从医学观点来看，临床常见的性病有淋病、梅毒、非淋病性尿道炎、软下疳、性病性淋巴肉芽肿、生殖器疱疹、尖锐湿疣等。医生迄今未见，避孕套有特效防止任何一种性病的报道；特别是它对人类乳头状瘤病毒(HPV)。人类乳头瘤病毒(HPV)暂时仍属无法根治的病毒，而且容易扩散和引起癌症。因为疣疹、疱疹是由终身潜伏在人体内滤过性病毒引起的，亦可在非性行为交往中传播。在性活动中，病毒也可能通过性器官接触，如阴囊接触女方会阴、肛门一带的病损处而感染，肛交、口交以及其他部位的皮肤、粘膜接触也会传染，即便使用避孕套，它也不能完全覆盖所有病损的部位。因此，其他部位的溃疡也会造成传播，何况还有肉眼看不到的水疱等病灶，也可能把病毒传给性伴侣。当然其他非疱疹性病变也会通过这种方式传播。