เหตุผลวิบัติ
เหตุผลวิบัติสามารถจำแนกออกได้ในหลายรูปแบบ ยกตัวอย่างเช่น เหตุผลวิบัติอย่างเป็นทางการ เกิดจากหลักตรรกะที่ไม่ถูกต้อง เหตุผลวิบัติอย่างไม่เป็นทางการ ไม่เกี่ยวข้องกับการพิจารณาว่าผิดตามหลักตรรกะ และเหตุผลวิบัติเกี่ยวกับถ้อยคำ ซึ่งเกิดจากการใช้ภาษาชักนำให้เกิดความเข้าใจผิด เช่น การพูดกำกวม หรือการพูดมากโดยไม่จำเป็น
การบําบัดทางความคิดและพฤติกรรม
แต่ว่าวิธีการที่ใช้ในงานวิจัย CBT ไม่ใช่เรื่องเดียวที่ถูกคัดค้าน
นักวิชาการท่านอื่นตั้งข้อสงสัยทั้งในทฤษฎีและการบำบัดของ CBT
ยกตัวอย่างเช่น นักเขียนท่านหนึ่งกล่าวว่า CBT ไม่ได้ให้โครงสร้างของการคิดแบบที่ชัดเจนและถูกต้อง
คือ เขากล่าวว่า มันแปลกมากที่นักทฤษฎีเกี่ยวกับ CBT จะได้พัฒนาโครงสร้างเพื่อกำหนดความคิดที่บิดเบือน โดยไม่พัฒนาโครงสร้างของความคิดที่ชัดเจน หรืออะไรที่เป็นความคิดที่ถูกสุขภาพและปกติ
นอกจากนั้นแล้ว ยังกล่าวว่า การคิดที่ไม่สมเหตุผล (irrational) ไม่อาจจะเป็นแหล่งให้เกิดทุกข์ทางใจหรือทางอารมณ์ เมื่อไม่มีหลักฐานว่าความคิดที่สมเหตุผลเป็นเหตุให้มีสุขภาพทางใจที่ดี
และข้อมูลจากจิตวิทยาสังคมก็ได้แสดงแล้วด้วยว่า ความคิดปกติของบุคคลทั่วไปบางครั้งไม่สมเหตุผล แม้บุคคลที่จัดว่ามีสุขภาพจิตดี
นักเขียนยังกล่าวอีกด้วยว่า ทฤษฎี CBT ไม่เข้ากับหลักพื้นฐานและผลงานวิจัยเกี่ยวกับความสมเหตุสมผล (rationality) และแม้แต่ไม่สนใจกฎหลายอย่างทางตรรกศาสตร์
เขาอ้างว่า CBT ได้ทำเรื่องความคิดให้กลายเป็นเรื่องใหญ่และจริงเกินกว่าความคิดจริง ๆ เป็น
คำค้านอื่น ๆ ของเขารวมทั้ง การดำรงสถานะเดิม (status quo) ตามที่โปรโหมตโดย CBT, การสนับสนุนคนไข้ให้หลอกลวงตัวเอง, วิธีการวิจัยที่ไม่ดี และหลักการบางอย่างของ CBT รวมทั้ง "หลักอย่างหนึ่งของการบำบัดความคิดก็คือ ยกเว้นวิธีการที่คนไข้คิด ทุกอย่างดีหมด"