RefDB (chemistry)
রি-রেফারেন্সড প্রোটিন কেমিক্যাল শিফট ডাটাবেস (আর. এফ. ডি. বি) হল একটি এন. এম. আর স্পেকট্রোস্কোপি ডাটাবেস যা বায়োম্যাগ্রেসব্যাঙ্ক (বি. এম. আর. বি) (চিত্র। 1)। বি. এম. আর. বি-তে উল্লিখিত পূর্বে নির্ধারিত প্রোটিনের এক্স-রে বা এন. এম. আর সমন্বিত তথ্য থেকে প্রত্যাশিত প্রোটিন (1) এইচ, (13) সি এবং (15) এন রাসায়নিক স্থানান্তর গণনা করার জন্য একটি কাঠামো-ভিত্তিক রাসায়নিক স্থানান্তর গণনা প্রোগ্রাম (যাকে শিফটএক্স বলা হয়) ব্যবহার করে ডাটাবেসটি একত্রিত করা হয়েছিল। তুলনাটি স্বয়ংক্রিয়ভাবে শিফটকর নামে একটি প্রোগ্রাম দ্বারা সঞ্চালিত হয়। রেফডিবি ডাটাবেস বর্তমানে 2000 টিরও বেশি নির্ধারিত পেপটাইড এবং প্রোটিনের উপর রেফারেন্স-সংশোধন রাসায়নিক স্থানান্তর তথ্য সরবরাহ করে। তথ্যভাণ্ডার থেকে পাওয়া তথ্য ইঙ্গিত করে যে (13) সি প্রোটিন অ্যাসাইনমেন্ট সহ প্রায় 25 শতাংশ বি. এম. আর. বি এন্ট্রি এবং (15) এন প্রোটিন অ্যাসাইনমেন্ট সহ 27 শতাংশ বি. এম. আর. বি এন্ট্রির জন্য উল্লেখযোগ্য রাসায়নিক স্থানান্তর রেফারেন্স পুনর্বিন্যাস প্রয়োজন। উপরন্তু, বায়োম্যাগরেসব্যাঙ্কে জমা হওয়া প্রায় 40 শতাংশ প্রোটিন এন্ট্রিতে কমপক্ষে একটি অ্যাসাইনমেন্ট ত্রুটি রয়েছে বলে মনে হয়। ব্যবহারকারীরা রেফডিবি ওয়েবসাইটের মাধ্যমে উপলব্ধ বেশ কয়েকটি পদ্ধতির মাধ্যমে ডাটাবেসটি ডাউনলোড, অনুসন্ধান বা ব্রাউজ করতে পারেন। পেপটাইড এবং প্রোটিনে রাসায়নিক পরিবর্তনের প্রবণতা অর্জন বা গণনা করতে ইচ্ছুক জৈব আণবিক এন. এম. আর স্পেকট্রোস্কোপিস্টদের জন্য আর. এফ. ডি. বি একটি আদর্শ রাসায়নিক স্থানান্তর সম্পদ সরবরাহ করে। সুযোগ এবং প্রবেশাধিকার আর. এফ. ডি. বি-র সমস্ত তথ্য অ-মালিকানাধীন বা একটি অ-মালিকানাধীন উৎস থেকে উদ্ভূত। এটি বিনামূল্যে অ্যাক্সেসযোগ্য এবং যে কারও জন্য উপলব্ধ। উপরন্তু, প্রায় প্রতিটি তথ্য আইটেম সম্পূর্ণরূপে ট্রেসযোগ্য এবং স্পষ্টভাবে মূল উৎসের সাথে উল্লেখ করা হয়। একটি পাবলিক ওয়েব ইন্টারফেস এবং ডাউনলোডের মাধ্যমে আর. এফ. ডি. বি-র তথ্য পাওয়া যায়। বৈশিষ্ট্য আর. এফ. ডি. বি-তে সমস্ত রাসায়নিক পরিবর্তনকে গণনামূলকভাবে ডি. এস. এস (একটি সাধারণ এন. এম. আর রাসায়নিক স্থানান্তর মান)-এ পুনরায় উল্লেখ করা হয়েছে। রিফডিবি হল একটি ধারাবাহিকভাবে হালনাগাদ করা সম্পদ যা পাবলিক ডেটাবেস (বিএমআরবি, জেনব্যাঙ্ক, প্রোটিন ডেটা ব্যাংক) অনুসন্ধান করতে এবং সাপ্তাহিক ভিত্তিতে অ্যাসাইনমেন্ট, সিকোয়েন্স এবং স্ট্রাকচার ডেটা পেতে ওয়েব-বট ব্যবহার করে। এরপরে এটি একাধিক ডেটা চেকিং রুটিন (প্যারাম্যাগনেটিক বা বিকৃত প্রোটিন অপসারণের জন্য কীওয়ার্ড ব্যবহার করে) প্রয়োগ করে যার পরে রাসায়নিক স্থানান্তর রেফারেন্সিং ত্রুটিগুলি সনাক্ত এবং সংশোধন করার জন্য একাধিক গণনা করা হয়। রিফডিবি সম্পূর্ণরূপে ওয়েব-সক্ষম ডাটাবেস, এটি দুটি স্ট্যান্ডার্ড ফর্ম্যাটে (এন. এম. আর-স্টার এবং শিফটি) ডেটা সঞ্চয় করে, এটি স্বয়ংক্রিয় ডেটা আপডেট, চেকিং এবং বৈধতা সম্পাদন করে এবং এটি সম্পূর্ণ ডাউনলোডযোগ্য ফ্ল্যাট ফাইল ফর্ম্যাটে আউটপুট ডেটাতে উন্মুক্ত অ্যাক্সেস সরবরাহ করে। 2)। রিফডিবি মূলশব্দ অনুসন্ধান এবং ক্রম অনুসন্ধান (স্থানীয় ব্লাস্ট ব্যবহার করে) সমর্থন করে। রিফডিবি সাধারণত সাপ্তাহিক ভিত্তিতে আপডেট করা হয়। রেফডিবি ডাটাবেস, এর সাথে সম্পর্কিত সফ্টওয়্যার সহ, http://refdb.wishartlab.com এবং বিএমআরবি ওয়েবসাইটে বিনামূল্যে পাওয়া যায়। তিনটি ভিন্ন কম্পিউটার প্রোগ্রামের সংমিশ্রণ ব্যবহার করে প্রোটোকল আর. এফ. ডি. বি প্রস্তুত করা হয়েছে। প্রথম প্রোগ্রাম (শিফটএক্স) প্রোটিন 3ডি স্থানাঙ্ক তথ্য থেকে ব্যাকবোন 1এইচ, 13সি এবং 15এন রাসায়নিক স্থানান্তর গণনা করে। দ্বিতীয় প্রোগ্রাম (শিফটকর) পর্যবেক্ষিত শিফটের সাথে গণনা করা শিফটগুলির তুলনা করে, যে কোনও পরিসংখ্যানগতভাবে উল্লেখযোগ্য পার্থক্যের মূল্যায়ন করে এবং প্রয়োজনীয় রাসায়নিক শিফট সংশোধন সম্পাদন করে। তৃতীয় প্রোগ্রাম (আপডেট) স্বয়ংক্রিয়ভাবে যে কোনও সংশ্লিষ্ট পিডিবি ডেটা সহ নতুন জমা হওয়া বিএমআরবি ডেটা পুনরুদ্ধার করে। আপডেট শিফটকর-এর কাছে তথ্য নির্দেশ করে এবং 'সংশোধন করা' রাসায়নিক স্থানান্তর ফাইলটিকে রেফডিবি ডাটাবেসে যুক্ত করে। রিফডিবি কী সরবরাহ করে 2162টি পুনরায় উল্লেখিত প্রোটিন কেমিক্যাল শিফট ফাইলের একটি ডাউনলোডযোগ্য ডাটাবেস বি. এম. আর. বি-র একটি বিস্তৃত তালিকা এবং সংশ্লিষ্ট পি. ডি. বি এন্ট্রি সহ পুনরায় উল্লিখিত বি. এম. আর. বি এন্ট্রি (চিত্র দেখুন। 2) সমস্ত রিফডিবি এন্ট্রির একটি ট্যাব-সীমাবদ্ধ সারসংক্ষেপ পরিবর্তনশীল বিন্যাসে প্রতিটি প্রোটিন ক্রমের জন্য গৌণ কাঠামোর তথ্য মেরুদণ্ডের পরমাণুর জন্য পরিসংখ্যানগত তথ্য রেফারেন্সিং ত্রুটি (পিপিএম-এ) গৌণ কাঠামোর অ্যাসাইনমেন্টের জন্য গড় মেরুদণ্ডের রাসায়নিক স্থানান্তর মান (আলফা-হেলিক্স, বিটা এবং কয়েল) আরও দেখুন রাসায়নিক স্থানান্তর শিফটকর প্রোটিন কাঠামো ডাটাবেস প্রোটিন রাসায়নিক স্থানান্তর প্রোটিন গৌণ কাঠামো প্রোটিন রাসায়নিক স্থানান্তর পূর্বাভাস রাসায়নিক স্থানান্তর সূচক প্রোটিন এন. এম. আর. রেফারেন্স সাধারণ রেফারেন্স রাসায়নিক ডাটাবেস পারমাণবিক চৌম্বকীয় অনুরণন সফ্টওয়্যার প্রোটিন পদ্ধতি জৈব তথ্যভাণ্ডার