ธรรมยุติกนิกาย
ธรรมยุติกนิกาย หรือ คณะธรรมยุต เป็นคณะสงฆ์ที่พระวชิรญาณเถระทรงตั้งขึ้นเพื่อฟื้นฟูศาสนาพุทธในสยาม และแก้ไขวัตรปฏิบัติให้ถูกต้องตามพระธรรมวินัย เมื่อพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวผนวชอยู่นั้น ได้ทรงศึกษาพระไตรปิฎกอย่างแตกฉานทำให้มีพระวิจารณญาณเกี่ยวกับความเป็นมาของพระพุทธศาสนา และความประพฤติปฏิบัติของพระภิกษุสามเณรได้อย่างละเอียดถี่ถ้วน เป็นเหตุให้มีพระราชดำริในอันที่จะฟื้นฟูการสั่งสอนพระพุทธศาสนา และการประพฤติปฏิบัติของพระสงฆ์ให้ถูกต้องตามพระธรรมวินัยตามที่ได้ทรงศึกษา และทรงพิจารณาสอบสวนจนเป็นที่แน่แก่พระราชหฤทัยว่าถูกต้องเป็นจริงอย่างไร แล้วพระองค์ได้ทรงนำประพฤติปฏิบัติขึ้นก่อน หรือกล่าวอีกอย่างหนึ่งก็คือ ทรงเริ่มแก้ไขที่พระองค์เองเป็นอันดับแรก ต่อมาเมื่อมีบุคคลอื่นเห็นชอบและนิยมตาม จึงได้มีผู้ประพฤติปฏิบัติตามอย่างพระองค์ขึ้น และมีจำนวนมากขึ้นเป็นลำดับ จนเกิดเป็นพระสงฆ์หมู่หนึ่ง หรือนิกายหนึ่ง ที่ได้ชื่อในภายหลังว่า ธรรมยุติกนิกาย หรือที่เรียกสั้น ๆ ว่า “ธรรมยุต” อันมีความหมายว่า ผู้ประกอบด้วยธรรม หรือชอบด้วยธรรม หรือยุติตามธรรม ทั้งนี้ก็เพราะว่าพระสงฆ์นี้เกิดขึ้นด้วยมุ่งแสวงหาว่า ข้อใดเป็นธรรม เป็นวินัย เป็นสัตถุศาสน์ (คือคำสั่งสอนของพระศาสดา) แล้วปฏิบัติข้อนั้น เว้นข้อที่ไม่เป็นธรรม ไม่เป็นวินัย ไม่เป็นสัตถุศาสน์ แม้จะเป็นอาจินปฏิบัติ (ข้อปฏิบัติตามกันมาแต่ผิดพระธรรมวินัย) พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว มีพระบรมราชโองการ ให้ประกาศใช้พระราชบัญญัติลักษณะการปกครองคณะสงฆ์ขึ้น เป็นครั้งแรกในประเทศไทย พระราชบัญญัติฉบับนี้มีชื่อว่า พระราชบัญญัติคณะสงฆ์ ร.ศ. 121 มีสาระสำคัญคือได้ยกสถานะคณะธรรมยุติ ให้เป็นนิกายอย่างถูกต้องตามกฎหมาย
ธรรมยุติกนิกาย
ทรงตั้งธรรมเนียมนมัสการพระเช้าค่ำ ที่เรียกว่าทำวัตรเช้า ทำวัตรค่ำ เป็นประจำ และทรงพระราชนิพนธ์บทสวดเป็นภาษาบาลี เป็นคาถา เป็น จุณณิยบท ซึ่งใช้แพร่หลายมาจนถึงปัจจุบันนี้ มีการรักษาศีลอุโบสถ และแสดงพระธรรมเทศนาเวลาสามโมงเช้าและบ่ายสามโมง ในวันธรรมสวนะและวันอุโบสถ เดือนละ 4 ครั้ง ทรงปฏิรูปการเทศน์และการอธิบายธรรมทรงเริ่มการเทศนาด้วยฝีพระโอษฐ์ ชวนให้ผู้ฟังเข้าใจง่ายและเกิดศรัทธา ไม่โปรดเขียนหนังสือไว้เทศน์นอกจากนี้ยังทรงฝึกหัดศิษย์ให้ปฏิบัติตาม ทรงอธิบายเพื่อให้คนเข้าใจในเนื้อหาของหลักธรรม เผยแพร่หลักธรรมสู่ราษฎร อธิบายหลักอันยุ่งยากซับซ้อน คณะสงฆ์ธรรมยุติได้เพิ่มบทสวดมนต์ภาษาไทยลงไป ทำให้คนนิยมฟังเป็นอันมาก ทรงกำหนดวันมาฆบูชาเป็นวันสำคัญทางศาสนาเพิ่มขึ้นจากวันวิสาขบูชา ทรงพระราชนิพนธ์คำบูชา และวางระเบียบให้เดินเวียนเทียนและสดับพระธรรมเทศนา ทรงชักนำให้บำเพ็ญกุศลตามเทศกาลต่าง ๆ เช่น ถวายสลากภัตร ตักบาตรน้ำผึ้ง ถวายผ้าจำนำพรรษา ทรงแก้ไขการรับผ้ากฐินให้ถูกต้องตามพุทธบัญญัติ คือเริ่มแต่การซัก ตัด เย็บ ย้อม ให้เสร็จภายในวันเดียวกัน ทรงแก้ไขการขอบรรพชา และการสวดกรรมวาจาในอุปสมบทกรรมให้ถูกต้องยิ่งขึ้น เช่น ระบุนามอุปสัมปทา และนามอุปัชฌายะ ซึ่งเป็นภาษาบาลีในกรรมวาจา การออกเสียง อักษรบาลี ทรงให้ถือหลักการออกเสียงให้ถูกฐานกรณ์ของอักขระตามหลักบาลีไวยากรณ์ ทรงวางระเบียบการครองผ้า คือการนุ่งห่มของภิกษุสามเณร ให้ปฏิบัติไปตามหลักเสขิยวัตรในพระวินัยเพื่อให้สุภาพเรียบร้อย (เดิมพระธรรมยุติครองจีวรห่มม้วนซ้าย แต่ตอนปลายรัชกาลพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้เปลี่ยนมาห่มห่มม้วนขวา (ห่มมังกร) ตามแบบพระสงฆ์มหานิกาย ครั้นถึงรัชกาลพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวเสวยราชย์ จึงได้กลับมาห่มม้วนซ้ายตามเดิม) ทรงวางระเบียบการกราบไหว้ของพระภิกษุสามเณร และระเบียบอาจารยะมารยาท ต้องวางตัวให้น่าเลื่อมใสศรัทธา สังวรในกิริยามารยาทและขนบธรรมเนียม ทรงให้พระสงฆ์ธรรมยุติ ศึกษาพระปริยัติธรรมให้แตกฉาน สามารถแสดงธรรมเทศนา สั่งสอน สามารถแยกระหว่างความเชื่อที่มีเหตุผล และความเชื่อในสิ่งที่ไม่สามารถอธิบายได้ การศึกษาในด้านวิปัสสนาธุระ ไม่ใช่รับรู้เฉพาะสมถะวิธีอันเป็นเบื้องต้น แต่ให้รับรู้ไปถึงขั้นวิปัสสนากรรมฐาน การปฏิบัติตามพระวินัย ทรงให้ถือหลักว่าสิ่งใดที่สงสัยและน่ารังเกียจไม่ควรกระทำโดยเด็ดขาด พึงเคารพพระวินัยอย่างเคร่งครัด ทรงเห็นความสำคัญในการศึกษาหา ความรู้สาขาอื่น ๆ ของพระสงฆ์ จึงทรงอนุญาตให้พระสงฆ์เข้าศึกษาภาษาอังกฤษกับหมอแคสเวล (Reverend Jesse Caswell) ตามความสนใจ ทำให้มีการสืบสานการเข้าศึกษาหาความรู้เพิ่มเติมของพระสงฆ์มาจนถึงปัจจุบัน