Smith va rebre el Premi Científic Sènior de l'ISCB i va ser elegit membre de l'ISCB per la International Society for Computational Biology el 2009.
Smith va ser elegit el Premi Científic Sènior de l'ISCB i va rebre el premi ISCB Fellow el 2009 per la Societat Internacional de Biologia Computacional.