จุลชีววิทยา
แบคทีเรียถูกค้นพบเป็นครั้งแรกโดย แอนโทนี แวน ลีเวนฮุค ในปี 1676 (พ.ศ. 2219) โดยใช้กล้องจุลทรรศน์เลนส์เดียวที่เขาออกแบบเองส่องจนพบ เขาได้รับการยกย่องว่าเป็นนักจุลชีววิทยาคนแรกของโลก
แบคทีเรียดื้อยา
ใน ค.ศ. 1952 มีการค้นพบการดื้อยาเพนิซิลลินในแบคทีเรียบางสายพันธุ์ ซึ่งเป็นช่วงเวลาก่อนที่จะมีการนำยาดังกล่าวมาใช้ในทางคลินิก นอกจากนี้ยังมีการค้นพบว่ามีการดื้อยาสเตรปโตมัยซินของแบคทีเรียบางชนิดในช่วงเวลาก่อนหน้านั้นอีกด้วย ต่อมาใน ปี ค.ศ. 1962 ได้มีการตรวจพบเอนไซม์เพนิซิลิเนสในเอนโดสปอร์ของแบคทีเรีย "Bacillus licheniformis" ซึ่งเอนไซม์ดังกล่าวเป็นเอนไซม์ที่ทำลายโครงสร้างหลักของยากลุ่มเพนิซิลลิน จากดินแห้งบนรากพืชที่ถูกเก็บไว้ในพิพิธภัณฑ์บริติชตั้งแต่ปี ค.ศ. 1689 นอกจากนั้น การศึกษาจุลชีพในทางเดินอาหารของวิลเลียม เบรน (William Braine) และจอห์น ฮาร์ทเนลล์ (John Hartnell) ซึ่งเป็นลูกเรือที่เสียชีวิตในการเดินสำรวจมหาสมุทรอาร์กติกของจอห์น แฟรงคลิน (Franklin's lost expedition) พบแบคทีเรียสกุล "Clostridium" จำนวน 6 สเตรนที่ดื้อต่อเซโฟซิตินและคลินดามัยซิน