ตำนานพระพุทธมหามณีรัตนปฏิมากร
ตามตำนานพระแก้วมรกต ในบันทึกแนบท้ายพระราชพงศาวดารเหนือ ระบุไว้ว่า พระแก้วมรกตสร้างขึ้นในปี พุทธศักราช 500 โดยพระนาคเสนเถระ วัดอโศการาม กรุงปาฏลีบุตร ในแผ่นดินพระเจ้ามิลินท์ (เมนันเดอร์) โดยเริ่มแรก เริ่มจากพระนาคเสนเถระได้ปวารณา จะสร้างพระพุทธรูปให้สืบต่อพระพุทธศาสนาจรด 5000 พระพุทธศักราช จึงได้เป็นกังวลว่าจะหาวัสดุใดมาสร้างพระพุทธรูปนี้ ด้วยปริวิตกว่า หากใช้ไม้ ก็จะไม่อยู่ถึง 5000 พระชันษา หากใช้เหล็ก ก็อาจจะถูกนำไปหลอมละลายเมื่อคราวจะมีผู้ทำลาย หากจะใช้หินศิลาธรรมดา ก็จะดูเป็นพระพุทธรูปสามัญทั่วไป จึงได้ตกลงปลงใจเลือกใช้แก้วมณีมาจำหลักพระพุทธรูป เพียงแต่ยังกังวลว่าจะใช้แก้วมณีชนิดใด
พระพุทธชินราช
นอกจากนี้ยังมีการสันนิษฐานเกี่ยวกับประวัติการสร้างพระพุทธชินราชว่าน่าจะถูกสร้างขึ้นในสมัยกรุงศรีอยุธยาโดยพิชญา สุ่มจินดา ซึ่งได้กำหนดอายุเวลาของพระพุทธชินราชขึ้นใหม่จากพุทธลักษณะขององค์พระพุทธรูปจากรูปแบบของเรือนแก้ว โดยเทียบเคียงกับลวดลายบนซุ้มเรือนแก้วที่วัดพระบรมธาตุ จังหวัดนครศรีธรรมราช อายุเวลาของลวดลายดังกล่าวอาจกำหนดได้ในช่วงสมัยอยุธยาตอนปลาย และจากสถาปัตยกรรมของพระวิหาร ในรัชสมัยของสมเด็จพระนารายณ์มหาราช (พ.ศ. 2199-2232)