สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ต่อมาเมื่อทาง สมาคมกีฬาจังหวัดชลบุรี ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน โปรวินเชียลลีก ในปี 2543 จึงได้ออกมาก่อตั้ง ทีมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี โดยได้แยก สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตฯ สมุทรปราการ ซึ่งในขณะนั้นลงเล่นในดิวิชั่น 1 ออกจากกัน โดยผู้เล่นของทีมส่วนใหญ่ ได้นำผู้เล่นจาก โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และ โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี โดยใน ฤดูกาลแรกที่เข้าร่วมแข่งขัน (โปรลีก 2543/44) สโมสรจบอันดับที่ 3 ของตาราง
สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ชลบุรีได้ไปเจอกับสโมสรกีฬาอัลชอร์ตา จากประเทศซีเรีย โดยรอบแรกเล่นที่ชลบุรีสเตเดียม ผลปรากฏว่าชลบุรีแพ้ไป 2 - 1 ทั้งที่นำไปก่อนตั้งแต่นาทีที่ 3 จาก ตีอาโก คุนญา[11] และรอบสองได้ไปเล่นที่สนาม ปรินทส์ โมฮัมเหม็ด สเตเดียม ที่ ประเทศจอร์แดน เนื่องจากสนามเหย้าของอัลชอร์ต้าซึ่งอยู่ในประเทศซีเรีย ในเมืองดามัสกัสได้มีเหตุการณ์ทางการเมืองเกิดขึ้น ทางเอเอฟซีจึงปรับให้มาเล่นที่สนามของประเทศจอร์แดนแทน ซึ่งผลปรากฏว่าครบ 90 นาที ชลบุรีนำอยู่ 2 - 1 แต่รวมสกอร์แล้วยังเสมออยู่ 3 - 3 เลยต้องต่อเวลาพิเศษไป ผลปรากฏว่าชลบุรีได้ 2 ประตู จากติอาโก คุนญา ในช่วงต่อเวลาพิเศษ ครบ 120 นาที ชลบุรีจึงบุกไปชนะได้ 4 - 2 รวมสกอร์จากนัดแรก ชลบุรีชนะไป 5 - 4 โดยรอบก่อนรอบรองชนะเลิศ ชลบุรีจะได้พบทีม สโมสรฟุตบอลอาร์บิล จากประเทศอิรัก[12] ซึ่งนัดแรกชลบุรีบุกไปแพ้ถึง 1 - 4 และนัดที่สองได้กลับมาเล่นที่ชลบุรีก็แพ้ไปด้วยสกอร์เดิม 1 - 4 รวมผลสองนัดชลบุรีตกรอบไปด้วยสกอร์รวม 8 - 2 คว้าอันดับ 3 ไปครอง