กลุ่มอาการเซโรโทนิน
กรณีเซโรโทนินเป็นพิษจำนวนมากเกิดในคนไข้ที่ทานยารวมที่ช่วยกันเพิ่มระดับเซโรโทนินในไซแนปส์[8] หรืออาจเกิดขึ้นเพราะทานยาขนานเดียวเกินขนาด[22] การใช้ยา Monoamine oxidase inhibitor (MAOI) ร่วมกับสารตั้งต้นของเซโรโทนินที่ทานเป็นอาหารเสริมเช่น L-tryptophan หรือ 5-htp เป็นความเสี่ยงสำคัญต่ออาการที่รุนแรงถึงชีวิต[23] การใช้ยา MAOI ร่วมกับตัวทำการของตัวรับเซโรโทนินแบบ tryptamine ซึ่งมีในพืชบางอย่าง สามารถมีอันตรายคล้ายกับเมื่อใช้ร่วมกับสารตั้งต้น นอกจากนั้น MAOI หลายอย่างยับยั้งเอนไซม์ monoamine oxidase แบบกลับไม่ได้ ซึ่งอาจจะต้องใช้เวลาถึง 4 อาทิตย์ก่อนที่ร่างกายจะผลิตเอนไซม์ใหม่แทนได้[24]
Selective serotonin re-uptake inhibitors
การใช้ SSRI เมื่อมีครรภ์สัมพันธ์กับความเสี่ยงการแท้งบุตรเองที่เพิ่มขึ้นเป็น 1.7 เท่า
แต่การใช้ SSRI ของมารดาอาจจะสัมพันธ์กับความเสี่ยงที่ต่ำกว่าต่อการคลอดบุตรก่อนกำหนด และต่อการผ่าท้องทำคลอด
งานปริทัศน์เป็นระบบปี 2555 ที่ตรวจความผิดปกติแต่กำเนิดที่สำคัญของทารกที่มารดาใช้ยาแก้ซึมเศร้าระหว่างตั้งครรภ์ พบความเสี่ยงที่เพิ่มขึ้นเล็กน้อย (3%-24%) ของสภาพวิรูปสำคัญ (major malformation) แต่ความเสี่ยงความผิดปกติหลอดเลือดหัวใจแต่กำเนิดไม่ต่างจากมารดาที่ไม่ได้ใช้
งานศึกษาหญิงมีครรภ์ที่ใช้ฟลูอ๊อกซิตินงานหนึ่ง พบความเสี่ยงของสภาพวิรูปสำคัญเพิ่มขึ้น 12% ที่เกือบถึงขีดนัยสำคัญทางสถิติ
งานอื่น ๆ พบความเสี่ยงความผิดปกติหลอดเลือดหัวใจแต่กำเนิดเพิ่มขึ้นในบรรดามารดาที่ซึมเศร้าแต่ไม่ได้รักษาโดย SSRI ซึ่งแสดงว่างานต่าง ๆ อาจมีความเอนเอียงในการสุ่มตัวอย่าง คือ มารดาที่กังวลอาจจะให้ตรวจดูทารกของตนเองมากกว่า
ส่วนอีกงานหนึ่งไม่พบความเสี่ยงความผิดปกติหลอดเลือดหัวใจแต่กำเนิดที่เพิ่มขึ้น
แต่พบความเสี่ยงสภาพวิรูปสำคัญที่เพิ่มขึ้น 27% ในบรรดาหญิงมีครรภ์ที่ใช้ SSRI