Nel 1198 la città accetta la protezione di Innocenzo III, il cui intento è quello di formare un vero e proprio stato nei territori del Patrimonio di San Pietro.
Il papa conferma infatti il precedente riconoscimento imperiale e lo rafforza dando forza di legge alle "consuetudines" cittadine attuate nell'amministrazione della giustizia.
In varie occasioni Perugia è rifugio per i papi dai tumulti di Roma, ed è sede di ben 5 conclavi, tra cui quelli che portarono all'elezione di Onorio III , Clemente IV , Celestino V , Clemente V ; la presenza papale fu caratterizzata da un ruolo pacificatore delle rivalità interne.
nessuna delle precedenti Dobbiamo farli innamorare della cultura, perché solo la cultura li farà crescere come persone. Alla metà del secolo il celebre giurista Bartolo da Sassoferrato afferma che Perugia non dipende né dall'Impero né dalla Chiesa, ma il comune è già prossimo al suo declino. "Ma tuo padre ti manda a studiare semiotica, la teoria dei segni dei significati?""" La strada prosegue in salita, inoltrandosi nella parte più antica di Cocullo, con gli edifici decorati da portali a cornice modanata e fregi in chiave di volta.