SABIO-Reaction Kinetics Database
সাবিও-আরকে (সিস্টেম ফর দ্য অ্যানালাইসিস অফ বায়োকেমিক্যাল পাথওয়েজ-রিঅ্যাকশন কাইনেটিক্স) একটি ওয়েব-অ্যাক্সেসযোগ্য ডাটাবেস যা জৈব রাসায়নিক প্রতিক্রিয়া এবং তাদের গতিগত বৈশিষ্ট্য সম্পর্কে তথ্য সংরক্ষণ করে। সাবিও-আর কে একটি নির্বাচিত প্রকাশনার উপর ভিত্তি করে প্রতিক্রিয়া গতিবিদ্যার পরিমাণগত তথ্যের প্রতিক্রিয়া-ভিত্তিক উপস্থাপনা নিয়ে গঠিত। এটি সমস্ত উপলব্ধ গতিজ পরামিতিগুলির সাথে তাদের সংশ্লিষ্ট হার সমীকরণগুলির পাশাপাশি গতিজ আইন এবং পরামিতিগুলির প্রকার এবং পরীক্ষামূলক এবং পরিবেশগত অবস্থার সমন্বয়ে গঠিত যার অধীনে গতিজ তথ্য নির্ধারণ করা হয়েছিল। উপরন্তু, সাবিও-আরকে-তে অন্তর্নিহিত জৈব রাসায়নিক প্রতিক্রিয়া এবং পথ সম্পর্কে তথ্য রয়েছে যার মধ্যে তাদের প্রতিক্রিয়া অংশগ্রহণকারী, কোষীয় অবস্থান এবং প্রতিক্রিয়াগুলিকে অনুঘটককারী এনজাইম সম্পর্কে বিস্তারিত তথ্য রয়েছে। সাবিও-আর কে ডাটাবেসের বিষয়বস্তু সাবিও-আর কে-তে ব্যাপকভাবে সঞ্চিত তথ্য প্রধানত সাহিত্য থেকে ম্যানুয়ালি বের করা হয়। এর মধ্যে রয়েছে প্রতিক্রিয়া, তাদের অংশগ্রহণকারী (স্তর, পণ্য), পরিবর্তনকারী (প্রতিরোধক, সক্রিয়কারী, সহঘটক), অনুঘটকের বিবরণ (যেমন। ইসি এনজাইম শ্রেণিবিন্যাস, প্রোটিন জটিল গঠন, বন্য প্রকার/মিউট্যান্ট তথ্য), সংশ্লিষ্ট হার সমীকরণের সাথে গতিগত পরামিতি, জৈবিক উৎস (জীব, টিস্যু, কোষীয় অবস্থান), পরিবেশগত অবস্থা (পিএইচ, তাপমাত্রা, বাফার) এবং রেফারেন্স বিবরণ। কে. ই. জি. জি, ইউনিপ্রোট, চি. ই. বি. আই, পাবচেম, এন. সি. বি. আই, রিঅ্যাক্টম, বি. আর. ই. এন. ডি. এ, মেটাসাইক, বায়োমডেলস এবং পাবমেড সহ নিয়ন্ত্রিত শব্দভাণ্ডার, সত্তাতত্ত্ব এবং বাহ্যিক তথ্য উৎসগুলিতে তথ্যকে অভিযোজিত, স্বাভাবিক এবং ব্যাখ্যা করা হয়। 2021 সালের অক্টোবর পর্যন্ত সাবিও-আরকে-তে 7.300 এরও বেশি প্রকাশনা থেকে বের করা প্রায় 71.000 কিউরেটেড একক এন্ট্রি রয়েছে। সিস্টেম বায়োলজির বেশ কয়েকটি সরঞ্জাম, ডাটাবেস এবং ওয়ার্কফ্লো তাদের কাঠামোর মধ্যে সংহত করে স্যাবিও-আরকে বায়োকেমিক্যাল প্রতিক্রিয়া ডেটা ব্যবহার করে যার মধ্যে রয়েছে সাইকামোর, মেমো-আরকে, সেলডিজাইনার, পেরোক্সিসোমডিবি, ট্যাভার্না ওয়ার্কফ্লো বা ডেটা ক্যাপচার এবং বিশ্লেষণের জন্য কাইনেটিকসউইজার্ড সফ্টওয়্যারের মতো সরঞ্জাম। উপরন্তু, সাবিও-আর কে হল মিরিয়াম রেজিস্ট্রির একটি অংশ, যা সাবিও-আর কে ডাটাবেস অ্যাক্সেসের গণনামূলক মডেলগুলির টীকা এবং সংশোধন করার জন্য নির্দেশিকাগুলির একটি সেট। বাণিজ্যিক ব্যবহারকারীদের একটি লাইসেন্স প্রয়োজন। সাবিও-আরকে ডেটা অ্যাক্সেসের জন্য বিভিন্ন উপায় প্রদান করেঃ প্রোগ্রামগত অ্যাক্সেসের জন্য একটি ব্রাউজার-ভিত্তিক ইন্টারফেস আরইএসটিফুল-ভিত্তিক ওয়েব পরিষেবা ফলাফল ডেটা সেটগুলি এসবিএমএল, বায়োপ্যাক্স/এসবিপিএএক্স এবং টেবিল ফর্ম্যাট সহ বিভিন্ন ফর্ম্যাটে রপ্তানি করা যেতে পারে। তথ্যসূত্র বাইরের তথ্যসূত্র সাবিও-আর কে হোমপেজ সিস্টেম জীববিজ্ঞান জৈব রসায়ন আণবিক জীববিজ্ঞান প্রোটিন জৈবিক ডাটাবেস