Hit selection
হাই-থ্রুপুট স্ক্রিনিং (এইচ. টি. এস)-এ, প্রধান লক্ষ্যগুলির মধ্যে একটি হল যৌগ নির্বাচন করা (ছোট অণু, এস. আই. আর. এন. এ, এস. এইচ. আর. এন. এ, জিন ইত্যাদি সহ)। প্রতিরোধ বা সক্রিয়করণ প্রভাবগুলির একটি পছন্দসই আকার সহ। এইচ. টি. এস স্ক্রিনে কাঙ্ক্ষিত আকারের প্রভাব সহ একটি যৌগকে হিট বলা হয়। হিট নির্বাচন প্রক্রিয়াকে হিট সিলেকশন বলা হয়। সাধারণ এইচ. টি. এস পরীক্ষায় হিট নির্বাচনের পদ্ধতিগুলির হাজার হাজার (এমনকি লক্ষ লক্ষ) যৌগ দ্রুত পরীক্ষা করার ক্ষমতা রয়েছে। অতএব, আঘাত নির্বাচনের প্রক্রিয়ায় তথ্যের স্তূপ থেকে রাসায়নিক/জৈব রাসায়নিক তাৎপর্য সংগ্রহ করা একটি চ্যালেঞ্জ। এই চ্যালেঞ্জ মোকাবেলা করার জন্য, হিট নির্বাচনের জন্য উপযুক্ত বিশ্লেষণাত্মক পদ্ধতি গ্রহণ করা হয়েছে। বড় প্রভাব সহ হিট নির্বাচন করার দুটি প্রধান কৌশল রয়েছে। একটি হল যৌগগুলিকে তাদের প্রভাব দ্বারা শ্রেণীবদ্ধ করতে এবং/অথবা শ্রেণীবদ্ধ করতে নির্দিষ্ট মেট্রিক (গুলি) ব্যবহার করা এবং তারপরে বৈধতা মূল্যায়নের জন্য ব্যবহারিক সর্বাধিক সংখ্যক শক্তিশালী যৌগ নির্বাচন করা। অন্য কৌশলটি হল একটি যৌগের পূর্বনির্ধারিত স্তরে পৌঁছানোর জন্য যথেষ্ট শক্তিশালী প্রভাব রয়েছে কিনা তা পরীক্ষা করা। এই কৌশলে, মিথ্যা-নেতিবাচক হার (এফএনআর) এবং/অথবা মিথ্যা-ইতিবাচক হার (এফপিআর) নিয়ন্ত্রণ করতে হবে। দুটি প্রধান ধরনের এইচ. টি. এস পরীক্ষা রয়েছে, একটি প্রতিলিপি ছাড়া (সাধারণত প্রাথমিক পর্দায়) এবং একটি প্রতিলিপি সহ (সাধারণত নিশ্চিতকরণ পর্দায়)। এই দুই ধরনের এইচ. টি. এস পরীক্ষায় হিট নির্বাচনের বিশ্লেষণাত্মক পদ্ধতিগুলি ভিন্ন। উদাহরণস্বরূপ, জেড-স্কোর পদ্ধতি প্রতিলিপি ছাড়াই পর্দার জন্য উপযুক্ত যেখানে টি-পরিসংখ্যান প্রতিলিপি সহ পর্দার জন্য উপযুক্ত। প্রতিলিপি ছাড়া পর্দার জন্য এসএসএমডি-র গণনাও প্রতিলিপি সহ পর্দার তুলনায় আলাদা। প্রতিলিপি ছাড়া পর্দা প্রাথমিক পর্দায় প্রতিলিপি ছাড়াই হিট নির্বাচনের জন্য অনেক মেট্রিক ব্যবহার করা হয়। সহজেই ব্যাখ্যাযোগ্যগুলি হল ভাঁজ পরিবর্তন, গড় পার্থক্য, শতাংশ প্রতিরোধ এবং শতাংশ ক্রিয়াকলাপ। যাইহোক, এই সমস্ত মেট্রিক্সের সাধারণ ত্রুটি হল যে তারা কার্যকরভাবে ডেটা পরিবর্তনশীলতা ক্যাপচার করে না। এই সমস্যাটি সমাধানের জন্য, গবেষকরা তখন জেড-স্কোর পদ্ধতি বা এসএসএমডি-তে পরিণত হন, যা নেতিবাচক রেফারেন্সগুলিতে ডেটা পরিবর্তনশীলতা ক্যাপচার করতে পারে। জেড-স্কোর পদ্ধতিটি এই ধারণার উপর ভিত্তি করে যে একটি প্লেটের সমস্ত অনুসন্ধানকৃত যৌগের পরিমাপ করা মানগুলির (সাধারণত লগ স্কেলে ফ্লুরোসেন্ট তীব্রতা) একটি স্বাভাবিক বন্টন রয়েছে। এস. এস. এম. ডি স্বাভাবিকতার অনুমানের অধীনেও সর্বোত্তম কাজ করে। যাইহোক, বড় প্রভাব সহ সত্যিকারের আঘাতগুলি বেশিরভাগ যৌগের থেকে খুব আলাদা আচরণ করা উচিত এবং তাই এগুলি বহিরাগত। শক্তিশালী মূল্যায়ন শিল্পকর্মগুলি বহিরাগত হিসাবেও আচরণ করতে পারে। সুতরাং, এইচ. টি. এস পরীক্ষায় আউটলায়ারগুলি অস্বাভাবিক নয়। জেড-স্কোর এবং এসএসএমডি-র নিয়মিত সংস্করণগুলি বহিরাগতদের প্রতি সংবেদনশীল এবং সমস্যাজনক হতে পারে। ফলস্বরূপ, জেড *-স্কোর পদ্ধতি, এসএসএমডি *, বি-স্কোর পদ্ধতি এবং কোয়ান্টাইল-ভিত্তিক পদ্ধতির মতো শক্তিশালী পদ্ধতিগুলি প্রস্তাব করা হয়েছে এবং প্রতিলিপি ছাড়াই প্রাথমিক পর্দায় হিট নির্বাচনের জন্য গ্রহণ করা হয়েছে। প্রতিলিপি ছাড়া একটি প্রাথমিক পর্দায়, প্রতিটি যৌগ শুধুমাত্র একবার পরিমাপ করা হয়। ফলস্বরূপ, আমরা প্রতিটি যৌগের জন্য তথ্যের পরিবর্তনশীলতা সরাসরি অনুমান করতে পারি না। পরিবর্তে, আমরা পরোক্ষভাবে একটি দৃঢ় অনুমান করে তথ্যের পরিবর্তনশীলতা অনুমান করি যে প্রতিটি যৌগের স্ক্রিনের একটি প্লেটে নেতিবাচক রেফারেন্সের মতো একই পরিবর্তনশীলতা রয়েছে। জেড-স্কোর, জেড *-স্কোর এবং বি-স্কোর এই দৃঢ় অনুমানের উপর নির্ভর করে; অনুরূপভাবে এস. এস. এম. ডি এবং এস. এস. এম. ডি * প্রতিলিপি ছাড়া ক্ষেত্রে। প্রতিলিপি সহ পর্দা প্রতিলিপি সহ একটি পর্দায়, আমরা সরাসরি প্রতিটি যৌগের জন্য তথ্যের পরিবর্তনশীলতা অনুমান করতে পারি এবং এইভাবে আমরা আরও শক্তিশালী পদ্ধতি ব্যবহার করতে পারি, যেমন প্রতিলিপি এবং টি-পরিসংখ্যান সহ ক্ষেত্রে এসএসএমডি যা জেড-স্কোর এবং জেড *-স্কোরের উপর নির্ভর করে এমন দৃঢ় ধারণার উপর নির্ভর করে না। টি-পরিসংখ্যানগত এবং সংশ্লিষ্ট পি-মানগুলির ব্যবহারের একটি সমস্যা হল যে তারা নমুনার আকার এবং প্রভাবের আকার উভয়ের দ্বারা প্রভাবিত হয়। এগুলি কোনও গড় পার্থক্য ছাড়াই পরীক্ষা থেকে আসে, তাই ছোট অণু বা এসআইআরএনএ প্রভাবের আকার পরিমাপ করার জন্য ডিজাইন করা হয়নি। হিট নির্বাচনের জন্য, প্রধান আগ্রহ হল একটি পরীক্ষিত ছোট অণু বা এসআইআরএনএ-তে প্রভাবের আকার। এস. এস. এম. ডি সরাসরি প্রভাবের আকার মূল্যায়ন করে। এস. এস. এম. ডি অন্যান্য সাধারণভাবে ব্যবহৃত প্রভাবের আকারের তুলনায় ভাল বলে প্রমাণিত হয়েছে। এস. এস. এম. ডি-র জনসংখ্যার মান পরীক্ষা-নিরীক্ষা জুড়ে তুলনীয় এবং এইভাবে আমরা এস. এস. এম. ডি-র জনসংখ্যার মানের জন্য একই কাটঅফ ব্যবহার করে এস. আই. আর. এন. এ প্রভাবের আকার পরিমাপ করতে পারি। এস. এস. এম. ডি গড় ভাঁজ পরিবর্তনের ত্রুটি কাটিয়ে উঠতে পারে যা তথ্যের পরিবর্তনশীলতা ধরতে সক্ষম নয়। অন্যদিকে, যেহেতু এস. এস. এম. ডি গড় এবং মানক বিচ্যুতির অনুপাত, আমরা একটি বড় এস. এস. এম. ডি মান পেতে পারি যখন মানক বিচ্যুতি খুব ছোট হয়, এমনকি গড় ছোট হলেও। কিছু কিছু ক্ষেত্রে, খুব কম গড় মানের জৈবিক প্রভাব নাও থাকতে পারে। যেমন, বড় এসএসএমডি মান (বা পার্থক্য) কিন্তু খুব ছোট গড় মান সহ যৌগগুলি আগ্রহের বিষয় নাও হতে পারে। এই সমস্যা সমাধানের জন্য ডুয়াল-ফ্ল্যাশলাইট প্লটের ধারণাটি প্রস্তাব করা হয়েছে। একটি দ্বৈত-ফ্ল্যাশলাইট প্লটে, আমরা একটি পরীক্ষায় তদন্ত করা সমস্ত যৌগের জন্য যথাক্রমে y-এবং x-অক্ষে এসএসএমডি বনাম গড় লগ ভাঁজ-পরিবর্তন (বা গড় শতাংশ প্রতিরোধ/সক্রিয়করণ) প্লট করি। দ্বৈত-ফ্ল্যাশলাইট প্লটের সাহায্যে আমরা দেখতে পারি যে কীভাবে জিন বা যৌগগুলি প্রতিটি বিভাগে প্রভাবের আকারে বিতরণ করা হয়, যেমনটি চিত্রে দেখানো হয়েছে। এদিকে, আমরা প্রতিটি যৌগের গড় ভাঁজ-পরিবর্তনও দেখতে পাচ্ছি। আরও দেখুন এফেক্ট সাইজ হাই-থ্রুপুট স্ক্রিনিং জেড-স্কোর এসএসএমডি এসএমসিভি ডুয়াল-ফ্ল্যাশলাইট প্লট আরও পড়া ঝাং এক্সএইচডি (2011) "সর্বোত্তম হাই-থ্রুপুট স্ক্রিনিংঃ জিনোম-স্কেল আরএনএআই গবেষণার জন্য ব্যবহারিক পরীক্ষামূলক নকশা এবং ডেটা বিশ্লেষণ, কেমব্রিজ বিশ্ববিদ্যালয় প্রেস" রেফারেন্স ড্রাগ আবিষ্কার ক্লিনিকাল গবেষণা