If someone who doesn't know your background says that you sound like a native speaker, it means they probably noticed something about your speaking that made them realize you weren't a native speaker. In other words, you don't really sound like a native speaker.
Se qualcuno che non conosce il tuo background dice che sembri un madrelingua, significa che probabilmente ha notato qualcosa sul tuo modo di parlare che ha fatto capire che non eri un madrelingua. In altre parole, non sembri davvero un madrelingua.