TimeLogic
টাইমলজিক হল অ্যাক্টিভ মোটিফ, ইনকর্পোরেটেড-এর বায়োইনফরমেটিক্স বিভাগ। কোম্পানিটির সদর দপ্তর ক্যালিফোর্নিয়ার কার্লসবাডে অবস্থিত। টাইমলজিক উচ্চ কার্যকারিতা জৈব তথ্যবিজ্ঞান এবং জৈব গণনার ক্ষেত্রে জৈবিক ক্রমের তুলনার জন্য এফ. পি. জি. এ-ত্বরান্বিত সরঞ্জাম তৈরি করে। টাইমলজিক 1981 সালে জেমস ডব্লিউ. (জিম) লিন্ডেলিয়েন দ্বারা প্রতিষ্ঠিত হয়েছিল এবং বায়োইনফরম্যাটিক্সের জন্য প্রথম বাণিজ্যিক হার্ডওয়্যার-ত্বরান্বিত সরঞ্জামগুলির মধ্যে একটি, স্মিথ-ওয়াটারম্যান অ্যালগরিদমের একটি এফ. পি. জি. এ-ত্বরান্বিত সংস্করণ তৈরি করেছিল। টাইমলজিকের ডিসাইফার সিস্টেমগুলি ফিল্ড প্রোগ্রামেবল গেট অ্যারে (এফ. পি. জি. এ) প্রযুক্তি ব্যবহার করে সর্বব্যাপী বায়োইনফরম্যাটিক্স অ্যালগরিদম ব্লাস্ট, স্মিথ-ওয়াটারম্যান এবং এইচ. এম. এম. ই. আর-এর ত্বরান্বিত বাস্তবায়ন প্রদানের জন্য প্রসারিত হয়েছে। 2003 সালে, টাইমলজিক ইনভিট্রোজেন সহ-প্রতিষ্ঠাতা জোসেফ ফার্নান্দেজ দ্বারা শুরু করা একটি বায়োটেকনোলজি রিজেন্ট সংস্থা অ্যাক্টিভ মোটিফ দ্বারা অধিগ্রহণ করা হয়েছিল। 2008 সালে, টাইমলজিক ডি-সাইফার সিস্টেমে ত্বরান্বিত অ্যালগরিদমের সাথে জিনিয়াস প্রোকে সংহত করার জন্য বায়োমেটার্সের সাথে একটি অংশীদারিত্ব গঠন করে। 2011 সালে, টাইমলজিক যৌথভাবে ত্বরান্বিত গণনামূলক সরঞ্জামগুলি বিকাশের জন্য বিলেফেল্ড বিশ্ববিদ্যালয়ের সেন্টার ফর বায়োটেকনোলজির (সি. ই. বি. আই. টি. ই. সি) সাথে একটি অংশীদারিত্ব গঠন করে। নির্বাচিত বৈজ্ঞানিক অবদান উচ্চ থ্রুপুট জিনোমিক্সে অ্যাক্সিলারেটেড বায়োইনফরম্যাটিক্স অ্যালগরিদমগুলি গুরুত্বপূর্ণ ভূমিকা পালন করেছে এবং 180 টিরও বেশি পিয়ার-পর্যালোচিত বৈজ্ঞানিক গবেষণা নিবন্ধে জিনোমিক আবিষ্কারের জন্য একটি সক্ষম প্রযুক্তি হিসাবে ডিসাইফার সিস্টেমগুলি ব্যাপকভাবে প্রকাশিত হয়েছে, যার মধ্যে নীচের নির্বাচিত মাইলফলকগুলি রয়েছেঃ 1997 সালে, ই. কোলাই কে12 জিনোমের প্রথম সম্পূর্ণ ক্রমের টীকা নতুন অনুবাদিত ক্রমের কার্যকারিতা নির্ধারণ করতে ডিসাইফার স্মিথ-ওয়াটারম্যানকে ব্যবহার করেছিল। 2002 সালে, ধানের জিনোম, প্রথম সম্পূর্ণ ক্রমযুক্ত ফসল, ডিসাইফার ফ্রেমসার্চ ব্যবহার করে "ইন্ডেলস দ্বারা সৃষ্ট ফ্রেমশিফ্টগুলির সংশোধন সনাক্ত এবং গাইড করার জন্য" ব্যাখ্যা করা হয়েছিল। 2004 সালে, উদ্ভিদ-পরজীবী নেমাটোডে অনুভূমিক জিন স্থানান্তরের অধ্যয়নের জন্য একটি উচ্চ থ্রুপুট জিনোমিক পদ্ধতি ডিসাইফার তেরা-ব্লাস্ট ব্যবহার করে পরিচালিত হয়েছিল, টাইমলজিকের ব্লাস্ট অ্যালগরিদমের বাস্তবায়ন। 2007 সালে, সার্সারার II গ্লোবাল ওশান স্যাম্পলিং এক্সপিডিশন (জি. ও. এস) দ্বারা উত্পন্ন মেটাজেনমিক্স সিকোয়েন্সের এইচ. এম. এম প্রোফাইলিং ডিসাইফার এইচ. এম. এম ব্যবহার করে 1700 টি নতুন প্রোটিন পরিবার আবিষ্কার করা হয়েছিল এবং বৈজ্ঞানিক সাহিত্যে পূর্বে ও. আর. এফ্যান হিসাবে শ্রেণীবদ্ধ 6000 সিকোয়েন্সের সাথে মিলে যায়। ডাঃ ক্রেইগ ভেন্টার তাঁর জীবনীতে টাইমলজিককে কৃতিত্ব দিয়েছেন, উল্লেখ করেছেন যে ডিসাইফার সিস্টেমটি "পরিমাণের একটি ক্রম বা আগের তুলনায় দুই বেশি অর্জন করেছে। চূড়ান্ত গণনায় দুই সপ্তাহ সময় লেগেছিল কিন্তু একটি স্ট্যান্ডার্ড কম্পিউটারে এক শতাব্দীরও বেশি সময় ধরে চলতে পারত। এছাড়াও 2007 সালে, ডিসাইফার জিন ডিটেক্টিভের সাথে চিহ্নিত বহিরাগত টুকরোগুলি ব্যবহার করে সয়াবিনের রোগজীবাণু ফুসারিয়াম ভার্জুলিফর্মের একটি ভৌত মানচিত্র তৈরি করা হয়েছিল। 2011 সালে, "এসএনপি সাইটগুলির ক্রোমোসোমাল অবস্থান সঠিকভাবে সনাক্ত করতে" ডিসাইফার তেরা-ব্লাস্ট ব্যবহার করে গবাদি পশুর জিনোমিক বৈচিত্র্যের একটি বিশ্বব্যাপী মূল্যায়ন পরিচালিত হয়েছিল। প্রোডাক্ট ডিসাইফার সার্ভার ডিসাইফার সিমিলারিটি সার্চ ইঞ্জিন এফ. পি. জি. এ-ভিত্তিক অ্যাক্সিলারেটর সহ একটি উচ্চ কার্যকারিতা সার্ভার যা টাইমলজিকের সমস্ত ত্বরান্বিত অনুসন্ধান অ্যালগরিদম চালানোর জন্য ফ্লাইতে পুনরায় প্রোগ্রাম করা যেতে পারে। তেরা-ব্লাস্ট একটি ত্বরান্বিত ব্লাস্ট অ্যালগরিদম বাস্তবায়ন, যার মধ্যে রয়েছে তেরা-ব্লাস্ট, তেরা-ব্লাস্ট, তেরা-ব্লাস্ট, তেরা-ব্লাস্ট এবং তেরা-ব্লাস্ট। তেরা-ব্লাস্ট-এ তেরা-প্রোবও রয়েছে, যা প্রোব ডিজাইনের জন্য একটি মালিকানাধীন অ্যালগরিদম। ডিসাইফার স্মিথ-ওয়াটারম্যান একটি ত্বরান্বিত স্মিথ-ওয়াটারম্যান অ্যালগরিদম বাস্তবায়ন, যার মধ্যে ফ্রেমসার্চও রয়েছে। ডিসাইফার এইচ. এম. এম একটি ত্বরান্বিত এইচ. এম. এম. ই. আর অ্যালগরিদম বাস্তবায়ন, যার মধ্যে এইচ. এফ. এস. টি, একটি ফ্রেমশিফ্ট সহনশীল এইচ. এম. এম অনুসন্ধানও রয়েছে। জিন ডিটেক্টিভ হল ইউক্যারিওটিক জিনোমে জিন, ইন্ট্রন, এক্সন এবং স্প্লাইস সাইট আবিষ্কারের জন্য ইওয়ান বার্নির জিনওয়াইজের মতো একটি ত্বরান্বিত বাস্তবায়ন। পাইপওয়ার্কস হল ত্বরান্বিত বায়োইনফরমেটিক্স পাইপলাইনের নকশার জন্য একটি ড্র্যাগ-অ্যান্ড-ড্রপ গ্রাফিকাল ইন্টারফেস। আরও দেখুন বায়োইনফরমেটিক্স কোম্পানিগুলির তালিকা রেফারেন্স বায়োইনফরমেটিক্স বায়োইনফরমেটিক্স কোম্পানি বায়োইনফরমেটিক্স সফ্টওয়্যার ক্যালিফোর্নিয়ার কার্লসবাদ ভিত্তিক গণনামূলক বিজ্ঞান কোম্পানি