เวียงกุมกาม
เวียงกุมกามล่มสลายลงเพราะเกิดน้ำท่วมครั้งใหญ่ โดยช่วงเวลานี้อยู่ในช่วงระหว่างปี พ.ศ. 2101 - 2317 ซึ่งตรงกับสมัยพม่าปกครองล้านนา พม่าปกครองล้านนาเป็นเวลาสองร้อยกว่าปี แต่ไม่ปรากฏหลักฐานที่กล่าวถึงเวียงกุมกามทั้งๆที่เหตุการณ์น้ำท่วมครั้งใหญ่นี้เป็นเรื่องร้ายแรงมากและสมควรที่จะบันทึกไว้ แต่ก็ไม่มีการบันทึกไว้ในประวัติศาสตร์ใดเลย ผลของการเกิดน้ำท่วมนี้ทำให้เวียงกุมกามถูกฝังจมลงอยู่ใต้ตะกอนดินจนยากที่จะฟื้นฟูกลับมา สภาพวัดต่างๆ และโบราณสถานที่สำคัญเหลือเพียงซากวิหารและเจดีย์ร้างที่จมอยู่ดินในระดับความลึกจากพื้นดินลงไปประมาณ 1.50 -2.00 เมตร โดยวัดที่จมดินลึกที่สุดคือวัดอีค่าง รองลงมาคือ วัดปู่เปี้ย และวัดกู่ป่าด้อม
อาณาจักรอยุธยา
หลังพระเจ้าบุเรงนองเสด็จสวรรคตเมื่อ พ.ศ. 2124 สมเด็จพระนเรศวรมหาราชทรงประกาศเอกราชแก่กรุงศรีอยุธยาอีกสามปีให้หลัง อยุธยาต่อสู้ป้องกันการรุกรานของรัฐหงสาวดีหลายครั้ง จนในครั้งสุดท้าย สมเด็จพระนเรศวรมหาราชทรงปลงพระชนม์เมงจีสวา (Mingyi Swa) อุปราชาของราชวงศ์ตองอูได้ในสงครามยุทธหัตถีเมื่อ พ.ศ. 2135 จากนั้น อยุธยากลับเป็นฝ่ายบุกบ้าง โดยยึดชายฝั่งตะนาวศรีทั้งหมดขึ้นไปจนถึงเมาะตะมะใน พ.ศ. 2138 และล้านนาใน พ.ศ. 2145 สมเด็จพระนเรศวรมหาราชทรงถึงกับรุกรานเข้าไปในพม่าลึกถึงตองอูใน พ.ศ. 2143 แต่ทรงถูกขับกลับมา หลังสมเด็จพระนเรศวรมหาราชเสด็จสวรรคตเมื่อ พ.ศ. 2148 ตะนาวศรีตอนเหนือและล้านนาก็ตกเป็นของรัฐอังวะ อีกใน พ.ศ. 2157[14] อยุธยาพยายามยึดรัฐล้านนาและตะนาวศรีตอนเหนือกลับคืนระหว่าง พ.ศ. 2205-07 แต่ล้มเหลว[15]