สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ต่อมาเมื่อทาง สมาคมกีฬาจังหวัดชลบุรี ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน โปรวินเชียลลีก ในปี 2543 จึงได้ออกมาก่อตั้ง ทีมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี โดยได้แยก สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตฯ สมุทรปราการ ซึ่งในขณะนั้นลงเล่นในดิวิชั่น 1 ออกจากกัน โดยผู้เล่นของทีมส่วนใหญ่ ได้นำผู้เล่นจาก โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และ โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี โดยใน ฤดูกาลแรกที่เข้าร่วมแข่งขัน (โปรลีก 2543/44) สโมสรจบอันดับที่ 3 ของตาราง
สโมสรฟุตบอลศรีราชา
หลังจากการตกชั้นสู่ลีกรอง ถึงสองครั้งซ้อน ในรอบ 3 ปี สโมสรฯ ก็เริ่มเกิดปัญหาทางการเงิน โดยต้องขายตัวหลักในทีมอย่าง สุจริต จันทกล และ เกริกฤทธิ์ ทวีกาญจน์ ให้กับ ชลบุรี เอฟซี แต่สโมสรฯก็ได้พยายามทำผลงานให้ดีที่สุด แต่ใน ฤดูกาล 2556 สโมสรจบอันดับที่ 15 รอดตกชั้นแค่คะแนนเดียว (สโมสรฯทำผลงานโดยเก็บได้แค่ 37 คะแนน มีคะแนนเหนือ ระยอง เอฟซี ที่มี 36 คะแนน)
ต่อมา ได้มีการรวมนักฟุตบอล และ เจ้าหน้าที่ของทีม รวมกับ พัทยา ยูไนเต็ด โดยได้มีการเปลื่ยนแปลงยกสโมสร โดยให้ทีมเยาวชนของ ชลบุรี เอฟซี มาเป็นผู้เล่นแกนหลัก โดยกลุ่มบริหารของชลบุรี บริหารเองทั้งหมด โดยมี ธนะศักดิ์ สุระประเสริฐ เป็นประธานสโมสร ให้ วิทยา เลาหกุล เป็นผู้จัดการทีม โดยมี นฤพล แก่นสน เป็นผู้ฝึกสอน โดยผู้เล่นที่รู้จักในทีมชุดนี้ประกอบด้วย วรชิต กนิตศรีบำเพ็ญ, สรรเสริญ ลิ้มวัฒนะ, เหมันต์ กิติอำไพพฤกษ์ เป็นต้น แต่ผลงานของทีม กลับแย่จนตกชั้นไปเล่นในระดับ ลีกภูมิภาค ดิวิชัน 2 ด้วยการจบอันดับที่ 18 มีแค่ 3 คะแนน จากการเสมอ โดยที่ไม่ชนะทีมใดเลย