If someone who doesn't know your background says that you sound like a native speaker, it means they probably noticed something about your speaking that made them realize you weren't a native speaker. In other words, you don't really sound like a native speaker.
Jos joku, joka ei tunne taustaasi, sanoo että kuulostat syntyperäiseltä puhujalta, se tarkoittaa että hän todennäköisesti huomasi puheessasi jotain, joka sai hänet tajuamaan, että et ole syntyperäinen puhuja. Toisin sanoen, et oikeasti kuulosta syntyperäiseltä puhujalta.