Accessible surface area
অ্যাক্সেসযোগ্য পৃষ্ঠ এলাকা (এ. এস. এ) বা দ্রাবক-অ্যাক্সেসযোগ্য পৃষ্ঠ এলাকা (এস. এ. এস. এ) হল একটি জৈব অণুর পৃষ্ঠ এলাকা যা একটি দ্রাবকের কাছে অ্যাক্সেসযোগ্য। এ. এস. এ-র পরিমাপ সাধারণত বর্গ অ্যাংস্ট্রমের এককে (আণবিক জীববিজ্ঞানে পরিমাপের একটি আদর্শ একক) বর্ণনা করা হয়। এএসএ প্রথম 1971 সালে লি ও রিচার্ডস দ্বারা বর্ণনা করা হয়েছিল এবং কখনও কখনও এটিকে লি-রিচার্ডস আণবিক পৃষ্ঠ বলা হয়। এএসএ সাধারণত 1973 সালে শ্রেক ও রুপলি দ্বারা বিকশিত 'রোলিং বল' অ্যালগরিদম ব্যবহার করে গণনা করা হয়। এই অ্যালগরিদমটি অণুর পৃষ্ঠকে 'প্রোব' করতে একটি নির্দিষ্ট ব্যাসার্ধের একটি গোলক (দ্রাবকের) ব্যবহার করে। এ. এস. এ. শ্রাক-রুপলি অ্যালগরিদম গণনার পদ্ধতি শ্রাক-রুপলি অ্যালগরিদম একটি সংখ্যাসূচক পদ্ধতি যা অণুর প্রতিটি পরমাণু থেকে সমদূরত্বে পয়েন্টগুলির একটি জাল আঁকে এবং এই পয়েন্টগুলির সংখ্যা ব্যবহার করে যা পৃষ্ঠের ক্ষেত্রফল নির্ধারণের জন্য অ্যাক্সেসযোগ্য। পয়েন্টগুলি ভ্যান ডার ওয়ালস ব্যাসার্ধের বাইরে একটি জলের অণুর আনুমানিক ব্যাসার্ধে টানা হয়, যা কার্যকরভাবে পৃষ্ঠ বরাবর 'একটি বল ঘূর্ণায়মান' করার অনুরূপ। সমস্ত বিন্দু প্রতিবেশী পরমাণুর পৃষ্ঠের বিরুদ্ধে পরীক্ষা করা হয় যাতে তারা সমাহিত বা অ্যাক্সেসযোগ্য কিনা তা নির্ধারণ করা যায়। অ্যাক্সেসযোগ্য পয়েন্টের সংখ্যাটি পৃষ্ঠতলের ক্ষেত্রফলের অংশ দ্বারা গুণ করা হয় প্রতিটি পয়েন্ট এএসএ গণনা করার জন্য প্রতিনিধিত্ব করে। 'প্রোব ব্যাসার্ধ'-এর পছন্দটি পর্যবেক্ষিত পৃষ্ঠের ক্ষেত্রফলের উপর প্রভাব ফেলে, কারণ একটি ছোট প্রোব ব্যাসার্ধ ব্যবহার করে আরও পৃষ্ঠের বিশদ বিবরণ সনাক্ত করা যায় এবং তাই একটি বৃহত্তর পৃষ্ঠের রিপোর্ট করে। একটি সাধারণ মান হল 1.4 Å, যা একটি জলের অণুর ব্যাসার্ধকে আনুমানিক করে। আরেকটি বিষয় যা ফলাফলকে প্রভাবিত করে তা হল অধ্যয়নরত অণুর পরমাণুর ভি. ডি. ডব্লিউ. ব্যাসার্ধের সংজ্ঞা। উদাহরণস্বরূপ, অণুতে প্রায়শই হাইড্রোজেন পরমাণুর অভাব থাকতে পারে, যা কাঠামোর মধ্যে অন্তর্নিহিত। হাইড্রোজেন পরমাণুগুলি 'ভারী' পরমাণুর পারমাণবিক ব্যাসার্ধের মধ্যে অন্তর্নিহিতভাবে অন্তর্ভুক্ত হতে পারে, যার পরিমাপকে 'গ্রুপ ব্যাসার্ধ' বলা হয়। উপরন্তু, প্রতিটি পরমাণুর ভ্যান ডার ওয়ালস পৃষ্ঠে তৈরি পয়েন্টের সংখ্যা বিচক্ষণতার আরেকটি দিক নির্ধারণ করে, যেখানে আরও পয়েন্ট বিস্তারিত স্তরের একটি বর্ধিত স্তর প্রদান করে। এলসিপিও পদ্ধতি এএসএ-র দ্রুত বিশ্লেষণাত্মক গণনার জন্য এলসিপিও পদ্ধতি দ্বি-বস্তু সমস্যার একটি রৈখিক অনুমান ব্যবহার করে। এলসিপিও-তে ব্যবহৃত আনুমানিকতার ফলে 1-3 Å2 পরিসরে একটি ত্রুটি দেখা দেয়। পাওয়ার ডায়াগ্রাম পদ্ধতি সম্প্রতি, একটি পদ্ধতি উপস্থাপন করা হয়েছে যা একটি পাওয়ার ডায়াগ্রাম ব্যবহার করে এএসএ দ্রুত এবং বিশ্লেষণাত্মকভাবে গণনা করে। একটি জৈব অণু একটি জলীয় দ্রাবক থেকে একটি অ-মেরু দ্রাবকে, যেমন একটি লিপিড পরিবেশে স্থানান্তরিত করার জন্য প্রয়োজনীয় স্থানান্তর মুক্ত শক্তি গণনা করার সময় প্রায়শই অ্যাক্সেসিবল পৃষ্ঠ এলাকা ব্যবহার করা হয়। আণবিক গতিবিদ্যা সফ্টওয়্যার প্যাকেজ অ্যাম্বারে অন্তর্নিহিত দ্রাবক প্রভাব গণনা করার সময়ও এলসিপিও পদ্ধতি ব্যবহার করা হয়। সম্প্রতি পরামর্শ দেওয়া হয়েছে যে (পূর্বাভাস) অ্যাক্সেসযোগ্য পৃষ্ঠ এলাকা প্রোটিন গৌণ কাঠামোর পূর্বাভাস উন্নত করতে ব্যবহার করা যেতে পারে। দ্রাবক-বাদ দেওয়া পৃষ্ঠের সাথে সম্পর্ক এএসএ দ্রাবক-বাদ দেওয়া পৃষ্ঠের ধারণার সাথে ঘনিষ্ঠভাবে সম্পর্কিত (যা কনোলির আণবিক পৃষ্ঠ এলাকা বা কেবল কনোলি পৃষ্ঠ নামেও পরিচিত), যা বাল্ক দ্রাবকের গহ্বর হিসাবে কল্পনা করা হয়। এটি ফ্রেডেরিক রিচার্ডস দ্বারা বিকশিত একটি রোলিং-বল অ্যালগরিদমের মাধ্যমে অনুশীলনে গণনা করা হয় এবং 1983 সালে মাইকেল কনোলি এবং 1984 সালে টিম রিচমন্ড দ্বারা ত্রিমাত্রিকভাবে প্রয়োগ করা হয়। কনলি পদ্ধতিটি নিখুঁত করতে আরও কয়েক বছর ব্যয় করেছিলেন। আরও দেখুন পেপটাইড এবং প্রোটিন কাঠামো বিশ্লেষণের জন্য ইমপ্লিসিট সলভেশন ভ্যান ডার ওয়ালস সারফেস ভিএডিএআর টুল রিলেটিভ অ্যাক্সেসিবল সারফেস এরিয়া নোটস রেফারেন্স এক্সটার্নাল লিঙ্ক নেটওয়ার্ক সায়েন্স, পার্ট 5: সলভেন্ট-অ্যাক্সেসিবল সারফেস এআরইএআইএমওএল হল এএসএ গণনার জন্য সিসিপি4 প্রোগ্রাম স্যুটের একটি কমান্ড লাইন টুল। এন. এ. সি. সি. ই. এস. এস দ্রাবক অ্যাক্সেসযোগ্য এলাকা গণনা। ফ্রিএসএএসএ ওপেন সোর্স কমান্ড লাইন টুল, সি লাইব্রেরি এবং এএসএ গণনার জন্য পাইথন মডিউল। সারফেস রেসার ওলেগ সোডিকভের সারফেস রেসার প্রোগ্রাম। দ্রাবক অ্যাক্সেসযোগ্য এবং আণবিক পৃষ্ঠ এলাকা এবং গড় বক্রতা গণনা। একাডেমিক ব্যবহারের জন্য বিনামূল্যে। ASA.py-শ্রেক-রুপলি অ্যালগরিদমের একটি পাইথন-ভিত্তিক বাস্তবায়ন। মিশেল সানারের আণবিক পৃষ্ঠ-বাদ দেওয়া পৃষ্ঠ গণনা করার জন্য দ্রুততম প্রোগ্রাম। পিওভি4গ্রাস্প আণবিক পৃষ্ঠকে রেন্ডার করে। আণবিক পৃষ্ঠতল প্যাকেজ-মাইকেল কনোলির প্রোগ্রাম। ভলিউম ভক্সেলেটর-বাদ দেওয়া পৃষ্ঠগুলি তৈরি করার জন্য একটি ওয়েব-ভিত্তিক সরঞ্জাম। এএসভি ফ্রিওয়্যার এন গোলকের মিলনের আয়তন এবং পৃষ্ঠের বিশ্লেষণাত্মক গণনা (মন্টে-কার্লো গণনাও সরবরাহ করা হয়েছে)। ভার্লুম কম্পিউটিং সারফেস এরিয়া এবং 3ডি বলের একটি পরিবারের ভলিউম। GetArea অনলাইনে প্রোটিনের দ্রাবক অ্যাক্সেসযোগ্য পৃষ্ঠ এলাকা গণনা করুন। আণবিক মডেলিং গণনামূলক রসায়ন আণবিক গতিবিদ্যা প্রোটিন কাঠামো