สงครามโบชิน
สงครามครั้งนี้มีรากเหง้ามาจากความไม่พอใจในบรรดาขุนนางและซามูไรหนุ่มจำนวนมากจากการจัดการกับคนต่างด้าวของรัฐบาลโชกุนหลังการเปิดประเทศญี่ปุ่นเมื่อทศวรรษก่อน อิทธิพลของชาติตะวันตกที่เพิ่มขึ้นในเศรษฐกิจนำไปสู่ความเสื่อมที่คล้ายกับประเทศทวีปเอเชียอื่นในเวลาไล่เลี่ยกัน พันธมิตรซามูไรตะวันตก โดยเฉพาะอย่างยิ่งแคว้นโชชู แคว้นซัตสึมะ และแคว้นโทะซะ และข้าราชบริพาร ยึดการควบคุมราชสำนักจักรพรรดิและมีอิทธิพลต่อจักรพรรดิเมจิวัยหนุ่ม โทกูงาวะ โยชิโนบุ โชกุนในเวลานั้น ตระหนักถึงสถานการณ์ที่หมดหวังของตน จึงสละอำนาจทางการเมืองคืนแก่จักรพรรดิ โยชิโนบุหวังว่าเมื่อทำดังนี้ จะสามารถรักษาตระกูลโทกูงาวะและเข้ามีส่วนร่วมในรัฐบาลอนาคต
การฟื้นฟูเมจิ
หลังจากนั้นไม่นาน ในเดือนมกราคม ค.ศ. 1868 ก็เกิดสงครามโบะชิง ขึ้น การปะทะครั้งแรกคือยุทธการโทะบะ-ฟุชิมิ เป็นศึกระหว่างพันธมิตรแคว้นซัสโช กับกองทัพของอดีตโชกุน ซึ่งกองทัพของโชกุนก็พ่ายแพ้ ส่งผลให้จักรพรรดิมีพระราชอำนาจเต็มเหนืออดีตโชกุนโยะชิโนะบุอย่างสมบูรณ์ ในวันที่ 3 มกราคม ค.ศ. 1869 จักรพรรดิเมจิมีพระบรมราชโองการประกาศฟื้นฟูพระราชอำนาจอย่างเป็นทางการ