SET domain
সেট ডোমেইন হল একটি প্রোটিন ডোমেইন যার সাধারণত মিথাইলট্রান্সফেরেজ ক্রিয়াকলাপ থাকে। এটি মূলত ড্রোসোফিলা ট্রাইথোরাক্স প্রোটিনে উপস্থিত একটি বৃহত্তর সংরক্ষিত অঞ্চলের অংশ হিসাবে চিহ্নিত করা হয়েছিল এবং পরবর্তীকালে ড্রোসোফিলা সু (ভার) 3-9 এবং 'এনহ্যান্সার অফ জেস্টে' প্রোটিনে চিহ্নিত করা হয়েছিল, যা থেকে সংক্ষিপ্ত নাম সেট উদ্ভূত হয়েছে [সু (ভার) 3-9, এনহ্যান্সার-অফ-জেস্টে এবং ট্রাইথোরাক্স]। কাঠামো সেট ডোমেনটি সাধারণত একটি বৃহত্তর মাল্টিডোমেইন প্রোটিনের একটি অংশ হিসাবে প্রদর্শিত হয় এবং সম্প্রতি স্বতন্ত্র ডোমেন গঠনের সাথে খুব ভিন্ন প্রোটিনের তিনটি কাঠামো বর্ণনা করা হয়েছেঃ নিউরোস্পোরা ক্রাসা ডিআইএম-5, হিস্টোন লাইসিন মিথাইলট্রান্সফেরেসের (এইচকেএমটি) সু (ভার) পরিবারের সদস্য যা লাইসিন 9-এ হিস্টোন এইচ 3-কে মিথাইলেট করে, মানব সেটডি 7 (সেট 7 বা সেট 9 নামেও পরিচিত), যা লাইসিন 4 গার্ডেন মটর রুবিসকো এলএসএমটি-তে এইচ 3-কে মিথাইলেট করে, একটি এনজাইম যা হিস্টোনগুলি পরিবর্তন করে না, তবে পরিবর্তে এনজাইম রুবিসকোর বড় সাবইউনিটের নমনীয় লেজে লাইসিন 14-কে মিথাইলেট করে। সেট ডোমেইন নিজেই একটি অস্বাভাবিক কাঠামো হিসাবে প্রমাণিত হয়েছে। যদিও তিনটি গবেষণায়, ইলেক্ট্রন ঘনত্বের মানচিত্রগুলি অ্যাডোমেট বা অ্যাডোহসি কোফ্যাক্টরের অবস্থান প্রকাশ করেছে, সেট ডোমেনের ক্যানোনিকাল/অ্যাডোমেট-নির্ভর মিথাইলট্রান্সফেরেজ ভাঁজটির সাথে কোনও মিল নেই। সেট ডোমেনের সি-টার্মিনাল মোটিফের মধ্যে কঠোরভাবে সংরক্ষিত টাইরোসিন সাবস্ট্রেট লাইসিনের প্রোটোনেটেড অ্যামিনো গ্রুপ থেকে একটি প্রোটন বিমূর্ত করার সাথে জড়িত হতে পারে, যা অ্যাডোমেট কোফ্যাক্টরের সালফোনিয়াম মিথাইল গ্রুপের উপর তার নিউক্লিওফিলিক আক্রমণকে প্রচার করে। ধ্রুপদী ধরনের অ্যাডোমেট-নির্ভর প্রোটিন মিথাইলট্র্যানফেরেসের বিপরীতে, যা তাদের পলিপেপটাইড স্তরগুলিকে কোফ্যাক্টরের উপরে আবদ্ধ করে, রুবিসকো এলএসএমটি কাঠামো থেকে এটি উল্লেখ করা হয়েছে যে অ্যাডোমেট একটি পৃথক ফাটলে আবদ্ধ বলে মনে হয়, যা পরামর্শ দেয় যে কীভাবে একটি পলিপেপটাইড স্তরকে এনজাইম থেকে মুক্ত না করে একাধিক রাউন্ডের মিথাইলেশন করা যেতে পারে। এর বিপরীতে, SET7/9 তার স্তরটিতে শুধুমাত্র একটি মিথাইল গ্রুপ যোগ করতে সক্ষম। ফাংশন এটি প্রদর্শিত হয়েছে যে সেট ডোমেন এবং মায়োট্যুবুলারিন-সম্পর্কিত প্রোটিনের সংযোগ বৃদ্ধি নিয়ন্ত্রণকে নিয়ন্ত্রণ করে। এস. ই. টি ডোমেইন-ধারণকারী ড্রোসোফিলা মেলানোগাস্টার (ফলের মাছি) প্রোটিন, জেস্টের বর্ধক, বিভাগ নির্ধারণে একটি ফাংশন রয়েছে এবং স্তন্যপায়ী হোমোলগ জিন ট্রান্সক্রিপশন এবং ক্রোমাটিন কাঠামোর নিয়ন্ত্রণে জড়িত থাকতে পারে। হিস্টোন লাইসিন মিথাইলেশন হিস্টোন কোডের একটি অংশ যা ক্রোমাটিন ফাংশন এবং জিন ফাংশনের এপিজেনেটিক নিয়ন্ত্রণ নিয়ন্ত্রণ করে। হিস্টোন লাইসিন মিথাইলট্রান্সফেরেজ (এইচ. এম. টি. এ. এস) বিভিন্ন গ্রহণকারী লাইসিনের জন্য তাদের স্তরের নির্দিষ্টতার পাশাপাশি মিথাইল গ্রুপের (এক, দুই বা তিনটি) স্থানান্তরের জন্য তাদের পণ্যের নির্দিষ্টতা উভয় ক্ষেত্রেই পৃথক হয়। শুধুমাত্র একটি ব্যতিক্রম ছাড়া, এইচ. এম. টিজগুলি এস. ই. টি পরিবারের অন্তর্গত যা এস. ই. টি ডোমেনের আশেপাশের ক্রম অনুসারে শ্রেণীবদ্ধ করা যেতে পারে। মানব এস. ই. টি. 7/9, একটি মোনো-মিথাইলাসের উপর কাঠামোগত গবেষণায় হিস্টোন-লক্ষ্যের জন্য এনজাইমের নির্দিষ্টতার আণবিক ভিত্তি এবং মিথাইলেশন নির্দিষ্টতা নির্ধারণে এস. ই. টি ডোমেনে অপরিবর্তনীয় অবশিষ্টাংশের ভূমিকা প্রকাশিত হয়েছে। এসইউভি39 সেট পরিবারে পাওয়া এন-টার্মিনাল প্রাক-সেট ডোমেইন ()-এ নয়টি অপরিবর্তনীয় সিস্টাইন অবশিষ্টাংশ রয়েছে যা পরিবর্তনশীল দৈর্ঘ্যের একটি অঞ্চল দ্বারা পৃথক দুটি বিভাগে বিভক্ত। এই 9টি সিস্টিন 3টি দস্তা আয়নকে সমন্বিত করে একটি ত্রিভুজাকার গুচ্ছ গঠন করে, যেখানে প্রতিটি দস্তা আয়ন 4টি করে সিস্টিন দ্বারা সমন্বিত হয়ে একটি টেট্রাহেড্রাল বিন্যাস তৈরি করে। এই ডোমেনের কাজটি কাঠামোগত, এলোমেলো কয়েলের 2 টি দীর্ঘ অংশ একসাথে ধরে রাখে। পোস্ট-সেট ডোমেন () সহ সি-টার্মিনাল অঞ্চলটি হিস্টোন লেজের সাথে মিথস্ক্রিয়া না করলে এবং জিঙ্কের অনুপস্থিতিতে বিশৃঙ্খল হয়ে পড়ে। পোস্ট-সেট ডোমেনের তিনটি সংরক্ষিত সিস্টাইন একটি দস্তা-বাঁধাই সাইট গঠন করে যখন সেট ডোমেন সক্রিয় সাইটের কাছাকাছি গিঁটের মতো কাঠামোতে একটি চতুর্থ সংরক্ষিত সিস্টিনের সাথে মিলিত হয়। গঠনমূলক পোস্ট-সেট অঞ্চলটি সি-টার্মিনাল অবশিষ্টাংশ নিয়ে আসে যা এস-অ্যাডেনোসিল-এল-মেথিওনাইন-বাইন্ডিং এবং হিস্টোন লেজের মিথস্ক্রিয়ায় অংশ নেয়। তিনটি সংরক্ষিত সিস্টিনের অবশিষ্টাংশ এইচ. এম. টিজ ক্রিয়াকলাপের জন্য প্রয়োজনীয়, কারণ সেরিন দিয়ে প্রতিস্থাপন এইচ. এম. টিজ ক্রিয়াকলাপকে বিলুপ্ত করে। এই ডোমেন ধারণকারী মানব জিন এনকোডিং প্রোটিনের উদাহরণগুলির মধ্যে রয়েছেঃ এএসএইচ1এল, সেট ডোমেন (এডাব্লুএস) ইএইচএমটি1 (এফপি13812), ইএইচএমটি2 (বিএটি8), ইজেডএইচ1, ইজেডএইচ2 এমএলএল, এমএলএল2, এমএলএল3, এমএলএল5 এনএসডি1 পিআরডিএম1, পিআরডিএম2, পিআরডিএম5 সেটডি1এ, সেটডি2, সেটডি3, সেটডি4, সেটডি5, সেটডি6, সেটডি7, সেটডি8, সেটডিবি1, সেটডিবি2, সেটমার, এসএমওয়াইডি1, এসএমওয়াইডি3।