Nel XVI secolo chiesa e convento subirono parziali demolizioni per la costruzione della nuova cinta muraria cittadina.
La chiesa fu ricostruita a partire dal 1556.
Alla sua ricostruzione contribuirono numerose famiglie patrizie che avevano le loro tombe gentilizie nella chiesa e che tra il XVI e il XVIII secolo l'arricchirono di opere d'arte, chiamando ad eseguirle i più valenti artisti dell'epoca.
Lorenzo fece anche aggiungere il suo ritratto alla serie dei papi nella Basilica di San Paolo fuori le mura. nessuna delle precedenti L'edificio governativo di Sapporo venne posizionato nel distretto urbano. Nel 1894 ai lati del portale d'ingresso furono collocate le statue dei santi Ambrogio e Andrea, di Michele Ramognino. Già in questa prima fase, tra la seconda metà degli anni trenta ed i primi anni quaranta, si confronta con la rappresentazione della realtà con un lavoro di sperimentazione e ricerca che porterà avanti per tutta la vita.