วัดพระศรีรัตนมหาธาตุวรมหาวิหาร
ส่วนในพงศาวดารเหนือกล่าวไว้ว่า " ในราวพุทธศักราช ๑๙๐๐ พระเจ้าศรีธรรมไตรปิฎก (พระมหาธรรมราชาลิไท) ทรงเป็นพระมหากษัตริย์ครองกรุงสุโขทัย ทรงมีศรัทธาเลื่อมใสในบวรพุทธศาสนาเป็นอย่างยิ่ง ทั้งยังได้ทรงศึกษาพระไตรปิฎกและคัมภีร์ศาสนาอื่น ๆ จนช่ำชองแตกฉาน หาผู้ใดเสมอเหมือนได้ยาก พระองค์ได้ทรงสร้างวัดพระศรีรัตนมหาธาตุ ในฝั่งตะวันออกของแม่น้ำน่าน มีพระปรางค์อยู่กลาง มีพระวิหาร ๔ ทิศ มีพระระเบียง ๒ ชั้นและทรงรับสั่งให้ปั้นหุ่นหล่อพระพุทธรูปขึ้น ๓ องค์ เพื่อประดิษฐานเป็นพระประธานในพระวิหารทั้ง ๓ หลัง"
วัดใหญ่ชัยมงคล
ในรัชกาลของสมเด็จพระนเรศวรมหาราช เป็นที่พำนักของ สมเด็จพระวันรัตน์ ผู้เป็นพระเถระที่สมเด็จพระนเรศวรทรงให้ความเคารพ ในคราวที่ทรงกระทำยุทธหัตถี ชนะพระมหาอุปราชของหงสาวดี สมเด็จพระนเรศวรมหาราชทรงพระพิโรธต่อบรรดาแม่ทัพนายกองที่ตามทัพไม่ทัน ทรงดำริจะลงพระราชอาญาประหารชีวิต แต่สมเด็จพระวันรัตน์ได้ทูลขอพระราชทานชีวิตของแม่ทัพนายกองเหล่านั้นไว้ โดยยกเอาพุทธประวัติตอนที่เจ้าชายสิทธัตถะบำเพ็ญเพียรอยู่ใต้ต้นโพธิ์ ก่อนที่จะตรัสรู้เป็นพระพุทธเจ้า ต้องผจญมารอยู่โดยลำพัง เปรียบเสมือนกับสมเด็จพระนเรศวรที่ต้องทรงกระทำยุทธหัตถีโดยลำพัง และได้ทูลแนะนำให้ทรงสร้างเจดีย์ใหญ่ขึ้นแทนการประหารชีวิต สมเด็จพระนเรศวรทรงเห็นด้วยและทรงให้สร้างพระเจดีย์ใหญ่ขึ้น ชื่อว่า "พระเจดีย์ชัยมงคล" ประมาณ พ.ศ. 2135 มีความสูง 1 เส้น 1 วา เป็นเจดีย์ ที่สูงที่สุดในจังหวัดพระนครศรีอยุธยามาจนทุกวันนี้