Αr7 RNA
αr7 হল ব্যাকটেরিয়ার ছোট নন-কোডিং আর. এন. এ-র একটি পরিবার যা হাইফোমাইক্রোবায়ালিস ক্রম থেকে আলফাপ্রোটিওব্যাকটেরিয়াল প্রজাতির একটি বিস্তৃত গোষ্ঠীর প্রতিনিধি। এই পরিবারের প্রথম সদস্য (এস. এম. আর. 7সি 150এনটি) ক্রোমোজোম (সি)-এ অবস্থিত একটি সিনোরহিজবিয়াম মেলিলোটি 1021 লোকাসে পাওয়া গেছে। আরও সমবিজ্ঞান এবং কাঠামো সংরক্ষণ বিশ্লেষণ বেশ কয়েকটি নাইট্রোজেন-ফিক্সিং সিম্বায়োটিক রাইজোবিয়ায় পূর্ণ দৈর্ঘ্যের সমরূপ চিহ্নিত করেছে (অর্থাৎ। আর. লেগুমিনোসারাম bv.viciae, আর. লেগুমিনোসারাম বিভি। ট্রাইফোলি, আর. এটলি এবং বেশ কয়েকটি মেসোরিজবিয়াম প্রজাতি), এগ্রোব্যাকটেরিয়াম প্রজাতির (অর্থাৎ। এ. টিউমেফ্যাসিয়েন্স, এ. ভিটিস, এ. রেডিওব্যাকটার, এবং অ্যাগ্রোব্যাকটেরিয়াম এইচ13) পাশাপাশি ব্রুসেলা প্রজাতির বিস্তৃত বর্ণালীতে (বি. ওভিস, বি. ক্যানিস, বি. অ্যাবোর্টাস এবং বি. মাইক্রোটিস, এবং বি. মেলিট্যান্সিসের বেশ কয়েকটি বায়োবার)। αr7 RNA প্রজাতিগুলি 134-159 নিউক্লিওটাইড (nt) লম্বা (সারণি 1) এবং একটি সুনির্দিষ্ট সাধারণ গৌণ কাঠামো ভাগ করে নেয় (চিত্র 1, চিত্র 2)। αr7 প্রতিলিপিগুলি আলফাপ্রোটোব্যাকটেরিয়াল জিনোমের আন্তঃজেনিক অঞ্চলের (আই. জি. আর) মধ্যে স্বাধীন প্রতিলিপি ইউনিটগুলির সু-সংজ্ঞায়িত প্রবর্তক অঞ্চলগুলি থেকে প্রকাশিত ট্রান্স-অ্যাক্টিং এস. আর. এন. এ হিসাবে তালিকাভুক্ত করা যেতে পারে (চিত্র 4)। আবিষ্কার এবং কাঠামো এস. এম. আর. 7সি এস. আর. এন. এ ডেল ভ্যাল এট আল দ্বারা বর্ণনা করা হয়েছিল। রেফারেন্স এস মেলিলোটি 1021 স্ট্রেনের (সিনোরহিজবিয়াম মেলিলোটি 1021) আন্তঃজেনিক অঞ্চলে (আই. জি. আর)। উত্তরাঞ্চলীয় সংকরায়ন পরীক্ষায় এস. এম. আর. 7সি লোকাস থেকে প্রকাশিত দুটি আর. এন. এ প্রজাতি সনাক্ত করা হয়েছে, যা মুক্ত-জীবন্ত এবং এন্ডোসিম্বায়োটিক ব্যাকটেরিয়ায় পৃথকভাবে জমা হয়েছে। টি. এ. পি-ভিত্তিক 5 '-রেস পরীক্ষাগুলি ট্রান্সক্রিপশন স্টার্ট সাইট (টি. এস. এস)-কে দুটি নিকটবর্তী জি অবশিষ্টাংশে ম্যাপ করেছে। প্রাপ্ত ছয়টি স্বাধীন ক্রম থেকে, পাঁচটি ক্রোমোজোমের অবশিষ্টাংশ 201,681 এবং একটি উজানের অবশিষ্টাংশ 201,679-এ ম্যাপ করা হয়েছে। উপরন্তু, এই প্রতিলিপি থেকে টিএপি-এবং মক-ট্রিটেড আরএনএ উভয় নমুনায় একটি অতিরিক্ত 5 '-রেস পণ্য পাওয়া যেতে পারে। এই দ্বিতীয় আর. এ. সি. ই পণ্যের ক্রমটি এস. মেলিলোটি 1021 জিনোমে 201,723 এন. টি অবশিষ্টাংশের জন্য এস. এম. আর. 7সি-র প্রক্রিয়াকরণ স্থানটিকে ম্যাপ করেছে। 3 '-প্রান্তটি 201,828 এন. টি অবস্থানে অবস্থিত বলে মনে করা হয়েছিল যা একটি প্রামাণিক রো-স্বাধীন টার্মিনেটরের ইউ. এস-এর পরপর প্রসারিত শেষ অবশিষ্টাংশের সাথে মিলে যায়। সমান্তরাল এবং পরবর্তী গবেষণায় যেখানে এস. এম. আর. 7সি প্রতিলিপিটিকে এস. আর. এ03 বা এস. এম. 13 হিসাবে উল্লেখ করা হয়েছে, স্বাধীনভাবে এস. মেলিলোটি এবং এর ঘনিষ্ঠভাবে সম্পর্কিত স্ট্রেন 2011-এ এই এস. আর. এন. এ অভিব্যক্তিটি নিশ্চিত করেছে। এস. মেলিলোটি 2021-এর ছোট আরএনএ ভগ্নাংশের (50-350 এনটি) সাম্প্রতিক গভীর ক্রম-ভিত্তিক বৈশিষ্ট্যও এস. এম. আর. 7সি-র অভিব্যক্তি নিশ্চিত করেছে (এখানে স্মেলসি023 হিসাবে উল্লেখ করা হয়েছে), এবং এস. মেলিলোটি 1021 জিনোমের একই অবস্থানে পূর্ণ দৈর্ঘ্যের প্রতিলিপির 5 '-প্রান্ত এবং 3' প্রান্ত থেকে 201,825 অবস্থানে ম্যাপ করেছে। এস. এম. আর. 7সি-র নিউক্লিওটাইড ক্রমটি প্রাথমিকভাবে আর. এফ. এ. এম ডাটাবেসের (সংস্করণ 10.0;) বিরুদ্ধে অনুসন্ধানের জন্য অনুসন্ধান হিসাবে ব্যবহৃত হয়েছিল। এই সমতাত্ত্বিক অনুসন্ধানটি এই ডাটাবেসে পরিচিত ব্যাকটেরিয়াল এস. আর. এন. এ-র সাথে কোনও মিল খুঁজে পায়নি। বর্তমানে উপলব্ধ সমস্ত ব্যাকটেরিয়া জিনোমের (20 এপ্রিল 2011-এ 1,615 ক্রম) বিরুদ্ধে ডিফল্ট প্যারামিটার সহ এস. এম. আর. 7সি-কে পরবর্তী ব্লাস্ট করা হয়েছিল। ইনফার্নাল (version1.0) ব্যবহার করে বীজ বিন্যাস থেকে একটি কোভ্যারিয়েন্স মডেল (CM) তৈরি করার জন্য অনুসন্ধানের ক্রমের (78-89% সাদৃশ্য) উল্লেখযোগ্য সমরূপতা প্রদর্শনকারী অঞ্চলগুলি বের করা হয়েছিল। এই সিএমটি বিদ্যমান ব্যাকটেরিয়াল জিনোমিক ডাটাবেসে (টেবিল 1) αr7 পরিবারের নতুন সদস্যদের জন্য আরও অনুসন্ধানে এবং চূড়ান্ত সিএম মডেল (চিত্র 1) তৈরি করতে ব্যবহৃত হয়েছিল। পরিবারের জন্য একটি সর্বসম্মত গৌণ কাঠামো অনুমান করার জন্য ফলাফলগুলি ম্যানুয়ালি পরিদর্শন করা হয়েছিল (চিত্র 1 এবং চিত্র 2)। সর্বসম্মত কাঠামোটিও খুব অনুরূপ ভবিষ্যদ্বাণী সহ প্রোগ্রাম লোকার্নেটের সাথে স্বাধীনভাবে পূর্বাভাস দেওয়া হয়েছিল। ইনফার্নাল ব্যবহার করে সিএম-এর সাথে পাওয়া ক্রমগুলির ম্যানুয়াল পরিদর্শন 26 টি সত্য হোমোলগ সিকোয়েন্স খুঁজে বের করার অনুমতি দেয়, যার সবগুলিই আলফাপ্রোটোব্যাকটেরিয়াল জিনোমে একক ক্রোমোজোমাল অনুলিপি হিসাবে উপস্থিত থাকে। যে রাইজোবিয়াল প্রজাতিগুলি এস. এম. আর. 7সি-র কাছাকাছি হোমোলগগুলিকে এনকোড করে সেগুলি হলঃ এস. মেডিকে এবং এস. ফ্রেডি, দুটি আর. লেগুমিনোসারাম ট্রাইফোলি স্ট্রেন (ডব্লিউ. এস. এম2304 এবং ডব্লিউ. এস. এম1325), দুটি আর. এটলি স্ট্রেন সি. এফ. এন 42 এবং সি. আই. এ. টি 652, রেফারেন্স আর. লেগুমিনোসারাম বি. ভি। ভিসিয়া 3841 প্রজাতি, এবং অ্যাগ্রোব্যাকটেরিয়াম প্রজাতি এ. ভিটিস, এ. টিউমেফ্যাসিয়েন্স, এ. রেডিওব্যাক্টর এবং এ. এইচ13 এবং মেসোরিজোবাম প্রজাতি লোটি, এম. সিসেরি এবং এম. বি. এন. সি। এই সমস্ত ক্রমগুলি উল্লেখযোগ্য ইনফার্নাল ই-মান (3.66E-49-2.93E-12) এবং বিট-স্কোর দেখায়। মডেলের সাথে পাওয়া বাকি ক্রমগুলি (1.58E-10 এবং 2.88E-09) এর মধ্যে উচ্চ ই-মান দেখায় তবে কম বিট-স্কোর দেখায় এবং ব্রুসেলা প্রজাতি (বি. ওভিস, বি. ক্যানিস, বি. অ্যাবোর্টাস, বি. মাইক্রোটিস, বি. মেলিট্যান্সিসের বেশ কয়েকটি বায়োবার এবং বি. অ্যানথ্রোপি) দ্বারা এনকোড করা হয়। অভিব্যক্তি তথ্য সমান্তরাল গবেষণায় বিভিন্ন জৈবিক অবস্থার অধীনে এস. মেলিলোটি 1021-এ এস. এম. আর. 7সি অভিব্যক্তি মূল্যায়ন করা হয়েছে; অর্থাৎ। টিওয়াই-তে ব্যাকটেরিয়ার বৃদ্ধি, ন্যূনতম মাঝারি (এমএম) এবং লুটোলিন-এমএম ঝোল এবং এন্ডোসিম্বায়োটিক ব্যাকটেরিয়া (অর্থাৎ। পরিপক্ক সিম্বায়োটিক আলফালফা নোডুল)। মুক্ত-জীবন্ত ব্যাকটেরিয়ায় এস. এম. আর. 7সি-র অভিব্যক্তি বৃদ্ধি-নির্ভর বলে দেখা গেছে, ব্যাকটেরিয়া যখন স্থির পর্যায়ে প্রবেশ করে তখন জিনটি দৃঢ়ভাবে নিয়ন্ত্রিত হয়। মুক্ত-জীবন্ত ব্যাকটেরিয়া (লগ ফেজ টিওয়াই বা এমএম কালচার)-এর তুলনায় এস. এম. আর. সি. 7-এর অভিব্যক্তি নোডুলগুলিতে 13 গুণ বৃদ্ধি পেয়েছে, যা ব্যাকটেরিয়া সংক্রমণ এবং/অথবা ব্যাকটেরয়েড পার্থক্যের সময় এই এস. আর. এন. এ-র প্রবর্তনের পরামর্শ দেয়। সমান্তরাল গবেষণায়ও এস. এম. আর. সি7 অভিব্যক্তি প্রমাণিত হয়েছে। প্রোমোটার বিশ্লেষণ এ পর্যন্ত পরীক্ষা করা αr7 পরিবারের সদস্যদের সমস্ত প্রোমোটার অঞ্চলগুলি এস. আর. এন. এ-র ট্রান্সক্রিপশন স্টার্ট সাইটের 80 বিপি আপস্ট্রিম পর্যন্ত প্রসারিত একটি ক্রমানুসারে খুব সংরক্ষিত। সমস্ত নিকটতম সমজাতীয় লোকিতে স্বীকৃত σ70-নির্ভর প্রোমোটার রয়েছে যা একটি-35/- 10 সর্বসম্মত মোটিফ সিটিটিএজিএসি-এন17-সিটিএটিএটি দেখায়, যা পূর্বে আলফাপ্রোটিওব্যাকটেরিয়ার অন্যান্য বেশ কয়েকটি গণের মধ্যে ব্যাপকভাবে সংরক্ষিত বলে দেখানো হয়েছে। অন্যান্য পরিচিত প্রতিলিপি কারণগুলির জন্য বাঁধাই সাইটগুলি সনাক্ত করতে আমরা রেগপ্রেডিকশন দ্বারা প্রদত্ত ফাস্টা সিকোয়েন্সগুলি ব্যবহার করেছি এবং রেগুলেনডিবি দ্বারা প্রদত্ত অবস্থান ওজন ম্যাট্রিক্স (পিএসডাব্লুএম) ব্যবহার করেছি। আমরা কনসেনসাস/প্যাটসার প্রোগ্রাম ব্যবহার করে রেগপ্রেডিকশন সিকোয়েন্স থেকে প্রতিটি ট্রান্সক্রিপশন ফ্যাক্টরের জন্য পিএসডাব্লুএম তৈরি করেছি, প্রতিটি ম্যাট্রিক্সের জন্য 14 থেকে 30 এর মধ্যে মোটিফ দৈর্ঘ্যের জন্য সেরা চূড়ান্ত ম্যাট্রিক্স বেছে নিয়ে একটি প্রান্তিক গড় ই-মান <10ই-10 প্রতিষ্ঠিত হয়েছিল, (gps-tools2.its.yale.edu-এ "থ্রেশহোল্ডড কনসেনসাস" দেখুন)। উপরন্তু, আমরা এম. ই. এম. ই ব্যবহার করে সংরক্ষিত অজানা মোটিফগুলি অনুসন্ধান করেছি এবং শিথিল নিয়মিত অভিব্যক্তিগুলি ব্যবহার করেছি (অর্থাৎ। প্যাটার্ন ম্যাচিং) এস. এম. আর. 7সি হোমোলগ প্রবর্তকদের সমস্ত প্রবর্তকদের উপর। এই গবেষণায় এলএল প্রবর্তক অঞ্চলে একটি 20 বিপি সংরক্ষিত মোটিফ প্রকাশিত হয়েছে, যা এমইএমই সংরক্ষিত মোটিফ হিসাবে কমলা রঙে চিহ্নিত করা হয়েছে, (চিত্র 4), তবে পরিচিত ট্রান্সক্রিপশন ফ্যাক্টর বাইন্ডিং সাইট ম্যাট্রিক্সের সাথে কোনও উল্লেখযোগ্য মিল প্রতিষ্ঠিত করা যায়নি। জিনোমিক প্রেক্ষাপট αr7 পরিবারের সমস্ত চিহ্নিত সদস্য ক্রোমোজোমাল আই. জি. আর-এ স্বাধীন প্রবর্তকদের থেকে প্রতিলিপি করা ট্রান্স-এনকোডেড এস. আর. এন. এ। বীজ সারিবদ্ধকরণের সদস্যদের বেশিরভাগ প্রতিবেশী জিনগুলি ব্যাখ্যা করা হয়নি এবং এইভাবে আরও ম্যানুয়ালি কিউরেট করা হয়েছিল। সিনোরহিজবিয়াম, রাইজোবিয়াম এবং অ্যাগ্রোব্যাকটেরিয়াম গ্রুপের সদস্যদের αr7 sRNA-এর জিনোমিক অঞ্চলগুলি যথাক্রমে একটি ডিএনএ পলিমারেজ এবং একটি মারআর পরিবারের প্রতিলিপি নিয়ন্ত্রকের জন্য আপস্ট্রিম এবং ডাউনস্ট্রিম জিন কোডিংয়ের সাথে প্রচুর পরিমাণে সংরক্ষণ প্রদর্শন করেছে। মেসোরিজোবিয়াম এবং ব্রুসেলা গ্রুপে αr7 জিনোমিক অঞ্চলের আংশিক সমন্বয় লক্ষ্য করা গেছে, যেখানে মারআর পরিবারের প্রতিলিপি নিয়ন্ত্রক জিনের পরিবর্তে একটি পেপটিডেজ এনকোডিং জিন পাওয়া গেছে। স্টকহোম ফরম্যাটে ডেটা ডাউনলোড কোভারিয়েন্স মডেল gps-tools2.its.yale.edu এ ডাউনলোড করা যেতে পারে। রেফারেন্স আরএনএ