สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ต่อมาเมื่อทาง สมาคมกีฬาจังหวัดชลบุรี ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน โปรวินเชียลลีก ในปี 2543 จึงได้ออกมาก่อตั้ง ทีมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี โดยได้แยก สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตฯ สมุทรปราการ ซึ่งในขณะนั้นลงเล่นในดิวิชั่น 1 ออกจากกัน โดยผู้เล่นของทีมส่วนใหญ่ ได้นำผู้เล่นจาก โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และ โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี โดยใน ฤดูกาลแรกที่เข้าร่วมแข่งขัน (โปรลีก 2543/44) สโมสรจบอันดับที่ 3 ของตาราง
สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ต่อมาเมื่อ สมาคมสันนิบาตสงเคราะห์ จังหวัดสมุทรปราการ ได้รับตำแหน่งรองชนะเลิศการแข่งขัน ฟุตบอลชิงถ้วยพระราชทานประเภท ข. ประจำปี 2539 ทางกลุ่มผู้ดูแลทีมฟุตบอลฯ ได้มีการเจรจาขอรวมทีม จึงได้ก่อตั้งเป็น สโมสรฟุตบอลชลบุรี–สันนิบาตฯ สมุทรปราการ และได้เข้าแข่งขันใน ดิวิชัน 1[3]