ChIP-on-chip
চিপ-অন-চিপ (চিপ-চিপ নামেও পরিচিত) এমন একটি প্রযুক্তি যা ক্রোমাটিন ইমিউনোপ্রেসিপিটেশন ('চিপ') এবং ডিএনএ মাইক্রো অ্যারে ('চিপ') কে একত্রিত করে। নিয়মিত চিপের মতো, চিপ-অন-চিপ ভিভোতে প্রোটিন এবং ডিএনএর মধ্যে মিথস্ক্রিয়া তদন্ত করতে ব্যবহৃত হয়। বিশেষত, এটি জিনোম-ব্যাপী ভিত্তিতে ডিএনএ-বাইন্ডিং প্রোটিনের জন্য সিস্ট্রোম, বাইন্ডিং সাইটগুলির সমষ্টি সনাক্ত করার অনুমতি দেয়। আগ্রহের যে কোনও প্রোটিনের জন্য বাঁধাই সাইটগুলির অবস্থান নির্ধারণ করতে পুরো-জিনোম বিশ্লেষণ করা যেতে পারে। কৌশলটির নাম থেকে বোঝা যায়, এই ধরনের প্রোটিনগুলি সাধারণত ক্রোমাটিনের প্রসঙ্গে কাজ করে। এই শ্রেণীর সর্বাধিক বিশিষ্ট প্রতিনিধিরা হলেন প্রতিলিপি উপাদান, প্রতিলিপি-সম্পর্কিত প্রোটিন, যেমন অরিজিন রিকগনিশন কমপ্লেক্স প্রোটিন (ওআরসি), হিস্টোন, তাদের রূপ এবং হিস্টোন পরিবর্তন। চিপ-অন-চিপের লক্ষ্য হল প্রোটিন বাঁধাই সাইটগুলি সনাক্ত করা যা জিনোমের কার্যকরী উপাদানগুলি সনাক্ত করতে সহায়তা করতে পারে। উদাহরণস্বরূপ, আগ্রহের প্রোটিন হিসাবে ট্রান্সক্রিপশন ফ্যাক্টরের ক্ষেত্রে, জিনোম জুড়ে এর ট্রান্সক্রিপশন ফ্যাক্টর বাইন্ডিং সাইটগুলি নির্ধারণ করা যেতে পারে। অন্যান্য প্রোটিনগুলি প্রোমোটার অঞ্চল, বর্ধনকারী, দমনকারী এবং নীরব উপাদান, ইনসুলেটর, সীমানা উপাদান এবং ক্রমগুলি সনাক্ত করার অনুমতি দেয় যা ডিএনএ প্রতিলিপি নিয়ন্ত্রণ করে। যদি হিস্টোনগুলি আগ্রহের বিষয় হয়, তবে এটি বিশ্বাস করা হয় যে পরিবর্তনের বিতরণ এবং তাদের স্থানীয়করণ নিয়ন্ত্রণের প্রক্রিয়াগুলিতে নতুন অন্তর্দৃষ্টি প্রদান করতে পারে। চিপ-অন-চিপের দীর্ঘমেয়াদী লক্ষ্যগুলির মধ্যে একটি হল (নির্বাচিত) জীবের একটি তালিকা তৈরি করা যা বিভিন্ন শারীরবৃত্তীয় অবস্থার অধীনে সমস্ত প্রোটিন-ডিএনএ মিথস্ক্রিয়া তালিকাভুক্ত করে। এই জ্ঞান শেষ পর্যন্ত জিন নিয়ন্ত্রণ, কোষের বিস্তার এবং রোগের অগ্রগতির পিছনে যন্ত্রপাতি বোঝার ক্ষেত্রে সহায়তা করবে। অতএব, চিপ-অন-চিপ নিউক্লিওটাইড স্তরে জিনোমের অর্কেস্ট্রেশন সম্পর্কে আমাদের জ্ঞানের পরিপূরক এবং উচ্চ স্তরের তথ্য ও নিয়ন্ত্রণ সম্পর্কিত তথ্য উভয়ই সরবরাহ করে কারণ এটি এপিজেনেটিক্সের উপর গবেষণার মাধ্যমে প্রচারিত হয়। প্রযুক্তিগত প্ল্যাটফর্ম চিপ-অন-চিপ পরীক্ষা-নিরীক্ষা পরিচালনার প্রযুক্তিগত প্ল্যাটফর্মগুলি হল ডিএনএ মাইক্রো অ্যারে বা "চিপস"। বিভিন্ন বৈশিষ্ট্য অনুসারে এগুলিকে শ্রেণীবদ্ধ ও আলাদা করা যেতে পারেঃ প্রোবের ধরণঃ ডিএনএ অ্যারেগুলি যান্ত্রিকভাবে দাগযুক্ত সিডিএনএ বা পিসিআর-পণ্য, যান্ত্রিকভাবে দাগযুক্ত অলিগোনিউক্লিওটাইড বা অলিগোনিউক্লিওটাইড নিয়ে গঠিত হতে পারে যা সিটুতে সংশ্লেষিত হয়। মাইক্রোএরেগুলির প্রাথমিক সংস্করণগুলি প্রকাশিত জিনোমিক অঞ্চলগুলি (ওপেন রিডিং ফ্রেম বা ওআরএফ) থেকে আরএনএ সনাক্ত করার জন্য ডিজাইন করা হয়েছিল। যদিও এই ধরনের অ্যারেগুলি জিন এক্সপ্রেশন প্রোফাইল অধ্যয়নের জন্য পুরোপুরি উপযুক্ত, তবে চিআইপি পরীক্ষায় তাদের সীমিত গুরুত্ব রয়েছে কারণ এই কৌশলের ক্ষেত্রে বেশিরভাগ "আকর্ষণীয়" প্রোটিন আন্তঃজেনিক অঞ্চলে আবদ্ধ হয়। আজকাল, এমনকি কাস্টম-তৈরি অ্যারেগুলিও একটি পরীক্ষার প্রয়োজনীয়তার সাথে মেলে ডিজাইন এবং সূক্ষ্ম-সুর করা যেতে পারে। এছাড়াও, নিউক্লিওটাইডের যে কোনও ক্রম জিনগত পাশাপাশি আন্তঃজেনিক অঞ্চলগুলিকে আচ্ছাদন করার জন্য সংশ্লেষিত করা যেতে পারে। প্রোবের আকারঃ সিডিএনএ অ্যারেগুলির প্রাথমিক সংস্করণের প্রোবের দৈর্ঘ্য প্রায় 200 বিপি ছিল। সর্বশেষ অ্যারে সংস্করণগুলিতে 70-(মাইক্রোএরে, ইনকর্পোরেটেড) থেকে 25-মার্স (অ্যাফিমেট্রিক্স) পর্যন্ত ছোট অলিগোস ব্যবহার করা হয়। (ফেব্রুয়ারি 2007) প্রোব কম্পোজিশনঃ টাইলড এবং নন-টাইলড ডিএনএ অ্যারে রয়েছে। নন-টাইলড অ্যারেগুলি অ-স্থানিক মানদণ্ড অনুসারে নির্বাচিত প্রোব ব্যবহার করে, অর্থাৎ প্রোব হিসাবে ব্যবহৃত ডিএনএ সিকোয়েন্সগুলির জিনোমে কোনও নির্দিষ্ট দূরত্ব নেই। টাইলড অ্যারে, তবে, একটি জিনোমিক অঞ্চল (বা এমনকি একটি সম্পূর্ণ জিনোম) নির্বাচন করে এবং এটিকে সমান অংশে বিভক্ত করে। এই ধরনের অঞ্চলকে টাইলড পথ বলা হয়। প্রতিটি জোড়া পার্শ্ববর্তী অংশের মধ্যে গড় দূরত্ব (প্রতিটি অংশের কেন্দ্র থেকে পরিমাপ করা হয়) টাইলযুক্ত পথের রেজোলিউশন দেয়। একটি পথ ওভারল্যাপিং, শেষ থেকে শেষ বা ব্যবধানযুক্ত হতে পারে। অ্যারে আকারঃ চিপ-অন-চিপের জন্য ব্যবহৃত প্রথম মাইক্রো-অ্যারেতে প্রায় 13,000 দাগযুক্ত ডিএনএ বিভাগ ছিল যা ইস্ট জিনোম থেকে সমস্ত ওআরএফ এবং আন্তঃজেনিক অঞ্চলের প্রতিনিধিত্ব করে। আজকাল, অ্যাফিমেট্রিক্স 5 বিপি রেজোলিউশন সহ পুরো-জিনোম টাইলড ইস্ট অ্যারে সরবরাহ করে (সব মিলিয়ে 3.2 মিলিয়ন প্রোব)। মানব জিনোমের জন্য টাইলযুক্ত অ্যারেগুলিও আরও বেশি শক্তিশালী হয়ে ওঠে। শুধু একটি উদাহরণের জন্য, অ্যাফিমেট্রিক্স প্রায় 90 মিলিয়ন প্রোব সহ সাতটি অ্যারের একটি সেট সরবরাহ করে, যা প্রায় 35 বিপি ব্যবধান সহ মানব জিনোমের সম্পূর্ণ অ-পুনরাবৃত্তিমূলক অংশে বিস্তৃত। (ফেব্রুয়ারি 2007) প্রকৃত মাইক্রো অ্যারে ছাড়াও, চিপ-অন-চিপ পরীক্ষা চালানোর জন্য অন্যান্য হার্ড এবং সফ্টওয়্যার সরঞ্জামের প্রয়োজন। এটি সাধারণত এমন হয় যে একটি সংস্থার মাইক্রো অ্যারেগুলি অন্য সংস্থার প্রক্রিয়াকরণ হার্ডওয়্যার দ্বারা বিশ্লেষণ করা যায় না। অতএব, একটি অ্যারে কেনার জন্য সংশ্লিষ্ট ওয়ার্কফ্লো সরঞ্জামও কিনতে হবে। সবচেয়ে গুরুত্বপূর্ণ উপাদানগুলি হল, অন্যদের মধ্যে, হাইব্রিডাইজেশন ওভেন, চিপ স্ক্যানার এবং কাঁচামালের পরবর্তী সংখ্যাসূচক বিশ্লেষণের জন্য সফ্টওয়্যার প্যাকেজ। একটি চিপ-অন-চিপ পরীক্ষার কর্মপ্রবাহ একটি জৈবিক প্রশ্ন দিয়ে শুরু করে, একটি চিপ-অন-চিপ পরীক্ষাকে তিনটি প্রধান ধাপে ভাগ করা যেতে পারেঃ প্রথমটি হল উপযুক্ত অ্যারে এবং প্রোব টাইপ নির্বাচন করে পরীক্ষাটি স্থাপন এবং ডিজাইন করা। দ্বিতীয়ত, প্রকৃত পরীক্ষাটি ওয়েট-ল্যাবে করা হয়। সবশেষে, চক্রের ড্রাই-ল্যাব অংশের সময়, সংগৃহীত তথ্য বিশ্লেষণ করা হয় প্রাথমিক প্রশ্নের উত্তর দেওয়ার জন্য বা নতুন প্রশ্নের দিকে নিয়ে যাওয়ার জন্য যাতে চক্রটি আবার শুরু হতে পারে। ওয়ার্কফ্লোর ওয়েট-ল্যাব অংশ প্রথম ধাপে, প্রোটিনের আগ্রহ (পিওআই) ডিএনএ সাইটের সাথে ক্রস-লিঙ্ক করা হয় যা এটি একটি ইন ভিট্রো পরিবেশে আবদ্ধ হয়। সাধারণত এটি একটি মৃদু ফর্মালডিহাইড স্থিরকরণ দ্বারা করা হয় যা তাপের সাথে বিপরীতমুখী। তারপর, কোষগুলি ছিদ্র করা হয় এবং ডি. এন. এ সোনিকেশন বা মাইক্রোকোকাল নিউক্লিয়াস ব্যবহার করে ছেঁটে ফেলা হয়। এর ফলে সাধারণত 1 কেবি বা তার কম দৈর্ঘ্যের ডিএনএ টুকরোগুলির ডাবল-স্ট্র্যান্ডেড অংশ তৈরি হয়। যেগুলি পিওআই-এর সঙ্গে সংযুক্ত ছিল, সেগুলি একটি পিওআই-ডিএনএ কমপ্লেক্স গঠন করে। পরবর্তী ধাপে, পিওআই-এর জন্য নির্দিষ্ট একটি অ্যান্টিবডি ব্যবহার করে শুধুমাত্র এই জটিলতাগুলি ডিএনএ টুকরোগুলির সেট থেকে ফিল্টার করা হয়। অ্যান্টিবডিগুলি একটি কঠিন পৃষ্ঠের সাথে সংযুক্ত হতে পারে, একটি চৌম্বকীয় পুঁতি থাকতে পারে বা অন্য কোনও শারীরিক বৈশিষ্ট্য থাকতে পারে যা ক্রস-লিঙ্কযুক্ত কমপ্লেক্স এবং সীমাহীন টুকরোগুলি পৃথক করার অনুমতি দেয়। এই পদ্ধতিটি মূলত প্রোটিনের একটি ইমিউনোপ্রিসিপিটেশন (আইপি)। ট্যাগের বিপরীতে অ্যান্টিবডি সহ ট্যাগ করা প্রোটিন ব্যবহার করে এটি করা যেতে পারে (উদাঃ। এফ. এল. এ. জি, এইচ. এ, সি-মাইক) অথবা স্থানীয় প্রোটিনের একটি অ্যান্টিবডি সহ। পিওআই-ডিএনএ কমপ্লেক্সগুলির ক্রস-লিঙ্কিং বিপরীত হয় (সাধারণত গরম করে) এবং ডিএনএ স্ট্র্যান্ডগুলি শুদ্ধ করা হয়। বাকি কর্মপ্রবাহের জন্য, পিওআই-এর আর প্রয়োজন নেই। একটি পরিবর্ধন এবং বিকৃতকরণ পদক্ষেপের পরে, একক-আটকে থাকা ডিএনএ টুকরোগুলি সাই5 বা অ্যালেক্সা 647-এর মতো ফ্লুরোসেন্ট ট্যাগ দিয়ে লেবেল করা হয়। অবশেষে, টুকরোগুলি ডি. এন. এ মাইক্রোঅ্যারের পৃষ্ঠের উপর ঢেলে দেওয়া হয়, যা আগ্রহের জিনোমিক অংশকে আচ্ছাদন করে এমন সংক্ষিপ্ত, একক-আটকে থাকা ক্রমগুলির সাথে চিহ্নিত করা হয়। যখনই একটি লেবেলযুক্ত খণ্ড অ্যারের উপর একটি পরিপূরক খণ্ড "খুঁজে পায়", তখন তারা সংকরিত হবে এবং আবার একটি ডাবল-স্ট্র্যান্ডেড ডিএনএ খণ্ড তৈরি করবে। ওয়ার্কফ্লোর ড্রাই-ল্যাব অংশ সংকরকরণের অনুমতি দেওয়ার জন্য পর্যাপ্ত বড় সময়সীমার পরে, অ্যারেটি ফ্লুরোসেন্ট আলো দিয়ে আলোকিত করা হয়। অ্যারের যে সমস্ত প্রোবগুলি লেবেলযুক্ত টুকরোগুলির মধ্যে একটিতে সংকরিত হয় সেগুলি একটি হালকা সংকেত নির্গত করে যা একটি ক্যামেরা দ্বারা ধরা পড়ে। এই ছবিতে কর্মপ্রবাহের অবশিষ্ট অংশের সমস্ত কাঁচা তথ্য রয়েছে। এই কাঁচা তথ্য, যা মিথ্যা-রঙিন চিত্র হিসাবে এনকোড করা হয়েছে, প্রকৃত বিশ্লেষণ করার আগে সংখ্যাসূচক মানগুলিতে রূপান্তরিত করা প্রয়োজন। কাঁচামালের বিশ্লেষণ এবং তথ্য আহরণ প্রায়শই চিপ-অন-চিপ পরীক্ষার জন্য সবচেয়ে চ্যালেঞ্জিং অংশ হয়ে থাকে। কর্মপ্রবাহের এই অংশ জুড়ে সমস্যা দেখা দেয়, প্রাথমিক চিপ রিড-আউট থেকে শুরু করে পটভূমির গোলমাল বিয়োগ করার উপযুক্ত পদ্ধতি এবং পরিশেষে উপযুক্ত অ্যালগরিদম পর্যন্ত যা তথ্যকে স্বাভাবিক করে এবং পরবর্তী পরিসংখ্যানগত বিশ্লেষণের জন্য উপলব্ধ করে, যা আশা করা যায় যে পরীক্ষাটি যে জৈবিক প্রশ্নটির সমাধান করতে চায় তার আরও ভাল বোঝার দিকে পরিচালিত করে। উপরন্তু, বিভিন্ন অ্যারে প্ল্যাটফর্ম এবং তাদের মধ্যে প্রমিতকরণের অভাবের কারণে, ডেটা সঞ্চয় এবং বিনিময় একটি বিশাল সমস্যা। সাধারণভাবে বলতে গেলে, তথ্য বিশ্লেষণকে তিনটি প্রধান ধাপে ভাগ করা যেতে পারেঃ প্রথম ধাপের সময়, একই বা দ্বিতীয় চিপ থেকে প্রাপ্ত নিয়ন্ত্রণ সংকেত ব্যবহার করে অ্যারে থেকে ক্যাপচার করা ফ্লুরোসেন্স সংকেতগুলি স্বাভাবিক করা হয়। এই ধরনের নিয়ন্ত্রণ সংকেতগুলি বলে যে অ্যারের কোন প্রোবগুলি সঠিকভাবে সংকরিত হয়েছিল এবং কোনটি অনির্দিষ্টভাবে আবদ্ধ ছিল। দ্বিতীয় ধাপে, জিনোম বরাবর পিওআই-সমৃদ্ধ অঞ্চলগুলি সনাক্ত করতে ডেটা এবং আইপি ভগ্নাংশ ডেটা নিয়ন্ত্রণের জন্য সংখ্যাসূচক এবং পরিসংখ্যানগত পরীক্ষা প্রয়োগ করা হয়। নিম্নলিখিত তিনটি পদ্ধতি ব্যাপকভাবে ব্যবহৃত হয়ঃ মিডিয়ান পার্সেন্টাইল র্যাঙ্ক, সিঙ্গেল-অ্যারে এরর এবং স্লাইডিং-উইন্ডো। এই পদ্ধতিগুলি সাধারণত কম-তীব্রতার সংকেতগুলি কীভাবে পরিচালনা করা হয়, কতটা পটভূমির শব্দ গ্রহণ করা হয় এবং গণনার সময় তথ্যের জন্য কোন বৈশিষ্ট্যের উপর জোর দেওয়া হয় তার মধ্যে পৃথক হয়। সাম্প্রতিক অতীতে, স্লাইডিং-উইন্ডো পদ্ধতিটি অনুকূল বলে মনে হয় এবং প্রায়শই এটিকে সবচেয়ে শক্তিশালী হিসাবে বর্ণনা করা হয়। তৃতীয় ধাপে, এই অঞ্চলগুলি আরও বিশ্লেষণ করা হয়। উদাহরণস্বরূপ, যদি পিওআই একটি প্রতিলিপি ফ্যাক্টর হয়, তবে এই অঞ্চলগুলি তার বাঁধাই সাইটগুলির প্রতিনিধিত্ব করবে। পরবর্তী বিশ্লেষণটি জিনোমের কার্যকরী টীকা দেওয়ার জন্য নিউক্লিওটাইড মোটিফ এবং অন্যান্য নিদর্শনগুলি অনুমান করতে চাইতে পারে। শক্তি এবং দুর্বলতা টাইলড অ্যারে ব্যবহার করে, চিপ-অন-চিপ জিনোম-ওয়াইড মানচিত্রের উচ্চ রেজোলিউশনের অনুমতি দেয়। এই মানচিত্রগুলি ট্রান্সক্রিপশন ফ্যাক্টর এবং ক্রোমাটিন পরিবর্তনের মতো অনেক ডিএনএ-বাইন্ডিং প্রোটিনের বাইন্ডিং সাইট নির্ধারণ করতে পারে। যদিও চিপ-অন-চিপ জিনোমিক্সের ক্ষেত্রে একটি শক্তিশালী কৌশল হতে পারে, তবে এটি খুব ব্যয়বহুল। বেশিরভাগ প্রকাশিত গবেষণায় চিপ-অন-চিপ ব্যবহার করে জৈবিকভাবে অর্থপূর্ণ মানচিত্র নিশ্চিত করার জন্য তাদের পরীক্ষা-নিরীক্ষা কমপক্ষে তিনবার পুনরাবৃত্তি করে। একটি পরীক্ষাগারের চিপ-অন-চিপ পরীক্ষা চালিয়ে যাওয়া উচিত কিনা তার জন্য ডি. এন. এ মাইক্রো-অ্যারেগুলির খরচ প্রায়শই একটি সীমাবদ্ধ কারণ। আরেকটি সীমাবদ্ধতা হল ডিএনএ টুকরোগুলির আকার যা অর্জন করা যেতে পারে। বেশিরভাগ চিপ-অন-চিপ প্রোটোকল ডিএনএ-কে ছোট ছোট টুকরো করার পদ্ধতি হিসাবে সোনিকেশন ব্যবহার করে। তবে, সোনিকেশন 200 বিপি-র ন্যূনতম খণ্ডের আকারের মধ্যে সীমাবদ্ধ। উচ্চতর রেজোলিউশনের মানচিত্রের জন্য, এই সীমাবদ্ধতা অতিক্রম করে ছোট ছোট টুকরো অর্জন করা উচিত, বিশেষ করে একক নিউক্লিওসোম রেজোলিউশনের জন্য। আগে যেমন উল্লেখ করা হয়েছে, অ্যারে থেকে উত্পন্ন বিপুল পরিমাণ তথ্যের পরিসংখ্যানগত বিশ্লেষণ একটি চ্যালেঞ্জ এবং স্বাভাবিককরণ পদ্ধতির লক্ষ্য হওয়া উচিত শিল্পকর্মগুলি হ্রাস করা এবং প্রকৃতপক্ষে জৈবিকভাবে গুরুত্বপূর্ণ কী তা নির্ধারণ করা। এখনও অবধি, স্তন্যপায়ী জিনোমের প্রয়োগ একটি বড় সীমাবদ্ধতা হয়ে দাঁড়িয়েছে, উদাহরণস্বরূপ, জিনোমের উল্লেখযোগ্য শতাংশের কারণে যা পুনরাবৃত্তি দ্বারা দখল করা হয়। যাইহোক, চিপ-অন-চিপ প্রযুক্তির অগ্রগতির সাথে সাথে, উচ্চ রেজোলিউশনের পুরো স্তন্যপায়ী জিনোম মানচিত্র অর্জনযোগ্য হওয়া উচিত। চিপ-অন-চিপের জন্য ব্যবহৃত অ্যান্টিবডিগুলি একটি গুরুত্বপূর্ণ সীমাবদ্ধকারী কারণ হতে পারে। চিপ-অন-চিপের জন্য অত্যন্ত নির্দিষ্ট অ্যান্টিবডি প্রয়োজন যা অবশ্যই তার এপিটোপকে মুক্ত দ্রবণে এবং নির্দিষ্ট অবস্থার অধীনে সনাক্ত করতে হবে। যদি এটি ক্রস-লিঙ্কযুক্ত ক্রোমাটিনকে সফলভাবে ইমিউনোপ্রিসিপিটেট করতে প্রদর্শিত হয়, তবে এটিকে "চিপ-গ্রেড" বলা হয়। যে সংস্থাগুলি চিপ-গ্রেড অ্যান্টিবডি সরবরাহ করে তাদের মধ্যে রয়েছে অ্যাবক্যাম, সেল সিগন্যালিং টেকনোলজি, সান্তা ক্রুজ এবং আপস্টেট। নির্দিষ্টতার সমস্যা কাটিয়ে উঠতে, আগ্রহের প্রোটিনকে এফ. এল. এ. জি বা এইচ. এ-এর মতো ট্যাগের সাথে যুক্ত করা যেতে পারে যা অ্যান্টিবডি দ্বারা স্বীকৃত। চিপ-অন-চিপের একটি বিকল্প যা অ্যান্টিবডিগুলির প্রয়োজন হয় না তা হল ড্যামআইডি। এছাড়াও এইচ3 ট্রাই মিথাইল কে4-এর মতো একটি নির্দিষ্ট হিস্টোন পরিবর্তনের বিরুদ্ধে অ্যান্টিবডি পাওয়া যায়। আগে যেমন উল্লেখ করা হয়েছে, এই অ্যান্টিবডি এবং চিপ-অন-চিপের সংমিশ্রণ হিস্টোন পরিবর্তনের নিদর্শনগুলির সম্পূর্ণ জিনোম বিশ্লেষণ নির্ধারণে অত্যন্ত শক্তিশালী হয়ে উঠেছে এবং হিস্টোন কোড এবং এপিজেনেটিক্স সম্পর্কে আমাদের বোঝার ক্ষেত্রে ব্যাপক অবদান রাখবে। ডিএনএ বাইন্ডিং প্রোটিনের অ-নির্দিষ্ট প্রকৃতি প্রদর্শন করে একটি গবেষণা পিএলওএস বায়োলজিতে প্রকাশিত হয়েছে। এটি ইঙ্গিত করে যে কার্যকরী প্রাসঙ্গিকতার বিকল্প নিশ্চিতকরণ যে কোনও চিপ-চিপ পরীক্ষায় একটি প্রয়োজনীয় পদক্ষেপ। ইতিহাস 1999 সালে একটি প্রথম চিপ-অন-চিপ পরীক্ষা করা হয়েছিল যাতে উদীয়মান ইস্ট ক্রোমোজোম III বরাবর কোহেসিনের বিতরণ বিশ্লেষণ করা যায়। যদিও জিনোমটি সম্পূর্ণরূপে উপস্থাপিত হয়নি, এই গবেষণার প্রোটোকল পরবর্তী গবেষণায় ব্যবহৃত প্রোটোকলের সমতুল্য রয়ে গেছে। জিনোমের সমস্ত ওআরএফ ব্যবহার করে চিপ-অন-চিপ কৌশলটি (যা তবুও অসম্পূর্ণ রয়ে গেছে, আন্তঃজেনিক অঞ্চল অনুপস্থিত) 2000 এবং 2001 সালে প্রকাশিত তিনটি গবেষণাপত্রে সফলভাবে প্রয়োগ করা হয়েছিল। লেখকরা উদীয়মান ইস্ট স্যাকারোমাইসেস সেরেভিসিয়ায় পৃথক প্রতিলিপির কারণগুলির জন্য বাঁধাই সাইটগুলি চিহ্নিত করেছেন। 2002 সালে, রিচার্ড ইয়ং-এর দল ইস্ট-এ সি-মাইক ট্যাগিং সিস্টেম ব্যবহার করে 106টি ট্রান্সক্রিপশন ফ্যাক্টরের জিনোম-ব্যাপী অবস্থান নির্ধারণ করে। স্তন্যপায়ী চিপ-অন-চিপ কৌশলের প্রথম প্রদর্শনটি দুর্বল এবং শক্তিশালী ই2এফ বাঁধাই সাইটযুক্ত নয়টি ক্রোমাটিনের টুকরোগুলির বিচ্ছিন্নতার কথা জানায় যা পেগি ফার্নহ্যামের ল্যাব মাইকেল ঝাংয়ের ল্যাবের সহযোগিতায় করেছিল এবং 2001 সালে প্রকাশিত হয়েছিল। এই গবেষণাটি বেশ কয়েক মাস পরে ব্রায়ান ডাইনল্যাক্টের গবেষণাগারের সাথে ইয়ং ল্যাবের সহযোগিতায় অনুসরণ করা হয়েছিল যা চিআইপি-অন-চিপ কৌশল ব্যবহার করে প্রথমবার দেখায় যে ই2এফ ডিএনএ ক্ষতির চেকপয়েন্ট এবং মেরামতের পথের এনকোড উপাদানগুলিকে লক্ষ্য করে, পাশাপাশি ক্রোমাটিন সমাবেশ/ঘনীভবন, ক্রোমোজোম পৃথকীকরণ এবং মাইটোটিক স্পিন্ডল চেকপয়েন্টের সাথে জড়িত কারণগুলি চিআইপি-অন-চিপের অন্যান্য প্রয়োগগুলির মধ্যে রয়েছে ডিএনএ প্রতিলিপি, পুনর্মিলন এবং ক্রোমাটিন কাঠামো। তারপর থেকে, চিপ-অন-চিপ হিস্টোন পরিবর্তনের জিনোম-ব্যাপী মানচিত্র এবং আরও অনেক ট্রান্সক্রিপশন ফ্যাক্টর নির্ধারণে একটি শক্তিশালী হাতিয়ার হয়ে উঠেছে। বড় এবং পুনরাবৃত্তিমূলক জিনোমের কারণে স্তন্যপায়ী সিস্টেমে চিপ-অন-চিপ কঠিন হয়ে পড়েছে। সুতরাং, স্তন্যপায়ী কোষের অনেক গবেষণায় নির্বাচিত প্রবর্তক অঞ্চলগুলির উপর দৃষ্টি নিবদ্ধ করা হয়েছে যা প্রতিলিপি উপাদানগুলিকে আবদ্ধ করার পূর্বাভাস দেওয়া হয়েছে এবং পুরো জিনোম বিশ্লেষণ করেনি। যাইহোক, পুরো স্তন্যপায়ী জিনোম অ্যারে সম্প্রতি নিম্বলজেনের মতো সংস্থাগুলির কাছ থেকে বাণিজ্যিকভাবে উপলব্ধ হয়েছে। ভবিষ্যতে, চিপ-অন-চিপ অ্যারেগুলি আরও বেশি উন্নত হওয়ার সাথে সাথে স্তন্যপায়ী প্রাণীদের জন্য ডিএনএ-বাইন্ডিং প্রোটিন এবং ক্রোমাটিন উপাদানগুলির উচ্চ রেজোলিউশনের পুরো জিনোম মানচিত্রগুলি আরও বিস্তারিতভাবে বিশ্লেষণ করা হবে। বিকল্প 2007 সালে প্রবর্তিত, চিআইপি সিকোয়েন্সিং (চিআইপি-এসইকিউ) এমন একটি প্রযুক্তি যা ক্রোমাটিন ইমিউনোপ্রেসিপিটেশন ব্যবহার করে ডিএনএর সাথে আগ্রহের প্রোটিনগুলিকে ক্রস লিঙ্ক করে কিন্তু তারপর একটি মাইক্রো-অ্যারে ব্যবহার করার পরিবর্তে, এটি মিথস্ক্রিয়া পয়েন্টগুলিকে স্থানীয়করণ করার জন্য ক্রমবিন্যাসের আরও সঠিক, উচ্চতর থ্রুপুট পদ্ধতি ব্যবহার করে। ড্যামআইডি একটি বিকল্প পদ্ধতি যার জন্য অ্যান্টিবডিগুলির প্রয়োজন হয় না। চিপ-এক্সো একক বেস পেয়ার রেজোলিউশন অর্জন করতে এক্সোন্যুক্লিয়াস চিকিত্সা ব্যবহার করে। কাট এবং রান সিকোয়েন্সিং চিপের কিছু প্রযুক্তিগত সীমাবদ্ধতা মোকাবেলায় লক্ষ্যযুক্ত এনজাইম্যাটিক ক্লিভেজের সাথে অ্যান্টিবডি স্বীকৃতি ব্যবহার করে। রেফারেন্স আরও পড়ার জন্য বাহ্যিক লিঙ্ক http://www.genome.gov/10005107 ENCODE প্রকল্প চিপ-অন-চিপ (CoC) প্যাকেজ আমকর প্রযুক্তি বিশ্লেষণ এবং সফ্টওয়্যার CoCAS থেকে তথ্যঃ চটপটে চিপ-অন-চিপ পরীক্ষার জন্য একটি বিনামূল্যে বিশ্লেষণ সফ্টওয়্যার rMAT: টাইলিং অ্যারে এবং চিপ-চিপ ডেটা স্বাভাবিক ও বিশ্লেষণ করতে MAT প্রোগ্রাম থেকে R বাস্তবায়ন। জিনোমিক্স কৌশল আণবিক জীববিজ্ঞান আণবিক জীববিজ্ঞান কৌশল প্রোটিন পদ্ধতি বায়োইনফরম্যাটিক্স মাইক্রোএরে