สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ต่อมาเมื่อทาง สมาคมกีฬาจังหวัดชลบุรี ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน โปรวินเชียลลีก ในปี 2543 จึงได้ออกมาก่อตั้ง ทีมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี โดยได้แยก สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตฯ สมุทรปราการ ซึ่งในขณะนั้นลงเล่นในดิวิชั่น 1 ออกจากกัน โดยผู้เล่นของทีมส่วนใหญ่ ได้นำผู้เล่นจาก โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และ โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี โดยใน ฤดูกาลแรกที่เข้าร่วมแข่งขัน (โปรลีก 2543/44) สโมสรจบอันดับที่ 3 ของตาราง
ชลบุรีลีก
จังหวัดชลบุรี เดินหน้าพัฒนาระบบและบุคลากรสำหรับฟุตบอลอาชีพอย่างเต็มตัว ตามโครงการ วิชั่น เอเชีย และ วิชั่น ไทยแลนด์ ของสมาพันธ์ฟุตบอลเอเชีย หรือ เอเอฟซี ซึ่งโครงการนี้ ทางสมาคมฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯได้คัดเลือกจังหวัดชลบุรี เป็นจังหวัดแรกที่เข้าร่วมโครงการกับ เอเอฟซี โดยจังหวัดชลบุรี ได้ทำการก่อตั้งสมาคมฟุตบอลจังหวัดชลบุรีขึ้นมา พร้อมกับการเปิดอบรมผู้ฝึกสอน และผู้ตัดสินตามหลักสูตรของสมาพันธ์ฟุตบอลแห่งเอเชีย