The only unanticipated effects so far have been beneficial.
Například GM kukuřice rezistentní vůči hmyzu vykazuje mnohem nižší hodnoty kontaminace mykotoxinem než konvenčně či organicky pěstovaná kukuřice, jelikož rostliny jsou rezistentní vůči hmyzím larvám vrtajícím do nich dírky, jimiž pak do nich pronikají plísně.