Il 1º luglio 1379 Manuele e Giovanni entrarono da vincitori a Costantinopoli, mentre Andronico scappò a Galata, colonia genovese.
La guerra civile si protrasse fino all'aprile 1380 quando finalmente le due parti si accordarono e Andronico sarebbe tornato ad essere l'erede al trono.
Ma questo accordo toglieva a Manuele il diritto al trono ed egli non la prese bene: nonostante fosse sempre stato fedele al padre, non riusciva più a sopportare il disfattismo ed il malgoverno del padre.
Si rifiutò quindi di riconoscere agli ottomani il dominio balcanico, che il padre aveva concesso. Quando, il 10 marzo 1799, le truppe filoborboniche, provenienti da Carbonara, Ceglie e Loseto, assediarono senza successo la città, gli assalitori fecero razzia di quanto trovarono nei campi e negli orti delle case fuori le mura cittadine, soprattutto cipolle e rape, e le arrostirono sui dei fuochi preparati fuori le mura. nessuna delle precedenti Alziamo la mano: quanti hanno visto un Aardvark? Così limitate che fra qualche anno finiranno.