สงครามโบชิน
สงครามครั้งนี้มีรากเหง้ามาจากความไม่พอใจในบรรดาขุนนางและซามูไรหนุ่มจำนวนมากจากการจัดการกับคนต่างด้าวของรัฐบาลโชกุนหลังการเปิดประเทศญี่ปุ่นเมื่อทศวรรษก่อน อิทธิพลของชาติตะวันตกที่เพิ่มขึ้นในเศรษฐกิจนำไปสู่ความเสื่อมที่คล้ายกับประเทศทวีปเอเชียอื่นในเวลาไล่เลี่ยกัน พันธมิตรซามูไรตะวันตก โดยเฉพาะอย่างยิ่งแคว้นโชชู แคว้นซัตสึมะ และแคว้นโทะซะ และข้าราชบริพาร ยึดการควบคุมราชสำนักจักรพรรดิและมีอิทธิพลต่อจักรพรรดิเมจิวัยหนุ่ม โทกูงาวะ โยชิโนบุ โชกุนในเวลานั้น ตระหนักถึงสถานการณ์ที่หมดหวังของตน จึงสละอำนาจทางการเมืองคืนแก่จักรพรรดิ โยชิโนบุหวังว่าเมื่อทำดังนี้ จะสามารถรักษาตระกูลโทกูงาวะและเข้ามีส่วนร่วมในรัฐบาลอนาคต
ยุคมูโรมาจิ
เนื่องจากโชกุนโยะชิมะซะไม่มีบุตรชาย จึงมอบหมายให้น้องชายของตนคืออะชิกะงะ โยะชิมิ () เป็นผู้สืบทอดตำแหน่งโชกุนในค.ศ. 1464 โดยที่อะชิกะงะ โยะชิมิ ได้รับการสนับสนุนจาก"คังเร"โฮะโซะกะวะ คะซึโมะโตะ () แต่ทว่า มิไดโดะโกะโระฮิโนะ โทะมิโกะ () ได้ให้กำเนิดบุตรชายแก่โชกุนโยะชิมะซะอย่างไม่คาดฝันในค.ศ. 1465 ชื่อว่า อะชิกะงะ โยะชิฮิซะ () ทำให้เกิดประเด็นปัญหาการสืบทอดตำแหน่งโชกุน โดยที่ยะมะนะ โซเซ็ง () พ่อตาและคู่แข่งทางการเมืองของคังเรคะซึโมะโตะได้ใช้โอกาสนี้ให้การสนับสนุนแก่โยะชิฮิซะที่ยังเยาว์วัย จากประเด็นปัญหาการสืบทอดตำแหน่งโชกุนกลายเป็นความขัดแย้งระหว่างซะมุไร ทั้งคังเรคะซึโมะโตะและยะมะนะโซเซ็งต่างซ่องสุมกำลังของตน โดยที่โฮะโวะกะวะตั้งมั่นอยู๋ทางตะวันออกของนครเกียวโต ในขณะที่ยะมะนะตั้งอยู่ทางตะวันตก เรียกว่า สงครามปีโอนิง () ซึ่งปะทุขึ้นในค.ศ. 1467 เมื่อทัพของทั้งสองฝ่ายเข้าห้ำหั่นกันกลางเมืองเกียวโต สร้างความเสียหายให้แก่วัดวาอารามและศาลเจ้าทั้งหลายในเมืองเกียวโต ในค.ศ. 1473 ทั้งโฮะโซะกะวะ คะซึโมะโตะ และยะมะนะ โซเซ็ง ต่างล้มป่วยเสียชีวิต แม้กระนั้นสงครามยังไม่สิ้นสุดลง เนื่องจากโออุชิ มะซะฮิโระ () ยังคงให้การสนับสนุนแก่โยะชิมิ ในปีเดียวกันโชกุนโยะชิมะซะได้ยกตำแหน่งโชกุนให้แก่บุตรชายของตนคือ อะชิกะงะ โยะชิฮิซะ หลังจากสู้รบยาวนานสิบปี ทำให้ทั้งสองฝ่ายเหนื่อยล้า และโออุชิ มะซะฮิโระเดินทางออกจากเมืองเกียวโตไปในที่สุดเมื่อค.ศ. 1477 ผลของสงครามปีโอนิง ซึ่งเป็นสงครามที่ยืดเยื้อยาวนานสิบปี ทำให้เมืองเกียวโตถูกทำลายลงไปมาก ท่ามกลางสงครามโชกุนโยะชิมะซะกลับอาศัยอยู่แต่ในความหรูหราของคฤหาสน์ศาลาเงิน และเนื่องจากรัฐบาลโชกุนฯไม่มีอำนาจที่การยุติข้อพิพาธระหว่างซะมุไรในเหตุการณ์นี้ทำให้ในทางปฏิบัติรัฐบาลโชกุนฯสูญสิ้นอำนาจในการปกครองประเทศ และอำนาจถูกกระจายไปยังส่วนภูมิภาคแว่นแคว้นต่างๆ เจ้าครองแคว้นทั้งหลายต่างตั้งตนขึ้นเป็นอิสระ มีอำนาจเต็มในการปกครองแคว้นของตนแม้ว่าจะขึ้นกับรัฐบาลโชกุนแต่เพียงในนาม เรียกว่า ยุคเซ็งโงะกุ ()