สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ต่อมาเมื่อทาง สมาคมกีฬาจังหวัดชลบุรี ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน โปรวินเชียลลีก ในปี 2543 จึงได้ออกมาก่อตั้ง ทีมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี โดยได้แยก สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตฯ สมุทรปราการ ซึ่งในขณะนั้นลงเล่นในดิวิชั่น 1 ออกจากกัน โดยผู้เล่นของทีมส่วนใหญ่ ได้นำผู้เล่นจาก โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และ โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี โดยใน ฤดูกาลแรกที่เข้าร่วมแข่งขัน (โปรลีก 2543/44) สโมสรจบอันดับที่ 3 ของตาราง
สโมสรฟุตบอลเอสซีจี เมืองทอง ยูไนเต็ด
ต่อมา สมาคมฟุตบอลฯ ต้องการยกระดับลีกการแข่งขันในประเทศไทยให้เป็นสากลมากขึ้น จึงก่อตั้ง ลีกภูมิภาค ดิวิชัน 2 ขึ้นมา โดยนำทีมจากถ้วยพระราชทาน ข และ ค มาผสมรวมกันเพื่อแข่งขันในลีกนี้ในฤดูกาล ซึ่ง ร.ร.หนองจอกพิทยานุสรณ์ได้สิทธิ์เข้าแข่งขันด้วย และปีนั้นกับลีกดิวิชัน 2 ของไทยครั้งแรกในชื่อทีม เมืองทองหนองจอก ยูไนเต็ด โดยผู้สนับสนุนทีมคือ ระวิ โหลทอง ที่รับตำแหน่งประธานสโมสร 