಿ.-ಎಂ. ಎ. ಪಿ. ಯು ಎನ್. ಎಚ್. ಎಸ್.-ಡಯಾಜಿರಿನ್ (ಎಸ್. ಡಿ. ಎ.) ಎಂಬ ಹೆಟೆರೊ-ಬೈಫಂಕ್ಷನಲ್ ಕ್ರಾಸ್ಲಿಂಕರ್ ಅನ್ನು ಆರ್. ಎನ್. ಎ.-ಬೌಂಡ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳನ್ನು ಫ್ರೀಜ್ ಮಾಡಲು ಬಳಸುತ್ತದೆ. ಒಮ್ಮೆ ಆರ್ಎನ್ಎ-ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅಡ್ಡಲಿಂಕುಗಳು ರೂಪುಗೊಂಡ ನಂತರ, ಪ್ರೋಟೀನ್-ಬದ್ಧ ಆರ್ಎನ್ಎಗಳನ್ನು ಹಿಮ್ಮುಖವಾಗಿ ನಕಲಿಸಲು ಮತ್ತು ಆರ್ಎನ್ಎ-ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅಡ್ಡಲಿಂಕುಗಳ ಸ್ಥಳದಲ್ಲಿ ರೂಪಾಂತರಗಳನ್ನು ಪರಿಚಯಿಸಲು ಎಂಎಪಿ ರಿವರ್ಸ್ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಷನ್ ಅನ್ನು ನಡೆಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಸಿಡಿಎನ್ಎಗಳ ಅನುಕ್ರಮ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು ಪ್ರೋಟೀನ್-ಆರ್ಎನ್ಎ ಪರಸ್ಪರ ಸಂವಹನ ಜಾಲಗಳು ಮತ್ತು ಪ್ರೋಟೀನ್ ಬಂಧಿಸುವ ತಾಣಗಳ ಬಗ್ಗೆ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸುತ್ತವೆ. ಕಾರ್ಯತಂತ್ರದ ಘಟಕಗಳಾದ ಆರ್ಎನ್ಎ-ಎಂಎಪಿ ಮೂರು ಪ್ರಮುಖ ಘಟಕಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುತ್ತದೆಃ ರಿಬೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳು (ಆರ್ಎನ್ಪಿಗಳು): ಆರ್ಎನ್ಎಗಳು ಮತ್ತು ಆರ್ಎನ್ಎ-ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳಿಂದ (ಆರ್ಬಿಪಿಗಳು) ಮಾಡಲ್ಪಟ್ಟ ಸಂಕೀರ್ಣಗಳು ಎನ್ಎಚ್ಎಸ್-ಡಯಾಜಿರಿನ್ (ಎಸ್ಡಿಎ): ಜೀವಕೋಶದ ಪ್ರವೇಶಸಾಧ್ಯ ಅಡ್ಡ-ಸಂಪರ್ಕಿಸುವ ಕಾರಕ. ಎಸ್ಡಿಎ ಎರಡು ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಗುಂಪುಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ-ಡಯಾಜಿರಿನ್ ಮತ್ತು ಸಕ್ಸಿನೈಮಿಡಿಲ್ ಎಸ್ಟರ್. ಸಕ್ಸಿನೈಮಿಡಿಲ್ ಎಸ್ಟರ್ಗಳು ಮತ್ತು ಅಮೈನ್ ಗುಂಪುಗಳ ನಡುವಿನ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆ (ಉದಾ. ಲೈಸಿನ್ ಅಡ್ಡ ಸರಪಳಿಗಳು) ಪೆಪ್ಟೈಡ್ ಬಂಧಗಳಿಗೆ (ಅಥವಾ ಅಮೈಡ್ ಬಂಧಗಳಿಗೆ) ಕಾರಣವಾಗುತ್ತವೆ. 365 ಎನ್ಎಂ ತರಂಗಾಂತರದೊಂದಿಗೆ ಯುವಿ ಬೆಳಕಿಗೆ ಒಡ್ಡಿಕೊಂಡಾಗ, ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ರೈಬೋಸ್ಗಳು ಮತ್ತು ಬೇಸ್ಗಳ ಕಡೆಗೆ ವಿಶಾಲವಾಗಿ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯಿಸುವ ಮಧ್ಯಂತರವು ರೂಪುಗೊಳ್ಳುತ್ತದೆ. ಇದರ ಪರಿಣಾಮವಾಗಿ, ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳು ಎಸ್. ಡಿ. ಎ. ಸಂಪರ್ಕಕದಿಂದ ಆರ್. ಎನ್. ಎ. ಯೊಂದಿಗೆ ಪರಸ್ಪರ ಸಂಬಂಧ ಹೊಂದಿವೆ. ಮ್ಯೂಟೇಶನಲ್ ಪ್ರೊಫೈಲಿಂಗ್ (ಎಂಎಪಿ): ಪ್ರೋಟೀನ್-ಆರ್ಎನ್ಎ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಸೈಟ್ಗಳಲ್ಲಿ ಮಾರ್ಪಡಿಸಿದ ಅವಶೇಷಗಳನ್ನು ಸೇರಿಸಲು ಶಾಂತವಾದ ನಿಷ್ಠೆಯೊಂದಿಗೆ ರಿವರ್ಸ್ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟೇಸ್ ಅನ್ನು ಬಳಸುವ ವಿಧಾನ. ಲೈಸಿನ್ (ಅಥವಾ ಅರ್ಜಿನೈನ್) ಅವಶೇಷಗಳ ಅಮೈನ್ ಗುಂಪುಗಳು ಮತ್ತು ಸಕ್ಸಿನಿಮಿಡಿಲ್ ಎಸ್ಟರ್ಗಳ ನಡುವೆ ಅಮೈಡ್ ಬಂಧಗಳನ್ನು ರೂಪಿಸುವ ಮೂಲಕ ಆರ್ಎನ್ಎಯೊಂದಿಗೆ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅವಶೇಷಗಳನ್ನು ಅಡ್ಡಲಾಗಿ ಜೋಡಿಸಲು ದೀರ್ಘ-ತರಂಗಾಂತರದ ಯುವಿ ಮತ್ತು ಎಸ್ಡಿಎ ಕಾರಕಗಳನ್ನು ಮೊದಲು ಜೀವಂತ ಕೋಶಗಳಿಗೆ ಸರಬರಾಜು ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ. ಮುಂದೆ, ಕ್ರಾಸ್ಲಿಂಕ್ಡ್ ಆರ್ಎನ್ಪಿಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಜೀವಕೋಶಗಳನ್ನು ಲೈಸ್ ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಆರ್ಎನ್ಎ-ಬೌಂಡ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳನ್ನು ಪೆಪ್ಟೈಡ್ ಆಡ್ಕ್ಟ್ಗಳಾಗಿ ಜೀರ್ಣಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ನಂತರ ಪೆಪ್ಟೈಡ್ ಅಡಕ್ಟ್-ಪ್ರೇರಿತ ರೂಪಾಂತರಗಳ ಮೂಲಕ ಪ್ರೋಟೀನ್-ಆರ್ಎನ್ಎ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಸೈಟ್ಗಳನ್ನು ಲೇಬಲ್ ಮಾಡಲು ಎಂಎಪಿ ರಿವರ್ಸ್ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಷನ್ ಅನ್ನು ನಡೆಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ರೂಪಾಂತರ-ಹೊಂದಿರುವ ಸಿಡಿಎನ್ಎ ಉತ್ಪನ್ನದ ಅನುಕ್ರಮವು ರೂಪಾಂತರ ತಾಣಗಳನ್ನು (ಅಥವಾ ಆರ್ಎನ್ಪಿ-ಎಂಎಪಿ ತಾಣಗಳನ್ನು) ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಆರ್ಎನ್ಪಿ-ಎಂಎಪಿ ತಾಣಗಳ ನಡುವಿನ ಪರಸ್ಪರ ಸಂಬಂಧಗಳನ್ನು 3-ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಕಿಟಕಿಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಗಣನೆಯಿಂದ ನಿರ್ಧರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ಆರ್. ಎನ್. ಪಿ.-ಎಂ. ಎ. ಪಿ. ಸೈಟ್ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆ ಆರ್. ಎನ್. ಪಿ.-ಎಂ. ಎ. ಪಿ. ಸೈಟ್ಗಳನ್ನು ಪ್ರೋಟೀನ್ ಬೌಂಡ್ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ಗಳು ಎಂದು ವ್ಯಾಖ್ಯಾನಿಸಲಾಗಿದೆ. ಎಸ್ಡಿಎ ಮತ್ತು ಯುವಿ ಚಿಕಿತ್ಸೆ ಮತ್ತು ಯುವಿ ಮಾತ್ರ ಚಿಕಿತ್ಸೆ ಮಾದರಿ ಅನುಕ್ರಮ ಓದುವಿಕೆಗಳನ್ನು ಜೋಡಿಸಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ರೂಪಾಂತರಗಳನ್ನು ಶೇಪ್ಮ್ಯಾಪರ್ 2 ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಬಳಸಿ ಎಣಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ನ ಎಸ್ಡಿಎ ಅಥವಾ ಆರ್ಎನ್ಪಿ-ಎಂಎಪಿ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕತೆಯು ಅಡ್ಡ-ಸಂಪರ್ಕಿತ (ಎಸ್ಡಿಎ ಮತ್ತು ಯುವಿ ಚಿಕಿತ್ಸೆ) ರೂಪಾಂತರ ಆವರ್ತನ ಮತ್ತು ಅಡ್ಡ-ಸಂಪರ್ಕಿತ (ಯುವಿ ಮಾತ್ರ) ರೂಪಾಂತರ ಆವರ್ತನದ ಅನುಪಾತವಾಗಿದೆ. ಡಿಫರೆನ್ಷಿಯಲ್ ಮ್ಯೂಟೇಷನಲ್ ಸಿಗ್ನೇಚರ್ಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು, ಆರ್ಎನ್ಪಿ-ಎಂಎಪಿ ತಾಣಗಳನ್ನು ಸಾರ್ವತ್ರಿಕ ಸಾಮಾನ್ಯೀಕರಣದ ಅಂಶಗಳು ಮತ್ತು ತಿಳಿದಿರುವ ರಚನೆಯ ರಿಬೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯಿಂದ ಪಡೆದ ಪ್ರತಿ ಆರ್ಎನ್ಎ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ (ಯು, ಎ, ಸಿ ಮತ್ತು ಜಿ) ಮೇಲಿನ ಮಿತಿಗಳ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ಗುರುತಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಮೂರು ಶೋಧಕಗಳನ್ನು ಹಾದುಹೋದರೆ ಅದನ್ನು ಆರ್ಎನ್ಪಿ-ಎಂಎಪಿ ತಾಣವೆಂದು ಗುರುತಿಸಲಾಗುತ್ತದೆಃ ಎಸ್ಡಿಎ + ಯುವಿ-ಸಂಸ್ಕರಿಸಿದ ಮಾದರಿಯಲ್ಲಿ ರೂಪಾಂತರದ ಘಟನೆಗಳ ಸಂಖ್ಯೆಯು ಯುವಿ-ಸಂಸ್ಕರಿಸಿದ ಮಾದರಿಗಿಂತ ಕನಿಷ್ಠ 50 ಹೆಚ್ಚಾಗಿದೆ. ಸೈಟ್ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕತೆಗಳು ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್-ಅವಲಂಬಿತ ಮಿತಿಗಳನ್ನು () ಮೀರಬೇಕು, ಇದನ್ನು ಪ್ರಾಯೋಗಿಕವಾಗಿ ಹೀಗೆ ವ್ಯಾಖ್ಯಾನಿಸಲಾಗಿದೆಃ, ಅಲ್ಲಿ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಯು, ಎ, ಸಿ, ಅಥವಾ ಜಿ ಎಂಬುದು ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ಗಳ 90 ಪ್ರತಿಶತ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಮೌಲ್ಯಗಳಿಂದ ವ್ಯಾಖ್ಯಾನಿಸಲಾದ ಹಿನ್ನೆಲೆ ಮಿತಿಯಾಗಿದ್ದು, ಎಲ್ಲಾ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ಗಳ ಎಲ್ಲಾ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕತೆಗಳ ಮಧ್ಯಭಾಗವಾಗಿದೆ, ಇದು ಎಲ್ಲಾ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ಗಳ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕತೆಯ ಪ್ರಮಾಣಿತ ವಿಚಲನವಾಗಿದೆ. ಲೆಕ್ಕ ಹಾಕಿದ ಝಡ್-ಅಂಶವು ಶೂನ್ಯಕ್ಕಿಂತ ಹೆಚ್ಚಾಗಿದೆ. ಲೆಕ್ಕ ಹಾಕಿದ ಝಡ್-ಅಂಶವನ್ನು ಹೀಗೆ ವ್ಯಾಖ್ಯಾನಿಸಲಾಗಿದೆ, ಅಲ್ಲಿ ಎಸ್ಡಿಎ ಮತ್ತು ಯುವಿ ಯಿಂದ ಚಿಕಿತ್ಸೆ ಪಡೆದ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ನ ರೂಪಾಂತರ ದರ ಮತ್ತು ಯುವಿ ಮಾತ್ರ ಚಿಕಿತ್ಸೆ ನೀಡಿದ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ನ ರೂಪಾಂತರ ದರವಾಗಿದೆ, ಅಲ್ಲಿ ಚಿಕಿತ್ಸೆ (ಎಸ್ಡಿಎ + ಯುವಿ ಅಥವಾ ಯುವಿ ಮಾತ್ರ) ಪ್ರೋಟೀನ್-ಆರ್ಎನ್ಎ ಪರಸ್ಪರ ಸಂವಹನ ಜಾಲವಾಗಿದೆ. ಆರ್. ಎನ್. ಪಿ.-ಎಂ. ಎ. ಪಿ. ಪರಸ್ಪರ ಸಂಬಂಧಗಳು ಆರ್. ಎನ್. ಪಿ.-ಎಂ. ಎ. ಪಿ. ತಾಣಗಳಿಂದ ಸ್ವತಂತ್ರವಾಗಿ ಆರ್. ಎನ್. ಎ. ಗೆ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಬಂಧಿಸುವ ಪೂರಕ ಅಳತೆಯನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತವೆ. ರಿಂಗ್ಮ್ಯಾಪರ್ ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುವ ಜಿ-ಟೆಸ್ಟ್ ಚೌಕಟ್ಟನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಅವುಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಆರ್ಎನ್ಪಿ-ಎಂಎಪಿ ಪರಸ್ಪರ ಸಂಬಂಧಗಳಿಗೆ ಕನಿಷ್ಠ ಎರಡು ಪರಸ್ಪರ ಸಂಪರ್ಕಗಳನ್ನು ರೂಪಿಸಲು ಒಂದೇ ಆರ್ಎನ್ಎ ಅಣುವಿನ ಅಗತ್ಯವಿರುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಯಾವುದೇ ಮೂರು ಸನ್ನಿವೇಶಗಳಿಂದ ಉದ್ಭವಿಸುತ್ತದೆಃ ಒಂದೇ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಒಂದು ಆರ್ಎನ್ಎಯ ಎರಡು ಸ್ಥಳಗಳಿಗೆ ಬಂಧಿಸುತ್ತದೆ ಒಂದು ಆರ್ಎನ್ಎಯಲ್ಲಿ ಎರಡು ಸ್ಥಳಗಳಿಗೆ ಸಂವಹನ ನಡೆಸುವ ಮತ್ತು ಬಂಧಿಸುವ ಎರಡು ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳು ಒಂದು ಆರ್ಎನ್ಎಯಲ್ಲಿ ಎರಡು ಸ್ಥಳಗಳಲ್ಲಿ ಎರಡು ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳನ್ನು ಸಂಗ್ರಹಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಸಂಬಂಧಿತ ವಿಧಾನಗಳು ಕ್ರಾಸ್-ಲಿಂಕಿಂಗ್ ಇಮ್ಯುನೊಪ್ರೆಸಿಪಿಟೇಶನ್ (ಸಿಎಲ್ಐಪಿ) ಸಿಎಲ್ಐಪಿ ಯುವಿ ಕ್ರಾಸ್-ಲಿಂಕಿಂಗ್ ಮತ್ತು ಇಮ್ಯುನೊಪ್ರೆಸಿಪಿಟೇಶನ್ ಅನ್ನು ಸಂಯೋಜಿಸುವ ಮೂಲಕ ಆರ್ಎನ್ಎಯೊಂದಿಗೆ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸುತ್ತದೆ. ಸಿಎಲ್ಐಪಿ-ಆಧಾರಿತ ತಂತ್ರಗಳು ಆರ್ಎನ್ಎ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ತಾಣಗಳನ್ನು ಜೀನೋಮ್-ವೈಡ್ ಸ್ಕೇಲ್ನಲ್ಲಿ ನಕ್ಷೆ ಮಾಡಲು ಸಮರ್ಥವಾಗಿವೆ. ಅನೇಕ ಸಿಎಲ್ಐಪಿ-ಆಧಾರಿತ ವಿಧಾನಗಳಿವೆ, ಅವುಗಳೆಂದರೆಃ ಎಚ್ಐಟಿಎಸ್-ಸಿಎಲ್ಐಪಿ (ಕ್ರಾಸ್ಲಿಂಕಿಂಗ್ ಇಮ್ಯುನೊಪ್ರೆಸಿಪಿಟೇಶನ್ ಅಥವಾ ಸಿಎಲ್ಐಪಿ-ಸೆಕ್ನಿಂದ ಪ್ರತ್ಯೇಕಿಸಲಾದ ಆರ್ಎನ್ಎಯ ಹೈ-ಥ್ರೋಪುಟ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್) ಪಿಎಆರ್-ಸಿಎಲ್ಐಪಿ (ಫೋಟೋಆಕ್ಟಿವೇಟ್ ಮಾಡಬಹುದಾದ ರಿಬೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೊಸೈಡ್-ವರ್ಧಿತ ಕ್ರಾಸ್-ಲಿಂಕಿಂಗ್ ಮತ್ತು ಇಮ್ಯುನೊಪ್ರೆಸಿಪಿಟೇಶನ್) ಐಸಿಎಲ್ಐಪಿ (ಇಂಡಿವಿಜುವಲ್ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೊಟೈಡ್-ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ ಕ್ರಾಸ್-ಲಿಂಕಿಂಗ್ ಮತ್ತು ಇಮ್ಯುನೊಪ್ರೆಸಿಪಿಟೇಶನ್) ಇಸಿಎಲ್ಐಪಿ (ವರ್ಧಿತ ಕ್ರಾಸ್-ಲಿಂಕಿಂಗ್ ಮತ್ತು ಇಮ್ಯುನೊಪ್ರೆಸಿಪಿಟೇಶನ್ ನಂತರ ಹೈ-ಥ್ರೋಪುಟ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್) ಎಸ್ಸಿಎಲ್ಐಪಿ (ಸಿಂಪಲ್ ಕ್ರಾಸ್-ಲಿಂಕಿಂಗ್ ಮತ್ತು ಇಮ್ಯುನೊಪ್ರೆಸಿಪಿಟೇಶನ್) ಮಾಸ್ ಸ್ಪೆಕ್ಟ್ರೋಮೆಟ್ರಿ ಕ್ವಾಂಟಿಟೇಟಿವ್ ಮಾಸ್ ಸ್ಪೆಕ್ಟ್ರೋಮೆಟ್ರಿ (ಎಂಎಸ್) (ಅಥವಾ ಕ್ವಾಂಟಿಟೇಟಿವ್ ಲೇಬಲಿಂಗ್ ಎಂಎಸ್ ವಿಧಾನಗಳು ಸ್ಥಿರ ಐಸೊಟೋಪ್ ಲೇಬಲ್ಗಳ ಭೇದಾತ್ಮಕ ಬಳಕೆ ಅಥವಾ ಮಾದರಿಗಳು ಮತ್ತು ನಿಯಂತ್ರಣಗಳಲ್ಲಿ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳ ರಾಸಾಯನಿಕ ಟ್ಯಾಗಿಂಗ್ ಅನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುತ್ತವೆ. ಲೇಬಲ್ ಮಾಡಲಾದ ಪೆಪ್ಟೈಡ್ಗಳ ಅನುಪಾತದ ಮೂಲಕ ಪುಷ್ಟೀಕರಣ ಅಂಕಗಳನ್ನು ಮತ್ತು ನಿಜವಾದ ಬಂಧಿಸುವ ಪಾಲುದಾರರನ್ನು ಪಡೆಯಲು ಇದನ್ನು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಲೇಬಲ್-ಮುಕ್ತ ಎಂಎಸ್ ವಿಧಾನಗಳು ಮಾದರಿಗಳು ಮತ್ತು ನಿಯಂತ್ರಣಗಳಲ್ಲಿ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಸಮರ್ಥವಾಗಿವೆ. ನಿರ್ದಿಷ್ಟವಲ್ಲದ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳಿಗೆ ನಿಜವಾದ ಬಂಧಿಸುವ ಪಾಲುದಾರರನ್ನು ಪ್ರತ್ಯೇಕಿಸುವ ಸಲುವಾಗಿ, ಪರಿಮಾಣಾತ್ಮಕವಲ್ಲದ ಎಂಎಸ್ನಿಂದ ಸ್ಪೆಕ್ಟ್ರಲ್ ಎಣಿಕೆ ದತ್ತಾಂಶದ ಜೊತೆಗೆ ಬಳಸುವ ವಿಶ್ಲೇಷಣಾತ್ಮಕ ಸಾಧನಗಳನ್ನು ನಿಜವಾದ ಆರ್ಬಿಪಿ-ಆರ್ಎನ್ಎ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಯ ಸಂಭವನೀಯತೆಯನ್ನು ಸ್ಕೋರ್ ಮಾಡಲು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಪ್ರಯೋಜನಗಳು ಮತ್ತು ಮಿತಿಗಳು ಪ್ರಯೋಜನಗಳು ಆರ್ಎನ್ಪಿ-ಎಂಎಪಿ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಸೈಟ್ ಸಾಂದ್ರತೆ ಮತ್ತು ಪರಸ್ಪರ ಸಂಪರ್ಕದ ಮೂಲಕ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕವಾಗಿ ಪ್ರಮುಖ ಆರ್ಎನ್ಎ-ಪ್ರೋಟೀನ್ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ನೆಟ್ವರ್ಕ್ಗಳನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸಲು ಸಹಾಯ ಮಾಡುತ್ತದೆ. ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯ ಪಕ್ಷಪಾತವಿಲ್ಲದ ಸ್ವರೂಪದಿಂದಾಗಿ, ಆರ್ಎನ್ಪಿ-ಎಂಎಪಿ ಪ್ರಭೇದಗಳ ನಡುವಿನ ಸಂರಕ್ಷಿತ ಆರ್ಎನ್ಎ-ಪ್ರೋಟೀನ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲು ಸಾಧ್ಯವಾಗುತ್ತದೆ. ಆರ್ಎನ್ಪಿ-ಎಂಎಪಿ ದೊಡ್ಡ ನಾನ್-ಕೋಡಿಂಗ್ ಆರ್ಎನ್ಎಗಳು ಅಥವಾ ವೈರಲ್ ಆರ್ಎನ್ಎಗಳಲ್ಲಿ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕವಾಗಿ ನಿರ್ಣಾಯಕ ಅಂಶಗಳ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳನ್ನು ಸುಲಭಗೊಳಿಸಲು ಸಹ ಸಾಧ್ಯವಾಗುತ್ತದೆ. ನಿರ್ಬಂಧಗಳು ಸ್ವತಂತ್ರ ತಂತ್ರವಾಗಿ, ಪ್ರೋಟೀನ್-ಆರ್ಎನ್ಎ ಬಂಧಿಸುವ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನಗಳು ಅಥವಾ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಗುರುತುಗಳನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸಲು ಆರ್ಎನ್ಪಿ-ಎಂಎಪಿಯನ್ನು ಬಳಸಲಾಗುವುದಿಲ್ಲ. ಹಾಗೆ ಮಾಡಲು, ಆರ್ಎನ್ಪಿ-ಎಂಎಪಿಯನ್ನು ಸಿಎಲ್ಐಪಿ ಮತ್ತು ಮಾಸ್ ಸ್ಪೆಕ್ಟ್ರೋಮೆಟ್ರಿಯಂತಹ ಇತರ ತಂತ್ರಗಳ ಜೊತೆಯಲ್ಲಿ ಬಳಸಬೇಕು. ಆರ್. ಎನ್. ಪಿ.-ಎಂ. ಎ. ಪಿ. ಗೆ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಾಗಿ ಅತ್ಯಂತ ಹೆಚ್ಚಿನ ಓದುವ-ಆಳಗಳ ಅಗತ್ಯವಿರುತ್ತದೆ. ಆರ್. ಎನ್. ಪಿ.-ಎಂ. ಎ. ಪಿ. ತಾಣಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು, 1000x ಅನುಕ್ರಮ ವ್ಯಾಪ್ತಿಯ ಅಗತ್ಯವಿದೆ, ಆದರೆ ಆರ್. ಎನ್. ಪಿ.-ಎಂ. ಎ. ಪಿ. ಪರಸ್ಪರ ಸಂಪರ್ಕ ತಾಣಗಳಿಗೆ 10,000x ಅನುಕ್ರಮ ವ್ಯಾಪ್ತಿಯ ಅಗತ್ಯವಿದೆ. ದೂರದ (> 500 ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ಗಳು) ಆರ್ಎನ್ಪಿ-ಎಂಎಪಿ ತಾಣಗಳ ನಡುವಿನ ಆರ್ಎನ್ಪಿ-ಎಂಎಪಿ ಪರಸ್ಪರ ಸಂಬಂಧಗಳನ್ನು ನಿರೂಪಿಸುವ ಸಾಮರ್ಥ್ಯದ ಮೇಲೆ ತೀವ್ರ ಮಿತಿಗಳಿವೆ. ಇದಕ್ಕೆ ಎಂಎಪಿ ರಿವರ್ಸ್ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಷನ್ ಪ್ರೊಸೆಸಿವಿಟಿ (500-600 ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ಗಳು) ಮತ್ತು ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ಇನ್ಸ್ಟ್ರುಮೆಂಟ್ ಕ್ಲಸ್ಟರಿಂಗ್ (<1,000 ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ಗಳು) ಮಿತಿಗಳಿವೆ. ಜೆನೆಟಿಕ್ಸ್ ತಂತ್ರಗಳು ಆರ್. ಎನ್. ಎ.