ทักษิณ ชินวัตร
ในวันที่ 19 กันยายน พ.ศ. 2549 เวลาประมาณ 21.00 น. คณะปฏิรูปการปกครองในระบอบประชาธิปไตย อันมีพระมหากษัตริย์ทรงเป็นประมุข ซึ่งมีพลเอก สนธิ บุญยรัตกลิน ผู้บัญชาการทหารบกเป็นหัวหน้าคณะ กระทำรัฐประหาร ยึดอำนาจจากรัฐบาลภายใต้การรักษาการนายกรัฐมนตรีของ ทักษิณ ชินวัตร ซึ่งอยู่ระหว่างร่วมประชุมสหประชาชาติ ที่นครนิวยอร์ก สหรัฐอเมริกา ซึ่งทักษิณ ออกประกาศสถานการณ์ฉุกเฉินในเวลา 22.00 น. สดทางสถานีโทรทัศน์โมเดิร์นไนน์ แต่ในขณะที่การประกาศยังไม่จบ พลเอก สนธิ สั่งตัดภาพและเข้าสู่ประกาศคณะปฏิรูปการปกครองในระบอบประชาธิปไตย อันมีพระมหากษัตริย์ทรงเป็นประมุข จึงถือเป็นการยึดอำนาจได้สำเร็จ ในเวลา 23:00 น.
พรรคพลังธรรม
จากนั้นพรรคพลังธรรม จึงได้ผลัดเปลี่ยนหัวหน้าพรรคหลายคน ได้แก่ พล.ร.อ.ศิริ ศิริรังษี, นายบุญชู โรจนเสถียร, นายไชยวัฒน์ สินสุวงศ์ และพ.ต.ท.ทักษิณ ชินวัตร จากการลาออกของ พล.ต.จำลอง นั้น ทำให้บทบาทของพรรคพลังธรรม ในเวทีการเมืองระดับชาติถดถอยลงเรื่อย ๆ จนกระทั่งเหลือ ส.ส. เพียงคนเดียวในสภาฯ เมื่อการเลือกตั้งเมื่อวันที่ 17 พฤศจิกายน พ.ศ. 2539 คือ นางสุดารัตน์ เกยุราพันธุ์ ก็เคยมาแล้ว โดยขณะนั้น พ.ต.ท.ทักษิณ เป็นหัวหน้าพรรคแต่ไม่สมัครรับเลือกตั้งด้วย 