Biomolecular Object Network Databank
বায়োমলিকিউলার অবজেক্ট নেটওয়ার্ক ডেটাব্যাঙ্ক হল একটি বায়োইনফরমেটিক্স ডেটাব্যাঙ্ক যা ছোট অণু কাঠামো এবং মিথস্ক্রিয়া সম্পর্কিত তথ্য ধারণ করে। ডেটাব্যাঙ্ক একটি প্রদত্ত অণুর জন্য বর্তমানে উপলব্ধ তথ্যের একটি বিস্তৃত ওভারভিউ প্রদান করতে বেশ কয়েকটি বিদ্যমান ডেটাবেসকে সংহত করে। পটভূমি ব্লুপ্রিন্ট ইনিশিয়েটিভ টরন্টোর মাউন্ট সিনাই হাসপাতালের স্যামুয়েল লুনেনফেল্ড রিসার্চ ইনস্টিটিউটের ডাঃ ক্রিস্টোফার হাগের গবেষণাগারে একটি গবেষণা কর্মসূচি হিসাবে শুরু হয়েছিল। 14ই ডিসেম্বর, 2005-এ, আনলিশেড ইনফরম্যাটিক্স লিমিটেড দ্য ব্লুপ্রিন্ট ইনিশিয়েটিভ ইন্টেলেকচুয়াল প্রপার্টির বাণিজ্যিক অধিকার অর্জন করে। এর মধ্যে প্রোটিন মিথস্ক্রিয়া ডাটাবেস বিআইএনডি, ছোট অণু মিথস্ক্রিয়া ডাটাবেস এসএমআইডি, পাশাপাশি ডেটা গুদাম সেকহাউন্ডের অধিকার অন্তর্ভুক্ত ছিল। আনলিশেড ইনফরম্যাটিক্স একটি ডেটা ম্যানেজমেন্ট পরিষেবা প্রদানকারী এবং ডঃ হগের নির্দেশনায় দ্য ব্লুপ্রিন্ট ইনিশিয়েটিভের পরিচালনা ও তত্ত্বাবধানের তদারকি করছে। কনস্ট্রাকশন বন্ড মূল ব্লুপ্রিন্ট ইনিশিয়েটিভ ডেটাবেসের পাশাপাশি জেনব্যাঙ্কের মতো অন্যান্য ডেটাবেসকে এই তথ্য বিশ্লেষণের জন্য প্রয়োজনীয় অনেক সরঞ্জামের সাথে সংহত করে। ট্যাক্সন শনাক্তকারী, অপ্রয়োজনীয় ক্রম, জিন অন্টোলজি বিবরণ, ম্যান শনাক্তকারীগুলিতে অনলাইন মেন্ডেলিয়ান উত্তরাধিকার, সংরক্ষিত ডোমেন, ডেটা বেস ক্রস-রেফারেন্স, লোকাসলিঙ্ক শনাক্তকারী এবং সম্পূর্ণ জিনোম সহ ক্রমগুলির জন্য টীকা লিঙ্কগুলিও উপলব্ধ। বন্ড ক্রস-ডেটাবেজ প্রশ্নগুলিকে সহজতর করে এবং একটি উন্মুক্ত প্রবেশাধিকার সংস্থান যা মিথস্ক্রিয়া এবং ক্রম তথ্যকে সংহত করে। ক্ষুদ্র অণু মিথস্ক্রিয়া ডাটাবেস (এস. এম. আই. ডি) ক্ষুদ্র অণু মিথস্ক্রিয়া ডাটাবেস হল একটি ডাটাবেস যা প্রোটিন ক্ষেত্র-ক্ষুদ্র অণু মিথস্ক্রিয়া ধারণ করে। এটি সংরক্ষিত ডোমেন ডাটাবেসে (সিডিডি) পাওয়া ডোমেন পরিবারগুলি সনাক্ত করার জন্য একটি ডোমেন-ভিত্তিক পদ্ধতি ব্যবহার করে, যা একটি ছোট প্রশ্নের অণুর সাথে মিথস্ক্রিয়া করে। এনসিবিআই-এর সিডিডি বিভিন্ন উৎস থেকে তথ্য একত্রিত করে; প্রোটিন ফ্যামিলি (পিএফএএম), সিম্পল মডুলার আর্কিটেকচার রিসার্চ টুল (এসএমএআরটি), ক্লাস্টার অফ অর্থোলোগাস জিন (সিওজি) এবং এনসিবিআই-এর নিজস্ব কিউরেটেড সিকোয়েন্স। এস. এম. আই. ডি-র তথ্য প্রোটিন ডেটা ব্যাংক (পি. ডি. বি) থেকে নেওয়া হয়েছে, যা পরিচিত প্রোটিন স্ফটিক কাঠামোর একটি ডাটাবেস। একটি প্রোটিন জিআই, ডোমেন শনাক্তকারী, পিডিবি আইডি বা এসএমআইডি আইডি প্রবেশ করে এসএমআইডি জিজ্ঞাসা করা যেতে পারে। একটি অনুসন্ধানের ফলাফল ডাটাবেসে চিহ্নিত প্রতিটি মিথস্ক্রিয়ার জন্য ছোট অণু, প্রোটিন এবং ডোমেন তথ্য প্রদান করে। অ-জৈবিক সংস্পর্শে আসা ব্যক্তিদের সঙ্গে মিথস্ক্রিয়া সাধারণত ডিফল্টভাবে পরীক্ষা করা হয়। এস. এম. আই. ডি-ব্লাস্ট হল একটি সরঞ্জাম যা পরিচিত ছোট-অণু বাঁধাই সাইটগুলি ব্যাখ্যা করার পাশাপাশি প্রোটিনের বাঁধাই সাইটগুলির পূর্বাভাস দেওয়ার জন্য তৈরি করা হয়েছে যার স্ফটিক কাঠামো এখনও নির্ধারণ করা হয়নি। ভবিষ্যদ্বাণীটি পি. ডি. বি-তে পাওয়া পরিচিত মিথস্ক্রিয়াগুলির বহির্মুখীকরণের উপর ভিত্তি করে, আগ্রহের একটি ছোট অণুর সাথে একটি ক্রিস্টালাইজড প্রোটিনের মধ্যে মিথস্ক্রিয়া। পিডিবি থেকে পরিচিত ছোট অণু মিথস্ক্রিয়ার একটি পরীক্ষার সেটের বিরুদ্ধে এসএমআইডি-ব্লাস্টকে বৈধ করা হয়েছিল। এটি প্রোটিন-ছোট অণু মিথস্ক্রিয়ার একটি সঠিক ভবিষ্যদ্বাণীকারী হিসাবে দেখানো হয়েছিল; পূর্বাভাসকৃত মিথস্ক্রিয়াগুলির 60 শতাংশ পি. ডি. বি টীকাযুক্ত বাঁধাই সাইটের সাথে অভিন্নভাবে মিলে যায় এবং এর মধ্যে 73 শতাংশ প্রোটিনের বাঁধাই অবশিষ্টাংশের 80 শতাংশেরও বেশি সঠিকভাবে চিহ্নিত করা হয়েছিল। হগ, সি এবং অন্যান্য। অনুমান করা হয়েছে যে পি. ডি. বি-র তথ্যে দেখা যায়নি এমন ভবিষ্যদ্বাণীগুলির 45 শতাংশ প্রকৃতপক্ষে সত্যিকারের ইতিবাচক প্রতিনিধিত্ব করে। বায়োমলিকিউলার ইন্টারঅ্যাকশন নেটওয়ার্ক ডাটাবেস (বিআইএনডি) ভূমিকা সমস্ত পরিচিত আণবিক মিথস্ক্রিয়া নথিভুক্ত করার জন্য একটি ডাটাবেসের ধারণাটি মূলত 1990-এর দশকে টনি পাউসন দ্বারা উপস্থাপিত হয়েছিল এবং পরে ব্রিটিশ কলম্বিয়া বিশ্ববিদ্যালয়ের সহযোগিতায় টরন্টো বিশ্ববিদ্যালয়ের বিজ্ঞানীরা এটি তৈরি করেছিলেন। কানাডিয়ান ইনস্টিটিউট অফ হেলথ রিসার্চ (সিআইএইচআর), জিনোম কানাডা, কানাডিয়ান ফাউন্ডেশন ফর ইনোভেশন এবং অন্টারিও রিসার্চ অ্যান্ড ডেভেলপমেন্ট ফান্ডের অনুদানের মাধ্যমে বায়োমলিকিউলার ইন্টারঅ্যাকশন নেটওয়ার্ক ডেটাবেস (বিআইএনডি)-এর বিকাশকে সমর্থন করা হয়েছে। বিআইএনডি মূলত জৈব আণবিক মিথস্ক্রিয়া, আণবিক কমপ্লেক্স এবং পথ সম্পর্কিত তথ্যের জন্য ক্রমাগত ক্রমবর্ধমান ডিপোজিটরি হিসাবে ডিজাইন করা হয়েছিল। যেহেতু প্রোটিওমিক্স একটি দ্রুত অগ্রগতির ক্ষেত্র, তাই গবেষকদের জন্য বৈজ্ঞানিক জার্নাল থেকে তথ্য সহজলভ্য হওয়া প্রয়োজন। বিআইএনডি সেলুলার প্রক্রিয়াগুলির সাথে জড়িত আণবিক মিথস্ক্রিয়া এবং পথগুলি বোঝার সুবিধার্থে এবং অবশেষে বিজ্ঞানীদের বিকাশমূলক প্রক্রিয়া এবং রোগের প্যাথোজেনেসিস সম্পর্কে আরও ভাল ধারণা দেবে বিআইএনডি প্রকল্পের প্রধান লক্ষ্যগুলি হ 'লঃ একটি সর্বজনীন প্রোটিওমিক্স সংস্থান তৈরি করা যা সকলের জন্য উপলব্ধ; অন্যান্য উত্স থেকে ডেটামাইনিং সক্ষম করার জন্য একটি প্ল্যাটফর্ম তৈরি করা (প্রি-বিআইএনডি); জটিল আণবিক মিথস্ক্রিয়ার ভিজ্যুয়ালাইজেশন উপস্থাপন করতে সক্ষম একটি প্ল্যাটফর্ম তৈরি করা। শুরু থেকেই, বিআইএনডি উন্মুক্ত প্রবেশাধিকার এবং সফ্টওয়্যার অবাধে বিতরণ এবং সংশোধন করা যেতে পারে। বর্তমানে, বিআইএনডি-তে একটি ডেটা নির্দিষ্টকরণ, একটি ডাটাবেস এবং সম্পর্কিত ডেটা মাইনিং এবং ভিজ্যুয়ালাইজেশন সরঞ্জাম রয়েছে। অবশেষে, এটি আশা করা হয় যে বিআইএনডি প্রতিটি প্রধান মডেল জীবের মধ্যে ঘটে যাওয়া সমস্ত মিথস্ক্রিয়ার একটি সংগ্রহ হবে। ডাটাবেজ স্ট্রাকচার বি. আই. এন. ডি-তে তিন ধরনের তথ্য রয়েছেঃ মিথস্ক্রিয়া, আণবিক জটিলতা এবং পথ। মিথস্ক্রিয়া হল বি. আই. এন. ডি-এর মৌলিক উপাদান এবং 2 বা ততোধিক বস্তু (এ এবং বি) কীভাবে একে অপরের সাথে মিথস্ক্রিয়া করে তা বর্ণনা করে। বস্তুগুলি বিভিন্ন ধরনের হতে পারেঃ ডিএনএ, আরএনএ, জিন, প্রোটিন, লিগ্যান্ড বা ফোটন। মিথস্ক্রিয়া এন্ট্রিতে একটি অণু সম্পর্কে সর্বাধিক তথ্য থাকে; এটি তার নাম এবং প্রতিশব্দ সম্পর্কে তথ্য সরবরাহ করে, যেখানে এটি পাওয়া যায় (যেমন। কোষে কোথায়, কোন প্রজাতি, কখন সক্রিয় ইত্যাদি। ), এবং এর ক্রম বা যেখানে এর ক্রম পাওয়া যাবে। মিথস্ক্রিয়া এন্ট্রিতে ইন ভিট্রো, রাসায়নিক গতিবিদ্যা (তাপগতিবিদ্যা এবং গতিবিদ্যা সহ) পর্যবেক্ষণের জন্য প্রয়োজনীয় পরীক্ষামূলক অবস্থার রূপরেখাও দেওয়া হয়েছে। দ্বিতীয় ধরনের বাইন্ড এন্ট্রি হল আণবিক কমপ্লেক্স। আণবিক জটিলতাগুলি এমন অণুগুলির সমষ্টি হিসাবে সংজ্ঞায়িত করা হয় যা স্থিতিশীল এবং একে অপরের সাথে আবদ্ধ থাকলে একটি ফাংশন থাকে। রেকর্ডে বিভিন্ন মিথস্ক্রিয়ায় জটিলতার ভূমিকা সম্পর্কে কিছু তথ্য থাকতে পারে এবং আণবিক জটিল এন্ট্রি 2 বা ততোধিক মিথস্ক্রিয়া রেকর্ড থেকে তথ্য সংযুক্ত করে। বিআইএনডি-এর তৃতীয় উপাদান হল পাথওয়ে রেকর্ড বিভাগ। একটি পথ সেলুলার প্রক্রিয়াগুলির নিয়ন্ত্রণের সাথে জড়িত মিথস্ক্রিয়াগুলির একটি নেটওয়ার্ক নিয়ে গঠিত। এই বিভাগে ফেনোটাইপ এবং পথ সম্পর্কিত রোগ সম্পর্কিত তথ্যও থাকতে পারে। বিআইএনডি-তে একটি এন্ট্রি তৈরি করার জন্য প্রয়োজনীয় ন্যূনতম পরিমাণ তথ্য হল একটি পাবমেড প্রকাশনা রেফারেন্স এবং অন্য ডাটাবেসে একটি এন্ট্রি (যেমন। জেনব্যাঙ্ক)। ডাটাবেসের মধ্যে প্রতিটি এন্ট্রি তথ্যের জন্য রেফারেন্স/লেখক সরবরাহ করে। যেহেতু বিআইএনডি একটি ক্রমাগত ক্রমবর্ধমান ডাটাবেস, তাই বিআইএনডি ট্র্যাকের সমস্ত উপাদান আপডেট এবং পরিবর্তন করে। বিআইএনডি বিমূর্ত সিনট্যাক্স নোটেশন 1 (ASN.1) ভাষা ব্যবহার করে লেখা একটি ডেটা স্পেসিফিকেশনের উপর ভিত্তি করে তৈরি। এনসিবিআই তাদের এন্ট্রেজ সিস্টেমের জন্য তথ্য সংরক্ষণ করার সময়ও ASN.1 ব্যবহার করে এবং এই কারণে বিআইএনডি তথ্য উপস্থাপনের জন্য এনসিবিআই-এর মতো একই মান ব্যবহার করে। ASN.1 ভাষাটি পছন্দ করা হয় কারণ এটি সহজেই অন্যান্য ডেটা নির্দিষ্টকরণ ভাষাগুলিতে অনুবাদ করা যেতে পারে (যেমন। এক্সএমএল), সহজেই জটিল তথ্য পরিচালনা করতে পারে এবং সমস্ত জৈবিক মিথস্ক্রিয়ায় প্রয়োগ করা যেতে পারে-কেবল প্রোটিন নয়। বেডার এবং হগ (2000) বিআইএনডি দ্বারা ব্যবহৃত ASN.1 ডেটা স্পেসিফিকেশনের উপর একটি বিস্তারিত পাণ্ডুলিপি প্রস্তুত করেছেন। ডাটাবেসে তথ্য জমা এবং কিউরেশন ব্যবহারকারী জমা দিতে উৎসাহিত করা হয়। ডাটাবেসে অবদান রাখতে, একজনকে অবশ্যই জমা দিতে হবেঃ যোগাযোগের তথ্য, পাবমেড শনাক্তকারী এবং দুটি অণু যা ইন্টারঅ্যাক্ট করে। যে ব্যক্তি রেকর্ড জমা দেন তিনিই এর মালিক। সমস্ত রেকর্ড জনসমক্ষে প্রকাশ করার আগে বৈধ করা হয় এবং গুণগত নিশ্চয়তার জন্য বিআইএনডি তৈরি করা হয়। বাইন্ড কিউরেশনের দুটি ট্র্যাক রয়েছেঃ হাই-থ্রুপুট (এইচটিপি) এবং লো-থ্রুপুট (এলটিপি)। এইচটিপি রেকর্ডগুলি এমন কাগজপত্র থেকে পাওয়া যায় যা একটি পরীক্ষামূলক পদ্ধতি থেকে 40 টিরও বেশি মিথস্ক্রিয়া ফলাফলের প্রতিবেদন করেছে। এইচ. টি. পি-র তত্ত্বাবধায়কদের সাধারণত জৈব-তথ্যবিজ্ঞানের পটভূমি থাকে। এইচটিপি কিউরেটররা পরীক্ষামূলক তথ্য সংগ্রহের জন্য দায়বদ্ধ এবং তারা নতুন প্রকাশনার উপর ভিত্তি করে বিআইএনডি আপডেট করার জন্য স্ক্রিপ্ট তৈরি করে। এল. টি. পি রেকর্ডগুলি এমন ব্যক্তিদের দ্বারা তৈরি করা হয় যাদের এম. এসসি বা পিএইচডি এবং ইন্টারঅ্যাকশন গবেষণায় পরীক্ষাগার অভিজ্ঞতা রয়েছে। এলটিপি তত্ত্বাবধায়কদের কানাডিয়ান বায়োইনফরম্যাটিক্স ওয়ার্কশপের মাধ্যমে আরও প্রশিক্ষণ দেওয়া হয়। কিউরেটর বিষয়টি সম্পর্কে জ্ঞানী কিনা তা নিশ্চিত করার জন্য রসায়নবিদরা ছোট অণু রসায়ন সম্পর্কিত তথ্য আলাদাভাবে তৈরি করেন। বি. আই. এন. ডি কিউরেশন-এর অগ্রাধিকার হল এল. টি. পি-র উপর দৃষ্টি নিবদ্ধ করা যাতে এটি প্রকাশিত হওয়ার সাথে সাথে তথ্য সংগ্রহ করা যায়। যদিও, এইচটিপি অধ্যয়নগুলি একবারে আরও তথ্য সরবরাহ করে, তবে আরও এলটিপি গবেষণার প্রতিবেদন করা হচ্ছে এবং উভয় ট্র্যাক দ্বারা একই সংখ্যক মিথস্ক্রিয়া রিপোর্ট করা হচ্ছে। 2004 সালে, বিআইএনডি 110টি জার্নাল থেকে তথ্য সংগ্রহ করে। বিআইএনডি-এর ধারণার পর থেকে ডাটাবেসের বৃদ্ধি উল্লেখযোগ্যভাবে বৃদ্ধি পেয়েছে; প্রকৃতপক্ষে, 2003 থেকে 2004 সালের মধ্যে ডাটাবেসে প্রবেশের পরিমাণ 10 গুণ বৃদ্ধি পেয়েছে। 2004 সালের সেপ্টেম্বরের মধ্যে, 100,000-এরও বেশি মিথস্ক্রিয়া রেকর্ড ছিল (58,266 প্রোটিন-প্রোটিন, 4,225 জেনেটিক, 874 প্রোটিন-ছোট অণু, 25,857 প্রোটিন-ডিএনএ এবং 19,348 বায়োপলিমার মিথস্ক্রিয়া সহ)। এই ডাটাবেসে 31,972টি প্রোটিন, 4560টি ডিএনএ নমুনা এবং 759টি আরএনএ নমুনার ক্রম সংক্রান্ত তথ্য রয়েছে। এই নথিগুলি 11,649টি প্রকাশনা থেকে সংগ্রহ করা হয়েছে; অতএব, তথ্যভাণ্ডারটি তথ্যের একটি গুরুত্বপূর্ণ সংমিশ্রণের প্রতিনিধিত্ব করে। ডাটাবেসে প্রবেশ করা জীবগুলির মধ্যে রয়েছেঃ স্যাকারোমাইসেস সেরেভিসিয়া, ড্রোসোফিলা মেলানোগাস্টার, হোমো সেপিয়েন্স, মুস মাসকুলাস, ক্যানোরহ্যাবডাইটিস এলিগ্যানস, হেলিকোব্যাক্টর পাইলোরি, বস টৌরাস, এইচআইভি-1, গ্যালাস গ্যালাস, আরাবিডোপসিস থালিয়ানা এবং অন্যান্য। 2004 সালের সেপ্টেম্বরের মধ্যে মোট 901টি ট্যাক্সাকে অন্তর্ভুক্ত করা হয় এবং বিআইএনডি-কে বিআইএনডি-মেটাজোয়া, বিআইএনডি-ছত্রাক এবং বিআইএনডি-ট্যাক্সরুটে বিভক্ত করা হয়। শুধুমাত্র ডাটাবেসের মধ্যে থাকা তথ্যই ক্রমাগত আপডেট করা হয় না, সফ্টওয়্যারটি নিজেই বেশ কয়েকটি সংশোধনের মধ্য দিয়ে গেছে। বিআইএনডি-এর সংস্করণ 1 1999 সালে প্রকাশিত হয়েছিল এবং ব্যবহারকারীর প্রতিক্রিয়ার উপর ভিত্তি করে এটি বাইন্ডিংয়ের জন্য প্রয়োজনীয় পরীক্ষামূলক অবস্থার উপর অতিরিক্ত বিশদ এবং মিথস্ক্রিয়ার সেলুলার অবস্থানের একটি শ্রেণিবদ্ধ বিবরণ অন্তর্ভুক্ত করার জন্য সংশোধন করা হয়েছিল। সংস্করণ 2 2001 সালে মুক্তি পায় এবং অন্যান্য ডাটাবেসে উপলব্ধ তথ্যের সাথে লিঙ্ক করার ক্ষমতা অন্তর্ভুক্ত করে। সংস্করণ 3 (2002) জেনেটিক মিথস্ক্রিয়া অন্তর্ভুক্ত করার জন্য শারীরিক/জৈব রাসায়নিক মিথস্ক্রিয়া থেকে ডাটাবেসকে প্রসারিত করেছে। সংস্করণ 3.5 (2004)-এ একটি পরিমার্জিত ব্যবহারকারী-ইন্টারফেস অন্তর্ভুক্ত ছিল যার লক্ষ্য ছিল তথ্য পুনরুদ্ধারকে সহজতর করা। 2006 সালে, বাইন্ডকে বায়োমোলিকুলার অবজেক্ট নেটওয়ার্ক ডেটাবেসে (বন্ড) অন্তর্ভুক্ত করা হয়েছিল যেখানে এটি আপডেট এবং উন্নত করা অব্যাহত রয়েছে। বিশেষ বৈশিষ্ট্য বিআইএনডি ছিল এই ধরনের প্রথম তথ্যভাণ্ডার যেখানে একটি পরিকল্পনায় জৈব আণবিক মিথস্ক্রিয়া, প্রতিক্রিয়া এবং পথ সম্পর্কে তথ্য রয়েছে। এটিই প্রথম যা রসায়নের উপর তার সত্তাতত্ত্বকে ভিত্তি করে যা আণবিক মিথস্ক্রিয়ার 3D উপস্থাপনের অনুমতি দেয়। অন্তর্নিহিত রসায়ন আণবিক মিথস্ক্রিয়াকে পারমাণবিক স্তরের রেজোলিউশন পর্যন্ত বর্ণনা করার অনুমতি দেয়। বৈজ্ঞানিক সাহিত্যে জৈব আণবিক মিথস্ক্রিয়া তথ্য সনাক্ত করার জন্য ডেটা মাইনিংয়ের জন্য একটি সম্পর্কিত সিস্টেম প্রি-বিআইএনডি। একটি প্রোটিনের নাম বা সংযোজন সংখ্যা প্রবেশ করা যেতে পারে এবং প্রিবাইন্ড সাহিত্যটি স্ক্যান করবে এবং সম্ভাব্য মিথস্ক্রিয়াশীল প্রোটিনের একটি তালিকা ফেরত দেবে। বাইন্ড ব্লাস্ট প্রোটিনের সাথে মিথস্ক্রিয়া খুঁজে বের করার জন্যও উপলব্ধ যা অনুসন্ধানে নির্দিষ্ট প্রোটিনের অনুরূপ। বিআইএনডি বেশ কয়েকটি "বৈশিষ্ট্য" প্রদান করে যা অন্যান্য অনেক প্রোটিওমিক্স ডাটাবেসে অন্তর্ভুক্ত থাকে না। এই প্রোগ্রামের লেখকরা অ্যামিনো অ্যাসিডে ঘটে যাওয়া অনুবাদ-পরবর্তী পরিবর্তনগুলি বর্ণনা করতে সহায়তা করার জন্য ঐতিহ্যবাহী আইইউপিএসি নামকরণের একটি সম্প্রসারণ তৈরি করেছেন। এই পরিবর্তনগুলির মধ্যে রয়েছেঃ অ্যাসিটাইলেশন, ফর্মাইলেশন, মিথাইলেশন, পামিটয়লেশন ইত্যাদি। ঐতিহ্যবাহী আইইউপিএসি কোডগুলির সম্প্রসারণ এই অ্যামিনো অ্যাসিডগুলিকে ক্রম আকারে উপস্থাপন করার অনুমতি দেয়। বিআইএনডি অনটোগ্লিফস নামে পরিচিত একটি অনন্য ভিজ্যুয়ালাইজেশন সরঞ্জামও ব্যবহার করে। অন্টোগ্লিফগুলি জিন অন্টোলজির (জিও) উপর ভিত্তি করে তৈরি করা হয়েছিল এবং মূল জিও তথ্যের একটি লিঙ্ক প্রদান করে। বেশ কয়েকটি জিও পদকে শ্রেণীতে ভাগ করা হয়েছে, প্রতিটি একটি নির্দিষ্ট ফাংশন, বাঁধাই নির্দিষ্টতা বা কোষে স্থানীয়করণের প্রতিনিধিত্ব করে। মোট 83টি অন্টোগ্লিফ অক্ষর রয়েছে। 34টি কার্যকরী অনটোগ্লিফ রয়েছে যার মধ্যে অণুর ভূমিকা সম্পর্কে তথ্য রয়েছে (যেমন। কোষ শারীরবৃত্তীয়, আয়ন পরিবহন, সংকেত)। 25টি বন্ধনকারী অনটোগ্লিফ রয়েছে যা অণুটি কী বাঁধতে পারে তা বর্ণনা করে (যেমন। লিগ্যান্ড, ডিএনএ, আয়ন)। অন্য 24টি অন্টোগ্লিফ একটি কোষের মধ্যে অণুর অবস্থান সম্পর্কে তথ্য প্রদান করে (যেমন। নিউক্লিয়াস, সাইটোস্কেলেটন)। অনুসন্ধান ফলাফল থেকে নির্দিষ্ট বৈশিষ্ট্যগুলি অন্তর্ভুক্ত বা বাদ দেওয়ার জন্য অন্টোগ্লিফগুলি নির্বাচন এবং পরিচালনা করা যেতে পারে। অন্টোগ্লিফসের চাক্ষুষ প্রকৃতি অনুসন্ধানের ফলাফলগুলি দেখার সময় প্যাটার্ন শনাক্তকরণকেও সহজতর করে। প্রোটিওগ্লিফগুলি সংরক্ষিত ক্ষেত্রের স্তরে প্রোটিনের কাঠামোগত এবং বাঁধাই বৈশিষ্ট্যগুলির গ্রাফিকাল উপস্থাপনা। প্রোটিনকে একটি সরল অনুভূমিক রেখা হিসাবে অঙ্কিত করা হয় এবং সংরক্ষিত ক্ষেত্রের প্রতিনিধিত্ব করার জন্য গ্লিফগুলি ঢোকানো হয়। প্রতিটি গ্লিফ প্রোটিন ক্রমে তার প্রান্তিককরণের আপেক্ষিক অবস্থান এবং দৈর্ঘ্যের প্রতিনিধিত্ব করার জন্য প্রদর্শিত হয়। ডাটাবেসে প্রবেশাধিকার ডাটাবেস ব্যবহারকারী ইন্টারফেসটি ওয়েব-ভিত্তিক এবং পাঠ্য বা সংযোজন সংখ্যা/শনাক্তকারী ব্যবহার করে জিজ্ঞাসা করা যেতে পারে। বণ্ডের অন্যান্য উপাদানগুলির সাথে এর সংহতকরণের পর থেকে, ফলাফলগুলিতে মিথস্ক্রিয়া, আণবিক জটিলতা এবং পথগুলিতে ক্রম যুক্ত করা হয়েছে। রেকর্ডগুলির মধ্যে রয়েছেঃ বিআইএনডি আইডি, মিথস্ক্রিয়া/জটিল/পথের বিবরণ, প্রকাশনা, আপডেট রেকর্ড, জীব, অন্টোগ্লিফস, প্রোটিওগ্লিফস এবং অন্যান্য ডেটাবেসের লিঙ্ক যেখানে অতিরিক্ত তথ্য পাওয়া যায়। বিআইএনডি রেকর্ডগুলিতে বিভিন্ন দেখার বিন্যাস অন্তর্ভুক্ত রয়েছে (যেমন। এইচ. টি. এম. এল, <আই. ডি1>, এক্স. এম. এল, এফ. এ. এস. টি. এ), ফলাফল রপ্তানির জন্য বিভিন্ন বিন্যাস (যেমন। ASN.1, এক্সএমএল, জিআই তালিকা, পিডিএফ), এবং ভিজ্যুয়ালাইজেশন (যেমন। সাইটোস্কেপ)। কোন ধরনের তথ্য পুনরুদ্ধার করা হয়েছে তার উপর নির্ভর করে সঠিক দেখার এবং রপ্তানির বিকল্পগুলি পরিবর্তিত হয়। ব্যবহারকারীর পরিসংখ্যান বিআইএনডি-র সংহতকরণের পর থেকে আনলিশেড নিবন্ধকদের সংখ্যা 10 গুণ বৃদ্ধি পেয়েছে। 2006 সালের ডিসেম্বর পর্যন্ত নিবন্ধনের সংখ্যা 10,000-এর সামান্য কম ছিল। বণ্ড-এর বাণিজ্যিক সংস্করণের গ্রাহকরা ছয়টি সাধারণ বিভাগে পড়ে; কৃষি ও খাদ্য, জৈবপ্রযুক্তি, ফার্মাসিউটিক্যালস, ইনফরমেটিক্স, উপকরণ এবং অন্যান্য। জৈবপ্রযুক্তি ক্ষেত্র এই গোষ্ঠীগুলির মধ্যে বৃহত্তম, যার 28 শতাংশ গ্রাহক রয়েছে। ফার্মাসিউটিক্যালস এবং ইনফরমেটিক্স যথাক্রমে 22 শতাংশ এবং 18 শতাংশ নিয়ে অনুসরণ করে। এই সাবস্ক্রিপশনের 69 শতাংশ মার্কিন যুক্তরাষ্ট্রে রয়েছে। বন্ডের বাণিজ্যিক সংস্করণগুলিতে প্রবেশাধিকার সহ অন্যান্য দেশগুলির মধ্যে রয়েছে কানাডা, যুক্তরাজ্য, জাপান, চীন, কোরিয়া, জার্মানি, ফ্রান্স, ভারত এবং অস্ট্রেলিয়া। এই সব দেশই ব্যবহারকারীর অংশীদারিত্বে 6 শতাংশের নিচে নেমে গেছে। তথ্যসূত্র জৈবিক ডাটাবেস