มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย
พระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จการศึกษาวิชาพระพุทธศาสนา พ.ศ. ๒๕๒๗ ทำให้มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยเติบโตอย่างรวดเร็ว จากที่เคยมีวิทยาเขตเพียงหนึ่งแห่งใน พ.ศ. ๒๕๒๗ ได้มีวิทยาเขตเพิ่มขึ้นเป็น ๙ แห่งใน พ.ศ. ๒๕๓๔ มหาวิทยาลัยตั้งบัณฑิตวิทยาลัยใน พ.ศ. ๒๕๓๑ และเปิดการศึกษาระดับปริญญาโทในปีเดียวกัน ปัญหาที่ตามก็คือการที่มหาวิทยาลัยไม่มีสถานภาพเป็นนิติบุคคลตามกฎหมายทำให้การประสานงานกับวิทยาเขตหละหลวม ทั้งในด้านบริหารทั่วไปและการบริหารงบประมาณ นอกจากนี้ พระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จการศึกษาวิชาการพระพุทธศาสนา พ.ศ. ๒๕๒๗ รับรองวิทยฐานะเฉพาะปริญญาตรี ไม่รับรองวิทยฐานะปริญญาโทที่เปิดสอนแล้วนั้น มหาวิทยาลัยจึงไม่สามารถขยายการศึกษาถึงระดับปริญญาเอก
คณะเภสัชศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย
คณะเภสัชศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย มีหน่วยวิจัยและศูนย์เชี่ยวชาญเฉพาะทางกว่า 18 หน่วย/ศูนย์[33] เพื่อสนับสนุนและส่งเสริมการวิจัยทางเภสัชกรรมและการพัฒนาการศึกษาทางเภสัชศาสตร์ มีผลงานการตีพิมพ์ทางวิชาการด้านเภสัชกรรมและเภสัชวิทยาในอันดับที่ 2 ของคณะเภสัชศาสตร์ในประเทศไทย[35] นอกจากนี้ยังได้สร้างอาคารนวัตกรรมทางเภสัชศาสตร์ ซึ่งทำพิธีเปิดในวันที่ 25 มิถุนายน พ.ศ. 2552 เพื่อสนับสนุนและส่งเสริมกระบวนการวิจัยทางยาให้มีประสิทธิภาพยิ่งขึ้น เพื่อเชื่อมโยงงานเภสัชกรรมระหว่างภาคอุตสาหกรรมยาและภาครัฐในการทางพัฒนาเภสัชภัณฑ์และสมุนไพร เพื่อลดอัตราการนำเข้ายาจากต่างประเทศ[36] ประกอบด้วยหน่วยวิจัย 5 หน่วย[37] ได้แก่ หน่วยวิจัยสมุนไพรและผลิตภัณฑ์ธรรมชาติ (HERB) หน่วยวิจัยจุลชีววิทยา ชีววิทยาโมเลกุลและเทคโนโลยีชีวภาพ (MMBB) หน่วยประเมินประสิทธิศักย์และความปลอดภัยพรีคลินิก (PESA) หน่วยพัฒนาเภสัชภัณฑ์และการถ่ายทอดเทคโนโลยี (PDTT) และหน่วยวิจัยเครื่องสำอาง (COSM)