Several software packages exist for short read alignment, and recently specialized algorithms for transcriptome alignment have been developed, e.g.
קיימות מספר ערכות תוכנה ליישור קריאות קצרות (short read alignment), ולאחרונה אף פותחו אלגוריתמים מיוחדים ליישור טרנסקריפטומים כגון TopHat ו-Cufflinks.