มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย
พระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จการศึกษาวิชาพระพุทธศาสนา พ.ศ. ๒๕๒๗ ทำให้มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยเติบโตอย่างรวดเร็ว จากที่เคยมีวิทยาเขตเพียงหนึ่งแห่งใน พ.ศ. ๒๕๒๗ ได้มีวิทยาเขตเพิ่มขึ้นเป็น ๙ แห่งใน พ.ศ. ๒๕๓๔ มหาวิทยาลัยตั้งบัณฑิตวิทยาลัยใน พ.ศ. ๒๕๓๑ และเปิดการศึกษาระดับปริญญาโทในปีเดียวกัน ปัญหาที่ตามก็คือการที่มหาวิทยาลัยไม่มีสถานภาพเป็นนิติบุคคลตามกฎหมายทำให้การประสานงานกับวิทยาเขตหละหลวม ทั้งในด้านบริหารทั่วไปและการบริหารงบประมาณ นอกจากนี้ พระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จการศึกษาวิชาการพระพุทธศาสนา พ.ศ. ๒๕๒๗ รับรองวิทยฐานะเฉพาะปริญญาตรี ไม่รับรองวิทยฐานะปริญญาโทที่เปิดสอนแล้วนั้น มหาวิทยาลัยจึงไม่สามารถขยายการศึกษาถึงระดับปริญญาเอก
มหาวิทยาลัยนเรศวร
ปัจจุบันมหาวิทยาลัยนเรศวรมีหน่วยงานในการจัดการเรียนการสอนทั้งหมด 16 คณะ 5 วิทยาลัย ดังต่อไปนี้
แต่เดิมมหาวิทยาลัยนเรศวรได้จัดตั้งศูนย์วิทยบริการเพื่อขยายเครือข่ายการเรียนการสอนในระดับบัณฑิตศึกษาไปยังจังหวัดต่าง ๆ ประกอบด้วย เชียงใหม่ แพร่ อุตรดิตถ์ เพชรบูรณ์ พิจิตร กำแพงเพชร นครสวรรค์ ตาก สุโขทัย อุทัยธานี สุพรรณบุรี และกรุงเทพมหานคร โดยมีวัตถุประสงค์ในการเสริมสร้างศักยภาพและเพิ่มพูนความรู้ให้กับผู้สนใจศึกษาต่อที่ไม่สามารถมาเรียนโดยตรงที่มหาวิทยาลัยได้ และให้บัณฑิตวิทยาลัย กำกับดูแลและควบคุมมาตรฐานการศึกษา รวมทั้งการจัดการเรียนการสอนของศูนย์วิทยบริการมหาวิทยาลัยทั้งหมด ต่อมาจึงได้จัดตั้งสถานการศึกษาต่อเนื่อง มหาวิทยาลัยนเรศวร เพื่อเป็นหน่วยงานที่รับผิดชอบศูนย์วิทยบริการโดยเฉพาะ 