Αr35 RNA
αr35 হল ব্যাকটেরিয়ার ছোট নন-কোডিং আর. এন. এ-র একটি পরিবার যা হাইফোমাইক্রোবায়ালিস ক্রম থেকে আলফাপ্রোটোব্যাকটেরিয়ার একটি হ্রাসপ্রাপ্ত গোষ্ঠীর প্রতিনিধি। এই পরিবারের প্রথম সদস্যকে (এস. এম. আর. 35বি) সিম্বায়োটিক প্লাজমিড বি (পি. এস. আই. এম. বি)-তে অবস্থিত একটি সিনোরহিজবিয়াম মেলিলোটি 1021 লোকাসে পাওয়া গেছে। আরও সমসংস্থান এবং কাঠামো সংরক্ষণ বিশ্লেষণে অন্যান্য শুঁটিজাতীয় প্রতীকগুলিতে পূর্ণ দৈর্ঘ্যের এস. এম. আর. বি. 35 সমরূপ চিহ্নিত করা হয়েছে। রাইজোবিয়াম লেগুমিনোসারাম bv.viciae, আর. লেগুমিনোসারাম বিভি। ট্রাইফোলি এবং আর. এটলি), পাশাপাশি যথাক্রমে মানব এবং উদ্ভিদ রোগজীবাণু ব্রুসেলা অ্যানথ্রোপি এবং অ্যাগ্রোব্যাকটেরিয়াম টিউমেফাসিয়েন্সে। αr35 RNA প্রজাতিগুলি 139-142 nt লম্বা (টেবিল 1) এবং দুটি স্টেম লুপ এবং একটি ভাল সংরক্ষিত rho স্বাধীন টার্মিনেটর (চিত্র 1,2,3) নিয়ে গঠিত একটি সাধারণ গৌণ কাঠামো ভাগ করে নেয়। বেশিরভাগ αr35 প্রতিলিপিগুলি আলফাপ্রোটোব্যাকটেরিয়াল জিনোমের আন্তঃজেনিক অঞ্চলের মধ্যে স্বাধীন প্রতিলিপি ইউনিটগুলির সু-সংজ্ঞায়িত প্রবর্তক অঞ্চলগুলি থেকে প্রকাশিত ট্রান্স-অ্যাক্টিং এসআরএনএ হিসাবে তালিকাভুক্ত করা যেতে পারে (চিত্র 5)। আবিষ্কার এবং কাঠামো এস. এম. আর. 35বি এস. আর. এন. এ প্রথমে ডেল ভাল এট আল দ্বারা বর্ণনা করা হয়েছিল, রেফারেন্স এস. মেলিলোটি 1021 স্ট্রেনের আন্তঃজেনিক অঞ্চলে (আই. জি. আর) গণনামূলক তুলনামূলক জিনোমিক পদ্ধতির ফলস্বরূপ। উত্তরাঞ্চলীয় সংকরায়ন পরীক্ষাগুলি নিশ্চিত করেছে যে পূর্বাভাসকৃত এস. এম. আর. 35বি লোকাস প্রত্যাশিত আকারের একটি একক প্রতিলিপি প্রকাশ করেছে, যা মুক্ত-জীবন্ত এবং এন্ডোসিম্বায়োটিক ব্যাকটেরিয়ায় পৃথকভাবে জমা হয়েছে। টিএপি-ভিত্তিক 5 '-রেস পরীক্ষাগুলি এস. মেলিলোটি 1021 জিনোমের (http://iant.toulouse.inra.fr/bacteria/annotation/cgi/rhime.cgi) 577,730 এনটি অবস্থানে পূর্ণ দৈর্ঘ্যের এসএমআর35বি প্রতিলিপির ট্রান্সক্রিপশন স্টার্ট সাইট (টিএসএস) ম্যাপ করেছে যেখানে 3'-প্রান্তটি 577,868 এনটি অবস্থানে অবস্থিত বলে ধরে নেওয়া হয়েছিল যা একটি সত্যিকারের রো-স্বাধীন টার্মিনেটরের (চিত্র 5) ইউএস-এর পরপর প্রসারিত শেষ অবশিষ্টাংশের সাথে মিলে যায়। এস. মেলিলোটির ছোট আর. এন. এ ভগ্নাংশের (<আই. ডি1> এন. টি) সাম্প্রতিক গভীর ক্রম-ভিত্তিক বৈশিষ্ট্যায়ন এস. এম. আর. 35বি (এখানে এস. এম. ই. এল. বি. 053 হিসাবে উল্লেখ করা হয়েছে)-এর অভিব্যক্তিটিকে আরও নিশ্চিত করেছে এবং অণুর 5 '-এবং 3'-প্রান্তগুলিকে আগে প্রস্তাবিত অবস্থানে ম্যাপ করেছে। এস. এম. আর. 35বি-র নিউক্লিওটাইড ক্রমটি প্রাথমিকভাবে আর. এফ. এ. এম ডাটাবেসের বিরুদ্ধে অনুসন্ধানের জন্য অনুসন্ধান হিসাবে ব্যবহৃত হয়েছিল। এই সমতাত্ত্বিক অনুসন্ধানটি এই ডাটাবেসে পরিচিত ব্যাকটেরিয়াল এস. আর. এন. এ-র সাথে কোনও মিল খুঁজে পায়নি। বর্তমানে উপলব্ধ সমস্ত ব্যাকটেরিয়াল জিনোমের বিরুদ্ধে ডিফল্ট প্যারামিটার সহ পরবর্তী 'এস. এম. আর. 35বি'-কে 'ব্লাস্ট' করা হয়েছিল (20 এপ্রিল 2011-এ 1,615 ক্রম; <আই. ডি. 1>;)। ইনফার্নাল (version1.0) (চিত্র 2) ব্যবহার করে বীজ বিন্যাস থেকে একটি কোভ্যারিয়েন্স মডেল (সিএম) তৈরি করার জন্য অনুসন্ধানের ক্রমের (78-89% সাদৃশ্য) উল্লেখযোগ্য সমরূপতা প্রদর্শনকারী অঞ্চলগুলি বের করা হয়েছিল। বিদ্যমান ব্যাকটেরিয়াল জিনোমিক ডাটাবেসে αr35 পরিবারের নতুন সদস্যদের জন্য আরও অনুসন্ধানে এই সিএম ব্যবহার করা হয়েছিল। পরিবারের জন্য একটি সর্বসম্মত গৌণ কাঠামো অনুমান করার জন্য ফলাফলগুলি ম্যানুয়ালি পরিদর্শন করা হয়েছিল (চিত্র 1 এবং চিত্র 2)। সর্বসম্মত কাঠামোটিও খুব অনুরূপ ভবিষ্যদ্বাণী সহ প্রোগ্রাম লোকার্নেটের সাথে স্বাধীনভাবে পূর্বাভাস দেওয়া হয়েছিল। ইনফার্নাল ব্যবহার করে সিএম-এর কাছে পাওয়া 84টি সিকোয়েন্সের ম্যানুয়াল পরিদর্শন সাতটি সত্যিকারের হোমোলগ সিকোয়েন্স খুঁজে বের করার অনুমতি দেয়ঃ রাইজোবিয়াম লেগুমিনোসারাম বিভি-তে দুটি অনুলিপি। ভিসিয়া (ক্রোমোজোম এবং প্লাজমিড পিআরএল11), রাইজোবিয়াম লেগুমিনোসারাম্বভিতে দুটি কপি। ট্রাইফোলি ডাব্লুএসএম1325 (প্লাজমিড পিআর132504 এবং প্লাজমিড পিআর132502), রাইজোবিয়াম এটলি সিএফএন 42 প্লাজমিড পি42এফ এবং অ্যাগ্রোব্যাকটেরিয়াম টিউমেফ্যাসিয়েন্স এবং ব্রুসেলা অ্যানথ্রোপির ক্রোমোজোমগুলিতে। এই সমস্ত ক্রমগুলি উল্লেখযোগ্য ইনফার্নাল ই-মান (1.38e-33-1.05e-11) এবং বিট-স্কোর দেখায়। এস. মেলিলোটির ক্ষেত্রে একটি দ্বিতীয় অনুলিপি সিম্বায়োটিক প্লাজমিড পিএসআইএমবি (574630-574766)-তে একটি উল্লেখযোগ্য ই-মান (3.73e-07) সহ চিহ্নিত করা হয়েছিল কিন্তু কোনও পরীক্ষিত শর্তে (অপ্রকাশিত তথ্য) কোনও অভিব্যক্তি সনাক্ত করা যায়নি। মডেলের সাথে পাওয়া বাকি ক্রমগুলি (8.76e-12 এবং 1.e-3) এর মধ্যে উচ্চ ই-মান দেখায় তবে খুব কম বিট-স্কোর দেখায়, যা সাধারণত একটি দূরবর্তী হোমোলগের লক্ষণ। যাইহোক, এই ক্ষেত্রে একটি ম্যানুয়াল পরিদর্শন দেখায় যে রো স্বাধীন টার্মিনেটর এবং দ্বিতীয় কান্ড একমাত্র সংরক্ষিত অঞ্চল ছিল, যা প্রথম কান্ডে ব্যর্থ হয়েছিল। ব্রুসেলা প্রজাতিতে বিশেষভাবে সংরক্ষিত সমস্ত আলফাপ্রোটিওব্যাকটেরিয়ায় এই দুটি স্টেম অ্যারেগমেন্ট গঠন ব্যাপকভাবে প্রসারিত হয়েছিল। অভিব্যক্তি তথ্য এস. এম. আর. 35বি অভিব্যক্তিটি প্রথম ডেল ভ্যাল এট আল দ্বারা মূল্যায়ন করা হয়েছিল। বিভিন্ন জৈবিক অবস্থার অধীনে এস মেলিলোটি 1021-এ; অর্থাৎ টিওয়াই-তে ব্যাকটেরিয়ার বৃদ্ধি, ন্যূনতম মাঝারি (এমএম) এবং লুটোলিন-এমএম ঝোল এবং এন্ডোসিম্বায়োটিক ব্যাকটেরিয়া (অর্থাৎ। পরিপক্ক সিম্বায়োটিক আলফালফা নোডুল)। মুক্ত-জীবন্ত ব্যাকটেরিয়ায় এস. এম. আর. 35বি-র অভিব্যক্তি বৃদ্ধি-নির্ভর বলে দেখা গেছে, ব্যাকটেরিয়া যখন স্থির পর্যায়ে প্রবেশ করে তখন জিনটি নিয়ন্ত্রিত হয়। ল্যুটোলিনের সাথে এম. এম-এর পরিপূরক, উদ্ভিদ ফ্ল্যাভোন যা বিশেষভাবে এস. মেলিলোটি নোড্যুলেশন জিনের প্রতিলিপি প্ররোচিত করে, এস. এম. আর. 35বি-র অভিব্যক্তি ~ 4 গুণ দ্বারা উদ্দীপিত করে। এর বিপরীতে, এস. এম. আর. 35বি প্রতিলিপিটি পরিপক্ক নোডুল টিস্যুতে সনাক্ত করা যায়নি। শ্লুটর এবং অন্যান্য। একটি আসমাটিক আপশিফ্টের উপর এস. এম. আর. 35বি-র আপ-রেগুলেশন আরও বর্ণনা করা হয়েছে। প্রোমোটার অ্যানালাইসিস সমস্ত αr35 লোকির স্বীকৃত σ70-নির্ভর প্রোমোটার রয়েছে যা-35/- 10 সর্বসম্মত মোটিফ সিটিটিএজিএসি-এন17-সিটিএটিএটি দেখায় যা পূর্বে আলফাপ্রোটিওব্যাকটেরিয়ার অন্যান্য বেশ কয়েকটি গণের মধ্যে ব্যাপকভাবে সংরক্ষিত বলে দেখানো হয়েছিল। অন্যান্য পরিচিত প্রতিলিপি কারণগুলির জন্য বাঁধাই সাইটগুলি সনাক্ত করতে আমরা রেগপ্রেডিকশন (http://regpredict.lbl.gov/regpredict/help.html) দ্বারা প্রদত্ত ফাস্টা সিকোয়েন্সগুলি ব্যবহার করেছি এবং রেগুলেনডিবি (http://regulondb.ccg.unam.mx) দ্বারা প্রদত্ত অবস্থান ওজন ম্যাট্রিক্সগুলি (পিএসডাব্লুএম) ব্যবহার করেছি। আমরা কনসেনসাস/প্যাটসার প্রোগ্রাম ব্যবহার করে রেগপ্রেডিকশন সিকোয়েন্স থেকে প্রতিটি ট্রান্সক্রিপশন ফ্যাক্টরের জন্য পিএসডাব্লুএম তৈরি করেছি, 14 থেকে 30 এর মধ্যে মোটিফ দৈর্ঘ্যের জন্য সেরা চূড়ান্ত ম্যাট্রিক্স বেছে নিয়েছি যদি সংশ্লিষ্ট দৈর্ঘ্য পূর্বে নির্দিষ্ট না করা থাকে (প্রতিটি ম্যাট্রিক্সের জন্য "কনসেনসাস ম্যাট্রিক্স" থ্রেশহোল্ড (গড় ই-মান <10ই-10) দেখুন (http://gps-tools2.its.yale.edu এ "থ্রেশহোল্ডড কনসেনসাস" দেখুন)। উপরন্তু, আমরা এমইএমই (http://meme.sdsc.edu/meme4_6_1/intro.html) ব্যবহার করে সংরক্ষিত অজানা মোটিফগুলি অনুসন্ধান করেছি এবং শিথিল নিয়মিত অভিব্যক্তিগুলি ব্যবহার করেছি (অর্থাৎ। প্যাটার্ন ম্যাচিং) সমস্ত এস. এম. আর. 35বি হোমোলগ প্রোমোটারদের উপর। শুধুমাত্র টি-এন11-এ মোটিফের চারপাশে নির্মিত একটি উল্টানো পুনরাবৃত্তি কাঠামো এস. মেলিলোতিতে এস. এম. আর. বি35-এর প্রতিলিপি শুরুর স্থানের 55 এন. টি উজানে পাওয়া গেছে যা পরিচিত সংরক্ষিত নোড বাক্সগুলির একটি অবক্ষয়িত মোটিফ (চিত্র 4)। এই বৈশিষ্ট্যগত ক্রমটি এল. আই. এস. আর-টাইপ প্রোটিনের জন্য নির্দিষ্ট বাঁধাই স্থান হিসাবে প্রস্তাবিত হয়েছে। এস. এম. আর. বি. 35 হোমোলোগস বীজের সমস্ত প্রবর্তক অঞ্চলগুলিও মোটিফটি উপস্থাপন করেছিল। জিনোমিক প্রসঙ্গ αr35 পরিবারের বেশিরভাগ সদস্য রাইজোবিয়াল মেগাপ্লাজমিডের আই. জি. আর-এর স্বাধীন প্রবর্তকদের থেকে প্রতিলিপি করা ট্রান্স-এনকোডেড এস. আর. এন. এ। ব্যতিক্রমগুলি হল আর. লেগুমিনোসারাম বিভি-র এস. এম. আর. বি. 35 হোমোলগ। viciae (Rlvr35C), এবং R. etli CFN 42 plasmid p42f (ReCFNr35f), যা আংশিকভাবে ওভারল্যাপিং ORFs সহ অ্যানোটেটেড জিনের বিপরীত স্ট্র্যান্ডে এনকোড করা হয়। এই ওভারল্যাপিং ও. আর. এফ-এর পূর্বাভাসকৃত প্রোটিন পণ্যগুলি অ্যামিনো অ্যাসিড সিকোয়েন্স হোমোলজির ভিত্তিতে কোনও কার্যকরী বিভাগে বরাদ্দ করা যায়নি। সুতরাং, এই αr35 সদস্যরা অনুমানমূলক সিস-এনকোডেড অ্যান্টিসেন্স এসআরএনএ। ট্রান্স-এনকোডেড αr35 এস. আর. এন. এ-র জিনোমিক অঞ্চলগুলি আংশিক সংরক্ষণ প্রদর্শন করে যা মূলত এস. আর. এন. এ-কোডিং ক্রম এবং একটি পার্শ্বীয় জিনের মধ্যে সীমাবদ্ধ। αr35 লোকির বেশিরভাগ পার্শ্ববর্তী জিন নাইট্রোজেন এবং গ্লুটামিন বিপাক সম্পর্কিত প্রতিলিপি উপাদান এবং প্রোটিনগুলিকে এনকোড করে। রেফারেন্স আরএনএ