Tuttavia l'inefficace gestione pontificia finì per consolidare, soprattutto nel capoluogo umbro, le correnti liberali e massoniche, e l'adesione alla causa nazionale e alla politica del Piemonte.
Nel giugno 1859, tutte queste componenti finirono per convergere, in violenti e cruenti combattimenti, noti come le "stragi di Perugia": il 14 giugno i gruppi liberali, i quali erano sostenuti da gran parte della popolazione studentesca perugina, si alzarono contro le autorità pontificie, dando vita ad un governo provvisorio che rimase in carica una sola settimana, dato che le truppe pontificie, riorganizzatesi, riconquistarono la città il 20 giugno dopo violenti scontri.
Il vescovo Pecci, pur non nascondendo la sua soddisfazione per il ritorno del governo pontificio a Perugia, non mancò di lamentare la severità di alcuni provvedimenti presi, soprattutto circa la decisione di chiudere l'Università al fine di punire gli studenti che parteciparono all'insurrezione.
nessuna delle precedenti Egli invano cercò di ottenere un atteggiamento più indulgente da Roma, tenendo conto che la causa dell'insurrezione andava ricercata anche nella cattiva amministrazione della città. Ecco che allora, se l’entropia dell’ universo è destinata sempre a crescere, allora capiamo che alla fine la morte dell’universo sarà per entropia, cioè sarà quella che si chiama la morte termica dell’universo, dove cioè tutta la materia e l’energia saranno sparpagliati in maniera omogenea, per cui non ci sarà più possibile fare nessuna trasformazione, e quindi non sarà più possibile neanche la vita. Nei primi sei mesi del 1920 scoppiarono più di 200 scioperi. Fra i più significativi si cita