เจดีย์จุลประโทน
เป็นการก่อสร้างองค์เจดีย์ ซึ่งมีแผนผังเป็นรูปสี่เหลี่ยมจัตุรัส และที่บริเวณมุมทั้งสี่ด้านหันไปสู่ทิศทั้งสี่ ย่อมุมเพียงเล็กน้อยซ้อนกันหลายชั้น ส่วนฐานตกแต่งด้วยลวดบัวหน้ากระดานท้องไม้ฐานชั้นบนย่อมุม ยาวด้านละ 17 เมตร แต่ละด้านประดับด้วยซุ้มพระพุทธรูปยืนปูนปั้น ด้านละ 5 ซุ้ม ถัดลงมาเป็นฐานสี่เหลี่ยม ยาวด้านละ 19 เมตร ตั้งอยู่บนฐานสี่เหลี่ยมจัตุรัสยาวประมาณ 24 เมตร สูงประมาณ 1 เมตร กึ่งกลางของแต่ละด้านมีแนวบันไดเป็นรูปครึ่งวงกลมมีราวบันไดยื่นออกมาจากปากสัตว์ สองข้างบันไดเป็นรูปสิงห์ประดับผนังของลานประทักษิณ มีภาพปูนปั้น และดินเผาประดับ
เจดีย์จุลประโทน
มีการปรับปรุงที่ฐานเจดีย์ขึ้นอีกครั้งหนึ่ง โดยสร้างฐานใหม่ 2 ชั้นทับลานประทักษิณและบันไดทั้ง 4 ด้านที่สร้างเพิ่มเติมขึ้นในระยะที่ 2 ฐานชั้นล่างเป็นฐานเขียงสูงรองรับฐานปัทม์ ซึ่งท้องไม้เป็นช่วงด้วยเสาอิงรูปลูกมะหวด ฐานชั้นบนที่สร้างขึ้นใหม่ประดับด้วยฐานปัทม์และบัวลูกแก้ว พร้อมกับมีแท่นเหลี่ยมสำหรับประดิษฐานพระพุทธรูปอยู่กึ่งกลาง และมีแผนผังเป็นรูปสี่เหลี่ยมย่อเก็จตามรูปของตัวอาคาร ตรงมุมทั้ง 4 ของฐานชั้นบนมีสถูปทรงกลมและสร้างพระพุทธรูปนาคปรกขึ้นแทนที่พระพุทธรูปยืนทั้ง 2 องค์ที่หลงเหลืออยู่จากการสร้างในสมัยแรกทั้ง 4 ด้านยังคงรูปแบบเดิมที่เหมือนกับสมัยที่ 2 เพียงแต่ เพิ่มสถูปประจำมุมขึ้นมาทั้ง 4 มุม ขาดว่าน่าจะเป็นการเปลี่ยนแปลง หรือได้รับอิทธิพลจากภายนอกนิกายในพุทธศาสนา ระยะที่สาม เจดีย์จุลประโทนได้กลับมารับอิทธิพลทางพุทธศาสนานิกายเถรวาทอีกครั้งเมื่อภาพปูนปั้นและภาพดินเผาได้ถูกปิดทับ โดยการสร้างลานประทักษิณขึ้นมาใหม่ ผู้บูรณะ ปิแอร์ ดูปอง