Vitamin B12-binding domain
আণবিক জীববিজ্ঞানে, ভিটামিন বি12-বাইন্ডিং ডোমেন হল একটি প্রোটিন ডোমেন যা কোবালামিনের (ভিটামিন বি12) সাথে আবদ্ধ। এটি কোবালামিন কোফ্যাক্টরের দুটি ভিন্ন রূপকে আবদ্ধ করতে পারে, কোবাল্ট মিথাইল গ্রুপ (মিথাইলকোবালামিন) বা 5 '-ডিঅক্সিয়াডেনোসিনের (অ্যাডেনোসিলকোবালামিন) সাথে আবদ্ধ থাকে। কোবালামিন-বন্ধন ক্ষেত্রগুলি মূলত প্রাণী এবং প্রোক্যারিওটগুলিতে উপস্থিত এনজাইমের দুটি পরিবারে পাওয়া যায়, যা কোবাল্ট-কার্বন বন্ধনে স্বতন্ত্র ধরনের প্রতিক্রিয়া সম্পাদন করে। মিথাইলকোবালামিনের প্রয়োজন হয় এমন এনজাইম মিথাইল স্থানান্তর প্রতিক্রিয়া পরিচালনা করে। যে উৎসেচকগুলির অ্যাডেনোসিলকোবালামিনের প্রয়োজন হয় সেগুলি প্রতিক্রিয়াগুলিকে অনুঘটক করে যেখানে প্রথম ধাপটি হল অ্যাডেনোসিলকোবালামিনের বিভাজন যা কোব (II) অ্যালামিন এবং 5 '-ডিঅক্সিয়াডেনোসিল র্যাডিকেল গঠন করে এবং এইভাবে র্যাডিকেল জেনারেটর হিসাবে কাজ করে। উভয় ধরনের এনজাইমের মধ্যে বি12-বাইন্ডিং ডোমেন কোবালামিন কোফ্যাক্টরের কোবাল্ট পরমাণু বাঁধতে একটি হিস্টিডাইন ব্যবহার করে। এই হিস্টিডিন একটি ডি. এক্স. এইচ. এক্স. এক্স. জি ক্রমের মধ্যে এম্বেড করা হয়, যা ডোমেনের সবচেয়ে সংরক্ষিত প্রাথমিক ক্রম মোটিফ। কোবালামিন-বাইন্ডিং ডোমেইন ধারণকারী প্রোটিনগুলির মধ্যে রয়েছেঃ প্রাণী এবং প্রোক্যারিওটিক মেথিওনিন সিন্থেস (), যা মিথাইল-কোবালামিন থেকে হোমোসিস্টাইনে একটি মিথাইল গ্রুপের স্থানান্তরকে অনুঘটক করে, এনজাইম-আবদ্ধ কোব (আই) অ্যালামিন এবং মেথিওনিন উৎপন্ন করে। প্রাণী এবং প্রোক্যারিওটিক মিথাইলমালোনিল-কোএ মিউটেজ (), যা প্রোপিওনিল-কোএ-এর মাধ্যমে ট্রাইকার্বক্সিলিক অ্যাসিড চক্রে বেশ কয়েকটি অ্যামিনো অ্যাসিড, বিজোড়-চেইন ফ্যাটি অ্যাসিড এবং কোলেস্টেরলের অবক্ষয়ের সাথে জড়িত। প্রোক্যারিওটিক লাইসিন 5,6-অ্যামিনোমুটেজ ()। প্রোক্যারিওটিক গ্লুটামেট মিউটেজ ()। প্রোক্যারিওটিক মিথাইলিনগ্লুটারেট মিউটেজ ()। প্রোক্যারিওটিক আইসোবুট্রাইল-কোএ মিউটেজ ()। কোবালামিন-বাইন্ডিং ডোমেনের মূল কাঠামোটি একটি পাঁচ-স্ট্র্যান্ডেড আলফা/বিটা (রসম্যান) ভাঁজ দ্বারা চিহ্নিত করা হয়, যা তিনটি স্তরে (আলফা/বিটা/আলফা) 4-5টি আলফা হেলিসেস দ্বারা বেষ্টিত 5টি সমান্তরাল বিটা-শীট নিয়ে গঠিত। কোবালামিন বাঁধলে, বাঁধাই স্থানের গুরুত্বপূর্ণ উপাদানগুলি কাঠামোগত হয়ে ওঠে বলে মনে হয়, যার মধ্যে একটি আলফা-হেলিক্স রয়েছে যা কোফ্যাক্টরের নিউক্লিওটাইড 'লেজ' কে সমন্বিত করে ফাটলের একপাশে গঠিত হয়। কোবালামিনে, কোবাল্ট পরমাণু পিএইচ অনুসারে মুক্ত (ডিএমবি-অফ) বা ডাইমিথাইলবেঞ্জিমিডাজোলের (ডিএমবি-অন) সাথে আবদ্ধ হতে পারে। কোবালামিন-বাইন্ডিং ডোমেনের সাথে আবদ্ধ হলে, ডাইমিথাইলবেঞ্জিমিডাজোল লিগ্যান্ডটি ডিএক্সএইচএক্সএক্সজি মোটিফের সক্রিয় হিস্টিডাইন (হিস-অন) দ্বারা প্রতিস্থাপিত হয়। হিস্টিডাইন দ্বারা ডাইমিথাইলবেঞ্জিমিডাজোল প্রতিস্থাপন অনুঘটক এবং সক্রিয়করণ চক্রের মধ্যে পরিবর্তনের অনুমতি দেয়। মেথিওনাইন সিন্থেজে কোবালামিন কোফ্যাক্টর কোবালামিন-বাইন্ডিং ডোমেন এবং প্রায় 90 টি অবশিষ্টাংশ এন-টার্মিনাল ডোমেনের মধ্যে স্যান্ডউইচ করা হয় যা দুটি জোড়া অ্যান্টিপ্যারালেল হেলিসেস সমন্বিত একটি হেলিকাল বান্ডেল গঠন করে। এই এন-টার্মিনাল ডোমেনটি একটি 4-হেলিকাল বান্ডিল ক্যাপ গঠন করে, এই এনজাইমের সক্রিয় গঠনে রূপান্তরিত হওয়ার সময়, 4-হেলিকাল ক্যাপটি কোবালামিন কোফ্যাক্টরকে অ্যাক্টিভেশন ডোমেনটি বাঁধতে দেয়। তথ্যসূত্র প্রোটিন ক্ষেত্র