ORF8
ও. আর. এফ. 8 হল একটি জিন যা একটি ভাইরাল আনুষঙ্গিক প্রোটিন, বিটাকোরোনাভাইরাস এন. এস. 8 প্রোটিন, সাবজেনাস সারবেকোভাইরাসের করোনভাইরাসগুলিতে এনকোড করে। এটি জিনোমের সবচেয়ে কম সংরক্ষিত এবং সবচেয়ে পরিবর্তনশীল অংশগুলির মধ্যে একটি। কিছু ভাইরাসে, একটি মুছে ফেলা অঞ্চলটিকে দুটি ছোট খোলা পঠন ফ্রেমে বিভক্ত করে, যাকে ORF8a এবং ORF8b বলা হয়-অনেক SARS-CoV ভাইরাল আইসোলেটগুলিতে উপস্থিত একটি বৈশিষ্ট্য যা পরে SARS মহামারী থেকে বিচ্ছিন্ন হয়, পাশাপাশি কিছু বাদুড়ের করোনভাইরাসগুলিতেও উপস্থিত থাকে। এই কারণে পূর্ণ দৈর্ঘ্যের জিন এবং এর প্রোটিনকে কখনও কখনও ওআরএফ8এবি বলা হয়। SARS-CoV-2-এ উদাহরণস্বরূপ পূর্ণ দৈর্ঘ্যের জিনটি অজানা কার্যকারিতার ইমিউনোগ্লোবুলিন ডোমেনের সাথে একটি প্রোটিনকে এনকোড করে, সম্ভবত হোস্ট ইমিউন সিস্টেমের সাথে মিথস্ক্রিয়া জড়িত। এটি ORF7a প্রোটিনের কাঠামোর অনুরূপ, যা ইঙ্গিত করে যে এটি জিন প্রতিলিপির মাধ্যমে উদ্ভূত হতে পারে। SARS-CoV-2-এর কাঠামো ORF8 একটি এন-টার্মিনাল সংকেত ক্রম সহ 121 টি অ্যামিনো অ্যাসিড অবশিষ্টাংশের একটি প্রোটিনকে এনকোড করে। ও. আর. এফ8 একটি ডাইমার গঠন করে যা ডাইসালফাইড বন্ধন দ্বারা সমযোজীভাবে সংযুক্ত থাকে। ও. আর. এফ. 7এ প্রোটিনের সাথে দূরবর্তী সাদৃশ্য সহ এটির একটি ইমিউনোগ্লোবুলিনের মতো ডোমেন রয়েছে। একই ধরনের সামগ্রিক ভাঁজ থাকা সত্ত্বেও, ও. আর. এফ8-এ একটি সন্নিবেশ সম্ভবত বিভিন্ন প্রোটিন-প্রোটিন মিথস্ক্রিয়ার জন্য দায়ী এবং একটি অতিরিক্ত ডাইমেরাইজেশন ইন্টারফেস তৈরি করে। ORF7a-এর বিপরীতে, ORF8-এ একটি ট্রান্সমেম্ব্রেন হেলিক্সের অভাব রয়েছে এবং তাই এটি একটি ট্রান্সমেম্ব্রেন প্রোটিন নয়, যদিও এটি একটি ঝিল্লি-নোঙ্গরযুক্ত রূপ থাকতে পারে বলে মনে করা হয়। SARS-CoV এবং SARS-CoV-2-এ ORF8 খুব ভিন্ন, 20 শতাংশেরও কম অনুক্রম সনাক্তকরণ সহ। SARS-CoV-এর পূর্ণ দৈর্ঘ্যের ORF8 122 টি অবশিষ্টাংশের একটি প্রোটিনকে এনকোড করে। অনেক সার্স-কোভ আইসোলেটের মধ্যে এটি ওআরএফ8এ এবং ওআরএফ8বি-তে বিভক্ত, পৃথকভাবে 39-অবশিষ্টাংশ ওআরএফ8এ এবং 84-অবশিষ্টাংশ ওআরএফ8বি প্রোটিন প্রকাশ করে। এটি প্রস্তাব করা হয়েছে যে ORF8a এবং ORF8b প্রোটিন একটি প্রোটিন কমপ্লেক্স গঠন করতে পারে। সার্স-কোভ-2 প্রোটিনের ডাইমেরাইজেশনের জন্য দায়ী সিস্টিনের অবশিষ্টাংশ সার্স-কোভ ক্রমে সংরক্ষিত হয় না। ORF8ab প্রোটিন ডাইসালফাইড-সংযুক্ত মাল্টিমার গঠন করে বলে জানা গেছে। অনুবাদ-পরবর্তী পরিবর্তনগুলি পূর্ণ দৈর্ঘ্যের SARS-CoV ORF8ab প্রোটিনটি এন-গ্লাইকোসাইলেশন দ্বারা অনুবাদ-পরবর্তীভাবে পরিবর্তিত হয়, যা SARS-CoV-2 প্রোটিনে সংরক্ষিত থাকবে বলে পূর্বাভাস দেওয়া হয়েছে। পরীক্ষামূলক পরিস্থিতিতে, 8বি এবং 8এবি উভয়ই সর্বব্যাপী। অভিব্যক্তি এবং স্থানীয়করণ অন্যান্য আনুষঙ্গিক প্রোটিনের জিনের পাশাপাশি, ও. আর. এফ. 8 জিনটি করোনভাইরাস আর. এন. এ জিনোমের 5 'প্রান্তে কাঠামোগত প্রোটিনগুলিকে এনকোড করার কাছাকাছি অবস্থিত। ও. আর. এফ. 6, ও. আর. এফ. 7এ এবং ও. আর. এফ. 7বি-এর পাশাপাশি ও. আর. এফ. 8 ঝিল্লি (এম) এবং নিউক্লিওক্যাপসিড (এন) জিনের মধ্যে অবস্থিত। SARS-CoV-2 ORF8 প্রোটিনের এন্ডোপ্লাজমিক রেটিকুলামে (ER) পাচারের জন্য একটি সংকেত ক্রম রয়েছে এবং পরীক্ষামূলকভাবে ER-এ স্থানীয়করণ করা হয়েছে। এটি সম্ভবত একটি স্রাবিত প্রোটিন। SARS-CoV ORF8a, ORF8b, বা ORF8ab প্রোটিনের স্থানীয়করণ সম্পর্কে সাহিত্যে পরিবর্তনশীল প্রতিবেদন রয়েছে। প্রাকৃতিক পরিস্থিতিতে ও. আর. এফ8বি উল্লেখযোগ্য মাত্রায় প্রকাশ করা হয় কিনা তা স্পষ্ট নয়। পূর্ণ দৈর্ঘ্যের ও. আর. এফ8এবি ই. আর-এর স্থানীয়করণ বলে মনে হয়। ফাংশন ORF8 প্রোটিনের ফাংশন অজানা। SARS-CoV বা SARS-CoV-2-এ ভাইরাল প্রতিলিপির জন্য এটি অপরিহার্য নয়, যদিও ORF8-এর ক্ষতি ভাইরাল প্রতিলিপির দক্ষতাকে প্রভাবিত করে কিনা সে সম্পর্কে পরস্পরবিরোধী প্রমাণ রয়েছে। ও. আর. এফ8 প্রোটিনের জন্য প্রায়শই প্রস্তাবিত একটি ফাংশন হল পোষক ইমিউন সিস্টেমের সাথে মিথস্ক্রিয়া। SARS-CoV-2 প্রোটিনের ইমিউন ফাঁকি দেওয়া বা হোস্ট ইমিউন প্রতিক্রিয়া দমন করার মাধ্যমে ইমিউনোমডুলেশনে ভূমিকা রয়েছে বলে মনে করা হয়। এটি টাইপ I ইন্টারফেরন অ্যান্টাগনিস্ট এবং ক্লাস I এমএইচসি-কে ডাউনরেগুলেট করার জন্য রিপোর্ট করা হয়েছে। SARS-CoV-2 ORF8 প্রোটিন অত্যন্ত ইমিউনোজেনিক এবং কোভিড-19 আক্রান্ত বা সুস্থ হয়ে ওঠা রোগীদের মধ্যে প্রোটিনের উচ্চ মাত্রার অ্যান্টিবডি পাওয়া গেছে। একটি গবেষণা ইঙ্গিত দেয় যে ও. আর. এফ8 একটি প্রতিলিপি প্রতিরোধক। এটি পরামর্শ দেওয়া হয়েছে যে SARS-CoV ORF8a প্রোটিন মাল্টিমারে একত্রিত হয় এবং একটি ভাইরোপোরিন গঠন করে। বিবর্তন ও. আর. এফ-8-এর বিবর্তনীয় ইতিহাস জটিল। এটি সারবেকোভাইরাস জিনোমের সবচেয়ে কম সংরক্ষিত অঞ্চলগুলির মধ্যে একটি। এটি ঘন ঘন মিউটেশন এবং মুছে ফেলার বিষয় এবং এটিকে "হাইপারভ্যারিয়েবল" এবং একটি পুনঃসংযোগ হটস্পট হিসাবে বর্ণনা করা হয়েছে। এই অঞ্চলে আর. এন. এ গৌণ কাঠামো জিনোমিক অস্থিতিশীলতার সঙ্গে যুক্ত বলে মনে করা হয়। SARS-CoV-তে, ORF8 অঞ্চলটি পূর্বপুরুষের বাদুড়ের করোনভাইরাসগুলির মধ্যে পুনর্মিলনের মাধ্যমে উদ্ভূত হয়েছিল বলে মনে করা হয়। SARS-CoV-তে এই অঞ্চলের সবচেয়ে স্বতন্ত্র বৈশিষ্ট্যগুলির মধ্যে একটি হল 29-নিউক্লিওটাইড মুছে ফেলার উত্থান যা পূর্ণ দৈর্ঘ্যের ওপেন রিডিং ফ্রেমকে দুটি ছোট ORFs, ORF8a এবং ORF8b-তে বিভক্ত করে। সার্স মহামারীর প্রথম দিক থেকে ভাইরাল আইসোলেটগুলির একটি পূর্ণ দৈর্ঘ্য, অক্ষত ওআরএফ8 রয়েছে, তবে বিভক্ত কাঠামোটি পরে মহামারীতে আবির্ভূত হয়েছিল। এর পর থেকে বাদুড়ের করোনভাইরাসগুলিতে অনুরূপ বিভক্ত কাঠামো দেখা গেছে। SARS-CoV-2 ভ্যারিয়েন্টেও মিউটেশন এবং মুছে ফেলা দেখা গেছে। SARS-CoV-এর পর্যবেক্ষণের উপর ভিত্তি করে, এটি পরামর্শ দেওয়া হয়েছে যে ORF8-এর পরিবর্তনগুলি হোস্ট অভিযোজনের সাথে সম্পর্কিত হতে পারে, তবে এটি সম্ভব যে ORF8 মানব হোস্টের ফিটনেসকে প্রভাবিত করে না। সার্স-কোভে, ইতিবাচক নির্বাচন বা শিথিল নির্বাচনের সাথে সামঞ্জস্য রেখে ওআরএফ8-এ একটি উচ্চ ডিএন/ডিএস অনুপাত লক্ষ্য করা গেছে। ORF8 একটি প্রোটিনকে এনকোড করে যার ইমিউনোগ্লোবুলিন ডোমেনের (Ig) ORF7a-এর সাথে দূরবর্তী মিল রয়েছে। এটি প্রস্তাব করা হয়েছে যে ORF8 সম্ভবত জিন প্রতিলিপির মাধ্যমে ORF7a থেকে বিবর্তিত হয়েছে, যদিও কিছু জৈব তথ্যবিজ্ঞান বিশ্লেষণ থেকে জানা যায় যে সাদৃশ্যটি প্রতিলিপিকে সমর্থন করার জন্য খুব কম হতে পারে, যা ভাইরাসগুলিতে তুলনামূলকভাবে অস্বাভাবিক। ইমিউনোগ্লোবুলিন ডোমেনগুলি করোনভাইরাসগুলিতে অস্বাভাবিক; ও. আর. এফ 8 এবং ও. আর. এফ 7 এ সহ বিটাকোরোনাভাইরাসগুলির উপসেট ব্যতীত, শুধুমাত্র অল্প সংখ্যক বাদুড়ের আলফাকোরোনাভাইরাসগুলি সম্ভাব্য আই. জি ডোমেন ধারণকারী হিসাবে চিহ্নিত করা হয়েছে, যদিও তারা গামাকোরোনাভাইরাস এবং ডেল্টাকোরোনাভাইরাস থেকে অনুপস্থিত। এমইআরএস-সিওভি-তে ওআরএফ8 উল্লেখযোগ্যভাবে অনুপস্থিত। বিটা এবং আলফা আইজি ডোমেনগুলি স্বাধীন অধিগ্রহণ হতে পারে, যেখানে ওআরএফ8 এবং ওআরএফ7এ হোস্ট প্রোটিন থেকে অর্জিত হতে পারে। এটিও সম্ভব যে ও. আর. এফ8-এর অনুপস্থিতি সেই বংশগুলির মধ্যে জিন হ্রাসকে প্রতিফলিত করে। তথ্যসূত্র করোনাভাইরাস প্রোটিন