กระซู่
กระซู่มีลักษณะที่ได้รับมาจากบรรพบุรุษสมัยไมโอซีนน้อยที่สุดในบรรดาแรดด้วยกัน[9] ในการศึกษาหลักฐานทางบรรพชีวินวิทยาในอายุซากดึกดำบรรพ์สกุล Dicerorhinus อยู่ในตอนต้นยุคไมโอซีนหรือประมาณ 23–16 ล้านปีมาแล้ว ข้อมูลทางโมเลกุลแสดงว่า Dicerorhinus แยกจากสปีชีส์อื่นย้อนไปไกลถึง 25.9 ± 1.9 ล้านปี มีสมมุติฐานสามข้อที่ความสัมพันธ์ระหว่างกระซู่กับแรดชนิดอื่น ข้อหนึ่งกระซู่เป็นญาติใกล้ชิดกับแรดขาวและแรดดำหลักฐานก็คือแรดทั้งสองชนิดมีสองนอ[20] กลุ่มที่สอง นักอนุกรมอื่น ๆ คิดว่ากระซู่มีลักษณะคล้ายคลึงกับชนิดที่เป็นพี่น้องคือแรดชวาเพราะการกระจายพันธุ์ซ้อนทับกันมาก[20][23] กลุ่มสุดท้ายที่เพิ่งมีการวิเคราะห์เมื่อเร็ว ๆ นี้เสนอว่าแรดแอฟริกาสองชนิด แรดเอเชียสองชนิด และกระซู่ แสดงให้เห็นถึงเชื้อสายที่แยกเป็นสามสายเมื่อประมาณ 25.9 ล้านปีมาแล้ว ด้วยเหตุนี้จึงไม่ชัดเจนเหมือนดังที่แยกไว้ในตอนแรก[20][24]
กระซู่
การวิเคราะห์ทางพันธุศาสตร์ในประชากรของกระซู่สามารถระบุเชื้อสายทางพันธุกรรมที่ต่างกันได้สามสาย[11] ช่องแคบระหว่างสุมาตราและมาเลเซียไม่เป็นอุปสรรคต่อกระซู่เหมือนกับภูเขาบารีซัน (Barisan) ดังนั้นกระซู่ในสุมาตราตะวันออกและมาเลเซียตะวันตกจึงมีความใกล้ชิดกันมากกว่ากระซู่ในอีกด้านของภูเขาในสุมาตราตะวันตก กระซู่ในสุมาตราตะวันออกและมาเลเซียแสดงความแตกต่างทางด้านพันธุกรรมเพียงเล็กน้อย ซึ่งหมายถึงประชากรไม่ได้แยกจากกันในสมัยไพลสโตซีน อย่างไรก็ตามประชากรกระซู่ทั้งในสุมาตราและมาเลเซียที่มีความใกล้เคียงกันในทางพันธุกรรมมากจนสามารถผสมพันธุ์กันได้อย่างไม่เป็นปัญหา กระซู่ในบอร์เนียวนั้นต่างออกไปเป็นพิเศษว่าเพื่อการอนุรักษ์ความผันแปรของพันธุกรรมควรจะฝืนผสมข้ามกับเชื้อสายประชากรอื่น[11] เมื่อเร็ว ๆ นี้ มีการศึกษาการอนุรักษ์ความผันแปรของพันธุกรรมโดยศึกษาความหลากหลายของจีนพูล (gene pool) ในประชากรโดยการระบุบไมโครแซททัลไลท์ โลไซ (microsatellite loci) ผลทดสอบในเบื้องต้นพบว่าเมื่อเปรียบเทียบระดับของความหลากหลายในประชากร กระซู่นั้นมีความหลากหลายน้อยกว่าแรดแอฟริกาที่ใกล้สูญพันธุ์ แต่ความหลากหลายทางพันธุกรรมของกระซู่ยังคงต้องมีการศึกษาต่อไป[33]