几乎所有宝可梦都可以进行繁殖，没有性别的宝可梦也可以和百变怪生蛋。只有幼年型态的宝可梦及未发现蛋群的宝可梦还有百变怪无法生蛋。除了玛纳霏和霏欧纳之外，所有传说的宝可梦都是未发现蛋群。和现实世界的生物一样，许多宝可梦有性别之分，有些宝可梦可以通过性别差异分辨。通常，训练家的宝可梦一般在饲育屋中生蛋。宝可梦繁殖的方式并不为人所知，也不为人所见宝可梦在出生之前生活在蛋里，宝可梦蛋有坚硬的外壳保护它的成长。蛋的外形通常会有所属的神奇宝贝的花纹。和现实世界的动物一样，宝可梦会竭力保护它们的蛋，把蛋守护在离它们很近的地方