สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ต่อมาเมื่อทาง สมาคมกีฬาจังหวัดชลบุรี ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน โปรวินเชียลลีก ในปี 2543 จึงได้ออกมาก่อตั้ง ทีมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี โดยได้แยก สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตฯ สมุทรปราการ ซึ่งในขณะนั้นลงเล่นในดิวิชั่น 1 ออกจากกัน โดยผู้เล่นของทีมส่วนใหญ่ ได้นำผู้เล่นจาก โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และ โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี โดยใน ฤดูกาลแรกที่เข้าร่วมแข่งขัน (โปรลีก 2543/44) สโมสรจบอันดับที่ 3 ของตาราง
สโมสรฟุตบอลนครศรี เฮอริเทจ
ทีมนครศรี เฮอริเทจ มีประธานสโมรคือ นายพิชัย บุญยเกียรติ เป็นสโมสรฟุตบอลจากจังหวัดนครศรีธรรมราชซึ่งเป็นจังหวัดที่ใหญ่และมีประชากรมากที่สุดของภาคใต้ ซึ่งในอดีตจังหวัดนครศรีธรรมราชคือมหาอำนาจลูกหนังทีมหนึ่งของภาคใต้ สร้างนักเตะชื่อดังมาแล้วมากมาย ไม่ว่าจะเป็น บุญนำ สุขสวัสดิ์ นันทปรีชา คำแหงศิริพงษ์ ศิริรัตน์ นันทวัฒน์ จิตตรง อมฤต เอกวงศ์ สมศักดิ์ น้อยหีด อุดมศักดิ์ ยี่ระเหม เป็นต้น ส่วนทีมจังหวัดก็ไม่น้อยหน้าเพราะเคยได้เข้าชิงชนะเลิศฟุตบอลยามาฮ่าไทยแลนด์คัพมาแล้ว ถึงแม้จะได้เพียงรองแชมป์ แต่ตำแหน่งนักฟุตบอลยอดเยี่ยมก็ตกเป็นของ อนิรุจน์ กลับดี ซึ่งก็สร้างความภูมิใจให้กับชาวนครศรีธรรมราชเป็นอย่างมาก 
สโมสรฟุตบอลนครศรีธรรมราช เริ่มต้นความยิ่งใหญ่ในปี พ.ศ. 2541 ที่สโมสรแห่งนี้ได้รองแชมป์ฟุตบอลยามาฮ่าไทยแลนด์คัพ ครั้งที่ 14 โดยเข้าไปชิงชนะเลิศฟุตบอลยามาฮ่าไทยแลนด์คัพ ครั้งที่ 14 ในวันที่ 2 เมษายน 2541 ที่สนามกีฬา ไทย-ญี่ปุ่น ดินแดง ซึ่งแพ้ให้กับสโมสรฟุตบอลกรุงเทพมหานคร(สโมสรทรัพย์สินส่วนพระมหากษัตริย์)ไป 0-1 โดยในการแข่งขันครั้งนี้สโมสรฟุตบอลนครศรีธรรมราชได้สร้างปรากฏการณ์ในนัดชิงชนะเลิศคือกองเชียร์ที่เป็นคนนครศรีธรรมราชและคนใต้แห่เข้าไปชมเกมนี้กันอย่างล้นหลาม 
ตั้งแต่เวลานั้นเป็นต้นมาเป็นระยะหลายปีวงการฟุตบอลนครศรีธรรมราช เหมือนว่าจะหายไปจากสารบบของวงการฟุตบอลไทย นักเตะของจังหวัดนครศรีธรรมราชกระจัดกระจายไปเล่นให้กับทีมต่างๆ ทั้งในสโมสรที่กรุงเทพหรือจังหวัดอื่นๆอย่างมากมาย ในขณะที่ทีมฟุตบอลเองแทบจะไม่ประสบความสำเร็จถึงแม้จะเป็น การแข่งขันฟุตบอลในรายการต่างๆของภาคใต้ก็ตามที จนกระทั่งปี 2552 ทางสมาคมฟุตบอลแห่งประเทศไทยได้ดำเนินการจัดการแข่งขันฟุตบอลลีกภูมิภาคขึ้นมาแทนการแข่งขันฟุตบอลโปรลีก ซึ่งมีทีมโดยนายชัยชนะ เดชเดโช ทำหน้าที่ประธานสโมสรนครศรีธรรมราชเอฟซี แต่ด้วยสิ้นฤดูกาลปี 2555 ทีมสโมสรฟุตบอลจังหวัดนครศรีธรรมราชได้ขอพักทีม ไม่ส่งทีมเข้าแข็งขันฤดูกาลปี 2556
เพื่อความต่อเนื่องของฟุตบอลแห่งนครศรีธรรมราช จึงได้กำเนิดทีมสโมสรฟุตบอลทีมใหม่ชื่อว่า นครศรี เฮอริเทจ ในปีพ.ศ. 2556 ภายใต้การบริหารงานของสมาคมกีฬาจังหวัดนครศรีธรรมราช โดยได้รับการยืนยันจาก วิมล นับทอง รองประธานจัดการแข่งขันฟุตบอลเอไอเอส ลีกภูมิภาค ดิวิชั่น 2 โซนภาคใต้ ว่าเกมการแข่งขันฤดูกาลปี 2556 ที่จะเริ่มต้นขึ้นในเดือนกุมภาพันธ์ สโมสรนครศรีธรรมราช เอฟซี จะเปลี่ยนชื่อเป็น นครศรี เฮอริเทจ โดยทีมงานชุดใหม่ได้ส่งเรื่องมายังสมาคมฟุตบอลและได้รับการตอบรับเข้าร่วมการแข่งขันแล้ว