สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ต่อมาเมื่อทาง สมาคมกีฬาจังหวัดชลบุรี ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน โปรวินเชียลลีก ในปี 2543 จึงได้ออกมาก่อตั้ง ทีมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี โดยได้แยก สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตฯ สมุทรปราการ ซึ่งในขณะนั้นลงเล่นในดิวิชั่น 1 ออกจากกัน โดยผู้เล่นของทีมส่วนใหญ่ ได้นำผู้เล่นจาก โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และ โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี โดยใน ฤดูกาลแรกที่เข้าร่วมแข่งขัน (โปรลีก 2543/44) สโมสรจบอันดับที่ 3 ของตาราง
จเด็จ มีลาภ
เซอร์จเด็จเคยนำ ชลบุรี เอฟซี ได้แชมป์มาแล้ว 3 ครั้ง คือ แชมป์ไทยพรีเมียร์ลีก ในปี พ.ศ. 2550 และ ฟุตบอลถ้วยพระราชทาน ถ้วย ก มาหนึ่งสมัยในปี พ.ศ. 2551 และในปี พ.ศ. 2554 ได้แชมป์ มูลนิธิไทยคม FA Cup