Nest (protein structural motif)
নেস্ট হল এক ধরনের প্রোটিন কাঠামোগত মোটিফ। এটি প্রোটিন এবং পেপটাইড উভয়েরই একটি ছোট পুনরাবৃত্ত অ্যানায়ন-বাঁধাই বৈশিষ্ট্য। প্রতিটি পরপর তিনটি অ্যামিনো অ্যাসিড অবশিষ্টাংশের প্রধান শৃঙ্খল পরমাণু নিয়ে গঠিত। প্রধান চেইন এনএইচ গ্রুপগুলি অ্যানায়নগুলিকে আবদ্ধ করে যখন পার্শ্ব চেইন পরমাণুগুলি প্রায়শই জড়িত থাকে না। প্রোলাইন অবশিষ্টাংশের এনএইচ গ্রুপের অভাব রয়েছে তাই বাসাতে বিরল। প্রোটিনের অ্যামিনো অ্যাসিডের অবশিষ্টাংশের প্রায় 12টির মধ্যে একটি গড়ে একটি নীড়ের অন্তর্গত। নীড়ের গঠন একটি নীড়ের গঠন এমন যে প্রথম এবং তৃতীয় অ্যামিনো অ্যাসিডের অবশিষ্টাংশের এনএইচ গ্রুপগুলি একটি নেতিবাচকভাবে চার্জ করা, বা আংশিকভাবে নেতিবাচকভাবে চার্জ করা, পরমাণু, প্রায়শই একটি অক্সিজেন পরমাণুর সাথে হাইড্রোজেনের বন্ধনে আবদ্ধ হতে পারে। দ্বিতীয় অবশিষ্টাংশের এনএইচ একই পরমাণুর সাথে হাইড্রোজেন বন্ধনে আবদ্ধ হতে পারে তবে সাধারণত কিছুটা দূরে নির্দেশ করে। এই প্রধান শৃঙ্খল পরমাণুগুলি একটি কঙ্ক্যাভিটি গঠন করে যাকে নেস্ট বলা হয় যার মধ্যে একটি অ্যানিয়নিক পরমাণু ফিট করে। এই ধরনের অ্যানায়োনিক পরমাণুগুলিকে কখনও কখনও ডিম বলা হয় এবং একাধিক ডিম একটি নীড়ে আবদ্ধ হতে পারে। অন্ত্রের সেরিন প্রোটিজের অক্সায়ানিয়ন গর্ত একটি নীড়ের কার্যকরী উদাহরণ। আরেকটি অ্যান্টিবায়োটিক পেপটাইড ভ্যানকোমাইসিনের গভীর গহ্বরের নীচে ঘটে যা ব্যাকটেরিয়া কোষ প্রাচীর সংশ্লেষণের চূড়ান্ত পর্যায়ে ব্যবহৃত একটি মূল কার্বক্সিলেট গোষ্ঠীকে আবদ্ধ করে, যার ফলে ব্যাকটেরিয়া কোষগুলিকে বহুগুণিত হতে বাধা দেয়। বাসা প্রধান শৃঙ্খল পরমাণুর গঠন দ্বারা সংজ্ঞায়িত করা হয়, যেমন নীড়ের প্রথম দুটি অ্যামিনো অ্যাসিডের ফাই, সাই ডাইহেড্রাল কোণ। একটি সাধারণ (আরএল) নীড়ের জন্য ফাই =-90°; সাই = 0°; ফাই + 1 = 80°; সাই + 1 = 20°। বাসা তাদের অবতলতার মাত্রায় পরিবর্তিত হয়। কয়েকটির এত কম থাকে যে অবতলতা হারিয়ে যায়; এই পেপটাইডগুলি প্রায়শই তাদের এনএইচ গ্রুপের মাধ্যমে অ্যানায়নগুলির পরিবর্তে তাদের প্রধান চেইন সিও গ্রুপের মাধ্যমে ক্যাটায়নগুলিকে আবদ্ধ করে। পটাসিয়াম চ্যানেলের নির্দিষ্ট ফিল্টার এবং অ্যাকোয়াপোরিনের জল চ্যানেল এই আরও রৈখিক গঠন প্রদর্শন করে যেখানে কার্বনিল গ্রুপগুলি প্রোটিন দ্বারা ঝিল্লি জুড়ে অণু পরিবহনের জন্য নিযুক্ত করা হয়। এই নিকট-রৈখিক গঠনটি আলফা শীট যৌগিক নীড়ের একটি স্ট্র্যান্ডেও পাওয়া যায় যদি দুটি বাসা এমনভাবে ওভারল্যাপ করে যে প্রথম নীড়ের অবশিষ্টাংশ i + 1 দ্বিতীয় নীড়ের অবশিষ্টাংশ i হয়, তবে একটি যৌগিক বাসা তৈরি হয়। এখানে তিনটির পরিবর্তে চারটি এনএইচ গ্রুপ রয়েছে। যদি তিনটি বাসা এমনভাবে ওভারল্যাপ হয় যে প্রথম নীড়ের অবশিষ্টাংশ i + 1 এবং i + 2 দ্বিতীয় এবং তৃতীয় নীড়ের অবশিষ্টাংশ i হয়, তবে পাঁচটি NH গ্রুপ সহ একটি বৃহত্তর যৌগিক বাসা গঠিত হয়, ইত্যাদি। প্রধান শৃঙ্খল পরমাণুগুলি একটি অসম্পূর্ণ বলয়ের অংশ গঠন করে যার মধ্যে এনএইচ গ্রুপগুলি মোটামুটিভাবে বলয়ের কেন্দ্রের দিকে নির্দেশ করে। যেহেতু তাদের অবতলগুলি প্রায়শই সাধারণ বাসার চেয়ে প্রশস্ত হয়, তাই যৌগিক বাসা সাধারণত প্রোটিন দ্বারা ফসফেটের মতো বহু-পরমাণু অ্যানায়নগুলিকে বাঁধতে ব্যবহৃত হয়, যেমন পি-লুপ বা ওয়াকার মোটিফ এবং লোহা-সালফার ক্লাস্টারে। ন্যূনতম পেপটাইড পি-লুপ হিসাবে পরিকল্পিত সংশ্লেষিত পেপটাইড সের-গ্লাই-আলা-গ্লাই-লাইস-থার নিরপেক্ষ পিএইচ-এ অজৈব ফসফেটকে দৃঢ়ভাবে বাঁধতে দেখা গেছে। নীড়ের ধরনের প্রথম দুটি নীড়ের অবশিষ্টাংশের ফাই কোণের চিহ্নের উপর নির্ভর করে সাধারণ বাসা দুই ধরনের হয় যাকে আরএল এবং এলআর বলা হয়। আর অবশিষ্টাংশের ঋণাত্মক ফাই মান রয়েছে (ডান হাতের আলফা-হেলিসের মতো) এবং এল অবশিষ্টাংশের ধনাত্মক ফাই মান রয়েছে (বাম হাতের আলফা হেলিক্সের মতো)। 80 শতাংশ বাসা আরএল এবং 20 শতাংশ এলআর। যখন দুটি বাসা ওভারল্যাপ হয় তখন সেগুলি আরএলআর বা এলআরএল হতে পারে। যখন তিনটি বাসা ওভারল্যাপ হয় তখন সেগুলি আরএলআরএল বা এলআরএলআর ইত্যাদি হতে পারে। প্রতিটি শেলম্যান লুপ তার ছয়টি অবশিষ্টাংশের মধ্যে শেষ তিনটিতে একটি আরএল বাসা অন্তর্ভুক্ত করে। নীড়টি তার আগে ক্রমানুসারে কার্বনিল অক্সিজেন পরমাণুগুলিকে আবদ্ধ করে। বেশ কয়েকটি অ্যান্টিবডি প্রোটিনের একটি কারবক্সিলেট পার্শ্ব শৃঙ্খলের সাথে আবদ্ধ তাদের এইচ-চেইন সিডিআর (পরিপূরক নির্ধারণকারী অঞ্চল)-এর হেয়ারপিন লুপগুলির মধ্যে আরএলআর বাসা থাকে। এগুলি ফসফোরিলেটেড সেরিন এবং থ্রেওনিনযুক্ত প্রোটিনের জন্য নির্দিষ্ট মনোক্লোনাল নেস্টযুক্ত অ্যান্টিবডি তৈরি করার জন্য তৈরি করা হয়েছে। বেশিরভাগ পি. ডি. জেড ডোমেইনের প্রথম বিটা-স্ট্র্যান্ডের শুরুতে একটি আর. এল বাসা থাকে, যা ডোমেইনের পেপটাইড বা প্রোটিন লিগ্যান্ডের সি-টার্মিনাস-এ কার্বক্সিলেট গ্রুপকে শনাক্ত করার কাজ করে। তথ্যসূত্র বাইরের লিঙ্ক অনুপ্রাণিত প্রোটিনঃ; PDBeMotif:। প্রোটিন কাঠামোগত মোটিফ ট্রিপেটাইডস