สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ต่อมาเมื่อทาง สมาคมกีฬาจังหวัดชลบุรี ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน โปรวินเชียลลีก ในปี 2543 จึงได้ออกมาก่อตั้ง ทีมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี โดยได้แยก สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตฯ สมุทรปราการ ซึ่งในขณะนั้นลงเล่นในดิวิชั่น 1 ออกจากกัน โดยผู้เล่นของทีมส่วนใหญ่ ได้นำผู้เล่นจาก โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และ โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี โดยใน ฤดูกาลแรกที่เข้าร่วมแข่งขัน (โปรลีก 2543/44) สโมสรจบอันดับที่ 3 ของตาราง
สโมสรฟุตบอลจังหวัดประจวบคีรีขันธ์
ต่อมา สโมสรศรีสะเกษ เอฟซี ได้ตัว ดุสิต เฉลิมแสน เข้าไปคุมทีม ทำให้สโมสร ต้องแต่งตั้ง ธวัชชัย ดำรงอ่องตระกูล เข้ารับช่วงต่อ ตามเป้าหมายของสโมสรที่ว่า "ยกพลขึ้นบุก" พร้อมกับทำการเปลื่ยนชื่อสโมสรเป็น สโมสรฟุตบอล พีที ประจวบ เอฟซี พร้อมกับเสริมนักฟุตบอลหลายราย ไม่ว่าจะเป็น อมร ธรรมนาม, อดุลย์ หมื่นสมาน, ซีเกต หมาดปูเต๊ะ, สมภพ นิลวงศ์ เป็นต้น ทำให้ทีมประสบความสำเร็จ สามารถเลื่อนชั้นขึ้นมาเล่น ไทยลีก ในฤดูกาลหน้าได้สำเร็จ โดยเป็นการฉลองครบรอบ 10 ปีของการก่อตั้งสโมสรอีกด้วย