สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ต่อมาเมื่อทาง สมาคมกีฬาจังหวัดชลบุรี ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน โปรวินเชียลลีก ในปี 2543 จึงได้ออกมาก่อตั้ง ทีมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี โดยได้แยก สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตฯ สมุทรปราการ ซึ่งในขณะนั้นลงเล่นในดิวิชั่น 1 ออกจากกัน โดยผู้เล่นของทีมส่วนใหญ่ ได้นำผู้เล่นจาก โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และ โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี โดยใน ฤดูกาลแรกที่เข้าร่วมแข่งขัน (โปรลีก 2543/44) สโมสรจบอันดับที่ 3 ของตาราง
สโมสรฟุตบอลโปลิศ เทโร
ในปี พ.ศ. 2545 สโมสรฯ เปลื่ยนแปลงผู้ฝึกสอนจาก พิชัย ปิตุวงศ์ เป็น อรรถพล บุษปาคม ซึ่งสโมสรฯ สามารถสร้างประวัติศาสตร์ครั้งใหญ่ของวงการฟุตบอลไทยในการแข่งขัน เอเอฟซีแชมเปียนส์ลีก โดยเข้าไปถึงรอบชิงชนะเลิศกับสโมสร อัล ไอน์ ตัวแทนจาก สหรัฐอาหรับเอมิเรตส์ ซึ่งแข่งแบบเหย้า-เยือน โดยนัดแรกสโมสรฯบุกไปเยือนแล้วแพ้ไป 2-0 แต่นัดสองได้เล่นเป็นทีมเหย้าโดยแข่งที่ ราชมังคลากีฬาสถาน สโมสรเอาชนะไปได้ 1-0 จากการยิงลูกโทษของ เทิดศักดิ์ ใจมั่น แต่ก็แพ้ไปด้วยสกอร์รวม 2-1 ได้แค่รองชนะเลิศ ซึ่งเป็นผลงานที่ดีที่สุดของสโมสรฟุตบอลที่มาจากประเทศไทยที่ทำได้ ใการแข่งขัน นับตั้งแต่การเปลี่ยนคุณสมบัติของรายการ ขณะเดียวกัน สโมสรฯก็ยังได้รองชนะเลิศการแข่งขัน อาเซียนคลับแชมเปียนชิพ โดยแพ้ให้กับ อิสต์ เบงกอล ชอง อินเดีย 3-1 ซึ่งในทีมชุดนั้นมีนักเตะที่มีชื่อเสียงในระดับประเทศมากมายเช่น วรวุฒิ ศรีมะฆะ, ดุสิต เฉลิมแสน, ขวัญชัย เฟื่องประกอบ, เทิดศักดิ์ ใจมั่น, ปณัย คงประพันธ์, จตุพงษ์ ทองสุข, ดัสกร ทองเหลา รวมไปถึง นักฟุตบอลต่างชาติอย่าง อาดู ซันเดย์ กองกลางขาว ไนจีเรีย