DNA-binding domain
একটি ডিএনএ-বাইন্ডিং ডোমেন (ডিবিডি) একটি স্বাধীনভাবে ভাঁজ করা প্রোটিন ডোমেন যা কমপক্ষে একটি কাঠামোগত মোটিফ ধারণ করে যা ডাবল-বা একক-স্ট্র্যান্ডেড ডিএনএকে স্বীকৃতি দেয়। একটি ডিবিডি একটি নির্দিষ্ট ডিএনএ সিকোয়েন্স (একটি স্বীকৃতি সিকোয়েন্স) সনাক্ত করতে পারে বা ডিএনএর সাথে একটি সাধারণ সম্পর্ক রাখতে পারে। কিছু ডিএনএ-বাইন্ডিং ডোমেনে তাদের ভাঁজ করা কাঠামোতে নিউক্লিক অ্যাসিডও থাকতে পারে। ফাংশন এক বা একাধিক ডিএনএ-বাইন্ডিং ডোমেন প্রায়শই একটি বৃহত্তর প্রোটিনের অংশ যা বিভিন্ন ফাংশন সহ আরও প্রোটিন ডোমেন নিয়ে গঠিত। অতিরিক্ত ডোমেনগুলি প্রায়শই ডিএনএ-বাইন্ডিং ডোমেনের ক্রিয়াকলাপ নিয়ন্ত্রণ করে। ডিএনএ বাঁধাইয়ের কাজটি হয় কাঠামোগত বা প্রতিলিপি নিয়ন্ত্রণের সাথে জড়িত, দুটি ভূমিকা কখনও কখনও ওভারল্যাপিং হয়। ডিএনএ কাঠামোর সাথে জড়িত ফাংশনগুলির সাথে ডিএনএ-বাইন্ডিং ডোমেনের ডিএনএ প্রতিলিপি, মেরামত, সঞ্চয় এবং পরিবর্তনের ক্ষেত্রে জৈবিক ভূমিকা রয়েছে, যেমন মিথাইলেশন। জিন অভিব্যক্তি নিয়ন্ত্রণের সাথে জড়িত অনেক প্রোটিনে ডিএনএ-বাইন্ডিং ডোমেন থাকে। উদাহরণস্বরূপ, যে প্রোটিনগুলি ডিএনএ বাঁধাইয়ের মাধ্যমে প্রতিলিপি নিয়ন্ত্রণ করে সেগুলিকে প্রতিলিপি উপাদান বলা হয়। বেশিরভাগ সেলুলার সিগন্যালিং ক্যাসকেডের চূড়ান্ত আউটপুট হল জিন নিয়ন্ত্রণ। ডিবিডি ডিএনএ সিকোয়েন্স-নির্দিষ্ট বা অ-সিকোয়েন্স-নির্দিষ্ট পদ্ধতিতে ডিএনএর নিউক্লিওটাইডগুলির সাথে মিথস্ক্রিয়া করে, তবে অ-সিকোয়েন্স-নির্দিষ্ট স্বীকৃতিতেও প্রোটিন এবং ডিএনএর মধ্যে কিছু ধরণের আণবিক পরিপূরক জড়িত থাকে। ডি. বি. ডি দ্বারা ডি. এন. এ শনাক্তকরণ ডি. এন. এ-র বড় বা ছোট খাঁজ বা সুগার-ফসফেট ডি. এন. এ মেরুদণ্ডে ঘটতে পারে (ডি. এন. এ-র কাঠামো দেখুন)। প্রতিটি নির্দিষ্ট ধরনের ডিএনএ শনাক্তকরণ প্রোটিনের কার্যকারিতার সাথে সামঞ্জস্যপূর্ণ। উদাহরণস্বরূপ, ডি. এন. এ-কাটিং এনজাইম ডি. এন. এ. এস-1 ডি. এন. এ-কে প্রায় এলোমেলোভাবে কেটে দেয় এবং তাই অবশ্যই একটি অ-ক্রম-নির্দিষ্ট পদ্ধতিতে ডি. এন. এ-র সাথে আবদ্ধ হতে হবে। কিন্তু, তা সত্ত্বেও, ডি. এন. এ. আই একটি নির্দিষ্ট 3-ডি ডি. এন. এ কাঠামোকে স্বীকৃতি দেয়, যা কিছুটা নির্দিষ্ট ডি. এন. এ ক্লিভেজ প্যাটার্ন তৈরি করে যা ডি. এন. এ ফুটপ্রিন্টিং নামে একটি কৌশল দ্বারা ডি. এন. এ স্বীকৃতি অধ্যয়নের জন্য কার্যকর হতে পারে। অনেক ডিএনএ-বাইন্ডিং ডোমেনকে অবশ্যই নির্দিষ্ট ডিএনএ সিকোয়েন্সগুলি সনাক্ত করতে হবে, যেমন ট্রান্সক্রিপশন ফ্যাক্টরগুলির ডিবিডি যা নির্দিষ্ট জিনগুলিকে সক্রিয় করে, বা নির্দিষ্ট স্থানে ডিএনএ সংশোধন করে এমন এনজাইমগুলির, যেমন সীমাবদ্ধতা এনজাইম এবং টেলোমেরেজ। ডি. এন. এ প্রধান খাঁজতে হাইড্রোজেন বন্ধনের প্যাটার্নটি ডি. এন. এ মাইনর খাঁজটির তুলনায় কম ক্ষয়প্রাপ্ত, যা ক্রম-নির্দিষ্ট ডি. এন. এ স্বীকৃতির জন্য আরও আকর্ষণীয় স্থান প্রদান করে। জেল ইলেক্ট্রোফোরেসিস, বিশ্লেষণাত্মক আল্ট্রাসেন্ট্রিফিউগেশন, ক্যালোরিমেট্রি, ডিএনএ মিউটেশন, প্রোটিন কাঠামো মিউটেশন বা পরিবর্তন, নিউক্লিয়ার চৌম্বকীয় অনুরণন, এক্স-রে ক্রিস্টালোগ্রাফি, পৃষ্ঠ প্লাজমন অনুরণন, ইলেক্ট্রন প্যারাম্যাগনেটিক অনুরণন, ক্রস-লিঙ্কিং এবং মাইক্রোস্কেল থার্মোফোরেসিস (এম. এস. টি)-এর মতো অনেক জৈব রাসায়নিক এবং জৈব-প্রাকৃতিক কৌশল ব্যবহার করে ডি. এন. এ-বাঁধাই প্রোটিনের নির্দিষ্টতা অধ্যয়ন করা যেতে পারে। জিনোমে ডিএনএ-বাইন্ডিং প্রোটিন প্রতিটি জিনোমে জিনের একটি বড় অংশ ডিএনএ-বাইন্ডিং প্রোটিনকে এনকোড করে (টেবিল দেখুন)। তবে, কেবলমাত্র অল্প সংখ্যক প্রোটিন পরিবারই ডিএনএ-বন্ধনকারী। উদাহরণস্বরূপ, প্রায় 750 জিঙ্ক-ফিঙ্গার প্রোটিন সহ প্রায় 20,000 মানুষের প্রোটিনের মধ্যে 2000 টিরও বেশি "ডিএনএ-বাইন্ডিং"। প্রকার হেলিক্স-টার্ন-হেলিক্স মূলত ব্যাকটেরিয়ায় আবিষ্কৃত, হেলিক্স-টার্ন-হেলিক্স মোটিফ সাধারণত রিপ্রেসার প্রোটিনে পাওয়া যায় এবং প্রায় 20 টি অ্যামিনো অ্যাসিড দীর্ঘ। ইউক্যারিওটসে, হোমিওডোমেইন 2টি হেলিস নিয়ে গঠিত, যার মধ্যে একটি ডিএনএকে (ওরফে রিকগনিশন হেলিক্স) স্বীকৃতি দেয়। এগুলি প্রোটিনে প্রচলিত যা বিকাশমূলক প্রক্রিয়াগুলি নিয়ন্ত্রণ করে (PROSITE HTH)। জিঙ্ক ফিঙ্গার ডোমেন বেশিরভাগই ইউক্যারিওটসে পাওয়া যায়, তবে কিছু উদাহরণ ব্যাকটেরিয়ায় পাওয়া গেছে। দস্তা আঙুলের ক্ষেত্রটি সাধারণত 23 থেকে 28টি অ্যামিনো অ্যাসিডের মধ্যে লম্বা হয় এবং নিয়মিত ব্যবধানযুক্ত দস্তা-সমন্বয়কারী অবশিষ্টাংশের (হিস্টিডাইন বা সিস্টাইন) সাথে দস্তা আয়নগুলিকে সমন্বিত করে স্থিতিশীল করা হয়। দস্তা আঙুলের সবচেয়ে সাধারণ শ্রেণী (Cys2His2) একটি একক দস্তা আয়নকে সমন্বিত করে এবং একটি স্বীকৃতি হেলিক্স এবং একটি 2-স্ট্র্যান্ড বিটা-শীট নিয়ে গঠিত। ট্রান্সক্রিপশন ফ্যাক্টরগুলিতে এই ডোমেনগুলি প্রায়শই অ্যারেতে পাওয়া যায় (সাধারণত ছোট লিঙ্কার সিকোয়েন্স দ্বারা পৃথক করা হয়) এবং ডিএনএর সাথে আবদ্ধ হলে সংলগ্ন আঙ্গুলগুলি 3 টি বেসপেয়ার বিরতিতে থাকে। লিউসিন জিপার মৌলিক লিউসিন জিপার (বি. জেড. আই. পি) ক্ষেত্রটি মূলত ইউক্যারিওট এবং সীমিত পরিমাণে ব্যাকটেরিয়ায় পাওয়া যায়। বি. জেড. আই. পি ডোমেনে প্রতি 7ম অ্যামিনো অ্যাসিডে একটি লিউসিন সহ একটি আলফা হেলিক্স থাকে। যদি এই ধরনের দুটি হেলিসেস একে অপরকে খুঁজে পায়, তবে লিউসিনগুলি একটি জিপারের মধ্যে দাঁত হিসাবে মিথস্ক্রিয়া করতে পারে, যার ফলে দুটি প্রোটিনের ডাইমেরাইজেশন হতে পারে। ডি. এন. এ-র সাথে আবদ্ধ হওয়ার সময়, মৌলিক অ্যামিনো অ্যাসিডের অবশিষ্টাংশগুলি চিনি-ফসফেট মেরুদণ্ডের সাথে আবদ্ধ হয় যখন হেলিসগুলি প্রধান খাঁজগুলিতে বসে। এটি জিনের অভিব্যক্তি নিয়ন্ত্রণ করে। ডানাযুক্ত হেলিক্স প্রায় 110 টি অ্যামিনো অ্যাসিড নিয়ে গঠিত, ডানাযুক্ত হেলিক্স (ডাব্লুএইচ) ডোমেনে চারটি হেলিস এবং একটি দ্বি-স্ট্র্যান্ড বিটা-শীট রয়েছে। ডানাযুক্ত হেলিক্স-টার্ন-হেলিক্স ডানাযুক্ত হেলিক্স-টার্ন-হেলিক্স (ডাব্লুএইচটিএইচ) ডোমেন সাধারণত 85-90 অ্যামিনো অ্যাসিড দীর্ঘ হয়। এটি একটি 3-হেলিকাল বান্ডিল এবং একটি 4-স্ট্র্যান্ড বিটা-শীট (উইং) দ্বারা গঠিত হয়। হেলিক্স-লুপ-হেলিক্স মৌলিক হেলিক্স-লুপ-হেলিক্স (বিএইচএলএইচ) ক্ষেত্রটি কিছু প্রতিলিপি উপাদানের মধ্যে পাওয়া যায় এবং একটি লুপ দ্বারা সংযুক্ত দুটি আলফা হেলিক্স (α-হেলিক্স) দ্বারা চিহ্নিত করা হয়। একটি হেলিক্স সাধারণত ছোট হয় এবং লুপের নমনীয়তার কারণে, ভাঁজ করে এবং অন্য হেলিক্সের সাথে প্যাকিং করে ডাইমারাইজেশনের অনুমতি দেয়। বৃহত্তর হেলিক্স সাধারণত ডিএনএ-বাঁধাই অঞ্চল ধারণ করে। এইচ. এম. জি-বক্স এইচ. এম. জি-বক্স ডোমেনগুলি উচ্চ গতিশীলতা গোষ্ঠী প্রোটিনে পাওয়া যায় যা প্রতিলিপি এবং প্রতিলিপির মতো বিভিন্ন ডি. এন. এ-নির্ভর প্রক্রিয়াগুলিতে জড়িত। তারা বাঁককে প্ররোচিত করে ডি. এন. এ-র নমনীয়তাকেও পরিবর্তন করে। ডোমেনটি লুপ দ্বারা বিভক্ত তিনটি আলফা হেলিস নিয়ে গঠিত। ওয়ার3 ডোমেইন ওয়ার3 ডোমেইন, হোয়াইট-অপারদর্শী নিয়ন্ত্রক 3 (ওয়ার3)-এর নামে নামকরণ করা হয়েছে, যা পূর্বে বর্ণিত ডিএনএ-বাইন্ডিং ডোমেনের তুলনায় বিবর্তনীয় সময়ে আবির্ভূত হয়েছে এবং অল্প সংখ্যক ছত্রাকের মধ্যে সীমাবদ্ধ। ওবি-ভাঁজ ক্ষেত্র একটি ছোট কাঠামোগত মোটিফ যা মূলত এর অলিগোনিউক্লিওটাইড/অলিগোস্যাকারাইড বাঁধাই বৈশিষ্ট্যের জন্য নামকরণ করা হয়েছে। ওবি-ভাঁজ ক্ষেত্রের দৈর্ঘ্য 70 থেকে 150 অ্যামিনো অ্যাসিডের মধ্যে থাকে। ওবি-ভাঁজগুলি সিঙ্গেল-স্ট্র্যান্ডেড ডিএনএ-কে আবদ্ধ করে এবং তাই এগুলি সিঙ্গেল-স্ট্র্যান্ডেড বাইন্ডিং প্রোটিন। ওবি-ভাঁজ প্রোটিনগুলি ডিএনএ প্রতিলিপি, ডিএনএ পুনর্মিলন, ডিএনএ মেরামত, প্রতিলিপি, অনুবাদ, কোল্ড শক প্রতিক্রিয়া এবং টেলোমিয়ার রক্ষণাবেক্ষণের জন্য গুরুত্বপূর্ণ হিসাবে চিহ্নিত করা হয়েছে। অস্বাভাবিক ইমিউনোগ্লোবুলিন ভাঁজ ইমিউনোগ্লোবুলিন ডোমেন () বড় সংযোগকারী লুপ সহ একটি বিটা-শীট কাঠামো নিয়ে গঠিত, যা ডিএনএ প্রধান খাঁজ বা অ্যান্টিজেন সনাক্ত করতে কাজ করে। সাধারণত ইমিউনোগ্লোবুলিন প্রোটিনে পাওয়া যায়, এগুলি সাইটোকাইন পথের স্ট্যাট প্রোটিনেও উপস্থিত থাকে। এটি সম্ভবত কারণ সাইটোকাইন পথ তুলনামূলকভাবে সম্প্রতি বিবর্তিত হয়েছে এবং নিজস্ব তৈরি করার পরিবর্তে ইতিমধ্যে কার্যকরী সিস্টেমগুলি ব্যবহার করেছে। বি3 ক্ষেত্র বি3 ডিবিডি (,) একচেটিয়াভাবে উচ্চতর উদ্ভিদ এবং সীমাবদ্ধ এন্ডোনিউক্লিয়াস ইকোআরআইআই এবং বিএফআইআই থেকে প্রতিলিপি উপাদানগুলিতে পাওয়া যায় এবং সাধারণত 100-120 অবশিষ্টাংশ নিয়ে গঠিত। এর মধ্যে রয়েছে সাতটি বিটা শীট এবং দুটি আলফা হেলিসেস, যা একটি ডিএনএ-বাইন্ডিং সিউডোবারেল প্রোটিন ভাঁজ গঠন করে। টিএএল প্রভাবক টিএএল প্রভাবকগুলি জ্যান্থোমোনাস গণের ব্যাকটেরিয়াল উদ্ভিদ প্যাথোজেনগুলিতে পাওয়া যায় এবং ব্যাকটেরিয়াল ভাইরাস, বিস্তার এবং বিস্তারকে সহজতর করার জন্য পোষক উদ্ভিদের জিন নিয়ন্ত্রণের সাথে জড়িত। এগুলিতে টেন্ডেম 33-35 অবশিষ্টাংশের পুনরাবৃত্তির একটি কেন্দ্রীয় অঞ্চল থাকে এবং প্রতিটি পুনরাবৃত্তি অঞ্চল টেলের বাঁধাই সাইটে একটি একক ডিএনএ বেসকে এনকোড করে। পুনরাবৃত্তির মধ্যে এটি শুধুমাত্র অবশিষ্টাংশ 13 যা সরাসরি ডিএনএ বেসের সাথে যোগাযোগ করে, ক্রম নির্দিষ্টতা নির্ধারণ করে, যখন অন্যান্য অবস্থানগুলি ডিএনএ মেরুদণ্ডের সাথে যোগাযোগ করে, ডিএনএ-বাঁধাই মিথস্ক্রিয়া স্থিতিশীল করে। অ্যারের মধ্যে প্রতিটি পুনরাবৃত্তি জোড়া আলফা-হেলিসের রূপ নেয়, যখন পুরো পুনরাবৃত্তি অ্যারে একটি ডান হাতের সুপারহেলিক্স গঠন করে, ডিএনএ-ডবল হেলিক্সের চারপাশে মোড়ানো। টিএএল প্রভাবক পুনরাবৃত্তি অ্যারেগুলি ডিএনএ বাঁধাইয়ের উপর সঙ্কুচিত হতে দেখা গেছে এবং একটি দ্বি-রাষ্ট্র অনুসন্ধান প্রক্রিয়া প্রস্তাব করা হয়েছে যার মাধ্যমে প্রসারিত টিএএলই ডিএনএর চারপাশে সঙ্কুচিত হতে শুরু করে মূল টিএএল-প্রভাবক পুনরাবৃত্তি অ্যারের একটি অনন্য পুনরাবৃত্তি ইউনিট এন-টার্মিনাল থেকে সফল থাইমিন স্বীকৃতি দিয়ে শুরু হয়। সম্পর্কিত প্রোটিনগুলি ব্যাকটেরিয়াল উদ্ভিদ প্যাথোজেন র্যালস্টোনিয়া সোলানাসিয়ারাম, ছত্রাক এন্ডোসিম্বিয়ন্ট বার্কহোল্ডেরিয়া রাইজোক্সিনিকা এবং দুটি এখনও অজানা সামুদ্রিক-অণুজীবে পাওয়া যায়। ডিএনএ বাইন্ডিং কোড এবং পুনরাবৃত্তি অ্যারের কাঠামো এই গোষ্ঠীগুলির মধ্যে সংরক্ষিত থাকে, যা সম্মিলিতভাবে টেল-লাইক হিসাবে উল্লেখ করা হয়। আর. এন. এ-নির্দেশিত স্ট্রেপ্টোকোকাস পাইওজিনের সি. আর. আই. এস. পি. আর/সি. এ. এস সিস্টেমটি ডি. এন. এ সাইটগুলিকে লক্ষ্য করার জন্য বেস-পেয়ারিং পরিপূরকতার সাথে গাইড আর. এন. এ-র সহজ ইঞ্জিনিয়ারিংয়ের মাধ্যমে প্রাকৃতিক এবং কৃত্রিম ইউক্যারিওটিক প্রোমোটারদের সক্রিয়করণ এবং দমন উভয়কেই নির্দেশ করার জন্য প্রোগ্রাম করা যেতে পারে। ক্যাস 9 একটি কাস্টমাইজযোগ্য আরএনএ-নির্দেশিত ডিএনএ-বাইন্ডিং প্ল্যাটফর্ম হিসাবে ব্যবহার করা যেতে পারে। ডোমেইন ক্যাস9-কে আগ্রহের নিয়ন্ত্রক ডোমেইন (যেমন, সক্রিয়করণ, দমন, বা এপিজেনেটিক প্রভাবক) বা জিনোম ইঞ্জিনিয়ারিং জীববিজ্ঞানের বহুমুখী সরঞ্জাম হিসাবে এন্ডোনিউক্লিজ ডোমেনের সাথে কার্যকরী করা যেতে পারে। এবং তারপর বিভিন্ন গাইড আর. এন. এ ব্যবহার করে একাধিক লোকিতে লক্ষ্য করা হবে। আরও দেখুন স্থল উদ্ভিদের জিনোমে উপস্থিত ডিএনএ-বাইন্ডিং-ডোমেনের কাঠামোগত শ্রেণিবিন্যাসের জন্য, নিউক্লিক অ্যাসিড সিমুলেশন সফ্টওয়্যার রেফারেন্সের তুলনা দেখুন বাহ্যিক লিঙ্কগুলি পূর্বাভাসকৃত ট্রান্সক্রিপশন ফ্যাক্টরগুলির ডিবিডি ডাটাবেস সমস্ত সম্পূর্ণ ক্রমযুক্ত জিনোমে ট্রান্সক্রিপশন ফ্যাক্টরগুলির পূর্বাভাস দেওয়ার জন্য ডিএনএ-বাইন্ডিং ডোমেনের একটি কিউরেটেড সেট ব্যবহার করে ডিএনএ-বাইন্ডিং মোটিফগুলির ডিএনএ-বাইন্ডিং ডোমেনের প্রোসাইট আণবিক জেনেটিক্স প্রোটিন ডোমেনে এটিঃ ডিএনএ-বাইন্ডিং প্রোটিন প্লঃ বিয়ালকো ওয়াইজ ডিএনএ