Sister Abhaya murder case
सिस्टर अभय (जन्म बीना थॉमस;), एक कनाया कैथोलिक बहन, 27 मार्च, 1992 को कोट्टायम के सेंट पायस एक्स कॉन्वेंट में पानी से भरे कुएं में मृत पाई गई थी। इस मौत की जाँच केरल राज्य में अब तक की सबसे लंबे समय तक चलने वाली हत्या की जाँच है। अभय केरल के कोट्टायम के कनाया कैथोलिक आर्चेपार्ची के तहत धार्मिक बहनों के लिए सेंट जोसेफ मण्डली की सदस्य थीं। मामले की जांच करने वाली स्थानीय पुलिस ने शुरू में इसे आत्महत्या के सिद्धांत के साथ बंद कर दिया। कॉन्वेंट की मदर सुपीरियर सिस्टर लीस्यू द्वारा दिए गए बयान के आधार पर अप्राकृतिक मौत का मामला दर्ज किया गया था। 13 अप्रैल को, राज्य पुलिस की अपराध शाखा शाखा ने जांच अपने हाथ में ली, और 30 जनवरी, 1993 को एक अंतिम रिपोर्ट प्रस्तुत की, जिसमें मृतक की मनोवैज्ञानिक बीमारी के दावों के साथ आत्महत्या के सिद्धांत को मजबूत करने का प्रयास किया गया। "सिस्टर अभय केस एक्शन काउंसिल" की स्थापना और नेतृत्व करने वाले मानवाधिकार कार्यकर्ता जोमोन पुथेनपुरक्कल द्वारा शुरू किए गए लोकप्रिय दबाव और कानूनी लड़ाई के बाद, केरल के उच्च न्यायालय ने 1993 में जांच को केंद्रीय जांच ब्यूरो (सीबीआई) को स्थानांतरित कर दिया। सी. बी. आई. की पहली टीम मौत का कारण खोजने में विफल रही। अदालत के निर्देश पर, एक दूसरी टीम का गठन किया गया, जिसने निष्कर्ष निकाला कि यह वास्तव में एक हत्या थी, लेकिन हत्यारे की ओर ले जाने के लिए पर्याप्त सबूत नहीं थे। "हत्या" का निष्कर्ष मुख्य रूप से तीन डॉक्टरों द्वारा दी गई चिकित्सा राय के आधार पर निकाला गया था, जबकि डॉ. सी. राधाकृष्णन द्वारा दी गई राय के विपरीत, जिन्होंने अभय के शरीर का शव परीक्षण किया था। अदालत ने भी इस रिपोर्ट को स्वीकार नहीं किया। जैसे ही अदालत ने दूसरी अंतिम रिपोर्ट को खारिज कर दिया, सी. बी. आई. ने एक अन्य अधिकारी आर. आर. सहाय के नेतृत्व में जांच जारी रखी। 25 अगस्त, 2005 को एक अन्य अंतिम रिपोर्ट में, सी. बी. आई. ने कहा कि "अदालत के इशारे पर की गई आगे की जांच में सिस्टर अभय की मौत में किसी व्यक्ति की संलिप्तता का संकेत नहीं दिया गया है" और एक अनुरोध किया गया था कि "मामले को अज्ञात के रूप में बंद कर दिया जाए।" अदालत ने जांच को स्वीकार नहीं किया और जांच जारी रही। 4 सितंबर, 2008 को उच्च न्यायालय ने कोच्चि में सी. बी. आई. की केरल इकाई को जांच सौंपी। तब तक सी. बी. आई. ने सबूतों के अभाव में मामले को बंद करने के लिए चार बार न्यायपालिका से संपर्क किया था। नवंबर 2008 की शुरुआत में, उच्च न्यायालय ने मामले को सी. बी. आई. की राज्य इकाई को सौंप दिया, और जांच पूरी करने के लिए तीन महीने की अवधि दी। डिप्टी एसपी नंदकुमारन नायर के नेतृत्व में नई टीम ने संजू पी मैथ्यू का बयान दर्ज किया था, जो अभय की मृत्यु के समय कॉन्वेंट के बगल में रह रहे थे। संजू ने सीआरपीसी की धारा 164 के अनुसार अपने बयान में कहा कि उसने अभय के मृत पाए जाने से एक दिन पहले 26 मार्च, 1992 की रात को कॉन्वेंट छात्रावास परिसर में कोट्टूर को देखा था। इस बयान के आधार पर, सी. बी. आई. ने 19 नवंबर, 2008 को कोट्टूर, पुथ्रिकायल और सेफी को गिरफ्तार किया। 22 दिसंबर 2020 को केरल के तिरुवनंतपुरम में एक विशेष सीबीआई अदालत ने 28 साल पुराने हत्या मामले में अपना फैसला सुनाया क्योंकि उसने फादर थॉमस कोट्टूर और सिस्टर सेफी को दोषी ठहराया था। उन्हें 23 दिसंबर 2020 को आजीवन कारावास की सजा सुनाई गई थी। जून 2022 में, उन दोनों को जमानत दे दी गई और निचली अदालत के फैसले को चुनौती देने वाली उनकी याचिका के निपटारे तक उच्च न्यायालय द्वारा उनकी आजीवन कारावास की सजा को निलंबित कर दिया गया। घटनाओं का क्रम सिस्टर अभय के 27 मार्च 1992 की सुबह लापता होने की सूचना मिली थी। वह परीक्षा के लिए पढ़ने के लिए सुबह 4 बजे उठी थी, और आखिरी बार शराब पीने के लिए रसोई में गई थी। रेफ्रिजरेटर का दरवाजा खुला छोड़ दिया गया था, पानी की एक बोतल फर्श पर फेंकी गई थी और एक चप्पल फ्रिज के नीचे बैठी थी-इसकी जोड़ी कॉन्वेंट छात्रावास के कुएं के पास पाई गई थी। एक संक्षिप्त खोज के बाद, सिस्टर अभय का शव उसी दिन तड़के कॉन्वेंट छात्रावास के कुएं में मिला। कोट्टायम पश्चिम पुलिस स्टेशन ने अपनी जांच को अप्राकृतिक मौत तक बढ़ा दिया। 10:00 बजे मृतक को अग्निशमन बल द्वारा कुएं से हटा दिया गया और एक जांच तैयार की गई। कोट्टायम मेडिकल कॉलेज के डॉ. राधाकृष्णन द्वारा शरीर पर किए गए पोस्टमार्टम में दाहिने कंधे और कूल्हे पर खरोंच और दाहिने कान के ऊपर दो छोटे घाव पाए गए। यौन उत्पीड़न का कोई संकेत नहीं था। संभावित रूप से महत्वपूर्ण चोटों के बावजूद, मौत को डूबने से माना गया। इसके बाद विभिन्न जांच निकायों द्वारा की गई पूछताछ की श्रृंखला लंबी, जटिल और असंतोषजनक थी, जो आंतरिक संघर्ष, कड़वी प्रतिद्वंद्विता और भ्रष्टाचार और पूर्वाग्रह के आरोपों से ग्रस्त थी, मामले को निष्कर्ष पर लाने के लिए कई हलकों के दबाव से जटिल थी। अप्रैल 1992 में आपराधिक जांच विभाग की अपराध शाखा ने मामले को अपने हाथ में लिया और महीनों बाद सिस्टर अभय की मौत को आत्महत्या करार दिया। हालाँकि, अपराध शाखा पर आरोप लगाया गया था कि उसने महत्वपूर्ण भौतिक सबूतों को नष्ट कर दिया है जो संभावित रूप से हत्या को मौत का कारण मानते हैं। अप्रैल 1995 में, फोरेंसिक चिकित्सा विशेषज्ञों डॉ. एस. के. पाठक, डॉ. महेश वर्मा और डॉ. एस. आर. सिंह ने डमी प्रयोग किए, जिससे वे निष्कर्ष निकाल सके कि मृत्यु का कारण हत्या है। फिर भी, नवंबर 2008 तक कोई गिरफ्तारी नहीं की गई थी। वर्षों की असफल जांच और आंतरिक संघर्षों के बाद, दो पादरी-थॉमस कोट्टूर, जोस पुथुरूक्कयिल और एक नन-सिस्टर सेफी-को 19 नवंबर 2008 को नंदन कुमार नायर के तहत सीबीआई द्वारा गिरफ्तार किया गया था। तीनों संदिग्धों को जनवरी 2009 की शुरुआत में जमानत दे दी गई थी। 17 जुलाई 2009 को, तीनों पर हत्या, मानहानि और सबूतों को नष्ट करने का आरोप लगाया गया। अभियोजकों ने आरोप लगाया कि सिस्टर अभय ने "आपत्तिजनक स्थिति" में दो पादरियों और एक बहन से हाथापाई की थी और बाद में उन पर कुल्हाड़ी से हमला किया गया और उन्हें कुएं में फेंक दिया गया था। 28 साल की लंबी जांच के बाद, 22 दिसंबर 2020 को, सीबीआई अदालत ने फा. कोट्टूर और सिस्टर सेफी को सिस्टर अभय की हत्या का दोषी ठहराया जाएगा। उन्हें 23 दिसंबर 2020 को आजीवन कारावास की सजा सुनाई गई थी। जाँच कार्रवाई परिषद 1992 में जोमोन पुथेनपुरक्कल द्वारा अभय की हत्या के लिए जिम्मेदार लोगों पर मुकदमा चलाने की मांग करते हुए एक कार्रवाई परिषद बुलाई गई थी। अभय की मंडली से संबंधित 67 ननों ने केरल राज्य सरकार के मुख्यमंत्री से इस मामले की हत्या के रूप में जांच करने का अनुरोध किया। 7 अप्रैल 1992 को केरल के पुलिस महानिदेशक ने केरल पुलिस की अपराध शाखा को स्थानीय पुलिस से जांच करने का निर्देश दिया। याचिका के आधार पर केरल सरकार ने सीबीआई जांच की सिफारिश की। 29 मार्च 1993 को सी. बी. आई. ने एक नई जाँच शुरू की। केरल पुलिस 27 मार्च 1992 को कोट्टायम पश्चिम पुलिस स्टेशन के ए. एस. आई. वी. वी. ऑगस्टीन ने अपराध स्थल का दौरा किया और परिसर में कुएं में अभय के शव की तलाश के लिए अग्निशमन बल को बुलाया। दमकल ने शव को कुएं से बाहर निकाला। एएसआई ऑगस्टीन द्वारा एक जाँच तैयार की गई थी। शव की तस्वीरें भी ली गईं। अभय के कपड़े को हिरासत में ले लिया गया। बाद में भौतिक साक्ष्य की इन वस्तुओं को नष्ट कर दिया गया। पोस्टमॉर्टम रिपोर्ट में डूबने से मौत का संकेत दिया गया था, लेकिन सिर की चोटों के आधार पर हत्या की संभावना भी बताई गई थी। 7 अप्रैल 1992 को केरल के पुलिस महानिदेशक ने केरल पुलिस की अपराध शाखा को जांच शुरू करने का निर्देश दिया। अपराध शाखा ने 30 जनवरी 1993 को राजस्व मंडल अधिकारी (आर. डी. ओ.) के समक्ष अपनी रिपोर्ट प्रस्तुत की। अपराध शाखा ने निष्कर्ष निकाला कि अभय ने आत्महत्या कर ली थी। पोस्टमार्टम रिपोर्ट के अनुसार, उसकी मौत डूबने से हुई थी। हालांकि ऐसे आरोप थे कि अपराध शाखा ने अदालत से मामले में सबूत जुटाए थे और इसे नष्ट कर दिया था, लेकिन बाद में सीबीआई ने इसे खारिज कर दिया था। सी. बी. आई. ने 29 मार्च 1993 को इस मामले में एफ. आई. आर. दर्ज की थी। सी. बी. आई. ने अपने अधिकारी वर्गीज पी. थॉमस की सीधी देखरेख में सिस्टर अभय की मौत की जांच शुरू की। 29 नवंबर 1996 को सी. बी. आई. ने पहली अंतिम रिपोर्ट जारी की। रिपोर्ट के लेखक ए. के. ओहरी ने कहा कि वह यह निर्धारित नहीं कर सके कि अभय की मृत्यु आत्महत्या थी या हत्या। मुख्य न्यायिक मजिस्ट्रेट की अदालत ने रिपोर्ट को स्वीकार नहीं किया। 9 जुलाई 1999 को, सी. बी. आई. ने सुरिंदर पॉल द्वारा लिखित दूसरी अंतिम रिपोर्ट जारी की। पॉल ने निष्कर्ष निकाला कि अबाह्या की मौत एक हत्या थी, लेकिन वह अपराधियों की पहचान स्थापित नहीं कर सका। पॉल की रिपोर्ट को भी अदालत ने स्वीकार नहीं किया। 25 अगस्त 2005 को सी. बी. आई. ने आर. आर. द्वारा लिखित एक और रिपोर्ट जारी की। सहाय। सहाय ने निष्कर्ष निकाला कि अबाह्या की मौत में किसी के शामिल होने का कोई संकेत नहीं था। रिपोर्ट को फिर से स्वीकार नहीं किया गया। 4 सितंबर 2008 को अदालत ने जांच को सी. बी. आई. की केरल शाखा को सौंप दिया। स्थानीय पुलिस और अपराध शाखा द्वारा मामले में कुछ प्रारंभिक हेरफेर, जिन पर सी. बी. आई. द्वारा आरोप लगाया गया हैः-जाँच रिपोर्ट में अभय के शरीर पर हत्या की चोटों का संकेत नहीं दिया गया था। - मामले में भौतिक साक्ष्य को नष्ट कर दिया गया था और कपड़े फोरेंसिक जांच के अधीन नहीं थे-शरीर पर चोटों को दिखाने वाली तस्वीरों को हटा दिया गया था। - अपराध स्थल से छेड़छाड़ की गई थी या अपराध स्थल से भौतिक साक्ष्य एकत्र नहीं किए गए थे। प्रारंभिक जाँच के दौरान, पोस्टमॉर्टम, रासायनिक जाँच और प्रयोगशाला रिपोर्ट को भी मिटा दिया गया था और फिर अन्य प्रभाव के कारण फिर से लिखा गया था। 30 दिसंबर 1993 को, वर्गीज पी. थॉमस ने सी. बी. आई. की सेवा और अभय की मृत्यु की जांच से इस्तीफा दे दिया। उनके पास सेवा से सेवानिवृत्त होने के लिए सात और साल थे। वह इस निष्कर्ष पर पहुंचे थे कि अभय की मृत्यु हत्या का मामला था और उन्होंने इसे केस डायरी में दर्ज किया था। इसके बाद, 19 जनवरी 1994 को, उन्होंने कोचीन में एक विशेष संवाददाता सम्मेलन बुलाया और घोषणा की कि उन्होंने सी. बी. आई. से इस्तीफा दे दिया है क्योंकि उनकी अंतरात्मा ने उन्हें अपने वरिष्ठ अधिकारी, सी. बी. आई. कोचीन इकाई के तत्कालीन अधीक्षक वी. त्यागराजन द्वारा दिए गए एक मजबूत निर्देश का पालन करने की अनुमति नहीं दी, जिन्होंने वर्गीज पी. थॉमस को केस डायरी में अभय की मौत को आत्महत्या के रूप में दर्ज करने के लिए कहा था। इस संवाददाता सम्मेलन के साथ, श्री अभय के मामले ने पूरे भारत में मीडिया का ध्यान आकर्षित किया और इस मामले पर संसद के साथ-साथ केरल राज्य विधानसभा में भी कई मौकों पर जोरदार बहस हुई। एक्शन काउंसिल ने केरल उच्च न्यायालय में एक और रिट याचिका दायर कर अदालत से वी. त्यागराजन को सीबीआई की कोच्चि इकाई के साथ-साथ जांच से हटाने के लिए कहा। इसके अलावा 3 जून 1994 को केरल राज्य के सभी सांसदों ने संयुक्त रूप से सी. बी. आई. के निदेशक के. विजय राम राव को एक भावुक याचिका प्रस्तुत की, जिसमें उनसे अनुरोध किया गया कि त्यागराजन को अभय की हत्या के मामले में जारी रखने की अनुमति न दी जाए। नतीजतन, एम. एल. सीबीआई के संयुक्त निदेशक शर्मा को अभय की मौत की जांच का प्रभार दिया गया था। फॉरेंसिक सर्जन और कोट्टायम मेडिकल कॉलेज के पूर्व प्राचार्य डॉ. सी. राधाकृष्णन, जिन्होंने मृतक अभय के शरीर का पोस्टमार्टम किया था, ने डूबने से हुई मौत के रूप में रिपोर्ट दी थी। बाद में उन्होंने 1 जनवरी 2009 को मजिस्ट्रेट के समक्ष बयान दिया। अपराध शाखा ने उसे मौत के कारण के बारे में एक निश्चित राय बनाने के लिए अपराध स्थल पर जाने की अनुमति नहीं दी। अपराध शाखा का स्पष्टीकरण है कि मामला राज्य के फोरेंसिक प्रमुख Dr.B.Umadathan को सौंप दिया गया था। डॉ. राधाकृष्णन ने मृतक के शरीर पर छह जानलेवा चोटों का उल्लेख किया। डॉ. राधाकृष्णन द्वारा जारी पोस्टमॉर्टम प्रमाणपत्र के अनुसार श्री अभय को निम्नलिखित पूर्व-पोस्टमार्टम चोटें आई थींः 1. खरोंचदार घाव 1.8x0.5x0.2 से. मी., तिरछा, सिर के पीछे की ओर, ऊपरी छोर कान के शीर्ष से 3 से. मी. पीछे अंत से 3 से. मी. ऊपर है। 2. घाव 1.5x0.5x0.3 सेमी, तिरछा, सिर पर चोट नंबर 1 के पीछे 2.5 सेमी। 3. घास घर्षण 4 x 3 से. मी., धड़ के पीछे की दाहिनी ओर तिरछा, कंधे के ब्लेड के निचले छोर से 9 से. मी. नीचे ऊपर की ओर और अंदर की ओर। 4. घर्षण 1.5x1 से. मी., चोट संख्या 3 से 2 से. मी. नीचे। 5. दाहिने नितंब के बाहरी पहलू पर 12 x 6 से. मी. के क्षेत्र पर कई चराई घर्षण, ऊपरी सीमा इलियाक शिखर से 4 से. मी. नीचे है। चराई की दिशा ऊपर और अंदर की ओर थी। 6. विच्छेदन पर सिर के शीर्ष के बीच में 2 x 2 सेमी क्षेत्र पर खोपड़ी के ऊतक दूषित पाए गए। चोटों Nos.1 और 2 के आसपास 7 x 5 सेमी क्षेत्र पर खोपड़ी के ऊतक भी दूषित पाए गए। खोपड़ी अक्षत थी। मस्तिष्क ने इन दूषित क्षेत्रों के नीचे स्थानीय उप-अरैकनॉइड रक्तस्राव दिखाया। अंतर-कपाल तनाव में वृद्धि का कोई संकेत नहीं है। " सी. बी. आई. का डमी परीक्षण 7 अप्रैल 1995 को सिस्टर अभय की एक पूर्ण आकार की डमी का उपयोग करते हुए, सी. बी. आई. ने उस कुएं में कुछ प्रयोगात्मक परीक्षण किए जहां उनकी लाश मिली थी। पोस्टमॉर्टम रिपोर्ट के आधार पर 17 अप्रैल 1995 को डॉ. एस. के. सवाई मान सिंह मेडिकल कॉलेज, जयपुर के फोरेंसिक विभाग के प्रमुख डॉ. पाठक और एनाटॉमी सेक्शन के पूर्व अध्यक्ष डॉ. महेश वर्मा ने अपनी औपचारिक विशेषज्ञ रिपोर्ट सीबीआई जांच दल को इस आशय से सौंपी कि हत्या की संभावना से इनकार नहीं किया जा सकता है। इसके बाद सी. बी. आई. ने घोषणा की कि हत्यारों को जल्द ही गिरफ्तार कर लिया जाएगा। विरोध प्रदर्शन डमी परीक्षण के बाद कोई गिरफ्तारी नहीं की गई। एक्शन काउंसिल ने 27 नवंबर 1995 को कोच्चि में सी. बी. आई. कार्यालय के सामने विरोध प्रदर्शन किया। बाद में 18 मार्च 1996 को राज्य के पूर्व मुख्यमंत्री ई. के. आडवाणी के नेतृत्व में एक और बड़ी रैली का आयोजन किया गया। नयनार, राज्य की राजधानी तिरुवनंतपुरम में राज्य सचिवालय के सामने। एक बार फिर, 1 जुलाई 1996 को एक्शन काउंसिल ने सीबीआई की निष्क्रियता को चुनौती देते हुए उच्च न्यायालय में एक याचिका दायर की। 20 अगस्त 1996 को उच्च न्यायालय ने सीबीआई को तीन महीने में अपनी जांच पूरी करने का निर्देश दिया। इस बीच, सी. बी. आई. ने मामले में भरोसेमंद सबूत देने वाले किसी भी व्यक्ति को पुरस्कार देने का विज्ञापन किया। 12 अक्टूबर 1996 को केरल के सभी सांसदों ने प्रधानमंत्री से मुलाकात की और उनसे सीबीआई जांच में तेजी लाने का अनुरोध किया। हालाँकि, 6 दिसंबर 1996 को सी. बी. आई. ने एर्नाकुलम के मुख्य न्यायिक मजिस्ट्रेट की अदालत में एक याचिका दायर की जिसमें सबूतों के अभाव में मामले में अपनी जांच को समाप्त करने की मांग की गई। अदालत ने अनुरोध को खारिज कर दिया और सीबीआई को जांच जारी रखने का निर्देश दिया। अदालत ने सी. बी. आई. की आलोचना करते हुए मुख्य न्यायिक मजिस्ट्रेट (सी. जे. एम.) ने सी. बी. आई. को 20 मार्च 1997 के अपने आदेश में मामले की फिर से जांच करने का निर्देश दिया। अदालत ने अपने आदेश में न्याय के उद्देश्यों को विफल करने के लिए कुछ निहित स्वार्थों के प्रति निष्ठा और मिलीभगत के लिए सी. बी. आई. की कड़ी आलोचना की और अदालत ने कहा कि सी. बी. आई. ने पक्षकार को कुछ बहुत महत्वपूर्ण व्यक्ति नहीं बनाया था जो अन्यथा मामले के तथ्यों में स्पष्ट रूप से सामने आए थे। अदालत ने यह भी कहा कि अगर एक ईमानदार और उचित जांच होती तो मामले को आसानी से स्थापित किया जा सकता था। अदालत ने एशियानेट साक्षात्कार का वीडियो कैसेट देखने के बाद के. टी. माइकल ने जांच के पाठ्यक्रम को "प्रभावित" करने के लिए नाम दिया। इस टिप्पणी को बाद में उच्च न्यायालय ने साक्षात्कार के दौरान दिए गए बयानों के कारणों पर विचार करने के बाद हटा दिया था। सीजेएम अदालत ने कहा कि कुछ "अदृश्य हाथ" अभी भी सिस्टर अभय हत्या मामले को विफल करने की कोशिश कर रहे थे, यह देखते हुए कि ये बल जांच एजेंसियों और सरकारी अधिकारियों को प्रभावित करने की कोशिश कर रहे थे। उच्च न्यायालय का नया हस्तक्षेप द एक्शन काउंसिल ने 30 मई 1997 को फिर से जांच के लिए सीजेएम के निर्देश का पालन न करने के खिलाफ केरल उच्च न्यायालय में एक जनहित याचिका दायर की। उच्च न्यायालय ने अपने आदेश में सी. बी. आई. को आदेश की तारीख से दस दिनों के भीतर जांच में हुई प्रगति की रिपोर्ट अदालत को वापस करने का निर्देश दिया। सी. बी. आई. की ओर से पर्याप्त विफलता और रुचि की कमी के कारण, उच्च न्यायालय ने सी. बी. आई. के निदेशक को मामले की जांच के लिए नई दिल्ली से एक विशेष दल नियुक्त करने का निर्देश दिया। अतः पी. डी. नई दिल्ली से सी. बी. आई. के अधीक्षक मीणा और उनकी टीम ने एक महीने तक जांच की और उच्च न्यायालय को रिपोर्ट दी। सी. बी. आई. आश्वस्त थी कि अभय की मृत्यु वास्तव में हत्या थी। हालांकि, सी. बी. आई. की रिपोर्ट में कहा गया है कि सबूतों की कमी के कारण मामले में आगे जाना संभव नहीं था। उच्च न्यायालय ने 28 सितंबर 1998 को फिर से सी. बी. आई. को 12 अक्टूबर 1998 को या उससे पहले पुनः जांच की अपनी अंतिम रिपोर्ट दाखिल करने का निर्देश दिया। मजिस्ट्रेट अदालत ने बाद में पुष्टि की कि यह दिखाने के लिए स्पष्ट सबूत हैं कि स्थानीय पुलिस और अपराध शाखा द्वारा की गई जांच में भाग लेने वाले कुछ अधिकारी इस मामले को आत्महत्या के मामले के रूप में संदर्भित करना चाहते थे। इन टिप्पणियों को बाद में उच्च न्यायालय ने हटा दिया था। 2007 के बाद के घटनाक्रम द न्यू इंडियन एक्सप्रेस (12 अप्रैल 2007) के तिरुवनंतपुरम ब्यूरो के वरिष्ठ रिपोर्टर बी. श्रीजन की एक रिपोर्ट में कहा गया है कि सिस्टर सेफी के योनि स्वाब और योनि स्मीयर की मूल रासायनिक परीक्षा रिपोर्ट में छेड़छाड़ की गई है। रासायनिक परीक्षा प्रयोगशाला की कार्यपुस्तिका रिपोर्ट की पांडुलिपि में चार स्थानों पर अति-लेखन दिखाया गया है। एक श्वेतक और एक अलग स्याही का उपयोग करके, शब्द का पता लगाने वाले शब्द में नहीं शब्द जोड़ा गया है। प्रयोगशाला ने समझाया कि पांडुलिपि में सुधार करना काफी सामान्य था। यहां तक कि पहले जांच अधिकारी वर्गीज पी थॉमस ने कहा कि पोस्टमॉर्टम और लैब रिपोर्ट ने बलात्कार को खारिज कर दिया है, जिससे रिपोर्ट की सत्यता पर संदेह की कोई गुंजाइश नहीं बची है। नार्को विश्लेषण परीक्षण अगस्त 2007 में अपनी जांच के हिस्से के रूप में, सी. बी. आई. ने फा. थॉमस कोट्टूर, फा. जोस पुथ्रिकायिल, सीनियर सेफी और कुछ अन्य जिन्हें वे मानते थे कि मामले के बारे में जानकारी थी। नार्को एनालिसिस टेस्ट रिपोर्ट और सी. डी. को मुख्य न्यायिक मजिस्ट्रेट अदालत और उच्च न्यायालय को भेजा गया था। ऐसे आरोप थे कि नार्को विश्लेषण परीक्षणों से संबंधित सीडी में हेरफेर किया गया था। केरल उच्च न्यायालय के न्यायमूर्ति रामकुमार ने बैंगलोर केंद्र के सहायक निदेशक डॉ. मालिनी को प्रश्नावली भेजी, जहाँ नार्को विश्लेषण किया गया था। प्रयोगशाला ने किसी भी हेरफेर से इनकार किया। लेकिन केस डायरी के आधार पर अभियुक्त की जमानत याचिका पर सुनवाई करने वाली न्यायमूर्ति हेमा ने उल्लेख किया कि नार्को विश्लेषण सीडी में हेरफेर किया गया होगा और वे चाहती थीं कि मूल को अदालत में पेश किया जाए। डॉ. मालिनी को उनके जन्म प्रमाण पत्र में जालसाजी करने के आरोप में सेवा से बर्खास्त कर दिया गया है। सी. डी. ए. सी. त्रिवेंद्रम, एर्नाकुलम सी. जे. एम. अदालत द्वारा नार्को सी. डी. एस. की प्रस्तुतियों को सत्यापित करने का आदेश देता है कि वे परीक्षणों के लिए सुसज्जित नहीं हैं। सी. डी. आई. टी. को परीक्षण के लिए सी. डी. दी जाती है। सी. डी. आई. टी. ने यह निष्कर्ष प्रस्तुत किया कि सी. डी. में 30 से अधिक बार छेड़छाड़ की गई है। अदालत ने सीबीआई को मूल सीडी का पता लगाने का आदेश दिया। 10 दिनों के भीतर। सी. बी. आई. डॉ. मालिनी सहित फोरेंसिक लैब के अधिकारियों से पूछताछ करती है। सी. बी. आई. एक स्पष्ट चेहरा बनाती है और प्रस्तुत करती है कि सी. डी. संपादित नहीं की गई थी। सी. डी. आई. टी. ने सी. बी. आई. के निवेदन को चुनौती दी है। अभय के पिता ने मूल सीडी पेश नहीं करने के लिए सीबीआई के खिलाफ अदालत की अवमानना याचिका दायर की। 11 जनवरी 2008 को केरल उच्च न्यायालय ने सी. बी. आई. को मामले में संदिग्धों पर किए गए नार्को-विश्लेषण परीक्षण का परिणाम दो सप्ताह के भीतर अदालत के समक्ष सीलबंद लिफाफे में पेश करने का निर्देश दिया। अदालत ने आगे निर्देश दिया कि उच्च न्यायालय के अलावा किसी भी तीसरे व्यक्ति को उचित चरण तक परिणामों की सामग्री का खुलासा करने का कोई अधिकार नहीं है। इस संबंध में, सी. बी. आई. ने 21 जनवरी 2008 को अदालत के समक्ष इसे प्रस्तुत किया। अदालत के निर्देश के अनुसार परिणाम सीलबंद लिफाफे में प्रस्तुत किए गए थे। सामुदायिक नेताओं द्वारा मामले में तोड़फोड़ करने की कोशिश करने के आरोप इस बात की अटकलें थीं कि मध्य केरल के एक प्रभावशाली ईसाई राजनीतिक नेता ने केंद्र में तत्कालीन कांग्रेस सरकार को प्रभावित करके मामले में तोड़फोड़ करने की कोशिश की थी। अन्य आरोपों में कैथोलिक चर्च परिषद जांच के परिणाम को प्रभावित करने की कोशिश कर रही थी। अन्य लोगों ने यह भी आरोप लगाया कि कार्रवाई परिषद और उनके संयोजक और उनके गुप्त वित्तीय समर्थकों के निरंतर दबाव के कारण बहुत सारे वास्तविक अच्छे सुरागों का कभी पालन या जांच नहीं की गई। गिरफ्तारी सी. बी. आई. ने 19 नवंबर 2008 को दो कैथोलिक पादरी, थॉमस कोट्टूर (एक अन्य प्रकाशन में कोट्टूर लिखा गया) और जोस पुथुरुक्कायिल और एक बहन, सिस्टर सेफी को गिरफ्तार किया। 22 नवंबर 2008 को कोट्टायम के आर्चडीओसीज के पूर्व प्रमुख आर्कबिशप कुरियाकोस कुन्नाचेरी को पूछताछ के लिए बुलाया गया था। सी. बी. आई. ने 24 नवंबर 2008 को कोच्चि में अपने कार्यालय में कोट्टायम आर्कबिशप मैथ्यू मूलेकट से पूछताछ की। 25 नवंबर 2008 को वी. वी. प्रारंभिक मामले की जांच के दौरान प्रथम सूचना रिपोर्ट तैयार करने वाले सहायक उप निरीक्षक ऑगस्टीन को मृत पाया गया। पुलिस ने कहा कि उसने अपनी कलाई की धमनी काटकर और जहर खाकर आत्महत्या कर ली। एक सुसाइड नोट में सीबीआई द्वारा मानसिक यातना का हवाला दिया गया है। सी. बी. आई. ने आरोप लगाया था कि ऑगस्टीन ने सबूत नष्ट कर दिए थे और मामले को आत्महत्या के रूप में बंद कर दिया था, लेकिन केस डायरी से पता चला कि यह ऑगस्टीन ही था जिसने हत्या की संभावना की ओर इशारा किया था। उन्होंने रिकॉर्ड किया था कि अभय ने भोजन कक्ष में कुछ आपत्तिजनक देखा होगा और उन्हें चुप कराया जा सकता था। अपनी व्यक्तिगत डायरी में, ऑगस्टीन ने लिखा कि कैसे सीबीआई ने उन पर यह कहने के लिए दबाव डाला कि वरिष्ठ पुलिस अधिकारियों ने उन्हें प्रभावित करने की कोशिश की। 02 और 29 दिसंबर, 2008 को सी. बी. आई. ने एर्नाकुलम के मुख्य न्यायिक मजिस्ट्रेट पी. डी. सोमन के समक्ष बयान दिया। सी. बी. आई. के अनुसार, उनकी ब्रेन-मैपिंग और नार्को विश्लेषण जांच से पता चला कि अभय 27 मार्च 1992 को सुबह जल्दी उठी, सीढ़ियों से उतरी और रेफ्रिजरेटर से पानी पीने के लिए छात्रावास की रसोई में गई। सेफ़ी ने अभय को कुल्हाड़ी ('कोडाली') से सिर के पीछे तीन बार मारा। इसके बाद वह गिर पड़ा। यह सोचकर कि अभय की मृत्यु हो गई है, कोट्टूर और पुथ्रिकायिल ने सेफी की सहायता से अभय के शरीर को उठाया, उसे रसोई से बाहर निकाला और उसे इमारत के पीछे एक कुएं में फेंक दिया। 1 जनवरी 2009 को केरल उच्च न्यायालय की न्यायाधीश के. हेमा ने कैथोलिक पादरी थॉमस कूटूर और जोस पुथरुककील और सिस्टर सेफी को सशर्त जमानत दे दी। सी. बी. आई. ने मुख्य न्यायाधीश से अनुरोध किया था कि जमानत याचिका को हेमा की अदालत से बाहर ले जाया जाना चाहिए क्योंकि वह "मामले के प्रति पूर्वाग्रह से ग्रस्त" थीं। हेमा ने पाया कि सी. बी. आई. के वकील की दलीलें केस डायरी के बजाय मीडिया में आने वाली कहानियों पर आधारित थीं। वकील ने जवाब दिया कि पिछली अदालतों ने दलीलों को स्वीकार कर लिया था। केस डायरी के आधार पर, हेमा ने पाया कि सी. बी. आई. की जाँच "इस मामले में उद्देश्य के बजाय केवल छाया का पीछा था। यह पीछा केवल एक व्यर्थ अभ्यास है। जाँच का अर्थ है किसी स्थिति, घटना, अपराध आदि के तथ्यों की सावधानीपूर्वक जाँच करना, ताकि इसके बारे में सच्चाई का पता लगाया जा सके या यह कैसे हुआ। बिना किसी सबूत के पहले लक्ष्य तय करना और फिर सबूत की तलाश करना नहीं है। हेमा ने मीडिया और जनता की भी आलोचना की, जिसने मामले के तथ्यों के बारे में बहुत कम जानकारी देते हुए फैसला सुनाया, जिसमें केस डायरी के 24 खंड, चिकित्सा रिपोर्ट और डॉक्टरों के बयान शामिल हैं। हेमा ने बिना किसी सबूत के स्थानीय पुलिस और अपराध शाखा के अधिकारियों के खिलाफ मीडिया, जनता और सी. बी. आई. द्वारा प्रचारित आरोपों का भी उल्लेख किया। हेमा ने इस तर्क का खंडन किया कि एएसआई ऑगस्टीन ने तथ्यों को दबाने की कोशिश की। केस डायरी इंगित करती है कि यह ऑगस्टीन था, जो केवल दो दिनों के लिए मामले का प्रभारी था, ने हत्या की संभावना दर्ज की। हेमा ने यह भी कहा कि केस डायरी में कहीं भी इस बात का उल्लेख नहीं है कि चर्च ने जांच को प्रभावित करने की कोशिश की थी। हेमा ने नार्को विश्लेषण सीडी की विश्वसनीयता पर भी टिप्पणी की और मूल सीडी के उत्पादन का आदेश दिया। 18 दिसंबर 2008 को केरल कौमुदी ने जमानत की सुनवाई के दौरान हेमा के आचरण की आलोचना करते हुए एक संपादकीय लिखा। उच्च न्यायालय की एक खंड पीठ ने संपादकीय के आधार पर अखबार के खिलाफ अदालत की अवमानना की आपराधिक कार्यवाही शुरू की। इसके बाद, केरल कौमुदी ने माफी मांगी, जिसे उच्च न्यायालय ने स्वीकार कर लिया। सी. बी. आई. ने 17 जुलाई 2009 को आरोप पत्र दायर किया, सी. बी. आई. के डी. एस. पी. नंदकुमार नायर ने मुख्य न्यायिक मजिस्ट्रेट एर्नाकुलम की अदालत में एक आरोप पत्र दायर किया, जिसमें फादर्स कोट्टूर और पुथ्रिकायिल और सिस्टर सेफी पर हत्या, सबूतों को नष्ट करने और मानहानि का आरोप लगाया गया। कथित स्वीकारोक्ति सितंबर 2009 में, टेप, जिन पर तीन अभियुक्तों पर सीबीआई एजेंटों द्वारा किए गए नार्को परीक्षणों की रिकॉर्डिंग होने का दावा किया गया था, एक स्थानीय टेलीविजन स्टेशन कैराली टीवी को लीक कर दिया गया था। इनसे फादर जोस पुथ्रिकायिल, फादर थॉमस एम. कोट्टूर और सिस्टर सेफी के कथित इकबालिया बयानों का पता चला, जो सभी बेहोशी की स्थिति में थे। यूट्यूब पर अपलोड किए गए वीडियो में संदिग्धों को सच्चाई सीरम का इंजेक्शन लगाने के बाद हत्या की रात के दौरान क्या हुआ, इसका विवरण दिखाया गया है। यह स्पष्ट नहीं था कि टेप प्रामाणिक थे या अदालत ने इसे सबूत के रूप में स्वीकार किया था। 2018 के घटनाक्रम जनवरी 2018 में, रिपोर्टों ने संकेत दिया कि पूर्व पुलिस अधीक्षक, के. टी. विशेष सीबीआई अदालत के आदेश के आधार पर माइकल को मामले में अभियुक्तों की सूची में शामिल किया गया था। माइकल, जो प्रारंभिक पुलिस जाँच का हिस्सा था, पर पीड़ित के वस्त्र और डायरी जैसे सबूतों को कथित रूप से नष्ट करने का आरोप लगाया गया था। आरोपों के खिलाफ उच्च न्यायालय में दायर एक मामले के बाद उनका नाम हटा दिया गया था। मार्च 2018 में, फादर जोस पुथरुकायिल को विशेष सीबीआई अदालत ने बरी कर दिया, जिसने अभियोजकों की ओर से पर्याप्त सबूत खोजने में विफलता का हवाला दिया जो साबित करता है कि आरोपी हत्या के दिन कॉन्वेंट गया था। अन्य दो की आरोपमुक्त करने की याचिकाओं को खारिज कर दिया गया। ट्रायल कोर्ट का फैसला 22 दिसंबर 2020 को, 28 साल की जांच के बाद, सीबीआई कोर्ट ने फादर कोट्टूर और सिस्टर सेफी को हत्या का दोषी पाया। फैसले का श्रेय प्रमुख गवाह अदक्का राजू को दिया जाता है, जो लूटपाट के दौरान हत्या के स्थल पर आया था। गवाह का साक्ष्य मुकदमे में महत्वपूर्ण साबित हुआ क्योंकि कई अन्य गवाह अपनी गवाही से मुकर गए और वह एकमात्र व्यक्ति था जिसने धमकियों और रिश्वत के सामने आत्मसमर्पण नहीं किया। 23 दिसंबर 2020 को, सी. बी. आई. अदालत ने दोनों को आजीवन कारावास की सजा सुनाई और प्रत्येक पर 5 लाख का जुर्माना लगाया। मामले के बारे में चर्च की ओर से पहली प्रतिक्रिया फैसले के ठीक बाद आई और उसने कहा कि फैसला अविश्वसनीय है और दोनों दोषियों को उच्च न्यायालयों में अपनी बेगुनाही साबित करने का अधिकार है। ट्रायल कोर्ट की सजा का विवरण (1) आरोपी फादर थॉमस कोट्टूर और सिस्टर सेफी को आजीवन कारावास की सजा सुनाई जाती है और भारतीय दंड संहिता की धारा 302 आर/डब्ल्यू 34 के तहत अपराध के लिए उनमें से प्रत्येक पर 1.00 करोड़ रुपये का जुर्माना लगाया जाता है, जुर्माने का भुगतान करने में विफल रहने पर, वह दो साल की अवधि के लिए साधारण कारावास से गुजरेगा। (2) फादर थॉमस कोट्टूर और सिस्टर सेफी को सात साल के लिए कठोर कारावास से गुजरना होगा और भारतीय दंड संहिता की धारा 201 आर/डब्ल्यू 34 के तहत अपराध के लिए उनमें से प्रत्येक पर एक-एक लाख रुपये का जुर्माना लगाया जाता है, जुर्माने का भुगतान न करने पर, दोषियों को एक साल की अवधि के लिए साधारण कारावास से गुजरना होगा। (3) अभियुक्त फादर थॉमस कोट्टूर को भी आजीवन कारावास की सजा सुनाई गई है और भारतीय दंड संहिता की धारा 449 के तहत अपराध के लिए उस पर जुर्माना लगाया गया है, जुर्माने का भुगतान करने में विफल रहने पर, वह एक वर्ष की अवधि के लिए साधारण कारावास से गुजरेगा। फादर थॉमस कोट्टूर और सिस्टर सेफी की सजाएं एक साथ चलेंगी। आरोपी फादर थॉमस कोट्टूर केंद्रीय जेल, तिरुवनंतपुरम के लिए प्रतिबद्ध है और आरोपी सिस्टर सेफी महिला जेल, तिरुवनंतपुरम के लिए प्रतिबद्ध है, ताकि दी गई सजा को पूरा किया जा सके। उद्देश्य सी. बी. आई. ने नवंबर 2008 के अंत और दिसंबर 2008 की शुरुआत में केरल उच्च न्यायालय को सूचित किया कि सिस्टर अभय ने गलती से सिस्टर सेफी और अन्य दो आरोपी पादरियों पर "आपत्तिजनक स्थिति" में घुसपैठ कर ली थी। सिस्टर सेफ़ी घबरा गई और पल भर में, सेफ़ी ने अभय को एक कुल्हाड़ी से मारा जो जलाऊ लकड़ी काटने के लिए थी। तीनों अभियुक्तों ने मिलकर अभय के शव को कुएं में फेंक दिया। सी. बी. आई. ने उच्च न्यायालय को अपराध को छिपाने के लिए अभियुक्त द्वारा की गई उल्लेखनीय देखभाल के बारे में भी सूचित किया। इसमें हाइमेन-रिस्टोरेशन (हाइमेनोप्लास्टी या हाइमेनोराफी) प्रक्रिया शामिल थी जो कथित तौर पर चर्च के अस्पताल में सिस्टर सेफ़ी द्वारा की गई थी, जिसका पता 2008 के अंत में उन पर किए गए स्त्री रोग संबंधी परीक्षणों के माध्यम से चला था। इसके अलावा उसके लटकते स्तनों को भी नियमित यौन संबंधों के परिणामस्वरूप गिना जाता था। अभियुक्त ने इसका पुरजोर खंडन किया। अभियुक्त के वकील ने सी. बी. आई. को यह साबित करने की चुनौती दी कि भारत में कभी भी इस तरह का अभियान चलाया गया है। इसके अलावा, जिस इमारत में अपराध किया गया था, उसे कथित रूप से दृश्य को विकृत करने के लिए जीर्णोद्धार कार्य की आड़ में बड़े पैमाने पर फिर से बनाया गया था। पॉप संस्कृति में 1999 की मलयालम फिल्म क्राइम फाइल, जिसमें सुरेश गोपी ने मुख्य भूमिका निभाई थी, के मधु नायर द्वारा निर्देशित थी, सिस्टर अभय की हत्या से प्रेरित थी। इसके जारी होने के बाद, केरल में कैथोलिकों के विरोध के बाद चरमोत्कर्ष को फिर से शूट किया गया और इसके मूल संस्करण से बदल दिया गया। ।