Αr15 RNA
αr15 হল ব্যাকটেরিয়ার ছোট নন-কোডিং আর. এন. এ-র একটি পরিবার যা রাইজোবিয়ালস ক্রম থেকে α-প্রোটিওব্যাকটেরিয়ার একটি বিস্তৃত গোষ্ঠীর প্রতিনিধি। এই পরিবারের প্রথম সদস্যদের (এস. এম. আর. 15সি1 এবং এস. এম. আর. সি15সি2) সিনোরহিজবিয়াম মেলিলোটি 1021 ক্রোমোজোমের (সি) একই আন্তঃজেনিক অঞ্চলে (আই. জি. আর) একসঙ্গে সাজানো অবস্থায় পাওয়া গেছে। আরও সমসংস্থান এবং কাঠামো সংরক্ষণ বিশ্লেষণে বেশ কয়েকটি নাইট্রোজেন-ফিক্সিং সিম্বায়োটিক রাইজোবিয়ায় (অর্থাৎ, পূর্ণ দৈর্ঘ্যের এস. এম. আর. 15সি1 এবং এস. এম. আর. 15সি2 হোমোলগ চিহ্নিত করা হয়েছে। আর. লেগুমিনোসারাম বিভি। ভিসিয়া, আর. লেগুমিনোসারাম বিভি। ট্রাইফোলি, আর. এটলি এবং বেশ কয়েকটি মেসোরিজবিয়াম প্রজাতি), এগ্রোব্যাকটেরিয়াম প্রজাতির (অর্থাৎ। এ. টিউমেফ্যাসিয়েন্স, এ. ভিটিস, এ. রেডিওব্যাকটার এবং অ্যাগ্রোব্যাকটেরিয়াম এইচ13) এবং ব্রুসেলা প্রজাতির বিস্তৃত বর্ণালীতে (বি. ওভিস, বি. ক্যানিস, বি. অ্যাবোর্টাস এবং বি. মাইক্রোটিস এবং বি. মেলিট্যান্সিসের বেশ কয়েকটি বায়োভার)। এস. এম. আর. 15সি1 (115এনটি) এবং এস. এম. আর. 15সি2 (121এনটি) হোমোলগগুলিও রাইজোবিয়াম এবং অ্যাগ্রোব্যাকটেরিয়াম প্রজাতির একই আই. জি. আর অঞ্চলের মধ্যে এনকোড করা হয়, যেখানে ব্রুসেলা প্রজাতিতে αr15সি লোকাই ক্রোমোজোম 1-এর আই. জি. আর-এ ছড়িয়ে থাকে। উপরন্তু, এই বিশ্লেষণটি উল্লিখিত নাইট্রোজেন-ফিক্সিং α-প্রোটিওব্যাকটেরিয়ার এক্সট্রাক্রোমোসোমাল প্রতিলিপিতে এবং ব্রুসেলা প্রজাতির ক্রোমোজোম II-এ একটি তৃতীয় αr15 লোকিও চিহ্নিত করেছে। αr15 আর. এন. এ প্রজাতিগুলি <আই. ডি1> এন. টি লম্বা (সারণি 1) এবং তিনটি স্টেম লুপ (চিত্র 1) নিয়ে গঠিত একটি সুনির্দিষ্ট সাধারণ গৌণ কাঠামো ভাগ করে নেয়। αr15 পরিবারের প্রতিলিপিগুলি α-প্রোটিওব্যাকটেরিয়াল জিনোমের আন্তঃজেনিক অঞ্চলের (আইজিআর) মধ্যে স্বীকৃত প্রবর্তক এবং প্রতিলিপি সমাপ্তি স্বাক্ষর সহ স্বাধীন প্রতিলিপি ইউনিট দ্বারা এনকোড করা ট্রান্স-অ্যাক্টিং এসআরএনএ হিসাবে তালিকাভুক্ত করা যেতে পারে (চিত্র 5)। আবিষ্কার এবং কাঠামো এস. এম. আর15সি1 ওয়াই এস. এম. আর15সি2 এস. আর. এন. এ ডেল ভাল এট আল দ্বারা বর্ণনা করা হয়েছিল, রেফারেন্স এস মেলিলোটি 1021 স্ট্রেনের (http://iant.toulouse.inra.fr/bacteria/annotation/cgi/rhime.cgi) আন্তঃজেনিক অঞ্চলে (আই. জি. আর) গণনামূলক তুলনামূলক জিনোমিক পদ্ধতির ফলস্বরূপ। যদিও এস. এম. আর15সি1 এবং এস. এম. আর15সি2-এর প্রাথমিক নিউক্লিওটাইড ক্রম উচ্চ সাদৃশ্য (84 শতাংশ পরিচয়) দেখিয়েছে, প্রতিটি এস. আর. এন. এ-র জন্য নির্দিষ্ট প্রোব ডিজাইন করা যেতে পারে যা বিভিন্ন আকার এবং অভিব্যক্তি প্রোফাইলের প্রতিলিপি সনাক্ত করে। টিএপি-ভিত্তিক 5 '-রেস পরীক্ষাগুলি এস. মেলিলোটি 1021 জিনোমে (http://iant.toulouse.inra.fr/bacteria/annotation/cgi/rhime.cgi) এসএমআর15সি1 এবং এসএমআর15সি2 ট্রান্সক্রিপশন স্টার্ট সাইটগুলি (টিএসএস) ম্যাপ করেছে। এস. এম. আর15সি1 টি. এস. এস-কে ক্রোমোজোমাল অবস্থান 1698731 এন. টি এবং এস. এম. আর15সি2-এর টি. এস. এস-কে এন. টি 1698937-এ ম্যাপ করা হয়েছিল। 3 '-প্রান্তগুলি যথাক্রমে 1698617 এন. টি এবং 1698817 এন. টি-তে অবস্থিত বলে ধরে নেওয়া হয়েছিল, যা একটি প্রামাণিক রো-স্বাধীন টার্মিনেটরের (চিত্র 5) পরপর ইউ. এস প্রসারিতের শেষ অবশিষ্টাংশের সাথে মিলে যায়। সমান্তরাল এবং পরবর্তী গবেষণায়, যেখানে এস. এম. আর. 15সি1 এবং এস. এম. আর. 15সি2 প্রতিলিপিগুলিকে এস. আর. এ41 বা এস. এম. 3/এস. এম. 3 '-এর দুটি অনুলিপি হিসাবে উল্লেখ করা হয়েছে, স্বাধীনভাবে এস. মেলিলোটি এবং এর ঘনিষ্ঠভাবে সম্পর্কিত স্ট্রেন 2011-এ এই এস. আর. এন. এ-র অভিব্যক্তি নিশ্চিত করেছে। এস. মেলিলোটি 2011-এর ছোট আরএনএ ভগ্নাংশের (50-350 এনটি) সাম্প্রতিক গভীর ক্রম-ভিত্তিক বৈশিষ্ট্যও এস. এম. আর15সি1 এবং এস. এম. আর15সি2-এর অভিব্যক্তি প্রকাশ করেছে, যা এখানে যথাক্রমে এস. এম. এল. সি411 এবং এস. এম. আর. সি412 হিসাবে উল্লেখ করা হয়েছে, যা সম্পূর্ণ দৈর্ঘ্যের প্রতিলিপির 5 '-এবং 3'-প্রান্তগুলিকে মূলত ডেল ভ্যাল এট আল-এর মতো একই অবস্থানে ম্যাপিং করে। এস. মেলিলোটি 1021 ক্রোমোজোম। যাইহোক, এই গবেষণায় 1698948 অবস্থানে এস. এম. আর15সি2-এর জন্য একটি অতিরিক্ত টি. এস. এস চিহ্নিত করা হয়েছে। এস. এম. আর. 15সি1 এবং এস. এম. আর. 15সি2-এর নিউক্লিওটাইড ক্রমগুলি প্রাথমিকভাবে আর. এফ. এ. এম ডাটাবেসের (সংস্করণ 10; <আই. ডি1>) বিরুদ্ধে অনুসন্ধানের জন্য অনুসন্ধান হিসাবে ব্যবহৃত হয়েছিল। এই অনুসন্ধানটি দ্বিতীয় হেয়ারপিন এবং রো-ইন্ডিপেন্ডেন্ট টার্মিনেটরের মধ্যে সীমাবদ্ধ উভয় প্রতিলিপির আংশিক সমরূপতা প্রকাশ করে, যা সুহবি (http://rfam.xfam.org/family/RF00519) নামে পরিচিত আরএনএ-র আরএফ00519 পরিবারের মধ্যে সীমাবদ্ধ। তবে, এই ডাটাবেসে পূর্ণ দৈর্ঘ্যের এস. আর. এন. এ-র কোনও কাঠামোগত সমরূপ পাওয়া যায়নি। উভয়ই S.melilloti αr15 sRNAs বর্তমানে উপলব্ধ সমস্ত ব্যাকটেরিয়াল জিনোমের বিরুদ্ধে ডিফল্ট পরামিতিগুলির সাথে ব্লাস্ট করা হয়েছিল (20 এপ্রিল 2011-এ 1,615 ক্রম; https://www.ncbi.nlm.nih.gov)। ইনফার্নাল (version1.0) (চিত্র 2) ব্যবহার করে বীজ বিন্যাস থেকে একটি কোভ্যারিয়েন্স মডেল (সিএম) তৈরি করার জন্য অনুসন্ধানের ক্রমের (78-89% সাদৃশ্য) উল্লেখযোগ্য সমরূপতা প্রদর্শনকারী অঞ্চলগুলি বের করা হয়েছিল। বিদ্যমান ব্যাকটেরিয়াল জিনোমিক ডাটাবেসে αr15 পরিবারের নতুন সদস্যদের জন্য আরও অনুসন্ধানে এই সিএম ব্যবহার করা হয়েছিল। পরিবারের জন্য একটি সর্বসম্মত গৌণ কাঠামো অনুমান করার জন্য ফলাফলগুলি ম্যানুয়ালি পরিদর্শন করা হয়েছিল (চিত্র 1 এবং চিত্র 2)। প্রাপ্ত ভবিষ্যদ্বাণীগুলির তুলনা করে লোকার্নেট প্রোগ্রামের সাথে সর্বসম্মত কাঠামোটিও স্বাধীনভাবে ভবিষ্যদ্বাণী করা হয়েছিল। ইনফার্নাল ব্যবহার করে সিএম-এর সাথে পাওয়া ক্রমগুলির ম্যানুয়াল পরিদর্শন ফাইলোজেনেটিকভাবে সম্পর্কিত α-প্রোটিওব্যাকটেরিয়াল জিনোমে 38 টি সত্য হোমোলগ খুঁজে পাওয়ার অনুমতি দেয়। এস. মেলিলোটি ছাড়াও 26 জন নিকটতম αr15 পরিবারের সদস্যদের নিম্নলিখিত প্রজাতির জন্য একই ক্রোমোসোমাল আইজিআর-এ টেন্ডেম হিসাবে পাওয়া গেছেঃ সিনোরিজোবিয়াম প্রজাতিঃ এস. মেডিকে এবং এস. ফ্রেডি রাইজোবিয়াম প্রজাতিঃ দুটি আর. লেগুমিনোসারাম ট্রাইফোলি স্ট্রেন (ডাব্লুএসএম304 এবং ডাব্লুএসএম35), দুটি আর. এটলি স্ট্রেন সিএফএন 42 এবং সিআইএটি 652, রেফারেন্স আর. লেগুমিনোসারাম বিভি। ভিসিয়া 3841 প্রজাতি অ্যাগ্রোব্যাকটেরিয়াম প্রজাতিঃ এ. ভিটিস, এ। টিউমেফ্যাসিয়েন্স, এ. রেডিওব্যাক্টর এবং এ. এইচ13 এই সমস্ত ক্রমগুলি উল্লেখযোগ্য বিট স্কোর এবং ইনফার্নাল ই-মান (1.71e-28-2.03e-20) দেখায়। যাইহোক, উল্লিখিত সমস্ত α-প্রোটিওব্যাকটেরিয়াল জিনোম এবং ব্রুসেলা প্রজাতি (বি. ওভিস, বি. ক্যানিস, বি. অ্যাবোর্টাস, বি. মাইক্রোটিস এবং বি. মেলিট্যান্সিসের বেশ কয়েকটি বায়োভার) দ্বারা এনকোড করা সেই αr15 সদস্যদের প্লাজমিডিক অনুলিপি, ব্রুসেলা অ্যানথ্রোপি এবং মেসোরিজোবিয়াম লট উচ্চ ই-মান (1e-19 এবং 8e-03) এর মধ্যে কিন্তু খুব কম বিট-স্কোর দেখায়। অভিব্যক্তি এবং কার্যকরী তথ্য বিভিন্ন গবেষণায় বিভিন্ন জৈবিক অবস্থার অধীনে এস. মেলিলোটি 1021-এ এস. এম. আর. 15সি1 এবং এস. এম. আর. 15সি2 অভিব্যক্তি মূল্যায়ন করা হয়েছে। টিওয়াই-তে ব্যাকটেরিয়ার বৃদ্ধি, ন্যূনতম মাঝারি (এমএম) এবং লুটোলিন-এমএম ঝোল এবং এন্ডোসিম্বায়োটিক ব্যাকটেরিয়া (অর্থাৎ। পরিপক্ক সিম্বায়োটিক আলফালফা নোডুল), উচ্চ লবণ চাপ, জারণ চাপ এবং ঠান্ডা এবং গরম শক চাপ। ফলাফলগুলি উভয় এস. আর. এন. এ-র জন্য বিভিন্ন অভিব্যক্তি প্রোফাইল দেখিয়েছে, যা একই আই. জি. আর-এর মধ্যে স্বাধীন এবং পৃথকভাবে নিয়ন্ত্রিত প্রতিলিপি ইউনিটে তাদের সংগঠনের সাথে সামঞ্জস্যপূর্ণ (চিত্র 4 এবং চিত্র 5)। মুক্ত-জীবিত ব্যাকটেরিয়ায় এস. এম. আর15সি1 এবং এস. এম. আর15সি2-এর অভিব্যক্তি বৃদ্ধি-নির্ভর তবে বিপরীত পদ্ধতিতে পাওয়া গেছে। যেখানে এস. এম. আর. 15সি1 স্থির পর্যায়ে জমা হয় এস. এম. আর. 15সি2 হল মুক্ত-জীবিত ব্যাকটেরিয়ায় এস. এম. আর. 15সি1 এবং এস. এম. আর. 15সি2-এর অভিব্যক্তি বৃদ্ধি-নির্ভর তবে বিপরীত পদ্ধতিতে পাওয়া গেছে। যেখানে এস. এম. আর. 15সি1 স্থির পর্যায়ে জমা হয়, এস. এম. আর. 15সি2 অগ্রাধিকারের সাথে লগ ব্যাকটেরিয়া সংস্কৃতিতে প্রকাশ করা হয়। উপরন্তু, শ্লুটার এবং অন্যান্য। সম্প্রতি কোল্ড শক স্ট্রেসের অধীনে এস. এম. আর15সি2-এর আপ-রেগুলেশন বর্ণনা করা হয়েছে, যেখানে এস. এম. আর15সি1-এর অভিব্যক্তিতে তাপমাত্রার ডাউনশিফ্টের কোনও প্রভাব দেখা যায়নি। এস. এম. আর. 15সি1 এবং এস. এম. আর. 15সি2-এর বৃদ্ধি-নির্ভর বিপরীত অভিব্যক্তি প্রোফাইলগুলি, উইলমস এট আল দ্বারা যথাক্রমে এ. বি. সি. আর1 এবং এ. বি. সি. আর2 হিসাবে উল্লিখিত তাদের অ্যাগ্রোব্যাকটেরিয়াম টিউমেফ্যাসিয়েন্স প্রতিরূপে পর্যবেক্ষণ করা হয়নি। (এই কাজে এটিআর15সি1 এবং এটিআর15সি2)। এ. বি. সি. আর. 1 এবং এ. বি. সি. আর. 2 একযোগে প্ররোচিত হয় এবং উভয়ই স্থির পর্যায়ে জমা হয়। এই আচরণটি এই সত্যের সাথে একমত যে এ. বি. সি. আর1 এবং এ. বি. সি. আর2-এর একই প্রবর্তক-সদৃশ ক্রম রয়েছে, যা এস. এম. আর15সি2-এর অনুরূপ, তবে এস. এম. আর15সি1-এর প্রবর্তক ক্রমের সাথে নয় (প্রবর্তক বিশ্লেষণ দেখুন)। উপরন্তু, এ. বি. সি. আর জিনের কার্যকারিতার একটি প্রথম পদ্ধতি প্রকাশ করে যে এই এস. আর. এন. এগুলি এইচ. এফ. কিউ-নির্ভর পদ্ধতিতে সংশ্লিষ্ট এ. বি. সি পরিবাহক জিনের ডাউন-রেগুলেশনের মাধ্যমে জি. এ. বি. এ গ্রহণ ব্যবস্থাকে নীরব করে দেয়। কিছু উদ্ভিদ-ব্যাকটেরিয়ার মিথস্ক্রিয়ায় রাইজোব্যাকটেরিয়া দ্বারা স্বীকৃত উদ্ভিদের সংকেতগুলির মধ্যে জিএবিএ একটি। এইভাবে, এই ফলাফলগুলি উদ্ভিদ প্রতিরক্ষা প্রক্রিয়াকে ধ্বংস করার জন্য এ. টিউমেফ্যাসিয়েন্স দ্বারা ব্যবহৃত একটি উপায় হিসাবে জিএবিএ গ্রহণ ব্যবস্থার সংশ্লেষণ বন্ধ করার দিকে ইঙ্গিত করে। সাম্প্রতিক সহ-ইমিউনোপ্রিসিপিটেশন পরীক্ষায় দেখা গেছে যে, এস. এম. আর15সি1 এবং এস. এম. আর15সি2 উভয়ই এস. মেলিলোটি আর. এন. এ চ্যাপেরোন এইচ. এফ. কিউ-কে আবদ্ধ করে, এই ব্যাকটেরিয়ায় ট্রান্স-অ্যাক্টিং অ্যান্টিসেন্স <আই. ডি1> হিসাবে এই প্রতিলিপিগুলির জন্য একটি ভূমিকা সমর্থন করে যা পুষ্টির গ্রহণকে সূক্ষ্ম-সুর করতেও দেখানো হয়েছিল। প্রোমোটার বিশ্লেষণ সমস্ত αr15 লোকিতে স্বীকৃত σ70-নির্ভর প্রোমোটার রয়েছে যা-35/- 10 সর্বসম্মত মোটিফ সিটিটিজিএসি-এন17-সিটিএটিএটি দেখায়, যা পূর্বে প্রোটিওব্যাকটেরিয়ার α-উপগোষ্ঠীর অন্যান্য বেশ কয়েকটি গণের মধ্যে ব্যাপকভাবে সংরক্ষিত বলে দেখানো হয়েছে। এস. মেলিলোটি, S.fredii এবং এস. মেডিকে αr15সি1 প্রবর্তক ব্যতীত এই প্রবর্তক অঞ্চলগুলির একাধিক ক্রম বিন্যাস সমস্ত αr15 লোকিতে ট্রান্সক্রিপশন স্টার্ট সাইটের 80 বিপি পর্যন্ত প্রসারিত একটি সংরক্ষিত ক্রম প্রসারিত প্রকাশ করেছে। অন্যান্য পরিচিত প্রতিলিপি কারণগুলির জন্য বাঁধাই সাইটগুলি সনাক্ত করতে আমরা রেগপ্রেডিকশন (http://regpredict.lbl.gov/regpredict/help.html) দ্বারা প্রদত্ত ফাস্টা সিকোয়েন্সগুলি ব্যবহার করেছি এবং রেগুলেনডিবি (http://regulondb.ccg.unam.mx) দ্বারা প্রদত্ত অবস্থান ওজন ম্যাট্রিক্সগুলি (পিএসডাব্লুএম) ব্যবহার করেছি। আমরা কনসেনসাস/প্যাটসার প্রোগ্রাম ব্যবহার করে রেগপ্রেডিকশন সিকোয়েন্স থেকে প্রতিটি ট্রান্সক্রিপশন ফ্যাক্টরের জন্য পিএসডাব্লুএম তৈরি করেছি, প্রতিটি ম্যাট্রিক্সের জন্য 14 থেকে 30 এর মধ্যে মোটিফ দৈর্ঘ্যের জন্য সেরা চূড়ান্ত ম্যাট্রিক্স বেছে নিয়ে একটি প্রান্তিক গড় ই-মান <10ই-10 প্রতিষ্ঠিত হয়েছিল, (http://gps-tools2.its.yale.edu-এ "থ্রেশহোল্ডড কনসেনসাস" দেখুন)। উপরন্তু, আমরা এমইএমই (http://meme.sdsc.edu/meme4_6_1/intro.html) ব্যবহার করে সংরক্ষিত অজানা মোটিফগুলি অনুসন্ধান করেছি এবং শিথিল নিয়মিত অভিব্যক্তিগুলি ব্যবহার করেছি (অর্থাৎ। প্যাটার্ন ম্যাচিং) সমস্ত αr15 হোমোলগ প্রোমোটারদের উপর। এই গবেষণাগুলি এস. মেলিলোটি, S.fredii এবং এস. মেডিকে αr15সি1 এসআরএনএ এবং αr15 পরিবারের বাকি সদস্যদের মধ্যে তাদের উৎপত্তির গোষ্ঠী (রাইজোবিয়াম বা অ্যাগ্রোব্যাকটেরিয়াম) এবং জিনোমিক অবস্থান (αr15সি1, αr15সি2, αr15প্লাজমিড) (চিত্র 4) থেকে স্বাধীনভাবে নিয়ন্ত্রণের পার্থক্য প্রকাশ করে। পরিবারের বাকি সদস্যরা-36 এবং-75 অবস্থানের মধ্যে একটি খুব ভালভাবে সংরক্ষিত 30 বিপি দীর্ঘ অঞ্চল উপস্থাপন করেছিলেন। এই সংরক্ষিত অঞ্চলটি, টমটমের সাথে পরিচিত ট্রান্সক্রিপশন ফ্যাক্টর মোটিফগুলির ডাটাবেস অনুসন্ধান করতে ব্যবহৃত হয়েছিল, সেরা মিলযুক্ত মোটিফ ছিল এসএমবি20667 _ রাইজোবিয়ালস, যা রেগট্রান্সবেস (http://regtransbase.lbl.gov/cgi-bin/regtransbase?page=main)-এর অন্তর্গত মোটিফ। এস. এম. বি20667 রাইজোবিয়ালস-এ ডাইকার্বক্সিলেট বিপাক নিয়ন্ত্রকের জন্য বাঁধাই স্থানের সাথে মিলে যায় যা ল্যাসিআই পরিবারের অন্তর্গত। এই মোটিফটি টার্ট্রেট ডিহাইড্রোজেনেস, সাক্সিনেট সেমিয়ালডিহাইড ডিহাইড্রোজেনেস, এস. মেলিলোটিতে 3-হাইড্রক্সিআইসোবুটাইরেট ডিহাইড্রোজেনেস এবং হাইড্রক্সিপাইরুভেট আইসোমেরেস এবং বেশ কয়েকটি রাইজোবিয়ামের ক্লাস্টারিং জিন চিহ্নিত করা হয়েছিল এবং এটি একটি কমলা বাক্সের সাথে প্রবর্তক সারিবদ্ধ চিত্র (চিত্র 5) এ চিহ্নিত করা হয়েছে। উপরন্তু, সিনোরহিজবিয়াম প্রজাতি αr15C1-এর প্রবর্তক অঞ্চলে এম. ই. এম. ই ব্যবহার করে আরেকটি সংরক্ষিত ক্রম পাওয়া গেছে। এই সংরক্ষিত অঞ্চলটি টমটমের সাথে পরিচিত ট্রান্সক্রিপশন ফ্যাক্টর মোটিফগুলির ডাটাবেস অনুসন্ধান করতে ব্যবহৃত হয়েছিল এবং সর্বোত্তম মিলযুক্ত মোটিফ ছিল এসএমবি20537 _ রাইজোবিয়ালস (লাল রঙে চিত্র 5), যা ল্যাসিআই পরিবারের রাইজোবিয়ালসে চিনি ব্যবহারের নিয়ন্ত্রকের জন্য বাঁধাই সাইটটি চিহ্নিত করে। জিনোমিক প্রেক্ষাপট αr15 পরিবারের বেশিরভাগ সদস্য ক্রোমোজোমাল আই. জি. আর-এ স্বাধীন প্রবর্তকদের থেকে প্রতিলিপি করা ট্রান্স-এনকোডেড এস. আর. এন. এ। αr15 সদস্যের প্রতিবেশী জিনগুলির অনেকগুলিই ব্যাখ্যা করা হয়নি এবং এইভাবে সেগুলি আরও ম্যানুয়ালি কিউরেট করা হয়েছিল। ফলস্বরূপ, আমরা পরিবারের সদস্যদের তাদের জিনোমিক প্রেক্ষাপট অনুযায়ী চারটি উপগোষ্ঠীতে শ্রেণীবদ্ধ করতে পারি। প্রথম গ্রুপে রয়েছে রাইজোবিয়াম, সিনোরাইজোবিয়াম এবং অ্যাগ্রোব্যাকটেরিয়াম প্রজাতির ট্যান্ডেম αr15C1 এবং αr15C2 লোকাই। তারা আপ এবং ডাউনস্ট্রিম জিনে প্রচুর পরিমাণে সংরক্ষণ প্রদর্শন করেছে, যা যথাক্রমে একটি এল. আই. এস. আর প্রতিলিপি নিয়ন্ত্রক এবং একটি এ. এস. আর প্রতিলিপি নিয়ন্ত্রক প্রোটিনের জন্য কোড করার পূর্বাভাস দেওয়া হয়েছে (চিত্র 5)। এই গোষ্ঠীর মধ্যে একমাত্র ব্যতিক্রম পাওয়া গেছে এস. ফ্রেডির ক্ষেত্রে যা একটি খুব ভিন্ন জিনোমিক প্রসঙ্গ উপস্থাপন করেছিল। দ্বিতীয় গোষ্ঠীতে ব্রুসেলা প্রজাতির αr15CI1 লোকাই অন্তর্ভুক্ত রয়েছে (অতিরিক্ত ফাইল 2), যা প্রথম গোষ্ঠীর সাথে আংশিক সমন্বয় সহ একটি খুব ভাল সংরক্ষিত জিনোমিক প্রসঙ্গ (অ্যাস্পার্টেট অ্যামিনো ট্রান্সফারেজ এবং এল. আই. এস. আর/অজানা প্রতিলিপি নিয়ন্ত্রক) উপস্থাপন করেছে। একটি খুব ভিন্ন জিনোমিক প্রেক্ষাপট, বেশিরভাগ ক্ষেত্রে আংশিকভাবে সংরক্ষিত না হলেও, সমস্ত প্লাজমিড-বাহিত αr15 লোকিতে (অতিরিক্ত ফাইল 1) উপস্থিত ছিল, যা সংজ্ঞায়িত গ্রুপ তিনকে সংহত করে, যেখানে পার্শ্ববর্তী জিনগুলি অন্যদের মধ্যে এবিসি ট্রান্সপোর্টার প্রোটিন, এক্সিসোনেস বা ট্রান্সপোসেসের সাথে মিলে যায়। ব্রুসেলা প্রজাতির αr15CI2 লোকাই (অতিরিক্ত ফাইল 3) গ্রুপ ফোরের সাথে সামঞ্জস্যপূর্ণ এবং একটি আপ এবং ডাউনস্ট্রিম সংরক্ষিত জিনোমিক প্রসঙ্গ উপস্থাপন করে, ইউডিপি-3-ও-হাইড্রক্সিমাইরিস্টয়েল এন-অ্যাসিটাইলগ্লুকোসামাইন ডিঅ্যাসিটাইলেজ এবং জিটিপিএএস কোষ বিভাগ প্রোটিন এফটিএসজেডের জন্য সমস্ত অঞ্চল কোডিং করে। শেষ গ্রুপটি ব্রুসেলা গ্রুপের αr15CII লোকির সাথে সামঞ্জস্যপূর্ণ (অতিরিক্ত ফাইল 4) যেখানে শুধুমাত্র একটি জিনকে সর্বদা গ্লাইসিন ডেসিড্রোজেনেস হিসাবে ব্যাখ্যা করা যেতে পারে, অন্য এসআরএনএ পার্শ্ববর্তী অবস্থানটি বেশিরভাগ ব্রুসেলা গ্রুপে সংরক্ষিত একটি অনুমানমূলক প্রোটিন দ্বারা মোকাবেলা করা হয়েছিল যেখানে কোনও ডোমেন, মোটিফ বা জিও কার্যকরী টীকা বরাদ্দ করা যায়নি। অতিরিক্ত ফাইলঃ αr15 পরিবারের প্লাজমিড অনুলিপিগুলির জিনোমিক প্রসঙ্গ গ্রাফঃ চিত্রঃ ব্রুসেলা গোষ্ঠীর αr15সিআই1 লোকির জিনোমিক প্রসঙ্গ গ্রাফঃ চিত্রঃ ব্রুসেলা গোষ্ঠীর αr15সিআই2 লোকির জিনোমিক প্রসঙ্গ গ্রাফঃ চিত্রঃ ব্রুসেলা গোষ্ঠীর αr15সিআইআই লোকির জিনোমিক প্রসঙ্গ গ্রাফঃ চিত্রঃ স্মবর15 3.png ব্রুসেলা গোষ্ঠীর αr15সিআইআই লোকির জিনোমিক প্রসঙ্গ গ্রাফঃ চিত্রঃ স্মবর15 4.png রেফারেন্স আরএনএ