สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ต่อมาเมื่อทาง สมาคมกีฬาจังหวัดชลบุรี ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน โปรวินเชียลลีก ในปี 2543 จึงได้ออกมาก่อตั้ง ทีมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี โดยได้แยก สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตฯ สมุทรปราการ ซึ่งในขณะนั้นลงเล่นในดิวิชั่น 1 ออกจากกัน โดยผู้เล่นของทีมส่วนใหญ่ ได้นำผู้เล่นจาก โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และ โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี โดยใน ฤดูกาลแรกที่เข้าร่วมแข่งขัน (โปรลีก 2543/44) สโมสรจบอันดับที่ 3 ของตาราง
สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ปี 2552 สโมสรได้มีการเปลี่ยนแปลง หัวหน้าผู้ฝึกสอน โดยได้แต่งตั้ง เกียรติศักดิ์ เสนาเมือง จาก สโมสรจุฬาฯ-สินธนา มาแทน จเด็จ มีลาภ ที่ย้ายไปเป็นหัวหน้าผู้ฝึกสอน สโมสรพัทยา ยูไนเต็ด โดยเริ่มต้นในปีนี้ ด้วยการได้ตำแหน่งชนะเลิศ ฟุตบอลชิงถ้วยพระราชทาน ก. ประจำปี 2551 ได้อีกครั้ง และเริ่มต้นการบริหารในรูปแบบนิติบุคคลขึ้น แต่ผลงานในลีก ก็ยังไม่ประสบความสำเร็จ โดยทำได้เพียงตำแหน่งรองชนะเลิศอีกครั้งหนึ่ง โดยสโมสรชนะเลิศในฤดูกาลนั้น คือ สโมสรเมืองทอง-หนองจอก ยูไนเต็ด