To understand why, consider that their proposal for a permanent Council President was paired with a proposal that the Commission President--currently nominated by the Council of Ministers--should in future be elected by the European Parliament, and subsequently be endorsed by a majority vote of the Council of Ministers.
Pour comprendre pourquoi, considérons que leur proposition d'un président permanent du Conseil était couplée avec une proposition stipulant que le président de la Commission, actuellement nommé par le Conseil des ministres, soit élu à l'avenir par le Parlement européen puis appuyé par un vote majoritaire du Conseil des ministres.