Il 12 giugno, dopo anni di assenza, rientrò nella città natia e si diede a un'intensa attività pastorale, esaminando una sessantina di monasteri nei primi mesi dal suo ingresso e ribadendo l'importanza dell'Indice dei libri proibiti.
Nel 1589 indisse un sinodo e una terza visita pastorale, indirizzata soprattutto a pievi, confraternite di ospedali e parrocchie di campagna, anche questa gestita dal Ceccarelli; un'altra seguì nel 1593.
Oltre a ciò organizzò una serrata ricognizione delle reliquie possedute nelle varie chiese e facilitò l'introduzione della pratica delle Quarantore.
Fu una lunga conversazione, e lui la chiuse con un monito: se vuoi veramente fare qualcosa per il Madagascar, devi essere disposto a morire per questo paese. Nello stesso periodo scrisse anche un romanzo a chiave dal titolo "Savrola", ambientato in un immaginario regno balcanico, che fu pubblicato a puntate sul "Macmillan's Magazine" tra maggio e dicembre 1899, prima di apparire in forma di libro. Questo particolare culto si arricchì poi nel tempo di innumerevoli altri casi miracolosi, su tutti l’evento del 9 luglio 1796, il «movimento meraviglioso degli occhi» ed infine la grazia ricevuta durante il conflitto mondiale. Dopo aver fatto rinnovare il palazzo episcopale fin dal 1574, finanziò anche il restauro del Duomo nel 1582. nessuna delle precedenti