Αr9 RNA
αr9 হল ব্যাকটেরিয়ার ছোট নন-কোডিং আর. এন. এ-র একটি পরিবার যা হাইফোমাইক্রোবায়ালিস ক্রম থেকে α-প্রোটিওব্যাকটেরিয়ার একটি বিস্তৃত গোষ্ঠীর প্রতিনিধি। এই পরিবারের প্রথম সদস্যকে (এস. এম. আর. 9সি) ক্রোমোজোমের (সি) মধ্যে অবস্থিত একটি সিনোরহিজবিয়াম মেলিলোটি 1021 লোকাসে পাওয়া গেছে। আরও সমসংস্থান এবং কাঠামো সংরক্ষণ বিশ্লেষণে বেশ কয়েকটি নাইট্রোজেন-ফিক্সিং সিম্বায়োটিক রাইজোবিয়ায় (অর্থাৎ। আর. লেগুমিনোসারাম bv.viciae, আর. লেগুমিনোসারাম বিভি। ট্রাইফোলি, আর. এটলি এবং বেশ কয়েকটি মেসোরিজবিয়াম প্রজাতি), এগ্রোব্যাকটেরিয়াম প্রজাতির (অর্থাৎ। এ. টিউমেফ্যাসিয়েন্স, এ. ভিটিস, এ. রেডিওব্যাকটার এবং অ্যাগ্রোব্যাকটেরিয়াম এইচ13) এবং ব্রুসেলা প্রজাতির বিস্তৃত বর্ণালীতে (বি. ওভিস, বি. ক্যানিস, বি. অ্যাবোর্টাস এবং বি. মাইক্রোটিস এবং বি. মেলিট্যান্সিসের বেশ কয়েকটি বায়োভার)। αr9C RNA প্রজাতিগুলি 144-158 nt দীর্ঘ (সারণি 1) এবং সাতটি সংরক্ষিত অঞ্চল (চিত্র 1) নিয়ে গঠিত একটি সুনির্দিষ্ট সাধারণ গৌণ কাঠামো ভাগ করে নেয়। বেশিরভাগ αr9 প্রতিলিপিগুলি α-প্রোটিওব্যাকটেরিয়াল জিনোমের আন্তঃজেনিক অঞ্চলের (আই. জি. আর) মধ্যে স্বাধীন প্রতিলিপি ইউনিটগুলির সু-সংজ্ঞায়িত প্রবর্তক অঞ্চলগুলি থেকে প্রকাশিত ট্রান্স-অ্যাক্টিং এস. আর. এন. এ হিসাবে তালিকাভুক্ত করা যেতে পারে (চিত্র 5)। আবিষ্কার এবং কাঠামো এস. এম. আর. 9সি এস. আর. এন. এ ডেল ভ্যাল এট আল দ্বারা বর্ণনা করা হয়েছিল। রেফারেন্স এস মেলিলোটি 1021 স্ট্রেনের (http://iant.toulouse.inra.fr/bacteria/annotation/cgi/rhime.cgi) আন্তঃজেনিক অঞ্চলে (আইজিআর)। উত্তরাঞ্চলীয় সংকরায়ন পরীক্ষাগুলি নিশ্চিত করেছে যে পূর্বাভাসকৃত এস. এম. আর. 9সি লোকাস প্রত্যাশিত আকারের একটি একক প্রতিলিপি প্রকাশ করেছে, যা মুক্ত-জীবন্ত এবং এন্ডোসিম্বায়োটিক ব্যাকটেরিয়ায় পৃথকভাবে জমা হয়েছে। টিএপি-ভিত্তিক 5 '-রেস পরীক্ষাগুলি এস. মেলিলোটি 1021 জিনোম (http://iant.toulouse.inra.fr/bacteria/annotation/cgi/rhime.cgi)-এ 1,398,425 এনটি অবস্থানে পূর্ণ দৈর্ঘ্যের এসএমআর9সি প্রতিলিপির ট্রান্সক্রিপশন স্টার্ট সাইট (টিএসএস)-কে ম্যাপ করেছে যেখানে 3'-প্রান্তটি 1,398,277 এনটি অবস্থানে অবস্থিত বলে ধরে নেওয়া হয়েছিল যা একটি সত্যিকারের রো-স্বাধীন টার্মিনেটর (চিত্র 5)-এর ইউএস-এর পরপর প্রসারিত শেষ অবশিষ্টাংশের সাথে মিলে যায়। সমান্তরাল এবং পরবর্তী গবেষণায় যেখানে এস. এম. আর. 9সি প্রতিলিপিটি <আই. ডি. 1> বা এস. আর. এ. 32 হিসাবে উল্লেখ করা হয়েছে, স্বাধীনভাবে এস. মেলিলোটি এবং এর ঘনিষ্ঠভাবে সম্পর্কিত স্ট্রেন 2011-এ এই এস. আর. এন. এ অভিব্যক্তিটি নিশ্চিত করেছে। এস. মেলিলোটি 2011-এর ছোট আর. এন. এ ভগ্নাংশের (<আই. ডি. 3> এন. টি) সাম্প্রতিক গভীর ক্রম-ভিত্তিক বৈশিষ্ট্যায়ন এস. এম. আর. 9সি-র অভিব্যক্তি আরও নিশ্চিত করেছে (এখানে স্মেলসি 289 হিসাবে উল্লেখ করা হয়েছে), এবং এস. মেলিলোটি 1021 জিনোমে যথাক্রমে <আই. ডি. 1> এবং <আই. ডি. 2> অবস্থানে পূর্ণ দৈর্ঘ্যের প্রতিলিপির 5 '-এবং 3'-প্রান্তগুলি ম্যাপ করেছে। এস. এম. আর. 9সি-র নিউক্লিওটাইড ক্রমটি প্রাথমিকভাবে আর. এফ. এ. এম ডাটাবেসের (সংস্করণ 10; <আই. ডি. 1>) বিরুদ্ধে অনুসন্ধানের জন্য অনুসন্ধান হিসাবে ব্যবহৃত হয়েছিল। এই সমতাত্ত্বিক অনুসন্ধানটি এই ডাটাবেসে পরিচিত ব্যাকটেরিয়াল এস. আর. এন. এ-র সাথে কোনও মিল খুঁজে পায়নি। বর্তমানে উপলব্ধ সমস্ত ব্যাকটেরিয়া জিনোমের (20 এপ্রিল 2011-এ 1,615 ক্রম; https://www.ncbi.nlm.nih.gov) বিরুদ্ধে ডিফল্ট প্যারামিটার সহ এস. এম. আর9সি-কে পরবর্তী ব্লাস্ট করা হয়েছিল। ইনফার্নাল (version1.0) (চিত্র 2) ব্যবহার করে বীজ বিন্যাস থেকে একটি কোভ্যারিয়েন্স মডেল (সিএম) তৈরি করার জন্য অনুসন্ধানের ক্রমের (78-89% সাদৃশ্য) উল্লেখযোগ্য সমরূপতা প্রদর্শনকারী অঞ্চলগুলি বের করা হয়েছিল। বিদ্যমান ব্যাকটেরিয়াল জিনোমিক ডাটাবেসে αr9 পরিবারের নতুন সদস্যদের জন্য আরও অনুসন্ধানে এই সিএম ব্যবহার করা হয়েছিল। পরিবারের জন্য একটি সর্বসম্মত গৌণ কাঠামো অনুমান করার জন্য ফলাফলগুলি ম্যানুয়ালি পরিদর্শন করা হয়েছিল (চিত্র 1 এবং চিত্র 2)। সর্বসম্মত কাঠামোটিও খুব অনুরূপ ভবিষ্যদ্বাণী সহ প্রোগ্রাম লোকার্নেটের সাথে স্বাধীনভাবে পূর্বাভাস দেওয়া হয়েছিল। ইনফার্নাল ব্যবহার করে সিএম-এর সাথে পাওয়া সিকোয়েন্সগুলির ম্যানুয়াল পরিদর্শন 26 টি সত্য হোমোলগ সিকোয়েন্স খুঁজে বের করার অনুমতি দেয়, যার সবগুলিই α-প্রোটিওব্যাকটেরিয়াল জিনোমে একক ক্রোমোজোমাল অনুলিপি হিসাবে উপস্থিত থাকে। এস. এম. আর9সি-র 12টি নিকটবর্তী সমরূপকে এনকোড করা রাইজোবিয়াল প্রজাতিগুলি ছিলঃ দুটি আর. লেগুমিনোসারাম ট্রাইফোলি স্ট্রেন (ডব্লিউ. এস. এম2304 এবং ডব্লিউ. এস. এম1235), দুটি আর. এটলি স্ট্রেন সি. এফ. এন 42 এবং সি. আই. এ. টি 652, রেফারেন্স আর. লেগুমিনোসারাম বি. ভি। ভিসিয়া 3841 প্রজাতি, রাইজোবিয়াম এন. জি. আর. 234, এবং অ্যাগ্রোব্যাকটেরিয়াম প্রজাতি এ. ভিটিস, এ। টিউমেফ্যাসিয়েন্স, এ. রেডিওব্যাক্টর এবং এ. এইচ13। এই সমস্ত ক্রমগুলি উল্লেখযোগ্য ইনফার্নাল ই-মান (1.50e-39-14.02e-21) এবং বিট-স্কোর দেখায়। মডেলের সাথে পাওয়া বাকি ক্রমগুলি (3.40e-12 এবং 2.62e-04) এর মধ্যে উচ্চ ই-মান দেখায় তবে কম বিট-স্কোর দেখায় এবং ব্রুসেলা প্রজাতি (বি. ওভিস, বি. ক্যানিস, বি. অ্যাবোর্টাস, বি. মাইক্রোটিস এবং বি. মেলিট্যান্সিসের বেশ কয়েকটি বায়োবার), ব্রুসেলা অ্যানথ্রোপি এবং মেসোরিজোবাম প্রজাতি এম. লোটি, এম. সিসেরি এবং এম. বি. এন. সি দ্বারা এনকোড করা হয়। অভিব্যক্তি তথ্য সমান্তরাল গবেষণায় বিভিন্ন জৈবিক অবস্থার অধীনে এস. মেলিলোটি 1021-এ এস. এম. আর. 9সি অভিব্যক্তি মূল্যায়ন করা হয়েছে; অর্থাৎ। টিওয়াই-তে ব্যাকটেরিয়ার বৃদ্ধি, ন্যূনতম মাঝারি (এমএম) এবং লুটোলিন-এমএম ঝোল এবং এন্ডোসিম্বায়োটিক ব্যাকটেরিয়া (অর্থাৎ। পরিপক্ক সিম্বায়োটিক আলফালফা নোডুল) এবং উচ্চ লবণ চাপ, জারণ চাপ এবং ঠান্ডা এবং গরম শক চাপ। মুক্ত-জীবন্ত ব্যাকটেরিয়ায় এস. এম. আর. 9সি-র অভিব্যক্তি বৃদ্ধি-নির্ভর বলে দেখা গেছে, ব্যাকটেরিয়া যখন স্থির পর্যায়ে প্রবেশ করে তখন জিনটি দৃঢ়ভাবে নিয়ন্ত্রিত হয়, যেখানে এন্ডোসিম্বায়োটিক ব্যাকটেরিয়ায় কোনও অভিব্যক্তি সনাক্ত করা যায়নি। সাম্প্রতিক গভীর সিকোয়েন্সিং ডেটা আরও লবণ, অ্যাসিডিক, কোল্ড-শক এবং হিট শক স্ট্রেসের উপর এস. এম. আর. 9সি-র আপ-রেগুলেশন প্রকাশ করেছে। সাম্প্রতিক সহ-ইমিউনো বৃষ্টিপাত পরীক্ষা-নিরীক্ষা প্রমাণ করে যে, এস. এম. আর. 9সি, কার্যকরী লক্ষ্য বাঁধনের জন্য ব্যাকটেরিয়া প্রোটিন এইচ. এফ. কিউ-কে আবদ্ধ করে। প্রোমোটার বিশ্লেষণ এ পর্যন্ত পরীক্ষা করা αr9 পরিবারের সদস্যদের সমস্ত প্রোমোটার অঞ্চলগুলি এস. আর. এন. এ-র ট্রান্সক্রিপশন স্টার্ট সাইটের 80 বিপি আপস্ট্রিম পর্যন্ত প্রসারিত একটি ক্রমানুসারে খুব সংরক্ষিত। সমস্ত লোকিতে স্বীকৃত σ70-নির্ভর প্রোমোটার রয়েছে যা-35/- 10 সর্বসম্মত মোটিফ সিটিটিএজিএসি-এন17-সিটিএটিএটি দেখায়, যা পূর্বে প্রোটিওব্যাকটেরিয়ার α-উপগোষ্ঠীর অন্যান্য বেশ কয়েকটি গণের মধ্যে ব্যাপকভাবে সংরক্ষিত বলে দেখানো হয়েছে। অন্যান্য পরিচিত প্রতিলিপি কারণগুলির জন্য বাঁধাই সাইটগুলি সনাক্ত করতে আমরা রেগপ্রেডিকশন (http://regpredict.lbl.gov/regpredict/help.html) দ্বারা প্রদত্ত ফাস্টা সিকোয়েন্সগুলি ব্যবহার করেছি এবং রেগুলেনডিবি (http://regulondb.ccg.unam.mx) দ্বারা প্রদত্ত অবস্থান ওজন ম্যাট্রিক্সগুলি (পিএসডাব্লুএম) ব্যবহার করেছি। আমরা কনসেনসাস/প্যাটসার প্রোগ্রাম ব্যবহার করে রেগপ্রেডিকশন সিকোয়েন্স থেকে প্রতিটি ট্রান্সক্রিপশন ফ্যাক্টরের জন্য পিএসডাব্লুএম তৈরি করেছি, প্রতিটি ম্যাট্রিক্সের জন্য 14 থেকে 30 এর মধ্যে মোটিফ দৈর্ঘ্যের জন্য সেরা চূড়ান্ত ম্যাট্রিক্স বেছে নিয়ে একটি প্রান্তিক গড় ই-মান <10ই-10 প্রতিষ্ঠিত হয়েছিল, (http://gps-tools2.its.yale.edu-এ "থ্রেশহোল্ডড কনসেনসাস" দেখুন)। উপরন্তু, আমরা এমইএমই (http://meme.sdsc.edu/meme4_6_1/intro.html) ব্যবহার করে সংরক্ষিত অজানা মোটিফগুলি অনুসন্ধান করেছি এবং শিথিল নিয়মিত অভিব্যক্তিগুলি ব্যবহার করেছি (অর্থাৎ। প্যাটার্ন ম্যাচিং) সমস্ত এস. এম. আর. 9সি হোমোলগ প্রোমোটারদের উপর। এই গবেষণায়-40 এবং-75 অবস্থানের মধ্যে খুব সংরক্ষিত 30 বিপি দীর্ঘ অঞ্চলের উপস্থিতি প্রকাশিত হয়েছে, সংরক্ষিত এমইএমই মোটিফ, (চিত্র 5)। এই ক্রমটি পাওয়া এস. এম. আর. সি9 হোমোলোগগুলির মধ্যে একটি ছাড়া অন্য সবগুলিতে উপস্থিত ছিল, তবে পরিচিত ট্রান্সক্রিপশন ফ্যাক্টর বাইন্ডিং সাইট ম্যাট্রিক্সের সাথে কোনও উল্লেখযোগ্য মিল প্রতিষ্ঠিত করা যায়নি। জিনোমিক প্রেক্ষাপট αr9 পরিবারের বেশিরভাগ সদস্য ক্রোমোজোমাল আই. জি. আর-এ স্বাধীন প্রবর্তকদের থেকে প্রতিলিপি করা ট্রান্স-এনকোডেড এস. আর. এন. এ। ব্যতিক্রমগুলি হল এ. টিউমেফ্যাসিয়েন্স এবং বি. মাইক্রোটির সিস-এনকোডেড অ্যান্টিসেন্স এস. এম. আর. 9সি হোমোলোগ, যা আংশিকভাবে ওভারল্যাপিং ও. আর. এফ-এর অ্যানোটেটেড জিনের বিপরীত স্ট্র্যান্ডে অবস্থিত। বীজ সারিবদ্ধকরণের সদস্যদের বেশিরভাগ প্রতিবেশী জিনগুলি ব্যাখ্যা করা হয়নি এবং এইভাবে আরও ম্যানুয়ালি কিউরেট করা হয়েছিল। এই ওভারল্যাপিং ও. আর. এফ-এর পূর্বাভাসকৃত প্রোটিন পণ্যগুলি অ্যামিনো অ্যাসিড সিকোয়েন্স হোমোলজির ভিত্তিতে কোনও কার্যকরী বিভাগে বরাদ্দ করা যায়নি। যাইহোক, প্রায় সমস্ত αr9 এস. আর. এন. এ-র জিনোমিক অঞ্চলগুলি এস. আর. এন. এ-কোডিং সিকোয়েন্স এবং আপস্ট্রিম এবং ডাউনস্ট্রিম জিন সহ প্রচুর পরিমাণে সংরক্ষণ প্রদর্শন করেছে যা যথাক্রমে একটি প্রোলাইল-টি. আর. এন. এ সিনটেথেস (প্রো. এস) এবং একটি ট্রান্সমেম্ব্রেন প্রোটিনের জন্য কোড করার পূর্বাভাস দেওয়া হয়েছে। কিছু ক্ষেত্রে αr9 জিনোমিক অঞ্চলের আংশিক সমন্বয় লক্ষ্য করা গেছে, যেমন, এস. মেডিকে যেখানে একটি প্রোএস জিনের পরিবর্তে একটি এফএডি-নির্ভর পাইরিডিন নিউক্লিওটাইড-ডাইসালফাইড অক্সিডোরিডাক্টেস এনকোডিং জিন পাওয়া গেছে αr9 লোকাসের উজানে, এবং মেসোরিজোবিয়াম লোটি যেখানে কোনও ট্রান্সমেম্ব্রেন কোডিং জিন এসআরএনএ জিনের ডাউনস্ট্রিমে শনাক্তযোগ্য ছিল না। একটি বিশেষ কেস হল ব্রুসেলা গ্রুপ, যেখানে তাদের জিনোমের উপর প্রাথমিক স্বয়ংক্রিয় টীকা একই স্ট্র্যান্ডে পূর্বাভাসকৃত αr9 sRNA-এর সাথে ওভারল্যাপিং 30 এএ-এর চেয়ে ছোট ওআরএফগুলি চিহ্নিত করে। এই ভবিষ্যদ্বাণীকৃত ও. আর. এফগুলি, ইন্টারপ্রো, পি. এফ. এ. এম বা স্মার্টের মতো পারিবারিক এবং মোটিফ ডেটাবেসের বিরুদ্ধে অনুসন্ধান করার সময় ডাটাবেস এন্ট্রিগুলির সাথে কোনও মিল বা কোনও মোটিফ বা স্বাক্ষর দেখায় না এবং এইভাবে, এখানে জিনোমিক প্রসঙ্গ গ্রাফে নিবন্ধিত নয় এমন মিস্যানোটেশন হিসাবে বিবেচিত হয়। রেফারেন্স আরএনএ