สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ต่อมาเมื่อทาง สมาคมกีฬาจังหวัดชลบุรี ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน โปรวินเชียลลีก ในปี 2543 จึงได้ออกมาก่อตั้ง ทีมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี โดยได้แยก สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตฯ สมุทรปราการ ซึ่งในขณะนั้นลงเล่นในดิวิชั่น 1 ออกจากกัน โดยผู้เล่นของทีมส่วนใหญ่ ได้นำผู้เล่นจาก โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และ โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี โดยใน ฤดูกาลแรกที่เข้าร่วมแข่งขัน (โปรลีก 2543/44) สโมสรจบอันดับที่ 3 ของตาราง
สโมสรฟุตบอลฉะเชิงเทรา ไฮ-เทค
ต่อมาในปี 2557 ทางฝ่ายจัดการแข่งขันฯ ได้กำหนดให้แต่ละทีมจังหวัดที่เข้าร่วมการแข่งขัน ต้องจดทะเบียนเป็นนิติบุคคล สโสมรจึงได้จดทะเบียนเป็นนิติบุคคลในนาม บริษัท ฉะเชิงเทรา เอฟซี จำกัด โดยมี วุฒิพงศ์ ฉายแสง เป็นประธานสโมสร และ ชนะวิทย์ ฉายแสง เป็นผู้จัดการทีม โดยในปีนั้น มีสโมสรเข้าร่วมทั้งหมด 14 สโมสร จาก 10 จังหวัด โดยฉะเชิงเทรา เอฟซี จบในอันดับที่ 6