สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ต่อมาเมื่อทาง สมาคมกีฬาจังหวัดชลบุรี ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน โปรวินเชียลลีก ในปี 2543 จึงได้ออกมาก่อตั้ง ทีมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี โดยได้แยก สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตฯ สมุทรปราการ ซึ่งในขณะนั้นลงเล่นในดิวิชั่น 1 ออกจากกัน โดยผู้เล่นของทีมส่วนใหญ่ ได้นำผู้เล่นจาก โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และ โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี โดยใน ฤดูกาลแรกที่เข้าร่วมแข่งขัน (โปรลีก 2543/44) สโมสรจบอันดับที่ 3 ของตาราง
สโมสรฟุตบอลโปลิศ เทโร
ต่อมาในปี พ.ศ. 2543 สโมสรฯสร้างเกียรติประวัติที่สูงสุดได้สำเร็จด้วยการคว้าแชมป์ ไทยลีก ได้เป็นสมัยแรกของสโมสร และนักเตะของสโมสรอย่าง อนุรักษ์ ศรีเกิด ก็ได้รับรางวัลผู้เล่นยอดเยี่ยมแห่งปีอีกด้วย จากนั้น ในปี พ.ศ. 2544 สโมสรฯ เปลื่ยนแปลงผู้ฝึกสอนโดยมาเป็นคนไทย อย่าง พิชัย ปิตุวงศ์ ซึ่งในฤดูกาลนั้น ได้ตัว เทิดศักดิ์ ใจมั่น จาก กรุงเทพมหานคร และ แจ้งเกิดนักเตะดาวรุ่งในยุคนั้นอย่าง ดัสกร ทองเหลา ที่ ณ ขณะนั้นมีอายุเพียง 16 ปี เล่นในทีมชุดใหญ่เป็นครั้งแรก[1] และสามารถสร้างประวัติศาสตร์ด้วยการคว้าแชมป์ ไทยลีก 2544/2545 ได้สำเร็จ และทำให้เป็นแชมป์ไทยลีก 2 สมัยซ้อนเป็นครั้งแรก