The waste from the animals, together with the fertilizers and pesticides used to produce feed, generate large quantities of nitrogen oxides.
Vysoká koncentrace zvířat ve stěsnaných prostorách navíc usnadňuje šíření nakažlivých nemocí, které se mohou rozšířit na lidi, například ptačí chřipky. A opatření používaná ke zmírnění tohoto rizika, kupříkladu podávání nízkých dávek antibiotik za účelem prevence nemocí (a podpory růstu), vyvolávají krizi veřejného zdravotnictví, jelikož posilují rezistenci vůči antimikrobiálním lékům.